JP2019528752A - Crisprに基づくライブラリー調製およびシークエンシングのための方法およびシステム - Google Patents
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Abstract
Description
この出願は、2016年9月27日に出願された米国仮出願第62/400,401号(これは、その全体が参考として援用される)の利益を主張する。
本発明は、概して、分子診断の分野に関し、より具体的には、分子診断の分野におけるCRISPRに基づくライブラリー調製およびシークエンシングのための新規かつ有用な方法およびシステムに関する。
図1〜3に示されるように、改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法100の実施形態は、微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドRNA(gRNA)複合体を生成することS110、gRNA複合体を用いて生物学的試料を処理して、標的セットに付随した末端領域セット(例えば、平滑末端領域、粘着末端領域など)を含む微生物核酸断片を生成することS120、末端領域セットを、アダプター配列を共有するアダプターセットとライゲーションすることS130、ならびにライゲーションされた末端領域セット、およびアダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、標的セットを増幅させることS140を含み得る。追加または代替として、方法100は、マイクロバイオームの組成、マイクロバイオームの機能多様性、および/もしくは関係する状態のうちの少なくとも1つについて、標的セットの増幅により導出されたマイクロバイオームデータセット(例えば、マイクロバイオームの組成多様性データセット、マイクロバイオームの機能多様性データ、マイクロバイオームの薬理ゲノミクスデータセットなど)に基づいて、特徴付けプロセスを実施すること(例えば、増幅させた標的をシークエンシングすることなどによってマイクロバイオームデータセットを生成すること)S150、特徴付けプロセスに基づいて、ユーザーのための治療を奨励することS160、ならびに/または任意の他の好適なプロセスを含み得る。
方法100および/またはシステム200の具体的な実施例は、従来的なアプローチから生じる課題に対する、技術に基づく解決策をもたらすことができる。第1に、この技術は、増幅バイアスの低減、プライマー干渉作用の低減、複数の微生物標的と関係するシークエンシングの実施、試料処理の効率、コンピュータ処理の速度、マイクロバイオームに関連する特徴付けの正確さ、マイクロバイオームに関連する治療の決定および奨励、ならびに/またはマイクロバイオームシークエンシングおよび/もしくは関連する試料調製の技術分野と関係する他の好適な態様に、改善をもたらし得る。
ブロックS110は、微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するgRNA複合体を生成することについて記載しており、これは、収集した生物学的試料における微生物核酸の処理活性(例えば、標的セットの配列位置に関連して、平滑末端の形成およびライゲーションと関係する活性など)を容易にするように、gRNAおよび/または関係する生体分子(例えば、タンパク質、例えば、エンドヌクレアーゼなど)をガイドするように機能し得る。特に、ブロックS110において生成され、方法100の後続のステップにおいて使用されるgRNAは、gRNAを使用して生成されるタンパク質−RNA複合体の結合エネルギー特徴に起因して、プライマーと関係する増幅干渉問題を低減/排除することができる。gRNAセットは、さらに、所望される/特定のゲノム領域を標的化すること、および150〜500塩基対(bp)、好ましくは、約300塩基対(bp)、例えば、16S rRNA遺伝子領域から、下流アセンブリステップを必要とすることなく、配列を増幅させることを容易にするために使用することができる。追加または代替として、標的は、任意の好適なサイズ(例えば、任意の好適な塩基対数)のものであり得、任意の好適な機能的特徴、構造的特徴、進化的特徴、および/もしくは他の好適な特徴を含み得るならびに/または他の方法でそれらと関係し得る。標的は、好ましくは、標的核酸配列(例えば、異なる微生物関連分類群を示す、RNA配列、DNA配列、バイオマーカー配列など)を含むが、任意の好適なガイド複合体(例えば、gRNA複合体、ガイド非RNA複合体など)を使用して、タンパク質コーディング遺伝子(例えば、血清タンパク質、抗体、ペプチドなど)、バイオマーカーとしてのLPSパターン、微生物バイオマーカー、遺伝的素因バイオマーカー、診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、予測バイオマーカー、他の分子バイオマーカー、遺伝子発現マーカー、画像化バイオマーカー、および/もしくは他の好適なマーカーのうちのいずれか1つまたは複数を含む、任意の好適な微生物関連標的(例えば、16S rRNA標的、18S rRNA標的など)を標的とすることができる。
ブロックS120では、gRNA複合体を用いて生物学的試料を処理して、標的セットに付随した末端領域セット(例えば、平滑末端領域、粘着末端領域など)を含む、微生物核酸断片を生成することについて記載している。ブロックS120は、適切な位置(例えば、プロトスペーサー位置)にある標的配列を、後続の処理のため(例えば、ブロックS130におけるアダプターのライゲーションのためなど)の(例えば、片方の)末端領域を産生する様式で切断するために、gRNAセットおよび適切なエンドヌクレアーゼを使用するように機能し得る。ブロックS120において使用されるプロセスは、したがって、高い効率で平滑末端を産生するエンドヌクレアーゼ(および/もしくは他の好適なタンパク質ならびに/またはプロセス)を使用し得るか、あるいは追加または代替として、付着/粘着末端(例えば、オーバーハング)を産生するエンドヌクレアーゼを、例えば、粘着末端を平滑末端に変換する処理と組み合わせて使用してもよい。変形形態では、ブロックS120において実装される制限エンドヌクレアーゼは、好ましくは、RNAガイド型ヌクレアーゼである。追加または代替として、エンドヌクレアーゼおよび/または他の好適な分子は、任意の好適な機序を通じて、標的へとガイドされ得る。制限エンドヌクレアーゼは、追加または代替として、回文構造、シフトした切断(shifted cleavage)、制限および修飾の組み合わせ、またはヘテロ二量体タイプであり得る。しかしながら、末端領域の生成は、任意の好適な複合体(例えば、ガイド非RNA複合体)、gRNA、転写プロセス(例えば、DNAからのRNAの転写など)、他のタンパク質、および/または他の好適な構成要素を用いて実施してもよい。
