JP2021502810A - Cd137およびpsmaに結合する分子 - Google Patents

Cd137およびpsmaに結合する分子 Download PDF

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Abstract

本開示は、CD137およびPSMAに同時に結合し、CD137に対して特異的なシングルドメイン抗体およびPSMAに結合する部分を含んでなる物質に関する。本開示はまた、例えばがんの処置または検出における、そのような物質の治療応用および診断応用にも関する。

Description

がんは、依然として世界において主な死因の1つである。最近の試験では、世界中で推定1270万のがん症例が示されている。この数字は、2030年までに2100万に増加すると予想されている(Vinay and Kwon 2014)。
CD137(4−1BB、TNFRS9)は、TNF受容体スーパーファミリーに属する1型膜貫通糖タンパク質である。これは、活性化されたマウスT細胞のcDNAからKwonら(1989)によって最初にクローン化された。これは、その後、T細胞、B細胞、NKおよびNK T細胞、樹状細胞(DC)、マクロファージ、好中球ならびに好酸球上で認められる広範な免疫細胞発現パターンを有することが示されている。発現は、非造血細胞、例えば、上皮、内皮および平滑筋細胞上、ならびに腫瘍細胞株上でも報告されている。CD137発現は、主に活性化誘導性であるが、低レベルの構成的発現が、TregおよびDCを含む一部の細胞型で示されている。
255アミノ酸ヒトCD137タンパク質(Genbank受託番号NP_001552)は、17アミノ酸シグナルペプチド配列、4つのシステインリッチドメインを含有する細胞外領域、27アミノ酸膜貫通領域および短い42アミノ酸細胞内ドメインからなる。これは、細胞表面上で単量体および二量体の両方として存在する。CD137に対する主なリガンドは、CD137リガンド(CD137L、4−1BB−L、TNFS9)であるが、受容体凝集を促進するガレクチン−9(Madireddi et al 2014)およびフィブロネクチンなどのマトリックスタンパク質(Chalupny et al, 1992)との相互作用も報告されている。CD137リガンドは、樹状細胞、B細胞およびマクロファージなどの活性化された抗原提示細胞上で主に発現される。
三量体CD137リガンドとCD137との相互作用は、受容体のクラスタ形成、ならびにキナーゼ調節およびNfKB経路の活性化をもたらすタンパク質のTRAFファミリーなどのシグナル伝達分子の動員をもたらす。このように、CD137のクラスタ形成は、下流シグナル伝達の開始および調節のために非常に重要である。
アゴニスト抗CD137モノクローナル抗体をin vitroおよびin vivoで用いた試験では、活性化時、CD137は、「シグナロソーム」と呼ばれるエンドソーム区画に迅速に内部移行され、そこからシグナル伝達を維持することが示されている(Sanchez-Paulete et al 2016における論評)。
CD137、CD27、OX40(CD134)、HVEM、CD30、およびGITRなどの同時刺激TNFRファミリーメンバーは、最初のT細胞活性化後のT細胞応答の維持に関与する。CD4+およびCD8+T細胞において、CD137は、T細胞受容体(TCR)媒介シグナル伝達を調節する同時刺激受容体として作用する。TCR活性化とともにCD137のライゲーションは、増殖、サイトカイン産生を促進し、抗アポトーシスB細胞リンパ腫−特大(Bcl−xl)およびB細胞リンパ腫2(Bcl−2)経路の誘導を通じてアポトーシスを阻害する。NK細胞上でのCD137の架橋は、IFN−γの分泌および増殖を刺激することが示されている。CD137刺激に対する樹状細胞応答には、増強された成熟および抗原提示、ならびにサイトカインIL−6、IL12およびIL−27ならびにT細胞機能を調節できるインドールアミン−2,3−ジオキシゲナーゼ(IDO)などの酵素の分泌が含まれる。CD137は、腫瘍血管内皮上で細胞間接着分子1(ICAM1)および血管細胞接着分子1(VCAM1)をアップレギュレートすることもでき、それにより、エフェクター細胞の遊走および腫瘍微小環境における活性化T細胞の保持が誘導される。
抗CD137抗体によるCD137の架橋は、肉腫、肥満細胞腫、神経膠腫、リンパ腫、骨髄腫、および肝細胞癌を含む多数のモデルにおいて、in vivoでの強力な抗腫瘍効果を有することが示されている。CD8+細胞枯渇試験では、この効果は、主に細胞溶解性T細胞の増殖および浸潤に関与し、腫瘍細胞の溶解をもたらすことが実証されている。しかしながら、DC、NK細胞またはCD4+T細胞などの他の種類の細胞の寄与が、一部の腫瘍モデルにおいて報告されている。さらに、抗CD137療法は、免疫記憶応答を誘発し、自己免疫反応を阻害することが示されている(Vinay et al 2012における論評)。
既存のアゴニスト療法は、全身性のCD137作用をもたらし、望まれない副作用に至ることが示されている。CD137シグナル伝達の活性化は、マウスモデルにおける重度の毒性と関連している。完全ヒトIgG4抗CD137アゴニスト抗体(Urelumab(登録商標)、BMS−663513)の臨床試験では、好中球減少症、肝酵素の上昇および高用量での重度の肝毒性が報告され、試験中止に至った。この重度の毒性は、これも単剤療法および併用療法のアプローチの両方として臨床試験中である完全ヒトIgG2(PF−05082566)では認められなかった。
同時刺激TNFRを標的とするアゴニスト抗体は、FcγRの関与(engagement)を必要とすることが示されている(Bulliard et al)。このように、FcγRを介した非標的クラスタ形成は、それによりアゴニスト抗体がこれらの標的に作用する機序に影響を及ぼし得る。
既存の療法で認められた毒性プロファイルを考慮すると、毒性を低減させた代替のCD137結合性分子の使用に基づいた、代替のがん療法の必要性が存在する。特に、細胞の表面でCD137と効果的に関与し(engage)、肝毒性を含む毒性を低減させた標的CD137アゴニストの臨床的必要性が存在する。
前立腺がんは、先進国の男性において最も一般的に診断される非皮膚関連悪性腫瘍である。男性6名中1名が前立腺がんと診断されると推定されている。
前立腺がんに対する現在の処置には、手術、放射線、およびアジュバントホルモン療法が挙げられる。これらの治療法は、疾患の初期において比較的有効であるが、限局性前立腺がんと最初に診断された患者の大部分は、最終的に再発する。化学療法は、進行性前立腺がんの戦いにおいて最も広く使用されているアプローチの1つであるが、その治療効力は、特異性の欠如および関連する毒性のために、通常不十分である。前立腺がん細胞への標的送達の欠如が、実現可能な治療効果の達成における主な障壁の1つである。従って、前立腺抗がん剤の選択性を増加させる戦略の重大な必要性が、依然として存在する(Barve et al)。
前立腺がんの診断は、前立腺特異抗原(PSA)などの血清に基づくマーカーの使用後、大幅に改善している。加えて、前立腺腫瘍関連抗原は、腫瘍イメージング、診断、および標的化治療のための標的を与える。前立腺腫瘍関連マーカーである前立腺特異的膜抗原(PSMA)は、そのような標的である。
PSMAは、前立腺分泌上皮細胞膜に高度に制限された750残基のII型膜貫通糖タンパク質である。これは、前立腺がん細胞ならびに非前立腺固形腫瘍新脈管構造および他の固形腫瘍において高度に発現し、健常な前立腺、腎臓、肝臓、小腸、および脳を含む他の組織において、より低いレベルで発現する。PSMAの発現は、前立腺疾患の進行および転移とともに増加し、このため、その発現レベルは、腫瘍の攻撃性と相関している。様々な免疫組織学的試験が、良性前立腺上皮細胞におけるPSMAレベルと比較して、前立腺癌の実質的に総ての例においてPSMAレベルが増加していることを実証している。前立腺上皮内新生物、後期アンドロゲン非依存性前立腺がん、ならびにリンパ節、骨、軟部組織、および肺に限局した二次性前立腺腫瘍を含む疾患の全段階において、強いPSMA染色が認められる。このように、PSMAは、前立腺がん細胞に対するバイオマーカーとして広く使用されている。
PSMAは、19アミノ酸内部部分、24アミノ酸膜貫通部分、および707アミノ酸外部部分という3部構造を有する。これは、神経ペプチドN−アセチルアスパルチルグルタミン酸およびグルタミン酸コンジュゲート葉酸誘導体を処理するその能力に基づいた、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼ活性を有する非共有結合ホモ二量体を形成する。PSMAは、エンドサイトーシス経路によって迅速かつ効率的に内部移行され、膜へと再度迅速に再利用される。
本発明は、がんの処置に使用するための、代替の抗体に基づく処置の必要性に取り組む。
本発明は、CD137およびPSMAの両方に対する特異性を有する新規な結合性分子(binding molecule)に関する。本発明者らは、CD137に結合し、CD137に対するCD137Lの結合を阻害するシングル可変重鎖ドメイン抗体を同定した。それらの抗体は、単一特異性フォーマット(monospecific format)で、すなわち、第2の標的に結合する別の部分と連結されることなく、CD137に結合した場合、CD137シグナル伝達を生じない。しかしながら、腫瘍特異抗原に結合する部分に連結された場合、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、CD137シグナル伝達を誘発する。このように、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、第2の抗原を標的とする結合パートナーなしに、CD137と結合した場合、受容体のクラスタ形成を誘導せず、アゴニスト活性を示さない一方で、二特異性分子におけるCD137および腫瘍特異抗原の二重関与(dual engagement)は、CD137アゴニズムをもたらす。従って、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、CD137およびPSMAと同時に関与する(simultaneously engage)多特異性の結合性分子におけるサブユニットとして使用することができる。
本明細書に記載される二特異性および多特異性分子は、CD137およびPSMAに結合し、両方の標的と同時に関与する。この二重関与は、CD137活性化をもたらし、それにより、腫瘍微小環境に対する作用部位を制限し、既存のCD137療法の望ましくない効果を最小限にできる可能性がある。
一つの態様において、
a)CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、および
b)PSMAに結合する部分
を含んでなるか、またはそれらからなる、単離された結合性分子が提供される。
一つの実施形態において、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号1もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号2もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号3もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3、または配列番号425もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号426もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号427もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなる。
一つの実施形態において、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトフレームワーク領域を含んでなる。
一つの実施形態において、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、表2もしくは3に記載の完全長の配列またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなる。
一つの実施形態において、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、以下の配列:配列番号4、312、428、852、856、860、864、868、872、876もしくは880またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列のうちの1つを含んでなるか、またはそれからなる。
一つの実施形態において、PSMAに結合する部分は、抗体、抗体断片、抗体模倣物、CD137の天然リガンドを模倣するタンパク質、または他のポリペプチドから選択される。
一つの実施形態において、前記抗体断片は、Fab、F(ab’)2、Fv、一本鎖Fv断片(scFv)、シングルドメイン抗体またはその断片から選択される。
一つの実施形態において、前記シングルドメイン抗体は、シングルVドメイン抗体である。
一つの実施形態において、前記シングルVドメイン抗体は、配列番号812もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号813もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号814もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなるか、または前記Vシングルドメイン抗体は、配列番号837もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号838もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号839もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなる。
一つの実施形態において、PSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、表6もしくは7に記載の完全長の配列またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列を含んでなる。
一つの実施形態において、PSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体部分は、配列番号815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825もしくは840またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列を含んでなる。
一つの実施形態において、配列番号4、312、852、856、860、864、868、872、876、880もしくは428のうちの1つを有するシングルドメイン抗体1.1もしくは2.1、またはその変異体(例えば、1〜10または1〜20個のアミノ酸置換を有する分子)は、それぞれ配列番号815、822または840を有するシングルドメイン抗体3.1、3.8または4.1と連結されている。
一つの実施形態において、単離された結合性分子は、少なくとも約10−6M、あるいは少なくとも約10−7M、あるいは少なくとも約10−8M、あるいは少なくとも約10−9M、あるいは少なくとも約10−10M、あるいは少なくとも約10−11M、あるいは少なくとも約10−12MのKdの親和性、またはそれより大きい親和性で、CD137に結合することができる。
一つの実施形態において、単離された結合性分子は、少なくとも約10−6M、あるいは少なくとも約10−7M、あるいは少なくとも約10−8M、あるいは少なくとも約10−9M、あるいは少なくとも約10−10M、あるいは少なくとも約10−11M、あるいは少なくとも約10−12MのKdの親和性、またはそれより大きい親和性で、PSMAに結合することができる。
一つの実施形態において、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、ペプチドリンカーにより、PSMAに結合する部分と連結されている。
一つの実施形態において、前記リンカーは(G4S)nリンカーから選択され、式中、nは1〜10である。
本発明の単離された結合性分子は、PSMAに結合する部分と連結されたCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなってもよい。一つの実施形態において、単離された結合性分子は、毒素、酵素、放射性同位体、半減期延長部分、標識、治療分子または他の化学部分とコンジュゲートされている。
一つの実施形態において、前記半減期延長部分は、アルブミン結合部分、トランスフェリン結合部分、ポリエチレングリコール分子、組換えポリエチレングリコール分子、ヒト血清アルブミン、ヒト血清アルブミンの断片、およびアルブミン結合ペプチドまたはヒト血清アルブミンに結合するシングルドメイン抗体からなる群から選択される。
一般的に、ヒトCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、単一特異性エンティティ(monospecific entity)としてCD137に結合した場合、CD137シグナル伝達を生じない。
一つの実施形態において、ヒトCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトV、DおよびJ領域を含んでなるトランスジーンを発現するトランスジェニック齧歯類から得られたまたは得ることができる。
一つの実施形態において、前記齧歯類、例えばマウスは、機能的な内因性の軽鎖および重鎖を産生しない。
本明細書に記載される結合性分子を含んでなる、例えば、本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体および薬学的担体を含んでなる医薬組成物も提供される。
がん、前立腺がんまたはPSMA陽性腫瘍などの疾患の処置に使用するための、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物も提供される。
がんを処置する方法であって、治療有効量の、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法も提供される。
一つの実施形態において、前記がんは、前立腺がん、肺がん、神経膠芽腫、腎臓がん、膀胱がん、精巣がん、神経内分泌がん、結腸がん、および乳がんである。
本明細書に記載される結合性分子をコードする核酸配列を含んでなる核酸分子も提供される。
本明細書に記載される核酸分子を含んでなるベクターも提供される。
本明細書に記載される核酸分子またはベクターを含んでなる宿主細胞も提供される。
一つの実施形態において、宿主細胞は、細菌、酵母、ウイルス、植物または哺乳動物細胞である。
本明細書に記載される結合性分子を産生する方法であって、宿主細胞において前記結合性分子をコードする核酸を発現させる工程および宿主細胞から結合性分子を単離する工程を含んでなる方法も提供される。
CD8+T細胞増殖を促進し、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の活性化および/またはサイトカイン放出を誘導する方法であって、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法も提供される。
ヒトPSMA活性を低減させるin vivoまたはin vitroの方法であって、ヒトPSMAを上記の結合性分子と接触させる工程を含んでなる方法も提供される。
本明細書に記載される結合性分子または本明細書に記載される医薬組成物を含んでなるキットも提供される。
CD137およびPSMAの下流シグナル伝達経路を活性化する、例えば同時に活性化するための、上記の結合性分子または医薬組成物の使用も提供される。
CD137およびPSMAの下流シグナル伝達経路を活性化する、例えば同時に活性化する方法であって、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法も提供される。
CD137およびPSMAを二重関与させる方法であって、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法も提供される。
PSMA陽性腫瘍細胞または組織の近傍で局所T細胞応答を誘導するための、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物の使用も提供される。
PSMA陽性腫瘍細胞または組織の近傍で局所T細胞応答を誘導する方法であって、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法も提供される。
本発明を、以下の非制限的な図面においてさらに説明する。
二重結合細胞に基づくELISA。CHOヒトPSMA発現細胞をプレートに播種し、一価Vまたは二特異性分子を添加した。引き続きCD137huFcを添加し、抗ヒトFc−HRPを用いて結合を検出した。二特異性分子のみが結合シグナルの増加を示し、二重標的結合が確認された。 Jurkat NF−kBルシフェラーゼレポーターアッセイにおけるCD137シグナル伝達の活性化。(A)CHO PSMA細胞、(B)DU145 PSMA細胞または(C)DU145親細胞(二特異性試験)/培地のみ(抗体試験)を、JurkatヒトCD137NF−kBルシフェラーゼレポーター細胞とともに培養した。相対発光シグナル(RLU)を、NF−kBシグナル伝達経路のCD137媒介活性化から生じたルシフェラーゼレポーター遺伝子活性の読み取り値として測定した。一価Humabody(登録商標)V1.1および2.1は、応答を刺激することができなかった。二特異性Humabody(登録商標)Vは、PSMA依存的および濃度依存的にCD137シグナル伝達を刺激した。応答のレベルはPSMA発現レベル依存的であり、より高い最大応答が、PSMAのより高い発現の存在下で認められた。抗CD137抗体応答は、PSMA発現非依存的であった。PSMA発現細胞の存在下での二特異性分子は、CD137シグナル伝達を効果的に刺激することができた。 T細胞におけるサイトカイン産生の増強。ヒトCD8+T細胞を、プレートに結合した抗CD3抗体の存在下で、PSMA発現細胞または非発現親細胞と共培養した。Humabody(登録商標)V1.1一価および二特異性分子、Humabody(登録商標)V2.1一価および二特異性分子、抗CD137コンパレータ抗体ならびに抗PSMA抗体。上清を48時間後に回収し、IL−2のレベルを決定した。(A)PSMA発現細胞および非PSMA発現細胞の存在下でのIL−2応答の増強、(B)PSMA発現細胞の存在下での3匹の異なるT細胞ドナーに関するIL−2応答。(CおよびD)IL−2応答の濃度依存性。(E)PSMA発現細胞の存在下でのインターフェロン−γの産生。一価Humabody(登録商標)Vは、アッセイにおいてIL2またはIFN−γ産生を刺激しなかった。PSMA発現細胞の存在下での二特異性分子は、サイトカインIL−2産生を効果的に増強することができた。抗CD137抗体(可溶性、非架橋)は、PSMA非依存的応答においてIL−2産生を増強した。 二特異性分子の作用機序。この図面は、CD137およびPSMAの両方に結合し、腫瘍選択的T細胞アゴニズムをもたらす結合性分子の作用機序を例示したものである。 TNFα産生の増強。SEB予備刺激したPBMCを、(A)CHO PSMA細胞または(B)CHO親細胞および1ng/ml SEBのいずれかの存在下で、1ng/ml SEBおよびHumabody構築物4.1−6GS−1.1、3.8−6GS−1.1または対照Vで、3日間処置した。TNF−α濃度(平均±標準偏差)を、3レプリケートウェルから決定した。 in vivo実験:DU145 PSMA/hu PBMC移植NCGマウスにおけるHumabody(登録商標)の効果。DU145 PSMA前立腺細胞株を移植したHuPBMC移植NCGマウスからのプール腫瘍容積データ。第4〜6群(3匹のhuPBMCドナー、各群ドナーあたりn=5のマウス)を、9〜32日目にPBS(隔週)で、33〜45日目に4.1−6GS−1.1−V(MSA)(3mg/kg、毎日)で処置した。第7〜9群(3匹のhuPBMCドナー、ドナーあたりn=5のマウス)を、9〜32日目に対照抗CD137抗体(3mg/kg、隔週)で処置した。第3群(非hPBMC移植群、n=5のマウス)は、無処置とした。腫瘍移植後46日目に、腫瘍容積を測定した。統計的有意性(マン・ホイットニーのU検定):**=P<0.01、第3群との比較。
