JP2019502692A - 抗tl1a/抗tnf−アルファ二重特異性抗原結合タンパク質及びその使用 - Google Patents

抗tl1a/抗tnf−アルファ二重特異性抗原結合タンパク質及びその使用 Download PDF

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Abstract

本発明は、TL1A及びTNF−αに対する二重特異性抗原結合タンパク質(例えば、抗体)を含めた、TL1Aに結合する抗原結合タンパク質に関する。そのような二重特異性抗体は、四量体免疫グロブリン型式で存在することができ、ここでは、抗体の1つの重鎖−軽鎖対がTL1Aに対するものであり、もう1つがTNF−αに対するものである。二重特異性抗原結合タンパク質はIgG−scFv融合体に含まれてもよく、ここでは、1つの抗原に対する従来の四量体抗体が、もう1つの抗原に対する1対の単鎖Fvユニットに融合している。二重特異性抗原結合タンパク質はIgG−Fab融合体に含まれてもよく、ここでは、1つの抗原に結合するFab分子が、もう1つの抗原に対する従来の四量体抗体の各重鎖に融合している。本発明は、さらに、抗TL1A結合タンパク質及び抗TL1A/抗TNF−α抗原結合タンパク質の使用に、並びにそれらの医薬製剤に関する。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2016年9月15日に出願された出願第PCT/US2016/052006号、並びに2015年12月16日に出願された米国特許仮出願第62/268,432号及び2016年5月6日に出願された第62/333,063号の利益を主張する。前述の出願のそれぞれは、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は生物製剤に関し、特に、治療的抗原結合タンパク質、その使用方法、その医薬組成物及びその製造方法に関する。特に、本発明は、サイトカインのTL1A及びTNF−αに結合することができる治療的抗原結合タンパク質に関する。
配列表の簡単な説明
本明細書に開示される核酸及び/またはアミノ酸配列を含む、配列番号1から配列番号2136までを含む「A−1937−WO−PCT_ST25.txt」と題する配列表が、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。配列表は、本明細書において、EFSを介してASCIIテキスト型式で提出され、それにより、紙及びそのコンピュータ可読形態の両方を構成する。配列表は、PatentInを使用して2016年11月22日に最初に作成され、3.45MBのサイズである。
サイトカインは、免疫系に関する様々な生物学的作用を媒介する、可溶性の小さなタンパク質である。そのような生物学的作用としては、免疫細胞の増殖、発生、分化及び/または遊走の誘導、多くの細胞型の成長及び分化の制御、免疫細胞の局部的または全身的な集積を介する炎症反応、並びに宿主防御作用が挙げられる。例えば、Arai et al.,Annu.Rev.Biochem.59:783(1990)、Mosmann,Curr.Opin.Immunol.3:311(1991)、Paul et al.,Cell,76:241(1994)を参照されたい。そのような免疫作用は、自己免疫障害(例えば、多発性硬化症)及びがん/新生物疾患の場合のように、その作用が過剰な及び/または慢性の炎症を導く場合、病理学的帰結をもたらし得る。Oppenheim et al.,eds.,Cytokine Reference,Academic Press,San Diego,Calif.(2001)、von Andrian et al.,New Engl.J.Med.,343:1020(2000)、Davidson et al.,New Engl.J.Med.,345:340(2001)、Lu et al.,Mol.Cancer Res.,4:221(2006)、Dalgleish et al.,Cancer Treat Res.,130:1(2006)。
TLIA(TNFSF15)は、T細胞活性化に関与するTNF−αファミリーのメンバーである、サイトカインである(Richard et al.,J Leukoc Biol.2015 Sep,98(3):333−45)。これは、TNFRSF25としても知られる細胞死受容体3(DR3)に対するリガンドである。TL1Aは、単球、樹状細胞及び内皮細胞において低い基底レベルで主に発現しているが、免疫複合体及びサイトカイン及び微生物の刺激後に、強く誘導される。複数のゲノムワイド関連研究(GWAS)によって、TL1Aの一塩基多型(SNPs)が、様々な民族集団においてクローン病と関係があることが示された。さらに、TL1A炎症性腸疾患(IBD)リスクSNPsは、クローン病の重症度と関係があることが報告された(Hirano,IBD19:526,2013)。前臨床研究において、TL1Aタンパク質治療は、大腸炎易発性のmdr1a−/−マウスにおいて大腸炎の発生を悪化させたが、野生型マウスでは悪化させなかった。全体的に見て、ヒトゲノムのデータ及び前臨床大腸炎モデルのデータは、TL1AがIBDの発生で重要な役割を果たし、その阻害がIBDの治療に有利であろうことを示す。
腫瘍壊死因子−α(TNF−α)は、様々な生理的及び病的プロセスの制御に関与するサイトカインである(Buetler,et al.,J Rheumatol Suppl.57:16−21,1999)。これは、腫瘍退縮、敗血症性ショック、悪液質並びにいくつかの炎症性及び自己免疫性状態に関与する。Fransen et al.(June 1985),“Molecular cloning of mouse tumor necrosis factor cDNA and its eukaryotic expression,”Nucleic Acids Res.13(12):4417−29、Kriegler et al.(April 1988),“A novel form of TNF−α/cachectin is a cell surface cytotoxic transmembrane protein:ramifications for the complex physiology of TNF−α,“Cell 53(1):45−53。TNF−α阻害剤は、関節リウマチ、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、強直性脊椎炎、尋常性乾癬、クローン病及び潰瘍性大腸炎を治療するために承認された治療剤のクラスである(Sethi et al.,Adv Exp Med Biol.2009;647:37−51)。TNF−α阻害剤としては、エタネルセプト、アダリムマブ、セルトリズマブペゴル、インフリキシマブ及びゴリムマブが挙げられる。
およそ50%の患者がTNF阻害剤による治療に応答する。しかし、これらの患者のおよそ40%しか、1年の治療の後に応答を維持しない。したがって、持続的応答をともなう大きな効果量を有する治療剤に対する強い要求がある。本発明者らは、複数の炎症経路、例えばTNF及びTL1Aの標的化は、安全性プロファイルが予測された、より大きな効果量をおそらく達成すると仮定する。
Arai et al.,Annu.Rev.Biochem.59:783(1990) Mosmann,Curr.Opin.Immunol.3:311(1991) Paul et al.,Cell,76:241(1994) Oppenheim et al.,eds.,Cytokine Reference,Academic Press,San Diego,Calif.(2001) von Andrian et al.,New Engl.J.Med.,343:1020(2000) Davidson et al.,New Engl.J.Med.,345:340(2001) Lu et al.,Mol.Cancer Res.,4:221(2006) Dalgleish et al.,Cancer Treat Res.,130:1(2006) Richard et al.,J Leukoc Biol.2015 Sep,98(3):333−45 Buetler,et al.,J Rheumatol Suppl.57:16−21,1999 Fransen et al.(June 1985),"Molecular cloning of mouse tumor necrosis factor cDNA and its eukaryotic expression,"Nucleic Acids Res.13(12):4417−29 Kriegler et al.(April 1988),"A novel form of TNF−α/cachectin is a cell surface cytotoxic transmembrane protein:ramifications for the complex physiology of TNF−α,"Cell 53(1):45−53 Sethi et al.,Adv Exp Med Biol.2009;647:37−51
本発明は、TL1Aに特異的に結合する、抗原結合タンパク質、特に、完全ヒト抗体の開発に関する。好ましい抗原結合タンパク質は、ヒト及びカニクイザルのTL1Aの両方に強い結合親和性を有し、TL1A媒介性NF−kB活性化及びT細胞活性化をブロックする。これらの抗原結合タンパク質は、炎症性腸疾患(IBD)並びに他の自己免疫性及び炎症性状態の治療のための治療剤として使用される可能性がある。
本発明は、さらに、二重特異性抗原結合タンパク質、特に、二重特異性抗体に関する。本発明の二重特異性抗原結合タンパク質は、TL1A結合物及びTNF−α結合物を含む。TL1Aブロッキングタンパク質及びTNF−αブロッキングタンパク質は、サイトカインのIFNγ、IL−5、IL−6、IL−8及びIL−10の誘導の阻害を測定する研究において、異なる効果を有する。TL1Aは、インビボでT細胞活性化を誘導するが、TNF−αは誘導しない。TL1A及びTNF−αは、ヒト末梢血単球(PBMC)の異なる細胞型においてNF−κBを誘導する。TL1A及びTNF−αは、ヒトPBMCにおいて異なるサイトカインをさらに誘導する。TL1A及びTNF−αは、異なる細胞型においてではあるが、一部の同じ遺伝子を誘導する(全血においてTL1Aによって誘導され、NCM460細胞においてTNF−αによって誘導される、16種の重複する遺伝子;全血においてTL1Aによって誘導され、PBMCにおいてTNF−αによって誘導される、13種の重複する遺伝子)。TL1Aと炎症性腸疾患(IBD)の強い遺伝的関連があり、抗TNF剤は、IBDの治療について臨床的に検証されている。したがって、そのような二重特異性抗原結合タンパク質は、IBD並びに他の自己免疫性及び炎症性状態の治療に有用である。これら及び他の理由で、TL1A及びTNF−αに特異的に結合する二重特異性抗原結合タンパク質に利点がある。
そのような二重特異性抗原結合タンパク質に対する1つの型式は、ヘテロ二量体の免疫グロブリン(ヘテロIg)である。そのようなヘテロIg抗原結合タンパク質は、TL1Aに対する1つの重鎖−軽鎖対、及びTNF−αに対する別の対を有する。
そのような二重特異性抗原結合タンパク質の別の型式は、IgG−scFv分子である。IgG−scFvでは、1つの標的に特異的に結合する抗体の各重鎖は、もう1つの標的に特異的に結合する単鎖抗体(scFv)に連結している。ScFv部分は、IgG部分の重鎖に、直接的にまたはペプチドリンカーを介して、連結することができる。IgG−scFv型式では、IgGはTL1Aに対するものであり、scFv部分はTNF−αに対するものであり、または逆もまた同様である。IgG−scFv型式の二重特異性抗原結合タンパク質は、その標的抗原の両方に対して二価であるという利点がある。
そのような二重特異性抗原結合タンパク質のさらなる型式は、IgG−Fab分子である。この型式では、抗原結合タンパク質は、1つの標的に結合するFab分子が別の標的に結合するIgG分子の各重鎖に融合しているような構造を有する。Fab部分の1つの鎖は、直接的にまたはペプチドリンカーを介して、IgG部分の重鎖のC末端に連結することができる。得られた分子は、四価且つ二重特異性であるという利点がある。IgG−Fab型式のすべてのバリエーションは、好ましくは、以下の表21.2A及び21.2BのCDR配列を含む。IgG−Fab分子の好ましい重鎖及び軽鎖配列を以下の表21.1に示す。
二重特異性抗原結合タンパク質の他の型式も本発明の範囲内である。そのような型式の1つはIgG−Fab分子である。この型式では、1つの標的に特異的に結合する抗体の各重鎖が、もう1つの標的に特異的に結合するFab断片に連結している。IgG−Fab型式では、IgGはTL1Aに対するものであり、Fab部分はTNF−αに対するものであり、または逆もまた同様である。IgG−Fab型式の二重特異性抗原結合タンパク質は、その標的抗原の両方に対して二価であるという利点を有する。本発明の範囲内の二重特異性抗原結合タンパク質の他の型式を以下に記載する。
本発明は、本発明のTL1A特異的な抗原結合タンパク質をコードする単離核酸、並びにその核酸を含むベクター、そのベクターを含む宿主細胞並びにTL1A特異的な抗原結合タンパク質の製造及び使用方法にも関する。
本発明は、本発明の二重特異性抗原結合タンパク質をコードする単離核酸、並びにその核酸を含むベクター、そのベクターを含む宿主細胞並びに二重特異性抗原結合タンパク質の製造及び使用方法にも関する。
他の実施形態では、本発明は、TL1A特異的な抗原結合タンパク質、二重特異性抗原結合タンパク質を含む組成物及び抗TL1Aまたは二重特異性抗原結合タンパク質を含むキット並びに抗TL1Aまたは二重特異性抗原結合タンパク質を含む製造品を提供する。
本明細書に記載のTL1A特異的な抗原結合タンパク質及び二重特異性抗原結合タンパク質は、TL1Aと関係がある状態、及び/または二重特異性抗原結合タンパク質の場合には、TNF−αと関係がある状態の治療のための医薬組成物または医薬の製造で使用することができる。したがって、本発明はまた、TL1A特異的な抗原結合タンパク質または二重特異性抗原結合タンパク質及び医薬的に許容可能な希釈剤、賦形剤または担体を含む医薬組成物を提供する。
本発明は、さらに、TL1A特異的な抗原結合タンパク質を使用する治療方法に関する。本発明のTL1A特異的な抗原結合タンパク質は、炎症誘発性サイトカインTL1Aの阻害に有用である。この抗体は、TL1Aの炎症誘発性作用を低減する、制限する、中和する、またはブロックするのに使用することができる。したがって、いくつかの実施形態では、本発明は、TL1A特異的な抗原結合タンパク質を使用する、IBD及び他の自己免疫性または炎症性状態の治療に関する。
本発明は、さらに、二重特異性抗原結合タンパク質を使用する治療方法に関する。本発明の二重特異性抗原結合タンパク質は、炎症誘発性サイトカイン、TL1A及びTNF−αの阻害に有用である。二重特異性結合タンパク質は、TL1Aの炎症誘発性作用を低減する、制限する、中和する、またはブロックするのに使用することができる。同様に、本明細書の二重特異性抗原結合タンパク質は、TNF−αの炎症誘発性作用を低減する、制限する、中和する、またはブロックするのに使用することができる。したがって、いくつかの実施形態では、本発明は、TL1A特異的/TNF特異的な抗原結合タンパク質を使用する、IBD及び他の自己免疫性または炎症性状態の治療に関する。
抗TL1A/抗TNF−α二重特異性抗原結合タンパク質を生成するのに使用される4種の二重特異性ヘテロIg型式の概略図である。示すように、1つの抗原に対する重鎖は、異なる抗原に対する重鎖にジスルフィド結合している。各抗原に対する軽鎖は、対応する抗原に対する重鎖にジスルフィド結合している。図1は、好ましい実施形態を示し、この実施形態では、重鎖及び軽鎖は、重鎖と軽鎖の正確な結合を助けるための電荷変異を含む。各鎖内の電荷対変異の位置を示すために、及び本明細書全体にわたるすべての配列について、Kabat−Euナンバリング方式が使用される。このIgG様二重特異性抗原結合タンパク質型式は、2つの異なる軽鎖及び2つの異なる重鎖を含むヘテロ四量体である。HC1及びLC1は、それぞれ、1つのFab結合アームの重鎖及び軽鎖を指し、HC2及びLC2は、それぞれ、第2のFab結合アームの重鎖及び軽鎖を指す。例えば、概略図では、HC1及びLC1は抗TL1A受容体結合アームに対応し、HC2及びLC2は抗TNF−α結合アームに対応する。しかし、2つの結合アームは、HC1及びLC1が抗TNF−α結合アームに対応し、HC2及びLC2が抗TL1A受容体結合アームに対応するように、スイッチすることができる。 抗TL1A/抗TNF−α二重特異性抗原結合タンパク質を生成するのに使用されるIgG−scFv型式の概略図である。示すように、この構造体は、1つの抗原に対する完全な四量体IgGを組み入れる。グリシン−セリンリンカーによって互いに連結している第2の抗体由来の可変ドメインを含む単鎖可変断片(scFv)は、ペプチドリンカーを介して第1の抗体の重鎖のカルボキシル末端に融合して、改変重鎖を生成する。scFv内の可変ドメインのVH−VL配向を示すが、可変ドメインは、VL−VH配向を構成することもできる。完全な分子は、第1の抗体由来の2つの重鎖(しかし1つはユニークな重鎖配列である)及び2つの軽鎖(しかし1つはユニークな軽鎖配列である)を含む多量体である。 抗TL1A/抗TNF−αヘテロ−IgのMabSelect SuReアフィニティークロマトグラフィーを示す図である。これは、抗TL1A/抗TNF−αヘテロ−Igの代表的なFPLCプロテインA親和性捕獲クロマトグラムを示す。タンパク質を100mM酢酸のステップグラジエント(伝導率:黒色トレース、破線)、pH3.6で溶出し、A280(黒色トレース、実線)に基づいてプールした。 抗TL1A/抗TNF−αヘテロ−Igの代表的なFPLC SP高速セファロース精製クロマトグラムを示す図である。タンパク質を漸増塩グラジエント(伝導率:黒色トレース、破線)で溶出し、A280溶出プロファイル(黒色トレース、実線)及び画分のCaliper LabChip分析に基づいてプールした。 抗TL1A/抗TNF−αヘテロ−Igの代表的なFPLC SP高速セファロース精製クロマトグラムを示す図である。タンパク質を漸減硫酸アンモニウムグラジエント(伝導率:黒色トレース、破線)で溶出し、A280溶出プロファイル(黒色トレース、実線)及び画分のCaliper LabChip分析に基づいてプールした。 TL1A/TNF−αヘテロ−IgのCaliper解析を示す図である。これは、抗TL1A/抗TNF−αヘテロ−Igの非還元及び還元Caliper解析を示す。 抗TL1A/抗TNF−αヘテロ−IgのSE−HPLC分析を示す図である。これは、1ml/分での、50mM NaHPO、250mM NaCl、pH6.9における、Sepax Zenix−C SEC−300カラム(7.8×300mm)に注入した、30μgの抗TL1A/抗TNF−αヘテロ−Ig最終生成物に対するサイズ排除クロマトグラフィーを示し、これは、280nmの吸光度(黒色トレース)で観察した。 非還元ヘテロ−Ig(理論的質量:145495Da)のLC−MSを示す図である。図8は、Agilent 6230 ESI−TOF質量分析計を備えた、Agilent Zorbax 300SB−C8カラム(2.1×50mm 3.5μm)並びに0.1%TFA及び90%n−プロパノール/0.1%TFAの移動相(それぞれ、移動相A及びB)を使用する、逆相HPLCグラジエントから溶出した、20μgの非還元抗TL1A/抗TNF−αヘテロ−Igの質量分析を示す。 100mM TRIS、pH8における30分間の制限リジルエンドプロテイナーゼC消化後の、20μgのTL1A/TNF−αヘテロ−Igの質量分析を示す図である。Agilent Zorbax 300SB−C8カラム(2.1×50mm 3.5μm)並びに0.1%TFA及び90%n−プロパノール/0.1%TFAの移動相(それぞれ、移動相A及びB)並びにAgilent 6230ESI−TOF質量分析計による質量検出を使用して、逆相HPLCを行った。TL1A Fab、TNF Fab及びFcに対する理論的質量は、それぞれ47350Da、48002Da及び50175Daである。 抗TL1A/抗TNF−α IgG−scFvのMabSelect SuReアフィニティークロマトグラフィーを示す図である。これは、抗TL1A/抗TNF−α IgG−scFvの代表的なFPLCプロテインA親和性捕獲クロマトグラムを示す。タンパク質を100mM酢酸のステップグラジエント、pH3.6で溶出し、A280(黒色トレース)に基づいてプールした。 抗TL1A/抗TNF−α IgG−scFvのSPセファロース高速クロマトグラフィーを示す図である。これは、抗TL1A/抗TNF−α IgG−scFvの代表的なFPLC Superdex200精製クロマトグラムを示す。タンパク質を緩衝液の定組成グラジエントで溶出し、A280溶出プロファイル(黒色トレース)及び画分のSE−HPLC分析に基づいてプールした。 抗TL1A/抗TNF−α IgG−scFvの非還元及び還元Caliper解析を示す図である。 抗TL1A/抗TNF−α IgG−scFvのSE−HPLC分析を示す図である。これは、1ml/分での、50mM NaHPO、250mM NaCl、pH6.9における、Sepax Zenix−C SEC−300カラム(7.8×300mm)に注入した、30μgの抗TL1A/抗TNF−α IgG−scFv最終生成物のサイズ排除クロマトグラフィーを示し、これは、280nmの吸光度で観察した。 IdeSプロテアーゼ消化したIg−scFvを示す図である。これは、0.1%TFA及び90%n−プロパノール/0.1%TFAの移動相(それぞれ、移動相A及びB)を用いるAgilent Zorbax 300SBカラム(2.1×50mm、3.5μm)による逆相HPLC分離、並びにAgilent 6230 ESI−TOF質量分析計による検出を使用する、20μgのIg−scFvの質量分析を示す。 TL1AのSNPsの遺伝子型判定を示す図である。発現との潜在的なTL1A遺伝子型の関連を評価するために、QiagenのGentra Puregene Tissueキットを使用して、ゲノムDNA(gDNA)を健常なPBMCドナーから単離した。LifeTechのrs7848647、rs6478109、rs6478108及びrs3810936アッセイに関するTaqMan SNP遺伝子型判定アッセイ並びにBio−RadドロップレットデジタルPCRプラットフォームに対する標準的なプロトコールを使用して、ゲノムDNAを遺伝子型判定した。リスクアレルのみが4つすべての遺伝子型判定されたSNPs(rs7848647、rs6478109、rs6478108及びrs3810936)に存在する場合、ドナーをホモ接合型リスクハプロタイプと考えた。非リスクアレルのみが4つの遺伝子型判定されたSNPsに存在する場合、ドナーをホモ接合型非リスクハプロタイプと考えた。4つすべての遺伝子型判定されたSNPsにリスク及び非リスクアレルの両方が存在する場合、ドナーをヘテロ接合型ハプロタイプと考えた。「組換え型」と考えたドナーは、rs7848647、rs6478109及びrs6478108にホモ接合型リスクアレルのみを有していたが、rs3810936ではヘテロ接合型(リスク及び非リスクアレルが存在)であった。 図16A及び16Bは、ヘテロ接合型PBMCのAEI研究における、非リスクアレルよりも高い、TL1Aリスクアレルの倍数誘導を示す図である。基底レベルにおけるまたは様々な時点での免疫複合体刺激後のヘテロ接合型PBMCにおける、リスクアレルの使用対非リスクアレルの使用の頻度を、同義SNP(rs3810936)アレル特異的蛍光プローブを使用して、ドロップレットデジタルPCR(ddPCR)によって調べた。アレル発現比は、リスクアレルのコピー/mlを非リスクアレルのコピー/mlで割ることによって計算した。各アレルの全コピー数をcDNAの投入量(コピー/ng)で正規化し、各時点における各アレルの倍数誘導を、目的の時点におけるコピー/ngをベースライン(0時間)におけるコピー/ngで割ることによって計算した。 プロモーター及びイントロン中のTL1AのSNPsがアレル発現の不均衡な制御に寄与することを示す図である。本発明者(ら)は、rs7848647、rs6478109及びrs6478108におけるリスクアレルに対してホモ接合型であるが、rs6478109と同義SNP rs3810936の間の組換えがおそらく原因で、rs3810936においてヘテロ接合型である、少数のドナーを特定した。ヘテロ接合型ドナーのPBMCまたは組換え型ドナーのPBMCにおけるリスクアレルの使用対非リスクアレルの使用の頻度を、同義SNP(rs3810936)アレル特異的蛍光プローブを使用して、ドロップレットデジタルPCR(ddPCR)によって調べた。ヘテロ接合型ドナーと比較して、免疫複合体刺激の前または後のこれらの組換え型個体において、アレル発現不均衡は検出されなかった。 図18A及び18Bは、TL1AリスクSNPsが発現定量的形質遺伝子座(eQTL)と関連することを示す図である。ホモ接合型TL1Aリスクアレル、ホモ接合型非リスクアレルまたはヘテロ接合型アレルを有するPBMCドナーを、免疫複合体で処理した。各ドナーにおけるTL1A(TNFSF15)の全発現をデジタルPCRによって決定した。手短に述べると、各試料由来のcDNAをddPCR(商標)Supermix for Probes(Bio−Rad)及びPrimeTime(登録商標)qPCRアッセイID Hs.PT.56a.41003970と混合した。QX100(商標)ドロップレットジェネレーター(Bio−Rad)を使用して、ドロップレットを各反応について生成し、C1000 Touch(商標)サーマルサイクラー(Bio−Rad)で温度サイクルにかけた。増幅に続いて、ドロップレットの蛍光をQX100(商標)ドロップレットリーダー(Bio−Rad)で読み取った。QuantaSoftソフトウェア(Bio−Rad)を使用してデータを解析し、TL1Aのコピー/μlを決定し、投入cDNAの量(コピー/ng)に対して正規化した。スチューデントのt検定を使用して、異なるTNFSF15ハプロタイプ間のTL1A発現レベルの差に対するP値を決定した。基底レベルでは、TL1AリスクSNPsに対してホモ接合型のドナー由来のPBMCは、非リスクホモ接合型ドナーと比較して低いTL1A mRNAを有する。しかし、免疫複合体刺激後は、TL1AリスクSNPsに対してホモ接合型のドナー由来のPBMCは、非リスクホモ接合型ドナーと比較して高いTL1A発現を有する。 図19A及び19Bは、TL1A同義SNPのアレル発現不均衡の細胞型特異的制御を示す。様々なドナー由来のHUVEC細胞を、以前に記載されているように遺伝子型判定した。様々なドナー由来の遺伝子型判定したHUVEC細胞を、様々な時点でIL−1で処理した。各アレルの全コピー数を、以前に記載されているように測定した。アレル発現比は、リスクアレルのコピー/mlを非リスクアレルのコピー/mlで割ることによって計算した。IL−1処理の有無にかかわらず、HUVEC細胞においてアレル発現不均衡は観察されなかった。 図20A及び20Bは、mdr1a−/−マウスにおいて、抗TL1Aモノクローナル抗体による予防的処理が自発的な大腸炎の発生を阻害したことを示す図である。マウス(n=10、6〜7週齢)をランダム化して異なる群にし、8週にわたって、500μgの抗マウスTL1A抗体、抗IL23p19抗体、抗マウスIL17RA抗体またはマウスアイソタイプコントロールで週1回腹腔内的に処理したか、週1回、処理をしなかった。臨床的疾患活性を肛門炎症及び便の硬さを評価することによってモニターした。腸の切片を組織病理解析にかけた。統計解析は、mIgG1群と比較して、Dunett法を用いる一元配置ANOVAを使用して行った。 図21A及び21Bは、mdr1aマウスにおいて、TL1Aが大腸炎を悪化させたことを示す図である。6〜8週齢のMdr1a−/−マウスまたは野生型コントロールマウスを、4週にわたって、150μgの組換えmFc−TL1A融合タンパク質で週1回またはアイソタイプコントロールで週3回、腹腔内的に処理した。先に記載されているように、臨床的疾患活性を肛門炎症及び便の硬さを評価することによってモニターした。4週間の処理後、マウスを屠殺し、腸の切片を組織病理解析にかけた。統計解析は、mIgG1群と比較して、Dunett法を用いる一元配置ANOVAを使用して行った。 図22A〜22Fは、Fc−TL1Aチャレンジmdr1a−/−マウス由来の粘膜固有層における炎症細胞の増大を示す図である。6〜8週齢のMdr1a−/−マウスまたは野生型コントロールマウスを、4週にわたって、150μgの組換えmFc−TL1A融合タンパク質で週1回、またはアイソタイプコントロールで週3回、腹腔内的に処理した。粘膜固有層のリンパ球を単離し、表面抗原について染色し、FACSによって解析した。Mdr1a−/−マウスにおけるTL1Aチャレンジは、粘膜固有層における炎症細胞の増大をもたらした。 図22A〜22Fは、Fc−TL1Aチャレンジmdr1a−/−マウス由来の粘膜固有層における炎症細胞の増大を示す図である。6〜8週齢のMdr1a−/−マウスまたは野生型コントロールマウスを、4週にわたって、150μgの組換えmFc−TL1A融合タンパク質で週1回、またはアイソタイプコントロールで週3回、腹腔内的に処理した。粘膜固有層のリンパ球を単離し、表面抗原について染色し、FACSによって解析した。Mdr1a−/−マウスにおけるTL1Aチャレンジは、粘膜固有層における炎症細胞の増大をもたらした。 図22A〜22Fは、Fc−TL1Aチャレンジmdr1a−/−マウス由来の粘膜固有層における炎症細胞の増大を示す図である。6〜8週齢のMdr1a−/−マウスまたは野生型コントロールマウスを、4週にわたって、150μgの組換えmFc−TL1A融合タンパク質で週1回、またはアイソタイプコントロールで週3回、腹腔内的に処理した。粘膜固有層のリンパ球を単離し、表面抗原について染色し、FACSによって解析した。Mdr1a−/−マウスにおけるTL1Aチャレンジは、粘膜固有層における炎症細胞の増大をもたらした。 図23A〜23Eは、マウスにおける、TL1A及びTNFチャレンジによる異なるサイトカイン誘導を示す図である。TL1A及びTNFチャレンジが同様のまたは異なる薬力学的効果をもたらすかどうかを評価するために、500μg/マウスの抗マウスTL1A、抗マウスTNF−αまたはPBSでC57Bl/6マウス(8週、雌)に最初に腹腔内注射した。4時間後、次いで、100μg/マウスのTL1Aまたは10μg/マウスのTNF−αでマウスをチャレンジしたか、チャレンジしなかった。24時間後に、血清を収集した。サイトカインをMSDによって測定した(IL−22はELISAによって測定した)。 図23A〜23Eは、マウスにおける、TL1A及びTNFチャレンジによる異なるサイトカイン誘導を示す図である。TL1A及びTNFチャレンジが同様のまたは異なる薬力学的効果をもたらすかどうかを評価するために、500μg/マウスの抗マウスTL1A、抗マウスTNF−αまたはPBSでC57Bl/6マウス(8週、雌)に最初に腹腔内注射した。4時間後、次いで、100μg/マウスのTL1Aまたは10μg/マウスのTNF−αでマウスをチャレンジしたか、チャレンジしなかった。24時間後に、血清を収集した。サイトカインをMSDによって測定した(IL−22はELISAによって測定した)。 図23A〜23Eは、マウスにおける、TL1A及びTNFチャレンジによる異なるサイトカイン誘導を示す図である。TL1A及びTNFチャレンジが同様のまたは異なる薬力学的効果をもたらすかどうかを評価するために、500μg/マウスの抗マウスTL1A、抗マウスTNF−αまたはPBSでC57Bl/6マウス(8週、雌)に最初に腹腔内注射した。4時間後、次いで、100μg/マウスのTL1Aまたは10μg/マウスのTNF−αでマウスをチャレンジしたか、チャレンジしなかった。24時間後に、血清を収集した。サイトカインをMSDによって測定した(IL−22はELISAによって測定した)。 図24A〜24Fは、ヒトPBMCにおけるTL1A及びTNF処理による異なるサイトカイン誘導を示す図である。ヒトの血液から新しく単離したPBMCを、100ng/mlのヒトTL1AまたはTNF−αの存在下で、培地(10%FBS、2mMグルタミン、1mMピルビン酸ナトリウム、5×10−5Mの2−ME及び抗生物質を補充したRPMI1640)中で培養した。72時間後に、上清を収集した。上清中のサイトカインをMSDによって測定した(IL−22はELISAによって測定した)。 図24A〜24Fは、ヒトPBMCにおけるTL1A及びTNF処理による異なるサイトカイン誘導を示す図である。ヒトの血液から新しく単離したPBMCを、100ng/mlのヒトTL1AまたはTNF−αの存在下で、培地(10%FBS、2mMグルタミン、1mMピルビン酸ナトリウム、5×10−5Mの2−ME及び抗生物質を補充したRPMI1640)中で培養した。72時間後に、上清を収集した。上清中のサイトカインをMSDによって測定した(IL−22はELISAによって測定した)。 本発明内の抗TL1A抗TNF−α二重特異性抗原結合タンパク質についての二重特異性IgG−Fab型式の概略図である。この型式では、改変重鎖を生成するために、第2の抗体由来のFab断片の1つのポリペプチド鎖(例えば、重鎖(VH2−CH1)が、ペプチドリンカーを介して、第1の抗体の各重鎖のカルボキシル末端に融合している。完全な分子は、2つの改変重鎖、第1の抗体由来の2つの軽鎖及び第2の抗体由来のFab断片のもう半分を含む2つのポリペプチド鎖(例えば、軽鎖(VL2−CL))を含むホモ六量体である。正確な重鎖−軽鎖対形成を促進するために、電荷対変異(丸によって表される)を第1の抗体(Fab1)及び/または第2の抗体(Fab2)のFab領域に導入することができる。 免疫グロブリンドメインクロスオーバーを使用する、本発明内の抗TL1A抗TNF−α二重特異性抗原結合タンパク質についての、二重特異性IgG−Fab型式の概略図である。IgG−Fab型式のこのバリエーションでは、改変重鎖を生成するために、第2の抗体由来のFab断片の1つのポリペプチド鎖(例えば、重鎖(VH2−CH1)が、ペプチドリンカーを介して、第1の抗体のCH1ドメインの代わりにCLを含む重鎖のカルボキシル末端に融合している。このようにして、Fab1のCH1及びCLドメインは「スワップされる」。本明細書では、このスワップは、Fab1スワップまたはN末端スワップと称される。完全な分子は、2つの改変重鎖、CLドメインの代わりにCH1ドメインを含む第1の抗体由来の2つの軽鎖及び第2の抗体由来のFab断片のもう半分を含む2つのポリペプチド鎖(例えば、軽鎖(VL2−CL))を含むホモ六量体である。正確な重鎖−軽鎖対を促進するために、電荷対変異(丸によって表される)を第1の抗体(Fab1)及び/または第2の抗体(Fab2)のFab領域に導入することができる。(i)Fab2のCH1及びCLドメインが、Fab1のこれらの代わりにスワップされている(Fab2スワップまたはC末端スワップと本明細書で言及する)、または(ii)Fab1のCH1及びCLドメインの両方がスワップされ、且つFab2のCH1及びCLドメインがスワップされている(二重スワップと本明細書で言及する)IgG−Fab分子は、示されないが、本発明の範囲内である。 ドメインスワッピング型式に基づいてIgG−Fabの発現力価を比較する図である。 電荷対変異(複数可)のタイプに基づいてIgG−Fabの発現力価を比較する図である。 ドメインスワッピング型式に基づいてIgG−Fabの純度を比較する図である。 ドメインスワッピング型式に基づいてIgG−Fabの抗TL1A効力を比較する図である。 ドメインスワッピング型式に基づいてIgG−Fabの抗TNF−α効力を比較する図である。 電荷対変異(複数可)のタイプに基づいてIgG−Fabの抗TL1A効力を比較する図である。 電荷対変異(複数可)のタイプに基づいてIgG−Fabの抗TNF−α効力を比較する図である。
用語の定義
以下の説明では、いくつかの用語が広範に使用される。本発明を理解しやすくするために、以下の定義を提供する。
別段の指定がない限り、「a」、「an」、「the」及び「少なくとも1つ」は互換的に使用され、1つまたは複数を意味する。
本明細書で使用する場合、「結合物」は、特定の標的抗原に特異的に結合する任意の単量体または多量体のタンパク質またはタンパク質断片を意味する。用語「結合物」には、限定されないが、抗体及びその結合部分、例えば免疫学的に機能的な断片が含まれる。ペプチボディ及びペプチドは、結合物の他の例である。本明細書で使用する場合、抗体または免疫グロブリン鎖(重鎖もしくは軽鎖)結合物の「免疫学的に機能的な断片」(または、単に「断片」)という用語は、全長鎖中に存在するアミノ酸の少なくともいくつかを欠くが、依然として抗原に特異的に結合することができる抗体の部分(どのようにその部分が得られたか、または合成されたかを問わない)を含む、結合物の種である。そのような断片は、標的抗原に結合し、所与のエピトープへの結合について、インタクトな抗体を含めた他の結合物と競合することができるという点において、生物学的に活性である。いくつかの実施形態では、断片は中和断片である。いくつかの実施形態では、断片は、標的抗原(TL1AまたはTNF−α)とその受容体の間の相互作用をブロックする、またはその相互作用の可能性を低減することができる。一態様では、そのような断片は、全長の軽鎖または重鎖中に存在する少なくとも1つのCDRを保持し、いくつかの実施形態では、単一の重鎖及び/または軽鎖またはそれらの一部を含む。これらの生物学的に活性な断片は、組換えDNA法によって生成することができ、またはインタクトな抗体を含めた結合物の酵素的もしくは化学的切断によって生成することができる。免疫学的に機能的な免疫グロブリン断片としては、限定されないが、Fab、ダイアボディ(同じ鎖上の2つのドメイン間で対形成させるには短すぎる短いペプチドリンカーを介して結合している、軽鎖可変ドメインと同じポリペプチド上の重鎖可変ドメイン)、Fab’、F(ab’)、Fv、ドメイン抗体及び単鎖抗体が挙げられ、これは、ヒト、マウス、ラット、ラクダ科動物またはウサギを含むが、これらに限定されない任意の哺乳類供給源に由来し得る。さらに、本明細書に開示される結合物の機能的部分、例えば、1つまたは複数のCDRは、二機能性治療特性を持つ、または長期の血清半減期を有する、体内の特定の標的に向けられる治療剤を作出するために、第2のタンパク質または小分子に共有結合できることが意図される。当業者が認識するように、結合物は非タンパク質成分を含むことができる。本開示のいくつかのセクションでは、結合物の例は、「数字/文字/数字)」(例えば、23B3)によって本明細書で命名され、いくつかの結合物は、さらなる文字/数字の組み合わせ(例えば、VH4)によって、さらに特定される。これらの場合では、正確な名前は特定の抗体を示す。すなわち、23B3と命名された結合物は、23B3VH4と命名された抗体とある程度の配列同一性を有し得るが、(本明細書で、これらが同じであると明確に教示されない限り)この抗体と同じではない。
「TL1A結合物」は、ヒトTL1Aに特異的に結合する結合物、すなわち、ヒトTL1Aが標的抗原である、結合物である。
「TNF−α結合物」は、ヒトTNF−αに特異的に結合する結合物、すなわち、ヒトTNF−αが標的抗原である、結合物である。
「抗原結合タンパク質」は、それが結合する別の分子(抗原)に強い親和性を有する抗原結合領域または抗原結合部分を含む、タンパク質またはポリペプチドを指す。抗原結合タンパク質は、抗体、ペプチボディ、抗体断片、抗体誘導体、抗体類似体、融合タンパク質、及びキメラ抗原受容体(CAR)を含めた抗原受容体を包含する。
「抗体」(Ab)及び「免疫グロブリン」(Ig)は、同じ構造特性を有する糖タンパク質である。抗体は特定の抗原に結合特異性を示すが、免疫グロブリンは、抗体及び抗原特異性を欠く他の抗体様分子の両方を含む。後者の種類のポリペプチドは、例えば、リンパ系によって低レベルで生成され、骨髄腫によって増大したレベルで生成される。したがって、本明細書で使用する場合、用語「抗体」または「抗体ペプチド(複数化)」は、インタクトな抗体、特異的結合について本明細書で開示する抗体と競合する抗体、または特異的結合についてインタクトな抗体と競合するそれらの抗原結合性断片を指し、キメラ抗体、ヒト化抗体、完全ヒト抗体及び二重特異性抗体を含む。ある種の実施形態では、抗原結合性断片は、例えば組換えDNA法によって生成される。追加的な実施形態では、抗原結合性断片はインタクトな抗体の酵素的または化学的切断によって生成される。抗原結合性断片としては、限定されないが、Fab、Fab’、F(ab)、F(ab’)、Fv及び単鎖抗体が挙げられる。
本明細書で使用する場合、用語「単離抗体」は、特定され、その天然環境の成分から分離及び/または回収された、抗体を指す。その天然環境の夾雑成分は、抗体にとって診断的または治療的使用を妨げると思われる物質であり、酵素、ホルモン及び他のタンパク質性または非タンパク質性の溶質を含み得る。好ましい実施形態では、(1)ローリー法によって決定した場合に、抗体に関して95重量%を超える、最も好ましくは99重量%を超えるまで、(2)スピニングカップシーケネーターを使用して、N末端または内部アミノ酸配列の少なくとも15残基を得るのに十分である程度まで、または(3)クマシーブルーもしくは好ましくは銀染色を使用して、還元もしくは非還元条件下のSDS−PAGEによって均一になるまで、抗体は精製される。単離抗体は、組換え細胞内のインサイチュでの抗体を含み、これは、抗体の天然環境の少なくとも1種の成分が存在しないからである。しかし、通常、単離抗体は、少なくとも1つの精製ステップによって調製される。
用語「アゴニスト」は、別の分子の活性、活性化または機能を増大させる、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、抗体、抗体断片、大分子または小分子(10kD未満)を含めた任意の化合物を指す。
用語「アンタゴニスト」は、別の分子の活性、活性化または機能を低下させる、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、抗体、抗体断片、大分子または小分子(10kD未満)を含めた任意の化合物を指す。
抗原または他のポリペプチドの「結合(bind(ing))」という用語には、限定されないが、受容体への本発明のリガンドポリペプチドの結合、リガンドへの本発明の受容体ポリペプチドの結合、抗原またはエピトープへの本発明の抗体の結合、抗体への本発明の抗原またはエピトープの結合、抗イディオタイプ抗体への本発明の抗体の結合、リガンドへの本発明の抗イディオタイプ抗体の結合、受容体への本発明の抗イディオタイプ抗体の結合、リガンド、受容体または抗体などへの本発明の抗抗イディオタイプ抗体の結合が含まれる。
「二重特異性」抗原結合タンパク質は、第1の目的の標的分子に特異的に結合する第1の抗原結合タンパク質(例えば、抗体)と第2の目的の標的分子に特異的に結合する第2の抗原結合タンパク質(例えば、抗体)の両方に由来する結合物を有する分子である。二重特異性抗原結合タンパク質は、限定されないが、ハイブリドーマの融合またはFab’断片の連結を含めた様々な方法によって、生成することができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Songsivilai et al.,Clin.Exp.Immunol.,79:315−321(1990)、Kostelny et al.,J.Immunol.,148:1547−1553(1992)を参照されたい。図1及び2に示す形式の分子は、本定義に従う二重特異性抗原結合タンパク質である。本定義内の二重特異性抗原結合タンパク質の様々なさらなる型式は、WO2014/159725、WO2013/041687、米国特許第8,945,553号、米国特許第8,945,553号、米国特許第8,258,268号、米国特許出願第2012/0195900号、国際特許出願WO2012/088302、米国特許仮出願第62/218,977号、Fischer and Leger(2007),Pathobiology 74:3−14、van Spriel et al.(2000),Immunology Today 21(8):391−7、Kufer et al.(2004),Trends in Biotechnology 22(5):238−44、Byrne et al.(2013),Trends in Biotechnology 31(11):621−31、Muller and Kontermann(2010),Biodrugs 24(2):89−98、Chames and Baty(2009),http://dx.doi.org/10.4161/mabs.1.6.10015、Kontermann(2012),http://dx.doi.org/10.4161/mabs.4.2.19000、Holliger et al.(1993),Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444−8、Speiss et al.,Mol.Immunol.(2015),67:95−106,http://dx.doi.org/10.1016/j.molimm.2015.01.003、Holliger et al.(1993),Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444−8、Speiss et al.,Mol.Immunol.(2015),http://dx.doi.org/10.1016/j.molimm.2015.01.003、Ridgway et al,(1996),Protein Eng.9:617、Gunasekaran et al(2010),J.Biol.Chem.285:19637、Davis(2010),Protein Eng. Des. & Sel.23:195、DiGiammarino et al.(2012),Methods Mol.Biol.899:145,2012)、Lindhofer et al.(1995),J.Immunol.155:219:Schaefer et al.(2011),Proc.Natl.Acad.Sci.USA,108:11187、Regula et al,米国特許出願第2010/0322934号、Bostrom et al.(2009),Science 323:1610、米国特許出願第2011/0076722号、Rossi et al.(2008),Cancer Res.68:8384に開示されており、これらのそれぞれは参照により本明細書に組み込まれる。
用語「エピトープ」は、抗体が特異的に結合する、抗原の部分を指す。したがって、用語「エピトープ」は、免疫グロブリンまたはT−細胞受容体に特異的に結合することができる任意のタンパク質決定基を含む。エピトープ決定基は、通常、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面基から成り、通常、特定の三次元構造特性及び特定の荷電特性を有する。より具体的には、本明細書で使用する場合、用語「IL−17エピトープ」、「TNF−αエピトープ」及び/または「TNF−α/p19エピトープ」は、動物、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはマウスまたはヒトにおいて抗原性または免疫原性活性を有する、対応するポリペプチドの部分を指す。免疫原活性を有するエピトープは、動物において抗体反応を誘発する、例えば、IL−17AまたはIL−17FまたはTNF−α/p19ポリペプチドの部分である。抗原活性を有するエピトープは、当技術分野で周知である任意の方法によって、例えば、イムノアッセイ、プロテアーゼ消化、結晶解析法またはHID交換によって確認する場合に、抗体が免疫特異的に結合する、例えば、IL−17AまたはIL−17FまたはTNF−α/p19ポリペプチドの部分である。抗原性エピトープは、必ずしも免疫原性である必要はない。そのようなエピトープは性質上直鎖状でもよく、または不連続なエピトープでもよい。したがって、本明細書で使用する場合、用語「立体構造エピトープ」は、連続した一連のアミノ酸以外の抗原のアミノ酸の間の空間的関係によって形成される、不連続なエピトープを指す。
用語「免疫グロブリン」は、免疫グロブリン遺伝子に実質的にコードされる1つまたは複数のポリペプチドから成るタンパク質を指す。免疫グロブリンの1つの形態は、抗体の基本構造単位を構成する。この形態は四量体であり、免疫グロブリン鎖の2つの同一対から成り、各対は1つの軽鎖及び1つの重鎖を有する。各対では、軽鎖及び重鎖の可変領域が抗原への結合に一緒に関与し、定常領域が抗体のエフェクター機能に関与する。
全長免疫グロブリン「軽鎖」(約25Kdまたは約214アミノ酸)は、NH2−末端(約110アミノ酸)において可変領域遺伝子にコードされ、COOH−末端においてカッパまたはラムダ定常領域遺伝子にコードされる。全長免疫グロブリン「重鎖」(約50Kdまたは約446アミノ酸)は、同様に、可変領域遺伝子(約116アミノ酸)及び前述の他の定常領域遺伝子のうちの1つ(約330アミノ酸)にコードされる。重鎖は、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタまたはイプシロンに分類され、抗体のアイソタイプをそれぞれ、IgG(例えば、IgG1、IgG2、IgG3及びIgG4)、IgM、IgA、IgD及びIgEと定義する。軽鎖及び重鎖内で、可変領域及び定常領域は、約12個またはそれ以上のアミノ酸の「J」領域によって結合しており、重鎖は、約10個またはそれ以上のアミノ酸の「D」領域も含む。(一般に、Fundamental Immunology(Paul,W.,ed.,2nd Edition,Raven Press,NY(1989)),Chapter7を参照されたい(すべての目的のために参照によりその全体が組み込まれる)。
免疫グロブリンの軽鎖または重鎖可変領域は、3つの超可変領域によって中断されている「フレームワーク」領域から成る。したがって、用語「超可変領域」は、抗原結合に関与する、抗体のアミノ酸残基を指す。超可変領域は、「相補性決定領域」または「CDR」由来のアミノ酸残基(Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Edition,Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))及び/または「高頻度可変ループ」由来のアミノ酸残基(Chothia et al.,J.Mol.Biol.196:901−917(1987))を含む(これらの両方とも、参照により本明細書に組み込まれる)。「フレームワーク領域」または「FR」残基は、本明細書で定義される超可変領域残基以外の可変ドメイン残基である。異なる軽鎖または重鎖のフレームワーク領域の配列は、種内で比較的保存されている。したがって、「ヒトフレームワーク領域」は、天然に存在するヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域と実質的に同一(約85%またはそれ以上、通常、90〜95%またはそれ以上)であるフレームワーク領域である。成分の軽鎖と重鎖の複合フレームワーク領域である、抗体のフレームワーク領域は、CDRの配置及び整列に役立つ。CDRは、主として、抗原のエピトープへの結合に関与する。したがって、用語「ヒト化」免疫グロブリンは、ヒトフレームワーク領域及び非ヒト(通常、マウスまたはラット)の免疫グロブリン由来の1つまたは複数のCDRを含む免疫グロブリンを指す。CDRを提供する非ヒト免疫グロブリンは「ドナー」と呼ばれ、フレームワークを提供するヒト免疫グロブリンは「アクセプター」と呼ばれる。定常領域は存在する必要はないが、存在する場合は、これは、ヒト免疫グロブリン定常領域に実質的に同一、すなわち、少なくとも約85〜90%、好ましくは約95%またはそれ以上同一でなければならない。したがって、おそらくCDRを除いて、ヒト化免疫グロブリンのすべての部分は、天然のヒト免疫グロブリン配列の対応する部分に実質的に同一である。さらに、最適な抗原−結合親和性及び特異性を保持するように、ヒトフレームワーク領域中の1つまたは複数の残基を、親配列に復帰変異させることができる。このようにして、親抗体の結合特性を保持しながら、その免疫原性を最小限にするために、非ヒト親抗体由来のある種のフレームワーク残基がヒト化抗体中に保持される。本明細書で使用する場合、用語「ヒトフレームワーク領域」は、そのような復帰変異を有する領域を含む。「ヒト化抗体」は、ヒト化軽鎖及びヒト化重鎖免疫グロブリンを含む抗体である。例えば、ヒト化抗体は、上記で定義されたような典型的なキメラ抗体を包含しないと思われ、例えば、これは、キメラ抗体の可変領域の全体が非ヒトであるからである。
本明細書で使用する場合、用語「改変重鎖」は、免疫グロブリン重鎖、特にヒトIgG1またはヒトIgG2重鎖及び機能的抗体断片(例えば、FabもしくはscFv)またはその一部(例えば、免疫グロブリン軽鎖もしくはFd断片)を含み、該断片またはその一部が、そのN末端で、場合によりペプチドリンカーを介して重鎖のC末端に融合している、融合タンパク質を指す。
