JP2020103297A - T細胞エピトープの免疫原性の予測 - Google Patents
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Abstract
Description
20年以上前に、結合能力に他よりも大きく寄与する、MHC結合ペプチド内の位置が存在することが確認された(例えば、A.Sette et al.,Proceedings of the National Academy of Sciences 86,3296(1989))。これらのアンカー位置の同定と記述は、MHC結合ペプチドのパターンを見出すことを可能にし、したがって予測の方法を開発するための基礎となった。近年、抗原プロセシング機構のインシリコモデルの分野において重要な開発が達成された。1990年代後半に開発された2つの先駆的なアプローチ、BIMAS(K.C.Parker,M.A.Bednarek,J.E.Coligan,The Journal of Immunology 152,163(1994))およびSYFPEITHI(H.−G.Rammensee,J.Bachmann,N.P.N.Emmerich,O.A.Bachor,S.Stevanovic,Immunogenetics 50,213(1999))は、アンカー位置の知識および由来する対立遺伝子特異的モチーフに基づいた。ますます多くの実験的MHCペプチド結合データが利用可能となってきたので、多種多様な統計およびコンピュータ技術を用いてより多くのツールが開発されている(概略については図1参照)。いわゆる行列ベースの方法は、位置特異的スコアリング行列を使用して、ペプチド配列が特定のMHC対立遺伝子の結合モチーフにマッチするかどうかを決定する。別のクラスのMHC結合予測方法は、人工ニューラルネットワークまたはサポートベクターマシンなどの機械学習技術を用いる(図1参照)。これらのアルゴリズムの成績は、結合についての予測能力を有する、基礎となるパターン/特徴を「学習する」ための各対立遺伝子モデル(例えば「HLA−A*02:01」、「H2−Db」等)に関する利用可能なトレーニングデータセットの量と質に強く依存する。最近、構造ベースの方法が登場してきており、これらは、例えばエネルギー最小化原理によってペプチド−MHC相互作用を予測するために単にペプチド−MHC結晶構造およびスコアリング関数(例えば種々のエネルギー関数)だけに頼るので、大きなトレーニングセットを得るという障害を回避する(図1参照)。しかし、それらのアプローチの精度はまだ配列ベースの方法には遠く及ばない。ベンチマーク試験は、人工ニューラルネットワークに基づくツールNetMHC(C.Lundegaard et al.,Nucleic Acids Research 36,W509(2008))および行列ベースのアルゴリズムSMM(B.Peters,A.Sette,BMC bioinformatics 6,132(2005))が試験された評価データに関して最良の成績を発揮することを示す(B.Peters,A.Sette,BMC bioinformatics 6,132(2005);H.H.Lin,S.Ray,S.Tongchusak,E.L.Reinherz,V.Brusic,BMC immunology 9,8(2008))。どちらのアプローチも、免疫エピトープデータベースで入手可能な、いわゆるIEDBコンセンサス法に統合される(Y.Kim et al.,Nucleic Acids Research 40,W525(2012))。MHC II分子は両側が開放端である結合溝を有し、異なる長さのペプチドの結合を可能にするので、ペプチド−MHC II結合の相互作用をモデリングすることはMHC Iに関するよりもはるかに複雑である。MHC Iに結合するペプチドは主として8〜12アミノ酸に限定されるが、この長さはMHC IIペプチドについては著しく異なり得る(9〜30アミノ酸)。最近のベンチマーク試験は、利用可能なMHC II予測方法はMHC I予測に比べて限られた精度しか提供しないことを示す(H.H.Lin,S.Ray,S.Tongchusak,E.L.Reinherz,V.Brusic,BMC immunology 9,8(2008))。
a)1つ以上のMHC分子への修飾ペプチドの結合に関するスコアを確認する工程、および
b)1つ以上のMHC分子への非修飾ペプチドの結合に関するスコアを確認する工程、および/または
c)1つ以上のT細胞受容体への、MHC−ペプチド複合体中に存在する場合の修飾ペプチドの結合に関するスコアを確認する工程
を含む方法に関する。
本発明の方法によって免疫原性と予測された修飾または修飾ペプチドを同定する工程
を含む、ワクチンを提供するための方法を提供する。
免疫原性と予測された修飾もしくは修飾ペプチドを含むペプチドもしくはポリペプチド、または前記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を含有するワクチンを提供する工程
をさらに含む。
(a)本発明による方法によってワクチンを提供する工程;および
(b)前記ワクチンを癌患者に投与する工程
を含む、癌患者を治療する方法に関する。
1)例えば、Ronaghi et al.1998:A sequencing method based on real−time pyrophosphate.Science 281(5375),363−365に最初に記載された、Roche関連会社である454 Life Sciences(Branford,Connecticut)のGS−FLX 454 Genome Sequencer(商標)において実行されるパイロシークエンス法として公知の「合成によるシークエンシング」技術。この技術は、一本鎖DNA結合ビーズが、激しくボルテックスすることにより、エマルジョンPCR増幅のために油に取り囲まれたPCR反応物を含有する水性ミセル中に被包される、エマルジョンPCRを用いる。パイロシークエンシング工程中、ポリメラーゼがDNA鎖を合成すると共に、ヌクレオチド組込みの間にリン酸分子から放出される光が記録される。
2)可逆的色素−ターミネータに基づいてSolexa(現在はIllumina Inc.,San Diego,Californiaの一部)によって開発された、例えばIllumina/Solexa Genome Analyzer(商標)およびIllumina HiSeq 2000 Genome Analyzer(商標)において実行される「合成によるシークエンシング」アプローチ。この技術では、4つすべてのヌクレオチドを、DNAポリメラーゼと共にフローセルチャネル中のオリゴプライミングしたクラスターフラグメントに同時に添加する。架橋増幅は、シークエンシングのために4つすべての蛍光標識ヌクレオチドを有するクラスター鎖を伸長させる。
3)例えばApplied Biosystems(現在はLife Technologies Corporation,Carlsbad.California)のSOLid(商標)プラットフォームにおいて実行される、「ライゲーションによるシークエンシング」アプローチ。この技術では、固定された長さのすべての可能なオリゴヌクレオチドのプールを配列決定された位置に従って標識する。オリゴヌクレオチドをアニーリングし、連結する;配列をマッチさせるためのDNAリガーゼによる選択的なライゲーションは、その位置のヌクレオチドの情報を与えるシグナルをもたらす。シークエンシングの前に、DNAをエマルジョンPCRによって増幅する。各々が同じDNA分子のコピーだけを含有する、生じたビーズをスライドガラス上に載せる。2番目の例として、Dover Systems(Salem,New Hampshire)のPolonator(商標)G.007プラットフォームも、ランダムに配置したビーズに基づくエマルジョンPCRを使用して並列シークエンシングのためにDNAフラグメントを増幅することによる、「ライゲーションによるシークエンシング」アプローチを用いる。
4)例えばPacific Biosciences(Menlo Park,California)のPacBio RSシステムまたはHelicos Biosciences(Cambridge,Massachusetts)のHeliScope(商標)プラットフォームにおいて実行される、単一分子シークエンシング技術。この技術の明らかな特徴は、単一分子リアルタイム(SMRT)DNAシークエンシングと定義される、単一DNAまたはRNA分子を増幅せずに配列決定するその能力である。例えばHeliScopeは、各々のヌクレオチドが合成されると共にそれを直接検出する高感度蛍光検出システムを用いる。蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)に基づく同様のアプローチがVisigen Biotechnology(Houston,Texas)から開発されている。他の蛍光に基づく単一分子技術には、U.S.Genomics(GeneEngine(商標))およびGenovoxx(AnyGene(商標))からのものがある。
5)例えば複製中の一本鎖上のポリメラーゼ分子の動きを観測するためにチップ上に配置された様々なナノ構造体を用いる単一分子シークエンシングのためのナノ技術。ナノ技術に基づくアプローチの非限定的な例は、Oxford Nanopore Technologies(Oxford,UK)のGridON(商標)プラットフォーム、Nabsys(Providence,Rhode Island)によって開発されたハイブリダイゼーション支援ナノポアシークエンシング(HANS(商標))プラットフォーム、およびコンビナトリアルプローブアンカーライゲーション(cPAL(商標))と呼ばれるDNAナノボール(DNB)技術を用いた、特許保護されているリガーゼに基づくDNAシークエンシングプラットフォームである。
