KR102658297B1 - 클로스트리디움 디피실레 감염의 치료 - Google Patents

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Abstract

본원에는 병원성 감염의 치료 또는 예방을 위한 조성물 및 방법이 제공된다.

Description

클로스트리디움 디피실레 감염의 치료{TREATMENT OF CLOSTRIDIUM DIFFICILE INFECTION}
관련 출원
본 출원은 35 U.S.C. § 119(e) 하에 2016년 6월 14일에 출원된 미국 가출원 번호 62/349,914를 우선권 주장하며, 이 가출원은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
발명의 분야
본 개시내용은 정제된 박테리아 균주의 조성물, 및 이러한 조성물을 병원성 감염이 있는 대상체에게 투여함으로써, 병원성 감염, 예컨대 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile) 감염을 치료하는 방법에 관한 것이다.
인체 내부 및 인체 상에 상주하는 박테리아, 바이러스 및 진균 공생 미생물의 집합체가 집합적으로 인간 마이크로바이옴(microbiome)으로서 공지되어 있다. 인간 마이크로바이옴의 박테리아 서브세트는 숙주 영양분 획득, 발달, 면역학적 항상성, 신경학적 건강 및 병원체에 대항한 보호에 있어 중요한 역할을 한다 (LeBlanc et al. Curr. Opin. Biotechnol. (2013) 24(2): 160-168; Hooper et al. Science (2012) 336(6086): 1268-1273; Hughes et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(7): 1066-1074). 포유동물의 공생 균의 가장 큰 저장고로서, 위장관 (GI)에 상주하는 박테리아는 인간 생물학의 이러한 측면 거의 모두에 영향을 미친다 (Blaser J. Clin. Invest. (2014) 124(10): 4162-4165). 결과적으로, 장내 불균형(dysbiosis)으로서 공지된 상태인, GI 생태적 적소 내의 정상적인 박테리아 집단의 교란은 인간에게 다양한 질환을 일으킬 수 있다.
클로스트리디움 디피실레 감염 (CDI)은 혐기성 포자 형성 그램 양성 병원체 클로스트리디움 디피실레에 의한 장내 콜로니 형성 후에 발생된다. 위장관의 콜로니 형성 시, 씨. 디피실레(C. difficile)는 설사를 일으키는 독소를 생산하며 궁극적으로 사망으로 이어질 수 있다. 이러한 질병은 병원내 설사의 가장 흔하게 식별 가능한 원인이며 장내 불균형의 직접적인 결과로서 발생한다고 여겨진다 (Calfee Geriatrics (2008) 63: 10-21; Shannon-Lowe et al. BMJ (2010) 340: c1296). 놀랍지도 않게, 거의 모든 부류의 항생제의 활용이, 아마도 위장관에서의 장내 불균형을 유도하고 그에 의해 씨. 디피실레의 증식을 가능하게 함으로써 CDI와 관련되었다. 질병 통제 센터는 현재, CDI를 많은 약물에 대한 그의 자연적인 내성과 현재는 북미와 유럽 전역에 퍼져있는 플루오로퀴놀론 내성 균주의 출현으로 인해 즉각적이고 공격적인 행동이 필요한 공중 보건 위협으로서 분류하고 있다. 씨. 디피실레는 거의 50만 건의 감염에 대해 책임이 있으며, 2011년에는 대략 29,000건의 사망과 연관이 있었다 (Lessa et al. NEJM 2015, 372: 825-834).
항생제 메트로니다졸, 반코마이신, 및 피닥소미신이 CDI의 치료를 위한 현재의 치료 옵션이다. 그러나, 메트로니다졸은 반응 속도가 감소하기 때문에 부적절하며, 메트로니다졸이나 반코마이신 어느 것도 질환 재발을 예방하지 못하였는데, 초기에 반응한 환자의 30% 이하가 항생제 중단 후 임상적 재발을 경험하였다 (Miller Expert Opin. Pharmacother. (2010) 11: 1569-1578). 피닥소미신은 재발되는 CDI를 예방하는 데 있어서 반코마이신보다 탁월한 것으로 밝혀졌다 (Mullane Ther. Adv. Chronic Dis. (2014) 5(2): 69-84). 그의 협소한 활성 스펙트럼으로 인해, 피닥소미신은 장내 불균형 및 CDI 후의 소화관의 정상적인 마이크로바이옴 재증식을 가능하게 함으로써, 재발성 질환의 가능성을 저하시키는 것으로 여겨진다 (Tannock et al. Microbiology (2010) 156 (Pt 11): 3354-3359; Louie et al. Clin. Infect. Dis. (2012) 55 Suppl. 2: S132-142). 그럼에도 불구하고, 피닥소미신으로 치료받은 환자의 14%가 CDI 재발을 경험하고, 저하된 감수성을 부여하는 돌연변이가 이미 보고되었다 (Eyre et al. J. Infect. Dis. (2014) 209(9): 1446-1451).
재발성 CDI의 위험이 항생제 사용에 의해 높아지고 씨. 디피실레 포자가 본질적으로 이용 가능한 화학 요법 무기고에 저항하기 때문에, CDI의 치료를 위한 대체 치료 양식이 추진되고 있다. 대변 미생물무리 이식 (FMT)이, CDI에 대항하여 효능을 나타낸 그러한 양식 중 하나이다 (Khoruts et al. Immunol. Lett. (2014) 162(2): 77-81; van Nood et al. N. Engl. J. Med. (2013) 368(5): 407-415). 현재까지, CDI의 치료를 위한 FMT 연구의 결과는 세 가지 무작위 제어 연구에서 90%까지의 치유율을 보고하였다 (Cammarota et al. Alimen. Pharmacol. Therap. (2015) 41(9): 835-843; Kassam et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(4): 500-508; van Nood et al. N. Engl. J. Med. (2013) 368(5): 407-415; Youngster et al. Infec. Dis. Soc. Am. (2014) 58(11): 1515-1522).
FMT의 성공에도 불구하고, 이러한 치료 접근법에 위험 및 물류 문제가 없는 것은 아니다. FMT 공여자의 선별은 매우 중요하며 어려운 일이다. FMT 공여자 모집이 엄격한 스크리닝 및 표준화 프로토콜로 수행되는 경우, 대부분의 장래 공여자는 이러한 프로세스에 실패하게 된다. 장래 FMT 공여자의 6 내지 10%만이 자격을 갖추며, 대다수의 실패는 GI 병원체의 무증상 운반으로 인해 발생한다 (Paramsothy et al. Inflamm. Bowel Dis. (2015) 21(7): 1600-1606; Borody et al. Curr. Opin. Gastroenterol. (2014) 30(10): 97-105; Burns et al. Gastroenterology (2015) 148: S96-S97; Surawicz Ann. Intern. Med. (2015) 162(9): 662-663). 더욱이, 공여자 간의 차이로 인해 FMT 효능에 있어서의 변동이 발생될 수 있다. 또한, 심지어 비-감염성 질병의 전염 위험도가 FMT에 의해 높아질 수 있다. 실제로, 과체중 대변 공여자로부터의 FMT를 받은 환자에게서 유의적인 체중 증가가 보고되었다 (Alang et al. Open Forum Infect. Dis. (Winter 2015) 2(1)).
본원에는 씨. 디피실레를 포함한 병원성 감염의 치료 또는 예방을 위한 조성물 및 방법이 제공된다.
한 측면에서, 본 개시내용은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다: 클로스트리디움 하테와이이(Clostridium hathewayi), 블라우티아 한세니이(Blautia hansenii), 블라우티아 프로둑타(Blautia producta), 블라우티아 프로둑타 ATCC 27340, 클로스트리디움 박테리움(Clostridium bacterium) UC5.1-1D4, 블라우티아 코코이데스(Blautia coccoides), 유박테리움 콘토르툼(Eubacterium contortum), 유박테리움 피시카테나(Eubacterium fissicatena), 셀리모나스 인테스티날리스(Sellimonas intestinalis), 드란코우르텔라 마실리엔시스(Drancourtella massiliensis), 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 루미노코쿠스 토르퀘스(Ruminococcus torques), 아나에로스티페스 카카에(Anaerostipes caccae), 클로스트리디움 신덴스(Clostridium scindens), 마르빈브리안티아 포르마텍시겐스(Marvinbryantia formatexigens), 에이센베르기엘라 타이이(Eisenbergiella tayi), 플라보니프락토 플라우티이(Flavonifractor plautii), 클로스트리디움 오르비신덴스(Clostridium orbiscindens) 1_3_50AFAA, 라크노스피라세아에 박테리움(Lachnospiraceae bacterium) 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸(Subdoligranulum), 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스(Anaerotruncus colihominis), 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 클로스트리디움 심비오숨(Clostridium symbiosum), 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에(Clostridium bolteae), 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나(Dorea longicatena), 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 이노쿠움(Clostridium innocuum), 에리시펠로트리카세아에_박테리움(Erysipelotrichaceae_bacterium)_21-3, 블라우티아 웩슬레라에(Blautia wexlerae), 클로스트리디움 디스포리쿰(Clostridium disporicum), 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨(Erysipelatoclostridium ramosum), 슈도플라보니프락토 카필로수스(Pseudoflavonifractor capillosus), 투리시박터 산구이니스(Turicibacter sanguinis), 락토바실루스 뮤코사에(Lactobacillus mucosae), 루미노코쿠스 오베움(Ruminococcus obeum), 메가스파에라 엘스데니이(Megasphaera elsdenii), 아시다미노코쿠스 페르멘탄스(Acidaminococcus fermentans), 아시다미노코쿠스 인테스티니(Acidaminococcus intestini), 루미노코쿠스 파에시스(Ruminococcus faecis), 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스(Bacteroides cellulosilyticus), 아나에로스티페스 하드루스(Anaerostipes hadrus), 유박테리움 렉탈레(Eubacterium rectale), 루미노코쿠스 캄파넬렌시스(Ruminococcus champanellensis), 루미노코쿠스 알부스(Ruminococcus albus), 비피도박테리움 비피둠(Bifidobacterium bifidum), 블라우티아 루티(Blautia luti), 로세부리아 파에시스(Roseburia faecis), 푸시카테니박터 사카리보란스(Fusicatenibacter saccharivorans), 로세부리아 파에시스, 블라우티아 파에시스(Blautia faecis), 도레아 포르미시게네란스(Dorea formicigenerans) 및 박테로이데스 오바투스(Bacteroides ovatus).
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 프로둑타 ATCC 27340, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 블라우티아 코코이데스, 유박테리움 콘토르툼, 유박테리움 피시카테나, 셀리모나스 인테스티날리스, 드란코우르텔라 마실리엔시스, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 루미노코쿠스 토르퀘스, 아나에로스티페스 카카에, 클로스트리디움 신덴스, 마르빈브리안티아 포르마텍시겐스, 에이센베르기엘라 타이이, 플라보니프락토 플라우티이, 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 블라우티아 웩슬레라에, 투리시박터 산구이니스, 락토바실루스 뮤코사에, 및 박테로이데스 오바투스.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 코코이데스, 유박테리움 콘토르툼, 유박테리움 피시카테나, 아나에로스티페스 카카에, 클로스트리디움 신덴스, 마르빈브리안티아 포르마텍시겐스, 및 에이센베르기엘라 타이이.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 플라보니프락토 플라우티이, 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 유박테리움 피시카테나, 셀리모나스 인테스티날리스, 드란코우르텔라 마실리엔시스, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 루미노코쿠스 토르퀘스, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 프로둑타 ATCC 27340, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 클로스트리디움 이노쿠움, 및 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 및 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 셀리모나스 인테스티날리스, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 및 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21_3.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 정제된 박테리아 균주 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 및 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 정제된 박테리아 균주 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 셀리모나스 인테스티날리스 GD1, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 및 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21_3을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 플라보니프락토 플라우티이, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 드란코우르텔라 마실리엔시스, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 볼테아에, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 프로둑타, 및 클로스트리디움 이노쿠움.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 정제된 박테리아 균주 플라보니프락토 플라우티이, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 드란코우르텔라 마실리엔시스, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 볼테아에, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 프로둑타, 및 클로스트리디움 이노쿠움을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 플라보니프락토 플라우티이, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 유박테리움 피시카테나, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 볼테아에, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 프로둑타, 및 클로스트리디움 이노쿠움.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 정제된 박테리아 균주 플라보니프락토 플라우티이, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 유박테리움 피시카테나, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 볼테아에, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 프로둑타, 및 클로스트리디움 이노쿠움을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 플라보니프락토 플라우티이, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 유박테리움 피시카테나, 루미노코쿠스 토르퀘스, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 볼테아에, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 프로둑타, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 및 박테로이데스 오바투스.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 및 박테로이데스 오바투스.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 셀리모나스 인테스티날리스, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 및 박테로이데스 오바투스.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 종 플라보니프락토 플라우티이, 서브돌리그라눌룸, 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA의 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 종 박테로이데스 오바투스의 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 청구항 4 내지 12 중 어느 하나의 조성물에서, 조성물은 종 플라보니프락토 플라우티이, 서브돌리그라눌룸, 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA의 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 클로스트리디움 신덴스, 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 웩슬레라에, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 코코이데스, 도레아 롱기카테나, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 플라보니프락토 플라우티이, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 및 클로스트리디움 심비오숨. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 종 플라보니프락토 플라우티이, 서브돌리그라눌룸, 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA의 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 클로스트리디움 신덴스, 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 웩슬레라에, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 도레아 롱기카테나, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 플라보니프락토 플라우티이, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 투리시박터 산구이니스, 및 락토바실루스 뮤코사에. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 종 플라보니프락토 플라우티이, 서브돌리그라눌룸 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA의 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 도레아 롱기카테나, 루미노코쿠스 오베움, 메가스파에라 엘스데니이, 아시다미노코쿠스 페르멘탄스, 아시다미노코쿠스 인테스티니, 루미노코쿠스 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 아나에로스티페스 하드루스, 플라보니프락토 플라우티이, 유박테리움 렉탈레, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 알부스, 비피도박테리움 비피둠, 루미노코쿠스 파에시스, 블라우티아 루티, 로세부리아 파에시스, 푸시카테니박터 사카리보란스, 블라우티아 파에시스, 도레아 포르미시게네란스, 및 블라우티아 한세니이.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다: 아시다미노코쿠스 페르멘탄스, 아시다미노코쿠스 인테스티니, 아나에로스티페스 하드루스, 블라우티아 파에시스, 블라우티아 한세니이, 도레아 포르미시게네란스, 도레아 롱기카테나, 유박테리움 렉탈레, 플라보니프락토 플라우티이, 푸시카테니박터 사카리보란스, 메가스파에라 엘스데니이, 로세부리아 파에시스, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 알부스, 루미노코쿠스 파에시스, 및 루미노코쿠스 오베움.
한 측면에서 본 개시내용은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호(SEQ ID NO): 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 1-23, 서열식별번호: 83, 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-145, 서열식별번호: 152-159, 서열식별번호: 18, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-145 및 서열식별번호: 152-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 10 및 서열식별번호: 14-22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-159, 서열식별번호: 18, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 14-22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 129-156, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-159 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-156 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-159, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-145, 서열식별번호: 152-156, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14-22, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-159, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 14-22 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-156, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 18, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 2, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 6, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 24-79로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 24-27, 서열식별번호: 32, 서열식별번호: 34, 서열식별번호: 35, 서열식별번호: 37, 서열식별번호: 38, 서열식별번호: 40, 서열식별번호: 43, 서열식별번호: 44, 서열식별번호: 46, 서열식별번호: 47, 서열식별번호: 51, 서열식별번호: 55, 서열식별번호: 56, 서열식별번호: 62, 서열식별번호: 63, 서열식별번호: 67, 서열식별번호: 68, 서열식별번호: 70, 서열식별번호: 72, 서열식별번호: 76 및 서열식별번호: 77로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 80-82로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
한 측면에서 본 개시내용은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 84-123으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 88, 서열식별번호: 89, 서열식별번호: 90, 서열식별번호: 91, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 94, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 101, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 103, 서열식별번호: 105, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 108, 서열식별번호: 109, 서열식별번호: 110, 서열식별번호: 121, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 88, 서열식별번호: 89, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 103, 서열식별번호: 105, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 108, 서열식별번호: 109, 및 서열식별번호: 121로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 110, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 110, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 93의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 101, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 110, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 101, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 110, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하고, 여기서 조성물은 서열식별번호: 93의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 94, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 103, 서열식별번호: 105, 서열식별번호: 106, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 90, 서열식별번호: 91, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 94, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 99, 및 서열식별번호: 105로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 84, 서열식별번호: 85, 서열식별번호: 92, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 96, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 100, 서열식별번호: 104, 서열식별번호: 107, 서열식별번호: 111, 서열식별번호: 112, 서열식별번호: 113, 서열식별번호: 114, 서열식별번호: 115, 서열식별번호: 116, 서열식별번호: 117, 서열식별번호: 118, 서열식별번호: 119, 및 서열식별번호: 120으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 84, 서열식별번호: 85, 서열식별번호: 92, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 96, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 104, 서열식별번호: 107, 서열식별번호: 111, 서열식별번호: 112, 서열식별번호: 113, 서열식별번호: 114, 서열식별번호: 115, 서열식별번호: 116, 서열식별번호: 117, 및 서열식별번호: 119로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 86, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 110, 서열식별번호: 122, 및 서열식별번호: 123으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XIVa로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주 및 클로스트리디움 클러스터 XVII로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 클로스트리디움 클러스터 IV로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주 및 클로스트리디움 클러스터 XVII로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XIVa로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주, 클로스트리디움 클러스터 IV로부터의 적어도 한 가지의 균주 및 클로스트리디움 클러스터 XVII로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 하나의 박테로이데스 균주를 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 클로스트리디움 신덴스를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 적어도 20가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 포자 형성자이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 포자 형태이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 각각의 박테리아 균주가 포자 형태이다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 영양 형태이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 각각의 박테리아 균주가 영양 형태이다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 편성 혐기성 박테리아 균주만을 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 1명 초과의 인간 공여자로부터 유래되는 박테리아 균주를 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상 이 baiCD-이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 각각의 박테리아 균주가 baiCD-이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 담즙산 7-알파-탈히드록실화를 매개하지 않는다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 씨. 디피실레 독소 생산을 억제한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 씨. 디피실레 복제 및/또는 생존을 억제한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 상기 박테리아 균주가 동결건조된다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 조절 T 세포 (Treg)의 증식 및/또는 축적을 유도한다.
한 측면에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XIVa로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주 및 클로스트리디움 클러스터 XVII로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 IV로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주 및 클로스트리디움 클러스터 XVII로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 IV로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주, 클로스트리디움 클러스터 XIVa로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주 및 클로스트리디움 클러스터 XVII로부터의 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 하나의 박테로이데스 균주를 포함한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 클로스트리디움 신덴스를 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 적어도 20가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 포자 형성자이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 포자 형태이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 각각의 박테리아 균주가 포자 형태이다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 영양 형태이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 각각의 박테리아 균주가 영양 형태이다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 편성 혐기성 박테리아 균주만을 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 1명 초과의 인간 공여자로부터 유래되는 박테리아 균주를 포함한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 baiCD-이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 각각의 박테리아 균주가 baiCD-이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 담즙산 7-알파-탈히드록실화를 매개하지 않는다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 씨. 디피실레 독소 생산을 억제한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 씨. 디피실레 복제 및/또는 생존을 억제한다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 상기 박테리아 균주가 동결건조된다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 조절 T 세포 (Treg)의 증식 및/또는 축적을 유도한다.
한 측면에서, 본 개시내용은 제약상 허용되는 부형제를 추가로 포함하는, 본원에 제공된 조성물 중 임의의 것을 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 본원에 제공된 제약 조성물의 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 경구 전달을 위해 제형화된다. 본원에 제공된 제약 조성물의 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 직장 전달을 위해 제형화된다. 본원에 제공된 제약 조성물의 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 장으로의 전달을 위해 제형화된다. 본원에 제공된 제약 조성물의 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 결장으로의 전달을 위해 제형화된다. 한 측면에서, 본 개시내용은 영양분을 추가로 포함하는 본원에 제공된 조성물 중 임의의 것을 포함하는 식품을 제공한다.
한 측면에서, 본 개시내용은 특정 대상체에게, 병원성 감염을 치료하기 위해 본원에 제공된 조성물 또는 식품 중 임의의 것의 치료상 유효량을 투여하는 것을 포함하는, 이러한 대상체에게서 병원성 감염을 치료하는 방법을 제공한다.
본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 병원성 감염은 씨. 디피실레, 반코마이신 내성 엔테로코쿠스(Enterococcus) (VRE), 카르바페넴 내성 엔테로박테리아세아에(Enterobacteriaceae) (CRE), 네이세리아 고노레아에(Neisseria gonorrheae), 다중약물 내성 아시네토박터(Acinetobacter), 캄필로박터(Campylobacter), 연장된 스펙트럼 베타-락타마제 (ESBL) 생산 엔테로박테리아세아에, 다중약물 내성 슈도모나스 아에루기노사(Pseudomonas aeruginosa), 살모넬라(Salmonella), 약물 내성 비-장티푸스 살모넬라, 약물 내성 살모넬라 티피(Salmonella Typhi), 약물 내성 시겔라(Shigella), 메티실린 내성 스타필로코쿠스 아우레우스(Staphylococcus aureus), 약물 내성 스트렙토코쿠스 뉴모니아에(Streptococcus pneumoniae), 약물 내성 투베르쿨로시스, 반코마이신 내성 스타필로코쿠스 아우레우스, 에리트로마이신 내성 군 A 스트렙토코쿠스(Streptococcus), 클린다마이신 내성 군 B 스트렙토코쿠스, 및 그의 조합이다. 본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 병원성 감염은 씨. 디피실레이다. 본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 병원성 감염은 반코마이신 내성 엔테로코쿠스이다.
본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 대상체는 인간이다. 본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 대상체는 무증상 보균자이다.
본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 대상체에게 조성물을 투여하기 전에 소정 용량의 항생제를 투여한다. 본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 대상체에게 조성물을 투여하기 전에 하나 초과 용량의 항생제를 투여한다. 본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 대상체에게 조성물을 투여하기 전에 항생제를 투여하지 않았다.
본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 조성물은 경구 투여에 의해 대상체에게 투여된다. 본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 조성물은 직장 투여에 의해 대상체에게 투여된다.
본원에 제공된 방법의 일부 실시양태에서, 이와 같은 투여는 조절 T 세포 (Treg)의 증식 및/또는 축적을 발생시킨다.
본 발명의 각각의 제한은 본 발명의 다양한 실시양태를 포괄할 수 있다. 따라서, 어느 하나의 요소 또는 요소의 조합을 포함한 본 발명의 각각의 제한이 본 발명의 각각의 측면에 포함될 수 있는 것으로 예상된다. 본 발명은 하기 설명에 제시되거나 또는 도면에 예시된 성분의 배열 및 구성의 세부 사항으로 그의 적용이 제한되지 않는다. 본 발명은 다른 실시양태가 가능하고 다양한 방식으로 실시되거나 또는 수행될 수 있다.
첨부 도면은 일정한 비율로 그려지는 것이 아니다. 본 도면은 단지 예시적이며, 본 개시내용의 실시 가능성을 위해 요구되지 않는다. 명확성을 위해, 모든 구성 요소가 모든 도면에 표지될 수 있는 것은 아니다. 본 도면에서:
도 1은 조성물 A-D의 균주를 나타낸다. 각각의 항목은 균주의 16S rDNA 서열의 서열식별번호, 균주 식별자, 및 가장 가까운 것으로 공지된 상동성을 수반한 종 (2가지 이상의 종일 수 있다)을 포함한다. 괄호 안의 로마 숫자는 가장 가까운 종 상동성에 근거한 각각의 균주의 클로스트리디움 클러스터 분류를 표시한다. 클러스터 XIVa로 분류되지 않은 균주가 볼드체로 강조된다. 2가지 비-클로스트리디아 균주 (서열식별번호: 2, 가장 가까운 것으로 공지된 종 투리시박터 산구이니스, 및 서열식별번호: 6, 가장 가까운 것으로 공지된 종 락토바실루스 뮤코사에)는 클로스트리디움 속에 속하지 않는다.
도 2는 다양한 클로스트리디움 디피실레 감염 모델을 도시한다. 시각표는 항생제 유형, 치료 지속 기간뿐만 아니라 씨. 디피실레 포자에 대한 노출을 표시한다. 상부 패널은 제-10일 내지 제-3일에 항생제 칵테일을 음료수에 제공한 다음, 제-1일에 클린다마이신을 복강내 제공하는 항생제 칵테일 치료 모델을 도시한다. 중간 패널은 클린다마이신을 제-1일에 복강내 주사에 의해 투여하는 클린다마이신 IP 주사 모델을 도시한다. 하부 패널은 세포페라존을 제-12일 내지 제-2일에 음료수에 제공한 다음, 제-1일에 생(live) 생물 치료제 (LBP)를 투여하는 세포페라존 치료 모델을 도시한다.
도 3은 실시예 1에 기재된 실험 조건을 도시한다. 마우스의 군은 표시된 양의 씨. 디피실레 포자를 투여하기 전에 받은 항생제 요법에 근거하여 나누었다. "Abx"는 항생제 요법 중 임의의 것을 이용한 치료를 지칭한다.
도 4a-4l은 실시예 1에서 수득된 데이터를 도시한다. 도 4a-4d는 씨. 디피실레 감염 전에 치료받지 않았거나 (도 4a), 항생제 칵테일 (도 4b), 클린다마이신 (도 4c), 또는 세포페라존 (도 4d)을 받은 마우스의 생존율을 도시한다. 도 4e-4h는 씨. 디피실레 감염 전에 치료받지 않았거나 (도 4e), 항생제 칵테일 (도 4f), 클린다마이신 (도 4g), 또는 세포페라존 (도 4h)을 받은 마우스의 체중을 도시한다. 도 4i-4l은 씨. 디피실레 감염 전에 치료받지 않았거나 (도 4i), 항생제 칵테일 (도 4j), 클린다마이신 (도 4k), 또는 세포페라존 (도 4l)을 받은 마우스로부터의 대변 그램당 씨. 디피실레 존재량 (CFU)을 도시한다. 열린 원형은 10개 씨. 디피실레 포자로의 감염을 표시하고; 닫힌 사각형은 10,000개 씨. 디피실레 포자로의 감염을 표시한다. 도 4j에서의 흑색 삼각형은 마우스를 씨. 디피실레 감염 후 반코마이신으로 치료한 부가의 실험 아암(arm)을 표시한다.
도 5는 실시예 2에서 평가된 실험 조건을 도시하며, 그에 대한 결과는 도 7-9에 제시된다. 조성물 E는 17가지 박테리아 균주의 혼합물에 상응한다 (예를 들어, 문헌 [Narushima et al., Gut Microbes 5: 3, 333-339] 참조). 조성물 I는 클로스트리디움 신덴스, 슈도플라보니프락토 카필로수스(Pseudoflavonifractor capillosus), 및 블라우티아 한세니이의 혼합물에 상응한다. "Abx"는 항생제 요법 중 임의의 것을 이용한 치료를 지칭한다.
도 6은 도 5에 도시된 실험 조건에 따라서, 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 시간 경과에 따른 마우스의 생존율을 도시한다. 기준선의 체중을 >20% 상실한 마우스가 생존율 곡선 내의 사망률 수치에 포함되었다.
도 7a-7i는 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 다양한 시간에서 마우스의 중량을 도시한다. 마우스의 군은 세포페라존 (Abx) 치료를 받은 후에, 표시된 조성물을 받았거나, 또는 세포페라존를 받지 않았으며 (Abx 없음), 이어서 씨. 디피실레 포자가 투여되었다. 도 7a는 항생제 치료를 받지 않은 마우스의 중량을 도시한다. 도 7b는 세포페라존 치료를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 7c는 세포페라존 치료를 받은 다음 반코마이신을 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 7d는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 I를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 7e는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 E를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 7f는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 A를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 7g는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 B를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 7h는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 C를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 7i는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 D를 받은 마우스의 중량을 도시한다.
도 8a-8c는 씨. 디피실레로의 감염 후 다양한 시간에서 대변 펠릿 중의 콜로니 형성 단위 (CFU)의 씨. 디피실레의 부하를 도시한다. 도 8a는 감염 후 1일에 씨. 디피실레 CFU/g 대변을 도시한다. 도 8b는 감염 후 3일에 씨. 디피실레 CFU/g 대변을 도시한다. 도 8c는 감염 후 8일에 씨. 디피실레 CFU/g 대변을 도시한다.
도 9는 실시예 3에서 평가된 실험 조건을 도시하며, 그에 대한 결과는 도 10-12에 제시된다.
도 10은 도 9에 도시된 실험 조건에 따라서, 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 시간 경과에 따른 마우스의 생존율을 도시한다. 기준선의 체중을 >20% 상실한 마우스가 생존율 곡선 내의 사망률 수치에 포함되었다.
도 11은 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 다양한 시간에서 마우스의 중량을 도시한다.
도 12는 씨. 디피실레로의 감염 후 1, 3, 및 8일에 마우스로부터 수집된 대변 펠릿 중의 콜로니 형성 단위 (CFU)의 씨. 디피실레 존재량을 도시한다.
도 13은 조성물 F의 균주를 나타낸다. 속-종 표기는 단리된 균주의 서열에 근거하여 가장 가까운 종을 표시한다.
도 14는 조성물 F 중의 균주의 클로스트리디움 클러스터에 의한 분류 및 그의 단쇄 지방산 생산 능력을 나타낸다.
도 15는 실시예 4에서 평가된 실험 조건을 도시하며, 그에 대한 결과는 도 16-18에 제시된다. 투여 일수는 씨. 디피실레 감염에 기준한 것이다. FMT는 마우스로부터 또는 인간으로부터 단리된 대변으로의 대변 이식물을 지칭한다.
도 16은 도 15에 도시된 실험 조건에 따라서, 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 시간 경과에 따른 마우스의 생존율을 도시한다. 기준선의 체중을 >20% 상실한 마우스가 생존율 곡선 내의 사망률 수치에 포함되었다.
도 17a-17h는 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 다양한 시간에서 마우스의 중량을 도시한다. 마우스의 군은 세포페라존 (Abx) 치료를 받은 후에, 표시된 조성물을 받았으며, 이어서 씨. 디피실레 포자가 투여되었다. 도 17a는 세포페라존 치료를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 17b는 세포페라존 치료를 받은 다음 인간으로부터의 대변으로의 FMT 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 17c는 세포페라존 치료를 받은 다음 마우스로부터의 대변으로의 FMT 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 17d는 세포페라존 치료를 받은 다음 제-1일에 조성물 B를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 17e는 세포페라존 치료를 받은 다음 제-2일 및 제-1일에 조성물 B를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 17f는 세포페라존 치료를 받은 다음 제-2일, 제-1일, 제1일, 제2일, 및 제3일에 조성물 B를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 17g는 세포페라존 치료를 받은 다음 제-1일에 조성물 F를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 17h는 세포페라존 치료를 받은 다음 제-2일, 제-1일, 제1일, 제2일, 및 제3일에 조성물 F를 받은 마우스의 중량을 도시한다.
