JP2023530413A - オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）微生物細胞外小胞を使用して疾患及び障害を治療するための組成物及び方法 - Google Patents

オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）微生物細胞外小胞を使用して疾患及び障害を治療するための組成物及び方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2023530413A
JP2023530413A JP2022575982A JP2022575982A JP2023530413A JP 2023530413 A JP2023530413 A JP 2023530413A JP 2022575982 A JP2022575982 A JP 2022575982A JP 2022575982 A JP2022575982 A JP 2022575982A JP 2023530413 A JP2023530413 A JP 2023530413A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
pharmaceutical composition
mevs
strain
oscillospiraceae
mev
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2022575982A
Other languages
English (en)
Inventor
バロック，アリシア
フランシスコ－アンダーソン，ロイズ
シゾヴァ，マリア
Original Assignee
エヴェロ バイオサイエンシズ，インコーポレーテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by エヴェロ バイオサイエンシズ，インコーポレーテッド filed Critical エヴェロ バイオサイエンシズ，インコーポレーテッド
Publication of JP2023530413A publication Critical patent/JP2023530413A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
    • A61K35/74—Bacteria
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0053—Mouth and digestive tract, i.e. intraoral and peroral administration
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/48—Preparations in capsules, e.g. of gelatin, of chocolate
    • A61K9/50—Microcapsules having a gas, liquid or semi-solid filling; Solid microparticles or pellets surrounded by a distinct coating layer, e.g. coated microspheres, coated drug crystals
    • A61K9/5005—Wall or coating material
    • A61K9/5063—Compounds of unknown constitution, e.g. material from plants or animals
    • A61K9/5068—Cell membranes or bacterial membranes enclosing drugs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Nutrition Science (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Pain & Pain Management (AREA)
  • Rheumatology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Obesity (AREA)
  • Physiology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines Containing Plant Substances (AREA)

