JP2021502069A5

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Publication number: JP2021502069A5
Application number: JP2020524429A
Authority: JP
Filing date: 2018-11-09
Publication date: 2021-12-23

Description

幾つかの実施形態では、コンピュータ実施方法は、非コード核酸のうちの１つまたは組み合わせの存在または非存在を判定するために使用され、先に記載した方法を実施することを含み、非コード核酸のうちの１つまたは組み合わせを含む１つまたは複数の試料からの参照物質の非コード核酸のうちの１つまたは組み合わせの存在量を定量化すること、１つまたは複数の試料中の非コード核酸のうちの１つまたは組み合わせの正規化された量を計算により判定すること、および当該正常化された量に基づいて非コード核酸のうちの１つまたは組み合わせの存在または非存在を判定すること含む。幾つかの実施形態では、問題の試料から単離された全ＲＮＡの試料を配列決定することを含む定量化。幾つかの実施形態では、計算解析は、全血または血清試料から得られる配列データに対して実行される。いくつかの実施形態では、先に記載したコンピュータ実施方法の結果は、出力であって、診断、例えば乳癌などの過剰増殖障害の診断であり得る出力である。他の実施形態では、追加の試料関連情報、例えば、試料中の既知の腫瘍抗原の存在または非存在に関する情報が出力され得る。出力は、本明細書に記載される種々の手段によるものであり得、例えば、結果は、例えばコンピュータ・モニターなどに視覚的に出力され得るか、または出力は、ハードコピー、例えば、印刷された紙のレポートなどであり得る。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
良性、前悪性、または悪性の過剰増殖性細胞を有する対象を診断する方法であって、
試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片の存在、非存在、および／または量を検出するステップを含む方法。
（項目２）
前記対象が、乳癌と診断されたかまたは疑われているヒトである、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記検出するステップが、前記対象から試料を得るステップの後にある、項目１に記載の方法。
（項目４）
対象由来の試料を、配列番号１〜配列番号２０１から選択される非コードＲＮＡのうちの１つもしくは組み合わせ、または表１、２、および／もしくは３のうちの任意の核酸に対する少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の配列相同性を含む非コード核酸配列のうちの１つもしくは組み合わせに相補的な少なくとも１つの核酸分子に曝露することを更に含む、項目１〜３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記少なくとも１つの非コードＲＮＡが、Ｔ３ｐまたはその機能的断片である、項目１〜４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
前記検出するステップが、ＢＲＣＡ遺伝子発現の存在、非存在、および／または量を検出することを更に含む、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の存在、非存在、および／または量を検出する前記ステップが、前記試料を前記少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片に特異的な１つまたは複数のプローブと接触させること、および前記試料中の前記量を対照試料から取られた測定値に正規化することを含む、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
対照試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の量の測定値に対する前記試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の量を、前記対象が良性、前悪性、または悪性腫瘍を有する確率または可能性に関連付けることを更に含む、項目１〜７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記良性、前悪性、または悪性の過剰増殖性細胞が、胸部組織由来である、項目１〜８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記試料が、対象由来の血液または血清である、項目１〜９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記方法が、前記対象における基底または管腔がんのうちの１つまたは複数から選択される前悪性または悪性過剰増殖性細胞の存在を診断する、項目１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記試料が、対象由来の少なくとも１個の細胞で播かれたか、または播種された細胞の培養物から採取される、項目１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記対象由来の少なくとも１つの生検を、培養培地を用いて、対象の胸部組織由来の少なくとも１個の細胞を増殖させるのに十分な条件下かつ期間、培養することを更に含む、項目１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片の量を測定する前記ステップが、試料をデジタル画像化すること、試料を非コードＲＮＡまたはその機能的断片のエピトープに特異的な既知の量の標識