JP2020530434A - Rnaおよびdnaからの核酸ライブラリーの作製 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、引用によりその全体が本書の一部とされる、2018年3月22日に出願された“PREPARATION OF NUCLEIC ACID LIBRARIES FROM RNA AND DNA”と題する米国仮出願第62/646487号に基づく優先権を主張する。
本発明の方法および組成物のいくつかの態様は、RNAおよびDNAから誘導される核酸ライブラリーの作製および使用に関する。いくつかの態様において、核酸ライブラリーは、RNAから誘導されるポリヌクレオチドにタグを付けることによって作製することができる。
(a)複数のポリヌクレオチドを、複数の、タグを含むプライマーとハイブリダイズすること;ここで、該複数のポリヌクレオチドはRNAおよびDNAを含む;
(b)該ハイブリダイズしたプライマーを逆転写酵素を用いて伸長すること;および
(c)該伸長したプライマーおよび該DNAから、核酸のライブラリーを形成すること
を含む、核酸ライブラリーを作製する方法を含む。いくつかの態様は、(d)該核酸ライブラリーをシーケンスすることをも含む。いくつかの態様は、(e)該タグを含むポリヌクレオチド配列を同定し、それによって、該複数のポリヌクレオチドの該RNAポリヌクレオチドから誘導された配列を同定することをも含む。いくつかの態様は、該タグを欠くポリヌクレオチド配列を同定し、それによって、該複数のポリヌクレオチドの該DNAポリヌクレオチドから誘導された配列を同定することをも含む。
(a)複数のポリヌクレオチドを複数のプライマーとハイブリダイズすること;ここで、該複数のポリヌクレオチドはRNAおよびDNAを含む;
(b)該ハイブリダイズしたプライマーを逆転写酵素を用いて伸長すること;および
(c)該伸長したプライマーおよび該DNAから、核酸のライブラリーを形成すること
を含む、核酸ライブラリーを作製する方法を含む。
(i)前記方法のいずれか1つによって核酸サンプルから作製された核酸ライブラリーから、配列データを得ること;および
(ii)タグを含むポリヌクレオチド配列を同定し、それによって、前記複数のポリヌクレオチドのRNAポリヌクレオチドから誘導された配列を同定すること
を含む、核酸サンプル中の核酸を同定する方法を含む。いくつかの態様は、(iii)タグを含むポリヌクレオチド配列におけるバリアントを同定することをも含む。いくつかの態様において、該バリアントは、一塩基多型(SNP)、欠失、挿入、置換、転位、重複、および遺伝子融合からなる群から選択される。いくつかの態様は、タグを含むポリヌクレオチド配列中の逆転写エラーを同定することをも含む。いくつかの態様は、タグを含むポリヌクレオチドを参照配列と比較することをも含む。いくつかの態様において、参照配列は、該核酸ライブラリーのDNAポリヌクレオチドから誘導される。いくつかの態様において、前記サンプルはセルフリー核酸を含む。いくつかの態様において、RNAポリヌクレオチドは、mRNA、tRNA、リボソームRNA、ノンコーディングRNA、piRNA、siRNA、lncRNA、shRNA、snRNA、miRNA、snoRNA、ウイルスRNA、細菌RNA、およびリボザイムからなる群から選択されるRNAである。
逆転写酵素;および
複数の、タグを含むプライマー;ここで各プライマーは異なる
を含む、核酸ライブラリーを作製するためのキットを含む。いくつかの態様において、複数のプライマーは同じタグを含む。いくつかの態様は、キナーゼ、RNアーゼ、リガーゼ、トランスポゾン、ポリメラーゼおよびシーケンシングアダプターかからなる群から選択される成分をも含む。いくつかの態様において、逆転写酵素は、DNA依存性ポリメラーゼ活性を欠く。いくつかの態様において、逆転写酵素は、トリ骨髄芽球症ウイルス(AMV)逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス(MMLV)逆転写酵素、ヒト免疫ウイルス(HIV)逆転写酵素、ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)逆転写酵素、ラウス随伴ウイルス−2(RAV2)逆転写酵素、C. hydrogenoformans DNAポリメラーゼ、T. thermus DNAポリメラーゼ、T. flavus DNAポリメラーゼ、およびそれらの機能性バリアントからなる群から選択される。