用語「ヒト化」免疫グロブリンは、ヒトフレームワーク領域及び非ヒト、例えば、マウス、ラットまたはウサギの免疫グロブリン由来の1つまたは複数のCDRを含む免疫グロブリンを指す。CDRを提供する非ヒト免疫グロブリンは「ドナー」と呼ばれ、フレームワークを提供するヒト免疫グロブリンは「アクセプター」と呼ばれる。定常領域は存在する必要はないが、存在する場合は、これは、ヒト免疫グロブリン定常領域に実質的に同一、すなわち、少なくとも約85〜90%、好ましくは約95%またはそれ以上同一でなければならない。したがって、おそらくCDR及びおそらくフレームワーク領域中の少数の復帰変異アミノ酸残基(例えば、1〜15残基)を除いて、ヒト化免疫グロブリンのすべての部分は、天然のヒト免疫グロブリン配列の対応する部分に実質的に同一である。「ヒト化抗体」は、ヒト化軽鎖及びヒト化重鎖免疫グロブリンを含む抗体である。例えば、ヒト化抗体は、上記で定義されたような典型的なキメラ抗体を包含しないと思われ、例えば、これは、キメラ抗体の可変領域の全体が非ヒトであるからである。
用語「ヒト抗体」及び「完全ヒト抗体」はそれぞれ、ヒト免疫グロブリンライブラリーから、または1つもしくは複数のヒト免疫グロブリンについて遺伝子組換えの動物から単離した抗体を含めた、ヒト免疫グロブリンのアミノ酸配列を有し、内在性の免疫グロブリンを発現しない抗体、例えば、XENOマウス抗体及び米国特許第5,939,598号においてKucherlapatiらによって記載されているような抗体を指す。
用語「遺伝子改変抗体」は、アミノ酸配列が天然抗体のものから変えられた抗体を意味する。抗体の生成に組換えDNA法が関連するため、自然抗体で見出されるアミノ酸の配列に制限される必要はなく、所望の特性を得るように抗体を再設計することができる。考えられるバリエーションは多く、例えば可変性領域及び/または定常領域の1つだけまたは少数のアミノ酸を変更することから完全再設計の範囲にわたる。定常領域における変更は、一般に、補体結合、膜との相互作用及び他のエフェクター機能などの特性を向上させるまたは変化させるために行われる。可変領域における変更は、抗原結合特性を向上させるために行われる。
「Fab断片」は、1つの軽鎖並びに1つの重鎖のCH1及び可変領域から構成される。Fab分子の重鎖は、別の重鎖分子とジスルフィド結合を形成することができない。
「Fab’断片」は、1つの軽鎖及びCH1ドメインとCH2ドメインの間により多くの定常領域を含む1つの重鎖を含み、その結果、2つの重鎖の間に鎖間ジスルフィド結合が形成されて、F(ab’)分子を形成することができる。
「F(ab’)断片」は、2つの軽鎖及びCH1ドメインとCH2ドメインの間に定常領域の一部を含む2つの重鎖を含み、その結果、2つの重鎖の間に鎖間ジスルフィド結合が形成される。
用語「天然Fc」は、単量体形態であろうと多量体形態であろうと、全抗体の消化によって生じる非抗原結合性断片の配列を含む分子または配列を指す。天然Fcの元の免疫グロブリン供給源は好ましくはヒト起源のものであり、免疫グロブリンのうちのいずれかであってもよいが、IgG1、IgG2及びIgG4が好ましい。天然Fcは、共有結合性結合(すなわち、ジスルフィド結合)及び非共有結合性結合によって二量体または多量体の形態に連結され得る単量体ポリペプチドで構成されている。天然Fc分子の単量体サブユニット間の分子間ジスルフィド結合の数は、クラス(例えば、IgG、IgA、IgE)またはサブクラス(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgGA2)に応じて、1〜4の範囲にわたる。天然Fcの一例は、IgGのパパイン消化によって生じるジスルフィド結合した二量体である(Ellison et al.(1982),Nucleic Acids Res.10:4071−9を参照されたい)。本明細書で使用する場合、用語「天然Fc」は、単量体形態、二量体形態及び多量体形態の総称である。
用語「Fc変異体」は、天然Fcから改変されているが、サルベージ受容体、FcRnに対する結合部位を依然として含む、分子または配列を指す。国際出願WO97/34631(1997年9月25に公開)及びWO96/32478は、例示的Fc変異体及びサルベージ受容体との相互作用を記載し、これらは、参照により本明細書に組み込まれる。したがって、用語「Fc変異体」は、非ヒト天然Fcからヒト化されている分子または配列を含む。さらに、天然Fcは除去されてもよい部位含み、これは、こうした部位が本発明の融合分子に必要とされない構造的特徴または生物活性を提供するからである。したがって、用語「Fc変異体」は、(1)ジスルフィド結合形成、(2)選択宿主細胞との不適合性、(3)選択宿主細胞における発現時のN末端の不均一性、(4)グリコシル化、(5)補体との相互作用、(6)サルベージ受容体以外のFc受容体への結合、または(7)抗体依存性細胞傷害(ADCC)に影響を及ぼすまたは関与する1つまたは複数の天然Fc部位または残基を欠く分子または配列を含む。Fc変異体は、以下に、さらに詳細に記載される。
用語「Fcドメイン」は、上記で定義された、天然Fc及びFc変異体の分子及び配列を包含する。Fc変異体及び天然Fcと同様に、用語「Fcドメイン」は、全抗体から消化されたか、他の方法で生成されたかに関わらず、単量体形態または多量体の分子を含む。
FcドメインまたはFcドメイン含有分子に適用する場合、用語「多量体」は、共有結合的に、非共有結合的に、または共有結合的相互作用及び非共有結合的相互作用の両方によって結合した、2つ以上のポリペプチド鎖を有する分子を指す。IgG分子は、一般的には、二量体を形成し、IgMは五量体を形成し、IgDは二量体を形成し、IgAは単量体、二量体、三量体または四量体を形成する。多量体は、Fcの天然Ig供給源の配列、及び得られる活性を活用することによって、またはそのような天然Fcを誘導体化(以下で定義される)することによって、形成することができる。
FcドメインまたはFcドメイン含有分子に適用する場合、用語「二量体」は、共有結合的または非共有結合的に結合した2つのポリペプチド鎖を有する分子を指す。したがって、本発明の範囲内の例示的二量体は、図2に示す通りである。
用語「Fv断片」及び「単鎖抗体」は、重鎖と軽鎖の両方からの抗体可変領域を含むが、定常領域を欠くポリペプチドを指す。全抗体のように、これは、特定の抗原に選択的に結合することができる。分子量がわずか約25kDaであるので、Fv断片は、2つの重鎖タンパク質及び2つの軽鎖から成る一般的な抗体(150〜160kD)よりはるかに小さく、さらにFab断片(約50kDa、1つの軽鎖及び半分の重鎖)よりも小さい。
「単一ドメイン抗体」は、単一ドメインFvユニット、例えば、VまたはVから成る抗体断片である。全抗体のように、これは、特定の抗原に選択的に結合することができる。分子量がわずか12〜15kDaであるので、単一ドメイン抗体は、2つの重鎖タンパク質及び2つの軽鎖から成る一般的な抗体(150〜160kDa)よりはるかに小さく、さらに、Fab断片(約50kDa、1つの軽鎖及び半分の重鎖)並びに単鎖可変断片(約25kDa、2つの可変ドメイン、1つは軽鎖由来、1つは重鎖由来)よりも小さい。最初の単一ドメイン抗体は、ラクダ科動物に見出される重鎖抗体から作り出された。単一ドメイン抗体の大抵の研究が、現在、重鎖可変ドメインに基づくが、軽鎖可変ドメイン及び軽鎖に由来するナノボディが標的エピトープに特異的に結合することも示された。
本明細書で使用する場合、用語「モノクローナル抗体」は、ハイブリドーマ技術によって生成される抗体に限定されない。用語「モノクローナル抗体」は、任意の真核生物、原核生物またはファージのクローンを含めた単一クローンに由来する抗体を指し、それが生成される方法を指すものではない。
いくつかの実施形態では、抗TL1A結合ドメインが由来する抗TL1A抗原結合タンパク質、二重特異性抗原結合タンパク質またはこれらのいずれかの機能的断片は、TNFスーパーファミリーリガンドと比較して、ヒトTL1Aを選択的に阻害する。抗体またはその機能的断片は、特定の受容体の阻害アッセイにおける抗体のIC50が、別の「参照の」リガンドまたは受容体の阻害アッセイにおけるIC50よりも少なくとも50倍低い場合に、他の受容体またはリガンドと比較して、特定の受容体またはリガンドを「選択的に阻害する」。「IC50」は、生物学的または生化学的な機能の50%阻害を達成するのに必要とされる用量/濃度である。放射性リガンドに関しては、IC50は、放射性リガンドの特異的結合の50%を置き換える競合リガンドの濃度である。任意の特定の物質またはアンタゴニストのIC50は、用量応答曲線を作成し、特定の機能アッセイにおいて、アゴニスト活性を反転させることに対する様々な濃度の薬物またはアンタゴニストの効果を調べることによって、決定することができる。IC50値は、アゴニストの最大生物学的応答の半分を阻害するのに必要とされる濃度を決定することによって、所与のアンタゴニストまたは薬物について計算することができる。したがって、任意の抗TL1A抗体またはその機能的断片のIC50値は、以下の実施例14に記載されているアッセイなどの任意の機能アッセイにおいて、ヒトTL1A受容体を活性させる際のTL1Aの最大生物学的応答の半分を阻害するのに必要とされる抗体または断片の濃度を決定することによって、計算することができる。特定のリガンドまたは受容体を選択的に阻害する抗体またはその機能的断片は、リガンドまたは受容体に対する中和抗体または中和断片と理解される。したがって、いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性抗原結合タンパク質の抗TL1A結合ドメインが由来する抗TL1A抗体またはその機能的断片は、ヒトTL1Aの中和抗体または断片である。
任意の抗TL1A抗体またはその機能的断片の可変領域またはCDR領域は、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質のうちのいずれかの抗TL1A結合物を構築するのに使用することができる。同様に、任意の抗TNF−α抗体またはその機能的断片の可変領域またはCDR配列は、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質のうちのいずれかの抗TNF−α結合物を構築するのに使用することができる。例えば、本発明の二重特異性抗原結合タンパク質の抗TL1A結合ドメインは、その内容全体を参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第7,820,798号、米国特許出願第2008/0003221号、米国特許第8,263,743号、米国特許出願第2011/0217310号、米国特許出願第2012/0263718号、米国特許出願第2014/0308271号、WO2012/161856、WO2013/044298、WO2005/018571、米国特許出願第2014/0120109号、米国特許第6,521,422号、米国特許出願第2014/0255302号、及び米国特許出願第2015/0132311号に記載されている抗ヒトTL1A抗体のうちのいずれかのVH及び/もしくはVL領域または1つもしくは複数のCDRを含むことができる。いくつかの実施形態では、抗TL1A結合物が由来する抗TL1A抗体は、今述べた参考文献のうちの1つに記載されているヒト抗TL1A抗体の1つもしくは複数、または以下に記載のヒト抗TL1A抗体の1つもしくは複数をクロスブロックする。用語「クロスブロックする(cross−block)」、「クロスブロックされる(cross−blocked)」及び「クロスブロッキング(cross−blocking)」は、本明細書で互換的に使用されて、標的(例えば、ヒトTL1A)への他の抗体または結合断片の結合を妨げる、抗体の能力を意味する。抗体または結合断片が、別のものが標的(例えば、ヒトTL1A)に結合するのを妨げることができる程度、したがって、クロスブロックすると言うことができるかどうかは、競合結合アッセイを使用して決定することができる。いくつかの実施形態では、クロスブロッキング抗体またはその結合断片は、参照抗体のヒトTL1A結合を、約40%から100%、例えば約60%から約100%、特に好ましくは約70%から100%、さらに特に好ましくは約80%から100%低減する。クロスブロッキングを検出するのに特に適した定量的アッセイは、表面プラスモン共鳴技術を使用して相互作用の程度を測定するBiacore装置を使用する。別の適切な定量的クロスブロッキングアッセイは、抗体間の競合を、ヒトTL1Aへのその結合の点から測定するために、FACSベースのアプローチを使用する。そのようなクロスブロッキングに関する例示的アッセイは、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願第2015/0132311号の実施例2の段落[0922]〜[0924]に見られる。
用語「核酸」または「核酸分子」は、デオキシリボ核酸(DNA)またはリボ核酸(RNA)、オリゴヌクレオチド、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって生成される断片、並びにライゲーション、切断、エンドヌクレアーゼ作用及びエキソヌクレアーゼ作用のうちのいずれかによって生成される断片などのポリヌクレオチドを指す。核酸分子は、天然に存在するヌクレオチド(例えば、DNA及びRNA)または天然に存在するヌクレオチドの類似体(例えば、天然に存在するヌクレオチドのアルファ−鏡像異性型)または両方の組み合わせである単量体から成り得る。修飾ヌクレオチドは、糖部分及び/またはピリミジンもしくはプリン塩基部分に変化があり得る。糖修飾としては、例えば、ハロゲン、アルキル基、アミン及びアジド基との1つもしくは複数のヒドロキシル基の置き換えが挙げられ、または糖をエーテルもしくはエステルとして官能化することができる。さらに、糖部分全体を立体的及び電子的に類似した構造体、例えば、アザ糖及び炭素環糖類似体と置き換えることができる。塩基部分の修飾の例としては、アルキル化されたプリン及びピリミジン、アシル化されたプリンもしくはピリミジンまたは他の周知の複素環置換体が挙げられる。ホスホジエステル結合またはそのような結合の類似型によって、核酸単量体を連結することができる。ホスホジエステル結合の類似型としては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホラニリデート(phosphoranilidate)、ホスホルアミデートなどが挙げられる。用語「核酸分子」は、ポリアミド骨格に結合した天然に存在するまたは修飾された核酸塩基を含む、いわゆる「ペプチド核酸」も含む。核酸は、一本鎖または二本鎖のいずれかであり得る。
用語「核酸分子の相補体」は、参照ヌクレオチド配列と比べた場合に、相補的ヌクレオチド配列及び逆配向を有する、核酸分子を指す。
用語「縮重ヌクレオチド配列」は、ポリペプチドをコードする参照核酸分子と比べた場合に、1つまたは複数の縮重コドンを含むヌクレオチド配列を示す。縮重コドンは、ヌクレオチドの異なるトリプレットを含むが、同じアミノ酸残基をコードする(すなわち、GAU及びGACトリプレットは、それぞれAspをコードする)。
「単離核酸分子」は、生物のゲノムDNAに組み込まれていない核酸分子である。例えば、細胞のゲノムDNAから分離された、増殖因子をコードするDNA分子は、単離DNA分子である。単離核酸分子の別の例は、生物のゲノムに組み込まれていない、化学合成された核酸分子である。特定の種から分離された核酸分子は、その種の染色体の完全なDNA分子よりも小さい。
「核酸分子コンストラクト」は、天然に存在しない配置で結合され、並べられた核酸のセグメントを含むようにヒトの介入によって改変された、一本鎖または二本鎖のいずれかの核酸分子である。
「相補DNA(cDNA)」は、逆転写酵素によってmRNA鋳型から形成される一本鎖DNA分子である。一般的には、mRNAの一部に相補的なプライマーが逆転写の開始に用いられる。当業者は、そのような一本鎖DNA分子及びその相補DNA鎖から成る二本鎖のDNA分子を指すのにも用語「cDNA」を使用する。用語「cDNA」は、RNA鋳型から合成されたcDNA分子のクローンも指す。
「プロモーター」は、構造遺伝子の転写を指示するヌクレオチド配列である。一般的には、プロモーターは、構造遺伝子の転写開始部位の近位にある、遺伝子の5’非コード領域に位置する。転写開始において機能するプロモーター内の配列エレメントは、コンセンサスヌクレオチド配列を特徴とすることが多い。これらのプロモーターエレメントとしては、RNAポリメラーゼ結合部位、TATA配列、CAAT配列、分化特異的エレメント(DSE;McGehee et al.,Mol.Endocrinol.,7:551(1993))、サイクリックAMP応答エレメント(CRE)、血清応答エレメント(SRE;Treisman,Seminars in Cancer Biol.,1:47(1990))、グルココルチコイド応答エレメント(GRE)並びに他の転写因子の結合部位、例えば、CRE/ATF(O’Reilly et al.,J.Biol.Chem.,267:19938(1992))、AP2(Ye et al.,J.Biol.Chem.,269:25728(1994))、SP1、cAMP応答エレメント結合タンパク質(CREB;Loeken,Gene Expr.,3:253(1993))及びオクタマー因子が挙げられる(一般に、Watson et al.,eds.,Molecular Biology of the Gene,4th Edition,The Benjamin/Cummings Publishing Company,Inc.(1987)、及びLemaigre et al.,Biochem.J.,303:1(1994))を参照されたい)。プロモーターが誘導性プロモーターである場合は、誘導剤に反応して転写速度が増大する。これに対して、プロモーターが構成的プロモーターである場合は、転写速度は誘導剤によって調節されない。抑制プロモーターも知られている。
「調節エレメント」は、コアプロモーターの活性をモジュレートするヌクレオチド配列である。例えば、調節エレメントは、特定の細胞、組織またはオルガネラにおいて排他的または優先的に転写を可能にする細胞因子と結合するヌクレオチド配列を含むことができる。これらのタイプの調節エレメントは、通常は、「細胞特異的」、「組織特異的」または「オルガネラ特異的」様式で発現する遺伝子と関係がある。
「エンハンサー」は、転写開始部位に対するエンハンサーの距離または配向を問わず、転写の効率を増大させるタイプの調節エレメントである。
「異種DNA」は、所与の宿主細胞内に天然に存在しないDNA分子またはDNA分子の集団を指す。特定の宿主細胞に対して異種性のDNA分子は、宿主DNAが非宿主DNA(すなわち、外来性DNA)と結合してさえすれば、宿主細胞種に由来するDNA(すなわち、内在性DNA)を含むことができる。例えば、転写プロモーターを含む宿主DNAセグメントに作動可能に連結されているポリペプチドをコードする非宿主DNAセグメントを含むDNA分子は、異種DNA分子である考えられる。逆に、異種DNA分子は、外来性プロモーターと作動可能に連結されている内在性遺伝子を含むことができる。別の例示として、野生型細胞に由来する遺伝子を含むDNA分子は、そのDNA分子が野生型遺伝子を欠く変異細胞に導入される場合、異種DNAであると考えられる。
「発現ベクター」は、宿主細胞で発現される遺伝子をコードする核酸分子である。一般的には、発現ベクターは、転写プロモーター、遺伝子及び転写ターミネータを含む。遺伝子発現は、通常、プロモーターの制御下に置かれ、そのような遺伝子は、プロモーター「に作動可能に連結されている」と言われる。同様に、調節エレメントがコアプロモーターの活性をモジュレートする場合、調節エレメント及びコアプロモーターは作動可能に連結されている。
「組換え宿主」は、異種核酸分子、例えば、クローニングベクターまたは発現ベクターを含む細胞である。本文脈では、組換え宿主の例は、発現ベクターから本発明のアンタゴニストを生成する細胞である。その一方、そのようなアンタゴニストは、前記アンタゴニストの「天然供給源」であり、且つ発現ベクターを欠く細胞によって生成され得る。
用語「アミノ末端」及び「カルボキシル末端」は、ポリペプチド内の位置を示すために、本明細書で使用される。文脈が許す場合、これらの用語は、近似または相対位置を示すために、ポリペプチドの特定の配列または部分に関して使用される。例えば、ポリペプチド内で参照配列に対してカルボキシル末端に位置するある配列は、参照配列のカルボキシル末端の近位に位置するが、必ずしも完全なポリペプチドのカルボキシル末端にあるとは限らない。
「融合タンパク質」は、少なくとも2つの遺伝子のヌクレオチド配列を含む核酸分子によって発現されるハイブリッドタンパク質である。例えば、融合タンパク質は、親和性マトリックスと結合するポリペプチドと融合したIL−17RAポリペプチドの少なくとも一部を含むことができる。そのような融合タンパク質は、アフィニティークロマトグラフィーを使用して大量のIL−17Aを単離する手段を提供する。
用語「受容体」は、「リガンド」と呼ばれる生理活性分子に結合する細胞関連タンパク質を示す。この相互作用は、細胞に対するリガンドの作用を伝える。受容体は、膜結合型、サイトゾル型または核型でもよく、単量体(例えば、甲状腺刺激ホルモン受容体、ベータ−アドレナリン受容体)または多量体(例えば、PDGF受容体、成長ホルモン受容体、IL−3受容体、GM−CSF受容体、G−CSF受容体、エリスロポエチン受容体及びIL−6受容体)でもよい。膜結合受容体は、細胞外リガンド結合ドメイン及び典型的にはシグナル伝達に関与する細胞内エフェクタードメインを含むマルチドメイン構造を特徴とする。ある種の膜結合受容体では、細胞外リガンド結合ドメイン及び細胞内エフェクタードメインは、完全な機能的受容体を含む別々のポリペプチドに位置する。一般に、受容体へのリガンドの結合が、受容体のコンホメーション変化をもたらし、これが、細胞中のエフェクタードメインと他の分子(複数可)の間の相互作用を引き起こし、次にこれが、細胞の代謝を変化させる。受容体−リガンド相互作用に関連付けられることが多い代謝イベントとしては、遺伝子の転写、リン酸化、脱リン酸化、サイクリックAMP生成の増大、細胞性カルシウムの動員、膜脂質の動員、細胞接着、イノシトール脂質の加水分解及びリン脂質の加水分解が挙げられる。
用語「発現」は、遺伝子産物の生合成を指す。例えば、構造遺伝子の場合には、発現は、mRNAへの構造遺伝子の転写及び1つまたは複数のポリペプチドへのmRNAの翻訳を含む。
用語「相補体/抗相補対」は、適切な条件下で非共有結合的に結合した安定な対を形成する、同一でない部分を示す。例えば、ビオチン及びアビジン(またはストレプトアビジン)は、相補/抗相補体対のプロトタイプのメンバーである。他の例示的相補体/抗相補体対としては、受容体/リガンド対、抗体/抗原(またはハプテンまたはエピトープ)対、センス/アンチセンスポリヌクレオチド対などが挙げられる。相補体/抗相補体対のその後の解離が望ましい場合は、相補体/抗相補体対は、好ましくは10−1未満の結合親和性を有する。
「検出可能な標識」は、抗体部分にコンジュゲートして、診断に有用な分子を生成することができる、分子または原子である。検出可能な標識の例としては、キレート剤、光活性薬剤、放射性同位体、蛍光性薬剤、常磁性イオンまたは他のマーカー部分が挙げられる。
用語「アフィニティータグ」は、第2のポリペプチドに結合して、第2のポリペプチドの精製または検出をもたらす、または基質への第2のポリペプチドの結合に対する部位をもたらすことができるポリペプチドセグメントを示すために、本明細書で使用される。原則的に、抗体または他の特異的結合剤が利用可能な任意のペプチドまたはタンパク質をアフィニティータグとして使用することができる。アフィニティータグとしては、ポリヒスチジントラクト、プロテインA(Nilsson et al.,EMBO J.,4:1075(1985)、Nilsson et al.,Methods Enzymol.,198:3(1991))、グルタチオンSトランスフェラーゼ(Smith et al.,Gene, 67:31(1988))、Glu−Gluアフィニティータグ(Grussenmeyer et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,82:7952(1985))、サブスタンスP、FLAG(登録商標)ペプチド(Hopp et al.,Biotechnology,6:1204(1988))、ストレプトアビジン結合ペプチド、または他の抗原性エピトープもしくは結合ドメインが挙げられる。一般に、Ford et al.,Protein Expression and Purification,2:95(1991)を参照されたい。アフィニティータグをコードするDNA分子は、商業的供給業者(例えば、Pharmacia Biotech,Piscataway,N.J.)から入手可能である。
用語「酸性残基」は、酸性基を含む側鎖を有するアミノ酸残基を指す。例示的酸性残基としては、D及びEが挙げられる。
用語「アミド残基」は、酸性基のアミド誘導体を含む側鎖を有するアミノ酸を指す。例示的残基としては、N及びQが挙げられる。
用語「芳香族残基」は、芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基を指す。例示的芳香族残基としては、F、Y及びWが挙げられる。
用語「塩基性残基」は、塩基性基を含む側鎖を有するアミノ酸残基を指す。例示的塩基性残基としては、H、K及びRが挙げられる。
用語「親水性残基」は、極性基を含む側鎖を有するアミノ酸残基を指す。例示的親水性残基としては、C、S、T、N及びQが挙げられる。
用語「非官能性残基」は、酸性基、塩基性基または芳香族基を欠く側鎖を有するアミノ酸残基を指す。例示的非機能性アミノ酸残基としては、M、G、A、V、I、L及びノルロイシン(Nle)が挙げられる。
Kabat et al.(1991),Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MDのEUインデックス及びAHoナンバリング方式(Honegger and Pluckthun(2001),J Mol Biol.8;309(3):657−70)の両方を、本発明で使用することができる。いずれかのシステムを使用して、所与の抗体のアミノ酸の位置並びにCDR及びFRを特定することができる。例えば、EUの重鎖位置39、44、183、356、357、370、392、399及び409は、AHoの重鎖位置46、51、230、484、485、501、528、535及び551と等しい。同様に、EUの軽鎖位置38、100及び176は、それぞれ、AHOの軽鎖位置46、141及び230と等しい。以下の表(i)、(ii)及び(iii)は、例えば、IgG−Fab二重特異性抗原結合タンパク質の正確なアセンブリーを支援するために、電荷位置のv1、v2及びv3バージョンに対するナンバリング位置間の同等性を示す。
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本発明の二重特異性抗原結合タンパク質型式
本発明の一態様は、新規なTL1A特異的な抗原結合タンパク質及び抗体に関する。そのような抗体は、TL1Aの生物活性の阻害による治療に適している当技術分野で既知の及び以下で本明細書に記載される状態を治療するのに有用である。
本発明の別の態様は、1つの軽鎖−重鎖対がTL1Aに特異的に結合し、別の軽鎖−重鎖対がTNF−αに結合する、二重特異性抗原結合タンパク質に関する。そのような二重特異性抗原結合タンパク質は、全抗体(図1を参照されたい)またはF(ab’)断片であり得る。本発明のこの態様では、TL1A結合物はTL1Aに対して一価であり、TNF−α結合物はTNF−αに対して一価である。
別の二重特異性抗原結合タンパク質の実施形態では、TL1A結合物及びTNF−α結合物は、IgG−scFvと本明細書で言及する全体構造で配置される。本実施形態では、第1の結合物は、抗体の構造、すなわち、免疫グロブリン鎖の2つの対を有する(各対は、1つの軽鎖及び1つの重鎖を有する)。第2の結合物は、1対のFvユニットの構造を含み、すなわち、対の各メンバーが、単鎖として直列に連結した、重鎖由来の可変ドメイン及び軽鎖由来の可変ドメインを有する。IgG−scFv構成では、各Fvユニットは、第1の結合物の重鎖定常ドメイン(Fc)のC末端に共有結合している(図2を参照されたい)。各Fvユニットは、第1の結合物のFcドメインに直接的にまたはリンカーを介して連結することができる。本発明のこの実施形態では、各結合物は、その標的抗原に対して二価である。好ましい実施形態では、TL1A結合物は抗体の構造を有し、TNF−α結合物は1対のFvユニットの構造を有する。
本発明は、さらに、正確な重鎖−重鎖及び重鎖−軽鎖対形成を支援する変異を有する二重特異性抗体に関する。そのような変異は、参照により本明細書に組み込まれる、US8,592,562、WO2009/089004、WO2006/106905、WO2014/4082179、WO2014/081955、Speiss et al.,Mol.Immunol.(2015),http://dx.doi.org/10.1016/j.molimm.2015.01.003に記載されている。
本発明は、さらに、当技術分野で既知の他の二重特異性抗原結合タンパク質型式で配置されるTL1A結合物及びTNF−α結合物に関する。特に、本発明は、参照により本明細書に組み込まれる、WO2014/159725、WO2013/041687、米国特許第8,945,553号、米国特許第8,945,553号、米国特許第8,258,268号、米国特許出願第2012/0195900号、国際特許出願WO2012/088 302、米国特許仮出願第62/218,977号、Fischer and Leger(2007),Pathobiology 74:3−14、van Spriel et al.(2000),Immunology Today 21(8):391−7、Kufer et al.(2004),Trends in Biotechnology 22(5):238−44、Byrne et al.(2013),Trends in Biotechnology 31(11):621−31、Muller and Kontermann(2010),Biodrugs 24(2):89−98、Chames and Baty(2009),http://dx.doi.org/10.4161/mabs.1.6.10015、Kontermann(2012),http://dx.doi.org/10.4161/mabs.4.2.19000、Holliger et al.(1993),Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444−8、Speiss et al.,Mol.Immunol.(2015),http://dx.doi.org/10.1016/j.molimm.2015.01.003、2009年7月16日に公開されたWO2009/089004、Holliger et al.(1993),Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444−8、Speiss et al.,Mol.Immunol.(2015),http://dx.doi.org/10.1016/j.molimm.2015.01.003、Ridgway et al,(1996),Protein Eng.9:617、Gunasekaran et al(2010),J.Biol.Chem.285:19637、Davis(2010),Protein Eng.Des. & Sel.23:195、DiGiammarino et al.(2012),Methods Mol.Biol.899:145,2012)、Lindhofer et al.(1995),J.Immunol.155:219:Schaefer et al.(2011),Proc.Natl.Acad.Sci.USA,108:11187、Regula et al,米国特許出願第2010/0322934号、Bostrom et al.(2009),Science 323:1610、米国特許出願第2011/0076722号、Rossi et al.(2008),Cancer Res.68:8384に記載されている形式のTL1A及びTNF−α結合物に関する。
好ましい実施形態
抗原結合タンパク質及び結合物のアミノ酸配列は、好ましくは、TL1A及びTNF−αに対するヒト及び/またはヒト化のモノクローナル抗体の配列に基づく。本発明は、以下に記載される好ましい配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%または少なくとも99%の配列同一性を有する配列も含む。以下の表に示されるアミノ酸配列は、任意の形式の二重特異性抗原結合タンパク質を含めた本発明の抗原結合タンパク質にとって好ましい。
TL1A特異的な抗原結合タンパク質
TL1A特異的な抗原結合タンパク質及び抗原結合物は、好ましくは、本明細書に開示される好ましいTL1A抗体に由来する相補性決定領域(CDR)配列を含む。表Aは、それらが由来した好ましい抗体と並んで、好ましいCDR配列を示す。全体を通して、LCDR1、LCDR2及びLCDR3は軽鎖CDRを指し、HCDR1、HCDR2及びHCDR3は重鎖CDRを指す。全体を通して、各配列に対する配列識別番号(配列番号)は、表の配列の後の括弧内に示す。
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前述の配列のそれぞれは、配列表のその直前の核酸配列にコードされる。全体を通して、抗体9C8及び3B3由来の配列が好ましい。
本発明の抗原結合タンパク質では、異性化部位を避けるのが好ましい。2アミノ酸配列のDG、DH、DS及びDTは、既知の異性化部位である。本発明は、CDRの配列を含めた供給源抗体配列が異性化部位を排除するように改変されている、抗原結合タンパク質にも関する。それを考慮して、本発明は、HCDR2が、配列VISYDXNNKLYTDXVKG(配列番号204)を有する、供給源抗体3C6由来のHCDR2の改変形態であり、各Xが、独立に、G、H、SまたはT以外の残基(すなわち、A、C、D、E、F、I、K、L、M、N、P、Q、R、V、WまたはY)であり、Aが好ましい、抗原結合タンパク質に関する。本発明は、さらに、HCDR2が供給源抗体3C6由来のHCDR2の改変形態であり、ここでは、異性化部位を除去して配列VISYEGNNKLYTESVKG(配列番号678)を生じるように酸性残基DがEと置き換えられている、抗原結合タンパク質に関する。本発明は、さらに、HCDR3が、配列EDGDXYYRYGMDV(配列番号676)を有する、供給源抗体23B3由来のHCDR3の改変形態である、抗原結合タンパク質に関する。本発明は、さらに、酸性残基DをEと置き換えることによって供給源抗体23B3由来のHCDR3の異性化部位が除去され、配列EEGESYYRYGMDV(配列番号657)を生じる、抗原結合タンパク質に関する。
本発明の抗原結合タンパク質では、脱アミド部位を避けることが好ましい。2アミノ酸配列のNG、NH、NS及びNTは既知の脱アミド部位である。本発明は、CDRの配列を含めた供給源抗体配列が、脱アミド部位を排除するように改変されている、抗原結合タンパク質にも関する。脱アミド部位を排除するための1つの方法は、部位NG、NH、NS及びNTの第2のアミノ酸残基をG、H、S、またはT以外の残基(すなわち、A、C、D、E、F、I、K、L、M、N、P、Q、R、V、W、またはY)と置き換えることである。脱アミド部位を排除するための好ましい方法は、NG、NH、NS及びNTのNをQと置き換えることである。それを考慮して、本発明は、表Aに列挙されるものに加えて、以下の配列を有する抗原結合タンパク質に関する。
LCDR3は、供給源抗体3C6由来の配列の改変に基づく配列LQHQSYPPT(配列番号631)を有し得る。
HCDR1は、供給源抗体23B3VH4由来の配列の改変に基づく配列TQSVAWN(配列番号632)を有し得る。
HCDR2は、それぞれ供給源抗体9C8及び3B3由来の配列の改変に基づく、配列YIYYSGQTKYNPSLKS(配列番号633)またはEIQHAGQTNYNPSLKS(配列番号677)を有し得る。
本発明の抗原結合タンパク質は、さらに、酸性残基の別の酸性残基との置換、アミド残基の別のアミド残基との置換(芳香族残基、塩基性残基、親水性残基、非官能性残基、中性極性残基及び極性疎水性残基についても同様である)から生じ得る。供給源抗体のCDRの非官能性残基のそのような置換は、各Xが独立に、M、G、A、V、I,またはLである、表Bに示す本発明の配列をもたらす。
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表Aに示す抗体に関連するCDR生殖系列配列を含む抗原結合タンパク質も好ましい。そのような配列を表Cに示す。
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表Dに示すように、好ましい抗TL1A抗体の可変ドメイン配列を含む抗原結合タンパク質がさらに好ましい。全体を通して、表Dに示すような「VH」は重鎖の可変ドメインを指し、「VL」は軽鎖の可変ドメインを指す。本発明内の分子は、安定性もしくは他の機能性またはホットスポットの除去のために、トランケーションまたは置換を含めた改変を表Dに示す配列に組み込むことができる(アミノ酸の化学的または物理的改変)。表Dに示す配列と少なくとも90%の配列同一性を有する分子も本発明内に含まれる。
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前述のポリペプチドのそれぞれは、配列表のポリペプチド配列の直前のヌクレオチド配列を有する核酸にコードされる。抗体9C8及び3B3由来の配列が好ましい。
表Eに示す完全な抗TL1A抗体配列が、抗TL1A抗体にとって好ましい。LCは抗体軽鎖を指し、HCは重鎖を指す。表Eの軽鎖及び重鎖配列のいずれかまたは両方と少なくとも90%の配列同一性を有する分子も本発明内に包含される。
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表Eのアミノ酸配列のそれぞれは、配列表中のその直前の核酸配列にコードされる。抗体9C8及び3B3由来の配列が好ましい。
前述の抗TL1A抗体配列は、本明細書に記載のいずれか形式の二重特異性抗原タンパク質で使用することができる。好ましくは、そのような配列は、本明細書で記載されるヘテロIg抗原結合タンパク質及びIgG−scFv二重特異性抗原結合タンパク質で使用される。
ヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質
本発明は、TL1A特異的結合物を含む、図1に示すヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質にさらに関する。構造的に、ヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質は、以下を含む。
(a)TL1A結合物の重鎖可変ドメイン、異なる抗原(例えば、TNF−α)に対する重鎖可変ドメイン及び異なる抗原に対する結合物の軽鎖可変ドメインとは別の軽鎖に含まれた、TL1A結合物の軽鎖可変ドメイン、
(b)TL1A結合物の軽鎖可変ドメイン、異なる抗原に対する重鎖可変ドメイン及び異なる抗原に対する軽鎖可変ドメインとは別の重鎖に含まれた、TL1A結合物の重鎖可変ドメイン、
(c)前記異なる抗原に対する軽鎖ドメイン、TL1A結合物の重鎖可変ドメイン及びTL1A結合物の軽鎖可変ドメインとは別の重鎖に含まれた、異なる抗原に対する重鎖可変ドメイン、
(d)TL1A結合物の軽鎖可変ドメインを含む軽鎖に共有結合している、TL1A結合物の重鎖可変ドメインを含む重鎖、
(e)異なる抗原に対する軽鎖可変ドメインを含む軽鎖に共有結合している、前記異なる抗原に対する重鎖可変ドメインを含む重鎖、並びに
(f)異なる抗原に対する重鎖可変ドメインを含む重鎖に共有結合している、TL1A結合物の重鎖可変ドメインを含む重鎖。
そのようなヘテロIg二重特異性抗体については、表Aに列挙されるCDRの1つまたは複数を含むために、TL1A特異的結合物が好ましい。表Dの可変領域ドメインを用いることができるが、TL1A結合物が、ヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質の正確なアセンブリーを助ける荷電アミノ酸を含むことが好ましい(図1を参照されたい)。ヘテロIg二重特異性抗体にとって好ましい可変領域配列を表Fに示す。前の場合と同様に、表FのVLは軽鎖可変領域を指し、VHは重鎖可変領域を示す。配列表の配列番号を表Fの各配列の後に示す。
Figure 2019502692
表Fのポリペプチドのそれぞれは、配列表のポリペプチド配列の直前の配列を有する核酸にコードされる。
TNF特異的結合物を有する、好ましくはTL1A特異的結合物をともなうヘテロIgG分子は、本発明の範囲内である。TNF特異的結合物は、好ましくは、抗体3.2(以下に記載)、234(以下に記載)、セルトリズマブ、アダリムマブ、インフリキシマブ、ゴリムマブ及び参照により本明細書に組み込まれる米国特許第7,285,269号に開示されている抗体のCDRまたは可変ドメインの1つまたは複数の配列を含む。本明細書全体を通して、「セルトリズマブ」は、セルトリズマブペゴルに由来する可変領域配列を有する抗体を指す。そのようなCDRに基づく好ましい配列を表Gに示す。
Figure 2019502692
表Gのポリペプチドのそれぞれは、配列表のポリペプチドの配列の直前の配列を有する核酸にコードされる。表Gの配列は、任意の二重特異性抗原結合タンパク質型式、好ましくはヘテロIgまたはIgG−scFv型式で、及び好ましくはTL1A抗原結合物とともに使用することができる。
二重特異性抗原結合タンパク質のTNF結合物は、より好ましくは、選択された抗TNF抗体の可変領域の配列を含む。そのような可変領域の配列を表Hに記載する。前の場合と同様に、VLは軽鎖の可変領域を指し、VHは重鎖の可変領域を指す。本発明は、さらに、表Hに示す配列のいずれかに少なくとも約90%同一である配列を有する分子を包含する。
Figure 2019502692
前述のポリペプチドのそれぞれは、配列表のポリペプチド配列の直前のヌクレオチド配列を有する核酸にコードされる。
好ましい抗TL1A/抗TNFヘテロIgG二重特異性抗体を表Iに示す。ヘテロIg分子の名称は、ヘテロIg分子を構築するのに使用される親抗体に対する前述の名称に基づく。例えば、「セルトリズマブ/3B3変異体」と命名された分子は、本明細書でセルトリズマブ及び3B3変異体と命名された抗体由来の配列を有するポリペプチドを用いる。前の場合と同様に、VLは軽鎖の可変領域を指し、VHは重鎖の可変領域を指す。そのような分子は、「Cクランプ」、すなわち、安定化のためにさらなるジスルフィド結合をもたらすように配列中に置換されたシステイン分子を含むことができる。そのようなシステイン置換は、好ましくは、Kabatのナンバリング方式においてVHの位置44及びVLの100のVL−VH境界面に導入される。安定性のために、または他の機能性を導入するために、さらなる置換を行うことができる。本発明の実施形態は、表Iに示す配列のいずれかに少なくとも90%の配列同一性を有する分子を含む。
Figure 2019502692
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前述のポリペプチドのそれぞれは、配列表のポリペプチドのアミノ酸配列の直前のヌクレオチド配列を有する核酸にコードされる。
表Jは、本発明による好ましいヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質の完全な軽鎖及び重鎖配列を列挙する。列挙される配列は、列挙される組み合わせであるかどうかを問わず、すべてのヘテロIg分子にとって好ましい。列挙される組み合わせがさらに好ましい。分子名中の「Var」は変異体を指す。そのような分子は、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、2009年7月16日に公開されたWO2009/089004に記載されているように、アセンブリーを助けるための電荷変異体を含むことができる。
Figure 2019502692
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前述のポリペプチドのそれぞれは、表J−1に記載される場合を除いて、配列表のポリペプチドのアミノ酸配列の直前のヌクレオチド配列を有する核酸にコードされる。
Figure 2019502692
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IgG−scFv二重特異性抗原結合タンパク質
IgG−scFv抗原結合タンパク質は、図2に示す構造を有する。そのような分子は、抗体の重鎖及び軽鎖(分子のIgG部分)を含み、これは、IgG−scFv分子の第1の抗原結合物を含む。そのような分子は、scFv、すなわち、第2の抗体の重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを1つの鎖内に有する融合タンパク質をさらに含む。分子のこのscFv部分は、IgG−scFv分子の第2の抗原結合物を含む。scFv部分は、分子のIgG部分の各重鎖に融合している。
本明細書では、IgG−scFv抗原結合タンパク質は、抗TL1A結合物、特に、上記の抗TL1A結合物のアミノ酸配列を含む。好ましいIgG−scFv抗原結合タンパク質は、表A、B及びCに記載されている抗TL1A CDRの配列を含み、表Aのものが最も好ましい。より好ましいIgG−scFv抗原結合タンパク質は、表Dの抗TL1A可変ドメイン配列を含む。表Eの完全な抗体配列を有するIgG−scFv抗原結合タンパク質も好ましい。
本明細書は、さらに、抗TNF−α抗原結合物を含む、好ましくは表Gに記載されているCDR配列を含む、IgG−scFv分子に関する。表Hに記載されている抗TNF−α可変ドメインの配列を含むIgG−scFv分子がさらに好ましい。表Kに記載されている抗TNF−α抗体の完全なアミノ酸配列を含むIgG−scFv分子がさらに好ましい。
Figure 2019502692
表Kのアミノ酸配列のそれぞれは、配列表中のその直前の核酸配列にコードされる。
ある種の実施形態では、IgG部分の重鎖は、ペプチドリンカーを介してscFv部分と融合している。ある種の実施形態では、ペプチドリンカーは、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)及び(GlySer)から成る群から選択される配列を含む。
表L及びMに開示されている重鎖及び軽鎖配列を有するIgG−scFv抗原結合タンパク質がさらに好ましい。表L及びMの重鎖配列は、分子のIgG部分の重鎖に融合した、分子のScFv部分を含む。これらの表の左列の分子名では、第1の抗体の名前は、IgG−scFv分子が言及される抗体の完全な重鎖及び軽鎖配列を含むように分子のIgG部分を特定する。第2の抗体の名前は、重鎖配列が上記で開示した重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメイン配列を含むように分子のScFv部分を特定する。したがって、「アダリムマブIgG−9C8 scFv」は、抗体9C8の重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインに融合した、アダリムマブの軽鎖及びアダリムマブの重鎖を含む。表L及びMの分子名の「CC」はシステインクランプを指し、その名称にCCを含む分子は、さらなるシステインジスルフィド結合を有するように改変されている。そのようなシステイン置換は、好ましくは、Kabatのナンバリング方式でVHの位置44及びVLの100のVL−VH境界面に導入される。表Lの「Var」は、変異体を意味する。
Figure 2019502692
Figure 2019502692
表Lのポリペプチドのそれぞれは、配列表のポリペプチド配列の直前のヌクレオチド配列を有する核酸にコードされる。
Figure 2019502692
表Mのポリペプチドのそれぞれは、配列表のポリペプチド配列の直前のヌクレオチド配列を有する核酸にコードされる。
IgG−Fab二重特異性抗原結合タンパク質
IgG−Fab型式では、二重特異性の多価抗原結合タンパク質は、(i)第1の抗体由来の第1の重鎖(VH2−CH1−CH2−CH3)を含む第1のポリペプチドであって、改変重鎖を形成するために、第1の重鎖が、そのカルボキシル末端で(場合により、ペプチドリンカーを介して)第2の抗体のVH2−CH1ドメインを含むポリペプチドに融合している、第1のポリペプチド、(ii)第1の抗体由来の軽鎖(VL1−CL)を含む第2のポリペプチド、及び(iii)第2の抗体のVL2−CLドメインを含む第3のポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第1と第2のポリペプチドの間で、第1の抗体のCL及びCH1ドメインをスイッチする(「スワップする」)ことができる。そのような実施形態では、第2のポリペプチドはVL1−CH1を含み、一方で第1のポリペプチドは、VH1−CL−CH2−CH3−VH2−CH1を含み、VH1−CL−CH2−CH3は、場合によりペプチドリンカーを介してそのC末端でVH2−CH1に融合している。第3のポリペプチドはVL2−CLを含む。あるいは、いくつかの実施形態では、第1と第3のポリペプチドの間で、第2の抗体のCL及びCH1ドメインをスイッチすることができる。そのような実施形態では、第3のポリペプチドはVL2−CH1を含み、一方で第1のポリペプチドは、VH1−CH1−CH2−CH3−VH2−CLを含み、ここでは、VH1−CH1−CH2−CH1は場合によりペプチドリンカーを介してそのC末端でVH2−CLに融合している。第2のポリペプチドはVL1−CLを含む。さらに別の実施形態では、両方の抗体のCL及びCH1ドメインは、第1と第2と第3のポリペプチドの間でスイッチされる。そのような実施形態では、第1のポリペプチドはVH1−CL−CH2−CH3−VH2−CLを含み、VH1−CL−CH2−CH3は、場合により、そのC末端でVH2−CLに融合しており、第2のポリペプチドはVL1−CH1を含み、第3のポリペプチドはVL2−CH1を含む。第1の抗体がTL1A結合物を含み、第2の抗体がTNF−α結合物を含むそのようなIgG−Fab分子は、本発明の範囲内である。同様に、第1の抗体がTNF−α結合物を含み、第2の抗体がTL1A結合物を含むそのようなIgG−Fab分子も本発明の範囲内である。最後の2つのセンテンスと同じ意味を持つ表現は、第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、第2の抗体がもう1つを含む、である。
本発明内のIgG−Fab型式の一態様では、二重特異性の四価抗原結合タンパク質は、a)第1の抗体が第1の抗原に特異的に結合し、第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖(VH2)を含む部分のN末端に融合しており、第2の抗体が第2の抗原に特異的に結合する第1の抗体の第1の重鎖(VH1)、b)a)の第1の抗体の2つの軽鎖、及びc)a)の第2の抗体の2つの軽鎖を含む。本発明内では、第1の抗体はTL1Aに特異的に結合することができ、第2の抗体はTNF−αに特異的に結合することができ、または逆もまた同様である。
本発明内のIgG−Fab型式の別の態様では、二重特異性抗原結合タンパク質は、(i)第1の軽鎖免疫グロブリン可変領域(VL1)及び第1の重鎖免疫グロブリン可変領域(VH1)を含む、第1の抗原に特異的に結合する第1の結合ドメイン、(ii)第2の軽鎖免疫グロブリン可変領域(VL2)及び第2の重鎖免疫グロブリン可変領域(VH2)を含む、第2の抗原に特異的に結合する第2の結合ドメイン、並びに(iii)ヒト免疫グロブリンFc領域を含み、ここでは、結合ドメインの1つがFc領域のアミノ末端に位置し、もう1つの結合ドメインがFc領域のカルボキシル末端に位置し、カルボキシル末端結合ドメインがFabであり、ペプチドリンカーを介してFc領域のカルボキシル末端に融合しており、FabがFabのVH領域のアミノ末端を介してFc領域に融合している。本発明内では、第1の抗原はTL1Aでもよく、第2の抗原はTNF−αでもよく、または逆もまた同様である。
IgG−Fab型式の別の態様では、二重特異性の四価抗原結合タンパク質は、以下を含む。
a)第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、第1の抗体が第1の抗原に特異的に結合し、第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、第2の抗体が第2の抗原に特異的に結合し、以下のi)、ii)である、第1のポリペプチド。
