JP7312168B2 - Cd137に結合するシングルドメイン抗体 - Google Patents

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Description

がんは、依然として世界において主な死因の1つである。最近の試験では、世界中で推定1270万のがん症例が示されている。この数字は、2030年までに2100万に増加すると予想されている(Vinay and Kwon 2014)。
CD137(4-1BB、TNFRS9)は、TNF受容体スーパーファミリーに属する1型膜貫通糖タンパク質である。これは、活性化されたマウスT細胞のcDNAから最初にクローン化された。これは、その後、T細胞、B細胞、NKおよびNK T細胞、樹状細胞(DC)、マクロファージ、好中球ならびに好酸球上で認められる広範な免疫細胞発現パターンを有することが示されている。発現は、非造血細胞、例えば、上皮、内皮および平滑筋細胞上、ならびに腫瘍細胞株上でも報告されている。CD137発現は、主に活性化誘導性であるが、低レベルの構成的発現が、TregおよびDCを含む一部の細胞型で示されている。
255アミノ酸ヒトCD137タンパク質(Genbank受託番号NP_001552)は、17アミノ酸シグナルペプチド配列、4つのシステインリッチドメインを含有する細胞外領域、27アミノ酸膜貫通領域および短い42アミノ酸細胞内ドメインからなる。これは、細胞表面上で単量体および二量体の両方として存在する。CD137に対する主なリガンドは、CD137リガンド(CD137L、4-1BB-L、TNFS9)であるが、受容体凝集を促進するガレクチン-9(Madireddi et al 2014)およびフィブロネクチンなどのマトリックスタンパク質(Chalupny et al, 1992)との相互作用も報告されている。CD137リガンドは、樹状細胞、B細胞およびマクロファージなどの活性化された抗原提示細胞上で主に発現される。
三量体CD137リガンドとCD137との相互作用は、受容体の多量体化、ならびにキナーゼ調節およびNf-KB経路の活性化をもたらすタンパク質のTRAFファミリーなどのシグナル伝達分子の動員をもたらす。このように、CD137の多量体化は、下流シグナル伝達の開始および調節のために非常に重要である。
アゴニスト抗CD137モノクローナル抗体をin vitroおよびin vivoで用いた試験では、活性化時、CD137は、「シグナロソーム」と呼ばれるエンドソーム区画に迅速に内部移行され、そこからシグナル伝達を維持することが示されている(Sanchez-Paulete et al 2016における論評)。
CD137、CD27、OX40(CD134)、HVEM、CD30、およびGITRなどの同時刺激TNFRファミリーメンバーは、最初のT細胞活性化後のT細胞応答の維持に関与する。CD4+およびCD8+T細胞において、CD137は、T細胞受容体(TCR)媒介シグナル伝達を調節する同時刺激受容体として作用する。TCR活性化とともにCD137のライゲーションは、増殖、サイトカイン産生を促進し、抗アポトーシスB細胞リンパ腫-特大(Bcl-xl)およびB細胞リンパ腫2(Bcl-2)経路の誘導を通じてアポトーシスを阻害する。NK細胞上でのCD137の架橋は、IFN-γの分泌および増殖を刺激することが示されている。CD137刺激に対する樹状細胞応答には、増強された成熟および抗原提示、ならびにサイトカインIL-6、IL12-およびIL-27ならびにT細胞機能を調節できるインドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO)などの酵素の分泌が含まれる。CD137は、腫瘍血管内皮上で細胞間接着分子1(ICAM1)および血管細胞接着分子1(VCAM1)をアップレギュレートすることもでき、それにより、エフェクター細胞の遊走および腫瘍微小環境における活性化T細胞の保持が誘導される。
抗CD137抗体によるCD137の架橋は、肉腫、肥満細胞腫、神経膠腫、リンパ腫、骨髄腫、および肝細胞癌を含む多数のモデルにおいて、in vivoでの強力な抗腫瘍効果を有することが示されている。CD8+細胞枯渇試験では、この効果は、主に細胞溶解性T細胞の増殖および浸潤に関与し、腫瘍細胞の溶解をもたらすことが実証されている。しかしながら、DC、NK細胞またはCD4+T細胞などの他の種類の細胞の寄与が、一部の腫瘍モデルにおいて報告されている。さらに、抗CD137療法は、免疫記憶応答を誘発し、自己免疫反応を阻害することが示されている(Vinay et al 2012における論評)。
既存のアゴニスト療法は、全身性のCD137作用をもたらし、望まれない副作用に至ることが示されている。CD137シグナル伝達の活性化は、マウスモデルにおける重度の毒性と関連している。完全ヒトIgG4抗CD137アゴニスト抗体(Urelumab(登録商標)、BMS-663513)の臨床試験では、好中球減少症、肝酵素の上昇および高用量での重度の肝毒性が報告され、試験中止に至った。この重度の毒性は、これも単剤療法および併用療法のアプローチの両方として臨床試験中である完全ヒトIgG2(PF-05082566)では認められなかった。同時刺激TNFRを標的とするアゴニスト抗体は、FcγRの関与(engagement)を必要とすることが示されている(Bulliard et al, 2014)。このように、FcγRを介した非標的クラスタ形成は、それによりアゴニスト抗体がこれらの標的に作用する機序に影響を及ぼし得る。
既存の療法で認められた毒性プロファイルを考慮すると、毒性を低減させた代替のCD137結合性分子の使用に基づいた、代替のがん療法の必要性が存在する。特に、細胞の表面でCD137と効果的に関与し(engage)、肝毒性を含む毒性を低減させた標的CD137アゴニストの臨床的必要性が存在する。
従って、最小限のアゴニスト活性および内部移行活性を有するCD137結合性分子を開発すれば、CD137および他の分子、例えば、腫瘍微小環境内で発現した腫瘍関連抗原を同時標的とする二特異性分子を生成するためのビルディングブロックが提供されるであろう。そのような分子において、両標的の二重関与(dual engagement)、例えば同時関与(simultaneous engagement)は、CD137活性化をもたらし得、それにより、腫瘍微小環境に対する作用部位を制限し、CD137療法の望ましくない効果を最小限にできる可能性がある。
本発明は、CD137に対する特異性を有する新規な結合性分子(binding molecule)に関する。本発明者らは、CD137に結合するが、単一特異性フォーマット(monospecific format)で、すなわち、第2の標的に結合する別の部分と連結されることなく、CD137に結合した場合、CD137シグナル伝達を生じないシングル可変重鎖ドメイン抗体を同定した。しかしながら、腫瘍特異抗原に結合する部分に連結された場合、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、アゴニスト応答を誘発する。このように、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、第2の抗原を標的とする結合パートナーなしに、CD137と結合した場合、受容体のクラスタ形成を誘導せず、アゴニスト活性を示さない一方で、二特異性分子におけるCD137および腫瘍特異抗原の二重関与(dual engagement)は、CD137アゴニズムをもたらす。
一つの態様において、ヒトCD137に結合するが、単一特異性エンティティ(monospecific entity)としてCD137に結合した場合、CD137シグナル伝達を誘発しない、単離されたシングル可変重鎖ドメイン抗体が提供される。一つの実施形態において、前記シングル可変重鎖ドメイン抗体は、CD137に対するCD137Lの結合を阻害する。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表1から選択される配列番号を含んでなるCDR1、表1から選択される配列番号を含んでなるCDR2および表1から選択される配列番号を含んでなるCDR3を含んでなる。好ましくは、CDRは、Kabat命名法を用いて定義される。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号1またはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号2またはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号3またはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなる。好ましくは、CDRは、Kabat命名法を用いて定義される。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号425またはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号426またはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号427またはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3を含んでなる。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトフレームワーク領域を含んでなる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号4もしくは428またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列を含んでなる。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号4、312、852、856、860、864、868、872、876もしくは880またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列から選択される。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、約0.4nMまたは約3nMのKDの親和性でCD137に結合することができる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトV、DおよびJ領域を含んでなるトランスジーンを発現するトランスジェニック齧歯類、例えばマウスから得られたまたは得ることができる。
一つの実施形態において、前記齧歯類は、機能的な内因性の軽鎖および重鎖を産生しない。
別の態様において、
a)本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、および
b)腫瘍特異抗原に結合する部分
を含んでなる結合性分子も提供される。
一つの実施形態において、腫瘍特異抗原に結合する部分は、シングル可変重鎖ドメイン抗体である。結合性分子の一つの実施形態において、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、ペプチドリンカーにより、腫瘍特異抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体と連結されている。一つの実施形態において、前記リンカーは(G4S)nリンカーから選択され、式中、nは1~10である。一つの実施形態において、腫瘍特異抗原は、PSMA、Her2、CD123、CD19、CD20、CD22、CD23、CD74、BCMA、CD30、CD33、CD52、EGRF、CECAM6、CAXII、CD24、CEA、メソセリン、cMet、TAG72、MUC1、MUC16、STEAP、EphvIII、FAP、GD2、IL-13Ra2、L1-CAM、PSCA、GPC3、Her3、gpA33、5T4およびROR1から選択される。一つの実施形態において、単離されたシングル可変重鎖ドメイン抗体または結合性分子は、毒素、酵素、放射性同位体、半減期延長部分(half-life extending moiety)、標識、治療分子または他の化学部分とコンジュゲートされている。一つの実施形態において、前記半減期延長部分は、アルブミン結合性部分、トランスフェリン結合性部分、ポリエチレングリコール分子、組換えポリエチレングリコール分子、ヒト血清アルブミン、ヒト血清アルブミンの断片、または、アルブミン結合性ペプチドもしくはヒト血清アルブミンに結合するシングルドメイン抗体から選択される。
本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体または結合性分子、および薬学的担体を含んでなる医薬組成物も提供される。
別の態様において、本発明者らは、疾患の処置に使用するための、上記のシングル可変重鎖ドメイン抗体、結合性分子、医薬組成物を提供し、例えば、前記疾患は、がん、免疫障害、神経疾患、炎症障害、アレルギー、移植拒絶反応、ウイルス感染症、免疫不全または他の免疫系関連障害から選択される。
がん、免疫障害、神経疾患、炎症障害、アレルギー、移植拒絶反応、ウイルス感染症、免疫不全または他の免疫系関連障害を処置する方法であって、治療有効量の、上記のシングル可変重鎖ドメイン抗体、結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法も提供される。
別の態様において、本発明者らは、本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体、結合性分子または医薬組成物を含んでなるキットを提供する。
別の態様において、本発明者らは、本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体をコードする核酸配列を含んでなる核酸分子、例えば、配列番号629もしくは735を含んでなる核酸分子またはそれと少なくとも50%の相同性を有する核酸分子を提供する。別の態様において、本発明者らは、上記の核酸分子を含んでなるベクターまたは宿主細胞を提供する。
別の態様において、本発明者らは、ヒトCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を産生する方法を提供する。本発明者らはまた、前記方法により得られたまたは得ることができる、シングルVドメイン抗体も提供する。別の態様において、本発明者らは、CD137抗原による免疫時に産生されたCD137に結合する重鎖のみの抗体(heavy chain only antibody)を産生する、トランスジェニック齧歯類、例えばマウスを提供する。本発明者らはまた、トランスジェニック齧歯類から得られたまたは得ることができるヒトCD137に結合するVドメインを含んでなる重鎖のみの抗体(heavy chain only antibody)も提供する。
別の態様において、本発明者らは、CD8T細胞増殖を促進し、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の活性化および/またはサイトカイン放出を誘導する方法であって、対象に、本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体、結合性分子または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法を提供する。
別の態様において、本発明者らは、腫瘍特異抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体をさらに含んでなる結合性分子における、本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体の使用を提供する。
本発明を、以下の非制限的な図面においてさらに説明する。図面に使用されるシングルドメイン抗体は、表2および3に記載する。
一価、二価および三価Humabody(登録商標)Vの結合速度論。(A)一価、(B)二価および(C)三価バージョンのHumabody(登録商標)V1.1(配列番号4)ならびに(D)一価、(E)二価および(F)三価のHumabody(登録商標)V2.1(配列番号428)の結合および解離速度論を、バイオレイヤー干渉法を用いてプロテインGセンサー上に捕捉されたヒトCD137huFcタグ付きタンパク質に対する結合に関して測定した。多価フォーマットは、一価のHumabody(登録商標)Vと比較して、増強した結合を示す。 二重結合細胞に基づくELISA。CHOヒトPSMA発現細胞をプレートに播種し、一価Vまたは二特異性分子を添加した。引き続きCD137huFcを添加し、抗ヒトFc-HRPを用いて結合を検出した。二特異性分子のみが結合シグナルの増加を示し、二重標的結合が確認された。 Jurkat NF-kBルシフェラーゼレポーターアッセイにおけるCD137シグナル伝達の活性化。PSMA発現細胞(AおよびB)または非発現親細胞(CおよびD)を、JurkatヒトCD137NF-kBルシフェラーゼレポーター細胞と共培養した。(E)CHO PSMA細胞、(F)DU145 PSMA細胞または(G)DU145親細胞(二特異性試験)/培地のみ(抗体試験)を、JurkatヒトCD137NF-kBルシフェラーゼレポーター細胞とともに培養した。相対発光シグナル(RLU)を、NF-kBシグナル伝達経路のCD137媒介活性化から生じたルシフェラーゼレポーター遺伝子活性の読み取り値として測定した。一価、二価、三価および二特異性バージョンのHumabody(登録商標)V1.1(配列番号4)ならびに一価、二価、三価および二特異性バージョンのHumabody(登録商標)V2.1(配列番号428)を、CD137を刺激してNF-kBを介したシグナル伝達をもたらす可能性に関して試験した。一価PSMA Humabody(登録商標)VHsを、対照として含めた。一価、二価および三価分子は、アッセイにおいてアゴニストとして作用しなかった。PSMA発現細胞の存在下での二特異性分子は、CD137シグナル伝達を効果的に刺激することができた。 T細胞におけるIL-2産生の増強。ヒトCD8+T細胞を、プレートに結合した抗CD3抗体の存在下で、PSMA発現細胞または非発現親細胞と共培養した。Humabody(登録商標)V1.1(配列番号4)一価および二特異性分子、Humabody(登録商標)V2.1(配列番号428)一価および二特異性分子、抗CD137ベンチマーク抗体ならびに抗PSMA抗体を、10nMの濃度で添加した。上清を48時間後に回収し、IL-2のレベルを決定した。(A)PSMA発現細胞の存在下での3匹の異なるT細胞ドナーに関するIL-2応答の増強。(B)親細胞の存在下でのIL-2レベルの測定に関する代表的なデータ。一価Humabody(登録商標)Vは、アッセイにおいてIL2産生を刺激しなかった。(C)PSMA発現細胞の存在下での二特異性分子は、IL-2産生を効果的に増強することができた。抗CD137抗体(可溶性、非架橋)は、PSMA非依存的応答においてIL-2産生を増強した。(DおよびE)IL-2応答の濃度依存性。(F)二特異性分子は、インターフェロンγを誘導する。 CD137媒介内部移行。(A)V1.1(配列番号4)、(B)三価Vおよび(C)抗CD137抗体を、4℃でCHO CD137細胞とともにインキュベートし、内部移行のために37℃でそれらを結合させた。細胞を、リソソームの検出のために、抗ヒトIg AF488抗体または抗His/抗マウスIg AF488抗体に次いで、抗LAMP1/抗ウサギIg AF488で共染色した。一価Vは、リソソームに対する共局在なしに、結合した細胞表面に主に残存する最小限の内部移行を示した。多価単一特異性Vは、細胞の内部であるが、リソソームに対して共局在しなかったクラスタの存在により示されるように、内部移行の増大を示した。リソソーム染色により共局在したCD137抗体は、この分子が内部移行されることを示している。 二特異性分子の作用機序。この図面は、CD137および腫瘍特異抗原、例えばPSMAに同時に結合し、腫瘍選択的T細胞アゴニズムをもたらす結合性分子の作用機序を例示したものである。 in vivo実験。DU145 PSMA/hu PBMC移植NCGマウスにおけるHumabody(登録商標)の効果。DU145 PSMA前立腺細胞株を移植したHuPBMC移植NCGマウスからのプール腫瘍容積データ。第4~6群(3匹のhuPBMCドナー、ドナーあたりn=5のマウス)を33~45日目に処置し、第4~6群(3匹のhuPBMCドナー、各群ドナーあたりn=5のマウス)を、9~32日目にPBS(隔週)で、33~45日目に4.1-6GS-1.1-V(MSA)(3mg/kg、毎日)で処置した。第7~9群(3匹のhuPBMCドナー、ドナーあたりn=5のマウス)を、9~32日目に対照抗CD137抗体(3mg/kg、隔週)で処置した。第3群(非hPBMC移植群、n=5のマウス)は、無処置とした。腫瘍移植後46日目に、腫瘍容積を測定した。統計的有意性(マン・ホイットニーのU検定):**=P<0.01、第3群との比較。
本発明の実施形態を以下にさらに詳しく説明する。以下の節では、様々な実施形態を説明する。明らかに反対であることを示していない限り、そのように定義された各々の態様を、他の任意の態様または複数の態様と組み合わせてもよい。
T細胞同時刺激受容体CD137は、免疫応答の重要な制御因子であり、従って、がん療法における重要な標的である。CD137は、活性化T細胞上で誘導され、活性化誘導細胞死(AICD)の防止、細胞周期進行の促進、細胞傷害性ならびにIL-2、IFN-γ、およびTNF-αなどの1型サイトカインの産生の増強、ならびに記憶CD8+T細胞の増加といった、多様な非常に重要な役割を果たす。アゴニスト抗体によるin vivoでのCD137誘発は、腫瘍に対するCD8+T細胞応答を増強する。CD137媒介抗がん効果は、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、およびとりわけ、高量のIFN-γの活性化を誘導するその能力に基づく。CD137/CD137L相互作用は、インフルエンザウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(LCMV)、および単純ヘルペスウイルス(HSV)などのウイルスに対するCD8+T細胞応答の正の制御因子としても考えられている。CD137は、最初のT細胞活性化後のT細胞応答の持続に関与する。