도 18a-18b는 씨. 디피실레로의 감염 후 다양한 시간에서 대변 펠릿 중의 콜로니 형성 단위 (CFU)의 씨. 디피실레의 부하를 도시한다. 도 18a는 감염 후 8일에 씨. 디피실레 CFU/g 대변을 도시한다. 도 18b는 감염 후 17일에 씨. 디피실레 CFU/g 대변을 도시한다.
도 19는 조성물 G의 균주를 나타낸다. 속-종 표기는 단리된 균주의 서열에 근거하여 가장 가까운 종을 표시한다.
도 20은 실시예 5에서 평가된 실험 조건을 도시하며, 그에 대한 결과는 도 21-23에 제시된다. 조성물 B1 = 박테로이데스(Bacteroides)를 수반한 조성물 B; 조성물 B2 = 박테로이데스는 수반하지만 플라보니프락토 플라우티이(Flavonifractor plautii)는 수반하지 않는 조성물 B.
도 21은 도 20에 도시된 실험 조건에 따라서, 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 시간 경과에 따른 마우스의 생존율을 도시한다. 기준선의 체중을 >20% 상실한 마우스가 생존율 곡선 내의 사망률 수치에 포함되었다.
도 22a-22j는 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 다양한 시간에서 마우스의 중량을 도시한다. 도 22a는 비히클 대조군을 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 22b는 조성물 F를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 22c는 조성물 G를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 22d는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 B를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 22e는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 B2 (= 플라보니프락토 플라우티이를 수반하지 않고 박테로이데스가 부가된 조성물 B)를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 22f는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 B1 (= 박테로이데스가 부가된 조성물 B)을 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 22g는 세포페라존 치료를 받은 다음 동결된 조성물 B를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 22h는 세포페라존 치료를 받은 다음 에탄올 처리된 인간 대변 샘플을 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 22i는 세포페라존 치료를 받은 다음 에탄올 처리된 조성물 B를 받은 마우스의 중량을 도시한다. 도 22j는 세포페라존 치료를 받은 다음 조성물 J를 받은 마우스의 중량을 도시한다.
도 23은 씨. 디피실레로의 감염 후 다양한 시간에서 대변 펠릿 중의 콜로니 형성 단위 (CFU)의 씨. 디피실레의 부하를 도시한다.
도 24는 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 다양한 시간에서 표시된 마우스의 군의 중량을 도시한다.
도 25는 실시예 6에서 평가된 실험 조건을 도시하며, 그에 대한 결과는 도 27-29에 제시된다.
도 26은 조성물 H 중의 균주를 나타낸다 (서열식별번호: 14 - VE202-13 - 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 (클러스터 IV); 서열식별번호: 16 - VE202-16 - 클로스트리디움 심비오숨 (클러스터 XIVa); 서열식별번호: 21 - 189 - 클로스트리디움 이노쿠움 (클러스터 XVII); 서열식별번호: 82 - PE9 - 클로스트리디움 디스포리쿰 (클러스터 I); 서열식별번호: 81 - PE5 - 클로스트리디움 볼테아에 (클러스터 XIVa); 서열식별번호: 80 - VE202-18 - 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨 (클러스터 XVIII).
도 27a 및 27b는 도 25에 도시된 실험 조건에 따라서, 씨. 디피실레 포자로의 감염 후 시간 경과에 따른 마우스의 생존율 및 중량 상실을 도시한다. 기준선의 체중을 >20% 상실한 마우스가 생존율 곡선 내의 사망률 수치에 포함되었다. 도 27a는 씨. 디피실레 감염 전에 표시된 치료를 받은 마우스의 생존율/사망률을 도시한다. 도 27b는 씨. 디피실레 감염 전에 표시된 치료를 받은 마우스의 시간 경과에 따른 중량을 도시한다.
도 28a 및 28b는 도 25에 도시된 실험 조건으로부터의 결과를 도시한다. 도 28a는 씨. 디피실레 감염 전에 표시된 치료를 받은 마우스의 생존율/사망률을 도시한다. 도 28b는 씨. 디피실레 감염 전에 표시된 치료를 받은 마우스의 시간 경과에 따른 중량을 도시한다.
도 29a 및 29b는 씨. 디피실레 감염 전에 표시된 치료를 받은 마우스로부터 수집된 대변 그램당 CFU의 씨. 디피실레 존재량을 도시한다. 도 29a는 씨. 디피실레 감염 후 1일에 씨. 디피실레 존재량을 도시한다. 도 29b는 씨. 디피실레 감염 후 4일에 씨. 디피실레 존재량을 도시한다. 도 29c는 씨. 디피실레 감염 후 19일에 씨. 디피실레 존재량을 도시한다.
도 30은 조성물 B가 치료 없는 대조군: "2-1 (Cdiff)" 및 "2-4 (Cdiff)" 및 FMT와 비교해서 씨. 디피실레 독소 B의 양을 감소시켰다는 것을 도시한다. 또한, 조성물 B는 부가의 포자를 수반한 조성물 B와 비교해서 씨. 디피실레 독소 B의 양을 감소시켰다.
도 31은 조성물 B가 시험관내 경쟁 실험에서 씨. 디피실레 성장을 저하시켰다는 것을 도시한다. 씨. 디피실레의 배양물을 비. 세타이오타오미크론(B. thetaiotaomicron), 씨. 비페르멘탄스(C. bifermentans), 또는 조성물 B의 존재하에, 또는 경쟁 균주(들)의 부재하에 (C. diff 단독) 인큐베이션하였다. 씨. 디피실레의 수량은 대조군 (C. diff 단독)의 백분율로서 제시된다.
도 32는 조성물 B로의 접종이, 대조군 마우스 ("GF")와 비교 시 무균 마우스의 장에서의 FoxP3+ CD4+ 세포 (조절 T 세포)의 백분율을 유도하였다는 것을 도시한다.
본원에는 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물, 및 이러한 조성물 및 박테리아 균주를 함유하는 제약 조성물 및 식품이 개시된다. 또한, 상기 조성물을 특정 대상체에게 투여함으로써 이러한 대상체에게서 병원성 감염, 예컨대 클로스트리디움 디피실레 (씨. 디피실레) 감염을 치료하는 방법이 개시된다.
항생제 사용을 포함한 다양한 요인이 위장관의 장내 불균형을 유도할 수 있으며, 이는 병원성 미생물, 예컨대 씨. 디피실레에 의한 콜로니 형성을 허용할 수 있다. 이러한 콜로니 형성 또는 병원성 감염은 씨. 디피실레 감염 (CDI)에 특징적인 주요 증상 중 하나인 설사를 포함하여 대상체에게서 각종 부작용을 초래할 수 있다. CDI의 경우, 설사는 독소 B의 씨. 디피실레 생산 (세포독소 TcdB로서 지칭되기도 함)의 결과인 것인 것으로 여겨지며, 이는 장 상피 세포들 간의 밀착 연접부를 개방시켜, 혈관 투과성, 출혈 및 염증을 증가시킨다.
본원에 기재된 조성물은 씨. 디피실레 감염의 치료에 유효하다. 본원에 제시된 바와 같이, 개시된 조성물은 씨. 디피실레 감염의 병원성 효과를 억제하는 데 유효하다. 본원에 제공된 조성물은 감염 후 씨. 디피실레의 양을 감소시키고, 이로써 신체 (예를 들어, 소화관)로부터 씨. 디피실레를 제거하는 데 유효한 방법을 제공한다. 본원에 제공된 조성물은, 예를 들어 대상체에게 투여될 때, 조절 T 세포 (Treg)의 증식 및/또는 축적을 유도한다. 현저하게도, 본원에 개시된 조성물은 씨. 디피실레 독소 B의 생산 또는 활성을 저하 또는 억제시키고, 이로써 CDI의 치료 또는 예방에 유효한 조성물을 나타내는 것으로 밝혀졌다. 본원에 개시된 조성물은 또한, 씨. 디피실레의 성장 및/또는 생존을 억제시키는 것으로 밝혀졌다.
본 개시내용은 병원성 감염을 치료하기 위해 이러한 병원성 감염을 경험하고 있거나 또는 경험한 대상체에게 투여될 수 있는 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 이러한 조성물은 병원성 감염에 걸릴 위험이 있을 수 있는 대상체에게 투여될 수 있다. 이러한 대상체는 이전에 병원성 감염된 적이 있었던 대상체, 항생제로 치료받은 적이 있는 대상체 및 병원성 감염에 걸릴 위험을 증가시킬 수 있는 절차 (예를 들어, 수술 및/또는 입원)가 진행될 대상체를 포함한다. 일부 실시양태에서, 병원성 감염은 소화관 또는 장에 주로 존재하는 병원체에 의한 감염이다. 일부 실시양태에서, 소화관 또는 장에 주로 존재하는 병원체는 클로스트리디움 디피실레이다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주 중 한 가지 이상은 대상체의 장관 또는 장관의 일부 (예를 들어, 결장 또는 맹장)에 콜로니 형성하거나 또는 재콜로니 형성한다. 이러한 콜로니 형성 또는 재콜로니 형성이 그래프팅으로서 지칭될 수도 있다. 일부 실시양태에서, 조성물의 박테리아 균주 중 한 가지 이상은, 예를 들어, 항생제의 투여로 인해 자연적으로 존재하는 마이크로바이옴이 부분적으로 또는 완전히 제거된 후에 대상체의 장관 (예를 들어, 결장 또는 맹장)에 재콜로니 형성한다. 일부 실시양태에서, 조성물의 박테리아 균주 중 한 가지 이상은 장내 불균형의 위장관에 콜로니 형성한다.
일부 실시양태에서, 조성물의 박테리아 균주 중 한 가지 이상은 병원체, 예컨대 씨. 디피실레를 "증식"시킬 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 병원체 (예를 들어, 씨. 디피실레)와 본원에 제공된 조성물의 한 가지 이상의 박테리아가 둘 다 장관 (예를 들어, 결장 또는 맹장)에 존재하는 경우, 본원에 제공된 조성물의 한 가지 이상의 박테리아가 상기 병원체보다 더 신속하게 성장하고 (예를 들어, 더 짧은 배가 시간을 갖는다), 이로써 병원체가 장관 (예를 들어, 결장 또는 맹장)에 축적되지 못하게 한다. 일부 실시양태에서, 이러한 더 신속한 성장은 본원에 제공된 조성물의 한 가지 이상의 박테리아가 장관 (예를 들어, 결장 또는 맹장) 내의 그래프팅에 있어서 더 우수하기 때문에 비롯된다. 일부 실시양태에서, 상기 더 신속한 성장은 본원에 제공된 조성물의 한 가지 이상의 박테리아가 장관 (예를 들어, 결장 또는 맹장)에 존재하는 영양분을 대사하는 데 있어서 더 우수하기 때문에 비롯된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 박테리아 균주의 조성물은 병원성 감염에 의한 박테리아 독소의 생산을 방지 또는 억제하거나, 또는 이러한 박테리아 독소의 세포변성 또는 세포독성 효과를 방지 또는 억제한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주는 병원성 감염을 치료할 수 있는데, 이는 이들 박테리아 균주 간의 상승 효과 때문이다. 따라서, 제한하려는 것은 아니지만, 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주의 조합이 상승적으로 작용하는데, 이는 이들 균주의 조합이 장관 (예를 들어, 결장 또는 맹장) 내의 영양분을 사용하거나 또는 대사 상호 작용을 통한 사례에 특히 잘 적합하기 때문이고/때문이거나 상기 조합이 (예를 들어, 유리한 미세환경을 제공함으로써) 그래프팅에 있어서 탁월하기 때문이다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주의 조합이 병원체, 예컨대 씨. 디피실레와 비교할 때 영양분의 사용에 있어서 탁월하고, 이로써 병원체, 예컨대 씨. 디피실레의 성장을 억제하기 때문에, 병원성 감염, 예컨대 씨. 디피실레가 치료된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주의 조합이 병원체, 예컨대 씨. 디피실레와 비교할 때 그래프팅에 있어서 탁월하고, 이로써 병원체, 예컨대 씨. 디피실레의 성장을 억제하기 때문에, 병원성 감염, 예컨대 씨. 디피실레가 치료된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주의 조합이 병원체, 예컨대 씨. 디피실레와 비교할 때 영양분의 사용 및 그래프팅에 있어서 탁월하고, 이로써 병원체, 예컨대 씨. 디피실레의 성장을 억제하기 때문에, 병원성 감염, 예컨대 씨. 디피실레가 치료된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주의 조합이 병원체, 예컨대 씨. 디피실레의 성장 및/또는 생존을 억제하기 때문에, 병원성 감염, 예컨대 씨. 디피실레가 치료된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주의 조합이 병원체, 예컨대 씨. 디피실레의 감소 또는 제거를 발생시키는 대상체에서의 조절 T 세포 (Treg)를 유도하기 때문에, 병원성 감염, 예컨대 씨. 디피실레가 치료된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주의 조합이 병원체의 성장 및/또는 생존을 억제하고, 병원체, 예컨대 씨. 디피실레의 감소 또는 제거를 발생시키는 대상체에서의 조절 T 세포 (Treg)를 유도하기 때문에, 병원성 감염, 예컨대 씨. 디피실레가 치료된다.
일부 실시양태에서, 상승적 효과는 장관 (예를 들어, 결장 또는 맹장) 내의 특이적 생태적 적소에 콜로니를 형성할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 특이적 영양분을 대사할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 특이적 대사산물을 환경에 제공할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 이러한 특이적 대사산물은 병원체의 성장을 억제할 수 있고/있거나 비-병원체의 성장을 자극할 수 있다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 단쇄 지방산을 환경에 제공할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 특이적 단쇄 지방산을 환경에 제공할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 부티레이트를 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 아세테이트를 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 락테이트를 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 프로피오네이트를 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 숙시네이트를 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 다수의 대사산물을 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 다수의 단쇄 지방산을 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 부티레이트와 아세테이트 둘 다를 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 부티레이트와 락테이트 둘 다를 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 부티레이트와 프로피오네이트 둘 다를 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 부티레이트와 숙시네이트 둘 다를 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다. 일부 실시양태에서, 상승적 효과는 부티레이트, 아세테이트 및 부가의 단쇄 지방산을 생산할 수 있는 상기 조합의 능력에 의해 제공된다.
본원에 제공된 조성물에 사용된 박테리아 균주는 일반적으로, 건강한 개체의 마이크로바이옴으로부터 단리된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 단일 개체로부터 유래되는 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 다수의 개체로부터 유래되는 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 다수의 개체로부터 수득되고, 개별적으로 단리되며 성장된다. 개별적으로 성장하는 박테리아 조성물은 연속해서, 본 개시내용의 조성물을 제공하기 위해 조합될 수 있다. 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주의 기원이 건강한 개체로부터의 인간 마이크로바이옴으로 제한되지 않는다는 것을 인지해야 한다. 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 장내 불균형한 마이크로바이옴을 수반한 인간으로부터 유래된다. 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 비-인간 동물 또는 환경 (예를 들어, 토양 또는 표면 수)으로부터 유래된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 박테리아 균주의 조합은 다수의 공급원 (예를 들어, 인간 및 비-인간 동물)으로부터 유래된다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아는 혐기성 박테리아이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아는 편성 혐기성 박테리아이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아는 클로스트리디아(clostridia)이다. 클로스트리디아는 다른 밀접하게 관련된 균주 및 종을 수반한 계통 발생 클러스터로 분류될 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Rajilic-Stojanovic, M., and de Vos, W.M. FEMS Microbiol Rev 38, (2014) 996-1047] 참조). 일반적으로, 클로스트리디아는 그의 16S rRNA (또는 16S rDNA) 핵산 서열에 근거하여 특이적 클러스터에 속하는 것으로서 분류된다. 그의 16S rRNA (또는 16S rDNA) 핵산 서열에 근거한 특이적 박테리아 종의 실체를 결정하는 방법은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working, G. PLoS One (2012) 7, e39315] 참조).
본원에는 병원성 감염 (예를 들어, 씨. 디피실레 감염)을 치료 및/또는 예방하는 데 유효한 것으로 밝혀진 특이적 클로스트리디움 클러스터에 속하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물이 제공된다. 일부 실시양태에서, 이러한 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 I에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IX에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하며, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XVII에 속한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 클로스트리디움 클러스터 IV에 속하는 박테리아 균주와 비교할 때 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하는 박테리아 균주를 적어도 2배 더 많이 갖는다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 2가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 5가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 클로스트리디움 클러스터 IV에 속하는 박테리아 균주와 비교할 때 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하는 박테리아 균주를 적어도 2배 더 많이 가지며, 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XVII에 속하는 적어도 한 가지 균주를 갖는다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 2가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 5가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하며, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XVII에 속한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XVIII에 속하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XVI에 속하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XI에 속하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 클러스터 I에 속하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
한 측면에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 제공한다. 서열식별번호: 1-83 및 124-159는 완전한 길이의 16S rDNA 서열과 부분 16S rDNA 서열 둘 다를 포함할 수 있다는 것을 인지해야 한다.
한 측면에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 활성 성분으로서 포함하는 조성물을 제공한다. 본원에 제공된 모든 조성물에 대하여, 일부 실시양태에서, 박테리아 균주(들)가 조성물의 활성 성분인 것을 인지해야 한다.
본원에 제공된 모든 조성물에 대하여, 일부 실시양태에서, 박테리아 균주가 정제된 것임을 인지해야 한다. 따라서, 예를 들어 본 개시내용은 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주를 제공한다. 또한, 예를 들어, 본 개시내용은 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 본원에 개시된 박테리아 균주는 본래, 1명 이상의 인간 개체의 미생물무리로부터 수득되고 정제될 수 있었거나 또는 토양 및 비-인간 미생물무리를 포함하여, 인간 미생물무리 이외의 공급원으로부터 수득될 수 있었다. 본원에 제공된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 인간 미생물무리, 비-인간 미생물무리, 토양, 또는 임의의 대체 공급원으로부터 단리된 박테리아는 본원에 제공된 조성물 및 방법에 사용하기 전에 정제된다.
한 측면에서, 본 개시내용은 한 가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 한 가지 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 한 가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 한 가지 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 앞서 논의된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 정제된다. 따라서, 한 측면에서, 본 개시내용은 한 가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 한 가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
한 측면에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 상기 논의된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 조성물의 활성 성분이다. 따라서, 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 활성 성분으로서 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주는 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
한 측면에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주와 상동이거나 또는 높은 퍼센트의 상동성을 갖는 박테리아 균주 및 박테리아 균주의 조합을 제공한다. 앞서 논의된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 정제된다. 서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 갖는 본원에 개시된 박테리아 균주는 다양한 데이터베이스 (예를 들어, 미국 국립 생명공학 정보 센터 참조)에 기재된 박테리아 균주의 16S rDNA 서열과 높은 퍼센트의 상동성 (예를 들어, 90% 초과)을 갖는다. 표 1 및 표 3은 서열식별번호: 1-83 및 124-159를 포함하는 16S rDNA 서열을 공개 데이터베이스에서 입수 가능한 박테리아 종의 16S rDNA 서열과 비교할 때 상동성에 의해 가장 가까운 것으로 공지된 종을 제공한다. 한 예로서, 본원에 개시된 서열식별번호: 1을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주 ("균주 71"로서 본원에 지칭되기도 함)는 수탁 # NR_044054로써 정의된 바와 같은 종 블라우티아 웩슬레라에의 박테리아 균주 (16S rDNA 서열 서열식별번호: 94를 갖는다)와 가장 높은 상동성을 갖는다. 서열식별번호: 1을 수반한 박테리아 균주가 다른 공개된 박테리아 균주와도 상동성을 가지긴 하지만, 수탁 # NR_044054로써 정의된 바와 같은 종 블라우티아 웩슬레라에의 박테리아 균주와 가장 높은 상동성을 갖는다. 이러한 특별한 예에서 서열식별번호: 1의 상동성은 서열식별번호: 94 (블라우티아 웩슬레라에에 상응함)와 96.6%이다. 본원에 개시된 다수의 박테리아 균주가 동일한 종과 가장 높은 상동성을 가질 수 있다는 것을 인지해야 한다. (예를 들어, 서열식별번호: 4와 서열식별번호: 5 둘 다는 종 블라우티아 한세니이의 균주의 16S rDNA 서열과 가장 높은 상동성을 갖는다).
서열식별번호: 1-83 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 갖는 본원에 개시된 박테리아 균주가 또한, 그의 전체 게놈 서열, 또는 그의 전체 게놈 서열의 서브세트에 근거하여 다른 균주와 상동인 것을 추가로 인지해야 한다. 전체 게놈 분석에 근거한 상동성이 표 2 및 표 3에 제공된다.
한 측면에서, 본 개시내용은 한 가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 한 가지 이상의 박테리아 균주는 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 프로둑타 ATCC 27340, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 블라우티아 코코이데스, 유박테리움 콘토르툼, 유박테리움 피시카테나, 셀리모나스 인테스티날리스, 드란코우르텔라 마실리엔시스, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 루미노코쿠스 토르퀘스, 아나에로스티페스 카카에, 클로스트리디움 신덴스, 마르빈브리안티아 포르마텍시겐스, 에이센베르기엘라 타이이, 플라보니프락토 플라우티이, 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 블라우티아 웩슬레라에, 클로스트리디움 디스포리쿰, 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨, 슈도플라보니프락토 카필로수스, 투리시박터 산구이니스, 락토바실루스 뮤코사에, 루미노코쿠스 오베움, 메가스파에라 엘스데니이, 아시다미노코쿠스 페르멘탄스, 아시다미노코쿠스 인테스티니, 루미노코쿠스 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 아나에로스티페스 하드루스, 유박테리움 렉탈레, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 알부스, 비피도박테리움 비피둠, 블라우티아 루티, 로세부리아 파에시스, 푸시카테니박터 사카리보란스, 로세부리아 파에시스, 블라우티아 파에시스, 도레아 포르미시게네란스 및 박테로이데스 오바투스로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 것이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 2가지 이상의 박테리아 균주는 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 프로둑타 ATCC 27340, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 블라우티아 코코이데스, 유박테리움 콘토르툼, 유박테리움 피시카테나, 셀리모나스 인테스티날리스, 드란코우르텔라 마실리엔시스, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 루미노코쿠스 토르퀘스, 아나에로스티페스 카카에, 클로스트리디움 신덴스, 마르빈브리안티아 포르마텍시겐스, 에이센베르기엘라 타이이, 플라보니프락토 플라우티이, 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 블라우티아 웩슬레라에, 클로스트리디움 디스포리쿰, 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨, 슈도플라보니프락토 카필로수스, 투리시박터 산구이니스, 락토바실루스 뮤코사에, 루미노코쿠스 오베움, 메가스파에라 엘스데니이, 아시다미노코쿠스 페르멘탄스, 아시다미노코쿠스 인테스티니, 루미노코쿠스 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 아나에로스티페스 하드루스, 유박테리움 렉탈레, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 알부스, 비피도박테리움 비피둠, 블라우티아 루티, 로세부리아 파에시스, 푸시카테니박터 사카리보란스, 로세부리아 파에시스, 블라우티아 파에시스, 도레아 포르미시게네란스 및 박테로이데스 오바투스로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 것이다.
상기 조성물이 특별한 종의 다수의 균주를 포함할 수 있다는 것을 인지해야 한다. 따라서, 예시를 위하여, 본원에 개시된 조성물의 비-제한적 예는 클로스트리디움 하테와이이의 하나의 균주 및 블라우티아 한세니이의 2개의 균주를 포함한다.
본 발명은 또한, 종 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 프로둑타 ATCC 27340, 클로스트리디아 박테리아(Clostridia bacteria) UC5.1-1D4, 블라우티아 코코이데스, 유박테리움 콘토르툼, 유박테리움 피시카테나, 셀리모나스 인테스티날리스, 드란코우르텔라 마실리엔시스, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 루미노코쿠스 토르퀘스, 아나에로스티페스 카카에, 클로스트리디움 신덴스, 마르빈브리안티아 포르마텍시겐스, 에이센베르기엘라 타이이, 플라보니프락토 플라우티이, 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 블라우티아 웩슬레라에, 클로스트리디움 디스포리쿰, 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨, 슈도플라보니프락토 카필로수스, 투리시박터 산구이니스, 락토바실루스 뮤코사에, 루미노코쿠스 오베움, 메가스파에라 엘스데니이, 아시다미노코쿠스 페르멘탄스, 아시다미노코쿠스 인테스티니, 루미노코쿠스 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 아나에로스티페스 하드루스, 유박테리움 렉탈레, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 알부스, 비피도박테리움 비피둠, 블라우티아 루티, 로세부리아 파에시스, 푸시카테니박터 사카리보란스, 로세부리아 파에시스, 블라우티아 파에시스, 도레아 포르미시게네란스 및 박테로이데스 오바투스와 상동성에 있어서 가깝고/가깝거나 상기 언급된 종 내에 속하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 포괄한다. 따라서, 한 실시양태에서, 본 개시내용의 조성물은 서열식별번호: 84-123으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 한 가지 이상의 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 조성물은 서열식별번호: 84-123으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 박테리아 균주를 포함한다.
한 측면에서, 본 개시내용의 조성물은 서열식별번호: 1-23 및 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 조성물은 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 프로둑타 ATCC 27340, 클로스트리디아 박테리아 UC5.1-1D4, 블라우티아 코코이데스, 유박테리움 콘토르툼, 유박테리움 피시카테나, 셀리모나스 인테스티날리스, 드란코우르텔라 마실리엔시스, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 루미노코쿠스 토르퀘스, 아나에로스티페스 카카에, 클로스트리디움 신덴스, 마르빈브리안티아 포르마텍시겐스, 에이센베르기엘라 타이이, 플라보니프락토 플라우티이, 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 볼테아에, 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 도레아 롱기카테나, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 블라우티아 웩슬레라에, 투리시박터 산구이니스, 락토바실루스 뮤코사에, 및 박테로이데스 오바투스로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 조성물은 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 88, 서열식별번호: 89, 서열식별번호: 90, 서열식별번호: 91, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 94, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 103, 서열식별번호: 105, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 108, 서열식별번호: 109, 서열식별번호: 110, 서열식별번호: 121, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
한 측면에서, 본 개시내용은 조성물 A를 제공한다 (예를 들어, 도 1, 표 A 참조). 도 1에 제시된 바와 같이, 조성물 A는 핵산 서열: 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 적어도 10가지의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공하며, 여기서 박테리아 균주는 핵산 서열: 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 10가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진 조성물을 제공하며, 여기서 박테리아 균주는 핵산 서열: 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 10가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진 조성물을 제공하며, 여기서 박테리아 균주는 핵산 서열: 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함한다. 본원에 사용된 바와 같이, 본질적으로 이루어지는 것은 부가의 박테리아 균주를 포함하지 않는 조성물을 지칭한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 적어도 10가지의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공하며, 여기서 박테리아 균주는 핵산 서열: 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 10가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진 조성물을 제공하며, 여기서 박테리아 균주는 핵산 서열: 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 10가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진 조성물을 제공하며, 여기서 박테리아 균주는 핵산 서열: 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
조성물 A 중의 박테리아 균주는 하기 박테리아 종과 관련이 있다: 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 코코이데스, 유박테리움 콘토르툼, 유박테리움 피시카테나, 아나에로스티페스 카카에, 클로스트리디움 신덴스, 마르빈브리안티아 포르마텍시겐스, 및 에이센베르기엘라 타이이 (예를 들어, 표 1 참조). 본원에 개시된 조성물의 다수의 박테리아 균주가 동일한 관련 박테리아 종을 가질 수 있다는 것을 인지해야 한다. 예를 들어, 핵산 서열: 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5 및 서열식별번호: 7을 수반한 16S rDNA 서열을 갖는 박테리아 균주는 모두, 관련 종으로서 블라우티아 한세니이를 갖는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 코코이데스, 유박테리움 콘토르툼, 유박테리움 피시카테나, 아나에로스티페스 카카에, 클로스트리디움 신덴스, 마르빈브리안티아 포르마텍시겐스, 및 에이센베르기엘라 타이이로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 박테리아를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 88, 서열식별번호: 89, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 103, 서열식별번호: 105, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 108, 서열식별번호: 109, 및 서열식별번호: 121로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5; 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 및 서열식별번호: 13으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
조성물 A의 각각의 박테리아 균주는 BaiCD+인데, 이는 박테리아 균주가 담즙 유도성 오페론 유전자 BaiCD 및/또는 입체 특이적 NAD(H)-의존성 3-옥소-Δ4-콜렌산 산화환원효소 활성을 수반한 단백질을 코딩하거나, 또는 코딩할 것으로 예상된다는 것을 의미한다. 박테리아 균주의 BaiCD 상태는, 예를 들어 PCR에 의해 결정될 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Wells et al. Clin Chim Acta (2003) May; 331(1-2):127-34] 참조). 더욱이, 조성물 A의 각각의 균주는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하는 것으로서 분류된다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 박테리아 균주는 BaiCD+ 균주이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 박테리아 균주는 BaiCD+이고 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속한다. BaiCD+ 균주이고 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하는 2가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 클로스트리디움 클러스터 IV에 속하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 4, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 9, 서열식별번호: 11, 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 13, 및 서열식별번호: 23으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공하며, 여기서 모든 박테리아 균주가 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속한다.
<표 A>
*= BaiCD+
한 측면에서, 본 개시내용은 조성물 B를 제공한다 (예를 들어, 도 1, 표 B 참조). 도 1에 제시된 바와 같이, 조성물 B는 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159를 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다.
한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159를 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22를 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 124-159를 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22를 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22를 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다.
한 측면에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다.
한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159와 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22와 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159와 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159와 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159와 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 8가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다.
한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159를 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22를 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159를 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 함유하는 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 5가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 10가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 10가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 10가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다.
조성물 B 중의 박테리아 균주는 하기 박테리아 종과 관련이 있다: 플라보니프락토 플라우티이, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 유박테리움 피시카테나, 루미노코쿠스 토르퀘스, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 볼테아에, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 프로둑타, 클로스트리디움 이노쿠움, 및 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3 (예를 들어, 표 2 참조).