本発明の実施形態を以下にさらに詳しく説明する。以下の節では、様々な実施形態を説明する。明らかに反対であることを示していない限り、そのように定義された各々の態様を、他の任意の態様または複数の態様と組み合わせてもよい。特に、好ましいかまたは有利であることが示された任意の特色を、好ましいかまたは有利であることが示された他の任意の特色または複数の特色と組み合わせてもよい。
一般的に、本明細書に記載される細胞および組織培養、病理学、腫瘍学、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝学ならびにタンパク質化学および核酸化学およびハイブリダイゼーションに関連して使用される命名法、ならびにそれらの技術は、当技術分野で周知であり、当技術分野で一般的に使用される。本開示の方法および技術は、それ以外であることを示していない限り、当技術分野で周知の、ならびに本明細書を通して引用および考察される様々な一般的なおよびより特定の参考文献に記載される通常の方法に従って実施される。例えば、Green and Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 第4版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2012); Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic, Zhiqiang An (編), Wiley, (2009);およびAntibody Engineering, 第2版, 1および2巻, Ontermann and Dubel編, Springer-Verlag, Heidelberg (2010)を参照されたい。
酵素反応および精製技術は、当技術分野で一般的に実施されているように、または本明細書に記載されているように製造元の説明書に従って実施される。本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、ならびに医薬品化学および薬化学に関連して使用される命名法、ならびにその実験手順および技術は、当技術分野で周知であり、一般的に使用されるものである。化学合成、化学分析、薬学的調製、製剤、および送達、ならびに患者の処置に関しては、標準的な技術を使用する。上記の特性を測定するための好適なアッセイも、実施例において説明する。
本明細書に使用される用語「抗体」は、4つのポリペプチド鎖、すなわち2つの重(H)鎖および2つの軽(L)鎖で構成される任意の免疫グロブリン(Ig)分子もしくはその抗原結合部分、またはIg分子の本質的なエピトープ結合特徴を保持するその任意の機能的断片、突然変異体(mutant)、変異体(variant)、もしくは誘導体を広範に指す。
完全長の抗体では、各々の重鎖は、重鎖可変領域またはドメイン(本明細書においてHCVRと省略される)および重鎖定常領域で構成される。重鎖定常領域は、3つのドメイン、すなわちC1、C2、およびC3で構成される。各々の軽鎖は、軽鎖可変領域またはドメイン(本明細書においてLCVRと省略される)および軽鎖定常領域を有する。軽鎖定常領域は、1つのドメインCで構成される。
重鎖および軽鎖可変領域は、相補性決定領域(CDR)と呼ばれる超可変領域にさらに細分することができ、それらの領域の間にはより保存されたフレームワーク領域(FR)と呼ばれる領域が介在する。各々の重鎖および軽鎖可変領域は、3つのCDRと4つのFRで構成され、これらはアミノ末端からカルボキシ末端へと以下の順序:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4で整列する。
免疫グロブリン分子は、任意のタイプ(例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgA、およびIgY)、クラス(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、およびIgA2)またはサブクラスの分子であり得る。
用語「CDR」は、抗体可変配列内の相補性決定領域を指す。重鎖および軽鎖の可変領域の各々には、可変領域の各々に関してCDR1、CDR2、およびCDR3と呼ばれる3つのCDRが存在する。用語「CDRの組」は、抗原に結合することができる単一の可変領域に存在する3つのCDRの群を指す。これらのCDRの正確な境界は、当技術分野で公知の異なるシステムに従って異なるように定義することができる。
Kabatの相補性決定領域(CDR)は、配列多様性に基づいており、最も一般的に使用される(Kabat et al., (1971) Ann. NY Acad. Sci. 190:382-391およびKabat, et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, 第5版, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242)。Chothiaは、代わりに構造ループの位置を指している(Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987))。Kabatの付番システムは、可変ドメインにおける残基(軽鎖のおよそ1〜107位の残基および重鎖の1〜113位の残基)を指す場合に一般的に使用される。別のシステムは、ImMunoGeneTics(IMGT)付番スキームである。IMGT付番スキームは、Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol., 29, 185-203 (2005) に記載されている。
本明細書において、Kabatによって記載されるシステムを使用する。用語「Kabat付番」、「Kabat定義」および「Kabat表記」は、本明細書において互換的に使用される。これらの用語は、当技術分野で認識されるように、抗体の重鎖および軽鎖可変領域または抗原結合部分における他のアミノ酸残基より可変(すなわち、超可変)であるアミノ酸残基の付番システムを指す。
キメラ抗体は、1つの種に由来する抗体、好ましくは齧歯類抗体の相補性決定領域(CDR)を含む可変ドメインを含み、抗体分子の定常ドメインがヒト抗体の定常ドメインに由来する組換えタンパク質である。
ヒト化抗体は、1つの種の抗体、例えば齧歯類抗体のCDRが、齧歯類抗体の重鎖および軽鎖可変鎖からヒト重鎖および軽鎖可変ドメイン(例えば、フレームワーク領域配列)に移植されている組換えタンパク質である。抗体分子の定常ドメインは、ヒト抗体のそれに由来する。特定の複数の実施形態において、親(齧歯類)抗体からの限定数のフレームワーク領域アミノ酸残基を、ヒト抗体フレームワーク領域配列に置換してもよい。
用語「抗原結合部位」は、抗原に特異的に結合する領域を含んでなる抗体の一部または抗体断片を指す。抗原結合部位は、1つまたは複数の抗体可変ドメインによって提供され得る。抗原結合部位は、一般的に、抗体または抗体断片における会合したVおよびV内に含まれる。
抗体断片は、抗体の一部、例えば、F(ab’)2、Fab、Fv、scFv、重鎖、軽鎖、重(V)鎖ドメイン、可変軽(V)鎖ドメイン、およびその他である。完全長の抗体の機能的断片は、完全長の抗体の標的特異性を保持する。従って、組換えの機能的抗体断片、例えばFab(断片、抗体)、scFv(一本鎖可変鎖断片)、およびシングルドメイン抗体(dAb)は、mAbに基づく治療薬の代替として治療薬を開発するために使用されている。
scFv断片(約25kDa)は、2つの可変ドメイン、VおよびVからなる。天然において、VおよびVドメインは、疎水性相互作用を介して非共有結合により会合し、解離する傾向がある。しかしながら、ドメインを親水性のフレキシブルリンカーに連結して一本鎖Fv(scFv)を作製することによって、安定な断片を工学操作することができる。
最小の抗原結合性断片は、単一の可変断片、すなわち単一の可変重(V)鎖ドメインまたは単一の可変軽(V)鎖ドメインである。VおよびVドメインはそれぞれ、抗原に結合することができる。軽鎖/重鎖パートナーに対する結合はそれぞれ、または実際には完全長の抗体の他の部分の存在は、標的結合にとって必要ではない。サイズが1つのシングルドメイン(VまたはVドメインに対応)に縮小した、抗体の抗原結合性エンティティ(antigen-binding entity)は、一般的に、「シングルドメイン抗体」または「シングル免疫グロブリン可変ドメイン」と呼ぶ。このように、シングルドメイン抗体(約12〜15kDa)は、VまたはVドメインのいずれかからなるが、完全長の抗体の他の部分を含まない。軽鎖を天然的に欠如するラクダ化重鎖のみの抗体に由来するシングルドメイン抗体、ならびにヒト重鎖ドメインを有するシングルドメイン抗体が記載されている(Muyldermans 2001, Holliger 2005)。抗原結合性シングルVドメインも、例えば、免疫マウスの脾臓由来のゲノムDNAから増幅され、大腸菌において発現したマウスV遺伝子のライブラリから同定されている(Ward et al., 1989, Nature 341: 544-546)。Wardらは、単離されたシングルVドメインを「dAb」、すなわち「ドメイン抗体」と命名した。用語「dAb」または「sdAb」は、一般的に、抗原に特異的に結合するシングル免疫グロブリン可変ドメイン(V、VHHまたはV)ポリペプチドを指す。そのような分子は、それぞれVまたはV結合ドメインのみを有するが、完全長の抗体の他の部分を含まない。それ以外であることを明記していない限り、本明細書に使用される場合、この用語は、Vドメインを有するシングルドメイン抗体を指す。療法に使用するためには、ヒトシングルドメイン抗体が好ましく、その主な理由は、ヒトシングルドメイン抗体は、患者に投与した場合、免疫応答を引き起こす可能性が低いからである。
このように、用語「シングルドメイン抗体」、「Vドメイン抗体」、「シングルVドメイン抗体」、「Vシングルドメイン抗体」、「シングル可変ドメイン」、「シングル可変ドメイン抗体」、「シングル可変重鎖ドメイン抗体」または「免疫グロブリンシングル可変ドメイン(ISV)」は、総て当技術分野で周知であり、標的抗原に結合する抗体の単一の可変断片を記載する。これらの用語は、本明細書において互換的に使用される。上記のこれらの用語、具体的には、本明細書に使用される「シングル重鎖ドメイン抗体」、「シングル可変重鎖ドメイン抗体」、「シングルVドメイン抗体」、「ISV」、および「Vシングルドメイン」は、軽鎖または他の抗体断片の非存在下で抗原に対する結合特異性を保持する抗体の一部、すなわち抗体の単一の重鎖可変断片、例えばVドメインを記載する。そのような分子、例えばシングル可変重鎖ドメイン抗体は、軽鎖の非存在下で抗原に結合することができる。シングル可変重鎖ドメイン抗体は、完全長の抗体の他の部分を含まず、Vドメインのみを含む。このように、本明細書に使用される場合、これらの用語、具体的にはシングルドメイン抗体は、Vドメインのみからなり、抗体の他の部分を有さない結合部分を指す。本明細書に説明するように、下記に例証されるCD137結合性エンティティ(CD137 binding entity)はVシングルドメイン抗体であり、好ましい複数の実施形態において、PSMA結合性エンティティ(PSMA binding entity)もVシングルドメイン抗体である。
以下に説明するように、複数の実施形態は、CD137抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体/免疫グロブリンシングル可変重鎖ドメインを含んでなるか、またはそれからなる、およびPSMAに結合する部分も含んでなる単離された結合性分子に関する。このように、シングル可変重鎖ドメイン抗体(すなわちVドメイン)は、軽鎖の非存在下でCD137に結合することができる。ヒトシングル可変重鎖ドメイン抗体(「Vドメイン抗体」)が、特に好ましい。そのような結合性分子はまた、本明細書においてHumabody(登録商標)と呼ばれる。Humabody(登録商標)は、Crescendo Biologics Ltdの登録商標である。
用語「単離された」は、その自然環境から単離された部分を指す。例えば、用語「単離された」は、他のシングルドメイン抗体または結合性分子、抗体または抗体断片を実質的に含まないシングルドメイン抗体または結合性分子を指す。その上、単離されたシングルドメイン抗体は、他の細胞材料および/または化学物質を実質的に含まなくてもよい。
各々のVドメイン抗体は、3つのCDRおよび4つのFRを含んでなり、これらはアミノ末端からカルボキシ末端へと以下の順序:FR1−CDR1−FR2−CDR2−FR3−CDR3−FR4で整列した。このように、本発明の一つの実施形態において、ドメインは、以下の式:FR1−CDR1−FR2−CDR2−FR3−CDR3−FR4を有するヒト可変重鎖(VH)ドメインである。
本発明のシングルドメイン抗体に対して、その特性を改善するためにC末端またはN末端Vフレームワーク配列に対する修飾を行ってもよい。例えば、Vドメインは、C末端またはN末端の伸長を含んでなり得る。C末端伸長は、残基VTVSS(配列番号788)で終止するVドメインのC末端に付加することができる。
一つの実施形態において、本発明のシングルドメイン抗体は、1〜50の残基、例えば1〜10、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10、1〜20、1〜30または1〜40個の追加のアミノ酸のC末端伸長を含んでなる。一つの実施形態において、本発明のシングルドメイン抗体は、ヒトC1ドメインの追加のアミノ酸を含んでなり、このためC末端はC1ドメイン内に伸長する。例えば、C末端伸長は、中性非極性アミノ酸、例えばA、L、V、P、M、G、I、FもしくはWまたは中性極性アミノ酸、例えばSもしくはTを含んでなってもよい。C末端伸長はまた、ペプチドリンカーまたはタグ、例えば、配列番号790〜797から選択され得る。
さらなるC末端またはN末端残基は、例えば、本発明のシングルドメイン抗体を、分子の検出を助ける別の部分またはタグにコンジュゲートするために使用されるペプチドリンカーであり得る。そのようなタグは当技術分野で周知であり、例えばリンカーHisタグ、例えばヘキサHis(HHHHHH、配列番号789)またはmycタグを含む。
本明細書に使用される場合、用語「相同性」または「同一性」は一般的に、配列を整列させた後に、およびいくつかの実施形態においては最大の百分率相同性を達成するために必要に応じてギャップを導入した後に、いかなる保存的置換も配列同一性の一部として考慮することなく比較される参照ポリペプチドの残基と同一である配列におけるアミノ酸残基の百分率を指す。このように、2つのアミノ酸配列間の百分率相同性は、2つの配列間の百分率同一性と同等である。N末端もしくはC末端の伸長、タグ、または挿入はいずれも、同一性または相同性を低減させると解釈すべきではない。アライメントのための方法およびコンピュータープログラムは周知である。2つのアミノ酸配列間の百分率同一性は、周知の数学的アルゴリズムを使用して決定することができる。
本発明の様々な態様のいくつかの実施形態によれば、本明細書に記載されるシングルドメイン抗体の可変ドメインは、ヒト可変ドメイン(本明細書に使用される場合、Vはヒトドメインを指す)、ラクダ化可変ドメイン(VHH)、ヒト化VHHドメイン、ラクダ化Vドメイン、配列改変VもしくはVHHドメインである。一つの実施形態において、本明細書に記載されるシングルドメイン抗体の可変ドメインは、Vドメインである。
本明細書に使用される場合、ヒトVドメインは、完全にヒトのまたは実質的に完全にヒトのVドメインを含む。本明細書に使用される場合、用語ヒトVドメインはまた、例えば、WO2016/062990および以下の実施例に記載されるように、特に目的の抗原による免疫に応答して完全にヒトの免疫グロブリン重鎖座を発現するトランスジェニックマウスによって作製される重鎖のみの抗体から単離されるVドメインも含む。一つの実施形態において、ヒトVドメインはまた、ヒトVドメインアミノ酸に由来するもしくは基づく、またはヒトV核酸配列から産生されるVドメインも含み得る。このため、用語ヒトVドメインは、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来するまたはそれによってコードされる、例えば、完全ヒトV遺伝子を発現するトランスジェニックマウスにおいて産生される重鎖のみの抗体から得られる可変重鎖領域を含む。いくつかの実施形態において、実質的にヒトのVドメイン、またはヒトVドメインに由来するもしくは基づくVドメインは、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基(例えば、in vitroで、例えばランダムもしくは部位特異的変異誘発によって導入された変異、またはin vivoで体細胞変異によって導入された変異)を含み得る。従って、用語「ヒトVドメイン」は、例えば、配列ライアビリティ(liabilities)を除去するために1つまたは複数のアミノ酸残基が改変されている実質的にヒトのVドメイン、すなわちヒトVドメインも含む。例えば、実質的にヒトのVドメイン、Vドメインは、生殖系列ヒト配列と比較して最大10個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9もしくは10または最大20個のアミノ酸改変を含み得る。
しかしながら、本明細書に使用される場合の用語「ヒトVドメイン」または「実質的にヒトのVドメイン」は、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖系列に由来するCDR配列がヒトフレームワーク配列に移植されている抗体を含まないと意図される。一つの実施形態において、本明細書に使用される場合の用語「ヒトVドメイン」は、1つまたは複数の既定の残基をラクダ化VHHドメインにおいて見出され得る特定の残基へと変化させるために、Vドメイン配列における既定の位置を選択して既定の位置で1つまたは複数の点突然変異を導入するように、例えば通常の変異誘発法によってin vitroで特に改変されているヒトVドメインであるラクダ化Vドメインを含まないと意図される。
用語「KD」は、「平衡解離定数」を指し、平衡時の滴定測定で得た値、または解離速度定数(Koff)を結合速度定数(Kon)で除算することによって得た値を指す。「KA」は、親和性定数を指す。結合速度定数、解離速度定数、および平衡解離定数は、抗原に対する抗体の結合親和性を表すために使用される。結合および解離速度定数を決定する方法は、当技術分野で周知である。蛍光ベースの技術を使用することにより、高い感度が得られ、平衡時に生理的緩衝液中で試料を調べることができる。他の実験アプローチおよび機器、例えばBIAcore(登録商標)アッセイを使用することができる。
本開示に使用される特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド標的上のエピトープに「特異的結合」または「特異的に結合する」、または「特異的である」という用語は、例えば、標的に対するKDが少なくとも約10−6M、あるいは少なくとも約10−7M、あるいは少なくとも約10−8M、あるいは少なくとも約10−9M、あるいは少なくとも約10−10M、あるいは少なくとも約10−11M、あるいは少なくとも約10−12Mである、またはそれより大きい親和性を有する分子によって示され得る。一つの実施形態において、用語「特異的結合」は、分子が、他の任意のポリペプチドまたはポリペプチドエピトープに実質的に結合することなく、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド上のエピトープに結合する場合の結合を指す。
いくつかの実施形態において、1つまたは複数のアミノ酸置換、欠失、挿入、または他の改変を有する本明細書に記載されるシングルVドメイン抗体のいずれかの変異体であり、シングルドメイン抗体の生物機能を保持しているVシングルドメイン抗体を含んでなる結合性分子が提供される。このように、変異体Vシングルドメイン抗体の配列を、操作することができる。改変は、ネイティブ配列のVシングルドメイン抗体またはポリペプチドと比較してアミノ酸配列に変化が起こるシングルドメイン抗体またはポリペプチドをコードする1つまたは複数のコドンの1つまたは複数の置換、欠失、または挿入を含み得る。アミノ酸置換は、1つのアミノ酸の、類似の構造および/または化学特性を有する別のアミノ酸への交換、例えばロイシンのセリンへの交換、すなわち保存的アミノ酸交換の結果であり得る。挿入または欠失は、任意選択で約1〜25、例えば、1〜5、1〜10、1〜15または1〜20アミノ酸、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10アミノ酸の範囲であり得る。配列においてアミノ酸の挿入、欠失、または置換を系統的に作製すること、および得られた変異体を、完全長または成熟ネイティブ配列によって示される活性に関して試験することによって、許容される多様性を決定してもよい。本明細書に記載されるVシングルドメイン抗体の変異体は、非変異体分子と少なくとも50%、例えば少なくとも70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性を有し、好ましくは、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性を有する。