Abstract

治療薬として有用であり得る、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌から得られる微生物細胞外小胞（ｍＥＶ）に関する方法及び医薬組成物が本明細書で提供される。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０２０年６月１１日出願の米国仮特許出願第６３／０３７，７７１号明細書の利益を主張する。
本明細書では、疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝疾患）の治療及び／又は予防における、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌及び／又はオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌由来の微生物細胞外小胞（ｍＥＶ）の使用に関する方法及び組成物が提供される。本明細書に開示されるように、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌から得られる分泌微生物細胞外小胞（ｓｍＥＶ）又はプロセス微生物細胞外小胞（ｐｍＥＶ）など、特定のタイプのｍＥＶは、治療効果を有し、疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝疾患）の治療及び／又は予防に有用である。
一部の実施形態において、本明細書で提供される医薬組成物は、１つ以上のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）供給源、例えば１つ以上のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株由来のｍＥＶ（例えば、ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶ）を含有する。一部の実施形態において、本明細書で提供される医薬組成物は、１つのオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）供給源、例えば１つのオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株由来のｍＥｖを含有する。ｍＥＶの供給源として使用されるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、細菌の特性（例えば、増殖特性、収量、アッセイ又は対象における免疫応答を調節する能力）に基づいて選択され得る。ｍＥＶを含む医薬組成物は、ｓｍＥＶ、ｐｍＥＶ又はその両方の組み合わせを含むことができる。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
特定の態様において、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）株由来のｍＥＶ（例えば、ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶ）を含む医薬組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態において、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６７９２）のヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。一部の実施形態において、そのフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６７９２）である。
特定の態様において、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の株由来のｍＥＶを含む医薬組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態において、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株は、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６６９６）のヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。一部の実施形態において、そのフルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株は、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６６９６）である。
特定の態様において、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）の株由来のｍＥＶを含む医薬組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態において、そのハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）株は、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６６９４）のヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。一部の実施形態において、そのハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）株は、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６６９４）である。
特定の態様において、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属の株由来のｍＥＶを含む医薬組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態において、そのアガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属株は、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２５８９２）のヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。一部の実施形態において、そのアガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属株は、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２５８９２）である。
特定の態様において、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属の株由来のｍＥＶを含む医薬組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態において、そのアクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属株は、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００６）のヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。一部の実施形態において、そのアクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属株は、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００６）である。
特定の態様において、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）の株由来のｍＥＶを含む医薬組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態において、そのアナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）株は、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００５）のヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。一部の実施形態において、そのアナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）株は、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００５）である。
特定の態様において、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）の株由来のｍＥＶを含む医薬組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態において、そのスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）株は、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００４）のヌクレオチド配列（例えば、ゲノム配列、１６Ｓ配列、ＣＲＩＳＰＲ配列）に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％の配列同一性、少なくとも９９．６％の配列同一性、少なくとも９９．７％の配列同一性、少なくとも９９．８％の配列同一性、少なくとも９９．９％の配列同一性）を含む株である。一部の実施形態において、そのスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）株は、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００４）である。
一部の実施形態において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、本明細書で提供される医薬組成物は、疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防に使用され得る。
一部の実施形態において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、本明細書で提供される医薬組成物は、粉末（例えば、再懸濁のための）或いは固体剤形、例えば錠剤、ミニタブレット、カプセル、ピル若しくは粉末又はこれらの剤形の組み合わせ（例えば、カプセルに含まれるミニタブレット）として調製され得る。
一部の実施形態において、本明細書で提供される医薬組成物は、凍結乾燥されたｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含むことができる。凍結乾燥されたｍＥＶ（ｓｍＥＶ又はｐｍＥＶなど）は、錠剤、ミニタブレット、カプセル、ピル若しくは粉末などの固体剤形に製剤化され得るか；又は溶液中に再懸濁され得る。
一部の実施形態において、本明細書で提供される医薬組成物は、ガンマ線照射されたｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含み得る。ガンマ線照射されたｍＥＶ（ｓｍＥＶ又はｐｍＥＶなど）は、錠剤、ミニタブレット、カプセル、ピル若しくは粉末などの固体剤形に製剤化され得るか；又は溶液中に再懸濁され得る。
一部の実施形態において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、本明細書で提供される医薬組成物は、経口投与され得る。一部の実施形態において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、本明細書で提供される医薬組成物は、静脈内投与され得る。一部の実施形態において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、本明細書で提供される医薬組成物は、例えば、腫瘍を有する対象に腫瘍内又は腫瘍下投与され得る。一部の実施形態において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、本明細書で提供される医薬組成物は、局所投与され得る。
特定の態様において、疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防に有用である、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物、並びにかかるｍＥＶを製造及び／又は同定する方法、並びにかかる医薬組成物を（例えば、単独で又は他の治療法と組み合わせて、疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防に）使用する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、医薬組成物は、ｍＥＶと、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来の全微生物（例えば、生菌、死滅菌、弱毒化細菌）との両方を含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、それから得られたオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の非存在下においてｍＥＶを含む（例えば、医薬組成物のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来の内容物の約９５％を超える（又は約９９％を超える）量がｍＥＶを含む）。
一部の実施形態において、医薬組成物は、単離ｍＥＶ（例えば、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の１つ以上の株由来）（例えば、その治療有効量）を含む。例えば、医薬組成物の内容物の少なくとも５０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも９９％は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の単離ｍＥＶである。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
一部の実施形態において、医薬組成物は、単離ｍＥＶ（例えば、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の１つの株由来）（例えば、その治療有効量）を含む。例えば、医薬組成物の内容物の少なくとも５０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも９９％は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の単離ｍＥＶである。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
一部の実施形態において、医薬組成物は、ｍＥＶを含み、及びそのｍＥＶは、高収量の株から産生される。一部の実施形態において、高収量株は、バイオリアクター増殖培養物から１リットル当たり少なくとも３×１０１３のｍＥＶを産生する。
一部の実施形態において、医薬組成物は、分泌ｍＥＶ（ｓｍＥＶ）を含む。
一部の実施形態において、医薬組成物は、ｓｍＥＶを含み、及びそのｓｍＥＶは、生菌から産生される。
一部の実施形態において、医薬組成物は、ｓｍＥＶを含み、及びそのｓｍＥＶは、高収量の株から産生される。一部の実施形態において、高収量株は、バイオリアクター増殖培養物から１リットル当たり少なくとも３×１０１３のｓｍＥＶを産生する。
一部の実施形態において、医薬組成物は、ｓｍＥＶを含み、及びそのｓｍＥＶは、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の１つの株に由来する。一部の実施形態において、医薬組成物は、ｍＥＶを含み、及びそのｍＥＶは、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の１つの株に由来する。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
一部の実施形態において、医薬組成物は、プロセスｍＥＶ（ｐｍＥＶ）を含む。
一部の実施形態において、医薬組成物は、ｐｍＥＶを含み、及びそのｐｍＥＶは、ガンマ線照射、ＵＶ照射、熱不活性化、酸処理又は酸素スパージされた細菌から産生される。
一部の実施形態において、医薬組成物は、ｐｍＥＶを含み、及びそのｐｍＥＶは、生菌から産生される。一部の実施形態において、医薬組成物は、ｐｍＥＶを含み、及びそのｐｍＥＶは、死滅菌から産生される。一部の実施形態において、医薬組成物は、ｐｍＥＶを含み、及びそのｐｍＥＶは、非複製細菌から産生される。
一部の実施形態において、医薬組成物は、ｐｍＥＶを含み、及びそのｐｍＥＶは、高収量株から産生される。一部の実施形態において、高収量株は、バイオリアクター増殖培養物から１リットル当たり少なくとも３×１０１３のｐｍＥＶを産生する。
一部の実施形態において、医薬組成物は、ｐｍＥＶを含み、及びそのｐｍＥＶは、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の１つの株に由来する。一部の実施形態において、医薬組成物は、ｍＥＶを含み、及びそのｍＥＶは、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の１つの株に由来する。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
一部の実施形態において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、凍結乾燥される（例えば、凍結乾燥生成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む）。一部の実施形態において、ｍＥＶは、ガンマ線照射される。一部の実施形態において、ｍＥＶは、ＵＶ照射される。一部の実施形態において、ｍＥＶは、熱不活化される（例えば、５０℃で２時間又は９０℃で２時間）。一部の実施形態において、ｍＥＶは、酸処理される。一部の実施形態において、ｍＥＶは、酸素パージされる（例えば、０．１ｖｖｍで２時間）。
特定の態様において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、特定の所望の特性、例えば低減された毒性及び有害作用（例えば、リポ多糖（ＬＰＳ）の除去又は欠失によって）、向上した経口送達（例えば、耐酸性、粘膜付着性、及び／又は浸透性、及び／又は胆汁酸に対する耐性、抗微生物ペプチド及び／又は抗体中和に対する耐性の向上によって）、所望の標的細胞型（例えば、Ｍ細胞、杯細胞、腸細胞、樹状細胞、マクロファージ）、全身的に又は適所において向上したバイオアベイラビリティ（例えば、腸間膜リンパ節、パイエル板、粘膜固有層、腫瘍排出リンパ節及び／又は血液）、向上した免疫修飾及び／又は治療効果（例えば、単独で又は別の治療薬と組み合わせて）、向上した免疫活性化及び／又は製造上の特性（例えば、増殖特性、収量、より高い安定性、向上した凍結融解耐性、より短い産生時間）に基づいて選択されたオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌から得られる。
特定の態様において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、特定の望ましい特性を高めるために修飾された遺伝子操作されたオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌に由来する。一部の実施形態において、遺伝子操作オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、低減された毒性及び有害作用（例えば、リポ多糖（ＬＰＳ）の除去又は欠失によって）、向上した経口送達（例えば、耐酸性、粘膜付着性、及び／又は浸透性、及び／又は胆汁酸に対する耐性、抗微生物ペプチド及び／又は抗体中和に対する耐性の向上によって）、所望の標的細胞型（例えば、Ｍ細胞、杯細胞、腸細胞、樹状細胞、マクロファージ）、全身的に又は適所において向上したバイオアベイラビリティ（例えば、腸間膜リンパ節、パイエル板、粘膜固有層、腫瘍排出リンパ節及び／又は血液）、向上した免疫修飾及び／又は治療効果（例えば、単独で又は別の治療薬と組み合わせて）、向上した免疫活性化及び／又は製造上の特性（例えば、増殖特性、収量、より高い安定性、向上した凍結融解耐性、より短い産生時間）を、それから産生されたｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）が有するように修飾される。一部の実施形態において、かかるｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を製造する方法が本明細書で提供される。
特定の態様において、疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防に有用である、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物、並びにかかるｍＥＶを製造及び／又は同定する方法、並びにかかる医薬組成物を単独で又は１つ以上の他の治療法と組み合わせて、（例えば、疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防に）使用する方法が本明細書で提供される。
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、そのｍＥＶがそれから得られた全微生物を含有する医薬組成物と同等以上の効力を提供することができる。例えば、ｍＥＶの同じ用量において（例えば、粒子数又はタンパク質含有量に基づく）、ｍＥＶを含有する医薬組成物は、ｍＥＶがそれから得られる同じオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株の全微生物を含有する同等の医薬組成物と同等以上の効力を提供することができる。かかるｍＥＶ含有医薬組成物は、そのｍＥＶがそれから得られた同じオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株の全微生物を含有する同等の医薬組成物よりも高い用量の投与を可能にし得、その同等の医薬組成物で確認された応答と同等以上の（例えば、より有効な）応答を誘発する。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
さらなる例として、同じ用量において（例えば、粒子数又はタンパク質含有量に基づく）、ｍＥＶを含有する医薬組成物は、ｍＥＶがそれから得られる同じオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株の全微生物を含有する医薬組成物と比較して少ない量で微生物由来材料（粒子数又はタンパク質含有量に基づく）を含有し得、かかる医薬組成物を投与される対象に等しい又はより大きい治療上の利点を提供する。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
さらなる例として、例えば、ＮＴＡによって測定される、例えば約１×１０７～約１×１０１５粒子の用量においてｍＥＶを投与することができる。別の例として、例えばブラッドフォード（Ｂｒａｄｆｏｒｄ）アッセイ又はＢＣＡアッセイによって測定される、例えば約５～約９００ｍｇの総タンパク質の用量においてｍＥＶを投与することができる。
特定の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、癌を有する対象を治療する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、本明細書に記載の少なくとも１つの医薬組成物の使用は、対象における癌の治療又は予防のためのものである。特定の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、腸内毒素症を有する対象を治療する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、本明細書に記載の少なくとも１つの医薬組成物の使用は、対象における腸内毒素症の治療又は予防のためのものである。
特定の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、免疫疾患（例えば、自己免疫疾患、炎症性疾患、アレルギー）を有する対象を治療する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、本明細書に記載の少なくとも１つの医薬組成物の使用は、対象における免疫疾患の治療又は予防のためのものである。
特定の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、代謝性疾患を有する対象を治療する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、本明細書に記載の少なくとも１つの医薬組成物の使用は、対象における代謝性疾患の治療又は予防のためのものである。
特定の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、神経性疾患を有する対象を治療する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、本明細書に記載の少なくとも１つの医薬組成物の使用は、対象における神経性疾患の治療又は予防のためのものである。
一部の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物は、１日１回投与される。一部の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物は、１日２回投与される。一部の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物は、１日用量のために製剤化される。一部の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物は、１日２回用量に製剤化され、各用量は、１日用量の半分である。
一部の実施形態において、この方法は、対象に抗生物質を投与することをさらに含む。
一部の実施形態において、この方法は、１つ以上の癌療法（例えば、腫瘍の外科的除去、化学療法薬の投与、放射線療法の施行及び／又は癌免疫療法、例えば免疫チェックポイント阻害剤、癌特異的抗体、癌ワクチン、初回抗原刺激を受けた抗原提示細胞、癌特異的Ｔ細胞、癌特異的キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、免疫活性化タンパク質及び／又はアジュバントの施行）を対象に施すことをさらに含む。一部の実施形態において、この方法は、別の治療的細菌及び／又は１種以上の他の菌株（例えば、治療的細菌）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の投与をさらに含む。
一部の実施形態において、この方法は、免疫抑制剤及び／又は抗炎症剤の投与をさらに含む。一部の実施形態において、この方法は、代謝性疾患治療薬の投与をさらに含む。
特定の態様において、単独で又は１つ以上の他の治療法と組み合わせて、疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防に使用される、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物が本明細書で提供される。
特定の実施形態において、対象（例えば、ヒト）における癌の治療及び／又は予防に使用される、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物が本明細書で提供される。その医薬組成物は、癌の治療のために、単独で又は１つ以上の他の治療法と組み合わせて使用され得る。特定の実施形態において、対象（例えば、ヒト）における腸内毒素症の治療及び／又は予防に使用される、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物が本明細書で提供される。その医薬組成物は、単独で又は腸内毒素症の治療のための治療薬と組み合わせて使用され得る。特定の実施形態において、対象（例えば、ヒト）における代謝性疾患の治療及び／又は予防に使用される、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物が本明細書で提供される。その医薬組成物は、単独で又は代謝性疾患の治療のための治療薬と組み合わせて使用され得る。特定の実施形態において、対象（例えば、ヒト）における神経性疾患の治療及び／又は予防に使用される、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物が本明細書で提供される。その医薬組成物は、単独で又は神経性疾患の治療のための１種以上の他の治療薬と組み合わせて使用され得る。
一部の実施形態において、ｍＥＶを含む医薬組成物は、抗生物質と組み合わせて使用され得る。一部の実施形態において、ｍＥＶを含む医薬組成物は、１つ以上の他の癌療法（例えば、腫瘍の外科的除去、化学療法薬の投与、放射線療法の施行及び／又は癌免疫療法、例えば免疫チェックポイント阻害剤、癌特異的抗体、癌ワクチン、初回抗原刺激を受けた抗原提示細胞、癌特異的Ｔ細胞、癌特異的キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、免疫活性化タンパク質及び／又はアジュバントの施行）と組み合わせて使用され得る。一部の実施形態において、ｍＥＶを含む医薬組成物は、別の治療的細菌及び／又は１種以上のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株から得られたｍＥＶと組み合わせて使用され得る。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
一部の実施形態において、ｍＥＶを含む医薬組成物は、１種以上の免疫抑制剤及び／又は抗炎症剤と組み合わせて使用され得る。一部の実施形態において、ｍＥＶを含む医薬組成物は、１種以上の他の代謝性疾患治療薬と組み合わせて使用され得る。
特定の態様において、単独で又は別の治療薬法と組み合わせて、疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防のための薬物を調製するための、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物の使用が本明細書で提供される。一部の実施形態において、その使用は、別の治療的細菌及び／又は１種以上の他のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株から得られたｍＥＶと組み合わせたものである。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
特定の実施形態において、対象（例えば、ヒト）における癌の治療及び／又は予防のための薬物を調製するための、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶを含む医薬組成物（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の使用が本明細書で提供される。その医薬組成物は、単独で又は癌の別の治療薬と組み合わせて使用され得る。特定の実施形態において、対象（例えば、ヒト）における腸内毒素症の治療及び／又は予防のための薬物を調製するための、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶを含む医薬組成物（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の使用が本明細書で提供される。その医薬組成物は、単独で又は腸内毒素症の別の治療薬と組み合わせて使用され得る。
特定の実施形態において、対象（例えば、ヒト）における代謝性疾患の治療及び／又は予防のための薬物を調製するための、ｍＥＶを含む医薬組成物（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の使用が本明細書で提供される。その医薬組成物は、単独で又は代謝性疾患の別の治療薬と組み合わせて使用され得る。特定の実施形態において、対象（例えば、ヒト）における神経性疾患の治療及び／又は予防のための薬物を調製するための、ｍＥＶを含む医薬組成物（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の使用が本明細書で提供される。その医薬組成物は、単独で又は神経性疾患の別の治療薬と組み合わせて使用され得る。
一部の実施形態において、ｍＥＶを含む医薬組成物は、抗生物質と組み合わせて使用され得る。一部の実施形態において、ｍＥＶを含む医薬組成物は、１つ以上の他の癌療法（例えば、腫瘍の外科的除去、化学療法薬の使用、放射線療法の使用及び／又は癌免疫療法の使用、例えば免疫チェックポイント阻害剤、癌特異的抗体、癌ワクチン、初回抗原刺激を受けた抗原提示細胞、癌特異的Ｔ細胞、癌特異的キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、免疫活性化タンパク質及び／又はアジュバントの使用）と組み合わせて使用され得る。一部の実施形態において、ｍＥＶを含む医薬組成物は、別の治療的細菌及び／又は１種以上のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株から得られたｍＥＶと組み合わせて使用され得る。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
一部の実施形態において、ｍＥＶを含む医薬組成物は、１種以上の他の免疫抑制剤及び／又は抗炎症剤と組み合わせて使用され得る。一部の実施形態において、医薬組成物は、１種以上の他の代謝性疾患治療薬と組み合わせて使用され得る。
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、例えば本明細書に記載の医薬組成物は、対象、例えばヒトに治療有効量のｍＥＶを提供することができる。
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、例えば本明細書に記載の医薬組成物は、対象、例えばヒトに非天然量の治療上有効な成分（例えば、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）中に存在する）を提供することができる。
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、例えば本明細書に記載の医薬組成物は、対象、例えばヒトに不自然な量の治療上有効な成分（例えば、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）中に存在する）を提供することができる。
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、例えば本明細書に記載の医薬組成物は、対象、例えばヒトに１つ以上の変化をもたらし、例えば疾患又は健康障害を治療又は予防することができる。
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む、例えば本明細書に記載の医薬組成物は、例えば、対象、例えばヒトに影響を及ぼし、例えば疾患又は健康障害を治療又は予防する著しい有用性の可能性を有する。
特定の態様において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）若しくはそのいずれかの組み合わせ及び／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、癌のＣＴ２６前臨床モデルにおいて腫瘍成長を低減する。
特定の態様において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）若しくはそのいずれかの組み合わせ及び／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、炎症のＤＴＨ（遅延型過敏症）前臨床モデルにおいて耳介厚を低減する。
特定の態様において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）若しくはそのいずれかの組み合わせ及び／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、ＰＭＡ－分化Ｕ９３７細胞からのサイトカイン産生を誘発する。オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）若しくはそのいずれかの組み合わせ及び／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、ＩＬ－１０；ＴＮＦ－α；ＩＬ－６；ＩＰ－１０；及びＩＬ－１βの１つ以上の産生を誘発する（例えば、ブランクコントロールと比較して）。特定の態様において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）若しくはそのいずれかの組み合わせ及び／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、例えばｉｎ ｖｉｖｏで又はレポーター細胞アッセイ（例えば、ＨＥＫ２９３－ＳＥＡＰレポーター細胞アッセイ）においてＴＬＲシグナル伝達を活性化する。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）若しくはそのいずれかの組み合わせ及び／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、ＴＬＲ２及びＴＬＲ５シグナル伝達の１つ以上を活性化する。
１１目のマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株由来のｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 一定期間にわたるマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 ２３日目のマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 一定期間にわたるマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 ２１日目のマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 一定期間にわたるマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 ２２日目のマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 一定期間にわたるマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 ２３日目のマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来のｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 一定期間にわたるマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 ２１日目のマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 一定期間にわたるマウス結腸直腸癌腫モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ－１又は賦形剤と比較される、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの有効性を示す。ウェルチ検定は、賦形剤に対する治療に関して実施される。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおける抗原曝露に続いて、賦形剤（ネガティブコントロール）及びデキサメタゾン（ポジティブコントロール）と比較される、２通りの用量、２Ｅ＋１１及び２Ｅ＋０７（粒子数／投与に基づく）でのフルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの、２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳介厚）の低減における有効性を示す。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおける抗原曝露に続いて、賦形剤（ネガティブコントロール）及びデキサメタゾン（ポジティブコントロール）と比較される、２通りの用量、２Ｅ＋１１及び２Ｅ＋０７（粒子数／投与に基づく）でのハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの、２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳介厚）の低減における有効性を示す。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおける抗原曝露に続いて、賦形剤（ネガティブコントロール）及びデキサメタゾン（ポジティブコントロール）と比較される、２通りの用量、２Ｅ＋１１、２Ｅ＋０９及び２Ｅ＋０７（粒子数／投与に基づく）でのハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの、２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳介厚）の低減における有効性を示す。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおける抗原曝露に続いて、賦形剤（ネガティブコントロール）及びデキサメタゾン（ポジティブコントロール）と比較される、２通りの用量、２Ｅ＋１１及び２Ｅ＋０７（粒子数／投与に基づく）でのフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの、２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳介厚）の低減における有効性を示す。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおける抗原曝露に続いて、賦形剤（ネガティブコントロール）及びデキサメタゾン（ポジティブコントロール）と比較される、３通りの用量、２Ｅ＋１１、２Ｅ＋０９及び２Ｅ＋０７（粒子数／投与に基づく）でのフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの、２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳介厚）の低減における有効性を示す。 フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株由来のｓｍＥＶがＰＭＡ－分化Ｕ９３７細胞のサイトカイン産生を誘発することを示す。Ｕ９３７細胞をフルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶ並びにＴＬＲ２（ＦＳＬ）及びＴＬＲ４（ＬＰＳ）アゴニストコントロールで濃度１×１０６～１×１０９において２４時間処理し、サイトカイン産生を測定した。この株由来の低濃度のｓｍＥＶにおいて見られた強い作用に留意されたい。「ブランク」は、培地コントロールを示す。 ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来のｓｍＥＶがＰＭＡ－分化Ｕ９３７細胞のサイトカイン産生を誘発することを示す。Ｕ９３７細胞をハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株ｓｍＥＶ並びにＴＬＲ２（ＦＳＬ）及びＴＬＲ４（ＬＰＳ）アゴニストコントロールで濃度１×１０６～１×１０９において２４時間処理し、サイトカイン産生を測定した。サイトカイン産生の段階的な増加に留意されたい。「ブランク」は、培地コントロールを示す。 フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株由来のｓｍＥＶがＰＭＡ－分化Ｕ９３７細胞のサイトカイン産生を誘発することを示す。Ｕ９３７細胞をフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株 ｓｍＥＶ並びにＴＬＲ２（ＦＳＬ）及びＴＬＲ４（ＬＰＳ）アゴニストコントロールで濃度１×１０６～１×１０９において２４時間処理し、サイトカイン産生を測定した。この株由来の低濃度のｓｍＥＶにおいて見られた強い作用に留意されたい。「ブランク」は、培地コントロールを示す。 アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株由来のｓｍＥＶ及びスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株由来のｓｍＥＶがＰＭＡ－分化Ｕ９３７細胞のサイトカイン産生を誘発することを示す。Ｕ９３７細胞を濃度１×１０６～１×１０９においてｓｍＥＶ並びにＴＬＲ２（ＦＳＬ）及びＴＬＲ４（ＬＰＳ）アゴニストコントロールで、２４時間処理し、サイトカイン産生を測定した。「ブランク」は、培地コントロールを示す。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおける抗原曝露に続いて、賦形剤（ネガティブコントロール）及びデキサメタゾン（ポジティブコントロール）と比較される、２通りの用量、２Ｅ＋１０及び２Ｅ＋０６（粒子数／投与に基づく）でのアクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株及びスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの、２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳介厚）の低減における有効性を示す。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおける抗原曝露に続いて、賦形剤（ネガティブコントロール）及びデキサメタゾン（ポジティブコントロール）と比較される、２Ｅ＋１０（粒子数／投与に基づく）でのブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの２つのバッチの、２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳介厚）の低減における作用を示す。 ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデルにおける抗原曝露に続いて、賦形剤（ネガティブコントロール）及びデキサメタゾン（ポジティブコントロール）と比較される、２通りの用量、２Ｅ＋１０及び２Ｅ＋０６（粒子数／投与に基づく）でのアナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株由来の、経口投与されたｓｍＥＶの、２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳介厚）の低減における有効性を示す。 ＨＥＫ２９３－ＳＥＡＰレポーター細胞における、且つ読み取り値としてＯＤ６３０ｎｍでの吸光度を用いた、種々のＴＬＲ受容体に対するアナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶの３つのバッチの有効性を示す。
微生物のクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）クラス内のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｒｉｒａｃｅａｅ）科は、脊椎動物の一般的な共生生物である。興味深いことに、一重膜（通常、グラム陽性と記載される）微生物であるにもかかわらず、グラム陰性を染色する。本発明者らは、この科のメンバーが、商業的に使用するのに十分な収量でｓｍＥＶを産生し得るかどうかを調べ、他のグラム陽性生物に対して、この科のメンバーが高レベルのｓｍＥＶを産生することを見出した。グラム陰性生物は通常、より多くのｓｍＥＶを産生するため、これは、この分野のｓｍＥＶ酸性の従来の理解に反する。オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）科の微生物は一般に、単離することも、増殖させることも難しく、したがって、この科由来のｓｍＥＶの以前の研究は制限されていた。本発明者らの研究から、各オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｓｍＥＶは、生体外（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）培養において固有のサイトカイン応答を誘発する。フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）［例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株］及びハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）［例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株］由来のｓｍＥＶは、炎症及び癌の動物モデルにおける高い有効性及び効力を実証している。フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）［例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株］ｓｍＥＶも治療有効性を示している。疾患又は健康障害（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防におけるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌の使用に関する方法並びに組成物が本明細書で提供される。
ｓｍＥＶ産生の高収量基準：この数は、産生に対して適度に倍率変更することができるレベルにおいてｓｍＥＶを産生する参照株の粗製ｓｍＥＶ収量の１オーダー内にあるため、バイオリアクター増殖培養物からの１リットル当たり３×１０１３の粗製ｓｍＥＶ収量が、株に対する「高収量」指定の最低閾値である。
Figure 2023530413000001
定義
「アジュバント」又は「アジュバント療法」は、患者又は対象（例えば、ヒト）の免疫学的又は生理学的応答に影響を及ぼす薬剤を広く指す。例えば、アジュバントは、時間と共に抗原の存在を増加させる又は腫瘍のような目的の領域における抗原の存在を増加させ、抗原提示細胞抗原の吸収を助け、マクロファージ及びリンパ球を活性化し、且つサイトカインの産生を支援する可能性がある。免疫応答を変えることにより、アジュバントは、より少ない用量の免疫相互作用剤が特定の用量の免疫相互作用剤の有効性又は安全性を高めることができる可能性がある。例えば、アジュバントは、Ｔ細胞の疲弊を防止し、従って特定の免疫相互作用剤の有効性又は安全性を高める可能性がある。
「投与」は、対象への組成物（例えば、医薬組成物）の投与経路を広く指す。投与経路の例には、経口投与、直腸投与、局所投与、吸入（鼻）又は注射が含まれる。注射による投与には、静脈内（ＩＶ）投与、筋肉内（ＩＭ）投与、腫瘍内（ＩＴ）投与及び皮下（ＳＣ）投与が含まれる。本明細書に記載の医薬組成物は、限定されるものではないが、腫瘍内、経口、非経口、腸内、静脈内、腹腔内、局所、経皮（例えば、任意の標準的なパッチを使用）、皮内、眼内、経鼻（鼻腔内）、局所、非経口、例えばエアロゾル、吸入、皮下、筋肉内、口腔、舌下、（経）直腸、膣内、動脈内及び髄腔内、経粘膜（例えば、舌下、舌、（経）頬、（経）尿道、膣（例えば、経膣及び膣周囲）、埋め込み、膀胱内、肺内、十二指腸内、胃内及び気管支内を含む任意の効果的な経路によって任意の形態で投与することができる。好ましい実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、経口、直腸、腫瘍内、局所、膀胱内、排出リンパ節内又はその近傍への注射により、静脈内、吸入若しくはエアロゾルにより又は皮下投与される。別の好ましい実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、経口、腫瘍内又は皮下投与される。
本明細書で使用する場合、「抗体」という用語は、インタクト抗体及びその抗原結合断片の両方を指し得る。インタクト抗体は、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む糖タンパク質である。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＶＨと略記）及び重鎖定常領域を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＶＬと略記）及び軽鎖定常領域を含む。ＶＨ及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれるより保存された領域が散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変領域にさらに細分化することができる。各ＶＨ及びＶＬは、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲで構成され、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって次の順序で配置されている：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖及び軽鎖の可変領域は抗原と相互作用する結合ドメインを含有する。「抗体」という用語には、例えば、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、単鎖抗体及び抗原結合抗体断片が含まれる。
本明細書で使用される抗体の「抗原結合断片」及び「抗原結合部分」という用語は、抗原に結合する能力を保持した抗体の１つ以上の断片を指す。抗体の「抗原結合断片」という用語に含まれる結合断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、Ｆｄ、ダイアボディ、単鎖抗体、ＮＡＮＯＢＯＤＩＥＳ（登録商標）、単離ＣＤＲＨ３及びインタクト抗体の可変領域の少なくとも一部を保持した他の抗体断片が挙げられる。これらの抗体断片は、従来の組換え技術及び／又は酵素技術を用いて得ることができ、インタクト抗体と同じ要領で抗原結合についてスクリーニングすることができる。
「癌」は、周囲組織への侵入及び可能性として宿主の異常な細胞増殖の原発部位より遠位の組織への侵入をもたらす、宿主自体の細胞の制御されない異常な増殖を広く指す。主なクラスには、上皮組織（例えば、皮膚、扁平上皮細胞）の癌である癌腫；結合組織（例えば、骨、軟骨、脂肪、筋肉、血管など）の癌である肉腫；血液形成組織（例えば、骨髄組織）の癌である白血病；免疫細胞の癌であるリンパ腫及び骨髄腫；並びに脳及び脊髄組織の癌を含む中枢神経系癌が含まれる。「癌」「新生物及び」は、本明細書では互換的に使用される。本明細書で使用される「癌」は、初発又は再発にかかわらず、白血病、癌腫及び肉腫を含む全ての種類の癌又は新生物又は悪性腫瘍を指す。癌の具体例は、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫及び混合型腫瘍である。癌の非限定的な例は、脳、黒色腫、膀胱、乳房、子宮頸部、結腸、頭頸部、腎臓、肺、非小細胞肺、中皮腫、卵巣、前立腺、肉腫、胃、子宮及び髄芽腫の初発又は再発癌である。いくつかの実施形態では、癌は固形腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、癌は転移を含む。
「炭水化物」は糖又は糖のポリマーを指す。「糖」、「多糖」、「炭水化物」及び「オリゴ糖」という用語は互換的に使用され得る。ほとんどの炭水化物は、多くのヒドロキシル基（通常、分子の各炭素原子上に１個）を有するアルデヒド又はケトンである。炭水化物は、一般に、分子式ＣｎＨ２ｎＯｎを有する。炭水化物は、単糖、二糖、三糖、オリゴ糖又は多糖であり得る。最も基本的な炭水化物は、単糖であり、例えばグルコース、ガラクトース、マンノース、リボース、アラビノース、キシロース及びフルクトースである。二糖は、２個の連結された単糖である。例示的な二糖としては、スクロース、マルトース、セロビオース及びラクトースが挙げられる。典型的には、オリゴ糖は３～６個の単糖単位（例えば、ラフィノース、スタキオース）を含み、多糖は６個以上の単糖単位を含む。例示的な多糖として、デンプン、グリコーゲン及びセルロースが挙げられる。炭水化物は、改変された糖単位を含み得、例えばヒドロキシル基が除去されている２’－デオキシリボース、ヒドロキシル基がフッ素に置き換えられている２’－フルオロリボース又はグルコースの窒素含有形態であるＮ－アセチルグルコサミン（例えば、２’－フルオロリボース、デオキシリボース及びヘキソース）を含み得る。炭水化物は多くの異なる形態で存在し得、例えば配座異性体、環式形態、非環式形態、立体異性体、互変異性体、アノマー及び異性体で存在し得る。
「細胞増加」は、環境中における細胞の流入又は細胞の拡大を広く指し、この細胞は、組成物の投与前にはこの環境中に実質的に存在せず、且つこの組成物自体に存在しない。この環境を増加する細胞として、免疫細胞、間質細胞、細菌細胞及び真菌細胞が挙げられる。特に興味深い環境は、癌細胞が存在するか又は位置する微小環境である。いくつかの場合、微小環境は、腫瘍微小環境又は腫瘍排出リンパ節である。他の場合、この微小環境は、前癌性組織部位若しくは組成物の局所投与部位又は遠隔投与後に組成物が蓄積する部位である。
「クレード」は、系統樹における統計的に妥当なノードの下流であるＯＴＵ又は系統樹のメンバーを指す。クレードは、明確な単系統進化単位であり且つある程度の配列類似性を共有する、系統樹における一連の末端葉を含む。
２種以上の微生物株由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の「組み合わせ」は、同一の材料若しくは製品か又は物理的に接続された製品のいずれかにおけるｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）が得られる微生物の物理的な共存並びにこれら２種の株由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の一時的な共投与又は共局在化を含む。
「腸内毒素症」とは、宿主腸マイクロバイオーム生態学的ネットワーク（「マイクロバイオーム」）の正常な多様性及び／又は機能が破壊されている、例えば、粘膜若しくは皮膚表面（又は他のいずれかのマイクロバイオーム微小環境）など、腸又は他の身体の領域のミクロビオータ又はマイクロバイオームの状態を意味する。腸内毒素症の状態により、疾患状態が生じ得るか、又は特定の条件下でのみ若しくは長時間（長期間）存在する場合にのみ、不健康な状態であり得る。腸内毒素症は、環境要因、感染病原体、宿主の遺伝子型、宿主の食餌及び／又はストレスなどの様々な因子が原因であり得る。腸内毒素症により、１種以上の細菌タイプ（例えば、嫌気性）、種及び／若しくは株の有病率の変化（例えば、増加若しくは減少）、宿主マイクロバイオーム集団組成の多様性の変化（例えば、増加若しくは減少）；１種以上の細菌作用の低減若しくは喪失を生じる共生生物の１つ以上の集団の変化（例えば、増加若しくは減少）；病原体（例えば、病原性細菌）の１つ以上の集団の過剰増殖；並びに／又は特定の条件が存在する場合のみに疾患が起こる共生生物の存在及び／若しくは過剰増殖が生じ得る。
「減少する」又は「枯渇する」という用語は、状況に応じて、処置前の状態と比較したときに処置後、差が少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１／１００、１／１０００、１／１０，０００、１／１００，０００、１／１，０００，０００又は検出不能であるような変化を意味する。減少し得る特性としては、免疫細胞、細菌細胞、間質細胞、骨髄由来抑制細胞、線維芽細胞、代謝産物の数；サイトカインのレベル；又は別の物理的パラメータ（例えば、（例えば、ＤＴＨ動物モデルにおける）耳の厚さ又は腫瘍サイズ（例えば、動物腫瘍モデルにおける））が挙げられる。
「エコロジカルコンソーシアム」という用語は、有効性を向上させるために相補的な宿主経路を活性化することで宿主の相乗効果を誘発する２つの細菌とは対照的に、代謝物を交換し、相互に積極的に共調節する細菌の群である。
本明細書で使用する場合、「操作された細菌」とは、人間の介入により自然状態から遺伝的に変更されている任意細菌と、任意のそのような細菌の子孫とのことである。操作された細菌は、例えば、標的とされた遺伝子改変の産物、ランダム変異誘発スクリーニングの産物及び定向進化の産物を含む。
「エピトープ」という用語は、抗体又はＴ細胞受容体に特異的に結合することができるタンパク質決定基を意味する。エピトープは通常、アミノ酸又は糖側鎖などの化学的に活性な表面分子群で構成されている。特定のエピトープは、抗体が結合できる特定のアミノ酸配列によって定義することができる。
用語「遺伝子」は、生物学的機能に関連する核酸を指すために広く使用される。用語「遺伝子」は、特定のゲノム配列及びそのゲノム配列によってコードされるｃＤＮＡ又はｍＲＮＡに適用される。
２つの核酸分子の核酸配列間の「同一性」は、「ＦＡＳＴＡ」プログラムなどの既知のコンピューターアルゴリズムを使用し、例えばＰｅａｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４におけるようなデフォルトパラメーターを使用して、同一性のパーセンテージとして決定することができる（他のプログラムとしては、ＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２（Ｉ）：３８７（１９８４））、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ Ａｔｓｃｈｕｌ、Ｓ．Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌｅｃ Ｂｉｏｌ ２１５：４０３（１９９０）；Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｈｕｇｅ Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ，Ｍｒｔｉｎ Ｊ．Ｂｉｓｈｏｐ，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，１９９４及びＣａｒｉｌｌｏ ｅｔ ａｌ．（１９８８）ＳＩＡＭ Ｊ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈ ４８：１０７３が挙げられる）。例えば、アメリカ国立生物工学情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）のデータベースのＢＬＡＳＴ機能を用いて同一性を決定することができる。他の市販の又は公的に入手可能なプログラムとしては、ＤＮＡＳｔａｒ「ＭｅｇＡｌｉｇｎ」プログラム（Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．）及びＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＵＷＧ）「Ｇａｐ」プログラム（Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．））が挙げられる。
本明細書で使用する場合、「免疫障害」という用語は、免疫系の活性により引き起こされる任意の疾患、障害又は疾患症状（自己免疫疾患、炎症性疾患及びアレルギーを含む）を指す。免疫障害としては下記が挙げられるが、これらに限定されない：自己免疫疾患（例えば、乾癬、アトピー性皮膚炎、ループス、強皮症、溶血性貧血、血管炎、１型糖尿病、グレーブス病、関節リウマチ、多発性硬化症、グッドパスチャー症候群、悪性貧血及び／又はミオパチー）、炎症性疾患（例えば、尋常性ざ瘡、喘息、小児脂肪便症、慢性前立腺炎、糸球体腎炎、炎症性腸疾患、骨盤内炎症性疾患、再灌流傷害、関節リウマチ、サルコイドーシス、移植片拒絶、血管炎及び／又は間質性膀胱炎）並びに／又はアレルギー（例えば、食物アレルギー、薬物アレルギー及び／又は環境アレルギー）。
「免疫療法」とは、対象の免疫系を使用して疾患（例えば、免疫疾患、炎症性疾患、代謝疾患、癌）を処置する処置のことであり、この免疫療法として、例えばチェックポイント阻害剤、癌ワクチン、サイトカイン、細胞療法、ＣＡＲ－Ｔ細胞及び樹状細胞療法が挙げられる。
「増加する」という用語は、状況に応じて、処置前の状態と比較したときに処置後、差が少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、４倍、１０倍、１００倍、１０３倍、１０４倍、１０５倍、１０６倍及び／又は１０７倍超であるような変化を意味する。増加し得る特性として、免疫細胞、細菌細胞、間質細胞、骨髄由来抑制細胞、線維芽細胞、代謝産物の数；サイトカインのレベル；又は別の物理的パラメータ（例えば、（例えば、ＤＴＨ動物モデルにおける）耳の厚さ又は腫瘍サイズ（例えば、動物腫瘍モデルにおける））が挙げられる。
「自然免疫アゴニスト」又は「免疫アジュバント」とは、自然免疫受容体（Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、ＮＯＤ受容体、ＲＬＲ、Ｃ型レクチン受容体、ＳＴＩＮＧ－ｃＧＡＳ経路成分、インフラマソーム複合体を含む）を特異的に標的とする小分子、タンパク質又は他の作用物質のことである。例えば、ＬＰＳは、細菌由来であるか又は合成されたＴＬＲ－４アゴニストであり、アルミニウムを免疫刺激アジュバントとして使用し得る。免疫アジュバントは、より広範なアジュバント又はアジュバント療法の特定のクラスである。ＳＴＩＮＧアゴニストの例として、２’３’－ｃＧＡＭＰ、３’３’－ｃＧＡＭＰ、ｃ－ジ－ＡＭＰ、ｃ－ジ－ＧＭＰ、２’２’－ｃＧＡＭＰ及び２’３’－ｃＧＡＭ（ＰＳ）２（Ｒｐ／Ｓｐ）（２’３’－ｃＧＡＭＰのビス－ホスホロチオエート類似体のＲｐ，Ｓｐ－異性体）が挙げられるが、これらに限定されない。ＴＬＲアゴニストの例としては、ＴＬＲｌ、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲｌＯ及びＴＬＲＩｌが挙げられるが、これらに限定されない。ＮＯＤアゴニストの例としては、Ｎ－アセチルムラミル－Ｌ－アラニル－Ｄ－イソグルタミン（ムラミルジペプチド（ＭＤＰ））、γ－Ｄ－グルタミル－メソ－ジアミノピメリン酸（ｉＥ－ＤＡＰ）及びデスムラミルペプチド（ＤＭＰ）が挙げられるが、これらに限定されない。
「内部転写スペーサー」又は「ＩＴＳ」は、特定の真菌において真核生物種の同定に使用されることが多い一般的な前駆体転写産物上の構造リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）の間に位置する非機能的ＲＮＡの一部である。リボソームのコアを形成する真菌のｒＲＮＡは、シグナル遺伝子として転写され、８Ｓ領域、５．８Ｓ領域及び２８Ｓ領域からなり、８Ｓ領域及び５．８Ｓ領域並びに５．８Ｓ領域及び２８Ｓ領域のそれぞれの間にＩＴＳ４及び５が存在する。１８Ｓ領域及び５．８Ｓ領域並びに５．８Ｓ領域及び２８Ｓ領域間のこれら２つのシストロン間セグメントは、スプライシングにより除去され、既に説明されているようにバーコーディング目的で種間に有意な変動を含む（Ｓｃｈｏｃｈ ｅｔ ａｌ Ｎｕｃｌｅａｒ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ ｓｐａｃｅｒ（ＩＴＳ）ｒｅｇｉｏｎ ａｓ ａ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｅ ｍａｒｋｅｒ ｆｏｒ Ｆｕｎｇｉ．ＰＮＡＳ １０９：６２４１－６２４６．２０１２）。系統発生の再構築には１８Ｓ ｒＤＮＡが従来使用されているが、ＩＴＳはこの機能を果たし得、なぜならば、ＩＴＳは、一般的に高度に保存されているが、ほとんどの真菌の属及び種を区別するのに十分なヌクレオチド多様性を保有する超可変領域を含むからである。
「単離された」又は「濃縮された」という用語は、（１）（天然又は実験的設定にかかわらず）最初に産生されたときに結合していた成分の少なくとも一部から分離された、且つ／又は（２）人間の手によって生産、調製、精製、且つ／若しくは製造された、微生物、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）又は他の実体若しくは物質を含む。単離された微生物又はｍＥＶは、最初に結合していた他の成分の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％又はそれを超えるものから分離することができる。いくつかの実施形態では、単離された微生物又はｍＥＶは、約８０％超、約８５％超、約９０％超、約９１％超、約９２％超、約９３％超、約９４％超、約９５％超、約９６％超、約９７％超、約９８％超、約９９％超又は約９９％超の純度であり、例えば他の成分を実質的に含まない。「精製する」、「精製すること」及び「精製された」という用語は、（例えば、自然又は実験的設定にかかわらず）最初に産生若しくは生成されたとき又は最初の産生後の任意の時間に結合していた成分の少なくとも一部から単離された微生物若しくはｍＥＶ又は他の材料を指す。微生物又は微生物集団又はｍＥＶは、産生時又は産生後に単離された場合、微生物若しくは微生物集団又はｍＥＶを含む材料又は環境などから精製されたと見なすことができ、精製された微生物又は微生物若しくはｍＥＶ集団は、最大約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％又は約９０％超までの他の材料を含み得、それでも「単離された」と見なされる。いくつかの実施形態では、精製された微生物又はｍＥＶ若しくは微生物集団は、約８０％超、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約９９％超の純度である。本明細書で提供される微生物組成物の場合、組成物中に存在する１つ以上の微生物種を、微生物種を含む材料又は環境で産生される及び／又は存在する１つ以上の他の微生物とは独立して精製することができる。微生物組成物及びその微生物成分、例えばｍＥＶは、一般に、残存生息産物から精製される。
本明細書で使用する場合、「脂質」は、脂肪、油、トリグリセリド、コレステロール、リン脂質、遊離脂肪酸を含む任意の形態の脂肪酸を含む。脂肪、油及び脂肪酸は、飽和であり得るか、不飽和（シス又はトランス）であり得るか、又は部分的に不飽和（シス又はトランス）であり得る。
「ＬＰＳ変異体又はリポ多糖変異体」という用語は、概して、ＬＰＳの喪失を含む選択された細菌を指す。ＬＰＳの喪失は、リピドＡ生合成に関与する遺伝子、例えばｌｐｘＡ、ｌｐｘＣ及びｌｐｘＤに対する変異又は破壊に起因すると考えられる。ＬＰＳ変異体を含む細菌は、アミノグリコシド及びポリミキシン（ポリミキシンＢ及びコリスチン）に対して耐性であり得る。
「代謝産物」は、本明細書で使用される場合、あらゆる細胞の若しくは微生物の代謝反応において基質として使用されるあらゆる分子化合物、組成物、分子、イオン、補助因子、触媒若しくは栄養素を指すか、又はあらゆる細胞の若しくは微生物の代謝反応から生成物として得られる化合物、組成物、分子、イオン、補助因子、触媒又は栄養素を指す。
「微生物」は、古細菌、寄生生物、細菌、真菌、微細藻類、原生動物及びその生物と関連する発達段階又はライフサイクル段階（例えば、栄養、胞子（胞子形成、休眠及び発芽を含む）、潜伏、バイオフィルム）を特徴とする任意の天然の又は操作された生物を指す。腸内微生物の例として下記が挙げられる：アクチノマイセス・グラエベニッツィイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｇｒａｅｖｅｎｉｔｚｉｉ）、アクチノマイセス・オドントリティカス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、バクテロイデス・カッカエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・プトレディニス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・ブルターガス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｔａｇｕｓ）、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビロフィラ・ワーズワーシア（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉａ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、カンピロバクター・グラシリス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｇｒａｃｉｌｉｓ）、クロストリジア・クラスターＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＩＩＩ）、クロストリジア・クラスターＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＩＶ）、クロストリジア・クラスターＩＸ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＩＸ）（アシダミノコッカス科群（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｇｒｏｕｐ））、クロストリジア・クラスターＸＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＩ）、クロストリジア・クラスターＸＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＩＩＩ）（ペプトストレプトコッカス属群（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｒｏｕｐ））、クロストリジア・クラスターＸＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＩＶ）、クロストリジア・クラスターＸＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＶ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コリネバクテリウム・サンスバレンセ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｕｎｓｖａｌｌｅｎｓｅ）、デスルホモナス・ピグラ（Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ ｐｉｇｒａ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ユウバクテリウム・ハドルム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｄｒｕｍ）、ユウバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、フィーカリバクテリア・プラウスニッツ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉａ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクノスピラ（Ｌａｎｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、モリキュート・クラスターＸＶＩ（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＶＩ）、モリキュート・クラスターＸＶＩＩＩ（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ ｃｌｕｓｔｅｒ ＸＶＩＩＩ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロシア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）及びストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）。
「微生物細胞外小胞」（ｍＥＶ）は、細菌、古細菌、真菌、微細藻類、原生動物及び寄生虫などの微生物から得ることができる。いくつかの実施形態では、ｍＥＶは、細菌から得られる。ｍＥＶは、分泌された微生物細胞外小胞（ｓｍＥＶ）及び処理された微生物細胞外小胞（ｐｍＥＶ）を含む。「分泌された微生物細胞外小胞」（ｓｍＥＶ）は、微生物に由来する自然に生成された小胞である。ｓｍＥＶは、微生物脂質及び／又は微生物タンパク質及び／又は微生物核酸及び／又は微生物炭水化物部分で構成され、培養上清から単離される。これらの小胞の自然な生成は、細菌細胞が培養されている環境の操作によって（例えば、培地又は温度の変化によって）、人工的に増強（例えば、増加）又は減少させることができる。さらに、ｓｍＥＶ組成物は、微生物成分又は異物を減少、増加、追加又は除去して、有効性、免疫刺激、安定性、免疫刺激能力、安定性、臓器標的化（例えば、リンパ節）、吸収（例えば、胃腸）及び／又は収量を変更する（例えば、それによって有効性を変える）ように改変することができる。本明細書で使用される場合、「精製されたｓｍＥＶ組成物」又は「ｓｍＥＶ組成物」という用語は、原材料中に見出される少なくとも１つの付随する物質から分離されている（例えば、少なくとも１つの他の微生物成分から分離されている）ｓｍＥＶの調製物又はこの調製物を生成するために使用される任意のプロセスにおいてｓｍＥＶに付随する任意の物質から分離されているｓｍＥＶの調製物を指す。この用語は、特定の成分について有意に富化されている組成物も指し得る。「処理された微生物細胞外小胞」（ｐｍＥＶ）は、人工的に溶解された微生物（例えば、細菌）（例えば、他の細胞内微生物細胞成分から分離された微生物膜成分）から精製された、天然に存在しない微生物膜成分の集合であり、これは、精製方法に応じて、様々な又は選択されたサイズ範囲の粒子を含み得る。ｐｍＥＶのプールは、微生物細胞を（例えば、リゾチーム及び／又はリソスタフィンにより）化学的に破壊すること及び／又は（例えば、機械的な力により）物理的に破壊することと、遠心分離及び／若しくは超遠心分離又は他の方法によって微生物膜成分を細胞内成分から分離することとによって得られる。得られたｐｍＥＶ混合物は、微生物全体と比較して、微生物膜成分の濃度が増加し、細胞内内容物の濃度（例えば、希釈）が減少するように、微生物膜及びその成分（例えば、周辺に結合しているか又は一体の膜タンパク質、脂質、グリカン、多糖、炭水化物、他のポリマー）を濃縮することを含む。グラム陽性菌の場合、ｐｍＥＶは、細胞又は細胞膜を含み得る。グラム陰性菌の場合、ｐｍＥＶは、内膜及び／又は外膜を含み得る。ｐｍＥＶは、純度を高めるために改変され得、組成物中の粒子のサイズを調整するために改変され得、且つ／又は微生物成分若しくは外来物質を減少するために、増加させるために、添加するために若しくは除去して、有効性、免疫刺激能力、安定性、臓器標的化（例えば、リンパ節）、吸収（例えば、胃腸）及び／若しくは収量を変更する（例えば、それによって有効性を変える）するために、改変され得る。ｐｍＥＶは、同じ微生物又は他の微生物からの細胞内成分を含む特定の成分を追加、除去、濃縮又は希釈することによって改変され得る。本明細書で使用される場合、「精製されたｐｍＥＶ組成物」又は「ｐｍＥＶ組成物」という用語は、原材料中に見出される少なくとも１つの付随する物質から分離されている（例えば、少なくとも１つの他の微生物成分から分離されている）ｐｍＥＶの調製物又はこの調製物を生成するために使用される任意のプロセスにおいてｐｍＥＶに付随する任意の物質から分離されているｐｍＥＶの調製物を指す。この用語は、特定の成分について有意に富化されている組成物も指し得る。
「マイクロバイオーム」は、対象又は患者の身体部位上に存在するか又は身体部位中に存在する微生物を広く指す。マイクロバイオームの微生物には、細菌、ウイルス、真核微生物及び／又はウイルスが含まれ得る。マイクロバイオームの個々の微生物は、代謝的に活性であるか、休眠しているか、潜伏しているか、胞子として存在するか、プランクトン様に若しくは生体膜中に存在するか、又は持続可能な態様若しくは一過性の態様でマイクロバイオームに存在し得る。マイクロバイオームは、共生的若しくは健康な状態のマイクロバイオーム又は病的状態のマイクロバイオームであり得る。マイクロバイオームは、対象又は患者にとって天然であり得るか、又はマイクロバイオームの成分は、健康状態（例えば、前癌性若しくは癌性状態）又は治療状態（例えば、抗生物質による治療、異なる微生物への曝露）の変化のために調節されるか、導入されるか若しくは枯渇し得る。いくつかの態様では、マイクロバイオームは粘膜表面に存在する。いくつかの態様では、マイクロバイオームは腸内マイクロバイオームである。いくつかの態様では、マイクロバイオームは腫瘍マイクロバイオームである。
組織又はサンプルの「マイクロバイオームプロファイル」又は「マイクロバイオームシグネチャ」は、マイクロバイオームの細菌構造の少なくとも部分的な特徴を指す。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームプロファイルは、マイクロバイオーム中に少なくとも２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、３５種、４０種、４５種、５０種、５５種、６０種、６５種、７０種、７５種、８０種、８５種、９０種、９５種、１００種又はそれを超える細菌株が存在するか又は存在しないかを示す。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームプロファイルは、サンプル中に少なくとも２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、３５種、４０種、４５種、５０種、５５種、６０種、６５種、７０種、７５種、８０種、８５種、９０種、９５種、１００種又はそれを超える癌関連細菌株が存在するかどうかを示す。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームプロファイルは、サンプルで検出された各細菌株の相対量又は絶対量を示す。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームプロファイルは癌関連マイクロバイオームプロファイルである。癌関連マイクロバイオームプロファイルは、一般集団においてよりも癌を有する対象において頻繁に生じるマイクロバイオームプロファイルである。いくつかの実施形態では、癌関連マイクロバイオームプロファイルは、癌を有しない個体から採取された以外は等価の組織又はサンプルのマイクロバイオーム中に通常存在するよりも多い数又は量の癌関連細菌を含む。
細菌に関する「改変された」は、野生型から変化を受けている細菌を広く指す。細菌改変は、細菌の操作から生じ得る。細菌改変の例としては、遺伝子改変、遺伝子発現改変、表現型改変、製剤化改変、化学的改変及び用量又は濃度が挙げられる。改善された特性の例は本明細書全体を通して説明されており、例えば弱毒化、栄養素要求性、ホーミング又は抗原性が挙げられる。表現型改変としては、例えば、病原性を増加させるか又は減少させるように細菌の表現型を改変する培地中での細菌増殖が挙げられる可能性がある。
「オンコバイオーム」は、本明細書で使用される場合、腫瘍形成性マイクロバイオーム及び／又は癌関連マイクロバイオームを含み、マイクロバイオームは、ウイルス、細菌、真菌、原生生物、寄生生物又は別の微生物の１つ以上を含む。
「腫瘍栄養性」又は「腫瘍親和性」の微生物及び細菌とは、癌微小環境に高度に関連するか又は存在する微生物のことである。この微生物は、この環境内で優先的に選択され得るか、癌微小環境中で優先的に増殖するか、又は前記環境に磨きをかけ得る。
「操作的分類単位」及び「ＯＴＵ」は、系統樹における末端の葉を指し、核酸配列、例えば全ゲノム又は特定の遺伝子配列この核酸配列と種のレベルで配列同一性を共有する全ての配列によって定義される。いくつかの実施形態では、特定の遺伝子配列は、１６Ｓ配列又は１６Ｓ配列の一部であり得る。他の実施形態では、２つの実体の全ゲノムが配列決定され、比較される。別の実施形態では、多遺伝子座配列タグ（ＭＬＳＴ）、特定の遺伝子又は遺伝子のセットなどの選択領域を遺伝的に比較することができる。１６Ｓの場合、１６Ｓ全体又は１６Ｓの一部の可変領域で９７％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは、同じＯＴＵと見なされる。例えば、Ｃｌａｅｓｓｏｎ ＭＪ，Ｗａｎｇ Ｑ，Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ Ｏ，Ｇｒｅｅｎｅ－Ｄｉｎｉｚ Ｒ，Ｃｏｌｅ ＪＲ，Ｒｏｓｓ ＲＰ，ａｎｄ Ｏ’Ｔｏｏｌｅ ＰＷ．２０１０．Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｔｗｏ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｆｏｒ ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ｔａｎｄｅｍ ｖａｒｉａｂｌｅ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅ ｒｅｇｉｏｎｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３８：ｅ２００．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ ＫＴ，Ｒａｍｅｔｔｅ Ａ，ａｎｄ Ｔｉｅｄｊｅ ＪＭ．２００６．Ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９－１９４０を参照されたい。完全なゲノムの場合、ＭＬＳＴ、１６Ｓ以外の特定の遺伝子又は９５％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有する遺伝子セットＯＴＵは同じＯＴＵと見なす。例えば、Ａｃｈｔｍａｎ Ｍ，ａｎｄ Ｗａｇｎｅｒ Ｍ．２００８．Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｎａｔｕｒｅ ｏｆ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６：４３１－４４０．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ ＫＴ，Ｒａｍｅｔｔｅ Ａ，ａｎｄ Ｔｉｅｄｊｅ ＪＭ．２００６．Ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ ３６１：１９２９－１９４０を参照されたい。ＯＴＵは、多くの場合、生物間の配列を比較することで定義される。一般に、９５％未満の配列同一性を有する配列は、同じＯＴＵの部分を形成すると見なされない。ＯＴＵは、ヌクレオチドマーカー又は遺伝子、特に高度に保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）の任意の組み合わせ又はそれらの組み合わせによっても特徴付けることができる。本明細書では、例えば、属、種及び系統分岐群に分類学的に割り当てられた操作的分類単位（ＯＴＵ）が提供される。
本明細書で使用される場合、遺伝子が細菌で「過剰発現」されるとは、同じ条件下で同じ種の野生型細菌によって発現されるよりも、少なくともいくつかの条件下で操作された細菌でより高いレベルで発現される場合である。同様に、遺伝子が細菌で「過少発現」されるとは、同じ条件下で同じ種の野生型細菌によって発現されるよりも、少なくともいくつかの条件下で操作された細菌でより低いレベルで発現される場合である。
「ポリヌクレオチド」及び「核酸」という用語は互換的に使用される。それらは、デオキシリボヌクレオチド若しくはリボヌクレオチド又はその類似体のいずれかの任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指す。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有し得、あらゆる機能を果たし得る。以下は、ポリヌクレオチドの非限定的な例である：遺伝子又は遺伝子断片のコード領域又は非コード領域、連鎖解析から定義される遺伝子座、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、サイレンシングＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離ＤＮＡ、任意の配列の単離ＲＮＡ、核酸プローブ及びプライマー。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体などの修飾ヌクレオチドを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーのアセンブリ前又は後に付与され得る。ポリヌクレオチドは、標識成分との結合などによりさらに修飾され得る。本明細書で提供される全ての核酸配列において、Ｕヌクレオチドは、Ｔヌクレオチドと交換可能である。
本明細書で使用される場合、物質は、他の成分を実質的に含まない場合に「純粋」である。「精製する」、「精製すること」及び「精製された」という用語は、（例えば、自然界で又は実験的な設定で）最初に産生されたか若しくは生成されたかのいずれかの場合に付随したか、又は最初の産生後の任意の時間にわたり付随した成分の少なくとも一部から分離されているｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）調製物又は他の物質を指す。ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）調製物又は組成物は、産生時又は産生後、例えば１つ以上の他の細菌成分から単離されている場合に精製されたと見なされ得、精製された微生物又は微生物集団は、他の物質を最大約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％又は約９０％超含み得、それでもなお「精製された」と見なされる。いくつかの実施形態では、精製されたｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、約８０％超、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約９９％超純粋である。ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）組成物（又は調製物）は、例えば、残存生息環境産物から精製されている。
本明細書で使用される場合、「精製されたｍＥＶ組成物」又は「ｍＥＶ組成物」という用語は、原材料中に見出される少なくとも１つの付随する物質から分離されている（例えば、少なくとも１つの他の細菌成分から分離されている）ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む調製物又はこの調製物を生成するために使用される任意のプロセスにおいてｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）に付随する任意の物質から分離されているｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む調製物を指す。この用語は、有意に富化されているか又は濃縮されている組成物も指す。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１００倍、１０００倍、１０，０００倍又は１０，０００倍超濃縮されている。
「残存生息環境産物」は、対象内の又は対象上の微生物叢の生息環境に由来する物質を指す。例えば、微生物の発酵培養物は、汚染物質、例えば他の微生物株又は形態（例えば、細菌、ウイルス、マイコプラズマ及び／又は真菌）を含み得る。例えば、微生物は、胃腸管内の糞便中、皮膚自体上、唾液中、気道の粘膜中又は尿生殖路の分泌物（即ち微生物群衆に関連する生物学的物質）中に生息する。残存生息環境産物を実質的に含まないということは、細菌組成物が、培養物若しくはヒト若しくは動物対象上又は内の微生物環境と関連する生物学的物質をもはや含んでおらず、且つ微生物群衆と関連するあらゆる混入性生物学的物質を１００％含まず、９９％含まず、９８％含まず、９７％含まず、９６％含まず、又は９５％含まないことを意味する。残存生息環境産物は、非生物的物質（未消化の食物を含む）を含み得るか、又は不要な微生物を含み得る。残存生息環境産物を実質的に含まないということは、微生物組成物が混入物又はヒト又は動物に由来する検出可能な細胞を含まず、且つ微生物細胞のみが検出可能であることも意味し得る。一実施形態では、残存生息環境産物を実施的に含まないということは、微生物組成物が検出可能なウイルス（細菌ウイルス（例えばファージ）を含む）混入物、真菌混入物、マイコプラズマ混入物を含まないことも意味し得る。別の実施形態では、残存生息環境産物を実施的に含まないということは、微生物細胞と比較して、微生物組成物中の生細胞の１×１０－２％、１×１０－３％、１×１０－４％、１×１０－５％、１×１０－６％、１×１０－７％、１×１０－８％未満がヒト又は動物であることを意味する。この純度を達成するための複数の方法が存在しており、これらのいずれも限定するものではない。そのため、一連の単一コロニーからの反復（例えば、限定されないが２回）画線が単一コロニー形態のみを示しているまで固体培地上で単一コロニーを画線する複数の工程により所望の構成物を単離することにより、混入を減少させ得る。代わりに、単一の所望される細胞に対する、複数回の１０倍連続希釈等の複数回の連続希釈（例えば１０－８又は１０－９の希釈）により、混入の減少を達成し得る。このことは、複数の単離コロニーが類似の細胞形状及びグラム染色挙動を有することを示すことにより、さらに裏付けられ得る。十分な純度を確認する他の方法として、遺伝子解析（例えば、ＰＣＲ、ＤＮＡ配列決定）、血清学的分析及び抗原分析、酵素学的分析及び代謝分析並びに混入物から所望の構成物を区別する試薬によるフローサイトメトリーなどの計測手段を使用する方法が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「特異的結合」は、抗体が所定の抗原に結合する能力又はポリペプチドがその所定の結合パートナーに結合する能力を指す。典型的には、抗体又はポリペプチドは、約１０－７Ｍ以下のＫＤに対応する親和性でその所定の抗原又は結合パートナーに特異的に結合し、非特異的及び無関係な抗原／結合パートナー（例えば、ＢＳＡ、カゼイン）に結合する親和性に対して少なくとも１０倍未満、少なくとも１００倍未満又は少なくとも１０００倍未満である親和性（ＫＤで表される）で所定の抗原／結合パートナーに結合する。代わりに、特異的結合は、１つの成分がタンパク質、脂質又は炭水化物又はそれらの組み合わせであり、且つタンパク質、脂質、炭水化物又はそれらの組み合わせである第２の成分と特異的に結合する２成分系により広く当てはまる。
「株」は、同じ細菌種の密接に関連したメンバーから区別され得るような遺伝的特徴を有する細菌種のメンバーを指す。遺伝的特徴は、少なくとも１つの遺伝子の全部又は一部の欠損、少なくとも１つの調節領域（例えば、プロモーター、ターミネーター、リボスイッチ、リボソーム結合部位）の全部又は一部の欠損、少なくとも１つの天然プラスミドの不在（「キュアリング」）、少なくとも１つの組換え遺伝子の存在、少なくとも１つの変異遺伝子の存在、少なくとも１つの外来遺伝子（別の種に由来する遺伝子）の存在、少なくとも１つの変異調節領域（例えば、プロモーター、ターミネーター、リボスイッチ、リボソーム結合部位）の存在、少なくとも１つの非天然プラスミドの存在、少なくとも１つの抗生物質耐性カセットの存在又はこれらの組み合わせであり得る。異なる株間の遺伝的特徴は、ＰＣＲ増幅、続いて任意選択で目的のゲノム領域又は全ゲノムのＤＮＡ配列決定を行うことにより、同定され得る。１つの株が（同じ種の別の株と比較して）抗生物質耐性を獲得したり失ったり、又は生合成能力を獲得したり失ったりした場合（栄養要求性株など）、抗生物質又は栄養素／代謝産物をそれぞれ用いて選択又は対抗選択することにより、株を識別し得る。
「対象」又は「患者」という用語は、任意の動物を指す。「それを必要とする」として記載される対象又は患者は、疾患の処置（又は予防）を必要とする者を指す。哺乳類（即ち哺乳動物）には、ヒト、実験動物（例えば、霊長類、ラット、マウス）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ）及びペット（例えば、イヌ、ネコ、げっ歯類）が含まれる。対象はヒトであり得る。対象は、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、ロバ、ヤギ、ラクダ、マウス、ラット、モルモット、ヒツジ、ラマ、サル、ゴリラ又はチンパンジーを含むが、これらに限定されない非ヒト哺乳動物であり得る。対象は、健康であり得るか、又は任意の発生段階で癌に罹患していてもよく、ここで、いずれかの段階は、癌関関連若しくは原因となる病原体によって引き起こされるか若しくは日和見的に支持されるかのいずれかであるか、又は癌を発症するか若しくは癌関連若しくは原因となる病原体を他の人に感染させるリスクがある可能性がある。いくつかの実施形態では、対象は、肺癌、膀胱癌、前立腺癌、形質細胞腫、結腸直腸癌、直腸癌、メルケル細胞癌、唾液腺癌、卵巣癌及び／又は黒色腫を有する。対象は腫瘍を有し得る。対象は、Ｒａｓ活性化を含むこのプロセスの根底にあるゲノミクスを伴う増強されたマクロピノサイトーシスを示す腫瘍を有し得る。他の実施形態では、対象は別の癌を有し得る。いくつかの実施形態では、対象は癌治療を受けている。
本明細書で使用される場合、対象の疾患を「処置する」又は疾患を有するか若しくは有すると疑われる対象を「処置する」という用語は、この疾患の少なくとも１つの症状が軽減されるか又は悪化することが防止されるように、この対象に薬学的処置を施すこと、例えば１つ以上の薬剤を投与することを指す。そのため、一実施形態では、「処置する」は、とりわけ、進行の遅延、寛解の促進、寛解の誘発、寛解の増強、回復の加速、代替治療薬の有効性の増加若しくは代替治療薬への耐性の低下又はこれらの組み合わせを指す。本明細書で使用される場合、対象の疾患を「予防する」という用語は、疾患の少なくとも１つの症状の発症が遅延又は予防されるように、薬剤治療を対象に実施すること、例えば１種以上の薬剤の投与を指す。
本明細書で使用される場合、細菌の「タイプ」は、属、種、亜種、株又はいずれか他の分類学的カテゴリー化により、形態学、生理学、遺伝子型、タンパク質発現又は当技術分野で公知の他の特徴に基づくかどうかによって他の細菌から識別され得る。
細菌
特定の態様において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌から得られるｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物が本明細書で提供される。
一部の実施形態において、医薬組成物は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含み、及びそのｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌の高収量株から産生される。一部の実施形態において、高収量株は、バイオリアクター増殖培養物から１リットル当たり少なくとも３×１０１３のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を産生する。
