JP2017500060A - 対象の網膜色素上皮において目的のポリヌクレオチドを発現させるための方法および医薬組成物 - Google Patents

対象の網膜色素上皮において目的のポリヌクレオチドを発現させるための方法および医薬組成物 Download PDF

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Abstract

本発明は、対象の網膜色素上皮において目的のポリヌクレオチドを発現させるための方法および医薬組成物に関する。特に、本発明は、目的のポリヌクレオチドを含むある量のAAV2/5ベクターを用いて網膜色素上皮に形質導入する工程を含む、それを必要とする対象の眼の網膜色素上皮において目的のポリヌクレオチドを選択的に発現させるための方法に関する。【選択図】なし

Description

本発明は、対象の網膜色素上皮において目的のポリヌクレオチドを発現させるための方法および医薬組成物に関する。
遺伝性網膜ジストロフィー(IRD)は、遺伝的および臨床的に異質な大きな疾患群である。上記疾患は進行性の視力喪失を特徴とするが、法的盲に達する年齢は様々である。個々に珍しいが総称してIRDは、世界全体において2000人中約1人を冒している(Bergerら,2010)。IRDの最も一般的な形態は、網膜の光受容細胞の変性および眼底に見られる色素沈着の存在を特徴とする網膜色素変性症群である。その良い例はコロイデレミア(CMH)である。CHMは、IRDの2%を表すX連鎖性色素性網膜症である(Bocquetら,2013)。これは、幼児期における夜盲症と40〜50歳までに失明に至るその後の進行的な視野消失を特徴とする。CHMは、色素沈着および網膜の後ろに位置する脈絡膜の脈絡毛細管板萎縮を含む特徴的な表現型を有する。Rab GTPアーゼの正しいプレニル化およびその後のそれらの膜標的への送達を可能にする遍在性シャペロンタンパク質であるREP1(Rabエスコートタンパク質−1)(Seabraら,1992)をコードする1つのCHM原因遺伝子が存在する。
網膜は一般に、i)非侵襲経路を介してアクセス可能であり、ii)小さくかつ封入されているため低いベクター用量の使用を可能にし、かつiii)網膜色素上皮(RPE)と網膜循環の無窓毛細血管との密着結合からなる血液網膜関門の存在により循環への漏出が防止され、かつ免疫特権を持つようになるという理由から、遺伝子治療に非常に適している(Colellaら,2009)。これらの好ましい性質により、2008年の網膜遺伝子治療の最初の臨床試験に至り(Bainbridgeら,2008;Maguireら,2008)、すぐに他の研究者もそれに続いた(Bennettら,2012;Hauswirthら,2008;Jacobsonら,2012;Maguireら,2009)。標的IRDであるレーベル先天黒内障(LCA)は、視覚サイクルの鍵酵素をコードするRPE特異的遺伝子RPE65における突然変異により生じる(Marlhensら,1997)。組換えアデノ随伴ウイルス(血清型2)ベクター(AAV2/2)を用いてRPE65をRPEの中に上手く運んだ。良好な結果から、遺伝子導入により視覚障害のある対象の視力を改善することができるという原理証明が得られ、研究者らは、特にRPEにおける目的のポリヌクレオチドの発現のために最も効率的なベクターを同定するように促されている。
本発明は、対象の網膜色素上皮において目的のポリヌクレオチドを発現させるための方法および医薬組成物に関する。特に、本発明は特許請求の範囲によって定められている。
本発明者らは、CHM−/y患者からのREP1欠乏線維芽細胞を人工多能性幹細胞(iPSc)の中にリプログラミングし、それらを網膜色素上皮(RPE)に分化させた。本発明者らは、このiPSc由来RPEは古典的な形態を有する極性単層であり、特徴的なマーカーを発現し、流体輸送および食作用に対して機能的であり、かつ患者の生化学的表現型を模倣することを実証した。次いで、本発明者らは、AAVベクター血清型のパネルをアッセイし、AAV2/5はヒトRPE細胞に対して最も効率的(60%超の形質導入)であり、かつCHM遺伝子導入により生化学的表現型を正常化することができることを初めて示した。この比類がない程に高い生体外での形質導入効率は、恐らく食作用によって促進され、AAVベクターが網膜下腔において生体内で遭遇する状況を模倣している。従って、本発明者らは、ヒトの対照およびCHMのRPEにおけるAAV2/5の優位性を実証している。