重要なことに、CD137シグナル伝達は、CD137受容体のクラスタ形成を必要とする。そのような多量体化は、三量体CD137リガンドとCD137受容体との相互作用により媒介され、タンパク質のTRAFファミリーなどのシグナル伝達分子の動員をもたらす。これは次に、キナーゼ調節およびNf-KBシグナル伝達経路の活性化をもたらす。転写因子のNF-κBファミリーは、炎症および自然免疫において重要な役割を有する。さらに、NF-κBは、がんの発生および進行の多くの段階における重要なプレーヤーとしてますます認識されている。
本発明者らは、意外にも、単一特異性フォーマットで、すなわち、第2の抗原に特異的な別の部分と連結されることなく、CD137を標的とした場合、CD137に特異的に結合するが、CD137受容体の多量体化を誘導しないシングル可変重鎖ドメイン抗体を同定した。従って、一価または単一特異性フォーマットでの本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体の結合は、CD137シグナル伝達を活性化せず、CD137シグナル伝達をもたらさない。例えば、多特異性、例えば二特異性融合タンパク質としての、第2の抗原に特異的な別の部分とともにシングル可変重鎖ドメイン抗体が提供される場合にのみ、CD137シグナル伝達は活性化され、ここで、本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体は、腫瘍特異抗原に結合する部分、例えば、腫瘍特異抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体と連結されている。
一価分子は、1つの抗原結合部位を有し、単一の標的に結合する。二価分子は、2つの抗原結合部位を有し、単一の標的に結合する。二特異性分子は、2つの異なる標的(抗原)に結合する。三特異性分子は、3つの標的(抗原)などに結合する。
本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体が、第2の部分、例えば、腫瘍特異抗原に特異的に結合する分子とともに、融合タンパク質の一部として提供される場合、第2の標的部分およびCD137の両方に対する二重結合は、CD137受容体の多量体化およびCD137シグナル伝達をもたらす。このように、CD137シグナル伝達の誘導は、両標的、すなわちCD137および腫瘍特異抗原の二重関与を必要とする。これは、腫瘍微小環境における局在したCD137シグナル伝達をもたらす。多特異性分子による両標的の二重関与、例えば同時関与のみが、CD137活性化をもたらす。腫瘍の近傍における標的特異的活性化は、制御できない副作用に至る全身性のCD137作用を回避する。結合性分子は、Fc受容体に対する結合以外の機序を介して、細胞の表面でCD137と効果的に関与し、ひいては、望まれない肝毒性を回避する可能性もある。
一般的に、本明細書に記載される細胞および組織培養、病理学、腫瘍学、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝学ならびにタンパク質化学および核酸化学およびハイブリダイゼーションに関連して使用される命名法、ならびにそれらの技術は、当技術分野で周知であり、当技術分野で一般的に使用される。本開示の方法および技術は、それ以外であることを示していない限り、当技術分野で周知の、ならびに本明細書を通して引用および考察される様々な一般的なおよびより特定の参考文献に記載される通常の方法に従って実施される。例えば、Green and Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 第4版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2012); Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic, Zhiqiang An (編), Wiley, (2009);およびAntibody Engineering, 第2版, 1および2巻, Ontermann and Dubel編, Springer-Verlag, Heidelberg (2010)を参照されたい。
酵素反応および精製技術は、当技術分野で一般的に実施されているように、または本明細書に記載されているように製造元の説明書に従って実施される。本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、ならびに医薬品化学および薬化学に関連して使用される命名法、ならびにその実験手順および技術は、当技術分野で周知であり、一般的に使用されるものである。化学合成、化学分析、薬学的調製、製剤、および送達、ならびに患者の処置に関しては、標準的な技術を使用する。上記の特性を測定するための好適なアッセイも、実施例において説明する。
特に、以下に説明するように、本明細書に記載されるシングルドメイン抗体は、多価フォーマットまたは多特異的フォーマットで使用することができる。このように、本明細書に記載されるシングルドメイン抗体は、多特異性分子のためのビルディングブロックとして使用することができ、本発明はまた、本明細書に記載されるシングルドメイン抗体を含んでなる多機能性の結合性物質(multifunctional binding agent)にも関する。
上記の本発明のシングルドメイン抗体の特性は、治療方法および使用ならびに本明細書に記載される医薬製剤(pharmaceutical formulation)に利用することができる。
本明細書に記載されるシングルドメイン抗体は、野生型ヒトCD137(UniProt受託番号Q07011、GenBank受託番号NM_001561)に特異的に結合する。野生型ヒトCD137に関するアミノ酸配列(配列番号786)およびヌクレオチド配列を以下に示す(配列番号787)。
MGNSCYNIVATLLLVLNFERTRSLQDPCSNCPAGTFCDNNRNQICSPCPPNSFSSAGGQRTCDICRQCKGVFRTRKECSSTSNAECDCTPGFHCLGAGCSMCEQDCKQGQELTKKGCKDCCFGTFNDQKRGICRPWTNCSLDGKSVLVNGTKERDVVCGPSPADLSPGASSVTPPAPAREPGHSPQIISFFLALTSTALLFLLFFLTLRFSVVKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL(配列番号786)
ATGGGAAACAGCTGTTACAACATAGTAGCCACTCTGTTGCTGGTCCTCAACTTTGAGAGGACAAGATCATTGCAGGATCCTTGTAGTAACTGCCCAGCTGGTACATTCTGTGATAATAACAGGAATCAGATTTGCAGTCCCTGTCCTCCAAATAGTTTCTCCAGCGCAGGTGGACAAAGGACCTGTGACATATGCAGGCAGTGTAAAGGTGTTTTCAGGACCAGGAAGGAGTGTTCCTCCACCAGCAATGCAGAGTGTGACTGCACTCCAGGGTTTCACTGCCTGGGGGCAGGATGCAGCATGTGTGAACAGGATTGTAAACAAGGTCAAGAACTGACAAAAAAAGGTTGTAAAGACTGTTGCTTTGGGACATTTAACGATCAGAAACGTGGCATCTGTCGACCCTGGACAAACTGTTCTTTGGATGGAAAGTCTGTGCTTGTGAATGGGACGAAGGAGAGGGACGTGGTCTGTGGACCATCTCCAGCCGACCTCTCTCCGGGAGCATCCTCTGTGACCCCGCCTGCCCCTGCGAGAGAGCCAGGACACTCTCCGCAGATCATCTCCTTCTTTCTTGCGCTGACGTCGACTGCGTTGCTCTTCCTGCTGTTCTTCCTCACGCTCCGTTTCTCTGTTGTTAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGTGA(配列番号787)
それ以外であることを明記していない限り、本明細書において使用される用語CD137は、ヒトCD137を指す。CD137は、「4-1BB」、「TNF受容体スーパーファミリーメンバー9」、「TNFRS9」、「リンパ球活性化により誘導された」および「ILA」としても知られ、これらの用語は、互換的に使用され、ヒトCD137の変異体、アイソフォームを含む。
用語「CD137結合性分子/タンパク質/ポリペプチド/物質(agent)/部分(moiety)」、「CD137抗原結合性分子/タンパク質/ポリペプチド/物質(agent)/部分(moiety)」、「抗CD137シングルドメイン抗体」、「抗CD137シングル免疫グロブリン可変ドメイン」、「抗CD137重鎖のみの抗体(anti-CD137 heavy chain only antibody)」または「抗CD137抗体」は総て、ヒトCD137抗原に特異的に結合することができる分子を指す。結合反応は、例えば無関係な特異性の抗体を使用する陰性対照試験を基準とする標準的な方法によって示され得る。
目的の抗原、例えばヒトCD137に「結合する」または「結合することができる」、本明細書に記載される多特異性、例えば二特異性または三特異性の結合性物質を含む本発明のシングルドメイン抗体または結合性分子は、シングルドメイン抗体が、本明細書に記載される抗原CD137を発現する細胞または組織の標的化において治療剤として有用であるように十分な親和性で抗原に結合する抗体または結合性分子である。結合は、CD137の細胞外ドメインに対するものである。
本明細書に記載されるシングルドメイン抗体および多特異性の結合性物質を含む本発明の結合性分子は、ヒトCD137に特異的に結合する。言い換えれば、CD137抗原に対する結合は、非特異的相互作用とは測定可能に異なる。実施例に証明されているように、本発明のシングルドメイン抗体は、マウスCD137と交叉反応しない。好ましくは、本発明のシングルドメイン抗体は、ヒトCD137に結合し、同様にサル(例えば、カニクイザル)CD137にも結合する。
本明細書に使用される特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド標的上のエピトープに「特異的結合」または「特異的に結合する」、または「特異的である」という用語は、例えば、標的に対するKDが少なくとも約10-6M、あるいは少なくとも約10-7M、あるいは少なくとも約10-8M、あるいは少なくとも約10-9M、あるいは少なくとも約10-10M、あるいは少なくとも約10-11M、あるいは少なくとも約10-12M、またはそれより低い分子によって示され得る。一つの実施形態において、用語「特異的結合」は、分子が、他の任意のポリペプチドまたはポリペプチドエピトープに実質的に結合することなく、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド上のエピトープに結合する場合の結合を指す。
本明細書に使用される用語「抗体」は、4つのポリペプチド鎖、すなわち2つの重(H)鎖および2つの軽(L)鎖で構成される任意の免疫グロブリン(Ig)分子もしくはその抗原結合部分、またはIg分子の本質的なエピトープ結合特徴を保持するその任意の機能的断片、変異体(mutant)、変異体(variant)、もしくは誘導体を広範に指す。
完全長の抗体では、各々の重鎖は、重鎖可変領域またはドメイン(本明細書においてHCVRと省略される)および重鎖定常領域で構成される。重鎖定常領域は、3つのドメイン、すなわちC1、C2、およびC3で構成される。各々の軽鎖は、軽鎖可変領域またはドメイン(本明細書においてLCVRと省略される)および軽鎖定常領域で構成される。軽鎖定常領域は、1つのドメインCで構成される。
重鎖および軽鎖可変領域は、相補性決定領域(CDR)と呼ばれる超可変領域にさらに細分することができ、それらの領域の間にはより保存されたフレームワーク領域(FR)と呼ばれる領域が介在する。各々の重鎖および軽鎖可変領域は、3つのCDRと4つのFRで構成され、これらはアミノ末端からカルボキシ末端へと以下の順序:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4で整列する。
免疫グロブリン分子は、任意のタイプ(例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgA、およびIgY)、クラス(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、およびIgA2)またはサブクラスの分子であり得る。
用語「CDR」は、抗体可変配列内の相補性決定領域を指す。重鎖および軽鎖の可変領域の各々には、可変領域の各々に関してCDR1、CDR2、およびCDR3と呼ばれる3つのCDRが存在する。用語「CDRの組」は、抗原に結合することができる単一の可変領域に存在する3つのCDRの群を指す。これらのCDRの正確な境界は、当技術分野で公知の異なるシステムに従って異なるように定義することができる。
Kabatの相補性決定領域(CDR)は、配列多様性に基づいており、最も一般的に使用される(Kabat et al., (1971) Ann. NY Acad. Sci. 190:382-391およびKabat, et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, 第5版, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242)。Chothiaは、代わりに構造ループの位置を指している(Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987))。Kabatの付番システムは、可変ドメインにおける残基(軽鎖のおよそ1~107位の残基および重鎖の1~113位の残基)を指す場合に一般的に使用される。別のシステムは、ImMunoGeneTics(IMGT)付番スキームである。IMGT付番スキームは、Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol., 29, 185-203 (2005) に記載されている。
本明細書において、Kabatによって記載されるシステムを使用する。用語「Kabat付番」、「Kabat定義」および「Kabat表記」は、本明細書において互換的に使用される。これらの用語は、当技術分野で認識されるように、抗体の重鎖および軽鎖可変領域または抗原結合部分における他のアミノ酸残基より可変(すなわち、超可変)であるアミノ酸残基の付番システムを指す。
キメラ抗体は、1つの種に由来する抗体、好ましくは齧歯類抗体の相補性決定領域(CDR)を含む可変ドメインを含み、抗体分子の定常ドメインがヒト抗体の定常ドメインに由来する組換えタンパク質である。
ヒト化抗体は、1つの種の抗体、例えば齧歯類抗体のCDRが、齧歯類抗体の重鎖および軽鎖可変鎖からヒト重鎖および軽鎖可変ドメイン(例えば、フレームワーク領域配列)に移植されている組換えタンパク質である。抗体分子の定常ドメインは、ヒト抗体のそれに由来する。特定の複数の実施形態において、親(齧歯類)抗体からの限定数のフレームワーク領域アミノ酸残基を、ヒト抗体フレームワーク領域配列に置換してもよい。
用語「抗原結合部位」は、抗原に特異的に結合する領域を含んでなる抗体の一部または抗体断片を指す。抗原結合部位は、1つまたは複数の抗体可変ドメインによって提供され得る。抗原結合部位は、一般的に、抗体または抗体断片における会合したVおよびV内に含まれる。
抗体断片は、抗体の一部、例えば、F(ab’)2、Fab、Fv、scFv、重鎖、軽鎖、可変重(V)鎖ドメイン、可変軽(V)鎖ドメイン、およびその他である。完全長の抗体の機能的断片は、完全長の抗体の標的特異性を保持する。従って、組換えの機能的抗体断片、例えばFab(断片、抗体)、scFv(一本鎖可変鎖断片)、およびシングルドメイン抗体(dAb)は、mAbに基づく治療薬の代替として治療薬を開発するために使用されている。
scFv断片(約25kDa)は、2つの可変ドメイン、VおよびVからなる。天然において、VおよびVドメインは、疎水性相互作用を介して非共有結合により会合し、解離する傾向がある。しかしながら、ドメインを親水性のフレキシブルリンカーに連結して一本鎖Fv(scFv)を作製することによって、安定な断片を工学操作することができる。
最小の抗原結合性断片は、単一の可変断片、すなわち可変重(V)鎖ドメインまたは可変軽(V)鎖ドメインである。VおよびVドメインはそれぞれ、抗原に結合することができる。軽鎖/重鎖パートナーに対する結合はそれぞれ、または実際には完全長の抗体の他の部分の存在は、標的結合にとって必要ではない。サイズが1つのシングルドメイン(VまたはVドメインに対応)に縮小した、抗体の抗原結合性エンティティ(antigen-binding entity)は、一般的に、「シングルドメイン抗体」または「免疫グロブリンシングル可変ドメイン」と呼ぶ。このように、シングルドメイン抗体(約12~15kDa)は、VまたはVドメインのいずれかを有する。軽鎖を天然的に欠如するラクダ化重鎖のみの抗体に由来するシングルドメイン抗体、ならびにヒト重鎖ドメインを有するシングルドメイン抗体が記載されている(Muyldermans 2001, Holliger 2005)。抗原結合性シングルVドメインも、例えば、免疫マウスの脾臓由来のゲノムDNAから増幅され、大腸菌において発現したマウスV遺伝子のライブラリから同定されている(Ward et al., 1989, Nature 341: 544-546)。Wardらは、単離されたシングルVドメインを「dAb」、すなわち「ドメイン抗体」と命名した。用語「dAb」または「sdAb」(すなわち、シングルドメイン抗体)は、一般的に、抗原に特異的に結合するシングル免疫グロブリン可変ドメイン(V、VHHまたはV)ポリペプチドを指す。療法に使用するためには、ヒトシングルドメイン抗体がラクダ由来VHHより好ましく、その主な理由は、ヒトシングルドメイン抗体は、患者に投与した場合、免疫応答を引き起こす可能性が低いからである。
用語「シングルドメイン抗体」、「シングル可変ドメイン抗体」、「シングル可変重鎖ドメイン抗体」、「シングルVドメイン抗体」、「免疫グロブリンシングル可変ドメイン(ISV)」または「免疫グロブリンシングル可変ドメイン抗体」は、総て当技術分野で周知であり、標的抗原に結合する抗体の単一の可変断片を記載する。これらの用語は、本明細書において互換的に使用される。これらの用語、例えば、「シングル重鎖ドメイン抗体」、「シングル可変重鎖ドメイン抗体」、「免疫グロブリンシングル重鎖可変ドメイン」、「単一のVシングルドメイン抗体」、「Vシングルドメイン抗体」、「シングル重鎖ドメイン」、「シングル可変重鎖ドメイン」、「単一のVシングルドメイン」、「Vシングルドメイン」は、軽鎖または他の抗体断片の非存在下で抗原に対する結合特異性を保持する抗体の単一の重鎖可変断片を記載する。従って、本明細書に使用されるシングル可変「重鎖ドメイン抗体、シングル可変重鎖ドメイン、免疫グロブリンシングル重鎖可変ドメイン(ISV)、ヒトVシングルドメイン」などは、完全長の抗体の他の任意の部分を含まないが、抗原結合性Vドメインのみを含んでなり、例えば、それは、Vドメインのみを含み、定常重鎖ドメインを含まず、軽鎖を含まない。シングル可変重鎖ドメイン抗体は、軽鎖の非存在下で抗原に結合することができる。
一つの態様において、本発明は、ヒトCD137に結合する単離されたシングル可変重鎖ドメイン抗体に関する。
以下に説明するように、複数の実施形態は、CD137抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体/免疫グロブリンシングル可変重鎖ドメインに関する。このように、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、軽鎖の非存在下でCD137に結合することができる。ヒトシングル可変重鎖ドメイン抗体(「Vドメイン抗体」)が、特に好ましい。そのような結合性分子はまた、本明細書においてHumabody(登録商標)と呼ばれる。Humabody(登録商標)は、Crescendo Biologics Ltdの登録商標である。
このように、いくつかの実施形態において、単離された結合性物質/分子は、前記ドメインがヒト重鎖可変ドメインである少なくとも1つのシングルドメイン抗体を含んでなるか、またはそれからなり、単離された結合性物質/分子は、VドメインおよびV定常ドメインを欠如し、標的抗原に結合する。他の複数の実施形態において、単離された結合性物質/分子は、2つ以上のシングルドメイン抗体を含んでなるか、またはそれらからなる。
用語「単離された」は、その自然環境から単離された部分を指す。例えば、用語「単離された」は、他のシングルドメイン抗体、抗体または抗体断片を実質的に含まないシングルドメイン抗体を指す。その上、単離されたシングルドメイン抗体は、他の細胞材料および/または化学物質を実質的に含まなくてもよい。
各々のVドメイン抗体は、3つのCDRおよび4つのFRを含んでなり、これらはアミノ末端からカルボキシ末端へと以下の順序:FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4で整列した。このように、本発明の一つの実施形態において、ドメインは、以下の式:FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4を有するヒト可変重鎖(V)ドメインである。
本発明のシングルドメイン抗体に対して、その特性を改善するためにC末端またはN末端Vフレームワーク配列に対する修飾を行ってもよい。例えば、Vドメインは、C末端またはN末端の伸長を含んでなり得る。C末端伸長は、残基VTVSS(配列番号788)で終止するVドメインのC末端に付加することができる。例えば、C末端伸長は、中性非極性アミノ酸、例えばA、L、V、P、M、G、I、FもしくはWまたは中性極性アミノ酸、例えばSもしくはTを含んでなってもよい。C末端伸長はまた、ペプチドリンカーまたはタグ、例えば、式中、n=1~15である(G4S)nリンカー、例えば、配列番号790~797の1つから選択され得る。
一つの実施形態において、本発明のシングルドメイン抗体は、1~50の残基、例えば1~10、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10、1~20、1~30または1~40個の追加のアミノ酸のC末端伸長を含んでなる。一つの実施形態において、本発明のシングルドメイン抗体は、ヒトC1ドメインの追加のアミノ酸を含んでなり、このためC末端はC1ドメイン内に、例えば1~5個のアミノ酸分伸長する。