一部の実施形態において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）がそれから得られるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、修飾されて、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）の毒性若しくは他の有害作用が低減され、送達（例えば、経口送達）が高められ（例えば、耐酸性、粘膜付着性、及び／若しくは浸透性、及び／若しくは胆汁酸、消化酵素に対する耐性、抗微生物ペプチド及び／若しくは抗体中和に対する耐性の向上により）、所望の細胞型（例えば、Ｍ－細胞、杯細胞、腸細胞、樹状細胞、マクロファージ）を標的化し、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）のその免疫修飾物質及び／若しくは治療効果を高め（例えば、単独で若しくは別の治療薬と組み合わせて）、且つ／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）による免疫活性化若しくは免疫抑制を高める（例えば、多糖、線毛、フィムブリエ、付着因子の修飾された産生を介して）。一部の実施形態において、本明細書に記載の遺伝子操作オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の製造（例えば、より高い酸素耐性、安定性、向上した凍結融解耐性、より短い産生時間）を向上させるために修飾される。例えば、一部の実施形態において、記載の遺伝子操作オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、１つ以上の遺伝子変化を保有する細菌を含み、かかる変化は、細菌染色体又は内因性プラスミドに含有される１つ以上のヌクレオチド及び／又は１つ以上の外来性プラスミドの挿入、欠失、移行若しくは置換又はそのいずれかの組み合わせであり、遺伝子変化によって１つ以上の遺伝子の過剰発現及び／又は過小発現が起こり得る。遺伝子操作オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、限定されないが、部位特異的変異誘発、トランスポゾン変異誘発、ノックアウト、ノックイン、ポリメラーゼ連鎖反応変異誘発、化学的変異誘発、紫外線変異誘発、形質転換（化学的又は電気穿孔法による）、ファージ形質導入、定方向進化又はそのいずれかの組み合わせなどの当技術分野で公知のいずれかの技術を用いて産生され得る。
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌の種及び／又は株を、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の供給源として使用することができる。特定の実施形態において、ｍＥＶは、１つのオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株から産生される。特定の実施形態において、ｍＥＶは、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株の組み合わせから産生される。一部の実施形態において、その組み合わせは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５又は５０のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株の組み合わせである。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
本明細書に記載のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の供給源として使用することができる、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌の株の例が表２及び本明細書全体の他で提供される。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株は、表２に示される株と少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％又は９９．９％の配列同一性を有するゲノムを有する菌株である。特定の実施形態において、ｍＥＶは、本明細書に提供されるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株の単一株から産生される。特定の実施形態において、ｍＥＶは、本明細書に提供されるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株の組み合わせから産生される。一部の実施形態において、その組み合わせは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５又は５０の菌株の組み合わせである。一部の実施形態において、その組み合わせは、表１に列挙される菌株及び／又は表２に列挙される株と少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％又は９９．９％の配列同一性を有するゲノムを有する菌株由来のｍＥＶを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、表２に記載されるＡＴＣＣ受託番号で寄託された細菌株のゲノム配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％配列同一性、少なくとも９９．６％配列同一性、少なくとも９９．７％配列同一性、少なくとも９９．８％配列同一性、少なくとも９９．９％配列同一性）を含むオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株から得られる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、表２に記載される１６Ｓ配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％の配列同一性（例えば、少なくとも９９．５％配列同一性、少なくとも９９．６％配列同一性、少なくとも９９．７％配列同一性、少なくとも９９．８％配列同一性、少なくとも９９．９％配列同一性）である１６Ｓ配列を含むオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株から得られる。
Figure 2023530413000002
Figure 2023530413000003
Figure 2023530413000004
Figure 2023530413000005
Figure 2023530413000006
Figure 2023530413000007
Figure 2023530413000008
Figure 2023530413000009
特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約に関して、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株は、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．２０１１０－２２０９ ＵＳＡの米国菌株保存機関（ＡＴＣＣ）（ＡＴＣＣ）で２０２０年６月１８日に寄託され、ＡＴＣＣ受入番号ＰＴＡ－１２６７９２に割り当てられた。特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約に関して、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株は、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．２０１１０－２２０９ ＵＳＡの米国菌株保存機関（ＡＴＣＣ）（ＡＴＣＣ）で２０２０年３月２０日に寄託され、ＡＴＣＣ受入番号ＰＴＡ－１２６６９６に割り当てられた。特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約に関して、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株は、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．２０１１０－２２０９ ＵＳＡの米国菌株保存機関（ＡＴＣＣ）（ＡＴＣＣ）で２０２０年３月２０日に寄託され、ＡＴＣＣ受入番号ＰＴＡ－１２６６９４に割り当てられた。特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約に関して、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株は、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．２０１１０－２２０９ ＵＳＡの米国菌株保存機関（ＡＴＣＣ）（ＡＴＣＣ）で２０１９年４月１１日に寄託され、ＡＴＣＣ受入番号ＰＴＡ－１２５８９２に割り当てられた。特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約に関して、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株は、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．２０１１０－２２０９ ＵＳＡの米国菌株保存機関（ＡＴＣＣ）（ＡＴＣＣ）で２０２１年４月１６日に寄託され、ＡＴＣＣ受入番号ＰＴＡ－１２７００６に割り当てられた。特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約に関して、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）属Ａ株は、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．２０１１０－２２０９ ＵＳＡの米国菌株保存機関（ＡＴＣＣ）（ＡＴＣＣ）で２０２１年４月１６日に寄託され、ＡＴＣＣ受入番号ＰＴＡ－１２７００５に割り当てられた。特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約に関して、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株は、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．２０１１０－２２０９ ＵＳＡの米国菌株保存機関（ＡＴＣＣ）（ＡＴＣＣ）で２０２１年４月１６日に寄託され、ＡＴＣＣ受入番号ＰＴＡ－１２７００４に割り当てられた。
本出願人は、ＡＴＣＣが、特許が付与された場合、永続的な寄託及び容易な一般の利用可能性を提供する寄託機関であることを表明する。このように寄託された物質の一般の利用可能性に対するあらゆる制限は、特許付与の時点で、取消し不能に除去されることになる。３７ ＣＦＲ１．１４及び３５ Ｕ．Ｓ．Ｃ．１２２に従い、その権利が与えられる特許局長により決定されるものに対する特許出願が未定である間、物質は、利用可能となる。寄託されたプラスミドのサンプルの提供の最新の要請から少なくとも５年間、またあらゆるケースで、寄託日から少なくとも３０年間又は特許の強制可能な期間のいずれか長い期間にわたって、寄託された物質は、それを生存可能且つ非汚染状態で保つのに必要なあらゆるケアと共に維持される。本出願人は、寄託機関が寄託物の状態のためにサンプルを要請時に提供することができない場合、寄託物を取り替えるその義務について承認する。
一部の実施形態において、ｍＥＶがそれから得られるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、凍結乾燥される。一部の実施形態において、ｍＥＶがそれから得られるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、ガンマ線照射される（例えば、１７．５又は２５ｋＧｙにおいて）。一部の実施形態において、ｍＥＶがそれから得られるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、ＵＶ照射される。一部の実施形態において、ｍＥＶがそれから得られるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、熱不活性化される（例えば、５０℃で２時間又は９０℃で２時間）。一部の実施形態において、ｍＥＶがそれから得られるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、酸処理される。一部の実施形態において、ｍＥＶがそれから得られるオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、酸素パージされる（例えば、０．１ｖｖｍで２時間）。
一部の実施形態において、ｍＥＶは、凍結乾燥される。一部の実施形態において、ｍＥＶは、ガンマ線照射される（例えば、１７．５又は２５ｋＧｙにおいて）。一部の実施形態において、ｍＥＶは、ＵＶ照射される。一部の実施形態において、ｍＥＶは、熱不活性化される（例えば、５０℃で２時間又は９０℃で２時間）。一部の実施形態において、ｍＥＶは、酸処理される。一部の実施形態において、ｍＥＶは、酸素パージされる（例えば、０．１ｖｖｍで２時間）。
増殖の段階は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌及び／又はオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌によって産生されるｓｍＥＶの量又は特性に影響し得る。例えば、本明細書で提供されるｓｍＥＶ調製の方法において、増殖の対数期の開始時に、対数期を通しての中程で且つ／又は静止期増殖に達したら、ｓｍＥＶは例えば培養物から単離され得る。別の例として、本明細書で提供されるｐｍＥＶ調製の方法において、増殖の対数期の開始時に、対数期を通しての中程で且つ／又は静止期増殖に達したら、ｐｍＥＶは例えば培養物から調製され得る。
改変ｍＥＶ
いくつかの実施形態では、本明細書で記載されるｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、治療用部分を含み、それに連結され、且つ／又はそれに結合されように改変されている。
いくつかの実施形態では、治療用部分は癌特異的部分である。いくつかの実施形態では、癌特異的部分は、癌細胞に対する結合特異性を有する（例えば、癌特異的抗原に対する結合特異性を有する）。いくつかの実施形態では、癌特異的部分は抗体又はその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、癌特異的部分はＴ細胞レセプター又はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。いくつかの実施形態では、癌特異的部分は、癌細胞の表面上で発現される受容体のためのリガンド又はその受容体結合断片を含む。いくつかの実施形態では、癌特異的部分は、下記の２つの部分を有する二部融合タンパク質である：細菌に結合しており且つ／又は連結されている第１の部分及び（例えば、癌特異的抗原に対する結合特異性を有することにより）癌細胞に結合し得る第２の部分。いくつかの実施形態では、第１の部分は、ＰＧＲＰ等の完全長ペプチドグリカン認識タンパク質又はその断片である。いくつかの実施形態では、第１の部分は、（例えば、細菌抗原に対する結合特異性を有することにより）ｍＥＶに対する結合特異性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の部分は、抗体又はその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の部分は、Ｔ細胞受容体又はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の部分は、癌細胞の表面上で発現される受容体のためのリガンド又はその受容体結合断片を含む。特定の実施形態では、癌特異的部分とｍＥＶとの共投与（組み合わせ投与又は個別投与のいずれか）により、ｍＥＶの癌細胞への標的化が増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書で記載されるｍＥＶは、磁性部分及び／又は常磁性部分（例えば磁気ビーズ）を含み、それに連結され、且つ／又はそれに結合されるように改変されている。いくつかの実施形態では、磁性部分及び／又は常磁性部分は、細菌に含まれ、且つ／又は細菌に直接連結されている。いくつかの実施形態では、この磁性部分及び／又は常磁性部分は、ｍＥＶに結合するｍＥＶ結合部分に連結され、且つ／又はその一部である。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ結合部分は、ＰＧＲＰ等の完全長ペプチドグリカン認識タンパク質又はその断片である。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ結合部分は、（例えば、細菌抗原に対する結合特異性を有することにより）ｍＥＶに対する結合特異性を有する。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ結合部分は、抗体又はその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ結合部分は、Ｔ細胞受容体又はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ結合部分は、癌細胞の表面上で発現される受容体のためのリガンド又はその受容体結合断片を含む。特定の実施形態では、磁性部分及び／又は常磁性部分とｍＥＶとの共投与（組み合わせ投与又は個別投与のいずれか）を使用して、ｍＥＶの例えば癌細胞及び／又は対象において癌細胞が存在する部分への標的化を増加させ得る。
処理された微生物細胞外小胞（ｐｍＥＶ）の生成
特定の態様では、本明細書に記載されるｐｍＥＶを、当技術分野で公知の任意の方法を使用して調製し得る。
いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶをｐｍＥＶ精製工程なしで調製する。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるｐｍＥＶを放出するオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌を、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌のｐｍＥＶをインタクトのままにする方法を使用して死滅させ、得られたｐｍＥＶを含むオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌成分を、本明細書に記載される方法及び組成物で使用する。いくつかの実施形態では、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、抗生物質を使用して（例えば、本明細書に記載される抗生物質を使用して）死滅させる。いくつかの実施形態では、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌は、ＵＶ照射を使用して死滅させる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるｐｍＥＶを、１つ以上の他のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌成分から精製する。オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌（及び任意選択で他の細菌成分）からｐｍＥＶを精製する方法は、当技術分野で公知である。いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶを、Ｔｈｅｉｎ，ｅｔ ａｌ．（Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．９（１２）：６１３５－６１４７（２０１０））又はＳａｎｄｒｉｎｉ，ｅｔ ａｌ．（Ｂｉｏ－ｐｒｏｔｏｃｏｌ ４（２１）：ｅ１２８７（２０１４））（その各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）で記載される方法を使用してオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌培養物から調製する。いくつかの実施形態では、細菌を高い光学密度まで培養し、次いで（例えば、室温又は４℃において１０，０００～１５，０００×ｇで１０～１５分間）遠心分離して細菌をペレット化する。いくつかの実施形態では、上清を廃棄し、細胞ペレットを－８０℃で凍結させる。いくつかの実施形態では、細胞ペレットを氷上で解凍し、１ｍｇ／ｍＬ ＤＮアーゼＩが補充された１００ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ７．５に再懸濁させる。いくつかの実施形態では、細胞を、製造業者により推奨される条件下でＥｍｕｌｓｉｆｌｅｘ Ｃ－３（Ａｖｅｓｔｉｎ，Ｉｎｃ．）を使用して溶解させる。いくつかの実施形態では、残屑及び未溶解の細胞を、４℃において１０，０００×ｇでの１５分間の遠心分離によりペレット化する。いくつかの実施形態では、次いで、上清を、４℃において１２０，０００×ｇで１時間遠心分離する。いくつかの実施形態では、ペレットを、１００ｍＭの氷冷炭酸ナトリウム、ｐＨ１１に再懸濁させ、４℃で１時間撹拌しつつインキュベートし、次いで、４℃において１２０，０００×ｇで１時間遠心分離する。いくつかの実施形態では、ペレットを、１００ｍＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ７．５に再懸濁させ、４℃において１２０，０００×ｇで２０分間再度遠心分離し、次いで、０．１ＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ７．５又はＰＢＳに再懸濁させる。いくつかの実施形態では、サンプルを、－２０℃で保存する。
特定の態様では、Ｓａｎｄｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ，２０１４から適合された方法によりｐｍＥＶを得る。いくつかの実施形態では、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌培養物を、室温又は４℃において１０，０００～１５，５００×ｇで１０～１５分間遠心分離する。いくつかの実施形態では、細胞ペレットを－８０℃で凍結させ、上清を廃棄する。いくつかの実施形態では、細胞ペレットを氷上で解凍し、０．１ｍｇ／ｍＬのリゾチームが補充された１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ８．０、１ｍＭ ＥＤＴＡに再懸濁させる。いくつかの実施形態では、サンプルを、室温又は３７℃で３０分間混合しつつインキュベートする。いくつかの実施形態では、サンプルを－８０℃で再度凍結させ、氷上で再び解凍する。いくつかの実施形態では、ＤＮアーゼＩを、１．６ｍｇ／ｍＬの最終濃度まで添加し、ＭｇＣｌ２を、１００ｍＭの最終濃度まで添加する。いくつかの実施形態では、サンプルを、３０秒オン及び３０秒オフの７サイクルでＱＳｏｎｉｃａ Ｑ５００超音波処理器を使用して超音波処理する。いくつかの実施形態では、残屑及び未溶解の細胞を、４℃において１０，０００×ｇでの１５分間の遠心分離によりペレット化する。いくつかの実施形態では、次いで、上清を、４℃において１１０，０００×ｇで１５分間遠心分離する。いくつかの実施形態では、ペレットを、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ８．０、２％のＴｒｉｔｏｎ－Ｘ１００に再懸濁させ、室温で混合しつつ３０～６０分間インキュベートする。いくつかの実施形態では、サンプルを、４℃において１１０，０００×ｇで１５分間遠心分離する。いくつかの実施形態では、ペレットを、ＰＢＳに再懸濁させて－２０℃で保存する。
特定の態様では、本明細書に記載される単離されたオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌のｐｍＥＶを形成する（例えば調製する）方法は、（ａ）オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌培養物を遠心分離し、それにより第１のペレット及び第１の上清を形成する工程であって、第１のペレットは、細胞を含む、工程と、（ｂ）第１の上清を廃棄する工程と、（ｃ）第１のペレットを溶液に再懸濁させる工程と、（ｄ）細胞を溶解させる工程と、（ｅ）溶解した細胞を遠心分離し、それにより第２のペレット及び第２の上清を形成する工程と、（ｆ）第２のペレットを廃棄し、第２の上清を遠心分離し、それにより第３のペレット及び第３の上清を形成する工程と、（ｇ）第３の上清を廃棄し、第３のペレットを第２の溶液に再懸濁させ、それにより単離されたオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌のｐｍＥＶを形成する工程とを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、（ｈ）工程（ｇ）の溶液を遠心分離し、それにより第４のペレット及び第４の上清を形成する工程と、（ｉ）第４の上清を廃棄し、第４のペレットを第３の溶液に再懸濁させる工程とをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、（ｊ）工程（ｉ）の溶液を遠心分離し、それにより第５のペレット及び第５の上清を形成する工程と、（ｋ）第５の上清を廃棄し、第５のペレットを第４の溶液に再懸濁させる工程とをさらに含む。
いくつかの実施形態では、工程（ａ）の遠心分離を、１０，０００×ｇで行う。いくつかの実施形態では、工程（ａ）の遠心分離は、１０～１５分間実施する。いくつかの実施形態では、工程（ａ）の遠心分離は、４℃又は室温で実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｂ）は、－８０℃で第１のペレットを凍結させることをさらに含む。いくつかの実施形態では、工程（ｃ）での溶液は、１ｍｇ／ｍｌのＤＮアーゼＩが補充された１００ｍＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ７．５である。いくつかの実施形態では、工程（ｃ）での溶液は、０．１ｍｇ／ｍｌのリゾチームが補充された１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ８．０、１ｍＭ ＥＤＴＡである。いくつかの実施形態では、工程（ｃ）は、３７℃又は室温で３０分間インキュベートすることをさらに含む。いくつかの実施形態では、工程（ｃ）は、－８０℃で第１のペレットを凍結させることをさらに含む。いくつかの実施形態では、工程（ｃ）は、１．６ｍｇ／ｍｌの最終濃度までＤＮアーゼＩを添加することをさらに含む。いくつかの実施形態では、工程（ｃ）は、１００ｍＭの最終濃度までＭｇＣｌ２を添加することをさらに含む。いくつかの実施形態では、細胞を、均質化により工程（ｄ）で溶解させる。いくつかの実施形態では、細胞を、ｅｍｕｌｓｉｆｌｅｘ Ｃ３により工程（ｄ）で溶解させる。いくつかの実施形態では、細胞を、超音波処理により工程（ｄ）で溶解させる。いくつかの実施形態では、細胞を７サイクルで超音波処理し、各サイクルは、３０秒間の超音波処理及び超音波処理なしの３０秒間を含む。いくつかの実施形態では、工程（ｅ）の遠心分離を、１０，０００×ｇで実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｅ）の遠心分離を、１５分間実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｅ）の遠心分離を、４℃又は室温で実施する。
いくつかの実施形態では、工程（ｆ）の遠心分離を、１２０，０００×ｇで実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｆ）の遠心分離を、１１０，０００×ｇで実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｆ）の遠心分離を、１時間実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｆ）の遠心分離を、１５分間実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｆ）の遠心分離を、４℃又は室温で実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｇ）での第２の溶液は、１００ｍＭの炭酸ナトリウム、ｐＨ１１である。いくつかの実施形態では、工程（ｇ）での第２の溶液は、１０ｍＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ ｐＨ８．０、２％のトリトンＸ－１００である。いくつかの実施形態では、工程（ｇ）は、４℃で溶液を１時間インキュベートすることをさらに含む。いくつかの実施形態では、工程（ｇ）は、室温で溶液を３０～６０分間インキュベートすることをさらに含む。いくつかの実施形態では、工程（ｈ）の遠心分離を、１２０，０００×ｇで実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｈ）の遠心分離を、１１０，０００×ｇで実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｈ）の遠心分離を、１時間実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｈ）の遠心分離を、１５分間実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｈ）の遠心分離を、４℃又は室温で実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｉ）での第３の溶液は、１００ｍＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ７．５である。いくつかの実施形態では、工程（ｉ）での第３の溶液は、ＰＢＳである。いくつかの実施形態では、工程（ｊ）の遠心分離を、１２０，０００×ｇで実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｊ）の遠心分離を、２０分間実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｊ）の遠心分離を、４℃又は室温で実施する。いくつかの実施形態では、工程（ｋ）での第４の溶液は、１００ｍＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ７．５又はＰＢＳである。
本明細書で提供される方法によって得られるｐｍＥＶは、限定されるものではないが、スクロース勾配又はＯｐｔｉｐｒｅｐ勾配の使用を含み得る方法を用いて、サイズ排除カラムクロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー及び勾配超遠心分離によってさらに精製することができる。簡単に述べると、スクロース勾配法を用いて、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離が使用されて濾過された上清が濃縮されたら、ペレットを６０％スクロース、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に再懸濁される。濾過を使用して濾過した上清を濃縮する場合、濃縮液が、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラムを用いて、６０％スクロース、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に緩衝液交換される。サンプルは、３５～６０％の不連続スクロース勾配に適用され、４℃で３～２４時間、２００，０００×ｇで遠心分離される。簡単に述べると、Ｏｐｔｉｐｒｅｐ勾配法を用いて、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離の使用により、濾過された上清が濃縮されたら、ペレットがＰＢＳ中、３５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐに再懸濁される。いくつかの実施形態では、濾過を用いて濾過された上清が濃縮されたら、濃縮物が、６０％Ｏｐｔｉｐｒｅｐを用いて３５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐの最終濃度まで希釈される。サンプルは、３５～６０％の不連続スクロース勾配に適用され４℃において２００，０００×ｇで３～２４時間遠心分離される。
いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶ調製物の無菌性及び単離を確認するために、ｐｍＥＶは、試験される細菌の日常的な培養に使用される寒天培地に連続希釈され、日常的な条件を用いてインキュベートされる。非無菌調製物は、インタクトな細胞を排除するために０．２２μｍフィルタに通される。純度をさらに高めるために、単離されたｐｍＥＶを、ＤＮａｓｅ又はプロテイナーゼＫで処理することができる。
いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶ調製物の無菌性は、ｐｍＥＶの生成に使用される細菌の標準培養に使用される寒天培地上にｐｍＥＶの一部を播種し、標準条件を用いてインキュベートすることによって確認することができる。
いくつかの実施形態では、選択されたｐｍＥＶは、クロマトグラフィー及びｐｍＥＶ上の結合表面部分によって単離及び濃縮される。他の実施形態では、選択されたｐｍＥＶは、親和性試薬、化学染料、組換えタンパク質を使用する方法又は当業者に公知の他の方法による蛍光細胞選別によって単離及び／又は濃縮される。
ｐｍＥＶは、例えば、Ｊｅｐｐｅｓｅｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ １７７：４２８（２０１９）で記載されているように、分析することができる。
いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶは、凍結乾燥される。いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶは、（例えば、１７．５又は２５ｋＧｙで）ガンマ線照射される。いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶは、ＵＶ照射される。いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶは、熱不活性化される（例えば、５０℃で２時間又は９０℃で２時間）。いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶは、酸処理される。いくつかの実施形態では、ｐｍＥＶは、酸素スパージングされる（例えば、０．１ｖｖｍで２時間）。
増殖期は、細菌の量又は特性に影響を及ぼす可能性がある。本明細書で提供されるｐｍＥＶの調製方法では、ｐｍＥＶを、対数増殖期の開始時、対数期の途中及び／又は定常増殖期に達した時点で例えば培養物から単離することができる。
分泌された微生物細胞外小胞（ｓｍＥＶ）の生成
特定の態様では、本明細書で説明されているｓｍＥＶを、当技術分野で公知の任意の方法を使用して調製し得る。
いくつかの実施形態では、ｓｍＥＶをｓｍＥＶ精製工程なしで調製する。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載される細菌を、ｓｍＥＶをインタクトのままにする方法を使用して死滅させ、得られたｓｍＥＶを含むオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌成分を、本明細書に記載される方法及び組成物で使用する。いくつかの実施形態では、このオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌を、抗生物質を使用して（例えば、本明細書で説明されている抗生物質を使用して）死滅させる。いくつかの実施形態では、このオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌を、ＵＶ照射を使用して死滅させる。いくつかの実施形態では、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌を加熱により死滅させる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるｓｍＥＶを、１つ以上の他のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌成分から精製する。細菌からｓｍＥＶを精製するための方法は、当技術分野で公知である。いくつかの実施形態では、Ｓ．Ｂｉｎ Ｐａｒｋ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．６（３）：Ｅ１７６２９（２０１１）又はＧ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３（２０１５）又はＪｅｐｐｅｓｅｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ １７７：４２８（２０１９）（その各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）で記載される方法を使用してオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌培養物から調製する。いくつかの実施形態では、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌を高い光学密度まで培養し、次いで（例えば、１０，０００×ｇにおいて４℃で３０分間、１５，５００×ｇにおいて４℃で１５分間）オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌を遠心分離してペレット化する。いくつかの実施形態では、次いで、培養上清をフィルター（例えば、０．２２μｍフィルター）に通して、インタクトの細菌細胞を排除する。いくつかの実施形態では、次いで、上清をタンジェント流濾過にかけ、その間に上清を濃縮し、１００ｋＤａ未満の種を除去し、培地を部分的にＰＢＳと交換する。いくつかの実施形態では、濾過した上清を遠心分離して細菌のｓｍＥＶをペレット化する（例えば、１００，０００～１５０，０００×ｇにおいて４℃で１～３時間、２００，０００×ｇにおいて４℃で１～３時間）。いくつかの実施形態では、得られたｓｍＥＶペレットを（例えば、ＰＢＳに）再懸濁し、再懸濁したｓｍＥＶをＯｐｔｉｐｒｅｐ（ヨージキサノール）勾配又は勾配（例えば、３０～６０％の不連続勾配、０～４５％の不連続勾配）に適用し、続いて遠心分離（例えば、２００，０００×ｇにおいて４℃で４～２０時間）することにより、ｓｍＥＶをさらに精製する。ｓｍＥＶバンドを収集し、ＰＢＳで希釈し、遠心分離してｓｍＥＶをペレット化する（例えば、１５０，０００×ｇにおいて４℃で３時間、２００，０００×ｇにおいて４℃で１時間）。精製されたｓｍＥＶは、使用するまで、例えば－８０℃又は－２０℃で貯蔵することができる。いくつかの実施形態では、ｓｍＥＶは、ＤＮａｓｅ及び／又はプロテイナーゼＫで処理することによりさらに精製される。
例えば、いくつかの実施形態では、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌培養物を、１１，０００×ｇにおいて４℃で２０～４０分間遠心分離し、細菌をペレット化することができる。培養上清を０．２２μｍフィルタに通し、インタクトな細菌細胞を排除し得る。次いで、濾過された上清は、硫酸アンモニウム沈殿、超遠心分離又は濾過を含み得るが、これらに限定されない方法を使用して濃縮され得る。例えば、硫酸アンモニウム沈殿の場合、４℃で撹拌しながら、濾過した上清に、１．５～３Ｍの硫酸アンモニウムをゆっくりと添加することができる。沈殿物を４℃で８～４８時間インキュベートし、次いで１１，０００×ｇにおいて４℃で２０～４０分間遠心分離することができる。得られたペレットには、細菌のｓｍＥＶ及び他の残骸が含まれる。超遠心分離を使用して、濾過した上清を１００，０００～２００，０００×ｇにおいて４℃で１～１６時間遠心分離することができる。この遠心分離のペレットには、細胞のｓｍＥＶ及び大きいタンパク質複合体などの他の残骸が含まれる。いくつかの実施形態では、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａスピンフィルターの使用やタンジェント流濾過などの濾過技術を使用して、分子量が５０又は１００ｋＤａを超える種を保持するように上清を濾過することができる。
代わりに、増殖中のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌培養物から継続的に又は増殖中の選択された時点で、例えばバイオリアクターを交互タンジェント流（ＡＴＦ）システム（例えば、ＲｅｐｌｉｇｅｎのＸＣｅｌｌ ＡＴＦ）に接続することによってｓｍＥＶを入手することができる。ＡＴＦシステムは、バイオリアクター内にインタクトな細胞（＞０．２２μｍ）を保持し、より小さい成分（例えば、ｓｍＥＶ、遊離タンパク質）がフィルタを通過して収集できるようにする。例えば、システムは、＜０．２２μｍの濾液が１００ｋＤａの２番目のフィルタを通過するように構成でき、これにより、０．２２μｍ～１００ｋＤａのｓｍＥＶなどの種を収集し、１００ｋＤａ未満の種をポンプでバイオリアクター内に戻すことができる。代わりに、システムは、培養物の増殖中にバイオリアクター内の培地を補充及び／又は改変できるように構成することができる。この方法によって収集されたｓｍＥＶは、濾過された上清について上記したように、超遠心分離又は濾過によってさらに精製及び／又は濃縮され得る。
本明細書で提供される方法によって得られるｓｍＥＶは、限定されるものではないが、スクロース勾配又はＯｐｔｉｐｒｅｐ勾配の使用を含み得る方法を用いて、サイズ排除カラムクロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー及び勾配超遠心分離によってさらに精製することができる。簡単に述べると、スクロース勾配法を用いて、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離が使用されて濾過された上清が濃縮されたら、ペレットを６０％スクロース、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に再懸濁される。濾過を使用して濾過した上清を濃縮する場合、濃縮液が、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラムを用いて、６０％スクロース、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に緩衝液交換される。サンプルは、３５～６０％の不連続スクロース勾配に適用され、４℃で３～２４時間、２００，０００×ｇで遠心分離される。簡単に述べると、Ｏｐｔｉｐｒｅｐ勾配法を用いて、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離の使用により、濾過された上清が濃縮されたら、ペレットがＰＢＳ中に再懸濁され、３つの体積の６０％Ｏｐｔｉｐｒｅｐがサンプルに添加される。いくつかの実施形態では、濾過を用いて濾過された上清が濃縮されたら、濃縮物が、６０％Ｏｐｔｉｐｒｅｐを用いて３５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐの最終濃度まで希釈される。サンプルは、０～４５％の不連続Ｏｐｔｉｐｒｅｐ勾配に適用され、４℃で３～２４時間、例えば４℃で４～２４時間、２００，０００×ｇで遠心分離される。
いくつかの実施形態では、ｓｍＥＶ調製物の無菌性及び単離を確認するために、ｓｍＥＶは、試験される細菌の日常的な培養に使用される寒天培地に連続希釈され、日常的な条件を用いてインキュベートされる。非無菌調製物は、インタクトな細胞を排除するために０．２２μｍフィルタに通される。純度をさらに高めるために、単離されたｓｍＥＶを、ＤＮａｓｅ又はプロテイナーゼＫで処理することができる。
いくつかの実施形態では、ｉｎ ｖｉｖｏでの注射に使用されるｓｍＥＶの調製について、精製されたｓｍＥＶは前述のように処理される（Ｇ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３（２０１５））。簡単に述べると、スクロース勾配遠心分離後、ｓｍＥＶを含むバンドは、３％スクロースを含む溶液又は当業者に公知のｉｎ ｖｉｖｏでの注射に好適な他の溶液中に５０μｇ／ｍＬの最終濃度まで再懸濁される。この溶液は、アジュバント、例えば０～０．５％（ｗ／ｖ）の濃度の水酸化アルミニウムも含み得る。いくつかの実施形態では、ｉｎ ｖｉｖｏでの注射に使用されるｓｍＥＶの調製のために、ＰＢＳ中のｓｍＥＶは＜０．２２μｍまで滅菌濾過される。
特定の実施形態では、サンプルをさらなるテストと相溶性を持たせるために（例えば、ＴＥＭイメージング又はｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイ前にスクロースを除去するために）、濾過（例えば、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラム）、透析又は超遠心分離（２００，０００×ｇ、≧３時間、４℃）及び再懸濁を使用して、サンプルをＰＢＳ又は３０ｍＭのＴｒｉｓ、ｐＨ８．０中にバッファー交換する。
いくつかの実施形態では、ｓｍＥＶ調製物の無菌性は、ｓｍＥＶの生成に使用される細菌の標準培養に使用される寒天培地上にｓｍＥＶの一部を播種し、標準条件を用いてインキュベートすることによって確認することができる。
いくつかの実施形態では、選択されたｓｍＥＶは、クロマトグラフィー及びｓｍＥＶ上の結合表面部分によって単離及び濃縮される。他の実施形態では、選択されたｓｍＥＶは、親和性試薬、化学染料、組換えタンパク質を使用する方法又は当業者に公知の他の方法による蛍光細胞選別によって単離及び／又は濃縮される。
ｓｍＥＶは、例えば、Ｊｅｐｐｅｓｅｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ １７７：４２８（２０１９）で記載されているように、分析することができる。
いくつかの実施形態では、ｓｍＥＶは、凍結乾燥される。いくつかの実施形態では、ｓｍＥＶは、（例えば、１７．５又は２５ｋＧｙで）ガンマ線照射される。いくつかの実施形態では、ｓｍＥＶは、ＵＶ照射される。いくつかの実施形態では、ｓｍＥＶは、熱不活性化される（例えば、５０℃で２時間又は９０℃で２時間）。いくつかの実施形態では、ｓｍＥＶは、酸処理される。いくつかの実施形態では、ｓｐｍＥＶは、酸素スパージングされる（例えば、０．１ｖｖｍで２時間）。
増殖期は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌及び／又はオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌により産生されるｓｍＥＶの量又は特性に影響を及ぼす可能性がある。例えば、本明細書で提供されるｓｍＥＶの調製方法では、ｓｍＥＶを、対数増殖期の開始時、対数期の途中及び／又は定常増殖期に達した時点で例えば培養物から単離することができる。
増殖環境（培養条件など）は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌によって産生されるｓｍＥＶの量に影響を与える可能性がある。例えば、表３で提供されているように、ｓｍＥＶの収量はｓｍＥＶインデューサによって増加させることができる。
Figure 2023530413000010
本明細書で提供されるｓｍＥＶ調製方法では、方法は、任意選択で、細菌培養物からｓｍＥＶを単離する前に、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌培養物をｓｍＥＶインデューサに曝露することを含み得る。オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌培養物を、対数増殖期の開始時、対数期の途中及び／又は定常増殖期に達した時点でｓｍＥＶインデューサに曝露することができる。
医薬組成物
特定の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）（例えば、ｍＥＶ組成物（例えば、ｓｍＥＶ組成物又はｐｍＥＶ組成物））を含む医薬組成物（例えば、細菌性剤又は細菌組成物）が本明細書で提供される。一部の実施形態において、ｍＥＶ組成物は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）及び／又は本明細書に記載のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の組み合わせと、薬学的に許容される担体と、を含む。一部の実施形態において、ｓｍＥＶ組成物は、ｓｍＥＶ及び／又は本明細書に記載のｓｍＥＶの組み合わせと、薬学的に許容される担体と、を含む。一部の実施形態において、ｐｍＥＶ組成物は、ｐｍＥＶ及び／又は本明細書に記載のｐｍＥＶの組み合わせと、薬学的に許容される担体とを含む。
一部の実施形態において、医薬組成物は、全細菌（例えば、生菌、死滅菌、弱毒化細菌）を実質的に又は全く含まないｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、ｍＥＶと全細菌（例えば、生菌、死滅菌、弱毒化細菌）の両方を含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株の１種以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上）からのｍＥＶを含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、凍結乾燥ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、ガンマ線照射ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む。そのｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、ｍＥＶが単離（例えば、調製）された後にガンマ線照射され得る。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
いくつかの実施形態では、細菌サンプル中に存在するｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）及び／又は細菌の数を定量化するために、電子顕微鏡（例えば、極薄凍結切片のＥＭ）を使用して、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）及び／又は細菌を視覚化し、それらの相対的な数を数えることができる。代わりに、ナノ粒子追跡分析（ＮＴＡ）、Ｃｏｕｌｔｅｒ計数若しくは動的光散乱（ＤＬＳ）又はこれらの技術の組み合わせを使用することができる。ＮＴＡ及びＣｏｕｌｔｅｒ計数器は粒子を計数し、そのサイズを示す。ＤＬＳは粒子の粒度分布を示すが、濃度は示さない。細菌の直径は、多くの場合、１～２μｍ（ミクロン）である。全範囲は０．２～２０μｍである。Ｃｏｕｌｔｅｒ計数とＮＴＡの結果を組み合わせると、所与のサンプル中の細菌及び／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の数を明らかにすることができる。Ｃｏｕｌｔｅｒ計数により、直径が０．７～１０μｍの粒子の数が明らかになる。ほとんどの細菌及び／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）サンプルの場合、Ｃｏｕｌｔｅｒ計数のみでサンプル内の細菌及び／又はｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の数を明らかにできる。ｐｍＥＶの直径は、２０～６００ｎｍである。ＮＴＡの場合、Ｎａｎｏｓｉｇｈｔ機器は、Ｍａｌｖｅｒｎ Ｐａｎａｎｌｙｔｉｃａｌから入手することができる。例えば、ＮＳ３００は、１０～２０００ｎｍのサイズ範囲の懸濁液中の粒子を視覚化及び測定できる。ＮＴＡでは、例えば、直径５０～１０００ｎｍの粒子の数を数えることができる。ＤＬＳは、およそ１ｎｍ～３μｍの範囲内の様々な直径の粒子の分布を明らかにする。
ｍＥＶは、当技術分野で公知の分析方法によって特徴付けることができる（例えば、Ｊｅｐｐｅｓｅｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ １７７：４２８（２０１９））。
いくつかの実施形態では、ｍＥＶは、粒子数に基づいて定量化され得る。例えば、ｍＥＶ調製物の粒子数は、ＮＴＡを使用して測定され得る。
いくつかの実施形態では、ｍＥＶは、タンパク質、脂質又は炭水化物の量に基づいて定量化され得る。例えば、ｍＥＶ調製物の総タンパク質含有量は、ブラッドフォードアッセイ又はＢＣＡアッセイを使用して測定され得る。
いくつかの実施形態では、ｍＥＶは、元の細菌の１つ以上の他の細菌成分から単離される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、他の細菌成分をさらに含む。
特定の実施形態では、元の細菌から得られたｍＥＶ調製物は、亜集団の物理的特性（例えば、サイズ、密度、タンパク質含有量、結合親和性）に基づいて亜集団に分画され得る。次いで、１つ以上のｍＥＶ亜集団を本発明の医薬組成物に組み込むことができる。
一部の実施形態において、医薬組成物は、全ての１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８．１．９、２、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８．２．９、３、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８．３．９、４、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８．４．９、５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８．５．９、６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８．６．９、７、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８．７．９、８、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８．８．９、９、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８．９．９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１×１０３、２×１０３、３×１０３、４×１０３、５×１０３、６×１０３、７×１０３、８×１０３、９×１０３、１×１０４、２×１０４、３×１０４、４×１０４、５×１０４、６×１０４、７×１０４、８×１０４、９×１０４、１×１０５、２×１０５、３×１０５、４×１０５、５×１０５、６×１０５、７×１０５、８×１０５、９×１０５、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１及び／又は１×１０１２個のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶ粒子に対して少なくとも１種類のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌を含む。
いくつかの実施形態では、細菌並びに／又は医薬組成物は、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、４、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、８、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８、８．９、９、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８、９．９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１×１０３、２×１０３、３×１０３、４×１０３、５×１０３、６×１０３、７×１０３、８×１０３、９×１０３、１×１０４、２×１０４、３×１０４、４×１０４、５×１０４、６×１０４、７×１０４、８×１０４、９×１０４、１×１０５、２×１０５、３×１０５、４×１０５、５×１０５、６×１０５、７×１０５、８×１０５、９×１０５、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１及び／若しくは１×１０１２個のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶ粒子毎に約１個のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌を含む。
いくつかの実施形態では、細菌並びに／又は医薬組成物は、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、４、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、８、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８、８．９、９、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８、９．９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１×１０３、２×１０３、３×１０３、４×１０３、５×１０３、６×１０３、７×１０３、８×１０３、９×１０３、１×１０４、２×１０４、３×１０４、４×１０４、５×１０４、６×１０４、７×１０４、８×１０４、９×１０４、１×１０５、２×１０５、３×１０５、４×１０５、５×１０５、６×１０５、７×１０５、８×１０５、９×１０５、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１及び／若しくは１×１０１２個のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶ粒子毎に１個以下のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌を含む。
いくつかの実施形態では、細菌並びに／又は医薬組成物は、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、４、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、８、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８、８．９、９、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８、９．９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１×１０３、２×１０３、３×１０３、４×１０３、５×１０３、６×１０３、７×１０３、８×１０３、９×１０３、１×１０４、２×１０４、３×１０４、４×１０４、５×１０４、６×１０４、７×１０４、８×１０４、９×１０４、１×１０５、２×１０５、３×１０５、４×１０５、５×１０５、６×１０５、７×１０５、８×１０５、９×１０５、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１及び／若しくは１×１０１２個のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌毎に少なくとも１個のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶ粒子を含む。
いくつかの実施形態では、細菌並びに／又は医薬組成物は、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、４、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、８、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８、８．９、９、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８、９．９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１×１０３、２×１０３、３×１０３、４×１０３、５×１０３、６×１０３、７×１０３、８×１０３、９×１０３、１×１０４、２×１０４、３×１０４、４×１０４、５×１０４、６×１０４、７×１０４、８×１０４、９×１０４、１×１０５、２×１０５、３×１０５、４×１０５、５×１０５、６×１０５、７×１０５、８×１０５、９×１０５、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１及び／若しくは１×１０１２個のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌毎に約１個のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶ粒子を含む。
一部の実施形態において、細菌及び／又は医薬組成物は、全ての１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８．１．９、２、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８．２．９、３、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８．３．９、４、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８．４．９、５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８．５．９、６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８．６．９、７、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８．７．９、８、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８．８．９、９、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８．９．９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８．１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８．２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８．３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８．４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８．５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８．６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８．７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８．８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８．９９、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１×１０３、２×１０３、３×１０３、４×１０３、５×１０３、６×１０３、７×１０３、８×１０３、９×１０３、１×１０４、２×１０４、３×１０４、４×１０４、５×１０４、６×１０４、７×１０４、８×１０４、９×１０４、１×１０５、２×１０５、３×１０５、４×１０５、５×１０５、６×１０５、７×１０５、８×１０５、９×１０５、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１及び／又は１×１０１２個のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌に対して、わずか１つのオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶ粒子を含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物中の総粒子の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶである。
一部の実施形態において、医薬組成物における総粒子の１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％以下がオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶである。
一部の実施形態において、医薬組成物における総粒子の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％がオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶである。
一部の実施形態において、医薬組成物における総タンパク質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％がオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶタンパク質である。
一部の実施形態において、医薬組成物における総タンパク質の１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％以下がオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶタンパク質である。
一部の実施形態において、医薬組成物における総タンパク質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％がオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶタンパク質である。
いくつかの実施形態では、医薬組成物中の総脂質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶ脂質である。
いくつかの実施形態では、医薬組成物中の総脂質の１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％以下は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶ脂質である。
いくつかの実施形態では、医薬組成物中の総脂質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｍＥＶ脂質である。
特定の態様において、疾患又は健康障害（例えば、有害な健康障害）（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防に有用なｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物、並びにかかるｍＥＶを製造及び／又は同定する方法、並びに単独で又は他の治療法と組み合わせて、（疾患又は健康障害（例えば、有害な健康障害）（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症又は代謝性疾患）の治療及び／又は予防に）、かかる医薬組成物を使用する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態において、医薬組成物は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）と、全細菌（例えば、生菌、死滅菌、弱毒化細菌）との両方を含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、細菌の非存在下においてｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む。一部の実施形態において、医薬組成物は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）及び／又は細菌を含む。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
特定の態様では、対象（例えば、ヒト対象）への投与のための医薬組成物が提供される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、単回投与単位又は複数回投与形式であり得る最終製品を製造するために、追加の活性物質及び／又は不活性物質と組み合わされている。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、免疫アジュバント（例えば、ＳＴＩＮＧアゴニスト、ＴＬＲアゴニスト、ＮＯＤアゴニスト）などのアジュバントと組み合わされている。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１つの炭水化物を含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１つの脂質を含む。いくつかの実施形態では、脂質は、ラウリン酸（１２：０）、ミリスチン酸（１４：０）、パルミチン酸（１６：０）、パルミトレイン酸（１６：１）、マルガリン酸（１７：０）、ヘプタデセン酸（１７：１）、ステアリン酸（１８：０）、オレイン酸（１８：１）、リノール酸（１８：２）、リノレン酸（１８：３）、オクタデカテトラエン酸（１８：４）、アラキジン酸（２０：０）、エイコセン酸（２０：１）、エイコサジエン酸（２０：２）、エイコサテトラエン酸（２０：４）、エイコサペンタエン酸（２０：５）（ＥＰＡ）、ドコサン酸（２２：０）、ドコセン酸（２２：１）、ドコサペンタエン酸（２２：５）、ドコサヘキサエン酸（２２：６）（ＤＨＡ）及びテトラコサン酸（２４：０）から選択される少なくとも１つの脂肪酸を含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１つの補助的なミネラル又はミネラル源を含む。ミネラルの例として、塩化物、ナトリウム、カルシウム、鉄、クロム、銅、ヨウ素、亜鉛、マグネシウム、マンガン、モリブデン、リン、カリウム及びセレンが挙げられるが、これらに限定されない。上述したミネラルのいずれかの好適な形態として、可溶性のミネラル塩、わずかに可能性のミネラル塩、不溶性のミネラル塩、キレート化ミネラル、ミネラル複合体、非反応性ミネラル（例えばカルボニルミネラル）及び還元ミネラル並びにこれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１つの補助的なビタミンを含む。少なくとも１つのビタミンは、脂溶性又は水溶性のビタミンであり得る。好適なビタミンとして、ビタミンＣ、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＢ１２、ビタミンＫ、リボフラビン、ナイアシン、ビタミンＤ、ビタミンＢ６、葉酸、ピリドキシン、チアミン、パントテン酸及びビオチンが挙げられるが、これらに限定されない。上述のいずれかの好適な形態は、ビタミンの塩、ビタミンの誘導体、ビタミンと同一の又は類似の活性を有する化合物及びビタミンの代謝物である。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、賦形剤を含む。好適な賦形剤の非限定的な例としては、緩衝剤、保存料、安定剤、結合剤、圧縮剤、潤滑剤、分散増強剤、崩壊剤、香味剤、甘味料及び着色剤が挙げられる。
いくつかの実施形態では、賦形剤は、緩衝剤である。適切な緩衝剤の非限定的な例としては、クエン酸ナトリウム、炭酸マグネシウム、重炭酸マグネシウム、炭酸カルシウム及び重炭酸カルシウムが挙げられる。
いくつかの実施形態では、賦形剤は、保存料を含む。適切な保存料の非限定的な例としては、抗酸化剤、例えばα－トコフェロール及びアスコルビン酸塩並びに抗菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール及びフェノールが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、賦形剤として結合剤を含む。適切な結合剤の非限定的な例としては、デンプン、アルファ化デンプン、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、セルロース、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、ポリアクリルアミド、ポリビニルオキソアゾリドン、ポリビニルアルコール、Ｃ１２～Ｃ１８脂肪酸アルコール、ポリエチレングリコール、ポリオール、糖類、オリゴ糖及びこれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、賦形剤として潤滑剤を含む。適切な潤滑剤の非限定的な例としては、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、硬化植物油、ステロテックス、ポリオキシエチレンモノステアレート、タルク、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム及び軽油が挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、賦形剤として分散増強剤を含む。適切な分散剤の非限定的な例としては、デンプン、アルギン酸、ポリビニルピロリドン、グアーガム、カオリン、ベントナイト、精製木材セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、イソアモルファスケイ酸塩及び高ＨＬＢ乳化剤界面活性剤としての微結晶性セルロースが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、賦形剤として崩壊剤を含む。いくつかの実施形態では、崩壊剤は、非発泡性崩壊剤である。適切な非発泡性崩壊剤の非限定的な例としては、デンプン、例えば、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、それらのアルファ化及び加工デンプン、甘味料、粘土、例えば、ベントナイト、微結晶性セルロース、アルギン酸塩、デンプングリコール酸ナトリウム、ガム、例えば、寒天、グアー、イナゴマメ、カラヤ、ペクチン及びトラガントが挙げられる。いくつかの実施形態では、崩壊剤は、発泡性崩壊剤である。好適な発泡性崩壊剤の非限定的な例としては、クエン酸と組み合わせた重炭酸ナトリウム及び酒石酸と組み合わせた重炭酸ナトリウムが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、食品（例えば、食物又は飲料）であり、例えば、健康食品若しくは健康飲料、乳児のための食物若しくは飲料、妊婦、アスリート、高齢者若しくは他の特定の集団のための食物若しくは飲料、機能性食品、飲料、特定の健康用途のための食物若しくは飲料、栄養補助食品、患者のための食物若しくは飲料又は動物の飼料である。上記食物及び飲料の具体例として、様々な飲料、例えばジュース、清涼飲料、茶飲料、飲料調製物、ゼリー飲料及び機能性飲料；アルコール飲料、例えばビール；炭水化物含有食品、例えば米食品、麺類、パン及びパスタ；ペースト製品、例えば魚肉ハム、ソーセージ、シーフードのペースト製品；レトルトパウチ製品、例えばカレー、濃厚なあんかけ食品及び中華スープ；スープ；乳製品、例えば牛乳、乳飲料、アイスクリーム、チーズ及びヨーグルト；発酵製品、例えば発酵味噌、ヨーグルト、発酵飲料及び漬物；豆製品；種々の菓子製品、例えばビスケット、クッキー及び同類のもの、キャンディ、チューインガム、グミ、冷たいデザート、例えばゼリー、クリームキャラメル及び冷凍デザート；インスタント食品、例えばインスタントスープ及びインスタント大豆スープ；電子レンジで調理可能な食品；並びに均等物が挙げられる。さらに、この例として、粉末、顆粒、錠剤、カプセル、液体、ペースト及びゼリーの形態で調製された健康食品及び健康飲料も挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ヒトを含む動物のための食品である。ヒト以外の動物は、特に限定されず、組成物は、種々の家畜、家禽、ペット、実験動物などに使用することができる。動物の具体例としては、ブタ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ニワトリ、野生のアヒル、ダチョウ、アヒル、イヌ、ネコ、ウサギ、ハムスター、マウス、ラット、サルなどが挙げられるが、動物はこれらに限定されるわけではない。
剤形
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、例えば経口投与のための、固体剤形として製剤化することができる。固体剤形は、１つ以上の賦形剤、例えば薬学的に許容される賦形剤を含むことができる。固体剤形中のｍＥＶは、単離ｍＥＶであり得る。任意選択で、固体剤形中のｍＥＶを凍結乾燥することができる。任意選択で、固体剤形中のｍＥＶをガンマ線照射する。固体剤形は、錠剤、ミニタブレット、カプセル、ピル若しくは粉末又はこれらの剤形の組み合わせ（例えば、カプセル内に含まれるミニタブレット）を含むことができる。
固体剤形は、錠剤（例えば、＞４ｍｍ）を含み得る。
固体剤形は、ミニタブレット（例えば、１～４ｍｍサイズのミニタブレット、例えば、２ｍｍミニタブレット又は３ｍｍミニタブレット）を含み得る。
固体剤形は、カプセル、例えばサイズ００、サイズ０、サイズ１、サイズ２、サイズ３、サイズ４又はサイズ５のカプセル；例えば、サイズ０のカプセルを含み得る。
固体剤形は、コーティングを含むことができる。固体剤形は、単層コーティング、例えば、腸溶性コーティング、例えば、オイドラギットベースのコーティング、例えば、ＥＵＤＲＡＧＩＴ Ｌ３０ Ｄ－５５、クエン酸トリエチル及びタルクを含み得る。固体剤形は、２層のコーティングを含み得る。例えば、内側コーティングは、例えば、ＥＵＤＲＡＧＩＴ Ｌ３０ Ｄ－５５、クエン酸トリエチル、タルク、クエン酸無水物及び水酸化ナトリウムを含むことができ、外側コーティングは、例えば、ＥＵＤＲＡＧＩＴ Ｌ３０ Ｄ－５５、クエン酸トリエチル及びタルクも含み得る。ＥＵＤＲＡＧＩＴは、様々なポリメタクリレートを基材とするコポリマーの商標名である。これには、メタクリル酸及びメタクリル酸／アクリル酸エステル又はそれらの誘導体を基材とするアニオン性、カチオン性及び中性コポリマーが含まれる。オイドラギットは、ガラス転移温度が９～＞１５０℃の非晶質ポリマーである。オイドラギットは、非生分解性、非吸収性、非毒性である。アニオン性オイドラギットＬは、ｐＨ＞６で溶解し、腸溶性コーティングに使用されるのに対し、ｐＨ＞７で可溶性のオイドラギットＳは、結腸ターゲティングに使用される。第４級アンモニウム基を有するオイドラギットＲＬ及びＲＳは、水不溶性であるが、徐放性フィルムコーティング用途に適した膨潤性／透過性ポリマーである。ｐＨ≧５で不溶性のカチオン性オイドラギットＥは、唾液中の薬物放出を防ぐことができる。
固体剤形（例えば、カプセル）は、単層コーティング、例えば、ＨＰＭＣ（ヒドロキシルプロピルメチルセルロース）又はゼラチンなどの非腸溶性コーティングを含むことができる。
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、例えば、経口投与又は注射のための懸濁液として製剤化することができる。注射による投与には、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、腫瘍内（ＩＴ）及び皮下（ＳＣ）投与が含まれる。懸濁液の場合、ｍＥＶは、バッファー、例えば薬学的に許容されるバッファー、例えば生理食塩水又はＰＢＳ中に存在し得る。懸濁液は、１種以上の賦形剤、例えば、薬学的に許容される賦形剤を含むことができる。懸濁液は、例えば、スクロース又はグルコースを含むことができる。懸濁液中のｍＥＶは、単離ｍＥＶであり得る。任意選択で、懸濁液中のｍＥＶを凍結乾燥することができる。任意選択で、懸濁液中のｍＥＶをガンマ線照射することができる。
投与量
いくつかの実施形態では、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌由来のｍＥＶの用量は、約１×１０１１～約１×１０１４粒子である（例えば、ここで、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）。
さらなる例として、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌由来のｍＥＶは、例えば、ＮＴＡによって測定されて例えば約１×１０７～約１×１０１５粒子の用量で投与することができる。いくつかの実施形態では、ｍＥＶの用量は、約１×１０５～約７×１０１３粒子である（例えば、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）。いくつかの実施形態では、オシロスピラ・マシリエンシス（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）菌由来のｍＥＶの用量は、約１×１０１０～約７×１０１３粒子である（例えば、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）。
別の例として、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌由来のｍＥＶは、例えば、ブラッドフォードアッセイによって測定されて例えば約５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質の用量で投与することができる。別の例として、オシロスピラ・マシリエンシス（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）菌由来のｍＥＶは、例えば、ＢＣＡアッセイによって測定されて例えば約５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質の用量で投与することができる。
オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶは、例えば、ＮＴＡによって測定されて例えば約１×１０７～約１×１０１５粒子の用量で投与することができる。いくつかの実施形態では、ｍＥＶの用量は、約１×１０５～約７×１０１３粒子である（例えば、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）。いくつかの実施形態では、細菌由来のｍＥＶの用量は、約１×１０１０～約７×１０１３粒子である（例えば、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）。いくつかの実施形態では、細菌由来のｍＥＶの用量は、約１×１０１１～約１×１０１４粒子である（例えば、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）。
別の例として、オシロスピラ・マシリエンシス（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）由来のｍＥＶは、例えば、ブラッドフォードアッセイによって測定されて例えば約５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質の用量で投与することができる。別の例として、細菌由来のｍＥＶは、例えば、ＢＣＡアッセイによって測定されて例えば約５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質の用量で投与することができる。
ヒト対象への経口投与については、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の用量は、例えば、約２×１０６～約２×１０１６粒子であり得る。用量は、例えば、約１×１０７～約１×１０１５、約１×１０８～約１×１０１４、約１×１０９～約１×１０１３、約１×１０１０～約１×１０１４又は約１×１０８～約１×１０１２粒子であり得る。用量は、例えば約２×１０６、約２×１０７、約２×１０８、約２×１０９、約１×１０１０、約２×１０１０、約２×１０１１、約２×１０１２、約２×１０１３、約２×１０１４又は約１×１０１５粒子であり得る。用量は、例えば約２×１０１４粒子であり得る。用量は、例えば約２×１０１２粒子であり得る。用量は、例えば約２×１０１０粒子であり得る。用量は、例えば約１×１０１０粒子であり得る。粒子数は、例えばＮＴＡによって決定され得る。
ヒト対象への経口投与の場合、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の用量は、例えば、総タンパク質に基づくことができる。上記用量は、例えば、約５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質であり得る。上記用量は、例えば、約２０ｍｇ～約８００ｍｇ、約５０ｍｇ～約７００ｍｇ、約７５ｍｇ～約６００ｍｇ、約１００ｍｇ～約５００ｍｇ、約２５０ｍｇ～約７５０ｍｇ又は約２００ｍｇ～約５００ｍｇの総タンパク質であり得る。上記用量は、例えば、約１０ｍｇ、約２５ｍｇ、約５０ｍｇ、約７５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ又は約７５０ｍｇの総タンパク質であり得る。総タンパク質は、例えば、ブラッドフォードアッセイ又はＢＣＡアッセイにより決定することができる。
ヒト対象への注射による投与（例えば、静脈内投与）の場合、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の用量は、例えば、約１×１０６～約１×１０１６粒子であり得る。上記用量は、例えば、約１×１０７～約１×１０１５、約１×１０８～約１×１０１４、約１×１０９～約１×１０１３、約１×１０１０～約１×１０１４又は約１×１０８～約１×１０１２粒子であり得る。上記用量は、例えば、約２×１０６、約２×１０７、約２×１０８、約２×１０９、約１×１０１０、約２×１０１０、約２×１０１１、約２×１０１２、約２×１０１３、約２×１０１４又は約１×１０１５粒子であり得る。上記用量は、例えば、約１×１０１５粒子であり得る。上記用量は、例えば、約２×１０１４粒子であり得る。上記用量は、例えば、約２×１０１３粒子であり得る。上記用量は、例えば、約１×１０１１～約１×１０１４粒子であり得る。上記用量は、例えば、約１×１０１１粒子であり得る。上記用量は、例えば、約１×１０１２粒子であり得る。上記用量は、例えば、約１×１０１３粒子であり得る。上記用量は、例えば、約１×１０１４粒子であり得る。粒子数は、例えば、ＮＴＡにより決定することができる。
注射による投与（例えば、静脈内投与）の場合、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の用量は、例えば、約５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質であり得る。上記用量は、例えば、約２０ｍｇ～約８００ｍｇ、約５０ｍｇ～約７００ｍｇ、約７５ｍｇ～約６００ｍｇ、約１００ｍｇ～約５００ｍｇ、約２５０ｍｇ～約７５０ｍｇ又は約２００ｍｇ～約５００ｍｇの総タンパク質であり得る。上記用量は、例えば、約１０ｍｇ、約２５ｍｇ、約５０ｍｇ、約７５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ又は約７５０ｍｇの総タンパク質であり得る。上記用量は、例えば、約７００ｍｇの総タンパク質であり得る。上記用量は、例えば、約３５０ｍｇの総タンパク質であり得る。上記用量は、例えば、約１７５ｍｇの総タンパク質であり得る。総タンパク質は、例えば、ブラッドフォードアッセイ又はＢＣＡアッセイにより決定することができる。
ガンマ線照射
粉末（例えば、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）は、周囲温度で１７．５ｋＧｙ放射線単位でガンマ線照射することができる。
凍結バイオマス（例えば、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど））は、ドライアイスの存在下、２５ｋＧｙ放射線単位でガンマ線照射することができる。
追加の治療薬
特定の態様では、本明細書で提供される方法は、単独又は追加の治療薬との組み合わせのいずれかでの、本明細書で記載される医薬組成物の対象への投与を含む。いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、癌治療薬である。
いくつかの実施形態では、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、追加の治療薬が投与される前（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３若しくは２４時間前又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０日前）に対象に投与される。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、追加の治療薬が投与された後（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３若しくは２４時間後又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０日後）に対象に投与される。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物と、追加の治療薬は、同時に又はほぼ同時に対象に投与される（例えば、投与は、互いに１時間以内に行われる）。
いくつかの実施形態では、抗生物質は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物が対象に投与される前（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３若しくは２４時間前又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０日前）に、対象に投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物が対象に投与された後（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３時間若しくは２４時間前又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０日後）に、対象に投与される。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物と、抗生物質は、同時に又はほぼ同時に対象に投与される（例えば、投与は、互いに１時間以内に行われる）。
いくつかの実施形態では、追加の治療薬は癌治療薬である。いくつかの実施形態では、癌治療薬は化学療法薬である。そのような化学療法剤の例としては、限定されるものではないが、アルキル化剤、例えばチオテパ及びシクロホスファミド；アルキルスルホン酸塩、例えばブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン；アジリジン、例えばベンゾドパ、カルボコン、メツレドーパ及びウレドパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド及びトリメチロメラミンを含むエチレンイミン及びメチルアメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ－１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ－２１８９及びＣＢ１－ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン及びラニムヌスチン；抗生物質、例えばエンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンγ１及びカリケアマイシンω１；ダイネマイシンＡを含むダイネマイシン；ビスホスホネート、例えばクロドロネート；エスペラマイシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラルナイシン（ａｕｔｈｒａｒｎｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノ－ドキソルビシン、シアノモルホリノ－ドキソルビシン、２－ピロリノ－ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えばマイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えばメトトレキサート及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）；葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリン類似体、例えばフルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充剤、例えばフォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルホルミチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド、例えばメイタンシン及びアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２－エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’’－トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ－２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアンギジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えばパクリタキセル及びドキセタキセル；クロラムブシル；ゲムシタビン；６－チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金配位錯体、例えばシスプラチン、オキサリプラチン及びカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ－１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（例えば、ＣＰＴ－１１）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ ２０００；ジフルオロメチルオミチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えばレチノイン酸；カペシタビン；及び上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体が挙げられる。
いくつかの実施形態では、癌治療薬は癌免疫療法剤である。免疫療法は、対象の免疫系を使用して癌を処置する処置法、例えばチェックポイント阻害剤、癌ワクチン、サイトカイン、細胞療法、ＣＡＲ－Ｔ細胞及び樹状細胞療法を指す。免疫療法の非限定的な例は、ニボルマブ（ＢＭＳ、抗ＰＤ－１）、ペンブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ、抗ＰＤ－１）、イピリムマブ（ＢＭＳ、抗ＣＴＬＡ－４）、ＭＥＤＩ４７３６（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、抗ＰＤ－Ｌ１）及びＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ、抗－ＰＤ－Ｌ１）を含むチェックポイント阻害剤である。他の免疫療法は、腫瘍ワクチン、例えばガーダシル、サーバリックス、ＢＣＧ、シプリューセル－Ｔ、Ｇｐ１００：２０９－２１７、ＡＧＳ－００３、ＤＣＶａｘ－Ｌ、Ａｌｇｅｎｐａｎｔｕｃｅｌ－Ｌ、Ｔｅｒｇｅｎｐａｎｔｕｃｅｌ－Ｌ、ＴＧ４０１０、ＰｒｏｓｔＡｔａｋ、Ｐｒｏｓｔｖａｃ－Ｖ／Ｒ－ＴＲＩＣＯＭ、Ｒｉｎｄｏｐｅｐｉｍｕｌ、Ｅ７５酢酸ペプチド、ＩＭＡ９０１、ＰＯＬ－１０３Ａ、Ｂｅｌａｇｅｎｐｕｍａｔｕｃｅｌ－Ｌ、ＧＳＫ１５７２９３２Ａ、ＭＤＸ－１２７９、ＧＶ１００１及びＴｅｃｅｍｏｔｉｄｅであり得る。免疫療法は、注射によって（例えば、静脈内、腫瘍内、皮下又はリンパ節の中に）投与され得るが、経口、局所又はエアロゾルによっても投与され得る。免疫療法は、アジュバント、例えばサイトカインを含み得る。
いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。免疫チェックポイント阻害は、免疫応答を予防又は下方制御するために癌細胞が生成できるチェックポイントを広く阻害することを指す。免疫チェックポイントタンパク質の例としては、限定されるものではないが、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＴＩＭ－３又はＶＩＳＴＡが挙げられる。免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントタンパク質に結合してそれを阻害する抗体又はその抗原結合断片であり得る。免疫チェックポイント阻害剤の例としては、限定されるものではないが、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ－２２４、ＡＭＰ－５１４、ＳＴＩ－Ａ１１１０、ＴＳＲ－０４２、ＲＧ－７４４６、ＢＭＳ－９３６５５９、ＭＥＤＩ－４７３６、ＭＳＢ－００１０７１８Ｃ（アベルマブ）、ＡＵＲ－０１２及びＳＴＩ－Ａ１０１０が挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ－４阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗体である。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法は、１つ以上の追加の治療薬との組み合わせでの、本明細書に記載される医薬組成物の投与を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される方法は、２つの免疫治療薬（例えば免疫チェックポイント阻害剤）の投与を含む。例えば、本明細書で提供される方法は、ＰＤ－１阻害剤（ペムブロリズマブ又はニボルマブ又はピジリズマブなど）又はＣＬＴＡ－４阻害剤（イピリムマブなど）又はＰＤ－Ｌ１阻害剤との組み合わせでの、本明細書に記載される医薬組成物の投与を含む。
いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、例えば癌関連抗原に結合する抗体又はその抗原結合断片である。癌関連抗原の例としては、限定されるものではないが、アディポフィリン、ＡＩＭ－２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α－アクチニン－４、α－フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ－ＲＡＦ、ＢＡＧＥ－１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ－ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β－カテニン、ＢＩＮＧ－４、ＣＡ－１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ－５、ＣＡＳＰ－８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ－１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリンＡｌ、ｄｅｋ－ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ－ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６－ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３－ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ－１、２、８、ＧＡＧＥ－３、４、５、６、７、ＧＡＳ７、グリピカン－３、ＧｎＴＶ、ｇｐ１００／Ｐｍｅｌ１７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ－２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ－Ｋ－ＭＥＬ、ＨＬＡ－Ａ１１、ＨＬＡ－Ａ２、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ｈｓｐ７０－２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒａｌｐｈａ２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ－ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ－ＬＣ－１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ－ＨＮ－１、ＣＣＤＣ１１０としても知られるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ－１、ＬＤＬＲ－フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、Ｌｅｎｇｓｉｎ、Ｍ－ＣＳＦ、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ｃ１、ＭＡＧＥ－Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン－Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ－２、ＭＥ１、メラン－Ａ／ＭＡＲＴ－１、Ｍｅｌｏｅ、ミッドカイン、ＭＭＰ－２、ＭＭＰ－７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ－１、ＭＵＭ－２、ＭＵＭ－３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ－ｒａｗ、ＮＡ８８－Ａ、ｎｅｏ－ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ－ＢＲ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１／ＬＡＧＥ－２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ－９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ－ＲＡＲａｌｐｈａ融合タンパク質、多型上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ－ＭＥＬ－１、ＲＡＧＥ－１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、ｓｅｃｅｒｎｉｎ １、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ－２、ＳＳＸ－４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ－ＳＳＸ１又は－ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ－１、ＴＡＧ－２、テロメラーゼ、ＴＧＦ－βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ－３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ－１／ｇｐ７５、ＴＲＰ－２、ＴＲＰ２－ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、ＸＡＧＥ－１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａが挙げられる。いくつかの実施形態では、抗原はネオ抗原である。
いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、癌ワクチン及び／又は癌ワクチンの成分（例えば、抗原ペプチド及び／又はタンパク質）である。癌ワクチンは、タンパク質ワクチン、核酸ワクチン又はそれらの組み合わせであり得る。例えば、いくつかの実施形態では、癌ワクチンは、癌関連抗原のエピトープを含むポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、癌ワクチンは、癌関連抗原のエピトープをコードする核酸（例えば、ＤＮＡ又はｍＲＮＡなどのＲＮＡ）を含む。癌関連抗原の例としては、限定されるものではないが、アディポフィリン、ＡＩＭ－２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α－アクチニン－４、α－フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ－ＲＡＦ、ＢＡＧＥ－１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ－ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β－カテニン、ＢＩＮＧ－４、ＣＡ－１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ－５、ＣＡＳＰ－８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ－１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリン－Ａ１、ｄｅｋ－ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ－ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６－ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３－ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ－１，２，８、ＧＡＧＥ－３，４，５，６，７、ＧＡＳ７、グリピカン－３、ＧｎＴＶ、ｇｐ１００／Ｐｍｅｌ１７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ－２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ－Ｋ－ＭＥＬ、ＨＬＡ－Ａ１１、ＨＬＡ－Ａ２、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ｈｓｐ７０－２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒα２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ－ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ－ＬＣ－１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ－ＨＮ－１、ＣＣＤＣ１１０としても既知であるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ－１、ＬＤＬＲ－フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、レングシン（Ｌｅｎｇｓｉｎ）、Ｍ－ＣＳＦ、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ｃ１、ＭＡＧＥ－Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン－Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ－２、ＭＥ１、メラン－Ａ／ＭＡＲＴ－１、メロエ（Ｍｅｌｏｅ）、ミッドカイン、ＭＭＰ－２、ＭＭＰ－７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ－１、ＭＵＭ－２、ＭＵＭ－３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ－ｒａｗ、ＮＡ８８－Ａ、ネオ－ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ－ＢＲ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１／ＬＡＧＥ－２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ－９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ－ＲＡＲα融合タンパク質、多形性上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ－ＭＥＬ－１、ＲＡＧＥ－１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、セセルニン（ｓｅｃｅｒｎｉｎ）１、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ－２、ＳＳＸ－４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ－ＳＳＸ１又は－ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ－１、ＴＡＧ－２、テロメラーゼ、ＴＧＦ－βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ－３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ－１／ｇｐ７５、ＴＲＰ－２、ＴＲＰ２－ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、ＸＡＧＥ－１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａが挙げられる。いくつかの実施形態では、この抗原はネオ抗原である。いくつかの実施形態では、癌ワクチンをアジュバントと共に投与する。アジュバントの例としては、限定されるものではないが、免疫調節タンパク質、アジュバント６５、α－ＧａｌＣｅｒ、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸カルシウム、β－グルカンペプチド、ＣｐＧ ＯＤＮ ＤＮＡ、ＧＰＩ－０１００、脂質Ａ、リポ多糖、リポバント（Ｌｉｐｏｖａｎｔ）、モンタニド、Ｎ－アセチル－ムラミル－Ｌ－アラニル－Ｄ－イソグルタミン、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、キル（ｑｕｉｌ）Ａ、コレラ毒素（ＣＴ）及び腸内毒素原性エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）（ＬＴ）由来の熱不安定性毒素、例えばこれらの誘導体（ＣＴＢ、ｍｍＣＴ、ＣＴＡ１－ＤＤ、ＬＴＢ、ＬＴＫ６３、ＬＴＲ７２、ｄｍＬＴ）並びにトレハロースジミコレートが挙げられる。
いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、対象に対する免疫調節タンパク質である。いくつかの実施形態では、免疫調節タンパク質はサイトカイン又はケモカインである。免疫調節タンパク質の例としては、限定されるものではないが、Ｂリンパ球化学誘引物質（「ＢＬＣ」）、Ｃ－Ｃモチーフケモカイン１１（「エオタキシン－１」）、好酸球走化性タンパク質２（「エオタキシン－２」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ－ＣＳＦ」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ－ＣＳＦ」）、１－３０９、細胞間接着分子１（「ＩＣＡＭ－１」）、インターフェロンα（「ＩＦＮ－α」）、インターフェロンβ（「ＩＦＮ－β」）インターフェロンγ（「ＩＦＮ－γ」）、インターロイキン－１α（「ＩＬ－１α」、インターロイキン－１β（「ＩＬ－１β」、インターロイキン１受容体アンタゴニスト（「ＩＬ－１ ｒａ」）、インターロイキン－２（「ＩＬ－２」）、インターロイキン－４（「ＩＬ－４」）、インターロイキン－５（「ＩＬ－５」）、インターロイキン－６（「ＩＬ－６」）、インターロイキン－６可溶性受容体（「ＩＬ－６ ｓＲ」）、インターロイキン－７（「ＩＬ－７」）、インターロイキン－８（「ＩＬ－８」）、インターロイキン－１０（「ＩＬ－１０」）、インターロイキン－１１（「ＩＬ－１１」）、インターロイキン－１２のサブユニットβ（「ＩＬ－１２ ｐ４０」又は「ＩＬ－１２ ｐ７０」）、インターロイキン－１３（「ＩＬ－１３」）、インターロイキン－１５（「ＩＬ－１５」）、インターロイキン－１６（「ＩＬ－１６」）、インターロイキン－１７Ａ－Ｆ（「ＩＬ－１７Ａ－Ｆ」）、インターロイキン－１８（「ＩＬ－１８」）、インターロイキン－２１（「ＩＬ－２１」）、インターロイキン－２２（「ＩＬ－２２」）、インターロイキン－２３（「ＩＬ－２３」）、インターロイキン－３３（「ＩＬ－３３」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＣＰ－１」）、マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ－ＣＳＦ」）、γインターフェロンによって誘導されるモノカイン（「ＭＩＧ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＩＰ－１α」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド４（「ＭＩＰ－１β」）、マクロファージ炎症性タンパク質－１－δ（「ＭＩＰ－１δ」）、血小板由来成長因子サブユニットＢ（「ＰＤＧＦ－ＢＢ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド５、活性化制御により発現され、分泌される正常Ｔ細胞（「ＲＡＮＴＥＳ」）、ＴＩＭＰメタロペプチダーゼ阻害剤１（「ＴＩΜΡ－１」）、ＴＩΜΡメタロペプチダーゼ阻害剤２（「ＴＩＭＰ－２」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン－α（「ＴＮＦα」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン－β（「ＴＮＦβ」）、可溶性１型ＴＮＦ受容体（「ｓＴＮＦＲＩ」）、ｓＴＮＦＲＩＩＡＲ、脳由来神経栄養因子（「ＢＤＮＦ」）、塩基性線維芽細胞成長因子（「ｂＦＧＦ」）、骨形成タンパク質４（「ＢＭＰ－４」）、骨形成タンパク質５（「ＢＭＰ－５」）、骨形成タンパク質７（「ＢＭＰ－７」）、神経成長因子（「ｂ－ＮＧＦ」）、上皮成長因子（「ＥＧＦ」）、上皮成長因子受容体（「ＥＧＦＲ」）、内分泌腺由来血管内皮成長因子（「ＥＧ－ＶＥＧＦ」）、線維芽細胞成長因子４（「ＦＧＦ－４」）、ケラチノサイト成長因子（「ＦＧＦ－７」）、成長分化因子１５（「ＧＤＦ－１５」）、グリア細胞由来神経栄養因子（「ＧＤＮＦ」）、成長ホルモン、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（「ＨＢ－ＥＧＦ」）、肝細胞成長因子（「ＨＧＦ」）、インスリン様成長因子結合タンパク質１（「ＩＧＦＢＰ－１」）、インスリン様成長因子結合タンパク質２（「ＩＧＦＢＰ－２」）、インスリン様成長因子結合タンパク質３（「ＩＧＦＢＰ－３」）、インスリン様成長因子結合タンパク質４（「ＩＧＦＢＰ－４」）、インスリン様成長因子結合タンパク質６（「ＩＧＦＢＰ」－６」）、インスリン様成長因子１（「ＩＧＦ－１」）、インスリン、マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ－ＣＳＦ Ｒ」）、神経成長因子受容体（「ＮＧＦ Ｒ」）、ニューロトロフィン－３（「ＮＴ－３」）、ニューロトロフィン－４（「ＮＴ－４」）、破骨細胞形成抑制因子（「オステオプロテグリン」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ－ＡＡ」）、ホスファチジルイノシトール－グリカン生合成（「ＰＩＧＦ」）、Ｓｋｐ、カリン、Ｆ－ボックス含有複合体（「ＳＣＦ」）、幹細胞因子受容体（「ＳＣＦ Ｒ」）、形質転換成長因子α（「ＴＧＦα」）、形質転換成長因子β－１（「ＴＧＦβ１」）、形質転換成長因子β３（「ＴＧＦβ３」）、血管内皮成長因子（「ＶＥＧＦ」）、血管内皮成長因子受容体２（「ＶＥＧＦＲ２」）、血管内皮成長因子受容体３（「ＶＥＧＦＲ３」）、ＶＥＧＦ－Ｄ ６Ｃｋｉｎｅ、チロシン－プロテインキナーゼ受容体ＵＦＯ（「Ａｘｌ」）、ベータセルリン（「ＢＴＣ」）、粘膜関連上皮ケモカイン（「ＣＣＬ２８」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２７（「ＣＴＡＣＫ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＣＸＣＬ１６」）、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカイン５（「ＥＮＡ－７８」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２６（「エオタキシン－３」）、顆粒球走化性タンパク質２（「ＧＣＰ－２」）、ＧＲＯ、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＨＣＣ－１」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＨＣＣ－４」）、インターロイキン－９（「ＩＬ－９」）、インターロイキン－１７Ｆ（「ＩＬ－１７Ｆ」）、インターロイキン－１８結合タンパク質（「ＩＬ－１８ ＢＰａ」）、インターロイキン－２８Ａ（「ＩＬ－２８Ａ」）、インターロイキン２９（「ＩＬ－２９」）、インターロイキン３１（「ＩＬ－３１」）、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカイン１０（「ＩＰ－１０」）、ケモカイン受容体ＣＸＣＲ３（「Ｉ－ＴＡＣ」）、白血病抑制因子（「ＬＩＦ」）、Ｌｉｇｈｔ、ケモカイン（Ｃモチーフ）リガンド（「リンホタクチン」）、単球化学誘引物質タンパク質２（「ＭＣＰ－２」）、単球化学誘引物質タンパク質３（「ＭＣＰ－３」）、単球化学誘引物質タンパク質４（「ＭＣＰ－４」）、マクロファージ由来ケモカイン（「ＭＤＣ」）、マクロファージ遊走阻止因子（「ＭＩＦ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２０（「ＭＩＰ－３α」）、Ｃ－Ｃモチーフケモカイン１９（「ＭＩＰ－３β」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２３（「ＭＰＩＦ－１」）、マクロファージ刺激タンパク質α鎖（「ＭＳＰα」）、ヌクレオソームアセンブリタンパク質１様４（「ＮＡＰ－２」）、分泌リンタンパク質１（「オステオポンチン」）、肺及び活性化調節サイトカイン（「ＰＡＲＣ」）、血小板因子４（「ＰＦ４」）、ストロマ細胞由来因子１α（「ＳＤＦ－１α」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド１７（「ＴＡＲＣ」）、胸腺発現ケモカイン（「ＴＥＣＫ」）、胸腺間質リンホポエチン（「ＴＳＬＰ４－ＩＢＢ」）、ＣＤ１６６抗原（「ＡＬＣＡＭ」）、分化クラスター８０（「Ｂ７－１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１７（「ＢＣＭＡ」）、分化クラスター１４（「ＣＤ１４」）、分化クラスター３０（「ＣＤ３０」）、分化クラスター４０（「ＣＤ４０リガンド」）、癌胎児性抗原関連細胞接着分子１（胆汁糖タンパク質）（「ＣＥＡＣＡＭ－１」）、死受容体６（「ＤＲ６」）、デオキシチミジンキナーゼ（「Ｄｔｋ」）、１型膜糖タンパク質（「エンドグリン」）、受容体チロシン－プロテインキナーゼｅｒｂＢ－３（「ＥｒｂＢ３」）、内皮－白血球接着分子１（「Ｅ－セレクチン」）、アポトーシス抗原１（「Ｆａｓ」）、Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３（「Ｆｌｔ－３Ｌ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１（「ＧＩＴＲ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１４（「ＨＶＥＭ」）、細胞間接着分子３（「ＩＣＡＭ－３」）、ＩＬ－１ Ｒ４、ＩＬ－１ ＲＩ、ＩＬ－１０ Ｒβ、ＩＬ－１７Ｒ、ＩＬ－２Ｒγ、ＩＬ－２１Ｒ、リソソーム膜タンパク質２（「ＬＩＭＰＩＩ」）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（「リポカリン－２」）、ＣＤ６２Ｌ（「Ｌ－セレクチン」）、リンパ管内皮（「ＬＹＶＥ－１」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ａ（「ＭＩＣＡ」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ｂ（「ＭＩＣＢ」）、ＮＲＧｌ－βｌ、β型血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ Ｒβ」）、血小板内皮細胞接着分子（「ＰＥＣＡＭ－１」）、ＲＡＧＥ、Ａ型肝炎ウイルス細胞受容体１（「ＴＩΜ－１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバーＩＯＣ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ３」）、Ｔｒａｐｐｉｎタンパク質トランスグルタミナーゼ結合ドメイン（「Ｔｒａｐｐｉｎ－２」）、ウロキナーゼ受容体（「ｕＰＡＲ」）、血管細胞接着タンパク質１（「ＶＣＡＭ－１」）、ＸＥＤＡＲＡｃｔｉｖｉｎ Ａ、アグーチ関連タンパク質（「ＡｇＲＰ」）、リボヌクレアーゼ５（「アンジオゲニン」）、アンジオポエチン１、アンジオスタチン、カテプリンＳ、ＣＤ４０、潜在性ファミリータンパク質ＩＢ（「Ｃｒｉｐｔｏ－１」）、ＤＡＮ、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質１（「ＤＫＫ－１」）、Ｅ－カドヘリン、上皮細胞接着分子（「ＥｐＣＡＭ」）、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ又はＣＤ９５Ｌ）、Ｆｃｇ ＲＩＩＢ／Ｃ、フォリスタチン（ＦｏＵｉｓｔａｔｉｎ）、ガレクチン－７、細胞間接着分子２（「ＩＣＡＭ－２」）、ＩＬ－１３Ｒ１、ＩＬ－１３Ｒ２、ＩＬ－１７Ｂ、ＩＬ－２Ｒａ、ＩＬ－２Ｒｂ、ＩＬ－２３、ＬＡＰ、神経細胞接着分子（「ＮｒＣＡＭ」）、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤－１（「ＰＡＩ－１」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ－ＡＢ」）、レジスチン、ストロマ細胞由来因子１（「ＳＤＦ－１β」）、ｓｇｐｌ３０、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質２（「ＳｈｈＮ」）、シアル酸結合免疫グロブリン型レクチン（「Ｓｉｇｌｅｃ－５」）、ＳＴ２、形質転換成長因子－β２（「ＴＧＦβ２」）、Ｔｉｅ－２、トロンボポエチン（「ＴＰＯ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ｄ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ４」）、骨髄細胞に発現されるトリガー受容体１（「ＴＲＥＭ－１」）、血管内皮成長因子Ｃ（「ＶＥＧＦ－Ｃ」）、ＶＥＧＦＲｌアディポネクチン、アジプシン（「ＡＮＤ」）、α－フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、アンジオポエチン様４（「ＡＮＧＰＴＬ４」）、β－２－ミクログロブリン（「Ｂ２Ｍ」）、基底細胞接着分子（「ＢＣＡＭ」）、糖鎖抗原１２５（「ＣＡ１２５」）、癌抗原１５－３（「ＣＡ１５－３」）、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ｃＡＭＰ受容体タンパク質（「ＣＲＰ」）、ヒト上皮成長因子受容体２（「ＥｒｂＢ２」）、フォリスタチン、卵胞刺激ホルモン（「ＦＳＨ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（「ＧＲＯα」）、ヒト絨毛性ゴナドトロピン（「βＨＣＧ」）、インスリン様成長因子１受容体（「ＩＧＦ－ｌ ｓＲ」）、ＩＬ－１ ｓＲＩＩ、ＩＬ－３、ＩＬ－１８ Ｒｂ、ＩＬ－２１、レプチン、マトリックスメタロプロテイナーゼ－１（「ＭＭＰ－１」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－２（「ＭＭＰ－２」）、
マトリックスメタロプロテイナーゼ－３（「ＭＭＰ－３」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－８（「ＭＭＰ－８」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－９（「ＭＭＰ－９」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－１０（「ＭＭＰ－１０」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－１３（「ＭＭＰ－１３」）、神経細胞接着分子（「ＮＣＡＭ－１」）、エンタクチン（「Ｎｉｄｏｇｅｎ－１」）、ニューロン特異的エノラーゼ（「ＮＳＥ」）、オンコスタチンＭ（「ＯＳＭ」）、プロカルシトニン、プロラクチン、前立腺特異的抗原（「ＰＳＡ」）、シアル酸結合Ｉｇ様レクチン９（「Ｓｉｇｌｅｃ－９」）、ＡＤＡＭ１７エンドペプチダーゼ（「ＴＡＣＥ」）、チログロブリン、メタロプロテイナーゼ阻害剤４（「ＴＩＭＰ－４」）、ＴＳＨ２Ｂ４、ディスインテグリン及びメタロプロテイナーゼドメイン含有タンパク質９（「ＡＤＡＭ－９」）、アンジオポエチン２、腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１３／酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２ファミリーメンバーＢ（「ＡＰＲＩＬ」）、骨形成タンパク質２（「ＢＭＰ－２」）、骨形成タンパク質９（「ＢＭＰ－９」）、補体成分５ａ（「Ｃ５ａ」）、カテプシンＬ、ＣＤ２００、ＣＤ９７、ケメリン、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー６Ｂ（「ＤｃＲ３」）、脂肪酸結合タンパク質２（「ＦＡＢＰ２」）、線維芽細胞活性化タンパク質、α（「ＦＡＰ」）、線維芽細胞成長因子１９（「ＦＧＦ－１９」）、ガレクチン３、肝細胞成長因子受容体（「ＨＧＦ Ｒ」）、ＩＦＮ－γα／βＲ２、インスリン様成長因子２（「ＩＧＦ－２」）、インスリン様成長因子２受容体（「ＩＧＦ－２Ｒ」）、インターロイキン－１受容体６（「ＩＬ－１Ｒ６」）、インターロイキン２４（「ＩＬ－２４」）、インターロイキン３３（「ＩＬ－３３」）、カリクレイン１４、アスパラギニルエンドペプチダーゼ（「Ｌｅｇｕｍａｉｎ」）、酸化低密度リポタンパク質受容体１（「ＬＯＸ－１」）、マンノース結合レクチン（「ＭＢＬ」）、ネプリライシン（「ＮＥＰ」）、ノッチホモログ１、転座関連（ショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ））（「ノッチ－１」）、腎芽細胞腫過剰発現（「ＮＯＶ」）、オステオアクチビン、プログラム細胞死タンパク質１（「ＰＤ－１」）、Ｎ－アセチルムラモイル－Ｌ－アラニンアミダーゼ（「ＰＧＲＰ－５」）、セルピンＡ４、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質３（「ｓＦＲＰ－３」）、トロンボモジュリン、Ｔｏｌｌ様受容体２（「ＴＬＲ２」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ａ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ１」）、トランスフェリン（「ＴＲＦ」）、ＷＩＦ－ｌＡＣＥ－２、アルブミン、ＡＭＩＣＡ、アンジオポエチン４、Ｂ細胞活性化因子（「ＢＡＦＦ」）、糖鎖抗原１９－９（「ＣＡ１９－９」）、ＣＤ１６３、クラスタリン、ＣＲＴ ＡＭ、ケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＣＸＣＬ１４」）、シスタチンＣ、デコリン（「ＤＣＮ」）、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質３（「Ｄｋｋ－３」）、δ様タンパク質１（「ＤＬＬ１」）、フェチュインＡ、ヘパリン結合成長因子１（「ａＦＧＦ」）、葉酸受容体α（「ＦＯＬＲ１」）、フューリン、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質１（「ＧＡＳＰ－１」）、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質２（「ＧＡＳＰ－２」）、顆粒球コロニー刺激因子受容体（「ＧＣＳＦ Ｒ」）、セリンプロテアーゼヘプシン（「ＨＡＩ－２」）、インターロイキン－１７Ｂ受容体（「ＩＬ－１７Ｂ Ｒ」）、インターロイキン２７（「ＩＬ－２７」）、リンパ球活性化遺伝子３（「ＬＡＧ－３」）、アポリポタンパク質Ａ－Ｖ（「ＬＤＬ Ｒ」）、ペプシノーゲンＩ、レチノール結合タンパク質４（「ＲＢＰ４」）、ＳＯＳＴ、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（「シンデカン－１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１３Ｂ（「ＴＡＣＩ」）、組織因子経路阻害剤（「ＴＦＰＩ」）、ＴＳＰ－１、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０ｂ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ２」）、ＴＲＡＮＣＥ、トロポニンＩ、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（「ｕＰＡ」）、カドヘリン５、ＣＤ１４４としても知られる２型又はＶＥ－カドヘリン（血管内皮）（「ＶＥ－カドヘリン」）、ＷＮＴ１誘導シグナル伝達経路タンパク質１（「ＷＩＳＰ－１」）及び核因子κＢの活性化受容体（「ＲＡＮＫ」）が挙げられる。
いくつかの実施形態では、癌治療薬は抗癌化合物である。例示的な抗癌化合物として下記が挙げられるが、これらに限定されない：アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、アリトレチノイン（Ｐａｎｒｅｔｉｎ（登録商標））、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））、ボスチニブ（Ｂｏｓｕｌｉｆ（登録商標））、ブレンツキシマブベドチン（Ａｄｃｅｔｒｉｓ（登録商標））、カボザンチニブ（Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（商標））、カルフィルゾミブ（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ（商標））、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標））、クリゾチニブ（Ｘａｌｋｏｒｉ（登録商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（登録商標））、デニロイキンジフチトクス（Ｏｎｔａｋ（登録商標））、塩酸エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））、エベロリムス（Ａｆｉｎｉｔｏｒ（登録商標））、エキセメスタン（Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、フルベストラント（Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））、イブリツモマブチウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、メシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（商標））、トシル酸ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））、レトロゾール（Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（登録商標））、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標））、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（登録商標））、塩酸パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、ペルツズマブ（Ｐｅｒｊｅｔａ（商標））、プララトレキサート（Ｆｏｌｏｔｙｎ（登録商標））、レゴラフェニブ（Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、ロミデプシン（Ｉｓｔｏｄａｘ（登録商標））、トシル酸ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））、リンゴ酸スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、タモキシフェン、テムシロリムス（Ｔｏｒｉｓｅｌ（登録商標））、トレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ（登録商標））、トシツモマブ及び１３１Ｉ－トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ（登録商標））、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））、トレチノイン（Ｖｅｓａｎｏｉｄ（登録商標））、バンデタニブ（Ｃａｐｒｅｌｓａ（登録商標））、ベムラフェニブ（Ｚｅｌｂｏｒａｆ（登録商標））、ボリノスタット（Ｚｏｌｉｎｚａ（登録商標））並びにＺｉｖ－アフリバーセプト（Ｚａｌｔｒａｐ（登録商標））。
遺伝子発現及び他の細胞機能を調節するタンパク質の機能を変更する例示的な抗癌化合物（例えば、ＨＤＡＣ阻害剤、レチノイドレセプターリガンド（ｌｉｇａｎｔ））は、ボリノスタット（Ｚｏｌｉｎｚａ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））及びロミデプシン（Ｉｓｔｏｄａｘ（登録商標））、アリトレチノイン（Ｐａｎｒｅｔｉｎ（登録商標））並びにトレチノイン（Ｖｅｓａｎｏｉｄ（登録商標））である。
アポトーシスを誘発する例示的な抗癌化合物（例えば、プロテアソーム阻害剤、葉酸代謝拮抗薬）は、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））、カルフィルゾミブ（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ（商標））及びプララトレキサート（Ｆｏｌｏｔｙｎ（登録商標））である。
抗腫瘍免疫反応を増加させる例示的な抗癌化合物（例えば、抗ＣＤ２０、抗ＣＤ５２；抗細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原－４）は、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標））及びイピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（商標））である。
毒物を癌細胞に送達する例示的な抗癌化合物（例えば、抗ＣＤ２０－放射性核種融合体；ＩＬ－２－ジフテリア毒素融合体；抗ＣＤ３０－モノメチルアウリスタシンＥ（ＭＭＡＥ）－融合体）は、トシツモマブ及び１３１Ｉ－トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ（登録商標））及びイブリツモマブチウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、デニロイキンジフチトクス（Ｏｎｔａｋ（登録商標））並びにブレンツキシマブベドチン（Ａｄｃｅｔｒｉｓ（登録商標））である。
他の例示的な抗癌化合物は小分子阻害剤及びそのコンジュゲートであり、例えばヤヌスキナーゼ、ＡＬＫ、Ｂｃｌ－２、ＰＡＲＰ、ＰＩ３Ｋ、ＶＥＧＦ受容体、Ｂｒａｆ、ＭＥＫ、ＣＤＫ及びＨＳＰ９０である。
例示的な白金系抗癌化合物としては、例えば、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチン、ネダプラチン、トリプラチン及びリポプラチンが挙げられる。処置に好適な他の金属系薬剤としては、限定されるものではないが、ルテニウム系化合物、フェロセン誘導体、チタン系化合物及びガリウム系化合物が挙げられる。
いくつかの実施形態では、癌治療薬は、放射性核種を含む放射性部分である。例示的な放射性核種としては、限定されるものではないが、Ｃｒ－５１、Ｃｓ－１３１、Ｃｅ－１３４、Ｓｅ－７５、Ｒｕ－９７、Ｉ－１２５、Ｅｕ－１４９、Ｏｓ－１８９ｍ、Ｓｂ－１１９、Ｉ－１２３、Ｈｏ－１６１、Ｓｂ－１１７、Ｃｅ－１３９、Ｉｎ－１１１、Ｒｈ－１０３ｍ、Ｇａ－６７、Ｔｌ－２０１、Ｐｄ－１０３、Ａｕ－１９５、Ｈｇ－１９７、Ｓｒ－８７ｍ、Ｐｔ－１９１、Ｐ－３３、Ｅｒ－１６９、Ｒｕ－１０３、Ｙｂ－１６９、Ａｕ－１９９、Ｓｎ－１２１、Ｔｍ－１６７、Ｙｂ－１７５、Ｉｎ－１１３ｍ、Ｓｎ－１１３、Ｌｕ－１７７、Ｒｈ－１０５、Ｓｎ－１１７ｍ、Ｃｕ－６７、Ｓｃ－４７、Ｐｔ－１９５ｍ、Ｃｅ－１４１、Ｉ－１３１、Ｔｂ－１６１、Ａｓ－７７、Ｐｔ－１９７、Ｓｍ－１５３、Ｇｄ－１５９、Ｔｍ－１７３、Ｐｒ－１４３、Ａｕ－１９８、Ｔｍ－１７０、Ｒｅ－１８６、Ａｇ－１１１、Ｐｄ－１０９、Ｇａ－７３、Ｄｙ－１６５、Ｐｍ－１４９、Ｓｎ－１２３、Ｓｒ－８９、Ｈｏ－１６６、Ｐ－３２、Ｒｅ－１８８、Ｐｒ－１４２、Ｉｒ－１９４、Ｉｎ－１１４ｍ／Ｉｎ－１１４及びＹ－９０が挙げられる。
いくつかの実施形態では、癌治療薬は抗生物質である。例えば、癌関連細菌の存在及び／又は癌関連マイクロバイオームプロファイルが、本明細書で提供される方法に従って検出された場合、対象から癌関連細菌を排除するために抗生物質を投与することができる。「抗生物質」は、細菌感染を阻害又は予防できる化合物を広く指す。抗生物質は、特定の感染症への使用、作用機序、バイオアベイラビリティ又は標的微生物のスペクトル（例えば、グラム陰性菌とグラム陽性菌、好気性菌と嫌気性菌など）を含め、様々に分類することができ、これらは、宿主の特定の領域（「ニッチ」）で特定の細菌を殺すために使用することができる（Ｌｅｅｋｈａ，ｅｔ ａｌ ２０１１．Ｇｅｎｅｒａｌ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ．Ｍａｙｏ Ｃｌｉｎ Ｐｒｏｃ．８６（２）：１５６－１６７）。特定の実施形態では、抗生物質を使用して、特定のニッチの細菌を選択的に標的とすることができる。いくつかの実施形態では、癌ニッチを含む特定の感染症を処置することが知られている抗生物質を使用して、そのニッチ内の癌関連細菌を含む癌関連微生物を標的とすることができる。他の実施形態では、抗生物質は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物の後に投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物の前に投与される。
いくつかの態様では、抗生物質は、それらの殺菌特性又は静菌特性に基づいて選択することができる。殺菌性抗生物質には、細胞壁（例えば、β－ラクタム）、細胞膜（例えば、ダプトマイシン）又は細菌ＤＮＡ（例えば、フルオロキノロン）を破壊する作用機序が含まれる。静菌剤は、細菌の複製を阻害し、スルホンアミド、テトラサイクリン及びマクロライドを含み、タンパク質合成を阻害することによって作用する。さらに、一部の薬物は特定の生物では殺菌性であり、他の薬物では静菌性であり得るが、標的生物を知ることで、当業者は適切な特性を有する抗生物質を選択することができる。特定の処置条件では、静菌性抗生物質は殺菌性抗生物質の活性を阻害する。従って、特定の実施形態では、殺菌性抗生物質と静菌性抗生物質は組み合わせられない。
抗生物質としては、限定されるものではないが、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン（ｏｘａｚｏｌｉｄｏｎｏｎｅ）、ペニシリン、ポリペプチド抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン及び抗マイコバクテリア化合物並びにそれらの組み合わせが挙げられる。
アミノグリコシドとしては、限定されるものではないが、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン及びスペクチノマイシンが挙げられる。アミノグリコシドは、例えば、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、シュードモナス・エルギノーザ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）及びフランシセラ・トゥラレンシス（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）などのグラム陰性細菌に対して且つ特定の好気性細菌に対して有効であるが、偏性／通性嫌気性菌に対してあまり有効ではない。アミノグリコシドは、細菌の３０Ｓ又は５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それによって細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。
アンサマイシンとしては、限定されるものではないが、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、リファマイシン及びストレプトバリシンが挙げられる。ゲルダナマイシン及びハービマイシンは、熱ショックタンパク質９０の機能を阻害又は変更すると考えられている。
カルバセフェムとしては、限定されるものではないが、ロラカルベフが挙げられる。カルバセフェムは、細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。
カルバペネムとしては、限定されるものではないが、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン及びメロペネムが挙げられる。カルバペネムは、広域抗生物質としてのグラム陽性菌とグラム陰性菌の両方に対して殺菌性がある。カルバペネムは、細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。
セファロスポリンとしては、限定されるものではないが、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｉｎ）、セファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｈｉｎ）、セファレキシン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル及びセフトビプロールが挙げられる。選択されたセファロスポリンは、例えば、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）を含むグラム陰性菌及びグラム陽性菌対して有効であり、特定のセファロスポリンは、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ）に対して有効である。セファロスポリンは、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することにより、細菌細胞壁合成を阻害すると考えられている。
糖ペプチドには、限定されるものではないが、テイコプラニン、バンコマイシン及びテラバンシンが含まれる。糖ペプチドは、例えば、ＭＲＳＡ及びクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）を含む好気性及び嫌気性のグラム陽性菌に対して有効である。糖ペプチドは、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することによって細菌細胞壁の合成を阻害すると考えられている。
リンコサミドとしては、限定されるものではないが、クリンダマイシン及びリンコマイシンが挙げられる。リンコサミドは、例えば、嫌気性細菌並びにスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）及びストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）に対して有効である。リンコサミドは、細菌の５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それによって細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。
リポペプチドとしては、限定されるものではないが、ダプトマイシンが挙げられる。リポペプチドは、例えば、グラム陽性菌に対して有効である。リポペプチドは、細菌膜に結合し、急速な脱分極を引き起こすと考えられている。
マクロライドとしては、限定されるものではないが、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン及びスピラマイシンが挙げられる。マクロライドは、例えば、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びマイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）に対して有効である。マクロライドは、細菌又は５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それによって細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。
モノバクタムとしては、限定されるものではないが、アズトレオナムが挙げられる。モノバクタムは、例えば、グラム陰性菌に対して有効である。モノバクタムは、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することによって細菌細胞壁の合成を阻害すると考えられている。
ニトロフランとしては、限定されるものではないが、フラゾリドン及びニトロフラントインが挙げられる。
オキサゾリドノンとしては、限定されるものではないが、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド及びトレゾリドが挙げられる。オキサゾリドノンは、タンパク質合成阻害剤であると考えられている。
ペニシリンとしては、限定されるものではないが、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンＧ、ペニシリンＶ、ピペラシリン、テモシリン及びチカルシリンが挙げられる。ペニシリンは、例えば、グラム陽性菌、通性嫌気性菌、例えばストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ボレリア及びトレポネーマに対して有効である。ペニシリンは、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することによって細菌細胞壁の合成を阻害すると考えられている。
ペニシリンの組み合わせとしては、限定されるものではないが、アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム及びチカルシリン／クラブラン酸塩が挙げられる。
ポリペプチド抗生物質としては、限定されるものではないが、バシトラシン、コリスチン及びポリミキシンＢ及びＥが挙げられる。ポリペプチド抗生物質は、例えば、グラム陰性菌に対して有効である。特定のポリペプチド抗生物質は、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成に関与するイソプレニルピロリン酸を阻害すると考えられているが、細菌の対イオンを置き換えることによって細菌の外膜を不安定にするものもある。
キノロン及びフルオロキノロンとしては、限定されるものではないが、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン及びテマフロキサシンが挙げられる。キノロン／フルオロキノロンは、例えば、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）やナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）に対して有効である。キノロン／フルオロキノロンは、細菌のＤＮＡジャイレース又はトポイソメラーゼＩＶを阻害し、それによってＤＮＡの複製及び転写を阻害すると考えられている。
スルホンアミドとしては、限定されるものではないが、マフェニド、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジアジン銀、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニルイミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム－スルファメトキサゾール（コトリモキサゾール）及びスルホンアミドクリソイジンが挙げられる。スルホンアミドは、ジヒドロプテロイン酸合成酵素の競合的阻害によって葉酸合成を阻害し、それによって核酸合成を阻害すると考えられている。
テトラサイクリンとしては、限定されるものではないが、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン及びテトラサイクリンが挙げられる。テトラサイクリンは、例えば、グラム陰性菌に対して有効である。テトラサイクリンは、細菌の３０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それによって細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。
抗マイコバクテリア化合物としては、限定されるものではないが、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン及びストレプトマイシンが挙げられる。
好適な抗生物質としては、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、フォスフォマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン／ダルフォプリスチン、チゲサイクリン、チニダゾール、トリメトプリム・アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、アンホマイシンリストセチン、アジスロマイシン、バシトラシン、ブフォリンＩＩ、カルボマイシン、セクロピンＰ１、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、フラゾリドン、フシジン酸、フシジン酸ナトリウム、グラミシジン、イミペネム、インドリシジン、ジョサマイシン、マガイナンＩＩ、メトロニダゾール、ニトロイミダゾール、ミカマイシン、ムタシンＢ－Ｎｙ２６６、ムタシンＢ－ＪＨｌ １４０、ムタシンＪ－Ｔ８、ナイシン、ナイシンＡ、ノボビオシン、オレアンドマイシン、オストレオグリシン、ピペラシリン／タゾバクタム、プリスチナマイシン、ラモプラニン、ラナレキシン、ロイテリン、リファキシミン、ロザマイシン、ロサラマイシン、スペクチノマイシン、スピラマイシン、スタフィロマイシン、ストレプトグラミン、ストレプトグラミンＡ、シネルギスチン、タウロリジン、テイコプラニン、テリスロマイシン、チカルシリン／クラブラン酸、トリアセチルオレアンドマイシン、タイロシン、チロシジン、チロトリシン、バンコマイシン、ベママイシン（ｖｅｍａｍｙｃｉｎ）及びバージニアマイシンも挙げられる。
投与
特定の態様では、本明細書に記載の医薬組成物（例えば、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）由来のｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物）を対象に送達する方法が本明細書に提供される。本明細書に提供される方法のいくつかの実施形態では、医薬組成物は、追加の治療薬の投与と併せて投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、追加の治療薬と共製剤化された、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む。いくつかの実施形態では、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、追加の治療薬と同時投与される。いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物の投与前（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０若しくは５５分前、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２若しくは２３時間前又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３若しくは１４日前）に対象に投与される。いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物の投与後（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０若しくは５５分後、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２若しくは２３時間後又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４日後）に対象に投与される。いくつかの実施形態では、同じ送達方法を使用して、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物と、追加の治療薬の両方を送達する。いくつかの実施形態では、異なる送達方法を使用して、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物と、追加の治療薬を投与する。例えば、いくつかの実施形態において、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物は、経口的に投与されるのに対して、追加の治療薬は、注射（例えば、静脈内、筋肉内及び／又は腫瘍内注射）により投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、１日１回投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、１日２回投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、１日用量のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、１日２回用量のために製剤化され、各用量は、１日用量の半分である。
特定の実施形態において、本明細書に記載の医薬組成物及び剤形は、任意の他の従来の抗癌治療法、例えば、腫瘍の放射線療法及び外科的切除と併用して投与することができる。これらの治療は、必要に応じて及び／又は指示に従って適用され得、ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／若しくはｐｍＥＶなど）又は本明細書に記載の剤形の投与前、投与と同時又は投与後に行われ得る。
投与レジメンは、様々な方法及び量のいずれかであり得、且つ既知の臨床学的因子に従って当業者によって決定され得る。医学分野で既知であるように、任意の一患者のための投与量は多くの因子に依存し得、例えば対象の種、サイズ、体表面積、年齢、性別、免疫能力及び全体的な健康、投与する特定の微生物、投与の持続期間及び経路、疾患の種類及び段階、例えば腫瘍サイズ並びに他の化合物（例えば、同時又はほぼ同時に投与する薬剤）に依存し得る。上記の因子に加えて、そのようなレベルは、当業者によって決定され得るように、微生物の感染力及び微生物の性質の影響を受け得る。本方法では、微生物の適切な最小投与量レベルは、微生物が生存し、増殖し、且つ複製するのに十分なレベルであり得る。本明細書に記載されるｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）を含む医薬組成物の用量は、剤形、投与経路、対象疾患の程度若しくは病期などに応じて適宜設定又は調整され得る。例えば、薬剤の一般的な有効用量は、０．０１ｍｇ／体重ｋｇ／日～１０００ｍｇ／体重ｋｇ／日、０．１ｍｇ／体重ｋｇ／日～１０００ｍｇ／体重ｋｇ／日、０．５ｍｇ／体重ｋｇ／日～５００ｍｇ／体重ｋｇ／日、１ｍｇ／体重ｋｇ／日～１００ｍｇ／体重ｋｇ／日又は５ｍｇ／体重ｋｇ／日～５０ｍｇ／体重ｋｇ／日の範囲であり得る。この有効用量は、０．０１、０．０５、０．１、０．５、１、２、３、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、５００若しくは１０００ｍｇ／体重ｋｇ／日又はより多くであり得るが、この用量はこれらに限定されない。
いくつかの実施形態では、対象に投与する用量は、疾患（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症又は代謝疾患）を予防するのに、疾患の発症を遅延させるか、又は疾患の進行を遅らせるか若しくは停止させるか、又は疾患の１つ以上の症状を緩和するのに十分である。投与量は、用いる特定の薬剤（例えば、治療薬）の強度並びに対象の年齢、種、病態及び体重を含む様々な因子に依存することを当業者は理解するであろう。用量のサイズは、投与の経路、タイミング及び頻度並びに特定の治療薬の投与に伴う可能性があるあらゆる有害な副作用及び所望される生理学的効果の存在、性質及び程度によっても決定されるであろう。
好適な用量及び投与レジメンを、当業者に既知の従来の範囲発見技術によって決定し得る。一般に、処置は、化合物の最適用量未満である、より少ない投与量で開始する。その後、投与量は、この状況下で最適な効果に達するまで少しずつ増加させる。有効な投与量及び処置プロトコルを、例えば実験動物での低用量から始めて、次いで効果をモニタリングしつつ投与量を増加させ、さらに投与量レジメンを体系的に変えることにより、日常的で従来の手段によって決定し得る。一般には、実験動物を使用して体重１キログラム当たりの生物活性剤の最大耐量（「ＭＴＤ」）を決定する。当業者は、ヒトを含む他の種において、毒性を回避しつつ有効性のために用量を定期的に推定する。
上記に従い、治療用途において、本発明に従って使用される治療薬の用量は、選択された用量に影響を与える他の要因の中で、活性剤、レシピエント患者の年齢、体重及び臨床状態並びに治療を行う臨床医又は開業医の経験及び判断に依存して変化する。例えば、癌の処置では、用量は、腫瘍の増殖の遅延を引き起こすのに十分であるべきであり、好ましくは退行を引き起こすのに十分であるべきであり、最も好ましくは癌の完全な退行又は転位のサイズ又は数の減少を引き起こすのに十分であるべきである。別の例として、用量は、対象が処置されている疾患の進行の遅延を引き起こすのに十分であるべきであり、好ましくは対象が処置されている疾患の１つ以上の症状を改善するのに十分であるべきである。
個別の投与は、２回以上の投与（２回、３回、４回、５回又は６回の投与を含む）のいずれかの数を含み得る。当業者は、本明細書で提供される治療方法をモニタリングするための当技術分野で既知の方法及び他のモニタリング方法に従い、１回以上の追加の投与を実施するための投与の数又はこの投与の実施の望ましさを容易に決定し得る。従って、本明細書で提供される方法は、医薬組成物の１回以上の投与を対象にもたらす方法を含み、投与回数は、対象をモニタリングし、このモニタリングの結果に基づいて、１回以上の追加の投与をもたらすかどうかを決定することにより、決定し得る。１回以上の追加の投与をもたらすかどうかの決定は、様々なモニタリング結果に基づき得る。
投与間の間隔は、様々な期間のいずれかであり得る。この投与間の間隔は、投与回数、対象が免疫反応を開始するための期間に関して説明されているように、モニタリング工程を含む様々な因子のいずれかの関数であり得る。一例では、この期間は対象が免疫反応を開始するための期間の関数であり得、例えば、この期間は対象が免疫反応を開始するための期間超であり得、例えば約１週間超、約１０日超、約２週間超又は約１ヶ月超であり得、別の例では、この期間は対象が免疫反応を開始するための期間未満であり得、例えば約１週間未満、約１０日未満、約２週間未満又は約１カ月未満であり得る。
いくつかの実施形態では、本明細書で記載される医薬組成物と組み合わせた追加の治療薬の送達により、有害作用が低減され、且つ／又は追加の治療薬の有効性が改善される。
本明細書で記載される追加の治療薬の有効用量は、患者への毒性が最小な、特定の患者、組成物及び投与様式に対して所望の治療反応を達成するのに有効な追加の治療薬の量である。有効投与量レベルは、本明細書で説明されている方法を使用して特定され得、且つ様々な薬物動態学的因子（投与される特定の組成物の活性、投与経路、投与期間、用いられる特定の化合物の排泄速度、処置の持続期間、用いられる特定の組成物と組み合わせて使用される他の薬剤、化合物及び／又は物質、処置される患者の年齢、性別、体重、状態、全体的な健康及び過去の病歴並びに医療分野で公知の類似の因子を含む）に依存するであろう。一般に、追加の治療薬の有効用量は、治療効果を生じるのに有効な最低用量である追加の治療薬の量であろう。そのような有効用量は一般に、上記で説明されている因子に依存するであろう。
追加の治療薬の毒性は、処置の最中又は後に対象が経験する有害作用のレベルである。追加の治療の毒性と関連する有害事象として、下記が挙げられる、これらに限定されない：腹痛、胃酸過多、呑酸、アレルギー反応、脱毛、アナフィラキシー、貧血症、不安、食欲不振、関節痛、無力症、運動失調、高窒素血症、平衡の欠如、骨痛、出血、血餅、低血圧、高血圧、呼吸困難、気管支炎、挫傷、低白血球数、低赤血球数、低血小板数、心毒性、膀胱炎、出血性膀胱炎、不整脈、心臓弁膜症、心筋症、冠動脈疾患、白内障、中枢神経毒性、認知障害、錯乱、結膜炎、便秘、咳嗽、筋痙攣、膀胱炎、深部静脈血栓症、脱水、うつ病、下痢、眩暈、口渇、乾燥皮膚、消化不良、呼吸困難、浮腫、電解質異常、食道炎、疲労、生殖能力の欠如、発熱、鼓腸、潮紅、胃逆流、胃食道逆流症、生殖器痛、顆粒球減少症、女性化乳房、緑内障、脱毛、手足症候群、頭痛、難聴、心不全、心臓の動悸、胸やけ、血腫、出血性膀胱炎、肝毒性、高アミラーゼ血症、高カルシウム血症、高クロール血症、高血糖、高カリウム血症、高リパーゼ血症、高マグネシウム血症、高ナトリウム血症、高リン酸血症、色素増加症、高トリグリセリド血症、高尿酸血症、低アルブミン血症、低カルシウム血症、低クロール血症、低血糖症、低カリウム血症、低マグネシウム血症、低ナトリウム血症、低リン酸血症、勃起不全、感染、注射部位反応、不眠症、鉄欠乏症、そう痒、関節痛、腎不全、白血球減少症、肝機能障害、記憶喪失、閉経、口の痛み、粘膜炎、筋痛、筋肉痛、骨髄抑制、心筋炎、好中球減少性発熱、吐き気、腎毒性、好中球減少症、鼻血、しびれ、聴器毒性、疼痛、手掌足底感覚異常症、汎血球減少症、心膜炎、末梢神経障害、咽頭炎、羞明、光線過敏症、肺炎、間質性肺炎、タンパク尿症、肺塞栓症、肺線維症、肺毒性、発疹、速い心臓の鼓動、直腸出血、不穏状態、鼻炎、発作、息切れ、副鼻腔炎、血小板減少症、耳鳴、尿路感染、腟出血、腟乾燥、回転性めまい、水貯留、脱力、体重減少、体重増加及び口腔乾燥症。一般に、治療を通して達成される患者への利益が、治療に起因して患者が経験する有害事象を上回る場合、毒性は、許容される。
代謝障害
いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法及び医薬組成物は、代謝疾患又は障害、例えば、ＩＩ型糖尿病、耐糖能異常、インスリン抵抗性、肥満、高血糖、高インスリン血症、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎、高コレステロール血症、高血圧、高リポタンパク血症、高脂血症、高トリグリルセリド血症、ケトアシドーシス、低血糖症、血栓性障害、脂質異常症、非アルコール性脂肪肝（ＮＡＦＬＤ）、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）又は関連疾患の治療又は予防に関する。いくつかの実施形態では、関連疾患は、心血管疾患、アテローム性動脈硬化症、腎臓病、腎症、糖尿病性神経障害、糖尿病性網膜症、性機能障害、皮膚障害、消化不良又は浮腫である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法及び医薬組成物は、非アルコール性脂肪肝（ＮＡＦＬＤ）及び非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）の治療に関する。
本明細書に記載の方法を使用して、それを必要とする任意の対象を治療することができる。本明細書において使用される場合、「それを必要とする対象」は、代謝疾患又は障害を有する任意の対象及びそのような疾患又は障害を獲得する可能性が高い任意の対象を含む。
本明細書に記載の医薬組成物は、例えば、代謝疾患、例えばＩＩ型糖尿病、耐糖能異常、インスリン抵抗性、肥満、高血糖、高インスリン血症、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎、高コレステロール血症、高血圧、高リポタンパク血症、高脂血症、高トリグリルセリド血症、ケトアシドーシス、低血糖、血栓性障害、脂質異常症、非アルコール性脂肪肝（ＮＡＦＬＤ）、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）又は関連疾患を予防又は治療（部分的又は完全に、その有害作用を軽減）するために使用することができる。いくつかの実施形態では、関連疾患は、心血管疾患、アテローム性動脈硬化症、腎臓病、腎症、糖尿病性神経障害、糖尿病性網膜症、性機能障害、皮膚障害、消化不良又は浮腫である。
免疫疾患
いくつかの実施形態では、本明細書で記載される方法及び医薬組成物は、病理学的免疫反応に関連する疾患又は障害（例えば、自己免疫疾患、アレルギー反応及び／又は炎症性疾患）の処置又は予防に関する。いくつかの実施形態では、この疾患又は障害は炎症性腸疾患（例えば、クローン病又は潰瘍性大腸炎）である。いくつかの実施形態では、疾患又は障害は乾癬である。いくつかの実施形態では、疾患又は障害はアトピー性皮膚炎である。
本明細書で記載される方法を使用して、それを必要とするあらゆる対象を処置するこができる。本明細書で使用する場合、「それを必要とする対象」は、病理学的免疫反応に関連する疾患又は障害（例えば、炎症性腸疾患）を有するあらゆる対象及びそのような疾患又は障害を獲得する可能性が高いあらゆる対象を含む。
本明細書で記載される医薬組成物は、例えば、自己免疫疾患、例えば慢性炎症性腸疾患、全身性エリテマトーデス、乾癬、マックル・ウェルズ症候群、関節リウマチ、多発性硬化症若しくは橋本病；アレルギー性疾患、例えば食物アレルギー、花粉症若しくは喘息；感染性疾患、例えばクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）による感染；炎症性疾患、例えばＴＮＦ媒介型炎症性疾患（例えば、胃腸管の炎症性疾患、例えば嚢炎、心臓血管の炎症状態、例えばアテローム性動脈硬化症若しくは炎症性肺疾患、例えば慢性閉塞性肺疾患）；組織拒絶が生じる可能性がある臓器移植若しくは他の状況での拒絶を抑制するための医薬組成物；免疫機能を改善するためのサプリメント、食物若しくは飲料；又は免疫細胞の増殖若しくは機能を抑制するための試薬を予防するか又は処置する（有害作用を部分的に又は完全に低減する）ための医薬組成物として使用することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法は、炎症の処置に有用である。特定の実施形態では、下記で論じられるように、身体のあらゆる組織及び臓器の炎症としては、筋骨格の炎症、血管の炎症、神経の炎症、消化器系の炎症、眼の炎症、生殖器系の炎症及び他の炎症が挙げられる。
筋骨格系の免疫障害としては、骨格関節（手、手首、肘、肩、顎、脊椎、首、臀部、膝、足首及び足の関節を含む）に影響を及ぼす病態並びに腱等の骨格に筋肉を結びつける組織に影響を及ぼす病態が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で記載される方法及び組成物で処置され得るそのような免疫障害の例としては、下記が挙げられるが、これらに限定されない：関節炎（例えば、骨関節炎、関節リウマチ、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、急性及び慢性の感染性関節炎、痛風及び偽痛風と関連する関節炎並びに若年性特発性関節炎を含む）、腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑液包炎、結合織炎（線維筋痛症）、上顆炎、筋炎並びに骨炎（例えば、パジェット病、恥骨骨炎及び嚢胞性線維性骨炎を含む）。
眼の免疫障害は、まぶたを含む眼のあらゆる構造に影響を及ぼす免疫障害を指す。本明細書で記載される方法及び組成物で処置され得る眼の免疫障害の例としては、眼瞼炎、眼瞼皮膚弛緩症、結膜炎、涙腺炎、角膜炎、乾性角結膜炎（ドライアイ）、強膜炎、睫毛乱生及びぶどう膜炎が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書に記載される方法及び組成物で処置され得る神経系の免疫障害の例としては、脳炎、ギラン・バレー症候群、髄膜炎、神経性筋強直症、ナルコレプシー、多発性硬化症、脊髄炎及び統合失調症が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書に記載される方法及び組成物で処置され得る血管系又はリンパ系の炎症の例としては、関節硬化症、関節炎、静脈炎、血管炎及びリンパ管炎が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書に記載される方法及び医薬組成物で処置され得る消化器系の免疫障害の例としては、胆管炎、胆嚢炎、腸炎、小腸結腸炎、胃炎、胃腸炎、炎症性腸疾患、回腸炎及び直腸炎が挙げられるが、これらに限定されない。炎症性腸疾患としては、例えば、関連疾患の群の特定の当技術分野で認められた形態が挙げられる。炎症性腸疾患のいくつかの主要な形態が知られており、この障害の最も一般的なものはクローン病（局所性腸疾患、例えば不活性な形態及び活性な形態）及び潰瘍性大腸炎（例えば、不活性な形態及び活性な形態）である。加えて、この炎症性腸疾患には、過敏性腸症候群、顕微鏡的大腸炎、リンパ球性－形質細胞性腸炎、セリアック病、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎及び好酸球性腸炎が含まれる。ＩＢＤの他のあまり一般的ではない形態としては、不確定大腸炎、偽膜性大腸炎（壊死性大腸炎）、虚血性炎症性腸疾患、ベーチェット病、サルコイドーシス、強皮症、ＩＢＤ関連異形成、異形成関連の腫瘤又は病変及び原発性硬化性胆管炎が挙げられる。
本明細書に記載される方法及び医薬組成物で処置され得る生殖器系の免疫障害の例として、子宮頸管炎、絨毛羊膜炎、子宮内膜炎、精巣上体炎、臍炎、卵巣炎、精巣炎、卵管炎、卵管卵巣膿瘍、尿道炎、腟炎、外陰炎及び外陰部痛が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書に記載される方法及び医薬組成物を使用して、炎症性成分を有する自己免疫病態を処置し得る。そのような病態としては、下記が挙げられるが、これらに限定されない：急性播種性全身性脱毛症、ベーチェット病、シャーガス病、慢性疲労症候群、自律神経障害、脳脊髄炎、強直性脊椎炎、再生不良性貧血、化膿性汗腺炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎、セリアック病、クローン病、１型糖尿病、巨細胞性動脈炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本病、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、川崎病、紅斑性狼瘡、顕微鏡的大腸炎、顕微鏡的多発動脈炎、混合性結合組織病、マックル・ウェルズ症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、眼球クローヌス・ミオクローヌス運動失調、視神経炎、オード甲状腺炎（ｏｒｄ’ｓ ｔｈｙｒｏｉｄｉｔｉｓ）、天疱瘡、結節性多発動脈炎、多発性筋痛、関節リウマチ、ライター症候群、シェーグレン症候群、側頭動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、温式自己免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、ライム病、モルフェア、乾癬、サルコイドーシス、強皮症、潰瘍性大腸炎及び白斑。
本明細書に記載される方法及び医薬組成物を使用して、炎症性成分を有するＴ細胞媒介型過敏性疾患を処置し得る。そのような病態としては、接触過敏症、接触性皮膚炎（例えば、ツタウルシに起因するもの）、じんま疹、皮膚アレルギー、呼吸アレルギー（枯草熱、アレルギー性鼻炎、チリダニアレルギー）及びグルテン過敏性腸症（セリアック病）が挙げられるが、これらに限定されない。
本方法及び医薬組成物で処置され得る他の免疫障害としては、例えば下記が挙げられる；虫垂炎、皮膚炎、皮膚筋炎、心内膜炎、結合織炎、歯肉炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹彩炎、喉頭炎、乳腺炎、心筋炎、腎炎、耳炎、膵炎、耳下腺炎、心膜炎、腹膜炎、咽頭炎、胸膜炎、間質性肺炎、前立腺炎、腎盂腎炎及び口内炎、移植片拒絶（例えば、腎臓、肝臓、心臓、肺、膵臓（例えば膵島細胞）、骨髄、角膜、小腸、皮膚同種移植片（ｓｋｉｎ ａｌｌｏｇｒａｆｔ）、皮膚同種移植片（ｓｋｉｎ ｈｏｍｏｇｒａｆｔ）及び心臓弁異種移植片等の臓器、血清病及び移植片対宿主病を含む）、急性膵炎、慢性膵炎、急性呼吸促迫症候群、セザール症候群、先天性副腎過形成、非化膿性甲状腺炎、癌と関連する高カルシウム血症、天疱瘡、水疱性ヘルペス状皮膚炎、重度の多形性紅斑、剥離性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、季節性の又は通年性のアレルギー性鼻炎、気管支喘息、接触性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、薬物過敏症反応、アレルギー性結膜炎、角膜炎、眼部帯状疱疹、虹彩炎及び虹彩毛様体炎、脈絡網膜炎、視神経炎、症候性サルコイドーシス、電撃性の又は播種性の肺結核化学療法、成人の特発性血小板減少性紫斑病、成人の続発性血小板減少症、後天性の（自己免疫）溶血性貧血、成人の白血病及びリンパ腫、子供の急性白血病、限局性腸炎、自己免疫血管炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、固形臓器移植拒絶、敗血症。好ましい処置としては、移植拒絶、関節リウマチ、乾癬性関節炎、多発性硬化症、１型糖尿病、喘息、炎症性大腸疾患、全身性紅斑性狼瘡、乾癬、慢性障害肺疾患及び感染状態を伴う炎症（例えば敗血症）の処置が挙げられる。
癌
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法及び医薬組成物は、癌の処置に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法を使用して、任意の癌を処置することができる。本明細書に記載される方法及び医薬組成物により処置され得る癌の例として、下記が挙げられるが、これらに限定されない：膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、結腸、食道、胃腸、歯肉、頭、腎臓、肝臓、肺、上咽頭、首、卵巣、前立腺、皮膚、胃、精巣、舌又は子宮からの癌細胞。加えて、癌は、具体的には下記の組織型であり得るが、これらに限定されない：新生物、悪性；癌腫；癌腫、未分化；巨細胞癌及び紡錘細胞癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；石灰化上皮癌；移行上皮癌；乳頭状移行上皮癌；腺癌；ガストリノーマ、悪性；胆管癌；肝細胞癌；組み合わされた肝細胞癌及び胆管癌；小柱状腺癌；腺様嚢胞癌；腺腫性ポリープ中の腺癌；腺癌、家族性大腸ポリポーシス；固形癌；カルチノイド腫瘍、悪性；細気管支肺胞腺癌；乳頭状腺癌；色素嫌性癌；好酸性癌；好酸性腺癌；好塩基性癌；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾胞腺癌；乳頭状及び濾胞腺癌；非被包性硬化性癌；副腎皮質癌；類内膜癌；皮膚付属器癌；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳垢腺癌；粘表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭状嚢腺癌；乳頭状漿液嚢胞腺癌；粘液性嚢胞腺癌；粘液癌；印環細胞癌；浸潤性乳管癌；髄様癌；小葉癌；丹毒様癌；パジェット病、乳房；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生随伴腺癌；胸腺腫、悪性；卵巣間質腫、悪性；莢膜細胞腫、悪性；顆粒膜細胞腫瘍、悪性；及び神経芽細胞腫、悪性；セルトリ細胞癌；ライディッヒ細胞腫、悪性；脂質細胞腫瘍、悪性；傍神経節腫、悪性；乳房外傍神経節腫、悪性；褐色細胞腫；血管球血管肉腫；悪性黒色腫；メラニン欠乏性黒色腫；表在拡大型黒色腫；巨大色素性母斑中の悪性黒色腫；類上皮細胞黒色腫；青色母斑、悪性；肉腫；線維肉腫；線維性組織球腫、悪性；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胎児性横紋筋肉腫；胞巣状横紋筋肉腫；間質性肉腫；混合腫瘍、悪性；ミュラー管混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；癌肉腫；間葉腫、悪性；ブレンナー腫瘍、悪性；葉状腫瘍、悪性；滑膜肉腫；中皮腫、悪性；未分化胚細胞腫；胚性癌腫；奇形腫、悪性；卵巣甲状腺腫、悪性；絨毛癌；中腎腫、悪性；血管肉腫；血管内皮腫、悪性；カポジ肉腫；血管外皮細胞腫、悪性；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍骨性骨肉腫；軟骨肉腫；軟骨芽細胞腫、悪性；間葉性軟骨肉腫；骨の巨細胞腫；ユーイング肉腫；歯原性腫瘍、悪性；エナメル芽細胞歯牙肉腫；エナメル上皮腫、悪性；エナメル上皮線維肉腫；松果体腫、悪性；脊索腫；神経膠腫、悪性；上衣腫；星細胞腫；原形質性星状細胞腫；線維性星細胞腫；星状芽細胞腫；膠芽腫；乏突起膠腫；乏突起膠芽細胞腫；原始神経外胚葉性；小脳肉腫；神経節細胞芽腫；神経芽細胞腫；網膜芽細胞腫；嗅神経腫瘍；髄膜腫、悪性；神経線維肉腫；神経鞘腫、悪性；顆粒細胞腫、悪性；悪性リンパ腫；ホジキン病；ホジキンリンパ腫；側肉芽腫；悪性リンパ腫、小リンパ球性；悪性リンパ腫、大細胞、びまん性；悪性リンパ腫、濾胞性；菌状息肉腫；他の特定の非ホジキンリンパ腫；悪性組織球症；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞性白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞性白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；肥満細胞白血病；巨核芽球性白血病；骨髄肉腫；及び有毛細胞白血病。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び医薬組成物は、白血病の処置に関する。「白血病」という用語は、造血器官／系の広範に進行する悪性疾患を含み、一般に、血液及び骨髄における白血球及びその前駆体の異常な増殖及び発達を特徴とする。白血病疾患の非限定的な例としては、急性非リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前骨髄球性白血病、成人Ｔ細胞白血病、非白血性白血病、白血球血症性白血病、好塩基球性白血病、芽球性白血病、ウシ白血病、慢性骨髄性白血病、皮膚白血病、胎生細胞性白血病、好酸球性白血病、グロス白血病、リーダー細胞性白血病、シリング型単球性白血病、幹細胞性白血病、亜白血性白血病、未分化細胞性白血病、有毛細胞性白血病、血芽球性白血病、血球芽細胞性白血病、組織球性白血病、幹細胞性白血病、急性単球性白血病、白血球減少性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈａｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ芽球性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｇｅｎｏｕｓ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ肉腫細胞白血病、肥満細胞性白血病、巨核球性白血病、微小骨髄芽球性白血病、単球性白血病、骨髄芽球性白血病、骨髄性白血病、骨髄顆粒球性白血病、骨髄単球性白血病、ネーゲリ型白血病、形質細胞性白血病（ｐｌａｓｍａ ｃｅｌｌ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、形質細胞性白血病（ｐｌａｓｍａｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）及び前骨髄球性白血病が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び医薬組成物は、癌腫の処置に関する。「癌腫」という用語は、周囲組織に浸潤する傾向があり、且つ／又は生理学的及び非生理学的な細胞死シグナルに抵抗し、転移を引き起こす上皮細胞から構成される悪性増殖を指す。非限定的な例示的な種類の癌腫としては、腺房細胞癌（ａｃｉｎａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺房細胞癌（ａｃｉｎｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺様嚢胞癌（ａｄｅｎｏｃｙｓｔｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺様嚢胞癌（ａｄｅｎｏｉｄ ｃｙｓｔｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺腫性癌腫、副腎皮質癌、肺胞腺癌、肺胞上皮癌、基底細胞癌（ｂａｓａｌ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、基底細胞癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｂａｓｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、類基底細胞癌、基底有刺細胞癌、気管支肺胞上皮癌、細気管支癌、気管支癌、脳様癌腫、胆管細胞癌、絨毛癌、コロイド腺癌、コメド癌、子宮体癌、篩状癌、鎧状癌、皮膚癌、円柱状癌、柱状細胞癌、腺管癌、緻密癌腫、胎児性癌、脳様癌、類表皮癌、上皮性腺癌、外向発育癌、潰瘍性癌、線維性癌、膠様癌（ｇｅｌａｔｉｎｉｆｏｒｍ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、膠様癌（ｇｅｌａｔｉｎｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、巨細胞癌、印環細胞癌、単純癌、小細胞癌、ソラノイド癌、球状細胞癌、紡錘細胞癌、海綿様癌、扁平上皮癌、扁平上皮細胞癌、紐様癌、血管拡張性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｔｉｃｕｍ）、血管拡張性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔｏｄｅ）、移行上皮癌、結節癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）、結節癌（ｔｕｂｅｒｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、疣状癌、絨毛癌、巨細胞癌、腺癌、顆粒膜細胞癌、毛母癌、肝様線癌、肝細胞癌、ハースル細胞癌、硝子様癌、副腎様癌、小児胎児性癌、上皮内癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｉｎ ｓｉｔｕ）、表皮内癌、上皮内癌（ｉｎｔｒａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、Ｋｒｏｍｐｅｃｈｅｒ癌、Ｋｕｌｃｈｉｔｚｋｙ－細胞癌、大細胞癌、レンズ状癌（ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、レンズ状癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒｅ）、脂肪性癌、リンパ上皮癌、髄様癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｍｅｄｕｌｌａｒｅ）、髄様癌（ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、黒色癌、モール癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｍｏｌｌｅ）、粘液性癌、粘液分泌性癌、粘液細胞癌腫、粘表皮癌、粘液癌、粘液性癌、粘液腫様癌、鼻咽頭癌、燕麦細胞癌、骨化性癌、類骨癌、乳頭癌、門脈周囲性癌、前浸潤癌、有棘細胞癌、髄質様癌、腎臓の腎細胞癌、予備細胞癌、肉腫様癌、シュナイダー癌、硬性癌及び陰嚢癌が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び医薬組成物は、肉腫の処置に関する。「肉腫」という用語は、一般に、胎生結合組織のような物質から構成され、一般に、線維状物質、不均一物質又は均一な物質に埋め込まれた緻密な細胞から構成される腫瘍を指す。肉腫としては、限定されるものではないが、軟骨肉腫、線維肉腫、リンパ肉腫、黒色肉腫、粘液肉腫、骨肉腫、子宮内膜肉腫、間質肉腫、ユーイング肉腫、筋膜肉腫、線維芽細胞肉腫、巨細胞肉腫、アベメチ肉腫、脂肪肉腫（ａｄｉｐｏｓｅ ｓａｒｃｏｍａ）、脂肪肉腫（ｌｉｐｏｓａｒｃｏｍａ）、胞巣状軟部肉腫、エナメル上皮肉腫、ブドウ状横紋筋肉腫、緑色肉腫、絨毛膜癌、胎児性肉腫、ウィルムス腫瘍肉腫、顆粒球肉腫、ホジキン肉腫、特発性多発性色素性出血性肉腫、Ｂ細胞の免疫芽球性肉腫、リンパ腫、Ｔ細胞の免疫芽球肉腫、イエンセン肉腫、カポジ肉腫、クッパー細胞癌、血管肉腫、白血球肉腫、悪性間葉腫肉腫、傍骨性骨肉腫、網状赤血球肉腫、ラウス肉腫、漿液嚢胞性肉腫、滑膜肉腫及び毛細血管拡張性肉腫が挙げられる。
本明細書に記載される方法及び医薬組成物を使用して処置することができる追加の例示的な新生物としては、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、乳癌、卵巣癌、肺癌、横紋筋肉腫、原発性血小板増加症、原発性マクログロブリン血症、小細胞肺腫瘍、原発性脳腫瘍、胃癌、結腸癌、悪性膵臓インスリノーマ、悪性カルチノイド、前悪性皮膚病変、精巣癌、リンパ腫、甲状腺癌、神経芽細胞腫、食道癌、泌尿生殖路癌、悪性高カルシウム血症、子宮頸癌、子宮内膜癌、形質細胞腫、結腸直腸癌、直腸癌及び副腎皮質癌が挙げられる。
いくつかの実施形態では、処置される癌は黒色腫である。「黒色腫」という用語は、皮膚及び他の器官のメラニン細胞系から生じる腫瘍を意味すると解釈される。黒色腫の非限定的な例は、ハーディング・パッセイ黒色腫、若年性黒色腫、黒子悪性黒色腫、悪性黒色腫、末端部黒子黒色腫、メラニン欠乏性黒色腫、良性若年性黒色腫、クラウドマン黒色腫、Ｓ９１黒色腫、結節性黒色腫、爪下黒色腫及び表在拡大型黒色腫である。
一部の実施形態では、癌は、乳癌（例えば、トリプルネガティブ乳癌）を含む。
一部の実施形態では、癌は、大腸癌（例えば、マイクロサテライト安定性大腸癌）を含む。
一部の実施形態では、癌は、腎細胞癌を含む。
一部の実施形態では、癌は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌）を含む。
一部の実施形態では、癌は、膀胱癌を含む。
一部の実施形態では、癌は、胃食道癌を含む。
本明細書に記載される方法及び医薬組成物を使用して処置することができる腫瘍の特定の種類としては、リンパ増殖性障害、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、骨癌、肝臓癌、胃癌、結腸癌、膵臓癌、甲状腺癌、頭頸部癌、中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、皮膚癌、腎臓癌及び上記の全ての転移癌が挙げられる。特定の種類の腫瘍としては、肝細胞癌、肝癌、肝芽腫、横紋筋肉腫、食道癌、甲状腺癌、神経節芽腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋皮肉腫、浸潤性乳管癌、乳頭腺癌、黒色腫、肺扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌（高分化、中分化、低分化又は未分化）、細気管支肺胞癌、腎細胞癌、副腎腫、副腎様腺癌、胆管癌、絨毛癌、セミノーマ、胚性期癌、ウィルムス腫瘍、精巣腫瘍、小細胞を含む肺癌、非小細胞及び大細胞肺癌、膀胱癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、網膜芽細胞腫、神経芽腫、結腸癌、直腸癌、全ての種類の白血病及びリンパ腫：急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｇｅｎｏｕｓ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、肥満細胞白血病、多発性骨髄腫、骨髄性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫を含む造血器悪性腫瘍、形質細胞腫、結腸直腸癌、直腸癌が挙げられる。
特定の実施形態で処置される癌としては、前癌病変、例えば光線性角化症（日光性角化症）、黒子（異形成母斑）、光線性口唇炎（ファーマーズリップ（ｆａｒｍｅｒ’ｓ ｌｉｐ））、皮角、バレット食道、萎縮性胃炎、先天性角化異常症、鉄欠乏性嚥下困難、扁平苔癬、口腔粘膜下線維症、光線性（日光性）弾性線維症及び子宮頸部異形成も挙げられる。
いくつかの実施形態で処置される癌としては、限定されるものではないが、胆管腫、結腸ポリープ、腺腫、乳頭腫、嚢胞腺腫、肝細胞腺腫、胞状奇胎、尿細管腺腫、扁平上皮乳頭腫、胃ポリープ、血管腫、骨腫、軟骨腫、脂肪腫、線維腫、リンパ管腫、平滑筋腫、横紋筋腫、星状細胞腫、母斑、髄膜腫及び神経節細胞腫を含め、例えば内胚葉、外胚葉又は間葉起源の非癌性又は良性の腫瘍が挙げられる。
一部の実施形態において、癌は、固形腫瘍を含む。
腸内毒素症
近年、腸内細菌叢（「腸内微生物叢」とも呼ばれる）は、微生物の活動を介して個体の健康に大きい影響を及ぼすと共に、宿主の免疫及び他の細胞に（局所及び／又は遠位の）影響を与える可能性があることが一層明らかになっている（Ｗａｌｋｅｒ，Ｗ．Ａ．，Ｄｙｓｂｉｏｓｉｓ．Ｔｈｅ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｉｎ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ Ｐａｔｈｏｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ．Ｃｈａｐｔｅｒ ２５．２０１７；Ｗｅｉｓｓ ａｎｄ Ｔｈｉｅｒｒｙ，Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｄｙｓｂｉｏｓｉｓ．Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ．（２０１７）７４（１６）：２９５９－２９７７．Ｚｕｒｉｃｈ Ｏｐｅｎ Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙ ａｎｄ Ａｒｃｈｉｖｅ）。
健康な宿主の腸内細菌叢の恒常性は、「ユーバイオシス」又は「ノーモバイオシス」と呼ばれることがあるが、宿主細菌叢の組成及び／又はその多様性の有害な変化は、細菌叢の不健康な不均衡、即ち「腸内毒素症」を招き得る（Ｈｏｏｋｓ ａｎｄ Ｏ’Ｍａｌｌｅｙ．Ｄｙｓｂｉｏｓｉｓ ａｎｄ ｉｔｓ ｄｉｓｃｏｎｔｅｎｔｓ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．Ｏｃｔ ２０１７．Ｖｏｌ．８．Ｉｓｓｕｅ ５．ｍＢｉｏ ８：ｅ０１４９２－１７）。腸内毒素症及び関連する局所又は遠位宿主炎症性若しくは免疫作用は、細菌叢の恒常性が失われるか又は低下した場合に発生する可能性があり、その結果、病原体に対する感受性の増大；宿主細菌の代謝活性の変化；宿主の炎症誘発活性の誘導及び／又は宿主の抗炎症活性の低下を引き起こし得る。このような作用は、一部には、宿主免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、樹状細胞、肥満細胞、ＮＫ細胞、腸管上皮リンパ球（ＩＥＣ）、マクロファージ及び食細胞）及びサイトカイン並びにそのような細胞及び他の宿主細胞によって放出される他の物質との相互作用によって媒介される。
腸内毒素症は、胃腸管内で起こり得る（「胃腸管腸内毒素症」若しくは「腸管腸内毒素症」）か、又は胃腸管の内腔の外側で起こり得る（「遠位腸内毒素症」）。胃腸管腸内毒素症は、多くの場合、腸上皮バリアの完全性の低下、タイトジャンクション完全性の低下及び腸透過性の増加と関連している。Ｃｉｔｉ，Ｓ．Ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ Ｂａｒｒｉｅｒｓ ｐｒｏｔｅｃｔ ａｇａｉｎｓｔ ｄｉｓｅａｓｅ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３５９：１０９８－９９（２０１８）；Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ ｅｔ ａｌ．，ＴＥＥＲ ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｆｏｒ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｂａｒｒｉｅｒ ｍｏｄｅｌ ｓｙｓｔｅｍｓ．Ｊ．Ｌａｂ．Ａｕｔｏｍ．２０：１０７－１２６（２０１５）。胃腸管腸内毒素症は、胃腸管の内外で生理学的及び免疫的作用を有する可能性がある。
腸内毒素症の存在は、下記のものを含む多種多様な疾患及び状態と関連している：感染症、癌、自己免疫障害（例えば、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ））又は炎症性障害（例えば、機能性胃腸障害、例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎及びクローン病）、神経炎症性疾患（例えば、多発性硬化症）、移植障害（例えば、移植片対宿主病）、脂肪肝、Ｉ型糖尿病、関節リウマチ、シェーグレン症候群、セリアック病、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺障害（ＣＯＰＤ）及び免疫機能障害に関連する他の疾患及び状態。Ｌｙｎｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｈｕｍａｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ ｉｎ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｄｉｓｅａｓｅ，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ３７５：２３６９－７９（２０１６），Ｃａｒｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｄｙｓｂｉｏｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｇｕｔ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｉｎ ｄｉｓｅａｓｅ．Ｍｉｃｒｏｂ．Ｅｃｏｌ．Ｈｅａｌｔｈ Ｄｉｓ．（２０１５）；２６：１０：３４０２／ｍｅｈｄ．ｖ２６．２６１９；Ｌｅｖｙ ｅｔ ａｌ，Ｄｙｓｂｉｏｓｉｓ ａｎｄ ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １７：２１９（Ａｐｒｉｌ ２０１７）。
本明細書に開示される例示的な医薬組成物は、腸内毒素症の部位に存在する免疫活性を修飾することによって腸内毒素症及びその作用を治療することができる。本明細書に記載されるように、このような組成物は、例えば、抗炎症性サイトカインの分泌の増加及び／又は炎症誘発性サイトカインの分泌の減少をもたらし、対象レシピエントにおける炎症を軽減する宿主免疫細胞に対する作用又は代謝産物産生の変化を介して腸内毒素症を修飾することができる。
腸内毒素症に関連する障害の治療に有用である、本明細書に開示される例示的な医薬組成物は、１種以上の免疫調節細菌（例えば、抗炎症性細菌）及び／又はそのような細菌に由来するｍＥＶ（微生物細胞外小胞）を含有する。このような組成物は、レシピエント宿主の免疫機能、胃腸管内及び／又は対象の胃腸管外の遠位部位における全身作用に影響を及ぼすことができる。
腸内毒素症に関連する障害の治療に有用である本明細書に開示される例示的な医薬組成物は、単一の細菌種（例えば、単一株）のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌（例えば、抗炎症性細菌）の集団及び／又はそのような細菌由来のｍＥＶを含有する。こうした組成物は、レシピエント宿主の免疫機能、胃腸管内及び／又は対象の胃腸管外の遠位部位における全身効果に影響を及ぼすことができる。
