JP2019528752A5

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Publication number: JP2019528752A5
Application number: JP2019516206A
Authority: JP
Filing date: 2017-09-27
Publication date: 2020-11-05
Anticipated expiration: 2037-09-27

Description

当業者であれば、前述の詳細な説明、ならびに図面および特許請求の範囲から認識するように、本発明の実施形態には、以下の特許請求の範囲に定められている本発明の範囲から逸脱することなく、修正および変更をなし得る。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
生物学的試料と関係するユーザーの微生物関連状態を特徴付けるための改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下：
・エンドヌクレアーゼ、および前記微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含むｇＲＮＡ複合体を生成することと、
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記生物学的試料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成することと、
・前記末端領域セットを、アダプター配列を共有し、前記標的セットの次世代シークエンシングを容易にするように構成されたアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域セット、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットを増幅させることと、
・増幅させた前記標的セットに基づいて、前記ユーザーの微生物配列データセットを生成することと、
・前記微生物配列データセットに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することとを含み、ここで前記マイクロバイオームに関係する特徴付けが、前記微生物関連状態の状況を改善する際に、前記ユーザーの前記マイクロバイオームの修正を容易にするように構成されている、方法。
(項目２)
前記標的セットを増幅させることが、増幅バイアスを低減させるために、前記プライマー配列を共有するプライマーからなる前記プライマーセットに基づく、項目１に記載の方法。
(項目３)
前記標的セットを増幅させることが、次世代シークエンシングプラットフォームのブリッジ増幅担体を用いて、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づく多重増幅を実施することを含み、前記微生物配列データセットを生成することが、前記次世代シークエンシングプラットフォームと通信するように作動可能なコンピューティングシステムにおいて、前記微生物配列データセットを生成することを含む、項目１に記載の方法。
(項目４)
前記ｇＲＮＡ複合体を生成することが、オンターゲット活性を最適化するために、ｇＲＮＡ設計因子セットに基づいて、ｇＲＮＡ配列をランク付けすることを含む、項目１に記載の方法。
(項目５)
前記ｇＲＮＡ設計因子が、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、ＧＣ含量因子、ヌクレオチドラン因子、第１の結合エネルギー因子、第２の結合エネルギー因子、およびＧＣクランプ因子のうちの少なくとも１つを含む、項目４に記載の方法。
(項目６)
前記ｇＲＮＡが、１６ＳｒＲＮＡ領域と関係する標的セットに対するものである、項目４に記載の方法。
(項目７)
前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ（種）、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉＯ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、Ｙｅｒｓｉｎｉａｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｌａｕｔｉａ（属）、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ（属）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ（属）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｇｅｌｒｉａ（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ（属）、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ（属）、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｎｉｔｒｏｇｅｎｉｆｉｇｅｎｓ（種）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒｂａｕｍａｎｎｉｉ（種）、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍｂｒａｓｉｌｅｎｓｅ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓｃｅｒｅｕｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓｃｏａｇｕｌａｎｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｎｉｍａｌｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｂｉｆｉｄｕｍ（種）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ（種）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｍｉｎｕｔａ（種）、Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｉｔａｌｉｃｕｓ（種）、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｋｏｃｕｒｉａｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｕｎｋｅｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｆｕｊｉｅｎｓｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｇａｒｖｉｅａｅ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｌａｃｔｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｈｏｆｓｔａｄｉｉ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃｆａｌｌａｘ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃｋｉｍｃｈｉｉ（種）、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓｏｅｎｉ（種）、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓａｐｉａｒｉｕｓ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ（種）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒｈｅｌｖｏｌｕｓ（種）、Ｒｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓａｌｍｏｎｉｎａｒｕｍ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｓｃｉｕｒｉ（種）、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａｋｏｒｅｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）のうちの少なくとも１つを含む、項目１に記載の方法。
(項目８)
前記微生物関連状態が、下痢、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、潰瘍性大腸炎、便秘、腹部圧痛、腹部膨満、鼓腸、肥満、ＩＩ型糖尿病、糖尿病前症、腎臓結石、心血管系健康状態、および不安症のうちの少なくとも１つを含む腸関連状態を含む、項目７に記載の方法。
(項目９)
