JP2018535689A - ガイド核酸を作製および使用するための方法および組成物 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2015年12月7日に出願された米国仮出願番号第62/264,262号、および2016年2月23日に出願された米国仮出願番号第62/298,963号の利益を主張しており、これら仮出願の各々は、その全体が参考として本明細書によって援用される。
本願は、電子フォーマットの配列表と共に出願されている。この配列表は、2016年12月5日に作成された、サイズが816,451バイトの、750592000340SeqList.txtという表題のファイルとして提供されている。配列表の電子フォーマットの情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
RNAに由来するcDNAライブラリー等、ヒト臨床DNA試料および試料ライブラリーは、情報価値が殆どなく配列決定コストを増加させる、非常に豊富な配列を含有する。このような所望されない配列を枯渇させる方法(例えば、ハイブリダイゼーション捕捉による)が開発されたが、このような方法は時間がかかることが多く、非効率的であり得る。
当技術分野には、種々の下流適用のための多数の多様なガイド核酸(gNA)(例えば、gRNA、gDNA)を生成するための、拡大縮小が可能な(scalable)低コストアプローチの必要がある。
任意の核酸供給源から得ることができるガイド核酸(gNA)が、本明細書に提供される。gNAは、ガイドRNA(gRNA)またはガイドDNA(gDNA)であってよい。核酸供給源は、DNAまたはRNAであってよい。単一の生物由来のDNA、または複数の生物由来のDNAの混合物、または複数の種由来のDNAの混合物、または臨床試料由来のDNA、または法医学的試料由来のDNA、または環境試料由来のDNA、またはメタゲノムDNA試料(例えば、2以上の生物種を含有する試料)由来のDNAを含む、任意の供給源核酸からgNAを生成するための方法が、本明細書に提供される。任意の供給源DNAの例は、任意のゲノム、任意のゲノム断片、cDNA、合成DNAまたはDNA収集物(例えば、SNP収集物、DNAライブラリー)を非限定的に含む。本明細書に提供されているgNAは、ゲノムワイド適用に使用することができる。
gNA(例えば、gRNAまたはgDNA)をコードする核酸も、本明細書に提供される。一部の実施形態では、コードするとは、gNAが、gNA(例えば、gRNA)をコードする核酸の転写に起因することを意味する。一部の実施形態では、コードするとは、核酸が、gNA(例えば、gRNA)の転写のための鋳型であることを意味する。一部の実施形態では、コードするとは、gNAが、gNAをコードする核酸の逆転写に起因することを意味する。一部の実施形態では、コードするとは、核酸が、gNAの逆転写のための鋳型であることを意味する。一部の実施形態では、コードするとは、gNAが、gNAをコードする核酸の増幅に起因することを意味する。一部の実施形態では、コードするとは、核酸が、gNAの増幅のための鋳型であることを意味する。
gNAの収集物(ライブラリーと互換的に称される)が、本明細書に提供される。
gNA(例えば、gRNAまたはgDNA)をコードする核酸の収集物(ライブラリーと互換的に称される)が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、コードするとは、gNAが、gNAをコードする核酸の転写に起因することを意味する。一部の実施形態では、コードするとは、核酸が、gNAの転写のための鋳型であることを意味する。
濃縮、枯渇、捕捉、分配、標識、調節および編集を非限定的に含む種々の適用のため、試料における目的の配列の標的化に使用することができる、任意の供給源DNA(例えば、ゲノムDNA、cDNA、人工DNA、DNAライブラリー)に由来するgNAおよびgNAの収集物が、本明細書に提供される。gNAは、目的の配列へと向けられた標的化配列を含む。
本明細書で使用するように、標的化配列は、gNAを試料中の目的の配列に向ける配列である。例えば、標的化配列は、特定の目的の配列を標的とし、例えば、標的化配列は、目的のゲノム配列を標的とする。
核酸ガイド化ヌクレアーゼ系(例えば、CRISPR/Cas系)タンパク質結合配列を含むセグメントを含む、gNAおよびgNAの収集物が、本明細書に提供される。核酸ガイド化ヌクレアーゼ系(例えば、CRISPR/Cas系)タンパク質結合配列をコードするセグメントを含む、gNAをコードする核酸およびgNAをコードする核酸の収集物も、本明細書に提供される。核酸ガイド化ヌクレアーゼ系は、RNAガイド化ヌクレアーゼ系であってよい。核酸ガイド化ヌクレアーゼ系は、DNAガイド化ヌクレアーゼ系であってよい。
一部の実施形態では、CRISPR/Cas系タンパク質が、本明細書に提供されている実施形態において使用される。一部の実施形態では、CRISPR/Cas系タンパク質は、CRISPR I型系、CRISPR II型系およびCRISPR III型系由来のタンパク質を含む。
一部の実施形態では、CRISPR/Cas系タンパク質、核酸ガイド化ヌクレアーゼは、Cas9であるかまたはそれを含む。本発明のCas9は、単離されるか、組換えで生成されるか、または合成のものであってよい。
TT)、Streptococcus thermophilus(NNAGAA)およびTreponema denticola(NAAAAC)、これらは全て本発明から逸脱することなく使用可能である。
一部の実施形態では、非CRISPR/Cas系タンパク質が、本明細書で提供される実施形態で使用される。
一部の実施形態では、核酸ガイド化ヌクレアーゼの操作された例には、触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼ(CRISPR/Cas系の核酸ガイド化ヌクレアーゼまたは非CRISPR/Cas系の核酸ガイド化ヌクレアーゼ)が含まれる。用語「触媒活性がない」は、不活性化ヌクレアーゼ、例えば、不活性化HNHおよびRuvCヌクレアーゼを有する核酸ガイド化ヌクレアーゼを一般的に指す。そのようなタンパク質は任意の核酸中の標的部位に結合することができるが(標的部位はガイドNAによって決定される)、タンパク質は核酸を切断することもニックを入れることもできない。
一部の実施形態では、核酸ガイド化ヌクレアーゼの操作された例には、核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼ(ニッカーゼ−核酸ガイド化ヌクレアーゼと互換的に呼ばれる)が含まれる。
一部の実施形態では、耐熱性の核酸ガイド化ヌクレアーゼが本明細書で提供される方法で使用される(耐熱性のCRISPR/Cas系の核酸ガイド化ヌクレアーゼまたは耐熱性の非CRISPR/Cas系の核酸ガイド化ヌクレアーゼ)。そのような実施形態では、反応温度が上昇し、タンパク質の解離を誘導する。反応温度は低下し、さらなる切断された標的配列の生成を可能にする。一部の実施形態では、少なくとも75℃で少なくとも1分の間維持されるとき、耐熱性の核酸ガイド化ヌクレアーゼは、少なくとも50%の活性、少なくとも55%の活性、少なくとも60%の活性、少なくとも65%の活性、少なくとも70%の活性、少なくとも75%の活性、少なくとも80%の活性、少なくとも85%の活性、少なくとも90%の活性、少なくとも95%の活性、少なくとも96%の活性、少なくとも97%の活性、少なくとも98%の活性、少なくとも99%の活性または100%の活性を維持する。一部の実施形態では、耐熱性の核酸ガイド化ヌクレアーゼは、少なくとも75℃で、少なくとも80℃で、少なくとも85℃で、少なくとも90℃で、少なくとも91℃で、少なくとも92℃で、少なくとも93℃で、少なくとも94℃で、少なくとも95℃、96℃で、少なくとも97℃で、少なくとも98℃で、少なくとも99℃で、または少なくとも100℃で少なくとも1分の間維持されるとき、少なくとも50%の活性を維持する。一部の実施形態では、耐熱性の核酸ガイド化ヌクレアーゼは、少なくとも75℃で少なくとも1分、2分、3分、4分または5分の間維持されるとき、少なくとも50%の活性を維持する。一部の実施形態では、耐熱性の核酸ガイド化ヌクレアーゼは、温度を上昇させ、25℃〜50℃に低下させたとき、少なくとも50%の活性を維持する。一部の実施形態では、温度は、25℃に、30℃に、35℃に、40℃に、45℃に、または50℃に低下させられる。例示的な一実施形態では、耐熱性酵素は、95℃で1分間の後に少なくとも90%の活性を保持する。