一つの実施形態において、改変は、保存的配列改変である。本明細書において使用される場合、用語「保存的配列改変」は、アミノ酸配列を含む抗体の結合特徴に有意に影響を及ぼさないまたは変化させないアミノ酸改変を指すと意図される。そのような保存的改変は、アミノ酸置換、付加、および欠失を含む。改変は、当技術分野で公知の標準的な技術、例えば部位特異的変異誘発およびPCR媒介変異誘発によって本発明のsdAbに導入することができる。保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基を、類似の側鎖を有するアミノ酸残基と交換する置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーが当技術分野で定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖(例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電極性側鎖(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン)、非極性側鎖(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン)、ベータ分岐側鎖(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、および芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を有するアミノ酸が挙げられる。このように、本発明のシングルドメイン抗体のCDR領域内の1つまたは複数のアミノ酸残基を、同じ側鎖ファミリーからの他のアミノ酸残基と交換することができ、変化した抗体を、本明細書に記載される機能的アッセイを使用して機能(すなわち、CD137結合)の保持に関して試験することができる。
このように、これらのアミノ酸変化は、典型的に、ポリペプチドの生物活性、機能、または他の所望の特性、例えば抗原に対するその親和性またはその特異性を変化させることなく作製することができる。いくつかの場合において、これらの変化は、抗体、例えばシングルVドメイン抗体のその標的抗原に対する親和性を改善するために行われる。一般的に、ポリペプチドの非必須領域における一アミノ酸置換は、生物活性を実質的に変化させない。さらに、構造または機能が類似であるアミノ酸の置換は、ポリペプチドの生物活性を破壊する可能性がより低い。本明細書に記載されるポリペプチドおよびペプチドを構成するアミノ酸残基の略語、およびこれらのアミノ酸残基の保存的置換を、以下の表1に示す。
いくつかの実施形態において、結合性分子は、非改変のシングルドメイン抗体と比較して、1つまたは複数の配列改変を含んでなり、結合親和性、特異性、熱安定性、発現レベル、エフェクター機能、グリコシル化、低減された免疫原性、または溶解性などの特性の1つまたは複数が改善されている、表2、3および4に示される抗体から選択されるシングルドメイン抗体の変異体であるVシングルドメイン抗体を含む。
当業者は、本明細書に記載される抗原結合性分子を同定する、得る、および最適化するために、in vitroおよびin vivo発現ライブラリを含む異なる方法が存在することを承知しているであろう。これを実施例においてさらに説明する。ディスプレイ(例えば、リボソームおよび/またはファージディスプレイ)および/または変異誘発(例えば、誤りがちな変異誘発)などの、当技術分野で公知の最適化技術を使用することができる。従って、本発明はまた、本明細書に記載のシングルドメイン抗体の配列最適化変異体も含んでなる。
一つの実施形態において、シングルドメイン抗体の免疫原性を減少させる改変を行うことができる。例えば、1つのアプローチは、1つまたは複数のフレームワーク残基を、対応するヒト生殖系列配列に復帰させることである。より具体的には、体細胞変異を受けたシングルドメイン抗体は、シングルドメイン抗体が由来する生殖系列配列とは異なるフレームワーク残基を含んでもよい。そのような残基は、シングルドメイン抗体フレームワーク配列を、シングルドメイン抗体が由来する生殖系列配列と比較することによって同定することができる。一つの実施形態において、総てのフレームワーク残基は生殖系列配列である。
フレームワーク領域配列におけるアミノ酸残基の1つまたは複数を、その生殖系列構成に戻すために、例えば部位特異的変異誘発またはPCR媒介変異誘発によって、体細胞変異を生殖系列配列に「逆変異」させることができる。
別のタイプのフレームワーク改変は、T細胞エピトープを除去するために、フレームワーク領域内の、またはさらに1つもしくは複数のCDR領域内の1つまたは複数の残基を変異させ、それによって抗体の潜在的免疫原性を低減させることを伴う。
さらに別の実施形態において、グリコシル化を改変する。例えば、無グリコシル化抗体(すなわち、抗体はグリコシル化を欠如する)を作製することができる。グリコシル化を、例えば、抗原に対する抗体の親和性を増加させるように変化させることができる。そのような炭水化物改変は、例えば抗体配列内のグリコシル化の1つまたは複数の部位を変化させることによって行うことができる。例えば、それによって1つまたは複数の可変領域フレームワークグリコシル化部位が除去され、それによってその部位でのグリコシル化が除去される1つまたは複数のアミノ酸置換を行うことができる。そのような無グリコシル化は、抗原に対する抗体の親和性を増加させ得る。
一つの実施形態において、1つまたは複数の置換は、CDR1、2または3領域に存在する。例えば、CDR1、2または3における1、2、3、4または5個以上のアミノ酸置換が存在し得る。別の例において、1または2個のアミノ酸欠失が存在する。一つの実施形態において、1つまたは複数の置換は、フレームワーク領域に存在する。例えば、CDR1、2または3における1〜10個以上のアミノ酸置換が存在し得る。別の例において、1〜10個以上のアミノ酸欠失が存在し得る。
用語「エピトープ」、または「抗原性決定基」は、それに対してVシングルドメイン抗体を含む、免疫グロブリン、抗体、抗体断片が特異的に結合する、抗原(例えば、PSMAまたはCD137)の表面上の部位を指す。一般的に、抗原は複数のまたは多くの異なるエピトープを有し、多くの異なる抗体と反応する。特異的にという用語は、線形エピトープおよびコンフォメーションエピトープを含む。タンパク質抗原内のエピトープは、連続するアミノ酸(通常、線形エピトープ)、またはタンパク質の三次元フォールディングによって近位となる不連続なアミノ酸(通常、コンフォメーションエピトープ)の両方によって形成され得る。連続するアミノ酸から形成されたエピトープは、必ずしも常ではないが典型的に、変性溶媒に曝露されても保持されるが、三次元フォールディングによって形成されたエピトープは、変性溶媒による処置によって典型的に失われる。エピトープは典型的に、少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、または15アミノ酸をユニークな空間的コンフォメーションで含む。どのエピトープが所定の抗体または抗体断片に結合しているかを決定する方法(すなわち、エピトープマッピング)は、当技術分野で周知であり、例えばイムノブロッティング、および免疫沈降アッセイを含み、重複するまたは連続するペプチドを、所定の抗体または抗体断片との反応性に関して試験する。2つの抗体が同一または立体的に重複するエピトープを認識する場合、抗体は、参照抗体と「本質的に同じエピトープ」に結合する。2つのエピトープが同一または立体的に重複するエピトープに結合するか否かを決定するための最も広く使用され、迅速な方法は、競合アッセイであり、これは、標識抗原または標識抗体のいずれかを使用して、異なるフォーマットに構成することができる。
本発明者らは、意外にも、単一特異性フォーマットで、すなわち、第2の抗原に特異的な別の部分と連結されることなく、CD137を標的とした場合、CD137に特異的に結合するが、CD137受容体のクラスタ形成を誘導しないシングル可変重鎖ドメイン抗体を同定した。従って、一価または単一特異性フォーマットでの本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体の結合は、CD137シグナル伝達を活性化せず、CD137シグナル伝達をもたらさない。例えば、二特異性融合タンパク質としての、第2の抗原に特異的な別の部分とともに本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体が提供されない限り、本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体の結合は、CD137シグナル伝達を刺激せず、ここで、本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体は、腫瘍特異抗原に結合する部分、例えば、腫瘍特異抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体と連結されている。
本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体が、結合性分子の一部として、例えばPSMAに結合する部分、例えばPSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体とともに融合タンパク質として提供される場合、CD137および標的部分に対する結合は、CD137受容体のクラスタ形成およびCD137シグナル伝達をもたらす。このように、CD137シグナル伝達の誘導は、両標的、すなわちCD137およびPSMAの二重関与を必要とする。これは、腫瘍微小環境における局在したCD137シグナル伝達をもたらす。二特異性分子による両標的の同時関与のみが、CD137活性化をもたらす。腫瘍の近傍における標的特異的活性化は、制御できない副作用に至る全身性のCD137作用を回避する可能性がある。結合性分子は、Fc受容体に対する結合以外の機序を介して、細胞の表面でCD137と効果的に関与し、ひいては、望まれない肝毒性を回避する。同時に、それらの結合性分子は、PSMAを発現する細胞と関与する。
本発明者らは、CD137およびPSMAの両方に結合する結合性分子を説明する。用語「結合性分子(binding molecule)」および「結合性物質(binding agent)」は、本明細書において互換的に使用される。本明細書に使用される結合性分子は、少なくとも2つの標的、すなわちCD137およびPSMAに特異的に結合する結合性分子を指し、CD137に結合する1つのサブユニット/エンティティ(entity)/部分(moiety)は、PSMAに結合する第2のサブユニット/エンティティ/部分とコンジュゲート/連結されている。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される結合性分子は融合タンパク質であり、CD137に結合する1つのポリペプチドは、PSMAに結合する第2のポリペプチドとコンジュゲート/連結されている。
一つの態様において、本発明は、CD137およびPSMAの両方に結合し、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる単離された多特異性の結合性分子に関する。いくつかの実施形態において、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、本明細書に記載される通りである。
本発明の多特異性の結合性分子の特性は、治療方法および使用ならびに本明細書に記載される医薬製剤(pharmaceutical formulation)に利用することができる。
一つの態様において、本発明は、
a)CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、および
b)PSMAに結合する部分
を含んでなるか、またはそれからなる単離された結合性分子に関する。
このように、CD137に結合するエンティティは、軽鎖および重鎖を含んでなる完全長の抗体ではなく、シングル可変重鎖ドメイン、すなわちVドメインのみである。いくつかの実施形態において、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、以下の表(表2および3)に記載の本明細書に記載される配列番号を有するCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体のうちの1つから選択され、CDRは、Kabatに従って定義される。
CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体およびPSMAに結合する部分は、例えばペプチドリンカーにより連結されている。例えば、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、そのNまたはC末端で、PSMAに結合する部分に連結させることができる。
PSMAに結合する部分は、抗体、抗体模倣物、抗体足場、抗体断片または他のポリペプチドから選択され得る。抗体断片は、抗体の一部、例えば、F(ab’)2、Fab、Fv、scFv、重鎖、軽鎖、重鎖もしくは可変軽鎖ドメイン、重鎖もしくは可変軽鎖ドメイン、またはその一部、例えばCDRから選択され得る。
一つの実施形態において、PSMAに結合するエンティティは、PSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、例えばヒトVドメイン抗体である。いくつかの実施形態において、PSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、本明細書に記載されるおよび以下の表における配列番号を有するPSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体のうちの1つから選択される。
一つの実施形態において、
a)CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、および
b)PSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体
を含んでなるか、またはそれからなる結合性分子が提供される。
このように、結合性分子は、2つのシングル可変重鎖ドメインを有し、1つはCD137に結合し、1つはPSMAに結合する。完全長の抗体の他のドメイン/鎖は存在しない。いくつかの実施形態において、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体およびPSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトVドメイン抗体である。
一つの態様において、本発明者らは、例えば本明細書に記載される配列番号を有するPSMAに結合する別の部分と連結された、例えば本明細書に記載される(例えば表2または3に記載される)配列番号を有するCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子を提供し、結合性分子は、以下の特性のうち1つまたは複数を示す:
(a)実施例において測定されるKDでヒトCD137に結合する;
(b)ヒトCD137リガンドと細胞の表面に発現したヒトCD137との間の相互作用を阻害する。これは、実施例4に示されるように測定することができる;
(c)マウスCD137に結合しない;
(d)CD137を発現する細胞に結合し、PSMAを発現する細胞に同時に結合する。これは、実施例5に示されるように測定することができる;
(e)レポーター遺伝子活性を増加させる。これは、実施例5に示されるように測定することができる;
(f)in vivoでの腫瘍細胞成長を阻害する;
(g)CD8+T細胞増殖を促進する;
(h)細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の活性化を誘導する;
(i)CD8+細胞からのIL−2産生を刺激する。これは、実施例5に示されるように測定することができる;
(j)腫瘍特異的T細胞活性化を誘導する;
(k)実施例において測定されるように、T細胞におけるCD137シグナル伝達を活性化する;
(l)活性化誘導細胞死を阻害する;
(m)T細胞生存を増強する;
(n)全身性のT細胞活性化を制限する;
(o)T細胞の細胞傷害性エフェクター機能を増強する;
(p)腫瘍抗原陽性腫瘍における抗腫瘍細胞の局所活性化を促進する;
(q)抗体依存性細胞傷害性を増強する;
(r)CD137およびPSMAに同時に結合する;
(s)カニクイザルCD137に結合する;
(t)T−reg細胞の制御因子機能を逆転させる;
(u)NK細胞を活性化する;かつ/または
(v)実施例6に示されるように、マウスにおいて対照群と比較して腫瘍容積を減少させる。
一つの実施形態において、結合性分子は、上記の特性のうち2つ以上、例えば、特性の任意の組合せを含む、上記の一覧から選択される1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20もしくは21個または総ての特性を示す。一つの実施形態において、結合性物質は、ヒトCD137リガンドと細胞の表面に発現したヒトCD137との間の相互作用を阻害する。
一つの実施形態において、結合性分子は、少なくとも2つのサブユニット、すなわちPSMA結合サブユニットに融合されたCD137結合サブユニットを含んでなる融合タンパク質であり、CD137結合サブユニットは、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体である。一つの実施形態において、結合性分子は、PSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体と連結されたCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる融合タンパク質である。リンカーは、以下にさらに説明されるように、例えばGS残基を有するペプチドリンカー、例えば(Gly4Ser)nであり、式中、n=1〜10、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10である。
結合性物質は、多特異性、例えば二特異性または三特異性である。二特異性分子は、2つの異なる標的に結合する。三特異性分子は、2つの異なる標的に結合する。一価分子は、1つの結合性エンティティを有する。二価分子は、同じまたは異なる標的に結合する2つの結合性エンティティを有する。
一つの実施形態において、結合性分子は、CD137に結合する第1のVシングルドメイン抗体(V(A))、およびPSMAに結合する第2のVシングルドメイン抗体(V(B))を含んでなり、例えば、以下の式:V(A)−L−V(B)を有する。V(A)は、例えばペプチドリンカーにより、V(B)とコンジュゲートされている、すなわち連結されている。Lは、リンカーを表す。
各々のVは、CDRおよびFR領域を含んでなる。このように、結合性分子は、以下の式:FR1(A)−CDR1(A)−FR2(A)−CDR2(A)−FR3(A)−CDR3(A)−FR4(A)−L−FR1(B)−CDR1(B)−FR2(B)−CDR2(B)−FR3(B)−CDR3(B)−FR4(B)を有し得る。シングルVドメインAおよびBの順序は特に限定されず、そのため、本発明のポリペプチドにおいて、シングル可変ドメインAはN末端に位置してもよく、シングル可変ドメインBはC末端に位置してもよく、またはその逆であってもよい。
本明細書に記載される様々な実施形態において使用される用語「ペプチドリンカー」は、1つまたは複数のアミノ酸を含んでなるペプチドを指す。ペプチドリンカーは、1〜44個のアミノ酸、より詳しくは、2〜20個のアミノ酸を含んでなる。ペプチドリンカーは、当技術分野で公知であるか、または本明細書に記載される。好適な非免疫原性リンカーペプチドは、例えば、Gおよび/またはS残基を含むリンカー、(G4S)n、(SG4)nまたはG4(SG4)nペプチドリンカーであり、式中、「n」は一般的に、1〜10の間の数字、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10である。一つの実施形態において、ペプチドは、例えば、GGGGS(配列番号790)、GGGGSGGGGS(配列番号791)、SGGGGSGGGG(配列番号792)、GGGGSGGGGSGGGG(配列番号793)、GSGSGSGS(配列番号794)、GGSGSGSG(配列番号795)、GGSGSG(配列番号796)、GGSG(配列番号797)からなる群から選択される。
上記の融合タンパク質は、エフェクター細胞の表面上のCD137および腫瘍細胞の細胞表面に提示されたPSMAに二重関与/結合、例えば同時関与/結合することができる。二重結合、例えば同時結合は、CD137受容体のクラスタ形成をもたらし、CD137シグナル伝達が生じる。これは、T細胞活性化をもたらす。いくつかの実施形態において、二重結合、例えば同時結合は、腫瘍抗原特異的エフェクター細胞活性化をもたらし、腫瘍細胞死滅をもたらす。
いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、一価シングル重鎖ドメイン抗体がCD137に結合するEC50値と類似するまたは少なくとも同等のEC50値で、CD137に結合することができる。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、実施例に示されるEC50値でCD137に結合する。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される融合タンパク質は、本質的に実施例に記載の通りに、機能的T細胞活性化におけるT細胞応答を同時刺激することができ得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される融合タンパク質は、機能的T細胞活性化におけるIL−2および/またはIFNγの分泌ならびにT細胞増殖を誘導することができ得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される融合ポリペプチドもまた、標的腫瘍、すなわち、融合タンパク質が結合する腫瘍抗原に対して陽性である細胞の近傍でIL−2および/またはIFNγの分泌を局所誘導することができる。
いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、CD137発現細胞および腫瘍抗原発現細胞の二重標的を介した相乗作用をもたらすことができ得る。
腫瘍の微小環境におけるCD137およびPSMAの二重標的、例えば同時標的は、抗腫瘍活性を増強し、腫瘍成長を低減し得る。さらに、CD137シグナル伝達を局所で誘発することにより、副作用が低減され得る。CD137シグナル伝達は、TRAFファミリーメンバーの動員およびキナーゼの活性化をもたらす。T細胞媒介シグナル伝達は、CD8+細胞を活性化誘導死から保護する。T細胞を同時刺激するための本明細書に記載される融合タンパク質の使用も提供される。