いくつかの実施形態では、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌（例えば、抗炎症性細菌細胞）の単離された集団又はそのような細菌由来のｍＥＶを含有する医薬組成物は、レシピエントの腸内毒素症及びその作用の１つ以上を治療するのに有効な量で、哺乳動物レシピエントに（例えば、経口）投与される。腸内毒素症は、胃腸管腸内毒素症又は遠位腸内毒素症であり得る。
別の実施形態において、本発明の医薬組成物は、胃腸管腸内毒素症及び宿主免疫細胞に対するその作用の１つ以上を治療し、抗炎症性サイトカインの分泌の増加及び／又は炎症誘発性サイトカインの分泌の減少をもたらし、対象レシピエントの炎症を軽減することができる。
別の実施形態では、医薬組成物は、細胞及びサイトカイン調節を介してレシピエント免疫応答を調節して、腸上皮バリアの完全性の増大により腸透過性を低下させることにより、胃腸管腸内毒素症及びその作用の１つ以上を治療することができる。
別の実施形態において、医薬組成物は、宿主免疫細胞の調節を介して腸内毒素症の部位におけるレシピエント免疫応答を調節することにより、遠位腸内毒素症及びその作用の１つ以上を治療することができる。
他の例示的な医薬組成物は、腸内毒素症に関連する障害の治療に有用であり、この組成物は、１種以上のオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌又はｍＥＶを含有し、これらは、レシピエントにおける宿主免疫細胞亜集団、例えば、Ｔ細胞、免疫リンパ系細胞、樹状細胞、ＮＫ細胞及び他の免疫細胞の亜集団の相対的な割合又はそれらの機能を改変することができる。
他の例示的な医薬組成物は、腸内毒素症と関連する疾患の治療に有用であり、その組成物は、レシピエント対象において、免疫細胞分集団、例えばＴ細胞分集団、免疫リンパ系細胞、ＮＫ細胞及び他の免疫細胞の相対比率又はその機能を変化させることができる、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌の集団又は単一細菌種（例えば、単一株）のｍＥＶを含有する。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
一部の実施形態において、本発明は、腸内毒素症部位に現存するマイクロバイオーム集団を変化させる、本明細書に記載の医薬組成物を、その必要がある対象に経口投与することにより、消化管の腸内毒素症及びその作用の１つ以上を治療する方法を提供する。医薬組成物は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌の１種以上のタイプ、又はオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌のｍＥＶ若しくは集団、又は単一細菌種（例えば、単一株）のｍＥＶを含有し得る。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
一部の実施形態において、本発明は、胃腸管外の対象の免疫応答を変化させる、本明細書に記載の医薬組成物を、その必要がある対象に経口投与することにより、遠位腸内毒素症及びその作用の１つ以上を治療する方法を提供する。医薬組成物は、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌の１種以上のタイプ、又はオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌のｍＥＶ若しくは集団、又は単一細菌種（例えば、単一株）のｍＥＶを含有し得る。一部の実施形態において、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（例えば、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株）、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（例えば、ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属（例えば、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属（例えば、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）（アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株）又はスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）（例えば、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株）である。
例示的な実施形態では、腸内毒素症に関連する障害の治療に有用な医薬組成物は、宿主免疫細胞による１種以上の抗炎症性サイトカインの分泌を刺激する。抗炎症性サイトカインとして、限定はされないが、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、ＩＬ－９、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＴＧＦβ及びこれらの組み合わせが挙げられる。他の例示的な実施形態において、腸内毒素症に関連する障害の治療に有用である医薬組成物は、宿主免疫細胞による１つ以上の炎症誘発性サイトカインの分泌を低減（例えば阻害）する。炎症誘発性サイトカインとして、限定はされないが、ＩＦＮγ、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－１α、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＭＣＰ１、ＭＩＰ１α、ＭＩＰ１β、ＴＮＦα及びこれらの組み合わせが挙げられる。他の例示的なサイトカインは、当技術分野において公知であり、本明細書に記載される。
別の態様において、本発明は、それを必要とする対象における腸内毒素症に関連する障害を治療又は予防する方法を提供し、これは、細菌又はｍＥＶを含むプロバイオティクス若しくは医療用食品の形態の治療組成物を、腸内毒素症に関連する障害が治療されるように、腸内毒素症の部位における細菌叢を改変するのに十分な量で対象に投与する（例えば、経口投与する）ことを含む。
別の実施形態では、プロバイオティクス又は医療食の形態の本発明の治療組成物を使用して、腸内毒素症を発症するリスクのある対象における腸内毒素症の発症を予防するか又は遅らせることができる。
他の疾患及び障害
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法及び医薬組成物は、肝疾患の処置に関する。そのような疾患として下記が挙げられるが、これらに限定されない：アラジール症候群、アルコール関連肝疾患、α－１抗トリプシン欠損症、自己免疫性肝炎、良性肝腫瘍、胆道閉鎖症、肝硬変、ガラクトース血症、ジルベール症候群、ヘモクロマトーシス、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、肝性脳症、妊娠性肝内胆汁うっ滞（ＩＣＰ）、ライソゾーム酸性リパーゼ欠損症（ＬＡＬ－Ｄ）、肝嚢胞、肝癌、新生児黄疸、原発性胆汁性胆管炎（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、ライ症候群、Ｉ型糖原病及びウィルソン病。
本明細書に記載される方法及び医薬組成物を使用して、神経変性疾患及び神経性疾患を処置し得る。特定の実施形態では、この神経変性疾患及び神経性疾患は、パーキンソン病、アルツハイマー病、プリオン病、ハンチントン病、運動ニューロン疾患（ＭＮＤ）、脊髄小脳失調症、脊髄性筋萎縮症、ジストニア、特発性頭蓋内圧亢進症、てんかん、神経系疾患、中枢神経系疾患、運動障害、多発性硬化症、脳症、末梢神経障害又は術後認知機能障害である。
強化された細菌を製造する方法
特定の態様では、本明細書に記載されるｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の産生のために操作された細菌を作製する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、操作された細菌は、特定の所望の特性を増強するように改変されている。例えば、いくつかの実施形態では、操作された細菌は、（例えば、単独で又は別の治療薬との組み合わせで）ｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の免疫調節効果及び／若しくは治療効果を増強するように改変されており、毒性を減少するように改変されており、且つ／又は細菌及び／若しくはｍＥＶ（ｓｍＥＶ及び／又はｐｍＥＶなど）の製造を改善する（例えば、より高い酸素耐性、凍結融解耐性の改善、より短い生成時間）ように改変されている。操作された細菌を、当技術分野で公知の任意の技術（部位特異的変異誘発、トランスポゾン突然変異誘発、ノックアウト、ノックイン、ポリメラーゼ連鎖反応変異誘発、化学的変異誘発、紫外線変異誘発、形質転換（化学的又はエレクトロポレーションによる）、ファージ形質導入、定向進化、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９又はこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない）を使用して製造し得る。
本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態では、細菌は定向進化により改変されている。いくつかの実施形態では、定向進化は、細菌の環境条件への曝露と、この環境条件下での生存及び／又は増殖が改善されている細菌の選択とを含む。いくつかの実施形態では、方法は、強化された細菌を同定するアッセイを使用する変異誘発細菌のスクリーニングを含む。いくつかの実施形態では、方法は、（例えば、化学的変異原及び／又はＵＶ放射線への曝露により）細菌を変異誘発させること又は細菌を治療薬（例えば抗生剤）に曝露すること、その後に続く所望の表現型を有する細菌を検出するためのアッセイ（例えば、インビボでのアッセイ、エクスビボでのアッセイ又はインビトロでのアッセイ）をさらに含む。
実施例１：オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株の培養及び貯蔵
ヘモグロビンが補充された嫌気性トリプシンソイブロス（ＴＳＢ）培地：
組成（ｇ／Ｌ）：
１．カゼインの膵臓消化 １７．０ｇ
２．ダイズ食のペプシン消化 ３．０ｇ
３．リン酸二カリウムＫ２ＨＰＯ４ ２．５ｇ
４．酵母抽出物 ５．０ｇ
５．ブドウ糖 ２．５ｇ
６．塩化ナトリウム ５．０ｇ
７．Ｌ－システイン－ＨＣＬ ０．５ｇ
８．ＦｅＣｌ２ ０．０５ｇ
９．ヘモグロビン ０．０２ｇ
２５℃での最終ｐＨ６．８＋／－０．３。
還元剤１００×調製物：
ａ．Ｈ２０ １００ｍｌにＬ－システイン－ＨＣｌ ５ｇを溶解
ｂ．ＦｅＣｌ２０．５ｇを添加
ｃ．無気的条件下での溶液の保管
グロビン溶液１００×調製物：
ａ．０．０１Ｎ ＮａＯＨ１００ｍｌにヘモグロビン２ｇを溶解
ｂ．溶液をオートクレーブする
ｃ．直接光から保護された溶液の４℃での保管
ｄ．滅菌培地へのその溶液の添加
単一コロニーが、ブルセラ（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）血液プレートから移された場合、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）株（例えば、フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株）は、ＴＳＢ液体培地中でヘモグロビンなしで増殖することができる。
嫌気性ブルセラ（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）血液寒天プレート、嫌気性菌系＃ＡＳ－１４１。
凍結保護剤としての嫌気性グリセロール（ＧＳＳ）、嫌気性菌系＃ＡＳ－９０４５：
組成（ｇ／Ｌ）：
１．グリセロール ４００ｇ
２．硫酸マグネシウム、七水和物 ０．１ｇ
３．リン酸カリウム、一塩基性 ０．２ｇ
４．塩化カリウム ０．２ｇ
５．リン酸ナトリウム、二塩基性 １．１５ｇ
６．塩化ナトリウム ３．０ｇ
７．チオグリコール酸ナトリウム １．０ｇ
８．Ｌ－システイン（２５．０％溶液） ２．０ｍＬ
嫌気性グリセロールを細菌懸濁液と１：１体積比で混合し、急速凍結して－８０℃で保存する；３７℃で１～３日間インキュベートする；嫌気性条件：ａ）寒天プレートの場合、嫌気性ガスパックを備えた三菱嫌気ジャー内；ｂ）液体培養の場合、密閉された嫌気ハンゲート（Ｈｕｎｇａｔｅ）又はバルチ（Ｂａｌｃｈ）試験管内。
実施例２：ＣＴ２６腫瘍研究におけるＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ Ａ株の経口送達
第１の代表的な腫瘍学研究
メスの８週齢ＢＡＬＢ／ｃマウスをタコニック・バイオサイエンシズ（Ｔａｃｏｎｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）から入手し、動物施設において３週間順応させた。０日目に、イソフルランでマウスに麻酔をかけ、ＰＢＳ中で調製された１．０ｅ５ ＣＴ－２６細胞（０．１ｍＬ）及びコーニング（ＧＦＲ）フェノールレッドフリーマトリゲル（Ｃｏｒｎｉｎｇ（ＧＦＲ）Ｐｈｅｎｏｌ Ｒｅｄ－Ｆｒｅｅ Ｍａｔｒｉｇｅｌ）（１：１）を、左側腹部に皮下接種した。ＣＴ－２６接種後９日間、マウスを安静にさせ、触知可能な腫瘍を形成させた。９日目に、スライド式デジタルキャリパーを使用して、腫瘍を測定して、長さ及び幅の測定値（ミリメートル）を収集し、推定腫瘍容積（（Ｌ×Ｗ×Ｗ）／２）＝ＴＶｍｍ３））を計算した。マウス合計９匹又は１０匹／群で、マウスを異なる処置群にランダム化した。ランダム化を行い、全ての処置群でバランスをとり、類似の平均腫瘍容積及び標準偏差を有する各群の処置を開始した。投与は、投与連続日数１３日間で、１０日目に開始し、２２日目に終了した。１日２回（ＢＩＤ）でＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶをマウスに経口投与するか、又は４日に１回（Ｑ４Ｄ）で抗マウスＰＤ－１抗体２００ｕｇを腹腔内に投与した。体重及び腫瘍測定値をＭＷＦ（月曜日－水曜日－金曜日）スケジュールで収集した。ｓｍＥＶの用量は、ＮＴＡによる粒子数によって決定された。
２２日目に、図１の腫瘍容積概要では、ネガティブコントロール（賦形剤ＰＢＳ）及びポジティブコントロール（抗ＰＤ－１）に対して、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ（２ｅ１１）及びＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ（２ｅ１１）＋抗ＰＤ－１が比較される。賦形剤ＰＢＳと比較される両方のＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ処置群が統計学的に有意な有効性を示し、抗ＰＤ－１と著しく違わなかった。図２の腫瘍容積曲線は、処置の１３日後の持続した有効性と共に、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ群と抗ＰＤ－１の両方について類似の増殖傾向を示す。
第２の代表的な腫瘍学研究
メスの８週齢ＢＡＬＢ／ｃマウスをタコニック・バイオサイエンシズ社から入手し、動物施設において１週間順応させた。０日目に、イソフルランでマウスに麻酔をかけ、ＰＢＳ中で調製された１．０ｅ５ ＣＴ－２６細胞（０．１ｍＬ）及びコーニング（ＧＦＲ）フェノールレッドフリーマトリゲル（１：１）を、左側腹部に皮下接種した。ＣＴ－２６接種後９日間、マウスを安静にさせ、触知可能な腫瘍を形成させた。９日目に、スライド式デジタルキャリパーを使用して、腫瘍を測定して、長さ及び幅の測定値（ミリメートル）を収集し、推定腫瘍容積（（Ｌ×Ｗ×Ｗ）／２）＝ＴＶｍｍ３））を計算した。合計９匹のマウス／群で、マウスを異なる処置群にランダム化した。ランダム化を行い、全ての処置群でバランスをとり、類似の平均腫瘍容積及び標準偏差を有する各群の処置を開始した。投与は、投与連続日数１４日間で、１０日目に開始し、２３日目に終了した。ＢＩＤでＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶをマウスに経口投与するか、又はＱ４Ｄで抗マウスＰＤ－１抗体２００ｕｇを腹腔内に投与した。体重及び腫瘍測定値をＭＷＦスケジュールで収集した。ｓｍＥＶの用量は、ＮＴＡによる粒子数によって決定された。
２３日目に、図３の腫瘍容積概要では、ネガティブコントロール（賦形剤ＰＢＳ）及びポジティブコントロール（抗ＰＤ－１）に対して、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ（２ｅ１１）、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ（２ｅ９）及びＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ（２ｅ１１）＋抗ＰＤ－１が比較される。賦形剤ＰＢＳと比較される全てのＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ処置群が、賦形剤（ＰＢＳ）と比較して統計学的に有意な有効性を示す。両方の用量のＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ（２ｅ９＆２ｅ１１）は、抗ＰＤ－１と有意差がない。Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ（２ｅ１１）＋抗ＰＤ－１は、抗ＰＤ－１処置のみと比べて統計学的に向上した有効性を示す。図４の腫瘍成長曲線は、抗ＰＤ－１と類似の処置の１４日間に比べて、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ処置群の持続した有効性を示す。
第３の代表的な腫瘍学研究
メスの８週齢ＢＡＬＢ／ｃマウスをタコニック・バイオサイエンシズ社から入手し、動物施設において１週間順応させた。０日目に、イソフルランでマウスに麻酔をかけ、ＰＢＳ中で調製された１．０ｅ５ ＣＴ－２６細胞（０．１ｍＬ）及びコーニング（ＧＦＲ）フェノールレッドフリーマトリゲル（１：１）を、左側腹部に皮下接種した。ＣＴ－２６接種後９日間、マウスを安静にさせ、触知可能な腫瘍を形成させた。９日目に、スライド式デジタルキャリパーを使用して、腫瘍を測定して、長さ及び幅の測定値（ミリメートル）を収集し、推定腫瘍容積（（Ｌ×Ｗ×Ｗ）／２）＝ＴＶｍｍ３））を計算した。合計９匹のマウス／群で、マウスを異なる処置群にランダム化した。ランダム化を行い、全ての処置群でバランスをとり、類似の平均腫瘍容積及び標準偏差を有する各群の処置を開始した。投与は、投与連続日数１２日間で、１０日目に開始し、２１日目に終了した。ＱＤ及びＢＩＤでＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶをマウスに経口投与するか、又はＱ４Ｄで抗マウスＰＤ－１抗体２００ｕｇを腹腔内に投与した。体重及び腫瘍測定値をＭＷＦスケジュールで収集した。ｓｍＥＶの用量は、ＮＴＡによる粒子数によって決定された。
図５の左における２１日目の腫瘍容積概要では、ネガティブコントロール（賦形剤ＰＢＳ）及びポジティブコントロール（抗ＰＤ－１）それぞれに対して、ＱＤで１２日間投与された、３通りの用量（４ｅ１１、４ｅ９、＆４ｅ７）でのＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶが比較される。図５の腫瘍容積概要では、相当するネガティブコントロール（賦形剤ＰＢＳＢＩＤ）及びポジティブコントロール（抗ＰＤ－１）それぞれに対して、総１日用量４ｅ１１＆４ｅ７に関してＢＩＤで投与された２通りの用量（２ｅ１１＆２ｅ７）でのＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶも比較される。
賦形剤ＰＢＳと比較されるＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶのＱＤ処置アームは、（４ｅ１１）でのＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶの高用量に対する傾向をとる、増加した有意性及び有効性を有する明らかな用量効果を示す。賦形剤ＰＢＳ ＢＩＤと比較される、Ｆ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶのＢＩＤ処置アームは有意な有効性を示し、用量効果の証拠はない。この結果から、両方の用量ＢＩＤ ２ｅ１１＆２ｅ７は同等であり、ＱＤ投与に対して効果的な有利なＢＩＤ投与を示す。図６の腫瘍成長曲線は、投与の１２日後にＱＤアームについて持続した用量効果並びにＦ．マシリエンシス（Ｆ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｓｍＥＶ（４ｅ１１）ＱＤと比較してＢＩＤ処置アームに関して同等の増殖傾向を示す。
実施例３：ＣＴ２６腫瘍研究におけるＨ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）ｓｍＥＶ Ａ株の経口送達
第１の代表的な腫瘍学研究
雌の８週齢ＢＡＬＢ／ｃマウスを、Ｔａｃｏｎｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから取得し、ビバリウムで３週間順応させた。０日目にマウスをイソフルランで麻酔し、ＰＢＳ及びＣｏｒｎｉｎｇ（ＧＦＲ）フェノールレッドフリーマトリゲル（１：１）中で調製した１．０ｅ５ ＣＴ－２６細胞（０．１ｍＬ）を左脇腹に皮下接種した。マウスをＣＴ－２６接種後９日間休息させて、触知可能な腫瘍を形成させた。９日目にスライディングデジタルカリパーを用いて腫瘍を測定し、長さ及び幅の測定値（ミリメートル単位）で収集し、推定腫瘍体積を計算した（（Ｌ×Ｗ×Ｗ）／２）＝ＴＶｍｍ３））。マウスを異なる処置群にランダム化し、１群当たり合計９又は１０匹のマウスとした。ランダム化は、全ての処置群のバランスを取るように実施し、各群が同様の平均腫瘍体積及び標準偏差で処置を開始できるようにした。投与は１０日目に開始し、１３日間連続で投与して２２日目に終了した。マウスにＨ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株ｓｍＥＶをＢＩＤで経口投与するか、又は２００ｕｇの抗マウスＰＤ－１抗体をＱ４Ｄで腹腔内投与した。体重及び腫瘍の測定値は、ＭＷＦ（月曜日－水曜日－金曜日）スケジュールで収集した。ｓｍＥＶの用量は、ＮＴＡによる粒子数によって決定した。
図７に示す２２日目の腫瘍体積の要約は、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（２ｅ１１）ｓｍＥＶ（グルコースを含有する増殖培地）及びＨ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）（２ｅ１１）ｓｍＥＶ（ＮＡＧを含有する増殖培地２）を陰性対照（ビヒクルＰＢＳ）及び陽性対照（抗ＰＤ－１）と比較するものである。ビヒクルＰＢＳと比較した両方のＨ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）処置群は、統計的に有意な有効性を示し、抗ＰＤ－１と有意な差はない。図８の腫瘍体積曲線は、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）群及び抗ＰＤ－１の両方で、処置１３日後の持続的な有効性と共に、同様の増殖傾向を示す。
第２の代表的な腫瘍試験
雌の８週齢ＢＡＬＢ／ｃマウスをＴａｃｏｎｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから取得し、ビバリウムで１週間順応させた。０日目にマウスをイソフルランで麻酔し、ＰＢＳ及びＣｏｒｎｉｎｇ（ＧＦＲ）フェノールレッドフリーマトリゲル（１：１）中で調製した１．０ｅ５ ＣＴ－２６細胞（０．１ｍＬ）を左脇腹に皮下接種した。マウスをＣＴ－２６接種後９日間休息させて、触知可能な腫瘍を形成させた。９日目にスライディングデジタルカリパーを用いて腫瘍を測定し、長さ及び幅の測定値（ミリメートル単位）で収集し、推定腫瘍体積を計算した（（Ｌ×Ｗ×Ｗ）／２）＝ＴＶｍｍ３））。マウスを異なる処置群にランダム化し、１群当たり合計９匹のマウスとした。ランダム化は、全ての処置群のバランスを取るように実施し、各群が同様の平均腫瘍体積及び標準偏差で処置を開始できるようにした。投与は１０日目に開始し、１４日間連続で投与して２３日目に終了した。マウスにＨ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株ｓｍＥＶをＢＩＤで経口投与するか、又は２００ｕｇの抗マウスＰＤ－１抗体をＱ４Ｄで腹腔内投与した。体重及び腫瘍の測定値は、ＭＷＦスケジュールで収集した。ｓｍＥＶの用量は、ＮＴＡによる粒子数によって決定した。
図９に示す２３日目の腫瘍体積の要約は、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）ｓｍＥＶ（２ｅ１１）を陰性対照（ビヒクルＰＢＳ）及び陽性対照（抗ＰＤ－１）と比較するものである。ビヒクルＰＢＳと比較したＨ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）ｓｍＥＶ（２ｅ１１）処置群は、ビヒクル（ＰＢＳ）と比較して統計的に有意な有効性を示し、抗ＰＤ－１と有意な差はない。Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）は、抗ＰＤ－１と有意に異ならないが、データ分布は、はるかに狭く、平均腫瘍体積は、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）ｓｍＥＶの方が小さい。図１０の腫瘍体積曲線は、抗ＰＤ－１と同様に処置から１４日にわたって、Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）ｓｍＥＶ処置群の持続的有効性を示す。
第３の代表的な腫瘍試験
雌の８週齢ＢＡＬＢ／ｃマウスをＴａｃｏｎｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから取得し、ビバリウムで１週間順応させた。０日目にマウスをイソフルランで麻酔し、ＰＢＳ及びＣｏｒｎｉｎｇ（ＧＦＲ）フェノールレッドフリーマトリゲル（１：１）中で調製した１．０ｅ５ ＣＴ－２６細胞（０．１ｍＬ）を左脇腹に皮下接種した。マウスをＣＴ－２６接種後９日間休息させて、触知可能な腫瘍を形成させた。９日目にスライディングデジタルカリパーを用いて腫瘍を測定し、長さ及び幅の測定値（ミリメートル単位）で収集し、推定腫瘍体積を計算した（（Ｌ×Ｗ×Ｗ）／２）＝ＴＶｍｍ３））。マウスを異なる処置群にランダム化し、１群当たり合計９匹のマウスとした。ランダム化は、全ての処置群のバランスを取るように実施し、各群が同様の平均腫瘍体積及び標準偏差で処置を開始できるようにした。投与は１０日目に開始し、１２日間連続で投与して２１日目に終了した。マウスにＨ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株ｓｍＥＶをＱＤ及びＢＩＤでそれぞれ経口投与するか、又は２００ｕｇの抗マウスＰＤ－１抗体をＱ４Ｄで腹腔内投与した。体重及び腫瘍の測定値は、ＭＷＦスケジュールで収集した。ｓｍＥＶの用量は、ＮＴＡによる粒子数によって決定した。
図１１の左側で、２１日目の腫瘍体積の要約は、それぞれの陰性対照（ビヒクルＰＢＳ）及び陽性対照（抗ＰＤ－１）に対して、１２日間ＱＤ投与された３回用量（４ｅ１１、４ｅ９及び４ｅ７）のＨ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）ｓｍＥＶを比較するものである。図１１の腫瘍体積の要約は、それぞれ４ｅ１１及び４ｅ７の総１日用量でＢＩＤ投与された２回用量（２ｅ１１及び２ｅ７）のＨ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）ｓｍＥＶを、対応する陰性対照（ビヒクル ＰＢＳ ＢＩＤ）及び陽性対照（抗ＰＤ－１）と比較するものでもある。ビヒクルＰＢＳと比較したＱＤ Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）ｓｍＥＶ処置アームは、明らかな用量効果なしに、全ての（３）用量で統計的に有意な有効性を示す。ビヒクルＰＢＳ ＢＩＤと比較したＢＩＤ Ｈ．アセティスポラ（Ｈ．ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）ｓｍＥＶ処置アームは、有意な有効性を示し、用量効果のエビデンスもない。この結果は、ＢＩＤ２ｅ１１及び２ｅ７用量の両方がＢＩＤ及びＱＤ投与で同等であることを示している。図１２の腫瘍増殖曲線は、抗ＰＤ－１と同様の投与１２日後に持続的な有効性を示す。
実施例４：遅延型過敏症（ＤＴＨ）のマウスモデルにおけるフルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶ
遅延型過敏症（ＤＴＨ）は、Ｐｅｔｅｒｓｅｎらにより概説されるアトピー性皮膚炎（又はアレルギー性接触皮膚炎）の動物モデルである（Ｉｎ ｖｉｖｏ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ ａｎｄ ａｔｏｐｉｃ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ｉｎ ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．Ｂａｓｉｃ＆Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍ＆Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ．２００６．９９（２）：１０４－１１５； ｓｅｅ ａｌｓｏ Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２０１３．ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３）。ＤＴＨモデルのいくつかのバリエーションが使用されており、当技術分野でよく知られている（Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）．Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ＋Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ，ＬＬＣ２０１３）。
第１のＫＬＨ ＤＴＨ研究：
メスの５週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスをタコニック・バイオサイエンシズ社から入手し、動物施設において１週間順応させた。０日目に皮下免疫化により、スカシガイヘモシアニン（ＫＬＨ）及びフロイント完全アジュバント（ＣＦＡ）（１：１）のエマルジョンでマウスを抗原刺激した。１～８日目にマウスにｓｍＥＶを経口で強制栄養を与えるか、又は１ｍｇ／ｋｇにおいてデキサメタゾンを腹腔内投与した。８日目に投与した後、マウスをイソフルランで麻酔し、ベースライン測定に対してファウラー（Ｆｏｗｌｅｒ）キャリパーで左耳を測定し、生理食塩水（１０μｌ）中のＫＬＨをマウスの左耳に皮内投与し、耳介厚測定値を２４時間時点で測定した。用量は、ＮＴＡによる粒子数によって決定した。
２４時間耳介測定の結果を図１３に示す。フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶは、２通りの用量、２Ｅ＋１１及び２Ｅ＋０７（粒子数／投与に基づいて）において比較された。ｓｍＥＶは効果的であり、曝露から２４時間後に耳介炎症の低減を示した。
実施例５：遅延型過敏症（ＤＴＨ）のマウスモデルにおけるハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株ｓｍＥＶ
遅延型過敏症（ＤＴＨ）は、Ｐｅｔｅｒｓｅｎらにより概説されるアトピー性皮膚炎（又はアレルギー性接触皮膚炎）の動物モデルである（Ｉｎ ｖｉｖｏ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ ａｎｄ ａｔｏｐｉｃ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ｉｎ ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．Ｂａｓｉｃ＆Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍ＆Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ．２００６．９９（２）：１０４－１１５；ｓｅｅａｌｓｏ Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１３．ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３）。ＤＴＨモデルのいくつかのバリエーションが使用されており、当技術分野でよく知られている（Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）．Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ＋Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ，ＬＬＣ２０１３）。
第１のＫＬＨ ＤＴＨ研究：
メスの５週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスをタコニック・バイオサイエンシズ社から入手し、動物施設において１週間順応させた。０日目に皮下免疫化により、ＫＬＨ及びＣＦＡ（１：１）のエマルジョンでマウスを抗原刺激した。１～８日にマウスにｓｍＥＶを経口で強制栄養を与えるか、又は１ｍｇ／ｋｇにおいてデキサメタゾンを腹腔内投与した。８日目に投与した後、マウスをイソフルランで麻酔し、ベースライン測定に対してファウラーキャリパーで左耳を測定し、生理食塩水（１０μｌ）中のＫＬＨをマウスの左耳に皮内投与し、耳介厚測定値を２４時間時点で測定した。用量は、ＮＴＡによる粒子数によって決定した。
２４時間耳介測定の結果を図１４に示す。ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶは、２通りの用量、粒子数／投与に基づく２Ｅ＋１１及び２Ｅ＋０７（いて）において試験された。ｓｍＥＶは効果的であり、投与から２４時間後に耳介炎症レベルの低下を示した。ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株は、高い用量と同程度に低い用量でも効果的であった。
実施例６：遅延型過敏症（ＤＴＨ）のマウスモデルにおけるハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株ｓｍＥＶ
遅延型過敏症（ＤＴＨ）は、Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．により論評されている（Ｉｎ ｖｉｖｏ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ ａｎｄ ａｔｏｐｉｃ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ｉｎ ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．Ｂａｓｉｃ＆Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍ＆Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ．２００６．９９（２）：１０４－１１５；またＩｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１３．ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３も参照されたい）ように、アトピー性皮膚炎（又はアレルギー性接触皮膚炎）の動物モデルである。ＤＴＨモデルのいくつかの変形が使用されており、当技術分野で公知である（Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）．Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＋Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ，ＬＬＣ ２０１３）。
ＫＬＨ ＤＴＨ試験：
雌の５週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスをＴａｃｏｎｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから購入し、ビバリウムで１週間順応させた。０日目にＫＬＨ及びＣＦＡ（１：１）のエマルジョンで皮下免疫によりマウスを初回免疫した。マウスにハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株ｓｍＥＶで毎日強制経口投与するか、又は１～８日目に１ｍｇ／ｋｇのデキサメタゾンを腹腔内投与した。８日目の投与後、マウスをイソフルランで麻酔し、左耳をファウラーカリパーでベースライン測定のために測定し、マウスの左耳を生理食塩水（１０μｌ）中のＫＬＨで皮内チャレンジし、２４時間時点で耳の厚さ測定を行った。
図１５に２４時間の耳介測定の結果を示す。ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶは、３通りの用量、２Ｅ＋１１、２Ｅ＋０９及び２Ｅ＋０７（粒子数／投与に基づく）において比較された。ｓｍＥＶは３通り全ての用量において効果的であり、曝露から２４時間後に耳介炎症の低減を示した。
実施例７：遅延型過敏症（ＤＴＨ）のマウスモデルにおけるフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株 ｓｍＥＶ
遅延型過敏症（ＤＴＨ）は、Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．により論評されている（Ｉｎ ｖｉｖｏ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ ａｎｄ ａｔｏｐｉｃ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ｉｎ ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．Ｂａｓｉｃ＆Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍ＆Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ．２００６．９９（２）：１０４－１１５；またＩｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１３．ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３も参照されたい）ように、アトピー性皮膚炎（又はアレルギー性接触皮膚炎）の動物モデルである。ＤＴＨモデルのいくつかの変形が使用されており、当技術分野で公知である（Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）．Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＋Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ，ＬＬＣ ２０１３）。
第１のＫＬＨ ＤＴＨ試験：
雌の５週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスをＴａｃｏｎｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから購入し、ビバリウムで１週間順応させた。０日目にＫＬＨ及びＣＦＡ（１：１）のエマルジョンで皮下免疫によりマウスを初回免疫した。１～８日目にマウスにｓｍＥＶを毎日強制経口投与するか、又は１ｍｇ／ｋｇのデキサメタゾンを腹腔内投与した。８日目の投与後、マウスをイソフルランで麻酔し、左耳をファウラーカリパーでベースライン測定のために測定し、マウスの左耳を生理食塩水（１０μｌ）中のＫＬＨで皮内チャレンジし、２４時間時点で耳の厚さ測定を行った。用量は、ＮＴＡによる粒子数によって決定した。
図１６に２４時間の耳介測定の結果を示す。フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶは、粒子数／投与に基づく２通りの用量、２Ｅ＋１１及び２Ｅ＋０７において試験された。これらのｓｍＥＶのいずれも効果的であり、曝露から２４時間後に耳介炎症レベルの低減を示した。フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株は、高用量と低用量の間で用量反応を示す。
実施例８：遅延型過敏症（ＤＴＨ）のマウスモデルにおけるフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株 ｓｍＥＶ
遅延型過敏症（ＤＴＨ）は、Ｐｅｔｅｒｓｅｎらにより概説されるアトピー性皮膚炎（又はアレルギー性接触皮膚炎）の動物モデルである（Ｉｎ ｖｉｖｏ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ ａｎｄ ａｔｏｐｉｃ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ｉｎ ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．Ｂａｓｉｃ＆Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍ＆Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ．２００６．９９（２）：１０４－１１５；ｓｅｅａｌｓｏ Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１３．ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３）。ＤＴＨモデルのいくつかのバリエーションが使用されており、当技術分野でよく知られている（Ｉｒｖｉｎｇ Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）．Ｍｏｕｓｅ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ １０．１００７／９７８－１－６２７０３－４８１－４＿１３，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ＋Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ，ＬＬＣ２０１３）。
ＫＬＨ ＤＴＨ研究：
メスの５週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスをタコニック・バイオサイエンシズ社から入手し、動物施設において１週間順応させた。０日目に皮下免疫化により、ＫＬＨ及びＣＦＡ（１：１）のエマルジョンでマウスを抗原刺激した。マウスにフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株 ｓｍＥＶを毎日、経口において強制栄養で与えるか、又は５～８日に１ｍｇ／ｋｇにおいてデキサメタゾンを腹腔内投与した。８日目に投与した後、マウスをイソフルランで麻酔し、ベースライン測定に対してファウラーキャリパーで左耳を測定し、生理食塩水（１０μｌ）中のＫＬＨをマウスの左耳に皮内投与し、耳介厚測定値を２４時間時点で測定した。
図１７に２４時間の耳介測定の結果を示す。フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶは、３通りの用量、２Ｅ＋１１、２Ｅ＋０９及び２Ｅ＋０７（粒子数／投与に基づく）において比較された。ｓｍＥＶは効果的であり、曝露から２４時間後に耳介炎症の低減を示した。フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）から作成されたｓｍＥＶは、２つの最も高い用量において類似の有効性を示し、次いで最低投与量においていくらかの有効性を失った。
実施例９：ｓｍＥＶ単離及び列挙
必要な装置：
ＳＬＡ－３０００ローターを備えたＳｏｒｖａｌｌ ＲＣ－５Ｃ遠心機
Ｂｅｃｋｍａｎ－ＣｏｕｌｔｅｒによるＯｐｔｉｍａ ＸＥ－９０超遠心機
４５Ｔｉローター
Ｔｈｅｒｍｏ ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃによるＳｏｒｖａｌｌ ｗＸ＋Ｕｌｔｒａ Ｓｅｒｉｅｓ遠心機
Ｆｉｂｅｒｌｉｔｅ Ｆ３７Ｌ－８×１００ローター
１．微生物の上澄の収集及び濾過：
微生物ではなく、ｓｍＥＶを回収するために、微生物をペレット化し、上澄から濾過除去しなくてはならない。
ａ．微生物培養物のペレット化
ｉ．ＳＬＡ－３０００ローターを備えたＳｏｒｖａｌｌ ＲＣ－５Ｃ遠心機を使用し、最低７，０００ｒｐｍにおいて最低１５分間、培養物を遠心する。
ｉｉ．新しい及び滅菌容器内で上澄をデカントする。
ｂ．上澄の濾過
ｉ．０．２ｕｍフィルタを通して上澄を濾過する。
ｉｉ．濾過性が乏しい上澄（フィルタを通過する上澄が３００ｍｌ未満である）については、０．２ｕｍ真空フィルタの先に０．４５ｕｍカプセルフィルターを取り付ける。
ｉｉｉ．４℃で「濾過された」上澄を保管する。
ｉｖ．次いで、濾過された上澄を、ＴＦＦを使用して濃縮することができる。
２．超遠心分離を用いたｓｍＥＶの単離
超遠心機における濃縮上澄を遠心することにより、ｓｍＥＶがペレット化され、より小さい生体分子からｓｍＥＶが単離される。
ｉ．２００，０００×ｇの速度、時間を１時間、温度を４℃で設定する。
ｉｉ．ローターが停止している場合、超遠心機からチューブを除去し、上澄を穏やかに流し出す。
ｉｉｉ．さらに上澄を追加し、バランスをとり、再びチューブを遠心する。
ｉｖ．濃縮された全ての上澄を遠心した後、生成されたペレットは「粗製」ｓｍＥＶペレットと呼ばれる。
ｖ．滅菌１×ＰＢＳをペレットに添加し、容器に入れる。４℃の冷蔵庫内の振盪機、速度７０に一晩以上置く。
ｖｉ．さらなる滅菌１×ＰＢＳでｓｍＥＶペレットを再懸濁する。
１．再懸濁された粗製ｓｍＥＶ試料を４℃又は－８０℃で保管する。
３．密度勾配を用いたｓｍＥＶ精製
ｓｍＥＶ精製に密度勾配を用いる。超遠心分離中に、その「浮遊」密度に基づく段階的密度培地内で試料中の粒子が動き、分離する。このようにして、ｓｍＥＶは、試料中の糖類、脂質又は他のタンパク質など、他の粒子から分離される。
ａ．密度培地の調製
ｉ．ｓｍＥＶの精製では、４通りの異なるパーセンテージの密度培地（６０％オプティプレップ（Ｏｐｔｉｐｒｅｐ））、４５％層、３５％層、２５％及び１５％層が使用される。これにより、段階的な層が形成される。０％層が、滅菌１×ＰＢＳからなる上部に添加される。
ｉｉ．４５％勾配層は、粗製ｓｍＥＶ試料を含有するはずである。試料の５ｍｌがオプティプレップ１５ｍｌに添加される。粗製ｓｍＥＶ試料が５ｍｌ未満である場合、滅菌１×ＰＢＳを使用して体積を上げる。
ｂ．密度勾配アセンブリ
ｉ．血清ピペットを使用して、４５％勾配混合物を上下に穏やかにピペッティングし、混合する。次いで、ラベル付けした清潔な、滅菌超遠心機チューブに試料をピペッティングする。
ｉｉ．次に、１０ｍｌ血清ピペットを使用して、３５％勾配混合物１３ｍｌをゆっくりと添加する。
ｉｉｉ．２５％勾配混合物１３ｍｌ、続いて１５％混合物１３ｍｌ、最後に滅菌１×ＰＢＳ６ｍｌと続ける。
ｉｖ．滅菌１×ＰＢＳで超遠心機チューブを平衡化する。
ｖ．ローターにおいて注意深く勾配を置き、超遠心機を２００，０００×ｇ、温度４℃に設定する。最低１６時間遠心する。
ｃ．密度勾配からの精製ｓｍＥＶの除去
ｉ．清潔なピペットを使用して、対象の画分を取り出し、１５ｍｌコニカルチューブに添加する。
ｉｉ．「精製」ｓｍＥＶ試料を４℃に維持する。
ｄ．精製ｓｍＥＶからオプティプレップ物質を除去する
ｉ．ｓｍＥＶから残留するオプティプレップを浄化し、除去するために、１０×体積のＰＢＳを精製ｓｍＥＶに添加すべきである。
ｉｉ．超遠心機を２００，０００×ｇ、温度４℃に設定する。１時間遠心する。
ｉｉｉ．超遠心機からチューブを注意深く取り出し、上澄をデカントする。
ｉｖ．全ての試料がペレット化されるまで、精製ｓｍＥＶの「洗浄」を続ける。
ｖ．滅菌１×ＰＢＳを精製ペレットに添加し、容器に入れる。４℃の冷蔵庫内の振盪機、速度７０に一晩以上置く。
ｖｉ．さらなる滅菌１×ＰＢＳで「精製」ｓｍＥＶペレットを再懸濁する。
１．再懸濁された精製ｓｍＥＶ試料を４℃又は－８０℃で保管する。
実施例１０：フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶ Ｕ９３７試験プロトコル
細胞系の調製
１．ＦＢＳ ＨＥＰＥＳ、ピルビン酸ナトリウム及び抗生物質を添加したＲＰＭＩ培地中でＵ９３７単球細胞系（ＡＴＣＣ）を３７℃、５％ＣＯ２において増殖させた。
２．セロメーター（ｃｅｌｌｏｍｅｔｅｒ）を使用して、生／死染色で細胞を計数し、生存率を決定した。
３．２０ｎＭホルボール－１２－ミリステート－１３－アセテート（ＰＭＡ）を含むＲＰＭＩ培地中で、５×１０５細胞／ｍｌの濃度に細胞を希釈し、単球をマクロファージ様細胞に分化させた。
４．９６ウェルプレートの各ウェルに、細胞浮遊液２００マイクロリットルを添加し、５％ＣＯ２と共に３７℃で７２時間インキュベートした。
５．付着分化細胞を洗浄し、ＰＭＡを含有しない新たな培地中で、実験前に２４時間インキュベートした。
実験セットアップ
１．抗生物質を含有しないＲＰＭＩ培地中でｓｍＥＶを適切な濃度に希釈した（一般に、１×１０５～１×１０１０）。
２．無処置及びＴＬＲ２及び４アゴニスト対照試料も調製される。
３．分化Ｕ９３７細胞を含有する９６ウェルプレートを、抗生物質を含有しないＲＰＭＩ培地で洗浄し、残留する抗生物質を除去した。
４．洗浄したプレートに、ｓｍＥＶの懸濁液を添加した。
５．そのプレートを３７℃、５％ＣＯ２において２４時間インキュベートした。
実験のエンドポイント
１．共インキュベーションから２４時間後に、Ｕ９３７細胞から別々の９６ウェルプレートに上澄を除去した。ウェル内の明らかな溶解に関して、細胞を観察した。
２．２つの無処置ウェルは、上澄が除去されておらず、溶解バッファーをウェルに添加し、３７℃で３０分間インキュベートし、細胞を溶解した（最大溶解コントロール）。
３．製造元の説明書に従って、各上澄又は最大溶解コントロール５０マイクロリットルを新たな９６ウェルプレートに添加し、細胞溶解を決定した（ＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞毒性アッセイ，プロメガ社（Ｐｒｏｍｅｇａ））。
４．製造元の説明書に従って、Ｕ－ｐｌｅｘ ＭＳＤプレート（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ）を使用して、上澄からサイトカインを測定した。
フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株由来のｓｍＥＶは、ＰＭＡ－分化Ｕ９３７細胞からのサイトカイン産生を誘発する（図１８）。Ｕ９３７細胞を、濃度１×１０６～１×１０９においてフルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶ並びにＴＬＲ２（ＦＳＬ）及びＴＬＲ４（ＬＰＳ）アゴニストコントロールで２４時間処理し、サイトカイン産生を測定した。この株由来のｓｍＥＶの低濃度で見られた強い作用に留意されたい。「ブランク」は、培地コントロールを示す。
実施例１１：ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株ｓｍＥＶのＵ９３７試験プロトコル
細胞株の調製
１．Ｕ９３７単球細胞株（ＡＴＣＣ）を、３７℃で５％のＣＯ２を含み、ＦＢＳ ＨＥＰＥＳ、ピルビン酸ナトリウム及び抗生物質を添加したＲＰＭＩ培地で増殖させた。
２．生死判定染色と共に、細胞計を用いて細胞を計数し、生存率を決定した。
３．２０ｎＭホルボール－１２－ミリスタート－１３－アセタート（ＰＭＡ）を含むＲＰＭＩ培地で、細胞を１ｍｌ当たり５×１０５細胞の濃度に希釈し、単球をマクロファージ様細胞に分化させた。
４．２００マイクロリットルの細胞懸濁液を９６ウェルプレートの各ウェルに添加し、５％ＣＯ２と一緒に３７℃で７２時間インキュベートした。
５．接着分化細胞を洗浄し、ＰＭＡを含まない新鮮な培地で実験前に２４時間インキュベートした。
実験のセットアップ
１．ｓｍＥＶは、抗生物質を含まないＲＰＭＩ培地で適切な濃度に希釈した（通常、１×１０５～１×１０１０）。
２．無処置及びＴＬＲ２及び４アゴニスト対照サンプルも調製する
３．分化Ｕ９３７細胞を含有する９６ウェルプレートを、抗生物質を含まない新鮮なＲＰＭＩ培地で洗浄し、残留抗生物質を除去した。
４．洗浄したプレートにｓｍＥＶの懸濁液を添加した。
５．プレートを５％ＣＯ２と一緒に３７℃で２４時間インキュベートした。
実験のエンドポイント
１．２４時間の共培養後、上清をＵ９３７細胞から除去し、個別の９６ウェルプレートに移した。ウェル内の明らかな溶解（プラーク）について細胞を観察した。
２．２つの無処置ウェルでは上清を除去せず、溶解バッファーをウェルに添加し、３７℃で３０分間インキュベートして、細胞を溶解させた（最大溶解対照）。
３．５０マイクロリットルの各上清又は最大溶解対照を、新しい９６ウェルプレートに添加し、製造者の指示に従って細胞溶解を決定した（ＣｙｔｏＴｏｘ ９６（登録商標）Ｎｏｎ－Ｒａｄｉｏａｃｔｉｖｅ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ Ａｓｓａｙ，Ｐｒｏｍｅｇａ）。
４．製造者の指示に従い、Ｕ－ｐｌｅｘ ＭＳＤプレート（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ）を用いて、上清からサイトカインを測定した。
ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株由来のｓｍＥＶは、ＰＭＡ分化Ｕ９３７細胞からのサイトカイン産生を誘導する（図１９）。Ｕ９３７細胞は、１×１０６～１×１０９濃度のハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株ｓｍＥＶ並びにＴＬＲ２（ＦＳＬ）及びＴＬＲ４（ＬＰＳ）アゴニスト対照で２４時間処理し、サイトカイン産生を測定した。サイトカイン産生の段階的な増加に留意されたい。「ブランク」は、培地対照を示す。
実施例１２：フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株ｓｍＥＶ Ｕ９３７試験プロトコル
細胞株の調製
１．Ｕ９３７単球細胞株（ＡＴＣＣ）を、３７℃で５％のＣＯ２を含み、ＦＢＳ ＨＥＰＥＳ、ピルビン酸ナトリウム及び抗生物質を添加したＲＰＭＩ培地で増殖させた。
２．生死判定染色と共に、細胞計を用いて細胞を計数し、生存率を決定した。
３．２０ｎＭホルボール－１２－ミリスタート－１３－アセタート（ＰＭＡ）を含むＲＰＭＩ培地で、細胞を１ｍｌ当たり５×１０５細胞の濃度に希釈し、単球をマクロファージ様細胞に分化させた。
４．２００マイクロリットルの細胞懸濁液を９６ウェルプレートの各ウェルに添加し、５％ＣＯ２と一緒に３７℃で７２時間インキュベートした。
５．接着分化細胞を洗浄し、ＰＭＡを含まない新鮮な培地で実験前に２４時間インキュベートした。
実験のセットアップ
１．ｓｍＥＶを、抗生物質を含まないＲＰＭＩ培地で適切な濃度に希釈した（通常、１×１０５～１×１０１０）。
２．無処置及びＴＬＲ２及び４アゴニスト対照サンプルも調製する
３．分化Ｕ９３７細胞を含有する９６ウェルプレートを、抗生物質を含まない新鮮なＲＰＭＩ培地で洗浄し、残留抗生物質を除去した。
４．洗浄したプレートにｓｍＥＶの懸濁液を添加した。
５．プレートを５％ＣＯ２と一緒に３７℃で２４時間インキュベートした。
実験のエンドポイント
１．２４時間の共培養後、上清をＵ９３７細胞から除去し、個別の９６ウェルプレートに移した。ウェル内の明らかな溶解（プラーク）について細胞を観察した。
２．２つの無処置ウェルでは上清を除去せず、溶解バッファーをウェルに添加し、３７℃で３０分間インキュベートして、細胞を溶解させた（最大溶解対照）。
３．５０マイクロリットルの各上清又は最大溶解対照を、新しい９６ウェルプレートに添加し、製造者の指示に従って細胞溶解を決定した（ＣｙｔｏＴｏｘ ９６（登録商標）Ｎｏｎ－Ｒａｄｉｏａｃｔｉｖｅ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ Ａｓｓａｙ，Ｐｒｏｍｅｇａ）。
４．製造者の指示に従い、Ｕ－ｐｌｅｘ ＭＳＤプレート（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ）を用いて、上清からサイトカインを測定した。
フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株由来のｓｍＥＶは、ＰＭＡ－分化Ｕ９３７細胞からのサイトカイン産生を誘発する（図２０）。Ｕ９３７細胞を、濃度１×１０６～１×１０９においてフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株 ｓｍＥＶ並びにＴＬＲ２（ＦＳＬ）及びＴＬＲ４（ＬＰＳ）アゴニストコントロールで２４時間処理し、サイトカイン産生を測定した。この株由来のｓｍＥＶの低濃度で見られた強い作用に留意されたい。「ブランク」は、培地コントロールを示す。
実施例１３：マウス腫瘍モデルを処置するためのｐｍＥＶ組成物の投与
実施例２に記載したように、癌のマウスモデルは、腫瘍細胞株又は患者由来の腫瘍サンプルを健康なマウスに皮下注射し、それを生着させることによって作製する。本明細書に提供される方法は、いくつかの異なる腫瘍細胞株の１つを用いて実施することができ、こうしたものとして、限定されないが、黒色腫の同所性モデルとしてのＢ１６－Ｆ１０又はＢ１６－Ｆ１０－ＳＩＹ細胞、膵臓癌の同所性モデルとしてのＰａｎｃ０２細胞（Ｍａｌｅｔｚｋｉ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ｇｕｔ ５７：４８３－４９１）、肺癌の同所性モデルとしてのＬＬＣ１細胞及び前立腺癌の同所性モデルとしてのＲＭ－１が挙げられる。例として、限定するものではないが、Ｂ１６－Ｆ１０モデルにおいてｐｍＥＶの有効性を試験する方法が本明細書に詳細に提供される。
非常に高い転移頻度を有する自然性黒色腫の同系マウスモデルを使用して、腫瘍の増殖及び転移の広がりを低減する細菌の能力を試験する。このアッセイのために選択されたｐｍＥＶは、免疫細胞サブセットの活性化の増強を呈示し、且つ腫瘍細胞の殺傷の増強をインビトロで刺激し得る組成物である。マウス黒色腫細胞株Ｂ１６－Ｆ１０は、ＡＴＣＣから取得する。細胞は、空気中５％ＣＯ２の雰囲気下３７℃の、１０％熱不活性化ウシ胎児血清及び１％ペニシリン／ストレプトマイシンを添加したＲＰＭＩ培地中で単層としてインビトロで培養する。指数関数的に増殖する腫瘍細胞をトリプシン処理により採取し、低温１×ＰＢＳで３回洗浄し、５Ｅ６細胞／ｍｌの懸濁液を投与用に調製する。この実験には、雌のＣ５７ＢＬ／６マウスを使用する。マウスは、６～８週齢で、体重が約１６～２０ｇである。腫瘍を発生させるために、各マウスに１００μｌのＢ１６－Ｆ１０細胞懸濁液を脇腹にＳＣ注射する。マウスは、細胞移植前にケタミン及びキシラジンにより麻酔する。実験に使用される動物は、２日目から５日目までの、カナマイシン（０．４ｍｇ／ｍｌ）、ゲンタマイシン（０．０３５ｍｇ／ｍｌ）、コリスチン（８５０Ｕ／ｍｌ）、メトロニダゾール（０．２１５ｍｇ／ｍｌ）及びバンコマイシン（０．０４５ｍｇ／ｍｌ）のカクテルの飲料水への点滴による抗生物質処置で開始し、腫瘍注射後７日目にクリンダマイシン（１０ｍｇ／ｋｇ）を腹腔内注射する。
原発性側腹部腫瘍のサイズは、２～３日毎にカリパーで測定し、腫瘍体積は次の式を用いて計算する：腫瘍体積＝腫瘍幅×腫瘍の長さ×０．５。原発腫瘍が約１００ｍｍ３に達した後、動物を体重に基づいていくつかの群に分類する。次に、マウスを各群からランダムに取り出し、処置群に割り当てる。ｐｍＥＶ組成物は、以前記載されているように調製する。マウスに、約７．０ｅ＋０９～３．０ｅ＋１２ｐｍＥＶ粒子の強制経口投与により経口接種する。代わりに、ｐｍＥＶを静脈内投与する。マウスは、全処置期間を通して、毎日、毎週、隔週、毎月、隔月又はいずれか他の投与スケジュールでｐｍＥＶを受ける。マウスの尾静脈にｐｍＥＶをＩＶ注射するか、又は腫瘍に直接注射し得る。マウスには、生菌と一緒に若しくは生菌なしでｐｍＥＶを、且つ／又は不活性化／弱毒化若しくは死滅細菌と一緒に若しくはそれらなしでｐｍＥＶを注射することができる。マウスには、毎週又は月に１回注射若しくは強制経口投与することができる。マウスは、腫瘍を殺傷する可能性を最大化するために、精製済ｐｍＥＶと生菌との組み合わせを投与され得る。全てのマウスは、承認されたプロトコルに従い、特定の病原体のない条件下で収容される。腫瘍サイズ、マウスの体重、体温を３～４日毎にモニターし、Ｂ１６－Ｆ１０マウス黒色腫細胞注射の６週間後又は原発腫瘍の体積が１０００ｍｍ３に達したときにマウスを人道的に犠牲にする。血液を毎週採取し、プロトコルの終了時に無菌条件下での完全な剖検を実施する。
癌細胞は、メラニン産生により、マウスＢ１６－Ｆ１０黒色腫モデルで容易に視覚化することができる。標準的なプロトコルに従い、リンパ節からの組織サンプルと頸部及び胸部からの臓器が収集され、ミクロ及びマクロ転移巣の存在が下記の分類規則を使用して分析される。リンパ節又は臓器毎に少なくとも２つのミクロ転移巣病巣と１つのマクロ転移巣病巣が認められた場合、臓器は転移陽性として分類される。ミクロ転移巣は、当業者に周知の標準プロトコルに従い、パラフィン包埋リンパ組織切片をヘマトキシリン・エオシンで染色することにより検出される。転移の総数は、原発腫瘍の体積と相関しており、腫瘍の体積は、腫瘍の増殖時間並びにリンパ節及び内臓のマクロ及びミクロ転移巣の数、さらに観察された全ての転移の合計と有意に相関することが判明している。以前記載されているように、２５の異なる転移部位が明らかにされている（Ｂｏｂｅｋ Ｖ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｙｎｇｅｎｅｉｃ ｌｙｍｐｈ－ｎｏｄｅ－ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｇｒｅｅｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ Ｌｅｗｉｓ ｌｕｎｇ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ，２００４；２１（８）：７０５－８）。
腫瘍浸潤リンパ球について、腫瘍組織サンプルをさらに分析する。ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞をＦＡＣＳにより単離することができ、次に、カスタマイズされたｐ／ＭＨＣクラスＩマイクロアレイを用いてさらに分析して、それらの抗原特異性を明らかにすることができる（例えば、Ｄｅｖｉｒｅｎ Ｇ．，ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｏｎ ｐ／ＭＨＣ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．，２００７ Ｊａｎ－Ｆｅｂ；２０（１）：３２－８を参照されたい）。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、カスタマイズされたｐ／ＭＨＣクラスＩＩマイクロアレイを用いて分析することができる。
様々な時点でマウスを犠牲にし、腫瘍、リンパ節又は他の組織を、当技術分野で公知の方法を用いるエクスビボフローサイトメトリー分析のために摘出し得る。例えば、腫瘍は、製造業者の指示に従い、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ腫瘍解離酵素カクテルを用いて解離させる。腫瘍の重量を記録し、腫瘍を細断した後、酵素カクテルの入った１５ｍｌのチューブに入れて氷上に配置する。次に、３７℃で穏やかな振盪器上にサンプルを４５分間配置し、最大１５ｍｌの完全ＲＰＭＩでクエンチングする。各細胞懸濁液を、７０μｍフィルタで漉して５０ｍｌファルコンチューブに移し、１０００ｒｐｍで１０分間遠心分離する。細胞をＦＡＣＳバッファーに再懸濁させ、洗浄して残屑を除去する。必要に応じて、サンプルを第２の７０μｍフィルタで再度漉して、新しいチューブに移す。細胞は、当技術分野で公知の技術を用いるフローサイトメトリーによる分析のために染色する。染色抗体は、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４及び抗ＣＤ１０３を含み得る。分析することができる他のマーカーとしては、汎免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ－ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒγｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ－１、ＣＴＬＡ－４）及びマクロファージ／骨髄マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ－Ｌ１、Ｇｒ－１）が挙げられる。免疫表現型検査以外に、血清サイトカインも分析することができ、そうしたものとして、限定されないが、ＴＮＦａ、ＩＬ－１７、ＩＬ－１３、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ－１０、ＩＬ－６、ＩＬ－５、ＩＬ－４、ＩＬ－２、ＩＬ－１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ－ＣＳＦ、Ｇ－ＣＳＦ、Ｍ－ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ及びＭＣＰ－１が挙げられる。サイトカイン分析は、リンパ節若しくは他の組織から得られた免疫細胞及び／又はエクスビボで得られた精製済ＣＤ４５＋腫瘍浸潤免疫細胞に対して実施することができる。最後に、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定するために、腫瘍切片に対して免疫組織染色を実施する。
同じ実験を、複数の肺黒色腫転移のマウスモデルでも実施する。マウス黒色腫細胞株Ｂ１６－ＢＬ６は、ＡＴＣＣから取得し、前述したように細胞をインビトロで培養する。この実験には雌のＣ５７ＢＬ／６マウスを使用する。マウスは、６～８週齢で、体重は、約１６～２０ｇである。腫瘍を発生させるために、各マウスにＢ１６－ＢＬ６細胞の２Ｅ６細胞／ｍｌ懸濁液１００μｌを尾静脈に注射する。ＩＶ注射時に生着する腫瘍細胞は、最終的に肺に到達する。
９日後にマウスを人道的に犠牲にする。肺を計量し、肺表面上の肺結節の存在について分析する。摘出した肺をフェケテ液（Ｆｅｋｅｔｅ’ｓ ｓｏｌｕｔｉｏｎ）で漂白する（これは、Ｂ１６細胞中のメラニンのために腫瘍結節を漂白しないが、結節のごく一部は無色素性（即ち白）である）。腫瘍結節の数を注意深く計数して、マウスにおける腫瘍量を決定する。典型的には、２００～２５０個の肺結節が対照群マウス（即ちＰＢＳ強制経口投与）の肺に見出される。
腫瘍量のパーセンテージを３つの処置群について計算する。腫瘍量のパーセンテージは、処置群に属するマウスの肺表面上の肺結節の平均数を、対照群マウスの肺表面上の肺結節の平均数で割ったものとして定義される。
腫瘍生検及び血液サンプルは、ＬＣＭＳ技術又は当技術分野で公知の他の方法による代謝分析のために提出される。試験群間で、代謝産物の中でもとりわけ、アミノ酸、糖、乳酸塩の異なるレベルは、微生物組成物が腫瘍代謝状態を崩壊させる能力を実証するものである。
作用機序を決定するためのＲＮＡ ｓｅｑ
樹状細胞は、腫瘍、パイエル板及び腸間膜リンパ節から精製する。ＲＮＡｓｅｑ解析を実施し、当業者に周知の標準的な技術に従って解析する（Ｚ．Ｈｏｕ．Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ．５（９５７０）：ｄ ｏｉ：１０．１０３８／ｓｒｅｐ０９５７０（２０１５））。解析では、ＴＬＲ、ＣＬＲ、ＮＲＲ及びＳＴＩＮＧ、サイトカイン、ケモカイン、抗原プロセシング及び提示経路、クロスプレゼンテーション及びＴ細胞共刺激を含む内在性炎症経路遺伝子が特に注目される。
一部のマウスは、犠牲にするのではなく、反対側の脇腹（又は他の部位）への腫瘍細胞注入で再チャレンジして、腫瘍増殖に対する免疫系の記憶応答の影響を決定することもできる。
実施例１４：ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１阻害と組み合わせてマウス腫瘍モデルを処置するためのｐｍＥＶの投与
腫瘍マウスモデルにおけるｐｍＥＶの有効性を決定するために、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１阻害と組み合わせて、マウス腫瘍モデルを前述のように使用し得る。
ｐｍＥＶは、単独で又は全細菌細胞と組み合わせて、抗ＰＤ－１若しくは抗ＰＤ－Ｌ１との併用有り又はなしで、マウス腫瘍モデルにおけるその有効性について試験する。ｐｍＥＶ、細菌細胞及び／又は抗ＰＤ－１若しくは抗ＰＤ－Ｌ１は、様々な時点において様々な用量で投与する。例えば、腫瘍注入後１０日目又は腫瘍体積が１００ｍｍ３に達した後、ｐｍＥＶ単独で又は抗ＰＤ－１若しくは抗ＰＤ－Ｌ１と併用してマウスを処置する。
マウスには、ｐｍＥＶを経口、静脈内又は腫瘍内投与することができる。例えば、一部のマウスには、７．０ｅ＋０９～３．０ｅ＋１２ｐｍＥＶ粒子を静脈内注射する。一部のマウスにはｉ．ｖ．注射によりｐｍＥＶを投与するが、他のマウスは、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻経路投与、強制経口投与又は他の投与手段でｐｍＥＶを投与され得る。一部のマウスは、毎日（例えば、１日目から）ｐｍＥＶを投与され得るが、他のマウスは、別の間隔（例えば、１日おき又は３日に１回）でｐｍＥＶを投与され得る。マウスの群に、ｐｍＥＶと細菌細胞の混合物を含む本発明の医薬組成物を投与し得る。例えば、組成物は、ｐｍＥＶ粒子と全細菌とを１：１（ｐｍＥＶ：細菌細胞）～１～１×１０１２：１（ｐｍＥＶ：細菌細胞）の比で含み得る。
代わりに、一部のマウス群に、ｐｍＥＶ投与とは別の又は混合された投与で１×１０４～５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ｐｍＥＶと同様に、細菌細胞の投与は、投与経路、用量及びスケジュールによって変動し得る。細菌細胞は、生存、死滅又は弱毒化のいずれでもあり得る。細菌細胞は、新鮮な状態で採取して（若しくは凍結して）投与するか、又はｐｍＥＶを投与する前に照射又は加熱殺菌することができる。いくつかのマウス群には、有効用量のチェックポイント阻害剤も注射する。例えば、マウスに、１００μｇの抗ＰＤ－Ｌ１ ｍＡＢ（クローン１０ｆ．９ｇ２、ＢｉｏＸＣｅｌｌ）又は１００μｌのＰＢＳ中の別の抗ＰＤ－１若しくは抗ＰＤ－Ｌ１ ｍＡＢを投与し、一部のマウスには、ビヒクル及び／又は他の適切な対照（例えば、対照抗体）を投与する。最初の注射の３、６及び９日後、マウスにｍＡＢを注射する。チェックポイント阻害とｐｍＥＶ免疫療法が相加的な抗腫瘍効果を有するかどうかを評価するために、抗ＰＤ－１又は抗ＰＤ－Ｌ１ ｍＡＢを受けた対照マウスを標準コントロールパネルに加える。主要（腫瘍サイズ）及び副次（腫瘍浸潤リンパ球及びサイトカイン分析）エンドポイントを評価し、記憶応答に対する処置の効果を評価するために、一部のマウス群を後の腫瘍細胞接種で再チャレンジし得る。
実施例１５：細菌ｐｍＥＶの標識
ｐｍＥＶは、様々な調製物及び哺乳類細胞で実施されるアッセイにおいて、その生体分布をインビボで追跡し、細胞局在を定量化及び追跡するために標識され得る。例えば、ｐｍＥＶは、放射性標識、色素とのインキュベート、蛍光標識、発光標識され得るか、又は金属及び金属の同位体を含むコンジュゲートで標識され得る。
例えば、ｐｍＥＶは、ＮＨＳエステル、クリック化学基、ストレプトアビジン又はビオチンなどの官能基に共役させた色素と一緒にインキュベートされ得る。標識反応は、様々な温度で数分又は数時間にわたり、攪拌若しくは回転しながら又は攪拌若しくは回転なしで起こり得る。次に、プロトコルに応じて、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）などの試薬又は類似の薬剤を添加することにより反応を停止することができ、続いて超遠心分離、濾過、遠心濾過、カラムアフィニティー精製又は透析によって遊離又は未結合の色素分子を除去する。洗浄バッファー及びボルテックス又は攪拌を含む追加の洗浄工程を使用して、Ｓｕ Ｃｈｕｌ Ｊａｎｇ ｅｔ ａｌ，Ｓｍａｌｌ．１１，Ｎｏ．４，４５６－４６１（２０１７）に記載されているような遊離色素分子の完全な除去を確実にすることができる。
任意選択で、ｐｍＥＶは、５．０Ｅ１２粒子／ｍｌ（３００ｕｇ）に濃縮し、２×濃縮ＰＢＳバッファーｐＨ８．２を用いて１．８ｍｏまで希釈した後、ベンチトップ超遠心分離機を使用し、４Ｃで１６５，０００×ｇの遠心分離によりペレット化する。このペレットを３００ｕｌの２×ＰＢＳ ｐＨ８．２に再懸濁させてから、ＮＨＳエステル蛍光色素を１０ｍＭ色素ストック（ＤＭＳＯに溶解）から最終濃度０．２ｍＭで添加する。サンプルを２４℃で１．５時間穏やかに攪拌した後、４℃で一晩インキュベートする。未反応の遊離色素は、１×ＰＢＳバッファーを使用し、３００ｕｌ最終容量に再懸濁して、前述のように希釈／ペレット化の工程を２回繰り返すことにより除去する。
蛍光標識ｐｍＥＶは、共焦点顕微鏡検査、ナノ粒子トラッキング解析、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣ）又はＯｄｙｓｓｅｙ ＣＬｘ ＬＩＣＯＲなどの蛍光イメージングシステムにより、細胞若しくは臓器又はインビトロ及び／若しくはエクスビボのサンプル中に検出される（例えば、Ｗｉｋｌａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１５．Ｊ．Ｏｕｔｓｉｄｅ Ｖｅｓｉｃｌｅｓ．４：１０．３４０２／ｊｅｖ．ｖ４．２６３１６を参照されたい）。さらに、蛍光標識ｐｍＥＶは、Ｈ－Ｉ．Ｃｈｏｉ，ｅｔ ａｌ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ＆Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ．４９：ｅ３３０（２０１７）にあるように、ＩＶＩＳ ｓｐｅｃｔｒｕｍ ＣＴ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）若しくはＰｅａｒｌ Ｉｍａｇｅｒなどの機器を使用して、全動物並びに／又は解剖された臓器及び組織でも検出される。
ｐｍＥＶは、前述のプロトコルを使用して、金属及び金属の同位体を含有するコンジュゲートで標識され得る。金属結合ｐｍＥＶは、インビボで動物に投与することができる。その後、様々な時点で臓器から細胞を採取し、エクスビボで分析する。代わりに、動物、ヒト又は不死化細胞株に由来する細胞をインビトロで、金属標識ｐｍＥＶで処理し、続いて細胞を金属結合抗体で標識し、Ｈｅｌｉｏｓ ＣｙＴＯＦ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）などのＴｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ（ＣｙＴＯＦ）機器によるサイトメトリーを用いて表現型検査するか、又はＨｙｐｅｒｉｏｎ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）などのイメージングマスサイトメトリー機器を用いて画像化及び解析することができる。さらに、ｐｍＥＶに放射性同位元素を標識して、ｐｍＥＶの生体分布を追跡することもできる（例えば、Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｎｏｓｃａｌｅ．２０１４ Ｍａｙ ７；６（９）：４９２８－３５を参照されたい）。
実施例１６：細菌ｐｍＥＶを視覚化するための透過型電子顕微鏡検査
ｐｍＥＶは、細菌バッチ培養物から調製する。透過型電子顕微鏡（ＴＥＭ）を使用して、精製済細菌ｐｍＥＶを視覚化することができる（Ｓ．Ｂｉｎ Ｐａｒｋ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．６（３）：ｅ１７６２９（２０１１）。３００メッシュ又は４００メッシュサイズのカーボンコート銅グリッド（Ｅｌｅｃｔｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＵＳＡ）にｐｍＥＶを２分間載せた後、脱イオン水で洗浄する。２％（ｗ／ｖ）酢酸ウラニルを使用して、ｐｍＥＶを２０秒～１分間ネガティブ染色する。銅グリッドを滅菌水で洗浄し、乾燥させる。１００～１２０ｋＶの加速電圧を用いる透過型電子顕微鏡を使用して、画像を取得する。染色されたｐｍＥＶは、直径２０～６００ｎｍで出現し、電子密度が高い。各グリッドの１０～５０個のフィールドをスクリーニングする。
実施例１７：ｐｍＥＶ組成及び含量のプロファイリング
ｐｍＥＶは、様々な方法のいずれか１つで特性決定することができ、そうした方法として、限定されないが、ＮａｎｏＳｉｇｈｔ特性決定、ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル電気泳動、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、液体クロマトグラフィー－質量分析及び質量分析、動的光散乱、脂質レベル、総タンパク質、脂質及びタンパク質比、核酸分析並びに／又はゼータ電位が挙げられる。
ｐｍＥＶのナノサイト特性決定
ナノ粒子トラッキング解析（ＮＴＡ）を使用して、精製済細菌ｐｍＥＶのサイズ分布を特性決定する。精製済ｐｍＥＶ調製物をＮａｎｏＳｉｇｈｔ ｍａｃｈｉｎｅ（Ｍａｌｖｅｒｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）に供して、ｐｍＥＶのサイズ及び濃度を評価する。
ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル電気泳動
精製済ｐｍＥＶのタンパク質成分を同定するために、標準的な技術を使用して、ゲル、例えば、Ｂｏｌｔ Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓ Ｐｌｕｓ４－１２％ゲル（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）上でサンプルを泳動させる。サンプルを１×ＳＤＳサンプルバッファー中で１０分間煮沸し、４℃に冷却した後、１６，０００×ｇで１分間遠心分離する。次に、サンプルをＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル上で泳動させ、バンド視覚化のためのいくつかの標準的な技術（例えば、シルバー染色、クーマシーブルー、ゲルコードブルーなど）の１つを使用して染色する。
ウエスタンブロット解析
精製済ｐｍＥＶの特定のタンパク質成分を同定及び定量するために、前述のようにＳＤＳ－ＰＡＧＥによりｐｍＥＶタンパク質を分離し、ウエスタンブロット解析（Ｃｖｊｅｔｋｏｖｉｃ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．６，３６３３８（２０１６））に付し、ＥＬＩＳＡにより定量する。
ｐｍＥＶプロテオミクス及び液体クロマトグラフィー－質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）並びに質量分析（ＭＳ）
質量分析技法により、ｐｍＥＶに存在するタンパク質を同定及び定量する。ｐｍＥＶタンパク質は、Ｅｒｉｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ，２０１７（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ，ＶＯＬＵＭＥ ６５，ＩＳＳＵＥ ２，Ｐ３６１－３７０，ＪＡＮＵＡＲＹ １９，２０１７）に記載されているように、ジチオトレイトール溶液（ＤＴＴ）を用いたタンパク質還元並びにＬｙｓＣ及びトリプシンなどの酵素を用いたタンパク質消化を含む標準的な技術を用いて、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ用に調製することができる。代わりに、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．２０１０（ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＢＡＣＴＥＲＩＯＬＯＧＹ，Ｊｕｎｅ２０１０，ｐ．２８５２－２８６０ Ｖｏｌ．１９２，Ｎｏ．１１）、Ｋｉｅｓｅｌｂａｃｈ及びＯｓｃａｒｓｓｏｎ ２０１７（Ｄａｔａ Ｂｒｉｅｆ．２０１７ Ｆｅｂ；１０：４２６－４３１）、Ｖｉｌｄｈｅｄｅ ｅｔ ａｌ，２０１８（Ｄｒｕｇ Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ ａｎｄ Ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ Ｆｅｂｒｕａｒｙ ８，２０１８）によって記載されている通りにペプチドを調製する。消化後、ペプチド調製物を液体クロマトグラフィー及び質量分析装置上で直接ランし、単一サンプル内のタンパク質同定を実施する。サンプル間のタンパク質の相対定量のために、ｉＴＲＡＱ Ｒｅａｇｅｎｔ－８ｐｌｅｘ Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）又はＴＭＴ １０ｐｌｅｘ及び１１ｐｌｅｘ Ｌａｂｅｌ Ｒｅａｇｅｎｔｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，ＣＡ，ＵＳＡ）を用いて、異なるサンプルからのペプチド消化物をアイソバリックタグ（ｉｓｏｂａｒｉｃ ｔａｇ）で標識する。各ペプチド消化物を異なるアイソバリックタグで標識した後、標識消化物を１つのサンプル混合物中に合わせる。合わせたペプチド混合物を、同定及び定量の両方のためにＬＣ－ＭＳ／ＭＳにより分析する。ＬＣ－ＭＳ／ＭＳデータを用いてデータベース検索を実施して、標識ペプチド及び対応するタンパク質を同定する。アイソバリック標識の場合、付着したタグの断片化により、低分子量レポーターイオンが生成され、これを用いて、各ｐｍＥＶに存在するペプチド及びタンパク質の相対定量を取得する。
さらに、質量分析と組み合わせた液体クロマトグラフィー技術を使用して、代謝物含量を確認する。様々なサンプルのメタボローム含量を決定するために多種多様な技術が存在し、溶媒抽出、クロマトグラフィー分離及び質量決定と組み合わせた多様なイオン化技術を含め、当業者に周知である（Ｒｏｂｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ ２０１２ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ．Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．３０：１－２４；Ｄｅｔｔｍｅｒ ｅｔ ａｌ ２００７，Ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ－ｂａｓｅｄ ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ．Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ Ｒｅｖ．２６（１）：５１－７８）。非限定的な例として、ＬＣ－ＭＳシステムは、１１００シリーズポンプ（Ａｇｉｌｅｎｔ）及びＨＴＳ ＰＡＬオートサンプラー（Ｌｅａｐ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と組み合わせた４０００ＱＴＲＡＰトリプル四重極質量分析計（ＡＢ ＳＣＩＥＸ）を含む。安定した同位体標識内部標準（バリン－ｄ８、Ｉｓｏｔｅｃ；及びフェニルアラニン－ｄ８、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｉｓｏｔｏｐｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含む７４．９：２４．９：０．２（ｖ／ｖ／ｖ）アセトニトリル／メタノール／ギ酸を９容量使用して、培地サンプル又は他の複雑な代謝混合物（約１０μＬ）を抽出する。標準は、目的の代謝物に応じて調整又は変更することができる。サンプルを遠心分離（１０分、９，０００×ｇ、４℃）し、ＨＩＬＩＣカラム（１５０×２．１ｍｍ、３μｍ粒径）に溶液を注入することにより、上清（１０μＬ）をＬＣＭＳに付す。カラムは、５％移動相［１０ｍＭギ酸アンモニウム、０．１％ギ酸水溶液］の速度２５０ｕＬ／分で１分間の流動、続いて４０％移動相［０．１％ギ酸を含むアセトニトリル］の溶液への１０分にわたる直線勾配により溶出される。イオンスプレー電圧は４．５ｋＶに設定され、ソース温度は４５０℃である。
マススペクトルピーク積分のためのＡＢ ＳＣＩＥＸ製のＭｕｌｔｉｑｕａｎｔ １．２のような市販のソフトウェアを使用して、データを解析する。目的のピークを手動でキュレーションし、標準と比較してピークの同一性を確認する必要がある。適切な標準を用いた定量を実施して、細菌のコンディショニング後及び腫瘍細胞増殖後の初期培地中に存在する代謝物の数を決定する。ピーク同定のために、限定されないが、ＮＩＳＴデータベースなどの代謝物データベースを用いて、ノンターゲットメタボロミクスアプローチを使用し得る。
動的光散乱（ＤＬＳ）
様々なｐｍＥＶ調製物中の異なるサイズの粒子の分布を含むＤＬＳ測定値を、ＤｙｎａＰｒｏ ＮａｎｏＳｔａｒ（Ｗｙａｔｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）及びＺｅｔａｓｉｚｅｒ Ｎａｎｏ ＺＳ（Ｍａｌｖｅｒｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）などの機器を使用して取得する。
脂質レベル
脂質レベルは、Ａ．Ｊ．ＭｃＢｒｏｏｍ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ １８８：５３８５－５３９２．及びＡ．Ｆｒｉａｓ，ｅｔ ａｌ．Ｍｉｃｒｏｂ Ｅｃｏｌ．５９：４７６－４８６（２０１０）により記載されるものと同様の方法により、ＦＭ４－６４（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅ）を使用して定量化する。サンプルをＦＭ４－６４と一緒にインキュベートする（ＰＢＳ中３．３μｇ／ｍＬ、３７℃の暗所で１０分）。５１５ｎｍでの励起後、６３５ｎｍでの発光を、Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ Ｍ５プレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）を使用して測定する。未知のサンプルを既知濃度の標準（パルミトイルオレオイルホスファチジルグリセロール（ＰＯＰＧ）小胞など）と比較することにより、絶対濃度を決定する。リピドミクスを用いて、ｐｍＥＶに存在する脂質を同定することができる。
総タンパク質
ブラッドフォードアッセイ及びＢＣＡアッセイなどの標準アッセイにより、タンパク質レベルを定量化する。ブラッドフォードアッセイは、製造者のプロトコルに従い、Ｑｕｉｃｋ Ｓｔａｒｔ Ｂｒａｄｆｏｒｄ １×Ｄｙｅ Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）を使用して実施する。ＢＣＡアッセイは、Ｐｉｅｒｃｅ ＢＣＡ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ａｓｓａｙ Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して実施する。絶対濃度は、既知濃度のＢＳＡから作成した標準曲線との比較によって決定される。代わりに、Ｎａｎｏｄｒｏｐ分光光度計（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で測定される２８０ｎｍ（Ａ２８０）でのサンプル吸光度を使用し、ベール－ランバート（Ｂｅｅｒ－Ｌａｍｂｅｒｔ）式を用いてタンパク質濃度を計算することができる。さらに、プロテオミクスを使用して、サンプル中のタンパク質を同定することもできる。
脂質：タンパク質比
脂質：タンパク質比は、脂質濃度をタンパク質濃度で割ることによって得られる。これらは、各調製物中の遊離タンパク質と比較した小胞の純度の尺度を提供する。
核酸分析
ｐｍＥＶから核酸を抽出し、Ｑｕｂｉｔ蛍光光度計を使用して定量する。バイオアナライザーを使用して、粒度分布を評価し、物質を配列決定する。
ゼータ電位
Ｚｅｔａｓｉｚｅｒ ＺＳ（Ｍａｌｖｅｒｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）などの機器を使用して、様々な調製物のゼータ電位を測定する。
実施例１８：腫瘍細胞と一緒にインキュベートした場合のＣＤ８＋Ｔ細胞殺傷の活性化増強のためのｐｍＥＶのインビトロスクリーニング
腫瘍細胞のＣＤ８＋Ｔ細胞殺傷を活性化することができるｐｍＥＶをスクリーニングするためのインビトロ方法が記載される。手短には、当技術分野で公知の技術を用いて、ヒトＰＢＭＣ又はマウス脾臓からＤＣを単離し、単一株ｐｍＥＶ、ｐｍＥＶの混合物及び／又は適切な対照と共にインビトロでインキュベートする。さらに、当技術分野で公知の技術、例えば、磁気ビーズベースのマウスＣＤ８ａ＋Ｔ細胞分離キット及び磁気ビーズベースのヒトＣＤ８＋Ｔ細胞単離キット（いずれもＭｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡから）を用いて、ヒトＰＢＭＣ又はマウス脾臓から、ＣＤ８＋Ｔ細胞を取得する。ＤＣをｐｍＥＶと一定時間（例えば、２４時間）インキュベートするか、又はＤＣをｐｍＥＶ刺激上皮細胞とインキュベートした後、ｐｍＥＶを細胞培養物から取り出と共にＰＢＳ洗浄してから、抗生物質を含む１００ｕｌの新鮮な培地を各ウェルに添加し、２００，０００個のＴ細胞を９６ウェルプレートの各実験ウェルに添加する。抗ＣＤ３抗体を最終濃度２ｕｇ／ｍｌで添加する。その後、共培養物を通常の酸素条件下、３７℃で９６時間インキュベートする。
例えば、共培養インキュベーションの約７２時間後、当技術分野で公知の技術を用いたアッセイに使用するために、腫瘍細胞を播種する。例えば、５０，０００個の腫瘍細胞／ウェルを新しい９６ウェルプレートにウェル毎に播種する。使用されるマウス腫瘍細胞株は、Ｂ１６．Ｆ１０、ＳＩＹ＋Ｂ１６．Ｆ１０などを含み得る。ヒト腫瘍細胞株は、ドナーとＨＬＡ適合しており、ＰＡＮＣ－１、ＵＮＫＰＣ９６０／９６１、ＵＮＫＣ及びＨＥＬＡ細胞株を含み得る。９６時間の共培養の完了後、１００μｌのＣＤ８＋Ｔ細胞とＤＣ混合物を、腫瘍細胞含有のウェルに移す。通常の酸素条件下、３７℃で２４時間プレートをインキュベートする。細胞死を計数するための陰性対照としてスタウロスポリンを使用し得る。
このインキュベーションに続いて、フローサイトメトリーを使用して、腫瘍細胞死を測定し、免疫細胞表現型を特徴付ける。腫瘍細胞を生存率染色で染色する。ＦＡＣＳ解析を用いて、腫瘍細胞で特異的にゲートし、死んだ（殺された）腫瘍細胞のパーセンテージを測定する。データは、死んだ腫瘍細胞の絶対数／ウェルとしても示される。細胞毒性ＣＤ８＋Ｔ細胞表現型は、以下の方法：ａ）以下に記載の培養上澄中の上澄グランザイムＢ、ＩＦＮｙ及びＴＮＦａの濃度、ｂ）活性化マーカー、例えばＤＣ６９、ＣＤ２５、ＣＤ１５４、ＰＤ－１、ガンマ／デルタＴＣＲ、Ｆｏｘｐ３、Ｔ－ｂｅｔ、グランザイムＢのＣＤ８＋Ｔ細胞表面発現、ｃ）ＣＤ８＋Ｔ細胞中のＩＦＮｙ、グランザイムＢ、ＴＮＦａの細胞内サイトカイン染色によって特徴付けられ得る。ＩＮＦｙ、ＴＮＦａ、ＩＬ－１２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－１７、ＩＬ－１０、ケモカイン等の上澄サイトカイン濃度に加えて、細胞内サイトカイン染色によってＣＤ４＋Ｔ細胞表現型も評価され得る。
ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化のさらなる基準として、Ｔ細胞をＤＣと共に９６時間インキュベーションした後に、培養上澄１００μｌをウェルから取り出し、ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｍａｇｐｉｘ．Ｋｉｔ（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，ダルムシュタット（Ｄａｒｍｓｔａｄｔ），ドイツ（Ｇｅｒｍａｎｙ））を使用して、分泌サイトカイン、ケモカイン及び成長因子について分析する。簡潔には、ウェルをバッファーで予め濡らし、１×抗体被覆磁気ビーズ２５μｌを添加し、マグネットを用いて全てのウェルにおいて洗浄バッファー２×２００μｌを実施した。インキュベーションバッファー５０μｌ、希釈液５０μｌ及び試料５０μｌを添加し、暗所において室温で振盪によって２時間混合した。次いで、洗浄バッファー２００μｌでビーズを２回洗浄した。１×ビオチン標識検出抗体１００μｌを添加し、暗所で振盪しながら懸濁液を１時間インキュベートする。２回の２００μｌ洗浄を洗浄バッファーで行う。１×ＳＡＶ－ＲＰＥ試薬１００μｌを各ウェルに添加し、暗所で室温において３０分間インキュベートする。３回の２００μｌ洗浄を行い、洗浄バッファー１２５μｌを添加し、２～３分振盪する。次いで、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰシステムにおける解析にウェルをかける。
標準物質により、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－ｇ、ＩＦＮ－ａ、ＩＦＮ－ＢＩＬ－１ａ、ＩＬ－１Ｂ、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、ＩＬ－１２（ｐ４０／ｐ７０）、ＩＬ－１７、ＩＬ－２３、ＩＰ－１０、ＫＣ、ＭＣＰ－１、ＭＩＧ、ＭＩＰ１ａ、ＴＮＦａ及びＶＥＧＦなどのサイトカインの注意深い定量化が可能となる。これらのサイトカインは、マウス及びヒト両方由来の試料において評価される。細菌試験試料におけるこれらのサイトカインの増加から、宿主からのタンパク質及びサイトカイン産生の向上が示される。サイトカインを放出する、特異的細胞型の能力を調べるこのアッセイの他の変形形態は、これらの細胞を、選別方法を通して獲得することによって評価され、且つ当業者によって認識される。さらに、サイトカインｍＲＮＡも、ｐｍＥＶ組成物に応答したサイトカイン放出に取り組むために評価される。宿主の細胞におけるこれらの変化は、癌微小環境におけるｉｎ ｖｉｖｏ応答と同様に免疫応答を刺激する。
このＣＤ８＋Ｔ細胞刺激プロトコルは、免疫刺激ポテンシャルを最大にするために、精製ｐｍＥＶと生きた菌株の組み合わせを用いて繰り返され得る。
実施例１９：ＰＢＭＣによる、向上した腫瘍細胞死滅に対するｐｍＥＶの生体外スクリーニング
結果としてＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化して腫瘍細胞を殺す、ＰＢＭＣを刺激する能力について、ｐｍＥＶをスクリーニングするために、様々な方法が使用され得る。例えば、マウス若しくはヒト血液のためのｆｉｃｏｌｌ－ｐａｑｕｅ勾配遠心分離により又はマウス血液からのＬｙｍｐｈｏｌｙｔｅ Ｃｅｌｌ Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ培地（ＣｅｄａｒｌａｎｅＬａｂｓ，オンタリオ（Ｏｎｔａｒｉｏ），カナダ（Ｃａｎａｄａ））を用いて、健康なヒトドナーからのヘパリン処置静脈血からＰＢＭＣが単離される。ＰＢＭＣは、単一株ｐｍＥＶ、ｐｍＥＶの混合物及び適切なコントロールと共にインキュベートされる。さらに、ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ヒトＰＢＭＣ又はマウス脾臓から得られる。ＰＢＭＣをｐｍＥＶと共に２４時間インキュベートした後、ｐｍＥＶは、ＰＢＳ洗浄を用いて細胞から除去される。抗生物質を含む新たな培地１００μｌを各ウェルに添加する。適切な数のＴ細胞（例えば、２００，０００個のＴ細胞）を、９６ウェルプレートの各実験ウェルに添加する。抗ＣＤ３抗体を最終濃度２μｇ／ｍｌで添加する。次いで、通常の酸素条件下において、共培養を３７℃で９６時間インキュベートする。
例えば、共培養インキュベーションから７２時間過ぎたところで、５０，０００個の腫瘍細胞／ウェルを、新たな９６ウェルプレートのウェルごとにプレーティングする。使用されるマウス腫瘍細胞系としては、Ｂ１６．Ｆ１０、ＳＩＹ＋Ｂ１６．Ｆ１０及び他の細胞系が挙げられる。ヒト腫瘍細胞系は、ドナーにＨＬＡ適合性であり、ＰＡＮＣ－１、ＵＮＫＰＣ９６０／９６１、ＵＮＫＣ及びＨＥＬＡ細胞系を含み得る。９６時間共培養が完了した後、ＣＤ８＋Ｔ細胞とＰＢＭＣの混合物１００μｌを、腫瘍細胞を含有するウェルに移す。通常の酸素条件下において、プレートを３７℃で２４時間インキュベートする。スタウロスポリンをネガティブコントロールとして使用して、細胞死が説明される。
このインキュベーション後、フローサイトメトリーを使用して、腫瘍細胞死を測定し、免疫細胞の表現型を特性決定する。手短には、腫瘍細胞を生存率測定色素で染色する。ＦＡＣＳ分析を使用して、腫瘍細胞に特異的にゲーティングし、死滅（殺傷された）腫瘍細胞のパーセンテージを測定する。データは、１ウェル当たりの死滅腫瘍細胞の絶対数としても表示される。細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞表現型は、以下の方法によって特性決定することができる：ａ）後述するような培養上清中の上清グランザイムＢ、ＩＦＮｙ及びＴＮＦａの濃度、ｂ）活性化マーカー、例えば、ＤＣ６９、ＣＤ２５、ＣＤ１５４、ＰＤ－１、γ／δＴＣＲ、Ｆｏｘｐ３、Ｔ－ｂｅｔ、グランザイムＢなどのＣＤ８＋Ｔ細胞表面発現、ｃ）ＣＤ８＋Ｔ細胞中のＩＦＮｙ、グランザイムＢ、ＴＮＦａの細胞内サイトカイン染色。ＣＤ４＋Ｔ細胞の表現型は、ＩＮＦｙ、ＴＮＦａ、ＩＬ－１２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－１７、ＩＬ－１０、ケモカインなどの上清サイトカイン濃度に加えて、細胞内サイトカイン染色によっても評価することができる。
ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化のさらに別の尺度として、ＤＣとＴ細胞の９６時間のインキュベーション後、１００μｌの培養上清をウェルから取り出し、ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｍａｇｐｉｘ．Ｋｉｔ（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて、分泌されたサイトカイン、ケモカイン及び増殖因子について分析する。手短には、ウェルをバッファーで事前に湿潤させ、２５μｌの１×抗体コーティング磁気ビーズを添加し、磁石を用いて、全てのウェル内で２×２００μｌの洗浄バッファーを実施する。５０μｌのインキュベーションバッファー、５０μｌの希釈剤及び５０μｌのサンプルを添加し、室温の暗所で２時間の振盪により混合する。次に、ビーズを２００μｌの洗浄バッファーで２回洗浄する。１００μｌの１×ビオチン標識検出抗体を添加し、暗所で振盪しながら懸濁液を１時間インキュベートする。次に、洗浄バッファーを用いて２００μｌでの洗浄を２回行う。１００μｌの１×ＳＡＶ－ＲＰＥ試薬を各ウェルに添加し、ＲＴの暗所で３０分間インキュベートする。２００μｌの洗浄を３回行い、１２５μｌの洗浄バッファーを添加し、２～３分間振盪する。その後、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰ ｓｙｓｔｅｍでの分析のためにウェルを提出する。
