JP2020527341A - 試料割り当てパラメータを使用した核酸増幅のための分析システムおよび方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2017年7月10日に出願の米国仮出願第62/530,743号、2018年1月29日に出願の米国仮出願第62/623,327号、2018年2月5日に出願の米国仮出願第62/626,552号、2018年2月9日に出願の米国仮出願第62/628,710号、2018年2月9日に出願の米国仮出願第62/628,919号、および2018年2月12日に出願の米国仮出願第62/629,571号の優先権の利益を主張し、これらの各々はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
幾つかの実施形態では、第1のモジュール100は、複数の垂直に積み重ねられたデッキを含み得る。図2Aおよび2Bは、第1のモジュール100の中間デッキの代表的実施形態の平面図を示し、図2Cは、例示的な実施形態の第1のモジュール100の頂部デッキの平面図を示し、図2Dおよび2Eは、第1のモジュール100の底部デッキの代表的実施形態の平面図を示す。下記の説明において、図2A〜2Eの参照がなされる。図2A〜2Eの一部は、システム1000の異なる実施形態の平面図を示すことに留意されたい。従って、1つの図に関して記載された構成要素の一部は、可視的でなくてもよく、または別の図の異なる位置に配置されていてもよい。示されるように、第1のモジュール100は、少なくとも1つの分析物(例えば、標的核酸)を検出するように設計されたマルチステップ分子アッセイの1つ以上のステップを実行するように構成され得る。第1のモジュール100は、反応容器を受容および保持し、一部の例では、容器の内容物に対してプロセスステップを実行するように構成された、容器を受容する構成要素を含み得る。例示的なプロセスステップは、以下を含み得る:試料ならびに/または、例えば、標的捕捉試薬、緩衝液、油、プライマーおよび/もしくは他の増幅オリゴマー、プローブ、ポリメラーゼなどを含む試薬を反応容器に分配すること;反応容器から、例えば、試料の固定化されていない成分または洗浄溶液を含む材料を吸引すること;反応容器の内容物を混合すること;反応容器の内容物の温度を維持および/または変化させること;反応容器または試薬コンテナの内容物を加熱または冷却すること;反応容器の内容物の1つ以上の成分の濃度を変化させること;反応容器の内容物の構成成分を分離または単離すること;反応容器の内容物からの電磁放射線(例えば、可視光)などのシグナルを検出すること;および/または核酸を非活性化すること、もしくは進行中の反応を停止させること。
例示的な実施形態において、第2のモジュール400は、核酸増幅反応(例えば、PCR)を実行し、リアルタイムで蛍光を測定するように構成されている。システム1000は、システム1000に所望のアッセイの異なるステップを実行するように指示するコントローラ(より詳細に後述される)を含み得る。コントローラは、LIS(「検査室情報システム」)接続およびリモートユーザアクセスに対応し得る。幾つかの実施形態では、第2のモジュール400は、溶融分析などの追加の機能を可能にする構成要素モジュールを格納する。第2のモジュールにおいて使用するのに適し得る溶融ステーションの例は、米国特許第9,588,069号に記載されている。他の装置には、プリンタおよび随意の無停電電源装置が含まれ得る。
図1Bに関して、第2のモジュール400のバルク試薬コンテナコンパートメント500は、複数の試薬コンテナを保持するように構成されている。第2のモジュール400のドアまたはカバーパネルは、試薬コンテナコンパートメント500の内容物にアクセスするために開かれ得る。幾つかの実施形態では、自動ロック(例えば、システム1000のコントローラによって起動される)は、第2のモジュール400が動作している時に試薬コンテナコンパートメント500が引き開けられるのを防止し得る。幾つかの実施形態では、可視および/または可聴の警告信号が、試薬コンテナコンパートメント500が適切に閉じられていないことを示すために提供され得る。図6Aは、開口状態の試薬コンテナコンパートメント500を有するシステム1000の一部の斜視図である。図6Bは、第2のモジュール400から分離された例示的な試薬コンテナコンパートメント500の斜視図である。下記の説明において、図6Aおよび6Bの両方の参照がなされる。図6Aに図示するように、試薬コンテナコンパートメント500は、システム1000上で解析手順を実行するのに使用するための試薬を保有するコンテナをロードするために第2のモジュール400の本体からスライドアウトするキャビネットであり得る。試薬コンテナコンパートメント500は、同一のまたは異なるタイプの試薬を保有するコンテナを保持するように構成された1つ以上のトレイまたはコンテナキャリアを含み得る。一般に、コンテナキャリアは、液体が充填されたコンテナをその中に受容するように形成された1つ以上のポケットまたは空洞を含む構成要素であり得る。幾つかの実施形態では、コンテナキャリアは、非導電性プラスチックまたは高分子材料を使用して成形された構成要素であり得る。図6Bに示されるように、一部の代表的実施形態では、試薬コンテナコンパートメント500は、第1の試薬コンテナキャリア1500および第2の試薬コンテナキャリア1600という2つの試薬コンテナキャリアを含む。幾つかの実施形態では、第2のモジュール400は、(幾つかの実施形態では、コンパートメント500と同様に)各々が1つ以上の試薬コンテナを支持する複数のバルク試薬コンテナコンパートメントを含み得ることに留意されたい。これらの複数のコンパートメントの一部は、試薬コンテナを異なる温度(冷却、加熱など)に維持するように構成され得る。
必要条件ではないが、幾つかの実施形態では、第1の試薬コンテナキャリア1500は、各々が溶出緩衝液などの試薬を中に収容する試薬コンテナ1520を受容するように構成された2つのポケット1510を含む構成要素であり得る。第2の試薬コンテナキャリア1600は、試薬保有するコンテナを中に受容するように構成された複数のポケット1610(例えば、6つのポケット)を有する構成要素であり得る。図6Cは、第1の試薬コンテナキャリア1500および第2の試薬コンテナキャリア1600を有する例示的な試薬コンテナコンパートメント500を示す。図6Cに図示される実施形態では、第1の試薬コンテナキャリア1500が、その2つのポケット1510のうちの1つに配置された1つの試薬コンテナ1520と共に示され、第2の試薬コンテナキャリア1600が、その6つのポケット1610のうちの2つにある2つの溶媒コンテナ(例えば、IVD溶媒コンテナ1620およびLDT溶媒コンテナ1920)と共に示される。幾つかの実施形態では、第2の試薬コンテナキャリア1600は、6つのポケット1610を含み得、図6Bに図示されるように、これらの6つのポケット1610は、例えば、2つの油コンテナ1820および4つの溶媒コンテナ(例えば、2つのIVD溶媒コンテナ1620および2つのLDT溶媒コンテナ1920など)を受容するように構成され得る。一般に、6つのポケット1610は、任意のコンテナ1620、1820、1920を含み得る。図6Dは、ポケット1610に2つの油コンテナ1820、1つのIVD溶媒コンテナ1620および3つのLDT溶媒コンテナ1920を有する例示的な第2の試薬コンテナキャリア1600の平面図である。図6Dに図示するように、システム1000は、コンテナキャリア1600の異なるポケット1610に配置された油コンテナ1820および溶媒コンテナ(1620または1920)を「Oil A」、「Oil B」、および「Recon 1」、「Recon 2」などと識別し得る。幾つかの実施形態では、図6Bに図示するように、油コンテナ1820は、IVD溶媒コンテナ1620と構造的に類似していてもよい。しかしながら、これは必要条件でなくて、一般に油コンテナ1820は、任意の形状および形体であり得る。必要条件ではないが、幾つかの実施形態では、第1の試薬コンテナキャリア1500および第2の試薬コンテナキャリア1600は、お互いに隣接して配置されるか、または離れて配置される別個の構成要素であり得る。一般に、試薬コンテナコンパートメント500は、各々が任意の数のポケットを有する、任意の数のコンテナキャリアを含み得る。例えば、幾つかの実施形態では、6つのポケット1610を有する単一の第2の試薬コンテナキャリア1600の代わりに、ポケット(例えば、それぞれ3つのポケット)を有する複数の単一試薬コンテナキャリア(例えば、2つ)が、試薬コンテナコンパートメント500に提供され得る。コンテナキャリア内のポケットの数およびサイズは、とりわけ、意図されるスループットおよび必要とされる消耗品補充間の所望の期間を考慮して決定され得る。幾つかの実施形態では、第2の試薬コンテナキャリア1600内のポケット1610のサイズおよび外形は、同一であるか、または実質的に同じであり得る。かかる実施形態では、同一のまたは実質的に同じ外部寸法を有するIVD溶媒コンテナ1620およびLDT溶媒コンテナ1920が、ポケット1610に配置され得る。試薬コンテナコンパートメント500内のコンテナは、RFIDなどの機械可読コードにより特定され得る。可視的なシグナル(例えば、赤色および緑色LED)および/または他の表示(テキスト、可聴式など)を有する表示パネル1300が、コンテナの状態に関してフィードバックをユーザに提供するために、試薬コンテナコンパートメント500(および/またはコンテナキャリア上)に提供され得る。表示パネル1300は、試薬コンテナコンパートメント500またはコンテナキャリア内の任意の位置に配置され得る(図6Aおよび6Bにおける表示パネル1300の異なる例示的な位置に注意されたい)。試薬コンテナコンパートメント500は、第1の試薬コンテナキャリア1500を第2のモジュール400内の試薬コンテナコンパートメント500から第1のモジュール100内の位置に移動させるように構成されている試薬コンテナ移送機構1700(図6Bを参照のこと)を含み得る。
試薬コンテナ1520は、リザーバーの開口部を覆うピペッターにより穿孔可能なカバー1550を有する、液体試薬を収容するカップ状リザーバーを含み得る(図7A〜7Cを参照のこと)。幾つかの実施形態では、試薬コンテナ1520内の液体試薬は、溶出緩衝液であり得る。幾つかの実施形態では、カバー1550は、吸引プローブ415、またはロボットピペッター(例えば、ロボットピペッター410、図14A〜14Cを参照のこと)の吸引プローブ415の取付け端425に固定されたディスポーザブルピペットチップ584によって突き通されるのに適した1つ以上のもろい材料(例えば、ホイル、エラストマーなど)を含み得る。使用される間、吸引プローブ425または(吸引プローブ415に取り付られた)ピペットチップ425は、ピペッターにより穿孔可能なカバー1550を貫通し得、コンテナ1520内に貯蔵された液体にアクセスし得る。図7Cは、カバー1550を貫通することによって試薬コンテナ1520内に貯蔵された液体試薬にアクセスしているピペットチップ584(第2のモジュール400のピペッター410の吸引プローブ415の取付け端425に固定された)の概略図を示す。幾つかの実施形態では、図7Aに(ならびに図10Aおよび10Bにおいて更に詳細に)図示したように、開口部を有するプラスチック(または別の硬質材料)のふた1552は、ピペッターにより穿孔可能なカバー1550、および開口部を覆うようにもろいカバー1550と硬質のふた1552との間に配置されたセプタム1554を覆って取り付けられ得る。セプタム1554は、ピペッターにより穿孔可能な材料から作製され得るかまたは、吸引プローブ415もしくはピペッター410の取付け端425に固定されたピペットチップ584がセプタムを通してコンテナ1520にアクセスするのを可能にする特徴(例えば、切れ込みなど)を含み得る。かかる実施形態では、吸引プローブ425またはピペットチップ584は、セプタム1554を通してもろいカバー1550に接触し、これを貫通し得る。コンテナ1520からピペットチップ584を引き出す際に、コンテナ1520より上のフレーム1540の一部は、コンテナ1520が第1の試薬コンテナキャリア1500から取り外されるのを阻止し得る。
試薬コンテナコンパートメント500が閉じられる際(図1Bを参照のこと)、第2のモジュール400の試薬コンテナ移送機構1700は、第1の試薬コンテナキャリア1500を第2のモジュール400から第1のモジュール100内の位置に移動させるために、第1の試薬コンテナキャリア1500のフレーム1540の出っ張りに係合し得る。図8は、第1の試薬コンテナキャリア1500に係合した例示的な試薬コンテナ移送機構1700を示す。試薬コンテナ移送機構1700は、電動モータ1730に作動連結され、システムアースに接続された第2のモジュール400の構造部材に回動可能に連結された連接部1720を含む(すなわち、連接部1720は電気的に接地されている)。試薬コンテナ移送機構1700の起動の際に、連接部1720は、ベアリング1710を介してフレーム1540に係合し、それぞれの回転軸の周りを回転して、第1の試薬コンテナキャリア1500を第2のモジュール400のコンパートメント500から第1のモジュール100内の位置に移動させる。したがって、連接部1720がフレーム1540に係合する場合には、第1の試薬コンテナキャリア1500の金属被覆された部分は、連接部1720を介してシステムアースに電気的に接続されている(または接地されている)。第1の試薬コンテナキャリア1500が第1のモジュール100内に配置される場合には、接地した導電性ブラシ1750が、第1の試薬コンテナキャリア1500の金属被覆された部分(例えば、容器部1530の金属被覆された外表面1532)との電気接触を作る。第1のモジュール100内に配置される場合には、第1のモジュール100の液体抽出デバイス(例えば、ピペッター810のピペットチップ584、図7Cを参照のこと)が、所望の量の試薬、例えば溶出緩衝液にアクセスし、試薬コンテナ1520から吸引し得る。解析手順の間、吸引された試薬は、輸送され、容器またはバイアルへと放出される。代表的実施形態では、試薬流体は、磁気粒子またはシリカビーズなどの固体支持体から標的核酸を溶離するのに有用な溶出緩衝液である。
図6A〜6Cを参照して以前に説明したように、第2の試薬コンテナキャリア1600の複数のポケット1610は、溶媒(例えば、溶媒)を収容する溶媒コンテナ(例えば、IVD溶媒コンテナ1620および/またはLDT溶媒コンテナ1920)および油(例えば、シリコンオイル)を収容する油コンテナ1820を含み得る。当業者ならば周知のように、溶媒および油は、分析システム1000によって実行される分子アッセイにおいて使用される試薬であり得る。図6Cに最もよく示すように、上記の第1の試薬コンテナキャリア1500と同様に、第2の試薬コンテナキャリア1600も、(溶媒コンテナおよび油コンテナを中で支持する)ポケット1610を含む基部または容器部1630およびこれらのコンテナをそれらのそれぞれのポケット1610に保持するふた1640を含み得る。図9A、9Bおよび9Cは、例示的な第2の試薬コンテナキャリア1600のそれぞれ側面斜視図、底面図および断面図である。下記の説明において、図6A〜6Cおよび図9A〜9Cの参照がなされる。一般に、(容器部1630の)ポケット1610の形状およびサイズは、ポケット1610に受容されるコンテナ(例えば、IVDおよびLDT溶媒コンテナ1620、1920ならびに油コンテナ1820)の形状およびサイズに対応し得る。幾つかの実施形態では、図9Bにて図示したように、容器部1630の対向する側部表面は、個々のポケット1610を分離する間隙を含み得る。典型的には、ポケット1610の形状およびサイズは、そのポケット1610に受容される液体が充填されたコンテナの形状およびサイズに適合し得る。例えば、ポケット1610のサイズおよび形状は、それが支持する溶媒コンテナの形状およびサイズに対応し得、これにより、幾つかの実施形態では、静止はまりを提供する。幾つかの実施形態では、ポケット1610は、全て同一のまたは実質的に同じ形状および寸法を有し得る。しかしながら、ポケット1610が異なる形状および/またはサイズを有し得ることも考えられる(例えば、形状および/またはサイズが異なるコンテナをその中に受容するために)。
幾つかの実施形態では、IVD溶媒コンテナ1620は、以前に記載された試薬コンテナ1520と構造的に類似し得る。図10Aは、例示的なIVD溶媒コンテナ1620の分解斜視図を示し、図10Bは、IVD溶媒コンテナ1620の斜視図を示し、図10Cは、溶媒1670を中に収容しているIVD溶媒コンテナ1620の断面図である。下記の説明において、図10A〜10Cの参照がなされる。幾つかの実施形態では、IVD溶媒コンテナ1620は、既知の(例えば、FDA認可のまたはCEマーキングされた)IVDアッセイに好適な再構成緩衝液を含むヒートシールされたパック(例えば、ホイルパック)であり得る。すなわち、IVD溶媒コンテナ1620中の溶媒1670は、再構成緩衝液であり得る(すなわち、増幅オリゴマーおよび/または検出プローブを含む乾燥試薬を再構成するのに適した汎用試薬)。溶媒1670として使用され得る例示的な再構成緩衝液および再構成緩衝液と共に使用するための例示的な乾燥試薬は、国際公開WO2017/136782に記載されている。一部のアッセイ(例えば、PCR)について、複数の増幅オリゴマー(フォワード増幅オリゴマーまたはプライマー、リバース増幅オリゴマーまたはプライマーなど)および/またはプローブが使用され得る。例示的な分子アッセイの間、IVD溶媒コンテナ1620中の溶媒1670(すなわち、再構成緩衝液)は、異なるタイプの増幅オリゴマーおよび異なる標的核酸を増幅するためのプローブを含む乾燥または凍結乾燥試薬(または別の形態(例えば、ゲルなど)の試薬)を再構成するために使用され得る。
幾つかの実施形態では、システム1000において使用されるLDT溶媒コンテナ1920は、上記のIVD溶媒コンテナ1620と異なる形状を有し得る。図11Aおよび11Bは、システム1000において使用され得る例示的なLDT溶媒コンテナ1920を示す。図11Aはコンテナ1920の斜視図を示し、図11Bは第2の試薬コンテナキャリア1600内に配置されるコンテナ1920の図式的横断面図を示す。下記の説明において、図11Aおよび11Bの両方の参照がなされる。LDT溶媒コンテナ1920は、それぞれ液体を収容する容器1940(例えば、再構成液を収容するチューブまたはバイアル)を中で支持するように構成されている複数の凹部1930(例えば、本体の中実部分で形成された空洞)を有する本体1950を含む。例えば、幾つかの実施形態では、4つのほぼ円筒形の凹部1930は、本体1950に長方形の配置で(例えば、2×2のグリッドで)配置され得る。しかしながら、一般にLDT溶媒コンテナ1920は、4つより多いかまたはそれ未満の凹部1930を示し得、凹部1930は、任意の形状(例えば、円錐、円錐台形、長方形など)を有し得、任意の適切な配置(例えば、環状、直鎖状など)に配置され得る。必要条件ではないが、幾つかの実施形態では、コンテナ1920の各凹部1930は、同様の大きさを示す容器1940を中に受容するようにサイズ設定され得る。幾つかの実施形態では、凹部1930の一部または全ては、異なる寸法を有して、対応するサイズに設定された容器1940をその中に受容し得る。
必要条件ではないが、幾つかの実施形態では、増幅試薬および他の試薬は、試薬パックの第2のモジュール400に提供され得る。以下でより詳細に記載されるように、試薬パックは、試薬が提供されるウェルを有するカートリッジを含み得る。図13A〜13Dは、システム1000において使用され得る例示的な試薬パック760の異なる図を示す。図13Aおよび13Bは例示的な試薬パック760の平面図および底面図を示す、図13Cおよび13Dは例示的な試薬パック760の断面図を示して、そのウェル762の内容物を示す。下記の説明において、図13A〜13Dの参照がなされる。試薬パック760は、複数の混合ウェル762を含み得、これらの各々は試薬768を収容する。幾つかの実施形態では、試薬768は、単位用量試薬である。一般に、試薬768が任意の状態(固形、液体など)であり得るが、幾つかの実施形態では、試薬768は、非液体試薬であり得る。幾つかの好ましい実施形態では、試薬768は、固形または乾燥試薬(例えば、凍結乾燥物)であり得る。幾つかの実施形態では、試薬パック760は、それぞれが乾燥させた単位用量試薬768(図13Cを参照のこと)を収容する12個のホイルで覆われた混合ウェル762を含む。試薬パック760に提供され得る例示的な単位用量試薬は、国際公開WO2017/136782に記載されている。試薬パック760は、パックの内容物(例えば、試薬768の種類など)を特定するバーコード(または他の機械可読な指標)を含み得る。各混合ウェル762中の単位用量試薬768は、IVDアッセイまたはLDTに対応する増幅反応を実行するように構成され得る。典型的には、IVDアッセイのために構成された試薬768はアッセイ特異的試薬であるが、LDTのために構成された試薬768はアッセイ特異的ではなく、他の可能な構成成分の中でも、ポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸、および塩化マグネシウムを含み得る。幾つかの実施形態では、各試薬768は、試薬768および/または混合ウェル762に付与された静電荷を用いて、関連付けられた混合ウェル762の底に保持される。幾つかの実施形態では、各試薬768は、混合ウェル762に存在する1つ以上の物理的特徴、例えば、米国特許第9,162,228号に記載のものを用いて、関連付けられた混合ウェル762の底またはその近くに維持される。
第2のモジュール400は、流体移送およびハンドリングシステムを含み、これはロボットピペッター410(図1Bを参照のこと)を含む。図14Aは、第2のモジュール400の例示的な流体移送およびハンドリングシステム402を示す。流体移送およびハンドリングシステム402は、第2のモジュール400の異なる容器(コンテナ、ウェル、バイアルなど)間で液体を移送する(例えば、分配および/または吸引する)ように構成され得る。図14Aに図示するように、システム402は、ロボットピペッター410を含む正面アーム408およびバイアル移送アーム418を含む後面アーム416を含み得る。バイアル移送アーム418は、例えば、ピペット操作能力を有さないピックアンドプレイス機構であり得るか、または(例えば、ピペッター410に類似した)別のピペッターであり得る。図示された実施形態では、流体移送およびハンドリングシステム402は、直交方向(例えば、横方向、縦方向など)に配向された複数のトラック404、406、412、420を備えたガントリアセンブリを含む。ピペッター410およびバイアル移送アーム418は、トラック404、406、412、420に沿って前後方向および横方向にならびにこれらの構成要素と連動したモータを使用して垂直方向に駆動され得る。