いくつかの態様は、核酸ライブラリーの作製方法を含む。そのような態様のいくつかは、
RNAおよびDNAを含む複数のポリヌクレオチドを含むサンプルを入手すること;
該複数のポリヌクレオチドを複数のプライマーとハイブリダイズすること;および
該ハイブリダイズしたプライマーを逆転写酵素を用いて伸長すること
を含みうる。そのような態様のいくつかにおいて、プライマーはタグを含む。いくつか態様は、該伸長したプライマーおよび該DNAから核酸ライブラリーを形成することをも含む。
本発明のいくつかの態様は、キットを含む。キットは、RNAを含むサンプルから核酸ライブラリーを作製するための試薬を含みうる。そのようなキットは、逆転写酵素、および複数の、タグを含むプライマーを含みうる。キットはまた、二本鎖cDNAを合成するための試薬、例えばDNAポリメラーゼおよびヌクレオチドを含みうる。キットはまた、キナーゼ、RNアーゼ、リガーゼ、トランスポゾン、ポリメラーゼ、およびシーケンシングアダプターのような試薬を含みうる。
ドロップレットデジタルPCR(ddPCR)を用いて、癌患者および対照対象からの血清において、ホスファチジルイノシトール−4,5−ビスホスフェート3−キナーゼ触媒サブユニットα(PIK3CA)およびB−Raf(BRAF)をコードする核酸の濃度を測定した。増幅に先立ち、核酸を、逆転写ステップを行うか、または行わないで処理して、DNAを含むか、またはDNAおよび逆転写されたRNA(cDNA)を含むサンプルを調製した。PIK3CA解析のために、PIK3CAのエクソン20の79ntアンプリコン(dHsaCP2506262)をFAMで標識したものを用いた(BIO-RAD, Hercules, CA)。BRAF解析のためには、HEXで標識したBRAFの66ntエクソンアンプリコン(dHsaCP2500366)を用いた(BIO-RAD, Hercules, CA)。
DNAおよびRNAを含むセルフリー核酸サンプルから、逆転写ステップを行う場合と、行わない場合とで、核酸ライブラリーを作製した。ライブラリーを、Truseq RNA Access ライブラリーキット(Illumina, San Diego, CA)を使用して、濃縮を行わずに作製した。ライブラリーをシーケンスし、配列を全トランスクリプトームに対してアラインした。図3は、既知の遺伝子とアラインされた配列の数は、逆転写ステップを行って作製されたライブラリーからの配列(RT配列)では、逆転写ステップを行わずに作製されたライブラリーからの配列(mock RT配列)と比較して、有意に多かったことを示している。さらに、エクソン、例えばGNAQ遺伝子のエクソン4および5ならびにLINC00152ノンコーディング遺伝子のエクソンとアラインされた配列の数は、RT配列ではmock RT配列と比較して有意に多かった(データを示さず)。
癌患者からのDNAおよびRNAを含むセルフリー核酸サンプルから、逆転写ステップを行う場合と、行わない場合とで、核酸ライブラリーを作成した。ライブラリーを、Truseq RNA Access ライブラリーキット(Illumina, San Diego, CA)を使用して作製し、非小細胞肺癌(NSCLC)V1パネルから設計されたプローブを用いて濃縮を行った。配列を、該NSCLC V1パネルに含まれる標的遺伝子に対してアラインした。図4は、逆転写ステップを行った方法(RT)と逆転写ステップを行わなかった方法(mock RT)とで作製されたライブラリーの、該NSCLC V1パネルの試験された特定の遺伝子領域のカバレッジの比を示すグラフである。図4は、該NSCLC V1パネルの少なくとも12の遺伝子のカバレッジが、RT配列においてはmock RT配列の2倍を超えたことを示している。少なくとも12の遺伝子の検出感度が、ライブラリー作製に逆転写を含めた場合に有意に高められた。
