JP2019517828A - Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症の処置 - Google Patents

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Abstract

本明細書においては、病原体感染症の処置または防止のための組成物および方法を提供する。

Description

関連出願の相互参照
□本願は２０１６年６月１４日に出願の米国仮出願第６２／３４９,９１４号の、米国特許法第１１９条（ｅ）による優先権を主張し、参照によってその全体を本明細書中に組み込む。
□本開示は、精製された菌株の組成物、および、病原体感染症を有する対象に組成物を投与することによるClostridium difficile感染症などの病原体感染症の処置方法に関する。
人体中および人体上にいる細菌、ウイルスおよび菌類の共生微生物の集合体は、まとめてヒトマイクロバイオームとして知られている。ヒトマイクロバイオームの細菌サブセットは、宿主の栄養分取得、発生、免疫学的ホメオスタシス、神経学的健康および病原体からの保護において重要な役割を果たす（LeBlanc et al. Curr. Opin. Biotechnol. (2013) 24(2): 160-168; Hooper et al. Science (2012) 336(6086): 1268-1273; Hughes et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(7): 1066-1074）。哺乳動物の共生生物の最も大きいリザーバとして、胃腸管（ＧＩ）にいる細菌は、ヒトの生物学のそれらの側面のほぼ全てに影響する（Blaser J. Clin. Invest. (2014) 124(10): 4162-4165）。従って、ディスバイオシスとして知られている状態であるＧＩニッチにおける正常な細菌集団の撹乱は、ヒトを様々な疾患になりやすくさせ得る。
Clostridium difficile感染症（ＣＤＩ）は、嫌気性胞子形成グラム陽性の病原体Clostridium difficileによる腸内コロニー形成後に生ずる。ＧＩ管のコロニー形成の後、C.difficileは毒素を産生し、これは下痢を引き起こし、最終的には死に至り得る。この病気は、院内での下痢で最も頻繁に同定される原因であり、ディスバイオシスの直接的な結果として生ずると考えられる（Calfee Geriatrics (2008) 63: 10-21; Shannon-Lowe et al BMJ (2010) 340: c1296）。驚くほどのことではないが、ほとんど全てのクラスの抗生物質の使用が、おそらくＧＩ管のディスバイオシスを誘導してそれによってC.difficileの優勢増殖を可能にさせることにより、ＣＤＩに関連付けられている。その自然多剤耐性および北アメリカおよびヨーロッパの至る所で現在流行しているフルオロキノロン耐性株の出現のため、米国疾病予防管理センターは現在、ＣＤＩを、迅速かつ積極的な対応を要求する公衆衛生に対する脅威として分類している。C.difficileは、大体５００，０００件の感染症の原因となっており、２０１１年にはおよそ２９，０００件の死亡に関連付けられている（Lessa et al. NEJM 2015, 372: 825-834）。
抗生物質メトロニダゾール、バンコマイシンおよびフィダキソマイシンは、現在のＣＤＩ処置のための治療オプションである。しかしながら、メトロニダゾールは低い応答率のため不十分であり、メトロニダゾールもバンコマイシンも疾患の再発を防止せず、初回に応答した患者の最大３０パーセントが、抗生物質の使用停止後、臨床的再発を経験している（Miller Expert Opin. Pharmacother. (2010) 11 : 1569-1578）。
フィダキソマイシンは、再発ＣＤＩの防止において、バンコマイシンより優れていることが示されている（Mullane Ther. Adv. Chronic Dis. (2014) 5(2): 69-84）。フィダキソマイシンは、その狭い活性スペクトルのため、ディスバイオシスおよびＣＤＩ後、消化管の正常のマイクロバイオームの再構成を可能にすると考えられ、それにより再発疾患の可能性を低下させる（Tannock et al. Microbiology (2010) 156 (Pt 11): 3354-3359; Louie et al. Clin. Infect. Dis. (2012) 55 Suppl. 2: S132-142）。それにもかかわらず、フィダキソマイシン処置された患者の１４％はＣＤＩ再燃を経験し、感受性の低下を付与する変異が既に報告されている（Eyre et al. J. Infect. Dis. (2014) 209(9): 1446-1451）。
再発ＣＤＩのリスクは抗生物質の使用により高められ、C.difficileの胞子は利用できる化学療法の在庫にとって元々扱いにくいため、ＣＤＩの処置のための代替の治療モダリティーが模索されている。糞便移植法（ＦＭＴ）は、ＣＤＩに対する効能が示されている１つのかかるモダリティーである（Khoruts et al. Immunol. Lett. (2014) 162(2): 77-81 ; van Nood et al. N. Engl. J. Med. (2013) 368(5): 407-415）。今日までに、ＣＤＩの処置のためのＦＭＴに関する研究において、３つのランダム化比較試験で最大９０％の治癒率という結果が報告されている（Cammarota et al. Alimen. Pharmacol. Therap. (2015) 41(9): 835-843; Kassam et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(4): 500-508; van Nood et al. N. Engl. J. Med. (2013) 368(5): 407-415; Youngster et al. Infec. Dis. Soc. Am. (2014) 58(11): 1515-15222)。
ＦＭＴの成功にもかかわらず、この治療アプローチは、リスクおよびロジスティクスに関する懸念がない訳ではない。ＦＭＴドナーの選択は重大であり、困難である。ＦＭＴドナーのリクルートを厳密なスクリーニングおよび標準化されたプロトコルで実施するときは、大部分のドナー候補者はこのプロセスに失格となる。ＦＭＴドナー候補者のわずか６〜１０パーセントが合格し、失格の大多数は無症候性のGI病原体保菌から生ずる（Paramsothy et al. Inflamm. Bowel Dis. (2015) 21(7): 1600-1606; Borody et al. Curr. Opin. Gastroenterol. (2014) 30(10): 97-105; Burns et al. Gastroenterology (2015) 148: S96-S97; Surawicz Ann. Intern. Med. (2015) 162(9): 662-663）。更に、ドナー間のばらつきは、ＦＭＴの効能におけるばらつきに至り得る。加えて、非感染性の病気が伝達されるリスクさえもＦＭＴにより高められ得る。実際、過体重の糞便ドナーからＦＭＴを受け入れた患者において、有意な体重増加が報告されている（Alang et al. Open Forum Infect. Dis. (Winter 2015) 2(1)）。
本明細書においては、C.difficileを包含する病原体感染症の処置または防止のための組成物および方法を提供する。
一側面では、本開示は、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Sellimonas intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigens、Eisenbergiella tayi、Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Blautia wexlerae、Clostridium disporicum、Erysipelatoclostridium ramosum、Pseudoflavinofractor capillosus、Turicibacter sanguinis、Lactobacillus mucosae、Ruminococcus obeum、Megasphaera elsdenii、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Ruminococcus faecis、Bacteroides cellulosilyticus、Anaerostipes hadrus、Eubacterium rectale、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Bifidobacterium bifidum、Blautia luti、Roseburia faecis、Fusicatenibacter saccharivorans、Roseburia faecis、Blautia faecis、Dorea formicigeneransおよびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供する。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Sellimonas intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigens、Eisenbergiella tayi、Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Blautia wexlerae、Turicibacter sanguinis、Lactobacillus mucosaeおよびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigensおよびEisenbergiella tayiからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Eubacterium fissicatena、Sellimonas intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Clostridium innocuumおよびErysipelotrichaceae_bacterium_21-3からなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Dracourtella massiliensis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium bacterium UC5.1-1D4およびErysipelotrichaceae_bacterium_21-3からなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium bacterium UC5.1-1D4およびErysipelotrichaceae_bacterium_21_3からなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、精製された菌株Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Dracourtella massiliensis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium bacterium UC5.1-1D4およびErysipelotrichaceae_bacterium_21-3を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、精製された菌株Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Sellimonas intestinalis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium bacterium UC5.1-1D4およびErysipelotrichaceae_bacterium_21_3を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Flavinofractor plautii、Anaerotruncus colihominis、Dracourtella massiliensis、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia productaおよびClostridium innocuumからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、精製された菌株Flavinofractor plautii、Anaerotruncus colihominis、Dracourtella massiliensis、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia productaおよびClostridium innocuumを含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Flavinofractor plautii、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia productaおよびClostridium innocuumからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、精製された菌株Flavinofractor plautii、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia productaおよびClostridium innocuumを含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Ruminococcus torques、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia producta、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3およびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Dracourtella massiliensis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3およびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3およびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA種の菌株を包含しない。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Bacteroides ovatusの種菌株を包含しない。請求項４から１２のいずれか１つの組成物であって、組成物は、Flavinofractor plautii、Subdoligranulum、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAAまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA種の菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia wexlerae、Blautia producta、Blautia coccoides、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7-_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominisおよびClostridium symbiosumからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA種の菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia wexlerae、Anaerotruncus colihominis、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7-_1_58FAA、Subdoligranulum、Turicibacter sanguinisおよびLactobacillus mucosaeからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAAの種の菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Dorea longicatena、Ruminococcus obeum、Megasphaera elsdenii、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Ruminococcus faecis、Bacteroides cellulosilyticus、Anaerostipes hadrus、Flavinofractor plautii、Eubacterium rectale、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Bifidobacterium bifidum、Ruminococcus faecis、Blautia luti、Roseburia faecis、Fusicatenibacter saccharivorans、Blautia faecis、Dorea formicigeneransおよびBlautia hanseniiからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Anaerostipes hadrus、Blautia faecis、Blautia hansenii、Dorea formicigenerans、Dorea longicatena、Eubacterium rectale、Flavinofractor plautii、Fusicatenibacter saccharivorans、Megasphaera elsdenii、Roseburia faecis、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Ruminococcus faecisおよびRuminococcus obeumからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む。
一側面では、本開示は２つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供し、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１〜２３、配列番号８３、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された菌株を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１４５、配列番号１５２〜１５９、配列番号１８および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１４５及び配列番号１５２〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０および配列番号１４〜２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５９、配列番号１８および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１４〜２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２９〜１５６、配列番号１８、配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５９および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５６および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５９、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１４５、配列番号１５２〜１５６、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０、配列番号１４〜２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５９、配列番号１８、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１４〜２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５、配列番号１８、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１８および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号２４〜７９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号２４〜２７、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５１、配列番号５５、配列番号５６、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号６８、配列番号７０、配列番号７２、配列番号７６および配列番号７７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１４、配列番号１６、配列番号２１および配列番号８０〜８２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
一側面では、本開示は２つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供し、２つ以上の精製された菌株が、配列番号８４〜１２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１２１および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９９、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１０９および配列番号１２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号９３、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号９３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号９３、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物は、配列番号９３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号８７、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号８７、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９および配列番号１０５からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号８４、配列番号８５、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１１９および配列番号１２０からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号８４、配列番号８５、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９９、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７および配列番号１１９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、２つ以上の精製された菌株を含み、２つ以上の精製された菌株が、配列番号８６、配列番号９５、配列番号９８、配列番号１１０、配列番号１２２および配列番号１２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、ClostridiumクラスターXIVaからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株と、を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、ClostridiumクラスターIVからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株と、を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、ClostridiumクラスターXIVaからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターIVからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株と、を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、少なくとも１つのBacteroides株を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium scindensを包含しない。
本明細書において提供される幾つかの態様において、組成物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９または少なくとも２０の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の１つ以上は、胞子形成菌である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の１つ以上は、胞子形態である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の各々は、胞子形態である。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の１つ以上は、栄養増殖形態である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の各々は、栄養増殖形態である。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、偏性嫌気性菌株のみを含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、１よりも多くのヒトドナーに由来する菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の１つ以上は、ｂａｉＣＤ−である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の各々は、ｂａｉＣＤ−である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、胆汁酸の７−アルファ−脱ヒドロキシ反応を媒介しない。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、C.difficile毒素産生を阻害する。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、C.difficileの複製および／または生存を阻害する。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株は、凍結乾燥されている。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の増殖および／または蓄積を誘導する。
一側面では、本開示は、２つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターXIVaからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株と、を含む。一側面では、本開示は、２つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターIVからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株と、を含む。一側面では、本開示は、２つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターIVからの少なくとも１つの菌株、ClostridiumクラスターXIVaからの少なくとも１つの菌株、およびClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、少なくとも１つのBacteroides株を含む。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、Clostridium scindensを包含しない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９または少なくとも２０の精製された菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の１つ以上は、胞子形成菌である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の１つ以上は、胞子形態である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の各々は、胞子形態である。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の１つ以上は、栄養増殖形態である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の各々は、栄養増殖形態である。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、偏性嫌気性菌株のみを含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、１よりも多くのヒトドナーに由来する菌株を含む。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の１つ以上は、ｂａｉＣＤ−である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株の各々は、ｂａｉＣＤ−である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、胆汁酸の７−アルファ−脱ヒドロキシ反応を媒介しない。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、C.difficile毒素産生を阻害する。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、C.difficileの複製および／または生存を阻害する。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、菌株は、凍結乾燥されている。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の増殖および／または蓄積を誘導する。
一側面では、本開示は、本明細書において提供される組成物のいずれかを含み、薬理学的に許容される賦形剤を更に含む、医薬組成物を提供する。本明細書において提供される医薬組成物の幾つかの態様において、医薬組成物は、経口送達用に製剤化される。本明細書において提供される医薬組成物の幾つかの態様において、医薬組成物は、直腸送達用に製剤化される。本明細書において提供される医薬組成物の幾つかの態様において、医薬組成物は、腸内送達用に製剤化される。本明細書において提供される医薬組成物の幾つかの態様において、医薬組成物は、結腸内送達用に製剤化される。一側面では、本開示は、本明細書において提供される組成物のいずれかを含み、栄養分を更に含む食品を提供する。
一側面では、本開示は、本明細書において提供される組成物または食品のいずれかを、治療有効量で対象に対して投与して病原体感染症を処置することを含む、対象の病原体感染症の処置方法を提供する。
本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、病原体感染症は、C. difficile、バンコマイシン耐性Enterococci（VRE）、カルバペネム耐性Enterobacteriaceae（CRE）、Neisseria gonorrheae、多剤耐性Acinetobacter、Campylobacter、基質拡張型ベータラクタマーゼ（ESBL）産生Enterobacteriaceae、多剤耐性Pseudomonas aeruginosa、Salmonella、薬剤耐性非チフス性Salmonella、薬剤耐性Salmonella Typhi、薬剤耐性Shigella、メチシリン耐性Staphylococcus aureus、薬剤耐性Streptococcus pneumoniae、薬剤耐性結核、バンコマイシン耐性Staphylococcus aureus、エリスロマイシン耐性A群Streptococcus、クリンダマイシン耐性B群Streptococcusおよびそれらの組み合わせである。本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、病原体感染症は、C.difficileである。本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、病原体感染症は、バンコマイシン耐性Enterococciである。