抗体に曝露させること、試料を非コードＲＮＡまたはその機能的断片に特異的な１つまたは複数の色素に曝露させること、試料を前記非コードＲＮＡまたはその機能的断片の配列に相補的な少なくとも１つの標識プローブに曝露させること、試料をクロマトグラフィーに曝露させること、試料の全ＲＮＡを単離し、前記全ＲＮＡを配列解析に曝露させること、および／または前記試料を質量分析に曝露させることのうちの１つまたは組み合わせを含む、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記試料由来の細胞の形態を解析することを更に含む、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記試料が、対象の血漿、血清、もしくは血液採取、ブラッシング、生検、または外科的切除による組織または液体試料を含むヒト組織試料である、項目１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記試料が、新たに取得された、ホルマリン固定された、アルコール固定された、かつ／またはパラフィン包埋された細胞を含む、項目１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の存在、非存在、および／もしくは量を検出する前記ステップが、化学発光プローブ、蛍光プローブ、および／または蛍光顕微鏡法を使用することを含む、項目１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の存在、非存在、および／もしくは量を検出する前記ステップが、前記試料の全ＲＮＡをＴ３ｐに相補的な少なくとも１つのプローブに接触させることを含む、項目１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の存在、非存在、および／もしくは量を検出する前記ステップが、前記試料の前記全ＲＮＡを、表１、２、および／または３における配列のうちのいずれかを含む核酸配列のうちの１つまたは組み合わせに相補的な少なくとも１つのプローブに接触させることを更に含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
対象におけるがん細胞を検出する方法であって、
前記試料を、非コードＲＮＡ配列のうちの１つまたは組み合わせに相補的なプローブのうちの１つまたは組み合わせのある量と接触させることによって非コードＲＮＡが前記試料中に存在するかどうかを検出することを含む、方法。
（項目２２）
１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の存在を検出するかまたはその量を定量化する前記ステップが、前記対象から試料を取得するステップの後にある、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記方法が、
１つの非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在、非存在、もしくは量に基づいて１つ以上のスコアを計算すること；ならびに
前記非コードＲＮＡおよび／もしくはその機能的断片の量が対照試料中の非コードＲＮＡおよび／もしくはその機能的断片の量を超える場合、または前記非コードＲＮＡおよび／もしくはその機能的断片の量ががんを有することが既知の対象から採取された試料中の非コードＲＮＡおよび／もしくはその機能的断片の量と実質的に等しい場合、前記対象が、がんを有すると診断されるように前記１つ以上のスコアを前記非コードＲＮＡおよび／またはその機能的断片の存在、非存在、もしくは量に関連付けることを更に含む、項目２１または２２に記載の方法。
（項目２４）
表１、２、および／もしくは３のそれらの核酸配列または表１、２、および／もしくは３の配列のうちのいずれかに対する少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の配列相同性を含む核酸配列のうちの１つまたは組み合わせから選択される２つ以上の非コードＲＮＡの存在を検出することまたはこれをを定量化することを更に含む、項目２１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
前記試料が、対象の血清もしくは血漿もしくは血液採取、ブラッシング、生検、または外科的切除による組織を含むヒト組織試料である、項目２１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
前記試料が、新たに取得された、ホルマリン固定された、アルコール固定された、かつ／またはパラフィン包埋された細胞からの全ＲＮＡを含む、項目２１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその断片のうちの少なくとも１つの量を定量化する前記ステップが、前記試料から全ＲＮＡを単離することを含む、項目２１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
相補的なプローブが１つであるかまたはＴ３ｐであるＲＮＡ配列である、項目２１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記試料が、血漿、血液または血清である、項目２１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
対象を乳癌と診断する方法であって、
（ａ）前記対象の試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその機能的断片の存在または量を、前記試料を非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列に特異的なプローブと接触させることによって検出または定量化すること；ならびに
