JP2017509350A - ガイドrnaの生成のための方法および組成物 - Google Patents
ガイドrnaの生成のための方法および組成物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017509350A JP2017509350A JP2016560684A JP2016560684A JP2017509350A JP 2017509350 A JP2017509350 A JP 2017509350A JP 2016560684 A JP2016560684 A JP 2016560684A JP 2016560684 A JP2016560684 A JP 2016560684A JP 2017509350 A JP2017509350 A JP 2017509350A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleotide sequence
- engineered construct
- engineered
- grna
- promoter
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/12—Type of nucleic acid catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes
- C12N2310/128—Type of nucleic acid catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes processing or releasing ribozyme
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
- C12N2310/141—MicroRNAs, miRNAs
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/50—Physical structure
- C12N2310/51—Physical structure in polymeric form, e.g. multimers, concatemers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2330/00—Production
- C12N2330/50—Biochemical production, i.e. in a transformed host cell
- C12N2330/51—Specially adapted vectors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/42—Vector systems having a special element relevant for transcription being an intron or intervening sequence for splicing and/or stability of RNA
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/60—Vector systems having a special element relevant for transcription from viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/80—Vector systems having a special element relevant for transcription from vertebrates
- C12N2830/85—Vector systems having a special element relevant for transcription from vertebrates mammalian
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
Abstract
Description
本願は、2014年4月3日に出願された米国仮出願番号61/974,672の35 U.S.C.§119(e)下における利益を主張し、該仮出願は、その全体において本明細書において参考として援用される。
連邦政府により資金援助された研究
本発明は、Army Research Officeにより授与された契約番号W911NF-11-2-0056下における政府の支援によりなされた。政府は、本発明において一定の権利を有する。
発明の分野
本開示の側面は、バイオテクノロジーに関する。特に、いくつかの態様は、転写の制御および合成生物学の分野に向けられている。
近年、細菌のII型CRISPR/Casシステム(clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats(CRISPR)(クラスター化した規則的な配置の短い回文配列リピート)/CRISPR associate system (Cas)(CRISPR関連システム))が、複雑なタンパク質操作を必要とすることなくプログラム可能なDNA結合を達成するために適応されてきた。Casタンパク質は、DNAを切断することに特化したヌクレアーゼである。II型CRISPR/Casシステムにおいて、Cas DNA結合タンパク質の配列特異性は、標的DNA部位に対してヌクレオチド塩基対相補性を有するガイドRNA(gRNA)により決定される。このことが、シンプルかつ高度に柔軟なCas結合のプログラミングを可能にする。
哺乳動物細胞(例えばヒト細胞)においてCRISPRに基づく回路、特に内在プロモーターを妨害するものを構築することにおける主要な問題は、所望される活性化レベルを達成するために、複数のgRNAがしばしば必要であることである。現在の技術は、各々がそれら自体のプロモーターを有する複数のgRNA発現コンストラクトの使用に頼っている。本明細書において記載される操作されたコンストラクトは、いくつかの態様において、単一の転写物から多くの機能的gRNAを発現させるために用いることができ、それにより、複数のアウトプットを有する合成遺伝子回路のコンパクトなコード化、ならびにネイティブな遺伝子を調節するため、およびネイティブなネットワークを再配線するための簡潔な戦略を可能にする。したがって、本明細書において提供されるのは、いくつかの態様において、RNA干渉およびCRISPR/Casシステムなどのリボ核酸(RNA)に基づく制御機構を組み込むことにより、スケーラブルな合成遺伝子回路の生成ならびに/または内在遺伝子および遺伝子ネットワークの改変を可能にする、方法および組成物(例えば核酸および細胞)である。例えば、本明細書における多様な態様は、RNA三重らせん構造、イントロン、マイクロRNAおよびリボザイムを含む複数の哺乳動物RNA調節戦略を、ヒト細胞において、細菌のCasに基づくCRISPR 転写因子(CRISPR-TF)およびリボヌクレアーゼに基づく(例えばCas6/Csy4に基づく)RNAプロセッシングと組み合わせて、遺伝子発現を改変する。驚くべきことに、本開示の補完的方法は、RNAポリメラーゼII(RNA pol IIまたはRNAP II)プロモーターにより生成される転写物からの機能的gRNAの発現を可能にしつつ、目的のタンパク質の共発現を許容する。さらに、本明細書において提供される遺伝子コンストラクトは、合成コンストラクトおよび内在型ヒトプロモーターの効率的な調節のために、いくつかの態様においては単一の転写物からの、複数のgRNAによるタンパク質および/またはRNA干渉分子(例えばマイクロRNA)のマルチプレックスな発現を可能にする。
いくつかの態様において、少なくとも1のgRNAは、リボザイムをコードするヌクレオチド配列に隣接する。リボザイムは、例えば、ハンマーヘッド型リボザイムおよびデルタ型肝炎ウイルスリボザイムから選択することができる。
いくつかの態様において、(a)のヌクレオチド配列は、コグネート(cognate)イントロンスプライス部位に隣接する。
いくつかの態様において、第1のヌクレオチド配列は、コグネートイントロンスプライス部位に隣接する。
いくつかの態様において、核酸はさらに、目的のタンパク質をコードする第2のヌクレオチド配列を含む。第1のヌクレオチド配列が第2のヌクレオチド配列内にあっても、または第2のヌクレオチド配列が第1のヌクレオチド配列の上流にあってもよい。
いくつかの態様において、核酸はさらに、三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列を含み、ここで、第3のヌクレオチド配列は、第2のヌクレオチド配列と第1のヌクレオチド配列との間にある。
いくつかの態様において、第1のヌクレオチド配列は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、またはそれより多くのgRNAをコードし、各々のgRNAは、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接する。
いくつかの態様において、リボヌクレアーゼ認識部位は、Csy4リボヌクレアーゼ認識部位である。Csy4リボヌクレアーゼ認識部位の各々は、例えば、28ヌクレオチドの長さであってよい。いくつかの態様において、Csy4リボヌクレアーゼ認識部位は、Pseudomonas aeruginosaからのものである。
いくつかの態様において、三重らせん構造は、MALAT1遺伝子座の3’末端またはMENβ遺伝子座の3’末端からのヌクレオチド配列によりコードされる。
いくつかの態様において、核酸はさらに、三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列、およびリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する少なくとも1のgRNAをコードする第4のヌクレオチド配列を含み、ここで、第3のヌクレオチド配列は、第1のヌクレオチド配列の下流にあり、かつ第4のヌクレオチド配列の上流にある。
いくつかの態様において、第2のヌクレオチド配列は、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接している少なくとも2のgRNAをコードし、該gRNAは互いに異なる。
いくつかの態様において、コグネートイントロンスプライス部位は、コンセンサスイントロンからのものである。いくつかの態様において、コグネートイントロンスプライス部位は、HSV1潜伏期関連イントロンからのものである。いくつかの態様において、コグネートイントロンスプライス部位は、sno-IncRNA2イントロンからのものである。
いくつかの態様において、第4のヌクレオチド配列は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、またはそれより多くのgRNAをコードし、各々のgRNAは、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接する。
いくつかの態様において、第4のヌクレオチド配列は、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接している少なくとも2のgRNAをコードし、該gRNAは互いに異なる。
いくつかの態様において、操作されたコンストラクトはさらに、少なくとも1のマイクロRNAをコードするヌクレオチド配列を含む。マイクロRNAは、例えば、目的のタンパク質内にコードされていてもよい。
いくつかの態様において、核酸はさらに、三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列を含み、ここで、第3のヌクレオチド配列は、第2のヌクレオチド配列と第1のヌクレオチド配列との間にある。
いくつかの態様において、第1のヌクレオチド配列は、リボザイムに隣接する少なくとも2のgRNAをコードし、該gRNAは互いに異なる。
いくつかの態様において、リボザイムは、シス作用性リボザイムである。例えば、シス作用性リボザイムは、ハンマーヘッド型リボザイムまたはデルタ型肝炎ウイルスリボザイムであってよい。いくつかの態様において、ハンマーヘッド型リボザイムは、少なくとも1のgRNAの5’末端にある。いくつかの態様において、ハンマーヘッド型リボザイムは、少なくとも1のgRNAの3’末端にある。いくつかの態様において、デルタ型肝炎ウイルスリボザイムは、少なくとも1のgRNAの5’末端にある。いくつかの態様において、デルタ型肝炎ウイルスリボザイムは、少なくとも1のgRNAの3’末端にある。
本開示のいくつかの側面は、目的のタンパク質中の少なくとも1のRNA干渉分子をコードする第1のヌクレオチド配列、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接する少なくとも1のガイドRNAをコードする第2のヌクレオチド配列、および三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列を含む核酸に作動的に連結したプロモーターを含む、操作されたコンストラクトを提供し、ここで、第3のヌクレオチド配列は、第1のヌクレオチド配列と第2のヌクレオチド配列との間にある。