一つの実施形態において、本明細書に記載される結合性分子は、実施例に示される方法に従って測定された少なくとも約10−6M、あるいは少なくとも約10−7M、あるいは少なくとも約10−8M、あるいは少なくとも約10−9M、あるいは少なくとも約10−10M、あるいは少なくとも約10−11M、あるいは少なくとも約10−12MのKD、またはそれより大きい親和性で、CD137に結合する。一つの実施形態において、本明細書に記載される結合性分子は、実施例に示される方法に従って測定された少なくとも約10−6M、あるいは少なくとも約10−7M、あるいは少なくとも約10−8M、あるいは少なくとも約10−9M、あるいは少なくとも約10−10M、あるいは少なくとも約10−11M、あるいは少なくとも約10−12MのKD、またはそれより大きい親和性で、PSMAに結合する。結合は、実施例のように測定することができる。いくつかの実施形態において、本発明の結合性分子は、本明細書において詳しく説明し、実施例で示される、IC50および/またはEC50値を有する。本明細書に記載される結合性分子は、優れた安定性を示す。
別の態様において、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸分子が提供される。例えば、核酸分子は、本明細書に明記されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体をコードする核酸、および本明細書に明記されるPSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体をコードする核酸を含んでなる。核酸は、DNAまたはRNAを含んでなってもよく、完全または部分的に合成または組換えによって産生されてもよい。本明細書に記載されるヌクレオチド配列という言及は、明記された配列を有するDNA分子を包含し、本文がそれ以外であることを必要としていない限り、UがTの代わりに置換されている明記された配列を有するRNA分子を包含する。
さらに、本発明は、上記で定義される少なくとも1つの核酸を含んでなる核酸構築物に関する。構築物は、プラスミド、ベクター、転写または発現カセットの形態であり得る。
本発明はまた、上記の1つまたは複数の核酸構築物を含んでなる単離された組換え宿主細胞にも関する。宿主細胞は、細菌、ウイルス、植物、哺乳動物または他の適した宿主細胞であり得る。一つの実施形態において、細胞は、大腸菌細胞である。別の実施形態において、細胞は酵母細胞である。別の実施形態において、細胞はチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞である。
一つの実施形態において、本明細書に記載される融合タンパク質を作製する方法が提供され、方法は、融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドの発現にとって適した条件で宿主細胞を培養する工程、およびシングルドメイン抗体を単離する工程を含んでなる。
結合性分子に含まれる例示的な免疫グロブリン
上記のように、結合性分子は、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体(CD137結合サブユニット)、およびPSMAに結合する部分(PSMA結合サブユニット)を含んでなる。例えば、結合性分子は、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、PSMAに結合する別のポリペプチドと連結される融合タンパク質であり得る。以下に、CD137結合サブユニットおよびPSMA結合サブユニットの例を提供する。
結合性分子に含まれ、CD137に結合する例示的な免疫グロブリン
CD137に結合し、CD137およびPSMAの両方に結合する結合性分子のサブユニットのうちの1つを形成し得るシングル可変重鎖ドメイン抗体の例を説明し、これらは、本発明の様々な実施形態において使用することができる。
CD137は、免疫応答の重要な制御因子であり、従って、がん療法における重要な標的である。T細胞同時刺激受容体CD137は、活性化T細胞上で誘導され、活性化誘導細胞死(AICD)の防止、細胞周期進行の促進、細胞傷害性ならびにIL−2、IFN−γ、およびTNF−αなどの1型サイトカインの産生の増強、ならびに記憶CD8+T細胞の増加といった、多様な非常に重要な役割を果たす。アゴニスト抗体によるin vivoでのCD137誘発は、腫瘍に対するCD8+T細胞応答を増強する。CD137媒介抗がん効果は、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、およびとりわけ、高量のIFN−γの活性化を誘導するその能力に基づく。CD137/CD137L相互作用は、インフルエンザウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(LCMV)、および単純ヘルペスウイルス(HSV)などのウイルスに対するCD8+T細胞応答の正の制御因子としても考えられている。CD137は、最初のT細胞活性化後のT細胞応答の持続に関与する。
重要なことに、CD137シグナル伝達は、CD137受容体のクラスタ形成を必要とする。そのようなクラスタ形成は、三量体CD137リガンドとCD137受容体との相互作用により媒介され、タンパク質のTRAFファミリーなどのシグナル伝達分子の動員をもたらす。これは次に、キナーゼ調節およびNf−KBシグナル伝達経路の活性化をもたらす。転写因子のNF−κBファミリーは、炎症および自然免疫において重要な役割を有する。さらに、NF−κBは、がんの発生および進行の多くの段階における重要なプレーヤーとしてますます認識されている。
本明細書に記載されるシングルドメイン抗体は、野生型ヒトCD137(UniProt受託番号Q07011、GenBank受託番号NM_001561)に特異的に結合する。野生型ヒトCD137に関するアミノ酸配列(配列番号786)およびヌクレオチド配列を以下に示す(配列番号787)。
MGNSCYNIVATLLLVLNFERTRSLQDPCSNCPAGTFCDNNRNQICSPCPPNSFSSAGGQRTCDICRQCKGVFRTRKECSSTSNAECDCTPGFHCLGAGCSMCEQDCKQGQELTKKGCKDCCFGTFNDQKRGICRPWTNCSLDGKSVLVNGTKERDVVCGPSPADLSPGASSVTPPAPAREPGHSPQIISFFLALTSTALLFLLFFLTLRFSVVKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL(配列番号786)
ATGGGAAACAGCTGTTACAACATAGTAGCCACTCTGTTGCTGGTCCTCAACTTTGAGAGGACAAGATCATTGCAGGATCCTTGTAGTAACTGCCCAGCTGGTACATTCTGTGATAATAACAGGAATCAGATTTGCAGTCCCTGTCCTCCAAATAGTTTCTCCAGCGCAGGTGGACAAAGGACCTGTGACATATGCAGGCAGTGTAAAGGTGTTTTCAGGACCAGGAAGGAGTGTTCCTCCACCAGCAATGCAGAGTGTGACTGCACTCCAGGGTTTCACTGCCTGGGGGCAGGATGCAGCATGTGTGAACAGGATTGTAAACAAGGTCAAGAACTGACAAAAAAAGGTTGTAAAGACTGTTGCTTTGGGACATTTAACGATCAGAAACGTGGCATCTGTCGACCCTGGACAAACTGTTCTTTGGATGGAAAGTCTGTGCTTGTGAATGGGACGAAGGAGAGGGACGTGGTCTGTGGACCATCTCCAGCCGACCTCTCTCCGGGAGCATCCTCTGTGACCCCGCCTGCCCCTGCGAGAGAGCCAGGACACTCTCCGCAGATCATCTCCTTCTTTCTTGCGCTGACGTCGACTGCGTTGCTCTTCCTGCTGTTCTTCCTCACGCTCCGTTTCTCTGTTGTTAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGTGA(配列番号787)
それ以外であることを明記していない限り、本明細書において使用される用語CD137は、ヒトCD137を指す。CD137は、「4−1BB」、「TNF受容体スーパーファミリーメンバー9」、「TNFRS9」、「リンパ球活性化により誘導された」および「ILA」としても知られ、これらの用語は、互換的に使用され、ヒトCD137の変異体、アイソフォームを含む。
用語「CD137結合性分子/タンパク質/ポリペプチド/物質(agent)/部分(moiety)」、「CD137抗原結合性分子/タンパク質/ポリペプチド/物質(agent)/部分(moiety)」、「抗CD137シングルドメイン抗体」、「抗CD137シングル免疫グロブリン可変ドメイン」、「抗CD137重鎖のみの抗体(anti-CD137 heavy chain only antibody)」または「抗CD137抗体」は総て、ヒトCD137抗原に特異的に結合することができる分子を指す。結合反応は、例えば無関係な特異性の抗体を使用する陰性対照試験を基準とする標準的な方法によって示され得る。
目的の抗原、例えばヒトCD137に「結合する」または「結合することができる」、本明細書に記載される多特異性の結合性物質は、抗体が、抗原CD137を発現する細胞または組織の標的化において治療剤として有用であるように十分な親和性で抗原に結合する結合性物質である。結合は、CD137の細胞外ドメインに対するものである。
本発明の結合性分子は、ヒトCD137に特異的に結合する。言い換えれば、CD137抗原に対する結合は、非特異的相互作用とは測定可能に異なる。それらの結合性分子は、マウスCD137と交叉反応しない。一つの実施形態において、sdAbは、ヒトCD137に結合し、同様にサル(例えば、カニクイザル)CD137にも結合する。
一つの態様において、多特異性分子において使用される一価シングルドメイン抗体は、一価のエンティティとして(すなわち、PSMAに結合するエンティティとともに多特異性フォーマットで提供されない場合)、以下の特性のうち1つまたは複数を示す:
(a)実施例において測定されるKDでヒトCD137に結合する;
(b)CD137を発現する細胞に結合するが、CD137を発現しない細胞には結合しない。これは、FMATアッセイにおいて測定することができる;
(c)最小限の細胞内部移行を示す。これは、実施例に示されるように測定することができる;
(d)CD137リガンドと細胞の表面に発現したCD137との間の相互作用を阻害する。これは、FMATアッセイにおいて測定することができる。
(e)T細胞におけるCD137シグナル伝達を活性化しない。これは、実施例に示されるように測定することができる;
(f)CD8+細胞からのIL−2産生を刺激しない。これは、実施例5に示されるように測定することができる;
(g)マウスCD137に結合しない;
(h)実施例に示される良好な安定性を提供する;かつ/または
(i)レポーター遺伝子活性を増加させず、このため、アゴニストCD137シグナル伝達を誘発しない。これは、実施例5に示されるように測定することができる。
例示的な配列の特徴
一つの態様において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表2に示されるシングルドメイン抗体のうちの1つに関して示されるCDR1、CDR2もしくはCDR3、または一組のCDR(すなわちCDR1、CDR2、CDR3)を含んでなり、前記組は、表2に示されるシングルドメイン抗体のうちの1つに関して示されるものである。一つの態様において、これは、それと少なくとも40%または75%の相同性を有するCDR1、CDR2、CDR3を含んでなる。例えば、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号1もしくはそれと少なくとも40%、75%もしくは80%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号2もしくはそれと少なくとも40%、75%もしくは80%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号3もしくは少なくとも40%、75%もしくは80%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3、または配列番号5もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号6もしくはそれと少なくとも40%、75%もしくは80%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号7もしくはそれと少なくとも40%、75%もしくは80%の相同性を有する配列などを含んでなるCDR3を含んでなる。
上記のおよび本明細書に一般的に使用される配列相同性は、少なくとも40%、50%、60%、70%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトフレームワーク領域を含んでなる。
別の態様において、本発明によるシングル可変重鎖ドメイン抗体は、表2に示される完全長の配列またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列を含んでなるか、またはそれからなる。例えば、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表2に記載の配列から選択される配列、すなわち配列番号4、8、12、16、20など、またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列を有する。配列相同性は、少なくとも50%、60%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、Vシングルドメイン抗体1.1〜1.89もしくは1.90〜1.106に関して示されるCDR1、2、および3を含んでなる、または、Vシングルドメイン抗体1.1〜1.89もしくは1.90〜1.106(すなわち、配列番号364、368、372、376、380、384、388、392、396、400、404、408、412、416、420もしくは424)に関して示される完全長の配列を含んでなるか、もしくはそれからなる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表2に示されるVシングルドメイン抗体V1.107〜1.114(例えば、配列番号873、874、875)に関して示されるCDR1、2、および3またはそれと少なくとも75%、80%もしくは90%の相同性を有する配列を含んでなる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表2に示されるV1.107〜1.114、すなわち、V1.107、1.108、1.109、1.110、1.111、1.112、1.113もしくは1.114、すなわち、配列番号852、856、860、864、868、872、876もしくは880またはそれと少なくとも75%、80%もしくは90%の相同性を有する配列から選択される。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、V1.113またはそれと少なくとも75%、80%もしくは90%の相同性を有する配列である。
一つの態様において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表3に示されるシングルドメイン抗体のうちの1つに関して示されるCDR1、CDR2もしくはCDR3を含んでなり、または、それと少なくとも75%の相同性を有するCDR1、CDR2、CDR3を含んでなる。例えば、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号425もしくはそれと少なくとも80%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号426もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号427もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3、または配列番号429もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号430もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号431などを含んでなるCDR3を含んでなる。配列相同性は、少なくとも75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトフレームワーク領域を含んでなる。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表3に示される完全長の配列またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列を含んでなるか、またはそれからなる。例えば、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表3に示される配列から選択される配列、例えば配列番号428、432、436、440など、またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列を有する。配列相同性は、少なくとも50%、60%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、Vシングルドメイン抗体2.41〜2.51に関して示されるCDR1、2、および3を含んでなる、または、Vシングルドメイン抗体2.41〜2.51(すなわち、配列番号588、592、596、600、604、608、612、616、もしくは620)に関して示される完全長の配列を含んでなるか、もしくはそれからなる。
一つの実施形態において、結合性分子は、CD137に結合する1つまたは複数のシングルドメイン抗体、例えば表2および3における上記の1つまたは2つのシングルドメイン抗体を含んでなってもよい。
いくつかの実施形態において、1つまたは複数のアミノ酸置換、欠失、挿入、または他の改変を有する表2または表3に示される上記のシングルVドメイン抗体のいずれかの変異体であり、シングルドメイン抗体の生物機能を保持しているVシングルドメイン抗体が提供される。このように、変異体Vシングルドメイン抗体の配列を、操作することができる。改変は、本明細書において他所に記載する。一つの実施形態において、VHs1.07〜1.113の変異体、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10個の置換を有するV1.113が提供される。
置換の例
一つの実施形態において、変異体は、配列番号4(V1.1)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
・F37V
・E61V + E65K
・E65K
・V70I
・V79L
・F37V + E61V + E65K + V70I +V79L
・E61V + E65K + V70I +V79L
・F37V + E61V + E65K + V70I + V79L + G55E + D101V + D105I
・F37V + E61V + E65K + V70I +V79LFGL + G55E + D101E + D105I
・E61V + E65K + V70I +V79L + G55E
・E61V + E65K + V70I +V79L + G55E + D105I
・E61V + E65K + V70I +V79L + D54G、E61V + E65K + V70I + V79L + D54E、
・E61V + E65K + V70I + V79L + D101E
・E61V + E65K + V70I +V79L + D101Vまたは
・E61V + E65K + V70I +V79L + G55E + D101V + D105I、E61V + E65K + V70I +V79L + G55E + D101E + D105I
を含んでなる。
一つの実施形態において、変異体は、配列番号4(V1.1)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
a)E61V + E65K + V70I + V79L + G55E + D101→以下のF、L、I、M、V、S、P、T、A、Y、H、Q、K、D、W、R、Gから選択される任意のアミノ酸;
b)E61V + E65K + V70I + V79L + G55E + D105→以下のF、L、M、S、P、T、A、Y、H、Q、N、K、D、E、W、R、Gから選択される任意のアミノ酸、または
c)E61V + E65K + V70I + V79L + G55E、D101→以下のF、L、I、M、V、S、P、T、A、Y、H、Q、K、D、W、R、Gから選択される任意のアミノ酸 + D105→以下のF、L、M、S、P、T、A、Y、H、Q、N、K、D、E、W、R、Gから選択される任意のアミノ酸
を含んでなる。
一つの実施形態において、変異体は、配列番号312(V1.78)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
・Q1E + T25S
・Q1E + S84N
・Q1E + F95Y
・Q1E + T25S + S84N
・Q1E + T25S + F95Y
・Q1E + S84N + F95Y
・Q1E + T25S + S84N + F95Yまたは
・Q1E + T25S + G55E + S84N + F95Y
を含んでなる。
一つの実施形態において、変異体は、配列番号428(V2.1)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
・V20L、
・F37I、
・N85S、
・N95Y、
・V20L + H95Y、
・V20L + F37I + N85S + H95Y、V20L + N85S + H95Y、
・V20L + F37I + N85S + H95Y + S101A、
・V20L + F37I + N85S + H95Y + S101Pまたは
・V20L + N85S + H95Y + S101A、V20L + N85S + H95Y +S101A
を含んでなる。
一つの実施形態において、変異体は、配列番号624(V2.1)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
・S35T + V48I + I57T + L103M + T104R + T107I
・S35T + A101T + L103V + T104R + T107V
・S35T + V48I + I57T + A101E + L103L + T104W + T107V
・S35T + V48I + L103T + T104R + T107V
・Y32H + S35T + V48I + S52G + S54D + D56A + I58L + A101L + T104P + T107I + N111H
・S35T + A101T + L103V + T104R + T107V + N111S
・A28T + S30T + Y33W + S35T + V48I + G53S + S54D + D56K + I57T + L103M + T104P + T107I + N111Y