i)VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に荷電した(例えば、正に荷電した)アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
ii)VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に荷電した(好ましくは上記のi)のものと逆に荷電した)アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、ここでは、電荷は、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆である。
b)a)の第1の抗体の第1の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、第1の軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、位置38の電荷が、位置39の、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆であり、位置100の電荷が、位置44の、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆であり、位置176の電荷が、位置183の、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆である、第2のポリペプチド。
c)a)の第2の抗体の第2の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、第2の軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、VL2または第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、位置38の電荷が、位置39の、第2の重鎖のVH2または第2のCH1の置換される残基の逆であり、位置100の電荷が、位置44の、第2の重鎖のVH2または第2のCH1の置換される残基の逆であり、位置176の電荷が、位置183の、第2の重鎖のVH2または第2のCH1の置換される残基の逆である、第3のポリペプチド。
本発明内では、上記の副段落a)の第1の抗原はTL1A及びTNF−αの1つでもよく、第2の抗原はもう1つでもよい。この同じ結合特異性を述べる別の方法は、副段落a)の第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、第2の抗体がもう1つを含むと、述べることである。
カルボキシル末端結合ドメインがFab断片である本発明の二重特異性抗原結合タンパク質のいくつかの実施形態では、Fc領域のアミノ末端(すなわち、アミノ末端結合ドメイン)に位置する結合ドメインもFab断片である。アミノ末端のFab断片を、本明細書に記載のペプチドリンカーまたは免疫グロブリンヒンジ領域を介して、Fc領域のアミノ末端に融合させることができる。いくつかの実施形態では、アミノ末端のFab断片は、ヒトIgG1のヒンジ領域を介して、Fc領域のアミノ末端に結合している。他の実施形態では、アミノ末端のFab断片は、ヒトIgG2のヒンジ領域を介して、Fc領域のアミノ末端に結合している。一実施形態では、アミノ末端のFab断片は、FabのCH1領域のカルボキシル末端を介して、Fc領域に融合している。
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性抗原結合タンパク質は、第1の標的に特異的に結合する第1の抗体を含み、この場合、第2の標的に特異的に結合する第2の抗体由来のFab断片の1つのポリペプチド鎖(例えば、重鎖(VH2−CH1))は、第1の抗体の重鎖のカルボキシル末端に融合している。そのような実施形態の二重特異性抗原結合タンパク質は、第2の抗体由来のFab断片のもう半分(例えば、軽鎖(VL2−CL))を含むポリペプチド鎖も含む。この型式を「IgG−Fab」型式と本明細書で言及し、このタイプの分子の一実施形態を模式的に図25に示す。したがって、ある種の実施形態では、本発明は、二重特異性の多価抗原結合タンパク質を含み、これは、(i)第1の抗体由来の軽鎖、(ii)改変重鎖を形成するために、重鎖が、そのカルボキシル末端でペプチドリンカーを介して、第2の抗体のVH−CH1ドメインを含む第1のポリペプチドに融合している、第1の抗体由来の重鎖、及び(iii)第2の抗体のVL−CLドメインを含む第2のポリペプチドを含む。二量体化される場合は、二重特異性抗原結合タンパク質は、2つの改変重鎖、第1の抗体由来の2つの軽鎖及び第2の抗体由来のFab断片のもう半分(Fd断片)を含む2つのポリペプチド鎖を含む、ホモ六量体である。一実施形態では、重鎖のカルボキシル末端に融合している第1のポリペプチドは第2の抗体由来のVH及びCH1ドメインを含み、第2のポリペプチドは第2の抗体由来のVL及びCLドメインを含む。
ある種の実施形態では、本発明の抗原結合タンパク質は、(i)第1の標的抗原に特異的に結合する第1の結合ドメイン、(ii)第2の標的抗原に特異的に結合する第2の結合ドメイン、及び(iii)ヒト免疫グロブリンFc領域を含み、ここでは、結合ドメインの1つがFc領域のアミノ末端に位置し、もう1つの結合ドメインがFc領域のカルボキシル末端に位置する。いくつかのそのような実施形態では、第1及び第2の結合ドメインのそれぞれは、免疫グロブリン可変領域を含む。例えば、ある種の実施形態では、第1の結合ドメインは、抗第1標的抗原抗体由来の第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1の重鎖可変領域(VH1を)含み、第2の結合ドメインは、抗第2標的抗原抗体由来の第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2の重鎖可変領域(VH2)を含む。
本発明の二重特異性抗原結合タンパク質のある種の実施形態では、Fc領域のアミノ末端(すなわち、アミノ末端結合ドメイン)に位置する結合ドメインは、本明細書に記載のペプチドリンカーを介して、または免疫グロブリンヒンジ領域を介して、Fc領域のアミノ末端に融合したFab断片である。「免疫グロブリンヒンジ領域」は、免疫グロブリン重鎖のCH1ドメインとCH2ドメインを結合するアミノ酸配列を指す。ヒトIgG1のヒンジ領域は、一般に、約Glu216または約Cys226から約Pro230までのアミノ酸配列と定義される。他のIgGアイソタイプのヒンジ領域は、重鎖間ジスルフィド結合を形成する最初及び最後のシステイン残基を同じ位置に置くことによって、IgG1配列と整列させることができ、当業者が決定することができる。いくつかの実施形態では、アミノ末端結合ドメインは、ヒトIgG1のヒンジ領域を介して、Fc領域のアミノ末端に結合している。他の実施形態では、アミノ末端結合ドメインは、ヒトIgG2のヒンジ領域を介して、Fc領域のアミノ末端に結合している。一実施形態では、アミノ末端結合ドメイン(例えば、Fab断片)はFabのCH1領域のカルボキシル末端を介して、Fc領域に融合している。
本発明の抗原結合タンパク質のいくつかの実施形態では、Fc領域のカルボキシル末端(すなわち、カルボキシル末端結合ドメイン)に位置する結合ドメインはFab断片である。そのような実施形態では、Fabは、ペプチドリンカーを介して、Fab断片のVH領域のアミノ末端を介して、Fc領域のカルボキシル末端(例えば、CH3ドメインのカルボキシル末端)に融合または結合している。したがって、一実施形態では、Fabは、FabのVH領域のアミノ末端を介してFc領域に融合しており、その結果、得られた融合タンパク質は、N末端からC末端に、CH2ドメイン、CH3ドメイン、ペプチドリンカー、VH領域及びCH1領域を含む。
ある種の実施形態では、本発明の抗原結合タンパク質の第1の重鎖は、ペプチドリンカーを介して、VH2に融合している。ある種の実施形態では、ペプチドリンカーは、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)及び(GlySer)から成る群から選択される配列を含む。これらの配列は、以下のように記載することもできる。
GGGSGGGS(配列番号673)、
GGGGSGGGGS(配列番号695)、
GGGSGGGSGGGS(配列番号703)、
GGGGSGGGGSGGGGS(配列番号729)、
GGGSGGGSGGGSGGGS(配列番号735)、
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号825)、
GGGSGGGSGGGSGGGSGGGS(配列番号937)、
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号939)、
GGGSGGGSGGGSGGGSGGGSGGGS(配列番号941)、及び
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号945)。
Fc領域をカルボキシル末端のFabに結合するペプチドリンカーは、本明細書に記載のペプチドリンカーのうちのいずれかであり得る。特定の実施形態では、Fc領域をカルボキシル末端のFab断片に結合するペプチドリンカーは、少なくとも5アミノ酸の長さである。他の実施形態では、Fc領域をカルボキシル末端のFab断片に結合するペプチドリンカーは、少なくとも8アミノ酸の長さである。Fc領域をカルボキシル末端のFab断片に結合するのに特に適したペプチドリンカーは、グリシン−セリンリンカー、例えば(GlySer)(ここでは、x=3または4であり、n=2、3、4、5または6である)である。一実施形態では、Fc領域をカルボキシル末端のFab断片に結合するペプチドリンカーは、L10(GS)リンカーである。別の実施形態では、Fc領域をカルボキシル末端のFab断片に結合するペプチドリンカーは、L9またはGSGSリンカー(GGGSGGGGS、配列番号946)である。
鎖変異
特定の実施形態では、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質は、エフェクター機能を除去するように改変された、ヒトIgG1抗体由来のFc領域を含む。そのような改変IgG1 Fc領域は、置換R292C及びV302Cを含む。そのような実施形態では、Fc領域は、N297G(SEFL2スキャフォールドとして知られる)置換を含むこともできる。
好ましい実施形態は、ヘテロIgG二重特異性抗原結合タンパク質の正確なアセンブリーを助けるための変異を重鎖及び軽鎖にさらに含む。ホモ二量体形成の排除のためにヘテロ二量体形成を促進するアプローチは、静電的ステアリングメカニズムの利用を必要とする(その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、Gunasekaran et al.(2010),J.Biol.Chem.,Vol.285:19637−19646を参照されたい)。このアプローチは、静電引力を引き起こす逆の電荷を介して2つの異なる重鎖が結合するように、各重鎖のCH3ドメインにおいて荷電残基を導入または利用することを含む。同一の重鎖のホモ二量体化は、同一の重鎖は同じ電荷を有し、それによって反発するので、好ましくない。この同じ静電的ステアリング技法は、結合面において正確な軽鎖−重鎖対に逆の電荷を有する残基を導入することによって、非同種重鎖との軽鎖の誤対合を防ぐのに使用することができる。ヘテロ二量体及び正確な軽鎖−重鎖対形成を促進するための静電的ステアリング技法及び適切な電荷対変異はWO2009/089004及びWO2014/081955に記載されており、これらの両方は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の二重特異性抗原結合タンパク質が、第1の標的抗原に特異的に結合する第1の抗体由来の第1の軽鎖(LC1)及び第1の重鎖(HC1)、並びに第2の標的に特異的に結合する第2の抗体由来の第2の軽鎖(LC2)及び第2の重鎖(HC2)を含むヘテロ二量体抗体である実施形態では、HC1またはHC2は、正に荷電したアミノ酸を負に荷電したアミノ酸と置き換えるために、1つまたは複数のアミノ酸置換を含むことができる。例えば、一実施形態では、HC1のCH3ドメインまたはHC2のCH3ドメインは、CH3ドメインの対応する位置(複数可)で、野生型ヒトIgGのアミノ酸配列中の1つまたは複数の正に荷電したアミノ酸(例えば、リジン、ヒスチジン及びアルギニン)が、1つまたは複数の負に荷電したアミノ酸(例えば、アスパラギン酸及びグルタミン酸)と置き換えられるように、野生型IgGのアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を含む。これら及び他の実施形態では、370、392及び409(EUナンバリングシステム)から選択される1つまたは複数の位置のアミノ酸(例えば、リジン)は、負に荷電したアミノ酸(例えば、アスパラギン酸及びグルタミン酸)と置き換えられる。アミノ酸配列中のアミノ酸置換は、一般的には、本明細書において、特定の位置におけるアミノ酸残基の1文字略語、それに続く、目的の元の配列に対する数的アミノ酸位置、次いでそれに続く、置換アミノ酸残基の1文字記号を用いて命名される。例えば、「T30D」は、目的の元の配列に対するアミノ酸位置30におけるアスパラギン酸残基によるスレオニン残基の置換を表す。別の例の「S218G」は、目的の元のアミノ酸配列に対するアミノ酸位置218におけるグリシン残基によるセリン残基の置換を表す。
ある種の実施形態では、ヘテロ二量体抗体のHC1またはHC2は、負に荷電したアミノ酸を正に荷電したアミノ酸と置き換えるために、1つまたは複数のアミノ酸置換を含むことができる。例えば、一実施形態では、HC1のCH3ドメインまたはHC2のCH3ドメインは、CH3ドメインの対応する位置(複数可)で、野生型ヒトIgGのアミノ酸配列の1つまたは複数の負に荷電したアミノ酸が、1つまたは複数の正に荷電したアミノ酸と置き換えられるように、野生型IgGのアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を含む。これら及び他の実施形態では、CH3ドメインの356、357及び399(EUナンバリングシステム)から選択される1つまたは複数の位置のアミノ酸(例えば、アスパラギン酸またはグルタミン酸)が、正に荷電したアミノ酸(例えば、リジン、ヒスチジン及びアルギニン)と置き換えられる。
特定の実施形態では、ヘテロ二量体抗体は、位置392及び409に負に荷電したアミノ酸(例えば、K392D及びK409D置換)を含む第1の重鎖並びに位置356及び399に正に荷電したアミノ酸(例えば、E356K及びD399K置換)を含む第2の重鎖を含む。他の特定の実施形態では、ヘテロ二量体抗体は、位置392、409及び370に負に荷電したアミノ酸(例えば、K392D、K409D及びK370D置換)を含む第1の重鎖並びに位置356、399及び357に正に荷電したアミノ酸(例えば、E356K、D399K及びE357K置換)を含む第2の重鎖を含む。関連した実施形態では、第1の重鎖は抗第1標的抗原抗体由来であり、第2の重鎖は抗第2標的抗原抗体由来である。
特定の重鎖とその同種の軽鎖の結合を容易にするために、重鎖と軽鎖の両方は、相補的なアミノ酸置換を含むことができる。本明細書で使用する場合、「相補的なアミノ酸置換」は、もう1つの鎖の負に荷電したアミノ酸置換と対になった、1つの鎖内の正に荷電したアミノ酸に対する置換を指す。例えば、いくつかの実施形態では、重鎖は、荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、対応する軽鎖は、荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、ここでは、重鎖に導入された荷電アミノ酸は、軽鎖に導入されたアミノ酸の逆の電荷を有する。ある種の実施形態では、LC1/HC1の結合面で、1つまたは複数の正に荷電した残基(例えば、リジン、ヒスチジンまたはアルギニン)を第1の軽鎖(LC1)に導入することができ、1つまたは複数の負に荷電した残基(例えば、アスパラギン酸またはグルタミン酸)をコンパニオン重鎖(HC1)導入することができ、一方で、LC2/HC2の結合面で、1つまたは複数の負に荷電した残基(例えば、アスパラギン酸またはグルタミン酸)を第2の軽鎖(LC2)に導入することができ、1つまたは複数の正に荷電した残基(例えば、リジン、ヒスチジンまたはアルギニン)をコンパニオン重鎖(HC2)に導入することができる。静電的な相互作用は、境界面の逆の荷電残基(極性)を引き寄せるので、LC1をHC1と対形成させ、LC2をHC2と対形成させる。境界面で同じ荷電残基(極性)を有する重/軽鎖対(例えば、LC1/HC2及びLC2/HC1)は反発し、望まれないHC/LC対形成を抑制する。
これら及び他の実施形態では、重鎖のCH1ドメインまたは軽鎖のCLドメインは、野生型IgGのアミノ酸配列の1つまたは複数の正に荷電したアミノ酸が1つまたは複数の負に荷電したアミノ酸と置き換えられるように、野生型IgGのアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を含む。あるいは、重鎖のCH1ドメインまたは軽鎖のCLドメインは、野生型IgGのアミノ酸配列の1つまたは複数の負に荷電したアミノ酸が1つまたは複数の正に荷電したアミノ酸と置き換えられるように、野生型IgGのアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、F126、P127、L128、A141、L145、K147、D148、H168、F170、P171、V173、Q175、S176、S183、V185及びK213から選択されるEU位置にある、ヘテロ二量体抗体の第1及び/または第2の重鎖のCH1ドメイン中の1つまたは複数のアミノ酸は、荷電アミノ酸と置き換えられる。ある種の実施形態では、負または正に荷電したアミノ酸との置換に対する重鎖残基はS183(EUナンバリングシステム)である。いくつかの実施形態では、S183は正に荷電したアミノ酸で置換される。代替の実施形態では、S183は負に荷電したアミノ酸で置換される。例えば、一実施形態では、S183は、第1の重鎖において負に荷電したアミノ酸で置換され(例えば、S183E)、S183は、第2の重鎖において正に荷電したアミノ酸で置換される(例えば、S183K)。
軽鎖がカッパ軽鎖である実施形態では、F116、F118、S121、D122、E123、Q124、S131、V133、L135、N137、N138、Q160、S162、T164、S174及びS176から選択される位置(カッパ軽鎖におけるEUナンバリング)にある、ヘテロ二量体抗体の第1及び/または第2の軽鎖のCLドメインの1つまたは複数のアミノ酸は、荷電アミノ酸と置き換えられる。軽鎖がラムダ軽鎖である実施形態では、T116、F118、S121、E123、E124、K129、T131、V133、L135、S137、E160、T162、S165、Q167、A174、S176及びY178から選択される位置(ラムダ鎖におけるEUナンバリング)にある、ヘテロ二量体抗体の第1及び/または第2の軽鎖のCLドメインの1つまたは複数のアミノ酸は、荷電アミノ酸と置き換えられる。いくつかの実施形態では、負または正に荷電したアミノ酸との置換に対する残基は、カッパ軽鎖またはラムダ軽鎖のいずれかのCLドメインのS176(EUナンバリングシステム)である。ある種の実施形態では、CLドメインのS176は、正に荷電したアミノ酸と置き換えられる。代替の実施形態では、CLドメインのS176は、負に荷電したアミノ酸と置き換えられる。一実施形態では、S176は、第1の軽鎖において正に荷電したアミノ酸で置換され(例えば、S176K)、S176は、第2の軽鎖において負に荷電したアミノ酸で置換される(例えば、S176E)。
CH1及びCLドメインにおける相補的なアミノ酸置換に加えてまたはその代わりとして、ヘテロ二量体抗体の軽鎖及び重鎖の可変領域は、荷電アミノ酸を導入するために、1つまたは複数の相補的なアミノ酸置換を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体抗体の重鎖のVH領域または軽鎖のVL領域は、野生型IgGのアミノ酸配列の1つまたは複数の正に荷電したアミノ酸が1つまたは複数の負に荷電したアミノ酸と置き換えられるように、野生型IgGのアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を含む。あるいは、重鎖のVH領域または軽鎖のVL領域は、野生型IgGのアミノ酸配列の1つまたは複数の負に荷電したアミノ酸が1つまたは複数の正に荷電したアミノ酸と置き換えられるように、野生型IgGのアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を含む。
VH領域内のV領域境界面残基(すなわち、VH領域とVL領域のアセンブリーを媒介するアミノ酸残基)は、EU位置1、3、35、37、39、43、44、45、46、47、50、59、89、91及び93を含む。VH領域内のこれらの境界面残基の1つまたは複数は、荷電した(正または負に荷電した)アミノ酸で置換され得る。ある種の実施形態では、第1及び/または第2の重鎖のVH領域のEU位置39にあるアミノ酸は、正に荷電したアミノ酸、例えば、リジンに置換される。代替の実施形態では、第1及び/または第2の重鎖のVH領域のEU位置39にあるアミノ酸は、負に荷電したアミノ酸、例えば、グルタミン酸に置換される。いくつかの実施形態では、第1の重鎖のVH領域のEU位置39にあるアミノ酸は負に荷電したアミノ酸に置換され(例えば、G39E)、第2の重鎖のVH領域のEU位置39にあるアミノ酸は正に荷電したアミノ酸に置換される(例えば、G39K)。いくつかの実施形態では、第1及び/または第2の重鎖のVH領域のEU位置44にあるアミノ酸は、正に荷電したアミノ酸、例えばリジンに置換される。代替の実施形態では、第1及び/または第2の重鎖のVH領域のEU位置44にあるアミノ酸は、負に荷電したアミノ酸、例えばグルタミン酸に置換される。ある種の実施形態では、第1の重鎖のVH領域のEU位置44にあるアミノ酸は、負に荷電したアミノ酸に置換され(例えば、G44E)、第2の重鎖のVH領域のEU位置44にあるアミノ酸は、正に荷電したアミノ酸に置換される(例えば、G44K)。
VL領域内のV領域境界面残基(すなわち、VH領域とVL領域のアセンブリーを媒介するアミノ酸残基)は、EU位置32、34、35、36、38、41、42、43、44、45、46、48、49、50、51、53、54、55、56、57、58、85、87、89、90、91及び100を含む。VL領域内の1つまたは複数の境界面残基は、荷電アミノ酸、好ましくは、同種の重鎖のVH領域に導入されるものと逆の電荷を有するアミノ酸で置換され得る。いくつかの実施形態では、第1及び/または第2の軽鎖のVL領域のEU位置100にあるアミノ酸は、正に荷電したアミノ酸、例えばリジンに置換される。代替の実施形態では、第1及び/または第2の軽鎖のVL領域のEU位置100にあるアミノ酸は、負に荷電したアミノ酸、例えばグルタミン酸に置換される。ある種の実施形態では、第1の軽鎖のVL領域のEU位置100にあるアミノ酸は、正に荷電したアミノ酸に置換され(例えば、G100K)、第2の軽鎖のVL領域のEU位置100にあるアミノ酸は、負に荷電したアミノ酸に置換される(例えば、G100E)。
ある種の実施形態では、本発明のヘテロ二量体抗体は、第1の重鎖及び第2の重鎖並びに第1の軽鎖及び第2の軽鎖を含み、第1の重鎖は、位置44(EU)、183(EU)、392(EU)及び409(EU)にアミノ酸置換を含み、第2の重鎖は、位置44(EU)、183(EU)、356(EU)及び399(EU)にアミノ酸置換を含み、第1及び第2の軽鎖は、位置100(EU)及び176(EU)にアミノ酸置換を含み、ここでは、アミノ酸置換はこれらの位置に荷電アミノ酸を導入する。関連した実施形態では、第1の重鎖の位置44(EU)にあるグリシンはグルタミン酸と置き換えられ、第2の重鎖の位置44(EU)にあるグリシンはリジンと置き換えられ、第1の軽鎖の位置100(EU)にあるグリシンはリジンと置き換えられ、第2の軽鎖の位置100(EU)にあるグリシンはグルタミン酸と置き換えられ、第1の軽鎖の位置176(EU)にあるセリンはリジンと置き換えられ、第2の軽鎖の位置176(EU)にあるセリンはグルタミン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置183(EU)にあるセリンはグルタミン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置392(EU)にあるリジンはアスパラギン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置409(EU)にあるリジンはアスパラギン酸と置き換えられ、第2の重鎖の位置183(EU)にあるセリンはリジンと置き換えられ、第2の重鎖の位置356(EU)にあるグルタミン酸はリジンと置き換えられ、及び/または第2の重鎖の位置399(EU)にあるアスパラギン酸はリジンと置き換えられる。
他の実施形態では、本発明のヘテロ二量体抗体は、第1の重鎖及び第2の重鎖並びに第1の軽鎖及び第2の軽鎖を含み、第1の重鎖は、位置183(EU)、392(EU)及び409(EU)にアミノ酸置換を含み、第2の重鎖は、位置183(EU)、356(EU)及び399(EU)にアミノ酸置換を含み、第1及び第2の軽鎖は、位置176(EU)にアミノ酸置換を含み、ここでは、アミノ酸置換はこれらの位置に荷電アミノ酸を導入する。関連した実施形態では、第1の軽鎖の位置176(EU)にあるセリンはリジンと置き換えられ、第2の軽鎖の位置176(EU)にあるセリンはグルタミン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置183(EU)にあるセリンはグルタミン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置392(EU)にあるリジンはアスパラギン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置409(EU)にあるリジンはアスパラギン酸と置き換えられ、第2の重鎖の位置183(EU)にあるセリンはリジンと置き換えられ、第2の重鎖の位置356(EU)にあるグルタミン酸はリジンと置き換えられ、及び/または第2の重鎖の位置399(EU)にあるアスパラギン酸はリジンと置き換えられる。
さらに他の実施形態では、本発明のヘテロ二量体抗体は、第1の重鎖及び第2の重鎖並びに第1の軽鎖及び第2の軽鎖を含み、第1の重鎖は、位置183(EU)、392(EU)、409(EU)及び370(EU)にアミノ酸置換を含み、第2の重鎖は、位置183(EU)、356(EU)、399(EU)及び357(EU)にアミノ酸置換を含み、第1及び第2の軽鎖は、位置176(EU)にアミノ酸置換を含み、ここでは、アミノ酸置換はこれらの位置に荷電アミノ酸を導入する。関連した実施形態では、第1の軽鎖の位置176(EU)にあるセリンはリジンと置き換えられ、第2の軽鎖の位置176(EU)にあるセリンはグルタミン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置183(EU)にあるセリンはグルタミン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置392(EU)にあるリジンはアスパラギン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置409(EU)にあるリジンはアスパラギン酸と置き換えられ、第1の重鎖の位置370(EU)にあるリジンはアスパラギン酸と置き換えられ、第2の重鎖の位置183(EU)にあるセリンはリジンと置き換えられ、第2の重鎖の位置356(EU)にあるグルタミン酸はリジンと置き換えられ、第2の重鎖の位置399(EU)にあるアスパラギン酸はリジンと置き換えられ、及び/または第2の重鎖の位置357(EU)にあるグルタミン酸はリジンと置き換えられる。
ヘテロ二量体抗体の正確なアセンブリーを促進するために、上記の電荷対変異の1つまたは複数を含むように、定常ドメインのいずれかを改変することができる。
本発明のヘテロ二量体抗体は、重鎖(複数可)及び/または軽鎖(複数可)を含む抗体であって、例えば、抗体を発現する宿主細胞のタイプに起因する翻訳後修飾が原因で、重鎖及び軽鎖のいずれか1つに関して、1つ、2つ、3つ、4つまたは5つのアミノ酸残基がN末端またはC末端または両方から欠けている抗体も包含する。例えば、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞は、抗体重鎖からC末端リジンを頻繁に切断する。
正確な重鎖−軽鎖対形成を促進するために、本明細書に記載の電荷対変異または相補的なアミノ酸置換を第1の抗体(Fab1)または第2の抗体(Fab2)のFab領域に導入することができる。例えば、いくつかの実施形態では、Fab1のVLドメインのEU位置38にあるアミノ酸は負に荷電したアミノ酸(例えば、グルタミン酸)と置き換えられ、Fab1のVHドメインのEU位置39にあるアミノ酸は正に荷電したアミノ酸(例えば、リジン)と置き換えられる。他の実施形態では、Fab1のVLドメインのEU位置38にあるアミノ酸は正に荷電したアミノ酸(例えば、リジン)と置き換えられ、Fab1のVHドメインのEU位置39にあるアミノ酸は負に荷電したアミノ酸(例えば、グルタミン酸)と置き換えられる。ある種の実施形態では、Fab2のVLドメインのEU位置38にあるアミノ酸は負に荷電したアミノ酸(例えば、グルタミン酸)と置き換えられ、Fab2のVHドメインのEU位置39にあるアミノ酸は正に荷電したアミノ酸(例えば、リジン)と置き換えられる。他の実施形態では、Fab2のVLドメインのEU位置38にあるアミノ酸は正に荷電したアミノ酸(例えば、リジン)と置き換えられ、Fab2のVHドメインのEU位置39にあるアミノ酸は負に荷電したアミノ酸(例えば、グルタミン酸)と置き換えられる。
第2の抗体由来のVH−CH1領域(すなわち、Fd断片)が第1の抗体の重鎖に融合している実施形態では、第1の抗体由来の重鎖はS183E変異(EUナンバリング)を含み、第1の抗体由来の軽鎖はS176K変異(EUナンバリング)を含み、第2の抗体由来の軽鎖はS176E変異(EUナンバリング)を含み、第2の抗体由来のFd領域(これは、第1の抗体由来の重鎖のC末端に融合している)はS183K変異(EUナンバリング)を含む。他の実施形態では、第1の抗体由来の重鎖はG44E変異(EU)及びS183E変異(EUナンバリング)を含み、第1の抗体由来の軽鎖はG100K変異(EU)及びS176K変異(EUナンバリング)を含み、第2の抗体由来の軽鎖はG100E変異(EU)及びS176E変異(EUナンバリング)を含み、第2の抗体由来のFd領域(これは、第1の抗体由来の重鎖のC末端に融合している)はG44K変異(EU)及びS183K変異(EUナンバリング)を含む。前述の例の電荷は、対応する軽鎖または重鎖の電荷も逆転する限り、逆転させることができ、その結果、正確な重/軽鎖対が逆の電荷を有する。
一実施形態では、本発明は、以下を含む二重特異性の四価抗原結合タンパク質に関する。
a)第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、第1の抗体が第1の抗原に特異的に結合し、第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、第2の抗体が第2の抗原に特異的に結合しており、以下のi)、ii)である、第1のポリペプチド。
i)VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に荷電した(例えば、正に荷電した)アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
ii)VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に逆に荷電した(例えば、負に荷電した)アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
b)a)の第1の抗体の第1の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、第1の軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、第2のポリペプチド。
c)a)の第2の抗体の第2の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、第2の軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に正に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、第3のポリペプチド。
本発明内では、上記の副段落a)の第1の抗原はTL1A及びTNF−αの1つでもよく、第2の抗原はもう1つでもよい。この同じ結合特異性を述べる別の方法は、副段落a)の第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、第2の抗体がもう1つを含むと、述べることである。
VH2及び第2のCH1ドメインに関係する場合、「に対応する」は、リンカーが存在しない場合、VH2及び第2のCH1ドメインのアミノ酸残基が第1の重鎖のC末端から数えられることを意味する。ペプチドリンカーが存在する場合、VH2及び第2のCH1ドメインのアミノ酸残基はペプチドリンカーのC末端から数えられる。いずれの場合も、アミノ酸残基は第1の重鎖のN末端から数えられない。むしろ、VH2及び第2のCH1ドメインについては、VH2ドメインの第1のアミノ酸残基を起点として数える。アミノ酸残基の計数は、EUまたはAHoの規則を使用して行う。
ある種の実施形態では、a)VH1または第1のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、Q39K、G44K及びS183Kから成る群から選択される変異を含み、b)VH2または第2のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、Q39E、G44E及びS183Eから成る群から選択される変異を含み、c)VL1または第1のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、Q38E、G100E及びS176Eから成る群から選択される変異を含み、d)VL2または第2のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、Q38K、G100K及びS176Kから成る群から選択される変異を含む。
ある種の実施形態では、a)EUナンバリングを使用して、VH1はQ39K変異を含み、第1のCH1ドメインは、S183K変異を含み、b)EUナンバリングを使用して、VH2はQ39E変異を含み、第2のCH1ドメインは、S183E変異を含み、c)EUナンバリングを使用して、VL1はQ38E変異を含み、第1のCLドメインは、S176E変異を含み、d)EUナンバリングを使用して、VL2はQ38K変異を含み、第2のCLドメインは、S176K変異を含む。
ある種の実施形態では、a)第1のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用してG44K及びS183K変異を含み、b)第2のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、G44E及びS183E変異を含み、c)第1のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、G100E及びS176E変異を含み、d)第2のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、G100K及びS176K変異を含む。
一実施形態では、本発明は、以下を含む、二重特異性の四価抗原結合タンパク質に関する。
a)第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、第1の抗体が第1の抗原に特異的に結合し、第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、第2の抗体が第2の抗原に特異的に結合しており、以下のi)、ii)である、第1のポリペプチド。
i)VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
ii)VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に正に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
b)a)の第1の抗体の第1の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、第1の軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に正に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、第2のポリペプチド。
c)a)の第2の抗体の第2の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、第2の軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、第3のポリペプチド。
本発明内では、上記の副段落a)の第1の抗原はTL1A及びTNF−αの1つでもよく、第2の抗原はもう1つでもよい。この同じ結合特異性を述べる別の方法は、副段落a)の第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、第2の抗体がもう1つを含むと、述べることである。
ある種の実施形態では、a)VH1または第1のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、Q39E、G44E及びS183Eから成る群から選択される変異を含み、b)VH2または第2のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、Q39K、G44K及びS183Kから成る群から選択される変異を含み、c)VL1または第1のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、Q38K、G100K及びS176Kから成る群から選択される変異を含み、d)VL2または第2のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、Q38E、G100E及びS176Eから成る群から選択される変異を含む。
ある種の実施形態では、a)第1のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、S183E変異を含み、b)第2のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、S183K変異を含み、c)第1のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、S176K変異を含み、d)第2のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、S176E変異を含む。
ある種の実施形態では、a)EUナンバリングを使用して、VH1はQ39E変異を含み、第1のCH1ドメインはS183E変異を含み、b)EUナンバリングを使用して、VH2はQ39K変異を含み、第2のCH1ドメインはS183K変異を含み、c)EUナンバリングを使用して、VL1はQ38K変異を含み、第1のCLドメインはS176K変異を含み、d)EUナンバリングを使用して、VL2はQ38E変異を含み、第2のCLドメインはS176E変異を含む。
ある種の実施形態では、a)第1のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、G44E及びS183E変異を含み、b)第2のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、G44K及びS183K変異を含み、c)第1のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、G100K及びS176K変異を含み、d)第2のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、G100E及びS176E変異を含む。
一実施形態では、本発明は、以下を含む、二重特異性の四価抗原結合タンパク質に関する。
a)第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、第1の抗体が第1の抗原に特異的に結合し、第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、第2の抗体が第2の抗原に特異的に結合しており、以下のi)、ii)である、第1のポリペプチド。
i)VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
ii)VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、ここでは、電荷は、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆である。
b)a)の第1の抗体の第1の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、第1の軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、第2のポリペプチド。
ここでは、位置38の電荷が、位置39の、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆であり、位置100の電荷が、位置44の、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆であり、位置176の電荷が、位置183の、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆である。
c)a)の第2の抗体の第2の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、第2の軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、VL2または第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、第3のポリペプチド。
ここでは、位置38の電荷が、位置39の、第2の重鎖のVH2または第2のCH1の置換される残基の逆であり、位置100の電荷が、位置44の、第2の重鎖のVH2または第2のCH1の置換される残基の逆であり、位置176の電荷が、位置183の、第2の重鎖のVH2または第2のCH1の置換される残基の逆である。
本発明内では、上記の副段落a)の第1の抗原はTL1A及びTNF−αの1つでもよく、第2の抗原はもう1つでもよい。この同じ結合特異性を述べる別の方法は、副段落a)の第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、第2の抗体がもう1つを含むと、述べることである。
ある種の実施形態では、a)EUナンバリングを使用して、VH1はQ39E変異を含み、第1のCH1ドメインはS183K変異を含み、b)EUナンバリングを使用して、VH2はQ39K変異を含み、第2のCH1ドメインはS183E変異を含み、c)EUナンバリングを使用して、VL1はQ38K変異を含み、第1のCLドメインはS176E変異を含み、d)EUナンバリングを使用して、VL2はQ38E変異を含み、第2のCLドメインはS176K変異を含む。
ある種の実施形態では、a)第1のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、G44E及びS183K変異を含み、b)第2のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、G44K及びS183E変異を含み、c)第1のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、G100K及びS176E変異を含み、d)第2のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、G100E及びS176K変異を含む。
ある種の実施形態では、a)EUナンバリングを使用して、VH1はQ39K変異を含み、第1のCH1ドメインはS183E変異を含み、b)EUナンバリングを使用して、VH2はQ39E変異を含み、第2のCH1ドメインはS183K変異を含み、c)EUナンバリングを使用して、VL1はQ38E変異を含み、第1のCLドメインはS176K変異を含み、d)EUナンバリングを使用して、VL2はQ38K変異を含み、第2のCLドメインはS176E変異を含む。
ある種の実施形態では、a)第1のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、G44K及びS183E変異を含み、b)第2のCH1ドメインは、EUナンバリングを使用して、G44E及びS183K変異を含み、c)第1のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、G100E及びS176K変異を含み、d)第2のCLドメインは、EUナンバリングを使用して、G100K及びS176E変異を含む。
一実施形態では、本発明は、以下を含む、二重特異性の四価抗原結合タンパク質を調製する方法に関する。
1)宿主細胞で以下を共発現すること。
a)第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、第1の抗体が第1の抗原に特異的に結合し、第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、第2の抗体が第2の抗原に特異的に結合しており、以下のi)、ii)である第1のポリペプチドをコードする、第1のポリヌクレオチド。
i)VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に正に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
ii)VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
b)a)の第1の抗体の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む第2のポリペプチドをコードする、第2のポリヌクレオチド。
c)a)の第2の抗体の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、正に荷電したアミノ酸を導入するために、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基において少なくとも1つのアミノ酸置換を含む第3のポリペプチドをコードする、第3のポリヌクレオチド。
2)ポリペプチドが生成されるような条件下で宿主細胞を培養すること。
3)宿主細胞から抗原結合タンパク質を回収すること。
本発明内では、上記の副段落a)の第1の抗原はTL1A及びTNF−αの1つでもよく、第2の抗原はもう1つでもよい。この同じ結合特異性を述べる別の方法は、副段落a)の第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、第2の抗体がもう1つを含むと、述べることである。
一実施形態では、本発明は、以下を含む、二重特異性の四価抗原結合タンパク質を調製する方法に関する。
1)宿主細胞で以下を共発現すること
a)第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、第1の抗体が第1の抗原に特異的に結合し、第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、第2の抗体が第2の抗原に特異的に結合しており、以下のi)、ii)である第1のポリペプチドをコードする、第1のポリヌクレオチド。
i)VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
ii)VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に正に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
b)a)の第1の抗体の第1の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、第1の軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、正に荷電したアミノ酸を導入するために、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基において少なくとも1つのアミノ酸置換を含む第2のポリペプチドをコードする、第2のポリヌクレオチド。
c)a)の第2の抗体の第2の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、第2の軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む第3のポリペプチドをコードする、第3のポリヌクレオチド。
2)ポリペプチドが生成されるような条件下で宿主細胞を培養すること。
3)宿主細胞から抗原結合タンパク質を回収すること。
本発明内では、上記の副段落a)の第1の抗原はTL1A及びTNF−αの1つでもよく、第2の抗原はもう1つでもよい。この同じ結合特異性を述べる別の方法は、副段落a)の第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、第2の抗体がもう1つを含むと、述べることである。
一実施形態では、本発明は、以下を含む、二重特異性の四価抗原結合タンパク質を調製する方法に関する。
1)宿主細胞で以下を共発現すること。
a)第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、第1の抗体が第1の抗原に特異的に結合し、第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、第2の抗体が第2の抗原に特異的に結合しており、以下のi)、ii)である第1のポリペプチドをコードする、第1のポリヌクレオチド。
i)VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む。
ii)VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、ここでは、電荷は、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆である。
b)a)の第1の抗体の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む第2のポリペプチドをコードする第2のポリヌクレオチド。
ここでは、位置38の電荷が、位置39の、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆であり、位置100の電荷が、位置44の、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆であり、位置176の電荷が、位置183の、第1の重鎖のVH1または第1のCH1の置換される残基の逆である。
c)a)の第2の抗体の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、VL1または第1のCLドメインが、正に荷電したアミノ酸を導入するために、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基において少なくとも1つのアミノ酸置換を含む第3のポリペプチドをコードする、第3のポリヌクレオチド。
ここでは、位置38の電荷が、位置39の、第2の重鎖のVH2または第2のCH1の置換される残基の逆であり、位置100の電荷が、位置44の、第2の重鎖のVH2または第2のCH1の置換される残基の逆であり、位置176の電荷が、位置183の、第2の重鎖のVH2または第2のCH1の置換される残基の逆である。
2)ポリペプチドが生成されるような条件下で宿主細胞を培養すること。
3)宿主細胞から抗原結合タンパク質を回収すること。
