JP2020521456A5 - - Google Patents
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Description
ある特定の実施形態において、血液学的悪性腫瘍は、白血病、リンパ腫、または多発性骨髄腫である。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
ヒトカシータスB系統(Cbl)リンパ腫癌原遺伝子B(CBLB)遺伝子において標的部位を切断するホーミングエンドヌクレアーゼ(HE)バリアントを含むポリペプチド。
(項目2)
前記HEバリアントが、LAGLIDADGホーミングエンドヌクレアーゼ(LHE)バリアントである、項目1に記載のポリペプチド。
(項目3)
前記ポリペプチドが、前記HEバリアントの生物学的に活性な断片を含む、項目1、または項目2に記載のポリペプチド。
(項目4)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、1、2、3、4、5、6、7、または8個のN末端アミノ酸を欠く、項目3に記載のポリペプチド。
(項目5)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、4個のN末端アミノ酸を欠く、項目4に記載のポリペプチド。
(項目6)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、8個のN末端アミノ酸を欠く、項目4に記載のポリペプチド。
(項目7)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、1、2、3、4、5、または6個のC末端アミノ酸を欠く、項目3に記載のポリペプチド。
(項目8)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、C末端アミノ酸を欠く、項目7に記載のポリペプチド。
(項目9)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、2個のC末端アミノ酸を欠く、項目7に記載のポリペプチド。
(項目10)
前記HEバリアントが、I−AabMI、I−AaeMI、I−AniI、I−ApaMI、I−CapIII、I−CapIV、I−CkaMI、I−CpaMI、I−CpaMII、I−CpaMIII、I−CpaMIV、I−CpaMV、I−CpaV、I−CraMI、I−EjeMI、I−GpeMI、I−GpiI、I−GzeMI、I−GzeMII、I−GzeMIII、I−HjeMI、I−LtrII、I−LtrI、I−LtrWI、I−MpeMI、I−MveMI、I−NcrII、I−Ncrl、I−NcrMI、I−OheMI、I−OnuI、I−OsoMI、I−OsoMII、I−OsoMIII、I−OsoMIV、I−PanMI、I−PanMII、I−PanMIII、I−PnoMI、I−ScuMI、I−SmaMI、I−SscMI、およびI−Vdi141Iからなる群から選択されるLHEのバリアントである、項目1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目11)
前記HEバリアントが、I−CpaMI、I−HjeMI、I−OnuI、I−PanMI、およびSmaMIからなる群から選択されるLHEのバリアントである、項目1〜10のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目12)
前記HEバリアントが、I−OnuI LHEバリアントである、項目1〜11のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目13)
前記HEバリアントが、1個以上のアミノ酸置換を、配列番号1〜5に示されるI−OnuI LHEアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片の24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、68、70、72、75、76、78、80、82、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、223、225、227、229、231、232、234、236、238、および240からなる群から選択されるアミノ酸位置のDNA認識インターフェースにおいて含む、項目1〜12のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目14)
前記HEバリアントが、少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上のアミノ酸置換を、配列番号1〜5に示されるI−OnuI LHEアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片の19、24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、59、68、70、72、75、76、77、78、80、82、168、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、223、225、227、229、231、232、234、236、238、および240からなる群から選択されるアミノ酸位置で含む、項目1〜13のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目15)
前記HEバリアントが、少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上のアミノ酸置換を、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の位置:24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、68、70、72、78、80、92、116、138、143、159、168、178、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、207、223、225、227、232、236、および238からなる位置群から選択される少なくとも1つの位置で含む、項目1〜14のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目16)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、L26G、R28D、R28Y、R30H、N32A、N32S、K34D、K34V、S35L、S36R、V37A、V37S、S40R、E42R、G44A、G44S、Q46E、T48V、T48S、V68T、V68K、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182V、F182M、N184E、I186K、I186M、S188R、S188N、K189R、S190N、K191P、K191N、L192V、G193K、G193I、Q195G、Q195R、Q197R、V199R、S201G、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜15のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目17)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、F168L、E178D、C180S、F182V、N184E、I186K、S188R、K189R、K191P、L192V、G193K、Q195G、Q197R、V199R、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目18)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目19)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48S、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目20)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、R30H、N32A、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48V、V68T、V68K、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目21)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26G、R28Y、R30H、N32S、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48S、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目22)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、R30H、N32A、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182V、N184E、I186K、S188R、K189R、K191P、L192V、G193K、Q195G、Q197R、V199R、S201G、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目23)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目24)
前記HEバリアントが、配列番号6〜12のいずれか1つに示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片と少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、より好ましくは少なくとも90%、またはさらにより好ましくは少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、項目1〜23のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目25)