いくつかの態様において、RNA干渉分子は、マイクロRNA(miRNA)および低分子干渉RNA(siRNA)から選択される。いくつかの態様において、少なくとも1のRNA干渉分子は、少なくとも1のmiRNAを含む。
いくつかの側面は、本開示の操作されたコンストラクトを1または2以上含むベクターを提供する。
本明細書においてまた提供されるのは、本開示の操作されたコンストラクトのうちの少なくとも2つおよび/または本開示のベクターのうちの少なくとも2つを含む細胞である。
いくつかの態様において、細胞は、リボヌクレアーゼを安定して発現するように改変される。リボヌクレアーゼは、例えばCsy4リボヌクレアーゼであってよい。
いくつかの態様において、細胞は、Casタンパク質を安定して発現するように改変される。いくつかの態様において、Casタンパク質は、例えばCas9ヌクレアーゼなどのCasヌクレアーゼである。いくつかの態様において、Casタンパク質は、転写的に活性なCasタンパク質である。いくつかの態様において、転写的に活性なCasタンパク質は、転写的に活性なCas9タンパク質である。
いくつかの態様において、細胞は、Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む。いくつかの態様において、Casタンパク質は、例えばCas9ヌクレアーゼなどのCasヌクレアーゼである。いくつかの態様において、Casタンパク質は、転写的に活性なCasタンパク質である。いくつかの態様において、転写的に活性なCasタンパク質は、転写的に活性なCas9タンパク質である。
いくつかの態様において、細胞は細菌細胞である。いくつかの態様において、細胞はヒト細胞である。
本明細書においてまた提供されるのは、本開示の細胞のうちの任意のものを培養することを含む方法である。いくつかの態様において、方法は、核酸の発現を許容する条件下において細胞を培養することを含む。
いくつかの態様において、方法は、本明細書において提供される操作されたコンストラクトのうちの任意のものから選択される少なくとも1のさらなる操作された核酸を発現させることをさらに含み、ここで、少なくとも1のさらなる操作された核酸のうちの少なくとも1のgRNAは、細胞の操作された核酸のうちのいずれか1つのプロモーターの領域または少なくとも1の内在プロモーターの領域に対して相補的であり、これに結合する。
いくつかの態様において、細胞は、リボヌクレアーゼを安定して発現するように改変される。リボヌクレアーゼは、例えばCsy4リボヌクレアーゼであってよい。
いくつかの態様において、細胞は、リボヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む。リボヌクレアーゼは、例えばCsy4リボヌクレアーゼであってよい。
いくつかの態様において、細胞は、Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む。いくつかの態様において、Casタンパク質は、例えばCas9ヌクレアーゼなどのCasヌクレアーゼである。いくつかの態様において、Casタンパク質は、転写的に活性なCasタンパク質である。いくつかの態様において、転写的に活性なCasタンパク質は、転写的に活性なCas9タンパク質である。
本開示のいくつかの側面は、ガイドリボ核酸(gRNA)のマルチプレックスな細胞発現の方法を提供し、該方法は、細胞において、少なくとも2のgRNAをコードする第1のヌクレオチド配列を含む核酸に作動的に連結したプロモーターを含む、操作されたコンストラクトを発現させることを含み、各々のgRNAは、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接する。
いくつかの態様において、操作されたコンストラクトはさらに、少なくとも1のマイクロRNAをコードするヌクレオチド配列を含む。マイクロRNAは、例えば、目的のタンパク質内にコードされていてもよい。
いくつかの態様において、細胞は、リボヌクレアーゼを安定して発現するように改変される。リボヌクレアーゼは、例えばCsy4リボヌクレアーゼであってよい。
いくつかの態様において、細胞は、Casタンパク質を安定して発現するように改変される。いくつかの態様において、Casタンパク質は、例えばCas9ヌクレアーゼなどのCasヌクレアーゼである。いくつかの態様において、Casタンパク質は、転写的に活性なCasタンパク質である。いくつかの態様において、転写的に活性なCasタンパク質は、転写的に活性なCas9タンパク質である。
いくつかの態様において、細胞は、Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む。いくつかの態様において、Casタンパク質は、例えばCas9ヌクレアーゼなどのCasヌクレアーゼである。いくつかの態様において、Casタンパク質は、転写的に活性なCasタンパク質である。いくつかの態様において、転写的に活性なCasタンパク質は、転写的に活性なCas9タンパク質である。
いくつかの態様において、方法は、細胞を培養することをさらに含む。
人工の部分とネイティブな細胞のプロセスとの間の定義された相互接続により作動する、複雑で強力かつスケーラブルな合成遺伝子ネットワークを構築する能力は、生物学的システムの操作の中心となる。この能力は、例えば天然の生物学的ネットワークを再配線すること、妨害すること、および探索することのための新たな戦略を可能にする。調整可能で、直交性で、コンパクトかつ多重化可能な遺伝子制御機構の大きなセットは、これらの適用を実現するための基礎的な重要性を有する。転写の制御および合成生物学の分野における多大な進歩にもかかわらず、本開示の前に利用可能であったツールは、上記の基準の1または2以上を満たせずにいる。
転写の制御は、予め決定された目的のDNA配列に結合する転写因子を利用する。II型CRISPR/Casシステム(例えばDNAを標的とするCasタンパク質によるもの)は、複雑なタンパク質操作を必要とすることなくプログラム可能なDNA結合を達成するために適応されてきた(Sander and Joung, 2014)。これらのシステムにおいて、Cas9 DNA結合タンパク質の配列特異性は、標的DNA部位に対する塩基対相補性を有するガイドRNA(gRNA)により決定される。このことが、シンプルかつ高度に柔軟なCas9結合のプログラミングを可能にする。
本開示の操作されたコンストラクトは、いくつかの態様において、ヌクレオチド配列(例えば目的のタンパク質をコードするもの)に作動的に連結したプロモーターを含む。「プロモーター」は、核酸の制御領域であって、そこにおいて核酸のうちの残りの転写の開始および速度が制御される。プロモーターはまた、制御タンパク質および分子がRNAポリメラーゼおよび他の転写因子などに結合することができる、部分領域を含んでもよい。プロモーターは、構成的であっても、誘導性であっても、活性化可能であっても、抑制可能であっても、組織特異的であっても、またはそれらの組み合わせであってもよい。
プロモーターは、RNAポリメラーゼ(および/またはシグマ因子)に対するそのアフィニティに従って、強または弱として分類することができる;これは、プロモーター配列が、ポリメラーゼのための理想的なコンセンサス配列にどれほど近く似ているかに関する。プロモーターの強度は、転写の開始が、そのプロモーターにおいて高い頻度で起きるかまたは低い頻度で起きるかに依存し得る。異なるレベルの遺伝子/タンパク質発現を有する核酸を構築するために、異なる強度を有する異なるプロモーターを用いることができる(例えば、弱いプロモーターから開始された発現のレベルは、強力なプロモーターから開始された発現のレベルよりも低い)。
本開示の操作された核酸は、標準的な分子生物学の方法を用いて生成することができる(例えば、Green and Sambrook, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2012, Cold Spring Harbor Pressを参照)。
いくつかの態様において、例えばヒト細胞または他の型の細胞における発現のために、操作された核酸をコドン最適化してもよい。コドン最適化は、1つの種のヌクレオチドのDNA配列を別の種のヌクレオチドのDNA配列に形質転換することにより目的の遺伝子の翻訳効率を増大させることにより、生物中でのタンパク質発現を最大化するための技術である。
一過性にトランスフェクトされた、および/または安定にトランスフェクトされた細胞における核酸の発現は、構成的であっても誘導性であってもよい。本明細書において提供されるような使用のための誘導性プロモーターは、上に記載される。
本開示の操作されたコンストラクトは、コンストラクトの特定の立体配置および安定性に依存して、三重らせん構造をコードするヌクレオチド配列を含んでも、これを含まなくてもよい。
例1.RNA三重らせんおよびCsy4による機能的gRNA生成
複雑なCRISPR-TFに基づく回路を可能にするための重要な第1のステップは、ヒト細胞においてRNAP IIプロモーターから機能的gRNAを生成することであり、これが、gRNA生成を特定の調節シグナルにカップリングすることを許容する。例えば、gRNA依存的回路の活性化は、既定の細胞型または状態において、または外部インプットに応答して、開始させることができる。さらに、単一の転写物からタンパク質と共にgRNAを同時発現させる能力は、有益である。このことが、エフェクタータンパク質および調節のリンクを含む複数のアウトプットを、簡潔な遺伝子の立体配置から生成させることを可能にする。それはまた、内在型遺伝子座中へのgRNA発現の組み込みを可能にする。したがって、本例は、内在型RNAP IIプロモーターにより機能的gRNAおよびタンパク質が同時に生成されるシステムを実証する。
「三重鎖/Csy4」立体配置の頑強さを検証するために、それを、ヒト細胞におけるネイティブなゲノム標的の発現を制御するために適応させた。内在IL1RN遺伝子座を、4つの異なるgRNA、gRNA3〜6(表1)の共発現を介する遺伝子活性化の標的とした(Perez-Pinera et al., 2013a)。
「三重鎖/Csy4」立体配置に対する補完として、遺伝子のコード配列中のイントロン内にgRNAをコードすることにより、RNAP IIプロモーターから機能的gRNAを生成するための、代替的な戦略を開発した。具体的には、gRNA1を、「コンセンサス」アクセプター、ドナー、およびブランチ配列を用いて(Smith et al., 1989; Taggart et al., 2012)、mKate2のコード配列内のイントロンとしてコードした(図2A)。予想外に、このシンプルな立体配置は、検出不能なEYFPレベルをもたらした(図10、下のパネル)。理論により拘束されることはないが、何らかの安定化を行わないと、イントロンgRNAは、急速に分解すると考えられる。
イントロンgRNAを安定化するために、長命のイントロンを生成するイントロン配列を用いた。これらは、安定な環状イントロンを形成するHSV-1潜伏期関連イントロン(Block and Hill, 1997)、およびsno-lncRNA2(snoRNA2)イントロンなどの配列を含む。snoRNA2イントロンは、両端においてsnoRNA機構によりプロセッシングされる。これは、snoRNA2イントロンを分解から保護し、5’キャップおよび3’ポリ(A)テイルを欠失したsnoRNA配列に隣接するIncRNAの蓄積をもたらす(Yin et al., 2012)。しかし、安定なイントロンgRNAを生成するためのこれらのアプローチもまた、標的プロモーターの検出不能な活性化をもたらした(データは示さず)。
5’および3’の両方のCsy4認識部位が、イントロンからの機能的gRNA生成のために必要であるか否かを決定するために、mKate2内にHSV1に基づくイントロンを用いた。このイントロンは、その5’側がCsy4結合部位に先行されるか(「28-gRNA」、図2Eおよび図11)、またはその3’末端にCsy4結合部位が続く(「gRNA-28」、図2Fおよび図11)、いずれかのgRNA1配列を保有する。合成P1-EYFPコンストラクトを用いて、gRNA1活性を評価した。図2Eおよび2Fについてのデータを、イントロンgRNA1が2つのCsy4結合部位に隣接する「イントロン/Csy4」立体配置の性能により正規化した(「28-gRNA-28」、図11)。1つのみのCsy4結合部位を含む両方の立体配置は、Csy4の添加により、Csy4なしと比較して低下したmKate2レベルを有した(図2E、2F)。
上記の「三重鎖/Csy4」および「イントロン/Csy4」に基づく機構に加えて、自己切断型リボザイムもまた、ヒト細胞におけるRNAP IIプロモーターから生成されたgRNAを介した遺伝子制御を可能にするために使用した。具体的には、図3において示すとおり、gRNAを、その5’末端にハンマーヘッド型(HH)リボザイム(Pley et al., 1994)を、その3’末端にHDVリボザイム(Ferre-D'Amare et al., 1998)を含むように操作した。いずれもCMVpにより駆動される3つの異なる立体配置におけるリボザイムを試験した:(1)mKate2転写物の後に三重鎖およびHH-gRNA1-HDV配列が続く(CMVp-mK-Tr-HH-g1-HDV、図3A);(2)mKate2転写物の後にHH-gRNA1-HDV配列が続く(CMVp-mK-HH-g1-HDV、図3B);および(3)配列HH-gRNA1-HDVのみで、関連するタンパク質コード配列を有さない(CMVp-HH-g1-HDV、図3C)。これらの立体配置から生成されたgRNAを、先に記載したRNAP IIIプロモーターU6および「三重鎖/Csy4」立体配置により(200ngのCsy4プラスミドで)生成されたgRNAと比較した。全てのコンストラクトが、P1-EYFP含有プラスミドからのEYFPの発現を駆動するgRNA1を利用した。
