JP2018135388A - シュードモナス抗原および抗原の組み合わせ - Google Patents

シュードモナス抗原および抗原の組み合わせ Download PDF

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Abstract

【課題】シュードモナス抗原および抗原の組み合わせを提供すること。【解決手段】有効なＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａワクチンは、１つまたは複数の抗原性成分を必要とし得るので、免疫化に使用するために様々なＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ抗原を同定している。これらのポリペプチドは、必要に応じて、他の院内抗原と組み合わせて使用され得る。これらのポリペプチドは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ糖またはその他Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａポリペプチドあるいは他の病原体（すなわち、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、大腸菌など）由来の抗原と組み合わせられ得る。これらの抗原は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａワクチンにおいて有用であるが、複数の病原体に対する免疫化のためのワクチンの成分としても使用され得る。【選択図】なし

Description

本出願は、２０１２年１１月３０日に出願された英国仮出願第１２２１６３８．８号に対して利益を主張し、これの全体の内容が、すべての目的のために参考として本明細書中に本明細書によって援用される。
本発明は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来の抗原、および免疫化におけるそれらの使用に関する。
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａは、水の溜まり場および土壌を含むほとんどの環境で見られる日和見グラム陰性細菌病原体であり、世界中で主要な院内病原菌の１つである。このグラム陰性細菌は、嚢胞性線維症（ＣＦ）患者における罹患率および死亡率の主要な原因であることが最もよく知られており、成人ＣＦ患者の８０％がＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａを肺に有し［１］、最近では、メディアにより「スーパーバグ」と分類されて悪評を得ている。後者は、この日和見病原体が抗生物質に対して有する本来の耐性から生じ［２］、院内感染の原因として突出している（すなわち、英国の病院では毎年、推定１０，０００件の症例がある）［３］。
抗菌治療の大きな進歩にもかかわらず、この生物の自然抵抗性、および様々な機構により複数の抗菌剤に対する耐性を獲得する卓越した能力を主な理由として、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症の有効な処置および管理は依然として根強い問題である。
Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するワクチンが長い間求められているが、これまで利用可能ではない。細胞内画分、莢膜成分、精製タンパク質および組換えタンパク質を含むいくつかのワクチン候補が、実験動物およびヒトで評価されている。
宿主および病原体の固有の特性が、ワクチン開発を困難にしている。
参考文献４には、２つの外膜由来タンパク質（すなわち、ＯｐｒＦおよびＯｐｒＩ）の２つの断片の融合により得られた単一の融合ポリペプチドによる組換えタンパク質ベースのワクチン法が報告されている。このワクチンは臨床試験中であり［５］、さらなる詳細は参考文献６に開示されている。
したがって、単一抗原として使用するための、またはＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａワクチンと組み合わせて使用するための、そして特に、例えば嚢胞性線維症を含む複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ病状に対して有用なワクチンのためのさらなる改善された抗原を同定する必要がある。要するに、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対する有効なワクチンを得る必要性が依然として存在する。
欧州特許第０７１７１０６号明細書 国際公開第２０１２／０８４２７２号
ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｌｅｔｔ． ２００９ Ｎｏｖ；３００（２）：１５３−６４． Ｊ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ． ２００９ Ａｕｇ；６４（２）：２２９−３８． Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｒｅｖ． ２００９ Ｏｃｔ； ２２（４）：５８２−６１０． Ｍａｎｓｏｕｒｉ ｅｔ ａｌ．， Ｉｎｆｅｃｔ． Ｉｍｍｕｎ． １９９９， ６７（３）：１４６１
本発明の開示
特定の実施形態では例えば以下の項目が提供される：
（項目１）
ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）抗原；ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原；ＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）抗原；ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原；ＰＳＥ１１−３（ＰＡ１２４８）抗原；ＰＳＥ４１−５（ＰＡ２４０７）抗原；ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）；ＰＳＥ５−１（ＰＡ０５９５）；ＰＳＥ１３−２（ＰＡ１９５４）；ＰＳＥ１７−１（ＰＡ３６９２）；ＰＳＥ１８−２（ＰＡ４３７０）；ＰＳＥ２０−１（ＰＡ４７３５）；ＰＳＥ２３−１（ＰＡ３６４７）；ＰＳＥ２４−１（ＰＡ０１２６）；ＰＳＥ２５−１（ＰＡ０１８９）；ＰＳＥ２６−１（ＰＡ０２７４）；ＰＳＥ２８−２（ＰＡ０５３７）；ＰＳＥ３１−２（ＰＡ０７３７）；ＰＳＥ３３−２（ＰＡ１０８６）；ＰＳＥ４２−１（ＰＡ２７９３）；ＰＳＥ４５−２（ＰＡ３５３５）；ＰＳＥ５０−１（ＰＡ４５７８）；ＰＳＥ５１−４（ＰＡ４６６７）；ＰＳＥ１９−１（ＰＡ４７１０）；ＰＳＥ３４−１（ＰＡ１１０６）；ＰＳＥ３６−３（ＰＡ１３２４）；ＰＳＥ３８−１（ＰＡ１７７７）のリストから選択される１個またはそれより多くの抗原を含む、免疫原性組成物。
（項目２）
抗原が、ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原；ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原；ＰＳＥ４１−５（ＰＡ２４０７）抗原；ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）；ＰＳＥ５−１（ＰＡ０５９５）；ＰＳＥ１３−２（ＰＡ１９５４）；ＰＳＥ１７−１（ＰＡ３６９２）；ＰＳＥ１８−２（ＰＡ４３７０）；ＰＳＥ２０−１（ＰＡ４７３５）；ＰＳＥ２３−１（ＰＡ３６４７）；ＰＳＥ２４−１（ＰＡ０１２６）；ＰＳＥ２５−１（ＰＡ０１８９）；ＰＳＥ２６−１（ＰＡ０２７４）；ＰＳＥ２８−２（ＰＡ０５３７）；ＰＳＥ３１−２（ＰＡ０７３７）；ＰＳＥ３３−２（ＰＡ１０８６）；ＰＳＥ４２−１（ＰＡ２７９３）；ＰＳＥ４５−２（ＰＡ３５３５）；ＰＳＥ５０−１（ＰＡ４５７８）；ＰＳＥ５１−４（ＰＡ４６６７）；ＰＳＥ３４−１（ＰＡ１１０６）；ＰＳＥ３６−３（ＰＡ１３２４）のいずれかから選択される、項目１に記載の免疫原性組成物。
（項目３）
前記１個またはそれより多くの抗原が、ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原、ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原；ＰＳＥ４１−５（ＰＡ２４０７）；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）抗原；ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原またはＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）抗原；ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）抗原；ＰＳＥ１１−３（ＰＡ１２４８）から選択される、項目１に記載の組成物。
（項目４）
ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）抗原；ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原；ＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）抗原；ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原；ＰＳＥ１１−３（ＰＡ１２４８）抗原；ＰＳＥ４１（ＰＡ２４０７）抗原；ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）；ＰＳＥ５−１（ＰＡ０５９５）；ＰＳＥ１３−２（ＰＡ１９５４）；ＰＳＥ１７−１（ＰＡ３６９２）；ＰＳＥ１８−２（ＰＡ４３７０）；ＰＳＥ２０−１（ＰＡ４７３５）；ＰＳＥ２３−１（ＰＡ３６４７）；ＰＳＥ２４−１（ＰＡ０１２６）；ＰＳＥ２５−１（ＰＡ０１８９）；ＰＳＥ２６−１（ＰＡ０２７４）；ＰＳＥ２８−２（ＰＡ０５３７）；ＰＳＥ３１−２（ＰＡ０７３７）；ＰＳＥ３３−２（ＰＡ１０８６）；ＰＳＥ４２−１（ＰＡ２７９３）；ＰＳＥ４５−２（ＰＡ３５３５）；ＰＳＥ５０−１（ＰＡ４５７８）；ＰＳＥ５１−４（ＰＡ４６６７）；ＰＳＥ１９−１（ＰＡ４７１０）；ＰＳＥ３４−１（ＰＡ１１０６）；ＰＳＥ３６−３（ＰＡ１３２４）；ＰＳＥ３８−１（ＰＡ１７７７）のリストから選択される抗原少なくとも２個を組み合わせで含む、項目１に記載の組成物。
（項目５）
ＰｉｌＡ、ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ、ＦｌｉＣ、ＦｌｉＤ、ＥｘｏＡのリストから選択される任意の他の抗原をさらに含む、項目４に記載の組成物であって、前記抗原のうちの１個がＰＳＥ５４である、項目４に記載の組成物。
（項目６）
ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）、ＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）、ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）、ＰＳＥ２１−５（ＰＡ４７６５）から選択される少なくとも１個の抗原を含み、他の抗原がＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）である、項目４に記載の組成物。
（項目７）
ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原；ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）抗原；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）抗原；ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原；ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原；ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）抗原またはＯｐｒＦ−ＯｐｒＩからなる群より選択される２個またはそれより多くの抗原を含む、項目４に記載の組成物。
（項目８）
前記抗原の１個またはそれより多くが水酸化アルミニウムアジュバントに吸着されており、必要に応じて、前記組成物がヒスチジン緩衝剤を含む、前記項目のいずれかに記載の組成物。
（項目９）
（ｉ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａエキソポリサッカライドと、（ｉｉ）担体タンパク質とのコンジュゲート１つまたはそれより多くをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の組成物。
（項目１０）
前記項目のいずれかに記載のポリペプチドを含む免疫原性組成物であって、
（Ａ）（ｉ）Ｓ．ａｕｒｅｕｓエキソポリサッカライドのコンジュゲート１つまたはそれより多く；
（Ｂ）（ｉ）Ｓ．ａｕｒｅｕｓのタンパク質抗原１つまたはそれより多くまたは
（Ｃ）１個またはそれより多くの病原性大腸菌抗原
（Ｄ）１個またはそれより多くの病原性Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ抗原
の１つまたはそれより多くをさらに含む、免疫原性組成物。
（項目１１）
項目１または項目２のいずれかに記載のポリペプチドと、（ｉ）ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ抗原；（ｉｉ）ＦｌｉＣ抗原；（ｉｉｉ）ＦｌｉＤ抗原および／または（ｉｖ）ＰｉｌＡ抗原の１個またはそれより多くとを含む、免疫原性組成物。
（項目１２）
アジュバントを含む、前記項目のいずれかに記載の組成物。
（項目１３）
配列番号１〜３５または配列番号３６〜６５のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列と８０％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
（項目１４）
項目１１〜１２または項目１３のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む、医薬組成物。
（項目１５）
哺乳動物における免疫応答を引き起こすのに使用するための、前記項目のいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
（項目１６）
院内感染に対する予防ワクチンまたは治療ワクチンとして使用するための、前記項目のいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
（項目１７）
哺乳動物における免疫応答を引き起こすための方法であって、有効量の前記項目のいずれかに記載のポリペプチドまたは組成物を該哺乳動物に投与する工程を含む、方法。
本発明者らは、単独または組み合わせのいずれかで免疫化に有用である様々なＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａポリペプチドを同定した。これらのポリペプチドは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ糖またはその他Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａポリペプチドあるいは他の病原体（すなわち、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、大腸菌など）由来の抗原と組み合わせられ得る。これらの抗原は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａワクチンにおいて有用であるが、複数の病原体に対する免疫化のためのワクチンの成分としても使用され得る。
本発明者らは、全部で以下のポリペプチドを同定した：
ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）抗原；ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原；ＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）抗原；ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原；ＰＳＥ１１−３（ＰＡ１２４８）抗原；ＰＳＥ４１−５（ＰＡ２４０７）抗原；ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）；ＰＳＥ５−１（ＰＡ０５９５）；ＰＳＥ１３−２（ＰＡ１９５４）；ＰＳＥ１７−１（ＰＡ３６９２）；ＰＳＥ１８−２（ＰＡ４３７０）；ＰＳＥ２０−１（ＰＡ４７３５）；ＰＳＥ２３−１（ＰＡ３６４７）；ＰＳＥ２４−１（ＰＡ０１２６）；ＰＳＥ２５−１（ＰＡ０１８９）；ＰＳＥ２６−１（ＰＡ０２７４）；ＰＳＥ２８−２（ＰＡ０５３７）；ＰＳＥ３１−２（ＰＡ０７３７）；ＰＳＥ３３−２（ＰＡ１０８６）；ＰＳＥ４２−１（ＰＡ２７９３）；ＰＳＥ４５−２（ＰＡ３５３５）；ＰＳＥ５０−１（ＰＡ４５７８）；ＰＳＥ５１−４（ＰＡ４６６７）；ＰＳＥ１９−１（ＰＡ４７１０）；ＰＳＥ３４−１（ＰＡ１１０６）；ＰＳＥ３６−３（ＰＡ１３２４）；ＰＳＥ３８−１（ＰＡ１７７７）。
選択された抗原の全セットの中で、ワクチン抗原として過去に試験されたことがない抗原群と説明されている「第１の抗原群」は区別され得る。「第１の抗原群」は、３０個の選択された抗原のうちの２５個を含む。
特に、「第１の抗原群」は、以下の抗原を含む：ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原；ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原；ＰＳＥ４１−５（ＰＡ２４０７）抗原；ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）抗原；ＰＳＥ５−１（ＰＡ０５９５）抗原；ＰＳＥ１３−２（ＰＡ１９５４）抗原；ＰＳＥ１７−１（ＰＡ３６９２）抗原；ＰＳＥ１８−２（ＰＡ４３７０）抗原；ＰＳＥ２０−１（ＰＡ４７３５）抗原；ＰＳＥ２３−１（ＰＡ３６４７）抗原；ＰＳＥ２４−１（ＰＡ０１２６）抗原；ＰＳＥ２５−１（ＰＡ０１８９）抗原；ＰＳＥ２６−１（ＰＡ０２７４）抗原；ＰＳＥ２８−２（ＰＡ０５３７）抗原；ＰＳＥ３１−２（ＰＡ０７３７）抗原；ＰＳＥ３３−２（ＰＡ１０８６）抗原；ＰＳＥ４２−１（ＰＡ２７９３）抗原；ＰＳＥ４５−２（ＰＡ３５３５）抗原；ＰＳＥ５０−１（ＰＡ４５７８）抗原；ＰＳＥ５１−４（ＰＡ４６６７）抗原；ＰＳＥ３４−１（ＰＡ１１０６）抗原；およびＰＳＥ３６−３抗原（ＰＡ１３２４）。
したがって、本発明は、第１の抗原群から選択される１個またはそれより多く（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個またはそれより多く）の抗原を含む免疫原性組成物を提供する。
第１の抗原群では、抗原は、好ましくは、ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原、ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原；ＰＳＥ４１−５（ＰＡ２４０７）抗原；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）抗原；および／またはＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原のリストから選択される。
「第１の抗原群」では、抗原は、好ましくは、５個のポリペプチドのサブセットから選択され、単一抗原としてまたは組み合わせて使用する場合にインビボで防御免疫応答を引き起こすのに特に有用なものは、ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原；ＰＳＥ４２−１（ＰＡ２７９３）である。
第１の抗原群では、列挙されている抗原はすべて、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して使用するための単一抗原として選択され得るが、ただし、有用には、ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原をこのリスト（「第１の抗原群」）から除外し得るという条件である。
「第２の抗原群」は、独立した免疫原性ワクチン抗原候補として既に提案されているがインビボ実験で少なくとも２個（すなわち、２個、３個、４個、５個、６個またはそれより多く）の抗原の組み合わせで全く検討されていない、同定されている抗原の群と定義される。「第２の抗原群」のあるサブセットは、「さらなる抗原性ポリペプチド」群と定義され、インビボでワクチン抗原として広範囲に試験されている抗原性ポリペプチドを含む。
第２の抗原群は、以下のリストの抗原を含む：ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）抗原；ＰＳＥ１１−３（ＰＡ１２４８）抗原；ＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）抗原；ＰＳＥ１９−１（ＰＡ４７１０）抗原；およびＰＳＥ３８−１（ＰＡ１７７７）抗原。
「さらなる抗原性ポリペプチド」群と定義される第２の抗原群のサブセットは、以下のリストの抗原を含む：ＰｉｌＡ（ＰＡ４５２４）、ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ、ＦｌｉＣ（ＰＡ１０９２）、ＦｌｉＤ（ＰＡ１０９４）および／または細胞外タンパク質Ａ（ＰＡ１１４８）。したがって、「第２の抗原群」は、全部で１０個のポリペプチドを含む。
したがって、本発明は、抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）抗原；ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原；ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）抗原；ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）抗原；ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）抗原；ＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）抗原；ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）抗原；ＰＳＥ１１−３（ＰＡ１２４８）抗原；ＰＳＥ４１（ＰＡ２４０７）抗原；ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）；ＰＳＥ５−１（ＰＡ０５９５）；ＰＳＥ１３−２（ＰＡ１９５４）；ＰＳＥ１７−１（ＰＡ３６９２）；ＰＳＥ１８−２（ＰＡ４３７０）；ＰＳＥ２０−１（ＰＡ４７３５）；ＰＳＥ２３−１（ＰＡ３６４７）；ＰＳＥ２４−１（ＰＡ０１２６）；ＰＳＥ２５−１（ＰＡ０１８９）；ＰＳＥ２６−１（ＰＡ０２７４）；ＰＳＥ２８−２（ＰＡ０５３７）；ＰＳＥ３１−２（ＰＡ０７３７）；ＰＳＥ３３−２（ＰＡ１０８６）；ＰＳＥ４２−１（ＰＡ２７９３）；ＰＳＥ４５−２（ＰＡ３５３５）；ＰＳＥ５０−１（ＰＡ４５７８）；ＰＳＥ５１−４（ＰＡ４６６７）；ＰＳＥ１９−１（ＰＡ４７１０）；ＰＳＥ３４−１（ＰＡ１１０６）；ＰＳＥ３６−３（ＰＡ１３２４）；ＰＳＥ３８−１（ＰＡ１７７７）からなる群より選択される２個またはそれより多く（すなわち、２個、３個、４個、５個、６個またはそれより多く）の抗原を含む免疫原性組成物を提供する。
第１の抗原群では、抗原は、好ましくは、３０個のポリペプチドのうち７個のサブセット（すなわち、ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）、ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）、ＰＳＥ４１−５（ＰＡ２４０７）、ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）、ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）、ＰＳＥ２７−１（ＰＡ０３２８）またはＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原）と、「第２の抗原群」のサブセット（すなわち、ＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）、ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）、ＰＳＥ１１−３（ＰＡ１２４８））と、「さらなる抗原性ポリペプチド」群と定義される「第２の抗原群」のサブセットから選択されるＯｐｒＦ−ＯｐｒＩとから選択される。したがって、本発明は、抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、これら１１個の抗原からなる群より選択される２個またはそれより多く（すなわち、２個、３個、４個、５個、６個またはそれより多く）の抗原を含む免疫原性組成物を提供する。
第１の、第２のおよびさらなる抗原性ポリペプチド群から選択される１１個の抗原では、可能なペアの抗原の組み合わせが５５通りある。
本明細書では「さらなる抗原性ポリペプチド」と称される５個のポリペプチドのサブセットを含む「第２の抗原群」では、合計１０個のポリペプチドがある。本発明は、抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、「第２の抗原群」または「さらなる抗原性ポリペプチド」群のいずれか１つと共に、「第１の抗原群」の好ましい抗原のいずれかから選択される２個またはそれより多く（すなわち、２個、３個、４個、５個、６個またはそれより多く）の抗原の混合物を含む免疫原性組成物を提供する。
本発明は、抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、第１の抗原群および第２の抗原群の任意の抗原から選択される２個またはそれより多く（すなわち、２個、３個、４個、５個、６個またはそれより多く）の抗原の混合物を含む免疫原性組成物を提供する。
第１の抗原群および第２の抗原群の混合物の３０個の抗原では、異なる抗原の可能なペアが４３５通りある。このようなペアのすべてが本明細書に開示されており、本発明の一部である。したがって、本発明は、抗原のペアを含む免疫原性組成物であって、該ペアが前記４３５通りのペアの１つである免疫原性組成物を提供する。
第１の抗原群および第２の抗原群の混合物の３５個の抗原では、異なる抗原の可能なペアが５９５通りある。このようなペアのすべてが本明細書に開示されており、本発明の一部である。したがって、本発明は、抗原のペアを含む免疫原性組成物であって、該ペアが前記５９５通りのペアの１つである免疫原性組成物を提供する。
一実施形態では、組成物は、第１の抗原群から選択される少なくとも１個（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個またはそれより多く）の抗原と、第２の抗原群から選択される少なくとも１個（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個またはそれより多く）の抗原とを含む。第１の抗原群からの抗原は、ＰＳＥ５４（ＰＡ５３４０）、ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）、ＰＳＥ４１−５（ＰＡ２４０７）、ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）、ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）またはＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）抗原の好ましいサブセットから選択され得、第２の抗原群からの抗原は、ＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）、ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）から、または第２の抗原群のさらなる抗原性ポリペプチドサブセットのいずれか（融合ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩが好ましい）から選択され得る。
