JP2019531091A - 免疫レパートリー配列増幅法および適用 - Google Patents
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Abstract
Description
[20] 本明細書で用いられる際、“抗体”は、機能的には結合タンパク質として定義され、構造的には抗体を産生する動物の免疫グロブリンをコードする遺伝子のフレームワーク領域に由来するものと認められているアミノ酸配列を含むものとして定義される。抗体は、実質的に免疫グロブリン遺伝子または免疫グロブリン遺伝子の断片によりコードされる1以上のポリペプチドで構成されることができる。認められている免疫グロブリン遺伝子は、カッパ、ラムダ、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロンおよびミュー定常領域遺伝子ならびに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。軽鎖は、カッパまたはラムダのどちらかとして分類される。重鎖は、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタまたはイプシロンとして分類され、それは、今度はそれぞれ免疫グロブリンのクラスであるIgG、IgM、IgA、IgDおよびIgEを定める。
[30] 本明細書で用いられる際、用語“キメラポリヌクレオチド”は、ポリヌクレオチドが野生型である領域および変異している領域を含むことを意味する。それは、ポリヌクレオチドがあるポリヌクレオチドからの野生型領域および別の関連するポリヌクレオチドからの野生型領域を含むことも意味し得る。
[38] 本明細書で用いられる際、“配列同一性の百分率”および“百分率相同性”は、本明細書においてポリヌクレオチドまたはポリペプチドの間の比較を指して互換的に用いられており、比較ウィンドウ上で2つの最適に整列された配列を比較することにより決定され、ここで、比較ウィンドウ中のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の一部は、2つの配列の最適なアラインメントに関して参照配列と比較して付加または欠失(すなわちギャップ)を含み得る。百分率は、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列中に存在する位置の数を決定してマッチした位置の数を生成し、そのマッチした位置の数を比較のウィンドウ中の位置の総数により割り、そしてその結果に100を掛けて配列同一性の百分率を生成することにより計算されることができる。あるいは、百分率は、同一の核酸塩基もしくはアミノ酸残基が両方の配列中に存在するか、または核酸塩基もしくはアミノ酸残基がギャップを伴って整列しているかのどちらかである位置の数を決定してマッチした位置の数を生成し、そのマッチした位置の数を比較のウィンドウ中の位置の総数により割り、そしてその結果に100を掛けて配列同一性の百分率を生成することにより計算されることができる。当業者は、2つの配列を整列させるために利用可能な多くの確立されたアルゴリズムが存在することを、理解している。比較のための配列の最適なアラインメントは、例えばSmith and Waterman, Adv Appl Math. 2:482, 1981の局所的相同性アルゴリズムにより;Needleman and Wunsch, J Mol Biol. 48:443, 1970の相同性アラインメントアルゴリズムにより;Pearson and Lipman, Proc Natl Acad Sci. USA 85:2444, 1988の類似性に関する検索法により;これらのアルゴリズムのコンピューター化された実施(GCG Wisconsinソフトウェアパッケージ中のGAP、BESTFIT、FASTAおよびTFASTA)により、または目視検査により(一般に、Current Protocols in Molecular Biology, F. M. Ausubel et al., 編者, Greene Publishing Associates, Inc.およびJohn Wiley & Sons, Inc., (1995補遺)を参照)行われることができる。パーセント配列同一性および配列類似性を決定するために適しているアルゴリズムの例は、BLASTおよびBLAST 2.0アルゴリズムであり、それは、それぞれAltschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410, 1990;およびAltschul et al., Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402, 1977において記載されている。BLAST分析を実施するためのソフトウェアは、国立バイオテクノロジー情報センターのウェブサイトにより公的に利用可能である。