単一のRNA転写物からの2つの独立したgRNAの発現が2つの独立した下流のプロモーターを活性化することを実証するために、2つの立体配置を用いた。第1の立体配置(「イントロン−三重鎖」)において、gRNA1を、mKate2のコード配列内の2つのCsy4結合部位に隣接するHSV1イントロン内にコードした。さらに、2つのCsy4結合部位に囲まれたgRNA2を、mKate2−三重鎖配列の下流にコードした(図4A、CMVp-mKEX1-[28-g1-28]HSV1-mKEX2-Tr-28-g2-28)。第2の立体配置(「三重鎖−タンデム」)において、gRNA1およびgRNA2の両方を、Csy4結合部位で囲み、mKate2−三重鎖配列の下流でタンデムに配置した(図4B、CMVp-mK-Tr-28-g1-28-g2-28)。いずれの立体配置においても、gRNA1およびgRNA2は、それぞれ、合成プロモーターP1-EYFPおよびP2-ECFPを標的とした。
RNA依存的調節性コンストラクトの有用性を実証するために、それを、本明細書において、第1のCRISPR-TFに基づく転写カスケードを作製するために用いた。「三重鎖/Csy4」および「イントロン/Csy4」戦略を統合して、2つの異なる3ステージのCRISPR-TFにより媒介される転写カスケードを構築した(図6)。第1のデザインにおいて、CMVpにより駆動される「イントロン/Csy4」コンストラクトからのgRNA1の発現は、HSV1イントロンからgRNA1を生成し、これが、合成プロモーターP1を活性化して「三重鎖/Csy4」立体配置からgRNA2を生成し、これが次いで、ECFPを制御する下流の合成プロモーターP2を活性化した(図6A)。第2のデザインにおいて、カスケードの第1のステージにおけるイントロンgRNA発現カセットを、gRNA1を発現させるための「三重鎖/Csy4」立体配置で置き換えた(図6B)。これら2つのデザインを、200ngのCsy4プラスミドの存在下において試験した(図6C、6Dおよび図14)。
以下の実験は、より洗練された回路トポロジーを実現するために、どのようにしてCRISPR-TFの制御を哺乳動物のRNA干渉に統合することができるかを実証することを目的とした。さらに、以下の実験は、どのようにしてネットワークモチーフをCsy4に基づくRNAプロセッシングに基づいて再配線することができるかを示した。具体的には、コグネートなmiRNA結合部位を取り除くことにより、miRNAの制御をCRISPR-TFに組み入れ、Csy4を用いて標的RNAのmiRNAの阻害を妨害した。機能的miRNA(Greber et al., 2008; Xie et al., 2011)および機能的gRNAの両方を発現することができる単一のRNA転写物を構築した。これは、哺乳動物miRNAを、mKate2遺伝子内のコンセンサスイントロン内部にコードし、その後に三重鎖配列と、Csy4認識部位に隣接するgRNA1配列とを続けることにより達成した(図7A、CMVp-mKEx1-[miR]-mKEx2-Tr-28-g1-28)。また、操作されたコンストラクトによるマルチプレックスな遺伝子制御のための潜在能力を実証するために、2つのアウトプットコンストラクトを実現した。第1のアウトプットは、構成的に発現されたECFP遺伝子と、その後に続く三重鎖配列、Csy4認識部位、8×miRNA結合部位(8×miRNA-BS)、および別のCsy4認識部位であった(図7A)。第2のアウトプットは、EYFP発現を制御する合成P1プロモーターであった(図7A)。
CMVp-dCas9-3xNLS-VP64(taCas9、コンストラクト1、表2)プラスミドを、先に記載されるように構築した(Farzadfard et al., 2013)。Pseudomonas aeruginosaの株UCBPP-PA14(Qi et al., 2012)からのcsy4遺伝子を、ヒト細胞における発現のためにコドン最適化し、N末端6x-HisタグおよびTEV 認識配列を含むようにPCRで増幅し、PGK1-EBFP2プラスミド中のHindIII/SacI部位の間のPGK1プロモーターの下流にクローニングして(Farzadfard et al., 2013)、PGK1p-Csy4-pAを作製した(コンストラクト2、表2)。
プラスミドCMVp-mKate2_EX1-[28-gRNA1-28]HSV1-mKate2_EX2-Triplex-28-gRNA2-28-pA(コンストラクト16、表2)は、適切な相同性を用いて、以下の部分のGIBSON ASSEMBLY(登録商標)により構築した:1)XmaIで消化したCMVp-mKate2_EX1-[28-gRNA1-28]HSV1-mKate2_EX2-pA(コンストラクト4、表2)、および2)CMVp-mKate2-Triplex-28-gRNA1-28-pA(コンストラクト3、表2)からのPCR増幅したTriplex-28-gRNA2-28 。
プラスミドCMVp-mKate2-Triplex-28-gRNA1-28-gRNA2-28-pA(コンストラクト17、表2)は、適切な相同性を用いて、以下の部分のGIBSON ASSEMBLY(登録商標)により構築した:1)XmaIで消化したCMVp-mKate2-Triplex-28-gRNA1-28-pA(コンストラクト3、表2)、および2)PCR増幅した28-gRNA2-28。
プラスミドCMVp-ECFP-Triplex-28-8xmiRNA-BS-28-pA(コンストラクト22、表2)は、以下の部分を用いるGIBSON ASSEMBLY(登録商標)を介してクローニングした:1)ECFPの全長コード配列、および2)両端に8個のFF4 miRNA結合部位およびCsy4認識配列を含むオリゴヌクレオチドを用いてPCR伸長を介して増幅した、110ntのMALAT1の3’三重らせん配列。
HEK293T細胞は、American Tissue Collection Center(ATCC)から入手し、10%ウシ胎仔血清(FBS)、1%ペニシリン−ストレプトマイシン、1%のGlutaMAX、非必須アミノ酸を添加したダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)中で、37℃および5%CO2で維持した。HEK293T細胞は、FuGENE(登録商標)HDトランスフェクション試薬(Promega)を用いて、製造者の指示に従ってトランスフェクトした。各トランスフェクションは、6ウェルプレートにおいて、1ウェルあたり200,000個の細胞を用いて行った。対照として、CMVプロモーターがmKate2を制御する2μgの単一のプラスミドを用いて、トランスフェクション効率は、常に90%よりも高かった(実験と同じセッティングで行われたフローサイトメトリーにより決定した)。他に示されない限り、各々のプラスミドを、1μg/試料でトランスフェクトした。特に示されない限り、全ての試料をtaCas9でトランスフェクトした。細胞を、トランスフェクションの72時間後に、フローサイトメトリーまたはqRT-PCR分析のために処理した。
従った実験手順は、Perez-Pinera et al., 2013aにおいて記載されるとおりであった。細胞を、トランスフェクションの72時間後に採取した。RNeasy Plus RNA単離キット(Qiagen)を用いて、総RNAを単離した。qScript cDNA SuperMix(Quanta Biosciences)を用いて、cDNA合成を行った。PerfeCTa SYBR Green FastMix(Quanta Biosciences)を用いたリアルタイムPCRを、Mastercycler ep realplexリアルタイムPCRシステム(Eppendorf)により、以下のオリゴヌクレオチドプライマーを用いて行った:IL1RN−フォワードGGAATCCATGGAGGGAAGAT(配列番号22)、リバースTGTTCTCGCTCAGGTCAGTG(配列番号23);GAPDH−フォワードCAATGACCCCTTCATTGACC(配列番号24)、リバースTTGATTTTGGAGGGATCTCG(配列番号25)。プライマーは、Primer3Plusソフトウェアを用いて設計し、IDTから購入した。融解曲線分析により、プライマー特異性を確認した。標準曲線の直線性を確実にするために、適切なダイナミックレンジにわたる反応効率を計算した。GAPDH発現に対して正規化した目的の遺伝子のmRNA発現の増加倍率は、ddCt法により計算した。本発明者らは、次いで、mRNAレベルを、非特異的なgRNA1対照条件に対して正規化した。報告される値は、3回の独立した生物学的複製の平均値であり、技術的複製は、各々の実験について平均した。エラーバーは、平均値の標準誤差(s.e.m)を表す。
細胞を、トリプシンを用いて、トランスフェクションの72時間後に採取し、DMEM培地および1×PBSで洗浄し、1×PBSでフローサイトメトリー管中に再懸濁し、すぐにBecton Dickinson LSRII Fortessaフローサイトメーターでアッセイした。各データセットにおける試料ごとに、少なくとも50,000個の細胞を記録した。各実験の結果は、少なくとも3回の生物学的複製からのデータを表す。エラーバーは、蛍光値の加重中央値に対するs.e.m.である(データ分析についての詳細な情報については、Extended Experimental Proceduresを参照)。
コンペンセーション対照は、厳密であり、真陽性細胞を取り除くという代償を払っても偽陽性細胞を除去するために設計された。コンペンセーションは、BD FACSDiva(バージョン番号6.1.3;BD Biosciences)を用いて、詳しくは以下のとおり行った:
コンペンセーションフローサイトメトリーの結果を、FlowJoソフトウェア(vX.0.7r2)を用いて分析した。計算は、以下のように行った:
全ての試料を、細胞の凝集塊および壊死組織片を除外するために、ゲーティングした(集団P1)。同じ獲得条件におけるトランスフェクトされていない細胞の自家蛍光に従って、偽陽性細胞の比率が0.1%よりも低くなるように決定された以下のゲートに従って、P1細胞のヒストグラムを分析した:
mKate2:「mKate2陽性」細胞を、蛍光閾値が100a.u.より上の細胞として定義した。
EYFP:「EYFP陽性」細胞を、蛍光閾値が300a.u.より上の細胞として定義した。
ECFP:「ECFP陽性」細胞を、蛍光閾値が400a.u.より上の細胞として定義した。
各々の試料について、蛍光の加重中央値を決定した。生物学的3つ組の蛍光の加重中央値の平均値を計算した。これらは、論文において表されたデータである。平均値の標準誤差(s.e.m.)をまた、コンピューター計算し、エラーバーとして表した。
補遺情報中に示されるフローサイトメトリーデータのプロットは、単一の実験からの代表的なコンペンセーションされたデータである。上記のとおり、細胞を、細胞凝集塊および壊死組織片を除外するためにゲーティングし(集団P1)、ゲーティングした生細胞の全集団を、各図において表した。各部分集団Q1〜Q4についての閾値は、上記の閾値に従って設定した。各部分集団中の細胞のパーセンテージを、プロット中に示す。プロット中の黒色の十字は、特定の部分集団についての蛍光の中央値を示す。
不定冠詞「a」および「an」は、本明細書においておよび請求の範囲において用いられる場合、逆であることが明らかに示されない限り、「少なくとも1」を意味するものと理解されるべきである。
本明細書において開示される全ての参考文献、特許および特許出願は、それについて各々が引用される主題に関して、参考として援用され、それは、いくつかの場合においては、文書の全体を包含する場合もある。
(以下の各参考文献は、本明細書において参考として援用される。)
Claims (127)
- 以下:
(a)少なくとも1のガイドRNA(gRNA)をコードするヌクレオチド配列;ならびに
(b)(i)目的のタンパク質をコードするヌクレオチド配列および(ii)RNA干渉分子をコードするヌクレオチド配列から選択される1または2以上のヌクレオチド配列
を含む核酸に作動的に連結したプロモーターを含む、操作されたコンストラクト。 - プロモーターが、RNAポリメラーゼII依存的(RNA pol II)プロモーターである、請求項1に記載の操作されたコンストラクト。
- 少なくとも1のgRNAが、リボヌクレアーゼ認識部位をコードするヌクレオチド配列に隣接する、請求項1または2に記載の操作されたコンストラクト。
- リボヌクレアーゼ認識部位が、Csy4リボヌクレアーゼ認識部位である、請求項3に記載の操作されたコンストラクト。
- 少なくとも1のgRNAが、リボザイムをコードするヌクレオチド配列に隣接する、請求項1または2に記載の操作されたコンストラクト。