本発明はまた、抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ＰＳＥ５４抗原；（２）ＰＳＥ１０−１抗原；（３）ＰＳＥ４４−４抗原；（４）ＰＳＥ５２−１抗原；（５）ＰＳＥ５３−１抗原；（６）ＰＳＥ２１−５抗原；（７）ＰＳＥ２７−１抗原；（８）ＰＳＥ４７Ａ−２抗原；および／または（９）ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ抗原からなる群より選択される２個またはそれより多く（すなわち、２個、３個、４個または５個）の抗原を含む免疫原性組成物を提供する。
第１の抗原群、第２の抗原群および／またはさらなる抗原群から選択される好ましい９個の抗原では、異なる抗原の可能なペアが３６通りある。このようなペアのすべてが本明細書に開示されており、本発明の一部である。したがって、本発明は、抗原のペアを含む免疫原性組成物であって、該ペアが前記３６通りのペアの１つである免疫原性組成物を提供する。
組成物はまた、アジュバント、例えば水酸化アルミニウムアジュバントを含み得る。
本発明の有利な組み合わせは、２個またはそれより多くの抗原が相乗的に作用するものである。したがって、それらの組み合わせ投与により達成されるＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ疾患に対する防御は、それらの個々の防御効力の単なる相加により予測されるものを超える。
対象の特定の組み合わせとしては、限定されないが、
（１）ＰＳＥ５４抗原、ＰＳＥ２７抗原を含む免疫原性組成物
（２）ＰＳＥ５４抗原およびＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ抗原を含む免疫原性組成物
（３）ＰＳＥ５４抗原、ＰＳＥ２７抗原および／またはＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ抗原を含む免疫原性組成物
（４）ＰＳＥ５４抗原および／またはＰＳＥ４４抗原を含む免疫原性組成物
（５）ＰＳＥ５４抗原および／またはＰＳＥ２１−５抗原を含む免疫原性組成物
（６）ＰＳＥ５４抗原および／またはＰＳＥ５２−１抗原を含む免疫原性組成物
（７）ＰＳＥ４７Ａ−２抗原および／またはＰＳＥ５３−１抗原を含む免疫原性組成物
（８）ＰＳＥ５４抗原および／またはＰＳＥ１０−１抗原を含む免疫原性組成物
（９）ＰＳＥ５４およびＰＳＥ５３−１抗原を含む免疫原性組成物
（１０）ＰＳＥ４７Ａ−２およびＰＳＥ５２−１抗原を含む免疫原性組成物
（１１）ＰＳＥ５４抗原および／またはＰＳＥ４４−４抗原および／またはＰＳＥ４７Ａ−２抗原を含む免疫原性組成物
（１２）ＰＳＥ４７Ａ−２抗原、ＰＳＥ５３−１抗原またはＰＳＥ５４抗原および／またはＰＳＥ２７抗原を含む免疫原性組成物
（１３）（ａ）ＰＳＥ５３−１抗原と組み合わせたＰＳＥ４７Ａ−２抗原または（ｂ）ＰＳＥ２１−５抗原と組み合わせたＰＳＥ５４抗原を含む免疫原性組成物
（１４）ＰＳＥ４７Ａ−２抗原および／またはＰＳＥ５２抗原を含む免疫原性組成物
が挙げられる。
いくつかの実施形態では、これらの免疫原性組成物および防御組成物はいずれも、さらなるシュードモナス抗原を含み得、これらのさらなる抗原は、ポリペプチドおよび／または糖であり得る。例えば、それらはまた、相乗的に融合ポリペプチドＯｐｒＦ−ＯｐｒＩを含む「さらなる抗原性ポリペプチド」群を含む「第２の抗原群」に属する１個またはそれより多くのシュードモナス抗原を有利に含み得る。
免疫原性組成物はまた、アジュバントを含み得る。
さらなるポリペプチド抗原群
本発明の様々な抗原群からの抗原に加えて、免疫原性組成物は、この組成物により誘導される免疫応答のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対する効力を増強するために、以下のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ抗原（またはその免疫原性断片（単数または複数）を含む抗原）の１個またはそれより多くを含み得る。
・ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ［４］
・ＰｉｌＡとしても公知のＰＡ４５２５
・ＦｌｉＣとしても公知のＰＡ１０９２
・ＦｌｉＤとしても公知のＰＡ１０９４
・ＰＡ１１４８、細胞外タンパク質Ａまたは外毒素Ａ
「さらなる抗原性ポリペプチド」群は、第２の抗原群の下位群として定義される。この公知の抗原群は、第１の抗原群または第２の抗原群の１個、２個またはそれより多くの他の有用な抗原と組み合わせて有利に使用され得る。
他のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来の抗原との組み合わせ
本発明の抗原群で識別されている個々の抗原は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来の他の抗原と組み合わせて使用され得る。いくつかの実施形態では、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来の他の抗原は、担体タンパク質とコンジュゲートした糖の形態であり得る。したがって、本発明は、
（１）第１の、第２のもしくはさらなる抗原群（上で定義される）から選択される１個もしくはそれより多くの抗原；および／またはそれらの組み合わせもしくは混合物、ならびに
（２）糖部分および担体タンパク質のコンジュゲート１つまたはそれより多く
の組み合わせを含む免疫原性組成物を提供する。
この組み合わせの成分（２）に使用されるコンジュゲートは、糖部分および担体部分を含む。
本発明の実施形態では、組成物は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ５−ヘキソースＰｓｌ多糖をさらに含み、これは、遊離多糖として存在し得、そして／または担体タンパク質にコンジュゲートされ得る。必要に応じて、１つまたはそれより多くのフラジェリンアジュバントおよび／または本発明の融合タンパク質は、担体タンパク質として作用し、それにコンジュゲートしたＰｓｌ多糖を有する。例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ多糖の単量体および／または二量体は、フラジェリンアジュバントおよび／または融合タンパク質の１つまたはそれより多くにコンジュゲートされ得る。参考文献７を参照のこと。
この組み合わせの成分（２）に使用されるコンジュゲートは、糖部分および担体部分を含む。糖部分は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのエキソポリサッカライドに由来する。この糖は、細菌からの精製中に生じるサイズを有する多糖であってもよいし、またはこのような多糖の断片化により達成されるオリゴ糖であってもよい。
本発明はまた、
（１）第１の、第２のまたはさらなる抗原群から選択される１個またはそれより多くの抗原；
（２）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａエキソポリサッカライドおよび担体タンパク質のコンジュゲート１つまたはそれより多く
の組み合わせを含む免疫原性組成物を提供する。
これらのコンジュゲート中の担体部分は、通常はタンパク質であるが、通常は（１）の抗原の１個ではない。
典型的な担体タンパク質は細菌毒素、例えば、ジフテリアもしくは破傷風の毒素またはトキソイドまたは変異体あるいはそれらの断片である。ＣＲＭ１９７ジフテリア毒素変異体［８］が有用である。他の適切な担体タンパク質としては、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜タンパク質複合体［９］、合成ペプチド［１０］、熱ショックタンパク質［１１］、百日咳タンパク質［１２］、サイトカイン［１３］、リンホカイン［１３］、成長因子［１３］、様々な病原体由来抗原由来の複数のヒトＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープを含む人工タンパク質［１４］、例えば、Ｎ１９［１５］、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来のタンパク質Ｄ［１６］、ニューモリシン［１７］またはその非毒性誘導体［１８］、肺炎球菌表面タンパク質ＰｓｐＡ［１９］、鉄取り込みタンパク質［２０］、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ由来の毒素ＡまたはＢ［２１］、組換えＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ細胞外タンパク質Ａ（ｒＥＰＡ）［２２］などが挙げられる。いくつかの実施形態では、担体タンパク質は、第１、第２のまたはさらなる抗原群から選択される抗原のようなＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａタンパク質である。
組成物が複数のコンジュゲートを含む場合、各コンジュゲートは、同じ担体タンパク質または異なる担体タンパク質を使用し得る。
コンジュゲートは、過剰の担体（ｗ／ｗ）または過剰の糖（ｗ／ｗ）を有し得る。いくつかの実施形態では、コンジュゲートは、それぞれを実質的に等しい重量で含み得る。
担体分子は、担体に直接的にまたはリンカーを介して共有結合的にコンジュゲートされ得る。タンパク質への直接の連結は、例えば、参考文献２３および２４に記載されているように、例えば、糖と担体との間の還元的アミノ化により達成され得る。最初に、糖を活性化する必要があり得る（例えば酸化により）。リンカー基を介する連結は、任意の公知の手順、例えば、参考文献２５および２６に記載されている手順を使用して作製され得る。好ましい種類の連結は、遊離−ＮＨ２基（例えば、アミノ化によりグルカンに導入される）をアジピン酸とカップリング（例えば、ジイミド活性化を使用して）させ、次いで、得られた糖−アジピン酸中間体にタンパク質をカップリングさせることにより形成され得るアジピン酸リンカーである［２７］。別の好ましい種類の連結は、糖ＣＤＩの遊離ヒドロキシル基を反応させ［２８］、続いて、タンパク質と反応させてカルバメート連結を形成することにより形成され得るカルボニルリンカーである。他のリンカーとしては、β−プロピオンアミド［２９］、ニトロフェニル−エチルアミン［３０］、ハロアシルハロゲン化物［３１］、グリコシドの連結［３２］、６−アミノカプロン酸［３３］、ＡＤＨ［３４］、Ｃ４〜Ｃ１２部分［３５］などが挙げられる。カルボジイミド縮合も使用され得る［３６］。
本発明の抗原群で識別されている個々の抗原をエキソポリサッカライド用の担体タンパク質として使用して、共有結合のコンジュゲートを形成し得る。したがって、本発明は、（１）第１の、第２のおよびさらなる抗原群から選択される抗原と、（２）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａエキソポリサッカライドとのコンジュゲートを含む免疫原性組成物を提供する。これらのコンジュゲートは、本明細書に開示される任意の抗原と組み合わせられ得る。
他の病原体由来の（非シュードモナス）抗原との組み合わせ
本発明の抗原群で識別されている個々の抗原はまた、他の病原体由来の抗原（すなわち非シュードモナス抗原、特に、院内感染に関連する細菌由来の抗原）と組み合わせて使用され得る。したがって、本発明は、
（１）第１の、第２のおよびさらなる抗原群（上で定義される）から選択される１個またはそれより多くの抗原と、
（２）Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（（ｉ）Ｓ．ａｕｒｅｕｓエキソポリサッカライド；および／またはＳ．ａｕｒｅｕｓの１つまたはそれより多くのタンパク質抗原のコンジュゲート１個またはそれより多くを含む）；Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ（例えば、Ｏ抗原リポ多糖）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ；Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ；および／または腸外病原性大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）からなる病原体群より選択される１個またはそれより多くの抗原と
の組み合わせを含む免疫原性組成物を提供する。
第１の抗原群
ＰＡ０３２８またはＰＳＥ２７−１
「ＰＡ０３２８」抗原は、「外膜自己輸送体」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株において、「仮想タンパク質」とアノテーションされており、配列番号１のアミノ酸配列を有し、参考文献３７ではＰＡ０３２８として記載されている。この配列は、ＮＣＢＩではＧＩ：１５５９５５２５とアノテーションされている。参考文献３８にあるように、それは、そのアルギニン特異的アミノペプチダーゼ活性を介する、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａが用いる病原性戦略に関係する自己輸送体タンパク質であると最近実証された。ＰＡ０３２８は、本明細書では「ＰＳＥ２７−１」または「ＰＳＥ２７」と称されることもある。
有用なＰＡ０３２８抗原は、配列番号１を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１と５０％もしくはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高い）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＡ０３２８タンパク質は、配列番号１のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、２７個、２８個、２９個、３０個、３５個、４０個、４５個、４９個、５０個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１の最後の４０〜５０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号１の最初の２２個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。
配列番号３６は、配列番号１の有用な断片（「ＰＡ０３２８２２−６４７」）である。発現および精製を可能にするために、この断片は、Ｎ末端部分のリーダーペプチドが削除されている。
ＰＡ５１１２またはＰＳＥ２１−５
「ＰＳＥ２１−５」抗原は、ＰＡＯ１株では「エステラーゼまたはＥｓｔＡ」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ２１−５は、「ＰＡ５１１２」と記載されており、配列番号３のアミノ酸配列を有する。ＰＡＯ１株では、ＮＣＢＩにおけるその識別子は、ＧＩ：１５６００３０５である。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ５１１２は、本明細書では「ＰＳＥ２１−５」または「ＰＳＥ２１」と称されることもある。
有用なＰＳＥ２１−５抗原は、配列番号３を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号３と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号３の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ２１−５タンパク質は、配列番号３のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号３の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号３の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号３の最初の２４個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ２１−５は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号３８は、配列番号３の有用な断片（「ＰＳＥ２１−５２５−６４６」）である。この断片は、ＰＳＥ２１−５の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ２４０７またはＰＳＥ４１−５
「ＰＳＥ４１−５」抗原は、「推定接着タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ４１−５は、ＰＡ２４０７と命名されており、配列番号５のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９７６０３）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ２４０７は、本明細書では「ＰＳＥ４１−５」または「ＰＳＥ４１」と称されることもある。ＰＡ２４０７は、本明細書では「ＰＳＥ４１−５」または「ＰＳＥ４１」と称されることもある。
有用な「ＰＳＥ４１−５」抗原は、配列番号５を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号５と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号５の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらの「ＰＳＥ４１−５」タンパク質は、配列番号５のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号５の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号５の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号５の最初の３７個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多く上のタンパク質ドメインが削除されている。「ＰＳＥ４１−５」は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４０は、配列番号５の有用な断片（「ＰＳＥ４１−５」３８−３１７）である。この断片は、「ＰＳＥ４１−５」の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。それはまた、抗原のヒトタンパク質との類似性を減少させる。
ＰＡ３５２６またはＰＳＥ４４−４
ＰＳＥ４４−４抗原は、「推定外膜タンパク質前駆体」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ４４−４はＰＡ３５２６であり、配列番号６のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９８７２２）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ３５２６は、本明細書では「ＰＳＥ４４−４」または「ＰＳＥ４４」と称されることもある。
有用なＰＳＥ４４−４抗原は、配列番号６を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号６と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号６の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ４４−４タンパク質は、配列番号６のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号６の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号６の最初の１９個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ４４−４は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４１は、配列番号６の有用な断片（「ＰＳＥ４４−４２０−３２１」）である。この断片は、ＰＳＥ４４−４の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。それはまた、抗原のヒトタンパク質との類似性を減少させる。
ＰＡ４０８２またはＰＳＥ４７Ａ−２
ＰＳＥ４７Ａ−２抗原は、「接着タンパク質ＣｕｐＢ５」または「セリンプロテアーゼ」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ４７Ａ−２はＰＡ４０８２と命名されており、配列番号７のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９９２７７）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ４０８２は、本明細書では「ＰＳＥ４７Ａ」または「ＰＳＥ４７Ａ−２」（断片）と称されることもある。
有用なＰＳＥ４７Ａ−２抗原は、配列番号７を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号７と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号７の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ４７Ａ−２タンパク質は、配列番号７のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号７の少なくとも１つのエピトープを保持する。このタンパク質のＣ末端部分は輸送ドメイン（これは全体が外膜に埋め込まれているので、抗体に全くアクセス不可能である）に対応するので、有用には、削除され得る。したがって、配列番号７の最後の４３５個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号７の最初の５３個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ４７Ａ−２は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４２は、配列番号７の有用な断片（「ＰＳＥ４７Ａ−２５４−５８３」）である。この断片は、ＰＳＥ４７Ａ−２の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。それはまた、抗原のヒトタンパク質との類似性を減少させる。
ＰＡ５０４７またはＰＳＥ５３−１
ＰＳＥ５３−１抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ５３−１はＰＡ５０４７であり、配列番号９のアミノ酸配列（ＧＩ：１５６００２４０）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ５０４７は、本明細書では「ＰＳＥ５３−１」または「ＰＳＥ５３」と称されることもある。
有用なＰＳＥ５３−１抗原は、配列番号９を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号９と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号９の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ５３−１タンパク質は、配列番号９のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号９由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号９のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号９の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号９の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号９の最初の１８個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ５３−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４４は、配列番号９の有用な断片（「ＰＳＥ５３−１１９−４７９」）である。この断片は、ＰＳＥ５３−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。それはまた、抗原のヒトタンパク質との類似性を減少させる。
ＰＡ５３４０またはＰＳＥ５４
ＰＳＥ５４抗原は、「推定外膜タンパク質前駆体」および「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ５４はＰＡ３５２６であり、配列番号１０のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９８７２２）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ５３４０は、本明細書では「ＰＳＥ５４」と称されることもある。
有用なＰＳＥ５４抗原は、配列番号１０を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１０と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１０の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ５４タンパク質は、配列番号１０のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１０由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１０のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１０の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１０の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号１０の最初の１６個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ５４は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４５は、配列番号１０の有用な断片（「ＰＳＥ５４１７−２４３」）である。この断片は、ＰＳＥ５４の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。それはまた、抗原のヒトタンパク質との類似性を減少させる。
ＰＡ０５９５またはＰＳＥ５−１
ＰＳＥ５−１抗原は、「有機溶媒耐性タンパク質ＯｓｔＡ前駆体」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ５−１はＰＡ０５９５であり、配列番号１１のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９５７９２）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ０５９５は、本明細書では「ＰＳＥ５−１」または「ＰＳＥ５」と称されることもある。
有用なＰＳＥ５−１抗原は、配列番号１１を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１１と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１１の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ５−１タンパク質は、配列番号１１のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１１由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１１のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１１の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１１の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号１１の最初の３３個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ５−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４６は、配列番号１１の有用な断片（「ＰＳＥ５−１３４−９２４」）である。この断片は、ＰＳＥ５−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ１９５４またはＰＳＥ１３−２