선택된 균주는 팩바이오 바이오사이언스(PacBio Biosciences) 플랫폼 (미국 캘리포니아주 멘로 파크)을 사용하여 전체 게놈 서열 분석되었고, 서열은 전체 게놈 내로 어셈블리되었다 (표 3). 16S rDNA 서열은 프로카(Prokka) 및 바르냅(Barrnap)을 사용하여 확인되었다. 몇 가지 균주가 2개 이상의 16S 서열을 함유한 것으로 밝혀졌다. 이어서, 각각의 균주에 대하여 확인된 모든 16S rRNA 유전자 뉴클레오티드 서열은, usearch (v 5.2.236) 알고리즘을 사용하여 97% 동일성으로 클러스터링하였고, 이러한 클러스터 시드 서열이 각각의 조성물 B 균주에 대한 대표적인 서열로서 선별되었다 (컨센서스 16S 서열: 표 3에서 "WGS에 의해 결정된 바와 같은 16S 영역의 *컨센서스 SEQ ID #"로 표지된 칼럼). 표 3은 16S 영역의 생어 서열 분석뿐만 아니라 전체 게놈 서열 분석 (WGS)에 근거하여 조성물 B에 포함된 표시된 균주의 확인을 제공한다. 박테리아 균주의 가장 가까운 종은 16S 데이터베이스와의 비교 ("16S 데이터베이스와 비교 시 16S 영역의 컨센서스 SEQ ID #에 근거한 가장 가까운 종"으로 표지된 칼럼)와 전체 게놈 데이터베이스와의 비교 ("WG 데이터베이스에 기준하여 비교된 WGS에 근거한 가장 가까운 종"으로 표지된 칼럼) 둘 다에 의해 확인되었다.
전체 게놈 서열 분석을 통한 16S 서열의 확인에 근거하고, 이들 서열을 16S 데이터베이스와 비교함으로써, 조성물 B 중의 박테리아 균주는 하기 박테리아 종과 관련이 있다: 클로스트리디움 볼테아에, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 드란코우르텔라 마실리엔시스, 클로스트리디움 심비오숨, 블라우티아 프로둑타, 도레아 롱기카테나, 클로스트리디움 이노쿠움 및 플라보니프락토 플라우티이 (예를 들어, 표 3 참조).
전체 게놈 서열 분석에 근거하고 전체 게놈을 전체 게놈 데이터베이스와 비교하면, 조성물 B 중의 박테리아 균주는 하기 박테리아 종과 가장 밀접하게 관련이 있다: 클로스트리디움 볼테아에 90A9, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241, 드란코우르텔라 마실리엔시스 GD1, 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163, 클로스트리디움 박테리움 UC5.1-1D4, 도레아 롱기카테나 CAG:42, 에리시펠로트리카세아에 박테리움 21_3, 및 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA (예를 들어, 표 3 참조).
본원에 개시된 조성물의 다수의 균주가 동일한 관련 박테리아 종을 가질 수 있다는 것을 인지해야 한다. 예를 들어, 핵산 서열: 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 20 및 서열식별번호: 22를 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주는 모두, 관련 박테리아 종으로서 도레아 롱기카테나를 갖는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 플라보니프락토 플라우티이, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 유박테리움 피시카테나, 루미노코쿠스 토르퀘스, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 볼테아에, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 프로둑타, 클로스트리디움 이노쿠움 및 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3으로 이루어진 군으로부터 선택된 2가지 이상의 박테리아를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 플라보니프락토 플라우티이, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 유박테리움 피시카테나, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 볼테아에, 도레아 롱기카테나, 블라우티아 프로둑타, 및 클로스트리디움 이노쿠움으로 이루어진 군으로부터 선택된 2가지 이상의 박테리아를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 110, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 151-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 151-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 157-159, 및 서열식별번호: 141-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 157-159, 및 서열식별번호: 141-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
조성물 B의 각각의 박테리아는 BaiCD- 균주인데, 이는 이러한 균주가 담즙 유도성 오페론 유전자 baiCD 및/또는 입체 특이적 NAD(H)-의존성 3-옥소-Δ4-콜렌산 산화환원효소 활성을 수반한 단백질을 코딩하지 않거나, 또는 코딩할 것으로 예상되지 않는 것을 의미한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주이다. 조성물 B의 균주는 클로스트리디움 클러스터 IV, XIVa, 및 XVII에 속하는 것으로서 분류된다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주이고 클로스트리디움 클러스터 IV, XIVa, 또는 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주이고 클로스트리디움 클러스터 IV 또는 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주이고 클로스트리디움 클러스터 XIVa 또는 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주이고 클로스트리디움 클러스터 IV 또는 XIVa에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주이고 클로스트리디움 클러스터 IV에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주이고 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주이고 클로스트리디움 클러스터 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주이고 클로스트리디움 클러스터 IV, XIVa, 및 XVII에 속하고 클로스트리디움 클러스터 XVI 또는 XVIII에 속하지 않는다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아 균주는 포자 형성 박테리아 균주이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 포자 형성자이고, 박테리아 균주는 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 124-140, 및 서열식별번호: 152-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 포자 형성자이고, 박테리아 균주는 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 포자 형성자이고, 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-140, 및 서열식별번호: 152-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 포자 형성자와 비-포자 형성자 둘 다를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 포자 형성자와 비-포자 형성자 둘 다를 포함하고, 포자 형성 박테리아 균주는 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 124-140, 및 서열식별번호: 152-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 포자 형성자와 비-포자 형성자 둘 다를 포함하고, 포자 형성 박테리아 균주는 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 포자 형성자와 비-포자 형성자 둘 다를 포함하고, 포자 형성 박테리아 균주는 서열식별번호: 124-140 및 서열식별번호: 152-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
<표 B>
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 박테로이데스 속으로부터의 한 가지 이상의 박테리아 종을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 비. 아시디파시엔스(B. acidifaciens), 비. 카카에(B. caccae), 비. 코프로콜라(B. coprocola), 비. 코프로수이스(B. coprosuis), 비. 에게르티이(B. eggerthii), 비. 피네골디이(B. finegoldii), 비. 프라길리스(B. fragilis), 비. 헬코게네스(B. helcogenes), 비. 인테스티날리스(B. intestinalis), 비. 마실리엔시스(B. massiliensis), 비. 노르디이(B. nordii), 비. 오바투스(B. ovatus), 비. 세타이오타오미크론, 비. 불가투스(B. vulgatus), 비. 플레베이우스(B. plebeius), 비. 우니포르미스(B. uniformis), 비. 살리에르사이(B. salyersai), 비. 피오게네스(B. pyogenes), 비. 골드스테이니이(B. goldsteinii), 비. 도레이(B. dorei), 및 비. 존소니이(B. johnsonii)로 이루어진 군으로부터 선택된 한 가지 이상의 박테리아 종을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 박테로이데스 오바투스를 포함한다. 일부 실시양태에서, 박테로이데스 오바투스는 서열식별번호: 83을 포함하는 16S rDNA 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 박테로이데스 오바투스는 서열식별번호: 83을 포함하는 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 박테로이데스 오바투스는 서열식별번호: 101을 포함하는 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 갖는다.
특이적 메커니즘으로 제한되지는 않지만, 본원에 개시된 박테리아 조성물에 박테로이데스 종을 포함시키는 것이, 영양분 이용 가능성을 감지하고 적응할 수 있는 능력을 증가시키거나 또는 숙주 면역 체계에 영향을 주어 병원체 (예를 들어, 씨. 디피실레)와의 싸움에서 더 효과적이 되도록 하는 것으로 여겨진다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 124-159, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다 (조성물 B1; 예를 들어, 표 B1 참조). 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-145, 서열식별번호: 152-159, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-145, 서열식별번호: 152-159, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-159, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-159, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 101, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 110, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물이 박테로이데스 속으로부터의 박테리아 종을 포함하지 않는다는 것을 또한 인지해야 한다.
<표 B1>
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 플라보니프락토 플라우티이, 서브돌리그라눌룸 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 플라보니프락토 플라우티이를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 서브돌리그라눌룸을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 124-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10 및 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 124-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-146 및 서열식별번호: 152-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10 및 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 124-146, 및 서열식별번호: 152-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10 및 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 및 서열식별번호: 22로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 22, 및 서열식별번호: 124-159로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 110, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 93의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 박테로이데스 속으로부터의 한 가지 이상의 박테리아 종을 포함하고, 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 플라보니프락토 플라우티이, 서브돌리그라눌룸 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA를 포함하지 않는다 (조성물 B2; 예를 들어, 표 B2 참조). 일부 실시양태에서, 조성물은 박테로이데스 오바투스를 포함하고, 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA, 플라보니프락토 플라우티이, 서브돌리그라눌룸 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 83, 및 서열식별번호: 124-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10 및 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 83 및 서열식별번호: 124-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 83, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10 및 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 83, 서열식별번호: 124-145, 및 서열식별번호: 152-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 83, 및 서열식별번호: 124-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10 및 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 22 및 서열식별번호: 83으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 22, 서열식별번호: 83, 및 서열식별번호: 124-156으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 157-159의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 101, 서열식별번호: 102, 서열식별번호: 106, 서열식별번호: 110, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 93의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
<표 B2>
한 측면에서, 본 개시내용은 조성물 C를 제공한다 (예를 들어, 도 1, 표 C 참조). 도 1에 제시된 바와 같이, 조성물 C는 하기 16S rDNA 서열을 갖는 박테리아를 함유한다: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16으로 이루어진 군으로부터 선택된 16S rDNA 서열을 갖는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 4가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 10가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16을 각각 수반하는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16을 각각 수반하는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 4가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 10가지의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 서열: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어진다.
조성물 C 중의 박테리아 균주는 하기 종과 관련이 있다: 클로스트리디움 신덴스, 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 웩슬레라에, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 코코이데스, 도레아 롱기카테나, 클로스트리디움 이노쿠움, 플라보니프락토 플라우티이, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 및 클로스트리디움 심비오숨. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 클로스트리디움 신덴스, 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 웩슬레라에, 블라우티아 프로둑타, 블라우티아 코코이데스, 도레아 롱기카테나, 클로스트리디움 이노쿠움, 플라보니프락토 플라우티이, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 및 클로스트리디움 심비오숨으로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 94, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 103, 서열식별번호: 105, 서열식별번호: 106, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 플라보니프락토 플라우티이, 서브돌리그라눌룸 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 7, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 94, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 103, 서열식별번호: 105, 서열식별번호: 106, 및 서열식별번호: 122로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 93의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
조성물 C의 균주는 BaiCD+ 균주와 BaiCD- 균주 둘 다를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 한 가지 이상의 박테리아는 BaiCD+ 균주이고, 한 가지 이상의 박테리아는 BaiCD- 균주이다. 일부 실시양태에서 BaiCD+ 균주인 한 가지 이상의 박테리아는 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 및 서열식별번호: 7로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주로부터 선택된다. 일부 실시양태에서 BaiCD- 균주인 한 가지 이상의 박테리아는 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 및 서열식별번호: 16으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주로부터 선택된다. 일부 실시양태에서 BaiCD+ 균주인 한 가지 이상의 박테리아는 박테리아 종 클로스트리디움 신덴스, 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 웩슬레라에, 블라우티아 프로둑타, 및 블라우티아 코코이데스로부터 선택된다. 일부 실시양태에서 BaiCD- 균주인 한 가지 이상의 박테리아는 박테리아 종 도레아 롱기카테나, 클로스트리디움 이노쿠움, 플라보니프락토 플라우티이, 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 및 클로스트리디움 심비오숨으로부터 선택된다. 조성물 C의 클로스트리디아 균주는 클로스트리디움 클러스터 IV, XIVa, 및 XVII에 속하는 것으로서 분류된다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주 및 BaiCD+ 균주이고, 클로스트리디움 클러스터 IV, XIVa, 또는 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주 및 BaiCD+ 균주이고, 클로스트리디움 클러스터 XIVa 또는 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주 및 BaiCD+ 균주이고, 클로스트리디움 클러스터 IV 또는 XIVa에 속한다.
<표 C>
*= BaiCD+
한 측면에서, 본 개시내용은 조성물 D를 제공한다 (예를 들어, 도 1, 표 D 참조). 도 1에 제시된 바와 같이, 조성물 D는 하기 16S rDNA 서열을 갖는 박테리아를 함유한다: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6으로 이루어진 군으로부터 선택된 16S rDNA 서열을 갖는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 3가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 10가지의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어지는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6을 각각 수반한 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어지는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 3가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 적어도 10가지의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 이루어지는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 핵산 서열: 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6 각각과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 10가지의 정제된 박테리아 균주로 본질적으로 이루어지는 조성물을 제공한다.
조성물 D 중의 박테리아 균주는 하기 박테리아와 관련이 있다: 클로스트리디움 신덴스, 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 웩슬레라에, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 도레아 롱기카테나, 클로스트리디움 이노쿠움, 플라보니프락토 플라우티이, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 서브돌리그라눌룸, 투리시박터 산구이니스, 및 락토바실루스 뮤코사에. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 클로스트리디움 신덴스, 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 블라우티아 웩슬레라에, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 도레아 롱기카테나, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 플라보니프락토 플라우티이, 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA, 투리시박터 산구이니스, 및 락토바실루스 뮤코사에로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 90, 서열식별번호: 91, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 94, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 99, 및 서열식별번호: 105로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 플라보니프락토 플라우티이, 서브돌리그라눌룸 또는 라크노스피라세아에 박테리움 7_1_58FAA를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 서열식별번호: 1, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 2, 및 서열식별번호: 6으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 10의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 87, 서열식별번호: 90, 서열식별번호: 91, 서열식별번호: 94, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 99, 및 서열식별번호: 105로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하며, 여기서 조성물은 서열식별번호: 93의 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
조성물 D의 균주는 BaiCD+ 균주와 BaiCD- 균주 둘 다를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 한 가지 이상의 박테리아가 BaiCD+ 균주이고 한 가지 이상의 박테리아가 BaiCD- 균주이다. 일부 실시양태에서 BaiCD+ 균주인 한 가지 이상의 박테리아는 서열식별번호: 12, 서열식별번호: 3, 서열식별번호: 5, 및 서열식별번호: 1로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주로부터 선택된다. 일부 실시양태에서 BaiCD- 균주인 한 가지 이상의 박테리아는 서열식별번호: 18, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 10, 및 서열식별번호: 14로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주로부터 선택된다. 일부 실시양태에서 BaiCD+ 균주인 한 가지 이상의 박테리아는 박테리아 종 클로스트리디움 신덴스, 클로스트리디움 하테와이이, 블라우티아 한세니이, 및 블라우티아 웩슬레라에로부터 선택된다. 일부 실시양태에서 BaiCD- 균주인 한 가지 이상의 박테리아는 박테리아 종 도레아 롱기카테나, 클로스트리디움 이노쿠움, 플라보니프락토 플라우티이, 및 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스로부터 선택된다. 조성물 D의 클로스트리디아 균주는 클로스트리디움 클러스터 IV, XIVa, 및 XVII에 속하는 것으로서 분류된다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주 및 BaiCD+ 균주이고, 클로스트리디움 클러스터 IV, XIVa, 또는 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주 및 BaiCD+ 균주이고, 클로스트리디움 클러스터 XIVa 또는 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 균주를 제공하며, 여기서 박테리아는 BaiCD- 균주 및 BaiCD+ 균주이고, 클로스트리디움 클러스터 IV 또는 XIVa에 속한다.
조성물 D는 비-클로스트리디움 균주 투리시박터 산구이니스 및 락토바실루스 뮤코사에를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 균주와 비-클로스트리디움 균주 둘 다를 포함한다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 락토바실루스(Lactobacillus) 속의 구성원이다. 락토바실루스 속의 구성원은 엘. 아세토톨레란스(L. acetotolerans), 엘. 아시디파리나에(L. acidifarinae), 엘. 아시디피시스(L. acidipiscis), 엘. 아시도필루스(L. acidophilus), 엘. 아길리스(L. agilis), 엘. 알기두스(L. algidus), 엘. 알리멘타리우스(L. alimentarius), 엘. 아밀로리티쿠스(L. amylolyticus), 엘. 아밀로필루스(L. amylophilus), 엘. 아밀로트로피쿠스(L. amylotrophicus), 엘. 아밀로보루스(L. amylovorus), 엘. 아니말리스(L. animalis), 엘. 안트리(L. antri), 엘. 아포데미(L. apodemi), 엘. 아비아리우스(L. aviarius), 엘. 비페르멘탄스(L. bifermentans), 엘. 브레비스(L. brevis), 엘. 부크네리(L. buchneri), 엘. 카멜리아에(L. camelliae), 엘. 카세이(L. casei), 엘. 카테나포르미스(L. catenaformis), 엘. 세티(L. ceti), 엘. 콜레오호미니스(L. coleohominis), 엘. 콜리노이데스(L. collinoides), 엘. 콤포스티(L. composti), 엘. 콘카부스(L. concavus), 엘. 코리니포르미스(L. coryniformis), 엘. 크리스파투스(L. crispatus), 엘. 크루스토룸(L. crustorum), 엘. 쿠르바투스(L. curvatus), 엘. 델브루엑키이 아종 불가리쿠스(L. delbrueckii subsp. bulgaricus), 엘. 델브루엑키이 아종 델브루엑키이(L. delbrueckii subsp. delbrueckii), 엘. 델브루엑키이 아종 락티스(L. delbrueckii subsp. lactis), 엘. 덱스트리니쿠스(L. dextrinicus), 엘. 디올리보란스(L. diolivorans), 엘. 에퀴(L. equi), 엘. 에퀴게네로시(L. equigenerosi), 엘. 파라기니스(L. farraginis), 엘. 파르시미니스(L. farciminis), 엘. 페르멘툼(L. fermentum), 엘. 포르니칼리스(L. fornicalis), 엘. 프룩티보란스(L. fructivorans), 엘. 프루멘티(L. frumenti), 엘. 푸쿠엔시스(L. fuchuensis), 엘. 갈리나룸(L. gallinarum), 엘. 가세리(L. gasseri), 엘. 가스트리쿠스(L. gastricus), 엘. 가넨시스(L. ghanensis), 엘. 그라미니스(L. graminis), 엘. 하메시이(L. hammesii), 엘. 함스테리(L. hamsteri), 엘. 하르비넨시스(L. harbinensis), 엘. 하야키텐시스(L. hayakitensis), 엘. 헬베티쿠스(L. helveticus), 엘. 힐가르디이(L. hilgardii), 엘. 호모히오키이(L. homohiochii), 엘. 이네르스(L. iners), 엘. 인글루비에이(L. ingluviei), 엘. 인테스티날리스(L. intestinalis), 엘. 젠세니이(L. jensenii), 엘. 존소니이(L. johnsonii), 엘. 칼릭센시스(L. kalixensis), 엘. 케피라노파시엔스(L. kefiranofaciens), 엘. 케피리(L. kefiri), 엘. 킴치이(L. kimchii), 엘. 키타사토니스(L. kitasatonis), 엘. 쿤케에이(L. kunkeei), 엘. 레이크만니이(L. leichmannii), 엘. 린드네리(L. lindneri), 엘. 말레페르멘탄스(L. malefermentans), 엘. 말리(L. mali), 엘. 마니호티보란스(L. manihotivorans), 엘. 민덴시스(L. mindensis), 엘. 뮤코사에(L. mucosae), 엘. 뮤리누스(L. murinus), 엘. 나겔리이(L. nagelii), 엘. 나무렌시스(L. namurensis), 엘. 난텐시스(L. nantensis), 엘. 올리고페르멘탄스(L. oligofermentans), 엘. 오리스(L. oris), 엘. 파니스(L. panis), 엘. 판테리스(L. pantheris), 엘. 파라브레비스(L. parabrevis), 엘. 파라부크네리(L. parabuchneri), 엘. 파라카세이(L. paracasei), 엘. 파라콜리노이데스(L. paracollinoides), 엘. 파라파라기니스(L. parafarraginis), 엘. 파라케피리(L. parakefiri), 엘. 파랄리멘타리우스(L. paralimentarius), 엘. 파라플란타룸(L. paraplantarum), 엘. 펜토수스(L. pentosus), 엘. 페롤렌스(L. perolens), 엘. 플란타룸(L. plantarum), 엘. 폰티스(L. pontis), 엘. 프로텍쿠스(L. protectus), 엘. 프시타시(L. psittaci), 엘. 레니니(L. rennini), 엘. 레우테리(L. reuteri), 엘. 람노수스(L. rhamnosus), 엘. 리마에(L. rimae), 엘. 로고사에(L. rogosae), 엘. 로시아에(L. rossiae), 엘. 루미니스(L. ruminis), 엘. 사에림네리(L. saerimneri), 엘. 사케이(L. sakei), 엘. 살리바리우스(L. salivarius), 엘. 산프란시센시스(L. sanfranciscensis), 엘. 사트수멘시스(L. satsumensis), 엘. 세칼리필루스(L. secaliphilus), 엘. 사르페아에(L. sharpeae), 엘. 실리기니스(L. siliginis), 엘. 스피케리(L. spicheri), 엘. 수에비쿠스(L. suebicus), 엘. 타이란덴시스(L. thailandensis), 엘. 울투넨시스(L. ultunensis), 엘. 바시노스테르쿠스(L. vaccinostercus), 엘. 바기날리스(L. vaginalis), 엘. 베르스몰덴시스(L. versmoldensis), 엘. 비니(L. vini), 엘. 비툴리누스(L. vitulinus), 엘. 제아에(L. zeae), 및 엘. 지마에(L. zymae)를 제한 없이 포함한다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 락토바실루스 뮤코사에이다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 락토바실루스 뮤코사에이다. 일부 실시양태에서, 락토바실루스 뮤코사에는 서열식별번호: 2를 포함하는 16S rDNA 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 락토바실루스 뮤코사에는 서열식별번호: 2를 포함하는 핵산과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 락토바실루스 뮤코사에는 서열식별번호: 91을 포함하는 핵산과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 갖는다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 균주와 비-클로스트리디움 균주 둘 다를 포함한다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 투리시박터(Turicibacter) 속의 구성원이다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 투리시박터 산구이니스이다. 일부 실시양태에서, 투리시박터 산구이니스는 서열식별번호: 6을 포함하는 16S rDNA 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 투리시박터 산구이니스는 서열식별번호: 6을 포함하는 핵산과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 투리시박터 산구이니스는 서열식별번호: 90을 포함하는 핵산과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 갖는다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 균주와 비-클로스트리디움 균주 둘 다를 포함한다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 락토바실루스 뮤코사에 및 투리시박터 산구이니스이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 락토바실루스를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 투리시박터를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 락토바실루스 또는 투리시박터를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디아 균주만을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 IV, XIVa 또는 XVII 균주에 속하는 클로스트리디아 균주만을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XI 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다: 클로스트리디움 신덴스, 슈도플라보니프락토 카필로수스, 및 블라우티아 한세니이. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 클로스트리디움 신덴스, 슈도플라보니프락토 카필로수스, 또는 블라우티아 한세니이를 포함하지 않는다.
<표 D>
*= BaiCD+
한 측면에서, 본 개시내용은 조성물 F를 제공한다 (예를 들어, 도 13 및 14, 및 표 F1 및 F2 참조). 도 13에 제시된 바와 같이, 조성물 F는 하기 16S rDNA 서열을 갖는 박테리아를 함유한다: 서열식별번호: 24, 서열식별번호: 25, 서열식별번호: 26, 서열식별번호: 27, 서열식별번호: 28, 서열식별번호: 29, 서열식별번호: 30, 서열식별번호: 31, 서열식별번호: 32, 서열식별번호: 33, 서열식별번호: 34, 서열식별번호: 35, 서열식별번호: 36, 서열식별번호: 37, 서열식별번호: 38, 서열식별번호: 39, 서열식별번호: 40, 서열식별번호: 41, 서열식별번호: 42, 서열식별번호: 43, 서열식별번호: 44, 서열식별번호: 45, 서열식별번호: 46, 서열식별번호: 47, 서열식별번호: 48, 서열식별번호: 49, 서열식별번호: 50, 서열식별번호: 51, 서열식별번호: 52, 서열식별번호: 53, 서열식별번호: 54, 서열식별번호: 55, 서열식별번호: 56, 서열식별번호: 57, 서열식별번호: 58, 서열식별번호: 59, 서열식별번호: 60, 서열식별번호: 61, 서열식별번호: 62, 서열식별번호: 63, 서열식별번호: 64, 서열식별번호: 65, 서열식별번호: 66, 서열식별번호: 67, 서열식별번호: 68, 서열식별번호: 69, 서열식별번호: 70, 서열식별번호: 71, 서열식별번호: 72, 서열식별번호: 73, 서열식별번호: 74, 서열식별번호: 75, 서열식별번호: 76, 서열식별번호: 77, 서열식별번호: 78, 및 서열식별번호: 79.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 24, 서열식별번호: 25, 서열식별번호: 26, 서열식별번호: 27, 서열식별번호: 28, 서열식별번호: 29, 서열식별번호: 30, 서열식별번호: 31, 서열식별번호: 32, 서열식별번호: 33, 서열식별번호: 34, 서열식별번호: 35, 서열식별번호: 36, 서열식별번호: 37, 서열식별번호: 38, 서열식별번호: 39, 서열식별번호: 40, 서열식별번호: 41, 서열식별번호: 42, 서열식별번호: 43, 서열식별번호: 44, 서열식별번호: 45, 서열식별번호: 46, 서열식별번호: 47, 서열식별번호: 48, 서열식별번호: 49, 서열식별번호: 50, 서열식별번호: 51, 서열식별번호: 52, 서열식별번호: 53, 서열식별번호: 54, 서열식별번호: 55, 서열식별번호: 56, 서열식별번호: 57, 서열식별번호: 58, 서열식별번호: 59, 서열식별번호: 60, 서열식별번호: 61, 서열식별번호: 62, 서열식별번호: 63, 서열식별번호: 64, 서열식별번호: 65, 서열식별번호: 66, 서열식별번호: 67, 서열식별번호: 68, 서열식별번호: 69, 서열식별번호: 70, 서열식별번호: 71, 서열식별번호: 72, 서열식별번호: 73, 서열식별번호: 74, 서열식별번호: 75, 서열식별번호: 76, 서열식별번호: 77, 서열식별번호: 78, 및 서열식별번호: 79로 이루어진 군으로부터 선택된 16S rDNA 서열을 갖는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 24, 서열식별번호: 25, 서열식별번호: 26, 서열식별번호: 27, 서열식별번호: 28, 서열식별번호: 29, 서열식별번호: 30, 서열식별번호: 31, 서열식별번호: 32, 서열식별번호: 33, 서열식별번호: 34, 서열식별번호: 35, 서열식별번호: 36, 서열식별번호: 37, 서열식별번호: 38, 서열식별번호: 39, 서열식별번호: 40, 서열식별번호: 41, 서열식별번호: 42, 서열식별번호: 43, 서열식별번호: 44, 서열식별번호: 45, 서열식별번호: 46, 서열식별번호: 47, 서열식별번호: 48, 서열식별번호: 49, 서열식별번호: 50, 서열식별번호: 51, 서열식별번호: 52, 서열식별번호: 53, 서열식별번호: 54, 서열식별번호: 55, 서열식별번호: 56, 서열식별번호: 57, 서열식별번호: 58, 서열식별번호: 59, 서열식별번호: 60, 서열식별번호: 61, 서열식별번호: 62, 서열식별번호: 63, 서열식별번호: 64, 서열식별번호: 65, 서열식별번호: 66, 서열식별번호: 67, 서열식별번호: 68, 서열식별번호: 69, 서열식별번호: 70, 서열식별번호: 71, 서열식별번호: 72, 서열식별번호: 73, 서열식별번호: 74, 서열식별번호: 75, 서열식별번호: 76, 서열식별번호: 77, 서열식별번호: 78, 및 서열식별번호: 79로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
조성물 F 중의 박테리아 균주는 하기 박테리아와 관련이 있다: 도레아 롱기카테나, 루미노코쿠스 오베움, 메가스파에라 엘스데니이, 아시다미노코쿠스 페르멘탄스, 아시다미노코쿠스 인테스티니, 메가스파에라 엘스데니이, 루미노코쿠스 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 아나에로스티페스 하드루스, 루미노코쿠스 오베움, 플라보니프락토 플라우티이, 유박테리움 렉탈레, 플라보니프락토 플라우티이, 메가스파에라 엘스데니이, 유박테리움 렉탈레, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 알부스, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 파에시스, 비피도박테리움 비피둠, 아나에로스티페스 하드루스, 아나에로스티페스 하드루스, 아나에로스티페스 하드루스, 유박테리움 렉탈레, 루미노코쿠스 파에시스, 블라우티아 루티, 루미노코쿠스 파에시스, 아나에로스티페스 하드루스, 아나에로스티페스 하드루스, 루미노코쿠스 파에시스, 유박테리움 렉탈레, 유박테리움 렉탈레, 아나에로스티페스 하드루스, 루미노코쿠스 파에시스, 루미노코쿠스 파에시스, 도레아 롱기카테나, 로세부리아 파에시스, 블라우티아 루티, 푸시카테니박터 사카리보란스, 푸시카테니박터 사카리보란스, 로세부리아 파에시스, 메가스파에라 엘스데니이, 유박테리움 렉탈레, 유박테리움 렉탈레, 로세부리아 파에시스, 블라우티아 파에시스, 푸시카테니박터 사카리보란스, 및 도레아 포르미시게네란스.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 도레아 롱기카테나, 루미노코쿠스 오베움, 메가스파에라 엘스데니이, 아시다미노코쿠스 페르멘탄스, 아시다미노코쿠스 인테스티니, 메가스파에라 엘스데니이, 루미노코쿠스 파에시스, 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스, 아나에로스티페스 하드루스, 루미노코쿠스 오베움, 플라보니프락토 플라우티이, 유박테리움 렉탈레, 플라보니프락토 플라우티이, 메가스파에라 엘스데니이, 유박테리움 렉탈레, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 알부스, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 파에시스, 비피도박테리움 비피둠, 아나에로스티페스 하드루스, 아나에로스티페스 하드루스, 아나에로스티페스 하드루스, 유박테리움 렉탈레, 루미노코쿠스 파에시스, 블라우티아 루티, 루미노코쿠스 파에시스, 아나에로스티페스 하드루스, 아나에로스티페스 하드루스, 루미노코쿠스 파에시스, 유박테리움 렉탈레, 유박테리움 렉탈레, 아나에로스티페스 하드루스, 루미노코쿠스 파에시스, 루미노코쿠스 파에시스, 도레아 롱기카테나, 로세부리아 파에시스, 블라우티아 루티, 푸시카테니박터 사카리보란스, 푸시카테니박터 사카리보란스, 로세부리아 파에시스, 메가스파에라 엘스데니이, 유박테리움 렉탈레, 유박테리움 렉탈레, 로세부리아 파에시스, 블라우티아 파에시스, 푸시카테니박터 사카리보란스, 및 도레아 포르미시게네란스로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 84, 서열식별번호: 85, 서열식별번호: 92, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 96, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 100, 서열식별번호: 104, 서열식별번호: 107, 서열식별번호: 111, 서열식별번호: 112, 서열식별번호: 113, 서열식별번호: 114, 서열식별번호: 115, 서열식별번호: 116, 서열식별번호: 117, 서열식별번호: 118, 서열식별번호: 119, 및 서열식별번호: 120으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 본원에 개시된 조성물의 다수의 균주가 동일한 관련 박테리아 종을 가질 수 있다는 것을 인지해야 한다. 예를 들어, 조성물 F는 가장 가까운 관련 종으로서 유박테리움 렉탈레를 갖는 12가지 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IX에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IX에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IX에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하며, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IX에 속한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XVIII에 속하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XVI 또는 XVIII에 속하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
조성물 F는 비-클로스트리디움 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 균주와 비-클로스트리디움 균주 둘 다를 포함한다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 박테로이데스 속의 구성원이다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스이다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 비피도박테리움(Bifidobacterium) 속의 구성원이다. 일부 실시양태에서, 비-클로스트리디움 균주는 비피도박테리움 비피둠이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 균주와 비-클로스트리디움 균주 둘 다를 포함하고, 비-클로스트리디움 균주는 박테로이데스 셀룰로실리티쿠스 및 비피도박테리움 비피둠이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 박테로이데스를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 비피도박테리움을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 박테로이데스를 포함하지 않고, 비피도박테리움을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 비-클로스트리디움 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 IV, XIVa 또는 XVII 균주에 속하는 클로스트리디아 균주만을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XI 균주를 포함하지 않는다.