（ｂ）前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在または量が、検出または定量化される場合に対象を乳癌と診断すること、を含む方法。
（項目３１）
非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在を検出するかまたはその量を定量化する前記ステップが、前記対象から試料を採取するステップの後にある、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
ステップ（ａ）が、
非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在、非存在、もしくは量に基づいて１つ以上のスコアを計算することを更に含み、
ステップ（ｂ）が、
前記非コードＲＮＡおよび／もしくはその相同配列の量が対照試料中の非コードＲＮＡおよび／もしくはその相同配列の量を超える場合、または前記非コードＲＮＡおよび／もしくはその相同配列の量が乳癌を有することが既知の対象から採取された試料中の非コードＲＮＡおよび／もしくはその相同配列の量と実質的に等しい場合、前記対象が、乳癌を有すると診断されるように、前記１つ以上のスコアを非コードＲＮＡおよび／またはその機能的断片の存在、非存在、もしくは量に関連付けることを更に含む、項目３０または３１に記載の方法。
（項目３３）
がん抗原の存在を検出するかまたはその量を定量化することを更に含む、項目３０〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記試料が、対象の血漿、血清もしくは血液採取、ブラッシング、生検、または外科的切除による細胞または組織を含むヒト組織試料である、項目３０〜３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記試料が、新たに取得された、ホルマリン固定された、アルコール固定された、かつ／またはパラフィン包埋された細胞からの全ＲＮＡを含む、項目３０〜３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列のうちの少なくとも１つの量を定量化する前記ステップが、蛍光イメージングおよび／またはデジタルイメージングを使用することを含む、項目３０〜３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記プローブが、フルオロフォアを任意に含む、Ｔ３ｐに相補的な１つまたは複数の核酸配列である、項目３０〜３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記試料がヒト血清である、項目３０〜３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
乳癌と診断されたかまたは疑われる治療の必要がある対象を治療する方法であって、
（ａ）非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列のうちの１つまたは組み合わせに特異的な１つまたは複数のプローブを試料と接触させるステップ；
（ｂ）前記試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在、非存在、または量を定量化するステップ；
（ｃ）前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在、非存在、または量に基づいて１つ以上のスコアを計算するステップ；
（ｄ）前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量が対照試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量を超える場合、前記１つ以上のスコアを前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在、非存在、または量に関連付けるステップであって、前記関連付けるステップが、対象を乳癌と診断することを含むステップ；ならびに
（ｅ）前記乳癌に対する治療上有効量の処置薬を前記対象に投与するステップを含む方法。
（項目４０）
がんを有すると診断されたかまたは疑われる治療の必要がある対象を治療する方法であって、
（ａ）非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列に特異的な１つまたは複数のプローブを試料と接触させるステップ；
（ｂ）前記試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量を定量化するステップ；
（ｃ）前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量に基づいて１つ以上のスコアまたは正規化された数値を計算するステップ；
（ｄ）前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量が対照試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量を超える場合、前記１つ以上のスコアを前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量に関連付けるステップであって、前記関連付けるステップが、対象をがんと診断することを含むステップ；ならびに
（ｅ）前記がんに対する治療上有効量の処置薬を前記対象に投与するステップを含む方法。
（項目４１）
前記プローブが、表１、表２、および／または表３の配列のうちの１つまたは組み合わせから選択される核酸配列に相補的な１つまたは複数の核酸配列である、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