ＰＳＥ１３−２抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ１３−２はＰＡ１９５４であり、配列番号１２のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９７１５０）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ１９５４は、本明細書では「ＰＳＥ１３−２」または「ＰＳＥ１３」と称されることもある。
有用なＰＳＥ１３−２抗原は、配列番号１２を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１２と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１２の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ１３−２タンパク質は、配列番号１２のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１２由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１２のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１２の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１２の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号１２の最初の２４個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ１３−２は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４７は、配列番号１２の有用な断片（「ＰＳＥ１３−２２５−３４０」）である。この断片は、ＰＳＥ１３−２の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ３６９２またはＰＳＥ１７−１
ＰＳＥ１７−１抗原は、「リポトキシンＦ、ＬｐｔＦ」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ１７−１はＰＡ３６９２であり、配列番号１３のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９８８８８）を有する。参考文献３７を参照のこと。参考文献３９に示されているように、それは、外膜タンパク質および関連ペプチドグリカン結合（リポ）タンパク質に属すると記載されている。ＰＡ３６９２は、本明細書では「ＰＳＥ１７−１」または「ＰＳＥ１７」と称されることもある。
有用なＰＳＥ１７−１抗原は、配列番号１３を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１３と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１３の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ１７−１タンパク質は、配列番号１３のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１３由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１３のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１３の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１３の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号１３の最初の１９個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ１７−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４８は、配列番号１３の有用な断片（「ＰＳＥ１７−１２０−２６１」）である。この断片は、ＰＳＥ１７−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ４３７０またはＰＳＥ１８−２
ＰＳＥ１８−２抗原は、「インスリン切断メタロプロテイナーゼ外膜タンパク質前駆体」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ１８−２はＰＡ４３７０であり、配列番号１４のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９９５６６）を有する。参考文献３７を参照のこと。参考文献４０に示されているように、それは、外膜タンパク質に属し、特にインスリン切断メタロプロテイナーゼ外膜タンパク質（ＩｃｍＰ）であると記載されている。ＰＡ４３７０は、本明細書では「ＰＳＥ１８−２」または「ＰＳＥ１８」と称されることもある。
有用なＰＳＥ１８−２抗原は、配列番号１４を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１４と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１４の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ１８−２タンパク質は、配列番号１４のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１４由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１４のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１４の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１４の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号１４の最初の２０個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ１８−２は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４９は、配列番号１４の有用な断片（「ＰＳＥ１８−２２１−４４６」）である。この断片は、ＰＳＥ１８−２の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ４７３５またはＰＳＥ２０−１
ＰＳＥ２０−１抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ２０−１はＰＡ４７３５であり、配列番号１６のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９９９２９）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ４７３５は、本明細書では「ＰＳＥ２０−１」または「ＰＳＥ２０」と称されることもある。
有用なＰＳＥ２０−１抗原は、配列番号１６を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１６と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１６の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ２０−１タンパク質は、配列番号１６のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１６由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１６のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１６の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１６の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号１６の最初の１９個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ２０−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５１は、配列番号１６の有用な断片（「ＰＳＥ２０−１２０−１０８８」）である。この断片は、ＰＳＥ２０−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ３６４７またはＰＳＥ２３−１
ＰＳＥ２３−１抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ２３−１はＰＡ３６４７であり、配列番号１７のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９８８４３）を有する。参考文献３７を参照のこと。参考文献４１に示されているように、それは、推定外膜タンパク質前駆体またはＯｍｐＨ遺伝子と記載されており、ＯｐｒＩの精製過程中の混入物質と記載されていた。ＰＡ３６４７は、本明細書では「ＰＳＥ２３−１」または「ＰＳＥ２３」と称されることもある。
有用なＰＳＥ２０−１抗原は、配列番号１７を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１７と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１７の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ２０−１タンパク質は、配列番号１７のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１７由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１７のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１７の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１７の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号１７の最初の２２個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ２３−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５２は、配列番号１７の有用な断片（「ＰＳＥ２０−１２３−１６８」）である。この断片は、ＰＳＥ２３−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ０１２６またはＰＳＥ２４−１
ＰＳＥ２４−１抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ２４−１はＰＡ０１２６であり、配列番号１８のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９５３２４）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ０１２６は、本明細書では「ＰＳＥ２４−１」または「ＰＳＥ２４」と称されることもある。
有用なＰＳＥ２４−１抗原は、配列番号１８を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１８と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１８の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ２４−１タンパク質は、配列番号１８のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１８由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１８のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１８の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１８の最初の１９個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ２４−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５３は、配列番号１８の有用な断片（「ＰＳＥ２４−１２０−２０６」）である。この断片は、ＰＳＥ２４−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ０１８９またはＰＳＥ２５−１
ＰＳＥ２５−１抗原は、「推定ポリン」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ２５−１はＰＡ０１８９であり、配列番号１９のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９５３８７）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ０１８９は、本明細書では「ＰＳＥ２５−１」または「ＰＳＥ２５」と称されることもある。
有用なＰＳＥ２５−１抗原は、配列番号１９を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号１９と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１９の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ２５−１タンパク質は、配列番号１９のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１９由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１９のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１９の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１９の最初の２５個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ２５−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５４は、配列番号１９の有用な断片（「ＰＳＥ２５−１２６−４５２」）である。この断片は、ＰＳＥ２５−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ０２７４またはＰＳＥ２６−１
ＰＳＥ２６−１抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ２６−１はＰＡ０２７４であり、配列番号２０のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９５４７１）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ０２７４は、本明細書では「ＰＳＥ２６−１」または「ＰＳＥ２６」と称されることもある。
有用なＰＳＥ２６−１抗原は、配列番号２０を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２０と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２０の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ２６−１タンパク質は、配列番号２０のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２０由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２０のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２０の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２０の最初の２３個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ２６−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５５は、配列番号２０の有用な断片（「ＰＳＥ２６−１２４−２５６」）である。この断片は、ＰＳＥ２６−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ０５３７またはＰＳＥ２８−２
ＰＳＥ２８−１抗原は、「保存された仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ２８−１はＰＡ０５３７であり、配列番号２１のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９５７３４）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ０５３７は、本明細書では「ＰＳＥ２８−１」または「ＰＳＥ２８」と称されることもある。
有用なＰＳＥ２８−１抗原は、配列番号２１を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２１と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２１の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ２８−１タンパク質は、配列番号２１のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２１由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２１のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２１の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２１の最初の１９個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ２８−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５６は、配列番号２１の有用な断片（「ＰＳＥ２８−１２０−２０２」）である。この断片は、ＰＳＥ２８−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ０７３７またはＰＳＥ３１−２
ＰＳＥ３１−２抗原は、「保存された仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ３１−２はＰＡ０７３７であり、配列番号２２のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９５９３４）を有する。参考文献３７を参照のこと。それは、アップレギュレートされたリポタンパク質であると記載されている。参考文献４２を参照のこと。ＰＡ０７３７は、本明細書では「ＰＳＥ３１−２」または「ＰＳＥ３１」と称されることもある。
有用なＰＳＥ３１−２抗原は、配列番号２２を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２２と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２２の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ３１−２タンパク質は、配列番号２２のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２２由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２２のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２２の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２２の最初の１９個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ３１−２は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５７は、配列番号２２の有用な断片（「ＰＳＥ３１−２２０−１５１」）である。この断片は、ＰＳＥ３１−２の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ１０８６またはＰＳＥ３３−２
ＰＳＥ３３−２抗原は、「鞭毛フック関連タンパク質１ ＦｌｇＫ」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ３３−２はＰＡ１０８６であり、配列番号２３のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９６２８３）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ１０８６は、本明細書では「ＰＳＥ３３−２」または「ＰＳＥ３３」と称されることもある。
有用なＰＳＥ３３−２抗原は、配列番号２３を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２３と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２３の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ３３−２タンパク質は、配列番号２３のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２３由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２３のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２３の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２３の最初のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ３３−２は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５８は、一般的に公知の発現系（すなわち、ＰＥＴベクター系）における適切なクローニングおよび発現を可能にするためにポリペプチドの１位のＭｅｔのみが除去された配列番号２３の有用な断片である。この断片は、ＰＳＥ３１−２の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ２７９３またはＰＳＥ４２−１
ＰＳＥ４２−１抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ４２−１はＰＡ２７９３であり、配列番号２７のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９７９８９）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ２７９３は、本明細書では「ＰＳＥ４２−１」または「ＰＳＥ４２」と称されることもある。
ＰＳＯＲＴという利用可能なプログラムは、このタンパク質をリポタンパク質と予測し、ＬｉｐｏＰは、残基２０の後ろでの切断によってＩＩ型（リポタンパク質）輸出シグナルを予測した。参考文献３７を参照のこと。
有用なＰＳＥ４２−１抗原は、配列番号２７を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２７と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２７の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ４２−１タンパク質は、配列番号２７のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２７由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２７のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２７の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２７の最初の２０個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ４２−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号６２は、配列番号２７の有用な断片（「ＰＳＥ４２−１２１−３４４」）である。この断片は、ＰＳＥ４２−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ３５３５またはＰＳＥ４５−２
ＰＳＥ４５−２抗原は、「推定外膜タンパク質前駆体」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ４５−２はＰＡ３５３５であり、配列番号２８のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９８７３１）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ３５３５は、本明細書では「ＰＳＥ４５−２」または「ＰＳＥ４５」と称されることもある。
有用なＰＳＥ４５−２抗原は、配列番号２８を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２８と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２８の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ４５−２タンパク質は、配列番号２８のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２８由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２８のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２８の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２８の最初の３０個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ４５−２は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号６３は、配列番号２８の有用な断片（「ＰＳＥ４５−２３１−９９５」）である。この断片は、ＰＳＥ４５−２の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ４５７８またはＰＳＥ５０−１
ＰＳＥ５０−１抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ５０−１はＰＡ４５７８であり、配列番号２９のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９９７７４）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ４５７８は、本明細書では「ＰＳＥ５０−１」または「ＰＳＥ５０」と称されることもある。
有用なＰＳＥ５０−１抗原は、配列番号２９を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２９と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２９の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ５０−１タンパク質は、配列番号２９のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２９由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２９のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、１９個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２９の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２９の最初の１９個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ４５−２は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号６４は、配列番号２９の有用な断片（「ＰＳＥ５０−１２０−１６２」）である。この断片は、ＰＳＥ５０−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ４６６７またはＰＳＥ５１−４