標準により、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－ｇ、ＩＦＮ－ａ、ＩＦＮ－Ｂ、ＩＬ－１ａ、ＩＬ－１Ｂ、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、ＩＬ－１２（ｐ４０／ｐ７０）、ＩＬ－１７、ＩＬ－２３、ＩＰ－１０、ＫＣ、ＭＣＰ－１、ＭＩＧ、ＭＩＰ１ａ、ＴＮＦａ及びＶＥＧＦを含むサイトカインの慎重な定量が可能になる。これらのサイトカインは、マウス及びヒト起源両方のサンプル中で評価される。細菌処理サンプル中でのこれらのサイトカインの増加は、宿主からのタンパク質及びサイトカインの産生の増強を示している。サイトカインを放出する特定の細胞型の能力を調べるこのアッセイに対する他の変形は、選別方法によりこれらの細胞を取得することによって評価され、当業者により認識されている。さらに、ｐｍＥＶ組成物に応答するサイトカイン放出に対処するために、サイトカインｍＲＮＡも評価する。宿主の細胞におけるこれらの変化は、癌微小環境におけるインビボ応答と同様に免疫応答を刺激する。
このＰＢＭＣ刺激プロトコルは、免疫刺激の可能性を最大化するために、生存、死滅又は不活性化／弱毒化細菌株の組み合わせと併用して又は併用せずに、精製済ｐｍＥＶの組み合わせを用いて繰り返され得る。
実施例２０：抗原提示細胞におけるｐｍＥＶのインビトロ検出
粘膜固有層内の樹状細胞は、腸上皮全体に樹状突起を伸ばすこと（これは、腸管腔内の細菌により産生されるｐｍＥＶが樹状細胞を直接刺激し得る１つの方法である）により、腸管腔内の生存細菌、死滅細菌及び微生物産物を絶えずサンプリングする。以下の方法は、抗原提示細胞によるｐｍＥＶの取り込み差を評価する方法を提示する。任意選択で、これらの方法は、患者に投与されたｐｍＥＶの免疫調節挙動を評価するために適用され得る。
樹状細胞（ＤＣ）は、標準的な方法又はキットプロトコルに従い、ヒト若しくはマウスの骨髄、血液又は脾臓から単離される（例えば、Ｉｎａｂａ Ｋ、Ｓｗｉｇｇａｒｄ ＷＪ，Ｓｔｅｉｎｍａｎ ＲＭ，Ｒｏｍａｎｉ Ｎ，Ｓｃｈｕｌｅｒ Ｇ、２００１．Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．Ｃｈａｐｔｅｒ ３：Ｕｎｉｔ３．７）。
ＤＣへのｐｍＥＶの侵入及び／又はＤＣ中の存在を評価するために、２５０，０００個のＤＣを完全なＲＰＭＩ－１６４０培地の丸いカバースリップに播種し、次に、単一細菌株からのｐｍＥＶ又は組み合わせｐｍＥＶと、様々な比でインキュベートする。精製されたｐｍＥＶを蛍光色素又は蛍光タンパク質で標識し得る。様々な時点（例えば、１時間、２時間）でのインキュベーション後、細胞を氷冷ＰＢＳで２回洗浄し、トリプシンを用いてプレートから剥離する。細胞はインタクトなままにするか又は溶解させる。その後、サンプルをフローサイトメトリーのために処理する。溶解したサンプルから総内在化ｐｍＥＶを定量した後、蛍光細胞をカウントすることにより、ｐｍＥＶを取り込む細胞のパーセンテージを測定する。前述の方法は、ＤＣの代わりにマクロファージ又は上皮細胞株（ＡＴＣＣから得られる）を用いて、実質的に同じ方法で実施することもできる。
実施例２１：標的細胞と一緒にインキュベートした場合、ＮＫ細胞殺傷を活性化する能力が増強されたｐｍＥＶのインビトロスクリーニング
選択されたｐｍＥＶ組成物が腫瘍細胞に対して強力なＮＫ細胞傷害性を誘発する能力を実証するために、以下のインビトロアッセイを使用する。手短には、ヘパリン化血液からの単核細胞を健康なヒトドナーから取得する。任意選択で、ＮＫ細胞の数を増加させるための増殖工程を以前記載されているように実施する（例えば、Ｓｏｍａｎｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｖｉｓ Ｅｘｐ．２０１１；（４８）：２５４０を参照されたい）。細胞は、５％ヒト血清を含むＲＰＭＩ－１６４０培地中の，細胞／ｍｌの濃度に調整することができる。次に、ＰＭＮＣ細胞を適切な抗体で標識し、ＮＫ細胞をＦＡＣＳによりＣＤ３－／ＣＤ５６＋細胞として単離し、続く細胞毒性アッセイに備える。代わりに、ＮＫ細胞は、製造者の指示（Ｍｉｌｔｅｎｙｌ Ｂｉｏｔｅｃ）に従い、ａｕｔｏＭＡＣｓ装置及びＮＫ細胞分離キットを使用して単離する。
ＮＫ細胞を計数し、１ウェル当たり２０，０００個以上の細胞を含む９６ウェルフォーマットで播種し、抗原提示細胞（例えば、同じドナーに由来する単球）、細菌株の混合物からのｐｍＥＶ及び適切な対照を添加して又は添加せずに、単一株ｐｍＥＶと共にインキュベートする。ＮＫ細胞とｐｍＥＶを５～２４時間インキュベートした後、ＰＢＳ洗浄で細胞からｐｍＥＶを取り出し、抗生物質を含む１０ｍＬの新鮮な培地にＮＫ細胞を再懸濁させ、２０，０００個の標的腫瘍細胞／ウェルを含む９６ウェルプレートに添加する。使用されるマウス腫瘍細胞株は、Ｂ１６．Ｆ１０、ＳＩＹ＋Ｂ１６．Ｆ１０などを含み得る。ヒト腫瘍細胞株は、ドナーとＨＬＡ適合しており、ＰＡＮＣ－１、ＵＮＫＰＣ９６０／９６１、ＵＮＫＣ及びＨＥＬＡ細胞株を含み得る。通常の酸素条件下、３７℃で２～２４時間プレートをインキュベートする。細胞死を計数するための陰性対照としてスタウロスポリンを使用し得る。
このインキュベーション後、当技術分野で公知の方法を用いて、フローサイトメトリーを使用して、腫瘍細胞死を測定する。手短には、腫瘍細胞を生存率測定色素で染色する。ＦＡＣＳ分析を使用して、腫瘍細胞に特異的にゲーティングし、死滅（殺傷された）腫瘍細胞のパーセンテージを測定する。データは、１ウェル当たりの死滅腫瘍細胞の絶対数としても表示される。
このＮＫ細胞刺激プロトコルは、免疫刺激の可能性を最大化するために、精製済ｐｍＥＶと生存細菌株との組み合わせを用いて繰り返され得る。
実施例２２：ｐｍＥＶ組成物のインビボ癌免疫療法の有効性を予測するためのインビトロ免疫活性化アッセイの使用
インビトロ免疫活性化アッセイは、樹状細胞を刺激する（樹状細胞は、次に、ＣＤ８＋Ｔ細胞殺傷を活性化する）ことができるｐｍＥＶを同定する。従って、前述したインビトロアッセイは、潜在的な免疫療法有効性についての多数の候補ｐｍＥＶの予測スクリーニングとして使用される。樹状細胞の刺激増強、ＣＤ８＋Ｔ細胞殺傷の刺激増強、ＰＢＭＣ殺傷の刺激増強及び／又はＮＫ細胞殺傷の刺激増強を呈示するｐｍＥＶがインビボ癌免疫療法の有効性試験のために優先的に選択される。
実施例２３：マウスに経口送達した場合のｐｍＥＶの生体分布の決定
野生型マウス（例えば、Ｃ５７ＢＬ／６又はＢＡＬＢ／ｃ）に目的のｐｍＥＶ組成物を経口接種して、精製されたｐｍＥＶのインビボ生体分布プロファイルを決定する。ｐｍＥＶは、下流の分析に役立つように標識する。代わりに、腫瘍担持マウス又は何らかの免疫障害（例えば、全身性エリテマトーデス、実験的自己免疫性脳脊髄炎、ＮＡＳＨ）を有するマウスを所与の時間経過にわたりｐｍＥＶのインビボ分布について試験し得る。
マウスは、単回用量（例えば、２５～１００μｇ）又は規定期間にわたって数回用量（２５～１００μｇ）のｐｍＥＶを受けることができる。代わりに、ｐｍＥＶ用量は、粒子数（例えば、７ｅ＋０８～６ｅ＋１１粒子）に基づいて投与され得る。承認されたプロトコルに従い、特定の病原体のない条件下でマウスを収容する。代わりに、滅菌、無菌条件下でマウスを飼育及び維持し得る。血液、便及び他の組織サンプルは、適切な時点で採取することができる。
マウスは、ｐｍＥＶ組成物の投与後、様々な時点（即ち数時間から数日）で人道的に犠牲にして、無菌条件下で完全な剖検を実施する。標準的なプロトコルに従い、リンパ節、副腎、肝臓、結腸、小腸、盲腸、胃、脾臓、腎臓、膀胱、膵臓、心臓、皮膚、肺、脳及び他の目的の組織を採取し、直接使用するか又はさらなる検査のために急速凍結する。組織サンプルを解剖し、ホモジナイズして、当業者に周知の標準的なプロトコルに従って単一細胞懸濁液を調製する。次に、サンプル中に存在するｐｍＥＶの数をフローサイトメトリーで定量する。定量化は、マウス組織全体の適切な処理後、蛍光顕微鏡を用いて進行することもできる（Ｖａｎｋｅｌｅｃｏｍ Ｈ．，Ｆｉｘａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐａｒａｆｆｉｎ－ｅｍｂｅｄｄｉｎｇ ｏｆ ｍｏｕｓｅ ｔｉｓｓｕｅｓ ｆｏｒ ＧＦＰ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ．，Ｐｒｏｔｏｃ．，２００９）。代わりに、ｐｍＥＶ標識技術によるライブイメージングを用いて動物を分析し得る。
生体分布は、限定されないが、ＣＴ－２６及びＢ１６（例えば、Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ ｖｏｌ．８，ｎｏ．６２６（２０１７）を参照されたい）などの癌のマウスモデル又は限定されないが、ＥＡＥ及びＤＴＨなどの自己免疫（例えば、Ｔｕｒｊｅｍａｎら、ＰＬｏＳ Ｏｎｅ １０（７）：ｅ０１３０４４２（２０１０５）を参照されたい）において実施され得る。
実施例２４：細菌から分泌された微生物細胞外小胞（ｓｍＥＶ）の精製及び調製
精製
分泌された微生物細胞外小胞（ｓｍＥＶ）は、当業者に公知の方法（Ｓ．Ｂｉｎ Ｐａｒｋ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．６（３）：ｅ１７６２９（２０１１））を用いて細菌培養物（例えば、表１及び／又は表２の細菌）から精製及び調製される。
例えば、細菌培養物を４℃又は室温で、１０，０００～１５，５００×ｇで１０～４０分間遠心分離して、細菌をペレット化する。次に、培養上清を濾過して、≦０．２２μｍ（例えば、０．２２μｍ又は０．４５μｍフィルタを介して）の材料を含有させ、インタクトな細菌細胞を排除する。濾過された上清は、限定するものではないが、硫酸アンモニウム沈殿、超遠心分離又は濾過を含み得る方法を用いて濃縮する。手短には、硫酸アンモニウム沈殿の場合、１．５～３Ｍ硫酸アンモニウムを４℃で攪拌しながら、濾過した上清にゆっくりと添加する。沈殿物を４℃で８～４８時間インキュベートし、次に４℃において１１，０００×ｇで２０～４０分間遠心分離する。ペレットは、ｓｍＥＶ及び他の残屑を含有する。手短には、超遠心分離を使用して、濾過した上清を４℃において１００，０００～２００，０００×ｇで１～１６時間遠心分離する。この遠心分離のペレットは、ｓｍＥＶ及び他の残屑を含有する。簡単に説明すると、濾過技術を用いて、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａスピンフィルターを使用して又はタンジェンシャルフロー濾過により、上清を、分子量＞５０、１００、３００又は５００ｋＤａの種を保持するように濾過する。
代わりに、製造者の指示に従い、バイオリアクターを交互接線流（ＡＴＦ）システム（例えば、Ｒｅｐｌｉｇｅｎ製のＸＣｅｌｌ ＡＴＦ）に接続することにより、増殖中又は増殖中の選択された時点で連続的に細菌培養物からｓｍＥＶを取得する。ＡＴＦシステムは、バイオリアクター内にインタクトな細胞（＞０．２２μｍ）を保持し、より小さい成分（ｓｍＥＶ、遊離タンパク質など）をフィルタに通過させて収集できるようにする。例えば、＜０．２２μｍの濾液を１００ｋＤａの第２フィルタに通過させて、０．２２μｍ～１００ｋＤａのｓｍＥＶなどの種が収集され、１００ｋＤａ未満の種をバイオリアクターにポンプで戻すことができるようにシステムを構成し得る。代わりに、システムは、培養物の増殖中にバイオリアクター内の培地を補充及び／又は改変できるように構成され得る。この方法で回収されたｓｍＥＶは、濾過された上清について前述したように、超遠心分離又は濾過によってさらに精製及び／又は濃縮することができる。
前述の方法によって得られたｓｍＥＶは、限定されないが、スクロース勾配又はＯｐｔｉｐｒｅｐ勾配の使用を含み得る方法を用いて、勾配超遠心分離によりさらに精製され得る。手短には、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離を用いて濾過上清を濃縮する場合、スクロース勾配法を用いてペレットを６０％スクロース、３０ｍＭトリス、ｐＨ８．０に再懸濁させる。濾過を用いて濾過上清を濃縮する場合、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラムを用いて濃縮物を６０％スクロース、３０ｍＭトリス、ｐＨ８．０にバッファー交換する。サンプルを３５～６０％の不連続スクロース勾配に適用し、４℃において２００，０００×ｇで３～２４時間遠心分離する。手短には、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離を用いて濾過上清を濃縮した場合、Ｏｐｔｉｐｒｅｐ勾配法を用いて、ペレットをＰＢＳ中の４５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐに再懸濁させる。濾過を用いて、濾過上清を濃縮した場合、６０％Ｏｐｔｉｐｒｅｐを用いて、濃縮物を最終濃度４５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐに希釈する。サンプルを０～４５％の不連続スクロース勾配に適用し、４℃において２００，０００×ｇで３～２４時間遠心分離する。代わりに、高分解能密度勾配分画を使用して、密度に基づいてｓｍＥＶを分離することもできまる。
調製
ｓｍＥＶ調製物の無菌性及び単離を確認するために、ｓｍＥＶを、試験対象の細菌の常用的培養に使用される寒天培地上で段階希釈し、常用的条件を用いてインキュベートする。非滅菌調製物を０．２２μｍフィルタに通過させて、インタクトな細胞を排除する。さらに純度を高めるために、単離したｓｍＥＶをＤＮａｓｅ又はプロテイナーゼＫで処理し得る。
代わりに、インビボ注射に使用されるｓｍＥＶの調製のために、精製済ｓｍＥＶを、以前記載されている通りに処理する（Ｇ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３（２０１５））。手短には、スクロース勾配遠心分離後、ｓｍＥＶを含むバンドを、３％スクロース含有溶液又は当業者に周知のインビボ注射に適した他の溶液中に最終濃度５０μｇ／ｍＬまで再懸濁させる。この溶液は、アジュバント、例えば濃度０～０．５％（ｗ／ｖ）の水酸化アルミニウムも含有し得る。
サンプルをさらなる試験に適合性にする（例えば、ＴＥＭイメージング又はインビトロアッセイ前にスクロースを除去する）ために、サンプルは、濾過（例えば、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラム）、透析又は超遠心分離（ＰＢＳ中で１５倍以上の希釈、２００，０００×ｇ、１～３時間、４℃）及びＰＢＳでの再懸濁を用いて、ＰＢＳ又は３０ｍＭトリス、ｐＨ８．０にバッファー交換する。
これらの試験の全てについて、投与前にｓｍＥＶを加熱、照射及び／又は凍結乾燥することができる（実施例４９に記載の通り）。
実施例２５：様々な量のｓｍＥＶを産生させ、且つ／又はｓｍＥＶの含量を変化させるための、ストレスによる細菌の操作
ストレス、特にエンベロープストレスは、いくつかの細菌株によるｓｍＥＶの産生を増加させることが示されている（Ｉ．ＭａｃＤｏｎａｌｄ，Ｍ．Ｋｕｅｈｎ．Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ１９５（１３）：ｄｏｉ：１０／１１２８／ＪＢ．０２２６７－１２）。細菌によるｓｍＥＶの産生を変化させるために、様々な方法を用いて、細菌にストレスを加える。
細菌は、単一のストレッサー又は複数のストレッサーの組み合わせに付され得る。異なる細菌に対する様々なストレッサーの作用は、ストレス条件を変化させ、ＩＣ５０値（細胞増殖を５０％阻害するのに必要な条件）を決定することによって経験的に決定される。ｓｍＥＶの精製、定量及び特性決定を実施する。ｓｍＥＶの産生は、（１）細菌とｓｍＥＶの複合体サンプル中でナノ粒子トラッキング解析（ＮＴＡ）又は透過型電子顕微鏡（ＴＥＭ）により；又は（２）ｓｍＥＶ精製後、ＮＴＡ、脂質定量若しくはタンパク質定量によって定量する。ｓｍＥＶ含量は、前述の方法による精製後に評価する。
抗生物質ストレス
細菌は、致死濃度以下の抗生物質を含む標準的な増殖条件下で培養する。これには、０．１～１μｇ／ｍＬのクロラムフェニコール又は０．１～０．３μｇ／ｍＬのゲンタマイシン又は同様の濃度の他の抗生物質（アンピシリン、ポリミキシンＢなど）が含まれ得る。抗生物質の代わりに、リゾチーム、デフェンシン及びＲｅｇタンパク質などの宿主抗菌物質を使用し得る。バクテリオシン及びマイクロシンを含む細菌産生抗菌ペプチドも使用し得る。
温度ストレス
細菌は、標準的な成長条件下で培養するが、その増殖に典型的な温度よりも高い又は低い温度で培養する。代わりに、標準的な条件下で細菌を増殖させた後、それぞれ低温又は高温で短時間のインキュベーションにより、コールドショック又はヒートショックに付す。例えば、３７℃で増殖した細菌を、コールドショックの場合には４℃～１８℃、ヒートショックの場合には４２℃～５０℃で１時間インキュベートする。
飢餓及び栄養素制限
栄養ストレスを誘発するために、細菌は、１つ以上の栄養素が制限される条件下で培養する。細菌は、増殖工程中に栄養ストレスに付すか、又は富栄養培地から栄養欠乏培地に移すことができる。制限される培地成分の例としては、炭素、窒素、鉄、硫黄などがある。培地の例は、唯一の炭素源として低グルコースを含むＭ９最小培地（（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）である。培地成分は、ＥＤＴＡ及びデフェロキサミンなどのキレート剤の添加によっても操作する。
飽和
細菌は飽和まで増殖させ、飽和点を超えて様々な期間にわたりインキュベートする。代わりに、馴化培地を用いて、指数関数的増殖中の飽和環境を模倣する。馴化培地は、遠心分離及び濾過により飽和培養物からインタクトな細胞を除去することによって調製され、特定の成分を濃縮又は除去するために馴化培地をさらに処理し得る。
塩ストレス
細菌は、ＮａＣｌ、胆汁酸塩又は他の塩を含有する培地中で培養するか、又はそれに短期間曝露する。
ＵＶストレス
ＵＶストレスは、ＵＶランプ下で細菌を培養するか、又はＳｔｒａｔａｌｉｎｋｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ）などの機器を用いて細菌をＵＶに曝露することによって達成される。ＵＶは、全培養期間を通して、短いバーストで又は増殖後の１回の規定期間のいずれでも投与され得る。
活性酸素ストレス
致死濃度以下の過酸化水素（２５０～１，０００μＭ）の存在下で細菌を培養して、活性酸素種の形態でストレスを誘発する。嫌気性細菌は、それらに有毒な酸素濃度で培養するか又はそれに曝露する。
デタージェントストレス
ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）又はデオキシコール酸塩などのデタージェント中で細菌を培養するか又はそれに曝露する。
ｐＨストレス
異なるｐＨの培地中で細菌を培養するか、又は限られた時間にわたって曝露する。
実施例２６：ｓｍＥＶフリー細菌の調製
最小量のｓｍＥＶを含有する細菌サンプルを調製する。ｓｍＥＶの産生は、（１）細菌と細胞外成分の複合体サンプル中でＮＴＡ又はＴＥＭにより；又は（２）細菌サンプルからのｓｍＥＶ精製後、ＮＴＡ、脂質定量若しくはタンパク質定量によって定量する。
ａ．遠心分離及び洗浄：細菌培養物を１１，０００×ｇで遠心分離して、上清（遊離タンパク質及び小胞を含有）からインタクトな細胞を分離する。ペレットをＰＢＳなどのバッファーで洗浄した後、安定した方法で保存する（例えば、グリセロールと混合し、瞬間冷凍し、－８０℃で保存する）。
ｂ．ＡＴＦ：バイオリアクターをＡＴＦシステムに接続することにより、バクテリアとｓｍＥＶを分離する。ｓｍＥＶフリー細菌をバイオリアクター内に保持し、前述したように、遠心分離及び洗浄により残留ｓｍＥＶからさらに分離し得る。
ｃ．ｓｍＥＶの産生を制限することが判明している条件下で細菌を増殖させる。条件は、変動し得る。
実施例２７：大腸癌モデル
腫瘍モデルにおけるｓｍＥＶの有効性を試験するために、当技術分野で公知のげっ歯類腫瘍モデルに従って多くの癌細胞株の１つを使用することができる。
例えば、雌の６～８週齢のＢａｌｂ／ｃマウスは、Ｔａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）又は他の販売者から取得する。１００，０００個のＣＴ－２６結腸直腸腫瘍細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ－２６３８）を滅菌ＰＢＳに再懸濁させ、５０％マトリゲルの存在下で接種する。ＣＴ－２６腫瘍細胞を各マウスの一方の後側腹に皮下注射する。腫瘍体積が平均１００ｍｍ３に達したら（腫瘍細胞接種から約１０～１２日後）、動物を様々な処置群に分配する（例えば、ビヒクル；抗ＰＤ－１抗体との併用有り又はなしのｓｍＥＶ）。抗体は、１日目に開始して４日毎に２００μｇ／マウス（最終量１００μｌ）で、腹腔内（ｉ．ｐ．）に計３回投与し（Ｑ４Ｄ×３）、ｓｍＥＶは、経口又は静脈内に、様々な用量及び様々な時点で投与する。例えば、ｓｍＥＶ（５μｇ）は、１日目に開始して３日毎に、計４回（Ｑ３Ｄ×４）、静脈内（ｉ．ｖ．）注射し、腫瘍増殖についてマウスを評価する。一部のマウスには、１０、１５又は２０μｇのｓｍＥＶ／マウスでｓｍＥＶを静脈内注射し得る。他のマウスには、１マウス当たり２５、５０又は１００ｍｇのｓｍＥＶを投与し得る。代わりに、一部のマウスは、１用量当たり７．０ｅ＋０９～３．０ｅ＋１２のｓｍＥＶ粒子を受ける。
代替的に、腫瘍体積が平均１００ｍｍ３に達したら（腫瘍細胞接種から約１０～１２日後）、動物を以下の群に分配する：１）ビヒクル；２）ｓｍＥＶ；及び３）抗ＰＤ－１抗体。抗体は、１日目に開始して４日毎に２００μｇ／マウス（最終量１００μｌ）で腹腔内（ｉ．ｐ．）投与し、ｓｍＥＶは１日目に開始して試験終了まで毎日腹腔内（ｉ．ｐ．）投与する。
腫瘍体積が平均１００ｍｍ３に達したとき（腫瘍細胞接種後約１０～１２日）、動物を以下の群に分配した：１）ビヒクル；２）抗ＰＤ－１抗体；３）ｓｍＥＶ（７．０ｅ＋１０粒子数）。抗体は、１日目に開始して４日毎に２００μｇ／マウス（最終量１００μｌ）で、腹腔内（ｉ．ｐ．）投与し、ｓｍＥＶは、１日目に開始して試験終了まで毎日静脈内（ｉ．ｖ．）注射し、腫瘍の増殖を測定した。１１日目に、ｓｍＥＶ群は、腫瘍増殖抑制を示し、これは、抗ＰＤ－１群で見られるものよりも有意に優れていた。処置対ビヒクルについて、ウェルチの検定を実施する。ｓｍＥＶの用量反応を調べた試験では、最大用量のｓｍＥＶが最大の有効性を示したが、ｓｍＥＶを用いた試験では、より高い用量が必ずしもより高い有効性に対応するとは限らない。
実施例２８：マウス腫瘍モデルを処置するためのｓｍＥＶ組成物の投与
本明細書に記載のように、癌のマウスモデルは、腫瘍細胞株又は患者由来の腫瘍サンプルを健康なマウスに皮下注射し、それを生着させることによって作製する。本明細書に提供される方法は、いくつかの異なる腫瘍細胞株の１つを用いて実施することができ、こうしたものとして、限定されないが、黒色腫の同所性モデルとしてのＢ１６－Ｆ１０又はＢ１６－Ｆ１０－ＳＩＹ細胞、膵臓癌の同所性モデルとしてのＰａｎｃ０２細胞（Ｍａｌｅｔｚｋｉ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ｇｕｔ ５７：４８３－４９１）、肺癌の同所性モデルとしてのＬＬＣ１細胞及び前立腺癌の同所性モデルとしてのＲＭ－１が挙げられる。例として、限定するものではないが、Ｂ１６－Ｆ１０モデルにおいてｓｍＥＶの有効性を試験する方法が本明細書に詳細に提供される。
非常に高い転移頻度を有する自然性黒色腫の同系マウスモデルを使用して、腫瘍の増殖及び転移の広がりを低減する細菌の能力を試験する。このアッセイのために選択されたｓｍＥＶは、免疫細胞サブセットの活性化の増強を呈示し、且つ腫瘍細胞の殺傷の増強をインビトロで刺激し得る組成物である。マウス黒色腫細胞株Ｂ１６－Ｆ１０は、ＡＴＣＣから取得する。細胞は、空気中５％ＣＯ２の雰囲気下３７℃の、１０％熱不活性化ウシ胎児血清及び１％ペニシリン／ストレプトマイシンを添加したＲＰＭＩ培地中で単層としてインビトロで培養する。指数関数的に増殖する腫瘍細胞をトリプシン処理により採取し、低温１×ＰＢＳで３回洗浄し、５Ｅ６細胞／ｍｌの懸濁液を投与用に調製する。この実験には、雌のＣ５７ＢＬ／６マウスを使用する。マウスは、６～８週齢で、体重が約１６～２０ｇである。腫瘍を発生させるために、各マウスに１００μｌのＢ１６－Ｆ１０細胞懸濁液を脇腹にＳＣ注射する。マウスは、細胞移植前にケタミン及びキシラジンにより麻酔する。実験に使用される動物は、２日目から５日目までの、カナマイシン（０．４ｍｇ／ｍｌ）、ゲンタマイシン（０．０３５ｍｇ／ｍｌ）、コリスチン（８５０Ｕ／ｍｌ）、メトロニダゾール（０．２１５ｍｇ／ｍｌ）及びバンコマイシン（０．０４５ｍｇ／ｍｌ）のカクテルの飲料水への点滴による抗生物質処置で開始し、腫瘍注射後７日目にクリンダマイシン（１０ｍｇ ／ｋｇ）を腹腔内注射する。
原発性脇腹腫瘍のサイズは、２～３日毎にカリパーで測定し、腫瘍体積は次の式を用いて計算する：腫瘍体積＝腫瘍幅×腫瘍の長さ×０．５。原発腫瘍が約１００ｍｍ３に達した後、動物を体重に基づいていくつかの群に分類する。次に、マウスを各群からランダムに取り出し、処置群に割り当てる。ｓｍＥＶ組成物は、前述のように調製する。マウスには、約７．０ｅ＋０９～３．０ｅ＋１２ｓｍＥＶ粒子の強制経口投与によって経口接種する。代わりに、ｓｍＥＶを静脈内投与する。マウスは、全処置期間を通して、毎日、毎週、隔週、毎月、隔月又はいずれか他の投与スケジュールでｓｍＥＶを受ける。マウスの尾静脈にｓｍＥＶをＩＶ注射するか、腫瘍に直接注射し得る。マウスには、生菌と一緒に若しくは生菌なしでｓｍＥＶ、且つ／又は不活性化／弱毒化若しくは死滅菌と一緒に若しくはそれらなしでｓｍＥＶを注射することができる。マウスには、毎週又は月に１回注射若しくは強制経口投与することができる。腫瘍を殺傷する可能性を最大化するために、精製済ｓｍＥＶと生菌との組み合わせをマウスに投与し得る。全てのマウスは、承認されたプロトコルに従い、特定の病原体のない条件下で収容される。腫瘍サイズ、マウスの体重、体温を３～４日毎にモニターし、Ｂ１６－Ｆ１０マウス黒色腫細胞注射の６週間後又は原発腫瘍の体積が１０００ｍｍ３に達したときにマウスを人道的に犠牲にする。毎週採血し、プロトコルの終了時に無菌条件下での完全な剖検を実施する。
癌細胞は、メラニン産生により、マウスＢ１６－Ｆ１０黒色腫モデルで容易に視覚化することができる。標準的なプロトコルに従い、リンパ節からの組織サンプルと頸部及び胸部からの臓器を収集し、ミクロ及びマクロ転移巣の存在を、下記の分類規則を使用して分析する。リンパ節又は臓器毎に少なくとも２つのミクロ転移巣病巣と１つのマクロ転移巣病巣が認められた場合、臓器は転移陽性として分類される。ミクロ転移巣は、当業者に周知の標準プロトコルに従い、パラフィン包埋リンパ組織切片をヘマトキシリン・エオシンで染色することにより検出される。転移の総数は、原発腫瘍の体積と相関しており、腫瘍の体積は、腫瘍の増殖時間及びリンパ節及び内臓のマクロ及びミクロ転移巣の数、さらに観察された全ての転移の合計と有意に相関することが判明している。以前に記載されているように、２５の異なる転移部位が明らかにされている（Ｂｏｂｅｋ Ｖ．，ｅｔ ａｌ．，Ｓｙｎｇｅｎｅｉｃ ｌｙｍｐｈ－ｎｏｄｅ－ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｇｒｅｅｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ Ｌｅｗｉｓ ｌｕｎｇ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ，２００４；２１（８）：７０５－８）。
腫瘍浸潤リンパ球について、腫瘍組織サンプルをさらに分析する。ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞をＦＡＣＳにより単離することができ、次に、カスタマイズされたｐ／ＭＨＣクラスＩマイクロアレイを用いてさらに分析して、それらの抗原特異性を明らかにすることができる（例えば、Ｄｅｖｉｒｅｎ Ｇ．，ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｏｎ ｐ／ＭＨＣ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．，２００７ Ｊａｎ－Ｆｅｂ；２０（１）：３２－８を参照されたい）。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、カスタマイズされたｐ／ＭＨＣクラスＩＩマイクロアレイを用いて分析することができる。
様々な時点でマウスを犠牲にし、腫瘍、リンパ節又は他の組織を、当技術分野で公知の方法を用いるエクスビボフローサイトメトリー分析のために摘出し得る。例えば、腫瘍は、製造業者の指示に従い、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ腫瘍解離酵素カクテルを用いて解離させる。腫瘍の重量を記録し、腫瘍を細断した後、酵素カクテルの入った１５ｍｌのチューブに入れて氷上に配置する。次に、３７℃で穏やかな振盪器上にサンプルを４５分間配置し、最大１５ｍｌの完全ＲＰＭＩでクエンチングする。各細胞懸濁液を、７０μｍフィルタで漉して５０ｍｌファルコンチューブに移し、１０００ｒｐｍで１０分間遠心分離する。細胞をＦＡＣＳバッファーに再懸濁させ、洗浄して残屑を除去する。必要に応じて、サンプルを第２の７０μｍフィルタで再度漉して、新しいチューブ中に移す。細胞は、当技術分野で公知の技術を用いるフローサイトメトリーによる分析のために染色する。染色抗体は、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４及び抗ＣＤ１０３を含み得る。分析することができる他のマーカーとしては、汎免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ－ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒγｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ－１、ＣＴＬＡ－４）及びマクロファージ／骨髄マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ－Ｌ１、Ｇｒ－１）が挙げられる。免疫表現型検査以外に、血清サイトカインも分析することができ、そうしたものとして、限定されないが、ＴＮＦａ、ＩＬ－１７、ＩＬ－１３、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ－１０、ＩＬ－６、ＩＬ－５、ＩＬ－４、ＩＬ－２、ＩＬ－１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ－ＣＳＦ、Ｇ－ＣＳＦ、Ｍ－ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ及びＭＣＰ－１が挙げられる。サイトカイン分析は、リンパ節若しくは他の組織から得られた免疫細胞及び／又はエクスビボで得られた精製済ＣＤ４５＋腫瘍浸潤免疫細胞に対して実施することができる。最後に、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定するために、腫瘍切片に対して免疫組織染色を実施する。
同じ実験を、複数の肺黒色腫転移のマウスモデルでも実施する。マウス黒色腫細胞株Ｂ１６－ＢＬ６は、ＡＴＣＣから取得し、前述したように細胞をインビトロで培養する。この実験には雌のＣ５７ＢＬ／６マウスを使用する。マウスは、６～８週齢で、体重は、約１６～２０ｇである。腫瘍を発生させるために、各マウスにＢ１６－ＢＬ６細胞の２Ｅ６細胞／ｍｌ懸濁液１００μｌを尾静脈に注射する。ＩＶ注射時に生着する腫瘍細胞は、最終的に肺に到達する。
９日後にマウスを人道的に犠牲にする。肺を計量し、肺表面上の肺結節の存在について分析する。摘出した肺をフェケテ液（Ｆｅｋｅｔｅ’ｓ ｓｏｌｕｔｉｏｎ）で漂白する（これは、Ｂ１６細胞中のメラニンのために腫瘍結節を漂白しないが、結節のごく一部は、無色素性（即ち白）である）。腫瘍結節の数を注意深く計数して、マウスにおける腫瘍量を決定する。典型的には、２００～２５０個の肺結節が対照群マウス（即ちＰＢＳ強制経口投与）の肺に見出される。
腫瘍量のパーセンテージを各種の処置群について計算する。腫瘍量のパーセンテージは、処置群に属するマウスの肺表面上の肺結節の平均数を対照群マウスの肺表面上の肺結節の平均数で割ったものとして定義される。
腫瘍生検及び血液サンプルは、ＬＣＭＳ技術又は当技術分野で公知の他の方法による代謝分析のために提出される。試験群間で、代謝産物の中でもとりわけ、アミノ酸、糖、乳酸塩の異なるレベルは、微生物組成物が腫瘍代謝状態を崩壊させる能力を実証するものである。
作用機序を決定するためのＲＮＡ ｓｅｑ
樹状細胞は、腫瘍、パイエル板及び腸間膜リンパ節から精製する。ＲＮＡｓｅｑ解析を実施し、当業者に周知の標準的な技術に従って解析する（Ｚ．Ｈｏｕ．Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ．５（９５７０）：ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓｒｅｐ０９５７０（２０１５））。解析では、ＴＬＲ、ＣＬＲ、ＮＲＲ及びＳＴＩＮＧ、サイトカイン、ケモカイン、抗原プロセシング及び提示経路、クロスプレゼンテーション及びＴ細胞共刺激を含む内在性炎症経路遺伝子が特に注目される。
一部のマウスは、犠牲にするのではなく、反対側の脇腹（又は他の部位）への腫瘍細胞注入で再チャレンジして、腫瘍増殖に対する免疫系の記憶応答の影響を決定することができる。
実施例２９：ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１阻害と組み合わせてマウス腫瘍モデルを処置するためのｓｍＥＶの投与
腫瘍マウスモデルにおけるｓｍＥＶの有効性を決定するために、ＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１阻害と組み合わせて、マウス腫瘍モデルを前述のように使用し得る。
ｓｍＥＶは、単独で又は全細菌細胞と組み合わせて、抗ＰＤ－１若しくは抗ＰＤ－Ｌ１との併用有り又はなしで、マウス腫瘍モデルにおけるその有効性について試験する。ｓｍＥＶ、細菌細胞及び／又は抗ＰＤ－１若しくは抗ＰＤ－Ｌ１は、様々な時点において様々な用量で投与する。例えば、腫瘍注入後１０日目又は腫瘍体積が１００ｍｍ３に達した後、ｓｍＥＶ単独で又は抗ＰＤ－１若しくは抗ＰＤ－Ｌ１と併用してマウスを処置する。
マウスには、ｓｍＥＶを経口、静脈内又は腫瘍内投与することができる。例えば、一部のマウスには、７．０ｅ＋０９～３．０ｅ＋１２ｓｍＥＶ粒子が静脈内注射される。一部のマウスにはｉ．ｖ．注射によりｓｍＥＶを投与するが、他のマウスは、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻経路投与、強制経口投与又は他の投与手段でｓｍＥＶを投与され得る。一部のマウスは、毎日（例えば、１日目から）ｓｍＥＶを投与され得るが、他のマウスは、別の間隔（例えば、１日おき又は３日に１回）でｓｍＥＶを投与され得る。マウスの群に、ｓｍＥＶ及び細菌細胞の混合物を含む本発明の医薬組成物を投与し得る。例えば、組成物は、ｓｍＥＶ粒子と全細菌とを１：１（ｓｍＥＶ：細菌細胞）～１～１×１０１２：１（ｓｍＥＶ：細菌細胞）の比で含み得る。
代わりに、一部のマウス群に、ｓｍＥＶ投与とは別の又は混合された投与で１×１０４～５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ｓｍＥＶと同様に、細菌細胞の投与は、投与経路、用量及びスケジュールによって変動し得る。細菌細胞は、生存、死滅又は弱毒化のいずれでもあり得る。細菌細胞は、新鮮な状態で採取して（若しくは凍結して）投与するか、又はｓｍＥＶを投与する前に照射又は加熱殺菌することができる。
一部のマウス群には、有効用量のチェックポイント阻害剤も注射する。例えば、マウスに、１００μｇの抗ＰＤ－Ｌ１ ｍＡＢ（クローン１０ｆ．９ｇ２、ＢｉｏＸＣｅｌｌ）又は１００μｌのＰＢＳ中の別の抗ＰＤ－１若しくは抗ＰＤ－Ｌ１ ｍＡＢを投与し、一部のマウスには、ビヒクル及び／又は他の適切な対照（例えば、対照抗体）を投与する。最初の注射の３、６及び９日後、マウスにｍＡＢを注射する。チェックポイント阻害とｓｍＥＶ免疫療法が相加的な抗腫瘍効果を有するかどうかを評価するために、抗ＰＤ－１又は抗ＰＤ－Ｌ１ ｍＡＢを受けた対照マウスを標準コントロールパネルに加える。主要（腫瘍サイズ）及び副次（腫瘍浸潤リンパ球及びサイトカイン分析）エンドポイントを評価し、記憶応答に対する処置の効果を評価するために、一部のマウス群を後の腫瘍細胞接種で再チャレンジし得る。
実施例３０：細菌ｓｍＥＶの標識
ｓｍＥＶは、様々な調製物及び哺乳類細胞で実施されるアッセイにおいて、その生体分布をインビボで追跡し、細胞局在を定量化及び追跡するために標識され得る。例えば、ｓｍＥＶは、放射性標識、色素とのインキュベート、蛍光標識、発光標識され得るか、又は金属及び金属の同位体を含むコンジュゲートで標識され得る。
例えば、ｓｍＥＶは、ＮＨＳエステル、クリック化学基、ストレプトアビジン又はビオチンなどの官能基に共役させた色素と一緒にインキュベートされ得る。標識反応は、様々な温度で数分又は数時間にわたり、攪拌若しくは回転しながら又は攪拌若しくは回転なしで起こり得る。次に、プロトコルに応じて、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）などの試薬又は類似の薬剤を添加することにより反応を停止することができ、続いて超遠心分離、濾過、遠心濾過、カラムアフィニティー精製又は透析によって遊離又は未結合の色素分子を除去する。洗浄バッファー及びボルテックス又は攪拌を含む追加の洗浄工程を使用して、Ｓｕ Ｃｈｕｌ Ｊａｎｇ ｅｔ ａｌ，Ｓｍａｌｌ．１１，Ｎｏ．４，４５６－４６１（２０１７）に記載されているような遊離色素分子の完全な除去を確実にすることができる。
蛍光標識ｓｍＥＶは、共焦点顕微鏡、ナノ粒子トラッキング解析、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣ）又はＯｄｙｓｓｅｙ ＣＬｘ ＬＩＣＯＲなどの蛍光イメージングシステムにより、細胞若しくは臓器又はインビトロ及び／若しくはエクスビボのサンプル中に検出される（例えば、Ｗｉｋｌａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１５．Ｊ．Ｏｕｔｓｉｄｅ Ｖｅｓｉｃｌｅｓ．４：１０．３４０２／ｊｅｖ．ｖ４．２６３１６を参照されたい）。さらに、蛍光標識ｓｍＥＶは、Ｈ－Ｉ．Ｃｈｏｉ，ｅｔ ａｌ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ＆Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ．４９：ｅ３３０（２０１７）にあるように、ＩＶＩＳ ｓｐｅｃｔｒｕｍ ＣＴ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）若しくはＰｅａｒｌ Ｉｍａｇｅｒなどの機器を使用して、全動物並びに／又は解剖された臓器及び組織でも検出される。
ｓｍＥＶは、前述のプロトコルを使用して、金属及び金属の同位体を含有するコンジュゲートで標識され得る。金属結合ｓｍＥＶは、インビボで動物に投与することができる。その後、様々な時点で臓器から細胞を採取し、エクスビボで分析する。代わりに、動物、ヒト又は不死化細胞株に由来する細胞をインビトロで、金属標識ｓｍＥＶで処理し、続いて金属結合抗体で標識し、Ｈｅｌｉｏｓ ＣｙＴＯＦ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）などのＴｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ（ＣｙＴＯＦ）機器によるサイトメトリーを用いて表現型検査するか、又はＨｙｐｅｒｉｏｎ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）などのイメージングマスサイトメトリー機器を用いて画像化及び解析することができる。さらに、ｓｍＥＶに放射性同位元素を標識して、ｓｍＥＶの生体分布を追跡することもできる（例えば、Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｎｏｓｃａｌｅ．２０１４ Ｍａｙ ７；６（９）：４９２８－３５を参照されたい）。
実施例３１：精製済細菌ｓｍＥＶを視覚化するための透過型電子顕微鏡検査
ｓｍＥＶは、細菌バッチ培養物から調製する。透過型電子顕微鏡（ＴＥＭ）を使用して、精製済細菌のｓｍＥＶを視覚化することができる（Ｓ．Ｂｉｎ Ｐａｒｋ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．６（３）：ｅ１７６２９（２０１１）。３００メッシュ又は４００メッシュサイズのカーボンコート銅グリッド（Ｅｌｅｃｔｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＵＳＡ）にｓｍＥＶを２分間載せた後、脱イオン水で洗浄する。２％（ｗ／ｖ）酢酸ウラニルを使用して、ｓｍＥＶを２０秒～１分間ネガティブ染色する。銅グリッドを滅菌水で洗浄し、乾燥させる。１００～１２０ｋＶの加速電圧を用いる透過型電子顕微鏡を使用して、画像を取得する。染色されたｓｍＥＶは、直径２０～６００ｎｍで出現し、電子密度が高い。各グリッドの１０～５０個のフィールドをスクリーニングする。
実施例３２：ｓｍＥＶ組成及び含量のプロファイリング
ｓｍＥＶは、様々な方法のいずれかにより特性決定することができ、そうした方法として、限定されないが、ＮａｎｏＳｉｇｈｔ特性決定、ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル電気泳動、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、液体クロマトグラフィー－質量分析及び質量分析、動的光散乱、脂質レベル、総タンパク質、脂質及びタンパク質比、核酸分析並びに／又はゼータ電位が挙げられる。
ｓｍＥＶのナノサイト特性決定
ナノ粒子トラッキング解析（ＮＴＡ）を使用して、精製済ｓｍＥＶのサイズ分布を特性決定する。精製済ｓｍＥＶ調製物をＮａｎｏＳｉｇｈｔｍａｃｈｉｎｅ（Ｍａｌｖｅｒｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）に供して、ｓｍＥＶのサイズ及び濃度を評価する。
ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル電気泳動
精製済ｓｍＥＶのタンパク質成分を同定するために、標準的な技術を使用して、ゲル、例えば、Ｂｏｌｔ Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓ Ｐｌｕｓ４～１２％ゲル（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）上でサンプルを泳動させる。サンプルを１×ＳＤＳサンプルバッファー中で１０分間煮沸し、４℃に冷却した後、１６，０００×ｇで１分間遠心分離する。次に、サンプルをＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル上で泳動させ、バンド視覚化のためのいくつかの標準的な技術（シルバー染色、クーマシーブルー、ゲルコードブルーなど）のいずれかを使用して染色する。
ウエスタンブロット解析
精製済ｓｍＥＶの特定のタンパク質成分を同定及び定量するために、前述のようにＳＤＳ－ＰＡＧＥによりｓｍＥＶタンパク質を分離し、ウエスタンブロット解析に付し（Ｃｖｊｅｔｋｏｖｉｃ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．６，３６３３８（２０１６））、ＥＬＩＳＡにより定量する。
ｓｍＥＶプロテオミクス及び液体クロマトグラフィー－質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）並びに質量分析（ＭＳ）
質量分析技法により、ｓｍＥＶに存在するタンパク質を同定及び定量する。ｓｍＥＶタンパク質は、Ｅｒｉｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ，２０１７（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ，ＶＯＬＵＭＥ ６５，ＩＳＳＵＥ ２，Ｐ３６１－３７０，ＪＡＮＵＡＲＹ １９，２０１７）に記載されているように、ジチオトレイトール溶液（ＤＴＴ）を用いたタンパク質還元並びにＬｙｓＣ及びトリプシンなどの酵素を用いたタンパク質消化を含む標準的な技術を用いてＬＣ－ＭＳ／ＭＳ用に調製することができる。代わりに、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．２０１０（ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＢＡＣＴＥＲＩＯＬＯＧＹ，Ｊｕｎｅ２０１０，ｐ．２８５２－２８６０ Ｖｏｌ．１９２，Ｎｏ．１１）、Ｋｉｅｓｅｌｂａｃｈ及びＯｓｃａｒｓｓｏｎ ２０１７（Ｄａｔａ Ｂｒｉｅｆ．２０１７ Ｆｅｂ；１０：４２６－４３１）、Ｖｉｌｄｈｅｄｅ ｅｔ ａｌ，２０１８（Ｄｒｕｇ Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ ａｎｄ Ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ Ｆｅｂｒｕａｒｙ ８，２０１８）により記載されているように、ペプチドを調製する。消化後、ペプチド調製物を液体クロマトグラフィー及び質量分析装置に直接ロードし、単一サンプル内のタンパク質同定を実施する。サンプル間のタンパク質の相対定量のために、ｉＴＲＡＱ Ｒｅａｇｅｎｔ－８ｐｌｅｘ Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）又はＴＭＴ １０ｐｌｅｘ及び１１ｐｌｅｘ Ｌａｂｅｌ Ｒｅａｇｅｎｔｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，ＣＡ，ＵＳＡ）を用いて、異なるサンプルからのペプチド消化物をアイソバリックタグ（ｉｓｏｂａｒｉｃ ｔａｇ）で標識する。各ペプチド消化物を異なるアイソバリックタグで標識した後、標識消化物を１つのサンプルミクスチュール中に合わせる。合わせたペプチド混合物を、同定及び定量の両方のためにＬＣ－ＭＳ／ＭＳにより分析する。ＬＣ－ＭＳ／ＭＳデータを用いてデータベース検索を実施して、標識ペプチド及び対応するタンパク質を同定する。アイソバリック標識の場合、付着したタグの断片化により、低分子量レポーターイオンが生成され、これを用いて、各ｓｍＥＶに存在するペプチド及びタンパク質の相対定量を達成する。
さらに、質量分析と組み合わせた液体クロマトグラフィー技術を使用して、代謝物含量を確認する。様々なサンプルのメタボローム含量を決定するために多種多様な技術が存在し、溶媒抽出、クロマトグラフィー分離及び質量決定と組み合わせた多様なイオン化技術を含め、当業者に周知である（Ｒｏｂｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ ２０１２ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ．３０：１－２４；Ｄｅｔｔｍｅｒ ｅｔ ａｌ ２００７，Ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ－ｂａｓｅｄ ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ．Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ Ｒｅｖ．２６（１）：５１－７８）。非限定的な例として、ＬＣ－ＭＳシステムは、１１００シリーズポンプ（Ａｇｉｌｅｎｔ）及びＨＴＳ ＰＡＬオートサンプラー（Ｌｅａｐ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と組み合わせた４０００ＱＴＲＡＰトリプル四重極質量分析計（ＡＢ ＳＣＩＥＸ）を含む。安定した同位体標識内部標準（バリン－ｄ８、Ｉｓｏｔｅｃ；及びフェニルアラニン－ｄ８、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｉｓｏｔｏｐｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含む７４．９：２４．９：０．２（ｖ／ｖ／ｖ）アセトニトリル／メタノール／ギ酸を９容量使用して、培地サンプル又は他の複雑な代謝混合物（約１０μＬ）を抽出する。標準は、目的の代謝物に応じて調整又は変更することができる。サンプルを遠心分離（１０分、９，０００×ｇ、４℃）し、ＨＩＬＩＣカラム（１５０×２．１ｍｍ、３μｍ粒径）に溶液を注入することにより、上清（１０μＬ）をＬＣＭＳに付す。カラムは、５％移動相［１０ｍＭギ酸アンモニウム、０．１％ギ酸水溶液］の速度２５０μＬ／分で１分間の流動、続いて４０％移動相［０．１％ギ酸を含むアセトニトリル］の溶液への１０分にわたる直線勾配により溶出される。イオンスプレー電圧は４．５ｋＶに設定され、ソース温度は４５０℃である。
マススペクトルピーク積分のためのＡＢ ＳＣＩＥＸ製のＭｕｌｔｉｑｕａｎｔ １．２のような市販のソフトウェアを使用して、データを解析する。目的のピークを手動でキュレーションし、標準と比較してピークの同一性を確認する必要がある。適切な標準を用いた定量を実施して、細菌のコンディショニング後及び腫瘍細胞増殖後の初期培地中に存在する代謝物の数を決定する。ピーク同定のために、限定されないが、ＮＩＳＴデータベースなどの代謝物データベースを用いて、ノンターゲットメタボロミクスアプローチを使用し得る。
動的光散乱（ＤＬＳ）
様々なｓｍＥＶ調製物中の異なるサイズの粒子の分布を含むＤＬＳ測定値を、ＤｙｎａＰｒｏ ＮａｎｏＳｔａｒ（Ｗｙａｔｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）及びＺｅｔａｓｉｚｅｒ Ｎａｎｏ ＺＳ（Ｍａｌｖｅｒｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）などの機器を使用して取得する。
脂質レベル
脂質レベルは、Ａ．Ｊ．ＭｃＢｒｏｏｍ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ １８８：５３８５－５３９２．及びＡ．Ｆｒｉａｓ，ｅｔ ａｌ．Ｍｉｃｒｏｂ Ｅｃｏｌ．５９：４７６－４８６（２０１０）により記載されるものと同様の方法により、ＦＭ４－６４（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅ）を使用して定量化する。サンプルをＦＭ４－６４と一緒にインキュベートする（ＰＢＳ中３．３μｇ／ｍＬ、３７℃の暗所で１０分）。５１５ｎｍでの励起後、６３５ｎｍでの発光を、Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ Ｍ５プレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）を用いて測定する。未知のサンプルを既知濃度の標準（パルミトイルオレオイルホスファチジルグリセロール（ＰＯＰＧ）小胞など）と比較することにより、絶対濃度を決定する。リピドミクスを用いて、ｓｍＥＶに存在する脂質を同定することができる。
総タンパク質
ブラッドフォードアッセイ及びＢＣＡアッセイなどの標準アッセイにより、タンパク質レベルを定量化する。ブラッドフォードアッセイは、製造者のプロトコルに従い、Ｑｕｉｃｋ Ｓｔａｒｔ Ｂｒａｄｆｏｒｄ １×Ｄｙｅ Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）を使用して実施する。ＢＣＡアッセイは、Ｐｉｅｒｃｅ ＢＣＡ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ａｓｓａｙ Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して実施する。絶対濃度は、既知濃度のＢＳＡから作成した標準曲線との比較によって決定される。代わりに、Ｎａｎｏｄｒｏｐ分光光度計（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で測定される２８０ｎｍ（Ａ２８０）でのサンプル吸光度を使用し、ベール－ランバート（Ｂｅｅｒ－Ｌａｍｂｅｒｔ）式を用いてタンパク質濃度を計算することができる。さらに、プロテオミクスを使用して、サンプル中のタンパク質を同定することもできる。
脂質：タンパク質比
脂質：タンパク質比は、脂質濃度をタンパク質濃度で割ることによって得られる。これらは、各調製物中の遊離タンパク質と比較した小胞の純度の尺度を提供する。
核酸分析
ｓｍＥＶから核酸を抽出し、Ｑｕｂｉｔ蛍光光度計を使用して定量する。バイオアナライザーを使用して、粒度分布を評価し、物質を配列決定する。
ゼータ電位
Ｚｅｔａｓｉｚｅｒ ＺＳ（Ｍａｌｖｅｒｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）などの機器を使用して、様々な調製物のゼータ電位を測定する。
実施例３３：樹状細胞の活性化増強のためのｓｍＥＶのインビトロスクリーニング
インビトロ免疫応答は、例えば、癌微小環境に対する反応として、免疫応答がインビボで誘導されるメカニズムをシミュレートすると考えられる。手短には、Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ（Ｎｙｃｏｍｅｄ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）を用いた勾配遠心分離により健康なドナーからのヘパリン化静脈血から、又は磁気ビーズベースのヒト血液樹状細胞分離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）を用いてマウス脾臓若しくは骨髄から、ＰＢＭＣを単離する。抗ヒトＣＤ１４ ｍＡｂを用いて、単球をＭｏｆｌｏにより精製し、９６ウェルプレート（Ｃｏｓｔａｒ Ｃｏｒｐ）内の細胞密度５ｅ５細胞／ｍｌのｃＲＰＭＩ中に３７℃で７日間培養した。樹状細胞の成熟のために、培養物を０．２ｎｇ／ｍＬのＩＬ－４及び１０００Ｕ／ｍｌのＧＭ－ＣＳＦで、３７℃において１週間刺激する。代わりに、組換えＧＭ－ＣＳＦとの１週間のインキュベーション又は当技術分野で公知の他の方法を使用することにより、成熟を達成する。マウスＤＣは、ビーズ濃縮を使用して脾臓から直接採取するか、又は造血幹細胞から分化させることができる。手短には、マウスの大腿骨から骨髄を得ることができる。細胞を回収し、赤血球を溶解させる。幹細胞を２０ｎｇ／ｍｌのマウスＧＭＣＳＦ中の細胞培養培地で４日間培養する。２０ｎｇ／ｍｌマウスＧＭ－ＣＳＦを含む追加の培地を添加する。６日目に培地及び非接着細胞を除去し、２０ｎｇ／ｍｌのＧＭＣＳＦを含む新鮮な細胞培養培地と交換する。２０ｎｇ／ｍｌのＧＭ－ＣＳＦを含む細胞培養培地の最後の添加を７日目に実施する。１０日目に非接着細胞を採取し、細胞培養プレートに一晩播種し、必要に応じて刺激する。次に、抗生物質と併用して又は併用せずに、様々な用量のｓｍＥＶで、樹状細胞を処理する。例えば、抗生物質と併用して、２５～７５μｌｇ／ｍＬのｓｍＥＶを２４時間である。試験されるｓｍＥＶ組成物は、単一の細菌種若しくは株からのｓｍＥＶ又は１つ以上の属、１つ以上の種若しくは１つ以上の菌株（例えば、１種内の１つ以上の株）からのｓｍＥＶの混合物を含み得る。ＰＢＳは、陰性対照として含まれ、ＬＰＳ、抗ＣＤ４０抗体及び／又はｓｍＥＶは、陽性対照として使用される。インキュベーション後、ＤＣを抗ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１０３、ＣＤ８ａ、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＭＨＣＩ及びＭＨＣＩＩで染色した後、フローサイトメトリーで分析する。陰性対照と比較して、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８３及びＣＤ８６において有意に増加しているＤＣは、関連する細菌ｓｍＥＶ組成物によって活性化されると考えられる。これらの実験は、最低３回反復される。
ＤＣを刺激するｓｍＥＶ活性化上皮細胞の能力についてスクリーニングするために、上記のプロトコルに続いて、ＤＣとのインキュベーション前に２４時間の上皮細胞ｓｍＥＶ共培養を追加する。上皮細胞は、ｓｍＥＶとのインキュベーション後に洗浄してから、ｓｍＥＶの非存在下でＤＣと２４時間共培養した後、前述のように処理する。上皮細胞株は、Ｉｎｔ４０７、ＨＥＬ２９３、ＨＴ２９、Ｔ８４及びＣＡＣＯ２を含み得る。
ＤＣ活性化の別の尺度として、ｓｍＥＶ又はｓｍＥＶ処理された上皮細胞とのＤＣの２４時間インキュベート後に１００μｌの培養上清をウェルから取り出し、ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｍａｇｐｉｘ．Ｋｉｔ（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて、分泌されたサイトカイン、ケモカイン及び増殖因子について分析する。手短には、ウェルをバッファーで事前に湿潤させ、２５μｌの１×抗体コーティング磁気ビーズを添加し、磁石を用いて、全てのウェル内で２×２００μｌの洗浄バッファーを実施する。５０μｌのインキュベーションバッファー、５０μｌの希釈剤及び５０μｌのサンプルを添加し、室温の暗所で２時間振盪して混合する。次に、ビーズを２００μｌの洗浄バッファーで２回洗浄する。１００μｌの１×ビオチン標識検出抗体を添加し、暗所で振盪しながら懸濁液を１時間インキュベートする。次に、洗浄バッファーを用いて２００μｌの洗浄を２回行う。１００μｌの１×ＳＡＶ－ＲＰＥ試薬を各ウェルに添加し、ＲＴの暗所で３０分間インキュベートする。２００μｌの洗浄を３回行い、１２５μｌの洗浄バッファーを添加し、２～３分間振盪する。その後、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰ ｓｙｓｔｅｍでの分析のためにウェルを提出する。
標準により、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－ｇ、ＩＦＮ－ａ、ＩＦＮ－Ｂ、ＩＬ－１ａ、ＩＬ－１Ｂ、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、ＩＬ－１２（ｐ４０／ｐ７０）、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－２１、ＩＬ－２２、ＩＬ－２３、ＩＬ－２５、ＩＰ－１０、ＫＣ、ＭＣＰ－１、ＭＩＧ、ＭＩＰ１ａ、ＴＮＦａ及びＶＥＧＦを含むサイトカインの慎重な定量が可能になる。これらのサイトカインは、マウス及びヒト起源両方のサンプル中で評価される。細菌処理サンプル中でのこれらのサイトカインの増加は、宿主からのタンパク質及びサイトカインの産生の増強を示している。特定の細胞型がサイトカインを放出する能力を調べるこのアッセイに対する他の変形は、選別方法によりこれらの細胞を取得することによって評価され、当業者により認識されている。さらに、ｓｍＥＶ組成物に応答するサイトカイン放出に対処するために、サイトカインｍＲＮＡも評価する。
このＤＣ刺激プロトコルは、免疫刺激の可能性を最大化するために、精製済ｓｍＥＶと生存細菌株との組み合わせを用いて繰り返され得る。
実施例３４：腫瘍細胞とインキュベートした場合のＣＤ８＋Ｔ細胞殺傷の活性化増強のためのｓｍＥＶのインビトロスクリーニング
腫瘍細胞のＣＤ８＋Ｔ細胞殺傷を活性化することができるｓｍＥＶをスクリーニングするためのインビトロ方法が記載される。手短には、当技術分野で公知の技術を用いて、ヒトＰＢＭＣ又はマウス脾臓から、ＤＣを単離し、単一株ｓｍＥＶ、ｓｍＥＶの混合物及び／又は適切な対照と共にインビトロでインキュベートする。さらに、当技術分野で公知の技術、例えば、磁気ビーズベースのマウスＣＤ８ａ＋Ｔ細胞分離キット及び磁気ビーズベースのヒトＣＤ８＋Ｔ細胞単離キット（いずれもＭｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡから）を用いて、ヒトＰＢＭＣ又はマウス脾臓から、ＣＤ８＋Ｔ細胞を取得する。ＤＣをｓｍＥＶと一定時間（例えば、２４時間）インキュベートするか、又はＤＣをｓｍＥＶ刺激上皮細胞とインキュベートした後、ｓｍＥＶを細胞培養物から取り出すと共にＰＢＳ洗浄して、抗生物質を含む１００ｕｌの新鮮な培地を各ウェルに添加し、２００，０００個のＴ細胞を９６ウェルプレートの各実験ウェルに添加する。抗ＣＤ３抗体を最終濃度２ｕｇ／ｍｌで添加する。その後、共培養物を通常の酸素条件下、３７℃で９６時間インキュベートする。
例えば、共培養インキュベーションの約７２時間後、当技術分野で公知の技術を用いたアッセイに使用するために、腫瘍細胞を播種する。例えば、５０，０００個の腫瘍細胞／ウェルを新しい９６ウェルプレートにウェル毎に播種する。使用されるマウス腫瘍細胞株は、Ｂ１６．Ｆ１０、ＳＩＹ＋Ｂ１６．Ｆ１０などを含み得る。ヒト腫瘍細胞株は、ドナーとＨＬＡ適合しており、ＰＡＮＣ－１、ＵＮＫＰＣ９６０／９６１、ＵＮＫＣ及びＨＥＬＡ細胞株を含み得る。９６時間の共培養の完了後、１００μｌのＣＤ８＋Ｔ細胞とＤＣ混合物を、腫瘍細胞含有のウェルに移す。通常の酸素条件下、３７℃で２４時間プレートをインキュベートする。細胞死を計数するための陰性対照としてスタウロスポリンを使用し得る。
このインキュベーション後、フローサイトメトリーを使用して、腫瘍細胞死を測定し、免疫細胞の表現型を特性決定する。手短には、腫瘍細胞を生存率測定色素で染色する。ＦＡＣＳ分析を使用して、腫瘍細胞に特異的にゲーティングし、死滅（殺傷された）腫瘍細胞のパーセンテージを測定する。データは、１ウェル当たりの死滅腫瘍細胞の絶対数としても表示される。細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞表現型は、以下の方法によって特性決定することができる：ａ）後述するような培養上清中の上清グランザイムＢ、ＩＦＮｙ及びＴＮＦａの濃度、ｂ）活性化マーカー、例えば、ＤＣ６９、ＣＤ２５、ＣＤ１５４、ＰＤ－１、γ／δＴＣＲ、Ｆｏｘｐ３、Ｔ－ｂｅｔ、グランザイムＢなどのＣＤ８＋Ｔ細胞表面発現、ｃ）ＣＤ８＋Ｔ細胞中のＩＦＮｙ、グランザイムＢ、ＴＮＦａの細胞内サイトカイン染色。ＣＤ４＋Ｔ細胞の表現型は、ＩＮＦｙ、ＴＮＦａ、ＩＬ－１２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－１７、ＩＬ－１０、ケモカインなどの上清サイトカイン濃度に加えて、細胞内サイトカイン染色によっても評価することができる。
ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化のさらに別の尺度として、ＤＣとＴ細胞の９６時間のインキュベーション後、１００μｌの培養上清をウェルから取り出し、ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｍａｇｐｉｘ．Ｋｉｔ（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて、分泌されたサイトカイン、ケモカイン及び増殖因子について分析する。手短には、ウェルをバッファーで事前に湿潤させ、２５μｌの１×抗体コーティング磁気ビーズを添加し、磁石を用いて、全てのウェル内で２×２００μｌの洗浄バッファーを実施する。５０μｌのインキュベーションバッファー、５０μｌの希釈剤及び５０μｌのサンプルを添加し、室温の暗所で２時間の振盪により混合する。次に、ビーズを２００μｌの洗浄バッファーで２回洗浄する。１００μｌの１×ビオチン標識検出抗体を添加し、暗所で振盪しながら、懸濁液を１時間インキュベートする。次に、洗浄バッファーを用いて２００μｌの洗浄を２回行う。１００μｌの１×ＳＡＶ－ＲＰＥ試薬を各ウェルに添加し、ＲＴの暗所で３０分間インキュベートする。２００μｌの洗浄を３回行い、１２５μｌの洗浄バッファーを添加し、２～３分間振盪する。その後、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰ ｓｙｓｔｅｍでの分析のためにウェルを提出する。
標準物質により、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－ｇ、ＩＦＮ－ａ、ＩＦＮ－ＢＩＬ－１ａ、ＩＬ－１Ｂ、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、ＩＬ－１２（ｐ４０／ｐ７０）、ＩＬ－１７、ＩＬ－２３、ＩＰ－１０、ＫＣ、ＭＣＰ－１、ＭＩＧ、ＭＩＰ１ａ、ＴＮＦａ及びＶＥＧＦなどのサイトカインの注意深い定量化が可能となる。これらのサイトカインは、マウス及びヒトの両方由来の試料において評価される。細菌処理試料におけるこれらのサイトカインの増加から、宿主からのタンパク質及びサイトカイン産生の向上が示される。サイトカインを放出する、特異的細胞型の能力を調べるこのアッセイの他の変形形態は、これらの細胞を、選別方法を通して獲得することによって評価され、且つ当業者によって認識される。さらに、サイトカインｍＲＮＡも、ｐｍＥＶ組成物に応答したサイトカイン放出に取り組むために評価される。宿主の細胞におけるこれらの変化は、癌微小環境におけるｉｎ ｖｉｖｏ応答と同様に免疫応答を刺激する。
このＣＤ８＋Ｔ細胞刺激プロトコルは、免疫刺激ポテンシャルを最大にするために、精製ｐｍＥＶと生きた菌株の組み合わせを用いて繰り返され得る。
実施例３５：ＰＢＭＣによる、向上した腫瘍細胞死滅に対するｓｍＥＶの生体外スクリーニング
結果としてＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化して腫瘍細胞を殺す、ＰＢＭＣを刺激する能力について、ｓｍＥＶをスクリーニングするために、様々な方法が使用され得る。例えば、マウス若しくはヒト血液のためのｆｉｃｏｌｌ－ｐａｑｕｅ勾配遠心分離により又はマウス血液からのＬｙｍｐｈｏｌｙｔｅ Ｃｅｌｌ Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ培地（Ｃｅｄａｒｌａｎｅ Ｌａｂｓ，オンタリオ，カナダ）を用いて、健康なヒトドナーからのヘパリン処置静脈血からＰＢＭＣが単離される。ＰＢＭＣは、単一株ｓｍＥＶ、ｓｍＥＶの混合物及び適切なコントロールと共にインキュベートされる。さらに、ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ヒトＰＢＭＣ又はマウス脾臓から得られる。ＰＢＭＣをｓｍＥＶと共に２４時間インキュベートした後、ｓｍＥＶは、ＰＢＳ洗浄を用いて細胞から除去される。抗生物質を含む新たな培地１００ｕｌを各ウェルに添加する。適切な数のＴ細胞（例えば、２００，０００個のＴ細胞）を、９６ウェルプレートの各実験ウェルに添加する。抗ＣＤ３抗体を最終濃度２μｇ／ｍｌで添加する。次いで、通常の酸素条件下において、共培養を３７℃で９６時間インキュベートする。
例えば、共培養インキュベーションから７２時間過ぎたところで、５０，０００個の腫瘍細胞／ウェルを、新たな９６ウェルプレートのウェルごとにプレーティングする。使用されるマウス腫瘍細胞系としては、Ｂ１６．Ｆ１０、ＳＩＹ＋Ｂ１６．Ｆ１０及び他の細胞系が挙げられる。ヒト腫瘍細胞系は、ドナーにＨＬＡ適合性であり、ＰＡＮＣ－１、ＵＮＫＰＣ９６０／９６１、ＵＮＫＣ及びＨＥＬＡ細胞系を含み得る。９６時間共培養が完了した後、ＣＤ８＋Ｔ細胞ｌとＰＢＭＣの混合物１００μｌを、腫瘍細胞を含有するウェルに移す。通常の酸素条件下において、プレートを３７℃で２４時間インキュベートする。スタウロスポリンをネガティブコントロールとして使用して、細胞死が説明される。
このインキュベーションに続いて、フローサイトメトリーを使用して、腫瘍細胞死を測定し、免疫細胞表現型を特徴付ける。簡潔には、腫瘍細胞を生存率染色で染色する。ＦＡＣＳ解析を用いて、腫瘍細胞上で特異的にゲートし、死んだ（殺された）腫瘍細胞のパーセンテージを測定する。データは、死んだ腫瘍細胞の絶対数／ウェルとしても示される。細胞毒性ＣＤ８＋Ｔ細胞表現型は、以下の方法：ａ）以下に記載の培養上澄中の上澄グランザイムＢ、ＩＦＮｙ及びＴＮＦａの濃度、ｂ）ＤＣ６９、ＣＤ２５、ＣＤ１５４、ＰＤ－１、ガンマ／デルタＴＣＲ、Ｆｏｘｐ３、Ｔ－ｂｅｔ、グランザイムＢなどの活性化マーカーのＣＤ８＋Ｔ細胞表面発現、ｃ）ＣＤ８＋Ｔ細胞中のＩＦＮｙ、グランザイムＢ、ＴＮＦａの細胞内サイトカイン染色によって特徴付けられ得る。ＩＮＦｙ、ＴＮＦａ、ＩＬ－１２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－１７、ＩＬ－１０、ケモカイン等の上澄サイトカイン濃度に加えて、細胞内サイトカイン染色によってＣＤ４＋Ｔ細胞表現型も評価され得る。
ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化のさらなる基準として、Ｔ細胞をＤＣと共に９６時間インキュベーションした後に、培養上澄１００μｌをウェルから取り出し、ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｍａｇｐｉｘ．Ｋｉｔ（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，ダルムシュタット，ドイツ）を使用して、分泌サイトカイン、ケモカイン及び成長因子について分析する。簡潔には、ウェルをバッファーで予め濡らし、１×抗体被覆磁気ビーズ２５μｌを添加し、マグネットを用いて全てのウェルにおいて洗浄バッファー２×２００μｌを実施した。インキュベーションバッファー５０μｌ、希釈液５０μｌ及び試料５０μｌを添加し、暗所において室温で振盪によって２時間混合した。次いで、洗浄バッファー２００μｌでビーズを２回洗浄した。１×ビオチン標識検出抗体１００μｌを添加し、暗所で振盪しながら懸濁液を１時間インキュベートする。２回の２００μｌ洗浄を洗浄バッファーで行う。１×ＳＡＶ－ＲＰＥ試薬１００μｌを各ウェルに添加し、暗所で室温において３０分間インキュベートする。３回の２００μｌ洗浄を行い、洗浄バッファー１２５μｌを添加し、２～３分振盪する。次いで、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰシステムにおける解析に、ウェルをかける。
標準により、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－ｇ、ＩＦＮ－ａ、ＩＦＮ－Ｂ、ＩＬ－１ａ、ＩＬ－１Ｂ、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＩＬ－１３、ＩＬ－１２（ｐ４０／ｐ７０）、ＩＬ－１７、ＩＬ－２３、ＩＰ－１０、ＫＣ、ＭＣＰ－１、ＭＩＧ、ＭＩＰ１ａ、ＴＮＦａ及びＶＥＧＦを含むサイトカインの慎重な定量が可能になる。これらのサイトカインは、マウス及びヒト起源両方のサンプル中で評価される。細菌処理サンプル中でのこれらのサイトカインの増加は、宿主からのタンパク質及びサイトカインの産生の増強を示している。特定の細胞型がサイトカインを放出する能力を調べるこのアッセイに対する他の変形は、選別方法によりこれらの細胞を取得することによって評価され、当業者により認識されている。さらに、ｓｍＥＶ組成物に応答するサイトカイン放出に対処するために、サイトカインｍＲＮＡも評価する。宿主の細胞におけるこれらの変化は、癌微小環境におけるインビトロ応答と同様に免疫応答を刺激する。
このＰＢＭＣ刺激プロトコルは、免疫刺激の可能性を最大化するために、生存、死滅又は不活性化／弱毒化細菌株の組み合わせと併用して又は併用せずに、精製済ｓｍＥＶの組み合わせを用いて繰り返され得る。
実施例３６：抗原提示細胞におけるｓｍＥＶのインビトロ検出
粘膜固有層内の樹状細胞は、腸上皮全体に樹状突起を伸ばすこと（これは、腸管腔内の細菌により産生されるｓｍＥＶが樹状細胞を直接刺激し得る１つの方法である）により、腸管腔内の生存細菌、死滅細菌及び微生物産物を絶えずサンプリングする。以下の方法は、抗原提示細胞によるｓｍＥＶの取り込み差を評価する方法を提示する。任意選択で、これらの方法は、患者に投与されたｓｍＥＶの免疫調節挙動を評価するために適用され得る。
樹状細胞（ＤＣ）は、標準的な方法又はキットプロトコルに従い、ヒト若しくはマウスの骨髄、血液又は脾臓から単離される（例えば、Ｉｎａｂａ Ｋ、Ｓｗｉｇｇａｒｄ ＷＪ，Ｓｔｅｉｎｍａｎ ＲＭ，Ｒｏｍａｎｉ Ｎ，Ｓｃｈｕｌｅｒ Ｇ、２００１．Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．Ｃｈａｐｔｅｒ ３：Ｕｎｉｔ３．７）。
ＤＣへのｓｍＥＶの侵入及び／又はＤＣ中の存在を評価するために、２５０，０００ＤＣを完全なＲＰＭＩ－１６４０培地の丸いカバースリップに播種し、次に、単一細菌株からのｓｍＥＶ又は組み合わせｓｍＥＶと、様々な比でインキュベートする。精製済ｓｍＥＶを蛍光色素又は蛍光タンパク質で標識し得る。様々な時点（例えば、１時間、２時間）でのインキュベーション後、細胞を氷冷ＰＢＳで２回洗浄し、トリプシンを用いてプレートから剥離する。細胞はインタクトなままにするか又は溶解させる。その後、サンプルをフローサイトメトリーのために処理する。溶解したサンプルから総内在化ｓｍＥＶを定量した後、蛍光細胞をカウントすることにより、ｐｍＥＶを取り込む細胞のパーセンテージを測定する。前述の方法は、ＤＣの代わりにマクロファージ又は上皮細胞株（ＡＴＣＣから得られる）を用いて、実質的に同じ方法で実施することもできる。
実施例３７：標的細胞と一緒にインキュベートした場合、ＮＫ細胞殺傷を活性化する能力が増強されたｓｍＥＶのインビトロスクリーニング
選択されたｓｍＥＶ組成物が腫瘍細胞に対して強力なＮＫ細胞傷害性を誘発する能力を実証するために、以下のインビトロアッセイを使用する。手短には、ヘパリン化血液からの単核細胞を健康なヒトドナーから取得する。任意選択で、ＮＫ細胞の数を増加させるための増殖工程を以前記載されているように実施する（例えば、Ｓｏｍａｎｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｖｉｓ Ｅｘｐ．２０１１；（４８）：２５４０を参照されたい）。細胞は、５％ヒト血清を含むＲＰＭＩ－１６４０培地中の，細胞／ｍｌの濃度に調整することができる。次に、ＰＭＮＣ細胞を適切な抗体で標識し、ＮＫ細胞をＦＡＣＳによりＣＤ３－／ＣＤ５６＋細胞として単離し、続く細胞毒性アッセイに備える。代わりに、製造者の指示（Ｍｉｌｔｅｎｙｌ Ｂｉｏｔｅｃ）に従い、ａｕｔｏＭＡＣｓ装置及びＮＫ細胞分離キットを使用して、ＮＫ細胞を単離する。
ＮＫ細胞を計数し、１ウェル当たり２０，０００個以上の細胞を含む９６ウェルフォーマットで播種し、抗原提示細胞（例えば、同じドナーに由来する単球）、細菌株の混合物からのｓｍＥＶ及び適切な対照を添加して又は添加せずに、単一株ｓｍＥＶと一緒にインキュベートする。ＮＫ細胞とｓｍＥＶを５～２４時間インキュベートした後、ＰＢＳ洗浄で細胞からｓｍＥＶを除去し、抗生物質を含む１０ｍＬの新鮮な培地にＮＫ細胞を再懸濁させ、２０，０００個の標的腫瘍細胞／ウェルを含む９６ウェルプレートに添加する。使用されるマウス腫瘍細胞株は、Ｂ１６．Ｆ１０、ＳＩＹ＋Ｂ１６．Ｆ１０などを含み得る。ヒト腫瘍細胞株は、ドナーとＨＬＡ適合しており、ＰＡＮＣ－１、ＵＮＫＰＣ９６０／９６１、ＵＮＫＣ及びＨＥＬＡ細胞株を含み得る。通常の酸素条件下、３７℃で２～２４時間プレートをインキュベートする。細胞死を計数するための陰性対照としてスタウロスポリンを使用し得る。
このインキュベーション後、当技術分野で公知の方法を用い、フローサイトメトリーを使用して、腫瘍細胞死を測定する。手短には、腫瘍細胞を生存率測定色素で染色する。ＦＡＣＳ分析を使用して、腫瘍細胞に特異的にゲーティングし、死滅（殺傷された）腫瘍細胞のパーセンテージを測定する。データは、１ウェル当たりの死滅腫瘍細胞の絶対数としても表示される。
このＮＫ細胞刺激プロトコルは、免疫刺激の可能性を最大化するために、精製済ｓｍＥＶと生存細菌株との組み合わせを用いて繰り返され得る。
実施例３８：ｓｍＥＶ組成物のインビボ癌免疫療法の有効性を予測するためのインビトロ免疫活性化アッセイの使用
インビトロ免疫活性化アッセイは、樹状細胞を刺激する（樹状細胞は、次に、ＣＤ８＋Ｔ細胞殺傷を活性化する）ことができるｓｍＥＶを同定する。従って、前述したインビトロアッセイは、潜在的な免疫療法有効性についての多数の候補ｓｍＥＶの予測スクリーニングとして使用される。樹状細胞の刺激増強、ＣＤ８＋Ｔ細胞殺傷の刺激増強、ＰＢＭＣ殺傷の刺激増強及び／又はＮＫ細胞殺傷の刺激増強を呈示するｓｍＥＶがインビボ癌免疫療法の有効性試験のために優先的に選択される。
実施例３９：マウスに経口送達した場合のｓｍＥＶの生体分布の決定
野生型マウス（例えば、Ｃ５７ＢＬ／６又はＢＡＬＢ／ｃ）に目的のｓｍＥＶ組成物を経口接種して、精製されたｓｍＥＶのインビボ生体分布プロファイルを決定する。ｓｍＥＶは、下流の分析に役立つように標識する。代わりに、腫瘍担持マウス又は何らかの免疫障害（例えば、全身性エリテマトーデス、実験的自己免疫性脳脊髄炎、ＮＡＳＨ）を有するマウスを所与の時間経過にわたりｓｍＥＶのインビボ分布について試験し得る。
マウスは、ｓｍＥＶの単回用量（例えば、２５～１００μｇ）又は規定期間にわたって数回用量（２５～１００μｇ）を受けることができる。代わりに、ｓｍＥＶ用量は、粒子数（例えば、７ｅ＋０８～６ｅ＋１１粒子）に基づいて投与され得る。承認されたプロトコルに従い、特定の病原体のない条件下でマウスを収容する。代わりに、滅菌、無菌条件下でマウスを飼育及び維持し得る。血液、便及び他の組織サンプルは、適切な時点で採取することができる。
マウスは、ｓｍＥＶ組成物の投与後、様々な時点（即ち数時間から数日）で人道的に犠牲にして、無菌条件下で完全な剖検を実施する。標準的なプロトコルに従い、リンパ節、副腎、肝臓、結腸、小腸、盲腸、胃、脾臓、腎臓、膀胱、膵臓、心臓、皮膚、肺、脳及び他の目的の組織を採取し、直接使用するか又はさらなる検査のために急速凍結する。組織サンプルを解剖し、ホモジナイズして、当業者に周知の標準的なプロトコルに従って単一細胞懸濁液を調製する。次に、サンプル中に存在するｓｍＥＶの数をフローサイトメトリーで定量する。定量化は、マウス組織全体の適切な処理後、蛍光顕微鏡を用いて進行することもできる（Ｖａｎｋｅｌｅｃｏｍ Ｈ．，Ｆｉｘａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐａｒａｆｆｉｎ－ｅｍｂｅｄｄｉｎｇ ｏｆ ｍｏｕｓｅ ｔｉｓｓｕｅｓ ｆｏｒ ＧＦＰ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ．，Ｐｒｏｔｏｃ．，２００９）。代わりに、ｓｍＥＶ標識技術によるライブイメージングを用いて動物を分析し得る。
生体分布は、限定されないが、ＣＴ－２６及びＢ１６（例えば、Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ ｖｏｌ．８，ｎｏ．６２６（２０１７）を参照されたい）などの癌のマウスモデル又は限定されないが、ＥＡＥ及びＤＴＨなどの自己免疫（例えば、Ｔｕｒｊｅｍａｎら、ＰＬｏＳ Ｏｎｅ １０（７）：ｅ０１３０４４２（２０１０５）を参照されたい）において実施され得る。
実施例４０：製造条件
インビトロ及びインビボでの使用、そして最終的に、ｐｍＥＶ及びｓｍＥＶ調製のために、栄養強化培地を用いて、細菌を増殖及び調製する。例えば、培地は、糖、酵母エキス、植物ベースのペプトン、バッファー、塩、微量元素、界面活性剤、消泡剤及びビタミンを含み得る。酵母エキス及びペプトンなどの複雑な成分の組成は、不確定であるか又は部分的に規定され得る（アミノ酸、糖などのおおよその濃度を含む）。微生物代謝は、炭素及び窒素などの資源の利用可能性に左右され得る。様々な糖又は他の炭素源を試験することができる。代わりに、培地を調製して、Ｓａａｒｅｌａら、Ｊ．Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．２００５．９９：１３３０－１３３９（これは、参照により本明細書に組み込まれる）により示されるように、選択された細菌を増殖させ得る。発酵時間、凍結保護剤及び細胞濃縮物の中和が、凍結乾燥生存率、貯蔵安定性及び乳成分なしで生産された選択細菌の酸及び胆汁曝露に及ぼす影響である。
ラージスケールで培地を滅菌する。滅菌は、超高温（ＵＨＴ）処理によって達成され得る。ＵＨＴ処理は、非常に高温で短時間実施する。ＵＨＴの範囲は、１３５～１８０℃である。例えば、１３５℃で１０～３０秒間にわたって培地を滅菌し得る。
接種材料は、フラスコ又はより小さいバイオリアクター内で調製することができ、増殖をモニターする。例えば、接種材料は、総バイオリアクター容積の約０．５～３％であり得る。用途及び材料の必要性に応じて、バイオリアクターの容積は少なくとも２Ｌ、１０Ｌ、８０Ｌ、１００Ｌ、２５０Ｌ、１０００Ｌ、２５００Ｌ、５０００Ｌ、１０，０００Ｌにすることができる。
接種前に、所望のｐＨ、温度及び酸素濃度の培地によってバイオリアクターを準備する。培養培地の初期ｐＨは、プロセス設定値と異なり得る。ｐＨストレスは、低細胞濃度で有害となる恐れがあり；初期ｐＨは、ｐＨ７．５～プロセス設定値であり得る。例えば、ｐＨは、４．５～８．０に設定され得る。発酵工程中、ｐＨは水酸化ナトリウム、水酸化カリウム又は水酸化アンモニウムを使用して制御することができる。温度は、２５℃～４５℃、例えば３７℃に制御され得る。嫌気性条件は、培養ブロス中の酸素レベルを約８ｍｇ／Ｌ～０ｍｇ／Ｌに低下させることにより形成する。例えば、嫌気性条件を確立するために窒素又はガス混合物（Ｎ２、ＣＯ２及びＨ２）を使用し得る。代わりに、ガスを使用せずに、培地から残留酸素を消費する細胞によって嫌気性条件を確立する。菌株及び接種材料のサイズに応じて、バイオリアクターの発酵時間は、変動し得る。例えば、発酵時間は、約５時間～４８時間で変動し得る。
凍結状態から微生物を復活させるには、特別な配慮が必要となり得る。生産培地は、融解後に細胞にストレスを与える恐れがあり；融解された材料からシードトレインを一貫して開始するために、特別な融解培地が必要な場合がある。種子体積を増加させるか、又は微生物の増殖状態を維持する目的で、種子材料の新鮮な培地への移動又は通過の動態は、微生物の現在の状態（例えば、指数関数的増殖、定常増殖、ストレスなし、ストレス）によって影響を受ける可能性がある。
生産発酵槽の接種は、増殖キネティクス及び細胞活動に影響を及ぼし得る。バイオリアクターシステムの初期状態は、良好且つ一貫した生産を促進するために最適化しなければならない。全培地に対するシード培養物の割合（例えば、パーセンテージ）は、増殖キネティクスに劇的な影響を与える。その範囲は、発酵槽の作業容積の１～５％であり得る。培地の初期ｐＨは、プロセス設定値と異なり得る。ｐＨストレスは、低細胞濃度では有害となる恐れがあり；初期ｐＨは、ｐＨ７．５～プロセス設定値であり得る。接種中のシステムへの攪拌及びガス流量は、プロセス設定値と異なり得る。両方の条件に因る物理的及び化学的ストレスは、低細胞濃度では有害となる恐れがある。
プロセス条件と制御設定は、微生物の増殖と細胞活動の動態に影響を与え得る。プロセス条件の変更は、膜組成、代謝物の産生、増殖速度、細胞ストレスなどを変化させる可能性がある。増殖に最適な温度範囲は、株によって変動し得る。その範囲は、２０～４０℃であり得る。細胞増殖に最適なｐＨ及び下流活性のパフォーマンスは、菌株によって変動し得る。範囲は、そのｐＨ５～８であり得る。培地に溶解したガスは、代謝のために細胞により使用され得る。全プロセスを通して、Ｏ２、ＣＯ２及びＮ２の濃度の調節が必要となる場合がある。栄養素の利用可能性は、細胞の増殖を変更する可能性がある。微生物は、過剰な栄養素が利用可能である場合、別の動態を有する可能性がある。
発酵工程の終了時及び採取工程中の微生物の状態は、細胞の生存率及び活性に影響を及ぼし得る。分離及び下流の処理に伴う物理的及び化学的ストレスに対して微生物をより良好に準備するために、採取直前に微生物を前処理し得る。温度の変化（多くの場合、２０～５℃まで低下）は、細胞の代謝を低下させ、発酵槽から取り出したときの増殖（及び／又は死）並びに生理学的変化を遅らせる可能性がある。遠心濃縮の有効性は、培養物ｐＨに影響され得る。ｐＨを１～２ポイント上げると、濃度の有効性が向上し得るが、これは、細胞に有害にもなり得る。採取直前に、培地中の塩及び／又は糖の濃度を増加することにより、微生物にストレスを与え得る。このようにストレスを受けた細胞は、下流での凍結及び凍結乾燥により良好に耐え得る。
分離方法及び技術は、培養培地からどの程度効率的に微生物が分離されるかに影響を及ぼし得る。固形物は、遠心分離技術を用いて除去することができる。遠心濃縮の有効性は、培養物ｐＨ又は凝集剤の使用による影響を受ける可能性がある。ｐＨを１～２ポイント上げると、濃度の有効性が向上し得るが、これは、細胞に有害にもなり得る。採取直前に、培地中の塩及び／又は糖の濃度を増加することにより、微生物にストレスを与え得る。このようにストレスを受けた細胞は、下流での凍結及び凍結乾燥により良好に耐え得る。さらに、濾過によって微生物を分離し得る。遠心分離の成功のために、細胞が過剰なｇ－分を必要とする場合、濾過は、精製のための遠心分離技術よりも優れている。賦形剤は、分離前後に添加することができる。賦形剤は、凍結保護又は凍結乾燥中の保護のために添加することができる。賦形剤として、限定されないが、スクロース、トレハロース又はラクトースを挙げることができ、これらは、代替的に、バッファー及び抗酸化剤と混合され得る。凍結乾燥前に、賦形剤と混合した細胞ペレットの液滴を液体窒素に浸す。
採取は、連続遠心分離により実施することができる。生成物を所望の最終濃度まで種々の賦形剤と一緒に再懸濁させ得る。賦形剤は、凍結保護又は凍結乾燥中の保護のために添加することができる。賦形剤として、限定されないが、スクロース、トレハロース又はラクトースを挙げることができ、これらは、代替的に、バッファー及び抗酸化剤と混合され得る。凍結乾燥前に、賦形剤と混合した細胞ペレットの液滴を液体窒素に浸す。
生菌、小胞又は他の細菌誘導体を含む材料の凍結乾燥は、凍結、一次乾燥及び二次乾燥段階を含む。凍結乾燥は、凍結から開始する。生成物材料は、凍結段階前に凍結保護剤若しくは安定剤と混合されても又はされなくてもよい。生成物は、凍結乾燥機へのローディング前又は凍結乾燥機の棚段での制御条件下で凍結することができる。次の段階である一次乾燥段階では、氷を昇華により除去する。この場合、真空が発生し、材料に適量の熱が供給される。氷は、生成物の温度を氷点下及び材料の臨界温度（Ｔｃ）未満に保ちながら昇華する。材料がロードされる棚段の温度とチャンバー真空度を操作して、所望の生成物温度を達成することができる。二次乾燥段階では、生成物に結合した水分子を除去する。この場合、水分子と生成物材料との間に形成されたあらゆる物理－化学的相互作用を切断するために、一般に一次乾燥段階よりも高く温度を上昇させる。凍結乾燥プロセスの完了後、窒素などの不活性ガスでチャンバーを充填し得る。乾燥条件下で凍結乾燥機内、ガラスバイアル又は他の同様の容器内に生成物を密封して、大気中の水及び汚染物質への暴露を防止することもできる。
実施例４１：ｓｍＥＶ及びｐｍＥＶの調製
以下のように、ｓｍＥＶ及びｐｍＥＶが調製され得る。
ｓｍＥＶ：ｓｍＥＶの下流処理は、バイオリアクターの採取直後に開始する。２０，０００×ｇでの遠心分離を使用して、ブロスから細胞を除去する。得られた上清を０．２２μｍフィルタで清澄化する。ｓｍＥＶを濃縮した後、分子量カットオフ（ＭＷＣＯ）１００ｋＤａのフラットシートカセット限外濾過（ＵＦ）膜を備えたタンジェンシャルフロー濾過（ＴＦＦ）を使用して洗浄する。５容量のリン酸緩衝液（ＰＢＳ）を用いた低分子及び低分子タンパク質のウォッシュアウトのために、ダイアフィルトレーション（ＤＦ）を使用する。ＴＦＦからの保持液を２００，０００×ｇの超遠心分離機で１時間スピンダウンし、高速ペレット（ＨＳＰ）と呼ばれる、ｓｍＥＶが豊富なペレットを形成する。このペレットを最小限のＰＢＳで再懸濁し、ｏｐｔｉｐｒｅｐ（商標）密度勾配培地で勾配を調製し、２００，０００×ｇで１６時間超遠心分離する。得られた画分のうち、２つの中間バンドはｓｍＥＶを含有する。これらの画分を１５倍のＰＢＳで洗浄し、ｓｍＥＶを２００，０００×ｇで１時間スピンダウンして、分画されたＨＳＰ又はｆＨＳＰを生成する。その後、最小限のＰＢＳで再懸濁し、プールして、１ｍＬ当たりの粒子数及びタンパク質含量を分析する。投薬は、所望の濃度を達成するために粒子／ｍＬカウントから調製する。５３２ｎｍレーザーを用いる散乱モードで、Ｍａｌｖｅｒｎ ＰａｎａｌｙｔｉｃａｌによるＮａｎｏＳｉｇｈｔ ＮＳ３００を使用して、ｓｍＥＶを特性決定する。
ｐｍＥＶ：
細胞ペレットを冷凍庫から取り出し、氷上に置く。ペレット重量を記載する。
冷凍ペレットに低温１００ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ ｐＨ７．５を添加し、ペレットを４℃で回転させながら解凍する。
１０ｍｇ／ｍｌのＤＮａｓｅストックを解凍したペレットに最終濃度１ｍｇ／ｍＬまで添加する。
ペレットをインバータ上でＲＴ（室温）において４０分間インキュベートする。
サンプルを７０ｕｍセルストレーナで濾過した後、Ｅｍｕｌｓｉｆｌｅｘを通過させる。
２２，０００ｐｓｉで８つの個別のサイクルを有するＥｍｕｌｓｉｆｌｅｘを使用して、サンプルを溶解する。
溶解したサンプルから細胞残屑を除去するために、１２，５００×ｇ、４℃で、１５分サンプルを遠心分離する。
サンプルを１２，５００×ｇ、４℃で、１５分さらに２回遠心分離し、上清を毎回新しいチューブに移す。
膜タンパク質をペレット化するために、サンプルを１２０，０００×ｇ、４℃で１時間遠心分離する。
ペレットを、１０ｍＬの氷冷０．１Ｍ炭酸ナトリウムｐＨ１１に再懸濁させる。インバータ上で４℃において１時間サンプルをインキュベートする。
サンプルを１２０，０００×ｇ、４℃で、１時間遠心分離する。
１０ｍＬの１００ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ ｐＨ７．５をペレットに添加し、４℃でＯ／Ｎ（一晩）インキュベートする。
ペレットを再懸濁させ、サンプルを１２０，０００×ｇ、４℃で１時間遠心分離する。
上清を廃棄し、ペレットを最小容量のＰＢＳ中に再懸濁させる。
ｐｍＥＶの投与は、製造者の指示に従い、ＮａｎｏＳｉｇｈｔ ＮＳ３００（Ｍａｌｖｅｒｎ Ｐａｎａｌｙｔｉｃａｌ）を用いたナノ粒子トラッキング解析（ＮＴＡ）により評価されるような、粒子数に基づく。各サンプルの計数は、それぞれ３０秒の持続時間の少なくとも３つのビデオに基づいており、１フレーム当たり４０～１４０個の粒子を計数する。
ガンマ線照射：ガンマ線照射の場合、ｐｍＥＶは凍結した形態で調製し、２５ｋＧｙの放射線量で、ドライアイス上でガンマ線照射する；全微生物凍結乾燥粉末は、周囲温度で、１７．５ｋＧｙの放射線量でガンマ線照射する。
凍結乾燥：サンプルを凍結乾燥装置内に配置し、－４５℃で凍結する。凍結乾燥サイクルは、－４５℃で１０分の保持を含む。真空が開始する際、１００ｍＴｏｒｒに設定し、サンプルは－４５℃でさらに１０分間保持する。一次乾燥は、３００分かけて－２５℃までの温度ランプから始まり、この温度で４６３０分保持する。二次乾燥は、真空が２０ｍＴｏｒｒに下降する間、２００分にわたって２０℃への温度ランプから始まる。この温度と圧力で１２００分間保持する。最後の工程では、温度を２０℃から２５℃に上昇させ、２０ｍＴｏｒｒの真空に１０分間保持する。
実施例４２：アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株及びスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株ｓｍＥＶ：Ｕ９３７試験
アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株及びスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株由来のｓｍＥＶを、上述のＵ９３７アッセイにおいて試験した。
その結果を図２１に示す。
アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株及びスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株由来のバイオリアクター増殖細菌からｓｍＥＶを、３Ｅ１３粒子／リットルを超える収量で収集した。この科からのこれらの単離物は、上記で単離されたｓｍＥＶと異なるサイトカインプロファイルを示す。
スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）ｓｍＥＶからの強いＩＰ－１０刺激に留意されたい。
アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）ｓｍＥＶは、強いサイトカイン誘導物質であった。おそらく毒性との境界にある過剰刺激（高いＩＬ－１ｂレベルによって証明される）のために、最も高い濃度でＩＰ－１０発現が減弱されたことを留意されたい。
アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属ｓｍＥＶは、ＩＬ－１０を強く刺激し、且つハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）由来のｓｍＥＶなど、上記で特徴付けられたオシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ｓｍＥＶとより類似している、より低い程度に他のサイトカインを刺激する。
実施例４３：遅延型過敏症（ＤＴＨ）のマウスモデルにおけるアクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株及びスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株ｓｍＥＶ
メスの５週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスをタコニック・バイオサイエンシズ社から購入し、動物施設において１週間順応させた。０日目に皮下免疫化により、ＫＬＨ及びＣＦＡ（１：１）のエマルジョンでマウスを抗原刺激した。マウスにｓｍＥＶを毎日、経口において強制栄養で与えるか、又は５～８日に１ｍｇ／ｋｇにおいてデキサメタゾンを腹腔内投与した。８日目に投与した後、マウスをイソフルランで麻酔し、ベースライン測定に対してファウラーキャリパーで左耳を測定し、生理食塩水（１０μｌ）中のＫＬＨをマウスの左耳に皮内投与し、耳介厚測定値を２４時間時点で測定した。
図２２に２４時間の耳介測定の結果を示す。アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株及びスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶは、２通りの用量、２Ｅ＋１０及び２Ｅ＋０６（粒子数／投与に基づく）において比較された。アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株及びアナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶは、いずれの用量でも効果的であり、曝露から２４時間後に耳介炎症の低減を示した。スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶは、いずれの用量でも効果的ではなかった。
実施例４４：遅延型過敏症（ＤＴＨ）のマウスモデルにおけるスブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株ｓｍＥＶ
メスの５週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスをタコニック・バイオサイエンシズ社から購入し、動物施設において１週間順応させた。０日目に皮下免疫化により、ＫＬＨ及びＣＦＡ（１：１）のエマルジョンでマウスを抗原刺激した。マウスにｓｍＥＶを毎日、経口において強制栄養で与えるか、又は５～８日に１ｍｇ／ｋｇにおいてデキサメタゾンを腹腔内投与した。８日目に投与した後、マウスをイソフルランで麻酔し、ベースライン測定に対してファウラーキャリパーで左耳を測定し、生理食塩水（１０μｌ）中のＫＬＨをマウスの左耳に皮内投与し、耳介厚測定値を２４時間時点で測定した。
図２３に２４時間の耳介測定の結果を示す。スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶの２つのバッチを２Ｅ＋１０（粒子数／投与に基づく）において比較した。スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶのいずれのバッチも効果的ではなかった。
実施例４５：遅延型過敏症（ＤＴＨ）のマウスモデルにおけるアナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶ
メスの５週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスをタコニック・バイオサイエンシズ社から購入し、動物施設において１週間順応させた。０日目に皮下免疫化により、ＫＬＨ及びＣＦＡ（１：１）のエマルジョンでマウスを抗原刺激した。マウスにｓｍＥＶを毎日、経口において強制栄養で与えるか、又は５～８日に１ｍｇ／ｋｇにおいてデキサメタゾンを腹腔内投与した。８日目に投与した後、マウスをイソフルランで麻酔し、ベースライン測定に対してファウラーキャリパーで左耳を測定し、生理食塩水（１０μｌ）中のＫＬＨをマウスの左耳に皮内投与し、耳介厚測定値を２４時間時点で測定した。
図２４に２４時間の耳介測定の結果を示す。アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株から作成されたｓｍＥＶを２通りの用量２Ｅ＋１０及び２Ｅ＋０６（粒子数／投与に基づく）において比較した。これらの用量のいずれも賦形剤と比較して効果的であり、用量反応傾向が見られた。
実施例４６：アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶは、強力なヒトＴＬＲ２及びＴＬＲ５アゴニスト活性を有する。
アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶは、ＴＬＲ１／２と比べてＴＬＲ２／６ヘテロ二量体を刺激するが、Ｅｍａｘは低い。アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶｈは、他のＴＬＲｓよりも高いＥｍａｘを有する中程度のＴＬＲ５アゴニズムを有する。
ヒトＴＬＲ１、ＴＬＲ２及びＴＬＲ６の組み合わせ並びにヒトＴＬＲ４及びＴＬＲ５を発現するＨＥＫ２９３－ＳＥＡＰレポーター細胞（インビトロゲン社（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ））を、９６ウェルプレートに最終濃度２０，０００細胞／ウェルでプレーティングし、適切な選択培地で培養した。４８時間後に、選択培地を洗浄し、完全培地で置き換え、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株ｓｍＥＶを指示濃度／ウェルで添加した。ｓｍＥＶの存在下において細胞を２４時間培養した。上澄を回収し、ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ試薬（インビトロゲン社）と共に３０分間インキュベートし、続いてＴＬＲ２ヘテロ二量体、ＴＬＲ４及びＴＬＲ５細胞の刺激に関してＯＤ６３０ｎｍにおいて吸光度を読み取った。その結果を図２５に示す。
参照による組み込み
本明細で言及される全ての刊行物又は特許出願は、個々の刊行物又は特許出願の各々が具体的に且つ個々に参照により組み込まれていると示されているかのように、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる。競合する場合、本明細書中の定義を含む本出願が優先されることとなる。
均等物
当業者は、日常的実験のみを使用して、本明細書に記載された本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識又は確認することがきできるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲に包含されるものとする。