本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、対象は、ヒトである。本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、対象は、無症候性の保菌者である。
本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、対象は、組成物の投与前に、抗生物質の１ドーズを投与されている。本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、対象は、組成物の投与前に、抗生物質の１ドーズよりも多くを投与されている。本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、対象は、組成物の投与前に、抗生物質を投与されていない。
本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、組成物は、経口投与により、対象に投与される。本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、組成物は、直腸内投与により、対象に投与される。
本明細書において提供される方法の幾つかの態様において、投与は、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の増殖および／または蓄積をもたらす。
本発明における限定の各々は、本発明の種々の態様を包摂し得る。したがって、いずれかの１つの要素または要素の組合せが関わる本発明の限定の各々は、本発明の各側面に包含され得ることが見込まれる。本発明は、その適用において、次の記載に規定されるかまたは図面に例示されるコンポーネントの構成および編成の詳細に限定されない。本発明は、他の態様、および種々のやり方で実施または実行されることができる。
添付の図面は、一定のスケールで図示することを意図していない。図は例示的であるのみであり、開示の実施可能性のために要求されるものではない。明瞭性のために、あらゆるコンポーネントが、あらゆる図面において標識されるわけではなくあり得る。図面において：
図１は、組成物Ａ〜Ｄの株を示す。各エントリーには、株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の配列番号、株の識別子、および最も近い公知の相同性を有する種（１つよりも多くの種であり得る）が含まれる。括弧内のローマ数字は、最も近い種の相同性に基づく各株のClostridiumクラスター分類を示す。クラスターXIVaに分類されない株を太字で強調する。２つの非Clostridium株（配列番号２の最も近い公知の種Turicibacter sanguinis、および配列番号６の最も近い公知の種Lactobacillus mucosae）は、Clostridium属に属さない。 図２は、種々のClostridium difficile感染症モデルを示す。タイムラインは、抗生物質のタイプ、処置の期間およびC.difficile胞子への曝露を示す。上パネルは、−１０日目から−３日目まで抗生物質カクテルを飲料水において提供し、次に−１日目に腹腔内へのクリンダマイシンを提供する、抗生物質カクテル処置モデルを示す。中パネルは、クリンダマイシンを−１日目に腹腔内注射により投与する、クリンダマイシンＩＰ注射モデルを示す。下パネルは、セフォペラゾンを−１２日目から−２日目まで飲料水において提供し、次に−１日目に生きたバイオ治療薬（ＬＢＰ）の投与がある、セフォペラゾン処置モデルを示す。 図３は、例１に記載の実験の条件を示す。示される量のC.difficile胞子の投与前に受けた抗生物質レジメンに基づき、マウスの群を分割した。「Ａｂｘ」とは、抗生物質レジメンのいずれかによる処置を指す。
図４Ａから４Ｌは、例１において得られたデータを示す。図４Ａから４Ｄは、C.difficile感染の前に、処置なし（図４Ａ）、抗生物質カクテル（図４Ｂ）、クリンダマイシン（図４Ｃ）またはセフォペラゾン（図４Ｄ）を受けたマウスの生存を示す。図４Ｅから４Ｈは、C.difficile感染の前に、処置なし（図４Ｅ）、抗生物質カクテル（図４Ｆ）、クリンダマイシン（図４Ｇ）またはセフォペラゾン（図４Ｈ）を受けたマウスの体重を示す。図４Ｉから４Ｌは、C.difficile感染の前に、処置なし（図４Ｉ）、抗生物質カクテル（図４Ｊ）、クリンダマイシン（図４Ｋ）またはセフォペラゾン（図４Ｌ）を受けたマウスからの糞便グラム当たりのC.difficile量（ＣＦＵ）を示す。白丸は、１０個のC.difficile胞子による感染を示し、黒四角は、１０，０００個のC.difficile胞子による感染を示す。図４Ｊの黒三角は、C.difficile感染後にマウスをバンコマイシンで処置した追加の実験アームを示す。 図５は、例２で評価した実験の条件を示し、その結果を図７から９に示す。組成物Ｅは、１７個の菌株の混合物に対応する（例えばNarushima et al., Gut Microbes 5: 3, 333-339を参照）。組成物Ｉは、Clostridium scindens、Pseudoflavonifractor capillosusおよびBlautia hanseniiの混合物に対応する。「Ａｂｘ」とは、抗生物質レジメンのいずれかによる処置を指す。 図６は、図５に示す実験条件における、C.difficile胞子への感染後の経時的なマウスの生存を示す。ベースラインの＞２０％体重が減少したマウスを、生存曲線の死亡数に包含した。
図７Ａから７Ｉは、C.difficile胞子による感染後の種々の時間のマウスの重量を示す。マウスの群は、セフォペラゾン処置（Ａｂｘ）、次に示される組成物を受け、またはセフォペラゾンなしで（Ａｂｘなし）、それからC.difficile胞子を投与された。図７Ａは、抗生物質の処置を受けなかったマウスの重量を示す。図７Ｂは、セフォペラゾン処置を受けたマウスの重量を示す。図７Ｃは、セフォペラゾン、次にバンコマイシン処置を受けたマウスの重量を示す。図７Ｄは、セフォペラゾン、次に組成物Ｉ処置を受けたマウスの重量を示す。図７Ｅは、セフォペラゾン、次に組成物Ｅ処置を受けたマウスの重量を示す。図７Ｆは、セフォペラゾン、次に組成物Ａ処置を受けたマウスの重量を示す。図７Ｇは、セフォペラゾン、次に組成物Ｂ処置を受けたマウスの重量を示す。図７Ｈは、セフォペラゾン、次に組成物Ｃ処置を受けたマウスの重量を示す。図７Ｉは、セフォペラゾン、次に組成物Ｄ処置を受けたマウスの重量を示す。 図８Ａから８Ｃは、C.difficileへの感染後の種々の時間における、コロニー形成単位（ＣＦＵ）による糞便ペレット中のC.difficile量を示す。図８Ａは、感染後１日における、C.difficile ＣＦＵ／ｇ糞便を示す。図８Ｂは、感染後３日における、C.difficile ＣＦＵ／ｇ糞便を示す。図８Ｃは、感染後８日における、C.difficile ＣＦＵ／ｇ糞便を示す。 図９は、例３で評価した実験の条件を示し、その結果を図１０から１２に示す。
図１０は、図９に示す実験条件における、C.difficile胞子への感染後の経時的なマウスの生存を示す。ベースラインの＞２０％体重が減少したマウスを、生存曲線の死亡数に包含した。 図１１は、C.difficile胞子による感染後の種々の時間のマウスの体重を示す。 図１２は、C.difficileによる感染後１、３および８日のマウスから回収したコロニー形成単位（ＣＦＵ）による糞便ペレット中のC.difficile量を示す。 図１３は、組成物Ｆの株を示す。属−種の表記は、単離した株の配列に基づく最も近い種を示す。
図１４は、組成物Ｆ中の株のClostridiumクラスターによる分類、およびそれらの短鎖脂肪酸産生能を示す。 図１５は、例４で評価した実験の条件を示し、その結果を図１６から１８に示す。ドーズ日は、C.difficileへの感染に対して相対的である。ＦＭＴは、マウスから、またはヒトから分離した糞便による糞便移植を指す。 図１６は、図１５に示す実験条件における、C.difficile胞子への感染後の経時的なマウスの生存を示す。ベースラインの＞２０％体重が減少したマウスを、生存曲線の死亡数に包含した。
図１７Ａから１７Ｈは、C.difficile胞子による感染後の種々の時間のマウスの重量を示す。マウスの群は、セフォペラゾン（Ａｂｘ）、次に示す組成物を受け、それからC.difficile胞子を投与された。図１７Ａは、セフォペラゾンを受けたマウスの重量を示す。図１７Ｂは、セフォペラゾン処置、次にヒトからの糞便材料によるＦＭＴを受けたマウスの重量を示す。図１７Ｃは、セフォペラゾン処置、次にマウスからの糞便材料によるＦＭＴを受けたマウスの重量を示す。図１７Ｄは、セフォペラゾン処置、次に−１日目の組成物Ｂを受けたマウスの重量を示す。図１７Ｅは、セフォペラゾン処置、次に−２および−１日目の組成物Ｂを受けたマウスの重量を示す。図１７Ｆは、セフォペラゾン処置、次に−２、−１、１、２および３日目の組成物Ｂを受けたマウスの重量を示す。図１７Ｇは、セフォペラゾン処置、次に−１日目の組成物Ｆを受けたマウスの重量を示す。図１７Ｈは、セフォペラゾン処置、次に−２、−１、１、２および３日目の組成物Ｆを受けたマウスの重量を示す。 図１８Ａから１８Ｂは、C.difficileへの感染後の種々の時間における、コロニー形成単位（ＣＦＵ）による糞便ペレット中のC.difficileの含量を示す。図1８Ａは、感染後８日における、C.difficile ＣＦＵ／ｇ糞便を示す。図１８Ｂは、感染後１７日における、C.difficile ＣＦＵ／ｇ糞便を示す。 図１９は、組成物Ｇの株を示す。属−種の表記は、単離した株の配列に基づく最も近い種を示す。
図２０は、例５で評価した実験の条件を示し、その結果を図２１から２３に示す。組成物Ｂ１＝Bacteroidesによる組成物Ｂ、組成物Ｂ２＝Flavonifractor plautiiなしのBacteroidesによる組成物Ｂ。 図２１は、図２０に示す実験条件における、C.difficile胞子への感染後の経時的なマウスの生存を示す。ベースラインの＞２０％体重が減少したマウスを、生存曲線の死亡数に包含した。 図２２Ａから２２Ｊは、C.difficile胞子による感染後の種々の時間のマウスの重量を示す。図２２Ａは、ビヒクル対照を受けたマウスの重量を示す。図２２Ｂは、組成物Ｆを受けたマウスの重量を示す。図２２Ｃは、組成物Ｇを受けたマウスの重量を示す。図２２Ｄは、セフォペラゾン処置、次に組成物Ｂを受けたマウスの重量を示す。図２２Ｅは、セフォペラゾン処置、次に組成物Ｂ２（＝Flavonifractor plautiiなしのBacteroidesを追加した組成物Ｂ）を受けたマウスの重量を示す。図２２Ｆは、セフォペラゾン処置、次に組成物Ｂ１（＝Bacteroidesを追加した組成物Ｂ）を受けたマウスの重量を示す。図２２Ｇは、セフォペラゾン処置、次に凍結させた組成物Ｂを受けたマウスの重量を示す。図２２Ｈは、セフォペラゾン処置、次にエタノール処置したヒト糞便サンプルを受けたマウスの重量を示す。図２２Ｉは、セフォペラゾン処置、次にエタノール処置した組成物Ｂを受けたマウスの重量を示す。図２２Ｊは、セフォペラゾン処置、次に組成物Ｊを受けたマウスの重量を示す。
図２３は、C.difficileへの感染後の種々の時間における、コロニー形成単位（ＣＦＵ）による糞便ペレット中のC.difficile量を示す。 図２４は、C.difficile胞子への感染後の種々の時間における、示すマウス群の重量を示す。 図２５は、例６で評価した実験の条件を示し、その結果を図２７から２９に示す。 図２６は、組成物Ｈ中の株を示す（配列番号１４−VE202−１３−Anaerotruncus colihominis（クラスターIV）、配列番号１６−VE202−１６−Clostridium symbiosum（クラスターXIVa）、配列番号２１−１８９−Clostridium innocuum（クラスターXVII）、配列番号８２−PE9−Clostridium disporicum（クラスターI）、配列番号８１−PE5−Clostridium bolteae（クラスターXIVa）、配列番号８０−VE202−１８−Erysipelatoclostridium ramosum（クラスターXVIII）。
図２７Ａおよび２７Ｂは、図２５に示される実験条件による、C.difficile胞子による感染後の経時的なマウスの生存および重量減少を示す。ベースラインの＞２０％体重が減少したマウスを、生存曲線の死亡数に包含した。図２９Ａは、C.difficile感染前に、示される処置を受けたマウスの生存／死亡率を示す。図２９Ｂは、C.difficile感染前に、示される処置を受けたマウスの、経時的な重量を示す。 図２８Ａおよび２８Ｂは、図２５に示される実験条件からの結果を示す。図２８Ａは、C.difficile感染前に、示される処置を受けたマウスの生存／死亡率を示す。図２８Ｂは、C.difficile感染前に、示される処置を受けたマウスの、経時的な重量を示す。 図２９Ａおよび２９Ｂは、C.difficileの前に、示す処置を受けたマウスから回収した糞便グラム当たりのＣＦＵによるC.difficile量を示す。図２９Ａは、C.difficile感染後１日におけるC.difficile量を示す。図２９Ｂは、C.difficile感染後４日におけるC.difficile量を示す。図２９Ｃは、C.difficile感染後１９日におけるC.difficile量を示す。
図３０は、組成物Ｂが、無処置対照：「２−１（Cdiff）」および「２−４（Cdiff）」およびＦＭＴと比較し、C.difficileのＢ毒素の量を縮減したことを示す。加えて、組成物Ｂは、胞子を追加した組成物Ｂと比較し、C.difficileのＢ毒素の量を縮減した。 図３１は、組成物Ｂが、インビトロ競合実験においてC.difficileの増殖を縮減したことを示す。C.difficileの培養物を、B．thetaiotaomicron、C．bifermentansまたは組成物Ｂの存在下で、または競合株（単数もしくは複数）の非存在下（C．diffのみ）でインキュベートした。C.difficileの量は、対照（C．diffのみ）のパーセンテージとして示す。 図３２は、組成物Ｂの接種により、対照マウスと比較し、無菌マウスの腸内においてＦｏｘＰ３＋ＣＤ４＋細胞（制御性Ｔ細胞）のパーセンテージを誘導したことを示す（「ＧＦ」）。
本明細書においては、精製された菌株を含む組成物、ならびにかかる組成物および菌株を含有する医薬組成物および食品が開示される。また、対象に前記組成物を投与することによる、対象の病原体感染症、例えばClostridium difficile（C.difficile）感染症の処置方法が開示される。
抗生物質の使用を包含する種々の要因が、消化管内のディスバイオシスを誘導し得、それにより、病原微生物、例えばC.difficileによるコロニー形成がなされる余地を生じさせる。かかるコロニー形成または病原体感染症の結果、C.difficile感染症（ＣＤＩ）に特有の一次症状の１つである下痢など、対象に対し様々な悪影響を与え得る。ＣＤＩの場合、下痢はC.difficileによるＢ毒素（細胞毒素ＴｃｄＢともまた呼ばれる）産生の結果と考えられ、それは腸の上皮細胞間のタイトジャンクションの開口部となり、血管の透過性、出血および炎症を増加させる。
本明細書中に記載される組成物は、C.difficile感染症の処置に有効である。本明細書中に示されるように、開示された組成物は、C.difficile感染症の病原効果の抑制に有効である。本明細書において提供される組成物は、感染後のC.difficileの量を減少させ、それにより、身体（例えば消化管）からC.difficileを除去するため有効な方法を提供する。本明細書において提供される組成物は、例えば対象に投与したとき、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の増殖および／または蓄積を誘導する。意外なことに、本明細書中に開示される組成物は、C.difficileのＢ毒素の産生または活性を低減または阻害し、それにより、ＣＤＩの処置または防止のための有効な組成物となることが見出された。本明細書中に開示される組成物が、C.difficileの増殖および／または生存を阻害することもまた見出された。
本開示は、病原体感染症を経験しているかまたは経験した対象に投与することで、感染症の処置を可能にする、精製された菌株を含む組成物を提供する。幾つかの態様では、病原体感染症のリスクを有し得る対象に、組成物を投与し得る。かかる対象には、病原体感染症に以前罹患した対象、抗生物質の処置を受けた対象、および病原体感染症のリスクの高い処置（例えば手術および／または入院）を受けようとしている対象が含まれる。幾つかの態様では、病原体感染症は、主に消化管または腸に存在する病原体による感染症である。幾つかの態様では、主に消化管または腸に存在する病原体は、Clostridium difficileである。
幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の菌株の１つ以上は、対象の腸管または腸管の一部（例えば結腸または盲腸）にコロニーを形成するかまたはコロニーを再形成する。かかるコロニー形成またはコロニー再形成は、グラフティングとも呼ばれ得る。幾つかの態様では、例えば抗生物質の投与のため、天然に存在するマイクロバイオームが部分的または完全に取り除かれた後に、組成物中の菌株の１つ以上が、対象の腸管（例えば結腸または盲腸）にコロニーを再形成する。幾つかの態様では、組成物中の菌株の１つ以上は、ディスバイオシスの消化管にコロニーを形成する。
幾つかの態様では、組成物の菌株の１つ以上は、C.difficileなどの病原体よりも「優勢増殖する」ことができる。すなわち、幾つかの態様では、C.difficileなどの病原体および本明細書において提供される組成物の１つ以上の細菌の両方が、腸管（例えば結腸または盲腸）に存在する場合、本明細書において提供される組成物の１つ以上の細菌は、病原体より急速に（例えばより短い倍加時間で）増殖し、それにより、病原体が腸管（例えば結腸または盲腸）に蓄積するのを防止する。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の１つ以上の細菌は、腸管（例えば結腸または盲腸）におけるグラフティングがより優れているため、より速い増殖がもたらされる。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の１つ以上の細菌は、腸管（例えば結腸または盲腸）に存在する栄養分の代謝がより優れているため、より速い増殖がもたらされる。幾つかの態様では、本明細書中に提供される菌株の組成物は、病原体感染症による細菌毒素の産生を防止もしくは阻害するか、または、かかる細菌毒素の細胞病理的もしくは細胞毒性的効果を防止もしくは阻害する。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の菌株は、菌株間の相乗性により、病原体感染症を処置できる。このように、限定されないが、幾つかの態様において、本明細書において提供される組成物の菌株の組合せは、腸管（例えば結腸または盲腸）内の栄養分の利用において菌株の組合せが特に適切であるため、または、例えば代謝的相互作用を通じて、および／または、組合せがグラフティングにおいて（例えば好ましい微小環境を提供することにより）優れているため、相乗的に作用する。
幾つかの態様において、本明細書において提供される組成物の菌株の組合せは、C.difficileなどの病原体と比較し、栄養分の利用において優れており、それによってC.difficileなどの病原体の増殖を抑制するため、C.difficileなどによる病原体感染症が処置される。幾つかの態様において、本明細書において提供される組成物の菌株の組合せは、C.difficileなどの病原体と比較し、グラフティングにおいて優れており、それによってC.difficileなどの病原体の増殖を抑制するため、C.difficileなどによる病原体感染症が処置される。幾つかの態様において、本明細書において提供される組成物の菌株の組合せは、C.difficileなどの病原体と比較し、栄養分の利用およびグラフティングにおいて優れており、C.difficileなどの病原体の増殖を抑制するため、C.difficileなどによる病原体感染症が処置される。幾つかの態様において、本明細書において提供される組成物の菌株の組合せは、C.difficileなどの病原体の増殖および／または生存を阻害するため、C.difficileなどによる病原体感染症が処置される。幾つかの態様において、本明細書において提供される組成物の菌株の組合せは、C.difficileなどの病原体の減少または消失をもたらす対象の制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）を誘導するため、C.difficileなどによる病原体感染症が処置される。幾つかの態様において、本明細書において提供される組成物の菌株の組合せは、増殖および／または病原体の生存を阻害し、C.difficileなどの病原体の減少または消失をもたらす対象の制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）を誘導するため、C.difficileなどによる病原体感染症が処置される。
幾つかの態様では、腸管の特定のニッチ（例えば結腸または盲腸）にコロニーを形成する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、特定の栄養分を代謝する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、特定の代謝産物を環境中に提供する組合せの能力により、相乗効果が提供される。かかる特定の代謝産物は、病原体の増殖を抑制することができ、および／または、非病原体の増殖を刺激できる。幾つかの態様では、短鎖脂肪酸を環境中に提供する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、特定の短鎖脂肪酸を環境中に提供する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、ブチレートを産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、アセテートを産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、ラクテートを産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、プロピオネートを産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、スクシネートを産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、複数の代謝産物を産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、複数の短鎖脂肪酸を産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、ブチレートおよびアセテートの両方を産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、ブチレートおよびラクテートの両方を産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、ブチレートおよびプロピオネートの両方を産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、ブチレートおよびスクシネートの両方を産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。幾つかの態様では、ブチレート、アセテートおよび追加の短鎖脂肪酸を産生する組合せの能力により、相乗効果が提供される。
本明細書において提供される組成物において使用する菌株は、一般的に、健康な個人のマイクロバイオームから単離される。幾つかの態様では、組成物は、一人の個人に由来する菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、複数の個人に由来する菌株を含む。幾つかの態様では、菌株は、複数の個人から得られ、単離され、個々に増殖される。個々に増殖された細菌組成物は、次に組み合わされ、本開示の組成物を提供し得る。本明細書において提供される組成物の菌株の起源は、健康な個人からのヒトマイクロバイオームに限定されないことを理解すべきである。幾つかの態様では、菌株は、ディスバイオシスのマイクロバイオームを有するヒトに由来する。幾つかの態様では、菌株は、ヒト以外の動物または環境（例えば土壌または表層水）に由来する。幾つかの態様では、本明細書において提供される菌株の組合せは、複数の供給源（例えばヒトおよび非ヒト動物）に由来する。
幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の細菌は、嫌気性菌である。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の細菌は、偏性嫌気細菌である。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の細菌は、Clostridium属細菌である。Clostridium属細菌は、他の近縁の株および種と共に、系統学的クラスターに分類され得る。（例えばRajilic-Stojanovic, M., and de Vos, W.M. FEMS Microbiol Rev 38, (2014) 996-1047を参照）。一般に、Clostridiumは、それらの１６Ｓ ｒＲＮＡ（または１６Ｓ ｒＤＮＡ）の核酸配列に基づき、特定のクラスターに属するものとして分類される。それらの１６Ｓ ｒＲＮＡ（または１６Ｓ ｒＤＮＡ）核酸配列に基づき特定の細菌種を同定する方法は、当分野において周知である（例えばJumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working, G. PLoS One (2012) 7, e39315を参照）。
本明細書においては、病原体感染症（例えばC.difficile感染症）の処置および／または防止に有効であることが見出された特定のClostridiumクラスターに属する菌株を含む組成物が提供される。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIVに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXIVaに属する。
幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXVIIに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIXに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXIVaに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXVIIに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターlVに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXVIIに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIVに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXIVaに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXVIIに属する。
幾つかの態様では、組成物は、ClostridiumクラスターIVに属する菌株と比較し、ClostridiumクラスターXIVaに属する菌株を少なくとも２倍多く有する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも２つは、ClostridiumクラスターIVに属し、菌株の少なくとも５つは、ClostridiumクラスターXIVaに属する。幾つかの態様では、組成物は、ClostridiumクラスターIVに属する菌株と比較し、ClostridiumクラスターXIVaに属する菌株を少なくとも２倍多く有し、組成物は、ClostridiumクラスターXVIIに属する少なくとも１つの株を有する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも2つは、ClostridiumクラスターIVに属し、菌株の少なくとも5つは、ClostridiumクラスターXIVaに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXVIIに属する。
幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、ClostridiumクラスターXVIIIに属する菌株を包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、ClostridiumクラスターXVIに属する菌株を包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、ClostridiumクラスターXIに属する菌株を包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、ClostridiumクラスターIに属する菌株を包含しない。
１つの側面では、本開示は、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を提供する。配列番号１〜８３および１２４〜１５９が、全長の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と部分的な１６Ｓ ｒＤＮＡ配列とを両方包含し得ることを理解すべきである。
１つの側面では、本開示は、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、有効成分として配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む組成物を提供する。本明細書において提供される全ての組成物において、幾つかの態様では、菌株（単数または複数）が組成物の有効成分であることを理解すべきである。
本明細書において提供される全ての組成物において、幾つかの態様では、菌株が精製されていることを理解すべきである。ゆえに、例えば本開示は、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された菌株を提供する。加えて、例えば本開示は、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された菌株を含む組成物を提供する。本明細書中に開示される菌株は、原則、１人以上のヒト個人の微生物相から得、精製してもよく、または、土壌および非ヒトの微生物相などの、ヒト微生物相以外の供給源から得てもよい。本明細書において示されるように、幾つかの態様では、ヒト微生物相、非ヒト微生物相、土壌または他のいずれかの代替供給源から単離された細菌は、本明細書において提供される組成物および方法への使用前に精製される。
１つの側面では、本開示は、１つ以上の菌株を含む組成物を提供し、１つ以上の菌株は、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。１つの側面では、本開示は、１つ以上の菌株を含む組成物を提供し、１つ以上の菌株が、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。上記したように、幾つかの態様では、菌株は精製されている。それゆえに、１つの側面では、本開示は、１つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供し、１つ以上の精製された菌株が、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
１つの側面では、本開示は、２つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供し、２つ以上の精製された菌株が、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。上記のように、幾つかの態様では、菌株は、組成物の有効成分である。このように、幾つかの態様では、本開示は、有効成分として２つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供し、２つ以上の精製された菌株は、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
１つの側面では、本開示は、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株と相同であるかまたは高い相同性パーセントを有する菌株および菌株の組合せを提供する。上記したように、幾つかの態様では、菌株は精製されている。本明細書中に記載される、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する菌株は、種々のデータベース（例えばNational Center for Biotechnology Information）に記載されている菌株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と高い相同性パーセント（例えば９０パーセントより大きい）を有する。表１および表３は、配列番号１〜８３および１２４〜１５９を含む１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を、公共データベースにおいて利用可能な細菌種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と比較したとき、相同性が最も近い公知の種を示す。例えば本明細書中に開示される配列番号１の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株（本明細書中において「株７１」ともまた称する）は、アクセッション番号ＮＲ＿０４４０５４（配列番号９４の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する）によって定義されている種Blautia wexleraeの菌株と最も高い相同性を有する。配列番号１の菌株は、同様に他の公表されている菌株とも相同性を有するが、最も相同性が高いのは、アクセッション番号ＮＲ＿０４４０５４によって定義されている種Blautia wexleraeの菌株である。この具体的な例において、配列番号１は、配列番号９４（Blautia wexleraeに対応）と９６．６％の相同性を有する。本明細書中に開示される複数の菌株が、同じ種と最も高い相同性を有し得ることを理解すべきである（例えば配列番号４および配列番号５の両方は、種Blautia hanseniiの株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と最も高い相同性を有する）。