- リボザイムが、ハンマーヘッド型リボザイムおよびデルタ型肝炎ウイルスリボザイムから選択される、請求項5に記載の操作されたコンストラクト。
- (a)のヌクレオチド配列が、コグネートイントロンスプライス部位に隣接する、請求項1〜6のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- リボヌクレアーゼ認識部位に隣接する少なくとも1のガイドRNA(gRNA)をコードする第1のヌクレオチド配列を含む核酸に作動的に連結したプロモーターを含む、操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が、コグネートイントロンスプライス部位に隣接する、請求項8に記載の操作されたコンストラクト。
- 核酸がさらに、目的のタンパク質をコードする第2のヌクレオチド配列を含み、ここで第1のヌクレオチド配列が、第2のヌクレオチド配列内にある、請求項8または9に記載の操作されたコンストラクト。
- 核酸がさらに、目的のタンパク質をコードする第2のヌクレオチド配列を含み、ここで、第2のヌクレオチド配列が、第1のヌクレオチド配列の上流にある、請求項8〜10のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- 少なくとも1のマイクロRNAをコードするヌクレオチド配列をさらに含む、請求項8〜11のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- 少なくとも1のマイクロRNAが、目的のタンパク質内にコードされる、請求項12に記載の操作されたコンストラクト。
- 核酸がさらに、三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列を含み、ここで、第3のヌクレオチド配列が、第2のヌクレオチド配列と第1のヌクレオチド配列との間にある、請求項10〜13のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- プロモーターが、RNAポリメラーゼII依存的(RNA pol II)プロモーターである、請求項8〜14のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- RNA pol IIプロモーターが、ヒトサイトメガロウイルスプロモーター、ヒトユビキチンプロモーター、ヒトヒストンH2A1プロモーター、またはヒト炎症性ケモカインCXCL1プロモーターである、請求項15に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が少なくとも2のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項8〜16のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が少なくとも3のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項17に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が少なくとも4のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項18に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が少なくとも5のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項19に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列は、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接している少なくとも2のgRNAをコードし、該gRNAは互いに異なる、請求項8〜20のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- リボヌクレアーゼ認識部位が、Csy4リボヌクレアーゼ認識部位である、請求項8〜21のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- Csy4リボヌクレアーゼ認識部位の各々が、28ヌクレオチドの長さを有する、請求項22に記載の操作されたコンストラクト。
- Csy4リボヌクレアーゼ認識部位が、Pseudomonas aeruginosaからのものである、請求項22または23に記載の操作されたコンストラクト。
- 三重らせん構造が、MALAT1遺伝子座の3’末端またはMENβ遺伝子座の3’末端からのヌクレオチド配列によりコードされる、請求項14〜24のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- 以下:
目的のタンパク質をコードする第1のヌクレオチド配列;および
リボヌクレアーゼ認識部位に隣接する少なくとも1のガイドRNA(gRNA)をコードする第2のヌクレオチド配列、ここで、第2のヌクレオチド配列は、コグネートイントロンスプライス部位をコードするヌクレオチド配列に隣接し、第1のヌクレオチド配列内にある、
を含む核酸に作動的に連結したプロモーターを含む、操作されたコンストラクト。 - 少なくとも1のマイクロRNAをコードするヌクレオチド配列をさらに含む、請求項26に記載の操作されたコンストラクト。
- 少なくとも1のマイクロRNAが、目的のタンパク質内にコードされる、請求項27に記載の操作されたコンストラクト。
- 核酸がさらに、以下:
三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列;および
リボヌクレアーゼ認識部位に隣接する少なくとも1のgRNAをコードする第4のヌクレオチド配列、ここで、第3のヌクレオチド配列は、第1のヌクレオチド配列の下流にあり、かつ第4のヌクレオチド配列の上流にある、
を含む、請求項26〜28のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。 - プロモーターが、RNAポリメラーゼII依存的(RNA pol II)プロモーターである、請求項26〜29のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- RNA pol IIプロモーターが、ヒトサイトメガロウイルスプロモーター、ヒトユビキチンプロモーター、ヒトヒストンH2A1プロモーター、またはヒト炎症性ケモカインCXCL1プロモーターである、請求項30に記載の操作されたコンストラクト。
- 第2のヌクレオチド配列が少なくとも2のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項26〜31のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- 第2のヌクレオチド配列が少なくとも3のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項32に記載の操作されたコンストラクト。
- 第2のヌクレオチド配列が少なくとも4のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項33に記載の操作されたコンストラクト。
- 第2のヌクレオチド配列が少なくとも5のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項34に記載の操作されたコンストラクト。
- 第2のヌクレオチド配列が、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接している少なくとも2のgRNAをコードし、該gRNAは互いに異なる、請求項26〜35のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- リボヌクレアーゼ認識部位が、Csy4リボヌクレアーゼ認識部位である、請求項26〜36のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- Csy4リボヌクレアーゼ認識部位の各々が、28ヌクレオチドの長さを有する、請求項37に記載の操作されたコンストラクト。
- Csy4リボヌクレアーゼ認識部位が、Pseudomonas aeruginosaからのものである、請求項37または38に記載の操作されたコンストラクト。
- コグネートイントロンスプライス部位が、コンセンサスイントロンからのものである、請求項26〜39のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- コグネートイントロンスプライス部位が、HSV1潜伏期関連イントロンからのものである、請求項26〜39のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- コグネートイントロンスプライス部位が、sno-IncRNA2イントロンからのものである、請求項26〜39のいずれか一項に記載の操作された核酸。
- 三重らせん構造が、MALAT1遺伝子座の3’末端またはMENβ遺伝子座の3’末端からのヌクレオチド配列によりコードされる、請求項29〜42のいずれか一項に記載の操作された核酸。
- 第4のヌクレオチド配列が少なくとも2のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項29〜43のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- 第4のヌクレオチド配列が少なくとも3のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項44に記載の操作されたコンストラクト。
- 第4のヌクレオチド配列が少なくとも4のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項45に記載の操作されたコンストラクト。
- 第4のヌクレオチド配列が少なくとも5のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、請求項46に記載の操作されたコンストラクト。
- 第4のヌクレオチド配列が、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接している少なくとも2のgRNAをコードし、該gRNAは互いに異なる、請求項29〜47のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- リボザイムに隣接する少なくとも1のガイドRNA(gRNA)をコードする第1のヌクレオチド配列を含む核酸に作動的に連結したプロモーターを含む、操作されたコンストラクト。
- 核酸がさらに、目的のタンパク質をコードする第2のヌクレオチド配列を含み、ここで、第2のヌクレオチド配列が、第1のヌクレオチド配列の上流にある、請求項49に記載の操作されたコンストラクト。
- 少なくとも1のマイクロRNAをコードするヌクレオチド配列をさらに含む、請求項49または50に記載の操作されたコンストラクト。
- 少なくとも1のマイクロRNAが、目的のタンパク質内にコードされる、請求項51に記載の操作されたコンストラクト。
- 核酸がさらに、三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列を含み、ここで、第3のヌクレオチド配列が、第2のヌクレオチド配列と第1のヌクレオチド配列との間にある、請求項50〜52のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- プロモーターが、RNAポリメラーゼII依存的(RNA pol II)プロモーターである、請求項49〜53のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- RNA pol IIプロモーターが、ヒトサイトメガロウイルスプロモーター、ヒトユビキチンプロモーター、ヒトヒストンH2A1プロモーター、またはヒト炎症性ケモカインCXCL1プロモーターである、請求項54に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が少なくとも2のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボザイムに隣接する、請求項49〜55のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が少なくとも3のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボザイムに隣接する、請求項56に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が少なくとも4のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボザイムに隣接する、請求項57に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が少なくとも5のgRNAをコードし、各々のgRNAがリボザイムに隣接する、請求項58に記載の操作されたコンストラクト。