ＰＳＥ５１−４抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ５１−４はＰＡ４６６７であり、配列番号３０のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９９８６２）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ４６６７は、本明細書では「ＰＳＥ５１−４」または「ＰＳＥ５１」と称されることもある。
有用なＰＳＥ５１−４抗原は、配列番号３０を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号３０と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号３０の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ５１−４タンパク質は、配列番号３０のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３０由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３０のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、１９個、２０個、２５個、３０個またはそれより多く）を欠くが、配列番号３０の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号３０の最初の３１個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ５１−４は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号６５は、配列番号３０の有用な断片（「ＰＳＥ５１−４３２−５９０」）である。この断片は、ＰＳＥ５１−４の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ１１０６またはＰＳＥ３４−１
ＰＳＥ３４−１抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ３４−１はＰＡ１１０６であり、配列番号２４のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９６３０３）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ１１０６は、本明細書では「ＰＳＥ３４−１」または「ＰＳＥ３４」と称されることもある。
有用なＰＳＥ３４−１抗原は、配列番号２４を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２４と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２４の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ３４−１タンパク質は、配列番号２４のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２４由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２４のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２４の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２４の最初の２０個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ３４−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５９は、配列番号２４の有用な断片（「ＰＳＥ３４−１２１−２３７」）である。この断片は、ＰＳＥ３４−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ１３２４またはＰＳＥ３６−３
ＰＳＥ３６−３抗原は、「仮想タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ３６−３はＰＡ１３２４であり、配列番号２５のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９６５２１）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ１３２４は、本明細書では「ＰＳＥ３６−３」または「ＰＳＥ３６」と称されることもある。
ＰＡ１３２４は、バイオフィルム形成中のペプチドグリカンマトリックスに関連する糖または多糖の結合および輸送に関与すると仮定されている。［４３］
有用なＰＳＥ３６−３抗原は、配列番号２５を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２５と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２５の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ３６−３タンパク質は、配列番号２５のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２５由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２５のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２５の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２５の最初の１９個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ３６−３は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号６０は、配列番号２５の有用な断片（「ＰＳＥ３６−３２０−１７０」）である。この断片は、ＰＳＥ３６−３の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
第２の抗原群
ＰＡ１１７８またはＰＳＥ１０
「ＰＳＥ１０」抗原は、「ＰｈｏＰ／Ｑおよび低Ｍｇ２＋誘導性外膜タンパク質」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ１０はＯｐｒＨとも称され［４４］、配列番号２のアミノ酸配列を有する。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ１０はＰＡ１１７８とアノテーションされており、そのＮＣＢＩ識別子はＧＩ：１５５９６３７５である。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ１１７８は、本明細書では「ＰＳＥ１０−１」または「ＰＳＥ１０」と称されることもある。
有用なＰＳＥ１０抗原は、配列番号２を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ１０タンパク質は、配列番号２のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２の最初の２１個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号３７は、配列番号２の有用な断片（「ＰＳＥ１０２２−２００」）である。この断片は、ＰＳＥ１０の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ１２４８またはＰＳＥ１１−３
「ＰＳＥ１１−３」抗原は、「アルカリプロテアーゼ分泌外膜タンパク質ＡｐｒＦ前駆体」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ１１−３はＰＡ１２４８であり、配列番号４のアミノ酸配列を有する。ＰＡＯ１株では、そのＮＣＢＩ識別子はＧＩ：１５５９６４４５である。参考文献３７および４５を参照のこと。
ＰＡ１２４８は、本明細書では「ＰＳＥ１１−３」または「ＰＳＥ１１」と称されることもある。
有用なＰＳＥ１１−３抗原は、配列番号４を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号４と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号４の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ１１−３タンパク質は、配列番号４のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号４の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号４の最初の１８個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ１１−３は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。参考文献４５では、この抗原は公知の病原性因子として記載されており、抗原として試験されている。
配列番号３９は、配列番号４の有用な断片（「ＰＳＥ１１−３１９−４８１」）である。この断片は、ＰＳＥ１１−３の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ４７６５またはＰＳＥ５２−１
ＰＳＥ５２−１抗原は、「外膜リポタンパク質ＯｍｌＡ前駆体」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ５２−１はＰＡ４７６５であり、配列番号８のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９９９５９）を有する。参考文献３７を参照のこと。ＰＡ４７６５は、本明細書では「ＰＳＥ５２−１」または「ＰＳＥ５２」と称されることもある。
参考文献４６にあるように、それは、１９９９年以来、外膜タンパク質ファミリーに属すると記載されている。
有用なＰＳＥ５２−１抗原は、配列番号８を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号８と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号８の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ５２−１タンパク質は、配列番号８のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号８の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号８の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号８の最初の２１個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ５２−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号４３は、配列番号８の有用な断片（「ＰＳＥ５２−１２２−１７６」）である。この断片は、ＰＳＥ５２−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ４７１０またはＰＳＥ１９−１
ＰＳＥ１９−１抗原は、「ヘム／ヘモグロビン取り込み外膜受容体ＰｈｕＲ前駆体」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ１９−１はＰＡ４７１０であり、配列番号１５のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９９９０４）を有する。参考文献３７を参照のこと。前記抗原由来の短いペプチドは、一定の免疫原性を示すと提案されているが、この抗原は、組み合わせでワクチン抗原として試験されていない［４７］。ＰＡ４７１０は、本明細書では「ＰＳＥ１９−１」または「ＰＳＥ１９」と称されることもある。
有用なＰＳＥ１９−１抗原は、配列番号１５を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そしてに／または（ａ）配列番号１５と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号１５の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ１９−２タンパク質は、配列番号１５のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１５由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１５のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号１５の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号１５の最後の４０個のＣ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。配列番号１５の最初の２５個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ１９−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号５０は、配列番号１５の有用な断片（「ＰＳＥ１９−１２６−７６４」）である。この断片は、ＰＳＥ１９−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
ＰＡ１７７７またはＰＳＥ３８−１
ＰＳＥ３８−１抗原は、「主要ポリンおよび構造外膜ポリンＯｐｒＦ前駆体」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰＳＥ３８−１はＰＡ１７７７であり、配列番号２６のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９６９７４）を有する。参考文献３７および４８を参照のこと。欧州特許出願公開第０２９７２９１号において、このタンパク質は有用な抗原として最初に記載された。ＰＡ１７７７は、本明細書では「ＰＳＥ３８−１」または「ＰＳＥ３８」と称されることもある。
有用なＰＳＥ３８−１抗原は、配列番号２６を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号２６と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号２６の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰＳＥ３８−１タンパク質は、配列番号２６のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２６由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２６のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号２６の少なくとも１つのエピトープを保持する。配列番号２６の最初の２４個のＮ末端アミノ酸は、有用には、削除され得る。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰＳＥ３８−１は元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
配列番号６１は、配列番号２６の有用な断片（「ＰＳＥ３８−１２５−３５０」）である。この断片は、ＰＳＥ３８−１の最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。
さらなる抗原性ポリペプチド
ＰＡ４５２５またはＰｉｌＡ
ＰｉｌＡ抗原は、「４型線毛前駆体ＰｉｌＡ」とアノテーションされている。ＰＡＯ１株では、ＰｉｌＡはＰＡ４５２５であり、配列番号３１のアミノ酸配列（ＧＩ：１５５９９７２１）を有する。参考文献３７を参照のこと。有用なＰｉｌＡ抗原は、配列番号３１を認識する抗体を（例えば、ヒトに投与した場合に）誘導し得、そして／または（ａ）配列番号３１と５０％またはそれより高い同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）を有し、そして／もしくは（ｂ）配列番号３１の少なくとも「ｎ個」の連続するアミノ酸の断片（「ｎ個」は、７個またはそれより多く（例えば、８個、１０個、１２個、１４個、１６個、１８個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個またはそれより多く）である）を含むアミノ酸配列を含み得る。これらのＰｉｌＡタンパク質は、配列番号３１のバリアントを含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３１由来のエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３１のＣ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）および／またはＮ末端から１個またはそれより多くのアミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個またはそれより多く）を欠くが、配列番号３１の少なくとも１つのエピトープを保持する。他の断片は、１つまたはそれより多くのタンパク質ドメインが削除されている。ＰｉｌＡは元々長いタンパク質であるので、断片の使用は、例えば、精製、操作、融合、発現などに有用である。
有用な断片は、ＰｉｌＡの最も曝露したドメインを含み、工業的規模でより容易に使用される。それはまた、抗原のヒトタンパク質との類似性を減少させる。参考文献４９および参考文献５０に示されているように、この抗原を使用したワクチンおよび免疫療法が試行されている。
ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ
ＯｍｐＦ／Ｉ抗原は、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）で発現されて精製された、成熟外膜タンパク質Ｉ（ＯｐｒＩ）と、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのＯｐｒＦのアミノ酸１９０〜３４２との融合により得られるハイブリッドタンパク質［Ｍｅｔ−Ａｌａ−（Ｈｉｓ）６ＯｐｒＦ（１９０−３４２）−ＯｐｒＩ（２１−８３）］（「（Ｈｉｓ）６」は配列番号７０として開示されている）からなる融合タンパク質である。
前記融合タンパク質は、配列番号００６として参考文献４に記載されている。参考のために、本明細書に記載される前記融合タンパク質の全長アミノ酸配列を配列番号３２として示す。この抗原は、単一抗原として陽性対照としてか、または特定のシュードモナス抗原と組み合わせて使用する場合にインビボ実験でワクチン効力を増加させるという驚くべきプラス効果を示して有用に使用され得る。
ＰＡ１０９２またはＦｌｉＣ（鞭毛タンパク質）
ＦｌｉＣ（ＰＡ１０９２）またはＦｌｉＤ（ＰＡ１０９４）のような鞭毛タンパク質および主鞭毛タンパク質は十分に特性決定されており、参考文献５１に示されているように、単一ワクチン抗原として従来から使用されている。参考のために、ＦｌｉＣの全長アミノ酸配列を本明細書で配列番号３３として示す。
ＰＡ１０９２抗原および／またはＰＡ１０９４抗原は、有用には、「第１の抗原群」のまたは「第２の抗原群」のいずれかと組み合わせられ得る。
ＰＡ１０９４またはＦｌｉＤ（鞭毛タンパク質）
ＦｌｉＤ（ＰＡ１０９４）のような鞭毛タンパク質および主鞭毛タンパク質は十分に特性決定されており、参考文献５１に示されているように、ワクチン抗原として従来から使用されている。参考のために、ＦｌｉＤの全長アミノ酸配列を本明細書で配列番号３４として示す。
ＰＡ１０９４は、有用には、「第１の抗原群」のいずれかまたは「第２の抗原群」のいずれかと組み合わせられ得る。
ＰＡ１１４８または細胞外タンパク質Ａまたは外毒素Ａ
外毒素Ａとしても公知の細胞外タンパク質Ａは、十分に特性決定されており、多糖コンジュゲートワクチン法（例えば、参考文献２２）で担体タンパク質として主に使用されている細胞外タンパク質である。それは、ＰＡＯ１ＰＡＯ１株ではＰＡ１１４８として公知である。参考文献３７を参照のこと。
ＰＡ１１４８抗原は、有用には、「第１の抗原群」のいずれかまたは「第２の抗原群」のいずれかと組み合わせられ得る。
ハイブリッドポリペプチド
本発明で使用される抗原は、個々の別個のポリペプチドとして組成物中に存在し得る。しかしながら、複数の抗原を使用する場合、これらは、別個のポリペプチドとして存在する必要はない。代わりに、少なくとも２個（例えば、２個、３個、４個、５個またはそれより多く）の抗原は、単一ポリペプチド鎖（「ハイブリッド」ポリペプチド）として発現され得る。ハイブリッドポリペプチドは、２つの主な利点を提供する：第１に、それ自体が不安定であり得るかまたは低発現であり得るポリペプチドは、この問題を克服する適切なハイブリッドパートナーを付加することにより援助され得る；第２に、両方が抗原的に有用な２個のポリペプチドを生産するためにわずか１つの発現および精製しか必要ないので、商業的な製造が簡易化される。
ハイブリッドポリペプチドは、第１の抗原群からの２個またはそれより多くのポリペプチド配列を含み得る。ハイブリッドポリペプチドは、第１の抗原群からの１個またはそれより多くのポリペプチド配列と、第２の抗原群からの１個またはそれより多くのポリペプチド配列とを含み得る。さらに、ハイブリッドポリペプチドは、上記各抗原由来の２個またはそれより多くのポリペプチド配列を含んでもよいし、または配列が株間で部分的に変動する場合は同じ抗原の２個またはそれより多くのバリアントを含んでもよい。
２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個の抗原由来のアミノ酸配列からなるハイブリッドが有用である。特に、２個または３個の抗原のような２個、３個、４個または５個の抗原由来のアミノ酸配列からなるハイブリッドが好ましい。
異なるハイブリッドポリペプチドを単一製剤中で一緒に混合し得る。ハイブリッドを、第１の、第２のまたは第３の抗原群から選択される非ハイブリッド抗原と組み合わせ得る。このような組み合わせでは、抗原は、複数のハイブリッドポリペプチド中におよび／または非ハイブリッドポリペプチドとして存在し得る。しかしながら、抗原はハイブリッドまたは非ハイブリッドのいずれかとして存在するが、これらの両方として存在しないことが好ましい。
また、ハイブリッドポリペプチドを上記コンジュゲートまたは非Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ抗原と組み合わせ得る。
ハイブリッドポリペプチドは、式ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨ（式中、Ｘは、上記のような、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ抗原のアミノ酸配列であり、Ｌは、任意選択のリンカーアミノ酸配列であり、Ａは、任意選択のＮ末端アミノ酸配列であり、Ｂは、任意選択のＣ末端アミノ酸配列であり、ｎは、２またはそれより大きな整数である（例えば、２、３、４、５、６など）で表され得る。通常、ｎは、２または３である。
−Ｘ−部分が、その野生型でリーダーペプチド配列を有する場合、これをハイブリッドタンパク質に含めてもよいし、またはハイブリッドタンパク質から削除してもよい。いくつかの実施形態では、リーダーペプチドは、ハイブリッドタンパク質のＮ末端にある−Ｘ−部分のもの以外は欠失している（すなわち、Ｘ１のリーダーペプチドは保持されるが、Ｘ２・・・Ｘｎのリーダーペプチドは削除される）。これは、すべてのリーダーペプチドを欠失しており、−Ａ−部分としてＸ１のリーダーペプチドを使用することに相当する。
｛−Ｘ−Ｌ−｝の各ｎの場合について、リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は、存在してもよいし、または存在しなくてもよい。例えば、ｎ＝２の場合、ハイブリッドは、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨなどであり得る。リンカーアミノ酸配列（単数または複数）−Ｌ−は、典型的には短い（例えば、２０またはそれより少ないアミノ酸、すなわち、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。例としては、クローニングを容易にする短いペプチド配列、ポリグリシンリンカー（すなわち、Ｇｌｙｎ（ｎ＝２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）（配列番号７１）を含む）およびヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ（ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）（配列番号７２））が挙げられる。他の適切なリンカーアミノ酸配列は、当業者に明らかである。有用なリンカーは、ＧＳＧＧＧＧ（配列番号６７）またはＧＳＧＳＧＧＧＧ（配列番号６８）であり、Ｇｌｙ−ＳｅｒジペプチドはＢａｍＨＩ制限部位から形成されるのでクローニングおよび操作の助けとなり、（Ｇｌｙ）４（配列番号７３）テトラペプチドは典型的なポリグリシンリンカーである。特に、最後のＬｎとして使用するための他の適切なリンカーは、ＡＳＧＧＧＳ（配列番号６９）またはＬｅｕ−Ｇｌｕジペプチドである。
−Ａ−は、任意選択のＮ末端アミノ酸配列である。これは、典型的には短い（例えば、４０またはそれより少ないアミノ酸、すなわち４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。例としては、タンパク質輸送を指令するリーダー配列、またはクローニングもしくは精製を容易にする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ、すなわちＨｉｓｎ（ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）（配列番号７２））が挙げられる。有用なタグは６個の連続するヒスチジンの配列（配列番号７０）を含有し、その開始点に、同種または異種の開始メチオニンおよび／またはアラニンを有する（すなわち、配列番号６６）。他の適切なＮ末端アミノ酸配列は、当業者に明らかである。Ｘ１がそれ自体のＮ末端メチオニンを欠く場合、−Ａ−は、好ましくは、Ｎ末端メチオニンを提供するオリゴペプチド（例えば、１、２、３、４、５、６、７または８アミノ酸を有する）、例えばＭｅｔ−Ａｌａ−Ｓｅｒ、または単一Ｍｅｔ残基である。
−Ｂ−は、任意選択のＣ末端アミノ酸配列である。これは、典型的には短い（例えば、４０またはそれより少ないアミノ酸、すなわち、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。
本発明で使用されるポリペプチド
本発明で使用されるポリペプチドは、様々な形態をとり得る（例えば、天然、融合、グリコシル化、非グリコシル化、脂質付加、非脂質付加、リン酸化、非リン酸化、ミリストイル化、非ミリストイル化、モノマー、マルチマー、粒子状、変性など）。
本発明で使用されるポリペプチドは、様々な手段により調製され得る（例えば、組換え発現、細胞培養物からの精製、化学合成、天然の生物学的供給源からの単離など）。組換え発現タンパク質が好ましい（特に、ハイブリッドポリペプチドについては）。
本発明で使用されるポリペプチドは、精製または実質的に精製された形態、すなわち、他のポリペプチドを実質的に含まない（例えば、天然に存在するポリペプチドを含まない）形態、特に、他のシュードモナスポリペプチドまたは宿主細胞ポリペプチドを実質的に含まない形態で提供されることが好ましく、一般的には、少なくとも約５０％純粋（重量基準）、通常は少なくとも約９０％純粋であり、すなわち、組成物の約５０％未満、より好ましくは約１０％未満（例えば、５％）が、他の発現されたポリペプチドで構成される。したがって、組成物中の抗原は、その分子が発現される生体全体から分離される。