ヌクレオチド配列に関するBLASTは、BLASTNプログラムを初期設定のパラメーター(例えば11のワード長(W)、10の期待値(E)、M=5、N=−4、および両方の配列の比較)で用いることができる。アミノ酸配列に関するBLASTは、BLASTPプログラムを初期設定のパラメーター(例えば3のワード長(W)、10の期待値(E)、およびBLOSUM62スコア行列)で用いることができる(Henikoff and Henikoff, Proc Natl Acad Sci. USA 89:10915, 1989を参照)。配列アラインメントおよび%配列同一性の典型的な決定は、GCG Wisconsinソフトウェアパッケージ(Accelrys、ウィスコンシン州マディソン)中のBESTFITまたはGAPプログラムを提供された初期設定のパラメーターを用いて利用することもできる。
[43] 本明細書で用いられる際、用語“組み換えバリアント”は、組み換えDNA技法を用いて作製されたアミノ酸挿入、欠失および置換により天然存在ポリペプチドと異なるあらゆるポリペプチドを指す。どのアミノ酸残基が対象の活性、例えば酵素活性または結合活性を消失させずに置き換えられる、付加される、または削除されることができるかの決定における指針は、特定のポリペプチドの配列を相同性ペプチドの配列と比較し、高い相同性を有する領域においてなされるアミノ酸配列の変化の数を最小限にすることにより見出されることができる。
[49] ある態様において、免疫結合タンパク質は、抗体、T細胞受容体または先天免疫受容体である。ある態様において、免疫結合タンパク質は、例えばB細胞、形質細胞、T細胞、ナチュラルキラー細胞、樹状細胞またはマクロファージを含む免疫系の細胞からのものである。
[54] 本発明は、免疫結合タンパク質(例えば抗体、Tリンパ球受容体または先天免疫受容体)を構成している免疫ポリペプチド鎖のインビボでの多量体関係を保持している免疫結合タンパク質をコードする核酸を作製するための方法に関する。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質ライブラリーは、免疫結合タンパク質ライブラリーが得られたレパートリー中にある多量体性複合体に相当する機能性ポリペプチドである多量体をコードする核酸に富んでいる。ある態様において、免疫結合タンパク質に関するポリペプチド鎖をコードする核酸は、例えば感染症、癌、自己免疫疾患、アレルギーまたは神経変性疾患に関連する免疫応答を開始している個人に由来する。ある態様において、感染症は、インフルエンザウイルスにより引き起こされる。ある態様において、感染症は、例えばHIV、エボラ、ジカ、HSV、RSVまたはCMVのようなウイルスにより引き起こされる。
[68] ある態様において、増幅された核酸は、配列決定反応において用いられ、OE領域は、1以上のバーコード領域(BC1およびBC2)により隣接されていることができる(図1b)。ある態様において、免疫結合タンパク質の多数の鎖をコードする核酸は、免疫結合タンパク質を形成する鎖(例えば抗体の重鎖および軽鎖)を同定するために配列決定される。
[72] 本発明は、免疫結合タンパク質(例えば抗体、Tリンパ球受容体または先天免疫受容体)を構成する免疫ポリペプチド鎖のインビボでの多量体関係を保持している免疫結合タンパク質をコードする核酸に関する。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質ライブラリーは、免疫結合タンパク質ライブラリーが得られたレパートリー中にある多量体性複合体に相当する機能性ポリペプチドである多量体をコードする核酸に富んでいる。
[80] ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質をコードする核酸は、免疫結合タンパク質を細胞またはウイルス粒子の表面上に提示するためのベクター中に入るように操作される。ある態様において、免疫結合タンパク質(例えば抗体、T細胞受容体または先天免疫受容体)のレパートリーは、糸状バクテリオファージ(例えばMcCafferty et al., 1990, Nature 348:552-554、それは、全ての目的に関して参照によりそのまま援用される)、酵母細胞(例えばBoder and Wittrup, 1997, Nat Biotechnol 15:553-557、それは、全ての目的に関して参照によりそのまま援用される)およびリボソーム(例えばHanes and Pluckthun, 1997, Proc Natl Acad Sci USA 94:4937-4942、それは、全ての目的に関して参照によりそのまま援用される)上に提示される。ファージディスプレイの他の態様が、例えば米国特許第5,750,373号、第5,733,743号、第5,837,242号、第5,969,108号、第6,172,197号、第5,580,717号および第5,658,727号において開示されており、その全てが、全ての目的に関して参照によりそのまま援用される。