任意の供給源核酸(例えば、DNA)からの多数の多様なgRNA、gNAの収集物の生成を可能にする方法が、本明細書に提供される。本明細書に提供されている方法は、消化、ライゲーション、伸長、オーバーハングを埋めること、転写、逆転写、増幅を非限定的に含む、酵素による方法を用いることができる。
本明細書に提供されるgNA(例えば、gRNA)およびgNA(例えば、gRNA)の収集物は、目的の標的配列の枯渇、分配、捕捉または濃縮;ゲノムワイド標識;ゲノムワイド編集;ゲノムワイド機能スクリーニング;およびゲノムワイド調節を含む、種々の適用に有用である。
一実施形態では、核酸断片、ニッカーゼ核酸ガイド化ヌクレアーゼ−gNA複合体および標識ヌクレオチドを含む組成物が本明細書で提供される。例示的な一実施形態では、核酸断片、ニッカーゼCas9−gRNA複合体および標識ヌクレオチドを含む組成物が本明細書で提供される。そのような実施形態では、核酸はDNAを含むことができる。ヌクレオチドは、例えばビオチンで標識することができる。ヌクレオチドは、抗体−コンジュゲート対の一部であってよい。
本願は、アダプタ、gNA(例えば、gRNA)、gNA収集物(例えば、gRNA収集物)、gNA収集物をコードする核酸分子その他に限定されない、本明細書に記載されている組成物のうち任意の1種または複数を含むキットを提供する。
T7プロモーターヒトDNAライブラリーからのgRNAライブラリーの構築
T7プロモーターライブラリー構築
S2 Covaris超音波処理器(Covaris)を8サイクル使用して、ヒトゲノムDNA(400ng)を断片化して、200〜300bpの長さの断片を得た。NEBNext End Repair Module(NEB)を使用して、断片化されたDNAを修復し、25℃で30分間インキュベートし、次いで75℃で20分間熱失活させた。T7プロモーターアダプタを作製するために、オリゴT7−1(5’GCCTCGAGC*T*A*ATACGACTCACTATAGAG3’、*は、ホスホロチオエート骨格連結を表示)(配列番号4397)およびT7−2(配列5’Phos−CTCTATAGTGAGTCGTATTA3’)(配列番号4398)を15μMで混合し、98℃で3分間加熱し、次いで30℃までゆっくり冷却した(0.1℃/分)。次に、T7プロモーター平滑アダプタ(総計15pmol)を、平滑末端化されたヒトゲノムDNA断片に添加し、Blunt/TAリガーゼマスターミックス(NEB)と共に25℃で30分間インキュベートした(図1中の(2))。10サイクルのPCR(98℃で20秒間、63℃で20秒間、72℃で35秒間)のため、Hi−Fidelity 2×マスターミックス(NEB)を使用して、2μMオリゴT7−1によりライゲーションを増幅した。アガロースゲル電気泳動において少量のアリコートを泳動することにより、増幅を検証した。PCR増幅された産物は、製造業者の説明書に従って0.6×AxyPrepビーズ(Axygen)を使用して回収し、15μLの10mMトリス−HCl、pH8に再懸濁した。
DNAの消化
次に、T4 DNAポリメラーゼ(NEB)を20分間25℃で使用して、DNAを平滑末端化し、続いて熱失活を75℃で20分間行った(図1中の(5))。
次に、HiScribe T7 In Vitro転写キット(NEB)を使用して、PCR産物のT7/gRU増幅されたライブラリーを、in vitro転写のための鋳型として使用した。製造業者の説明書に従って、500〜1000ngの鋳型を一晩37℃でインキュベートした。ガイドライブラリーをgRNAへと転写するために、次のin vitro転写反応混合物をアセンブルした:10μLの精製されたライブラリー(ほぼ500ng)、6.5μLのH2O、2.25μLのATP、2.25μLのCTP、2.25μLのGTP、2.25μLのUTP、2.25μLの10×反応バッファー(NEB)および2.25μLのT7 RNAポリメラーゼミックス。反応液を37℃で24時間インキュベートし、次いで、RNAクリーンアップ(cleanup)キット(Life Technologies)を使用して精製し、100μLのRNaseフリーの水により溶出し、定量化し、使用まで−20℃で貯蔵した。
インタクトなヒトゲノムDNAからのgRNAライブラリーの構築
DNAの消化
ヒトゲノムDNA(図2中の(1);消化につき総計20μg)を、40μLのNEBバッファー2(50mM NaCl、10mMトリス−HCl、pH7.9、10mM MgCl2、100μg/mL BSA)における0.1μLのNt.CviPII(NEB)により10分間37℃で消化し、次いで75℃で20分間熱失活させた。さらなる40μLのNEBバッファー2および1μLのT7エンドヌクレアーゼI(NEB)を反応液に添加し、37℃で20分間インキュベーションを行った(例えば、図2中の(2))。アガロースゲル電気泳動によって、少量のアリコートによりゲノムDNAの断片化を検証した。0.3×AxyPrepビーズ(Axygen)を添加し、25℃で5分間インキュベートし、磁気スタンドにおいてビーズを捕捉し、上清を新しいチューブに移すことにより、200〜600bpの間のDNA断片を回収した。600bpを下回るDNA断片は、このビーズ/DNA比ではビーズに結合せず、上清中に残る。次に、0.7×AxyPrepビーズ(Axygen)を上清に添加し(これは、200bpよりも長い全DNA分子に結合し得る)、5分間結合させた。ビーズを磁気スタンドにおいて捕捉し、80%エタノールで2回洗浄し、風乾した。次に、DNAを15μLの10mMトリス−HCl、pH8に再懸濁した。Qbitアッセイ(Life Technologies)を使用して、DNA濃度を決定した。
T7/MlyIアダプタを作製するために、オリゴMlyI−1(配列5’>3’、5’Phos−GGGGGACTCGGATCCCTATAGTGATACAAAGACGATGACGACAAGCG)(配列番号4404)およびT7−7(配列5’>3’、GCCTCGAGC*T*A*ATACGACTCACTATAGGGATCCAAGTCCC、*は、ホスホロチオエート骨格連結を表示)(配列番号4405)を15μMで混合し、98℃で3分間加熱し、次いで30℃までゆっくり冷却した(0.1℃/分)。次に、Blunt/TAリガーゼマスターミックス(NEB)を25℃で30分間使用して、精製された、Nt.CviPII/T7エンドヌクレアーゼI消化DNA(100ng)を、15pmolのT7/MlyIアダプタにライゲートした(図2中の(3))。次に、Hi−Fidelity 2×マスターミックス(NEB)、ならびに2μMの両方のオリゴT7−17(GCCTCGAGC*T*A*ATACGACTCACTATAGGG、*は、ホスホロチオエート骨格連結を表示)(配列番号4406)およびFlag(配列5’>3’、CGCTTGTCGTCATCGTCTTTGTA)(配列番号4407)を使用して、10サイクルのPCR(98℃で20秒間、60℃で20秒間、72℃で35秒間)によってライゲーションを増幅した。PCR増幅は、DNAの収量を増加させ、使用したY字型アダプタの性質を考慮すると、常に、HGG部位に対し遠位に付加されたT7プロモーターと、HGGモチーフの隣に付加されたMlyI部位をもたらした(図2中の(4))。
CviPIIによる直接的切断
30μgのヒトゲノムDNAを、2ユニットのNtCviPII(New England Biolabs)により1時間37℃で消化し、続いて、75℃で20分間熱失活を行った。断片分析計装置(Advanced Analytical)を使用して、断片のサイズを200〜1,000塩基対であると検証した。100ユニットのT4 DNAポリメラーゼ(New England Biolabs)、100μM dNTPを添加し、12℃で30分間インキュベートすることにより、5’または3’突出末端(例えば、図3に示す通り)を平滑末端に変換した。次に、PCRクリーンアップキット(Zymo)を使用して、DNAを回収し、20μL溶出バッファー中に溶出した。次に、DNAを、MlyIアダプタ(例えば、実施例4を参照)またはBaeI/EcoP15Iアダプタ(例えば、実施例4を参照)またはBaeI/EcoP15Iアダプタ(例えば、実施例5を参照)にライゲートした。