従って、本発明の第1の態様は、目的のポリヌクレオチドを含むある量のrAAV2/5ベクターを用いて網膜色素上皮に形質導入する工程を含む、それを必要とする対象の眼の網膜色素上皮において目的のポリヌクレオチドを選択的に発現させるための方法に関する。
本明細書で使用される「対象」または「それを必要とする対象」という用語は、ヒトを意図している。典型的には、当該対象は、網膜色素上皮を冒す網膜疾患に罹患しているか罹患する可能性がある。従って、本明細書に示されている教示を所与として多種多様な網膜疾患を治療することができ、これらの疾患としては典型的に、遺伝性もしくは非遺伝性網膜変性症、網膜ジストロフィー、網膜色素変性症、黄斑変性症、レーバー先天性黒内障(LCA)、錐体杆体ジストロフィー、眼内血管新生疾患、脈絡膜変性症、脈絡膜硬化症、糖尿病性網膜症、増殖性硝子体網膜症、コロイデレミア、緑内障、スライ症候群(MPS VII、β−グルクロニダーゼ遺伝子の欠損が原因)および脳回転状萎縮(オルニチン−δ−アミノ基転移酵素遺伝子(OAT)の欠損が原因)などの代謝異常、網膜剥離または外傷および網膜症(遺伝性、手術誘発性、外傷性、毒性化合物誘発性、薬剤誘発性または光誘発性のいずれであるかは問わない)が挙げられる。
従って、本発明の別の目的は、RPE細胞で発現された場合に網膜疾患に対して有益な効果を有する目的のポリヌクレオチドを含むrAAV2/5ベクターを対象の眼の中に送達することによる、それを必要とする対象における網膜疾患の治療方法を提供することにある。
従って、本発明の別の目的は、RPE細胞で発現された場合に網膜疾患に対して有益な効果を有する目的のポリヌクレオチドを含むrAAV2/5ベクターを対象の眼の中に送達することによる、それを必要とする対象における網膜疾患の治療方法を提供することにある。
本明細書で使用される「目的のポリヌクレオチド」という表現は、本明細書ではあらゆる理由のために標的細胞においてその発現が望まれている、任意のポリペプチド、構造タンパク質、酵素などをコードするあらゆるヌクレオチド配列を表す。この表現は、非コード配列、例えばアンチセンス配列または遺伝子の発現の減少を目的とした干渉RNAの配列を表すこともできる。当業者は、自身の分野における科学文献によるその知識によって、特定の網膜疾患を治療するのにより適し得るポリヌクレオチドがどれであるかを知っている。
本発明のrAAV2/5ベクターを用いた眼の遺伝子治療は、その中で欠損している目的のポリヌクレオチド(例えば遺伝子)の機能的コピーをRPE細胞に導入する(遺伝子置換療法)か、あるいは治療される眼疾患に対して有益な効果を有する目的のポリヌクレオチドをRPE細胞に送達すること(対症療法)により行うことができる。
特定の実施形態では、ポリヌクレオチド産物は、網膜色素上皮細胞の機能を高めるポリペプチドである。遺伝子置換療法で使用することができる目的のポリヌクレオチドの例は、RPE細胞において特異的かつ優先的に発現される遺伝子、例えば、RGR(網膜色素変性症、RP、染色体(chr.)10)、RDH5(白点眼底、chr.12)、RPE65(レーバー先天性黒内障、LCA、chr.1)、RLBP1(RP、chr.15)、MERTK(RP、chr.2)、LRAT(RP、chr.4)、REP1(コロイデレミア、Xp21)、RBP4(RPE変性、chr.10)または他の細胞型においても発現される遺伝子、例えば、MYO7A(アッシャー症候群1型、chr.11)、ELOVL4(黄斑変性症、chr.6)、EFEMP1(家族性ドルーゼン(Malattia Leventinese)、chr.15)、BEST1(ベスト病、chr.11)、TIMP3(ソースビー眼底変性症、chr.22)、AIPL1(LCA、chr.7)、およびCRB1(RP、chr.1)である。
いくつかの実施形態では、当該ポリヌクレオチドは、REP1(Rabエスコートタンパク質−1)(すなわちCHM遺伝子)をコードするポリヌクレオチドである。
特定の実施形態では、目的のポリヌクレオチドは、神経栄養因子をコードするものであってもよい。本明細書で使用される「神経栄養因子」とは、神経細胞の生存や維持、神経細胞分化の促進などの生理作用を有するタンパク質の一般名称である。神経栄養因子の例としては、限定されるものではないが、bFGF、aFGF、BDNF、CNTF、IL−1β、NT−3、IGF−II、GDNF、NGFおよびRdCVFが挙げられる。