キャップ/バイアルアセンブリは、反応液(増幅反応またはアッセイに関連した他のプロセスステップを実行するための)を収容するための容器として機能する処理バイアル464およびバイアル464を閉じる処理バイアルキャップ476を含む。処理バイアル464は、その後の使用のための反応液(例えば、溶出液のアリコート)を貯蔵するために使用され得る。図15Aおよび15Bは、例示的なキャップ/バイアルアセンブリ480の斜視図および図式的横断面図を示す。キャップ476およびバイアル464は、最初は第2のモジュール400のキャップ/バイアルトレイ460(図5Aを参照のこと)の、それぞれキャップウェルおよびバイアルウェルに保持され得る。キャップ476は、開いた頂端部478、閉じた下端部479、およびキャップ476のまわりに延在する環状カラー482を有する。キャップ476の開いた頂端部478は、締まりばめでバイアル移送アーム418の取付け端422を受容するようにサイズ設定される。使用される間、液体は、ロボットピペッター410のディスポーザブルピペットチップ584を介して処理バイアル464に分配され得る。処理バイアル464に液体を分配した後、ピペッター410は、トレイ460からキャップ476を取り出し、自動化方式でバイアル464にキャップ476を配置してバイアル464を閉じ得る。カラー482の下のキャップ476の下部は、処理バイアル464の開いた頂端部465に摩擦嵌合で嵌合するシールリング486を有するプラグ485を示す。キャップ476は、バイアル464の開いた頂端部465の周囲に形成されたリップと締まりばめを形成する係止特徴(例えば、ロッキングカラーなど)を含む。
第2のモジュール400は、サーマルサイクラー432(図5A〜5Dを参照のこと)を含む。通常、サーマルサイクラー432は、核酸増幅反応において使用される。核酸増幅反応の条件は、実質的に等温であり得るか、またはPCR熱サイクルと同様に周期的な温度変化を必要とし得る。サーマルサイクラー432は、核酸を含有している試料を一定温度または周囲温度に加熱および維持するために使用され得るか、またはその温度を変動させるために使用され得る。図16A〜16Iは、システム1000において使用され得る例示的なサーマルサイクラー432の異なる図を示す。下記の説明において、図16A〜16Iの参照がなされる。サーマルサイクラー432は、支柱フレーム4018(図16Dを参照のこと)の上端部に支持された複数の容器ホルダー4010を含む。各容器ホルダー4010は、例えば、反応混合物を収容している複数の容器(例えば、図15Bのキャップ/バイアルアセンブリ480)を支持するように構成され得る。図16Aは、容器ホルダー4010に配置されるキャップ/バイアルアセンブリ480を有するサーマルサイクラー432の斜視図を示し、図16Bは、キャップ/バイアルアセンブリ480を有さないサーマルサイクラー432の図示である。容器ホルダー4010は、容器、例えば、キャップ/バイアルアセンブリ480(すなわち、キャップ/バイアルアセンブリ480のバイアル464)を中に受容するように構成された各ウェル4004を有する複数の容器ウェル4004を含む。容器ホルダー4010は、サーマルサイクラー432の(例えば、金属、プラスチックなどから作製された)ハウジング4002内に配置される。
図17Aおよび17Bは、サーマルサイクラー432と共に使用され得るシグナル検出器アセンブリ4020の上面および底面の斜視図を示す。シグナル検出器アセンブリ4020は、フレーム4018のベースプレート4019(図16Iを参照のこと)に取り付けられるように構成されたベースプレート4022を含む。ベースプレート4022は、フレーム4018のベースプレート4019でファイバー位置決め穴の空間配置に対応する配置に配置された複数のファイバー位置決め穴を含む。シグナル検出器アセンブリ4020は、検出器キャリア4024を更に含み、これは、図示された実施形態では、複数のシグナル検出器4030を円形パターンで支持する回転ラックを含む。一般にシグナル検出器アセンブリ4020は、ファイバーを通して送信されたシグナルを検出するために、シグナル検出器4030を回転させて各シグナル検出器4030を各光ファイバー4016に逐次的に位置を合わせるように構成される。一般にシグナル検出器アセンブリ4020は、任意の数(3、4、6、8など)のシグナル検出器4020を含み得る。図示された実施形態では、シグナル検出器アセンブリ4020は、5つの個々のシグナル検出器4030を含む。各シグナル検出器4030は、異なる放出シグナルまたは異なる特徴(例えば、波長)を有する放出シグナルを励起および検出するように構成され得る。
第2のモジュール400は、増幅処理デッキ430(図1Bおよび5A〜5Cを参照のこと)に設置された遠心分離機588を含む。図18A、18Bおよび18Cは、代表的実施形態における遠心分離機588の異なる図を示す。遠心分離機588は、一度に1つ以上の(一態様では最高5つの)キャップ/バイアルアセンブリ480を遠心分離するように構成される。幾つかの実施形態では、アセンブリ480は、熱伝達および光伝送の質を改善するために、(例えば、バイアル464の内容物から気泡を除去するため、および試料材料を主にバイアル464の底に濃縮させるために)増幅反応の前に遠心分離され得る。図18Aに示されるように、遠心分離機588の上部カバーは、第1および第2のアクセスポート589、587を含む。使用される間、流体移送およびハンドリングシステム402(図14Aを参照のこと)のピペッター410は、キャップ/バイアルアセンブリ480(図15A、15Bを参照のこと)を第1のアクセスポート589を通して遠心分離機588に配置する。図14Bおよび14Cを参照して既に説明したように、ピペッター410は、取付け部材411の方へ押し込まれる際、ピペッター410に連結されたキャップ/バイアルアセンブリ480がそこから放出されるのを可能にするアクチュエータアーム414を含む。ピペッター410に係合されたキャップ/バイアルアセンブリ480が第1のアクセスポート589を通して遠心分離機588に挿入される際、遠心分離機588のストリップバー5007は、ピペッター410(図14Bおよび14Cを参照のこと)のアクチュエータアーム414を取付け部材411の方へ押し込む。アクチュエータアーム414が取付け部材411の方へ押し込まれることにより、スリーブ413(ピペッター410の吸引プローブ415に取り付けられている)が吸引プローブ415(図14Cを参照のこと)の取付け端525の方へ下方向に押される。スリーブ413が下に移動するにつれて、スリーブの下端がキャップ/バイアルアセンブリの縁481を押し、キャップ/バイアルアセンブリ480をピペッター410から分離する。キャップ/バイアルアセンブリを移送するためのピペッターベースのシステムの例は、米国特許出願公開番号第2016/0032358号に記載されている。
システム1000は、異なるタイプのアッセイの1つ以上のプロセスを実行するためのコンテナとして機能する1つ以上の反応容器(または試験管)を含む。一般に、反応容器は、液体を保持するのに適切な任意のコンテナ(例えば、キュベット、ビーカー、プレートに形成されたウェル、試験管、ピペットチップなど)であり得る。これらの反応容器は、個々の容器(例えば、試験管)として構成され得るか、または相互に連結された複数の容器を含む装置(本明細書において、複数の容器ユニット(MRU)と称される)として構成され得る。図19は、システム1000において使用され得る例示的なMRU160の斜視図を示す。図示された実施形態では、MRU160は、5つの個々の容器162を含む。一般に、任意の数の容器162がMRU160を形成するために相互に連結され得ることに留意されたい。図示された実施形態では、各容器162は、開いた頂端部および閉じた下端部を有する実質的に円筒状のチューブとして構成され、複数の容器162は、MRU160の両側に沿って長手方向に延在する肩部を形成する接続リブ構造164によって相互に連結される。MRU160は、片側から延在する操作構造166および反対側から延在する平坦なラベル受容表面175を有するラベル受容構造174を含む。ラベル受容表面175は、MRU160に関する識別情報および指示情報を提供するためのヒトおよび/または機械可読なラベル(例えば、バーコード)を受容するのに適している。操作構造166は、容器分配システム200(以下でより詳細に記載される図5Dを参照のこと)またはシステム1000の異なる構成要素間でMRU160を移動させるための別の輸送機構の容器フックによって係合されるように構成される。
図20Aおよび20Bは、システム1000(図5Dも参照のこと)の例示的な容器分配システム200を示す。図20Bの実施形態では、システム200の一部の構成要素は、一部の隠れた特徴を示すために除かれている。下記の説明において、図20Aおよび20Bの両方の参照がなされる。図20Aの図示された実施形態では、容器分配システム200は、下パネル208と上パネル206との間で延在する複数の垂直方向の脚部203、204、205を含むフレーム202を含む。容器受け渡しステーション602は、フレーム202の下パネル208に取り付けられた受け渡しステーションブラケット606に取り付けられ、以下でより詳述される。磁気スロット620および試薬パックロードステーション640は、フレーム202の脚部204および205に取り付けられたブラケット642に支持され、以下でより詳述される。容器分配器312は、フレーム202に支持される。容器分配器312は、第2のモジュール400の異なる位置の間でMRU160(および/または他の容器)および試薬パック760を輸送するように構成される。容器分配器312は、MRU160および試薬パック760を保持するための部分的エンクロージャを画定する分配器ヘッド314、ならびにMRU160の操作構造166および試薬パック760の操作構造764に係合するように構成された操作フック318を含む。容器分配システム200は、円形路で容器分配器312を移動させるように構成された回転駆動システム212を含む。図示された実施形態では、回転駆動システムは、容器分配器312が支持されるターンテーブル214を含む。ターンテーブル214は、フレーム202の下パネル208のその中心軸の周りで回転するように取り付けられる。下パネル208に取り付けられたモータ(可視的でない)は、ターンテーブル214および容器分配器312を回転させる。回転駆動システム212は、システム1000の制御システムに回転位置フィードバックを提供するロータリエンコーダ(または別の位置フィードバック装置)も含み得る。容器分配器312を(例えば、ベルト、プーリー、歯車列などを使用して)フレーム202に回転可能に連結するための他の方法も意図される。容器分配システム200は、第2のモジュール400の異なる構成要素とデッキとの間でMRU160および試薬パック760を輸送するために容器分配器312を垂直方向に移動させるように構成された昇降システム230も含む。代表的実施形態では、昇降システム230は、分配器ヘッド314に取り付けられたモータおよび雌ねじ駆動部(図示せず)を通してターンテーブル214から上向きに延在するねじ山付きロッド232を含む。モータによる雌ねじ駆動部の回転は、分配器ヘッド314にねじ山付きロッド232を上下に平行移動させる。他の昇降システム(例えば、ラックおよびピニオン、ベルト駆動システムなど)も意図され、本開示の範囲内であることに留意されたい。
容器分配システム200の容器受け渡し装置602は、第1のモジュール100の容器分配器150(図2A、2Bを参照のこと)と第2のモジュール400の容器分配器312との間でMRU160(または別の容器)を移送するように構成される。容器分配器150および容器分配器312の両方が、MRU160の操作構造166に係合することによってMRU160を輸送する。容器分配器312に容器分配器150からMRU160の迅速な移送を可能にするために、MRU160が第1のモジュール100から第2のモジュール400に移送される際に、MRU160は、(第2のモジュール400の)容器分配器312が操作構造166に係合することができるように配向されなければならない。容器受け渡し装置602は、容器分配器150からMRU160を受容し、MRU160を、その操作構造166が容器分配器312に掲示されるように回転させるように構成される。
図5Dおよび5Eに関して、第2のモジュール400の容器処理デッキ600は、容器分配器312の運動の回転経路に対応するために弧状に配列されたMRU貯蔵ステーション608、610、612、磁気スロット620、および試薬パックロードステーション640を含む。MRU貯蔵ステーション608、610、612は、MRU160の一時貯蔵場所として機能し、MRU160を受容するように構成されたスロット614を含む。MRUのための付加的貯蔵を第2のモジュール400内に提供することは、任意の特定のMRUが第2のモジュール400内で利用されるタイミングの柔軟性を可能にすることによって、ワークフローを向上させる利点を提供する。これは、例えば、緊急の必要性に対処するために、第2のモジュール400に後で到着し得るMRUが、順不同に処理されることを可能にする。
引き続き図5Dおよび5Eを参照して、第2のモジュール400は、試薬パック入替え装置700を含む。試薬パック入替え装置700は、完全に独立した試薬パック装填および試験実行を提供し、それによって、オペレータは、試薬パックを試薬パック投入装置内に設置し、および/または試薬パック760を試薬パック投入装置から除去し得る。幾つかの実施形態では、試薬パック投入装置は、第2のモジュール400から引き開けられ得、回動可能な試薬パック回転ラック704を含むコンパートメント702を含む。図24は、一実施形態における第2のモジュール400の開きうるコンパートメント702に配置された例示的な試薬パック回転ラック704を示す。コンパートメント702は、フレーム716が、引き出しとして第2のモジュール400内外にスライドすることを可能にするトラック上に配置される、回転ラックフレーム716を含む。フレーム716は、第2のモジュール400(図1Bも参照のこと)の前面に露出した前板720を含む。フレーム716の上面は、回転ラック704の形状に適合するように成形される実質的に円形の凹部を含み、回転ラック704は、フレーム716の凹部に配置される。回転ラック704は多数の試薬パックステーション706を含み、これらの各々は試薬パック760を受容および運搬するのに適している。試薬パックの充填密度を増加させるために、バーコードリーダが試薬パック760上のバーコード(または他の特定可能なしるし)にアクセスするのを可能にすると共に、回転ラック704上の試薬パックステーション706が、回転ラック704の半径方向に対して曲げられ得る(例えば、約5〜20°の間)。試薬パックステーション706は、ユーザが試薬パック760をステーション706に(から)ロード(除去する)することができるように構成される(例えば、サイズ設定されるなど)。幾つかの実施形態では、試薬パック入替え装置700は、回転ラック704の電動式回転をもたらすためのモータを含む。モータは、フレーム716に取り付けられ得、フレーム716と共に内外に移動し得る。コンパートメント702が開位置または閉位置にあるとき、それを検出し、システムコントローラにその情報を通信するように構成された回転ラックコンパートメント702は、1つ以上の位置センサも含み得る。第2のモジュール400は、試薬パック760に関する情報(例えば、試薬パック760内に保有されるアッセイ試薬の識別情報、製造者、ロット番号、有効期限など)を提供する、試薬パック760に提供されたしるし(例えば、バーコード)を読み取るように構成されたリーダー(例えば、バーコードリーダ)を含み得る。
図1Bに関して、第2のモジュール400は、付属品を貯蔵するための、または第2のモジュール400の拡張に対応するためのコンパートメント590を含み得る(例えば、試薬の貯蔵のための追加の試薬コンパートメントを追加するため、システム1000に分析能力を追加するためなど)。一例示的実施形態では、コンパートメント590は、標準的なウエルプレートまたはキャップ/バイアルアセンブリ480に適合するようにサイズ設定された貯蔵トレイ452を格納し得る。ウエルプレートまたはトレイ452は、流体移送およびハンドリングシステム402(図14を参照のこと)の正面アーム408(ピペッター410を含む)および後面アーム416のうちの少なくとも1つ(バイアル移送アーム418を含む)がウエルプレートまたはトレイ452の位置にアクセスできるように位置し得る。図24に示すように、コンパートメント590は、ユーザがウエルプレートまたは貯蔵トレイ452のロードおよびアンロードを行うことができるように、引き出しメカニズム450を介してモジュール400の前部からアクセスされ得る。幾つかの実施形態では、貯蔵トレイ452は、キャップ/バイアルアセンブリ480で収容された試料に対する追加のアッセイまたは反応(例えば、熱融解解析、配列決定反応など)を実行する能力を提供するための増幅反応を受けたキャップ/バイアルアセンブリ480を回収するために利用され得る。コンパートメント590内の貯蔵のためのキャップ/バイアルアセンブリ480は、貯蔵容器(または密閉された場合、キャッピングされた貯蔵容器)と称され得る。熱融解解析を実行するための例示的な手法は米国特許第8,343,754号に記載されており、米国特許第9,588,069号は熱融解解析を実行するための例示的な構造を記載している。貯蔵トレイ452は、核酸増幅反応に供されんかった溶出液を収容しているキャップ/バイアルアセンブリ480を貯蔵するために使用され得る。コンパートメント590内に貯蔵されたキャップ/バイアルアセンブリ480の内容物にアクセスするために、キャップ476およびバイアル464は、例えば、米国特許第9,248,449号に記載のキャップ除去トレイを使用して分離され得る。この実施形態では、バイアル移送アーム418(ピペット操作能力を有するかまたは有さない)は、キャップ/バイアルアセンブリ480を貯蔵トレイ452からキャップ除去トレイに移送し得、これは、キャップ/バイアルコンパートメント440のうちの1つに位置し得る。幾つかの実施形態では、コンパートメント590は、モジュール400の側面からアクセスされ得る。幾つかの実施形態では、コンパートメント590は、試薬を中に収容しているコンテナを配置するように構成され得る。幾つかの実施形態では、コンパートメント590は、ウエルプレートまたは試薬を収容しているコンテナ(またはコンパートメント590に貯蔵された別の構成要素)を第2のモジュール400の内外に平行移動させるための、例えば、モータ駆動ベルトを含む駆動システムを含み得る。
システム1000は、アッセイ能力を拡張または改善することができる1つ以上のASR(例えば、オリゴヌクレオチド)などの追加の試薬を補足した既存のIVDアッセイを実行するのにも適している。かかる補足が適切であり得る例示的な状況としては、新規のまたは異なる標的の検出を含み、これは、すでにIVDアッセイによって検出された標的と同じ一般的なクラス内の標的の新規のまたは異なる型(例えば、バリアント、亜種、遺伝子型、対立遺伝子、株、多型、ハプロタイプ、変異体など)であり得る。
システム1000において、第1のモジュール100は、分子アッセイの試料調製部分(例えば、試料中に存在し得る標的核酸を単離および精製するためのステップ)で使用され得る。試料および磁気応答性固体支持体を含み得る標的捕捉試薬(TCR)は、第1のモジュール100へとロードされる。これらの試料には、異なるタイプの分子アッセイ(IVDアッセイ、LDTなど)が実行されることが望ましい試料が含まれ得る。TCRは、標的核酸に特異的に結合するか、または試料中の全ての(またはほとんどの)核酸に非特異的に結合するように設計された捕捉プローブを含み得る。換言すれば、非特異的捕捉プローブは、標的核酸および非標的核酸を区別しない。標的核酸の特異的および非特異的な固定化の例示的な手法は、米国特許第6,534,273号および同第9,051,601号に記載されている。捕捉プローブを必要としない非特異的捕捉技術は、当業者に周知であり、例えば、米国特許第5,234,809号に記載の技術が含まれる。試薬コンテナ1520は、第2のモジュール400の試薬コンテナコンパートメント500内の第1の試薬コンテナキャリア1500にロードされる(図6Bを参照のこと)。次いで、試薬コンテナ移送機構1700は、試薬コンテナコンパートメント500から、第1の試薬コンテナキャリア1500を、それが第1のモジュール100の流体移送装置によりアクセスされ得る第1のモジュール100内の位置(図8を参照のこと)へ移動させる。
本開示の態様は、制御およびコンピューティングハードウェア構成要素、ユーザ作成ソフトウェア、データ入力構成要素、およびデータ出力構成要素により実装される。ハードウェア構成要素として、1つ以上の入力値を受信すること、入力値を操作するか、または別様にそれに作用する命令を提供する非一時的機械可読媒体(例えば、ソフトウェア)上に記憶された1つ以上のアルゴリズムを実行することによって計算および/または制御ステップを達成し、1つ以上の出力値を出力するように構成された、マイクロプロセッサおよびコンピュータなどのコンピューティングおよび制御モジュール(例えば、システムコントローラ(複数可))が挙げられる。そのような出力は、情報、例えば、機器の状態またはそれによって実行されているプロセスに関する情報をユーザに提供するために、ユーザに表示または別様に示され得、またはそのような出力は、他のプロセスおよび/または制御アルゴリズムへの入力を含み得る。データ入力構成要素は、データが制御およびコンピューティングハードウェア構成要素により使用されるために入力される、要素を含む。そのようなデータ入力としては、位置センサ、モータエンコーダ、ならびにグラフィックユーザインターフェース、キーボード、タッチスクリーン、マイクロフォン、スイッチ、手動操作式スキャナ、音声起動入力などの手動入力要素が挙げられ得る。データ出力構成要素としては、ハードドライブまたは他の記憶媒体、グラフィックユーザインターフェース、モニタ、プリンタ、インジケータ光、または可聴シグナル要素(例えば、ブザー、ホーン、ベルなど)が挙げられ得る。ソフトウェアは、制御およびコンピューティングハードウェアによって実行される場合、制御およびコンピューティングハードウェアに、1つ以上の自動または半自動プロセスを実行させる、非一時的コンピュータ可読媒体上に記憶された命令を含む。
核酸増幅アッセイは、アッセイを定義する異なるパラメータに従ってシステム1000によって実行される。一般に、これらのパラメータは、アッセイの間、システム1000によって実行されるステップを定義する(例えば、使用されるべき試薬の種類および量、インキュベーション条件、温度サイクリングパラメータ(例えば、サイクル時間、変性温度、アニーリング温度および伸長温度を含む温度、RNAまたはDNA標的の選択など)など)。これらのパラメータは、データ処理、データ整理、およびプロトコルによって生成されたデータについての結果の解釈も定義する。IVDアッセイは、既知の標準化された(およびは規制された)アッセイであるため、それらのパラメータは通常、公知かつ/または固定であり、ユーザによって変更することができない。幾つかの実施形態では、例示的なIVDアッセイのためのパラメータは、システム1000にプレインストール/プレロードされ得る。しかしながら、LDTは、ユーザまたは第三者によって開発または確立されるため、LDTを定義するパラメータの少なくとも一部はユーザ/第三者によって提供される。コントローラ5000は、ユーザがアッセイに関連するユーザ定義のパラメータを選択することによってLDTを定義するのを可能にする。