15名の癌患者由来のDNAおよびRNAを含むセルフリー核酸サンプルから、逆転写ステップを行う場合と行わない場合とで、核酸ライブラリーを作製した。ライブラリーを、Truseq RNA Access ライブラリーキット(Illumina, San Diego, CA)を使用して作製し、NSCLC V1パネルから設計されたプローブを用いて濃縮を行った。ライブラリーを、ターゲットシーケンシングによってシーケンスし、配列を標的遺伝子パネルに対してアラインした。図5は、逆転写ステップを行って作製されたライブラリーにおいて高められた頻度で見られた変異の数を示すグラフである。
DNAおよびRNAを含むセルフリー核酸サンプルから、タグ付けしたランダムヘキサマーの存在下、および逆転写酵素の存在下または不存在下に、核酸ライブラリーを作製した。ライブラリーを、Truseq RNA Access ライブラリーキット(Illumina, San Diego, CA)を使用して作製し、NSCLC V1パネルから設計されたプローブを用いて濃縮を行った。ライブラリーをシーケンスし、各ライブラリーについて、タグ付けされた配列のリードの数を調べた。図6は、タグ付けされたランダムヘキサマーを用い、逆転写酵素を用いるか(A)、または逆転写酵素を用いずに(B)作製されたライブラリーからのリードの数を示すグラフである。図6は、逆転写酵素を用いて作製されたライブラリーにおいて、タグ付けされた配列が存在し、逆転写酵素を用いずに作製されたライブラリーにおいては、タグ付けされた配列が僅かなバックグラウンドレベルで検出されたことを示している。このことは、RNAから誘導されるcDNAの配列が、タグによって容易に同定可能であり、タグ付けされていない配列から識別可能であることを示している。
本発明のいくつかの態様は、キットを含む。キットは、RNAを含むサンプルから核酸ライブラリーを作製するための試薬を含みうる。そのようなキットは、逆転写酵素、および複数の、タグを含むプライマーを含みうる。キットはまた、二本鎖cDNAを合成するための試薬、例えばDNAポリメラーゼおよびヌクレオチドを含みうる。キットはまた、キナーゼ、RNアーゼ、リガーゼ、トランスポゾン、ポリメラーゼ、およびシーケンシングアダプターのような試薬を含みうる。
本発明の態様を、以下、さらに記載する:
[項1]
(a)複数のポリヌクレオチドを、複数の、タグを含むプライマーとハイブリダイズすること;ここで、該複数のポリヌクレオチドはRNAおよびDNAを含む;
(b)該ハイブリダイズしたプライマーを逆転写酵素を用いて伸長すること;および
(c)該伸長したプライマーおよび該DNAから、核酸のライブラリーを形成すること、
を含む、核酸ライブラリーを作製する方法。
[項2]
(d)前記核酸ライブラリーをシーケンスすることをさらに含む、上記項1に記載の方法。
[項3]
(e)前記タグを含むポリヌクレオチド配列を同定し、それによって、前記複数のポリヌクレオチドの前記RNAポリヌクレオチドから誘導された配列を同定することをさらに含む、上記項2に記載の方法。
[項4]
前記タグを欠くポリヌクレオチド配列を同定し、それによって、前記複数のポリヌクレオチドの前記DNAポリヌクレオチドから誘導された配列を同定することをさらに含む、上記項3に記載の方法。
[項5]
前記複数のプライマーが異なる配列を含む、上記項1〜4のいずれかに記載の方法。
[項6]
各プライマーがそれぞれ異なる配列を含む、上記項1〜5のいずれかに記載の方法。
[項7]
前記複数のプライマーが、10000を超える異なる配列を含む、上記項1〜6のいずれかに記載の方法。
[項8]
前記複数のプライマーが、100000を超える異なる配列を含む、上記項1〜7のいずれかに記載の方法。
[項9]
前記複数のプライマーがランダムヘキサマー配列を含む、上記項1〜8のいずれかに記載の方法。