<표 F1>
조성물 F
Figure 112023074475051-pat00007
<표 F2>
조성물 F, 균주 그루핑
Figure 112023074475051-pat00008
*단쇄 지방산 범례:
A, 아세테이트; B, 부티레이트; L, 락테이트;
P, 프로피오네이트; S, 숙시네이트
한 측면에서, 본 개시내용은 조성물 G를 제공한다 (예를 들어, 도 19; 표 G 참조). 도 19에 제시된 바와 같이, 조성물 G는 하기 16S rDNA 서열을 갖는 박테리아를 함유한다: 서열식별번호: 27, 서열식별번호: 43, 서열식별번호: 44, 서열식별번호: 51, 서열식별번호: 55, 서열식별번호: 68, 서열식별번호: 72, 서열식별번호: 70, 서열식별번호: 24, 서열식별번호: 34, 서열식별번호: 37, 서열식별번호: 46, 서열식별번호: 76, 서열식별번호: 77, 서열식별번호: 35, 서열식별번호: 62, 서열식별번호: 26, 서열식별번호: 63, 서열식별번호: 67, 서열식별번호: 40, 서열식별번호: 38, 서열식별번호: 47, 서열식별번호: 56, 서열식별번호: 25, 및 서열식별번호: 32.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 27, 서열식별번호: 43, 서열식별번호: 44, 서열식별번호: 51, 서열식별번호: 55, 서열식별번호: 68, 서열식별번호: 72, 서열식별번호: 70, 서열식별번호: 24, 서열식별번호: 34, 서열식별번호: 37, 서열식별번호: 46, 서열식별번호: 76, 서열식별번호: 77, 서열식별번호: 35, 서열식별번호: 62, 서열식별번호: 26, 서열식별번호: 63, 서열식별번호: 67, 서열식별번호: 40, 서열식별번호: 38, 서열식별번호: 47, 서열식별번호: 56, 서열식별번호: 25, 및 서열식별번호: 32로 이루어진 군으로부터 선택된 16S rDNA 서열을 갖는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 27, 서열식별번호: 43, 서열식별번호: 44, 서열식별번호: 51, 서열식별번호: 55, 서열식별번호: 68, 서열식별번호: 72, 서열식별번호: 70, 서열식별번호: 24, 서열식별번호: 34, 서열식별번호: 37, 서열식별번호: 46, 서열식별번호: 76, 서열식별번호: 77, 서열식별번호: 35, 서열식별번호: 62, 서열식별번호: 26, 서열식별번호: 63, 서열식별번호: 67, 서열식별번호: 40, 서열식별번호: 38, 서열식별번호: 47, 서열식별번호: 56, 서열식별번호: 25, 및 서열식별번호: 32로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
조성물 G 중의 박테리아 균주는 하기 박테리아와 관련이 있다: 아시다미노코쿠스 페르멘탄스, 아시다미노코쿠스 인테스티니, 아나에로스티페스 하드루스, 블라우티아 파에시스, 블라우티아 한세니이, 도레아 포르미시게네란스, 도레아 롱기카테나, 유박테리움 렉탈레, 플라보니프락토 플라우티이, 푸시카테니박터 사카리보란스, 메가스파에라 엘스데니이, 로세부리아 파에시스, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 알부스, 루미노코쿠스 파에시스, 및 루미노코쿠스 오베움.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 아시다미노코쿠스 페르멘탄스, 아시다미노코쿠스 인테스티니, 아나에로스티페스 하드루스, 블라우티아 파에시스, 블라우티아 한세니이, 도레아 포르미시게네란스, 도레아 롱기카테나, 유박테리움 렉탈레, 플라보니프락토 플라우티이, 푸시카테니박터 사카리보란스, 메가스파에라 엘스데니이, 로세부리아 파에시스, 루미노코쿠스 캄파넬렌시스, 루미노코쿠스 알부스, 루미노코쿠스 파에시스, 및 루미노코쿠스 오베움으로 이루어진 군으로부터 선택된 종의 2가지 이상의 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 84, 서열식별번호: 85, 서열식별번호: 92, 서열식별번호: 93, 서열식별번호: 96, 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 99, 서열식별번호: 104, 서열식별번호: 107, 서열식별번호: 111, 서열식별번호: 112, 서열식별번호: 113, 서열식별번호: 114, 서열식별번호: 115, 서열식별번호: 116, 서열식별번호: 117, 및 서열식별번호: 119로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다.
<표 G>
조성물 G
Figure 112023074475051-pat00009
한 측면에서, 본 개시내용은 조성물 H를 제공한다 (예를 들어, 도 26, 표 H 참조). 도 26에 제시된 바와 같이, 조성물 H는 하기 16S rDNA 서열을 갖는 박테리아를 함유한다: 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 82, 서열식별번호: 81, 및 서열식별번호: 80. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 82, 서열식별번호: 81, 및 서열식별번호: 80으로 이루어진 군으로부터 선택된 16S rDNA 서열을 갖는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 82, 서열식별번호: 81, 및 서열식별번호: 80으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 21, 서열식별번호: 82, 서열식별번호: 81, 및 서열식별번호: 80으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 4가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함한다.
조성물 H 중의 박테리아 균주는 하기 박테리아와 관련이 있다: 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 클로스트리디움 디스포리쿰, 클로스트리디움 볼테아에, 및 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 이노쿠움, 에리시펠로트리카세아에_박테리움_21-3, 클로스트리디움 디스포리쿰, 클로스트리디움 볼테아에, 및 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨으로 이루어진 군으로부터 선택된 2가지 이상의 박테리아 균주를 수반한 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 86, 서열식별번호: 95, 서열식별번호: 98, 서열식별번호: 110, 서열식별번호: 122, 및 서열식별번호: 123으로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다.
조성물 H는 클로스트리디움 클러스터 I, IV, XIVa, XVII 및 XVIII로부터의 박테리아를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 클로스트리디움 클러스터 I, IV, XIVa, XVII 및 XVIII로부터의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XVII에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 I에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XVIII에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 IV에 속한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물의 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XIVa에 속하고, 박테리아 균주 중 적어도 한 가지는 클로스트리디움 클러스터 XVII에 속한다.
<표 H>
Figure 112023074475051-pat00010
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 I로부터의 박테리아를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XVIII로부터의 박테리아를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 클러스터 I로부터의 박테리아를 포함하지 않고, 클로스트리디움 클러스터 XVIII로부터의 박테리아를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 모든 박테리아가 혐기성 박테리아이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 모든 박테리아가 편성 혐기성 박테리아이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아 (예를 들어, 정제된 박테리아 균주)를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 클로스트리디움 신덴스를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 플라보니프락토 플라우티이를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 파라박테로이데스(Parabacteroides)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 락토바실루스를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 콜린셀라(Colinsella)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 디알리스터(Dialister)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 라오울텔라(Raoultella)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 스트렙토코쿠스를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 스타필로코쿠스(Staphylococcus)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 마이크로박테리움(Microbacterium)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 프로테오박테리아(Proteobacteria)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 펩토스트렙토코카세아에(Peptostreptococcaceae)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 2가지 이상의 박테리아를 포함하는 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 오실로스피라세아에(Oscillospiraceae)를 포함하지 않는다.
한 측면에서, 본 개시내용은 본원에 기재된 박테리아 균주 또는 종의 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 수반한 박테리아 균주를 제공한다. 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 명시된 영역에 걸쳐 또는 전체 서열에 걸쳐 본원에 기재된 균주 또는 박테리아 종 중 임의의 것과 비교하여 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8% 또는 99.9% 상동성을 갖는다. 2개 이상의 핵산 서열 또는 아미노산 서열의 맥락에서 용어 "상동성" 또는 "퍼센트 상동성"은 2개 이상의 서열 또는 그의 일부분(들) 간의 유사성의 측정 기준을 지칭한다는 것이 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 인지될 것이다. 상동성은 적어도 약 50개 뉴클레오티드 길이인 서열의 영역에 걸쳐, 또는 보다 바람직하게 100 내지 500개 또는 1000개 또는 그 초과의 뉴클레오티드 길이인 영역에 걸쳐 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, 상동성은 16S rRNA 또는 16S rDNA 서열, 또는 그의 일부분의 길이에 걸쳐 존재한다.
부가적으로, 또는 또 다른 한편으론, 2개 이상의 서열은 이러한 서열들 간의 동일성에 관하여 평가될 수 있다. 2개 이상의 핵산 또는 아미노산 서열의 맥락에서 용어 "동일한" 또는 퍼센트 "동일성"은 동일한 2개 이상의 서열 또는 하위서열을 지칭한다. 비교 창에 걸쳐 최대 상응도를 위해 비교 및 정렬될 때, 명시된 영역에 걸쳐 또는 전체 서열에 걸쳐, 또는 하기 서열 비교 알고리즘 중 하나를 사용하거나 또는 수동 정렬 및 육안 검사에 의해 측정된 바와 같은 지정된 영역에 걸쳐 두 서열이 동일한 (예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8% 또는 99.9% 동일한) 아미노산 잔기 또는 뉴클레오티드의 명시된 백분율을 갖는 경우, 이러한 두 서열은 "실질적으로 동일"하다. 임의로, 동일성은 적어도 약 50개 뉴클레오티드 길이인 영역에 걸쳐, 또는 보다 바람직하게 100 내지 500개 또는 1000개 또는 그 초과의 뉴클레오티드 길이인 영역에 걸쳐 존재한다. 일부 실시양태에서, 동일성은 16S rRNA 또는 16S rDNA 서열의 길이에 걸쳐 존재한다.
부가적으로, 또는 또 다른 한편으론, 2개 이상의 서열은 이러한 서열들 간의 정렬에 관하여 평가될 수 있다. 2개 이상의 핵산 또는 아미노산 서열의 맥락에서 용어 "정렬" 또는 퍼센트 "정렬"은 동일한 2개 이상의 서열 또는 하위서열을 지칭한다. 비교 창에 걸쳐 최대 상응도를 위해 비교 및 정렬될 때, 명시된 영역에 걸쳐 또는 전체 서열에 걸쳐, 또는 하기 서열 비교 알고리즘 중 하나를 사용하거나 또는 수동 정렬 및 육안 검사에 의해 측정된 바와 같은 지정된 영역에 걸쳐 두 서열이 동일한 (예를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8% 또는 99.9% 동일한) 아미노산 잔기 또는 뉴클레오티드의 명시된 백분율을 갖는 경우, 이러한 두 서열은 "실질적으로 정렬"된다. 임의로, 정렬은 적어도 약 50개 뉴클레오티드 길이인 영역에 걸쳐, 또는 보다 바람직하게 100 내지 500개 또는 1000개 또는 그 초과의 뉴클레오티드 길이인 영역에 걸쳐 존재한다. 일부 실시양태에서, 동일성은 16S rRNA 또는 16S rDNA 서열의 길이에 걸쳐 존재한다.
서열 비교를 위하여, 전형적으로 하나의 서열이 참조 서열로서 작용하는데, 이것과 시험 서열을 비교한다. 비교를 위하여 서열을 정렬하는 방법은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다. 예를 들어, 문헌 [Smith and Waterman (1970) Adv. Appl. Math. 2:482c]의 국소 상동성 알고리즘, 문헌 [Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. (1970) 48:443]의 상동성 정렬 알고리즘, 문헌 [Pearson and Lipman. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1998) 85:2444]의 유사성 조사 방법, 이들 알고리즘의 컴퓨터화된 구현 [GAP, BESTFIT, FASTA, 및 TFASTA (Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group; 미국 위스콘신주 매디슨)], 또는 수동 정렬 및 육안 검사에 의한 방법을 참조할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Brent et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (Ringbou ed., 2003)] 참조). 퍼센트 서열 동일성 및 서열 유사성을 결정하는 데 적합한 알고리즘의 두 예는 BLAST 및 BLAST 2.0 알고리즘인데, 이는 문헌 [Altschul et al., Nuc. Acids Res. (1977) 25:3389-3402], 및 [Altschul et al., J. Mol. Biol. (1990) 215:403-410]에 각각 기재되어 있다.
한 측면에서, 본 개시내용은 다수의 정제된 박테리아 균주를 포함하는 조성물 (예를 들어, 조성물 A-J)을 제공한다. 예를 들어, 도 1, 13, 19, 및 26은 다수의 박테리아 균주를 포함하는 몇 가지 예시적인 조성물을 제시한다. 한 측면에서, 상기 조성물의 정제된 박테리아 균주의 16S rDNA 서열은 박테리아 게놈 데이터베이스 내의 공지된 박테리아 종/균주의 16S rDNA 서열과 비교하여, 본원에 개시된 박테리아 균주와 가장 가까운 것으로 공지된 관련 박테리아 종을 확인하였다 (예를 들어, 표 1 참조). 본원에 개시된 조성물의 다수의 박테리아 균주가 동일한 가장 가까운 관련 박테리아 종을 가질 수 있다는 것을 인지해야 한다. 한 측면에서, 본 개시내용은 서열식별번호: 1-83 및 124-159로써 제공된 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 수반한 한 가지 이상의 박테리아 균주 또는 종을 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 균주 중 임의의 것과 가장 가까운 관련 종 중 어느 하나의 핵산 서열과 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 수반한 종은 서열식별번호: 84-123으로써 제공된 16S rDNA 서열을 수반한 박테리아 균주에 상응한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 본원에 기재된 박테리아 균주 (예를 들어, 정제된 박테리아 균주) 중 적어도 한 가지를 제공한다. 일부 실시양태에서, 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함하는 조성물은 서열식별번호: 1-122 및 124-159 중 어느 하나로부터 선택된 16S rDNA 서열을 수반한 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함하는 조성물은 서열식별번호: 1-122 및 124-159 중 어느 하나로부터 선택된 16S rDNA 서열과 97% 상동성을 수반한 적어도 한 가지의 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 2가지 이상의 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 적어도 20가지 또는 그 초과의 박테리아 균주 (예를 들어, 정제된 박테리아 균주)를 포함한다.
본원에 제공된 조성물 및 방법이, 이용 가능한 씨. 디피실레 감염의 치료와 연관된 조성물 및 방법과 구별될 수 있다는 것을 인지해야 한다. 예를 들어, 비-독소생산 씨. 디피실레 균주, 즉 씨. 디피실레 독소를 생산하지 않는 균주가 씨. 디피실레 감염을 치료하기 위해 사용될 수 있는 것으로 제안되었다 (예를 들어, US 6,635,260 참조). 적어도 본원에 개시된 조성물은 씨. 디피실레의 비-독소생산 균주를 포함하지 않기 때문에, 본원에 기재된 조성물은 구별될 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 본원의 조성물은 씨. 디피실레의 비-독소생산 균주를 포함하지 않는다. 씨. 디피실레는 클로스트리디움 클러스터 XI에 속한다. 일부 실시양태에서, 본원의 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XI에 속하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
담즙 유도성 7α/β-탈히드록실화 오페론을 발현하는 박테리아 균주가 씨. 디피실레의 치료에 사용될 수 있는 것으로 관련 기술분야에 또한 간주된다 (예를 들어, 문헌 [Buffie et al. Nature (2015) 517:205-208] 참조). 담즙산 7α 디히드록실화의 촉매 작용은 유전자 baiCD에 의해 코딩된 입체 특이적 NAD(H)-의존성 3-옥소-Δ4-콜렌산 산화환원효소에 의해 매개된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 담즙산 7-알파-탈히드록실화를 매개하지 않는다.
관련 기술분야에서의 발견 내용과 달리, 일부 실시양태에서, 본원에 제시된 바와 같이, baiCD (또는 그의 상동체)를 코딩하지 않거나, 또는 비-기능적인 BaiCD 단백질 ("baiCD-")을 발생시키는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 baiCD를 코딩하는 박테리아 균주의 조합이, 기능적인 BaiCD 단백질 ("baiCD+")을 갖는 박테리아 균주의 조합보다 씨. 디피실레 감염을 치료하고/하거나 씨. 디피실레에 의한 독소 B의 생산을 저하 또는 억제시키는 데 있어서 더 유효하다. 따라서, 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 박테리아 균주의 조성물은 baiCD-이다 (즉, 이러한 박테리아의 조합이 유효한 baiCD+ 기능을 갖지 않는다). 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물 중의 모든 박테리아 균주는 baiCD-이다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물 중의 다수 (즉, 50% 이상)의 박테리아 균주는 baiCD-이다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물 중의 다수 (즉, 50% 이상)의 박테리아 균주는 baiCD-이고, 조성물은 유효한 BaiCD 기능을 갖지 않는다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물 중의 소수 (즉, 50% 이하)의 박테리아 균주는 baiCD-이고, 조성물은 유효한 BaiCD 기능을 갖지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물에 대한 박테리아 균주는 baiCD 유전자 또는 예상되는 baiCD 유전자의 부재 (또는 존재)에 근거하여 선택된다. 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 baiCD 유전자의 발현을 방지 또는 저하시키고/시키거나 BaiCD 단백질의 NAD(H)-의존성 3-옥소-Δ4-콜렌산 산화환원효소 활성을 저하 또는 제거하기 위해 변형될 수 있다 (예를 들어, 유전적으로 조작될 수 있다). 박테리아 균주의 NAD(H)-의존성 3-옥소-Δ4-콜렌산 산화환원효소 활성은, 7α-탈히드록실화된 답즙산의 양을 측정하는 것과 같은 방법에 의해 평가될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 baiCD 오페론을 수반하지 않거나 (baiCD - ) 또는 baiCD 기능을 수반하지 않은 박테리아 균주를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 클로스트리디움 신덴스를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 바르네시엘라 인테스티호미니스(Barnesiella intestihominis)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 블라우티아 한세니이를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 슈도플라보니프락토 카필로수스를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 클로스트리디움 신덴스, 바르네시엘라 인테스티호미니스, 블라우티아 한세니이 또는 슈도플라보니프락토 카필로수스를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 콜린셀라 아에로파시엔스(Colinsella aerofaciens)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 아세토비브리오 에탄올기그넨스(Acetovibrio ethanolgignens)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 클러스터 I에 속하는 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 부티리쿰(Clostridium butyricum)을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 디스포리쿰을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 클러스터 XI에 속하는 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 클로스트리디움 글리콜리쿰(Clostridium glycolicum)을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 파에칼리박테리움 프라우스니트지이(Faecalibacterium prausnitzii)을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 투리시박터 산구이니스를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 유박테리움 렉탈레를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 유박테리움 벤트리오숨(Eubacterium ventriosum)을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 루미노코쿠스 오베움을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 슈도부티리비브리오(Pseudobutyrivibrio)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 크리스텐세넬라세아에(Christensenellaceae)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 그램 음성 박테리아를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 이. 콜라이(E. coli)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 진균, 예컨대 모닐라(Monilla) 종을 포함하지 않는다.
본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 조성물은 하나 이상의 항생제에 대해 저항성인 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 본원에 제공된 박테리아 조성물을 투여 후에 대상체의 신체로부터 제거하는 메커니즘을 갖는 것이 바람직할 수 있다는 것을 인지해야 한다. 이러한 하나의 메커니즘은 항생제 치료에 의해 상기 박테리아 조성물을 제거하는 것이다. 따라서, 일부 실시양태에서, 조성물은 하나 이상의 항생제에 대해 저항성인 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 페니실린, 벤질페니실린, 암피실린, 술박탐, 아목시실린, 클라불라네이트, 타조박탐, 피페라실린, 세프메타졸, 반코마이신, 이미페넴, 메로페넴, 메트로니다졸 및 클린다마이신으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 항생제에 대해 저항성인 박테리아 균주를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 반코마이신에 대해 저항성인 박테리아 균주를 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 상기 조성물은 인간에게 효능이 있는 적어도 4개의 항생제에 대해 감수성인 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 인간에게 효능이 있는 적어도 3개의 항생제에 대해 감수성인 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 인간에게 효능이 있는 적어도 2개의 항생제에 대해 감수성인 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 인간에게 효능이 있는 적어도 하나의 항생제에 대해 감수성인 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 인간에게 효능이 있는 적어도 4개의 항생제에 대해 감수성인 박테리아 균주만을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 인간에게 효능이 있는 적어도 3개의 항생제에 대해 감수성인 박테리아 균주만을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 인간에게 효능이 있는 적어도 2개의 항생제에 대해 감수성인 박테리아 균주만을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 인간에게 효능이 있는 적어도 하나의 항생제에 대해 감수성인 박테리아 균주를 포함한다. 본원에 사용된 바와 같은, "인간에게 효능이 있는 항생제"는 인간에서의 박테리아 감염을 성공적으로 치료하기 위해 사용되어 왔던 항생제를 지칭한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 포자 형성 및 비-포자 형성 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 포자 형성 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 포자 형성 박테리아 균주만을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 비-포자 형성 박테리아 균주만을 포함한다. 포자 형성 박테리아는 포자 형태로 (즉, 포자로서) 또는 영양 형태로 (즉, 영양 세포로서) 존재할 수 있다. 포자 형태에서는, 박테리아가 일반적으로, 환경적 조건, 예컨대, 열, 산, 방사선, 산소, 화학 물질, 및 항생제에 대해 더 저항성이다. 이와 반대로, 영양 상태 또는 활동적으로 성장하는 상태에서는, 박테리아는 포자 형태와 비교해서, 이러한 환경적 조건에 대해 더 감수성이다. 일반적으로, 박테리아 포자는 적절한 조건하에, 포자 형태로부터 발아되어 영양/활동적으로 성장하는 상태로 될 수 있다. 예를 들어, 포자 포맷의 박테리아는 장에 도입될 때 발아될 수 있다.
일부 실시양태에서, 조성물 중의 박테리아 균주의 적어도 한 가지 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5가지, 또는 그 초과)는 포자 형성자이다. 일부 실시양태에서, 조성물 중의 박테리아 균주의 적어도 한 가지 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5가지, 또는 그 초과)는 포자 형태이다. 일부 실시양태에서, 조성물 중의 박테리아 균주의 적어도 한 가지 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5가지, 또는 그 초과)는 비-포자 형성자이다. 일부 실시양태에서, 조성물 중의 박테리아 균주의 적어도 한 가지 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5가지, 또는 그 초과)는 영양 형태이다 (상기 논의된 바와 같이, 포자 형성 박테리아는 영양 형태일 수도 있다). 일부 실시양태에서, 조성물 중의 박테리아 균주의 적어도 한 가지 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5가지, 또는 그 초과)는 포자 형태이고, 조성물 중의 박테리아 균주의 적어도 한 가지 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5가지, 또는 그 초과)는 영양 형태이다. 일부 실시양태에서, 포자를 형성할 수 있는 것으로 간주되는 적어도 한 가지의 박테리아 균주 (즉, 포자 형성자)가 영양 형태로 조성물에 존재한다. 일부 실시양태에서, 포자를 형성할 수 있는 것으로 간주되는 적어도 한 가지의 박테리아 균주가 포자 형태와 영양 형태 둘 다로 조성물에 존재한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 포자 형성 박테리아 균주인 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 비-포자 형성 박테리아 균주인 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 포자 형성 박테리아 균주인 박테리아 균주 및 비-포자 형성 박테리아 균주인 박테리아 균주를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 박테리아 균주의 혼합물을 포함하고, 여기서 박테리아 균주의 적어도 10%가 포자 형성 박테리아 균주이고, 박테리아 균주의 적어도 20%가 포자 형성 박테리아 균주이고, 박테리아 균주의 적어도 30%가 포자 형성 박테리아 균주이고, 박테리아 균주의 적어도 40%가 포자 형성 박테리아 균주이고, 박테리아 균주의 적어도 50%가 포자 형성 박테리아 균주이고, 박테리아 균주의 적어도 60%가 포자 형성 박테리아 균주이고, 박테리아 균주의 적어도 70%가 포자 형성 박테리아 균주이고, 박테리아 균주의 적어도 80%가 포자 형성 박테리아 균주이고, 박테리아 균주의 적어도 90%가 포자 형성 박테리아 균주이고, 100% 이하의 박테리아가 포자 형성 박테리아 균주이다. 박테리아 균주가 포자 형성 균주인지의 여부는, 예를 들어 포자형성 유전자의 존재에 관하여 박테리아 균주의 게놈을 평가함으로써 결정될 수 있다. 그러나, 포자 형성 유전자를 코딩하는 것으로 예상되는 모든 박테리아가 포자를 형성할 수 있는 것은 아니라는 것을 인지해야 한다. 또한, 박테리아 균주가 포자 형성 균주인지의 여부는 박테리아 균주를, 포자형성을 유도하는 것으로 공지되어 있는 스트레스 조건, 예를 들어, 열 또는 화학 물질 (예를 들어, 에탄올 또는 클로로포름)에 대한 노출에 노출시킴으로써 결정될 수 있다.
포자 형성 박테리아는 포자 형태 또는 영양 형태일 수 있다는 것을 인지해야 한다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 포자 형성 박테리아는 포자 형태이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 포자 형성 박테리아는 영양 형태이다. 본원에 제공된 조성물의 일부 실시양태에서, 포자 형성 박테리아는 포자 형태와 영양 형태 둘 다로 존재한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 조성물을 제공하며, 여기서 조성물은 포자 형성 박테리아를 포함하고, 여기서 포자 형성 박테리아의 적어도 10%가 포자 포맷이고, 포자 형성 박테리아의 적어도 20%가 포자 포맷이고, 포자 형성 박테리아의 적어도 30%가 포자 포맷이고, 포자 형성 박테리아의 적어도 40%가 포자 포맷이고, 포자 형성 박테리아의 적어도 50%가 포자 포맷이고, 포자 형성 박테리아의 적어도 60%가 포자 포맷이고, 포자 형성 박테리아의 적어도 70%가 포자 포맷이고, 포자 형성 박테리아의 적어도 80%가 포자 포맷이고, 포자 형성 박테리아의 적어도 90%가 포자 포맷이고, 100% 이하가 포자 포맷이다.
본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주는 살아 있으며, 이들이 표적 부위 (예를 들어, 장)에 도달할 때 살아 있을 것으로 예상된다. 박테리아 포자는 이와 관련하여 살아 있는 것으로 간주된다. 일부 실시양태에서, 포자로서 투여되는 박테리아는 표적 부위 (예를 들어, 장)에서 발아될 수 있다. 모든 박테리아가 살아 있는 것은 아니며, 조성물이 살아 있지 않은 백분율 (예를 들어, 중량 기준)을 포함할 수 있다는 것을 추가로 인지해야 한다. 또한, 일부 실시양태에서, 조성물은 투여될 때 또는 조성물이 표적 부위 (예를 들어, 장)에 도달하는 시간에 살아 있지 않은 박테리아 균주를 포함한다. 살아 있지 않은 박테리아가 조성물 중의 다른 박테리아 균주에 대한 일부 영양분과 대사산물을 제공함으로써 여전히 유용할 수 있는 것으로 예상된다.
포자 형성 박테리아 균주의 포자형성을 유도하는 방법은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Paredes-Sabja et al., Trends Microbiol. (2011) 19(2):85-94] 참조). 일반적으로, 포자 형성자인 박테리아 균주는 이러한 박테리아 균주에 스트레스를 가함으로써 포자 형태로 만들 수 있다. 포자형성을 유도할 수 있는 스트레스의 비-제한적 예는 온도 상의 증가, 이용 가능한 영양분 상의 변화 및/또는 화학물질 (예를 들어, 에탄올 또는 클로로포름)에 대한 노출이다. 예를 들어, 이들에 포자형성 유전자가 누락되었기 때문에 비-포자 형성자인 박테리아는 스트레스에 의해서도 포자형성될 수 없다는 것을 인지해야 한다. 모든 박테리아 균주가 포자 형태인 조성물을 제조하기 위해, 조성물 또는 이러한 조성물을 제조하기 위해 사용된 박테리아 배양물을 대상으로 하여, 예를 들어 조성물을 열에 노출시키고 비-포자 박테리아를 화학적으로 붕괴시킴으로써 포자 형태가 아닌 (예를 들어, 영양 형태) 어떠한 박테리아도 사멸시키는 처리를 수행할 수 있다. 연속해서, 포자 포맷의 박테리아를, 예를 들어 여과에 의해 비-포자 박테리아로부터 분리시킬 수 있다.
포자의 양은 관련 기술분야에 공지된 기술을 사용하여 수량화할 수 있다. 이들 기술은 혈구 계산기를 사용하여 포자를 계산하기 위한 위상차 현미경 검사를 포함한다. 또한, 포자의 생육력은 포자를 플레이팅하고 포자를 성장시킴으로써 결정될 수 있다. 예를 들어, 포자는 적절한 배지에 플레팅할 수 있고, 소정 기간 (예를 들어, 48 내지 96시간) 동안 혐기성 챔버에서 인큐베이션할 수 있다. 생육력은 연속해서, 발아된 포자에 상응하는 콜로니 형성 단위를 수량화함으로써 결정될 수 있다. 예를 들어, 포자는 타우로콜레이트가 포자의 발아에 도움을 주는 TCCFA 플레이트 (타우로콜레이트, 시클로세린, 세폭신틴, 프룩토스 한천 플레이트) 상에 플레이팅될 수 있다. 또한, 포자는 디피콜린 검정 (DPA 검정)을 이용하여 수량화할 수 있다. DPA는 포자 선별을 허용해 주는 작용제이고, 내생포자의 명확한 지표이다. 테르븀과 복합체를 형성하면, 밝은 녹색 발광이 관찰된다.