・S35T + V48I + L103T + T104R + T107V + N111S
・S35T + V48I + I57T + S101E + T104W + T107V + N111Sまたは
・S35T + V48I + I57T + L103M + T104R + T107I + N111S
を含んでなる。
CD137ポリペプチドをコードする例示的な核酸
上記に示されるシングルドメイン抗体をコードする単離された核酸を、以下に記載する。核酸は、DNAおよび/またはRNAを含み得る。一つの態様において、本発明は、CDR、例えばCDR3、2つもしくは3つのCDRの組、または上記に示される本発明のVシングルドメイン抗体をコードする核酸を提供する。
一つの実施形態において、核酸配列は、上記で選択される配列のうちの1つと少なくとも50%の配列相同性を有する。一つの実施形態において、前記配列相同性は、少なくとも50%、60%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%である。一つの実施形態において、核酸は、配列番号629、706、881、882、883、884、885、886、887または735のうちの1つから選択される。
結合性分子に含まれ、PSMAに結合する例示的な免疫グロブリン
PSMAに結合し、CD137およびPSMAの両方に結合する結合性分子のサブユニットのうちの1つを形成し得る部分、例えばシングル可変重鎖ドメイン抗体の例を説明し、これらは、本発明の様々な実施形態において使用することができる。
PSMA結合性分子は、野生型ヒトPSMAに結合する(UniProt受託番号Q04609)。単量体に関する配列を以下に示す(配列番号842)。
1 MWNLLHETDS AVATARRPRW LCAGALVLAG GFFLLGFLFG WFIKSSNEAT NITPKHNMKA
61 FLDELKAENI KKFLYNFTQI PHLAGTEQNF QLAKQIQSQW KEFGLDSVEL AHYDVLLSYP
121 NKTHPNYISI INEDGNEIFN TSLFEPPPPG YENVSDIVPP FSAFSPQGMP EGDLVYVNYA
181 RTEDFFKLER DMKINCSGKI VIARYGKVFR GNKVKNAQLA GAKGVILYSD PADYFAPGVK
241 SYPDGWNLPG GGVQRGNILN LNGAGDPLTP GYPANEYAYR RGIAEAVGLP SIPVHPIGY
301 DAQKLLEKMG GSAPPDSSWR GSLKVPYNVG PGFTGNFSTQ KVKMHIHSTN EVTRIYNVIG
361 TLRGAVEPDR YVILGGHRDS WVFGGIDPQS GAAVVHEIVR SFGTLKKEGW RPRRTILFAS
421 WDAEEFGLLG STEWAEENSR LLQERGVAYI NADSSIEGNY TLRVDCTPLM YSLVHNLTKE
481 LKSPDEGFEG KSLYESWTKK SPSPEFSGMP RISKLGSGND FEVFFQRLGI ASGRARYTKN
541 WETNKFSGYP LYHSVYETYE LVEKFYDPMF KYHLTVAQVR GGMVFELANS IVLPFDCRDY
601 AVVLRKYADK IYSISMKHPQ EMKTYSVSFD SLFSAVKNFT EIASKFSERL QDFDKSNPIV
661 LRMMNDQLMF LERAFIDPLG LPDRPFYRHV IYAPSSHNKY AGESFPGIYD ALFDIESKVD
721 PSKAWGEVKR QIYVAAFTVQ AAAETLSEVA
一つの実施形態において、本発明のPSMA結合性分子は、野生型ヒトPSMAおよび/またはカニクイザルPSMAに結合する。本明細書に使用される用語「PSMA結合性分子」、「PSMA結合タンパク質」、「抗PSMAシングルドメイン抗体」または「抗PSMA抗体」は総て、ヒトPSMA抗原に結合することができる分子を指す。用語「PSMA結合性分子」は、PSMA結合タンパク質を含む。結合反応は、無関係な特異性の抗体を使用する陰性対照試験を基準とする、例えばその受容体に対するPSMA結合の阻害を決定するための結合アッセイ、競合アッセイ、もしくはバイオアッセイ、または任意の種類の結合アッセイを含む標準的な方法(定性アッセイ)によって示され得る。好適なアッセイを実施例において示す。
目的の抗原、例えばPSMAに「結合する」または「結合することができる」、本明細書に記載されるシングルドメイン抗体および多価または多特異性の結合性物質を含む本発明の結合性分子は、それが抗原を発現する細胞または組織の標的化において治療法に有用であるように十分な親和性でPSMA抗原に結合する、すなわち標的とする結合性分子である。
例示的な配列
PSMAに結合するシングルVドメイン抗体は、参照により本明細書に組み込まれるWO2017/122017に記載の通りであり得る。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号812またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号813またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号814またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号837またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号838またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号839またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなる。
配列相同性は、75、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトフレームワーク領域を含んでなる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表6もしくは7に示されるシングル可変重鎖ドメイン抗体、またはそれと少なくとも80%の相同性を有する配列から選択される。PSMA結合性エンティティは、その一部、例えばCDR3からも選択され得る。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、または840から選択される配列を含んでなる。一つの実施形態において、配列は、配列番号822であるか、またはそれと少なくとも50%、60%、70%もしくは75%の相同性を有する配列からである。配列相同性は、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、もしくは840から選択される配列、またはその変異体、例えば1〜10もしくは1〜20個の置換を有する変異体を含んでなる。
一つの実施形態において、変異体は、置換を含んでなる。典型的な改変を、本明細書において他所に説明する。
例示的な核酸
上記に示されるシングルドメイン抗体をコードする核酸を、表7bにおいて以下に記載する。
一つの実施形態において、結合性分子は、PSMAに結合する1つまたは複数のシングルドメイン抗体、例えば上記の1つまたは2つのシングルドメイン抗体を含んでなってもよい。
一つの実施形態において、結合性分子は、PSMAに結合する1つまたは複数のシングルドメイン抗体、例えば上記の1つまたは2つのシングルドメイン抗体を含んでなってもよい。一つの実施形態において、結合性分子は、PSMAに結合する2つのシングルドメイン抗体を含んでなり、各々は、PSMAの異なるエピトープに結合し、それにより、二パラトープ性PSMA結合性物質を提供する。
例示的な結合性分子
それぞれCD137およびPSMAに結合する上記のシングル可変重鎖ドメイン抗体の任意の組合せを、CD137およびPSMA発現細胞の二重関与のための結合性物質に使用することができる。このように、一つの実施形態において、上記に開示される、例えば表2または3のいずれかに記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体のいずれかを、表6a、6bまたは7のいずれかに記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体のいずれかと、融合タンパク質において組み合わせることができる。
このように、一つの実施形態において、融合タンパク質は、配列番号4、8、12、16、20、24、28、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96、100、104、108、112、116、120、124、128、132、136、140、144、148、152、156、160、164、168、172、176、180、184、188、192、196、200、204、208、212、216、220、224、228、232、236、240、244、248、252、256、260、264、268、272、276、280、284、288、292、296、300、304、308、312、316、320、324、328、332、336、340、344、448、352、356、360、364、368、372、376、380、384、388、392、396、400、404、408、412、416、420、424、852、856、860、864、868、872、876もしくは880から選択される配列、またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を有するシングルドメイン抗体、および配列番号815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825もしくは840から選択される配列、またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を有するシングルドメイン抗体を含んでなる。一つの実施形態において、配列は、配列番号852、856、860、864、868、872、876もしくは880、またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列から選択される。
別の実施形態において、融合タンパク質は、配列番号428、432、436、440、444、448、452、456、460、464、468、472、476、480、484、488、492、496、500、508、512、516、520、524、528、532、536、540、544、548、552、556、560、564、568、572、576、580、584、588、592、596、600、604、608、612、616、620、624もしくは628から選択される配列、またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を有するシングルドメイン抗体、および配列番号815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825もしくは840から選択される配列、またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を有するシングルドメイン抗体を含んでなる。一つの実施形態において、配列番号4もしくは428を有するシングルドメイン抗体1.1もしくは2.1、または配列番号312、852、856、860、864、868、872、876、880もしくは428を有するシングルドメイン抗体は、それぞれ配列番号815、822もしくは840を有するシングルドメイン抗体3.1、3.8もしくは4.1と連結されている。一つの実施形態において、配列番号876を有するシングルドメイン1.113は、それぞれ配列番号815、822または840を有するシングルドメイン抗体3.1、3.8または4.1と連結されている。一つの実施形態において、配列番号876を有するシングルドメイン1.113は、配列番号840を有するシングルドメイン抗体4.1と連結されている。一つの実施形態において、融合タンパク質は、シングルドメイン抗体4.1または3.8および配列番号901に示されるシングルドメイン抗体と連結されたシングルドメイン抗体1.113を含んでなるか、またはそれからなる。シングルドメイン抗体の順序は異なり得、例えば、CD137結合シングルドメイン抗体は、PSMA結合性分子の3’または5’に位置し得る。配列番号901に示されるシングルドメイン抗体は、好ましくはC末端に位置する。
2つのシングルドメイン抗体は、本明細書に記載されるペプチドリンカー、例えばG4Sリンカーにより、融合タンパク質において連結させることができる。一つの実施形態において、本発明は、以下の表8に記載の(すなわち、タンパク質のうちの1つから選択される、および(すなわち、配列番号806〜811のタンパク質および核酸構築物のうちの1つから選択される)融合タンパク質およびそのような融合タンパク質をコードする核酸、または実施例における表10に記載の(すなわち、配列番号889〜900のタンパク質および核酸構築物から選択される)融合タンパク質およびそのような融合タンパク質をコードする核酸のうちの1つに関する。一つの実施形態において、タンパク質は、(G4S)nペプチドリンカー(式中、nは、本明細書に定義される通りであり、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10である)により連結された本明細書に記載される4.1または1.113と定義されるシングルドメイン抗体(すなわち4.1−(G4S)n−1.113)を含んでなる。一つの実施形態において、タンパク質は、配列番号844、846、890または894から選択される。一つの実施形態において、タンパク質は、任意選択でHSA結合sdAbを含む配列番号890を含んでなるか、またはそれからなる。一つの実施形態において、タンパク質は、配列番号891の核酸配列によってコードされる。
結合性分子の例示的な改変
一つの実施形態において、上記の結合性物質は、さらなる結合性分子を含んでなる。このように、結合性物質は、例えば、三特異性または四特異性であり得る。
一つの実施形態において、結合性分子は、CD137に結合する第1のVシングルドメイン抗体(V(A))、およびPSMAに結合する第2の部分、例えばVシングルドメイン抗体(V(B))を含んでなる。これは、別の抗原に結合する第3、第4、第5などの部分、例えばVシングルドメイン抗体(すなわちV(C)、V(D)、V(E))をさらに含んでなる。このように、一つの実施形態において、結合性分子は、以下の式(式中、Vは、本明細書に定義されるシングルドメイン抗体、すなわち完全長の抗体の他の部分を含まず、抗原に対する結合を保持するシングルVドメインを意味する):V(A)−L−V(B)−L−V(X)nを有し、式中、Xは、標的V(A)およびV(B)が結合する以外の標的に結合するVを表し、式中、Xは、1〜10、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10である。Lは、リンカー、例えばペプチドリンカーを表す。他所に説明するように、PSMAまたは別の標的に結合する部分は、抗体もしくはその断片または他のポリペプチドから選択され得る。
別の実施形態において、さらなる部分は、結合性分子の半減期を延長させるように作用し得る。さらなる部分は、血清アルブミン、例えばヒト血清アルブミン(HSA)またはマウス血清アルブミン(MSA)に結合するタンパク質、例えばペプチド、抗体またはその一部、例えばVまたはCDRを含んでなり得る。一つの実施形態において、さらなる部分は、血清アルブミン、例えばヒト血清アルブミン(HSA)またはマウス血清アルブミン(MSA)に結合するVドメインを含んでなり得る。一つの実施形態において、HSAに結合するVドメインは、配列番号901またはそれと少なくとも90%の配列相同性を有する配列である。さらなる部分は、血清アルブミン、例えばHSAまたはその変異体、例えばHSA C34Sを含んでなり得る。さらに、例えばVドメインがFcドメインに融合されている、VドメインおよびFcドメインを含んでなる本明細書に記載される結合性分子も提供される。
本明細書に使用される場合の用語「半減期」は、例えば、配列もしくは化合物の分解、および/または天然の機序による配列もしくは化合物の排除または隔離のために、アミノ酸配列、化合物またはポリペプチドの血清中濃度がin vivoで50%減少するのに要する時間を指す。半減期は、本発明の対応するVシングルドメイン抗体の半減期より少なくとも1.5倍、好ましくは少なくとも2倍、例えば少なくとも5倍、例えば少なくとも10倍、または20倍超増加させてもよい。例えば、半減期の増加は、本発明の対応するVシングルドメイン抗体または融合タンパク質と比較して1時間超、好ましくは2時間超、より好ましくは6時間超、例えば12時間超、またはさらに24、48、または72時間超であり得る。本発明のアミノ酸配列、化合物またはポリペプチドのin vivo半減期は、それ自体公知の任意の様式で、例えば薬物動態解析によって決定することができる。適した技術は、当業者に明らかであろう。半減期は、例えば、パラメーター、例えばt1/2アルファ、t1/2ベータ、および曲線下面積(AUC)を使用して表すことができる。
一つの実施形態において、結合性物質は、検出可能な標識または機能的標識によって標識される。標識は、フルオロフォア、蛍光剤、放射標識、酵素、化学発光剤、核磁気共鳴活性標識、または光感作剤を含むがこれらに限定されない、シグナルを産生するまたは産生するように誘導することができる任意の分子であり得る。このように、結合は、蛍光もしくは発光、放射活性、酵素活性、または吸光を検出することによって検出および/または測定してもよい。
さらに他の複数の実施形態において、結合性物質は、少なくとも1つの治療部分(therapeutic moiety)、例えば薬物、酵素、または毒素にカップリングされる。一つの実施形態において、治療部分は、毒素、例えば細胞傷害性放射性核種、化学毒素、またはタンパク質毒素である。
別の態様において、本発明の結合性物質は、例えば化学改変、特にPEG化によって、またはリポソームへの取り込みによって、または血清アルブミンタンパク質を使用することによって、半減期を増加させるように改変される。半減期の増加は、分子を抗体断片、例えば半減期を増加させるVドメインとコンジュゲートすることによって、与えることもできる。
上記の多価の結合性物質を生成するために、2つ以上の結合性分子をリンカー、例えばポリペプチドリンカーによって接続することができる。適したリンカーには、例えばGS残基を有するリンカー、例えば(Gly4Ser)nが挙げられ、式中、n=1〜10以上、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10であり、実施例の特定の配列を他所に提供する。
シングルドメイン抗体および結合性分子を作製する例示的な方法
多特異性分子に使用するための本明細書に記載されるシングルドメイン抗体は、それぞれCD137またはPSMA抗原による刺激時に重鎖のみの抗体を発現するトランスジェニック齧歯類から得ることができる。トランスジェニック齧歯類、例えばマウスは、好ましくは内因性の抗体遺伝子を発現する許容量が低減されている。このように、一つの実施形態において、齧歯類は、内因性の軽鎖および/または重鎖抗体遺伝子を発現する許容量が低減されている。従って、齧歯類は、例えば以下に詳しく説明するように、機能的な軽鎖および/または重鎖が産生されないように、内因性のカッパおよびラムダ軽鎖ならびに/または重鎖抗体遺伝子の発現を妨害する改変を含んでなり得る。
標的抗原に結合することができるヒト重鎖のみの抗体を産生する方法は、
a)トランスジェニック齧歯類、例えばマウスを標的抗原(すなわちPSMAまたはCD137)によって免疫する工程であって、前記齧歯類が、再構成されていないヒト重鎖V遺伝子を含んでなる核酸構築物を発現し、機能的な内因性の軽鎖または重鎖を作製することができない工程、および
b)ヒト重鎖のみの抗体を単離する工程
を含んでなる。
さらなる工程は、例えば、前記齧歯類、例えばマウスからVドメイン配列を含んでなる配列のライブラリを生成する工程によって、および前記ライブラリからVドメイン配列を含んでなる配列を単離する工程によって、前記重鎖のみの抗体からVドメインを単離する工程を含み得る。
標的抗原に結合することができるシングルVドメイン抗体を産生する方法は、
a)トランスジェニック齧歯類、例えばマウスを標的抗原によって免疫する工程であって、前記齧歯類、例えばマウスが、再構成されていないヒト重鎖V遺伝子を含んでなる核酸構築物を発現し、機能的な内因性の軽鎖または重鎖を作製することができない工程、
b)前記齧歯類、例えばマウスからVドメイン配列を含んでなる配列のライブラリを生成する工程、および
c)前記ライブラリからVドメイン配列を含んでなる配列を単離する工程
を含んでなる。
さらなる工程は、例えば実施例に示される機能的アッセイを使用することによって、標的抗原に結合するシングルVドメイン抗体または重鎖のみの抗体を同定する工程を含み得る。
本明細書に記載されるポリペプチド、核酸、宿主細胞、産物、および組成物を、in vitro発現ライブラリを使用して調製または生成する方法は、以下の工程:
a)アミノ酸配列をコードする核酸配列の組、コレクション、またはライブラリを提供する工程;
b)標的抗原に結合することができる/標的抗原に対して親和性を有するアミノ酸配列に関して、前記組、コレクション、またはライブラリをスクリーニングする工程;および
c)標的抗原に結合することができる/標的抗原に対して親和性を有するアミノ酸配列(複数)を単離する工程
を含んでなり得る。
上記の方法において、アミノ酸配列の組、コレクション、またはライブラリは、例えばスクリーニングを容易にするために、ファージ、ファージミド、リボソーム、または適した微生物(例えば、酵母)上に提示され得る。アミノ酸配列(の組、コレクション、またはライブラリ)を提示およびスクリーニングするための適した方法、技術、および宿主生物は、当業者に明らかである(例えば、Phage Display of Peptides and Proteins: A Laboratory Manual, Academic Press;第1版(10月28日, 1996年) Brian K. Kay, Jill Winter, John McCaffertyを参照されたい)。
ライブラリ、例えばファージライブラリは、抗原特異的な重鎖のみの抗体を発現する細胞または組織を単離する工程、単離された細胞または組織に由来するmRNAからVドメイン(複数)をコードする配列をクローニングする工程、およびライブラリを使用してコードされるタンパク質を提示する工程によって生成される。Vドメイン(複数)は、細菌、酵母、または他の発現系において発現させることができる。