単一の細胞で構成されるであろう。次いで、抗体重鎖、軽鎖および抗原バーコードをコードする核酸が、一緒に増幅され、配列決定されることができる。結果として得られた配列情報は、抗体/抗原カップリング情報をもたらすであろう。例えば、ある抗体が単一の抗原に排他的に結合する場合、結果として得られた配列情報は、独特の抗体/抗原配列をもたらすであろう。抗体が複数の抗原に結合する場合、それは、抗体/抗原の一組になった配列の混合された集団をもたらすであろう。従って、抗原のセットに関する集団中のそれぞれの抗体の相対的特異性が、決定されることができる。さらに、異なる一組になった種の相対的存在量が、抗体のパネル中の抗原のそれぞれに対する相対的親和性に関連付けられることができる。
[87] 免疫結合タンパク質は、非常に多様なスペクトルの抗原に、変動するレベルの親和性および特異性で結合する。ある態様において、免疫結合タンパク質は、非常に特異的な抗原に結合し、一方で他の免疫結合タンパク質は、より広範囲の抗原に結合する。適用に応じて、これらの選択肢のいずれか1つが、所望され得る。例えば、インフルエンザの多数の株を認識することができる免疫結合タンパク質は、インフルエンザの多くの株に対して利益を有すると考えられ、一方で抗腫瘍療法のための免疫結合タンパク質は、健康な細胞および組織上に存在する抗原の正常なバージョンを攻撃するのを避けるため、抗原の1つの非常に特異的な立体構造のみに結合する必要があり得る。
[91] ある態様において、本発明は、少なくとも部分的に、個々のペプチド、ポリペプチド、タンパク質および本発明のRNA制御デバイスをコードする核酸に関する。ある態様において、核酸は、天然、合成またはその組み合わせであることができる。本発明の核酸は、RNA、mRNA、DNAまたはcDNAであることができる。
[108] ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質(抗体)をコードする核酸は、宿主細胞中での免疫結合タンパク質の発現のために適切なベクター中にクローニングされる。ある態様において、本発明の宿主細胞は、例えば細菌性、真菌性または哺乳類宿主細胞を含む。ある態様において、宿主細胞は、例えばバチルス属、例えばB.リケニフォルミスまたはB.サブティリス;パンテア属(Pantoea)、例えばP.シトレア(P.citrea);シュードモナス属(Pseudomonas)、例えばP.アルカリゲネス;ストレプトマイセス属、例えばS.リビダンス(S.lividans)もしくはS.ルビギノーサス(S.rubiginosus);エスケリキア属(Escherichia)、例えば大腸菌;エンテロバクター属(Enterobacter);ストレプトコッカス属(Streptococcus);古細菌、例えばメタノサルキナ・マゼイ(Methanosarcina mazei);またはコリネバクテリウム属(Corynebacterium)、例えばC.グルタミクム(C.glutamicum)を含む細菌である。
[114] ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質は、感染症、癌、アレルギーおよび自己免疫疾患に関する療法において用いられる。ある態様において、本発明の方法は、感染因子により負荷をかけられている/感染因子に感染している対象からの免疫結合タンパク質のレパートリーを作製するために用いられる。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質は、感染因子に感染している対象を処置するための療法において用いられる。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質は、癌またはアレルギーを有する対象を処置するために用いられる。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質は、黒色腫、リンパ腫、白血病および免疫療法に応答する他の癌を処置するために用いられる。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質は、免疫チェックポイント阻害剤療法に応答する癌を処置するために用いられる。ある態様において、外来性免疫結合タンパク質(例えば抗体)の添加は、対象の体が病原体に対するそれ自身の免疫応答を促進するのを助け、事実上免疫をある人から別の人に“移植する”。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質は、予防的に用いられる。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質は、診断的適用において用いられる。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質は、対象の療法への応答に関する情報を提供する。ある態様において、本発明の免疫結合タンパク質は、対象の抗体療法、小分子薬物療法、生物学的療法または細胞免疫療法に対する応答に関する情報を提供する。