本発明内では、上記の副段落a)の第1の抗原はTL1A及びTNF−αの1つでもよく、第2の抗原はもう1つでもよい。この同じ結合特異性を述べる別の方法は、副段落a)の第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、第2の抗体がもう1つを含むと、述べることである。
さらにまたは代わりに、カルボキシル末端のFab結合ドメインのCH1及びCLドメインをスワップすることによって、正確な重鎖−軽鎖対形成を促進することができる。例として、重鎖のカルボキシル末端に融合している第1のポリペプチドは、第2の抗体由来のVLドメイン及びCH1ドメインを含むことができ、第2のポリペプチドは、第2の抗体由来のVHドメイン及びCLドメインを含むことができる。別の実施形態では、重鎖のカルボキシル末端に融合している第1のポリペプチドは、第2の抗体由来のVHドメイン及びCLドメインを含むことができ、第2のポリペプチドは、第2の抗体由来のVLドメイン及びCH1ドメインを含むことができる。
本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質の重鎖定常領域またはFc領域は、抗原結合タンパク質のグリコシル化及び/またはエフェクター機能に影響を及ぼす、1つまたは複数のアミノ酸置換を含むことができる。免疫グロブリンのFc領域の機能のうちの1つは、免疫グロブリンがその標的に結合するときに、免疫系に伝達することである。これは、一般に、「エフェクター機能」と称される。伝達によって、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、抗体依存性細胞食作用(ADCP)及び/または補体依存性細胞傷害(CDC)が導かれる。ADCC及びADCPは、免疫系細胞の表面上のFc受容体へのFc領域の結合を介して媒介される。CDCは、補体系のタンパク質、例えばC1qとのFcの結合を介して媒介される。いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性抗原結合タンパク質は、ADCC活性、CDC活性、ADCP活性及び/または抗原結合タンパク質のクリアランスもしくは半減期を含めたエフェクター機能を増強するために、定常領域に1つまたは複数のアミノ酸置換を含む。エフェクター機能を増強することができる例示的アミノ酸置換(EUナンバリング)としては、限定されないが、E233L、L234I、L234Y、L235S、G236A、S239D、F243L、F243V、P247I、D280H、K290S、K290E、K290N、K290Y、R292P、E294L、Y296W、S298A、S298D、S298V、S298G、S298T、T299A、Y300L、V305I、Q311M、K326A、K326E、K326W、A330S、A330L、A330M、A330F、I332E、D333A、E333S、E333A、K334A、K334V、A339D、A339Q、P396L、または前述のうちのいずれかの組み合わせが挙げられる。
他の実施形態では、本発明の二重特異性抗原結合タンパク質は、エフェクター機能を低減させるために、定常領域に1つまたは複数のアミノ酸置換を含む。エフェクター機能を低減させることができる例示的アミノ酸置換(EUナンバリング)としては、限定されないが、C220S、C226S、C229S、E233P、L234A、L234V、V234A、L234F、L235A、L235E、G237A、P238S、S267E、H268Q、N297A、N297G、V309L、E318A、L328F、A330S、A331S、P331Sまたは前述のうちのいずれかの組み合わせが挙げられる。
ヘテロIg分子の正確なアセンブリーを助けるための例示的置換を図1に示す。ヘテロIg型式について好ましい置換を図1の(v2)及び表Nに示す。表Nのすべての位置は、EUナンバリングに従う。
Figure 2019502692
IgG−Fab型式にとって好ましい荷電アミノ酸、及び図26に関して本明細書に記載されるCH/CLドメインスワップを表Oに示す。表Oの「Fab1」及び「Fab2」は、図25及び26に示す通りである。Fab1はIgG−Fab分子のN末端にあり、Fab2はそのC末端にある。Fabの荷電アミノ酸の同一性及び位置は、表Oに列挙されるドメインの右側に示す。すべての位置はEUナンバリングに従う。
Figure 2019502692
結合親和性及び生物活性
本発明の前述の態様の別の実施形態では、抗TL1A抗体(もしくは、その抗原結合性断片)またはヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質もしくはIgG−scFv抗原結合タンパク質のTL1A結合物は、少なくとも1×10−10−1、少なくとも5×10−10−1、少なくとも1×10−10−1、少なくとも5×10−10−1、少なくとも8×10−10−1または少なくとも1×10−10−1の結合親和性(KD1)でTL1Aと結合し、ここでは、結合親和性は、Biacoreなどの表面プラスモン共鳴法によって測定される。より詳細には、本発明は、以下の実施形態に関する。
抗TL1A抗体(または、その抗原結合性断片)は、抗体が約1〜約5KD pMの結合親和性でSCM5センサーチップに固定化される場合に、ヒトTL1Aに結合し、または、抗体が約1−10〜約7.5−10−1KDの結合親和性でSCM5センサーチップに固定化される場合に、カニクイザルTL1Aに結合する。
ヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質の抗TNF−α結合物は、抗原結合タンパク質が約1−10〜約5−10−1KD pM、好ましくは約10〜約12pMの結合親和性でSCM5センサーチップに固定化される場合に、ヒトTNF−αに結合する。
ヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質の抗TL1A結合物は、抗原結合タンパク質が約2−10〜約6.5−10−1KD、好ましくは約10〜約11pMの結合親和性でSCM5センサーチップに固定化される場合に、ヒトTL1Aに結合する。
IgG−scFv二重特異性抗原結合タンパク質の抗TNF−α結合物は、抗原結合タンパク質が約4.5−10〜約7.5−10−1KD、好ましくは約10〜約20pmの結合親和性でSCM5センサーチップに固定化される場合に、ヒトTNF−αに結合する。
IgG−scFv二重特異性抗原結合タンパク質のTL1A結合物は、抗原結合タンパク質が約1.5〜約160pM KDの結合親和性でSCM5センサーチップに固定化される場合に、ヒトTL1Aに結合する。
TL1A及びTNF−αの結合に関するさらなる詳細を、以下の実施例13及び15に示す。
本発明の前述の態様の別の実施形態では、IgG−Fab二重特異性抗原結合タンパク質のTNF−α結合物は、1×10−10−1、少なくとも5×10−10−1、少なくとも1×10−10−1、少なくとも5×10−10−1、少なくとも8×10−10−1、または少なくとも1×10−10−1の結合親和性(KD1)でTNF−α三量体に結合し、ここでは、結合親和性は、Biacoreなどの表面プラスモン共鳴法によって測定される。
本発明の前述の態様の他の実施形態では、
抗TL1A抗体(または、その抗原結合性断片)は、TF−1 NF−κBレポーター細胞株において、約0.08〜約3nMのIC50でヒトTL1Aを中和または阻害し、TF−1 NF−κBレポーター細胞株において、約0.375〜約10nMのIC50でカニクイザルTL1A TL1Aを中和または阻害する。
ヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質のTNF−α結合物は、TF−1 NF−κBレポーター細胞株において、約50〜550pM(約50〜約110pMが好ましい)のIC50で、ヒトTNF−αを中和または阻害する。
ヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質のTL1A結合物は、TF−1 NF−κBレポーター細胞株において、約45〜約3500pM(約45〜190pMが好ましい)のIC50で、ヒトTL1Aを中和または阻害する。
IgG−scFv二重特異性抗原結合タンパク質のTNF−α結合物は、TF−1 NF−κBレポーター細胞株において、約20〜約75pMのIC50で、可溶性ヒトTNF−αを中和または阻害する。
IgG−scFv二重特異性抗原結合タンパク質のTL1A結合物は、TF−1 NF−κBレポーター細胞株において、約19〜約200pMのIC50で、ヒトTL1Aを中和または阻害する。
TL1A阻害及びTNF−α阻害に関するさらなる詳細を以下の実施例14及び16に示す。
イムノコンジュゲート、誘導体、変異体
本発明の抗体及び二重特異性抗体は、単独でまたは治療剤(例えば、細胞毒性剤)とのイムノコンジュゲートとして使用することができる。いくつかの実施形態では、薬剤は化学療法剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は限定されないが、鉛−212、ビスマス−212、アスタチン−211、ヨウ素−131、スカンジウム−47、レニウム−186、レニウム−188、イットリウム−90、ヨウ素−123、ヨウ素−125、臭素−77、インジウム−111及び核分裂性核種、例えばホウ素−10またはアクチニドを含めた、放射性同位体である。他の実施形態では、薬剤は、限定されないが、リシン、アブリン、改変シュードモナスエンテロトキシンA、シュードモナス外毒素、カリケアマイシン、アドリアマイシン、5−フルオロウラシル、ジフテリア毒素などを含めた、毒素または細胞毒性薬である。このような薬剤への抗体のコンジュゲーション方法は文献で既知であり、直接的及び間接的コンジュゲーションを含む。
適切な検出可能分子を、本発明の抗体及び二重特異性抗体に直接的または間接的に結合させることができる。適切な検出可能分子としては、放射性核種、酵素、基質、補助因子、阻害剤、蛍光マーカー、化学発光マーカー、磁性粒子などが挙げられる。検出可能なまたは細胞毒性の分子の間接的結合については、検出可能なまたは細胞毒性の分子を相補的/抗相補的対のメンバーとコンジュゲートすることができ、この場合、他のメンバーは結合ポリペプチドまたは抗体部分に結合している。これらの目的のために、ビオチン/ストレプトアビジンは例示的な相補的/抗相補的対である。
本発明の二重特異性抗体及び抗体は、例えば、共有結合が、抗体がそのエピトープへ結合するのを妨げないように、抗体へ任意のタイプの分子を共有結合させることによって改変された、誘導体も含む。適切な誘導体の例としては、限定されないが、フコシル化された、グリコシル化された、アセチル化された、ペグ化された、リン酸化された、またはアミド化された、抗体または二重特異性抗体が挙げられる。本発明の抗体及び二重特異性抗体並びにそれらの誘導体は、既知の保護/ブロッキング基、タンパク質分解性切断、細胞性リガンドまたは他のタンパク質への結合などによって、それ自体が誘導体化され得る。本発明のいくつかの実施形態では、抗体または二重特異性抗原結合タンパク質の少なくとも1つの重鎖はペグ化される。いくつかの実施形態では、ペグ化はN結合しており、またはアミノ酸(例えば、リジン)の側鎖を介して結合している。
グリコシル化は、抗体、特にIgG1抗体のエフェクター機能に寄与し得る。したがって、いくつかの実施形態では、本発明の抗原結合タンパク質は、結合タンパク質のグリコシル化のレベルまたはタイプに影響を及ぼす、1つまたは複数のアミノ酸置換を含むことができる。ポリペプチドのグリコシル化は、一般的にはN結合型またはO結合型のいずれかである。N結合型は、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の結合を指す。トリペプチド配列のアスパラギン−X−セリン及びアスパラギン−X−スレオニン(Xはプロリンを除く任意のアミノ酸)は、アスパラギン側鎖への炭水化物部分の酵素結合に対する認識配列である。したがって、ポリペプチド中のこれらのトリペプチド配列のいずれかの存在は、潜在的なグリコシル化部位をもたらす。O結合型グリコシル化は、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的には、セリンまたはスレオニンへの糖のN−アセチルガラクトサミン、ガラクトースまたはキシロースのうちの1つの結合を指すが、5−ヒドロキシプロリンまたは5−ヒドロキシリジンも使用され得る。
ある種の実施形態では、本明細書に記載の抗原結合タンパク質のグリコシル化は、1つまたは複数のグリコシル化部位を、例えば結合タンパク質のFc領域に加えることによって、増大する。抗原結合タンパク質へのグリコシル化部位の付加は、好都合には、上記のトリペプチド配列の1つまたは複数を含むようにアミノ酸配列を変更することによって、達成することができる(N結合型グリコシル化部位について)。変更は、出発配列に対する、1つもしくは複数のセリンもしくはスレオニン残基の付加、または1つもしくは複数のセリンもしくはスレオニン残基による置換によっても行ことができる(O結合型グリコシル化部位について)。容易にするために、DNAレベルでの変化を介して、特に、所望のアミノ酸に翻訳されるコドンが生成されるように、標的ポリペプチドをコードするDNAを予め選択された塩基で変異させることによって、抗原結合タンパク質のアミノ酸配列を変更することができる。
本発明は、炭水化物構造が変化し、その結果エフェクター活性が変化した抗原結合タンパク質の生成も包含し、これには、ADCC活性の向上を示す、フコシル化がないか低減した抗原結合タンパク質が含まれる。フコシル化を低減または排除するための様々な方法が当技術分野で既知である。例えば、ADCCのエフェクター活性は、FcγRIII受容体への抗体分子の結合によって媒介され、これは、CH2ドメインのN297残基におけるN結合型グリコシル化の炭水化物構造に依存することが示されている。非フコシル抗体は、増大した親和性で、この受容体に結合し、ネイティブのフコシル化抗体より効率的に、FcγRIII媒介性エフェクター機能を誘発する。例えば、アルファ−1,6−フコシルトランスフェラーゼ酵素がノックアウトされたCHO細胞における非フコシル抗体の組換え生成は、ADCC活性が100倍増大した抗体をもたらす(Yamane−Ohnuki et al.,Biotechnol Bioeng.87(5):614−22,2004を参照されたい)。例えば、siRNAもしくはアンチセンスRNA処理、酵素(複数可)をノックアウトするように細胞株を操作すること、または選択的グリコシル化阻害剤とともに培養することを介して、フコシル化経路のアルファ−1,6−フコシルトランスフェラーゼ酵素または他の酵素の活性の低下を介して、同様の効果を達成することができる(Rothman et al.,Mol Immunol.26(12):1113−23,1989を参照されたい)。いくつかの宿主細胞系統、例えば、Lec13またはラットハイブリドーマYB2/0細胞株は、フコシル化レベルが低い抗体を天然に生成する(Shields et al.,J Biol Chem.277(30):26733−40,2002 and Shinkawa et al.,J Biol Chem.278(5):3466−73,2003を参照されたい)。例えば、GnTIII酵素を過剰発現する細胞における抗体の組換え生成による二分枝炭水化物のレベルの増大もADCC活性を増大すると判定されている(Umana et al.,Nat Biotechnol.17(2):176−80,1999を参照されたい)。
他の実施形態では、本明細書に記載の抗原結合タンパク質のグリコシル化は、1つまたは複数のグリコシル化部位を、例えば結合タンパク質のFc領域から除去することによって、低下するかまたは排除される。N結合型グリコシル化部位を排除するまたは変えるアミノ酸置換は、抗原結合タンパク質のN結合型グリコシル化を低減または排除することができる。ある種の実施形態では、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質は、位置N297(EUナンバリング)に、変異、例えば、N297Q、N297AまたはN297Gを含む。特定の一実施形態では、本発明の二重特異性抗原結合タンパク質は、N297G変異を有するヒトIgG1抗体由来のFc領域を含む。N297変異を含む分子の安定性を向上させるために、この分子のFc領域をさらに操作することができる。例えば、いくつかの実施形態では、二量体状態でのジスルフィド結合形成を促進するために、Fc領域の1つまたは複数のアミノ酸がシステインで置換される。したがって、IgG1のFc領域のV259、A287、R292、V302、L306、V323またはI332(EUナンバリング)に対応する残基がシステインで置換され得る。一実施形態では、残基の特定の対がシステインで置換され、その結果、これらはお互いにジスルフィド結合を優先的に形成し、したがって、ジスルフィド結合スクランブリングを制限または防止する。ある種の実施形態では、対としては、限定されないが、A287C及びL306C、V259C及びL306C、R292C及びV302C並びにV323C及びI332Cが挙げられる。特定の実施形態では、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質は、R292C及びV302Cに変異を有するヒトIgG1抗体由来のFc領域を含む。そのような実施形態では、Fc領域はN297G変異を含むこともできる。
血清半減期を増大させるための本発明の抗原結合タンパク質の改変も望ましい場合があり、これは、例えば、サルベージ受容体結合エピトープの組み込みもしくは付加(例えば、適切な領域の変異による、もしくは次いで、例えば、DNAもしくはペプチド合成によって、抗原結合タンパク質にどちらかの端でもしくは中央に融合されるペプチドタグへのエピトープの組み込みによる。例えば、WO96/32478を参照されたい)、またはPEGもしくは他の水溶性ポリマー(多糖ポリマーなど)などの分子の付加による。サルベージ受容体結合エピトープは、好ましくは、Fc領域の1つまたは2つのループ由来の任意の1つまたは複数のアミノ酸残基が抗原結合タンパク質の類似した位置に移される領域を構成する。一実施形態では、Fc領域の1つまたは2つのループ由来の3つ以上の残基が移される。一実施形態では、エピトープは、Fc領域(例えば、IgGのFc領域)のCH2ドメインから得られ、抗原結合タンパク質のCH1、CH3またはVH領域または1つより多いそのような領域に移される。あるいは、エピトープは、Fc領域のCH2ドメインから取られ、抗原結合タンパク質のCL領域またはVL領域または両方に移される。Fc変異体及びサルベージ受容体とのその相互作用の説明について、国際出願WO97/34631及びWO96/32478を参照されたい。
本発明の二重特異性抗体及び抗体は、それらの生物学的特性(例えば、TL1A及び/またはTNF−αのそれらの各々の受容体への結合をブロックすること、TL1A及びTNF−αの生物活性を阻害すること)を保持する、単一または複数のアミノ酸置換、欠失、付加または置き換えを有する変異体を含む。当業者は、単一または複数のアミノ酸置換、欠失、付加または置き換えを有する変異体を生成することができる。これらの変異体は、特に、(a)1つまたは複数のアミノ酸残基が保存的または非保存的アミノ酸で置換されている変異体、(b)1つまたは複数のアミノ酸がポリペプチドに付加されたまたはポリペプチドから欠失した変異体、(c)1つまたは複数のアミノ酸が置換基を含む変異体、及び(d)ポリペプチドが、ポリペプチドに有用な特性を与えることができる、融合パートナー、タンパク質タグまたは他の化学的部分などの別のペプチドまたはポリペプチド、例えば、抗体に対するエピトープ、ポリヒスチジン配列、ビオチン部分などと融合している変異体を含むことができる。発明の抗体及び二重特異性本抗体は、ある種由来のアミノ酸残基が、保存されたまたは保存されていない位置のいずれかで、別の種の対応する残基と置換されている変異体を含むことができる。別の実施形態では、保存されていない位置のアミノ酸残基は、保存的または非保存的残基で置換されている。遺伝子的(抑制、欠失、変異など)、化学的及び酵素的技法を含めた、これらの変異体を得るための技法は、当業者に既知である。
核酸、ベクター、宿主細胞
本発明は、例えば、本明細書に開示される二重特異性抗体の軽鎖、軽鎖可変領域、軽鎖定常領域、重鎖、重鎖可変領域、重鎖定常領域、リンカー及びありとあらゆる成分並びにそれらの組み合わせを含む本発明の二重特異性抗体をコードする単離核酸も含む。本発明の核酸は、本発明の核酸に、少なくとも80%、より好ましくは少なくとも約90%、より好ましくは少なくとも約95%、最も好ましくは少なくとも約98%の相同性を有する核酸を含む。特定の配列を言及する場合、用語「パーセント類似性」、「パーセント同一性」及び「パーセント相同性」は、University of Wisconsin GCG(登録商標)ソフトウェアプログラムで説明されているように使用される。本発明の核酸は相補的核酸も含む。ある場合には、配列は、整列させたときに、完全に相補的(ミスマッチなし)である。他の場合では、配列中に約20%までのミスマッチが存在し得る。本発明のいくつかの実施形態では、本発明の抗体の重鎖と軽鎖の両方をコードする核酸が提供される。
本発明の核酸は、プラスミド、コスミド、バクミド、ファージ、人工染色体(BAC、YAC)またはウイルスなどのベクターにクローニングすることができ、これに、加えられた配列またはエレメントの複製を引き起こすように別の遺伝子配列またはエレメント(DNAまたはRNAのいずれか)を挿入することができる。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、構成的活性型プロモーターセグメント(例えば、限定されないが、CMV、SV40、伸長因子もしくはLTR配列)、または核酸の発現が調節され得る誘導性プロモーター配列、例えば、ステロイド誘導性pINDベクター(Invitrogen)などを含む。本発明の発現ベクターは、さらに、調節配列、例えば配列内リボソーム進入部位を含むことができる。例えばトランスフェクションによって、発現ベクターを細胞に導入することができる。
IgG−Fab二重特異性抗原結合タンパク質については、3成分のそれぞれをコードする核酸を同じ発現ベクターにクローニングすることができる。いくつかの実施形態では、IgG−Fab分子の軽鎖をコードする核酸及び第2のポリペプチド(これは、C末端のFabドメインのもう半分を含む)をコードする核酸は1つの発現ベクターにクローニングされるが、改変重鎖(重鎖及びFabドメインの半分を含む融合タンパク質)をコードする核酸は第2の発現ベクターにクローニングされる。ある種の実施形態では、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質のすべての成分は、同じ宿主細胞集団から発現される。例えば、1種または複数の成分が別々の発現ベクターにクローニングされるとしても、両方の発現ベクターが宿主細胞にコトランスフェクトされ、その結果、1つの細胞が二重特異性抗原結合タンパク質のすべての成分を生成する。
別の実施形態では、本発明は、以下の作動可能に連結されているエレメントを含む発現ベクターを提供する;転写プロモーター;本発明の二重特異性抗原結合タンパク質、抗体または抗原結合性断片の重鎖をコードする第1の核酸分子;本発明の二重特異性抗原結合タンパク質、抗体または抗原結合性断片の軽鎖をコードする第2の核酸分子;及び転写ターミネーター。別の実施形態では、本発明は、以下の作動可能に連結されているエレメントを含む発現ベクターを提供する;第1の転写プロモーター;本発明の二重特異性抗原結合タンパク質、抗体または抗原結合性断片の重鎖をコードする第1の核酸分子;第1の転写ターミネーター;第2の転写プロモーター;本発明の二重特異性抗原結合タンパク質、抗体または抗原結合性断片の軽鎖をコードする第2の核酸分子;及び第2の転写ターミネーター。
必要に応じて、細胞からの目的のポリペプチドの単離をより容易するために、場合により、発現したポリペプチドが組換え宿主細胞によって分泌され得るように、目的のコード配列に作動可能に連結される分泌シグナルペプチド配列も発現ベクターにコードされ得る。例えば、いくつかの実施形態では、シグナルペプチド配列を、表E、J、K及びLに列挙されるポリペプチド配列のうちのいずれかのアミノ末端に付加/融合させることができる。ある種の実施形態では、MKHLWFFLLLVAAPRWVLS(配列番号499)のアミノ酸配列を有するシグナルペプチドが、表D、I、J及びKのポリペプチド配列のうちのいずれかのアミノ末端に融合している。他の実施形態では、METPAQLLFLLLLWLPDTTG(配列番号501)のアミノ酸配列を有するシグナルペプチドが、表E、J、K及びLのポリペプチド配列のうちのいずれかのアミノ末端に融合している。さらに他の実施形態では、MDMRVPAQLLGLLLLWLRGARC(配列番号503)のアミノ酸配列を有するシグナルペプチドが、表E、J、K及びLのポリペプチド配列のうちのいずれかのアミノ末端に融合している。前述のシグナルペプチドのそれぞれは、配列表のその直前の配列を有する核酸にコードされる。本明細書に記載のポリペプチド配列のアミノ末端に融合させることができる他の適切なシグナルペプチド配列としては、MEAPAQLLFLLLLWLPDTTG(配列番号504)、MEWTWRVLFLVAAATGAHS(配列番号505)及びMEWSWVFLFFLSVTTGVHS(配列番号506)が挙げられる。他のシグナルペプチドは当業者に既知であり、例えば、特定の宿主細胞において発現を促進または最適化するために、表E、J、K及びLに列挙されるポリペプチド鎖のうちのいずれかに融合させることができる。
そのようなベクターを含み、重鎖及び軽鎖を発現する組換え宿主細胞も提供される。
抗体生成細胞及び二重特異性抗原結合タンパク質生成細胞は、二重特異性抗原結合タンパク質の型式に応じて、重鎖、軽鎖、重鎖−scFvコンストラクト、重鎖−Fab重鎖可変ドメインコンストラクト及びFab軽鎖可変ドメインをコードする核酸を含む。そのような核酸は、当技術分野で既知の技法に従って、本発明の抗体または二重特異性抗体を生成するのに使用することができる。一実施形態では、本発明は、重鎖及び軽鎖または上記の他のコンストラクトを発現する組換え宿主細胞を培養すること、及び細胞が生成した二重特異性抗原結合タンパク質または抗体を単離することを含む、二重特異性抗原結合タンパク質または抗体を生成する方法を提供する。
組換え宿主細胞は、原核細胞、例えばE.coli細胞でもよく、または真核細胞、例えば哺乳動物細胞もしくは酵母細胞でもよい。酵母細胞としては、Saccharomyces cerevisiae、Schizosaccharomyces pombe及びPichia pastoris細胞が挙げられる。哺乳動物細胞としては、VERO、HeLa、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)、W138、ベビーハムスター腎臓(BHK)、COS−7、MDCK、ヒト胎児由来腎臓株293、正常なイヌ腎臓細胞株、正常なネコ腎臓細胞株、サル腎臓細胞、アフリカミドリザル腎臓細胞、COS細胞及び非腫瘍原性マウス筋芽細胞G8細胞、線維芽細胞株、骨髄腫細胞株、マウスNIH/3T3細胞、LMTK31細胞、マウスセルトリ細胞、ヒト子宮頸管癌細胞、バッファローラット肝細胞、ヒト肺細胞、ヒト肝細胞、マウス乳房腫瘍細胞、TRI細胞、MRC5細胞及びFS4細胞が挙げられる。本発明の抗体生成細胞及び二重特異性抗原結合タンパク質生成細胞には、任意の既知の昆虫発現細胞株、例えば、Spodoptera frugiperda細胞が含まれる。好ましい実施形態では、細胞は哺乳動物細胞である。最も好ましい実施形態では、哺乳動物細胞はCHO細胞である。
抗体生成細胞は、好ましくは、TL1A結合競合物及びTNF−α結合競合物を実質的に含んでいない。好ましい実施形態では、抗体生成細胞は、約10重量%未満、好ましくは約5重量%未満、より好ましくは約1重量%未満、より好ましくは約0.5重量%未満、より好ましくは約0.1重量%未満、最も好ましくは0重量%のTL1A結合競合物またはTNF−α結合競合物を含む。いくつかの実施形態では、生成される抗体及び二重特異性抗体は、TL1A競合物及びTNF−α競合物を実質的に含んでいない。好ましい実施形態では、生成される抗体及び二重特異性抗体は、約10重量%未満、好ましくは約5重量%未満、より好ましくは約1重量%未満、より好ましくは約0.5重量%未満、より好ましくは約0.1重量%未満、最も好ましくは0重量%のTL1A結合競合物とTNF−αの結合競合物の両方を含む。
精製
抗体精製の方法は当技術分野で既知であり、本発明の抗体及び二重特異性抗体の生成とともに用いることができる。本発明のいくつかの実施形態では、抗体精製の方法は、濾過、親和性カラムクロマトグラフィー、陽イオン交換クロマトグラフィー、陰イオン交換クロマトグラフィー及び濃縮を含む。濾過ステップは、好ましくは、限外濾過、より好ましくは限外濾過及び透析濾過を含む。濾過は、好ましくは、少なくとも約5〜50回、より好ましくは10〜30回、最も好ましくは14〜27回行う。親和性カラムクロマトグラフィーは、例えば、PROSEP(登録商標)アフィニティークロマトグラフィー(Millipore、Billerica、Mass.)を使用して行うことができる。好ましい実施形態では、アフィニティークロマトグラフィーステップは、PROSEP(登録商標)−vAカラムクロマトグラフィーを含む。溶媒洗浄剤中で溶出液を洗浄することができる。陽イオン交換クロマトグラフィーとしては、例えば、SP−セファロース陽イオン交換クロマトグラフィーを挙げることができる。陰イオン交換クロマトグラフィーとしては、例えば、限定されないが、Q−セファロースファストフロー陰イオン交換を挙げることができる。陰イオン交換ステップは、好ましくは非結合性であり、それによって、DNA及びBSAを含めた混入物の除去が可能になる。抗体生成物は、好ましくは、例えば、Pall DV20ナノフィルターを使用してナノ濾過される。抗体生成物は、例えば、限外濾過及び透析濾過を使用して濃縮することができる。方法は、さらに、凝集物を除去するために、サイズ排除クロマトグラフィーのステップを含むことができる。精製のさらなるパラメーターを以下の実施例で示す。
当技術分野で既知の他の方法によって、例えば抗体及び抗体断片の化学的結合によって、二重特異性抗体、抗体または抗原結合性断片を生成することもできる。
本発明の単一特異性及び二重特異性抗体の使用
本発明の二重特異性抗体及び単一特異性抗体は、例えば、炎症誘発性サイトカイン、例えば、TL1A及びTNF−αの阻害に有用である。本発明の二重特異性抗体及び単一特異性抗体は、治炎症性障害及び自己免疫疾患、例えば、炎症性腸疾患(IBD)、クローン病(CD)、潰瘍性大腸炎(UC)、過敏性腸症候群(IBS)、膀胱症候群/間質性膀胱炎、尿路腸機能障害、敗血症、ブドウ膜炎、脳脊髄炎、重症筋無力症、シェーグレン症候群(SS)、強皮症、多発性硬化症(MS)、嚢胞性線維症(CF)、慢性腎疾患(CKD)における炎症、乾癬(Pso)、乾癬性関節炎(PsA)、強直性脊椎炎(AS)、関節リウマチ(RA)、若年性関節リウマチ(JRA)、骨関節症(OA)、脊椎関節症、原発性硬化性胆管炎、原発性胆汁性肝硬変、アテローム性動脈硬化症、脾腫、慢性腎疾患(CKD)における炎症、アトピー性皮膚炎(AD)、湿疹性皮膚炎、接触性皮膚炎、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス(SLE)、ループス腎炎(LN)、皮膚エリテマトーデス、自己免疫性甲状腺炎、IgA腎症、糖尿病性腎疾患、抗好中球細胞質抗体(ANCA)関連血管炎(AAV)、微小変化群(リポイドネフローゼ)、巣状分節性糸球体硬化症(FSGS)、腎性全身性線維症(NSF)、腎性線維化性皮膚症、線維性胆汁うっ滞性肝炎、好酸球性筋膜炎(シュルマン症候群)、硬化性粘液水腫(丘疹性ムチン沈着症)、強皮症、硬化性萎縮性苔癬、炎症性肺傷害、例えば特発性肺線維症、喘息、慢性閉塞性肺疾患(COPD)、気道過敏症、慢性気管支炎、アレルギー性喘息、湿疹、Helicobacter pylori感染症、(例えば、感染、傷害などに由来する)腹膜炎の結果としての腹腔内癒着及び/または膿瘍、ネフローゼ症候群、特発性脱髄性多発ニューロパチー、ギランバレー症候群、移植拒絶、臓器同種移植片拒絶、(例えば、血液、骨髄、腎臓、膵臓、肝臓、同所性肝臓、肺、心臓、腸、小腸、大腸、胸腺、同種幹細胞、強度低減同種、骨、腱、角膜、皮膚、心臓弁、静脈、動脈、血管、胃及び精巣などの移植片に由来する)移植片対宿主疾患(GVHD)、IgA腎症、糖尿病性腎疾患、真性糖尿病、微小変化群(リポイドネフローゼ)、腎性全身性線維症(NSF)、腎性線維化性皮膚症、線維性胆汁うっ滞性肝炎、好酸球性筋膜炎(シュルマン症候群)、硬化性粘液水腫(丘疹性ムチン沈着症)、強皮症、硬化性萎縮性苔癬、高月病(または、PEP症候群)、ネフローゼ症候群、POEMs症候群、クロウ・深瀬症候群、ネフローゼ症候群、抗好中球細胞質抗体、血管炎、巨細胞性動脈炎及び多発性骨髄腫誘発溶解性骨疾患骨疾患、連鎖球菌細胞壁(SCW)誘導性関節炎、歯肉炎/歯周炎、ヘルペス性間質性角膜炎、グルテン感受性腸疾患再狭窄、川崎病及び免疫性腎疾患を治療するのに使用することができる。本明細書に記載の二重特異性抗体及び単一特異性抗体は、血管新生を含めたがんを治療するのに使用することもできる。
一実施形態では、本発明は、治療有効量の本発明の単一特異性または二重特異性抗原結合タンパク質を投与することによる前述の疾患及び障害の1つまたは複数の治療を、そうした治療を必要としている哺乳動物において行う方法に関する。好ましい実施形態では、哺乳動物はヒトである。別の好ましい実施形態では、疾患または障害はIBD、CDまたはUCである。
本発明は、さらに、上昇したレベルのTL1Aまたは/(二重特異性抗体の場合には)TNF−αの存在によって特徴づけられる炎症性疾患の治療並びに上昇したレベルのTL1A及び/またはTNF−αの存在によって特徴づけられるがんの治療における、本発明の二重特異性及び単一特異性抗体の使用に関する。
したがって、一実施形態では、本発明は、炎症誘発性サイトカイン、例えば、TL1A及びTNF−αの1つまたは複数の阻害を、そうした治療を必要としている哺乳動物において行う方法であって、治療有効量の本発明の二重特異性または単一特異性抗体の投与を、そうした治療を必要としている哺乳動物において行うことを含む、方法を提供する。好ましい実施形態では、哺乳動物はヒトである。この方法は、TL1AまたはTNF−αの上昇した発現または活性を特徴とする障害を治療するのに使用することができる。単一特異性または二重特異性抗原結合タンパク質を、別の医薬品とともに、同じ製剤でまたは別々に投与することができる。
別の実施形態では、本発明は、本明細書に記載の単一特異性または二重特異性抗原結合タンパク質及び医薬的に許容可能な担体を含む組成物を提供する。医薬的に有用な組成物を調製するために、本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質を含む医薬組成物を、既知の方法に従って製剤化することができ、ここでは、治療用抗体は、医薬的に許容可能な担体と混合物中で組み合わされる。組成物は、その投与がレシピエント患者によって許容され得る場合、「医薬的に許容可能な担体」を含むと言われる。無菌リン酸緩衝食塩水は、医薬的に許容可能な担体の一例である。他の適切な担体が当業者に周知である。例えば、Getman),ed.,Remington’s Pharmaceutical Sciences,19th Edition,Mack Publishing Company(1995)を参照されたい。
医薬的使用のために、本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質は、従来の方法に従って、非経口、特に、静脈内または皮下送達用に製剤化される。静脈内投与は、ボーラス注射、例えばミニポンプもしくは他の適切な技術を使用する制御放出によってもよく、または1〜数時間の典型的な期間にわたる注入によってもよい。一般に、医薬製剤は、本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質を、医薬的に許容可能な担体、例えば、生理食塩水、緩衝食塩水、5%デキストロース水溶液などと組み合わせて含む。製剤は、1種または複数の賦形剤、防腐剤、可溶化剤、緩衝剤、バイアル表面上でのタンパク質喪失を防止するためのアルブミンなどをさらに含むことができる。そのような組み合わせ療法を利用する場合、抗体(二重特異性抗体を含む)を単一製剤中に組み合わせることができ、または別々の製剤で投与することができる。製剤の方法は当技術分野で周知であり、例えば、Gennaro,ed.,Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton Pa.(1990)に開示されており、これは、参照によって本明細書に組み込まれる。治療用量は、一般に、1日あたり0.1〜100mg/患者体重kg、好ましくは1日あたり0.5〜20mg/kgの範囲であり、正確な用量は、認められている基準に従って、治療される状態の性質及び重症度、患者の特性などを考慮して、臨床医によって決定される。用量の決定は、当技術分野の通常の技能のレベル内である。より一般的には、抗体は、1週またはそれ以下にわたって、しばしば1〜3日の期間にわたって投与される。一般に、投与される抗体の投薬量は、患者の年齢、体重、身長、性別、一般的な医学的状態及び以前の病歴などの因子によって変動する。一般的には、約1pg/kg〜10mg/kg(薬剤量/患者の体重)の範囲の抗体の投薬量をレシピエントに与えることが望ましいが、状況に応じて、より低いまたはより高い投薬量も投与することができる。
本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質の対象への投与は、静脈内、動脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、胸膜内、髄腔内、局所カテーテルを介する灌流によるもの、または直接病巣内注射によるものであり得る。注射によって治療用抗体を投与する場合、投与は、持続注入によるものでもよく、または単一もしくは複数のボーラスによるものでもよい。
さらなる投与経路としては、経口、粘膜、肺及び経皮が挙げられる。経口送達は、ポリエステルミクロスフェア、ゼインミクロスフェア、プロテイノイドミクロスフェア、ポリシアノアクリレートミクロスフェア及び脂質ベースの系に適している(例えば、DiBase et al.,“Oral Delivery of Microencapsulated Proteins”,in Sanders et al.,eds.,Protein Delivery:Physical Systems,pp.255−288,Plenum Press(1997)を参照されたい)。鼻腔内送達の実行可能性は、インスリン投与のそのような様式で例示される(例えば、Hinchcliffe et al.,Adv.Drug Deliv.Rev.,35:199(1999)を参照されたい)。本発明の抗体を含む乾燥または液体粒子は、乾燥粉末分散機、液体エアロゾル発生機またはネブライザーを用いて、調製及び吸入することができる(例えば、Pettit et al.,TIBTECH,16:343(1998)、Patton et al.,Adv.Drug Deliv.Rev.,35:235(1999))。このアプローチは、エアロゾル化インスリンを肺に送達する携帯式電子吸入器であるAERX(登録商標)糖尿病管理システムによって例示される。研究によって、低周波超音波を用いて、48,000kDa程の大きさのタンパク質が治療濃度で皮膚を通過して送達されることが示され、これは、経皮的投与の実行可能性を例示するものである(Mitragotri et al.,Science,269:850(1995))。エレクトロポレーションを使用する経皮送達は、IL−17及びTNF−α/p19結合活性を有する分子を投与するための別の手段を提供する(Potts et al.,Pharm.Biotechnol.,10:213(1997))。
療法目的で、本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質及び医薬的に許容可能な担体を含む組成物は、治療有効量で患者に投与される。本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質と医薬的に許容可能な担体の組み合わせは、投与される量が生理学的に有意である場合、「治療有効量」で投与されると言われる。薬剤は、その存在がレシピエント患者の生理機能の検出可能な変化をもたらす場合、生理学的に有意である。例えば、炎症を治療するのに使用される薬剤は、その存在が炎症反応を軽減する場合、生理学的に有意である。様々な方法で有効な治療を評価することができる。一実施形態では、有効な治療は、炎症が低減することによって判定される。他の実施形態では、有効な治療は、炎症の阻害を特徴とする。さらに他の実施形態では、有効な療法は、体重増加、体力回復、疼痛低下、成長及びより良い健康状態の患者からの自覚徴候を含めた、患者の良好な状態の増大によって判断される。
本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質を含む医薬組成物は、液体形態、エアロゾルまたは固体形態で提供され得る。液体形態は、注射溶液剤及び経口懸濁剤によって例示される。例示的固体形態としては、カプセル剤、錠剤及び制御放出形態が挙げられる。後者の形態は、ミニ浸透圧ポンプ及び埋植体によって例示される(Bremer et al.,Pharm.Biotechnol.,10:239(1997)、Ranade,“Implants in Drug Delivery”,in Ranade et al.,eds.,Drug Delivery Systems,pp.95−123,CRC Press(1995)、Bremer et al.,“Protein Delivery with Infusion Pumps”,in Sanders et al.,eds.,Protein Delivery: Physical Systems,pp.239−254,Plenum Press(1997)、Yewey et al.,“Delivery of Proteins from a Controlled Release Injectable Implant”,in Sanders et al.,eds.,Protein Delivery:Physical Systems,pp.93−117,Plenum Press(1997)。
リポソームは、静脈内に、腹腔内に、髄腔内に、筋肉内に、皮下に、または経口投与、吸入もしくは鼻腔内投与を介して、治療的ポリペプチドを対象に送達する1手段を提供する。リポソームは、水性コンパートメントを囲んでいる1つまたは複数の脂質二重層から成る、極微の小胞である(一般に、Bakker−Woudenberg et al.,Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis.,12(Suppl.1):561(1993)、Kim,Drugs,46:618(1993)、及びRanade,“Site−Specific Drug Delivery Using Liposomes as Carriers”,in Ranade et al.,eds.,Drug Delivery Systems,pp.3−24,CRC Press(1995)を参照されたい)。リポソームは細胞膜と組成物が類似しており、その結果、リポソームは安全に投与することができ、且つ生分解性である。調製方法に応じて、リポソームは単層でもよく、または多層でもよく、リポソームはサイズが変動してもよく、直径が0.02μm〜10μm越に及ぶ。様々な薬剤をリポソームにカプセル化することができ、疎水性薬剤は二重層に分配され、親水性薬剤は内部の水性空間(複数可)に分配される(例えば、Machy et al.,Liposomes in Cell Biology and Pharmacology,John Libbey(1987)、及びOstro et al.,American J.Hosp.Pharm.,46:1576(1989)を参照されたい)。さらに、リポソームのサイズ、二重層の数、脂質組成並びにリポソームの電荷及び表面の特徴を変えることによって、カプセル化した薬剤の治療的有効性を制御することができる。
リポソームは事実上いかなるタイプの細胞にも吸収され得、次いで、カプセル化した薬剤を緩徐に放出することができる。あるいは、吸収されたリポソームは、食細胞である細胞によってエンドサイトーシスを受け得る。エンドサイトーシスに続いて、リポソーム脂質のリソソーム内分解及びカプセル化した薬剤の放出が起こる(Scherphof et al.,Ann.N.Y.Acad.Sci.,446:368(1985))。静脈内投与後に、小さなリポソーム(0.1〜1.0.mu.m)は、一般的には、肝臓及び脾臓に主に位置する細網内皮系の細胞によって取り込まれるが、3.0.mu.mより大きいリポソームは肺に蓄積する。細網内皮系の細胞による小さなリポソームのこの優先的な取り込みは、マクロファージ及び肝臓の腫瘍へ化学療法剤を送達するのに使用された。
大用量のリポソーム粒子による飽和または薬理学的手段による選択的マクロファージ不活性化を含めたいくつかの方法によって、細網内皮系を回避することができる(Claassen et al.,Biochim.Biophys.Acta,802:428(1984))。さらに、リポソーム膜への糖脂質またはポリエチレングリコールによって誘導体化されたリン脂質の組み込みは、細網内皮系による取り込みの有意な低減をもたらすことが示された(Allen et al.,Biochim. Biophys. Acta,1068:133(1991)、Allen et al.,Biochim.Biophys.Acta,1150:9(1993))。
リポソームはまた、リン脂質の組成を変えることによって、または受容体またはリガンドをリポソームに挿入することによって、特定の細胞または臓器を標的にするように調製することできる。例えば、高含量の非イオン性界面活性剤を用いて調製されたリポソームは、肝臓を標的にするように使用された(Hayakawa et al.,日本特許第04−244,018号、Kato et al.,Biol.Pharm.Bull.,16:960(1993))。これらの製剤は、メタノール中でダイズホスファチジルコリン、アルファ−トコフェロール及びエトキシル化硬化ヒマシ油(HCO−60)を混合し、この混合物を真空下で濃縮し、次いで、この混合物を水で再構成することによって、調製された。ダイズ由来のステアリルグルコシド混合物(SG)及びコレステロール(Ch)を用いるジパルミトイルホスファチジルコリン(DPPC)のリポソーム製剤も肝臓を標的にすることが示された(Shimizu et al.,Biol.Pharm.Bull.,20:881(1997))。
あるいは、抗体、抗体断片、炭水化物、ビタミン及び輸送タンパク質などの様々なターゲティングリガンドをリポソームの表面に結合させることができる。例えば、肝細胞の表面でもっぱら発現するアシアロ糖タンパク質(ガラクトース)受容体を標的にするように、分枝型ガラクトシル脂質誘導体を用いてリポソームを改変することができる(Kato et al.,Crit.Rev.Ther.Drug Carrier Syst.,14:287(1997);Murahashi et al.,Biol.Pharm.Bull.,20:259(1997))。同様に、Wu et al.,Hepatology,27:772(1998)は、アシアロフェツインによるリポソームの標識が、リポソームの血漿半減期を短縮し、且つ肝細胞によるアシアロフェツイン標識リポソームの取り込みを大いに増強したことを示した。これに対して、分枝型ガラクトシル脂質誘導体を含むリポソームの肝臓蓄積は、アシアロフェツインを前注射することで阻害することができる(Murahashi et al.,Biol.Pharm.Bull.,20:259(1997))。ポリアコニチル化ヒト血清アルブミンリポソームは、肝細胞にリポソームをターゲティングするための別のアプローチを提供する(Kamps et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,94:11681(1997))。さらに、Geho et al.米国特許第4,603,044号は、肝臓の特殊化した代謝細胞に関連する肝胆道受容体に特異性を有する、肝細胞を対象とするリポソーム小胞送達システムを述べている。
組織ターゲティングに対するより一般的なアプローチでは、標的細胞が発現するリガンドに対して特異的なビオチン化抗体で標的細胞を予め標識する(Harasym et al.,Adv.Drug Deliv.Rev.,32:99(1998))。遊離抗体の血漿除去後、ストレプトアビジンコンジュゲート化リポソームを投与する。別のアプローチでは、ターゲティング抗体をリポソームに直接結合させる(Harasym et al.,Adv.Drug Deliv.Rev.,32:99(1998))。
タンパク質のマイクロカプセル化の標準的な技法を使用して、抗体をリポソーム内にカプセル化することができる(例えば、Anderson et al.,Infect.Immun.,31:1099(1981)、Anderson et al.,Cancer Res.,50:1853(1990)、及びCohen et al.,Biochim.Biophys.Acta,1063:95(1991),Alving et al.“Preparation and Use of Liposomes in Immunological Studies”,in Gregoriadis,ed.,Liposome Technology,2nd Edition,Vol.III,p.317,CRC Press(1993)、Wassef et al.,Meth.Enzymol.,149:124(1987)を参照されたい)。上記のように、治療的に有用なリポソームは様々な成分を含むことができる。例えば、リポソームは、ポリ(エチレングリコール)の脂質誘導体を含むことができる(Allen et al.,Biochim.Biophys.Acta,1150:9(1993))。
治療用タンパク質の高い全身レベルを維持するように、分解性ポリマーミクロスフェアが設計された。ミクロスフェアは、ポリ(ラクチド−コ−グリコリド)(PLG)、ポリアンヒドリド、ポリ(オルトエステル)、非生分解性エチル酢酸ビニルポリマーなどの分解性ポリマーから調製され、ここでは、タンパクがポリマー中に封入されている(Gombotz et al.,Bioconjugate Chem.,6:332(1995)、Ranade,“Role of Polymers in Drug Delivery”,in Ranade et al.,eds.,Drug Delivery Systems,pp.51−93,CRC Press(1995)、Roskos et al.,“Degradable Controlled Release Systems Useful for Protein Delivery”,in Sanders et al.,eds.,Protein Delivery:Physical Systems,pp.45−92,Plenum Press(1997)、Bartus et al.,Science,281:1161(1998)、Putney et al.,Nature Biotechnology,16:153(1998)、Putney,Curr.Opin.Chem.Biol.,2:548(1998))。ポリエチレングリコール(PEG)でコーティングしたナノスフェアは、治療用タンパク質の静脈内投与のための担体も提供することができる(例えば、Gref et al.,Pharm.Biotechnol.,10:167(1996)を参照されたい)。
製剤は、治療を受ける特定の適応症に必要な場合、1種を超える活性化合物、好ましく、互いに悪影響を及ぼさない相補的な活性を有するものを含むこともできる。あるいは、またはさらに、組成物は、その機能を増強する薬剤、例えば、細胞毒性剤、サイトカイン、化学療法剤または成長阻害剤などを含むことができる。そのような分子は、意図された目的に有効な量の組み合わせで適切に存在する。
一実施形態では、本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質は、組み合わせ療法で、すなわち、病態または障害、例えば、自己免疫障害及び炎症性疾患を治療するのに有用な他の薬剤、例えば、治療剤と組み合わされて投与される。この文脈において、用語「組み合わせて」は、薬剤が実質的に同時期に、すなわち、同時にまたは連続して与えられることを意味する。連続して与えられる場合、第2の化合物の投与の開始時に、2種の化合物のうちの第1のものは、好ましくは、治療部位において有効濃度で依然として検出可能である。
