JP2019503176A - 処置に対する応答を予測するための方法 - Google Patents

処置に対する応答を予測するための方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2019503176A
JP2019503176A JP2018536437A JP2018536437A JP2019503176A JP 2019503176 A JP2019503176 A JP 2019503176A JP 2018536437 A JP2018536437 A JP 2018536437A JP 2018536437 A JP2018536437 A JP 2018536437A JP 2019503176 A JP2019503176 A JP 2019503176A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
composite
human subject
il1b
gene pattern
polymorphic locus
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2018536437A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2019503176A5 (ja
Inventor
リン ドーセット−シュタム
リン ドーセット−シュタム
ゴードン ダブリュ． ダフ
ゴードン ダブリュ． ダフ
ケニス エス． コーンマン
ケニス エス． コーンマン
Original Assignee
インターロイキン ジェネティクス， インコーポレイテッド
インターロイキン ジェネティクス， インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by インターロイキン ジェネティクス， インコーポレイテッド, インターロイキン ジェネティクス， インコーポレイテッド filed Critical インターロイキン ジェネティクス， インコーポレイテッド
Publication of JP2019503176A publication Critical patent/JP2019503176A/ja
Publication of JP2019503176A5 publication Critical patent/JP2019503176A5/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0048—Eye, e.g. artificial tears
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A61P27/02—Ophthalmic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A61P27/02—Ophthalmic agents
    • A61P27/14—Decongestants or antiallergics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/08—Antiallergic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Abstract

本発明は、炎症関連障害を有する個体に、適切な抗炎症薬を適切な用量で提供することができるように、該個体がIL-1の遺伝子型特有の差次的発現を有するかどうか、すなわち該個体がIL-1の「高」生産者であるかまたは「低」生産者であるかを同定するための層別化方法およびキットを提供する。高IL-1生産者または低IL-1生産者の層別化は、異なる薬物用量の割り当てを導くために、かつしたがって、層別化なしでは主要な適応症を管理するために必要とされるよりも高い用量を処方され得る個体において薬物毒性および有害事象を低減させるために、使用される。薬物投与のIL-1層別化の使用は、個別の患者におけるより良好な臨床的便益・リスク評価を可能にする。