[124] ある態様において、バーコードを付けられたペプチド抗原が、抗原をNHS DBCOヘテロ二官能性クロスリンカーと共にインキュベートすることにより調製される。次に、5’プライマー部位、DNAバーコード、3’プライマー部位、3’ポリdtを有し、3’ビオチンおよび5’アジドを含有するDNAオリゴが、バーコード標識された抗原を作製するためにペプチド−DBCO抗原と混合される。
[126] 抗原に結合したB細胞のプールが、実施例1において記載されたように作製される。ある態様において、抗原染色および洗浄後、細胞は単分散液滴生成機を用いて分離される。ある態様において、液滴は、高塩濃度/洗浄剤緩衝液中の1個以上のバーコードを付けられたポリdt捕捉ビーズ(5’増幅タグおよび3’ポリdT配列を含有するDNAプライマーでコートされたビーズ)および1〜10個の細胞を含有する溶解/結合混合物を含む。ある態様において、油相が、エマルジョンを作製するために用いられ、その油相は、両親媒性フッ素系/水性界面活性剤を含有するペルフルオロカーボンである。細胞が溶解する際、それらのRNAは、バーコードを付けられた抗原DNAがそうであるように、バーコードを付けられたポリdtビーズ上に捕捉される。ある態様において、エマルジョンは、ストリンジェントな結合条件下で、例えばメチレンクロリドおよび6×SSC緩衝液を用いて壊される。ビーズ混合物は、2回洗浄され、逆転写酵素反応において再懸濁され、インキュベートされる。ある態様において、ビーズ(“鋳型ビーズ”)は、それぞれの液滴がPCR混合物中に約1個の“鋳型ビーズ”を有するように、単分散液滴生成機で生成された別の水/油エマルジョン中で分離される。PCR混合物は、5’増幅タグおよびビーズ特異的バーコードを含有するプライマーでコートされている。ある態様において、プライマーは、3’ポリdAを有し、一部は3’抗原プライマーを有し、一部は3’重鎖逆方向プライマーを有し、そして一部は3’軽鎖逆方向プライマーを有する。ある態様において、水相は、5’重鎖プライマー、5’軽鎖プライマー、5’抗原プライマーおよびポリdT捕捉ビーズからの5’増幅タグを有する。Kapa Hifiは、この増幅に関する適切なプライマーである。ある態様において、PCRの後、エマルジョンが壊され、高スループット配列決定ライブラリーが、生成される。配列決定後、最後のラウンドのPCRバーコードと関係する全ての読みが、プールに分けられる。次いで、細胞特異的バーコードが、ポリA/5’増幅タグと関係する読みにより同定される。ある態様において、同じ細胞特異的バーコードを含有するビーズと関係する全ての読みが、一緒の群に分けられる。ある態様において、これらの群は、一緒に会合している重鎖、軽鎖および抗原の配列または同定を提供するために用いられる。
[127] 5’5’プライマーは、5’DBCOオリゴヌクレオチドおよび5’アジドオリゴヌクレオチドを混合することにより作製される。ある態様において、DBCOおよびアジドは、構成要素オリゴの正確な5’末端にある必要はないが、なお3’末端がPCR反応を実施することを可能にする様式で配置されていることができる。組み合わせられた生成物は、未反応の構成要素オリゴから単離される。ある態様において、読みを細胞特異的バーコードに結び付けるためにこれらの5’5’プライマーをビーズの代わりに用いることが、より高収量である可能性がある。ある態様において、反応は、ポリAを含有する3’末端の一方および3’軽鎖、3’重鎖または3’抗原タグを含有する他方との5’5’連結を含有するプライマーを用いる。ある態様において、反応混合物は、5’リン酸基を有する5’重鎖、5’軽鎖ならびに5’抗原および5’増幅タグプライマーも含有する。ある態様において、エマルジョンは、それぞれの液滴がdNTP等を含む適切な緩衝液中に約1個の“鋳型ビーズ”および5’5’プライマー混合物およびKAPA hifiを含有するように、単分散エマルジョン生成機で生成される。エマルジョンのPCR後、エマルジョンは、メチレンクロリドで壊され、水相が、抽出され、きれいにされる(cleaned)。得られたDNAは、ライゲーション緩衝液中にリガーゼと共に再懸濁される。ある態様において、ライゲーション後に得られたDNAは、エキソヌクレアーゼ(単数または複数)で処理される。ある態様において、エキソヌクレアーゼ処理後に得られた混合物は、3’ポリAプライマー、3’重鎖プライマーおよび3’軽鎖プライマーと共に20サイクル、KAPA hifiと共にPCR中に置かれる。ある態様において、PCR産物は、高スループット配列決定機上で配列決定される配列決定ライブラリーを生成するための鋳型として用いられる。配列決定後、読みは、それらの細胞特異的バーコードに従って分類され、次いで重鎖、軽鎖および抗原に関する読みが、同定される。
