JP2017517264A - クピンスーパーファミリーのタンパク質により触媒される(r)−選択的ニトロアルドール反応 - Google Patents
クピンスーパーファミリーのタンパク質により触媒される(r)−選択的ニトロアルドール反応 Download PDFInfo
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Abstract
Description
式中、
R1およびR2は、互いに独立して、H、C1〜20アルキル、C2〜20アルケニル、またはC2〜20アルキニル、C3〜10シクロアルキル、C4〜20シクロアルキルアルキル、C6〜14アリール、C7〜20アリールアルキル、3〜14員のヘテロシクロアルキル、4〜20員のヘテロシクロアルキルアルキル、5〜20員のヘテロアリールまたは6〜20員のヘテロアリールアルキルであり、これらは任意選択で1つ以上のRaにより置換されており、
R3およびR4は、互いに独立して、Hまたは、任意選択で1つ以上のRaにより置換されたC1〜20アルキルであり、
Raは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、−CF3、−ORb、−NRbRb、−(CH2)nCOORb、−(CH2)nC(=O)Rb、−(CH2)nCONRbRb、C1〜20アルキル、C2〜20アルケニル、またはC2〜20アルキニルであり、
Rbは、それぞれ独立して、Hまたは、任意選択で置換されたC1〜20アルキル、C2〜20アルケニルもしくはC2〜20アルキニルであり、
nは、0、1、2または3である。
置換および非置換C6〜14アリールまたはC5〜14ヘテロアリール残基に隣接するC1〜20アルキル、C2〜20アルケニルおよびC2〜20アルキニルに適用される。
(X1)(X2)(X3)(X4)F(X5)PGAR(X6)(X7)WH(X8)HP(X9)G
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はA、V、L、F、Y、M、S、T、G、H、N、KまたはR残基であり、好ましくはAまたはNであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はV、A、I、C、M、H、またはT残基であり、好ましくはVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
X5は任意のアミノ酸であり、好ましくはEであり;
X6はT、SまたはN残基であり、好ましくはTであり;
X7は任意のアミノ酸であり、好ましくはAであり;
X8はT、S、またはI残基であり、好ましくはTであり;
X9は任意のアミノ酸であり、好ましくはLであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
(X1)(X2)(X3)(X4)F(X5)PGAR(X6)(X7)WH(X8)HP(X9)G
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はA、V、L、F、Y、M、S、H、G、N、KまたはR残基であり、好ましくはAまたはNであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はV、A、I、C、M、またはT残基であり、好ましくはVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
X5は任意のアミノ酸であり、好ましくはEであり;
X6はT、SまたはN残基であり、好ましくはTであり;
X7は任意のアミノ酸であり、好ましくはAであり;
X8はT、S、またはI残基であり、好ましくはTであり;
X9は任意のアミノ酸であり、好ましくはLであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
(X1)(X2)(X3)(X4)F(X5)PGAR(X6)(X7)WH(X8)HP(X9)G
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はA、V、L、F、Y、M、S、T、G、N、KまたはR残基であり、好ましくはAまたはNであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はV、A、I、C、M、またはH残基であり、好ましくはVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
X5は任意のアミノ酸であり、好ましくはEであり;
X6はT、SまたはN残基であり、好ましくはTであり;
X7は任意のアミノ酸であり、好ましくはAであり;
X8はT、S、またはI残基であり、好ましくはTであり;
X9は任意のアミノ酸であり、好ましくはLであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
(X1)(X2)(X3)(X4)F(X5)PGAR(X6)(X7)WH(X8)HP(X9)G
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はA、V、L、F、Y、M、S、G、N、KまたはR残基であり、好ましくはAまたはNであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はV、A、I、C、またはM残基であり、好ましくはVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
X5は任意のアミノ酸であり、好ましくはEであり;
X6はT、SまたはN残基であり、好ましくはTであり;
X7は任意のアミノ酸であり、好ましくはAであり;
X8はT、S、またはI残基であり、好ましくはTであり;
X9は任意のアミノ酸であり、好ましくはLであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
(X1)(X2)(X3)(X4)FEPGARTAWHTHPLG
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はA、V、L、F、Y、M、S、T、G、H、K、NまたはR残基であり、好ましくはAまたはNであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はV、A、I、C、M、H、またはT残基であり、好ましくはVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
