JP2022500489A - 腸内毒素症を減少させ、微生物叢を復元する方法 - Google Patents

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Abstract

対象に医薬組成物を投与することによって、腸内毒素症を減少させる、微生物叢を復元する、及び／または健康な微生物叢の回復を増加させる（例えば、腸内毒素症誘発事象後）ための方法が本明細書で提供される。また、医薬組成物を対象に投与することによって、対象の微生物叢を保護する及び／または対象の微生物叢に定着させるための方法も提供される。

Description

関連出願
本出願は、２０１８年８月１７日に出願された米国仮出願第６２／７６５，１６５号、２０１８年８月２９日に出願された米国仮出願第６２／７２４，１８５号、２０１９年３月８日に出願された米国仮出願第６２／８１５，３９５号、２０１９年４月４日に出願された米国仮出願第６２／８２９，５１３号、及び２０１９年４月５日に出願された米国仮出願第６２／８２９，９５９号の米国特許法第１１９条（ｅ）に基づく利益を主張する。これらの参照出願の各々の内容全体が参照により本明細書に組み込まれる。
発明の分野
本開示は、対象に医薬組成物を投与することによって、腸内毒素症を減少させる、微生物叢を復元する、及び／または微生物叢の回復を増加させる（例えば、腸内毒素症誘発事象後）ための方法に関する。また、医薬組成物を対象に投与することによって、対象の微生物叢を保護する、及び／または対象の微生物叢に定着させるための方法も提供される。
ヒト腸内微生物叢は、１０００を超える特定されている種からの数十兆の細菌で構成される。個人の微生物叢の構成は指紋と同じように特有であり、近親者の間であっても多種多様なものが存在する。ヒト微生物叢に存在する種の大部分は片利共生生物であり、宿主を害することも傷つけることもない。分類群Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、及びＢａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓのメンバーを含む、ヒト腸管に生息する多数の細菌種は、食物副産物の吸収可能な栄養素への代謝など、ヒトに利益をもたらす機能を実行する共生体である。しかしながら、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉの株などの病原性細菌種も、ヒト腸管に生息することがあり、ヒト微生物叢での過剰集中が許容されると疾患を引き起こし得る。このため、ヒトの健康全般を維持するためには、ヒト微生物叢内の細菌種のバランスが重要である。
ヒト微生物叢内の細菌種の存在量の攪乱、細菌多様性の低下、及び細菌の機能的能力の変化は、感染症、抗生物質による再発性の及び不適切な治療、ならびに炎症などの事象から生じ得る微生物叢腸内毒素症の兆候である。腸内毒素症は、片利共生（ｃｏｍｍｅｎｓａｌ）細菌種または共生（ｓｙｍｂｉｏｔｉｃ）細菌種がヒト微生物叢中に少数しか存在しなくなることで、日和見の病原性種が多数存在するようになるときに生じる。腸内毒素症を逆転させ、微生物叢を回復させるための従来の療法には、糞便物質移植（ＦＭＴ）が含まれる。ＦＭＴは、腸内毒素症の治療に効果的であり得るものの、治療を施すための標準化された方法を欠いており、病原体を誤って移植（ｉｎ ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｉｎｇ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ）したり回復が生じる前に病原体の異常増殖が許容されたりするリスクの可能性をもたらし得る。
本開示の態様は、対象の腸内毒素症を減少させるための方法を提供し、本方法は、対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、対象の腸内毒素症を減少させることを含む。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少は、本医薬組成物を投与する前のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量と比べたＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量の増加を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物はＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓを含まない。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少は、本医薬組成物を投与する前のＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と比べたＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量の増加を含む。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少は、本医薬組成物を投与する前のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌株の存在量と比べたＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌株の存在量の増加を含む。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少は、本医薬組成物を投与する前のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌株の存在量と比べてＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌株の存在量の増加を含む。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少は、本医薬組成物を投与する前の炎症と関連付けられる微生物の存在量と比べた炎症と関連付けられる微生物の存在量の減少を含む。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少は、本医薬組成物を投与する前のＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量と比べたＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量の減少を含む。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少は、対象の微生物叢多様性の比例的増加と相関しない。
本開示の態様は、対象において微生物叢を復元するための方法を提供し、本方法は、対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、対象において微生物叢を復元することを含む。いくつかの実施形態では、対象は、腸内毒素症誘発事象を受けていない。いくつかの実施形態では、対象は、感染症を有していない。いくつかの実施形態では、対象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有していない。いくつかの実施形態では、対象は、抗生物質で治療されていない。
本開示の態様は、腸内毒素症誘発事象後に対象において健康な微生物叢の回復を増加させるための方法を提供し、本方法は、対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、健康な微生物叢の回復を増加させることを含む。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、１つ以上の抗生物質による治療である。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、手術に関係する１つ以上の抗生物質による治療である。いくつかの実施形態では、抗生物質はバンコマイシンである。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は感染症である。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅによる感染である。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅによる一次感染である。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅによる二次または再発性感染である。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、旅行者下痢である。
いくつかの実施形態では、対象における微生物叢の回復は、本医薬組成物の細菌株の検出可能な定着なしに生じる。いくつかの実施形態では、微生物叢の回復は、本医薬組成物の投与の非存在下での健康な微生物叢の回復と比べて増加する。いくつかの実施形態では、微生物叢の回復は、糞便物質移植を受けた対象における微生物叢の回復と比べて増加する。
本開示の態様は、対象において微生物叢を保護するための方法を提供し、本方法は、対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、微生物叢を保護することを含む。いくつかの実施形態では、微生物叢は、抗生物質治療から保護される。いくつかの実施形態では、微生物叢は、感染因子による攻撃から保護される。いくつかの実施形態では、微生物叢は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染から保護される。いくつかの実施形態では、微生物叢は、二次または再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染から保護される。
本開示の態様は、対象の微生物叢に定着させるための方法を提供し、本方法は、対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、微生物叢に定着させることを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の細菌株の少なくとも２５％が、対象の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の細菌株の少なくとも５０％が、対象の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の細菌株の１００％が、対象の微生物叢に定着する。
いくつかの実施形態では、投与後に、対象の微生物叢中の細菌株の少なくとも２５％が本医薬組成物の細菌株である。いくつかの実施形態では、投与後に、対象の微生物叢中の細菌株の少なくとも５０％が本医薬組成物の細菌株である。
いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は、本医薬組成物の最初の投与から少なくとも４週間後に微生物叢中で検出される。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は、本医薬組成物の最初の投与から少なくとも６週間後に微生物叢中で検出される。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は、本医薬組成物の最初の投与から少なくとも１２週間後に微生物叢中で検出される。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は、本医薬組成物の最初の投与から少なくとも６か月後に微生物叢中で検出される。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は、本医薬組成物の最初の投与から少なくとも１２か月後に微生物叢中で検出される。
本開示の態様は、対象の微生物叢に定着させるための方法を提供し、本方法は、対象に抗生物質を投与した後、１つ以上の細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、微生物叢に定着させることを含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物の細菌株の各々が微生物叢に定着する。
本開示の態様は、対象においてＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を治療するための方法を提供し、本方法は、対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を治療することを含む。いくつかの実施形態では、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染は、一次Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染または再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である。
本開示の態様は、対象における食物アレルギーを治療する方法を提供し、本方法は、対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、食物アレルギーを治療することを含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、ＩｇＥ抗体の産生を抑制する。いくつかの実施形態では、本組成物は、１つの以上のＴｈ２免疫応答を抑制する。いくつかの実施形態では、組成物は、１つ以上のマスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒を抑制する。いくつかの実施形態では、組成物は、食物アレルギーに関連付けられる免疫応答を調節する。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物の細菌株は、長期間にわたって微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、抗生物質はバンコマイシンである。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、複数回用量で投与される。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は、１つ以上のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、移植片対宿主病（ＧｖＨＤ）を治療するために、微生物叢に定着するように１つ以上の細菌株を含む治療有効量で対象に投与される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩに属する１つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩの各々に属する１つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は細菌株Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、細菌株Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａからなる。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、配列番号６として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、配列番号６として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む単一の細菌株からなる。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５０％のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａに属する細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも７５％のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉからなる。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８として示される配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物を含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉからなる。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、及び配列番号８として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、及び配列番号８として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物からなる。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ−６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ−１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）を含む精製された細菌混合物を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ−６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ 属ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ−１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）を含む精製された細菌混合物からなる。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１７ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、１回用量として投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、複数回投与として投与される。いくつかの実施形態では、各用量は、複数のカプセルの投与を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、少なくとも８．０×１０８ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、少なくとも１．６×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、複数回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、５回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、複数回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、７回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、複数回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、１４回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、複数回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、１４回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１７ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、複数回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１７ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、１４回用量として投与される。
いくつかの実施形態では、複数回用量は連日投与される。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の１回以上の追加投与を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の１回以上の追加投与は、本医薬組成物の初回投与と比較してより少ないＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物の１回以上の追加投与は、本医薬組成物の初回投与に続いて連日行われる。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の１回以上の追加投与は、本医薬組成物の初回投与の少なくとも６週後に行われる。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の１回以上の追加投与は、本医薬組成物の初回投与の少なくとも１２週後に行われる。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、複数回用量で投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、５回用量で投与される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、５日連続で投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、２回の高用量、続く３回の低用量として投与される。いくつかの実施形態では、高用量は、８．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）である。いくつかの実施形態では、低用量は、１．６×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、８．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）の２回用量、続く１．６×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）の３回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない。
いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗生物質は、バンコマイシン、メトロニダゾール、フィダキソマイシン、またはリジニラゾールである。いくつかの実施形態では、抗生物質はバンコマイシンである。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、１日あたり５００ｍｇで投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、１日あたり１２５ｍｇの４回用量で投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、１日あたり２５０ｍｇで投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、１日あたり１２５ｍｇの２回用量で投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、１日あたり１２５ｍｇで投与される。
いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、５日連続で投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、３日連続で投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、１日投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、本医薬組成物の投与の直前の日に投与される。
いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、本医薬組成物の投与日の２日前に投与され、本方法は、本医薬組成物の投与日の前に休薬日を含む。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、本医薬組成物の投与日の直前に３日連続で投与される。
いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、本医薬組成物の投与日の直前に５日連続して投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンが、本医薬組成物の投与日の２日前までに５日連続で投与され、本方法が、医薬組成物の投与日の１日前に休薬日を含む。
いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は凍結乾燥される。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は噴霧乾燥される。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は胞子型である。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株の各々が胞子型である。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は栄養型である。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株の各々が栄養型である。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーをさらに含む。いくつかの実施形態では、投与は経口投与である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、経口送達のための製剤である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、直腸送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、腸への送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、結腸への送達のために製剤化される。
本開示の態様は、一次胆汁酸のレベルを低下させるための方法を提供し、本方法は、それを必要とする対象に、治療有効量の本明細書に記載の医薬組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸は、グリコケノデオキシコール酸、グリココール酸、またはタウロコール酸である。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルは、１０分の１〜１００，０００分の１に低下する。いくつかの実施形態では、対象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有し、任意選択で、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染は再発性である。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の方法のうちのいずれかによる本医薬組成物の投与の前に、抗生物質を対象に投与することをさらに含む。
本開示の態様は、二次胆汁酸のレベルを上昇させるための方法を提供し、本方法は、それを必要とする対象に、治療有効量の本明細書に記載の医薬組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、二次胆汁酸は、デオキシコール酸、リトコール酸、またはウルソデオキシコール酸である。いくつかの実施形態では、二次胆汁酸のレベルは、１０倍〜１，０００倍に上昇する。いくつかの実施形態では、対象はＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有し、任意選択で、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染は再発性である。いくつかの実施形態では、対象は、一次胆汁酸のレベルの上昇または二次胆汁酸のレベルの低下を特徴とする疾患を有する。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルの上昇または二次胆汁酸のレベルの低下を特徴とする疾患は、ＩＢＤ、ＩＢＳ、病原体による感染、食物アレルギー、代謝性疾患、及び心血管疾患からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の方法のうちのいずれかによる本医薬組成物の投与の前に、抗生物質を対象に投与することをさらに含む。
本開示の態様は、短鎖脂肪酸のレベルを上昇させるための方法を提供し、本方法は、それを必要とする対象に、治療有効量の本明細書に記載の医薬組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、短鎖脂肪酸は、酢酸塩、プロピオン酸塩、酪酸塩、または吉草酸塩である。いくつかの実施形態では、短鎖脂肪酸のレベルは、２倍〜５００倍に上昇する。いくつかの実施形態では、対象はＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有し、任意選択で、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染が再発性である。いくつかの実施形態では、対象は、短鎖脂肪アミノ酸レベルの低下を特徴とする疾患を有する。いくつかの実施形態では、短鎖脂肪アミノ酸のレベルの低下を特徴とする疾患は、ＩＢＤ、ＩＢＳ、病原体による感染、食物アレルギー、代謝性疾患、及び心血管疾患からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の方法のうちのいずれかによる本医薬組成物の投与の前に、抗生物質を対象に投与することをさらに含む。
本開示の態様は、対象の微生物叢における細菌組成物の１つ以上の細菌株の定着を評価するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、核酸を対象の微生物叢の試料から単離することと、単離された核酸を配列決定して、単離された核酸の複数のヌクレオチド配列を取得することと、複数のヌクレオチド配列を細菌組成物の各細菌株に対する複数のゲノムマーカーと比較することと、を含む。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーが複数のヌクレオチド配列に存在する場合、微生物叢に細菌株が定着する。いくつかの実施形態では、細菌組成物の細菌株のうちの１つ以上が複数のヌクレオチド配列に存在しない場合、本方法は、細菌組成物の１回以上の追加用量を対象に投与することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、対象は、細菌組成物の１回以上の用量を以前に投与された。いくつかの実施形態では、微生物叢の試料は、対象から取得した糞便試料である。いくつかの実施形態では、配列決定はＤＮＡ配列決定である。
いくつかの実施形態では、複数のゲノムマーカーは、細菌組成物の各細菌株について２００〜１０００個の間のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、複数のゲノムマーカーは、約５０ヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、細菌組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物を含む。いくつかの実施形態では、細菌組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む。
いくつかの実施形態では、細菌株に対するゲノムマーカーが複数の核酸配列に存在しない場合、本方法は、細菌組成物の１回以上の追加用量を対象に投与することを含む。
本開示の態様は、対象の微生物叢における細菌組成物の１つ以上の細菌株の定着を評価するための方法を提供し、本方法は、核酸を対象の微生物叢の試料から単離することと、細菌組成物の少なくとも１つの細菌株の存在を、単離された核酸中の少なくとも１つの細菌株に対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定することと、を含む。いくつかの実施形態では、細菌株に対するゲノムマーカーが増幅されたヌクレオチド配列に存在する場合、微生物叢に細菌株が定着している。
いくつかの実施形態では、増幅することは、１つ以上の定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）を実行することを含む。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲは、プライマーの１つ以上の対を使用して実行され、プライマーの各対は、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための順方向プライマー及び逆方向プライマーを含む。
いくつかの実施形態では、本方法は、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための順方向プライマー及び逆方向プライマーを含む。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーの対は、配列番号９に示される順方向プライマー及び配列番号１０に示される逆方向プライマーを含む。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーの対は、配列番号１２に示される順方向プライマー及び配列番号１３に示される逆方向プライマーを含む。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーの対は、配列番号１５に示される順方向プライマー及び配列番号１６に示される逆方向プライマーを含む。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーの対は、配列番号１８に示される順方向プライマー及び配列番号１９に示される逆方向プライマーを含む。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーの対は、配列番号２１に示される順方向プライマー及び配列番号２２に示される逆方向プライマーを含む。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーの対は、配列番号２４に示される順方向プライマー及び配列番号２５に示される逆方向プライマーを含む。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーの対は、配列番号２７に示される順方向プライマー及び配列番号２８に示される逆方向プライマーを含む。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーの対は、配列番号３０に示される順方向プライマー及び配列番号３１に示される逆方向プライマーを含む。
いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応はＤＮＡプローブをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、フルオロフォアと少なくとも１つのクエンチャーとを含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１７、配列番号２０、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２９、及び／または配列番号３２に示される配列を含む。
いくつかの実施形態では、細菌株に対するゲノムマーカーが増幅されたヌクレオチド配列に存在しない場合、本方法は、細菌組成物の１回以上の追加用量を対象に投与することをさらに含む。
本発明の制限の各々は、本発明のさまざまな実施形態を包含し得る。したがって、いずれか１つの要素または要素の組み合わせを伴う本発明の制限が本発明の各態様に含まれ得ることが予期される。本発明は、その適用において、以下の説明に示されるかまたは図面に図示される構成要素の構造及び配置の詳細に制限されない。本発明は、他の実施形態が可能であり、さまざまな方法で実践または遂行することができる。
添付の図面は、原寸に比例した描写を意図したものではない。これらの図は例示にすぎず、本開示を可能にするために必須なものではない。明瞭にするため、すべての構成要素がすべての図面で標識付けられているわけではない。
本開示のさまざまな治療コホートを図示する図表を提示する。 ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａに属する細菌株の存在量を示すデータを示す。糞便物質移植（ＦＭＴ）移入後のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａに属する細菌分類群の存在量を示す（ｖａｎ Ｎｏｏｄ，ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．（２０１３）３６８：４０７−４１５を参照）。「ｒＣＤＩ−前」は、ＦＭＴ移入前の再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を指し、「ｒＣＤＩ−後」は、ＦＭＴ移入後の再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を指す。 ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａに属する細菌株の存在量を示すデータを示す。組成物ＶＥ３０３の投与後のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ クラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩに属する細菌株の存在量を示す。各時点について、左から右に、バンコマイシン（「Ｖａｎｃｏ」）、指標／コホート１、コホート２、コホート３、コホート４、及びコホート５で、データが提示される。 バンコマイシンによる治療後の対象における微生物叢の回復を示すグラフを提示する。ＦＭＴ移入の前後の細菌門の相対的存在量を示す（Ｓｍｉｌｉｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ（２０１８）２３（２）：２２９−２４０を参照）。 バンコマイシンによる治療後の対象における微生物叢の回復を示すグラフを提示する。バンコマイシンの投与前（ベースライン）、投与後、及び組成物ＶＥ３０３の投与後の細菌門の相対的存在量を示す。 バンコマイシンによる治療後の対象における微生物叢の回復を示すグラフを提示する。組成物ＶＥ３０３の投与後１週間未満または組成物ＶＥ３０３の投与後１週間超のいずれかでの、各コホート（「Ｃｏｈ」）またはバンコマイシン対照（「Ｖａｎｃｏ」）におけるＢａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓの存在量を示す。 バンコマイシンによる治療後の対象における微生物叢の回復を示すグラフを提示する。組成物ＶＥ３０３の投与後１週間未満または組成物ＶＥ３０３の投与後１週間超のいずれかでの、各コホート（「Ｃｏｈ」）またはバンコマイシン対照（「Ｖａｎｃｏ」）におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ（図３Ｄ）の存在量を示す。 バンコマイシンの投与後及び組成物ＶＥ３０３の投与後の微生物叢の動態を例解する。ベースライン時、バンコマイシンの投与後、組成物ＶＥ３０３の投与後１週間未満（回復）、及び組成物ＶＥ３０３の投与後１週間超での、すべてのコホートの微生物群集を示す。 バンコマイシンの投与後及び組成物ＶＥ３０３の投与後の微生物叢の動態を例解する。ベースライン時、バンコマイシンの投与後、組成物ＶＥ３０３の投与後１週間未満（回復）、及び組成物ＶＥ３０３の投与後１週間超での、コホート５の微生物群集を示す。 バンコマイシンの投与後及び組成物ＶＥ３０３の投与後の微生物叢の動態を例解する。ベースライン時、バンコマイシンの投与後、組成物ＶＥ３０３の投与後１週間未満（回復）、及び組成物ＶＥ３０３の投与後１週間超（回復）での、微生物叢に存在する細菌種の変化を示す。 バンコマイシン投与直後のＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ及び他の病原体の存在を強調する詳細な種分析である。 全対象集団の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数として示した定着データを示すグラフを提示する。ＮＤ：データ収集せず。Ｖａｎｃｏ：０ＣＦＵ、コホート１：１．６×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート２：４．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート３：８．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート４：４．０×１０１０ＣＦＵ（５日）、コホート５：１．１×１０１１ＣＦＵ（１４日）。 全対象集団の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数として示した定着データを示すグラフを提示する。ＮＤ：データ収集せず。Ｖａｎｃｏ：０ＣＦＵ、コホート１：１．６×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート２：４．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート３：８．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート４：４．０×１０１０ＣＦＵ（５日）、コホート５：１．１×１０１１ＣＦＵ（１４日）。 全対象集団の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数として示した定着データを示すグラフを提示する。ＮＤ：データ収集せず。Ｖａｎｃｏ：０ＣＦＵ、コホート１：１．６×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート２：４．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート３：８．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート４：４．０×１０１０ＣＦＵ（５日）、コホート５：１．１×１０１１ＣＦＵ（１４日）。 全対象集団の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数として示した定着データを示すグラフを提示する。ＮＤ：データ収集せず。Ｖａｎｃｏ：０ＣＦＵ、コホート１：１．６×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート２：４．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート３：８．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート４：４．０×１０１０ＣＦＵ（５日）、コホート５：１．１×１０１１ＣＦＵ（１４日）。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。コホート４及びコホート５の対象（Ａ〜Ｎ）の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。コホート４及びコホート５の対象（Ａ〜Ｎ）の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。バンコマイシンを受けなかった対照コホートの対象（Ｏ〜Ｓ）の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。各時点について、上から下に、組成物ＶＥ３０３の細菌株ＶＥ３０３−１、ＶＥ３０３−２、ＶＥ３０３−３、ＶＥ３０３−４、ＶＥ３０３−５、ＶＥ３０３−６、ＶＥ３０３−７、ＶＥ３０３−８が示される。「＊」で示される網掛け領域は、バンコマイシン投与の時間を示す。「＃」で示される領域は、組成物ＶＥ３０３投与の時間を示す。 組成物ＶＥ３０３の投与から１週間後に対象の総数の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株を要約する（例えば、コホート３では、３人中２人の対象においてＶＥ３０３−０１株が見出された）。アスタリスク（＊）は、各対象で検出された株がバックグラウンドレベルを差し引いた後のものであることを示す。 各コホートの個々の対象各々の微生物叢における組成物ＶＥ３０３の細菌株の生着の相対的存在量及び耐久性を示す。各コホートの個々の対象各々における組成物ＶＥ３０３の細菌株の各々の全体的な存在量を示す。各対象について、上から下に、組成物ＶＥ３０３の細菌株ＶＥ３０３−１、ＶＥ３０３−２、ＶＥ３０３−３、ＶＥ３０３−４、ＶＥ３０３−５、ＶＥ３０３−６、ＶＥ３０３−７、ＶＥ３０３−８が示される。 各コホートの個々の対象各々の微生物叢における組成物ＶＥ３０３の細菌株の生着の相対的存在量及び耐久性を示す。コホートあたりの経時的な組成物ＶＥ３０３の細菌株の総存在量及び要約表を示す。 各コホートの個々の対象各々の微生物叢における組成物ＶＥ３０３の細菌株の生着の相対的存在量及び耐久性を示す。コホートあたりの経時的な組成物ＶＥ３０３の細菌株の総存在量及び要約表を示す。 各コホートの個々の対象各々の微生物叢における組成物ＶＥ３０３の細菌株の生着の相対的存在量及び耐久性を示す。耐久性のある生着を示す（図６も参照）。 経時的な各コホート内の微生物叢における組成物ＶＥ３０３の各細菌株の相対的存在量を示す。 経時的な各コホート内の微生物叢における組成物ＶＥ３０３の各細菌株の相対的存在量を示す。 コホート４及びコホート５の対象における組成物ＶＥ３０３株の細菌株の相対的存在量を示す。経時的なコホート４及びコホート５における組成物ＶＥ３０３の細菌株の相対的存在量を示すプロットを提示する。 コホート４及びコホート５の対象における組成物ＶＥ３０３株の細菌株の相対的存在量を示す。約４週での組成物ＶＥ３０３の細菌株の相対的存在量の要約表を示す。 ベースライン時、バンコマイシンの投与後（「Ｖａｎｃｏ後」）、組成物ＶＥ３０３の投与後１週間未満、及び組成物ＶＥ３０３の投与後１週間超での、経時的な微生物叢の多様性を示す。各治療日について、データを、左から右に、バンコマイシンのみ（「Ｖａｎｃｏ」）、コホート４、及びコホート５で示す。 ｒＣＤＩのヒト細菌株の合理的に定義されたコンソーシアムを示す。図１３Ａは、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）後の再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（ｒＣＤＩ）回復と関連付けられる上位細菌属のクラスター化されたヒートマップを示す。健康なドナー及びｒＣＤＩ患者の便を、Ｌｅｉｄｅｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｃｅｎｔｅｒ（ＬＵＭＣ）及びＮｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ Ｄｏｎｏｒ Ｆｅｃｅｓ Ｂａｎｋ（ＮＤＦＢ）と協力して収集した。ＦＭＴへの応答は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａの移入と関連付けられる。 ｒＣＤＩのヒト細菌株の合理的に定義されたコンソーシアムを示す。ＶＥ３０３組成物、ヒトＦＭＴ、またはバンコマイシンを投与したマウスの生存を示すカプランマイヤープロットを示す。比較のため、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）または陰性の生きた生物学的製剤（陰性ＬＢＰ）を投与したマウスは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染で死亡した。 正常で健康な有志における治験第１ａ／ｂ相用量漸増試験を示す。さまざまなコホートを図１の図表に従って治療した。糞便試料を、各対象について示される時間で長期にわたって収集し、Ｉｌｌｕｍｉｎａショットガンメタゲノミクス配列決定によって分析した。第１の網掛け領域（左）は、バンコマイシンの毎日の投与を示す。第２の網掛け領域（右）は、ＶＥ３０３の毎日の投与を示す。各データ点は糞便収集を表す。 正常で健康な有志における治験第１ａ／ｂ相用量漸増試験を示す。さまざまなコホートを図１の図表に従って治療した。糞便試料を、各対象について示される時間で長期にわたって収集し、Ｉｌｌｕｍｉｎａショットガンメタゲノミクス配列決定によって分析した。第１の網掛け領域（左）は、バンコマイシンの毎日の投与を示す。第２の網掛け領域（右）は、ＶＥ３０３の毎日の投与を示す。各データ点は糞便収集を表す。 正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬力学を示す。各細菌門の絶対的存在量の変化は、抽出された便の質量及びＤＮＡ収量に基づく。すべてのデータ点が上部パネルに表示され、データ点のサブセットが下部パネルに表示される。バンコマイシンを用いた治療により、細菌バイオマスは大幅に減少したものの、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ ＤＮＡが一部の対象において増加した。 選択された時点でのＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの絶対的存在量の変化を示す。矢印は、バンコマイシン治療後１週間以内のＶＥ３０３関連性の回復傾向を示す。 正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬物動態（ＰＫ）を示す。正常で健康な各有志対象で経時的に検出されたＶＥ３０３株の数を示す。 正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬物動態（ＰＫ）を示す。各株が定着した対象のパーセントを示し、中央値より大きい値が強調表示されている。８つすべてのＶＥ３０３株が、ほぼすべてのコホート４及びコホート５の対象で検出された。 正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬物動態（ＰＫ）を示す。すべてのデータ点（上部パネル）及びデータ点のサブセット（下部パネル）について、経時的な各対象におけるＶＥ３０３コンソーシアムの総存在量を示す。 正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬物動態（ＰＫ）を示す。ＶＥ３０３株あたりの存在量の中央値を示し、中央値より大きい値が強調表示されている。 正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬力学（ＰＤ）を示す。バンコマイシン後（バンコマイシン後）、回復から最大１週間（回復１週間未満）、または回復から１週間超（回復１週間超）の、最も存在量が高いＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの対象あたりの総相対的存在量における変化。バンコマイシン単独後の自然回復が、ＶＥ３０３の存在下での回復と比較される（コホート４及びコホート５）。アスタリスク（＊）は、ＢＨ補正済みのｐ＜０．０５のＫｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓを示す。 正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬力学（ＰＤ）を示す。バンコマイシン後（バンコマイシン後）、回復から最大１週間（回復１週間未満）、または回復から１週間超（回復１週間超）の、最も存在量が高いＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの対象あたりの総相対的存在量における変化。バンコマイシン単独後の自然回復が、ＶＥ３０３の存在下での回復と比較される（コホート４及びコホート５）。アスタリスク（＊）は、ＢＨ補正済みのｐ＜０．０５のＫｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓを示す。 正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬力学（ＰＤ）を示す。バンコマイシン後（バンコマイシン後）、回復から最大１週間（回復１週間未満）、または回復から１週間超（回復１週間超）の、最も存在量が高いＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの対象あたりの総相対的存在量における変化。バンコマイシン単独後の自然回復が、ＶＥ３０３の存在下での回復と比較される（コホート４及びコホート５）。アスタリスク（＊）は、ＢＨ補正済みのｐ＜０．０５のＫｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓを示す。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数及び株存在量を示す。図１９Ａは、バンコマイシン（ｖａｎｃｏ）のみで治療された対象及びバンコマイシンに続いてＶＥ３０３で治療された対象の微生物叢で検出されたＶＥ３０３株の数を示す。 図１９Ｂは、バンコマイシンのみで治療された対象及びバンコマイシンに続いてＶＥ３０３で治療された対象の微生物叢で検出された各ＶＥ３０３株の存在量パーセントを示す。各時点について、上から下に、組成物ＶＥ３０３の細菌株ＶＥ３０３−１、ＶＥ３０３−２、ＶＥ３０３−３、ＶＥ３０３−４、ＶＥ３０３−５、ＶＥ３０３−６、ＶＥ３０３−７、ＶＥ３０３−８が示される。「＊」で示される網掛け領域は、バンコマイシン投与の時間を示す。「＃」で示される領域は、組成物ＶＥ３０３投与の時間を示す。 本開示の追加のさまざまな治療コホートを図示する図表を提示する。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。これらのグラフは、コホート１〜６及び８の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。各時点について、上から下に、組成物ＶＥ３０３の細菌株ＶＥ３０３−１、ＶＥ３０３−２、ＶＥ３０３−３、ＶＥ３０３−４、ＶＥ３０３−５、ＶＥ３０３−６、ＶＥ３０３−７、及びＶＥ３０３−８が示される。「Ｂ」はベースライン時に検出されたＶＥ３０３組成物株の数を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出されたＶＥ３０３組成物株の数を示す。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。これらのグラフは、コホート１〜６及び８の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。各時点について、上から下に、組成物ＶＥ３０３の細菌株ＶＥ３０３−１、ＶＥ３０３−２、ＶＥ３０３−３、ＶＥ３０３−４、ＶＥ３０３−５、ＶＥ３０３−６、ＶＥ３０３−７、及びＶＥ３０３−８が示される。「Ｂ」はベースライン時に検出されたＶＥ３０３組成物株の数を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出されたＶＥ３０３組成物株の数を示す。 コホート１〜６及びコホート８の全対象集団の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数として示した定着データを示すグラフを提示する。試料は、２４週までの示された時点で採取された。 コホート１〜６及びコホート８の全対象集団の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数として示した定着データを示すグラフを提示する。試料は、２４週までの示された時点で採取された。 コホート１〜６及びコホート８の全対象集団の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数として示した定着データを示すグラフを提示する。試料は、２４週までの示された時点で採取された。 各コホートの個々の対象各々の微生物叢における組成物ＶＥ３０３の各細菌株の生着の全体的な存在量及び耐久性を示す。各対象について、上から下に、組成物ＶＥ３０３の細菌株ＶＥ３０３−１、ＶＥ３０３−２、ＶＥ３０３−３、ＶＥ３０３−４、ＶＥ３０３−５、ＶＥ３０３−６、ＶＥ３０３−７、ＶＥ３０３−８が示される。 経時的なコホート１〜６及びコホート８の各々のなかの微生物叢における組成物ＶＥ３０３の各細菌株の相対的存在量を示す。 経時的なコホート１〜６及びコホート８の各々のなかの微生物叢における組成物ＶＥ３０３の各細菌株の相対的存在量を示す。 経時的なコホート１〜６及びコホート８の各々のなかの微生物叢における組成物ＶＥ３０３の各細菌株の相対的存在量を示す。 経時的なコホート１〜６及びコホート８の各々のなかの微生物叢における組成物ＶＥ３０３の各細菌株の相対的存在量を示す。 バンコマイシンの投与前（ベースライン）、投与後、及び組成物ＶＥ３０３の投与後の細菌門の相対的存在量を示す。「Ｂ」はベースライン時に検出されたＶＥ３０３組成物株の数を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出されたＶＥ３０３組成物株の数を示す。 バンコマイシンの投与前（ベースライン）、投与後、及び組成物ＶＥ３０３の投与後の細菌門の定量化を示す。「Ｂ」はベースライン時に検出された各細菌門の量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各細菌門の量を示し、「Ｒ」は、バンコマイシン治療からの回復中に検出された各細菌門の量を示す。 バンコマイシンの投与前（ベースライン）、投与後、及び組成物ＶＥ３０３の投与後の細菌門の定量化を示す。「Ｂ」はベースライン時に検出された各細菌門の量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各細菌門の量を示し、「Ｒ」は、バンコマイシン治療からの回復中に検出された各細菌門の量を示す。 経時的なコホート４、コホート５、及びコホート８におけるバンコマイシンによる治療後のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａ細菌の存在量を示す。Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ検定で計算して、「ｎｓ」は０．０５超のｐ値を示し、「＊」は約０．０５のｐ値を示し、「＊＊」は０．００１未満のｐ値を示す。 抗生物質で乱された腸がＶＥ３０３で治療することによってどのように健康に戻ることができるのかを例解する。 短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）及び二次胆汁酸の回復がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ）患者の回復と関連付けられることを示す（Ｓｅｅｋａｔｚ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｅｒｏｂｅ ２０１８，Ｏｃｔ，５３：６４−７３より）。 ＶＥ３０３による治療後の一次共役胆汁酸（ＢＡ）の減少を示す。コホート１〜５の対象からのさまざまな一次胆汁酸（グリコヘノデオキシコール酸、グリコホール（ｇｌｙｃｏｈｏｌｉｃ）酸、タウロケノデオキシコール酸、及びタウロコール酸）を、示される時点で採取された試料から定量化した。「Ｂ」はベースライン時に検出された各一次共役ＢＡの量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各一次共役ＢＡの量を示し、「Ｒ」はバンコマイシン治療からの回復中に検出された各一次共役ＢＡの量を示す。「＊」は、ＶＥ３０３投与が一次ＢＡの迅速な枯渇と関連付けられる興味深い傾向を示す。 ＶＥ３０３による治療後の一次共役胆汁酸（ＢＡ）の減少を示す。コホート１〜５の対象からのさまざまな一次胆汁酸（グリコヘノデオキシコール酸、グリコホール（ｇｌｙｃｏｈｏｌｉｃ）酸、タウロケノデオキシコール酸、及びタウロコール酸）を、示される時点で採取された試料から定量化した。「Ｂ」はベースライン時に検出された各一次共役ＢＡの量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各一次共役ＢＡの量を示し、「Ｒ」はバンコマイシン治療からの回復中に検出された各一次共役ＢＡの量を示す。「＊」は、ＶＥ３０３投与が一次ＢＡの迅速な枯渇と関連付けられる興味深い傾向を示す。 ＶＥ３０３による治療後の二次脱共役胆汁酸（ＢＡ）の回復を示す。コホート１〜５の対象からのさまざまな二次胆汁酸（デオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸）を、示される時点で採取された試料から定量化した。「Ｂ」はベースライン時に検出された各二次脱共役ＢＡの量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各二次脱共役ＢＡの量を示し、「Ｒ」はバンコマイシン治療からの回復中に検出された各二次脱共役ＢＡの量を示す。「＊」は、ＶＥ３０３投与が二次ＢＡの迅速な回復と関連付けられる興味深い傾向を示す。 ＶＥ３０３による治療後の一次共役ＢＡの減少及び二次脱共役ＢＡの回復を示す。コホート４及びコホート５の対象からのさまざまな一次及び二次ＢＡ（グリコヘノデオキシコール酸、グリコホール酸、及びタウロコール酸；デオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸）を、示される時点で採取された試料から定量化した。「Ｂ」はベースライン時に検出された各一次または二次ＢＡの量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各一次または二次ＢＡの量を示し、「Ｒ」はバンコマイシン治療からの回復中に検出された各一次または二次ＢＡの量を示す。「＊」は、ＶＥ３０３投与が一次ＢＡの迅速な枯渇または二次ＢＡの回復と関連付けられる興味深い傾向を示す。 抗生物質による治療及びＶＥ３０３の投与後のＢＡの減少及び回復を示す。コホート４及びコホート５の対象からのさまざまな一次及び二次ＢＡ（ケノデオキシコール酸、コール酸、グリコケノデオキシコール酸、グリココール酸、タウロコール酸、デオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸）を、示される時点で採取された試料から定量化した。 抗生物質による治療及びＶＥ３０３の投与後のＢＡの減少及び回復を示す。コホート４及びコホート５の対象からのさまざまな一次及び二次ＢＡ（ケノデオキシコール酸、コール酸、グリコケノデオキシコール酸、グリココール酸、タウロコール酸、デオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸）を、示される時点で採取された試料から定量化した。 ＶＥ３０３治療と胆汁酸産生との関連についての線形混合効果モデル分析の結果を示す。ＶＥ３０３は、二次胆汁酸の回復及び一次胆汁酸の減少と深く関連付けられる。 ＶＥ３０３治療と胆汁酸産生との関連についての線形混合効果モデル分析の結果を示す。ＶＥ３０３は、二次胆汁酸の回復及び一次胆汁酸の減少と深く関連付けられる。 一次胆汁酸及び二次胆汁酸の代謝に重要な上位２０個の細菌株の素性を示す。ＶＥ３０３細菌株は、一次胆汁酸及び二次胆汁酸両方の代謝に重要である。 一次胆汁酸及び二次胆汁酸の代謝に重要な上位２０個の細菌株の素性を示す。ＶＥ３０３細菌株は、一次胆汁酸及び二次胆汁酸両方の代謝に重要である。 一次胆汁酸及び二次胆汁酸の代謝に重要な上位２０個の細菌株の素性を示す。ＶＥ３０３細菌株は、一次胆汁酸及び二次胆汁酸両方の代謝に重要である。 一次胆汁酸及び二次胆汁酸の代謝に重要な上位２０個の細菌株の素性を示す。ＶＥ３０３細菌株は、一次胆汁酸及び二次胆汁酸両方の代謝に重要である。 胆汁酸（ＢＡ）回復に重要なＶＥ３０３種及び常在微生物を示す。ＶＥ３０３グループＡ（ＶＥ３０３−０１、ＶＥ３０３−０２、ＶＥ３０３−０３、ＶＥ３０３−０５、ＶＥ３０３−０７、ＶＥ３０３−８）株は、一次ＢＡ回復と負の関連があり、二次ＢＡ回復と正の関連がある。ＶＥ３０３グループＢ株（ＶＥ３０３−０４、ＶＥ３０３−０６）は、二次ＢＡ回復と正の関連がある。 胆汁酸（ＢＡ）回復に重要なＶＥ３０３種及び常在微生物を示す。ＶＥ３０３グループＡ（ＶＥ３０３−０１、ＶＥ３０３−０２、ＶＥ３０３−０３、ＶＥ３０３−０５、ＶＥ３０３−０７、ＶＥ３０３−８）株は、一次ＢＡ回復と負の関連があり、二次ＢＡ回復と正の関連がある。ＶＥ３０３グループＢ株（ＶＥ３０３−０４、ＶＥ３０３−０６）は、二次ＢＡ回復と正の関連がある。 胆汁酸（ＢＡ）回復に重要なＶＥ３０３種及び常在微生物を示す。ＶＥ３０３グループＡ（ＶＥ３０３−０１、ＶＥ３０３−０２、ＶＥ３０３−０３、ＶＥ３０３−０５、ＶＥ３０３−０７、ＶＥ３０３−８）株は、一次ＢＡ回復と負の関連があり、二次ＢＡ回復と正の関連がある。ＶＥ３０３グループＢ株（ＶＥ３０３−０４、ＶＥ３０３−０６）は、二次ＢＡ回復と正の関連がある。 抗生物質による治療及びＶＥ３０３の投与後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の回復を示す。コホート１〜５の対象からのさまざまなＳＣＦＡ（酢酸塩、プロピオン酸塩、酪酸塩、及び吉草酸塩）を、示される時点で採取された試料から定量化した。「Ｂ」はベースライン時に検出された各ＳＣＦＡの量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各ＳＣＦＡの量を示し、「Ｒ」はバンコマイシン治療からの回復中に検出された各ＳＣＦＡの量を示す。「＊」は、ＶＥ３０３投与がＳＣＦＡの迅速な回復と関連付けられる興味深い傾向を示す。 抗生物質による治療及びＶＥ３０３の投与後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の回復を示す。コホート４及びコホート５の対象からのさまざまなＳＣＦＡ（酢酸塩、プロピオン酸塩、及び酪酸塩）を、示される時点で採取された試料から定量化した。「Ｂ」はベースライン時に検出された各ＳＣＦＡの量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各ＳＣＦＡの量を示し、「Ｒ」はバンコマイシン治療からの回復中に検出された各ＳＣＦＡの量を示す。「＊」は、ＶＥ３０３投与がＳＣＦＡの迅速な回復と関連付けられる興味深い傾向を示す。 ＶＥ３０３治療と短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）回復との関連についての線形混合効果モデル分析の結果を示す。ＶＥ３０３は、酢酸塩、酪酸塩、及びプロピオン酸塩の回復と深く関連付けられる。 ＶＥ３０３治療と短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）回復との関連についての線形混合効果モデル分析の結果を示す。ＶＥ３０３は、酢酸塩、酪酸塩、及びプロピオン酸塩の回復と深く関連付けられる。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の回復に重要な上位２０個の細菌株の素性を示す。ＶＥ３０３細菌株はＳＣＦＡの回復に重要である。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の回復に重要な上位２０個の細菌株の素性を示す。ＶＥ３０３細菌株はＳＣＦＡの回復に重要である。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の回復に重要な上位２０個の細菌株の素性を示す。ＶＥ３０３細菌株はＳＣＦＡの回復に重要である。 短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）回復に重要なＶＥ３０３種及び常在微生物を示す。ＶＥ３０３グループＡ株（ＶＥ３０３−０１、ＶＥ３０３−０２、ＶＥ３０３−０６、ＶＥ３０３−０７）は、ヘキサン酸塩回復と正の関連があり、ＶＥ３０３グループＢ株（ＶＥ３０３−０３、ＶＥ３０３−０４、ＶＥ３０３−０８）は、プロピオン酸塩と正の関連がある。 短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）回復に重要なＶＥ３０３種及び常在微生物を示す。ＶＥ３０３グループＡ株（ＶＥ３０３−０１、ＶＥ３０３−０２、ＶＥ３０３−０６、ＶＥ３０３−０７）は、ヘキサン酸塩回復と正の関連があり、ＶＥ３０３グループＢ株（ＶＥ３０３−０３、ＶＥ３０３−０４、ＶＥ３０３−０８）は、プロピオン酸塩と正の関連がある。 短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）回復に重要なＶＥ３０３種及び常在微生物を示す。ＶＥ３０３グループＡ株（ＶＥ３０３−０１、ＶＥ３０３−０２、ＶＥ３０３−０６、ＶＥ３０３−０７）は、ヘキサン酸塩回復と正の関連があり、ＶＥ３０３グループＢ株（ＶＥ３０３−０３、ＶＥ３０３−０４、ＶＥ３０３−０８）は、プロピオン酸塩と正の関連がある。 ＶＥ３０３がバンコマイシン後の微生物叢の早期回復を促進することを示す。バンコマイシンのみ（５日間、毎日投与）（「Ｖａｎｃｏ」）またはＶＥ３０３を１４日間投与した健康な有志（ＨＶ）（「コホート５」）のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ（左パネル）及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ（右パネル）の平均相対的存在量（＋／−ＳＥＭ）。「Ｖａｎｃｏ」の時点には、バンコマイシン投与＋２４時間の間に収集された試料が含まれる。「早期回復」の時点には、回復の最初の７日以内に収集された試料が含まれる。「晩期回復」の時点には、回復の最初の７日より後に収集された試料が含まれる。 ＶＥ３０３コンソーシアム及び株６（Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）により、ｉｎ ｖｉｔｒｏ競合実験においてＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）増殖が減少したことを示す。Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを含まないＶＥ３０３は、ＶＥ３０３増殖の抑制においてそれほど効果的ではなかった。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの培養物を、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ（陽性対照）、ＶＥ３０３、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを含まないＶＥ３０３の存在下、または競合株（単数または複数）の非存在下（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅのみ）で培養した。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの量は、対照（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅのみ）のパーセンテージとして提示される。 本開示のためのさまざまな治療コホートを例解する図表を提示する。 ＶＥ３０３定着を示す。対象集団の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の総数を示す。 ＶＥ３０３定着を示す。図４５Ｂの上の行はすべてのデータ点を含み、下の行は上の行の破線の下の点を拡大している。バンコマイシン（「Ｖａｎｃｏ」）：０ＣＦＵ、コホート１：１．６×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート２：４．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート３：８．０×１０９ＣＦＵ（１日）、コホート４：４．０×１０１０ＣＦＵ（５日）、コホート５：１．１×１０１１ＣＦＵ（１４日）、コホート６：１．７×１０１１ＣＦＵ（２１日）。Ｄ６はＶＥ３０３治療の６日目であり、Ｄ６〜Ｄ１１は６〜１１日目であり、Ｄ０〜２０は０〜２０日目である。中央値（＋／−四分位範囲及び９５％信頼区間）が各コホートについてプロットされる。ＶＥ３０３投与日は、矢印で各コホートについて示される。 ＶＥ３０３投与の微生物叢薬力学を示す。ベースライン時（破線のボックスの左側）、バンコマイシンの投与後（破線のボックス）、及びバンコマイシン投与後の回復中（破線のボックスの右側）の細菌門の相対的存在量を示す。各棒は、１人の対象における単一の時点での細菌の相対的存在量に対応し、時間によって増加する順になっている。Ｄ６はＶＥ３０３治療の６日目であり、Ｄ６〜Ｄ１１は６〜１１目であり、Ｄ０〜２０は０〜２０日目である。 ＶＥ３０３投与の微生物叢薬力学を示す。治療の時点による微生物叢指数（ＭＩ）を示す（実施例１１の式４を参照）。「ベースライン」は開始時の群集に対応し、「Ｖａｎｃｏ」は４〜６日目に対応し、「早期回復」は試験の７〜１３日目（またはＶＥ３０３を伴うもしくは伴わないバンコマイシン治療後１週間）に対応し、「晩期回復」は１４日以上の日数に対応し、「早期、ｖａｎｃｏなし」は１〜７日目（またはコホート６のみについてはＶＥ３０３後１週間）に対応し、「晩期、ｖａｎｃｏなし」は、コホート６のみについて８日以上の日数に対応する。ＭＩはｌｏｇ１０スケールでプロットされる。 ＶＥ３０３投与の微生物叢薬力学を示す。各コホートの「早期回復」時点での各コホートまたはバンコマイシン対照におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ（左パネル）及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ（右パネル）の存在量（％）を示す。図４６Ｄは、「早期回復」時点でのＶＥ３０３漸増用量に対する微生物叢の応答（ＭＩで測定）を示す。 ＶＥ３０３投与の微生物叢薬力学を示す。「早期回復」時点でのＶＥ３０３漸増用量に対する微生物叢の応答（ＭＩで測定）を示す。 ＶＥ３０３投与の微生物叢薬力学を示す。「早期回復」及び「晩期回復」時点でのＶＥ３０３漸増用量に対する微生物叢の応答（ＭＩによって測定）を示す。平均＋／−標準誤差が示される。 ＶＥ３０３投与の胆汁酸薬力学を示す。ベースライン時、バンコマイシン投与後（破線のボックス内）、またはバンコマイシン投与後の回復期間中に健康な有志の便で測定された胆汁酸の相対的存在量を示す。各棒は、１人の対象における単一の時点での相対的胆汁酸存在量に対応する。「Ｖａｎｃｏ」はバンコマイシンであり、「ＢＡ」は胆汁酸であり、Ｄ６はＶＥ３０３治療の６日目であり、Ｄ６〜Ｄ１１は６〜１１日目であり、Ｄ０〜２０は０〜２０日目である。 ＶＥ３０３投与の胆汁酸薬力学を示す。胆汁酸指数（ＢＡＩ）（実施例１１の式３ ５を参照）。「ベースライン」は開始時の群集であり、「Ｖａｎｃｏ」は４〜６日目であり、「早期回復」は試験の７〜１３日目（またはＶＥ３０３投与を伴うまたは伴わないバンコマイシン治療後１週間）に対応し、「晩期回復」は１４日以上の日数に対応し、「早期、ｖａｎｃｏなし」は試験１〜７日目（または、コホート６のみについてはＶＥ３０３後１週間）に対応し、「晩期、ｖａｎｃｏなし」はコホート６のみについて８日以上の試験日数に対応する。各コホートで試料が収集された最近日が各パネルの右下隅に示される。 ＶＥ３０３投与の胆汁酸薬力学を示す。ベースライン時ならびに抗生物質による治療及びＶＥ３０３の投与後の示されるＢＡの減少及び回復を示す。各時点について、左から右に、「ｖａｎｃｏ」コホート、コホート４、及びコホート５の対象からのさまざまな一次ＢＡ及び二次ＢＡ（ケノデオキシコール酸、コール酸、グリコケノデオキシコール酸、グリココール酸、タウロコール酸、デオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸）を、示される時点で採取された試料から定量化した。 ＶＥ３０３投与の胆汁酸薬力学を示す。ベースライン時ならびに抗生物質による治療及びＶＥ３０３の投与後の示されるＢＡの減少及び回復を示す。各時点について、左から右に、「ｖａｎｃｏ」コホート、コホート４、及びコホート５の対象からのさまざまな一次ＢＡ及び二次ＢＡ（ケノデオキシコール酸、コール酸、グリコケノデオキシコール酸、グリココール酸、タウロコール酸、デオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸）を、示される時点で採取された試料から定量化した。 ＶＥ３０３投与の胆汁酸薬力学を示す。ランダムフォレスト回帰によって予測された、測定された微生物存在量の関数としての予測された測定された胆汁酸存在量を示す。患者ごとに１つの試料をランダムに選択することにより、１００の異なるランダムフォレスト回帰を作成した。このプロセスを、さまざまなランダムシード初期化に対応して３０回繰り返した。並べ替えた重要度ｐ値が３０×１００回の反復の少なくとも５０％において０．０５以下である微生物を、累積局所効果（ＡＬＥ）分析により評価する。線形モデルを結果として得られたＡＬＥプロットに適合させて、測定された各胆汁酸に対する各微生物の正／負の寄与を定性的に決定した。 ＶＥ３０３投与の胆汁酸薬力学を示す。ランダムフォレスト回帰によって予測された、測定された微生物存在量の関数としての予測された測定された胆汁酸存在量を示す。患者ごとに１つの試料をランダムに選択することにより、１００の異なるランダムフォレスト回帰を作成した。このプロセスを、さまざまなランダムシード初期化に対応して３０回繰り返した。並べ替えた重要度ｐ値が３０×１００回の反復の少なくとも５０％において０．０５以下である微生物を、累積局所効果（ＡＬＥ）分析により評価する。