- 第1のヌクレオチド配列が、リボザイムに隣接する少なくとも2のgRNAをコードし、該gRNAは互いに異なる、請求項49〜59のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- リボザイムが、シス作用性リボザイムである、請求項49〜60のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- シス作用性リボザイムのうちの少なくとも1つが、ハンマーヘッド型リボザイムである、請求項61に記載の操作されたコンストラクト。
- ハンマーヘッド型リボザイムが、少なくとも1のgRNAの5’末端にある、請求項62に記載の操作されたコンストラクト。
- シス作用性リボザイムのうちの少なくとも1つが、デルタ型肝炎ウイルスリボザイムである、請求項61に記載の操作されたコンストラクト。
- デルタ型肝炎ウイルスリボザイムが、少なくとも1のgRNAの3’末端にある、請求項64に記載の操作されたコンストラクト。
- 三重らせん構造が、MALAT1遺伝子座の3’末端またはMENβ遺伝子座の3’末端からのヌクレオチド配列によりコードされる、請求項53〜65のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクト。
- 以下:
目的のタンパク質内に少なくとも1のRNA干渉分子をコードする第1のヌクレオチド配列;
リボヌクレアーゼ認識部位に隣接する少なくとも1のガイドRNAをコードする第2のヌクレオチド配列;および
三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列、ここで、第3のヌクレオチド配列は、第1のヌクレオチド配列と第2のヌクレオチド配列との間にある、
を含む核酸に作動的に連結したプロモーターを含む、操作されたコンストラクト。 - 以下:
目的のタンパク質内に少なくとも1のRNA干渉分子をコードする第1のヌクレオチド配列;
リボザイムに隣接する少なくとも1のガイドRNAをコードする第2のヌクレオチド配列;および
三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列、ここで、第3のヌクレオチド配列は、第1のヌクレオチド配列と第2のヌクレオチド配列との間にある、
を含む核酸に作動的に連結したプロモーターを含む、操作されたコンストラクト。 - 少なくとも1のRNA干渉分子が、マイクロRNA(miRNA)および低分子干渉RNA(siRNA)から選択される、請求項67または68に記載の操作されたコンストラクト。
- 少なくとも1のRNA干渉分子が、少なくとも1のmiRNAを含む、請求項69に記載の操作されたコンストラクト。
- 請求項1〜70のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクトを含む、ベクター。
- 請求項1〜70のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクトまたは請求項71に記載のベクターを含む、細胞。
- 請求項1〜70のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクトのうちの少なくとも2つまたは請求項71に記載のベクターのうちの少なくとも2つを含む、細胞。
- リボヌクレアーゼを安定して発現するように改変されている、請求項72または73に記載の細胞。
- リボヌクレアーゼがCsy4リボヌクレアーゼである、請求項74に記載の細胞。
- Casタンパク質を安定して発現するように改変されている、請求項72〜75のいずれか一項に記載の細胞。
- Casタンパク質がCasヌクレアーゼである、請求項76に記載の細胞。
- CasヌクレアーゼがCas9ヌクレアーゼである、請求項76に記載の細胞。
- Casタンパク質が転写活性Casタンパク質である、請求項76に記載の細胞。
- 転写活性Casタンパク質が転写活性Cas9タンパク質である、請求項79に記載の細胞。
- リボヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む、請求項72〜80のいずれか一項に記載の細胞。
- リボヌクレアーゼがCsy4リボヌクレアーゼである、請求項81に記載の細胞。
- Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む、請求項72〜82のいずれか一項に記載の細胞。
- Casタンパク質がCasヌクレアーゼである、請求項83に記載の細胞。
- CasヌクレアーゼがCas9ヌクレアーゼである、請求項84に記載の細胞。
- Casタンパク質が転写活性Casタンパク質である、請求項83に記載の細胞。
- 転写活性Casタンパク質が転写活性Cas9タンパク質である、請求項86に記載の細胞。
- 目的のタンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、少なくとも1のさらなる操作された核酸をさらに含む、請求項72〜87のいずれか一項に記載の細胞。
- 少なくとも1のさらなる操作された核酸の目的のタンパク質が、該細胞の任意の他の目的のタンパク質とは異なる、請求項88に記載の細胞。
- 細菌細胞である、請求項72〜89のいずれか一項に記載の細胞。
- ヒト細胞である、請求項72〜89のいずれか一項に記載の細胞。
- 請求項72〜91のいずれか一項に記載の細胞を培養することを含む、方法。
- 核酸の発現を許容する条件下において細胞を培養することを含む、請求項92に記載の方法。
- 細胞の遺伝子回路を生成、改変または再配線する方法であって、以下:
細胞において、請求項1〜70のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクトから選択される第1の操作されたコンストラクトを発現させること;および
細胞において、請求項1〜70のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクトから選択される第2の操作されたコンストラクトを発現させること、
ここで、第1の操作されたコンストラクトのうちの少なくとも1のgRNAは、第2の操作されたコンストラクトのプロモーターの領域または内在プロモーターの領域に対して相補的であり、これに結合する、
を含む、前記方法。 - 請求項1〜70のいずれか一項に記載の操作されたコンストラクトから選択される第3の操作されたコンストラクトを発現させることをさらに含む、請求項94に記載の方法であって、第2の操作されたコンストラクトのうちの少なくとも1のgRNAは、第3の操作されたコンストラクトのプロモーターの領域または内在プロモーターの領域に対して相補的であり、これに結合する、前記方法。
- 請求項1〜70のいずれか一項に記載の操作された核酸から選択される少なくとも1のさらなる操作された核酸を発現させることをさらに含む、請求項95に記載の方法であって、少なくとも1のさらなる操作された核酸のうちの少なくとも1のgRNAは、細胞の操作された核酸のうちのいずれか1つのプロモーターの領域または少なくとも1の内在プロモーターの領域に対して相補的であり、これに結合する、前記方法。
- 細胞が、Casタンパク質を安定して発現するように改変されている、請求項94〜96のいずれか一項に記載の方法。
- Casタンパク質がCasヌクレアーゼである、請求項97に記載の方法。
- CasヌクレアーゼがCas9ヌクレアーゼである、請求項98に記載の方法。
- Casタンパク質が転写活性Casタンパク質である、請求項97に記載の方法。
- 転写活性Casタンパク質が転写活性Cas9タンパク質である、請求項100に記載の方法。
- 細胞が、リボヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む、請求項94〜101のいずれか一項に記載の方法。
- リボヌクレアーゼがCsy4リボヌクレアーゼである、請求項102に記載の方法。
- 細胞が、Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む、請求項94〜103のいずれか一項に記載の方法。
- Casタンパク質がCasヌクレアーゼである、請求項104に記載の方法。
- CasヌクレアーゼがCas9ヌクレアーゼである、請求項105に記載の方法。
- Casタンパク質が転写活性Casタンパク質である、請求項104に記載の方法。
- 転写活性Casタンパク質が転写活性Cas9タンパク質である、請求項107に記載の方法。
- 細胞を培養することをさらに含む、請求項94〜108のいずれか一項に記載の方法。
- ガイドリボ核酸(gRNA)のマルチプレックスな細胞発現の方法であって、細胞において、少なくとも2のgRNAをコードする第1のヌクレオチド配列を含む核酸に作動的に連結したプロモーターを含む、操作されたコンストラクトを発現させることを含み、各々のgRNAは、リボヌクレアーゼ認識部位に隣接する、前記方法。
- 核酸が、目的のタンパク質をコードする第2のヌクレオチド配列をさらに含み、ここで、第2のヌクレオチド配列は、第1のヌクレオチド配列の上流にある、請求項110に記載の方法。
- 操作されたコンストラクトが、少なくとも1のマイクロRNAをコードするヌクレオチド配列をさらに含む、請求項111に記載の方法。
- 少なくとも1のマイクロRNAが、目的のタンパク質中にコードされる、請求項112に記載の操作されたコンストラクト。
- 核酸が、三重らせん構造をコードする第3のヌクレオチド配列をさらに含み、ここで、第3のヌクレオチド配列は、第2のヌクレオチド配列と第1のヌクレオチド配列との間にある、請求項111〜113のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞が、Casタンパク質を安定して発現するように改変されている、請求項110〜114のいずれか一項に記載の方法。
- Casタンパク質がCasヌクレアーゼである、請求項115に記載の方法。
- CasヌクレアーゼがCas9ヌクレアーゼである、請求項116に記載の方法。
- Casタンパク質が転写活性Casタンパク質である、請求項115に記載の方法。
- 転写活性Casタンパク質が転写活性Cas9タンパク質である、請求項118に記載の方法。
- 細胞が、リボヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む、請求項110〜119のいずれか一項に記載の方法。
- リボヌクレアーゼがCsy4リボヌクレアーゼである、請求項120に記載の方法。
- 細胞が、Casタンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動的に連結したプロモーターを含む、操作された核酸をさらに含む、請求項110〜121のいずれか一項に記載の方法。
- Casタンパク質がCasヌクレアーゼである、請求項122に記載の方法。
- CasヌクレアーゼがCas9ヌクレアーゼである、請求項123に記載の方法。
- Casタンパク質が転写活性Casタンパク質である、請求項122に記載の方法。
- 転写活性Casタンパク質が転写活性Cas9タンパク質である、請求項125に記載の方法。
- 細胞を培養することをさらに含む、請求項110〜126のいずれか一項に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201461974672P | 2014-04-03 | 2014-04-03 | |
US61/974,672 | 2014-04-03 | ||
PCT/US2015/024196 WO2015153940A1 (en) | 2014-04-03 | 2015-04-03 | Methods and compositions for the production of guide rna |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017509350A true JP2017509350A (ja) | 2017-04-06 |
JP2017509350A5 JP2017509350A5 (ja) | 2018-05-31 |
Family
ID=52997563
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016560684A Pending JP2017509350A (ja) | 2014-04-03 | 2015-04-03 | ガイドrnaの生成のための方法および組成物 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20170022499A1 (ja) |
EP (1) | EP3126503A1 (ja) |
JP (1) | JP2017509350A (ja) |
CN (1) | CN106170550A (ja) |
WO (1) | WO2015153940A1 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017502683A (ja) * | 2014-01-14 | 2017-01-26 | ラム セラピューティクス, インコーポレイテッド | 変異誘発方法 |