(X1)(X2)(X3)(X4)FEPGARTAWHTHPLG
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はA、V、L、F、Y、M、S、T、G、H、またはN残基であり、好ましくはAまたはNであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はV、A、I、C、M、H、またはT残基であり、好ましくはVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
(X1)(X2)(X3)(X4)FEPGARTAWHTHPLG
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はA、V、L、F、Y、M、S、T、G、H、K、NまたはR残基であり、好ましくはAまたはNであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
(X1)(X2)(X3)(X4)FEPGARTAWHTHPLG
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はA、V、L、F、Y、M、S、G、N、KまたはR残基であり、好ましくはAまたはNであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はV、A、I、C、またはM残基であり、好ましくはVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
(X1)(X2)(X3)(X4)FEPGARTAWHTHPLG
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はAまたはN残基であり、好ましくはAであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はV、A、I、C、またはM残基であり、好ましくはVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
(X1)(X2)(X3)(X4)FEPGARTAWHTHPLG
のアミノ酸配列を含むことを特徴とする、上記のようなクピン−ニトロアルドラーゼに関し、式中、
X1はAまたはN残基であり、好ましくはAであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、A、またはTであり;
X3はVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている。
以下の実施例は、本発明の理解を助けるために記載されているが、決して本発明の範囲を限定することを意図するものではなく、また、限定するものと解釈されるべきでない。実施例には、従来の方法(例えばクローニング、トランスフェクション、および微生物宿主細胞におけるタンパク質の過剰発現のための方法の基本的態様)の詳細な説明は含まれない。このような方法は当業者に周知である。
Acidobacterium capsulatum ATCC 51196由来の仮想タンパク質(Uniprot C1F951, Ward et al., Appl. Environ. Microbiol (2009) 75, 2046)をコードする遺伝子(gene ID:NC_012483)は、E.coli用にコドン最適化して注文した(GeneArt, Life Technologies, Carlsbad, CA, USA)(以下ではAcHNLと呼称)。コード領域はNdeI制限部位とHindIII制限部位に挟まれており、これらの制限部位は、発現ベクターpET26b(+)(Novagen, Merck KGaA, Darmstadt,ドイツ)に上記遺伝子をクローニングするために使用された。
有機相としてのMTBEに溶解させたベンズアルデヒドおよびニトロメタンならびにpH6のリン酸緩衝液中の無細胞ライセートまたは精製酵素を含む水相からなる二相系を用いて、これらの酵素がβ−ニトロアルコールの合成を触媒する能力を調べた。
精製したAcHNL、AcHNL−A40H、AcHNL−A40R、AcHNL−A40H/V42T/Q110H、GtHNL−A40RおよびGtHNL−A40H/V42T/Q110Hを、それらがニトロアルドール反応においてニトロメタンの代わりにニトロエタンを利用する能力について試験した。ニトロメタンの代わりに1mmolのニトロエタンを使用したことを除き、実施例2に記載されるように反応を実施した。
2−Cl−ベンズアルデヒド、ヘキサナールまたはシクロヘキサンカルボキシアルデヒドのいずれかをベンズアルデヒドの代わりに使用するように改変して、実施例2に記載されるように反応を実施した。
GtHNL−A40H/V42T/Q110Hから金属イオンを除去するために、(実施例1に記載されるような)精製タンパク質を、100mMの酢酸ナトリウムおよび150mM NaCl(pH5.5)中の20mM 2,4−ピリジンジカルボン酸一水和物(PDCA)に対して50時間透析し、その後に、20mM Tris/HCl(pH 7.5)に対して20時間透析した。得られたアポタンパク質を10倍モル過剰のFeCl2、MnCl2、CoCl2、NiCl2またはZnCl2のいずれか共に室温で2.5時間インキュベートした。PD−10カラムを使用して、結合していない金属を除去し、および緩衝液を50mM KPi(pH6.0)に交換した。金属分析をICP−OESにより実施した。
配列番号1および3に対して58〜84%の配列同一性を有する、いくつかの他のクピン(Wiedner, R.; et al., Comp. Struct. Biotechnol. J., (2014), 10, 58)を、それらがニトロアルドール反応を触媒する能力について試験した。タンパク質の発現および無細胞ライセートの調製は、実施例1に記載されるように実施した。
pH6の50mMリン酸カリウム緩衝液500μl中のベンズアルデヒド5μmol、ニトロメタン0.3mmol、および総ライセートタンパク質(約50%でクピン−ニトロアルドラーゼを含む)0.375mgまたは精製タンパク質0.5mgからなる単相の水溶液系を用いて、クピン−ニトロアルドラーゼがβ−ニトロアルコールの合成を触媒する能力を調べた。30℃で1200rpmにて1時間のインキュベーションの後、0.2%の内部標準(1,3,5−トリイソプロピルベンゼン、IS)を含む500μLのMTBEで抽出することにより反応を停止させた。450μLのHPLC溶媒混合物で有機相50μLを希釈し、キラルHPLCによって分析した。