線形モデルを結果として得られたＡＬＥプロットに適合させて、測定された各胆汁酸に対する各微生物の正／負の寄与を定性的に決定した。 ＶＥ３０３投与の胆汁酸薬力学を示す。ランダムフォレスト回帰によって予測された、測定された微生物存在量の関数としての予測された測定された胆汁酸存在量を示す。患者ごとに１つの試料をランダムに選択することにより、１００の異なるランダムフォレスト回帰を作成した。このプロセスを、さまざまなランダムシード初期化に対応して３０回繰り返した。並べ替えた重要度ｐ値が３０×１００回の反復の少なくとも５０％において０．０５以下である微生物を、累積局所効果（ＡＬＥ）分析により評価する。線形モデルを結果として得られたＡＬＥプロットに適合させて、測定された各胆汁酸に対する各微生物の正／負の寄与を定性的に決定した。 ＶＥ３０３投与の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）薬力学を示す。ベースライン時、バンコマイシン投与後、及びバンコマイシン投与後の回復中に健康な有志の便で測定された短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の濃度を示す。「Ｂ」はベースラインであり、「Ｖ」はバンコマイシンであり、「Ｒ」は回復である。 ＶＥ３０３投与の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）薬力学を示す。ＶＥ３０３の複数回用量を受けた対象（コホート４及びコホート５）と比較した、バンコマイシンのみを受けた対象の経時的な便試料中の示されるＳＣＦＡの濃度（平均＋／−ｓｅｍ）を示す。 ＶＥ３０３投与の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）薬力学を示す。測定された微生物存在量の関数としての予測された測定されたＳＣＦＡ存在量を示す。患者ごとに１つの試料をランダムに選択することにより、１００の異なるランダムフォレスト回帰を作成した。このプロセスを、さまざまなランダムシード初期化に対応して３０回繰り返した。並べ替えた重要度ｐ値が３０×１００回の反復の少なくとも５０％において０．０５以下である微生物を、累積局所効果（ＡＬＥ）分析により評価する。線形モデルを結果として得られたＡＬＥプロットに適合させて、測定されたＳＣＦＡに対する各微生物の正／負の寄与を定性的に決定した。 ＶＥ３０３投与の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）薬力学を示す。測定された微生物存在量の関数としての予測された測定されたＳＣＦＡ存在量を示す。患者ごとに１つの試料をランダムに選択することにより、１００の異なるランダムフォレスト回帰を作成した。このプロセスを、さまざまなランダムシード初期化に対応して３０回繰り返した。並べ替えた重要度ｐ値が３０×１００回の反復の少なくとも５０％において０．０５以下である微生物を、累積局所効果（ＡＬＥ）分析により評価する。線形モデルを結果として得られたＡＬＥプロットに適合させて、測定されたＳＣＦＡに対する各微生物の正／負の寄与を定性的に決定した。 ＶＥ３０３投与の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）薬力学を示す。測定された微生物存在量の関数としての予測された測定されたＳＣＦＡ存在量を示す。患者ごとに１つの試料をランダムに選択することにより、１００の異なるランダムフォレスト回帰を作成した。このプロセスを、さまざまなランダムシード初期化に対応して３０回繰り返した。並べ替えた重要度ｐ値が３０×１００回の反復の少なくとも５０％において０．０５以下である微生物を、累積局所効果（ＡＬＥ）分析により評価する。線形モデルを結果として得られたＡＬＥプロットに適合させて、測定されたＳＣＦＡに対する各微生物の正／負の寄与を定性的に決定した。 有志における治験第１ａ／ｂ相用量漸増試験を示す。さまざまなコホートを図４４の図表に従って治療した。糞便試料を、各対象について示される時間で収集し、Ｉｌｌｕｍｉｎａショットガンメタゲノミクス配列決定によって分析した。第１の網掛け領域（左）は、バンコマイシンの毎日の投与を示す。第２の網掛け領域（右）は、ＶＥ３０３の毎日の投与を示す。各データ点は糞便収集を表す。「Ｖａｎｃｏ」はバンコマイシンである。 有志における治験第１ａ／ｂ相用量漸増試験を示す。さまざまなコホートを図４４の図表に従って治療した。糞便試料を、各対象について示される時間で収集し、Ｉｌｌｕｍｉｎａショットガンメタゲノミクス配列決定によって分析した。第１の網掛け領域（左）は、バンコマイシンの毎日の投与を示す。第２の網掛け領域（右）は、ＶＥ３０３の毎日の投与を示す。各データ点は糞便収集を表す。「Ｖａｎｃｏ」はバンコマイシンである。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。バンコマイシンのみを受けたコホート（「Ｖａｎｃｏ」）の示される対象の微生物叢で検出された組成ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。コホート１〜３の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。コホート１〜３の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。コホート４及びコホート５の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。コホート４及びコホート５の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示すグラフを提示する。コホート６の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数を示す。各時点の各列について、上から下に、組成物ＶＥ３０３の細菌株ＶＥ３０３−１、ＶＥ３０３−２、ＶＥ３０３−３、ＶＥ３０３−４、ＶＥ３０３−５、ＶＥ３０３−６、ＶＥ３０３−７、及びＶＥ３０３−８が示される。 実施例１１に記載の検出方法を使用したＶＥ３０３マーカーパネルの深度及びカバレージを示す。図５１Ａは、各コホートの平均ＶＥ３０３マーカー深度を示す。 図５１Ｂは、各コホートのＶＥ３０３マーカーのカバレージ（検出されたＶＥ３０３マーカーの割合）を示す。各データ点は、すべての時点にわたって対象の糞便試料メタゲノムで検出されたＶＥ３０３株の平均深度またはカバレージを表す。検出された菌株の最大数は８である。 個々の対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量を示すグラフを提示する。図５２Ａは、バンコマイシンのみを受けたコホート（「Ｖａｎｃｏ」）の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量を示す。 図５２Ｂは、コホート１〜３の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量を示す。 図５２Ｂは、コホート１〜３の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量を示す。 図５２Ｃは、コホート４の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量を示す。 図５２Ｄは、コホート５の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量を示す。 図５２Ｅは、コホート６の示される対象の微生物叢で検出された組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量を示す。各時点の各列について、上から下に、組成物ＶＥ３０３の細菌株ＶＥ３０３−１、ＶＥ３０３−２、ＶＥ３０３−３、ＶＥ３０３−４、ＶＥ３０３−５、ＶＥ３０３−６、ＶＥ３０３−７、及びＶＥ３０３−８が示される。図５２Ｃ〜５２Ｅでは、上の行はすべてのデータ点を含み、下の行は上の行の破線の下の点を拡大している。 対象の便微生物叢における種の豊富度及び多様性を示す。各コホートの微生物叢で検出された細菌種の数によって評価した種の豊富度を示す。 対象の便微生物叢における種の豊富度及び多様性を示す。各コホートの微生物叢における細菌種多様性指数（Ｓｈａｎｎｏｎ）を示す。 対象の便微生物叢における種の豊富度及び多様性を示す。各コホートの微生物叢における細菌種多様性（Ｉｎｖ Ｓｉｍｐｓｏｎ）を示す。「Ｓｈａｎｎｏｎ」はＳｈａｎｎｏｎ多様性指数であり、「Ｉｎｖ Ｓｉｍｐｓｏｎ」はＳｉｍｐｓｏｎ多様性指数の逆数である。 絶対的細菌存在量を示す。バンコマイシン投与前（ベースライン）、バンコマイシン投与後、及び組成物ＶＥ３０３の投与後の示される細菌門の各々についての細菌ＤＮＡの定量化を示す。上の行はすべてのデータ点を含み、下の行は上の行の破線の下の点を拡大している。「Ｂ」はベースライン時に検出された各細菌門の量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各細菌門の量を示し、「Ｒ」はバンコマイシン治療からの回復中に検出された各細菌門の量を示す。 絶対的細菌存在量を示す。示されるコホートの糞便試料における総ＶＥ３０３株存在量を示す。上の行はすべてのデータ点を含み、下の行は上の行の破線の下の点を拡大している。「Ｂ」はベースライン時に検出された各細菌門の量を示し、「Ｖ」はバンコマイシン治療中に検出された各細菌門の量を示し、「Ｒ」はバンコマイシン治療からの回復中に検出された各細菌門の量を示す。 示されたコホートの各々における時間ごとの個々の試料に基づく、示される細菌クラスの各々の相対的存在量を示す。 示されたコホートの各々における時間ごとの個々の試料に基づく、示される細菌クラスの各々の相対的存在量を示す。 コホートの各々における微生物叢の薬力学（ＰＤ）を示す。最も存在量が高いＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ（上の行）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ（中央の行）、及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ（下の行）の各々の相対的存在量を、ベースライン時、バンコマイシン投与後（「Ｖａｎｃｏ」）、回復から最大１週間（「早期回復」）、または回復から１週間超（「晩期回復」）で示す。各時点について、コホートは、左から右に、バンコマイシンのみ（「ｖａｎｃｏ」）、コホート４、及びコホート５である。バンコマイシン単独の後の自然回復をＶＥ３０３の存在下（コホート４及びコホート５）での回復と比較する。アスタリスク（＊）は、ＢＨ補正済みのｐ＜０．０５のＫｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓを示す。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 示される共役一次胆汁酸（「共役１°ＢＡ」：グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、タウロケノデオキシコール酸）、非共役一次胆汁酸（「非共役１°ＢＡ」：コール酸、ケノデオキシコール酸）、二次胆汁酸（「二次ＢＡ」：デオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸）、及び共役二次胆汁酸（「共役２°ＢＡ」：グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、胆汁酸存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 既知の胆汁酸脱共役、エピマー化、及びジヒドロキシル化遺伝子に対するＶＥ３０３細菌株オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）（または対照参照ゲノムＯＲＦ）の同一性パーセントを示すヒートマップである。 既知の胆汁酸脱共役、エピマー化、及びジヒドロキシル化遺伝子に対するＶＥ３０３細菌株オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）（または対照参照ゲノムＯＲＦ）の同一性パーセントを示すヒートマップである。 既知の胆汁酸脱共役、エピマー化、及びジヒドロキシル化遺伝子に対するＶＥ３０３細菌株オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）（または対照参照ゲノムＯＲＦ）の同一性パーセントを示すヒートマップである。 既知の胆汁酸脱共役、エピマー化、及びジヒドロキシル化遺伝子に対するＶＥ３０３細菌株オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）（または対照参照ゲノムＯＲＦ）の同一性パーセントを示すヒートマップである。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 抗生物質による治療後の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、ヘキサン酸塩、イソ酪酸塩、イソ吉草酸塩、吉草酸塩、及び２メチル酪酸塩）の回復と関連付けられる細菌株を示す。細菌株は、並べ替えた重要度分析に基づいて特定し、並べ替えたときの平均二乗予測誤差の増加に応じてランク付けした。各パネルには、少なくとも１回の反復で有意（並べ替えたｐ値が０．０５未満）であることが分かった細菌が示される。点の網掛けは、ランダムフォレスト反復の総数に対して計算された、統計的に有意である頻度を示す。重要とみなす各ＶＥ３０３株の各々を矢印で示す。この分析によって特定された種は、ＳＣＦＡの存在量に対して、正に影響する場合も負に影響する場合もある。 生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）の薬物動態（ＰＫ）及び薬力学（ＰＤ）を定義するための本明細書に記載の例示的な方法の要約を示す。各ＬＢＰコンソーシアムメンバーのゲノム配列及び各々に固有のマーカー配列が特定され、細菌株が対象に定着するために使用され、対象の共生微生物叢に対するＬＢＰの影響がＬＢＰ開発中に行われてもよい。糞便中の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）及び胆汁酸（ＢＡ）は、特定の適応症の治療用に設計されたＬＢＰのＰＤを特徴付ける上で有用であってもよい。 微生物叢及び代謝産物とＶＥ３０３投与との関連性のモデルを示す。健康なヒトの腸（左のパネル）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の状況下（中央のパネル）、ならびに微生物叢、胆汁酸、及びＳＣＦＡ恒常性の復元をもたらすＶＥ３０３の投与後の健康なヒトの腸（右のパネル）における、共生微生物、ＢＡ、ＳＣＦＡ、及び腸上皮の間の相互作用の簡素化モデル。 対象の微生物叢における細菌組成物の細菌株の存在を検出するためのアッセイの開発の概略図を示す。上の概略図は、細菌組成物の各細菌株に固有のゲノムマーカーの特定を示す。下の概略図は、対象の微生物叢における細菌株の存在を決定するための、対象の微生物叢試料から得られたＤＮＡ配列における固有のゲノムマーカーの検出を示す。 対象の微生物叢における細菌組成物の細菌株の存在を検出するためのアッセイの最適化を示す。 ＶＥ３０３株１細菌から単離したＤＮＡのｑＰＣＲ増幅を示す。ＣＴは、増幅されたＤＮＡの量がバックグラウンドを超えて検出可能であるｑＰＣＲサイクルの数である。ｎｇ／ｒｘｎは、各ｑＰＣＲ反応の開始時に存在するナノグラム単位のＤＮＡの量である。直線の傾きは、ｑＰＣＲ増幅の効率と相関する。 ＶＥ３０３株２細菌から単離したＤＮＡのｑＰＣＲ増幅を示す。ＣＴは、増幅されたＤＮＡの量がバックグラウンドを超えて検出可能であるｑＰＣＲサイクルの数である。ｎｇ／ｒｘｎは、各ｑＰＣＲ反応の開始時に存在するナノグラム単位のＤＮＡの量である。直線の傾きは、ｑＰＣＲ増幅の効率と相関する。 ＶＥ３０３株３細菌から単離したＤＮＡのｑＰＣＲ増幅を示す。ＣＴは、増幅されたＤＮＡの量がバックグラウンドを超えて検出可能であるｑＰＣＲサイクルの数である。ｎｇ／ｒｘｎは、各ｑＰＣＲ反応の開始時に存在するナノグラム単位のＤＮＡの量である。直線の傾きは、ｑＰＣＲ増幅の効率と相関する。 ＶＥ３０３株４細菌から単離したＤＮＡのｑＰＣＲ増幅を示す。ＣＴは、増幅されたＤＮＡの量がバックグラウンドを超えて検出可能であるｑＰＣＲサイクルの数である。ｎｇ／ｒｘｎは、各ｑＰＣＲ反応の開始時に存在するナノグラム単位のＤＮＡの量である。直線の傾きは、ｑＰＣＲ増幅の効率と相関する。 ＶＥ３０３株５細菌から単離したＤＮＡのｑＰＣＲ増幅を示す。ＣＴは、増幅されたＤＮＡの量がバックグラウンドを超えて検出可能であるｑＰＣＲサイクルの数である。ｎｇ／ｒｘｎは、各ｑＰＣＲ反応の開始時に存在するナノグラム単位のＤＮＡの量である。直線の傾きは、ｑＰＣＲ増幅の効率と相関する。 ＶＥ３０３株６細菌から単離したＤＮＡのｑＰＣＲ増幅を示す。ＣＴは、増幅されたＤＮＡの量がバックグラウンドを超えて検出可能であるｑＰＣＲサイクルの数である。ｎｇ／ｒｘｎは、各ｑＰＣＲ反応の開始時に存在するナノグラム単位のＤＮＡの量である。直線の傾きは、ｑＰＣＲ増幅の効率と相関する。 ＶＥ３０３株７細菌から単離したＤＮＡのｑＰＣＲ増幅を示す。ＣＴは、増幅されたＤＮＡの量がバックグラウンドを超えて検出可能であるｑＰＣＲサイクルの数である。ｎｇ／ｒｘｎは、各ｑＰＣＲ反応の開始時に存在するナノグラム単位のＤＮＡの量である。直線の傾きは、ｑＰＣＲ増幅の効率と相関する。 ＶＥ３０３株８細菌から単離したＤＮＡのｑＰＣＲ増幅を示す。ＣＴは、増幅されたＤＮＡの量がバックグラウンドを超えて検出可能であるｑＰＣＲサイクルの数である。ｎｇ／ｒｘｎは、各ｑＰＣＲ反応の開始時に存在するナノグラム単位のＤＮＡの量である。直線の傾きは、ｑＰＣＲ増幅の効率と相関する。 細菌組成物の投与後の示される時点でコホート内の個体からの糞便試料で検出されたＶＥ３０３株の数を示す。２５回のＰＣＲサイクルを使用した結果を示す。 細菌組成物の投与後の示される時点でコホート内の個体からの糞便試料で検出されたＶＥ３０３株の数を示す。３０回のＰＣＲサイクルを使用した結果を示す。 細菌組成物の投与後の示される時点でコホート内の個体からの糞便試料で検出されたＶＥ３０３株の数を示す。３５回のＰＣＲサイクルを使用した結果を示す。 細菌組成物の投与後の示される時点でコホート内の個体からの糞便試料で検出された組成物ＶＥ３０３株中の各株についてのｑＰＣＲ陽性試料の数を示す。２５回のＰＣＲサイクルを使用した結果を示す。 細菌組成物の投与後の示される時点でコホート内の個体からの糞便試料で検出された組成物ＶＥ３０３株中の各株についてのｑＰＣＲ陽性試料の数を示す。３０回のＰＣＲサイクルを使用した結果を示す。 細菌組成物の投与後の示される時点でコホート内の個体からの糞便試料で検出された組成物ＶＥ３０３株中の各株についてのｑＰＣＲ陽性試料の数を示す。３５回のＰＣＲサイクルを使用した結果を示す。
１つ以上の精製された細菌株を含む医薬組成物の投与を伴う対象において腸内毒素症を減少させるための方法が、本明細書に提供される。１つ以上の精製された細菌株を含む医薬組成物の投与を伴う対象において微生物叢を復元するための方法が、本明細書に提供される。また、１つ以上の精製された細菌株を含む医薬組成物の対象への投与を伴う対象における微生物叢の回復を増加させるための方法が、本明細書に提供される。また、１つ以上の精製された細菌株を含む医薬組成物の対象への投与を伴う対象の微生物叢を保護するための方法が本明細書に提供される。また、１つ以上の精製された細菌株を含む医薬組成物の対象への投与を伴う対象の微生物叢に定着させるための方法が本明細書に提供される。
本発明は、その適用において、以下の説明に示されるかまたは図面に図示される構成要素の構造及び配置の詳細に制限されない。本発明は、他の実施形態が可能であり、さまざまな方法で実践または遂行することができる。また、本明細書で使用される表現及び用語は、説明を目的とするものであり、限定的なものと見なされるべきではない。本明細書における「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、または「有する」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「伴う（ｉｎｖｏｌｖｉｎｇ）」、及びそれらの変形の使用は、その後に列記される項目及びその同等物、ならびに追加の項目を包含することを意味する。
本開示の態様は、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む、対象において腸内毒素症を減少させるための方法に関する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、対象の腸内微生物叢の腸内毒素症を減少させるために投与される。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の１回以上の追加用量または量を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、医薬組成物の投与前にバンコマイシンを対象に投与することをさらに含む。
本明細書で使用される場合、「腸内毒素症」は、対象内または対象の表面上の微生物叢の不均衡を指す。微生物叢は、例えば哺乳動物対象では、皮膚上、胃腸管（すなわち、腸）内、口腔内、及び雌対象の膣管内に存在し、細菌、古細菌、原生生物、真菌、及びウイルスを含む。いくつかの場合には、微生物叢に存在する種は、対象の腸管における食物の消化を助け、病原性微生物の侵入から身体を保護し、免疫進行を促進するなど、有用または必要な機能を実行することによって、対象に利益をもたらす。これらの機能を実行する微生物叢内の生物は、害を与えることなく対象中に存在し、場合によっては実に宿主に利益をもたらすので、共生生物または片利共生生物と称されることがある。腸内毒素症では、対象の正常な微生物叢が攪乱されるかまたは損傷することで、さまざまな疾患及び／または障害がもたらされ得る。腸内毒素症により、例えば、有益種の喪失、微生物多様性の喪失、病原性生物（単数または複数）の増加、及び／または代謝能力の変化が生じ得る。いくつかの実施形態では、通常は微生物叢で優位を占める種が少数しか存在しなくなり（例えば、片利共生または共生種）、通常は少数しか存在しない種（例えば、日和見種）が優位を占めるようになる。Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，"Ｄｅｆｉｎｉｎｇ ｄｙｓｂｉｏｓｉｓ ａｎｄ ｉｔｓ ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｎ ｈｏｓｔ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ａｎｄ ｄｉｓｅａｓｅ．"Ｃｅｌｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２０１４，Ｊｕｌｙ １６（７），１０２４−１０３３も参照されたい。本開示の組成物及び方法は、いくつかの実施形態では、さまざまな面で腸内毒素症を減少させ得ることを理解されたい。このため、例えば、いくつかの実施形態では、本組成物及び方法により、微生物叢に有益な細菌種の存在量の増加がもたらされる。いくつかの実施形態では、本組成物及び方法により、病原性細菌種の存在量の減少がもたらされる。しかしながら、本明細書で提供される組成物及び方法は、必ずしも腸内毒素症のすべての特徴を減少させなくてもよいことも理解されたい。例えば、いくつかの実施形態では、本組成物及び方法により、微生物叢に有益な細菌種の存在量の増加がもたらされるが、同時に微生物叢の多様性が増加しない。本開示の態様は、対象において腸内毒素症を減少させる方法に関する。本明細書で使用される場合、「腸内毒素症の減少」は、微生物群集の組成及び恒常性を回復することを指す。
微生物叢の混乱により、微生物叢内または他のソースからの病原体が、対象中で定着し、過密になり、及び／または疾患を引き起こすことが許容され得る。腸内毒素症は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染、がん、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、肥満、大腸炎、慢性疲労症候群、歯周炎、及び細菌性膣炎を含む、多くの疾患及び／または障害に関連している。
腸内毒素症は、検便（例えば、微生物集団の特定及び／または定量化、酵素アッセイ、代謝物アッセイ、免疫機能）、水素／メタン呼気検査などのさまざまな方法の多くによって、検出及び／または監視され得る。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少には、１つ以上の細菌集団の存在量の変化（増加または減少）が伴う。細菌の特定の種または株の存在量及び細菌の集団の存在量を含む細菌の存在量（例えば、特定の門に属する細菌）は、当該技術分野で既知の任意の方法を使用して評価され得る。一般に、細菌の存在量は、直接的に評価されても間接的に評価されてもよい。試料（例えば、微生物叢またはその試料）中の細菌の存在量を直接的に評価するための方法の例には、対象からの糞便試料中の細菌株を特定及び定量化することが含まれる。試料（例えば、微生物叢またはその試料）中の細菌の存在量を間接的に評価するための方法の例には、核酸試料（例えば、糞便または生検試料から取得された所与の細菌種または他の細菌遺伝子の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子）の配列決定、ならびに対象からの糞便試料中の特定の細菌に関連付けられる代謝物の検出及び定量化（例えば、リン脂質脂肪酸代謝、微生物バイオマス炭素分析）が含まれる。
対象からの試料中の１つ以上の細菌集団の存在量を、別の時に取得された（例えば、以前または以後に取得された）同じ対象からの試料中の細菌集団の存在量と比較してもよい。あるいは、対象からの試料中の１つ以上の細菌集団の存在量を、異なる対象（例えば、参照対象）からの試料中の細菌集団の存在量と比較してもよい。
いくつかの実施形態では、対象の微生物叢の（例えば、胃腸微生物叢）の腸内毒素症は、炎症及び／または疾患と関連付けられる微生物の存在量の増加を特徴とする。いくつかの実施形態では、腸内毒素症は、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量の増加を特徴とする。いくつかの実施形態では、炎症及び／または疾患と関連付けられる微生物の存在量の増加は、本明細書に記載されるように、腸内毒素症誘発事象と称される事象に曝露する前の炎症と関連付けられる微生物の存在量と比べたものである。
いくつかの実施形態では、対象の微生物叢の（例えば、胃腸微生物叢の）腸内毒素症は、１つ以上の有益な効果を対象に提供すると考えられている微生物の存在量の減少を特徴とする。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢の（例えば、胃腸内微生物叢の）の腸内毒素症は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量の減少を特徴とする。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢の（例えば、胃腸内微生物叢の）腸内毒素症は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の細菌の存在量の減少を特徴とする。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢の（例えば、胃腸微生物叢の）腸内毒素症は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌の存在量の減少を特徴とする。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢の（例えば、胃腸微生物叢の）腸内毒素症は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌の存在量の減少を特徴とする。いくつかの実施形態では、有益な微生物の存在量の減少は、本明細書に記載されるように、腸内毒素症誘発事象と称される事象に曝露する前の炎症と関連付けられる微生物の存在量と比べたものである。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の細菌）の存在量が、本医薬組成物の投与前の対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量と比べて増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属の細菌）の存在量が、本医薬組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量と比べて増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する１つ以上の細菌種の存在量が増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属に属する細菌種全体の存在量が増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量が増加する。興味深いことに、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物はＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種を含まない。いずれの特定の理論にも束縛されることを望むものではないが、いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、例えばＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種が生着及び／または増殖するのに有利な環境を提供することによって、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種の定着及び／または増殖を促進し得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量が、本医薬組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、参照対象におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量が、本医薬組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、参照対象におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量が、本医薬組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、参照対象におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量が、本組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、参照対象におけるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と比べて、増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量が、本医薬組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と比べて増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の細菌種の存在量が増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する細菌種全体の存在量が増加する。本医薬組成物がＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属するいずれの細菌種も含まない場合であっても、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する細菌種の存在量の増加が生じてもよいことを理解されたい。本医薬組成物がＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する細菌種を含む場合、存在量の増加は、本細菌組成物中に存在したＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する細菌種と、本組成物に存在しなかったＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する細菌種との両方を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量が、本医薬組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と比較して、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、参照対象におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量が、本組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、参照対象におけるＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法にしたがうと、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の細菌種の存在量が増加し、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌種が増加する。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌の存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌の存在量と比べて増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及び／またはＸＶＩＩに属する細菌の存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及び／またはＸＶＩＩに属する細菌の存在量と比べて増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、クラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌の存在量が、本医薬組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌の存在量と比べて増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌の１つ以上の細菌種の存在量が増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌種全体の存在量が増加する。いくつかの実施形態では、投与前の対象におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及び／またはＸＶＩＩに属する細菌の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌株の存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａの存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａの存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａの存在量が、本医薬組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａの存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａの存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａの存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａの存在量が、本組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌の存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌の存在量と比べて増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌の存在量が、本医薬組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌の存在量と比べて増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する１つ以上の細菌種の存在量が増加する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌種全体の存在量が増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌株の存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩの存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩの存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌株の存在量が、本医薬組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩの存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩの存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩの存在量は、抗生物質による治療を理由に、より低かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩの存在量が、本組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、炎症と関連付けられる微生物の存在量が減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、炎症と関連付けられる１つ以上の微生物の存在量が減少する。本明細書で使用される場合、「炎症と関連付けられる微生物」という用語は、対象の定着または感染時に炎症性応答を誘発する微生物を指す。炎症と関連付けられる微生物は、例えば、Ｚｅｃｈｎｅｒ："Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｄｉｓｅａｓｅ ｃａｕｓｅｄ ｂｙ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｐａｔｈｏｂｉｏｎｔｓ，"Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（２０１７）３５：６４−６９、及びＩＢＤにおける微生物の役割を説明している多数の刊行物（例えば、Ｈｏｆｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，ＩＳＭＥ Ｊ．２０１６ Ｆｅｂ；１０（２）：４６０−４７７を参照されたい）に記載されている。いくつかの実施形態では、炎症と関連付けられる微生物は、例えば、炎症性サイトカインの存在及び／または定着もしくは感染の部位への炎症免疫細胞の浸潤を特徴とする急性炎症を誘発する。いくつかの実施形態では、炎症と関連付けられる微生物は、慢性炎症を誘発する。いくつかの実施形態では、炎症と関連付けられる微生物はＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａである。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、炎症と関連付けられる１つ以上の細菌種の存在量が減少する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、炎症と関連付けられる細菌種全体の存在量が減少する。いくつかの実施形態では、投与前の対象における炎症と関連付けられる細菌種（例えば、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）の存在量が、抗生物質による治療を理由に増加した。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）における炎症と関連付けられる微生物の存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）における炎症と関連付けられる微生物の存在量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上減少する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象における炎症と関連付けられる微生物の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より高かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）における炎症と関連付けられる微生物の存在量が、本医薬組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）における炎症と関連付けられる微生物の存在量と比較して、少なくとも１．１分の１、１．２分の１、１．３分の１、１．４分の１、１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１０００分の１、１０４分の１、１０５分の１、またはそれ以下に減少する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）における炎症と関連付けられる微生物の存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）における炎症と関連付けられる微生物の存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象における炎症と関連付けられる微生物の存在量は、抗生物質による治療を理由に、より高かった。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与により対象（またはその微生物叢）における炎症と関連付けられる微生物の存在量が、本医薬組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）における炎症と関連付けられる微生物の存在と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％。１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上減少する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量が減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門に属する１つ以上の細菌株の存在量が減少する。Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａは、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属、及びＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属など多くの病原菌を含むグラム陰性菌の門である。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門に属する１つ以上の細菌種の存在量が減少する。いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少により、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門に属する細菌種全体の存在量が減少する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量と比較して、少なくとも１．１分の１、１．２分の１、１．３分の１、１．４分の１、１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１０００分の１、１０４分の１、１０５分の１、またはそれ以下に減少する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量は、抗生物質による治療を理由に、より高かった。いくつかの実施形態では、本医薬組成物を投与する前の対象におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量は、抗生物質による治療を理由に、より高かった。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量が、本医薬組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量と比較して、少なくとも１．１分の１、１．２分の１、１．３分の１、１．４分の１、１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１０００分の１、１０４分の１、１０５分の１、またはそれ以下に減少する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量が、本医薬組成物を投与する前の対象（またはその微生物叢）におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象（またはその微生物叢）におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量が、本組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）（またはその微生物叢）におけるＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上減少する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法にしたがうと、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の細菌種の存在量が増加し、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌種が増加し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門の細菌種の存在量が減少する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法にしたがうと、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の細菌種の存在量が増加し、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌種が増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法にしたがうと、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の細菌種の存在量が増加し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門の細菌種の存在量が減少する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法にしたがうと、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の細菌種の存在量が増加し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門の細菌種の存在量が減少する。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症の減少は、対象の微生物叢多様性の比例的増加と相関しない。一般に微生物叢の多様性は健康な微生物叢と関連付けられるが、本明細書に提供される組成物及び方法により、多様性を復元することなく微生物叢の強度が復元されることが本明細書で意外にも見出された。特定の機序に限定されるものではないが、微生物叢は、本明細書に提供される医薬組成物の構成によって復元されると考えられる。このため、例えば、組成物中の限られた数のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａの細菌株は、未処理の健康な微生物叢に見られるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａ株のより大きな群の役割を代わって担うことができる。よって、本明細書に提供される組成物を用いて、かつ本明細書に提供される方法に従って処理した微生物叢は、健康な微生物叢のすべての特質を示し得るが、健康な微生物叢と関連付けられることがある高い多様性を有しない場合がある。
本開示の態様は、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与することを含む、対象の微生物叢を復元するための方法に関する。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の１回以上の追加の投与を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前にバンコマイシンを対象に投与することをさらに含む。
本明細書で使用される場合、対象の「微生物叢の復元」は、対象の胃腸微生物叢の細菌集団の相対的な存在量及び／または微生物多様性を再確立または回復することを指す。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢は、健康な対象の微生物叢（健康な微生物叢）に復元される。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢は、以前の同じ対象の微生物叢に復元される。いくつかの実施形態では、微生物叢が復元されている対象は、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、またはクローン病などの炎症状態を有してもよい。いくつかの実施形態では、微生物叢が回復されている対象は、アレルギー（例えば、食物アレルギー）を有してもよい。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢は、炎症状態の前に同じ対象の微生物叢に回復される。このため、復元が必要な微生物叢は腸内毒素症誘発事象を受けていない場合があることを理解されたい。本明細書に提供される方法にしたがうと、いくつかの実施形態では、微生物叢の復元が必要な対象は、腸内毒素症誘発事象を受けていない場合がある。いくつかの実施形態では、微生物叢の復元が必要な対象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有していない。いくつかの実施形態では、微生物叢の復元が必要な対象は、抗生物質により治療されていない。
復元が必要な微生物叢は、例えば、損傷した微生物叢と関連付けられる識別特性の存在を特徴とする。一般に、微生物叢は、細菌または特定の細菌種の集団の存在または非存在に基づいて特徴付けることができる。例えば、損傷した微生物叢では、病原体が過密になり、及び／または片利共生細菌の存在が減少していることがある。損傷微生物叢は、その生物学的機能によっても特徴付けることができる。例えば、損傷した微生物叢は、粘膜関門及び健康な免疫機能を維持できない場合があり、及び／または損傷した微生物叢は、感染及び健康な微生物叢と戦うことができない場合がある。
いくつかの実施形態では、対象の微生物叢を復元することで、健康な微生物叢（例えば、健康な対象の微生物叢）に実質的に類似する微生物叢が生じる。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢を復元することで、損傷した微生物叢よりも健康な微生物叢により類似する微生物叢が生じる。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢を復元することで、細菌または特定の細菌種の１つ以上の集団の復元または存在の増加が生じる。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢を復元することで、細菌または特定の細菌種の１つ以上の集団の回復または存在の減少が生じる。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢を復元することで、微生物叢の１つ以上の機能の向上が生じる。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢を復元することで、微生物叢の１つ以上の機能の低下が生じる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物により、微生物叢の完全な多様性を復元することなく、微生物叢が復元され得る。一般的に微生物叢の多様性は健康な微生物叢と関連付けられるが、本明細書に提供される組成物及び方法により、多様性を復元することなく微生物叢の強度が復元されることが本明細書で意外にも見出された（例えば、シャノン指数によって定義されるとおり）。特定の理論に限定されることを望むものではないが、微生物叢は、組成物中の投与される特定の細菌株の構成ならびに本明細書に提供される治療の方法及び投薬レジメンによって復元される。このため、例えば、組成物中の限られた数のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａに属する細菌株は、未処理の健康な微生物叢に見られるＸＩＶａ株のより大きな群の役割を担うことができる。よって、本明細書に記載の組成物を用いて処理した微生物叢は、健康な微生物叢の識別特性（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在ならびにＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの非存在を含む）を示し得るが、健康な微生物叢と典型的に関連付けられ得る高い多様性を有しない場合がある。
本明細書で使用される場合、「健康な微生物叢」は、顕性疾患を有しない対象（例えば、健康な対象）からの微生物叢を指す。健康な微生物叢の微生物組成は大きく異なり得るものの、健康な微生物叢を特徴付けるいくつかの傾向が明らかになっている。例えば、胃腸微生物叢は、特定の種の組成に関係なく、健康な微生物叢によって行われる、炭水化物、脂質、及び他の栄養素の代謝を含む、ある数の代謝及び／または他の分子機能を行ってもよい。ある場合には、健康な微生物叢によって実行される代謝及び分子機能は、宿主対象が行えるものではなく、その結果、共生する宿主−微生物関係が生じる。加えて、健康な微生物叢は、対象における外部（例えば、食事または医薬品）及び／または内部（例えば、年齢、疾患状態、ストレス、炎症）の変化に対して回復力がある傾向にある。健康な微生物叢の回復力はまた、攪乱が生じた後に健康な状態が復元される能力及び速度によって特徴付けることができる。あるいは、または加えて、健康な微生物叢は、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門からの種と比べて、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属からの細菌種の相対的存在量が高い（例えば、７５％超）ことによって特徴付けられてもよい。
いくつかの実施形態では、微生物叢が復元されたまたは微生物叢が健康である対象は、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門からの細菌と比較して、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門及び／またはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属からの細菌の存在量が増加する。
いくつかの実施形態では、微生物叢が復元されたまたは微生物叢が健康である対象は、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門からの細菌と比較して、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ及び／またはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門からの細菌の存在量が増加する。
いくつかの実施形態では、対象は、腸内毒素症誘発事象を受けていないか、または経験していない。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物の投与の１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１２週、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、またはそれ以上前に、腸内毒素症を受けていないか、または腸内毒素症誘発事象を経験していない。いくつかの実施形態では、対象は、感染症を有していない。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物の投与の１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１２週、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、またはそれ以上前に、感染症を有していない。いくつかの実施形態では、対象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有していない。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物の投与の１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１２週、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、またはそれ以上前に、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有していない。いくつかの実施形態では、対象は、抗生物質で治療されていない。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物の投与前の１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１２週、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、またはそれ以上前に、抗生物質で治されていない。いくつかの実施形態では、対象は、バンコマイシンで治療されていない。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物の投与の１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１２週、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、またはそれ以上前に、バンコマイシンで治療されていない。
本開示の態様は、腸内毒素症誘発事象後の対象における健康な微生物叢の回復を増加させるための方法に関し、本方法は、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の１回以上の追加用量を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前にバンコマイシンを対象に投与することをさらに含む。
本明細書で使用される場合、健康な微生物叢の「回復を増加させること」という用語は、回復の速度または回復の全体的な程度の増加を指す（例えば、対象の微生物叢は、本医薬組成物の投与後に、健康な微生物叢により類似している）。いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復を増加させることは、回復の速度の増加を指す。いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復は、回復の全体的な程度の増加を指す（例えば、対象の微生物叢は、本医薬組成物の投与後に、健康な微生物叢により類似している）。いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の「回復を増加させること」は、回復の速度の増加及び回復の全体的な程度の増加を指す。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれかの投与後、本医薬組成物を投与されなかった対象における健康な微生物叢の回復と比較して、より迅速に対象において健康な微生物叢が回復される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれかの投与後、糞便物質移植を受けた対象における健康な微生物叢回復と比較して、より迅速に対象において健康な微生物叢が回復される。いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復の増加は、本医薬組成物を投与されなかった対象における健康な微生物叢の回復よりも、少なくとも１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、３週、４週、５週、または６週早く生じる。いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復の増加は、糞便物質移植を受けなかった対象における健康な微生物叢の回復よりも、少なくとも１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、３週、４週、５週、または６週早く生じる。
いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復を増加させることは、回復率の増加を指す。いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復は、本明細書に記載の医薬組成物の投与から１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、３週、４週、５週、または６週の内に生じる。いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復は、本明細書に提供される方法にしたがい本医薬組成物により治療されなかった対象と比較して、２倍速く、３倍速く、４倍速く、５倍速く、６倍速く、７倍速く、８倍速く、９倍速く、１０倍速く、２０倍速く、１００倍速く、またはそれ以上早く生じる。
いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復を増加させることは、回復の全体的な程度の増加を指す。いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復は、本明細書に提供される方法にしたがい本医薬組成物により治療されなかった対象と比較して、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上良好である。
いくつかの実施形態では、回復は、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の検出可能な定着なく生じる。いくつかの実施形態では、健康な微生物叢の回復は、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の定着と関連付けられる。
本明細書に提供される方法のいくつかの実施形態では、対象は、腸内毒素症誘発事象を経験している。本明細書に提供される方法のいくつかの実施形態では、対象は、本明細書に提供される医薬組成物の単回用量または複数回用量の投与前に、腸内毒素症誘発事象を経験している。本明細書で使用される場合、「腸内毒素症誘発事象」という用語は、対象の微生物叢を混乱させる事象（単数または複数）を指す。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象を経験した対象は、本明細書に記載の医薬組成物のいずれかの投与を必要としている。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象を経験した対象は、微生物叢を健康な微生物叢に回復または復元するために、本明細書に記載の医薬組成物のいずれかを投与される。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢は、腸内毒素症誘発事象後に、損傷した微生物叢の１つ以上の特徴（識別特性）を有する。腸内毒素症誘発事象の例には、抗生物質への曝露（例えば、バンコマイシンによる治療）、感染症、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染、アルコールの誤用、手術、化学療法剤による治療、免疫抑制剤による治療、旅行者下痢、不適切な食事が挙げられる。
加えて、さまざまなクラスの治療薬のいずれかへの曝露により微生物叢が調節され得ること、及び腸内微生物叢のメンバーが構造的に多様な薬物分子を代謝することが認識されている（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ（２０１９）５７０：４６２−４７１を参照されたい）。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象には、対象が微生物叢によって代謝され得る１つ以上の治療薬に曝露することが伴う。
微生物叢によって代謝され得る薬物分子のクラスの例には、ステロイド及びホルモン作動薬（例えば、酢酸ノルエチンドロン、レボノルゲストレル、酢酸メゲストロール、酢酸ベタメタゾン、デキサメタゾン、ドロスピレノン、ノルゲスチメート、フィナステリド）、ホルモン拮抗薬（例えば、酢酸シプロテロン、メシル酸ブロモクリプチン、ナロキソン、ミフェプリストン、ビカルタミド）、抗鬱剤及び精神的健康と関連付けられる薬物（例えば、ビラゾドン、フルオキセチン、オランザピン、チオチキセン、マレイン酸フルボキサミン、パロキセチン、スルピリド、マレイン酸メチテピン、ブプロピオン、メシル酸ジプラシドン、ピモジド、フルオキセチン、ペリシアジン、パリペリドン）、抗ウイルス剤（例えば、ファムシクロビル、リトナビル、ジドブジン（ａｚｔ）、ネビラピン、アマンタジン）、抗アレルギー／抗ヒスタミン薬（例えば、酢酸ロキサチジン、フマル酸クレマスチン、セチリジン、ニザチジン、ジフェニルピラリン、トラニラスト）、止瀉薬（例えば、ラセカドトリル、マレイン酸トリメブチン、ロペラミド）、免疫抑制剤（例えば、ミコフェノール酸モフェチル、デフラザコート、タクロリムス）、降圧薬（例えば、オルメサトラン（ｏｌｍｅｓａｔｒａｎ）メドキソミル、ジルチアゼムフルフェナジン、テルミサラタン（ｔｅｌｍｉｓａｒａｔａｎ）、キナプリル、トランドラプリル、ベナゼプリル、イルベサルタン、ロサルタン、バルサルタン、マレイン酸エナラプリル、ベンズチアジド、メシル酸ドキサゾシン、パパベリン、ロフェキシジン、ベランピミル、硫酸ペンブトロール、ラミプリル、カルベジロール、ニトレンジピン）、糖尿病薬剤（例えば、リナグリプチン、トラザミド、ナテグリニド、グリピジド、グリクラジド、レパグリニド）、かゆみ止め剤（例えば、二酢酸ジフロラゾン、吉草酸ベタメタゾン）、コレステロール薬剤（例えば、フェノフィブラート、ベザフィブラート、エゼチミブ、メバスタチン、ロバスタチン）、非ステロイド性抗炎症薬（例えば、ファンプロファゾン、プラノプロフェン、オキサプロジン、エトドラク、ケトロラクトロメタミン、コルヒチン、ナプロキセン、セレコキシブ、ジアセタマート（ｄｉａｃｅｔａｍａｔｅ））、筋弛緩薬（例えば、カリソプロドール、塩化オキシブチニン、メタキサロン、ナフトピジル、コハク酸スマトリプタン、クエン酸オルフェナドリン、クレミゾール、トリヘキシフニジル（ｔｒｉｈｅｘｙｐｈｎｉｄｙｌ）、アルフゾシン、アルプレノロール、カミロフィン、クロルメザノン、クエン酸カルバペンタン、フェナゾピリジン）、抗真菌剤（例えば、グリセオウルビン（ｇｒｉｓｅｏｕｌｖｉｎ）、メベンダゾール、ボリコナゾール、フルコナゾール、イトラコナゾール）、鎮静剤（例えば、ラメルテオン、ザレプロン、クロニジン、エスゾピクロン）、中枢神経系薬（例えば、リルゾール、ガランタミン、酒石酸エルゴタミン、ニセルゴリン、エトプロパジン、メチルフェニデート、メトシクシミド（ｍｅｔｈｓｉｘｉｍｉｄｅ）、オクスカルバゼピン、メマンチン、ビペリデン、マレイン酸メチセルジド、エトゾラミド、フェニトインナトリウム、イデベノン、エンタカポン）、抗凝血剤（例えば、硫酸クロピドログレル（ｃｌｏｐｉｄｒｏｇｒｅｌ ｓｕｌｆａｔｅ）、スルフィンピラゾン、ワルファリン、ジピリダモール、アナグレリド、トリメタジジン、シュウ酸ナフロニル）、血圧上昇薬、（例えば、ジギトキシン、ジゴキシン、ソタロール、アセカイニド）、呼吸器疾患薬（例えば、フェンスピリド）、抗寄生虫薬（例えば、リン酸プリマキン、メフロキン、レバミゾール、アルテミシニン）、化学療法剤（例えば、ダサチニブ、プロカルバイン、シクロホスファミド、アナストロゾール、イミアチニブ、パクリタキセル、カペシタビン、メルファラン）、筋肉強壮剤／強化剤（例えば、マレイン酸エルゴノビン、臭化ネオスチグミン）、胃／粘膜防御に関連付けられる薬剤（例えば、レバミピド、酒石酸メトプロロール、ラニチジン、パントプラゾール、テナトプラゾール）、腸障害薬剤（例えば、ブデソニド、ジシクロミン、スルファサラジン、ビサコジル）、尿酸抑制剤（例えば、フェブキソステート、インドメタシン）、抗酸剤（例えば、シメチジン、ベンズブロマロン、オメプラゾール）、勃起不全薬（例えば、タダラフィル、クエン酸シルデナフィル）、鎮痛剤（例えば、ノスカピン、安息香酸リザトリプタン）、天然物産物（例えば、ビンポセチン）、皮膚病治療薬（例えば、メトキサリン（ｍｅｔｈｏｘｓａｌｉｎｅ））、免疫刺激剤（例えば、ピドチモド）、抗生物質、生殖障害治療薬（例えば、ダナゾール）が挙げられる。
いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物の投与の１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１２週、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、またはそれ以上前に、腸内毒素症誘発事象を経験している（ｅｘｐｅｒｉｅｎｃｅｄ）か、または受けている（ｕｎｄｅｒｇｏｎｅ）。
抗生物質の投与は、共生及び／または片利共生細菌の死滅により、日和見細菌が過密になって疾患を引き起こし得るため、胃腸内毒素症と関連付けられる。いくつかの実施形態では、抗生物質は、細菌感染または疑わしい細菌感染を治療または予防するために投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質は、対象の手術との関連で投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質は、外科手術の前に（予防的に）または後に対象に投与される。
腸内毒素症を誘発し得る抗生物質の非限定的な例には、セファロスポリン抗生物質、セファレキシン、セフロキシム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフトビプロール、クリンダマイシン、セフトリアキソン、セフォタキシム、セファゾリン、セフォペラゾン、セフロキシム、セフメタゾール、フルオロキノロン、シプロフロキサシン、レバキン、フロキシン、テキン、アベロックス、ノルフロックス、テトラサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、ドキシサイクリン、アモキシシリン、アンピシリン、ペニシリンＶ、ジクロキサシリン、ベンジルペニシリン、カルベニシリン、バンコマイシン、及びメチシリン）、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、メロペネム、クラブラン酸、タゾバクタム、ピペラシリン、セフトリアキソン、セフォタキシム、セファゾリン、フルオロキノロン、イミペネム、メロペネム、メトロニダゾール、フィダキソミキシン、リジニラゾール、トリメトプリム／スルファメキストキサゾール、セフトビオプロール、セフタロリン、ダルババンシン、ダプトマイシン、フシジン酸、リネゾリド、ムピロシン、オマダサイクリン、オリタバンシン、テジゾリド、テラバンシン、チゲサイクリン、セフタジジム、セフェピム、セフトロザン／タゾバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム、チカルシリン／クラブラン酸、ストレプトグラミン、ダプトマイシン、アミカシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチリマイシン、トブラマイシン、パロマイシン、スペクチノマイシン、ゲルダナマイシン、ヘルビマイシン、リファミキシン、ロラカルベフ、セフロドキシル、セファルジン、セファドリン、セファピリン、セファレキシン、セフォテタン、セフメタゾール、セフォニシド、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシミン、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、モキサラクタム、セフトリアキソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、テイコプラニン、テルバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、フィダキソマイシン、アゼトレノマ（ａｚｅｔｒｅｎｏｍａ）、フラゾリドン、ニトロフラントイン、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アズロシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、ナフシリン、オキサシリン、ピペラシリン、テモシリン、チカルシリン、バシトラシン、コリスチン、ポリミキシンＢ、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナジフロキサシン、ナルジキシン（ｎａｌｄｉｘｉｃ）酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェニド、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジアジン銀、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニルアミド、スルファサラジン、スルフィソキサゾール、スルホアミンドクリソイジン（ｓｕｌｆｏａｍｉｎｄｏｃｈｒｙｓｏｉｄｉｎｅ）、デメクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、シクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジンアミド、リファンピシン、リフブチン、リファペンチン、アルスフェナミン、ホスホマイシン、フシジン酸、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、チアンフェニコール、チゲサイクリン、及びチニダゾールが挙げられる。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、抗生物質による治療である。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、手術に関連する抗生物質による治療である。いくつかの実施形態では、抗生物質はバンコマイシンである。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、ウイルス、細菌、真菌、酵母、寄生虫、またはそれらの組み合わせによって引き起こされる感染症などの感染症である。いくつかの実施形態では、対象は、感染症を治療するために、１つ以上の治療薬（例えば、抗ウイルス剤、抗生物質、抗真菌剤、抗寄生虫剤など）を投与される。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である。Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の治療に典型的に使用される抗生物質には、メトロニダゾール、バンコマイシン、及びフィダキソマイシンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、胃腸感染である。いくつかの実施形態では、対象は、例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｉ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａによる胃腸感染を経験している。いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、旅行者下痢である。概して、旅行者下痢は、旅行中に感染性病原体に曝露する（例えば、典型的には、汚染された食物を食べる、汚染された水を飲む）ことにより引き起こされる、下痢、腹部疝痛、悪心、嘔吐、及び／または発熱を特徴とする胃腸障害である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているとおり、感染症、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染、または旅行者下痢を治療するための１つ以上の治療薬の投与は、胃腸内毒素症の一因となり得る。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、抗真菌剤への曝露である。いくつかの実施形態では、対象は、例えば真菌感染を治療するために、１つ以上の抗真菌剤を投与される。抗真菌剤の例には、限定されないが、クロトリマゾール、エコナゾール、ミクロナゾール、フルコナゾール、テルビナフィン、ケトコナゾール、アムホテリシン、チオコナゾール、イトラコナゾール、ポサコナゾール、ボリコナゾール、イザブコナゾニウム、カソプファンギン（ｃａｓｏｐｆｕｎｇｉｎ）、アニデュラファンギン、ミカファンギン、グリセオフルビン、フルシトシン、テルビナフィン、ニャスチン（ｎｙａｓｔｉｎ）、アムホテリシンＢ、カンジジシン、フィリピン、ハマイシン、ナタマイシン、リモシジン、ビホナゾール、ブトコナゾール、フェンチコナゾール、イソコナゾール、ルシロコナゾール（ｌｕｃｉｌｏｃｏｎａｚｏｌｅ）、オモコナゾール、オキシコナゾール（ｏｘｉｃｏｎａｚｏｌｅ）、セルタコナゾール、スルコナゾール、アルバコナゾール、エフィナコナゾール、エポキシコナゾール、イサブコナゾール、プロピコナゾール、ラブコナゾール、テルコナゾール、及びボリコナゾールが挙げられる。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、抗寄生虫剤への曝露である。いくつかの実施形態では、対象は、例えば、寄生虫感染を治療するために、１つ以上の抗寄生虫剤を投与される。抗寄生虫剤の例には、限定されないが、ニタゾンキサニド、メラルソプロール、エフロルニチン、メトロニダゾール、チニダゾール、メルテフォシン、メベンザオール（ｍｅｂｅｎｚａｏｌｅ）、パモ酸ピランテル、チアベンダゾール、ジエチルカルバムジン、イベルメクチン、ニクロサミド、プラジカンテル、アルベンザオール、プラジカンテル、アルベンザオール（ａｌｂｅｎｚａｏｌｅ）、プラジカンテル、リファンピン、アンホテリシンＢ、フマギリン、ベフェニウム、ジエチルカルバマジン、ニクロスアミド、ピペラジン、ピアンテル（ｐｙａｎｔｅｌ）、ピルビニウム、フルベナゾール、安息香酸ベンジル／ジスルフィラム、リンデン、マラチオン、ペルメトリン、ベンジルアルコール、ピペロニルブトキシド／ピレトリン、スピノサド、及びクロタミトンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、１つ以上の免疫抑制剤への曝露である。免疫抑制剤の例には、限定されないが、プレドニゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、メトトレキサート、アザチプリン、メカプトプリン（ｍｅｃａｐｔｏｐｕｒｉｎｅ）、フルオロウラシル、ダクチノマイシン、アントラサイクリン、マイトマイシンＣ、ブレオマイシン、ミトラマイシン、シクロスポリン、タクロリムス、エバロリムス、シロリムス、ラパマイシン、インフリキシマブ、エタネルセプト、アダルミナブ（ａｄａｌｕｍｉｎａｂ）、ミコフェノール酸、フィンゴリモンド、ミリオシン、ヒドロキシクロロキン、ペキシダラチニブ、ダロルタミド、第二鉄マルトール、グルカゴン、リロナセプト、ベンラリズマブ、カナキヌマブ、ブロダルマブ、アナキンラ、レスリズマブ、ウステキヌマブ、メポリズマブ、トシリズマブ、デュピルマブ、イキセキズマブ、グセルクマブ、セクキヌマブ、スリルマブ、チルドラキズマブ、バシリキシマブ、リサンキズマブ、シルツキシマブ、ダクリズマブ、サリドマイドが挙げられる。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は、１つ以上の化学療法剤への曝露である。化学療法剤の例には、限定されないが、シクロホスファミド、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、ビノレルビン、ドキソルビシン、ドセタキセル、ブレオマイシン、ビンブラスチン、ダカルバジン、ムスチン、ビンクリスチン、プロカルバジン、プレドニゾロン、エトポシド、シスプラチン、エピルビシン、シスプラチン、カペシタビン、フォリン酸、オキサリプラチン、メルファラン、クロランブシル、イホスファミド、ブスルファン、Ｎ−ニトロソ−Ｎ−メチル尿素、カルムスチン、ロムスチン、セムスチン、ホテムスチン、ストレプトゾトシン、ダカルバジン、ミトゾロミド、テモゾロミド、チオテパ、マイトマイシン、ジアジクオン、プロカルバジン、ヘキサメチルメラミン、ペメトレキセド、カペシタビン、シタラビン、ゲムシタビン、デシタビン、アザシチジン、フルダラビン、ネララビン、クラドリビン、クロファビン、ペントスタチン、チオグアニン、メカプトプリン（ｍｅｃａｐｔｏｐｕｒｉｎｅ）、ビンブラスチン、ビノレルビン、ビンデシン、ビンフルニン、パクリタキセル、ドセタキセル、ポドフィロトキシン、テニポシド、カンプトテシン、ノボビオシン、メルバロン、アクラルビシン、ダウノルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ピラルビシン、及びミトキサントロンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、腸内毒素症誘発事象は腸洗浄である。