[項10]
前記複数のプライマーが同じタグを含む、上記項1〜9のいずれかに記載の方法。
[項11]
前記逆転写酵素がDNA依存性ポリメラーゼ活性を欠く、上記項1〜10のいずれかに記載の方法。
[項12]
前記逆転写酵素が、トリ骨髄芽球症ウイルス(AMV)逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス(MMLV)逆転写酵素、ヒト免疫ウイルス(HIV)逆転写酵素、ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)逆転写酵素、ラウス(Rous)随伴ウイルス−2(RAV2)逆転写酵素、C. hydrogenoformans DNAポリメラーゼ、T. thermus DNAポリメラーゼ、T. flavus DNAポリメラーゼ、およびそれらの機能性バリアントからなる群から選択される、上記項1〜11のいずれかに記載の方法。
[項13]
(b)が前記DNAポリヌクレオチドの存在下に行われる、上記項1〜12のいずれかに記載の方法。
[項14]
(b)が、前記伸長したプライマーから二本鎖cDNAを生成することを含む、上記項1〜13のいずれかに記載の方法。
[項15]
(c)が、前記伸長したプライマーおよびDNAポリヌクレオチドを、キナーゼ、リガーゼ、トランスポゾン、ポリメラーゼおよびシーケンシングアダプターからなる群から選択される試薬と接触させることを含む、上記項1〜14のいずれかに記載の方法。
[項16]
前記複数のポリヌクレオチドがセルフリー(cell-free)である、上記項1〜15のいずれかに記載の方法。
[項17]
前記複数のポリヌクレオチドが、血清、間質液、リンパ、脳脊髄液、唾液、尿、乳汁、汗および涙液からなる群から選択されるサンプルから得られる、上記項16に記載の方法。
[項18]
(a)複数のポリヌクレオチドを複数のプライマーとハイブリダイズすること;ここで、該複数のポリヌクレオチドはRNAおよびDNAを含む;
(b)該ハイブリダイズしたプライマーを逆転写酵素を用いて伸長すること;および
(c)該伸長したプライマーおよび該DNAから、核酸のライブラリーを形成すること、
を含む、核酸ライブラリーを作製する方法。
[項19]
前記複数のポリヌクレオチドがセルフリーである、上記項18に記載の方法。
[項20]
前記複数のポリヌクレオチドが、血清、間質液、リンパ、脳脊髄液、唾液、尿、乳汁、汗および涙液からなる群から選択されるサンプルから得られる、上記項18または19に記載の方法。
[項21]
前記複数のプライマーが異なる配列を含む、上記項18〜20のいずれかに記載の方法。
[項22]
各プライマーがそれぞれ異なる配列を含む、上記項18〜21のいずれかに記載の方法。
[項23]
前記複数のプライマーが、10000を超える異なる配列を含む、上記項18〜22のいずれかに記載の方法。
[項24]
前記複数のプライマーが、100000を超える異なる配列を含む、上記項18〜23のいずれかに記載の方法。
[項25]
前記複数のプライマーがランダムヘキサマー配列を含む、上記項18〜24のいずれかに記載の方法。
[項26]
前記逆転写酵素がDNA依存性ポリメラーゼ活性を欠く、上記項18〜25のいずれかに記載の方法。
[項27]
前記逆転写酵素が、トリ骨髄芽球症ウイルス(AMV)逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス(MMLV)逆転写酵素、ヒト免疫ウイルス(HIV)逆転写酵素、ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)逆転写酵素、ラウス随伴ウイルス−2(RAV2)逆転写酵素、C. hydrogenoformans DNAポリメラーゼ、T. thermus DNAポリメラーゼ、T. flavus DNAポリメラーゼ、およびそれらの機能性バリアントからなる群から選択される、上記項18〜26のいずれかに記載の方法。
[項28]