ある特定の状況では、目的のポリヌクレオチド産物は、遺伝子機能の部位特異的ノックダウンを行う部位特異的エンドヌクレアーゼであり、例えば、エンドヌクレアーゼは網膜疾患に関連する対立遺伝子をノックアウトする。例えば、野生型の場合は網膜構造タンパク質であり、かつ/または正常な網膜機能を与える遺伝子の不完全なコピーを優性対立遺伝子がコードする場合、部位特異的エンドヌクレアーゼ(TALEヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼまたは亜鉛フィンガーヌクレアーゼなど)は、欠損対立遺伝子を標的にし、欠損対立遺伝子をノックアウトすることができる。欠損対立遺伝子のノックアウトに加えて、部位特異的ヌクレアーゼを使用して、欠損対立遺伝子によってコードされたタンパク質の機能的コピーをコードするドナーDNAとの相同組み換えを促進することができる。従って、例えば、本発明の方法を使用して欠損対立遺伝子をノックアウトする部位特異的エンドヌクレアーゼを送達することができる共に、これを使用して欠損対立遺伝子の機能的コピーを送達することができ、これにより欠損対立遺伝子を修復し、よって、機能的網膜タンパク質の産生が得られる。いくつかの実施形態では、当該ベクターは、部位特異的エンドヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドと、機能的網膜タンパク質をコードする欠損対立遺伝子の機能的コピーをコードするポリヌクレオチドとを含む。使用に適した部位特異的エンドヌクレアーゼとしては、例えば、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ(ZFN)および転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)が挙げられ、ここでは、そのような部位特異的エンドヌクレアーゼは天然に生じないものであり、特定の遺伝子を標的にするように修飾されている。そのような部位特異的ヌクレアーゼは、ゲノム内の特定の位置を切断するように遺伝子操作することができ、次いでいくつかのヌクレオチドを挿入または除去する間に非相同末端結合によりその切断を修復することができる。次いで、そのような部位特異的エンドヌクレアーゼ(「INDEL」ともいう)は、当該タンパク質をフレームの外に出し、当該遺伝子を有効にノックアウトする。例えば、米国特許第2011/0301073号を参照されたい。
いくつかの実施形態では、当該ポリヌクレオチド産物は干渉RNA(RNAi)である。
本明細書で使用される「AAV」という用語は、当該技術分野におけるその一般的な意味を有し、アデノ随伴ウイルスの略語であり、そのウイルスそのものまたはその誘導体を指すように使用することができる。この用語は、全ての血清型および変異体(天然に生じる形態および遺伝操作された形態の両方)を包含する。本発明に係る「AAV」という用語は、AAV1型(AAV−1)、AAV2型(AAV−2)、AAV3型(AAV−3)、AAV4型(AAV−4)、AAV5型(AAV−5)、AAV6型(AAV−6)、AAV7型(AAV−7)、AAV8型(AAV−8)およびAAV9型(AAV9)を指す。AAVの各種血清型のゲノム配列、ならびに天然の末端反復配列(TR)、Repタンパク質およびカプシドサブユニットの配列が当該技術分野で知られている。そのような配列は、文献またはジェンバンクなどの公開データベースで確認することができる。例えば、ジェンバンク受入番号NC_001401(AAV−2)、AF043303(AAV−2)およびNC_006152(AAV−5)を参照されたい。
本明細書で使用される「rAAVベクター」とは、RPE細胞の形質転換のために目的のポリヌクレオチド(すなわち非相同ポリヌクレオチド)を含むAAVベクターを指す。rAAVベクターは、5’および3’側のアデノ随伴ウイルス末端逆位配列(ITR)と、標的細胞においてその発現を制御する配列に機能的に連結される目的のポリヌクレオチドとを含む。
「AAVハイブリッドベクター」という語句は本明細書では、そのCap、RepおよびITRが少なくとも2種の異なるAAV血清型に由来するrAAVベクターゲノムとAAV Repタンパク質とを含む、天然のAAVカプシドを含むベクター粒子を表す。本発明のハイブリッドベクターは、AAV−2のITRと共にAAV−5カプシドおよびrAAVゲノムを含むrAAV2/5ベクターである。例えば、発現されたタンパク質がカプシド(AAV−5カプシド)を形成することができるような方法でAAV−2のcap遺伝子からのcap遺伝子をAAV−5のcap遺伝子からの配列で置き換えることにより、AAV−2のcap遺伝子からあるcap遺伝子を誘導することができる。