本開示の態様は、対象の微生物叢を保護するための方法に関し、本方法は、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の１回以上の追加用量を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前にバンコマイシンを対象に投与することをさらに含む。
ある数の要因が胃腸内微生物叢の組成（例えば、多様性、特定の集団の存在量）に影響を与え得る。本明細書に記載の組成物は、そのような要因から微生物叢を保護するために使用されてもよい。本明細書で使用される場合、「微生物叢を保護すること」という用語は、対象の微生物叢の混乱を防止または最小化することを指す。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、対象の正常な胃腸内微生物叢を維持するのを助ける。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、健康な胃腸内微生物叢を維持するのを助ける。いくつかの実施形態では、微生物叢を保護することにより、抗生物質誘発性有害作用、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染、潰瘍性大腸炎、クローン病、及び過敏性腸症候群などの微生物叢媒介性障害が治療または予防されてもよい。
いくつかの実施形態では、事象の後に胃腸内微生物叢の組成（例えば、多様性、特定の集団の存在量）が実質的に変化しない場合、微生物叢が保護されるとみなされる。いくつかの実施形態では、事象の後に胃腸内微生物叢の組成（例えば、多様性、特定の集団の存在量）が検出可能に変化しない場合、微生物叢が保護されるとみなされる。いくつかの実施形態では、胃腸内微生物叢の組成（例えば、多様性、特定の集団の存在量）は、事象の後に、１０％以下（９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ以下）変化する。いくつかの実施形態では、微生物叢の組成に影響し得る事象は、抗生物質治療、感染因子による攻撃（例えば、感染症）、及び／またはＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与は、対象の微生物叢を抗生物質治療から保護する。このため、例えば、本明細書に提供される方法にしたがい、対象は、感染に対してまたは感染を防止するために抗生物質を投与されてもよく、この抗生物質（例えば、バンコマイシン）の投与は、深刻な腸内毒素症をもたらさないものである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象の微生物叢が感染因子による攻撃（例えば、感染症）から保護される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の投与により、対象の微生物叢がＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染から保護される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物により、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を治療するために抗生物質を投与した後の微生物叢の回復率を増加させることで、対象の微生物叢がＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅから保護される。いずれの特定の理論にも束縛されることを望むものではないが、抗生物質を投与した後の微生物叢の回復率が増加することで、胃腸管の優先陥凹部でのＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ定着（移植）が防止されると考えられる。いくつかの実施形態では、胃腸管のＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ優先陥凹部に本医薬組成物の１つ以上の細菌株または本医薬組成物の細菌株と関連付けられる細菌株が定着することで、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの定着を防止する。
本開示の態様は、対象の微生物叢に定着させるための方法に関し、本方法は、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の１回以上の追加の用量または量を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物を投与する前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、医薬組成物の投与前にバンコマイシンを対象に投与することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される医薬組成物の細菌株のうちの１つ以上は、対象の胃腸管またはその一部（例えば、結腸または盲腸）に定着または再定着する。このような定着は、移植または生着とも称され得る。いくつかの実施形態では、本組成物の細菌株のうちの１つ以上は、天然に存在する微生物叢が、例えば腸内毒素症誘発事象を原因として部分的にまたは完全に除去された後で、対象の胃腸管（例えば、結腸または盲腸）に定着する。いくつかの実施形態では、本組成物の細菌株のうちの１つ以上は、天然に存在する微生物叢が、抗生物質（例えば、バンコマイシン）治療によって部分的にまたは完全に除去された後で、対象の胃腸管（例えば、結腸または盲腸）に定着する。いくつかの実施形態では、本組成物の細菌株のうちの１つ以上は、腸内菌共生バランス失調の胃腸管（例えば、抗生物質治療を受けた胃腸管）に定着する。いくつかの実施形態では、本組成物の細菌株のすべてが胃腸管に定着する。いくつかの実施形態では、本組成物の細菌株のすべてが腸内菌共生バランス失調の胃腸管に定着する。いくつかの実施形態では、本細菌組成物の複数の用量が投与されて、本組成物の細菌株のすべてが胃腸管に定着することを可能にする。いくつかの実施形態では、本細菌組成物の複数の用量が投与されて、本組成物の細菌株のすべてが腸内菌共生バランス失調の胃腸管に定着することを可能にする。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物の１つ以上の細菌株は、他の細菌株（例えば、病原体）より大きく増殖することができるため、微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、対象は抗生物質で治療されており、その結果、微生物叢の大部分が除去されて、組成物の１つ以上の細菌株と任意の他の細菌株（例えば、病原体）との両方について「白紙状態」の環境がもたらされる。このため、特定の機序に限定されるものではないが、病原体と本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌株とが両方とも腸管（例えば、結腸または盲腸）に存在する場合、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌株が病原体よりも速く増殖する（例えば、より短い倍加時間を有する）ことで、病原体の腸管（例えば、結腸または盲腸）への蓄積が防止され、本組成物の１つ以上の細菌株の定着が可能になる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌株は腸管（例えば、結腸または盲腸）での移植に優れているため、より速い増殖が生じる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌株は腸管（例えば、結腸または盲腸）に存在する栄養素の代謝に優れているため、より速い増殖が生じる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される細菌株の組成物は、感染因子による細菌毒素の産生を防止もしくは阻害するか、またはそのような毒素の細胞変性または細胞毒性効果を防止もしくは阻害する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株は、細菌株間の相乗効果に起因して、病原性感染を治療することができる。このため、限定するものではないが、いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせは相乗的に作用し、これは、株の組み合わせが、腸管（例えば、結腸または盲腸）における栄養素の使用に（例えば代謝的相互作用をとおした場合）特に適している、及び／または組み合わせが移植に秀でている（例えば、好ましい微小環境を提供することにより）ためである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の１つ以上の細菌株は、腸管（例えば、結腸または盲腸）の特定の陥凹部に定着することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の１つ以上の細菌株は、抗生物質治療後に利用可能になった腸管（例えば、結腸または盲腸）の特定の陥凹部に定着することができる。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は７つの細菌株を含み、少なくとも２つ細菌株が対照の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は７つの細菌株を含み、少なくとも４つの細菌株が対象の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は７つの細菌株を含み、７つの細菌株の各々が対象の微生物叢に定着する。
細菌株のうちの１つ以上の定着の程度は、例えば、１つ以上の細菌株の存在を検出することによって、及び／または１つ以上の細菌株の存在量を定量化することによって決定されてもよい。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の細菌株の少なくとも１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％が、対象の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の細菌株の少なくとも２５％が、対象の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の細菌株の少なくとも５０％が、対象の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の細菌株の１００％が、対象の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢に定着する本医薬組成物の細菌株のパーセンテージは、本医薬組成物の追加用量を投与することによって増加する。一態様では、本明細書に提供される方法は、異なる方法に従って投与された同じ医薬組成物の定着と比較した場合、本医薬組成物の細菌株のより良好な定着（例えば、より高い数／パーセンテージの生着及び／またはより高い存在量）を提供することを理解されたい。このため、一態様では、本明細書に提供される特定の投薬レジメン、量、及び／または抗生物質治療レジメンに従って本医薬組成物が投与されるため、コロニー形成はより良好である。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は８つの細菌株を含み、少なくとも２つの細菌株が対象の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は８つの細菌株を含み、少なくとも４つの細菌株が対象の微生物叢に定着する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は８つの細菌株を含み、８つの細菌株の各々が対象の微生物叢に定着する。
本明細書に記載の医薬組成物の１つ以上の細菌株による微生物叢の定着の程度は、微生物叢中の本医薬組成物の細菌株の相対的存在量を基準としてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、対象の微生物叢の細菌株の少なくとも１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％が、本医薬組成物の細菌株である。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢で検出される細菌株の少なくとも２５％が本医薬組成物の細菌株である。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢で検出される細菌株の少なくとも５０％が本医薬組成物の細菌株である。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢中の細菌組成物の細菌株のパーセンテージは、追加の用量の医薬組成物を投与することによって増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、本組成物中の１つ以上の細菌株による耐久性の定着をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の１つ以上の細菌株は、対象の微生物叢中で長期間検出される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の１つ以上の細菌株は、対象の微生物叢に長期間定着する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の１つ以上の細菌株は、対象の微生物叢中で、本医薬組成物の投与後、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、または６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、３か月間、４か月間、５か月間、６か月間、７か月間、８か月間、９か月間、１０か月間、１１か月間、または１年間検出される。
一態様では、本明細書に提供される方法は、異なる方法に従って投与された同じ医薬組成物の定着と比較した場合、本医薬組成物の細菌株のより良好な定着（例えば、より高い数／パーセンテージの生着及び／またはより高い存在量）及びより耐久性の定着を提供することを理解されたい。このため、一態様では、本明細書に提供される特定の投薬レジメン、量、及び／または抗生物質治療レジメンに従って本医薬組成物が投与されるため、定着は、より良好かつより耐久性である。
一態様では、本明細書に提供される方法は、異なる方法に従って投与された同じ医薬組成物の定着と比較した場合、本医薬組成物の細菌株のより耐久性の定着を提供することを理解されたい。このため、一態様では、本明細書に提供される特定の投薬レジメン、量、及び／または抗生物質治療レジメンに従って本医薬組成物が投与されるため、定着はより耐久性である。
本明細書に記載の方法には、本明細書に記載の医薬組成物のいずれかを、それを必要とする対象に投与することが伴う。本明細書で使用される場合、「対象」、「個体」、及び「患者」は、交換可能に使用され、脊椎動物、好ましくは、ヒトなどの哺乳動物を指す。哺乳動物には、ヒト霊長類、非ヒト霊長類、またはネズミ、ウシ、ウマ、イヌ、もしくはネコの種が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、対象はヒト対象である。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、新生児対象、小児対象、青年対象、成人対象、または老年対象である。いくつかの実施形態では、対象は、腸内毒素症を有するもしくは有するリスクがあるか、または腸内毒素症誘発事象を受けたもしくは受けるリスクがある。いくつかの実施形態では、対象は、腸内毒素症と関連付けられるリスク因子を有する。いくつかの実施形態では、対象は、微生物叢の攪乱と関連付けられるリスク因子を有する。
本明細書に記載の組成物のいずれも、治療有効量で、または治療有効量の用量で、対象に投与され得る。いくつかの実施形態では、治療有効量は、疾患または障害を治療または予防するのに十分な量である。「治療する」または「治療する」という用語は、疾患または障害（例えば、腸内毒素症）と関連付けられる症状のうちの１つ以上を軽減または緩和することを指す。
いくつかの実施形態では、治療有効量の本明細書に記載の組成物のいずれかを投与して、疾患または障害（例えば、腸内毒素症）を防止し、微生物叢の攪乱を防止し、及び／または病原体による定着を予防してもよい「防止する」または「予防」という用語は、予防的投与を包含し、例えば、疾患または障害の発生率または発生の可能性を低下させ得る。いくつかの実施形態では、本組成物により、微生物叢の攪乱の発生率または発生の可能性が低下する。いくつかの実施形態では、本組成物により、病原体による定着の防止の発生率または発生の可能性が低下する。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、健康な微生物叢が得られ、これが、疾患または障害の発生率または可能性を低下させる対象における効果を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、疾患または障害と関連付けられる１つ以上の症状の軽減または緩和が得られる。
本明細書で使用される場合、「治療有効量」という用語は、「有効量」という用語と交換可能に使用されてもよい。本明細書に記載の医薬組成物などの組成物の治療有効量または有効量は、本明細書に記載のものなどの対象における所望の応答または転帰をもたらす任意の量であり、これには、発現の遅延、進行の停止、疾患もしくは障害（例えば、腸内毒素症）の少なくとも１つの症状、微生物叢の攪乱、及び／または病原体による微生物叢の定着の軽減または緩和が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、治療有効量は、微生物叢を復元し、腸内毒素症誘発事象後の微生物叢の回復を増加させ、微生物叢を保護し、かつ／または対象の微生物叢に定着するのに十分な量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、一次及び／または二次（再発性）Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を治療するのに十分な量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、食物アレルギーを治療または抑制するのに十分な量である。
細菌株を含む組成物に関する「有効量」という用語は、投与される細菌またはＣＦＵの数として表されてもよいことを理解されたい。細菌は、投与されると増殖し得ることをさらに理解されたい。このため、比較的少量の細菌の投与であっても、治療効果があり得る。
また、対象が、腸内毒素症、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染、もしくは食物アレルギーを有するもしくは有するリスクがあるかどうか、または本明細書に記載の医薬組成物のいずれかの投与を必要とするかどうかを決定することを伴う方法も、本開示の範囲内である。
本開示の態様は、本明細書に記載の細菌株または種の配列うちのいずれか１つの核酸配列に対して配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する細菌株に関する。当業者には理解されるように、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列は、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列に対応するＤＮＡ配列を表す。２つ以上の核酸またはアミノ酸配列という背景における「同一」または「同一性」パーセントという用語は、同じである２つ以上の配列または部分配列を指す。２つの配列は、後続の配列比較アルゴリズムのうちの１つを使用してまたは手動のアラインメント及び目視検査によって測定した、比較ウィンドウにわたる最大対応、または指定された領域について、比較及びアラインメントしたときに、２つの配列が、核酸もしくはアミノ酸配列の指定された領域にわたって、または配列全体にわたって、同じであるアミノ酸残基またはヌクレオチドの指定されたパーセンテージ（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％。９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、または９９．９％の配列同一性）を有する場合、「実質的に同一」である。任意選択で、同一性は、少なくとも約５０ヌクレオチド長である領域にわたって、またはより好ましくは１００〜５００または１０００ヌクレオチド以上長である領域にわたって、存在する。いくつかの実施形態では、同一性は、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の長さにわたって存在する。
いくつかの実施形態では、細菌株は、指定された領域にわたってまたは配列全体にわたって、本明細書に記載の株または細菌種のうちのいずれかと比べて、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、少なくとも９９．６％、少なくとも９９．７％、少なくとも９９．８％、少なくとも９９．９％、または最大１００％の配列同一性を有する。「配列同一性」または「配列同一性パーセント」という用語は、２つ以上の核酸配列またはアミノ酸配列という背景において、２つ以上の配列またはその一部（単数または複数）の間の類似性の尺度を指すことが、当業者には理解される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、１つ以上の細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、２つ以上（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、２つ以上の細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、３つ以上（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、３つ以上の細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、４つ以上（例えば、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、４つ以上の細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、５つ以上（例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、５つ以上の細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、６つ以上（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、６つ以上の細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、７つ以上（例えば、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、７つ以上の細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、８つ以上（例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、８つ以上の細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、８つの細菌株を含み、細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８によって示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、８つ以上の細菌株からなり、細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８によって示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、７つの細菌株を含み、細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８によって示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、７つの細菌株をからなり、細菌株は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８によって示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８によって示される核酸配列に対して９７％での同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物は、「組成物ＶＥ４１６」または「ＶＥ４１６」と称されてもよい。配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８によって示される核酸配列に対して９７％での同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物の追加の態様は、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１９／０９４８３７に記載されている。
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８によって示される核酸配列に対して９７％での同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物は、「組成物ＶＥ３０３」または「ＶＥ３０３」と称されてもよい。配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８によって示される核酸配列に対して９７％での同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物の追加の態様は、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号、同第ＷＯ２０１８／０８１５５０号、及び同第ＷＯ２０１８／１１２３７１号に記載されている。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、細菌株のうちの少なくとも１つは、配列番号６によって提供される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、２つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、細菌株のうちの少なくとも１つは、配列番号６によって提供される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、３つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、細菌株のうちの少なくとも１つは、配列番号６によって提供される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、４つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、細菌株のうちの少なくとも１つは、配列番号６によって提供される核酸と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、５つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、細菌株のうちの少なくとも１つは、配列番号６によって提供される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、６つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、細菌株のうちの少なくとも１つは、配列番号６によって提供される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、７つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、細菌株のうちの少なくとも１つは、配列番号６によって提供される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、８つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の細菌株を含み、細菌株のうちの少なくとも１つは、配列番号６によって提供される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、配列番号６によって提供される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、配列番号６によって提供される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む単一の細菌株からなる。
加えて、またはあるいは、２つ以上の配列が、配列間のアラインメントについて評価されてもよい。２つ以上の核酸またはアミノ酸配列という背景における「アラインメント」または「アラインメント」パーセントという用語は、同じである２つ以上の配列または部分配列を指す。
後続の配列比較アルゴリズムのうちの１つを使用してまたは手動のアラインメント及び目視検査によって測定した、比較ウィンドウにわたる最大対応、または指定された領域について、比較及びアラインメントしたときに、２つの配列が、指定された領域にわたって、または配列全体にわたって、同じであるアミノ酸残基またはヌクレオチドの指定されたパーセンテージ（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、または９９．９％同一）を有する場合、「実質的にアラインメント」される。任意選択で、アラインメントは、少なくとも約５０ヌクレオチド長である領域にわたって、またはより好ましくは１００〜５００または１０００ヌクレオチド以上長である領域にわたって、存在する。いくつかの実施形態では、同一性は、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の長さにわたって存在する。
配列比較の場合、典型的には、１つの配列が参照配列として機能し、これに対して試験配列を比較する。比較のための配列のアラインメントの方法は、当該技術分野で周知である。例えば、それぞれ、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９７０）Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２ｃの局所相同性アルゴリズムによるもの、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３，１９７０の相同性アラインメントアルゴリズムによるもの、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４，１９８８の類似性法の検索によるもの、これらのアルゴリズムのコンピュータ化された実装によるもの（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ， Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ．Ｍａｄｉｓｏｎ．ＷＩ中のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）、または手動のアラインメント及び目視検査（例えば、Ｂｒｅｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．（Ｒｉｎｇｂｏｕ ｅｄ．，２００３）参照）を参照されたい。配列同一性パーセント及び配列類似性を決定するのに好適なアルゴリズムの２つの例は、ＢＬＡＳＴアルゴリズム及びＢＬＡＳＴ ２．０アルゴリズムであり、これらは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２，１９７７、及びＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０，１９９０に記載されている。
本明細書で使用される「細菌」及び「最近株」という用語は、交換可能であることを理解されたい。複数の精製された細菌株を含む本明細書に記載の組成物は、「生細菌産物」とも称され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ網に属する１つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ科に属する１つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する１つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及び／またはＸＶＩＩに属する１つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する１つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する１つ以上の細菌株を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、少なくとも１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａ、ＩＶ、及び／またはＸＶＩＩに属する細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する少なくとも５０％の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する少なくとも７５％の細菌株を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、以下の細菌株のうちの１つ以上を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ。いくつかの実施形態では、本組成物は、以下の細菌株のうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、または８つ）を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、以下の細菌株のうちの１つ以上を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａまたはＤｒａｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓまたはＳｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍまたはＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉまたはＳｕｂｄｏｌｉｎｏｇｒａｎｕｌｕｍ種。いくつかの実施形態では、本組成物は、以下の細菌株のうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、または８つ）を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａまたはＤｒａｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓまたはＳｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍまたはＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉまたはＳｕｂｄｏｌｉｎｏｇｒａｎｕｌｕｍ種。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、以下の８つの細菌株からなる：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、以下の８つの細菌株からなる：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａまたはＤｒａｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓまたはＳｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍまたはＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉまたはＳｕｂｄｏｌｉｎｏｇｒａｎｕｌｕｍ種。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は「ＶＥ３０３」である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、以下の細菌株のうちの１つ以上を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、以下の細菌株のうちの１つ以上を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａまたはＤｒａｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓまたはＳｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍまたはＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉまたはＳｕｂｄｏｌｉｎｏｇｒａｎｕｌｕｍ種。いくつかの実施形態では、本組成物は、以下の細菌株のうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、または７つ）を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ。いくつかの実施形態では、本組成物は、以下の細菌株のうちの１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、または７つ）を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａまたはＤｒａｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓまたはＳｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍまたはＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉまたはＳｕｂｄｏｌｉｎｏｇｒａｎｕｌｕｍ種。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、以下の細菌株のうちの２つ以上を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ。かつ、本組成物はＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを含まない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、以下の細菌株のうちの２つ以上を含む：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａまたはＤｒａｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓまたはＳｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍまたはＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉまたはＳｕｂｄｏｌｉｎｏｇｒａｎｕｌｕｍ種。かつ、本組成物はＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを含まない。
いくつかの実施形態では、本組成物は７つの細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、以下の細菌株からなる：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ。いくつかの実施形態では、本組成物は、以下の細菌株からなる：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａまたはＤｒａｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓまたはＳｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍまたはＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉまたはＳｕｂｄｏｌｉｎｏｇｒａｎｕｌｕｍ。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は「ＶＥ４１６」である。
いくつかの実施形態では、本組成物は、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の細菌株を含み、細菌株の少なくとも１つはＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａである。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａからなる。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａである単一の細菌株からなる。
一態様では、精製された細菌株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を、細菌ゲノムデータベース内の既知の細菌種／株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と比較して、本明細書に開示の細菌株に最も近い既知の関連する細菌種を特定した。本明細書に開示される組成物の複数の細菌株は、同じ最も近い関連する細菌種を有してもよいことを理解されたい。
一態様では、本明細書で（例えば、実施例において）示されるように、本明細書に記載の組成物及び方法は、以下の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む。本明細書に開示の組成物の例示的な細菌株はまた、それらの１６Ｓ ｒＲＮＡ配列（配列番号１〜８）によって特定され得る。それらの配列によって細菌を特定することで、例示される細菌と同一または非常に類似している追加の細菌株の特定がさらに可能となる。例えば、細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を使用して、全ゲノム配列決定をとおして及びこれらの配列と１６Ｓデータベースとの比較により、最も近い近縁種（同一性パーセントに基づく）を特定した（表１）。加えて、全ゲノム配列決定及び全ゲノムと全ゲノムデータベースとの比較に基づくと、配列番号１〜８によって提供される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を持つ細菌株は、以下の細菌種と最も密接に関連している：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ａ９、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１、Ｄｒａｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＧＤ１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ−１４１６３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＵＣ５．１−１Ｄ４、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ ＣＡＧ：４２、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ １＿３＿５０ＡＦＡＡ（例えば、表１を参照）。このため、一態様では、表１の各横列で、細菌株が非常に類似しており、及び／または同一であることを理解されたい。いくつかの実施形態では、本開示の背景において、表１の横列内の細菌株の名称は、交換可能に使用され得る。
よって、例えば、いくつかの実施形態では、本開示は、「組成物ＶＥ３０３」と称されてもよい以下の細菌を含む方法及び組成物を提供する：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＳｕｂｄｏｌｉｎｏｇｒａｎｕｌｕｍ種。ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号も参照されたい。
いくつかの実施形態では、本開示は、以下の細菌からなる方法及び組成物を提供する：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＳｕｂｄｏｌｉｎｏｇｒａｎｕｌｕｍ種。
全ゲノム解析に基づく相同性を表１に示す。
表１：細菌株
Figure 2022500489
いくつかの実施形態では、本開示は、「組成物ＶＥ２０２」と称されてもよい以下の細菌株を含む方法及び組成物を提供する：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ−６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ−１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、及びＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）。そのような細菌株は、例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれるＰＣＴ公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に記載されている。例えば、ＯＴＵ及び１６Ｓ ｓＲＮＡ配列も提供する表４を参照されたい。そのような細菌組成物も、例えば、Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１１）３３１（６０１５）：３３７−３４１及びＡｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ（２０１３）５００（７３６１）：２３２−２３６。ＶＥ２０２の細菌株の配列も、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に掲載されている。細菌株の別名が使用されてもよいことを理解されたい。
いくつかの実施形態では、本開示は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ−６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ−１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、及びＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）を含む精製された細菌混合物からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、感染性病原体の治療のための組成物及び方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の治療のための組成物及び方法を提供する。Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅと改称された（例えば、Ｌａｗｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｅｒｏｂｅ．２０１６ Ａｕｇ；４０：９５−９．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ａｎａｅｒｏｂｅ．２０１６．０６．００８．Ｅｐｕｂ ２０１６ Ｊｕｎ ２８）。Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅとＣｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅとは、本明細書では交換可能に使用される。いくつかの実施形態では、本開示は、一次Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の治療のための組成物及び方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の治療のための組成物及び方法を提供する。本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、１つ以上のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株を含み得る。本明細書で使用される場合、「Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株」または「Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅを抑制することができる」株は、対象の微生物叢におけるＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの存在及び／または量を抑制する（直接的または間接的に）細菌株を指す。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株は、対象の微生物叢におけるＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの存在及び／または量を直接的に抑制する。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株は、対象の微生物叢におけるＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの存在及び／または量を間接的に抑制する。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株は、さまざまな機序のうちのいずれかによって対象の微生物叢におけるＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの存在及び／または量を抑制し得る例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅを殺滅し、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの増殖／複製を阻害し、及び／またはＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅによる定着を防止し得る。Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株の例、及びそのような株を含む組成物は、例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている。
いくつかの実施形態では、対象の微生物叢におけるＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの存在及び／または量は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株（単数または複数）の非存在下での対象の微生物叢におけるＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの存在及び／または量と比較して、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株（単数または複数）の存在下で、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％減少する。
一態様では、本開示は、食物アレルギーの治療または抑制のための組成物及び方法を提供する。
いくつかの実施形態では、細菌株のうちの１つ以上はヒト由来細菌であり、これは、１つ以上の細菌株が、ヒトまたはヒト由来の試料（例えば、ヒトドナー）から得られたか、またはそれらから特定されたことを意味する。いくつかの実施形態では、細菌株のすべてがヒト由来の細菌である。いくつかの実施形態では、細菌株は、２人以上のヒトドナーに由来する。
本明細書に提供される医薬組成物で使用される細菌株は、概して、健康な個体の微生物叢から単離される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、単一の個体を起源とする株を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、複数の個体を起源とする株を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、複数の個体から取得し、単離し、個々に増殖させる。個々に増殖させた細菌組成物をその後組み合わせて、本開示の医薬組成物を提供してもよい。本明細書で提供される医薬組成物の細菌株の起源は、健康な個体からのヒト微生物叢に限定されないことを理解されたい。いくつかの実施形態では、細菌株は、腸内毒素症の微生物叢を有するヒトを起源とする。いくつかの実施形態では、細菌株は、非ヒト動物または環境（例えば、土壌または地表水）を起源とする。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される細菌株の組み合わせは、複数の供給源（例えば、ヒト及び非ヒト動物）を起源とする。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、１つ以上の嫌気性細菌を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、嫌気性細菌のみを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、１つ以上の通性嫌気性細菌を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、通性嫌気性細菌のみを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、１つ以上の偏性嫌気性細菌を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、偏性嫌気性細菌のみを含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、またはそれ以上）は、胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、またはそれ以上）は、胞子型である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、またはそれ以上）は、非胞子型である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、またはそれ以上）は、栄養型である。上で考察したように、胞子形成細菌は、栄養型でもあり得る。いくつかの実施形態では、本医薬組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、またはそれ以上）は胞子型であり、本医薬組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、またはそれ以上）は栄養型である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの細菌株は、胞子を形成することができる（すなわち、胞子形成細菌）とみなされるが、栄養型で本組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、胞子を形成することができるとみなされる少なくとも１つの細菌株は、胞子型と栄養型との両方で本医薬組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、細菌株の各々は、栄養型である。
本明細書に提供される医薬組成物の細菌株は、生きており、それらが標的領域（例えば、腸）に到達するときに生きていることが想定される。この点で、細菌の胞子は生きているとみなされる。いくつかの実施形態では、胞子として投与される細菌は、標的領域（例えば、腸）で成長してもよい。細菌のすべてが生きているわけではなく、本組成物は、生きていないパーセンテージ（例えば、重量による）を含み得ることをさらに理解されたい。加えて、いくつかの実施形態では、本組成物は、投与されたときまたは組成物が標的領域（例えば、腸）に到達するときに生きていない細菌株を含む。生きていない細菌は、組成物中の他の細菌株になんらかの栄養素及び代謝物を提供することによって、依然として有用であってもよいことが想定される。
本明細書に提供される生細菌産物のうちのいずれにおいても、いくつかの実施形態では、細菌株は精製される。本明細書に提供される生細菌産物のうちのいずれにおいても、いくつかの実施形態では、細菌株は単離される。本明細書に記載の細菌株のうちのいずれも、例えば、培養物または微生物叢試料（例えば、糞便物質）などの供給源から、単離及び／または精製され得る。本明細書に提供される組成物で使用される細菌株は、概して、健康な個体の微生物叢から単離される。しかしながら、細菌株は、健康でないとみなされる個体から単離することもできる。いくつかの実施形態では、本組成物は、複数の個体を起源とする株を含む。本明細書で使用される場合、細菌における「単離された」という用語は、別の細菌または細菌株などの１つ以上の望ましくない成分、成長培地の１つ以上の成分、及び／または糞便試料などの試料の１つ以上の成分から分離された細菌を指す。いくつかの実施形態では、細菌は、供給源の他の成分が検出されない（例えば、検出レベル未満）ように、供給源から実質的に単離される。同様に本明細書で使用される場合、「精製された」という用語は、汚染物質などの１つ以上の成分から分離されたそのようなものを含む細菌株または組成物を指す。いくつかの実施形態では、細菌株は、実質的に汚染物質を含まない。いくつかの実施形態では、組成物の１つ以上の細菌株は、細菌株を含む培養物または試料中で産生された及び／またはその中に存在する１つ以上の他の細菌から独立して精製されてもよい。いくつかの実施形態では、細菌株は、試料から単離または精製され、次に、細菌の複製に適した条件下、例えば、嫌気性培養条件下で培養される。細菌の複製に適した条件下で増殖した細菌は、その後、中で増殖した培養物から単離／精製され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の１つ以上の細菌株の特定の組み合わせにより、腸内毒素症の減少、微生物叢の復元、腸内毒素症誘発事象後の健康な微生物叢の回復、微生物叢の保護、及び／または対象の微生物叢への定着を促進する相乗効果がもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが特定の栄養素を代謝する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが特定の代謝産物を環境に提供する能力によってもたらされる。このような特定の代謝物は、病原体の増殖を抑制し、及び／または非病原体の増殖を刺激してもよい。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが短鎖脂肪酸を環境に提供する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが特定の短鎖脂肪酸を環境に提供する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが酪酸塩を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが酢酸塩を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが乳酸塩を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせがプロピオン酸塩を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせがコハク酸塩を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが複数の代謝物を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが複数の短鎖脂肪酸を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが酪酸塩と酢酸塩との両方を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが酪酸塩及び乳酸塩の両方を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが酪酸塩とプロピオン酸塩との両方を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが酪酸塩とコハク酸塩との両方を生成する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが酪酸塩、酢酸塩、及び追加の短鎖脂肪酸を生成する能力によってもたらされる。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌株の特定の組み合わせは、他の株（例えば、病原体）と比較した場合、栄養素の使用及び移植において秀でているため、例えば病原体の増殖を抑制することにより、微生物叢を保護及び／または復元する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌株の特定の組み合わせにより、対象において、腸内毒素症の減少、微生物叢の復元、腸内毒素症誘発事象後の健康な微生物叢の回復、微生物叢の保護、及び／または本医薬組成物の細菌株のうちのまたはのうちの１つの対象の微生物叢への定着を促進する免疫応答が誘導される。
組成物、例えば、医薬組成物などの対象に投与するための組成物も、本開示の範囲内である。いくつかの実施形態では、本組成物は、本明細書に記載の細菌株のうちのいずれかを含む。
一態様では、本開示は、本明細書に記載の細菌株のうちのいずれかを含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、薬学的に許容される賦形剤を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、経口投与のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、直腸投与のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、腸への送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、結腸への送達のために製剤化される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、１つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、凍結乾燥されていてもよい。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、カプセルの形態である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感応性組成物をさらに含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物の細菌株のうちの１つ以上は、噴霧乾燥されている。噴霧乾燥のプロセスは、細菌組成物を含む液体から乾燥粉末を作成することを指す。（例えば、Ｌｅｄｅｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｐｒａｙ−Ｄｒｙｉｎｇ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ｉｎ"Ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ ａｎｄ Ｖａｃｃｉｎｅｓ"２７３〜１９４頁，Ｓｐｒｉｎｇｅｒを参照されたい）。概して、本プロセスには、細菌組成物を高温ガスで急速に乾燥させることが伴う。
細菌株を含む医薬組成物及び食品を含む、本明細書に記載の組成物のいずれか、この細菌株は、任意の形態、例えば、溶液または懸濁液などの水性形態、半固体形態に包埋されたもの、粉末形態、または凍結乾燥形態にある。いくつかの実施形態では、本組成物または細菌株は凍結乾燥される。いくつかの実施形態では、細菌株のサブセットが凍結乾燥される。組成物、特に細菌を含む組成物を凍結乾燥する方法は、当該技術分野で周知である。例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第３，２６１，７６１号、同第４，２０５，１３２号、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１４／０２９５７８号、及び同第ＷＯ２０１２／０９８３５８号を参照されたい。細菌は組み合わせとして凍結乾燥されてもよく、及び／または細菌は別々に凍結乾燥され、投与前に組み合わされてもよい。細菌株を、他の細菌株と組み合わせる前に医薬品賦形剤と組み合わせてもよく、または複数の凍結乾燥した細菌を、凍結乾燥形態にあるあいだに組み合わせてもよく、この細菌の混合物を、組み合わせた時点で、続いて医薬品賦形剤と組み合わせてもよい。いくつかの実施形態では、細菌株は、凍結乾燥ケークである。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株を含む組成物は、凍結乾燥ケークである。
いくつかの実施形態では、医薬組成物及び食品を含む本組成物の細菌株のうちの１つ以上は、噴霧乾燥されている。いくつかの実施形態では、細菌株のサブセットが噴霧乾燥される。噴霧乾燥のプロセスは、細菌組成物を含む液体から乾燥粉末を作成することを指す（例えば、Ｌｅｄｅｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｓｐｒａｙ Ｄｒａｙｉｎｇ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ｉｎ"Ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ ａｎｄ Ｖａｃｃｉｎｅｓ"２７３〜２９４頁，Ｓｐｒｉｎｇｅｒを参照されたい）。概して、本プロセスには、細菌組成物を高温ガスで急速に乾燥させることが伴う。細菌株を、他の細菌株と組み合わせる前に医薬品賦形剤と組み合わせてもよく、または複数の噴霧乾燥した細菌を、噴霧乾燥形態にあるあいだに組み合わせてもよく、この細菌の混合物を、組み合わせた時点で、続いて医薬品賦形剤と組み合わせてもよい。
細菌株は、当該技術分野で周知の発酵技法を使用して製造することができる。いくつかの実施形態では、細菌は、嫌気性細菌種の急速な増殖を支援することができる嫌気性発酵槽を使用して増殖させるかまたは製造する。嫌気性発酵槽は、例えば、撹拌槽型反応器または使い捨て波動バイオリアクターであってもよい。ＢＬ培地及びＥＧ培地などの培養培地、または動物成分を含まないこれらの培地の類似版を使用して、細菌種の増殖を支援することができる。細菌産物は、遠心分離及び濾過などの従来の技法によって発酵ブロスから精製及び濃縮することができ、任意選択で、当該技術分野で周知の技法によって乾燥及び凍結乾燥することができる。
いくつかの実施形態では、生細菌産物は、医薬組成物として投与するために製剤化されてもよい。本明細書で使用される「医薬組成物」という用語は、本明細書に記載の細菌株のうちのいずれかなどの少なくとも１つの活性成分と、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤を含んでもよい１つ以上の不活性成分との混合または組み合わせから生じる産物を意味する。
「許容される」賦形剤は、有効成分と適合性でなければならず、かつそれが投与される対象にとって有害であってはならない賦形剤を指す。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される賦形剤は、組成物の意図される投与経路に基づいて選択され、例えば、経口または経鼻投与のための組成物は、直腸投与のための組成物とは異なる薬学的に許容される賦形剤を含み得る。賦形剤の例には、滅菌水、生理食塩水、溶剤、基材、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定剤、香料、芳香剤、賦形剤、ビヒクル、防腐剤、結合剤、希釈剤、等張性調整剤、緩和剤、増量剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、潤滑剤、着色剤、甘味料、増粘剤、及び可溶化剤が挙げられる。
本発明の医薬組成物は、当該技術分野で周知であり日常的に実施されている方法に従って調製することができる（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．２０ｔｈ ｅｄ．２０００を参照）。本明細書に記載の医薬組成物は、凍結乾燥製剤または水溶液の形態にある任意の担体または安定剤をさらに含んでもよい。許容される賦形剤、担体、または安定剤には、例えば、緩衝液、抗酸化剤、防腐剤、ポリマー、キレート試薬、及び／または界面活性剤が含まれてもよい。医薬組成物は、好ましくは、ＧＭＰ条件下で製造される。本医薬組成物は、例えば、カプセル剤、錠剤、丸薬、サシェ剤、液剤、粉末剤、顆粒剤、細顆粒剤、フィルムコーティング製剤、ペレット剤、トローチ剤、舌下製剤、チュアブル剤、口腔製剤、ペースト剤、シロップ剤、懸濁液、エリキシル剤、乳濁液、塗布剤、軟膏、プラスター剤、パップ剤、経皮吸収システム、ローション剤、吸入剤、エアロゾル剤、注射剤、坐剤などの形態で、経口、経鼻または非経口的に使用することができる。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、静脈内、筋肉内、皮下、または皮内投与などによる注射によって使用することができる。
いくつかの実施形態では、細菌株を含む本組成物は、経口送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、細菌株を含む本組成物は、腸（例えば、小腸及び／または結腸）への送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、細菌株を含む本組成物は、胃内の過酷な環境での細菌の生存を増加させる腸溶性コーティングを用いて製剤化されてもよい。腸溶性コーティングは、胃内の胃液の作用に抵抗して、その中の組成物の細菌が胃を通過して腸に入るようにするコーティングである。腸溶性コーティングは、腸液と接触すると、コーティングに封入された細菌が腸管に放出されるように容易に溶解してもよい。腸溶性コーティングは、市販のＥＵＤＲＡＧＩＴ（Ｅｖｏｎｉｋ Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ）などの当該技術分野で周知のポリマー及びコポリマーからなってもよい。（例えば、Ｚｈａｎｇ，ＡＡＰＳ ＰｈａｒｍＳｃｉＴｅｃｈ，２０１６，１７（１），５６−６７を参照）。
細菌株を含む本組成物はまた、腸（例えば、結腸）への直腸送達のために製剤化されてもよい。このため、いくつかの実施形態では、細菌株を含む組成物は、坐剤、結腸内視鏡検査、内視鏡検査、Ｓ状結腸鏡検査、または浣腸による送達のために製剤化されてもよい。医薬調製物または製剤、及び特に経口投与用医薬調製物は、本開示の組成物の腸（例えば、結腸）への効率的な送達を可能にする追加の成分を含んでもよい。本組成物の腸（例えば、結腸）への送達を許容するさまざまな医薬調製物を使用することができる。その例には、ｐＨ感応性組成物、より具体的には、腸溶性ポリマーが胃を通過した後にｐＨがアルカリ性になるとそれらの内容物を放出する緩衝サシェ製剤または腸溶性ポリマーが挙げられる。ｐＨ感応性組成物が医薬調製物の製剤化に使用される場合、ｐＨ感受性組成物は、好ましくは、組成物の分解のｐＨ閾値が約６．８〜約７．５であるポリマーである。このような数値範囲は、胃の遠位部分でｐＨがアルカリ側にシフトする範囲であり、したがって、結腸への送達に使用するのに好適な範囲である。さらに、腸の各部分（例えば、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸、及び直腸）は、異なる生化学的及び化学的環境を有することを理解されたい。例えば、腸の一部は異なるｐＨを有しているため、特定のｐＨ感応性を有する組成物による標的化された送達が可能となる。したがって、本明細書に提供される組成物は、適切なｐＨ感応性を有する製剤を提供することにより、腸または腸の特定の部分（例えば、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸、及び直腸）への送達のために製剤化されてもよい。（例えば、Ｖｉｌｌｅｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｐｈａｒｍ ２０１５，４８７（１−２）：３１４−９を参照されたい）。