さらに、本明細書中に開示される、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する菌株が、それらの全ゲノム配列またはそれらの全ゲノム配列のサブセットに基づき、他の株とも相同性を有することも、理解すべきである。全ゲノム解析に基づく相同性を、表２および表３に示す。
１つの側面では、本開示は、１つ以上の菌株を含む組成物を提供し、１つ以上の菌株は、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Sellimona intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigens、Eisenbergiella tayi、Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostrdium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Blautia wexlerae、Clostridium disporicum、Erysipelatoclostridium ramosum、Pseudoflavinofractor capillosus、Turicibacter sanguinis、Lactobacillus mucosae、Ruminococcus obeum、Megasphaera elsdenii、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Ruminococcus faecis、Bacteroides cellulosilyticus、Anaerostipes hadrus、Eubacterium rectale、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Bifidobacterium bifidum、Blautia luti、Roseburia faecis、Fusicatenibacter saccharivorans、Roseburia faecis、Blautia faecis、Dorea formicigeneransおよびBacteroides ovatusからなる群から選択される種である。
幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を含む組成物を提供し、２つ以上の菌株は、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Sellimona intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigens、Eisenbergiella tayi、Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostrdium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Blautia wexlerae、Clostridium disporicum、Erysipelatoclostridium ramosum、Pseudoflavinofractor capillosus、Turicibacter sanguinis、Lactobacillus mucosae、Ruminococcus obeum、Megasphaera elsdenii、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Ruminococcus faecis、Bacteroides cellulosilyticus、Anaerostipes hadrus、Eubacterium rectale、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Bifidobacterium bifidum、Blautia luti、Roseburia faecis、Fusicatenibacter saccharivorans、Roseburia faecis、Blautia faecis、Dorea formicigeneransおよびBacteroides ovatusからなる群から選択される種である。
組成物は、特定の種の複数株を含み得ることを理解すべきである。すなわち、例示のために述べると、本明細書中に開示される組成物の非限定的な例では、１つのClostridium hathewayiの株と、２つのBlautia hanseniiの株が含まれる。
本発明はまた、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridia bacteria UC5.1-1D4、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Sellimona intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigens、Eisenbergiella tayi、Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostrdium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Blautia wexlerae、Clostridium disporicum、Erysipelatoclostridium ramosum、Pseudoflavinofractor capillosus、Turicibacter sanguinis、Lactobacillus mucosae、Ruminococcus obeum、Megasphaera elsdenii、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Ruminococcus faecis、Bacteroides cellulosilyticus、Anaerostipes hadrus、Eubacterium rectale、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Bifidobacterium bifidum、Blautia luti、Roseburia faecis、Fusicatenibacter saccharivorans、Roseburiafaecis、Blautia faecis、Dorea formicigeneransおよびBacteroides ovatusの種と相同性が高く、および／またはその中に包含される菌株を含む組成物をも包摂する。このように、一態様では、本開示の組成物は、配列番号８４〜１２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の菌株を含む。幾つかの態様では、本開示の組成物は、配列番号８４〜１２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の菌株を含む。
１つの側面では、本開示の組成物は、配列番号１〜２３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、本開示の組成物は、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridia bacteria UC5.1-1D4、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Sellimona intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigens、Eisenbergiella tayi、Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostrdium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Blautia wexlerae、Turicibacter sanguinis、Lactobacillus mucosaeおよびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の菌株を含む。
幾つかの態様では、本開示の組成物は、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１２１および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
１つの側面では、本開示は、組成物Ａを提供する（例えば図１、表Ａを参照）。図１に示すように、組成物Ａは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、少なくとも１０の精製された菌株を有する組成物を提供し、菌株は、それぞれ、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。幾つかの態様では、本開示は、１０の精製された菌株からなる組成物を提供し、菌株は、それぞれ、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。幾つかの態様では、本開示は、１０の精製された菌株から本質的になる組成物を提供し、菌株は、それぞれ、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書中における、〜から本質的になるとは、追加の菌株を包含しない組成物を指す。
幾つかの態様では、本開示は、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡを含む５つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、少なくとも１０の精製された菌株を有する組成物を提供し、菌株は、それぞれ、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。幾つかの態様では、本開示は、１０の精製された菌株からなる組成物を提供し、菌株は、それぞれ、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。幾つかの態様では、本開示は、１０の精製された菌株から本質的になる組成物を提供し、菌株は、それぞれ、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
組成物Ａ中の菌株は、次の細菌種に関連する：Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigensおよびEisenbergiella tayi（例えば表１を参照）。本明細書中に開示される組成物の複数の菌株が、同じ関連する細菌種を有し得ることを理解すべきである。例えば配列番号４、配列番号５および配列番号７の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する菌株は全て、関連種としてBlautia hanseniiを有する。幾つかの態様では、本開示は、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigensおよびEisenbergiella tayi からなる群から選択される種の２つ以上の細菌を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９９、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１０９および配列番号１２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号３、配列番号４、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号３、配列番号４、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号３、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８および配列番号１３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
組成物Ａの各菌株は、ＢａｉＣＤ＋であり、菌株が、胆汁誘導性オペロン遺伝子ＢａｉＣＤおよび／または立体特異的ＮＡＤ（Ｈ）依存性３−オキソ−Δ４−コレン酸オキシドレダクターゼ活性を有するタンパク質を、コードするかまたはコードすると予測されることを意味する。菌株のＢａｉＣＤ状態は、例えばＰＣＲで決定できる（例えばWells et al. Clin Chim Acta (2003) May; 331(1-2): 127-34を参照）。更に、組成物Ａの各株は、ClostridiumクラスターXIVaに属するものとして分類される。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を含む組成物を提供し、菌株はＢａｉＣＤ＋株である。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を含む組成物を提供し、菌株はＢａｉＣＤ＋であり、ClostridiumクラスターXIVaに属する。ＢａｉＣＤ＋株であってClostridiumクラスターXIVaに属する２つ以上の菌株を含む組成物の幾つかの態様では、組成物はClostridiumクラスターIVに属する菌株を包含しない。
幾つかの態様では、本開示は、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供し、菌株は全て、ClostridiumクラスターXIVaに属する。

１つの側面では、本開示は、組成物Ｂを提供する（例えば図１、表Ｂを参照）。図１に示すように、組成物Ｂは、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも８つの精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、少なくとも８つの精製された菌株からなる。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む８つの精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、８つの精製された菌株からなる。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、８つの精製された菌株から本質的になる。
１つの側面では、本開示は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、配列番号１２４〜１５９の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、少なくとも８つの精製された菌株からなる。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。
１つの側面では、本開示は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。１つの側面では、開示は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、少なくとも８つの精製された菌株からなる。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。
１つの側面では、本開示は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２０、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも８つの精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、少なくとも８つの精製された菌株からなる。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、少なくとも８つの精製された菌株から本質的になる。
１つの側面では、本開示は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号２２の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含有する菌株を含む組成物を提供する。１つの側面では、本開示は、配列番号１８、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５つ以上の精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも１０の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む少なくとも１０の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも１０の精製された菌株を包含する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む１０の精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号２２の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む１０の精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号２２、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む１０の精製された菌株からなる。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む１０の精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号２２の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む１０の精製された菌株から本質的になる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む１０の精製された菌株から本質的になる。
組成物Ｂ中の菌株は、次の細菌種に関連する：Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae、bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Ruminococcus torques Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia producta、Clostridium innocuumおよびErysipelotrichaceae_bacterium_21-3（例えば表２を参照）。
選択された菌株は、PacBio Biosciencesプラットフォーム（Menlo Park, CA）を用いた全ゲノムシークエンシングが行われ、配列が全ゲノムに組立てられた（表３）。１６Ｓ ｒＤＮＡ配列は、ProkkaおよびBarrnapを用いて同定された。いくつかの株は、１つよりも多くの１６Ｓ配列を含むことが見出された。そして、usearch（v5.2.236）アルゴリズムを用いて、株ごとの全ての同定された１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子ヌクレオチド配列は、９７パーセントの同一性でクラスター化され、クラスターシード配列を、組成物Ｂの株ごとの代表的配列として選択した（コンセンサス１６Ｓ配列：表３中の「＊ＷＧＳにより決定された１６Ｓ領域のコンセンサス配列番号」とラベルされたカラム）。表３は、１６Ｓ領域のサンガーシークエンシング、および全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）に基づく、示された組成物Ｂに包含される株の同定結果を提供する。菌株の最も近い種を、１６Ｓデータベース（「１６Ｓデータベースと比較した１６Ｓ領域のコンセンサス配列番号に基づく最も近い種」とラベルされたカラム）および全ゲノムデータベース（「ＷＧデータベースと比較したＷＧＳに基づく最も近い種」とラベルされたカラム）との比較の両方により同定した。
組成物Ｂ中の菌株は、全ゲノムシークエンシングによる１６Ｓ配列の同定に基づき、および１６Ｓデータベースとのこれらの配列の比較により、次の細菌種に関連する：Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Dracourtella massiliensis、Clostridium symbiosum Blautia producta、Dorea longicatena Clostridium innocuumおよびFlavinofractor plautii（例えば表３参照）。
全ゲノムシークエンシングおよび全ゲノムデータベースに対する全ゲノムの比較に基づくと、組成物Ｂの菌株は、次の細菌種に最も近い関連がある：Clostridium bolteae 90A9、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Dracourtella massiliensis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Dorea longicatena CAG:42、Erysipelotrichaceae bacterium 21_3およびClostridium orbiscindens 1_3_50AFAA（例えば表３参照）。
本明細書中に開示される組成物の複数の株は、同じ関連する細菌種を有し得ることを理解すべきである。例えば配列番号１８、配列番号２０および配列番号２２の核酸配列を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株は全て、関連する細菌種としてDorea longicatenaを有する。幾つかの態様では、本開示は、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae、bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Ruminococcus torques Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia producta、Clostridium innocuumおよびErysipelotrichaceae_bacterium_21-3からなる群から選択される２つ以上の細菌を有する組成物を提供する。幾つかの態様において、本開示は、Flavinofractor plautii、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia productaおよびClostridium innocuumからなる群から選択される２つ以上の細菌を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号９３、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する組成物を提供する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号２２、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１４５および配列番号１５１〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５１〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２１、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１５７〜１５９および配列番号１４１〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号２２、配列番号１５７〜１５９および配列番号１４１〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
組成物Ｂの各細菌はＢａｉＣＤ−株であり、株が胆汁誘導性オペロン遺伝子ｂａｉＣＤおよび／または立体特異的ＮＡＤ（Ｈ）依存性３−オキソ−Δ４−コレン酸オキシドレダクターゼ活性を有するタンパク質をコードしない、および／またはコードすると予測されないことを意味する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、細菌はＢａｉＣＤ−株である。組成物Ｂの株は、ClostridiumクラスターIV、XIVaおよびXVIIに属するものとして分類される。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株であり、ClostridiumクラスターIV、XIVaまたはXVIIに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株であり、ClostridiumクラスターIVまたはXVIIに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株であり、ClostridiumクラスターXIVaまたはXVIIに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株であり、ClostridiumクラスターIVまたはXIVaに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株で、ClostridiumクラスターIVに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株で、ClostridiumクラスターXIVaに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株で、ClostridiumクラスターXVIIに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株で、ClostridiumクラスターIV、XIVaおよびXVIIに属し、ClostridiumクラスターXVIまたはXVIIIに属さない。
幾つかの態様では、本開示は、菌株が胞子形成菌株である、２つ以上の菌株を提供する。幾つかの態様では、本開示は、細菌が胞子形成菌であり、菌株が、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１７、配列番号２１、配列番号１２４〜１４０および配列番号１５２〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、２つ以上の菌株を提供する。幾つかの態様では、本開示は、細菌が胞子形成菌であり、菌株が、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１７および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、２つ以上の菌株を提供する。幾つかの態様では、本開示は、細菌が胞子形成菌であり、菌株が、配列番号１２４〜１４０および配列番号１５２〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、２つ以上の菌株を提供する。
幾つかの態様では、本開示は、細菌が胞子形成菌および非胞子形成菌の両方を包含する、２つ以上の菌株を提供する。幾つかの態様では、本開示は、細菌が胞子形成菌および非胞子形成菌の両方を包含し、胞子形成菌株が、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１７、配列番号２１、配列番号１２４〜１４０および配列番号１５２〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む、２つ以上の菌株を提供する。幾つかの態様では、本開示は、細菌が胞子形成菌および非胞子形成菌の両方を包含し、胞子形成菌株が、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１７および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む、２つ以上の菌株を提供する。幾つかの態様では、本開示は、細菌が胞子形成菌および非胞子形成菌の両方を包含し、胞子形成菌株が、配列番号１２４〜１４０および配列番号１５２〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む、２つ以上の菌株を提供する。

幾つかの態様では、組成物は、Bacteroides属からの１つ以上の細菌種を含む。幾つかの態様では、組成物は、B. acidifaciens、B. caccae、B. coprocola、B. coprosuis、B. eggerthii、B. finegoldii、B. fragilis、B. helcogenes、B. intestinalis、B. massiliensis、B. nordii、B. ovatus、B. thetaiotaomicron、B. vulgatus、B. plebeius、B. uniformis、B. salyersai、B. pyogenes、B. goldsteinii、B. doreiおよびB. johnsoniiからなる群から選択される１つ以上の細菌種を含む。幾つかの態様では、組成物は、Bacteroides ovatusを包含する。幾つかの態様では、Bacteroides ovatusは、配列番号８３を含む１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する。幾つかの態様では、Bacteroides ovatusは、配列番号８３を含む核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する。幾つかの態様では、Bacteroides ovatusは、配列番号１０１を含む核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する。
特定のメカニズムに限定されないが、本明細書中に開示される細菌組成物にBacteroides種を含むことにより、それが病原体（C.difficileなど）と戦うことにおいてより有効になるように、栄養利用性を感知してそれに適応するかまたは宿主免疫系に影響を与えるための能力を増大させると考えられる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号１２４〜１５９および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。（組成物Ｂ１、例えば表Ｂ１を参照）。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１４５、配列番号１５２〜１５９および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１４５、配列番号１５２〜１５９および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１２４〜１５９および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５９、配列番号１８、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号９３、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。本明細書中に開示される組成物は、幾つかの態様では、Bacteroides属からの細菌種を包含しないことを理解すべきである。

幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAAを包含しない。幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAAを包含しない。幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、Flavinofractor plautiiを包含しない。幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、Subdoligranulumを包含しない。幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、Lachnospiraceae bacterium 7 _1 _58FAAを包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０および配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２４〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１４６および配列番号１５２〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０および配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号１２４〜１４６および配列番号１５２〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号１２４〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０および配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１８、配列番号２２および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号９３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、Bacteroides属からの１つ以上の細菌種を包含し、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAAを包含しない。（組成物Ｂ２、例えば表Ｂ２を参照）。幾つかの態様では、組成物は、Bacteroides ovatusを包含し、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAAを包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号８３および配列番号１２４〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０および配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号８３および配列番号１２４〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２、配列番号８３、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０および配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号８３、配列番号１２４〜１４５および配列番号１５２〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号８３および配列番号１２４〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０および配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号２２、配列番号８３および配列番号１２４〜１５６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１５７〜１５９の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号９３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。