6)単一分子シークエンシングのための電子顕微鏡検査に基づく技術、例えばLightSpeed Genomics(Sunnyvale,California)およびHalcyon Molecular(Redwood City,California)によって開発されたもの。
7)DNAの重合の間に放出される水素イオンの検出に基づくイオン半導体シークエンシング。例えばIon Torrent Systems(San Francisco,California)は、この生化学的工程を超並列的に実施するために微細加工ウェルの高密度アレイを使用する。各々のウェルは異なるDNA鋳型を保持する。ウェルの下にはイオン感受性層があり、その下には特許保護されているイオンセンサーがある。
T細胞エピトープの免疫原性を予測するためのモデルの確立
以前に本発明者らは、B16F10マウス黒色腫細胞株において同定された50の体細胞変異の免疫原性を検討した(J.C.Castle et al.,Exploiting the mutanome for tumor vaccination.Cancer Research 72,1081(2012))。これら50の変異は、主としてMHCクラスI発現を最大化するように563の発現された非同義体細胞変異のプールから選択した(J.C.Castle et al.,Exploiting the mutanome for tumor vaccination.Cancer Research 72,1081(2012))(実施例2も参照のこと)。すべての可能なMHCクラスI対立遺伝子の空間、潜在的なエピトープの長さおよび配列ウィンドウ(変異を位置付ける)を探索する場合(J.C.Castle et al.,Exploiting the mutanome for tumor vaccination.Cancer Research 72,1081(2012))、各々の変異に関して本発明者らは最小エピトープ、すなわち最も低いMHCクラスIコンセンサススコアを有するエピトープを予測した(Y.Kim et al.,Nucleic Acids Research 40,W525(2012))(本明細書ではMmutと定義される)。RNAワクチン接種、続いてペプチド読み出しを用いてこれらの変異の免疫原性を測定すると(実施例2参照)、ペプチドワクチン接種を用いた先の所見を確認し(J.C.Castle et al.,Exploiting the mutanome for tumor vaccination.Cancer Research 72,1081(2012))、50の変異のうち12だけが(24%)免疫原性であり(表1)、MUT+/WT−配列は試験したすべての変異に関して10%だけを構成することを示した。
B16およびCT26データセットの分析は、3つの条件:野生型ペプチドが提示される、変異ペプチドが提示される、およびアミノ酸置換が十分に低い対数オッズスコアを有する、を満たす場合に免疫原性が付与されるモデルを支持する(図11A)。本発明者らがクラスI免疫原性と称する、免疫原性に関するこのモデルは、ヒト黒色腫細胞株モデル、MZ7−MELによってさらに裏付けられる。MZ7−MELモデルおよび公表されているCD8+拘束性ネオ抗原は、本発明者らがクラスII免疫原性と称する、2番目のモデルを支持し、この場合は野生型エピトープが提示されないが、置換(例えばアンカー位置における)がMHCコンセンサススコアの有意の上昇(>5から10)をもたらし、新規のこれまで見たことがないエピトープを生じさせる(図11B)。免疫原性を定義するためのこの枠組みは、3変数分類スキーム(Mmut、Mwt、Tスコア)で獲得される。この分類スキームを使用して、本発明者らはMZ7−MELの743変異を34変異のリストに低減することができ、5つのLennerz et al.のエピトープは上位5クラスに順位付けられた。
(α=0.8、α*=5、β=0.2、τ=0.5)
実験材料および方法
実施例1で使用した実験材料および方法を以下で述べる:
C57BL/6JおよびBalb/cJマウス(CRL)を、University of Mainzにおいて動物実験に関する連邦および州の方針に従って飼育した。
B16F10黒色腫細胞株(生成物:ATCC CRL−6475、ロット番号:58078645)およびCT26.WT結腸癌細胞株(生成物:ATCC CRL−2638、ロット番号:58494154)を2010年にAmerican Type Culture Collectionから購入した。初期(第3、第4)継代の細胞を配列決定実験に使用した。細胞をマイコプラスマに関して定期的に試験した。受領以後に細胞の再確認は実施しなかった。MZ7−MEL細胞株(1988年1月に樹立)および自己エプスタイン−バーウイルス形質転換B細胞株をDr.Thomas Wolfel(Department of Medicine,Hematology Oncology,Johannes Gutenberg University)から入手した。
ペプチドをJerini Peptide Technologies(Berlin,Germany)から購入するかまたはTRONペプチド施設から合成した。合成ペプチドは、14位に変異(MUT)または野生型(WT)アミノ酸を有する27アミノ酸長であった。
年齢をマッチさせた雌性C57BL/6またはBalb/cマウスに、PBS中でLipofectamine(商標)RNAiMAX(Invitrogen)20μlと共に製剤化したインビトロ転写mRNA 20μgを200μlの総注射容量で静脈内注射した(各群につき3匹のマウス)。マウスを0、3、7、14および18日目に免疫した。初回注射の23日後にマウスを犠死させ、免疫学的試験のために脾細胞を単離した(ELISPOTアッセイ参照)。1つの変異(モノエピトープ)または2つの変異(バイエピトープ)を示すDNA配列を、14位に変異を有する27アミノ酸(aa)の配列を使用して構築し、pST1−2BgUTR−A120骨格にクローニングした(S.Holtkamp et al.,Blood 108,4009(2006))。この鋳型からのインビトロ転写および精製は以前に記述されている(S.Kreiter et al.,Cancer Immunology,Immunotherapy 56,1577(2007))。
酵素結合免疫スポット(ELISPOT)アッセイ(S.Kreiter et al.,Cancer Research 70,9031(2010))および刺激因子としての同系骨髄由来樹状細胞(BMDC)の生成は以前に記述されている(L.MB et al.,J.Immunol.Methods 223,77(1999))。B16F10モデルに関して、BMDCを、指示されている変異、対応する野生型または対照ペプチド(VSV−NP)を用いてペプチドパルスした(6μg/ml)。CT26モデルに関しては、ペプチドでの再刺激に加えて、対応するインビトロ転写mRNAでBMDCをトランスフェクトし、同様に再刺激のために使用した。アッセイのために、5×104BMDCを、抗IFN−γ抗体(10μg/mL、クローンAN18;Mabtech)で被覆したマイクロタイタープレート中で5×105の新鮮単離した脾細胞と共に同時インキュベートした。37℃で18時間後、サイトカイン分泌を抗IFN−γ抗体(クローンR4−6A2;Mabtech)で検出した。スポット数をカウントし、ImmunoSpot(登録商標)S5 Versa ELISPOT Analyzer、ImmunoCapture(商標)Image AcquisitionソフトウェアおよびImmunoSpot(登録商標)Analysisソフトウェアバージョン5で分析した。統計分析はスチューデントt検定およびマン−ホイットニー検定(ノンパラメトリック検定)によって行った。p値<0.05で応答を有意とみなした。
ELISPOTアッセイ用に調製した脾細胞のアリコートを、細胞内フローサイトメトリによるサイトカイン産生の分析に供した。このために各試料につき2×106脾細胞を、96ウェルプレートにおいてゴルジ阻害剤ブレフェルジンA(10μg/mL)を添加した培地(RPMI+10%FCS)に塗布した。各動物からの細胞を、2×105のペプチドパルスしたまたはRNAでトランスフェクトしたBMDCで37℃にて5時間再刺激した。インキュベーション後、細胞をPBSで洗浄し、PBS 50μl中に再懸濁して、以下の抗マウス抗体:抗CD4 FITC、抗CD8 APC−Cy7(BD Pharmingen)で4℃にて20分間細胞外染色した。インキュベーション後、細胞をPBSで洗浄し、その後外膜の透過処理のためにCytofix/Cytoperm(BD Bioscience)溶液100μL中に4℃にて20分間再懸濁した。透過処理後、細胞をPerm/Wash−Buffer(BD Bioscience)で洗浄し、Perm/Wash−Buffer中に50μL/試料で再懸濁し、以下の抗マウス抗体:抗IFN−γ PE、抗TNF−α PE−Cy7、抗IL2 APC(BD Pharmingen)で4℃にて30分間細胞内染色した。Perm/Wash−Bufferで洗浄した後、フローサイトメトリ分析のために1%パラホルムアルデヒドを含有するPBS中に細胞を再懸濁した。BD FACSCanto(商標)II血球計算器およびFlowJo(バージョン7.6.3)を用いて試料を分析した。
核酸抽出:バルク細胞からのDNAおよびRNAならびにマウス組織からのDNAを、Qiagen DNeasy Blood and Tissueキット(DNA用)およびQiagen RNeasy Microキット(RNA用)を用いて抽出した。