追加または代替経路による投与のための医薬組成物も、本開示の範囲内である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、舌下投与のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、注射による投与のために製剤化される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、本開示の組成物を胃腸管（例えば、結腸）などの所望の部位に効率的に送達することを可能にする追加の成分を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、アレルギーの治療における利益の提供に関連付けられるアジュバントを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、経口免疫療法薬、経皮免疫療法薬、または舌下免疫療法薬の１つ以上の成分を含む。
腸（例えば、結腸）への組成物の送達に有用な医薬調製物の別の実施形態は、内容物（例えば、細菌株）の放出を小腸通過時間に対応するおよそ３〜５時間遅延させることによって、結腸への送達を確実にするものである。遅延放出のための医薬調製物の一実施形態では、ヒドロゲルがシェルとして使用される。ヒドロゲルは、胃腸液と接触すると水和して膨潤し、その結果、内容物が効果的に放出される（主に結腸で放出される）。遅延放出剤形は、投与される薬物または活性成分をコーティングまたは選択的にコーティングする材料を有する薬物含有組成物を含む。そのような選択的コーティング材料の例には、ｉｎ ｖｉｖｏ分解性ポリマー、漸次加水分解性ポリマー、漸次水溶性ポリマー、及び／または酵素分解性ポリマーが挙げられる。放出を効率的に遅延させるための多種多様なコーティング材料が利用可能であり、これらには、例えば、ヒドロキシプロピルセルロースなどのセルロース系ポリマー、メタクリル酸ポリマー及びコポリマーなどのアクリル酸ポリマー及びコポリマー、ならびにポリビニルピロリドンなどのビニルポリマー及びコポリマーが含まれる。
腸（例えば、結腸）への送達を許容する医薬組成物の追加の例には、結腸粘膜に特異的に付着する生体接着性組成物、（例えば、米国特許第６，３６８，５８６号の明細書に記載されているポリマー）、及び特に胃腸管内の生物医薬調製物をプロテアーゼの活性に起因する分解分解から保護するために中にプロテアーゼ阻害剤が組み込まれている組成物が挙げられる。
腸（例えば、結腸）への送達を可能にするシステムの別の例は、胃の遠位部分での細菌発酵におけるガスの発生によって引き起こされる圧力変化を利用することによって内容物を放出させるような圧力変化によって、組成物を結腸に送達するシステムである。このようなシステムは特に限定されるものではなく、そのより具体的な例は、内容物が坐剤ベースに分散しており、疎水性ポリマー（例えば、エチルセルロース）でコーティングされたカプセルである。
腸（例えば、結腸）への組成物の送達を可能にするシステムのさらなる例は、例えば炭水化物加水分解酵素または炭水化物還元酵素などの胃腸（例えば、結腸）に存在する酵素によって除去され得るコーティングを含む組成物である。このようなシステムは特に限定されるものではなく、そのより具体的な例には、非デンプン性多糖類、アミロース、キサンタンガム、及びアゾポリマーなどの食品成分を使用するシステムが含まれる。
本明細書に提供される組成物はまた、開口部（例えば、鼻腔チューブ）を介したまたは手術を介した送達によって、腸などの特定の標的領域に送達することができる。加えて、特定の領域（例えば、盲腸または結腸）への送達のために製剤化される本明細書に提供される組成物は、チューブ（例えば、直接小腸に入れる）によって投与してもよい。チューブなどの機械的送達方法を、ｐＨ特異的コーティングなどの化学的送達方法と組み合わせると、本明細書に提供される組成物を所望の標的領域（例えば、盲腸または結腸）に送達することが可能になる。
細菌を含む組成物は、当業者に既知である従来の方法によって、薬学的に許容される剤形に製剤化される。投薬レジメンは、最適な所望の応答（例えば、予防的または治療的効果）を提供するように調整される。いくつかの実施形態では、組成物の剤形は、錠剤、丸薬、カプセル剤、粉末剤、顆粒剤、溶液剤、または坐剤である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、経口投与のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、細菌株を含み、細菌またはその一部が対象の胃を通過した後も生存し続けるように製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、例えば坐剤として、直腸投与のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、適切なコーティング（例えば、ｐＨ特異的コーティング、標的領域特異的酵素によって分解され得るコーティング、または標的領域に存在する受容体に結合することができるコーティング）を提供することによって、腸または腸の特定の領域（例えば、結腸）への送達のために製剤化される。
本発明の医薬組成物中の活性成分の投薬量は、対象に対して毒性であるまたは有害作用を有することなく、特定の対象、組成物、及び投与様式について所望の薬学的応答を達成するのに有効な活性成分の量を得るように変化させることができる。選択される投薬量レベルは、用いられる本発明の特定の組成物の活性、投与経路、投与時間、治療期間、用いられる特定の組成物と組み合わせて使用される他の薬物、化合物、及び／または材料、治療される対象の年齢、性別、体重、状態、一般的な健康、及び以前の病歴、ならびに同様の要因を含む、さまざまな要因に基づく。
医師、獣医、または他の訓練を受けた施術者は、所望の治療効果の達成に必要なレベルよりも低いレベルで本医薬組成物の投薬を開始し、所望の効果（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の治療、アレルギーの治療、アレルギーと関連付けられる１つ以上の免疫応答の調節）が達成されるまで、投薬量を徐々に増加させることができる。概して、本明細書に記載のような人々の群を予防的に治療するための本発明の組成物の有効用量は、投与経路、対象の生理学的状態、対象がヒトであるか動物であるか、投与される他の薬剤、及び所望の治療効果を含む多くの異なる要因に応じて変化する。安全性及び有効性を最適化するために、投薬量を滴定する必要がある。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、本明細書に記載される組成物のうちのいずれかの用量の経口投与を必要とする。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの複数回投与の経口投与を必要とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかは、対象に、１回、２回、３回、４回、５回、５回、６回、７回、８回、９回、少なくとも１０回、少なくとも１１回、少なくとも１２回、少なくとも１３回、少なくとも１４回、またはそれ以上、投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかは、対象に、毎日、２日ごと、３日ごと、４日ごと、５日ごと、６日ごと、毎週、２週間ごと、毎月、２か月ごと、３か月ごと、４か月ごと、５か月ごと、６か月ごと、またはそれ以上など、一定の間隔で、複数回用量で投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの１用量が投与され、本組成物の第２の用量が翌日（例えば、連続する日）に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの１用量が投与され、本組成物の追加用量の各々が連続する日に投与される（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
一態様では、本開示は、本医薬組成物の複数回用量の投与を含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）、それに続く本医薬組成物の複数回用量の投与を含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の定着（生着）が増強される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回投与の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の回復が増強される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の存在量が増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてが定着した対象の数が増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の耐久性の定着（例えば、最大６か月）がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべての耐久性の定着（例えば、６か月）がもたらされる。さらに、複数回用量の投与により、記載の結果の組み合わせが生じてもよいことを理解されたい。このため、例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の定着（生着）が増加し、かつその回復速度が増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の定着（生着）が増強される。図６及び図７に示されるように、本医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の細菌株の各々の定着（生着）が増強され、その存在量が増加する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の単回用量の投与により、本医薬組成物の複数回用量の投与と同じまたは同様のレベルの生着（例えば、全細菌）がもたらされるが、生着は、本医薬組成物の１つの細菌株または細菌株のサブセットのみによって占められ得る。
本明細書に記載の方法のうちのいずれも、本明細書に記載の医薬組成物を投与する前に、対象に抗生物質を投与することをさらに含んでもよい。いくつかの実施形態では、抗生物質は、バンコマイシン、フィダキソマイシン、またはリジニラゾールである。本明細書で提供される方法のうちのいずれかで使用され得る抗生物質の非限定的な例には、セファロスポリン抗生物質セファロキシン、セフロキシム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフトビプロール、クリンダマイシン、セフトリアキソン、セフォタキシム、セファゾリン、セフォペラゾン、セフロキシム、セフメタゾール、フルオロキノロン、シプロフロキサシン、Ｌｅｖａｑｕｉｎ、フロキシン、テクイン、アベロックス、ノルフロックス、テトラサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、ドキシサイクリン、アモキシシリン、アンピシリン、ペニシリンＶ、ジクロキサシリン、ベンジルペニシリン、カルベニシリン、バンコマイシン、及びメチシリン）、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、メロペネム、クラブラン酸塩、タゾバクタム、ピペラシリン、セフトリアキソン、セフォタキシム、セファゾリン、フルオロキノロン、イミペネム、メロペネム、メトロニダゾール、フィダキソミキシン（ｆｉｄａｘｏｍｙｘｉｎ）、またはリジニラゾールが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のうちのいずれかは、対象に、本明細書に記載の医薬組成物の投与前にバンコマイシンを対象に投与することをさらに含んでもよい。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の投与前にバンコマイシンを対象に投与することを含まない。バンコマイシンの投与は、ヒトの腸内微生物叢の組成を改変することがわかっている。例えば、Ｒｅｉｊｎｄｅｒｓ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ（２０１６）２４（１）：６３−７２を参照されたい。いずれの特定の理論にも束縛されることを望むものではないが、バンコマイシンの投与により、例えば胃腸管に存在する他の微生物を除去することで、本明細書に記載の医薬組成物の細菌株（単数または複数）の生着が助けられ得ると考えられる。
いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、単回用量として、対象に１回投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、複数回用量で対象に投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、少なくとも２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量で対象に投与される。バンコマイシンの複数回用量は、本明細書に記載の医薬組成物うちののいずれかを投与する前に、一定の間隔で対象に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、バンコマイシンの複数回用量の各々は、連続した日に投与される（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、またはそれ以上の間連続して、対象に投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、３日間連続して各日対象に投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、５日間連続して各日対象に投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、１日間対象に投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、７日間連続して各日対象に投与される。本明細書に記載の実施形態のうちのいずれにおいても、対象は、第１の抗生物質の１回以上の用量、続いて第２の抗生物質の１回以上の用量を投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、単回用量、または複数回用量の治療レジメンにおける第１の投与は、バンコマイシンの最終用量の投与と同じ日に投与される。いくつかの実施形態では、単回用量、または複数回用量の治療レジメンにおける第１の投与は、バンコマイシンの最終用量の投与の翌日に投与される。いくつかの実施形態では、単回用量、または複数回用量の治療レジメンにおける第１の投与は、バンコマイシンの最終用量の投与の２日後に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、バンコマイシンの最終用量と本医薬組成物の第１の用量との間に休薬日を見越す。いくつかの実施形態では、単回用量、または複数回用量の治療レジメンにおける第１の用量は、バンコマイシンの最終用量の投与の３日、４日、５日、６日、１０日、またはそれ以上の後に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、バンコマイシンの最終用量と本医薬組成物の第１の用量との間に複数の休薬日を見越す。
バンコマイシンの各用量は、同量のバンコマイシンであっても、異なる量のバンコマイシンであってもよい。いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、本明細書に記載の医薬組成物の細菌株のうちの１つ以上の定着を可能にするのに十分な量で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１日あたり約５０ｍｇ〜１ｇ、１００ｍｇ〜７５０ｍｇ、１００ｍｇ〜５００ｍｇ、２００ｍｇ〜７５０ｍｇ、２００ｍｇ〜５００ｍｇ、３００ｍｇ〜７５０ｍｇ、３００ｍｇ〜５００ｍｇ、１００ｍｇ〜４００ｍｇ、１００ｍｇ〜３００ｍｇ、１００ｍｇ〜２００ｍｇ、２００ｍｇ〜４００ｍｇ、２００ｍｇ〜３００ｍｇ、または４５０ｍｇ〜５５０ｍｇのバンコマイシンを投与される。当業者には理解されるように、１日あたりの対象に投与されるバンコマイシンの総量は、単回用量で投与されても、合計すると１日あたりのバンコマイシンの総量となる複数回用量にわたって投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの投与前に、１日あたり約５００ｍｇのバンコマイシンを投与される。いくつかの実施形態では、１日あたり５００ｍｇのバンコマイシンが単回用量（例えば、５００ｍｇ）で投与される。いくつかの実施形態では、１日あたり５００ｍｇのバンコマイシンは、合計すると１日あたり５００ｍｇのバンコマイシンとなる複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）で投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンの４回用量で投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に１日間投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に２日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に３日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に４日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に５日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に６日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に７日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に８日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に９日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に１０日間毎日投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの投与前に、１日あたり約２５０ｍｇのバンコマイシンを投与される。いくつかの実施形態では、１日あたり２５０ｍｇのバンコマイシンは、単回用量（例えば、２５０ｍｇ）で投与される。いくつかの実施形態では、１日あたり２５０ｍｇのバンコマイシンは、合計すると１日あたり２５０ｍｇのバンコマイシンとなる複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）で投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンの２回用量で投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に１日間投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に２日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に３日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に４日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に５日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に６日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に７日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に８日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に９日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に１０日間毎日投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの投与前に、１日あたり約１２５ｍｇのバンコマイシンを投与される。いくつかの実施形態では、この１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンは、単回用量（例えば、１２５ｍｇ）で投与される。いくつかの実施形態では、この１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンは、合計すると１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンとなる複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）で投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に１日間投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に２日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に３日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に４日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に５日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に６日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に７日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に８日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に９日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に１０日間毎日投与される。
いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、漸減パルスレジームに従って投与される。例えば、Ｓｉｒｂｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ（２０１７）６５：１３９６−１３９９を参照されたい。
いくつかの実施形態では、バンコマイシンは、本明細書に記載の医薬組成物の投与の１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、またはそれ以上前に、対象に投与される。いくつかの実施形態では、バンコマイシンの投与は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの投与の少なくとも１日（例えば、１日、２日、３日、４日、５日、またはそれ以上）前に終了される。
いくつかの実施形態では、追加の抗生物質が、本明細書に提供されるバンコマイシンレジームと組み合わせて投与される。
いくつかの実施形態では、バンコマイシン用量または投与レジメンのいずれかを、本明細書に提供される医薬組成物用量または投与レジメンのいずれかと組み合わせてもよいことを理解されたい。
いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の抗生物質を対象に投与し、続いて本細菌組成物のうちのいずれかを１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、または少なくとも１０回以上対象に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の抗生物質を対象に投与し、続いて本明細書に記載の細菌組成物のうちのいずれかを、複数回用量で、２週間ごと、毎月、２か月ごと、３か月ごと、４か月ごと、５か月ごと、６か月ごと、またはそれ以上など一定の間隔で、対象に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの１回用量が投与され、本組成物の第２の用量が翌日（例えば、連続した日）に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの１用量が投与され、本組成物の追加用量の各々が、連続した日（例えば、１日目に第１の用量、２日目に第２の用量、３日目に第３の用量など）に投与される。
一態様では、本開示は、１つ以上の抗生物質を対象に投与し、続いて細菌組成物のうちのいずれかを本医薬組成物の複数の日用量として投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、またはそれ以上の間、毎日投与される。
一態様では、本開示は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本明細書に提供される医薬組成物を投与することを含む方法を提供し、ここでは、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与した後で、本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与する。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに医薬組成物を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量（生着）が増加する。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに医薬組成物を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の定着の期間が増加する（例えば、最高６カ月）。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに医薬組成物を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の初期量の生着速度が１０〜１００倍（例えば、最初の４８時間以内）増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに医薬組成物を投与した場合と比較して比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてが微生物叢に存在する対象の数（量）がより大きくなる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量（生着）が増加する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の対象の微生物叢における細菌株の存在量（生着）が増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の初期量の生着速度が増加する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の初期量の生着速度が増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量がより多くなる。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量がより多くなる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてが微生物叢に存在する対象の数（量）がより大きくなる。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてを微生物叢に有する対象の数（量）がより大きくなる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、微生物叢の回復が加速する（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの細菌種が増加し、及び／またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少する）。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬品の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、微生物叢の回復が加速する（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの細菌種が増加し、及び／またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少する）。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、医薬組成物を投与せずに抗生物物質（例えば、バンコマイシン）を投与した場合と比較して、微生物叢の回復が加速する（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの細菌種が増加し、及び／またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少する）。
本明細書に開示される医薬組成物を含む組成物には、選択された細菌株を含む組成物が含まれる。医薬組成物を含む組成物における細菌株の各々の細菌の量を含む細菌の量は、重量、細菌の数、及び／またはＣＦＵ（コロニー形成単位）で表され得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３、またはそれ以上の細菌株の各々を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３、またはそれ以上の総細菌を含む。細菌株の各々の細菌が異なる量で存在してもよいことをさらに理解されたい。このため、例えば、非限定的な例として、組成物は、１０３の細菌Ａ、１０４の細菌Ｂ、及び１０６の細菌Ｃを含んでもよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３、またはそれ以上のＣＦＵの細菌株の各々を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、組み合わせた細菌株のすべてについて、合計で約１０１、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３、またはそれ以上のＣＦＵを含む。上で考察したように、細菌株の各々の細菌は、異なる量で存在してもよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、本組成物中の細菌株の各々の細菌を、投薬量あたり、約１０−７、約１０−６、約１０−５、約１０−４、約１０−３、約１０−２、約１０−１、またはそれ以上のグラムで含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、組み合わせた細菌株のすべてについて、合計で約１０−７、約１０−６、約１０−５、約１０−４、約１０−３、約１０−２、約１０−１、またはそれ以上のグラム数の細菌を含む。
いくつかの実施形態では、投薬量は、１つの投与手段（例えば、錠剤、丸薬、またはカプセル剤）である。いくつかの実施形態では、投薬量は、一度に投与される量であり、これは、２つ以上の投与手段（例えば、複数の錠剤、丸薬、またはカプセル剤）の形態であってもよい。いくつかの実施形態では、投薬量は、特定の期間（例えば、１日または１週間）で投与される量である。
本明細書に記載されるように、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、単回投与として１回投与されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、複数回用量で投与される。いくつかの実施形態では、各用量は、１つ以上のカプセル剤の形態で投与される。いくつかの実施形態では、各用量は、複数のカプセルの投与を含む。いくつかの実施形態では、各用量は、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、またはそれ以上のカプセルの形態で投与される。
いくつかの実施形態では、各カプセルは、カプセルあたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２の細菌株の各々を含む。
いくつかの実施形態では、各カプセルは、カプセルあたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、１０７〜１０９、１０７〜１０８、または１０８〜１０９の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約１．０×１０７、２．０×１０７、３．０×１０７、４．０×１０７、５．０×１０７、６．０×１０７、７．０×１０７、８．０×１０７、９．０×１０７、１．０×１０８、２．０×１０８、３．０×１０８、４．０×１０８、５．０×１０８、６．０×１０８、７．０１０８、８．０×１０８、９．０×１０８、１．０×１０９、１．１×１０９、１．２×１０９、１．３×１０９、１．４×１０９、１．５×１０９、１．６×１０９、１．７×１０９、１．８×１０９、１．９×１０９、２．０×１０９、２．１×１０９、２．２×１０９、２．３×１０９、２．４×１０９、２．５×１０９、２．６×１０９、２．７×１０９、２．８×１０９、２．９×１０９、３．０×１０９、３．１×１０９、３．２×１０９、３．３×１０９、３．４×１０９、３．５×１０９、３．６×１０９、３．７×１０９、３．８×１０９、３．９×１０９、４．０×１０９、４．１×１０９、４．２×１０９、４．３×１０９、４．４×１０９、４．５×１０９、４．６×１０９、４．７×１０９、４．８×１０９、４．９×１０９、５．０×１０９の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約８．０×１０８の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約１．６×１０９の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約８．０×１０８のＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約１．６×１０９のＣＦＵを含む。
いくつかの実施形態では、各カプセルは、カプセルあたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２の各細菌株を含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、投薬量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２のＣＦＵの細菌株の各々を含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、投薬量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２の総ＣＦＵを含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも約１．０×１０８、１．１×１０８、１．２×１０８、１．３×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．７×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．１×１０８、２．２×１０８、２．３×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．７×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．１×１０８、３．２×１０８、３．３×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．７×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．１×１０８、４．２×１０８、４．３×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．７×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、５．０×１０８、５．１×１０８、５．２×１０８、５．３×１０８、５．４×１０８、５．５×１０８、５．６×１０８、５．７×１０８、５．８×１０８、５．９×１０８、６．０×１０８、６．１×１０８、６．２×１０８、６．３×１０８、６．４×１０８、６．５×１０８、６．６×１０８、６．７×１０８、６．８×１０８、６．９×１０８、７．０×１０８、７．１×１０８、７．２×１０８、７．３×１０８、７．４×１０８、７．５×１０８、７．６×１０８、７．７×１０８、７．８×１０８、７．９×１０８、８．０×１０８、８．１×１０８、８．２×１０８、８．３×１０８、８．４×１０８、８．５×１０８、８．６×１０８、８．７×１０８、８．８×１０８、８．９×１０８、９．０×１０８、９．１×１０８、９．２×１０８、９．３×１０８、９．４×１０８、９．５×１０８、９．６×１０８、９．７×１０８、９．８×１０８、９．９×１０８、１．０×１０９、１．１×１０９、１．２×１０９、１．３×１０９、１．４×１０９、１．５×１０９、１．６×１０９、１．７×１０９、１．８×１０９、１．９×１０９、２．０×１０９、２．１×１０９、２．２×１０９、２．３×１０９、２．４×１０９、２．５×１０９、２．６×１０９、２．７×１０９、２．８×１０９、２．９×１０９、３．０×１０９、３．１×１０９、３．２×１０９、３．３×１０９、３．４×１０９、３．５×１０９、３．６×１０９、３．７×１０９、３．８×１０９、３．９×１０９、４．０×１０９、４．１×１０９、４．２×１０９、４．３×１０９、４．４×１０９、４．５×１０９、４．６×１０９、４．７×１０９、４．８×１０９、４．９×１０９、５．０×１０９、５．１×１０９、５．２×１０９、５．３×１０９、５．４×１０９、５．５×１０９、５．６×１０９、５．７×１０９、５．８×１０９、５．９×１０９、６．０×１０９、６．１×１０９、６．２×１０９、６．３×１０９、６．４×１０９、６．５×１０９、６．６×１０９、６．７×１０９、６．８×１０９、６．９×１０９、７．０×１０９、７．１×１０９、７．２×１０９、７．３×１０９、７．４×１０９、７．５×１０９、７．６×１０９、７．７×１０９、７．８×１０９、７．９×１０９、８．０×１０９、８．１×１０９、８．２×１０９、８．３×１０９、８．４×１０９、８．５×１０９、８．６×１０９、８．７×１０９、８．８×１０９、８．９×１０９、９．０×１０９、９．１×１０９、９．２×１０９、９．３×１０９、９．４×１０９、９．５×１０９、９．６×１０９、９．７×１０９、９．８×１０９、９．９×１０９、１．０×１０１０、１．１×１０１０、１．２×１０１０、１．３×１０１０、１．４×１０１０、１．５×１０１０、１．６×１０１０、１．７×１０１０、１．８×１０１０、１．９×１０１０、２．０×１０１０、２．１×１０１０、２．２×１０１０、２．３×１０１０、２．４×１０１０、２．５×１０１０、２．６×１０１０、２．７×１０１０、２．８×１０１０、２．９×１０１０、３．０×１０１０、３．１×１０１０、３．２×１０１０、３．３×１０１０、３．４×１０１０、３．５×１０１０、３．６×１０１０、３．７×１０１０、３．８×１０１０、３．９×１０１０、４．０×１０１０、４．１×１０１０、４．２×１０１０、４．３×１０１０、４．４×１０１０、４．５×１０１０、４．６×１０１０、４．７×１０１０、４．８×１０１０、４．９×１０１０、５．０×１０１０、５．１×１０１０、５．２×１０１０、５．３×１０１０、５．４×１０１０、５．５×１０１０、５．６×１０１０、５．７×１０１０、５．８×１０１０、５．９×１０１０、６．０×１０１０、６．１×１０１０、６．２×１０１０、６．３×１０１０、６．４×１０１０、６．５×１０１０、６．６×１０１０、６．７×１０１０、６．８×１０１０、６．９×１０１０、７．０×１０１０、７．１×１０１０、７．２×１０１０、７．３×１０１０、７．４×１０１０、７．５×１０１０、７．６×１０１０、７．７×１０１０、７．８×１０１０、７．９×１０１０、８．０×１０１０、８．１×１０１０、８．２×１０１０、８．３×１０１０、８．４×１０１０、８．５×１０１０、８．６×１０１０、８．７×１０１０、８．８×１０１０、８．９×１０１０、９．０×１０１０、９．１×１０１０、９．２×１０１０、９．３×１０１０、９．４×１０１０、９．５×１０１０、９．６×１０１０、９．７×１０１０、９．８×１０１０、９．９×１０１０、１．０×１０１１、１．１×１０１１、１．２×１０１１、１．３×１０１１、１．４×１０１１、１．５×１０１１、１．６×１０１１、１．７×１０１１、１．８×１０１１、１．９×１０１１、２．０×１０１１、２．１×１０１１、２．２×１０１１、２．３×１０１１、２．４×１０１１、２．５×１０１１、２．６×１０１１、２．７×１０１１、２．８×１０１１、２．９×１０１１、３．０×１０１１、３．１×１０１１、３．２×１０１１、３．３×１０１１、３．４×１０１１、３．５×１０１１、３．６×１０１１、３．７×１０１１、３．８×１０１１、３．９×１０１１、４．０×１０１１、４．１×１０１１、４．２×１０１１、４．３×１０１１、４．４×１０１１、４．５×１０１１、４．６×１０１１、４．７×１０１１、４．８×１０１１、４．９×１０１１、５．０×１０１１、５．１×１０１１、５．２×１０１１、５．３×１０１１、５．４×１０１１、５．５×１０１１、５．６×１０１１、５．７×１０１１、５．８×１０１１、５．９×１０１１、６．０×１０１１、６．１×１０１１、６．２×１０１１、６．３×１０１１、６．４×１０１１、６．５×１０１１、６．６×１０１１、６．７×１０１１、６．８×１０１１、６．９×１０１１、７．０×１０１１、７．１×１０１１、７．２×１０１１、７．３×１０１１、７．４×１０１１、７．５×１０１１、７．６×１０１１、７．７×１０１１、７．８×１０１１、７．９×１０１１、８．０×１０１１、８．１×１０１１、８．２×１０１１、８．３×１０１１、８．４×１０１１、８．５×１０１１、８．６×１０１１、８．７×１０１１、８．８×１０１１、８．９×１０１１、９．０×１０１１、９．１×１０１１、９．２×１０１１、９．３×１０１１、９．４×１０１１、９．５×１０１１、９．６×１０１１、９．７×１０１１、９．８×１０１１、９．９×１０１１、または１．０×１０１２の総ＣＦＵを含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０９の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０９の総ＣＦＵを含み、単回投与として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０９の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含み、７回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、単回投与として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、５回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、５回用量として投与され、その各々は５日連続して投与される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、単回投与として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、１４回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、１４回用量として投与され、その各々は１４日連続して投与される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、１４回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、１４回用量として投与され、その各々は１４日連続して投与される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、５回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、５回用量として投与され、その各々は５日連続して投与される。
本明細書に記載されるように、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、１回用量でまたは複数回用量で（例えば、初期投与）で対象に投与されてもよく、その後に、本明細書に記載の任意の医薬組成物のうちのいずれかの１回以上の追加用量が続いてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、初期投与において１回用量でまたは複数回用量で対象に投与され、その後、初期投与の医薬組成物と同じ１つ以上の細菌株を含む医薬組成物の１回以上の追加用量が続いでもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、初期投与において１回用量でまたは複数回用量で対象に投与され、その後、本医薬組成物の初期投与に比べてより多くの総細菌（コロニー形成単位）を含む医薬組成物の１回以上の追加用量を続けてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、初期投与において１回用量でまたは複数回用量で対象に投与され、その後、本医薬組成物の初期投与と比べてより少数の総細菌（コロニー形成単位）を含む医薬組成物の１回以上の追加用量が続いでもよい。いくつかの実施形態では、初期投与は、少なくとも１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量の本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかを含む。いくつかの実施形態では、追加投与は、少なくとも１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量の本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかを含む。いくつかの実施形態では、初期投与は、本医薬組成物のいずれかの２回用量を含み、追加投与は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの３回用量を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、初期投与において１回用量でまたは複数回用量で対象に投与され、その後、本医薬組成物の初期投与と比べてより少数の総細菌（コロニー形成単位）を含む医薬組成物の１回以上の追加用量が続いでもよい。そのような実施形態では、初期投与の用量（単数または複数）は「高用量」と称されてもよく、追加投与の用量（単数または複数）は「低用量」と称されてもよい。いくつかの実施形態では、高用量は、低用量よりも、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、またはそれ以上高い。いくつかの実施形態では、高用量は８．０×１０９ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、低用量は１．６×１０９ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、初期投与は、８．０×１０９ＣＦＵの複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）を含み、追加投与は、１．６×１０９ＣＦＵの複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）を含む。いくつかの実施形態では、低用量は１．６×１０９ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、初期投与は、８．０×１０９ＣＦＵの２回用量を含み、追加投与は、１．６×１０９ＣＦＵの３回用量を含む。
いくつかの実施形態では、１回以上の追加投与は、初期投与の翌日（例えば、連続した日）に行われる。いくつかの実施形態では、１回以上の追加投与は、初期投与の少なくとも１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１１週、１２週、１３週、１４週、１５週、１６週、１７週、１８週、１９週、２０週、またはそれ以上後に行われる。いくつかの実施形態では、１回以上の追加投与は、初期投与の少なくとも６週後に行われる。いくつかの実施形態では、１回以上の追加投与は、初期投与の少なくとも１２週後に行われる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、本組成物中の細菌株の各々の細菌を、投薬量あたり、１０−７〜１０−１、１０−６〜１０−１、１０−５〜１０−１、１０−４〜１０−１、１０−３〜１０−１、１０−２〜１０−１、１０−７〜１０−２、１０−６〜１０−２、１０−５〜１０−２、１０−４〜１０−２、１０−３〜１０−２、１０−７〜１０−３、１０−６〜１０−３、１０−５〜１０−３、１０−４〜１０−３、１０−７〜１０−４、１０−６〜１０−４、１０−５〜１０−４、１０−７〜１０−５、１０−６〜１０−５、または１０−７〜１０−６グラムで含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される医薬組成物を含む本組成物は、投薬量あたり、１０−７〜１０−１、１０−６〜１０−１、１０−５〜１０−１、１０−４〜１０−１、１０−３〜１０−１、１０−２〜１０−１、１０−７〜１０−２、１０−６〜１０−２、１０−５〜１０−２、１０−４〜１０−２、１０−３〜１０−２、１０−７〜１０−３、１０−６〜１０−３、１０−５〜１０−３、１０−４〜１０−３、１０−７〜１０−４、１０−６〜１０−４、１０−５〜１０−４、１０−７〜１０−５、１０−６〜１０−５、または１０−７〜１０−６グラムの組み合わせた細菌のすべて（合計）を含む。
一態様では、本開示は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、その後、本明細書に提供される医薬組成物を投与することを含む方法を提供し、ここでは、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の投与後に、本医薬組成物の単回用量または複数回用量が投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量及び複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに本医薬組成物を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量（生着）が増加する。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せず本医薬組成物を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の定着の期間が増加する（例えば、最大６か月）。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに本医薬組成物を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の初期量の生着速度が１０〜１００倍（例えば、最初の４８時間以内）増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに医薬組成物を投与した場合と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてが微生物叢に存在する対象の数（量）がより大きくなる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量（生着）が増加する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の対象の微生物叢における細菌株の存在量（生着）が増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与すると、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における医薬組成物の細菌株の初期量の生着速度が増加する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の初期量の生着速度が増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量がより多くなる。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量がより多くなる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてが微生物叢に存在する対象の数（量）がより大きくなる。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬品の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてがを微生物叢に有する対象の数（量）がより大きくなる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、微生物叢の回復が加速する（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの細菌種が増加し、及び／またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少する）。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬品の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、微生物叢の回復が加速する（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの細菌種が増加し、及び／またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少する）。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、医薬組成物を投与せずに抗生物物質（例えば、バンコマイシン）を投与した場合と比較して、微生物叢の回復が加速する（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの細菌種が増加し、及び／またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少する）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法には、本明細書に記載の組成物を投与する前に、対象を腸洗浄（腸潅注、全腸潅注、胃腸洗浄、胃洗浄）に供することが伴ってもよい。いくつかの実施形態では、腸洗浄は、対象の胃腸管から微生物叢を除去するかまたは除去するのを助け、本明細書に記載の組成物の細菌株のために陥凹部を創出してもよい。いくつかの実施形態では、腸洗浄は、経口腸洗浄であっても経直腸腸洗浄であってもよい。
腸洗浄を行う方法は当該技術分野で既知であり、これには、概して、ポリエチレングリコールまたは平衡電解質溶液などの大量の溶液の急速な投与が伴う。経直腸腸洗浄には、本医薬組成物を含む溶液または坐剤の投与が伴い得る。腸洗浄は、医師の監督下で、入院中に、または自宅で行われ得る。
本開示の態様は、本明細書に記載の方法のうちのいずれかに従って本医薬組成物のうちのいずれかを投与することを含む、病原体による感染を治療する方法に関する。
本開示の態様は、本明細書に記載の方法のうちのいずれかに従って本医薬組成物のうちのいずれかを投与することを含む、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を治療する方法に関する。いくつかの実施形態では、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染は、一次Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である。いくつかの実施形態では、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染は、再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの単回用量または複数回用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の１回以上の追加の用量または量を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物を投与する前に抗生物質（例えば、バンコマイシン）を対象に投与することをさらに含む。
本明細書に記載の組成物及び方法は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の治療に有効である。本明細書に記載の方法は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の病原効果を抑制するのに有効である可能性がある。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、感染後のＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの量が減少し、それにより、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅを身体（例えば、腸）から排除するための効果的な方法がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、例えば対象に投与されると、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が誘導される。いくつかの実施形態では、開示の組成物の投与により、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素Ｂの産生または活性が低減または阻害され、それにより、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の治療または防止のための効果的な組成物が示される。本明細書に開示される組成物はまた、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの増殖及び／または生存を阻害することが見出されている。
本開示は、感染を治療するために、病原性感染を経験しているまたは経験した対象に本医薬組成物を投与する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本組成物は、病原性感染のリスクがあり得る対象に投与されてもよい。そのような対象には、以前に病原性感染を有した対象、抗生物質で治療された対象、及び病原性感染のリスクを高めることになる処置（例えば、手術及び／または入院）を受ける予定の対象が含まれる。いくつかの実施形態では、病原性感染は、主に消化管または腸に存在する病原体による感染である。いくつかの実施形態では、主に消化管または腸に存在する病原体は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせが、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原体と比較して栄養素の使用において秀でていることにより、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原体の増殖を抑制するので、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原性感染が治療される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせが、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原体と比較して移植において秀でていることにより、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原体の増殖を抑制するので、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原性感染が治療される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせが、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原体と比較したときに栄養素の使用及び移植において秀でていることにより、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原体の増殖を抑制するので、病原性感染が治療される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせが、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原体の増殖及び／または生存を阻害するので、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原性感染が治療される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせが、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原体の低減または排除を生じさせる対象における調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）を誘導するので、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原性感染が治療される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせが、病原体の増殖及び／または生存を阻害し、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原体の低減または排除を生じさせる対象における調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）を誘導するので、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの病原性感染が治療される。
いくつかの実施形態では、対象は、病原菌の保菌者であり、感染の影響（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素によって引き起こされる下痢）に罹患している。いくつかの実施形態では、対象は、病原体の無症候性保菌者である。いくつかの実施形態では、対象は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの保菌者である。いくつかの実施形態では、対象は、無症候性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ保菌者である。いくつかの実施形態では、対象は、再発性または慢性の病原性感染を経験している。いくつかの実施形態では、対象は、特定の病原性感染の最初の発症に罹患している。いくつかの実施形態では、対象は抗生物質で治療されており、その結果、病原性感染の再発が生じている。いくつかの実施形態では、対象は、抗生物質で治療されており、その結果、病原性感染の最初の発症が生じている。いくつかの実施形態では、対象は、対象の感染のリスクを高める手順を受けることになっている。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、病原体に感染するリスクを低下させるために対象に投与される。
本明細書に記載の組成物のいずれも、病原性感染（例えば、１つ以上の病原性感染）を治療または防止するために、治療有効量または治療有効量の用量で対象に投与されてもよい。「治療する」または「治療」という用語は、病原性感染と関連付けられる症状のうちの１つ以上の症状を減少させるもしくは緩和すること、病原性感染によって産生される細菌毒素の量を減少させること、及び／または病原性感染の細菌負荷を減少させることを指す。「防止する」または「防止」という用語は、予防的投与を包含し、病原性感染または再発性もしくは慢性の病原性感染の発生率または可能性を低下させてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、病原性感染に抵抗性である健康な微生物叢がもたらされ、それによって病原性感染が防止される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれかの治療有効量は、対象の生存率を増強し、対象における病原性感染の細菌負荷を低下させ、及び／または病原性感染による毒素産生を低下させるもしくは阻害するのに十分な量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、対象からの糞便試料における病原性感染の細菌負荷を、本明細書に記載の組成物のいずれも受けていない病原性感染を有する対象における細菌負荷と比較して、または本組成物のいずれかの投与の前に収集された同じ対象からの糞便試料と比較して、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上低下させるのに十分な量である。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物により、細菌毒素、例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素Ｂの産生が阻害される。いくつかの実施形態では、治療有効量は、対象からの糞便試料における病原性感染によって産生された細菌毒素（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素Ｂ）の量を、本明細書に記載の組成物のいずれも受けていない病原性感染を有する対象における細菌毒素の量と比較して、または本組成物のいずれかの投与の前に収集された同じ対象からの糞便試料と比較して、少なくとも１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１５０分の１、２００分の１、５００分の１、またはそれ以上に減少させるまたは阻害するのに十分な量である。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、対象において調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積を誘導する。当業者には明らかとなるように、「Ｔｒｅｇ」とも称される調節性Ｔ細胞は、一般に、異常なまたは過剰な免疫応答を抑制し、免疫寛容において役割を果たすと考えられているＴリンパ球のサブセットである。調節性Ｔ細胞は、マーカーであるＦｏｘｐ３及びＣＤ４（Ｆｏｘｐ３＋ＣＤ４＋）の発現に基づいて特定され得る。調節性Ｔ細胞という用語には、ＩＬ−１０を産生するＣＤ４陽性Ｔ細胞であるＦｏｘｐ３陰性調節性Ｔ細胞も含まれ得る。
いくつかの実施形態では、治療有効量は、対象（または対象から得られた試料）におけるＴｒｅｇの増殖及び／または蓄積を、本明細書に記載の組成物のいずれも受けていない対象（例えば、病原性感染を有する対象）におけるＴｒｅｇの量と比較して、または本組成物のいずれかの投与の前に収集された同じ対象からの糞便試料と比較して、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、５００倍、またはそれ以上誘導するのに十分な量である。
本明細書で使用される場合、「調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積を誘導する」という句は、調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積を導く未成熟Ｔ細胞の調節性Ｔ細胞への分化を誘導する効果を指す。さらに、「調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積を誘導する」の意味には、ｉｎ ｖｉｖｏ効果、ｉｎ ｖｉｔｒｏ効果、及びエクスビボ効果が含まれる。いくつかの実施形態では、調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積は、調節性Ｔ細胞（例えば、Ｆｏｘｐ３及びＣＤ４）のマーカーを発現する細胞の数を、例えばフローサイトメトリーによって、検出及び／または定量化することによって評価されてもよいいくつかの実施形態では、調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積は、サイトカイン（例えば、ＩＬ−１０）の産生などの調節性Ｔ細胞の活性を決定することによって評価されてもよい。
本開示の態様は、対象における食物アレルギーを治療するための組成物及び方法に関する。食物アレルギーと関連付けられる免疫応答の調節、及び／または食物アレルギーに対する免疫寛容及び脱感作の誘導行うための組成物ならびに方法も提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの単回用量または複数回用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の１回以上の追加の用量または量を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物を投与する前に抗生物質（例えば、バンコマイシン）を対象に投与することをさらに含む。
アレルギーは、アレルゲンと称される、典型的には無害とみなされる（非自己）物質への接触または曝露時の望ましくない免疫応答を特徴とする。一般集団においては、アレルゲンへの接触または曝露は実質的な免疫応答を励起せず、個々人はアレルゲンに対して耐性または感受性であるとみなされる。したがって、アレルギーは、アレルゲンに対する過敏反応と称されてもよい。本明細書で使用される場合、「食物アレルギー」という用語は、食物、または具体的には、食物中に存在するアレルゲンに対する望ましくないアレルギー性免疫応答を指す。いくつかの実施形態では、食物アレルギーと関連付けられるアレルギー反応は、同じまたは類似したアレルゲンを含有する食物（単数または複数）の、例えば摂取を介した接触の後に誘導される。当業者には明らかとなるように、食物アレルギーと関連付けられる症状は、例えばアレルゲンを含有する食物を摂取した後に、対象の胃腸管に現れ得るが、アレルギー反応は、気道または皮膚などの他の部位を侵してもよい。
食物アレルギーは、概して、ＩｇＥ媒介性免疫反応とみなされるが、非ＩｇＥ媒介性食物アレルギー、ならびにＩｇＥ媒介性／非ＩｇＥ媒介性混合型食物アレルギー。例えば、Ｆｉｏｃｃｈｉ ｅｔ ａｌ．"Ｆｏｏｄ Ａｌｌｅｒｇｙ"Ｗｏｒｌｄ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ：Ｍａｒｃｈ ２０１７を参照されたい。ＩｇＥ媒介性食物アレルギーは、アレルゲンとの接触後すぐに、または約２時間以内に発生する傾向があり、これには、じんましん（急性じんましん）、血管性浮腫、腫脹、アナフィラキシー、食物関連性運動誘発アナフィラキシー、口腔アレルギー症候群、及び／または嘔吐及び疼痛を伴う即時型胃腸過敏症が含まれる。細胞媒介性応答とも称される、食物アレルギーに関与する非ＩｇＥ媒介性免疫応答は、遅延型過敏反応であり、食物タンパク質誘発性腸炎症候群、食物タンパク質誘発性アレルギー性直腸結腸炎、アレルギー性接触皮膚炎、及びハイナー症候群を伴ってもよい。食物アレルギーに関与するＩｇＥ媒介性／非ＩｇＥ媒介性混合型または複合型免疫応答は、ＩｇＥ媒介効果とＴ細胞媒介効果との両方と関連付けられ、これには、アトピー性皮膚炎、好酸球性食道炎、及び／または好酸球性胃腸炎が含まれてもよい。
食物アレルギーとは対照的に、食物不耐性は、一般的には免疫系によって媒介されるものとは考えられておらず、発症は、曝露後約３０分〜曝露後４８時間に生じる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、ＩｇＥ媒介性食物アレルギーを治療するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、ＩｇＥ媒介性食物アレルギーと関連付けられる免疫応答を調節するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、ＩｇＥ媒介性食物アレルギーに対する免疫寛容または脱感作を誘発するために使用される。本明細書に記載の組成物及び方法はまた、非ＩｇＥ媒介性食物アレルギー及び／またはＩｇＥ媒介性／非ＩｇＥ媒介性混合型もしくは複合型食物アレルギーの状況において使用されてもよい。
食物アレルギーの例には、ピーナッツアレルギー、木の実アレルギー、卵アレルギー、トウモロコシアレルギー、果物アレルギー、牛乳アレルギー、ニンニクアレルギー、大豆アレルギー、小麦アレルギー、魚介類アレルギー、魚アレルギー（例えば、甲殻類アレルギー）、種子アレルギー（例えば、ゴマ種子アレルギー）が挙げられるが、これらに限定されない。
食物アレルギーを生じさせ得るアレルゲンを含有する食品の非限定的な例には、アワビ（ａｂａｌｏｎｅ）（アワビ（ｐｅｒｌｅｍｏｅｎ））、アセロラ、スケトウダラ、アーモンド、アニス、リンゴ、アンズ、アボカド、バナナ、大麦、ピーマン、ブラジルナッツ、ソバ、キャベツ、コイ、ニンジン、カシュー、トウゴマ種子、セロリ、根セロリ、サクランボ、クリ、ひよこ豆（ガルバンゾ、チャナ豆）、ココア、ココナッツ、タラ、綿実、クルジェット（ズッキーニ）、カニ、ナツメヤシの実、卵、イチジク、魚、アマニ（リンシード）、カエル、ガーデンプラム、ニンニク、ブドウ、ヘーゼルナッツ、キウイフルーツ（チャイニーズグースベリー）、レンズ豆、レタス、ロブスター、ルピン（ｌｕｐｉｎ）（ルピン（ｌｕｐｉｎｅ））、ライチ、サバ、トウモロコシ（コーン）、マンゴー、メロン、牛乳、マスタード、オート麦、カキ、モモ、ピーナッツ（ピーナッツ（ｇｒｏｕｎｄ ｎｕｔ）、モンキーナッツ）、ナシ、ピーカン、柿、松の実、パイナップル、ザクロ、ケシの実、ジャガイモ、カボチャ、コメ、ライ麦、サケ、ゴマ、ゴマ種子、エビ（ウシエビ、ブラウンエビ、ヨシエビ、インドエビ、ネプチューン、ローズエビ、ホワイトエビ）、カタツムリ、大豆（ｓｏｙｂｅａｎ）（大豆（ｓｏｙａ））、イカ、イチゴ、ヒマワリ種子、トマト、マグロ、カブ、クルミ、及び小麦（製パン用小麦、パスタ小麦、カムート、スペルト）が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、食物アレルギーと関連付けられるアレルゲンに対する免疫寛容の誘導、または食物アレルギーと関連付けられるアレルゲンに対する免疫応答の脱感作を行うために使用される。本明細書で使用される場合、アレルギーの背景における「寛容」及び「免疫寛容」という用語は、アレルギーと関連付けられるアレルゲンなどの１つ以上の刺激に対する免疫応答の低下した応答性または非応答性を指す。特に、寛容または免疫寛容は、持続した時間または長期間にわたる１つ以上の刺激に対する免疫応答の低下した応答性のまたは非応答性を指す。対照的に、アレルギーの背景における「脱感化」という用語は、例えば、脱感作療法の過程で、１つ以上の刺激に対する免疫応答の低下した応答性または非応答性の可逆的状態を指す。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、食物アレルギーと関連付けられる免疫応答を調節するために使用される。当業者には明らかとなるように、本明細書に記載の組成物及び方法は、アレルギーと関連付けられる１つ以上の免疫応答（単数または複数）を増強し、アレルギーと関連付けられる１つ以上の他の免疫応答（単数または複数）を低減または抑制し得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を投与する前の対象（または対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上、増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上、増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を投与する前の対象（または対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上、増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上、増加する。