(b)が前記DNAポリヌクレオチドの存在下に行われる、上記項18〜27のいずれかに記載の方法。
[項29]
(b)が、前記伸長したプライマーから二本鎖cDNAを生成することを含む、上記項18〜28のいずれかに記載の方法。
[項30]
(c)が、前記伸長したプライマーおよびDNAポリヌクレオチドを、キナーゼ、リガーゼ、トランスポゾン、ポリメラーゼおよびシーケンシングアダプターからなる群から選択される試薬と接触させることを含む、上記項18〜29のいずれかに記載の方法。
[項31]
(i)上記項1〜30のいずれかに記載の方法によって核酸サンプルから作製された核酸ライブラリーから、配列データを得ること;および
(ii)タグを含むポリヌクレオチド配列を同定し、それによって、前記複数のポリヌクレオチドのRNAポリヌクレオチドから誘導された配列を同定すること、
を含む、核酸サンプル中の核酸を同定する方法。
[項32]
(iii)前記タグを含むポリヌクレオチド配列におけるバリアントを同定することをさらに含む、上記項31に記載の方法。
[項33]
前記バリアントが、一塩基多型(SNP)、欠失、挿入、置換、重複、転位、および遺伝子融合からなる群から選択される、上記項32に記載の方法。
[項34]
前記タグを含むポリヌクレオチド配列における逆転写エラーを同定することさらに含む、上記項31〜33のいずれかに記載の方法。
[項35]
前記タグを含むポリヌクレオチドを参照配列と比較することをさらに含む、上記項31〜34のいずれかに記載の方法。
[項36]
前記参照配列が、前記核酸ライブラリーのDNAポリヌクレオチドから誘導される、上記項35に記載の方法。
[項37]
前記サンプルがセルフリー核酸を含む、上記項31〜36のいずれかに記載の方法。
[項38]
前記RNAポリヌクレオチドが、mRNA、tRNA、リボソームRNA、ノンコーディングRNA、piRNA、siRNA、lncRNA、shRNA、snRNA、miRNA、snoRNA、ウイルスRNA、細菌RNA、およびリボザイムからなる群から選択されるRNAである、上記項31〜37のいずれかに記載の方法。
[項39]
逆転写酵素;および
複数の、タグを含むプライマー;ここで各プライマーは異なる、
を含む、核酸ライブラリーを作製するためのキット。
[項40]
前記複数のプライマーが同じタグを含む、上記項39に記載のキット。
[項41]
キナーゼ、RNアーゼ、リガーゼ、トランスポゾン、ポリメラーゼおよびシーケンシングアダプターからなる群から選択される成分をさらに含む、上記項39または40に記載のキット。
[項42]
前記逆転写酵素がDNA依存性ポリメラーゼ活性を欠く、上記項39〜41のいずれかに記載のキット。
[項43]
前記逆転写酵素が、トリ骨髄芽球症ウイルス(AMV)逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス(MMLV)逆転写酵素、ヒト免疫ウイルス(HIV)逆転写酵素、ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)逆転写酵素、ラウス随伴ウイルス−2(RAV2)逆転写酵素、C. hydrogenoformans DNAポリメラーゼ、T. thermus DNAポリメラーゼ、T. flavus DNAポリメラーゼ、およびそれらの機能性バリアントからなる群から選択される、上記項39〜42のいずれかに記載のキット。
Claims (43)
- (a)複数のポリヌクレオチドを、複数の、タグを含むプライマーとハイブリダイズすること;ここで、該複数のポリヌクレオチドはRNAおよびDNAを含む;
(b)該ハイブリダイズしたプライマーを逆転写酵素を用いて伸長すること;および
(c)該伸長したプライマーおよび該DNAから、核酸のライブラリーを形成すること、
を含む、核酸ライブラリーを作製する方法。 - (d)前記核酸ライブラリーをシーケンスすることをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- (e)前記タグを含むポリヌクレオチド配列を同定し、それによって、前記複数のポリヌクレオチドの前記RNAポリヌクレオチドから誘導された配列を同定することをさらに含む、請求項2に記載の方法。