MlyIアダプタの使用
40μLの水において2μモルのMlyI Ad1およびMly Ad2を組み合わせることにより、アダプタMlyIを作製した。40μLの水において2μモルのオリゴBsMm−Ad1および2μモルのオリゴBsMm−Ad2を組み合わせることにより、アダプタBsaXI/MmeIを作製した。100μLの水において1.5μモルのT7−Ad1およびT7−Ad2オリゴを組み合わせることにより、T7アダプタを作製した。100μLの水において1.5μモルのgR−topおよびgR−botオリゴを組み合わせることにより、ステムループアダプタを作製した。全ての事例において、混合後に、アダプタを98℃で3分間加熱し、次いでサーマルサイクラーにおいて1℃/分の冷却速度で室温まで冷却した。
BaeI/EcoP15Iアダプタの使用
40μLの水において2μモルのBE Ad1およびBE Ad2を組み合わせることにより、アダプタBaeI/EcoP15Iを作製した。100μLの水において1.5μモルのT7−Ad3およびT7−Ad4オリゴを組み合わせることにより、T7−Eアダプタを作製した。全ての事例において、混合後に、アダプタを98℃で3分間加熱し、次いでサーマルサイクラーにおいて1℃/分の冷却速度で室温まで冷却した。
NEMDA方法
50ngのヒトゲノムDNAを使用して、NEMDA(ニッキングエンドヌクレアーゼ媒介性DNA増幅)を実行した。0.3mM dNTP、40ユニットのBst大断片DNAポリメラーゼおよび0.1ユニットのNtCviPII(New England Biolabs)を補充した100μLのサーモ(thermo)ポリメラーゼバッファー(20mMトリス−HCl、10mM (NH4)2SO4、10mM KCl、6mM MgSO4、0.1%Triton(登録商標)X−100、pH8.8)において、DNAをサーマルサイクラーにおいて55℃で45分間、続いて65℃で30分間、最後に80℃で20分間インキュベートした。
Claims (235)
- 核酸の収集物であって、前記収集物中の複数の前記核酸が、
a.調節領域を含む第1のセグメントと、
b.標的化配列をコードする第2のセグメントと、
c.核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードする第3のセグメントと
を含み、前記収集物中の前記核酸の少なくとも10%のサイズが変動する、核酸の収集物。 - 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、CRISPR/Cas系タンパク質である、請求項1に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントのサイズが、前記核酸の収集物にわたって15〜250bp変動する、請求項1に記載の収集物。
- 前記収集物中の前記第2のセグメントの少なくとも10%が、21bpを超える、請求項1に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントのサイズが、20bpではない、請求項1に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントのサイズが、21bpではない、請求項1に記載の収集物。
- 前記核酸の収集物が、DNAの収集物である、請求項1に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントが、一本鎖DNAである、請求項7に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、一本鎖DNAである、請求項7に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントが、二本鎖DNAである、請求項7に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、二本鎖DNAである、請求項7に記載の収集物。
- 前記調節領域が、転写因子に結合することができる領域である、請求項1に記載の収集物。
- 前記調節領域が、プロモーターを含む、請求項1に記載の収集物。
- 前記プロモーターが、T7、SP6およびT3からなる群から選択される、請求項13に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、哺乳動物ゲノム、真核生物ゲノム、原核生物ゲノムまたはウイルスゲノムへと向けられている、請求項1に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、反復性または豊富なDNAへと向けられている、請求項1に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、ミトコンドリアDNA、リボソームDNA、Alu DNA、セントロメアDNA、SINE DNA、LINE DNAまたはSTR DNAへと向けられている、請求項1に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントの配列が、表3および/または表4から選択される、請求項1に記載の収集物。
- 少なくとも102個の特異な核酸分子を含む、請求項1に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、PAM配列に対し5’にあるヌクレオチドの配列の反対の鎖に対し少なくとも80%相補的である、請求項1に記載の収集物。
- 生物のゲノムにわたって約10,000bpまたはそれ未満毎の間隔にある目的の配列に向けられた標的化配列を含む、請求項1に記載の収集物。
- 前記PAM配列が、AGG、CGGまたはTGGである、請求項20に記載の収集物。
- 前記PAM配列が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2およびCm5からなる群から選択されるCRISPR/Cas系タンパク質に特異的である、請求項20に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、gRNAステムループ配列をコードするDNAを含む、請求項1に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントの配列が、配列、GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号1)を含むRNAをコードするか、または配列、GUUUUAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUUC(配列番号2)を含むRNAをコードする、請求項1に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントの配列が、crRNAおよびtracrRNAをコードする、請求項1に記載の収集物。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、細菌種に由来する、請求項1に記載の収集物。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、古細菌種に由来する、請求項1に記載の収集物。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、I型、II型またはIII型タンパク質である、請求項2に記載の収集物。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2、Cm5、dCas9およびcas9ニッカーゼからなる群から選択される、請求項2に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、Cas9結合配列をコードするDNAを含む、請求項1に記載の収集物。
- 前記収集物の複数の第3のセグメントが、第1の核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードし、前記収集物の複数の前記第3のセグメントが、第2の核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードする、請求項1に記載の収集物。