本明細書に記載の様々な態様および実施形態において、齧歯類という用語は、マウスまたはラットに関連し得る。一つの実施形態において、齧歯類はマウスである。マウスは、非機能的な内因性のラムダ軽鎖座を含み得る。このように、マウスは、機能的な内因性のラムダ軽鎖を作製しない。一つの実施形態において、ラムダ軽鎖座を、部分的もしくは完全に欠失させるか、または挿入、逆位、組換え事象(recombination event)、遺伝子編集、もしくは遺伝子サイレンシングを通して非機能的にする。例えば、少なくとも定常領域遺伝子C1、C2、およびC3を欠失させてもよく、または上記の挿入もしくは他の改変を通して非機能的にしてもよい。一つの実施形態において、マウスが機能的なラムダ軽鎖を作製しないように、座を機能的に沈黙化させる。
さらに、マウスは、非機能的な内因性のカッパ軽鎖座を含んでなり得る。このように、マウスは、機能的な内因性のカッパ軽鎖を作製しない。一つの実施形態において、カッパ軽鎖座を、部分的もしくは完全に欠失させるか、または挿入、逆位、組換え事象、遺伝子編集、もしくは遺伝子サイレンシングを通して非機能的にする。一つの実施形態において、マウスが機能的なカッパ軽鎖を作製しないように、座を機能的に沈黙化させる。
機能的に沈黙化した内因性のラムダおよびカッパL鎖座を有するマウスは、例えばその全体が参照により本明細書に組み込まれているWO2003/000737に開示されるように作製してもよい。
さらに、マウスは、非機能的な内因性の重鎖座を含んでなり得る。このように、マウスは、機能的な内因性の重鎖を作製しない。一つの実施形態において、重鎖座を、部分的もしくは完全に欠失させるか、または挿入、逆位、組換え事象、遺伝子編集、もしくは遺伝子サイレンシングを通して非機能的にする。一つの実施形態において、マウスが機能的な重鎖を作製しないように、座を機能的に沈黙化させる。
例えば、WO2004/076618(その全体が参照により本明細書に組み込まれている)に記載されているように、8個総ての内因性の重鎖定常領域免疫グロブリン遺伝子(μ、δ、γ3、γ1、γ2a、γ2b、ε、およびα)がマウスにおいて存在しないか、もしくはそれらが非機能的となる程度に部分的に存在せず、または遺伝子δ、γ3、γ1、γ2a、γ2bおよびεは存在しないが、隣接する遺伝子μおよびαは、それらが非機能的となる程度に部分的に存在せず、または遺伝子μ、δ、γ3、γ1、γ2a、γ2b、およびεは存在しないが、αはそれが非機能的となる程度に部分的に存在せず、またはδ、γ3、γ1、γ2a、γ2b、ε、およびαは存在しないが、μはそれが非機能的となる程度に部分的に存在しない。部分的に欠失させるとは、内因性の座の遺伝子配列が、機能的な内因性の遺伝子産物が座によってコードされない程度に、すなわち機能的産物が座から発現されないように、欠失しているかまたは例えば挿入によって破壊されていることを意味する。別の実施形態において、座は機能的に沈黙化している。
一つの実施形態において、マウスは、非機能的な内因性の重鎖座、非機能的な内因性のラムダ軽鎖座、および非機能的な内因性のカッパ軽鎖座を含んでなる。従って、マウスは、いかなる機能的な内因性の軽鎖または重鎖も産生しない。このように、マウスはトリプルノックアウト(TKO)マウスである。
トランスジェニックマウスは、異種の、好ましくはヒトの重鎖座を発現させるためのベクター、例えば酵母人工染色体(YAC)を含んでなり得る。YACは、酵母において非常に大きいDNAインサートをクローニングするために使用することができるベクターである。天然の酵母染色体のような挙動を示すために必須の3つ総てのシス作用型構造エレメント(自律複製配列(ARS)、セントロメア(CEN)、および2つのテロメア(TEL))を含んでなることに加えて、大きいDNAインサートを許容できることにより、それらは、染色体様の安定性にとって、および酵母細胞における伝播の正確性にとって必要な最小サイズ(150kb)に到達することができる。YACの構築および使用は、当技術分野で周知である(例えば、Bruschi, C.V. and Gjuracic, K. Yeast Artificial Chromosomes, Encyclopedia of Life Sciences, 2002 Macmillan Publishers Ltd, Nature Publishing Group)。
例えば、YACは、C1ドメイン、マウスエンハンサー、および調節領域を欠如するマウス免疫グロブリン定常領域遺伝子と組み合わせて、再構成されていない過剰なヒトV、D、およびJ遺伝子を含んでなり得る。ヒトV、D、およびJ遺伝子は、ヒトV、D、およびJ座であり、それらは完全にヒトである再構成されていない遺伝子である。
当技術分野で公知の代替方法を、内因性のマウスまたはラット免疫グロブリン遺伝子の欠失または不活化のために、およびC1ドメイン、マウスエンハンサー、および調節領域を欠如するマウス免疫グロブリン定常領域遺伝子と組み合わせて、ヒトV、D、およびJ遺伝子の導入のために使用してもよい。
トランスジェニックマウスは、実施例に例証するように標準的な技術に従って作製することができる。トランスジェニックマウスを作製するための2つの最も特徴付けられた経路は、新鮮な受精卵母細胞の前核への遺伝子材料のマイクロインジェクションを介して、または安定にトランスフェクトした胚性幹細胞を桑実胚もしくは胚盤胞期の胚に導入することを介して行われる。遺伝子材料を導入する方法にかかわらず、操作された胚は、偽妊娠雌性レシピエントに移入され、そこで妊娠を継続させて、候補となるトランスジェニック子孫を産まれさせる。これらの広範な方法の間の主な差は、ESクローンを、使用前に広範にスクリーニングして、トランスジェニック動物を作製することができる点である。これに対し、前核マイクロインジェクションは、その導入後の宿主ゲノムに遺伝子材料が組み込まれることに依存しており、一般的に、トランスジーンの取り込みの成功は、子孫が産まれるまで確認することができない。
トランスジーンの取り込みの成功が起こるか否かを補助および決定するために当技術分野で公知の多くの方法が存在する。トランスジェニック動物は、ゲノムへの構築物のランダムな組み込み、部位特異的組み込み、または相同組換えを含む複数の手段によって作製することができる。薬物抵抗性マーカー(ポジティブ選択)、リコンビナーゼ、組換え媒介カセット交換、ネガティブ選択技術、および組換え効率を改善するためのヌクレアーゼの使用を含む、トランスジーンの組み込みおよびその後の改変を促進および選択するために使用することができる様々なツールおよび技術が存在する。これらの方法のほとんどがES細胞の改変において一般的に使用されている。しかしながら、技術の一部は、前核注射を介して媒介される遺伝子導入を増強するために有用性を有し得る。
さらなる精密化を使用して、所望のバックグラウンド内でトランスジェニック系統をより効率的に生成することができる。上記のように、好ましい複数の実施形態において、内因性のマウス免疫グロブリン発現を沈黙化させて、薬物探索のために利用することができる重鎖のみのレパートリーを発現させるために、導入されたトランスジーンのみを使用することができるようにする。遺伝子操作されたマウス、例えば総ての内因性の免疫グロブリン座(マウス重鎖、マウスカッパ鎖、およびマウスラムダ鎖)を沈黙化させたTKOマウスを、上記のように使用することができる。導入された任意のトランスジーンのこのTKOバックグラウンドへの移入は、通常の交配、またはプロセスを効率的に拡大させるためにIVF工程を含めることによる交配のいずれかによって行うことができる。しかしながら、同様に、遺伝子導入手順の際にTKOバックグラウンドを含めることも可能である。例えば、マイクロインジェクションの場合、卵母細胞はTKOドナーに由来してもよい。同様に、TKO胚からのES細胞を、遺伝子導入において使用するために誘導することができる。
免疫グロブリン座を発現するようにトランスジーンが導入されているトリプルノックアウトマウスを、本明細書においてTKO/Tgと呼ぶ。一つの実施形態において、マウスはWO2016/062990に記載されている通りである。
本明細書に記載される融合タンパク質は、例えばペプチドリンカーをコードする核酸配列を使用して、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体をコードする核酸を、PSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体をコードする核酸に連結させることによって、生成することができる。次に、そのような融合核酸分子を適した宿主細胞において発現させる。
結合性分子の例示的な治療応用
別の態様において、本明細書に記載される結合性分子、および任意選択で薬学的に許容される担体を含んでなる医薬組成物が提供される。本明細書に記載される結合性分子または本発明の医薬組成物は、経口、局所表面、非経口、舌下、直腸、膣、眼、鼻腔内、肺、皮内、硝子体内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、脳内、経皮、経粘膜、吸入、または特に耳、鼻、眼、もしくは皮膚への局所表面、または吸入を含むがこれらに限定されない任意の通常の経路によって投与することができる。
非経口投与には、例えば、静脈内、筋肉内、動脈内、腹腔内、鼻腔内、直腸内、膀胱内、皮内、局所表面、または皮下投与が挙げられる。好ましくは、組成物は非経口投与される。
薬学的に許容される担体または媒体は、微粒子であり得て、そのため、組成物は例えば錠剤または散剤形態である。用語「担体」は、それとともに本発明の薬物抗体が投与される希釈剤、アジュバント、または賦形剤を指す。そのような薬学的担体は、液体、例えば水、ならびに石油、動物、植物、もしくは合成起源の油を含む油、例えば、落花生油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油、およびその他であり得る。担体は、食塩水、アカシアゴム、ゼラチン、デンプンペースト、タルク、ケラチン、コロイド状シリカ、尿素、およびその他であり得る。加えて、補助剤、安定剤、濃化剤、潤滑剤、および着色剤を使用することができる。一つの実施形態において、動物に投与する場合、本発明のシングルドメイン抗体または組成物および薬学的に許容される担体は無菌的である。水は、本発明の薬物抗体を静脈内投与する場合の好ましい担体である。食塩水溶液およびデキストロース水溶液およびグリセロール水溶液もまた、液体担体として、特に注射可能溶液として使用することができる。適した薬学的担体はまた、賦形剤、例えばデンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、コメ、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノール、およびその他を含む。本発明の組成物は、望ましければ、微量の湿潤剤もしくは乳化剤、またはpH緩衝剤を含み得る。
本発明の医薬組成物は、液体、例えば溶液、乳剤、または懸濁剤の形態であり得る。液体は、注射、輸注(例えば、IV輸注)、または皮下による送達にとって有用であり得る。
経口投与のために意図される場合、組成物は好ましくは固体または液体形態であり、半固体、半液体、懸濁剤、およびゲル形態は、本明細書において固体または液体のいずれかであると考えられる形態に含まれる。
経口投与のための固体組成物として、組成物を、散剤、顆粒剤、圧縮錠、丸剤、カプセル剤、チューインガム、カシェ剤、または類似の形態に製剤化することができる。そのような固体組成物は典型的に、1つまたは複数の不活性な希釈剤を含む。加えて、以下のうちの1つまたは複数が存在し得る:結合剤、例えばカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、結晶セルロース、またはゼラチン;賦形剤、例えばデンプン、ラクトース、またはデキストリン;崩壊剤、例えばアルギン酸、アルギン酸ナトリウム、コーンスターチ、およびその他;潤滑剤、例えばステアリン酸マグネシウム;滑剤、例えばコロイド状二酸化ケイ素;甘味剤、例えばスクロースまたはサッカリン;香味剤、例えばペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香料;ならびに着色剤。組成物がカプセル剤(例えば、ゼラチンカプセル)の形態である場合、これは、上記のタイプの材料に加えて、液体担体、例えばポリエチレングリコール、シクロデキストリン、または脂肪油を含み得る。
組成物は、液体、例えばエリキシル剤、シロップ剤、液剤、乳剤、または懸濁剤の形態であり得る。液体は、経口投与または注射による送達にとって有用であり得る。経口投与が意図される場合、組成物は、甘味剤、保存剤、色素/着色剤、および香味増強剤のうちの1つまたは複数を含んでなり得る。注射による投与のための組成物では、界面活性剤、保存剤、湿潤剤、分散剤、懸濁剤、緩衝剤、安定剤、および等張剤のうちの1つまたは複数も同様に含めることができる。
組成物は、1つまたは複数の投与単位の形態をとり得る。
特定の複数の実施形態において、処置を必要とする領域に組成物を局所投与するか、または静脈内注射もしくは輸注によって組成物を投与することが望ましい場合がある。
特定の障害または状態の処置において有効/活性である療法の量は、障害または状態の性質に依存し、標準的な臨床技術によって決定することができる。加えて、最適な投与量範囲を同定するために役立つように、in vitroまたはin vivoアッセイを任意選択で使用することができる。組成物に使用される正確な用量もまた、投与経路および疾患または障害の重症度に依存し、医師の判断および各々の患者の状況に従って決定すべきである。年齢、体重、性別、食事、投与時間、排泄速度、宿主の状態、薬物の組合せ、反応感度、および疾患の重症度のような要因を考慮に入れるべきである。
典型的に、量は、組成物の少なくとも約0.01重量%の本発明のシングルドメイン抗体である。経口投与が意図される場合、この量は、組成物の約0.1重量%〜約80重量%の範囲に変化し得る。好ましい経口組成物は、組成物の約4重量%〜約50重量%の本発明のシングルドメイン抗体を含んでなり得る。
本発明の好ましい組成物は、非経口用量単位が本発明のシングルドメイン抗体の約0.01重量%〜約2重量%を含むように調製される。本発明はまた、本発明の結合性分子を含んでなるデバイス、例えばプレフィルドシリンジにも関する。
注射による投与に関して、組成物は、典型的に対象の体重の約0.1mg/kg〜約250mg/kg、好ましくは対象の体重の約0.1mg/kg〜約20mg/kgの間、およびより好ましくは対象の体重の約1mg/kg〜約10mg/kgを含んでなり得る。一つの実施形態において、組成物は、約1〜30mg/kg、例えば約5〜25mg/kg、約10〜20mg/kg、約1〜5mg/kg、または約3mg/kgの用量で投与される。投与スケジュールは、例えば1週間に1回から2、3、または4週間に1回まで異なり得る。
本明細書において使用される場合、「処置する」、「処置している」、または「処置」は、疾患または障害を阻害または軽減することを意味する。例えば、処置は、疾患または障害に関連する症状の発生の延期、および/または前記疾患とともに発生するまたは発生すると予想されるそのような症状の重症度の低減を含み得る。用語は、既存の症状を改善する、さらなる症状を予防する、およびそのような症状の基礎となる原因を改善または予防することを含む。このように、用語は、処置される哺乳動物、例えばヒト患者の少なくとも一部に有益な結果が付与されることを表す。多くの医学的処置は、処置を受ける患者の総てではないが一部にとって有効である。
用語「対象」または「患者」は、処置、観察、または実験の対象である動物を指す。単なる例に過ぎないが、対象は、ヒトまたは非ヒト哺乳動物を含むがこれらに限定されない哺乳動物、例えば、非ヒト霊長類、マウス、ウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ、またはネコを含むがこれらに限定されない。
本明細書に使用される場合、用語「有効量」は、細胞、組織、または対象に単独で投与される場合、または追加の治療剤と組み合わせて投与される場合に、投与の条件下で所望の治療効果または予防効果を達成するために有効である本明細書に記載される結合性分子の量を意味する。
本発明はさらに、がん、特に前立腺がんの予防および/または処置のための方法であって、対象に本発明の結合性分子を投与する工程を含んでなり、それを必要とする対象に、薬学的有効量(pharmaceutically active amount)の、本発明の結合性分子および/または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法に関する。特に、本発明は、がん、特に前立腺がんの予防および/または処置のための方法であって、それを必要とする対象に、薬学的有効量の、本発明の結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法に関する。
本発明はまた、疾患の処置に使用するための本発明の結合性分子にも関する。本発明はまた、がん、特に前立腺がんまたは前立腺障害の処置に使用するための本発明の結合性分子にも関する。「前立腺がん」は、前立腺の組織から生じたがんの全段階および全形態を指す。本発明はまた、PSMAの異常な発現を特徴とする疾患の処置にも関する。
別の態様において、本発明は、疾患の処置における本発明の結合性分子の使用に関する。別の態様において、本発明は、がん、例えば前立腺がんまたは前立腺障害の処置のための医薬の製造における本発明の結合性分子の使用に関する。
本発明の結合性分子は、疾患の処置、予防、または改善とっても有用である。一つの実施形態において、疾患は、PSMA陽性細胞と関連する。一つの実施形態において、疾患はがんである。一つの実施形態において、がんは、PSMA陽性腫瘍と関連する。
PSMAの発現は、他のがん、より具体的には、これらのがんと関連する新脈管構造において検出されている。通常の(明細胞)腎細胞癌、膀胱上皮移行癌、精巣胎児性癌、神経内分泌癌、結腸癌、および乳癌を含む広範な癌腫、ならびに様々な種類の悪性腫瘍が、それらの新脈管構造においてPSMAを発現することが一貫して強く認められた。一つの実施形態において、処置されるがんは、PSMAを発現する新脈管構造における腫瘍から選択される、例えば、腎臓がん、膀胱がん、精巣がん、神経内分泌がん、結腸がん、および乳がんから選択される。
一つの態様において、がんは、局所進行切除不能、転移性、または再発性がんである。
一つの実施形態において、がんは、以下の非制限的な一覧:前立腺がん、肺がんまたは神経膠芽腫から選択される。一つの実施形態において、疾患は、男性生殖器系における前立腺を冒すいずれの疾患も指す前立腺障害である。前立腺は、精巣のホルモン分泌に依存する。
本発明の結合性分子は、唯一の活性成分として、または1つもしくは複数の他の治療部分および/もしくは細胞傷害性部分と組み合わせて投与してもよい。一つの実施形態において、結合性分子は、毒性部分とコンジュゲートされてもよい。
一つの実施形態において、シングルドメイン抗体は手術と組み合わせて使用される。
他の剤との例示的な組合せ
一価または多価分子を含む本発明の分子または医薬組成物は、唯一の活性成分として、または1つもしくは複数の他の治療剤と組み合わせて投与してもよい。治療剤は、疾患の処置において有用である化合物または分子である。治療剤の例には、抗体、抗体断片、薬物、毒素、ヌクレアーゼ、ホルモン、免疫調節剤、アポトーシス促進剤、抗血管新生剤、ホウ素化合物、光活性剤または色素、および放射性同位体が挙げられる。抗体分子には、完全な抗体またはその断片(例えば、Fab、F(ab’)2、Fv、一本鎖Fv断片(scFv)、またはシングルドメイン抗体、例えばVドメイン、抗体模倣タンパク質、またはCD137の天然リガンドを模倣するタンパク質が挙げられる。
抗がん治療は、治療剤または放射線治療を含んでもよく、これには、遺伝子治療、ウイルス治療、RNA治療、骨髄移植、ナノ治療、標的化抗がん治療、または腫瘍溶解薬が挙げられる。他の治療剤の例には、他のチェックポイント阻害剤、抗新生物剤、免疫原性剤、減弱化がん様細胞、腫瘍抗原、抗原提示細胞、例えば腫瘍由来抗原もしくは核酸をパルスした樹状細胞、免疫刺激サイトカイン(例えば、IL−2、IFNa2、GM−CSF)、標的化低分子および生物学的分子(例えば、シグナル伝達経路の構成要素、例えばチロシンキナーゼの調節剤、および受容体チロシンキナーゼの阻害剤、およびEGFRアンタゴニストを含む腫瘍特異的抗原に結合する薬剤)、抗炎症剤、細胞傷害剤、放射性毒素剤、または免疫抑制剤および免疫刺激サイトカイン(例えば、GM−CSF)をコードする遺伝子をトランスフェクトした細胞、化学療法が挙げられる。一つの実施形態において、投与は手術と組み合わせられる。本発明の結合性分子は、他の治療と同時または異なる時期に、例えば、同時、個別に、または連続的に投与され得る。
免疫応答を調節する例示的な方法、腫瘍成長を阻害する例示的な方法など
さらに別の態様において、対象における免疫応答を調節する方法であって、対象における免疫応答が調節されるように、対象に、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。好ましくは、結合性分子は、対象における免疫応答を増強する、刺激する、または増加させる。
さらなる態様において、対象における腫瘍細胞の成長を阻害するまたは腫瘍退縮を促進する方法であって、対象に、治療有効量の、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。
さらなる態様において、CD137の下流シグナル伝達経路を活性化する方法であって、対象に、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。
さらなる態様において、Tリンパ球の活性化および/または増殖を誘導する方法であって、対象に、本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。
さらなる態様において、CD137発現細胞および腫瘍抗原、すなわちPSMA発現細胞を二重標的とする方法であって、対象に、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。
さらなる態様において、CD137発現細胞および腫瘍抗原、すなわちPSMA発現細胞の二重標的のための、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物が提供される。例えば、結合性分子は、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、および本明細書に記載されるPSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる。
例示的な免疫コンジュゲート
別の態様において、少なくとも1つの治療剤および/または診断剤、すなわち造影剤にコンジュゲートされた本明細書に記載される結合性分子を含んでなる免疫コンジュゲートが提供される。
例示的なキット
別の態様において、本発明は、本発明の結合性分子を含んでなる、診断する、処置する、予後を判定する、またはモニターするために前立腺がんを検出するためのキットを提供する。キットは、使用説明書を含んでなってもよい。キットは、上記の本発明の標識結合性分子および1つまたは複数の標識を検出するための1つまたは複数の化合物を含み得る。凍結乾燥型で包装された、または水性媒体中で包装された本発明の結合性分子も提供される。キットは、試薬(例えば、再構成のための)および/または使用説明書および/または投与のためのデバイスを含み得る。