본원에 제공된 조성물 중 임의의 것에서, 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 정제된다. 본원에 제공된 조성물 중 임의의 것에서, 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 단리된다. 본원에 기재된 박테리아 균주 중 임의의 것은, 예를 들어, 공급원, 예컨대 배양물 또는 미생물무리 샘플 (예를 들어, 대변)로부터 단리 및/또는 정제될 수 있다. 본원에 제공된 조성물에 사용된 박테리아 균주는 일반적으로, 건강한 개체의 마이크로바이옴으로부터 단리된다. 그러나, 박테리아 균주는 건강하지 않은 것으로 간주되는 개체로부터 단리될 수도 있다. 일부 실시양태에서, 조성물은 다수의 개체로부터 유래되는 균주를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같은, 용어 "단리된"은 하나 이상의 원하지 않는 성분, 예컨대 또 다른 박테리움 또는 박테리아 균주, 성장 배지의 하나 이상의 성분, 및/또는 샘플, 예컨대 대변 샘플의 하나 이상의 성분으로부터 분리시킨 박테리아를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 그러한 박테리아는 공급원의 다른 성분이 검출되지 않도록 그 공급원으로부터 실질적으로 단리된다.
본원에 사용된 바와 같은, 용어 "정제된"은 하나 이상의 성분, 예컨대 오염물질로부터 분리시킨 것을 포함하는 박테리아 균주 또는 조성물을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 그러한 박테리아 균주는 오염물질이 실질적으로 없다. 일부 실시양태에서, 조성물의 한 가지 이상의 박테리아 균주는, 이러한 박테리아 균주를 함유하는 배양물 또는 샘플에서 생산되고/되거나 이에 존재하는 한 가지 이상의 다른 박테리아로부터 독립적으로 정제될 수 있다. 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 특정 샘플로부터 단리되거나 또는 정제된 다음, 박테리아 복제에 적절한 조건, 예를 들어, 혐기성 배양 조건하에 배양된다. 박테리아 복제에 적절한 조건하에 성장하는 박테리아는 연속해서, 그것이 성장되는 배양물로부터 단리/정제될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주는 편성 혐기성 미생물이다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물의 박테리아 균주는 조건적 혐기성 미생물이다.
본 개시내용의 측면은 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것의 치료상 유효량을 투여함으로써 대상체에게서 병원성 감염을 치료하는 방법과 관련이 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 포유동물 대상체, 예컨대 인간, 비-인간 영장류, 설치류, 토끼, 양, 돼지, 개, 고양이, 말, 또는 암소이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 인간 대상체이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 돼지이다.
일부 실시양태에서, 대상체는 병원성 유기체의 보균자이고 감염에 따른 결과 (예를 들어, 씨. 디피실레 독소에 의해 유발된 설사)로 인해 고통받고 있다. 일부 실시양태에서 대상체는 병원체의 무증상 보균자이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 씨. 디피실레의 보균자이다. 일부 실시양태에서 대상체는 무증상 씨. 디피실레 보균자이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 재발성 또는 만성 병원성 감염을 경험하였다. 일부 실시양태에서, 대상체는 특별한 병원성 감염의 첫 번째 발병으로 인해 고통받고 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 병원성 감염의 재발을 초래한 항생제로 치료받은 적이 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 병원성 감염의 첫 번째 발병을 초래한 항생제로 치료받은 적이 있다. 일부 실시양태에서, 대상체에게 감염의 위험을 더 높게 만드는 절차가 진행되어야 한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 병원체에 의해 감염되는 위험을 낮추기 위해 대상체에게 투여된다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 대상체가 장내 불균형을 갖는 경우에 (예를 들어, 질환 상태와 연관된 마이크로바이옴으로서 갖는다) 대상체에게 투여된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물을 이용하여 치료하면, 대상체의 마이크로바이옴에 있어서의 변화가 발생된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물을 이용하여 치료하면, 대상체에게서 장내 불균형이 제거되어 건강한 마이크로바이옴이 발생된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물을 이용하여 치료하면, 대상체에게서 장내 불균형이 제거되어 병원체에 의한 감염에 불응하거나 또는 이러한 감염에 대해 덜 감수성인 마이크로바이옴이 발생된다.
본원에 사용된 바와 같은, 병원성 감염과 관련하여 용어 "병원체"는 대상체에게서 질환 또는 질환 상태를 유발시키는 미생물 (예를 들어, 박테리움)을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 대상체의 질환 또는 질환 상태는 증상, 예컨대 결장염, 설사, 물설사, 복부 경련, 발열, 대변 내의 혈액 또는 고름, 구토, 탈수, 식욕 부진, 오한, 체중 감소, 및/또는 신부전을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 병원성 감염은, 예를 들어, 대상체로부터 수집된 대변 샘플에서 병원체 (또는 병원체와 연관된 단백질 또는 핵산)를 검출함으로써 진단될 수 있다. 일부 실시양태에서, 병원성 감염은, 예를 들어, 대상체의 대변 샘플의 미생물무리를, 건강한 대상체의 대변 샘플의 미생물무리와 비교함으로써 진단될 수 있다.
일부 실시양태에서, 병원성 감염은 씨. 디피실레; 클로스트리디움 페르프린겐스(Clostridium perfringens); 클로스트리디움 보툴리눔(Clostridium botulinum); 클로스트리디움 트리부트리쿰(Clostridium tributrycum); 클로스트리디움 스포로게네스(Clostridium sporogenes); 에스케리키아 콜라이(Escherichia coli); 슈도모나스 아에루기노사, 예컨대 다중약물 내성 슈도모나스 아에루기노사; 반코마이신 내성 엔테로코쿠스 (VRE); 카르바페넴 내성 엔테로박테리아세아에 (CRE); 네이세리아 고노레아에; 아시네토박터; 다중약물 내성 아시네토박터; 캄필로박터; 다중약물 내성 캄필로박터; 캔디다(Candida); 플루코나졸 내성 캔디다; 연장된 스펙트럼 베타-락타마제 (ESBL) 생산 엔테로박테리아세아에; 살모넬라, 살모넬라 티피무리움(Salmonella Typhimurium), 약물 내성 비-장티푸스 살모넬라 종; 약물 내성 살모넬라 티피; 약물 내성 시겔라; 스타필로코쿠스 아우레우스, 예컨대 메티실린 내성 에스. 아우레우스(S. aureus) 또는 반코마이신 내성 에스. 아우레우스; 약물 내성 스트렙토코쿠스 뉴모니아에; 약물 내성 투베르쿨로시스; 에리트로마이신 내성 군 A 스트렙토코쿠스; 클린다마이신 내성 군 B 스트렙토코쿠스, 및 그의 임의의 조합이다. 일부 실시양태에서, 병원성 감염은 씨. 디피실레이다. 일부 실시양태에서, 씨. 디피실레는 항생제 내성 씨. 디피실레, 예를 들어, 플루오로퀴놀론 내성 씨. 디피실레이다. 일부 실시양태에서, 병원성 감염은 반코마이신 내성 엔테로코쿠스이다.
본원에 제공된 방법에 따라서 치료될 수 있는 병원성 감염에 대해 책임이 있는 병원체의 부가의 비-제한적 예는 레슈마니아(Leishmania), 스타필로코쿠스 에피데르미스(Staphylococcus epidermis), 스타필로코쿠스 사프로피티쿠스(Staphylococcus saprophyticus), 스트렙토코쿠스 피오게네스(Streptococcus pyogenes), 스트렙토코쿠스 뉴모니아에, 스트렙토코쿠스 아갈락티아에(Streptococcus agalactiae), 엔테로코쿠스 파에칼리스(Enterococcus faecalis), 코리네박테리움 디프테리아에(Corynebacterium diptheriae), 바실루스 안트라시스(Bacillus anthracis), 리스테리아 모노시토게네스(Listeria monocytogenes), 클로스트리디움 페르프린겐스, 클로스트리디움 테타누스(Clostridium tetanus), 클로스트리디움 보툴리눔, 클로스트리디움 디피실레, 네이세리아 메닌기티디스(Neisseria meningitidis), 네이세리아 고노르호에아에(Neisseria gonorrhoeae), 에스케리키아 콜라이, 살모넬라 티피무리움, 살모넬라 콜레라수이스(Salmonella cholerasuis), 살모넬라 엔테리카(Salmonella enterica), 살모넬라 엔테리디티스(Salmonella enteriditis), 예르시니아 페스티스(Yersinia pestis), 예르시니아 슈도투베르쿨로시스(Yersinia pseudotuberculosis), 예르시니아 엔테로콜리티카(Yersinia enterocolitica), 비브리오 콜레라에(Vibrio cholerae), 캄필로박터 제주니(Campylobacter jejuni), 캄필로박터 페투스(Campylobacter fetus), 헬리코박터 필로리(Helicobacter pylori), 슈도모나스 아에루기노사, 슈도모나스 말레이(Pseudomonas mallei), 헤모필루스 인플루엔자에(Haemophilus influenzae), 보르데텔라 페르투시스(Bordetella pertussis), 미코플라스마 뉴모니아에(Mycoplasma pneumoniae), 우레아플라스마 우레알리티쿰(Ureaplasma urealyticum), 레지오넬라 뉴모필라(Legionella pneumophila), 트레포네마 팔리둠(Treponema pallidum), 렙토스피라 인테로간스(Leptospira interrogans), 보렐리아 부르그도르페리(Borrelia burgdorferi), 미코박테리움 투베르쿨로시스(Mycobacterium tuberculosis), 미코박테리움 레프라에(Mycobacterium leprae), 클라미디아 프시타시(Chlamydia psittaci), 클라미디아 트라코마티스(Chlamydia trachomatis), 클라미디아 뉴모니아에(Chlamydia pneumoniae), 리케트시아 리케트시이(Rickettsia ricketsii), 리케트시아 아카리(Rickettsia akari), 리케트시아 프로와제키이(Rickettsia prowazekii), 브루셀라 아보르투스(Brucella abortus), 브루셀라 멜리텐스(Brucella melitens), 브루셀라 수이스(Brucella suis), 및 프란시셀라 툴라렌시스(Francisella tularensis)이다. 일반적으로, 대상체에게서 질환을 유도할 수 있고/있거나 건강한 개체에는 존재하지 않은 임의의 박테리움이 본원에서 병원체로 간주된다. 대상체가 다수의 병원체를 보유할 수 있고/있거나 다수의 병원성 감염이 있을 수 있다는 것을 인지해야 한다.
본원에 기재된 조성물 중 임의의 것은 병원성 감염 (예를 들어, 하나 이상의 병원성 감염)을 치료 또는 예방하기 위해 치료상 유효량 또는 치료상 유효량의 용량으로 대상체에게 투여될 수 있다. 용어 "치료하다" 또는 "치료"는 병원성 감염과 연관된 증상 중 한 가지 이상을 저하 또는 경감시키고/시키거나, 병원성 감염에 의해 생산된 박테리아 독소의 양을 감소시키고/시키거나, 병원성 감염의 박테리아 부하를 저하시키는 것을 지칭한다. 용어 "예방하다" 또는 "예방"은 예방적 투여를 포괄하고, 병원성 감염 또는 재발성 또는 만성 병원성 감염의 발병률 또는 가능성을 저하시킬 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물을 투여하면, 병원성 감염에 불응하는 건강한 마이크로바이옴이 생성됨으로써, 병원성 감염이 예방된다.
본원에 사용된 바와 같은, 조성물, 예컨대 제약 조성물의 "치료상 유효량"은 대상체에게서 원하는 반응 또는 성과, 예컨대 감염의 예방, 병원성 감염에 대한 면역 반응 또는 증강된 면역 반응, 병원성 감염과 연관된 증상의 예방 또는 저하, 및/또는 병원성 감염에 의한 독소 생산의 저하 또는 억제를 포함하나 이에 제한되지는 않는, 본원에 기재된 것을 발생시키는 임의의 양이다. 용어 유효량은 투여될 박테리아 또는 박테리아 포자의 수로 표현될 수 있다는 것을 인지해야 한다. 박테리아가 일단 투여되면 번식할 수 있다는 것을 추가로 인지해야 한다. 따라서, 심지어 비교적 적은 양의 박테리아를 투여해도 치료 효과를 나타낼 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것의 치료상 유효량은 대상체의 생존을 증강시키고/시키거나, 대상체에서 병원성 감염의 박테리아 존재량을 감소시키고/시키거나, 병원성 감염에 의한 독소 생산을 저하 또는 억제시키는 데 충분한 양이다. 일부 실시양태에서, 치료상 유효량은 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것을 받지 않은, 병원성 감염에 걸린 대상체 내에서의 박테리아 존재량과 비교 시, 또는 상기 조성물 중 임의의 것을 투여하기 전에 수집된 대상체로부터의 대변 샘플과 비교 시, 이와 동일한 대상체로부터의 대변 샘플 중의 병원성 감염의 박테리아 존재량을 적어도 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 100배, 1000배, 104배, 105배 또는 그 초과만큼 감소시키는 데 충분한 양이다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 박테리아 독소, 예를 들어, 씨. 디피실레 독소 B의 생산을 억제한다. 일부 실시양태에서, 치료상 유효량은 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것을 받지 않은, 병원성 감염에 걸린 대상체 내에서의 박테리아 독소의 양과 비교 시, 또는 상기 조성물 중 임의의 것을 투여하기 전에 수집된 대상체로부터의 대변 샘플과 비교 시, 이와 동일한 대상체로부터의 대변 샘플 중의 병원성 감염에 의해 생산된 박테리아 독소 (예를 들어, 씨. 디피실레 독소 B)의 양을 적어도 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 100배, 150배, 200배, 500배 또는 그 초과만큼 감소 또는 억제하는 데 충분한 양이다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 대상체에서 조절 T 세포의 증식 및/또는 축적을 유도한다. 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 명백한 바와 같이, "Treg"로서 지칭되기도 하는 조절 T 세포는 비정상적이거나 또는 과도한 면역 반응을 억제하고 면역 관용에 있어서 소정 역할을 하는 것으로 일반적으로 여겨지는 T 림프구의 서브세트이다. 조절 T 세포는 마커 Foxp3 및 CD4 (Foxp3+ CD4+)의 발현에 근거하여 확인될 수 있다. 용어 조절 T 세포는 또한, IL-10-생산 CD4-양성 T 세포인 Foxp3-음성 조절 T 세포를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 치료상 유효량은 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것을 받지 않은 대상체 (예를 들어, 병원성 감염에 걸린 대상체) 내에서의 Treg의 양과 비교 시, 또는 상기 조성물 중 임의의 것을 투여하기 전에 수집된 대상체로부터의 대변 샘플과 비교 시, 이와 동일한 대상체 (또는 대상체로부터 수득된 샘플) 내에서의 Treg의 증식 및/또는 축적을 적어도 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 100배, 150배, 200배, 500배 또는 그 초과만큼 유도하는 데 충분한 양이다.
본원에 사용된 바와 같은, "조절 T 세포의 증식 및/또는 축적을 유도한다"는 것은 미숙한 T 세포를 조절 T 세포로 분화시키는 것을 유도하는 효과를 지칭하며, 이러한 분화로 인해 조절 T 세포의 증식 및/또는 축적이 야기된다. 추가로, "조절 T 세포의 증식 및/또는 축적을 유도한다"는 것의 의미는 생체내 효과, 시험관내 효과, 및 생체외 효과를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조절 T 세포의 증식 및/또는 축적은, 예를 들어 유동 세포계수법에 의해, 조절 T 세포의 마커 (예를 들어, Foxp3 및 CD4)를 발현하는 세포의 수를 검출 및/또는 수량화함으로써 평가될 수 있다. 일부 실시양태에서, 조절 T 세포의 증식 및/또는 축적은 조절 T 세포의 활성, 예컨대 시토카인 (예를 들어, IL-10)의 생산을 결정함으로써 평가될 수 있다.
일부 실시양태에서, 치료상 유효량은 대상체의 위장관에 비-병원성 박테리아가 재콜로니 형성하거나 또는 번식하는 데 충분한 양이다. 일부 실시양태에서, 치료상 유효량은 조성물의 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 대상체의 위장관에 이식되기에 충분한 양이다. 일부 실시양태에서, 대변 샘플은 병원성 감염의 박테리아 존재량을 평가하고/하거나 본원에 기재된 박테리아 조성물의 투여의 효능을 평가하기 위해 대상체로부터 수득된다. 일부 실시양태에서, 대상체의 미생물무리 (예를 들어, 균주의 실체 및 존재비 및/또는 미생물무리의 종)는 대상체의 질환 상태를 결정하고/하거나 치료의 진행을 평가하기 위해 평가될 수 있다. 일부 실시양태에서, 병원성 감염이 있는 대상체의 미생물무리는 건강한 대상체, 예컨대 병원성 감염을 경험하지 않거나 또는 이를 경험한 적이 없는 대상체의 미생물무리와 비교된다. 일부 실시양태에서, 병원성 감염이 있는 대상체의 미생물무리는 병원성 감염 이전에 대상체로부터 수득된 대변 샘플로부터의 동일한 대상체의 미생물무리와 비교된다.
제약 조성물을 포함한 본원에 기재된 조성물 및 이러한 조성물을 포함하는 식품 중 임의의 것은 박테리아 균주를 임의의 형태로, 예를 들어 수성 형태로, 예컨대 반고체 형태에 포매된 용액 또는 현탁액으로, 분말 형태로 또는 동결 건조된 형태로 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 조성물 또는 조성물의 박테리아 균주가 동결건조된다. 일부 실시양태에서, 조성물 중의 박테리아 균주의 서브세트가 동결건조된다. 조성물, 특히 박테리아를 포함하는 조성물을 동결건조시키는 방법은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다 (예를 들어, US 3,261,761; US 4,205, 132; PCT 공보 WO 2014/029578 및 WO 2012/098358 참조; 그들의 전문이 본원에 참조로 포함된다). 박테리아는 조합물로서 동결건조될 수 있고/있거나 박테리아는 별도로 동결건조되고, 투여 전에 조합될 수 있다. 박테리아 균주는 이를 다른 박테리아 균주와 조합하기 전에 제약 부형제와 조합될 수 있거나 또는 다수의 동결건조된 박테리아가 동결건조된 형태로 유지되면서 조합될 수 있고, 일단 조합되면 박테리아의 혼합물이 연속해서 제약 부형제와 조합될 수 있다. 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 동결건조된 케이크이다. 일부 실시양태에서, 한 가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 조성물은 동결건조된 케이크이다.
상기 조성물의 박테리아 균주는 관련 기술분야에 널리 공지된 발효 기술을 사용하여 제작될 수 있다. 일부 실시양태에서, 활성 성분은 혐기성 박테리아 종의 신속한 성장을 지원할 수 있는 혐기성 발효기를 사용하여 제작된다. 혐기성 발효기는, 예를 들어, 교반 탱크 반응기 또는 일회용 웨이브 생물 반응기일 수 있다. 배양 배지, 예컨대 BL 배지 및 EG 배지, 또는 동물성 성분이 고갈된 이들 배지의 유사한 버전이 박테리아 종의 성장을 지원하기 위해 사용될 수 있다. 박테리아 산물은 전통적인 기술, 예컨대 원심분리 및 여과에 의해 발효 육즙으로부터 정제 및 농축될 수 있고, 관련 기술분야에 널리 공지된 기술에 의해 임의로 건조 및 동결건조될 수 있다.
일부 실시양태에서, 박테리아 균주의 조성물은 제약 조성물로서 투여하기 위해 제형화될 수 있다. 본원에 사용된 바와 같은 용어 "제약 조성물"은 적어도 하나의 활성 성분, 예컨대 본원에 기재된 임의의 2가지 이상의 정제된 박테리아 균주와, 하나 이상의 제약상 허용되는 부형제를 포함할 수 있는 하나 이상의 불활성 성분을 혼합 또는 조합함으로써 비롯되는 산물을 의미한다.
"허용되는" 부형제는 활성 성분과 화합성이어야만 하고 그것이 투여되는 대상체에 대해 유해하지 않는 부형제를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 제약상 허용되는 부형제는 조성물의 의도된 투여 경로에 근거하여 선택되며, 예를 들어 경구 또는 비내 투여용 조성물은 직장 투여용 조성물과 상이한 제약상 허용되는 부형제를 포함할 수 있다. 부형제의 예는 멸균수, 생리학적 식염수, 용매, 기제 물질, 유화제, 현탁제, 계면활성제, 안정화제, 향미제, 방향제, 부형제, 비히클, 보존제, 결합제, 희석제, 등장성 조정제, 진정제, 벌킹제, 붕해제, 완충제, 코팅제, 윤활제, 착색제, 감미제, 증점제, 및 가용화제를 포함한다.
본 발명의 제약 조성물은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있고 일상적으로 실시된 방법에 따라서 제조될 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Mack Publishing Co. 20th ed. 2000] 참조). 본원에 기재된 제약 조성물은 동결건조된 제형 또는 수성 용액의 형태로 임의의 담체 또는 안정화제를 추가로 포함할 수 있다. 허용되는 부형제, 담체, 또는 안정화제는, 예를 들어, 완충제, 항산화제, 보존제, 중합체, 킬레이트 시약, 및/또는 계면활성제를 포함할 수 있다. 제약 조성물은 바람직하게, GMP 조건하에 제작된다. 제약 조성물은, 예를 들어, 캡슐, 정제, 알약, 사쉐, 액제, 산제, 과립제, 미세 과립제, 필름 코팅된 제제, 펠릿, 트로키제, 설하 제제, 추어블제, 협측 제제, 페이스트, 시럽, 현탁액, 엘릭시르, 에멀션, 도포제, 연고, 반창고, 습포제, 경피 흡수 시스템, 로션, 흡입제, 에어로솔, 주사제, 좌제 등의 형태로 경구로, 비내로 또는 비경구적으로 사용될 수 있다.
일부 실시양태에서, 박테리아는 장 (예를 들어, 소장 및/또는 결장)으로의 전달을 위해 제형화된다. 일부 실시양태에서, 박테리아는 위에서의 가혹한 환경을 통한 박테리아의 생존을 증가시켜 주는 장용 코팅과 함께 제형화된다. 장용 코팅은 위에 있는 위액의 작용에 저항하여 그 안에 혼입되는 박테리아가 위를 통과하여 장으로 전달되도록 하는 것이다. 장용 코팅은 장액과의 접촉 시 용이하게 용해될 수 있으므로, 이러한 코팅에 봉입된 박테리아가 장관에서 방출될 것이다. 장용 코팅은 관련 기술분야에 널리 공지된 중합체 및 공중합체, 예컨대 상업적으로 이용 가능한 EUDRAGIT [에보닉 인더스트리즈(Evonik Industries)]로 이루어질 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Zhang, AAPS PharmSciTech, (2016) 17 (1), 56-67] 참조).
박테리아는 또한, 장 (예를 들어, 결장)으로의 직장 전달을 위해 제형화될 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 박테리아 조성물은 좌제, 대장 내시경 검사, 내시경 검사, S상 결장경 검사 또는 관장에 의한 전달을 위해 제형화될 수 있다. 제약 제제 또는 제형 및 특히 경구 투여를 위한 제약 제제는 본 개시내용의 조성물을 장 (예를 들어, 결장)으로 효율적으로 전달할 수 있게 해주는 부가의 성분을 포함할 수 있다. 상기 조성물을 장 (예를 들어, 결장)으로 전달할 수 있게 해주는 각종 제약 제제가 사용될 수 있다. 그의 예는 pH 감수성 조성물, 보다 구체적으로, 장용 중합체가 위를 통과한 후 pH가 알칼리성으로 될 때 그의 내용물을 방출시키는 완충 사쉐 제형 또는 장용 중합체를 포함한다. pH 감수성 조성물이 제약 제제를 제형화하기 위해 사용되는 경우, 이러한 pH 감수성 조성물은 바람직하게, 그의 조성물의 분해의 pH 한계치가 약 6.8 내지 약 7.5인 중합체이다. 이러한 수치 범위는 pH가 위 말단부에서 알칼리성 측으로 이동하는 범위이며, 따라서 결장으로의 전달에 사용하기 적합한 범위이다. 장의 각각의 부분 (예를 들어, 십이지장, 공장, 회장, 맹장, 결장 및 직장)은 상이한 생화학적 및 화학적 환경을 갖는다는 것을 추가로 인지해야 한다. 예를 들어, 장의 부분들은 상이한 pH를 가지므로, 특이적 pH 감수성을 갖는 조성물에 의해 표적화된 전달을 허용한다. 따라서, 본원에 제공된 조성물은 적절한 pH 감수성을 수반한 제형을 제공함으로써 장 또는 장의 특이적 부분 (예를 들어, 십이지장, 공장, 회장, 맹장, 결장 및 직장)으로 전달되도록 제형화될 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Villena et al., Int J Pharm 2015, 487 (1-2): 314-9] 참조).
조성물을 장 (예를 들어, 결장)으로 전달하는 데 유용한 제약 제제의 또 다른 실시양태는 내용물 (예를 들어, 상기 박테리아 균주)의 방출을 대략 3 내지 5시간 (이는 소장 통과 시간에 상응한다) 만큼 지연시킴으로써 결장으로의 전달을 보장해 주는 것이다. 지연된 방출을 위한 제약 제제의 한 실시양태에서, 히드로겔이 쉘로서 사용된다. 히드로겔은 위장액과의 접촉시 수화되고 팽창되어, 결과적으로 내용물이 효과적으로 방출된다 (결장에서 주로 방출됨). 지연 방출 투여 단위는 투여될 약물 또는 활성 성분을 코팅하거나 또는 선택적으로 코팅하는 재료를 갖는 약물 함유 조성물을 포함한다. 이러한 선택적 코팅 재료의 예는 생체내 분해성 중합체, 점차적으로 가수 분해 가능한 중합체, 점차적으로 수용성인 중합체, 및/또는 효소 분해성 중합체를 포함한다. 방출을 효율적으로 지연시키기 위한 광범위한 코팅 재료가 이용 가능하고, 이는, 예를 들어, 셀룰로즈 기반 중합체, 예컨대 히드록시프로필 셀룰로스, 아크릴산 중합체 및 공중합체, 예컨대 메타크릴산 중합체 및 공중합체, 및 비닐 중합체 및 공중합체, 예컨대 폴리비닐피롤리돈을 포함한다.
장 (예를 들어, 결장)으로의 전달을 허용해 주는 제약 조성물의 부가 예는 결장 점막과 특이적으로 접착되는 생체 접착성 조성물 (예를 들어, 미국 특허 번호 6.368.586의 명세서에 기재된 중합체) 및 프로테아제의 활성에 기인한 분해로부터 위장관에서의 생물 제약 제제를 특별하게 보호하기 위해 프로테아제 억제제가 혼입된 조성물을 포함한다.
장 (예를 들어, 결장)으로의 전달을 가능하게 해주는 시스템의 또 다른 예는 위의 말단부에서 박테리아 발효 시 기체 발생에 의해 유발된 압력 변화를 활용하여 그 내용물이 방출되는 방식으로 압력 변화에 의해 결장에 조성물을 전달하는 시스템이다. 이러한 시스템은 특별히 제한되지 않으며, 그의 보다 구체적인 예는 내용물이 좌제 기제에 분산되고 소수성 중합체 (예를 들어, 에틸 셀룰로오스)로 코팅되는 캡슐이다.
조성물을 장 (예를 들어, 결장)으로 전달할 수 있게 해주는 시스템의 추가 예는 소화관 (예를 들어, 결장)에 존재하는 효소, 예컨대, 예를 들어, 탄수화물 히드롤라제 또는 탄수화물 리덕타제에 의해 제거될 수 있는 코팅을 포함하는 조성물이다. 이러한 시스템은 특별히 제한되지 않으며, 그의 보다 구체적인 예는 식품 성분, 예컨대 비-전분 폴리사카라이드, 아밀로스, 크산탄 검, 및 아조폴리머를 이용하는 시스템을 포함한다.
본원에 제공된 조성물은 또한, 오리피스 (예를 들어, 비강 튜브)를 통한 전달 또는 수술을 통한 전달에 의해 특이적 표적 부위, 예컨대 장으로 전달될 수 있다. 또한, 특이적 부위 (예를 들어, 맹장 또는 결장)로의 전달을 위해 제형화되는 본원에 제공된 조성물은 튜브에 의해 (예를 들어, 소장 내로 직접적으로) 투여될 수 있다. 기계적 전달 방법, 예컨대 튜브를 화학적 전달 방법, 예컨대 pH 특이적 코팅과 조합하는 것이, 본원에 제공된 조성물을 원하는 표적 부위 (예를 들어, 맹장 또는 결장)로 전달할 수 있게 해준다.
박테리아 균주를 포함하는 조성물은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 통상적인 방법에 의해 제약상 허용되는 투여 형태로 제형화된다. 투여 요법은 최적의 원하는 반응 (예를 들어, 예방 또는 치료 효과)을 제공하기 위해 조정된다. 일부 실시양태에서, 조성물의 투여 형태는 정제, 알약, 캡슐, 산제, 과립제, 용액, 또는 좌제이다. 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 경구 투여용으로 제형화된다. 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 조성물의 박테리아, 또는 그의 일부분이 대상체의 위를 관통한 후에도 여전히 생육성이도록 제형화된다. 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 직장 투여용으로, 예를 들어 좌제로서 제형화된다. 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 적절한 코팅 (예를 들어, pH 특이적 코팅, 표적 부위 특이적 효소에 의해 분해될 수 있는 코팅, 또는 표적 부위에 존재하는 수용체와 결합할 수 있는 코팅)을 제공함으로써 장 또는 장의 특이적 부위 (예를 들어, 결장)에 전달하기 위해 제형화된다.
본 발명의 제약 조성물 중의 활성 성분의 투여량은, 대상체에게 독성 또는 부작용을 제공하지 않으면서, 특별한 대상체, 조성물, 및 투여 방식에 대해 원하는 제약 반응을 달성하는 데 유효한 활성 성분의 양을 수득하도록 다양할 수 있다. 선택된 투여량 수준은 이용된 본 발명의 특별한 조성물의 활성, 투여 경로, 투여 시간, 치료의 지속 기간, 이용된 특별한 조성물과 조합하여 사용되는 다른 약물, 화합물 및/또는 물질, 치료받는 대상체의 연령, 성별, 체중, 상태, 일반적인 건강 및 기존의 병력 등을 포함한 각종 요인에 좌우된다.
의사, 수의사 또는 다른 숙련된 시술자는 원하는 치료 효과를 달성하는 데 필요한 것보다 더 낮은 수준에서 제약 조성물의 용량을 시작할 수 있고, 원하는 효과 (예를 들어, 병원성 감염의 치료, 병원성 감염의 박테리아 존재량의 감소, 독소 생산의 저하 또는 억제)가 달성될 때까지 그 투여량을 증가시킬 수 있다. 일반적으로, 본원에 기재된 바와 같이 사람의 군의 예방적 처치를 위한, 본 발명의 조성물의 유효 용량은 투여 경로, 대상체의 생리학적 상태 (대상체가 인간이든지 아니면 동물이든지 간에), 투여된 다른 의약, 및 원하는 치료 효과를 포함한 많은 상이한 요인에 따라서 다양하다. 투여량은 안전성과 효능을 최적화하기 위해 적정될 필요가 있다. 일부 실시양태에서, 투여 요법은 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것의 용량을 경구 투여하는 것을 수반한다. 일부 실시양태에서, 투여 요법은 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것의 다수 용량을 경구 투여하는 것을 수반한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 대상체에게 1회, 2회, 3회, 4회, 5회, 6회, 7회, 8회, 9회, 또는 적어도 10회 경구로 투여된다.