例えば、組み合わせ療法は、より詳細に以下に記載するように、1種または複数のさらなる治療剤、例えば、1種または複数のサイトカイン及び増殖因子阻害剤、免疫抑制剤、抗炎症剤、代謝阻害剤、酵素阻害剤及び/または細胞毒性剤もしくは細胞分裂阻害剤と共製剤化される、及び/または同時投与される、本発明の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体を含むことができる。さらに、本明細書に記載の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体は、本明細書に記載の治療剤の2つ以上と組み合わせて使用することができる。そのような組み合わせ療法は、有利なことに、投与治療剤のより低い投薬量を利用することができるので、様々な単独療法に付随する、あり得る毒性または合併症を回避する。
本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質と組み合わせて使用される好ましい治療剤は、炎症反応の異なる段階で妨害する薬剤である。一実施形態では、本明細書に記載の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体は、他のサイトカインもしくは増殖因子アンタゴニスト(例えば、可溶性受容体、ペプチド阻害剤、小分子、リガンド融合体)などの1種もしくは複数のさらなる薬剤、または他の標的に結合する抗体もしくはその抗原結合断片(例えば、他のサイトカインもしくは増殖因子、それらの受容体、もしくは他の細胞表面分子に結合する抗体)、及び抗炎症性サイトカインまたはそのアゴニストと共製剤化及び/または同時投与することができる。本明細書に記載の抗体と組み合わせて使用することができる薬剤の非限定例としては、限定されないが、1種または複数のインターロイキン(IL)またはそれらの受容体のアンタゴニスト、例えば、IL−1、IL−2、IL−6、IL−7、IL−8、IL−12、IL−13、IL−15、IL−16、IL17A−F、IL−18、IL−20、IL−21、IL−22、IL−25及びIL−31のアンタゴニスト、サイトカインまたは増殖因子またはそれらの受容体、例えば、LT、EMAP−II、GM−CSF、FGF及びPDGFのアンタゴニストが挙げられる。本発明の抗体は、例えば、細胞表面分子、例えば、CD2、CD3、CD4、CD8、CD20(例えば、CD20阻害剤リツキシマブ(RITUXAN(登録商標))、CD25、CD28、CD30、CD40、CD45、CD69、CD80(B7.1)、CD86(B7.2)、CD90、またはこれらのリガンド、例えば、CD154(gp39もしくはCD40L)もしくはLFA−1/ICAM−1及びVLA−4/VCAM−1(Yusuf−Makagiansar et al.,Med.Res.Rev.,22:146−167(2002))に対する抗体の阻害剤と組み合わせることもできる。本明細書に記載の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体と組み合わせて使用することができる好ましいアンタゴニストとしては、IL−1、IL−6、IL−12、TNF−α、IL−15、IL−18、IL−20、IL−22及びIL−31のアンタゴニストが挙げられる。
そうした薬剤の例としては、IL−12アンタゴニスト、例えば、IL−12(好ましくはヒトIL−12)に結合するキメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体もしくはインビトロ生成抗体(または、これらの抗原結合断片)、例えばWO00/56772に開示されている抗体;IL−12受容体阻害剤、例えばヒトIL−12受容体に対する抗体;及びIL−12受容体、例えばヒトIL−12受容体の可溶性断片が挙げられる。IL−15アンタゴニストの例としては、IL−15またはその受容体に対する抗体(または、その抗原結合断片)、例えば、ヒトIL−15またはその受容体に対するキメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体またはインビトロ生成抗体、IL−15受容体の可溶性断片及びIL−15結合タンパク質が挙げられる。IL−17アンタゴニストの例としては、ブロダルマブ、セクキヌマブ及びイキセキズマブが挙げられる。IL−18アンタゴニストの例としては、ヒトIL−18に対する抗体、例えば、キメラ、ヒト化、ヒトまたはインビトロ生成抗体(または、これらの抗原結合断片)、IL−18受容体の可溶性断片及びIL−18結合タンパク質(IL−18BP)が挙げられる。IL−1アンタゴニストの例としては、インターロイキン−1変換酵素(ICE)阻害剤、例えば)Vx740、IL−1アンタゴニスト、例えば、IL−1RA(アナキンラ、Kineret(登録商標))、sIL1RII及び抗IL−1受容体抗体(または、その抗原結合断片)が挙げられる。
他の実施形態では、本明細書に記載の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体は、以下の1つまたは複数と組み合わせて投与することができる:IL−13アンタゴニスト、例えば、可溶性IL−13受容体(sIL−13)及び/またはIL−13に対する抗体;IL−2アンタゴニスト、例えば、DAB486−IL−2及び/またはDAB389−IL−2(IL−2融合タンパク質、Seragen)、及び/またはIL−2Rに対する抗体、例えば、抗Tac(ヒト化抗IL−2R、Protein Design Labs)。さらに、別の組み合わせは、非枯渇性抗CD4阻害剤(DEC−CE9.1/SB210396;非枯渇性霊長類化抗CD4抗体;IDEC/SmithKline)と組み合わせて、本発明の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体、アンタゴニスト性小分子及び/または阻害性抗体を含む。さらに、他の好ましい組み合わせは、抗体、可溶性受容体またはアンタゴニスト性リガンドを含めた、共刺激経路CD80(B7.1)またはCD86(B7.2)のアンタゴニスト;並びにp−セレクチン糖タンパク質リガンド(PSGL)、抗炎症性サイトカイン、例えば、IL−4(DNAX/Schering);IL−10(SCH52000;組換えIL−10 DNAX/Schering);IL−13及びTGF−ベータ並びにこれらのアゴニスト(例えば、アゴニスト抗体)を含む。
他の実施形態では、本発明の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体は、1種または複数の抗炎症薬、免疫抑制剤または代謝阻害剤もしくは酵素阻害剤と共製剤化及び/または同時投与することができる。本明細書に記載の抗体と組み合わせて使用することができる薬物または阻害剤の非限定例としては、限定されないが、以下の1つまたは複数が挙げられる:非ステロイド性抗炎症薬(複数可)(NSAIDs)、例えば、イブプロフェン、テニダップ、ナプロキセン、メロキシカム、ピロキシカム、ジクロフェナク及びインドメタシン;スルファサラジン;プレドニゾロンなどのコルチコステロイド;サイトカイン抑制抗炎症薬(複数可)(CSAIDs);ヌクレオチド生合成の阻害剤、例えばプリン生合成の阻害剤、葉酸アンタゴニスト(例えば、メトトレキサート(N−[4−[[(2,4−ジアミノ−6−プテリジニル)メチル]メチルアミノ]ベンゾイル]−グルタミン酸);並びにピリミジン生合成の阻害剤、例えば、ジヒドロオロト酸脱水素酵素(DHODH)阻害剤。本発明の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体と組み合わせて使用するのに好ましい治療剤としては、NSAIDs、CSAIDs、(DHODH)阻害剤(例えば、レフルノミド)及び葉酸アンタゴニスト(例えば、メトトレキサート)が挙げられる。
さらなる阻害剤の例としては、以下の1つまたは複数が挙げられる:コルチコステロイド(経口、吸入及び局部的注射);免疫抑制剤、例えば、シクロスポリン、タクロリムス(FK−506);並びにmTOR阻害剤、例えば、シロリムス(ラパマイシン−−RAPAMUNE(登録商標)またはラパマイシン誘導体、例えば、可溶性ラパマイシン誘導体(例えば、エステルラパマイシン誘導体、例えば、CCI−779);IL−1などの炎症誘発性サイトカインによるシグナリングを妨げる薬剤(例えば、IRAK、NIK、IKK、p38またはMAPキナーゼ阻害剤);COX2阻害剤、例えば、セレコキシブ、ロフェコキシブ及びそれらの変異体;ホスホジエステラーゼ阻害剤、例えば、R973401(ホスホジエステラーゼタイプIV阻害剤);ホスホリパーゼ阻害剤、例えば、サイトゾルホスホリパーゼ2(cPLA2)の阻害剤(例えば、トリフルオロメチルケトン類似体);血管内皮細胞増殖因子または増殖因子受容体の阻害剤、例えば、VEGF阻害剤及び/またはVEGF−R阻害剤;並びに血管新生の阻害剤。本発明の抗体と組み合わせて使用するのに好ましい治療剤は、免疫抑制剤、例えば、シクロスポリン、タクロリムス(FK−506);mTOR阻害剤、例えば、シロリムス(ラパマイシン)またはラパマイシン誘導体、例えば、可溶性ラパマイシン誘導体(例えば、エステルラパマイシン誘導体、例えば、CCI−779);COX2阻害剤、例えば、セレコキシブ及びそれらの変異体;並びにホスホリパーゼ阻害剤、例えば、サイトゾルホスホリパーゼ2(cPLA2)の阻害剤、例えば、トリフルオロメチルケトン類似体である。
本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質と組み合わせることができるさらなる治療剤の例としては、以下の1つまたは複数が挙げられる:6−メルカプトプリン(6−MP);アザチオプリンスルファサラジン;メサラジン;オルサラジン;クロロキン/ヒドロキシクロロキン(PLAQUENIL(登録商標));ペンシラミン;金チオリンゴ酸(筋肉内及び経口);アザチオプリン;コルヒチン;ベータ−2アドレノセプターアゴニスト(サルブタモール、テルブタリン、サルメテロール);キサンチン(テオフィリン、アミノフィリン);クロモグリケート;ネドクロミル;ケトチフェン;イプラトロピウム及びオキシトロピウム;ミコフェノール酸モフェチル;アデノシンアゴニスト;抗血栓剤;補体阻害剤;並びにアドレナリン作用剤。
本発明の抗TL1A抗体は、抗TL1A/抗TNF−α二重特異性抗原結合タンパク質について本明細書に記載されるものと同じ状態の治療ために、TNF−αアンタゴニストと組み合わせることができる。そのようなTNF−αアンタゴニストとしては、例えば、エタネルセプト、アダリムマブ、インフリキシマブ、ゴリムマブ及びセルトリズマブペゴルが挙げられる。
本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質を組み合わせることができる、関節炎障害(例えば、関節リウマチ、炎症性関節炎、関節リウマチ、若年性関節リウマチ、骨関節症及び乾癬性関節炎)を治療または予防するための薬剤の非限定例としては、以下の1つまたは複数が挙げられる:本明細書に記載のIL−12アンタゴニスト;NSAIDs;CSAIDs;本明細書に記載の非枯渇性抗CD4抗体;本明細書に記載のIL−2アンタゴニスト;抗炎症性サイトカイン、例えば、IL−4、IL−10、IL−13及びTGF−αまたはこれらのアゴニスト;本明細書に記載のIL−1またはIL−1受容体アンタゴニスト;本明細書に記載のホスホジエステラーゼ阻害剤;本明細書に記載のCox−2阻害剤;イロプロスト:メトトレキサート;サリドマイド及びサリドマイド関連薬物(例えば、セルジェン);レフルノミド;プラスミノーゲン活性化阻害剤、例えば、トラネキサム酸;サイトカイン阻害剤、例えば、T−614;プロスタグランジンE1;アザチオプリン;インターロイキン−1変換酵素(ICE)の阻害剤;zap−70及び/または1ck阻害剤(チロシンキナーゼzap−70または1ckの阻害剤);本明細書に記載の血管内皮細胞増殖因子または血管内皮細胞増殖因子受容体の阻害剤;本明細書に記載の血管新生の阻害剤;コルチコステロイド抗炎症薬(例えば、SB203580);TNF−α−変換酵素阻害剤;IL−1;IL−13;IL−17阻害剤;金;ペニシラミン;クロロキン;ヒドロキシクロロキン;クロラムブシル;シクロホスファミド;シクロスポリン;全身リンパ節照射;抗胸腺細胞グロブリン;CD5−毒素;経口投与されるペプチド及びコラーゲン;ロベンザリット二ナトリウム;サイトカイン調節剤(CRA)HP228及びHP466(Houghten Pharmaceuticals,Inc.);ICAM−1アンチセンスホスホロチオエートオリゴデオキシヌクレオチド(ISIS2302;Isis Pharmaceuticals,Inc.);可溶性補体受容体1(TP10;T Cell Sciences,Inc.);プレドニゾン;オルゴテイン;グリコサミノグリカンポリ硫酸;ミノサイクリン(MINOCIN(登録商標));抗IL2R抗体;海産及び植物性脂質(魚及び植物種子の脂肪酸);オーラノフィン;フェニルブタゾン;メクロフェナム酸;フルフェナム酸;静注用免疫グロブリン;ジロートン;ミコフェノール酸(RS−61443);タクロリムス(FK−506);シロリムス(ラパマイシン);アミプリロース(テラフェクチン);クラドリビン(2−クロロデオキシアデノシン);並びにアザリビン。好ましい組み合わせは、メトトレキサートまたはレフルノミド、及び中程度または重度の関節リウマチの場合ではシクロスポリンと組み合わせた、本発明の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体を含む。
関節炎障害を治療するために本発明の1種または複数の抗原結合タンパク質、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質と組み合わせて使用するための阻害剤の好ましい例としては、IL−12、IL−15、IL−18、IL−22のアンタゴニスト;T細胞及びB細胞枯渇剤(例えば、抗CD4または抗CD22抗体);小分子阻害剤、例えば、メトトレキサート及びレフルノミド;シロリムス(ラパマイシン)及びこれらの類似体、例えば、CCI−779;cox−2及びcPLA2阻害剤;NSAIDs;p38阻害剤、TPL−2、Mk−2及びNFκB阻害剤;RAGEまたは可溶性RAGE;P−セレクチンまたはPSGL−1阻害剤(例えば、小分子阻害剤、PSGL−1に対する抗体、P−セレクチンに対する抗体);エストロゲン受容体ベータ(ERB)アゴニストまたはERB−NFκBアンタゴニストが挙げられる。本発明の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体と同時投与及び/または共製剤化することができる、最も好ましいさらなる治療剤は、以下の1つまたは複数を含む:メトトレキサート、レフルノミド、もしくはシロリムス(ラパマイシン)またはこれらの類似体、例えば、CCI−779。
本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質を組み合わせることができる、炎症性疾患または障害(例えば、IBD、CD、UC、IBS)を治療または予防するための薬剤の非限定例としては、以下が挙げられる:ブデノシド;上皮増殖因子;コルチコステロイド;シクロスポリン;スルファサラジン;アミノサリチル酸;6−メルカプトプリン;アザチオプリン;メトロニダゾール;リポキシゲナーゼ阻害剤;メサラミン;オルサラジン;バルサラジド;抗酸化剤;トロンボキサン阻害剤;IL−1受容体アンタゴニスト;抗IL−1モノクローナル抗体;抗IL−6モノクローナル抗体(例えば、抗IL−6受容体抗体及び抗IL−6抗体);増殖因子;エラスターゼ阻害剤;ピリジニル−イミダゾール化合物;IL−4、IL−10、IL−13及び/またはTGFベータサイトカインまたはこれらのアゴニスト(例えば、アゴニスト抗体);IL−11;プレドニゾロン、デキサメタゾンまたはブデソニドのグルクロニドまたはデキストランコンジュゲート化プロドラッグ;ICAM−1アンチセンスホスホロチオエートオリゴデオキシヌクレオチド(ISIS 2302;Isis Pharmaceuticals,Inc.);可溶性補体受容体1(TP10;T Cell Sciences,Inc.);徐放性メサラジン;メトトレキサート;血小板活性化因子(PAF)のアンタゴニスト;シプロフロキサシン;並びにリグノカイン。
本発明の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体を組み合わせることができる、多発性硬化症を治療または予防するための薬剤の非限定例としては、以下が挙げられる:インターフェロン、例えば、インターフェロンーα(例えば、AVONEX(登録商標)、Biogen)及びインターフェロン−1b(BETASERON(登録商標)、Chiron/Berlex);コポリマー1(Cop−1;COPAXONE(登録商標)、Teva Pharmaceutical Industries,Inc.);フマル酸ジメチル(例えば、BG−12;Biogen);高圧酸素;静注用免疫グロブリン;クラドリビン;コルチコステロイド;プレドニゾロン;メチルプレドニゾロン;アザチオプリン;シクロホスファミド;シクロスポリン;シクロスポリンA、メトトレキサート;4−アミノピリジン;並びにチザニジン。本発明の抗体と組み合わせて使用することができるさらなるアンタゴニストとしては、他のヒトサイトカインまたは増殖因子、例えば、LT、IL−1、IL−2、IL−6、EL−7、IL−8、IL−12、IL−15、IL−16、IL−18、EMAP−11、GM−CSF、FGF及びPDGFに対する抗体またはこれらのアンタゴニストが挙げられる。本明細書に記載の抗体は、細胞表面分子、例えば、CD2、CD3、CD4、CD8、CD25、CD28、CD30、CD40、CD45、CD69、CD80、CD86、CD90またはこれらのリガンドに対する抗体と組み合わせることができる。本発明の1種または複数の抗体、例えば、二重特異性抗体は、メトトレキサート、シクロスポリン、FK506、ラパマイシン、ミコフェノール酸モフェチル、レフルノミド、NSAIDs、例えば、イブプロフェン、コルチコステロイド、例えば、プレドニゾロン、ホスホジエステラーゼ阻害剤、アデノシンアゴニスト、抗血栓剤、補体阻害剤、アドレナリン作用剤、本明細書に記載の炎症誘発性サイトカインによるシグナリングを妨げる薬剤、IL−1b変換酵素阻害剤(例えば、Vx740)、抗P7s、PSGL、TACE阻害剤、T細胞シグナリング阻害剤、例えば、キナーゼ阻害剤、メタロプロテイナーゼ阻害剤、スルファサラジン、アザチオプリン、6−メルカプトプリン、アンジオテンシン変換酵素阻害剤、本明細書に記載の可溶性サイトカイン受容体及びその誘導体、並びに抗炎症性サイトカイン(例えば、IL−4、IL−10、IL−13及びTGF)などの薬剤と組み合わせることもできる。
本発明の抗体を組み合わせることができる、多発性硬化症に対する治療剤の好ましい例としては、フマル酸ジメチル(例えば、BG−12;Biogen)、インターフェロン−ベータ、例えば、IFN−β−1a及びIFN−β−1b;COPAXONE(登録商標)、コルチコステロイド、IL−1阻害剤、CD40リガンド及びCD80に対する抗体、IL−12アンタゴニストが挙げられる。
本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質を組み合わせることができる、乾癬を治療または予防するための薬剤の非限定例としては、以下が挙げられる:コルチコステロイド;ビタミンD及びその類似体;レチノイド(例えば、ソリアタン);メトトレキサート;シクロスポリン、6−チオグアニン;アキュテイン;ハイドレア;ヒドロキシ尿素;スルファサラジン;ミコフェノール酸モフェチル;アザチオプリン;タクロリムス;フマル酸エステル;生物製剤、例えば、AMEVIVE(登録商標)、ラプティバウステキヌマブ及びXP−828L;光線療法;並びに光化学療法(例えば、ソラレンと紫外線光線療法の組み合わせ)。
本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質を組み合わせることができる、炎症性気道/呼吸器疾患(例えば、慢性閉塞性肺疾患、喘息)を治療または予防するための薬剤の非限定例としては、以下が挙げられる:ベータ2−アドレナリン受容体アゴニスト(例えば、サルブタモール(アルブテロール)、レブアルブテロール、テルブタリン、ビトルテロール);長時間作用型ベータ2−アドレナリン受容体アゴニスト(例えば、サルメテロール、ホルモテロール、バンブテロール);アドレナリンアゴニスト(例えば、吸入エピネフリン及びエフェドリン錠剤);抗コリン剤(例えば、臭化イプラトロピウム);吸入ステロイドと長時間作用型気管支拡張剤の組み合わせ(例えば、フルチカゾン/サルメテロール(米国ではADVAIR(登録商標)、英国ではセレタイド))またはブデソニド/ホルモテロール(SYMBICORT(登録商標)));吸入グルココルチコイド(例えば、シクレソニド、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フルチカゾン、モメタゾン、トリアムシノロン);ロイコトリエン修飾薬(例えば、モンテルカスト、ザフィルルカスト、プランルカスト及びジロートン);肥満細胞安定化薬(例えば、クロモグリク酸(クロモリン)及びネドクロミル);抗ムスカリン薬/抗コリン薬(例えば、イプラトロピウム、オキシトロピウム、チオトロピウム);メチルキサンチン(例えば、テオフィリン、アミノフィリン);抗ヒスタミン薬;IgEブロッカー(例えば、オマリズマブ);Mムスカリンアンタゴニスト(抗コリン薬)(例えば、イプラトロピウム、チオトロピウム);クロモン(例えば、クロモグリク酸、ネドクロミル);キサンチン(例えば、テオフィリン);IL−17阻害剤(例えば、ブロダルマブ、セクキヌマブ、イキセキズマブ)、IL−4阻害剤;並びにIL−13阻害剤。
一実施形態では、本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質は、免疫応答、例えば、移植拒絶の調節に関与する他の標的に対する1種または複数の抗体と組み合わせて使用することができる。
本発明の抗体、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質を組み合わせることができる、免疫応答を治療または予防するための薬剤の非限定例としては、以下が挙げられる:限定されないが、CD25(インターロイキン−2受容体−α、CD11a(LFA−1)、CD54(ICAM−1)、CD4、CD45、CD28/CTLA4(CD80(B7.1)、例えば、CTLA4 Ig(アバタセプト、ORENCIA(登録商標))、ICOSL、ICOS及び/またはCD86(B7.2)を含めた他の細胞表面分子に対する抗体。さらに別の実施形態では、本発明の抗体は、1種または複数の一般的な免疫抑制剤、例えば、シクロスポリンAまたはFK506と組み合わせて使用される。
他の実施形態では、抗体は、自己免疫障害、炎症性疾患などに対するワクチンアジュバントとして使用される。これらのタイプの障害の治療に対するアジュバントの組み合わせは、自己免疫に関与する、標的にされる自己抗原(self−antigens)、すなわち、自己抗原(autoantigens)由来の多種多様の抗原、例えば、ミエリン塩基性タンパク質;炎症性自己抗原(例えば、アミロイドペプチドタンパク質)または移植片抗原(例えば、同種抗原)との組み合わせでの使用に適する。抗原は、タンパク質に由来するペプチドまたはポリペプチド、及び以下のうちのいずれかの断片を含むことができる:サッカリド、タンパク質、ポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチド、自己抗原、アミロイドペプチドタンパク質、移植片抗原、アレルゲンまたは他の高分子成分。ある場合には、1種を超える抗原が抗原性組成物に含まれる。
例えば、本発明のアジュバントの組み合わせを含む、脊椎動物宿主においてアレルゲンへの応答を緩和するのに望ましいワクチンとしては、アレルゲンまたはその断片を含むものが挙げられる。そのようなアレルゲンの例は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、米国特許第5,830,877号及びPCT公開第WO99/51259号に記載され、花粉、昆虫毒、動物の鱗屑、菌胞子及び薬物(例えば、ペニシリン)が挙げられる。ワクチンは、アレルギー反応の既知の原因であるIgE抗体の生成を妨げる。別の例では、本発明のアジュバントの組み合わせを含む、脊椎動物宿主においてアミロイド沈着を特徴とする疾患を予防または治療するのに望ましいワクチンとしては、アミロイドペプチドタンパク質(APP)の一部を含むものが挙げられる。この疾患は、アルツハイマー病、アミロイド症またはアミロイド形成性疾患として色々な名前で呼ばれる。したがって、本発明のワクチンは、本発明のアジュバントの組み合わせ+Aベータペプチド、並びにAβペプチドの断片及びAβペプチドまたはその断片に対する抗体を含む。
別の実施形態では、医薬組成物は、本発明の抗体、二重特異性抗原結合タンパク質または抗原結合性断片を含む容器を含むキットとして供給される。本発明の抗体、例えば、二重特異性抗体は、単回または複数回用量用の注射溶液剤の形態で、または注射の前に再構成される無菌粉末剤として提供することができる。あるいは、そのようなキットは、抗原結合タンパク質(例えば、抗TL1A/抗TNF−α二重特異性抗原結合タンパク質)の投与のために、乾燥粉末分散機、液体エアロゾル発生機またはネブライザーを含むことができる。そのようなキットは、医薬組成物の適応症及び使用法に関する書面情報をさらに含むことができる。さらに、そのような情報は、抗体組成物がTL1A及びTNF−αに対して既知の過敏症を有する患者には禁忌であるという記載を含むことができる。
さらなる実施形態では、本発明は、以下を含む製造品を提供する:(a)本明細書に記載の抗体、二重特異性抗原結合タンパク質または抗原結合性断片を含む物質の組成物、(b)前記組成物を含む容器、及び(c)免疫関連疾患の治療における前記抗体の使用に言及する、前記容器に貼られたラベルまたは前記容器に含まれる添付文書。
別の態様では、組成物は、さらなる活性成分を含み、これは、例えば、さらなる抗体または抗炎症剤、細胞毒性剤もしくは化学療法剤でもよい。好ましくは、組成物は無菌である。
本明細書に記載の抗体、例えば、二重特異性抗体はまた、例えば、IBS、IBD、CD、UCを含めた免疫関連疾患及び炎症性疾患の治療のための薬及び医薬を調製するのに有用である。特定の態様では、そのような薬及び医薬は、治療有効量の本発明の二重特異性抗原結合タンパク質、抗体または抗原結合性断片を医薬的に許容可能な担体とともに含む。一実施形態では、混合物は無菌である。
本発明の二重特異性抗原結合タンパク質は、生物試料におけるTL1A及び/またはTNF−αの検出、並びにTL1A受容体DR3及び/またはTNF−α受容体を発現する細胞または組織の特定に有用である。例えば、二重特異性抗原結合タンパク質は、診断アッセイ、例えば、組織または細胞においてTL1A及び/またはTNF−αの結合及び/または発現を検出及び/または定量化するための結合アッセイで使用することができる。さらに、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質は、TL1Aがその受容体DR3と複合体を形成するのを阻害し、それによって、細胞または組織においてTL1AまたはDR3の生物活性をモジュレートするのに使用することができる。同様に、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質は、TNF−αがその受容体と複合体を形成するのを阻害し、それによって、細胞または組織においてTNF−αまたはその受容体の生物活性をモジュレートするのに使用することができる。モジュレートされ得る例示的活性としては、限定されないが、炎症を阻害する及び/または低減させることが挙げられる。
本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質は、TL1A及び/またはTNF−αと関連する疾患及び/または状態を検出、診断またはモニターするために、診断目的に使用することができる。当業者に既知の伝統的な免疫組織学的方法を使用して試料中のTL1A及び/またはTNF−αの存在を検出する方法も提供される。例えば、Tijssen(1993),Practice and Theory of Enzyme Immunoassays,Vol 15(Eds R.H.Burdon and P.H. van Knippenberg,Elsevier,Amsterdam)、Zola(1987),Monoclonal Antibodies:A Manual of Techniques,pp.147−158(CRC Press,Inc.)、Jalkanen et al.(1985),J.Cell.Biol.101:976−985、Jalkanen et al.(1987),J.Cell Biol.105:3087−3096を参照されたい。TL1A及び/またはTNF−αのいずれの検出もインビボでまたはインビトロで実施することができる。
本明細書で提供される診断適用としては、TL1A及び/またはTNF−αの発現並びにこれらのリガンドのその受容体への結合を検出するための抗原結合タンパク質の使用が挙げられる。リガンドの存在の検出に有用な方法の例としては、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)及びラジオイムノアッセイ(RIA)などのイムノアッセイが挙げられる。
診断適用については、抗原結合タンパク質は、一般的には、検出可能な標識基で標識される。適切な標識基としては、限定されないが、以下が挙げられる:放射性同位体または放射性核種(例えば、H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I、131I)、蛍光基(例えば、FITC、ローダミン、ランタニド蛍光体)、酵素基(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、βガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ)、化学発光基、ビオチニル基、または第2のレポーターに認識される所定のポリペプチドエピトープ(例えば、ロイシンジッパー対配列、第2の抗体への結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ)。いくつかの実施形態では、標識基は、潜在的な立体障害を低減するように、様々な長さのスペーサーアームを介して抗原結合タンパク質に結合している。タンパク質を標識する様々な方法が当技術分野で既知であり、使用可能である。
別の実施形態では、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質は、TL1A及び/またはTNF−αを発現する細胞(複数可)を特定するのに使用することができる。特定の実施形態では、抗原結合タンパク質が標識基で標識され、TL1A及び/またはTNF−αへの標識された抗原結合タンパク質の結合が検出される。さらなる特定の実施形態では、TL1A及び/またはTNF−αへの抗原結合タンパク質の結合が、インビボで検出される。さらなる特定の実施形態では、当技術分野で既知の技法を使用して、二重特異性抗原結合タンパク質が単離され、測定される。例えば、Harlow and Lane,1988,Antibodies:A Laboratory Manual,New York:Cold Spring Harbor(ed.1991 and periodic supplements)、John E.Coligan,ed.,1993,Current Protocols In Immunology New York:John Wiley & Sonsを参照されたい。
本発明の別の態様は、TL1A及び/またはTNF−αへの結合について本明細書に記載の抗原結合タンパク質と競合する試験分子の存在の検出を提供する。1つのそうしたアッセイの例は、試験分子の存在または非存在下である量のTL1A及び/またはTNF−αを含む溶液中の遊離抗原結合タンパク質の量を検出することを含むと思われる。遊離抗原結合タンパク質(すなわち、TL1A及び/またはTNF−αに結合していない抗原結合タンパク質)の量の増大は、試験分子が、TL1A及び/またはTNF−αの結合について二重特異性抗原結合タンパク質と競合することができることを示すと思われる。一実施形態では、抗原結合タンパク質は標識基で標識される。あるいは、試験分子が標識され、抗原結合タンパク質の存在及び非存在下で、遊離試験分子の量がモニターされる。
本発明は以下の実施例によってさらに明らかにされるが、これは、本発明の範囲を例示するが制限しない。
実施例1
XenoMouse(登録商標)抗TL1Aモノクローナル抗体の調製
マウス系統
XENOMOUSE(登録商標)トランスジェニックマウスを免疫化することによって、ヒトTL1Aに対する完全ヒト抗体を生成した。米国特許第6,114,598号、第6,162,963号、第6,833,268号、第7,049,426号、第7,064,244号(これらは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)、Green et al.(1994),Nature Genetics 7:13−21、Mendez et al.(1997),Nature Genetics 15:146−156、Green and Jakobovitis(1998),J.Ex.Med,188:483−495、Kellerman and Green(2002),Current Opinion in Biotechnology 13,593−597(これらのそれぞれは、その全体が参照により組み込まれる)。XMG1−KL、XMG2−K、XMG2−K/Balbc、XMG2−KL、XMG4−K及びXMG4−KL XENOMOUSE(登録商標)系統由来の動物をすべての免疫化に使用した。
TL1A免疫原の生成
最初の22アミノ酸がVK1シグナルペプチドであるN末端のHisタグ(H6)を含むTL1Aポリペプチドを、対応するcDNAを293HEK細胞に一過的にトランスフェクトすることによって生成した。検出及びその後の精製を容易にするために、一般に使用されるポリHisタグを用いた。
FreeStyle293培地(Invitrogen)中の3ml PEI/mg DNAを用いて、0.5mg/LのDNA(His−TL1Aを入れたpTT5ベクター0.1mg/Lと空pTT5ベクター0.4mg/L)(Durocher et al.(2002)NRCC,Nucleic Acids.Res.30,e9)を9.48×10細胞/mlの293−6E細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションしてから1時間後に、培養物にトリプトンN1を加えた。0.1%プルロニックF68及び50μg/mlジェネテシンを補充したFreeStyle293発現培地中で懸濁状態で7日間細胞を増殖させ、精製用に収集した。
実施例2
TL1Aの生成
最初の22アミノ酸がVK1シグナルペプチドであるN末端のHisタグ(H6)を含むTL1Aポリペプチドを、対応するcDNAを293HEK細胞に一過的にトランスフェクトすることによって生成した。検出及びその後の精製を容易にするために、一般に使用されるポリHisタグを用いた。
FreeStyle293培地(Invitrogen)中の3ml PEI/mg DNAを用いて、0.5mg/L DNA(His−TL1Aを入れたpTT5ベクター0.1mg/Lと空pTT5ベクター0.4mg/L)(Durocher et al.NRCC,Nucleic Acids.Res.(2002)30,e9)を9.48×10細胞/mlの293−6E細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションしてから1時間後に、培養物にトリプトンN1を加えた。0.1%プルロニックF68及び50μg/mlジェネテシンを補充したFreeStyle293発現培地中で懸濁状態で7日間細胞を増殖させ、精製用に収集した。
免疫化
細胞で発現させた組換えヒトTL1A及び組換えヒトTL1A可溶性タンパク質またはこれらの組み合わせを含めた、1種または複数の適切な形態のTL1A抗原を使用して、免疫化を行う。
適切な量の免疫原(すなわち、腹部への注射によって送達される10μgのタンパク質)を、XenoMouse(登録商標)における最初の免疫化に使用する。最初の免疫化に続いて、免疫原(すなわち、2×10e6細胞または5μgのタンパク質)の引き続く追加免疫化をスケジュール通りに、且つマウスにおいて抗TL1A抗体の適切な力価を誘導するのに必要な期間にわたって施す。任意の適切な方法、例えば、酵素イムノアッセイまたは蛍光標識細胞分取法(FACS)によって、力価を決定する。
抗ヒトTL1A免疫応答をもたらすために、免疫化の複数の免疫原及び経路を使用した。遺伝子的免疫化については、製造業者の指示に従って、Helios Gene Gunシステム(BioRad、Hercules、California)を使用して、6〜8週にわたって12〜16回マウスを免疫化した。手短に言えば、野生型のヒトまたはカニクイザルTL1Aをコードする発現ベクターを金ビーズ(BioRad、Hercules、California)にコーティングし、毛を剃ったマウス腹部の表皮に送達した。細胞ベースの免疫化については、ヒトTL1Aをコードする発現ベクターを安定的にトランスフェクトした、懸濁液に適合させたCHO−K1細胞株(Invitrogen、Carlsbad、California)でマウスを免疫化した。皮下注射と腹腔内注射を交互に繰り返すプロトコールを使用して、硫酸アルミニウムカリウムから調製したミョウバン(EMD Chemicals Inc.、Gibbstown、NJ)及びCpG−ODN(Eurofins MWG Operon LLC、Huntsville、AL)と混合した細胞で、6〜8週にわたって10〜12回動物を免疫化した。最初の追加免疫は4×10細胞から構成されていたが、引き続く追加免疫は2×10細胞を含んでいた。可溶性組換えタンパク質による免疫化については、6×Hisタグを付けた三量体形態のヒト及びカニクイザルのTL1A細胞外ドメイン(TL1A配列のアミノ酸72〜251)で、マウスを免疫化した。皮下注射を使用して、ミョウバン及びCpG−ODNと混合した組換えタンパク質で、4〜8週にわたって8〜12回動物を免疫化した。最初の追加免疫は10μgから構成されていたが、引き続く追加免疫は5μgを含んでいた。AccuriまたはFacsCalibur(BD Biosciences)フローサイトメーターにおける生細胞FACS解析によって、ヒトTL1A特異的血清力価をモニターした。ヒト及びカニクイザルのTL1Aに対して抗原特異的血清力価が最も高い動物を屠殺し、ハイブリドーマ生成(Kohler及びMilstein,1975)に使用した。
実施例3
モノクローナル抗体の調製
ハイブリドーマ生成
適切な力価を示す動物を特定し、リンパ球を流入領域リンパ節から得、必要ならば、各コホートについてプールした。適切な培地(例えば、ダルベッコ改変イーグル培地(DMEM);Invitrogen、Carlsbad、CA)中で粉砕することによって、プールしたリンパ球(各免疫化コホート由来)をリンパ組織から分離した。B細胞を、適切な方法を使用して選択及び/または増やすことができ、当技術分野で既知の技法を使用して、適切な融合パートナー、例えば、非分泌性骨髄腫P3X63Ag8.653細胞(アメリカ培養細胞系統保存機関CRL 1580;Kearney et al,J.Immunol.123,1979,1548−1550)と融合させることができる。B細胞を標準的な方法を使用して選択及び/または増やし、当技術分野で既知の技法を使用して適切な融合パートナーと融合させた。
1つの適切な融合方法では、リンパ球を融合パートナー細胞と1:4の比で混合する。この細胞混合物を、400×gで4分間の遠心分離によって軽くペレット化し、上清をデカントし、細胞混合物を(例えば、1mlピペットを使用して)軽く混合する。PEG/DMSO(ポリエチレングリコール/ジメチルスルホキシド;Sigma−Aldrich、St.Louis MOから入手可能;100万個のリンパ球あたり1ml)で融合を誘導する。PEG/DMSOを1分間にわたって軽く撹拌しながら緩徐に加え、続いて、1分間混合する。次いで、IDMEM(グルタミンを含まないDMEM;100万個のB細胞あたり2ml)を軽く撹拌しながら2分間にわたって加え、続いて、さらなるIDMEM(100万個のB細胞あたり8ml)を3分間にわたり加える。
融合させた細胞を軽くペレット化し(400×g、6分)、100万個のB細胞あたり20mlの選択培地(例えば、アザセリン及びヒポキサンチン[HA]並びに必要に応じて他の補充材料を含むDMEM)に再懸濁する。細胞を37Cで20〜30分間インキュベートし、次いで、200mlの選択培地に再懸濁し、T175フラスコ中で3〜4日間培養してから、96ウェルにプレーティングする。
得られるコロニーのクローン性を最大にするために、標準的な技法を使用して細胞を96ウェルプレートに分配する。培養してから数日後、上清を収集し、ヒトTL1Aへの結合の確認、他の種のTL1A(例えば、カニクイザルのTL1A)との交差反応性及びTL1Aの活性を阻害する能力の評価を含めて、以下の実施例で詳しく述べるスクリーニングアッセイにかける。陽性細胞をさらに選択し、標準的なクローニング及びサブクローニング技法にかける。クローン株をインビトロで増やすことができ、分泌されたヒト抗体を解析のために得る。
この方法で、およそ2か月にわたって、合計で15の免疫化について、マウスを組換えヒトTL1A可溶性タンパク質で免疫化し、TL1A特異的抗体を分泌するいくつかのハイブリドーマ細胞株を得、抗体をさらに特徴づけした。それらの配列を配列表及び表A、C及びDに提供し、これらの抗体を使用する様々な試験の結果を本明細書に示す。
本明細書の表A〜Eは、本実施例に従って調製した抗TL1A抗体の配列を示す。
実施例4
ハイブリドーマプールの抗原濃縮
選ばれた免疫性組織収集物由来の融合したハイブリドーマプールを、FACSベースの濃縮のための材料の供給源として使用した。ネイティブ(全長、細胞上(on−cell))ヒトTL1Aに特異的な抗体を発現するハイブリドーマについて濃縮するために、TL1A cDNAコンストラクトを一過的に発現している293T細胞から膜を調製した。293Fectin(商標)(ThermoFisher Scientific Inc.)を使用してトランスフェクションしてから24時間後に、製造者の推奨に従って(ThermoFisher Scientific Inc.)、E−Z結合NHS−LC−LC−ビオチンで細胞をビオチン化した。ビオチン化してから、針及び注射器で細胞をホモジナイズして、膜断片を形成し、「膜プレップ」と称した。次いで、ビオチン化した膜プレップを使用して、標準的なビオチン−ストレプトアビジン化学作用を介して、目的の標的に特異的な表面抗体を発現するハイブリドーマを検出した。
目的の抗原についてハイブリドーマプールを濃縮するために、これらを最初に膜プレッププローブとともにインキュベートした。次いで、未結合のプローブを洗い流し、表面IgG(Alexa488コンジュゲート化Gt抗ヒトFc第2抗体;Jackson ImmunoResearchを用いる)とビオチン化膜プレップTL1Aプローブ(Alexa Fluor647コンジュゲート化ストレプトアビジン;Jackson ImmunoResearch)の同時検出によって、抗原特異的ハイブリドーマを特定した。表面IgG及び結合抗原を発現するハイブリドーマをAccuriフローサイトメーターにおけるFACS解析で検出した。FACS Ariaセルソーター(BD Biosciences)で、二重陽性イベントを単一細胞として384ウェルプレート中に選別した。数日の培養後、モノクローナル抗体を含むハイブリドーマ上清を収集し、以下の実施例に記載されているスクリーニングアッセイで使用した。
実施例5
TL1A特異的結合抗体の最初の選択
製造者によって設計されたプロトコールに従って、huTL1A cDNAを発現する発現ベクター、Gibco(商標)Opti−MEM(登録商標)培地(Gibco、カタログ番号31985088)及び293Fectin(商標)試薬(Invitrogen、カタログ番号12347019)を使用するトランスフェクションによって、宿主のヒト胎児由来腎臓293細胞でヒトTL1Aを発現させた。FMAT8200スクリーニングシステム(Molecular Devices)及びCellInsight(商標)High Contentイメージングプラットフォーム(ThermoFisher Scientific)を使用して、huTL1A特異的モノクローナル抗体の存在について、ハイブリドーマ上清をスクリーニングした。huTL1A陽性ウェル(すなわち、不適切なハイブリドーマ上清を超えるシグナルを有するもの)の数を表5.1に示す。CellInsightスクリーニングについては、15μl/ウェルのハイブリドーマ上清(並びに陽性及び陰性コントロール)を黒色の384ウェルの底部が透明なプレート(Corning、カタログ番号3712)に加え、続いて、30μl/ウェルの、TL1A/293T細胞、核Hoescht染色剤(Pierce、カタログ番号62249)及びAlexa488−ヤギ抗ヒトIgG(H+L)(Jackson、カタログ番号109−545−088)の混合物を加えた。室温で3時間インキュベートしてから、プレートを(384ウェル細胞洗浄ヘッドが装着された)AquaMax4000プレート洗浄機で2回洗浄し、製造者の推奨に従って、CellInsight機器で読み取った。FMATベースのスクリーニングについては、20μl/ウェルのハイブリドーマ上清(並びに陽性及び陰性コントロール)を黒色の384ウェルの底部が透明プレートに加え、続いて、40μl/ウェルの、TL1A/293T細胞、293T親細胞及びCy5−ヤギ抗ヒトIgG(Fc)(Jackson、カタログ番号109−075)の混合物を加えた。室温で3時間インキュベートしてから、製造者の推奨に従って、FMAT8200システムでプレートを読み取った。
Figure 2019502692
実施例6
TL1A受容体−リガンドブロック抗体の特定
100μg/mlのNHS LC LCビオチン(Pierce、カタログ番号21338)及び100μgのhuTL1A(実施例2に記載されているように調製した)を1mlのPBS pH8.5中で室温で1時間反応させることによって、ビオチン化huTL1Aを調製した。5kDaのAmicon Ultraスピンカラム(Millipore、カタログ番号UFC8 005)を使用して、限外濾過によって、未反応のビオチンを除去した。ELISAベースの受容体−リガンドアッセイによって、huTL1A結合抗体を含むハイブリドーマ上清を、ヒト細胞死受容体3(huDR3)へのhuTL1Aの結合をブロックするその能力についてアッセイした。ELISAプレート(Corning、カタログ番号3702)をコーティング緩衝液(1×PBS/0.05%アジド)中で40μl/ウェルのヒトDR3−Fcキメラ(1μg/ml)(R&D Systems、カタログ番号943−D3)でコーティングし、次いで、4℃で一晩インキュベートした。次いで、プレートを水で3回洗浄し、90μlの希釈剤(1×PBS/1%ミルク)で室温で30分間ブロッキングした。15μlの抗TL1Aハイブリドーマ上清を、96ウェル貯蔵プレート(Sigma、カタログ番号P6866)において、アッセイ希釈剤中で、45μlのビオチン化TL1A(最終的に30ng/ml)とともに2時間室温で予めインキュベートしてから、予めブロッキングしたDR3 ELISAプレートに加えた。次いで、アッセイプレートを室温で1時間インキュベートした。試料プレートを続いて3回洗浄し、続いて、40μl/ウェルのストレプトアビジン−HRP(Pierce、カタログ番号21126)を加え、さらに室温で1時間インキュベートした。プレートをさらに3回洗浄し、40μlのTMB(Neogen、カタログ番号308177)を加えた。このTMB反応物を室温で30分間インキュベートし、次いで、40μl/ウェルの1N塩酸でクエンチした。最後に、450nmの波長のELISAプレートリーダーでプレートを読み取った。陰性コントロール、すなわち不適切なESN(枯渇させた上清)のシグナルの<38%にカットオフ設定した。(このカットオフによって定義される場合の)huTL1A−DR3相互作用をブロックすることができる試料の数を表6.1に示す。
Figure 2019502692
実施例7
TL1A機能性ブロッキングアッセイ
TL1Aの機能活性をブロックことするができるハイブリドーマについてスクリーニングするために、一次T細胞からのIFNγの放出またはTF1細胞におけるNF−κBレポーターアッセイを用いた。IFNγ放出アッセイについては、TL1Aに特異的なハイブリドーマ上清の存在または非存在下で、精製された一次ヒトT細胞(Biological Speciality Corp.、カタログ番号215−01−10)を可溶性ヒトTL1Aで刺激した。96ウェルの丸底プレートにおいて、抗TL1A抗体を含むハイブリドーマ上清の存在下で、2×10個の一次ヒトT細胞を8〜16ng/mLのヒトTL1A(Amgen)、1〜2ng/mLのIL−12(Peprotech)及び0.5〜1ng/mLのIL−18(R&D Systems)で、37℃で72時間刺激した。次いで、製造業者の指示(R&D Systems)に従って、ELISAによって、IFNγレベルについて培養上清を試験した。TL1A応答性レポーターアッセイについては、TF−1 NF−κBレポーター細胞株(Amgen)を可溶性もしくは膜結合ヒトTL1Aまたは可溶性カニクイザルTL1Aで刺激した。96または384ウェルプレートにおいて、段階希釈したハイブリドーマ上清(または、コントロール)の存在下で、(それぞれ)0.2〜3nMまたは2〜20nMの可溶性のヒトまたはカニクイザルTL1Aを10〜10のTF−1 NF−κBレポーター細胞とともに37℃で一晩インキュベートした。膜結合TL1Aに対する試料の試験については、TF−1 NF−κBレポーター細胞株をヒトTL1Aを発現するAM1D細胞と共培養することによって、活性アッセイを行った。384ウェルプレートにおいて、5ug/mLの抗TL1A抗体(または、コントロール)の存在下で、10個のTF−1 NF−κBレポーター細胞及び10個のAM1D細胞を37℃で一晩共培養した。製造者の推奨(Promega)に従って、Steady−Gloルシフェラーゼアッセイシステムを使用して、各ウェルのレポーターシグナルを測定した。
実施例8
TL1A受容体−リガンドブロック抗体の分子レスキュー及びシークエンシング
QiagenのRNeasyミニまたはInvitrogenのmRNA catcher plusキットを使用して、TL1A−中和抗体生成ハイブリドーマ細胞を含むウェルからRNA(全RNAまたはmRNA)を精製した。精製したRNAを使用して、逆転写を介するcDNA合成、それに続くポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)を使用して、抗体重鎖及び軽鎖可変領域(V)遺伝子を増幅した。Qiagen One Step Reverse Transcriptase PCRキット(Qiagen)を使用して、完全ヒト抗体ガンマ重鎖を得た。この方法を使用して、RNA鋳型から第1鎖cDNAを生成し、次いで、マルチプレックスPCRを使用してガンマ重鎖の可変領域を増幅した(それぞれ、完全なプライマーリストについて、表8.1、配列番号1191〜1252を参照されたい)。5’ガンマ鎖特異的プライマーは抗体重鎖のシグナル配列にアニールしたが、3’プライマーはガンマ定常ドメインの領域にアニールした。Qiagen One Step Reverse Transcriptase PCRキット(Qiagen)を使用して、完全ヒトカッパ軽鎖を得た。この方法を使用して、RNA鋳型から第1鎖cDNAを生成し、次いで、マルチプレックスPCRを使用してカッパ軽鎖の可変領域を増幅した。5’カッパ軽鎖特異的プライマーは抗体軽鎖のシグナル配列にアニールしたが、3’プライマーはカッパ定常ドメインの領域にアニールした。Qiagen One Step Reverse Transcriptase PCRキット(Qiagen)を使用して、完全ヒトラムダ軽鎖を得た。この方法を使用して、RNA鋳型から第1鎖cDNAを生成し、次いで、マルチプレックスPCRを使用してラムダ軽鎖の可変領域を増幅した。5’ラムダ軽鎖特異的プライマーは軽鎖のシグナル配列にアニールしたが、3’プライマーはラムダ定常ドメインの領域にアニールした。
エキソヌクレアーゼI及びアルカリホスファターゼを使用して、増幅したcDNAを酵素的に精製し、精製したPCR産物を直接的にシークエンスした。対応する核酸配列からアミノ酸配列をバイオインフォマティクス的に推定した。観察されるいかなる変異もPCRの結果でないことを確認するために、2つのさらなる独立したRT−PCR増幅及びシークエンシングサイクルを各ハイブリドーマ試料について完了した。次いで、得られたアミノ酸配列を解析して、抗体の生殖系列配列起源を決定し、生殖系列配列からの逸脱を特定した。シークエンスした抗体のCDRに対応するアミノ酸配列を整列させ、これらのアライメントを使用して、類似性によってクローンをグループ化した。