Description

関連出願
本出願は、2016年1月12日に出願された米国仮特許出願第62/277,760号の優先権および恩典を主張し、同出願の内容が全体として参照により本明細書に組み入れられる。
発明の分野
本発明は、炎症関連障害の素因を検出するため、炎症関連障害のリスクを決定するため、および炎症関連障害の治療法を導くための方法およびキットに関する。
発明の背景
炎症は、多くの外部刺激および内部刺激に応答して活性化される自然免疫系の重大な防御メカニズムである。それは、補体およびヒスタミンのような前もって形成されたメディエーターの放出ならびに初期応答遺伝子の活性化を伴い、初期応答遺伝子のうちインターロイキン1（IL-1）遺伝子および腫瘍壊死因子アルファ（TNFα）遺伝子は、最も多く報告されている遺伝子に含まれる。IL-1遺伝子ファミリーは、11個の異なる遺伝子を含み、そのうちアゴニストであるIL-1α（IL1A）およびIL-1β（IL1B）ならびに天然アンタゴニストであるIL-1レセプターアンタゴニスト（IL1RN）に関する遺伝子が、最もよく特徴付けられている。これらの3つのIL-1成分は、複数の状態および疾患に対して重要な生物学的効果および臨床効果を有する。IL-1βおよびTNFαは、相互の産生を刺激し、相互の生物学的活性を強化する。IL-1βは、複数の炎症カスケードを急速に活性化する。炎症性傷害に対する最も顕著な初期全身応答の1つは、肝臓における急性期タンパク質の活性化を伴い、これは、血流中にこれらのタンパク質が大量に放出されることにつながる。この放出は、最初、自然免疫応答を増幅し、次に自然免疫応答を弱める。
炎症は、多数の慢性疾患に関する主な制御ポイントである。自然免疫応答の複雑さにもかかわらず、炎症系における初期レバレッジポイント、最も顕著にはIL-1およびTNFαを標的化する臨床的に有用な薬物の開発が成功したことによって証明されるように、系には階層がある。健康全般に対する自然免疫の慢性的な過剰発現の重要性は、IL-1およびTNFαを制御する薬物に関する適応症が拡大し続けていることから明白である。II型糖尿病から、心血管イベント、および中等度または重症アレルギー性結膜炎に至る疾患を処置するために、IL-1の生物学的活性を直接標的化する薬物を評価している多数の現在進行中の臨床プログラムがある。通常は生涯にわたるものである慢性炎症性疾患は、米国における現在の医療費の約83％を占める。最終的に、慢性炎症は、健康長寿に顕著に影響を与えるリスク因子であることが公知である。
ある特定の抗炎症薬は、炎症カスケード中の初期レバレッジポイント、特にIL-1およびTNFαの産生またはIL-1およびTNFαの生物学的活性に関するカスケード中のポイントを標的化する。IL-1の「高生産者」の個体もいれば、IL-1の「低生産者」の個体もいることが公知である。炎症関連障害を有する個体に、適切な抗炎症薬を適切な用量で提供することができるように、該個体が、IL-1の「高」生産者であるかまたは「低」生産者であるかを同定するための方法およびキットの必要性が存在する。
本発明は、炎症関連障害を有する個体に、IL-1介在性の炎症を低減させるために適切な抗炎症薬を適切な用量（例えば、単回処置の用量および／または1つもしくは複数の単回処置を含む1日用量）で提供することができるように、該個体がIL-1の遺伝子型特有の差次的発現を有するかどうか、すなわち該個体がIL-1の「高」生産者であるかまたは「低」生産者であるかを同定するための層別化方法およびキットを提供する。異なる薬物用量の割り当てを導くための高IL-1生産者または低IL-1生産者の層別化は、層別化なしでは主要な適応症を管理するために必要とされるよりも高い用量を処方され得る個体において、薬物毒性および有害事象もまた低減させ得る。薬物投与のIL-1層別化の使用は、個別の患者におけるより良好な臨床的便益・リスク評価を可能にする。
本発明の局面は、例えば臨床試験のためにヒト集団を層別化するための方法であって、(a)集団において複数のヒト対象を選択する段階；(b)複数のヒト対象の各々に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(c)各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；(d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(e)ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、各ヒト対象を試験群に割り当てる段階を含む、方法に関する。方法は、各ヒト対象について、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象は、別々の試験群に割り当てられ得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象は、別々の試験群に割り当てられ得る。複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象は、別々の試験群に割り当てられ得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象は、同じ試験群に割り当てられ得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象、複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象、および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象は、別々の試験群に割り当てられ得る。ヒト対象は、IL 1β関連障害または心血管疾患を有し得る、有すると疑われる、または有するリスクを有する。
本発明の別の局面は、イスナキンラ（Isunakinra）の安全性および／または効力に関する臨床試験のためにヒト集団を層別化するための方法であって、(a)集団において複数のヒト対象を選択する段階；(b)複数のヒト対象の各々に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(c)各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；(d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(e)ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、各ヒト対象を試験群に割り当てる段階を含む、方法に関する。方法は、各ヒト対象について、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象は、別々の試験群に割り当てられ得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象は、別々の試験群に割り当てられ得る。複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象は、別々の試験群に割り当てられ得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象は、同じ試験群に割り当てられ得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象、複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象、および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象は、別々の試験群に割り当てられ得る。ヒト対象は、IL 1β関連障害または心血管疾患を有し得る、有すると疑われる、または有するリスクを有する。ヒト対象は、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患を有し得る、有すると疑われる、または有するリスクを有する。
本発明のなお別の局面は、(a)IL 1β関連障害と診断された、IL 1β関連障害を有すると疑われる、またはIL 1β関連障害のリスクを有するヒト対象を選択する段階；(b)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(c)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；(d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(e)ヒト対象の複合IL1遺伝子パターンに基づき、治療レジメンの推奨を提供する段階を含む、方法に関する。方法は、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンの推奨が提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、異なる治療レジメンの推奨が提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンの推奨が提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、同じ治療レジメンの推奨が提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象、複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象、および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンの推奨が提供され得る。ヒト対象は、IL 1β関連障害または心血管疾患を有し得る、有すると疑われる、または有するリスクを有する。態様では、複合IL-1遺伝子パターン1を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンの推奨が提供される。態様では、複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンの推奨が提供される。態様では、複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンの推奨が提供される。本局面の上記態様のいずれかにおいて、治療レジメンは、表2より選択される薬物、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬を含む。
本発明の局面は、(a)アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患と診断された、アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患を有すると疑われる、またはアレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患のリスクを有するヒト対象を選択する段階；(b)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(c)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；(d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(e)ヒト対象の複合IL 1遺伝子パターンに基づき、イスナキンラを含む治療レジメンの推奨を提供する段階を含む、方法に関する。方法は、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンの推奨が提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンの推奨が提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、(i)イスナキンラを含む積極的な治療レジメンまたは(ii)イスナキンラを含む緩やかな治療レジメンの推奨が提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、イスナキンラを含まない治療レジメンの推奨が提供され得る。積極的な治療レジメンは、イスナキンラを含む緩やかな治療レジメンよりも高い用量のイスナキンラを含む。提供される場合、推奨される治療レジメンは、約1mg/ml〜約50mg/ml、例えば約5mg/mlまたは約20mg/mlで製剤化されたイスナキンラを含む。イスナキンラを提供することを含む、推奨される治療レジメンは、1日約1回〜1日約5回、例えば1日約3回である。
本発明の別の局面は、(a)IL 1β関連障害と診断された、IL 1β関連障害を有すると疑われる、またはIL 1β関連障害のリスクを有するヒト対象を選択する段階；(b)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(c)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；(d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(e)ヒト対象の複合IL 1遺伝子パターンに基づき、治療レジメンを提供する段階を含む、方法に関する。方法は、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、異なる治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、同じ治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象、複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象、および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンが提供され得る。ヒト対象は、IL 1β関連障害または心血管疾患を有し得る、有すると疑われる、または有するリスクを有する。態様では、複合IL-1遺伝子パターン1を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される。態様では、複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される。態様では、複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される。本局面の上記態様のいずれかにおいて、治療レジメンは、表2より選択される薬物、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬を含む。
本発明のなお別の局面は、(a)アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患と診断された、アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患を有すると疑われる、またはアレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患のリスクを有するヒト対象を選択する段階；(b)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(c)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；(d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(e)ヒト対象の複合IL 1遺伝子パターンに基づき、治療レジメンを提供する段階を含む、方法に関する。方法は、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、(i)イスナキンラを含む積極的な治療レジメンまたは(ii)イスナキンラを含む緩やかな治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、イスナキンラを含まない治療レジメンが提供され得る。治療レジメンは、提供される場合、約1mg/ml〜約50mg/mlで製剤化されたイスナキンラを含む。提供される場合、イスナキンラは、約5mg/mlまたは約20mg/mlで製剤化される。提供される場合、イスナキンラを含む治療レジメンは、1日約1回〜1日約5回、例えば1日約3回提供される。
本発明の局面は、IL 1β関連障害を有するまたはIL 1β関連障害のリスクを有するヒト対象を処置するための方法であって、(a)IL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についてのヒト対象の一塩基多型（SNP）対立遺伝子に関する情報を得る段階；(b)段階(a)で得られた情報および表1に開示される情報に基づき、ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(c)IL 1β活性を阻害する薬物をヒト対象に提供する段階を含む、方法に関する。方法は、IL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてヒト対象のSNP対立遺伝子に関する情報を得る段階をさらに含み得る。態様では、複合IL-1遺伝子パターン1を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される。態様では、複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される。態様では、複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される。積極的な治療レジメンは、緩やかな治療レジメンよりも高い用量の、IL-1β活性を阻害する薬物を含む。本局面の上記態様のいずれかにおいて、薬物は表2より選択される、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬である。
本発明の別の局面は、アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患を有するまたはアレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患のリスクを有するヒト対象を処置するための方法であって、(a)IL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についてのヒト対象の一塩基多型（SNP）対立遺伝子に関する情報を得る段階；(b)段階(a)で得られた情報および表1に開示される情報に基づき、ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(c)ヒト対象に治療レジメンを提供し、それにより、IL-1支配的であるアレルギー性ACおよび／またはドライアイ疾患を処置する段階を含む、方法に関する。方法は、IL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてヒト対象のSNP対立遺伝子に関する情報を得る段階さらに含み得る。複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、(i)イスナキンラを含む積極的な治療レジメンまたは(ii)イスナキンラを含む緩やかな治療レジメンが提供され得る。複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、イスナキンラを含まない治療レジメンが提供され得る。積極的な治療レジメンは、緩やかな治療レジメンよりも高い用量のイスナキンラを含む。提供される場合、イスナキンラを含む治療レジメンは、約1mg/ml〜約50mg/ml、例えば約5mg/mlまたは約20mg/mlで製剤化される。提供される場合、イスナキンラを含む治療レジメンは、1日約1回〜1日約5回、例えば1日約3回提供される。
本発明のなお別の局面は、ヒト対象がIL 1β関連障害に罹患しやすいかどうかを判定するための方法であって、(a)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(b)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；ならびに(c)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階を含む、方法に関する。方法は、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。ヒト対象が複合IL-1遺伝子パターン1を有する場合、ヒト対象はIL 1β関連障害に罹患しやすい。ヒト対象が複合IL-1遺伝子パターン2を有する場合、ヒト対象は、IL 1β関連障害に罹患しやすい。ヒト対象が、複合IL-1遺伝子パターン2を有する場合、ヒト対象は、IL 1β関連障害に罹患しやすくない。ヒト対象が、複合IL-1遺伝子パターン3を有する場合、ヒト対象は、IL 1β関連障害に罹患しやすくない。本局面の上記態様のいずれかにおいて、IL 1β関連障害は、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患である。
本発明の局面は、IL 1β関連障害を有するヒト対象が、IL 1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けると考えられる／該薬物に応答性であると考えられるかどうかを判定するための方法であって、(a)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(b)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；ならびに(c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づきヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階を含み、複合IL-1遺伝子パターン1を有するヒト対象は、IL 1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けると考えられ／該薬物に応答性であると考えられ、複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象は、IL1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けないと考えられる／該薬物に応答性であると考えられる、方法に関する。方法は、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む。複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象は、IL 1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けると考えられる／該薬物に応答性であると考えられる。複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象は、IL 1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けないと考えられる／該薬物に応答性であると考えられる。本局面の上記態様のいずれかにおいて、薬物は表2より選択される、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬である。
本発明の別の局面は、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患を有するヒト対象が、イスナキンラから治療上の利益を受けると考えられる／イスナキンラに応答性であると考えられるかどうかを判定するための方法であって、(a)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(b)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；ならびに(c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階を含み、複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象は、イスナキンラから治療上の利益を受けると考えられ／イスナキンラに応答性であると考えられ、複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象は、イスナキンラから治療上の利益を受けないと考えられる／イスナキンラに応答性であると考えられる、方法に関する。方法は、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。
本発明のなお別の局面は、(a)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出するための試薬；(b)段階(a)における検出および表1に開示される情報に基づき、ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定するための説明書；ならびに(c)ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、対象がIL 1β関連障害に罹患しやすいかどうか／IL 1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けると考えられるかどうか／該薬物に応答性であると考えられるかどうかを判定するための説明書を含む、キットに関する。キットは、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出するための試薬をさらに含み得る。本局面の任意の態様では、薬物は表2より選択される、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬である。
本発明の局面は、(a)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出するための試薬；(b)段階(a)における検出および表1に開示される情報に基づきヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定するための説明書；ならびに(c)ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、対象がIL 1β関連障害に罹患しやすいかどうか／イスナキンラから治療上の利益を受けると考えられるかどうか／イスナキンラに応答性であると考えられるかどうかを判定するための説明書を含む、キットに関する。キットは、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出するための試薬をさらに含み得る。本局面の任意の態様では、IL 1β関連障害は、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患である。
本発明の別の局面は、臨床試験の完了後にヒト集団を層別化するための方法であって、(a)臨床試験を受けた複数のヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(b)各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；(c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(d)各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを考慮して、各ヒト対象についての完了した臨床試験からのデータを再評価する段階を含む、方法に関する。方法は、各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。