[128] ある態様において、ビーズライブラリーが、作製され、ここで、それぞれのビーズは、ビーズ特異的バーコード、分子特異的バーコードを含有するプライマーおよび複数の遺伝子特異的プライマーを有する。ある態様において、MyOneカルボキシレートdynabeadsが、まず5’増幅プライマー配列でコートされる。ビーズは、3’末端における逆相補増幅配列、12N残基を含む独特の分子バーコードおよび12塩基のアダプター配列(例えばM13配列決定プライマー配列)を含有するDNAプライマーの限界希釈物と共にインキュベートされる。ビーズをこの混合物と共にインキュベートした後、ビーズは、ペレット化されて洗浄され、次いでクレノウエキソ−ポリメラーゼ反応中に置かれる。次いで、ビーズは、ペレット化されて洗浄される。
[130] ある態様において、ビーズライブラリーが、作製され、ここで、それぞれのビーズは、ビーズ特異的バーコード、分子特異的バーコードを含有するプライマーおよび複数の遺伝子特異的プライマーを有する。ある態様において、MyOneカルボキシレートdynabeadsが、まず5’アミノ部分を有する5’増幅プライマー配列でコートされる。次いで、ビーズは、3’末端における逆相補増幅配列、12N残基を含む独特の分子バーコードおよび12塩基のアダプター配列(例えばM13配列決定プライマー配列)を含有するDNAプライマーの限界希釈物と共にインキュベートされる。ビーズをこの混合物と共にインキュベートした後、ビーズは、クレノウエキソ−ポリメラーゼで処理される。ある態様において、ビーズは、次いで逆相補アダプター配列の可溶性バージョンと混合され、単分散液滴生成機を用いて油/水性エマルジョン中に置かれる。液滴生成後、エマルジョンは、30回サイクルされ、次いで壊される。ビーズは、5’ホスフェート、10塩基のランダムDNA配列、および3’末端における3’重鎖プライマー、3’軽鎖プライマーまたは3’抗原タグプライマーを含有する順方向鎖を有する二本鎖DNA配列との混合物中に置かれる。その混合物は、T4DNAリガーゼも含有する。この反応後、ビーズは、T7エキソヌクレアーゼで処理される。
[131] ある態様において、細胞上の受容体密度を増大させることが、有益である可能性がある。ある態様において、一次B細胞が、IL21、IL4およびCD40Lとのインキュベーションにより抗体を分泌する形質細胞へと変換される。これらの細胞が、NHS−アジドヘテロ二官能性クロスリンカーで処理される。プロテイン−G DBCOは、プロテインGをNHS−DBCOヘテロ二官能性クロスリンカーと混合することにより調製される。細胞は、追加のプロテイン−Gを伴うプロテイン−G DBCOで処理され、次いで緩衝液中に可溶性または固相プロテイン−Gを有するマイクロウェルアレイ中で空間的に分離される。細胞は、遠心分離され、またはそれぞれのウェルの底へと重力によって沈降させられる。細胞は、遠心分離または重力によりマイクロウェルから取り出され、多くの一般的に入手できる染色緩衝液中に存在するような代謝阻害剤を有する溶液中に置かれる。この処理の後、細胞は、抗原と反応させられる。
[132] ある態様において、抗原結合細胞上の受容体密度をさらに増大させることが、有益である可能性がある。ある態様において、一次B細胞は、IL21、IL4およびCD40Lとのインキュベーションにより抗体を分泌する形質細胞へと変換される。細胞は、NHS−アジドヘテロ二官能性クロスリンカーで処理され、次いでマイクロウェルアレイ中で空間的に分離される。マイクロウェル中の細胞は、DBCO4×デンドリマーPEGで処理され、次いでアジド−アジドホモ二官能性1kd PEGで処理される。ある態様において、DBCO4×デンドリマーPEG処理およびホモ二官能性アジド−アジド1kda PEG処理は、所望のラウンド数繰り返される。DBCO/アジドpegのこれらの追加のサイクルは、よりよい信号のために所望の量の官能化および/またはヒドロゲルが生成されるまで追加の官能化部位およびより大きいヒドロゲル体積を作り出す。ある態様において、プロテインG DBCOが、プロテインGをNHS−DBCOヘテロ二官能性クロスリンカーと混合することにより調製される。ヒドロゲル中に包埋された細胞は、追加のプロテインGと共にプロテインG DBCOで処理される。細胞は、マイクロウェルから取り出され、多くの商業的に入手可能な染色緩衝液中に存在するような代謝阻害剤を有する溶液中に置かれる。細胞は、抗原との反応の準備ができている。あるいは、細胞/ヒドロゲル混合物は、ウェルアレイ中に残され、抗原を用いてその場で染色される。
[133] ある態様において、初代B細胞は、IL21、IL4およびCD40Lとのインキュベーションにより抗体を分泌する形質細胞へと変換される。細胞は、NHS−アジドヘテロ二官能性クロスリンカーで処理され、洗浄される。
[135] ある態様において、上記の個々の細胞から作られたcDNAが、連結された5’5’プライマーのライブラリーを含有する混合物においてマイクロウェルアレイまたはエマルジョン中で単離され、ここで、片側は重鎖可変配列の5’コーディングフレームに特異的であり、片側は軽鎖可変配列の3’コーディングフレームに特異的である。加えて、PCR混合物は、Kapa Hifiポリメラーゼならびに軽鎖5’可変領域および重鎖3’可変領域に関するプライマーライブラリーを含有する。反応から得られたDNAは、T4DNAリガーゼによりライゲーションされ、次いでエキソヌクレアーゼで処理される。この混合物が、Kapa Hifiを用いるPCR中に3’重鎖プライマーライブラリーおよび5’軽鎖プライマーライブラリーと共に20サイクル置かれる。PCR後、この材料は、ScFv断片を含有するタンパク質の生成のために適切な発現ベクター中にクローニングされる。あるいは、または加えて、組み合わせられたScFv DNAライブラリーが、高スループット配列決定のための配列決定ライブラリーを作製するために用いられる。