ブロックS130では、末端領域セットを、アダプター配列を共有するアダプターセットとライゲーションすることについて記載している。ブロックS130は、アダプター(例えば、アダプター配列を共有する;任意の好適な数のアダプター配列を共有する任意の数のアダプターサブセットを含む;単一のアダプター;複数のアダプターなど)を、末端領域(例えば、平滑末端領域、粘着末端領域など)に、例えば、ブロックS120において生成されたものに、ライゲーションする際に、ライゲーション技法を使用するように機能し得る。例えば、方法100は、標的セットに付随した末端領域セット(例えば、平滑末端領域、粘着末端領域など)を含む微生物核酸断片を生成するための、エンドヌクレアーゼを含むgRNA複合体を用いて、生物学的試料を処理すること、および末端領域を、アダプターセット(例えば、アダプター配列を共有するなど)とライゲーションすることを含み得る。追加または代替として、ブロックS130は、標的セットの次世代シークエンシングを容易にするように機能し得る。例えば、ブロックS130は、シークエンシングシステム(例えば、次世代シークエンシングシステムなど)用に調整されたアダプター配列を使用して、シークエンシングシステム用に調整されたプライマーに相補的なアダプター配列を使用して、および/または他の好適なプロセスを使用して、アダプターを選択ならびに適用することを含み得る。別の実施例では、ブロックS130は、直接的シークエンシング(例えば、増幅を伴わないもの、最小限の増幅を伴うもの、MinIONシステム、Illuminaシステムへの直接的な供給を通じたものなど)を容易にするように構成されたアダプターを適用することを含み得る。具体的な実施例では、ブロックS130は、dA、dT、dG、またはdC尾部をライゲーションして、これをシークエンシングライブラリーを調製するために調整されたプライマーに相補的なものとして使用することを含み得る。追加または代替として、任意の好適なアプローチを、直接的なシークエンシングを容易にするように特別に選択されたアダプターを使用して、適用してもよい。しかしながら、ブロックS130は、改善されたシークエンシングを可能にするための任意の好適な様式で適用することができる。
ブロックS140では、ライゲーションされた末端領域セットおよびアダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて(例えば、ライゲーションされた末端領域セットを、プライマーセットを用いて処理することを通じてなど)、標的セットを増幅することについて記載している。ブロックS140は、後続のシークエンシングおよび/または分析のために(例えば、生物学的試料のマイクロバイオーム態様を特徴付けるため、マイクロバイオームに関係する特徴付けに基づいて治療を奨励するためなど)、標的セットを増幅させる(例えば、標的セットを含む核酸断片を増幅させるなど)ように機能し得る。例えば、ブロックS140は、次世代シークエンシングプラットフォームのブリッジ増幅担体(bridge amplification substrate)を用いて、プライマーセットおよびアダプターセットに基づく多重増幅を実施すること、ならびに例えば、次世代シークエンシングプラットフォームと通信するように作動可能なコンピューティングシステムにおいて、マイクロバイオームデータセット(例えば、微生物配列データセットなど)を生成することを含み得る。
方法100は、追加または代替として、ブロックS150を含んでもよく、このブロックでは、マイクロバイオームの組成、マイクロバイオームの機能多様性、および/または関係する状態のうちの少なくとも1つについて、標的セットの増幅(例えば、増幅させた標的のシークエンシングを通じてマイクロバイオームデータセットを生成することなど)により導出されるマイクロバイオームデータセット(例えば、マイクロバイオームの組成多様性データセット、マイクロバイオームの機能多様性データ、マイクロバイオームの薬理ゲノミクスデータセットなど)に基づいて、特徴付けプロセスを実施すること(例えば、特徴付けを生成することなど)について記載している。ブロックS150は、ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを生成するために、マイクロバイオームデータセットを生成するおよび/またはマイクロバイオームデータセットを適用するように機能し得る。特徴付けプロセスおよび/または任意の他の関係するプロセスを実施すること(例えば、生物学的試料を収集すること、補足的データセットを収集すること、マイクロバイオームフィーチャーを抽出すること、マイクロバイオームデータセットを生成することなど)は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、2017年9月18日出願の米国特許出願第15/707,907号に記載されているものに類似の任意の様式で実施することができる。
Claims (25)
- 生物学的試料と関係するユーザーの微生物関連状態を特徴付けるための改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下:
・エンドヌクレアーゼ、および前記微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドRNA(gRNA)を含むgRNA複合体を生成することと、