前記微生物関連状態について、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームフィーチャーの存在、前記マイクロバイオームフィーチャーの不在、前記分類群セットの分類学的群の相対存在量、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの組成フィーチャーの多様性、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの機能フィーチャーの多様性、前記分類群セットと関係する前記マイクロバイオームフィーチャーのうちの少なくとも２つのフィーチャー間の比、前記分類群セット間の相互作用、および前記分類群セット間の系統学的距離のうちの少なくとも１つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、項目１に記載の方法。
(項目１０)
前記ユーザーの前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームの組成多様性フィーチャーおよびマイクロバイオームの機能多様性フィーチャーのうちの少なくとも１つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、項目１に記載の方法。
(項目１１)
前記ｇＲＮＡ複合体の前記エンドヌクレアーゼが、ｃａｓ、ｃｐｆ、ｃｓｅ、ｃｓｙ、ｃｓｎ、ｃｓｄ、ｃｓｔ、ｃｓｈ、ｃｓａ、ｃｓｍ、ｃｍｒ、およびＣＲＩＳＰＲに関係するタンパク質ファミリーのうちの少なくとも１つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、項目１に記載の方法。
(項目１２)
改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下：
・タンパク質、および微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含むｇＲＮＡ複合体を生成することと、
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域を生成することと、
・前記末端領域を、アダプター配列を共有するアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットのシークエンシングを実施することと、
・シークエンシングした前記標的セットに基づいて、マイクロバイオームの組成多様性データセットおよびマイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも１つを生成することと
を含む、方法。
(項目１３)
前記微生物核酸材料を処理することが、前記ｇＲＮＡ複合体を用いて、被験体の集団に由来する生物学的試料を処理することを含み、前記方法が、以下：
・少なくとも前記被験体の集団のサブセットと関係する補足的データセットを受容することであって、前記補足的データセットが、前記微生物関連状態の情報を提供する、受容することと、
・前記補足的データセット、ならびに前記マイクロバイオームの組成多様性データセットおよび前記マイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも１つから抽出されるフィーチャーを、前記微生物関連状態の特徴付けモデルに変換することと
をさらに含む、項目１２に記載の方法。
(項目１４)
以下：
・ユーザーから、ユーザー生物学的試料を収集することであって、前記ユーザー生物学的試料が、標的配列を前記標的セットと共有するユーザー標的セットを含む、収集することと、
・配列を前記タンパク質および前記ｇＲＮＡと共有するユーザーに関係するｇＲＮＡ複合体、前記アダプター配列を共有するユーザーに関係するアダプター、および前記プライマー配列を共有するユーザーに関係するプライマーに基づいて、前記ユーザー標的セットをシークエンシングすることと、
・シークエンシングした前記ユーザー標的セットに基づいて、ユーザーのマイクロバイオームデータセットを生成することと、
・前記ユーザーのマイクロバイオームデータセットおよび前記特徴付けモデルに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することと
をさらに含む、項目１３に記載の方法。
(項目１５)
前記マイクロバイオームに関係する特徴付けおよび治療モデルに基づいて、前記微生物関連状態を有する前記ユーザーに治療を奨励することをさらに含み、前記治療が、前記微生物関連状態の状況を改善するように、ユーザーのマイクロバイオームの組成を調節する、項目１４に記載の方法。
(項目１６)
前記ｇＲＮＡ複合体を生成することが、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、ＧＣ含量因子、ヌクレオチドラン因子、第１の結合エネルギー因子、第２の結合エネルギー因子、およびＧＣクランプ因子のうちの少なくとも１つに基づいて、ｇＲＮＡ配列を選択することを含む、項目１２に記載の方法。
(項目１７)
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、前記標的セットに付随した平滑末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成するためのエンドヌクレアーゼを含み、前記末端領域をライゲーションすることが、前記平滑末端領域セットを、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、項目１６に記載の方法。
(項目１８)
前記分類群セットに対応する前記標的セットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ（種）、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉＯ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ
ｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、およびＹｅｒｓｉｎｉａｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）のうちの少なくとも１つと関係する複数の標的を含む、項目１２に記載の方法。
(項目１９)
前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットおよび前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットが、前記複数の標的の実質的に同時のシークエンシングを容易にする、項目１８に記載の方法。
(項目２０)
前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットが、次世代シークエンシングプラットフォームを用いる次世代シークエンシングを容易にし、前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づいて、前記次世代シークエンシングプラットフォームを用いて、次世代シークエンシングを実施することを含む、項目１２に記載の方法。
(項目２１)
前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記アダプター配列に付随する前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットに基づいて、前記標的セットの増幅を実施することを含む、項目１２に記載の方法。
(項目２２)
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、ｃａｓ、ｃｐｆ、ｃａｓ、ｃｓｅ、ｃｓｙ、ｃｓｎ、ｃｓｄ、ｃｓｔ、ｃｓｈ、ｃｓａ、ｃｓｍ、およびｃｍｒのうちの少なくとも１つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、項目１２に記載の方法。
(項目２３)
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、Ｃａｓ９およびＣｐｆ１のうちの少なくとも１つを含むタンパク質タイプと関係する、項目２２に記載の方法。
(項目２４)
前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記末端領域を生成することが、以下：
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した粘着末端領域を生成することと、
・前記粘着末端領域を処理して、前記標的セットに付随した平滑末端領域を生成することとを含み、ここで前記末端領域を、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることが、前記平滑末端領域を前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、項目１２に記載の方法。
(項目２５)