Ｔｒｅｇ細胞の誘導とそれに対応するアレルギー治療とは複雑に関連している。いくつかの実施形態では、１つ以上のアレルギーの治療において、もう１つのアレルギーの有効性と関連付けられる範囲であるＴｒｅｇ誘導を有することが望ましい。いくつかの実施形態では、特定のアレルギー治療レジメンについて、所望のアレルギー治療効果を誘導するために極めて強いが、望ましくない免疫学的事象をもたらすほど強くはないＴｒｅｇ応答を有することが望ましい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を投与する前の対象（または対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、１％〜２０％、２％〜１９％、３％〜１７％、４％〜１６％、４％〜１５％、５％〜１５％、６％〜１４％、７％〜１３％、８％〜１２％、５％〜１０％、５％〜１５％、１０％〜１５％、または８％〜１５％、増加する。いくつかの実施形態では、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、１％〜２０％、２％〜１９％、３％〜１７％、４％〜１６％、４％〜１５％、５％〜１５％、６％〜１４％、７％〜１３％、８％〜１２％、５％〜１０％、５％〜１５％、１０％〜１５％、または８％〜１５％、増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、対象の特定の部位（例えば、胃腸管）での調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の活性が増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の活性が、本組成物を投与する前の対象（例えば、対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の活性と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の活性が、組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の活性と比較して、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上、増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の活性が、本組成物を投与する前の対象（または対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の活性と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の活性が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の活性と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。
調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたはアレルゲン特異的Ｔｒｅｇ）の存在量は、例えば、調節性Ｔ細胞（例えば、ＦｏｘＰ３）を示す細胞マーカーを検出すること、調節性Ｔ細胞の直接的または間接的な活性を評価すること、及び／または調節性Ｔ細胞（例えば、ＩＬ−１０）によって産生される１つ以上のサイトカインの産生を測定することによって、当該技術分野で既知の任意の方法によって評価することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物により、ＩｇＥ抗体の産生が抑制される。いくつかの実施形態では、本組成物により、対象における総ＩｇＥ抗体の産生が抑制される。いくつかの実施形態では、本組成物により、アレルギーと関連付けられるアレルゲン、例えば、食物アレルギーと関連付けられる食物アレルゲンに特異的であるＩｇＥ抗体（例えば、アレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）の産生が抑制される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を投与する前の対象（またはその試料）におけるＩｇＥ抗体（例えば、総ＩｇＥ抗体またはアレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）のレベルと比較して、少なくとも１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１０００分の１、１０４分の１、１０５分の１、またはそれ以下に減少したＩｇＥ抗体（例えば、総ＩｇＥ抗体またはアレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）のレベルがもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）におけるＩｇＥ抗体のレベルと比較して、少なくとも１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１０００分の１、１０４分の１、１０５分の１、またはそれ以下に減少したＩｇＥ抗体（例えば、総ＩｇＥ抗体またはアレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）のレベルがもたらされる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を投与する前の対象（またはその試料）におけるＩｇＥ抗体（例えば、総ＩｇＥ抗体またはアレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）のレベルと比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少したＩｇＥ抗体（例えば、総ＩｇＥ抗体またはアレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）のレベルがもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）におけるＩｇＥ抗体のレベルと比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少したＩｇＥ抗体（例えば、総ＩｇＥ抗体またはアレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）のレベルがもたらされる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を投与する前の対象（またはその試料）におけるＩｇＥ抗体（例えば、総ＩｇＥ抗体またはアレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）のレベルと比較して、３０％〜５０％、３０％〜４５％、３５％〜４５％、３０％〜４０％、３５％〜４０％、４０％〜５０％、４０％〜４５％、４５％〜５０％減少したＩｇＥ抗体（例えば、総ＩｇＥ抗体またはアレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）のレベルがもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）におけるＩｇＥ抗体のレベルと比較して、３０％〜５０％、３０％〜４５％、３５％〜４５％、３０％〜４０％、３５％〜４０％、４０％〜５０％、４０％〜４５％、４５％〜５０％減少したＩｇＥ抗体（例えば、総ＩｇＥ抗体またはアレルゲン特異的ＩｇＥ抗体）のレベルがもたらされる。
アレルゲン特異的ＩｇＥ抗体の存在及び／または量を含む対象におけるＩｇＥ抗体の存在及び／または量は、当該技術分野で既知の方法によって評価することができる。例えば、血液または血漿試料などの試料を対象から得て、例えば、免疫測定法（例えば、放射性アレルゲン吸着試験（ＲＡＳＴ）、蛍光アレルゲン吸着剤試験（ＦＡＳＴ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ））による分析に供してもよい（例えば、Ｆａｌｌ ｅｔ ａｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ（２００９）５０９：１０７−１２２を参照されたい）。アレルゲン特異的ＩｇＥ抗体の存在は、追加的にまたは代替的に、皮膚テスト（例えば、皮膚プリックテスト）を使用して評価してもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物により、１つ以上のＴｈ２免疫応答が抑制される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物により、Ｔｈ２細胞（２型ヘルパーＴ細胞とも称される）の発生または分化が抑制される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物により、Ｔｈ２細胞の活性が抑制される。当業者には明らかとなるように、Ｔｈ２細胞は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、及び／またはＩＬ−１３を産生するＣＤ４＋細胞の対象であり、ＩｇＥ抗体応答及び／または好酸球活性の促進に関与し得る。ＣＤ４＋細胞のＴｈ２細胞への分化は、ＩＬ−４及び／またはＩＬ−１２の存在と、転写因子であるＳＴＡＴ６及びＧＡＴＡ３の活性化とによって促進される（例えば、Ｗａｎ Ｔｒｅｎｄｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１４）３５（６）：２３３−２４２、Ｚｈｕｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２００１）１６６：７２７６−７２８１を参照されたい）。いくつかの実施形態では、ＩｇＥ抗体の量は、対象におけるＴｈ２免疫応答のマーカーとして評価されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を投与する前の対象（またはその試料）におけるＴｈ２免疫応答と比較して、少なくとも１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１０００分の１、１０４分の１、１０５分の１、またはそれ以下に減少したＴｈ２免疫応答のレベルがもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）におけるＴｈ２免疫応答と比較して、少なくとも１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１。９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１０００分の１、１０４分の１、１０５倍分の１、またはそれ以下に減少したＴｈ２免疫応答がもたらされる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を投与する前の対象（またはその試料）におけるＴｈ２免疫応答と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少したＴｈ２免疫応答のレベルがもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を受けなかった対象（例えば、参照対象）におけるＴｈ２免疫応答と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少したＴｈ２免疫応答のレベルがもたらされる。
Ｔｈ２免疫応答の存在またはレベルは、当該技術分野で既知の任意の方法を使用して評価され得る。Ｔｈ２免疫応答の存在またはレベルは、例えば、Ｔｈ２細胞を示す細胞マーカーを検出することによってなど、対象から得られた試料中のＴｈ２細胞の数を検出及び／もしくは定量化することによって、Ｔｈ２細胞と関連付けられる転写プロファイルを評価すること、Ｔｈ２細胞の直接的もしくは間接的な活性を評価すること、及び／またはＴｈ２細胞によって産生される１つ以上のサイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３）の産生を測定することによって、評価されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、対象におけるアレルギー（例えば、食物アレルギー）と関連付けられる免疫応答を調節する健康な微生物叢がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、対象におけるアレルギー（例えば、食物アレルギー）と関連付けられる免疫応答を調節する健康な微生物叢がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、対象における調節性Ｔ細胞の蓄積及び／または増殖を誘導する健康な微生物叢がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、対象におけるＩｇＥ抗体の産生を抑制する健康な微生物叢がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、対象におけるＴｈ２免疫応答を抑制する健康な微生物叢がもたらされる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、１つ以上のマスト細胞機能を抑制する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、マスト細胞の脱顆粒を抑制する。当業者には明らかとなるように、マスト細胞は、細胞の細胞質中にヒスタミン、ヘパリン、サイトカイン、コンドロイチン硫酸、及び中性プロテアーゼを含有する顆粒の存在を特徴とする。マスト細胞は、血管拡張、血管恒常性、自然免疫応答及び獲得免疫応答、血管新生、ならびに毒物解毒などのさまざまな生理学的機能の調節に関与し、また多くの疾患の病態生理学において役割を果たすと考えられる（例えば、Ｋｒｙｓｔｅｌ−Ｗｈｉｔｔｅｍｏｒｅ ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１５）６：６２０を参照されたい）。いくつかの実施形態では、マスト細胞は粘膜マスト細胞である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を投与する前の対象（またはその試料）におけるマスト細胞機能のレベル及び／またはマスト細胞脱顆粒と比較して、少なくとも１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１０００分の１、１０４分の１、１０５分の１、またはそれ以下に減少したマスト細胞機能のレベル及び／またはマスト細胞脱顆粒のレベルがもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）におけるマスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒と比較して、少なくとも１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、１００分の１、１０００分の１、１０４分の１、１０５分の１、またはそれ以下に減少したマスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒がもたらされる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を投与する前の対象（またはその試料）におけるマスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％ 、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少した、マスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒のレベルがもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）におけるマスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少した、マスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒がもたらされる。
マスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒の存在またはレベルは、当該技術分野で既知の任意の方法を使用して評価され得る。マスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒の存在またはレベルは、例えば、マスト細胞を示す細胞マーカーを検出することによってなど、対象から得られた試料中のマスト細胞の数を検出及び／または定量化すること、マスト細胞の脱顆粒（例えば、ヒスタミン、ヘパリンなどの放出）、マスト細胞の活性化（例えば、抗原／ＩｇＥ／ＦｃＥＲＩ架橋を介した）を評価することによって、評価され得る。
本開示の態様はまた、本明細書に提供される組成物のうちのいずれかと栄養素とを含む食品を提供する。また、本明細書に記載の細菌株のうちのいずれかと栄養素とを含む食品も、本開示の範囲内である。食品は、概して、ヒトまたは動物の消費を意図する。本明細書に記載の組成物のうちのいずれも、食品として配合され得る。いくつかの実施形態では、本細菌株は、胞子型の食品として配合される。いくつかの実施形態では、本細菌株は、栄養型の食品として配合される。いくつかの実施形態では、食品は、栄養型細菌と胞子型細菌との両方を含む。本明細書に開示の組成物は、健康食品もしくは飲料、乳児用の食品もしくは飲料、妊婦、運動選手、高齢者、もしくは他の特定集団用の食品もしくは飲料、機能性食品、飲料、特定保健用の食品もしくは飲料、栄養補助食品、患者用の食品もしくは飲料、または動物飼料などの食品または飲料に使用することができる。
食品及び飲料の非限定的な例には、ジュース、清涼飲料、茶飲料、飲料調製物、ゼリー飲料、及び機能性飲料などのさまざまな飲料、ビールなどのアルコール飲料、米食品、麺類、パン、及びパスタなどの炭水化物含有食品、魚肉ハム、ソーセージ、海産物練製品などの練製品、カレー、濃厚なデンプン質のソースがかかった食べ物、スープなどのレトルトパウチ製品、牛乳、乳飲料、アイスクリーム、チーズ、及びヨーグルトなどの乳製品、発酵大豆ペースト、ヨーグルト、発酵飲料、及び漬物などの発酵製品、豆製品、ビスケット、クッキーなどを含む洋菓子製品、餡饅頭、水羊羹などを含む和菓子製品、キャンディー、チューインガム、グミ、ゼリー、プリン、冷凍菓子を含む冷菓などのさまざまな菓子製品、インスタントスープ及びインスタント味噌汁などのインスタント食品、電子レンジで調理可能な食品、ならびに同様のものが挙げられる。さらに、例には、粉末、顆粒、錠剤、カプセル、液体、ペースト、及びゼリーの形態で調製された健康食品及び飲料も含まれる。
本明細書に記載の細菌株を含む食品は、当該技術分野で既知の方法を使用して製造されてもよく、本明細書に提供される医薬組成物と同じ量の細菌（例えば、重量、量、またはＣＦＵによる）を含んでもよい。食品中の細菌の適切な量の選択は、さまざまな要因に依存してもよく、これらの要因には、例えば、食品の１食分量、食品の消費頻度、食品に含まれる特定の細菌株、食品中の水分量、及び／または食品中で細菌が生存するための追加の条件が含まれる。
本明細書に記載の細菌株のうちのいずれかを含むように配合されてもよい食品の例には、飲料（ｂｅｖｅｒａｇｅ）、飲み物（ｄｒｉｎｋ）、バー、スナック、乳製品、菓子製品、シリアル製品、すぐに食べられる製品、栄養補助製剤、食品または飲料添加物などの栄養調配合が含まれるが、これらに限定されない。
本開示の態様は、本明細書に記載の方法のうちのいずれかに従って本医薬組成物のうちのいずれかを投与することを含む、一次胆汁酸のレベルの増加及び／または二次胆汁酸のレベルの減少を特徴とする疾患を治療する方法に関する。
本開示の態様はまた、本明細書に記載の細菌株または医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、一次胆汁酸を減少させるための方法を提供する。本開示のいくつかの態様はまた、本明細書に記載の細菌株または医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、二次胆汁酸を増加させるための方法を提供する。本開示のいくつかの態様はまた、本明細書に記載の細菌株または医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、短鎖脂肪酸を増加させるための方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ）を有する。いくつかの実施形態では、ＣＤＩは再発性（ｒＣＤＩ）である。ｒＣＤＩは、同じ対象で１回超発生するＣＤＩであり、対象の胃腸内微生物叢における短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の減少、一次胆汁酸の増加、及び二次胆汁酸の減少と関連付けられる。
胆汁酸は、油脂をミセルに変える界面活性剤として作用することにより、食物油脂の消化を可能にするステロイド酸である。胆汁酸は、ファルネソイドＸ受容体及びＧＢＰＡＲ１を利用するホルモンとしても作用する。一次胆汁酸は、肝臓でコレステロールから合成され、分泌前にタウリンまたはグリシンのいずれかと複合体化する。一次胆汁酸が腸管腔に分泌されると、細菌は部分的に脱ヒドロキシル化してグリシンまたはタウリン基を除去し、二次胆汁酸を形成する。
一次胆汁酸の非限定的な例は、コール酸（ＣＡ）、ケノデオキシコール酸（ＣＤＣＡ）、グリココール酸（ＧＣＡ）、グリコケノデオキシコール酸（ＧＣＤＣＡ）、グリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）、タウロコール酸（ＴＣＡ）、及びツロケノデオキシコール酸（ＴＣＤＣＡ）である。二次胆汁酸の非限定的な例は、デオキシコール酸（ＤＣＡ）、リトコール酸（ＬＣＡ）、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）、タウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）、タウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）、及びタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）である。
二次胆汁酸の非限定的な例には、リトコール酸（ＬＣＡ）、デオキシコール酸（ＤＣＡ）、ウルソデオキシコール酸、グリコリトコール酸、グリコデオキシコール酸、グリコウルソデオキシコール酸、１２−デヒドロコール酸、７−ケトデオキシコール酸、７−デヒドロケノデオキシコール酸、３−デヒドロコール酸、３−デヒドロケノデオキシコール酸、イソコール酸、イソケノデオキシコール酸、アロリトコール酸、アロデオキシコール酸、ウルソコール酸、ヒオデオキシコール酸、イソケノデオキシコール酸、ビトコール酸、タウロリトコール酸、タウロデオキシコール酸、タウロウルソデオキシコール酸、及びタウロコール酸が挙げられる。
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染及びｒＣＤＩは、一次胆汁酸の増加及び二次胆汁酸の減少と関連付けられる。糞便物質移植（ＦＭＴ）後は、一次胆汁酸が減少し、二次胆汁酸が増加する（Ｓｅｅｋａｔｚ，ｅｔ ａｌ．，２０１８）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細菌株または医薬組成物の投与により、一次胆汁酸が減少し、及び／または二次胆汁酸が増加する。
いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０分の１〜１００，０００分の１に低下する。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０分の１〜１，０００分の１に低下する。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、２分の１〜１０，０００分の１に低下する。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、２分の１、５分の１、１０分の１、１００分の１、２００分の１、３００分の１、４００分の１、５００分の１、６００分の１、７００分の１、８００分の１、９００分の１、１，０００分の１、１０，０００分の１、２０，０００分の１、３０，０００分の１、４０，０００分の１、５０，０００分の１、６０，０００分の１、７０，０００分の１、８０，０００分の１、９０，０００分の１、または１００，０００分の１に低下する。
いくつかの実施形態では、二次胆汁酸塩のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０倍〜１０，０００倍に上昇する。いくつかの実施形態では、二次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０倍〜１，０００倍に上昇する。いくつかの実施形態では、二次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、２倍〜１００倍に上昇する。いくつかの実施形態では、二次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍、６００倍、７００倍、８００倍、９００倍、１，０００倍、２，０００倍、３，０００倍、４，０００倍、５，０００倍、６，０００倍、７，０００倍、８，０００倍、９，０００倍、または１，０００倍に上昇する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、一次胆汁酸のレベルの上昇及び／または二次胆汁酸のレベルの低下を特徴とする、またはそれと関連付けられる疾患の治療のためのものである。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルの上昇及び／または二次胆汁酸のレベルの低下と関連付けられる疾患は、一次胆汁酸のレベルを低下させること、及び／または二次胆汁酸のレベルを上昇させることによって治療されてもよい。いくつかの実施形態では、疾患は、心血管疾患、代謝性疾患、自己免疫疾患、消化器疾患、肝疾患、がん、感染症、中枢神経系の疾患、または骨疾患である。このような疾患の例には、高コレステロール血症、糖尿病性脂質異常症、高血圧症、動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、心筋梗塞症、急性冠症候群、狭心症、鬱血性心不全、大動脈瘤、大動脈解離、腸骨または大腿動脈瘤、肺塞栓症、原発性高血圧症、心房細動、脳卒中、一過性脳虚血発作、収縮機能障害、拡張機能障害、心筋炎、心房性頻脈、心室細動、心内膜炎、動脈症、血管炎、アテローム動脈硬化性プラーク、１不安定プラーク、急性冠症候群、急性虚血性発作、心臓突然死、末梢血管疾患、冠状動脈疾患（Ｃａｄ）、末梢動脈疾患（Ｐａｄ）、脳血管疾患、糖尿病（１型、２型糖尿病及び若年発症成人型糖尿病（ＭＯＤＹ）を含む）、肥満、体重増加、胆石、高トリグリセリド血症、高脂肪酸血症、高インスリン血症、多発性硬化症、実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群関連の便秘、過敏性腸症候群関連の下痢、肝硬変、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、進行性家族性肝内胆汁鬱滞症２型（ＰＦＩＣ２）、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、胆汁鬱滞、胃腸癌、肝細胞癌、結腸癌、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）感染またはコロニー形成、サルモネラ感染、シトロバクター感染、アルツハイマー病、パーキンソン病、骨減少症、及び骨粗鬆症が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書に記載のいくつかの態様の組成物及び方法により、短鎖脂肪酸の産生（例えば、対象の胃腸管におけるもの）が増加する。いくつかの実施形態では、本方法には、探査脂肪酸を産生する細菌株を含む１つ以上の組成物を対象に投与することが伴う。ＳＣＦＡは、健康な対象（例えば、病原性微生物感染を有しない対象）に豊富に存在し、病原性微生物感染（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染及びｒＣＤＩ）を有する対象において減少する。糞便物質移植（ＦＭＴ）により、ｒＣＤＩ後のＳＣＦＡが増加することが示されている（Ｓｅｅｋａｔｚ，ｅｔ ａｌ．，２０１８）。
消化管で産生されるＳＣＦＡは、腸内微生物叢と宿主生物との間のシグナル伝達分子として機能すると考えられており、このＳＣＦＡは、宿主の局所代謝、中間代謝、及び末梢代謝において役割を果たす。例えば、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．Ｇｕｔ Ｍｉｃｒｏｂｅｓ（２０１６）７（３）：１８９−２００を参照されたい。いくつかの実施形態では、損傷した腸内粘膜バリアは、ＳＣＦＡをもたらすことによって修復することができる。
短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）は、６個以下の炭素原子を含有する脂肪酸である。これらは、食物繊維が腸で発酵されるときに産生される。これらは、脂質消化後に門脈において主に吸収される。ＳＣＦＡは、脂質、エネルギー、及びビタミンの産生に影響を与えるだけでなく、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を防止するために腸上皮細胞膜の完全性を維持することにおいて重要な役割を果たし得る。
ＳＣＦＡの例には、ギ酸、酢酸、酪酸、イソ酪酸、吉草酸、またはイソ吉草酸が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは酪酸（酪酸塩）である。
ＳＣＦＡは、健康な対象（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有しない対象）に豊富に存在し、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染及びｒＣＤＩを有する対象において減少する。糞便物質移植（ＦＭＴ）により、ｒＣＤＩ後のＳＣＦＡが増加する（Ｓｅｅｋａｔｚ，ｅｔ ａｌ．，２０１８）。
いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、本明細書に記載の細菌株または医薬組成物の投与後に、１０倍〜５００倍増加する。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、２倍〜２５０倍増加する。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１００倍〜５００倍増加する。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、または５００倍増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、ＳＣＦＡのレベルの低下を特徴とする、またはそれと関連付けられる疾患の治療のためのものである。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡのレベルの低下と関連付けられる疾患は、ＳＣＦＡのレベルを上昇させることにより、例えば、対象の胃腸管におけるＳＣＦＡの産生を増加させることにより、治療されてもよい。いくつかの実施形態では、疾患は、心血管疾患、代謝性疾患、高血圧、肥満、１型糖尿病、２型糖尿病、過敏性腸疾患、過敏性腸症候群、結腸癌、アレルギー性喘息、大腸炎、関節炎、気管支炎、慢性腎臓疾患、末期腎疾患、前立腺肥大症、老化、鬱病、不安神経症、移植片対宿主病、食物アレルギー、結腸直腸癌である。
本開示の態様は、移植片対宿主病（ＧｖＨＤ）を治療するための組成物及び方法を提供し、本方法は、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかを、例えば、ＧｖＨＤを有する、有することが疑われる、または有するリスクがある対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、本方法には、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの治療有効量を投与して、対象の微生物叢に定着させることを伴う。
一般に、対象は、移植、例えば、骨髄移植、幹細胞移植を受けた後に、ＧｖＨＤを経験するか、または経験するリスクがあり得る。ＧｖＨＤは、ドナーからの細胞が移植レシピエントの組織適合性抗原を異物として認識することで、対象の組織を標的としたＴ細胞活性化及びサイトカイン産生を含む炎症応答が生じ、多臓器不全及び破壊を引き起こし得る場合に生じ得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの治療有効量は、ＧｖＨＤの１つ以上の症状が改善されるように（例えば、投与前の１つ以上の症状と比較して）、ＧｖＨＤを有するまたは有すると疑われる対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれかの治療有効量は、対象が１つ以上ＧｖＨＤの症状を経験しない、または対象が１つ以上ＧｖＨＤの症状をより軽度に経験する（例えば、本組成物を受けない対象と比較して）ように、ＧｖＨＤを有するリスクのある対象（例えば、最近移植を受けた、またはこれから移植を受ける対象）に投与される。
また、対象の微生物叢における細菌組成物の１つ以上の細菌株の定着を評価するための方法が本明細書に提供され、本方法は、核酸を対象の微生物叢の試料から単離することと、本細菌組成物の各少なくとも１つの細菌株の存在を、本医薬組成物の細菌株に対するゲノムマーカーを検出することにより決定することと、を含む。いくつかの実施形態では、例えば腸内毒素症誘発事象後の、対象の微生物叢の回復または復元を評価するための方法が、本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、細菌株に対するゲノムマーカーが存在する場合、微生物叢に細菌株が定着している。いくつかの実施形態では、細菌株に対するゲノムマーカーが存在しない場合、微生物叢に細菌株が定着していない。いくつかの実施形態では、存在しない細菌株に対するゲノムマーカーは、対象が細菌組成物の１回以上のさらなる用量を投与されるべきであることを示す。
いくつかの実施形態では、１つの細菌株のゲノムマーカーの検出は、本細菌組成物の細菌株の各々の存在の代用として使用される。
対象の微生物叢における細菌組成物の１つ以上の細菌株の定着を評価するための方法が本明細書に提供され、本方法は、核酸を対象の微生物叢の試料から単離することと、単離された核酸を配列決定して、単離された核酸の複数のヌクレオチド配列を取得することと、複数のヌクレオチド配列を細菌組成物の各細菌株に対する複数のゲノムマーカーと比較することにより、本細菌組成物の各細菌株の存在を決定することと、を含み、細菌株に対するゲノムマーカーが複数のヌクレオチド配列に存在する場合、微生物叢に細菌株が定着している。
対象の微生物叢における細菌組成物の１つ以上の細菌株の定着を評価するための方法が本明細書に提供され、本方法は、核酸を対象の微生物叢の試料から単離することと、単離された核酸中の細菌株の１つ以上のヌクレオチド配列を増幅することと、細菌組成物の各細菌株の存在を、単離された核酸中の細菌株に対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定することと、を含み、細菌株に対するゲノムマーカーが複数のヌクレオチド配列に存在する場合、微生物叢に細菌株が定着している。
いくつかの実施形態では、本細菌組成物の細菌株のうちの１つ以上は、対象の胃腸管またはその一部（例えば、結腸または盲腸）の微生物叢に定着する。このような定着はまた、移植または生着と称されてもよい。本明細書に記載の方法により、微生物叢内の本細菌組成物の各細菌株の存在を決定できるようになり、これにより、本細菌株が微生物叢に定着したかどうかが示される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、細菌株の混合物を含む細菌組成物と共に使用するための併用診断法として使用されてもよい。例えば、本明細書に記載のものは、細菌組成物の１回以上（例えば、１回、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）の追加用量を必要とする対象を特定するために使用されてもよい。いくつかの実施形態では、本細菌組成物のうちの１つ以上の細菌株が複数のヌクレオチド配列に存在する場合、本方法は、本細菌組成物の１回以上の追加用量を対象に投与することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、対象は、細菌組成物の１回以上の用量を以前に投与されており、本方法には、対象が本細菌組成物の１回以上の追加用量を必要としているかどうかを決定することが伴う。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、以前に細菌組成物の１回以上の用量の細菌組成物を投与された対象からの微生物叢を含む試料を収集することを含む。試料は、本細菌組成物からの細菌株を含み得るいずれの生物学的試料であってもよい。いくつかの実施形態では、試料は、糞便試料、尿試料、血液試料、血清試料、血漿試料、リンパ試料、スワブ試料、喀痰試料、吸引試料、唾液試料、洗浄試料、擦過試料、及び生検試料である。いくつかの実施形態では、試料は糞便試料である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細菌組成物は、細菌株が対象の胃腸管に生着し得るように、対象に投与される。したがって、いくつかの実施形態では、対象の胃腸管の生物学的試料を収集及び分析することにより、本組成物の細菌株のうちの１つ以上が胃腸管に生着したかどうかが示されてもよい。いくつかの実施形態では、試料は、対象の胃腸管またはその領域（例えば、小腸、結腸）を表す試料である。いくつかの実施形態では、試料の微生物叢は、対象の胃腸管またはその領域（例えば、小腸、結腸）の微生物叢を表す。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象から収集された試料からの対象の微生物及び／または細胞（例えば、宿主細胞）の除去を含む。微生物には、細菌、酵母、原生動物、及びウイルスが含まれる。微生物は、選択的溶解、遠心分離、サイズに基づく排除、ならびに対象の微生物または細胞（例えば、宿主細胞）の特異的な結合及び除去を含むがこれらに限定されない、当該技術分野で既知の任意の方法によって除去されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、核酸を試料から単離する前に試料中の細胞を溶解することを含む。細胞を溶解する方法は、当業者には明らかとなり、試料中に存在する細胞のタイプまたは溶解が所望される細胞のタイプに依存してもよい。細胞溶解の例には、細胞を、陰イオン洗剤、陽イオン洗剤、非イオン洗剤、塩化グアナジニウム（ｇｕａｎａｄｉｎｉｕｍ）、尿素、アルコール、エーテル、クロロホルムと接触させること、超音波処理、凍結解凍サイクル、電気泳動、加圧型細胞破壊装置、手による粉砕、及び押出が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、特定の核酸または核酸のタイプは、ＤＮＡ配列決定または選択的増幅の前に、溶解された細胞から除去される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、試料から選択的に除去される。ＲＮＡは、ＲＮＡｓｅ（ＲＮＡｓｅ Ａ、ＲＮＡｓｅ Ｈなど）の添加、遠心分離、及び沈降を含むがこれらに限定されない、当該技術分野で既知の任意の方法によって、溶解された細胞から除去されてもよい。いくつかの実施形態では、ＤＮＡが試料から選択的に除去される。ＤＮＡは、ＤＮＡｓｅの添加、遠心分離、及び沈降を含むがこれらに限定されない、当該技術分野で既知の任意の方法によって溶解された細胞から除去されてもよい。
いくつかの実施形態では、微生物叢の試料から単離された核酸の配列決定には、ＤＮＡ配列決定が含まれる。ＤＮＡ配列決定の方法は当業者には明らかとなる。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ配列決定は、ハイスループットＤＮＡ配列決定を使用して行われる。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ配列決定は、例えば、表面（例えば、フローセル）に固定化されたＤＮＡと蛍光標識された可逆的ヌクレオチドターミネーターとを使用する合成による配列決定によって行われる。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ配列決定は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）のＭｉＳｅｑ、ｉＳｅｑ、ＭｉｎｉＳｅｑ、ＮｅｘｔＳｅｑ、またはＨｉＳｅｑプラットフォームを使用して行われる。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ配列決定は、ナノ細孔を通してＤＮＡを移行させ、「ナノ細孔配列決定」と称されるナノ細孔を通るイオン流を検出することによって行われる。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ配列決定は、Ｏｘｆｏｒｄ Ｎａｎｏｐｏｒｅ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのＳｍｉｄｇＩＯＮ、Ｆｌｏｎｇｌｅ、ＰｒｏｍｅｔｈＩＯＮ、ＧｒｉｏｄＩＯＮｘ５、またはＭｉｎＩＯＮプラットフォームを使用して行われる。
いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーが試料から配列決定された複数のヌクレオチド配列において検出される場合、細菌株の１つ以上のゲノムマーカーが試料中に存在すると決定される。いくつかの実施形態では、細菌株と関連付けられる１つ以上のゲノムマーカーが試料から配列決定された複数のヌクレオチド配列において検出される場合、細菌株が試料中に存在すると決定される。いくつかの実施形態では、細菌株と関連付けられるゲノムマーカーの存在量が、試料から配列決定された複数のヌクレオチド配列の特定のパーセンテージよりも大きい場合、細菌株の１つ以上のゲノムマーカーが試料中に存在すると決定される。いくつかの実施形態では、細菌株と関連付けられるゲノムマーカーの存在量が、試料から配列決定された複数のヌクレオチド配列の０．０００１％、０．０００５％、０．００１％、０．００５％、０．０１％、０．０５％、０．１％、０．５％、１．０％、１．５％、２％、２．５％、３％、３．５％、４．０％、４．５％、または５％よりも大きい場合、細菌株の１つ以上のゲノムマーカーが試料中に存在すると決定される。
本明細書で使用される場合、「ゲノムマーカー」という用語は、標的細菌株と関連付けられ、それによりゲノムマーカーの検出が標的細菌株の存在を示す配列を指す。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、所与のゲノムに固有である（例えば、標的細菌株のゲノムには存在するが、他の非標的細菌株または宿主ゲノムのゲノムには存在しない）。標的ゲノムマーカーは、所与のゲノム（例えば、細菌株１６Ｓ ｒＤＮＡ）に対するゲノムマーカーである。
いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、約５０ヌクレオチド〜約９００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、標的増幅されたＤＮＡ片は、約５００ヌクレオチド〜約１０００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、標的増幅されたＤＮＡ片は、約５０ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、１５０ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、２５０ヌクレオチド、３００ヌクレオチド、３５０ヌクレオチド、４００ヌクレオチド、４５０ヌクレオチド、５００ヌクレオチド、５５０ヌクレオチド、６００ヌクレオチド、６５０ヌクレオチド、７００ヌクレオチド、７５０ヌクレオチド、８００ヌクレオチド、８５０ヌクレオチド、９００ヌクレオチド、１０００ヌクレオチド、１０５０ヌクレオチド、１１００ヌクレオチド、１１５０ヌクレオチド、または１２００ヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、細菌株の複数のゲノムマーカーのうちの１つ以上のゲノムマーカーの存在により、細菌株が微生物叢に定着したことが示される。いくつかの実施形態では、複数のゲノムマーカーは、細菌組成物の各細菌株について、２００〜１０００個のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーの各々は、健康な微生物叢には概して存在しないヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーの各々は、細菌組成物の他の細菌株を含む他の微生物のゲノムには存在しないヌクレオチド配列である。したがって、いくつかの実施形態では、細菌株のゲノムマーカーの存在により、特定の細菌株の存在が一意に識別される。いくつかの実施形態では、複数のゲノムマーカーの各ゲノムマーカーは、２５〜７５個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、複数のゲノムマーカーの各ゲノムマーカーは、約２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７２、７３、７４、または７５個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、複数のゲノムマーカーの各ゲノムマーカーは、約５０個のヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本細菌組成物からの１つ以上の細菌株の定着は、本細菌株のうちの１つ以上に対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を選択的に増幅することによって、対象において評価される。本明細書で使用される場合、「選択的に増幅させる」という用語は、単離された核酸中の細菌株のうちの少なくとも１つに対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することを指す。いくつかの実施形態では、選択的増幅には、標的細菌株と関連付けられる単離された核酸の領域にハイブリダイズ（結合）する１つ以上のＤＮＡプライマー（例えば、ＤＮＡプライマーの対）を提供することが伴う。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプライマーの対は、単離された核酸中の１つ以上の細菌株からのゲノムマーカーを増幅するために使用される。選択的増幅は、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、及びポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）が含まれるがこれらに限定されない当該技術分野で既知のいずれの方法によってもよい。
いくつかの実施形態では、単離された核酸中の細菌株の１つ以上のヌクレオチド配列を選択的に増幅することには、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）を行うことが伴う。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲは、細菌組成物の細菌株に対するゲノムマーカーに特異的にハイブリダイズし、それによってゲノムマーカーまたはその一部を増幅するＤＮＡプライマーの対を含む。いくつかの実施形態では、本方法には、細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するためのプライマー（例えば、ｑＰＣＲプライマー）の対を選択することがさらに伴う。
いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、ｑＰＣＲ反応を行うために必要なすべての成分を含有する。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、単離されたＤＮＡ、順方向プライマー及び逆方向プライマーの対、ＤＮＡプローブ、酵素（例えば、ポリメラーゼ）、デオキシリボヌクレオチド三リン酸の混合物（例えば、ｄＣＴＰ、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＧＴＰ）、１つ以上の緩衝液、ならびに水を含有する。
いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、約１０％の単離されたＤＮＡを含有する。「単離されたＤＮＡ」及び「抽出されたＤＮＡ」という用語は、本明細書では交換可能であることを理解されたい。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４９％、または５０％の単離されたＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、１０％の単離されたＤＮＡを含有する。
ｑＰＣＲ反応は、標的細菌株に対するゲノムマーカーにハイブリダイズ（結合）してそれを選択的に増幅する順方向プライマー及び逆方向プライマーを含有する。順方向プライマー及び逆方向プライマーの配列は、所与の細菌株（例えば、本細菌組成物のもの）に対するゲノムマーカーを特異的に認識するように設計されてもよい。順方向プライマーの配列及び逆方向プライマーの配列は、所与の細菌株（例えば、本細菌組成物のもの）に対するゲノムマーカーを優先的に（例えば、プライマー対が１つ以上の他の配列を認識するよりも良好に）認識するように設計されてもよい。順方向プライマー及び逆方向プライマーの配列の組成及び長さは、標的ゲノムマーカーに結合してそれを選択的に増幅するように設計される。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応は、２つ以上対のプライマーを含有する。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応は、少なくとも１対、少なくとも２対、少なくとも３対、少なくとも４対、少なくとも５対、少なくとも６対、少なくとも７対、または少なくとも８対のｑＰＣＲプライマーを含有する。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応は、少なくとも８対のｑＰＣＲプライマーを含有する。
特定の理論に束縛されることを望むものではないが、概して、より長いｑＰＣＲプライマー（例えば、２５ヌクレオチド超）は、短いｑＰＣＲプライマー（例えば、２５ヌクレオチド未満）と比較して、標的ゲノムマーカーに対してより優れた結合特異性を有し得ると考えられる。しかしながら、より長いｑＰＣＲプライマー（例えば、２５ヌクレオチド超）は、二次構造の形成に起因して、より短いｑＰＣＲプライマーと比較して標的ゲノムマーカーの増幅が少ないことがある。
いくつかの実施形態では、順方向プライマーは、２５〜４５ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、順方向プライマーは、１０〜３５ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、順方向プライマーは、１５〜４０ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、順方向プライマーは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、逆方向プライマーは、２５〜４５ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、逆方向プライマーは、１０〜３５ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、逆方向プライマーは、１５〜４０ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、逆方向プライマーは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０ヌクレオチド長である。順方向プライマーと逆方向プライマーとは、同じ長さである必要はない。いくつかの実施形態では、順方向プライマーと逆方向プライマーとは、同じ長さである。
概して、プライマー対のプライマーは、単離された核酸中の標的ゲノムマーカーにハイブリダイズし、それらを選択的に増幅するために、標的ゲノムマーカーに対して１００％相補的ではないことがある。いくつかの実施形態では、順方向プライマーは、標的ゲノムマーカーの領域に対して１００％相補的である。いくつかの実施形態では、逆方向プライマーは、標的ゲノムマーカーの領域に対して１００％相補的である。いくつかの実施形態では、順方向プライマーは、標的ゲノムマーカーの領域に対して、少なくとも７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％相補的である。いくつかの実施形態では、逆方向プライマーは、標的ゲノムマーカーの領域に対して、少なくとも７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％相補的である。いくつかの実施形態では、順方向プライマー及び逆方向プライマーは、ゲノムマーカーがｑＰＣＲ反応において増幅されるように、標的ゲノムマーカーの領域に十分に相補的である。
いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、約３％のプライマーＤＮＡを含有する。プライマーＤＮＡは、順方向プライマー及び／または逆方向プライマーを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、少なくとも２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、または２０％のプライマーＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、３％のプライマーＤＮＡを含有する。
いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、ＤＮＡプローブを含有する。ＤＮＡプローブは、標的ゲノムマーカー上の配列に相補的である一本鎖ＤＮＡ分子である。ｑＰＣＲ反応において増幅されたゲノムマーカーにＤＮＡプローブが結合すると、ｑＰＣＲ反応に存在する細菌ゲノムマーカーを定量するために使用することができる測定可能なシグナルが生成される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは蛍光分子（例えば、フルオロフォア）を含有し、測定可能なシグナルは蛍光である。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、約２％のＤＮＡプローブを含有する。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、または２０％のＤＮＡプローブを含有する。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応混合物は、２％のＤＮＡプローブを含有する。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、標的ゲノムマーカーの領域に対して１００％相補的である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、標的ゲノムマーカーの領域に対して、少なくとも７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％相補的である。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、フルオロフォア及びクエンチャーを含有し、フルオロフォアは、特定の波長の光で検出され得る蛍光シグナルを産生し、クエンチャーは、この蛍光シグナルを減退させる。いくつかの実施形態では、クエンチャーは、フルオロフォアによって産生されたエネルギー（例えば、蛍光）を吸収し、エネルギーを別の形態（例えば、熱）に変換することによって蛍光シグナルを減退させる。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、２つ以上クエンチャーを含有する。ＤＮＡプローブに２つ以上クエンチャーが存在すると、蛍光シグナルが非標的の増幅されたＤＮＡで検出される可能性が低下するため、ｑＰＣＲ反応での偽陽性の数が減少し得る。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、１つのフルオロフォア及び１つのクエンチャーを含有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、１つのフルオロフォア及び２つのクエンチャーを含有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、１つのフルオロフォア、及び２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、または１０個のクエンチャーを含有する。
いくつかの実施形態では、フルオロフォアはＤＮＡプローブの５’末端に存在し、１つのクエンチャーはＤＮＡプローブの３’末端に存在する。いくつかの実施形態では、フルオロフォアはＤＮＡプローブの３’末端に存在し、１つのクエンチャーはＤＮＡプローブの５’末端に存在する。いくつかの実施形態では、フルオロフォアはＤＮＡプローブの５’末端に存在し、１つのクエンチャーはＤＮＡプローブの３’末端に存在し、少なくとも１つのクエンチャーはＤＮＡプローブの内部（例えば、５’末端でも３’末端でもないところ）にある。いくつかの実施形態では、フルオロフォアはＤＮＡプローブの３’末端に存在し、１つのクエンチャーは、ＤＮＡプローブの５’末端に存在し、少なくとも１つのクエンチャーはＤＮＡプローブの内部（例えば、５’末端でも３’末端でもないところ）にある。
フルオロフォアは、当該技術分野で既知のいずれのフルオロフォアであってもよい。フルオロフォアの選択は、例えば、フルオロフォアの励起及び発光波長、ならびにフルオロフォアをＤＮＡプローブに組み込むために必要な化学修飾に基づいてもよい。本開示のＤＮＡプローブに存在し得るフルオロフォアの非限定的な例には、フルオレセイン（ＦＡＭ）、フルオレセインｄＴ、シアニン３（Ｃｙ３（商標））、ＴＡＭＲＡ（商標）、６−カルボキシ−４’，５’−ジクロロ−２’，７’−ジメトキシフルオレセイン、ＪＯＥ、シアニン５（Ｃｙ５（商標））、ＭＡＸ、テトラクロロフルオレセイン（ＴＥＴ（商標））、シアニン５．５（Ｃｙ５．５（商標））、カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、ＴＹＥ（商標）５６３、ＹａｋｉｍａＹｅｌｌｏｗ（登録商標）、ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、ＴＥＸ ６１５、ＴＹＥ（商標）６６５、ＴＹＥ ７０５、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）４８８、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）５３２、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４６、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）５９４、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）６４７、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）６６０、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）７５０、ＩＲＤｙｅ（登録商標）７００、ＩＲＤｙｅ（登録商標）８００、ＩＲＤｙｅ（登録商標）８００ ＣＷ、ＡＴＴＯ（商標）４８８、ＡＴＴＯ（商標）５３２、ＡＴＴＯ（商標）５５０、ＡＴＴＯ（商標）５６５、ＡＴＴＯ（商標）Ｒｈｏ１０１、ＡＴＴＯ（商標）５９０、ＡＴＴＯ（商標）６３３、ＡＴＴＯ（商標）６７４Ｎ、Ｒｈｏｄａｍｉｎｅ Ｇｒｅｅｎ（商標）−Ｘ、Ｒｈｏｄａｍｉｎｅ Ｒｅｄ（商標）−Ｘ、ＷｅｌｌＲＥＤ Ｄ４、ＷｅｌｌＲＥＤ Ｄ３、ＷｅｌｌＲＥＤ Ｄ２、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ（登録商標）−Ｘ、Ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（登録商標）６４０、及びＤｙ７５０が挙げられる。いくつかの実施形態では、フルオロフォアはＦＡＭである。
クエンチャー（単数または複数）は、当該技術分野で既知のいずれのクエンチャー（単数または複数）であってもよい。１つ以上のクエンチャーの選択は、例えば、クエンチャーがクエンチしているフルオロフォアの励起及び発光波長、ならびにクエンチャーをＤＮＡプローブに組み込むために必要な化学修飾に基づいてもよい。いくつかの実施形態では、２つ以上クエンチャーがＤＮＡプローブに存在する場合、クエンチャーは異なる。いくつかの実施形態では、２つ以上クエンチャーがＤＮＡプローブに存在する場合、クエンチャーは同じである本開示のＤＮＡプローブに存在し得るクエンチャーの非限定的な例には、ＺＥＮ（商標）、ＴＡＯ（商標）、Ｉｏｗａ Ｂｌａｃｋ（商標）、Ｉｏｗａ Ｂｌａｃｋ ＦＱ（商標）（ＩＡＢＫＦＱ）、Ｅｃｌｉｐｓｅ Ｄａｒｋ Ｑｕｅｎｃｈｅｒ、ＩＱ４、Ｂｌａｃｋ Ｈｏｌｅ Ｑｕｅｎｃｈｅｒ １、Ｂｌａｃｋ Ｈｏｌｅ Ｑｕｅｎｃｈｅｒ ２、及びＢｌａｃｋ Ｈｏｌｅ Ｑｕｅｎｃｈｅｒ ３が挙げられる。いくつかの実施形態では、３’クエンチャーはＩｏｗａ Ｂｌａｃｋ ＦＱ（商標）である。いくつかの実施形態では、内部クエンチャーはＺＥＮ（商標）である。いくつかの実施形態では、３’クエンチャーはＩｏｗａ Ｂｌａｃｋ ＦＱ（商標）であり、内部クエンチャーはＺＥＮ（商標）である。
概して、ｑＰＣＲ反応には、変性ステップ、順方向プライマー及び逆方向プライマーが標的ゲノムマーカーの領域にハイブリダイズ（結合）することを可能にするアニーリングステップ、それに続く酵素（例えば、ポリメラーゼ）がＤＮＡの相補鎖を合成することを可能にする増幅／伸長ステップを含んでもよいサイクルが伴う。いくつかの実施形態では、アニーリングステップ及び増幅／伸長ステップは、単一のステップとして（例えば、１つの温度で）行われる。アニーリングステップの長さ及び温度は、例えば、プライマー対及び標的ゲノムマーカーの長さ及び配列組成によって決定される。いくつかの実施形態では、６０塩基対を超えるプライマー配列及び／またはアデニン−チミン塩基対の濃度が高い（例えば、５０％超）を有するプライマー配列は、６０塩基対未満のプライマー配列及び／またはアデニン−チミン塩基対の濃度が低い（例えば、５０％未満の）プライマー配列と比較して、より長いアニーリングステップ及び／またはより高いアニーリング温度を必要とし得る。
いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲサイクル（単数または複数）は、変性ステップを含む。当業者に明らかとなるように、変性ステップには、ＤＮＡが融解する（例えば、二本鎖ＤＮＡを一本鎖ＤＮＡに分離する）ように、ｑＰＣＲ反応の温度を十分な温度に上昇させることが伴う。いくつかの実施形態では、変性ステップの温度は、７５℃〜１１５℃である。いくつかの実施形態では、変性ステップ温度は、約７５℃、７６℃、７７℃、７８℃、７９℃、８０℃、８１℃、８２℃、８３℃、８４℃、８５℃、８６℃、８７℃、８８℃、８９℃、９０℃、９１℃、９２℃、９３℃、９４℃、９５℃、９６℃、９７℃、９８℃、９９℃、１００℃、１０１℃、１０２℃、１０３℃、１０４℃、１０５℃、１０６℃、１０７℃、１０８℃、１０９℃、１１０℃、１１１℃、１１２℃、１１３℃、１１４℃、または１１５°Ｃである。いくつかの実施形態では、変性ステップの温度は、約９５℃である。
いくつかの実施形態では、変性ステップの時間の長さは、０．５秒〜９．０秒である。いくつかの実施形態では、変性ステップの時間の長さは、約０．５秒、１．０秒、１．５秒、２．０秒、２．５秒、３．０秒、３．５秒、４．０秒、４．５秒、５．０秒、５．５秒、６．０秒、６．５秒、７．０秒、７．５秒、８．０秒、８．５秒、または９．０秒である。いくつかの実施形態では、変性ステップの長さは３秒である。
ｑＰＣＲ反応サイクルの増幅／伸長ステップの長さ及び温度は、例えば、標的ゲノムマーカーの長さ及び／または酵素の活性に依存し得る。
いくつかの実施形態では、増幅ステップは、４５℃〜７５℃の温度で行われる。いくつかの実施形態では、増幅ステップは、約４５℃、４６℃、４７℃、４８℃、４９℃、５０℃、５１℃、５２℃、５３℃、５４℃、５５℃、５６℃、５７℃、５８℃、５９℃、６０℃、６１℃、６２℃、６３℃、６４℃、６５℃、６６℃、６７℃、６８℃、６９℃、７０℃、７１℃、７２℃、７３℃、７４℃、または７５℃の温度で行われる。いくつかの実施形態では、増幅ステップは、約６０℃で行われる。
いくつかの実施形態では、増幅ステップの時間の長さは、１５秒から１分である。いくつかの実施形態では、増幅ステップの時間の長さは、約１５秒、１６秒、１７秒、１８秒、１９秒、２０秒、２１秒、２２秒、２３秒、２４秒、２５秒、２６秒、２７秒、２８秒、２９秒、３０秒、３１秒、３２秒、３３秒、３４秒、３５秒、３６秒、３７秒、３８秒、３９秒、４０秒、４１秒、４２秒、４３秒、４４秒、または４５秒である。いくつかの実施形態では、増幅ステップの時間の長さは約３０秒である。
サイクル数（例えば、変性、アニーリング、増幅／伸長）は、例えば、標的増幅されたＤＮＡ片の検出（例えば、ＤＮＡプローブの蛍光による）に基づいて変化してもよい。いくつかの実施形態では、サイクル数は、陽性試料のロバストな検出のために選択される。いくつかの実施形態では、サイクル数は、偽陽性の数を最小限にするように選択される。
いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応は、２０サイクル、２１サイクル、２２サイクル、２３サイクル、２４サイクル、２５サイクル、２６サイクル、２７サイクル、２８サイクル、２９サイクル、３０サイクル、３１サイクル、３２サイクル、３３サイクル、３４サイクル、３５サイクル、３６サイクル、３７サイクル、３８サイクル、３９サイクル、または４０サイクル、４１サイクル、４２サイクル、４３サイクル、４４サイクル、４５サイクル、４６サイクル、４７サイクル、４８サイクル、４９サイクル、または５０サイクルを含む。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応は４０サイクルを含む。
増幅されたＤＮＡ片は、プライマーのセットが標的ゲノムマーカーに結合した後、ｑＰＣＲ反応中に生成され、酵素（例えば、ポリメラーゼ）によって伸長される。ｑＰＣＲ反応のサイクル数がＤＮＡの増幅につながる。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーの増幅されたヌクレオチド配列は、約５０ヌクレオチド〜約１２００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーの増幅されたヌクレオチド配列は、約５０ヌクレオチド〜約９００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、標的増幅されたＤＮＡ片は、約５００ヌクレオチド〜約１０００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーの増幅されたヌクレオチド配列は、約５０ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、１５０ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、２５０ヌクレオチド、３００ヌクレオチド、３５０ヌクレオチド、４００ヌクレオチド、４５０ヌクレオチド、５００ヌクレオチド、５５０ヌクレオチド、６００ヌクレオチド、６５０ヌクレオチド、７００ヌクレオチド、７５０ヌクレオチド、８００ヌクレオチド、８５０ヌクレオチド、９００ヌクレオチド、１０００ヌクレオチド、１０５０ヌクレオチド、１１００ヌクレオチド、１１５０ヌクレオチド、または１２００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは約１５０ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、約１００ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、約２００ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、約１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、または２００ヌクレオチド長である。
いくつかの実施形態では、標的ゲノムマーカーが存在するかどうかの決定は、ｑＰＣＲ反応中の特定の時点において評価される。いくつかの実施形態では、標的ゲノムマーカーが存在するかどうかの決定は、ｑＰＣＲ反応中の特定のサイクル数において評価される。いくつかの実施形態では、標的ゲノムマーカーが存在するかどうかの決定は、例えば増幅プロットの分析により、ｑＰＣＲ反応中の特定のサイクル数において評価される。いくつかの実施形態では、標的ゲノムマーカーが存在するかどうかの決定は、サイクル２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５において評価される。いくつかの実施形態では、標的ゲノムマーカーが存在するかどうかの決定は、サイクル２５において評価される。いくつかの実施形態では、標的ゲノムマーカーが存在するかどうかの決定は、サイクル３０において評価される。いくつかの実施形態では、標的ゲノムマーカーが存在するかどうかの決定は、サイクル３５において評価される。
いくつかの実施形態では、株に対するゲノムマーカーに対応する検出可能な量の増幅産物がｑＰＣＲ反応中の特定の時点において検出された場合、標的ゲノムマーカーが試料中に存在すると決定される。いくつかの実施形態では、増幅産物の量に対応する蛍光シグナルがｑＰＣＲ反応中の特定の時点において検出された場合、標的ゲノムマーカーが試料中に存在すると決定される。いくつかの実施形態では、ｑＰＣＲ反応の増幅ピークがｑＰＣＲ反応中の特定の時点の閾値を超える場合、標的ゲノムマーカーが試料中に存在すると決定される。いくつかの実施形態では、閾値サイクルはサイクル２５であり、ｑＰＣＲ反応の増幅ピークがサイクル２５において閾値を超える場合に、標的ゲノムマーカーが試料中に存在すると決定される。いくつかの実施形態では、閾値サイクルはサイクル３０であり、ｑＰＣＲ反応の増幅ピークがサイクル３５において閾値を超える場合に、標的ゲノムマーカーが試料中に存在すると決定される。
当業者には明らかとなるように、ゲノムマーカーが増幅されたかどうかを決定し、その結果、対応する細菌株が試料中に存在することを示す閾値サイクルの選択は、１つ以上の因子のバランスをとることに依存する。例えば、より高いサイクル数を閾値サイクルに使用すると、ｑＰＣＲのサイクルが増加することにより、非特異的（標的外）増幅の可能性が高まるため、偽陽性率が高くなり得る。あるいは、より高いサイクル数を閾値サイクルに使用すると、ｑＰＣＲのサイクルが減少することにより、存在量が少ないながら存在するゲノムマーカーを十分に増幅できないことがあるため、偽陰性率が高くなり得る。
いくつかの実施形態では、ゲノムマーカー配列はタンパク質コード配列である。
いくつかの実施形態では、ゲノムマーカー配列は非タンパク質コード配列である。
いくつかの実施形態では、標的細菌株はＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅである。ヌクレオチド配列をＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ Ｂｏｌｔｅａｅに属するものとして特定することができるいずれのヌクレオチド配列も、本明細書に記載の方法で使用され得る。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ １６Ｓ ｒＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅに固有である。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅを特定するゲノムマーカーは、タンパク質コード配列またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅを特定するゲノムマーカーは、非コード配列である。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅを特定するゲノムマーカーは、膜貫通タンパク質をコードするヌクレオチド配列またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅを特定するゲノムマーカーは、グルタコニル−ＣｏＡデカルボキシラーゼサブユニットベータ（ｇｃｄＢ）をコードするヌクレオチド配列またはその一部である。
いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅの存在は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅに対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅに対する１つ以上のゲノムマーカーは、ｑＰＣＲによって増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ｇｃｄＢまたはその一部の存在を決定するためのゲノムマーカー。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号９によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１０によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号９によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号１０によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号９によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ Ｂｏｌｔｅａｅの存在を決定するためのゲノムマーカー は、配列番号１０によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号９によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号１０によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅゲノムマーカーＧＣＤＢまたはその一部の増幅は、ＤＮＡプローブ、例えば、ｑＰＣＲ反応に含まれるＤＮＡプローブによって検出される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号１１によって提供される配列を有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号１１によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を有する。
いくつかの実施形態では、標的細菌株はＡｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓである。ヌクレオチド配列をＡｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓに属するものとして特定することができるいずれのヌクレオチド配列も、本明細書に記載の方法で使用され得る。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ １６Ｓ ｒＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓに固有である。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓを特定するゲノムマーカーは、タンパク質コード配列またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓを特定するゲノムマーカーは、非コード配列である。
いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓの存在は、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓに対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定される。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓに対する１つ以上のゲノムマーカーは、ｑＰＣＲによって増幅される。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１２によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１３によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１２によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号１３によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１２によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１３によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１２によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号１３によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓゲノムマーカーの増幅は、ＤＮＡプローブ、例えば、ｑＰＣＲ反応に含まれるＤＮＡプローブによって検出される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号１４によって提供される配列を有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号１４によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を有する。