前記HEバリアントが、配列番号6に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目26)
前記HEバリアントが、配列番号7に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目27)
前記HEバリアントが、配列番号8に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目28)
前記HEバリアントが、配列番号9に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目29)
前記HEバリアントが、配列番号10に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目30)
前記HEバリアントが、配列番号11に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目31)
前記HEバリアントが、配列番号12に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目32)
前記ポリペプチドが、配列番号20に示されるポリヌクレオチド配列と結合する、項目1〜31のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目33)
DNA結合ドメインをさらに含む、項目1〜32のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目34)
前記DNA結合ドメインが、TALE DNA結合ドメインおよび亜鉛フィンガーDNA結合ドメインからなる群から選択される、項目33に記載のポリペプチド。
(項目35)
前記TALE DNA結合ドメインが、約9.5個のTALE繰り返し単位〜約15.5個のTALE繰り返し単位を含む、項目34に記載のポリペプチド。
(項目36)
前記TALE DNA結合ドメインが、前記CBLB遺伝子内のポリヌクレオチド配列と結合する、項目34または項目35に記載のポリペプチド。
(項目37)
前記TALE DNA結合ドメインが、配列番号21に示されるポリヌクレオチド配列と結合する、項目34〜36のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目38)
前記ポリペプチドが、配列番号22に示されるポリヌクレオチド配列と結合し、それを切断する、項目37に記載のポリペプチド。
(項目39)
前記亜鉛フィンガーDNA結合ドメインが、2、3、4、5、6、7、または8つの亜鉛フィンガーモチーフを含む、項目34に記載のポリペプチド。
(項目40)
ペプチドリンカーおよびエンドプロセシング酵素またはその生物学的に活性な断片をさらに含む、項目1〜39のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目41)
ウイルス性自己切断型2Aペプチドおよびエンドプロセシング酵素またはその生物学的に活性な断片をさらに含む、項目1〜40のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目42)
前記エンドプロセシング酵素またはその生物学的に活性な断片が、5´−3´エキソヌクレアーゼ、5´−3´アルカリエキソヌクレアーゼ、3´−5´エキソヌクレアーゼ、5´フラップエンドヌクレアーゼ、ヘリカーゼ、TdT、または鋳型非依存性DNAポリメラーゼ活性を有する、項目40または項目41に記載のポリペプチド。
(項目43)
前記エンドプロセシング酵素が、Trex2またはその生物学的に活性な断片を含む、項目40〜42のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目44)
前記ポリペプチドが、配列番号13〜19のいずれか1つに示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜43のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目45)
前記ポリペプチドが、配列番号13に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目46)
前記ポリペプチドが、配列番号14に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目47)
前記ポリペプチドが、配列番号15に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目48)
前記ポリペプチドが、配列番号16に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目49)
前記ポリペプチドが、配列番号17に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目50)
前記ポリペプチドが、配列番号18に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目51)
前記ポリペプチドが、配列番号19に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目52)
前記ポリペプチドが、配列番号20または22に示されるポリヌクレオチド配列で前記ヒトCBLB遺伝子を切断する、項目1〜51のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目53)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
(項目54)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするmRNA。
(項目55)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするcDNA。
(項目56)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクター。
(項目57)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む細胞。
(項目58)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む細胞。
(項目59)
項目56に記載のベクターを含む細胞。
(項目60)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドによって導入された1つ以上のゲノム修飾を含む細胞。
(項目61)
前記細胞が、免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体のうちの1つ以上をコードするポリヌクレオチドを含む、項目57〜60のいずれか一項に記載の細胞。
(項目62)
前記ポリヌクレオチドが、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結されたRNAポリメラーゼIIプロモーターをさらに含む、項目61に記載の細胞。
(項目63)
前記RNAポリメラーゼIIプロモーターが、短EF1αプロモーター、長EF1αプロモーター、ヒトROSA 26遺伝子座、ユビキチンC(UBC)プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1(PGK)プロモーター、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリβ−アクチン(CAG)プロモーター、β−アクチンプロモーター、および負の制御領域が欠失した骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサーのdl587revプライマー結合部位置換(MND)プロモーターからなる群から選択される、項目62に記載の細胞。
(項目64)
前記ポリヌクレオチドが、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体に作動可能に連結され、それらの間に散在し、かつ/またはそれらに隣接する1つ以上の自己切断型ウイルス性ペプチドをさらにコードする、項目61〜63のいずれか一項に記載の細胞。
(項目65)
前記自己切断型ウイルス性ペプチドが、2Aペプチドである、項目64に記載の細胞。
(項目66)
前記ポリヌクレオチドが、異種ポリアデニル化シグナルをさらに含む、項目61〜65のいずれか一項に記載の細胞。
(項目67)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、免疫抑制因子に対抗する酵素機能を含む、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目68)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、キヌレニナーゼ活性を含む、項目67に記載の細胞。
(項目69)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、
(a)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメインであって、任意に抗体もしくはその抗原結合断片である、細胞外ドメイン、
(b)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメインおよび膜貫通ドメイン、または
(c)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および免疫抑制シグナルを前記細胞に伝達不可能である修飾細胞内ドメインを含む、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目70)
前記免疫力エンハンサーが、二重特異性T細胞エンゲイジャー分子(BiTE)、免疫賦活因子、およびフリップ受容体からなる群から選択される、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目71)
前記免疫賦活因子が、サイトカイン、ケモカイン、細胞毒素、サイトカイン受容体、およびそれらのバリアントからなる群から選択される、項目70に記載の細胞。