免疫原性試験のための50のB16F10変異を選択する基準は以前に記述されている(J.C.Castle et al.,Exploiting the mutanome for tumor vaccination.Cancer Research 72,1081(2012))。変異に関するこれらの基準には以下が含まれた:(i)3つすべてのB16F10レプリケートに存在し、およびすべてのC57BL/6三つ組に存在しない、(ii)RefSeq転写産物中に存在する、(iii)非同義変化を生じさせる、(iv)B16F10発現遺伝子中に存在する(レプリケート全体にわたる平均RPKM>10、エクソン発現>0)ならびに(v)各変異についてMmutスコア(以下参照)が<5である必要があった。59の残りの変異について、MHCクラスIスコア、MHCクラスIIスコアおよび転写産物発現の四分位ランクの成果を形成し、最初の50の変異(0.1≦Mmut≦3.9)をPCRによる確認のために選択した(さらなる詳細については(J.C.Castle et al.,Exploiting the mutanome for tumor vaccination.Cancer Research 72,1081(2012)参照)。免疫原性試験のために選択された96のCT26.WT変異についての基準をさらに精緻化し、これには以下が含まれた:(i)3つすべてのCT26.WTレプリケートに存在し、3つすべてのBalb/cJレプリケートに存在しない、(ii)FDR≦0.05、(iii)UCSC既知遺伝子転写産物中に存在する、(iv)非同義変化を生じさせる、(v)dbSNPデータベース中に存在しない、(vi)ゲノム反復領域中に存在しない。残りの493の変異から、8つの12員の群を3つの特徴:Mmutスコア(最小−[0.1,1.9]対最大−[3.9−20.3])、タンパク質の区画(細胞外、細胞内)、および遺伝子発現(7.1RPKMの平均値より下対上)に従って定義し、貪欲法に従って変異を選択して、それに応じて閾値を調整した。生じた96変異のうち94は、PCR、続いてサンガー配列決定法によって確認された。
MHC結合予測を、IEDB分析リソースConsensusツール(http://tools.immuneepitope.org/analyze/html/mhc_binding.html)(Y.Kim et al.,Nucleic Acids Research 40,W525(2012))を用いて実施し、これは、ANN(C.Lundegaard et al.,Nucleic Acids Research 36,W509(2008);M.Nielsen et al.,Protein Science 12,1007(2009))、SMM(B.Peters,A.Sette,BMC bioinformatics 6,132(2005))および一部の対立遺伝子モデルについては合わせてcomblib(J.Sidney et al.,Immunome Research 4,2(2008))からのベンチマーク試験に基づき最良の成績の予測方法を組み合わせるものである(H.H.Lin,S.Ray,S.Tongchusak,E.L.Reinherz,V.Brusic,BMC immunology 9,8(2008);B.Peters et al.,PLoS computational biology 2,e65(2006))。コンセンサスアプローチは、SWISSPROTからの500万個のランダムなペプチドのペプチドスコアに対する所与のペプチドの結合予測スコアを反映する、パーセンタイル順位を作成することによってすべてのツールの予測スコアを組み合わせる。
対数オッズ行列は、大きなタンパク質データベースの配列アラインメント比較から推定することができる。初期対数オッズ行列は配列のペアワイズ比較(BLOSUM62(S.Kreiter et al.,Cancer Immunology,Immunotherapy 56,1577(2007)))および最大節約(MP)推定方法(例えばPAM250(M.O.Dayhoff,R.M.Schwartz,B.C.Orcutt,A model for evolutionary change.MO Dayhoff,ed.Atlas of protein sequence and structure Vol.5,345(1978))、JTT250(S.Q.Le,O.Gascuel,Molecular biology and evolution 25,1307(2008))およびGonnet行列(C.C.Dang,V.Lefort,V.S.Le,Q.S.Le,O.Gascuel,Bioinformatics 27,2758(2011)))に基づいた。最近になって、最大尤度(ML)に基づく方法が開発された(例えばVT160(P.G.Higgs,T.K.Attwood,Bioinformatics and molecular evolution.(Wiley−Blackwell,2009))、WAG(S.Whelan,N.Goldman,Molecular biology and evolution 18,691(2001))およびLG(V.Lennerz et al.,Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 102,16013(2005)))。MLは、MPに基づくアプローチの場合のように、密接に関連する配列だけの比較に限定されないので、この推定アプローチは最も正確であると予想される。
単一変異アミノ酸を有するCD8+エピトープを、Cancer Immunity Journal(P.Van der Bruggen,V.Stroobant,N.Vigneron,B.Van den Eynde.(Cancer Immun,http://www.cancerimmunity.org/peptide/,2013)(http://cancerimmunity.org/peptide/mutations/)によって公表された変異から生じる腫瘍抗原のリストより収集した。HLA対立遺伝子を、公表された表からまたはもとの論文がより正確である場合はもとの論文から取り出した。表4に列挙されている参考文献は以下のものである:(1)Lennerz et al.PNAS 102(44),pp.16013-16018(2005);(2)Karanikas et al.Cancer Res 61(9),pp.3718−3724(2001);(3)Sensi et al.Cancer Res 65(2),pp.632−640(2005);(4)Linard et al.J.Immunol 168(9),pp.4802−4808(2002);(5)Zorn et al.Eur.J.Immunol 29(2),pp.592−601(1999);(6)Graf et al.Blood 109(7),pp.2985−2988(2007);(7)Robbins et al.J.Exp.Med 183(3),pp.1185−1192(1996);(8)Vigneron et al.Cancer Immun 2,pp.9(2002);(9)Echchakir et al.Cancer Res 61(10),pp.4078−4083(2001);(10)Hogan et al.Cancer Res 58(22),pp.5144−5150(1998);(11)Ito et al.Int.J.Cancer 120(12),pp.2618−2624(2007);(12)Wolfel et al.Science 269(5228),pp.1281−1284(1995);(13)Gjertsen et al.Int.J.Cancer 72(5),pp.784−790(1997)。
免疫原性変異の優先順位付けを改善するために変異スコアを比較検討するためのスキームの例
細胞に注入されたRNAは、ひとたび翻訳され、短いペプチドに切断されると、細胞内で種々のHLA型上に提示され得る。それゆえ、所与の変異は潜在的に1つより多いHLA型上に並行して提示され得るので、低いMHCコンセンサス(または類似)スコアを有すると予測されるHLA型が多いほど、所与の変異が免疫原性である可能性がより高くなるのは当然である。したがって、変異がHAおよび/もしくはHBUHCと分類されるHLA型の数によって変異を比較検討すること、またさらには各々の変異を単純に低いMmutスコアを有するHLA型の数によって比較検討することは、免疫原性の順位付けを改善し得る。最も一般的な解では、27量体のRNAまたはペプチドを細胞に注入した場合、HLA型だけでなく、ペプチドの長さおよびこのペプチド内の変異の位置も自由に選択することができる。それゆえ、すべての可能なHLA型、すべての可能なウィンドウ長およびウィンドウ内の変異に関するすべての可能な位置を精査して、HAおよび/またはHBUHCと分類される解の数(所与の変異当たりの)を計算することができる(図12)。これは、ワクチン接種のために最も有効なエピトープを選択する変異の優先順位付けのための重要な比較検討因子であり得る。MmutおよびΔM=Mmut−Mwtの関数としてのこれらすべての解の散布図の一例を図13に示す。
Claims (42)
- 免疫原性アミノ酸修飾を予測するための方法であって、
a)1つ以上のMHC分子への修飾ペプチドの結合に関するスコアを確認する工程、および
b)1つ以上のMHC分子への非修飾ペプチドの結合に関するスコアを確認する工程、および/または
c)1つ以上のT細胞受容体への、MHC−ペプチド複合体中に存在する場合の前記修飾ペプチドの結合に関するスコアを確認する工程
を含む方法。 - 前記修飾ペプチドが修飾タンパク質のフラグメントを含み、前記フラグメントが前記タンパク質中に存在する修飾を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記非修飾ペプチドが、前記修飾ペプチド中の修飾の位置に対応する位置に生殖系列アミノ酸を有する、請求項1または2に記載の方法。