本発明で使用されるポリペプチドは、好ましくは、シュードモナスポリペプチドである。
「ポリペプチド」という用語は、任意の長さのアミノ酸ポリマーを指す。ポリマーは、直鎖状または分岐状であり得、修飾アミノ酸を含み得、非アミノ酸により中断され得る。この用語は、天然に修飾されたか、または介入（例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質付加、アセチル化、リン酸化または任意の他の操作もしくは修飾、例えば、標識成分とのコンジュゲート化）により修飾されたアミノ酸ポリマーも包含する。例えば、１つまたはそれより多くのアミノ酸類似体（例えば、非天然アミノ酸などを含む）を含有するポリペプチドおよび当技術分野で公知の他の修飾を含有するポリペプチドも含まれる。ポリペプチドは、一本鎖または会合鎖として存在し得る。
本発明は、配列−Ｐ−Ｑ−または−Ｑ−Ｐ−（−Ｐ−は、上で定義したアミノ酸配列であり、−Ｑ−は、上で定義した配列ではない）を含むポリペプチドを提供する（すなわち、本発明は、融合タンパク質を提供する）。−Ｐ−のＮ末端コドンがＡＴＧではなく、このコドンがポリペプチドのＮ末端に存在しない場合、これは、Ｍｅｔとしてではなくそのコドンの標準的なアミノ酸として翻訳される。しかしながら、このコドンがポリペプチドのＮ末端にある場合、これはＭｅｔとして翻訳される。−Ｑ−部分の例としては、限定されないが、ヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ（ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）（配列番号７２））、マルトース結合タンパク質、またはグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）が挙げられる。
本発明はまた、本発明のポリペプチドを生産するためのプロセスであって、ポリペプチド発現を誘導する条件下で、本発明の核酸で形質転換された宿主細胞を培養する工程を含むプロセスを提供する。
本発明のポリペプチドの発現はＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓにおいて起こり得るが、本発明は、通常は、発現用の異種宿主を使用する（組換え発現）。異種宿主は、原核生物（例えば、細菌）または真核生物であり得る。これは、大腸菌であり得るが、他の適切な宿主としては、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（例えば、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、酵母などが挙げられる。本発明のポリペプチドをコードする野生型Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ遺伝子と比較して、コドンを変化させて、コードされるアミノ酸に影響を与えずにこのような宿主における発現効率を最適化することが有益である。
本発明は、本発明のポリペプチドを生産するためのプロセスであって、ポリペプチドの少なくとも一部を化学的手段により合成する工程を含むプロセスを提供する。
核酸
本発明はまた、本発明のポリペプチドおよびハイブリッドポリペプチドをコードする核酸を提供する。本発明はまた、１個またはそれより多くの本発明のポリペプチドまたはハイブリッドポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。
本発明はまた、このようなヌクレオチド配列と配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。配列間の同一性は、好ましくは、上記Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより決定される。このような核酸は、別のコドンを使用して同じアミノ酸をコードするものを含む。
本発明はまた、これらの核酸とハイブリダイズし得る核酸を提供する。ハイブリダイゼーション反応は、様々な「ストリンジェンシー」の条件下で行うことができる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーを増加させる条件は当技術分野で周知であり公開されている。関連する条件の例としては、（ストリンジェンシーを増加させる順に）２５℃、３７℃、５０℃、５５℃および６８℃のインキュベーション温度；１０×ＳＳＣ、６×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣの緩衝液濃度（ＳＳＣは０．１５Ｍ ＮａＣｌおよび１５ｍＭクエン酸緩衝液である）および他の緩衝液系を使用するそれらの等価物；０％、２５％、５０％および７５％のホルムアミド濃度；５分〜２４時間のインキュベーション時間；１、２回またはそれより多くの洗浄工程；１、２または１５分の洗浄インキュベーション時間；ならびに６×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣまたは脱イオン水の洗浄溶液が挙げられる。ハイブリダイゼーション技術およびそれらの最適化は、当技術分野で周知である。
いくつかの実施形態では、本発明の核酸は、低ストリンジェンシー条件下で標的とハイブリダイズする。他の実施形態では、これは、中ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする。好ましい実施形態では、これは、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の例示的なセットは、５０℃および１０×ＳＳＣである。中ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の例示的なセットは、５５℃および１×ＳＳＣである。高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の例示的なセットは、６８℃および０．１×ＳＳＣである。
本発明は、これらの配列に相補的な配列を含む核酸を含む（例えば、アンチセンスもしくはプローブのため、またはプライマーとして使用するため）。
本発明の核酸は、ハイブリダイゼーション反応（例えば、ノーザンブロットもしくはサザンブロット、または核酸マイクロアレイもしくは「遺伝子チップ」におけるもの）および増幅反応（例えば、ＰＣＲ、ＳＤＡ、ＳＳＳＲ、ＬＣＲ、ＴＭＡ、ＮＡＳＢＡなど）ならびに他の核酸技術において使用され得る。
本発明の核酸は、様々な形態をとり得る（例えば、一本鎖、二本鎖、ベクター、プライマー、プローブ、標識化体など）。本発明の核酸は、環状または分岐状であり得るが、一般的に直鎖状である。特に明記または要求がない限り、核酸を利用する本発明の実施形態はいずれも、二本鎖形態と、二本鎖形態を構成する２本の相補的一本鎖形態それぞれとの両方を利用し得る。プライマーおよびプローブは、一般的に一本鎖であり、アンチセンス核酸も同様である。
本発明の核酸は、精製または実質的に精製された形態、すなわち、他の核酸を実質的に含まない形態（例えば、天然に存在する核酸を含まない）、特に、他のシュードモナスの核酸または宿主細胞の核酸を実質的に含まない形態で提供されることが好ましく、一般的には少なくとも約５０％純粋（重量基準）であり、通常は少なくとも約９０％純粋である。本発明の核酸は、好ましくは、シュードモナスの核酸である。
多くの方法で、例えば、全体的もしくは部分的な化学合成（例えば、ＤＮＡのホスホラミダイト合成）により、ヌクレアーゼ（例えば、制限酵素）を使用してより長い核酸を消化することにより、ゲノムもしくはｃＤＮＡライブラリー由来のより短い核酸もしくはヌクレオチドを（例えば、リガーゼまたはポリメラーゼを使用して）連結することなどにより、本発明の核酸を調製し得る。
本発明の核酸は、固体支持体（例えば、ビーズ、プレート、フィルタ、フィルム、スライド、マイクロアレイ支持体、樹脂など）に付着され得る。本発明の核酸は標識され得る（例えば、放射活性標識もしくは蛍光標識またはビオチン標識で）。これは、検出技術で核酸を使用する場合、例えば、核酸がプライマーまたはプローブである場合に特に有用である。
「核酸」という用語は、一般的に、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチドおよび／またはそれらの類似体を含む任意の長さのヌクレオチドのポリマーの形態の意味を含む。これは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含む。これは、修飾骨格（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）またはホスホロチオエート）または修飾塩基を含有するもののようなＤＮＡまたはＲＮＡ類似体も含む。したがって、本発明は、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、リボザイム、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、組換え核酸、分岐核酸、プラスミド、ベクター、プローブ、プライマーなどを含む。本発明の核酸がＲＮＡの形態をとる場合、これは、５’キャップを有してもよいし、または有しなくてもよい。
本発明の核酸は、ベクターの一部、すなわち、１つまたはそれより多くの細胞型の形質導入／トランスフェクションのために設計された核酸構築物の一部であり得る。ベクターは、例えば、挿入されたヌクレオチドの単離、増幅および複製のために設計された「クローニングベクター」、宿主細胞中のヌクレオチド配列の発現のために設計された「発現ベクター」、組換えウイルスもしくはウイルス様粒子の生産をもたらすために設計された「ウイルスベクター」または「シャトルベクター」であり得、これは複数の種類のベクターの特性を含む。好ましいベクターは、プラスミドである。「宿主細胞」は、外因性核酸のレシピエントになることができるかまたは該レシピエントである個々の細胞または細胞培養物を含む。宿主細胞は単一宿主細胞の子孫を含み、この子孫は、天然の、偶然のまたは故意の変異および／または変更のために、元の親細胞と（形態またはＤＮＡ相補体全部が）完全に同一である必要はない。宿主細胞としては、本発明の核酸をインビボまたはインビトロでトランスフェクトしたかまたは感染させた細胞が挙げられる。
核酸がＤＮＡである場合、ＲＮＡ配列中の「Ｕ」は、ＤＮＡでは「Ｔ」に置き換わると認識されよう。同様に、核酸がＲＮＡである場合、ＤＮＡ配列中の「Ｔ」は、ＲＮＡでは「Ｕ」に置き換わると認識されよう。
核酸に関連して使用される場合の「相補体」または「相補的」という用語は、ワトソン−クリック塩基対形成を指す。したがって、Ｃの相補体はＧであり、Ｇの相補体はＣであり、Ａの相補体はＴ（またはＵ）であり、Ｔ（またはＵ）の相補体はＡである。Ｉ（プリンイノシン）のような塩基を使用することも可能である（例えば、ピリミジン（ＣまたはＴ）を相補するために）。
本発明の核酸は、例えば、ポリペプチドを生産するため；生体試料中の核酸の検出のためのハイブリダイゼーションプローブとして；この核酸のさらなるコピーを作製するため；リボザイムもしくはアンチセンスオリゴヌクレオチドを作製するため；一本鎖ＤＮＡプライマーもしくはプローブとして；または三本鎖形成オリゴヌクレオチドとして使用され得る。
本発明は、本発明の核酸を生産するためのプロセスであって、化学的手段を使用して部分的または全体的に核酸を合成するプロセスを提供する。
本発明は、本発明のヌクレオチド配列を含むベクター（例えば、クローニングまたは発現ベクター）およびこのようなベクターで形質転換された宿主細胞を提供する。
本発明の核酸増幅は、定量的および／またはリアルタイムであり得る。
本発明の特定のいくつかの実施形態について、核酸は、好ましくは、少なくとも７ヌクレオチド長である（例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２２５、２５０、２７５、３００ヌクレオチドまたはそれより長い）。
本発明の特定のいくつかの実施形態について、核酸は、好ましくは、多くとも５００ヌクレオチド長である（例えば、４５０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１４０、１３０、１２０、１１０、１００、９０、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５ヌクレオチドまたはそれより短い）。
本発明のプライマーおよびプローブ、ならびにハイブリダイゼーションに使用される他の核酸は、好ましくは、１０〜３０ヌクレオチド長である（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０ヌクレオチドまたはそれより多くのヌクレオチド）。株およびバリアント
既存の名称（例えば、「ＰＡ０３２８」）、「ＰＳＥ５２」または「ＰＳＥの後ろに自然数（これはクローン番号を示す）（すなわち、ＰＳＥ５２−１など）」または各配列番号の数字を参照することにより、抗原は上に定義されている。
以下の表１は、これら３つの命名／番号付けシステムを既存のＰＡＯ１の公的に利用可能な番号付けに関連付ける。
ＰＡＯ１の番号付けは、参考文献３７においてゲノム分析の点から十分に記載されているＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株ＰＡＯ１のゲノムを参照している。
各抗原の機能的アノテーションもデータベースに示されている。
したがって、これらの抗原のいずれの例示的なアミノ酸およびヌクレオチド配列も、ＰＡＯ１株からの公的な配列データベースにおいて容易に見出すことができるが、本発明は、ＰＡＯ１株由来の配列に限定されない。標準的な検索およびアラインメント技術を使用して、これらの（または他の）さらなるゲノム配列のいずれかにおいて、ＰＡＯ１株由来の任意の特定の配列の相同体を検出し得る。さらに、ＰＡＯ１株由来の入手可能な配列を使用して、他の株由来の相同配列の増幅のためのプライマーを設計し得る。したがって、本発明は、この株に限定されず、むしろ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの他の株由来のこのようなバリアントおよび相同体、ならびに非天然バリアントを包含する。一般的に、特定の配列番号の適切なバリアントは、その対立遺伝子バリアント、その多形、その相同体、そのオルソログ、そのパラログ、その変異体などを含む。
したがって、例えば、本発明で使用されるポリペプチドは、本明細書中の配列番号と比較して、保存的置換（すなわち、あるアミノ酸の、関連側鎖を有する別のアミノ酸での置換）のような１個またはそれより多く（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個など）のアミノ酸置換を含み得る。遺伝子によりコードされるアミノ酸は、一般的に、４つのファミリーに分けられる：（１）酸性、すなわち、アスパラギン酸、グルタミン酸；（２）塩基性、すなわち、リジン、アルギニン、ヒスチジン；（３）非極性、すなわち、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン；および（４）非荷電極性、すなわち、グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシン。フェニルアラニン、トリプトファンおよびチロシンは、一緒に芳香族アミノ酸として分類されることもある。一般的に、これらのファミリー内での単一アミノ酸の置換は、生物学的活性に対して大きな影響を有しない。ポリペプチドはまた、配列番号の配列に対して１個またはそれより多く（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個など）の単一アミノ酸欠失を含み得る。ポリペプチドはまた、配列番号の配列に対して１個またはそれより多く（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個など）の挿入（例えば、それぞれ、１、２、３、４または５アミノ酸のもの）を含み得る。
同様に、本発明で使用されるポリペプチドは、
・ 配列表に開示されている配列と同一（すなわち、１００％同一）のアミノ酸配列；
・ 配列表に開示されている配列と配列同一性を有するアミノ酸配列（例えば、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％またはそれより高く）；
・ （ａ）または（ｂ）の配列と比較して、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個（あるいはそれより多く）の単一アミノ酸変化（欠失、挿入、置換）（これは、別の位置にあってもよいし、または連続的であってもよい）を有するアミノ酸配列；
・ ペアワイズアラインメントアルゴリズムを使用して配列表からの特定の配列とアラインメントさせた場合に、Ｎ末端からＣ末端へのｘアミノ酸の各移動ウィンドウ（ｐアミノ酸（ｐ＞ｘ）にわたるアラインメントの場合、ｐ−ｘ＋１個のこのようなウィンドウが存在するように）が、少なくともｘ・ｙ個の同一のアラインメントされたアミノ酸（ｘは、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択され；ｙは、０．５０、０．６０、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され；ｘ・ｙが整数ではない場合、最も近い整数まで端数を切り上げる）を有するアミノ酸配列
を含み得る。好ましいペアワイズアラインメントアルゴリズムは、デフォルトパラメータ（例えば、ＥＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスを使用して、ギャップオープニングペナルティ＝１０．０およびギャップ伸長ペナルティ＝０．５）を使用するＮｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈグローバルアラインメントアルゴリズム［５２］である。このアルゴリズムは、便利なことに、ＥＭＢＯＳＳパッケージのｎｅｅｄｌｅツールに実装されている［５３］。
ハイブリッドポリペプチドを使用する場合、ハイブリッド中の個々の抗原（すなわち、個々の−Ｘ−部分）は、１つまたはそれより多くの株に由来し得る。ｎ＝２の場合、例えば、Ｘ２は、Ｘ１と同じ株または異なる株に由来し得る。ｎ＝３の場合、株は、（ｉ）Ｘ１＝Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｉ）Ｘ１＝Ｘ２≠Ｘ３、（ｉｉｉ）Ｘ１≠Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｖ）Ｘ１≠Ｘ２≠Ｘ３または（ｖ）Ｘ１＝Ｘ３≠Ｘ２などであり得る。
群（ｃ）のうち、欠失または置換は、Ｎ末端および／もしくはＣ末端にあってもよいし、または２つの末端の間にあってもよい。したがって、切断は、欠失の例である。切断は、Ｎ末端および／またはＣ末端における最大４０アミノ酸（またはそれより多く）の欠失を含み得る。Ｎ末端切断では、リーダーペプチドを除去し得る（例えば、異種宿主における組換え発現を促進するために）。Ｃ末端切断は、アンカー配列を除去し得る（例えば、異種宿主における組換え発現を促進するために）。
一般的に、抗原が、配列表からの完全Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ配列と同一ではない配列を含む場合（例えば、抗原が、完全Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ配列と１００％未満の配列同一性を有する配列表を含む場合、または抗原がその断片を含む場合）、個々の各場合において、この抗原がそれぞれの完全Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ配列を認識する抗体を誘導し得ることが好ましい。
変異体細菌
本発明はまた、本発明の様々な抗原群からの抗原の１個またはそれより多くがノックアウトされたＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ細菌を提供する（参考文献４６を参照のこと）。ノックアウト細菌を生産する技術は周知であり、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株由来の遺伝子のノックアウトが報告されている（すなわち、参考文献５４において）。ノックアウト変異は、遺伝子のコード領域に位置してもよいし、またはその転写制御領域（例えば、そのプロモーター内）にあってもよい。ノックアウト変異は、抗原をコードするｍＲＮＡのレベルを、野生型細菌により生成されるものの１％未満、好ましくは０．５％未満、より好ましくは０．１％未満および最も好ましくは０％まで低減させる。
本発明はまた、本発明の様々な抗原群からの抗原の１個またはそれより多くが、その活性を阻害する変異を有するＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａを提供する。この抗原をコードする遺伝子は、コードされるアミノ酸配列を変更する変異を有する。変異は、欠失、置換および／または挿入を含み得、これらはいずれも、１つまたはそれより多くのアミノ酸に関与し得る。
本発明はまた、本発明の抗原を過剰発現する細菌、例えばＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ細菌を提供する。
本発明はまた、本発明の抗原を恒常的に発現する細菌、例えばＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ細菌を提供する。本発明はまた、本発明の抗原をコードする遺伝子を含む大腸菌であって、該遺伝子が誘導性プロモーターの制御下にある大腸菌を提供する。
変異体細菌は、免疫原として使用され得る、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ抗原（例えば、本発明の抗原）を含む細菌外膜小胞を調製するのに特に有用である［５５〜５７］。
免疫原性組成物および医薬品
本発明の免疫原性組成物は、ワクチンとして有用であり得る。本発明のワクチンは、予防的（すなわち、感染を予防する）または治療的（すなわち、感染を処置する）のいずれかであり得るが、典型的には予防的である。
したがって、組成物は、薬学的に許容され得るものであり得る。これらは、通常、抗原に加えて成分を含み、例えば、これらは、典型的には、１種類またはそれより多くの薬学的担体および／または賦形剤を含む。
組成物は、一般的に、哺乳動物に水性形態で投与される。しかしながら、投与前に、組成物は非水性形態であり得る。例えば、いくつかのワクチンは水性形態で製造され、次いで充填および配送され、同じく水性形態で投与されるが、他のワクチンは製造中に凍結乾燥され、使用時に水性形態に再構成される。したがって、本発明の組成物は、凍結乾燥製剤のように乾燥され得る。
組成物は、チオメルサールまたは２−フェノキシエタノールのような保存剤を含み得る。しかしながら、好ましくは、ワクチンは、水銀性物質を実質的に含まない（すなわち、５μｇ／ｍｌ未満）、例えばチオメルサールを含まないようにすべきである。水銀を含まないワクチンがより好ましい。保存剤を含まないワクチンが特に好ましい。
熱安定性を改善するために、組成物は、温度保護剤を含み得る。このような剤のさらなる詳細は、以下に記載する。
張度を制御するために、ナトリウム塩のような生理的な塩を含むことが好ましい。塩化ナトリウム（ＮａＣｌ）が好ましく、これは、１〜２０ｍｇ／ｍｌ、例えば約１０±２ｍｇ／ｍｌ ＮａＣｌで存在し得る。存在し得る他の塩としては、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、リン酸二ナトリウム無水物、塩化マグネシウム、塩化カルシウムなどが挙げられる。
組成物は、一般的に、２００ｍＯｓｍ／ｋｇ〜４００ｍＯｓｍ／ｋｇ、好ましくは２４０〜３６０ｍＯｓｍ／ｋｇのオスモル濃度を有し、より好ましくは、２９０〜３１０ｍＯｓｍ／ｋｇの範囲内にある。
組成物は、１種類またはそれより多くの緩衝剤を含み得る。典型的な緩衝剤としては、リン酸緩衝剤、Ｔｒｉｓ緩衝剤、ホウ酸緩衝剤、コハク酸緩衝剤、ヒスチジン緩衝剤（特に、水酸化アルミニウムアジュバントと共に）またはクエン酸緩衝剤が挙げられる。緩衝剤は、典型的には、５〜２０ｍＭの範囲で含まれる。
組成物のｐＨは、一般的に、５．０〜８．１であり、より典型的には６．０〜８．０、例えば、６．５および７．５、または７．０〜７．８である。
組成物は、好ましくは滅菌されている。組成物は、好ましくは発熱物質を含まず、例えば、用量当たり＜１ＥＵ（内毒素単位、標準的な尺度）、好ましくは、用量当たり＜０．１ＥＵを含有する。組成物は、好ましくは、グルテンを含まない。
組成物は、単回免疫化のための物質を含んでもよいし、または複数回免疫化（すなわち、「複数回用量」キット）のための物質を含んでもよい。複数回用量の配合物において、保存剤を含むことが好ましい。複数回用量組成物に保存剤を含める代わりに（またはそれに加えて）、組成物を、物質を取り出すための無菌アダプタを有する容器中に入れてよい。
ヒトワクチンは、典型的には、約０．５ｍｌの投与容量で投与されるが、小児には半分の用量（すなわち、約０．２５ｍｌ）が投与され得る。
本発明の免疫原性組成物は、１種類またはそれより多くの免疫調節剤も含み得る。好ましくは、免疫調節剤の１種類またはそれより多くは、１種類またはそれより多くのアジュバントを含む。アジュバントは、以下でさらに論じるＴＨ１アジュバントおよび／またはＴＨ２アジュバントまたはＴＬＲ７アゴニストを含み得る。
したがって、本発明は、
（１）第１の、第２のおよびさらなる抗原群（上で定義される）から選択される１個またはそれより多くの抗原と、
（２）水酸化アルミニウムアジュバントのようなアジュバント（例えば、１個またはそれより多くの抗原が水酸化アルミニウムに吸着され得る）と
の組み合わせを含む免疫原性組成物を提供する。
例えば、本発明は、ｓｔａ００６抗原と、水酸化アルミニウムアジュバントのようなアジュバントとの組み合わせを含む免疫原性組成物を提供する。同様に、本発明は、ｓｔａ０１１抗原と、水酸化アルミニウムアジュバントのようなアジュバントとの組み合わせを含む免疫原性組成物を提供する。これらの組成物は、理想的にには緩衝されている（例えば、ヒスチジン緩衝液を使用して）。本発明の組成物に使用され得るアジュバントとしては、限定されないが、以下のものが挙げられる：
Ａ．無機物含有組成物
本発明においてアジュバントとして使用するのに適切な無機物含有組成物は、アルミニウム塩およびカルシウム塩（またはそれらの混合物）のような無機塩を含む。カルシウム塩としては、リン酸カルシウム（例えば、参考文献５８に開示されている「ＣＡＰ」粒子）が挙げられる。アルミニウム塩としては、水酸化物、リン酸塩、硫酸塩などが挙げられ、これらの塩は任意の適切な形態（例えば、ゲル、結晶、非晶質など）をとる。これらの塩への吸着が好ましい（例えば、すべての抗原が吸着され得る）。無機物含有組成物はまた、金属塩の粒子として製剤化され得る［５９］。
水酸化アルミニウムおよびリン酸アルミニウムとして公知のアジュバントが使用され得る。本発明は、アジュバントとして一般的に使用される「水酸化物」または「リン酸塩」アジュバントのいずれかを使用し得る。「水酸化アルミニウム」として公知のアジュバントは、典型的にはオキシ水酸化アルミニウム塩であり、これは、通常、少なくとも部分的に結晶性である。「リン酸アルミニウム」として公知のアジュバントは、典型的には、多くの場合、少量の硫酸塩も含有しているヒドロキシリン酸アルミニウムである（すなわち、アルミニウムヒドロキシホスフェートサルフェート）。これらは、沈殿により得ることができ、沈殿中の反応条件および濃度は、塩中のヒドロキシルに対するホスフェートの置換の程度に影響する。
水酸化アルミニウムアジュバントについて、繊維状のモルホロジー（例えば、透過型電子顕微鏡写真で観察されるような）が典型的である。水酸化アルミニウムアジュバントのｐＩは、典型的には約１１であり、すなわちアジュバント自体は生理的ｐＨにおいて正の表面電荷を有する。ｐＨ７．４においてＡｌ＋＋＋１ｍｇ当たり１．８〜２．６ｍｇのタンパク質吸着能が、水酸化アルミニウムアジュバントについて報告されている。
リン酸アルミニウムアジュバントは、一般的に、０．３〜１．２、好ましくは０．８〜１．２、より好ましくは０．９５±０．１のＰＯ４／Ａｌモル比を有する。リン酸アルミニウムは、ヒドロキシリン酸塩については特に、一般的に非晶質である。典型的なアジュバントは、０．８４〜０．９２のＰＯ４／Ａｌモル比を有する非晶質ヒドロキシリン酸アルミニウムであり、０．６ｍｇ Ａｌ３＋／ｍｌで含まれる。リン酸アルミニウムは、一般的に粒子状である（例えば、透過型電子顕微鏡写真で観察されるようなプレート様のモルホロジー）。粒子の典型的な直径は、任意の抗原吸着後に、０．５〜２０μｍの範囲（例えば、約５〜１０μｍ）である。ｐＨ７．４おいてＡｌ＋＋＋１ｍｇ当たり０．７〜１．５ｍｇのタンパク質吸着能が、リン酸アルミニウムアジュバントについて報告されている。