[136] ある態様において、ガラス表面が、クリーニングされた後、AZ4620ポジティブレジスト(positive resist)でスピンコーティングされる。ある態様において、表面は、中心間50umの1umのスポットを露出する様式でクロムマスクによりパターン化されている。ある態様において、レジストが現像され、表面は、APTESによりシラン処理され、次いでNHS−PEG−アジドにより処理される。ある態様において、レジストは、アセトンおよびDMSOを用いて剥がされ、次いで、表面は、表面を不動態化するためにフルオロオクチルトリエトキシシランと混合された10kd PEG−シランで処理される。PEG−シランのフルオロオクチルシランに対する比率の変動は、不動態化された表面を異なる量で生成するであろう。ある態様において、比率は、細胞タンパク質の不動態化された表面に対する非特異的相互作用に寄与することなく表面を非細胞捕捉位置においてわずかに疎水性にするために1:1000 PEG−シラン:フルオロオクチルシランである。ある態様において、細胞またはビーズは、NHS DMSOを用いて官能化され、洗浄され、2%BSA、1mM EDTAおよび25mM HEPESを含有する結合緩衝液中でピペット操作またはシリンジポンプによりアレイ表面に導入され、穏やかな撹拌または流体の流れの下でインキュベートされる。次いで、アレイは洗浄される。
[137] ある態様において、実施例10からの微細にパターン化されたアレイは、特定の表面マーカーを提示している細胞、例えばヒトB細胞を捕捉するために用いられる。ある態様において、DBCO部分を含有する抗CD19抗体(DBCO−NHSで官能化された抗体)が、適切な染色緩衝液(例えばPBS−BSA)中の末梢血単核球の混合物に添加され、洗浄され、適切な結合緩衝液中でアレイ表面に導入され、穏やかな撹拌または流体の流れの下でインキュベートされる。次いで、アレイは、洗浄され、捕捉されたB細胞は、アレイ中に収容される。
[138] 実施例10〜11 それは、細胞またはビーズの周囲の緩衝液を追加の反応のために空間的に隔離するために改変されることができる。ある態様において、サイズ30um×30um×100um、中心間50um(深い(deep))のウェルを有するPDMSで作られたマイクロウェルアレイが、ポリdTビーズおよび弱い溶解/結合混合物(例えば、LiClおよび洗浄剤、例えば1% Tritonまたは.5% Tween−20を含有する混合物)を予め充填される。このマイクロウェルアレイが、実施例10〜12からの微細にパターン化された細胞アレイに対して、1個の細胞をアレイ中の1ウェルに登録する(register)ように配置される。溶解が、マイクロウェル中で起こり、mRNAが、ポリdTビーズ上で捕捉される。
[139] この態様において、単一の細胞からのcDNAライブラリーおよびバーコードを付けられた抗原タグを含有するビーズが、実施例12におけるようにマイクロウェルアレイに移される。ある態様において、サイズ30um×30um×100um、中心間50um(深い)のウェルを有するPDMSで作られたマイクロウェルアレイが、実施例2および3におけるような特定の対象の分子を増幅するためのプライマーを含有するPCR混合物を予め充填される。PCR反応が、マイクロウェルアレイ中で起こる。
[140] ある態様において、単一の細胞(抗体を提示している細胞)が、それらの表面上でのその後の捕捉のために結合される。この態様において、細胞は、実施例10〜12に類似して微細にパターン化された表面上で捕捉される。ある態様において、微細にパターン化された表面に関するスポットは、NHS−PEG−デスチオビオチンで誘導体化され、PEG−シランによる処理の後、表面は、細胞結合緩衝液中にストレプトアビジンを含有する溶液で処理される。細胞は、NHS−PEG−デスチオビオチンおよびNHS−PEG−アジドで官能化された後、アレイに導入される。従って、細胞および表面の間の連結は、デスチオビオチン−ストレプトアビジン−デスチオビオチン相互作用によりなされる。ある態様において、プロテインG−DBCOの混合物を含有するマイクロウェルアレイが、細胞から分泌された抗体のその表面への捕捉のためにそれぞれの細胞を空間的に区分するように細胞アレイに対して登録および配置される。インキュベーション後、マイクロウェルアレイは、取り外され、細胞は、遊離のプロテインGおよび代謝阻害剤を含有する溶液で洗浄される。細胞は、その場で抗原により染色されてビオチンの導入により解放され、またはビオチンの導入により解放され、次いで前の実施例で言及されたようにその後抗原で染色される。