当該技術分野で知られている方法を用いて、本発明のrAAV2/5ベクターを産生する。要するに、本方法は一般に、(a)rAAVベクターの宿主細胞への導入、(b)rAAVベクターに欠けているウイルス機能を含むAAVヘルパー構築物の宿主細胞への導入、および(c)ヘルパーウイルスの宿主細胞への導入を含む。rAAVベクターの複製およびrAAVウイルス粒子へのパッケージングを達成するためには、rAAVウイルス粒子の複製およびパッケージングのための全機能が存在しなければならない。同時または連続的に、標準的なウイルス学的技術を用いて宿主細胞への導入を行うことができる。最後に、宿主細胞を培養してrAAVウイルス粒子を産生し、CsCl勾配などの標準的な技術を用いて精製する。例えば熱不活性化などの公知の方法を用いて残留するヘルパーウイルスの活性を不活性化することができる。次いで、精製したrAAVウイルス粒子を本方法での使用のために準備する。
当該ベクターは、例えば、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、内部リボソーム侵入部位(IRES)、タンパク質形質導入ドメイン(PTD)をコードする配列などの、コードされるタンパク質の発現および分泌を可能にする制御配列を含んでいてもよい。この点に関しては、当該ベクターは、感染細胞におけるタンパク質の発現を引き起こすか向上させるために目的のポリヌクレオチドに機能的に連結されたプロモーター領域を含む。そのようなプロモーターは、感染組織におけるタンパク質の効率的かつ好適な産生を可能にするために、遍在性プロモーター、組織特異的プロモーター、強力なプロモーター、弱いプロモーター、調節プロモーター、キメラプロモーター、誘導プロモーターなどであってもよい。当該プロモーターはコードされるタンパク質に相同であっても非相同であってもよく、細胞プロモーター、ウイルスプロモーター、真菌プロモーター、植物プロモーターまたは合成プロモーターを含む。本発明で使用するのに好ましいプロモーターは、RPE細胞において機能的でなければならない。そのような調節プロモーターの例としては、限定されるものではないが、Tet on/offエレメントを含むプロモーター、ラパマイシン誘導性プロモーターおよびメタロチオネインプロモーターが挙げられる。遍在性プロモーターの例としては、ウイルスプロモーター、特にCMVプロモーター、CAGプロモーター(CMVエンハンサーを有するニワトリβ−アクチンプロモーター)、RSVプロモーター、SV40プロモーターなど、およびPGK(ホスホグリセリン酸キナーゼ)プロモーターなどの細胞プロモーターが挙げられる。また、当該プロモーターは、シナプシンまたはNSE(ニューロン特異的エノラーゼ)プロモーター(または遍在性PGKプロモーターから上流に配置されたNRSE(ニューロン特異的サイレンサエレメント)配列)などのニューロン特異的(neurospecific)プロモーター、あるいはRPE65、BEST1、ロドプシンまたは錐体アレスチン(cone arrestin)プロモーターなどのRPE細胞型に特異的なプロモーターであってもよい。また、当該ベクターは、所望でない細胞における導入遺伝子発現の抑制を達成するmiRNAのための標的配列を含んでいてもよい。特定の実施形態では、当該ベクターは、コードされたタンパク質の分泌を可能にするリーダー配列を含む。目的のポリヌクレオチドと分泌シグナルペプチドをコードする配列(通常は分泌されるポリペプチドのN末端に位置する)との融合により、形質導入細胞から分泌することができる形態で治療用タンパク質を産生させることができる。そのようなシグナルペプチドの例としては、アルブミン、β−グルクロニダーゼ、アルカリ性プロテアーゼまたはフィブロネクチン分泌シグナルペプチドが挙げられる。最も好ましい実施形態では、当該プロモーターは網膜の細胞、特に網膜の光受容体もしくは神経節細胞またはRPEにおいて特異的または機能的であり、すなわち前記細胞における導入遺伝子の(優先的な)発現を可能にする。例えば、好適な光受容体特異的調節エレメントとしては、例えば、ロドプシンプロモーター、ロドプシンキナーゼプロモーター(Youngら (2003) Ophthalmol.Vis.Sci. 44:4076)、βホスホジエステラーゼ遺伝子プロモーター(Nicoudら (2007) J.Gene Med. 9:1015)、網膜色素変性症遺伝子プロモーター(Nicoudら(2007)上記)、光受容体間レチノイド結合タンパク質(IRBP)遺伝子エンハンサー(Nicoudら(2007)上記)、IRBP遺伝子プロモーター(Yokoyamaら (1992) Exp Eye Res. 55:225)が挙げられる。
