JP2020178541A - 胃潰瘍のリスクを判定する方法 - Google Patents
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Abstract
Description
rs5945326:2型糖尿病に関するSNP(非特許文献 1)
rs647161:大腸がんに関するSNP(非特許文献 2)
rs10508372:喘息に関するSNP(非特許文献 3)
rs210138:精巣がんに関するSNP(非特許文献 4)
rs339331:前立腺がんに関するSNP(非特許文献 5)
rs17796783:心拍数に関するSNP(非特許文献 6)
rs7086803:肺がん(扁平上皮がん)に関するSNP(非特許文献 7)
rs2072590:上皮性卵巣がんに関するSNP(非特許文献 8)
rs12688220:膵炎に関するSNP(非特許文献 9)
rs2268361:多嚢胞性卵巣症候群に関するSNP(非特許文献 10)
染色体番号 X
染色体上の位置 152899922
塩基配列 ATTCCTTCCCTCCTGGGGTCTACAC[A/G]CATTGCTACGGCCCCATCCCAGAGC(配列番号1)
染色体番号 5
染色体上の位置 134499092
塩基配列 GTGAGCGTAGGGATCCTGGCAGAGT[A/C]CCCCCAAACATTTGCCCAGGTAGAG(配列番号2)
染色体番号 10
染色体上の位置 8972018
塩基配列 CGTCCCAAGGCCTTGGAATGTTGGC[A/G]TAACAGGAAAAAGGGTGTGGAGTGG(配列番号3)
染色体番号 6
染色体上の位置 33542538
塩基配列 GCTAACACTTTGTAAGGTGGACACT[A/G]ATCTAAGCATATTTTCCCTATTTTA(配列番号4)
染色体番号 6
染色体上の位置 117210052
塩基配列 TGCATGAACTCTCTCTCCCCAGTTT[T/C]ATGAGGTTTATCTTTAGTGACTAGG(配列番号5)
染色体番号 14
染色体上の位置 85809911
塩基配列 GTGCTGTATGAGGACTCCAAAGATG[T/C]TGCATAATGAAACAGAAAAAAACTG(配列番号6)
染色体番号 10
染色体上の位置 114498476
塩基配列 TTCTTATAAGACTGTTGAGTTTACA[A/G]TACGACAGAACTGTGTTTACCTTGG(配列番号7)
染色体番号 2
染色体上の位置 177042633
塩基配列 GGGATTGAGGGAAGATGGTACCAGC[T/G]CCCTAGAGCTCAGCTCACCAGACCT(配列番号8)
染色体番号 X
染色体上の位置 106244767
塩基配列 ATGTCCTTTGAGCATCATTTTTTAC[T/C]CCCATTGGGTGCTTTACATTTGTCT(配列番号9)
染色体番号 2
染色体上の位置 49201612
塩基配列 TGAAAGATCTCAATCCCAGGGCACT[A/G]ACAAGATGCCTTCGTCTCACAGCAT(配列番号10)
本SNPセットを用いた判定方法の精度について説明する。上記データベースから、テスト用に、利用者の遺伝子型情報と罹患情報とを対応付けたデータセットを作成した。データセットにおける各利用者の本SNPセットの各SNPの遺伝子型を、ホモ接合型(AA,BB)と、ヘテロ接合型(AB)に分類し、分類した各遺伝子型が図2に示す網掛けをした遺伝子型と一致する場合には、xiの値を1と評価し、一致しない場合には0と評価して、x1〜xNを特徴量として算出した。
本SNPセットを用いる判定モデルが、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルよりも有意に優れたモデルであることを確かめるために、ノンパラメトリック検定の一種であるウィルコクソンの順位和検定を行った。具体的には、本SNPセットを用いる判定モデルのAUCと、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルのAUCとに差が無いという帰無仮説を設定し、有意水準を0.01としてウィルコクソンの順位和検定を行った。
Claims (1)
- rs5945326、rs647161、rs10508372、rs210138、rs339331、rs17796783、rs7086803、rs2072590、rs12688220、及びrs2268361を少なくとも含む一塩基多型セットの遺伝子型情報に基づいて、胃潰瘍のリスクを判定する、方法。
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---|---|---|---|---|
JP2004173505A (ja) * | 2002-11-22 | 2004-06-24 | Mitsuo Itakura | 疾患感受性遺伝子の同定方法並びにそれに用いるプログラムおよびシステム |
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JP2007068429A (ja) * | 2005-09-05 | 2007-03-22 | Toyobo Co Ltd | Il−10多型検出による消化器系疾患罹患の判定方法およびそのキット |
CN108060226A (zh) * | 2018-02-07 | 2018-05-22 | 深圳市道生物科技有限公司 | 胃溃疡相关易感基因TNF-α突变检测试剂盒及使用方法 |
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2019
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Patent Citations (4)
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Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
FRONTIERS IN GENETICS (2019) VOL.10, ARTICLE 267, PP.1-10, JPN6022021669, ISSN: 0004784583 * |
GENOMICS INFORM. (2014) VOL.12, NO.3, PP.127-133, JPN6022021670, ISSN: 0004784582 * |
Also Published As
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---|---|
JP7097847B2 (ja) | 2022-07-08 |
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