[141] ある態様において、実施例14は、細胞をその後の反応のために登録された様式でマイクロウェルアレイに移すために改変される。この実施例において、細胞は、マイクロウェルアレイに移される。マイクロウェルアレイは、ビオチンを含有する溶液を装填される。マイクロウェルアレイの微細にパターン化された表面への登録/配置の際に、細胞は、ビオチンによるデスチオビオチンの置換により表面から解放される。細胞は、遠心分離または他の手段によりウェルアレイの底に移動させられることができる。この工程は、正確な数の細胞またはビーズがマイクロウェルアレイ中のそれぞれの位置に添加されるように、類似の様式で追加の細胞またはビーズを装填するために繰り返されることができる。
[142] ある態様において、おおよそ400mMの特徴を有する微細にパターン化された表面が、大きさ1umのビーズを捕捉するために用いられる。これは、PEG−DBCOをビーズ上に捕捉するために表面上のPEG−アジドを用いる実施例10に類似している。ある態様において、PEG−アジドで官能化されている細胞が、添加される。ビーズの大きさは細胞の直系よりもはるかに小さいため、おおよそ1個の細胞が、微細にパターン化された表面により捕捉されているそれぞれのビーズにより捕捉される。この様式では、登録された格子において1つの細胞に対して正確に1個のビーズの比率が、可能であり、それは、その後の仕上げ(workup)のために用いられることができる。この実施例において、ビーズは、実施例13におけるように、制限された空間における単一の細胞の溶解の際のmRNA捕捉のために、バーコードを付けられたポリdT捕捉プローブでも官能化される。ビーズ/細胞のコンボは、実施例2におけるようなエマルジョン中での配置のために解放されることもできる。
Claims (29)
- 以下の工程:
複数の宿主細胞を準備し、ここで、該宿主細胞は、多量体性免疫結合タンパク質に関する複数のポリペプチド鎖をコードする核酸を含み、かつ、該宿主細胞は、抗原に結合することができる免疫結合タンパク質を発現し;
該複数の宿主細胞を複数の抗原に曝露し、ここで、それぞれの抗原は、該抗原を同定する独特のバーコードを有し、かつ、それぞれの抗原は別々に宿主細胞に曝露され;
宿主細胞に結合する抗原を同定し;
第1のプライマーセット、第2のプライマーセット、第3のプライマーセット、複数のdNTP、およびポリメラーゼを、抗原に結合した宿主細胞に添加し、
ここで、第1のプライマーセットは順方向プライマーおよび逆方向プライマーを含み、第1セットのプライマーの一方は、免疫結合タンパク質の第2のポリペプチド鎖をコードする核酸に関する重複伸長領域を有し、他方のプライマーは、バーコードをコードする核酸に関する重複伸長領域を有し、第1のプライマーセットは、多量体性免疫結合タンパク質の第1のポリペプチド鎖をコードする核酸を増幅し、
第2のプライマーセットは順方向プライマーおよび逆方向プライマーを含み、第2セットのプライマーの一方は、該第1のポリペプチド鎖をコードする核酸に関する重複伸長領域を有し、第2のプライマーセットは、免疫結合タンパク質の第2のポリペプチド鎖をコードする核酸を増幅し、
第3のプライマーセットは順方向プライマーおよび逆方向プライマーを含み、第2セットのプライマーの一方は、該第1のポリペプチド鎖をコードする核酸に関する重複伸長領域を有し、第2のプライマーセットは、バーコードをコードする核酸を増幅し;
第1のプライマーセット、第2のプライマーセット、第3のプライマーセット、dNTP、ポリメラーゼ、バーコード、多量体性免疫結合タンパク質をコードする核酸、およびバーコードを有する抗原を反応させ、それにより、第1の免疫ポリペプチド鎖、第2の免疫ポリペプチド鎖およびバーコードをコードする単一の核酸が得られる;
を含む、核酸を作製するための方法。 - 多量体性免疫結合タンパク質が抗体である、請求項1に記載の方法。
- 多量体性免疫結合タンパク質がT細胞受容体である、請求項1に記載の方法。
- 細胞がエマルジョン中にある、請求項1に記載の方法。
- 以下の工程:
複数の宿主細胞を準備し、ここで、該宿主細胞は、多量体性免疫結合タンパク質に関する複数のポリペプチド鎖をコードする核酸を含み、かつ、該宿主細胞は、抗原に結合することができる免疫結合タンパク質を発現し;
該複数の宿主細胞を複数の抗原に曝露し、ここで、それぞれの抗原は、該抗原を同定する独特のバーコードを有し、かつ、それぞれの抗原は該宿主細胞に曝露され;
宿主細胞に結合する抗原を同定し;
第1のプライマーセット、第2のプライマーセット、第3のプライマーセット、複数のdNTP、およびポリメラーゼを、抗原に結合した宿主細胞に添加し、
ここで、該第1のプライマーセットは順方向プライマーおよび逆方向プライマーを含み、第1セットのプライマーの一方は、独特の核酸バーコードを有し、かつ、該プライマーセットは、多量体性免疫結合タンパク質の第1のポリペプチド鎖をコードする核酸を増幅し、