- 前記収集物の前記第3のセグメントが、複数の異なる核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質の複数の異なる結合配列をコードする、請求項1に記載の収集物。
- 核酸の収集物であって、前記収集物中の複数の前記核酸が、
a.調節領域を含む第1のセグメントと、
b.標的化配列をコードする第2のセグメントであって、そのサイズが21bpを超える第2のセグメントと、
c.核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードする第3のセグメントと
を含む、核酸の収集物。 - 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、CRISPR/Cas系タンパク質である、請求項34に記載の収集物。
- 前記収集物中の前記核酸の少なくとも10%のサイズが変動する、請求項34に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントのサイズが、前記核酸の収集物にわたって22〜250bp変動する、請求項34に記載の収集物。
- 前記収集物中の前記第2のセグメントの少なくとも10%が、30bpを超える、請求項34に記載の収集物。
- 前記核酸の収集物が、DNAの収集物である、請求項34に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントが、一本鎖DNAである、請求項39に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、一本鎖DNAである、請求項39に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントが、二本鎖DNAである、請求項39に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、二本鎖DNAである、請求項39に記載の収集物。
- 前記調節領域が、転写因子に結合することができる領域である、請求項34に記載の収集物。
- 前記調節領域が、プロモーターを含む、請求項34に記載の収集物。
- 前記プロモーターが、T7、SP6およびT3からなる群から選択される、請求項45に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、哺乳動物ゲノム、真核生物ゲノム、原核生物ゲノムまたはウイルスゲノムへと向けられている、請求項34に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、反復性または豊富なDNAへと向けられている、請求項34に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、ミトコンドリアDNA、リボソームDNA、Alu DNA、セントロメアDNA、SINE DNA、LINE DNAまたはSTR DNAへと向けられている、請求項34に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントの配列が、表3および/または表4から選択される、請求項34に記載の収集物。
- 少なくとも102個の特異な核酸分子を含む、請求項34に記載の収集物。
- 生物のゲノムにわたって約10,000bpまたはそれ未満毎の間隔にある目的の配列に向けられた標的化配列を含む、請求項33に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、PAM配列に対し5’にあるヌクレオチドの配列の反対の鎖に対し少なくとも80%相補的である、請求項34に記載の収集物。
- 前記PAM配列が、AGG、CGGまたはTGGである、請求項53に記載の収集物。
- 前記PAM配列が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2およびCm5からなる群から選択されるCRISPR/Cas系タンパク質に特異的である、請求項53に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、gRNAステムループ配列をコードするDNAを含む、請求項34に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、配列、GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号1)を含むRNAをコードするか、または配列、GUUUUAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUUC(配列番号2)を含むRNAをコードする、請求項34に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、crRNAおよびtracrRNAをコードする、請求項34に記載の収集物。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、細菌種に由来する、請求項34に記載の収集物。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、古細菌種に由来する、請求項34に記載の収集物。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、I型、II型またはIII型タンパク質である、請求項35に記載の収集物。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2、Cm5、dCas9およびcas9ニッカーゼからなる群から選択される、請求項35に記載の収集物。
- 前記第3のセグメントが、Cas9結合配列をコードするDNAを含む、請求項34に記載の収集物。
- 前記収集物の複数の第3のセグメントが、第1の核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードし、前記収集物の複数の前記第3のセグメントが、第2の核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードする、請求項34に記載の収集物。
- 前記収集物の前記第3のセグメントが、複数の異なる核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質の複数の異なる結合配列をコードする、請求項34に記載の収集物。
- a.標的化配列を含む第1のRNAセグメントと、
b.核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列を含む第2のRNAセグメントと
を含むガイドRNA(gRNA)の収集物であって、前記収集物中の前記gRNAの少なくとも10%のサイズが変動する、ガイドRNA(gRNA)の収集物。 - 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、CRISPR/Cas系タンパク質である、請求項66に記載の収集物。
- 前記第1のセグメントのサイズが、前記gRNAの収集物にわたって15〜250bp変動する、請求項66に記載の収集物。
- 前記収集物中の前記第1のセグメントの少なくとも10%が、21bpを超える、請求項66に記載の収集物。
- 前記第1のセグメントのサイズが、20bpではない、請求項66に記載の収集物。
- 前記第1のセグメントのサイズが、21bpではない、請求項66に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、哺乳動物ゲノム、真核生物ゲノム、原核生物ゲノムまたはウイルスゲノムへと向けられている、請求項66に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、反復性または豊富なDNAへと向けられている、請求項66に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、ミトコンドリアDNA、リボソームDNA、Alu DNA、セントロメアDNA、SINE DNA、LINE DNAまたはSTR DNAへと向けられている、請求項66に記載の収集物。
- 前記第1のセグメントの配列が、表3および/または表4から選択される配列によってコードされるRNAである、請求項66に記載の収集物。