- 前記非修飾ペプチドおよび修飾ペプチドが、前記修飾を除き同一である、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非修飾ペプチドおよび修飾ペプチドが、8〜15、好ましくは8〜12アミノ酸長である、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のMHC分子が、異なるMHC分子型、特に異なるMHC対立遺伝子を含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のMHC分子が、MHCクラスI分子および/またはMHCクラスII分子である、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
- 1つ以上のMHC分子への結合に関する前記スコアを、MHC結合モチーフのデータベースとの配列比較を含む工程によって確認する、請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。
- 工程a)が、前記スコアが1つ以上のMHC分子への結合に関する所定の閾値を満たすかどうかを確認することを含む、請求項1から8のいずれか一項に記載の方法。
- 工程b)が、前記スコアが1つ以上のMHC分子への結合に関する所定の閾値を満たすかどうかを確認することを含む、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。
- 工程a)で適用される前記閾値が工程b)で適用される前記閾値と異なる、請求項1から10のいずれか一項に記載の方法。
- 1つ以上のMHC分子への結合に関する前記所定の閾値が、1つ以上のMHC分子への結合の確率を反映する、請求項1から11のいずれか一項に記載の方法。
- 工程c)が、前記非修飾アミノ酸と修飾アミノ酸との間の化学的および物理的類似性に関するスコアを確認することを含む、請求項1から12のいずれか一項に記載の方法。
- 工程c)が、前記スコアがアミノ酸の間の前記化学的および物理的類似性に関する所定の閾値を満たすかどうかを確認することを含む、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
- 前記化学的および物理的類似性に関する前記スコアを、アミノ酸が自然界で交換される確率に基づいて確認する、請求項1から14のいずれか一項に記載の方法。
- アミノ酸が自然界で交換される頻度が高いほど、前記アミノ酸をより類似するとみなす、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記化学的および物理的類似性を、進化に基づく対数オッズ行列を用いて決定する、請求項1から16のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非修飾ペプチドが、1つ以上のMHC分子への結合を示す閾値を満たす1つ以上のMHC分子への結合に関するスコアを有し、および前記修飾ペプチドが、1つ以上のMHC分子への結合を示す閾値を満たす1つ以上のMHC分子への結合に関するスコアを有する場合、前記非修飾アミノ酸および修飾アミノ酸が、化学的および物理的非類似性を示す閾値を満たす化学的および物理的類似性に関するスコアを有すれば、前記修飾または修飾ペプチドを免疫原性と予測する、請求項1から17のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非修飾ペプチドが1つ以上のMHC分子に結合するかまたは1つ以上のMHC分子に結合する確率を有し、および前記修飾ペプチドが1つ以上のMHC分子に結合するかまたは1つ以上のMHC分子に結合する確率を有する場合、前記非修飾アミノ酸および修飾アミノ酸が化学的および物理的に非類似性であるかまたは化学的および物理的に非類似性である確率を有すれば、前記修飾または修飾ペプチドを免疫原性と予測する、請求項1から18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記修飾が、1つ以上のMHC分子に結合するためのアンカー位置には存在しない、請求項18または19に記載の方法。
- 前記非修飾ペプチドが、1つ以上のMHC分子に結合しないことを示す閾値を満たす1つ以上のMHC分子への結合に関するスコアを有し、および前記修飾ペプチドが、1つ以上のMHC分子への結合を示す閾値を満たす1つ以上のMHC分子への結合に関するスコアを有する場合、前記修飾または修飾ペプチドを免疫原性と予測する、請求項1から17のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非修飾ペプチドが1つ以上のMHC分子に結合しないかまたは1つ以上のMHC分子に結合しない確率を有し、および前記修飾ペプチドが1つ以上のMHC分子に結合するかまたは1つ以上のMHC分子に結合する確率を有する場合、前記修飾または修飾ペプチドを免疫原性と予測する、請求項1から17および21のいずれか一項に記載の方法。
- 前記修飾が、1つ以上のMHC分子に結合するためのアンカー位置に存在する、請求項21または22に記載の方法。
- 2つ以上の異なる修飾ペプチドに関して工程a)を実施することを含み、前記2つ以上の異なる修飾ペプチドが同じ修飾を含む、請求項1から23のいずれか一項に記載の方法。
- 前記同じ修飾を含む2つ以上の異なる修飾ペプチドが、修飾タンパク質の異なるフラグメントを含み、前記異なるフラグメントが、前記タンパク質中に存在する同じ修飾を含む、請求項24に記載の方法。
- 前記同じ修飾を含む2つ以上の異なる修飾ペプチドが、修飾タンパク質のすべての潜在的なMHC結合フラグメントを含み、前記フラグメントが、前記タンパク質中に存在する同じ修飾を含む、請求項24または25に記載の方法。
- 前記同じ修飾を含む2つ以上の異なる修飾ペプチドから、1つ以上のMHC分子に結合する確率を有するまたは最も高い確率を有する修飾ペプチドを選択することをさらに含む、請求項24から26のいずれか一項に記載の方法。
- 前記同じ修飾を含む2つ以上の異なる修飾ペプチドが、長さおよび/または修飾の位置において異なる、請求項24から27のいずれか一項に記載の方法。
- 2つ以上の異なる修飾ペプチドに関して工程a)ならびに場合により工程b)およびc)の一方または両方を実施することを含む、請求項1から28のいずれか一項に記載の方法。
- 前記2つ以上の異なる修飾ペプチドが、同じ修飾を含むおよび/または異なる修飾を含む、請求項29に記載の方法。
- 前記異なる修飾が同じタンパク質中および/または異なるタンパク質中に存在する、請求項30に記載の方法。
- 前記異なる修飾ペプチドの2つ以上のスコアを比較することを含む、請求項24から31のいずれか一項に記載の方法。
- 1つ以上のMHC分子への前記修飾ペプチドの結合に関するスコアを、1つ以上のT細胞受容体への、MHC−ペプチド複合体中に存在する場合の前記修飾ペプチドの結合に関するスコア、好ましくは前記非修飾アミノ酸と修飾アミノ酸との間の化学的および物理的類似性に関するスコアよりも高く重み付け、ならびに1つ以上のT細胞受容体への、MHC−ペプチド複合体中に存在する場合の前記修飾ペプチドの結合に関するスコア、好ましくは前記非修飾アミノ酸と修飾アミノ酸との間の化学的および物理的類似性に関するスコアを、1つ以上のMHC分子への前記非修飾ペプチドの結合に関するスコアよりも高く重み付ける、請求項32に記載の方法。
- 1つ以上のタンパク質コード領域内の非同義変異を同定することをさらに含む、請求項1から33のいずれか一項に記載の方法。
- 1つ以上の癌細胞および場合により1つ以上の非癌性細胞などの1つ以上の細胞のゲノムまたはトランスクリプトームを部分的または完全に配列決定すること、ならびに1つ以上のタンパク質コード領域内の変異を同定することによって修飾を同定する、請求項1から34のいずれか一項に記載の方法。
- 前記変異が体細胞変異である、請求項34または35に記載の方法。
- 前記変異が癌変異である、請求項34から36のいずれか一項に記載の方法。
- ワクチンの製造において使用される、請求項1から37のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ワクチンが、前記方法によって免疫原性と予測された修飾または修飾ペプチドに由来する、請求項38に記載の方法。
- 請求項1から37のいずれか一項に記載の方法によって免疫原性と予測された修飾または修飾ペプチドを同定する工程を含む、ワクチンを提供するための方法。
- 免疫原性と予測された前記修飾もしくは修飾ペプチドを含むペプチドもしくはポリペプチド、または前記ペプチドもしくはポリペプチドをコードする核酸を含有するワクチンを提供する工程をさらに含む、請求項40に記載の方法。
- 請求項38から41のいずれか一項に記載の方法に従って生産されるワクチン。
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CN110322925B (zh) * | 2019-07-18 | 2021-09-03 | 杭州纽安津生物科技有限公司 | 一种预测融合基因产生新生抗原的方法 |
KR102184720B1 (ko) * | 2019-10-11 | 2020-11-30 | 한국과학기술원 | 암 세포 표면의 mhc-펩타이드 결합도 예측 방법 및 분석 장치 |
CN111429965B (zh) * | 2020-03-19 | 2023-04-07 | 西安交通大学 | 一种基于多连体特征的t细胞受体对应表位预测方法 |
KR102425492B1 (ko) * | 2020-04-27 | 2022-07-26 | 한림대학교 산학협력단 | Sars-cov-2 바이러스에 대한 에피토프 기반 펩타이드 백신의 개발 방법 |