リン酸アルミニウムのゼロ電荷点（ＰＺＣ）は、ヒドロキシルに対するホスフェートの置換の程度と反比例し、この置換の程度は、沈殿により塩を調製するのに使用される反応条件および反応物の濃度に依存して変動し得る。ＰＺＣはまた、溶液中の遊離リン酸イオンの濃度を変化させること（より多いホスフェート＝より酸性側のＰＺＣ）、またはヒスチジン緩衝剤のような緩衝剤を加えること（ＰＺＣをより塩基性にする）により変更される。本発明にしたがって使用されるリン酸アルミニウムは、一般的に、４．０〜７．０、より好ましくは５．０〜６．５、例えば約５．７のＰＺＣを有する。
本発明の組成物を調製するのに使用されるアルミニウム塩の懸濁物は、緩衝剤（例えば、リン酸緩衝剤またはヒスチジン緩衝剤またはＴｒｉｓ緩衝剤）を含有し得るが、これは常に必要というわけではない。懸濁物は、好ましくは、滅菌されており、発熱物質を含まない。懸濁物は、遊離の水性リン酸イオンを含み得、これは例えば、１．０〜２０ｍＭ、好ましくは５〜１５ｍＭ、より好ましくは約１０ｍＭの濃度で存在する。懸濁物は、塩化ナトリウムも含み得る。
本発明には、水酸化アルミニウムとリン酸アルミニウムとの両方の混合物を使用し得る。この場合、リン酸アルミニウムは水酸化アルミニウムよりも多く存在し得、例えば、少なくとも２：１、例えば≧５：１、≧６：１、≧７：１、≧８：１、≧９：１などの重量比であり得る。
患者に投与するための組成物中のＡｌ＋＋＋の濃度は、好ましくは１０ｍｇ／ｍｌ未満、例えば、≦５ｍｇ／ｍｌ、≦４ｍｇ／ｍｌ、≦３ｍｇ／ｍｌ、≦２ｍｇ／ｍｌ、≦１ｍｇ／ｍｌなどである。好ましい範囲は、０．３〜１ｍｇ／ｍｌである。最大０．８５ｍｇ／用量が好ましい。
Ｂ．油性エマルジョン
本発明においてアジュバントとして使用するのに適切な油性エマルジョン組成物は、ＭＦ５９［参考文献６３の第１０章；参考文献６０も参照のこと］（マイクロフルイダイザーを使用してサブミクロンの粒子に製剤化された５％スクアレン、０．５％Ｔｗｅｅｎ８０および０．５％Ｓｐａｎ８５）のようなスクアレン−水エマルジョンを含む。完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）も使用され得る。
様々な水中油型エマルジョンアジュバントが公知であり、これらは、典型的には、少なくとも１種類の油と少なくとも１種類の界面活性剤とを含み、この油および界面活性剤は、生分解性（代謝可能）であり、生体適合性である。エマルジョン中の油滴は、通常、直径５μｍ未満であり、理想的にはサブミクロンの直径を有し、これらの小さいサイズは、マイクロフルイダイザーを使用して達成され、安定なエマルジョンを提供する。２２０ｎｍ未満のサイズの液滴は、フィルタ滅菌に供することができるので好ましい。
エマルジョンは、動物（例えば、魚類）または植物供給源由来のもののような油を含み得る。植物油の供給源は、堅果、種子および穀粒を含む。ピーナツ油、大豆油、ココナツ油およびオリーブ油が、最も一般的に入手可能な堅果油の例である。ホホバ油が使用され得る（例えば、ホホバ豆から得られる）。種子油として、紅花油、綿実油、ひまわり種子油、ごま油などが挙げられる。穀粒の群において、コーン油が最も容易に入手可能であるが、コムギ、オート麦、ライムギ、コメ、テフ、ライコムギなどのような他の穀類の穀粒の油も使用され得る。グリセロールおよび１，２−プロパンジオールの６〜１０炭素脂肪酸エステルは、種子油中に天然には存在しないが、堅果油および種子油から出発する、適切な材料の加水分解、分離およびエステル化により調製し得る。哺乳動物の乳由来の脂肪および油は代謝可能であるので、本発明の実施において使用され得る。動物供給源から純粋な油を得るために必要な分離、精製、けん化および他の手段の手順は、当技術分野で周知である。ほとんどの魚類は、容易に収集し得る代謝可能な油を含有する。例えば、タラ肝油、サメ肝油および鯨ろうのような鯨油は、本明細書に使用され得る魚油のいくつかの例である。多くの分岐鎖油が、５炭素イソプレン単位で生化学的に合成され、通常、テルペノイドと称される。サメ肝油は、スクアレン、２，６，１０，１５，１９，２３−ヘキサメチル−２，６，１０，１４，１８，２２−テトラコサヘキサエンとして公知の分岐不飽和テルペノイドを含有し、これは、本明細書において特に好ましい。スクアレンの飽和類似体であるスクアランも好ましい油である。スクアレンおよびスクアランを含む魚油は、商業的な供給源から容易に入手可能であるか、または当技術分野で公知の方法により得ることができる。他の好ましい油は、トコフェロールである（下記参照）。混合油が使用され得る。
界面活性剤は、それらの「ＨＬＢ」（親水性／親油性バランス）により分類し得る。本発明の好ましい界面活性剤は、少なくとも１０、好ましくは少なくとも１５、より好ましくは少なくとも１６のＨＬＢを有する。本発明は、限定されないが、ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤（一般的にＴｗｅｅｎと称される）、特に、ポリソルベート２０およびポリソルベート８０；直鎖状ＥＯ／ＰＯブロックコポリマーのような、ＤＯＷＦＡＸ（商標）の商品名の下で販売されるエチレンオキシド（ＥＯ）、プロピレンオキシド（ＰＯ）および／またはブチレンオキシド（ＢＯ）のコポリマー；反復エトキシ（オキシ−１，２−エタンジイル）基の数が変動し得るオクトキシノール、特にオクトキシノール−９（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００またはｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール）が興味深い；（オクチルフェノキシ）ポリエトキシエタノール（ＩＧＥＰＡＬ ＣＡ−６３０／ＮＰ−４０）；ホスファチジルコリン（レシチン）のようなリン脂質；Ｔｅｒｇｉｔｏｌ（商標）ＮＰシリーズのようなノニルフェノールエトキシレート；トリエチレングリコールモノラウリルエーテル（Ｂｒｉｊ３０）のようなラウリル、セチル、ステアリルおよびオレイルアルコールに由来するポリオキシエチレン脂肪エーテル（Ｂｒｉｊ界面活性剤として公知である）；ならびにソルビタントリオレエート（Ｓｐａｎ８５）およびソルビタンモノラウレートのようなソルビタンエステル（一般的にＳＰＡＮとして公知である）を含む界面活性剤とともに使用され得る。非イオン界面活性剤が好ましい。エマルジョンに含めるのに好ましい界面活性剤は、Ｔｗｅｅｎ８０（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート）、Ｓｐａｎ８５（ソルビタントリオレエート）、レシチンおよびＴｒｉｔｏｎＸ−１００である。
界面活性剤の混合物、例えばＴｗｅｅｎ８０／Ｓｐａｎ８５混合物が使用され得る。ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート（Ｔｗｅｅｎ８０）のようなポリオキシエチレンソルビタンエステルと、ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）のようなオクトキシノールとの組み合わせも適切である。別の有用な組み合わせは、ラウレス−９とポリオキシエチレンソルビタンエステルおよび／またはオクトキシノールとを含む。
界面活性剤の好ましい量（重量％基準）は、ポリオキシエチレンソルビタンエステル（例えば、Ｔｗｅｅｎ８０）０．０１〜１％、特に約０．１％；オクチル−またはノニルフェノキシポリオキシエタノール（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００またはＴｒｉｔｏｎシリーズの他の洗浄剤）０．００１〜０．１％、特に０．００５〜０．０２％；ポリオキシエチレンエーテル（例えば、ラウレス９）０．１〜２０％、好ましくは０．１〜１０％、特に、０．１〜１％または約０．５％である。
好ましいエマルジョンアジュバントは、＜１μｍ、例えば≦７５０ｎｍ、≦５００ｎｍ、≦４００ｎｍ、≦３００ｎｍ、≦２５０ｎｍ、≦２２０ｎｍ、≦２００ｎｍまたはそれより小さい平均液滴サイズを有する。これらの液滴サイズは、マイクロフルイダイゼーションのような技術により簡便に達成し得る。
本発明で有用な特定の水中油型エマルジョンアジュバントとしては、限定されないが、以下のものが挙げられる：
・スクアレン、Ｔｗｅｅｎ８０およびＳｐａｎ８５のサブミクロンのエマルジョン。エマルジョンの容積基準の組成は、約５％スクアレン、約０．５％ポリソルベート８０および約０．５％Ｓｐａｎ８５であり得る。重量の点では、これらの比率は、４．３％スクアレン、０．５％ポリソルベート８０および０．４８％Ｓｐａｎ８５になる。このアジュバントは、参考文献６３の第１０章および参考文献６４の第１２章により詳細に記載されているように、「ＭＦ５９」［６１〜］として公知である。有利には、ＭＦ５９エマルジョンは、クエン酸イオン、例えば１０ｍＭクエン酸ナトリウム緩衝剤を含む。
・スクアレン、トコフェロールおよびポリソルベート８０（Ｔｗｅｅｎ８０）のエマルジョン。エマルジョンは、リン酸緩衝食塩水を含み得る。これは、Ｓｐａｎ８５（例えば、１％で）および／またはレシチンも含み得る。これらのエマルジョンは、２〜１０％スクアレン、２〜１０％トコフェロールおよび０．３〜３％Ｔｗｅｅｎ８０を有してよく、スクアレン：トコフェロールの重量比は、より安定なエマルジョンが得られるので、好ましくは≦１である。スクアレンおよびＴｗｅｅｎ８０は、約５：２の容積比または約１１：５の重量比で存在し得る。１つのこのようなエマルジョンは、Ｔｗｅｅｎ８０をＰＢＳ中に溶解して２％溶液を得て、次いで９０ｍｌのこの溶液を（５ｇのＤＬ−α−トコフェロールおよび５ｍｌスクアレン）の混合物と混合し、次いで混合物をマイクロフルイダイズすることにより作製し得る。得られるエマルジョンはサブミクロンの油滴（例えば、１００〜２５０ｎｍ、好ましくは約１８０ｎｍの平均直径を有するもの）を有し得る。エマルジョンは、３−脱−Ｏ−アセチル化モノホスホリルリピドＡ（３ｄ−ＭＰＬ）も含み得る。この種の別の有用なエマルジョンは、ヒト用量当たり、０．５〜１０ｍｇのスクアレン、０．５〜１１ｍｇのトコフェロールおよび０．１〜４ｍｇのポリソルベート８０を含み得る［６５］。
・スクアレン、トコフェロールおよびＴｒｉｔｏｎ洗浄剤（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）のエマルジョン。エマルジョンは、３ｄ−ＭＰＬも含み得る（下記参照）。エマルジョンは、リン酸緩衝剤を含有し得る。
・ポリソルベート（例えば、ポリソルベート８０）、Ｔｒｉｔｏｎ洗浄剤（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）およびトコフェロール（例えば、コハク酸α−トコフェロール）を含むエマルジョン。エマルジョンは、これらの３成分を、約７５：１１：１０の質量比で含み得（例えば、７５０μｇ／ｍｌポリソルベート８０、１１０μｇ／ｍｌ ＴｒｉｔｏｎＸ−１００および１００μｇ／ｍｌ コハク酸α−トコフェロール）、これらの濃度は、抗原由来のこれらの成分の任意の寄与を含むはずである。エマルジョンは、スクアレンも含み得る。エマルジョンは、３ｄ−ＭＰＬも含み得る（下記参照）。水相は、リン酸緩衝剤を含有し得る。
・スクアラン、ポリソルベート８０およびポロキサマー４０１（「Ｐｌｕｒｏｎｉｃ（商標）Ｌ１２１」）のエマルジョン。エマルジョンは、リン酸緩衝食塩水、ｐＨ７．４中で製剤化し得る。このエマルジョンは、ムラミルジペプチドについての有用な送達ビヒクルであり、スレオニル−ＭＤＰと共に「ＳＡＦ−１」アジュバント中で用いられている［６６］（０．０５〜１％Ｔｈｒ−ＭＤＰ、５％スクアラン、２．５％ＰｌｕｒｏｎｉｃＬ１２１および０．２％ポリソルベート８０）。これは、「ＡＦ」アジュバントにおけるようにＴｈｒ−ＭＤＰなしでも使用され得る［６７］（５％スクアラン、１．２５％ＰｌｕｒｏｎｉｃＬ１２１および０．２％ポリソルベート８０）。マイクロフルイダイゼーションが好ましい。
・スクアレン、水性溶媒、ポリオキシエチレンアルキルエーテル親水性非イオン界面活性剤（例えば、ポリオキシエチレン（１２）セトステアリルエーテル）および疎水性非イオン界面活性剤（例えば、ソルビタンモノオレエートまたは「Ｓｐａｎ８０」のようなソルビタンエステルまたはマンニドエステル）を含むエマルジョン。エマルジョンは、好ましくは、熱可逆性であり、および／または少なくとも９０％の油滴（容積基準）が２００ｎｍ未満のサイズである［６８］。エマルジョンは、アルジトール、凍結保護剤（例えば、ドデシルマルトシドおよび／またはスクロースのような糖）、および／またはアルキルポリグリコシドの１つまたはそれより多くも含み得る。エマルジョンは、ＴＬＲ４アゴニストを含み得る［６９］。このようなエマルジョンは、凍結乾燥され得る。
・スクアレン、ポロキサマー１０５およびＡｂｉｌ−Ｃａｒｅのエマルジョン［７０］。アジュバント化されたワクチンにおけるこれらの成分の最終濃度（重量）は、５％スクアレン、４％ポロキサマー１０５（プルロニックポリオール）および２％Ａｂｉｌ−Ｃａｒｅ８５（ビス−ＰＥＧ／ＰＰＧ−１６／１６ ＰＥＧ／ＰＰＧ−１６／１６ジメチコン；カプリル酸／カプリン酸トリグリセリド）である。
・０．５〜５０％の油、０．１〜１０％のリン脂質および０．０５〜５％の非イオン界面活性剤を含むエマルジョン。参考文献７１に記載されているように、好ましいリン脂質成分は、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジン酸、スフィンゴミエリンおよびカルジオリピンである。サブミクロンの液滴サイズが有利である。
・代謝不可能油（例えば、軽油）および少なくとも１種類の界面活性剤（例えば、レシチン、Ｔｗｅｅｎ８０またはＳｐａｎ８０）のサブミクロンの水中油型エマルジョン。ＱｕｉｌＡサポニン、コレステロール、サポニン親油性コンジュゲート（例えば、脂肪族アミンをデスアシルサポニンに、グルクロン酸のカルボキシル基を介して付加することにより生産される、参考文献７２に記載されているＧＰＩ−０１００）、ジメチルジオクタデシルアンモニウム（ｄｉｍｅｔｈｙｉｄｉｏｃｔａｄｅｃｙｌａｍｍｏｎｉｕｍ）ブロミドおよび／またはＮ，Ｎ−ジオクタデシル−Ｎ，Ｎ−ビス（２−ヒドロキシエチル）プロパンジアミンのような添加物を含み得る。
・サポニン（例えば、ＱｕｉｌＡまたはＱＳ２１）およびステロール（例えば、コレステロール）が、らせん状ミセルとして会合しているエマルジョン［７３］。
・鉱油、非イオン親油性エトキシル化脂肪アルコールおよび非イオン親水性界面活性剤（例えば、エトキシル化脂肪アルコールおよび／またはポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンブロックコポリマー）を含むエマルジョン［７４］。
いくつかの実施形態では、エマルジョンを送達時に抗原と即時に混合し得るので、アジュバントおよび抗原は、使用時の最終的な製剤化のために準備された、パッケージ化または分配されたワクチンにおいて別々に保存され得る。他の実施形態では、エマルジョンは、製造中に抗原と混合され、したがって、組成物は、液体アジュバント添加形態でパッケージ化される。抗原は、一般的に、ワクチンが２つの液体を混合することにより最終的に調製されるように水性の形態にある。混合するための２つの液体の容積比は変動し得る（例えば、５：１〜１：５）が、一般的には約１：１である。成分の濃度が特定のエマルジョンに関する上記説明に示されている場合、これらの濃度は、典型的に、希釈されていない組成物についてのものであるので、抗原溶液と混合した後の濃度は減少する。
組成物がトコフェロールを含む場合、α、β、γ、δ、εまたはξトコフェロールのいずれを使用することもできるが、α−トコフェロールが好ましい。トコフェロールは、いくつかの形態、例えば、異なる塩および／または異性体をとり得る。塩としては、コハク酸塩、酢酸塩、ニコチン酸塩などのような有機塩が挙げられる。Ｄ−α−トコフェロールおよびＤＬ−α−トコフェロールの両方が使用され得る。ビタミンＥは、高齢患者（例えば、６０歳またはそれより高い年齢）における免疫応答に対して正の効果を有することが報告されているので［７５］、トコフェロールは、有利には、この患者群用のワクチンに含まれる。これらは、エマルジョンを安定化する助けになり得る抗酸化特性も有する［７６］。好ましいα−トコフェロールは、ＤＬ−α−トコフェロールであり、このトコフェロールの好ましい塩は、コハク酸塩である。コハク酸塩は、インビボにおいてＴＮＦ関連リガンドと一緒に働くことが見出されている。
Ｃ．サポニン製剤
サポニン製剤も、本発明においてアジュバントとして使用され得る。サポニンは、広範囲の植物種の樹皮、葉、茎、根および花でさえも見出されるステロールグリコシドおよびトリテルペノイドグリコシドの異成分からなる群である。Ｑｕｉｌｌａｉａ ｓａｐｏｎａｒｉａ Ｍｏｌｉｎａの木の樹皮由来のサポニンは、アジュバントとして広く研究されている。サポニンは、Ｓｍｉｌａｘ ｏｒｎａｔａ（サルサパリラ（ｓａｒｓａｐｒｉｌｌａ））、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（ブライズヴェイル（ｂｒｉｄｅｓ ｖｅｉｌ））およびＳａｐｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（ソープルート（ｓｏａｐ ｒｏｏｔ））から商業的に得ることもできる。サポニンアジュバント製剤としては、ＱＳ２１のような精製製剤およびＩＳＣＯＭのような脂質製剤が挙げられる。ＱＳ２１は、Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（商標）として市販されている。
サポニン組成物は、ＨＰＬＣおよびＲＰ−ＨＰＬＣを使用して精製される。これらの技術を使用して特定の精製画分が、ＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−ＢおよびＱＨ−Ｃを含むと検出されている。好ましくは、サポニンはＱＳ２１である。ＱＳ２１の生産方法は、参考文献７７に開示されている。サポニン製剤は、コレステロールのようなステロールも含み得る［７８］。
サポニンとコレステロールとの組み合わせを使用して、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）と称される独特の粒子を形成し得る［参考文献６３の第２３章］。ＩＳＣＯＭは、典型的には、ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリンのようなリン脂質も含む。任意の公知のサポニンがＩＳＣＯＭで使用され得る。好ましくは、ＩＳＣＯＭは、ＱｕｉｌＡ、ＱＨＡおよびＱＨＣの１つまたはそれより多くを含む。ＩＳＣＯＭは、参考文献７８〜にさらに記載されている。必要に応じて、ＩＳＣＯＭＳは、さらなる洗浄剤を欠いていてもよい［８０］。
サポニンに基づくアジュバントの開発の概説は、参考文献８１で見出すことができる。Ｅ．細菌または微生物誘導体
本発明で使用するのに適切なアジュバントとしては、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、リピドＡ誘導体、免疫刺激オリゴヌクレオチドならびにＡＤＰ−リボシル化毒素およびその解毒化誘導体のような細菌または微生物誘導体が挙げられる。
ＬＰＳの非毒性誘導体としては、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）および３−Ｏ−脱アシル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）が挙げられる。３ｄＭＰＬは、４個、５個または６個のアシル化された鎖を有する３脱−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡの混合物である。３脱−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡの好ましい「小粒子」の形態は、参考文献８２に開示されている。３ｄＭＰＬのこのような「小粒子」は、０．２２μｍの膜を通して滅菌ろ過されるために十分小さい［８２］。他の非毒性ＬＰＳ誘導体としては、アミノアルキルグルコサミニドホスフェート誘導体、例えば、ＲＣ−５２９のようなモノホスホリルリピドＡ模倣物が挙げられる［８３］。
リピドＡ誘導体としては、ＯＭ−１７４のような大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）由来のリピドＡの誘導体が挙げられる。ＯＭ−１７４は、例えば参考文献８４および８５に記載されている。
本発明においてアジュバントとして使用するのに適切な免疫刺激オリゴヌクレオチドとしては、ＣｐＧモチーフ（リン酸結合によりグアノシンと連結された非メチル化シトシンを含有するジヌクレオチド配列）を含有するヌクレオチド配列が挙げられる。二本鎖ＲＮＡおよびパリンドロームまたはポリ（ｄＧ）配列を含有するオリゴヌクレオチドも、免疫刺激性であることが示されている。
ＣｐＧとしては、ホスホロチオエート修飾のようなヌクレオチド修飾／類似体を挙げることができ、二本鎖または一本鎖であり得る。参考文献８６および８７は、可能性のある類似体置換、例えば２’−デオキシ−７−デアザグアノシンでのグアノシンの置換を開示している。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果は、参考文献８８においてさらに論じられている。
ＣｐＧ配列は、モチーフＧＴＣＧＴＴまたはＴＴＣＧＴＴのようにＴＬＲ９に指向性を有し得る［８９］。ＣｐＧ配列は、ＣｐＧ−Ａ ＯＤＮのようにＴｈ１免疫応答を誘導するのに特異的であり得るか、またはＣｐＧ−Ｂ ＯＤＮのようにＢ細胞応答を誘導するのにより特異的であり得る。ＣｐＧ−ＡおよびＣｐＧ−Ｂ ＯＤＮは、参考文献９０〜において論じられている。好ましくは、ＣｐＧは、ＣｐＧ−Ａ ＯＤＮである。
好ましくは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、受容体認識のために５’端が近付くことができるように構築されている。必要に応じて、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列をそれらの３’端に結合させて、「イムノマー」を形成し得る。例えば、参考文献９２〜を参照のこと。
有用なＣｐＧアジュバントは、ＰｒｏＭｕｎｅ（商標）（Ｃｏｌｅｙ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｇｒｏｕｐ，Ｉｎｃ．）としても公知のＣｐＧ７９０９である。別のものは、ＣｐＧ１８２６である。ＣｐＧ配列を使用する代わりにまたはそれに加えて、ＴｐＧ配列を使用することができ［９４］、これらのオリゴヌクレオチドは、非メチル化ＣｐＧモチーフを含まなくてもよい。免疫刺激オリゴヌクレオチドは、ピリミジンリッチであり得る。例えば、これは、複数の連続チミジンヌクレオチド（例えば、参考文献９４に開示されるようなＴＴＴＴ）を含み得、そして／またはこれは、＞２５％チミジン（例えば、＞３５％、＞４０％、＞５０％、＞６０％、＞８０％など）を有するヌクレオチド組成を有し得る。例えば、これは、複数の連続シトシンヌクレオチド（例えば、参考文献９４に開示されるようなＣＣＣＣ）を含み得、そして／またはこれは、＞２５％シトシン（例えば、＞３５％、＞４０％、＞５０％、＞６０％、＞８０％など）を有するヌクレオチド組成を有し得る。これらのオリゴヌクレオチドは、非メチル化ＣｐＧモチーフを含まなくてもよい。免疫刺激オリゴヌクレオチドは、典型的には、少なくとも２０ヌクレオチドを含む。これらは、１００未満のヌクレオチドを含み得る。
免疫刺激オリゴヌクレオチドに基づく特に有用なアジュバントは、ＩＣ−３１（商標）として公知である［９５］。したがって、本発明で使用されるアジュバントは、（ｉ）少なくとも１つ（好ましくは複数）のＣｐＩモチーフ（すなわち、イノシンと連結されてジヌクレオチドを形成するシトシン）を含むオリゴヌクレオチド（例えば、１５〜４０のヌクレオチド）と、（ｉｉ）少なくとも１つ（好ましくは複数）のＬｙｓ−Ａｒｇ−Ｌｙｓトリペプチド配列を含むオリゴペプチド（例えば、５〜２０のアミノ酸）のようなポリカチオンポリマーとの混合物を含み得る。オリゴヌクレオチドは、２６マーの配列５’−（ＩＣ）３１−３’を含むデオキシヌクレオチドであり得る。
細菌ＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒化誘導体は、本発明においてアジュバントとして使用され得る。好ましくは、タンパク質は、大腸菌（大腸菌熱不安定性エンテロトキシン「ＬＴ」）、コレラ（「ＣＴ」）または百日咳（「ＰＴ」）に由来する。解毒化ＡＤＰリボシル化毒素を粘膜アジュバントとして使用されることは、参考文献９６に記載され、非経口アジュバントとして使用されることは、参考文献９７に記載されている。毒素またはトキソイドは、好ましくは、ＡおよびＢのサブユニットをともに含むホロ毒素の形態にある。好ましくは、Ａサブユニットは解毒化変異を含有し、好ましくは、Ｂサブユニットは変異されていない。好ましくは、アジュバントは、ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２およびＬＴ−Ｇ１９２のような解毒化ＬＴ変異体である。アジュバントとしてＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒化誘導体、特に、ＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２を使用することは、参考文献９８〜１０１で見出すことができる。有用なＣＴ変異体は、またはＣＴ−Ｅ２９Ｈである［１０２］。アミノ酸置換についての数字の参照は、好ましくは、参考文献１０３（その全体が参照により本明細書に具体的に組み込まれる）に示されるＡＤＰリボシル化毒素のＡおよびＢサブユニットのアラインメントに基づく。
Ｆ．ヒト免疫調節物質
本発明においてアジュバントとして使用するのに適切なヒト免疫調節物質は、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２［１０４］など）、インターフェロン（例えば、インターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子のようなサイトカインを含む。好ましい免疫調節物質は、ＩＬ−１２である。
Ｇ．生体付着性物質および粘膜付着性物質
生体付着性物質および粘膜付着性物質も、本発明においてアジュバントとして使用され得る。適切な生体付着性物質としては、エステル化ヒアルロン酸マイクロスフェア［１０５］、またはポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、多糖およびカルボキシメチルセルロースの架橋誘導体のような粘膜付着性物質が挙げられる。キトサンおよびその誘導体も、本発明においてアジュバントとして使用され得る［１０６］。
Ｈ．微小粒子
微小粒子も、本発明においてアジュバントとして使用され得る。ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）を有し、生分解性で非毒性の物質（例えば、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトンなど）から形成された微小粒子（すなわち、直径約１００ｎｍ〜約１５０μｍ、より好ましくは直径約２００ｎｍ〜約３０μｍ、最も好ましくは直径約５００ｎｍ〜約１０μｍの粒子）が好ましく、これらは、必要に応じて、負に荷電された表面（例えば、ＳＤＳで）または正に荷電された表面（例えば、ＣＴＡＢのようなカチオン洗浄剤で）を有するように処理される。
Ｉ．リポソーム
アジュバントとして使用するのに適切なリポソーム製剤の例は、参考文献１０７〜に記載されている。
Ｊ．ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステル製剤
本発明で使用するのに適切なアジュバントとしては、ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルが挙げられる［１０９］。このような製剤は、オクトキシノールと組み合わせたポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤［１１０］、およびオクトキシノールのような少なくとも１つのさらなる非イオン界面活性剤と組み合わせたポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステル界面活性剤［１１１］をさらに含む。好ましいポリオキシエチレンエーテルは、以下の群から選択される：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ラウレス９）、ポリオキシエチレン−９−ステアリルエーテル（ｓｔｅｏｒｙｌ ｅｔｈｅｒ）、ポリオキシエチレン（ｐｏｌｙｏｘｙｔｈｅｙｌｅｎｅ）−８−ステアリルエーテル（ｓｔｅｏｒｙｌ ｅｔｈｅｒ）、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。
Ｋ．ホスファゼン
例えば、参考文献１１２および１１３に記載されているポリ［ジ（カルボキシラトフェノキシ）ホスファゼン］（「ＰＣＰＰ」）のようなホスファゼンが使用され得る。