Figure 2019502692
Figure 2019502692
実施例9
ヘテロIgコンストラクトの調製
2つの異なる抗体の共発現を介する二重特異性抗体の生成は、誤って対になった重鎖及び軽鎖から主に成る混入物をもたらす。正確に対になった軽鎖と結合している2つの異なる重鎖を有する、好ましい二重特異性ヘテロ四量体分子は、アセンブルすることができる組み合わせの総量のうちのほんの少数である。混入物は、主に2つの異なる理由が原因で生じる。第1の理由は、抗体のFc領域で一緒になる重鎖がホモ二量体化して、従来の単一特異性抗体をもたらし得るか、またはヘテロ二量体して、潜在的な二重特異性抗体をもたらし得ることである。第2の理由は、軽鎖が乱雑であり、重鎖のいずれかと対になることができ、これによって、所望の標的への結合を保持することができない、誤って対になった軽鎖−重鎖Fabアセンブリーをもたらすことである。これらの理由で、二重特異性の設計は二段階プロセスである。最初の目標は、重鎖のホモ二量体化を防止すること、及びヘテロ二量体化を助長することである。これは、例えば、ノブイントゥホールまたは電荷対変異ストラテジーを使用して抗体のFc領域を設計することを介して、達成することができる。第2の目標は、軽鎖がその同種の重鎖のみと特異的に結合するように、軽鎖−重鎖境界面を設計することである。
「ヘテロ−Ig」プラットフォーム技術(例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、WO2009089004及びWO2014081955を参照されたい)は、上述の対形成問題を克服するために、静電的ステアリングメカニズムを利用する。特に、重鎖ヘテロ二量体化を推進し、軽鎖−重鎖結合を訂正するために、荷電残基が導入または活用される。Fc領域のCH3ドメイン中の電荷対変異(CPM)は、静電引力を引き起こす逆の電荷を介して、2つの異なる重鎖のヘテロ二量体化を推進する(例えば、WO2009089004及び米国特許第8,592,562号を参照されたい)。2つの同一の重鎖の組み合わせは、同一の並置電荷を有するので、反発する。
正確な重鎖−軽鎖対形成は、HC/LC結合面またはHC1/HC2結合面のCPMによって促進される(図1を参照されたい)。正確な重鎖−軽鎖の組み合わせは逆の電荷を有するので、互いに引きつけられるが、不正確な重鎖−軽鎖の組み合わせは並置された同じ電荷を有し、反発が生じる。図1では、正確にアセンブルされたヘテロ−Ig分子は、2つの異なる重鎖及び2つの異なる軽鎖を含む好ましいヘテロ四量体のアセンブリーを推進する、2つまたは3つのHC1/HC2 CPM及び2つから4つのHC/LC CPMを有し、その結果、ヘテロ四量体は、発現システムによって生成される大多数の成分になる。抗TL1A/抗TNF−αヘテロIg−sをコードするDNAは、抗TL1A(または抗TNF−α)重鎖及び抗TNF−α(または抗TL1A)Fabをコードする断片を含む。このDNAをpTT5.1ベクターにクローニングした。次いで、これらの発現ベクターを使用して、ヒト293 6E細胞において、抗TL1A/抗TNF−α二重特異性体をトランスフェクトし、発現させた。
抗TNF−α抗体の3.2、234及びセルトリズマブを抗TL1A抗体の3B3、2G11、23B3 VH3、23B3VH4及び3C6とともに使用して、ハイスループットなクローニング、発現及び精製を使用して、表Jに記載されているヘテロIg分子を設計した。二重特異性ヘテロIg分子のそれぞれは、IgG1エフェクター機能のないスキャフォールドまたはIgG2スキャフォールドを使用して、図1に示される4型式のうちの1つを有していた。好ましいIgG分子は図1(v2)に示される電荷変異を組み入れ、これは表Mに示される。IgG1エフェクター機能のないスキャフォールドは置換R292C及びV302Cを含み、置換N297Gを含むこともできる(SEFL2スキャフォールドとしても知られる)。
実施例10
抗TL1A/抗TNFαヘテロ−Ig分子の発現及び精製の方法
ヘテロ−Igの発現を293−6E細胞の一過的トランスフェクションを介して行った。トランスフェクションの1日前に、N−1培養を、Freestyle F−17培地(Thermo Fisher)中に8.5E5vc/mLで全量9Lの培養液を用いて、36℃〜37℃、5%CO、0.2LPMオーバーレイで、20LのWaveバッグ中にセットした。次いで、1:1:1:1のプラスミドDNA鎖比で、予め温めたFreeStyle F−17培地を0.5mg/LのトランスフェクションDNAと混合することによって、トランスフェクション複合物を調製した。トランスフェクション複合物(培地+DNA+PEI試薬)量は、最終培養量の10%であった。トランスフェクションしてから4時間後に、イーストレート及びグルコースの供給物を加えた。培養物を、2.11 E6細胞/mL及び78.2%の生存率で6日目に収集した。84.0mg/LでForteBio Octet Qシステムを使用して、発現力価を測定した。条件培地を遠心分離によって収集し、ペリスタルティックポンプを使用して、0.2μmのセルロースアセテートフィルターによって濾過した。
精製については、洗浄緩衝液として二価陽イオンを含まないダルベッコのPBS(Invitrogen、Carlsbad、CA)を、及び溶出緩衝液として100mM酢酸、pH3.6を使用して、MabSelect SuReクロマトグラフィー(GE Life Sciences、Piscataway、NJ)によって、ヘテロ−Ig分子を親和性捕獲した(図3)。すべての分離は周囲温度で行った。溶出ピークをクロマトグラムに基づいてプールし、2Mトリス塩基を使用してpH7.0に中和し、5容量の水で希釈し、0.22μmのセルロースアセテートフィルターを通して濾過した。半抗体種を除去するために、次いで、試料をSP−HPセファロースカラム(GE Life Sciences、Piscataway、NJ)にロードし、8カラム容量のSP−緩衝液A(20mMリン酸ナトリウム、pH7.0)で洗浄し、続いて、60%SP−緩衝液B(20mMリン酸ナトリウム、1M NaCl、pH7.0)までの20カラム容量のグラジエントを使用して溶出した(図4)。クロマトグラム及び画分のCaliper LabChip(Perkin Elmer、Waltham、MA)解析に基づいて、プールを作製した。プールを等容量の2×HIC緩衝液(200mMリン酸ナトリウム、1.5M硫酸アンモニウム、pH7.0)で調節し、0.22μmのセルロースアセテートフィルターを通して濾過した。誤って対になった種を除去するために、試料をブチル−HPセファロースカラム(GE Life Sciences、Piscataway、NJ)にロードし、8カラム容量のブチル−緩衝液A(50mMリン酸ナトリウム、0.75M硫酸アンモニウム、pH7.0)で洗浄し、続いて、100%ブチル−緩衝液B(50mMリン酸ナトリウム、pH7.0)までの20カラム容量のグラジエントを使用して溶出した(図5)。クロマトグラム並びに非還元及び還元条件下での画分のCaliper LabChip(Perkin Elmer、Waltham、MA)解析に基づいて、プールを作製した。10kDaのカットオフ膜を有するSlide−A−Lyzer透析カセット(Pierce、Rockford、IL)を使用して、およそ30容量の10mM酢酸ナトリウム、9%ショ糖、pH5.2に対してプールを透析濾過し、10kDaのカットオフ膜を有するVivaspin−20遠心濃縮器(Sartorius Stedim Biotech、Goettingen、Germany)を使用して、さらに濃縮した。次いで、濃縮した材料を0.8/0.2μmのセルロースアセテートフィルターを通して濾過し、およそ212,000の吸光係数を使用して、280nmの吸光度によって濃度を決定した。還元(2%の2−メルカプトエタノールを用いる)及び非還元(25mMのヨードアセトアミドを用いる)条件下で、Caliper LabChip分析によって、試料の純度を決定した(図6)。18分にわたる、50mMリン酸ナトリウム、250mM NaCl、pH6.9における定組成溶出を用いて、Zenix−C SEC−300カラム(Sepax Technologies、Newark、DE)を使用して、分析用SECを行った(図7)。
両方のヘテロ−Ig完全性を評価し、重鎖−軽鎖対形成を確認するために、非還元ヘテロ−Ig及びヘテロ−Igのヘテロ−Ig Fab(抗原結合断片(fragment antigen binding))領域を生成するための制限リジルエンドプロテイナーゼC(Wako、Richmond、VA)消化後のヘテロ−Igに対して、LC−MSを行った。非還元ヘテロ−Igの解析は、0.1%TFA中に1:1の、30μgのネイティブヘテロ−Ig試料の単純希釈及び20μgの注入により行った。Fabの解析は、pH8に調整した100mM Trisの存在下で1:400の酵素/基質比を使用するリジルエンドプロテイナーゼCの存在下で、ヘテロ−Igを37℃で30分間インキュベートすることによって達成した。次いで、等量の0.1%TFAで希釈することによって、反応を停止した。リジルエンドプロテイナーゼCによる抗体の最初の切断は、配列モチーフSCDK/THTCPPCのリジンの後のヒンジジスルフィドのすぐ上であり、これは、Fab及びFc断片をもたらす。
Agilent 6230 ESI−TOF質量分析計及び1260クオータナリーHPLCシステム(Zorbax 300SB−C8、2.1×50mm 3.5μmカラムを備える)(Agilent、Santa Clara、CA)を使用して、質量分析を行った。移動相Aは0.1%TFAから成っており、移動相Bは90%n−プロパノール、0.1%TFAの水溶液から成っていた。非還元ヘテロ−Igの解析のためのクロマトグラフィーのグラジエント条件は以下の通りであった:1分間の20%移動相B;1〜9分、20〜70%のB;9〜10分、70〜100%のB;10〜11分、100%のB。カラム温度を75℃に維持し、20%移動相Bでのポストカラム平衡化を7分間行ってから、次の試料を注入した。ESI−TOFの設定は以下の通りであった:キャピラリー電圧、5900V;ガス温度、340℃;乾性ガス、13L/分;ネブライザー圧力、25psig;フラグメンター電圧、460V及びスキマー電圧、95V(図8)。
lyslエンドプロテイナーゼCで消化したヘテロ−Igの解析は、逆相HPLCカラムに20μgを注入し、以下のLCグラジエントを使用して溶出することによって行った:2分間保たれる2%移動相;2〜12分、2〜45%のB;12〜16分、45〜90%のB;16〜17分、90%のB。カラム温度を75℃に維持し、20%移動相Bでのポストカラム平衡化を7分間行ってから、次の試料を注入した(図9)。
実施例11
IgG−ScFvコンストラクトの調製
各抗TL1A/抗TNF−αIgG−scFv抗原結合タンパク質は2つの抗原結合ドメインから成り、1つはTL1Aに対するものであり、もう1つはTNF−αに対するものである。抗TL1A/抗TNF−αIgG−scFvをコードするDNAは、生物物理学的特性を向上させる目的で、システインクランプの有無にかかわらず、抗TNF−α(または、抗TL1A)抗体の単鎖Fv(scFv)にC末端が融合している抗TL1A(または、抗TNF−α)重鎖(HC)(図2を参照されたい)をコードする断片を含む。システインクランプを導入するために、VHの位置44(Kabatナンバリング)及びVLの100(Kabatナンバリング)をシステインに変異させた。これらのDNAをpTT5.1ベクターにクローニングした。次いで、これらの発現ベクターを使用して、ヒト293−6E細胞において、抗TL1A/抗TNF−α二重特異性体をトランスフェクトし、発現させた。生成される抗TL1A/抗TNF−αIgG−scFv抗原結合タンパク質の完全な配列を表L及びMに示す。
実施例12
抗TL1A/抗TNFαIgG−scFv分子の精製方法
一過的な293の生成を介して、IgG−ScFvの発現を行った。トランスフェクションの1日前、培養を、Freestyle F−17培地(Thermo Fisher)中に各8.5E5vc/mLで全量2.250Lの培養液を用いて、8つの5LのThompson Ultra Yieldフラスコにセットした。培養を36℃〜37℃、5%CO及び120RPMの振盪で維持した。20%のコーディングプラスミド及び80%の空pTT5ベクター並びに10%最終培養量のPEIを使用して、FreeStyle F−17培地を0.5mg/LのDNAと混合することによって、トランスフェクション複合物を調製した。4時間後、酵母可溶化液及びグルコースの供給物を各フラスコに加えた。トランスフェクションしてから6日目後に、遠心分離によって細胞を収集し、プールし、濾過した。25mg/LでのForte Bio Octetによって、平均力価を測定した。
洗浄緩衝液として二価陽イオンを含まないダルベッコのPBS(Invitrogen、Carlsbad、CA)を、及び溶出緩衝液として100mM酢酸、pH3.6を使用して、MabSelect SuReクロマトグラフィー(GE Life Sciences、Piscataway、NJ)によって、IgG−scFv分子を親和性捕獲した(図10)。親和性分離は周囲温度で行った。溶出ピークをクロマトグラムに基づいてプールし、2Mトリス塩基を使用してpH7.0に中和し、1容量の10mMクエン酸、75mMリジン、4%トレハロース、pH7.0で希釈し、30kDaカットオフ膜を有するVivacell−100遠心濃縮器(Sartorius Stedim Biotech、Goettingen、Germany)を使用して、およそ20mg/mLに濃縮した。高分子凝集物を除去するために、試料を0.8/0.2μmセルロースアセテートフィルターを通して濾過し、次いで、10mMクエン酸、75mMリジン、4%トレハロース、pH7.0で平衡化したSuperdex 200 Prep Gradeカラム(GE Life Sciences、Piscataway、NJ)にロードし、同じ緩衝液を用いる定組成グラジエントで溶出した(図11)。ゲル濾過分離をおよそ7℃で行った。クロマトグラム及びZenix−C SEC−300カラム(Sepax Technologies、Newark、DE)を使用する画分の分析用SECに基づいて、プールを作製した。このプールを30kDaのカットオフ膜を有するVivaspin−20遠心濃縮器(Sartorius Stedim Biotech、Goettingen、Germany)を使用してさらに濃縮し、0.8/0.2μmのセルロースアセテートフィルターを通して濾過した。およそ341,000の吸光係数を使用して、280nmの吸光度によって濃度を決定した。還元(2%の2−メルカプトエタノールを用いる)及び非還元(25mMのヨードアセトアミドを用いる)条件下で、Caliper LabChip分析によって、試料の純度を決定した(図12)。18分にわたる、50mMリン酸ナトリウム、250mM NaCl、pH6.9における定組成溶出を用いて、Zenix−C SEC−300カラム(Sepax Technologies、Newark、DE)を使用して、分析用SECを行った(図13)。
Ig−scFvsのサイズが大きい(200kDa以上)ため、ESI−TOF質量分析によって正確な質量を得ることができなかった。質量を確認し、品質を評価するために、Ig−scFvをIdeSプロテアーゼ(Promega、Madison WI)による消化(これは、配列モチーフCPPCPAPELLG/GPのグリシンの間で、IgGヒンジジスルフィドのすぐ下を切断し、(Fab)及びC末端に融合したscFvを有するFcをもたらす)後に解析した。1:10の酵素基質比を使用して、IdeSプロテアーゼの存在下で、Ig−scFvを37℃で1時間インキュベートした。次いで、試料を0.1%TFA中に1:1に希釈し、20μgをLC−MSに注入した。
Agilent 6230 ESI−TOF質量分析計及び1260クオータナリーHPLCシステム(Zorbax 300SB−C8、2.1×50mm 3.5μmカラムを備える)(Santa Clara、CA)を使用して、質量分析を行った。移動相Aは0.1%TFAから成っており、移動相Bは90%n−プロパノール、0.1%TFAの水溶液から成っていた。IdeSプロテアーゼで消化したIg−scFvの解析は、20μgを注入し、以下のLCグラジエントを使用して溶出することによって行った:2分間保たれる2%移動相;2〜12分、2〜45%のB;12〜16分、45〜90%のB;16〜17分、90%のB。カラム温度を75℃に維持し、20%移動相Bでのポストカラム平衡化を7分間行ってから、次の試料を注入した(図14)。
実施例13
TL1A結合アッセイ
ヤギ抗ヒトFc(Jackson Lab、カタログ番号109−005−098)を、アミン結合を使用してSCM5センサーチップに最初に固定化した。抗TL1Aモノクローナル抗体、Fab断片(抗huFab抗体、GE Healthcare、カタログ番号28−9583−25を使用する)または抗TL1A/抗TNF−α二重特異性分子を10μl/分で1分間チップに注入した。試料緩衝液(PBS、0.005%のP20、0.1mg/mlのBSA)中に0.78〜25nMの様々な濃度のヒトまたはカニクイザルTL1Aタンパク質を、3分の結合、10分の解離に対して、50μl/分の流速で注入した。BIAevaluationソフトウェアで1:1結合モデルを使用して、オン速度、オフ速度及び平衡解離定数を計算した。
表13.1〜13.3は、抗TL1A抗体、ヘテロIg二重特異性抗体及びIgG−scFv二重特異性抗体に対する抗TL1A結合データを示す。
Figure 2019502692
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実施例14
TL1A活性アッセイ
TF−1 NF−κBレポーター細胞株を使用して、TL1A活性アッセイを行った。手短に述べると、96ウェルプレート中で、段階希釈した抗TL1A抗体または抗TL1A/抗TNF−α二重特異性分子の存在下で、30ng/ml(EC90)のヒトまたはカニクイザルTL1Aを10個のTF−1 NF−κBレポーター細胞とともに37℃で一晩インキュベートした。50μlのSteady−Gloルシフェラーゼ試験溶液(Promega)を各ウェルに補充した。プレートをカバーし、10分間振盪しながらインキュベートした。マイクロベータリーダーによって、ルシフェラーゼ活性を解析した。
表14.1−14.3は、ヒト及びカニクイザルのTL1Aの両方を用いた、抗TL1A抗体、ヘテロIg二重特異性抗体、IgG−scFv二重特異性抗体及びFabに対する抗TL1Aの品質管理(QC)及び活性のデータを示す。
Figure 2019502692
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Figure 2019502692
実施例15
TNF−α結合アッセイ
ヤギ抗ヒトFcを、アミン結合を使用してSCM5センサーチップ最初に固定化した。抗TNFモノクローナル抗体、Fab断片またはTL1A/TNF二重特異性体を10μl/分で1分間チップに注入した。試料緩衝液(PBS、0.005%のP20、0.1mg/mlのBSA)中に0.78〜25nMの様々な濃度のヒトまたはカニクイザルTNFタンパク質を、3分の結合、10分の解離に対して、50μl/分の流速で注入した。BIAevaluationソフトウェアで1:1結合モデルを使用して、オン速度、オフ速度及び平衡解離定数を計算した。
表15.1〜15.3は、抗TNF−α抗体、ヘテロIg二重特異性抗体、IgG−scFv二重特異性抗体及びIgG−Fab二重特異性抗体に関するTNF−α結合活性データを示す。
Figure 2019502692
Figure 2019502692
Figure 2019502692
実施例16
TNF−α活性アッセイ
TF−1 NF−kBレポーター細胞株を使用して、TNF−α活性アッセイを行った。手短に述べると、96ウェルプレート中で、段階希釈した抗TNF−α抗体またはTL1A/TNF−α二重特異性分子の存在下で、1ng/ml(EC90)のヒトまたはカニクイザルTNF−αを10個のTF−1 NF−κBレポーター細胞とともに37℃で一晩インキュベートした。50μlのSteady−Gloルシフェラーゼ試験溶液(Promega)を各ウェルに加えた。プレートをカバーし、10分間振盪しながらインキュベートした。マイクロベータリーダーによって、ルシフェラーゼ活性を解析した。
表16.1は、抗TNF抗体に対する抗TNF−αのQC及び活性のデータを示す。表14.2及び14.3は、それぞれ、ヘテロIg二重特異性抗原結合タンパク質及びIgG−scFv二重特異性抗原結合タンパク質に対する、抗TNF−α結合活性を示す。
Figure 2019502692
実施例17
二重特異性分子の活性
二重特異性抗原結合タンパク質のヒト及びカニクイザルのTL1A及びTNF−αの結合活性を実施例13及び15に記載されているように決定した。表17.1にデータを示す。
Figure 2019502692
二重特異性抗原結合タンパク質のヒト及びカニクイザルのTL1A及びTNF−αのブロッキング活性を実施例14及び16に記載されているように決定した。表17.2にデータを示す。
Figure 2019502692
実施例18
SNP遺伝子型判定
発現との潜在的なTL1A遺伝子型の関連を評価するために、QiagenのGentra Puregene Tissueキットを使用して、ゲノムDNA(gDNA)を健常なPBMCドナーから単離した。LifeTechのrs7848647、rs6478109、rs6478108及びrs3810936アッセイに関するTaqMan SNP遺伝子型判定アッセイ並びにBio−RadドロップレットデジタルPCRプラットフォームに対する標準的なプロトコールを使用して、ゲノムDNAを遺伝子型判定した。手短に言えば、各ドナー由来の10ngのgDNAを、ddPCR(商標)Supermix for Probes(Bio−Rad)及び目的の各SNPに対するTaqMan SNP遺伝子型判定アッセイ(LifeTech)と混合した。QX100(商標)ドロップレットジェネレーター(Bio−Rad)を使用して、ドロップレットを各反応について生成し、C1000 Touch(商標)サーマルサイクラー(Bio−Rad)で温度サイクルにかけた。増幅に続いて、ドロップレットの蛍光をQX100(商標)ドロップレットリーダー(Bio−Rad)で読み取り、QuantaSoftソフトウェア(Bio−Rad)を使用してデータを解析した。リスクアレルのみが4つすべての遺伝子型判定されたSNPs(rs7848647、rs6478109、rs6478108及びrs3810936)に存在する場合、ドナーをホモ接合型リスクハプロタイプと考えた。非リスクアレルのみが4つの遺伝子型判定されたSNPsに存在する場合、ドナーをホモ接合型非リスクハプロタイプと考えた。4つすべての遺伝子型判定されたSNPsにリスク及び非リスクアレルの両方が存在する場合、ドナーをヘテロ接合型ハプロタイプと考えた。「組換え」と考えたドナーは、rs7848647、rs6478109及びrs6478108にホモ接合型リスクアレルのみを有していたが、rs3810936ではヘテロ接合型(リスク及び非リスクアレルが存在)であった。
TL1A遺伝子のエクソン4における同義SNP(rs3810936)の存在によって、アレル発現不均衡(AEI)研究において、アレル特異的蛍光プローブを使用するドロップレットデジタルPCR(ddPCR)によって、リスクアレル対非リスクアレルの発現を追跡することが可能になった。基底レベルにおけるまたは免疫複合体刺激後のヘテロ接合型PBMCにおける、リスクアレルの使用対非リスクアレルの使用の頻度を様々な時点で評価した。手短に述べると、TL1A遺伝子型についてヘテロ接合型のPBMCを様々な時間にわたって免疫複合体で処理した。次いで、QiagenのオンカラムDNaseI消化を用いて、Rneasyミニキットを使用して、PBMCからRNAを単離した。製造者の指示書(LifeTech)に従って、High Capacity cDNA Reverse Transcriptionキットを使用して、各試料からのRNAをcDNAに変換した。rs3810936に対して特異的なTaqMan SNP遺伝子型判定アッセイ(LifeTech)及びBio−RadドロップレットデジタルPCRプラットフォームに対する標準的なプロトコールを使用して、rs3810936におけるアレル特異的発現を判定した。手短に述べると、QuantaSoftソフトウェアによって各試料について数えられる陽性ドロップレットの数を最大にすることによって精度を高めるために、投入cDNAの量を各時点でのTNFSF15発現について最初に最適化した。試料あたりの最適な量のcDNAをddPCR(商標)Supermix for Probes(Bio−Rad)及びrs3810936に対するTaqMan SNP遺伝子型判定アッセイ(LifeTech)と混合した。QX100(商標)ドロップレットジェネレーター(Bio−Rad)を使用して、ドロップレットを各反応について生成し、C1000 Touch(商標)サーマルサイクラー(Bio−Rad)で温度サイクルにかけた。増幅に続いて、ドロップレットの蛍光をQX100(商標)ドロップレットリーダー(Bio−Rad)で読み取った。QuantaSoftソフトウェア(Bio−Rad)を使用してデータを解析し、rs3810936における各アレルのコピー/mlを決定した。アレル発現比は、リスクアレルのコピー/mlを非リスクアレルのコピー/mlで割ることによって計算した。各アレルの全コピー数をcDNAの投入量(コピー/ng)で正規化し、各時点における各アレルの倍数誘導を目的の時点におけるコピー/ngをベースライン(0時間)におけるコピー/ngで割ることによって計算した。アレル発現不均衡研究において、ヘテロ接合型PBMCの非リスクアレルと比較して、TL1Aリスクアレルの高い誘導が免疫複合体処理後のPBMCにおいて観察された。
本発明者(ら)は、rs7848647、rs6478109及びrs6478108におけるリスクアレルに対してホモ接合型であるが、rs6478109と同義SNP rs3810936の間の組換えがおそらく原因で、rs3810936においてヘテロ接合型である、少数のドナーを特定した。これらのドナーは同義SNP rs381093においてヘテロ接合型であるので、本発明者(ら)は、リスクアレル及び非リスクアレルの使用を追跡することができ、これらのドナーにおいてアレル発現不均衡が依然として保持されているかどうかを評価することができた。興味深いことに、ヘテロ接合型ドナーと比較して、アレル発現不均衡は、免疫複合体刺激の前または後のこれらの組換え個体において検出されなかった。これは、同義SNP rs381093それ自体はアレル不均衡な制御に関与しないことを示す。調節性SNPsは、rs7848647、rs6478109、rs6478108及び/または同義SNP rs3810936に対して5’側の他のSNPsにおそらく由来する。
TL1Aのアレル発現不均衡データが発現定量的形質遺伝子座(eQTL)と関連があるかどうかを評価するために、ホモ接合型TL1Aリスクアレル、ホモ接合型非リスクアレルまたはヘテロ接合型アレルを有するPBMCドナーを免疫複合体で処理した。先に記載されているように、各試料からのRNAを単離し、次いでcDNAに変換した。各ドナーにおけるTL1A(TNFSF15)の全発現をデジタルPCRによって決定した。手短に述べると、各試料からのcDNAをddPCR(商標)Supermix for Probes(Bio−Rad)及びPrimeTime(登録商標)qPCRアッセイID Hs.PT.56a.41003970と混合した。QX100(商標)ドロップレットジェネレーター(Bio−Rad)を使用して、ドロップレットを各反応について生成し、C1000 Touch(商標)サーマルサイクラー(Bio−Rad)で温度サイクルにかけた。増幅に続いて、ドロップレットの蛍光をQX100(商標)ドロップレットリーダー(Bio−Rad)で読み取った。QuantaSoftソフトウェア(Bio−Rad)を使用してデータを解析し、TL1Aのコピー/μlを決定し、投入cDNAの量(コピー/ng)に対して正規化した。スチューデントのt検定を使用して、異なるTNFSF15ハプロタイプ間のTL1A発現レベルの差に対するP値を決定した。TL1AはPBMCにおいて非常に低い基底レベルで発現しているが、免疫複合体刺激後に強く誘導される。基底レベルでは、TL1AリスクSNPsに対してホモ接合型のドナー由来のPBMCは、非常に低いコピー数においてではあるが、非リスクホモ接合型ドナーと比較して低いTL1A mRNAを有し、これは、刺激がなければリスクアレル対非リスクアレルの低い比を示したアレル発現不均衡研究と矛盾がない。しかし、免疫複合体刺激後は、TL1AリスクSNPsに対してホモ接合型のドナー由来のPBMCは、非リスクホモ接合型ドナーと比較して高いTL1A発現を有する。これらのデータは、合わせて、TL1AリスクSNPsがより高いTL1A誘導を調節することを示した。本発明者(ら)は、IBDなどの炎症状態では、TL1AリスクSNPsを保有するドナーは、サイトカイン、オプソニン化または非オプソニン化微生物などの刺激に遭遇した際に、より高いTL1A誘導におそらく遭遇すると推測する。したがって、TL1AリスクSNPsは、TL1A阻害剤または抗TL1A/抗TNF−α二重特異性阻害剤に対する患者の層別化に使用することができる。
TL1A遺伝子型媒介性発現制御が組織特異的であるかどうかを評価するために、様々なドナー由来のHUVEC細胞を、先に記載されているように遺伝子型判定した。様々なドナー由来の遺伝子型判定したHUVEC細胞を様々な時点でIL−1で処理した。各アレルの全コピー数を、先に記載されているように測定した。アレル発現比は、リスクアレルのコピー/mlを非リスクアレルのコピー/mlで割ることによって計算した。IL−1処理の有無にかかわらず、HUVEC細胞においてアレル発現不均衡は観察されなかった。
実施例19
マウスIBDモデル
IBDにおけるTL1Aの役割を評価するために、マウスIBDモデルで一連の前臨床実験を行った。マウスmdr1a−/−の自発的大腸炎モデルでTL1A阻害の効果を評価した。Mdr1a遺伝子は、P−糖タンパク質170に対する複数の薬物抵抗性遺伝子をコードする。mdr1a遺伝子がノックアウトされたマウスは、腸管バリアが弱まるために、12週齢から自発的な大腸炎を発生する傾向がある。疾患の経過は腸内微生物の影響を受ける。本発明者らの実験では、雌のMdr1a−/−または野生型のFVBコントロールを4〜6週齢でTaconicから得た。動物の体重及び臨床的疾患活性を定期的にモニターした。臨床疾患活性スコアは、肛門炎症(0=なし、1=軽度、2=中程度、3=重度、4=直腸脱)及び便の硬さ(0=正常、1=湿性/粘着性、2=軟性、3=下痢、4=血性)を評価して得られたスコアの合計を使用して得た。ベースラインの臨床疾患活性測定値に基づいてマウス(n=10、6〜7週齢)をランダム化して異なる群にし、8週にわたって、500μgの抗マウスTL1A抗体、抗IL23p19抗体、抗マウスIL17RA抗体またはマウスアイソタイプコントロールで週1回腹腔内的に処理したか、週1回、処理をしなかった。次いで、マウスを屠殺し、腸の切片を得て、H&E染色について処理してから、病理学者が疾患についてスコア化した。組織病理検査基づいて以下のスコアを割り当てた:0=正常;1=最小の単核浸潤及び/または上皮肥大/過形成;2=軽度の単核浸潤及び/または上皮肥大/過形成;3=まれな腺窩膿瘍をともなう、中程度の単核浸潤及び/または上皮肥大/過形成;4=顕著な3と同じもの+大量の腺窩膿瘍及び腺窩脱落及び/または限局的潰瘍;5=重度の4と同じものであるが、大きな領域の腺窩脱落及び/または広範な領域の潰瘍。統計解析は、mIgG1群と比較して、Dunett法を用いる一元配置ANOVAを使用して行った。結論として、抗TL1AmAbによる予防的処理は、mdr1a−/−マウスにおいて自発的な大腸炎の発生を阻害した。
本発明者(ら)は、腸管バリアが弱まるために、12週齢から自発的な大腸炎を発生する傾向があるmdr1a−/−マウスにおいて、TL1Aタンパク質によるチャレンジが大腸炎の発生を悪化させるかどうかも評価した。6〜8週齢のMdr1a−/−マウスまたは野生型コントロールマウスを、4週間にわたって、150μgの組換えmFc−TL1A融合タンパク質で週1回またはアイソタイプコントロールで週3回、腹腔内的に処理した。臨床的疾患活性を、先に記載されているように肛門炎症及び便の硬さを評価することによってモニターした。4週間の処理後、マウスを屠殺し、腸の切片を得て、H&E染色について処理してから、先に記載されているように疾患についてスコア化した。統計解析は、mIgG1群と比較して、Dunett法を用いる一元配置ANOVAを使用して行った。TL1Aタンパク質のチャレンジは、mdr1a−/−マウスにおいて大腸炎の発生を激しく悪化させたが、野生型マウスではそうではなかった。
本発明者(ら)は、mdr1a−/−マウス対野生型マウスにおいて、粘膜固有層リンパ球におけるTL1Aチャレンジの影響をさらに調べた。手短に述べると、以前に述べられているように(D’Souza WN et al.,JI,V168:5566−5572,2002)、粘膜固有層リンパ球を単離した。手短に述べると、腸を単離し、縦方向に切開し、緩衝液ですすぎ、0.5cmの小片に切った。次いで、これをEDTA中で2回洗浄し、上清を捨てた。この小片をRPMIで洗浄し、コラゲナーゼ/DNase中で30分間インキュベートした。単離した細胞をパーコールグラジエントに通し、界面相で収集した細胞を表面抗原について染色し、FACSによって解析した。Mdr1a−/−マウスにおけるTL1Aチャレンジは、粘膜固有層における炎症細胞の増大をもたらした。
実施例20
薬力学的研究
TL1AチャレンジとTNFチャレンジが同様のまたは異なる薬力学的効果をもたらすかどうかを評価するために、500μg/マウスの抗マウスTL1A、抗マウスTNF−αまたはPBSで、C57Bl/6マウス(8週、雌)を最初に腹腔内注射した。4時間後、次いで、100μg/マウスのTL1Aまたは10μg/マウスのTNF−αでマウスをチャレンジしたか、チャレンジしなかった。24時間後に血清を収集した。サイトカインをMSDによって測定した(IL−22はELISAによって測定した)。マウスにおけるTL1AまたはTNFタンパク質によるチャレンジは、異なるサイトカイン誘導をもたらした。TL1AチャレンジはIFN−γ及びIL−5を主に誘導したが、TNFチャレンジはIL−6、IL−8及びIL−10を誘導した。
本発明者(ら)は、ヒトPBMCにおいて、TL1AまたはTNF処理によるサイトカイン誘導を評価した。手短に述べると、ヒトの血液から新しく単離したPBMCを、100ng/mlのヒトTL1AまたはTNF−αの存在下で、培地(10%FBS、2mMグルタミン、1mMピルビン酸ナトリウム、5×10−5Mの2−ME及び抗生物質を補充したRPMI1640)中で培養した。72時間後に上清を収集した。上清中のサイトカインをMSDによって測定した(IL−22はELISAによって測定した)。マウスのチャレンジ実験と同様に、ヒトPBMCを用いるTL1Aの処理はIFN−γ、IL−5及びIL−22を誘導したが、TNF処理はIL−8、IL−10及びMCP−1を増大させた。したがって、TL1A及びTNFは、ヒトPBMCにおいて、別々のサイトカインプロファイルを誘導する。
実施例21
IgG−Fab分子
抗TNFα及び抗TL1A抗体のサブセットを用いて、二重特異性抗原結合タンパク質を調製した。このIgG−Fab型式のいくつかの実施形態では、改変重鎖を形成するために、第2の抗体由来のVH−CH1ドメインを含むポリペプチドは、ペプチドリンカーを介して、第1の抗体の重鎖のカルボキシル末端に融合している。第1の抗体由来のFab断片の残りのドメイン(すなわち、VL−CLドメイン)を含むポリペプチドを、第1の抗体の軽鎖及び改変重鎖とともに共発現させて、完全な分子を生成する。完全な分子のアセンブリーは、二量体化した免疫グロブリンFc領域のアミノ末端側に位置する、第1の抗原に対する2つの抗原結合ドメイン、及び二量体化したFc領域のカルボキシル末端側に位置する、第2の抗原に対する2つの抗原結合ドメインを有する、四価結合タンパク質を作出する。
TNFα/TL1A IgG−Fabは2つの抗原結合ドメインから成り、1つはTNFαに対するものであり、もう1つはTL1Aに対するものである。TNFα/TL1A IgG−Fab分子をコードするDNA分子は、抗TNFα(または、抗TL1A)抗体軽鎖、抗TNFα(または、抗TL1A)抗体重鎖(ここでは、C末端は、(i)抗TL1A(もしくは、抗TNFα)抗体軽鎖、または(ii)抗TL1A(もしくは、抗TNFα)Fd(VH−CH1)に融合している)、及び、カルボキシ末端結合ドメインを完全なものにするためのFab断片のもう半分、例えば、(i)抗TL1A(もしくは、抗TNFα)Fdまたは(ii)抗TL1A(もしくは、抗TNFα)抗体軽鎖を含む第3のポリペプチドをコードする断片を含む。IgG−Fab二重特異性分子は、各Fab領域(図3に例示するFab1及びFab2)のCH1及びCLドメインに導入された電荷対変異を含む。電荷対は、抗TNFΑR軽鎖/VHCH1(Fd)対及び抗TL1A軽鎖/VHCH1(Fd)対の優先的なアセンブリーを可能にするように設計される。軽鎖/VHCH1(Fd)対の正確な対形成を促進するためのさらなるアプローチとして、生成されたIgG−Fab分子のサブセットについて、第2の抗体の重鎖のカルボキシル末端領域に融合したポリペプチドが第1の抗体由来のVL及びCH1領域を含み、第2のポリペプチドが第1の抗体由来のVH及びCL領域を含むように、カルボキシル末端のFab(すなわち、Fab2)のCL及びCH1領域をスワップした。表21.1及び21.3に列挙される分子を参照されたい。VL及びVHのCDRは表21.2A及び21.2Bに列挙され、純度は表21.4に列挙される。合成されたgBlockによってDNA分子を生成し、pTT5.1ベクターにクローニングした。これらの発現ベクターをヒト293−6E細胞におけるTNFα/TL1二重特異性分子のトランスフェクト及び発現に使用した。144種の異なるIgG−Fab二重特異性分子を生成した。各分子の完全な配列を表21.1及び配列表に記載する。
ラージフォーマットオートサンプラー(LFAS、Amgen,Inc.、Thousand Oaks、CA)を使用するMabSelect SuReクロマトグラフィー(GE Life Sciences、Piscataway、NJ)による親和性捕獲を使用して、IgG−Fab分子を精製した。説明すると、二価陽イオンを含まないダルベッコリン酸緩衝食塩水(D−PBS、Life Technologies、Grand Island、NY)で平衡化した1mLのHiTrap MabSelect SuReカラム(GE Life Sciences、Piscataway、NJ)に条件培地をロードした。MabSelectカラムを8カラム容量のD−PBSで洗浄し、100mM酢酸、pH3.6で溶出した。プロテインA溶出液が280nmで5mAUより上の吸光度を有する場合、溶出液をHiTrap脱塩カラム(GE Life Sciences、Piscataway、NJ)に直接的ロードし、1.2カラム容量の10mM酢酸ナトリウム、150mM NaCl、pH5.0で展開した。脱塩溶出液が280nmで3mAUより上の吸光度を有する場合、試料採取を開始し、96ウェルディープウェルブロックに画分をそれぞれ最大2mLまで収集した。還元(2%の2−メルカプトエタノールを用いる)及び非還元(25mMのヨードアセトアミドを用いる)条件下で、Caliper LabChip分析によって、試料の純度を決定した。8分にわたる、50mMリン酸ナトリウム、250mM NaCl、pH6.9における定組成溶出を用いて、Zenix−C SEC−300カラム(Sepax Technologies、Newark、DE)を使用して、分析用SECを行った。
IgG−Fab分子をその発現能力(力価及び回収)及び活性について試験した。図27〜33及び表21.3に結果を示す。表21.3及び全体を通して、「ada」はアダリムマブを指す。
TF−1 NF−κBレポーター細胞株を使用して、TL1A活性アッセイを行った。手短に述べると、96ウェルプレート中で、段階希釈した抗TL1A抗体またはTL1A/TNF−α二重特異性分子の存在下で、30ng/ml(EC90)のヒトまたはカニクイザルTL1Aを10個のTF−1 NF−κBレポーター細胞とともに37℃で一晩インキュベートした。50μlのSteady−Gloルシフェラーゼ試験溶液(Promega)を各ウェルに補充した。プレートをカバーし、10分間振盪しながらインキュベートした。マイクロベータリーダーによって、ルシフェラーゼ活性を解析した。
TF−1 NF−kBレポーター細胞株を使用して、TNFαの活性アッセイを行った。手短に述べると、96ウェルプレート中で、段階希釈した抗TNF−α抗体またはTL1A/TNFα二重特異性分子の存在下で、1ng/ml(EC90)のヒトまたはカニクイザルTNF−αを10個のTF−1 NF−κBレポーター細胞とともに37℃で一晩インキュベートした。50μlのSteady−Gloルシフェラーゼ試験溶液(Promega)を各ウェルに加えた。プレートをカバーし、10分間振盪しながらインキュベートした。マイクロベータリーダーによって、ルシフェラーゼ活性を解析した。
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前述のアミノ酸配列は、配列表のその直前の核酸配列にコードされる。
前述のVL及びVHドメインのCDR配列は、以下の表21.2A及び21.2Bに示す通りである。
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本明細書で議論及び引用されたすべての刊行物、特許及び特許出願は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。開示された発明は、記載される特定の方法論、プロトコール及び材料に限定されないが、これは、これらが変動し得るからであることが理解される。本明細書で使用される術語は、特定の実施形態のみを説明するためのものであり、添付の特許請求の範囲を限定することを意図するものではないことも理解されよう。
当業者は、単なる日常的な実験を使用して、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識し、または確認することができる。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲に包含されることが意図される。
省略形
本明細書全体を通して使用される省略された用語は、以下のように定義される。
aa,AA アミノ酸
AEI アレル発現不均衡
ANOVA 分散分析
BSA ウシ血清アルブミン
CDR 相補性決定領域
CHO チャイニーズハムスター卵巣細胞
CPM 電荷対変異
DMEM ダルベッコ改変イーグル培地
DMSO ジメチルスルホキシド
ELISA 酵素結合免疫吸着測定法
eQTL 発現定量的形質遺伝子座
ESI−TOF エレクトロスプレーイオン化飛行時間型
ESN 枯渇させた上清
FACS 蛍光活性化セルソーティング
FBS ウシ胎仔血清
FPLC 高速タンパク質液体クロマトグラフィー
FVB Friend白血病ウイルス1b(Fv1b)アレルについて近交系であるマウスの系統
H&E ヘマトキシリン−エオジン
HA ヒポキサンチン
HIC 疎水性相互作用クロマトグラフィー
HPLC 高速液体クロマトグラフィー
HRP 西洋ワサビペルオキシダーゼ
HUVEC ヒト臍静脈上皮細胞
IBD 炎症性腸疾患
IDMEM グルタミンを含まないDMEM
IFN インターフェロン
IL インターロイキン
MCP 単球走化性タンパク質
MSD 高分子構造データベース
NA 核酸
PBMC 末梢血単核球
PBS リン酸緩衝食塩水
PCR ポリメラーゼ連鎖反応
PEG ポリエチレングリコール
PEI ポリエチレンイミン
QTL 量的形質遺伝子座
RPMI Roswell Park Memorial Instituteで開発された培地
RT−PCR 室温でのポリメラーゼ連鎖反応
SNP 一塩基多型
TFA トリフルオロ酢酸
TL1A TNF様リガンド1A(TNFSF15)
TMB テトラメチルベンゼン
TNF 腫瘍壊死因子−α

Claims (161)

  1. TL1A結合物及びTL1A結合物ではない第2の結合物を含む抗原結合タンパク質であって、
    a.前記TL1A結合物が1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有し、
    b.前記TL1A結合物の軽鎖可変ドメインがLCDR1、LCDR2及びLCDR3を含み、
    c.前記TL1A結合物の重鎖可変ドメインがHCDR1、HCDR2及びHCDR3を含み、
    d.前記HCDR3の配列が、表A(配列番号168、174、180、186、192、489、781、787、796、802、807、813、823、829、834、840、845、851、855及び861)から選択されるか、または表Aの各HCDR3配列について、
    i.1つまたは複数の酸性残基が、場合により、任意の他の酸性残基に置き換えられており、
    ii.1つまたは複数のアミド残基が、場合により、任意の他のアミド残基に置き換えられており、
    iii.1つまたは複数の芳香族残基が、場合により、任意の他の芳香族残基に置き換えられており、
    iv.1つまたは複数の塩基性残基が、場合により、任意の他の塩基性残基に置き換えられており、
    v.1つまたは複数の親水性残基が、場合により、任意の他の親水性残基に置き換えられており、
    Vi.1つまたは複数の非官能性残基が、場合により、任意の他の非官能性残基に置き換えられている、
    配列であり、
    e.「酸性残基」がDまたはEを意味し、
    f.「アミド残基」がNまたはQを意味し、
    g.「芳香族残基」がF、YまたはWを意味し、
    h.「塩基性残基」がH、KまたはRを意味し、
    i.「親水性残基」がS、T、NまたはQを意味し、
    j.「非官能性残基」がM、G、A、V、IまたはLを意味する、
    前記抗原結合タンパク質。
  2. 前記HCDR3が、表A、B及びC(配列番号168、174、180、186、192、489、781、787、796、802、807、813、823、829、834、840、845、851、855、861、641、645、650、657、676、680、681、667、671、976、985、1000、1012、1013、1014、1015、1018、1019、1020、1024、1043、1049、1050、1051、1052、1063、1071、1075、1076、1077、1091、1105、255、258、261、264、267、270、273、672、675、952、954、958、961、964、966、967、968、969及び970)から選択される配列を含む、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  3. 前記HCDR3が、表A(配列番号168、174、180、186、192、489、781、787、796、802、807、813、823、829、834、840、845、851、855及び861)から選択される配列を含む、請求項2に記載の抗原結合タンパク質。
  4. 前記HCDR3が抗体及び9C8及び3B3(配列番号180及び192)から選択される配列を有する、請求項3に記載の抗原結合タンパク質。
  5. 前記HCDR1が、表A(配列番号164、170、182、188、777、783、792、798、804、809、815、819、265、836、847及び857)から選択される配列を有し、前記HCDR2が、表A(配列番号166、172、178、184、190、196、202、483、485、779、785、794、800、811、817、821、827、832、838、843、849、853、859及び864)から選択される配列を有し、またはHCDR1及びHCDR2が表Aの各HCDR1及びHCDR2配列について、
    a.1つまたは複数の酸性残基が、場合により、任意の他の酸性残基に置き換えられており、
    b.1つまたは複数のアミド残基が、場合により、任意の他のアミド残基に置き換えられており、
    c.1つまたは複数の芳香族残基が、場合により、任意の他の芳香族残基に置き換えられており、
    d.1つまたは複数の塩基性残基が、場合により、任意の他の塩基性残基に置き換えられており、
    e.1つまたは複数の親水性残基が、場合により、任意の他の親水性残基に置き換えられており、
    f.1つまたは複数の非官能性残基が、場合により、任意の他の非官能性残基に置き換えられている
    配列を有する、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  6. a.前記HCDR1が、表A、B及びC(配列番号164、170、182、188、777、783、792、798、804、809、815、819、265、836、847、857、639、654、655、632、664、955、979、994、1010、1017、1022、1027、1028、1029、1037、1045、1087、253、256、259、262、268、271、265及び950)から選択される配列を有し、
    b.前記HCDR2が、表A、B及びC(配列番号166、172、178、184、190、196、202、483、485、779、785、794、800、811、817、821、827、832、838、843、849、853、859、864、640、204、678、679、644、648、649、633、656、659、660、665、666、677、114、227、230、691、715、669、711、971、972、973、974、975、980、981、982、983、984、995、996、997、998、0999、1011、1023、1030、1038、1039、1040、1041、1042、1046、1047、1048、1058、1059、1060、1061、1062、1066、1067、1068、1069、1070、1074、1088、1089、1090、1095、1096、1097、1102、1103、1104、1108、1109、1110、1111、1112、254、260、184、269、272、266、951、953、956及び963)から選択される配列を有する、
    請求項2に記載の抗原結合タンパク質。
  7. a.前記HCDR1が、表A(配列番号164、170、182、188、777、783、792、798、804、809、815、819、265、836、847及び857)から選択される配列を有し、
    b.前記HCDR2が、表A(配列番号166、172、178、184、190、196、202、483、485、779、785、794、800、811、817、821、827、832、838、843、849、853、859及び864)から選択される配列を有する、
    請求項3に記載の抗原結合タンパク質。
  8. 前記HCDR1が、抗体9C8及び3B3(配列番号170及び188)から選択される配列を有し、前記HCDR2が、抗体9C8及び3B3(配列番号178及び190)から選択される配列を有する、請求項4に記載の抗原結合タンパク質。
  9. 前記LCDR3が、表A(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771及び775)から選択される配列を有するか、表Aの各LCDR3配列について、
    a.1つまたは複数の酸性残基が、場合により、任意の他の酸性残基に置き換えられており、
    b.1つまたは複数のアミド残基が、場合により、任意の他のアミド残基に置き換えられており、
    c.1つまたは複数の芳香族残基が、場合により、任意の他の芳香族残基に置き換えられており、
    d.1つまたは複数の塩基性残基が、場合により、任意の他の塩基性残基に置き換えられており、
    e.1つまたは複数の親水性残基が、場合により、任意の他の親水性残基に置き換えられており、
    f.1つまたは複数の非官能性残基が、場合により、任意の他の非官能性残基に置き換えられている配列である、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  10. 前記LCDR3が、表A、B及びC(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771、775、637、638、631、653、663、637、233、940、978、989、990、991、992、993、1005、1006、1007、1008、1009、1034、1035、1036、1055、1056、1057、1065、1086、1093、1094、1099、1100、1101、1107、228、231、234、237、243、240、674、936、938、701、707、949、942及び944)から選択される配列を有する、請求項2に記載の抗原結合タンパク質。