さらなるC末端またはN末端残基は、例えば、本発明のシングルドメイン抗体を、分子の検出を助ける別の部分またはタグにコンジュゲートするために使用されるペプチドリンカーであり得る。そのようなタグは当技術分野で周知であり、例えばリンカーHisタグ、例えばヘキサHis(HHHHHH、配列番号789)またはmycタグを含む。
本明細書に使用される場合、用語「相同性」または「同一性」は一般的に、配列を整列させた後に、およびいくつかの実施形態においては最大のパーセント相同性を達成するために必要に応じてギャップを導入した後に、いかなる保存的置換も配列同一性の一部として考慮することなく比較される参照ポリペプチドの残基と同一である配列におけるアミノ酸残基の百分率を指す。このように、2つのアミノ酸配列間のパーセント相同性は、2つの配列間のパーセント同一性と同等である。N末端もしくはC末端の伸長、タグ、または挿入はいずれも、同一性または相同性を低減させると解釈すべきではない。アライメントのための方法およびコンピュータープログラムは周知である。2つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、周知の数学的アルゴリズムを使用して決定することができる。
本発明の様々な態様のいくつかの実施形態によれば、本明細書に記載されるシングルドメイン抗体の可変ドメインは、Vドメイン、VHHドメイン、ヒト化VHHドメイン、ラクダ化Vドメインまたは配列改変VもしくはVHHドメインである。一つの実施形態において、本明細書に記載されるシングルドメイン抗体の可変ドメインは、ヒト可変ドメイン(V)である。本明細書に使用される場合、用語シングルVドメイン抗体は、シングルヒト可変重鎖ドメイン抗体をいう。
本明細書に使用される場合、ヒトVドメインは、完全にヒトのまたは実質的に完全にヒトのVドメインを含む。本明細書に使用される場合、用語ヒトVドメインはまた、例えば、WO2016/062990および以下の実施例に記載されるように、特に目的の抗原による免疫に応答して完全にヒトの免疫グロブリン重鎖座を発現するトランスジェニックマウスによって作製される重鎖のみの抗体から単離されるVドメインも含む。一つの実施形態において、ヒトVドメインはまた、ヒトVドメインアミノ酸に由来するもしくは基づく、またはヒトV生殖系列核酸配列から産生されるVドメインも含み得る。このため、用語ヒトVドメインは、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来するまたはそれによってコードされる、例えば、完全ヒトV遺伝子を発現するトランスジェニックマウスにおいて産生される重鎖のみの抗体から得られる可変重鎖領域を含む。いくつかの実施形態において、実質的にヒトのVドメイン、またはヒトVドメインに由来するもしくは基づくVドメインは、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基(例えば、in vitroで、例えばランダムもしくは部位特異的変異誘発によって導入された変異、またはin vivoで体細胞変異によって導入された変異)を含み得る。従って、用語「ヒトVドメイン」は、例えば、配列ライアビリティ(liabilities)を除去するために1つまたは複数のアミノ酸残基が改変されている実質的にヒトのVドメイン、すなわちVドメインも含む。例えば、実質的にヒトのVドメイン、Vドメインは、生殖系列ヒト配列と比較して最大10個、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9もしくは10または最大20個のアミノ酸改変を含み得る。
しかしながら、本明細書に使用される場合の用語「ヒトVドメイン」または「実質的にヒトのVドメイン」は、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖系列に由来するCDR配列がヒトフレームワーク配列に移植されている抗体を含まないと意図される。一つの実施形態において、本明細書に使用される場合の用語「ヒトVドメイン」は、1つまたは複数の既定の残基をラクダ化VHHドメインにおいて見出され得る特定の残基へと変化させるために、Vドメイン配列における既定の位置を選択して既定の位置で1つまたは複数の点突然変異を導入するように、例えば通常の変異誘発法によってin vitroで特に改変されているヒトVドメインであるラクダ化Vドメインを含まないと意図される。
いくつかの実施形態において、シングルドメイン抗体は、ドメインがヒト可変重鎖(V)ドメインであるシングルドメイン抗体である。このように、好ましい複数の実施形態において、本発明は、ヒトCD137に結合する単離されたシングルドメイン抗体であって、ドメインが可変重鎖ドメイン、好ましくはVドメインであり、前記シングルドメイン抗体がヒトCD137に結合する、単離されたシングルドメイン抗体を提供する。
一つの態様において、本発明は、シングル可変重鎖ドメイン抗体(すなわち、1つの結合性エンティティ(binding entity)のみを有する分子である一価の結合性分子)に関し、シングルドメイン抗体は、以下の特性のうち1つまたは複数を示す:
(a)実施例において測定されるKDでヒトCD137に結合する;
(b)CD137を発現する細胞に結合するが、CD137を発現しない細胞には結合しない。これは、実施例6に示されるように測定することができる;
(c)最小限の細胞内部移行を示す。これは、実施例に示されるように測定することができる;
(d)CD137リガンドと細胞の表面に発現したCD137との間の相互作用を阻害する。これは、実施例6に示されるように測定することができる;
(e)T細胞におけるCD137シグナル伝達を活性化しない。これは、実施例に示されるように測定することができる;
(f)CD8+細胞からのIL-2産生を刺激しない。これは、実施例9に示されるように測定することができる;
(g)マウスCD137に結合しない;
(h)実施例に示される良好な安定性を提供する;
(i)レポーター遺伝子活性を増加させず、このため、アゴニストCD137活性を有さない。これは、実施例9に示されるように測定することができる;
(j)カニクイザルCD137に結合する、かつ/または
(k)PSMAに結合するVと連結された場合、in vivoでの腫瘍成長を阻害する。これは、例えば、実施例、例えば実施例10のように測定することができる。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、a)~jkから選択される2つ以上の特徴、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11個の特徴の組合せを有する。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、CD137リガンドと細胞の表面に発現したCD137との間の相互作用を阻害する。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、CD137リガンドと細胞の表面に発現したCD137との間の相互作用を阻害し、また、a、b、c、e~kに記載の特徴のうち1つまたは複数を示す。
例示的な配列の特徴
一つの態様において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表1に示されるシングルドメイン抗体のうちの1つに関して示されるCDR1、CDR2および/またはCDR3を含んでなる。一つの態様において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表1に示されるシングルドメイン抗体のうちの1つに関して示されるCDRの組から選択される一組のCDR1、CDR2またはCDR3を含んでなる。一つの実施形態において、CDR1、CDR2、CDR3は、表1におけるCDRのうちの1つと少なくとも40%、少なくとも75%または少なくとも80%の相同性を有する。一つの態様において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号1もしくはそれと少なくとも40%、少なくとも75%もしくは少なくとも80%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号2もしくはそれと少なくとも40%、少なくとも75%、少なくとも80%もしくは少なくとも90%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号3もしくは少なくとも40%、少なくとも75%、少なくとも80%もしくは少なくとも90%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3、または配列番号5もしくはそれと少なくとも40%、少なくとも75%、少なくとも80%もしくは少なくとも90%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号6もしくはそれと少なくとも40%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号7などを含んでなるCDR3を含んでなる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号309、310および311またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列に示されるCDR1、CDR2またはCDR3を含んでなる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号873、874および875またはそれと少なくとも40%、少なくとも75%、少なくとも80%または少なくとも90%の相同性を有する配列に示されるCDR1、CDR2またはCDR3を含んでなる。CDRは、Kabatに従って定義される。
上記で定義されるおよび一般的に本明細書に定義される配列相同性は、少なくとも40%、50%、60%、70%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトフレームワーク領域を含んでなる。
一つの態様において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表1に示される完全長の配列またはそれと少なくとも50%、60%、70%、80%、90%の相同性を有する配列を含んでなるか、またはそれからなる。例えば、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表1に記載の配列から選択される配列、すなわち配列番号4、8、12、16、20など、またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列を含んでなるか、またはそれからなる完全長の配列を含んでなる。配列相同性は、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、Vシングルドメイン抗体1.1.~1.89もしくは1.90~1.106に関して示されるCDR1、2、および3を含んでなる、または、Vシングルドメイン抗体1.90~1.106(すなわち、配列番号364、368、372、376、380、384、388、392、396、400、404、408、412、416、420もしくは424)に関して示される完全長の配列を含んでなるか、もしくはそれからなる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、V1.78またはその変異体から選択される。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、V1.107~1.114またはそれと少なくとも75%の相同性(例えば、90%もしくは95%)を有する配列から選択されるVシングルドメイン抗体に関して示されるCDR1、2、および3を含んでなる。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表1に示されるV1.107~1.114、すなわち、配列番号852、856、860、864、868、872、876もしくは880またはそれと少なくとも75%の相同性(例えば、90%もしくは95%)を有する配列から選択される。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表1に示されるV1.113またはそれと少なくとも75%、80%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%もしくは99%の配列相同性を有する配列から選択される。
Figure 0007312168000001
Figure 0007312168000002
Figure 0007312168000003
Figure 0007312168000004
Figure 0007312168000005
Figure 0007312168000006
Figure 0007312168000007
Figure 0007312168000008
Figure 0007312168000009
Figure 0007312168000010
Figure 0007312168000011
Figure 0007312168000012
一つの態様において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表2に示されるシングルドメイン抗体のうちの1つに関して示されるCDR1、CDR2もしくはCDR3を含んでなり、または、それと少なくとも40%もしくは75%の相同性を有するCDR1、CDR2、CDR3を含んでなる。例えば、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、配列番号425もしくはそれと少なくとも80%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号426もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号427もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR3、または配列番号429もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR1、配列番号430もしくはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列を含んでなるCDR2、および配列番号431などを含んでなるCDR3を含んでなる。CDRは、Kabatに従って定義される。一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、Vシングルドメイン抗体2.41~2.51に関して示されるCDR1、2、および3を含んでなる、または、Vシングルドメイン抗体2.41~2.51(すなわち、配列番号588、592、596、600、604、608、612、616、もしくは620)に関して示される完全長の配列を含んでなるか、もしくはそれからなる。
配列相同性は、少なくとも40%、50%、60%、70%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、ヒトフレームワーク領域を含んでなる。
一つの実施形態において、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表2に示される完全長の配列またはそれと少なくとも70%の相同性を有する配列を含んでなるか、またはそれからなる。例えば、シングル可変重鎖ドメイン抗体は、表2に示される配列から選択される配列、例えば配列番号428、432、436、440など、またはそれと少なくとも50%の相同性を有する配列を含んでなるか、またはそれからなる完全長の配列を含んでなる。上記の配列相同性は、少なくとも70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%、例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性であり得る。
Figure 0007312168000013
Figure 0007312168000014
Figure 0007312168000015
Figure 0007312168000016
Figure 0007312168000017
Figure 0007312168000018
いくつかの実施形態において、1つまたは複数のアミノ酸置換、欠失、挿入、または他の改変を有する表1または表2に示される上記のシングルVドメイン抗体のいずれかの変異体であり、シングルドメイン抗体の生物機能、すなわち、CD137に対する結合、例えば、CD137に対するCD137Lの結合の遮断を保持しているVシングルドメイン抗体が提供される。このように、変異体Vシングルドメイン抗体の配列を、操作することができる。改変は、ネイティブ配列のシングルVドメイン抗体またはポリペプチドと比較してアミノ酸配列に変化が起こるシングルドメイン抗体またはポリペプチドをコードする1つまたは複数のコドンの1つまたは複数の置換、欠失、または挿入を含み得る。アミノ酸置換は、1つのアミノ酸の、類似の構造および/または化学特性を有する別のアミノ酸への交換、例えばロイシンのセリンへの交換、すなわち保存的アミノ酸交換の結果であり得る。挿入または欠失は、任意選択で約1~25、例えば、1~5、1~10、1~15、1~20アミノ酸、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10アミノ酸の範囲であり得る。配列においてアミノ酸の挿入、欠失、または置換を系統的に作製すること、および得られた変異体を、完全長または成熟ネイティブ配列によって示される活性に関して試験することによって、許容される多様性を決定してもよい。本明細書に記載されるVシングルドメイン抗体の変異体は、非変異体分子と少なくとも75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%の配列相同性を有し、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%もしくは99%、または少なくとも95%、96%、97%、98%もしくは99%の配列相同性を有する。一つの実施形態において、配列番号4、312、428、624、852、856、860、864、868、872、876または880から選択される変異体が提供され、前記変異体は、これらの配列のうちの1つと比較して、1~20、例えば1~10個のアミノ酸置換を有する。
一つの実施形態において、改変は、保存的配列改変である。本明細書において使用される場合、用語「保存的配列改変」は、アミノ酸配列を含む抗体の結合特徴に有意に影響を及ぼさないまたは変化させないアミノ酸改変を指すと意図される。そのような保存的改変は、アミノ酸置換、付加、および欠失を含む。改変は、当技術分野で公知の標準的な技術、例えば部位特異的変異誘発およびPCR媒介変異誘発によって本発明のsdAbに導入することができる。保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基を、類似の側鎖を有するアミノ酸残基と交換する置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーが当技術分野で定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖(例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電極性側鎖(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン)、非極性側鎖(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン)、ベータ分岐側鎖(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、および芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を有するアミノ酸が挙げられる。このように、本発明のシングルドメイン抗体のCDR領域内の1つまたは複数のアミノ酸残基を、同じ側鎖ファミリーからの他のアミノ酸残基と交換することができ、変化した抗体を、本明細書に記載される機能的アッセイを使用して機能(すなわち、CD137結合)の保持に関して試験することができる。
このように、これらのアミノ酸変化は、典型的に、ポリペプチドの生物活性、機能、または他の所望の特性、例えば抗原に対するその親和性またはその特異性を変化させることなく作製することができる。一般的に、ポリペプチドの非必須領域における一アミノ酸置換は、生物活性を実質的に変化させない。さらに、構造または機能が類似であるアミノ酸の置換は、ポリペプチドの生物活性を破壊する可能性がより低い。本明細書に記載されるポリペプチドおよびペプチドを構成するアミノ酸残基の略語、およびこれらのアミノ酸残基の保存的置換を、以下の表3に示す。
Figure 0007312168000019
いくつかの実施形態において、本発明は、非改変のシングルドメイン抗体と比較して、1つまたは複数の配列改変を含んでなり、結合親和性、特異性、熱安定性、発現レベル、エフェクター機能、グリコシル化、低減された免疫原性、または溶解性などの特性の1つまたは複数が改善されている、表1または表2に示される抗体から選択されるシングルドメイン抗体の変異体であるVシングルドメイン抗体を提供する。
当業者は、本明細書に記載される抗原結合性分子を同定する、得る、および最適化するために、in vitroおよびin vivo発現ライブラリを含む異なる方法が存在することを承知しているであろう。これを実施例においてさらに説明する。ディスプレイ(例えば、リボソームおよび/またはファージディスプレイ)および/または変異誘発(例えば、誤りがちな変異誘発)などの、当技術分野で公知の最適化技術を使用することができる。従って、本発明はまた、本明細書に記載のシングルドメイン抗体の配列最適化変異体も含んでなる。