本発明のなお別の局面は、イスナキンラの安全性および／または効力に関する臨床試験の完了後にヒト集団を層別化するための方法であって、(a)イスナキンラの安全性および／または効力に関する臨床試験を受けた複数のヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(b)各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；(c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(d)各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを考慮して、各ヒト対象についてのイスナキンラの安全性および／または効力に関する完了した臨床試験からのデータを再評価する段階を含む、方法に関する。方法は、各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。
本発明の局面は、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患を有するヒト対象が、イスナキンラを含む処置から治療上の利益を受けると考えられるまたは該処置に応答性であると考えられるかどうかを選択するための方法であって、(a)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(b)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；(c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；(d)複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、イスナキンラを5mg/mlまたは20mg/mlの濃度で含む局所眼用製剤を、1日3回、少なくとも1週間投与する段階；ならびに(e)IL-1支配的であるACおよび／またはドライアイ疾患の症状が改善したかどうかを同定し、もしそうならば、ヒト対象がイスナキンラを含む処置から治療上の利益を受けると考えられるまたは該処置に応答性であると考えられることを同定する段階を含む、方法に関する。方法は、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。
本発明の別の局面は、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患を処置するための方法であって、(a)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；(b)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；ならびに(c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに(d)複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、イスナキンラを5mg/mlまたは20mg/mlの濃度で含む局所眼用製剤を、1日3回、少なくとも1日間投与し、それにより、IL-1支配的であるACおよび／またはドライアイ疾患を処置する段階を含む、方法に関する。方法は、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含み得る。提供される場合、イスナキンラを含む局所眼用製剤が、少なくとも1週間、例えば少なくとも1ヶ月間および少なくとも1年間投与される。
本明細書に記載される任意の局面または態様を、本明細書に開示される任意の他の局面または態様と組み合わせることができる。本開示は、その詳細な説明と共に記載されているとはいえ、前述の説明は、添付の特許請求の範囲により定義される本開示を例証することを意図したものであり、本開示の範囲を限定することを意図したものではない。他の局面、利点、および改変は、添付の特許請求の範囲に含まれる。
本明細書において参照される特許および科学文献は、当業者に入手可能な知見を明らかにするものである。本明細書に引用される全ての米国特許および公開または未公開の米国特許出願は、参照により本明細書に組み入れられる。本明細書に引用される全ての公開された外国特許および特許出願は、参照により本明細書に組み入れられる。本明細書に引用される全ての他の公開された参考文献、文書、原稿および科学文献は、参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかとなる。
上記の特徴およびさらなる特徴は、添付の図面と共に考慮したときに、以下の詳細な説明からより明らかに認識される。
インターロイキン1（IL-1）がどのように炎症カスケードを駆動するかを示す画像である。 患者の複合IL-1遺伝子型パターンに基づく、IL-1遮断薬に対する関節リウマチ患者の臨床応答を示すグラフである。
発明の詳細な説明
本発明は、炎症関連障害を有する個体がIL-1阻害剤のような適切な抗炎症薬を適切な用量で受けるように選択されることができるように、該個体がIL-1の遺伝子型特有の差次的発現を有するかどうか、すなわち、該個体がIL-1の「高」生産者であるかまたは「低」生産者であるかを同定するための層別化方法およびキットを提供する。
IL-1の「高生産者」の個体もいれば、「低生産者」もいることが、長い間公知である。この遺伝形質は経時的に安定しており、これはIL-1の産生が遺伝的に関連していることを示唆している。
本発明は、プロモーター-レポーター構築物における遺伝子転写の対立遺伝子特有の差異および対立遺伝子特有の転写因子結合によって証明されるような、分子レベルで機能しうる（すなわち、IL-1の遺伝子型特有の差次的発現と関連する）IL1B遺伝子のプロモーター-エンハンサー領域における4つの一塩基多型（SNP）の発見に基づく。4つのSNPは、IL1B(-31)rs1143627 C>T、IL1B(-511)rs16944 C>T、IL1B(-1464)rs1143623 G>C、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>Tを含む。4つのIL1BのSNPのうち、2つのSNP（IL1B(-31)rs1143627 C>TおよびIL1B(-511)rs16944） C>Tは、100％連鎖不平衡であるので、前記SNPのうちの3つが、IL1B遺伝子のプロモーター／エンハンサー領域における機能性ハプロタイプに起因する遺伝子発現の差を表現している。これらのIL1B遺伝子プロモーター／エンハンサーのSNPにおける機能性ハプロタイプは、個体がIL-1の「高生産者」であるかまたはIL-1の「低生産者」であるかに関して個体または個体の集団を層別化する。
この高IL-1生産者または低IL-1生産者の層別化は、異なる薬物用量の割り当てを導くために有用であり、ひいては、層別化なしでは主要な適応症を管理するために必要とされるよりも高い用量を処方され得る個体において、薬物毒性および有害事象を低減させるはずである。薬物投与のIL-1層別化の使用は、個別の患者におけるより良好な臨床的便益・リスク評価を可能にする。この高IL-1生産者または低IL-1生産者の層別化は、個別の患者のための特定薬物の選択を導くために有用である。
IL1B(-511)rs16944 C>T、IL1B(-1464)rs1143623 G>C、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>TのSNPは、異なる民族／人種集団において異なる頻度を有する8つの可能なハプロタイプを定義している。各個体は、各親から1つずつ遺伝した1対の機能性IL1Bプロモーター／エンハンサーハプロタイプを有する。したがって、3つのSNP遺伝子座に関して個体が受け継ぎ得る可能性のある遺伝子型は27種ある。
本発明は、ある特定のヒト集団（例えば、ある民族群）について、2つの追加的なSNP遺伝子座が、上記IL1B遺伝子プロモーター／エンハンサーのSNPと共に、個体がIL-1の「高生産者」であるかまたはIL-1の「低生産者」であるかに関する層別化に寄与し得るという発見にさらに基づく。2つの追加的なSNP遺伝子座は、IL1A(+4845)rs17561 G>TおよびIL1B(+3954)rs1143634 C>Tである。
上記SNPの各々は、ハプロタイプ／遺伝子型において、上記SNPの1つと完全に連鎖不平衡である別のSNPが代わりになり得るので、完全に連鎖不平衡の1つ、2つ、または3つの他のSNPで、複合遺伝子型における上記SNPを置き換えることができる。
自然免疫応答の生物学的複雑さにもかかわらず、3つのSNP遺伝子座についての個体の遺伝子型に基づき、個体を3つの複合IL-1遺伝子パターンの1つに層別化できることが発見された。表1を参照されたい。
Figure 2019503176
 rs17561のT*は、その遺伝子座の第2の対立遺伝子がGまたはTのいずれかであり得ることを示す；
rs1143634のT*は、その遺伝子座の第2の対立遺伝子がCまたはTのいずれかであり得ることを示す；
rs1143623のG*は、その遺伝子座の第2の対立遺伝子がGまたはCのいずれかであり得ることを示す；
rs1143623の**は、その遺伝子座の遺伝子型が、GG、CG、またはCCであり得ることを示す。
複合IL-1遺伝子パターンの2つ（パターン1および2）は、任意の炎症活性化因子で誘発された場合にIL-1βの高生産者となる個体を含み、第3の複合IL-1遺伝子パターン（パターン3）は、IL-1βの低生産者となる個体を含む。炎症活性化因子は、炎症応答をもたらす任意の作用物質または疾患状態を意味する。炎症活性化因子は、当技術分野において周知である。炎症をもたらす疾患状態には、例えば感染、癌、自己免疫疾患、関節炎、乾癬、骨粗鬆症、糖尿病、高血圧、および心疾患が非限定的に含まれる。
複合IL-1遺伝子パターンは、一緒になってIL-1の遺伝子発現に影響する3つの一塩基多型遺伝子座に基づく。複合IL-1遺伝子パターンは、どのハプロタイプ対が有用なパターンを形成するようにクラスター化されるかを導いた実験データおよび専門家の洞察から導出された。
ある小人数の群の個体は、IL-1βの高生産者であるが、他の高生産者と異なるIL1Bプロモーターのハプロタイプを有する。これらの個体は、IL1A(+4845)、rs17561、G>Tでの対立遺伝子TおよびIL1B(+3954)、rs1143634、C>Tでの対立遺伝子Tの組合せによって同定することができる。これらの遺伝子型パターンがIL-1βの発現に影響する他の機能性プロモーター-エンハンサー遺伝子変異を標識していることを示唆する証拠がある。これらの遺伝子型は、複合IL-1遺伝子パターン1に含まれる。
パターン1および2は、異なる分子メカニズムによりIL-1βの過剰産生をもたらし、したがって、一部の疾患は、2つのメカニズムの一方または両方を主として活性化する場合がある。同様に、一部の薬物は、複合IL-1遺伝子パターンの1つまたは複数の存在下で異なる臨床応答をもたらす作用機序を有し得る。
本発明は、炎症関連障害／疾患を有する個体が、IL-1β阻害剤のような抗炎症薬を受けるように選択されることができるように、表1に開示される該個体の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、該個体がIL-1の遺伝子型特有の差次的発現を有するかどうか、すなわち、該個体がIL-1の「高」生産者であるかまたは「低」生産者であるかを同定するための層別化方法およびキットを提供する。IL-1の高生産者であると遺伝的に判定された個体は、IL-1β阻害剤のような抗炎症薬を受けるように、または該薬物を特定の用量で受けるように選択される。対照的に、IL-1の低生産者であると遺伝的に判定された個体は、IL-1β阻害剤のような抗炎症薬を受けないように、または高生産者が受ける薬物用量とは異なる用量を受けるように選択される。
別の例では、健康なヒト対象75人において、末梢血単核細胞が刺激され、IL-1βのレベルが決定された。パターン3の対象は、IL-1βの最も低い生産者であり、平均レベルは約0.47〜0.56ng/mlであり、パターン1の対象は、IL-1βの最も高い生産者であり、平均レベルは約1.86〜3.25ng/mlであり、パターン2の対象は、平均レベル約2.51ng/mlを産生した。例えば、Latella et al, 2009, "Interleukin 1 Gene Cluster, Myocardial Infarction at Young Age and Inflammatory Response of Human Mononuclear Cells," Immunological Investigations: A Journal of Molecular and Cellular Immunology, Vol 38, Issue 3-4, pages 203-219."を参照されたい。
炎症関連障害を有する対象には、炎症性疾患、変性疾患、免疫障害、感染症、外傷誘発性疾患、または癌を有する個体が非限定的に含まれる。特定の炎症関連疾患、障害、または状態には、全身炎症応答、アルツハイマー病、関節炎、喘息、アテローム動脈硬化症、自己免疫性心筋炎、心血管疾患、うっ血性心不全、冠動脈疾患、心筋梗塞（MI）／急性冠症候群、急性虚血性脳卒中、冠動脈ステント留置後の再狭窄、静脈血栓、糖尿病、胃腸炎症性疾患、胃潰瘍、肝炎、HIV感染、多発性硬化症、腎症、神経変性疾患、アレルギー性結膜炎またはドライアイ症候群を含む眼疾患、骨粗鬆症、慢性中耳炎、膵炎、歯周疾患、慢性ルミナリー疾患（luminary disease）、再狭窄、甲状腺炎、円形脱毛症、グレーブス病、乾癬、全身性エリテマトーデス、全身性硬化症、有害な妊娠結果（低出生体重、早産を含む）、全般的な炎症応答、および組織移植片拒絶が非限定的に含まれる。加えて、疾患、障害、または状態は、歯周炎、インプラント周囲炎（peri-implantitis）、または歯の歯科矯正移動が原因の過度の骨吸収と関係し得る。本発明は、少なくとも上記疾患、障害、または状態のいずれかを治療または予防するための方法に関する。
抗炎症薬は、対象における炎症過程を伴った特定の疾患、障害、または状態の発生を予防もしくは遅延させる、または該特定の疾患、障害、または状態の症状を緩和する任意の薬剤または治療レジメン（薬学的、生物学的、栄養補助的、および植物学的なものを含む）を指す。薬物は、ポリペプチド、ペプチド模倣薬、核酸または他の無機もしくは有機分子、「小分子」、ビタミン、ミネラル、または他の栄養素であることができる。薬物は、天然ポリペプチドの効果を模倣もしくは強化（刺激）すること、または阻害（拮抗）することによって、活性IL-1βポリペプチドもしくは活性IL-11αポリペプチドの産生、またはIL-1ポリペプチドの少なくとも1つの活性、例えばレセプターとの相互作用をモジュレートする。抗炎症薬には、抗コレステロール薬（例えばスタチン）、糖尿病薬、心血管系の急性症候群（例えば心血管疾患）および関節炎を処置する薬物も非限定的に含まれる。
抗コレステロール薬の非限定的な例には、アドビコール、アリロクマブ、ロバスタチン（アルトプレブ（Altoprev）およびメバコール（Mevacor））、アムロジピン-アトルバスタチン、アンタラ（Antara）、アトルバスタチン、カデュエット、コレスチラミン、コレスチド（Colestid）、コレスチポール、ロスバスタチン（クレストール）、エンデュラシン（Endur-Acin）、エボロクマブ、エゼチミブ、エゼチミブ-シンバスタチン、フェノフィブラート、フェノフィブリン酸（fenofibric acid）（コリン）、フェノフィブリン酸、フェノグライド（Fenoglide）、フィブリコール（Fibricor）、フルバスタチン、フルバスタチン（レスコール（Lescol）およびレスコールXL）、アトルバスタチン（リピトール）、リポフェン（Lipofen）、ピタバスタチン（リバロ）、ロフィブラ（Lofibra）、ナイアシン、ナイアシン-ロバスタチン、ナイアシン-シンバスタチン、ナイアコール（Niacor）、ナイアスパン（Niaspan）、プラルエント、プラバスタチン（プラバコール（Pravachol））、プレバライト（Prevalite）、クエストラン、ライト（Light）、クエストラン、レパーサシュアクリック（Repatha SureClick）、レパーサシリンジ、シムコール、シンバスタチン（ゾコール(Zocor)）、スロー-ナイアシン（Slo-Niacin）、トライコア、トリグリド（Triglide）、トリリピックス、バイトリン、およびゼチーアが含まれる。糖尿病薬の非限定的な例には、アカルボース、アクトプラスメット（ActoplusMET）、アクトス、アマリール、アバンダメット、アバンディア、ブロモクリプチン、ビデュリオン、バイエッタ、ファーキシガ（Farxiga）、フォルタメット（Fortamet）、グリメピリド、グリピジド、グルコファージ（Glucophage）、グルコファージXR、グルコバンス、グルメツァ（Glumetza）、グリブリド、ヒューマログ、インボカナ（Invokana）、ジャヌメット（Janumet）、ジャヌビア、コンビグライズ（Kombiglyze）XR、ランタス、ランタスソロスター（Solostar）、レベミル、メトホルミン、ノボログ（Novolog）、ノボログフレクスペン（Flexpen）、ノボログミックス70-30フレクスペン、オングリザ、パーロデル、ピオグリタゾン、プランジン（Prandin）、スターリクス（Starlix）、トラゼンタ、ビクトーザ2-パック（Pak）、およびベルコール（WelChol）が含まれる。心血管系の急性症候群を処置する薬物の非限定的な例には、アルテース（Altace）、アリクストラ メトプロロール酒石酸塩、アスピリン、アテノロール、バイストリック、ブリリンタ、カルベジロール、クロピドグレル、コレグ（Coreg）、クマジン、ディオバン、エノキサパリン、ヘパリン、リシノプリル、ロプレソール（Lopressor）、ロバザ（Lovaza）、ラブノックス、メトプロロール酒石酸塩、ナイアスパン、ニトロビッド（Nitro-Bid）、ニトログリセリン、プラビックス、ラミプリル、およびワルファリンが含まれる。関節炎の非限定的な例には、アリーブ（Aleve）、オルソテック、アスピリン、セレブレックス（Celebrex）、シムジア、ジクロフェナク、エンブレル、エトドラク、ヒュミラ、イブプロフェン、インドメタシン、メロキシカム、モービック、ナブメトン、ナプロキセン、およびレミケードが含まれる。薬物は、炎症と関連する2つ以上の疾患または障害に有用であり得る。
IL-1（例えば、IL-1α、IL-1β、もしくはIL-1レセプターアンタゴニスト）またはIL-1遺伝子と連鎖不平衡の遺伝子によってコードされるタンパク質のモジュレーターは、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣薬、脂質、小分子、または核酸を含む任意の種類の化合物を含むことができる。モジュレーターは、植物性であるかまたは植物抽出物であり得る。
モジュレーターが、次にまたは最終的にIL-1遺伝子に作用する遺伝子またはタンパク質を活性化するまたは抑制するという点で、モジュレーターはIL-1遺伝子に間接的に作用し得る。「最終的に」とは、モジュレーターが第1の遺伝子またはタンパク質に作用し、第1の遺伝子もしくはタンパク質がIL-1遺伝子に直接作用する、または第1の遺伝子もしくはタンパク質が第2の遺伝子もしくはタンパク質に作用し、第2の遺伝子もしくはタンパク質がIL-1遺伝子に直接（もしくは間接的に）作用することを意味する。そのような間接的な遺伝子調節は、当技術分野において周知である。IL-1遺伝子の上流で作用するモジュレーターは、本発明に有用である。IL-1遺伝子の上流で作用するモジュレーターの例は、過剰な遊離アルデヒドを捕捉するAldeyraのNS2化合物であり、遊離アルデヒドは、炎症応答における有名なタンパク質であるNF-kBを含むいくつかの細胞内炎症因子を活性化することが知られている。IL-1遺伝子の上流で作用するものの別の例は、Ionis Pharmacutical社のIONIS-APO(a)-LRxである。
あるいは、モジュレーターは、炎症カスケードにおいてIL-1と並行して作動する遺伝子またはタンパク質に直接的または間接的に影響を及ぼすことによって、IL-1遺伝子の下流で作用し得る。
アゴニストは、野生型タンパク質の少なくとも1つの生物活性、例えばレセプター結合活性を有するタンパク質またはその誘導体であることができる。アゴニストは、遺伝子の発現を上方制御するまたはタンパク質の少なくとも1つの生物活性を増加させる化合物であることもできる。アゴニストは、ポリペプチドと、別の分子、例えばレセプターとの相互作用を増加させる化合物であることもできる。
アンタゴニストは、タンパク質と別の分子との間の相互作用を阻害または減少させる化合物、例えばレセプターとの結合を遮断する、シグナル伝達を遮断する、および翻訳後プロセシングを阻止する化合物（例えばIL-1変換酵素（ICE）阻害剤）であることができる。アンタゴニストは、遺伝子の発現を下方制御する、または存在するタンパク質の量を低減させる化合物であることもできる。アンタゴニストは、ドミナントネガティブ型のポリペプチド、例えば標的と相互作用することが可能な型のポリペプチドであることができる。アンタゴニストには、IL-1の転写および／またはタンパク質の活性を抑制または阻害するように作用する核酸（例えば、1本鎖（アンチセンス）もしくは2本鎖（三重鎖）DNAまたはPNAおよびリボザイム）、タンパク質（例えば、抗体）および小分子が含まれる。
IL-1の生物学的活性をモジュレートする例示的な抗炎症薬には、例えば、ABT-981、AC-701、トリクロロテルル酸アンモニウム（ammonium trichloro-tellurate）、アナキンラ、アナキンラ後発生物製剤（Biosimilar）、APX-002、ビニメチニブ（Binimetinib）、Can-04、カナキヌマブ、ジアセレイン、DLX-2681、ゲボキズマブ、ギビノスタット（Givinostat）、イスナキンラ、リロナセプト、RON-2315、柴苓湯、SER-140、タデキニグ（Tadekinig）-アルファ、キシロニクス（Xilonix）、およびXL-130が含まれる。これらの薬物は、IL-1遺伝子発現のモジュレーション、インフラマソームのモジュレーションを含む作用様式、IL-1レセプター遮断剤、IL-1βまたはIL-1αと結合して活性レセプターとの付着を阻害する薬剤を一般的に有する。IL-1遮断薬は、IL-1遺伝子発現の主要な活性化因子を遮断することによってIL-1を間接的に標的化する場合もある。
薬物は、薬物投与経路に応じて調製される。本発明に有用な薬物投与経路の例は、米国食品医薬品局（U.S. Food and Drug Administration）のウェブサイトのワールドワイドウェブ(www)fda.gov/Drugs/DevelopmentApprovalProcess/FormsSubmissionRequirements/ElectronicSubmissions/DataStandardsManualmonographs/ucm071667.htm.に記載されている。
経口投与用の調製物は、活性薬学的成分に加えて不活性賦形剤を一般的に含有する。経口用調製物は、ゼラチンカプセルに封入され得る、または錠剤に圧縮され得る。そのような調製物に使用される一般的な賦形剤には、結晶セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ソルビトール、リン酸水素カルシウム、または炭酸カルシウムのような薬学的に適合性の増量剤／希釈剤；アルギン酸、カルボキシメチルセルロース、結晶セルロース、ゼラチン、トラガカントゴム、またはポリビニルピロリドンのような結合剤；アルギン酸、セルロース、デンプン、またはポリビニルピロリドンのような崩壊剤；ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、タルク、シリカ、またはステアリルフマル酸ナトリウムのような滑沢剤；コロイド状二酸化ケイ素のような流動促進剤；スクロースまたはサッカリンのような甘味剤；ペパーミント、サリチル酸メチル、または柑橘類香味剤のような香味剤；着色剤；および抗酸化剤（例えば、ビタミンA、ビタミンC、ビタミンE、またはパルミチン酸レチニル）、クエン酸、またはクエン酸ナトリウムのような保存剤が含まれる。経口用調製物は、水性懸濁剤、エリキシル剤、またはシロップ剤としても投与され得る。これらの場合、活性成分は、様々な甘味剤または香味剤、着色剤、および所望であれば、乳化剤および／または懸濁化剤、ならびに希釈剤、例えば水、エタノール、グリセリン、およびそれらの組合せと組み合わされ得る。
非経口投与（皮下、皮内、静脈内、筋肉内、および腹腔内を含む）の場合、調製物は、水溶液または油系溶液であり得る。水溶液には、水、食塩溶液、グリセロール、プロピレングリコールのような薬学的に許容されるポリオール、もしくは他の合成溶媒のような無菌希釈剤；ベンジルアルコール、メチルパラベン、クロロブタノール、フェノール、チメロサールなどのような抗細菌剤および／もしくは抗真菌剤；アスコルビン酸もしくは亜硫酸水素ナトリウムのような抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸（EDTA）のようなキレート剤；酢酸、クエン酸、もしくはリン酸のような緩衝剤；ならびに／または塩化ナトリウム、デキストロース、もしくはマンニトールもしくはソルビトールのようなポリアルコールのような張性の調整のための薬剤が含まれ得る。水溶液のpHは、塩酸または水酸化ナトリウムのような酸または塩基を用いて調整され得る。油系溶液または懸濁液は、ゴマ油、ラッカセイ油、オリーブ油、または鉱物油をさらに含み得る。
局所（例えば、経皮または経粘膜）投与の場合、透過させるべき障壁に適切な浸透剤が、調製物中に一般的に含まれる。経粘膜投与は、鼻腔スプレー、エアロゾルスプレー、錠剤、または坐剤の使用により達成され得、経皮投与は、当技術分野において一般的に公知の軟膏、膏薬、ゲル、パッチ、またはクリームであり得る。局所眼用製剤、例えば点眼薬および眼軟膏が考慮される。
対象に投与される薬剤の量は、薬剤の種類、対象、および特定の投与様式に応じて変動することができ、それらに応じて変動する。当業者は、投薬量が、Goodman & Gilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics, Twelfth Edition (2011), Appendix II, pp. 1891-1991およびPhysicians' Desk Reference 70th Edition, 2016からの手引きを用いて決定される場合もあることを認識している。
薬理ゲノミクス
薬理ゲノミクスは、遺伝的変動を薬物に対する生理応答および臨床応答と関連付ける方法論である。遺伝薬理学は、薬理ゲノミクスのサブセットであり、「薬物応答と関係づけたDNA配列における変異の研究」と定義される（ICH E15；ワールドワイドウェブwww.fda.gov/downloads/RegulatoryInformation/Guidances/ucm129296.pdfを参照されたい）。遺伝薬理学は、薬物代謝、薬物の作用機序、基礎疾患の種類、および薬物関連副作用と関係づけた、遺伝子における遺伝子多型に着目することが多い。遺伝薬理学は、効果的で安全な処置を得るため、ならびに既存の処置レジメンを調整して個別の患者についての効力および安全性プロファイルをさらに最適化するために薬物療法の開発および標的化使用を可能にする、オーダーメイド医療の礎石である。
遺伝薬理学は、臨床試験における対象間の薬物応答の可変性を説明するために、有害事象のような予想外の新たに生じる臨床問題に取り組むために、臨床試験のための適格性を決定（プレスクリーニング）して試験の成果を最適化するために、薬物コンパニオン診断テストを開発して処置から利益を受ける可能性がより高いもしくはより低い患者または有害事象のリスクを有し得る患者を同定するために、薬物のラベルに情報を提供して医師に処置の決定を導くために、新薬および既存薬の作用機序または代謝をより十分に理解するために、ならびに処置の応答と関連するような疾患メカニズムのより十分な理解を提供するために使用されて、多くの薬物開発プログラムの中核の根本要素となっている。
一般的に遺伝薬理学的分析は、候補遺伝子研究技法を用いて行われることが多く、その技法は、疾患、薬物の作用様式、毒性学、または薬物の代謝の知見を用いて事前選択された候補遺伝子における多型の検出に基づく、仮説主導型アプローチである。