(項目72)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインと、前記TGFβRII膜貫通ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD28、CD134、CD137、CD278、および/またはCD3ζからの細胞内ドメインと、を含む、項目70に記載の細胞。
(項目73)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインと、TLR4、CD3、CD4、CD8α、CD28、CD134、またはCD137ポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、前記TGFβRII細胞外ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD28、CD134、CD137、CD278、および/またはCD3ζからの細胞内ドメインと、を含む、項目70に記載の細胞。
(項目74)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインと、前記TGFβRII細胞外ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD3、CD4、CD8α、CD28、CD134、またはCD137ポリペプチドから単離された膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインと、を含む、項目70に記載の細胞。
(項目75)
前記遺伝子操作された抗原受容体が、遺伝子操作されたTCR、CAR、Daric、またはゼータカイン(zetakine)からなる群から選択される、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目76)
前記遺伝子操作された受容体が、前記CBLB遺伝子に組み込まれない、項目75に記載の細胞。
(項目77)
免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体のうちの1つ以上をコードする前記ポリヌクレオチドが、前記CBLB遺伝子に組み込まれる、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目78)
免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体のうちの1つ以上をコードする前記ポリヌクレオチドを含むドナー修復テンプレートが、項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドによって導入されたDNA2本鎖の破断部位で前記CBLB遺伝子に組み込まれる、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目79)
前記細胞が、造血細胞である、項目57〜78のいずれか一項に記載の細胞。
(項目80)
前記細胞が、T細胞である、項目57〜79のいずれか一項に記載の細胞。
(項目81)
前記細胞が、CD3 + 、CD4 + 、および/またはCD8 + 細胞である、項目57〜80のいずれか一項に記載の細胞。
(項目82)
前記細胞が、免疫エフェクター細胞である、項目57〜81のいずれか一項に記載の細胞。
(項目83)
前記細胞が、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞である、項目57〜82のいずれか一項に記載の細胞。
(項目84)
前記細胞が、ナチュラルキラー(NK)細胞またはナチュラルキラーT(NKT)細胞である、項目57〜82のいずれか一項に記載の細胞。
(項目85)
前記細胞の源が、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来組織、腹水、胸水、脾臓組織、または腫瘍である、項目57〜84のいずれか一項に記載の細胞。
(項目86)
前記細胞が、1つ以上の修飾されたCBLB対立遺伝子を含む、項目47〜85のいずれか一項に記載の細胞。
(項目87)
前記1つ以上の修飾されたCBLB対立遺伝子が、機能不全であるか、または実質的に低減されたCBLB機能および/もしくは活性を有する、項目72に記載の細胞。
(項目88)
前記細胞が、前記1つ以上の修飾されたCBLB対立遺伝子内に導入された免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードする核酸を含み、前記細胞が、前記1つ以上の修飾されたCBLB対立遺伝子内に導入されていない遺伝子操作された抗原受容体をさらに含む、項目46〜51のいずれか一項に記載の細胞。
(項目89)
項目57〜88のいずれか一項に記載の1つ以上の細胞を含む、複数の細胞。
(項目90)
項目57〜88のいずれか一項に記載の1つ以上の細胞を含む、組成物。
(項目91)
項目57〜88のいずれか一項に記載の1つ以上の細胞と、生理学的に許容される担体と、を含む、組成物。
(項目92)
細胞内のヒトCBLB遺伝子を編集する方法であって、前記細胞内に項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを導入することを含み、前記ポリペプチドの発現が、ヒトCBLB遺伝子内の標的部位で2本鎖の破断を作成する、方法。
(項目93)
細胞内のヒトCBLB遺伝子を編集する方法であって、前記細胞内に項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを導入することを含み、前記ポリペプチドの発現が、ヒトCBLB遺伝子内の標的部位で2本鎖の破断を作成し、前記破断が、非相同末端結合(NHEJ)によって修復される、方法。
(項目94)
細胞内のヒトCBLB遺伝子を編集する方法であって、前記細胞内に項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよびドナー修復テンプレートを導入することを含み、前記ポリペプチドの発現が、ヒトCBLB遺伝子内の標的部位で2本鎖の破断を作成し、前記ドナー修復テンプレートが、前記2本鎖の破断(DSB)の前記部位で相同組換え修復(HDR)によって前記ヒトCBLB遺伝子内に組み込まれる、方法。
(項目95)
前記細胞が、造血細胞である、項目92〜94のいずれか一項に記載の方法。
(項目96)
前記細胞が、T細胞である、項目92〜95のいずれか一項に記載の方法。
(項目97)
前記細胞が、CD3 + 、CD4 + 、および/またはCD8 + 細胞である、項目92〜96のいずれか一項に記載の方法。
(項目98)
前記細胞が、免疫エフェクター細胞である、項目92〜97のいずれか一項に記載の方法。
(項目99)
前記細胞が、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞である、項目92〜98のいずれか一項に記載の方法。
(項目100)
前記細胞が、ナチュラルキラー(NK)細胞またはナチュラルキラーT(NKT)細胞である、項目92〜98のいずれか一項に記載の方法。
(項目101)
前記細胞の源が、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来組織、腹水、胸水、脾臓組織、または腫瘍である、項目92〜100のいずれか一項に記載の方法。
(項目102)
前記ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、mRNAである、項目92〜101のいずれか一項に記載の方法。
(項目103)
5´−3´エキソヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、前記細胞内に導入される、項目92〜102のいずれか一項に記載の方法。
(項目104)
Trex2またはその生物学的に活性な断片をコードするポリヌクレオチドが、前記細胞内に導入される、項目92〜103のいずれか一項に記載の方法。
(項目105)
前記ドナー修復テンプレートが、CBLB遺伝子、または前記野生型CBLB遺伝子と比較して1つ以上の変異を含むその部分をコードする、項目94〜104のいずれか一項に記載の方法。
(項目106)
前記ドナー修復テンプレートが、免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体のうちの1つ以上をコードする、項目94〜105のいずれか一項に記載の方法。
(項目107)
前記ドナー修復テンプレートが、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体に作動可能に連結されたRNAポリメラーゼIIプロモーターをさらに含む、項目106に記載の方法。
(項目108)
前記RNAポリメラーゼIIプロモーターが、短EF1αプロモーター、長EF1αプロモーター、ヒトROSA 26遺伝子座、ユビキチンC(UBC)プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1(PGK)プロモーター、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリβ−アクチン(CAG)プロモーター、β−アクチンプロモーター、および負の制御領域が欠失した骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサーのdl587revプライマー結合部位置換(MND)プロモーターからなる群から選択される、項目107に記載の方法。
(項目109)
前記ドナー修復テンプレートが、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体に作動可能に連結され、それらの間に散在し、かつ/またはそれらに隣接する1つ以上の自己切断型ウイルスペプチドをさらにコードする、項目106〜108のいずれか一項に記載の方法。
(項目110)
前記自己切断型ウイルスペプチドが、2Aペプチドである、項目109に記載の方法。
(項目111)
前記ドナー修復テンプレートが、異種ポリアデニル化シグナルをさらに含む、項目106〜108のいずれか一項に記載の方法。
(項目112)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、免疫抑制因子に対抗する酵素機能を含む、項目106〜111のいずれか一項に記載の方法。
(項目113)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、キヌレニナーゼ活性を含む、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、