１つの側面では、本開示は、組成物Ｃを提供する（例えば図１、表Ｃを参照）。図１に示すように、組成物Ｃは、次の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する細菌を含有する：配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６からなる群から選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む４つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも１０の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、１０の精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、１０の精製された菌株から本質的になる。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含む。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む４つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも１０の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、１０の精製された菌株からなる。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、１０の精製された菌株から本質的になる。
組成物Ｃ中の菌株は、次の種に関連する：Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia wexlerae、Blautia producta、Blautia coccoides、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominisおよびClostridium symbiosum。幾つかの態様では、本開示は、Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia wexlerae、Blautia producta、Blautia coccoides、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominisおよびClostridium symbiosumからなる群から選択される種の２つ以上の菌株を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号８７、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する組成物を提供する。
幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAAを包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１４および配列番号１６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号８７、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号９３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
組成物Ｃの株は、ＢａｉＣＤ＋株およびＢａｉＣＤ−株を両方包含する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、１つ以上の細菌はＢａｉＣＤ＋株であり、１つ以上の細菌はＢａｉＣＤ−株である。幾つかの態様では、ＢａｉＣＤ＋株である１つ以上の細菌は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１および配列番号７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株から選択される。幾つかの態様では、ＢａｉＣＤ−株である１つ以上の細菌は、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号１４および配列番号１６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株から選択される。幾つかの態様では、ＢａｉＣＤ＋株である１つ以上の細菌は、Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia wexlerae、Blautia productおよびBlautia coccoidesの細菌種から選択される。幾つかの態様では、ＢａｉＣＤ−株である１つ以上の細菌は、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Flavonifractor plautii、またはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Anaerotruncus colihominisおよびClostridium symbiosumの細菌種から選択される。組成物ＣのClostridium属の株は、ClostridiumクラスターIV、XIVaおよびXVIIに属するものとして分類される。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株およびＢａｉＣＤ＋株であり、ClostridiumクラスターIV、XIVaまたはXVIIに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株およびＢａｉＣＤ＋株であり、ClostridiumクラスターXIVaまたはXVIIに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株およびＢａｉＣＤ＋株であり、ClostridiumクラスターIVまたはXIVaに属する。
１つの側面では、本開示は、組成物Ｄを提供する（例えば図１、表Ｄを参照）。図１に示すように、組成物Ｄは、次の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する細菌を含有する：配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６からなる群から選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む３つ以上の精製された菌株を包含する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６からなる群から選択される核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも１０の精製された菌株を包含する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、１０の精製された菌株からなる組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６の核酸配列の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、１０の精製した菌株から本質的になる組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む３つ以上の精製された菌株を包含する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号１、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む少なくとも１０の精製された菌株を包含する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、１０の精製された菌株からなる組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０、配列番号２および配列番号６の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をそれぞれ含む、１０の精製された菌株から本質的になる組成物を提供する。
組成物Ｄ中の菌株は、次の細菌に関連する：Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia wexlerae、Anaerotruncus colihominis、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Turicibacter sanguinisおよびLactobacillus mucosae。幾つかの態様では、本開示は、Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia wexlerae、Anaerotruncus colihominis、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Turicibacter sanguinisおよびLactobacillus mucosaeからなる群の種から選択される２つ以上の菌株を有する組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、配列番号８７、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９および配列番号１０５からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAAを包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５、配列番号ｌ、配列番号１４、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２および配列番号６からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、配列番号８７、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９および配列番号１０５からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を含み、組成物は、配列番号９３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない。
組成物Ｄの株は、ＢａｉＣＤ＋株およびＢａｉＣＤ−株を両方包含する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、１つ以上の細菌はＢａｉＣＤ＋株であり、１つ以上の細菌はＢａｉＣＤ−株である。幾つかの態様では、ＢａｉＣＤ＋株である１つ以上の細菌は、配列番号１２、配列番号３、配列番号５および配列番号１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株から選択される。幾つかの態様では、ＢａｉＣＤ−株である１つ以上の細菌は、配列番号１８、配列番号２１、配列番号１０および配列番号１４からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株から選択される。幾つかの態様では、ＢａｉＣＤ＋株である１つ以上の細菌は、Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hanseniiおよびBlautia wexleraeの細菌種から選択される。幾つかの態様では、ＢａｉＣＤ−株である１つ以上の細菌は、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Flavonifractor plautiiおよびAnaerotruncus colihominisの細菌種から選択される。組成物ＤのClostridium属の株は、ClostridiumクラスターIV、XIVaおよびXVIIに属するものとして分類される。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株およびＢａｉＣＤ＋株であり、ClostridiumクラスターIV、XIVaまたはXVIIに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株およびＢａｉＣＤ＋株であり、ClostridiumクラスターXIVaまたはXVIIに属する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を提供し、細菌は、ＢａｉＣＤ−株およびＢａｉＣＤ＋株であり、ClostridiumクラスターIVまたはXIVaに属する。
組成物Ｄは、非Clostridium株であるTuricibacter sanguinisおよびLactobacillus mucosaeを包含する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Clostridium株および非Clostridium株を包含する。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Lactobacillus属のメンバーである。Lactobacillus属のメンバーには、L. acetotolerans、L. acidifarinae、L. acidipiscis、L. acidophilus、L. agilis、L. algidus、L. alimentarius、L. amylolyticus、L. amylophilus、L. amylotrophicus、L. amylovorus、L. animalis、L. antri、L. apodemi、L. aviarius、L. bifermentans、L. brevis、L. buchneri、L. camelliae、L. casei、L. catenaformis、L. ceti、L. coleohominis、L. collinoides、L. composti、L. concavus、L. coryniformis、L. crispatus、L. crustorum、L. curvatus、L. delbrueckii subsp. bulgaricus、L. delbrueckii subsp. delbrueckii、L. delbrueckii subsp. lactis、L. dextrinicus、L. diolivorans、L. equi、L. equigenerosi、L. farraginis、L. farciminis、L. fermentum、L. fornicalis、L. fructivorans、L. frumenti、L. fuchuensis、L. gallinarum、L. gasseri、L. gastricus、L. ghanensis、L. graminis、L. hammesii、L. hamsteri、L. harbinensis、L. hayakitensis、L. helveticus、L. hilgardii、L. homohiochii、L. iners、L. ingluviei、L. intestinalis、L. jensenii、L. johnsonii、L. kalixensis、L.kefiranofaciens、L. kefiri、L. kimchii、L. kitasatonis、L. kunkeei、L. leichmannii、L. lindneri、L. malefermentans、L. mali、L. manihotivorans、L. mindensis、L. mucosae、L. murinus、L. nagelii、L. namurensis、L. nantensis、L. oligofermentans、L. oris、L. panis、L. pantheris、L. parabrevis、L. parabuchneri、L. paracasei、L. paracollinoides、L. parafarraginis、L. parakefiri、L. paralimentarius、L. paraplantarum、L. pentosus、L. perolens、L. plantarum、L. pontis、L. protectus、L. psittaci、L. rennini、L. reuteri、L. rhamnosus、L. rimae、L. rogosae、L. rossiae、L. ruminis、L. saerimneri、L. sakei、L. salivarius、L. sanfranciscensis、L. satsumensis、L. secaliphilus、L. sharpeae、L. siliginis、L. spicheri、L. suebicus、L. thailandensis、L. ultunensis、L. vaccinostercus、L. vaginalis、L. versmoldensis、L. vini、L. vitulinus、L. zeaeおよびL. zymaeが包含されるが、これらに限定されない。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Lactobacillus mucosaeである。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Lactobacillus mucosaeである。幾つかの態様では、Lactobacillus mucosaeは、配列番号２を含む１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する。幾つかの態様では、Lactobacillus mucosaeは、配列番号２の核酸と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する。幾つかの態様では、Lactobacillus mucosaeは、配列番号９１を含む核酸と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する。
幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Clostridium株および非Clostridium株を両方包含する。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Turicibacter属のメンバーである。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Turicibacter sanguinisである。幾つかの態様では、Turicibacter sanguinisは、配列番号６を含む１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する。幾つかの態様では、Turicibacter sanguinisは、配列番号６を含む核酸と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する。幾つかの態様では、Turicibacter sanguinisは、配列番号９０を含む核酸と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する。
幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Clostridium株および非Clostridium株を両方包含する。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Lactobacillus mucosaeおよびTuricibacter sanguinisである。
幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Lactobacillusを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Turicibacterを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、LactobacillusまたはTuricibacterを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Clostridium株のみを包含する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターIV、XIVaまたはXVII株に属するClostridium株のみを包含する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターXI株を包含しない。
幾つかの態様では、本開示は、Clostridium scindens、Pseudoflavonifractor capillosusおよびBlautia hanseniiからなる群から選択される２つ以上の精製された菌株を含む組成物を提供する。幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、Clostridium scindens、Pseudoflavonifractor capillosusまたはBlautia hanseniiを包含しない。
１つの側面では、本開示は、組成物Ｆを提供する（例えば、図１３および１４、ならびに表Ｆ１およびＦ２を参照）。図１３に示すように、組成物Ｆは、次の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する細菌を含有する：配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８および配列番号７９。
幾つかの態様では、本開示は、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８および配列番号７９からなる群から選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８および配列番号７９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。
組成物Ｆ中の菌株は、次の細菌に関連する：Dorea longicatena、Ruminococcus obeum、Megasphaera elsdenii、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Megasphaera elsdenii、Ruminococcus faecis、Bacteroides cellulosilyticus、Anaerostipes hadrus、Ruminococcus obeum、Flavonifractor plautii、Eubacterium rectale、Flavonifractor plautii、Megasphaera elsdenii、Eubacterium rectale、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus faecis、Bifidobacterium bifidum、Anaerostipes hadrus、Anaerostipes hadrus、Anaerostipes hadrus、Eubacterium rectale、Ruminococcus faecis、Blautia luti、Ruminococcus faecis、Anaerostipes hadrus、Anaerostipes hadrus、Ruminococcus faecis、Eubacterium rectale、Eubacterium rectale、Anaerostipes hadrus、Ruminococcus faecis、Ruminococcus faecis、Dorea longicatena、Roseburia faecis、Blautia luti、Fusicatenibacter saccharivorans、Fusicatenibacter saccharivorans、Roseburia faecis、Megasphaera elsdenii、Eubacterium rectale、Eubacterium rectale、Roseburia faecis、Blautia faecis、Fusicatenibacter saccharivoransおよびDorea formicigenerans。
幾つかの態様では、本開示は、Dorea longicatena、Ruminococcus obeum、Megasphaera elsdenii、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Megasphaera elsdenii、Ruminococcus faecis、Bacteroides cellulosilyticus、Anaerostipes hadrus、Ruminococcus obeum、Flavonifractor plautii、Eubacterium rectale、Flavonifractor plautii、Megasphaera elsdenii、Eubacterium rectale、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus faecis、Bifidobacterium bifidum、Anaerostipes hadrus、Anaerostipes hadrus、Anaerostipes hadrus、Eubacterium rectale、Ruminococcus faecis、Blautia luti、Ruminococcus faecis、Anaerostipes hadrus、Anaerostipes hadrus、Ruminococcus faecis、Eubacterium rectale、Eubacterium rectale、Anaerostipes hadrus、Ruminococcus faecis、Ruminococcus faecis、Dorea longicatena、Roseburia faecis、Blautia luti、Fusicatenibacter saccharivorans、Fusicatenibacter saccharivorans、Roseburia faecis、Megasphaera elsdenii、Eubacterium rectale、Eubacterium rectale、Roseburia faecis、Blautia faecis、Fusicatenibacter saccharivoransおよびDorea formicigeneransからなる群から選択される種の２つ以上の菌株を有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、本開示は、配列番号８４、配列番号８５、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１１９および配列番号１２０からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する組成物を提供する。本明細書中に開示される組成物の複数の菌株は、同じ関連する細菌種を有し得ることを理解すべきである。例えば組成物Ｆは、最も近い近縁種としてEubacterium rectaleを有する１２の株を包含する。
幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIVに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXIVaに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIXに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIVに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXIVaに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIXに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターlVに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIXに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIVに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXIVaに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIXに属する。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、ClostridiumクラスターXVIIIに属する菌株を包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、ClostridiumクラスターXVIまたはXVIIIに属する菌株を包含しない。
組成物Ｆは、非Clostridium菌株を包含する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Clostridium株および非Clostridium株を両方包含する。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Bacteroides属のメンバーである。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Bacteroides cellulosilyticusである。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Bifidobacterium属のメンバーである。幾つかの態様では、非Clostridium株は、Bifidobacterium bifidumである。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の菌株を含む組成物を提供し、組成物は、Clostridium株および非Clostridium株を両方包含し、非Clostridium株は、Bacteroides cellulosilyticusおよびBifidobacterium bifidumである。
幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Bacteroidesを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Bifidobacteriumを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Bacteroidesを包含せず、Bifidobacteriumを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物が、非Clostridium株を包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターIV、XIVaまたはXVII株に属するClostridium株のみを包含する。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターXI株を包含しない。
表Ｆ１
組成物Ｆ
表Ｆ２
組成物Ｆ、株の群分け

*短鎖脂肪酸の凡例：
Ａ、アセテート； Ｂ、ブチレート； Ｌ、ラクテート；
Ｐ、プロピオネート； Ｓ、スクシネート
１つの側面では、本開示は、組成物Ｇを提供する（例えば図１９、表Ｇを参照）。
図１９に示すように、組成物Ｇは、次の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する細菌を含有する：
配列番号２７、配列番号４３、配列番号４４、配列番号５１、配列番号５５、配列番号６８、配列番号７２、配列番号７０、配列番号２４、配列番号３４、配列番号３７、配列番号４６、配列番号７６、配列番号７７、配列番号３５、配列番号６２、配列番号２６、配列番号６３、配列番号６７、配列番号４０、配列番号３８、配列番号４７、配列番号５６、配列番号２５および配列番号３２。
幾つかの態様では、本開示は、配列番号２７、配列番号４３、配列番号４４、配列番号５１、配列番号５５、配列番号６８、配列番号７２、配列番号７０、配列番号２４、配列番号３４、配列番号３７、配列番号４６、配列番号７６、配列番号７７、配列番号３５、配列番号６２、配列番号２６、配列番号６３、配列番号６７、配列番号４０、配列番号３８、配列番号４７、配列番号５６、配列番号２５および配列番号３２からなる群から選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号２７、配列番号４３、配列番号４４、配列番号５１、配列番号５５、配列番号６８、配列番号７２、配列番号７０、配列番号２４、配列番号３４、配列番号３７、配列番号４６、配列番号７６、配列番号７７、配列番号３５、配列番号６２、配列番号２６、配列番号６３、配列番号６７、配列番号４０、配列番号３８、配列番号４７、配列番号５６、配列番号２５および配列番号３２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。