- 少なくとも102個の特異なgRNAを含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記gRNAが、シトシン、グアニンおよびアデニンを含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記gRNAのサブセットが、チミンをさらに含む、請求項77に記載の収集物。
- 前記gRNAのサブセットが、ウラシルをさらに含む、請求項77に記載の収集物。
- 前記第1のセグメントが、目的の標的ゲノム配列に対し少なくとも80%相補的である、請求項66に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、PAM配列に対し5’にあるヌクレオチドの配列の反対の鎖に対し少なくとも80%相補的である、請求項66に記載の収集物。
- 前記PAM配列が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2およびCm5からなる群から選択されるCRISPR/Cas系タンパク質に特異的である、請求項66に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントが、gRNAステムループ配列を含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントの配列が、GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号1)を含むか、またはGUUUUAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUUC(配列番号2)を含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントが、crRNAおよびtracrRNAを含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、細菌種に由来する、請求項66に記載の収集物。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、古細菌種に由来する、請求項66に記載の収集物。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、I型、II型またはIII型タンパク質である、請求項67に記載の収集物。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2、Cm5、dCas9およびcas9ニッカーゼならびにそれらの操作されたバージョンからなる群から選択される、請求項67に記載の収集物。
- 前記第2のセグメントが、Cas9結合配列を含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記収集物中の前記gRNAの少なくとも10%が、それらの5’末端の配列が変動する、請求項66に記載の収集物。
- 生物のゲノムにわたって10,000bpまたはそれ未満毎の間隔にある目的の配列に向けられた標的化配列を含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記収集物の複数の第2のセグメントが、第1の核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列を含み、前記収集物の複数の前記第2のセグメントが、第2の核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列を含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記収集物の前記第2のセグメントが、複数の異なる核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質の複数の異なる結合配列を含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記収集物の複数の前記gRNAが、基材に付着された、請求項66に記載の収集物。
- 前記収集物の複数の前記gRNAが、標識を含む、請求項66に記載の収集物。
- 前記収集物の前記複数のgRNAが、異なる標識を含む、請求項96に記載の収集物。
- a.調節領域を含む第1のセグメントと、
b.標的化配列をコードする第2のセグメントであって、前記標的化配列が、30bpを超える、第2のセグメントと、
c.核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードする核酸をコードする第3のセグメントと
を含む核酸。 - 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、CRISPR/Cas系タンパク質である、請求項98に記載の核酸。
- DNAである、請求項98に記載の核酸。
- 前記第2のセグメントが、一本鎖DNAである、請求項98に記載の核酸。
- 前記第3のセグメントが、一本鎖DNAである、請求項98に記載の核酸。
- 前記第2のセグメントが、二本鎖DNAである、請求項98に記載の核酸。
- 前記第3のセグメントが、二本鎖DNAである、請求項98に記載の核酸。
- 前記調節領域が、転写因子に結合することができる領域である、請求項98に記載の核酸。
- 前記調節領域が、プロモーターを含む、請求項98に記載の核酸。
- 前記プロモーターが、T7、SP6およびT3からなる群から選択される、請求項106に記載の収集物。
- 前記標的化配列が、哺乳動物ゲノム、真核生物ゲノム、原核生物ゲノムまたはウイルスゲノムへと向けられている、請求項98に記載の核酸。
- 前記標的化配列が、豊富なまたは反復性DNAへと向けられている、請求項98に記載の核酸。
- 前記標的化配列が、ミトコンドリアDNA、リボソームDNA、Alu DNA、セントロメアDNA、SINE DNA、LINE DNAまたはSTR DNAへと向けられている、請求項98に記載の核酸。
- 前記標的化配列が、PAM配列に対し5’にあるヌクレオチドの配列の反対の鎖に対し少なくとも80%相補的である、請求項98に記載の収集物。
- 目的の標的ゲノム配列が、PAM配列の5’上流にある、請求項111に記載の核酸。
- 前記PAM配列が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2およびCm5からなる群から選択されるCRISPR/Cas系タンパク質に特異的である、請求項112に記載の核酸。
- 前記第3のセグメントが、gRNAステムループ配列をコードするDNAを含む、請求項98に記載の核酸。
- 前記第3のセグメントの配列が、配列、GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号1)を含むRNAをコードするか、または配列、GUUUUAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUUC(配列番号2)を含むRNAをコードする、請求項98に記載の核酸。
- 前記第3のセグメントが、crRNAおよびtracrRNAをコードする、請求項98に記載の核酸。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、細菌種に由来する、請求項98に記載の核酸。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、古細菌種に由来する、請求項98に記載の核酸。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、I型、II型またはIII型タンパク質である、請求項99に記載の核酸。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2、Cm5、dCas9およびcas9ニッカーゼからなる群から選択される、請求項99に記載の核酸。
- 前記第3のセグメントが、Cas9結合配列をコードするDNAを含む、請求項98に記載の核酸。
- a.標的化配列を含む第1のセグメントであって、そのサイズが30bpを超える第1のセグメントと
b.核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列を含む第2のセグメントと