Claims (98)

  1. オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌由来の単離医薬組成物微生物細胞外小胞（ｍＥＶ）（例えば、治療有効量の、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌由来のｍＥＶ）を含む医薬組成物。
  2. 前記医薬組成物の少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも９９％は、ｍＥＶである、請求項１に記載の医薬組成物。
  3. 癌の治療のための単離ｍＥＶ又は治療有効量を含む医薬組成物。
  4. 腸内毒素症の治療のための単離ｍＥＶ又は治療有効量を含む医薬組成物。
  5. 自己免疫疾患の治療のための単離ｍＥＶ又は治療有効量を含む医薬組成物。
  6. 炎症性疾患の治療のための単離ｍＥＶ又は治療有効量を含む医薬組成物。
  7. 代謝性疾患の治療のための単離ｍＥＶ又は治療有効量を含む医薬組成物。
  8. フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６７９２）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム、１６Ｓ及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  9. フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６７９２）由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  10. フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６６９６）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム、１６Ｓ及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  11. フルニエレラ・マシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６６９６）由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  12. ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６６９４）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム、１６Ｓ及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  13. ハリーフリンティア・アセティスポラ（Ｈａｒｒｙｆｌｉｎｔｉａ ａｃｅｔｉｓｐｏｒａ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２６６９４）由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  14. アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２５８９２）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム、１６Ｓ及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  15. アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）属Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２５８９２）由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  16. アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００６）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム、１６Ｓ及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  17. アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）属Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００６）由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  18. アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００５）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム、１６Ｓ及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  19. アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００５）由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  20. スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００４）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム、１６Ｓ及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む、オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）菌株由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  21. スブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｖａｒｉａｂｉｌｅ）Ａ株（ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ－１２７００４）由来のｍＥＶを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  22. 内在性抗原提示細胞を活性化する、請求項１～２１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  23. 例えば、経口投与される場合、胃腸管外で１つ以上の有益な免疫効果を有する、請求項１～２１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  24. 例えば、経口投与される場合、対象における胃腸管外の免疫効果を調節する、請求項１～２１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  25. 前記ｍＥＶは、高収量株から産生される、請求項１～２４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  26. 前記高収量株は、バイオリアクター増殖培養物から１リットル当たり少なくとも３×１０１３のｍＥＶを産生する、請求項２５に記載の医薬組成物。
  27. 前記ｍＥＶは、ｐｍＥＶを含み、及び前記ｐｍＥＶは、ガンマ線照射、ＵＶ照射、熱不活性化、酸処理又は酸素スパージされた細菌から産生される、請求項１～２６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  28. 前記ｍＥＶは、ｐｍＥＶを含み、及び前記ｐｍＥＶは、生菌から産生される、請求項１～２６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  29. 分泌ｍＥＶ（ｓｍＥＶ）を含む、請求項１～２８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  30. プロセスｍＥＶ（ｐｍＥＶ）を含む、請求項１～２８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  31. 前記ｍＥＶは、凍結乾燥される（例えば、前記凍結乾燥生成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む）、請求項１～３０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  32. 前記ｍＥＶは、ガンマ線照射される、請求項１～３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  33. 前記ｍＥＶは、ＵＶ照射される、請求項１～３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  34. 前記ｍＥＶは、熱不活性化される（例えば、５０℃で２時間又は９０℃で２時間）、請求項１～３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  35. 前記ｍＥＶは、酸処理射される、請求項１～３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  36. 前記ｍＥＶは、酸素スパージングされる（例えば、０．１ｖｖｍで２時間）、請求項１～３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  37. ｍＥＶの用量は、約２×１０６～約２×１０１６粒子である（例えば、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）、請求項１～３６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  38. ｍＥＶの用量は、約５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質である（例えば、総タンパク質は、ブラッドフォードアッセイ又はＢＣＡアッセイによって決定される）、請求項１～３６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  39. 固体剤形を含む、請求項１～３８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  40. 前記固体剤形は、錠剤、ミニタブレット、カプセル、ピル若しくは粉末又は上記のものの組み合わせを含む、請求項３９に記載の医薬組成物。
  41. 前記固体剤形は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項３９又は４０に記載の医薬組成物。
  42. 前記固体剤形は、腸溶性コーティングを含む、請求項３９～４１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  43. 前記固体剤形は、経口投与のためのものである、請求項３９～４２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  44. 懸濁液を含む、請求項１～３８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  45. 前記懸濁液は、経口投与のためのものである（例えば、前記懸濁液は、ＰＢＳ及び任意選択でスクロース又はグルコースを含む）、請求項４４に記載の医薬組成物。
  46. 前記懸濁液は、静脈内投与のためのものである（例えば、前記懸濁液は、ＰＢＳを含む）、請求項４４に記載の医薬組成物。
  47. 前記懸濁液は、腹腔内投与のためのものである（例えば、前記懸濁液は、ＰＢＳを含む）、請求項４４に記載の医薬組成物。
  48. 前記懸濁液は、腫瘍内投与のためのものである（例えば、前記懸濁液は、ＰＢＳを含む）、請求項４４に記載の医薬組成物。
  49. 前記懸濁液は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項４４～４８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  50. 前記懸濁液は、バッファー（例えば、ＰＢＳ）をさらに含む、請求項４４～４９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  51. 表２に列挙される菌株を含む、請求項１～５０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  52. １種以上の追加の治療薬をさらに含む、請求項１～５０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  53. 疾患（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝性疾患）の治療に使用するためのものである、請求項１～５２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  54. 疾患（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、腸内毒素症及び／又は代謝疾患）の治療のための医薬の調製のための、請求項１～５２のいずれか一項に記載の医薬組成物の使用。
  55. 対象（例えば、ヒト）を治療する方法であって、請求項１～５２のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む方法。
  56. 前記対象は、癌の治療を必要とする、請求項５５に記載の方法。
  57. 前記対象は、炎症性疾患の治療を必要とする、請求項５５に記載の方法。
  58. 前記対象は、腸内毒素症の治療を必要とする、請求項５５に記載の方法。
  59. 前記対象は、自己免疫疾患の治療を必要とする、請求項５５に記載の方法。
  60. 前記対象は、代謝性疾患の治療を必要とする、請求項５５に記載の方法。
  61. 前記医薬組成物は、追加の治療薬と組み合わせて投与される、請求項５５～６０のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記医薬組成物は、静脈内投与される、請求項５５～６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記医薬組成物は、腫瘍内投与される、請求項５５～６１のいずれか一項に記載の方法。
  64. 前記医薬組成物は、腫瘍下投与される、請求項５５～６１のいずれか一項に記載の方法。
  65. 前記医薬組成物は、注射、例えば皮下、皮内又は腹腔内注射によって投与される、請求項５５～６１のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記組成物は、１種以上の追加の治療薬をさらに含む、請求項５５～６５のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記医薬組成物は、経口投与される、請求項５５～６６のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記医薬組成物中のｍＥＶの用量は、約２×１０６～約２×１０１６粒子である（例えば、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）、請求項５５～６７のいずれか一項に記載の方法。
  69. 前記医薬組成物中のｍＥＶの用量は、５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質である（例えば、総タンパク質は、ブラッドフォードアッセイ又はＢＣＡアッセイによって決定される）、請求項５５～６７のいずれか一項に記載の方法。
  70. 前記医薬組成物は、１日１回投与される、請求項５５～６８のいずれか一項に記載の方法。
  71. 前記医薬組成物は、１日２回投与される、請求項５５～６８のいずれか一項に記載の方法。
  72. 前記医薬組成物は、１日用量のために製剤化される、請求項５５～６８のいずれか一項に記載の方法。
  73. 前記医薬組成物は、１日２回用量のために製剤化され、各用量は、１日用量の半分である、請求項５５～６８のいずれか一項に記載の方法。
  74. 請求項１～５２のいずれか一項に記載のｍＥＶ（例えば、その治療有効量）を含む医薬組成物を懸濁液中において調製する方法であって、ｍＥＶを薬学的に許容されるバッファー（例えば、ＰＢＳ）と組み合わせ、それにより前記医薬組成物を調製することを含む方法。
  75. 前記懸濁液は、スクロース又はグルコースをさらに含む、請求項７４に記載の方法。
  76. 前記懸濁液は、経口投与のためのものである、請求項７４又は７５に記載の方法。
  77. 前記懸濁液は、静脈内投与のためのものである、請求項７４又は７５に記載の方法。
  78. 前記懸濁液は、腹腔内投与のためのものである、請求項７４又は７５に記載の方法。
  79. 前記懸濁液は、腫瘍内投与のためのものである、請求項７４又は７５に記載の方法。
  80. 前記懸濁液は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項７４～７９のいずれか一項に記載の方法。
  81. 前記懸濁液は、バッファー（例えば、ＰＢＳ）をさらに含む、請求項７４～８０のいずれか一項に記載の方法。
  82. 前記組成物は、１種以上の追加の治療薬をさらに含む、請求項７４～８１のいずれか一項に記載の方法。
  83. 前記医薬組成物は、経口投与される、請求項７４～８２のいずれか一項に記載の方法。
  84. 前記医薬組成物は、静脈内投与される、請求項７４～８２のいずれか一項に記載の方法。
  85. 前記医薬組成物は、腫瘍内投与される、請求項７４～８２のいずれか一項に記載の方法。
  86. 前記医薬組成物は、腫瘍下投与される、請求項７４～８２のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記医薬組成物は、注射、例えば皮下、皮内又は腹腔内注射によって投与される、請求項７４～８２のいずれか一項に記載の方法。
  88. 前記医薬組成物中のｍＥＶの用量は、約２×１０６～約２×１０１６粒子である（例えば、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）、請求項７４～８７のいずれか一項に記載の方法。
  89. 前記医薬組成物中のｍＥＶの用量は、５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質である（例えば、総タンパク質は、ブラッドフォードアッセイ又はＢＣＡアッセイによって決定される）、請求項７４～８７のいずれか一項に記載の方法。
  90. 請求項７４～８９のいずれか一項に記載の方法によって調製される医薬組成物。
  91. ｍＥＶ（例えば、その治療有効量）を含む医薬組成物を固体剤形において調製する方法であって、
    ａ）請求項１～５２のいずれか一項に記載のｍＥＶを薬学的に許容される賦形剤と組み合わせることと、
    ｂ）前記ｍＥＶ及び薬学的に許容される賦形剤を圧縮し、それにより前記医薬組成物を調製することと
    を含む方法。
  92. 前記抗体剤形を腸溶性コーティングすることをさらに含む、請求項９１に記載の方法。
  93. 前記固体剤形は、錠剤、ミニタブレット、カプセル、ピル若しくは粉末又は上記のものの組み合わせを含む、請求項９１又は９２に記載の方法。
  94. 前記組成物は、１種以上の追加の治療薬をさらに含む、請求項９１～９３のいずれか一項に記載の方法。
  95. 前記医薬組成物は、経口投与される、請求項９１～９４のいずれか一項に記載の方法。
  96. 前記医薬組成物中のｍＥＶの用量は、約２×１０６～約２×１０１６粒子である（例えば、粒子数は、ＮＴＡ（ナノ粒子トラッキング解析）によって決定される）、請求項９１～９５のいずれか一項に記載の方法。
  97. 前記医薬組成物中のｍＥＶの用量は、５ｍｇ～約９００ｍｇの総タンパク質である（例えば、総タンパク質は、ブラッドフォードアッセイ又はＢＣＡアッセイによって決定される）、請求項９１～９５のいずれか一項に記載の方法。
  98. 請求項９１～９７のいずれか一項に記載の方法によって調製される医薬組成物。
JP2022575982A 2020-06-11 2021-06-11 オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）微生物細胞外小胞を使用して疾患及び障害を治療するための組成物及び方法 Pending JP2023530413A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202063037771P 2020-06-11 2020-06-11
US63/037,771 2020-06-11
PCT/US2021/036978 WO2021252877A1 (en) 2020-06-11 2021-06-11 Compositions and methods for treating diseases and disorders using oscillospiraceae microbial extracellular vesicles