例示的な非治療応用
本発明はまた、本発明の結合性分子を使用した検出方法にも関する。ヒトPSMAに結合する能力を考慮すると、本明細書に開示されるヒトPSMA結合性分子は、通常のイムノアッセイ、例えば酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、ラジオイムノアッセイ(RIA)または組織免疫組織化学を使用して、PSMA(例えば、生体試料、例えば血清または血漿中の)を検出するために使用することができる。特に、本発明はまた、がん、特に前立腺がんの進行を診断するまたはモニターするin vitroまたはin vivoの方法にも関する。in vitroの方法は、試験試料中のPSMAタンパク質の存在を検出する工程、およびこれを正常対象からの対照試料または正常対象に対する基準値もしくは基準値範囲と比較する工程を含んでなる。試料は、血液、血漿、血清、精液、尿または組織生検から選択され得る。
方法は、(a)試料(ならびに任意選択で参照、例えば陽性および/または陰性対照試料)を本発明のPSMA結合性分子と接触させる工程、および(b)試料中のPSMAに結合した結合性分子または非結合結合性分子のいずれかを検出して、それにより、生体試料中のPSMAを検出する工程を含み得る。結合性分子は、検出可能な物質で直接的または間接的に標識して、結合または非結合抗体の検出を促進することができる。適した検出可能な物質としては、様々な酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質および放射性物質が挙げられる。
in vivoの方法は、例えば対象におけるイメージングによって、in vivoにおけるPSMAの存在を検出する工程を含んでなってもよい。この方法において、本発明のPSMA結合性分子は、結合を検出するために標識される。このように、本発明の標識分子は、造影剤として使用され得る。
本発明の結合性分子を標識する工程の代替として、検出可能な物質で標識されたPSMA標準および非標識ヒトPSMA結合性分子を使用した競合イムノアッセイによって、ヒトPSMAを生体液においてアッセイすることができる。このアッセイでは、生体試料、標識PSMA標準およびヒトPSMA結合性分子を合わせ、非標識結合性分子に結合した標識PSMA標準の量を決定する。生体試料中のヒトPSMAの量は、PSMA結合性分子に結合した標識PSMA標準の量と反比例する。同様に、検出可能な物質で標識されたPSMA標準および非標識ヒトPSMA結合性分子を使用した競合イムノアッセイによって、ヒトPSMAを生体液においてアッセイすることもできる。
本明細書に開示される結合性分子は、例えば、PSMAを含有する細胞培養物、ヒト対象、または本明細書に開示される結合性分子が交叉反応するPSMAを有する他の哺乳動物対象におけるPSMA活性を阻害するために使用することができる。一つの実施形態において、PSMA活性を阻害するまたは増加させる方法であって、PSMA活性が阻害されるまたは増加するように、PSMAを本明細書に開示される結合性分子と接触させる工程を含んでなる方法が提供される。例えば、PSMAを含有するまたは含有すると思われる細胞培養物において、本明細書に開示される結合性分子を培養培地に添加して、培養物におけるPSMA活性を阻害することができる。
従って、一つの実施形態において、本発明はまた、PSMAを発現する細胞、例えばがん様または非がん様前立腺細胞を剥離するまたは死滅させる方法にも関する。本発明の方法は、細胞を剥離するまたは死滅させるのに十分な量で、細胞を本発明のPSMA結合性分子と接触させる工程を含む。方法は、例えばin vitroまたは生体外で、培養物における細胞に使用することができる。
図面および実施例を参照して本明細書に記載される結合性分子または医薬組成物も提供される。本明細書において特に定義していない限り、本開示に関連して使用した科学技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有する。前述の開示は、本開示を作製および使用するための方法、ならびにその最善の様式を含む本発明の範囲に包含される主題の一般的説明を提供するが、当業者が本開示を実践することができるように、以下の実施例を提供する。しかしながら、当業者は、これらの実施例の細部が本発明を制限すると解釈すべきではなく、その範囲は、本開示に添付される特許請求の範囲およびその同等物から理解されるべきであることを認識するであろう。本開示の様々なさらなる態様および実施形態は、本開示を考慮すれば当業者に明らかであろう。
本明細書において言及した総ての文書は、遺伝子受託番号の参照、科学刊行物および特許刊行物の参照を含む、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。
本明細書において使用される場合の「および/または」は、他方の存在下または非存在下での2つの明記された特色または構成要素の各々の具体的開示であると解釈すべきである。例えば、「Aおよび/またはB」は、各々が本明細書において個々に記載されているかのように、(i)A、(ii)B、ならびに(iii)AおよびBの各々の具体的開示であると解釈すべきである。本文がそれ以外であることを指示していない限り、上記の特色の説明および定義は、本発明の任意の特定の態様または実施形態に限定されず、記載の総ての態様および実施形態に等しく適用される。
本発明を、ここで非制限的な実施例においてさらに説明する。
実施例1.CD137およびPSMAに対して特異的なHumabody(登録商標)V の単離
CD137またはPSMAに対して特異的なHumabody(登録商標)Vを、沈黙化マウス免疫グロブリン座およびヒト重鎖抗体遺伝子を含有するトランスジーンを有するCrescendoの専売のトランスジェニックマウスを免疫することによって、生成した。
内因性の重鎖および軽鎖抗体発現に関して沈黙化されているバックグラウンド内の生殖系列構成にヒト重鎖抗体トランスジェニック座を有するマウス(トリプルノックアウト、またはTKO)を、既に記述されている通りに作製した(WO2004/076618, WO2003/000737, Ren et al., Genomics, 84, 686, 2004; Zou et al., J. Immunol., 170, 1354, 2003およびWO2016/062990)。簡単に説明すると、トランスジェニックマウスを、C1ドメイン、マウスエンハンサー、および調節領域を欠如するマウス免疫グロブリン定常領域遺伝子と組み合わせて過剰なヒトV、D、およびJ遺伝子を含んでなる酵母人工染色体(YAC)を、新鮮な受精卵母細胞の前核へのマイクロインジェクション後に誘導した。使用したYACは、複数のヒト重鎖V遺伝子、複数のヒト重鎖DおよびJ遺伝子、マウスC1遺伝子、およびマウス3’エンハンサー遺伝子を含んだ。これはC1エクソンを欠如する。
マウスを、組換えヒトCD137またはPSMAタンパク質で免疫した。免疫スケジュールの最後に、リンパ節および脾臓をRNA抽出物のために回収した。重鎖可変ドメイン(V)配列をPCRによって増幅し、ファージミドベクターにクローン化した。ライブラリ生成の標準プロトコールに従った上記の免疫したマウスからのライブラリの生成、細菌ペリプラズム抽出物の標準スクリーニング手順、最適化、シークエンシングおよび精製方法を含む、標準ファージディスプレイ技術を使用して、標的タンパク質に結合したVを単離した。クローン1.1、2.1、3.1および4.1に対するアミノ酸および核酸配列を、表2、3、5、6および7に示す。
例えば、PSMA結合サブユニットは、WO2017/122017に開示される通りに生成してもよい。CD137に結合するVHの生成に関しては、8〜12週齢のTg/TKOマウスを、ヒトCD137−ヒトFcキメラタンパク質(Acro Biosystems、カタログ番号41B−H5258)、ヒトCD137−Hisタグタンパク質(R&D Systems、カスタム製品)、ヒトCD137を過剰発現するCHO細胞(標準的な方法を使用して施設内で生成された細胞株)、または組換えタンパク質およびCHOヒトCD137発現細胞の組合せによって免疫した。次に、血清を免疫の前後にマウスから回収し、CD137抗原による免疫に応答した血清中ヒトCD137反応性重鎖抗体の存在に関してELISAによってチェックした。
上記の免疫したマウスからのライブラリの生成は、以下に概要するライブラリ生成の標準プロトコールに従った。脾臓全体、鼠径部および上腕リンパ節を含む組織を、数匹の免疫したマウスからRNAlater(登録商標)に回収した。全RNAを上清から抽出し、V配列を、Superscript III RT−PCR高正確性キット(Invitrogen、カタログ番号12574−035)を使用して、製造元のプロトコールに従ってRNA試料から得た。ライブラリファージストックの調製およびファージディスプレイ選択は、公表された方法(Antibody Engineering, Benny Lo編, 8章, 161〜176頁, 2004)に従って実施した。ほとんどの場合、パニングアプローチと組み合わせたファージディスプレイを使用して、結合Vドメインを単離した。しかしながら、可溶性タンパク質選択、細胞に基づく選択、およびストレス(例えば、熱)下で実施する選択を含む、多様な異なる選択方法が当技術分野において十分に記載されている。ライブラリの選択後、ヒトCD137を発現するCHO細胞に結合し、CHO親細胞に結合せず、CHO細胞の表面に発現したヒトCD137と組換えヒトCD137リガンドタンパク質との間の相互作用を阻害する特定のVを、細菌ペリプラズム抽出物のシングルポイントスクリーニングによって同定した。上清中のHisタグVのCHOヒトCD137細胞および非CD137特異的結合の決定のためのCHO親細胞に対する結合を、蛍光マイクロボリュームアッセイ技術(FMAT)を使用して評価した。結合アッセイと並行して、ペリプラズム抽出物を、FMATフォーマットにおけるヒトCD137リガンドタンパク質とCHOヒトCD137細胞との相互作用を阻害する能力に関して試験した。CHOヒトCD137細胞に結合し、CHO親細胞に結合せず、CD137リガンドに結合するCD137を阻害するVのファミリーを同定した。上記のように同定した各々の個々のVクローンをファージミドからシークエンシングし、V生殖系列およびCDR3アミノ酸類似性に基づいて群分けした。代表的なクローンをさらに特徴付けした。さらなるクローンを、それぞれクローンHumabody(登録商標)V1.1およびHumabody(登録商標)V2.1の配列最適化によって生成し、結合活性を改善し、生殖系列に配列を復帰させ、または生物物理学的配列ライアビリティ(liabilities)、例えば異性化または脱アミド部位を除去した。精製Vを、標準的な手順を使用して得た。表2に、ファミリー1のVsの配列を示し、表3に、ファミリー2のVsの配列を示す。
精製Humabody(登録商標)Vを、ヒトCD137タンパク質、アカゲザルCD137Fc組換えタンパク質、マウスCD137タンパク質、腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバーOX40およびGITR(グルココルチコイド誘導性TNFR関連)、CHOヒトCD137細胞、CHO親細胞ならびにヒトT細胞に対する結合に関して試験した。VHは、ヒトおよびアカゲザルCD137に結合したが、マウスCD137タンパク質には結合しなかった。CHOヒトCD137細胞およびCHO親細胞に対する連続希釈したVの結合を、FMATアッセイフォーマットを使用して実施した。Vは、CHOヒトCD137発現細胞に結合したが、CHO親細胞に結合しなかった。初代T細胞に対する一価シングルドメイン抗体の結合を、フローサイトメトリーを使用して測定した。本明細書に記載されるHumabody(登録商標)Vは、予備刺激したCD8+細胞に結合した。精製Humabody Vが、CHOヒトCD137細胞に対するCD137リガンドの結合を阻害する能力も、FMATリガンド阻害アッセイにおいて測定した。Vは、ヒトCD137に対するヒトCD137リガンドの結合を阻害した。機能的アッセイも実施し、CD137に結合する一価VがCD137アゴニストとして作用する能力を、CD137およびNF−kBルシフェラーゼレポーター遺伝子を発現するJurkat細胞を使用してレポーター遺伝子アッセイにおいて評価した。それらの活性を、相互作用を回避する可能性が増加している二価および三価分子、ならびに腫瘍抗原PSMAに結合したVと連結したCD137 Vからなる二特異性分子と比較した。二特異性分子において、CD137アゴニズムは、CD137およびPSMAを発現した細胞の両方の同時関与から生じた。
実施例2.二特異性構築物の生成および安定性試験
グリシン/セリンリッチ配列(G4S)(式中、xは、G4Sリピートの数であり、2〜12反復単位の範囲をとる)のリンカーを使用して、単離されたHumabody(登録商標)V核酸配列を連結させることによって、多価構築物を生成した。各々のHumabody(登録商標)をコードするDNA配列を、PCRによって増幅した。産物を、Vシングルドメイン抗体配列が(G4S)リンカーと隣接するより大きな断片に構築し、制限酵素に基づく方法によって発現ベクターにライゲートした。プラスミドを、標準的な分子生物学技術に従って微生物発現系に形質転換した。インサートの存在を標準的なコロニーPCR法によって確認し、ベクター特異的および内部プライマーを使用して、Sangerシークエンシングによって配列を確認し、完全な配列包括度を確実なものとした。二特異性分子の生成に関しては、第1および第2の配列は同じではなく、一方の配列は、CD137に対して特異的なHumabody(登録商標)Vに対応し、もう一方は、腫瘍関連抗原PSMAに結合するHumabody(登録商標)に対応していた。別の例において、一価および二特異性の結合性物質を、半減期延長Humabody(登録商標)核酸配列(MSA結合性物質)と任意選択で連結させた。二特異性および三特異性構築物は、微生物細胞系によって発現させた。安定性試験のために、精製二特異性および三特異性Vを、サイズ排除クロマトグラフィーに供した。代表的な構築物に関する例示的なデータを、表9に示す。
三特異性融合タンパク質およびそのような融合タンパク質をコードする核酸の例を、以下に示す。二価分子の例も以下に示す(表10)。
実施例3:CD137およびPSMAに対する結合
3.1 細胞結合
CHOヒトCD137、CHO親、CHOヒトPSMA、DU145 PSMAおよびDU145親細胞に対するHisタグ分子の結合を、蛍光マイクロボリュームアッセイ技術(FMAT)を使用して評価した。試薬は総て、PBS、0.1%ウシ血清アルブミン、0.05%アジ化ナトリウムを含むFMATアッセイ緩衝液(pH7.4)中で調製した。連続希釈した試料を、384ウェル黒色透明ボトムアッセイプレート(Costar、カタログ番号3655)に移し、1.5nM抗His(Millipore、カタログ番号05−949)、3nMヤギ抗マウスAlexa Fluor−488(Jackson Immunolabs、カタログ番号115−545−071)およびDRAQ5(Thermo Scientific、カタログ番号62251)によって予め染色した2000個/ウェルとともに室温で少なくとも2時間インキュベートした。次に、TTP Mirrorballプレートリーダーにおいて、488nmおよび640nmで励起後、FL2(502nm〜537nm)およびFL5(677〜800nm)チャネルにおいて蛍光発光を測定した。データを、FL5の境界およびピーク強度でゲートを設定し、ゲート設定したデータのFL2平均蛍光強度の中央値を、V結合の決定のために使用した。結合に関する例示的なEC50値を表11に示す。一価CD137特異的Humabody(登録商標)V、CD137結合アームを有する二特異性および三特異性分子は、CHO CD137発現細胞に結合した。一価PSMA特異的Humabody(登録商標)V、PSMA結合アームを有する二特異性および三特異性分子は、PSMA発現細胞に結合した。
初代T細胞に対する一価シングルドメイン抗体の結合を、フローサイトメトリーを使用して測定した。末梢血単核細胞(PBMC)を、密度勾配遠心分離によりヒト血液から単離した後、CD8+T細胞を、製造元のプロトコール(Miltenyi Biotech、カタログ番号130−042−401)に従ってネガティブ選択単離キットを使用して精製した。CD8+T細胞を、10%FBS、2mMグルタミン、1倍Pen/Strepを補充したRPMI培地において、PMA/イオノマイシンで48〜72時間刺激した。細胞を96ウェルプレートに移し、染色緩衝液(PBS/1%BSA/0.05%アジ化ナトリウム)で10分間ブロックした後、染色緩衝液(PBS/1%BSA)中の連続希釈したVで、4℃にて30分〜1時間インキュベートした。細胞を遠心分離により洗浄した後、V結合を、抗His抗体(Millipore、05−949)およびヤギ抗マウスAlexa Fluor−488(Jackson ImmunoResearch、カタログ番号115−545−071)を使用して検出した。生細胞の識別に、Live Dead near IR染色(Molecular Probes、カタログ番号L10119)を使用した。さらに洗浄した後、細胞を固定し、蛍光をフローサイトメトリーにより測定した。結合(2〜3匹のドナー)に関する平均EC50値を表9に示す。一価CD137特異的Humabody(登録商標)VおよびCD137結合アームを有する二特異性分子は、予備刺激したCD8+細胞に結合した。
3.2 親和性速度論
精製一価V、およびPSMA−CD137標的二特異性分子の結合速度論を、ForteBio Octet RED 384機器で決定した。抗原との相互作用を調べるために、CD137−Fcタグタンパク質(Acro Biosystems、カタログ番号41B−H5258)またはPSMA−his(R&D Systems、カタログ番号4234−ZN)を、アミンカップリングによってAR2Gバイオセンサー(ForteBio、カタログ番号18−5082)上に固定した。一価Vおよび二特異性分子を、速度論緩衝液(0.1%BSA、0.02%Tween、1倍PBS)中で連続希釈し(一般的に、最高濃度である12〜25nMの間で開始する1:2希釈シリーズ)、固定したタンパク質に対する結合を、結合相および解離相中に調べた。180秒の結合相および600秒の解離相を使用して、PSMA結合を測定した。180秒の結合相および600秒の解離相を使用して、CD137結合を測定した。リファレンスを差し引いたデータを、ForteBio Octet Data Analysisソフトウェアを使用して1:1結合モデルにフィットさせた。得られた例示的な速度論および結合親和性データを表12に示す。
Biacore T200機器を使用して、表面プラズモン共鳴(SPR)によるVHとヒトおよびアカゲザルCD137−ヒトIgG1Fcタグ付きタンパク質との間の相互作用を調べた。単一サイクル速度論アッセイを使用して、相互作用の速度論および親和性を評価した。実験は、流速30μl/分でHBS−EP+アッセイ緩衝液において25℃で実施した。プロテインGチップを使用して、2μg/mlまで希釈されたFcタグ付き組換えCD137を7秒にわたりフローセルの1つに捕捉した。いずれの捕捉されたCD137も有さない第2のフローセルを、参照細胞として使用した。Vの3倍希釈シリーズを、60nMの最高濃度から5点濃度で作製した。結合速度論は、これらをチップ表面に流すことによって追跡した。結合工程の各々の接触時間は180秒間であり、解離工程は、アカゲザルおよびヒトCD137でそれぞれ1800および3600秒であった。各ランの後、センサーをグリシンpH1.5で再生し、捕捉されたCD137を除去した。データを、Biacore T200評価ソフトウェアを使用してダブルリファレンスを差し引いた後に、1:1結合モデルにフィットさせた。Humabody(登録商標)1.113に関する平均速度論定数(±標準偏差)は、ヒトCD137Fcに対する結合に関しては、ka 3.6E+06 ± 1.6E+06(1/Ms)、Kdis 3.0E−04 ± 1.1E−04(1/s)およびKD 8.5E−11 ± 7.8E−12(M)であり、アカゲザルCD137Fcに対する結合に関しては、ka 1.1E+06 ± 2.2E+05(1/Ms)、Kdis 2.8E−04 ± 6.8E−06(1/s)およびKD 2.7E−10 ± 5.2E−11であった。HSA−4GSに結合する構築物4.1−6GS−1.113−6GS−Vに関する平均速度論定数(±標準偏差)は、ヒトCD137Fcに対する結合に関しては、ka 5.6E+05(1/Ms)、Kdis 1.7E−05(1/s)およびKD 3.1E−11(M)であり、アカゲザルCD137Fcに対する結合に関しては、ka 4.4E+05(1/Ms)、Kdis 5.2E−05(1/s)およびKD 1.2E−10(M)であった。Humabody(登録商標)1.113は、他の分子と比較してカニクイザルに対する良好な結合を示し、他の分子と比較して良好な開発可能性の特徴(安定性および発現)も示した。
3.3 同時関与
3つの標的の関与も、ForteBio Octet機器を使用して実証した。結合1 − プロテインGバイオセンサー上に捕捉されたCD137Fcに対する三特異性分子の結合。結合2 − ヒト血清アルブミンの結合、結合3 − HSA解離を最小限にするためのヒト血清アルブミンの存在下でのPSMAの結合。これは、三特異性分子が標的に同時に結合することができることを示した。
二特異性分子によるCD137およびPSMAの二重標的関与を、ELISAフォーマットを使用して、およびT細胞を用いたフローサイトメトリーによって評価した。ELISAのために、CHO−PSMA細胞(20000個/ウェル)を、L−グルタミン+ブラストサイジン+テトラサイクリンを補充したHams F12において96ウェルプレート(Greiner、カタログ番号353872)に播種し、37℃にて5%COで一晩インキュベートした。その後の総ての工程は、室温で実施し、各工程間にPBSによる洗浄を含めた。プレートをPBS/0.1%BSAで1時間ブロックした後、連続希釈したHumabody(登録商標)Vを添加し、1時間結合させた。非結合Vを除去した後、1nM CD137huFc(Acro Biosystems、カタログ番号41B−H5258)をウェルに添加し、1時間インキュベートした。その後、抗huFc−HRP(Jackson ImmunoResearch、カタログ番号109−035−098)の1:3000希釈液を1時間添加し、TMBを添加することによってプレートを展開した。0.5M硫酸を添加することによって反応を停止させ、プレートを吸光度450nmでのBMG PheraStarで読み取った。図1に、二特異性分子はヒトCD137およびヒトPSMAの両方に同時に結合できることを実証した代表的なデータを示す。PMA/イオノマイシンで48時間予備刺激したヒトCD8+T細胞を、遠心分離によってFACS緩衝液(10%ヒト血清および0.05%アジ化ナトリウムを補充したPBS)で洗浄した。連続希釈した二特異性および三特異性Humabody VH構築物を、氷上で1時間細胞に添加した。プレートをFACS緩衝液で洗浄した後、5nMビオチン化PSMA、20nMストレプトアビジンAlexaFluor488およびLive/Dead NearIR細胞染色希釈液を含有する検出ミックスを添加した。プレートを4℃で1時間インキュベートした後、遠心分離によってFACS緩衝液で2回洗浄した。細胞を、1倍BD細胞固定液を添加することによって固定した後、遠心分離によってPBSで2回洗浄し、細胞ペレットをPBSに再懸濁させた。蛍光を、iQue Plus Screener(IntelliCyt)でのRL2−Hチャネル(Live/Dead染色)およびBL1−Hチャネル(AlexaFluor488染色)において測定した。二特異性および三特異性分子は、ヒトCD8+T細胞およびPSMAタンパク質に同時に結合することができた。