前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ（属）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｇｌｏｂｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ（属）、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ａｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ（属）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（科）、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（属）、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ（属）、Ｇｅｍｅｌｌａ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ（科）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ（目）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ（属）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ（属）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ（属）、Ｍｏｒｙｅｌｌａ（属）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ（属）、Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ（科）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ（科）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓｅｇｎｉｌｉｐａｒｕｓ（属）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｓｎｅａｔｈｉａ（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ（属）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ（科）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ（種）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ａｌｇｏｒｉｐｈａｇｕｓａｑｕａｔｉｌｉｓ（種）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｔｅｔｒａｄｉｕｓ（種）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓｐｕｓｈｃｈｉｎｏｅｎｓｉｓ（種）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍｓｐｐ．（属）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍｖａｇｉｎａｅ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｓｐｐ．（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｎｉｍａｌｉｓｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｄｅｎｔｉｕｍ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌａｃｔｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍｓｕｂｓｐ．ｓｕｉｓ（種）、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａｅｘｔｒｕｃｔａ（種）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｆｕｎｇｏｒｕｍ（種）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｐｈｅｎｏｌｉｒｕｐｔｒｉｘ（種）、Ｃａｌｄｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉｒｕｐｔｏｒｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｓｐｐ．（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓ（種）、Ｃａｎｄｉｄａａｌｂｉｃａｎｓ（種）、Ｃａｎｄｉｄａｇｌａｂｒａｔａ（種）、Ｃａｎｄｉｄａｋｒｕｓｅｉ（種）、Ｃａｎｄｉｄａｌｕｓｉｔａｎｉａｅ（種）、ＣａｎｄｉｄａｔｕｓＭｙｃｏｐｌａｓｍａｇｉｒｅｒｄｉｉ（種）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐｐ．（属）、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（種）、Ｃｈｏｎｄｒｏｍｙｃｅｓｒｏｂｕｓｔｕｓ（種）、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓＢＶＡＢ２（種）、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓＢＶＡＢ３（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃａｖｅｎｄｉｓｈｉｉ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｖｉｒｉｄｅ（種）、Ｃｒｙｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｓｙｃｈｒｏｐｈｉｌｕｍ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒｍｉｃｒａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｄｉｃｋｅｙａｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ（種）、Ｅｇｇｅｒｔｈｉａｃａｔｅｎａｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｅｒｗｉｎｉａｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ（種）、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｃｅｔｙｌｉｃｕｍ（種）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｎｕｃｌｅａｔｕｍ（種）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐｐ．（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａｓｐｐ．（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｇｅｍｅｌｌａｓｐ．（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓｄｕｃｒｅｙｉ（種）、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ（種）、ＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅＢＶＡＢ１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃａｓｅｉ（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃａｓｅｉＳｈｉｒｏｔａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｒｉｓｐａｔｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｇａｓｓｅｒｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｉｎｅｒｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｅｎｓｅｎｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｃａｓｅｉＦＪ８６１１１１．１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｅｎｔｏｓｕｓ株Ｓ−ＰＴ８４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｌａｎｔａｒｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｅｕｔｅｒｉ（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｅｕｔｅｒｉＲＣ−１４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓ（株ＢＭＸ５４）（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓＢＭＸ５４（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓＧＲ−１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｓｐｐ．（属）、Ｍａｒｉｂａｃｔｅｒｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａｇｅｎｏｍｏｓｐ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａｍｉｃｒｏｎｕｃｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａｓｐｐ．（属）、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｈａｌｏｐｈｉｌｕｍ（種）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓｃｕｒｔｉｓｉｉ（種）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓｍｕｌｉｅｒｉｓ（種）、Ｍｏｏｒｅｌｌａｇｌｙｃｅｒｉｎｉ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｍｕｒｉｓ（種）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ（種）、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｏｒｄｅｌｌｉｉ（種）、Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒｓｐｐ．（属）、Ｐａｒａｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓａｂｓｃｅｓｓｕｓ（種）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓｍｉｃｒａ（種）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓｓｐｐ．（属）、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｍｕｌｔｏｃｉｄａ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓｈａｒｅｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓｉｎｄｏｌｉｃｕｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓｓｐｐ．（属）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓａｎａｅｒｏｂｉｕｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｍａｓｓｉｌｉａｅ（種）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ（種）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓｌｅｖｉｉ（種）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓｓｐ．（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓｕｅｎｏｎｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａａｍｎｉｉ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｂｉｖｉａ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｄｉｓｉｅｎｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｏｒａｌｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｏｒｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐｐ．（属）、Ｒａｌｓｔｏｎｉａｐｉｃｋｅｔｔｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ｓａｎｇｕｉｂａｃｔｅｒｋｅｄｄｉｅｉｉ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａａｍｎｉｉ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａｓｐｐ．（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａｕｒｅｕｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｍｕｌａｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｐａｓｔｅｕｒｉ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｓｉｍｉａｅ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｓｉｍｕｌａｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｗａｒｎｅｒｉ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓａｇａｌａｃｔｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓａｎｇｉｎｏｓｕｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｙｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｖｉｒｉｄａｎｓ（種）、Ｔｈｅｒｍｏｓｉｐｈｏａｔｌａｎｔｉｃｕｓ（種）、Ｔｈｅｒｍｏｖｉｒｇａｌｉｅｎｉｉ（種）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａｐａｌｌｉｄｕｍ（種）、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｔｒｕｅｐｅｒｅｌｌａｂｅｒｎａｒｄｉａｅ（種）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａｐａｒｖｕｍ（種）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ（種）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｍｏｎｔｐｅｌｌｉｅｒｅｎｓｉｓ（種）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｐａｒｖｕｌａ（種）、Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓｐｒｏｏｍｉｉ（種）、Ｚｏｂｅｌｌｉａｌａｍｉｎａｒｉａｅ（種）、ＨＰＶ３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ１６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ１８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ３１（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ３３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ３５（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ３９（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ４３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ４５（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５１（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５２（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５４（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５９（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ６６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ６８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ（ウイルス）、およびＨＰＶ（複数の型）（ウイルス）のうちの少なくとも１つを含む、項目１２に記載の方法。