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2023530413A true JP2023530413A (ja) 2023-07-18

Family

ID=76999938

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2022575982A Pending JP2023530413A (ja) 2020-06-11 2021-06-11 オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）微生物細胞外小胞を使用して疾患及び障害を治療するための組成物及び方法

Country Status (13)

Country Link
US (1) US20230263838A1 (ja)
EP (1) EP4164664A1 (ja)
JP (1) JP2023530413A (ja)
KR (1) KR20230038476A (ja)
CN (1) CN115942944A (ja)
AR (1) AR122610A1 (ja)
AU (1) AU2021287978A1 (ja)
BR (1) BR112022025128A2 (ja)
CA (1) CA3180044A1 (ja)
CO (1) CO2023000114A2 (ja)
MX (1) MX2022015630A (ja)
TW (1) TW202214274A (ja)
WO (1) WO2021252877A1 (ja)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20240131083A1 (en) * 2020-12-22 2024-04-25 Evelo Biosciences, Inc. Compositions comprising animal hemoglobin
WO2023158204A1 (en) * 2022-02-15 2023-08-24 Enterobiome Inc. Pharmaceutical composition for preventing or treating cancer

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101833502B1 (ko) * 2016-12-16 2018-03-05 주식회사 엠디헬스케어 세균 메타게놈 분석을 통한 위암 진단방법
KR101833504B1 (ko) * 2016-12-26 2018-03-05 주식회사 엠디헬스케어 세균 메타게놈 분석을 통한 폐암 진단방법
JP7369690B2 (ja) * 2017-09-08 2023-10-26 エヴェロ バイオサイエンシズ，インコーポレーテッド 細菌の細胞外小胞
US10493113B2 (en) * 2017-11-14 2019-12-03 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating disease using a Blautia strain
WO2019152667A1 (en) * 2018-01-31 2019-08-08 Evelo Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating immune disorders using lachnospiraceae bacteria
WO2021146523A1 (en) * 2020-01-17 2021-07-22 Evelo Biosciences, Inc. Solid dosage forms with improved disintegration profiles

Also Published As

Publication number Publication date
TW202214274A (zh) 2022-04-16
KR20230038476A (ko) 2023-03-20
EP4164664A1 (en) 2023-04-19
AU2021287978A1 (en) 2023-02-02
CA3180044A1 (en) 2021-12-16
WO2021252877A1 (en) 2021-12-16
AR122610A1 (es) 2022-09-21
CO2023000114A2 (es) 2023-01-16
MX2022015630A (es) 2023-01-11
BR112022025128A2 (pt) 2023-01-17
CN115942944A (zh) 2023-04-07
US20230263838A1 (en) 2023-08-24

Similar Documents

Publication Publication Date Title
TWI814739B (zh) 細菌胞外囊泡
JP2023153808A (ja) プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）由来の細胞外小胞
JP2022538765A (ja) 処理された微生物細胞外小胞
JP2021512106A (ja) ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の細菌を使用して免疫障害を処置するための組成物及び方法
JP2023530413A (ja) オシロスピラ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）微生物細胞外小胞を使用して疾患及び障害を治療するための組成物及び方法
TW202216178A (zh) 使用巨型球菌屬物種治療疾病及障礙之組成物及方法
US20230302061A1 (en) Compositions and methods for treating diseases and disorders using fournierella massiliensis
US20230218683A1 (en) Compositions and methods for treating diseases and disorders using harryflintia acetispora
TWI840334B (zh) 源自普雷沃菌(prevotella)之胞外囊泡

Legal Events

Date Code Title Description
RD01 Notification of change of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7426

Effective date: 20230417

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20230417