細胞株に対する結合も、3.1項に従って蛍光マイクロボリュームアッセイ技術を使用して測定した。PSMA発現細胞に対する結合の検出に、CD137huFc/抗ヒトFc−Alexa Fluor−488を使用した。
ELISAデータは、n=3の測定値に関する平均EC50(±SD)である。示したフローサイトメトリーデータは、少なくとも6匹の異なるヒトT細胞ドナーに関する平均EC50(±SD)である(表13)。構築物4.1−6GS−1.113−6GS−VH HSA−4GSは、FMATアッセイにおいてCHOカニクイザルPSMA細胞に結合した(平均EC50±SD(M) 5.7E−10 ± 4.6E−11、0.57nM n=3)。
実施例4.CD137L結合の阻害
Humabody(登録商標)VHsを、FMATフォーマットにおけるヒトCD137リガンドタンパク質とCHOヒトCD137細胞との相互作用を阻害する能力に関して試験した。FMATアッセイ緩衝液において連続希釈したVを、0.2nM〜0.4nM CD137L−huFc(Sino Biologicals、カタログ番号15693−101H)、3nM Alexa Fluor(登録商標)488ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ断片特異的ヤギ抗ヒトIgG(Jackson ImmunoResearch、カタログ番号109−545−098)およびDRAQ5によって予め染色した2000個の細胞とともに室温で少なくとも2時間インキュベートした。FMATアッセイ緩衝液を含む総結合対照および過剰量の非Fcタグ付き競合物質を含む非特異的結合対照を、データ正規化のために各々のプレートに設定した。TTP Mirrorball、およびデータ正規化に使用したゲート設定したFL2平均蛍光強度の中央値を使用して、蛍光シグナルを測定した。データを、非特異的結合対照ウェルから決定したバックグラウンドシグナルを差し引いた後の総結合対照の%(%対照)として表記した。一価および二特異性フォーマットでのVは、CD137リガンドに対するCD137結合を阻害した(表14)。
実施例5 機能活性
5.1 共培養機能活性アッセイ
二特異性分子がCD137アゴニストとして作用する能力を、CD137およびNF−kBルシフェラーゼレポーター遺伝子を発現するJurkat細胞ならびにヒトPSMAを発現する細胞を使用して共培養レポーター遺伝子アッセイにおいて評価した。アッセイは、高PSMA発現細胞(CHO PSMA)および低PSMA発現細胞(DU145 PSMA)を使用して実施した。PSMA発現細胞または親細胞(5000個/ウェル)を、384ウェル白色透明ボトム組織培養処理プレート内に一晩播種した。CHO細胞に関しては、培地を翌日に除去し、アッセイ培地(10%FBS、2mM L−グルタミン、1倍Pen/Strepを補充したRPMI 1640)と交換した。連続希釈した単量体V、二特異性およびJurkatレポーター細胞を、アッセイ培地(10%FBS、2mM L−グルタミン、1倍Pen/Strepを補充したRPMI 1640)において調製し、ウェルに添加した。COインキュベータ中で37℃にて5〜6時間インキュベートした後、BioGlo試薬(Promega G7940)を添加し、BMG Pherastarで発光シグナルを測定することによって、ルシフェラーゼレポーター発現のレベルを決定した。図2は、CD137−PSMA V二特異性分子によるNF−kB経路の濃度およびPSMA依存的な刺激を例示したものである。PSMA発現のレベルは最大応答を決定し、低発現DU145 PSMA細胞と比較してCHO PSMA高PSMA発現細胞株に対してより高い最大レベルが得られた(図2b)。抗CD137抗体は、NF−kB駆動レポーター遺伝子活性をPSMA非依存的に刺激する(図2c)。実験は、二特異性分子において、CD137アゴニズムは、CD137およびPSMAを発現した細胞の両方の同時関与から生じたことを示している。
5.2 IL−2放出
二特異性分子を、共培養アッセイにおいてT細胞からのIL−2放出を誘導するそれらの能力に関してさらに試験した。DU145 PSMAまたは親DU145細胞を、培地(10%FBS、2mM L−グルタミン、1倍Pen/Strepを補充したRPMI1640)に再懸濁し、5ug/ml抗CD3抗体(e−Bioscience、カタログ番号14−0037−82)でプレコーティングしておいた96ウェル平底プレートに20000個/ウェルの密度で播種した。細胞を、37℃、5%COで一晩接着させた。末梢血単核細胞(PBMC)を、密度勾配遠心分離によりヒト血液から単離した後、CD8+T細胞を、製造元のプロトコール(Miltenyi Biotech、カタログ番号130−042−401)に従ってネガティブ選択単離キットを使用して精製した。Humabody(登録商標)V、二特異性およびベンチマーク抗体を、培地において調製し、T細胞(100000個/ウェル)とともにアッセイプレートに添加した。37℃、5%COでの48時間のインキュベーション後に上清を回収し、IL−2レベルを、製造元の説明書(Cisbio、カタログ番号64IL2PEB)に従ってヒトIL−2アッセイキットを使用して定量した。CD8+T細胞によるIL−2産生の刺激は、抗CD137ベンチマーク抗体に関してはPSMAと非依存的であったが、PSMA依存的(図3a)および濃度依存的(図3b、3d)であった。最大応答レベルは、抗体および二特異性分子の両方に対してT細胞ドナー依存的であった(図3c)。インターフェロンγも誘導された(図3e)。
5.3.スーパー抗原活性化細胞の刺激
健常ドナーからのPBMCを、処置前に16時間、10ng/ml SEB(ブドウ球菌エンテロトキシンB)で刺激した。CHO細胞またはPSMAを発現するCHO細胞を、10,000個/ウェルで96ウェルプレートに播種した。Humabody(登録商標)構築物を添加し、終濃度50nMおよび4倍希釈シリーズとした。SEB刺激PBMCを、1ng/ml SEBを含む培地に75,000個/ウェルで添加した。プレートを37℃、5%COで3日間インキュベートした。サイトカイン測定のために上清を回収した。TNF−αを、製造元の説明書に従ってCisbio HTRFキット(62HTNFAPEG)を使用して測定した。TNF−αは、PSMAを発現する細胞の存在下で、二特異性Humabody(登録商標)依存的な用量反応様式で増加した。PSMAの非存在下では誘導はみられなかった(図5)。
実施例6.DU145 PSMA/hu PBMC移植NCGマウスにおけるHumabody(登録商標)の効果
雄NCGマウス(NOD−Prkdcem26Cd52Il2rgem26Cd22/NjuCrl、Charles River)に対し、50%マトリゲル中1×10個のDU145 PSMA細胞を右側腹部に皮下注射した。8日目に、hPBMC(HemaCare BioResearch Products)を、尾静脈を介して移植した。非移植マウスを対照群として使用した。次に、マウスを、腹膜内投与したHumabody(登録商標)または対照CD137アゴニスト抗体で処置し、体重、臨床観察、および腫瘍容積を記録した。拘束、飼育、外科手技、食餌および液体の調節、ならびに獣医学的ケアに関してGuide for Care and Use of Laboratory Animalsの推奨に特別に従い、AAALACによって公認されているCharles River Discovery Services North Carolina(CR Discovery Services)において試験を実施した。半減期延長二特異性Humabody(登録商標)処置群は、対照群と比較して減少した腫瘍容積を示した(図6)。
実施例7 二重トランスジェニックヒト化FcRn/HSAマウスにおける半減期延長分子の単回静脈内投与の薬物動態解析
実験は、genOway(登録商標)によるヒト新生児型Fc受容体/アルブミンマウスモデルを使用して実施した。この二重ヒト化新生児型Fc受容体(FcRn)/アルブミンマウスモデルは、自己受容体−リガンド相互作用を維持し、ヒトにおける生理学的薬物クリアランスを模倣しており、従って、アルブミン結合小分子および通常の薬物動態を測定および最適化するため、ならびに循環する生物学的製剤およびバイオシミラー薬の半減期を試験および予測するための独特な信頼性の高いツールである(Viuff D, Antunes F, Evans L, Cameron J, Dyrnesli H, Thue Ravn B, Stougaard M, Thiam K, Andersen B, Kjaerulff S, Howard KA. 2016. Generation of a double transgenic humanized neonatal Fc receptor (FcRn)/albumin mouse to study the pharmacokinetics of albumin-linked drugs. J Control Release)。
hFcRn/HSAヒト化マウスは、WTマウスよりも予測可能な「ヒト様」薬物動態の結果を提供する。このモデルは、HSA結合性薬剤の薬物動態、分布および毒性のin vivo評価に十分適している。
薬物動態を試験するためのこれらの実験において、三特異性分子(4.1−6GS−1.113−6GS−VH HSA−4GS)を使用した。
簡単に説明すると、雄genOway(登録商標)ヒトHSA/FcRn Tgマウスに対し、尾静脈を介した2mg/kgの三特異性(n=3)の単回静脈内注射によって投与した。血液試料を、投与前、ならびに伏在静脈を介した薬物投与後0.083h、1h、8h、24h、48h、72hおよび96hに回収した。投与後168hに、全動物を安楽死させ、血液を回収した。血漿を分離し、アッセイを実施するまで−80℃で保存した。捕捉としてのビオチン化ヒトPSMAおよび検出としてのヒトCD137Dylight650を使用して、Gyrolabイムノアッセイプラットフォームで血漿試料を分析した。データは、血漿中濃度を得るためのGyrosを使用して分析した。データの薬物動態解析は、PK Solver 2.0を使用して実施した。
試験の結果は、分子は、ヒトHSA/FcRn Tgマウスにおいて2mg/kgで静脈内投与した場合、半減期18.13±0.412時間(n=3)を有することを示している。
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Claims (38)

  1. a)CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、および
    b)PSMAに結合する部分
    を含んでなる、単離された結合性分子。
  2. CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、配列番号1もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号2もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号3もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3、または、配列番号425もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号426もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号427もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3、および配列番号427もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなる、請求項1に記載の単離された結合性分子。
  3. CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、ヒトフレームワーク領域を含んでなる、請求項1または2に記載の単離された結合性分子。
  4. CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、表2もしくは3に記載の完全長の配列またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなる、請求項1〜3のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  5. CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、配列番号4、312、852、856、860、864、868、872、876、880もしくは428またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなる、請求項1〜3のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  6. PSMAに結合する部分が、抗体、抗体断片、抗体模倣物または他のポリペプチドから選択される、請求項1〜5のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  7. 前記抗体断片が、Fab、F(ab’)2、Fv、一本鎖Fv断片(scFv)、シングルドメイン抗体またはその断片から選択される、請求項6に記載の単離された結合性分子。
  8. 前記シングルドメイン抗体がVシングルドメイン抗体である、請求項7に記載の単離された結合性分子。
  9. 前記Vシングルドメイン抗体が、配列番号812もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号813もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号814もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなるか、または、前記Vシングルドメイン抗体が、配列番号837もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号838もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号839もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなる、請求項8に記載の単離された結合性分子。
  10. PSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、表6もしくは7に記載の完全長の配列またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  11. PSMAに結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、配列番号815、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825もしくは840またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなる、請求項1〜10のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  12. 配列番号4もしくは428を有するシングルドメイン抗体1.1もしくは2.1、あるいは、配列番号312、852、856、860、864、868、872もしくは876またはそれと少なくとも75%の配列相同性を有するシングルドメイン抗体が、それぞれ配列番号815、822もしくは840を有するシングルドメイン抗体3.1、3.8もしくは4.1と連結されている、請求項1〜11のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  13. 少なくとも約10−6M〜約10−12MのKdの親和性でCD137に結合することができる、請求項1〜12のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  14. 約10−6M〜約10−12MのKdの親和性でPSMAに結合することができる、請求項1〜13のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  15. CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、ペプチドリンカーにより、PSMAに結合する部分と連結されている、請求項1〜14のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  16. 前記リンカーが(G4S)nリンカー(式中、nは1〜10から選択される整数である)から選択される、請求項15に記載の結合性分子。
  17. 毒素、酵素、放射性同位体、半減期延長部分、標識、治療分子および他の化学部分から選択される1つまたは複数の部分とコンジュゲートされている、請求項1〜16のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  18. 前記半減期延長部分が、アルブミン結合性部分、トランスフェリン結合性部分、ポリエチレングリコール分子、組換えポリエチレングリコール分子、ヒト血清アルブミン、ヒト血清アルブミンの断片、および、ヒト血清アルブミンに結合するアルブミン結合性ペプチドまたはシングルドメイン抗体からなる群から選択される、請求項17に記載の単離された結合性分子。
  19. ヒトCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、単一特異性エンティティとしてCD137に結合した場合、CD137シグナル伝達を生じない、請求項1〜18のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  20. ヒトCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、ヒトV、DおよびJ領域を含んでなるトランスジーンを発現するトランスジェニック齧歯類から得られたまたは得ることができる、請求項1〜19のいずれか一項に記載の単離された結合性分子。
  21. 前記齧歯類が、機能的な内因性の軽鎖および重鎖を産生しない、請求項20に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体。
  22. 請求項21に記載の結合性分子および薬学的担体を含んでなる、医薬組成物。
  23. 疾患の処置に使用するための、請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子または請求項23に記載の医薬組成物。
  24. 前記疾患ががんである、請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子または請求項22に記載の医薬組成物。
  25. 前立腺がんまたは前立腺障害を処置する方法であって、治療有効量の、請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子または請求項22に記載の医薬組成物を投与する工程を含んでなる、方法。
  26. 前記がんが、前立腺がん、肺がん、神経膠芽腫、腎臓がん、膀胱がん、精巣がん、神経内分泌がん、結腸がん、および乳がんである、請求項24に記載の結合性分子または請求項25に記載の方法。
  27. 請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子をコードする核酸配列を含んでなる、核酸分子。
  28. 請求項27に記載の核酸分子を含んでなる、ベクター。
  29. 請求項27に記載の核酸分子または請求項28に記載のベクターを含んでなる、宿主細胞。
  30. 前記宿主細胞が、細菌、酵母、ウイルスまたは哺乳動物細胞である、請求項29に記載の宿主細胞。
  31. 請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子を産生する方法であって、
    宿主細胞において前記結合性分子をコードする核酸を発現させる工程、および
    宿主細胞から結合性分子を単離する工程を含んでなる、方法。
  32. CD8T細胞増殖を促進し、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の活性化および/またはサイトカイン放出を誘導する方法であって、
    請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子または請求項22に記載の医薬組成物を投与する工程を含んでなる、方法。
  33. ヒトPSMA活性を低減させるin vivoまたはin vitroの方法であって、
    ヒトPSMAを請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子と接触させる工程を含んでなる、方法。
  34. 請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子または請求項22に記載の医薬組成物を含んでなる、キット。
  35. CD137およびPSMAの下流シグナル伝達経路を同時に活性化するための、請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子または請求項22に記載の医薬組成物の使用。
  36. CD137およびPSMAの下流シグナル伝達経路を同時刺激する方法であって、
    請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子または請求項22に記載の医薬組成物を投与する工程を含んでなる、方法。
  37. PSMA陽性腫瘍細胞または組織の近傍で局所T細胞応答を誘導するための、請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子または請求項22に記載の医薬組成物の使用。
  38. PSMA陽性腫瘍細胞または組織の近傍で局所T細胞応答を誘導する方法であって、
    請求項1〜21のいずれか一項に記載の結合性分子または請求項22に記載の医薬組成物を投与する工程を含んでなる、方法。
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