US11421015B2 (en) | 2020-12-07 | 2022-08-23 | Think Therapeutics, Inc. | Method of compact peptide vaccines using residue optimization |
US11058751B1 (en) | 2020-11-20 | 2021-07-13 | Think Therapeutics, Inc. | Compositions for optimized RAS peptide vaccines |
US11161892B1 (en) | 2020-12-07 | 2021-11-02 | Think Therapeutics, Inc. | Method of compact peptide vaccines using residue optimization |
CA3213004A1 (en) * | 2021-03-11 | 2022-09-15 | Mnemo Therapeutics | Tumor neoantigenic peptides and uses thereof |
WO2022189620A1 (en) * | 2021-03-11 | 2022-09-15 | Institut Curie | Transmembrane neoantigenic peptides |
KR20220135345A (ko) * | 2021-03-30 | 2022-10-07 | 한국과학기술원 | 펩타이드-mhc에 대한 t 세포 활성의 예측 방법 및 분석장치 |
US11464842B1 (en) | 2021-04-28 | 2022-10-11 | Think Therapeutics, Inc. | Compositions and method for optimized peptide vaccines using residue optimization |
WO2023064612A2 (en) | 2021-10-15 | 2023-04-20 | BioNTech SE | Pharmaceutical compositions for delivery of viral antigens and related methods |
EP4437544A1 (en) * | 2021-11-22 | 2024-10-02 | Centre Hospitalier Universitaire Vaudois | Methods for predicting immunogenicity of mutations or neoantigenic peptides in tumors |
WO2023147090A1 (en) | 2022-01-27 | 2023-08-03 | BioNTech SE | Pharmaceutical compositions for delivery of herpes simplex virus antigens and related methods |
WO2023215358A1 (en) * | 2022-05-03 | 2023-11-09 | 3T Biosciences, Inc. | T-cell target discovery |
CN115171787A (zh) * | 2022-07-08 | 2022-10-11 | 腾讯科技(深圳)有限公司 | 抗原预测方法、装置、设备以及存储介质 |
WO2024013330A1 (en) * | 2022-07-14 | 2024-01-18 | Universität Zürich | Immunogenic personalised cancer vaccines |
EP4306125A1 (en) * | 2022-07-14 | 2024-01-17 | Universität Zürich | Immunogenic personalised cancer vaccines |
KR102611717B1 (ko) * | 2022-11-08 | 2023-12-08 | 주식회사 제로믹스 | 면역원성 에피토프를 예측하는 방법 및 이를 이용한 장치 |
KR20240066802A (ko) * | 2022-11-08 | 2024-05-16 | 주식회사 제로믹스 | 신생항원 에피토프의 면역원성을 예측하는 방법 및 이를 이용한 장치 |
Family Cites Families (108)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4897355A (en) | 1985-01-07 | 1990-01-30 | Syntex (U.S.A.) Inc. | N[ω,(ω-1)-dialkyloxy]- and N-[ω,(ω-1)-dialkenyloxy]-alk-1-yl-N,N,N-tetrasubstituted ammonium lipids and uses therefor |
US5804381A (en) | 1996-10-03 | 1998-09-08 | Cornell Research Foundation | Isolated nucleic acid molecule encoding an esophageal cancer associated antigen, the antigen itself, and uses thereof |
US5703055A (en) | 1989-03-21 | 1997-12-30 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Generation of antibodies through lipid mediated DNA delivery |
US5264618A (en) | 1990-04-19 | 1993-11-23 | Vical, Inc. | Cationic lipids for intracellular delivery of biologically active molecules |
US6235525B1 (en) | 1991-05-23 | 2001-05-22 | Ludwig Institute For Cancer Research | Isolated nucleic acid molecules coding for tumor rejection antigen precursor MAGE-3 and uses thereof |
US5824315A (en) | 1993-10-25 | 1998-10-20 | Anergen, Inc. | Binding affinity of antigenic peptides for MHC molecules |
UA56132C2 (uk) | 1995-04-25 | 2003-05-15 | Смітклайн Бічем Байолоджікалс С.А. | Композиція вакцини (варіанти), спосіб стабілізації qs21 відносно гідролізу (варіанти), спосіб приготування композиції вакцини |
US7422902B1 (en) | 1995-06-07 | 2008-09-09 | The University Of British Columbia | Lipid-nucleic acid particles prepared via a hydrophobic lipid-nucleic acid complex intermediate and use for gene transfer |
WO1997024447A1 (en) | 1996-01-02 | 1997-07-10 | Chiron Corporation | Immunostimulation mediated by gene-modified dendritic cells |
AU738649B2 (en) | 1996-04-26 | 2001-09-20 | Rijksuniversiteit Te Leiden | Methods for selecting and producing T cell peptide epitopes and vaccines incorporating said selected epitopes |
ATE228824T1 (de) | 1996-09-13 | 2002-12-15 | Lipoxen Technologies Ltd | Liposomenzusammensetzung |
EP0839912A1 (en) | 1996-10-30 | 1998-05-06 | Instituut Voor Dierhouderij En Diergezondheid (Id-Dlo) | Infectious clones of RNA viruses and vaccines and diagnostic assays derived thereof |
US6074645A (en) | 1996-11-12 | 2000-06-13 | City Of Hope | Immuno-reactive peptide CTL epitopes of human cytomegalovirus |
CN1278865A (zh) | 1997-11-06 | 2001-01-03 | 罗什诊断学股份有限公司 | 肿瘤特异性抗原,其制备方法以及它们在免疫和诊断中的应用 |