Claims (21)
- β−ニトロアルコール化合物を作製するための方法であって、ニトロアルカン化合物およびクピン−ニトロアルドラーゼの存在下でアルデヒド化合物またはケトン化合物を対応するβ−ニトロアルコール化合物に変換する方法。
- 前記クピン−ニトロアルドラーゼが図1Aの保存されたバレルドメインを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記クピン−ニトロアルドラーゼが、PFAM accession CL0029を有するクピンスーパーファミリーの保存されたバレルドメインを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記クピン−ニトロアルドラーゼが、PFAM accession PF07883を有するクピンスーパーファミリーの保存されたバレルドメインを含む、請求項2に記載の方法。
- クピン−ニトロアルドラーゼの存在下で式Iの化合物を式IIの化合物と反応させて式IIIのβ−ニトロアルコール化合物を得る、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法であって、
式中、
R1およびR2は、互いに独立して、H、C1〜20アルキル、C3〜10シクロアルキル、C4〜20シクロアルキルアルキル、C6〜14アリール、C7〜20アリールアルキル、3〜14員のヘテロシクロアルキル、4〜20員のヘテロシクロアルキルアルキル、5〜20員のヘテロアリールまたは6〜20員のヘテロアリールアルキルであり、これらは任意選択で1つ以上のRaにより置換されており、
R3およびR4は、互いに独立して、Hまたは、任意選択で1つ以上のRaにより置換されたC1〜20アルキルであり、
Raは、それぞれ独立して、H、ハロゲン、−CF3、−ORb、−NRbRb、−(CH2)nCOORb、−(CH2)nC(=O)Rb、−(CH2)nCONRbRb、C1〜20アルキル、C2〜20アルケニル、またはC2〜20アルキニルであり、
Rbは、それぞれ独立して、Hまたは、任意選択で置換されたC1〜20アルキル、C2〜20アルケニルもしくはC2〜20アルキニルであり、
nは、0、1、2または3である、
方法。 - 単相系もしくは二相系またはエマルジョンにおいて反応が実施される、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記β−ニトロアルコール化合物が少なくとも55%、好ましくは少なくとも60%、より好ましくは少なくとも75%のエナンチオマー過剰率(e.e.)で得られる、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 前記β−ニトロアルコール化合物が少なくとも10%、好ましくは少なくとも20%、より好ましくは少なくとも50%の変換率で得られる、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも10%、好ましくは少なくとも20%、より好ましくは少なくとも50%の変換率で不斉性のβ−ニトロアルコール反応を触媒することが可能なクピン−ニトロアルドラーゼ。
- 前記クピン−ニトロアルドラーゼが図1Aの保存されたバレルドメインを含む、請求項9に記載のクピン−ニトロアルドラーゼ。
- 前記クピン−ニトロアルドラーゼが、PFAM accession CL0029を有するクピンスーパーファミリーの保存されたバレルドメインを含む、請求項9に記載のクピン−ニトロアルドラーゼ。
- 前記クピン−ニトロアルドラーゼが、PFAM accession PF07883を有するクピンスーパーファミリーの保存されたバレルドメインを含む、請求項9に記載のクピン−ニトロアルドラーゼ。
- 組換えクピン−ニトロアルドラーゼである、請求項9〜12のいずれか1項に記載のクピン−ニトロアルドラーゼ。
- 配列番号1または配列番号3のアミノ酸の番号付けに従った、または配列番号5〜10のアミノ酸の番号付けに従った位置40、42および/または110に少なくとも1つ、具体的には少なくとも2つ、具体的には少なくとも3つのアミノ酸置換を含む、請求項9〜13のいずれか1項に記載のクピン−ニトロアルドラーゼの変異体。
- 一般式:
(X1)(X2)(X3)(X4)F(X5)PGAR(X6)(X7)WH(X8)HP(X9)G
のアミノ酸配列を含むことを特徴とするクピン−ニトロアルドラーゼ変異体タンパク質であって、式中、
X1はA、V、L、F、Y、M、S、T、G、H、N、K、またはR残基であり、好ましくはAまたはNであり;
X2は任意のアミノ酸であり、好ましくはS、H、AまたはTであり;
X3はV、A、I、C、M、H、またはT残基であり、好ましくはVであり;
X4は任意のアミノ酸であり、好ましくはTまたはRであり;
X5は任意のアミノ酸であり、好ましくはEであり;
X6はT、SまたはN残基であり、好ましくはTであり;
X7は任意のアミノ酸であり、好ましくはAであり;
X8はT、S、またはI残基であり、好ましくはTであり;
X9は任意のアミノ酸であり、好ましくはLであり;
位置X1またはX3のうちの少なくとも一方はH、K、RまたはT残基により置換されている、
クピン−ニトロアルドラーゼ変異体タンパク質。 - 前記クピン−ニトロアルドラーゼが、それぞれの野生型酵素と少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%、または少なくとも98%同一である、請求項14〜15のいずれか1項に記載のクピン−ニトロアルドラーゼ変異体。
- 配列番号1もしくは3または配列番号5〜10のアミノ酸の番号付けに従った以下の変異:A40H、A40R、V42Tおよび/またはQ110Hのうちの1つ以上を有する、請求項14に記載のクピン−ニトロアルドラーゼ。
- 請求項9〜17のいずれか1項に記載のクピン−ニトロアルドラーゼをコードする、単離されたポリ核酸分子。
- 請求項18の単離されたDNA分子を含むベクター。
- 請求項19のベクターを導入することにより得られる組換え非ヒト細胞。
- 請求項20の組換え細胞を培養することにより得られる培養物。
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