一つの実施形態において、シングルドメイン抗体の免疫原性を減少させる改変を行うことができる。例えば、1つのアプローチは、1つまたは複数のフレームワーク残基を、対応するヒト生殖系列配列に復帰させることである。より具体的には、体細胞変異を受けたシングルドメイン抗体は、シングルドメイン抗体が由来する生殖系列配列とは異なるフレームワーク残基を含んでもよい。そのような残基は、シングルドメイン抗体フレームワーク配列を、シングルドメイン抗体が由来する生殖系列配列と比較することによって同定することができる。一つの実施形態において、総てのフレームワーク配列は生殖系列配列である。
フレームワーク領域配列におけるアミノ酸残基の1つまたは複数を、その生殖系列構成に戻すために、例えば部位特異的変異誘発またはPCR媒介変異誘発によって、体細胞変異を生殖系列配列に「逆変異」させることができる。
別のタイプのフレームワーク改変は、T細胞エピトープを除去するために、フレームワーク領域内の、またはさらに1つもしくは複数のCDR領域内の1つまたは複数の残基を変異させ、それによって抗体の潜在的免疫原性を低減させることを伴う。
さらに別の実施形態において、グリコシル化を改変する。例えば、無グリコシル化抗体(すなわち、抗体はグリコシル化を欠如する)を作製することができる。グリコシル化を、例えば、抗原に対する抗体の親和性を増加させるように変化させることができる。そのような炭水化物改変は、例えば抗体配列内のグリコシル化の1つまたは複数の部位を変化させることによって行うことができる。例えば、それによって1つまたは複数の可変領域フレームワークグリコシル化部位が除去され、それによってその部位でのグリコシル化が除去される1つまたは複数のアミノ酸置換を行うことができる。そのような無グリコシル化は、抗原に対する抗体の親和性を増加させ得る。
一つの実施形態において、1つまたは複数の置換は、CDR1、2または3領域に存在する。例えば、CDR1、2または3における1、2、3、4、5個以上のアミノ酸置換が存在し得る。別の例において、1または2個のアミノ酸欠失が存在する。一つの実施形態において、1つまたは複数の置換は、フレームワーク領域に存在する。例えば、CDR1、2または3における1~10個以上のアミノ酸置換が存在し得る。別の例において、1~10個以上のアミノ酸欠失が存在し得る。
置換の例
一つの実施形態において、変異体は、配列番号4(V1.1)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
・F37V、
・E61V + E65K
・E65K
・V70I
・V79L
・F37V + E61V + E65K + V70I +V79L
・E61V + E65K + V70I +V79L
・F37V + E61V + E65K + V70I + V79L + G55E + D101V + D105I
・F37V + E61V + E65K + V70I +V79LFGL + G55E + D101E + D105I
・E61V + E65K + V70I +V79L + G55E
・E61V + E65K + V70I +V79L + G55E + D105I
・E61V + E65K + V70I +V79L + D54G、E61V + E65K + V70I + V79L + D54E、
・E61V + E65K + V70I + V79L + D101E
・E61V + E65K + V70I +V79L + D101Vまたは
・E61V + E65K + V70I +V79L + G55E + D101V + D105I、E61V + E65K + V70I +V79L + G55E + D101E + D105I
を含んでなる。
一つの実施形態において、変異体は、配列番号4(V1.1)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
a)E61V + E65K + V70I + V79L + G55E + D101→以下のF、L、I、M、V、S、P、T、A、Y、H、Q、K、D、W、R、Gから選択される任意のアミノ酸;
b)E61V + E65K + V70I + V79L + G55E + D105→以下のF、L、M、S、P、T、A、Y、H、Q、N、K、D、E、W、R、Gから選択される任意のアミノ酸、または
c)E61V + E65K + V70I + V79L + G55E、D101→以下のF、L、I、M、V、S、P、T、A、Y、H、Q、K、D、W、R、Gから選択される任意のアミノ酸 + D105→以下のF、L、M、S、P、T、A、Y、H、Q、N、K、D、E、W、R、Gから選択される任意のアミノ酸
を含んでなる。
一つの実施形態において、変異体は、配列番号312(V1.78)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
・Q1E + T25S
・Q1E + S84N
・Q1E + F95Y
・Q1E + T25S + S84N
・Q1E + T25S + F95Y
・Q1E + S84N + F95Y
・Q1E + T25S + S84N + F95Yまたは
・Q1E + T25S + G55E + S84N + F95Y
を含んでなる。
一つの実施形態において、変異体は、配列番号428(V2.1)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
・V20L、
・F37I、
・N85S、
・N95Y、
・V20L + H95Y
・V20L + F37I + N85S + H95Y、V20L + N85S + H95Y、
・V20L + F37I + N85S + H95Y + S101A、
・V20L + F37I + N85S + H95Y + S101Pまたは
・V20L + N85S + H95Y + S101A、V20L + N85S + H95Y +S101A
配列番号624(V2.50)に関する1つもしくは複数の以下の置換またはその組合せ:
・S35T + V48I + I57T + L103M + T104R + T107I
・S35T + A101T + L103V + T104R + T107V
・S35T + V48I + I57T + A101E + L103L + T104W + T107V
・S35T + V48I + L103T + T104R + T107V
・Y32H + S35T + V48I + S52G + S54D + D56A + I58L + A101L + T104P + T107I + N111H
・S35T + A101T + L103V + T104R + T107V + N111S
・A28T + S30T + Y33W + S35T + V48I + G53S + S54D + D56K + I57T + L103M + T104P + T107I + N111Y
・S35T + V48I + L103T + T104R + T107V + N111S
・S35T + V48I + I57T + S101E + T104W + T107V + N111Sまたは
・S35T + V48I + I57T + L103M + T104R + T107I + N111S
を含んでなる。
例示的な特徴
本明細書に記載されるシングルVドメイン抗体は、優れた安定性を示す。さらに、本明細書に記載されるVシングルドメイン抗体は、ヒトCD137に対して特異性を示す。本明細書に記載されるVシングルドメイン抗体はまた、CD137に対するCD137Lの結合も阻害する。
本発明のシングルVドメイン抗体は、好ましくは本明細書において詳しく説明し、実施例で示されるKD、IC50および/またはEC50値を有する。例えば、KDは、少なくとも約0.4nMまたは約3nMであり得る。IC50および/またはEC50値は、実施例で示される通りであり得る。
用語「KD」は、「平衡解離定数」を指し、平衡時の滴定測定で得た値、または解離速度定数(Koff)を結合速度定数(Kon)で除算することによって得た値を指す。「KA」は、親和性定数を指す。結合速度定数、解離速度定数、および平衡解離定数は、抗原に対する抗体の結合親和性を表すために使用される。結合および解離速度定数を決定する方法は、当技術分野で周知である。蛍光ベースの技術を使用することにより、高い感度が得られ、平衡時に生理的緩衝液中で試料を調べることができる。他の実験アプローチおよび機器、例えばBIAcore(登録商標)アッセイを使用することができる。
一つの実施形態において、本明細書に記載される一価シングルVドメイン抗体は、内部移行されないまたは実質的に内部移行されない。内部移行は、実施例のように測定することができる。
例示的な核酸
本発明はさらに、本発明のシングルドメイン抗体をコードする単離された核酸を提供する。核酸は、DNAおよび/またはRNAを含み得る。一つの態様において、本発明は、CDR、例えばCDR3、2つもしくは3つのCDRの組、または上記に示される本発明の完全長シングルVドメイン抗体をコードする核酸を提供する。
一つの態様において、本発明はこのように、表4または表5に示される配列から選択される配列を含んでなるか、またはそれからなる核酸配列にも関する。
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一つの実施形態において、核酸配列は、上記で選択される配列のうちの1つと少なくとも50%の配列相同性を有する。一つの実施形態において、前記配列相同性は、少なくとも70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%である。一つの実施形態において、核酸は、配列番号629、706、881、882、883、884、885、996、887もしくは735のうちの1つまたはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列から選択される。
本発明による核酸は、DNAまたはRNAを含んでなってもよく、完全または部分的に合成または組換えによって産生されてもよい。本明細書に記載されるヌクレオチド配列という言及は、明記された配列を有するDNA分子を包含し、本文がそれ以外であることを必要としていない限り、UがTの代わりに置換されている明記された配列を有するRNA分子を包含する。
さらに、本発明は、上記で定義される少なくとも1つの核酸を含んでなる核酸構築物に関する。構築物は、プラスミド、ベクター、転写または発現カセットの形態であり得る。
本発明はまた、上記の1つまたは複数の核酸構築物を含んでなる単離された組換え宿主細胞にも関する。宿主細胞は、細菌、ウイルス、植物、哺乳動物または他の適した宿主細胞であり得る。一つの実施形態において、細胞は、大腸菌細胞である。別の実施形態において、細胞は酵母細胞である。別の実施形態において、細胞はチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞である。
一つの実施形態において、本明細書に記載される抗CD137シングルドメイン抗体を作製する方法が提供され、方法は、シングルドメイン抗体をコードするポリヌクレオチドの発現にとって適した条件で宿主細胞を培養する工程、およびシングルドメイン抗体を単離する工程を含んでなる。
別の態様において、本発明のCD137シングルドメイン抗体のいずれかと、ヒトCD137上の同じエピトープまたは重複するエピトープにまたはその近くに結合する結合性分子、例えば、抗体、抗体断片または抗体模倣物が提供される(すなわち、CD137に対する結合に関して本発明のシングルドメイン抗体のいずれかと交叉競合する能力を有する抗体。このように、本発明のシングルドメイン抗体は、参照抗体として使用することができる)。いくつかの実施形態において、交叉競合試験のための参照抗体は、シングルドメイン抗体1.1(配列番号4)である。そのような交叉競合抗体は、標準的なCD137結合アッセイにおいて本明細書に記載されるシングルドメイン抗体と交叉競合するその能力に基づいて同定することができる。例えば、BIAcore(登録商標)分析、ELISAアッセイ、またはフローサイトメトリーを使用して、シングルドメイン抗体との交叉競合を証明してもよい。
一つの実施形態において、ヒトCD137に結合することができる結合性物質であって、上記のシングルドメイン抗体のいずれか1つが、競合アッセイにおいて、結合性物質と置換する結合性物質が提供される。一つの実施形態において、前記シングルドメイン抗体は、V1.1(配列番号4)、V1.78(配列番号312)、V1.113(配列番号876)もしくはV2.1(配列番号428)またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列である。いくつかの実施形態において、結合性物質は、抗体、その機能的断片、例えばシングルドメイン抗体、抗体模倣タンパク質またはCD137の天然リガンドを模倣するタンパク質である。別の態様において、ヒトCD137に結合することができる結合性物質であって、結合性物質が、競合アッセイにおいて、上記のシングルドメイン抗体のいずれか1つと置換する結合性物質が提供される。一つの実施形態において、前記シングルドメイン抗体は、V1.1(配列番号4)、V1.78(配列番号312)、V1.113(配列番号876)もしくはV2.1(配列番号428)またはそれと少なくとも75%の相同性を有する配列である。別の態様において、本発明は、ヒトCD137に結合することができる結合性物質であって、結合性物質が、本発明のシングルドメイン抗体と本質的に同じエピトープに結合する結合性物質を提供する。
別の態様において、本発明者らは、本明細書に記載されるVドメインを含んでなる、またはそれと少なくとも70%、80%または90%の相同性を有する単離された重鎖のみの抗体を提供する。重鎖のみの抗体は、本明細書に記載されるヒトV、DおよびJ領域を発現するトランスジェニック哺乳動物から単離され得る。
本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体は、CD137発現細胞および例えば、腫瘍特異抗原を発現する細胞の二重標的を提供する多特異性、例えば二特異性の結合性物質におけるビルディングブロックとして使用することができる。従って、本発明者らは、CD137および第2の抗原、例えば腫瘍特異抗原の二重関与、例えば同時関与のための結合性分子における本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体の使用を提供する。そのような結合性分子は、少なくとも2つの異なる標的に同時に結合する。以下に記載するように、いくつかの実施形態において、CD137発現細胞および例えば、腫瘍特異抗原を発現する細胞の二重標的を提供する結合性物質を作製する方法が提供される。本明細書に記載される、例えば上記のシングル可変重鎖ドメイン抗体をコードする核酸は、リンカーペプチドをコードする核酸に連結され、リンカーペプチドは次に、例えば、腫瘍特異抗原をコードするシングル可変重鎖ドメイン抗体をコードする核酸に連結される。核酸構築物は、宿主細胞、例えば、細菌、哺乳動物または酵母細胞において発現させることができる。
例示的な多特異性の結合性分子
一つの態様において、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、および第2の抗原、例えば腫瘍特異抗原に結合する少なくとも第2の部分を含んでなる結合性分子が提供される。用語 結合性物質および結合性分子は、本明細書において互換的に使用される。結合性分子は、融合タンパク質であってもよい。
一つの実施形態において、少なくとも第2の部分は、例えば抗体、または抗体断片(例えば、Fab、F(ab’)2、Fv、一本鎖Fv断片(scFv)、またはシングルドメイン抗体、例えばVもしくはVHHドメイン)、または抗体模倣タンパク質から選択される結合性分子である。一つの実施形態において、本発明のシングルドメイン抗体は、C2およびC3ドメインの1つまたは両方、および任意選択でヒンジ領域を含んでなる、抗体Fc領域またはその断片に連結させることができる。一つの実施形態において、少なくとも第2の部分は、Vドメインである。
結合性物質は、多特異性、例えば二特異性であり得る。一つの実施形態において、結合性分子は、本明細書に記載されるCD137に結合する第1のVシングルドメイン抗体(V(A))、および別の抗原に結合する第2のVシングルドメイン抗体(V(B))を含んでなり、例えば、以下の式:V(A)-L-V(B)を有する。V(A)は、例えばペプチドリンカーにより、V(B)とコンジュゲートされている、すなわちV(B)と連結されている。Lは、リンカーを表す。
各々のVは、CDRおよびFR領域を含んでなる。このように、結合性分子は、以下の式:FR1(A)-CDR1(A)-FR2(A)-CDR2(A)-FR3(A)-CDR3(A)-FR4(A)-L-FR1(B)-CDR1(B)-FR2(B)-CDR2(BA)-FR3(B)-CDR3(B)-FR4(B)を有し得る。シングルVHドメインAおよびBの順序は特に限定されず、そのため、本発明のポリペプチドにおいて、シングル可変ドメインAはN末端に位置してもよく、シングル可変ドメインBはC末端に位置してもよく、またはその逆であってもよい。
一つの実施形態において、結合性分子は、二特異性である。このように一つの態様において、本発明は、前記シングルドメイン抗体とは異なる結合特異性を有する第2の機能的部分に連結された本明細書に記載されるシングルドメイン抗体を含んでなる二特異性分子に関する。
用語「ペプチドリンカー」は、1つまたは複数のアミノ酸を含んでなるペプチドを指す。ペプチドリンカーは、1~44個のアミノ酸、より詳しくは、2~20個のアミノ酸を含んでなる。ペプチドリンカーは、当技術分野で公知であるか、または本明細書に記載される。好適な非免疫原性リンカーペプチドは、例えば、Gおよび/またはS残基を含むリンカー、(G4S)n、(SG4)nまたはG4(SG4)nペプチドリンカーであり、式中、「n」は、一般的に、1~10の間の数字、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10である。一つの実施形態において、ペプチドは、例えば、GGGGS(配列番号790)、GGGGSGGGGS(配列番号791)、SGGGGSGGGG(配列番号792)、GGGGSGGGGSGGGG(配列番号793)、GSGSGSGS(配列番号794)、GGSGSGSG(配列番号795)、GGSGSG(配列番号796)およびGGSG(配列番号797)からなる群から選択される。
一つの実施形態において、第2の部分は、腫瘍特異抗原に結合する。一つの実施形態において、
a)本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、および
b)腫瘍特異抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体
を含んでなる結合性分子が提供される。
本明細書に使用される腫瘍特異抗原は、限定されるものではないが、PSMA、Her2、CD123、CD19、CD20、CD22、CD23、CD74、BCMA、CD30、CD33、CD52、EGRF、CECAM6、CAXII、CD24、CEA、メソセリン、cMet、TAG72、MUC1、MUC16、STEAP、EphvIII、FAP、GD2、IL-13Ra2、L1-CAM、PSCA、GPC3、Her3、gpA33、5T4およびROR1を含む一覧から選択され得る。CD137およびPSMAに結合する例示的な結合性分子を、実施例に示す。
一つの態様において、本発明は、腫瘍特異抗原に結合する別の部分と連結された本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、例えば、腫瘍特異抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子に関し、結合性分子は、以下の特性のうち1つまたは複数を示す:
(a)実施例において測定されるKDでヒトCD137に結合する;
(b)ヒトCD137リガンドと細胞CD137リガンドの表面に発現したヒトCD137との間の相互作用を阻害する。これは、実施例6に示されるように測定することができる。
(c)マウスCD137に結合しない;
(d)CD137を発現する細胞に結合するが、CD137を発現しない細胞には結合しない。これは、実施例6に示されるように測定することができる;
(e)レポーター遺伝子活性を増加させる。これは、実施例9に示されるように測定することができる。
(f)実施例10に示されるように、in vivoでの腫瘍細胞成長を阻害する;
(g)CD8+T細胞増殖を促進する;
(h)細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の活性化を誘導する;
(i)CD8+細胞からのIL-2産生を刺激する。これは、実施例9に示されるように測定することができる;
(j)腫瘍特異的T細胞活性化を誘導する;
(k)実施例において測定されるように、T細胞におけるCD137シグナル伝達を活性化する;
(l)活性化誘導細胞死を阻害する;
(m)T細胞生存を増強する;
(n)全身性のT細胞活性化を制限する;
(o)T細胞の細胞傷害性エフェクター機能を増強する;
(p)腫瘍抗原陽性腫瘍における抗腫瘍細胞の局所活性化を促進する;
(q)CD137陽性NK細胞活性化を介した抗体依存性細胞傷害性を増強する;
(r)腫瘍特異抗原に結合する部分に連結された場合、CD137および腫瘍特異抗原、例えばPSMAに同時に結合する;
(s)カニクイザルCD137に結合する;
(t)T-reg細胞の制御因子機能を逆転させる;
(u)NK細胞を活性化する;
(v)T細胞を腫瘍細胞に動員する。
一つの実施形態において、結合性分子は、上記の特性のうち2つ以上、例えば、特性の任意の組合せを含む、上記の一覧から選択される2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20もしくは21個の特性または総ての特性の組合せを示す。
一つの実施形態において、結合性分子は、腫瘍特異抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体と連結されたCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる融合タンパク質である。リンカーは、例えばGS残基を有するペプチドリンカー、例えば(Gly4Ser)nであり、式中、n=1~10、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10である。そのようなリンカーの例は、上記の通りである。CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、そのNまたはC末端を介して他のポリペプチドに連結させることができる。