US6432925B1 (en) | 1998-04-16 | 2002-08-13 | John Wayne Cancer Institute | RNA cancer vaccine and methods for its use |
CA2345440A1 (en) | 1998-10-05 | 2000-04-13 | Charles A. Nicolette | Genes differentially expressed in cancer cells to design cancer vaccines |
MXPA01011250A (es) | 1999-05-06 | 2002-08-12 | Univ Wake Forest | Composiciones y metodos para identificar antigenos que producen una respuesta inmune. |
JP5640237B2 (ja) | 1999-11-30 | 2014-12-17 | ルードヴィッヒ インスティテュート フォー キャンサー リサーチ リミテッド | 癌関連抗原をコードする単離された核酸分子、その抗原そのものおよびその使用 |
ATE366582T1 (de) | 1999-12-28 | 2007-08-15 | Pharmexa Inc | Optimierte minigene und dadurch kodierte peptide |
US7462354B2 (en) | 1999-12-28 | 2008-12-09 | Pharmexa Inc. | Method and system for optimizing minigenes and peptides encoded thereby |
JP2004530629A (ja) | 2000-06-07 | 2004-10-07 | バイオシネクサス インコーポレーテッド | 免疫刺激rna/dnaハイブリッド分子 |
US6472176B2 (en) | 2000-12-14 | 2002-10-29 | Genvec, Inc. | Polynucleotide encoding chimeric protein and related vector, cell, and method of expression thereof |
ATE400030T1 (de) * | 2001-02-19 | 2008-07-15 | Merck Patent Gmbh | Methode zur identifizierung von t-zellepitopen und deren anwendung zur herstellung von molekülen mit reduzierter immunogenität |
EP2842964A1 (de) | 2001-06-05 | 2015-03-04 | Curevac GmbH | Virtuelles Verfahren zur Ermittlung einer modifzierten mRNA-Sequenz |
DE10162480A1 (de) | 2001-12-19 | 2003-08-07 | Ingmar Hoerr | Die Applikation von mRNA für den Einsatz als Therapeutikum gegen Tumorerkrankungen |
AUPS054702A0 (en) | 2002-02-14 | 2002-03-07 | Immunaid Pty Ltd | Cancer therapy |
CA2489296A1 (en) | 2002-06-13 | 2003-12-24 | Merck Patent Gesellschaft Mit Beschraenkter Haftung | Methods for the identification of allo-antigens and their use for cancer therapy and transplantation |
DE10229872A1 (de) | 2002-07-03 | 2004-01-29 | Curevac Gmbh | Immunstimulation durch chemisch modifizierte RNA |
WO2005023295A2 (en) * | 2003-09-10 | 2005-03-17 | De Staat Der Nederlanden, Vert. Door De Minister Van Vws | Naturally processed immunodominant peptides derived from neisseria meningitidis porin a protein and their use |
DE10344799A1 (de) | 2003-09-26 | 2005-04-14 | Ganymed Pharmaceuticals Ag | Identifizierung von Oberflächen-assoziierten Antigenen für die Tumordiagnose und -therapie |
PL2286794T3 (pl) | 2003-10-15 | 2016-10-31 | Zastosowanie kationowych liposomów zawierających paklitaksel | |
BRPI0415533A (pt) | 2003-10-24 | 2006-12-26 | Immunaid Pty Ltd | método de terapia |
US7303881B2 (en) | 2004-04-30 | 2007-12-04 | Pds Biotechnology Corporation | Antigen delivery compositions and methods of use |
DE102004023187A1 (de) | 2004-05-11 | 2005-12-01 | Ganymed Pharmaceuticals Ag | Identifizierung von Oberflächen-assoziierten Antigenen für die Tumordiagnose und -therapie |
DE102004057303A1 (de) | 2004-11-26 | 2006-06-01 | Merck Patent Gmbh | Stabile Kristallmodifikationen von DOTAP Chlorid |
CA2592972A1 (en) | 2004-12-29 | 2006-07-06 | Mannkind Corporation | Methods to bypass cd+4 cells in the induction of an immune response |
KR101339628B1 (ko) | 2005-05-09 | 2013-12-09 | 메다렉스, 인코포레이티드 | 예정 사멸 인자 1(pd-1)에 대한 인간 모노클로날 항체, 및 항-pd-1 항체를 단독 사용하거나 기타 면역 요법제와 병용한 암 치료 방법 |
DK1907424T3 (en) | 2005-07-01 | 2015-11-09 | Squibb & Sons Llc | HUMAN MONOCLONAL ANTIBODIES TO PROGRAMMED death ligand 1 (PD-L1) |
TR201909609T4 (tr) | 2005-08-23 | 2019-07-22 | Univ Pennsylvania | Modifiye edilmiş nükleosidleri içeren rna ve kullanım yöntemleri. |
DE102005041616B4 (de) | 2005-09-01 | 2011-03-17 | Johannes-Gutenberg-Universität Mainz | Melanom-assoziierte MHC Klasse I assoziierte Oligopeptide und für diese kodierende Polynukleotide und deren Verwendungen |
EP1762575A1 (en) | 2005-09-12 | 2007-03-14 | Ganymed Pharmaceuticals AG | Identification of tumor-associated antigens for diagnosis and therapy |
US20090186042A1 (en) | 2006-02-27 | 2009-07-23 | Arizona Board Of Regents For And On Behalf Of Arizona State University | Identification and use of novopeptides for the treatment of cancer |
DK1989544T3 (da) * | 2006-03-02 | 2011-09-26 | Antitope Ltd | T-celle-testmetode |
AU2007342338A1 (en) | 2006-09-20 | 2008-07-17 | The Johns Hopkins University | Combinatorial therapy of cancer and infectious diseases with anti-B7-H1 antibodies |