本発明では、候補遺伝子研究技法を用いて、個体の遺伝子型に基づき治療戦略を決定するために、最初の処置の前および／または処置が始まった後に、対象の複合IL-1遺伝子型パターンが（本明細書に開示されるように）決定される。個体は、個体の複合IL-1遺伝子型パターンに応じて特定の薬物のより高い用量またはより低い用量（例えば、単回処置の用量および／または1つもしくは複数の単回処置を含む1日用量）を投与される場合があり、あるいは、個体は、個体の複合IL-1遺伝子型パターンに応じて特定の薬物を与えられず、その代わりに別の薬物を投与される場合がある。例えば、その他の薬物は、異なる作用様式によって機能し得る。
例示的なIL-1関連薬物、その作用様式、および疾患／障害の適応症を下の表2に示す。
Figure 2019503176
Figure 2019503176
Figure 2019503176
Figure 2019503176
Figure 2019503176
表2に示される薬物のいずれかが本発明に使用され得る。言い換えると、個体は、個体の複合IL-1遺伝子型パターンに応じて表2の薬物をより高い用量またはより低い用量（例えば、単回処置の用量および／または1つもしくは複数の単回処置を含む1日用量）で投与され得る；あるいは、個体は、個体の複合IL-1遺伝子型パターンに応じて特定の薬物を与えられ得ず、その代わりに異なる薬物を投与され得る。例えば、個体の複合IL-1遺伝子型パターンに基づき、IL-1αに対するヒトモノクローナル抗体であるキシロニクスを投与されるのではなく、個体は、IL-1βに対するヒトモノクローナル抗体であるゲボキズマブを投与され得る。
追加的に、表2に示される薬物以外の薬物が本発明に使用され得る。このために、表2に示される薬物と類似のまたは同一の作用様式（MOA）を有する代替薬が、表2に示される薬物の代わりにまたはそれに加えて提供され得る。例えば、表2は、クリオピリン関連周期性症候群を処置するための、インターロイキン1βに対するヒトモノクローナル抗体としてのカナキヌマブを同定しており；本発明では、対象の複合IL-1遺伝子型パターンが、クリオピリン関連周期性症候群を処置するためのカナキヌマブおよび／またはインターロイキン1βに対する他のヒトモノクローナル抗体の選択および好ましい用量のために使用され得る。
対象は、表2の薬物、または表2に示される薬物と類似のもしくは同一のMOAを有する代替薬を、標準治療用量で提供され得る。薬物は、標準治療用量よりも低い、例えば標準治療用量よりも99％、95％、90％、85％、80％、75％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、15％、10％、または5％、およびその間の任意のパーセンテージ低い用量で与えられ得る。薬物は、標準治療用量よりも高い、例えば、標準治療用量よりも5％、10％、15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、175％、200％、300％、400％、500％、600％、700％、800％、900％、1000％、2000％、またはそれ以上、およびその間の任意のパーセンテージ高い用量で与えられ得る。例えば、標準治療用量が1日10mgである場合、対象は、標準治療用量よりも低い用量として1日7mgを、または標準治療用量よりも高い用量として1日13mgを与えられ得る。
非限定的な例では、本発明で使用される薬物は、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患の処置のためのイスナキンラ（Eleven Biotherapeutics, Inc., Cambridge, MA, USA）である。イスナキンラは、局所点眼製剤として提供される。イスナキンラは、約5mg/ml（例えば、約1mg/ml、2mg/ml、3mg/ml、4mg/ml、5mg/ml、6mg/ml、7mg/ml、8mg/ml、9mg/ml、10mg/ml、およびその間の任意の濃度）で製剤化され得る。イスナキンラは、約20mg/ml（例えば、約15mg/ml、16mg/ml、17mg/ml、18mg/ml、19mg/ml、20mg/ml、21mg/ml、22mg/ml、23mg/ml、24mg/ml、25mg/ml、30mg/ml、40mg/ml、50mg/ml、およびその間の任意の濃度）で製剤化され得る。必要とする対象は、イスナキンラを1日1回、1日2回、1日3回、1日4回、1日5回、または1日にそれより多い回数提供され得る。毎回、イスナキンラ製剤1滴が眼に提供されてもよく、または毎回、複数の液滴（例えば、2滴、3滴、4滴、5滴、もしくはそれ以上）が提供されてもよい。対象は、イスナキンラを1日以上、例えば、1週間、1ヶ月、1年、またはそれ以上受けてもよい。対象は、本明細書に記載のように対象の複合IL-1遺伝子型パターンに応じて、1日当たりの処置の頻度を増加もしくは減少させてもよく、かつ／またはイスナキンラ製剤の濃度を増加もしくは減少させてもよい。「より積極的な」治療レジメンは、「より積極的でない」治療レジメンと比べて増加した頻度および／または増加した濃度のイスナキンラを含む。
イスナキンラを例として用いると、IL-1支配的であるACおよび／またはドライアイ疾患のための処置を必要とする対象は、核酸を含む生物学的試料を提供するかまたはすでに提供している。単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子は、当技術分野において公知の任意の方法によって検出され、表1に開示される情報に基づき決定された複合IL-1遺伝子型パターンが決定される。次に対象は、対象の複合IL-1遺伝子型パターンに基づき選択される、イスナキンラを含む治療レジメンを提供され得かつ／またはイスナキンラを含む治療レジメンの推奨を提供され得る。例えば、イスナキンラを含まない治療レジメンを受け得る複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象と比較して、複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象は、イスナキンラを含むより積極的な（例えば、より高い用量の）治療レジメンを提供または推奨されるであろう。
複合IL-1遺伝子パターン1またはパターン2を有するヒト対象は、IL-1支配的であるアレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患が、イスナキンラを5mg/mlまたは20mg/mlの濃度で含む局所眼用製剤を、1日3回、少なくとも1日間（例えば、少なくとも1日間、少なくとも1週間、少なくとも1ヶ月間、および少なくとも1年間）投与することによって処置され得る。
追加的に、イスナキンラを例として用いると、本発明は、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患デリート（delete）を有するヒト対象が、イスナキンラから治療上の利益を受けると考えられる／イスナキンラに応答性であると考えられるかどうかを予測するための方法を提供する。ここで、対象は、核酸を含む生物学的試料を提供するかまたは核酸を含む生物学的試料をすでに提供している。単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子は、当技術分野において公知の任意の方法によって検出され、表1に開示される情報に基づき決定された複合IL-1遺伝子型パターンが決定される。複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象は、IL-1支配的であるACおよび／またはドライアイ疾患を有する可能性がより高いと考えられ、一方で複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象は、IL-1支配的であるACおよび／またはドライアイ疾患を有する可能性がより低いと考えられる。そのうえ、複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象は、イスナキンラから治療上の利益を受ける可能性があると考えられ／イスナキンラに応答性であると考えられ、一方で、複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象は、イスナキンラから治療上の利益を受ける可能性がより低いと考えられる／イスナキンラに応答性であると考えられる。
本発明は、IL-1支配的であるACおよび／またはドライアイ疾患を有するヒト対象が、イスナキンラを含む処置から治療上の利益を受けると考えられるまたは該処置に応答性であると考えられるかどうかを選択するための方法も提供する。このために、複合IL-1遺伝子パターン1またはパターン2を有するヒト対象は、イスナキンラを5mg/mlまたは20mg/mlの濃度で含む局所眼用製剤を、1日3回、少なくとも1週間投与される。1週間後に、対象が評価されて、IL-1支配的であるACおよび／またはドライアイ疾患の症状が改善したかどうか決定され、もしそうならば、ヒト対象はイスナキンラを含む処置から治療上の利益を受けると予測されるまたは該処置に応答性であると考えられる。
あるいは、本発明を使用して、臨床試験の規模が最適化され得る。この場合、試験集団は、無作為化の途中または前に複合IL-1遺伝子型パターンにより層別化される。こうやって、試験における各群は、各パターンからの十分な数のメンバーを有する。これによって、より小さな規模の群であるが、それにもかかわらず、情報価値があり、統計的有意性を提供することができる群が可能になる。例えば、実験データ（実施例に説明するが、示さない）に基づくと、予測的遺伝的効果が明らかになるように3つの複合IL-1遺伝子型パターンの各々を適切に入れるためには、1つのパターンあたり対象20〜30人のみが必要である。表1に開示されるパターンの頻度を考えれば、パターン2（最も少ない頻度のパターン）に対象約30人を入れるためには、合計集団サイズは、対象150人（白人またはヒスパニック）だけを含むであろう；これにより、対象50〜70人がパターン1および3の各々に残る。非白人民族／人種群は、各パターンについて異なる頻度を有するので、非白人を含む試験集団は、それに応じて調整される合計集団サイズを有する必要があり得る。集団が層別化されないと、処置集団は、（IL-1βの発現に基づきおよび複合IL-1遺伝子型パターンに起因して）処置に対して非応答者である対象を含むことになる。これらの非応答者が処置に応答しないと、処置に対する奏効率は低減する。ある特定の臨床試験では、非応答者が他の複合IL-1遺伝子型パターンを有する対象（IL-1β発現が、処置の作用様式と適合する者）の肯定的な応答を隠すと、非応答者の効果は、最終的な結果を、処置に対する肯定的な効果全体に不利になるよう歪める。したがって、対象が複合IL-1遺伝子型パターンによって層別化されない臨床試験と比べて、対象が臨床試験において複合IL-1遺伝子型パターンによって層別化される場合、より正確な、または信頼できるデータを得ることが可能である。
臨床試験の対象のそのような層別化は、臨床試験の前、途中、または後のいつでも行われ得る。後者の場合、例えば、臨床試験が全般的な非層別化集団を用いて統計的有意性が得られないときに、後になって対象のデータを再考し、複合IL-1遺伝子型パターンにより層別化すると、真の統計的有意性が発見される場合がある。すなわち、（IL-1βの発現が処置の作用様式に適合しない非応答者を集団に含めたために）臨床データが処置応答の統計的証拠を示さなかった場合、複合IL-1遺伝子型パターンを考慮してデータを後で再評価することもできる。そうであるならば、対象が複合IL-1遺伝子型パターンにより遡及的に層別化されるときに、以前は「成功しなかった」臨床試験を「成功」させることもできる可能性がある。
対象が複合IL-1遺伝子型パターンにより層別化される場合、処置から利益を受ける、ある特定パターンの対象が同定され、処置から利益を受けない（または利益が少ない）他のパターンの対象が同定される。処置が臨床使用のために承認されると、層別化された臨床試験は、どの患者集団（すなわち、特定の複合IL-1遺伝子型パターンを有する患者）に処置を提供すべきか、およびどの患者に処置を提供すべきでないかを明らかにしているであろう。
例えば、イスナキンラの効力に向けられた臨床試験における対象は、複合IL-1遺伝子型パターンにより層別化され得る。層別化は、各対象がその複合IL-1遺伝子パターンに基づき試験群に割り当てられるように、臨床試験が開始する前に行われる場合がある。あるいは、層別化は、得られたデータを対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき評価または再評価することができるように、臨床試験が開始した後に（例えばその終結の後に）行われ得る。そのような臨床試験における対象は、IL-1支配的なアレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患を有し得る、有すると疑われ得る、または有するリスクを有し得る。層別化の後に、複合IL-1遺伝子型パターン1または2を有する対象からのデータが、複合IL-1遺伝子型パターン3を有する対象からのデータと比較され得る。
本発明は、表1および表2の開示を考慮して、当業者が、
1. 特定の薬物からより多くの利益を得る可能性がある対象；
2. 異なるパターンの対象よりも低レベルの薬物に対して好都合に応答し得るあるパターンを有する対象；
3. 遺伝子型パターンがより攻撃的であるので、他の対象よりも早くIL-1遮断薬を与えられるべき対象；および
4. IL-1遮断薬に応答性であるが、異なる作用様式を有する他の薬剤には応答性でないと予測され得るIL-1優勢な疾患サブタイプを有する対象
を同定できるようにする。
本発明は、複数の原因に起因し得る全般的な炎症性障害を有する個体（したがって個体の処置レジメン）の区別を可能にする。例えば、臨床的な変形性関節症は、異なる「原因」を有する複数のサブセットの集合であり得る。対象の複合IL-1遺伝子型パターンによって、対象がIL-1介在性の変形性関節症を有するかどうか、もしそうならば、対象がIL-1遮断剤に応答性であると考えられることが同定される。
対象の複合IL-1遺伝子型パターンを決定することは、対象から最終的に得られたまたは対象に由来する、単離された核酸分子におけるSNPの同一性を検出することを要する。
単離された核酸分子
本明細書に使用される「単離された核酸分子」は、一般的に、本明細書に開示されるSNPの1つもしくは複数を含有する核酸分子、またはそのような分子とハイブリダイズする核酸分子、例えば相補性配列を有する核酸であり、かつ核酸分子の天然供給源に存在する大部分の他の核酸から分離されている。本明細書に使用される「非天然核酸分子」は、一般的に、本明細書に開示されるSNPの1つもしくは複数を含有する核酸分子、またはそのような分子とハイブリダイズする核酸分子、例えば相補性配列を有する核酸であるが、天然分子に対応しない核酸分子であって、例えば、これは、組換え核酸技法、化学合成、もしくはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）のような他の合成手段によって調製された分子、および／または非天然ヌクレオチドもしくは付加したタグ／モチーフのような1つもしくは複数の合成成分を含む核酸であることができる。
単離された核酸は、任意の体液（例えば、血液、血清、血漿、尿、唾液、痰、胃液、精液、涙液、汗など）、皮膚、毛髪、細胞（特に有核細胞）、生検材料、口腔スワブ、組織、または腫瘍標本から得てもよい。あるいは、単離された核酸は、任意の体液、皮膚、毛髪、細胞、生検材料、口腔スワブ、組織、または腫瘍標本から得られた核酸から増幅または合成されてもよい。
一般的に、単離されたSNP含有核酸分子は、IL1B(-31)rs1143627 C>T、IL1B(-511)rs16944 C>T、IL1B(-1464)rs1143623 G>C、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>TのSNPの1つもしくは複数、または上記の4つのIL1BのSNPのうちの1つと完全な連鎖不平衡である1つもしくは複数のSNPを含む。単離されたSNP含有核酸分子は、SNP位置のいずれかの側に隣接ヌクレオチド配列を含み得る。隣接配列は、天然でSNP部位と関連しているヌクレオチド残基および／または異種ヌクレオチド配列を含むことができる。好ましくは、隣接配列は、SNP位置のいずれかの側において最大で約10,000、1,000、500、300、100、60、50、30、25、20、15、10、8、もしくは4ヌクレオチド（もしくはその間の任意の他の長さ）であるか、あるいは全長遺伝子、タンパク質コード配列全体（もしくはエキソンのようなその任意の部分）、エンハンサー／プロモーター領域全体もしくはその部分、またはイントロン全体もしくはその部分と同じ長さである。
単離されたSNP含有核酸分子は、例えば、ゲノムDNAから単離された遺伝子（例えば、クローニングまたはPCR増幅による）、cDNA分子、またはmRNA転写物分子のような全長遺伝子または転写物を含むことができる。
開示された主題の単離された核酸分子は、核酸試料における関心対象のポリヌクレオチドのコピー数を増加させるために使用される多様な核酸増幅方法の任意の1つの産物であるSNP含有ポリヌクレオチドをさらに包含する。そのような増幅方法は、当技術分野において周知であり、それらには、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）（米国特許第4,683,195号および同第4,683,202号; PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification, ed. H. A. Erlich，Freeman Press，NY，N.Y. (1992)）、リガーゼ連鎖反応（LCR）（Wu and Wallace，Genomics 4:560 (1989); Landegren et al.，Science 241:1077 (1988)）、鎖置換増幅法（SDA）（米国特許第5,270,184号および同第5,422,252号）、転写増幅法（TMA）（米国特許第5,399,491号）、連結線形（linked linear）増幅（LLA）（米国特許第6,027,923号）など、ならびに核酸配列ベース増幅法（NASBA）および自家持続配列複製法（Guatelli et al., Proc Natl Acad Sci USA 87:1874 (1990)）のような等温増幅法が非限定的に含まれる。そのような方法論に基づき、当業者は、本明細書に開示されるSNPの5'側および3'側の任意の適切な領域にプライマーを容易に設計することができる。DNAがその配列に関心対象のSNPを含む限り、そのようなプライマーを使用して、任意の長さの該DNAが増幅され得る。
単離された核酸分子は、本明細書に開示される1つまたは複数のSNP、その相補物、および／またはそのSNP含有フラグメントを含有する1つまたは複数のポリヌクレオチド配列を含む、それからなる、またはそれから本質的になる。
単離された核酸分子は、mRNAのようなRNAの形態、またはcDNAおよびゲノムDNAを含むDNAの形態であることができ、それらは、例えば分子クローニングによって得られるか、または化学合成技法もしくはその組合せによって産生され得る。Sambrook and Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, N.Y. (2000)。さらに、単離された核酸分子、特にプローブおよびプライマーのようなSNP検出試薬は、部分的または完全に、ペプチド核酸（PNA）のような1種類または複数種類の核酸類似体の形態であることもできる。米国特許第5,539,082号；同第5,527,675号；同第5,623,049号；および同第5,714,331号。核酸、特にDNAは、二本鎖または一本鎖であることができる。一本鎖核酸は、コード鎖（センス鎖）または相補的な非コード鎖（アンチセンス鎖）であることができる。DNA、RNA、またはPNAセグメントは、合成核酸分子を提供するために、例えばヒトゲノムのフラグメント（DNAもしくはRNAの場合）または単一ヌクレオチド、短鎖オリゴヌクレオチドリンカー、または一連のオリゴヌクレオチドから構築されることができる。本明細書に提供される配列を参照として使用して、核酸分子を容易に合成することができる；オリゴヌクレオチドおよびPNAオリゴマーの合成技法は、当技術分野において周知である。例えば、Corey, "Peptide nucleic acids: expanding the scope of nucleic acid recognition," Trends Biotechnol 15 (6):224-9 (June 1997)、およびHyrup et al., "Peptide nucleic acids (PNA): synthesis, properties and potential applications," Bioorg Med Chem 4 (1):5-23 (January 1996)を参照されたい。さらに、大規模自動化オリゴヌクレオチド／PNA合成（アレイもしくはビーズ表面または他の固体支持体上での合成を含む）を、Applied Biosystems（Foster City, Calif.）3900ハイスループットDNA合成装置またはExpedite 8909核酸合成システムのような市販の核酸合成装置、および本明細書に提供される配列情報を使用して容易に行うことができる。
単離されたSNP含有核酸分子は、改変された、合成の、もしくは非天然のヌクレオチドもしくは構造エレメント、または当技術分野において公知の他の代替／改変核酸化学基（chemistry）を含み得る。そのような核酸類似体は、例えば、本明細書において同定されたSNPを検出するための検出試薬（例えば、プライマー／プローブ）として有用である。さらに、これらの類似体を含むキット／システム（ビーズ、アレイなど）も、本明細書に包含される。
本方法の実施は、特に示さない限り、当業者の技能の範囲内である、細胞生物学、細胞培養、分子生物学、形質転換生物学、微生物学、組換えDNA、および免疫学の従来技法を採用する。そのような技法は、文献に十分に説明されている。例えば, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory (2001); DNA Cloning, Volumes I and II (P. N. Glover ed., 1985); Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait ed., 1984); Mullis et al. 米国特許第4,683,195号; Nucleic Acid Hybridization (B. D. Hames & S. J. Higgins eds. 1984); Transcription And Translation (B. Q. Hames & S. J. Higgins eds. 1984); Culture Of Animal Cells (R. I. Freshney, Alan R. Liss, Inc., 1987); Immobilized Cells And Enzymes (IRL Press, 1986); B. Perbal, A Practical Guide To Molecular Cloning (1984);専門書、Methods In Enzymology (Academic Press, Inc., N.Y.); Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells (J. H. Miller and M. P. Calos eds., 1987, Cold Spring Harbor Laboratory); Methods In Enzymology, Vols. 154 and 155 (Wu at al. eds.), Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology (Mayer and Walker, eds., Academic Press, London, 1987); Handbook Of Experimental Immunology, Volumes I-IV (D. M. Weir and C. C. Blackwell, eds., 1986); Manipulating the Mouse Embryo, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1986)を参照されたい。
SNP検出試薬
本発明の局面では、本明細書に開示されるSNPのうちの1つまたは複数のそれぞれを、SNP検出試薬の設計のために使用することができる。本明細書に使用される「SNP検出試薬」は、本明細書に開示される特定の標的SNP位置を特異的に検出し、かつ好ましくは標的SNP位置の特定のヌクレオチド（対立遺伝子）に特異的である試薬である（すなわち検出試薬は、好ましくは標的SNP位置での異なる代替ヌクレオチド同士を区別することができ、それにより、標的SNP位置に存在するヌクレオチドの同一性を決定可能にする）。典型的には、そのような検出試薬は、相補的塩基対形成によって標的SNP含有核酸分子と配列特異的にハイブリダイズし、かつ被験試料中で当技術分野において公知の形態のような他の核酸配列から標的変異型配列を識別する。検出試薬の例は、本明細書に開示されるSNPの1つを含有する標的核酸とハイブリダイズする非天然核酸プローブである。好ましい態様では、そのようなプローブは、標的SNP位置に特定のヌクレオチド（対立遺伝子）を有する核酸を、同じ標的SNP位置に異なるヌクレオチドを有する他の核酸と区別することができる。加えて、検出試薬は、SNP位置の5'および/または3'の特定領域とハイブリダイズする場合がある。
検出試薬の別の例は、標的ポリヌクレオチドの相補鎖に沿ったヌクレオチド伸長の開始点として作用する非天然核酸プライマーである。本明細書に提供されるSNP配列情報は、開示された主題のSNPを（例えばPCRを使用して）増幅するためのプライマー、例えば対立遺伝子特異的なプライマーを設計するためにも有用である。
SNP検出試薬は、単離されたもしくは合成のDNAもしくはRNAポリヌクレオチドプローブ、もしくはプライマー、もしくはPNAオリゴマー、または本明細書に開示されるSNPのうちの1つを含む標的核酸分子のセグメントとハイブリダイズするDNA、RNAおよび／もしくはPNAの組合せであり得る。非天然ポリヌクレオチドの形態の検出試薬は、任意で改変塩基類似体、インターカレーター、または副溝結合剤を含有する場合がある。プローブのような複数の検出試薬は、例えば、固体支持体（例えばアレイおよびビーズ）に固着されて、または溶液の状態で供給されて（例えばPCR、RT-PCR、TaqMan（登録商標）アッセイ、およびプライマー伸長反応のような酵素反応のためのプローブ／プライマーセット）、SNP検出キットを形成してもよい。
SNPを分析するために、二者択一的なSNP対立遺伝子に特異的なオリゴヌクレオチドを使用するということを理解することができる。標的配列における単一ヌクレオチド変異を検出するそのようなオリゴヌクレオチドは、「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド」、「対立遺伝子特異的プローブ」、または「対立遺伝子特異的プライマー」のような用語で呼ばれる場合がある。多型を分析するための対立遺伝子特異的プローブの設計および使用は、例えば、Mutation Detection: A Practical Approach, Cotton et al., eds., Oxford University Press (1998); Saiki et al., Nature 324:163-166 (1986); Dattagupta、EP235,726;およびSaiki, WO 89/11548に記載されている。