Families Citing this family (103)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP3613852A3 (en) | 2011-07-22 | 2020-04-22 | President and Fellows of Harvard College | Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity |
US10760064B2 (en) | 2013-03-15 | 2020-09-01 | The General Hospital Corporation | RNA-guided targeting of genetic and epigenomic regulatory proteins to specific genomic loci |
WO2014204578A1 (en) | 2013-06-21 | 2014-12-24 | The General Hospital Corporation | Using rna-guided foki nucleases (rfns) to increase specificity for rna-guided genome editing |
CA2907198C (en) | 2013-03-15 | 2019-12-10 | The General Hospital Corporation | Using rna-guided foki nucleases (rfns) to increase specificity for rna-guided genome editing |
US20150044192A1 (en) | 2013-08-09 | 2015-02-12 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for identifying a target site of a cas9 nuclease |
US9359599B2 (en) | 2013-08-22 | 2016-06-07 | President And Fellows Of Harvard College | Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof |
US9322037B2 (en) | 2013-09-06 | 2016-04-26 | President And Fellows Of Harvard College | Cas9-FokI fusion proteins and uses thereof |
US9737604B2 (en) | 2013-09-06 | 2017-08-22 | President And Fellows Of Harvard College | Use of cationic lipids to deliver CAS9 |
US9228207B2 (en) | 2013-09-06 | 2016-01-05 | President And Fellows Of Harvard College | Switchable gRNAs comprising aptamers |
WO2015066119A1 (en) | 2013-10-30 | 2015-05-07 | North Carolina State University | Compositions and methods related to a type-ii crispr-cas system in lactobacillus buchneri |
US9834791B2 (en) | 2013-11-07 | 2017-12-05 | Editas Medicine, Inc. | CRISPR-related methods and compositions with governing gRNAS |
US9068179B1 (en) | 2013-12-12 | 2015-06-30 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for correcting presenilin point mutations |
EP3985124A1 (en) * | 2013-12-26 | 2022-04-20 | The General Hospital Corporation | Multiplex guide rnas |
US10787654B2 (en) | 2014-01-24 | 2020-09-29 | North Carolina State University | Methods and compositions for sequence guiding Cas9 targeting |
CN106460003A (zh) | 2014-04-08 | 2017-02-22 | 北卡罗来纳州立大学 | 用于使用crispr相关基因rna引导阻遏转录的方法和组合物 |
AU2015298571B2 (en) | 2014-07-30 | 2020-09-03 | President And Fellows Of Harvard College | Cas9 proteins including ligand-dependent inteins |
US10450584B2 (en) | 2014-08-28 | 2019-10-22 | North Carolina State University | Cas9 proteins and guiding features for DNA targeting and genome editing |
CN107429246B (zh) * | 2014-10-31 | 2021-06-01 | 麻省理工学院 | 用于crispr的大规模并行组合遗传学 |
WO2016084084A1 (en) * | 2014-11-27 | 2016-06-02 | Danziger Innovations Ltd. | Nucleic acid constructs for genome editing |
JP6529110B2 (ja) * | 2014-12-01 | 2019-06-12 | 国立大学法人 東京大学 | 複数のユニットが多重に連結したdnaカセットおよび該カセットを含むベクターの製造方法 |
KR102138209B1 (ko) | 2015-05-06 | 2020-07-28 | 스니프르 테크놀로지스 리미티드 | 미생물 개체군 변경 및 미생물군 변형 |
JP2018516563A (ja) | 2015-05-29 | 2018-06-28 | ノース カロライナ ステート ユニバーシティNorth Carolina State University | Crispr核酸を用いて、細菌、古細菌、藻類、および、酵母をスクリーニングする方法 |
WO2016205276A1 (en) | 2015-06-15 | 2016-12-22 | North Carolina State University | Methods and compositions for efficient delivery of nucleic acids and rna-based antimicrobials |
US9512446B1 (en) | 2015-08-28 | 2016-12-06 | The General Hospital Corporation | Engineered CRISPR-Cas9 nucleases |
US9926546B2 (en) | 2015-08-28 | 2018-03-27 | The General Hospital Corporation | Engineered CRISPR-Cas9 nucleases |
WO2017058751A1 (en) | 2015-09-28 | 2017-04-06 | North Carolina State University | Methods and compositions for sequence specific antimicrobials |
CN108513575A (zh) | 2015-10-23 | 2018-09-07 | 哈佛大学的校长及成员们 | 核碱基编辑器及其用途 |
EP3390632A1 (en) * | 2015-12-18 | 2018-10-24 | Danisco US Inc. | Methods and compositions for polymerase ii (pol-ii) based guide rna expression |
WO2017112620A1 (en) | 2015-12-22 | 2017-06-29 | North Carolina State University | Methods and compositions for delivery of crispr based antimicrobials |
CN105543223A (zh) * | 2015-12-25 | 2016-05-04 | 华侨大学 | 一种基于miRNA/shRNA转录加工机制转录sgRNA的方法 |
EP3199632A1 (en) | 2016-01-26 | 2017-08-02 | ACIB GmbH | Temperature-inducible crispr/cas system |
EP3219799A1 (en) | 2016-03-17 | 2017-09-20 | IMBA-Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH | Conditional crispr sgrna expression |
WO2017189683A1 (en) | 2016-04-26 | 2017-11-02 | Massachusetts Institute Of Technology | Extensible recombinase cascades |
GB201609811D0 (en) | 2016-06-05 | 2016-07-20 | Snipr Technologies Ltd | Methods, cells, systems, arrays, RNA and kits |
US11293021B1 (en) | 2016-06-23 | 2022-04-05 | Inscripta, Inc. | Automated cell processing methods, modules, instruments, and systems |
CA3029625A1 (en) | 2016-07-05 | 2018-01-11 | California Institute Of Technology | Fractional initiator hybridization chain reaction |
WO2018027078A1 (en) | 2016-08-03 | 2018-02-08 | President And Fellows Of Harard College | Adenosine nucleobase editors and uses thereof |
CA3033327A1 (en) | 2016-08-09 | 2018-02-15 | President And Fellows Of Harvard College | Programmable cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof |
WO2018039438A1 (en) | 2016-08-24 | 2018-03-01 | President And Fellows Of Harvard College | Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing |
IL264831B (en) | 2016-08-30 | 2022-09-01 | California Inst Of Techn | Immunohistochemistry by hybridization chain reaction |
WO2018049168A1 (en) * | 2016-09-09 | 2018-03-15 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | High-throughput precision genome editing |
KR20240007715A (ko) | 2016-10-14 | 2024-01-16 | 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 | 핵염기 에디터의 aav 전달 |
US10745677B2 (en) | 2016-12-23 | 2020-08-18 | President And Fellows Of Harvard College | Editing of CCR5 receptor gene to protect against HIV infection |