(a)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメインであって、任意に抗体もしくはその抗原結合断片である、細胞外ドメイン、
(b)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメインおよび膜貫通ドメイン、または
(c)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および免疫抑制シグナルを前記細胞に伝達不可能である修飾細胞内ドメインを含む、項目106〜111のいずれか一項に記載の方法。
(項目115)
前記免疫抑制シグナルダンパーの前記細胞外ドメインおよび/または膜貫通ドメインが、前記TGFβRII細胞外ドメインおよび/または膜貫通ドメインである、項目114に記載の方法。
(項目116)
前記免疫力エンハンサーが、二重特異性T細胞エンゲイジャー分子(BiTE)、免疫賦活因子、およびフリップ受容体からなる群から選択される、項目106〜111のいずれか一項に記載の方法。
(項目117)
前記免疫賦活因子が、サイトカイン、ケモカイン、細胞毒素、サイトカイン受容体、およびそれらのバリアントからなる群から選択される、項目116に記載の方法。
(項目118)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインと、前記TGFβRII膜貫通ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD28、CD134、CD137、CD278、および/またはCD3ζからの細胞内ドメインと、を含む、項目116に記載の方法。
(項目119)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインと、TLR4、CD3、CD4、CD8α、CD28、CD134、またはCD137ポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、前記TGFβRII細胞外ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD28、CD134、CD137、CD278、および/またはCD3ζからの細胞内ドメインと、を含む、項目116に記載の方法。
(項目120)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインと、前記TGFβRII細胞外ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD3、CD4、CD8α、CD28、CD134、またはCD137ポリペプチドから単離された膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインと、を含む、項目116に記載の方法。
(項目121)
前記遺伝子操作された抗原受容体が、遺伝子操作されたTCR、CAR、Daric、またはゼータカインからなる群から選択される、項目106〜111のいずれか一項に記載の方法。
(項目122)
前記ドナー修復テンプレートが、前記DSBのヒトCBLB遺伝子配列5´に対して相同な5´相同アームと、前記DSBのヒトCBLB遺伝子配列3´に対して相同な3´相同アームと、を含む、項目94〜121のいずれか一項に記載の方法。
(項目123)
前記5´および3´相同アームの長さが独立して、約100bp〜約2500bpから選択される、項目122に記載の方法。
(項目124)
前記5´および3´相同アームの長さが独立して、約600bp〜約1500bpから選択される、項目122または項目123に記載の方法。
(項目125)
前記5´相同アームが約1500bpであり、前記3´相同アームが約1000bpである、項目122〜124のいずれか一項に記載の方法。
(項目126)
前記5´相同アームが約600bpであり、前記3´相同アームが約600bpである、項目122〜125のいずれか一項に記載の方法。
(項目127)
ウイルスベクターが、前記細胞内に前記ドナー修復テンプレートを導入するために使用される、項目94〜126のいずれか一項に記載の方法。
(項目128)
前記ウイルスベクターが、組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)またはレトロウイルスである、項目127に記載の方法。
(項目129)
前記rAAVが、AAV2由来の1つ以上のITRを有する、項目128に記載の方法。
(項目130)
前記rAAVが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、およびAAV10からなる群から選択される血清型を有する、項目128または項目129に記載の方法。
(項目131)
前記rAAVが、AAV2またはAAV6血清型を有する、項目128〜130のいずれか一項に記載の方法。
(項目132)
前記レトロウイルスが、レンチウイルスである、項目128に記載の方法。
(項目133)
前記レンチウイルスが、インテグラーゼ欠損レンチウイルス(IDLV)である、項目132に記載の方法。
(項目134)
癌、感染性疾患、自己免疫疾患、炎症性疾患、および免疫不全、またはそれらに関連する状態の少なくとも1つの症状を治療、予防、または緩和する、方法であって、有効量の項目90または項目91に記載の組成物を対象に投与することを含む、方法。
(項目135)
有効量の項目90または項目91に記載の組成物を前記対象に投与することを含む、固形癌を治療する方法。
(項目136)
前記固形癌が、肝臓癌、膵臓癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、精巣癌、膀胱癌、脳癌、肉腫、頭頸部癌、骨癌、甲状腺癌、腎臓癌、または皮膚癌を含む、項目135に記載の方法。
(項目137)
有効量の項目90または項目91に記載の組成物を前記対象に投与することを含む、血液学的悪性腫瘍を治療する方法。
(項目138)
前記血液学的悪性腫瘍が、白血病、リンパ腫、または多発性骨髄腫である、項目137に記載の方法。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
ヒトカシータスB系統(Cbl)リンパ腫癌原遺伝子B(CBLB)遺伝子において標的部位を切断するホーミングエンドヌクレアーゼ(HE)バリアントを含むポリペプチド。
(項目2)
前記HEバリアントが、LAGLIDADGホーミングエンドヌクレアーゼ(LHE)バリアントである、項目1に記載のポリペプチド。
(項目3)
前記ポリペプチドが、前記HEバリアントの生物学的に活性な断片を含む、項目1、または項目2に記載のポリペプチド。
(項目4)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、1、2、3、4、5、6、7、または8個のN末端アミノ酸を欠く、項目3に記載のポリペプチド。
(項目5)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、4個のN末端アミノ酸を欠く、項目4に記載のポリペプチド。
(項目6)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、8個のN末端アミノ酸を欠く、項目4に記載のポリペプチド。
(項目7)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、1、2、3、4、5、または6個のC末端アミノ酸を欠く、項目3に記載のポリペプチド。
(項目8)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、C末端アミノ酸を欠く、項目7に記載のポリペプチド。
(項目9)
前記生物学的に活性な断片が、対応する野生型HEと比較して、2個のC末端アミノ酸を欠く、項目7に記載のポリペプチド。
(項目10)
前記HEバリアントが、I−AabMI、I−AaeMI、I−AniI、I−ApaMI、I−CapIII、I−CapIV、I−CkaMI、I−CpaMI、I−CpaMII、I−CpaMIII、I−CpaMIV、I−CpaMV、I−CpaV、I−CraMI、I−EjeMI、I−GpeMI、I−GpiI、I−GzeMI、I−GzeMII、I−GzeMIII、I−HjeMI、I−LtrII、I−LtrI、I−LtrWI、I−MpeMI、I−MveMI、I−NcrII、I−Ncrl、I−NcrMI、I−OheMI、I−OnuI、I−OsoMI、I−OsoMII、I−OsoMIII、I−OsoMIV、I−PanMI、I−PanMII、I−PanMIII、I−PnoMI、I−ScuMI、I−SmaMI、I−SscMI、およびI−Vdi141Iからなる群から選択されるLHEのバリアントである、項目1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目11)
前記HEバリアントが、I−CpaMI、I−HjeMI、I−OnuI、I−PanMI、およびSmaMIからなる群から選択されるLHEのバリアントである、項目1〜10のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目12)
前記HEバリアントが、I−OnuI LHEバリアントである、項目1〜11のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目13)
前記HEバリアントが、1個以上のアミノ酸置換を、配列番号1〜5に示されるI−OnuI LHEアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片の24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、68、70、72、75、76、78、80、82、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、223、225、227、229、231、232、234、236、238、および240からなる群から選択されるアミノ酸位置のDNA認識インターフェースにおいて含む、項目1〜12のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目14)