組成物Ｇ中の菌株は、次の細菌に関連する：Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Anaerostipes hadrus、Blautia faecis、Blautia hansenii、Dorea formicigenerans、Dorea longicatena、Eubacterium rectale、Flavinofractor plautii、Fusicatenibacter saccharivorans、Megasphaera elsdenii、Roseburia faecis、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Ruminococcus faecisおよびRuminococcus obeum。
幾つかの態様では、本開示は、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Anaerostipes hadrus、Blautia faecis、Blautia hansenii、Dorea formicigenerans、Dorea longicatena、Eubacterium rectale、Flavinofractor plautii、Fusicatenibacter saccharivorans、Megasphaera elsdenii、Roseburia faecis、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Ruminococcus faecisおよびRuminococcus obeumからなる群から選択される種の２つ以上の菌株を有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、本開示は、配列番号８４、配列番号８５、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９９、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７および配列番号１１９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する組成物を提供する。
表Ｇ
組成物Ｇ
１つの側面では、本開示は、組成物Ｈを提供する（例えば図２６、表Ｈを参照）。図２６に示すように、組成物Ｈは、次の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する細菌を含有する：配列番号１４、配列番号１６、配列番号２１、配列番号８２、配列番号８１および配列番号８０。幾つかの態様では、本開示は、配列番号１４、配列番号１６、配列番号２１、配列番号８２、配列番号８１および配列番号８０からなる群から選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１６、配列番号２１、配列番号８２、配列番号８１および配列番号８０からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、配列番号１４、配列番号１６、配列番号２１、配列番号８２、配列番号８１および配列番号８０からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む４つ以上の精製された菌株を包含する。
組成物Ｈ中の菌株は、次の細菌に関連する：Anaerotruncus colihominis、Clostridium symbiosum、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Clostridium disporicum、Clostridium bolteaeおよびErysipelatoclostridium ramosum。幾つかの態様では、本開示は、Anaerotruncus colihominis、Clostridium symbiosum、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Clostridium disporicum、Clostridium bolteaeおよびErysipelatoclostridium ramosumからなる群から選択される２つ以上の菌株を有する組成物を提供する。
幾つかの態様では、本開示は、配列番号８６、配列番号９５、配列番号９８、配列番号１１０、配列番号１２２および配列番号１２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の精製された菌株を包含する組成物を提供する。
組成物Ｈは、ClostridiumクラスターI、IV、XIVa、XVIIおよびXVIIIからの細菌を包含する。幾つかの態様では、本開示は、ClostridiumクラスターI、IV、XIVa、XVIIおよびXVIIIからの２つ以上の精製された菌株を包含する組成物を提供する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIVに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXIVaに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXVIIに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXVIIIに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXIVaに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターIVに属する。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXIVaに属し、菌株の少なくとも１つは、ClostridiumクラスターXVIIに属する。
表Ｈ
幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターIからの細菌を包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターXVIIIからの細菌を包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、ClostridiumクラスターIからの細菌を包含せず、ClostridiumクラスターXVIIIからの細菌を包含しない。
幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、細菌は全て、嫌気性菌である。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、細菌は全て、偏性嫌気細菌である。
幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌（例えば精製された菌株）を含む組成物を提供し、組成物は、Clostridium scindensを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Flavonifractor plautiiを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Parabacteroidesを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Lactobacillusを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Colinsellaを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Dialisterを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Raoultellaを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Streptococcusを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Staphylococcusを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Microbacteriumを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Proteobacteriaを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Peptostreptococcaceaeを包含しない。幾つかの態様では、本開示は、２つ以上の細菌を含む組成物を提供し、組成物は、Oscillospiraceaeを包含しない。
１つの側面では、本開示は、本明細書中に記載される菌株または種の配列のいずれか１つの核酸配列との相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する菌株を提供する。幾つかの態様では、菌株は、本明細書中に記載される株または細菌種のいずれかに対して、指定された領域にわたって、または配列全体にわたって、少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％の相同性を有する。当業者であれば、「相同性」または「パーセント相同性」という用語は、２つ以上の核酸配列またはアミノ酸配列の文脈において、２つ以上の配列またはその部分（単数もしくは複数）の間の類似性の尺度を指すものと認識する。相同性は、配列中の少なくとも約５０ヌクレオチド長領域にわたって、または、より好ましくは、１００〜５００または１０００以上のヌクレオチド長の領域にわたって存在し得る。幾つかの態様では、相同性は、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡの配列の長さ、またはその部分にわたって存在する。
加えてまたは代替的に、２つ以上の配列は、配列間の同一性について算定され得る。２つ以上の核酸またはアミノ酸配列の文脈における用語「同一」またはパーセント「同一性」とは、同じである２つ以上の配列または部分配列を指す。２つの配列について、以下の配列比較アルゴリズムの１つを用いてまたは手動によるアラインメント及び目視検査により測定して、比較ウインドウまたは指定された領域にわたる最大一致性について比較およびアラインメントした場合に、指定された領域にわたって、または配列全体にわたって、指定されたパーセンテージの同じ（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％同一の）アミノ酸残基またはヌクレオチドを有する場合には、２つの配列は、「実質的に同一である」。任意には、同一性は、少なくとも約５０ヌクレオチド長の領域にわたって、またはより好ましくは、１００〜５００または１０００以上のヌクレオチド長の領域にわたって存在する。幾つかの態様では、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡの配列の長さにわたり、同一性が存在する。
加えてまたは代替的に、２つ以上の配列は、配列間のアラインメントについて算定され得る。２つ以上の核酸またはアミノ酸配列の文脈における用語「アラインメント」または「パーセントアラインメント」とは、同じである２つ以上の配列または部分配列を指す。２つの配列について、以下の配列比較アルゴリズムの１つを用いてまたは手動によるアラインメント及び目視検査により測定して、比較ウインドウまたは指定された領域にわたる最大一致性について比較およびアラインメントした場合に、指定された領域にわたって、または配列全体にわたって、指定されたパーセンテージの同じ（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％同一の）アミノ酸残基またはヌクレオチドを有する場合には、２つの配列は、「実質的にアラインメントされている」。任意には、アラインメントは、少なくとも約５０ヌクレオチド長の領域にわたって、または好ましくは、１００〜５００または１０００以上のヌクレオチド長の領域にわたって存在する。幾つかの態様では、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡの配列の全てにわたり、同一性が存在する。
配列比較の際、典型的には、１つの配列を、試験配列が比較される参照配列とする。比較のための配列アラインメントの方法は、当分野において周知である。例えば、Smith and Waterman (1970) Adv.Appl. Math.2:482cの局所的な相同性アルゴリズムよって、Needleman and Wunsch, J. Mol.Biol. (1970) 48:443の相同性アラインメントアルゴリズムによって、Pearson and Lipman.Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1998) 85:2444の類似性検索法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化された実装によって（Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group., Madison. WIのGAP、BESTFIT、FASTAおよびTFASTA）、または手動アラインメントおよび目視検査によって（例えばBrent et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (Ringbou ed., 2003)を参照）を参照。配列同一性および配列類似性（パーセント）の決定に好適なアルゴリズムの２つの例は、ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムであり、それらはそれぞれ、Altschul et al.、Nuc. Acids Res. (1977) 25:3389-3402およびAltschul et al.、J. Mol. Biol. (1990) 215:403-410に記載される。
１つの側面では、本開示は、複数の精製された菌株を含む組成物（例えば組成物Ａ〜Ｊ）を提供する。例えば図１、１３、１９および２６は、複数の菌株を含むいくつかの例示組成物を示す。１つの側面では、組成物の精製された菌株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を、細菌ゲノムデータベースの公知の細菌種／株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と比較し、本明細書中に開示される菌株に最も近い公知の関連する細菌種を同定した（例えば表１を参照）。本明細書中に開示される組成物の複数の菌株が、同じ最も近い関連する細菌種を有し得ることを理解すべきである。１つの側面では、本開示は、配列番号１〜８３および１２４〜１５９で提供される配列のいずれか１つの核酸配列と相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する１つ以上の菌株または種を含む組成物を提供する。幾つかの態様では、本明細書中に記載される株のいずれかに最も近い近縁種のいずれか１つの核酸配列に対する相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する種は、配列番号８４〜１２３により提供される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する菌株に対応する。
幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、本明細書中に記載される菌株（例えば精製された菌株）の少なくとも１つを提供する。幾つかの態様では、少なくとも１つの菌株を含む組成物は、配列番号１〜１２２および１２４〜１５９のいずれか１つから選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する少なくとも１つの菌株を含む。幾つかの態様では、少なくとも１つの菌株を含む組成物は、配列番号１〜１２２および１２４〜１５９のいずれか１つから選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と９７％の相同性を有する少なくとも１つの菌株を含む。
幾つかの態様では、本明細書中に開示される組成物は、２つ以上の菌株を含む。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９または少なくとも２０、またはより多くの菌株（例えば精製された菌株）を含む。
本明細書において提供される組成物および方法は、C.difficile感染症の処置に関連付けられる利用可能な組成物および方法とは区別され得ることを理解すべきである。例えば、C.difficile感染症の処置のために、非毒素産生C.difficile株（すなわちC.difficile毒素を産生しない株）が使用できることが提案されている（例えばＵＳ６，６３５，２６０参照）。本明細書中に記載される組成物は、C.difficileの非毒素産生株を含まないため、本明細書中に開示される組成物は少なくとも区別され得る。このように、幾つかの態様では、本願の組成物は、C.difficileの非毒素産生株を包含しない。C.difficileは、ClostridiumクラスターXIに属する。幾つかの態様では、本発明の組成物は、ClostridiumクラスターXIに属する菌株を包含しない。
C.difficileの処置において、胆汁誘導性７α／β−脱ヒドロキシル化オペロンを発現する菌株を使用できることも、当分野において考えられている（例えばBuffie et al. Nature (2015) 517:205-208参照）。胆汁酸７ａジヒドロキシル化触媒反応は、ｂａｉＣＤ遺伝子によりコードされる立体構造特異的ＮＡＤ（Ｈ）−依存性３−オキソ−Δ４−コレン酸オキシドレダクターゼにより媒介される。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、胆汁酸７−α−脱ヒドロキシル化を媒介しない。
当分野における知見とは対照的に、幾つかの態様では、本明細書中に示すように、ｂａｉＣＤ（もしくはそのホモログ）をコードしないか、または、１つ以上の変異を有する結果として機能しないＢａｉＣＤタンパク質（「ｂａｉＣＤ−」）をもたらすｂａｉＣＤをコードする菌株の組合せが、C.difficile感染の処置において、および／またはC.difficileによるＢ毒素産生の低減または抑制において、機能的ＢａｉＣＤタンパク質（「ｂａｉＣＤ＋」）を有する菌株の組合せよりも有効である。このように、幾つかの態様では、本明細書中に提供される菌株の組成物は、ｂａｉＣＤ−（すなわち、有効なｂａｉＣＤ＋機能を有さない細菌の組合せ）である。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の菌株は全て、ｂａｉＣＤ−である。幾つかの態様では、組成物の菌株の大多数（すなわち５０％以上）は、ｂａｉＣＤ−である。幾つかの態様では、組成物の菌株の大多数（すなわち５０％以上）はｂａｉＣＤ−であり、組成物は有効なＢａｉＣＤ機能を有しない。幾つかの態様では、組成物の菌株の少数（すなわち５０％以下）はｂａｉＣＤ−であり、組成物は有効なＢａｉＣＤ機能を有しない。幾つかの態様では、組成物の菌株は、ｂａｉＣＤ遺伝子または予測されるｂａｉＣＤ遺伝子の欠損（または存在）に基づき選択される。幾つかの態様では、ｂａｉＣＤ遺伝子の発現を防止もしくは低減、および／または、ＢａｉＣＤタンパク質のＮＡＤ（Ｈ）依存性３−オキソ−Δ４−コレン酸オキシドレダクターゼ活性を低減または除去するために、菌株を（例えば遺伝子工学により）改変することができる。菌株のＮＡＤ（Ｈ）依存性３−オキソ−Δ４−コレン酸オキシドレダクターゼ活性は、例えば７α−脱ヒドロキシル化された胆汁酸の量を測定する方法などにより算定できる。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、ｂａｉＣＤオペロン（ｂａｉＣＤ−）またはｂａｉＣＤ機能を有さない菌株を含む。
幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、Clostridium scindensを包含しない。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、Barnesiella intestihominisを包含しない。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、Blautia hanseniiを包含しない。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、Pseudoflavinofractor capillosusを包含しない。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、Clostridium scindens、Barnesiella intestihominis、Blautia hanseniiまたはPseudoflavinofractor capillosusを包含しない。
幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Colinsella aerofaciensを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Acetovibrio ethanolgignensを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、ClostridumクラスターIに属する菌株を包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Clostridium butyricumを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Clostridium disporicumを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、ClostridumクラスターXIに属する株を包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Clostridium glycolicumを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Faecalibacterium prausnitziiを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Turicibacter sanguinisを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Eubacterium rectaleを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Eubacterium ventriosumを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Ruminococcus obeumを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Pseudobutyrivibrioを包含しない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、Christensenellaceaeを包含しない。幾つかの態様では、組成物は、グラム陰性菌を含まない。幾つかの態様では、組成物は、大腸菌を含まない。幾つかの態様では、組成物は、Monilla種などの菌類を含まない。
本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、組成物は、１つ以上の抗生物質に対して耐性を示す菌株を包含しない。本明細書中に提供される細菌組成物を投与後に、それが対象の身体から除去される機構を有することが望ましくあり得ることを理解すべきである。かかる機構の１つは、抗生物質処置により細菌組成物を除去することである。このように、幾つかの態様では、組成物は、１つ以上の抗生物質に対して耐性を示す菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、ペニシリン、ベンジルペニシリン、アンピシリン、スルバクタム、アモキシシリン、クラブラン酸、タゾバクタム、ピペラシリン、セフメタゾール、バンコマイシン、イミペネム、メロペネム、メトロニダゾールおよびクリンダマイシンからなる群から選択される１つ以上の抗生物質に対して耐性を示す菌株を包含しない。幾つかの態様では、組成物は、バンコマイシンに対して耐性を示す菌株を包含しない。
幾つかの態様では、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも４つの抗生物質に対して感受性である菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも３つの抗生物質に対して感受性である菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも２つの抗生物質に対して感受性である菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも１つの抗生物質に対して感受性である菌株を包含する。幾つかの態様では、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも４つの抗生物質に対して感受性である菌株のみを包含する。幾つかの態様では、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも３つの抗生物質に対して感受性である菌株のみを包含する。幾つかの態様では、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも２つの抗生物質に対して感受性である菌株のみを包含する。幾つかの態様では、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも１つの抗生物質に対して感受性である菌株を包含する。本明細書において用いる「ヒトにおいて有効である抗生物質」とは、ヒトにおいて細菌性感染を首尾よく処置することに用いられている抗生物質を指す。
幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、胞子形成および非胞子形成菌株を含む。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、胞子形成菌株を含む。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、胞子形成菌株のみを含む。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物は、非胞子形成菌株のみを含む。胞子形成細菌は、胞子形態として（すなわち胞子として）、または栄養増殖形態として（すなわち栄養細胞として）存在することができる。胞子形態においては、細菌は通常、環境条件（例えば熱、酸、放射線、酸素、化学物質および抗生物質）に対してより耐性である。これに対して、増殖状態または活発に増殖する状態では、細菌は、胞子形態と比較すると、かかる環境条件により影響されやすい。一般に、細菌の胞子は、適当な条件下では、胞子形態から栄養状態／活発に増殖する状態に発芽することができる。例えば胞子フォーマットの細菌は、腸内に導入された時、発芽することができる。
幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つ（例えば１、２、３、４、５またはより多く）は、胞子形成菌である。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つ（例えば１、２、３、４、５またはより多く）は、胞子形態である。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つ（例えば１、２、３、４、５またはより多く）は、非胞子形成菌である。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つ（例えば１、２、３、４、５またはより多く）は、栄養増殖形態である（上記のように、胞子形成細菌は栄養増殖形態であってもよい）。幾つかの態様では、組成物の菌株の少なくとも１つ（例えば１、２、３、４、５またはより多く）は胞子形態であり、組成物の菌株の少なくとも１つ（例えば１、２、３、４、５またはより多く）は栄養増殖形態である。幾つかの態様において、胞子を形成できると考えられる少なくとも１つの菌株（すなわち胞子形成菌）は、組成物中に栄養増殖形態で存在する。幾つかの態様において、胞子を形成できると考えられる少なくとも１つの菌株（すなわち胞子形成菌）は、組成物中に胞子形態および栄養増殖形態で存在する。
幾つかの態様では、本開示は、胞子形成菌株である菌株を含む組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、非胞子形成菌株である菌株を含む組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、胞子形成菌株である菌株および非胞子形成菌株である菌株を含む組成物を提供する。幾つかの態様では、本開示は、菌株の少なくとも１０％が胞子形成菌株である、菌株の少なくとも２０％が胞子形成菌株である、菌株の少なくとも３０％が胞子形成菌株である、菌株の少なくとも４０％が胞子形成菌株である、菌株の少なくとも５０％が胞子形成菌株である、菌株の少なくとも６０％が胞子形成菌株である、菌株の少なくとも７０％が胞子形成菌株である、菌株の少なくとも８０％が胞子形成菌株である、菌株の少なくとも９０％が胞子形成菌株である、１００％までの細菌が胞子形成菌である、菌株の混合物を含む組成物を提供する。菌株が胞子形成菌株であるか否かは、例えば胞子形成遺伝子の存在について菌株のゲノムを解析することにより決定できる。しかしながら、胞子形成遺伝子をコードすると予測される全ての細菌が、胞子を形成することができるというわけではないことを理解すべきである。加えて、菌株が胞子形成株であるか否かは、胞子形成を誘導することが知られているストレス条件、例えば熱、または化学物質（エタノールまたはクロロホルム）への暴露、に菌株を暴露することで決定できる。
胞子形成菌は、胞子形態または栄養増殖形態であり得ることを理解すべきである。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、胞子形成細菌は、胞子形態である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、胞子形成細菌は、栄養増殖形態である。本明細書において提供される組成物の幾つかの態様において、胞子形成細菌は、胞子形態および栄養増殖形態の両方で存在する。幾つかの態様では、本開示は、少なくとも１０％が胞子フォーマットである胞子形成菌株、少なくとも２０％が胞子フォーマットである胞子形成菌株、少なくとも３０％が胞子フォーマットである胞子形成菌株、少なくとも４０％が胞子フォーマットである胞子形成菌株、少なくとも５０％が胞子フォーマットである胞子形成菌株、少なくとも６０％が胞子フォーマットである胞子形成菌株、少なくとも７０％が胞子フォーマットである胞子形成菌株、少なくとも８０％が胞子フォーマットである胞子形成菌株、少なくとも９０％が胞子フォーマットである胞子形成菌株、１００％までが胞子フォーマットである、胞子形成菌株を含む組成物を提供する。
本明細書において提供される組成物の菌株は生きており、それらが目標の部位（例えば腸）に到達するときに生きていると想定される。細菌胞子は、この点で、生きていると考えられる。幾つかの態様では、胞子として投与される細菌は、目標部位（例えば腸）において発芽できる。更に、細菌の全てが生きているわけではなく、組成物は、生きていない細菌をある程度のパーセンテージ（例えば重量による）で包含し得ることを理解すべきである。加えて、幾つかの態様では、組成物は、投与されるときに、または組成物が目標部位（例えば腸）に到達するときに生きていない菌株を包含する。死んだ細菌は、幾らかの栄養分および代謝産物を組成物中の他の菌株に提供することにより、依然有用であり得ることが想定される。
胞子形成菌株の胞子形成を誘導する方法は、当分野において周知である（例えばParedes-Sabja et al., Trends Microbiol. (2011) 19(2):85-94を参照）。一般的に、胞子形成菌である菌株は、菌株にストレスを与えることにより胞子形態となり得る。胞子形成を誘導できるストレスの非限定的な例は、温度上昇、利用できる栄養分の変化、および／または化学物質（例えばエタノールまたはクロロホルム）に対する曝露である。なお、例えば胞子形成遺伝子を欠いているために非胞子形成菌である細菌には、ストレスにより胞子を形成させることができない点に留意する必要がある。全ての菌株が胞子形態である組成物を調製するためには、組成物の調製に用いる組成物または細菌培養物は、例えば組成物を加熱し、また非胞子形成細菌を化学的に分解することによって、胞子形態でない（例えば栄養増殖形態である）あらゆる細菌を殺菌するための処置に付すことができる。胞子形態の細菌は、例えば濾過により、非胞子形態細菌からその後分離することができる。
胞子の量は、当分野において公知の方法を用いて定量化できる。これらの方法には、血球計数器を用いた位相差顕微鏡観察下での胞子の計数が包含される。加えて、胞子の生存能は、胞子をプレーティングして胞子を増殖させることで決定できる。例えば、胞子を適切な培地上にプレーティングし、所定時間（例えば４８〜９６時間）、嫌気性条件のチャンバー内でインキュベートすることができる。次に発芽した胞子に対応するコロニー形成単位を定量化することにより、生存能を決定できる。例えば、胞子はＴＣＣＦＡプレート（タウロコール酸、サイクロセリン、セフォキシンチン、フルクトース含有寒天プレート）にプレーティングすることができ、タウロコール酸は胞子の発芽を助長する。加えて、胞子は、ジピコリン酸アッセイ（ＤＰＡアッセイ）を用いて定量化できる。ＤＰＡは、胞子の選択を可能にし、内生胞子の明確な指標となる薬剤である。テルビウムと錯体を形成するとき、明るい緑色の発光が観察される。