別の態様では、プローブまたはプライマーは、SNPがプローブまたはプライマーの5'最末端または3'最末端のいずれかと整列するように標的DNAのセグメントとハイブリダイズするように設計され得る。オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（米国特許第4,988,617号）を用いる場合、プローブの最も3'のヌクレオチドが、標的配列におけるSNP位置と整列する。
対立遺伝子特異的プローブは、多くの場合に対で（または、それほど多くはないが3つもしくは4つのセットで）使用され、そのような対は、SNP位置での対立遺伝子変異体に相当する1つのヌクレオチドミスマッチを除いて同一であり得る。典型的には、プローブ対の1つのメンバーは、より多く見られる方のSNP対立遺伝子（すなわち、標的集団においてより頻度が高い対立遺伝子）を有する標的配列の参照形態と完全にマッチし、該対のその他のメンバーは、より稀な方のSNP対立遺伝子（すなわち、標的集団においてより稀な対立遺伝子）を有する標的配列の形態と完全にマッチする。アレイの場合、複数の異なる多型の同時分析のために、プローブの複数の対を同じ支持体に固定化することができる。
ある種類のPCRベースアッセイでは、対立遺伝子特異的プライマーはSNP位置と重複する標的核酸分子の領域とハイブリダイズし、プライマーが完全な相補性を示す対立遺伝子形態の増幅だけをプライムする。Gibbs, Nucleic Acid Res 17:2427-2448 (1989)。典型的には、プライマーの最も3'のヌクレオチドは、標的核酸分子のSNP位置と整列され、標的核酸分子のSNPと相補的である。このプライマーは、遠位部位でハイブリダイズする第2のプライマーと共に使用される。増幅は、これらの2つのプライマーから進行し、どの対立遺伝子形態が被験試料中に存在するかを示す検出可能な産物を産生する。通常、一方が多型部位に一塩基ミスマッチを示し、他方が塩基部位と完全な相補性を示す第2のプライマー対を用いて対照実験が行われる。一塩基ミスマッチは、増幅を阻止する、または増幅の効率を実質的に低減させることにより、検出可能な産物が形成されないか、または産物がより少ない量もしくはより遅いペースで形成される。この方法は、一般的に、ミスマッチがオリゴヌクレオチドの最も3'の位置にある（すなわち、オリゴヌクレオチドの最も3'の位置が標的SNP位置と整列される）場合に最も効果的に作用する。理由は、この位置がプライマーからの伸長を最も不安定化するからである（例えば、WO 93/22456を参照されたい）。このPCRベースアッセイは、下記のTaqMan（登録商標）アッセイの一部として利用することができる。
ミスマッチのヌクレオチドがSNP部位で特定の対立遺伝子と塩基対形成しないように、プライマーが該プライマーの3'最末端の3つのヌクレオチド位置のうちの1つにミスマッチのヌクレオチドを有することを除き、該プライマーは、標的SNP含有核酸分子のセグメントと実質的に相補的な配列を含み得る。好ましい態様では、プライマー中のミスマッチのヌクレオチドは、プライマーの最も3'の位置の最終ヌクレオチドから2番目である。より好ましい態様では、プライマー中のミスマッチのヌクレオチドは、プライマーの最も3'の位置の最終ヌクレオチドである。
SNP検出試薬は、検出可能なシグナルを発する蛍光発生レポーター色素で標識され得る。好ましいレポーター色素は蛍光色素であるが、オリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーのような検出試薬に付着させることができる任意のレポーター色素が、開示された主題に使用するために適している。そのような色素には、アクリジン、AMCA、ボディパイ（BODIPY）、カスケードブルー（Cascade Blue）、Cy2、Cy3、Cy5、Cy7、ダブシル、エダンス（Edans）、エオシン、エリスロシン、フルオレセイン、6-Fam、Tet、Joe、Hex、オレゴングリーン（Oregon Green）、ローダミン、ロドールグリーン（Rhodol Green）、タムラ（Tamra）、ロックス（Rox）、およびテキサスレッドが非限定的に含まれる。
なお別の態様では、検出試薬は、特に試薬がTaqMan（登録商標）（米国特許第5,210,015号および同第5,538,848号）もしくは分子ビーコンプローブ（米国特許第5,118,801号および同第5,312,728号）のような自己消光プローブ、または他のステムレスプローブもしくは直鎖ビーコンプローブ（Livak et al., PCR Method Appl 4:357-362 (1995); Tyagi et al., Nature Biotechnology 14:303-308 (1996); Nazarenko et al., Nuc' Acids Res 25:2516-2521 (1997);米国特許第5,866,336号および同第6,117,635号）として使用される場合に、Tamraのようなクエンチャー色素でさらに標識されてもよい。
検出試薬は、ストレプトアビジン結合のためのビオチン、抗体結合のためのハプテン、および別の相補的オリゴヌクレオチドと結合するためのオリゴヌクレオチドを非限定的に含む、他の標識も含み得る。
試薬は、本明細書に記載されるSNPヌクレオチドを含まない（またはそれに相補的でない）場合があるが、該試薬は、本明細書に開示される1つまたは複数のSNPをアッセイするために使用される。例えば、本明細書に提供される標的SNP位置と隣接するが、それと直接的にはハイブリダイズしないプライマーは、プライマーが標的SNP位置に近接する（すなわち、標的SNP部位から1ヌクレオチドまたは複数ヌクレオチド以内の）領域とハイブリダイズするプライマー伸長反応に有用である。プライマー伸長反応中に、特定のヌクレオチド（対立遺伝子）が標的SNP部位に存在すると、プライマーは、典型的には標的SNP部位を過ぎて伸長することができないので、標的SNP部位にどのSNP対立遺伝子が存在するかを決定するためにプライマー伸長産物を検出することができる。例えば、特定のddNTPが典型的にはプライマー伸長反応に使用されて、ddNTPが伸長産物（プライマー伸長産物のY-最末端にddNTPを含み、かつ該ddNTPが本明細書に開示されるSNPのヌクレオチドであるプライマー伸長産物が、本明細書において具体的な組成物である）に組み入れられた後にプライマー伸長を終止させる。したがって、SNP部位に近接する領域中の核酸分子と結合する試薬およびSNP部位をアッセイするために使用される試薬も、たとえ結合した配列がSNP部位自体を必ずしも含まないとしても、開示される主題によって企図される。
例えばSNPは、一塩基伸長（SBE）を用いて同定され得る。SBEは、核酸に沿った特異位置でヌクレオチドの塩基の同一性を決定する。この方法では、オリゴヌクレオチドプライマーは、核酸に沿った相補的領域とハイブリダイズして二重鎖を形成するが、プライマーの3'末端は、同定されるべきヌクレオチド塩基のすぐ隣にある。オリゴヌクレオチドプライマーは、全部で4種の鎖停止ヌクレオチド（nucleotide terminator）の存在下で一塩基だけ酵素的に伸長し、調べられているテンプレートにおける塩基と相補的な鎖停止ヌクレオチドが組み入れられ、かつ同定される。全部で4種の鎖停止ヌクレオチドの存在は、組み入れられた1つの塩基を過ぎるとそれ以上伸長が起こらないことを確実にする。鎖停止ヌクレオチドの同一性を決定するために、蛍光標識、質量分析のための質量標識、タンパク質部分を用いた酵素活性の測定、および同位体標識を含む多くのアプローチを行うことができる。
本明細書に記載される試薬および技法は、「次世代シーケンシング（Next Generation Sequencing）」の実行に向けられ得る。（例えば、Srivatsan et al.、PLoS Genet 4: e100139 (2008); Rasmussen et al., Nature 463:757-762 (2010); Li et al., Nature 463: 311-317 (2010); Pelak et al., PLoS Genet 6: e1001111 (2010); Ram et al., Syst Biol Reprod Med (57(3):117-118 (2011); McEllistrem, Future Microbiol 4: 857-865 (2009); Lo et al., Clin Chem 55: 607-608 (2009); Robinson, Genome Biol 11:144 (2010);およびAraya et al., Trends Biotechnology doi10.1016.j.tibtech.2011.04.003 (2011)を参照されたい）。例えば、そのような技法は、ゲノム核酸試料のフラグメンテーション、それに続くそれらのフラグメントの並列シーケンシングおよび本来の配列を再構築するためのシーケンシングされたフラグメントのアライメントを伴い得る。ここで、関心対象のゲノム核酸が剪断されてフラグメントにされ、「アダプター」（公知の配列の短鎖核酸）がフラグメントとライゲートされる。アダプターで修飾されたフラグメントをPCRにより濃縮することができる。アダプターで修飾されたフラグメント（およびもしあれば、その増幅されたコピー）は、フローセルを通過して流される場合があり、そこでフラグメントを細胞表面の固定化プライマーとハイブリダイズさせる。次に、フラグメントは、等温ブリッジ増幅によりオリジナルと同一の数千の分子からなるクラスターに増幅される。次に、シーケンシング用プライマーをクラスターの1つの鎖の末端にハイブリダイズし、可逆的にブロッキングし、標識ヌクレオチドを付加することができる。各特定のヌクレオチドの付加は、標識によって同定することができ、次に、標識を除去し、ヌクレオチドをアンブロッキングすることにより、別のヌクレオチドをブロッキングすることができ、標識ヌクレオチドを付加して、核酸配列における次の位置を同定することができる。所望のラウンド数の付加、検出、およびアンブロッキングを行った後、結果として生じた配列をアライメントさせることができる。
そのようなプライマーおよびプローブが、開示された主題のSNPを検出するための試薬として直接有用であり、かつ任意のキット／システムの形式に組み入れることができることは、当業者に明らかである。
SNP遺伝子型判定方法
SNP遺伝子型判定は、例えばヒト対象由来の生物学的試料（例えば、組織、細胞、液体、分泌物などの試料）を収集する段階、試料の細胞から核酸（例えば、ゲノムDNA、mRNAもしくはその両方）を単離する段階、標的SNPを含む単離された核酸の領域と特異的にハイブリダイズする1つもしくは複数のプライマーと核酸を、ハイブリダイゼーションおよび標的核酸領域の増幅が起こるような条件で接触させる段階、ならびに関心対象のSNP位置に存在するヌクレオチドを決定する段階、または一部のアッセイでは、増幅産物の存在もしくは非存在を検出する段階を含む（特定のSNP対立遺伝子が存在するまたは存在しない場合にのみハイブリダイゼーションおよび／または増幅が起こるようにアッセイを設計することができる）。一部のアッセイでは、増幅産物のサイズが検出され、対照試料の長さと比較され、例えば、欠失および挿入を、正常な遺伝子型と比較して増幅産物のサイズ変化によって検出することができる。
SNPの遺伝子型判定は、本明細書に記載のように数多くの実際の適用に有用である。そのような適用の例には、SNP疾患関連分析、疾患素因のスクリーニング、疾患の診断、疾患予後、疾患進行のモニタリング、個体の遺伝子型に基づく治療戦略の決定（「薬理ゲノミクス」）、疾患と関連するSNP遺伝子型または薬物に対する応答の可能性に基づく治療剤の開発、治療剤、予防剤、または診断剤の臨床試験のための患者集団の層別化、および法医学のようなヒト同定の適用が非限定的に含まれる。
核酸試料を遺伝子型判定して、どの対立遺伝子が任意の所与の関心対象のSNP位置に存在するかを当技術分野において周知の方法によって決定することができる。近隣配列を使用して、任意でキット形式で実行され得るオリゴヌクレオチドプローブのようなSNP検出試薬を設計することができる。例示的なSNP遺伝子型判定方法は、Chen et al., "Single nucleotide polymorphism genotyping: biochemistry, protocol, cost and throughput," Pharmacogenomics J 3 (2):77-96 (2003); Kwok et al., "Detection of single nucleotide polymorphisms," Curr Issues Mol Biol 5 (2):43-60 (April 2003); Shi, "Technologies for individual genotyping: detection of genetic polymorphisms in drug targets and disease genes," Am J Pharmacogenomics 2 (3):197-205 (2002);およびKwok, "Methods for genotyping single nucleotide polymorphisms," Annu Rev Genom Hum Genet 2:235-58 (2001)に記載されている。高スループットのSNP遺伝子型判定のための技法は、Mamellos, "High-throughput SNP analysis for genetic association studies," Curr Opin Drug Disc Devel 6 (3):317-21 (May 2003)に記載されている。
SNP遺伝子型判定方法には、TaqMan（登録商標）アッセイ、分子ビーコンアッセイ、核酸アレイ、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異PCR、アレイプライマー伸長、均一な（homogeneous）プライマー伸長アッセイ、質量分析により検出するプライマー伸長、ピロシーケンシング、遺伝子アレイにソートされた多重プライマー伸長、ローリングサークル増幅を用いたライゲーション、均一なライゲーション、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（OLA：米国特許第4,988,167号）、遺伝子アレイにソートされた多重ライゲーション反応、制限フラグメント長多型、一塩基伸長-タグアッセイ、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動、およびインベーターアッセイが非限定的に含まれる。そのような方法は、例えば、発光または化学発光検出、蛍光検出、時間分解蛍光検出、蛍光共鳴エネルギー移動、蛍光偏光、質量分析、および電気的検出のような検出メカニズムと共に使用され得る。
一態様では、SNP遺伝子型判定は、5'ヌクレアーゼアッセイ（米国特許第5,210,015号および同第5,538,848号）としても公知のTaqMan（登録商標）アッセイを用いて行われる。TaqMan（登録商標）アッセイは、PCR中の特異増幅産物の蓄積を検出する。TaqMan（登録商標）アッセイは、蛍光レポーター色素およびクエンチャー色素で標識されたオリゴヌクレオチドプローブを利用する。レポーター色素は、適切な波長での照射によって励起され、それは、蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）と呼ばれる過程により同じプローブ中のクエンチャー色素にエネルギーを移動する。プローブに付着しているときは、励起したレポーター色素はシグナルを発しない。インタクトなプローブにおいてクエンチャー色素がレポーター色素に近接していることは、レポーターに関する蛍光の低減を維持する。レポーター色素およびクエンチャー色素は、それぞれ5'最末端および3'最末端、またはその逆にあり得る。あるいは、レポーター色素は、5'または3'最末端の場合がある一方で、クエンチャー色素は、内部ヌクレオチドに付着している、またはその逆である。なお別の態様では、レポーターおよびクエンチャーの両方は、レポーターの蛍光が低減するような相互からの距離で内部ヌクレオチドに付着している場合がある。
PCR中に、DNAポリメラーゼの5'ヌクレアーゼ活性は、プローブを切断し、それにより、レポーター色素とクエンチャー色素とを分離し、レポーターの蛍光増加をもたらす。PCR産物の蓄積は、レポーター色素の蛍光の増加をモニタリングすることによって直接検出される。DNAポリメラーゼは、PCR中に増幅される標的SNP含有テンプレートとプローブがハイブリダイズする場合に限り、プローブをレポーター色素とクエンチャー色素との間で切断し、プローブは、特定のSNP対立遺伝子が存在する場合に限り、標的SNP部位とハイブリダイズするように設計される。
好ましいTaqMan（登録商標）プライマー配列およびプローブ配列は、本明細書に提供されるSNPおよび関連する核酸配列情報を使用して容易に決定することができる。Primer Express（Applied Biosystems, Foster City, Calif.）のようないくつかのコンピュータープログラムを使用して、最適なプライマー／プローブセットを迅速に得ることができる。これらのプローブおよびプライマーを容易にキット形式に組み入れることができる。開示された主題は、分子ビーコンプローブ（米国特許第5,118,801号および同第5,312,728号）および他の変形形式（米国特許第5,866,336号および第6,117,635号）の使用のような、当技術分野において周知のTaqMan（登録商標）アッセイの改変も含む。
SNPの遺伝子型判定のための別の方法は、OLAにおける2つのオリゴヌクレオチドプローブの使用であることができる（例えば、米国特許第4,988,617号参照）。この方法では、1つのプローブは、その3'最末端がSNP部位と整列された標的核酸のセグメントとハイブリダイズする。第2のプローブは、第1のプローブの3'に直接近接する標的核酸分子セグメントとハイブリダイズする。2つの並置されたプローブは、標的核酸分子とハイブリダイズし、第1のプローブの最も3'のヌクレオチドとSNP部位との間に完全な相補性があるならば、リガーゼのような連結剤の存在下でライゲートされる。ミスマッチがあるならば、ライゲーションが起こらない。反応後、ライゲートされたプローブは、標的核酸分子から分離され、SNPの存在の指示薬として検出される。
全て参照により本明細書に組み入れられる、以下の特許、特許出願、および公開された国際特許出願は、様々な種類のオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（OLA）を実施するための技法に関する追加的な情報を提供している。以下の米国特許は、SNPの検出を行うためのOLA戦略を記載している：米国特許第6,027,889号；同第6,268,148号；同第5,494,810号；同第5,830,711号および同第6,054,564号。国際公開公報第97/31256号および同第00/56927号は、ハイブリダイゼーションプローブの1つにジップコード配列を導入し、結果として生じる産物すなわち増幅産物をユニバーサルジップコードアレイとハイブリダイズさせることができるユニバーサルアレイを使用してSNPの検出を行うためのOLA戦略を記載している。米国特許出願第01/17,329号（および同第09/584,905号）は、OLA（またはLDR）、それに続くPCRを記載しており、ジップコードがOLAプローブに組み入れられ、増幅PCR産物が電気泳動ジップコードアレイまたはユニバーサルジップコードアレイの読取り値によって決定される。米国特許出願公開第60/427,818号、同第60/445,636号、および同第60/445,494号は、OLAに続いてPCRを使用する多重SNP検出のためのSNPIex法およびソフトウェアを記載しており、ジップコードがOLAプローブに組み入れられ、増幅されたPCR産物がジップシュート（zipchute）試薬とハイブリダイズされ、SNPの同一性がジップシュートの電気泳動読取り値から決定される。一部の態様では、OLAは、PCR（または別の核酸増幅方法）の前に実施される。他の態様では、PCR（または別の核酸増幅方法）は、OLAの前に実施される。
SNP遺伝子型判定のための別の方法は、質量分析に基づく。質量分析は、DNAの4つのヌクレオチドの各々の独特の質量を利用する。SNPは、二者択一的なSNP対立遺伝子を有する核酸の質量における差を測定することによって質量分析により明確に遺伝子型判定することができる。MALDI-TOF（マトリックス介支援レーザー脱離イオン化飛行時間型）質量分析技法が、SNPのような分子質量の極めて正確な決定のために好ましい。SNP分析への数多くのアプローチが、質量分析に基づき開発されている。好ましい質量分析ベースのSNP遺伝子型判定方法には、従来のゲルベースの形式およびマイクロアレイのような他のアプローチと組み合わせて利用することもできるプライマー伸長アッセイが含まれる。
典型的には、プライマー伸長アッセイを伴う質量分析は、プライマーを設計し、かつ標的SNP位置の上流（5'）のテンプレートPCRアンプリコンとアニールさせることを伴う。ジデオキシヌクレオチド三リン酸（ddNTP）および／またはデオキシヌクレオチド三リン酸（dNTP）の配合物が、テンプレート（例えば、典型的には、例えばPCRにより増幅されたSNP含有核酸分子）、プライマー、およびDNAポリメラーゼを含有する反応混合物に添加される。プライマーの伸長は、配合物中のddNTPの1つと相補的なヌクレオチドが存在するテンプレート中の最初の位置で終止する。プライマーは、すぐ隣（すなわち、プライマーの3'末端のヌクレオチドが、標的SNP部位の次のヌクレオチドとハイブリダイズする）か、または2つ以上のヌクレオチドがSNP位置から除去されるかのいずれかであることができる。プライマーが、標的SNP位置から除去されたいくつかのヌクレオチドであるならば、プライマーの3'末端とSNP位置との間のテンプレート配列が検出されるべきヌクレオチドと同じ種類のヌクレオチドを含むことができないことが唯一の限界であり、またはこれは、伸長プライマーの早すぎる終止を引き起こす。あるいは、dNTPを有さない全部で4種のddNTPだけが反応混合物に添加され、プライマーは、標的SNP位置に対応する1つのヌクレオチドだけ常に伸長される。この場合、プライマーは、SNP位置から上流の1つのヌクレオチドと結合するように設計される（すなわち、プライマーの3'末端のヌクレオチドは、標的SNP部位の5'側の標的SNP部位のすぐ隣のヌクレオチドとハイブリダイズする）。ヌクレオチド1つだけの伸長は、伸長後のプライマーの全体的な質量を最小限にし、それにより、二者択一的SNPヌクレオチド間の質量差の分解を増加させるので、好ましい。さらに、質量タグ付きddNTPを未修飾ddNTPの代わりにプライマー伸長反応に採用することができる。これは、これらのddNTPを用いて伸長されたプライマー間の質量差を増加させ、それにより、増加した感度および正確度を提供し、かつヘテロ接合性塩基位置を分類するのに特に有用である。
プライマー伸長アッセイが、SNP遺伝子型判定のためにMALDI-TOF質量分析と共に使用される場合がある。例えば、Wise et al., "A standard protocol for single nucleotide primer extension in the human genome using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry," Rapid Comm. Mass Spect. 17 (11):1195-202 (2003)を参照されたい。
SNPは、直接DNAシーケンシングによってスコア化することもできる。質量分析によるシーケンシングを含む多種多様な自動シーケンシング手順を利用することができる（例えば、Biotechniques 19:448 (1995)）。例えば、PCT国際公報WO94/16101; Cohen et al., Adv Chromatogr 36:127-162 (1996);およびGriffin et al, Appl Biochem Biotechnol 38:147-159 (1993)を参照されたい。開示された主題の核酸配列は、当業者がそのような自動シーケンシング手順用のシーケンシングプライマーを容易に設計できるようにする。Applied Biosystems 377、3100、3700、3730、および3730x1 DNA分析装置（Foster City、Calif.）のような市販の計装が、自動シーケンシングのために当技術分野において通常使用される。
開示された主題のSNPを遺伝子型判定するために使用することができる他の方法には、一本鎖高次構造多型分析法（SSCP）および変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（DGGE）が含まれる。Myers et al., Nature 313:495 (1985)。SSCPは、Orita et al., Proc. Nat. Acadに記載されているように一本鎖PCR産物の電気泳動の泳動の変化により塩基の差を同定する。一本鎖PCR産物は、二本鎖PCR産物を加熱またはその他の方法で変性させることによって生成させることができる。一本鎖核酸は、塩基配列に部分的に依存する二次構造に再フォールディングまたはそれを形成する場合がある。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度は、SNP位置での塩基配列の差に関係する。DGGEは、異なる配列依存的安定性および多型DNAに固有の融解特性および変性剤濃度勾配ゲルにおける電気泳動の泳動パターンにおける対応する差に基づき、SNP対立遺伝子を区別する。PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification Chapter 7, Erlich, ed., W.H. Freeman and Co, N.Y. (1992)。
配列特異リボザイム（米国特許第5,498,531号）を使用して、リボザイム切断部位の発生または喪失に基づきSNPをスコア化することもできる。完全にマッチした配列を、ヌクレアーゼ切断消化アッセイまたは融解温度の差によりミスマッチの配列と識別することができる。SNPが制限酵素切断部位に影響を及ぼすならば、制限酵素の消化パターンの変更によってSNPを同定することができ、核酸フラグメント長における対応する変化をゲル電気泳動法によって決定することができる。
SNP検出キットおよびシステム
当業者は、本明細書に開示されるSNPおよび関連する配列情報に基づき、検出試薬を開発し、かつ開示された主題のSNPをアッセイするために個別に、または他のSNPと共に使用することができ、そのような検出試薬を当技術分野において周知の確立されたキットまたはシステムの形式の1つに容易に組み入れることができることを認識している。
SNP検出試薬に関連して本明細書に使用される用語「キット」および「システム」は、複数のSNP検出試薬の組合せ、または1つもしくは複数の他の種類の要素もしくは成分（例えば、他の種類の生化学試薬、容器、市販を意図した包装などのパッケージ、SNP検出試薬が結合された基材、電子ハードウェア部品、および非一過性のプロセッサー可読媒体に記録されたソフトウェア）と組み合わせた1種もしくは複数種のSNP検出試薬などのものを表すことが意図される。したがって、開示された主題は、パッケージされたプローブおよびプライマーセット（例えば、TaqMan（登録商標）プローブ／プライマーセット）、核酸分子のアレイ／マイクロアレイ、および開示された主題の1つまたは複数のSNPを検出するための1つまたは複数のプローブ、プライマー、または他の検出試薬を含有するビーズを非限定的に含む、SNP検出キットおよびシステムをさらに提供する。
キット／システムは、任意で、様々な製造業者によって提供される様々な電子ハードウェア部品、例えばアレイ（「DNAチップ」）およびマイクロ流体システム（「ラボオンチップ（lab-on-a-chip）」システム）を含むことができ、典型的にはハードウェア部品を含むことができる。他のキット／システム（例えば、プローブ／プライマーセット）は、電子ハードウェア部品を含まなくてもよいが、例えば1つまたは複数の容器にパッケージされた1つまたは複数のSNP検出試薬を（任意で他の生化学試薬と一緒に）含んでもよい。