を含むガイドRNA。 - 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、CRISPR/Cas系タンパク質である、請求項122に記載のガイドRNA。
- アデニン、グアニンおよびシトシンを含む、請求項122に記載のガイドRNA。
- チミンをさらに含む、請求項123に記載のガイドRNA。
- ウラシルをさらに含む、請求項123に記載のガイドRNA。
- 前記第1のRNAセグメントのサイズが、30〜250bpの間である、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記標的化配列が、哺乳動物ゲノム、真核生物ゲノム、原核生物ゲノムまたはウイルスゲノムへと向けられている、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記標的化配列が、反復性または豊富なDNAへと向けられている、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記標的化配列が、ミトコンドリアDNA、リボソームDNA、Alu DNA、セントロメアDNA、SINE DNA、LINE DNAまたはSTR DNAへと向けられている、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記第1のセグメントが、目的の標的ゲノム配列に対し少なくとも80%相補的である、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記標的化配列が、PAM配列に対し5’にあるヌクレオチドの配列の反対の鎖に対し少なくとも80%相補的である、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記第2のセグメントが、gRNAステムループ配列を含む、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記第2のセグメントの配列が、GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号1)を含むか、またはGUUUUAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUUC(配列番号2)を含む、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記第2のセグメントの配列が、crRNAおよびtracrRNAを含む、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、細菌種に由来する、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、古細菌種に由来する、請求項122に記載のガイドRNA。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、I型、II型またはIII型タンパク質である、請求項123に記載のガイドRNA。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2、Cm5、dCas9およびcas9ニッカーゼ、ならびにそれらの操作されたバージョンからなる群から選択される、請求項123に記載のガイドRNA。
- 前記第2のセグメントが、Cas9結合配列である、請求項122に記載のガイドRNA。
- Cas9タンパク質と、請求項122に記載のgRNAとを含む複合体。
- 試料における標的化された配列の枯渇および分配、非宿主核酸についての試料の濃縮、または試料における標的化された核酸の連続的な枯渇のための方法であって、
a.試料から抽出された核酸を提供するステップと、
b.(i)請求項66に記載のgRNAの収集物、および(ii)核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質を含む複数の複合体と前記試料とを接触させるステップと
を含む方法。 - 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、CRISPR/Cas系タンパク質を含む、請求項142に記載の方法。
- 前記CRISPR/Cas系タンパク質が、Cas9を含む、請求項143に記載の方法。
- 核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードするDNAにライゲートされた標的化配列をコードするDNAをそれぞれ含む核酸の収集物を作製する方法であって、
a.PAM配列に対し5’にある目的の配列および反対の鎖におけるその逆相補的配列をそれぞれ含む二本鎖DNA分子を提供するステップと、
b.前記二本鎖DNA分子において酵素消化反応を実行するステップであって、切断が、前記PAM配列および/または反対の鎖におけるその逆相補的配列に生成されるが、前記二本鎖DNAから前記PAM配列および/または反対の鎖におけるその逆相補的配列を完全に除去しないステップと、
c.認識配列を含むアダプタをステップ(b)の結果生じたDNA分子にライゲートするステップと、
d.ステップ(c)の前記認識配列を認識する制限酵素とステップ(c)の前記DNA分子とを接触させるステップであって、それによって、前記PAM配列に対してすぐ接して5’にある平滑末端化された二本鎖切断を含むDNA断片を生成し、それによって、前記PAM配列および酵素認識部位を含有する前記アダプタを除去するステップと、
e.ステップ(d)の結果生じた二本鎖DNA断片を、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードするDNAとライゲートするステップであって、それによって、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードするDNAにライゲートされた標的化配列をコードするDNAをそれぞれ含む複数のDNA断片を生成するステップと
を含む方法。 - 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、CRISPR/Cas系タンパク質である、請求項145に記載の方法。
- 前記収集物の出発DNA分子が、前記PAM配列に対し5’にある前記目的の配列の上流の調節配列をさらに含む、請求項145に記載の方法。
- 前記調節配列が、プロモーターを含む、請求項146に記載の方法。
- 前記プロモーターが、T7、Sp6またはT3配列を含む、請求項148に記載の方法。
- 前記二本鎖DNA分子が、ゲノムDNA、インタクトなDNAまたは剪断されたDNAである、請求項145に記載の方法。
- 前記ゲノムDNAが、ヒト、マウス、鳥類、魚類、植物、昆虫、細菌またはウイルスである、請求項150に記載の方法。
- 標的化配列をコードするDNAセグメントが、少なくとも22bpである、請求項145に記載の方法。
- 標的化配列をコードするDNAセグメントが、15〜250bpのサイズ範囲である、請求項145に記載の方法。
- 前記PAM配列が、AGG、CGGまたはTGGである、請求項145に記載の方法。
- 前記PAM配列が、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a〜c、Cas10、Cse1、Csy1、Csn2、Cas4、Csm2およびCm5からなる群から選択されるCRISPR/Cas系タンパク質に特異的である、請求項145に記載の方法。
- ステップ(b)が、(1)CCD部位において一本鎖にニックを作製することができる酵素と前記DNA分子とを接触させるステップであって、それによって、目的の配列およびそれに続くHGG配列をそれぞれ含む複数のニック二本鎖DNA分子を生成し、前記DNA分子が、前記CCD部位においてニックを入れられるステップと、(2)エンドヌクレアーゼと前記ニック二本鎖DNA分子とを接触させるステップであって、それによって、目的の配列およびそれに続くHGG配列をそれぞれ含む複数の二本鎖DNA断片を生成し、HGGおよび/またはCCD配列由来の残っているヌクレオチドが取り残されるステップとをさらに含む、請求項145に記載の方法。
- ステップ(d)が、ステップ(c)の前記認識配列を認識する前記制限酵素により切断する前のステップ(c)由来の、前記アダプタがライゲートされたDNA断片のPCR増幅をさらに含み、PCR後に、前記認識配列が、前記PAM配列の3’に位置し、調節配列が、前記PAM配列の5’遠位端に位置する、請求項145に記載の方法。