本明細書において提供される組成物のいずれかにおいて、幾つかの態様では、菌株は精製されている。本明細書において提供される組成物のいずれかにおいて、幾つかの態様では、菌株は単離されている。本明細書中に記載される菌株のいずれかは、例えば、培養液または微生物相サンプル（例えば糞便）などの供給源から単離および／または精製することができる。本明細書において提供される組成物において使用する菌株は、一般的に、健康な個人のマイクロバイオームから単離される。しかしながら、菌株は、健康でないと考えられる個人から単離してもよい。幾つかの態様では、組成物は、複数の個人に由来する菌株を含む。
本明細書中における「単離された」という用語は、１つ以上の望ましくない成分（例えば他の細菌または菌株）、１つ以上の増殖培地の成分、および／または、１つ以上のサンプル中の成分（例えば糞便サンプル）から分離されている細菌である。幾つかの態様では、供給源中の他の成分が検出できない程に、細菌が供給源から実質的に単離される。
また、本願の「精製された」という用語は、菌株またはそれを含む組成物が、１つ以上の成分（例えば混入物質）から分離されていることを指す。幾つかの態様では、菌株は、実質的に混入物質フリーである。幾つかの態様では、組成物の１つ以上の菌株は、細菌を含む培養液またはサンプルにおいて発生した、および／または、存在する１つ以上の他の菌株から、独立に精製することができる。幾つかの態様では、菌株は、サンプルから単離されるかまたは精製され、次に、嫌気培養条件などの、細菌の複製にとって適切な条件下で培養される。細菌の複製にとって適切な条件下で増殖した細菌は、次に、その増殖を行った培地から単離／精製することができる。
幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の菌株は、偏性嫌気性菌である。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の菌株は、通性嫌気性菌である。
本開示の側面は、本明細書中に記載されるいずれかの組成物を治療有効量で投与することによる、対象の病原体感染症の処置方法に関する。幾つかの態様では、対象は、ヒト、ヒト以外の霊長類、齧歯動物、ウサギ、ヒツジ、ブタ、イヌ、ネコ、ウマまたはウシなどの哺乳動物の対象である。幾つかの態様では、対象は、ヒト対象である。幾つかの態様では、対象は、ブタである。
幾つかの態様では、対象は病原菌の保菌者であり、感染による影響（例えばC.difficile毒素により生じる下痢）を受けている。幾つかの態様では、対象は、無症候性の病原体の保菌者である。幾つかの態様では、対象は、C.difficileの保菌者である。幾つかの態様では、対象は、無症候性C.difficile保菌者である。幾つかの態様では、対象は、再発性または慢性の病原体感染症を経験している。幾つかの態様では、対象は、初発性の特定の病原体感染症に罹患している。幾つかの態様では、対象は、抗生物質により処置された結果、再発性の病原体感染症に罹患している。幾つかの態様では、対象は、抗生物質により処置された結果、初発性の病原体感染症に罹患している。幾つかの態様では、対象は、対象の感染症リスクが大きくなる処置を受けることになっている。幾つかの態様では、病原体による感染リスクを低下させるために、本明細書において提供される組成物が対象に投与される。
幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、対象がディスバイオシスを有する（例えば疾患状態に関連付けられるマイクロバイオームを有する）場合に、対象に投与される。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物による処置は、結果として対象のマイクロバイオームを変化させる。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物による処置は、対象のディスバイオシスを取り除き、結果として健康なマイクロバイオームをもたらす。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物による処置は、対象のディスバイオシスを取り除き、結果として、マイクロバイオームの病原体による感染症への耐性が高まり、または感受性が低下する。
本明細書中において、病原体感染症に関する「病原体」という用語は、対象の疾患または疾患状態を生じさせる微生物（例えば細菌）を指す。幾つかの態様では、対象の疾患または疾患状態には、大腸炎、下痢、水様便、腹部けいれん、熱、糞便中の血液または膿、悪心、脱水、食欲不振、冷え症、減量および／または腎不全などの症状が包含され得る。幾つかの態様では、病原体感染症は、例えば対象から回収した糞便サンプル中の病原体（または病原体に関連付けられるタンパク質または核酸）を検出することにより診断することができる。幾つかの態様では、病原体感染症は、例えば健康者の糞便サンプル中の微生物相と、対象の糞便サンプル中の微生物相とを比較することにより診断することができる。
幾つかの態様では、病原体感染症は、C.difficile、Clostridium perfringens、Clostridium botulinum、Clostridium tributrycum、Clostridium sporogenes、Escherichia coli、Pseudomonas aeruginosa（例えば多剤耐性Pseudomonas aeruginosa）、バンコマイシン耐性Enterococci (VRE)、カルバペネム耐性Enterobacteriaceae (CRE)、Neisseria gonorrheae、Acinetobacter、多剤耐性Acinetobacter、Campylobacter、多剤耐性Campylobacter、Candida、フルコナゾール耐性Candida、スペクトラム拡張βラクタマーゼ（ESBL）産生Enterobacteriaceae、Salmonella、Salmonella Typhimurium、薬剤耐性非チフスSalmonella spp.、薬剤耐性Salmonella Typhi、薬剤耐性Shigella、Staphylococcus aureus（メシチリン耐性S. aureusまたはバンコマイシン耐性S. aureus）、薬剤耐性Streptococcus pneumoniae、薬剤耐性結核、エリスロマイシン耐性のA群のStreptococcus、クリンダマイシン耐性のB群のStreptococcus、ならびにそれらのあらゆる組合せである。幾つかの態様では、病原体感染症は、C.difficileによるものである。幾つかの態様では、C.difficileは、抗生物質耐性C.difficile、例えばフルオロキノロン耐性C.difficileである。幾つかの態様では、病原体感染症は、バンコマイシン耐性Enterococciである。
本明細書において提供される方法に従い処置できる病原体感染症の原因となる病原体の追加の非限定的な例は、Leishmania、Staphylococcus epidermis、Staphylococcus saprophyticus、Streptococcus pyogenes、Streptococcus pneumoniae、Streptococcus agalactiae、Enterococcus faecalis、Corynebacterium diptheriae、Bacillus anthracis、Listeria monocytogenes、Clostridium perfringens、Clostridium tetanus、Clostridium botulinum、Clostridium difficile、Neisseria meningitidis、Neisseria gonorrhoeae、Escherichia coli、Salmonella typhimurium、Salmonella cholerasuis、Salmonella enterica、Salmonella enteriditis、Yersinia pestis、Yersinia pseudotuberculosis、Yersinia enterocolitica、Vibrio cholerae、Campylobacter jejuni、Campylobacter fetus、Helicobacter pylori、Pseudomonas aeruginosa、Pseudomonas mallei、Haemophilus influenzae、Bordetella pertussis、Mycoplasma pneumoniae、Ureaplasma urealyticum、Legionella pneumophila、Treponema pallidum、Leptospira interrogans、Borrelia burgdorferi、Mycobacterium tuberculosis、Mycobacterium leprae、Chlamydia psittaci、Chlamydia trachomatis、Chlamydia pneumoniae、Rickettsia ricketsii、Rickettsia akari、Rickettsia prowazekii、Brucella abortus、Brucella melitens、Brucella suisおよびFrancisella tularensisである。一般に、対象の疾患を誘導できる、および／または、健康な個人に存在しないいかなるバクテリアも、本明細書中における病原体と考えるものとする。対象が、複数の病原体を保菌し、および／または複数の病原体感染症に罹患していてもよいことを理解すべきである。
本明細書中に記載されるいずれかの組成物は、治療有効量でまたは治療有効量のドーズで、対象に投与することで、病原体感染症（例えば１つ以上の病原体感染症）の処置または防止を行うことができる。用語「処置する」または「処置」とは、病原体感染症に関連付けられる症状の１つ以上を緩和または軽減し、病原体感染症により産生される細菌毒素の量を減少させ、および／または病原体感染症による細菌の量を減少させることを指す。用語「防止する」または「防止」とは、予防的投与を包摂し、病原体感染症または再発性もしくは慢性病原体感染症の発症率または可能性を低下させることであってもよい。例えば幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物の投与により、病原体感染症に罹りにくい健康なマイクロバイオームがもたらされ、それにより病原体感染症が防止される。
本明細書に記載される組成物（例えば医薬組成物）の「治療有効量」とは、本明細書中において記載されるものなどの、対象の所望の応答またはアウトカムをもたらすいずれかの量であり、限定されないが、感染症の防止、免疫応答または病原性感染に対する向上した免疫応答、病原性感染に関連付けられる症状の防止または低減、および／または、病原性感染による毒素生産の低減または阻害を包含する。用語「有効量」は投与される細菌数または細菌胞子数として表現できることを理解すべきである。細菌は、一旦投与されると分裂し得ることもまた、理解すべきである。ゆえに、比較的少量の細菌の投与であっても治療効果を有し得る。
幾つかの態様では、本明細書中に記載されるいずれかの組成物の治療有効量は、対象の生存率を向上させ、対象の病原体感染症の細菌量を減少させ、および／または、病原体感染症による毒素産生を低減もしくは阻害するのに十分な量である。幾つかの態様では、治療有効量は、本明細書中に記載される組成物のいずれの投与も受けなかった病原体感染症対象の細菌量と比較して、または組成物のいずれかの投与前に回収した同じ対象からの糞便サンプルの細菌量と比較して、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍またはより多く、対象からの糞便サンプル中の病原体感染症の細菌量を低下させるのに十分な量である。
幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、細菌毒素（例えばC.difficileのＢ毒素）の産生を阻害する。幾つかの態様では、治療有効量は、本明細書中に記載される組成物のいずれの投与も受けなかった病原体感染症対象の細菌毒素（例えばC.difficileのＢ毒素）の量と比較して、または組成物のいずれかの投与前に回収した同じ対象からの糞便サンプルの細菌毒素の量と比較して、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、５００倍またはより多く、対象からの糞便サンプル中の細菌毒素の量を低下させるのに十分な量である。
幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、対象における制御性Ｔ細胞の増殖および／または蓄積を誘導する。当業者に明らかであるように、制御性Ｔ細胞（「Ｔｒｅｇ」ともまた称される）は、異常もしくは過剰な免疫応答を抑制して免疫寛容において役割を果たすと一般的に考えられている、Ｔリンパ球のサブセットである。制御性Ｔ細胞は、マーカーＦｏｘｐ３およびＣＤ４（Ｆｏｘｐ３＋ＣＤ４＋）の発現に基づき同定してもよい。制御性Ｔ細胞という用語にはまた、ＩＬ−１０産生ＣＤ４陽性Ｔ細胞であるＦｏｘｐ３陰性制御性Ｔ細胞も包含され得る。
幾つかの態様では、治療有効量は、本明細書中に記載される組成物の投与を受けなかった対象（例えば病原体感染症に罹患する対象）のＴｒｅｇ量と比較し、または組成物の投与の前に回収した同じ対象からの糞便サンプルと比較し、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、５００倍またはより多く、対象（または対象から得られるサンプル）におけるＴｒｅｇの増殖および／または蓄積を誘導するのに十分な量である。
本明細書において用いられる「制御性Ｔ細胞の増殖および／または蓄積を誘導する」という用語は、未成熟Ｔ細胞の制御性Ｔ細胞への分化を誘導する効果を指し、分化により、制御性Ｔ細胞の増殖および／または蓄積がもたらされる。更に、「制御性Ｔ細胞の増殖および／または蓄積を誘導する」の意味は、インビボ効果、インビトロ効果およびエクスビボ効果を包含する。幾つかの態様では、制御性Ｔ細胞のマーカー（例えばＦｏｘｐ３およびＣＤ４）を発現する細胞を検出し、および／または細胞数を（例えばフローサイトメトリにより）定量することにより、制御性Ｔ細胞の増殖および／または蓄積を算定できる。幾つかの態様では、制御性Ｔ細胞の活性、例えばサイトカイン（例えばＩＬ−１０）の産生などを測定することにより、制御性Ｔ細胞の増殖および／または蓄積を算定できる。
幾つかの態様では、治療有効量は、非病原性細菌により対象の消化管にコロニーを再形成させるか、または再定着させるのに十分な量である。幾つかの態様では、治療有効量は、対象の消化管に組成物の１つ以上の菌株をグラフティングするのに十分な量である。幾つかの態様では、病原体感染症の細菌量を算定し、および／または、本明細書中に記載される細菌組成物の投与効能を評価するために、対象から糞便サンプルを採取する。幾つかの態様では、対象の微生物相（例えば微生物相の株および／または種の同一性および存在量）を評価することにより、対象の疾患状態を決定し、および／または処置の進捗を算定することができる。幾つかの態様では、病原体感染症を有する対象の微生物相を、健康な対象、例えば病原体感染症を経験していないかまたは経験しなかった対象の微生物相と比較する。幾つかの態様では、病原体感染症を有する対象の微生物相を、病原体感染症に罹患する前の同じ対象から得られた糞便サンプルの微生物相と比較する。
医薬組成物および組成物を含む食品などを包含する、本明細書中に記載されるいずれの組成物も、例えば水性形態、例えば溶液または懸濁液、半固体形態状に埋入、粉末形態または凍結乾燥形態などのいずれかの形態での菌株を含有し得る。幾つかの態様では、組成物または組成物の菌株は、凍結乾燥されている。幾つかの態様では、組成物中の菌株のサブセットは、凍結乾燥されている。組成物（具体的には、細菌を含む組成物）を凍結乾燥する方法は、当分野において周知である。例えば、参照により本明細書中に内容全体を組み込むＵＳ３，２６１，７６１、ＵＳ４，２０５、１３２、ＰＣＴ公開ＷＯ２０１４／０２９５７８およびＷＯ２０１２／０９８３５８を参照。細菌を組合せた状態で凍結乾燥してもよく、および／または、細菌を別々に凍結乾燥した後、投与前に組合せてもよい。菌株は、他の菌株と組合わせる前に医薬賦形剤と組合せてもよく、または、複数の凍結乾燥された細菌を、凍結乾燥形態で組合せて、その細菌を混合物として組合せた後に、医薬賦形剤と組合せてもよい。幾つかの態様では、菌株は、凍結乾燥されたケーキである。幾つかの態様では、１つ以上の菌株を含む組成物は、凍結乾燥されたケーキである。
組成物の菌株は、当分野で周知の発酵技術を使用して製造することができる。幾つかの態様では、有効成分は嫌気性発酵器を使用して製造され、これは嫌気性細菌種の迅速な増殖を支持することができる。嫌気性発酵器は、例えば撹拌槽型リアクターまたは使い捨て可能なウエーブバイオリアクターでもよい。培養培地（例えばＢＬ培地およびＥＧ培地）または動物性成分を有さないこれらの培地の類似バージョンを用いて、細菌種の増殖を支持することができる。細菌産物は、従来技術（例えば遠心分離および濾過）により発酵ブロスから精製および濃縮でき、当分野で周知の技術により任意に乾燥させ、凍結乾燥することができる。
幾つかの態様では、菌株の組成物は、医薬組成物としての投与用に製剤化されてもよい。本明細書において用いられる「医薬組成物」という用語は、少なくとも１つの有効成分（例えば本明細書中に記載されるいずれかの２つ以上の精製された菌株）と、１つ以上の薬理学的に許容される賦形剤を含んでもよい１つ以上の不活性成分と、の混合または組合せから生じる製品を意味する。
「許容される」賦形剤とは、有効成分との適合性を有さなければならず、かつ、投与される対象にとって有害であってはならない賦形剤を指す。幾つかの態様では、薬理学的に許容される賦形剤は、意図される組成物の投与経路に基づいて選択され、例えば経口投与用または鼻腔内投与用の組成物は、直腸内投与用組成物の場合とは異なる薬理学的に許容される賦形剤を含み得る。賦形剤には、無菌水、生理的食塩水、溶媒、ベース材料、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定化剤、香料、芳香剤、賦形剤、ビヒクル、防腐剤、結合剤、希釈剤、等張化剤、無痛化剤、充填剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、滑沢剤、着色剤、甘味料、増粘剤および可溶化剤が包含される。
本発明の医薬組成物は、当分野において周知の慣例的に実施されている方法に従い調製することができる（例えばRemington: The Science and Practice of Pharmacy, Mack Publishing Co. 20th ed. 2000を参照）。本明細書中に記載される医薬組成物は、凍結乾燥された製剤または水溶液の形で、更にいかなる担体または安定化剤を含んでもよい。許容される賦形剤、担体または安定化剤には、例えば緩衝剤、抗酸化剤、防腐剤、ポリマー、キレート剤および／または界面活性剤が包含され得る。医薬組成物は、好ましくはＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は、例えばカプセル、錠剤、ピル、サシェ、液体、粉末、顆粒、細顆粒、フィルムコーティング調製物、ペレット、トローチ、舌下用調製物、チュアブル、バッカル調製物、ペースト、シロップ剤、懸濁液、エリキシル、エマルジョン、塗布剤、軟膏、絆創膏、パップ剤、経皮吸収システム、ローション剤、吸入剤、エアゾール、注入剤、坐薬などの形態で、経口投与、鼻腔内投与または非経口投与に用いることができる。
幾つかの態様では、細菌は、腸内（例えば小腸および／または結腸）への送達用に製剤化される。幾つかの態様では、細菌は、胃内の過酷な環境における細菌の生存性を高める腸溶性コーティングを用いて製剤化される。腸溶性コーティングは、胃内の胃液の作用への抵抗性を示すものであり、それにより、それに組み込まれた細菌が胃から腸へと通過することができる。腸液と接触したときに腸溶コーディングは容易に溶解し得、その結果、コーティング内に封入されていた細菌が腸管内に放出される。腸溶コーティングは、当分野において周知のポリマーおよびコポリマーから、例えば市販のＥＵＤＲＡＧＩＴ（Evonik Industries社）からなることができる。（例えばZhang, AAPS PharmSciTech, (2016) 17 (1), 56-67を参照）。
細菌はまた、直腸から腸内（例えば結腸）への送達用に製剤化されてもよい。ゆえに、幾つかの態様では、細菌組成物は、坐薬、結腸鏡、内視鏡、Ｓ状結腸鏡または浣腸による送達用に製剤化されてもよい。医薬用調製物または製剤、特に経口投与用の製剤は、腸（例えば結腸）への本開示に係る組成物の効率的な送達を可能にする追加の成分を含んでもよい。腸（例えば結腸）への組成物の送達を可能にする種々の医薬調製物を使用できる。その例には、ｐＨ感受性組成物、より具体的には緩衝化したサシェ剤または腸溶性ポリマーが包含され、それらは腸溶性ポリマーが胃を通過した後、ｐＨがアルカリ性になるときにそれらの内容物が放出されるものである。ｐＨ感受性組成物が医薬調製物の製剤化に用いられるとき、ｐＨ感受性組成物は好ましくは、組成物の分解のｐＨ閾値が約６．８〜約７．５の間であるポリマーである。かかる数値範囲は、ｐＨが胃の末端部分でアルカリ側へ移行する範囲であり、それ故、結腸への送達に用いられる好適な範囲である。更に、腸の各部位（例えば十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸および直腸）が異なる生化学および化学的環境を有することを理解すべきである。例えば腸の部分に応じてｐＨが異なり、特定のｐＨ感受性を有する組成物により、標的特異的な送達が可能となる。このように、本明細書において提供される組成物は、適切なｐＨ感受性を有する製剤を提供することにより、腸または腸の特定の部位（例えば十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸および直腸）に対する送達用に製剤化することができる（例えばVillena et al., Int J P harm 2015, 487 (1-2): 314-9を参照）。
腸（例えば結腸）に対する組成物の送達に有用な医薬調製物の他の態様は、小腸内の移動時間に相当する約３〜５時間だけ内容物（例えば菌株）の放出を遅延させることにより、結腸への送達を確実にするものである。遅延放出用のための医薬調製物の一態様では、ヒドロゲルがシェルとして用いられる。ヒドロゲルが胃腸管内の体液と接触して水和、膨張する結果、内容物が有効に放出される（主に結腸において放出される）。遅延放出用の投与単位には、投与される薬剤または有効成分をコーティングまたは選択的にコーティングする材料を有する薬剤含有組成物が包含される。かかる選択的コーティング材料の例には、インビボ分解性ポリマー、段階的加水分解性ポリマー、段階的水溶性ポリマーおよび／または酵素分解性ポリマーが包含される。効率的に放出を遅延させるための多種多様なコーティング材料が利用でき、例えばヒドロキシプロピルセルロースなどのセルロース系ポリマー、メタクリル酸ポリマーおよびコポリマーなどのアクリル酸系ポリマーおよびコポリマー、ならびにポリビニルピロリドンなどのビニル系ポリマーおよびコポリマーが包含される。
腸（例えば結腸）への送達を可能にする医薬組成物の追加の例には、結腸粘膜に特異的に接着するバイオ接着組成物（例えば米国特許第６．３６８．５８６号の明細書に記載のポリマー）および消化管内のバイオ医薬調製物を特にプロテアーゼ活性による分解から保護するためのプロテアーゼインヒビターが組み込まれた組成物が包含される。
腸（例えば結腸）への送達を可能にするシステムの他の例としては、胃の末端部分の細菌の発酵によるガスの発生により生じる気圧変化を利用して内容物が放出されるような、圧力変化により組成物を結腸に送達するシステムである。かかるシステムは特に限定されず、そのより具体的な例は、坐薬ベース中に分散された内容物を有し、疎水性ポリマー（例えばエチルセルロース）によりコーティングされているカプセルである。
腸（例えば結腸）への組成物の送達を可能にするシステムの更なる例は、消化管（例えば結腸）に存在する酵素（例えば炭水化物ヒドロラーゼまたは炭水化物レダクターゼ）により除去され得るコーティングを含む組成物である。かかるシステムは特に限定されず、より具体的な例には、例えば非でんぷん多糖、アミロース、キサンタンガムおよびアゾポリマーなどの食品成分を使用するシステムが包含される。
本明細書において提供される組成物は、開口（例えば経鼻呼吸チューブ）を通じて、または手術を通じて送達することにより、特定の標的部位（例えば腸）に送達することもできる。加えて、特殊な部位（例えば盲腸または結腸）への送達用に製剤化される本明細書において提供される組成物は、チューブにより（例えば直接小腸に）投与することができる。チューブなどの機械的送達方法と、ｐＨ特異的コーティングなどの化学的送達方法とを組み合わせて、本明細書において提供される組成物を、所望の標的部位（例えば盲腸または結腸）に送達することも可能である。
菌株を含む組成物は、当業者に公知の従来法により、薬理学的に許容される剤形に製剤化される。投与計画は、最適な所望の応答（例えば予防もしくは治療効果）を提供するために調整される。幾つかの態様では、組成物の剤形は、錠剤、ピル、カプセル、粉末、顆粒、溶液または坐薬である。幾つかの態様では、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。幾つかの態様では、医薬組成物は、組成物中の細菌またはその一部が対象の胃を通過した後にも生存可能であるように製剤化される。幾つかの態様では、医薬組成物は、例えば坐薬として直腸内投与用に製剤化される。幾つかの態様では、医薬組成物は、適切なコーティング（例えばｐＨ特異的コーティング、標的部位に特異的酵素により分解されるコーティング、または標的部位に存在する受容体と結合できるコーティング）を提供することにより、腸または腸内の特定の部位（例えば結腸）への送達用に製剤化される。
本発明の医薬組成物中の有効成分の用量は、対象に対して有毒でなく、または悪影響を与えずに、特定の対象における薬剤応答、組成物および投与様式を望みどおりに得るのに有効な量の有効成分とするように変化させることができる。投与量レベルの選択は、採用される特定の本発明の組成物の活性、投与経路、投与時間、処置期間、採用される特定の組成物と組合わせて用いる他の薬剤、化合物、および／または材料、処置を受ける対象の年齢、性別、体重、状態、一般的健康状態および病歴などの種々の要因に依存する。
医師、獣医師、または他の訓練された業者は、所望の治療効果を得るのに必要なレベルよりも低いレベルで医薬組成物の投与を開始し、所望の効果（例えば病原体感染症の処置、病原体感染症の細菌量の減少、毒素産生の減少または阻害）が得られるまで、段階的に用量を増加させることができる。一般に、本発明の組成物の有効ドーズは、本明細書中に記載の人間の群の予防的処置の場合には、投与経路、対象の生理状態、対象がヒトであるか動物であるか、投与される他の薬物および望まれる治療効果などの多くの異なる要因により変化する。用量は、安全性および有効性を最適化するためにタイトレーションされることを必要とする。幾つかの態様では、投与レジメンは、本明細書中に記載されるいずれかの組成物のドーズの経口投与を伴う。幾つかの態様では、投与レジメンは、本明細書中に記載されるいずれかの組成物の複数ドーズの経口投与を伴う。幾つかの態様では、組成物は１回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回または少なくとも１０回、対象に経口投与される。
本明細書中に開示される医薬組成物を包含する組成物には、様々な有効成分（例えば生きている細菌、胞子フォーマットの細菌）を含む組成物が包含される。組成物中の細菌の量は、重量、細菌数および／またはＣＦＵ（コロニー形成単位）により表すことができる。幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、組成物の各細菌を、用量当たり約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３個以上含有する。幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、用量当たり、全細菌で約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３個以上含有する。更に、組成物の細菌は、異なる量で存在してもよいことを理解すべきである。すなわち、例えば非限定的な例として、組成物は、細菌Ａを１０３個、細菌Ｂを１０４個、および細菌Ｃを１０６個包含しもよい。幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、組成物の各細菌を、用量当たり約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３以上のＣＦＵで含有する。幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、用量当たり、混合した全細菌を、約１０１、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３以上のＣＦＵで含有する。上記したように、組成物の細菌は、異なる量で存在してもよい。幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、組成物の各細菌を、用量当たり約１０−７、約１０−６、約１０−５、約１０−４、約１０−３、約１０−２、約１０−１ｇ以上含有する。幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、用量当たり、混合した全細菌を、約１０−７、約１０−６、約１０−５、約１０−４、約１０−３、約１０−２、約１０−１グラム以上含有する。幾つかの態様において、用量は、１投与デバイス（例えば１タブレット、ピルまたはカプセル）の量である。幾つかの態様において、用量は、特定の期間（例えば１日または１週）に投与される量である。
幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、用量当たり、組成物の各細菌を、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３または１０〜１０２個含有する。幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、用量当たりの全細菌で、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３または１０〜１０２個含有する。
幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、用量当たり、組成物の各細菌を、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３または１０〜１０２ＣＦＵで含有する。幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、用量当たり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３または１０〜１０２の全ＣＦＵで含有する。
幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、用量当たり組成物の各細菌を、１０−７〜１０−１、１０−６〜１０−１、１０−５−１０−１、１０−４〜１０−１、１０−３〜１０−１、１０−２〜１０−１、１０−７−１０−２、１０−６〜１０−２、１０−５〜１０−２、１０−４〜１０−２、１０−３−１０−２、１０−７〜１０−３、１０−６〜１０−３、１０−５〜１０−３、１０−４−１０−３、１０−７〜１０−４、１０−６〜１０−４、１０−５〜１０−４、１０−７−１０−５、１０−６〜１０−５または１０−７〜１０−６ｇ含有する。幾つかの態様では、本明細書中に開示される医薬組成物は、用量当たり組み合わせた全細菌を、１０−７〜１０−１、１０−６〜１０−１、１０−５〜１０−１、１０−４〜１０−１、１０−３〜１０−１、１０−２〜１０−１、１０−７〜１０−２、１０−６〜１０−２、１０−５〜１０−２、１０−４〜１０−２、１０−３〜１０−２、１０−７〜１０−３、１０−６〜１０−３、１０−５〜１０−３、１０−４〜１０−３、１０−７〜１０−４、１０−６〜１０−４、１０−５〜１０−４、１０−７〜１０−５、１０−６〜１０−５または１０−７〜１０−６ｇ含有する。
また、本明細書中に記載される菌株のいずれかと栄養分とを含む食品も、本開示の範囲にある。食品は一般に、ヒトまたは動物による消費を目的とする。本明細書中に記載される菌株のいずれも、食品として製剤化することができる。幾つかの態様では、菌株は、胞子形態で食品として製剤化される。幾つかの態様では、菌株は、栄養増殖形態で食品として製剤化される。幾つかの態様では、食品は、栄養増殖形態の細菌および胞子形態の細菌を両方含む。本明細書中において開示される組成物は、食品または飲料（例えば、健康食品または飲料、乳児用の食品または飲料、妊婦、運動選手、高齢者または他の特定の集団用の食品または飲料、機能性食品／飲料、特定保健用食品または飲料、栄養補助食品、患者用の食品または飲料、または飼料）において使用することができる。食品および飲料の非限定的な例には、種々の飲料（例えばジュース、清涼飲料、お茶、ドリング剤、ゼリー飲料および機能性飲料）、アルコール飲料（例えばビール）、炭水化物含有食品（例えば米食品、麺、パンおよびパスタ）、ペースト製品（例えば魚肉ハム、ソーセージ、シーフードのペースト製品）、レトルトパウチ製品（例えばカレー、濃い澱粉質のソースをかけた食品、スープ）、乳製品（例えば牛乳、乳飲料、アイスクリーム、チーズおよびヨーグルト）、発酵製品（例えば発酵みそ、ヨーグルト、発酵飲料およびピクルス）、豆製品、種々の菓子製品（例えばビスケット、クッキーなどの洋菓子製品など）、日本の菓子製品（饅頭、あんこなどを包含）、キャンディ、チューインガム、グミ、ゼリーを含むアイスデザート、クリームキャラメルおよび冷菓、インスタント食品（例えば即席スープおよび即席味噌汁）、電子レンジ調理食品、その他、が挙げられる。更に、これらの例にはまた、粉末、顆粒、錠剤、カプセル、液体、ペーストおよびゼリーの形態で調製された健康食品および飲料が包含される。
本明細書中に記載される菌株を含有する食品は、当分野の公知の方法を使用して生産でき、本明細書中に提供した医薬組成物と同じ細菌の量（例えば重量、個数またはＣＦＵ）を含有することができる。食品中の細菌の量の適切な選択は、例えば食品の一人前サイズ、食品の消費頻度、食品に含まれる特定の菌株、食品中の水量および／または食品内の細菌の生存のための追加の条件、などの種々の要因に依存し得る。