１つで、基質に、フルオロフォア、化学発光剤および／または消光剤が含まれる、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
システムであって、
（ａ）試料と、
（ｂ）少なくとも１つの非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列に結合する１つまたは複数のプローブおよび／または染色剤と、
（ｃ）前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列に結合する少なくとも１つのプローブまたは染色剤の存在、非存在、および／または強度を定量化することができる１つ以上の装置と、を含むシステム。
（項目４４）
前記試料が、乳癌を有するものとして同定されたかまたは有すると疑われる対象から採取される、項目４３に記載のシステム。
（項目４５）
過剰増殖性細胞を含む試料の発生段階または病理を特徴づける方法であって、
（ａ）非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列に特異的な複数のプローブを試料と接触させるステップ；
（ｂ）前記試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量を定量化するステップ；
（ｃ）非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在、非存在、または量に基づいて１つ以上の正規化されたスコアを計算するステップ；ならびに
（ｄ）前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量が対照試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の量を超える場合となるように、前記１つ以上のスコアを前記非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の前記量に関連付けるステップであって、前記関連付けるステップが、前記試料を過剰増殖性細胞を含むと特徴付けることを含むステップを含む方法。
（項目４６）
対象が悪性腫瘍を有するかどうか判定する方法であって、
前記対象由来の試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在、非存在、または量を、前記試料を非コードＲＮＡおよび／もしくはその相同配列に特異的なプローブならびに／または非コードＲＮＡおよび／もしくはその相同配列に特異的な基質と接触させることによって検出することを含む方法。
（項目４７）
前記対象由来の前記試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在、非存在、または量を、前記試料を非コードＲＮＡおよび／もしくはその相同配列に特異的なプローブならびに／またはＴ３ｐもしくはその機能的断片に特異的な基質と接触させることによって検出することを更に含む、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
対象がＢＲＣＡを発現しているがんを有するかどうか判定する方法であって、
前記対象由来の試料中の非コードＲＮＡおよび／またはその相同配列の存在、非存在、または量を、前記試料を非コードＲＮＡおよび／もしくはその相同配列に特異的なプローブならびに／または非コードＲＮＡおよび／もしくはその相同配列に特異的な基質と接触させることによって検出することを含む方法。

Claims

良性、前悪性、または悪性の過剰増殖性細胞を有する対象を診断するための指標を得る方法であって、
試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片の存在、非存在、および／または量を検出するステップを含み、
前記少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片の存在、非存在、および／または量が、前記良性、前悪性、または悪性の過剰増殖性細胞を有する前記対象を診断するための指標となる、方法。
前記試料を前記少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片に特異的な１つまたは複数のプローブと接触させること、および前記試料中の前記量を対照試料から取られた測定値に正規化することを更に含む、請求項１に記載の方法。
前記対象由来の前記試料を、配列番号１〜配列番号２０１から選択される非コードＲＮＡのうちの１つもしくは組み合わせ、または表１、２、および／もしくは３のうちの任意の核酸に対する少なくとも７０％の配列相同性を含む非コード核酸配列のうちの１つもしくは組み合わせに相補的な少なくとも１つの核酸分子に曝露すること；ならびに／あるいは
前記試料の全ＲＮＡを、表１、２、および／または３における配列のうちのいずれかを含む核酸配列のうちの１つまたは組み合わせに相補的な少なくとも１つのプローブに接触させること
を更に含む、請求項１または２に記載の方法。
前記対象由来の前記試料を、配列番号３、配列番号１９、配列番号３２、配列番号４０、配列番号４１、配列番号７９、配列番号８２、配列番号８３、配列番号１２６、配列番号１４８、および配列番号１９１から選択される任意の核酸に対する少なくとも７０％の配列相同性を含む非コード核酸配列のうちの１つもしくは組み合わせに相補的な少なくとも１つの核酸分子に曝露すること、を更に含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
前記試料の全ＲＮＡをＴ３ｐまたはその機能的断片に相補的な少なくとも１つのプローブに接触させることを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