一部の態様では、SNP検出キットは、典型的には1種または複数種の検出試薬ならびにSNP含有核酸分子の増幅および／または検出のようなアッセイまたは反応を実施するために必要な他の成分（例えば、緩衝液、DNAポリメラーゼまたはリガーゼのような酵素、デオキシヌクレオチド三リン酸のような鎖伸長ヌクレオチド、およびサンガー型DNAシーケンシング反応の場合は鎖終止ヌクレオチド、陽性対照配列、陰性対照配列など）を含む。
キットは、キットを使用して関心対象のSNP含有核酸分子を検出するための説明書をさらに含む場合がある。
説明書は、使用者に、炎症関連障害／疾患を有する個体がIL-1の遺伝子型特有の差次的発現を有するかどうか、すなわち、IL-1の「高」生産者であるかまたは「低」生産者であるかを表1に開示される複合IL-1遺伝子パターンに基づき同定させ、適切な抗炎症薬または組成物（例えば、表2に開示されるもの、および／または表2に開示される薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬）および適切な用量を決めさせる情報を含んでもよい。
一態様では、1つまたは複数のアッセイを実施して本明細書に開示される1つまたは複数のSNPを検出するのに必要な試薬を含むキットが提供される。別の態様では、SNP検出キット／システムは、核酸アレイ、またはマイクロ流体／ラボオンチップシステムを含む区画化されたキットの形式である。
SNP検出キット／システムは、例えば、各標的SNP位置またはその近くで核酸分子とハイブリダイズする1つまたは複数のプローブ、またはプローブの対を含んでもよい。少なくともその1つが、開示された主題のSNPである、多数のSNPを同時にアッセイするためにキット／システムに対立遺伝子特異的プローブの複数の対を含んでもよい。一部のキット／システムでは、対立遺伝子特異的プローブは、アレイまたはビーズのような基材に固定化される。
用語「アレイ」、「マイクロアレイ」、および「DNAチップ」は、ガラス、プラスチック、紙、ナイロンもしくは他の種類のメンブレン、フィルター、チップ、または任意の他の適切な固体支持体のような基材に固着された別個のポリヌクレオチドのアレイを表すために、本明細書において互換的に使用される。ポリヌクレオチドは、基材上に直接合成することができ、または基材と別に合成された後、基材に固着されることができる。
対立遺伝子特異的プローブのような任意の数のプローブがアレイに実装され得、各プローブまたはプローブ対は、異なるSNP位置とハイブリダイズすることができる。ポリヌクレオチドプローブの場合、それらを、光指向性化学過程を用いて基材上の指定領域で合成する（または別々に合成してから指定領域に固着させる）ことができる。各DNAチップは、例えば、格子様パターンに配列され、小型化（例えば、10セント硬貨のサイズまで）された数千から数百万の個別の合成ポリヌクレオチドプローブを含むことができる。好ましくは、プローブは、秩序化されたアドレス指定できるアレイの状態で固体支持体に付着される。
SNP検出キット／システムは、SNP含有核酸分子のその後の増幅および／または検出のために被験試料由来の核酸を調製するために使用される成分を含むことができる。そのような試料調製成分を使用して、任意の体液（血液、血清、血漿、尿、唾液、痰、胃液、精液、涙液、汗など）、皮膚、毛髪、細胞（特に有核細胞）、生検材料、口腔スワブまたは組織もしくは腫瘍検体から、核酸抽出物（DNAおよび／またはRNAを含む）、タンパク質または膜抽出物を産生することができる。核酸、タンパク質、および細胞抽出物を調製する方法は、当技術分野において周知であり、かつ利用されるシステムと適合する試料を得るために容易に適応させることができる。被験試料から核酸を抽出するための自動試料調製システムが市販されており、その例は、QiagenのBioRobot 9600、Applied BiosystemsのPRISM 6700試料調製システム、およびRoche Molecular SystemsのCOBAS AmpliPrep Systemである。
SNPを遺伝子型判定するために、例示的なマイクロ流体システムは、例えば核酸増幅、プライマー伸長、キャピラリー電気泳動、およびレーザー誘起蛍光検出のような検出法を統合してもよい。そのような例示的なシステムを使用するための例示的な工程では、核酸試料が好ましくはPCRによって増幅される。次に、標的化されたSNPのちょうど上流にハイブリダイズするプライマー伸長反応を実施するために、ddNTP（各ddNTPに特異的な蛍光）および適切なオリゴヌクレオチドプライマーを使用して増幅産物が自動プライマー伸長反応に供される。3'末端での伸長が完了した後、プライマーは、組み入れられなかった蛍光ddNTPとキャピラリー電気泳動により分離される。キャピラリー電気泳動に使用される分離媒体は、例えばポリアクリルアミド、ポリエチレングリコールまたはデキストランであることができる。単鎖ヌクレオチドプライマー伸長産物に組み入れられたddNTPは、レーザー誘起蛍光検出によって同定される。このような例示的なマイクロチップを使用して、例えば少なくとも96〜384個の試料、またはそれ以上を並列処理することができる。
例示的なキットは、ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、対象がIL-1β関連障害に罹患しやすいかどうか／イスナキンラから治療上の利益を受けると考えられるかどうか／イスナキンラに応答性であると考えられるかどうかを使用者が判定することを可能にする。IL-1β関連障害は、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患であることができる。キットは、複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象がIL-1支配的であるACおよび／もしくはドライアイ疾患に罹患しやすい可能性がより高く、ならびに／またはイスナキンラから治療上の利益を受けると考えられる／イスナキンラに応答性であると考えられることを示す説明書を含む。他方、キットは、複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象が、複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象と比較して、IL-1支配的であるACおよび／もしくはドライアイ疾患に罹患しやすい可能性がより低く、ならびに／またはイスナキンラから治療上の利益を受けないと考えられる／イスナキンラに対して同じくらいの応答性ではないと考えられることを示す説明書を含む。
報告、プログラムされたコンピューター、およびシステム
試験（例えば、表1に開示するような遺伝子型の決定もしくは複合IL-1遺伝子型パターンの同定）の結果、または個体の予測される薬物応答性（例えば、個体の複合IL-1遺伝子型パターンに基づく表2に開示される薬物および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬の応答）は、本明細書において「報告」と呼ばれ得る。報告は、本明細書に開示されるSNPを単独でもしくは他のSNPと組み合わせて、および／または単独でもしくは他のSNPと組み合わせた本明細書に開示されるSNPにおける個体の対立遺伝子／遺伝子型などをアッセイすることに基づく他の情報、および／または試験に関係する任意の他の情報を含み得る。
有形の報告を、任意で、試験過程の一部として作成することができる（これは、本明細書において「報告する」、または報告を「提供する」、報告を「作る」、または報告を「作成する」と互換的に呼ばれてもよい）。
有形の報告の例には、紙形式の報告（例えば、試験結果のコンピューター作成プリントアウトもしくは手書きの報告）または同等の形式およびコンピューター可読媒体（例えば、CD、USBフラッシュドライブまたは他のリムーバブル記憶媒体、コンピューターハードドライブ、またはコンピューターネットワークサーバーなど）に記憶された報告が、非限定的に含まれてもよい。報告、特にコンピューター可読媒体に記憶された報告は、任意で、インターネット経由でアクセス可能であり得るデータベース（例えば、患者および患者の医療専門家だけに報告を閲覧することを許し、一方で他の権限のない個体が報告を閲覧することを防止するために、報告へのアクセスを制限するセキュリティー機能を有する「セキュアデータベース」であり得る、コンピューターネットワークサーバーに記憶された患者の記録または遺伝情報のデータベース）の一部であることができる。有形の報告を作成することに加えて、またはその代わりに、報告をコンピューター画面（または別の電子デバイスもしくは機器のディスプレイ）に表示することもできる。
加えて、またはその代わりに、報告は、別の個体に口頭で発表される点で「無形」であり得る。
有形の報告は、手書きでもよく、またはコンピューターを使用して準備されてもよい。
報告は、その中に含まれる情報および／または指示を次に実行することができる個体に提供されてもよい。
報告は、その中に含まれる情報および／もしくは指示を次に実行することができる、ならびに／またはその個体に指示する（例えば処方し、推奨を行う）ことができる医療専門家に提供されてもよい。
報告は、例えば個体の予測される薬物応答性（例えば、表1に開示されるように個体の複合IL-1遺伝子型パターンに基づく、表2に開示される薬物および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬に対する）、個体が本明細書に開示されるSNP位置に有する対立遺伝子／遺伝子型、および／または個体の複合IL-1遺伝子型パターンを含むことができる。したがって、例えば報告は、医学／生物学的に重要な情報（例えば薬物応答性、提案されている処置、および予防法）を含むことができる。報告は、疾患リスクまたは他の医学／生物学的重要性を含まずに、対立遺伝子／遺伝子型情報および／または複合IL-1遺伝子型パターンだけを含む場合があり、したがって、報告を閲覧している個体は、対立遺伝子／遺伝子型情報および／または複合IL-1遺伝子型パターンを使用して、関連する疾患リスクまたは他の医学／生物学的重要性を、例えば任意でハイパーリンクによるような報告とリンクされ得る報告自体以外の情報源から、例えば医療専門家、刊行物、ウェブサイトなどから判定することができる。
報告は、例えば、試験された個体、医療専門家（例えば、医師、看護師、臨床検査専門家、遺伝カウンセラーなど）、医療組織、臨床検査室、および／または報告を閲覧もしくは所有することを意図する任意の他の関係者もしくは要請者にさらに「伝達」または「通信」することができる（これらの用語は、本明細書において互換的に使用され得る）。報告を「伝達」または「通信」する行為は、報告の形式に基づき当技術分野において公知の任意の手段によることができる。さらに、報告を「伝達」または「通信」することは、報告を届けること（「プッシュすること（pushing）」）および／または報告を検索すること（「プルすること（pulling）」）を含むことができる。例えば、報告は、一関係者から別の関係者に物理的に移送するように、関係者の間で物理的に移送される（例えば、紙形式の報告の場合）こと、または電子的にもしくはシグナル形式で（例えば、電子メールもしくはインターネット、ファクシミリ、および／または当技術分野において公知の任意の有線もしくは無線通信方法によって）伝達されることによって、例えばコンピューターネットワークサーバーに記憶されたデータベースから検索することを含む、様々な手段によって伝達／通信することができる。
本発明に関連する追加的な教示は、US5,686,246、US5,698,399、US5,808,918、US6,108,635、US6,140,047、US6,210,877、US6,251,598、US6,268,142、US6,383,775、US6,437,216、US6,524,795、US6,551,785、US6,558,905、US6,706,478、US6,713,253、US6,720,141、US6,730,476、US6,733,967、US6,746,839、US7,723,028、US7,820,383、US8,101,360、US8,105,775、US2002-0182612、US2003-0100031、US2003-0124524、US2003-0152947、US2003-0235890、US2004-0152124、US2005-0032077、US2005-0064453、US2005-0171338、US2005-0282198、US2006-0183161、US2006-0252050、US2007-0264645、US2007-0275104、US2008-0118920、US2008-0187920、US2008-0199865、US2008-0254476、US2008-0254477、US2008-0254478、US2008-0311581、US2009-0023147、US2009-0093396、US2009-0163460、US2009-0170105、US2009-0191564、US2010-0028893、US2010-0129798、US2010-0255475、US2010-0279280、US2011-0008906、US2013-0011841、US2003-0175764、US2004-0110168、US2010-0098775、US2010-0098809、US2010-0105038、US2010-0112570、US2010-0136561、US2012-0208187、およびUS2013-0337448のうちの1つまたは複数に記載されており、それらの各々は、全体として参照により本明細書に組み入れられる。
定義
用語「一塩基多型」（SNP）は、一塩基における挿入、欠失または、変化のような一塩基変化の結果として生じる、集団のゲノム中の遺伝子配列における変異を表す。遺伝子座は、相違が起こる部位である。SNPは、コードされるタンパク質の構造および機能を変更する改変アミノ酸配列を生じる可能性があり、エキソン-イントロン移行部に存在するとスプライシング過程に影響を及ぼし、プロモーターの一部に存在すると遺伝子転写を改変する。この改変は、タンパク質発現のレベル変更につながる可能性がある。
本明細書に使用される用語「処置する」、「処置すること」、「処置」などは、障害およびそれに関連する症状を低減または回復させることを表す。障害または状態を処置することは、障害、状態またはそれに関連する症状が、完全に排除されることを除外するわけではないが、それを要求するものではないことが理解されよう。処置することは、医療専門家または診断科学者が対象に所望の方針または処置レジメン、例えば処方の推奨を行うことを含み得る。
本明細書に使用される用語「予防する」、「予防すること」、「予防」、「予防的処置」などは、障害または状態を有さないが、それを発生するリスクを有するまたは発生しやすい対象において、障害または状態を発生する確率を低減させることを表す。
本明細書に使用される用語「薬物」、「投薬」、「治療」、「活性薬剤」、「治療用化合物」、「組成物」、または「化合物」は、互換的に使用され、身体機能の疾患、病気、状態、または障害を治療または予防するために使用することができる任意の化学実体、医薬、薬物、生物学的製剤、植物などを表す。薬物は、公知の治療用化合物および潜在的治療用化合物の両方を含み得る。薬物は、当業者に公知のスクリーニングを用いたスクリーニングによって治療的であると決定され得る。「公知の治療用化合物」、「薬物」、または「投薬」は、そのような処置に有効であると（例えば、動物試験またはヒトへの投与による事前経験により）示された治療用化合物を表す。「治療レジメン」は、本明細書に開示される「薬物」、「投薬」、「治療」、「活性薬剤」、「治療用化合物」、「組成物」、もしくは「化合物」を含む処置、および／または対象による行動修正を含む処置、および／または外科的手段を含む処置に関する。
本明細書に使用される「IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン」は、「IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン」よりも高い用量（例えば、単回処置の用量および／または1つもしくは複数の単回処置を含む1日用量）の薬物を含む。薬物の実際の用量は、薬物に依存する。薬物の知識を有する当業者であれば、何が薬物のより高い用量と見なされ、かつ何がより低い用量と見なされるかを理解するであろう。
特に定義しない限り、本明細書に使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する当業者によって通常理解されるものと同じ意味を有する。明細書において、単数形は、文脈が明らかに他のことを指示しない限り複数も含み、例として、用語「a」、「an」、および「the」は、単数または複数であると理解され、用語「または」は、包含的であると理解される。例として、「an element（1つの要素）」は、1つまたは複数の要素を意味する。本明細書全体にわたり、語「含んでいる」、または「含む」もしくは「含んでいる」などの変形は、述べられた要素、整数もしくは段階、または要素、整数もしくは段階の群の包含を意味し、任意の他の要素、整数もしくは段階、または要素、整数もしくは段階の群の除外を意味しないことが理解される。「約」は、述べられた値の10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、または0.01％内と理解することができる。特に文脈から明らかでない限り、本明細書に提供される全ての数値は、用語「約」によって修飾されている。本明細書に使用される用語「複数」は、1つより多い、すなわち、2、3、4、5、6、7、8、9、10、100、1,000、10,000、100,000またはそれ以上およびその間の任意の数を意味する。
本明細書に記載される方法および材料と類似または等価の方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるものの、適切な方法および材料が下に記載される。本明細書に言及される全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、全体として参照により本明細書に組み入れられる。本明細書に引用される参考文献は、特許請求された発明の先行技術であるとは認められない。矛盾する場合、本明細書が、定義を含めて優先される。加えて、材料、方法、および実施例は単なる例証であり、限定することを意図しない。
実施例1：炎症性刺激に対する個別の患者の応答は、患者の複合IL-1遺伝子型パターンに依存する
本実施例では、標準的な炎症活性化因子に対する対象の炎症応答を、その複合IL-1遺伝子型パターンと相関づけた。ここで、女性対象645人を、組入れ基準：(1)年齢20〜35歳および(2)フィッツパトリック肌トーンI〜IIIについてスクリーニングした。対象の遺伝子型を判定し、複合IL-1遺伝子型パターン1〜3の各々について対象20〜30人を試験への組入れのために選択した。選択された対象を炎症性刺激、すなわち紫外線（UV）照射（標準的な炎症活性化因子）に曝露した。対象を漸増する線量のUV照射に曝露し、臨床的に測定可能な皮膚炎症を産生するために必要な最低UV線量を標準的な検査員が決定し、皮膚の分光光度読取り値によって独立して評価した。各個体についてのスコアを最小紅斑量（MED）として表現した。対象の遺伝子型に対して盲検化された熟練の検査員が全ての測定を行った。次に、各対象の炎症応答を複合IL-1遺伝子型パターンと相関づけた。結果を下の表3に示す。
Figure 2019503176
複合IL-1遺伝子型パターン1および2を有する対象（「高IL-1β生産者」）は、パターン3を有する対象（「低IL-1β生産者」）と比較したとき、より低い刺激UV照射線量で臨床的に測定可能な炎症応答を発生した。UV照射後の皮膚生検材料において、パターン1および2を有する対象は、パターン3を有する対象と比較して、IL1A遺伝子のmRNAを高く発現した（p<0.0001）。パターン2を有する対象は、パターン3を有する対象と比較して、IL1B、IL6、およびMMP9遺伝子のmRNAを高く発現した（p<0.0001）。総合して、高IL-1β生産者は、低IL-1β生産者と比較して低いUV線量で炎症を経験した。
これらのデータは、個体が、個体の複合IL-1遺伝子型パターンに基づきIL-1αおよび／またはIL-1βを標的化する薬物に対して差次的応答を有するはずであることを示唆している。
実施例2：IL-1遮断薬に対する個別の患者の応答は、患者の複合IL-1遺伝子型パターンに依存する
この例では、組換えIL-1レセプターアンタゴニスト（IL-1RA）に対する対象の応答をその複合IL-1遺伝子型パターンと相関づけた。IL-1の生物学的活性は、炎症促進アゴニストIL-1αおよびIL-1βと抗炎症タンパク質IL-1RAとの間の均衡の関数である。ヒト組換えIL-1RAは、関節リウマチを含む複数の疾患を処置するための臨床使用のために承認されている。
関節リウマチを処置するための無作為化対照臨床試験において、対象に組換えIL-1RAアナキンラ（150mg/日）またはプラセボを投与した。肯定的な応答を、第24週までの腫脹関節数の少なくとも50％の低減として定義した（米国リウマチ学会（American College of Rheumatology）の50％応答；ACR50）。アナキンラ投与に対する対象の肯定的な応答率は48％であり（対象91人中肯定的な応答44人）、アナキンラに対するこの肯定的な応答率は、プラセボ投与に対する肯定的な応答率と有意差がなかった。図2参照。
次に、患者を3つの複合IL-1遺伝子型パターンにより層別化した。パターン1を有する対象は、アナキンラに対して63％の肯定的な応答率を有し、一方で、パターン2または3のいずれかを有する対象は、22％の肯定的な応答率を有した。図2において、パターン1を有する対象は、「IL-1遺伝子型POS」として同定され、パターン2または3を有する対象は、「IL-1遺伝子型NEG」として同定される。パターン1を有する対象について、プラセボと比べてアナキンラを投与された対象について肯定的な応答率の改善が、高度に有意であった（p=0.000076）。他方、アナキンラを投与された対象とプラセボを投与された対象との間で、パターン2または3を有する対象についての肯定的な応答率に差はなかった。
結論として、本明細書に開示される3つの機能的複合IL-1遺伝子型パターンは、どの関節リウマチ患者が強い好都合な応答を有する可能性があり、だれがIL-1の生物学的活性を遮断するFDA承認組換えIL-1RA薬に対して臨床的に意味のある応答をする可能性が低いかを識別する。
実施例3：IL-1の発現を低減させる植物性組成物に対する個別の患者の応答は、患者の複合IL-1遺伝子型パターンに依存する
本実施例では、IL-1阻害性植物組成物に対する対象の応答をその複合IL-1遺伝子型パターンと相関づけた。ヒト単核細胞におけるIL-1β遺伝子発現を阻害する能力を有する植物組成物を開発した。選択された候補成分も、IL-1β下流のメディエーター産生の阻害についてスクリーニングした。主要IL-1阻害成分は、ローズヒップ抽出物であった。4種の二次的成分を下流のメディエーター阻害のために選択した。
CRPレベルが2mg/L以上の明らかに健康な成人対象に、この無作為化対照臨床試験への参加資格を与えた。複合IL-1遺伝子パターンについて対象を遺伝子型判定した。無作為化の前に、パターン1または2を有する対象を「IL-1陽性」遺伝子型区分に分類し、パターン3を有する対象を「IL-1陰性」遺伝子型区分に分類した。2つの遺伝子型区分の各々の中で、植物またはプラセボのいずれかを受けるよう対象を無作為化した。
対象は、自分に割り当てられた製品を毎日12週間消費した。全ての対象を単核細胞、末梢血単核細胞のIL-1β産生および血液CRPレベルについてベースラインで、および2週間毎にモニタリングした。
IL-1陽性区分であり、植物組成物を受けた対象は、12週目にIL-1発現にベースラインから61.2％の平均減少を有した一方で、プラセボを受けたこの区分の対象は、ベースラインから変化しなかった。この群間差は、統計的に有意であった（p<0.001）。IL-1陰性区分であり、植物組成物を受けた対象は、12週目にIL-1発現にベースラインから43.8％の平均減少を有し、この減少は、プラセボを受けたこの区分の対象と有意差があった（p<0.05）。IL-1陽性区分の対象は、各区分における対象のパーセンテージによって測定したとき、IL-1陰性区分の対象と比較して、植物組成物を受けた後にIL-1発現に有意に大きな減少を有し（p=0.012）、IL-1の発現は、ベースラインから30％超減少した。
植物組成物を受けたIL-1陽性区分の対象の40％において、ベースラインから30％を超える血中CRPの減少が観察された一方で、そのようなCRPの減少が観察されたのは、植物組成物を受けたIL-1区分陰性の対象のわずか10.5％であった（p=0.03）。
実施例4：1型糖尿病を処置するための注射用組成物と合わせた複合IL-1遺伝子型パターンの使用
本実施例では、1型糖尿病を処置するための皮下組成物に対する対象の応答を、対象の複合IL-1遺伝子型パターンと相関づける。ここで、1型糖尿病を患っている対象を無作為化し、1つの群に0.3mg/kgで製剤化されたゲボキズマブ（Xoma/Servier製造）を4週間に1回皮下注射し、別の群にプラセボを投与する。その後、対象は、その治療応答を定量される。対象を遺伝子型判定し、3つの複合IL-1遺伝子型パターンにより層別化する。最後に、処置群と複合IL-1遺伝子型パターンとの相関を計算し、各パターンについての肯定的な応答率を決定する。
実施例5：局所眼用抗炎症組成物と合わせた複合IL-1遺伝子型パターンの使用
本実施例では、局所眼用抗炎症剤への対象の応答を、その複合IL-1遺伝子型パターンと相関づける。ここで、ドライアイ疾患またはアレルギー性結膜炎（AC）を患っている対象を無作為化し、1つの群に5mg/mlまたは20mg/mlで製剤化されたイスナキンラ（Eleven Biotherapeutics製造）を1日3回投与し、別の群にプラセボを投与する。その後、対象は、その治療応答を定量される。対象を遺伝子型判定し、3つの複合IL-1遺伝子型パターンにより層別化する。最後に、処置群と複合IL-1遺伝子型パターンとの相関を計算し、各パターンについての肯定的な応答率を決定する。
実施例6：主要評価項目を達成しない臨床試験を再評価するための複合IL-1遺伝子型パターンの使用
本実施例では、ベーチェット病の処置に対するゲボキズマブ（Xoma/Servier製造）の有効性を評価する第3相臨床試験は、その主要評価項目を達成しなかった。この第3相試験では、プラセボを受けた対象を、ゲボキズマブを受けた対象と比較した。本実施例では、第3相臨床試験に組み入れられ、試験を完了した対象を遺伝子型判定し、3つの複合IL-1遺伝子型パターンにより層別化する。各複合IL-1遺伝子型パターンについて、ゲボキズマブを受けた対象の応答を、プラセボを受けた対象と比較する。追加的に、各複合IL-1遺伝子型パターンの対象についてのゲボキズマブに対する応答を比較する。試験データを再評価することによって、ある特定の複合IL-1遺伝子型パターンの対象が、その主要評価項目に到達した一方で、他の複合IL-1遺伝子型パターンの対象が到達しなかったと判定することが可能であり得る。そのような情報は、有効で安全な処置を得るための個別化療法の開発および標的化使用を可能にする。
実施例7：経口抗変形性関節症組成物と合わせた複合IL-1遺伝子型パターンの使用
本実施例では、経口抗変形性関節症薬に対する対象の応答をその複合IL-1遺伝子型パターンと相関づける。ここで、変形性膝関節症を患っている対象を無作為化し、1群に1錠50mgに製剤化されたジアセレイン（TWI Pharmaceuticals製造）を1日1回または2回投与し、別の群にプラセボを投与する。その後、対象は、その治療応答を定量される。無作為化の前後または応答定量の前後に、対象を遺伝子型判定し、3つの複合IL-1遺伝子型パターンにより層別化する。最後に、処置群と複合IL-1遺伝子型パターンとの相関を計算し、各パターンについての肯定的な応答率を決定する。