ソフトウェアツールは、コンピュータシステムにインストールされた、アッセイプロトコル定義およびデータ解析を実行する(1つ以上の)アルゴリズムを含む。例えば、これらのアルゴリズムは、システム1000からのデータを解析し、(図34Mの)解析画面6060に解析結果を掲示する。例示的なデータ解析アルゴリズムを以下に簡潔に記載する。記載されるアルゴリズムは単に例示であり、多数の変形が可能であり、本開示の範囲内であることに留意されたい。図35Aは、システム1000からのデータを処理および解析するために、ソフトウェアツールのアルゴリズムによって使用される例示的な方法7000を示すフローチャートである。図35Aに図示するように、システム1000からのデータは、曲線処理およびCt計算(ステップS7002)を実行するアルゴリズムによって最初に処理される。このステップでは、アルゴリズムは、データを処理し、各チャネルについてCtを測定するために、曲線補正(図34Fを参照して以前に記載された)のためのユーザ定義のパラメータを使用する。この説明の全体を通して、用語「曲線」は、循環された増幅反応の複数サイクルの間の、プローブからの一連の蛍光測定またはその調整されたバージョンを指すために使用され、それらが得られたサイクルまたは時間との順序対として存在する。次いで、ステップS7002の出力は、有効性および陽性試験(ステップS7004)を実行する1つ以上のアルゴリズムによって、処理され得る。このステップの間、アルゴリズムは、(ステップS7002において)計算されたCtが有効な結果であるかどうか決定するために、陽性判定基準、チャネル有効性判定基準、および試料有効性判定基準のためのユーザ定義のパラメータを使用する(図34G〜34Iを参照して既に記載されている)。次いで、ステップS7004の出力は、ソフトウェアツールの解析画面6060で掲示される中間結果を生成するために処理される(ステップS7006)。パラメータ最適化の間、ユーザは、ユーザにより指定された任意のデータ解析パラメータ(例えば、「解析開始サイクル」、「Ct閾値」、「ベースライン補正」、「クロストーク補正」パラメータなど)を改変し、上記したステップの一部または全て(すなわち、ステップS7002〜S7006)を繰り返し得る。
上記したように、ソフトウェアツール(幾つかの実施形態では、システム1000に接続していないか、またはこれと離れたコンピュータシステムにインストールされている)を使用して開発されたアッセイプロトコル(例えば、LDTプロトコル)は、試料に対するアッセイを実行するためにシステム1000にインストールされ得る。幾つかの実施形態では、開発されたアッセイは、USBデバイスでシステム1000に転送され得る。中に記憶されたアッセイプロトコルを有するUSBデバイスは、システム1000のUSBドライブに挿入され、アッセイはシステム1000のディスプレイ装置50(図1を参照のこと)を使用して選択およびインストールされる。幾つかの実施形態では、システム1000にアッセイプロトコルをロードするために、管理者としてシステム1000にサインインすることが必要とされ得る。図37Aは、ディスプレイ装置50上に管理画面8000を開くために選択される「管理」オプションを有するディスプレイ装置50を示す。次いで、「オープンアクセスプロトコルを管理する」アイコンが、ディスプレイ装置50上にオープンアクセスプロトコル画面8010を表示するために選択され得る。図37Bは、代表的実施形態におけるオープンアクセスプロトコル画面8010を示す。システム1000において(例えば、以前にロードされた)利用可能なアッセイプロトコルは、オープンアクセスプロトコル画面8010に列挙され得る。新規のアッセイプロトコルは、プロトコル選択画面8020を開くために画面8010から「インポート」を選択することによってシステム1000にロードされ得る。図37Cは、USBデバイス内の利用可能なオープンアクセスプロトコルが列挙された、代表的実施形態におけるプロトコル選択画面8020を示す。次いで、所望のプロトコルが選択およびインポートされる(例えば、「インポート」内をクリックすることによって)。次いで、これらのアップロードされたアッセイは、以前にシステム1000にロードされた全ての他のアッセイ(IVDアッセイおよびLDT)に追加され得る。次いで、システム1000は、ロードされたアッセイプロトコルを使用したアッセイを実行し、データを保存し得、次いで、これは前述したようにデータを処理し、結果を可視化するためにシステム1000からソフトウェアツールにエクスポートされ得る。
1.自動分析装置で複数の核酸増幅アッセイを実行する方法であって、
(a)当該分析装置に複数の試料収容容器をロードするステップと、
(b)当該複数の試料収容容器のうちの1つに収容された第1の試料に対して実行されるべき第1の核酸増幅アッセイを割り当てるステップであって、当該第1の核酸増幅アッセイが第1のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第1のセットのアッセイパラメータがシステム定義のパラメータからなるステップと、
(c)当該複数の試料収容容器のうちの1つに収容された第2の試料に対して実行されるべき第2の核酸増幅アッセイを割り当てるステップであって、当該第2の核酸増幅アッセイが第2のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第2のセットのアッセイパラメータが1つ以上のユーザ定義のパラメータを含むステップと、
(d)当該第1および第2の試料の各々を第1および第2の試料中にそれぞれ存在し得る第1の分析物および第2の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に曝露させることによって精製された形態の第1および第2の試料を生成するステップと、
(e)当該精製された形態の当該第1の試料を含有する第1の増幅反応混合物および当該精製された形態の当該第2の試料を含有する第2の増幅反応混合物を形成するステップであって、当該第1の増幅反応混合物が、当該第1の分析物の第1の領域または当該第1の核酸増幅アッセイの第1の核酸増幅反応において当該第1の分析物に結合した核酸を増幅するための第1のセットの増幅オリゴマーを含有し、当該第2の増幅反応混合物が、当該第2の分析物の第2の領域または当該第2の核酸増幅アッセイの第2の核酸増幅反応において当該第2の分析物に結合した核酸を増幅するための第2のセットの増幅オリゴマーを含有するステップと、
(f)当該第1および第2の増幅反応混合物を、当該第1および第2の領域をそれぞれ増幅するための加熱条件に曝露させるステップと、
(g)当該第1および第2の増幅反応混合物中の当該第1および第2の分析物の存在または不存在をそれぞれ決定するステップと、を含む方法。
2.上記複数の試料収容容器が、ステップ(a)の間、1つ以上の容器保持ラックにより支持される、態様1の方法。
3.上記第1および第2の試料が、同一の試料収容容器に収容された同一の試料である、態様1または2に記載の方法。
4.上記第1および第2の試料が、異なる試料収容容器に収容される、態様1または2に記載の方法。
5.上記割り当てステップが、実行されるべきアッセイをタッチスクリーンまたはキーボードを使用して特定することを含む、態様1〜4のいずれか一項に記載の方法。
6.上記ユーザ定義のパラメータのうちの1つ以上が、タッチスクリーンまたはキーボードを使用して分析装置のコントローラに通信される、態様1〜5のいずれか一項に記載の方法。
7.上記割り当てステップが、上記試料収容容器または上記容器保持ラック上の機械可読なしるしを読み取ることを含み、当該機械可読なしるしが、どのアッセイを実行するかを特定する、態様2〜4のいずれか一項に記載の方法。
8.上記割り当てステップが、ステップ(a)の間か後に実行される、態様1〜7のいずれか一項に記載の方法。
9.上記ユーザ定義のパラメータが、ステップ(g)の間に上記分析装置により生成される生データを処理するために使用される、態様1〜8のいずれか一項に記載の方法。
10.上記第1および第2の核酸増幅アッセイがそれぞれPCR反応を含み、上記ユーザ定義のパラメータが熱プロファイルを含み、上記第1の核酸増幅反応の熱プロファイルが上記第2の核酸増幅反応の熱プロファイルと同一であるか、または異なる、態様1〜9のいずれか一項に記載の方法。
11.上記PCR反応がリアルタイムで実行される、態様10に記載の方法。
12.上記第1および第2の核酸増幅反応の上記熱プロファイルが、サイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも1つで異なる、態様10または11に記載の方法。
13.ステップ(d)が、上記第1および第2の分析物を固体支持体上に固定化することを含む、態様1〜12のいずれか一項に記載の方法。
14.上記固体支持体が磁気応答性である、態様13に記載の方法。
15.ステップ(d)が、上記第1および第2の試料を磁界に曝露させる間に上記第1および第2の試料の固定化されていない成分を除去することを含む、態様14に記載の方法。
16.上記磁界が、ステップ(d)において上記第1および第2の試料について同一の供給源により供給される、態様15に記載の方法。
17.ステップ(d)が、上記第1および第2の試料の上記固定化されていない成分を除去した後に上記固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む、態様15または16に記載の方法。
18.上記第1および第2の分析物は、上記第1および第2の試料中に存在する場合、ステップ(d)において上記固体支持体上に特異的に固定化される、態様13〜17のいずれか一項に記載の方法。
19.上記第1および第2の試料中の核酸が、ステップ(d)において固体支持体上に非特異的に固定化される、態様13〜17のいずれか一項に記載の方法。
20.上記第1の増幅反応混合物を形成する前に、
ポリメラーゼおよび上記第1のセットの増幅オリゴマーを含有する第1の増幅試薬を溶解するステップであって、上記第1の増幅試薬が第1の溶媒に溶解され、上記第1の溶媒が増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有しないステップと、
上記第2の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第2の増幅試薬を溶解するステップであって、上記第2の増幅試薬が上記第2のセットの増幅オリゴマーを含有する第2の溶媒に溶解され、上記第2の増幅試薬がいずれの増幅オリゴマーも含有しないステップと、を更に含む態様1〜19のいずれか一項に記載の方法。
21.上記第1および第2の増幅試薬の各々が、凍結乾燥物である、態様20に記載の方法。
22.上記第1および第2の増幅試薬の各々が単位用量試薬である、態様20または21に記載の方法。
23.上記第1の増幅試薬が、上記第1の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有し、上記第2の溶媒が、上記第2の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有する、態様20〜22のいずれか一項に記載の方法。
24.上記第1の単位用量試薬および上記第2の増幅試薬がそれぞれ検出プローブを含有する、態様23に記載の方法。
25.上記第1および第2の溶媒がヌクレオシド三リン酸を更に含有する、態様20〜24のいずれか一項に記載の方法。
26.上記第2の溶媒が、第1のホルダーによって支持される第1のバイアル中に収容される、態様20〜25のいずれか一項に記載の方法。
27.上記第1のホルダーが1つ以上の追加のバイアルを支持し、当該1つ以上の追加のバイアルの各々が上記第2の溶媒に含有されない1セットの増幅オリゴマーを含有する溶媒を収容する、態様26に記載の方法。
28.上記第1のホルダーの上記第1のバイアルを上記第2の核酸増幅アッセイに関連付けるステップを更に含む、態様27に記載の方法。
29.上記第1の溶媒が異なるセットの増幅オリゴマーを含有する増幅試薬を溶解するための汎用試薬である、態様20〜28のいずれか一項に記載の方法。
30.上記第1の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、当該アクセスチャンバーが、上記第2のホルダーから上記第1の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、態様20〜29のいずれか一項に記載の方法。
31.上記第1および第2の増幅試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックが複数の混合ウェルを含む、態様20〜30のいずれか一項に記載の方法。
32.上記第1および第2の分析物の各々が核酸またはタンパク質である、態様1〜31のいずれか一項に記載の方法。
33.上記第1および第2の増幅反応混合物が、それぞれ第1および第2の反応容器中で形成される、態様1〜32のいずれか一項に記載の方法。
34.油がステップ(f)の前に上記第1および第2の反応容器の各々に分配される、態様33に記載の方法。
35.ステップ(f)の前に上記第1および第2の反応容器の各々をキャップで閉じるステップを更に含み、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する第1または第2の容器に係合する、態様33または34に記載の方法。
36.ステップ(f)の前に上記閉じられた第1および第2の反応容器を遠心分離するステップを更に含み、当該遠心分離ステップが、上記第1および第2の反応容器を受容するための少なくとも1つのアクセスポートを有する遠心分離機で実行される、態様35に記載の方法。
37.上記第1および第2の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、態様33〜36のいずれか一項に記載の方法。
38.上記第1および第2の増幅反応混合物を形成する際に、ステップ(e)の前に、上記精製された形態の上記第1および第2の試料がそれぞれ第1および第2の溶出液に含有されるように、上記精製された形態の上記第1および第2の試料を溶出緩衝液と接触させるステップを更に含む、態様1〜37のいずれか一項に記載の方法。
39.ステップ(e)の前に上記第1および第2の溶出液のうちの少なくとも1つのアリコートを貯蔵容器に移送するステップを更に含む、態様38に記載の方法。
40.上記貯蔵容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合するステップを更に含む、態様39に記載の方法。
41.少なくともステップ(g)の完了まで上記分析装置内に上記貯蔵容器を保持するステップを更に含む、態様39または40に記載の方法。
42.貯蔵試料のアリコートに対して実行されるべき第3の核酸増幅アッセイを割り当てるステップであって、
当該記第3の核酸増幅アッセイが第3のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第3のセットのアッセイパラメータが上記第1および第2のセットのアッセイパラメータと異なるステップと、
ステップ(g)の後に上記貯蔵容器の上記アリコートを含有する第3の増幅反応混合物を形成するステップであって、当該第3の増幅反応混合物が、第3の分析物の第3の領域または第3の核酸増幅反応において当該第3の分析物に結合する核酸を増幅するための第3のセットの増幅オリゴマーを含有するステップと、
当該第3の領域を増幅するために当該第3の増幅反応混合物を熱的条件に曝露させるステップと、
当該第3の増幅反応混合物中の当該第3の分析物の存在または不存在を決定するステップと、を更に含む、態様39〜41のいずれか一項に記載の方法。
43.上記第3の核酸増幅アッセイがステップ(g)の後に割り当てられる、態様42に記載の方法。
44.上記第1および第2の増幅反応混合物について、ステップ(f)が異なる時点で開始される、態様1〜43のいずれか一項に記載の方法。
45.上記第1の核酸増幅アッセイがIVDアッセイであり、上記第2の核酸増幅アッセイがLDTである、態様1〜44のいずれか一項に記載の方法。
46.LDTが上記第2のセットの増幅オリゴマーを含むASRを用いて実行される、態様45に記載の方法。
47.上記第1および第2の増幅反応混合物がステップ(f)において同時に熱的条件に曝露される、態様1〜46のいずれか一項に記載の方法。
1.システムに提供された試料に対して核酸増幅アッセイを実行するように適合された自動化システムのコンピュータコントローラによって実行される場合、システムに、
(a)1つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを指定するユーザ入力を受信および保存するシステムプロセス、
(b)(i)第1の核酸増幅アッセイが、第1のセットのアッセイパラメータに従って第1の試料に実行されるように指定する入力であって、当該第1のセットのアッセイパラメータが、システム定義のアッセイパラメータからなる入力、および(ii)第2の核酸増幅アッセイが、第2のセットのアッセイパラメータに従って第2の試料に対して実行されるように指定する入力であって、当該第2のセットのアッセイパラメータが、1つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを含む入力を受信するシステムプロセス、
(c)当該第1および第2の試料の各々を当該第1および第2の試料中にそれぞれ存在し得る第1の分析物および第2の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に曝露させることによって精製された形態の当該第1および第2の試料を生成するシステムプロセス、
(d)第1のセットのアッセイパラメータによって指定された第1の増幅試薬を当該精製された形態の第1の試料と組み合わせることによって第1の増幅反応混合物を形成させるシステムプロセス、
(e)第2のセットのアッセイパラメータによって指定された第2の増幅試薬を当該精製された形態の第2の試料と組み合わせることによって第2の増幅反応混合物を形成させるシステムプロセス、
(f)当該第1の増幅反応混合物を当該第1のセットのアッセイパラメータによって指定された増幅条件に曝露させるシステムプロセス、および
(g)当該第2の増幅反応混合物を当該第2のセットのアッセイパラメータによって指定された増幅条件に曝露させるシステムプロセス、ならびに
(h)システムプロセス(f)および(g)を実行させた後に、当該第1の増幅反応混合物中の当該第1の分析物の存在または不存在を決定させ得、当該第2の増幅反応混合物中の当該第2の分析物の存在または不存在を決定させるシステムプロセス、を実行させ得るコンピュータ実行可能命令によって符号化された非一時的なコンピュータ可読媒体。
2.システムプロセス(b)が上記第1および第2の試料のうちの少なくとも1つを用いて実行されるべきアッセイを特定するユーザ入力をタッチスクリーンまたはキーボードから受信することを含む、態様1に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
3.システムプロセス(b)がグラフィカルユーザインタフェースからユーザ入力を受信することを含む、態様1に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
4.上記ユーザ定義のパラメータのうちの1つ以上が、タッチスクリーンまたはキーボードを使用して入力される、態様1〜3のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
5.上記ユーザ定義のパラメータのうちの1つ以上が、グラフィカルユーザインタフェースを使用して入力される、態様1〜4のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
6.上記ユーザ定義のパラメータの1つ以上が、携帯型記憶媒体を使用して入力される、態様1〜5のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
7.システムプロセス(b)が上記第1および第2の試料のうちの少なくとも1つを用いてどのアッセイを実行するべきか特定する機械可読なしるしを読み取ることを含む、態様1〜6のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
8.上記1つ以上のユーザ定義のパラメータがシステムプロセス(h)においてシステムによって生成されたデータを処理するために使用されるパラメータを含む、態様1〜7のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
9.上記第1および第2の核酸増幅アッセイがそれぞれPCR反応を含み、上記ユーザ定義のパラメータがシステムプロセス(g)の増幅条件を定義する熱プロファイルを含み、上記第1の核酸増幅アッセイの熱プロファイルが上記第2の核酸増幅アッセイの熱プロファイルと同一であるかまたは異なる、態様1〜8のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
10.上記第1および第2の核酸増幅アッセイの熱プロファイルが、サイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも1つが異なる、態様9に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
11.システムプロセス(c)が上記第1および第2の試料を、上記第1の分析物および第2の分析物を上記第1および第2の試料中に存在する場合、固定化するように適した固体支持体に曝露させることを含む、態様1〜10のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
12.システムプロセス(c)が上記固体支持体を固定化し、上記第1および第2の試料の固定化されていない成分を除去することを含む、態様11に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
13.システムプロセス(c)が上記第1および第2の試料の上記固定化されていない成分を除去した後に上記固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む、態様12に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
14.上記コンピュータ実行可能命令が上記システムに更に、
システムプロセス(d)において上記第1の増幅反応混合物を形成する前に第1の増幅試薬を第1の溶媒で溶解させ、
システムプロセス(e)において上記第2の増幅反応混合物を形成する前に第2の増幅試薬を第2の溶媒で溶解させるシステムプロセスを実行させる、態様1〜13のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
15.システムプロセス(f)および(g)の前に油が上記第1および第2の増幅反応混合物の各々に分配される、態様1〜14のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
16.ステップ(f)および(g)の前に上記コンピュータ実行可能命令が更に上記システムに上記第1および第2の増幅反応混合物を遠心分離機に移送させる、態様1〜15のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
17.上記コンピュータ実行可能命令が更にシステムに、
上記第1の増幅反応混合物を形成する際に、上記精製された形態の第1の試料が第1の溶出液中に含有されるように、システムプロセス(d)の前に上記精製された形態の第1の試料を溶出緩衝液に接触させ、
上記第2の増幅反応混合物を形成する際に、上記精製された形態の第2の試料が第2の溶出液中に含有されるように、システムプロセス(e)の前に上記精製された形態の第2の試料を溶出緩衝液に接触させる、態様1〜16のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
18.上記コンピュータ実行可能命令が更に上記システムに、システムプロセス(d)および(e)の前に、それぞれ上記第1および第2の溶出液のうちの少なくとも1つのアリコートを貯蔵容器に移送させる、態様17に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
19.上記コンピュータ実行可能命令が更に上記システムに、