前記HEバリアントが、少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上のアミノ酸置換を、配列番号1〜5に示されるI−OnuI LHEアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片の19、24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、59、68、70、72、75、76、77、78、80、82、168、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、223、225、227、229、231、232、234、236、238、および240からなる群から選択されるアミノ酸位置で含む、項目1〜13のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目15)
前記HEバリアントが、少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上のアミノ酸置換を、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の位置:24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、68、70、72、78、80、92、116、138、143、159、168、178、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、207、223、225、227、232、236、および238からなる位置群から選択される少なくとも1つの位置で含む、項目1〜14のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目16)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、L26G、R28D、R28Y、R30H、N32A、N32S、K34D、K34V、S35L、S36R、V37A、V37S、S40R、E42R、G44A、G44S、Q46E、T48V、T48S、V68T、V68K、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182V、F182M、N184E、I186K、I186M、S188R、S188N、K189R、S190N、K191P、K191N、L192V、G193K、G193I、Q195G、Q195R、Q197R、V199R、S201G、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜15のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目17)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、F168L、E178D、C180S、F182V、N184E、I186K、S188R、K189R、K191P、L192V、G193K、Q195G、Q197R、V199R、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目18)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目19)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48S、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目20)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、R30H、N32A、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48V、V68T、V68K、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目21)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26G、R28Y、R30H、N32S、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48S、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目22)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、R30H、N32A、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182V、N184E、I186K、S188R、K189R、K191P、L192V、G193K、Q195G、Q197R、V199R、S201G、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目23)
前記HEバリアントが、配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片の以下のアミノ酸置換:S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも5個、少なくとも15個、好ましくは少なくとも25個、より好ましくは少なくとも35個、またはさらにより好ましくは少なくとも40個以上を含む、項目1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目24)
前記HEバリアントが、配列番号6〜12のいずれか1つに示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片と少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、より好ましくは少なくとも90%、またはさらにより好ましくは少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、項目1〜23のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目25)
前記HEバリアントが、配列番号6に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目26)
前記HEバリアントが、配列番号7に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目27)
前記HEバリアントが、配列番号8に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目28)
前記HEバリアントが、配列番号9に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目29)
前記HEバリアントが、配列番号10に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目30)
前記HEバリアントが、配列番号11に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目31)
前記HEバリアントが、配列番号12に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜24のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目32)
前記ポリペプチドが、配列番号20に示されるポリヌクレオチド配列と結合する、項目1〜31のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目33)
DNA結合ドメインをさらに含む、項目1〜32のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目34)
前記DNA結合ドメインが、TALE DNA結合ドメインおよび亜鉛フィンガーDNA結合ドメインからなる群から選択される、項目33に記載のポリペプチド。
(項目35)
前記TALE DNA結合ドメインが、約9.5個のTALE繰り返し単位〜約15.5個のTALE繰り返し単位を含む、項目34に記載のポリペプチド。
(項目36)
前記TALE DNA結合ドメインが、前記CBLB遺伝子内のポリヌクレオチド配列と結合する、項目34または項目35に記載のポリペプチド。
(項目37)
前記TALE DNA結合ドメインが、配列番号21に示されるポリヌクレオチド配列と結合する、項目34〜36のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目38)
前記ポリペプチドが、配列番号22に示されるポリヌクレオチド配列と結合し、それを切断する、項目37に記載のポリペプチド。
(項目39)
前記亜鉛フィンガーDNA結合ドメインが、2、3、4、5、6、7、または8つの亜鉛フィンガーモチーフを含む、項目34に記載のポリペプチド。
(項目40)
ペプチドリンカーおよびエンドプロセシング酵素またはその生物学的に活性な断片をさらに含む、項目1〜39のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目41)
ウイルス性自己切断型2Aペプチドおよびエンドプロセシング酵素またはその生物学的に活性な断片をさらに含む、項目1〜40のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目42)
前記エンドプロセシング酵素またはその生物学的に活性な断片が、5´−3´エキソヌクレアーゼ、5´−3´アルカリエキソヌクレアーゼ、3´−5´エキソヌクレアーゼ、5´フラップエンドヌクレアーゼ、ヘリカーゼ、TdT、または鋳型非依存性DNAポリメラーゼ活性を有する、項目40または項目41に記載のポリペプチド。
(項目43)
前記エンドプロセシング酵素が、Trex2またはその生物学的に活性な断片を含む、項目40〜42のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目44)
前記ポリペプチドが、配列番号13〜19のいずれか1つに示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目1〜43のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目45)