いくつかの実施形態では、標的細菌株はＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａである。ヌクレオチド配列をＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａに属するものとして特定することができるいずれのヌクレオチド配列も、本明細書に記載の方法で使用され得る。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ １６Ｓ ｒＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａに固有である。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａを特定するゲノムマーカーは、タンパク質コード配列またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａを特定するゲノムマーカーは、非コード配列である。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａを特定するゲノムマーカーは、グリコシルトランスフェラーゼ遺伝子またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ ｅｓｐＪまたはその一部を特定するゲノムマーカー。
いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａの存在は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａに対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定される。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａに対する１つ以上のゲノムマーカーは、ｑＰＣＲによって増幅される。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１５によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１６によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１５によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号１６によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１５によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１６によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１５によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号１６によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａゲノムマーカーの増幅は、ＤＮＡプローブ、例えば、ｑＰＣＲ反応に含まれるＤＮＡプローブによって検出される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号１７によって提供される配列を有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号１７によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を有する。
いくつかの実施形態では、標的細菌株はＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍである。ヌクレオチド配列をＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍに属するものとして特定することができるいずれのヌクレオチド配列も、本明細書に記載の方法で使用され得る。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ １６Ｓ ｒＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍに固有である。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍを特定するゲノムマーカーは、タンパク質コード配列またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍを特定するゲノムマーカーは、非コード配列である。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ｒｉｍＣＤまたはその一部を特定するゲノムマーカー。
いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍの存在は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍに対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍに対する１つ以上のゲノムマーカーは、ｑＰＣＲによって増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１８によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１９によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１８によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号１９によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１８によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１９によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号１８によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号１９によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍゲノムマーカーの増幅は、ＤＮＡプローブ、例えば、ｑＰＣＲ反応に含まれるＤＮＡプローブによって検出される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号２０によって提供される配列を有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号２０によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を有する。
いくつかの実施形態では、標的細菌株はＢｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａである。ヌクレオチド配列をＢｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａに属するものとして特定することができるいずれのヌクレオチド配列も、本明細書に記載の方法で使用され得る。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ １６Ｓ ｒＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａに固有である。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａを特定するゲノムマーカーは、タンパク質コード配列またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａを特定するゲノムマーカーは、非コード配列である。
いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａの存在は、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａに対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定される。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａに対する１つ以上のゲノムマーカーは、ｑＰＣＲによって増幅される。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２１によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２２によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２１によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号２２によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２１によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２２によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２１によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号２２によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａゲノムマーカーの増幅は、ＤＮＡプローブ、例えば、ｑＰＣＲ反応に含まれるＤＮＡプローブによって検出される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号２３によって提供される配列を有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号２３によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を有する。
いくつかの実施形態では、標的細菌株はＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａである。ヌクレオチド配列をＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａに属するものとして特定することができるいずれのヌクレオチド配列も、本明細書に記載の方法で使用され得る。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ １６Ｓ ｒＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａに固有である。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを特定するゲノムマーカーは、タンパク質コード配列またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを特定するゲノムマーカーは、非コード配列である。
いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの存在は、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａに対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定される。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａに対する１つ以上のゲノムマーカーは、ｑＰＣＲによって増幅される。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２４によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２５によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２４によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号２５によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２４によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２５によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２４によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号２５によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａゲノムマーカーの増幅は、ＤＮＡプローブ、例えば、ｑＰＣＲ反応に含まれるＤＮＡプローブによって検出される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号２６によって提供される配列を有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号２６によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を有する。
いくつかの実施形態では、標的細菌株はＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍである。ヌクレオチド配列をＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍに属するものとして特定することができるいずれのヌクレオチド配列も、本明細書に記載の方法で使用され得る。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ １６Ｓ ｒＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍに固有である。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍを特定するゲノムマーカーは、タンパク質コード配列またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍを特定するゲノムマーカーは、非コード配列である。
いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍの存在は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍに対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍに対する１つ以上のゲノムマーカーは、ｑＰＣＲによって増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２７によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２８によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２７によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号２８によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２７によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２８によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号２７によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号２８によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍゲノムマーカーの増幅は、ＤＮＡプローブ、例えば、ｑＰＣＲ反応に含まれるＤＮＡプローブによって検出される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号２９によって提供される配列を有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号２９によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を有する。
いくつかの実施形態では、標的細菌株はＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉである。ヌクレオチド配列をＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに属するものとして特定することができるいずれのヌクレオチド配列も、本明細書に記載の方法で使用され得る。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ １６Ｓ ｒＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態では、ゲノムマーカーは、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに固有である。いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを特定するゲノムマーカーは、タンパク質コード配列またはその一部である。いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを特定するゲノムマーカーは、非コード配列である。
いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉの存在は、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定される。いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに対する１つ以上のゲノムマーカーは、ｑＰＣＲによって増幅される。いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号３０によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号３１によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号３０によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号３１によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号３０によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する順方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号３１によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉの存在を決定するためのゲノムマーカーは、配列番号３０によって提供されるヌクレオチド配列を有する順方向プライマー及び配列番号３１によって提供されるヌクレオチド配列を有する逆方向プライマーを使用して増幅される。
いくつかの実施形態では、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉゲノムマーカーの増幅は、ＤＮＡプローブ、例えば、ｑＰＣＲ反応に含まれるＤＮＡプローブによって検出される。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号３２によって提供される配列を有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡプローブは、配列番号３２によって提供される配列と少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を有する。
本発明は、その適用において、以下の説明に示されるかまたは図面に図示される構成要素の構造及び配置の詳細に制限されない。本発明は、他の実施形態が可能であり、さまざまな方法で実践または遂行することができる。また、本明細書で使用される表現及び用語は、説明を目的とするものであり、限定的なものと見なされるべきではない。本明細書における「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、または「有する」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「伴う（ｉｎｖｏｌｖｉｎｇ）」、及びそれらの変形の使用は、その後に列記される項目及びその同等物、ならびに追加の項目を包含することを意味する。
本書で別段の定義がされない限り、本開示と関連して使用される科学的及び技術的用語は、当業者によって一般に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別段の必要がない限り、単数形には複数形が含まれ、複数形の用語には単数形が含まれるものとする。本開示の方法及び技法は、概して、当該技術分野で周知の従来の方法に従って行われる。概して、本明細書に記載の生化学、酵素学、分子及び細胞生物学、微生物学、ウイルス学、細胞または組織培養、遺伝学、ならびにタンパク質及び核酸化学と関連して使用される命名法ならびにそれらの技法は、当該技術分野で周知であり、一般的に使用されているものである。本開示の方法及び技法は、概して、別段に示されない限り、当該技術分野で周知の従来の方法に従って、本明細書にわたって引用及び考察されているさまざまな一般的及びより具体的な参照文献に記載されているように行われる。
配列番号１ 株１ １６ＳリボソームＲＮＡ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ
ＡＴＧＡＧＡＧＴＴＴＧＡＴＣＣＴＧＧＣＴＣＡＧＧＡＴＧＡＡＣＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＧＣＣＴＡＡＣＡＣＡＴＧＣＡＡＧＴＣＧＡＡＣＧＡＡＧＣ ＡＡＴＴＡＡＡＡＴＧＡＡＧＴＴＴＴＣＧＧＡＴＧＧＡＴＴＴＴＴＧＡＴＴＧＡＣＴＧＡＧＴＧＧＣＧＧＡＣＧＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＧＣＧＴＧＧＡＴ ＡＡＣＣＴＧＣＣＴＣＡＣＡＣＴＧＧＧＧＧＡＴＡＡＣＡＧＴＴＡＧＡＡＡＴＧＡＣＴＧＣＴＡＡＴＡＣＣＧＣＡＴＡＡＧＣＧＣＡＣＡＧＴＡＣＣＧＣＡＴＧＧＴＡＣＧＧＴＧＴＧＡＡＡＡＡＣＴＣＣＧＧＴＧＧＴＧＴＧＡＧＡＴＧＧＡＴＣＣＧＣＧＴＣＴＧＡＴＴＡＧＣＣＡＧＴＴＧＧＣＧＧＧＧＴＡＡＣＧＧＣＣＣＡＣＣＡＡＡＧＣＧＡＣＧＡＴＣＡＧＴＡＧＣＣＧＡＣＣＴＧＡＧＡＧＧＧＴＧＡＣＣＧＧＣＣＡＣＡＴＴＧＧＧＡＣＴＧＡＧＡＣＡＣＧＧＣＣＣＡＡＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴＧＧＧＧＡＡＴＡＴＴＧＣＡＣＡＡＴＧＧＧＣＧＡＡＡＧＣＣＴＧＡＴＧＣＡＧＣＧＡＣＧＣＣＧＣＧＴＧＡＧＴＧＡＡＧＡＡＧＴＡＴＴＴＣＧＧＴＡＴＧＴＡＡＡＧＣＴＣＴＡＴＣＡＧＣＡＧＧＧＡＡＧＡＡＡＡＴＧＡＣＧＧＴＡＣＣＴＧＡＣＴＡＡＧＡＡＧＣＣＣＣＧＧＣＴＡＡＣＴＡＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＴＡＧＧＧＧＧＣＡＡＧＣＧＴＴＡＴＣＣＧＧＡＴＴＴＡＣＴＧＧＧＴＧＴＡＡＡＧＧＧＡＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＣＧＡＡＧＣＡＡＧＴＣＴＧＡＡＧＴＧＡＡＡＡＣＣＣＡＧＧＧＣＴＣＡＡＣＣＣＴＧＧＧＡＣＴＧＣＴＴＴＧＧＡＡＡＣＴＧＴＴＴＴＧＣＴＡＧＡＧＴＧＴＣＧＧＡＧＡＧＧＴＡＡＧＴＧＧＡＡＴＴＣＣＴＡＧＴＧＴＡＧＣＧＧＴＧＡＡＡＴＧＣＧＴＡＧＡＴＡＴＴＡＧＧＡＧＧＡＡＣＡＣＣＡＧＴＧＧＣＧＡＡＧＧＣＧＧＣＴＴＡＣＴＧＧＡＣＧＡＴＡＡＣＴＧＡＣＧＴＴＧＡＧＧＣＴＣＧＡＡＡＧＣＧＴＧＧＧＧＡＧＣＡＡＡＣＡＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＴＧＧＴＡＧＴＣＣＡＣＧＣＣＧＴＡＡＡＣＧＡＴＧＡＡＴＧＣＴＡＧＧＴＧＴＴＧＧＧＧＧＧＣＡＡＡＧＣＣＣＴＴＣＧＧＴＧＣＣＧＴＣＧＣＡＡＡＣＧＣＡＧＴＡＡＧＣＡＴＴＣＣＡＣＣＴＧＧＧＧＡＧＴＡＣＧＴＴＣＧＣＡＡＧＡＡＴＧＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＡＡＴＴＧＡＣＧＧＧＧＡＣＣＣＧＣＡＣＡＡＧＣＧＧＴＧＧＡＧＣＡＴＧＴＧＧＴＴＴＡＡＴＴＣＧＡＡＧＣＡＡＣＧＣＧＡＡＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣＡＡＧＴＣＴＴＧＡＣＡＴＣＣＴＣＴＴＧＡＣＣＧＧＣＧＴＧＴＡＡＣＧＧＣＧＣＣＴＴＣＣＣＴＴＣＧＧＧＧＣＡＡＧＡＧＡＧＡＣＡＧＧＴＧＧＴＧＣＡＴＧＧＴＴＧＴＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＴＧＴＣＧＴＧＡＧＡＴＧＴＴＧＧＧＴＴＡＡＧＴＣＣＣＧＣＡＡＣＧＡＧＣＧＣＡＡＣＣＣＴＴＡＴＣＣＴＴＡＧＴＡＧＣＣＡＧＣＡＧＧＴＡＡＡＧＣＴＧＧＧＣＡＣＴＣＴＡＧＧＧＡＧＡＣＴＧＣＣＡＧＧＧＡＴＡＡＣＣＴＧＧＡＧＧＡＡＧＧＴＧＧＧＧＡＴＧＡＣＧＴＣＡＡＡＴＣＡＴＣＡＴＧＣＣＣＣＴＴＡＴＧＡＴＴＴＧＧＧＣＴＡＣＡＣＡＣＧＴＧＣＴＡＣＡＡＴＧＧＣＧＴＡＡＡＣＡＡＡＧＧＧＡＡＧＣＡＡＧＡＣＡＧＴＧＡＴＧＴＧＧＡＧＣＡＡＡＴＣＣＣＡＡＡＡＡＴＡＡＣＧＴＣＣＣＡＧＴＴＣＧＧＡＣＴＧＴＡＧＴＣＴＧＣＡＡＣＣＣＧＡＣＴＡＣＡＣＧＡＡＧＣＴＧＧＡＡＴＣＧＣＴＡＧＴＡＡＴＣＧＣＧＡＡＴＣＡＧＡＡＴＧＴＣＧＣＧＧＴＧＡＡＴＡＣＧＴＴＣＣＣＧＧＧＴＣＴＴＧＴＡＣＡＣＡＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＣＡＣＣＡＴＧＧＧＡＧＴＣＡＧＣＡＡＣＧＣＣＣＧＡＡＧＴＣＡＧＴＧＡＣＣＣＡＡＣＴＣＧＣＡＡＧＡＧＡＧＧＧＡＧＣＴＧＣＣＧＡＡＧＧＣＧＧＧＧＣＡＧＧＴＡＡＣＴＧＧＧＧＴＧＡＡＧＴＣＧＴＡＡＣＡＡＧＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＧＡＡＧＧＴＧＣＧＧＣＴＧＧＡＴＣＡＣＣＴＣＣＴＴＴ
配列番号２ 株２ １６ＳリボソームＲＮＡＡｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ
ＴＣＡＡＡＧＡＧＴＴＴＧＡＴＣＣＴＧＧＣＴＣＡＧＧＡＣＧＡＡＣＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＣＧＣＣＴＡＡＣＡＣＡＴＧＣＡＡＧＴＣＧＡＡＣＧＧＡＧＣＴＴＡＣＧＴＴＴＴＧＡＡＧＴＴＴＴＣＧＧＡＴＧＧＡＴＧＡＡＴＧＴＡＡＧＣＴＴＡＧＴＧＧＣＧＧＡＣＧＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＡＣＧＴＧＡＧＣＡＡＣＣＴＧＣＣＴＴＴＣＡＧＡＧＧＧＧＧＡＴＡＡＣＡＧＣＣＧＧＡＡＡＣＧＧＣＴＧＣＴＡＡＴＡＣＣＧＣＡＴＧＡＴＧＴＴＧＣＧＧＧＧＧＣＡＣＡＴＧＣＣＣＣＴＧＣＡＡＣＣＡＡＡＧＧＡＧＣＡＡＴＣＣＧＣＴＧＡＡＡＧＡＴＧＧＧＣＴＣＧＣＧＴＣＣＧＡＴＴＡＧＣＣＡＧＴＴＧＧＣＧＧＧＧＴＡＡＣＧＧＣＣＣＡＣＣＡＡＡＧＣＧＡＣＧＡＴＣＧＧＴＡＧＣＣＧＧＡＣＴＧＡＧＡＧＧＴＴＧＡＡＣＧＧＣＣＡＣＡＴＴＧＧＧＡＣＴＧＡＧＡＣＡＣＧＧＣＣＣＡＧＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴＧＧＧＧＧＡＴＡＴＴＧＣＡＣＡＡＴＧＧＧＣＧＡＡＡＧＣＣＴＧＡＴＧＣＡＧＣＧＡＣＧＣＣＧＣＧＴＧＡＧＧＧＡＡＧＡＣＧＧＴＣＴＴＣＧＧＡＴＴＧＴＡＡＡＣＣＴＣＴＧＴＣＴＴＴＧＧＧＧＡＡＧＡＡＡＡＴＧＡＣＧＧＴＡＣＣＣＡＡＡＧＡＧＧＡＡＧＣＴＣＣＧＧＣＴＡＡＣＴＡＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＴＡＧＧＧＡＧＣＡＡＧＣＧＴＴＧＴＣＣＧＧＡＡＴＴＡＣＴＧＧＧＴＧＴＡＡＡＧＧＧＡＧＣＧＴＡＧＧＣＧＧＧＡＴＧＧＣＡＡＧＴＡＧＡＡＴＧＴＴＡＡＡＴＣＣＡＴＣＧＧＣＴＣＡＡＣＣＧ ＧＴＧＧＣＴＧＣＧＴＴＣＴＡＡＡＣＴＧＣＣＧＴＴＣＴＴＧＡＧＴＧＡＡＧＴＡＧＡＧＧＣＡＧＧＣＧＧＡＡＴＴＣＣＴＡＧＴＧＴＡＧＣＧＧＴＧＡＡＡＴＧＣＧＴＡＧＡＴＡＴＴＡＧＧＡＧＧＡＡＣＡＣＣＡＧＴＧＧＣＧＡＡＧＧＣＧＧＣＣＴＧＣＴＧＧＧＣＴＴＴＡＡＣＴＧＡＣＧＣＴＧＡＧＧＣＴＣＧＡＡＡＧＣＧＴＧＧＧＧＡＧＣＡＡＡＣＡＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＴＧＧＴＡＧＴＣＣＡＣＧＣＣＧＴＡＡＡＣＧＡＴＧＡＴＴＡＣＴＡＧＧＴＧＴＧＧＧＧＧＧＡＣＴＧＡＣＣＣＣＴＴＣＣＧＴＧＣＣＧＣＡＧＴＴＡＡＣＡＣＡＡＴＡＡＧＴＡＡＴＣＣＡＣＣＴＧＧＧＧＡＧＴＡＣＧＧＣＣＧＣＡＡＧＧＴＴＧＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＡＡＴＴＧＡＣＧＧＧＧＧＣＣＣＧＣＡＣＡＡＧＣＡＧＴＧＧＡＧＴＡＴＧＴＧＧＴＴＴＡＡＴＴＣＧＡＡＧＣＡＡＣＧＣＧＡＡＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣＡＧＧＴＣＴＴＧＡＣＡＴＣＧＧＡＴＧＣＡＴＡＧＣＣＴＡＧＡＧＡＴＡＧＧＴＧＡＡＧＣＣＣＴＴＣＧＧＧＧＣＡＴＣＣＡＧＡＣＡＧＧＴＧＧＴＧＣＡＴＧＧＴＴＧＴＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＴＧＴＣＧＴＧＡＧＡＴＧＴＴＧＧＧＴＴＡＡＧＴＣＣＣＧＣＡＡＣＧＡＧＣＧＣＡＡＣＣＣＴＴＡＴＴＡＴＴＡＧＴＴＧＣＴＡＣＧＣＡＡＧＡＧＣＡＣＴＣＴＡＡＴＧＡＧＡＣＴＧＣＣＧＴＴＧＡＣＡＡＡＡＣＧＧＡＧＧＡＡＧＧＴＧＧＧＧＡＴＧＡＣＧＴＣＡＡＡＴＣＡＴＣＡＴＧＣＣＣＣＴＴＡＴＧＡＣＣＴＧＧＧＣＴＡＣＡＣＡＣＧＴＡＣＴＡＣＡＡＴＧＧＣＡＣＴＡＡＡＡＣＡＧＡＧＧＧＣＧＧＣＧＡＣＡＣＣＧＣＧＡＧＧＴＧＡＡＧＣＧＡＡＴＣＣＣＧＡＡＡＡＡＧＴＧＴＣＴＣＡＧＴＴＣＡＧＡＴＴＧＣＡＧＧＣＴＧＣＡＡＣＣＣＧＣＣＴＧＣＡＴＧＡＡＧＴＣＧＧＡＡＴＴＧＣＴＡＧＴＡＡＴＣＧＣＧＧＡＴＣＡＧＣＡＴＧＣＣＧＣＧＧＴＧＡＡＴＡＣＧＴＴＣＣＣＧＧＧＣＣＴＴＧＴＡＣＡＣＡＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＣＡＣＣＡＴＧＧＧＡＧＴＣＧＧＴＡＡＣＡＣＣＣＧＡＡＧＣＣＡＧＴＡＧＣＣＴＡＡＣＣＧＣＡＡＧＧＧＧＧＧＣＧＣＴＧＴＣＧＡＡＧＧＴＧＧＧＡＴＴＧＡＴＧＡＣＴＧＧＧＧＴＧＡＡＧＴＣＧＴＡＡＣＡＡＧＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＧＡＡＧＧＴＧＣＧＧＣＴＧＧＡＴＣＡＣＣＴＣＣＴＴＴ
配列番号３ 株３ １６ＳリボソームＲＮＡＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ
ＴＡＣＧＡＧＡＧＴＴＴＧＡＴＣＣＴＧＧＣＴＣＡＧＧＡＴＧＡＡＣＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＧＣＣＴＡＡＣＡＣＡＴＧＣＡＡＧＴＣＧＡＧＣＧＡＡＧ ＣＧＣＴＧＴＴＴＴＣＡＧＡＡＴＣＴＴＣＧＧＡＧＧＡＡＧＡＧＧＡＣＡＧＴＧＡＣＴＧＡＧＣＧＧＣＧＧＡＣＧＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＧＣＧＴＧＧＧＣＡＡＣＣＴＧＣＣＴＣＡＴＡＣＡＧＧＧＧＧＡＴＡＡＣＡＧＴＴＡＧＡＡＡＴＧＡＣＴＧＣＴＡＡＴＡＣＣＧＣＡＴＡＡＧＣＧＣＡＣＡＧＧＡＣＣＧＣＡＴＧＧＴＧＴＡＧＴＧＴＧＡＡＡＡＡＣＴＣＣＧＧＴＧＧＴＡＴＧＡＧＡＴＧＧＡＣＣＣＧＣＧＴＣＴＧＡＴＴＡＧＧＴＡＧＴＴＧＧＴＧＧＧＧＴＡＡＡＧＧＣＣＴＡＣＣＡＡＧＣＣＧＡＣＧＡＴＣＡＧＴＡＧＣＣＧＡＣＣＴＧＡＧＡＧＧＧＴＧＡＣＣＧＧＣＣＡＣＡＴＴＧＧＧＡＣＴＧＡＧＡＣＡＣＧＧＣＣＣＡＡＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴＧＧＧＧＡＡＴＡＴＴＧＣＡＣＡＡＴＧＧＧＧＧＡＡＡＣＣＣＴＧＡＴＧＣＡＧＣＧＡＣＧＣＣＧＣＧＴＧＡＡＧＧＡＡＧＡＡＧＴＡＴＴＴＣＧＧＴＡＴＧＴＡＡＡＣＴＴＣＴＡＴＣＡＧＣＡＧＧＧＡＡＧＡＡＡＡＴＧＡＣＧＧＴＡＣＣＴＧＡＧＴＡＡＧＡＡＧＣＡＣＣＧＧＣＴＡＡＡＴＡＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＴＡＴＧＧＴＧＣＡＡＧＣＧＴＴＡＴＣＣＧＧＡＴＴＴＡＣＴＧＧＧＴＧＴＡＡＡＧＧＧＡＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＡＴＡＧＧＣＡＡＧＴＣＴＧＧＡＧＴＧＡＡＡＡＣＣＣＡＧＧＧＣＴＣＡＡＣＣＣＴＧＧＧＡＣＴＧＣＴＴＴＧＧＡＡＡＣＴＧＣＡＧＡＴＣＴＧＧＡＧＴＧＣＣＧＧＡＧＡＧＧＴＡＡＧＣＧＧＡＡＴＴＣＣＴＡＧＴＧＴＡＧＣＧＧＴＧＡＡＡＴＧＣＧＴＡＧＡＴＡＴＴＡＧＧＡＧＧＡＡＣＡＣＣＡＧＴＧＧＣＧＡＡＧＧＣＧＧＣＴＴＡＣＴＧＧＡＣＧＧＴＧＡＣＴＧＡＣＧＴＴＧＡＧＧＣＴＣＧＡＡＡＧＣＧＴＧＧＧＧＡＧＣＡＡＡＣＡＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＴＧＧＴＡＧＴＣＣＡＣＧＣＣＧＴＡＡＡＣＧＡＴＧＡＣＴＡＣＴＡＧＧＴＧＴＣＧＧＴＧＴＧＣＡＡＡＧＣＡＣＡＴＣＧＧＴＧＣＣＧＣＡＧＣＡＡＡＣＧＣＡＡＴＡＡＧＴＡＧＴＣＣＡＣＣＴＧＧＧＧＡＧＴＡＣＧＴＴＣＧＣＡＡＧＡＡＴＧＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＡＡＴＴＧＡＣＧＧＧＧＡＣＣＣＧＣＡＣＡＡＧＣＧＧＴＧＧＡＧＣＡＴＧＴＧＧＴＴＴＡＡＴＴＣＧＡＡＧＣＡＡＣＧＣＧＡＡＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣＴＧＧＴＣＴＴＧＡＣＡＴＣＣＧＧＡＴＧＡＣＧＧＧＣＧＡＧＴＡＡＴＧＴＣＧＣＣＧＴＣＣＣＴＴＣＧＧＧＧＣＧＴＣＣＧＡＧＡＣＡＧＧＴＧＧＴＧＣＡＴＧＧＴＴＧＴＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＴＧＴＣＧＴＧＡＧＡＴＧＴＴＧＧＧＴＴＡＡＧＴＣＣＣＧＣＡＡＣＧＡＧＣＧＣＡＡＣＣＣＴＴＡＴＣＴＴＣＡＧＴＡＧＣＣＡＧＣＡＴＡＴＡＡＧＧＴＧＧＧＣＡＣＴＣＴＧＧＡＧＡＧＡＣＴＧＣＣＡＧＧＧＡＧＡＡＣＣＴＧＧＡＧＧＡＡＧＧＴＧＧＧＧＡＴＧＡＣＧＴＣＡＡＡＴＣＡＴＣＡＴＧＣＣＣＣＴＴＡＴＧＧＣＣＡＧＧＧＣＴＡＣＡＣＡＣＧＴＧＣＴＡＣＡＡＴＧＧＣＧＴＡＡＡＣＡＡＡＧＧＧＡＡＧＣＧＡＧＡＧＧＧＴＧＡＣＣＴＧＧＡＧＣＧＡＡＴＣＣＣＡＡＡＡＡＴＡＡＣＧＴＣＴＣＡＧＴＴＣＧＧＡＴＴＧＴＡＧＴＣＴＧＣＡＡＣＴＣＧＡＣＴＡＣＡＴＧＡＡＧＣＴＧＧＡＡＴＣＧＣＴＡＧＴＡＡＴＣＧＣＧＧＡＴＣＡＧＣＡＴＧＣＣＧＣＧＧＴＧＡＡＴＡＣＧＴＴＣＣＣＧＧＧＴＣＴＴＧＴＡＣＡＣＡＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＣＡＣＣＡＴＧＧＧＡＧＴＣＡＧＴＡＡＣＧＣＣＣＧＡＡＧＣＣＡＧＴＧＡＣＣＣＡＡＣＣＴＴＡＧＡＧＧＡＧＧＧＡＧＣＴＧＴＣＧＡＡＧＧＣＧＧＧＡＣＧＧＡＴＡＡＣＴＧＧＧＧＴＧＡＡＧＴＣＧＴＡＡＣＡＡＧＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＧＡＡＧＧＴＧＣＧＧＣＴＧＧＡＴＣＡＣＣＴＣＣＴＴＴ
配列番号４ 株４ １６ＳリボソームＲＮＡＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ
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配列番号５ 株５ １６ＳリボソームＲＮＡ Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ
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配列番号６ 株６ １６ＳリボソームＲＮＡＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ
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配列番号８ 株８ １６ＳリボソームＲＮＡ Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種
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本発明は、以下の実施例によってさらに例解され、この実施例は、決してさらなる限定として解釈されるべきではない。本出願にわたって引用されているすべての参照（文献参照、発行された特許、公開された特許出願、及び同時係属中特許出願を含む）のすべての全内容は、特に上記で参照された教示について、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。ただし、いずれの参照の引用も、その参照が先行技術であることを認めることを意図したものではない。
実施例１Ａ：健康な有志における組成物ＶＥ３０３の第１相用量漸増試験
Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染は、胃腸内微生物叢の改変と関連付けられる。糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）などのＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染に頻繁に利用される治療法は、再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ｒＣＤＩ）を防止し得るが、日常的な使用には制限があり、予期しないリスクがある。
組成物ＶＥ３０３は、表１に示す細菌株を含む合理的に定義された細菌組成物であり、ｉｎ ｖｉｔｒｏでＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの増殖を抑制し、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ）モデルの生存率を改善することが分かっている。
方法
バンコマイシン誘発性腸内毒素症後の健康な有志（ＨＶ）における組成物ＶＥ３０３の安全性及び忍容性を評価するために、第１相用量漸増試験を実施した。
図１及び図２０に示すように、ＨＶを７つのコホートとバンコマイシン対照群とに分けた。株の定着及び耐久性を含む薬物動態ならびに薬力学（例えば、常在微生物叢の復元）を、長期にわたって収集した糞便細菌のメタゲノミクス配列決定によって評価した。
健康な有志（Ｎ＝４８、７コホート）に、経口バンコマイシン（毎日１２５ｍｇ×４回）を、１日２回、５日間または３日間、続いて組成物ＶＥ３０３カプセルを、漸増する単回用量または複数回用量（用量範囲１．６×１０９〜１．１×１０１１の総ＣＦＵ）で、経口投与した。健康な有志の対照群にはバンコマイシンを投与しなかったが、組成物ＶＥ３０３（１．７×１０１１の合計ＣＦＵ）を２１日間投与した。
糞便試料を、バンコマイシンのみ（ｖａｎｃｏ）、コホート１（１．６×１０９コロニー形成単位（ＣＦＵ）のＶＥ３０３の単回用量）、コホート２（４．０×１０９ＣＦＵの単回用量）、コホート３（８．０×１０９ＣＦＵの単回用量）、コホート４（４．０×１０１０ＣＦＵの複数回用量）、コホート５（１．１×１０１１ＣＦＵの複数回用量）、コホート６（１．７×１０１１ＣＦＵの複数回用量、バンコマイシンの事前投薬なし）、またはコホート８（２．１×１０１０ＣＦＵの複数回用量、３日間のバンコマイシン事前投薬）（図１、図１４、及び図２０）に分けた、正常かつ健康な有志から収集した。糞便試料を収集し、Ｉｌｌｕｍｉｎａショットガン配列決定によって分析した。
結果
組成物ＶＥ３０３と関連付けられる有害事象（ＡＥ）が健康な有志の１６％で観察されたが、すべての有害事象は、グレード１（１〜５段階で「軽度の有害事象」）かつ一過性のものであった。有害事象のうち、大部分は胃腸系（腹部膨満または腹痛、軟便または硬便、悪心、鼓腸、及び下痢）であった。最も一般的なグレード２〜３の検査所見異常は、コレステロールの増加、血尿、ならびにリパーゼ及びアミラーゼの増加であった。関連するグレード３〜４の有害事象も深刻な有害事象もなかった。
単回用量コホート及び複数回用量コホートで、耐久性があり、豊富かつ用量依存的な定着が観察された。組成物ＶＥ３０３の各細菌株は糞便中で検出可能であり、組成物ＶＥ３０３の細菌株は投薬後２日以内に１０〜１００倍に拡大した。多くの健康な有志において、組成物ＶＥ３０３の細菌株が１２週目に豊富に検出され、バンコマイシン投与後の対象の微生物叢の回復を強化するように見受けられた。バンコマイシンのみを受けた対照コホートと比較した場合、組成物ＶＥ３０３を受けた健康な有志は、有益である可能性がある分類群（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）の早期かつより完全な回復、及び炎症性である可能性がある分類群（例えば、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）の減少を有した。
ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａに属する細菌株の存在は、ｒＣＤＩにおけるＦＭＴへの応答と関連付けられることが以前に見出されている（図２Ａ、Ｖａｎ Ｎｏｏｄ ｅｔ ａｌ．２０１３）。バンコマイシンの投与により、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ クラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩに属する細菌株がほぼ完全に消失した。組成物ＶＥ３０３のその後の投与により、各コホートからの対照の微生物叢におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩの存在量が増加したことが見出された。興味深いことに、対象の微生物叢におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａに属する細菌株の存在量は、組成物ＶＥ３０３の投与後にベースラインに類似したレベルまで回復した（図２Ｂ）。
加えて、Ｓｍｉｌｉｅ ｅｔ ａｌ．２０１８によって以前に報告されているように、ＦＭＴ移植で治療されたｒＣＤＩを有する対象は、ＦＭＴ治療前のＢａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓ及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａレベルと比較して、Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓのレベルが増加し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａのレベルが減少したことが見出された（図３Ａ）。バンコマイシンの投与により胃腸内微生物叢が改変され、これはその後、ＦＭＴ転移前のＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染中の微生物叢（例えば、高レベルのＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、低レベルのＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）に類似する。バンコマイシン治療を施した後で組成物ＶＥ３０３を投与した対象からの試料を、バンコマイシンの投与後、及び組成物ＶＥ３０３の投与後、ベースラインにて、微生物叢の回復について分析した。バンコマイシンにより、細菌バイオマスは大幅に減少したものの、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ ＤＮＡが一部の対象において増加した（図１５）。興味深いことに、組成物ＶＥ３０３の投与により、より速い微生物叢の回復（例えば、Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓ及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの正常なレベルへの回帰）が促進された。組成物ＶＥ３０３の複数回用量を受けたコホートについては、回復はさらに速かった（ＶＥ３０３投与開始から１週間未満（図３Ｂ〜図３Ｄ、図１５、図１６、図２５）。
主成分分析（ＰＣＡ）を各試料の微生物叢群集組成に対して実施して、バンコマイシンの投与後及び回復中の微生物叢の動態を調査した（例えば、Ｚｉｎｋｅｒｎａｇｅｌ，ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓを参照）。ＰＣＡ分析により、３つの微生物叢群集状態が明らかになった（図４Ａ）。状態１はベースラインの微生物叢群集に対応し、状態２はバンコマイシン投与後の群集に対応し、状態３は組成物ＶＥ３０３投与後の群集に対応する。バンコマイシン単独対照群と比較した場合、ＶＥ３０３の投与により、微生物叢の回復がより速くなった。例えば、コホート５は、組成物ＶＥ３０３の投与から１週間以内で迅速に回復状態に戻ることが見出されたが、バンコマイシン単独対照群は回復の遅延を示した（図４Ｂ）。状態１は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓのベースラインレベルを特徴とし、状態２は、比較的高いレベルのＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａを有し、状態３は、状態２と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ（組成物ＶＥ３０３の細菌株の富化を含む）レベルの強化されたレベル（存在量）を有した（図４Ｃ）。Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ種を含む病原性共生生物種は、バンコマイシンの投与によって富化されることが見出された（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）（図５）。
ＶＥ３０３の単回用量と複数回用量との間の相対的有効性を決定するために、バンコマイシン単独群（対照）及びコホート１〜５の各々の対象から試料を取得した。コホート１〜３の対象には、組成物ＶＥ３０３の単回用量を投与し、コホート４〜５の対象には、組成物ＶＥ３０３の複数回用量を投与した。要約すると、複数回用量（５日間または１４日間にわたる）により、観察された組成物ＶＥ３０３の細菌株の数で表して、より良好な全体的生着（定着）が生じることが見出された（図６、８、及び２２）。単回用量コホートと比較した場合、複数回用量コホート４、５、及び８における生着した組成物ＶＥ３０３から細菌株の数はより多かった。さらに、組成物ＶＥ３０３からの細菌株の生着は、コホート４、５、及び８のほとんどの対象で、組成物の投与後に安定していた（図７Ａ及び図２２）。対照的に、バンコマイシンを投与されなかった対照群では、生着が観察されたのみであった（図７Ｂ）。
複数回用量の結果として組成物ＶＥ３０３の細菌株の全体的な生着（定着）が良好となったにもかかわらず、単回用量を受けたコホートと複数回用量を受けたコホートとの両方で耐久性のある生着が観察された（図９Ａ〜図９Ｃ及び図２３）。バンコマイシン単独群は、組成物の投与の３〜７週後、組成物ＶＥ３０３からの細菌株の存在量が低かった。組成物ＶＥ３０３の単回用量を受けたコホートは、組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量がさまざまであり、低用量／中用量で存在量がより高かったことが示された。組成物ＶＥ３０３の複数回用量を受けたコホートは、微生物叢の６０％を超える最大存在量を示した（すなわち、組成物ＶＥ３０３の細菌株は微生物叢の６０％を超えていた）。この存在量は、後の時点で減少した。
組成物ＶＥ３０３の細菌株は、用量に基づく本組成物の投与後２日以内に、１０〜１００倍に拡大したと推定された。図１０及び図２４は、各コホートにわたる組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量の全体的な傾向を示す。特に、コホート５では、組成物ＶＥ３０３の細菌株の存在量は、投与の約４週後に増加した（図１１Ａ及び図１１Ｂ）。微生物叢に存在する細菌種の多様性も、図１２及び図２５でコホート４、５、及び８について示すように、生着効果及び全体的な回復の尺度となり得る。
バンコマイシン治療により、対象の微生物叢内の細菌の絶対存在量が大幅に減少する（図２６）。ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａの細菌種レベルは、バンコマイシン投与ＢＩＤ（コホート８）の３日と比較して、バンコマイシン投与ＱＩＤ（コホート４及びコホート５）の５日でさらに減少する（図２７）。バンコマイシンが投与されなくなると、ＶＥ３０３の投与の有無にかかわらず、細菌の存在量は回復することになる（図２６及び図２７）。
結論
要約すると、組成物ＶＥ３０３は忍容性が良好であり、すべての用量で安全であった。
組成物ＶＥ３０３の投与により、バンコマイシンの投与後の正常な微生物叢の早期回復（回復の増大）を伴う、早期の堅牢な耐久性のある定着がもたらされた。さらに、生着の堅牢性は、治療期間とともに改善された。
実施例１Ｂ：健康な有志における組成物ＶＥ３０３の第１相試験：コホート７〜９
バンコマイシン誘発性腸内毒素症後の健康な有志（ＨＶ）における組成物ＶＥ３０３の安全性及び忍容性を評価するために、追加の第１相試験を実施した。表１Ｂに示すように、ＨＶを、同じ用量のＶＥ３０３を受ける前に、異なる用量のバンコマイシンを受けた３つのコホートに分けた。株の定着及び耐久性を含む薬物動態ならびに薬力学（例えば、常在微生物叢の復元）を、長期にわたって収集した糞便細菌のメタゲノミクス配列決定によって評価した。
表１Ｂ：第１相コホート７〜９の投薬レジメン
Figure 2022500489
実施例１Ｃ：ｒＣＤＩのヒト細菌株の合理的に定義されたコンソーシアム
糞便試料を、Ｌｅｉｄｅｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｃｅｎｔｅｒ及びＮｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ Ｄｏｎｏｒ Ｆｅｃｅｓ Ｂａｎｋ（ＮＤＦＢ）と協力して、健康なドナー有志及び再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ｒＣＤＩ）を有する患者から収集した。ｒＣＤＩからの回復と関連付けられる上位の細菌属の便試料における存在量を、糞便微生物移植の前後に分析した（ＦＭＴ前、ＦＭＴ後）（図１３Ａ）。ｒＣＤＩ患者の糞便微生物移植（ＦＭＴ）に対する応答は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａ細菌の移入と関連付けられる。
マウスをＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（ＣＤＩ）に感染させ、ＶＥ３０３またはヒトＦＭＴを投与した。
ＶＥ３０３で治療したマウスのおよそ８５％及びヒトＦＭＴで治療したマウスのおよそ８０％が、少なくともＣＤＩの７日後まで生存した。対照的に、ＰＢＳで治療したマウスのおよそ３０％及び陰性の生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）で治療したマウスのおよそ２０％が、少なくともＣＤＩの７日後まで生存した（図１３Ｂ）。したがって、ＶＥ３０３は、ヒトＦＭＴに匹敵するＣＤＩ感染モデルにおいてマウスの生存率を比類なく促進する。
実施例２：成人対象における再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（ｒＣＤＩ）感染を防止するためのＶＥ３０３の第２相アダプティブ用量設定試験
本試験の目的は、成人対象のｒＣＤＩの防止におけるＶＥ３０３の有効な治療用量を決定することである。ＶＥ３０３は、合理的に定義された細菌組成物であり、ＦＭＴにおける応答と関連付けられ、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの増殖を抑制し、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ）モデルにおいて生存を改善する、共生、非病原性、無毒性、クローン性の細菌の８つの異なる種を含む（表１）。
方法
ｒＣＤＩの再発を軽減するまたはｒＣＤＩを予防するためのＶＥ３０３の有効な治療用量を決定するために、ｒＣＤＩの発病が少なくとも２回ある成人有志に対して第２相用量設定分析を実施する。投薬レジメンは、表２（下記）に概説するとおりである。ＶＥ３０３用量またはプラセボを投与する前に、対象にバンコマイシンを本明細書に記載のいずれかの用量またはｒＣＤＩに対する標準治療用量で投与した。便試料を、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ試験（例えば、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ、毒素タンパク質、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ ＰＣＲ、リボタイピング及び毒素アッセイのためのＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ培養）、微生物叢組成、ＶＥ３０３株検出、抗生物質濃度、メタボロミクス、培養、及びＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ以外の抗生物質耐性細菌（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌［ＣＲＥ］、拡張Ｂ−ラクタマーゼ産生腸内細菌［ＥＳＢＬ］、またはバンコマイシン耐性腸球菌［ＶＲＥ］）について、対象から収集した。
表２：第２相試験の投薬レジメン
Figure 2022500489
実施例３：共生細菌分離株の定義されたコンソーシアムを投与した健康な有志の株定着及び微生物叢動態。
背景
ヒトの腸内微生物叢の改変は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）のような日和見病原体による感染と関連付けられる。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の再発率の低下は、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）により示されているが、ＦＭＴには特有のリスク及び変動性がある。生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）であるＶＥ３０３が、再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ｒＣＤＩ）の予防のために開発されている。ＶＥ３０３は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩに属する８つの精製されたクローン性株からなる合理的に定義された細菌コンソーシアムである。本株は、健康な有志の糞便物質から単離し、純粋培養物として保管し、ｃＧＭＰ条件下で製造したものである。ＶＥ３０３の安全性、忍容性、薬物動態（ＰＫ）、及び薬力学（ＰＤ）を、健康な有志（Ｎ＝３３）において評価した。漸増用量のＶＥ３０３を、５日間にわたる経口バンコマイシンと併せてまたは併せずに投与した。糞便試料を最大１２週間長期にわたって収集し、Ｉｌｌｕｍｉｎａプラットフォームでメタゲノム配列決定を行って、経時的なＶＥ３０３株の定着（ＰＫ）及びバンコマイシン曝露後の常在微生物叢の回復（ＰＤ）に対するその影響を定量化した。ＬＢＰのメンバーを常在株から区別することによってＰＫを正確に定義するために、各ＶＥ３０３株に固有のマーカー配列を利用する拡張性バイオインフォマティクス法を開発した。ＶＥ３０３株の存在量が急速に増加した投薬条件を特定し、コンソーシアムの投与から少なくとも１２週後に検出した。ＶＥ３０３により、バンコマイシン後の腸内微生物叢の回復も強化され、このことは、常在Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ種の増加が加速し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少したことによって示された。まとめると、これらのデータにより、合理的に定義された細菌コンソーシアムに基づくＬＢＰが、腸に耐久的に定着し、ヒトレシピエントの微生物叢を調節し得ることが初めて示される。
正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬物動態
正常で健康な有志対象で検出されたＶＥ３０３株の総数を、便試料の収集及びＩｌｌｕｍｉｎａ配列決定の後で評価して、固有の５０塩基対（ｂｐ）マーカー配列を使用して各ＶＥ３０３株を特定した（図１７Ａ〜図１７Ｂ）。ＶＥ３０３コンソーシアムの８株すべてが、ほぼすべてのコホート４及びコホート５の対象で検出された。
経時的な各対象におけるＶＥ３０３コンソーシアムの総存在量を測定した（図１７Ｂ）。ＶＥ３０３コンソーシアムは、投与後最初の４８時間以内に約１０〜１００倍に急速に拡大し、その後、微生物叢の５〜１０％に安定する。ＶＥ３０３コンソーシアムは、ＶＥ３０３による投薬の停止後１２週まで、微生物叢のかなりの割合を占める。低い存在量のＶＥ３０３関連種が、バンコマイシン（Ｖａｎｃｏ）単独コホートの対象において検出された（図１７Ｃ〜図１７Ｄ）。
正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬力学
最も存在量が高いＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの対象あたりの総相対存在量を、バンコマイシン投与後、バンコマイシン投与からの回復後１週間まで、及びバンコマイシン投与からの回復後１週間超で測定した。ＶＥ３０３の投与により、バンコマイシン治療後１週間以内にバンコマイシン誘発性腸内毒素症からの回復が強化される（図１８）。具体的には、ＶＥ３０３の投与により、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ科（ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩ）が増加し、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種及びＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種が増加し、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種が減少する。
概要
ＶＥ３０３は、マウスのＣＤＩ治療に効果的である健康なヒトドナーから単離した８つのＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩ株の合理的に設計されたコンソーシアムである。ＶＥ３０３は、正常で健康な有志（ＮＨＶ）において安全であり、忍容性が良好である。ＶＥ３０３株は、ＮＨＶに堅牢に定着し、約１０〜１００倍に拡大し、最大１２週間持続する。高用量のＶＥ３０３は、Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｔｅｓ及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩ種の拡大を促進し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ種を減少させることによるバンコマイシン誘発性腸内毒素症の迅速な回復と関連付けられる。
実施例４：バンコマイシン後の経口ＶＥ３０３の第１相非盲検健康有志試験の予備段階結果
背景
腸内微生物叢の改変は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ）と関連付けられる。再発性ＣＤＩ（ｒＣＤＩ）の減少が糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）により示されているが、ＦＭＴには、日常的な使用に対する制限があり、予期しないリスクがある。ＶＥ３０３は、ｒＣＤＩの防止のために開発されているＧＭＰ条件下で製造される、合理的に定義された細菌コンソーシアムからなる画期的医薬品である。ＶＥ３０３は、ＦＭＴにおける臨床応答と関連付けられ、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの増殖を抑制し、ＣＤＩモデルにおいて生存を改善する、共生、非病原性、無毒性、クローン性の細菌であるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩに属する８つの異なる種を含む。
方法
ヒト初回第１相用量漸増試験では、バンコマイシン（ｖａｎｃｏ）誘発性腸内毒素症後の健康な成人有志（ＨＶ）におけるＶＥ３０３の安全性及び忍容性を評価した。薬物動態（ＰＫ）（株の定着及び耐久性）及び薬力学（ＰＤ）（常在微生物叢の抗生物質後の復元）を、長期にわたって収集した便試料に基づく糞便細菌のメタゲノミクス配列決定によって評価した。
結果
ＨＶ（Ｎ＝２３、５コホート）は、図１の図表に従って、経口バンコマイシン（４日間毎日１２５ｍｇ、続いて漸増する単回用量、その後複数回用量のＶＥ３０３カプセル）を受けた。ＶＥ３０３関連の有害事象（ＡＥ）はすべてグレード１かつ一過性であり、ＨＶの３０％で観察された。ＶＥ３０３関連の高グレードのＡＥまたは重度のＡＥ（ＳＡＥ）はなかった。ＶＥ３０３関連のＡＥの大部分は、胃腸系（腹部膨満、下痢、軟便、及びＡＬＴ／ＡＳＴ増加、各８．７％；変色便または硬便、便秘、腹部不快感または腹痛、味覚障害、悪心、鼓腸、各４．３％）であった。最も一般的なグレード２〜３の検査所見異常は、コレステロールの増加、血尿、ならびにリパーゼ及びアミラーゼの増加であった。
単回用量コホート及び複数回用量コホートで、耐久性があり、豊富かつ用量依存的な定着が観察された。各ＶＥ３０３成分株は便中で検出可能であり、ＶＥ３０３は投薬後２日以内に１０〜１００倍に拡大した。多くのＨＶにおいて、ＶＥ３０３細菌が１２週で豊富に検出された（図１９Ａ、図１９Ｂ）。ＶＥ３０３細菌富化対象；バンコマイシン処理後の微生物叢の回復。バンコマイシン単独対照コホートと比較した場合、ＶＥ３０３で治療されたＨＶは、有益である可能性がある分類群（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）の早期かつより完全な回復、及び炎症性である可能性がある分類群（例えば、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）の減少を有した。
結論
ＶＥ３０３は、すべての用量で忍容性良好かつ安全であり、バンコマイシン治療後の正常な微生物叢の早期回復を伴う、早期、堅牢、かつ耐久性のある定着を示した。定着の堅牢性は、治療期間とともに改善された。ｒＣＤＩの防止のためのＶＥ３０３の第２相試験が進行中である。
実施例５：ＶＥ３０３投与により抗生物質治療後の胆汁酸の回復が促進される
背景
抗生物質（例えば、バンコマイシン）を用いた治療により、宿主微生物叢及び胆汁酸代謝物のプールが破壊される（図２８）。これらの胆汁酸は、一次胆汁酸または二次胆汁酸のいずれであってもよい。具体的には、抗生物質は、例えば、有益な微生物の数を減少させることにより、二次胆汁酸にかわって一次胆汁酸の産生を刺激する。再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ｒＣＤＩ）は、一次胆汁酸の増加及び二次胆汁酸の減少と関連付けられる。糞便物質移植（ＦＭＴ）により、これらの胆汁酸欠乏が救済される。二次胆汁酸は、ＦＭＴ後のＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と正の相関関係にあり、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ ＯＴＵと負の相関関係にあることにより、ｒＣＤＩが阻害される（図２９）。
方法
対象からの糞便試料を分析前に凍結乾燥させて粉砕し、均質な試料を得る。各試料を約８〜１２ｍｇ秤量し、正確な重量を記録した。次に、試料を酸性メタノールで抽出した。遠心分離後、試料を分割し、透明な上清の一部分を希釈せずに取っておき、もう一方の試料を１００倍に希釈した。未希釈試料抽出物及び希釈試料抽出物のアリコートを、標識した内部標準の溶液でスパイクし、穏やかな窒素流中で蒸発乾固させた。乾燥させた抽出物を再構成し、負イオンモードで取得するＣ１８逆相ＨＰＬＣカラムを備えたＡｇｉｌｅｎｔ １２９０／Ｓｃｉｅｘ ＱＴｒｉｐ ６５００ ＬＣ−ＭＳ／ＭＳシステムに注入した。
各胆汁酸親（疑似ＭＲＭモード）またはプロダクトイオンのピーク面積を、それぞれの標識した内部標準親（疑似ＭＲＭモード）またはプロダクトイオンのピーク面積に対して測定した。各分析の直前に準備した強化較正標準から生成した加重線形最小二乗回帰分析を使用して定量を行った。結果を、試料重量（乾燥させた凍結乾燥糞便試料）に対して補正し、胆汁酸ｎｇ／凍結乾燥糞便ｍｇとして出した。
結果
一次胆汁酸は健康な有志では低く、バンコマイシンによる治療の際に最大３〜４ｌｏｇ増加したが（図３１、図３３、図３４）、量はコホート１〜５の間でばらつきがあった。具体的には、一次共役胆汁酸（ＢＡ）であるグリコケノデオキシコール酸、グリココール酸、タウロケノデオキシコール酸、及びタウロコール酸が増加した（図３０、図３２〜図３４）。これらの一次胆汁酸は、コホート１〜５の間でのばらつきを伴って、ＶＥ３０３の投与時に減少した。興味深いことに、ＶＥ３０３の投与は、いくつかの一次胆汁酸の迅速な枯渇と関連付けられた（図３１、アスタリスクで示される）。ＶＥ３０３治療と一次胆汁酸の減少との関連は、線形混合効果モデリング（図３４）及びランダムフォレスト分析（図３６）によって有意であることが確認された。ＶＥ３０３株は、一次胆汁酸のベースラインレベルへの回復にとって最も重要な上位２０個の特徴の１つであることも見出された（図３５）。
二次胆汁酸は健康な有志において高く、バンコマイシン治療で最大１〜２ｌｏｇ減少し、ＶＥ３０３の投与で増加したが（図３２〜図３４）、量はコホート１〜５の間でばらつきがあった。具体的には、二次脱共役ＢＡであるデオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸（図３２〜図３４）が減少した。これらの二次胆汁酸は、コホート１〜５の間でのばらつきを伴って、ＶＥ３０３の投与時に増加した。興味深いことに、ＶＥ３０３の投与は、いくつかの二次胆汁酸の迅速な回復と関連付けられた（図３２、アスタリスクで示される）。ＶＥ３０３治療と二次胆汁酸の増加との関連は、線形混合効果モデリング（ＬＭＥＭ）（図３４）及びランダムフォレスト分析（ＲＦＡ）（図３６）によって有意であることが確認された。ＬＭＥについて、以下の式を利用して、ＶＥ３０３投与と一次胆汁酸の減少及び二次胆汁酸の増加との関連の有意性を計算した。
Figure 2022500489
ＲＦＡの、上位２０個の重要な特徴の部分依存性分析＋線形モデルを構築した。ＶＥ３０３群Ａ株（ＶＥ３０３−０１、ＶＥ３０３−０２、ＶＥ３０３−３、ＶＥ３０３−０５、ＶＥ３０３−０７、ＶＥ３０３−８；本明細書では「ＶＥ３０３群Ａ株−胆汁酸」とも記載）は、一次胆汁酸（ＢＡ）存在量と負の関連があり、二次胆汁酸（ＢＡ）ウルソデオキシコール酸の存在量と正の関連があった。ＶＥ３０３群Ｂ株（ＶＥ３０３−０４、ＶＥ３０３−０６；本明細書では「ＶＥ３０３群Ｂ株−胆汁酸」とも記載）は、二次ＢＡのリトコール酸及びウルソデオキシコール酸の存在量と正の関連があった。加えて、常在Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａ種は、二次ＢＡデオキシコール酸と正の関連があった。ＶＥ３０３株は、二次胆汁酸のベースラインレベルへの回復にとって最も重要な上位２０個の特徴の１つであることも見出された（図３５）。
結論
一次胆汁酸と二次胆汁酸とのバランスは、バンコマイシン治療によって改変される。二次胆汁酸は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ）において減少し、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ胞子の発芽を制限するために重要である。ＶＥ３０３株は、直接的及び間接的ともに、二次胆汁酸の回復に重要である。二次胆汁酸であるデオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸はすべて、ＣＤＩ患者においてＦＭＴ治療後に増加する。
実施例６：ＶＥ３０３投与により抗生物質治療後の短鎖脂肪酸の回復が促進される
背景
抗生物質（例えば、バンコマイシン）を用いた治療により、宿主微生物叢及び短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）代謝物のプールが破壊される（図２８）。具体的には、抗生物質により、ＳＣＦＡのレベルが低下し得る。再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ｒＣＤＩ）は、ＳＣＦＡである酪酸塩、プロピオン酸塩、及び酢酸塩のレベルの低下と関連付けられる（図２９）。糞便微生物移植（ＦＭＴ）により、これらのＳＣＦＡ欠乏が救済される。ＳＣＦＡは、ＦＭＴ後のＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と正の相関関係にある（図２９）。
方法
各試料を１００ｍｇ秤量し、正確な重量を記録した。次に、試料を安定な標識した内部標準の溶液でスパイクし、均質化し、メタノールで抽出した。遠心分離後、上清のアリコートを誘導体化し、対応する短鎖脂肪酸アリールヒドラジドを形成させた。反応混合物を希釈し、アリコートを、Ｃ１８逆相ＵＨＰＬＣカラムを備えたＡｇｉｌｅｎｔ １２９０／ＡＢ ＳｃｉｅｘＴｒｉｐ Ｑｕａｄ ５５００ ＬＣ−ＭＳ／ＭＳシステムに注入した。質量分析計を、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）を使用してネガティブモードで操作した。
個々の分析物プロダクトイオンのピーク面積を、対応する内部標準のプロダクトイオンのピーク面積に対して測定した。各分析の直前に準備した強化較正標準から生成した加重線形最小二乗回帰分析を使用して定量を行った。結果を、試料重量（乾燥させた凍結乾燥糞便試料）に対して補正し、ＳＣＦＡμｇ／新鮮な糞便ｇとして出した。
結果
ＳＣＦＡは健康な有志において高く、バンコマイシン治療で最大１〜１．５ｌｏｇ減少し、ＶＥ３０３の投与で増加したが（図３７〜図３８）、量はコホート１〜５の間でばらつきがあった。具体的には、ＳＣＦＡである酢酸塩、プロピオン酸塩、及び酪酸塩、吉草酸塩（図３７及び図３８）が減少する。これらの二次胆汁酸は、コホート１〜５の間でのばらつきを伴って、ＶＥ３０３の投与時に増加する。興味深いことに、ＶＥ３０３の投与は、いくつかのＳＣＦＡの迅速な回復と関連付けられた（図３７、アスタリスクで示される）。ＶＥ３０３治療とＳＣＦＡの増加との関連は、線形混合効果（ＬＭＥ）モデリング（図３９）及びランダムフォレスト分析（図４１）によって有意であることが確認された。ＬＭＥについて、以下の式を利用して、ＶＥ３０３投与とＳＣＦＡの回復との関連の有意性を計算した。
Figure 2022500489
ＲＦＡの、上位２０個の重要な特徴の部分依存性分析＋線形モデルを構築した。すべてのＶＥ３０３株は、酢酸塩及び酪酸塩ＳＣＦＡの回復と正の関連があった。ＶＥ３０３群Ａ及び群Ｂ株を、それらのＳＣＦＡ回復との関連に従ってクラスター化した。ＶＥ３０３群Ａ（Ｖ３０３−０１、ＶＥ３０３−０２、ＶＥ３０３−０６、ＶＥ３０３−０７；本明細書では「ＶＥ３０３群Ａ株−ＳＣＦＡ」とも記載）は、ヘキサン酸塩ＳＣＦＡレベルと正の関連があり、ＶＥ３０３群Ｂ（Ｖ３０３−０３、ＶＥ３０３−０４、ＶＥ３０３−０８；本明細書では「ＶＥ３０３群Ｂ株−ＳＣＦＡ」とも記載）は、プロピオン酸塩ＳＣＦＡレベルと正の関連がある。ＶＥ３０３株は、ＳＣＦＡである酢酸塩、プロピオン酸塩、及び酪酸塩のベースラインレベルへの回復にとって最も重要な上位２０個の特徴の１つであることも見出された（図４０）。
結論
ＳＣＦＡのレベルは、バンコマイシン治療により減少する。酢酸塩、プロピオン酸塩、及び酪酸塩のレベルは、バンコマイシンの投与によって有意に減少する。これは、酪酸塩レベルが減少するＣＤＩの対象において一貫している。ＶＥ３０３の投与及びＶＥ３０３株の存在量は、ＳＣＦＡレベルの回復と関連付けられる。これらのＳＣＦＡレベルも、ＣＤＩの患者においてＦＭＴ治療後に増加する。
実施例７：定義された細菌コンソーシアムの株定着及び健康な有志の微生物叢及び代謝産物プールの復元
ヒトの腸内微生物叢の改変は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）のような日和見病原体による感染と関連付けられる。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の再発率の低下は、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）により示されているが、ＦＭＴには特有のリスク及び変動性がある。再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ｒＣＤＩ）の予防のための生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）であるＶＥ３０３。ＶＥ３０３は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩに属する８つの精製されたクローン性株からなる合理的に定義された細菌コンソーシアムである。本株は、健康な有志の糞便物質から単離し、純粋培養物として保管し、ｃＧＭＰ条件下で製造したものである。ＶＥ３０３の安全性、忍容性、薬物動態（ＰＫ）、及び薬力学（ＰＤ）を、健康な有志（Ｎ＝３３）において評価した。漸増用量のＶＥ３０３を、５日間にわたる経口バンコマイシンと併せてまたは併せずに投与した。糞便試料を最大６か月間長期にわたって収集し、Ｉｌｌｕｍｉｎａプラットフォームでメタゲノム配列決定を行って、経時的なＶＥ３０３株の定着（薬物動態、ＰＫ）と、バンコマイシン曝露後の常在微生物叢の回復ならびに短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）及び胆汁酸（ＢＡ）のレベル（薬力学、ＰＤ）とに対するその影響を定量化した。ＬＢＰのメンバーを常在株から区別することによってＰＫを正確に定義するために、各ＶＥ３０３株に固有のマーカー配列を利用する拡張性バイオインフォマティクス法を開発した。バンコマイシン後のＶＥ３０３投与は、すべての用量レベルで、安全であり、忍容性が良好であった。ＶＥ３０３株の存在量が急速に増加した投薬条件を特定し、コンソーシアムの投与から少なくとも６か月後に検出した。ＶＥ３０３により、バンコマイシン後の腸内微生物叢の回復も強化され、このことは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ種の増加が加速し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少したことによって示される。ＶＥ３０３株の定着は、バンコマイシン投与後の便で測定されたＳＣＦＡ及び二次ＢＡの迅速な回復とも関連付けられた。まとめると、これらのデータにより、合理的に定義された細菌コンソーシアムに基づくＬＢＰが、安全であり、腸に耐久的に定着することができ、ヒトレシピエントの腸恒常性を促進することが可能であることが、初めて示される。
実施例８：ＶＥ３０３により、成人の健康な有志（ＨＶ）においてバンコマイシン誘発性腸内毒素症後に腸内微生物叢が安定して回復する
腸内微生物叢の改変、ならびに胆汁酸（ＢＡ）及び短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を含む定着耐性及び宿主応答に関与する代謝産物における結果としての変化は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ）の特質である。再発性ＣＤＩ（ｒＣＤＩ）の減少が糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）で観察されているが、ＦＭＴには、日常的な使用に対する制限があり、予期しないリスクがある。ＶＥ３０３は、ｒＣＤＩの防止のために開発されている画期的医薬品であり、適正製造基準（ＧＭＰ）条件下で製造される合理的に定義された細菌コンソーシアムからなる。ＶＥ３０３は、ＦＭＴの臨床反応と関連付けられる共生細菌であるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩに属する８つの異なる種で構成される。ＶＥ３０３は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの増殖を抑制し、ｉｎ ｖｉｖｏで生存率を改善する。
ヒト初回第１相用量漸増試験では、バンコマイシン（ｖａｎｃｏ）誘発性腸内毒素症後の健康な有志（ＨＶ）におけるＶＥ３０３の安全性及び忍容性を評価した。細菌株の定着及び耐久性を含むＶＥ３０３薬物動態（ＰＫ）、ならびに常在微生物叢、ＳＣＦＡプール、及びＢＡプールの回復を含む薬力学（ＰＤ）を、糞便材料のメタゲノミクス配列決定及びメタボロミクス分析によって評価した。