第2のプライマーセットは順方向プライマーおよび逆方向プライマーを含み、第2セットのプライマーの一方は、同じ核酸バーコードを有し、かつ、該プライマーセットは、多量体性免疫結合タンパク質の第2のポリペプチド鎖をコードする核酸を増幅し、
第3プライマーセットは順方向プライマーおよび逆方向プライマーを含み、第3セットのプライマーの一方は、同じ核酸バーコードを有し、かつ、該プライマーセットは、抗原バーコードをコードする核酸を増幅し;
第1のプライマーセット、第2のプライマーセット、第3のプライマーセット、dNTP、ポリメラーゼ、多量体性免疫結合タンパク質をコードする核酸、および抗原バーコードを有する抗原を反応させ、それにより、核酸バーコードを第1の免疫ポリペプチド鎖、第2の免疫ポリペプチド鎖および抗原バーコードのそれぞれと一緒にコードする核酸のセットが得られる;
を含む、核酸のセットを作製するための方法。 - 核酸バーコードを含有するプライマーがビーズに取り付けられている、請求項5に記載の方法。
- 細胞がウェル中にある、請求項5に記載の方法。
- 細胞がエマルジョン中にある、請求項5に記載の方法。
- 複数の細胞が、表面に対して表面張力により保持された複数の液滴のアレイ中にある、請求項5に記載の方法。
- 複数の細胞が、ヒドロゲルにより空間的に隔離されている、請求項5に記載の方法。
- 多量体性免疫結合タンパク質が抗体である、請求項5に記載の方法。
- 多量体性免疫結合タンパク質がT細胞受容体である、請求項5に記載の方法。
- 以下の工程:
複数の宿主細胞を準備し、ここで、該宿主細胞は、多量体性免疫結合タンパク質に関する複数のポリペプチド鎖をコードする核酸を含み、
連結されたプライマー対、第2のプライマー、第3のプライマー、複数のdNTP、およびポリメラーゼを該宿主細胞に添加し、
ここで、該連結されたプライマー対は、多量体性免疫結合タンパク質の第1のポリペプチド鎖をコードする核酸に結合する1つのプライマー、および多量体性免疫結合タンパク質の第2のポリペプチド鎖をコードする核酸に結合する第2プライマーを含み、
第2のプライマーは、該連結されたプライマー対において第1のプライマーと組み合わせられた場合、多量体性免疫結合タンパク質の第1のポリペプチド鎖を増幅し、
第3のプライマーは、該連結されたプライマー対において第1のプライマーと組み合わせられた場合、多量体性免疫結合タンパク質の第2のポリペプチド鎖を増幅し;
該連結されたプライマー対、第2のプライマー、第3のプライマー、dNTP、およびポリメラーゼを反応させ、それにより、第1の免疫ポリペプチド鎖および第2の免疫ポリペプチド鎖をコードする連結された核酸の対が得られる;
を含む、連結された核酸の対を作製するための方法。 - 連結されたプライマー対が化学的に結合している、請求項13に記載の方法。
- 連結が表面を通して起こる、請求項14に記載の方法。
- 連結されたプライマー対が物理的に結合している、請求項13に記載の方法。
- 連結が表面を通して起こる、請求項16に記載の方法。
- 細胞がウェル中にある、請求項13に記載の方法。
- 細胞がエマルジョン中にある、請求項13に記載の方法。
- 複数の細胞が、表面に対して表面張力により保持された複数の液滴のアレイ中にある、請求項13に記載の方法。
- 複数の細胞が、ヒドロゲルにより空間的に隔離されている、請求項13に記載の方法。
- 多量体性免疫結合タンパク質の第1の鎖をコードするポリヌクレオチド、多量体性免疫結合タンパク質の第2の鎖をコードするポリヌクレオチド、およびバーコードをコードするポリヌクレオチドを含む核酸であって、多量体性免疫結合タンパク質の第1の鎖が、該免疫結合タンパク質の第2の鎖と対になって、多量体性免疫結合タンパク質が由来する宿主細胞中に存在する免疫結合タンパク質を形成し、該バーコードが、免疫結合タンパク質が結合する抗原を同定する、上記核酸。
- 第1の鎖が抗体重鎖をコードし、第2の鎖が抗体軽鎖をコードする、請求項22に記載の核酸。
- 第1の鎖が、T細胞受容体の第1の鎖をコードし、第2の鎖が、T細胞受容体の第2の鎖をコードする、請求項22に記載の核酸。
- ポリヌクレオチドプライマーを含む核酸プライマーの連結された対であって、2つのプライマーが、ポリメラーゼ反応において異なる結合部位で反応する、上記核酸プライマーの連結された対。
- 第1のプライマーが抗体重鎖核酸配列に結合し、第2のプライマーが軽鎖核酸配列に結合する、請求項25に記載の核酸プライマーの連結された対。
- 第1のプライマーがT細胞受容体重鎖核酸配列に結合し、第2のプライマーがT細胞受容体軽鎖核酸配列に結合する、請求項25に記載の核酸プライマーの連結された対。
- 第1のプライマーが抗体重鎖核酸配列に結合し、第2のプライマーが、核酸バーコードを含有するポリヌクレオチド配列に結合する、請求項25に記載の核酸プライマーの連結された対。
- 第1および第2プライマーが化学結合により結合している、請求項25に記載の核酸プライマーの連結された対。
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