前記ポリペプチドが、配列番号13に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目46)
前記ポリペプチドが、配列番号14に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目47)
前記ポリペプチドが、配列番号15に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目48)
前記ポリペプチドが、配列番号16に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目49)
前記ポリペプチドが、配列番号17に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目50)
前記ポリペプチドが、配列番号18に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目51)
前記ポリペプチドが、配列番号19に示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、項目44に記載のポリペプチド。
(項目52)
前記ポリペプチドが、配列番号20または22に示されるポリヌクレオチド配列で前記ヒトCBLB遺伝子を切断する、項目1〜51のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目53)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
(項目54)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするmRNA。
(項目55)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするcDNA。
(項目56)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクター。
(項目57)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む細胞。
(項目58)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む細胞。
(項目59)
項目56に記載のベクターを含む細胞。
(項目60)
項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドによって導入された1つ以上のゲノム修飾を含む細胞。
(項目61)
前記細胞が、免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体のうちの1つ以上をコードするポリヌクレオチドを含む、項目57〜60のいずれか一項に記載の細胞。
(項目62)
前記ポリヌクレオチドが、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結されたRNAポリメラーゼIIプロモーターをさらに含む、項目61に記載の細胞。
(項目63)
前記RNAポリメラーゼIIプロモーターが、短EF1αプロモーター、長EF1αプロモーター、ヒトROSA 26遺伝子座、ユビキチンC(UBC)プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1(PGK)プロモーター、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリβ−アクチン(CAG)プロモーター、β−アクチンプロモーター、および負の制御領域が欠失した骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサーのdl587revプライマー結合部位置換(MND)プロモーターからなる群から選択される、項目62に記載の細胞。
(項目64)
前記ポリヌクレオチドが、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体に作動可能に連結され、それらの間に散在し、かつ/またはそれらに隣接する1つ以上の自己切断型ウイルス性ペプチドをさらにコードする、項目61〜63のいずれか一項に記載の細胞。
(項目65)
前記自己切断型ウイルス性ペプチドが、2Aペプチドである、項目64に記載の細胞。
(項目66)
前記ポリヌクレオチドが、異種ポリアデニル化シグナルをさらに含む、項目61〜65のいずれか一項に記載の細胞。
(項目67)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、免疫抑制因子に対抗する酵素機能を含む、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目68)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、キヌレニナーゼ活性を含む、項目67に記載の細胞。
(項目69)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、
(a)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメインであって、任意に抗体もしくはその抗原結合断片である、細胞外ドメイン、
(b)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメインおよび膜貫通ドメイン、または
(c)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および免疫抑制シグナルを前記細胞に伝達不可能である修飾細胞内ドメインを含む、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目70)
前記免疫力エンハンサーが、二重特異性T細胞エンゲイジャー分子(BiTE)、免疫賦活因子、およびフリップ受容体からなる群から選択される、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目71)
前記免疫賦活因子が、サイトカイン、ケモカイン、細胞毒素、サイトカイン受容体、およびそれらのバリアントからなる群から選択される、項目70に記載の細胞。
(項目72)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインと、前記TGFβRII膜貫通ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD28、CD134、CD137、CD278、および/またはCD3ζからの細胞内ドメインと、を含む、項目70に記載の細胞。
(項目73)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインと、TLR4、CD3、CD4、CD8α、CD28、CD134、またはCD137ポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、前記TGFβRII細胞外ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD28、CD134、CD137、CD278、および/またはCD3ζからの細胞内ドメインと、を含む、項目70に記載の細胞。
(項目74)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインと、前記TGFβRII細胞外ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD3、CD4、CD8α、CD28、CD134、またはCD137ポリペプチドから単離された膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインと、を含む、項目70に記載の細胞。
(項目75)
前記遺伝子操作された抗原受容体が、遺伝子操作されたTCR、CAR、Daric、またはゼータカイン(zetakine)からなる群から選択される、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目76)
前記遺伝子操作された受容体が、前記CBLB遺伝子に組み込まれない、項目75に記載の細胞。
(項目77)
免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体のうちの1つ以上をコードする前記ポリヌクレオチドが、前記CBLB遺伝子に組み込まれる、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目78)
免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体のうちの1つ以上をコードする前記ポリヌクレオチドを含むドナー修復テンプレートが、項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドによって導入されたDNA2本鎖の破断部位で前記CBLB遺伝子に組み込まれる、項目61〜66のいずれか一項に記載の細胞。
(項目79)
前記細胞が、造血細胞である、項目57〜78のいずれか一項に記載の細胞。
(項目80)
前記細胞が、T細胞である、項目57〜79のいずれか一項に記載の細胞。
(項目81)
前記細胞が、CD3 + 、CD4 + 、および/またはCD8 + 細胞である、項目57〜80のいずれか一項に記載の細胞。
(項目82)
前記細胞が、免疫エフェクター細胞である、項目57〜81のいずれか一項に記載の細胞。
(項目83)
前記細胞が、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞である、項目57〜82のいずれか一項に記載の細胞。
(項目84)
前記細胞が、ナチュラルキラー(NK)細胞またはナチュラルキラーT(NKT)細胞である、項目57〜82のいずれか一項に記載の細胞。
(項目85)
前記細胞の源が、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来組織、腹水、胸水、脾臓組織、または腫瘍である、項目57〜84のいずれか一項に記載の細胞。
(項目86)
前記細胞が、1つ以上の修飾されたCBLB対立遺伝子を含む、項目47〜85のいずれか一項に記載の細胞。
(項目87)