Ｌ．ムラミルペプチド
本発明においてアジュバントとして使用するのに適切なムラミルペプチドの例としては、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−スレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ｎｏｒ−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミン（ＭＴＰ−ＰＥ）が挙げられる。
Ｍ．イミダゾキノロン化合物
本発明においてアジュバントとして使用するのに適切なイミダゾキノロン化合物の例としては、イミキモド（「Ｒ−８３７」）［１１４］、レシキモド（「Ｒ−８４８」）［１１５］およびそれらの類似体、ならびにそれらの塩（例えば、塩酸塩）が挙げられる。
Ｎ．置換尿素
アジュバントとして有用な置換尿素としては、参考文献１１６に定義されている式Ｉ、ＩＩもしくはＩＩＩの化合物、またはそれらの塩：
Figure 2018135388
 例えば、「ＥＲ８０３０５８」、「ＥＲ８０３７３２」、「ＥＲ８０４０５３」、ＥＲ８０４０５８」、「ＥＲ８０４０５９」、「ＥＲ８０４４４２」、「ＥＲ８０４６８０」、「ＥＲ８０４７６４」、ＥＲ８０３０２２または「ＥＲ８０４０５７」、例えば：
Figure 2018135388
 が挙げられる。
Ｏ．さらなるアジュバント
本発明で使用され得るさらなるアジュバントとしては、以下のものが挙げられる：
・ＲＣ−５２９のようなアミノアルキルグルコサミニドリン酸誘導体［１１７］。
・参考文献１１８に開示されているもののようなチオセミカルバゾン化合物。活性化合物についての製剤化、製造およびスクリーニングの方法も、参考文献１１８に記載されている。チオセミカルバゾンは、ＴＮＦ−αのようなサイトカインの生産のためのヒト末梢血単核細胞の刺激において特に効果的である。
・参考文献１１９に開示されているもののようなトリプタントリン化合物。活性化合物についての製剤化、製造およびスクリーニングの方法も、参考文献１１９に記載されている。チオセミカルバゾンは、ＴＮＦ−αのようなサイトカインの生産のためのヒト末梢血単核細胞の刺激において特に効果的である。
・（ａ）イサトラビン（ＡＮＡ−２４５；７−チア−８−オキソグアノシン）：
Figure 2018135388
 およびそのプロドラッグ；（ｂ）ＡＮＡ９７５；（ｃ）ＡＮＡ−０２５−１；（ｄ）ＡＮＡ３８０；（ｅ）ロキソリビン（７−アリル−８−オキソグアノシン）についての参考文献１２０に開示されている化合物のようなヌクレオシド類似体［１２２］。
・アシルピペラジン化合物、インドールジオン化合物、テトラヒドロイソキノリン（Ｔｅｔｒａｈｙｄｒａｉｓｏｑｕｉｎｏｌｉｎｅ）（ＴＨＩＱ）化合物、ベンゾシクロジオン化合物、アミノアザビニル化合物、アミノベンズイミダゾールキノリノン（ＡＢＩＱ）化合物［１２４］、ヒドロフタルアミド（Ｈｙｄｒａｐｔｈａｌａｍｉｄｅ）化合物、ベンゾフェノン化合物、イソキサゾール化合物、ステロール化合物、キナジリノン化合物、ピロール化合物［１２５］、アントラキノン化合物、キノキサリン化合物、トリアジン化合物、ピラザロピリミジン化合物およびベンザゾール化合物［１２６］を含む、参考文献１２３に開示されている化合物。
・ＴＬＲ４アンタゴニストＥ５５６４［１２７］のようなリン酸含有非環式骨格に連結された脂質を含有する化合物。
・ポリオキシドニウムポリマー［１２８］または他のＮ酸化ポリエチレン−ピペラジン誘導体。
・メチルイノシン５’−１リン酸（「ＭＩＭＰ」）［１２９］。
・式：
Figure 2018135388
 （式中、Ｒは、水素、直鎖もしくは分岐鎖で、非置換もしくは置換され、飽和もしくは不飽和のアシル、アルキル（例えば、シクロアルキル）、アルケニル、アルキニルおよびアリール基を含む群から選択される）を有するもののようなポリヒドロキシル化ピロリジジン化合物［１３０］、またはその薬学的に許容され得る塩もしくは誘導体。例としては、限定されないが、カスアリン、カスアリン−６−α−Ｄ−グルコピラノース、３−ｅｐｉ−カスアリン、７−ｅｐｉ−カスアリン、３，７−ジｅｐｉ−カスアリンなどが挙げられる。
・α−グリコシルセラミド［１３１〜］（例えば、α−ガラクトシルセラミド）、フィトスフィンゴシン含有α−グリコシルセラミド、ＯＣＨ、ＫＲＮ７０００［（２Ｓ，３Ｓ，４Ｒ）−１−Ｏ−（α−Ｄ−ガラクトピラノシル）−２−（Ｎ−ヘキサコサノイルアミノ）−１，３，４−オクタデカントリオール］、ＣＲＯＮＹ−１０１、３’’−Ｏ−スルホ−ガラクトシルセラミドなどのようなＣＤ１ｄリガンド。
・アルガムリンのようなガンマイヌリン［１３３］またはその誘導体。
Figure 2018135388
 アジュバントの組み合わせ
本発明は、上記で同定されるアジュバントの１つまたはそれより多くの組み合わせも含み得る。例えば、以下のアジュバント組成物が、本発明において使用され得る：（１）サポニンおよび水中油型エマルジョン［１３４］；（２）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）；（３）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）＋コレステロール；（４）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（必要に応じて、＋ステロール）；（５）３ｄＭＰＬと、例えばＱＳ２１および／または水中油型エマルジョンとの組み合わせ［１３５］；（６）サブミクロンのエマルジョンになるようにマイクロフルイダイズされたかまたはより大きい粒子サイズのエマルジョンを生じるようにボルテックスされた、１０％スクアレン、０．４％Ｔｗｅｅｎ８０（商標）、５％プルロニック−ブロックポリマーＬ１２１およびｔｈｒ−ＭＤＰを含有するＳＡＦ、（７）２％スクアレンと、０．２％Ｔｗｅｅｎ８０と、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコール酸（ＴＤＭ）および細胞壁骨格（ＣＷＳ）からなる群由来の１つまたはそれより多くの細菌細胞壁成分、好ましくはＭＰＬ＋ＣＷＳ（Ｄｅｔｏｘ（商標））とを含有するＲｉｂｉ（商標）アジュバント系（ＲＡＳ）（Ｒｉｂｉ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）；ならびに（８）１つまたはそれより多くの無機塩（例えば、アルミニウム塩）＋ＬＰＳの非毒性誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）。
水酸化アルミニウムおよび／またはリン酸アルミニウムアジュバントの使用は特に好ましく、抗原は、一般的に、これらの塩に吸着される。リン酸カルシウムは、別の好ましいアジュバントである。他の好ましいアジュバントの組み合わせは、ＣｐＧおよびａｌｕｍ、またはレシキモドおよびａｌｕｍのようなＴｈ１アジュバントおよびＴｈ２アジュバントの組み合わせを含む。リン酸アルミニウムと３ｄＭＰＬとの組み合わせが使用され得る。
本発明の組成物は、細胞媒介性免疫応答および体液性免疫応答の両方を誘導し得る。この免疫応答は、好ましくは、長期持続性（例えば、中和）抗体と、シュードモナスへの曝露に際して迅速に応答し得る細胞媒介性免疫とを誘導する。
２種類のＴ細胞、すなわちＣＤ４およびＣＤ８細胞は、一般的に、細胞媒介性免疫および体液性免疫を開始および／または増強するのに必要であると考えられている。ＣＤ８ Ｔ細胞は、ＣＤ８共受容体を発現でき、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）と一般に称される。ＣＤ８ Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子上に提示される抗原を認識でき、またはそれと相互作用し得る。
ＣＤ４ Ｔ細胞は、ＣＤ４共受容体を発現でき、Ｔヘルパー細胞と一般に称される。ＣＤ４ Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子と結合した抗原性ペプチドを認識し得る。ＭＨＣクラスＩＩ分子との相互作用により、ＣＤ４細胞は、サイトカインのような因子を分泌し得る。これらの分泌されたサイトカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、マクロファージおよび免疫応答に参加する他の細胞を活性化し得る。ヘルパーＴ細胞またはＣＤ４＋細胞は、２つの機能的に異なるサブセット、すなわち、それらのサイトカインおよびエフェクター機能が異なるＴＨ１表現型およびＴＨ２表現型にさらに分けることができる。
活性化ＴＨ１細胞は、細胞性免疫を増強し（抗原特異的ＣＴＬの生成の増加を含む）、したがって、細胞内感染に対する応答において特に価値がある。活性化ＴＨ１細胞は、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−βの１つまたはそれより多くを分泌し得る。ＴＨ１免疫応答は、マクロファージ、ＮＫ（ナチュラルキラー）細胞およびＣＤ８細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を活性化することにより局所的炎症反応をもたらし得る。ＴＨ１免疫応答はまた、ＢおよびＴ細胞の増殖を、ＩＬ−１２を使用して刺激することにより免疫応答を拡大するように作用し得る。ＴＨ１刺激Ｂ細胞は、ＩｇＧ２ａを分泌し得る。
活性化ＴＨ２細胞は、抗体生成を増強し、したがって、細胞外感染に対する応答において価値がある。活性化ＴＨ２細胞は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６およびＩＬ−１０の１つまたはそれより多くを分泌し得る。ＴＨ２免疫応答は、ＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡおよび将来の防御のためのメモリーＢ細胞の生成をもたらし得る。
免疫応答の増強は、ＴＨ１免疫応答の増強およびＴＨ２免疫応答の増強の１つまたはそれより多くを含み得る。
ＴＨ１免疫応答は、ＣＴＬの増加、ＴＨ１免疫応答に関連するサイトカインの１つまたはそれより多く（例えば、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−β）の増加、活性化マクロファージの増加、ＮＫ活性の増加、またはＩｇＧ２ａの生成の増加の１つまたはそれより多くを含み得る。好ましくは、ＴＨ１免疫応答の増強は、ＩｇＧ２ａ生成の増加を含む。
ＴＨ１免疫応答は、ＴＨ１アジュバントを使用して誘導され得る。ＴＨ１アジュバントは、一般的に、アジュバントなしの抗原での免疫化と比べて、増加したレベルのＩｇＧ２ａ生成を誘導する。本発明で使用するのに適切なＴＨ１アジュバントは、例えばサポニン製剤、ビロソームおよびウイルス様粒子、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、免疫刺激オリゴヌクレオチドを含み得る。ＣｐＧモチーフを含有するオリゴヌクレオチドのような免疫刺激オリゴヌクレオチドは、本発明で使用するのに好ましいＴＨ１アジュバントである。
ＴＨ２免疫応答は、ＴＨ２免疫応答に関連するサイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６およびＩＬ−１０）の１つまたはそれより多くの増加、またはＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡおよびメモリーＢ細胞の生成の増加の１つまたはそれより多くを含み得る。好ましくは、ＴＨ２免疫応答（ｒｅｓｏｎｓｅ）の増強は、ＩｇＧ１生成の増加を含む。
ＴＨ２免疫応答は、ＴＨ２アジュバントを使用して誘導され得る。ＴＨ２アジュバントは、一般的に、アジュバントなしの抗原での免疫化と比べて、増加したレベルのＩｇＧ１生成を誘導する。本発明で使用するのに適切なＴＨ２アジュバントは、例えば、無機物含有組成物、油性エマルジョンならびにＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒化誘導体を含む。アルミニウム塩のような無機物含有組成物は、本発明で使用するのに好ましいＴＨ２アジュバントである。
好ましくは、本発明は、ＴＨ１アジュバントとＴＨ２アジュバントとの組み合わせを含む組成物を含む。好ましくは、このような組成物は、増強されたＴＨ１応答および増強されたＴＨ２応答を誘導し、すなわち、アジュバントなしでの免疫化と比べて、ＩｇＧ１生成およびＩｇＧ２ａ生成の両方の生成の増加を誘導する。さらにより好ましくは、ＴＨ１アジュバントとＴＨ２アジュバントとの組み合わせを含む組成物は、単一アジュバントを使用する免疫化と比べて（すなわち、ＴＨ１アジュバントのみでの免疫化またはＴＨ２アジュバントのみでの免疫化と比べて）、ＴＨ１免疫応答の増加および／またはＴＨ２免疫応答の増加を誘導する。
免疫応答は、ＴＨ１免疫応答およびＴＨ２応答の一方または両方であり得る。好ましくは、免疫応答は、ＴＨ１応答の増強およびＴＨ２応答の増強の一方または両方をもたらす。
増強される免疫応答は、全身免疫応答および粘膜免疫応答の一方または両方であり得る。好ましくは、免疫応答は、全身免疫応答の増強および粘膜免疫応答の増強の一方または両方をもたらす。好ましくは、粘膜免疫応答は、ＴＨ２免疫応答である。好ましくは、粘膜免疫応答は、ＩｇＡの生成の増加を含む。
Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症は様々な身体領域に影響を与え得るので、本発明の組成物は、様々な形態で調製され得る。例えば、組成物は、液体溶液または懸濁物のいずれかとしての注射剤として調製され得る。注射前に液体ビヒクルに溶解または懸濁するのに適切な固体の形態も調製され得る（例えば、凍結乾燥組成物または噴霧凍結乾燥組成物）。組成物は、外用投与用に、例えば、軟膏剤、クリームまたは粉末として調製され得る。組成物は、経口投与用に、例えば、錠剤もしくはカプセル剤として、噴霧剤として、またはシロップ剤（必要に応じて矯味矯臭して）として調製され得る。組成物は、肺投与用に、例えば、微細粉末または噴霧剤を使用する吸入剤として調製され得る。組成物は、坐剤または膣坐剤として調製され得る。組成物は、鼻、耳または眼の投与用に調製され得る（例えば滴剤として）。組成物は、組み合わせ組成物が、患者への投与の直前に再構成されるように設計されたキットの形態であり得る。このようなキットは、液体の形態の１個またはそれより多くの抗原と、凍結乾燥された１個またはそれより多くの抗原とを含み得る。
組成物が使用前に即時調製されることになっており（例えば、成分が凍結乾燥された形態である場合）、キットとして提示される場合、キットは２つのバイアルを含み得、あるいは１つの充填済み（ｒｅａｄｙ−ｆｉｌｌｅｄ）シリンジと１つのバイアルとを含み得、シリンジの内容物は、注射前にバイアルの内容物を再活性化するのに使用される。
ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的有効量の抗原（単数または複数）と、場合により任意の他の成分とを含む。「免疫学的有効量」は、単回用量または一連の一部としてその量を個体に投与することが処置または予防に効果的であることを意味する。この量は、処置される個体の健康および身体の状態、年齢、処置される個体の分類群（例えば、非ヒト霊長類、霊長類など）、個体の免疫系の抗体を合成する能力、所望される防御の程度、ワクチンの製剤形態、医学的状態についての処置医師の評価、および他の関連する因子に依存して変動する。この量は、通例の試験により決定され得る比較的広い範囲内に収まることが期待される。複数の抗原が組成物に含まれる場合、２個の抗原は、互いに同じ用量または異なる用量で存在し得る。
上記のように、組成物は、温度保護剤を含み得、この成分は、アジュバント添加組成物（特にアルミニウム塩のような無機質アジュバントを含有するもの）において特に有用であり得る。参考文献１３６に記載されているように、液体の温度保護剤を、その凝固点を低下させ、例えば、この凝固点を０℃未満に低減させるために水性ワクチン組成物に加えてよい。したがって、組成物は０℃未満であるがその凝固点より上で貯蔵でき、温度による分解を阻害し得る。温度保護剤は、無機塩アジュバントを凍結および解凍の後の凝集または沈降から保護しながら組成物の凍結を可能にすることもでき、上昇した温度、例えば、４０℃を超える温度にて組成物を保護することもできる。開始水性ワクチンおよび液体の温度保護剤は、この液体の温度保護剤が、最終混合物の１〜８０容積％を形成するように混合され得る。適切な温度保護剤は、ヒトの投与について安全であり、水に容易に混和／可溶性であるべきであり、組成物中の他の成分（例えば、抗原およびアジュバント）に損傷を与えないものであるべきである。例として、グリセリン、プロピレングリコールおよび／またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が挙げられる。適切なＰＥＧは、２００〜２０，０００Ｄａの範囲の平均分子量を有し得る。好ましい実施形態では、ポリエチレングリコールは、約３００Ｄａの平均分子量を有し得る（「ＰＥＧ−３００」）。
本発明は、（ｉ）第１の、第２の、第３のまたは第４の抗原群から選択される１個またはそれより多くの抗原と、（ｉｉ）温度保護剤とを含む免疫原性組成物を提供する。この組成物は、（ｉ）第１の、第２の、第３のまたは第４の抗原群から選択される１個またはそれより多くの抗原を含む水性組成物を、（ｉｉ）温度保護剤と混合することにより形成され得る。混合物は、次いで貯蔵され得る（例えば、０℃未満、０〜２０℃、２０〜３５℃、３５〜５５℃またはそれより高くで）。これは、液体または凍結形態で貯蔵され得る。混合物は、凍結乾燥され得る。あるいは、組成物は、（ｉ）第１の、第２の、第３のまたは第４の抗原群から選択される１個またはそれより多くの抗原を含む乾燥組成物を、（ｉｉ）温度保護剤を含む液体組成物と混合することにより形成され得る。したがって、成分（ｉｉ）は、成分（ｉ）を再構成するのに使用され得る。
処置方法およびワクチンの投与
本発明はまた、哺乳動物における免疫応答を引き起こす方法であって、有効量の本発明の組成物を投与する工程を含む方法を提供する。免疫応答は、好ましくは防御的であり、好ましくは、抗体および／または細胞媒介性免疫を伴う。この方法は、追加免疫応答を引き起こし得る。
本発明はまた、医薬品として併用するための（例えば、哺乳動物における免疫応答を引き起こすのに使用するための）少なくとも２個の本発明の抗原を提供する。
本発明はまた、哺乳動物における免疫応答を引き起こすための医薬品の製造における、少なくとも２個の本発明の抗原の使用を提供する。
これらの使用および方法により哺乳動物において免疫応答を引き起こすことにより、この哺乳動物を、院内感染を含むＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症から防御することができる。より具体的には、哺乳動物を、皮膚感染（参考文献１３７に示されているような熱傷、外傷性創傷または眼のものを含む）、肺炎、髄膜炎および新生児髄膜炎、骨髄炎、心内膜炎、シュードモナス毛嚢炎、毒素ショック症候群および／または敗血症および嚢胞性線維症から防御し得る。
本発明はまた、第１の要素と第２の要素とを含むキットであって、第１の要素も第２の要素も上記の本発明の組成物ではないが、第１の要素と第２の要素とを組み合わせて上記の本発明の組成物を提供し得るキットを提供する。キットは、以下の１つまたはそれより多くを含む第３の要素をさらに含み得る：使用説明書、シリンジもしくは他の送達デバイス、アジュバントまたは薬学的に許容され得る製剤化溶液。
本発明はまた、本発明の免疫原性組成物が予め充填された送達デバイスを提供する。
哺乳動物は、好ましくはヒトである。ワクチンが予防用である場合、ヒトは、好ましくは、小児（例えば、幼児または乳児）または１０代の若者であり、ワクチンが治療用である場合、ヒトは好ましくは１０代の若者または成人である。小児用を意図するワクチンは成人に投与してもよい（例えば、安全性、投与量、免疫原性などを評価するために）。本発明にしたがって有用に免疫化され得る他の哺乳動物は、ウシ、イヌ、ウマおよびブタである。
治療処置の効力を確認するための１つの方法は、本発明の組成物の投与後のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症をモニタリングすることを含む。予防処置の効力を確認するための１つの方法は、本発明の組成物中の抗原に対する全身（例えば、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａ生成のレベルをモニタリングする）および／または粘膜（例えば、ＩｇＡ生成のレベルをモニタリングする）の免疫応答を、組成物の投与後にモニタリングすることを含む。典型的には、抗原特異的血清抗体応答は、免疫化後であるが負荷前に決定され、一方、抗原特異的粘膜抗体応答は、免疫化後であって負荷後に決定される。
本発明の組成物の免疫原性を評価するための別の方法は、患者の血清もしくは粘膜分泌物をイムノブロットおよび／またはマイクロアレイによりスクリーニングするためにタンパク質を組換え発現させることである。タンパク質と患者試料との間の陽性反応は、患者が、問題のタンパク質に対する免疫応答を開始したことを示す。この方法はまた、免疫優性抗原および／または抗原内のエピトープを同定するのに使用され得る。
ワクチン組成物の効力はまた、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症の動物モデル、例えば、モルモットまたはマウスに、ワクチン組成物を使用して負荷することによりインビボで決定され得る。特に、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症の研究のための有用な動物モデルが１つあり、「効力の試験」という題の章に詳細に記載されている。致死感染モデルでは、通常致死量のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａを気管内経路により感染させた後に生存するマウスの数を観察する。様々な抗原および様々な抗原の組み合わせは、効果的なワクチンの様々な態様に寄与し得る。
本発明の組成物は、一般的に、患者に直接的に投与される。直接送達は、非経口注射（例えば、皮下、腹腔内、静脈内、筋肉内または組織の間質腔へ）、または直腸、経口（例えば、錠剤、噴霧剤）、膣、外用、経皮（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）もしくは経皮（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）、鼻内、眼、耳、肺もしくは他の粘膜投与のような粘膜投与により達成され得る。
本発明は、全身および／または粘膜免疫を誘導するため、好ましくは、増強された全身および／または粘膜免疫を誘導するために使用され得る。
好ましくは、全身および／または粘膜免疫の増強は、ＴＨ１および／またはＴＨ２免疫応答の増強に反映される。好ましくは、免疫応答の増強は、ＩｇＧ１および／またはＩｇＧ２ａおよび／またはＩｇＡの生成の増加を含む。
Ｔｈ１７細胞は、抗菌粘膜防御を増強し得、防御ワクチン誘導応答を潜在的に媒介し得る最近記載されているヘルパーＴ細胞系統である。参考文献１３８を参照のこと。
投薬は、単回用量計画または複数回用量計画によるものであり得る。複数回用量は、一次免疫化計画および／または追加免疫化計画で使用され得る。複数回用量計画において、様々な用量を、同じまたは異なる経路により与えてよく、例えば、非経口による一次免疫および粘膜による追加免疫、粘膜による一次免疫および非経口による追加免疫などがある。複数回用量は、典型的には、少なくとも１週間隔てて投与される（例えば、約２週間、約３週間、約４週間、約６週間、約８週間、約１０週間、約１２週間、約１６週間など）。
本発明にしたがって調製されるワクチンは、小児および成人の両方を処置するのに使用され得る。したがって、ヒト患者は、１歳未満、１〜５歳、５〜１５歳、１５〜５５歳または少なくとも５５歳であり得る。ワクチンを受ける好ましい患者は、年配者（例えば、≧５０歳、≧６０歳、好ましくは≧６５歳）、年少者（例えば、≦５歳）、入院患者、医療従事者、軍人および軍関係者、妊娠している女性、慢性の病人または免疫不全患者である。しかしながら、ワクチンは、これらの群にのみ適するのではなく、集団においてより一般的に使用され得る。
本発明により生産されるワクチンは、他のワクチンと実質的に同時に（例えば、医療専門家またはワクチン接種センターへの同じ医療相談または訪問中に）、例えば、インフルエンザワクチン、麻疹ワクチン、流行性耳下腺炎ワクチン、風疹ワクチン、ＭＭＲワクチン、水痘ワクチン、ＭＭＲＶワクチン、ジフテリアワクチン、破傷風ワクチン、百日咳ワクチン、ＤＴＰワクチン、コンジュゲート型Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ｂ型ワクチン、不活化ポリオウイルスワクチン、Ｂ型肝炎ウイルスワクチン、髄膜炎菌コンジュゲートワクチン（例えば、４価Ａ−Ｃ−Ｗ１３５−Ｙワクチン）、ＲＳウイルスワクチンなどと実質的に同時に患者に投与され得る。併用投与に適切なさらなる非シュードモナスワクチンは、１個またはそれより多くの抗原を含み得る。
核酸免疫化
上記の免疫原性組成物は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来のポリペプチド抗原を含む。しかしながら、すべての場合において、このポリペプチド抗原は、これらのポリペプチドをコードする核酸（典型的にはＤＮＡ）で代替して、核酸免疫化に基づく組成物、方法および使用をもたらすことができる。核酸免疫化は、現在では、発展した分野である。
免疫原をコードする核酸は、患者に送達された後にインビボにおいて発現し、次いで、発現した免疫原が免疫系を刺激する。活性成分は、典型的には、（ｉ）プロモーターと、（ｉｉ）プロモーターに作動可能に連結された免疫原をコードする配列と、必要に応じて、（ｉｉｉ）選択可能マーカーとを含む核酸ベクターの形態をとる。好ましいベクターは、（ｉｖ）複製起点と、（ｖ）（ｉｉ）の下流であって（ｉｉ）に作動可能に連結された転写ターミネーターとをさらに含み得る。一般的に、（ｉ）および（ｖ）は真核生物のものであり、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）は原核生物のものである。
好ましいプロモーターは、ウイルスプロモーターであり、例えば、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）由来である。ベクターは、プロモーターに加えて転写調節配列（例えば、エンハンサー）も含み得、これは、プロモーターと機能的に相互作用する。好ましいベクターは、前初期ＣＭＶエンハンサー／プロモーターを含み、より好ましいベクターは、ＣＭＶイントロンＡも含む。プロモーターは、免疫原をコードする配列の発現がプロモーターの制御下になるように、免疫原をコードする下流配列に作動可能に連結される。
マーカーを使用する場合、これは、好ましくは、微生物宿主内（例えば、原核生物内、細菌内、酵母内）で機能する。マーカーは、好ましくは、原核生物選択可能マーカー（例えば、原核生物プロモーターの制御下で転写される）である。簡便のために、典型的なマーカーは、抗生物質耐性遺伝子である。
本発明のベクターは、好ましくは、プラスミドのような自己複製エピソームまたは染色体外ベクターである。
本発明のベクターは、好ましくは、複製起点を含む。複製起点は、原核生物内で活性であるが、真核生物内で活性ではないことが好ましい。
したがって、好ましいベクターは、ベクターの選択のための原核生物マーカーと、原核生物の複製起点と、免疫原をコードする配列の転写を駆動する真核生物のプロモーターとを含む。したがって、ベクターは、（ａ）ポリペプチドを発現することなく原核生物宿主において増幅され選択されるが、（ｂ）増幅されることなく真核生物宿主において発現される。この配置は、核酸免疫化ベクターに理想的である。
本発明のベクターは、コード配列の下流に真核生物の転写ターミネーター配列を含み得る。これは、転写レベルを増強し得る。コード配列がそれ自体のものを有しない場合、本発明のベクターは、好ましくは、ポリアデニル化配列を含む。好ましいポリアデニル化配列は、ウシ成長ホルモンに由来する。
本発明のベクターは、複数のクローニング部位を含み得る。
免疫原およびマーカーをコードする配列に加えて、ベクターは、第２の真核生物コード配列を含み得る。免疫原と同じ転写産物からの第２の真核生物ポリペプチドの翻訳を可能にするために、ベクターは、上記の第２の配列の上流にＩＲＥＳも含み得る。あるいは、免疫原コード配列が、ＩＲＥＳの下流にあり得る。
本発明のベクターは、非メチル化ＣｐＧモチーフ、例えば、２つの５’プリンと２つの３’ピリミジンとに挟まれた、グアノシンの前にシトシンを共通して有する非メチル化ＤＮＡ配列を含み得る。これらの非メチル化形態において、これらのＤＮＡモチーフは、いくつかの型の免疫細胞の有力な刺激物質であることが証明されている。