- ステップ(b)の酵素反応が、Nt.CviPII酵素およびT7エンドヌクレアーゼI酵素の使用を含む、請求項145に記載の方法。
- ライゲートされるべき前記アダプタが、オーバーハングを含まない場合、ステップ(c)が、T4 DNAポリメラーゼによる平滑末端反応をさらに含む、請求項145に記載の方法。
- ステップ(c)の前記アダプタが、(1)前記アダプタがY字型であり、オーバーハングを含む場合、一方の鎖に制限酵素認識配列を、他方の鎖に調節配列を含む二本鎖である;または(2)前記アダプタがY字型でない場合、両方の鎖にパリンドローム酵素認識配列を有する、のいずれかである、請求項145に記載の方法。
- ステップ(d)の前記制限酵素が、MlyIである、請求項145に記載の方法。
- ステップ(d)が、XhoI酵素と前記DNA分子とを接触させるステップをさらに含む、請求項145に記載の方法。
- ステップ(e)において、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードする前記DNAが、配列、GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号1)を含むRNAをコードするか、または配列、GUUUUAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUUC(配列番号2)を含むRNAをコードする、請求項145に記載の方法。
- 前記目的の標的化された配列が、生物のゲノムにわたって10,000bpまたはそれ未満毎の間隔にある、請求項145に記載の方法。
- 核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードするDNAにライゲートされた標的化配列をコードするDNAをそれぞれ含む核酸の収集物を作製する方法であって、
a.目的の配列、NGG部位およびその相補体CCN部位をそれぞれ含む複数の二本鎖DNA分子を提供するステップと、
b.CCN部位において一本鎖にニックを作製することができる酵素と前記分子とを接触させるステップであって、それによって、前記NGG部位に対して5’に目的の配列をそれぞれ含む複数のニック二本鎖DNA分子を生成し、前記DNA分子が、前記CCD部位にニックを入れられるステップと、
c.エンドヌクレアーゼと前記ニック二本鎖DNA分子とを接触させるステップであって、それによって、目的の配列をそれぞれ含む複数の二本鎖DNA断片を生成し、前記断片が、末端オーバーハングを含むステップと、
d.5’から3’のエキソヌクレアーゼ活性がない酵素と前記二本鎖DNA断片とを接触させるステップであって、前記二本鎖DNA断片を平滑末端化し、それによって、目的の配列をそれぞれ含む複数の平滑末端化二本鎖断片を生成するステップと、
e.末端NGG部位を切断する酵素とステップdの前記平滑末端化二本鎖断片とを接触させるステップと、
f.ステップeの結果生じた二本鎖DNA断片を、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードするDNAとライゲートするステップであって、それによって、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードするDNAにライゲートされた標的化配列をそれぞれ含む複数のDNA断片を生成するステップと
を含む方法。 - 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、CRISPR/Cas系タンパク質である、請求項165に記載の方法。
- 前記複数の二本鎖DNA分子が、前記NGG部位の5’上流に調節配列を有する、請求項165に記載の方法。
- 調節配列が、T7、SP6またはT3配列を含む、請求項166に記載の方法。
- NGG部位が、AGG、CGGまたはTGGを含み、CCN部位が、CCT、CCGまたはCCAを含む、請求項153に記載の方法。
- 目的の配列をそれぞれ含む前記複数の二本鎖DNA分子が、ゲノムDNAの剪断された断片を含む、請求項165に記載の方法。
- 前記ゲノムDNAが、哺乳動物、原核生物、真核生物、鳥類、細菌またはウイルスである、請求項170に記載の方法。
- ステップ(a)における前記複数の二本鎖DNA分子が、少なくとも500bpである、請求項165に記載の方法。
- ステップbにおける前記酵素が、Nt.CviPII酵素である、請求項165に記載の方法。
- ステップcにおける前記酵素が、T7エンドヌクレアーゼIである、請求項165に記載の方法。
- ステップdにおける前記酵素が、T4 DNAポリメラーゼである、請求項165に記載の方法。
- ステップfにおいて、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードする前記DNAが、配列、GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号1)を含むRNAをコードするか、または配列、GUUUUAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUUC(配列番号2)を含むRNAをコードする、請求項165に記載の方法。
- 前記ステップeが、MlyI認識部位を保有するアダプタをライゲートするステップと、MlyI酵素により消化するステップとを追加で含む、請求項165に記載の方法。
- 前記目的の配列が、ゲノムにわたって、10,000bpまたはそれ未満毎の間隔にある、請求項165に記載の方法。
- 標的化配列をコードするDNAおよび核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードするDNAをそれぞれ含む核酸の収集物を作製する方法であって、
a.NGGおよびCCN部位を含む複数の目的の配列を含むゲノムDNAを提供するステップと、
b.前記ゲノムDNAにニックを作製することができる酵素と前記ゲノムDNAとを接触させるステップであって、それによって、CCN部位にニックを入れられたニックゲノムDNAを生成するステップと、
c.エンドヌクレアーゼと前記ニックゲノムDNAとを接触させるステップであって、それによって、オーバーハングを有する二本鎖DNA断片を生成するステップと、
d.ステップc由来のオーバーハングを有する前記DNAをY字型アダプタにライゲートステップであって、これによって、前記NGG部位の3’のみに制限酵素認識配列を、前記目的の配列の5’に調節配列を導入するステップと、
e.前記酵素認識配列を保有する前記アダプタと共に前記NGG部位を切断除去する酵素とステップd由来の産物とを接触させるステップと、
f.ステップeの結果生じた二本鎖DNA断片を、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードするDNAとライゲートするステップであって、それによって、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードするDNAにライゲートされた目的の配列をそれぞれ含む複数のDNA断片を生成するステップと
を含む方法。 - 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質が、CRISPR/Cas系タンパク質である、請求項179に記載の方法。
- 前記NGG部位が、AGG、CGGまたはTGGを含み、CCN部位が、CCT、CCGまたはCCAを含む、請求項179に記載の方法。
- 前記調節配列が、プロモーター配列を含む、請求項179に記載の方法。
- 前記プロモーター配列が、T7、SP6またはT3配列を含む、請求項182に記載の方法。
- 前記DNA断片が、ゲノムDNAの剪断された断片である、請求項179に記載の方法。
- 前記ゲノムDNAが、哺乳動物、原核生物、真核生物またはウイルスである、請求項179に記載の方法。
- 前記断片が、少なくとも200bpである、請求項179に記載の方法。
- ステップbにおける前記酵素が、Nt.CviPII酵素である、請求項179に記載の方法。
- ステップcにおける前記酵素が、T7エンドヌクレアーゼIである、請求項179に記載の方法。
- ステップdが、前記アダプタがライゲートされたDNAのPCR増幅をさらに含む、請求項179に記載の方法。