DE102006060824B4 (de) | 2006-12-21 | 2011-06-01 | Johannes-Gutenberg-Universität Mainz | Nachweis von individuellen T-Zell-Reaktionsmustern gegen Tumor-assoziierte Antigene (TAA) in Tumorpatienten als Basis für die individuelle therapeutische Vakzinierung von Patienten |
NZ594510A (en) | 2006-12-27 | 2012-06-29 | Harvard College | Compositions and methods for the treatment of infections and tumors |
US8140270B2 (en) | 2007-03-22 | 2012-03-20 | National Center For Genome Resources | Methods and systems for medical sequencing analysis |
US8877206B2 (en) | 2007-03-22 | 2014-11-04 | Pds Biotechnology Corporation | Stimulation of an immune response by cationic lipids |
BRPI0812913B8 (pt) | 2007-06-18 | 2021-05-25 | Merck Sharp & Dohme | anticorpos monoclonais ou fragmento de anticorpo para o receptor de morte programada humano pd-1, polinucleotideo, método para produzir os referidos anticorpos ou fragmentos de anticorpos, composição que os compreende e uso dos mesmos |
EP2060583A1 (en) | 2007-10-23 | 2009-05-20 | Ganymed Pharmaceuticals AG | Identification of tumor-associated markers for diagnosis and therapy |
NZ599446A (en) | 2008-03-24 | 2013-11-29 | 4Sc Discovery Gmbh | Novel substituted imidazoquinolines |
WO2009129227A1 (en) | 2008-04-17 | 2009-10-22 | Pds Biotechnology Corporation | Stimulation of an immune response by enantiomers of cationic lipids |
CN101289496B (zh) * | 2008-05-30 | 2011-06-29 | 中国医学科学院医学生物学研究所 | 能激发机体抗结核杆菌的保护性免疫反应的抗原表位筛选方法及用途 |
DE102008061522A1 (de) | 2008-12-10 | 2010-06-17 | Biontech Ag | Verwendung von Flt3-Ligand zur Verstärkung von Immunreaktionen bei RNA-Immunisierung |
EA022786B1 (ru) | 2009-07-31 | 2016-03-31 | Этрис Гмбх | Рнк с комбинацией из немодифицированных и модифицированных нуклеотидов для экспрессии белков |
WO2013040142A2 (en) | 2011-09-16 | 2013-03-21 | Iogenetics, Llc | Bioinformatic processes for determination of peptide binding |
KR102017898B1 (ko) | 2010-05-14 | 2019-09-04 | 더 제너럴 하스피톨 코포레이션 | 종양 특이적 신생항원을 확인하는 조성물 및 방법 |
AU2011308496A1 (en) | 2010-10-01 | 2013-05-02 | Moderna Therapeutics, Inc. | Engineered nucleic acids and methods of use thereof |
JP2014511687A (ja) | 2011-03-31 | 2014-05-19 | モデルナ セラピューティクス インコーポレイテッド | 工学操作された核酸の送達および製剤 |
DE102011102734A1 (de) | 2011-05-20 | 2012-11-22 | WMF Württembergische Metallwarenfabrik Aktiengesellschaft | Vorrichtung zum Aufschäumen von Milch, Getränkebereiter mit dieser Vorrichtung und Verfahren zum Aufschäumen von Milch |
WO2012159643A1 (en) * | 2011-05-24 | 2012-11-29 | Biontech Ag | Individualized vaccines for cancer |
JP6444171B2 (ja) | 2011-05-24 | 2018-12-26 | バイオンテック エールエヌアー ファーマシューティカルズ ゲーエムベーハー | 癌の個別化ワクチン |
PT3682905T (pt) | 2011-10-03 | 2022-04-07 | Modernatx Inc | Nucleósidos, nucleótidos e ácidos nucleicos modificados e respetivas utilizações |
HRP20220717T1 (hr) | 2011-12-16 | 2022-07-22 | Modernatx, Inc. | Modificirani pripravci mrna |
WO2013106496A1 (en) | 2012-01-10 | 2013-07-18 | modeRNA Therapeutics | Methods and compositions for targeting agents into and across the blood-brain barrier |
US9321808B2 (en) | 2012-02-20 | 2016-04-26 | Biontech Ag | Homo- and heterodimeric SMAC mimetic compounds as apoptosis inducers |
US20130255281A1 (en) | 2012-03-29 | 2013-10-03 | General Electric Company | System and method for cooling electrical components |
EP2834358A4 (en) | 2012-04-02 | 2016-03-09 | Moderna Therapeutics Inc | MODIFIED POLYNUCLEOTIDES FOR THE PRODUCTION OF NUCLEAR PROTEINS |
ES2729759T3 (es) | 2012-07-12 | 2019-11-06 | Persimmune Inc | Vacunas contra el cáncer personalizadas y terapias celulares inmunitarias adoptivas |
EP2914728B1 (en) | 2012-11-01 | 2020-07-08 | Factor Bioscience Inc. | Methods and products for expressing proteins in cells |
EP4074834A1 (en) | 2012-11-26 | 2022-10-19 | ModernaTX, Inc. | Terminally modified rna |
EP2931319B1 (en) | 2012-12-13 | 2019-08-21 | ModernaTX, Inc. | Modified nucleic acid molecules and uses thereof |
WO2014164253A1 (en) | 2013-03-09 | 2014-10-09 | Moderna Therapeutics, Inc. | Heterologous untranslated regions for mrna |
EP2968391A1 (en) | 2013-03-13 | 2016-01-20 | Moderna Therapeutics, Inc. | Long-lived polynucleotide molecules |
WO2014160243A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-10-02 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Purification and purity assessment of rna molecules synthesized with modified nucleosides |