US20190352634A1 (en) * | 2017-01-11 | 2019-11-21 | Oxford University Innovation Limited | Crispr rna |
TW201839136A (zh) | 2017-02-06 | 2018-11-01 | 瑞士商諾華公司 | 治療血色素異常症之組合物及方法 |
EP3592853A1 (en) | 2017-03-09 | 2020-01-15 | President and Fellows of Harvard College | Suppression of pain by gene editing |
WO2018162702A1 (en) | 2017-03-10 | 2018-09-13 | Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) | Nuclease fusions for enhancing genome editing by homology-directed transgene integration |
JP2020510439A (ja) | 2017-03-10 | 2020-04-09 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | シトシンからグアニンへの塩基編集因子 |
SG11201908658TA (en) | 2017-03-23 | 2019-10-30 | Harvard College | Nucleobase editors comprising nucleic acid programmable dna binding proteins |
US11560566B2 (en) | 2017-05-12 | 2023-01-24 | President And Fellows Of Harvard College | Aptazyme-embedded guide RNAs for use with CRISPR-Cas9 in genome editing and transcriptional activation |
WO2018231730A2 (en) * | 2017-06-12 | 2018-12-20 | California Institute Of Technology | Conditional guide rnas |
US10011849B1 (en) | 2017-06-23 | 2018-07-03 | Inscripta, Inc. | Nucleic acid-guided nucleases |
US9982279B1 (en) | 2017-06-23 | 2018-05-29 | Inscripta, Inc. | Nucleic acid-guided nucleases |
HRP20220615T1 (hr) | 2017-06-30 | 2022-06-24 | Inscripta, Inc. | Postupci, moduli, instrumenti i sustavi za automatiziranu obradu stanica |
US11041154B2 (en) | 2017-07-21 | 2021-06-22 | Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University | CRISPR fluorescent guide RNA (fgRNA) to understanding gRNAs expressed from pol II promotors |
US11732274B2 (en) | 2017-07-28 | 2023-08-22 | President And Fellows Of Harvard College | Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (PACE) |
US11319532B2 (en) | 2017-08-30 | 2022-05-03 | President And Fellows Of Harvard College | High efficiency base editors comprising Gam |
US11788088B2 (en) | 2017-09-26 | 2023-10-17 | The Board Of Trustees Of The University Of Illinois | CRISPR/Cas system and method for genome editing and modulating transcription |
CN111757937A (zh) | 2017-10-16 | 2020-10-09 | 布罗德研究所股份有限公司 | 腺苷碱基编辑器的用途 |
WO2019173942A1 (en) * | 2018-03-12 | 2019-09-19 | Nanjing Bioheng Biotech Co., Ltd | Engineered chimeric guide rna and uses thereof |
US10760075B2 (en) | 2018-04-30 | 2020-09-01 | Snipr Biome Aps | Treating and preventing microbial infections |
CN108330138B (zh) * | 2018-03-29 | 2018-09-25 | 上海欣百诺生物科技有限公司 | 一种sgRNA的体外合成方法及其试剂盒 |
CN108728441B (zh) * | 2018-04-18 | 2022-07-22 | 深圳市第二人民医院 | 特异性识别p53突变的基因系统 |
US10858761B2 (en) | 2018-04-24 | 2020-12-08 | Inscripta, Inc. | Nucleic acid-guided editing of exogenous polynucleotides in heterologous cells |
WO2019209926A1 (en) | 2018-04-24 | 2019-10-31 | Inscripta, Inc. | Automated instrumentation for production of peptide libraries |
US10557216B2 (en) | 2018-04-24 | 2020-02-11 | Inscripta, Inc. | Automated instrumentation for production of T-cell receptor peptide libraries |
CA3097914A1 (en) * | 2018-04-30 | 2019-11-07 | Oregon Health & Science University | Methods of gene therapy |
EP4070802A1 (en) | 2018-06-30 | 2022-10-12 | Inscripta, Inc. | Instruments, modules, and methods for improved detection of edited sequences in live cells |
US11142740B2 (en) | 2018-08-14 | 2021-10-12 | Inscripta, Inc. | Detection of nuclease edited sequences in automated modules and instruments |
EP3861120A4 (en) | 2018-10-01 | 2023-08-16 | North Carolina State University | RECOMBINANT TYPE I CRISPR-CAS SYSTEM |
US11851663B2 (en) | 2018-10-14 | 2023-12-26 | Snipr Biome Aps | Single-vector type I vectors |
GB201817010D0 (en) * | 2018-10-18 | 2018-12-05 | Imperial Innovations Ltd | Methods |
US11214781B2 (en) | 2018-10-22 | 2022-01-04 | Inscripta, Inc. | Engineered enzyme |
EP3870697A4 (en) | 2018-10-22 | 2022-11-09 | Inscripta, Inc. | MODIFIED ENZYMES |
WO2020114893A1 (en) * | 2018-12-05 | 2020-06-11 | Dsm Ip Assets B.V. | Crispr guide-rna expression strategies for multiplex genome engineering |
WO2020131986A1 (en) * | 2018-12-21 | 2020-06-25 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Multiplex genome targeting |
DE112020001342T5 (de) | 2019-03-19 | 2022-01-13 | President and Fellows of Harvard College | Verfahren und Zusammensetzungen zum Editing von Nukleotidsequenzen |
CA3134168A1 (en) * | 2019-03-25 | 2020-10-01 | Inscripta, Inc. | Simultaneous multiplex genome editing in yeast |
US11001831B2 (en) | 2019-03-25 | 2021-05-11 | Inscripta, Inc. | Simultaneous multiplex genome editing in yeast |
AU2020288623A1 (en) | 2019-06-06 | 2022-01-06 | Inscripta, Inc. | Curing for recursive nucleic acid-guided cell editing |
US10920189B2 (en) | 2019-06-21 | 2021-02-16 | Inscripta, Inc. | Genome-wide rationally-designed mutations leading to enhanced lysine production in E. coli |
US10927385B2 (en) | 2019-06-25 | 2021-02-23 | Inscripta, Inc. | Increased nucleic-acid guided cell editing in yeast |
WO2021102059A1 (en) | 2019-11-19 | 2021-05-27 | Inscripta, Inc. | Methods for increasing observed editing in bacteria |
EP4069837A4 (en) | 2019-12-10 | 2024-03-13 | Inscripta, Inc. | NEW MAD NUCLEASES |
WO2021126886A1 (en) | 2019-12-18 | 2021-06-24 | Inscripta, Inc. | Cascade/dcas3 complementation assays for in vivo detection of nucleic acid-guided nuclease edited cells |
KR20220133257A (ko) | 2020-01-27 | 2022-10-04 | 인스크립타 인코포레이티드 | 전기천공 모듈 및 기구 |
EP3889259A1 (en) | 2020-03-30 | 2021-10-06 | IMBA-Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH | Internal standard for crispr guide rna |
US20210332388A1 (en) | 2020-04-24 | 2021-10-28 | Inscripta, Inc. | Compositions, methods, modules and instruments for automated nucleic acid-guided nuclease editing in mammalian cells |
EP4146804A1 (en) | 2020-05-08 | 2023-03-15 | The Broad Institute Inc. | Methods and compositions for simultaneous editing of both strands of a target double-stranded nucleotide sequence |