上記貯蔵容器中の上記アリコートに対して実行されるべき第3の核酸増幅アッセイを指定する入力であって、当該第3の核酸増幅アッセイが第3のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第3のセットのアッセイパラメータが上記第1および第2のセットのアッセイパラメータと異なる入力を受信させ、
システムプロセス(g)の後、当該第3のセットのアッセイパラメータによって指定される第3の増幅試薬を上記貯蔵容器中の上記アリコートと組み合わせることによって第3の増幅反応混合物を形成させ、
当該第3の増幅反応混合物を当該第3のセットのアッセイパラメータによって指定される増幅条件に曝露させ、
当該第3の増幅反応混合物中の第3の分析物の存在または不存在を決定させる、態様18に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
20.システムプロセス(g)の後、上記第3の核酸増幅アッセイを指定する入力が受信される、態様19に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
21.上記第1および第2の増幅反応混合物についてシステムプロセス(h)が異なる時点で開始される、態様1〜20のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
22.上記第1の核酸増幅アッセイがIVDアッセイであり、上記第2の核酸増幅アッセイがLDTである、態様1〜21のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
23.システムプロセス(f)および(g)が、上記第1および第2の増幅反応混合物を同時に増幅条件に曝露させることを含む、態様1〜22のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
1.システムに提供される試料に対して核酸増幅アッセイを実行するための自動化システムであって、
(a)1つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを指定する入力を可能にするように構成されたデータ入力コンポーネント、
(b)第1のセットのアッセイパラメータを保存するデータ記憶媒体であって、当該第1のセットのアッセイパラメータがシステム定義のパラメータおよび第2のセットのアッセイパラメータからなり得、当該第2のセットのアッセイパラメータが1つ以上のユーザ定義のパラメータを含み得るデータ記憶媒体、
(c)(i)第1の核酸増幅アッセイが、当該第1のセットのアッセイパラメータに従って第1の試料に対して実行されるように、および(ii)第2の核酸増幅アッセイが、第2のセットのアッセイパラメータに従って第2の試料に対して実行されるように指定する入力を可能にするように構成されたコマンド入力コンポーネント、
(d)第1および第2の試料中にそれぞれ存在し得る第1の分析物および第2の分析物を単離および精製するのに十分な試薬および条件に第1および第2の試料の各々を曝露させることによって、精製された形態の第1および第2の試料を生成するように構成された1つ以上の洗浄ステーション、
(e)第1のセットのアッセイパラメータによって指定される第1の増幅試薬を精製された形態の第1の試料と組み合わせることによって第1の増幅反応混合物を形成し、第2のセットのアッセイパラメータによって指定される第2の増幅試薬を精製された形態の第2の試料と組み合わせることによって第2の増幅反応混合物を形成するように構成および制御された流体移送装置、
(f)当該第1の増幅反応混合物を当該第1のセットのアッセイパラメータによって指定される第1の増幅条件に曝露させ、当該第2の増幅反応混合物を当該第2のセットのアッセイパラメータによって指定される第2の増幅条件に曝露させるように構成および制御された熱処理ステーション、および
(g)当該第1および第2の増幅反応混合物が、それぞれ当該第1および第2の増幅条件に曝露される間か後に、当該第1の増幅反応混合物中の当該第1の分析物の存在または不存在を検出し、当該第2の増幅反応混合物中の当該第2の分析物の存在または不存在を決定するように構成および制御された検出システムを含む自動化システム。
2.上記第1および第2の試料が、上記システムの1つ以上の容器保持ラックによって支持される試料収容容器において上記システムに提供される、態様1に記載のシステム。
3.上記第1および第2の試料が、同一の試料収容容器に収容された同一の試料である、態様1または2に記載のシステム。
4.上記第1および第2の試料が異なる試料収容容器に収容される、態様1または2に記載のシステム。
5.コマンド入力コンポーネントが、タッチスクリーン、キーボード、およびグラフィカルユーザインタフェースのうちの1つ以上を含む、態様1〜4のいずれかの一項に記載のシステム。
6.上記データ入力コンポーネントが、タッチスクリーン、キーボード、およびグラフィカルユーザインタフェースのうちの1つ以上を含む、態様1〜5のいずれかの一項に記載のシステム。
7.上記第1および第2の試料に対してどのアッセイを実行するべきかを識別する機械可読なしるしを読み取るように構成された読み取り装置を更に含む、態様1〜4のいずれかの一項に記載のシステム。
8.上記1つ以上のユーザ定義のパラメータが、上記検出システムによって生成されたデータを処理するために使用されるパラメータを含む、態様1〜7のいずれかの一項に記載のシステム。
9.上記第1および第2の核酸増幅アッセイが、それぞれPCR反応を含み、上記ユーザ定義のパラメータが、熱処理ステーションによって達成される熱プロファイルを含み、上記第1の核酸増幅アッセイの熱プロファイルが、上記第2の核酸増幅アッセイの熱プロファイルと同一であるかまたは異なる、態様1〜8のいずれかの一項に記載のシステム。
10.上記検出システムが、上記第1の核酸増幅アッセイの熱プロファイルの間、リアルタイムで上記第1の増幅反応混合物中の上記第1の分析物の存在または不存在を決定し、上記第2の核酸増幅アッセイの熱プロファイルの間、リアルタイムで上記第2の増幅反応混合物中の上記第2の分析物の存在または不存在を決定するように構成されている、態様9に記載のシステム。
11.上記第1および第2の核酸増幅アッセイの熱プロファイルが、サイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも1つが異なる、態様9または10に記載のシステム。
12.上記1つ以上の洗浄ステーションが、上記第1および第2の分析物を固体支持体上に固定化するように構成されている、態様1〜11のいずれか一項に記載のシステム。
13.上記固体支持体が磁気応答性である、態様12に記載のシステム。
14.上記1つ以上の洗浄ステーションが、上記第1および第2の試料を磁界に曝露させる間に上記第1および第2の試料の固定化されていない成分を除去するように構成されている、態様13に記載のシステム。
15.上記磁界が上記第1および第2の試料について同一の供給源により供給される、態様14に記載のシステム。
16.上記1つ以上の洗浄ステーションが、上記第1および第2の試料の固定化されていない成分を除去した後に上記固体支持体を緩衝液中に再懸濁するように構成されている、態様14または15に記載のシステム。
17.上記システムが、
上記第1の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび上記第1のセットの増幅オリゴマーを含有する第1の非液体試薬を溶解し(ここで、当該第1の非液体試薬が第1の溶媒に溶解され、当該第1の溶媒が増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有しない)、
上記第2の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第2の非液体試薬を溶解する(当該第2の非液体試薬が上記第2のセットの増幅オリゴマーを含有する第2の溶媒に溶解され、当該第2の非液体試薬がいずれの増幅オリゴマーも含有しない)ように更に構成および制御されている、態様1〜16のいずれか一項に記載のシステム。
18.上記第2の溶媒が、第1のホルダーによって支持されるバイアル中に収容される、態様17に記載のシステム。
19.上記第1のホルダーが複数のバイアルを支持し、当該バイアルのうちの少なくとも1つが、上記第2の溶媒に含有されない1セットの増幅オリゴマーを含む溶媒を収容する、態様18に記載のシステム。
20.上記システムが、命令を受信した際に、上記第1のホルダーのバイアルを上記第2の核酸増幅アッセイに関連付けるように更に構成および制御されている、態様19に記載のシステム。
21.上記第1の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、当該アクセスチャンバーは、第2のホルダーから第1の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、態様17〜20のいずれか一項に記載のシステム。
22.上記第1および第2の非液体試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックは複数の混合ウェルを含む、態様17〜21のいずれか一項に記載のシステム。
23.上記第1および第2の増幅反応混合物が、それぞれ第1および第2の反応容器中で形成される、態様1〜22のいずれか一項に記載のシステム。
24.上記流体移送装置が、上記第1および第2の増幅反応混合物をそれぞれ上記第1および第2の増幅条件に曝露させる前に、上記第1および第2の反応容器の各々に油を分配するように更に構成および制御されている、態様23に記載のシステム。
25.上記流体移送装置が、上記第1および第2の増幅反応混合物をそれぞれ上記第1および第2の増幅条件に曝露させる前に上記第1および第2の反応容器の各々をキャップで閉じるように更に構成および制御され、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する第1または第2の容器に係合する、態様23または24に記載のシステム。
26.上記第1および第2の増幅反応混合物をそれぞれ上記第1および第2の増幅条件に曝露させる前に上記閉じられた第1および第2の反応容器を遠心分離するための遠心分離機を更に含み、当該遠心分離機が、上記第1および第2の反応容器を受容するための少なくとも1つのアクセスポートを含む、態様25に記載のシステム。
27.上記第1および第2の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、態様23〜26のいずれか一項に記載のシステム。
28.上記流体移送装置が、
上記第1の増幅反応混合物を形成する際に、上記精製された形態の第1の試料が第1の溶出液中に含有されるように、上記第1の増幅反応混合物を形成する前に上記精製された形態の第1の試料を溶出緩衝液に接触させ、
上記第2の増幅反応混合物を形成する際に、上記精製された形態の第2の試料が第2の溶出液中に含有されるように、上記第2の増幅反応混合物を形成する前に上記精製された形態の第2の試料を溶出緩衝液に接触させるように更に構成および制御されている、態様1〜27のいずれか一項に記載のシステム。
29.上記流体移送装置が、上記第1および第2の増幅反応混合物をそれぞれ形成する前に、上記第1および第2の溶出液のうちの少なくとも1つのアリコートを貯蔵容器に移送するように更に構成および制御されている、態様28に記載のシステム。
30.上記流体移送装置が、上記貯蔵容器をキャップで閉じるように更に構成および制御され、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合する、態様29に記載のシステム。
31.上記コマンド入力コンポーネントが、
上記貯蔵容器中のアリコートに対して実行されるべき第3の核酸増幅アッセイを指定する入力を可能にするように更に構成および制御され、当該第3の核酸増幅アッセイが第3のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第3のセットのアッセイパラメータが、上記第1および第2のセットのアッセイパラメータと異なり、
上記流体移送装置が、第3の増幅反応混合物を上記貯蔵容器中のアリコートを用いて形成するように更に構成および制御され、ここで、当該第3の増幅反応混合物が第3のセットの増幅オリゴマーを含み、
上記熱処理ステーションが、当該第3の増幅反応混合物を第3の増幅条件に曝露させるように更に構成および制御され、
上記検出システムが、当該第3の増幅反応混合物中の第3の分析物の存在または不存在を決定するように更に構成および制御されている、態様29または30に記載のシステム。
32.上記第1および第2の増幅反応混合物が、異なる時点でそれぞれ上記第1および第2の増幅条件に曝露される、態様1〜31のいずれか一項に記載のシステム。
33.上記第1の核酸増幅アッセイがIVDアッセイであり、上記第2の核酸増幅アッセイがLDTである、態様1〜32のいずれか一項に記載のシステム。
34.上記熱処理ステーションが、上記第1および第2の増幅反応混合物をそれぞれ上記第1および第2の増幅条件に同時に曝露させるように構成および制御されている、態様1〜33のいずれか一項に記載のシステム。
1.自動分析装置で複数の核酸増幅アッセイを実行する方法であって、
(a)当該分析装置に複数の試料収容容器をロードするステップと、
(b)当該複数の試料収容容器のうちの1つに収容された精製された形態の第1の試料を、当該第1の試料を当該第1の試料中に存在し得る第1の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に曝露させることによって生成するステップと、
(c)ステップ(b)の開始後に、当該複数の試料収容容器のうちの1つに収容された精製された形態の第2の試料を、当該第2の試料を当該第2の試料中に存在し得る第2の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に曝露させることによって生成するステップと、
(d)当該精製された形態の当該第1の試料を含有する第1の増幅反応混合物および当該精製された形態の当該第2の試料を含有する第2の増幅反応混合物を形成するステップであって、当該第1の増幅反応混合物が、当該第1の分析物の第1の領域または第1の核酸増幅反応において当該第1の分析物に結合した核酸を増幅するための第1のセットの増幅オリゴマーを含有し、当該第2の増幅反応混合物が、当該第2の分析物の第2の領域または第2の核酸増幅反応において当該第2の分析物に結合した核酸を増幅するための第2のセットの増幅オリゴマーを含有するステップと、
(e)当該第2の核酸増幅反応において当該第2の増幅反応混合物を当該第2の領域を増幅するための熱的条件に曝露させるステップと、
(f)ステップ(e)の開始後、当該第1の核酸増幅反応において当該第1の増幅反応混合物を当該第1の領域を増幅するための熱的条件に曝露させるステップと、
(g)当該第2の増幅反応混合物中の当該第2の分析物の存在または不存在を決定するステップと、
(h)ステップ(g)の後に、当該第1の増幅反応混合物中の当該第1の分析物の存在または不存在を決定するステップと、を含む方法。
2.上記複数の試料収容容器が上記分析装置に個別におよび逐次的にロードされる、態様1に記載の方法。
3.ステップ(a)の間、上記複数の試料収容容器が、1つ以上の容器保持ラックにより支持される、態様1に記載の方法。
4.上記第1の試料が、第1の試料収容容器に収容され、上記第2の試料が、第2の試料収容容器に収容され、当該第1および第2の試料収容容器が、それぞれ第1および第2の容器保持ラックによって支持される、態様3に記載の方法。
5.上記第2の試料が、ステップ(b)の間か後に上記分析装置にロードされる、態様1〜4のいずれか一項に記載の方法。
6.上記第1および第2の試料が単一の試料収容容器に収容される、態様1〜3のいずれか一項に記載の方法。
7.上記第1および第2の試料が異なる試料収容容器に収容される、態様1〜5のいずれか一項に記載の方法。
8.ステップ(b)および(c)が、上記第1および第2の分析物がそれぞれ上記第1および第2の試料中に存在する場合、それぞれ上記第1または第2の分析物を固体支持体上に固定化することを含む、態様1〜7のいずれか一項に記載の方法。
9.上記固体支持体が磁気応答性である、態様8に記載の方法。
10.ステップ(b)および(c)が、上記第1または第2の試料を磁界に曝露させる間にそれぞれ上記第1または第2の試料の固定化されていない成分を除去することを含む、態様8に記載の方法。
11.上記磁界が、ステップ(b)および(c)それぞれにおける上記第1および第2の試料について同一の供給源によって供給される、態様10に記載の方法。
12.ステップ(b)および(c)が、それぞれ上記第1または第2の試料の固定化されていない成分を除去した後に上記固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む、態様10または11に記載の方法。
13.ステップ(b)および(c)が、上記第1または第2の試料が上記固体支持体上に存在する場合、上記第1または第2の分析物を特異的に固定化することを含む、態様8〜12のいずれか一項に記載の方法。
14.ステップ(b)および(c)が、上記第1または第2の試料が上記固体支持体上に存在する場合、上記第1または第2の分析物を非特異的に固定化することを含む、態様8〜12のいずれか一項に記載の方法。
15.(a)上記第1の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび上記第1のセットの増幅オリゴマーを含有する第1の増幅試薬を溶解するステップであって、当該第1の増幅試薬が第1の溶媒に溶解され、当該第1の溶媒が増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有しないステップと、
(b)上記第2の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第2の増幅試薬を溶解するステップであって、当該第2の増幅試薬が上記第2のセットの増幅オリゴマーを含有する第2の溶媒に溶解され、当該第2の増幅試薬がいずれの増幅オリゴマーも含有しないステップと、を含む、態様1〜14のいずれか一項に記載の方法。
16.上記第1および第2の増幅試薬の各々が、凍結乾燥物である、態様15に記載の方法。
17.上記第1および第2の増幅試薬の各々が、単位用量試薬である、態様15または16に記載の方法。
18.上記第1の増幅試薬が、上記第1の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有し、上記第2の溶媒が、上記第2の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有する、態様15〜17のいずれか一項に記載の方法。
19.上記第1の単位用量試薬および上記第2の溶媒がそれぞれ検出プローブを含有する、態様18に記載の方法。
20.上記第1および第2の増幅試薬がヌクレオシド三リン酸を更に含有する、態様15〜19のいずれか一項に記載の方法。
21.上記第2の溶媒が、第1のホルダーによって支持される第1のバイアル中に収容される、態様15〜20のいずれか一項に記載の方法。
22.上記第1のホルダーが上記第1のバイアルに加えて1つ以上のバイアルを支持し、当該1つ以上のバイアルのうちの少なくとも1つが、上記第2の溶媒中に含有されない1セットの増幅オリゴマーを含有する溶媒を収容する、態様21に記載の方法。
23.上記第1の溶媒が異なるセットの増幅オリゴマーを含有する増幅試薬を溶解するための汎用試薬である、態様15〜22のいずれか一項に記載の方法。
24.上記第1の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、当該アクセスチャンバーが、上記第2のホルダーから上記第1の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、態様15〜23のいずれか一項に記載の方法。
25.上記第1および第2の増幅試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックが複数の混合ウェルを含む、態様15〜24のいずれか一項に記載の方法。
26.上記第1のセットの増幅オリゴマーがIVDアッセイを実行するために使用され、上記第2のセットの増幅オリゴマーがLDTを実行するために使用される、態様15〜25のいずれか一項に記載の方法。
27.(a)上記第1の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第1の増幅試薬を溶解するステップであって、当該第1の増幅試薬が上記第1のセットの増幅オリゴマーを含有する第1の溶媒に溶解され、当該第1の増幅試薬が増幅オリゴマーを含有しないステップと、
(b)上記第2の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび上記第2のセットの増幅オリゴマーを含有する第2の増幅試薬を溶解するステップであって、当該第2の増幅試薬が第2の溶媒に溶解され、当該第2の溶媒が増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有しないステップと、を更に含む態様1〜14のいずれか一項に記載の方法。
28.上記第1および第2の増幅試薬の各々が、凍結乾燥物である、態様27に記載の方法。
29.上記第1および第2の増幅試薬の各々が、単位用量試薬である、態様27または28に記載の方法。
30.上記第1の溶媒が、上記第1の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有し、上記第2の増幅試薬が、上記第2の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有する、態様27〜29のいずれか一項に記載の方法。
31.上記第1の溶媒および上記第2の単位用量試薬がそれぞれ検出プローブを含有する、態様30に記載の方法。
32.上記第1および第2の増幅試薬がヌクレオシド三リン酸を更に含有する、態様27〜31のいずれか一項に記載の方法。
33.上記第1の溶媒が第1のホルダーによって支持される第1のバイアル中に収容される、態様27〜32のいずれか一項に記載の方法。
34.上記第1のホルダーが上記第1のバイアルに加えて1つ以上のバイアルを支持し、当該1つ以上のバイアルのうちの少なくとも1つが、上記第1の溶媒中に含有されない1セットの増幅オリゴマーを含有する溶媒を収容する、態様33に記載の方法。
35.上記第2の溶媒が、異なるセットの増幅オリゴマーを含有する増幅試薬を溶解するための汎用溶媒である、態様27〜34のいずれか一項に記載の方法。
36.上記第2の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、当該アクセスチャンバーが、当該第2のホルダーから上記第2の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、態様27〜35のいずれか一項に記載の方法。
37.上記第1および第2の増幅試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックが複数の混合ウェルを含む、態様27〜36のいずれか一項に記載の方法。
38.上記第1のセットの増幅オリゴマーが、LDTを実行するために使用され、上記第2のセットの増幅オリゴマーがIVDを実行するために使用される、態様27〜37のいずれか一項に記載の方法。
39.上記第1および第2の分析物の各々が核酸またはタンパク質である、態様1〜38のいずれか一項に記載の方法。
40.上記第1および第2の増幅反応混合物が、それぞれ第1および第2の反応容器中で形成される、態様1〜39のいずれか一項に記載の方法。