ベクターは、標的化様式で送達され得る。受容体媒介ＤＮＡ送達技術が、当技術分野で説明されている。核酸を含有する治療組成物は、遺伝子治療プロトコールにおける局所投与のために約１００ｎｇ〜約２００ｍｇの範囲のＤＮＡで投与される。約５００ｎｇ〜約５０ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約５μｇ〜約５００μｇ、および約２０μｇ〜約１００μｇのＤＮＡの濃度範囲もまた、遺伝子治療プロトコール中に使用し得る。作用方法（例えば、コードされる遺伝子産物のレベルを増強または阻害するための）ならびに形質転換および発現の効力のような因子は、最終的な効力に必要な投与量に影響する考慮すべき事項である。より大きな組織領域にわたるより高い発現を望む場合、より大量のベクターまたは連続的投与プロトコールにおける同量の再投与、または様々な近接もしくは近い組織部分への複数回投与が、正の治療転帰をもたらすために要求され得る。すべての場合において、臨床試験における通例の実験が、最適な治療効果の特定の範囲を決定する。
ベクターは、遺伝子送達ビヒクルを使用して送達され得る。遺伝子送達ビヒクルは、ウイルスまたは非ウイルスの起源のものであり得る（一般的に、参考文献１３９を参照のこと）。
所望の核酸の送達および所望の細胞における発現のためのウイルスに基づくベクターは、当技術分野で周知である。例示的なウイルスに基づくビヒクルとしては、限定されないが、組換えレトロウイルス（例えば、参考文献１４０〜）、アルファウイルスに基づくベクター（例えば、シンドビスウイルスベクター、セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４７）、ロスリバーウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４６）およびベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ ＶＲ１２４９；ＡＴＣＣ ＶＲ−５３２）；これらのウイルスのハイブリッドまたはキメラも使用され得る）、ポックスウイルスベクター（例えば、ワクシニア、鶏痘、カナリアポックス、改変ワクシニアアンカラなど）、アデノウイルスベクター、およびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターが挙げられる（例えば、参考文献１４２〜を参照のこと）。死アデノウイルスに連結されたＤＮＡ［１４４］の投与も用いられ得る。
限定されないが、死アデノウイルスのみに連結されているかまたは連結されていないポリカチオン凝縮ＤＮＡ［例えば１４４］、リガンド連結ＤＮＡ［１４５］、真核細胞送達ビヒクル細胞［例えば参考文献１４６〜］および核電荷中和または細胞膜との融合を含む非ウイルス送達ビヒクルおよび方法も用いられ得る。ネイキッドＤＮＡも用いられ得る。例示的なネイキッドＤＮＡ導入方法は、参考文献１４８に記載されている。遺伝子送達ビヒクルとして作用し得るリポソーム（例えば、イムノリポソーム）は、参考文献１４９〜に記載されている。さらなるアプローチは、参考文献１５１〜１５２に記載されている。
使用するのに適切なさらなる非ウイルス送達としては、参考文献１５２に記載されているアプローチのような機械的送達系が挙げられる。さらに、コード配列およびその発現の生成物は、光重合されたヒドロゲル物質の堆積または電離放射線の使用により送達され得る（例えば参考文献１５３）。コード配列を送達するのに使用され得る遺伝子送達のための他の従来の方法は、例えば、手持ち式（ｈａｎｄ−ｈｅｌｄ）遺伝子移入パーティクルガンの使用［１５４］または移入された遺伝子を活性化するための電離放射線の使用を含む。
ＰＬＧ｛ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）｝微小粒子を使用する送達ＤＮＡは、（例えば、微小粒子への吸着による）特に好ましい方法であり、これらの微小粒子は、必要に応じて、負に荷電された表面（例えば、ＳＤＳで処理される）または正に荷電された表面（例えば、ＣＴＡＢのようなカチオン洗浄剤で処理される）を有するように処理される。抗体
Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ抗原に対する抗体は、受動免疫に使用され得る。したがって、本発明は、第１の、第２の、第３のまたは第４の抗原群の抗原に特異的な抗体を提供する。本発明はまた、治療におけるこのような抗体の使用を提供する。本発明はまた、医薬品の製造におけるこのような抗体の使用を提供する。本発明はまた、哺乳動物を処置する方法であって、有効量の本発明の抗体を投与する工程を含む方法を提供する。免疫原性組成物について上記のように、これらの方法および使用は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症から哺乳動物を防御することを可能にする。
「抗体」という用語は、インタクトな免疫グロブリン分子、および抗原と結合し得るその断片を含む。これらは、ハイブリッド（キメラ）抗体分子；Ｆ（ａｂ’）２およびＦ（ａｂ）断片ならびにＦｖ分子；非共有結合ヘテロダイマー；単鎖Ｆｖ分子（ｓＦｖ）；ダイマーおよびトリマー抗体断片構築物；ミニボディ；ヒト化抗体分子；ならびにこのような分子から得られる任意の機能的断片、ならびにファージディスプレイのような慣用的ではないプロセスにより得られる抗体を含む。好ましくは、抗体は、モノクローナル抗体である。モノクローナル抗体を得る方法は、当技術分野で周知である。ヒト化または完全ヒト抗体が好ましい。
全般
本発明の実施は、特に指示がない限り、当技術分野の範囲内である化学、生化学、分子生物学、免疫学および薬理学の従来の方法を使用する。このような技術は、文献に詳細に説明されている。
「ＧＩ」番号付けを上記で使用している。ＧＩ番号または「ＧｅｎＩｎｆｏ識別子」は、そのデータベースに配列が加えられた場合に、ＮＣＢＩにより処理される記録された各配列に連続的に割り当てられる一連の数字である。ＧＩ番号は、記録された配列のアクセッション番号に対して類似性はない。配列がアップデートされたとき（例えば、修正のため、またはさらなるアノテーションもしくは情報を加えるため）には、新たなＧＩ番号が与えられる。したがって、与えられたＧＩ番号に付随する配列は、決して変更されない。参考文献３７を参照のこと。
本発明が「エピトープ」に関する場合、このエピトープは、Ｂ細胞エピトープおよび／またはＴ細胞エピトープであり得る。このようなエピトープは、経験的に同定され得る（例えば、ＰＥＰＳＣＡＮ［１５５］または類似の方法を使用して）か、またはこれは予想し得る（例えば、Ｊａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ抗原インデックス［１５６］、マトリックスに基づくアプローチ［１５７］、ＭＡＰＩＴＯＰＥ［１５８］、ＴＥＰＩＴＯＰＥ［１５９］、ＯｐｔｉＭｅｒ＆ＥｐｉＭｅｒ［１６０］、ＡＤＥＰＴ［１６１］、Ｔｓｉｔｅｓ、親水性、抗原インデックスまたは当技術分野で公知の方法を使用して）。エピトープは、抗体またはＴ細胞受容体の抗原結合部位により認識され、それと結合する抗原の部分であり、これらは、「抗原決定基」とも称され得る。
抗原「ドメイン」が削除される場合、これは、シグナルペプチド、細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞外ドメインなどが削除されることを含み得る。
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を包含し、例えば、Ｘを「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」組成物は、排他的にＸのみからなってもよいし、またはさらなる何らかのものを含んでもよい（例えばＸ＋Ｙ）。
数値ｘに関する「約」という用語は、任意選択であり、例えば、ｘ±１０％を意味する。
２つのアミノ酸配列間の配列同一性の割合についての言及は、アラインメントした場合に、その割合のアミノ酸が、２つの配列の比較において同じであることを意味する。このアラインメントおよびパーセント相同性または配列同一性は、当技術分野で公知のソフトウェアプログラム、例えば、参考文献１６２の７．７．１８節に記載されているものを使用して決定され得る。好ましいアラインメントは、１２のギャップオープンペナルティおよび２のギャップ伸長ペナルティ、６２のＢＬＯＳＵＭマトリックスでのアフィンギャップ検索を使用してＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参考文献１６３に開示されている。
抗原の選択
以下のものを含む様々な基準の組み合わせに基づいて、ワクチン成分として使用するために、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａタンパク質を選択した：
・「外膜」、「ペリプラズム」、「細胞外」および「不明」と予測されるタンパク質に優先度を帰属させた細胞局在予測。最新の定義に関して、「不明」の細胞局在を有すると予測されるタンパク質は、複数のドメインから構成されることが多く、その１つは、実際には表面に露出している可能性があった。
・他の種由来の公知の病原性因子、ワクチン候補との相同性が有意であること
・自己免疫応答またはワクチン誘導性自己免疫の発生の可能性を制限するために、配列決定されたヒトゲノムによりコードされるヒトタンパク質との有意な相同性がないこと。
・多くの細菌種（病原性または非病原性どちらでも）に対応するものがあるタンパク質は、ハウスキーピング機能を有する可能性がより高いので、優れた抗原である可能性が低いことを考慮して、大腸菌タンパク質との有意な相同性がないこと
・完全に配列決定された７つのＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａゲノムのうちの少なくとも５つのパネルにわたって保存されていること。
・有用なアミノ酸配列の長さが、少なくとも１５０ａａであると考えられること
・マイクロアレイデータ。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのインビトロ発現では、ＰＡＯ１由来のタンパク質レパートリーを試験して、ＣＦ（嚢胞性線維症）患者の粘膜で見られるような嫌気性条件下における遺伝子発現の変化を、環境中で見られる好気性条件と比較して分析した。その発現が、好気性および嫌気性の両方の細胞培養条件で維持されたタンパク質を優先した。
前記タンパク質はまた、ヒトに送達するための安定製剤に有用な水酸化アルミニウム（以下も参照のこと）に適度によく吸着し得る。
株の対象範囲
選択した抗原の保存を評価するために、様々なＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ臨床単離株を使用した。Ｍｅｄｉｚｉｎｉｓｃｈｅ Ｈｏｃｈｓｃｈｕｌｅ ＨａｎｎｏｖｅｒのＣＦクリニックに通う８人の膵臓不全ＣＦ患者から、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ臨床株を単離した。最初の陽性培養物由来のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株を「初期」分離株と表記しているのに対して、中期分離株はその１〜５年後に採取し、後期分離株はコロニー形成の７〜１６年後または死亡もしくは肺移植前に採取した。試験した株を以下の表に記載する。
Figure 2018135388
°という記号は、死亡または肺移植前の最終Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株を示す。ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）により確認したように、試験した株のすべてにおいて、ＰＳＥ５４、ＰＳＥ４４−４、ＰＳＥ１０−１、ＰＳＥ２１−５、ＰＳＥ２７−１、ＰＳＥ５２−１、ＰＳＥ５３−１、ＰＳＥ１１、ＰＳＥ４１、ＰＳＥ４７−２をコードする遺伝子が存在した。
したがって、より広範な交差株防御の点からワクチン効力を考慮すると、表２で試験したような最良の組み合わせ／カクテルのいずれかに基づくワクチンは、シュードモナス由来の感染症に対するワクチンの適用範囲を拡大するための有効な解決策であり得る。
Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ組換えタンパク質のクローニングおよび発現
標準的な方法により、抗原のクローニングおよび発現を実施し得る。
特異的なオリゴヌクレオチドおよびテンプレートとしてのＰＡ染色体ＤＮＡを使用して、ＰＡ株ＰＡＯ１由来のポリペプチド抗原をＰＣＲ増幅した。クローニングベクターのＰＣＲ増幅（Ｖ−ＰＣＲ）およびインサートのＰＣＲ増幅（Ｉ−ＰＣＲ）を本質とするＰＩＰＥ法［１６４］を使用して、得られたＰＣＲ産物をｐＥＴ１５ｂ（Ｎｏｖａｇｅｎ）にクローニングした。次いで、１μｌのＶ−ＰＣＲおよび１μｌのＩ−ＰＣＲを混合し、化学的にコンピテントなＨＫ１００細胞で形質転換する［１６５］。各１μＭのフォワードプライマーおよびリバースプライマー、１×Ｃｌｏｎｅｄ Ｐｆｕ ＤＮＡポリメラーゼ反応緩衝液、２．５単位のＰｆｕ Ｔｕｒｂｏ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、各２００μＭのｄＮＴＰ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）および５０ｎｇのゲノムＤＮＡテンプレートを含めて、Ｉ−ＰＣＲ反応を開始した。以下のように反応を行った：初期変性を９５℃で２分間、次いで、９５℃で３０秒間、５５℃で４５秒間および６８℃で３分間を２５サイクル、続いて、最後に４℃に冷却。６８℃の工程を１４分間継続し、２ｎｇのｐＥＴ１５ｂプラスミドをＤＮＡテンプレートとして使用した以外は、Ｖ−ＰＣＲ反応はＩ−ＰＣＲ反応と同一であった。ベクター−インサート連結物のＰＣＲスクリーニングおよびＤＮＡプラスミドシーケンシングにより、正しい形質転換体を選択した。次いで、選択したＨＫ１００クローンから正しいプラスミドを調製し、タンパク質を発現させるためにこれを使用してＢＬ２１（ＤＥ３）Ｔ１ｒ細胞（Ｓｉｇｍａ）を形質転換した。
クローニングしたタンパク質を発現させるために、ｐＥＴ１５ｂ構築物を含有するＢＬ２１（ＤＥ３）Ｔ１ｒクローンを、１００μｇ／ｍｌアンピシリンを含有するＬＢ培地中で、ＯＤ６００＝０．５まで３７℃で成長させた。次いで、１ｍＭのＩＰＴＧを追加し、同じ温度でさらに３時間成長させることにより、タンパク質発現を誘導した。通常のタンパク質抽出およびＳＤＳ−ＰＡＧＥを実施して、タンパク質発現を確認した。当技術分野で公知のウエスタンブロット技術を使用して、試験したＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ抗原の適切な発現を確認した。免疫化マウス由来の特異的抗血清を使用して、タンパク質発現を確認した。共局在因子としての抗細胞壁抗体および／またはマウスの免疫化後に得られた特異的な抗抗原血清を使用して、試験したＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ抗原の表面局在を確認するために、当技術分野で公知の免疫蛍光技術を使用した。
アジュバント製剤
選択したＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａタンパク質抗原候補を水酸化アルミニウムと共に、個々にまたはタンパク質の組み合わせとして製剤化した。ｐＨおよびオスモル濃度について、製剤を最適化した。
水酸化アルミニウム中で、一価の抗原または多価の抗原の組み合わせとして、抗原を製剤化した。各抗原を１０μｇ／製剤／動物で使用した。１０ｍＭヒスチジン緩衝液（ｐＨ６．５）中、水酸化アルミニウムを２ｍｇ／ｍｌの最終濃度で使用した。塩化ナトリウムを使用して、オスモル濃度を生理的条件に調整した。２００μｌ／動物の最終ワクチン組成物容量で、製剤を気管内投与した。
所望のｐＨおよびオスモル濃度に関して、一価および組み合わせ製剤のすべてを調整することができた。製剤は、６．２〜７．３の範囲内のｐＨと、２４８〜３６０ｍＯｓｍ／ｋｇの範囲内のオスモル濃度とを有していた。
様々な一価および組み合わせ製剤中の試験したタンパク質の大部分は、水酸化アルミニウムアジュバントによく吸着した。
個々のＰＳＥ５４、ＰＳＥ１０−１、ＰＳＥ２１−５、ＰＳＥ２７−１、ＰＳＥ４４−４、ＰＳＥ５２−１、ＰＳＥ５３−１タンパク質は完全に吸着し、それらの吸着前の電気泳動プロファイルを保ったまま脱着することができた。
組み合わせの各抗原は完全に吸着し、アジュバントに対する抗原間の競合はなかった。ＰＳＥ２５＋ＰＳＥ５４、ＰＳＥ２７−１＋ＰＳＥ４４、ＰＳＥ３８−１＋ＰＳＥ１１−３、ＰＳＥ３８−１＋ＰＳＥ１１−３、ＰＳＥ４１−５＋ＰＳＥ４７Ａ−２、ＰＳＥ４１−５＋ＰＳＥ５３−１、ＰＳＥ４７Ａ−２＋ＰＳＥ５３−１、ＰＳＥ４７Ａ−２＋ＰＳＥ５２−１の組み合わせ抗原も完全に吸着した。
ｐＨおよびオスモル濃度について、試験した製剤はすべて安定であった。すべての抗原は、アジュバントに依然として完全に吸着していた。すべての抗原は、それらの脱着特性を維持していた。脱着後に抗原の分解または凝集が増加したという証拠はなかった。
効力の試験
５×１０６ｃｆｕの浮遊性ＰＡＯ１株による気管内（ＩＴ）致死感染負荷に対する防御能について、表２に記載されている個々の抗原を試験した。結果を図１に示す。
基準株としてＰＡＯ１を使用するＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対する防御研究のために、組換えタンパク質を使用してマウスを免疫化した。１０匹のマウス（５週齢の雄性Ｃ５７ＢＬ／６ＮＣｒｌＢＲ、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｔａｌｙ）の群を、０日目、２１日目および３５日目に様々な抗原で免疫化し、５０日目に急性感染により相同のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａＰＡＯ１基準株を負荷した。各追加免疫において、単独でまたは１０７ｃｆｕの熱不活性化ＰＡＯ１と共にミョウバンを吸着させた１０μｇまたは２０μｇの組換えタンパク質をすべてのマウスに投与した。抗血清を得るために、−１日目、３４日目および４９日目にすべての群のマウスを採血した。陰性対照として、免疫化ラウンド当たり１０匹のマウスにミョウバンのみを注射し、陽性対照として、免疫化ラウンド当たり１０匹のマウスに１０７ｃｆｕの熱不活性化ＰＡＯ１株を追加免疫した。５０日目に、５×１０６ｃｆｕ（最初の致死用量）の浮遊性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＰＡＯ１を、気管内（ＩＴ）経路を介してマウスに感染させた。マウスを麻酔し、腹側正中切開により気管を直接視覚化し、露出させ、１ｍｌシリンジを取り付けた滅菌フレキシブル２２−ｇカニューレを挿管した。カニューレを介して、６０μｌの浮遊性細菌接種材料を肺に埋め込んだ。１２時間間隔で１２０時間にわたってマウスを生存についてモニタリングし、非ワクチン接種およびＰＡＯ１ワクチン接種対照群と比較した。
対照と比較して生存曲線の漸進的変化をもたらし得ることを示した抗原は表２に記載されており、最良の結果は、ＰＳＥ２１−５、ＰＳＥ４７Ａ−２、ＰＳＥ５２−１、ＰＳＥ５３−１またはＰＳＥ５４、ＰＳＥ１０、ＰＳＥ１１−３、ＰＳＥ２７−１、ＰＳＥ４４−４およびＰＳＥ４１−５で見られた。
さらに、表２に報告した組み合わせで個々の抗原を試験した。
表２は、インビボの動物マウスモデルにおいて、単独でまたは組み合わせで使用した様々な抗原を用いて得られた結果の概要を示す。生存データを表２に示す。統計的有意性の欄では、マンテル−コックス検定のｐ値を陰性対照群に対して計算している。各タンパク質の生存曲線を、そのタンパク質を試験した同じラウンドの陰性対照の生存曲線と比較した。１２時間間隔で１２０時間にわたって生存を測定し、非ワクチン接種およびＰＡＯ１ワクチン接種対照群と比較した。３６時間後のマウス生存の割合は、インビボにおける肯定的な免疫化結果の証拠であった。
３０個の試験した組換えタンパク質を検討する様々なラウンドにおいて（表２）、３個のタンパク質（ＰＳＥ１０−１（ＰＡ１１７８）、ＰＳＥ４７Ａ−２（ＰＡ４０８２）およびＰＳＥ５２−１（ＰＡ４７６５）は、また、陰性対照群と比較して高度に統計的に有意に異なる生存曲線を有していた（陰性対照群に対するマンテル−コックス検定のｐ値はそれぞれ０，０２６１、０，０３６４および０，０２７５）。
７個のさらなる組換えタンパク質の生存曲線の分析に基づけば、インビボで試験する動物の数を増加させることにより、結果をまた有意に確証し得ると予測することができるが、これは、ＰＳＥ１１−３（ＰＡ１２４８）、ＰＳＥ４１−５（ＰＡ２４０７）、ＰＳＥ４４−４（ＰＡ３５２６）、ＰＳＥ５３−１（ＰＡ５０４７）、ＰＳＥ２１−５（ＰＡ５１１２）、ＰＳＥ−５４（ＰＡ５３４０）、ＰＳＥ−２７−１（ＰＡ０３２８）の肯定的な驚くべき予備データをさらに裏付け得る。
加えて、本動物モデルでは、公知の抗原（すなわち、ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ）を単独で使用してマウスを免疫化すると、０，０４４６の統計的有意性で２０％の生存率が得られた。
このインビボモデルにおける生存をさらに改善するために、ワクチン効力をさらに高めるために、最も有望なタンパク質を一緒に組み合わせることにより、特定の組み合わせも試験した。
組み合わせとその個々のポリペプチドとの比較
また、単一製剤中の抗原カクテルとして別名が公知の組み合わせを使用して、マウスを免疫化した。この組み合わせを水酸化アルミニウムで典型的にアジュバント化し（「アジュバント製剤」の章を参照のこと）、０日目、２１日目および３５日目に投与した。５週齢の雄性Ｃ５７ＢＬ／６ＮＣｒｌＢＲマウス（１０匹／群）において、免疫化を行った。５０日目に、致死用量の熱不活性化細菌をマウスに負荷し、次いで、１２０時間にわたって生存を経過観察した。比較のために、ＰＢＳを陰性対照として使用し、熱不活性化ＰＡＯ１を陽性対照として使用した。
免疫化スケジュールおよび致死用量のシュードモナス相同株のさらなる感染後１２０時間にわたってモニタリングする間の陰性対照群と比較した生存の増加は、驚くべきことに、以下の組み合わせを試験した場合の結果が最良であることを示していた（表２）：ＰＳＥ４７Ａ−２＋ＰＳＥ５３−１、ＰＳＥ４７Ａ−２＋ＰＳＥ５３−１、ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ４４−４およびＰＳＥ５４＋ＰＳＥ２１−５は最も有望であるのに対して、ＰＳＥ４７Ａ−２＋ＰＳＥ５２−１の組み合わせはこれらよりも有望ではなかった。
様々な試験を実施して、様々な組み合わせを、その７個の個々のポリペプチド（すなわち、ＰＳＥ５４またはＰＳＥ２１−５またはＰＳＥ２７−１、ＰＳＥ４４−４、ＰＳＥ５２−１、ＰＳＥ５３−１、ＰＳＥ４７Ａ−２）およびさらなる陽性対照としてのＯｐｒＦ／Ｉまたは無抗原陰性対照と比較した。
２個の異なるタンパク質のカクテルでマウスを免疫化した。８種類のカクテルは、陰性対照群と比較して（ＰＳＥ５４＋ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ組成物も考慮）統計的に異なる生存曲線を有していた。
第６のラウンドでは、ＰＳＥ４７Ａ−２と組み合わせたタンパク質の様々なカクテルを試験した：ＰＳＥ４７Ａ−２＋ＰＳＥ５２−１およびＰＳＥ４７Ａ−２＋ＰＳＥ５３−１は、陰性対照群と比べて驚くべき統計的差異を示した（陰性対照群に対するマンテル−コックス検定のｐ値はそれぞれ０，０３７４および０，０３７３）。
特に、カクテルＰＳＥ４７Ａ−２＋ＰＳＥ５３−１によるワクチン接種は、驚くべきことに３０％の生存率をもたらした。これは、優れた統計的有意性を維持している。
第１０のラウンドでは、ＰＳＥ５４と組み合わせたタンパク質の様々なカクテルを試験した。表２に報告されているように、８種類のうちの５種類のカクテルが、陰性対照群と比較して有意に異なる死亡率曲線を示した。特に、ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ４４−４およびＰＳＥ５４＋ＰＳＥ５２−１抗原のカクテルによるワクチン接種は、非常に優れた動物保護をもたらし、その結果、動物生存率はそれぞれ４０％および３３％であった（陰性対照群に対するマンテル−コックス検定のｐ値はそれぞれ０，００７６および０，０１４２）。第１１のラウンドで再試験したところ、ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ４４−４は、５７％の動物生存率の増加を示して肯定的な前記結果を確認した。組み合わせて使用した場合に優れたワクチン効力を示す他のカクテルは、ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ２１−５、ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ５３−１およびＰＳＥ５４＋ＰＳＥ１０−１であった（陰性対照群に対するマンテル−コックス検定のｐ値はそれぞれ０，０３３２、０，００８５および０，００２５）。
さらに、この最後のカクテル（ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ１０−１）は、２回の異なる免疫化ラウンドの結果が同程度であったが、これは、肯定的な驚くべき前記結果を確証するものであり、両方のラウンドで動物生存率は同じ（２０％）であった。
最後に、動物の数を増加させてさらなる確認実験において実験をさらに繰り返すことにより、異なるタンパク質の４種類のさらなるカクテル（ＰＳＥ２７−１＋ＰＳＥ４４−４、ＰＳＥ５３−１＋ＰＳＥ４１−５およびＰＳＥ５３−１＋ＰＳＥ５２−１およびＰＳＥ５４＋ＰＳＥ２７−１）はさらに有意になる可能性がある。
選択した抗原の防御能および最終的にはワクチン効力をなおさらに改善するために、３個のタンパク質の組み合わせを試験した。２個の固定タンパク質ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ４４−４を維持し、それに１個の可変タンパク質を加えた７つの群を試験し、ＰＳＥ４７Ａ−２＋ＰＳＥ５２−１＋ＰＳＥ５３−１、ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ５２−１＋ＰＳＥ５３−１およびＰＳＥ５４＋ＰＳＥ５３−１＋ＰＳＥ２７−１を有する他の群を試験した。これらの組み合わせのいくつかは、陰性対照群と比較して有意な動物保護をもたらさなかったのに対して、例えば、ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ４４−４＋ＰＳＥ４７Ａ−２またはＰＳＥ５４＋ＰＳＥ５３−１＋ＰＳＥ２７−１を検討する場合、単に確認実験を動物の数を増加させて行うことにより、それらは有意な保護を提供する可能性がある（表２を参照のこと）。したがって、３個のタンパク質の組み合わせのいくつかは保護を改善せず、むしろ、２個のタンパク質を検討した場合よりも悪いように思われた。
しかしながら、抗原のカクテルに追加するさらなる組み合わせを検討する際に、陽性対照のＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ融合物もさらなる組み合わせに含めた。
単一融合タンパク質抗原としてＯｐｒＦ−ＯｐｒＩを使用すると、有望な単一抗原による他の単一免疫化と同様に、０．０４４６の統計的有意性で２０％の生存率を示したのに対して、ＰＳＥ５４と組み合わせて使用すると、驚くべきことに、同様の統計的有意性で生存率が５０％に増加した。加えて、以下の抗原の組み合わせＰＳＥ５４＋ＰＳＥ２７＋ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩによる免疫化は、驚くべきことに、同程度の統計的有意性でさらに６０％の生存率を示したが、他の組み合わせ（すなわち、ＰＳＥ５４＋ＰＳＥ５３＋ＯｐｒＦ−ＯｐｒＩ）を検討したところ、単一抗原の免疫化（漸減量の各単一抗原を使用した一度の単一免疫化におけるものでさえ）と比べていかなる相加効果も顕著な免疫原性ワクチン効力も示されなかった（表２）。試験する動物の数を増加させると、この特定の組み合わせも、免疫学的防御の有意な増加を提供し得ると予想するのが妥当である。
例として本発明を説明したに過ぎず、本発明の範囲および精神を逸脱せずに改変を行い得ると理解されよう。
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 表２の説明：
＃陰性対照群に対するマンテル−コックス検定のｐ値：各タンパク質の生存曲線を、そのタンパク質を試験した同じラウンドの陰性対照の生存曲線と比較した。１２時間間隔で１２０時間にわたって生存を測定し、非ワクチン接種およびＰＡＯ１ワクチン接種対照群と比較した。３６時間後のマウス生存の割合は、インビボにおける肯定的な免疫化結果の証拠であった。
＊動物の数を増加させるとｔ検定で有意：抗原と陰性対照との対比。
＃ｔ検定で有意：抗原と陰性対照との対比は有意だが、その抗原で免疫化したマウスは陰性対照よりも先に死亡した。Ｎｄ：実施せず
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