Claims

微生物配列データセットを、生物学的試料と関係するユーザーの微生物関連状態の指標とする、改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下：
・エンドヌクレアーゼ、および前記微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含むｇＲＮＡ複合体を生成することと、
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記生物学的試料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成することと、
・前記末端領域セットを、アダプター配列を共有し、前記標的セットの次世代シークエンシングを容易にするように構成されたアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域セット、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットを増幅させることと、
・増幅させた前記標的セットに基づいて、前記ユーザーの微生物配列データセットを生成することと、
・前記微生物配列データセットに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することとを含み、ここで前記マイクロバイオームに関係する特徴付けが、前記微生物関連状態の状況を改善する際に、前記ユーザーの前記マイクロバイオームの修正を容易にするように構成されている、方法。
前記標的セットを増幅させることが、増幅バイアスを低減させるために、前記プライマー配列を共有するプライマーからなる前記プライマーセットに基づく、請求項１に記載の方法。
前記標的セットを増幅させることが、次世代シークエンシングプラットフォームのブリッジ増幅担体を用いて、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づく多重増幅を実施することを含み、前記微生物配列データセットを生成することが、前記次世代シークエンシングプラットフォームと通信するように作動可能なコンピューティングシステムにおいて、前記微生物配列データセットを生成することを含む、請求項１に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ複合体を生成することが、オンターゲット活性を最適化するために、ｇＲＮＡ設計因子セットに基づいて、ｇＲＮＡ配列をランク付けすることを含む、請求項１に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ設計因子が、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、ＧＣ含量因子、ヌクレオチドラン因子、第１の結合エネルギー因子、第２の結合エネルギー因子、およびＧＣクランプ因子のうちの少なくとも１つを含む、請求項４に記載の方法。
前記ｇＲＮＡが、１６ＳｒＲＮＡ領域と関係する標的セットに対するものである、請求項４に記載の方法。
前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ（種）、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉＯ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、Ｙｅｒｓｉｎｉａｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｌａｕｔｉａ（属）、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ（属）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ（属）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｇｅｌｒｉａ（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ（属）、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ（属）、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｎｉｔｒｏｇｅｎｉｆｉｇｅｎｓ（種）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒｂａｕｍａｎｎｉｉ（種）、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍｂｒａｓｉｌｅｎｓｅ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓｃｅｒｅｕｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓｃｏａｇｕｌａｎｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｎｉｍａｌｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｂｉｆｉｄｕｍ（種）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ（種）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｍｉｎｕｔａ（種）、Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｉｔａｌｉｃｕｓ（種）、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｋｏｃｕｒｉａｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｕｎｋｅｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｆｕｊｉｅｎｓｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｇａｒｖｉｅａｅ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓｌａｃｔｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｈｏｆｓｔａｄｉｉ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃｆａｌｌａｘ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃｋｉｍｃｈｉｉ（種）、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓｏｅｎｉ（種）、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓａｐｉａｒｉｕｓ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ（種）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒｈｅｌｖｏｌｕｓ（種）、Ｒｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓａｌｍｏｎｉｎａｒｕｍ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｓｃｉｕｒｉ（種）、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａｋｏｒｅｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）のうちの少なくとも１つを含む、請求項１に記載の方法。
前記微生物関連状態が、下痢、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、潰瘍性大腸炎、便秘、腹部圧痛、腹部膨満、鼓腸、肥満、ＩＩ型糖尿病、糖尿病前症、腎臓結石、心血管系健康状態、および不安症のうちの少なくとも１つを含む腸関連状態を含む、請求項７に記載の方法。
前記微生物関連状態について、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームフィーチャーの存在、前記マイクロバイオームフィーチャーの不在、前記分類群セットの分類学的群の相対存在量、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの組成フィーチャーの多様性、前記マイクロバイオームフィーチャーのうちのマイクロバイオームの機能フィーチャーの多様性、前記分類群セットと関係する前記マイクロバイオームフィーチャーのうちの少なくとも２つのフィーチャー間の比、前記分類群セット間の相互作用、および前記分類群セット間の系統学的距離のうちの少なくとも１つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