41.油が、ステップ(f)および(e)の前に上記第1および第2の反応容器の各々に分配される、態様40に記載の方法。
42.ステップ(f)および(e)の前に上記第1および第2の反応容器の各々をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで対応する第1または第2の容器に係合するステップを更に含む態様40または41に記載の方法。
43.ステップ(f)および(e)の前に上記閉じられた第1および第2の反応容器を遠心分離するステップを更に含み、当該遠心分離ステップが、上記第1および第2の反応容器を受容するための少なくとも1つのアクセスポートを有する遠心分離機で実行される、態様42に記載の方法。
44.上記第1および第2の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、態様40〜43のいずれか一項に記載の方法。
45.上記第1および第2の増幅反応混合物を形成する際にステップ(d)の前に、上記精製された形態の第1および第2の試料が、それぞれ第1および第2の溶出液に含有されるように上記精製された形態の第1および第2の試料を溶出緩衝液と接触させるステップを更に含む、態様1〜44のいずれか一項に記載の方法。
46.上記第1または第2の増幅反応混合物を形成する前に、上記第1および第2の溶出液のうちの少なくとも1つのアリコートを貯蔵容器に移送するステップを更に含む、態様33に記載の方法。
47.上記貯蔵容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合するステップを更に含む、態様46に記載の方法。
48.少なくともステップ(g)の完了まで上記分析装置内に上記貯蔵容器を保持するステップを更に含む、態様46または47に記載の方法。
49.ステップ(g)および(h)のうちの少なくとも1つの後に
(i)第3の増幅反応混合物を上記貯蔵容器のアリコートと共に形成するステップであって、当該第3の増幅反応混合物が、第3の分析物の第3の領域または第3の核酸増幅反応において当該第3の分析物に結合する核酸を増幅するための第3のセットの増幅オリゴマーを含有するステップと、
(j)当該第3の領域を増幅するために当該第3の増幅反応混合物を熱的条件に曝露させるステップと、
(k)当該第3の増幅反応混合物中の当該第3の分析物の存在または不存在を決定するステップと、を更に含む、態様46〜48のいずれか一項に記載の方法。
50.ステップ(c)がステップ(b)の完了後に開始される、態様1〜49のいずれか一項に記載の方法。
51.ステップ(f)がステップ(e)完了後に開始される、態様1〜50のいずれか一項に記載の方法。
52.上記第1および第2の核酸増幅反応の各々が熱サイクルを必要とする、態様1〜51のいずれか一項に記載の方法。
53.上記第1の核酸増幅反応の熱サイクルにおける熱プロファイルが上記第2の核酸増幅反応の熱サイクルにおける熱プロファイルと異なる、態様52に記載の方法。
54.ユーザ入力に基づいて上記第2の核酸増幅反応の上記熱プロファイルを選択するステップ、を更に含む態様53に記載の方法。
55.上記熱プロファイルを選択するステップが、サイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度および伸長温度のうちの少なくとも1つを選択することを含む、態様54に記載の方法。
56.上記第1および第2の核酸増幅反応がPCR反応である、態様52〜55のいずれか一項に記載の方法。
57.上記第1および第2の核酸増幅反応がリアルタイム増幅である、態様1〜56のいずれか一項に記載の方法。
1.システムにロードされた複数の試料収容容器中の試料に対して核酸増幅アッセイを実行するように適合された自動化システムのコンピュータコントローラによって実行される場合、システムに、
(a)精製された形態の第1の試料を、当該第1の試料中に存在し得る第1の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に当該第1の試料を曝露させることによって生成するシステムプロセス、
(b)システムプロセス(a)を開始後に、精製された形態の第2の試料を、当該第2の試料中に存在し得る第2の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に当該第2の試料を曝露させることによって生成するシステムプロセス、
(c)第1の増幅試薬を当該精製された形態の当該第1の試料と組み合わせることによって第1の増幅反応混合物を形成するシステムプロセス、
(d)第2の増幅試薬を当該精製された形態の当該第2の試料と組み合わせることによって、第2の増幅反応混合物を形成するシステムプロセス、
(e)当該第1の増幅反応混合物を第1の核酸増幅反応を実行するための増幅条件に曝露させるシステムプロセス、
(f)システムプロセス(e)の開始前に、当該第2の増幅反応混合物を第2の核酸増幅反応を実行するための増幅条件に曝露させるシステムプロセス、
(g)システムプロセス(f)の実行後かつシステムプロセス(e)の完了前に、当該第2の増幅反応混合物中の当該第2の分析物の存在または不存在を決定するシステムプロセス、および
(h)システムプロセス(e)の実行後に、当該第1の増幅反応混合物中の当該第1の分析物の存在または不存在を決定するシステムプロセスを実行させるコンピュータ実行可能命令によって符号化された非一時的なコンピュータ可読媒体。
2.システムプロセス(a)および(b)が、上記第1および第2の分析物がそれぞれ上記第1および第2の試料中に存在する場合、それぞれ上記第1または第2の分析物を固体支持体上に固定化することを含む、態様1に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
3.上記固体支持体が磁気応答性であり、システムプロセス(a)および(b)が、上記第1または第2の試料を磁界に曝露させる間にそれぞれ上記第1または第2の試料の固定化されていない成分を除去することを含む、態様2に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
4.システムプロセス(a)および(b)が、それぞれ上記第1または第2の試料の固定化されていない成分を除去した後に上記固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む、態様3に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
5.上記コンピュータ実行可能命令が更に、
上記システムに上記第1の増幅反応混合物を形成する前に第1の試薬を第1の溶媒で溶解させ、
上記第2の増幅反応混合物を形成する前にポリメラーゼを含有する第2の試薬を第2の溶媒で溶解させる、態様1〜4のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
6.上記第1の増幅試薬がIVDアッセイを実行するために使用され、上記第2の増幅試薬がLDTを実行するために使用される、態様1〜5のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
7.それぞれシステムプロセス(e)および(f)の前に油が上記第1および第2の反応容器の各々に分配される、態様1〜6のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
8.上記コンピュータ実行可能命令が、それぞれシステムプロセス(e)および(f)の前に上記システムに上記第1および第2の増幅反応混合物を遠心分離させる、態様1〜7のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
9.上記コンピュータ実行可能命令が更に、上記システムに上記第1および第2の増幅反応混合物を形成する際にそれぞれシステムプロセス(c)および(d)の前に、上記精製された形態の第1および第2の試料が、それぞれ第1および第2の溶出液に含有されるように上記精製された形態の第1および第2の試料を溶出緩衝液と接触させる、態様1〜8のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
10.上記コンピュータ実行可能命令が更に、上記システムに上記第1または第2の増幅反応混合物を形成する前に、上記第1および第2の溶出液のうちの少なくとも1つのアリコートを貯蔵容器に移送させる、態様9のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
11.上記コンピュータ実行可能命令が更に、
上記システムにシステムプロセス(g)および(h)のうちの少なくとも1つの後、第3の増幅反応混合物を貯蔵容器中のアリコートを用いて形成させ、
当該第3の増幅反応混合物を第3の核酸増幅反応を実行するための増幅条件に曝露させ、
当該第3の増幅反応混合物中の第3の分析物の存在または不存在を決定させる、態様10に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
12.システムプロセス(b)がシステムプロセス(a)の完了後に開始される、態様1〜11のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
13.上記第1および第2の核酸増幅反応を実行するための上記増幅条件が熱サイクルを含む、態様1〜12のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
14.上記第1の核酸増幅反応の熱サイクルにおける温度プロファイルが上記第2の核酸増幅反応の熱サイクルにおける温度プロファイルと異なる、態様13に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
15.上記コンピュータ実行可能命令が更に、上記システムにユーザ入力に基づいて上記第2の核酸増幅反応の上記温度プロファイルを選択させる、態様14に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
16.上記第1および第2の核酸増幅反応がPCR反応である、態様13〜15のいずれか一項に記載の非一時的なコンピュータ可読媒体。
1.複数の試料収容容器中の試料に対する核酸増幅アッセイを実行するように構成された自動化システムであって、
第1の試料中に存在し得る第1の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に第1の試料を曝露させることによって精製された形態の第1の試料を生成し、精製された形態の第1の試料の生成を開始した後に、第2の試料に存在し得る第2の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に第2の試料を曝露させることによって精製された形態の第2の試料を生成するように構成された1つ以上の洗浄ステーション、
第1の増幅試薬を当該精製された形態の第1の試料と組み合わせることによって第1の増幅反応混合物を形成し、第2の増幅試薬を当該精製された形態の第2の試料と組み合わせることによって第2の増幅反応混合物を形成するように構成および制御された流体移送装置、
当該第1の増幅反応混合物を第1の核酸増幅反応を実行するための第1の増幅条件に曝露させ、当該第1の増幅混合物を第1の増幅条件に曝露させる前に、当該第2の増幅反応混合物を第2の核酸増幅反応を実行するための第2の増幅条件に曝露させるように構成および制御された熱処理ステーション、および
当該第2の増幅反応混合物を当該第2の増幅条件に曝露させた後かつ当該第1の増幅混合物の当該第1の増幅条件への曝露が完了する前に、当該第2の増幅反応混合物中の当該第2の分析物の存在または不存在を決定し、当該第1の増幅混合物を当該第1の増幅条件に曝露させた後に、当該第1の増幅反応混合物中の当該第1の分析物の存在または不存在を決定するように構成および制御された検出システムを含む自動化システム。
2.上記複数の試料収容容器が上記システムに個別におよび逐次的にロードされる、態様1に記載のシステム。
3.上記複数の試料収容容器が1つ以上の容器保持ラックにシステムへとロードされる、態様1に記載のシステム。
4.上記第1の試料が、第1の試料収容容器に収容され、上記第2の試料が、第2の試料収容容器に収容され、当該第1および第2の試料収容容器が、それぞれ第1および第2の容器保持ラックによって支持されている、態様3に記載のシステム。
5.上記第1および第2の試料が単一の試料収容容器に収容される、態様1〜3のいずれか一項に記載のシステム。
6.上記第1および第2の試料が異なる試料収容容器に収容される、態様1〜4のいずれか一項に記載のシステム。
7.上記1つ以上の洗浄ステーションが、上記第1および第2の分析物がそれぞれ上記第1および第2の試料中に存在する場合、上記第1または第2の分析物を固体支持体上に固定化するように構成されている、態様1〜6のいずれか一項に記載のシステム。
8.上記固体支持体が磁気応答性である、態様7に記載のシステム。
9.上記1つ以上の洗浄ステーションが、上記第1および第2の試料を磁界に曝露させる間に上記第1または第2の試料の固定化されていない成分を除去するように構成されている、態様7に記載のシステム。
10.上記磁界が上記第1および第2の試料について同一の供給源により供給される、態様9に記載のシステム。
11.上記1つ以上の洗浄ステーションが、上記第1または第2の試料の固定化されていない成分を除去した後に上記固体支持体を緩衝液中に再懸濁するように構成されている、態様9または10に記載のシステム。
12.上記システムが、
上記第1の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび上記第1のセットの増幅オリゴマーを含有する第1の非液体試薬を溶解し(ここで、当該第1の非液体試薬が第1の溶媒に溶解され、当該第1の溶媒が増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有しない)、
上記第2の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第2の非液体試薬を溶解する(当該第2の非液体試薬が上記第2のセットの増幅オリゴマーを含有する第2の溶媒に溶解され、当該第2の非液体試薬が増幅オリゴマーを含有しない)ように更に構成および制御されている、態様1〜11のいずれか一項に記載のシステム。
13.上記第2の溶媒が、第1のホルダーによって支持されるバイアル中に収容される、態様12に記載のシステム。
14.上記第1のホルダーが複数のバイアルを支持し、当該バイアルのうちの少なくとも1つが、上記第2の溶媒に含有されない1セットの増幅オリゴマーを含む溶媒を収容する、態様13に記載のシステム。
15.上記第1の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、当該アクセスチャンバーは、第2のホルダーから第1の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、態様12〜14のいずれか一項に記載のシステム。
16.上記第1および第2の非液体試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックは複数の混合ウェルを含む、態様12〜15のいずれか一項に記載のシステム。
17.上記第1のセットの増幅オリゴマーがIVDアッセイを実行するために使用され、上記第2のセットの増幅オリゴマーがLDTを実行するために使用される、態様12〜16のいずれか一項に記載のシステム。
18.上記第1および第2の増幅反応混合物が、それぞれ第1および第2の反応容器中で形成される、態様1〜17のいずれか一項に記載のシステム。
19.上記流体移送装置が、上記第1および第2の増幅反応混合物をそれぞれ上記第1および第2の増幅条件に曝露させる前に、上記第1および第2の反応容器の各々に油を分配するように更に構成および制御されている、態様18に記載のシステム。
20.上記流体移送装置が、上記第1および第2の増幅反応混合物をそれぞれ上記第1および第2の増幅条件に曝露させる前に上記第1および第2の反応容器の各々をキャップで閉じるように更に構成および制御され、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する第1または第2の容器に係合する、態様18または19に記載のシステム。
21.上記第1および第2の増幅反応混合物をそれぞれ上記第1および第2の増幅条件に曝露させる前に上記閉じられた第1および第2の反応容器を遠心分離するための遠心分離機を更に含み、当該遠心分離機が、上記第1および第2の反応容器を受容するための少なくとも1つのアクセスポートを含む、態様20に記載のシステム。
22.上記第1および第2の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、態様18〜21のいずれか一項に記載のシステム。
23.上記流体移送装置が、上記第1および第2の増幅反応混合物を形成する際に、上記精製された形態の第1および第2の試料が第1および第2の溶出液中に含有されるように、上記第1および第2の増幅反応混合物を形成する前に上記精製された形態の第1および第2の試料を溶出緩衝液に接触させるように更に構成および制御される、態様1〜22のいずれか一項に記載のシステム。
24.上記流体移送装置が、上記第1または第2の増幅反応混合物を形成する前に、上記第1および第2の溶出液のうちの少なくとも1つのアリコートを貯蔵容器に移送するように更に構成および制御されている、態様23に記載のシステム。
25.上記流体移送装置が、上記貯蔵容器をキャップで閉じるように更に構成および制御され、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合する、態様24に記載のシステム。
26.上記流体移送装置が、
上記第2の増幅反応混合物中の上記第2の分析物の存在または不存在を決定すること、および上記第1の増幅反応混合物中の上記第1の分析物の存在または不存在を決定することのうち少なくとも1つの後に第3の増幅反応混合物を貯蔵容器中のアリコートを用いて形成するように構成および制御され、ここで、当該第3の増幅反応混合物が第3のセットの増幅オリゴマーを含み、
上記熱処理ステーションが、当該第3の増幅反応混合物を第3の増幅条件に曝露させるように更に構成および制御され、
上記検出システムが、当該第3の増幅反応混合物中の第3の分析物の存在または不存在を決定するように更に構成および制御される、態様25に記載のシステム。
27.上記第1および第2の増幅条件が熱サイクルを含む、態様1〜26のいずれか一項に記載のシステム。
28.上記第1の核酸増幅反応の第1の熱プロファイルがサイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも1つで上記第2の核酸増幅反応の第2の熱プロファイルと異なる、態様27に記載のシステム。
29.ユーザ入力に基づいた第2の温度プロファイルの選択を可能にするように構成されたコマンド入力コンポーネントを更に含む、態様28に記載のシステム。
30.上記第1および第2の核酸増幅反応がPCR反応である、態様27〜29のいずれか一項に記載のシステム。
31.上記第1および第2の核酸増幅反応がリアルタイム増幅である、態様1〜30のいずれか一項に記載のシステム。
1.複数の試料を解析する方法であって、
(a)自動分析装置の第1の位置に第1の容器を保持するステップであって、当該第1の容器が第1の溶媒を収容し、当該第1の溶媒が核酸増幅反応を実行するためのいずれのオリゴマーも含有しないステップと、
(b)複数の第1の容器の各々において第1の単位用量試薬を当該第1の溶媒に溶解し、これにより、当該第1の容器の各々において第1の液体増幅試薬を形成するステップであって、当該第1の単位用量試薬が、核酸増幅反応を実行するためのポリメラーゼおよび少なくとも1つの増幅オリゴマーを含有し、当該第1の容器の各々における少なくとも1つの増幅オリゴマーが、同一であるかまたは異なるステップと、
(c)当該第1の容器の各々からの当該第1の液体増幅試薬を第1の反応容器中で第1のセットの試料の複数の試料のうちの1つと組み合わせ、これにより、当該第1のセットの試料の各試料を用いて少なくとも1つの第1の増幅反応混合物を形成するステップと、
(d)当該第1の反応容器の内容物を第1の核酸増幅反応を実行するための第1のセットの条件に曝露させるステップと、
(e)第2の容器を当該自動分析装置の第2の位置に保持するステップであって、当該第2の容器が1つ以上のバイアルを保持し、当該1つ以上のバイアルの各々が第2の溶媒を収容し、当該第2の溶媒が核酸増幅反応を実行するための少なくとも1つの増幅オリゴマーを含有し、当該第2の容器が当該1つ以上のバイアルのうちの少なくとも2つを保持する場合、当該2つ以上のバイアルの各々に収容された当該第2の溶媒が同一のまたは異なる溶媒であるステップと、
(f)複数の第2の容器の各々において第2の単位用量試薬を当該バイアルのうちの1つの当該第2の溶媒に溶解し、これにより、当該第2の容器中の各々において第2の液体増幅試薬を形成するステップであって、当該第2の単位用量試薬が核酸増幅反応を実行するためのポリメラーゼを含有し、当該第2の容器の各々において当該第2の液体増幅試薬が同一のまたは異なる液体増幅試薬であるステップと、
(g)当該第2の容器の各々からの当該第2の液体増幅試薬を第2の反応容器中で第2のセットの試料の複数の試料のうちの1つと組み合わせ、これにより、当該第2のセットの試料の各試料を用いて少なくとも1つの第2の増幅反応混合物を形成するステップと、
(h)当該第2の反応容器の内容物を第2の核酸増幅反応を実行するための第2のセットの条件に曝露させるステップであって、当該第1および第2のセットの条件が同一であるかまたは異なる条件であるステップと、
(i)当該第1および第2の反応容器の各々における1つ以上の分析物の存在または不存在を決定するステップであって、当該第1の反応容器中の少なくとも1つの分析物が当該第2の反応容器中の少なくとも1つの分析物と異なるステップと、を含む方法。
2.上記第1の単位用量試薬の各々が第1のマルチウェル容器の複数の第1のウェルのうちの1つで溶解され、上記第2の単位用量試薬の各々が第2のマルチウェル容器の複数の第2のウェルのうちの1つで溶解される、態様1に記載の方法。
3.上記溶解ステップの間、上記第1および第2のマルチウェル容器を、それぞれ上記自動分析装置の第1の容器支持体の第1および第2の位置で保持するステップを更に含む、態様2に記載の方法。
4.上記第1の容器支持体が搬送構造である、態様3に記載の方法。
5.上記搬送構造が軸のまわりを回転する、態様4に記載の方法。
6.ステップ(b)および(f)の前に、液体抜き取り装置により上記第1および第2の溶媒をそれぞれ上記第1および第2の容器から上記第1および第2のマルチウェル容器の上記第1および第2のウェルに移送するステップを更に含む、態様2〜5のいずれか一項に記載の方法。
7.ステップ(c)および(g)が、
それぞれ、第1の移送ステップで、溶解された第1の単位用量試薬の各々を複数の第1の反応容器のうちの1つに移送し、
第2の移送ステップで、溶解された第2の単位用量試薬の各々を複数の第2の反応容器のうちの1つに移送するステップを含む、態様2〜6のいずれか一項に記載の方法。
8.ステップ(c)および(g)が、
それぞれ、上記第1の移送ステップ後に上記第1のセットの試料の試料を上記第1の反応容器に移送するステップ、および
上記第2の移送ステップ後に上記第2のセットの試料の試料を上記第2の反応容器に移送するステップを更に含む、態様7に記載の方法。