WO2014152211A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-09-25 | Moderna Therapeutics, Inc. | Formulation and delivery of modified nucleoside, nucleotide, and nucleic acid compositions |
US10138507B2 (en) | 2013-03-15 | 2018-11-27 | Modernatx, Inc. | Manufacturing methods for production of RNA transcripts |
WO2014144711A1 (en) | 2013-03-15 | 2014-09-18 | Moderna Therapeutics, Inc. | Analysis of mrna heterogeneity and stability |
US11377470B2 (en) | 2013-03-15 | 2022-07-05 | Modernatx, Inc. | Ribonucleic acid purification |
US20160032273A1 (en) | 2013-03-15 | 2016-02-04 | Moderna Therapeutics, Inc. | Characterization of mrna molecules |
US10077439B2 (en) | 2013-03-15 | 2018-09-18 | Modernatx, Inc. | Removal of DNA fragments in mRNA production process |
US10590161B2 (en) | 2013-03-15 | 2020-03-17 | Modernatx, Inc. | Ion exchange purification of mRNA |
CN117815373A (zh) | 2013-04-07 | 2024-04-05 | 博德研究所 | 用于个性化瘤形成疫苗的组合物和方法 |
WO2014180490A1 (en) | 2013-05-10 | 2014-11-13 | Biontech Ag | Predicting immunogenicity of t cell epitopes |
WO2015014375A1 (en) | 2013-07-30 | 2015-02-05 | Biontech Ag | Tumor antigens for determining cancer therapy |
EP3041938A1 (en) | 2013-09-03 | 2016-07-13 | Moderna Therapeutics, Inc. | Circular polynucleotides |
WO2015034928A1 (en) | 2013-09-03 | 2015-03-12 | Moderna Therapeutics, Inc. | Chimeric polynucleotides |
WO2015038892A1 (en) | 2013-09-13 | 2015-03-19 | Moderna Therapeutics, Inc. | Polynucleotide compositions containing amino acids |
JP6363179B2 (ja) | 2013-09-26 | 2018-07-25 | バイオンテック アーゲー | Rnaによるシェルを含む粒子 |
WO2015051173A2 (en) | 2013-10-02 | 2015-04-09 | Moderna Therapeutics, Inc | Polynucleotide molecules and uses thereof |
WO2015051169A2 (en) | 2013-10-02 | 2015-04-09 | Moderna Therapeutics, Inc. | Polynucleotide molecules and uses thereof |
WO2015058780A1 (en) | 2013-10-25 | 2015-04-30 | Biontech Ag | Method and kit for determining whether a subject shows an immune response |
EP3076994A4 (en) | 2013-12-06 | 2017-06-07 | Modernatx, Inc. | Targeted adaptive vaccines |
US20150167017A1 (en) | 2013-12-13 | 2015-06-18 | Moderna Therapeutics, Inc. | Alternative nucleic acid molecules and uses thereof |
US20170007776A1 (en) | 2014-02-05 | 2017-01-12 | Biontech Ag | Cannula, an injection or infusion device and methods of using the cannula or the injection or infusion device |
EP3981437B1 (en) | 2014-04-23 | 2024-10-09 | ModernaTX, Inc. | Nucleic acid vaccines |
WO2015172843A1 (en) | 2014-05-16 | 2015-11-19 | Biontech Diagnostics Gmbh | Methods and kits for the diagnosis of cancer |
WO2016062323A1 (en) | 2014-10-20 | 2016-04-28 | Biontech Ag | Methods and compositions for diagnosis and treatment of cancer |
PL3708668T3 (pl) | 2014-12-12 | 2022-12-05 | Curevac Ag | Sztuczne cząsteczki kwasu nukleinowego dla poprawy ekspresji białka |
CN107124889A (zh) | 2014-12-30 | 2017-09-01 | 库瑞瓦格股份公司 | 人工核酸分子 |
WO2016155809A1 (en) | 2015-03-31 | 2016-10-06 | Biontech Rna Pharmaceuticals Gmbh | Lipid particle formulations for delivery of rna and water-soluble therapeutically effective compounds to a target cell |
WO2017106638A1 (en) | 2015-12-16 | 2017-06-22 | Gritstone Oncology, Inc. | Neoantigen identification, manufacture, and use |
EP3612965A4 (en) | 2017-04-19 | 2021-01-13 | Gritstone Oncology, Inc. | IDENTIFICATION OF NEOANTIGENS, MANUFACTURE AND USE |
AU2018279627B2 (en) | 2017-06-09 | 2023-08-10 | Gritstone Bio, Inc. | Neoantigen identification, manufacture, and use |
TW201920686A (zh) | 2017-09-05 | 2019-06-01 | 美商葛利史東腫瘤科技公司 | 用於t細胞療法之新抗原鑑別 |
EP3694532A4 (en) | 2017-10-10 | 2021-07-14 | Gritstone Oncology, Inc. | IDENTIFICATION OF NEOANTIGENS BY MEANS OF HOT SPOTS |
AU2018373154A1 (en) | 2017-11-22 | 2020-07-02 | Gritstone Bio, Inc. | Reducing junction epitope presentation for neoantigens |
JP7480064B2 (ja) | 2018-02-27 | 2024-05-09 | グリットストーン バイオ インコーポレイテッド | パンアレルモデルによる新生抗原の特定方法 |
-
2013
- 2013-05-10 WO PCT/EP2013/001400 patent/WO2014180490A1/en active Application Filing
-
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CURR. PHARM. DES., vol. 15, no. 28, JPN6018014675, 2009, pages 3209 - 3220, ISSN: 0004478189 * |
J. IMMUNOL., vol. 175, no. 3, JPN6018014673, 2005, pages 1715 - 1723, ISSN: 0004478187 * |
J. MOL. BIOL., vol. 324, no. 3, JPN6018014674, 2002, pages 547 - 569, ISSN: 0004478188 * |
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