Claims (110)

  1. ヒト集団を、例えば臨床試験のために層別化するための方法であって、
    (a)該集団において複数のヒト対象を選択する段階；
    (b)該複数のヒト対象の各々に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (c)各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；
    (d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (e)該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、各ヒト対象を試験群に割り当てる段階
    を含む、方法。
  2. 各ヒト対象について、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
  3. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象が、別々の試験群に割り当てられる、請求項1または請求項2記載の方法。
  4. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象が、別々の試験群に割り当てられる、請求項3記載の方法。
  5. 複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象が、別々の試験群に割り当てられる、請求項4記載の方法。
  6. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象が、同じ試験群に割り当てられる、請求項3記載の方法。
  7. ヒト対象が、IL-1β関連障害または心血管疾患を有する、有すると疑われる、または有するリスクを有する、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
  8. イスナキンラ（Isunakinra）の安全性および／または効力に関する臨床試験のためにヒト集団を層別化するための方法であって、
    (a)該集団において複数のヒト対象を選択する段階；
    (b)該複数のヒト対象の各々に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (c)各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；
    (d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (e)該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、各ヒト対象を試験群に割り当てる段階
    を含む、方法。
  9. 各ヒト対象について、単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項8記載の方法。
  10. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象が、別々の試験群に割り当てられる、請求項8または請求項9記載の方法。
  11. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象が、別々の試験群に割り当てられる、請求項10記載の方法。
  12. 複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象が、別々の試験群に割り当てられる、請求項11記載の方法。
  13. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象が、同じ試験群に割り当てられる、請求項10記載の方法。
  14. ヒト対象が、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患を有する、有すると疑われる、または有するリスクを有する、請求項1〜13のいずれか一項記載の方法。
  15. (a)IL-1β関連障害と診断された、IL-1β関連障害を有すると疑われる、またはIL-1β関連障害のリスクを有するヒト対象を選択する段階；
    (b)該ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (c)該単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；
    (d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (e)該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、治療レジメンの推奨を提供する段階
    を含む、方法。
  16. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項15記載の方法。
  17. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンの推奨が提供される、請求項15または請求項16記載の方法。
  18. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、異なる治療レジメンの推奨が提供される、請求項17記載の方法。
  19. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンの推奨が提供される、請求項17記載の方法。
  20. 複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、同じ治療レジメンの推奨が提供される、請求項17記載の方法。
  21. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象、複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象、および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンの推奨が提供される、請求項17記載の方法。
  22. ヒト対象が、IL-1β関連障害または心血管疾患を有する、有すると疑われる、または有するリスクを有する、請求項15〜21のいずれか一項記載の方法。
  23. 複合IL-1遺伝子パターン1を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンの推奨が提供される、請求項22記載の方法。
  24. 複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンの推奨が提供される、請求項22記載の方法。
  25. 複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンの推奨が提供される、請求項22記載の方法。
  26. 治療レジメンが、表2より選択される薬物、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬を含む、請求項15〜25のいずれか一項記載の方法。
  27. (a)アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患と診断された、アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患を有すると疑われる、またはアレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患のリスクを有するヒト対象を選択する段階；
    (b)該ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (c)該単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；
    (d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (e)該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、イスナキンラを含む治療レジメンの推奨を提供する段階
    を含む、方法。
  28. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項27記載の方法。
  29. 複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンの推奨が提供される、請求項27または請求項28記載の方法。
  30. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンの推奨が提供される、請求項29記載の方法。
  31. 複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、(i)イスナキンラを含む積極的な治療レジメンまたは(ii)イスナキンラを含む緩やかな治療レジメンの推奨が提供される、請求項27または請求項28記載の方法。
  32. 複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、イスナキンラを含まない治療レジメンの推奨が提供される、請求項27または請求項28記載の方法。
  33. 積極的な治療レジメンが、イスナキンラを含む緩やかな治療レジメンよりも高い用量のイスナキンラを含む、請求項31または請求項32記載の方法。
  34. 推奨される治療レジメンが、提供される場合、約1mg/ml〜約50mg/mlで製剤化されたイスナキンラを含む、請求項31〜33のいずれか一項記載の方法。
  35. イスナキンラが、提供される場合、約5mg/mlまたは約20mg/mlで製剤化されている、請求項34記載の方法。
  36. 推奨される治療レジメンが、イスナキンラを1日約1回〜1日約5回提供することを含む、請求項27〜35のいずれか一項記載の方法。
  37. 推奨される治療レジメンが、イスナキンラを1日約3回提供することを含む、請求項27〜36のいずれか一項記載の方法。
  38. (a)IL-1β関連障害と診断された、IL-1β関連障害を有すると疑われる、またはIL-1β関連障害のリスクを有するヒト対象を選択する段階；
    (b)該ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (c)該単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；
    (d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (e)該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、治療レジメンを提供する段階
    を含む、方法。
  39. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項38記載の方法。
  40. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンが提供される、請求項38または請求項39記載の方法。
  41. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、異なる治療レジメンが提供される、請求項40記載の方法。
  42. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンが提供される、請求項40記載の方法。
  43. 複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、同じ治療レジメンが提供される、請求項40記載の方法。
  44. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象、複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象、および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンが提供される、請求項40記載の方法。
  45. ヒト対象が、IL-1β関連障害または心血管疾患を有する、有すると疑われる、または有するリスクを有する、請求項38〜44のいずれか一項記載の方法。
  46. 複合IL-1遺伝子パターン1を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される、請求項45記載の方法。
  47. 複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される、請求項45記載の方法。
  48. 複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される、請求項45記載の方法。
  49. 治療レジメンが、表2より選択される薬物、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬を含む、請求項38〜48のいずれか一項記載の方法。
  50. (a)アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患と診断された、アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患を有すると疑われる、またはアレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患のリスクを有するヒト対象を選択する段階；
    (b)該ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (c)該単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；
    (d)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (e)該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、治療レジメンを提供する段階
    を含む、方法。
  51. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項50記載の方法。
  52. 複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンが提供される、請求項50または請求項51記載の方法。
  53. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンが提供される、請求項52記載の方法。
  54. 複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、(i)イスナキンラを含む積極的な治療レジメンまたは(ii)イスナキンラを含む緩やかな治療レジメンが提供される、請求項50または請求項51記載の方法。
  55. 複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、イスナキンラを含まない治療レジメンが提供される、請求項50または請求項51記載の方法。
  56. 治療レジメンが、提供される場合、約1mg/ml〜約50mg/mlで製剤化されたイスナキンラを含む、請求項50〜55のいずれか一項記載の方法。
  57. イスナキンラが、提供される場合、約5mg/mlまたは約20mg/mlで製剤化されている、請求項56記載の方法。
  58. 治療レジメンが、1日約1回〜1日約5回提供されるイスナキンラを含む、請求項50〜57のいずれか一項記載の方法。
  59. 治療レジメンが、1日約3回提供されるイスナキンラを含む、請求項50〜58のいずれか一項記載の方法。
  60. IL-1β関連障害を有するまたはIL-1β関連障害のリスクを有するヒト対象を処置するための方法であって、
    (a)IL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての該ヒト対象の一塩基多型（SNP）対立遺伝子に関する情報を得る段階；
    (b)段階(a)で得られた情報および表1に開示される情報に基づき、該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (c)IL-1β活性を阻害する薬物を該ヒト対象に提供する段階
    を含む、方法。
  61. IL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についての前記ヒト対象のSNP対立遺伝子に関する情報を得る段階をさらに含む、請求項60記載の方法。
  62. 複合IL-1遺伝子パターン1を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される、請求項60または請求項61記載の方法。
  63. 複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される、請求項60または請求項61記載の方法。
  64. 複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、(i)IL-1β活性を阻害する薬物を含む積極的な治療レジメン、(ii)IL-1β活性を阻害する薬物を含む緩やかな治療レジメン、または(iii)IL-1β活性を阻害する薬物を含まない治療レジメンが提供される、請求項60または請求項61記載の方法。
  65. 積極的な治療レジメンが、緩やかな治療レジメンよりも高い用量の、IL-1β活性を阻害する薬物を含む、請求項62または請求項63記載の方法。
  66. 薬物が表2より選択される、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬である、請求項60〜65のいずれか一項記載の方法。
  67. アレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患を有するまたはアレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患のリスクを有するヒト対象を処置するための方法であって、
    (a)IL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての該ヒト対象の一塩基多型（SNP）対立遺伝子に関する情報を得る段階；
    (b)段階(a)で得られた情報および表1に開示される情報に基づき、該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (c)治療レジメンを該ヒト対象に提供し、それにより、IL-1支配的であるアレルギー性ACおよび／またはドライアイ疾患を処置する段階
    を含む、方法。
  68. IL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についての前記ヒト対象のSNP対立遺伝子に関する情報を得る段階をさらに含む、請求項67記載の方法。
  69. 複合IL-1遺伝子パターン1または2を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン3を有する対象に、異なる治療レジメンが提供される、請求項67または請求項68記載の方法。
  70. 複合IL-1遺伝子パターン1を有する対象および複合IL-1遺伝子パターン2を有する対象に、同じ治療レジメンが提供される、請求項69記載の方法。
  71. 複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、(i)イスナキンラを含む積極的な治療レジメンまたは(ii)イスナキンラを含む緩やかな治療レジメンが提供される、請求項67または請求項68記載の方法。
  72. 複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象に、イスナキンラを含まない治療レジメンが提供される、請求項67または請求項68記載の方法。
  73. 積極的な治療レジメンが、緩やかな治療レジメンよりも高い用量のイスナキンラを含む、請求項71または請求項72記載の方法。
  74. 治療レジメンが、約1mg/ml〜約50mg/mlで製剤化されたイスナキンラを含む、請求項67〜73のいずれか一項記載の方法。
  75. イスナキンラが、提供される場合、約5mg/mlまたは約20mg/mlで製剤化されている、請求項74記載の方法。
  76. 治療レジメンが、1日約1回〜1日約5回提供されるイスナキンラを含む、請求項67〜75のいずれか一項記載の方法。
  77. 治療レジメンが、1日約3回提供されるイスナキンラを含む、請求項67〜76のいずれか一項記載の方法。
  78. ヒト対象がIL-1β関連障害に罹患しやすいかどうかを判定するための方法であって、
    (a)該ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (b)該単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；ならびに
    (c)段階(c)における検出および表1に開示される情報に基づき、該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階
    を含む、方法。
  79. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項78記載の方法。
  80. ヒト対象が複合IL-1遺伝子パターン1を有する場合、該ヒト対象はIL-1β関連障害に罹患しやすい、請求項78または請求項79記載の方法。
  81. ヒト対象が複合IL-1遺伝子パターン2を有する場合、該ヒト対象はIL-1β関連障害に罹患しやすい、請求項78または請求項79記載の方法。
  82. ヒト対象が複合IL-1遺伝子パターン2を有する場合、該ヒト対象はIL-1β関連障害に罹患しやすくない、請求項78または請求項79記載の方法。
  83. ヒト対象が複合IL-1遺伝子パターン3を有する場合、該ヒト対象はIL-1β関連障害に罹患しやすくない、請求項78または請求項79記載の方法。
  84. ヒト対象が、心血管疾患またはアレルギー性結膜炎（AC）および／もしくはドライアイ疾患を有する、有すると疑われる、または有するリスクを有する、請求項78〜83のいずれか一項記載の方法。
  85. IL-1β関連障害を有するヒト対象が、IL-1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けると考えられる／該薬物に応答性であると考えられるかどうかを判定するための方法であって、
    (a)該ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (b)該単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；ならびに
    (c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階
    を含み、
    複合IL-1遺伝子パターン1を有するヒト対象が、IL-1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けると考えられ／該薬物に応答性であると考えられ、複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象が、IL-1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けないと考えられる／該薬物に応答性であると考えられる、
    方法。
  86. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項85記載の方法。
  87. 複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象が、IL-1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けると考えられる／該薬物に応答性であると考えられる、請求項85または請求項86記載の方法。
  88. 複合IL-1遺伝子パターン2を有するヒト対象が、IL-1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けないと考えられる／該薬物に応答性であると考えられる、請求項85または請求項86記載の方法。
  89. 薬物が表2より選択される、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬である、請求項85〜88のいずれか一項記載の方法。
  90. アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患を有するヒト対象が、イスナキンラから治療上の利益を受けると考えられる／イスナキンラに応答性であると考えられるかどうかを判定するための方法であって、
    (a)該ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (b)該単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；ならびに
    (c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階
    を含み、
    複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象が、イスナキンラから治療上の利益を受けると考えられ／イスナキンラに応答性であると考えられ、複合IL-1遺伝子パターン3を有するヒト対象が、イスナキンラから治療上の利益を受けないと考えられる／イスナキンラに応答性であると考えられる、
    方法。
  91. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項90記載の方法。
  92. (a)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出するための試薬；
    (b)段階(a)における検出および表1に開示される情報に基づきヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定するための説明書；ならびに
    (c)該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、対象がIL-1β関連障害に罹患しやすいかどうか／IL-1β活性を阻害する薬物から治療上の利益を受けると考えられるかどうか／該薬物に応答性であると考えられるかどうかを判定するための説明書
    を含む、キット。
  93. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出するための試薬をさらに含む、請求項92記載のキット。
  94. 薬物が表2より選択される、および／または表2の薬物と類似のもしくは同一の作用様式を有する代替薬である、請求項92または請求項93記載の方法。
  95. (a)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出するための試薬；
    (b)段階(a)における検出および表1に開示される情報に基づきヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定するための説明書；ならびに
    (c)該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンに基づき、対象がIL-1β関連障害に罹患しやすいかどうか／イスナキンラから治療上の利益を受けると考えられるかどうか／イスナキンラに応答性であると考えられるかどうかを判定するための説明書
    を含む、キット。
  96. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出するための試薬をさらに含む、請求項95記載のキット。
  97. IL-1β関連障害が、アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患である、請求項95または請求項96記載のキット。
  98. 臨床試験の完了後にヒト集団を層別化するための方法であって、
    (a)臨床試験を受けた複数のヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (b)各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；
    (c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (d)各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを考慮して、各ヒト対象についての完了した臨床試験からのデータを再評価する段階
    を含む、方法。
  99. 各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項98記載の方法。
  100. イスナキンラの安全性および／または効力に関する臨床試験の完了後にヒト集団を層別化するための方法であって、
    (a)イスナキンラの安全性および／または効力に関する臨床試験を受けた複数のヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (b)各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；
    (c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (d)各ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを考慮して、各ヒト対象についてのイスナキンラの安全性および／または効力に関する完了した臨床試験からのデータを再評価する段階
    を含む、方法。
  101. 各ヒト対象について、各単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項100記載の方法。
  102. アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患を有するヒト対象が、イスナキンラを含む処置から治療上の利益を受けると考えられるまたは該処置に応答性であると考えられるかどうかを選択するための方法であって、
    (a)該ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (b)該単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；ならびに
    (c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；
    (d)複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、イスナキンラを5mg/mlまたは20mg/mlの濃度で含む局所眼用製剤を、1日3回、少なくとも1週間投与する段階；ならびに
    (e)IL-1支配的であるACおよび／またはドライアイ疾患の症状が改善したかどうかを同定し、もしそうならば、該ヒト対象がイスナキンラを含む処置から治療上の利益を受けると考えられるまたは該処置に応答性であると考えられることを同定する段階
    を含む、方法。
  103. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項102記載の方法。
  104. アレルギー性結膜炎（AC）および／またはドライアイ疾患を処置するための方法であって、
    (a)ヒト対象に由来する生物学的試料から単離された核酸を得る段階；
    (b)単離された核酸におけるIL1B(-511)rs16944 C>T多型遺伝子座、IL1B(-1464)rs1143623 G>C多型遺伝子座、およびIL1B(-3737)rs4848306 C>T多型遺伝子座の各々についての一塩基多型（SNP）対立遺伝子を検出する段階；ならびに
    (c)段階(b)における検出および表1に開示される情報に基づき、該ヒト対象の複合IL-1遺伝子パターンを決定する段階；ならびに
    (d)複合IL-1遺伝子パターン1または2を有するヒト対象に、イスナキンラを5mg/mlまたは20mg/mlの濃度で含む局所眼用製剤を、1日3回、少なくとも1日間投与し、それにより、IL-1支配的であるACおよび／またはドライアイ疾患を処置する段階
    を含む、方法。
  105. 単離された核酸におけるIL1A(+4845)rs17561 G>T多型遺伝子座およびIL1B(+3954)rs1143634 C>T多型遺伝子座の各々についてのSNP対立遺伝子を検出する段階をさらに含む、請求項104記載の方法。
  106. イスナキンラを含む局所眼用製剤が、少なくとも1週間投与される、請求項104または請求項105記載の方法。
  107. イスナキンラを含む局所眼用製剤が、少なくとも1ヶ月間投与される、請求項104または請求項105記載の方法。
  108. イスナキンラを含む局所眼用製剤が、少なくとも1年間投与される、請求項104または請求項105記載の方法。
  109. ヒト対象が心血管疾患を有する、有すると疑われる、または有するリスクを有する、請求項60〜66のいずれか一項記載の方法。
  110. ヒト対象が心血管疾患を有する、有すると疑われる、または有するリスクを有する、請求項85〜89のいずれか一項記載の方法。
JP2018536437A 2016-01-12 2017-01-12 処置に対する応答を予測するための方法 Pending JP2019503176A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662277760P 2016-01-12 2016-01-12
US62/277,760 2016-01-12
PCT/US2017/013101 WO2017123696A1 (en) 2016-01-12 2017-01-12 Methods for predicting response to treatment