ベクターの用量は、病状、対象(例えば、対象の体重、代謝など)、治療スケジュールなどに応じて変更してもよい。本発明の内容の範囲内で好ましい有効な用量は、RPE細胞への最適な形質導入を可能にする用量である。典型的には、マウスにおける1回の投薬当たり10〜1010ウイルスゲノム(vg)を投与する。典型的には、ヒトにおいて投与されるAAVベクターの用量は、1010〜1012vgの範囲であってもよい。
本発明のベクターの対象への投与は、直接網膜注射、網膜下もしくは硝子体内注射により行ってもよい。この方法に従い、網膜下送達によりベクター粒子の投与を行うことが好ましい。
いくつかの態様では、本発明は、REP1をコードするポリヌクレオチドを含むrAAV2/5ベクターに関する。いくつかの実施形態では、当該ポリヌクレオチドは、CAGプロモーターの制御下にある。前記ベクターは、それを必要とする対象におけるコロイデレミアを治療するのに特に適している。
REP1の例示的なアミノ酸配列は配列番号6であり、REP1の例示的な核酸配列は配列番号7である。
配列番号6:NCBI参照配列:NP_001138886.1
MADTLPSEFD VIVIGTGLPE SIIAAACSRS GRRVLHVDSR SYYGGNWASF SFSGLLSWLK EYQENSDIVS DSPVWQDQIL ENEEAIALSR KDKTIQHVEV FCYASQDLHE DVEEAGALQK NHALVTSANS TEAADSAFLP TEDESLSTMS CEMLTEQTPS SDPENALEVN GAEVTGEKEN HCDDKTCVPS TSAEDMSENV PIAEDTTEQP KKNRITYSQI IKEGRRFNID LVSKLLYSRG LLIDLLIKSN VSRYAEFKNI TRILAFREGR VEQVPCSRAD VFNSKQLTMV EKRMLMKFLT FCMEYEKYPD EYKGYEEITF YEYLKTQKLT PNLQYIVMHS IAMTSETASS TIDGLKATKN FLHCLGRYGN TPFLFPLYGQ GELPQCFCRM CAVFGGIYCL RHSVQCLVVD KESRKCKAII DQFGQRIISE HFLVEDSYFP ENMCSRVQYR QISRAVLITD RSVLKTDSDQ QISILTVPAE EPGTFAVRVI ELCSSTMTCM KGTYLVHLTC TSSKTAREDL ESVVQKLFVP YTEMEIENEQ VEKPRILWAL YFNMRDSSDI SRSCYNDLPS NVYVCSGPDC GLGNDNAVKQ AETLFQEICP NEDFCPPPPN PEDIILDGDS LQPEASESSA IPEANSETFK ESTNLGNLEE SSE
配列番号7:NCBI参照配列:NM_000390.2
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本発明のベクターは、医薬組成物に製剤化することができる。これらの組成物は、当該ベクターに加えて、薬学的に許容される賦形剤、担体、緩衝剤、安定化剤または当業者によく知られている他の材料を含んでいてもよい。そのような材料は非毒性でなければならず、有効成分(すなわち本発明のベクター)の有効性を妨げるものであってはならない。担体または他の材料の正確な性質は、投与経路、すなわち、ここでは直接網膜注射、網膜下もしくは硝子体内注射に従って当業者が決定することができる。本医薬組成物は、典型的には液体形態である。液体医薬組成物は一般に、水、石油、動物もしくは植物油、鉱油または合成油などの液体担体を含む。生理食塩水、塩化マグネシウム、デキストロースもしくは他の糖類溶液またはエチレングリコール、プロピレングリコールもしくはポリエチレングリコールなどのグリコールが含まれていてもよい。注射のために、当該有効成分は発熱物質を含まず、かつ好適なpH、等張性および安定性を有する水溶液の形態であってもよい。当業者は、例えば、塩化ナトリウム注射液、リンゲル液、乳酸加リンゲル液などの等張性媒体を用いて好適な溶液を良好に調製することができる。防腐剤、安定化剤、緩衝剤、抗酸化剤および/または他の添加剤を必要に応じて含めてもよい。遅延放出のために当該技術分野で知られている方法に従って、当該ベクターを生体適合性ポリマーから作られたマイクロカプセルまたはリポソーム担体系などに入れて徐放のために製剤化される医薬組成物に含めてもよい。