9.上記第1および第2の移送ステップが少なくとも1つの液体抜き取り装置によって実行される、態様2〜8のいずれか一項に記載の方法。
10.上記少なくとも1つの液体抜き取り装置がロボットピペッターである、態様9に記載の方法。
11.ステップ(b)および(f)が、それぞれ上記第1および第2のマルチウェル容器の上記第1および第2のウェルの内容物を上記ロボットピペッターを用いて混合するステップを更に含む、態様10に記載の方法。
12.ステップ(b)の前に、上記第1の溶媒が上記第1の容器に形成された液体リザーバー内に収容される、態様1〜11のいずれか一項に記載の方法。
13.上記方法が
上記自動分析装置に上記第1および第2のセットの試料をロードするステップと、
上記第1および第2のセットの試料の試料を、上記試料の各々に存在し得る上記1つ以上の分析物を抽出するのに適した試薬および条件に曝露するステップを更に含む、態様1〜12のいずれか一項に記載の方法。
14.上記第1のセットの試料のうちの少なくとも一部が上記自動分析装置にロードされる前に、上記第2のセットの試料のうちの少なくとも一部が上記自動分析装置にロードされる、態様13に記載の方法。
15.上記第1および第2のセットの試料の各々の試料のうちの少なくとも1つが同一の試料である、態様1〜14のいずれか一項に記載の方法。
16.上記第1および第2の位置が上記自動分析装置の容器格納部に形成された第1および第2の凹部である、態様1〜15のいずれか一項に記載の方法。
17.上記容器格納部が、上記第1および第2の容器のそれぞれ上記第1および第2の凹部への挿入を可能にする開位置と上記第1および第2の容器中でのそれぞれ上記第1および第2の液体増幅試薬の形成を可能にする閉位置との間を移動するスライド式引き出しの構成要素である、態様16に記載の方法。
18.上記第1および第2の凹部が実質的に同じ寸法を有する、態様16または17に記載の方法。
19.上記第1の容器が上記第1の容器からの蒸発を制限する穿刺可能なシールによって覆われている、態様1〜18のいずれか一項に記載の方法。
20.上記1つ以上のバイアルの各々が上記第2の容器の中実部分に形成された凹部によって支持される、態様1〜19のいずれか一項に記載の方法。
21.上記1つ以上のバイアルが少なくとも2つのバイアルを含み、当該少なくとも2つのバイアルの上記第2の溶媒に含有される上記少なくとも1つの増幅オリゴマーが異なる増幅オリゴマーである、態様1〜20のいずれか一項に記載の方法。
22.上記第1の単位用量試薬が上記第2のホルダーの上記少なくとも2つのバイアルの増幅オリゴマーと同一の増幅オリゴマーを含有しない、態様21に記載の方法。
23.上記第1の溶媒が異なる標的核酸を増幅するための増幅オリゴマーを有する試薬を溶解するための汎用試薬である、態様1〜22のいずれか一項に記載の方法。
24.上記第2の溶媒が少なくとも1つのフォワード増幅オリゴマーおよび少なくとも1つのリバース増幅オリゴマーを含有する、態様1〜23のいずれか一項に記載の方法。
25.上記第2の溶媒がリアルタイム増幅反応を実行するための検出プローブを含有する、態様1〜24のいずれか一項に記載の方法。
26.上記第1の単位用量試薬が少なくとも1つのフォワード増幅オリゴマーおよび少なくとも1つのリバース増幅オリゴマーを含有する、態様1〜25のいずれか一項に記載の方法。
27.上記第1の単位用量試薬がリアルタイム増幅反応を実行するための検出プローブを含有する、態様1〜26のいずれか一項に記載の方法。
28.上記第1および第2の単位用量試薬がヌクレオシド三リン酸を更に含有する、態様1〜27のいずれか一項に記載の方法。
29.上記第1のセットの条件が上記第1の反応容器の内容物の温度を循環させることを含む、態様1〜28のいずれか一項に記載の方法。
30.上記第2のセットの条件が上記第2の反応容器の内容物の温度を循環させることを含む、態様1〜29に記載の方法。
31.上記第1および第2のセットの条件が異なる、態様1〜30のいずれか一項に記載の方法。
32.上記第2の反応容器の少なくとも一部を上記第2のセットの条件に曝露させる前に上記第1の反応容器の少なくとも一部の内容物が上記第1のセットの条件に曝露される、態様1〜31のいずれか一項に記載の方法。
33.ステップ(d)および(h)が互いに重なる、態様32に記載の方法。
34.それぞれステップ(d)および(h)の前に、上記第1および第2の反応容器の各々を温度制御されたステーションに移送するステップを更に含む、態様1〜33のいずれか一項に記載の方法。
35.上記温度制御されたステーションが複数の容器ホルダーを含み、上記容器ホルダーの各々が関連する加熱要素を有し、上記第1および第2の反応容器が、ステップ(d)および(h)の間、異なる容器ホルダーによって保持される、態様34に記載の方法。
36.上記第1および第2の反応容器が、それぞれステップ(d)および(h)の前にキャッピングされ、これにより、上記第1および第2の反応容器の内容物の蒸発が阻止または防止される、態様1〜35のいずれか一項に記載の方法。
37.IVDアッセイが上記第1の反応容器の内容物によって実行され、1つ以上のLDTアッセイが上記第2の反応容器の内容物によって実行される、態様1〜36のいずれか一項に記載の方法。
38.上記第2の単位用量試薬が核酸増幅アッセイを実行するための増幅オリゴマーまたは検出プローブを含有しない、態様1〜37のいずれか一項に記載の方法。
39.上記第1の位置が第1の容器支持体であり、上記第2の位置が第2の容器支持体であり、当該第1および第2の容器支持体が互いに異なる、態様1〜38のいずれか一項に記載の方法。
40.上記第1の容器支持体が第1の温度を有し、上記第2の容器支持体が当該第1の温度と異なる第2の温度を有する、態様39に記載の方法。
1.自動分析装置を使用した複数の試料を解析する方法であって、
(a)第1の溶媒を収容する第1のコンテナユニットを分析装置の第1の位置に保持するステップであって、当該第1の溶媒が、核酸増幅反応を実行するための増幅オリゴマーを含まないステップと、
(b)第2のコンテナユニットを分析装置の第2の位置に保持するステップであって、当該第2のコンテナユニットが、当該第1のコンテナユニットと異なる構造を有し、複数のバイアルを支持するように構成されており、当該複数のバイアルの各バイアルが、その中に溶媒を保持するように構成されており、各バイアル中の当該溶媒が、核酸増幅反応を実行するための少なくとも1つの増幅オリゴマーを含むステップと、
(c)第1の非液体試薬を当該第1の溶媒に溶解して第1の液体増幅試薬を形成するステップであって、当該第1の非液体試薬が、核酸増幅反応を実行するための少なくとも1つの増幅オリゴマーを含むステップと、
(d)第2の非液体試薬を第2のコンテナユニットのバイアル中に含まれる溶媒に溶解して第2の液体増幅試薬を形成するステップであって、当該第2の非液体試薬が、核酸増幅反応を実行するための増幅オリゴマーを含まず、当該第1および第2の液体増幅試薬の当該増幅オリゴマーが互いに異なるステップと、
(e)当該第1の液体増幅試薬を第1の試料と組み合わせて第1の増幅反応混合物を形成するステップと、
(f)当該第2の液体増幅試薬を第2の試料と組み合わせて第2の増幅反応混合物を形成するステップと、
(g)当該第1の増幅反応混合物を用いて第1の増幅反応を実行するステップと、
(h)当該第2の増幅反応混合物を用いて第2の増幅反応を実行するステップと、
(i)当該第1および第2の増幅反応混合物の各々における1つ以上の分析物の存在または不存在を決定するステップと、を含む方法。
2.上記第1の位置および第2の位置が上記分析装置の単一のコンテナコンパートメント内の2つの位置である、態様1のいずれか一項に記載の方法。
3.上記第1の位置が上記分析装置の第1のコンテナコンパートメントであり、上記第2の位置が上記分析装置の第2のコンテナコンパートメントである、態様1または2に記載の方法。
4.上記第1のコンテナコンパートメントが第1の温度を有し、上記第2のコンテナコンパートメントが第1の温度と異なる第2の温度を有する、態様3に記載の方法。
5.上記第2のコンテナユニットの上記複数のバイアルの少なくとも2つのバイアルが、異なる溶媒を含む、態様1〜4のいずれか一項に記載の方法。
6.上記第2のコンテナユニットの上記複数のバイアルのうちの少なくとも2つのバイアルが同一の溶媒を含む、態様1〜5のいずれか一項に記載の方法。
7.上記第1のコンテナユニットが単一の溶媒のみを保持する、態様1〜6のいずれか一項に記載の方法。
8.上記分析装置に複数の試料収容容器をロードするステップであって、上記第1および第2の試料が当該複数の試料収容容器のうちの1つ以上の試料収容容器に収容されるステップを更に含む、態様1〜7のいずれか一項に記載の方法。
9.上記第1および第2の試料が上記複数の試料収容容器のうちの単一の試料収容容器内に収容された同一の試料である、態様8に記載の方法。
10.上記第1および第2の試料が上記複数の試料収容容器のうちの異なる試料収容容器に収容される、態様8に記載の方法。
11.(j)上記第1の試料に対して実行されるべき第1の核酸増幅アッセイおよび上記第2の試料に対して実行されるべき第2の核酸増幅アッセイを割り当てるステップであって、当該第1の核酸増幅アッセイが第1のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第2の核酸増幅アッセイが第2のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第1のセットのアッセイパラメータがシステム定義のパラメータからなり、当該第2のセットのアッセイパラメータが1つ以上のユーザ定義のパラメータを含むステップを更に含む、態様1〜10のいずれか一項に記載の方法。
12.上記割り当てステップがタッチスクリーンまたはキーボードを使用して上記第1および第2の試料に対して実行されるべきアッセイを選択することを含む、態様11に記載の方法。
13.上記ユーザ定義のパラメータのうちの1つ以上がタッチスクリーンまたはキーボードを使用して上記分析装置のコントローラに通信される、態様11または12に記載の方法。
14.上記割り当てステップが上記第1および第2の試料に関連する機械可読なしるしを読み取ることを含み、当該機械可読なしるしが第1および第2の試料に対してどのアッセイを実行するべきかを特定する、態様11〜13のいずれか一項に記載の方法。
15.上記ユーザ定義のパラメータは、ステップ(i)において上記分析装置により生成される生データを処理するために使用される、態様11〜14のいずれか一項に記載の方法。
16.上記第1および第2の核酸増幅反応がそれぞれPCR反応を実行することを含み、上記ユーザ定義のパラメータが熱プロファイルを含み、上記第1の核酸増幅反応の熱プロファイルが上記第2の核酸増幅反応の熱プロファイルと同一であるかまたは異なる、態様11〜15のいずれか一項に記載の方法。
17.上記PCR反応がリアルタイムで実行される、態様16に記載の方法。
18.上記第1および第2の核酸増幅反応の上記熱プロファイルがサイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも1つで異なる、態様16または17に記載の方法。
19.(k)上記第1および第2の試料の各々を上記第1および第2の試料中にそれぞれ存在し得る第1の分析物および第2の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に曝露させることによって精製された形態の第1および第2の試料を生成するステップを更に含む、態様11〜18のいずれか一項に記載の方法。
20.ステップ(k)が上記第1および第2の分析物を非液体支持体上に固定化することを含む、態様19に記載の方法。
21.上記非液体支持体が磁気応答性である、態様20に記載の方法。
22.ステップ(k)が、上記第1および第2の試料を磁界に曝露させる間に上記第1および第2の試料の固定化されていない成分を除去することを含む、態様20に記載の方法。
23.上記磁界が、共通の磁気源から上記第1および第2の試料に印加される、態様22に記載の方法。
24.ステップ(k)が、上記第1および第2の試料の固定化されていない成分を除去した後に上記非液体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む、態様20〜23のいずれか一項に記載の方法。
25.ステップ(k)において、上記第1および第2の分析物が上記第1および第2の試料中に存在する場合、上記非液体支持体に特異的に固定化される、態様20〜24のいずれか一項に記載の方法。
26.ステップ(k)において、上記第1および第2の試料中の核酸が上記非液体支持体に非特異的に固定化される、態様20〜24のいずれか一項に記載の方法。
27.上記第1および第2の増幅反応混合物を形成する際に、上記精製された形態の第1および第2の試料が、それぞれ第1および第2の溶出液に含有されるように上記精製された形態の第1および第2の試料を溶出緩衝液と接触させるステップを更に含む、態様20〜26のいずれか一項に記載の方法。
28.ステップ(e)または(f)の前に上記第1および第2の溶出液のうちの少なくとも1つのアリコートを貯蔵容器に移送するステップを更に含む、態様27に記載の方法。
29.上記貯蔵容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合するステップを更に含む、態様28に記載の方法。
30.少なくともステップ(i)の完了まで上記分析装置内に上記貯蔵容器を保持するステップを更に含む、態様28または29に記載の方法。
31.第3の増幅反応混合物を上記貯蔵容器中のアリコートを用いて形成するステップであって、
当該第3の増幅反応混合物が、第3の核酸増幅反応における分析物を増幅するための1セットの増幅オリゴマーを含有するステップと、
当該第3の増幅反応混合物を用いて第3の増幅反応を実行するステップと、
当該第3の増幅反応混合物中の分析物の存在または不存在を決定するステップと、を更に含む態様28〜30のいずれか一項に記載の方法。
32.上記第3の増幅反応がステップ(i)の後に実行される、態様31に記載の方法。
33.ステップ(g)および(h)が異なる時点で開始される、態様1〜32のいずれか一項に記載の方法。
34.上記第1および第2の非液体試薬の各々が単位用量凍結乾燥物である、態様1〜33のいずれか一項に記載の方法。
35.上記第1の凍結乾燥物が上記第1の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有し、上記第2のコンテナの上記溶媒が上記第2の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有する、態様34に記載の方法。
36.上記第1および第2の非液体試薬がそれぞれ検出プローブを含む、態様1〜35のいずれか一項に記載の方法。
37.上記第1および第2の非液体試薬がヌクレオシド三リン酸を含有する、態様1〜36のいずれか一項に記載の方法。
38.上記第1の溶媒が異なるセットの増幅オリゴマーを含有する非液体試薬を溶解するための汎用試薬である、態様1〜37のいずれか一項に記載の方法。
39.上記第1のコンテナが密閉された液体収容チャンバーを含み、当該液体収容チャンバーが上記第1のコンテナから上記第1の溶媒を取り出すために、流体移送装置によりアクセス可能である、態様1〜38のいずれか一項に記載の方法。
40.上記第1および第2の非液体試薬の各々が上記分析装置に保持された同一のまたは異なる試薬パックの異なる混合ウェルに収容され、各試薬パックが複数の混合ウェルを含み、ステップ(c)が上記第1の非液体試薬を含有する上記混合ウェル中で実行され、ステップ(d)が上記第2の非液体を含有する上記混合ウェル中で実行される、態様1〜39のいずれか一項に記載の方法。
41.上記1つ以上の分析物のうちの各分析物が核酸またはタンパク質である、態様1〜40のいずれか一項に記載の方法。
42.上記第1および第2の増幅反応混合物が、それぞれ第1および第2の反応容器中で形成される、態様1〜41のいずれか一項に記載の方法。
43.ステップ(g)および(h)の前に、それぞれ上記第1および第2の反応容器に油を分配するステップを更に含む、態様42に記載の方法。
44.ステップ(g)および(h)の前に上記第1および第2の反応容器の各々をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで対応する第1または第2の容器に係合するステップ、を更に含む態様42または43に記載の方法。
45.ステップ(g)および(h)の前に、それぞれ上記閉じられた第1および第2の反応容器を遠心分離機で遠心分離するステップ、を更に含む態様44に記載の方法。
46.上記第1および第2の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、態様42〜45のいずれか一項に記載の方法。
1.複数の核酸増幅アッセイを実行するためのランダムアクセス自動分析装置を含むシステムであって、
(a)当該分析装置に貯蔵された複数の試料収容容器から情報を受信し、
(b)当該分析装置の1つ以上の装置に、複数の試料収容容器内の第1の試料を第1の分析物を第1の固体支持体上に固定化するのに適した試薬および条件に曝露させるように命令を送信し、
(c)当該分析装置の1つ以上の装置に、当該第1の固体支持体から当該第1の試料の固定化されていない成分を除去し、当該第1の固体支持体を第1の緩衝液中に再懸濁することによって精製された形態の第1の試料を生成するように命令を送信し、
(d)ステップ(b)の後、当該分析装置の1つ以上の装置に、試料収容容器の第2の試料を第2の分析物を第2の固体支持体上に固定化するのに十分な試薬および条件に曝露させるように命令を送信し、
(e)当該分析装置の1つ以上の装置に、当該第2の固体支持体から当該第2の試料の固定化されていない成分を除去し、当該第2の固体支持体を第2の緩衝液中に再懸濁することによって精製された形態の第2の試料を生成するように命令を送信し、
(f)当該分析装置の1つ以上の装置に第1の単位用量試薬を第1の溶媒に溶解するように命令を送信し得、ここで、当該第1の単位用量試薬がポリメラーゼおよび当該第1の分析物の第1の領域または第1の核酸増幅反応において当該第1の分析物に結合した核酸を増幅するための第1のセットの増幅オリゴマーを含有し、当該第1の溶媒が第1の核酸増幅反応を実行するための増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有せず、
(g)当該分析装置の1つ以上の装置に第2の単位用量試薬を第2の溶媒に溶解するように命令を送信し、ここで、当該第2の溶媒が当該第2の分析物の第2の領域または第2の核酸増幅反応において当該第2の分析物に結合した核酸を増幅するための第2のセットの増幅オリゴマーを含有し、当該第2の単位用量試薬が当該第2の核酸増幅反応を実行するためのポリメラーゼを含有し、当該第2の単位用量試薬が核酸増幅反応を実行するためのいずれの増幅オリゴマーを含有せず、
(h)当該分析装置の1つ以上の装置に、当該溶解された第2の単位用量試薬を当該精製された形態の第2の試料と第1の反応容器中で組み合わせることによって第1の反応混合物を形成するように命令を送信し、
(i)当該分析装置の1つ以上の装置に、当該第1の反応容器の内容物を第2の核酸増幅反応を実行するための第1の温度条件に曝露させるように命令を送信し、
(j)当該分析装置の1つ以上の装置に、当該第2の反応混合物中の当該第2の分析物の存在または不存在を決定するように命令を送信し、
(k)当該分析装置の1つ以上の装置に、ステップ(h)の後に、当該溶解された第1の単位用量試薬を当該精製された形態の第1の試料と第2の反応容器中で組み合わせることによって第2の反応混合物を形成するように命令を送信し、
(l)当該分析装置の1つ以上の装置に、第2の反応容器の内容物を第1の核酸増幅反応を実行するための第2の温度条件に曝露させるように命令を送信し、ここで、当該第1および第2の温度条件が同一であるかまたは異なり、
(m)当該分析装置の1つ以上の装置に、当該第1の反応混合物中の当該第1の分析物の存在または不存在を決定するように命令を送信するように構成されたコントローラ、ならびに
当該第1および第2の分析物の存在または不存在に関連した結果を出力するように構成された出力装置を含むシステム。
2.上記複数の試料収容容器の試料収容容器が個別におよび逐次的にロードされる、態様1に記載のシステム。
3.上記複数の試料収容容器の試料収容容器が上記複数の容器保持ラックにロードされ、上記第1の試料が第1の試料収容容器に収容され、上記第2の試料が第2の試料収容容器に収容され、上記第1および第2の試料収容容器が、それぞれ第1および第2の容器保持ラックによって支持される、態様1に記載のシステム。
4.上記第2の試料が、ステップ(b)の間か後に分析装置にロードされる、態様1〜3のいずれか一項に記載のシステム。
5.上記第1および第2の固体支持体が磁気応答性である、態様1〜4のいずれか一項に記載のシステム。
6.ステップ(c)において上記第1の固体支持体を磁界に曝露させることを更に含み、ステップ(e)において上記第2の固体支持体を磁界に曝露させることを更に含む、態様5に記載のシステム。
7.ステップ(c)の上記磁界がステップ(e)の上記磁界と同一の供給源によって供給される、態様6に記載のシステム。
8.ステップ(b)において上記第1の分析物が上記第1の固体支持体に特異的に固定化され、ステップ(d)において上記第2の分析物が上記第2の固体支持体に特異的に固定化される、態様1〜7のいずれか一項に記載のシステム。
9.上記第1および第2の試料中の核酸が、それぞれステップ(b)および(d)において上記第1および第2の固体支持体に非特異的に固定化される、態様1〜7のいずれか一項に記載のシステム。
10.上記第1および第2の緩衝液が同一緩衝液である、態様1〜9のいずれか一項に記載のシステム。
11.上記第1の単位用量試薬が上記第1の核酸核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有し、上記第2の溶媒が上記第2の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有する、態様1〜10のいずれか一項に記載のシステム。
12.上記第1の単位用量試薬および上記第2の溶媒の各々が、それぞれ検出プローブを含有する、態様11に記載のシステム。
13.上記第1および第2の単位用量試薬の各々が凍結乾燥物である、態様1〜12のいずれか一項に記載のシステム。
14.上記第1および第2の溶媒の各々がヌクレオシド三リン酸を更に含有する、態様1〜13のいずれか一項に記載のシステム。
15.上記第2の溶媒がホルダーによって支持されたバイアルに収容される、態様1〜14のいずれか一項に記載のシステム。
16.上記第1のホルダーが複数のバイアルを支持し、当該バイアルのうちの少なくとも1つが、上記第2の溶媒に含有されない1セットの増幅オリゴマーを含む溶媒を収容する、態様15に記載のシステム。
17.上記第1の溶媒が異なるセットの増幅オリゴマーを含有する単位用量試薬を溶解するための汎用試薬である、態様1〜16のいずれか一項に記載のシステム。
18.上記第1の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、当該アクセスチャンバーが第2のホルダーから上記溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、態様17に記載のシステム。
19.上記第1および第2の単位用量試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックは複数の混合ウェルを含む、態様1〜18のいずれか一項に記載のシステム。