US11787841B2 (en) | 2020-05-19 | 2023-10-17 | Inscripta, Inc. | Rationally-designed mutations to the thrA gene for enhanced lysine production in E. coli |
GB202007943D0 (en) | 2020-05-27 | 2020-07-08 | Snipr Biome Aps | Products & methods |
CN111850011B (zh) * | 2020-06-24 | 2022-08-26 | 湖南文理学院 | 改良的Csy4序列、改良方法及应用 |
US11299731B1 (en) | 2020-09-15 | 2022-04-12 | Inscripta, Inc. | CRISPR editing to embed nucleic acid landing pads into genomes of live cells |
US11512297B2 (en) | 2020-11-09 | 2022-11-29 | Inscripta, Inc. | Affinity tag for recombination protein recruitment |
WO2022146497A1 (en) | 2021-01-04 | 2022-07-07 | Inscripta, Inc. | Mad nucleases |
US11332742B1 (en) | 2021-01-07 | 2022-05-17 | Inscripta, Inc. | Mad nucleases |
EP4284925A1 (en) | 2021-01-26 | 2023-12-06 | California Institute of Technology | Allosteric conditional guide rnas for cell-selective regulation of crispr/cas |
US11884924B2 (en) | 2021-02-16 | 2024-01-30 | Inscripta, Inc. | Dual strand nucleic acid-guided nickase editing |
IL306038A (en) * | 2021-03-22 | 2023-11-01 | Massachusetts Inst Technology | Multicellular microRNA sensing with elemental erns to regulate multipolar gene expression in mammalian cells |
WO2022226107A1 (en) * | 2021-04-20 | 2022-10-27 | Texas Tech University System | Tissue-culture independent gene editing of cells by a long-distance rna transport system |
CN115704040A (zh) * | 2021-08-06 | 2023-02-17 | 华东理工大学 | 基于CRISPRi和CRISPRa的转录调控系统、其建立方法及应用 |
WO2023018938A1 (en) * | 2021-08-12 | 2023-02-16 | The J. David Gladstone Institutes, A Testamentary Trust Established Under The Will Of J. David Gladstone | Methods for generation of precise rna transcripts |
CN113604472B (zh) * | 2021-09-17 | 2024-01-09 | 中国科学院植物研究所 | 一种应用于里氏木霉的CRISPR/Cas基因编辑系统 |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DK3401400T3 (da) * | 2012-05-25 | 2019-06-03 | Univ California | Fremgangsmåder og sammensætninger til rna-styret mål-dna-modifikation og til rna-styret transskriptionsmodulering |
JP2015527889A (ja) * | 2012-07-25 | 2015-09-24 | ザ ブロード インスティテュート, インコーポレイテッド | 誘導可能なdna結合タンパク質およびゲノム撹乱ツール、ならびにそれらの適用 |
CN103388006B (zh) * | 2013-07-26 | 2015-10-28 | 华东师范大学 | 一种基因定点突变的构建方法 |
EP3985124A1 (en) * | 2013-12-26 | 2022-04-20 | The General Hospital Corporation | Multiplex guide rnas |
-
2015
- 2015-04-03 CN CN201580018277.XA patent/CN106170550A/zh active Pending
- 2015-04-03 EP EP15718044.9A patent/EP3126503A1/en not_active Withdrawn
- 2015-04-03 US US15/301,135 patent/US20170022499A1/en not_active Abandoned
- 2015-04-03 WO PCT/US2015/024196 patent/WO2015153940A1/en active Application Filing
- 2015-04-03 JP JP2016560684A patent/JP2017509350A/ja active Pending
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
BIOTECHNOL. LETT., vol. 33, JPN6019017332, 2011, pages 1723 - 1728, ISSN: 0004033975 * |
CELL, vol. 152, no. 5, JPN6019017334, 2013, pages 1173 - 1183, ISSN: 0004033973 * |
MOL. CELL, vol. 54, no. 4, JPN6019017339, 22 May 2014 (2014-05-22), pages 698 - 710, ISSN: 0004033974 * |
NAT. BIOTECHNOL., vol. 23, no. 3, JPN6019017336, 2005, pages 337 - 343, ISSN: 0004033976 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017502683A (ja) * | 2014-01-14 | 2017-01-26 | ラム セラピューティクス, インコーポレイテッド | 変異誘発方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20170022499A1 (en) | 2017-01-26 |
CN106170550A (zh) | 2016-11-30 |
WO2015153940A1 (en) | 2015-10-08 |
EP3126503A1 (en) | 2017-02-08 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2017509350A (ja) | ガイドrnaの生成のための方法および組成物 | |
CN108753836B (zh) | 一种利用rna干扰机制的基因调控或编辑系统 | |
Tang et al. | Construction of short tandem target mimic (STTM) to block the functions of plant and animal microRNAs | |
JP6788584B2 (ja) | Crisprについての超並列コンビナトリアル遺伝学 | |
EP2235179B1 (en) | Methods for creating and identifying functional rna interference elements | |
KR20190017022A (ko) | 화학적으로 변형된 가이드 rna를 사용하는 고 특이성 게놈 편집 | |
WO2016057951A2 (en) | Crispr oligonucleotides and gene editing | |
JP2015212310A (ja) | ランダムRNAiライブラリ、その生成方法、及びそれを使用したスクリーニング方法 | |
JP2021525542A (ja) | 固定ガイドrnaペアを用いた遺伝子編集ベクターの作製方法 | |
JP2024503437A (ja) | プライム編集効率及び精度を向上させるためのプライム編集因子バリアント、構築物、及び方法 | |
Seyhan | A multiplexed miRNA and transgene expression platform for simultaneous repression and expression of protein coding sequences | |
US20090012016A1 (en) | Short Interfering Rna and Micro-Rna Compounds and Methods of Designing, Making, and Using the Same | |
JP4908631B2 (ja) | テオフィリンによって標的特異的rna置換活性が調節されるアロステリックトランス−スプライシンググループiリボザイム | |
JP2020037599A (ja) | 新規な治療用抗癌薬の製造及び使用 | |
US11254935B2 (en) | Methods and compositions for use of non-coding RNA in cell culturing and selection | |
WO2006130976A1 (en) | Interfering rnas, methods for their production, and use | |
WO2010007797A1 (ja) | 高活性shRNA及びその製造方法 | |
AU2014202015B2 (en) | Random RNAi libraries, methods of generating same, and screening methods utilizing same | |
Bennis et al. | Expanding the genome editing toolbox of Saccharomyces cerevisiae with the endonuclease Er Cas12a | |
Lee et al. | Expansion of the Prime editing Modality with Cas9 from Francisella novicida | |
野瀬可那子 et al. | Development of the Site-directed RNA Editing Utilizing Intracellular A-to-I RNA Editing | |
CN117321201A (zh) | 用于增强引导编辑效率和精度的引导编辑器变体、构建体和方法 | |
JP2022112522A (ja) | 標的遺伝子を編集する蛋白質を細胞特異的に制御する方法 | |
CN113897385A (zh) | 一种利用rna干扰机制诱导毒素基因表达实现选择性杀死细胞的dna系统 | |
Wang et al. | Synthesis of complementary RNA by RNA-dependent RNA polymerases in plant extracts is independent of an RNA primer |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180403 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20180403 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180410 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190515 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190814 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20191009 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20200127 |