본원에 개시된 제약 조성물을 포함한 조성물은 소정 범위의 활성 성분 (예를 들어, 살아있는 박테리아, 포자 포맷의 박테리아)을 수반한 조성물을 포함한다. 조성물 중의 박테리아의 양은 박테리아의 중량, 수 및/또는 CFU (콜로니 형성 단위)로 표현될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 조성물의 각각의 박테리아 약 10, 약 102, 약 103, 약 104, 약 105, 약 106, 약 107, 약 108, 약 109, 약 1010, 약 1011, 약 1012, 약 1013개 또는 그 초과를 함유한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 약 10, 약 102, 약 103, 약 104, 약 105, 약 106, 약 107, 약 108, 약 109, 약 1010, 약 1011, 약 1012, 약 1013개 또는 그 초과의 총 박테리아를 함유한다. 조성물의 박테리아는 상이한 양으로 존재할 수 있다는 것을 추가로 인지해야 한다. 따라서, 예를 들어, 비-제한적 예로서, 조성물은 103개의 박테리아 A, 104개의 박테리아 B 및 106개의 박테리아 C를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 조성물 중의 각각의 박테리아 약 10, 약 102, 약 103, 약 104, 약 105, 약 106, 약 107, 약 108, 약 109, 약 1010, 약 1011, 약 1012, 약 1013 또는 그 초과의 CFU를 함유한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 조합된 박테리아 모두에 대하여 통틀어 약 101, 약 102, 약 103, 약 104, 약 105, 약 106, 약 107, 약 108, 약 109, 약 1010, 약 1011, 약 1012, 약 1013 또는 그 초과의 CFU를 함유한다. 상기 논의된 바와 같이, 조성물의 박테리아는 상이한 양으로 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 조성물 중의 각각의 박테리아 약 10-7, 약 10-6, 약 10-5, 약 10-4, 약 10-3, 약 10-2, 약 10-1 또는 그 초과의 그램을 함유한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 조합된 박테리아의 모두에 대하여 통틀어 약 10-7, 약 10-6, 약 10-5, 약 10-4, 약 10-3, 약 10-2, 약 10-1 또는 그 초과의 그램을 함유한다. 일부 실시양태에서, 투여량은 하나의 투여 장치 (예를 들어, 하나의 정제, 알약 또는 캡슐)이다. 일부 실시양태에서, 투여량은 특별한 기간 (예를 들어, 1일 또는 1주)에 투여되는 양이다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 조성물의 각각의 박테리아 10 내지 1013, 102 내지 1013, 103 내지 1013, 104 내지 1013, 105 내지 1013, 106 내지 1013, 107 내지 1013, 108 내지 1013, 109 내지 1013, 1010 내지 1013, 1011 내지 1013, 1012 내지 1013, 10 내지 1012, 102 내지 1012, 103 내지 1012, 104 내지 1012, 105 내지 1012, 106 내지 1012, 107 내지 1012, 108 내지 1012, 109 내지 1012, 1010 내지 1012, 1011 내지 1012, 10 내지 1011, 102 내지 1011, 103 내지 1013, 104 내지 1013, 105 내지 1013, 106 내지 1013, 107 내지 1011, 108 내지 1011, 109 내지 1011, 1010 내지 1011, 10 내지 1010, 102 내지 1010, 103 내지 1010, 104 내지 1010, 105 내지 1010, 106 내지 1010, 107 내지 1010, 108 내지 1010, 109 내지 1010, 10 내지 109, 102 내지 109, 103 내지 109, 104 내지 109, 105 내지 109, 106 내지 109, 107 내지 109, 108 내지 109, 10 내지 108, 102 내지 108, 103 내지 108, 104 내지 108, 105 내지 108, 106 내지 108, 107 내지 108, 10 내지 107, 102 내지 107, 103 내지 107, 104 내지 107, 105 내지 107, 106 내지 107, 10 내지 106, 102 내지 106, 103 내지 106, 104 내지 106, 105 내지 106, 10 내지 105, 102 내지 105, 103 내지 105, 104 내지 105, 10 내지 104, 102 내지 104, 103 내지 104, 10 내지 103, 102 내지 103, 또는 10 내지 102를 함유한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 10 내지 1013, 102 내지 1013, 103 내지 1013, 104 내지 1013, 105 내지 1013, 106 내지 1013, 107 내지 1013, 108 내지 1013, 109 내지 1013, 1010 내지 1013, 1011 내지 1013, 1012 내지 1013, 10 내지 1012, 102 내지 1012, 103 내지 1012, 104 내지 1012, 105 내지 1012, 106 내지 1012, 107 내지 1012, 108 내지 1012, 109 내지 1012, 1010 내지 1012, 1011 내지 1012, 10 내지 1011, 102 내지 1011, 103 내지 1013, 104 내지 1013, 105 내지 1013, 106 내지 1013, 107 내지 1011, 108 내지 1011, 109 내지 1011, 1010 내지 1011, 10 내지 1010, 102 내지 1010, 103 내지 1010, 104 내지 1010, 105 내지 1010, 106 내지 1010, 107 내지 1010, 108 내지 1010, 109 내지 1010, 10 내지 109, 102 내지 109, 103 내지 109, 104 내지 109, 105 내지 109, 106 내지 109, 107 내지 109, 108 내지 109, 10 내지 108, 102 내지 108, 103 내지 108, 104 내지 108, 105 내지 108, 106 내지 108, 107 내지 108, 10 내지 107, 102 내지 107, 103 내지 107, 104 내지 107, 105 내지 107, 106 내지 107, 10 내지 106, 102 내지 106, 103 내지 106, 104 내지 106, 105 내지 106, 10 내지 105, 102 내지 105, 103 내지 105, 104 내지 105, 10 내지 104, 102 내지 104, 103 내지 104, 10 내지 103, 102 내지 103, 또는 10 내지 102 총 박테리아를 함유한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 조성물의 각각의 박테리아 10 내지 1013, 102 내지 1013, 103 내지 1013, 104 내지 1013, 105 내지 1013, 106 내지 1013, 107 내지 1013, 108 내지 1013, 109 내지 1013, 1010 내지 1013, 1011 내지 1013, 1012 내지 1013, 10 내지 1012, 102 내지 1012, 103 내지 1012, 104 내지 1012, 105 내지 1012, 106 내지 1012, 107 내지 1012, 108 내지 1012, 109 내지 1012, 1010 내지 1012, 1011 내지 1012, 10 내지 1011, 102 내지 1011, 103 내지 1013, 104 내지 1013, 105 내지 1013, 106 내지 1013, 107 내지 1011, 108 내지 1011, 109 내지 1011, 1010 내지 1011, 10 내지 1010, 102 내지 1010, 103 내지 1010, 104 내지 1010, 105 내지 1010, 106 내지 1010, 107 내지 1010, 108 내지 1010, 109 내지 1010, 10 내지 109, 102 내지 109, 103 내지 109, 104 내지 109, 105 내지 109, 106 내지 109, 107 내지 109, 108 내지 109, 10 내지 108, 102 내지 108, 103 내지 108, 104 내지 108, 105 내지 108, 106 내지 108, 107 내지 108, 10 내지 107, 102 내지 107, 103 내지 107, 104 내지 107, 105 내지 107, 106 내지 107, 10 내지 106, 102 내지 106, 103 내지 106, 104 내지 106, 105 내지 106, 10 내지 105, 102 내지 105, 103 내지 105, 104 내지 105, 10 내지 104, 102 내지 104, 103 내지 104, 10 내지 103, 102 내지 103, 또는 10 내지 102 CFU를 함유한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 10 내지 1013, 102 내지 1013, 103 내지 1013, 104 내지 1013, 105 내지 1013, 106 내지 1013, 107 내지 1013, 108 내지 1013, 109 내지 1013, 1010 내지 1013, 1011 내지 1013, 1012 내지 1013, 10 내지 1012, 102 내지 1012, 103 내지 1012, 104 내지 1012, 105 내지 1012, 106 내지 1012, 107 내지 1012, 108 내지 1012, 109 내지 1012, 1010 내지 1012, 1011 내지 1012, 10 내지 1011, 102 내지 1011, 103 내지 1013, 104 내지 1013, 105 내지 1013, 106 내지 1013, 107 내지 1011, 108 내지 1011, 109 내지 1011, 1010 내지 1011, 10 내지 1010, 102 내지 1010, 103 내지 1010, 104 내지 1010, 105 내지 1010, 106 내지 1010, 107 내지 1010, 108 내지 1010, 109 내지 1010, 10 내지 109, 102 내지 109, 103 내지 109, 104 내지 109, 105 내지 109, 106 내지 109, 107 내지 109, 108 내지 109, 10 내지 108, 102 내지 108, 103 내지 108, 104 내지 108, 105 내지 108, 106 내지 108, 107 내지 108, 10 내지 107, 102 내지 107, 103 내지 107, 104 내지 107, 105 내지 107, 106 내지 107, 10 내지 106, 102 내지 106, 103 내지 106, 104 내지 106, 105 내지 106, 10 내지 105, 102 내지 105, 103 내지 105, 104 내지 105, 10 내지 104, 102 내지 104, 103 내지 104, 10 내지 103, 102 내지 103, 또는 10 내지 102 총 CFU를 함유한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 조성물 중의 각각의 박테리아 10-7 내지 10-1, 10-6 내지 10-1, 10-5 내지 10-1, 10-4 내지 10-1, 10-3 내지 10-1, 10-2 내지 10-1, 10-7 내지 10-2, 10-6 내지 10-2, 10-5 내지 10-2, 10-4 내지 10-2, 10-3 내지 10-2, 10-7 내지 10-3, 10-6 내지 10-3, 10-5 내지 10-3, 10-4 내지 10-3, 10-7 내지 10-4, 10-6 내지 10-4, 10-5 내지 10-4, 10-7 내지 10-5, 10-6 내지 10-5, 또는 10-7 내지 10-6 그램을 함유한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물은 투여량 당 조합된 박테리아 모두 10-7 내지 10-1, 10-6 내지 10-1, 10-5 내지 10-1, 10-4 내지 10-1, 10-3 내지 10-1, 10-2 내지 10-1, 10-7 내지 10-2, 10-6 내지 10-2, 10-5 내지 10-2, 10-4 내지 10-2, 10-3 내지 10-2, 10-7 내지 10-3, 10-6 내지 10-3, 10-5 내지 10-3, 10-4 내지 10-3, 10-7 내지 10-4, 10-6 내지 10-4, 10-5 내지 10-4, 10-7 내지 10-5, 10-6 내지 10-5, 또는 10-7 내지 10-6 그램을 함유한다.
또한 본 개시내용의 범위는 본원에 기재된 박테리아 균주 중 임의의 것 및 영양분을 포함하는 식품이다. 식품은 일반적으로, 인간 또는 동물의 소비를 위한 것이다. 본원에 기재된 박테리아 균주 중 임의의 것은 식품으로서 제형화될 수 있다. 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 포자 형태의 식품으로서 제형화된다. 일부 실시양태에서, 박테리아 균주는 영양 형태의 식품으로서 제형화된다. 일부 실시양태에서, 식품은 영양 박테리아와 포자 형태의 박테리아 둘 다를 포함한다. 본원에 개시된 조성물은 음식 또는 음료, 예컨대 건강 음식 또는 음료, 유아용 음식 또는 음료; 임산부, 운동 선수, 노인 또는 다른 명시된 군을 위한 음식 또는 음료; 기능성 음식, 음료, 특정 보건용 음식 또는 음료, 식이 보충물, 환자를 위한 음식 또는 음료, 또는 동물 사료에 사용될 수 있다. 음식 및 음료의 비-제한적 예는 다양한 음료, 예컨대 주스, 상쾌한 음료, 차 음료, 음료 제제, 젤리 음료 및 기능성 음료; 알콜성 음료, 예컨대 맥주; 탄수화물 함유 음식, 예컨대 쌀 식품, 국수, 빵 및 파스타; 페이스트 제품, 예컨대 생선 햄, 소시지, 해산물의 페이스트 제품; 레토르트 파우치 제품, 예컨대 카레, 진한 녹말 소스를 곁들인 음식, 수프; 유제품, 예컨대 우유, 유제 음료, 아이스크림, 치즈 및 요구르트; 발효 제품, 예컨대 발효 콩 페이스트, 요구르트, 발효 음료 및 피클; 콩 제품; 다양한 과자류 제품, 예컨대 비스켓, 쿠키 등을 포함한 서양 과자류 제품, 찐 팥빵, 부드러운 아즈키-콩 젤리 등을 포함한 일본 과자류 제품, 사탕, 츄잉 껌, 구미, 젤리를 포함한 차가운 디저트, 크림 캐러멜 및 냉동 디저트; 인스턴트 음식, 예컨대 인스턴트 수프 및 인스턴트 대두 수프; 전자 레인지 음식 등을 포함한다. 추가로, 그 예는 또한, 분말, 과립, 정제, 캡슐, 액제, 페이스트, 및 젤리의 형태로 제조된 건강 음식 및 음료를 포함한다.
본원에 기재된 박테리아 균주를 함유하는 식품은 관련 기술분야에 공지된 방법을 사용하여 생산될 수 있고, 본원에 제공된 제약 조성물과 동일한 양의 박테리아 (예를 들어, 중량, 양 또는 CFU를 기준으로 함)를 함유할 수 있다. 식품 중의 박테리아의 적절한 양의 선택은, 예를 들어, 식품의 서빙 크기, 식품의 소비 빈도, 식품에 함유된 특이적 박테리아 균주, 식품 중의 수분량, 및/또는 식품 중의 박테리아의 생존을 위한 부가의 조건을 포함한 다양한 요인에 좌우될 수 있다.
본원에 기재된 박테리아 균주 중 임의의 것을 함유하도록 제형화될 수 있는 식품의 예는 음료, 음료, 바, 스낵, 유제품, 과자류 제품, 시리얼 제품, 바로 먹을 수 있는 제품, 영양 처방식, 예컨대 영양 보충 제형, 음식 또는 음료 첨가제를 제한 없이 포함한다.
일부 실시양태에서, 박테리아 조성물을 투여하기 이전에 대상체는 항생제의 용량을 받은 적이 없었다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물을 투여하기 이전 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 5, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 60, 적어도 90, 적어도 120, 적어도 180 또는 적어도 360일에 대상체에게 항생제를 투여한 적이 없었다. 일부 실시양태에서, 병원성 감염을 치료하기 위해 사람에게 항생제를 투여한 적이 없었다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 조성물은 병원성 감염의 첫 번째 치료를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체에게 항생제의 1회 이상의 용량을, 박테리아 조성물의 투여 이전에 또는 이와 공동으로 투여할 수 있다. 일반적으로, 병원성 감염의 치료에 있어서 첫 번째 방어선은 항생제의 투여이다. 일부 실시양태에서, 박테리아 조성물 이전에 대상체에게 단일 용량의 항생제를 투여한다. 일부 실시양태에서, 박테리아 조성물 이전에 대상체에게 다수 용량의 항생제를 투여한다. 일부 실시양태에서, 박테리아 조성물 이전에 대상체에게 적어도 2, 3, 4, 5회 또는 그 초과 용량의 항생제를 투여한다. 일부 실시양태에서, 대상체에게 박테리아 조성물과 실질적으로 동시에 항생제의 용량을 투여한다. 투여될 수 있는 항생제의 예는 카나마이신, 젠타미신, 콜리스틴, 메트로니다졸, 반코마이신, 클린다마이신, 피닥소미신, 및 세포페라존을 제한 없이 포함한다.
하기 표 1은 본원에 개시된 실험의 조성물에 사용된 서열식별번호 (SEQ ID NO)를, 동반되는 균주 식별 번호 (균주 ID)와 함께 제공한다. 표시된 균주와 가장 가까운 박테리아 종이 속-종으로써 제시된다. 가장 가까운 관련 속 종으로서 확인된 각각의 속 종과 연관된 16S rDNA 서열이 또한 제공된다. 퍼센트 정렬은 가장 가까운 속 종으로부터 서열을 수반한 표시된 균주의 서열과 정렬의 길이 간의 퍼센트 동일성을 제시한다. 가장 가까운 관련 종의 진뱅크(GenBank) 수탁 번호가 마지막 칼럼에 제공된다.
<표 1>
본원에 기재된 균주와 가장 가까운 박테리아 종
Figure 112023074475051-pat00011
Figure 112023074475051-pat00013
Figure 112023074475051-pat00014
<표 2>
전체 게놈 분석에 근거한 높은 정도의 상동성을 수반한 박테리아 종:
<표 3>
전체 게놈 분석에 근거한 가장 높은 정도의 상동성을 수반한 박테리아 종
Figure 112023074475051-pat00016
^WGS는 팩바이오 바이오사이언스 플랫폼 (미국 캘리포니아주 멘로 파크) 상에서 수행된 전체 게놈 서열 분석을 지칭한다.
*컨센서스 서열은 다른 모든 확인된 16S 서열과 가장 중복되는 16S 서열로서 정의된다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것에서, 클로스트리디움 볼테아에는 클로스트리디움 볼테아에 90A9로 대체시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것에서, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스는 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 DSM 17241로 대체시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것에서, 유박테리움 피시카테나는 셀리모나스 인테스티날리스, 드란코우르텔라 마실리엔시스 또는 드란코우르텔라 마실리엔시스 GP1로 대체시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것에서, 클로스트리디움 심비오숨은 클로스트리디움 심비오숨 WAL-14163으로 대체시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것에서, 블라우티아 프로둑타는 클로스트리디움 박테리움 CD5.1-1D4 또는 블라우티아 프로둑타 ATCC27340으로 대체시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것에서, 도레아 롱기카테나는 도레아 롱기카테나 CAG:42로 대체시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것에서, 클로스트리디움 이노쿠움은 에리시펠로트리카세아에 박테리움 21_3으로 대체시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물 중 임의의 것에서, 플라보니프락토 플라우티이는 클로스트리디움 오르비신덴스 1_3_50AFAA로 대체시킬 수 있다.
본원에 기재된 측면은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21과 적어도 95% 상동성의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주로 이루어진 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21과 적어도 97% 상동성을 갖는다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21과 적어도 98% 상동성을 갖는다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21과 적어도 99% 상동성을 갖는다.
일부 측면에서, 제약 조성물의 박테리아의 적어도 일부분은 포자 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 제약상 허용되는 부형제를 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 제약 조성물은 경구 투여용으로 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 캡슐의 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 결장으로의 전달을 위해 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 하나 이상의 장용 중합체를 포함하는 pH 감수성 조성물을 추가로 포함한다.
본원에 기재된 측면은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157과 적어도 95% 상동성의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주로 이루어진 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157과 적어도 97% 상동성을 갖는다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157과 적어도 98% 상동성을 갖는다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157과 적어도 99% 상동성을 갖는다.
일부 측면에서, 박테리아 균주의 적어도 일부분은 포자 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 제약상 허용되는 부형제를 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 제약 조성물은 경구 투여용으로 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 캡슐의 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 결장으로의 전달을 위해 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 하나 이상의 장용 중합체를 포함하는 pH 감수성 조성물을 추가로 포함한다.
본원에 기재된 측면은 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21과 적어도 95% 상동성의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21과 적어도 97% 상동성을 갖는다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21과 적어도 98% 상동성을 갖는다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 10, 서열식별번호: 14, 서열식별번호: 15, 서열식별번호: 16, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 19, 서열식별번호: 20, 및 서열식별번호: 21과 적어도 99% 상동성을 갖는다.
일부 측면에서, 박테리아 균주의 적어도 일부분은 포자 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 제약상 허용되는 부형제를 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 제약 조성물은 경구 투여용으로 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 캡슐의 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 결장으로의 전달을 위해 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 하나 이상의 장용 중합체를 포함하는 pH 감수성 조성물을 추가로 포함한다.
본원에 기재된 측면은 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157과 적어도 95% 상동성의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157과 적어도 97% 상동성을 갖는다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157과 적어도 98% 상동성을 갖는다. 일부 측면에서, 박테리아 균주는 서열식별번호: 124, 서열식별번호: 129, 서열식별번호: 132, 서열식별번호: 137, 서열식별번호: 141, 서열식별번호: 146, 서열식별번호: 152, 및 서열식별번호: 157과 적어도 99% 상동성을 갖는다. 일부 측면에서, 박테리아 균주의 적어도 일부분은 포자 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 제약상 허용되는 부형제를 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 제약 조성물은 경구 투여용으로 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 캡슐의 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 결장으로의 전달을 위해 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 하나 이상의 장용 중합체를 포함하는 pH 감수성 조성물을 추가로 포함한다.
본원에 기재된 측면은 하기 박테리아 균주로 이루어진 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 제약 조성물을 제공한다: 클로스트리디움 볼테아에, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 셀리모나스 인테스티날리스, 클로스트리디움 심비오숨, 블라우티아 프로둑타, 도레아 롱기카테나, 에리시펠로트리카세아에 박테리움, 및 클로스트리디움 오르비신덴스.
일부 측면에서, 박테리아 균주의 적어도 일부분은 포자 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 제약상 허용되는 부형제를 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 제약 조성물은 경구 투여용으로 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 캡슐의 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 결장으로의 전달을 위해 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 하나 이상의 장용 중합체를 포함하는 pH 감수성 조성물을 추가로 포함한다.
본원에 기재된 측면은 하기 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 제약 조성물을 제공한다: 클로스트리디움 볼테아에, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 셀리모나스 인테스티날리스, 클로스트리디움 심비오숨, 블라우티아 프로둑타, 도레아 롱기카테나, 에리시펠로트리카세아에 박테리움, 및 클로스트리디움 오르비신덴스.
일부 측면에서, 박테리아 균주의 적어도 일부분은 포자 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 제약상 허용되는 부형제를 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 제약 조성물은 경구 투여용으로 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 캡슐의 형태이다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 결장으로의 전달을 위해 제형화된다. 일부 측면에서, 제약 조성물은 하나 이상의 장용 중합체를 포함하는 pH 감수성 조성물을 추가로 포함한다.
본원에 기재된 측면은 본원에 기재된 측면 중 임의의 것의 제약 조성물을, 감염성 질환을 치료하는 데 충분한 양으로 특정 대상체에게 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체에게서 감염성 질환을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 측면에서, 감염성 질환은 클로스트리디움 디피실레 감염이다.
본원에 기재된 박테리아 균주에 대한, 16S rDNA의 핵산 서열, 또는 그의 일부분이 하기에 제공된다:
Figure 112023074475051-pat00017
Figure 112023074475051-pat00018
Figure 112023074475051-pat00019
Figure 112023074475051-pat00020
Figure 112023074475051-pat00021
Figure 112023074475051-pat00022
Figure 112023074475051-pat00023
Figure 112023074475051-pat00024
Figure 112023074475051-pat00025
Figure 112023074475051-pat00026
Figure 112023074475051-pat00027
Figure 112023074475051-pat00028
Figure 112023074475051-pat00029
Figure 112023074475051-pat00030
Figure 112023074475051-pat00031
Figure 112023074475051-pat00032
> SEQ ID NO: 84|NR_119185.1|루미노코쿠스 오베움 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00033
> SEQ ID NO: 85|NR_118692.1|루미노코쿠스 오베움 균주 ATCC 29174 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00034
Figure 112023074475051-pat00035
> SEQ ID NO: 86|NR_026491.1|클로스트리디움 디스포리쿰 균주 DS1 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00036
> SEQ ID NO: 87|NR_028785.1|클로스트리디움 신덴스 균주 ATCC 35704 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00037
Figure 112023074475051-pat00038
> SEQ ID NO: 88|NR_028915.1|아나에로스티페스 카카에 균주 L1-92 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00039
> SEQ ID NO: 89|NR_042152.1|마르빈브리안티아 포르마텍시겐스(Marvinbryantia formatexigens) 균주 I-52 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열 >gi|636558750|ref|NR_114807.1|마르빈브리안티아 포르마텍시겐스 균주 I-52 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00040
> SEQ ID NO: 90|NR_024994.1|락토바실루스 뮤코사에 균주 S32 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00041
> SEQ ID NO: 91|NR_028816.1|투리시박터 산구이니스 균주 MOL361 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00042
> SEQ ID NO: 92|NR_042832.1|로세부리아 파에시스 균주 M72/1 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00043
Figure 112023074475051-pat00044
> SEQ ID NO: 93|NR_043142.1|플라보니프락토 플라우티이 균주 프레보트 S1 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00045
> SEQ ID NO: 94|NR_044054.1|블라우티아 웩슬레라에 균주 DSM 19850 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00046
Figure 112023074475051-pat00047
> SEQ ID NO: 95|NR_027558.1|아나에로트룬쿠스 콜리호미니스 균주 WAL 14565 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00048
> SEQ ID NO: 96|NR_116747.1|루미노코쿠스 파에시스 균주 Eg2 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00049
> SEQ ID NO: 97|NR_028883.1|도레아 롱기카테나 균주 111-35 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00050
> SEQ ID NO: 98|NR_029164.1|클로스트리디움 이노쿠움 균주 B-3 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00051
> SEQ ID NO: 99|NR_104687.1|블라우티아 한세니이 균주 JCM 14655 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00052
Figure 112023074475051-pat00053
> SEQ ID NO: 100|NR_112933.1|박테로이데스 셀룰로실리티쿠스 균주 JCM 15632 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00054
> SEQ ID NO: 101|NR_112940.1|박테로이데스 오바투스 균주 JCM 5824 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00055
> SEQ ID NO: 102|NR_117563.1|유박테리움 피시카테나 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00056
> SEQ ID NO: 103|NR_104700.1|블라우티아 코코이데스 균주 JCM 1395 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00057
> SEQ ID NO: 104|NR_109014.1|블라우티아 파에시스 균주 M25 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00058
Figure 112023074475051-pat00059
> SEQ ID NO: 105|NR_036928.1|클로스트리디움 하테와이이 균주 1313 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00060
> SEQ ID NO: 106|NR_113270.1|블라우티아 프로둑타 균주 JCM 1471 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00061
Figure 112023074475051-pat00062
> SEQ ID NO: 107|NR_104799.1|아나에로스티페스 하드루스 균주 DSM 3319 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00063
> SEQ ID NO: 108|NR_117142.1|유박테리움 피시카테나 균주 DSM 3598 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00064
> SEQ ID NO: 109|NR_117147.1|유박테리움 콘토르툼 균주 DSM 3982 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00065
> SEQ ID NO: 110|NR_113410.1|클로스트리디움 볼테아에 균주 JCM 12243 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00066
> SEQ ID NO: 111|NR_041960.1|블라우티아 루티 균주 BInIX 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00067
Figure 112023074475051-pat00068
> SEQ ID NO: 112|NR_074306.1|아시다미노코쿠스 인테스티니(Acidaminococcus intestini) RyC-MR95 균주 RyC-MR95 16S 리보솜 RNA, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00069
> SEQ ID NO: 113|NR_074399.1|루미노코쿠스 알부스 균주 7 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00070
> SEQ ID NO: 114|NR_074634.1|유박테리움 렉탈레 균주 ATCC 33656 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00071
> SEQ ID NO: 115|NR_074928.1|아시다미노코쿠스 페르멘탄스 균주 DSM 20731 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00072
> SEQ ID NO: 116|NR_114326.1|푸시카테니박터 사카리보란스 균주 HT03-11 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00073
Figure 112023074475051-pat00074
> SEQ ID NO: 117|NR_102884.1|루미노코쿠스 캄파넬렌시스 균주 18P13 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00075
> SEQ ID NO: 118|NR_102971.1|비피도박테리움 비피둠 S17 균주 S17 16S 리보솜 RNA, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00076
Figure 112023074475051-pat00077
> SEQ ID NO: 119|NR_102980.1|메가스파에라 엘스데니이 균주 DSM 20460 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00078
> SEQ ID NO: 120|NR_044645.2|도레아 포르미시게네란스 균주 ATCC 27755 16S 리보솜 RNA 유전자, 완전 서열
Figure 112023074475051-pat00079
> SEQ ID NO: 121|NR_118643.1|에이센베르기엘라 타이이 균주 B086562 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00080
> SEQ ID NO: 122|NR_118730.1|클로스트리디움 심비오숨 균주 ATCC 14940 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00081
> SEQ ID NO: 123|NR_113243.1|에리시펠라토클로스트리디움 라모숨 균주 JCM 1298 16S 리보솜 RNA 유전자, 부분 서열
Figure 112023074475051-pat00082
Figure 112023074475051-pat00083
> SEQ ID NO: 124 |PROKKA_00507 16S 리보솜 RNA 유전자 | VE202-7
Figure 112023074475051-pat00084
> SEQ ID NO: 125 |PROKKA_00709 16S 리보솜 RNA 유전자 | VE202-7
Figure 112023074475051-pat00085
> SEQ ID NO: 126 |PROKKA_01766 16S 리보솜 RNA 유전자 | VE202-7
Figure 112023074475051-pat00086
> SEQ ID NO: 127 |PROKKA_01779 16S 리보솜 RNA 유전자 | VE202-7
Figure 112023074475051-pat00087
> SEQ ID NO: 128 |PROKKA_05926 16S 리보솜 RNA 유전자 | VE202-7
Figure 112023074475051-pat00088
Figure 112023074475051-pat00089
> SEQ ID NO: 129 | PROKKA_01784 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00090
> SEQ ID NO: 130 | PROKKA_01864 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00091
Figure 112023074475051-pat00092
> SEQ ID NO: 131 | PROKKA_02671 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00093
> SEQ ID NO: 132 | PROKKA_00690 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00094
> SEQ ID NO: 133 | PROKKA_00991 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00095
Figure 112023074475051-pat00096
> SEQ ID NO: 134 | PROKKA_01948 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00097
> SEQ ID NO: 135 | PROKKA_02310 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00098
Figure 112023074475051-pat00099
> SEQ ID NO: 136 | PROKKA_02993 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00100
> SEQ ID NO: 137 | PROKKA_00436 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00101
> SEQ ID NO: 138 | PROKKA_00685 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00102
Figure 112023074475051-pat00103
> SEQ ID NO: 139 | PROKKA_01171 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00104
> SEQ ID NO: 140 | PROKKA_05969 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00105
Figure 112023074475051-pat00106
> SEQ ID NO: 141 | PROKKA_00279 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00107
> SEQ ID NO: 142 | PROKKA_01221 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00108
> SEQ ID NO: 143 | PROKKA_02318 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00109
Figure 112023074475051-pat00110
> SEQ ID NO: 144 | PROKKA_02336 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00111
> SEQ ID NO: 145 | PROKKA_04947 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00112
Figure 112023074475051-pat00113
> SEQ ID NO: 146 | PROKKA_00208 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00114
> SEQ ID NO: 147 | PROKKA_00340 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00115
> SEQ ID NO: 148 | PROKKA_01031 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00116
Figure 112023074475051-pat00117
> SEQ ID NO: 149 | PROKKA_01840 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00118
> SEQ ID NO: 150 | PROKKA_02944 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00119
Figure 112023074475051-pat00120
> SEQ ID NO: 151 | PROKKA_04036 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00121
> SEQ ID NO: 152 | PROKKA_00437 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00122
> SEQ ID NO: 153 | PROKKA_00896 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00123
Figure 112023074475051-pat00124
> SEQ ID NO: 154 | PROKKA_02845 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00125
> SEQ ID NO: 155 | PROKKA_04164 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00126
Figure 112023074475051-pat00127
> SEQ ID NO: 156 | PROKKA_04921 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00128
> SEQ ID NO: 157 | PROKKA_00199 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00129
> SEQ ID NO: 158 | PROKKA_00208 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00130
> SEQ ID NO: 159 | PROKKA_04460 16S 리보솜 RNA 유전자
Figure 112023074475051-pat00131
본 발명은 그 적용에 있어서 하기 설명에 제시되거나 또는 도면에 예시된 성분의 배열 및 구성의 세부 사항으로 제한되지 않는다. 본 발명은 다른 실시양태가 가능하고 다양한 방식으로 실시되거나 또는 수행될 수 있다. 또한, 본원에 사용된 어구 및 전문 용어는 설명하기 위한 것이며 제한적인 것으로 간주되서는 안된다. 본원에서 "포함하는", "포함하는" 또는 "갖는", "함유하는", "포함한" 및 그의 변형의 사용은 그 다음에 열거된 항목 및 그의 등가물뿐만 아니라 부가 항목을 포괄한다는 것을 의미한다.