  11. 前記LCDR3が、表A(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771及び775))から選択される配列を有する、請求項3に記載の抗原結合タンパク質。
  12. 前記LCDR3が、抗体9C8及び3B3(配列番号263及び126)から選択される配列を有する、請求項4に記載の抗原結合タンパク質。
  13. 前記LCDR1が、表A(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753及び773)から選択される配列を有し、前記LCDR2が、表A(配列番号100、106、112、118、124、685、699、705、721、725、731、737、749、755、761及び769)から選択される配列、または表Aの各LCDR1及びLCDR2配列について、
    a.1つもしくは複数の酸性残基が、場合により、任意の他の酸性残基に置き換えられており、
    b.1つもしくは複数のアミド残基が、場合により、任意の他のアミド残基に置き換えられており、
    c.1つもしくは複数の芳香族残基が、場合により、任意の他の芳香族残基に置き換えられており、
    d.1つもしくは複数の塩基性残基が、場合により、任意の他の塩基性残基に置き換えられており、
    e.1つもしくは複数の親水性残基が、場合により、任意の他の親水性残基に置き換えられており、
    f.1つもしくは複数の非官能性残基が、場合により、任意の他の非官能性残基に置き換えられている
    配列を有する、請求項9に記載の抗原結合タンパク質。
  14. a.前記LCDR1が、表A、B及びC(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753、773、635、642、646、651、658、661、668、759、743、765、977、986、987、1001、1016、1021、1025、1031、1032、1033、1044、1053、1064、1072、1078、1079、1080、1106、226、229、232、235、241、238、1113、146及び947)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、表A、B及びC(配列番号100、106、112、118、124、235、699、705、721、725、731、737、749、755、761、769、636、643、647、652、662、789、988、1001、1002、1004、1026、1054、1073、1081、1082、1083、1084、1085、1092、1098、242、935、148、948及び943)から選択される配列を有する、
    請求項10に記載の抗原結合タンパク質。
  15. a.前記LCDR1が、表A(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753及び773)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、表A(配列番号100、106、112、118、124、685、699、705、721、725、731、737、749、755、761及び769)から選択される配列を有する,
    請求項11に記載の抗原結合タンパク質。
  16. 前記LCDR1が、抗体9C8及び3B3(配列番号110及び122)から選択される配列を有し、前記LCDR2が、抗体9C8及び3B3(配列番号112及び124)から選択される配列を有する、請求項12に記載の抗原結合タンパク質。
  17. a.前記LCDR1が、表A、B及びC(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753、773、635、642、646、651、658、661、668、759、743、765、977、986、987、1001、1016、1021、1025、1031、1032、1033、1044、1053、1064、1072、1078、1079、1080、1106、226、229、232、235、241、238、1113、146及び947)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、表A、B及びC(配列番号100、106、112、118、124、235、699、705、721、725、731、737、749、755、761、769、636、643、647、652、662、789、988、1001、1002、1004、1026、1054、1073、1081、1082、1083、1084、1085、1092、1098、242、935、148、948及び943)から選択される配列を有し、
    c.前記LCDR3が、表A、B及びC(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771、775、637、638、631、653、663、637、233、940、978、989、990、991、992、993、1005、1006、1007、1008、1009、1034、1035、1036、1055、1056、1057、1065、1086、1093、1094、1099、1100、1101、1107、228、231、234、237、243、240、674、936、938、701、707、949、942及び944)から選択される配列を有する、
    請求項6に記載の抗原結合タンパク質。
  18. a.前記LCDR1が、表A(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753及び773)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、表A(配列番号100、106、112、118、124、685、699、705、721、725、731、737、749、755、761及び769)から選択される配列を有し、
    c.前記LCDR3が、表A(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771及び775)から選択される配列を有する、
    請求項7に記載の抗原結合タンパク質。
  19. a.前記LCDR1が、抗体9C8及び3B3(配列番号110及び122)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、抗体9C8及び3B3(配列番号112及び124)から選択される配列を有し、
    c.前記LCDR3が、抗体9C8及び3B3(配列番号108及び126)から選択される配列を有する、
    請求項8に記載の抗原結合タンパク質。
  20. 前記軽鎖可変ドメインが、表D(配列番号6、10、14、18、22、26、30、491、493、866、870、874、878、882、886、890、894、898、902、906、910、914、918、922、924、928及び932)から選択される軽鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含む、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  21. 前記軽鎖可変ドメインが、表D(配列番号6、10、14、18、22、26、30、491、493、866、870、874、878、882、886、890、894、898、902、906、910、914、918、922、924、928及び932)から選択される軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項20に記載の抗原結合タンパク質。
  22. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28、32、495、497、868、872、876、880、884、888、892、896、900、904、908、912、916、920、926、930及び934)から選択される重鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含む、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  23. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28、32、495、497、868、872、876、880、884、888、892、896、900、904、908、912、916、920、926、930及び934)から選択される重鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含む、請求項20に記載の抗原結合タンパク質。
  24. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28、32、495、497、868、872、876、880、884、888、892、896、900、904、908、912、916、920、926、930及び934)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項20に記載の抗原結合タンパク質。
  25. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28、32、495、497、868、872、876、880、884、888、892、896、900、904、908、912、916、920、926、930及び934)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項21に記載の抗原結合タンパク質。
  26. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28及び32)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項20に記載の抗原結合タンパク質。
  27. 前記軽鎖可変ドメイン配列が、抗体9C8及び3B3(配列番号14及び22)から選択される軽鎖可変ドメイン配列を含み、前記重鎖可変ドメインが、抗体9C8及び3B3(配列番号16及び24)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項25に記載の抗原結合タンパク質。
  28. 前記タンパク質が、表E(配列番号66、54、58、62、66、70、74、455、459、1116、1120、1124、1128、1132、1136、1140、1144、1148、1152、1156、1160、1164、1168、1172、1176、1180、1184及び1188)から選択される軽鎖配列を有する軽鎖を含む、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  29. 前記タンパク質が、表E(配列番号52、56、60、64、68、72、76、457、461、1118、1122、1126、1130、1134、1138、1142、1146、1150、1154、1158、1162、1166、1170、1174、1178、1182、1186及び1190)から選択される重鎖配列を有する重鎖を含む、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  30. 表E、配列番号
    a.50及び52、
    b.54及び56、
    c.58及び60、
    d.62及び64、
    e.66及び68、
    f.70及び72、
    g.74及び76、
    h.455及び457、
    i.459及び461
    j.1116及び1118、
    k.1120及び1122、
    l.1124及び1126、
    m.1128及び1130、
    n.1132及び1134、
    o.1136及び1138、
    p.1140及び1142、
    q.1144及び1146、
    r.1148及び1150、
    s.1152及び1154、
    t.1156及び1158、
    u.1160及び1162、
    v.1164及び1166、
    w.1168及び1170、
    x.1172及び1174、
    y.1176及び1178、
    z.1180及び1182、
    aa.1184及び1186、並びに
    bb.1188及び1190
    から選択される抗体の前記軽鎖及び重鎖配列を含む、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  31. 前記第2の結合物がTNF−α結合物である、請求項1に記載の抗原結合タンパク質。
  32. a.前記TNF−α結合物が1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有し、
    b.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインがLCDR1、LCDR2及びLCDR3を含み、
    c.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインがHCDR1、HCDR2及びHCDR3を含む、
    請求項31に記載の抗原結合タンパク質。
  33. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインがLCDR1、LCDR2及びLCDR3を含み、
    c.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインがHCDR1、HCDR2及びHCDR3を含み、
    d.前記TNF−α結合物のHCDR3が、表G(配列番号162、222、210及び216)から選択される配列を含む、
    請求項2に記載の抗原結合タンパク質。
  34. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインがLCDR1、LCDR2及びLCDR3を含み、
    c.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインがHCDR1、HCDR2及びHCDR3を含み、
    d.前記TNF−α結合物のHCDR3が、表G(配列番号162、222、210及び216)から選択される配列を含む、
    請求項3に記載の抗原結合タンパク質。
  35. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインがLCDR1、LCDR2及びLCDR3を含み、
    c.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインがHCDR1、HCDR2及びHCDR3を含み、
    d.前記TNF−α結合物のHCDR3が、アダリムマブ、セルトリズマブまたは抗体C234(配列番号162、210及び222)から選択される配列を含む、
    請求項4に記載の抗原結合タンパク質。
  36. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインがLCDR1、LCDR2及びLCDR3を含み、
    c.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインがHCDR1、HCDR2及びHCDR3を含み、
    d.前記TNF−α結合物のHCDR1が、表G(配列番号158、218、206及び212)から選択される配列を含み、
    e.前記TNF−α結合物のHCDR2が、表G(配列番号160、220、208及び214)から選択される配列を含み、
    f.前記TNF−α結合物のHCDR3が、表G(配列番号162、222、210及び216)から選択される配列を含む、
    請求項6に記載の抗原結合タンパク質。
  37. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインがLCDR1、LCDR2及びLCDR3を含み、
    c.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインがHCDR1、HCDR2及びHCDR3を含み、
    d.前記TNF−α結合物のHCDR1が、表G(配列番号158、218、206及び212)から選択される配列を含み、
    e.前記TNF−α結合物のHCDR2が、表G(配列番号160、220、208及び214)から選択される配列を含み、
    f.前記TNF−α結合物のHCDR3が、表G(配列番号162、222、210及び216)から選択される配列を含む、
    請求項7に記載の抗原結合タンパク質。
  38. a.前記TL1A結合物の軽鎖配列が、
    i.表A、B及びC(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、635、642、646、651、658、661、668、226、229、232、235、241、238)から選択されるLCDR1配列、並びに
    ii.表A、B及びC(配列番号100、106、112、118、124、636、643、647、652、662、227、230、233、242及び473)から選択されるLCDR2配列、
    iii.表A、B及びC(配列番号102、108、263、120、126、637、638、631、653、663、228、231、234、237、243、240及び674)から選択されるLCDR3配列
    を含み、
    b.前記TL1A結合物の重鎖配列が、
    i.表A、B及びC(配列番号164、170、182、188、639、654、655、632、664、253、256、259、262、268、271及び265)から選択されるHCDR1配列、
    ii.表A、B及びC(配列番号166、172、178、184、190、196、202、483、485、640、204、644、648、633、656、659、660、665、666、114、669、254、172、260、184、269、272、266及び254)から選択されるHCDR2配列、並びに
    iii.表A、B及びC(配列番号168、174、180、186、192、489、641、645、650、657、676、657、667、671、255、258、261、264、267、270、273、672及び675)から選択されるHCDR3配列
    を含み、
    c.前記TNF−α結合物の軽鎖配列が、
    i.表G(配列番号92、152、140及び146)から選択されるLCDR1配列、
    ii.表G(配列番号94、154、112及び148)から選択されるLCDR2配列、並びに
    iii.表G(配列番号96、156、144及び150)から選択されるLCDR3配列
    を含み、
    d.前記TNF−α結合物の重鎖配列が、
    i.表G(配列番号158、218、206及び212)から選択されるHCDR1配列、
    ii.表G(配列番号160、220、208及び214)から選択されるHCDR2配列、並びに
    iii.表G(配列番号162、222、210及び216)から選択されるHCDR3配列
    を含む、
    請求項32に記載の抗原結合タンパク質。
  39. a.前記TL1A結合物の軽鎖配列が、
    i.表A(配列番号98、104、110、116、122、128、467及び469)から選択されるLCDR1配列、
    ii.表A(配列番号100、106、112、118及び124)から選択されるLCDR2配列、
    iii.表A(配列番号102、108、263、120及び126)から選択されるLCDR3配列
    を含み、
    b.前記TL1A結合物の重鎖配列が、
    i.表A(配列番号164、170、182及び188)から選択されるHCDR1配列、
    ii.表A(配列番号166、172、178、184、190、196、202、483及び485)から選択されるHCDR2配列、並びに
    iii.表A(配列番号168、174、180、186、192及び489)から選択されるHCDR3配列
    を含む、
    請求項38に記載の抗原結合タンパク質。
  40. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインが、表H(配列番号2、42、38及び34)から選択される軽鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含む、
    請求項20に記載の抗原結合タンパク質。
  41. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記軽鎖可変ドメイン配列が表H(配列番号2、42、38及び34)から選択される、
    請求項21に記載の抗原結合タンパク質。
  42. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記重鎖可変ドメインが、表H(配列番号4、44、318、40及び36)から選択される重鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含む、
    請求項22に記載の抗原結合タンパク質。
  43. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記重鎖可変ドメイン配列が表H(配列番号4、44、318、40及び36)から選択される、
    請求項23に記載の抗原結合タンパク質。
  44. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインが、表H(配列番号2、42、38及び34)から選択される軽鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含み、
    c.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインが、表H(配列番号4、44、318、40及び36)から選択される重鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含む、
    請求項24に記載の抗原結合タンパク質。
  45. a.前記第2の結合物が、1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを有するTNF−α結合物であり、
    b.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメイン配列が表H(配列番号2、42、38及び34)から選択され、
    c.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメイン配列が表H(配列番号4、44、318、40及び36)から選択される、
    請求項25に記載の抗原結合タンパク質。
  46. 前記抗原結合タンパク質が、表I、配列番号
    a.42、286、288及び290、
    b.42、44、292及び294、
    c.42、44、296及び298、
    d.42、44、300及び302、
    e.42、44、304及び306、
    f.42、44、308及び310、
    g.312、314、288及び290、
    h.312、314、292及び294、
    i.312、314、300及び302、
    j.312、314、304及び306、
    k.312、314、308及び310、
    l.42、318、288及び290、
    m.42、318、292及び294、
    n.42、318、296及び298、
    o.42、318、304及び306、
    p.42、318、308及び310、
    q.320、322、288及び290、
    r.320、322、292及び294、
    s.320、322、31及び298、
    t.320、322、300及び302、
    u.320、322、304及び306、または
    v.320、322、308及び310
    の抗原結合タンパク質から選択される可変領域配列を含む、請求項32に記載の抗原結合タンパク質。
  47. a.前記重鎖及び軽鎖がIgG1、IgG2またはIgG4であり、
    b.前記抗原結合タンパク質が、TL1A結合物の重鎖可変ドメインを1つ、TL1A結合物の軽鎖可変ドメインを1つ、TNF−α結合物の重鎖可変ドメインを1つ及びTNF−α結合物の軽鎖可変ドメインを1つ含み、
    c.前記TL1A結合物の軽鎖可変ドメインが、前記TL1A結合物の重鎖可変ドメイン、前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメイン及び前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインとは別の軽鎖に含まれ、
    d.前記TL1A結合物の重鎖可変ドメインが、前記TL1A結合物の軽鎖可変ドメイン、前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメイン及び前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインとは別の重鎖に含まれ、
    e.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインが、前記TNF−α結合物の軽鎖ドメイン、前記TL1A結合物の重鎖可変ドメイン及び前記TL1A結合物の軽鎖可変ドメインとは別の重鎖に含まれ、
    f.前記TL1A結合物の重鎖可変ドメインを含む前記重鎖が、前記TL1A結合物の軽鎖可変ドメインを含む前記軽鎖に共有結合しており、
    g.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインを含む前記重鎖が、前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメインを含む前記軽鎖に共有結合しており、
    h.前記TL1A結合物の重鎖可変ドメインを含む前記重鎖が、前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメインを含む前記重鎖に共有結合している、
    請求項38に記載の抗原結合タンパク質。
  48. 前記抗原結合タンパク質が、表J、配列番号
    a.132、136、134及び130、
    b.132、136、239及び138、
    c.132、136、253及び323、
    d.132、136、327及び325、
    e.132、136、331及び329、
    f.132、136、335及び329、
    g.337、339、134及び130、
    h.337、339、323及び253、
    i.337、339、327及び325、
    j.337、339、331及び329、
    k.337、339、335及び329、
    l.132、316、239及び138、
    m.132、316、323及び253、
    n.132、316、335及び329、
    o.132、316、331及び329、
    p.333、316、134及び130、
    q.333、316、239及び138、
    r.333、463、323及び253、
    s.333、463、331及び329、
    t.333、463、335及び329、
    u.341、343、134及び130、
    v.341、343、239及び138、
    w.341、343、323及び253、
    x.341、343、327及び325、
    y.341、343、331及び329、
    z.341、343、335及び329、
    aa.510、514、512及び555、
    bb.510、514、541及び558、
    cc.510、514、539及び562、
    dd.510、514、543及び565、
    ee.510、514、543及び568、
    ff.510、514、544及び568、
    gg.542、571、512及び555、
    hh.542、571、541及び558、
    ii.542、571、539及び562、
    jj.542、571、543及び565、
    kk.542、571、543及び568、
    ll.542、571、544及び568、
    mm.510、573、512及び555、
    nn.510、573、541及び558、
    oo.510、573、539及び562、
    pp.510、573、543及び568、
    qq.510、573、544及び568、
    rr.540、573、512及び555、
    ss.540、573、541及び558、
    tt.540、573、539及び562、
    uu.540、573、543及び568、
    vv.540、573、544及び568、
    ww.540、487、512及び555、
    xx.540、487、541及び558、
    yy.540、487、539及び562、
    zz.540、487、543及び568、
    aaa.540、487、544及び568、
    bbb.518、522、512及び555、
    ccc.518、522、541及び558、
    ddd.518、522、539及び562、
    eee.518、522、543及び565、
    fff.5l8、522、543及び568、
    ggg.518、522、544及び568、
    hhh.545、578、546及び579、
    iii.545、578、548及び562、
    jjj.545、578、549及び585、
    kkk.545、578、550及び588、
    lll.545、578、551及び591、
    mmm.545、578、552及び591、
    nnn.547、595、546及び579、
    ooo.547、595、548及び582、
    ppp.547、595、549及び585、
    qqq.547、595、550及び588、
    rrr.547、595、551及び591、
    sss.547、595、552及び591、
    ttt.132、599、134及び598、
    uuu.132、599、239及び601、
    vvv.132、599、323及び603、
    www.132、599、327及び605、
    xxx.132、599、331及び607、
    yyy.132、599、335及び607、
    zzz.337、609、134及び598、
    aaaa.337、609、239及び601、
    bbbb.337、609、323及び603、
    cccc.337、609、327及び605、
    dddd.337、609、335及び607、
    eeee.132、611、134及び598、
    ffff.132、611、239及び601、
    gggg.132、611、323及び603、
    hhhh.132、611、331及び607、
    iiii.132、611、335及び607、
    jjjj.333、611、134及び598、
    kkkk.333、611、239及び601、
    llll.333、611、323及び603、
    mmmm.333、611、331及び607、
    nnnn.333、611、335及び607、
    oooo.333、613、134及び598、
    pppp.333、613、239及び601、
    qqqq.333、613、323及び603、
    rrrr.333、613、335及び607、
    ssss.341、615、134及び598、
    tttt.341、615、239及び601、
    uuuu.341、615、323及び603、
    vvvv.341、615、327及び605、
    wwww.341、615、331及び607、
    xxxx.341、615、335及び607、
    yyyy.333、613、331及び607、
    zzzz.132、463、239及び138、
    aaaaa.132、463、331及び329、
    bbbbb.132、463、335及び320、
    ccccc.510、487、512及び555、
    ddddd.510、487、541及び558、
    eeeee.510、487、543及び568、
    fffff.510、487、544及び568、
    ggggg.132、613、134及び598、
    hhhhh.132、613、323及び603、
    iiiii.132、613、331及び607、
    jjjjj.132、613、335及び607、
    kkkkk.132、463、134及び130、
    lllll.540、616、512及び508、
    mmmmm.540、620、512及び508、
    nnnnn.540、616、541及び558、
    ooooo.540、616、539及び562、
    ppppp.540、620、539及び562、
    qqqqq.538、623、512及び502、
    rrrrr.537、626、512及び508、
    sssss.546、514、194及び535、
    ttttt.536、616、194及び535、
    uuuuu.536、620、194及び535、
    vvvvv.546、487、194及び535、
    wwwww.471、136、473及び198、
    xxxxx.176、136、520及び198、
    yyyyy.475、477、520及び198、
    zzzzz.471、463、473及び198、
    aaaaaa.176、463、473及び198、
    bbbbbb.471、465、473及び198、
    cccccc.176、463、570及び198、
    dddddd.471、465、473及び198、
    eeeeee.176、465、520及び198、
    ffffff.510、514、512及び508、
    gggggg.518、522、512及び508、
    hhhhhh.540、616、512及び508、
    iiiiii.540、620、512及び508、並びに
    jjjjjj.537、626、512及び508
    の抗原結合タンパク質から選択される配列を含む、請求項47に記載の抗原結合タンパク質。
  49. 前記抗原結合タンパク質がiPS番号376543(配列番号510、516、512及び508)の配列を含む、請求項47に記載の抗原結合タンパク質。
  50. a.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換K392D及びK409Dを含み、もう1つの重鎖が置換E356K及びD399Kを含むか、または
    b.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換K392D、K409D及びK370Dを含み、もう1つの重鎖が置換E356K、D399K及びE357Kを含む、
    請求項47に記載の抗原結合タンパク質。
  51. a.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換S183Kを含み、もう1つの重鎖が置換S183Eを含み、1つの軽鎖が置換S176Eを含み、もう1つの軽鎖が置換S176Kを含むか、または
    b.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換Q39K及びS183Kを含み、もう1つの重鎖が置換Q39E及びS183Eを含み、1つの軽鎖が置換Q38E及びS176Eを含み、もう1つの軽鎖が置換Q38K及びS176Kを含むか、または
    c.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換G44K及びS183Kを含み、もう1つの重鎖が置換G44E及びS183Eを含み、1つの軽鎖が置換G100E及びS176Eを含み、もう1つの軽鎖が置換G100K及びS176Kを含むか、または
    d.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換S183Kを含み、もう1つの重鎖が置換S183Eを含み、1つの軽鎖が置換S176Eを含み、もう1つの軽鎖が置換S176Kを含む、
    請求項47に記載の抗原結合タンパク質。
  52. a.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換S183Kを含み、もう1つの重鎖が置換S183Eを含み、1つの軽鎖が置換S176Eを含み、もう1つの軽鎖が置換S176Kを含むか、または
    b.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換Q39K及びS183Kを含み、もう1つの重鎖が置換Q39E及びS183Eを含み、1つの軽鎖が置換Q38E及びS176Eを含み、もう1つの軽鎖が置換Q38K及びS176Kを含むか、または
    c.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換G44K及びS183Kを含み、もう1つの重鎖が置換G44E及びS183Eを含み、1つの軽鎖が置換G100E及びS176Eを含み、もう1つの軽鎖が置換G100K及びS176Kを含むか、または
    d.EUナンバリングを使用して、1つの重鎖が置換S183Kを含み、もう1つの重鎖が置換S183Eを含み、1つの軽鎖が置換S176Eを含み、もう1つの軽鎖が置換S176Kを含む、
    請求項50に記載の抗原結合タンパク質。
  53. 前記二重特異性抗原結合タンパク質が、EUナンバリングを使用して、置換R292C、V302C及びN297Gを含む2つのIgG1重鎖を含む、請求項47に記載の抗原結合タンパク質。
  54. 前記二重特異性抗原結合タンパク質が、EUナンバリングを使用して、置換R292C、V302C及びN297Gを含む2つのIgG1重鎖を含む、請求項50に記載の抗原結合タンパク質。
  55. 前記二重特異性抗原結合タンパク質が、EUナンバリングを使用して、置換R292C、V302C及びN297Gを含む2つのIgG1重鎖を含む、請求項51に記載の抗原結合タンパク質。
  56. 前記二重特異性抗原結合タンパク質が、EUナンバリングを使用して、置換R292C、V302C及びN297Gを含む2つのIgG1重鎖を含む、請求項52に記載の抗原結合タンパク質。
  57. a.前記抗原結合タンパク質が2つの軽鎖及び2つの重鎖を含み、
    b.前記重鎖及び軽鎖がIgG1、IgG2またはIgG4定常ドメインを含み、
    c.前記抗原結合タンパク質が、TL1A結合物の重鎖可変ドメインを2つ、TL1A結合物の軽鎖可変ドメインを2つ、TNF−α結合物の重鎖可変ドメインを2つ及びTNF−α結合物の軽鎖可変ドメインを2つ含み、
    d.各軽鎖がTL1A結合物の軽鎖可変ドメイン配列を含み、
    e.各重鎖が、TL1A結合物の重鎖可変ドメイン配列、TNF−α結合物の重鎖可変ドメイン配列及びTNF−α結合物の軽鎖可変ドメイン配列を含む、
    請求項39に記載の抗原結合タンパク質。
  58. a.前記TL1A結合物の重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28及び32)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含み、
    b.前記TL1A結合物の軽鎖可変ドメインが、表D(配列番号6、10、14、18、22、26及び30)から選択される軽鎖可変ドメイン配列を含み、
    c.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメイン配列が表H(配列番号2、42、38及び34)から選択され、
    e.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメイン配列が表H(配列番号4、44、318、40及び36)から選択される、
    請求項57に記載の抗原結合タンパク質。
  59. Kabatの通りにナンバリングして、前記抗TNF−α結合物の重鎖可変ドメインが位置44にシステイン残基を含み、前記抗TNF−α軽鎖結合ドメインが位置100にシステイン残基を含む、請求項57に記載の抗原結合タンパク質。
  60. 前記タンパク質が、表L、配列番号
    a.355及び447、
    b.357及び447、
    c.359及び447、
    d.361及び447、
    e.363及び447、
    f.365及び58、
    g.367及び70、
    h.369及び70、
    i.371及び70、
    j.373及び70、
    k.375及び70、
    l.377及び70、
    m.391及び467、
    n.391及び66、
    o.395及び66、
    p.397及び66、
    q.399及び66、
    r.401及び66、
    s.403及び66、
    t.405及び66
    u.407及び447、
    v.409及び447、
    w.411及び66、
    x.413及び66、
    y.415及び66、
    z.417及び66、
    aa.419及び70、
    bb.421及び70、
    cc.423及び70、並びに
    dd.425及び70
    から選択される抗原結合タンパク質の重鎖配列及び軽鎖配列を含む、請求項57に記載の抗原結合タンパク質。
  61. a.前記軽鎖配列が配列番号453を含み、前記重鎖配列が配列番号441を含み、
    b.前記軽鎖配列が配列番号451を含み、前記重鎖配列が配列番号433を含み、または
    c.前記軽鎖配列が配列番号453を含み、前記重鎖配列が配列番号445を含む、
    請求項57に記載の抗原結合タンパク質。
  62. a.前記抗原結合タンパク質が2つの軽鎖及び2つの重鎖を含み、
    b.前記重鎖及び軽鎖がIgG1、IgG2またはIgG4定常ドメインを含み、
    c.前記抗原結合タンパク質が、TL1A結合物の重鎖可変ドメインを2つ、TL1A結合物の軽鎖可変ドメインを2つ、TNF−α結合物の重鎖可変ドメインを2つ及びTNF−α結合物の軽鎖可変ドメインを2つ含み、
    d.各軽鎖がTNF−α結合物の軽鎖配列を含み、
    e.各重鎖が、TNF−α結合物の重鎖配列、TL1A結合物の重鎖結合ドメイン配列及びTL1A結合物の軽鎖結合ドメイン配列を含む、
    請求項39に記載の抗原結合タンパク質。
  63. a.前記TL1A結合物の重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28及び32)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含み、
    b.前記TL1A結合物の軽鎖可変ドメインが、表D(配列番号6、10、14、18、22、26及び30)から選択される軽鎖可変ドメイン配列を含み、
    c.前記TNF−α結合物の軽鎖可変ドメイン配列が表H(配列番号2、42、38及び34)から選択され、
    d.前記TNF−α結合物の重鎖可変ドメイン配列が表H(配列番号4、44、318、40及び36)から選択される、
    請求項62に記載の抗原結合タンパク質。
  64. Kabatの通りにナンバリングして、前記TL1A結合物の重鎖可変ドメインが、位置44にシステイン残基を含み、前記TL1A結合物の軽鎖結合ドメインが、位置100にシステイン残基を含む、請求項62に記載の抗原結合タンパク質。
  65. 前記タンパク質が、表M、配列番号
    a.82及び46、
    b.284及び46、
    c.286及び46、
    d.441及び453
    e.312及び46、
    f.445及び453、
    g.314及び84、
    h.320及び84、
    i.322及び84、
    j.345及び84、
    k.347及び78、
    l.349及び78、
    m.351及び78、
    n.353及び78、
    o.379及び46、
    p.381及び46、
    q.383及び84、
    r.385及び84、
    s.387及び78、
    t.389及び78、
    u.433及び451、
    v.427及び449、
    w.429及び449、
    x.431及び451、
    y.433及び451、
    z.435及び451、
    aa.437及び451、
    bb.439及び453、
    cc.441及び453、
    dd.443及び453、並びに
    ee.445及び453
    から選択される抗原結合タンパク質の重鎖配列及び軽鎖配列を含む、請求項62に記載の抗原結合タンパク質。
  66. 配列番号
    a.441及び453、
    b.433及び451、または
    c.445及び453
    を含む、請求項62に記載の抗原結合タンパク質。
  67. 請求項1〜66及び131〜152のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質をコードする、1種または複数の単離核酸。
  68. 請求項67に記載の核酸(複数可)を含む、1種または複数の発現ベクター。
  69. 請求項68に記載の1種または複数の発現ベクターを含む、宿主細胞。
  70. a.前記抗原結合タンパク質の発現を可能にする条件下で、請求項69に記載の宿主細胞を培養すること、及び
    b.前記培養から前記抗原結合タンパク質を回収すること
    を含む、抗原結合タンパク質の調製方法。
  71. 請求項1〜66及び131〜152のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質並びに医薬的に許容可能な希釈剤、賦形剤または担体を含む、医薬組成物。
  72. TL1A及び/またはTNF−αと関係がある状態の治療を前記治療が必要な患者に行う方法であって、有効量の、請求項1〜66及び131〜152のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質を前記患者に投与することを含む、前記方法。
  73. 前記状態が炎症性腸疾患である、請求項72に記載の方法。
  74. 前記状態がクローン病である、請求項72に記載の方法。
  75. 前記状態が潰瘍性大腸炎である、請求項72に記載の方法。
  76. TL1Aと関係がある状態の治療を前記治療が必要な患者に行うための医薬の調製における、請求項1〜66及び131〜152のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質の使用。
  77. 前記状態が炎症性腸疾患である、請求項76に記載の使用。
  78. 前記状態がクローン病である、請求項76に記載の使用。
  79. 前記状態が潰瘍性大腸炎である、請求項76に記載の使用。
  80. TL1A及び/またはTNF−αと関係がある状態の治療を前記治療が必要な患者に行う方法で使用するための、請求項1〜66及び131〜152のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質。
  81. 前記状態が炎症性腸疾患である、請求項80に記載の抗原結合タンパク質。
  82. 前記状態がクローン病である、請求項80に記載の抗原結合タンパク質。
  83. 前記状態が潰瘍性大腸炎である、請求項80に記載の抗原結合タンパク質。
  84. TL1Aに対して特異的な抗原結合タンパク質であって、
    a.前記抗原結合タンパク質が1つまたは2つの軽鎖可変ドメイン及び1つまたは2つの重鎖可変ドメインを含み、
    b.前記軽鎖可変ドメインがLCDR1、LCDR2及びLCDR3を含み、
    c.前記重鎖可変ドメインがHCDR1、HCDR2及びHCDR3を含み、
    d.前記HCDR3の配列が、表A(配列番号168、174、180、186、192、489、781、787、796、802、807、813、823、829、834、840、845、851、855及び861)から選択されるか、または表Aの各HCDR3配列について、
    i.1つまたは複数の酸性残基が、場合により、任意の他の酸性残基に置き換えられており、
    ii.1つまたは複数のアミド残基が、場合により、任意の他のアミド残基に置き換えられており、
    iii.1つまたは複数の芳香族残基が、場合により、任意の他の芳香族残基に置き換えられており、
    iv.1つまたは複数の塩基性残基が、場合により、任意の他の塩基性残基に置き換えられており、
    v.1つまたは複数の親水性残基が、場合により、任意の他の親水性残基に置き換えられており、
    vi.1つまたは複数の非官能性残基が、場合により、任意の他の非官能性残基に置き換えられている、
    配列であり、
    e.「酸性残基」がDまたはEを意味し、
    f.「アミド残基」がNまたはQを意味し、
    g.「芳香族残基」がF、YまたはWを意味し、
    h.「塩基性残基」がH、KまたはRを意味し、
    i.「親水性残基」がS、T、NまたはQを意味し、
    j.「非官能性残基」がM、G、A、V、IまたはLを意味する、
    前記抗原結合タンパク質。
  85. 前記HCDR3が、表A、B及びC(配列番号168、174、180、186、192、489、781、787、796、802、807、813、823、829、834、840、845、851、855、861、641、645、650、657、676、680、681、667、671、976、985、1000、1012、1013、1014、1015、1018、1019、1020、1024、1043、1049、1050、1051、1052、1063、1071、1075、1076、1077、1091、1105、255、258、261、264、267、270、273、672、675、952、954、958、961、964、966、967、968、969及び970)から選択される配列を含む、請求項84に記載の抗原結合タンパク質。
  86. 前記HCDR3が、表A(配列番号168、174、180、186、192、489、781、787、796、802、807、813、823、829、834、840、845、851、855及び861)から選択される配列を含む、請求項85に記載の抗原結合タンパク質。
  87. 前記HCDR3が抗体及び9C8及び3B3(配列番号180及び192)から選択される配列を有する、請求項86に記載の抗原結合タンパク質。
  88. 前記HCDR1が、表A(配列番号164、170、182、188、777、783、792、798、804、809、815、819、265、836、847及び857)から選択される配列を有し、前記HCDR2が、表A(配列番号166、172、178、184、190、196、202、483、485、779、785、794、800、811、817、821、827、832、838、843、849、853、859及び864)から選択される配列を有し、またはHCDR1及びHCDR2が、表Aの各HCDR1及びHCDR2配列について、
    a.1つまたは複数の酸性残基が、場合により、任意の他の酸性残基に置き換えられており、
    b.1つまたは複数のアミド残基が、場合により、任意の他のアミド残基に置き換えられており、
    c.1つまたは複数の芳香族残基が、場合により、任意の他の芳香族残基に置き換えられており、
    d.1つまたは複数の塩基性残基が、場合により、任意の他の塩基性残基に置き換えられており、
    e.1つまたは複数の親水性残基が、場合により、任意の他の親水性残基に置き換えられており、