20.上記コントローラが上記分析装置の1つ以上の装置にステップ(h)の前に上記精製された形態の第2の試料を溶出緩衝液に曝露させ、ステップ(k)の前に上記精製された形態の第1の試料を溶出緩衝液に曝露させるように命令を送信するように構成されている、態様1〜19のいずれか一項に記載のシステム。
21.上記コントローラが上記分析装置の1つ以上の装置に、ステップ(j)および(m)のうちの少なくとも1つの完了後に使用のために上記精製された形態の第1および第2の試料のうちの少なくとも1つのアリコートを貯蔵容器に移送させるように命令を送信するように構成されている、態様20に記載のシステム。
22.上記コントローラが上記分析装置の1つ以上の装置に、上記第1および第2の反応容器を受容するためのアクセスポートを有する遠心分離機で上記第1および第2の反応容器を遠心分離させるように命令を送信するように構成されており、ここで、当該遠心分離機が上記第2の反応容器を受容する前に上記第1の反応容器を受容する、態様1〜21のいずれか一項に記載のシステム。
23.上記第1および第2の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、態様1〜22のいずれか一項に記載のシステム。
24.上記コントローラが上記分析装置の1つ以上の装置に、ステップ(i)および(l)の前に、それぞれ上記第1および第2の反応容器を閉じるように命令を送信するように構成されている、態様1〜23のいずれか一項に記載のシステム。
25.ステップ(i)が完了する前にステップ(l)が開始される、態様1〜24のいずれか一項に記載のシステム。
26.ステップ(l)が開始される前にステップ(i)が完了する、態様1〜24のいずれか一項に記載のシステム。
27.上記第1および第2の核酸増幅反応が熱サイクルを必要とする、態様1〜26のいずれか一項に記載のシステム。
28.上記第1および第2の核酸増幅反応がPCR反応である、態様27に記載のシステム。
29.上記第1および第2の核酸増幅反応がリアルタイム増幅である、態様1〜28のいずれか一項に記載のシステム。
30.上記第1の単位用量試薬の増幅オリゴマーがIVDアッセイを実行するために使用され、上記第2の溶媒の増幅オリゴマーがLDTを実行するために使用される、態様1〜29のいずれか一項に記載のシステム。
1.自動分析装置を使用した核酸増幅アッセイを開発する方法であって、
(a)核酸増幅アッセイを試料収容容器に収容された試料に関連付けるステップであって、当該核酸増幅アッセイが少なくとも部分的に1セットのユーザ定義のアッセイパラメータによって定義されるステップと、
(b)当該試料に対して当該核酸増幅アッセイを実行するステップであって、当該核酸増幅アッセイを実行することが、
(i)非液体の単位用量試薬を溶媒に溶解することであって、当該溶媒が分析物の領域または核酸増幅アッセイにおいて当該分析物に結合した核酸を増幅するのに適した1つ以上の増幅オリゴマーを含み、当該単位用量試薬が当該核酸増幅アッセイを実行するための増幅オリゴマーを含まない、溶解することと、
(ii)当該溶解された単位用量試薬および当該試料から反応混合物を形成することと、
(iii)当該反応混合物を当該核酸増幅アッセイに関連した温度サイクリング条件に曝露させることと、を含むステップと、
(c)当該分析装置から当該核酸増幅アッセイに関連する生データを記録するステップと、
(d)記録された生データを当該ユーザ定義のアッセイパラメータのうちの1つ以上を使用して処理するステップと、
(e)処理されたデータを使用して当該核酸増幅アッセイの中間結果を生成するステップと、
(f)生成された結果に基づいて当該ユーザ定義のアッセイパラメータのうちの1つ以上を変更して、改変された1セットのユーザ定義のアッセイパラメータを生成するステップと、
(g)記録された生データを改変された1セットのユーザ定義のアッセイパラメータのうちの1つ以上を使用して再処理するステップと、
(h)再処理されたデータを使用して当該核酸増幅アッセイの結果を生成するステップと、を含む方法。
2.(i)ステップ(f)の前に、
ステップ(e)で生成された上記中間結果が予想された結果に一致するかどうかを決定するステップと、
(j)ステップ(e)で生成された上記中間結果が予想された結果に一致しない場合、ステップ(f)を実行するステップと、
(k)ステップ(e)で生成された上記中間結果が予想された結果に一致する場合、上記改変された1セットのユーザ定義のアッセイパラメータを上記核酸増幅アッセイに関連付けるステップと、を更に含む、態様1に記載の方法。
3.上記溶媒が上記分析装置に配置されたコンテナ支持体によって支持される複数のバイアルのうちのバイアルに収容され、当該複数のバイアルのうちの各バイアルが同一のまたは異なる溶媒を含む、態様1〜2のいずれか一項に記載の方法。
4.上記1セットのユーザ定義のアッセイパラメータのうちの1つ以上のアッセイパラメータがステップ(b)(iii)において使用される上記温度サイクリング条件において使用される熱プロファイルを定義する、態様1〜3のいずれか一項に記載の方法。
5.ステップ(d)において記録された生データを処理することが、記録された生データから選択されたサイクル数に対応するデータを消去することを含み、当該選択されたサイクル数が上記1セットのユーザ定義のアッセイパラメータのうちのアッセイパラメータに基づく、態様1〜4のいずれか一項に記載の方法。
6.ステップ(d)において記録された生データを処理することが、上記1セットのユーザ定義のアッセイパラメータのうちの1つ以上のアッセイパラメータに基づいて記録された生データの傾きを補正することを含む、態様1〜5のいずれか一項に記載の方法。
(a)核酸増幅アッセイを試料に関連付けるステップであって、当該核酸増幅アッセイが少なくとも部分的に1セットのユーザ定義のアッセイパラメータによって定義されるステップと、
(b)当該試料に対して当該核酸増幅アッセイを実行するステップであって、当該核酸増幅アッセイを実行することが、
(i)単位用量試薬を溶媒に溶解することであって、当該溶媒が分析物の領域または当該核酸増幅アッセイにおいて当該分析物に結合した核酸を増幅するのに適した1つ以上の増幅オリゴマーを含み、当該単位用量試薬が当該核酸増幅アッセイを実行するための増幅オリゴマーを含まない、溶解することと、
(ii)溶解された単位用量試薬および当該試料から反応混合物を形成することと、
(iii)当該反応混合物を増幅産物を形成するための温度条件に曝露させることと、を含むステップと、
(c)増幅産物の形成と同時に信号測定装置を使用してデータを収集するステップであって、データを収集することが、曝露する間に形成された増幅産物の量を示す蛍光の周期的な測定を含むステップと、
(d)コンピュータによって実行される場合、コンピュータにステップ(c)の収集されたデータにアクセスさせ、
(i)ユーザから1つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを受信させ、ここで、当該1つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータが、収集されたデータの処理に使用される変数であり、
(ii)当該ユーザ定義のアッセイパラメータのうちの1つ以上を使用して当該収集されたデータを処理して、処理されたデータを作成させ、
(iii)当該ユーザ定義のアッセイパラメータのうちの1つ以上を使用して、当該処理されたデータから試料中の分析物の量を示す結果を計算させ、
(iv)当該ユーザ定義のアッセイパラメータのうちの1つ以上を使用して、ステップ(d)(iii)において決定された結果が有効な結果であるかどうかを決定させるように構成されているアルゴリズムでプログラムされたコンピュータを使用するステップと、を含む方法。
1.自動分析装置用の核酸増幅アッセイを開発する方法であって、
(a)コンピュータシステムに、分析装置に配置された試料に対して実行されるべき核酸増幅アッセイを少なくとも部分的に定義するユーザ定義のアッセイパラメータを入力するステップであって、
(i)1つ以上の検出パラメータを選択することであって、各検出パラメータが核酸増幅アッセイの間、分析装置によって記録される蛍光データの波長を示す、選択することと、
(ii)1つ以上の温度プロファイルパラメータを選択することであって、温度プロファイルパラメータが、核酸増幅アッセイの間、分析装置において増幅反応混合物が曝露される温度プロファイルを定義し、当該増幅反応混合物が、分析装置内で、(1)核酸増幅アッセイを実行するための増幅オリゴマーを含まない単位用量試薬を、核酸増幅アッセイの間、試料中の関心対象の分析物を増幅するように構成された1つ以上の増幅オリゴマーを含む溶媒に溶解すること、および(2)増幅反応混合物を溶解された単位用量試薬および試料により形成することによって形成されるように構成されている、選択することと、
(iii)データ解析パラメータを選択することであって、当該データ解析パラメータが、核酸増幅アッセイの結果が計算される前に、核酸増幅アッセイの間に分析装置によって再符号化されたデータを処理するデータ処理アルゴリズムにおいて使用される変数である、選択することと、を含むステップと、
(b)入力されたユーザ定義のパラメータを使用して核酸増幅アッセイのためのアッセイプロトコルを定義するステップと、
(c)アッセイプロトコルを試料に関連付けるステップと、を含む方法。
(1)分析装置から独立したコンピュータ上で、
(a)当該核酸増幅アッセイを少なくとも部分的に定義する複数のユーザ定義のアッセイパラメータを入力するステップであって、入力された複数のユーザ定義のアッセイパラメータが、当該核酸増幅アッセイの間、当該分析装置によって使用される当該1つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを含み、当該入力するステップが、
(i)1つ以上の検出パラメータを選択することであって、各検出パラメータが当該核酸増幅アッセイの間、当該分析装置によって記録される蛍光の波長を示す、選択することと、
(ii)1つ以上のアッセイプロセスパラメータを選択することであって、各アッセイプロセスパラメータが、反応混合物が当該核酸増幅アッセイの間に曝露されるプロセス条件を示す、選択することと、
(iii)1つ以上のデータ解析パラメータを選択することであって、各データ解析パラメータが、当該核酸増幅アッセイの結果が計算される前に、当該核酸増幅アッセイの間に当該分析装置によって記録されたデータを処理するデータ処理アルゴリズムにおいて使用される変数である、選択することと、を含むステップと、
(b)入力された少なくとも複数のユーザ定義のアッセイパラメータを使用して当該アッセイプロトコルを確立するステップと、
(2)確立されたアッセイプロトコルを当該コンピュータから当該分析装置に転送するステップであって、当該分析装置がコンピュータに入力された複数のユーザ定義のアッセイパラメータのいずれも変更するように構成されていないステップと、
(3)当該分析装置上で、
(a)転送されたアッセイプロトコルを当該分析装置内に配置された当該1つ以上の試料のうちの試料に関連付けるステップと、
(b)当該試料に対して当該核酸増幅アッセイを実行するステップと、
(c)実行された核酸増幅アッセイからデータを記録するステップと、を含む方法。
(a)コンピュータを使用して、当該分析装置上でラボ開発検査を実行するためのプロトコルの1つ以上のユーザ定義のパラメータを選択、定義または変更するステップであって、当該プロトコルの各パラメータが、当該ラボ開発検査の間、当該分析装置によって実行されるべきステップを定義するステップと、
(b)ステップ(a)のプロトコルを用いて当該ラボ開発検査を実行するステップであって、当該分析装置が、当該ラボ開発検査を実行するための1つ以上のシステム定義のパラメータを保存するステップと、を含む方法。
2.ステップ(b)の間、ポリメラーゼおよびヌクレオシド三リン酸を含む非液体試薬を、上記ラボ開発検査を実行するためのオリゴヌクレオチドを含有する溶液に溶解するステップを更に含む、態様1に記載の方法。
3.ステップ(b)の間、インビトロ診断アッセイを実行するためのポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸、およびオリゴヌクレオチドを含む非液体試薬を溶解するステップであって、上記分析装置が上記ラボ開発検査を実行するためのオリゴヌクレオチドを含む非液体試薬を収容する容器を支持しないステップを更に含む、態様1または2に記載の方法。
4.上記コンピュータがパーソナルコンピュータである、態様1に記載の方法。
5.上記コンピュータが上記分析装置に接続されていない、態様4に記載の方法。
6.上記方法が、ステップ(a)の後かつステップ(b)の前に、上記プロトコルをエクスポートし、上記プロトコルを上記分析装置にインストールするステップを更に含む、態様4または5に記載の方法。
7.上記ユーザ定義のパラメータが、上記コンピュータに表示された1つのまたは一連の画面で選択、定義、または変更される、態様1〜6のいずれか一項に記載の方法。
8.ステップ(a)がデフォルトの熱プロファイルを選択することを含む、態様1〜7のいずれか一項に記載の方法。
9.ステップ(a)が熱サイクル反応を実行するための温度プロファイルの1つ以上のパラメータを定義することであって、当該1つ以上のパラメータが、当該熱サイクル反応の各温度ステップの温度、各温度ステップの持続時間、および当該熱サイクル反応の温度サイクル数を含む、定義することを含む、態様1〜7のいずれか一項に記載の方法。
10.上記熱サイクル反応の各サイクルが、少なくとも2つの異なる温度ステップからなる、態様9に記載の方法。
1.複数形態の核酸分析物のうちのいずれかが試料中に存在するかどうかを決定する方法であって、
(a)分析装置に試料を提供するステップと、
(b)複数形態の核酸分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に当該試料を曝露させることによって、精製された形態の試料を生成するステップと、
(c)増幅試薬を第1の溶媒に溶解するステップであって、当該増幅試薬が、第1の形態の分析物の第1の領域を増幅および検出するのに十分なオリゴヌクレオチドを含有し、当該第1の溶媒が、当該増幅試薬のオリゴヌクレオチドとの組み合わせにおいて第2の形態の分析物の第2の領域を増幅および検出するのに十分であり得る1つ以上のオリゴヌクレオチドを含有し、当該第1の溶媒の当該1つ以上のオリゴヌクレオチドが、当該第1または第2の形態の分析物を増幅および検出するのに不十分であり、当該第1および第2の領域が、それぞれ異なるヌクレオチド塩基配列を含むステップと、
(d)当該精製された形態の試料を溶解された増幅試薬に接触させ、これにより増幅反応混合物を形成するステップと、
(e)当該増幅反応混合物を第1および第2の形態の分析物のそれぞれ第1および第2の領域を増幅するのに十分な温度条件に曝露させるステップと、
(f)第1および第2の形態の分析物のうちの少なくとも1つが試料中に存在するかどうかを決定するステップと、を含む方法。
2.上記試料が上記分析装置にステップ(a)の間、容器保持ラックによって支持される容器中に提供される、態様1に記載の方法。
3.上記精製された形態の試料が上記第1および第2の形態の分析物のうちの少なくとも1つを含有する、態様1に記載の方法。
4.ステップ(b)が上記第1および第2の形態の分析物のうちの少なくとも1つを固体支持体上に固定化することを含む、態様3に記載の方法。
5.上記固体支持体が磁気応答性である、態様4に記載の方法。
6.ステップ(b)は、上記試料を磁界に曝露させる間に上記試料の固定化されていない成分を除去することを含む、態様5に記載の方法。
7.ステップ(b)が上記試料の上記固定化されていない成分を除去した後に上記固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む、態様6に記載の方法。
8.ステップ(b)が上記試料を上記第1および第2の形態の分析物を上記固体支持体上に特異的に固定化することができる捕捉プローブに曝露させることを含む、態様4〜7のいずれか一項に記載の方法。
9.ステップ(b)が上記第1および第2の形態の分析物のうちの少なくとも1つを上記固体支持体上に非特異的に固定化することを含む、態様4〜7のいずれか一項に記載の方法。
10.上記増幅試薬が乾燥試薬である、態様1〜9のいずれか一項に記載の方法。
11.上記増幅試薬が凍結乾燥物である、態様10に記載の方法。
12.上記増幅試薬が単位用量試薬である、態様1〜11のいずれか一項に記載の方法。
13.上記増幅試薬がポリメラーゼおよびヌクレオシド三リン酸を含有する、態様1〜12のいずれか一項に記載の方法。
14.上記第1の溶媒がポリメラーゼまたはヌクレオシド三リン酸を含有しない、態様13に記載の方法。
15.上記第1の溶媒が第1のホルダーによって支持されるバイアル中に収容される、態様1〜14のいずれか一項に記載の方法。
16.上記第1のホルダーが複数のバイアルを支持し、当該バイアルのうちの少なくとも一部が、上記第1の溶媒に含有されない1セットの増幅オリゴヌクレオチドを含む溶媒を収容する、態様15に記載の方法。
17.上記分析装置が上記増幅試薬を溶解するための第2の溶媒を収容し、当該第2の溶媒がいずれのオリゴヌクレオチドを含有しない、態様1〜16のいずれか一項に記載の方法。
18.上記第2の溶媒が、流体接続されている閉じられた液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、当該アクセスチャンバーが、当該第2のホルダーから上記第2の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、態様17に記載の方法。
19.上記増幅試薬が試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、当該試薬パックが複数の混合ウェルを含む、態様1〜18のいずれか一項に記載の方法。
20.上記増幅反応混合物が上記試薬パックと異なる反応容器中で形成される、態様19に記載の方法。
21.ステップ(e)の前に上記反応容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで反応容器に係合するステップを更に含む、態様20に記載の方法。
22.ステップ(e)の前に閉じられた反応容器を遠心分離するステップであって、当該遠心分離ステップが、上記反応容器を受容するための少なくとも1つのアクセスポートを有する遠心分離機で実行されるステップを更に含む、態様21に記載の方法。
23.上記反応容器が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、態様20〜22のいずれか一項に記載の方法。
24.上記温度条件がPCR反応に関連した熱サイクルを含む、態様1〜23のいずれか一項に記載の方法。
25.上記決定するステップがリアルタイムで実行される、態様1〜24のいずれか一項に記載の方法。
26.上記第1の溶媒が上記第2の形態の分析物の第2の領域を増幅するための少なくとも1つの増幅オリゴヌクレオチドを含有し、上記第1の溶媒がいずれの形態の上記分析物の存在を決定するための検出プローブも含有しない、態様1〜25のいずれか一項に記載の方法。
27.上記増幅試薬が上記第1および第2の形態の分析物を検出するための検出プローブを含有する、態様26に記載の方法。
28.上記第1の溶媒が上記第2の形態の分析物の存在を決定するための第1の検出プローブを含有する、態様1〜25のいずれか一項に記載の方法。
29.上記増幅試薬が上記第1の形態の分析物の存在を決定するための第2の検出プローブを含有し、第1および第2のプローブがステップ(f)においてお互いに識別可能である、態様28に記載の方法。
30.上記増幅試薬が上記第1の形態の分析物の存在を決定するための第2の検出プローブを含有し、第1および第2のプローブがステップ(f)においてお互いに識別不能である、態様28に記載の方法。
31.上記第1および第2の形態の分析物が異なる型、亜型、またはバリアントの生物またはウイルスである、態様1〜30のいずれか一項に記載の方法。
32.上記第2の形態の分析物が上記第1の形態の分析物の変異型である、態様1〜30のいずれか一項に記載の方法。
33.上記増幅試薬がIVDアッセイの構成要素であり、第1の溶媒がASRである、態様1〜32のいずれか一項に記載の方法。
1.複数形態の核酸分析物のうちのいずれかが試料中に存在するかどうかを決定する方法であって、
(a)分析装置に試料を提供するステップと、
(b)複数形態の核酸分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に試料を曝露させることによって、精製された形態の試料を生成するステップと、
(c)増幅試薬を第1または第2の溶媒に溶解するステップであって、当該第1および第2の溶媒の各々が当該分析装置によって支持され、当該増幅試薬が第1の形態の分析物の第1の領域を増幅および検出するのに十分であるが、第2の形態の分析物の領域を増幅および検出しないオリゴヌクレオチドを含有し、当該第1の溶媒がいずれのオリゴヌクレオチドも含有せず、当該第2の溶媒が当該増幅試薬の当該オリゴヌクレオチドとの組み合わせにおいて当該第2の形態の分析物の第2の領域を増幅および検出するのに十分である1つ以上のオリゴヌクレオチドを含有し、当該第2の溶媒の当該オリゴヌクレオチド当該が第1または第2の形態の分析物を増幅および検出するのに不十分であり、当該第1および第2の領域がそれぞれ異なるヌクレオチド塩基配列を含むステップと、
(d)当該精製された形態の試料を溶解された増幅試薬に接触させ、これにより増幅反応混合物を形成するステップと、
(e)当該増幅反応混合物を第1および第2の形態の分析物のそれぞれ第1および第2の領域を増幅するのに十分な温度条件に曝露させるステップと、
(f)第1および第2の形態の分析物のうちの少なくとも1つが試料中に存在するかどうかを決定するステップと、を含む方法。
2.上記試料が上記分析装置にステップ(a)の間、容器保持ラックによって支持される容器中に提供される、態様1に記載の方法。
3.ステップ(c)の前に、増幅を溶解するための第1または第2の溶媒を選択することを更に含む、態様2に記載の方法。
4.上記選択するステップが上記試料を用いて第1または第2のアッセイを実行するように上記分析装置に指示する上記容器上の機械可読なラベルを読み取ることを含み、上記増幅試薬が当該第1のアッセイにおいて上記第1の溶媒に溶解され、上記増幅試薬が当該第2のアッセイにおいて上記第2の溶媒に溶解される、態様3に記載の方法。
5.上記機械可読なラベルがバーコードラベルであり、上記機械可読なラベルが上記分析装置のバーコードリーダにより読み取られる、態様4に記載の方法。
6.上記選択するステップが上記試料を用いて第1または第2のアッセイを実行するように上記分析装置に指示するためのユーザ入力を提供することを含み、上記増幅試薬が当該第1のアッセイにおいて上記第1の溶媒に溶解され、上記増幅試薬が当該第2のアッセイにおいて上記第2の溶媒に溶解される、態様3に記載の方法。
7.上記ユーザ入力が上記分析装置のマウス、キーボードまたはタッチスクリーンを介して受信される、態様6に記載の方法。
8.上記精製された形態の試料が上記第1および第2の形態の分析物のうちの少なくとも1つを含有する、態様1〜7のいずれか一項に記載の方法。
9.ステップ(b)が上記第1および第2の形態の分析物のうちの少なくとも1つを固体支持体上に固定化することを含む、態様8に記載の方法。
10.上記固体支持体が磁気応答性である、態様9に記載の方法。
11.ステップ(b)は、上記試料を磁界に曝露させる間に上記試料の固定化されていない成分を除去することを含む、態様10に記載の方法。
12.ステップ(b)が上記試料の上記固定化されていない成分を除去した後に上記固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む、態様11に記載の方法。