上記の融合タンパク質は、エフェクター細胞の表面上のCD137および腫瘍細胞の細胞表面に提示された腫瘍特異抗原に同時結合することができる。
二重結合、例えば同時結合は、CD137受容体の多量体化をもたらし、それにより、CD137シグナル伝達が生じる。これは、T細胞活性化をもたらす。いくつかの実施形態において、2つの標的の同時関与、すなわち、それらの標的に対する同時結合は、腫瘍抗原特異的エフェクター細胞活性化をもたらし、腫瘍細胞死滅をもたらす。
いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、一価シングル重鎖ドメイン抗体がCD137に結合するEC50値と少なくとも類似する、匹敵するまたは同等のEC50値で、CD137に結合することができる。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、実施例に示されるEC50値でCD137に結合する。
いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、本質的に実施例に記載の通りに、機能的T細胞活性化におけるT細胞応答を同時刺激することができ得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される融合タンパク質は、機能的T細胞活性化におけるIL-2および/またはIFNγの分泌ならびにT細胞増殖を誘導することができ得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される融合ポリペプチドもまた、標的腫瘍、すなわち、融合タンパク質が結合する腫瘍抗原に対して陽性である細胞の近傍でIL-2および/またはIFNγの分泌を局所誘導することができる。
いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、CD137発現細胞および腫瘍抗原発現細胞の二重標的を介した相乗作用をもたらすことができ得る。
別の態様において、本明細書に記載される融合タンパク質をコードする核酸が提供される。そのような核酸を含んでなるベクターおよびそのようなベクターを発現する宿主細胞も提供される。
一つの実施形態において、本明細書に記載される結合性分子は、実施例に示される方法に従って測定された約0.4nMまたは約3nMのKDでCD137に結合する。結合は、実施例のように測定することができる。
腫瘍の微小環境におけるCD137および腫瘍関連抗原の同時標的は、抗腫瘍活性を増強し、腫瘍成長を低減し得る。さらに、CD137シグナル伝達を局所で誘発することにより、副作用が低減され得る。
CD137シグナル伝達は、TRAFファミリーメンバーの動員およびキナーゼの活性化をもたらす。T細胞媒介シグナル伝達は、CD8+細胞を活性化誘導死から保護する。
T細胞を同時刺激するための本明細書に記載される融合タンパク質の使用も提供される。
例示的な改変
一つの実施形態において、上記のシングルドメイン抗体または結合性物質は、さらなる結合性分子を含んでなる。このように、結合性物質は、例えば、三特異性または四特異性であり得る。さらなる特異性も同様に想像される。上記の分子の任意の組合せを、多特異性の結合性物質、例えば本明細書に記載されるCD137に結合するシングルドメイン抗体ならびに第2および第3の結合特異性を含む三特異性の結合性物質において作製することができる。
一つの実施形態において、結合性分子は、本明細書に記載されるCD137に結合する第1のVシングルドメイン抗体(V(A))、および各々が別の抗原に結合する第2、第3、第4、第5などの部分を含んでなる。この部分は、別の抗原に結合するVシングルドメイン抗体(V(B)、V(C)、V(D)、V(E))であり得、例えば、結合性物質は、以下の式:V(A)-L-V(B)-L-V(X)nを有し、式中、Xは、標的V(A)およびVH(B)が結合する以外の標的に結合するVを表し、式中、nは、1~10、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10である。Lは、リンカー、例えばペプチドリンカーを表す。リンカーは、上記のように、GS残基を有するペプチドリンカー、例えば(Gly4Ser)nであり得る。一つの実施形態において、Vドメインの順序は逆にされる。言い換えれば、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、そのCまたはN末端を介して別のエンティティ(entity)と連結されている。
別の実施形態において、さらなる部分は、結合性分子の半減期を延長させるように作用し得る。さらなる部分は、血清アルブミン、例えばヒト血清アルブミン(HSA)またはマウス血清アルブミン(MSA)に結合するタンパク質、例えば抗体またはその一部を含んでなり得る。さらなる部分は、例えば配列番号901に示される、血清アルブミン、例えばヒト血清アルブミン(HSA)またはマウス血清アルブミン(MSA)に結合するVドメインを含んでなり得る。
さらなる部分は、血清アルブミン、例えばヒト血清アルブミン(HSA)またはその変異体、例えばHSA C34Sを含んでなり得る。さらに、例えばVHドメインがFcドメインに融合されている、本明細書に記載されるVドメインおよびFcドメインを含んでなる本明細書に記載される結合性分子も提供される。さらに、第2の抗原に特異的に結合する第2の可変ドメインを含んでなる結合性分子も提供され、第2の抗原はヒトCD137以外の抗原である。第2の抗原は、白血球分化抗原(CD)分子または主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスII分子であり得る。
一つの実施形態において、抗CD137シングルドメイン抗体または多価の結合性物質は、検出可能な標識または機能的標識によって標識される。標識は、フルオロフォア、蛍光剤、放射標識、酵素、化学発光剤、核磁気共鳴活性標識、または光感作剤を含むがこれらに限定されない、シグナルを産生するまたは産生するように誘導することができる任意の分子であり得る。このように、結合は、蛍光もしくは発光、放射活性、酵素活性、または吸光を検出することによって検出および/または測定してもよい。
さらに他の複数の実施形態において、抗CD137シングルドメイン抗体または多価の結合性物質は、少なくとも1つの治療部分(therapeutic moiety)、例えば薬物、酵素、または毒素にカップリングされる。一つの実施形態において、治療部分は、毒素、例えば細胞傷害性放射性核種、化学毒素、またはタンパク質毒素である。
別の態様において、本発明の抗CD137シングルドメイン抗体または多価の結合性物質は、例えば化学改変、特にPEG化によって、またはリポソームへの取り込みによって、または血清アルブミンタンパク質を使用することによって、半減期を増加させるように改変される。半減期の増加は、分子を抗体断片、例えば半減期を増加させるVドメインとコンジュゲートすることによって、与えることもできる。
本明細書に使用される場合の用語「半減期」は、例えば、配列もしくは化合物の分解、および/または天然の機序による配列もしくは化合物の排除または隔離のために、アミノ酸配列、化合物またはポリペプチドの血清中濃度がin vivoで50%減少するのに要する時間を指す。半減期は、本発明の対応するVシングルドメイン抗体の半減期より少なくとも1.5倍、好ましくは少なくとも2倍、例えば少なくとも5倍、例えば少なくとも10倍、または20倍超増加させてもよい。例えば、半減期の増加は、本発明の対応するVシングルドメイン抗体または融合タンパク質と比較して1時間超、好ましくは2時間超、より好ましくは6時間超、例えば12時間超、またはさらに24、48、または72時間超であり得る。本発明のアミノ酸配列、化合物またはポリペプチドのin vivo半減期は、それ自体公知の任意の様式で、例えば薬物動態解析によって決定することができる。適した技術は、当業者に明らかであろう。半減期は、例えば、パラメーター、例えばt1/2アルファ、t1/2ベータ、および曲線下面積(AUC)を使用して表すことができる。
上記の多価の結合性物質および融合タンパク質を生成するために、2つ以上のポリペプチドをリンカー、例えばポリペプチドリンカーによって接続することができる。適したリンカーには、例えばGS残基を有するリンカー、例えば(Gly4Ser)nが挙げられ、式中、n=1~10、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10である。
シングルドメイン抗体を作製する例示的な方法
本明細書に記載されるシングルドメイン抗体は、CD137抗原による刺激時に重鎖のみの抗体を発現するトランスジェニック哺乳動物、例えば齧歯類から得ることができる。トランスジェニック齧歯類、例えばマウスは、好ましくは内因性の抗体遺伝子を発現する許容量が低減されている。このように、一つの実施形態において、齧歯類は、内因性の軽鎖および/または重鎖抗体遺伝子を発現する許容量が低減されている。従って、齧歯類、例えばマウスは、例えば以下に詳しく説明するように、機能的な軽鎖および/または重鎖が産生されないように、内因性のカッパおよびラムダ軽鎖ならびに/または重鎖抗体遺伝子の発現を妨害する改変を含んでなり得る。
一つの態様はまた、ヒトCD137に結合することができるヒト重鎖のみの抗体を産生する方法であって、
a)トランスジェニック齧歯類、例えばマウスをCD137抗原によって免疫する工程であって、前記齧歯類が、再構成されていないヒト重鎖V遺伝子を含んでなる核酸構築物を発現し、機能的な内因性の軽鎖または重鎖を作製することができない工程、
b)ヒト重鎖のみの抗体を単離する工程
を含んでなる方法にも関する。
さらなる工程は、例えば、前記齧歯類、例えばマウスからVドメイン配列を含んでなる配列のライブラリを生成する工程によって、および前記ライブラリからVドメイン配列を含んでなる配列を単離する工程によって、前記重鎖のみの抗体からVドメインを単離する工程を含み得る。
別の態様はまた、ヒトCD137に結合することができるシングルVドメイン抗体を産生する方法であって、
a)トランスジェニック齧歯類をCD137抗原によって免疫する工程であって、前記齧歯類、例えばマウスが、再構成されていないヒト重鎖V遺伝子を含んでなる核酸構築物を発現し、機能的な内因性の軽鎖または重鎖を作製することができない工程、
b)前記齧歯類、例えばマウスからVドメイン配列を含んでなる配列のライブラリを生成する工程、および
c)前記ライブラリからVドメイン配列を含んでなる配列を単離する工程
を含んでなる方法にも関する。
さらなる工程は、例えば実施例に示される機能的アッセイを使用することによって、ヒトCD137に結合するシングルVドメイン抗体または重鎖のみの抗体を同定する工程を含み得る。
本明細書に記載されるポリペプチド、核酸、宿主細胞、産物、および組成物を、in vitro発現ライブラリを使用して調製または生成する方法は、以下の工程:
a)アミノ酸配列をコードする核酸配列の組、コレクション、またはライブラリを提供する工程;および
b)CD137に結合することができる/CD137に対して親和性を有するアミノ酸配列に関して、前記組、コレクション、またはライブラリをスクリーニングする工程;および
c)CD137に結合することができる/CD137に対して親和性を有するアミノ酸配列(複数)を単離する工程
を含んでなり得る。
上記の方法において、アミノ酸配列の組、コレクション、またはライブラリは、例えばスクリーニングを容易にするために、ファージ、ファージミド、リボソーム、または適した微生物(例えば、酵母)上に提示され得る。アミノ酸配列(の組、コレクション、またはライブラリ)を提示およびスクリーニングするための適した方法、技術、および宿主生物は、当業者に明らかである(例えば、Phage Display of Peptides and Proteins: A Laboratory Manual, Academic Press;第1版(10月28日, 1996年) Brian K. Kay, Jill Winter, John McCaffertyを参照されたい)。
ライブラリ、例えばファージライブラリは、抗原特異的な重鎖のみの抗体を発現する細胞または組織を単離する工程、単離された細胞または組織に由来するmRNAからVドメイン(複数)をコードする配列をクローニングする工程、およびライブラリを使用してコードされるタンパク質を提示する工程によって生成される。Vドメイン(複数)は、細菌、酵母、または他の発現系において発現させることができる。
別の態様はまた、単離されたVシングルドメイン抗体、またはヒトV生殖系列配列のアミノ酸産物を含んでなる、もしくはヒトV生殖系列配列に由来する、CD137に結合するVドメインを含んでなる単離された重鎖のみの抗体にも関する。重鎖のみの抗体は、完全なヒト配列であってもよく、またはマウス配列を含んでなってもよい。
本明細書に記載の様々な態様および実施形態において、齧歯類という用語は、マウスまたはラットに関連し得る。一つの実施形態において、齧歯類はマウスである。マウスは、非機能的な内因性のラムダ軽鎖座を含み得る。このように、マウスは、機能的な内因性のラムダ軽鎖を作製しない。一つの実施形態において、ラムダ軽鎖座を、部分的もしくは完全に欠失させるか、または挿入、逆位、組換え事象(recombination event)、遺伝子編集、もしくは遺伝子サイレンシングを通して非機能的にする。例えば、少なくとも定常領域遺伝子C1、C2、およびC3を欠失させてもよく、または上記の挿入もしくは他の改変を通して非機能的にしてもよい。一つの実施形態において、マウスが機能的なラムダ軽鎖を作製しないように、座を機能的に沈黙化させる。
さらに、マウスは、非機能的な内因性のカッパ軽鎖座を含んでなり得る。このように、マウスは、機能的な内因性のカッパ軽鎖を作製しない。一つの実施形態において、カッパ軽鎖座を、部分的もしくは完全に欠失させるか、または挿入、逆位、組換え事象、遺伝子編集、もしくは遺伝子サイレンシングを通して非機能的にする。一つの実施形態において、マウスが機能的なカッパ軽鎖を作製しないように、座を機能的に沈黙化させる。
機能的に沈黙化した内因性のラムダおよびカッパL鎖座を有するマウスは、例えばその全体が参照により本明細書に組み込まれているWO2003/000737に開示されるように作製してもよい。
さらに、マウスは、非機能的な内因性の重鎖座を含んでなり得る。このように、マウスは、機能的な内因性の重鎖を作製しない。一つの実施形態において、重鎖座を、部分的もしくは完全に欠失させるか、または挿入、逆位、組換え事象、遺伝子編集、もしくは遺伝子サイレンシングを通して非機能的にする。一つの実施形態において、マウスが機能的な重鎖を作製しないように、座を機能的に沈黙化させる。
例えば、WO2004/076618(その全体が参照により本明細書に組み込まれている)に記載されているように、8個総ての内因性の重鎖定常領域免疫グロブリン遺伝子(μ、δ、γ3、γ1、γ2a、γ2b、ε、およびα)がマウスにおいて存在しないか、もしくはそれらが非機能的となる程度に部分的に存在せず、または遺伝子δ、γ3、γ1、γ2a、γ2bおよびεは存在しないが、隣接する遺伝子μおよびαは、それらが非機能的となる程度に部分的に存在せず、または遺伝子μ、δ、γ3、γ1、γ2a、γ2b、およびεは存在しないが、αはそれが非機能的となる程度に部分的に存在せず、またはδ、γ3、γ1、γ2a、γ2b、ε、およびαは存在しないが、μはそれが非機能的となる程度に部分的に存在しない。部分的に欠失させるとは、内因性の座の遺伝子配列が、機能的な内因性の遺伝子産物が座によってコードされない程度に、すなわち機能的産物が座から発現されないように、欠失しているかまたは例えば挿入によって破壊されていることを意味する。別の実施形態において、座は機能的に沈黙化している。
一つの実施形態において、マウスは、非機能的な内因性の重鎖座、非機能的な内因性のラムダ軽鎖座、および非機能的な内因性のカッパ軽鎖座を含んでなる。従って、マウスは、いかなる機能的な内因性の軽鎖または重鎖も産生しない。このように、マウスはトリプルノックアウト(TKO)マウスである。
トランスジェニックマウスは、異種の、好ましくはヒトの重鎖座を発現させるためのベクター、例えば酵母人工染色体(YAC)を含んでなり得る。YACは、酵母において非常に大きいDNAインサートをクローニングするために使用することができるベクターである。天然の酵母染色体のような挙動を示すために必須の3つ総てのシス作用型構造エレメント(自律複製配列(ARS)、セントロメア(CEN)、および2つのテロメア(TEL))を含んでなることに加えて、大きいDNAインサートを許容できることにより、それらは、染色体様の安定性にとって、および酵母細胞における伝播の正確性にとって必要な最小サイズ(150kb)に到達することができる。YACの構築および使用は、当技術分野で周知である(例えば、Bruschi, C.V. and Gjuracic, K. Yeast Artificial Chromosomes, Encyclopedia of Life Sciences, 2002 Macmillan Publishers Ltd, Nature Publishing Group)。
例えば、YACは、C1ドメイン、マウスエンハンサー、および調節領域を欠如するマウス免疫グロブリン定常領域遺伝子と組み合わせて、再構成されていない過剰なヒトV、D、およびJ遺伝子を含んでなり得る。ヒトV、D、およびJ遺伝子は、ヒトV、D、およびJ座であり、それらは完全にヒトである再構成されていない遺伝子である。
当技術分野で公知の代替方法を、内因性のマウスまたはラット免疫グロブリン遺伝子の欠失または不活化のために、およびC1ドメイン、マウスエンハンサー、および調節領域を欠如するマウス免疫グロブリン定常領域遺伝子と組み合わせて、ヒトV、D、およびJ遺伝子の導入のために使用してもよい。
トランスジェニックマウスは、実施例に例証するように標準的な技術に従って作製することができる。トランスジェニックマウスを作製するための2つの最も特徴付けられた経路は、新鮮な受精卵母細胞の前核への遺伝子材料のマイクロインジェクションを介して、または安定にトランスフェクトした胚性幹細胞を桑実胚もしくは胚盤胞期の胚に導入することを介して行われる。遺伝子材料を導入する方法にかかわらず、操作された胚は、偽妊娠雌性レシピエントに移入され、そこで妊娠を継続させて、候補となるトランスジェニック子孫を産まれさせる。
これらの広範な方法の間の主な差は、ESクローンを、使用前に広範にスクリーニングして、トランスジェニック動物を作製することができる点である。これに対し、前核マイクロインジェクションは、その導入後の宿主ゲノムに遺伝子材料が組み込まれることに依存しており、一般的に、トランスジーンの取り込みの成功は、子孫が産まれるまで確認することができない。
トランスジーンの取り込みの成功が起こるか否かを補助および決定するために当技術分野で公知の多くの方法が存在する。トランスジェニック動物は、ゲノムへの構築物のランダムな組み込み、部位特異的組み込み、または相同組換えを含む複数の手段によって作製することができる。薬物抵抗性マーカー(ポジティブ選択)、リコンビナーゼ、組換え媒介カセット交換、ネガティブ選択技術、および組換え効率を改善するためのヌクレアーゼの使用を含む、トランスジーンの組み込みおよびその後の改変を促進および選択するために使用することができる様々なツールおよび技術が存在する。これらの方法のほとんどがES細胞の改変において一般的に使用されている。しかしながら、技術の一部は、前核注射を介して媒介される遺伝子導入を増強するために有用性を有し得る。
さらなる精密化を使用して、所望のバックグラウンド内でトランスジェニック系統をより効率的に生成することができる。上記のように、好ましい複数の実施形態において、内因性のマウス免疫グロブリン発現を沈黙化させて、薬物探索のために利用することができる重鎖のみのレパートリーを発現させるために、導入されたトランスジーンのみを使用することができるようにする。遺伝子操作されたマウス、例えば総ての内因性の免疫グロブリン座(マウス重鎖、マウスカッパ鎖、およびマウスラムダ鎖)を沈黙化させたTKOマウスを、上記のように使用することができる。導入された任意のトランスジーンのこのTKOバックグラウンドへの移入は、通常の交配、またはプロセスを効率的に拡大させるためにIVF工程を含めることによる交配のいずれかによって行うことができる。しかしながら、同様に、遺伝子導入手順の際にTKOバックグラウンドを含めることも可能である。例えば、マイクロインジェクションの場合、卵母細胞はTKOドナーに由来してもよい。同様に、TKO胚からのES細胞を、遺伝子導入において使用するために誘導することができる。
免疫グロブリン座を発現するようにトランスジーンが導入されているトリプルノックアウトマウスを、本明細書においてTKO/Tgと呼ぶ。
一つの実施形態において、マウスはWO2016/062990に記載されている通りである。
本発明はまた、齧歯類、好ましくはヒト重鎖座を発現し、CD137抗原によって免疫されているマウスにも関する。本発明はまた、上記の齧歯類、好ましくはヒトCD137に結合するヒトVドメインを含んでなる重鎖のみの抗体を発現するマウスにも関する。好ましくは、前記齧歯類は、機能的な内因性のカッパおよびラムダ軽鎖ならびに/または重鎖を作製することができない。ヒト重鎖座は、上記の通りであり得るトランスジーン上に位置する。
本発明はまた、ヒトVドメインを含んでなる、またはヒトCD137抗原によって免疫し、ヒト重鎖座を発現する齧歯類、好ましくはマウスから得られるもしくは得ることができる抗ヒトCD137シングルVドメイン抗体または抗ヒトCD137重鎖のみの抗体にも関する。好ましくは、前記齧歯類は、機能的な内因性のカッパおよびラムダ軽鎖ならびに/または重鎖を作製することができない。ヒト重鎖座は、上記の通りであり得るトランスジーン上に位置する。
例示的な治療応用
一つの態様において、本発明者らは、抗がん剤または免疫調節剤として使用するための、本明細書に記載されるシングル可変重鎖ドメイン抗体および本明細書に記載される結合性物質を提供する。
別の態様において、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる、または本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、および任意選択で薬学的に許容される担体を含んでなる医薬組成物が提供される。本発明のシングルドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子もしくは組成物、または医薬組成物は、経口、局所表面、非経口、舌下、直腸、膣、眼、鼻腔内、肺、皮内、硝子体内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、脳内、経皮、経粘膜、吸入、または特に耳、鼻、眼、もしくは皮膚への局所表面、または吸入を含むがこれらに限定されない任意の通常の経路によって投与することができる。