２３人の健康な有志が、５日間毎日１２５ｍｇの経口バンコマイシン、続いて漸増する単回用量、その後複数回用量のＶＥ３０３カプセルを受けた（総用量範囲１．６×１０９コロニー形成単位（ＣＦＵ）〜１．１×１０１１ＣＦＵ）。ＶＥ３０３関連の有害事象（ＡＥ）は、ＨＶの３５％で観察され、ほとんどが胃腸系であり、すべてグレード１かつ一過性であった。ＶＥ３０３株による定着は、豊富で、耐久性があり（２４週目に検出）、用量依存的であった。ＶＥ３０３は１０〜１００倍に急速に拡大し、各株は投薬後２日以内に検出可能であった。ＶＥ３０３により、バンコマイシン治療後の対象の微生物叢及び代謝回復が強化された。バンコマイシン単独コホート（Ｎ＝５）と比較した場合、ＶＥ３０３により、有益な分類群（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）の早期かつより完全な回復、炎症性分類群（例えば、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）の減少、ならびに二次ＢＡ及びＳＣＦＡプールの回復が生じた（例えば、図４２を参照されたい）。
合理的に設計された微生物コンソーシアムであるＶＥ３０３は、安全で忍容性が良好であり、用量依存的な様式で、抗生物質誘発性腸内毒素症後の微生物叢組成を効率的に回復した。ＶＥ３０３は、微生物叢の組成、胆汁酸、及びＳＣＦＡプールを含む、応答の主要なＰＤマーカーの早期回復と関連付けられる。ｒＣＤＩの防止のためのＶＥ３０３の第２相試験が進行中である（ＮＣＴ０３７８８４３４）。
実施例９：定義された細菌コンソーシアムの株定着及び抗生物質曝露後の健康な有志の微生物叢の回復の評価
ヒトの腸内微生物叢の改変は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）のような日和見病原体による感染と関連付けられる。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染の再発率の低下は、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）により示されているが、ＦＭＴには特有のリスク及び変動性がある。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ再発（ｒＣＤＩ）の予防のための生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）であるＶＥ３０３は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩに属する８つの精製されたクローン性株からなる合理的に定義された細菌コンソーシアムである。本株は、健康な有志の糞便物質から単離し、純粋培養物として保管し、ｃＧＭＰ条件下で製造したものである。第１ａ／１ｂ相試験を健康な有志（ＨＶ、Ｎ＝３８）において実施し、その一次転帰は、ＶＥ３０３の安全性及び忍容性の評価、ならびに第２相試験で再発性ＣＤＩ（ｒＣＤＩ）に対する有効性を試験するための用量を決定することであった。二次転帰は、ＶＥ３０３の薬物動態（ＰＫ）及び薬力学（ＰＤ）を定義することであった。
漸増用量のＶＥ３０３を、５日間にわたる経口バンコマイシンと併せてまたは併せずに、３３人の健康な有志（ＨＶ）に投与した。５日間にわたる単独経口バンコマイシン（ｖａｎｃｏ）を５人のＨＶに投与した。糞便試料を最大１年間長期にわたって収集し、Ｉｌｌｕｍｉｎａプラットフォームでメタゲノム配列決定を行って、経時的なＶＥ３０３株の定着（薬物動態、ＰＫ）及びバンコマイシン曝露後の常在腸内微生物叢の回復（薬力学、ＰＤ）に対するその影響を定量化した。生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）ＶＥ３０３のメンバーを関連する内生微生物から区別することによってＶＥ３０３のＰＫを正確に特徴付けるために、各ＶＥ３０３株に固有のマーカー配列を利用する拡張性バイオインフォマティクス法を開発した。このツールにより、ＶＥ３０３投与後のヒト便試料中のＰＫ及びＰＤの正確な定量化が可能となった。バンコマイシン後のＶＥ３０３投与は、すべての用量レベルで、安全であり、忍容性が良好であった。ＶＥ３０３株の存在量が急速に増加した投薬条件を特定し、投与から最大１２か月後に検出した。ＶＥ３０３により、バンコマイシン後の腸内微生物叢の回復も強化され、このことは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ種の増加が加速し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少したことによって示された。
まとめると、これらのデータにより、合理的に定義された細菌コンソーシアムに基づくＬＢＰが、安全であり、腸に耐久的に定着することができ、抗生物質曝露後の常在微生物叢の回復を円滑にすることが、初めて示される。ｒＣＤＩ患者におけるＶＥ３０３の有効性を評価するための第２相試験が進行中である。
実施例１０：ＶＥ３０３とＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅとのｉｎ ｖｉｔｒｏ競合
細菌組成物を、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ増殖を抑制するそれらの能力について、ｉｎ ｖｉｔｒｏ混合培養競合アッセイによって評価した。Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ株６、ＶＥ３０３コンソーシアム、及びＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを含まないＶＥ３０３を、各々評価した。 Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓを陽性対照として使用した。
馬の血液を含むＥｇｇｅｒｔｈ−Ｇａｇｎｏｎ寒天プレート（ＥＧ＋ＨＢ）を標準的な手順に従って調製し、使用前に少なくとも６〜８時間嫌気性環境で還元した。液体ＢＨＩ培地は、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（カタログ番号２１１０５９、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、ＣＡ）から入手し、製造業者の指示に従って調製し、使用前に少なくとも１８〜２４時間嫌気性環境で還元した。タウロコール酸−サイクロセリン−セフォキシチン−フルクトース寒天（ＴＣＣＦＡ）プレートを、標準的な手順に従って調製し、使用前に少なくとも６〜８時間嫌気性環境で還元した。
実験で使用したＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）、ＡＴＣＣ ４３２５５株からのものである。
細菌株の各々を、嫌気性チャンバ内で４８〜７２時間、冷凍グリセロールストックからＥＧ＋ＨＢ寒天プレート上に打ち出した。単一コロニーを１０ｍＬのＢＨＩ培地に接種し、嫌気性チャンバ内３７℃で２４〜４８時間増殖させた。次に、混濁した培養物を０．１のＯＤに希釈し、嫌気性チャンバ内３７℃で２〜３時間増殖させた。指数増殖期培養物を希釈し、同等のＯＤで組み合わせた。
競合アッセイのために、ＶＥ３０３の株またはＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを含まないＶＥ３０３の株の各々をＯＤ６００に基づいて等量で混合して、０．１の最終コンソーシアムＯＤ６００に到達させた。単一株のＣ．ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ及びＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを、０．１のＯＤ６００で個々にＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅと直接競合するように調製した。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅのＯＤ６００は、混合培養競合実験の各々において、０．１であった。組み合わせた後、培養物を嫌気性チャンバにおいて３７℃で２〜３時間インキュベートし、次にＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ増殖に選択的なプレート（ＴＣＣＦＡプレート）でのＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ計数のために準備した。嫌気性チャンバの内部で、各競技培養物の１００μＬ試料を収集し、１：１０で連続希釈して、１×１０−６の最終希釈に到達させた。コロニー形成単位（ＣＦＵ）計数用プレートを、１×１０−４から１×１０−６の希釈物の各々を１００μＬ、無菌展開ループを使用してＴＣＣＦＡプレート上に展開させることによって調製した。ＴＣＣＦＡプレートを嫌気性チャンバにおいて３７℃で４８〜７２時間インキュベートした。
ＣＦＵの計数は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ単独対照及び競合実験の各々についてコロニーを手でカウントすることによって完了した。競合の効果を判断するために、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅのみと比較した場合の競合試料のＣＦＵの比率を計算し、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅのみのパーセンテージとして表して、これを１００％に設定した。結果を図４３に示す。Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ（ＶＥ３０３株６）及びＶＥ３０３は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの増殖を有意に抑制した。Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを含まないＶＥ３０３は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの増殖を抑制する効果が低かった。
実施例１１：正常で健康な有志における生きた生物学的製剤ＶＥ３０３の薬物動態及び薬力学
共生微生物の多様性の低下及び存在量の低下など、ヒトの腸における最近微生物叢の改変は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（先にＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅと称されている）のような日和見病原体による感染と関連付けられる。糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）などの多様な微生物叢を復元することを目的とした現在の微生物叢ベースの治療は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ再発率の低下を示している。しかしながら、ドナーからのほとんど特徴付けられていない糞便物質の大部分を移入することが必要となるＦＭＴ及び類似のアプローチは、性質として本質的に不定であり、定義が不十分であり、感染性病原体を伝染させる可能性がある。ＦＭＴの結果としての微生物叢の全体的な変化が報告されているが、投与された糞便微生物叢と結果として生じる微生物叢の変化との関連を測定することは実用的ではない。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ再発（ｒＣＤＩ）の防止のためにＶＥ３０３と呼ばれる生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）を開発した。ＶＥ３０３コンソーシアムは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍの８つのクローン性株からなる合理的に設計された治療薬である。これらの株は、健康な有志の糞便物質から単離し、十分に特徴付け、ＧＭＰ条件下で個々に増殖させたものである。健康な有志におけるＶＥ３０３の安全性、忍容性、及び定着を評価するために、第１ａ／１ｂ相用量漸増試験を開始し、進行中である。
また、生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）の薬物動態（ＰＫ）及び薬力学（ＰＤ）を決定するための新規のバイオインフォマティクス法が本明細書に記載され、株が耐久的及び堅牢にヒトの腸に定着する条件が示される。ＶＥ３０３株は、投与後に存在量が急速に増加し、コンソーシアムの投与の少なくとも１２週後に容易に検出される。株の定着には、抗生物質による事前治療及び１４日以上にわたるコンソーシアムの毎日の投与をとおした、関連する共生微生物の置換えが必要とされ、これはＦＭＴでは達成できないプロトコルである。抗生物質投与後の微生物叢回復の評価により、ＶＥ３０３投与がＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ種の回復を促進し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在を減少させたことが示された。加えて、ＶＥ３０３の投与は、多くの短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の回復、及び抗生物質後の一次胆汁酸のサブセットの二次胆汁酸への生体内変換を大幅に強化することが見出された。まとめると、これらのデータにより、ＬＢＰがＦＭＴの安全な代替手段であり、腸に耐久的に定着し、ヒトレシピエントの微生物叢を調節できることが初めて示される。
本明細書に記載の方法により、生きた微生物コンソーシアムに基づく療法のためのＰＫ及びＰＤの決定が可能になる。微生物コンソーシアムの安全性を確立し、ＰＫ及びＰＤ法を定義するために、正常で健康な有志（ＮＨＶ）における治験新薬（ＩＮＤ）の一部として第１相試験を実施した。ＶＥ３０３薬物製品は、医薬品適正製造基準（ＧＭＰ）の規制に準拠した標準化された拡張性のプロセスを使用して製造し、凍結乾燥形態で供給した。ＶＥ３０は、本明細書に記載されるように、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａの８つの十分に特徴付けられた、遺伝子操作されていない、クローン由来の、非病原性、毒素非産生性の共生株からなるＬＢＰである。ＶＥ３０３コンソーシアムは、ＣＤＩの再発を防止するために開発された。ＶＥ３０３コンソーシアムのＰＫ及びＰＤは、ＶＥ３０３株を内在近縁種から判別するために特別に設計された新規のバイオインフォマティクスアルゴリズムを使用して広範囲に調査した。さらに、ＶＥ３０３投薬レジメンは、健康な有志において最適化されているため、１年を通して持続するヒトの腸内でのＶＥ３０３株の安全で耐久性のある堅牢な定着を示す。ＶＥ３０３には、常在微生物群集の回復、ならびに抗生物質誘発性腸内毒素症後のＮＨＶにおける胆汁酸（ＢＡ）及び短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を含む代謝産物の部分的な回復を円滑にする能力もある。
再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａに属する細菌の存在の減少と関連付けられ、ＦＭＴはこの欠乏を復元すると報告されている。生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）ＶＥ３０３は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａからの５株、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＩＶからの２株、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ＸＶＩＩからの１株を含む、８つの十分に特徴付けられた、クローン由来の、非病原性、毒素非産生性のＣｌｏｓｔｒｉｄｉａの共生株のコンソーシアムである。これらの株は、元は健康なヒトドナーの便に由来した。ＶＥ３０３ ＬＢＰは、ＶＥ３０３が酢酸塩及び酪酸を含むＳＣＦＡを産生し、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏ両方のマウスモデルにおいてＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの増殖を抑制するので、５０個超の株を含むコンソーシアム含む共生Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａの他のＬＢＰと比較して、優れた再現性の保護を示す。ＶＥ３０３コンソーシアムを、適正製造基準を使用して製造し、８つの株の凍結乾燥混合物を含むカプセルに製剤化した。ＶＥ３０３コンソーシアム内の個々の菌株は、ヒト腸内の本来の状態と比べて、いかようにも操作も修正もしていない。
バンコマイシン（ｖａｎｃｏ）誘発性腸内毒素症後の正常で健康な成人有志（ＮＨＶ）におけるＶＥ３０３の安全性及び忍容性を評価するために、ヒト初回第１相用量漸増試験を設計した。主要目的は、身体検査、バイタルサインの評価、及び臨床検査測定値の変化に基づいて、ＧＩ症状を含む有害事象（ＡＥ）を評価することにより、ＶＥ３０３の最も安全で忍容性の良好な投薬レジメンを特徴付けることであった。副次的目的には、ＶＥ３０３成分細菌による腸内微生物叢の定着、ＶＥ３０３投薬の結果としての腸内微生物叢の変化、及び便のメタボロミクス変化の評価を含めた。
健康な有志（Ｎ＝３３）を試験に登録し（ベースライン特性は表４）、経口バンコマイシン（５日間毎日（ＱＩＤ）１２５ｍｇ）もしくはバンコマイシン及び続いての漸増用量のＶＥ３０３のいずれか、またはバンコマイシン前治療なしの最高用量のＶＥ３０３（総用量範囲１．６×１０９〜１．１×１０１１ＣＦＵ）を与えた（図４４）。対象の素因を表４に示す。本試験では、対象の８５％で有害事象が観察された（詳細については表５Ａ及び表５Ｂを参照）。バンコマイシンまたはＶＥ３０３のいずれかに起因する有害事象（ＡＥ）が、バンコマイシン治療を受けた対象の５０％、ＶＥ３０３治療を受けた対象の３５％で観察された。ＶＥ３０３関連のＡＥはすべてグレード１で一過性ものであった。これらのＡＥのほとんどは性質として胃腸系であり、腹部膨満、下痢、軟便、アラニンアミノトランスフェラーゼ／アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ／ＡＳＴ）の増加、変色した便または硬便、便秘、腹部不快感または腹痛、味覚障害、悪心、及び鼓腸が含まれた（詳細については表６を参照）。最も一般的なグレード２〜３の検査所見異常は、コレステロールの増加、血尿、ならびにリパーゼ及びアミラーゼの増加であった。
ＶＥ３０３薬物製品中の未修飾株を検出すること、及びそれらを便中の関連する内在株と区別することは、特に８つすべての株がそれらの最近縁種と９８％超の平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ）を共有することから、ヒト腸内のＶＥ３０３薬物動態（ＰＫ）を正確に決定する上で大きな障害となった（表３）。それを理由に、ＶＥ３０３コンソーシアムメンバー株を関連性の高い内在分類群から区別することを可能にする新規のバイオインフォマティクス法を開発した（「方法」に記載）。簡潔に言うと、便メタゲノムにおけるＶＥ３０３株の検出には、固有の５０塩基対（ｂｐ）ゲノムマーカー、マーカー回復の深度の評価（任意のマーカーに一致する配列リードの数を各株に対するマーカーの総数で割ったもの）、及びマーカー回復のカバレージ（一致するリードが１以上であるマーカーの数を各株に対するマーカーの総数で割ったもの）を利用した。平均マーカー深度が０．１×を超え、検出されたマーカーのカバレージが、多項分布から予想される平均を２標準偏差下回る最小閾値（マーカーのドロップアウトを見越して２５％のゼロインフレーションにて）を超えた場合に、株が「検出」されたとみなした。０．１×の平均マーカー深度閾値は８つすべての株で標準であったが、ＶＥ３０３を投与した対象と投与しなかった対象とを比較することにより株検出事象を事後的に評価して、信頼性を高めた。株を、信頼性の低いマーカーカバレージまたは深度閾値に基づいて、「可能性あり」、「データ不十分」、または「検出せず」と決定した（「方法」を参照）。各株の存在量及び常在細菌分類群の存在量を、Ｏｎｅ Ｃｏｄｅｘソフトウェア（ｏｎｅｃｏｄｅｘ．ｃｏｍ）と、健康なヒトの便試料からの細菌分離株に対応する細菌ゲノムと組み合わせたＯｎｅＣｏｄｅｘによって組み立てられたゲノムの独自データベースとを使用して決定した。
表３：ＶＥ３０３コンソーシアムメンバー
Figure 2022500489
便試料を健康な有志各々について長期にわたって収集して、ベースラインの微生物叢組成、バンコマイシン投与後の微生物叢、ならびにＬＢＰ投与後のＶＥ３０３コンソーシアムメンバーの普及率及び存在量をメタゲノミクス配列決定により決定した（図４９）。各便試料を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑプラットフォームにおいて４ギガベースを超える標的深度で配列決定し、ＶＥ３０３株のＰＫを決定した。ＶＥ３０３株は、ベースライン時点の一部の対象と、８週目及び１２週目のバンコマイシンコホートとにおいて、低い存在量で検出された（図５０）。バンコマイシンコホート及びＶＥ３０３コホートにおける「検出」株の平均マーカー深度及びマーカーの割合の比較により、バンコマイシンコホートで検出された株は、ゲノムカバレッジが低下し、ＶＥ３０３株の近縁種である可能性が高いことが示された（図５１）。ＶＥ３０３を投与した対象で検出された株は、検出されたマーカーの割合が有意に高く、より深度が大きかった。
バンコマイシンの投与は、一次胆汁酸から二次胆汁酸への生体内変換、及び短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生に不可欠な細菌を排除または減少させることが知られている。したがって、健康な微生物群集の回復を促進するＶＥ３０３の能力及びその代謝状態を検査した。バンコマイシンの投与により、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａ種の存在量が検出不能レベルに減少した。これらの際立った特徴により、検出された株がＬＢＰコンソーシアムメンバーであり近縁種ではない可能性が高いことに起因して、ＶＥ３０３を投与した対象におけるコンソーシアムメンバー株のＰＫを決定することが可能になった。バンコマイシン投与後にＶＥ３０３を投与した対象（コホート１〜５）では、ＶＥ３０３の細菌株がＶＥ３０３投与後最初の２４〜４８時間以内に迅速に検出され、その後、存在量を増加させて、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及びＸＩＶａ陥凹部を占有した（図４５Ｂ）。バンコマイシン及びＶＥ３０３の単回用量（コホート１〜３）の後、１０日目（ＶＥ３０３の開始から４日後）に株の３７．５％〜７５％の中央値が検出された（図４５Ａ）。ＶＥ３０３の単回用量を受けた個人間でかなりのばらつきがあったものの、ＬＢＰ成分株がすべての対象においてＶＥ３０３投与の直後に検出された。とりわけ、コホート１の対象０５９で８つすべての株が検出され、好ましい微生物叢条件下では単回の低用量のＶＥ３０３でも堅牢な定着が達成可能であることが示唆された（図５０）。単回の漸増用量コホート（コホート１〜３）の間で検出されたＶＥ３０３株の数に用量応答はなかったが、微生物叢の状態はコホート１の対象において最も好ましいようであり、これは、これらの対象における総ＶＥ３０３株存在量がコホート２及びコホート３と比較してより大きかったことによって示される。
単回用量コホートと比較して、バンコマイシン治療後の複数日のＶＥ３０３投与（コホート４〜５）により、より堅牢で一貫した株検出がもたらされた。１０日目に検出されたＶＥ３０３株の比率の中央値は、８０〜１００％であり（図４５Ａ）、コホート４の６人の対象のうち５人、及びコホート５の８人の対象のうち７人において、２時点以上でＶＥ３０３コンソーシアムの全メンバーが定着した（図５０）。ＶＥ３０３株の総存在量は、コホート５において初期（急性）と後期との両方の時点で最も高く、複数日のＬＢＰ投与により、最も堅牢で耐久性のあるＰＫが達成されたことが示された。このデータにより、複数日のＶＥ３０３投与にもかかわらず、バンコマイシン投与がＶＥ３０３株による健康な有志への定着を可能にしたことが示され（図４５、コホート６）、常在Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ株がＶＥ３０３株定着を制限したことが示唆された。
重要なことに、バンコマイシンを使用して細菌の多様性を減少させ、ＶＥ３０３を複数日にわたって投与した場合、ＬＢＰ株は、少なくとも１２週間、迅速、堅牢、かつ耐久的に、対象に定着することができた。定着が最大であったコホート（コホート１、４、及び５）では、ＶＥ３０３の投薬開始から最初の数日以内に、ＶＥ３０３株の相対的存在量が全微生物叢の約５〜１０％に拡大し（図４５Ｂ）、１人の対象においては全微生物叢の６０％以上に達した（図５１）。この最初の拡大後、ＶＥ３０３株の相対的存在量は微生物叢の１〜５％に減少したが、少なくとも１２週間は安定したままであった。臨床観察と併せたこれらのデータにより、最適な微生物叢及び投薬条件下で、ＶＥ３０３コンソーシアム株が安全であり、ヒトの腸に堅牢かつ耐久的に定着できることが明確に示される。
ベースライン時、バンコマイシン投与後、及びＶＥ３０３株の存在下と非存在下との両方での回復期中に収集したショットガンメタゲノミクスデータを使用して、健康な有志における便微生物叢の動態、及び抗生物質誘発性腸内毒素症からの回復におけるＶＥ３０３の役割を評価した。予想通り、ベースラインの微生物叢は多様性が高く（図５２）、すべての対象でＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ種が優勢であった。バンコマイシン投与により、細菌バイオマス（図５４）及び多様性（図５３）が大幅に減少し、微生物叢の組成に転換がもたらされ、これは、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの減少、ならびにＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの拡大によって示される（図４６Ａ）。とりわけ、健康な有志のバンコマイシン後の微生物群集は、ｒＣＤＩ対象の群集２（及び未公開の観察）に似ていた。バンコマイシンのみを与えた健康な有志の微生物群集は、抗生物質を与えてから１か月以内にＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ種のベースラインレベルに回復し（図４６Ａ）、微生物叢の多様性は１２週間以内に部分的に回復した（図５３）。これらの群集レベルの観察は、臨床的安全性の観察と一貫している。Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ種のベースラインレベルへの回復は、高用量のＶＥ３０３を与えた対象において１週間以内に生じた（図４６Ａ及び図４６Ｃ）。バンコマイシンの非存在下では、有意な微生物群集の変化は観察されなかった（図４６Ａ、コホート６）。
全体的な微生物叢の健康を定量化するために、ベースラインで優勢であった細菌クラス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）と、バンコマイシン後に優勢であり、疾患と関連付けられる場合が多い細菌クラス（Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＮｅｇａｔｉｖｉｃｕｔｅｓ）との比率を計算した（図５４）（ｒｅｂｉｏｔｉｘ．ｃｏｍ／ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ−ｅｖｉｄｅｎｃｅ／ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ−ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ−ｔｈｅｒａｐｙ−ｐｏｓｔｅｒｓ／ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ−ｒｅｈａｂｉｌｉｔａｔｉｏｎ−ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ−ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ−ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ−ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ−ｐｒｏｔｏｔｙｐｅ−ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ−ｈｅａｌｔｈ−ｉｎｄｅｘ／）。この「微生物叢指数」（ＭＩ）は、ベースラインで高く、バンコマイシン投与によって有意に減少し、バンコマイシンのみを受けた対象において１か月以内にベースラインレベルに回復した（図４６Ｂ）。しかしながら、ＶＥ３０３を受けた対象では、ＭＩはＬＢＰ投与を開始してから１週間以内に増加し、このＭＩの増加は、用量依存的であった（図４６Ｄ）。バンコマイシン事前治療の非存在下でＶＥ３０３を受けた対象ではＭＩの変化は観察されず（図４６Ｂ）、これは臨床的安全性の結果と一致する。これらのデータにより、ＶＥ３０３が、腸に迅速に定着するだけでなく、微生物群集の部分的な回復を促進できることが示唆され、これにより、抗生物質療法後、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅのような病原体に対する耐性が増強され得ることが示唆される。
バンコマイシンが胆汁酸濃度に与える影響を決定し、ＶＥ３０３の薬力学を測定するために、一次及び二次胆汁酸濃度を、ベースライン時、バンコマイシン投与中、及びＶＥ３０３を投与した場合としなかった場合とのバンコマイシン後の回復期における対象の便中で測定した（表６）。試料収集の困難により、代謝産物プロファイリングは、すべてのコホートでバンコマイシン後の急性（初期）回復期間に限定された。胆汁酸は伝統的に脂肪の消化に重要であると考えられているが、二次胆汁酸が腸の健康を促進し、ＣＤＩを阻害する上で幅広い役割を担っている証拠が増えている。一次胆汁酸（コール酸及びケノデオキシコール酸）ならびにグリシン及びタウリン共役型（グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、及びタウロケノデオキシコール酸）は、ベースライン時に低濃度で検出され、便中の総胆汁酸プールのごく一部を構成する（図４７Ａ及び図５７）。ベースライン時の胆汁酸プールの大部分は、脱共役した二次胆汁酸（デオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸）からなった。二次胆汁酸のグリシン及びタウリン共役型（グリコデオキシコール酸、タウロデオキシコール酸、グリコリトコール酸、タウロリトコール酸、グリコウルソデオキシコール酸、及びタウロウルソデオキシコール酸）のベースラインレベルは低かった。バンコマイシン治療により、一次胆汁酸の割合の増加、及び脱共役した二次胆汁酸の減少が生じた。この観察結果は、一次胆汁酸の脱共役及び生体内変換を促進することができる細菌種のバンコマイシンを介した減少と一致する。バンコマイシン治療後、及び微生物群集が回復するにつれて、バンコマイシンのみを受けた対象の胆汁酸プールにおける回復の極めて初期の兆候が観察される。この回復は、最終試料を収集した９日目には不完全であった。
胆汁酸の全体的な変化を定量化するために、脱共役した二次胆汁酸（ベースライン時に優勢）と一次胆汁酸（バンコマイシンによって上昇）との比率を計算した。この「胆汁酸指数」（ＢＡＩ）は、ベースライン時に高く、その後バンコマイシン投与によって劇的に減少し、バンコマイシンのみを受けた対象における回復の極めて早期の兆候を示した（図４７Ｂ）。しかしながら、ＶＥ３０３の複数回用量を受けた対象（コホート４及びコホート５）では、ＶＥ３０３投与の１〜２週間以内にＢＡＩが増加した（図４７Ｂ）。全体的な胆汁酸プロファイル（図４７Ａ）またはＢＡＩ（図４７Ｂ）の変化は、ＶＥ３０３のみを受けた対象では観察されなかった。これらのデータは、より高い用量のＶＥ３０３が胆汁酸プールの早期回復を促進できることを示唆する。
胆汁酸の存在量がバンコマイシンによって改変されたかどうか、及び総ＶＥ３０３存在量がそれらの抗生物質後の動態に著しく影響したかどうかを試験するために、線形混合効果モデリングを開発した。各個々の一次胆汁酸を見ると、抗生物質の投与により、その存在量が抗生物質前と比較して有意に増加し、一方で、ＶＥ３０３の総存在量は、大部分の一次胆汁酸（タウロコール酸及びタウロデオキシコール酸以外すべて）のレベルの有意な減少を予見することが見出された（表７Ａ及び表７Ｂ）。対照的に、バンコマイシン治療により、ＢＡＩ依存性７ａ脱ヒドロキシル化二次胆汁酸、リトコール酸、及びデオキシコール酸のレベルが有意に減少したことが見出され、一方で、総ＶＥ３０３存在量により、バンコマイシン投与後のその回復が強化されることが見出された。加えて、バンコマイシンはウルソデオキシコール酸に著しく影響しないようではあったが、ＶＥ３０３は、抗生物質治療後のその存在量を大幅に強化することが見出された。
個々のＶＥ３０３コンソーシアムメンバー及び在細菌種がバンコマイシン投与後の胆汁酸動態に与える影響を、ランダムフォレスト回帰（ＲＦＲ）によって切り離した。ＲＦＲを選択したのは、これがいずれの基礎となるモデル構造も想定しておらず、かつ陰的特徴選択を行うため、可能性のある予測因子の大型プールから各代謝産物の存在量に対する最良の寄与因子を検出することを可能にすることに起因する（図４７Ｃ）。ＲＦＲにより、ＶＥ３０３株のいくつかが、胆汁酸動態に影響を与える上位２０個の最も重要な種に入ることが特定された（図４７Ｄ）。具体的には、一次胆汁酸（共役型と非共役型との両方）は、バンコマイシン離脱後、時間の経過とともに徐々に存在量が減少し、ＲＦＲにより、ＶＥ３０３種が、この衰退と関連付けられる上位２０個の重要な種のうちの１つであることが示された（図４７Ｄ、図５５）。さらに、ＲＦＲにより、ＶＥ３０３種が、観察された二次胆汁酸の増加と関連付けられることが示された（図４７Ｄ、図５５）。ＶＥ３０３の役割は、ケノデオキシコール酸のエピマー化反応の副産物であるウルソデオキシコール酸（ウルソジオールとも称される）の回復においてより一貫していた。
微生物叢産生短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）は、腸バリア機能を促進することにより腸において、及び抗炎症、抗腫瘍形成、及び抗菌機能を提供することにより末梢組織において、宿主の生理学にプラスの影響を与えることが知られている。ＳＣＦＡレベル及びＳＣＦＡ産生細菌の存在量の減少は、代謝性疾患、心血管疾患（例えば、Ｃｈａｍｂｅｒｓ ｅｔ ｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｒｅｐｏｒｔｓ（２０１８）７（４），１９８−２０６参照）、ＮＡＦＬＤ（例えば、Ｒａｕ ｅｔ ａｌ，Ｕｎｉｔｅｄ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ Ｊｏｕｒｎａｌ（２０１８）Ｄｅｃ ６（１０），１４９６参照）、ＩＢＤ（例えば、Ｖｅｎｅｇａｓ ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １１ Ｍａｒｃｈ ２０１９参照）、ＧｖＨＤ（Ｍａｔｔｈｅｗｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２０１６）Ｍａｙ １７（５）５０５−５１３）、及び食物アレルギー（例えば、Ｒｏｄｕｉｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｌｌｅｒｇｙ（２０１９），Ａｐｒｉｌ ７４（４）７９９参照）を含む多数の疾患のリスク増加と関連付けられている。
バンコマイシン及びＶＥ３０３がＳＣＦＡ濃度に与える効果を決定するために、ＳＣＦＡを、ベースライン時、バンコマイシン投与中、及びＶＥ３０３ありの場合となしの場合とのバンコマイシン後の回復期中の対象の便において測定した（表６、図４８Ａ）。線形混合効果モデリングを行って、ＳＣＦＡがバンコマイシンによって改変されたかどうか、及び総ＶＥ３０３存在量がそれらの抗生物質後の動態に著しく影響したかどうかを試験した（図８Ａ及び図８Ｂ）。測定したすべてのＳＣＦＡレベル（ヘキサン酸塩を除く）は、バンコマイシン治療によって低下し、ＶＥ３０３の非存在下で抗生物質投与前のレベルを下回ったままであった。さらに重要なことに、バンコマイシンの影響を受けたすべてのＳＣＦＡレベルがＶＥ３０３投与に応答して有意に増加することも見出され、これにより、ＳＣＦＡ回復におけるＶＥ３０３の有益な効果が示唆される。
ＶＥ３０３の効果を、ＳＣＦＡの抗生物質後動態に対する回復中の微生物叢の効果から切り離すために、ランダムフォレスト回帰（ＲＦＲ）を再度行った。予想通り、ＲＦＲにより、ＶＥ３０３株のうちのいくつかが、ＳＣＦＡレベル動態と関連付けられる上位２０個の最も重要な種に入ることが特定され、さまざまなＶＥ３０３株が、酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、イソ酪酸塩、メチル酪酸塩、及びイソ吉草酸塩のレベルの増加と関連付けられることが予測された（図４８Ｃ、図５６）。これらのデータを総合すると、ＶＥ３０３は抗生物質による攪乱の後のＳＣＦＡの回復に影響を与えるだけでなく、観察された回復の主要な要因であることが示唆される。
ＶＥ３０３は、ＣＤＩの再発を防止するために開発したものであり、その株の安全で堅牢かつ耐久的な定着を示した。特定の理論に制限されるものではないが、ＶＥ３０３が治療効果を達成する予測される機序を図６１に例解する。ＶＥ３０３の最高安全用量を含む最適な投薬レジメンも決定した。抗生物質を介した宿主微生物叢の攪乱がＶＥ３０３による定着に必要であることをさらに確立した。
加えて、ＬＢＰ株の定着及び耐久性、ならびに宿主微生物群集の変化をモニタリングするために、薬物動態（ＰＫ）及び薬力学（ＰＤ）法を開発した。これらの画期的方法は、今後のＬＢＰをモニタリングするために利用され得る（図６０）。さらに、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の投与後の、短鎖脂肪酸及び胆汁酸を含む微生物群集及び代謝産物プールの回復をモニタリングすることを可能にする方法を開発した。
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方法
株ゲノム及び便メタゲノム配列決定
ＶＥ３０３細菌ｇＤＮＡを、ＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームとＰａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓプラットフォームとの両方で配列決定した。Ｉｌｌｕｍｉｎａライブラリは、ＴｒｕＳｅｑ ＤＮＡ ＰＣＲ−Ｆｒｅｅ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐを使用して構築し、ＭｉＳｅｑシーケンサーで配列決定した。ＶＥ３０３株の各々のＰａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（ＰａｃＢｉｏ）ライブラリは、ＳＭＲＴｂｅｌｌ Ｔｅｍｐｌａｔｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎキットを使用して調製し、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍａｒｙｌａｎｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ，ＵＳＡ）において、ＲＳ ＩＩ（Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ）で配列決定した。ＶＥ３０３ゲノムアセンブリは、ＨＧＡＰ Ａｓｓｅｍｂｌｅｒ（ＳＭＲＴＡｎａｌｙｓｉｓ ２．３．０）及びＣｅｌｅｒａ Ａｓｓｅｍｂｌｅｒ ｖ．８．２３を使用するＰａｃＢｉｏ配列を使用して生成し、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍａｒｙｌａｎｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓのバイオインフォマティクスコアによって品質が評価された。便試料を新鮮な状態で収集し、およそ２５０ｍｇをＯＭＮＩｇｅｎｅ−ＧＵＴチューブ（ＤＮＡｇｅｎｏｔｅｋ，Ｏｔｔａｗａ，ＣＡＮ）に移し、製造業者の指示に従って保存緩衝液に再懸濁した。次に、保存した便懸濁液を抽出し、標準的な操作手順を使用してＤＮＡｇｅｎｏｔｅｋにてＩｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑプラットフォームで配列決定した。
株検出アルゴリズムの確立
ＶＥ３０３生物の各々に固有のゲノム領域を、１）Ｏｎｅ Ｃｏｄｅｘ微生物ゲノムデータベースに存在しない各ＶＥ３０３株ゲノムについて重複するｋ−ｍｅｒ（ｋ＝３１ｂｐ）の候補セットを特定し、２）Ｏｎｅ Ｃｏｄｅｘデータベース中のいずれの他の参照ゲノムにも見られず、いずれの他のＶＥ３０３株ゲノムにも見られず、かつ他の候補ゲノム領域を有する１７ｂｐの部分配列を共有しなかった、固有のゲノム領域（５０塩基対（ｂｐ）ウィンドウ）の最終セットを特定することによって、特定した。ＶＥ３０３株あたり１，５３９〜１０，８４７の範囲で、合計４３，９５５個のゲノム領域がこれらの基準を満たした。この最初のゲノム領域のセットを、２４９個の健康なヒト便メタゲノム配列決定データセットで検出された領域、及びＶＥ３０３株の純粋培養物からの全ゲノムショットガン配列データセットにおいて低率で回収されたいずれの領域も除外することによって、さらに精緻化した。この排他性試験ステップに続いて、ＶＥ３０３株あたり２６０〜７，２８２の範囲で、１４，３１９個のゲノムマーカーの最終セットを特定した（図６３）。Ｉｌｌｕｍｉｎａ全ゲノムメタゲノム配列決定データセットからのＶＥ３０３株の検出は、固有のゲノムマーカー領域に依存した。５０ｂｐのゲノム領域の各々は、全ゲノムメタゲノム配列決定プロセスをとおして生成された配列断片（「リード」）よりも短い。したがって、固有のゲノム領域は、メタゲノムリードのうちのいずれかのなかの部分配列として検出された。１）配列断片が標的ゲノム領域に対して１７ｂｐ以上の少なくとも１つの完全なアラインメントを含んだ場合、及び２）５０ｂｐのゲノム領域全体が３つ以下のミスマッチで配列断片に対してアラインメントした場合、固有のゲノム領域が検出されたとみなした。正確な１７ｂｐのアラインメントの検出を、ｋ−ｍｅｒアラインメントアプローチを使用して実行した。５０ｂｐゲノム配列全体の高感度アラインメントを、ＢｉｏＰｙｔｈｏｎ４に実装した一対アラインメントモジュールを使用して実施した。これらの基準を満たすリードが入力データセットに少なくとも１つある場合に、標的ゲノム領域の各々が存在するとみなした。
各患者試料における各ＶＥ３０３株の有無を、検出された固有のゲノムマーカーの数、及び各マーカーの相対的存在量を分析することによって決定した（図６２）。各ＶＥ３０３株を検出するために、２つの主要なメトリック、１）マーカー回復の深度：いずれかのマーカーに一致する配列断片の数をマーカーの総数で割ったものと、２）マーカー回復のカバレージ：一致する配列断片が１つ以上あるマーカーの数をマーカーの総数で割ったものとを使用した。各ＶＥ３０３株の検出は以下のように決定した。
●平均マーカー深度が０．１×を超え、多項分布から予想される平均を２標準偏差下回る最小閾値（マーカーのドロップアウトを見越して２５％のゼロインフレーションにて）を超えた場合、「検出」。
●平均マーカー深度が０．１×を超え、検出されたマーカーのカバレージが平均を２〜４標準偏差下回る場合、「可能性あり」。
●平均マーカー深度が０．０１×〜０．１×にある場合、「データ不十分」。
●平均マーカー深度が０．０１×を超えなかった場合、またはマーカーの数が予想平均を４標準偏差未満下回る場合、「検出せず」。
これらの方法は、１）ＤＮＡ抽出及びメタゲノム配列分析の前に漸増するコロニー形成単位（ＣＦＵ）の各ＶＥ３０３株でスパイクしたヒト便試料、及び２）ＶＥ３０３株ゲノムを、元の宿主ドナーの便において検出し、無関係の対照便試料では検出しない能力という２つのアプローチを使用して、各ＶＥ３０３株を堅牢かつ特異的に検出するために決定したものである。
細菌群集の存在量及び微生物叢指数
微生物群集（ＶＥ３０３株を含む）における細菌種の推定相対的存在量を、ヒト宿主にマッピングされるリードを除去した後、質でフィルタリングしたメタゲノム配列リードから、標準的なＯｎｅＣｏｄｅｘアルゴリズムを使用して決定した。より高い分類レベル（例えば、門または綱レベル）で、相対的存在量を、所望の分類レベルで割り当てられた配列リード（加えて、以下で割り当てられたすべてのリード）と割り当てられたリードの総数との割合として、各試料について計算した。次に、微生物群集の各種のＤＮＡの絶対的存在量を、以下の式（３）に従って計算した。
Figure 2022500489
この式では、ＲＡは、細菌分類群の推定相対的存在量に等しい。ＤＮＡｕｇは、総ＤＮＡ収量である。便ｍｇは、収集した便の質量である（Ｏｍｎｉｇｅｎｅ腸チューブの最終質量−Ｏｍｎｉｇｅｎｅ腸チューブの平均重量）。ＶＢは、Ｏｍｎｉｇｅｎｅ腸チューブ内の緩衝液の量である。Ｖｓは、ＤＮＡ抽出物中の試料の量である。
微生物叢指数を、前述のように、各メタゲノム試料における配列の綱レベルの相対的存在量を使用して、式（４）に従って計算した（ｒｅｂｉｏｔｉｘ．ｃｏｍ／ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ−ｅｖｉｄｅｎｃｅ／ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ−ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ−ｔｈｅｒａｐｙ−ｐｏｓｔｅｒｓ／ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ−ｒｅｈａｂｉｌｉｔａｔｉｏｎ−ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ−ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ−ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ−ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ−ｐｒｏｔｏｔｙｐｅ−ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ−ｈｅａｌｔｈ−ｉｎｄｅｘ／）。
Figure 2022500489

Figure 2022500489
総ＶＥ３０３存在量によって大きく影響を受ける分析物を決定するための線形混合効果モデリング
式（６）に従い、さまざまな分析物（胆汁酸及び短鎖脂肪酸）がどのようにＶＥ３０３投与の影響を受けるのかを特定するために、線形混合効果モデリングを実施した。
Figure 2022500489
ここで、分析物は、ある特定の時点（日）のある特定の個人におけるＳＣＦＡまたはＢＡで測定した密度に対応し、治療は、測定値が、バンコマイシン治療前、バンコマイシン治療中、またはバンコマイシン治療後に取得されるのかを説明するためのカテゴリ変数であり、ｖｅ３０３は、バンコマイシン投与後のある特定の試料におけるＶＥ３０３の総存在量（ＤＮＡ μｇ／便ｍｇ）に対応する。治療には、バンコマイシン前試料をベースラインとして使用する。データはさまざまなコホートに細分されたさまざまな患者からの繰り返しの試料であるため、患者ＩＤ（ｐＩＤ）／コホートＩＤをネスト変量効果として使用する。治療：バンコマイシン中と関連付けられたｐ値が０．０５未満である代謝産物は、バンコマイシン治療の影響が大きいとみなされる。治療：バンコマイシン後と関連付けられたｐ値が０．０５未満である代謝産物は、治療後及びＶＥ３０３の非存在下（例えば、バンコマイシン単独コホート）でバンコマイシンの影響が大きいとみなされる。ｖｅ３０３と関連付けられたｐ値が０．０５未満である代謝産物は、治療後の総ＶＥ３０３存在量の影響が大きい。
ＶＥ３０３投与後の代謝産物動態に対するＶＥ３０３及び回復中の微生物叢の効果を切り離すためのランダムフォレスト回帰
ＳＣＦＡ及びＢＡのバンコマイシン後の動態へのさまざまなＶＥ３０３株の寄与を決定するため、ならびにＶＥ３０３株のこれらの代謝産物への効果を、回復中の常在微生物の効果から切り離すために、ランダムフォレスト回帰（ＲＦＲ）を実施して、各代謝産物の存在量を、常在細菌の存在量及びＶＥ３０３存在量の関数として予測した（図５８及び図５９）。データの反復サンプリング性質に対処するために、以前に検証されているアプローチを採用し（Ｈａｒａｎ ＪＰ，Ｂｈａｔｔａｒａｉ ＳＫ，Ｆｏｌｅｙ ＳＥ，Ｄｕｔｔａ Ｐ，Ｗａｒｄ ＤＶ，Ｂｕｃｃｉ Ｖ，ＭｃＣｏｒｍｉｃｋ ＢＡ．（２０１９）Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｄｙｓｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ａｎｔｉ−ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｐａｔｈｗａｙ．ｍＢｉｏ １０：ｅ００６３２−１９参照）、ここでは、ランダムに選択された試料の１００個の異なるサブセットに対してＲＦＲを実行し（個人あたり１つの試料を選択した後）、３０個の異なる乱数シードから開始して繰り返す。微生物（常在細菌とＶＥ３０３との両方）を、３０×１００のＲＦＲ実現にわたって並べ替えた重要度変数値に基づいてランク付けした。すべての上位の重要性上位の予測因子について、累積局所効果（ＡＬＥ）プロットを生成して、各代謝産物が微生物の特徴量の変化によってどのように影響を受けるかを決定した。回帰直線を両対数変換したＡＬＥプロットに適合させ、結果をこれらの推定係数のクラスター化したヒートマップとして要約する。
一次胆汁酸を生体内変換する能力を有する細菌を特定するための相互ＢＬＡＳＴ分析
一次ＢＡから二次ＢＡへの生体内変換は、胃腸（ＧＩ）内微生物叢の複数のメンバーによる協調的な努力を必要とする「群集任務」であることが最近特定された。ゲノムデータセットを使用して、リトコール酸（ＬＣＡ）及びデオキシコール（ＤＣＡ）誘導物質として特定された共生常在細菌の二次胆汁酸遺伝子と、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）誘導物質として特定されたＶＥ３０３株とを特定し、回復した微生物叢の代謝能力をさらに調査した。共生生物については、ＯｎｅＣｏｄｅｘデータベースまたはＮＣＢＩ Ｔａｘｏｎｏｍｙデータベースから代表的なゲノムをダウンロードした。ＢＬＡＳＴ Ｒｅｃｉｐｒｏｃａｌ Ｂｅｓｔ Ｈｉｔｓ（ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１８６／ｓ１３７４２−０１５−００８０−７）を使用して、共生ゲノム、ＶＥ３０３ゲノム、及び胆汁酸（ＢＡ）変換を実行することが知られている細菌のゲノム（陽性対照）（Ｈｅｉｎｋｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ（２０１９）７（１）：７５）を、二次胆汁酸生合成タンパク質の参照データベースに対してマッピングした。このデータベースは、Ｈｅｉｎｋｅｎらが述べたパラメータを使用してＵＮＩＰＲＯＴから社内で構築した。構築したデータベースに対するこれらのゲノムからのヒットを類似性ヒートマップとして示す（図５８）。
表４：定着した対象の率
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表５Ａ：ＶＥ３０３株存在量の中央値
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表５Ｂ：ＶＥ３０３株存在量の中央値
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表６：ＳＣＦＡ及びＢＡについて分析した便試料（Ｎ）
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表７Ａ：胆汁酸ＬＭＥの結果
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表７Ｂ：胆汁酸ＬＭＥの結果
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表８Ａ：ＳＣＦＡ ＬＭＥの結果
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表８Ｂ：ＳＣＦＡ ＬＭＥの結果
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実施例１２：正常で健康な有志における生きた微生物コンソーシアムの生着を評価するための新しい方法
多様性の減少及び共生生物の存在量の低下などのヒト腸内の細菌微生物叢の改変は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅのような日和見病原体による感染と関連付けられる。糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）などの多様な微生物叢を復元することを目的とした現在の微生物叢ベースの治療は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ再発率の低下に成功していることが示されている。しかしながら、ドナーからのほとんど特徴付けられていない糞便物質の大部分の移入を必要とするＦＭＴ及び類似のアプローチは、感染性病原体を伝染させる可能性がある。生きた生物学的製剤（ＶＥ３０３と呼ばれる）が、再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ｒＣＤＩ）の治療のために開発されている。ＶＥ３０３コンソーシアムは、精製されたクローン性細菌株からなる合理的に設計された治療薬であるこれらの株は、健康な有志の糞便物質から単離し、十分に特徴付け、ＧＭＰ条件下で個々に増殖させたものである。健康な有志におけるＶＥ３０３の安全性、忍容性、及び定着を評価するために、第１ａ／１ｂ相用量漸増試験が開始されている。試験の一次転帰は、ＶＥ３０３の安全性及び忍容性の評価、ならびに第２相試験でｒＣＤＩ有効性を試験するための用量を決定することである。二次転帰には、ＶＥ３０３中の細菌株による腸内定着の動態、及びバンコマイシン誘発性腸内毒素症後の常在微生物叢の復元が含まれる。ここでは、ＶＥ３０３中の細菌株による定着を評価するための最新の知見及び新しい方法論を提示する。ＶＥ３０３を関連する内在微生物と区別するために、新規のバイオインフォマティクスツールを開発した。これらのツールにより、ＶＥ３０３投与後のヒト便試料中の薬物動態及び薬力学の正確な定量化が可能となった。
実施例１３：ＶＥ３０３株を検出するためのオリゴヌクレオチドＤＮＡプライマー及びプロトコルパラメータの選択
オリゴヌクレオチドＤＮＡプライマーは、ＶＥ３０３の株１〜８の各々の１５０未満の塩基対の特定の配列を標的とするように設計した（表１）。５’−／５６−ＦＡＭ蛍光色素ならびにＺＥＮ部分及び３ＩＡＢｋＦＱ／−３’クエンチャーを有するオリゴヌクレオチドＤＮＡプローブを、ＶＥ３０３コンソーシアムにおいて特定の細菌種を選択的に特定するように設計した。プライマー及びＤＮＡプローブの配列を表９に列記する。
表９：ｑＰＣＲオリゴヌクレオチドプライマー及びプローブ配列
Figure 2022500489
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ＤＮＡを、単一細菌株を含む細菌ペレットから単離して（ＶＥ３０３株１〜８）、表９に列記するプライマーの特異性を試験した。単離したＤＮＡの濃度を、蛍光光度計（例えば、Ｑｕｂｉｔ ３．０、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を使用して定量した。単離したＤＮＡを使用して、表９に列記するプライマーを使用したｑＰＣＲによって標準曲線を生成した。これらの標準曲線を、反応の線形性を決定し、反応効率を決定し、検出限界を調査するために使用した。これらのｑＰＣＲアッセイの結果を図６４〜７１に示す。
ｑＰＣＲ反応におけるＣＴは、標的ＤＮＡ（例えば、ＶＥ３０３株１〜８）のための信号がバックグラウンドを超えて区別可能であるサイクルの数である。８つすべてのＶＥ３０３株が、ｑＰＣＲ反応で２５０ｎｇのＤＮＡによる１８回のｑＰＣＲサイクルの終了時までに検出可能であった（図６４〜図７１）。２．５Ｅ−７ｎｇのＤＮＡを含むｑＰＣＲ反応では、ＶＥ３０３株１〜８のいずれも、バックグラウンドを超えて検出されなかった（図６４〜図７１）。
ＶＥ３０３株１〜８の各々のｑＰＣＲアッセイの増幅効率も計算した。標的配列分子（例えば、ＶＥ３０３株１〜８）の数が各複製サイクル中に２倍になる場合、ｑＰＣＲ増幅効率が１００％となる。効率が１００％未満の場合、標的配列分子の数は各複製サイクル中に２倍にならず、効率が１００％を超える場合、標的配列分子の数は各複製サイクル中に２倍超となる。ＶＥ３０３株１〜８のｑＰＣＲの平均増幅効率を以下で表１０に示す。すべてのｑＰＣＲアッセイの効率は少なくとも９４％であった。
表１０：ｑＰＣＲ増幅効率
Figure 2022500489
ＶＥ３０３株１〜８の各々のｑＰＣＲアッセイの検出限界も計算した。ｑＰＣＲ検出限界は、最終増幅サイクル（この場合は４０サイクル）後にバックグラウンドシグナルを超えて検出できるＤＮＡの最低濃度である。ＶＥ３０３株１〜８の検出限界は、２．５Ｅ−４ｎｇ／反応〜２．５Ｅ−６ｎｇ／反応であった。
表９のプライマーの交差反応性を、非標的ＶＥ３０３株（例えば、プライマーが標的とするように設計された細菌株ではないもの）に対して評価した。プライマーが標的とするように設計された株を除くＶＥ３０３細菌株のコンソーシアムを、表９のプライマーを使用して増幅した。ＣＴを評価することによって交差反応性を決定し、ｑＰＣＲ反応の終了（例えば、４０サイクル）までにバックグラウンドを超えで検出可能なシグナルがあった場合に、プライマーを非標的ＶＥ３０３株と交差反応するものと見なした。交差反応性実験の結果を以下で表１１に示す。ＶＥ３０３株１〜４及び７を増幅するように設計したプライマーは、少なくとも１つの他のＶＥ３０３種と交差反応性であったが、増幅したＤＮＡは、最短でｑＰＣＲサイクル３４まで検出されなかった。
表１１：交差反応性
Figure 2022500489
実施例１４：糞便試料中のＶＥ３０３株の検出
実施例１３で選択されたオリゴヌクレオチドプライマーを、糞便試料中のＶＥ３０３組成物の細菌株を検出する際の有効性について試験した。簡潔に言うと、両時点ともＶＥ３０３組成物の投与前であったベースライン及び０日目の試料を決定するために、糞便試料をヒト対象から取得して、偽陽性のレベルを評価した。個々人にバンコマイシンを投与し、５日目に糞便試料を収集した。追加の糞便試料を、１４日目、３週目、８週目、及び１２週目にＶＥ３０３組成物を投与した後で収集した。
改良したＱＩＡａｍｐ ＰｏｗｅｒＦｅｃａｌ ＤＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌ ｆｏｒ Ｓｔｏｏｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、ＤＮＡを糞便試料から抽出した。Ｑｕｂｉｔ ３．０ Ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｅｒを使用して、二本鎖ＤＮＡを定量化した。１ウェルあたり２マイクロリットルの抽出したＤＮＡを加え、各プライマー／プローブセットについて、ｑＰＣＲにより２連で試験した。
各反応についてのＰＣＲ反応成分：
１０μｌのＴａｑｍａｎ Ｆａｓｔ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（×２）
０．３μｌの２０ｕＭ順方向プライマー
０．３μｌの２０ｕＭ逆方向プライマー
０．４μｌの２０ｕＭプローブ
７μｌのヌクレアーゼフリーウォーターヌクレアーゼ不含水
２μｌの抽出したＤＮＡ
ウェルあたりの総量２０ｕｌ。
以下のＰＣＲ反応パラメータを使用した：５０℃で２分間保持
９５℃で２０秒間
以下を４０サイクル：
９５℃で３秒間
６０℃で３０秒間（＊この段階で取得）実行全体にわたって２．６３℃／秒のランプ速度を使用した。
すべての実行が完了し、ＣＴ値（蛍光シグナルが閾値を超えるのに必要なＰＣＲサイクルの数）を取得したら、ウェルあたりのＤＮＡの量（反応あたりのｎｇ）を、標準曲線を使用するＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用して補間した。次に、これらの補間されたＤＮＡ量を、（補間されたＤＮＡ［ｎｇ］／（（総量子ビット濃度［ｎｇ／μｌ］×２ｕｌ））×１００の式を使用して標的ＤＮＡで表される総ＤＮＡのパーセントを導くことによって、ＤＮＡ濃度に正規化した。
個体あたりの検出されたＶＥ３０３株の数を、ＰＣＲサイクル２５、３０、及び３５の各々にて評価した。図７２Ａ〜図７２Ｃ。ＶＥ３０３株の各々について陽性であったｑＰＣＲ試料の数も、各時点にて、またＰＣＲサイクル２５、３０、及び３５の各々にて決定した。図７３Ａ〜図７３Ｃ。検出のレベル及び偽陽性率の低さに基づき、サイクル３０での検出を分析用に選択した。
実施例１５：正常で健康な有志におけるＶＥ３０３の薬物動態及び薬力学
多様性の減少及び共生生物の存在量の低下など、ヒト腸内の細菌微生物叢の改変は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）のような日和見病原体による感染と関連付けられる。糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）などの多様な微生物叢を復元することを目的とした現在の微生物叢ベースの治療は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ再発率の低下を示している。しかしながら、ドナーからのほとんど特徴付けられていない糞便物質の大部分の移入を必要とするＦＭＴ及び類似のアプローチは、性質として本質的に不定であり、定義が不十分であり、感染性病原体を伝染させる可能性がある。ＦＭＴの結果としての微生物叢の全体的な変化が報告されているが、投与された糞便微生物叢と結果として生じる微生物叢の変化との関連を測定することは実用的ではない。
ＶＥ３０３と呼ばれる生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）が、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ再発（ｒＣＤＩ）の予防のために開発されている。ＶＥ３０３コンソーシアムは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍの８つのクローン性株からなる合理的に設計された治療薬である。これらの株は、健康な有志の糞便物質から単離し、十分に特徴付け、ＧＭＰ条件下で個々に増殖させたものである。健康な有志におけるＶＥ３０３の安全性、忍容性、及び定着を評価するために、第１ａ／１ｂ相用量漸増試験が開始されている。生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）の薬物動態及び薬力学を決定するための新規のバイオインフォマティクス法が記載され、株が耐久的及び堅牢にヒトの腸に定着する条件が示される。ＶＥ３０３株は、投与後に存在量が急速に増加し、コンソーシアムの投与の少なくとも１年後に容易に検出される。株の定着には、抗生物質による事前治療及び１４日以上にわたるコンソーシアムの毎日の投与をとおした、関連する共生微生物の置換えが必要とされ、これはＦＭＴでは達成できないプロトコルである。抗生物質投与後の微生物叢回復の評価により、ＶＥ３０３投与がＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ種の回復を促進し、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａを減少させたことが示された。加えて、ＶＥ３０３の投与は、多くの短鎖脂肪酸の回復、及び抗生物質後の一次胆汁酸のサブセットの二次胆汁酸への生体内変換を大幅に強化することが見出された。まとめると、これらのデータにより、ＬＢＰがＦＭＴの安全な代替手段であり、腸に耐久的に定着し、ヒトレシピエントの微生物叢を調節できることが初めて示される。
健康の維持におけるその複雑性及び包括的な役割を考えると、ヒト微生物叢は、腸の恒常性の改変と関連付けられる病変または感染症の防止または治療のための無数の微生物叢ベースの治療法を提供してきた。それにもかかわらず、薬物動態（ＰＫ）及び薬力学（ＰＤ）を定義する調査研究をとおしたこれらの治療法の薬理学的評価は、未だに見られない。微生物叢ベースの治療法には、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）が含まれ、これには、単一または多くの生きた微生物株の投与を伴う、経鼻十二指腸チューブまたは直腸浣腸、栄養補助プロバイオティクス、及び生きた生物学的製剤（ＬＢＰ）による糞便物質の移入が付随する。近年ますます人気が高まっている一方で、栄養補助プロバイオティクスの有効性、あるいは組成的もしくは機能的な微生物叢の調節におけるまたは再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ；以前のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の治療におけるそれらの役割を支持する証拠はわずかしかない。ＦＭＴの臨床経験により、この手順がｒＣＤＩの治療に対して有効であり得ることが示される。しかしながら、ＦＭＴは、健康なドナーを伝染性物質についてスクリーニングする必要性によって制限され、またＦＭＴによる多剤耐性菌（ＭＤＲＯ）の送達と関連付けられる最近の死亡によって証明されるように、この手順には標準化が欠けている。逆に、ＬＢＰの使用は、抗菌剤耐性遺伝子または毒性因子を含まない微生物株の標準化された拡張性の産生を含むいくつかの利点を提供し得る。加えて、安定した生着により、生理学的濃度の代謝産物を微生物叢または宿主の他のメンバーに直接送達する長期的な治療選択肢が提供され得るか、または常在微生物分類群の回復が促進され得る。治療法に関係なく、それらの安全性、最適な投薬戦略を十分に確立し、微生物群集及び宿主の健康に対する転帰を予測するために、微生物叢ベースの療法の精査及び厳格な評価を強める必要がある。
ここでは、生きた微生物コンソーシアムベースの療法のＰＫ及びＰＤを決定するための「ロードマップ」を提供する。微生物コンソーシアムの安全性を確立し、ＰＫ及びＰＤ法を定義するために、正常で健康な有志（ＮＨＶ）における治験新薬（ＩＮＤ）の一部として第１相試験を実施する。ＶＥ３０３薬物製品は、医薬品適正製造基準（ＧＭＰ）の規制に準拠した標準化された拡張性のプロセスを使用して製造し、凍結乾燥形態で供給した。ＶＥ３０３は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａの８つの十分に特徴付けられた、遺伝子操作されていない、クローン由来の、非病原性、毒素非産生性の共生株からなるＬＢＰである。これは、ＣＤＩの再発を防止するために開発された。ＶＥ３０３コンソーシアムのＰＫ及びＰＤは、ＶＥ３０３株を内在近縁種から判別するために特別に設計された新規のバイオインフォマティクスアルゴリズムを使用して全面的に調査した。ＶＥ３０３の投薬及びレジメンは、健康な有志において最適化されているため、１年を通して持続するヒトの腸内でのＶＥ３０３株の安全で耐久性のある堅牢な定着を示す。ＶＥ３０３には、常在微生物群集の回復、ならびに抗生物質誘発性腸内毒素症後のＮＨＶにおける胆汁酸（ＢＡ）及び短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を含む代謝産物の部分的な回復を円滑にする能力もある。
腸内恒常性のバンコマイシン（ｖａｎｃｏ）誘発性転換後の正常で健康な成人有志（ＮＨＶ）におけるＶＥ３０３の安全性及び忍容性を評価するために、ヒト初回第１相用量漸増試験を設計した。主要目的は、ＣＤＩ再発の防止のための第２相試験における後続投与のために、ＶＥ３０３の最も安全で忍容性の良好な投薬レジメンを特徴付けることであった。このために、身体検査、バイタルサインの評価、及び臨床検査測定値の変化に基づいて、ＧＩ症状を含む有害事象（ＡＥ）を評価した。副次的目的には、ＶＥ３０３成分細菌による腸内微生物叢の定着、ＶＥ３０３投薬の結果としての腸内微生物叢の変化、及び便のメタボロミクス変化の評価を含めた。
健康な有志（Ｎ＝３３）を試験に登録し、経口バンコマイシン（５日間毎日１２５ｍｇ）もしくはバンコマイシン及び続いての漸増用量のＶＥ３０３のいずれか、またはバンコマイシン前治療なしの最高用量のＶＥ３０３（総用量範囲１．６×１０９〜１．１×１０１１ＣＦＵ）を与えた（図４４）。バンコマイシンは、ＣＤＩの第一選択治療として日常的に投与されることを理由に選択した。バンコマイシン治療単位の終了後、１人の有志が、試験咀嚼せずにカプセルを飲み込むことができなかったため、研究から離脱した。有害事象は、試験中の対象の８５％で観察された。バンコマイシンまたはＶＥ３０３のいずれかに起因する有害事象（ＡＥ）が、バンコマイシン治療を受けた対象の５０％、ＶＥ３０３治療を受けた対象の３５％で観察された。ＶＥ３０３関連のＡＥはすべてグレード１で一過性ものであった。これらのＡＥのほとんどは性質として胃腸系であり、腹部膨満、下痢、軟便、アラニンアミノトランスフェラーゼ／アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ／ＡＳＴ）の増加、変色した便または硬便、便秘、腹部不快感または腹痛、味覚障害、悪心、及び鼓腸が含まれた。最も一般的なグレード２〜３の検査所見異常は、コレステロールの増加、血尿、ならびに便リパーゼ及びアミラーゼの増加であった。
ＶＥ３０３コンソーシアムメンバー株を関連性の高い内在分類群から区別することを可能にする新規のバイオインフォマティクス法を開発した（「方法」に記載）。これらの株を検出すること、及びそれらを便中の関連する内在株と区別することは、特に８つすべての株がそれらの最近縁種と９８％超の平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ）を共有することから、ヒト腸内のＶＥ３０３のＰＫを正確に決定する上で大きな障害となった。便メタゲノムにおけるＶＥ３０３株の検出には、固有の５０塩基対（ｂｐ）ゲノムマーカー、及びマーカー回復の深度の評価（任意のマーカーに一致する配列リードの数を各株に対するマーカーの総数で割ったもの）、及びマーカー回復のカバレージ（一致するリードが１以上であるマーカーの数を各株に対するマーカーの総数で割ったもの）を利用した。平均マーカー深度が０．１×を超え、検出されたマーカーのカバレージが、多項分布から予想される平均を２標準偏差下回る最小閾値（マーカーのドロップアウトを見越して２５％のゼロインフレーションにて）を超えた場合に、株が「検出」されたとみなした（図５１）。０．１×の平均マーカー深度閾値は８つすべての株で標準であったが、ＶＥ３０３を投与した対象と投与しなかった対象とを比較することにより株検出事象を事後的に評価して、信頼性を高めた。株を、信頼性の低いマーカーカバレージまたは深度閾値に基づいて、「可能性あり」、「データ不十分」、または「検出せず」と決定した（「方法」を参照）。各株の存在量及び常在細菌分類群の存在量を、Ｏｎｅ Ｃｏｄｅｘソフトウェア（ｏｎｅｃｏｄｅｘ．ｃｏｍ）を使用して決定し、健康なヒトの便試料からの細菌分離株に対応する細菌ゲノムと組み合わせたＯｎｅＣｏｄｅｘによって組み立てられたゲノムの独自データベースを生成した。これらの方法は、補足情報に記載されているように検証されした。
便試料を健康な有志各々について長期にわたって収集して、ベースラインの微生物叢組成、バンコマイシン投与後の微生物叢、ならびにＬＢＰ投与後のＶＥ３０３コンソーシアムメンバーの普及率及び存在量をメタゲノミクス配列決定により決定した（図４９）。各便試料を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑプラットフォームにおいて４ギガベースを超える標的深度で配列決定し（平均４．４×１０７＋／−１．１×１０７リード）、ＶＥ３０３株のＰＫを決定した。ＶＥ３０３株は、ベースライン時点の一部の対象と、バンコマイシンコホートとにおいて、極めて低い存在量で検出された（図５０）。バンコマイシンコホート及びＶＥ３０３コホートにおける「検出」株の平均マーカー深度及びマーカーの割合の比較により、バンコマイシンコホートに分類された株は、ゲノムカバレッジが低下し、ＶＥ３０３株の近縁種であるか、低い存在量で検出されるかのいずれかであることが示された（図５１）。ＶＥ３０３投与対象に分類された株は、検出されたマーカーの割合が大幅に高く、より深度が大きかった。
これらの際立った特徴により、検出された株がＬＢＰコンソーシアムメンバーであり近縁種ではない可能性が極めて高いことの信頼性が増したことで、ＶＥ３０３を投与した対象におけるコンソーシアムメンバー株のＰＫを決定することが可能になった。バンコマイシン投与後にＶＥ３０３を投与した対象（コホート１〜５）では、ＶＥ３０３成分株がＶＥ３０３投与後最初の２４〜４８時間以内に迅速に検出され、それらの存在量が大幅に拡大した（図４５）。バンコマイシン及びＶＥ３０３の単回用量（コホート１〜３）の後、８日目（ＶＥ３０３の開始から２日後）に株の３３．３％〜６６．６％の中央値が検出された（図４５Ａ）。ＶＥ３０３の単回用量を受けた個人間でかなりのばらつきがあったものの、ＬＢＰ成分株がすべての対象においてＶＥ３０３投与の直後に検出された。とりわけ、コホート１の対象０５９で８つすべての株が検出され、好ましい微生物叢条件下では単回の低用量のＶＥ３０３でも堅牢な定着が達成可能であることが示唆された（図５０）。単回の漸増用量コホート（コホート１〜３）の間で検出されたＶＥ３０３株の数に用量応答はなかったが、微生物叢の状態はコホート１の対象において最も好ましいようであり、これは、これらの対象における総ＶＥ３０３株存在量がコホート２及びコホート３と比較してより大きかったことによって示される（図４５Ｂ）。
単回用量コホートと比較して、バンコマイシン後の複数日のＶＥ３０３投与（コホート４〜５）により、より堅牢で一貫した株検出がもたらされた。１４日目に検出された対象あたりのＶＥ３０３株の比率の中央値は、９１．６〜１００％であり（図４５Ａ）、コホート４の６人の対象のうち３人、及びコホート５の８人すべての対象において、２時点以上でＶＥ３０３コンソーシアムの全メンバーが定着した（図５０Ｃ）。ＶＥ３０３株の総存在量は、コホート５において急性と後期との両方の時点で最も高く、最も堅牢で耐久性のあるＰＫを達成するためには、複数日のＬＢＰ投与が必要であることが示された（図４５Ａ）。このデータにより、複数日のＶＥ３０３投与にもかかわらず、ＶＥ３０３株が健康な有志に定着するにはバンコマイシン投与が必要であることが示され（図４５、コホート６）、常在Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ株がＶＥ３０３株定着を制限したことが示唆された。重要なことに、バンコマイシンを使用して細菌の多様性を減少させ、ＶＥ３０３を複数日にわたって投与した場合、ＬＢＰ株は、少なくとも１年間、迅速、堅牢、かつ耐久的に、対象に定着することができた。定着が最大であったコホート（コホート１、４、及び５）では、ＶＥ３０３の投薬開始から最初の数日以内に、ＶＥ３０３株の相対的存在量が全微生物叢の約９．５〜１９．５％に拡大し（図４５Ｂ）、１人の対象においては全微生物叢の６０％以上に達した（図５１）。この最初の拡大後、ＶＥ３０３株の相対的存在量は、１年で全微生物叢の１．６〜４．６％に減少した。臨床観察と併せたこれらのデータにより、最適な微生物叢及び投薬条件下で、少なくとも１年間、ＶＥ３０３コンソーシアム株が安全であり、ヒトの腸に堅牢かつ耐久的に定着できることが明確に示される。
ベースライン時、バンコマイシン投与後、及びＶＥ３０３株の存在下と非存在下との両方での回復期中に収集したメタゲノミクスデータを使用して、健康な有志における便微生物叢の動態、及び抗生物質誘発性の恒常性転換からの回復におけるＶＥ３０３の役割を評価した。予想通り、ベースラインの微生物叢は多様性が高く（図５２）、すべての対象でＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ種が優勢であった（図４６Ａ）。バンコマイシン投与により、細菌バイオマス（図５４）及び多様性（図５３）が大幅に減少し、微生物叢の組成に転換がもたらされ、これは、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの減少、ならびにＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの拡大によって示される（図４６Ａ）。とりわけ、健康な有志のバンコマイシン後の微生物群集は、ｒＣＤＩ対象の群集２（及び未公開の観察）に似ていた。バンコマイシンのみを与えた健康な有志の微生物群集は、抗生物質を与えてから１か月以内にＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ種のベースラインレベルに回復したことが観察された（図５３）。微生物叢の多様性は、コホート１〜３において１２週間以内にベースラインレベルに回復し、コホート４〜５において部分的に回復した（図５３）。これらの群集レベルの観察は、臨床的安全性の観察と一貫している。Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ種のベースラインレベルへの回復は、高用量のＶＥ３０３を与えた対象において１週間以内に生じた（図４６Ａ及び図４６Ｃ）。バンコマイシンの非存在下では、有意な微生物群集の変化は観察されなかった（図４６Ａ、コホート６）。