前記1つ以上の修飾されたCBLB対立遺伝子が、機能不全であるか、または実質的に低減されたCBLB機能および/もしくは活性を有する、項目72に記載の細胞。
(項目88)
前記細胞が、前記1つ以上の修飾されたCBLB対立遺伝子内に導入された免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードする核酸を含み、前記細胞が、前記1つ以上の修飾されたCBLB対立遺伝子内に導入されていない遺伝子操作された抗原受容体をさらに含む、項目46〜51のいずれか一項に記載の細胞。
(項目89)
項目57〜88のいずれか一項に記載の1つ以上の細胞を含む、複数の細胞。
(項目90)
項目57〜88のいずれか一項に記載の1つ以上の細胞を含む、組成物。
(項目91)
項目57〜88のいずれか一項に記載の1つ以上の細胞と、生理学的に許容される担体と、を含む、組成物。
(項目92)
細胞内のヒトCBLB遺伝子を編集する方法であって、前記細胞内に項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを導入することを含み、前記ポリペプチドの発現が、ヒトCBLB遺伝子内の標的部位で2本鎖の破断を作成する、方法。
(項目93)
細胞内のヒトCBLB遺伝子を編集する方法であって、前記細胞内に項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを導入することを含み、前記ポリペプチドの発現が、ヒトCBLB遺伝子内の標的部位で2本鎖の破断を作成し、前記破断が、非相同末端結合(NHEJ)によって修復される、方法。
(項目94)
細胞内のヒトCBLB遺伝子を編集する方法であって、前記細胞内に項目1〜52のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよびドナー修復テンプレートを導入することを含み、前記ポリペプチドの発現が、ヒトCBLB遺伝子内の標的部位で2本鎖の破断を作成し、前記ドナー修復テンプレートが、前記2本鎖の破断(DSB)の前記部位で相同組換え修復(HDR)によって前記ヒトCBLB遺伝子内に組み込まれる、方法。
(項目95)
前記細胞が、造血細胞である、項目92〜94のいずれか一項に記載の方法。
(項目96)
前記細胞が、T細胞である、項目92〜95のいずれか一項に記載の方法。
(項目97)
前記細胞が、CD3 + 、CD4 + 、および/またはCD8 + 細胞である、項目92〜96のいずれか一項に記載の方法。
(項目98)
前記細胞が、免疫エフェクター細胞である、項目92〜97のいずれか一項に記載の方法。
(項目99)
前記細胞が、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞である、項目92〜98のいずれか一項に記載の方法。
(項目100)
前記細胞が、ナチュラルキラー(NK)細胞またはナチュラルキラーT(NKT)細胞である、項目92〜98のいずれか一項に記載の方法。
(項目101)
前記細胞の源が、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来組織、腹水、胸水、脾臓組織、または腫瘍である、項目92〜100のいずれか一項に記載の方法。
(項目102)
前記ポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、mRNAである、項目92〜101のいずれか一項に記載の方法。
(項目103)
5´−3´エキソヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが、前記細胞内に導入される、項目92〜102のいずれか一項に記載の方法。
(項目104)
Trex2またはその生物学的に活性な断片をコードするポリヌクレオチドが、前記細胞内に導入される、項目92〜103のいずれか一項に記載の方法。
(項目105)
前記ドナー修復テンプレートが、CBLB遺伝子、または前記野生型CBLB遺伝子と比較して1つ以上の変異を含むその部分をコードする、項目94〜104のいずれか一項に記載の方法。
(項目106)
前記ドナー修復テンプレートが、免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体のうちの1つ以上をコードする、項目94〜105のいずれか一項に記載の方法。
(項目107)
前記ドナー修復テンプレートが、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体に作動可能に連結されたRNAポリメラーゼIIプロモーターをさらに含む、項目106に記載の方法。
(項目108)
前記RNAポリメラーゼIIプロモーターが、短EF1αプロモーター、長EF1αプロモーター、ヒトROSA 26遺伝子座、ユビキチンC(UBC)プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1(PGK)プロモーター、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリβ−アクチン(CAG)プロモーター、β−アクチンプロモーター、および負の制御領域が欠失した骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサーのdl587revプライマー結合部位置換(MND)プロモーターからなる群から選択される、項目107に記載の方法。
(項目109)
前記ドナー修復テンプレートが、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体に作動可能に連結され、それらの間に散在し、かつ/またはそれらに隣接する1つ以上の自己切断型ウイルスペプチドをさらにコードする、項目106〜108のいずれか一項に記載の方法。
(項目110)
前記自己切断型ウイルスペプチドが、2Aペプチドである、項目109に記載の方法。
(項目111)
前記ドナー修復テンプレートが、異種ポリアデニル化シグナルをさらに含む、項目106〜108のいずれか一項に記載の方法。
(項目112)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、免疫抑制因子に対抗する酵素機能を含む、項目106〜111のいずれか一項に記載の方法。
(項目113)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、キヌレニナーゼ活性を含む、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記免疫抑制シグナルダンパーが、
(a)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメインであって、任意に抗体もしくはその抗原結合断片である、細胞外ドメイン、
(b)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメインおよび膜貫通ドメイン、または
(c)免疫抑制因子と結合する細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および免疫抑制シグナルを前記細胞に伝達不可能である修飾細胞内ドメインを含む、項目106〜111のいずれか一項に記載の方法。
(項目115)
前記免疫抑制シグナルダンパーの前記細胞外ドメインおよび/または膜貫通ドメインが、前記TGFβRII細胞外ドメインおよび/または膜貫通ドメインである、項目114に記載の方法。
(項目116)
前記免疫力エンハンサーが、二重特異性T細胞エンゲイジャー分子(BiTE)、免疫賦活因子、およびフリップ受容体からなる群から選択される、項目106〜111のいずれか一項に記載の方法。
(項目117)
前記免疫賦活因子が、サイトカイン、ケモカイン、細胞毒素、サイトカイン受容体、およびそれらのバリアントからなる群から選択される、項目116に記載の方法。
(項目118)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインと、前記TGFβRII膜貫通ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD28、CD134、CD137、CD278、および/またはCD3ζからの細胞内ドメインと、を含む、項目116に記載の方法。
(項目119)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインと、TLR4、CD3、CD4、CD8α、CD28、CD134、またはCD137ポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、前記TGFβRII細胞外ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD28、CD134、CD137、CD278、および/またはCD3ζからの細胞内ドメインと、を含む、項目116に記載の方法。
(項目120)
前記フリップ受容体が、TGFβRII細胞外ドメインと、前記TGFβRII細胞外ドメインのC末端終端にインフレームで融合したTLR4、CD3、CD4、CD8α、CD28、CD134、またはCD137ポリペプチドから単離された膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインと、を含む、項目116に記載の方法。
(項目121)
前記遺伝子操作された抗原受容体が、遺伝子操作されたTCR、CAR、Daric、またはゼータカインからなる群から選択される、項目106〜111のいずれか一項に記載の方法。
(項目122)
前記ドナー修復テンプレートが、前記DSBのヒトCBLB遺伝子配列5´に対して相同な5´相同アームと、前記DSBのヒトCBLB遺伝子配列3´に対して相同な3´相同アームと、を含む、項目94〜121のいずれか一項に記載の方法。
(項目123)
前記5´および3´相同アームの長さが独立して、約100bp〜約2500bpから選択される、項目122に記載の方法。
(項目124)
前記5´および3´相同アームの長さが独立して、約600bp〜約1500bpから選択される、項目122または項目123に記載の方法。
(項目125)
前記5´相同アームが約1500bpであり、前記3´相同アームが約1000bpである、項目122〜124のいずれか一項に記載の方法。
(項目126)
前記5´相同アームが約600bpであり、前記3´相同アームが約600bpである、項目122〜125のいずれか一項に記載の方法。