・前記gRNA複合体を用いて前記生物学的試料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成することと、
・前記末端領域セットを、アダプター配列を共有し、前記標的セットの次世代シークエンシングを容易にするように構成されたアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域セット、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットを増幅させることと、
・増幅させた前記標的セットに基づいて、前記ユーザーの微生物配列データセットを生成することと、
・前記微生物配列データセットに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することとを含み、ここで前記マイクロバイオームに関係する特徴付けが、前記微生物関連状態の状況を改善する際に、前記ユーザーの前記マイクロバイオームの修正を容易にするように構成されている、方法。 - 前記標的セットを増幅させることが、増幅バイアスを低減させるために、前記プライマー配列を共有するプライマーからなる前記プライマーセットに基づく、請求項1に記載の方法。
- 前記標的セットを増幅させることが、次世代シークエンシングプラットフォームのブリッジ増幅担体を用いて、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づく多重増幅を実施することを含み、前記微生物配列データセットを生成することが、前記次世代シークエンシングプラットフォームと通信するように作動可能なコンピューティングシステムにおいて、前記微生物配列データセットを生成することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記gRNA複合体を生成することが、オンターゲット活性を最適化するために、gRNA設計因子セットに基づいて、gRNA配列をランク付けすることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記gRNA設計因子が、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、GC含量因子、ヌクレオチドラン因子、第1の結合エネルギー因子、第2の結合エネルギー因子、およびGCクランプ因子のうちの少なくとも1つを含む、請求項4に記載の方法。
- 前記gRNAが、16S rRNA領域と関係する標的セットに対するものである、請求項4に記載の方法。
- 前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Alistipes(属)、Barnesiella(属)、Bifidobacterium(属)、Campylobacter(属)、Peptoclostridium(属)、Escherichia−Shigella(属)、Fusobacterium(属)、Lactobacillus(属)、Odoribacter(属)、Prevotella(属)、Pseudoflavonifractor(属)、Roseburia(属)、Ruminococcus(属)、Salmonella(属)、Veillonella(属)、Akkermansia muciniphila(種)、Anaerotruncus colihominis(種)、Bacteroides fragilis(種)、Bacteroides vulgatus(種)、Bifidobacterium longum(種)、Butyrivibrio crossotus(種)、Campylobacter jejuni(種)、Campylobacter coli(種)、Campylobacter lari(種)、Peptoclostridium difficile(種)、Collinsella aerofaciens(種)、Coprococcus eutactus(種)、Desulfovibrio piger(種)、Dialister invisus(種)、Escherichia coli(種)、Escherichia coli O157(種)、Faecalibacterium prausnitzii(種)、Methanobrevibacter smithii(種)、Oxalobacter formigenes(種)、Ruminococcus albus(種)、Ruminococcus bromii(種)、Ruminococcus gnavus(種)、Salmonella enterica(種)、Salmonella bongori(種)、Shigella boydii(種)、Shigella sonnei(種)、Shigella flexneri(種)、Shigella dysenteriae(種)、Streptococcus sanguinis(種)、Streptococcus thermophilus(種)、Vibrio cholerae(種)、Yersinia enterocolitica(種)、Alloprevotella(属)、Anaerofilum(属)、Bacteroides(属)、Blautia(属)、Butyricimonas(属)、Catenibacterium(属)、Christensenella(属)、Collinsella(属)、Coprococcus(属)、Dialister(属)、Eggerthella(属)、Faecalibacterium(属)、Flavonifractor(属)、Gelria(属)、Haemophilus(属)、Holdemania(属)、Oscillibacter(属)、Oscillospira(属)、Parabacteroides(属)、Paraprevotella(属)、Phascolarctobacterium(属)、Streptococcus(属)、Turicibacter(属)、Tyzzerella(属)、Acetobacter