- ステップfにおいて、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質結合配列をコードする前記DNAが、配列、GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号1)を含むRNAをコードするか、または配列、GUUUUAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUUC(配列番号2)を含むRNAをコードする、請求項179に記載の方法。
- ステップeにおいてNGG部位を除去する前記酵素が、MlyIである、請求項179に記載の方法。
- 前記収集物の前記目的の標的が、ゲノムにわたって、10,000bpまたはそれ未満毎の間隔にある、請求項179に記載の方法。
- 請求項1に記載の核酸の収集物を含むキット。
- 請求項34に記載の核酸の収集物を含むキット。
- 請求項66に記載のガイドRNAの収集物を含むキット。
- ガイド核酸の収集物を作製する方法であって、
a.供給源試料における豊富な細胞を得るステップと、
b.前記豊富な細胞から核酸を収集するステップと、
c.前記核酸からガイド核酸(gNA)の収集物を調製するステップと
を含む方法。 - 前記豊富な細胞が、前記供給源試料における1または複数の最も豊富な細菌種由来の細胞を含む、請求項196に記載の方法。
- 前記豊富な細胞が、2以上の種由来の細胞を含む、請求項196に記載の方法。
- 前記豊富な細胞が、ヒト細胞を含む、請求項196に記載の方法。
- 前記豊富な細胞が、動物細胞を含む、請求項196に記載の方法。
- 前記豊富な細胞が、植物細胞を含む、請求項196に記載の方法。
- 前記豊富な細胞が、細菌細胞を含む、請求項196に記載の方法。
- gNAの前記ライブラリーと核酸ガイド化ヌクレアーゼとを接触させるステップであって、核酸ガイド化ヌクレアーゼ−gNA複合体を形成するステップをさらに含む、請求項196に記載の方法。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ−gNA複合体を使用するステップをさらに含み、標的部位において標的核酸を切断し、前記gNAが、前記標的部位に対して相補的である、請求項203に記載の方法。
- 前記標的核酸が、前記供給源試料に由来する、請求項204に記載の方法。
- 前記標的核酸の種が、前記供給源試料の種と同じである、請求項204に記載の方法。
- 前記標的核酸の前記種および前記供給源試料の前記種が、ヒトである、請求項206に記載の方法。
- 前記標的核酸の前記種および前記供給源試料の前記種が、動物である、請求項206に記載の方法。
- 前記標的核酸の前記種および前記供給源試料の前記種が、植物である、請求項206に記載の方法。
- 標的化配列をそれぞれ含む核酸の収集物を作製する方法であって、
a.供給源DNAを得るステップと、
b.ニッキング酵素認識部位においてニッキング酵素により前記供給源DNAにニックを入れるステップであって、これによって、近位ニックに二本鎖切断を生成するステップと、
c.前記二本鎖切断のオーバーハングを修復するステップであって、これによって、(i)標的化配列および(ii)前記ニッキング酵素認識部位を含む二本鎖断片を生成するステップと
を含む方法。 - 標的化配列をそれぞれ含む核酸の収集物を作製する方法であって、
a.供給源DNAを得るステップと、
b.ニッキング酵素認識部位においてニッキング酵素により前記供給源DNAにニックを入れるステップであって、これによって、ニックを生成するステップと、
c.前記ニックから新しい鎖を合成するステップであって、これにより、標的化配列を含む前記供給源DNAの一本鎖断片を生成するステップと
を含む方法。 - 前記一本鎖断片から前記標的化配列を含む二本鎖断片を生成するステップをさらに含む、請求項211に記載の方法。
- 前記二本鎖断片を生成するステップが、ランダムプライミングおよび伸長を含む、請求項212に記載の方法。
- 前記ランダムプライミングが、ランダムn−mer領域およびプロモーター領域を含むプライマーにより行われる、請求項213に記載の方法。
- 前記ランダムn−mer領域が、ランダムヘキサマー領域である、請求項214に記載の方法。
- 前記ランダムn−mer領域が、ランダムオクタマー領域である、請求項214に記載の方法。
- 前記プロモーター領域が、T7プロモーター領域である、請求項214に記載の方法。
- ヌクレアーゼ認識部位を含むヌクレアーゼ認識部位核酸を前記二本鎖断片にライゲートするステップをさらに含む、請求項210または212に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼ認識部位が、前記ニッキング酵素認識部位の長さに等しい前記ヌクレアーゼ認識部位からの距離において切断するヌクレアーゼに対応する、請求項218に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼ認識部位が、MlyI認識部位である、請求項219に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼ認識部位が、BaeI認識部位である、請求項219に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼにより前記二本鎖断片を消化するステップをさらに含み、これによって、前記二本鎖断片から前記ニッキング酵素認識部位を除去する、請求項219に記載の方法。
- 前記二本鎖断片を、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質認識部位を含む核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質認識部位核酸にライゲートするステップをさらに含む、請求項222に記載の方法。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質認識部位が、ガイドRNAステムループ配列を含む、請求項223に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼ認識部位が、前記標的化配列の長さに等しい前記ヌクレアーゼ認識部位からの距離において切断するヌクレアーゼに対応する、請求項218に記載の方法。
- 前記標的化配列の前記長さが、20塩基対である、請求項225に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼ認識部位が、MmeI認識部位である、請求項225に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼにより前記二本鎖断片を消化するステップをさらに含む、請求項225に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼ認識部位が、前記標的化配列の長さプラス前記ニッキング酵素認識部位の長さに等しい前記ヌクレアーゼ認識部位からの距離において切断するヌクレアーゼに対応する、請求項218に記載の方法。
- 前記標的化配列の前記長さプラス前記ニッキング酵素認識部位の長さが、23塩基対である、請求項229に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼ認識部位が、EcoP15I認識部位である、請求項229に記載の方法。
- 前記ヌクレアーゼにより前記二本鎖断片を消化するステップをさらに含む、請求項229に記載の方法。
- 前記二本鎖断片を、核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質認識部位を含む核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質認識部位核酸にライゲートするステップをさらに含む、請求項212に記載の方法。
- 前記核酸ガイド化ヌクレアーゼ系タンパク質認識部位が、ガイドRNAステムループ配列を含む、請求項233に記載の方法。
- 請求項145、165、179、196、210または211に記載の方法を実施するための、あらゆる必須の試薬および説明書を含むキット。
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