본원에서 달리 정의되지 않는 한, 본 개시내용과 관련하여 사용되는 과학적 및 기술적 용어는 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 의미를 가져야 한다. 추가로, 문맥상 달리 요구되지 않는 한, 단수 용어는 복수를 포함해야 하고, 복수 용어는 단수를 포함해야 한다. 본 개시내용의 방법 및 기술은 일반적으로, 관련 기술분야에 널리 공지된 통상적인 방법에 따라서 수행된다. 일반적으로, 본원에 기재된 생화학, 효소학, 분자 및 세포 생물학, 미생물학, 바이러스학, 세포 또는 조직 배양, 유전학 및 단백질 및 핵 화학과 관련되어 사용되는 명명법 및 이의 기술은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있고 통상적으로 사용되는 것이다. 본 개시내용의 방법 및 기술은 일반적으로, 관련 기술분야에 널리 공지된 통상적인 방법에 따라서, 및 달리 표시되지 않는 한 본 명세서 전반에 걸쳐 인용되고 논의된 다양한 일반적 및 보다 구체적인 참고문헌에 기재된 바와 같이 수행된다.
본 발명은 하기 실시예에 의해 추가로 예시되며, 이는 어떠한 방식으로든지 추가로 제한하는 것으로서 해석되서는 안된다. 본 출원 전반에 걸쳐 인용된 모든 참고문헌 (참고 문헌, 허여된 특허, 공개된 특허 출원 및 계류중인 특허 출원 포함)의 전체 내용은 특히 상기 언급된 교시를 위해, 본원에 명백하게 참조로 포함된다. 그러나, 어떠한 참고문헌의 인용도 그 참고문헌이 선행 기술임을 인정하는 것은 아니다.
실시예
실시예 1: 씨. 디피실레 감염의 마우스 모델
마우스 사육
잭슨 라보라토리즈 (미국 메인주 바 하버)로부터 구입한 C57BL/6J 암컷 마우스를 사용하여 실험을 수행하였고, 마우스를 통풍식 멸균 케이지에 수용하였다. 모든 동물은 특이적 병원체가 없는 시설에서 유지되었다. 연구하기 전에 적어도 3일 동안 동물을 동물 사육장에 적응시켰다 (즉, 항생제 과정 시작). 씨. 디피실레 감염과 관련된 실험을 위하여, 마우스에게 200 μl PBS 중의 10-104개의 씨. 디피실레 VPI 10463 포자를 경구 섭식에 의해 투여하였다. 실험은 기관 가이드라인에 따라 수행되었으며 기관의 기관내 동물 관리 및 사용 위원회의 승인을 받았다. 멸균 음식과 음료수가 동물에게 제공되었다.
생 생물치료 제품 (LBP) 제제
개별 박테리아 균주를 건강한 공여자로부터 수득된 대변로부터 단리하였다. 개별 균주를 15% 글리세롤 냉동기 스톡으로부터 혐기성 챔버 내의 5% 말 혈액을 함유하는 EG (에거르트 가뇽) 한천 플레이트 상으로 줄을 그어서 떼어 내고, 37℃에서 24 내지 48시간 동안 인큐베이션하였다. 콜로니를 미리 환원된 액체 펩톤 효모 글루코스 (PYG) 배지에 접종하고, 밀도가 높아질 때까지 24 내지 48시간 동안 성장시켰다 (혐기성 챔버에서 정적임). 배양물의 광학 밀도 (OD600)를 평가하였고, 생 생물치료 제품 (LBP) 칵테일은 PBS (멸균, 미리 처리됨) 중의 동일한 CFU 비율의 칵테일에 대한 OD600에 근거하여 입력을 조정하여 혐기성 챔버 내부에서 준비하였다.
씨. 디피실레 콜로니 형성 단위 (CFU) 결정
대변 펠릿을 수집하고, 이를 혐기성 챔버로 옮기며 (<2시간), 피펫 팁을 사용하여 반복적인 피펫팅을 통해 미리 환원된 PBS 500 μL에서 수동으로 균질화시켰다. 대변 균질물의 일련의 희석물을 미리 환원된 PBS에서 제조하고, 이의 100 μL를 소듐 타우로콜레이트 (TCCFA) 플레이트를 수반한 시클로세린-세폭시틴-프룩토스 한천 상으로 확산시키며, 37℃에서 혐기적으로 인큐베이션하였다. 씨. 디피실레 CFU를 48시간에 계산하였다.
씨. 디피실레 감염에 대한 뮤린 감수성
마우스의 군을 하기 3가지 항생제 요법 프로토콜을 사용하여 씨. 디피실레에 대한 감수성에 관하여 평가하였다: (1) 항생제 칵테일, (2) 클린다마이신 투여, 또는 (3) 세포페라존 투여 (도 2 및 3). 항생제 칵테일은 제-10일 내지 제-3일에 음료수 중의 카나마이신 (0.4 mg/ml), 젠타미신 (0.035 mg/ml), 콜리스틴 (0.056 mg/ml), 메트로니다졸 (0.215 mg/ml), 반코마이신 (0.045 mg/ml)으로 이루어졌고, 이어서 단일 복강내 클린다마이신 주사 (200 μg/마우스)하였다. 클린다마이신 투여는 제-1일에 클린다마이신 (200 μg/마우스)의 단일 복강내 주사를 포함하였다. 일수의 표기는 씨. 디피실레 감염 일인 제0일을 기준으로 한 것이다.
마우스를 상기 기재된 바와 같이 표시된 항생제 요법으로 처리한 다음, 제0일에 10 또는 104개의 씨. 디피실레 포자를 경구 섭식에 의해 감염시켰다 (도 2 및 3). 부가의 실험 아암을, 씨. 디피실레 감염 후에 마우스를 반코마이신으로 처리시킨 항생제 치료 모델에 부가하였다 (도 4j; 흑색 삼각형).
감염 후 매일 사망률/생존율 (도 4a-4d) 및 중량 (도 4e-4h)에 관하여 마우스를 모니터링하였다. 대변 펠릿을 또한 매일 수집하고, CFU/그램 대변으로서 제시된 씨. 디피실레 CFU 계산에 사용하였다 (도 4i-4l).
세포페라존 처리를 받은 마우스의 군은 10개의 씨. 디피실레 포자를 투여한 후에도, 중량에 있어서의 상당한 변화 (도 4h) 및 대변 펠릿 중의 실질적인 씨. 디피실레 박테리아 부하 (도 4l)를 나타내었다. 이들 결과는 세포페라존 전처리 요법이 씨. 디피실레 감염에 대한 및 씨. 디피실레 감염의 보호 및/또는 치료를 평가하기 위한 우수한 모델을 제공하였다는 것을 표시하였다. 감염 이전에 항생제 처리를 하지 않으면, 씨. 디피실레 감염은 확립되지 못하였고 (도 4i), 모든 마우스는 체중에 있어서의 상당한 변화 없이 (도 4e) 살아남았다 (도 4a).
실시예 2: 생 생물치료 제품 (LBP) 제제는 씨. 디피실레 감염에 대항하여 보호해 준다.
하기 LBP 조성물은 씨. 디피실레 감염을 보호하고/하거나 치료할 수 있는 그들의 능력에 관하여 평가되었다:
조성물 A,
조성물 B,
조성물 C,
조성물 D,
조성물 E (예를 들어, 문헌 [Narushima et al., Gut Microbes (2014) 5(3) 333-339] 참조), 및
조성물 I: 클로스트리디움 신덴스, 슈도플라보니프락토 카필로수스 및 블라우티아 한세니이의 혼합물 (도 5).
일반적으로, LBP 칵테일을 PYG 배지에서 혼합하고, 각각의 마우스에게 250 μL 미리 환원된 PBS (매질 없음) 중에서 경구 섭식에 의해 소정 용량을 투여하였다. 조성물 E에 대해서는, 박테리아를 동일 용적 (동일 비율/CFU는 아니다)으로 혼합하고, 250 μL 용량 중에 투여하였다. 조성물 A-D의 각각의 LBP는 각각의 동물에게 투여된 총 108 CFU에 대하여, 각각의 박테리아 균주 (도 1) 107 CFU로 구성된 250 μL 용량 중의 총 108 CFU를 함유하였다. 조성물 I는 250 μL 용량 중의 총 106 CFU를 함유하였다 (혼합된 3가지 박테리아 각각의 대략 333,000개).
마우스의 군을 실시예 1에 기재된 바와 같이, 세포페라존 처리시키고, 세포페라존 처리를 중단한 후 2일에 표시된 조성물을 경구 섭식에 의해 투여하였다. 24시간 후에, 마우스를 104개의 씨. 디피실레 포자로 감염시켰다 (도 5). 마우스를 생존율/사망률 (도 6), 중량 (도 7a-7i), 및 씨. 디피실레 CFU (도 8a-8c)에 관하여 평가하였다. 그 결과는 씨. 디피실레 감염 이전에 조성물 B를 투여하는 것이, 씨. 디피실레 감염에 대항한 유효한 보호 및/또는 치료라는 것을 보여준다.
실시예 3: 조성물 B는 씨. 디피실레 감염에 대항하여 보호해 주고/주거나 이를 치료한다.
10 내지 12주생 마우스의 군을 씨. 디피실레 마우스 모델에 사용하였다 (도 9). 마우스를 실시예 1에 기재된 바와 같이 세포페라존 처리시켰다. 이어서, 마우스의 한 군에, 세포페라존 처리를 중단한 후 2일에 실시예 1 및 2에 기재된 바와 같이, 조성물 B (마우스당 108 CFU)를 경구 섭식에 의해 투여하였다. 마우스의 다른 군은 세포페라존 처리 후에 생 생물치료 제품을 받지 못하였다 (대조군). 24시간 후에, 마우스를 씨. 디피실레 감염 (104개 씨. 디피실레 포자)시킨 다음, 생존율/사망률 (도 10), 중량 (도 11), 및 씨. 디피실레 존재량 (대변 그램당 CFU; 도 12)에 관하여 평가하였다. 이들 결과는 씨. 디피실레 감염 이전에 조성물 B로 처리하는 것이, 씨. 디피실레 감염에 대항한 유효한 보호 및/또는 치료라는 것을 입증해 주는 실시예 2의 결과를 확증시켜 준다.
실시예 4: LBP 조성물 F는 씨. 디피실레 감염에 대항하여 보호해 주고/주거나 이를 치료한다.
도 13은 생 생물치료 제품 (LBP) 조성물 F의 균주를 제시한다. 속-종 분류는 단리된 균주의 서열에 근거한 가장 가까운 종을 표시한다. 도 14는 조성물 F 중의 균주의 클로스트리디움 클러스터에 의한 분류를 나타낸다.
마우스의 군에게 상기 실시예에 기재된 바와 같이 세포페라존을 투여한 다음, 마우스 또는 인간으로부터의 LBP 또는 대변 이식물 (FMT)을 투여하였다 (도 15). 조성물 B는 104개 씨. 디피실레 포자로의 감염을 기준으로 하여, 제-1일; 제-2일 및 제-1일; 또는 제-2일, 제-1일, 제1일, 제2일, 및 제3일에 표시된 군에 투여하였다. 조성물 F는 씨. 디피실레 포자의 투여를 기준으로 하여, 제-1일에, 또는 제-2일, 제-1일, 제1일, 제2일, 및 제3일에 표시된 군에 투여하였다. 부가의 군은 마우스 또는 인간으로부터의 FMT (마우스당 200 μL의 10% 대변 샘플)를 받았다. 이어서, 감염 후 제1일, 제3일, 제8일 및 제17일에 생존율/사망률 (도 16), 중량 (도 17a-17h), 및 씨. 디피실레 존재량 (CFU/그램 대변)에 관하여 마우스를 평가하였다 (도 18a 및 18b). 그 데이터는 조성물 B, 조성물 F, 및 FMT가 씨. 디피실레 감염에 대항하여 보호해 주고/주거나 이를 치료한다는 것을 입증해 준다.
실시예 5: LBP 조성물은 씨. 디피실레 감염에 대항하여 보호해 주고/주거나 이를 치료한다.
도 19는 LBP 조성물 G의 균주를 제시한다. 속-종 표기는 단리된 균주의 서열에 근거한 가장 가까운 종을 표시한다. 조성물 G는 조성물 F의 균주의 서브세트를 포함한다. 마우스의 군에게 상기 실시예에 기재된 바와 같이 세포페라존을 투여한 다음, 하기 LBP를 투여하였다:
조성물 B;
조성물 B-1 (박테로이데스가 부가된 조성물 B);
조성물 B-2 (플라보니프락토 플라우티이가 제거되고 박테로이데스가 부가된 조성물 B);
조성물 F;
조성물 G;
에탄올 처리시킨 인간 대변 샘플;
에탄올 처리시킨 조성물 B;
동결시킨 조성물 B; 또는
조성물 J: 에탄올 처리시킨 클로스트리디움 이노쿠움, 클로스트리디움 볼테아에 및 클로스트리디움 심비오숨;
(또한 도 20 참조).
조성물 B-1 및 B-2에 사용된 박테로이데스 균주는 박테로이데스 오바투스 (균주 식별자 211-B; 서열식별번호: 83)였다.
마우스를 씨. 디피실레 VPI 10463 포자 (104)로 시험감염시키고, 생존율/사망률 (도 21 및 23) 및 중량에 있어서의 변화 (도 22a-22j 및 24)에 관하여 매일 (씨. 디피실레 감염 후 제0일 내지 제7일) 모니터링하였다. 이들 데이터는 상기 조성물이 씨. 디피실레 감염에 대항하여 보호해 주고/주거나 이를 치료한다는 것을 보여준다.
실시예 6: LBP 조성물은 씨. 디피실레 감염에 대항하여 보호해 주고/주거나 이를 치료한다.
마우스의 군을 상기 기재된 바와 같이 세포페라존 처리한 다음, 인간 대변 이식물, 조성물 B, 조성물 B + 4 포자, 또는 조성물 H를 투여하였다 (도 25). "조성물 B + 4 포자"는 조성물 B에 포자 형태의 하기 4가지 균주가 플러스된 것을 지칭한다: 클로스트리디움 볼테아에, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 클로스트리디움 심비오숨 및 클로스트리디움 이노쿠움. 조성물 H는 포자 형태의 하기 6가지 균주를 함유한다: 클로스트리디움 볼테아에, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 클로스트리디움 심비오숨, 클로스트리디움 이노쿠움, 클로스트리디움 디스포리쿰 및 에리시펠라토클로스트리디움 라모숨 (도 26).
이어서, 마우스를 104개 씨. 디피실레 VPI 10463 포자로의 씨. 디피실레 감염으로 시험감염시키고, 생존율/사망률 (도 27a 및 28a), 중량 (도 27b 및 28b)에 관하여 모니터링하였다. 기준선과 비교하여 20% 초과의 체중을 상실한 마우스가 생존율 곡선 내의 사망률 수치에 포함되었다. 씨. 디피실레 존재량은 감염 후 제1일, 제4일 및 제19일에 대변 펠릿 중의 CFU로써 평가되었다 (도 29a-29c).
이들 데이터는 조성물 B뿐만 아니라 다른 조성물이 세포페라존-유도된 씨. 디피실레 마우스 모델에서 생존율을 개선시킬 수 있고, 씨. 디피실레 감염에 대항하여 보호해 주고/주거나 이를 치료할 수 있다는 것을 표시한다.
실시예 7: 씨. 디피실레 독소 실험
아프리카 그린 원숭이 신장 상피로부터 유래된 상피 세포인 베로(Vero) 세포는 씨. 디피실레 독소 B를 포함한 각종 박테리아 독소에 대해 감수성이다. 세포가 씨. 디피실레 독소 B에 노출되면, Rho, Rac, 및 Cdc42의 기능이 억제되어 세포 형태학 상의 변화 (예를 들어, 세포 라운딩)인 F-액틴 상의 하락을 유발시켜, 궁극적으로는 아폽토시스를 발생시킨다.
본원에 기재된 박테리아 조성물의 투여가 씨. 디피실레 독소 B의 생산 또는 활성에 영향을 미치는지의 여부를 결정하기 위해, 세포 검정을 수행하였다. 간략하게 언급하면, 마우스의 군을 상기 기재된 바와 같이 세포페라존으로 처리하고, 인간 대변 이식물 (FMT) ("4-3"); 조성물 B ("5-3"); 포자 형태의 하기 4가지 균주가 플러스된 조성물 B: 클로스트리디움 볼테아에, 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스, 클로스트리디움 심비오숨 및 클로스트리디움 이노쿠움 ("7-4")을 투여하거나, 또는 처리하지 않았다. 이어서, 마우스의 각각의 군을, 104개 씨. 디피실레 포자로의 씨. 디피실레 감염에 노출시켰다. 세포페라존 투여 후 및 씨. 디피실레 감염 이전에 어떠한 처리도 받지 않았던 마우스의 군은 "2-1 (Cdiff)" 및 "2-4 (Cdiff)"로서 지칭된다. 마우스의 부가 군은 "N3 (건강한)"으로써 표시된 바와 같이 씨. 디피실레에 노출되지 않았다.
대변 펠릿을 마우스의 각각의 군으로부터 수집하고, 중량을 재며, PBS에서 균질화시키고, 고정 농도 (약 25 mg/mL)에 대해 정규화시켰다. 이 샘플을 원심분리시켜 정화된 상등액을 제조한 다음, 이를 10배 일련의 희석물로 희석시켜 정화된 펠릿 상등액의 1:10 내지 1:10-6의 범위의 희석물을 생성시켰다. 베로 세포 배양물을 대략 18시간 동안 상기 희석된 샘플에 노출시킨 다음, 씨. 디피실레 독소 노출과 연관된 형태학적 변화 (즉, 세포 라운딩)를 평가하기 위해 위상차 현미경 검사함으로써 가시화하였다. 형태학 상의 변화를 야기시키지 않은 상등액의 가장 높은 농도에 근거하여 세포를 스코어링하였다 (도 30). 씨. 디피실레 감염 이전에 조성물 B로 처리시킨 마우스로부터의 샘플은, 세포페라존 투여 후 및 씨. 디피실레 감염 이전에 어떠한 치료도 받지 않았던 대조군 마우스로부터의 샘플 ("2-1 (Cdiff)" 및 "2-4 (Cdiff)")과 비교 시 뿐만 아니라 FMT를 받은 마우스로부터의 샘플과 비교 시, 씨. 디피실레 독소 B의 양이 감소되었다. 현저하게도, 조성물 B로 처리시킨 마우스로부터의 샘플은 또한, 부가의 포자가 수반된 조성물 B로 처리시킨 마우스로부터의 샘플과 비교 시, 씨. 디피실레 독소 B의 양이 감소되었다.
실시예 8: 조성물 B와 씨. 디피실레 간의 시험관내 경쟁
조성물 B는 시험관내 혼합 배양물 경쟁 검정에 의해 클로스트리디움 디피실레 성장을 억제할 수 있는 그의 능력에 관하여 평가하였다. 글리세롤 냉동기 스톡으로부터, 조성물 B의 개별 균주, 씨. 디피실레 (Cdiff), 클로스트리디움 비페르멘탄스(Clostridium bifermentans), 및 박테로이데스 세타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron)을 말 혈액을 수반한 에거르트-가뇽 한천 플레이트 (EG+HB) 상으로 줄을 그어서 떼어 냈다. 각각의 균주의 단일 콜로니를 연속해서, 뇌 심장 주입 (BHI) 액체 배지 내로 접종하고, 순수한 배양물에서 24 내지 48시간 동안 성장시킬 수 있었다. 혼탁한 배양물을 계대 배양한 후 대수 증식기로 성장시키고, 마지막으로 희석하고 조합하여, 광학 밀도 (OD600)가 0.1인 혼합 배양물을 제조하였다. 대수 증식기 Cdiff 배양물을 0.1의 OD를 수반한 최종 농도하에 상기 혼합 배양물에 부가하였다. 배양물을 합하고 2 내지 3시간 동안 인큐베이션한 후, 샘플을 수집하고, 일련으로 희석시키며, 타우로콜레이트-시클로세린-세폭시틴-프룩토스 한천 (TCCFA) 플레이트 상에 플레이팅하여 Cdiff 성장에 관하여 선별하였다. 48 내지 72시간 후, 각각의 경쟁 실험에서의 Cdiff의 콜로니 형성 단위 (CFU)를 수동 콜로니 계수함으로써 결정하였다.
EG+HB 한천 플레이트는 표준 절차에 따라서 제조하고, 사용하기 전 적어도 6 내지 8시간 동안 혐기성 환경하에 환원시켰다. 액체 BHI 배지는 BD 바이오사이언스(BD Biosciences) (카탈로그 # 211059; 미국 캘리포니아주 산호세)로부터 수득되었고, 제조업자의 지시에 따라서 제조되었으며, 사용하기 전 적어도 18 내지 24시간 동안 혐기성 환경하에 환원시켰다. TCCFA 플레이트는 표준 절차에 따라서 제조하고, 사용하기 전 적어도 6 내지 8시간 동안 혐기성 환경하에 환원시켰다. 본 실험에 사용된 클로스트리디움 디피실레 균주는 아메리칸 타입 컬처 컬렉션[American Type Culture Collection (ATCC)] 43255이다.
<표 4>
조성물 B 균주
Figure 112023074475051-pat00132
균주는 48 내지 72시간 동안 혐기성 챔버 내부에 동결된 글리세롤 스톡으로부터 EG+HB 한천 플레이트 상으로 줄을 그어서 떼어 내었다. 단일 콜로니를 10 mL의 BHI 배지 내로 접종하고, 혐기성 챔버에서 37℃ 하에 24 내지 48시간 동안 성장시켰다. 이어서, 혼탁한 배양물을 0.1의 OD가 되도록 희석시키고, 혐기성 챔버에서 37℃ 하에 2 내지 3시간 동안 성장시켰다. 대수 증식기 배양물을 희석시키고 등가의 OD 하에 합하였다. 경쟁 검정을 위하여, 조성물 B의 각각의 균주 (표 4)를 OD600에 근거하여 등가 부분으로 합하여, 0.1의 최종 컨소시엄 OD600에 도달하였다. 씨. 비페르멘탄스 및 비. 세타이오타오미크론이 0.1의 OD에서 Cdiff와 개별적으로 경쟁하도록 설정되었다. 각각의 혼합 배양물 경쟁 실험에서 Cdiff에 대한 OD600은 0.1이었다. 조합 후, 상기 배양물을 혐기성 챔버에서 37℃ 하에 2 내지 3시간 동안 인큐베이션한 다음, Cdiff 선택적 플레이트 상에서 계산하기 위하여 준비하였다.
TCCFA 플레이트는 Cdiff 성장에 대해 선택적이고, 조성물 B 균주 중 어느 것도, 또는 대조군 균주 (씨. 비페르멘탄스 및 비. 세타이오타오미크론) 중 어느 것도 이들 플레이트 상에서는 성장하지 않는다. 혐기성 챔버 내부에서, 각각의 경쟁 배양물의 100 μL 샘플을 수집하고, 일련으로 1:10으로 희석시켜 1x10-6의 최종 희석물에 도달하였다. CFU 계산을 위한 플레이트는 멸균 확산 루프를 사용하여 TCCFA 플레이트 상에 1x10-4 내지 1x10-6 희석물 각각을 100 μL 확산시킴으로써 준비하였다. CFU 플레이트를 혐기성 챔버에서 37℃ 하에 48 내지 72시간 동안 인큐베이션하였다. CFU 계산은 콜로니를 수동으로 계수함으로써 완료하였다.
경쟁의 효과를 결정하기 위해, 경쟁 샘플 및 Cdiff 단독에 대해 결정된 CFU의 비율을 계산하고 백분율로서 표현하였다. 조성물 B 칵테일에 의한 Cdiff 성장의 억제를 비. 세타이오타오미크론 (음성 대조군) 및 씨. 비페르멘탄스 (양성 대조군)의 반응과 비교하였다. 그 결과가 표 5 및 도 31에 제시된다.
<표 5>
시험관내 경쟁에 대한 요약 결과
Figure 112023074475051-pat00133
데이터는 대조군의 백분율로서 Cdiff CFU로서 표현된다. 각각의 n은 다른 측정과는 독립적으로, 단일 생물학적 복제물을 대표한다.
시험관내 경쟁에서, 조성물 B는 Cdiff 성장을 대조군 (경쟁하는 균주(들)의 부재)의 15.1 ± 16.2%로 억제하였다. 이러한 결과는 양성 대조군인 씨. 비페르멘탄스에 의해 관찰된, 대조군의 11.7 ± 16.5%의 억제와 일치한다. 음성 대조군인 비. 세타이오타오미크론은 대조군의 65.6 ± 43.8%로 Cdiff 성장에 대하여 무시할만한 수준의 효과를 산출하였다. CFU의 평가에 내재된 가변성을 고려해 볼 때, 대조군의 < 25%로의 성장 억제가 유의적인 억제인 것으로 간주되며, 양성 대조군과 조성물 B 칵테일 둘 다는 이러한 활성의 한계치를 충족시킨다. 조성물 B 컨소시엄은 씨. 비페르멘탄스에 의해 관찰된 직접적인 경쟁과 거의 동등한 수준으로 시험관 내에서 Cdiff 성장을 약화시켰다. 비. 세타이오타오미크론과의 직접적인 경쟁은 Cdiff 성장을 상당히 억제시키지 못하였다.
실시예 9: 시험관내 단쇄 지방산 생산의 결정
조성물 B의 각각의 균주는 시험관 내에서 개별 단쇄 지방산 (SCFA) 생산에 관하여 평가되었다. 조성물 B 균주는 혐기성 챔버 내부의 순수한 배양물에서 성장시켰다. 액체 배지 배양물로부터 소모된 상등액을 원심 분리에 의해 수거하고, 필터 멸균한 다음, < -70℃ 하에 저장하였다. 동결되고 정화된 상등액 표본을 단쇄 지방산 (SCFA)에 관하여 분석하였다.
EG+HB 한천 플레이트 (말 혈액을 수반한 에거르트-가뇽 한천 플레이트)를 표준 방법에 따라서 준비하고, 사용 전에 적어도 6 내지 8시간 동안 혐기성 환경에서 환원시켰다. 액체 PYG 배지 (미리 배합되고, 미리 환원됨)를 언에어로브 시스템(Anaerobe Systems) (카탈로그#AS-822; 미국 캘리포니아주 모건 힐)으로부터 수득하였다.
균주를 48 내지 72시간 동안 혐기성 챔버 내부의 동결된 15% 글리세롤 스톡으로부터 EG+HB 한천 플레이트 상으로 줄을 그어서 떼어 냈다. 단일 콜로니를 7 mL PYG 배지 내로 접종하고, 혐기성 챔버에서 37℃ 하에 24 내지 48시간 동안 성장시켰다. 달리 언급되지 않는 한, 광학 밀도 (OD)가 ≥ 0.2일 때, CFU 계산 및 여과를 위해 샘플을 수집하였다. 혐기성 챔버 내부에, 혼탁한 배양물 100 μL 샘플을 수집하고, 일련으로 1:10으로 희석시켜 1x10-6의 최종 희석물에 도달하였다. CFU 계산을 위한 플레이트는, 멸균 유리 비드를 사용하여 EG+HB 한천 플레이트 상에서 1x10-4 내지 1x10-6 희석물에 대하여 100 μL/희석물을 확산시킴으로써 준비하였다. CFU 플레이트를 혐기성 챔버에서 48 내지 72시간 동안 인큐베이션하였다. CFU 계산은 이지카운트(EasyCount) 2 [바이오메리외 SA(bioMerieux SA; 프랑스 마르시-레트왈르)]를 사용하여 완료하였다. CFU 계산을 위해 혼탁한 배양물의 샘플을 수집한 직후, 나머지 혼탁한 배양물을 10분 동안 대략 1000 RCF로 원심분리시켜 세포성 부스러기를 펠릿화하였다. 정화된 상등액을 0.2 μm 플레이트 필터로 옮기고 진공 여과시켜, 바이오 분석 전에 임의의 나머지 미립자를 제거하였다. 필터 플레이트에서 막히는 경우에는, 정화된 상등액을 0.2 μm 주사기 필터를 사용하여 수동으로 여과하였다. 여과된 상등액을 등분하고, SCFA의 바이오 분석 전에 < -70℃ 하에 저장하였다.
샘플 간의 보다 용이한 비교를 촉진시키기 위해, 미가공 SCFA 데이터 (μg/mL)를, 상기 배양물에 대한 상응하는 결정된/평가된 CFU의 log10에 의해 정규화시켰다. 그 결과가 하기 표 6 및 표 7에 묘사된다.
<표 6>
조성물 B 균주에 대하여 계산된 CFU
Figure 112023074475051-pat00134
<표 7>
개별 조성물 B 균주에 의해 생산된 SFCA
Figure 112023074475051-pat00135
조성물 B의 7가지 균주가 상당한 수량 (> 1 μg/Log(CFU/mL)*mL)의 2-탄소 SCFA인 아세테이트를 생산하는 것으로 밝혀졌다. 하나의 균주 (#211)가 상당한 수량의 3-탄소 SCFA인 프로피오네이트를 생산하였다. 조성물 B의 4가지 균주가 상당한 수량의 4-탄소 SCFA인 부티레이트를 생산하였다. 미량 (< 1 μg/Log(CFU/mL)*mL)의 다른 SCFA가 또한, 조성물 B 균주에 의해 생산되었다.