nitrogenifigens(種)、Acinetobacter baumannii(種)、Azospirillum brasilense(種)、Bacillus cereus(種)、Bacillus coagulans(種)、Bacillus licheniformis(種)、Bifidobacterium animalis(種)、Bifidobacterium bifidum(種)、Brevibacillus laterosporus(種)、Christensenella minuta(種)、Clavibacter michiganensis(種)、Clostridium butyricum(種)、Enterococcus italicus(種)、Fibrobacter succinogenes(種)、Kocuria rhizophila(種)、Lactobacillus brevis(種)、Lactobacillus coryniformis(種)、Lactobacillus delbrueckii(種)、Lactobacillus fermentum(種)、Lactobacillus helveticus(種)、Lactobacillus kefiranofaciens(種)、Lactobacillus kunkeei(種)、Lactobacillus rhamnosus(種)、Lactobacillus salivarius(種)、Lactococcus fujiensis(種)、Lactococcus garvieae(種)、Lactococcus lactis(種)、Leptotrichia hofstadii(種)、Leuconostoc fallax(種)、Leuconostoc kimchii(種)、Oenococcus oeni(種)、Paenibacillus apiarius(種)、Pediococcus pentosaceus(種)、Propionibacterium freudenreichii(種)、Pseudoclavibacter helvolus(種)、Renibacterium salmoninarum(種)、Ruminococcus flavefaciens(種)、Staphylococcus sciuri(種)、Weissella koreensis(種)、Clostridium(属)、およびClostridium difficile(種)のうちの少なくとも1つを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記微生物関連状態が、下痢、過敏性腸症候群(IBS)、炎症性腸疾患(IBD)、クローン病、潰瘍性大腸炎、便秘、腹部圧痛、腹部膨満、鼓腸、肥満、II型糖尿病、糖尿病前症、腎臓結石、心血管系健康状態、および不安症のうちの少なくとも1つを含む腸関連状態を含む、請求項7に記載の方法。
- 前記微生物関連状態について、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームフィーチャーの存在、前記マイクロバイオームフィーチャーの不在、前記分類群セットの分類学的群の相対存在量、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの組成フィーチャーの多様性、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの機能フィーチャーの多様性、前記分類群セットと関係する前記マイクロバイオームフィーチャーのうちの少なくとも2つのフィーチャー間の比、前記分類群セット間の相互作用、および前記分類群セット間の系統学的距離のうちの少なくとも1つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ユーザーの前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームの組成多様性フィーチャーおよびマイクロバイオームの機能多様性フィーチャーのうちの少なくとも1つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記gRNA複合体の前記エンドヌクレアーゼが、cas、cpf、cse、csy、csn、csd、cst、csh、csa、csm、cmr、およびCRISPRに関係するタンパク質ファミリーのうちの少なくとも1つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、請求項1に記載の方法。
- 改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下:
・タンパク質、および微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドRNA(gRNA)を含むgRNA複合体を生成することと、
・前記gRNA複合体を用いて微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域を生成することと、
・前記末端領域を、アダプター配列を共有するアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットのシークエンシングを実施することと、
・シークエンシングした前記標的セットに基づいて、マイクロバイオームの組成多様性データセットおよびマイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも1つを生成することと
を含む、方法。 - 前記微生物核酸材料を処理することが、前記gRNA複合体を用いて、被験体の集団に由来する生物学的試料を処理することを含み、前記方法が、以下:
・少なくとも前記被験体の集団のサブセットと関係する補足的データセットを受容することであって、前記補足的データセットが、前記微生物関連状態の情報を提供する、受容することと、
・前記補足的データセット、ならびに前記マイクロバイオームの組成多様性データセットおよび前記マイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも1つから抽出されるフィーチャーを、前記微生物関連状態の特徴付けモデルに変換することと