- 前記タグを欠くポリヌクレオチド配列を同定し、それによって、前記複数のポリヌクレオチドの前記DNAポリヌクレオチドから誘導された配列を同定することをさらに含む、請求項3に記載の方法。
- 前記複数のプライマーが異なる配列を含む、請求項1〜4のいずれかに記載の方法。
- 各プライマーがそれぞれ異なる配列を含む、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 前記複数のプライマーが、10000を超える異なる配列を含む、請求項1〜6のいずれかに記載の方法。
- 前記複数のプライマーが、100000を超える異なる配列を含む、請求項1〜7のいずれかに記載の方法。
- 前記複数のプライマーがランダムヘキサマー配列を含む、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
- 前記複数のプライマーが同じタグを含む、請求項1〜9のいずれかに記載の方法。
- 前記逆転写酵素がDNA依存性ポリメラーゼ活性を欠く、請求項1〜10のいずれかに記載の方法。
- 前記逆転写酵素が、トリ骨髄芽球症ウイルス(AMV)逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス(MMLV)逆転写酵素、ヒト免疫ウイルス(HIV)逆転写酵素、ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)逆転写酵素、ラウス(Rous)随伴ウイルス−2(RAV2)逆転写酵素、C. hydrogenoformans DNAポリメラーゼ、T. thermus DNAポリメラーゼ、T. flavus DNAポリメラーゼ、およびそれらの機能性バリアントからなる群から選択される、請求項1〜11のいずれかに記載の方法。
- (b)が前記DNAポリヌクレオチドの存在下に行われる、請求項1〜12のいずれかに記載の方法。
- (b)が、前記伸長したプライマーから二本鎖cDNAを生成することを含む、請求項1〜13のいずれかに記載の方法。
- (c)が、前記伸長したプライマーおよびDNAポリヌクレオチドを、キナーゼ、リガーゼ、トランスポゾン、ポリメラーゼおよびシーケンシングアダプターからなる群から選択される試薬と接触させることを含む、請求項1〜14のいずれかに記載の方法。
- 前記複数のポリヌクレオチドがセルフリー(cell-free)である、請求項1〜15のいずれかに記載の方法。
- 前記複数のポリヌクレオチドが、血清、間質液、リンパ、脳脊髄液、唾液、尿、乳汁、汗および涙液からなる群から選択されるサンプルから得られる、請求項16に記載の方法。
- (a)複数のポリヌクレオチドを複数のプライマーとハイブリダイズすること;ここで、該複数のポリヌクレオチドはRNAおよびDNAを含む;
(b)該ハイブリダイズしたプライマーを逆転写酵素を用いて伸長すること;および
(c)該伸長したプライマーおよび該DNAから、核酸のライブラリーを形成すること、
を含む、核酸ライブラリーを作製する方法。 - 前記複数のポリヌクレオチドがセルフリーである、請求項18に記載の方法。
- 前記複数のポリヌクレオチドが、血清、間質液、リンパ、脳脊髄液、唾液、尿、乳汁、汗および涙液からなる群から選択されるサンプルから得られる、請求項18または19に記載の方法。
- 前記複数のプライマーが異なる配列を含む、請求項18〜20のいずれかに記載の方法。
- 各プライマーがそれぞれ異なる配列を含む、請求項18〜21のいずれかに記載の方法。
- 前記複数のプライマーが、10000を超える異なる配列を含む、請求項18〜22のいずれかに記載の方法。
- 前記複数のプライマーが、100000を超える異なる配列を含む、請求項18〜23のいずれかに記載の方法。
- 前記複数のプライマーがランダムヘキサマー配列を含む、請求項18〜24のいずれかに記載の方法。