非経口投与には、例えば、静脈内、筋肉内、動脈内、腹腔内、鼻腔内、直腸内、膀胱内、皮内、局所表面、または皮下投与が挙げられる。好ましくは、組成物は非経口投与される。
薬学的に許容される担体または媒体は、微粒子であり得て、そのため、組成物は例えば錠剤または散剤形態である。用語「担体」は、それとともに本発明の薬物抗体コンジュゲートが投与される希釈剤、アジュバント、または賦形剤を指す。そのような薬学的担体は、液体、例えば水、ならびに石油、動物、植物、もしくは合成起源の油を含む油、例えば、落花生油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油、およびその他であり得る。担体は、食塩水、アカシアゴム、ゼラチン、デンプンペースト、タルク、ケラチン、コロイド状シリカ、尿素、およびその他であり得る。加えて、補助剤、安定剤、濃化剤、潤滑剤、および着色剤を使用することができる。一つの実施形態において、動物に投与する場合、本発明のシングルドメイン抗体または組成物および薬学的に許容される担体は無菌的である。水は、本発明の薬物抗体コンジュゲートを静脈内投与する場合の好ましい担体である。食塩水溶液およびデキストロース水溶液およびグリセロール水溶液もまた、液体担体として、特に注射可能溶液として使用することができる。適した薬学的担体はまた、賦形剤、例えばデンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、コメ、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノール、およびその他を含む。本発明の組成物は、望ましければ、微量の湿潤剤もしくは乳化剤、またはpH緩衝剤を含み得る。
本発明の医薬組成物は、液体、例えば溶液、乳剤、または懸濁剤の形態であり得る。液体は、注射、輸注(例えば、IV輸注)、または皮下による送達にとって有用であり得る。
経口投与のために意図される場合、組成物は好ましくは固体または液体形態であり、半固体、半液体、懸濁剤、およびゲル形態は、本明細書において固体または液体のいずれかであると考えられる形態に含まれる。
経口投与のための固体組成物として、組成物を、散剤、顆粒剤、圧縮錠、丸剤、カプセル剤、チューインガム、カシェ剤、または類似の形態に製剤化することができる。そのような固体組成物は典型的に、1つまたは複数の不活性な希釈剤を含む。加えて、以下のうちの1つまたは複数が存在し得る:結合剤、例えばカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、結晶セルロース、またはゼラチン;賦形剤、例えばデンプン、ラクトース、またはデキストリン;崩壊剤、例えばアルギン酸、アルギン酸ナトリウム、コーンスターチ、およびその他;潤滑剤、例えばステアリン酸マグネシウム;滑剤、例えばコロイド状二酸化ケイ素;甘味剤、例えばスクロースまたはサッカリン;香味剤、例えばペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香料;ならびに着色剤。組成物がカプセル剤(例えば、ゼラチンカプセル)の形態である場合、これは、上記のタイプの材料に加えて、液体担体、例えばポリエチレングリコール、シクロデキストリン、または脂肪油を含み得る。
組成物は、液体、例えばエリキシル剤、シロップ剤、液剤、乳剤、または懸濁剤の形態であり得る。液体は、経口投与または注射による送達にとって有用であり得る。経口投与が意図される場合、組成物は、甘味剤、保存剤、色素/着色剤、および香味増強剤のうちの1つまたは複数を含んでなり得る。注射による投与のための組成物では、界面活性剤、保存剤、湿潤剤、分散剤、懸濁剤、緩衝剤、安定剤、および等張剤のうちの1つまたは複数も同様に含めることができる。
組成物は、1つまたは複数の投与単位の形態をとり得る。
特定の複数の実施形態において、処置を必要とする領域に組成物を局所投与するか、または注射、静脈内注射もしくは輸注によって組成物を投与することが望ましい場合がある。一つの実施形態において、組成物は、注射ペンを含むデバイスの一部である。組成物は、プレフィルドシリンジまたは他の自己投与デバイスとして提供されてもよい。
特定の障害または状態の処置において有効/活性である療法の量は、障害または状態の性質に依存し、標準的な臨床技術によって決定することができる。加えて、最適な投与量範囲を同定するために役立つように、in vitroまたはin vivoアッセイを任意選択で使用することができる。組成物に使用される正確な用量もまた、投与経路および疾患または障害の重篤度に依存し、医師の判断および各々の患者の状況に従って決定すべきである。年齢、体重、性別、食事、投与時間、排泄速度、宿主の状態、薬物の組合せ、反応感度、および疾患の重症度のような要因を考慮に入れるべきである。
典型的に、量は、組成物の少なくとも約0.01重量%の本発明のシングルドメイン抗体である。経口投与が意図される場合、この量は、組成物の約0.1重量%~約80重量%の範囲に変化し得る。好ましい経口組成物は、組成物の約4重量%~約50重量%の本発明のシングルドメイン抗体を含んでなり得る。
本発明の好ましい組成物は、非経口用量単位が本発明のシングルドメイン抗体の約0.01重量%~約2重量%を含むように調製される。
注射による投与に関して、組成物は、典型的に対象の体重の約0.1mg/kg~約250mg/kg、好ましくは動物の体重の約0.1mg/kg~約20mg/kgの間、およびより好ましくは動物の体重の約1mg/kg~約10mg/kgを含んでなり得る。一つの実施形態において、組成物は、約1~30mg/kg、例えば約5~25mg/kg、約10~20mg/kg、約1~5mg/kg、または約3mg/kgの用量で投与される。投与スケジュールは、例えば1週間に1回から2、3、または4週間に1回まで異なり得る。
本発明は、哺乳動物、例えばヒト患者におけるCD137媒介疾患または障害を処置する方法であって、それを必要とする哺乳動物に、有効量の本発明の抗体を投与する工程を含んでなる方法を提供する。特に、本発明はさらに、がん、免疫障害、神経疾患、炎症障害、アレルギー、移植拒絶反応、ウイルス感染症、免疫不全、および他の免疫系関連障害から選択される障害の予防および/または処置のための方法であって、それを必要とする対象に、薬学的有効量(pharmaceutically active amount)の、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体もしくは本発明の医薬組成物を含んでなる結合性分子組成物、または本発明の医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法に関する。
本明細書において使用される場合、「処置する」、「処置している」、または「処置」は、疾患または障害を阻害または軽減することを意味する。例えば、処置は、疾患または障害に関連する症状の発生の延期、および/または前記疾患とともに発生するまたは発生すると予想されるそのような症状の重症度の低減を含み得る。用語は、既存の症状を改善する、さらなる症状を予防する、およびそのような症状の基礎となる原因を改善または予防することを含む。このように、用語は、処置される哺乳動物、例えばヒト患者の少なくとも一部に有益な結果が付与されることを表す。多くの医学的処置は、処置を受ける患者の総てではないが一部にとって有効である。
用語「対象」または「患者」は、処置、観察、または実験の対象である動物を指す。単なる例に過ぎないが、対象は、ヒトまたは非ヒト哺乳動物を含むがこれらに限定されない哺乳動物、例えば、非ヒト霊長類、マウス、ウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ、またはネコを含むがこれらに限定されない。
本明細書に使用される場合、用語「有効量」は、細胞、組織、または対象に単独で投与される場合、または追加の治療剤と組み合わせて投与される場合に、投与の条件下で所望の治療効果または予防効果を達成するために有効である抗CD137抗体の量を意味する。
本発明はまた、疾患の処置または予防に使用するための本発明のCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物にも関する。
別の態様において、本発明は、がん、免疫障害、神経疾患、炎症障害、アレルギー、移植拒絶反応、ウイルス感染症、免疫不全、および他の免疫系関連障害の処置または予防に使用するための本発明のCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物に関する。
別の態様において、本発明は、疾患の処置または予防における本発明のCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物の使用に関する。
別の態様において、本発明は、がん、免疫障害、神経疾患、炎症障害、アレルギー、移植拒絶反応、ウイルス感染症、免疫不全、および他の免疫系関連障害の処置または予防のための医薬の製造における本発明のCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物の使用に関する。
がんは、固形腫瘍または非固形腫瘍から選択され得る。例えば、がんは、骨がん、膵臓がん、皮膚がん、頭頸部がん、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮がん、卵巣がん、直腸がん、肛門領域のがん、胃がん、精巣がん、乳がん、脳がん、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、食道がん、小腸がん、内分泌系のがん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、腎臓がん、軟部組織肉腫、尿道がん、膀胱がん、腎臓がん、肺がん、非小細胞肺がん、胸腺腫、尿路上皮癌、白血病、前立腺がん、中皮腫、副腎皮質癌、リンパ腫、例えばホジキン病、非ホジキンリンパ腫、胃がん、および多発性骨髄腫から選択され得る。
一つの実施形態において、腫瘍は固形腫瘍である。従って処置され得る固形腫瘍の例には、乳癌、肺癌、結腸直腸癌、膵臓癌、神経膠腫およびリンパ腫が挙げられる。そのような腫瘍の一部の例には、類上皮腫瘍、扁平上皮腫瘍、例えば頭頸部腫瘍、結腸直腸腫瘍、前立腺腫瘍、乳房腫瘍、小細胞および非小細胞肺腫瘍を含む肺腫瘍、膵腫瘍、甲状腺腫瘍、卵巣腫瘍、および肝腫瘍が挙げられる。他の例には、カポジ肉腫、CNS新生物、神経芽腫、毛細管性血管芽腫、髄膜腫および脳転移、黒色腫、消化管および腎臓癌および肉腫、横紋筋肉腫、神経膠芽腫、好ましくは多型神経膠芽腫、および平滑筋肉腫が挙げられる。本発明のアンタゴニストが有効である血管形成皮膚がんの例には、扁平上皮癌、基底細胞癌、および悪性のケラチノサイト、例えばヒト悪性ケラチノサイトの成長を抑制することによって処置することができる皮膚がんが挙げられる。
一つの実施形態において、腫瘍は非固形腫瘍である。非固形腫瘍の例には、白血病、多発性骨髄腫、およびリンパ腫が挙げられる。
一つの態様において、がんは、局所進行切除不能、転移性、または再発性がんである。
その成長が本発明の抗体を使用して阻害され得る、好ましいがんには、典型的に免疫療法に応答するがんが挙げられる。処置するために好ましいがんの非制限的な例には、黒色腫(例えば、転移性悪性黒色腫)、腎臓がん(例えば、明細胞癌)、前立腺がん(例えば、ホルモン不応性前立腺腺癌)、乳がん、結腸がん、および肺がん(例えば、非小細胞肺がん)が挙げられる。
一つの実施形態において、がんは、別の処置、例えば化学療法後に進行している。
本明細書に記載される競合CD137結合性物質は、CD137に結合するCD137リガンドを阻害する。これにより、CD137受容体が受け取るシグナルが抑制される。このことは、炎症疾患および自己免疫疾患の処置にとって有利であり得、従って、本明細書に記載される一価の結合性分子は、そのような疾患の処置に応用される。
免疫障害は、移植片対宿主病、関節炎、円形脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質症候群、自己免疫性アジソン病、副腎の自己免疫疾患、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎および睾丸炎、自己免疫性血小板減少症、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、セリアックスプルー皮膚炎、慢性疲労性免疫機能障害症候群(CFIDS)、慢性炎症性脱髄性多発神経障害、チャーグストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、CREST症候群、寒冷凝集素症、クローン病、円板状エリテマトーデス、本態性混合型クリオグロブリン血症、線維筋痛症線維筋炎、糸球体腎炎、グレーヴス病、ギランバレー、橋本甲状腺炎、特発性肺線維症、特発性血小板減少性紫斑病(ITP)、IgA腎症、若年性関節炎、扁平苔癬、エリテマトーデス、メニエール病、混合結合組織病、多発性硬化症、視神経脊髄炎(NMO)、1型または免疫媒介性糖尿病、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、悪性貧血、結節性多発動脈炎、多発性軟骨炎、多腺性症候群、リウマチ性多発筋痛症、多発筋炎および皮膚筋炎、原発性無ガンマグロブリン血症、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、乾癬性関節炎、レイノー現象、ライター症候群、リウマチ性関節炎、サルコイドーシス、強皮症、シェーグレン症候群、スティフマン症候群、全身性エリテマトーデス、エリテマトーデス、高安動脈炎、側頭動脈炎/巨細胞動脈炎、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、ぶどう膜炎、血管炎、例えば疱疹状皮膚炎性血管炎、白斑、ならびにウェゲナー肉芽腫症から選択され得る。神経疾患は、アルツハイマー病、てんかん、パーキンソン病、認知症、多発性硬化症、末梢神経障害、または帯状疱疹後神経痛から選択され得る。
他の剤との例示的な組合せ
本発明の分子または医薬組成物は、唯一の活性成分として、または1つもしくは複数の他の治療剤と組み合わせて投与してもよい。治療剤は、疾患の処置において有用である化合物または分子である。治療剤の例には、抗体、抗体断片、薬物、毒素、ヌクレアーゼ、ホルモン、免疫調節剤、アポトーシス促進剤、抗血管新生剤、ホウ素化合物、光活性剤または色素、および放射性同位体が挙げられる。抗体分子には、完全な抗体またはその断片(例えば、Fab、F(ab’)2、Fv、一本鎖Fv断片(scFv)、またはシングルドメイン抗体、例えばVドメイン、または抗体模倣タンパク質が挙げられる。
一つの実施形態において、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物は、既存の治療または治療剤、例えば抗がん治療と組み合わせて使用される。このように、別の態様において、本発明はまた、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物、および抗がん治療の投与を含んでなる組合せ治療にも関する。
抗がん治療は、治療剤または放射線治療を含んでもよく、これには、遺伝子治療、ウイルス治療、RNA治療、骨髄移植、ナノ治療、標的化抗がん治療、または腫瘍溶解薬が挙げられる。他の治療剤の例には、他のチェックポイント阻害剤、抗新生物剤、免疫原性剤、減弱化がん様細胞、腫瘍抗原、抗原提示細胞、例えば腫瘍由来抗原もしくは核酸をパルスした樹状細胞、免疫刺激サイトカイン(例えば、IL-2、IFNa2、GM-CSF)、標的化低分子および生物学的分子(例えば、シグナル伝達経路の構成要素、例えばチロシンキナーゼの調節剤、および受容体チロシンキナーゼの阻害剤、およびEGFRアンタゴニストを含む腫瘍特異的抗原に結合する薬剤)、抗炎症剤、細胞傷害剤、放射性毒素剤、または免疫抑制剤および免疫刺激サイトカイン(例えば、GM-CSF)をコードする遺伝子をトランスフェクトした細胞、化学療法が挙げられる。一つの実施形態において、シングルドメイン抗体は手術と組み合わせて使用される。
本発明の特定の実施形態において、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物は、化学療法剤または放射線療法と同時に投与される。別の特定の実施形態において、化学療法剤または放射線療法は、本発明の組成物の投与の、好ましくは少なくとも1時間、5時間、12時間、1日、1週間、1カ月前または後に、より好ましくは本発明の組成物の投与の数カ月(例えば、最大3カ月)前または後に投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物は、2つまたはそれより多くの治療剤とともに投与され得る。いくつかの実施形態において、本発明の結合性物質は、2つまたはそれより多くの治療剤とともに投与され得る。
本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物は、他の治療または治療化合物または治療と同時または異なる時期に、例えば、同時、個別に、または連続的に投与され得る。
免疫応答を調節する例示的な方法、腫瘍成長を阻害する例示的な方法など
さらに別の態様において、対象における免疫応答を調節する方法であって、対象における免疫応答が調節されるように、対象に、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。好ましくは、結合性分子は、対象における免疫応答を増強する、刺激する、または増加させる。
さらなる態様において、対象における腫瘍細胞の成長を阻害する方法であって、対象に、治療有効量の、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。
さらなる態様において、CD137の下流シグナル伝達経路を活性化する方法であって、対象に、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。
さらなる態様において、Tリンパ球の活性化および/または増殖を誘導する方法であって、対象に、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。
さらなる態様において、CD137発現細胞および腫瘍抗原発現細胞を二重標的とする方法であって、対象に、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物を投与する工程を含んでなる方法が提供される。
さらなる態様において、CD137発現細胞および腫瘍抗原発現細胞の二重標的のための、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物が提供される。
免疫コンジュゲートおよび他の剤
別の態様において、少なくとも1つの治療剤および/または診断剤にコンジュゲートされた本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体またはCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子を含んでなる免疫コンジュゲートが提供される。
本発明はまた、診断剤を使用するための本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体またはCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子の使用にも関する。本発明はまた、標識にコンジュゲートされた本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体またはCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子の使用にも関する。
例示的なキット
別の態様において、本発明は、例えば本明細書に記載される疾患もしくは免疫応答を処置もしくは予防するため、および/または本発明のシングルドメイン抗体を含んでなる疾患を診断する、予後を判定する、もしくはモニターするためにPD-1を検出するためのキットを提供する。そのようなキットは、CD137タンパク質の検出を補助する他の構成要素、包装、説明書、または材料を含み得る。キットは、標識されたCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体またはCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、および標識を検出するための1つまたは複数の化合物を含み得る。
別の態様において、本発明は、凍結乾燥型で包装された、または水性媒体中で包装された本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物を提供する。
例示的な非治療応用
別の態様において、本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体は、診断試験およびアッセイなどの非治療目的のために使用される。試験試料中のヒトCD137の存在を検出する方法は、前記試料を、本明細書に記載されるシングルドメイン抗体、および少なくとも1つの検出可能な標識と接触させる工程、ならびにヒトCD137に対する前記シングルドメイン抗体の結合を検出する工程を含んでなる。
診断目的のための抗体の改変は当技術分野で周知である。例えば、抗体を、ビオチンなどのリガンド基、または蛍光基、放射性同位体、もしくは酵素などの検出可能なマーカー基によって改変してもよい。本発明の化合物は、診断目的のために使用することができ、例えば、通常の技術を使用して標識することができる。適した検出可能な標識には、フルオロフォア、クロモフォア、放射活性原子、電子密度の高い試薬、酵素、および特異的結合パートナーを有するリガンドが挙げられるがこれらに限定されない。
図面および実施例を参照して本明細書に記載されるCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子、または医薬組成物も提供される。