をさらに含む、請求項12に記載の方法。 - 以下:
・ユーザーから、ユーザー生物学的試料を収集することであって、前記ユーザー生物学的試料が、標的配列を前記標的セットと共有するユーザー標的セットを含む、収集することと、
・配列を前記タンパク質および前記gRNAと共有するユーザーに関係するgRNA複合体、前記アダプター配列を共有するユーザーに関係するアダプター、および前記プライマー配列を共有するユーザーに関係するプライマーに基づいて、前記ユーザー標的セットをシークエンシングすることと、
・シークエンシングした前記ユーザー標的セットに基づいて、ユーザーのマイクロバイオームデータセットを生成することと、
・前記ユーザーのマイクロバイオームデータセットおよび前記特徴付けモデルに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することと
をさらに含む、請求項13に記載の方法。 - 前記マイクロバイオームに関係する特徴付けおよび治療モデルに基づいて、前記微生物関連状態を有する前記ユーザーに治療を奨励することをさらに含み、前記治療が、前記微生物関連状態の状況を改善するように、ユーザーのマイクロバイオームの組成を調節する、請求項14に記載の方法。
- 前記gRNA複合体を生成することが、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、GC含量因子、ヌクレオチドラン因子、第1の結合エネルギー因子、第2の結合エネルギー因子、およびGCクランプ因子のうちの少なくとも1つに基づいて、gRNA配列を選択することを含む、請求項12に記載の方法。
- 前記gRNA複合体の前記タンパク質が、前記標的セットに付随した平滑末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成するためのエンドヌクレアーゼを含み、前記末端領域をライゲーションすることが、前記平滑末端領域セットを、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、請求項16に記載の方法。
- 前記分類群セットに対応する前記標的セットが、Alistipes(属)、Barnesiella(属)、Bifidobacterium(属)、Campylobacter(属)、Peptoclostridium(属)、Escherichia−Shigella(属)、Fusobacterium(属)、Lactobacillus(属)、Odoribacter(属)、Prevotella(属)、Pseudoflavonifractor(属)、Roseburia(属)、Ruminococcus(属)、Salmonella(属)、Veillonella(属)、Akkermansia muciniphila(種)、Anaerotruncus colihominis(種)、Bacteroides fragilis(種)、Bacteroides vulgatus(種)、Bifidobacterium longum(種)、Butyrivibrio crossotus(種)、Campylobacter jejuni(種)、Campylobacter coli(種)、Campylobacter lari(種)、Peptoclostridium difficile(種)、Collinsella aerofaciens(種)、Coprococcus eutactus(種)、Desulfovibrio piger(種)、Dialister invisus(種)、Escherichia coli(種)、Escherichia coli O157(種)、Faecalibacterium prausnitzii(種)、Methanobrevibacter smithii(種)、Oxalobacter formigenes(種)、Ruminococcus albus(種)、Ruminococcus bromii(種)、Ruminococcus gnavus(種)、Salmonella enterica(種)、Salmonella bongori(種)、Shigella boydii(種)、Shigella sonnei(種)、Shigella flexneri(種)、Shigella dysenteriae(種)、Streptococcus sanguinis(種)、Streptococcus thermophilus(種)、Vibrio cholerae(種)、およびYersinia enterocolitica(種)のうちの少なくとも1つと関係する複数の標的を含む、請求項12に記載の方法。
- 前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットおよび前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットが、前記複数の標的の実質的に同時のシークエンシングを容易にする、請求項18に記載の方法。
- 前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットが、次世代シークエンシングプラットフォームを用いる次世代シークエンシングを容易にし、前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づいて、前記次世代シークエンシングプラットフォームを用いて、次世代シークエンシングを実施することを含む、請求項12に記載の方法。
- 前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記アダプター配列に付随する前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットに基づいて、前記標的セットの増幅を実施することを含む、請求項12に記載の方法。