    f.1つまたは複数の非官能性残基が、場合により、任意の他の非官能性残基に置き換えられている、
    配列を有する、請求項84に記載の抗原結合タンパク質。
  89. a.前記HCDR1が、表A、B及びC(配列番号164、170、182、188、777、783、792、798、804、809、815、819、265、836、847、857、639、654、655、632、664、955、979、994、1010、1017、1022、1027、1028、1029、1037、1045、1087、253、256、259、262、268、271、265、950)から選択される配列を有し、
    b.前記HCDR2が、表A、B及びC(配列番号166、172、178、184、190、196、202、483、485、779、785、794、800、811、817、821、827、832、838、843、849、853、859、864、640、204、678、679、644、648、649、633、656、659、660、665、666、677、114、227、230、691、715、669、711、971、972、973、974、975、980、981、982、983、984、995、996、997、998、0999、1011、1023、1030、1038、1039、1040、1041、1042、1046、1047、1048、1058、1059、1060、1061、1062、1066、1067、1068、1069、1070、1074、1088、1089、1090、1095、1096、1097、1102、1103、1104、1108、1109、1110、1111、1112、254、260、184、269、272、266、254、951、953、956、及び963)から選択される配列を有する、
    請求項85に記載の抗原結合タンパク質。
  90. a.前記HCDR1が、表A(配列番号164、170、182、188、777、783、792、798、804、809、815、819、265、836、847及び857)から選択される配列を有し、
    b.前記HCDR2が、表A(配列番号166、172、178、184、190、196、202、483、485、779、785、794、800、811、817、821、827、832、838、843、849、853、859及び864)から選択される配列を有する、
    請求項86に記載の抗原結合タンパク質。
  91. 前記HCDR1が、抗体9C8及び3B3(配列番号170及び188)から選択される配列を有し、前記HCDR2が、抗体9C8及び3B3(配列番号178及び190)から選択される配列を有する、請求項87に記載の抗原結合タンパク質。
  92. 前記LCDR3が、表A(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771及び775)から選択される配列を有するか、表Aの各LCDR3配列について、
    a.1つまたは複数の酸性残基が、場合により、任意の他の酸性残基に置き換えられており、
    b.1つまたは複数のアミド残基が、場合により、任意の他のアミド残基に置き換えられており、
    c.1つまたは複数の芳香族残基が、場合により、任意の他の芳香族残基に置き換えられており、
    d.1つまたは複数の塩基性残基が、場合により、任意の他の塩基性残基に置き換えられており、
    e.1つまたは複数の親水性残基が、場合により、任意の他の親水性残基に置き換えられており、
    f.1つまたは複数の非官能性残基が、場合により、任意の他の非官能性残基に置き換えられている、
    配列である、請求項84に記載の抗原結合タンパク質。
  93. 前記LCDR3が、表A、B及びC(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771、775、637、638、631、653、663、637、233、940、978、989、990、991、992、993、1005、1006、1007、1008、1009、1034、1035、1036、1055、1056、1057、1065、1086、1093、1094、1099、1100、1101、1107、228、231、234、237、243、240、674、936、938、701、707、949、942及び944)から選択される配列を有する、請求項85に記載の抗原結合タンパク質。
  94. 前記LCDR3が、表A(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771及び775))から選択される配列を有する、請求項86に記載の抗原結合タンパク質。
  95. 前記LCDR3が、抗体9C8及び3B3(配列番号263及び126)から選択される配列を有する、請求項87に記載の抗原結合タンパク質。
  96. 前記LCDR1が、表A(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753及び773)から選択される配列を有し、前記LCDR2が、表A(配列番号100、106、112、118、124、685、699、705、721、725、731、737、749、755、761及び769)から選択される配列、または表Aの各LCDR1及びLCDR2配列について、
    a.1つもしくは複数の酸性残基が、場合により、任意の他の酸性残基に置き換えられており、
    b.1つもしくは複数のアミド残基が、場合により、任意の他のアミド残基に置き換えられており、
    c.1つもしくは複数の芳香族残基が、場合により、任意の他の芳香族残基に置き換えられており、
    d.1つもしくは複数の塩基性残基が、場合により、任意の他の塩基性残基に置き換えられており、
    e.1つもしくは複数の親水性残基が、場合により、任意の他の親水性残基に置き換えられており、
    f.1つもしくは複数の非官能性残基が、場合により、任意の他の非官能性残基に置き換えられている、
    配列を有する、請求項92に記載の抗原結合タンパク質。
  97. a.前記LCDR1が、表A、B及びC(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753、773、635、642、646、651、658、661、668、759、743、765、977、986、987、1001、1016、1021、1025、1031、1032、1033、1044、1053、1064、1072、1078、1079、1080、1106、226、229、232、235、241、238、1113、146及び947)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、表A、B及びC(配列番号100、106、112、118、124、235、699、705、721、725、731、737、749、755、761、769、636、643、647、652、662、789、988、1001、1002、1004、1026、1054、1073、1081、1082、1083、1084、1085、1092、1098、242、935、148、948及び943)から選択される配列を有する、
    請求項93に記載の抗原結合タンパク質。
  98. a.前記LCDR1が、表A(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753及び773)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、表A(配列番号100、106、112、118、124、685、699、705、721、725、731、737、749、755、761及び769)から選択される配列を有する、
    請求項94に記載の抗原結合タンパク質。
  99. 前記LCDR1が、抗体9C8及び3B3(配列番号110及び122)から選択される配列を有し、前記LCDR2が、抗体9C8及び3B3(配列番号112及び124)から選択される配列を有する、請求項95に記載の抗原結合タンパク質。
  100. a.前記LCDR1が、表A、B及びC(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753、773、635、642、646、651、658、661、668、759、743、765、977、986、987、1001、1016、1021、1025、1031、1032、1033、1044、1053、1064、1072、1078、1079、1080、1106、226、229、232、235、241、238、1113、146及び947)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、表A、B及びC(配列番号100、106、112、118、124、235、699、705、721、725、731、737、749、755、761、769、636、643、647、652、662、789、988、1001、1002、1004、1026、1054、1073、1081、1082、1083、1084、1085、1092、1098、242、935、148、948及び943)から選択される配列を有し、
    c.前記LCDR3が、表A、B及びC(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771、775、637、638、631、653、663、637、233、940、978、989、990、991、992、993、1005、1006、1007、1008、1009、1034、1035、1036、1055、1056、1057、1065、1086、1093、1094、1099、1100、1101、1107、228、231、234、237、243、240、674、936、938、701、707、949、942及び944)から選択される配列を有する、
    請求項89に記載の抗原結合タンパク質。
  101. a.前記LCDR1が、表A(配列番号98、104、110、116、122、128、467、469、683、689、235、697、146、709、713、719、723、229、226、741、747、753及び773)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、表A(配列番号100、106、112、118、124、685、699、705、721、725、731、737、749、755、761及び769)から選択される配列を有し、
    c.前記LCDR3が、表A(配列番号102、108、263、120、126、687、693、701、707、717、727、733、739、745、751、757、763、767、771及び775)から選択される配列を有する、
    請求項90に記載の抗原結合タンパク質。
  102. a.前記LCDR1が、抗体9C8及び3B3(配列番号110及び122)から選択される配列を有し、
    b.前記LCDR2が、抗体9C8及び3B3(配列番号112及び124)から選択される配列を有し、
    c.前記LCDR3が、抗体9C8及び3B3(配列番号108及び126)から選択される配列を有する、
    請求項91に記載の抗原結合タンパク質。
  103. 前記軽鎖可変ドメインが、表D(配列番号6、10、14、18、22、26、30、491、493、866、870、874、878、882、886、890、894、898、902、906、910、914、918、922、924、928及び932)から選択される軽鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含む、請求項84に記載の抗原結合タンパク質。
  104. 前記軽鎖可変ドメインが、表D(配列番号6、10、14、18、22、26、30、491、493、866、870、874、878、882、886、890、894、898、902、906、910、914、918、922、924、928及び932)から選択される軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項20に記載の抗原結合タンパク質。
  105. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28、32、495、497、868、872、876、880、884、888、892、896、900、904、908、912、916、920、926、930及び934)から選択される重鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含む、請求項84に記載の抗原結合タンパク質。
  106. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28、32、495、497、868、872、876、880、884、888、892、896、900、904、908、912、916、920、926、930及び934)から選択される重鎖可変ドメイン配列に少なくとも約90%同一である配列を含む、請求項103に記載の抗原結合タンパク質。
  107. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28、32、495、497、868、872、876、880、884、888、892、896、900、904、908、912、916、920、926、930及び934)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項103に記載の抗原結合タンパク質。
  108. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28、32、495、497、868、872、876、880、884、888、892、896、900、904、908、912、916、920、926、930及び934)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項104に記載の抗原結合タンパク質。
  109. 前記重鎖可変ドメインが、表D(配列番号8、12、16、20、24、28及び32)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項103に記載の抗原結合タンパク質。
  110. 前記軽鎖可変ドメイン配列が、抗体9C8及び3B3(配列番号14及び22)から選択される軽鎖可変ドメイン配列を含み、前記重鎖可変ドメインが、抗体9C8及び3B3(配列番号16及び24)から選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項108に記載の抗原結合タンパク質。
  111. 前記タンパク質が、表E(配列番号66、54、58、62、66、70、74、455、459、1116、1120、1124、1128、1132、1136、1140、1144、1148、1152、1156、1160、1164、1168、1172、1176、1180、1184及び1188)から選択される軽鎖配列を有する軽鎖を含む、請求項84に記載の抗原結合タンパク質。
  112. 前記タンパク質が、表E(配列番号52、56、60、64、68、72、76、457、461、1118、1122、1126、1130、1134、1138、1142、1146、1150、1154、1158、1162、1166、1170、1174、1178、1182、1186及び1190)から選択される重鎖配列を有する重鎖を含む、請求項84に記載の抗原結合タンパク質。
  113. 表E、配列番号
    a.50及び52、
    b.54及び56、
    c.58及び60、
    d.62及び64、
    e.66及び68、
    f.70及び72、
    g.74及び76、
    h.455及び457、
    i.459及び461、
    j.1116及び1118、
    k.1120及び1122、
    l.1124及び1126、
    m.1128及び1130、
    n.1132及び1134、
    o.1136及び1138、
    p.1140及び1142、
    q.1144及び1146、
    r.1148及び1150、
    s.1152及び1154、
    t.1156及び1158、
    u.1160及び1162、
    v.1164及び1166、
    w.1168及び1170、
    x.1172及び1174、
    y.1176及び1178、
    z.1180及び1182、
    aa.1184及び1186、並びに
    bb.1188及び1190
    から選択される抗体の前記軽鎖及び重鎖配列を含む、請求項84に記載の抗原結合タンパク質。
  114. 請求項84〜113のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質をコードする、1種または複数の単離核酸。
  115. 請求項114に記載の核酸(複数可)を含む、1種または複数の発現ベクター。
  116. 請求項115に記載の1種または複数の発現ベクターを含む、宿主細胞。
  117. a.前記抗原結合タンパク質の発現を可能にする条件下で、請求項116に記載の宿主細胞を培養すること、及び
    b.前記培養から前記抗原結合タンパク質を回収すること
    を含む、抗原結合タンパク質の調製方法。
  118. 請求項84〜113のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質及び医薬的に許容可能な希釈剤、賦形剤または担体を含む、医薬組成物。
  119. TL1Aと関係がある状態の治療を前記治療が必要な患者に行う方法であって、有効量の、請求項84〜113のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質を前記患者に投与することを含む、前記方法。
  120. 前記状態が炎症性腸疾患である、請求項119に記載の方法。
  121. 前記状態がクローン病である、請求項119に記載の方法。
  122. 前記状態が潰瘍性大腸炎である、請求項119に記載の方法。
  123. TL1Aと関係がある状態の治療を前記治療が必要な患者に行うための医薬の調製における、請求項84〜113のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質の使用。
  124. 前記状態が炎症性腸疾患である、請求項123に記載の使用。
  125. 前記状態がクローン病である、請求項123に記載の使用。
  126. 前記状態が潰瘍性大腸炎である、請求項123に記載の使用。
  127. TL1Aと関係がある状態の治療を前記治療が必要な患者に行う方法で使用するための、請求項84〜113のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質。
  128. 前記状態が炎症性腸疾患である、請求項127に記載の抗原結合タンパク質。
  129. 前記状態がクローン病である、請求項127に記載の抗原結合タンパク質。
  130. 前記状態が潰瘍性大腸炎である、請求項127に記載の抗原結合タンパク質。
  131. a.第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、前記第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、前記VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、前記第1の抗体が前記TL1A結合物または前記TNF−α結合物の1つを含み、前記第2の抗体がもう1つを含み、
    i.前記VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に正に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、
    ii.前記VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、
    前記第1のポリペプチド、並びに
    b.a.の前記第1の抗体の第1の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、前記第1の軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、前記VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、前記第2のポリペプチド、並びに
    c.a.の前記第2の抗体の第2の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、前記第2の軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、前記VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に正に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、前記第3のポリペプチド
    を含む、請求項38に記載の抗原結合タンパク質。
  132. 前記第1の重鎖がペプチドリンカーを介して前記VH2に融合している、請求項131に記載の抗原結合タンパク質。
  133. 前記ペプチドリンカーが、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)及び(GlySer)から成る群から選択される配列を含む、請求項132に記載の抗原結合タンパク質。
  134. a.前記VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、Q39K、G44K及びS183Kから成る群から選択される変異を含み、
    b.前記VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、Q39E、G44E及びS183Eから成る群から選択される変異を含み、
    c.前記VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、Q38E、G100E及びS176Eから成る群から選択される変異を含み、
    d.前記VL2または第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、Q38K、G100K及びS176Kから成る群から選択される変異を含む、
    請求項131に記載の抗原結合タンパク質。
  135. a.前記第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、S183K変異を含み、
    b.前記第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、S183E変異を含み、
    c.前記第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、S176E変異を含み、
    d.前記第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、S176K変異を含む、
    請求項134に記載の抗原結合タンパク質。
  136. a.EUナンバリングを使用して、前記VH1がQ39K変異を含み、前記第1のCH1ドメインがS183K変異を含み、
    b.EUナンバリングを使用して、前記VH2がQ39E変異を含み、前記第2のCH1ドメインがS183E変異を含み、
    c.EUナンバリングを使用して、前記VL1がQ38E変異を含み、前記第1のCLドメインがS176E変異を含み、
    d.EUナンバリングを使用して、前記VL2がQ38K変異を含み、前記第2のCLドメインがS176K変異を含む、
    請求項134に記載の抗原結合タンパク質。
  137. a.前記第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、G44K及びS183K変異を含み、
    b.前記第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、G44E及びS183E変異を含み、
    c.前記第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、G100E及びS176E変異を含み、
    d.前記第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、G100K及びS176K変異を含む、
    請求項134に記載の抗原結合タンパク質。
  138. a.第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、前記第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、前記VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、前記第1の抗体が前記TL1A結合物及び前記TNF−α結合物の1つを含み、前記第2の抗体がもう1つを含み、
    i.前記VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、
    ii.前記VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に正に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、
    前記第1のポリペプチド
    b.a.の前記第1の抗体の第1の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、前記第1の軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、前記VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に正に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、前記第2のポリペプチド、並びに
    c.a.の前記第2の抗体の第2の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、前記第2の軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、前記VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に負に荷電したアミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む、前記第3のポリペプチド
    を含む、請求項38に記載の抗原結合タンパク質。
  139. 前記第1の重鎖がペプチドリンカーを介して前記VH2に融合している、請求項138に記載の抗原結合タンパク質。
  140. 前記ペプチドリンカーが、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)及び(GlySer)から成る群から選択される配列を含む、請求項139に記載の抗原結合タンパク質。
  141. a.前記VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、Q39E、G44E及びS183Eから成る群から選択される変異を含み、
    b.前記VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、Q39K、G44K及びS183Kから成る群から選択される変異を含み、
    c.前記VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、Q38K、G100K及びS176Kから成る群から選択される変異を含み、
    d.前記VL2または第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、Q38E、G100E及びS176Eから成る群から選択される変異を含む、
    請求項138に記載の抗原結合タンパク質。
  142. a.前記第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、S183E変異を含み、
    b.前記第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、S183K変異を含み、
    c.前記第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、S176K変異を含み、
    d.前記第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、S176E変異を含む、
    請求項141に記載の抗原結合タンパク質。
  143. a.EUナンバリングを使用して、前記VH1がQ39E変異を含み、前記第1のCH1ドメインがS183E変異を含み、
    b.EUナンバリングを使用して、前記VH2がQ39K変異を含み、前記第2のCH1ドメインがS183K変異を含み、
    c.EUナンバリングを使用して、前記VL1がQ38K変異を含み、前記第1のCLドメインがS176K変異を含み、
    d.EUナンバリングを使用して、前記VL2がQ38E変異を含み、前記第2のCLドメインがS176E変異を含む、
    請求項141に記載の抗原結合タンパク質。
  144. a.前記第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、G44E及びS183E変異を含み、
    b.前記第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、G44K及びS183K変異を含み、
    c.前記第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、G100K及びS176K変異を含み、
    d.前記第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、G100E及びS176E変異を含む、
    請求項141に記載の抗原結合タンパク質。
  145. a.第1の重鎖可変領域(VH1)及び第1のCH1ドメインを含む第1の抗体の第1の重鎖を含む第1のポリペプチドであって、前記第1の重鎖が、そのC末端を介して第2の抗体の第2の重鎖可変領域(VH2)を含むポリペプチドのN末端に融合しており、前記VH2が、そのC末端を介して第2のCH1ドメインのN末端に融合しており、前記第1の抗体が前記TL1A結合物及び前記TNF−α結合物の1つを含み、第2の抗体がもう1つを含み、
    i.前記VH1または第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、
    ii.前記VH2または第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、位置39、44及び183に対応する残基から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、ここでは、前記電荷が、前記第1の重鎖の前記VH1または第1のCH1の前記置換される残基の逆である、前記第1のポリペプチド、並びに
    b.a.の前記第1の抗体の第1の軽鎖を含む第2のポリペプチドであって、前記第1の軽鎖が第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1のCL領域を含み、前記VL1または第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、
    i.位置38の電荷が、EUナンバリングを使用して位置39の、前記第1の重鎖の前記VH1または第1のCH1の前記置換される残基の逆であり、EUナンバリングを使用して位置100の電荷が、EUナンバリングを使用して位置44の、前記第1の重鎖の前記VH1または第1のCH1の前記置換される残基の逆であり、位置176の電荷が、EUナンバリングを使用して位置183の、前記第1の重鎖の前記VH1または第1のCH1の前記置換される残基の逆である、第2のポリペプチド
    c.a.の前記第2の抗体の第2の軽鎖を含む第3のポリペプチドであって、前記第2の軽鎖が第2の軽鎖可変領域(VL2)及び第2のCL領域を含み、前記VL2または第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、位置38、100及び176から成る群から選択される残基に荷電アミノ酸を導入するために、少なくとも1つのアミノ酸置換を含み、
    i.位置38の電荷が、位置39の、前記第2の重鎖の前記VH2または第2のCH1の前記置換される残基の逆であり、位置100の電荷が、位置44の、前記第2の重鎖の前記VH2または第2のCH1の前記置換される残基の逆であり、位置176の電荷が、位置183の、前記第2の重鎖の前記VH2または第2のCH1の前記置換される残基の逆である、第3のポリペプチド
    を含む、請求項38に記載の抗原結合タンパク質。
  146. 前記第1の重鎖がペプチドリンカーを介して前記VH2に融合している、請求項145に記載の抗原結合タンパク質。
  147. 前記ペプチドリンカーが、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)、(GlySer)及び(GlySer)から成る群から選択される配列を含む、請求項146に記載の抗原結合タンパク質。
  148. a.EUナンバリングを使用して、前記VH1がQ39E変異を含み、前記第1のCH1ドメインがS183K変異を含み、
    b.EUナンバリングを使用して、前記VH2がQ39K変異を含み、前記第2のCH1ドメインがS183E変異を含み、
    c.EUナンバリングを使用して、前記VL1がQ38K変異を含み、前記第1のCLドメインがS176E変異を含み、
    d.EUナンバリングを使用して、前記VL2がQ38E変異を含み、前記第2のCLドメインがS176K変異を含む、
    請求項145に記載の抗原結合タンパク質。
  149. a.前記第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、G44E及びS183K変異を含み、
    b.前記第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、G44K及びS183E変異を含み、
    c.前記第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、G100K及びS176E変異を含み、
    d.前記第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、G100E及びS176K変異を含む、
    請求項146に記載の抗原結合タンパク質。
  150. a.EUナンバリングを使用して、前記VH1がQ39K変異を含み、前記第1のCH1ドメインがS183E変異を含み、
    b.EUナンバリングを使用して、前記VH2がQ39E変異を含み、前記第2のCH1ドメインがS183K変異を含み、
    c.EUナンバリングを使用して、前記VL1がQ38E変異を含み、前記第1のCLドメインがS176K変異を含み、
    d.EUナンバリングを使用して、前記VL2がQ38K変異を含み、前記第2のCLドメインがS176E変異を含む、
    請求項146に記載の抗原結合タンパク質。
  151. a.前記第1のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、G44K及びS183E変異を含み、
    b.前記第2のCH1ドメインが、EUナンバリングを使用して、G44E及びS183K変異を含み、
    c.前記第1のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、G100E及びS176K変異を含み、
    d.前記第2のCLドメインが、EUナンバリングを使用して、G100K及びS176E変異を含む、
    請求項146に記載の抗原結合タンパク質。
  152. a.第1の抗体由来の第1の重鎖(VH2−CH1−CH2−CH3)を含む第1のポリペプチドであって、前記第1の重鎖が、そのカルボキシル末端で(場合により、ペプチドリンカーを介して)第2の抗体のVH2−CH1ドメインを含むポリペプチドに融合している、前記第1のポリペプチド、
    b.前記第1の抗体由来の軽鎖(VL1−CL)を含む、第2のポリペプチド、及び
    c.前記第2の抗体のVL2−CLドメインを含む第3のポリペプチド、
    を含み、
    前記第1の抗体がTL1A結合物及びTNF−α結合物の1つを含み、前記第2の抗体がもう1つを含む、請求項38に記載の抗原結合タンパク質。
  153. a.前記第1の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、
    b.前記第1の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のVLが位置46にEを含み、前記第1の抗体由来のVHが位置46にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のVLが位置46にEを含み、前記第2の抗体由来のVHが位置46にKを含み、または
    c.前記第1の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のVLが位置141にEを含み、前記第1の抗体由来のVHが位置51にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のVLが位置51にEを含み、前記第2の抗体由来のVHが位置141にKを含み、
    ここでは、すべての位置がEUナンバリングに従う、請求項152に記載の抗原結合タンパク質。
  154. a.そのカルボキシル末端で(場合により、ペプチドリンカーを介して)第2の抗体のVH2−CH1ドメインを含むポリペプチドに融合している、第1の抗体のVH1−CL−CH2−CH3ドメインを含む第1のポリペプチド、
    b.前記第1の抗体由来の軽鎖(VL1−CH1)を含む第2のポリペプチド、及び
    c.前記第2の抗体のVL2−CLドメインを含む第3のポリペプチド
    を含み、
    前記第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、前記第2の抗体がもう1つを含む、請求項38に記載の抗原結合タンパク質。
  155. a.前記第1の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、
    b.前記第1の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のVLが位置46にEを含み、前記第1の抗体由来のVHが位置46にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のVLが位置46にEを含み、前記第2の抗体由来のVHが位置46にKを含み、または
    c.前記第1の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のVLが位置141にEを含み、前記第1の抗体由来のVHが位置51にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のVLが位置51にEを含み、前記第2の抗体由来のVHが位置141にKを含み、
    ここで、すべての位置がEUナンバリングに従う、請求項154に記載の抗原結合タンパク質。
  156. a.第1の抗体の第1の重鎖(VH1−CH1−CH2−CH3)を含む第1のポリペプチドであって、前記第1の重鎖が、そのカルボキシル末端で(場合により、ペプチドリンカーを介して)第2の抗体のVH2−CLドメインを含むポリペプチドに融合している、前記第1のポリペプチド、
    b.第1の抗体由来の軽鎖(VL1−CL)を含む第2のポリペプチド、及び
    c.前記第2の抗体のVL2−CH1ドメインを含む第3のポリペプチド
    を含み、
    前記第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、前記第2の抗体がもう1つを含む、請求項38に記載の抗原結合タンパク質。
  157. a.前記第1の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、
    b.前記第1の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のVLが位置46にEを含み、前記第1の抗体由来のVHが位置46にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のVLが位置46にEを含み、前記第2の抗体由来のVHが位置46にKを含み、または
    c.前記第1の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のVLが位置141にEを含み、前記第1の抗体由来のVHが位置51にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のVLが位置51にEを含み、前記第2の抗体由来のVHが位置141にKを含み、
    ここで、すべての位置がEUナンバリングに従う、請求項156に記載の抗原結合タンパク質。
  158. a.そのカルボキシル末端で(場合により、ペプチドリンカーを介して)第2の抗体のVH2−CLドメインを含むポリペプチドに融合している、第1の抗体のVH1−CL−CH2−CH3ドメインを含む第1のポリペプチド、
    b.前記第1の抗体由来のVL1−CH1ドメインを含む第2のポリペプチド、及び
    c.前記第2の抗体のVL2−CH1ドメインを含む第3のポリペプチド
    を含み、
    前記第1の抗体がTL1A結合物またはTNF−α結合物の1つを含み、前記第2の抗体がもう1つを含む、請求項38に記載の抗原結合タンパク質。
  159. a.前記第1の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、
    b.前記第1の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のVLが位置46にEを含み、前記第1の抗体由来のVHが位置46にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のVLが位置46にEを含み、前記第2の抗体由来のVHが位置46にKを含み、または
    c.前記第1の抗体由来のCLが位置230にKを含み、前記第1の抗体由来のCH1が位置230にEを含み、前記第1の抗体由来のVLが位置141にEを含み、前記第1の抗体由来のVHが位置51にKを含み、前記第2の抗体由来のCLが位置230にEを含み、前記第2の抗体由来のCH1が位置230にKを含み、前記第2の抗体由来のVLが位置51にEを含み、前記第2の抗体由来のVHが位置141にKを含み、
    ここで、すべての位置がEUナンバリングに従う、請求項158に記載の抗原結合タンパク質。
  160. 前記抗原結合タンパク質が、
    a.表21.2A、配列番号
    i.92、110、122、128及び146、
    ii.112、118、124、148及び242、
    iii.96、108、120、126及び150
    から選択される、CDRL1、CDRL2及びCDRL3アミノ酸配列、並びに
    b.表21.2B、配列番号
    i.158、170、182、188及び212、
    ii.160、190、196、214及び633、
    iii.162、180、186、192及び216
    から選択される、CDRH1、CDRH2及びCDRH3アミノ酸配列
    を含む、請求項131、138、145、152、154、156及び158に記載の抗原結合タンパク質。
  161. 前記抗原結合タンパク質が、表21.1、配列番号
    a.1254、1256及び1258、
    b.1260、1262及び1264、
    c.1266、1268及び1270、
    d.1272、1274及び1276、
    e.1278、1280及び1282、
    f.1284、1286及び1288、
    g.1290、1292及び1294、
    h.1296、1298及び1300、
    i.1302、1304及び1306、
    j.1308、1310及び1312、
    k.1314、1316及び1318、
    l.1320、1322及び1324、
    m.1326、1328及び1330、
    n.1332、1334及び1336、
    o.1338、1340及び1342、
    p.1344、1346及び1348、
    q.1350、1352及び1354、
    r.1356、1358及び1360、
    s.1362、1364及び1366、
    t.1368、1370及び1372、
    u.1374、1376及び1378、
    v.1380、1382及び1384、
    w.1386、1388及び1390、
    x.1392、1394及び1396、
    y.1398、1400及び1402、
    z.1404、1406及び1408、
    aa.1410、1412及び1414、
    bb.1416、1418及び1420、
    cc.1422、1424及び1426、
    dd.1428、1430及び1432、
    ee.1434、1436及び1438、
    ff.1440、1442及び1444、
    gg.1446、1448及び1450、
    hh.1452、1454及び1456、
    ii.1458、1460及び1462、
    jj.1464、1466及び1468、
    kk.1470、1472及び1474、
    ll.1476、1478及び1480、
    mm.1482、1484及び1486、
    nn.1488、1490及び1492、
    oo.1494、1496及び1498、
    pp.1500、1502及び1504、
    qq.1506、1508及び1510、
    rr.1512、1514及び1516、
    ss.1518、1520及び1522、
    tt.1524、1526及び1528、
    uu.1530、1532及び1534、
    vv.1536、1538及び1540、
    ww.1542、1544及び1546、
    xx.1548、1550及び1552、
    yy.1554、1556及び1558、
    zz.1560、1562及び1564、
    aaa.1566、1568及び1570、
    bbb.1572、1574及び1576、
    ccc.1578、1580及び1582、
    ddd.1584、1586及び1588、
    eee.1590、1592及び1594、
    fff.1596、1598及び1600、
    ggg.1602、1604及び1606、
    hhh.1608、1610及び1612、
    iii.1614、1616及び1618、
    jjj.1620、1622及び1624、
    kkk.1626、1628及び1630、
    lll.1632、1634及び1636、
    mmm.1638、1640及び1642、
    nnn.1644、1646及び1648、
    ooo.1650、1652及び1654、
    ppp.1656、1658及び1660、
    qqq.1662、1664及び1666、
    rrr.1668、1670及び1672、
    sss.1674、1676及び1678、
    ttt.1680、1682及び1684、
    uuu.1686、1688及び1690、
    vvv.1692、1694及び1696、
    www.1698、1700、1702、
    xxx.1704、1706及び1708、
    yyy.1710、1712及び1714、
    zzz.1716、1718及び1720、
    aaaa.1722、1724及び1726、
    bbbb.1728、1730及び1732、
    cccc.1734、1736及び1738、
    dddd.1740、1742及び1744、
    eeee.1746、1748及び1750、
    ffff.1752、1754及び1756、
    gggg.1758、1760及び1762、
    hhhh.1764、1766及び1768、
    iiii.1770、1772及び1774、
    jjjj.1776、1778及び1780、
    kkkk.1782、1784及び1786、
    llll.1788、1790及び1792、
    mmmm.1794、1796及び1798、
    nnnn.1800、1802及び1804、
    oooo.1806、1808及び1810、
    pppp.1812、1814及び1816、
    qqqq.1818、1820及び1822、
    rrrr.1824、1826及び1828、
    ssss.1830、1832及び1834、
    tttt.1836、1838及び1840、
    uuuu.1842、1844及び1846、
    vvvv.1848、1950及び1852、
    wwww.1854、1856及び1858、
    xxxx.1860、1862及び1864、
    yyyy.1866、1868及び1870、
    zzzz.1872、1874及び1876、
    aaaaa.1878、1880及び1882、
    bbbbb.1884、1886及び1888、
    ccccc.1890、1892及び1894、
    ddddd.1896、1898及び1900、
    eeeee.1902、1904及び1906、
    fffff.1908、1910及び1912、
    ggggg.1914、1916及び1918、
    hhhhh.1920、1922及び1924、
    iiiii.1926、1928及び1930、
    jjjjj.1932、1934及び1936、
    kkkkk.1938、1940及び1942、
    lllll.1944、1946及び1948、
    mmmmm.1950、1952及び1954、
    nnnnn.1956、1958及び1960、
    ooooo.1962、1964及び1966、
    ppppp.1968、1970及び1972、
    qqqqq.1974、1976及び1978、
    rrrrr.1980、1982及び1984、
    sssss.1986、1988及び1990、
    ttttt.1992、1994及び1996、
    uuuuu.1998、2000及び2002、
    vvvvv.2004、2006及び2008、
    wwwww.2010、2012及び2014、
    xxxxx.2016、2018及び2020、
    yyyyy.2022、2024及び2026、
    zzzzz.2028、2030及び2032、
    aaaaaa.2034、2036及び2038、
    bbbbbb.2040、2042及び2044、
    cccccc.2046、2048及び2050、
    dddddd.2052、2054及び2056、
    eeeeee.2058、2060及び2062、
    ffffff.2064、2066及び2068、
    gggggg.2070、2072及び2074、
    hhhhhh.2076、2078及び2080、
    iiiiii.2082、2084及び2086、
    jjjjjj.2088、2090及び2092、
    kkkkkk.2094、2096及び2098、
    llllll.2100、2102及び2104、
    mmmmmm.2106、2108及び2110、並びに
    nnnnnn.2112、2114及び2116
    から選択される抗原結合タンパク質の配列を含む、請求項131、138、145、152、154、156及び158に記載の抗原結合タンパク質。
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