本明細書中に記載される菌株のいずれかを含有させて製剤化できる食品の例には、飲料、ドリンク剤、バー、スナック、乳製品、菓子製品、穀類製品、インスタント製品、栄養組成物（例えば栄養補助製剤）、食品または飲料添加物が包含されるが、これらに限定されない。
幾つかの態様では、対象は、細菌組成物の投与の前に、抗生物質のドーズを受けていない。幾つかの態様では、対象は、本明細書において提供される組成物の投与の、少なくも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも６０、少なくとも９０、少なくとも１２０、少なくとも１８０又は少なくとも３６０日前に抗生物質を投与されていない。幾つかの態様では、その者は、病原体感染症の処置用の抗生物質を投与されていない。幾つかの態様では、本明細書において提供される組成物は、病原体感染症の最初の処置を含む。
幾つかの態様では、対象は、１つ以上の抗生物質のドーズを、細菌組成物の前に、または並行して投与されてもよい。一般的に、病原体感染症の処置における最初の防御手段は、抗生物質の投与である。幾つかの態様では、対象は、細菌組成物の前に単一ドーズの抗生物質の投与を受ける。幾つかの態様では、対象は、細菌組成物の前に複数ドーズの抗生物質の投与を受ける。幾つかの態様では、対象は、細菌組成物の前に少なくとも２、３、４、５またはより多くのドーズで抗生物質の投与を受ける。幾つかの態様では、対象は、細菌組成物と実質的に同時に、抗生物質のドーズの投与を受ける。投与できる抗生物質の例には、限定されないが、カナマイシン、ゲンタマイシン、コリスチン、メトロニダゾール、バンコマイシン、クリンダマイシン、フィダキソマイシンおよびセフォペラゾンが包含される。
下の表１は、本明細書中に開示される実験の組成物において使用される配列番号（SEQ ID NO）、および付随する株番号（Strain ID）を示す。示される株に最も近い細菌種を属−種により示す。最も近い関連する属・種として同定された各属・種に関連付けられる１６Ｓ ｒＤＮＡ配列も示す。パーセントアラインメントは、示す株の配列と、最も近い属・種からの配列とのパーセント同一性を示す。またアラインメント長も示す。最も近い近縁種のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号を最後のカラムに示す。
表１：本明細書中に記載される菌株に最も近い細菌種



表２：全ゲノム解析に基づく高度な相同性を有する細菌種
表３：全ゲノム解析に基づく最も高度な相同性を有する細菌種
幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物のいずれかにおいて、Clostridum bolteaeを、Clostridium bolteae 90A9により置き換えることが可能である。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物のいずれかにおいて、Anaerotruncus colihominisを、Anaerotruncus colihominis DSM 17241により置き換えることが可能である。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物のいずれかにおいて、Eubacterium fissicatenaを、Sellimonas instestinalis、Drancourtella massiliensisまたはDrancourtella massiliensis GP1により置き換えることが可能である。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物のいずれかにおいて、Clostridium symbiosumを、Clostridium symbiosum WAL-14163により置き換えることが可能である。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物のいずれかにおいて、Blautia productaを、Clostridium bacterium CD5.1-1D4またはBlautia product ATCC27340により置き換えることが可能である。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物のいずれかにおいて、Dorea longicatenaを、Dorea longicatena CAG:42により置き換えることが可能である。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物のいずれかにおいて、Clostridium innocuumを、Erysipelotrichaceae bacterium 21_3により置き換えることが可能である。幾つかの態様では、本明細書中に記載される組成物のいずれかにおいて、Flavonifractor plautiiを、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAAにより置き換えることが可能である。
本明細書中に記載される側面は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１と少なくとも９５％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製された細菌混合物を含む、医薬組成物を提供する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１と少なくとも９７％の相同性を有する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１と少なくとも９８％の相同性を有する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１と少なくとも９９％の相同性を有する。
幾つかの側面では、医薬組成物の少なくとも一部の細菌は、胞子形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、薬理学的に許容される賦形剤を更に含む。
幾つかの側面では、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、カプセルの形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、結腸への送達用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感受性組成物を更に含む。
本明細書中に記載される側面は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７と少なくとも９５％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製された細菌混合物を含む、医薬組成物を提供する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７と少なくとも９７％の相同性を有する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７と少なくとも９８％の相同性を有する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７と少なくとも９９％の相同性を有する。
幾つかの側面では、少なくとも一部の菌株は、胞子形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、薬理学的に許容される賦形剤を更に含む。
幾つかの側面では、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、カプセルの形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、結腸への送達用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感受性組成物を更に含む。
本明細書中に記載される側面は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１と少なくとも９５％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製された細菌混合物を含む、医薬組成物を提供する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１と少なくとも９７％の相同性を有する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１と少なくとも９８％の相同性を有する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１と少なくとも９９％の相同性を有する。
幾つかの側面では、少なくとも一部の菌株は、胞子形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、薬理学的に許容される賦形剤を更に含む。
幾つかの側面では、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、カプセルの形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、結腸への送達用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感受性組成物を更に含む。
本明細書中に記載される側面は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７と少なくとも９５％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製された細菌混合物を含む医薬組成物を提供する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７と少なくとも９７％の相同性を有する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７と少なくとも９８％の相同性を有する。幾つかの側面では、菌株は、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７と少なくとも９９％の相同性を有する。幾つかの側面では、少なくとも一部の菌株は、胞子形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、薬理学的に許容される賦形剤を更に含む。
幾つかの側面では、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、カプセルの形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、結腸への送達用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感受性組成物を更に含む。
本明細書中に記載される側面は、次の菌株からなる精製された細菌混合物を含む医薬組成物を提供する：Clostridium bolteae、Anaerostruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea Longicatena、Erysipelotrichaceae bacteriumおよびClostridium orbiscindens。
幾つかの側面では、少なくとも一部の菌株は、胞子形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、薬理学的に許容される賦形剤を更に含む。
幾つかの側面では、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、カプセルの形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、結腸への送達用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーを含むpH感受性組成物を更に含む。
本明細書中に記載される側面は、次の菌株を含む精製された細菌混合物を含む医薬組成物を提供する：Clostridium bolteae、Anaerostruncus colihominis、Sellimonas intestinalis、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea Longicatena、Erysipelotrichaceae bacteriumおよびClostridium orbiscindens。
幾つかの側面では、少なくとも一部の菌株は、胞子形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、薬理学的に許容される賦形剤を更に含む。
幾つかの側面では、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、カプセルの形態である。幾つかの側面では、医薬組成物は、結腸への送達用に製剤化される。幾つかの側面では、医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーを含むpH感受性組成物を更に含む。
本明細書中に記載される側面として、対象の感染性疾患を処置する方法が提供され、方法は、本明細書中に記載される側面のいずれかの医薬組成物を対象に感染性疾患を処置するのに十分な量で投与することを含む。幾つかの側面では、感染性疾患は、Clostridium difficile感染症である。
本明細書中に記載される菌株についての、１６Ｓ ｒＤＮＡの核酸配列、またはそれらの部分が、以下に提供される：
本発明は、その適用において、次の記載に規定されるかまたは図面に例示されるコンポーネントの構成および編成の詳細に限定されない。本発明は、他の態様、および種々のやり方で実施または実行されることができる。また、本明細書中において、用いられる語法および用語は、説明の目的であって、限定的と見なすべきではない。本明細書中における「包含する」、「含む」または「有する」、「含有する」、「関わる」ならびにそれらの変形は、その後に列記される項目およびその同等物、ならびに追加の項目を包摂することを意味している。
本明細書において別様に定義されない限り、本開示に関連して使用する科学および技術用語は、当業者により一般的に理解される意味を有する。更に、文脈によって別様に要求されない限り、単数形の用語は複数を包含し、複数形の用語は単数形を包含する。本開示の方法および技術は、通常、当分野において周知の従来法に従い実施される。本明細書中に記載される、生化学、酵素学、分子細胞生物学、微生物学、ウイルス学、細胞または組織培養、遺伝学、ならびにタンパク質および核酸化学に関連して用いられる命名法ならびにその技術は、通常、当分野において周知であり、一般的に用いられるものである。本開示の方法および技術は通常、別様に示されていない限り、当分野で周知の従来法、ならびに本明細書の全体にわたって引用および記載される種々の一般的およびより具体的な参照に記載される従来法に従い実施される。
本発明を次の例により更に例示するが、それらはいかなる場合も更に限定するものとして解釈すべきでない。本願全体にわたり引用される参照（文献の参照、登録済み特許、公開された特許出願および同時係属中の特許出願を包含する）の内容全体は、特に本明細書において上で参照した教示について、参照によりここで特に組み込まれる。しかしながら、いずれの参照の引用も、参照が先行技術であることを承認することを意図するものではない。
例１：C.difficile感染症のマウスモデル
マウスの飼育
Jackson Laboratories（Bar Harbor,ME）から購入し、換気式無菌ケージに収容されたＣ５７ＢＬ／６Ｊメスマウスを用いて実験を行った。全ての動物をＳＰＦ設備において維持した。動物を、試験（すなわち抗生物質による試験コースの開始）の前に少なくとも３日間動物施設で馴化させた。C.difficile感染に関わる実験において、２００μｌのPBS中、１０〜１０４個のC.difficile VPI 10463の胞子をマウスに強制経口投与した。実験は、施設のガイドラインに従い行い、Institutional Animal Care and Use Committeeの承認を得て行った。無菌の餌料および飲料水を動物に供給した。
生きたバイオ治療薬（ＬＢＰ）の調製
各菌株を健康ドナーから得た糞便材料から単離した。嫌気性チャンバー内の５％のウマ血液を含むＥＧ（Eggerth Gagnon）寒天プレート上へ個々の菌株を１５パーセントのグリセロール凍結ストックからストリークし、３７℃で２４〜４８時間インキュベートした。コロニーを事前に還元させた液体ペプトンイーストグルコース（ＰＹＧ）培地に接種し、２４〜４８時間、密度が濃くなるまで（嫌気性チャンバー中、スタティック）増殖させた。培養液の光学濃度（ＯＤ６００）を評価し、嫌気性チャンバ内で生きたバイオ治療薬（ＬＢＰ）カクテルを調製し、その際、ＰＢＳ（無菌、前処理済）中、等しいＣＦＵ比カクテルとなるよう、ＯＤ６００に基づき添加量を調整した。
C.difficileコロニー形成単位（ＣＦＵ）の決定
糞便ペレットを回収し、嫌気性チャンバーへ移し（＜２時間）、ピペットの先端を用いて、繰り返しピペッティングによって、手作業で事前に還元させた５００μLのPBS中にホモジナイズした。糞便のホモジネートの段階希釈物を、事前に還元させたPBSにおいて調製し、その１００μLを、タウロコール酸ナトリウムを含むシクロセリン−セフォキシチン−フルクトース寒天（TCCFA）プレート上にスプレッドし、３７℃、嫌気条件下でインキュベートした。４８時間のC.difficileのＣＦＵを計数した。
C.difficile感染症に対するマウスの感受性
マウスの群に対し、３つの抗生物質レジメンを用いて、C.difficileに対する感受性について評価した：（１）抗生物質カクテル、（２）クリンダマイシン投与、または（３）セフォペラゾン投与（図２および３）。抗生物質カクテルは、−１０日目から−３日目まで飲料水中のカナマイシン（０．４ｍｇ／ｍｌ）、ゲンタマイシン（０．０３５ｍｇ／ｍｌ）、コリスチン（０．０５６ｍｇ／ｍｌ）、メトロニダゾール（０．２１５ｍｇ／ｍｌ）、バンコマイシン（０．０４５ｍｇ／ｍｌ）、次に腹腔内クリンダマイシン単回注射（２００μｇ／マウス）からなった。クリンダマイシンの投与は、−１日目に、クリンダマイシン（２００μｇ／マウス）の単回腹腔内注射で行った。日の表記は、C.difficileへの感染日の０日目に対して相対的である。
マウスを、示されている抗生物質レジメンに従い処置し、それから０日目に強制経口投与により、１０または１０４のC.difficile胞子で感染させた（図２および３）。抗生物質処置モデルに更なる実験アームを追加し、C.difficile感染後にマウスをバンコマイシンで処置した（図４Ｊ、黒三角）。
感染後のマウスを、死亡率／生存率（図４Ａ〜４Ｄ）および体重（図４Ｅ〜４Ｈ）について毎日モニターした。また糞便ペレットを毎日回収し、C.difficile ＣＦＵの計数に用い、ＣＦＵ／ｇ糞便として示した（図４Ｉ〜４Ｌ）。
１０個のC.difficile胞子の投与後であっても、セフォペラゾン処置を受けたマウスの群は、有意な体重変化（図４Ｈ）および糞便ペレット中の実質的なC.difficile細菌量（図４Ｌ）を示した。これらの結果は、セフォペラゾン前処置レジメンが、C.difficile感染症に関する、ならびにC.difficile感染症の保護および／または処置の評価に関する良好なモデルを提供することを示すものであった。感染前の抗生物質処置がない場合、C.difficile感染は確立できず（図４Ｉ）、また全てのマウスは体重の有意な変化なく（図４Ｅ）生存した（図４Ａ）。
例２：生きたバイオ治療薬（ＬＢＰ）の調製物による、C.difficile感染に対する防御
以下のＬＢＰ組成物について、C.difficile感染の防御および／または処置能力について評価した。
組成物Ａ、
組成物Ｂ、
組成物Ｃ、
組成物Ｄ、
組成物Ｅ（例えばNarushima et al., Gut Microbes (2014) 5(3) 333-339）および
組成物Ｉ：Clostridium scindens、Pseudoflavonifractor capillosusおよびBlautia hanseniiの混合物（図５）。
一般に、ＬＢＰカクテルをＰＹＧ培地に添加して、各マウスに、２５０μＬの事前に還元させたＰＢＳ（培地フリー）中のドーズを強制経口投与した。組成物Ｅの場合、等体積（等比率／ＣＦＵではない）にて細菌を添加し、２５０μＬドーズで投与した。組成物Ａ〜Ｄの各ＬＢＰは、２５０μＬドーズ中に１０８の総ＣＦＵを含有し、各菌株が１０７のＣＦＵで含まれ（図１）、各動物へ合計１０８ＣＦＵで投与した。組成物Ｉは、２５０μＬドーズ中に１０６の総ＣＦＵを含有した（３つの細菌を各々約３３３，０００個混合した）。
マウスの群に対し、例１にて説明したようにセフォペラゾン処置を行い、セフォペラゾン処置終了の２日後に示される組成物を強制経口投与した。２４時間後にマウスに１０４個のC.difficile胞子により感染させた（図５）。また、マウスを生存率／死亡率（図６）、体重（図７Ａ〜７Ｉ）およびC.difficileのＣＦＵ（図８Ａ〜８Ｃ）について評価した。結果は、C.difficile感染前の組成物Ｂの投与が、C.difficile感染に対する有効な防御および／または処置であることを示す。
例３：組成物Ｂによる、C.difficile感染に対する防御および／または処置
１０〜１２週齢のマウスの群を、C.difficileマウスモデルに用いた（図９）。マウスに対し、例１にて説明したようにセフォペラゾン処置を行った。１つのマウスの群には、次に、セフォペラゾン処理終了２日後に、例１および２にて説明したように組成物Ｂ（マウス当たり１０８ＣＦＵ）を強制経口投与した。他のマウスの群には、セフォペラゾン処置の後、生きたバイオ治療薬を投与しなかった（対照）。２４時間後に、マウスをC.difficileに感染させ（１０４個のC.difficile胞子）、次に生存率／死亡率（図１０）、体重（図１１）およびC. difficile量（糞便ｇ当たりのＣＦＵ、図１２）について評価した。これらの結果は、C.difficile感染前の組成物Ｂによる処置が、C.difficile感染に対する有効な防御または処置であることを証明する例２の結果を確認するものである。
例４：ＬＢＰ組成物Ｆによる、C.difficile感染に対する防御および／または処置
図１３は、生きているバイオ治療薬（ＬＢＰ）組成物Ｆの株を示す。属−種分類は、単離された株の配列に基づく最も近い種を示す。図１４は、組成物Ｆ中の株のClostridiumクラスターによる分類を示す。
マウスの群に対し、上の例にて説明したようにセフォペラゾンを投与し、次にＬＢＰ、またはマウスもしくはヒトからの糞便移植（ＦＭＴ）を投与した（図１５）。組成物Ｂを、１０４個のC.difficile胞子による感染を基準に−１日目；−２および−１日目；または、−２、−１、１、２および３日目に、示される群に投与した。組成物Ｆを、C.difficile胞子の投与を基準に、−１日目、または−２、−１、１、２および３日目に、示される群に投与した。追加の群に対し、マウスまたはヒトからのＦＭＴ（マウス当たり200μＬの１０パーセント糞便サンプル）を行った。次にマウスを、感染後の１、３、８および１７日目の生存率／死亡率（図１６）、体重（図１７Ａ〜１７Ｈ）およびC.difficile量（ＣＦＵ／グラム糞便）（図１８Ａおよび１８Ｂ）について評価した。これらのデータは、組成物Ｂ、組成物ＦおよびＦＭＴが、C.difficile感染に対して防御および／または処置することを証明する。
例５：ＬＢＰ組成物による、C.difficile感染に対する防御および／または処置
図１９は、組成物Ｇの株を示す。属−種の表記は、単離した株の配列に基づく最も近い種を示す。組成物Ｇは、組成物Ｆの株のサブセットを包含する。マウスの群に対し、上の例にて説明したようにセフォペラゾンを投与し、次にＬＢＰを投与した。
組成物Ｂ；
組成物Ｂ−１（組成物ＢにBacteroidesを添加）；
組成物Ｂ−２（組成物ＢからFlavonifractor plautiiを除き、Bacteroidesを添加）；
組成物Ｆ；
組成物Ｇ；
エタノール処理したヒト糞便サンプル；
エタノール処理した組成物Ｂ；
凍結させた組成物Ｂ；または
組成物Ｊ：エタノール処理したClostridium innocuum、Clostridium bolteaeおよびClostridium symbiosum；
（図２０も参照）。
組成物Ｂ−１およびＢ−２において、Bacteroides株としてBacteroides ovatus（株識別子２１１−Ｂ；配列番号８３）を用いた。マウスに対し、C.difficile VPI 10463の胞子（１０４）を負荷し、生存率／死亡率（図２１および２３）および体重変化（図２２Ａ〜２２Ｊおよび図２４）を毎日（C.difficile感染後０日目〜７日目）モニターした。これらのデータは、組成物がC.difficile感染に対して防御および／または処置することを示す。
例６：ＬＢＰ組成物による、C.difficile感染に対する防御および／または処置
マウスの群に対し、上記のとおりセフォペラゾン処置を行い、次にヒトの糞便移植、組成物Ｂ、組成物Ｂ＋４種の胞子または組成物Ｈを投与した（図２５）。「組成物Ｂ＋４種の胞子」とは、組成物Ｂに加え、胞子形態の以下の４つの株を指す：Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Clostridium symbiosumおよびClostridium innocuum。組成物Ｈは、胞子形態の以下の６つの株を含有する：Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Clostridium symbiosum、Clostridium innocuum、Clostridium disporicumおよびErysipelatoclostridium ramosum（図２６）。
マウスに対し、次に１０４個のC.difficile VPI 10463の胞子によってC.difficile感染を負荷し、生存率／死亡率（図２７Ａおよび２８Ａ）、体重（図２７Ｂおよび２８Ｂ）をモニターした。ベースラインに対して相対的に２０％よりも多くの体重が減少したマウスは、生存曲線では死亡数に包含された。感染後、１、４および１９日目の糞便ペレットのＣＦＵにより、C.difficile量を算定した（図２９Ａ〜２９Ｃ）。
これらのデータは、組成物Ｂならびに他の組成物が、セフォペラゾンにより誘導されたC.difficileマウスモデルの生存率を改善でき、C.difficile感染に対する防御および／または処置となり得ることを示す。
例７：C.difficile毒素実験
ベロ細胞（アフリカミドリザル腎臓上皮由来の上皮細胞）は、C.difficileのＢ毒素を含む種々の細菌毒素に感受性である。C.difficileのＢ毒素に対する細胞の曝露により、Ｒｈｏ、ＲａｃおよびＣｄｃ４２の機能が阻害され、それによりＦ−アクチンの減少、細胞形態の変化（例えば細胞の球状化）、最終的にはアポトーシスに至る。
本明細書中に記載される細菌組成物の投与がC.difficileのＢ毒素の産生または活性に影響を及ぼすか否かを決定するため、細胞アッセイを実施した。簡潔には、マウスの群を、上記の通りセフォペラゾンにより処置し、ヒトの糞便移植（ＦＭＴ）（「４−３」）、組成物Ｂ（「５−３」）、組成物Ｂプラス４つの胞子形態の株：Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Clostridium symbiosumおよびClostridium innocuum（「７−４」）を投与し、または無処置とした。各マウス群に対し、次に１０４個のC.difficile胞子によりC.difficile感染させた。セフォペラゾンの投与後およびC.difficile感染前に処置を受けなかったマウスの群を、「２−１（Cdiff）」および「２−４（Cdiff）」と称する。「N3（健康）」と示される、マウスの追加の群ではC.difficileへの曝露を行わなかった。
糞便ペレットをマウスの各群から回収し、秤量し、ＰＢＳ中にホモジナイズし、一定濃度（約２５ｍｇ／ｍＬ）に正規化した。サンプルを遠心分離して清澄なサンプル上清を調製し、それを次に１０倍段階希釈において希釈し、清澄なペレット上清の１：１０〜１：１０−６の範囲の希釈物を調製した。培養ベロ細胞を約１８時間、希釈したサンプルに曝露し、次に位相差顕微鏡により観察し、C.difficile毒素への曝露に関連付けられる形態的変化（すなわち細胞の球状化）を算定した。形態変化が見られなかった上清の最も高い濃度に基づき細胞を評価した（図３０）。セフォペラゾン投与後およびC.difficile感染前に処置を受けなかった対照マウスからのサンプル（「２−１（Cdiff）」および「２−４（Cdiff）」）と比較して、ならびに、ＦＭＴを受けたマウスからのサンプルと比較して、C.difficile感染前に組成物Ｂにより処置されたマウスからのサンプルでは、C.difficileのＢ毒素の量が減少していた。特に、組成物Ｂにより処置されたマウスからのサンプルは、追加の胞子による組成物Ｂにより処置されたマウスからのサンプルと比較しても、C.difficileのＢ毒素の量が減少していた。
例８：組成物ＢとC.difficileとの間のインビトロ競合
組成物Ｂの、インビトロ混合培養競合アッセイによるClostridium difficile増殖を抑制する能力を算定した。グリセロール凍結ストックから、組成物Ｂ、C.difficile（Cdiff）、Clostridium bifermentansおよびBacteroides thetaiotaomicronの個々の株を、ウマ血液を含むEggerth-Gagnon寒天プレート（ＥＧ＋ＨＢ）上へストリークした。各株の単一コロニーを、その後ブレーンハートインフュージョン（ＢＨＩ）液体培地に接種し、２４〜４８時間純粋培養して増殖させた。
半濁培養液を継代培養し、次に対数増殖期にまで増殖させ、最後に希釈して組み合わせ、０．１の光学濃度（ＯＤ６００）の混合培養液を調製した。対数増殖期のCdiff培養液を、ＯＤ０．１の最終濃度で混合培養液に添加した。培養液を組み合わせて２〜３時間インキュベートした後、サンプルを回収し、段階希釈し、タウロコール酸−シクロセリン−セフォキシチン−フルクトース寒天（ＴＣＣＦＡ）プレートにプレーティングし、Cdiff増殖について選択した。４８〜７２時間後、手作業によるコロニー計数により、各競合実験のCdiffのコロニー形成単位（ＣＦＵ）を決定した。
ＥＧ＋ＨＢ寒天プレートは、標準的な手順に従い調製し、使用前に少なくとも６〜８時間、嫌気性環境下で還元させた。液体ＢＨＩ培地はBD Biosciences社（カタログ＃２１１０５９、San Jose、CA）から購入し、製造業者の説明書に従い調製し、使用前に少なくとも１８〜２４時間、嫌気性環境下で還元させた。ＴＣＣＦＡプレートは、標準的な手順に従い調製し、使用前に少なくとも６〜８時間嫌気性環境下で還元させた。実験において用いたClostridium difficile株：アメリカン・タイプカルチャー・コレクション（ＡＴＣＣ）４３２５５。
表４：組成物Ｂ株
グリセロール凍結ストックからＥＧ＋ＨＢ寒天プレート上へ菌株をストリークし、４８〜７２時間嫌気性チャンバー内部で培養した。単一コロニーを１０ｍＬのＢＨＩ培地に接種し、嫌気性チャンバー内、３７℃で２４〜４８時間増殖させた。半濁培養液を次にＯＤ０．１に希釈し、嫌気性チャンバー内、３７℃で２〜３時間増殖させた。
対数増殖期の培養液を希釈し、等しいＯＤで組み合わせた。競合アッセイでは、ＯＤ６００に基づき組成物Ｂの各株（表４）を等分で組み合わせ、０．１の最終コンソーシアムＯＤ６００とした。C．bifermentansおよびB．thetaiotaomicronを準備し、ＯＤ０．１で個々にCdiffと競合させた。各混合培養競合実験のCdiffのＯＤ６００は０．１であった。組合せ後、培養液を嫌気性チャンバー内、３７℃で２〜３時間インキュベートし、次にCdiff選択プレート上での計数用に調製した。
ＴＣＣＦＡプレートはCdiff増殖について選択的であり、組成物Ｂのいずれの株も、またいずれの対照株（C．bifermentansおよびB．thetaiotaomicron）も、これらのプレートでは増殖しない。嫌気性チャンバー内で各競合培養のサンプル１００μＬを回収し、１：１０で段階希釈し、最終的に１×１０−６にまで希釈した。１×１０−４〜１×１０−６の各希釈液１００μＬを、無菌のスプレッドループを使用してＴＣＣＦＡプレート上にスプレッドすることにより、ＣＦＵ計数用プレートを調製した。ＣＦＵプレートを、嫌気性チャンバー内、３７℃で４８〜７２時間インキュベートした。ＣＦＵの計数は、コロニーを手作業で数えることにより行った。
競合の効果を決定するために、競合サンプルとCdiff単独とについて決定されたＣＦＵ比を算出し、パーセンテージとして表した。組成物ＢカクテルによるCdiff増殖の阻害を、B．thetaiotaomicron（陰性対照）およびC．bifermentans（陽性対照）の反応と比較した。結果を表５および図３１に示す。
表５：インビトロ競合の結果のまとめ
データは、CdiffのＣＦＵを、対照に対するパーセンテージとして表す。各ｎは、他の測定から独立した、単一の生物学的反復を表している。
インビトロの競合において、組成物Ｂは、対照（競合株（単数または複数）なし）に対し１５．１±１６．２％でCdiff増殖を阻害した。この結果は、対照に対し１１．７±１６．５％である陽性対照のC．bifermentansにより観察された阻害と整合する。陰性対照のB．thetaiotaomicronは、対照に対し６５．６±４３．８％で、Cdiff増殖に対するごくわずかな効果を示した。ＣＦＵの評価における固有の変動性を考慮すると、対照に対する＜２５％の増殖阻害は有意な阻害であると考えられ、陽性対照および組成物Ｂカクテルは、この活性の閾値を満たしている。組成物Ｂコンソーシアムは、インビトロにおいて、C．bifermentansにより観察される直接の競合と同等のCdiff増殖減衰を示した。B．thetaiotaomicronによる直接の競合は、Cdiff増殖を有意に阻害しなかった。
例９：インビトロ短鎖脂肪酸産生の決定
組成物Ｂの各株を、インビトロでの個々の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生について評価した。組成物Ｂの株を嫌気性チャンバー内で純粋培養により増殖させた。液体培地での培養後の使用済み上清を遠心分離して回収し、フィルター滅菌し、それから＜−７０℃で保存した。凍結させた清澄な上清試料を短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）について分析した。