対照試料中の前記少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片の量の測定値に対する前記試料中の前記少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片の量を、前記対象が良性、前悪性、または悪性腫瘍を有する確率または可能性に関連付けることを更に含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
前記良性、前悪性、または悪性の過剰増殖性細胞が、胸部組織由来である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
前記試料が、
ａ）前記対象由来の血液または血清
ｂ）前記対象由来の少なくとも１個の細胞で播かれたか、または播種された細胞の培養物から採取されるＲＮＡ
ｃ）前記対象の血漿、血清、もしくは血液採取、ブラッシング、生検、または外科的切除による組織または液体試料を含むヒト組織試料、または
ｄ）新たに取得された、ホルマリン固定された、アルコール固定された、かつ／またはパラフィン包埋された細胞
を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片の量を測定する前記ステップが、試料をデジタル画像化すること、試料を非コードＲＮＡまたはその機能的断片のエピトープに特異的な既知の量の標識抗体に曝露させること、試料を非コードＲＮＡまたはその機能的断片に特異的な１つまたは複数の色素に曝露させること、試料を前記非コードＲＮＡまたはその機能的断片の配列に相補的な少なくとも１つの標識プローブに曝露させること、試料をクロマトグラフィーに曝露させること、試料の全ＲＮＡを単離し、前記全ＲＮＡを配列解析に曝露させること、および／または前記試料を質量分析に曝露させることのうちの１つまたは組み合わせを含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
ａ）前記少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその機能的断片の存在、非存在、もしくは量に基づいて１つ以上のスコアを計算すること；ならびに
ｂ）前記少なくとも１つの非コードＲＮＡもしくはその機能的断片の存在、非存在、もしくは量を前記１つ以上のスコアに関連付けることを含み、
対照試料中の前記少なくとも１つの非コードＲＮＡもしくはその機能的断片の量を超える、前記少なくとも１つの非コードＲＮＡもしくはその機能的断片の量が、前記良性、前悪性、または悪性の過剰増殖性細胞を有する対象を診断するための指標となる、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の存在、非存在、および／もしくは量を検出する前記ステップが、化学発光プローブ、蛍光プローブ、および／または蛍光顕微鏡法を使用することを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
前記試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の存在、非存在、および／もしくは量を検出する前記ステップが、前記試料の全ＲＮＡをＴ３ｐに相補的な少なくとも１つのプローブに接触させることを含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
前記試料中の少なくとも１つの非コードＲＮＡまたはその相同配列の存在、非存在、および／もしくは量を検出する前記ステップが、前記試料の前記全ＲＮＡを、表１、２、および／または３における配列のうちのいずれかを含む核酸配列のうちの１つまたは組み合わせに相補的な少なくとも１つのプローブに接触させることを更に含む、請求項１２に記載の方法。
対象におけるがん細胞を検出する方法において使用するための、非コードＲＮＡ配列のうちの１つまたは組み合わせと相補的なプローブのうちの１つまたは組み合わせを含む組成物であって、前記方法が、
前記対象の試料を、前記プローブのうちの１つまたは組み合わせと接触させることによって非コードＲＮＡが前記試料中に存在するかどうかを検出することを含むものである、組成物。
前記方法が、
１つの非コードＲＮＡおよび／またはその機能的断片の存在、非存在、もしくは量に基づいて１つ以上のスコアを計算すること；ならびに
前記非コードＲＮＡおよび／もしくはその機能的断片の量が対照試料中の非コードＲＮＡおよび／もしくはその機能的断片の量を超える場合、または前記非コードＲＮＡおよび／もしくはその機能的断片の量ががんを有することが既知の対象から採取された試料中の非コードＲＮＡおよび／もしくはその機能的断片の量と実質的に等しい場合、前記対象が、がんを有すると診断されるように前記１つ以上のスコアを前記非コードＲＮＡおよび／またはその機能的断片の存在、非存在、もしくは量に関連付けることを更に含むものである、請求項１４に記載の組成物。
前記方法が、表１、２、および／もしくは３のそれらの核酸配列または表１、２、および／もしくは３の配列のうちのいずれかに対する少なくとも７０％の配列相同性を含む核酸配列のうちの１つまたは組み合わせから選択される２つ以上の非コードＲＮＡの存在を検出することまたはこれを定量化することを更に含むものである、請求項１４または１５に記載の組成物。
システムであって、
（ａ）試料と、
（ｂ）少なくとも１つの非コードＲＮＡおよび／またはその機能的断片に結合する１つまたは複数のプローブおよび／または染色剤と、
（ｃ）前記非コードＲＮＡおよび／またはその機能的断片に結合する少なくとも１つのプローブまたは染色剤の存在、非存在、および／または強度を定量化することができる１つ以上の装置と、を含み、
前記少なくとも１つの非コードＲＮＡおよび／またはその機能的断片が、表１、２、もしくは３の配列のうちのいずれかに対する少なくとも７０％の配列相同性を含むものである、システム。
前記試料が、乳癌を有するものとして同定されたかまたは有すると疑われる対象から採取される、請求項１７に記載のシステム。