- 前記逆転写酵素がDNA依存性ポリメラーゼ活性を欠く、請求項18〜25のいずれかに記載の方法。
- 前記逆転写酵素が、トリ骨髄芽球症ウイルス(AMV)逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス(MMLV)逆転写酵素、ヒト免疫ウイルス(HIV)逆転写酵素、ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)逆転写酵素、ラウス随伴ウイルス−2(RAV2)逆転写酵素、C. hydrogenoformans DNAポリメラーゼ、T. thermus DNAポリメラーゼ、T. flavus DNAポリメラーゼ、およびそれらの機能性バリアントからなる群から選択される、請求項18〜26のいずれかに記載の方法。
- (b)が前記DNAポリヌクレオチドの存在下に行われる、請求項18〜27のいずれかに記載の方法。
- (b)が、前記伸長したプライマーから二本鎖cDNAを生成することを含む、請求項18〜28のいずれかに記載の方法。
- (c)が、前記伸長したプライマーおよびDNAポリヌクレオチドを、キナーゼ、リガーゼ、トランスポゾン、ポリメラーゼおよびシーケンシングアダプターからなる群から選択される試薬と接触させることを含む、請求項18〜29のいずれかに記載の方法。
- (i)請求項1〜30のいずれかに記載の方法によって核酸サンプルから作製された核酸ライブラリーから、配列データを得ること;および
(ii)タグを含むポリヌクレオチド配列を同定し、それによって、前記複数のポリヌクレオチドのRNAポリヌクレオチドから誘導された配列を同定すること、
を含む、核酸サンプル中の核酸を同定する方法。 - (iii)前記タグを含むポリヌクレオチド配列におけるバリアントを同定することをさらに含む、請求項31に記載の方法。
- 前記バリアントが、一塩基多型(SNP)、欠失、挿入、置換、重複、転位、および遺伝子融合からなる群から選択される、請求項32に記載の方法。
- 前記タグを含むポリヌクレオチド配列における逆転写エラーを同定することさらに含む、請求項31〜33のいずれかに記載の方法。
- 前記タグを含むポリヌクレオチドを参照配列と比較することをさらに含む、請求項31〜34のいずれかに記載の方法。
- 前記参照配列が、前記核酸ライブラリーのDNAポリヌクレオチドから誘導される、請求項35に記載の方法。
- 前記サンプルがセルフリー核酸を含む、請求項31〜36のいずれかに記載の方法。
- 前記RNAポリヌクレオチドが、mRNA、tRNA、リボソームRNA、ノンコーディングRNA、piRNA、siRNA、lncRNA、shRNA、snRNA、miRNA、snoRNA、ウイルスRNA、細菌RNA、およびリボザイムからなる群から選択されるRNAである、請求項31〜37のいずれかに記載の方法。
- 逆転写酵素;および
複数の、タグを含むプライマー;ここで各プライマーは異なる、
を含む、核酸ライブラリーを作製するためのキット。 - 前記複数のプライマーが同じタグを含む、請求項39に記載のキット。
- キナーゼ、RNアーゼ、リガーゼ、トランスポゾン、ポリメラーゼおよびシーケンシングアダプターからなる群から選択される成分をさらに含む、請求項39または40に記載のキット。
- 前記逆転写酵素がDNA依存性ポリメラーゼ活性を欠く、請求項39〜41のいずれかに記載のキット。
- 前記逆転写酵素が、トリ骨髄芽球症ウイルス(AMV)逆転写酵素、モロニーマウス白血病ウイルス(MMLV)逆転写酵素、ヒト免疫ウイルス(HIV)逆転写酵素、ウマ伝染性貧血ウイルス(EIAV)逆転写酵素、ラウス随伴ウイルス−2(RAV2)逆転写酵素、C. hydrogenoformans DNAポリメラーゼ、T. thermus DNAポリメラーゼ、T. flavus DNAポリメラーゼ、およびそれらの機能性バリアントからなる群から選択される、請求項39〜42のいずれかに記載のキット。
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