ＥＧ＋ＨＢ寒天プレート（ウマ血液を含むEggerth-Gagnon寒天プレート）を、標準的な手順に従い調製し、使用前に少なくとも６〜８時間の嫌気性環境下で還元させた。液体ＰＹＧ培地（調製済み、還元済み）は、Anaerobe Systems社（カタログ＃ＡＳ−８２２、Morgan Hill、CA）から購入した。
１５％グリセロール凍結ストックからＥＧ＋ＨＢ寒天プレート上へ菌株をストリークし、４８〜７２時間嫌気性チャンバー内で培養した。単一コロニーを７ｍＬのＰＹＧ培地に接種し、嫌気性チャンバー内、３７℃で２４〜４８時間増殖させた。別様に明記しない限り、光学濃度（ＯＤ）が≧０．２となったとき、サンプルをＣＦＵの計数および濾過のために回収した。嫌気性チャンバー内で、半濁培養サンプル１００μＬを回収し、１：１０で段階希釈し、最終的に１×１０−６まで希釈した。１×１０−４〜１×１０−６の希釈のために、希釈液１００μＬを、無菌のガラスビーズを用いてＥＧ＋ＨＢ寒天プレート上にスプレッドすることにより、ＣＦＵ計数用プレートを調製した。ＣＦＵプレートを、嫌気性チャンバー内、４８〜７２時間インキュベートした。ＣＦＵの計数は、EasyCount 2（bioMerieux SA、Marcy-l'Etoile、フランス）を用いて行った。半濁培養サンプルをＣＦＵ計数用に回収した直後に、残りの半濁培養液を、ペレット状の細胞残渣が生じるまで１０分間、約１０００ＲＣＦで遠心分離した。清澄な上清を０．２μｍプレートフィルターへ移し、真空濾過し、バイオ分析の前にいかなる残留微粒子も除去した。フィルタープレートの詰まりが生じた場合、清澄な上清を０．２μｍのシリンジフィルタを用いて手作業で濾過した。濾過した上清のアリコートを調製し、ＳＣＦＡのバイオ分析前に＜−７０℃で保存した。
サンプル間の比較を容易にするために、生のＳＣＦＡデータ（μｇ／ｍＬ）を、対応する培養毎に測定／推定されたＣＦＵのｌｏｇ１０により正規化した。結果を下の表６および表７に示す。
表６：組成物Ｂ株の計数されたＣＦＵ
表７：個々の組成物Ｂ株により産生されたＳＦＣＡ
組成物Ｂの７つの菌株は、炭素数２のＳＣＦＡ（アセテート）を有意な量（＞１μｇ／Ｌｏｇ（ＣＦＵ／ｍＬ）＊ｍＬ）で産生することが見出された。１つの株（＃２１１）は、実質的な量の炭素数３のＳＣＦＡ（プロピオネート）を産生した。組成物Ｂの４つの株は、実質的な量の炭素数４のＳＣＦＡ（ブチレート）を産生した。他の微量のＳＣＦＡ（＜１μｇ／Ｌｏｇ（ＣＦＵ／ｍＬ）＊ｍＬ）も、組成物Ｂの菌株により産生された。
例１０：組成物Ｂによる、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の誘導
組成物Ｂの菌株の各々を対数増殖期にまで増殖させ、組み合わせてマウスあたり約１０８ｃｆｕの合計ドーズとした。無菌マウスに、組成物Ｂまたは陰性対照を強制経口投与により接種し、４週間のコロニー形成の後、犠牲死させた。粘膜固有層白血球を、標準的な手順によって個々のマウスの結腸組織から単離し、フローサイトメトリにより算定した。制御性Ｔ細胞の含量を、ＣＤ４＋Ｔ細胞中のＦｏｘｐ３陽性細胞のパーセンテージとして評価した。
図３２に示すように、対照を接種されたマウスと比較し、組成物Ｂを接種されたマウスでは、制御性Ｔ細胞を有意に多く有することが見出された。

Claims (108)

  1. Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Sellimonas intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigens、Eisenbergiella tayi、Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7-_l_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21_3、Blautia wexlerae、Clostridium disporicum、Erysipelatoclostridium ramosum、Pseudoflavinofractor capillosus、Turicibacter sanguinis、Lactobacillus mucosae、Ruminococcus obeum、Megasphaera elsdenii、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Ruminococcus faecis、Bacteroides cellulosilyticus、Anaerostipes hadrus、Eubacterium rectale、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Bifidobacterium bifidum、Blautia luti、Roseburia faecis、Fusicatenibacter saccharivorans、Roseburia faecis、Blautia faecis、Dorea formicigeneransおよびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む組成物。
  2. Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Sellimonas intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigens、Eisenbergiella tayi、Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Blautia wexlerae、Turicibacter sanguinis、Lactobacillus mucosaeおよびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  3. Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia producta、Blautia coccoides、Eubacterium contortum、Eubacterium fissicatena、Anaerostipes caccae、Clostridium scindens、Marvinbryanta formatexigensおよびEisenbergiella tayiからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  4. Flavinofractor plautii、Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Eubacterium fissicatena、Sellimonas intestinalis、Dracourtella massiliensis、Dracourtella massiliensis GD1、Ruminococcus torques、Clostridium symbiosum、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena、Dorea longicatena CAG:42、Blautia producta、Blautia producta ATCC 27340、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Clostridium innocuumおよびErysipelotrichaceae_bacterium_21-3からなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  5. Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Dracourtella massiliensis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium bacterium UC5.1-1D4およびErysipelotrichaceae_bacterium_21_3からなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  6. 精製された菌株Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Dracourtella massiliensis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium bacterium UC5.1-1D4およびErysipelotrichaceae_bacterium_21_3を含む、請求項１に記載の組成物。
  7. Flavinofractor plautii、Anaerotruncus colihominis、Dracourtella massiliensis、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia productaおよびClostridium innocuumからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  8. 精製された菌株Flavinofractor plautii、Anaerotruncus colihominis、Dracourtella massiliensis、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia productaおよびClostridium innocuumを含む、請求項１に記載の組成物。
  9. Flavinofractor plautii、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia productaおよびClostridium innocuumからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  10. 精製された菌株Flavinofractor plautii、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia productaおよびClostridium innocuumを含む、請求項１に記載の組成物。
  11. Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Ruminococcus torques Clostridium symbiosum、Clostridium bolteae、Dorea longicatena、Blautia producta、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3およびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  12. Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Dracourtella massiliensis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bolteae 90A9、Dorea longicatena CAG:42、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3およびBacteroides ovatusからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  13. 組成物が、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA種の菌株を包含しない、請求項４から１２のいずれか一項に記載の組成物。
  14. Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia wexlerae、Blautia producta、Blautia coccoides、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Anaerotruncus colihominisおよびClostridium symbiosumからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  15. Clostridium scindens、Clostridium hathewayi、Blautia hansenii、Blautia wexlerae、Anaerotruncus colihominis、Dorea longicatena、Clostridium innocuum、Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3、Flavinofractor plautii、Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA、Subdoligranulum、Turicibacter sanguinisおよびLactobacillus mucosaeからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  16. 組成物が、Flavinofractor plautii、SubdoligranulumまたはLachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA種の菌株を包含しない、請求項１４または請求項１５に記載の組成物。
  17. Dorea longicatena、Ruminococcus obeum、Megasphaera elsdenii、Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Ruminococcus faecis、Bacteroides cellulosilyticus、Anaerostipes hadrus、Flavinofractor plautii、Eubacterium rectale、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Bifidobacterium bifidum、Ruminococcus faecis、Blautia luti、Roseburia faecis、Fusicatenibacter saccharivorans、Blautia faecis、Dorea formicigeneransおよびBlautia hanseniiからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  18. Acidaminococcus fermentans、Acidaminococcus intestine、Anaerostipes hadrus、Blautia faecis、Blautia hansenii、Dorea formicigenerans、Dorea longicatena、Eubacterium rectale、Flavinofractor plautii、Fusicatenibacter saccharivorans、Megasphaera elsdenii、Roseburia faecis、Ruminococcus champanellensis、Ruminococcus albus、Ruminococcus faecisおよびRuminococcus obeumからなる群から選択される種の２つ以上の精製された菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
  19. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１〜８３および１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、２つ以上の精製された菌株を含む組成物。
  20. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１〜２３、配列番号８３および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  21. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３および配列番号２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  22. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１および配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  23. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  24. 配列番号１０、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された菌株を含む、請求項１９に記載の組成物。
  25. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  26. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  27. 配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４６、配列番号１５２および配列番号１５７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された菌株を含む、請求項１９に記載の組成物。
  28. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０および配列番号１４〜２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  29. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５９、配列番号１８および配列番号２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  30. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１０、配列番号１４〜２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  31. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１２４〜１５９、配列番号１８、配列番号２２および配列番号８３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  32. 組成物が、配列番号１０の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない、請求項２２から３１のいずれか一項に記載の組成物。
  33. 組成物が、配列番号１５７〜１５９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない、請求項２２から３１のいずれか一項に記載の組成物。
  34. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  35. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１８および配列番号２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  36. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号２４〜７９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  37. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号２４〜２７、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５１、配列番号５５、配列番号５６、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号６８、配列番号７０、配列番号７２、配列番号７６および配列番号７７からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  38. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号１４、配列番号１６、配列番号２１および配列番号８０〜８２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
  39. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号８４〜１２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、２つ以上の精製された菌株を含む組成物。
  40. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１２１および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項３９に記載の組成物。
  41. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号９９、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１０９および配列番号１２１からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項３９に記載の組成物。
  42. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号９３、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項３９に記載の組成物。
  43. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物が、配列番号９３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない、請求項３９に記載の組成物。
  44. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号９３、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項３９に記載の組成物。
  45. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０６、配列番号１１０および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含み、組成物が、配列番号９３の核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を包含しない、請求項３９に記載の組成物。
  46. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号８７、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６および配列番号１２２からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項３９に記載の組成物。
  47. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号８７、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９および配列番号１０５からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項３９に記載の組成物。
  48. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号８４、配列番号８５、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１１９および配列番号１２０からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項３９に記載の組成物。
  49. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号８４、配列番号８５、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９９、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７および配列番号１１９からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項３９に記載の組成物。
  50. ２つ以上の精製された菌株が、配列番号８６、配列番号９５、配列番号９８、配列番号１１０、配列番号１２２および配列番号１２３からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項３９に記載の組成物。
  51. 組成物が、ClostridiumクラスターXIVaからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株と、を含む、請求項１から５０のいずれか一項に記載の組成物。
  52. 組成物が、ClostridiumクラスターIVからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株と、を含む、請求項１から５１のいずれか一項に記載の組成物。
  53. 組成物が、ClostridiumクラスターXIVaからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターIVからの少なくとも１つの菌株と、ClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株と、を含む、請求項１から５２のいずれか一項に記載の組成物。
  54. 組成物が、少なくとも１つのBacteroides株を含む、請求項１から５３のいずれか一項に記載の組成物。
  55. 組成物が、Clostridium scindensを包含しない、請求項１から５４のいずれか一項に記載の組成物。
  56. 組成物が、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９または少なくとも２０の精製された菌株を含む、請求項１から５５のいずれか一項に記載の組成物。
  57. 菌株の１つ以上が、胞子形成菌である、請求項１から５６のいずれか一項に記載の組成物。
  58. 菌株の１つ以上が、胞子形態である、請求項１から５７のいずれか一項に記載の組成物。
  59. 菌株の各々が、胞子形態である、請求項５８に記載の組成物。
  60. 菌株の１つ以上が、栄養増殖形態である、請求項１から５９のいずれか一項に記載の組成物。
  61. 菌株の各々が、栄養増殖形態である、請求項１から５７のいずれか一項に記載の組成物。
  62. 組成物が、偏性嫌気性菌株のみを含む、請求項１から６１のいずれか一項に記載の組成物。
  63. 組成物が、１よりも多くのヒトドナーに由来する菌株を含む、請求項１から６２のいずれか一項に記載の組成物。
  64. 菌株の１つ以上が、ｂａｉＣＤ−である、請求項１から６３のいずれか一項に記載の組成物。
  65. 菌株の各々が、ｂａｉＣＤ−である、請求項６４に記載の組成物。
  66. 組成物が、胆汁酸の７−アルファ−脱ヒドロキシ反応を媒介しない、請求項１から６５のいずれか一項に記載の組成物。
  67. 組成物が、C.difficile毒素産生を阻害する、請求項１から６６のいずれか一項に記載の組成物。
  68. 組成物が、C.difficileの複製および／または生存を阻害する、請求項１から６７のいずれか一項に記載の組成物。
  69. 菌株が、凍結乾燥されている、請求項１から６８のいずれか一項に記載の組成物。
  70. 組成物が、制御性Ｔ細胞の増殖および／または蓄積を誘導する、請求項１から６９のいずれか一項に記載の組成物。
  71. 組成物が、ClostridiumクラスターXIVaからの少なくとも１つの菌株とClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株とを含む、精製された菌株を含む組成物。
  72. 組成物が、ClostridiumクラスターIVからの少なくとも１つの菌株とClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株とを含む、精製された菌株を含む組成物。
  73. 組成物が、ClostridiumクラスターIVからの少なくとも１つの菌株、ClostridiumクラスターXIVaからの少なくとも１つの菌株、およびClostridiumクラスターXVIIからの少なくとも１つの菌株を含む、請求項７１または請求項７２に記載の組成物。
  74. 組成物が、少なくとも１つのBacteroides株を含む、請求項７１から７３のいずれか一項に記載の組成物。
  75. 組成物が、Clostridium scindensを包含しない、請求項７１から７４のいずれか一項に記載の組成物。
  76. 組成物が、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９または少なくとも２０の精製された菌株を含む、請求項７１から７５のいずれか一項に記載の組成物。
  77. 菌株の１つ以上が、胞子形成菌である、請求項７１から７６のいずれか一項に記載の組成物。
  78. 菌株の１つ以上が、胞子形態である、請求項７７に記載の組成物。
  79. 菌株の各々が、胞子形態である、請求項７８に記載の組成物。
  80. 菌株の１つ以上が、栄養増殖形態である、請求項７１から７８のいずれか一項に記載の組成物。
  81. 菌株の各々が、栄養増殖形態である、請求項８０に記載の組成物。
  82. 組成物が、偏性嫌気性菌株のみを含む、請求項７１から８１のいずれか一項に記載の組成物。
  83. 組成物が、１よりも多くのヒトドナーに由来する菌株を含む、請求項７１から８２のいずれか一項に記載の組成物。
  84. 菌株の１つ以上が、ｂａｉＣＤ−である、請求項７１から８３のいずれか一項に記載の組成物。
  85. 菌株の各々が、ｂａｉＣＤ−である、請求項８４に記載の組成物。
  86. 組成物が、胆汁酸の７−アルファ−脱ヒドロキシ反応を媒介しない、請求項７１から８５のいずれか一項に記載の組成物。
  87. 組成物が、C.difficile毒素産生を阻害する、請求項７１から８６のいずれか一項に記載の組成物。
  88. 組成物が、C.difficileの複製および／または生存を阻害する、請求項７１から８７のいずれか一項に記載の組成物。
  89. 菌株が、凍結乾燥されている、請求項７１から８８のいずれか一項に記載の組成物。
  90. 組成物が、制御性Ｔ細胞の増殖および／または蓄積を誘導する、請求項７１から８９のいずれか一項に記載の組成物。
  91. 請求項１から９０のいずれか一項に記載の組成物を含み、更に薬理学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物。
  92. 医薬組成物が、経口送達用に製剤化されている、請求項９１に記載の医薬組成物。
  93. 医薬組成物が、直腸内送達用に製剤化されている、請求項９１に記載の医薬組成物。
  94. 医薬組成物が、腸内送達用に製剤化されている、請求項９１から９３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  95. 医薬組成物が、結腸内送達用に製剤化されている、請求項９１から９４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  96. 請求項１から９０のいずれか一項に記載の組成物と、栄養分と、を含む食品。
  97. 対象に対し、請求項１から９５のいずれか一項に記載の組成物、または請求項９６に記載の食品を、治療有効量で投与して病原体感染症を処置することを含む、対象の病原体感染症の処置方法。
  98. 病原体感染症が、C. difficile、バンコマイシン耐性Enterococci（VRE）、カルバペネム耐性Enterobacteriaceae（CRE）、Neisseria gonorrheae、多剤耐性Acinetobacter、Campylobacter、基質拡張型ベータラクタマーゼ（ESBL）産生Enterobacteriaceae、多剤耐性Pseudomonas aeruginosa、Salmonella、薬剤耐性非チフス性Salmonella、薬剤耐性Salmonella Typhi、薬剤耐性Shigella、メチシリン耐性Staphylococcus aureus、薬剤耐性Streptococcus pneumoniae、薬剤耐性結核、バンコマイシン耐性Staphylococcus aureus、エリスロマイシン耐性A群Streptococcus、クリンダマイシン耐性B群Streptococcusおよびそれらの組み合わせである、請求項９７に記載の方法。
  99. 病原体感染症が、C.difficileである、請求項９８に記載の方法。
  100. 病原体感染症が、バンコマイシン耐性Enterococciである、請求項９８に記載の方法。
  101. 対象が、ヒトである、請求項９７から１００のいずれか一項に記載の方法。
  102. 対象が、無症候性の保菌者である、請求項９７から１０１のいずれか一項に記載の方法。
  103. 対象が、組成物の投与前に１ドーズの抗生物質を投与される、請求項９７から１０２のいずれか一項に記載の方法。
  104. 対象が、組成物の投与前に１ドーズよりも多くの抗生物質を投与される、請求項９７から１０２のいずれか一項に記載の方法。
  105. 対象が、組成物の投与前に抗生物質を投与されない、請求項９７から１０２のいずれか一項に記載の方法。
  106. 組成物が、経口投与により対象に投与される、請求項９７から１０５のいずれか一項に記載の方法。
  107. 組成物が、直腸内投与により対象に投与される、請求項９７から１０５のいずれか一項に記載の方法。
  108. 投与により、制御性Ｔ細胞の増殖および／または蓄積がもたらされる、請求項９７から１０７のいずれか一項に記載の方法。
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