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2019503176A true JP2019503176A (ja) 2019-02-07
JP2019503176A5 JP2019503176A5 (ja) 2020-02-20

Family

ID=57956384

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2018536437A Pending JP2019503176A (ja) 2016-01-12 2017-01-12 処置に対する応答を予測するための方法

Country Status (6)

Country Link
US (2) US10894985B2 (ja)
EP (1) EP3402900A1 (ja)
JP (1) JP2019503176A (ja)
AU (1) AU2017207341A1 (ja)
CA (1) CA3011363A1 (ja)
WO (1) WO2017123696A1 (ja)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2020506225A (ja) * 2017-01-12 2020-02-27 カーディオフォーキャスト リミテッド 心血管疾患を処置するための方法およびキット
JP2020178536A (ja) * 2019-04-23 2020-11-05 ジェネシスヘルスケア株式会社 アレルギー性結膜炎のリスクを判定する方法

Families Citing this family (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2017123696A1 (en) 2016-01-12 2017-07-20 Interleukin Genetics, Inc. Methods for predicting response to treatment
DE102018104133A1 (de) * 2018-02-23 2019-08-29 Klinikum der Universität München, Anstalt des öffentlichen Rechts Biomarker zur Feststellung einer möglichen Unverträglichkeit gegenüber Metallimplantaten
US20210395751A1 (en) 2018-10-31 2021-12-23 The University Of Sydney Compositions and methods for treating viral infections
EP3980561A1 (en) * 2019-06-06 2022-04-13 Sitokine Limited Compositions and methods for treating lung, colorectal and breast cancer
WO2021028469A1 (en) * 2019-08-12 2021-02-18 Sitokine Limited Compositions and methods for treating cytokine release syndrome and neurotoxicity
WO2021205013A1 (en) * 2020-04-09 2021-10-14 Sitokine Limited Compositions and methods for treating covid-19

Family Cites Families (77)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
NO870613L (no) 1986-03-05 1987-09-07 Molecular Diagnostics Inc Deteksjon av mikroorganismer i en prŸve inneholdende nukleinsyre.
US4988617A (en) 1988-03-25 1991-01-29 California Institute Of Technology Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids
DE68928853T2 (de) 1988-05-20 1999-08-05 Cetus Corp Befestigung von sequenzspezifischen proben
US4988167A (en) 1988-08-10 1991-01-29 Fergason James L Light blocking and vision restoration apparatus with glint control
US5118801A (en) 1988-09-30 1992-06-02 The Public Health Research Institute Nucleic acid process containing improved molecular switch
CA2020958C (en) 1989-07-11 2005-01-11 Daniel L. Kacian Nucleic acid sequence amplification methods
US5494810A (en) 1990-05-03 1996-02-27 Cornell Research Foundation, Inc. Thermostable ligase-mediated DNA amplifications system for the detection of genetic disease
US5210015A (en) 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
US5539082A (en) 1993-04-26 1996-07-23 Nielsen; Peter E. Peptide nucleic acids
US5714331A (en) 1991-05-24 1998-02-03 Buchardt, Deceased; Ole Peptide nucleic acids having enhanced binding affinity, sequence specificity and solubility
US5270184A (en) 1991-11-19 1993-12-14 Becton, Dickinson And Company Nucleic acid target generation
JP2001507921A (ja) 1992-04-27 2001-06-19 トラスティーズ オブ ダートマス カレッジ 生物学的液体中の遺伝子配列の検出
US5547835A (en) 1993-01-07 1996-08-20 Sequenom, Inc. DNA sequencing by mass spectrometry
US5422252A (en) 1993-06-04 1995-06-06 Becton, Dickinson And Company Simultaneous amplification of multiple targets
US6027923A (en) 1993-07-23 2000-02-22 Bio-Rad Laboratories, Inc. Linked linear amplification of nucleic acids
US5527675A (en) 1993-08-20 1996-06-18 Millipore Corporation Method for degradation and sequencing of polymers which sequentially eliminate terminal residues
US5498531A (en) 1993-09-10 1996-03-12 President And Fellows Of Harvard College Intron-mediated recombinant techniques and reagents
DE4331012A1 (de) 1993-09-13 1995-03-16 Bayer Ag Nukleinsäuren-bindende Oligomere mit N-Verzweigung für Therapie und Diagnostik
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
US5657255C1 (en) 1995-04-14 2002-06-11 Interleukin Genetics Inc Hierarchic biological modelling system and method
US5686246A (en) 1995-08-03 1997-11-11 Kornman; Kenneth S. Detecting genetic predisposition to periodontal disease
AU735440B2 (en) 1996-02-09 2001-07-05 Cornell Research Foundation Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
US5698399A (en) 1996-04-05 1997-12-16 Duff; Gordon W. Detecting genetic predisposition for osteoporosis
US6108635A (en) 1996-05-22 2000-08-22 Interleukin Genetics, Inc. Integrated disease information system
EP0912761A4 (en) 1996-05-29 2004-06-09 Cornell Res Foundation Inc DETERMINATION OF DIFFERENCES IN THE NUCLEIC ACID SEQUENCE BY MEANS OF A COMBINATION OF LIGASE DETERMINATION AND POLYMERASE CHAIN REACTION
US6117635A (en) 1996-07-16 2000-09-12 Intergen Company Nucleic acid amplification oligonucleotides with molecular energy transfer labels and methods based thereon
US5866336A (en) 1996-07-16 1999-02-02 Oncor, Inc. Nucleic acid amplification oligonucleotides with molecular energy transfer labels and methods based thereon
GB9618960D0 (en) 1996-09-11 1996-10-23 Medical Science Sys Inc Proteases
GB9621129D0 (en) 1996-10-10 1996-11-27 Duff Gordon W Detecting genetic predisposition to sight-threatening diabetic retinopathy
US6210877B1 (en) 1997-03-10 2001-04-03 Interleukin Genetics, Inc. Prediction of coronary artery disease
US7820383B2 (en) 1997-03-10 2010-10-26 Interleukin Genetics, Inc. Method for diagnosing myocardial infarction
US6720141B1 (en) 1999-11-01 2004-04-13 Interleukin Genetics, Inc. Diagnostics and therapeutics for restenosis
US6524795B1 (en) 1997-03-10 2003-02-25 Interleukin Genetics, Inc. Diagnostics for cardiovascular disorders
GB9723553D0 (en) 1997-11-07 1998-01-07 Duff Gordon W Prediction of the risk of chronic obstructive airway disease
US20050282198A1 (en) 1997-05-29 2005-12-22 Interleukin Genetics, Inc. Diagnostics and therapeutics for diseases associated with an IL-1 inflammatory haplotype
GB9711040D0 (en) 1997-05-29 1997-07-23 Duff Gordon W Prediction of inflammatory disease
US6437216B1 (en) 1997-11-13 2002-08-20 Interleukin Genetics Inc. Transgenic models of inflammatory disease
US6746839B1 (en) 1998-01-12 2004-06-08 Interleukin Genetics, Inc. Diagnostics and therapeutics for an obstructive airway disease
US20050032077A1 (en) 1998-03-10 2005-02-10 Duff Gordon W. Detecting genetic predisposition to sight-threatening diabetic retinopathy
US6733967B1 (en) 1998-04-21 2004-05-11 Interleukin Genetics, Inc. Fetal testing for prediction of low birth weight
US6251598B1 (en) 1998-10-30 2001-06-26 Interleukin Genetics, Inc. Methods for diagnosing sepsis
WO2000047619A1 (en) 1999-02-10 2000-08-17 Interleukin Genetics, Inc. Therapeutics and diagnostics based on an il-1b mutation
US6506594B1 (en) 1999-03-19 2003-01-14 Cornell Res Foundation Inc Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
EP1194590A2 (en) 1999-06-30 2002-04-10 Interleukin Genetics, Inc. Diagnostics and therapeutics for diseases associated with an il-1 inflammatory haplotype
US20100255475A1 (en) 1999-08-30 2010-10-07 Kornman Kenneth S Diagnostics and therapeutics for osteoporosis
US20090023147A1 (en) 1999-08-30 2009-01-22 Kenneth Kornman Diagnostics and therapeutics for osteoporosis
US7723028B2 (en) 2000-08-30 2010-05-25 Interleukin Genetics, Inc. Diagnostics and therapeutics for osteoporosis
ES2261239T3 (es) 1999-08-30 2006-11-16 Interleukin Genetics, Inc. Diagnostico y terapia para la osteoporosis.
WO2002000933A2 (en) 2000-06-23 2002-01-03 Interleukin Genetics, Inc. Screening assays for identifying modulators of the inflammatory or immune responses
US20060183161A1 (en) 2000-07-17 2006-08-17 Martin Nicklin IL-ILI gene and polypeptide products
WO2002053743A2 (en) 2001-01-08 2002-07-11 Interleukin Genetics, Inc. Mammalian tribbles signaling pathways and methods and reagents related thereto
EP1407005A4 (en) 2001-06-11 2006-05-31 Interleukin Genetics Inc INTEGRATIVE TESTING TECHNIQUES FOR CONTROLLING MOLECULAR ASSEMBLY EVENTS
CN100424182C (zh) 2001-06-15 2008-10-08 白介素遗传公司 衰老相关疾病早期发作的检测与治疗方法
US20080311581A1 (en) 2001-11-19 2008-12-18 David Wyllie Functional polymorphisms of the interleukin-1 locus affecting transcription and susceptibility to inflammatory and infectious diseases
CN1753903B (zh) 2001-11-19 2010-05-12 白介素遗传公司 影响转录和对炎性和传染性疾病的敏感性的白细胞介素-1基因座的功能多态性
US20070264645A1 (en) 2002-01-25 2007-11-15 Kenneth Kornman IL-1 gene cluster and associated inflammatory polymorphisms and haplotypes
US20080118920A1 (en) 2004-05-03 2008-05-22 Duff Gordon W Diagnostics And Therapeutics For Diseases Associated With An Il-1 Inflammatory Haplotype
US20060252050A1 (en) 2005-05-06 2006-11-09 Ordovas Jose M Genetic marker for weight regulation
EP1951903A2 (en) 2005-10-25 2008-08-06 Interleukin Genetics, Inc. The il-1 gene cluster and associated inflammatory polymorphisms and haplotypes
WO2007133721A2 (en) 2006-05-12 2007-11-22 Interleukin Genetics, Inc. Food compositions and methods of treating periodontal disease
CA2668722A1 (en) 2006-11-15 2008-05-22 Interleukin Genetics, Inc. The il-1 gene cluster, insulin resistance and coronary artery disease associated polymorphisms and haplotypes and methods of using same
EP2217725A2 (en) 2007-11-08 2010-08-18 Interleukin Genetics, Inc. Diagnostics for aging-related dermatologic disorders
EP3467126A1 (en) 2008-05-02 2019-04-10 Orig3n, Inc. Detecting genetic predisposition to osteoarthritis associated conditions
WO2009135219A2 (en) 2008-05-02 2009-11-05 Interleukin Genetics, Inc. Detecting genetic predisposition to osteoarthritis associated conditions
US20100136561A1 (en) 2008-05-16 2010-06-03 Interleukin Genetics, Inc. Genetic Markers for Weight Management and Methods of Use Thereof
US20100098809A1 (en) 2008-05-16 2010-04-22 Interleukin Genetics, Inc. Genetic marker weight management
WO2010009377A2 (en) 2008-07-18 2010-01-21 Interleukin Genetics, Inc. Methods and compositions for pharmacogenetic analysis of anti-inflammatory drugs in the treatment of rheumatoid arthritis and other inflammatory diseases
US20100112570A1 (en) 2008-10-22 2010-05-06 Interleukin Genetics, Inc. Genetic Markers for Weight Management and Methods of Use Thereof
WO2011006070A2 (en) 2009-07-09 2011-01-13 Interleukin Genetics, Inc. Genetic association of polymorphisms in perilipin (plin) gene with resistance to weight loss
RU2018122965A (ru) 2010-12-09 2019-03-06 Оридж3н, Инк. Улучшенный способ и набор для определения тяжести и прогрессирования периодонтального заболевания
WO2013049278A1 (en) 2011-09-30 2013-04-04 Novartis Ag USE OF IL-1 ß BINDING ANTIBODIES
WO2013173789A2 (en) 2012-05-17 2013-11-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide compositions
EA031393B1 (ru) 2013-05-01 2018-12-28 Ионис Фармасьютикалз, Инк. Композиции и способы модулирования экспрессии hbv и ttr
WO2017123696A1 (en) 2016-01-12 2017-07-20 Interleukin Genetics, Inc. Methods for predicting response to treatment
US10337070B2 (en) 2017-01-12 2019-07-02 Cardioforecast Ltd. Methods and kits for treating cardiovascular disease

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2020506225A (ja) * 2017-01-12 2020-02-27 カーディオフォーキャスト リミテッド 心血管疾患を処置するための方法およびキット
JP2020178536A (ja) * 2019-04-23 2020-11-05 ジェネシスヘルスケア株式会社 アレルギー性結膜炎のリスクを判定する方法
JP7108574B2 (ja) 2019-04-23 2022-07-28 ジェネシスヘルスケア株式会社 アレルギー性結膜炎のリスクを判定する方法

Also Published As

Publication number Publication date
CA3011363A1 (en) 2017-07-20
US10894985B2 (en) 2021-01-19
EP3402900A1 (en) 2018-11-21
US20210164052A1 (en) 2021-06-03
WO2017123696A1 (en) 2017-07-20
AU2017207341A1 (en) 2018-08-02
US20170198350A1 (en) 2017-07-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20210164052A1 (en) Methods for predicting response to treatment
US11486006B2 (en) Methods and kits for treating cardiovascular disease
JP2019076095A (ja) 疾患危険因子を同定する方法
JP5676623B2 (ja) 加齢黄斑変性における遺伝的多型性
US20180105877A1 (en) Genetic polymorphisms associated with depression
US20210348235A1 (en) Genetic markers associated with response to crth2 receptor antagonists
CA3202510A1 (en) Tl1a therapy compositions and methods of treatment therewith
US20050255498A1 (en) APOC1 genetic markers associated with age of onset of Alzheimer&#39;s Disease
US9670545B2 (en) Methods and kits for treating and classifying individuals at risk of or suffering from TRAP1 change-of-function
US20060177860A1 (en) Genetic markers in the HLA-DQBI gene associated with an adverse hematological response to drugs
US20060183146A1 (en) Genetic markers in the HLA-C gene associated with an adverse hematological response to drugs
WO2021205013A1 (en) Compositions and methods for treating covid-19
US20140045717A1 (en) Single Nucleotide Polymorphism Biomarkers for Diagnosing Autism
US20070289889A1 (en) Biomarkers For The Prediction Of Drug-In Duced Diarrhea
US20220401388A1 (en) Methods for using low-dose colchicine after myocardial infarction
US20220177982A1 (en) Methods Of Identifying Subjects Having An Increased Risk Of Developing A Coronavirus Infection And Treatment Thereof
US8216787B2 (en) Biomarker for successful aging without cognitive decline
WO2008052115A1 (en) Materials and methods for predicting physiological responses to cardiovascular drugs
EP2948567A1 (en) Methods and kits for treating and classifying individuals at risk of or suffering from a neurological dysfunction or disorder

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Written amendment

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20200108

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20200108

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20210217

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20210428

RD04 Notification of resignation of power of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424

Effective date: 20210525

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20210927