- 前記gRNA複合体の前記タンパク質が、cas、cpf、cas、cse、csy、csn、csd、cst、csh、csa、csm、およびcmrのうちの少なくとも1つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、請求項12に記載の方法。
- 前記gRNA複合体の前記タンパク質が、Cas9およびCpf1のうちの少なくとも1つを含むタンパク質タイプと関係する、請求項22に記載の方法。
- 前記gRNA複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記末端領域を生成することが、以下:
・前記gRNA複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した粘着末端領域を生成することと、
・前記粘着末端領域を処理して、前記標的セットに付随した平滑末端領域を生成することとを含み、ここで前記末端領域を、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることが、前記平滑末端領域を前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、請求項12に記載の方法。 - 前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Actinomyces(属)、Aerococcus(属)、Alloiococcus(属)、Anaerococcus(属)、Anaeroglobus(属)、Anaerostipes(属)、Anaerotruncus(属)、Arcanobacterium(属)、Arthrospira(属)、Atopobium(属)、Bacteroides(属)、Bulleidia(属)、Campylobacter(属)、Catenibacterium(属)、Coriobacteriaceae(科)、Corynebacterium(属)、Dialister(属)、Eggerthella(属)、Enterococcus(属)、Escherichia(属)、Finegoldia(属)、Fusobacterium(属)、Gardnerella(属)、Gemella(属)、Lactobacillaceae(科)、Lactobacillales(目)、Lactobacillus(属)、Leptotrichia(属)、Megasphaera(属)、Mobiluncus(属)、Moryella(属)、Mycoplasma(属)、Papillibacter(属)、Parvimonas(属)、Peptococcus(属)、Peptoniphilus(属)、Peptostreptococcus(属)、Porphyromonadaceae(科)、Porphyromonas(属)、Prevotella(属)、Prevotellaceae(科)、Pseudomonas(属)、Ruminococcus(属)、Segniliparus(属)、Shigella(属)、Sneathia(属)、Staphylococcus(属)、Streptococcus(属)、Treponema(属)、Ureaplasma(属)、Veillonella(属)、Veillonellaceae(科)、Aerococcus christensenii(種)、Aerococcus spp.(属)、Algoriphagus aquatilis(種)、Anaerococcus spp.(属)、Anaerococcus tetradius(種)、Anaerococcus vaginalis(種)、Anoxybacillus pushchinoensis(種)、Atopobium spp.(属)、Atopobium vaginae(種)、Bacteroides fragilis(種)、Bacteroides spp.(属)、Bifidobacterium animalis subsp. lactis(種)、Bifidobacterium dentium(種)、Bifidobacterium lactis(種)、Bifidobacterium longum subsp. suis(種)、Bulleidia extructa(種)、Burkholderia fungorum(種)、Burkholderia phenoliruptrix(種)、Caldicellulosiruptor saccharolyticus(種)、Campylobacter spp.(属)、Campylobacter ureolyticus(種)、Candida albicans(種)、Candida glabrata(種)、Candida krusei(種)、Candida lusitaniae(種)、Candidatus Mycoplasma girerdii(種)、Catenibacterium spp.(属)、Chlamydia trachomatis(種)、Chondromyces robustus(種)、Clostridiales BVAB2(種)、Clostridiales BVAB3(種)、Clostridium cavendishii(種)、Clostridium viride(種)、Cryobacterium psychrophilum(種)、Dialister micraerophilus(種)、Dickeya chrysanthemi(種)、Eggerthia catenaformis(種)、Erwinia chrysanthemi(種)、Escherichia coli(種)、Escherichia fergusonii(種)、Exiguobacterium acetylicum(種)、Fusobacterium nucleatum(種)、Fusobacterium spp.(属)、Gardnerella spp.(属)、Gardnerella vaginalis(種)、Gemella sp.