本明細書において特に定義していない限り、本開示に関連して使用した科学技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有する。前述の開示は、本開示を作製および使用するための方法、ならびにその最善の様式を含む本発明の範囲に包含される主題の一般的説明を提供するが、当業者が本開示を実践することができるように、以下の実施例を提供する。しかしながら、当業者は、これらの実施例の細部が本発明を制限すると解釈すべきではなく、その範囲は、本開示に添付される特許請求の範囲およびその同等物から理解されるべきであることを認識するであろう。本開示の様々なさらなる態様および実施形態は、本開示を考慮すれば当業者に明らかであろう。
本明細書において言及した総ての文書は、遺伝子受託番号の参照、科学刊行物および特許刊行物の参照を含む、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。
本明細書において使用される場合の「および/または」は、他方の存在下または非存在下での2つの明記された特色または構成要素の各々の具体的開示であると解釈すべきである。例えば、「Aおよび/またはB」は、各々が本明細書において個々に記載されているかのように、(i)A、(ii)B、ならびに(iii)AおよびBの各々の具体的開示であると解釈すべきである。本文がそれ以外であることを指示していない限り、上記の特色の説明および定義は、本発明の任意の特定の態様または実施形態に限定されず、記載の総ての態様および実施形態に等しく適用される。
本発明を、ここで非制限的な実施例においてさらに説明する。
実施例1.Tg/TKOマウスの構築
内因性の重鎖および軽鎖抗体発現に関して沈黙化されているバックグラウンド内の生殖系列構成にヒト重鎖抗体トランスジェニック座を有するマウス(トリプルノックアウト、またはTKO)を、既に記述されている通りに作製した(WO2004/076618, WO2003/000737, Ren et al., Genomics, 84, 686, 2004; Zou et al., J. Immunol., 170, 1354, 2003およびWO2016/062990)。要約すると、トランスジェニックマウスを、C1ドメイン、マウスエンハンサー、および調節領域を欠如するマウス免疫グロブリン定常領域遺伝子と組み合わせて過剰なヒトV、D、およびJ遺伝子を含んでなる酵母人工染色体(YAC)を、新鮮な受精卵母細胞の前核へのマイクロインジェクション後に誘導した。使用したYACは、複数のヒト重鎖V遺伝子、複数のヒト重鎖DおよびJ遺伝子、マウスC1遺伝子、およびマウス3’エンハンサー遺伝子を含んだ。これはC1エクソンを欠如する。
トランスジェニック創始マウスを、内因性の免疫グロブリン発現を欠如する動物と戻し交配して、下記の免疫試験に使用するTg/TKO系統を作製した。
実施例2.免疫プロトコール
8~12週齢のTg/TKOマウスを、ヒトCD137-ヒトFcキメラタンパク質(Acro Biosystems、カタログ番号41B-H5258)、ヒトCD137-Hisタグタンパク質(R&D Systems、カスタム製品)、ヒトCD137を過剰発現するCHO細胞(標準的な方法を使用して施設内で生成された細胞株)、または組換えタンパク質およびCHOヒトCD137発現細胞の組合せによって免疫した。
実施例3.血清のELISA
血清を免疫の前後にマウスから回収し、CD137抗原による免疫に応答した血清中ヒトCD137反応性重鎖抗体の存在に関してELISAによってチェックした。
全血試料を13000rpmで5分間遠心分離して、血液から血清を分離した。血清の連続希釈液をポリプロピレンチューブまたはプレートにおいて3%Marvel(登録商標)/PBS中で調製し、室温で少なくとも1時間プレインキュベートした後、ブロックしたELISAプレートに移し、少なくとも1時間インキュベートした。非結合タンパク質を、PBS/Tween(登録商標)-20の後にPBSによる繰り返し洗浄によって除去した。PBS/3%Marvel(登録商標)中で調製したビオチンコンジュゲートヤギ抗マウスIgG、Fcガンマサブクラス1特異的抗体(Jackson ImmunoResearch、カタログ番号115-065-205)の1:10,000の溶液を各ウェルに添加して、室温で少なくとも1時間インキュベートした。非結合検出抗体を、PBS/Tween(登録商標)20およびPBSによる繰り返し洗浄によって除去した。ニュートラアビジン-HRP溶液(Pierce、カタログ番号31030)の3%Marvel(登録商標)/PBS中の溶液をELISAプレートに添加し、30分間結合させた後、上記のように洗浄した。TMB基質(Sigma、カタログ番号T0440)を使用してELISAを展開し、50ul 0.5M HSO溶液(Sigma、カタログ番号320501)を添加することによって反応を停止させた。BMG Pherastarを使用して、450nmにおける吸光度を測定した。
実施例4.免疫したマウスからのライブラリの生成
上記の免疫したマウスからのライブラリの生成は、以下に概要するライブラリ生成の標準プロトコールに従った。
脾臓全体、鼠径部および上腕リンパ節を含む組織を、数匹の免疫したマウスからRNAlater(登録商標)に回収した。全RNAを上清から抽出した。V配列を、Superscript III RT-PCR高正確性キット(Invitrogen、カタログ番号12574-035)を使用して、製造元のプロトコールに従ってRNA試料から得た。V/ファージミドPCR産物を、動物起源毎またはV生殖系列ファミリー毎にプールし、Fermentas PCR精製キット(カタログ番号K0702)を使用して製造元の説明書に従って精製した。溶出したDNAを、TG1大腸菌(Lucigen、カタログ番号60502-2)に、2500V、25uF、200WでパルスしたBio-Rad GenePulser Xcellを使用する電気穿孔によって形質転換した。電気穿孔した細胞をプールした。ライブラリを回収した。
実施例5.CD137結合Vの単離および最適化のための選択戦略
ライブラリファージストックの調製およびファージディスプレイ選択は、公表された方法(Antibody Engineering, Benny Lo編, 8章, 161~176頁, 2004)に従って実施した。ほとんどの場合、パニングアプローチと組み合わせたファージディスプレイを使用して、結合Vドメインを単離した。しかしながら、可溶性タンパク質選択、細胞に基づく選択、およびストレス(例えば、熱)下で実施する選択を含む、多様な異なる選択方法が当技術分野において十分に記載されている。
実施例6:CHOヒトCD137細胞に対する結合およびヒトCD137に結合するヒトCD137リガンドの阻害に関するペリプラズム抽出物のスクリーニング
ライブラリの選択後、ヒトCD137を発現するCHO細胞に結合し、CHO親細胞に結合せず、CHO細胞の表面に発現したヒトCD137と組換えヒトCD137リガンドタンパク質との間の相互作用を阻害する特定のVを、細菌ペリプラズム抽出物のシングルポイントスクリーニングによって同定した。小規模細菌ペリプラズム抽出物を、標準的な技術に従って深型ウェルプレートにおいて成長させた1ml培養物から調製した。上清中のHisタグVのCHOヒトCD137細胞および非CD137特異的結合の決定のためのCHO親細胞に対する結合を、蛍光マイクロボリュームアッセイ技術(FMAT)を使用して評価した。TTP Mirrorballプレートリーダーにおいて、488nmおよび640nmで励起後、FL2(502nm~537nm)およびFL5(677~800nm)チャネルにおいて蛍光発光を測定した。データを、FL5の境界およびピーク強度でゲートを設定し、ゲート設定したデータのFL2平均蛍光強度の中央値を、V結合の決定のために使用した。
結合アッセイと並行して、ペリプラズム抽出物を、FMATフォーマットにおけるヒトCD137リガンドタンパク質とCHOヒトCD137細胞との相互作用を阻害する能力に関して試験した。希釈ペリプラズム抽出物試料緩衝液を含む総結合対照および過剰量の非Fcタグ付き競合物質を含む非特異的結合対照を、データ正規化のために各々のプレートに設定した。TTP Mirrorball、およびデータ正規化に使用したゲート設定したFL2平均蛍光強度の中央値を使用して、蛍光シグナルを測定した。データを、非特異的結合対照ウェルから決定したバックグラウンドシグナルを差し引いた後の総結合対照の%(%対照)として表記した。CHOヒトCD137細胞に結合し、CHO親細胞に結合せず、CD137リガンドに結合するCD137を阻害するVのファミリーを同定した。
実施例7.シークエンシング
表1に、ファミリー1のVHの配列を示し、表2に、ファミリー2のVHの配列を示す。上記のように同定した各々の個々のVクローンをファージミドからシークエンシングし、V生殖系列およびCDR3アミノ酸類似性に基づいて群分けした。代表的なクローンをさらに特徴付けした。さらなるクローンを、それぞれクローンHumabody(登録商標)V1.1およびHumabody(登録商標)V2.1の配列最適化によって生成し、結合活性を改善し、生殖系列に配列を復帰させ、または生物物理学的配列ライアビリティ(liabilities)、例えば異性化または脱アミド部位を除去した。
実施例8.精製Vの調製
a)精製Vの調製
精製Vを、標準的な手順に従って、ペリプラズム抽出物のニッケル-アガロースアフィニティクロマトグラフィー精製のために、V C末端6xHISタグを使用することによって得た。精製Vの収率を、分光光度法によって推定し、SDS PAGEを使用して純度を評価した。あるいは、Vを、標準的な手順に従って、pJExpressベクターを有するW3110大腸菌の上清から精製した。精製Vの収率を、分光光度法によって推定し、SDS PAGEを使用して純度を評価した。必要に応じて、Vivaspin 20、3kDa MWCO PES、濃縮器(Sartorius、# VS2092)を使用して試料を濃縮し、Etoxiclear樹脂(Prometic、# 3250-00010)を使用してエンドトキシンを枯渇させた。
b)多価構築物の生成
CD137に対して特異的であるHumabody(登録商標)VおよびPSMAに対して特異的であるVをコードするDNA配列を、PCRにより増幅した。それらを、V配列がグリシン/セリンリッチ配列をコードするリンカーと隣接するより大きな断片に構築し、制限酵素に基づく方法によって発現ベクターにライゲートした。プラスミドを、標準的な技術に従って微生物発現系に形質転換した。Humabody(登録商標)V配列の存在を、標準的なコロニーPCR法によって確認した。次に、ベクター特異的および内部プライマーを使用して、Sangerシークエンシングによってインサート配列を確認し、完全な配列包括度を確実なものとした。例示的な構築物に関する配列を以下に示す。
Figure 0007312168000045
Figure 0007312168000046
Figure 0007312168000047
Figure 0007312168000048
Figure 0007312168000049
PSMA結合性分子は、野生型ヒトPSMAに結合する(UniProt受託番号Q04609)。単量体に関する配列を以下に示す(配列番号842)。
1 MWNLLHETDS AVATARRPRW LCAGALVLAG GFFLLGFLFG WFIKSSNEAT NITPKHNMKA
61 FLDELKAENI KKFLYNFTQI PHLAGTEQNF QLAKQIQSQW KEFGLDSVEL AHYDVLLSYP
121 NKTHPNYISI INEDGNEIFN TSLFEPPPPG YENVSDIVPP FSAFSPQGMP EGDLVYVNYA
181 RTEDFFKLER DMKINCSGKI VIARYGKVFR GNKVKNAQLA GAKGVILYSD PADYFAPGVK
241 SYPDGWNLPG GGVQRGNILN LNGAGDPLTP GYPANEYAYR RGIAEAVGLP SIPVHPIGY
301 DAQKLLEKMG GSAPPDSSWR GSLKVPYNVG PGFTGNFSTQ KVKMHIHSTN EVTRIYNVIG
361 TLRGAVEPDR YVILGGHRDS WVFGGIDPQS GAAVVHEIVR SFGTLKKEGW RPRRTILFAS
421 WDAEEFGLLG STEWAEENSR LLQERGVAYI NADSSIEGNY TLRVDCTPLM YSLVHNLTKE
481 LKSPDEGFEG KSLYESWTKK SPSPEFSGMP RISKLGSGND FEVFFQRLGI ASGRARYTKN
541 WETNKFSGYP LYHSVYETYE LVEKFYDPMF KYHLTVAQVR GGMVFELANS IVLPFDCRDY
601 AVVLRKYADK IYSISMKHPQ EMKTYSVSFD SLFSAVKNFT EIASKFSERL QDFDKSNPIV
661 LRMMNDQLMF LERAFIDPLG LPDRPFYRHV IYAPSSHNKY AGESFPGIYD ALFDIESKVD
721 PSKAWGEVKR QIYVAAFTVQ AAAETLSEVA
Figure 0007312168000050
Figure 0007312168000051
Figure 0007312168000052
Figure 0007312168000053
Figure 0007312168000054
Figure 0007312168000055
Figure 0007312168000056
Figure 0007312168000057
Figure 0007312168000058
Figure 0007312168000059
実施例9.精製Vの試験
b)結合アッセイ
精製Humabody(登録商標)Vを、ヒトCD137タンパク質、アカゲザルCD137Fc組換えタンパク質、マウスCD137タンパク質、腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバーOX40およびGITR(グルココルチコイド誘導性TNFR関連)、CHOヒトCD137細胞、CHO親細胞ならびにヒトT細胞に対する結合に関して試験した。
ヒトCD137Fc組換えタンパク質(Acro Biosystems、41B-H5258)、アカゲザルCD137Fc組換えタンパク質(Sino Biologicals、カタログ番号90847-K02H)およびマウスCD137Fcタンパク質(Acro Biosystems、41B-M5258)に対する結合を、HTRF結合アッセイフォーマットを使用して測定した。総ての試薬および連続希釈したVを、PBS、0.1%BSA、および0.4Mフッ化カリウムを含むアッセイ緩衝液中で調製した。試料またはアッセイ緩衝液(非特異的結合)を、黒色384ウェル浅型アッセイプレートにおいて、0.5nMヒト、アカゲザルまたはマウスCD137、1nM抗ヒト-FcクリプテートPAb(Cisbio、カタログ番号61HFCKLB)、および20nM抗His-D2(CisBio、カタログ番号61HISDLA)とともに室温で少なくとも3時間インキュベートした。620nmおよび665nmでの時間分解蛍光発光をBMG PHERAstarプレートリーダーにおいて337nmで励起後に測定した。HTRF比((665nm発光/620nm発光)×10000)を計算し、データを(非特異的結合)に関して補正し、特異的結合シグナルを生じた。ヒトCD137、アカゲザルCD137およびマウスCD137タンパク質に対する結合に関するモルEC50値を表8に示す。Vは、ヒトおよびアカゲザルCD137に結合したが、マウスCD137タンパク質には結合しなかった。
Figure 0007312168000060
Figure 0007312168000061
腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバーOX40およびGITR(グルココルチコイド誘導性TNFR関連)上でのCD137に関する結合の特異性を、ELISAアッセイを使用して決定した。Nunc Maxisorpプレートを、炭酸ナトリウム緩衝液中の1ug/mlヒトCD137-Fc組換えタンパク質(Acro Biosystems、41B-H5258)、ヒトGITR-Fc(R&D Systems、カタログ番号689-GR)ヒトOX40-Fc(R&D Systems、カタログ番号3388-OX)によって4℃で一晩コーティングした後、PBSで2回洗浄した。非特異的タンパク質相互作用を、PBS/0.1%Tween-20中1%(w/v)スキムミルク粉末(Marvel(登録商標))によって室温で1時間インキュベーションすることにより、遮断した。プレートをPBSで2回洗浄した後、VHまたは抗体対照(1ug/ml)を室温で1時間添加した。PBS/0.1%Tween-20で3回洗浄した後、抗His-HRP(Vの検出)または抗マウス-HRP(陽性対照マウスモノクローナル抗体の検出)の1:1000希釈液を、1%Marvel/PBS/0.1%Tween-20に添加した。検出抗体を室温で1時間結合させた後、プレートをPBS/0.1%Tween-20中で2回、PBS中で1回洗浄した。TMB基質を使用してELISAを展開し、50ul 0.5M HSO溶液を添加することによって反応を停止させた。BMG Pherastarを使用して、450nmにおける吸光度を測定した。試験した総てのVは、CD137に結合したが、GITRまたはOX40には結合しなかった(表8)。
CHOヒトCD137、CHO親、CHOヒトPSMA、DU145 PSMAおよびDU145親細胞に対するHisタグ分子の結合を、蛍光マイクロボリュームアッセイ技術(FMAT)を使用して評価した。試薬は総て、PBS、0.1%ウシ血清アルブミン、0.05%アジ化ナトリウムを含むFMATアッセイ緩衝液(pH7.4)中で調製した。連続希釈した試料を、384ウェル黒色透明ボトムアッセイプレート(Costar、カタログ番号3655)に移し、1.5nM抗His(Millipore、カタログ番号05-949)、3nMヤギ抗マウスAlexa Fluor-488(Jackson Immunolabs、カタログ番号115-545-071)およびDRAQ5(Thermo Scientific、カタログ番号62251)によって予め染色した2000個/ウェルとともに室温で少なくとも2時間インキュベートした。次に、TTP Mirrorballプレートリーダーにおいて、488nmおよび640nmで励起後、FL2(502nm~537nm)およびFL5(677~800nm)チャネルにおいて蛍光発光を測定した。データを、FL5の境界およびピーク強度でゲートを設定し、ゲート設定したデータのFL2平均蛍光強度の中央値を、V結合の決定のために使用した。結合に関する例示的なEC50値を表9に示す。一価CD137特異的Humabody(登録商標)V、CD137結合アームを有する二特異性および三特異性分子は、CHO CD137発現細胞に結合した。一価PSMA特異的Humabody(登録商標)V、PSMA結合アームを有する二特異性および三特異性分子は、PSMA発現細胞に結合した。
初代T細胞に対する結合を、フローサイトメトリーを使用して測定した。末梢血単核細胞(PBMC)を、密度勾配遠心分離によりヒト血液から単離した後、CD8+T細胞を、製造元のプロトコール(Miltenyi Biotech、カタログ番号130-042-401)に従ってネガティブ選択単離キットを使用して精製した。T細胞を、10%FBS、2mMグルタミン、1倍Pen/Strepを補充したRPMI培地において、PMA/イオノマイシンで48~72時間刺激した。細胞を96ウェルプレートに移し、染色緩衝液(PBS/1%BSA/0.05%アジ化ナトリウム)で10分間ブロックした後、染色緩衝液(PBS/1%BSA)中の連続希釈したVで、4℃にて30分~1時間インキュベートした。細胞を遠心分離により洗浄した後、V結合を、抗His抗体(Millipore、05-949)およびヤギ抗マウスAlexa Fluor-488(Jackson ImmunoResearch、カタログ番号115-545-071)を使用して検出した。生細胞の識別に、Live Dead near IR染色(Molecular Probes、カタログ番号L10119)を使用した。さらに洗浄した後、細胞を固定し、蛍光をフローサイトメトリーにより測定した。
結合(2~3匹のドナー)に関する平均モルEC50値を表9に示す。一価CD137特異的Humabody(登録商標)VおよびCD137結合アームを有する二特異性分子は、予備刺激したCD8+細胞に結合した。
精製V、二価Vおよび三価V分子の結合速度論を、ForteBio Octet RED 384機器で測定した。CD137-Fcタグ付きタンパク質を、速度論緩衝液(0.1%BSA、0.02%Tween、1倍PBS)中で3μg/mlに希釈し、Fcタグを介してプロテインGバイオセンサー(ForteBio、カタログ番号18-5082)にカップリングさせた。Vを連続希釈し(一般的に、最高濃度のVである50nMで開始する1:2希釈シリーズ)、CD137-FcカップリングしたプロテインGバイオセンサーに対する結合を測定した。1:1結合モデルおよびForteBio Octet Data Analysis 9.0ソフトウェアを使用して、(ブランクを差し引いた)センサーグラムトレースから結合速度論を決定した。得られた例示的な速度論および結合親和性のデータを、表10(一価V)および図1(二価および三価分子)に示す。このアッセイフォーマットにおいて、単量体Vは、91pM~5.3nMの間の親和性でCD137-Fcに結合した。二価および三価フォーマットは、一価Vと比較して増強した結合を示した。
Figure 0007312168000062
一価および二特異性Humabody Vの速度論を、ForteBio Octet RED 384機器で決定した。抗原との相互作用を調べるために、CD137-Fcタグタンパク質(Acro Biosystems、カタログ番号41B-H5258)またはPSMA-his(R&D Systems、カタログ番号4234-ZN)を、アミンカップリングによってAR2Gバイオセンサー(ForteBio、カタログ番号18-5082)上に固定した。一価Vおよび二特異性分子を、速度論緩衝液(0.1%BSA、0.02%Tween、1倍PBS)中で連続希釈し(一般的に、最高濃度である12~25nMの間で開始する1:2希釈シリーズ)、固定したタンパク質に対する結合を、結合相および解離相中に調べた。180秒の結合相および600秒の解離相を使用して、PSMA結合を測定した。180秒の結合相および600秒の解離相を使用して、CD137結合を測定した。リファレンスを差し引いたデータを、ForteBio Octet Data Analysisソフトウェアを使用して1:1結合モデルにフィットさせた。得られた例示的な速度論および結合親和性データを表11に示す。