(項目127)
ウイルスベクターが、前記細胞内に前記ドナー修復テンプレートを導入するために使用される、項目94〜126のいずれか一項に記載の方法。
(項目128)
前記ウイルスベクターが、組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)またはレトロウイルスである、項目127に記載の方法。
(項目129)
前記rAAVが、AAV2由来の1つ以上のITRを有する、項目128に記載の方法。
(項目130)
前記rAAVが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、およびAAV10からなる群から選択される血清型を有する、項目128または項目129に記載の方法。
(項目131)
前記rAAVが、AAV2またはAAV6血清型を有する、項目128〜130のいずれか一項に記載の方法。
(項目132)
前記レトロウイルスが、レンチウイルスである、項目128に記載の方法。
(項目133)
前記レンチウイルスが、インテグラーゼ欠損レンチウイルス(IDLV)である、項目132に記載の方法。
(項目134)
癌、感染性疾患、自己免疫疾患、炎症性疾患、および免疫不全、またはそれらに関連する状態の少なくとも1つの症状を治療、予防、または緩和する、方法であって、有効量の項目90または項目91に記載の組成物を対象に投与することを含む、方法。
(項目135)
有効量の項目90または項目91に記載の組成物を前記対象に投与することを含む、固形癌を治療する方法。
(項目136)
前記固形癌が、肝臓癌、膵臓癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、精巣癌、膀胱癌、脳癌、肉腫、頭頸部癌、骨癌、甲状腺癌、腎臓癌、または皮膚癌を含む、項目135に記載の方法。
(項目137)
有効量の項目90または項目91に記載の組成物を前記対象に投与することを含む、血液学的悪性腫瘍を治療する方法。
(項目138)
前記血液学的悪性腫瘍が、白血病、リンパ腫、または多発性骨髄腫である、項目137に記載の方法。
Claims (16)
- ヒトカシータスB系統(Cbl)リンパ腫癌原遺伝子B(CBLB)遺伝子における標的部位に結合し、それを切断するI−OnuIホーミングエンドヌクレアーゼ(HE)バリアントを含むポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、
(a)前記HEバリアントの生物学的に活性な断片;
(b)対応する野生型I−OnuI HEと比較して、1、2、3、4、5、6、7、または8個のN末端アミノ酸を欠く前記I−OnuI HEバリアントの生物学的に活性な断片;あるいは
(c)対応する野生型I−OnuI HEと比較して、1、2、3、4、または5個のC末端アミノ酸を欠く前記I−OnuI HEバリアントの生物学的に活性な断片
を含む、請求項1に記載のポリペプチド。 - 前記I−OnuI HEバリアントが、以下のアミノ酸置換:
(a)配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片のS24C、L26R、L26G、R28D、R28Y、R30H、N32A、N32S、K34D、K34V、S35L、S36R、V37A、V37S、S40R、E42R、G44A、G44S、Q46E、T48V、T48S、V68T、V68K、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182V、F182M、N184E、I186K、I186M、S188R、S188N、K189R、S190N、K191P、K191N、L192V、G193K、G193I、Q195G、Q195R、Q197R、V199R、S201G、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238Iのうちの少なくとも40個のアミノ酸置換;
(b)配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片のS24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、F168L、E178D、C180S、F182V、N184E、I186K、S188R、K189R、K191P、L192V、G193K、Q195G、Q197R、V199R、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238I;
(c)配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片のS24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238I;
(d)配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片のS24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48S、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238I;
(e)配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片のS24C、L26R、R28D、R30H、N32A、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48V、V68T、V68K、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238I;
(f)配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片のS24C、L26G、R28Y、R30H、N32S、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48S、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238I;
(g)配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片のS24C、L26R、R28D、R30H、N32A、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182V、N184E、I186K、S188R、K189R、K191P、L192V、G193K、Q195G、Q197R、V199R、S201G、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238I;あるいは
(h)配列番号1〜5のいずれか1つまたはその生物学的に活性な断片のS24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E、およびV238I
を含む、請求項1または請求項2に記載のポリペプチド。 - 前記I−OnuI HEバリアントが、配列番号6〜12のいずれか1つに示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片と少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、より好ましくは少なくとも90%、またはさらにより好ましくは少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載のポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、配列番号20に示されるポリヌクレオチド配列と結合する、請求項1〜4のいずれか一項に記載のポリペプチド。
- 約9.5個のTALE繰り返し単位〜約15.5個のTALE繰り返し単位を含むTALE DNA結合ドメインをさらに含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載のポリペプチド。
- 前記TALE DNA結合ドメインが、配列番号21に示されるポリヌクレオチド配列と結合する、請求項6に記載のポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、配列番号22に示されるポリヌクレオチド配列と結合し、それを切断する、請求項7に記載のポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、配列番号13〜19のいずれか1つに示されるアミノ酸配列またはその生物学的に活性な断片を含む、請求項7または請求項8に記載のポリペプチド。
- 請求項1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたは請求項1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするmRNA。
- 請求項1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクター。
- 請求項1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または請求項1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを含む細胞。
- 請求項1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチドによって導入された1つ以上のゲノム修飾を含む細胞。
- 前記細胞が、遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項12または請求項13に記載の細胞。
- 前記遺伝子操作された抗原受容体が、遺伝子操作されたTCR、CAR、Daric、またはゼータカイン(zetakine)からなる群から選択される、請求項14に記載の細胞。
- 前記細胞が、造血細胞;T細胞;CD3 + 、CD4 + 、および/またはCD8 + 細胞;免疫エフェクター細胞;細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞;あるいはナチュラルキラー(NK)細胞またはナチュラルキラーT(NKT)細胞である、請求項12〜15のいずれか一項に記載の細胞。
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