前記ユーザーの前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することが、前記微生物配列データセットから抽出されるマイクロバイオームの組成多様性フィーチャーおよびマイクロバイオームの機能多様性フィーチャーのうちの少なくとも１つに基づいて、前記マイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ複合体の前記エンドヌクレアーゼが、ｃａｓ、ｃｐｆ、ｃｓｅ、ｃｓｙ、ｃｓｎ、ｃｓｄ、ｃｓｔ、ｃｓｈ、ｃｓａ、ｃｓｍ、ｃｍｒ、およびＣＲＩＳＰＲに関係するタンパク質ファミリーのうちの少なくとも１つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、請求項１に記載の方法。
改善されたマイクロバイオームシークエンシングのための方法であって、以下：
・タンパク質、および微生物関連状態と関係する分類群セットに対応する標的セットに対するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含むｇＲＮＡ複合体を生成することと、
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した末端領域を生成することと、
・前記末端領域を、アダプター配列を共有するアダプターセットとライゲーションすることと、
・ライゲーションされた前記末端領域、および前記アダプター配列に付随するプライマー配列を共有するプライマーセットに基づいて、前記標的セットのシークエンシングを実施することと、
・シークエンシングした前記標的セットに基づいて、マイクロバイオームの組成多様性データセットおよびマイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも１つを生成することと
を含む、方法。
前記微生物核酸材料を処理することが、前記ｇＲＮＡ複合体を用いて、被験体の集団に由来する生物学的試料を処理することを含み、前記方法が、以下：
・少なくとも前記被験体の集団のサブセットと関係する補足的データセットを受容することであって、前記補足的データセットが、前記微生物関連状態の情報を提供する、受容することと、
・前記補足的データセット、ならびに前記マイクロバイオームの組成多様性データセットおよび前記マイクロバイオームの機能多様性データセットのうちの少なくとも１つから抽出されるフィーチャーを、前記微生物関連状態の特徴付けモデルに変換することと
をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
以下：
・配列を前記タンパク質および前記ｇＲＮＡと共有するユーザーに関係するｇＲＮＡ複合体、前記アダプター配列を共有するユーザーに関係するアダプター、および前記プライマー配列を共有するユーザーに関係するプライマーに基づいて、標的配列を前記標的セットと共有する前記ユーザー標的セットをシークエンシングすることであって、前記ユーザー標的セットはユーザーから収集されたユーザー生物学的試料に含まれる、ことと、
・シークエンシングした前記ユーザー標的セットに基づいて、ユーザーのマイクロバイオームデータセットを生成することと、
・前記ユーザーのマイクロバイオームデータセットおよび前記特徴付けモデルに基づいて、前記微生物関連状態について、前記ユーザーのマイクロバイオームに関係する特徴付けを決定することと
をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
前記マイクロバイオームに関係する特徴付けおよび治療モデルが、前記微生物関連状態を有する前記ユーザーに治療が奨励されるべきかどうかを示し、前記治療が、前記微生物関連状態の状況を改善するように、ユーザーのマイクロバイオームの組成を調節する、請求項１４に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ複合体を生成することが、フォールディングエネルギー因子、ハイブリダイゼーション因子、ＧＣ含量因子、ヌクレオチドラン因子、第１の結合エネルギー因子、第２の結合エネルギー因子、およびＧＣクランプ因子のうちの少なくとも１つに基づいて、ｇＲＮＡ配列を選択することを含む、請求項１２に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、前記標的セットに付随した平滑末端領域セットを含む微生物核酸断片を生成するためのエンドヌクレアーゼを含み、前記末端領域をライゲーションすることが、前記平滑末端領域セットを、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、請求項１６に記載の方法。
前記分類群セットに対応する前記標的セットが、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｌａｒｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ（種）、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉＯ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ
ｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、およびＹｅｒｓｉｎｉａｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）のうちの少なくとも１つと関係する複数の標的を含む、請求項１２に記載の方法。
前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットおよび前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットが、前記複数の標的の実質的に同時のシークエンシングを容易にする、請求項１８に記載の方法。
前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットが、次世代シークエンシングプラットフォームを用いる次世代シークエンシングを容易にし、前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記プライマーセットおよび前記アダプターセットに基づいて、前記次世代シークエンシングプラットフォームを用いて、次世代シークエンシングを実施することを含む、請求項１２に記載の方法。
前記標的セットのシークエンシングを実施することが、前記アダプター配列に付随する前記プライマー配列を共有する前記プライマーセットに基づいて、前記標的セットの増幅を実施することを含む、請求項１２に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、ｃａｓ、ｃｐｆ、ｃａｓ、ｃｓｅ、ｃｓｙ、ｃｓｎ、ｃｓｄ、ｃｓｔ、ｃｓｈ、ｃｓａ、ｃｓｍ、およびｃｍｒのうちの少なくとも１つを含む、タンパク質タイプファミリーと関係する、請求項１２に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ複合体の前記タンパク質が、Ｃａｓ９およびＣｐｆ１のうちの少なくとも１つを含むタンパク質タイプと関係する、請求項２２に記載の方法。
前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記末端領域を生成することが、以下：
・前記ｇＲＮＡ複合体を用いて前記微生物核酸材料を処理して、前記標的セットに付随した粘着末端領域を生成することと、
・前記粘着末端領域を処理して、前記標的セットに付随した平滑末端領域を生成することとを含み、ここで前記末端領域を、前記アダプター配列を共有する前記アダプターセットとライゲーションすることが、前記平滑末端領域を前記アダプターセットとライゲーションすることを含む、請求項１２に記載の方法。