실시예 10: 조성물 B는 조절 T 세포 (Treg)를 유도한다
조성물 B의 각각의 박테리아 균주를 로그 기로 성장시키고, 마우스당 약 108 cfu의 총 용량이 되도록 합하였다. 무균 마우스에 조성물 B 또는 음성 대조군을 경구 섭식에 의해 접종하고, 콜로니 형성 4주 후에 희생시켰다. 고유판 백혈구를 표준 절차에 의해 개별 마우스의 결장 조직으로부터 단리하였고, 유동 세포계수법에 의해 평가하였다. 조절 T 세포 함량을 CD4+ T 세포 중의 Foxp3-양성 세포의 백분율로서 평가하였다.
도 32에 도시된 바와 같이, 조성물 B가 접종된 마우스는 대조군이 접종된 마우스와 비교 시 상당히 더 많은 조절 T 세포를 갖는 것으로 밝혀졌다.
SEQUENCE LISTING <110> Vedanta Biosciences, Inc. <120> TREATMENT OF CLOSTRIDIUM DIFFICILE INFECTION <130> P0745.70006WO00 <140> Not Yet Assigned <141> 2017-06-14 <150> US 62/349,914 <151> 2016-06-14 <160> 159 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 210 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 1 gcccggagca gttgatgtga aggatgggtc acctgtggac tgcattggaa ctgtcatact 60 tgagtgccgg agggtaagcg gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag 120 gaacaccagt ggcgaaggcg gcttactgga cggtaactga cgttgaggct cgaaagcgtg 180 gggagcaaac aggattagat accctggtaa 210 <210> 2 <211> 184 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 2 ctaaccgtgg aggtcattgg aaactggtca acttgagtgc agaagaggga agtggaattc 60 catgtgtagc ggtgaaatgc gtagagatat ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttcc 120 tggtctgtaa ctgacactga ggcgcgaaag cgtggggggc aaacaggatt agatcccccg 180 gtaa 184 <210> 3 <211> 196 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 3 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Bacteroides cellulosilyticus <400> 100 agagtttgat cctggctcag gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg 60 ggcagcatga cctagcaata ggttgatggc gaccggcgca cgggtgagta acacgtatcc 120 aacctaccgg ttattccggg atagcctttc gaaagaaaga ttaataccgg atagtataac 180 gagaaggcat ctttttgtta ttaaagaatt tcgataaccg atggggatgc gttccattag 240 tttgttggcg gggtaacggc ccaccaagac atcgatggat aggggttctg agaggaaggt 300 cccccacatt ggaactgaga cacggtccaa actcctacgg gaggcagcag tgaggaatat 360 tggtcaatgg acgagagtct gaaccagcca agtagcgtga aggatgactg ccctatgggt 420 tgtaaacttc ttttatatgg gaataaagtg agccacgtgt ggctttttgt atgtaccata 480 cgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggagga tccgagcgtt 540 atccggattt attgggttta aagggagcgt aggcggacta ttaagtcagc tgtgaaagtt 600 tgcggctcaa ccgtaaaatt gcagttgata ctggtcgtct tgagtgcagt agaggtaggc 660 ggaattcgtg gtgtagcggt gaaatgctta gatatcacga agaactccga ttgcgaaggc 720 agcttactgg actgtaactg acgctgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa caggattaga 780 taccctggta gtccacacag taaacgatga atactcgctg 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tgcccgaagc cagtgaccta accgaaagga 1440 aggagctgtc gaaggcaggc tcgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500 gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521 <210> 115 <211> 1545 <212> DNA <213> Acidaminococcus fermentans <400> 115 agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60 ggagaacttt cttcggaatg ttcttagtgg cgaacgggtg agtaacgcgt aggcaacctg 120 ccctctggtt ggggacaaca ttccgaaagg gatgctaata ccgaatgaga tcctctttcc 180 gcatggagag aggatgaaag atggcctcta cttgtaagct atcgccagaa gatgggcctg 240 cgtctgatta gctagtaggt gaggtaacgg ctcacctagg cgatgatcag tagccggtct 300 gagaggatga acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360 gtggggaatc ttccgcaatg gacgaaagtc tgacggagca acgccgcgtg agtgatgaag 420 gccttcgggt tgtaaaactc tgttgtcagg gacgaaagca ccgatctata atacattttg 480 gtgttgacgg tacctgacga ggaagccacg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata 540 cgtaggtggc aagcgttgtc cggaattatt gggcgtaaag agcatgtagg cgggctttta 600 agtccgacgt gaaaatgcgg ggcttaaccc cgtatggcgt tggatactgg aagtcttgag 660 tgcaggagag gaaaggggaa ttcccagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttgggaggaa 720 caccagtggc gaaggcgcct ttctggactg tgtctgacgc tgagatgcga aagccagggt 780 agcaaacggg attagatacc ccggtagtcc tggccgtaaa cgatgggtac taggtgtagg 840 aggtatcgac cccttctgtg ccggagttaa cgcaataagt accccgcctg gggactacga 900 tcgcaagatt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggtgg agtatgtggt 960 ttaattcgac gcaacgcgaa gaaccttacc aaggcttgac attgagtgaa agacccagag 1020 atgggtcccc ttcttcggaa gcacgaaaac aggtggtgca tggctgtcgt cagctcgtgt 1080 cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tatcctatgt taccagcacg 1140 taatggtggg gactcatagg agactgccag ggataacctg gaggaaggcg gggatgacgt 1200 caagtcatca tgccccttat gtcttgggct acacacgtac tacaatggtc ggcaacaaag 1260 ggcagcgaag ccgcgaggcg gagccaatcc cagaaacccg accccagttc ggatcgcagg 1320 ctgcaacccg cctgcgtgaa gttggaatcg ctagtaatcg caggtcagca tactgcggtg 1380 aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca cgaaagttgg taacacccga 1440 agccggtgag ataacctttt aggagtcagc tgtctaaggt ggggccgatg attggggtga 1500 agtcgtaaca aggtagccgt tcgagaacga gcggctggat cacct 1545 <210> 116 <211> 1423 <212> DNA <213> Fusicatenibacter saccharivorans <400> 116 tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca agtcgagcga agcagttaag 60 aagattyttc ggatgattct tgactgactg agcggcggac gggtgagtaa cgcgtgggtg 120 acctgcccca taccggggga taacagctgg aaacggctgc taataccgca taagcgcaca 180 gagctgcatg gctcggtgtg aaaaactccg gtggtatggg atgggcccgc gtctgattag 240 gcagttggcg gggtaacggc ccaccaaacc gacgatcagt agccggcctg agagggcgac 300 cggccacatt gggactgaga cacggcccaa actcctacgg gaggcagcag tggggaatat 360 tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga gcgaagaagt atttcggtat 420 gtaaagctct atcagcaggg aagataatga cggtacctga ctaagaagcc ccggctaact 480 acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt actgggtgta 540 aagggagcgt agacggcaag gcaagtctga tgtgaaaacc cagggcttaa ccctgggact 600 gcattggaaa ctgtctggct cgagtgccgg agaggtaagc ggaattccta gtgtagcggt 660 gaaatgcgta gatattagga agaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg acggtaactg 720 acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga taccctggta gtccacgccg 780 taaacgatga atgctaggtg ttggggagca aagctcttcg gtgccgccgc aaacgcatta 840 agcattccac ctggggagta cgttcgcaag aatgaaactc aaaggaattg acggggaccc 900 gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc gaagaacctt accaggtctt 960 gacatcccga tgaccggccc gtaacggggc cttctcttcg gagcattgga gacaggtggt 1020 gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080 ccttatcctc agtagccagc aggtaaagct gggcactctg tggagactgc cagggataac 1140 ctggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgatctgg gctacacacg 1200 tgctacaatg gcgtaaacaa agggaggcaa agccgcgagg tggagcaaat cccaaaaata 1260 acgtctcagt tcggactgca gtctgcaact cgactgcacg aagctggaat cgctagtaat 1320 cgcgaatcag aatgtcgcgg tgaatacgtt cccgggtctt gtacacaccg cccgtcacac 1380 catgggagtt ggtaacgccc gaagtcagtg acccaacctt tta 1423 <210> 117 <211> 1494 <212> DNA <213> Ruminococcus champanellensis <400> 117 agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcacgc ctaacacatg caagtcgaac 60 ggagataaag acttcggttt ttatcttagt ggcggacggg tgagtaacac gtgagcaacc 120 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1479 <210> 121 <211> 1390 <212> DNA <213> Eisenbergiella tayi <400> 121 ggtataactt agtggcggac gggtgagtaa cgcgtgggaa acctgccctg taccggggga 60 taacacttag aaataggtgc taataccgca taagcgcacg gaaccgcatg gttccgtgtg 120 aaaaactccg gtggtacagg atggtcccgc gtctgattag ccagttggca gggtaacggc 180 ctaccaaagc gacgatcagt agccggcctg agagggtgaa cggccacatt gggactgaga 240 cacggcccaa actcctacgg gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct 300 gatgcagcga cgccgcgtga gtgaagaagt atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg 360 aagaaaatga cggtacctga ctaagaagcc ccggctaact acgtgccagc agccgcggta 420 atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt actgggtgta aagggagcgt agacggcatg 480 gcaagccaga tgtgaaaacc cagggctcaa ccttgggatt gcatttggaa ctgccaggct 540 ggagtgcagg agaggtaagc ggaattccta gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga 600 ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg actgtaactg acgttgaggc tcgaaagcgt 660 ggggagcaaa caggattaga taccctggta gtccacgcgg taaacgatga ttgctaggtg 720 taggtgggta tggacccatc ggtgccgcag ctaacgcaat aagcaatcca cctggggagt 780 acgttcgcaa gaatgaaact caaaggaatt gacggggacc cgcacaagcg gtggagcatg 840 tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct taccaagtct tgacatccca atgacgcacc 900 tgtaaagagg tgttcccttc ggggcattgg agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc 960 gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccttattct tagtagccag 1020 caggtaaagc tgggcactct aaggagactg ccggggataa cccggaggaa ggcggggatg 1080 acgtcaaatc atcatgcccc ttatgatttg ggctacacac gtgctacaat ggcgtaaaca 1140 aagggaagcg agacagtgat gtggagcaaa tcycagaaat aacgtctcag ttcggattgt 1200 agtctgcaac tcgactacat gaagctggaa tcgctagtaa tcgcgaatca gcatgtcgcg 1260 gtgaatacgt tcccgggtct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgggagt tggaaatgcc 1320 cgaagtctgt gacctaaccg aaagggagga gcagccgaag gcaggtctga taactggggt 1380 gaagtcgtaa 1390 <210> 122 <211> 1478 <212> DNA <213> Clostridium symbiosum <220> <221> misc_feature <222> (349)..(350) <223> n is a, c, g, t or u <220> <221> misc_feature <222> (534)..(535) <223> n is a, c, g, t or u <220> <221> misc_feature <222> (606)..(606) <223> n is a, c, g, t or u <220> <221> 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120 cgggtgagta acgcgtgggt aacctgcctt gtactggggg acaacagtta gaaatgactg 180 ctaataccgc ataagcgcac agtattgcat gatacagtgt gaaaaactcc ggtggtacaa 240 gatggacccg cgtctgatta gctagttggt aaggtaacgg cttaccaagg cgacgatcag 300 tagccgacct gagagggtga ccggccacat tgggactgag acacggccnn aactcctacg 360 ggaggcagca gtggggaata ttgcacaatg ggcgaaagcc tgatgcagcg acgccgcgtg 420 agtgaagaag tatttcggta tgtaaagctc tatcagcagg gaagaaaatg acggtacctg 480 actaagaagc cccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gggnnagcgt 540 tatccggatt tactgggtgt aaagggagcg tagacggtaa agcaagtctg aagtgaaagc 600 ccgcgnctca actgcggnnc tgctttggaa actgtttaac tggagtgtcg gagaggtaag 660 tggaattcct agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacna gtggcgaagg 720 cgacttactg gacgataact gacgttgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag 780 ataccctggt agtccacgcc gtaaacgatg aatactaggt gttggggagc aaagctcttc 840 ggtgccgtcg caaacgcagt aagtattcca cctggggagt acgttcgcaa gaatgaaact 900 caaaggaatt gacggggacc ngcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaannaacg 960 cgaagaacct taccaggtct tgacatcgac tcgacggggg agtaacgtcc cnntnccttc 1020 ggggcggaga agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080 nagtcccgca acgagcgcaa cccttattct aagtagccag cggttcggcc gggaactctt 1140 gggagactgc cagggataac ctggaggaag gtggggatga cgtcnaatca tcatgcccct 1200 tatgatctgg gctacacacg tgctacaatg gcgtaaacan agagaagcaa gaccgcgagg 1260 tggagcaaat ctcaaaaata acgtctcagt tcggactgca ggctgcaact cgcctgcacg 1320 aagctggaat cgctagtaat cgcgaatcag aatgtcgcgg tgaatacgtt cccgggtctt 1380 gtacacaccg nncgtcacac catgggagtc agtaacgccc gaagtcagtg acccaaccgc 1440 aaggagggag ctgccgaagg cgggaccgan aacnnggg 1478 <210> 123 <211> 1488 <212> DNA <213> Erysipelatoclostridium ramosum <400> 123 agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac 60 gcgagcactt gtgctcgagt ggcgaacggg tgagtaatac ataagtaacc tgccctagac 120 agggggataa ctattggaaa cgatagctaa gaccgcatag gtacggacac tgcatggtga 180 ccgtattaaa agtgcctcaa agcactggta gaggatggac ttatggcgca ttagctggtt 240 ggcggggtaa cggcccacca aggcgacgat gcgtagccga cctgagaggg tgaccggcca 300 cactgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca gcagtaggga attttcggca 360 atgggggaaa ccctgaccga gcaacgccgc gtgaaggaag aaggttttcg gattgtaaac 420 ttctgttata aaggaagaac ggcggctaca ggaaatggta gccgagtgac ggtactttat 480 tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgtta 540 tccggaatta ttgggcgtaa agagggagca ggcggcagca agggtctgtg gtgaaagcct 600 gaagcttaac ttcagtaagc catagaaacc aggcagctag agtgcaggag aggatcgtgg 660 aattccatgt gtagcggtga aatgcgtaga tatatggagg aacaccagtg gcgaaggcga 720 cgatctggcc tgcaactgac gctcagtccc gaaagcgtgg ggagcaaata ggattagata 780 ccctagtagt ccacgccgta aacgatgagt actaagtgtt ggatgtcaaa gttcagtgct 840 gcagttaacg caataagtac tccgcctgag tagtacgttc gcaagaatga aactcaaagg 900 aattgacggg ggcccgcaca agcggtggag catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga 960 accttaccag gtcttgacat actcataaag gctccagaga tggagagata gctatatgag 1020 atacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca 1080 acgagcgcaa cccttatcgt tagttaccat cattaagttg gggactctag cgagactgcc 1140 agtgacaagc tggaggaagg cggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgacctggg 1200 ctacacacgt gctacaatgg atggtgcaga gggaagcgaa gccgcgaggt gaagcaaaac 1260 ccataaaacc attctcagtt cggattgtag tctgcaactc gactacatga agttggaatc 1320 gctagtaatc gcgaatcagc atgtcgcggt gaatacgttc tcgggccttg tacacaccgc 1380 ccgtcacacc acgagagttg ataacacccg aagccggtgg cctaaccgca aggaaggagc 1440 tgtctaaggt gggattgatg attggggtga agtcgtaaca aggtaacc 1488 <210> 124 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 124 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcctaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcaa ttaaaggaag ttttcggatg gaatttgatt gactgagtgg cggacgggtg 120 agtaacgcgt ggataacctg cctcacactg ggggataaca gttagaaatg actgctaata 180 ccgcataagc gcacagtacc gcatggtacg gtgtgaaaaa ctccggtggt gtgagatgga 240 tccgcgtctg attagccagt tggcggggta acggcccacc aaagcgacga tcagtagccg 300 acctgagagg gtgaccggcc acattgggac tgagacacgg cccaaactcc tacgggaggc 360 agcagtgggg aatattgcac aatgggcgaa agcctgatgc agcgacgccg cgtgagtgaa 420 gaagtatttc ggtatgtaaa gctctatcag cagggaagaa aatgacggta cctgactaag 480 aagccccggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg tagggggcaa gcgttatccg 540 gattcactgg gtgtaaaggg agcgtagacg gcgaagcaag tctgaagtga aaacccaggg 600 ctcaaccctg ggactgcttt ggaaactgtt ttgctagagt gtcggagagg taagtggaat 660 tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaggaac accagtggcg aaggcggctt 720 actggacgat aactgacgtt gaggctcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc 780 tggtagtcca cgccgtaaac gatgaatgct aggtgttggg gggcaaagcc cttcggtgcc 840 gtcgcaaacg cagtaagcat tccacctggg gagtacgttc gcaagaatga aactcaaagg 900 aattgacggg gacccgcaca agcggtggag catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga 960 accttaccaa gtcttgacat cctcttgacc ggcgtgtaac ggcgccttcc cttcggggca 1020 agagagacag gtggtgcatg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc 1080 cgcaacgagc gcaaccctta tccttagtag ccagcaggta gagctgggca ctctagggag 1140 actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200 tttgggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcaagacag tgatgtggag 1260 caaatcccaa aaataacgtc ccagttcgga ctgtagtctg caacccgact acacgaagct 1320 ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380 caccgcccgt cacaccatgg gagtcagcaa cgcccgaagt cagtgaccca actcgcaaga 1440 gagggagctg ccgaaggcgg ggcaggtaac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 125 <211> 1530 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 125 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcctaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcaa ttaaaatgaa gttttcggat ggatttttga ttgactgagt ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtggataacc tgcctcacac tgggggataa cagttagaaa tgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacagta ccgcatggta cggtgtgaaa aactccggtg gtgtgggatg 240 gatccgcgtc tgattagcca gttggcgggg taacggccca ccaaagcgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcgacgc cgcgtgagtg 420 aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aaaatgacgg 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ggtgtaaagg gagcgtagac ggcgaagcaa gtctgaagtg aaaacccagg 600 gctcaaccct gggactgctt tggaaactgt tttgctagag tgtcggagag gtaagtggaa 660 ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720 tactggacga taactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780 ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgaatgc taggtgttgg gggcaaagcc cttcggtgcc 840 gtcgcaaacg cagtaagcat tccacctggg gagtacgttc gcaagaatga aactcaaagg 900 aattgacggg gacccgcaca agcggtggag catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga 960 accttaccaa gtcttgacat cctcttgacc ggcgtgtaac ggcgccttcc cttcggggca 1020 agagagacag gtggtgcatg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc 1080 cgcaacgagc gcaaccctta tccttagtag ccagcaggta aagctgggca ctctagggag 1140 actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200 tttgggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcaagacag tgatgtggag 1260 caaatcccaa aaataacgtc ccagttcgga ctgtagtctg caacccgact acacgaagct 1320 ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380 caccgcccgt cacaccatgg gagtcagcaa cgcccgaagt cagtgaccca actcgcaaga 1440 gagggagctg ccgaaggcgg ggcaggtaac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 127 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 127 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcctaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcaa ttaaaatgaa gttttcggat ggatttttga ttgactgagt ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtggataacc tgcctcacac tgggggataa cagttagaaa tgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacagta ccgcatggta cggtgtgaaa aactccggtg gtgtgagatg 240 gatccgcgtc tgattagcca gttggcgggg taacggccca ccaaagcgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcgacgc cgcgtgagtg 420 aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480 agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540 cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggcgaagca agtctgaagt gaaaacccag 600 ggctcaaccc tgggactgct ttggaaactg 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<213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 129 tcaaagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gcgcctaaca catgcaagtc 60 gaacggagct tacgttttga agttttcgga tggatgaatg taagcttagt ggcggacggg 120 tgagtaacac gtgagcaacc tgcctttcag agggggataa cagccggaaa cggctgctaa 180 taccgcatga tgttgcgggg gcacatgccc ctgcaaccaa aggagcaatc cgctgaaaga 240 tgggctcgcg tccgattagc cagttggcgg ggtaacggcc caccaaagcg acgatcggta 300 gccggactga gaggttgaac ggccacattg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg 360 aggcagcagt gggggatatt gcacaatggg cgaaagcctg atgcagcgac gccgcgtgag 420 ggaagacggt cttcggattg taaacctctg tctttgggga agaaaatgac ggtacccaaa 480 gaggaagctc cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtaggga gcaagcgttg 540 tccggaatta ctgggtgtaa agggagcgta ggcgggatgg caagtagaat gttaaatcca 600 tcggctcaac cggtggctgc gttctaaact gccgttcttg agtgaagtag aggcaggcgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cctgctgggc tttaactgac gctgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt 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ttaccaggcc ttgacatgga aacaaatacc ctagagatag 1020 ggggataatt atggatcaca caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg 1080 ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttgtcgcatg ttaccagcat caagttgggg 1140 actcatgcga gactgccggt gacaaaccgg aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat 1200 gccccttatg gcctgggcta cacacgtact acaatggcgg ccacaaagag cagcgacaca 1260 gtgatgtgaa gcgaatctca taaaggtcgt ctcagttcgg attgaagtct gcaactcgac 1320 ttcatgaagt cggaatcgct agtaatcgca gatcagcatg ctgcggtgaa tacgttctcg 1380 ggccttgtac acaccgcccg tcaaaccatg ggagtcagta atacccgaag ccggtggcat 1440 aaccgtaagg agtgagccgt cgaaggtagg accgatgact ggggttaagt cgtaacaagg 1500 tatccctacg ggaacgtggg gatggatcac ctccttt 1537 <210> 154 <211> 1537 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 154 atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc atgcctaata catgcaagtc 60 gaacgaagtt tcgaggaagc ttgcttccaa agagacttag tggcgaacgg gtgagtaaca 120 cgtaggtaac ctgcccatgt gtccgggata actgctggaa acggtagcta aaaccggata 180 ggtatacaga gcgcatgctc 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cccaaactcc tacgggaggc 360 agcagtaggg aattttcgtc aatgggggaa accctgaacg agcaatgccg cgtgagtgaa 420 gaaggtcttc ggatcgtaaa gctctgttgt aagtgaagaa cggctcatag aggaaatgct 480 atgggagtga cggtagctta ccagaaagcc acggctaact acgtgccagc agccgcggta 540 atacgtaggt ggcaagcgtt atccggaatc attgggcgta aagggtgcgt aggtggcgta 600 ctaagtctgt agtaaaaggc aatggctcaa ccattgtaag ctatggaaac tggtatgctg 660 gagtgcagaa gagggcgatg gaattccatg tgtagcggta aaatgcgtag atatatggag 720 gaacaccagt ggcgaaggcg gtcgcctggt ctgtaactga cactgaggca cgaaagcgtg 780 gggagcaaat aggattagat accctagtag tccacgccgt aaacgatgag aactaagtgt 840 tggaggaatt cagtgctgca gttaacgcaa taagttctcc gcctggggag tatgcacgca 900 agtgtgaaac tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc ggtggagtat gtggtttaat 960 tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggcc ttgacatgga aacaaatacc ctagagatag 1020 ggggataatt atggatcaca caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg 1080 ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttgtcgcatg ttaccagcat caagttgggg 1140 actcatgcga gactgccggt gacaaaccgg aggaaggtgg ggatgacgtc 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Claims (24)

  1. (i) 플라보니프락토 플라우티이(Flavonifractor plautii)에 속하는 박테리아 균주;
    (ii) 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스(Anaerotruncus colihominis)에 속하는 박테리아 균주;
    (iii) 셀리모나스 인테스티날리스(Sellimonas intestinalis)에 속하는 박테리아 균주;
    (iv) 클로스트리디움 심비오숨(Clostridium symbiosum)에 속하는 박테리아 균주;
    (v) 클로스트리디움 볼테아에(Clostridium bolteae)에 속하는 박테리아 균주;
    (vi) 도레아 롱기카테나(Dorea longicatena)에 속하는 박테리아 균주;
    (vii) 블라우티아 프로둑타(Blautia producta)에 속하는 박테리아 균주; 및
    (viii) 클로스트리디움 이노쿠움(Clostridium innocuum)에 속하는 박테리아 균주
    로 이루어진 군으로부터 선택된 7가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하고, 정제된 박테리아 혼합물의 적어도 1가지의 박테리아 균주는 셀리모나스 인테스티날리스(Sellimonas intestinalis)에 속하는 것인, 대상체에서 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile) 감염을 치료 또는 예방하는 방법에 사용하기 위한 조성물.
  2. 하기 중 7 내지 10가지 박테리아 균주로 이루어진 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 대상체에서 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile) 감염을 치료 또는 예방하는 방법에 사용하기 위한 조성물:
    (i) 플라보니프락토 플라우티이(Flavonifractor plautii)에 속하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (ii) 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스(Anaerotruncus colihominis)에 속하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (iii) 셀리모나스 인테스티날리스(Sellimonas intestinalis)에 속하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (iv) 클로스트리디움 심비오숨(Clostridium symbiosum)에 속하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (v) 클로스트리디움 볼테아에(Clostridium bolteae)에 속하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (vi) 블라우티아 프로둑타(Blautia producta)에 속하는 하나 이상의 박테리아 균주; 및
    (vii) 클로스트리디움 이노쿠움(Clostridium innocuum)에 속하는 하나 이상의 박테리아 균주.
  3. 하기로 이루어진 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 대상체에서 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile) 감염을 치료 또는 예방하는 방법에 사용하기 위한 조성물:
    (i) 플라보니프락토 플라우티이(Flavonifractor plautii)에 속하는 박테리아 균주;
    (ii) 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스(Anaerotruncus colihominis)에 속하는 박테리아 균주;
    (iii) 셀리모나스 인테스티날리스(Sellimonas intestinalis)에 속하는 박테리아 균주;
    (iv) 클로스트리디움 심비오숨(Clostridium symbiosum)에 속하는 박테리아 균주;
    (v) 클로스트리디움 볼테아에(Clostridium bolteae)에 속하는 박테리아 균주;
    (vi) 블라우티아 프로둑타(Blautia producta)에 속하는 박테리아 균주; 및
    (vii) 클로스트리디움 이노쿠움(Clostridium innocuum)에 속하는 박테리아 균주.
  4. 하기로 이루어진 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 대상체에서 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile) 감염을 치료 또는 예방하는 방법에 사용하기 위한 조성물:
    (i) 플라보니프락토 플라우티이(Flavonifractor plautii)에 속하는 박테리아 균주;
    (ii) 아나에로트룬쿠스 콜리호미니스(Anaerotruncus colihominis)에 속하는 박테리아 균주;
    (iii) 셀리모나스 인테스티날리스(Sellimonas intestinalis)에 속하는 박테리아 균주;
    (iv) 클로스트리디움 심비오숨(Clostridium symbiosum)에 속하는 박테리아 균주;
    (v) 클로스트리디움 볼테아에(Clostridium bolteae)에 속하는 박테리아 균주;
    (vi) 도레아 롱기카테나(Dorea longicatena)에 속하는 박테리아 균주;
    (vii) 블라우티아 프로둑타(Blautia producta)에 속하는 박테리아 균주; 및
    (viii) 클로스트리디움 이노쿠움(Clostridium innocuum)에 속하는 박테리아 균주.
  5. (i) 서열식별번호: 124의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (ii) 서열식별번호: 129의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (iii) 서열식별번호: 132의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (iv) 서열식별번호: 137의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (v) 서열식별번호: 141의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (vi) 서열식별번호: 146의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (vii) 서열식별번호: 152의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주; 및
    (viii) 서열식별번호: 157의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
    로 이루어진 군으로부터 선택된 7가지 이상의 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하고, 정제된 박테리아 혼합물의 적어도 1가지의 박테리아 균주는 서열식별번호: 157의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 것인, 대상체에서 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile) 감염을 치료 또는 예방하는 방법에 사용하기 위한 조성물.
  6. 하기 중 7 내지 10가지 박테리아 균주로 이루어진 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 대상체에서 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile) 감염을 치료 또는 예방하는 방법에 사용하기 위한 조성물:
    (i) 서열식별번호: 124의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (ii) 서열식별번호: 129의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (iii) 서열식별번호: 132의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (iv) 서열식별번호: 137의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (v) 서열식별번호: 141의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 균주;
    (vi) 서열식별번호: 152의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 균주; 및
    (vii) 서열식별번호: 157의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 균주.
  7. 하기로 이루어진 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 대상체에서 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile) 감염을 치료 또는 예방하는 방법에 사용하기 위한 조성물:
    (i) 서열식별번호: 124의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (ii) 서열식별번호: 129의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (iii) 서열식별번호: 132의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (iv) 서열식별번호: 137의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (v) 서열식별번호: 141의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (vi) 서열식별번호: 152의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주; 및
    (vii) 서열식별번호: 157의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
  8. 하기로 이루어진 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 대상체에서 클로스트리디움 디피실레(Clostridium difficile) 감염을 치료 또는 예방하는 방법에 사용하기 위한 조성물:
    (i) 서열식별번호: 124의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (ii) 서열식별번호: 129의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (iii) 서열식별번호: 132의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (iv) 서열식별번호: 137의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
    (v) 서열식별번호: 141의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주;
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    (vii) 서열식별번호: 152의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주; 및
    (viii) 서열식별번호: 157의 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 클로스트리디움 신덴스(Clostridium scindens)를 포함하지 않는 조성물.
  10. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 영양 형태인 것인 조성물.
  11. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리아 균주 중 한 가지 이상이 포자 형태인 것인 조성물.
  12. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리아 균주가 동결건조된 것인 조성물.
  13. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하고, 제약상 허용되는 부형제를 추가로 포함하는 제약 조성물.
  14. 제13항에 있어서, 투여량 당 1x107 내지 1x1010의 콜로니 형성 단위 (CFU)를 포함하는 캡슐 형태인 제약 조성물.
  15. 제13항에 있어서, 경구 전달을 위해 제형화된 제약 조성물.
  16. 제13항에 있어서, 소장으로의 전달을 위해 제형화된 제약 조성물.
  17. 제13항에 있어서, 하나 이상의 장용 중합체를 포함하는 pH 감수성 조성물을 포함하는 제약 조성물.
  18. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체에서 조절 T 세포의 증식 및/또는 축적을 유도하는 것인 조성물.
  19. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물을 투여하기 전에 대상체에게 항생제가 투여되는 것인 조성물.
  20. 제19항에 있어서, 항생제가 반코마이신, 카나마이신, 젠타미신, 콜리스틴, 메트로니다졸, 클린다마이신, 피닥소미신, 또는 세포페라존인 조성물.
  21. 제19항에 있어서, 항생제가 반코마이신인 조성물.
  22. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 식품 조성물.
  23. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 식이 보충물.
  24. 삭제
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