13.ステップ(b)が上記試料を上記第1および第2の形態の分析物を上記固体支持体上に特異的に固定化することができる捕捉プローブに曝露させることを含む、態様9〜12のいずれか一項に記載の方法。
14.ステップ(b)が上記第1および第2の形態の分析物のうちの少なくとも1つを上記固体支持体上に非特異的に固定化することを含む、態様9〜12のいずれか一項に記載の方法。
15.上記増幅試薬が乾燥試薬である、態様1〜14のいずれか一項に記載の方法。
16.上記増幅試薬が凍結乾燥物である、態様15に記載の方法。
17.上記増幅試薬が単位用量試薬である、態様1〜16のいずれか一項に記載の方法。
18.上記増幅試薬がポリメラーゼおよびヌクレオシド三リン酸を含有する、態様1〜17のいずれか一項に記載の方法。
19.上記第1および第2の溶媒がポリメラーゼまたはヌクレオシド三リン酸を含有しない、態様18に記載の方法。
20.上記第1の溶媒が第1のホルダーによって支持されるバイアル中に収容される、態様1〜19のいずれか一項に記載の方法。
21.上記第2の溶媒が、流体接続されている閉じられた液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、当該アクセスチャンバーが、当該第2のホルダーから上記第2の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、態様20に記載の方法。
22.上記増幅試薬が試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、当該試薬パックが複数の混合ウェルを含む、態様1〜21のいずれか一項に記載の方法。
23.上記増幅反応混合物が上記試薬パックと異なる反応容器中で形成される、態様22に記載の方法。
24.ステップ(e)の前に上記反応容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで反応容器に係合するステップを更に含む、態様23に記載の方法。
25.ステップ(e)の前に閉じられた反応容器を遠心分離するステップであって、当該遠心分離ステップが、上記反応容器を受容するための少なくとも1つのアクセスポートを有する遠心分離機で実行されるステップを更に含む、態様24に記載の方法。
26.上記反応容器が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、態様23〜25のいずれか一項に記載の方法。
27.上記温度条件がPCR反応に関連した熱サイクルを含む、態様1〜26のいずれか一項に記載の方法。
28.上記決定するステップがリアルタイムで実行される、態様1〜27のいずれか一項に記載の方法。
29.上記第1の溶媒が上記第2の形態の分析物の第2の領域を増幅するための少なくとも1つの増幅オリゴヌクレオチドを含有し、上記第1の溶媒がいずれの形態の上記分析物の存在を決定するための検出プローブも含有しない、態様1〜28のいずれか一項に記載の方法。
30.上記増幅試薬が上記第1および第2の形態の分析物を検出するための検出プローブを含有する、態様29に記載の方法。
31.上記第1の溶媒が上記第2の形態の分析物の存在を決定するための第1の検出プローブを含有する、態様1〜28のいずれか一項に記載の方法。
32.上記増幅試薬が上記第1の形態の分析物の存在を決定するための第2の検出プローブを含有し、第1および第2のプローブがステップ(f)においてお互いに識別可能である、態様31に記載の方法。
33.上記増幅試薬が上記第1の形態の分析物の存在を決定するための第2の検出プローブを含有し、第1および第2のプローブがステップ(f)においてお互いに識別不能である、態様31に記載の方法。
34.上記第1および第2の形態の分析物が異なる型、亜型、またはバリアントの生物またはウイルスである、態様1〜33のいずれか一項に記載の方法。
35.上記第2の形態の分析物が上記第1の形態の分析物の変異型である、態様1〜34のいずれか一項に記載の方法。
36.上記増幅試薬および上記第2の溶媒がそれぞれIVDアッセイの構成要素であり、上記第1の溶媒がASRである、態様1〜35のいずれか一項に記載の方法。
1.試料中の複数の核酸分析物の存在を決定する方法であって、
(a)分析装置に試料を提供するステップと、
(b)複数の核酸分析物を単離および精製するのに十分な試薬および条件に当該試料を曝露させることによって、精製された形態の試料を生成するステップと、
(c)増幅試薬を第1の溶媒に溶解するステップであって、当該増幅試薬が当該複数の核酸分析物のうちの第1の分析物の第1の領域を増幅および検出するのに十分な第1のセットのオリゴヌクレオチドを含有し、当該第1の溶媒が当該複数の核酸分析物のうちの第2の分析物の第2の領域を増幅および検出するのに十分な第2のセットのオリゴヌクレオチドを含有し、当該第1のセットのオリゴヌクレオチドが当該第2の分析物の領域を増幅および検出するのに不十分であり、当該第2のセットのオリゴヌクレオチドが当該第1の分析物の領域を増幅および検出するのに不十分であるステップと、
(d)当該精製された形態の試料を溶解された増幅試薬に接触させ、これにより増幅反応混合物を形成するステップと、
(e)当該増幅反応混合物を当該第1および第2の分析物のそれぞれ当該第1および第2の領域を増幅するのに十分な温度条件に曝露させるステップと、
(f)当該第1および第2の分析物のうちの少なくとも1つが当該試料中に存在するかどうかを決定するステップと、を含む方法。
2.上記試料が上記分析装置にステップ(a)の間、容器保持ラックによって支持される容器中に提供される、態様1に記載の方法。
3.上記精製された形態の試料が上記第1および第2の分析物のうちの少なくとも1つを含有する、態様1または2に記載の方法。
4.ステップ(b)が上記第1および第2の分析物のうちの少なくとも1つを固体支持体上に固定化することを含む、態様3に記載の方法。
5.上記固体支持体が磁気応答性である、態様4に記載の方法。
6.ステップ(b)は、上記試料を磁界に曝露させる間に上記試料の固定化されていない成分を除去することを含む、態様5に記載の方法。
7.ステップ(b)が上記試料の上記固定化されていない成分を除去した後に上記固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む、態様6に記載の方法。
8.ステップ(b)が上記試料を上記第1および第2の分析物を上記固体支持体上に特異的に固定化することができる捕捉プローブに曝露させることを含む、態様4〜7のいずれか一項に記載の方法。
9.ステップ(b)が上記第1および第2の分析物のうちの少なくとも1つを上記固体支持体上に非特異的に固定化することを含む、態様4〜7のいずれか一項に記載の方法。
10.上記増幅試薬が乾燥試薬である、態様1〜9のいずれか一項に記載の方法。
11.上記増幅試薬が凍結乾燥物である、態様10に記載の方法。
12.上記増幅試薬が単位用量試薬である、態様1〜11のいずれか一項に記載の方法。
13.上記増幅試薬がポリメラーゼおよびヌクレオシド三リン酸を含有する、態様1〜12のいずれか一項に記載の方法。
14.上記第1の溶媒がポリメラーゼまたはヌクレオシド三リン酸を含有しない、態様13に記載の方法。
15.上記第1の溶媒が第1のホルダーによって支持されるバイアル中に収容される、態様1〜14のいずれか一項に記載の方法。
16.上記第1のホルダーが複数のバイアルを支持し、当該バイアルのうちの少なくとも一部が、上記第1の溶媒に含有されない1セットの増幅オリゴヌクレオチドを含む溶媒を収容する、態様15に記載の方法。
17.上記分析装置が上記増幅試薬を溶解するための第2の溶媒を収容し、当該第2の溶媒がいずれのオリゴヌクレオチドを含有しない、態様1〜16のいずれか一項に記載の方法。
18.上記第2の溶媒が、流体接続されている閉じられた液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、当該アクセスチャンバーが、当該第2のホルダーから上記第2の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、態様17に記載の方法。
19.上記増幅試薬が試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、当該試薬パックが複数の混合ウェルを含む、態様1〜18のいずれか一項に記載の方法。
20.上記増幅反応混合物が上記試薬パックと異なる反応容器中で形成される、態様19に記載の方法。
21.ステップ(e)の前に上記反応容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで反応容器に係合するステップを更に含む、態様20に記載の方法。
22.ステップ(e)の前に閉じられた反応容器を遠心分離するステップであって、当該遠心分離ステップが、上記反応容器を受容するための少なくとも1つのアクセスポートを有する遠心分離機で実行されるステップを更に含む、態様21に記載の方法。
23.上記反応容器が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、態様20〜22のいずれか一項に記載の方法。
24.上記温度条件がPCR反応に関連した熱サイクルを含む、態様1〜23のいずれか一項に記載の方法。
25.上記決定するステップがリアルタイムで実行される、態様1〜24のいずれか一項に記載の方法。
26.上記増幅試薬が上記第1および第2の分析物の存在を決定するための検出可能に標識されたプローブを含有する、態様1〜25のいずれか一項に記載の方法。
27.上記増幅試薬が上記第1の分析物の存在を決定するための第1の検出プローブを含有し、上記第1の溶媒が上記第2の分析物の存在を決定するための第2のプローブを含有する、態様1〜25のいずれか一項に記載の方法。
28.上記第1および第2のプローブがステップ(f)においてお互いに識別可能である、態様27に記載の方法。
29.上記第1および第2のプローブがステップ(f)においてお互いに識別不能である、態様27に記載の方法。
30.上記第1および第2の分析物が同一の分析物の異なる型でない、態様1〜29のいずれか一項に記載の方法。
31.上記第1および第2の分析物が生物に抗生物質耐性を付与する異なる遺伝子である、態様1〜30のいずれか一項に記載の方法。
32.上記増幅試薬がIVDアッセイの構成要素であり、第1の溶媒がASRである、態様1〜31のいずれか一項に記載の方法。
Claims (47)
- 自動分析装置で複数の核酸増幅アッセイを実行する方法であって、
(a)前記分析装置に複数の試料収容容器をロードするステップと、
(b)前記複数の試料収容容器のうちの1つに収容された第1の試料に対して実行されるべき第1の核酸増幅アッセイを割り当てるステップであって、前記第1の核酸増幅アッセイが第1のセットのアッセイパラメータに従って実行され、前記第1のセットのアッセイパラメータがシステム定義のパラメータからなるステップと、
(c)当該複数の試料収容容器のうちの1つに収容された第2の試料に対して実行されるべき第2の核酸増幅アッセイを割り当てるステップであって、当該第2の核酸増幅アッセイが第2のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第2のセットのアッセイパラメータが1つ以上のユーザ定義のパラメータを含むステップと、
(d)前記第1および第2の試料の各々を前記第1および第2の試料中にそれぞれ存在し得る第1の分析物および第2の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に曝露させることによって、精製された形態の前記第1および第2の試料を生成するステップと、
(e)前記精製された形態の前記第1の試料を含有する第1の増幅反応混合物および前記精製された形態の前記第2の試料を含有する第2の増幅反応混合物を形成するステップであって、前記第1の増幅反応混合物が、前記第1の分析物の第1の領域または前記第1の核酸増幅アッセイの第1の核酸増幅反応において前記第1の分析物に結合した核酸を増幅するための第1のセットの増幅オリゴマーを含有し、前記第2の増幅反応混合物が、前記第2の分析物の第2の領域または前記第2の核酸増幅アッセイの第2の核酸増幅反応において前記第2の分析物に結合した核酸を増幅するための第2のセットの増幅オリゴマーを含有するステップと、
(f)前記第1および第2の増幅反応混合物を、前記第1および第2の領域をそれぞれ増幅するための加熱条件に曝露させるステップと、
(g)前記第1および第2の増幅反応混合物中の前記第1および第2の分析物の存在または不存在をそれぞれ決定するステップと、を含む方法。 - 前記複数の試料収容容器が、ステップ(a)の間、1つ以上の容器保持ラックにより支持される、請求項1に記載の方法。
- 前記第1および第2の試料が、同一の試料収容容器に収容された同一の試料である、請求項1または2に記載の方法。
- 前記第1および第2の試料が、異なる試料収容容器に収容される、請求項1または2に記載の方法。
- 前記割り当てステップが、前記実行されるべきアッセイをタッチスクリーンまたはキーボードを使用して特定することを含む、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ユーザ定義のパラメータのうちの1つ以上が、タッチスクリーンまたはキーボードを使用して前記分析装置のコントローラに通信される、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記割り当てステップが、前記試料収容容器または前記容器保持ラック上の機械可読なしるしを読み取ることを含み、前記機械可読なしるしが、どのアッセイを実行するかを特定する、請求項2〜4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記割り当てステップが、ステップ(a)の間か後に実行される、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ユーザ定義のパラメータが、ステップ(g)の間に前記分析装置により生成される生データを処理するために使用される、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1および第2の核酸増幅アッセイがそれぞれPCR反応を含み、前記ユーザ定義のパラメータが熱プロファイルを含み、前記第1の核酸増幅反応の熱プロファイルが前記第2の核酸増幅反応の熱プロファイルと同一であるか、または異なる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 前記PCR反応がリアルタイムで実行される、請求項10に記載の方法。
- 前記第1および第2の核酸増幅反応の前記熱プロファイルが、サイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも1つで異なる、請求項10または11に記載の方法。
- ステップ(d)が、前記第1および第2の分析物を固体支持体上に固定化することを含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法。
- 前記固体支持体が磁気応答性である、請求項13に記載の方法。
- ステップ(d)が、前記第1および第2の試料を磁界に曝露させる間に前記第1および第2の試料の固定化されていない成分を除去することを含む、請求項14に記載の方法。
- 前記磁界が、ステップ(d)において前記第1および第2の試料について同一の供給源により供給される、請求項15に記載の方法。
- ステップ(d)が、前記第1および第2の試料の前記固定化されていない成分を除去した後に前記固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む、請求項15または16に記載の方法。
- 前記第1および第2の分析物が、前記第1および第2の試料中に存在する場合、ステップ(d)において前記固体支持体上に特異的に固定化される、請求項13〜17のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1および第2の試料中の核酸が、ステップ(d)において前記固体支持体上に非特異的に固定化される、請求項13〜17のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび前記第1のセットの増幅オリゴマーを含有する第1の増幅試薬を溶解するステップであって、前記第1の増幅試薬が第1の溶媒に溶解され、前記第1の溶媒が増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有しないステップと、
前記第2の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第2の増幅試薬を溶解するステップであって、前記第2の増幅試薬が前記第2のセットの増幅オリゴマーを含有する第2の溶媒に溶解され、前記第2の増幅試薬がいずれの増幅オリゴマーも含有しないステップと、を更に含む、請求項1〜19のいずれか一項に記載の方法。 - 前記第1および第2の増幅試薬の各々が凍結乾燥物である、請求項20に記載の方法。
- 前記第1および第2の増幅試薬の各々が単位用量試薬である、請求項20または21に記載の方法。
- 前記第1の増幅試薬が前記第1の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有し、前記第2の溶媒が前記第2の核酸増幅反応を実行するのに必要な全てのオリゴマーを含有する、請求項20〜22のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の単位用量試薬および前記第2の増幅試薬がそれぞれ検出プローブを含有する、請求項23に記載の方法。
- 前記第1および第2の溶媒がヌクレオシド三リン酸を更に含有する、請求項20〜24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第2の溶媒が第1のホルダーにより支持された第1のバイアル中に収容される、請求項20〜25のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1のホルダーが1つ以上の追加のバイアルを支持し、前記1つ以上の追加のバイアルの各々が前記第2の溶媒に含有されない1セットの増幅オリゴマーを含有する溶媒を収容する、請求項26に記載の方法。
- 前記第1のホルダーの前記第1のバイアルを前記第2の核酸増幅アッセイに関連付けるステップを更に含む、請求項27に記載の方法。
- 前記第1の溶媒が異なるセットの増幅オリゴマーを含有する増幅試薬を溶解するための汎用試薬である、請求項20〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の溶媒が、流体接続されている密閉された流体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第2のホルダーに収容され、前記アクセスチャンバーが前記第2のホルダーから前記第1の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である、請求項20〜29のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1および第2の増幅試薬が同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および再構成され、各試薬パックが複数の混合ウェルを含む、請求項20〜30のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1および第2の分析物の各々が核酸またはタンパク質である、請求項1〜31のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1および第2の増幅反応混合物が、それぞれ第1および第2の反応容器中で形成される、請求項1〜32のいずれか一項に記載の方法。
- 油がステップ(f)の前に前記第1および第2の反応容器の各々に分配される、請求項33に記載の方法。
- ステップ(f)の前に前記第1および第2の反応容器の各々をキャップで閉じるステップを更に含み、前記キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する第1または第2の容器に係合する、請求項33または34に記載の方法。
- ステップ(f)の前に前記閉じられた第1および第2の反応容器を遠心分離するステップを更に含み、前記遠心分離ステップが、前記第1および第2の反応容器を受容するための少なくとも1つのアクセスポートを有する遠心分離機で実行される、請求項35に記載の方法。
- 前記第1および第2の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である、請求項33〜36のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1および第2の増幅反応混合物を形成する際に、ステップ(e)の前に、前記精製された形態の前記第1および第2の試料がそれぞれ第1および第2の溶出液に含有されるように、前記精製された形態の前記第1および第2の試料を溶出緩衝液と接触させるステップを更に含む、請求項1〜37のいずれか一項に記載の方法。
- ステップ(e)の前に前記第1および第2の溶出液のうちの少なくとも1つのアリコートを貯蔵容器に移送するステップを更に含む、請求項38に記載の方法。
- 前記貯蔵容器をキャップで閉じるステップを更に含み、前記キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合する、請求項39に記載の方法。
- 少なくともステップ(g)の完了まで前記分析装置内に前記貯蔵容器を保持するステップを更に含む、請求項39または40に記載の方法。
- 貯蔵試料のアリコートに対して実行されるべき第3の核酸増幅アッセイを割り当てるステップであって、前記第3の核酸増幅アッセイが第3のセットのアッセイパラメータに従って実行され、前記第3のセットのアッセイパラメータが前記第1および第2のセットのアッセイパラメータと異なるステップと、
ステップ(g)の後に前記貯蔵容器の前記アリコートを含有する第3の増幅反応混合物を形成するステップであって、前記第3の増幅反応混合物が、第3の分析物の第3の領域または第3の核酸増幅反応において前記第3の分析物に結合する核酸を増幅するための第3のセットの増幅オリゴマーを含有するステップと、
前記第3の領域を増幅するために前記第3の増幅反応混合物を熱的条件に曝露させるステップと、
前記第3の増幅反応混合物中の前記第3の分析物の存在または不存在を決定するステップと、を更に含む、請求項39〜41のいずれか一項に記載の方法。 - 前記第3の核酸増幅アッセイがステップ(g)の後に割り当てられる、請求項42に記載の方法。
- 前記第1および第2の増幅反応混合物について、ステップ(f)が異なる時点で開始される、請求項1〜43のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の核酸増幅アッセイがIVDアッセイであり、前記第2の核酸増幅アッセイがLDTである、請求項1〜44のいずれか一項に記載の方法。
- 前記LDTが前記第2のセットの増幅オリゴマーを含むASRを用いて実行される、請求項45に記載の方法。
- 前記第1および第2の増幅反応混合物がステップ(f)において同時に熱的条件に曝露される、請求項1〜46のいずれか一項に記載の方法。
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