前記標的セットに対応する前記分類群セットが、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ（属）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｇｌｏｂｕｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ（属）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ（属）、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ａｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ（属）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（科）、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（属）、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ（属）、Ｇｅｍｅｌｌａ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ（科）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ（目）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ（属）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ（属）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ（属）、Ｍｏｒｙｅｌｌａ（属）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ（属）、Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ（科）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ（科）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓｅｇｎｉｌｉｐａｒｕｓ（属）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｓｎｅａｔｈｉａ（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ（属）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ（科）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ（種）、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ａｌｇｏｒｉｐｈａｇｕｓａｑｕａｔｉｌｉｓ（種）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｔｅｔｒａｄｉｕｓ（種）、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓｐｕｓｈｃｈｉｎｏｅｎｓｉｓ（種）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍｓｐｐ．（属）、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍｖａｇｉｎａｅ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｓｐｐ．（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｎｉｍａｌｉｓｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｄｅｎｔｉｕｍ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌａｃｔｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｏｎｇｕｍｓｕｂｓｐ．ｓｕｉｓ（種）、Ｂｕｌｌｅｉｄｉａｅｘｔｒｕｃｔａ（種）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｆｕｎｇｏｒｕｍ（種）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｐｈｅｎｏｌｉｒｕｐｔｒｉｘ（種）、Ｃａｌｄｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉｒｕｐｔｏｒｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｓｐｐ．（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓ（種）、Ｃａｎｄｉｄａａｌｂｉｃａｎｓ（種）、Ｃａｎｄｉｄａｇｌａｂｒａｔａ（種）、Ｃａｎｄｉｄａｋｒｕｓｅｉ（種）、Ｃａｎｄｉｄａｌｕｓｉｔａｎｉａｅ（種）、ＣａｎｄｉｄａｔｕｓＭｙｃｏｐｌａｓｍａｇｉｒｅｒｄｉｉ（種）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐｐ．（属）、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（種）、Ｃｈｏｎｄｒｏｍｙｃｅｓｒｏｂｕｓｔｕｓ（種）、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓＢＶＡＢ２（種）、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓＢＶＡＢ３（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｃａｖｅｎｄｉｓｈｉｉ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｖｉｒｉｄｅ（種）、Ｃｒｙｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｓｙｃｈｒｏｐｈｉｌｕｍ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒｍｉｃｒａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｄｉｃｋｅｙａｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ（種）、Ｅｇｇｅｒｔｈｉａｃａｔｅｎａｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｅｒｗｉｎｉａｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ（種）、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｃｅｔｙｌｉｃｕｍ（種）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｎｕｃｌｅａｔｕｍ（種）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｐｐ．（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａｓｐｐ．（属）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｇｅｍｅｌｌａｓｐ．（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓｄｕｃｒｅｙｉ（種）、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ（種）、ＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅＢＶＡＢ１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃａｓｅｉ（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃａｓｅｉＳｈｉｒｏｔａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｃｒｉｓｐａｔｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｇａｓｓｅｒｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｉｎｅｒｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｅｎｓｅｎｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｊｏｈｎｓｏｎｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐａｒａｃａｓｅｉＦＪ８６１１１１．１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｅｎｔｏｓｕｓ株Ｓ−ＰＴ８４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｐｌａｎｔａｒｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｅｕｔｅｒｉ（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｅｕｔｅｒｉＲＣ−１４（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓ（株ＢＭＸ５４）（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓＢＭＸ５４（種）、ＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｒｈａｍｎｏｓｕｓＧＲ−１（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｓｐｐ．（属）、Ｍａｒｉｂａｃｔｅｒｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａｇｅｎｏｍｏｓｐ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａｍｉｃｒｏｎｕｃｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａｓｐｐ．（属）、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｈａｌｏｐｈｉｌｕｍ（種）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓｃｕｒｔｉｓｉｉ（種）、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓｍｕｌｉｅｒｉｓ（種）、Ｍｏｏｒｅｌｌａｇｌｙｃｅｒｉｎｉ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｍｕｒｉｓ（種）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ（種）、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｓｏｒｄｅｌｌｉｉ（種）、Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒｓｐｐ．（属）、Ｐａｒａｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓａｂｓｃｅｓｓｕｓ（種）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓｍｉｃｒａ（種）、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓｓｐｐ．（属）、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｍｕｌｔｏｃｉｄａ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓｈａｒｅｉ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓｉｎｄｏｌｉｃｕｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓｓｐｐ．（属）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓａｎａｅｒｏｂｉｕｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｍａｓｓｉｌｉａｅ（種）、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ（種）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓｌｅｖｉｉ（種）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓｓｐ．（属）、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓｕｅｎｏｎｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａａｍｎｉｉ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｂｉｖｉａ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｄｉｓｉｅｎｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｏｒａｌｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｏｒｉｓ（種）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐｐ．（属）、Ｒａｌｓｔｏｎｉａｐｉｃｋｅｔｔｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ｓａｎｇｕｉｂａｃｔｅｒｋｅｄｄｉｅｉｉ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａａｍｎｉｉ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ（種）、Ｓｎｅａｔｈｉａｓｐｐ．（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａｕｒｅｕｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｍｕｌａｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｐａｓｔｅｕｒｉ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｓｉｍｉａｅ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｓｉｍｕｌａｎｓ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｓｐｐ．（属）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓｗａｒｎｅｒｉ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓａｇａｌａｃｔｉａｅ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓａｎｇｉｎｏｓｕｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｙｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｖｉｒｉｄａｎｓ（種）、Ｔｈｅｒｍｏｓｉｐｈｏａｔｌａｎｔｉｃｕｓ（種）、Ｔｈｅｒｍｏｖｉｒｇａｌｉｅｎｉｉ（種）、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａｐａｌｌｉｄｕｍ（種）、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓｖａｇｉｎａｌｉｓ（種）、Ｔｒｕｅｐｅｒｅｌｌａｂｅｒｎａｒｄｉａｅ（種）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａｐａｒｖｕｍ（種）、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ（種）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｍｏｎｔｐｅｌｌｉｅｒｅｎｓｉｓ（種）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｐａｒｖｕｌａ（種）、Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓｐｒｏｏｍｉｉ（種）、Ｚｏｂｅｌｌｉａｌａｍｉｎａｒｉａｅ（種）、ＨＰＶ３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ１６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ１８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ３１（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ３３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ３５（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ３９（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ４３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ４５（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５１（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５２（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５３（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５４（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ５９（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ６６（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ６８（ウイルスバリアント）、ＨＰＶ（ウイルス）、およびＨＰＶ（複数の型）（ウイルス）のうちの少なくとも１つを含む、請求項１２に記載の方法。