Figure 0007312168000063
Biacore T200機器を使用して、表面プラズモン共鳴(SPR)によるVHとヒトおよびアカゲザルCD137-ヒトIgG1Fcタグ付きタンパク質との間の相互作用を調べた。単一サイクル速度論アッセイを使用して、相互作用の速度論および親和性を評価した。実験は、流速30μl/分でHBS-EP+アッセイ緩衝液において25℃で実施した。プロテインGチップを使用して、2μg/mlまで希釈されたFcタグ付き組換えCD137を7秒にわたりフローセルの1つに捕捉した。いずれの捕捉されたCD137も有さない第2のフローセルを、参照細胞として使用した。Vの3倍希釈シリーズを、60nMの最高濃度から5点濃度で作製した。結合速度論は、これらをチップ表面に流すことによって追跡した。結合工程の各々の接触時間は180秒間であり、解離工程は、アカゲザルおよびヒトCD137でそれぞれ1800および3600秒であった。各ランの後、センサーをグリシンpH1.5で再生し、捕捉されたCD137を除去した。データを、Biacore T200評価ソフトウェアを使用してダブルリファレンスを差し引いた後に、1:1結合モデルにフィットさせた。表2におけるsdAb1.113に関する平均速度論定数(±標準偏差)は、ヒトCD137Fcに対する結合に関しては、ka 3.6E+06 ± 1.6E+06(1/Ms)、Kdis 3.0E-04 ± 1.1E-04(1/s)およびKD 8.5E-11 ± 7.8E-12(M)であり、アカゲザルCD137Fcに対する結合に関しては、ka 1.1E+06 ± 2.2E+05(1/Ms)、Kdis 2.8E-04 ± 6.8E-06(1/s)およびKD 2.7E-10 ± 5.2E-11であった。
sdAb1.113は、試験した他の分子と比較して優れたカニクイザル結合を示した。sdAb1.113はまた、良好な全体的な開発可能性の特徴(安定性および/または発現)も示した。
二特異性分子によるCD137およびPSMAの二重標的関与を、ELISAフォーマットを使用して評価した。CHO-PSMA細胞(20000個/ウェル)を、L-グルタミン+ブラストサイジン+テトラサイクリンを補充したHams F12において96ウェルプレート(Greiner、カタログ番号353872)に播種し、37℃にて5%COで一晩インキュベートした。その後の総ての工程は、室温で実施し、各工程間にPBSによる洗浄を含めた。プレートをPBS/0.1%BSAで1時間ブロックした後、連続希釈したHumabody(登録商標)Vを添加し、1時間結合させた。非結合Vを除去した後、1nM CD137huFc(Acro Biosystems、カタログ番号41B-H5258)をウェルに添加し、1時間インキュベートした。その後、抗huFc-HRP(Jackson ImmunoResearch、カタログ番号109-035-098)の1:3000希釈液を1時間添加し、TMBを添加することによってプレートを展開した。0.5M硫酸を添加することによって反応を停止させ、プレートを吸光度450nmでのBMG PheraStarで読み取った。図2に、二特異性分子はヒトCD137およびヒトPSMAの両方に同時に結合できることを実証した代表的なデータを示す。
a)CD137に結合するCD137リガンドの阻害
精製Humabody Vが、CHOヒトCD137細胞に対するCD137リガンドの結合を阻害する能力を、本質的に実施例6に記載の通りに、FMATリガンド阻害アッセイにおいて測定した。連続希釈したVから決定したIC50値を表12に示す。Vは、ヒトCD137に対するヒトCD137リガンドの結合を阻害した。
Figure 0007312168000064
b)安定性
精製Humabody(登録商標)Vをサイズ排除クロマトグラフィーに供した。簡単に説明すると、精製Vを、PBS緩衝液中の8.98~9.26mg/mlの間で、4℃または40℃のいずれかで0~14日間保存した後、Waters ACQUITY BEH 125Å SECカラム上での分離のために、PDA検出器(280nmでの検出)を含むWaters H-Class Bio UPLCを使用して様々な時点で分析した。試料を、10μl体積で注入し、200mM NaCl、100mMリン酸ナトリウム、pH7.4+5%プロパン-1-オールを含む移動相によって流速0.4ml/分で実行した。データを6分間収集し、貯蔵後の単量体を含んでなる試料の百分率を計算した(代表的なデータについては表13)。これらのデータは非最適化緩衝液条件下で収集されたことに留意するべきである。
Figure 0007312168000065
c)血清中安定性
Humabody(登録商標)Vの血清中安定性を、マウス血清(Sigma、M5905)またはヒト血清(Sigma、H4522)において0、1、3/4、または7日間インキュベーション後のそれらの活性の測定によって評価した。プレインキュベートした試料を、連続希釈し、実施例6において既に記載されているFMAT CHO CD137リガンド阻害およびCHO CD137結合アッセイにおいて試験した。血清によるインキュベーションの後、活性の最小限の損失が認められた(代表的なデータについては表14)。
Figure 0007312168000066
d)機能活性
一価VがCD137アゴニストとして作用する能力を、CD137およびNF-kBルシフェラーゼレポーター遺伝子を発現するJurkat細胞を使用してレポーター遺伝子アッセイにおいて評価した。それらの活性を、相互作用を回避する可能性が増加している二価および三価分子、ならびに腫瘍抗原PSMAに結合したVと連結したCD137 Vからなる二特異性分子と比較した。二特異性分子において、CD137アゴニズムは、CD137およびPSMAを発現した細胞の両方の同時関与から生じた。
PSMA発現細胞または親(非PSMA)発現細胞(5000個/ウェル)を、384ウェル白色平底組織培養処理プレート内に、培地(10%FBS、2mM L-グルタミン、1倍Pen/Strepを補充したRPMI 1640)に一晩播種した。連続希釈した一価V、多価VおよびPSMA/CD137標的二特異性分子を、培地において調製し、ウェルに添加した後、JurkatヒトCD137 NF-kBルシフェラーゼレポーター遺伝子細胞(Promega)を添加した。COインキュベータ中で37℃にて5~6時間インキュベートした後、BioGlo試薬(Promega G7940)を添加し、BMG Pherastarで発光シグナルを測定することによって、ルシフェラーゼレポーター発現のレベルを決定した。図3は、一価V、および例示された多価CD137結合性分子は、レポーター遺伝子活性を増加させず、このため、このアッセイにおいてアゴニストCD137活性を有さないことを示す。二特異性分子は、PSMA発現細胞の存在下でJurkatレポーター細胞を活性化したが(図3Aおよび3BC)、親非PSMA発現細胞と共培養された場合は、活性化しなかった(図3A、3B、3Eおよび3F)。このことは、一価CD137結合アームによるPSMAおよびCD137の二重標的関与は、アゴニストCD137活性をもたらすことを示している。
Humabody(登録商標)Vを、PSMA発現細胞または親細胞およびヒトCD8+T細胞を使用した共培養アッセイにおいてIL-2放出を誘導するそれらの能力に関してさらに試験した。PSMAまたは親細胞を、培地(10%FBS、2mM L-グルタミン、1倍Pen/Strepを補充したRPMI1640)に再懸濁し、5ug/ml抗CD3抗体(e-Bioscience、カタログ番号14-0037-82)でプレコーティングしておいた96ウェル平底プレートに20000個/ウェルの密度で播種した。細胞を、37℃、5%COで一晩接着させた。末梢血単核細胞(PBMC)を、密度勾配遠心分離によりヒト血液から単離した後、CD8+T細胞を、製造元のプロトコール(Miltenyi Biotech、カタログ番号130-042-401)に従ってネガティブ選択単離キットを使用して精製した。Humabody(登録商標)V、二特異性およびベンチマーク抗体を、培地において調製し、T細胞(100000個/ウェル)とともにアッセイプレートに添加した。37℃、5%COでの48時間のインキュベーション後に上清を回収し、IL2レベルを、製造元の説明書(Cisbio、カタログ番号64IL2PEB)に従ってヒトIL-2アッセイキットを使用して定量した。IFNγレベルを、製造元の説明書(Cisbio、カタログ番号62HIFNGPEH)に従ってヒトIFNγアッセイキットを使用して定量した。
図4Aは、一価CD137標的Vは、CD8+T細胞からのIL-2産生を刺激しないことを示す。一価CD137およびPSMA結合アームを有する二特異性分子は、PSMA発現細胞の存在下でT細胞からのIL-2産生を増加させる。CD8+T細胞を使用した共培養アッセイに親細胞を使用する場合は、この刺激は認められず、このことは、二特異性分子によるCD137およびPSMAの二重標的関与の必要性を確認するものである(代表的なデータを図4Bに示す)。ベンチマーク抗CD137抗体は、PSMA細胞株非依存的な応答でIL-2産生を刺激した(図4Bおよび4C)。CD8+T細胞によるIL-2産生の刺激は、濃度依存的であった(図4D)。最大応答レベルは、抗体および二特異性分子の両方に対してT細胞ドナー依存的であった(図4E)。インターフェロンγも、二特異性分子に応答して産生された(図4F)。
e)内部移行
CHOヒトCD137細胞を、ポリ-L-リシンをコーティングしたカバーガラスに播種し、一晩接着させた。一価V(500nM)、三価V(500nM)および抗CD137ベンチマーク抗体(100nM)を、10%FBS/0.5%脂肪酸不含BSAを補充したRPMIにおいて調製し、細胞で4℃にて30分間インキュベートした。次に、試料を、37℃で2時間インキュベートした後、室温にて10分間4%PFAで固定し、PBSで3回洗浄したか、または4℃でのインキュベーションの直後に固定した(対照試料)。洗浄工程の後、試料を室温にてPBS中0.5%サポニンで10分間透過処理し、PBSで3回洗浄し、1%BSA/10%FBS/0.05%Tween-20を含むPBSで45分間ブロックした。PBS/0.5%BSA/0.05%Tween-20を含む染色緩衝液中の抗ヒトAlexa Fluor-488抗体(1:2000希釈)で1時間染色することによって、抗体を検出した。Humabody(登録商標)Vは、抗His抗体(1:500希釈)に次いで、抗マウスAlexa Fluor-488二次抗体(1:2000希釈)で染色することによって、検出した。試料をPBS/0.05%Tween-20(PBS-T)で洗浄した後、LAMP-1に対する一次抗体(染色緩衝液中1:200希釈)を使用して、リソソームを1時間染色した。PBS-Tで3回洗浄した後、試料を抗ウサギAlexa Fluor-647(染色緩衝液中1:500希釈)で染色し、次いで再度洗浄した。カバーガラスをスライドに載せ、Apo 60x Oil λS DIC N2対物レンズを備えたNILON A1R共焦点システム(レーザー線488nmおよび640nm)を使用して画像化した。
図5は、多価V分子または抗CD137抗体と比較して、単量体Vが内部移行する可能性が低減したことを例示したものである。一価Vは、リソソームとの共局在を示さず、結合した細胞表面に主に残存した。多価Vは、リソソーム染色により認められたクラスタ形成および共局在した抗体によって示されるように、内部移行の増加を示した。
実施例10.DU145 PSMA/hu PBMC移植NCGマウスにおけるHumabody(登録商標)の効果
雄NCGマウス(NOD-Prkdcem26Cd52Il2rgem26Cd22/NjuCrl、Charles River)に対し、50%マトリゲル中1×10個のDU145 PSMA細胞を右側腹部に皮下注射した。8日目に、hPBMC(HemaCare BioResearch Products)を、尾静脈を介して移植した。非移植マウスを対照群として使用した。次に、マウスを、腹膜内投与したHumabody(登録商標)または対照CD137アゴニスト抗体で処置し、体重、臨床観察、および腫瘍容積を記録した。拘束、飼育、外科手技、食餌および液体の調節、ならびに獣医学的ケアに関してGuide for Care and Use of Laboratory Animalsの推奨に特別に従い、AAALACによって公認されているCharles River Discovery Services North Carolina(CR Discovery Services)において試験を実施した。半減期延長二特異性Humabody(登録商標)処置群は、対照群と比較して減少した腫瘍容積を示した(図7)。
実施例11:スーパー抗原活性化細胞の刺激
健常ドナーからのPBMCを、処置前に16時間、10ng/ml SEB(ブドウ球菌エンテロトキシンB)で刺激した。CHO細胞またはPSMAを発現するCHO細胞を、10,000個/ウェルで96ウェルプレートに播種した。Humabody(登録商標)構築物を添加し、終濃度50nMおよび4倍希釈シリーズとした。SEB刺激PBMCを、1ng/ml SEBを含む培地に75,000個/ウェルで添加した。プレートを37℃、5%COで3日間インキュベートした。サイトカイン測定のために上清を回収した。TNF-αを、製造元の説明書に従ってCisbio HTRFキット(62HTNFAPEG)を使用して測定した。TNF-αは、PSMAを発現する細胞の存在下で、二特異性Humabody(登録商標)依存的な用量反応様式で増加した。PSMAの非存在下では誘導はみられなかった。
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Claims (27)

  1. ヒトCD137に結合するが、単一特異性エンティティとしてCD137に結合した場合、CD137シグナル伝達を誘発しない、単離されたシングル可変重鎖ドメイン抗体であって、
    前記シングル可変重鎖ドメイン抗体が、CD137に対するCD137Lの結合を阻害し、
    前記シングル可変重鎖ドメイン抗体が、配列番号873を含んでなるCDR1、配列番号874を含んでなるCDR2および配列番号875を含んでなるCDR3を含んでなる、シングル可変重鎖ドメイン抗体
  2. ヒトフレームワーク領域を含んでなる、請求項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体。
  3. 配列番号86またはそれと少なくとも90%の相同性を有する配列を含んでなる、請求項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体。
  4. .4nMまたは3nMのKDの親和性でCD137に結合することができる、請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体。
  5. ヒトV、DおよびJ領域を含んでなるトランスジーンを発現するトランスジェニック齧歯類から得られたまたは得ることができる、請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体。
  6. 前記齧歯類が、機能的な内因性の軽鎖および重鎖を産生しない、請求項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体。
  7. a)請求項1~のいずれか一項に記載のCD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体、および
    b)腫瘍特異抗原に結合する部分
    を含んでなる、結合性分子。
  8. 腫瘍特異抗原に結合する部分が、F(ab’)2、Fab、Fv、scFv、重鎖、軽鎖、シングル可変ドメイン抗体またはシングル可変重鎖ドメイン抗体から選択される、請求項に記載の結合性分子。
  9. CD137に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体が、ペプチドリンカーにより、腫瘍特異抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体と連結されている、請求項またはに記載の結合性分子。
  10. 前記リンカーが(G4S)nリンカー(式中、nは1~である)から選択される、請求項に記載の結合性分子。
  11. 腫瘍特異抗原が、PSMA、Her2、CD123、CD19、CD20、CD22、CD23、CD74、BCMA、CD30、CD33、CD52、EGRF、CECAM6、CAXII、CD24、CEA、メソセリン、cMet、TAG72、MUC1、MUC16、STEAP、EphvIII、FAP、GD2、IL-13Ra2、L1-CAM、PSCA、GPC3、Her3、gpA33、5T4およびROR1から選択される、請求項10のいずれか一項に記載の結合性分子。
  12. 前記シングル可変重鎖ドメイン抗体または結合性分子が、毒素、酵素、放射性同位体、半減期延長部分、標識または治療分子から選択される1つまたは複数の部分とコンジュゲートされている、請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体または請求項11のいずれか一項に記載の結合性分子。
  13. 前記半減期延長部分が、アルブミン結合性部分、トランスフェリン結合性部分、ポリエチレングリコール分子、組換えポリエチレングリコール分子、ヒト血清アルブミン、ヒト血清アルブミンの断片、および、アルブミン結合性ペプチドまたはヒト血清アルブミンに結合するシングルドメイン抗体からなる群から選択される、請求項12に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体または結合性分子。
  14. 請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体または請求項13のいずれか一項に記載の結合性分子と、薬学的担体とを含んでなる、医薬組成物。
  15. 疾患の処置に使用するための、請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体、または請求項13のいずれか一項に記載の結合性分子、または請求項14に記載の医薬組成物。
  16. 患が、がん、免疫障害、神経疾患、炎症障害、アレルギー、移植拒絶反応、ウイルス感染症または免疫不全から選択される、請求項15に記載の使用のための、請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体、または請求項13のいずれか一項に記載の結合性分子、または請求項14に記載の医薬組成物。
  17. んが、骨がん、膵臓がん、皮膚がん、頭頸部がん、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮がん、卵巣がん、直腸がん、肛門領域のがん、胃がん、精巣がん、乳がん、脳がん、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、食道がん、小腸がん、内分泌系のがん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、腎臓がん、軟部組織肉腫、尿道がん、膀胱がん、腎臓がん、肺がん、非小細胞肺がん、胸腺腫、尿路上皮癌、白血病、前立腺がん、中皮腫、副腎皮質癌、リンパ腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、胃がん、および多発性骨髄腫から選択される、請求項15もしくは16に記載の使用のための、請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体、または請求項13のいずれか一項に記載の結合性分子、または請求項14に記載の医薬組成物。
  18. 薬および/または使用説明書とともに、請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体、または請求項13のいずれか一項に記載の結合性分子、または請求項14に記載の医薬組成物を含んでなる、キット。
  19. 請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体をコードする核酸配列を含んでなる、核酸分子。
  20. 配列番号887を含んでなる、請求項19に記載の核酸分子。
  21. 請求項19または20のいずれか一項に記載の核酸分子を含んでなる、ベクター。
  22. 請求項19もしくは20のいずれか一項に記載の核酸分子または請求項21に記載のベクターを含んでなる、宿主細胞。
  23. 前記宿主細胞が、細菌、酵母、ウイルスまたは哺乳動物細胞である、請求項22に記載の宿主細胞。
  24. 請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体を産生する方法であって、
    宿主細胞において前記シングル可変重鎖ドメイン抗体をコードする核酸を発現させる工程、および
    宿主細胞から前記シングル可変重鎖ドメイン抗体を単離する工程を含んでなる、方法。
  25. CD137による免疫の後にトランスジェニックマウスから得られたまたは得ることができるヒトCD137に結合する、請求項1~のいずれか一項に記載のVドメインを含んでなる重鎖のみの抗体であって、前記マウスは、ヒトV、DおよびJ座を発現するが、機能的な内因性のラムダおよびカッパ軽鎖ならびに重鎖を産生しない、抗体。
  26. CD8+T細胞増殖を促進し、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の活性化および/またはサイトカイン放出を誘導するin vitroの方法であって、請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体、または請求項13のいずれか一項に記載の結合性分子、または請求項14に記載の医薬組成物を投与する工程を含んでなる、方法。
  27. 腫瘍特異抗原に結合するシングル可変重鎖ドメイン抗体を含んでなる結合性分子における、請求項1~のいずれか一項に記載のシングル可変重鎖ドメイン抗体の使用。
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