(属)、Haemophilus ducreyi(種)、Klebsiella granulomatis(種)、Lachnospiraceae BVAB1(種)、Lactobacillus acidophilus(種)、Lactobacillus brevis(種)、Lactobacillus casei(種)、Lactobacillus casei Shirota(種)、Lactobacillus crispatus(種)、Lactobacillus delbrueckii(種)、Lactobacillus fermentum(種)、Lactobacillus gasseri(種)、Lactobacillus iners(種)、Lactobacillus jensenii(種)、Lactobacillus johnsonii(種)、Lactobacillus kefiranofaciens(種)、Lactobacillus paracasei FJ861111.1(種)、Lactobacillus pentosus株S−PT84(種)、Lactobacillus plantarum(種)、Lactobacillus reuteri(種)、Lactobacillus reuteri RC−14(種)、Lactobacillus rhamnosus(種)、Lactobacillus rhamnosus(株BMX 54)(種)、Lactobacillus rhamnosus BMX 54(種)、Lactobacillus rhamnosus GR−1(種)、Lactobacillus salivarius(種)、Lactobacillus vaginalis(種)、Leptotrichia spp.(属)、Maribacter orientalis(種)、Megasphaera genomosp(種)、Megasphaera micronuciformis(種)、Megasphaera spp.(属)、Microbacterium halophilum(種)、Mobiluncus curtisii(種)、Mobiluncus mulieris(種)、Moorella glycerini(種)、Mycoplasma genitalium(種)、Mycoplasma hominis(種)、Mycoplasma muris(種)、Neisseria gonorrhoeae(種)、Paeniclostridium sordellii(種)、Papillibacter spp.(属)、Parastreptomyces abscessus(種)、Parvimonas micra(種)、Parvimonas spp.(属)、Pasteurella multocida(種)、Pediococcus ethanolidurans(種)、Peptoniphilus harei(種)、Peptoniphilus indolicus(種)、Peptoniphilus spp.(属)、Peptostreptococcus anaerobius(種)、Peptostreptococcus massiliae(種)、Peptostreptococcus spp.(属)、Porphyromonas gingivalis(種)、Porphyromonas levii(種)、Porphyromonas sp.(属)、Porphyromonas uenonis(種)、Prevotella amnii(種)、Prevotella bivia(種)、Prevotella disiens(種)、Prevotella intermedia(種)、Prevotella oralis(種)、Prevotella oris(種)、Prevotella timonensis(種)、Pseudomonas spp.(属)、Ralstonia pickettii(種)、Ruminococcus spp.(属)、Sanguibacter keddieii(種)、Sneathia amnii(種)、Sneathia sanguinegens(種)、Sneathia spp.(属)、Staphylococcus aureus(種)、Staphylococcus mulans(種)、Staphylococcus pasteuri(種)、Staphylococcus simiae(種)、Staphylococcus simulans(種)、Staphylococcus spp.(属)、Staphylococcus warneri(種)、Streptococcus agalactiae(種)、Streptococcus anginosus(種)、Streptococcus intermedius(種)、Streptococcus pyogenes(種)、Streptococcus viridans(種)、Thermosipho atlanticus(種)、Thermovirga lienii(種)、Treponema pallidum(種)、Trichomonas vaginalis(種)、Trueperella bernardiae(種)、Ureaplasma parvum(種)、Ureaplasma urealyticum(種)、Veillonella montpellierensis(種)、Veillonella parvula(種)、Virgibacillus proomii(種)、Zobellia laminariae(種)、HPV 3(ウイルスバリアント)、HPV 6(ウイルスバリアント)、HPV 16(ウイルスバリアント)、HPV 18(ウイルスバリアント)、HPV 31(ウイルスバリアント)、HPV 33(ウイルスバリアント)、HPV 35(ウイルスバリアント)、HPV 39(ウイルスバリアント)、HPV 43(ウイルスバリアント)、HPV 45(ウイルスバリアント)、HPV 51(ウイルスバリアント)、HPV 52(ウイルスバリアント)、HPV 53(ウイルスバリアント)、HPV 54(ウイルスバリアント)、HPV 56(ウイルスバリアント)、HPV 58(ウイルスバリアント)、HPV 59(ウイルスバリアント)、HPV 66(ウイルスバリアント)、HPV 68(ウイルスバリアント)、HPV(ウイルス)、およびHPV(複数の型)(ウイルス)のうちの少なくとも1つを含む、請求項12に記載の方法。
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