全体的な微生物叢の健康を定量化するために、ベースラインで優勢であった細菌クラス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＣｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）と、バンコマイシン後に優勢であり、疾患と関連付けられる場合が多い細菌クラス（Ｂａｃｉｌｌｉ、Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＮｅｇａｔｉｖｉｃｕｔｅｓ）との比率を計算した（図５４）（ｒｅｂｉｏｔｉｘ．ｃｏｍ／ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ−ｅｖｉｄｅｎｃｅ／ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ−ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ−ｔｈｅｒａｐｙ−ｐｏｓｔｅｒｓ／ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ−ｒｅｈａｂｉｌｉｔａｔｉｏｎ−ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ−ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ−ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ−ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ−ｐｒｏｔｏｔｙｐｅ−ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ−ｈｅａｌｔｈ−ｉｎｄｅｘ／）。この「微生物叢指数」（ＭＩ）は、ベースラインで高く、バンコマイシン投与によって有意に減少し、バンコマイシンのみを受けた対象において１か月以内にベースラインレベルに回復した（図４６Ｂ）。しかしながら、複数回用量のＶＥ３０３を受けた対象では、ＭＩはＬＢＰ投与の１週間以内に増加し（図４６Ｂ）、このＭＩの増加は、用量依存的であった（図４６Ｄ）。同様の傾向が回復後期に観察され、ＶＥ３０３を受けた対象は効果的にベースラインレベルに回復した（図４６Ｄ）。
バンコマイシン事前治療の非存在下でＶＥ３０３を受けた対象ではＭＩの変化は観察されず（図４６Ｂ）、これは臨床的安全性の結果と一致する。これらのデータにより、ＶＥ３０３が、腸に迅速に定着するだけでなく、微生物群集の部分的な回復を促進できることが示唆され、これにより、抗生物質療法後、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅのような病原体に対する耐性が増強され得ることが示唆される。
バンコマイシンが胆汁酸濃度に与える影響を決定し、ＶＥ３０３のＰＤを測定するために、一次及び二次胆汁酸濃度を、ベースライン時、バンコマイシン投与中、及びＶＥ３０３を投与した場合としなかった場合とのバンコマイシン後の回復期における対象の便中で測定した（表６）。試料収集の困難により、代謝産物プロファイリングは、すべてのコホートでバンコマイシン後の急性回復期間に限定された。胆汁酸は伝統的に脂肪の消化に重要であると考えられているが、二次ＢＡが腸の健康を促進し、ＣＤＩを阻害する上で幅広い役割を担っている証拠が増えている。一次胆汁酸（コール酸及びケノデオキシコール酸）ならびにグリシン及びタウリン共役型（グリココール酸、タウロコール酸、グリコケノデオキシコール酸、及びタウロケノデオキシコール酸）は、ベースライン時に低濃度で検出され、便中の総ＢＡ酸プールのごく一部を構成する（図４７Ａ）。ベースライン時のＢＡプールの大部分は、デオキシコール酸、リトコール酸、及びウルソデオキシコール酸を含む、脱共役した二次ＢＡからなった。バンコマイシン治療により、一次ＢＡの割合の増加、及び脱共役した二次ＢＡの減少が生じた。この観察結果は、一次ＢＡの脱共役及び生体内変換を促進することができる細菌種のバンコマイシンを介した排除または減少と一致する。バンコマイシン治療後、及び微生物群集が回復するにつれて、バンコマイシンのみを受けた対象のＢＡプールではわずかな回復しか観察されなかった。この回復は、最終試料を収集した９日目には不完全であった。限られたサンプリングにもかかわらず、複数回用量のＶＥ３０３を受けた対象（コホート４及びコホート５）では、一部の対象で脱共役型二次ＢＡのレベルが０．５〜２ｌｏｇ増加することが観察された（図４７Ｃ）。
ＢＡの全体的な変化を定量化するために、脱共役した二次ＢＡ（ベースライン時に優勢）と一次ＢＡ（バンコマイシンによって上昇）との比率を計算した。この「胆汁酸指数」（ＢＡＩ）は、ベースライン時に高く、その後バンコマイシン投与によって劇的に減少し、サンプリング期中にバンコマイシンのみを受けた対象における回復のいくつかの兆候を示した（図４７Ｂ）。しかしながら、ＶＥ３０３の複数回用量を受けた対象（コホート４及びコホート５）では、ＶＥ３０３投与の１〜２週間以内にＢＡＩが増加したことを観察した（図４７Ｂ）。全体的なＢＡプロファイル（図４７Ａ）またはＢＡＩ（図４７Ｂ）の変化は、ＶＥ３０３のみを受けた対象では観察されなかった。これらのデータは、より高い用量のＶＥ３０３がＢＡプールの早期回復を促進できることを示唆する。
ＢＡの存在量がバンコマイシンによって改変されたかどうか、及びＶＥ３０３存在量がそれらの抗生物質後の回復に著しく影響したかどうかを決定するために、線形混合効果モデリングを開発した。抗生物質投与は、ベースラインレベルと比較した場合、各一次ＢＡの存在量の有意な増加ならびにリトコール酸及びデオキシコール酸を含む二次ＢＡの存在量の有意な減少と関連付けられた。逆に、ＶＥ３０３の総存在量は、ほとんどの一次ＢＡ（タウロコール酸及びタウロデオキシコール酸を除く）の存在量の有意な減少と関連付けられた。ＶＥ３０３の存在量は、リトコール酸、デオキシコール酸、及びウルソデオキシコール酸のバンコマイシン後の回復とも関連付けられた。
また、バンコマイシン治療及び／またはＶＥ３０３投与に応答した二次ＢＡコード遺伝子の相対的存在量の変化を予測するために、線形混合効果モデリングを行った（図５６）。これらの変化は、配列リードをカスタムの二次ＢＡ生合成酵素データベースにマッピングした後に測定した。バンコマイシン治療により、胆汁塩加水分解酵素（ＢＳＨ）、ＢＡ誘導性（ｂａｉ）オペロンの遺伝子、及び３／７−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ（ＨＳＤＨ）を含むいくつかのＢＡ代謝遺伝子の存在量が減少した。これらの二次ＢＡ生合成遺伝子は、相対的存在量がバンコマイシン治療によって同じく悪影響を受けたＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ及びＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａなどの嫌気性菌で広く観察される。バンコマイシン治療中に、Ｅ．ｃｏｌｉ及びＫｌｅｂｓｉｅｌｌａなどのＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａによってコードされる７−ＨＳＤＨ遺伝子の増加が観察され、これは、それらの拡大とも一致する観察結果であった。逆に、ＶＥ３０３の投与は、ＢＳＨ遺伝子、ｂａｉオペロン遺伝子、及び３／７−ＨＳＤＨ遺伝子の回復の強化と正の関連があり、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａによってコードされる７−ＨＳＤＨ遺伝子の減少と負の関連がある。
個々のＶＥ３０３コンソーシアムメンバー及び在細菌種がバンコマイシン投与後のＢＡ回復に与える影響を切り離すために、ランダムフォレスト回帰（ＲＦＲ）を選択した。バンコマイシン投与後のＢＡ回復に関するＶＥ３０３コンソーシアムメンバー及び常在細菌種。ＲＦＲを選択したのは、これがいずれの基礎となるモデル構造も想定しておらず、かつ陰的特徴選択を行うため、可能性のある予測因子の大型プールから各代謝産物の存在量に対する最良の寄与因子を決定することを可能にするためであった。ＲＦＲにより、いくつかのＶＥ３０３株が、ＢＡ回復に影響を与える上位２０個の最も重要な分類群のうちの１つであることが特定された（図４７Ｄ）。具体的には、一次ＢＡ（共役型と非共役型との両方）は、バンコマイシン離脱後、時間の経過とともに存在量が徐々に減少し、ＲＦＲにより、ＶＥ３０３株が、この衰退と関連付けられる上位２０個の最も重要な分類群のうちの１つであることが示された（図４７Ｄ、図５５）。また、ＲＦＲにより、ＶＥ３０３株が、観察された二次ＢＡの増加と関連付けられたことが示された（図７６Ｄ、図５５）。ＶＥ３０３の役割は、ケノデオキシコール酸のエピマー化反応の副産物であるウルソデオキシコール酸の回復においてより一貫していた。
バンコマイシン及びＶＥ３０３がＳＣＦＡ濃度に与える効果を決定するために、ＳＣＦＡを、ベースライン時、バンコマイシン投与中、及びＶＥ３０３ありの場合となしの場合とのバンコマイシン後の回復期中の対象の便において測定した（図４８Ａ）。微生物叢産生ＳＣＦＡは、腸バリア機能を促進することにより腸において、及び抗炎症、抗腫瘍形成、及び抗菌機能を提供することにより末梢組織において、宿主の生理学にプラスの影響を与えることが知られている。ＳＣＦＡレベル及びＳＣＦＡ産生細菌の存在量の減少は、いくつかの自己免疫疾患、アレルギー性疾患、及び代謝性疾患と関連付けられている。ＳＣＦＡがバンコマイシンによって改変されたかどうか、及び総ＶＥ３０３存在量がそれらの抗生物質後の動態に著しく影響したかどうかを決定するために、線形混合効果モデリングを行った。測定したすべてのＳＣＦＡレベル（ヘキサン酸塩を除く）は、バンコマイシン治療によって低下し、ＶＥ３０３の非存在下でベースラインレベルを下回ったままであった（図４８Ｂ）。さらに重要なことに、バンコマイシンの影響を受けたすべてのＳＣＦＡレベルがＶＥ３０３投与に応答して増加することも見出され、これにより、ＳＣＦＡ回復におけるＶＥ３０３の有益な効果が示唆される。
ＶＥ３０３株の効果を、ＳＣＦＡの抗生物質後動態に対する回復中の微生物叢の効果から切り離すために、ＲＦＲを再度行った。この分析により、いくつかのＶＥ３０３株が、ＳＣＦＡレベル動態と関連付けられる上位２０個の最も重要な分類群に入ることが特定された。ＶＥ３０３株は、酢酸塩、酪酸塩、イソ酪酸塩、メチル酪酸塩、及びイソ吉草酸塩のレベルの増加と関連付けられた（図４８Ｃ、図５６）。これらのデータにより、共生Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ種が観察されたプロピオン酸塩の増加と関連付けられたことも示された。
これらのデータを総合すると、ＶＥ３０３は抗生物質による攪乱の後のＳＣＦＡの回復に影響を与え、観察された回復の主要な要因であることが示唆される。
ＶＥ３０３は、ＣＤＩの再発を防止するために開発したものであり、まる１年持続したその株の安全で堅牢かつ耐久的な定着を示した。ＶＥ３０３の用量及びレジメンを最適化し、最高安全用量を決定した。抗生物質を介した微生物叢の攪乱がＶＥ３０３株による堅牢な定着に必要であるとも決定した。ＶＥ３０３株のＰＫ及びＰＤ、ならびに宿主微生物群集で発生する変化をそれぞれ評価するために、新規のバイオインフォマティクスアプローチも開発した。微生物群集ならびにＢＡ及びＳＣＦＡを含む代謝プールの回復も、すべてのコホートにわたってベースラインレベルまでモニタリングした。ＶＥ３０３株の最初の用量依存的拡大、それに続く投与後１年での全微生物叢のおよそ３％への着実な低下が観察された。ＶＥ３０３株は、バンコマイシン治療後１週間以内のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａのベースラインレベルへの迅速な回復と関連付けられた。ＶＥ３０３株により、二次ＢＡ及びＳＣＦＡの早期回復も促進された。
本明細書では、ＬＢＰの薬物動態（ＰＫ）を、各成分株の普及率及び存在量の動態として定義する。伝統的に、ＰＫは、薬物の吸収、分布、生物学的利用能、代謝、及び排泄の経時変化の研究として定義されている。小分子薬とは異なり、ＬＢＰ用量の投与及び投薬量は、これらの従来のＰＫ原理に従わないため、その定義に新たな課題が生じる。１つの難題には、胃腸管にも存在する関連性の高い内在分類群からのＬＢＰ成分株の区別が含まれる。定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）及びハイスループット配列決定技術などの分子技術における最近の改善により、複雑な微生物生態系内のＬＢＰ成分株の信頼性の高い検出が可能となった。定量ＰＣＲは、さまざまなマトリックス内の標的ＤＮＡを検出及び定量するための、十分に確立され、高速かつハイスループットであり、費用効果が高い可能性がある分子技術である。この技法の他の利点には高感度が含まれ、これは、この技法がいくつかの標的の増幅を単一の反応に定量化及び多重化するための広いダイナミックレンジを提供するためである。大部分は有益であるが、ＬＢＰ成分株を関連性の高い内在分類群から区別することは相当な困難をもたらし、その結果、特異性が不良となる。さらに、より多くの株及びそのゲノムＤＮＡが公的に利用可能なデータベースに登録されるにつれて、開発されたアッセイはもはやその標的に特異的ではなくなることがある。アッセイの設計はｑＰＣＲ結果の解釈の重要な要素であるため、適切な制御を含めるために特別な注意を払う必要がある。株検出のためのメタゲノム配列決定アプローチは、ゲノムの長さにまたがる数百のマーカー配列で構成される検出パネルを採用しているため、ｑＰＣＲに比べていくつかの利点があり、それにより特異性が改善したアッセイが得られる。また、微生物の多様性または組成に関する事前の知識が不要である。数百から数千のマーカーで構成される検出パネルは、非特異的マーカーを除去するために、すべての公的に利用可能な細菌ゲノム及び健康なヒト腸メタゲノムに対して系統的に試験することができる。公開データセットの新しいバージョンが利用可能になると、アッセイの繰返し及び検証を必要とせずに、アッセイの特異性を繰り返し改善することができる。いずれの方法も生菌細胞と死菌細胞を区別できないことに言及しておくべきである。これに対処するために、ＬＢＰ投与後最大１年にわたる複数の時点が含めて、ＶＥ３０３株の堅牢な生着を示す。
ＰＫと同様に、ＬＢＰの薬力学（ＰＤ）を、宿主の微生物群集及び代謝産物へのその影響として定義した。伝統的に、ＰＤは、薬物が身体に与える生化学的、生理学的、分子的な影響の研究である。ＶＥ３０３薬物製品はＣＤＩ再発を防止するために設計したため、腸内微生物叢の変化率と、腸内細菌叢ならびにＢＡ及びＳＣＦＡを含む要となる有益な代謝産物のバンコマイシン媒介性攪乱及び／またはＶＥ３０３投与後のベースラインへの回復率とを測定した。バンコマイシンはＣＤＩ患者に日常的に投与され、宿主の有益な細菌を枯渇させて多様性を低下させ、それにより代謝状態を改変することで、ＣＤＩ患者の微生物叢を模倣することが知られていることに留意されたい。食物アレルギーまたはがん免疫療法への応答などの微生物叢を介した他の臨床的適応については、その適応に適合するようにＰＤの読み出し値をカスタマイズすることが重要である。ＰＫとは異なり、ＬＢＰのＰＤを評価するには、微生物群集全体の分析が必要とされる。ＰＫの読み出しに加えて、メタゲノム配列により、微生物群集全体の分類学的組成及び機能的可能性に関する洞察も得られる。重要なことに、これにより、バンコマイシン投与及び／またはＶＥ３０３投与後に生じ得る、重要な経路及び遺伝子、例えば、抗菌薬耐性遺伝子、毒性因子、及び胆汁酸転換遺伝子の相対的存在量の変化を調査することが可能になる。１６Ｓアンプリコン配列決定は、細菌群集全体を調査するための代替アプローチである。１６Ｓアンプリコン配列決定は、費用効果が高く、分析が簡単であるが、分類学的分解能が制限され、微生物叢の機能的可能性の評価には適していない。
ＰＤの一部として、宿主微生物群集の回復も測定し、ベースラインレベルと比較した。これを行うために、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓを含む主要な細菌門の相対的存在量、ならびに「微生物叢指数」を調査した。「微生物叢指数」は、回復したまたは復元された微生物叢を、疾患または抗生物質治療によって攪乱された微生物叢と効果的に区別するために提案された、半定量的な一次元のプロトタイプバイオマーカーである。これは、ＬＢＰ活性、及び疾患を介した攪乱状態の修復におけるその有効性の明確な解釈を簡素化し、本分野に提供するように設計した。１００．０に近いスコアは、ベースラインレベルへの完全な回復または修復を示す。
最後に、ＢＡ及びＳＣＦＡを含む重要で有益な代謝産物の用量依存的な回復の初期の兆候が、バンコマイシン及びＶＥ３０３の投与後に観察された。二次ＢＡを含む代謝プールと一緒になった微生物群集の回復は、ＣＤＩ再発の防止のための重要な機序を表す。最近の調査により、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ胞子の発芽を阻害する上で、リトコール酸、デオキシコール酸、及びウルソデオキシコール酸を含む二次ＢＡの中心的な役割について説得力のある事例が詳細に構築された。ＶＥ３０３株は、二次ＢＡ産生遺伝子、ならびにＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ及びＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａのメンバーを含む関連分類群の回復とも関連付けられた。ＳＣＦＡ回復の初期の兆候が観察されたことにも言及しておくべきである。ＳＣＦＡは、腸バリアの完全性を促進するその役割で知られており、この腸バリアの完全性の維持は、今度は「健康な」微生物叢を維持するために必要な嫌気性環境の維持に不可欠なものである。これらの代謝物は、炎症を低下させ、それによりＣＤＩの症状を緩和することにおいても重要な役割を果たす。
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｄｅｓ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ；以前のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）は、依然として先進国で最も頻繁に報告されている院内及び市中感染であり、２０１１年の米国での推定発生率は４５３，０００例、死亡はおよそ２９，０００件である。すべての感染者において疾患が発症するための要件は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ株に対する自然の定着耐性を提供する正常な胃腸（ＧＩ）内微生物叢の崩壊である。ここでは、新規のＰＫ及びＰＤ方法を使用した安全で忍容性が良好なＬＢＰの開発について記載する。少なくとも１年間のＶＥ３０３株の堅牢な定着を生じさせる投薬レジメンも確立する。ＢＡ及びＳＣＦＡ回復の初期の兆候は、微生物叢のベースラインレベルへの回復と一緒になって観察されるため、ＦＭＴ手順にも当てはまる観察結果を反映する。有効性を決定するための第２相試験が進行中である（ＮＣＴ０３７８８４３４）。
参考文献
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方法
株ゲノム及び便メタゲノムの配列決定
ＶＥ３０３細菌ｇＤＮＡを、ＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームとＰａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓプラットフォームとの両方で配列決定した。Ｉｌｌｕｍｉｎａライブラリは、ＴｒｕＳｅｑ ＤＮＡ ＰＣＲ−Ｆｒｅｅ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐを使用して構築し、ＭｉＳｅｑシーケンサーで配列決定した。ＶＥ３０３株の各々のＰａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（ＰａｃＢｉｏ）ライブラリは、ＳＭＲＴｂｅｌｌ Ｔｅｍｐｌａｔｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎキットを使用して調製し、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍａｒｙｌａｎｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ，ＵＳＡ）において、ＲＳ ＩＩ（Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ）で配列決定した。ＶＥ３０３ゲノムアセンブリは、ＨＧＡＰ Ａｓｓｅｍｂｌｅｒ（ＳＭＲＴＡｎａｌｙｓｉｓ ２．３．０）及びＣｅｌｅｒａ Ａｓｓｅｍｂｌｅｒ ｖ．８．２３を使用するＰａｃＢｉｏ配列を使用して生成し、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍａｒｙｌａｎｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓのバイオインフォマティクスコアによって品質が評価された。便試料を新鮮な状態で収集し、およそ２５０ｍｇをＯＭＮＩｇｅｎｅ−ＧＵＴチューブ（ＤＮＡｇｅｎｏｔｅｋ，Ｏｔｔａｗａ，ＣＡＮ）に移し、製造業者の指示に従って保存緩衝液に再懸濁した。次に、保存した便懸濁液を抽出し、標準的な操作手順を使用してＤＮＡｇｅｎｏｔｅｋにてＩｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑプラットフォームで配列決定した。
株検出アルゴリズムの確立
ＶＥ３０３生物の各々に固有のゲノム領域を、１）Ｏｎｅ Ｃｏｄｅｘ微生物ゲノムデータベースに存在しない各ＶＥ３０３株ゲノムについて重複するｋ−ｍｅｒ（ｋ＝３１ｂｐ）の候補セットを特定し、２）Ｏｎｅ Ｃｏｄｅｘデータベース中のいずれの他の参照ゲノムにも見られず、いずれの他のＶＥ３０３株ゲノムにも見られず、かつ他の候補ゲノム領域を有する１７ｂｐの部分配列を共有しなかった、固有のゲノム領域（５０塩基対（ｂｐ）ウィンドウ）の最終セットを特定することによって、特定した。ＶＥ３０３株あたり１，５３９〜１０，８４７の範囲で、合計４３，９５５個のゲノム領域がこれらの基準を満たした。この最初のゲノム領域のセットを、２４９個の健康なヒト便メタゲノム配列決定データセットで検出された領域、及びＶＥ３０３株の純粋培養物からの全ゲノムショットガン配列データセットにおいて低率で回収されたいずれの領域も除外することによって、さらに精緻化した。この排他性試験ステップに続いて、ＶＥ３０３株あたり２６０〜７，２８２の範囲で、１４，３１９個のゲノムマーカーの最終セットを特定した（図６３）。Ｉｌｌｕｍｉｎａ全ゲノムメタゲノム配列決定データセットからのＶＥ３０３株の検出は、固有のゲノムマーカー領域に依存した。５０ｂｐのゲノム領域の各々は、全ゲノムメタゲノム配列決定プロセスをとおして生成された配列断片（「リード」）よりも短い。したがって、固有のゲノム領域は、メタゲノムリードのうちのいずれかのなかの部分配列として検出された。１）配列断片が標的ゲノム領域に対して１７ｂｐ以上の少なくとも１つの完全なアラインメントを含んだ場合、及び２）５０ｂｐのゲノム領域全体が３つ以下のミスマッチで配列断片に対してアラインメントした場合、固有のゲノム領域が検出されたとみなした。正確な１７ｂｐのアラインメントの検出を、ｋ−ｍｅｒアラインメントアプローチを使用して実行した。５０ｂｐゲノム配列全体の高感度アラインメントを、ＢｉｏＰｙｔｈｏｎ４に実装した一対アラインメントモジュールを使用して実施した。これらの基準を満たすリードが入力データセットに少なくとも１つある場合に、標的ゲノム領域の各々が存在するとみなした。
各患者試料における各ＶＥ３０３株の有無を、検出された固有のゲノムマーカーの数、及び各マーカーの相対的存在量を分析することによって決定した（図６２）。各ＶＥ３０３株を検出するために、２つの主要なメトリック、１）マーカー回復の深度：いずれかのマーカーに一致する配列断片の数をマーカーの総数で割ったものと、２）マーカー回復のカバレージ：一致する配列断片が１つ以上あるマーカーの数をマーカーの総数で割ったものとを使用した。 各ＶＥ３０３株の検出は以下のように決定した。
●平均マーカー深度が０．１×を超え、多項分布から予想される平均を２標準偏差下回る最小閾値（マーカーのドロップアウトを見越して２５％のゼロインフレーションにて）を超えた場合、「検出」。
●平均マーカー深度が０．１×を超え、検出されたマーカーのカバレージが平均を２〜４標準偏差下回る場合、「可能性あり」。
●平均マーカー深度が０．０１×〜０．１×にある場合、「データ不十分」。
●平均マーカー深度が０．０１×を超えなかった場合、またはマーカーの数が予想平均を４標準偏差未満下回る場合、「検出せず」。これらの方法は、１）ＤＮＡ抽出及びメタゲノム配列分析の前に漸増するコロニー形成単位（ＣＦＵ）の各ＶＥ３０３株でスパイクしたヒト便試料、及び２）ＶＥ３０３株ゲノムを、元の宿主ドナーの便において検出し、無関係の対照便試料では検出しない能力という２つのアプローチを使用して、各ＶＥ３０３株を堅牢かつ特異的に検出するために決定したものである。
細菌群集の存在量及び微生物叢指数
微生物群集（ＶＥ３０３株を含む）における細菌種の推定相対的存在量を、ヒト宿主にマッピングされるリードを除去した後、質でフィルタリングしたメタゲノム配列リードから、標準的なＯｎｅＣｏｄｅｘアルゴリズムを使用して決定した。より高い分類レベル（例えば、門または綱レベル）で、相対的存在量を、所望の分類レベルで割り当てられた配列リード（加えて、以下で割り当てられたすべてのリード）と割り当てられたリードの総数との割合として、各試料について計算した。次に、微生物群集の各種のＤＮＡの絶対的存在量を、以下の式（３）に従って計算した。
Figure 2022500489
この式では、ＲＡは、細菌分類群の推定相対的存在量に等しい。ＤＮＡｕｇは、総ＤＮＡ収量である。便ｍｇは、収集した便の質量である（Ｏｍｎｉｇｅｎｅ腸チューブの最終質量−Ｏｍｎｉｇｅｎｅ腸チューブの平均重量）。ＶＢは、Ｏｍｎｉｇｅｎｅ腸チューブ内の緩衝液の量である。Ｖｓは、ＤＮＡ抽出物中の試料の量である。
微生物叢指数を、前述のように、各メタゲノム試料における配列の綱レベルの相対的存在量を使用して、式（４）に従って計算した（ｒｅｂｉｏｔｉｘ．ｃｏｍ／ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ−ｅｖｉｄｅｎｃｅ／ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ−ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ−ｔｈｅｒａｐｙ−ｐｏｓｔｅｒｓ／ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ−ｒｅｈａｂｉｌｉｔａｔｉｏｎ−ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ−ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ−ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ−ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ−ｐｒｏｔｏｔｙｐｅ−ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ−ｈｅａｌｔｈ−ｉｎｄｅｘ／）。
Figure 2022500489
Figure 2022500489
総ＶＥ３０３存在量によって大きく影響を受ける分析物を決定するための線形混合効果モデリング
式（６）に従い、さまざまな分析物（胆汁酸及び短鎖脂肪酸）がどのようにＶＥ３０３投与の影響を受けるのかを特定するために、線形混合効果モデリングを実施した。
Figure 2022500489

ここで、分析物は、ある特定の時点（日）のある特定の個人におけるＳＣＦＡまたはＢＡで測定した密度に対応し、治療は、測定値が、バンコマイシン治療前、バンコマイシン治療中、またはバンコマイシン治療後に取得されるのかを説明するためのカテゴリ変数であり、ｖｅ３０３は、バンコマイシン投与後のある特定の試料におけるＶＥ３０３の総存在量（ＤＮＡ μｇ／便ｍｇ）に対応する。治療には、バンコマイシン前試料をベースラインとして使用する。データはさまざまなコホートに細分されたさまざまな患者からの繰り返しの試料であるため、患者ＩＤ（ｐＩＤ）／コホートＩＤをネスト変量効果として使用する。治療：バンコマイシン中と関連付けられたｐ値が０．０５未満である代謝産物は、バンコマイシン治療の影響が大きいとみなされる。治療：バンコマイシン後と関連付けられたｐ値が０．０５未満である代謝産物は、治療後及びＶＥ３０３の非存在下（例えば、バンコマイシン単独コホート）でバンコマイシンの影響が大きいとみなされる。ｖｅ３０３と関連付けられたｐ値が０．０５未満である代謝産物は、治療後の総ＶＥ３０３存在量の影響が大きい。
ＶＥ３０３投与後の代謝産物動態に対するＶＥ３０３及び回復中の微生物叢の効果を切り離すためのランダムフォレスト回帰
ＳＣＦＡ及びＢＡのバンコマイシン後の動態へのさまざまなＶＥ３０３株の寄与を決定するため、ならびにＶＥ３０３株のこれらの代謝産物への効果を、回復中の常在微生物の効果から切り離すために、ランダムフォレスト回帰（ＲＦＲ）を実施して、各代謝産物の存在量を、常在細菌の存在量及びＶＥ３０３存在量の関数として予測した（図５８及び図５９）。データの反復サンプリング性質に対処するために、以前に検証されているアプローチを採用し（Ｈａｒａｎ ＪＰ，Ｂｈａｔｔａｒａｉ ＳＫ，Ｆｏｌｅｙ ＳＥ，Ｄｕｔｔａ Ｐ，Ｗａｒｄ ＤＶ，Ｂｕｃｃｉ Ｖ，ＭｃＣｏｒｍｉｃｋ ＢＡ．（２０１９）Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｄｙｓｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ａｎｔｉ−ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｐａｔｈｗａｙ．ｍＢｉｏ １０：ｅ００６３２−１９参照）、ここでは、ランダムに選択された試料の１００個の異なるサブセットに対してＲＦＲを実行し（個人あたり１つの試料を選択した後）、３０個の異なる乱数シードから開始して繰り返す。微生物（常在細菌とＶＥ３０３との両方）を、３０×１００のＲＦＲ実現にわたって並べ替えた重要度変数値に基づいてランク付けした。すべての上位の重要性上位の予測因子について、累積局所効果（ＡＬＥ）プロットを生成して、各代謝産物が微生物の特徴量の変化によってどのように影響を受けるかを決定した。回帰直線を両対数変換したＡＬＥプロットに適合させ、結果をこれらの推定係数のクラスター化したヒートマップとして要約する。

Claims (217)

  1. 対象において腸内毒素症を減少させるための方法であって、前記対象に、
    １つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、前記対象の腸内毒素症を減少させることを含む、前記方法。
  2. 腸内毒素症の減少が、前記医薬組成物を投与する前のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの存在量と比べたＢａｃｔｅｒｉｏｄｅｓの存在量の増加を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記医薬組成物がＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓを含まない、請求項１または請求項２に記載の方法。
  4. 腸内毒素症の減少が、前記医薬組成物を投与する前のＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量と比べたＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの存在量の増加を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 腸内毒素症の減少が、前記医薬組成物を投与する前のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌株の存在量と比べた。
    ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌株の存在量の増加を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 腸内毒素症の減少が、前記医薬組成物を投与する前のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌株の存在量と比べたＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＶＩＩに属する細菌株の存在量の増加を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
  7. 腸内毒素症の減少が、前記医薬組成物を投与する前の炎症に関連付けられる微生物の存在量と比べた炎症と関連付けられる微生物の存在量の減少を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 腸内毒素症の減少が、前記医薬組成物を投与する前のＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量と比べたＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量の減少を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
  9. 腸内毒素症の減少が、前記対象の微生物叢多様性の比例的増加と相関しない、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
  10. 対象において微生物叢を復元するための方法であって、前記対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、前記対象において前記微生物叢を復元することを含む、前記方法。
  11. 前記対象が、腸内毒素症誘発事象を受けていない、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記対象が感染症を有していない、請求項１０または請求項１１に記載の方法。
  13. 前記対象がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有していない、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記対象が抗生物質で治療されていない、請求項１０〜１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 腸内毒素症誘発事象後に対象において健康な微生物叢の回復を増加させるための方法であって、前記対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、健康な微生物叢の回復を増加させることを含む、前記方法。
  16. 前記腸内毒素症誘発事象が、１つ以上の抗生物質による治療である、請求項１５に記載の方法。
  17. 前記腸内毒素症誘発事象が、手術に関係する１つ以上の抗生物質による治療である、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  18. 前記抗生物質がバンコマイシンである、請求項１６または請求項１７に記載の方法。
  19. 前記腸内毒素症誘発事象が感染症である、請求項１５〜１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記腸内毒素症誘発事象がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅによる感染である、請求項１５〜１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記腸内毒素症誘発事象がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅによる一次感染である、請求項１５〜２０のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記腸内毒素症誘発事象がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅによる二次または再発性感染である、請求項１５〜２０のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記腸内毒素症誘発事象が旅行者下痢である、請求項１５〜２２のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記健康な微生物叢の回復が、前記医薬組成物の投与の２日以内に生じる、請求項１５〜２３のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記回復が、前記医薬組成物の前記細菌株の検出可能な定着なしに生じる、請求項１５〜２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記健康な微生物叢の回復が、前記医薬組成物の投与の非存在下での前記健康な微生物叢の回復と比べて増加する、請求項１５〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記健康な微生物叢の回復が、糞便物質移植を受けた対象における前記健康な微生物叢の回復と比べて増加する、請求項１５〜２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. 対象において微生物叢を保護するための方法であって、前記対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、前記微生物叢を保護することを含む、前記方法。
  29. 前記微生物叢が抗生物質治療から保護される、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記微生物叢が感染因子による攻撃から保護される、請求項２８または請求項２９に記載の方法。
  31. 前記微生物叢がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染から保護される、請求項２８〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記微生物叢が二次または再発性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染から保護される、請求項２８〜３１のいずれか一項に記載の方法。
  33. 対象の微生物叢に定着させるための方法であって、前記対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、前記微生物叢に定着させることを含む、前記方法。
  34. 前記医薬組成物の細菌株の少なくとも２５％が、前記対象の微生物叢に定着する、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記医薬組成物の細菌株の少なくとも５０％が、前記対象の微生物叢に定着する、請求項３３または３４に記載の方法。
  36. 前記医薬組成物の細菌株の１００％が、前記対象の微生物叢に定着する、請求項３３〜３５のいずれか一項のいずれか一項に記載の方法。
  37. 投与後に、前記対象の微生物叢中の細菌株の少なくとも２５％が前記医薬組成物の細菌株である、請求項３３〜３６のいずれか一項のいずれか一項に記載の方法。
  38. 投与後に、前記対象の微生物叢中の細菌株の少なくとも５０％が、前記医薬組成物の細菌株である、請求項３３〜３７のいずれか一項に記載の方法。
  39. 対象においてＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を治療するための方法であって、前記対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、前記Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を治療することを含む、前記方法。
  40. 前記Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染が一次Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染または再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、請求項３９に記載の方法。
  41. 対象における食物アレルギーを治療する方法であって、前記対象に、１つ以上の精製された細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、前記食物アレルギーを治療することを含む、前記方法。
  42. 前記組成物が、ＩｇＥ抗体の産生を抑制する、請求項４１に記載の方法。
  43. 前記組成物が、１つの以上のＴｈ２免疫応答を抑制する、請求項４１または４２に記載の方法。
  44. 前記組成物が、マスト細胞機能及び／またはマスト細胞脱顆粒を抑制する、請求項４１〜４３のいずれか一項に記載の方法。
  45. 前記組成物が、食物アレルギーに関連付けられる免疫応答を調節する、請求項４１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
  46. 前記１つ以上の細菌株が、前記医薬組成物の最初の投与から少なくとも４週間後に前記微生物叢中で検出される、請求項１〜４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. 前記１つ以上の細菌株が、前記医薬組成物の最初の投与から少なくとも６週間後に前記微生物叢中で検出される、請求項１〜４６のいずれか一項に記載の方法。
  48. 前記１つ以上の細菌株が、前記医薬組成物の最初の投与から少なくとも１２週間後に前記微生物叢中で検出される、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記１つ以上の細菌株が、前記医薬組成物の最初の投与から少なくとも６か月後に前記微生物叢中で検出される、請求項１〜４８のいずれか一項に記載の方法。
  50. 前記１つ以上の細菌株が、前記医薬組成物の最初の投与から少なくとも１２か月後に前記微生物叢中で検出される、請求項１〜４９のいずれか一項に記載の方法。
  51. 対象の微生物叢に定着させるための方法であって、前記対象に抗生物質を投与した後、１つ以上の細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、前記微生物叢に定着させることを含む、前記方法。
  52. 前記細菌組成物の細菌株の各々が前記微生物叢に定着する、請求項５１に記載の方法。
  53. 前記医薬組成物の細菌株が、長期間にわたって前記微生物叢に定着する、請求項５１または請求項５２に記載の方法。
  54. 前記抗生物質がバンコマイシンである、請求項５１〜５３のいずれか一項に記載の方法。
  55. 前記医薬組成物が、単回用量として投与される、請求項５１〜５４のいずれか一項に記載の方法。
  56. 前記医薬組成物が、複数回用量で投与される、請求項５１〜５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. 前記１つ以上の細菌株が、１つ以上のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ抑制株を含む、請求項１〜５６のいずれか一項に記載の方法。
  58. 移植片対宿主病（ＧｖＨＤ）を治療するための方法であって、対象に、１つ以上の細菌株を含む治療有効量の医薬組成物を投与して、微生物叢に定着させることを含む、前記方法。
  59. 前記医薬組成物が、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩに属する１つ以上の細菌株を含む、請求項１〜５８のいずれか一項に記載の方法。
  60. 前記医薬組成物が、細菌株Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａを含む、請求項１〜５９のいずれか一項に記載の方法。
  61. 前記医薬組成物が、細菌株Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａからなる、請求項１〜６０のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記医薬組成物が、配列番号６として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１〜６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記医薬組成物が、配列番号６として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む単一の細菌株からなる、請求項１〜６２のいずれか一項に記載の方法。
  64. 前記医薬組成物が、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ、ＸＩＶａ、及びＸＶＩＩの各々に属する１つ以上の細菌株を含む、請求項１〜６０及び６２のいずれか一項に記載の方法。
  65. 前記医薬組成物が、少なくとも５０％のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａに属する細菌株を含む、請求項１〜６０、６２、及び６４のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記医薬組成物が、少なくとも７５％のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する細菌株を含む、請求項１〜６０、６２、６４、及び６５のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記医薬組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、請求項１〜６０、６２、及び６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記医薬組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉからなる、請求項１〜６０、６２、及び６４〜６７のいずれか一項に記載の方法。
  69. 前記医薬組成物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物を含む、請求項１〜６０、６２、及び６４〜６８のいずれか一項に記載の方法。
  70. 前記医薬組成物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物からなる、請求項１〜６０、６２、及び６４〜６９のいずれか一項に記載の方法。
  71. 前記医薬組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、請求項１〜６０、６２、及び６４〜７０のいずれか一項に記載の方法。
  72. 前記医薬組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉからなる、請求項１〜６０、６２、及び６４〜７１のいずれか一項に記載の方法。
  73. 前記医薬組成物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、及び配列番号８として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物を含む、請求項１〜６０、６２、及び６４〜７２のいずれか一項に記載の方法。
  74. 前記医薬組成物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、及び配列番号８として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物からなる、請求項１〜６０、６２、及び６４〜７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. 前記医薬組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ−６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ−１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）を含む精製された細菌混合物を含む、請求項１〜６０、６２、及び６４〜７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記医薬組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ−６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ−１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）を含む精製された細菌混合物からなる、請求項１〜６０、６２、及び６４〜７５のいずれか一項に記載の方法。
  77. 前記医薬組成物が、少なくとも１．６×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む、請求項１〜７６のいずれか一項に記載の方法。
  78. 前記医薬組成物が、少なくとも４．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む、請求項１〜７７のいずれか一項に記載の方法。
  79. 前記医薬組成物が、少なくとも８．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む、請求項１〜７８のいずれか一項に記載の方法。
  80. 前記医薬組成物が、少なくとも４．０×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む、請求項１〜７９のいずれか一項に記載の方法。
  81. 前記医薬組成物が、少なくとも１．１×１０１１ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む、請求項１〜８０のいずれか一項に記載の方法。
  82. 前記医薬組成物が、少なくとも１．７×１０１１ＣＦＵを含む、請求項１〜８１のいずれか一項に記載の方法。
  83. 前記医薬組成物が、１回用量として投与される、請求項１〜８２のいずれか一項に記載の方法。
  84. 前記医薬組成物が、複数回用量として投与される、請求項１〜８３のいずれか一項に記載の方法。
  85. 各用量が、複数のカプセルの投与を含む、請求項８３または請求項８４に記載の方法。
  86. 各カプセルが、少なくとも８．０×１０８ＣＦＵを含む、請求項８５に記載の方法。
  87. 各カプセルが、少なくとも１．６×１０９ＣＦＵを含む、請求項８６に記載の方法。
  88. 前記医薬組成物が、少なくとも１．６×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、単回用量として投与される、請求項１〜８７のいずれか一項に記載の方法。
  89. 前記医薬組成物が、少なくとも４．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、単回用量として投与される、請求項１〜８８のいずれか一項に記載の方法。
  90. 前記医薬組成物が、少なくとも８．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、単回用量として投与される、請求項１〜８９のいずれか一項に記載の方法。
  91. 前記医薬組成物が、少なくとも４．０×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、複数回用量として投与される、請求項１〜８７のいずれか一項に記載の方法。
  92. 前記医薬組成物が、少なくとも４．０×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、５回用量として投与される、請求項９１に記載の方法。
  93. 前記医薬組成物が、少なくとも２．８×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、複数回用量として投与される、請求項１〜８７及び９１のいずれか一項に記載の方法。
  94. 前記医薬組成物が、少なくとも２．８×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、７回用量として投与される、請求項９３に記載の方法。
  95. 前記医薬組成物が、少なくとも５．６×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、複数回用量として投与される、請求項１〜８７、９１、及び９３のいずれか一項に記載の方法。
  96. 前記医薬組成物が、少なくとも５．６×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、１４回用量として投与される、請求項９５に記載の方法。
  97. 前記医薬組成物が、少なくとも１．１×１０１１ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、複数回用量で投与される、請求項１〜８７、９１、９３、及び９５のいずれか一項に記載の方法。
  98. 前記医薬組成物が、少なくとも１．１×１０１１ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、１４回用量で投与される、請求項９７に記載の方法。
  99. 前記医薬組成物が、少なくとも１．７×１０１１ＣＦＵを含む、請求項１〜９８のいずれか一項に記載の方法。
  100. 前記医薬組成物が、少なくとも１．７×１０１１ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含み、１４回用量で投与される、請求項９８に記載の方法。
  101. 前記複数回用量が連日投与される、請求項９１〜９９または１００のいずれか一項に記載の方法。
  102. 前記医薬組成物の１回以上の追加投与をさらに含む、請求項１〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
  103. 前記医薬組成物の１回以上の追加投与が、前記医薬組成物の初回投与と比較してより少ないＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む、請求項１０２に記載の方法。
  104. 前記医薬組成物の１回以上の追加投与が、前記医薬組成物の初回投与に続いて連日行われる、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  105. 前記医薬組成物の１回以上の追加投与が、前記医薬組成物の初回投与の少なくとも６週後に行われる、請求項１０２〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
  106. 前記医薬組成物の１回以上の追加投与が、前記医薬組成物の初回投与の少なくとも１２週後に行われる、請求項１０２〜１０５のいずれか一項に記載の方法。
  107. 前記医薬組成物が、少なくとも２．１×１０１０ＣＦＵ（コロニー形成単位）を含む、請求項１〜１０６のいずれか一項に記載の方法。
  108. 前記医薬組成物が、複数回用量で投与される、請求項１０７に記載の方法。
  109. 前記医薬組成物が、５回用量で投与される、請求項１０７または請求項１０８に記載の方法。
  110. 前記医薬組成物が５日連続で投与される、請求項１０７〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
  111. 前記医薬組成物が、２回の高用量、続く３回の低用量として投与される、請求項１０７〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
  112. 前記高用量が８．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）である、請求項１１１に記載の方法。
  113. 前記低用量が１．６×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）である、請求項１１１または請求項１１２に記載の方法。
  114. 前記医薬組成物が、８．０×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）の２回用量、続く１．
    ６×１０９ＣＦＵ（コロニー形成単位）の３回用量として投与される、請求項１０８〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
  115. 前記医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない、請求項１〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
  116. 前記医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない、請求項１〜１１５のいずれか一項に記載の方法。
  117. 前記医薬組成物の投与前に抗生物質を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
  118. 前記抗生物質が、バンコマイシン、フィダキソマイシン、またはリジニラゾールである、請求項１１５または１１７に記載の方法。
  119. 前記抗生物質がバンコマイシンである、請求項１１５、１１７、または１１８のいずれか一項に記載の方法。
  120. 前記バンコマイシンが、前記医薬組成物の細菌株のうちの１つ以上の定着を可能にするのに十分な用量で投与される、請求項１１９に記載の方法。
  121. 前記バンコマイシンが、１日あたり５００ｍｇで投与される、請求項１〜１１４または１１６〜１２０のいずれか一項に記載の方法。
  122. 前記バンコマイシンが、１日あたり１２５ｍｇの４回用量で投与される、請求項１２１に記載の方法。
  123. 前記バンコマイシンが、１日あたり２５０ｍｇで投与される、請求項１〜１１４または１１６〜１２２のいずれか一項に記載の方法。
  124. 前記バンコマイシンが、１日あたり１２５ｍｇの２回用量で投与される、請求項１２３に記載の方法。
  125. 前記バンコマイシンが、１日あたり１２５ｍｇで投与される、請求項１〜１１４または１１６〜１２２のいずれか一項に記載の方法。
  126. 前記バンコマイシンが５日連続で投与される、請求項１１９〜１２５のいずれか一項に記載の方法。
  127. 前記バンコマイシンが３日連続して投与される、請求項１１９〜１２５のいずれか一項に記載の方法。
  128. 前記バンコマイシンが１日投与される、請求項１１９〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
  129. ２５０ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の投与日の直前の日に投与される、請求項１２８に記載の方法。
  130. ２５０ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の投与日の２日前に投与され、前記方法が、前記医薬組成物の前記投与日の前に休薬日を含む、請求項１２９に記載の方法。
  131. ２５０ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の投与日の直前に３日連続で投与される、請求項１２８に記載の方法。
  132. ２５０ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の投与日の２日前までに３日連続で投与され、前記方法が、前記医薬組成物の前記投与日の１日前に休薬日を含む、請求項１３１に記載の方法。
  133. 前記５００ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の投与日の直前に５日連続で投与される、請求項１２８に記載の方法。
  134. 前記５００ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の投与日の２日前まで５日連続して投与され、前記方法が、前記医薬組成物の前記投与日の１日前に休薬日を含む、請求項１３３に記載の方法。
  135. 前記細菌株のうちの１つ以上が凍結乾燥される、請求項１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  136. 前記細菌株のうちの１つ以上が噴霧乾燥される、請求項１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
  137. 前記細菌株のうちの１つ以上が胞子型である、請求項１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
  138. 前記１つ以上の細菌株の各々が胞子型である、請求項１〜１３７のいずれか一項に記載の方法。
  139. 前記細菌株のうちの１つ以上が栄養型である、請求項１〜１３７のいずれか一項に記載の方法。
  140. 前記１つ以上の細菌株の各々が栄養型である、請求項１〜１３７または１３９のいずれか一項に記載の方法。
  141. 前記医薬組成物が、１つ以上の腸溶性ポリマーをさらに含む、請求項１〜１４０のいずれか一項に記載の方法。
  142. 投与が経口投与である、請求項１〜１４１のいずれか一項に記載の方法。
  143. 前記医薬組成物が経口送達のために製剤化される、請求項１〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
  144. 前記医薬組成物が直腸送達のために製剤化される、請求項１〜１４１のいずれか一項に記載の方法。
  145. 前記医薬組成物が腸への送達のために製剤化される、請求項１〜１４４のいずれか一項に記載の方法。
  146. 前記医薬組成物が結腸への送達のために製剤化される、請求項１〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
  147. 請求項１〜１４６のいずれか一項に記載の方法で使用される治療有効量の前記医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、一次胆汁酸のレベルを低下させるための方法。
  148. 前記一次胆汁酸が、グリコケノデオキシコール酸、グリココール酸、またはタウロコール酸である、請求項１４７に記載の方法。
  149. 前記対象がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有し、任意選択で、前記Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染が再発性である、請求項１４７または１４８に記載の方法。
  150. 前記医薬組成物により、一次胆汁酸のレベルが１０分の１〜１００，０００分の１に低下する、請求項１４７〜１４９のいずれか一項に記載の方法。
  151. 前記医薬組成物により、一次胆汁酸のレベルが１０分の１に低下する、請求項１５０のいずれか一項に記載の方法。
  152. 前記医薬組成物により、一次胆汁酸のレベルが１００分の１に低下する、請求項１５０に記載の方法。
  153. 前記医薬組成物により、一次胆汁酸のレベルが１，０００分の１に低下する、請求項１５０に記載の方法。
  154. 前記医薬組成物により、一次胆汁酸のレベルが１０，０００分の１に低下する、請求項１５０に記載の方法。
  155. 請求項１〜１４６のいずれか一項に記載の治療有効量の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、二次胆汁酸のレベルを増加させるための方法。
  156. 前記二次胆汁酸が、デオキシコール酸、リトコール酸、またはウルソデオキシコール酸である、請求項１５５に記載の方法。
  157. 前記対象がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有し、任意選択で、前記Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染が再発性である、請求項１５５または１５６に記載の方法。
  158. 前記医薬組成物により、二次胆汁酸のレベルが１０倍〜１，０００倍に上昇する、請求項１５５〜１５７のいずれか一項に記載の方法。
  159. 前記医薬組成物により、二次胆汁酸のレベルが１０倍に上昇する、請求項１５８に記載の方法。
  160. 前記医薬組成物により、二次胆汁酸のレベルが１００倍に上昇する、請求項１５８に記載の方法。
  161. 一次胆汁酸のレベルの上昇または二次胆汁酸のレベルの低下を特徴とする疾患を治療するための方法であって、請求項１〜１４６のいずれか一項に記載の方法に使用される治療有効量の前記医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、前記方法。
  162. 前記一次胆汁酸のレベルの上昇または二次胆汁酸のレベルの低下を特徴とする疾患が、ＩＢＤ、ＩＢＳ、病原体による感染、食物アレルギー、代謝性疾患、及び心血管疾患からなる群から選択される、請求項１６１に記載の方法。
  163. 請求項１〜１４６のいずれか一項に記載の治療有効量の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、短鎖脂肪酸のレベルを上昇させるための方法。
  164. 前記短鎖脂肪酸が、酢酸塩、プロピオン酸塩、酪酸塩、または吉草酸塩である、請求項１６３に記載の方法。
  165. 前記対象がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染を有し、任意選択で、前記Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染が再発性である、請求項１６３または１６４に記載の方法。
  166. 前記医薬組成物により、短鎖脂肪酸のレベルが２倍〜５００倍に上昇する、請求項１６３〜１６５のいずれか一項に記載の方法。
  167. 前記医薬組成物により、短鎖脂肪酸のレベルが２倍に上昇する、請求項１６６に記載の方法。
  168. 前記医薬組成物により、短鎖脂肪酸のレベルが１０倍に上昇する、請求項１６６に記載の方法。
  169. 前記医薬組成物により、短鎖脂肪酸のレベルが５０倍に上昇する、請求項１６６に記載の方法。
  170. 前記医薬組成物により、短鎖脂肪酸のレベルが１００倍に上昇する、請求項１６６に記載の方法。
  171. 短鎖脂肪アミノ酸のレベルの低下を特徴とする疾患を治療するための方法であって、請求項１〜１４６のいずれか一項に記載の方法に使用される治療有効量の前記医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、前記方法。
  172. 前記短鎖脂肪アミノ酸のレベルの低下を特徴とする疾患が、ＩＢＤ、ＩＢＳ、病原体による感染、食物アレルギー、代謝性疾患、及び心血管疾患からなる群から選択される、請求項１７１に記載の方法。
  173. 前記医薬組成物の投与前に抗生物質を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１４７〜１７２のいずれか一項に記載の方法。
  174. 前記抗生物質が、バンコマイシン、メトロニダゾール、フィダキソマイシン、またはリジニラゾールである、請求項１７３に記載の方法。
  175. 前記抗生物質がバンコマイシンである、請求項１７３または１７４に記載の方法。
  176. 前記バンコマイシンが、前記医薬組成物の細菌株のうちの１つ以上の定着を可能にするのに十分な用量で投与される、請求項１７５に記載の方法。
  177. 前記バンコマイシンが、１日あたり５００ｍｇで投与される、請求項１７４〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
  178. 前記バンコマイシンが、１日あたり１２５ｍｇの４回用量で投与される、請求項１７７に記載の方法。
  179. 前記バンコマイシンが、１日あたり２５０ｍｇで投与される、請求項１７４〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
  180. 前記バンコマイシンが、１日あたり１２５ｍｇの２回用量で投与される、請求項１７９に記載の方法。
  181. 前記バンコマイシンが、１日あたり１２５ｍｇで投与される、請求項１７４〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
  182. 前記バンコマイシンが５日連続で投与される、請求項１７４〜１８１のいずれか一項に記載の方法。
  183. 前記バンコマイシンが３日連続で投与される、請求項１７４〜１８１のいずれか一項に記載の方法。
  184. 前記バンコマイシンが１日投与される、請求項１７４〜１８１のいずれか一項に記載の方法。
  185. ２５０ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の投与日の直前の日に投与される、請求項１８４に記載の方法。
  186. ２５０ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の投与日の２日前に投与され、前記方法が、前記医薬組成物の前記投与日の前に休薬日を含む、請求項１８４に記載の方法。
  187. ２５０ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の前記投与日の直前に３日連続で投与される、請求項１８３に記載の方法。
  188. ２５０ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の前記投与日の２日前までに３日連続で投与され、前記方法が、前記医薬組成物の前記投与日の１日前に休薬日を含む、請求項１８７に記載の方法。
  189. ５００ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の前記投与日の直前に５日連続で投与される、請求項１８２に記載の方法。
  190. 前記５００ｍｇのバンコマイシンが、前記医薬組成物の投与日の２日前までに５日連続で投与され、前記方法が、前記医薬組成物の投与日の１日前に休薬日を含む、請求項１８９に記載の方法。
  191. 対象の微生物叢における細菌組成物の１つ以上の細菌株の定着を評価するための方法であって、
    前記方法が、核酸を前記対象の微生物叢の試料から単離することと、
    前記単離された核酸を配列決定して、前記単離された核酸の複数のヌクレオチド配列を取得することと、
    前記細菌組成物の少なくとも１つの細菌株の存在を、前記複数のヌクレオチド配列を前記細菌組成物の各細菌株に対する複数のゲノムマーカーと比較することによって決定することと、を含み、
    細菌株に対するゲノムマーカーが前記複数のヌクレオチド配列に存在する場合、前記微生物叢に細菌株が定着している、前記方法。
  192. 前記細菌組成物の細菌株のうちの１つ以上が、前記複数のヌクレオチド配列に存在しない場合、前記方法が、前記細菌組成物の１回以上の追加用量を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１９１に記載の方法。
  193. 前記対象が、前記細菌組成物の１回以上の用量を以前に投与された、請求項１９１または１９２に記載の方法。
  194. 前記微生物叢の試料が、前記対象から取得した糞便試料である、請求項１９１〜１９３のいずれか一項に記載の方法。
  195. 前記配列決定がＤＮＡ配列決定である、請求項１９１〜１９４のいずれか一項に記載の方法。
  196. 前記複数のゲノムマーカーが、前記細菌組成物の各細菌株について２００〜１０００個のヌクレオチド配列を含む、請求項１９１〜１９５のいずれか一項に記載の方法。
  197. 前記複数のゲノムマーカーの各ゲノムマーカーが、２５〜７５個のヌクレオチドを含む、請求項１９１〜１９６のいずれか一項に記載の方法。
  198. 前記複数のゲノムマーカーの各ゲノムマーカーが、約５０個のヌクレオチドを含む、請求項１９７に記載の方法。
  199. 前記細菌組成物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８として示される核酸配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる精製された細菌混合物を含む、請求項１９１〜１９８のいずれか一項に記載の方法。
  200. 前記細菌組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、請求項１９１〜１９８のいずれか一項に記載の方法。
  201. 細菌株のゲノムマーカーが前記複数のヌクレオチド配列に存在しない場合、前記方法が、前記細菌組成物の１回以上の追加用量を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１９１〜２００のいずれか一項に記載の方法。
  202. 対象の微生物叢における細菌組成物の１つ以上の細菌株の定着を評価するための方法であって、前記方法が、
    核酸を前記対象の微生物叢の試料から単離することと、
    前記細菌組成物の少なくとも１つの細菌株の存在を、前記単離された核酸中の少なくとも１つの細菌株に対するゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅することによって決定することと、を含み、
    細菌株に対するゲノムマーカーが前記増幅されたヌクレオチド配列に存在する場合、前記微生物叢に前記細菌株が定着している、前記方法。
  203. 増幅することが、１つ以上の定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）を実行することを含む、請求項２０２に記載の方法。
  204. 前記ｑＰＣＲが、プライマーの１つ以上の対を使用して実行され、プライマーの各対が、前記細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための順方向プライマー及び逆方向プライマーを含む、請求項２０２または２０３に記載の方法。
  205. 前記細菌株のゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための順方向プライマー及び逆方向プライマーを含むプライマーの対を選択することをさらに含む、請求項２０２〜２０４のいずれか一項に記載の方法。
  206. 前記ゲノムマーカーの前記ヌクレオチド配列を増幅するための前記プライマーの対が、配列番号９に示される順方向プライマー及び配列番号１０に示される逆方向プライマーを含む、請求項２０４または２０５に記載の方法。
  207. 前記ゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための前記プライマーの対が、配列番号１２に示される順方向プライマー及び配列番号１３に示される逆方向プライマーを含む、請求項２０４または２０５に記載の方法。
  208. 前記ゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための前記プライマーの対が、配列番号１５に示される順方向プライマー及び配列番号１６に示される逆方向プライマーを含む、請求項２０４または２０５に記載の方法。
  209. 前記ゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための前記プライマーの対が、配列番号１８に示される順方向プライマー及び配列番号１９に示される逆方向プライマーを含む、請求項２０４または２０５に記載の方法。
  210. 前記ゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための前記プライマーの対が、配列番号２１に示される順方向プライマー及び配列番号２２に示される逆方向プライマーを含む、請求項２０４または２０５に記載の方法。
  211. 前記ゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための前記プライマーの対が、配列番号２４に示される順方向プライマー及び配列番号２５に示される逆方向プライマーを含む、請求項２０４または２０５に記載の方法。
  212. 前記ゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための前記プライマーの対が、配列番号２７に示される順方向プライマー及び配列番号２８に示される逆方向プライマーを含む、請求項２０４または２０５に記載の方法。
  213. 前記ゲノムマーカーのヌクレオチド配列を増幅するための前記プライマーの対が、配列番号３０に示される順方向プライマー及び配列番号３１に示される逆方向プライマーを含む、請求項２０４または２０５に記載の方法。
  214. 前記ｑＰＣＲ反応がＤＮＡプローブをさらに含む、請求項２０２〜２１３のいずれか一項に記載の方法。
  215. 前記ＤＮＡプローブが、フルオロフォアと少なくとも１つのクエンチャーとを含む、請求項２１４に記載の方法。
  216. 前記ＤＮＡプローブが、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１７、配列番号２０、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２９、及び／または配列番号３２に示される配列を含む、請求項２１４または２１５に記載の方法。
  217. 細菌株に対するゲノムマーカーが前記増幅されたヌクレオチド配列に存在しない場合、前記方法が、前記細菌組成物の１回以上の追加用量を前記対象に投与することをさらに含む、請求項２０２〜２１６のいずれか一項に記載の方法。
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