以下の図および実施例により、本発明をさらに説明する。但し、これらの実施例および図は決して本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。
iPSc由来RPEにおけるAAVベクターの形質導入効率。a)CMVプロモーターの制御下でEGFPを発現しているAAVベクター(2/2、2/4、2/5、2/8、2/9)のパネルの形質導入効率の比較。この形質導入効率をCAGプロモーターの制御下でEGFPを発現しているAAV2/5ベクターとも比較した。25000vg/細胞により形質導入を行い、FACSによりEGFP陽性細胞の数を分析した。 iPSc由来RPEにおけるAAVベクターの形質導入効率。b)より多くの数のウイルス粒子(100000vg/細胞)を用いて達成されたCMVプロモーターの制御下でEGFPを発現しているAAVベクター2/2、2/5、2/8、2/9の形質導入効率の比較。FACSによりEGFP陽性細胞の数を分析した。 iPSc由来RPEにおけるAAVベクターの形質導入効率。c)AAVベクターの同じパネルからのEGFP発現の経時変化。 iPSc由来RPEにおけるAAVベクターの形質導入効率。d)AA2/5−CAG−EGFPを用いて、同等の効率で野生型およびCHM1のRPEに形質導入する。 CHM1線維芽細胞におけるベクターAAV2/5−CAG−CHMからのREP1発現。a)野生型線維芽細胞におけるREP1発現のIF研究。b)CHM1線維芽細胞においてREP1の発現が認められない。c)100000vg/細胞によるCHM1線維芽細胞への形質導入から48時間後のAAV2/5−CAG−CHMからのREP1発現。d)100000vg/細胞のAAV2/5−CAG−CHMによる形質導入から48時間後の線維芽細胞のウエスタンブロット分析から、野生型(WT)の約17%のレベルでREP1が発現されたことが分かった。e)100000vg/細胞のAAV2/5−CAG−CHMによる形質導入から4週間後のRPEのウエスタンブロット分析から、野生型の約53%のレベルでREP1が発現されたことが分かった。d)およびe)の両方において非形質導入(NT)CHM1細胞においてREP1の発現が認められないことに留意されたい。 AAV2/5−CAG−CHMによる形質導入後のCHMのRPEにおける正常な細胞表現型の回復。A)野生型、非形質導入CHM1のRPE、およびAAV2/5−CAG−CHMにより形質導入されたCHM1のRPEにおける、組み込まれたビオチン化プレニルドナーの生体外でのプレニル化およびその後のウエスタンブロット分析。B)野生型、非形質導入CHM1のRPE、およびAAV2/5−CAG−CHMまたはAAV2/5−CAG−EGFPにより形質導入されたCHM1のRPEにおける、細胞質画分および膜画分の分画遠心分離およびウエスタンブロット分析。C)βアクチンローディングレベルへの正規化後の定量化により、AAV2/5−CAG−CHMによるCHM1のRPEへの形質導入後に野生型レベルに対して細胞質Rabプールの低下が示された。D)定量化分析により、AAV2/5−CAG−CHMによるCHM1のRPEへの形質導入後に野生型レベルに対してRab27Aの細胞内分布プロファイルの回復が示された。対照的に、AAV2/5−CAG−EGFPによる形質導入後にレベルは変化しなかった。 マウスの網膜への生体内遺伝子導入。a)4.68×10vgのAAV5−CAG−CHMもしくは−EGFPの投与から2週後に、q−PCR研究により導入遺伝子発現を検出することができた。b)ウエスタンブロット分析により、AAV5−CAG−CHMもしくは−EGFPのそれぞれの投与後にREP1およびEGFPの特異的発現が確認された。c)眼底検査研究により、AAV5−CAG−CHMの投与後に注射部位を超える健康な網膜と、AAV5−CAG−EGFPの注射後に注射部位においてより強い広範な導入遺伝子発現が示された。d)注射部位(縮尺表示)を含む視神経側の全網膜に沿ってEGFP発現が検出された。挿入図はRPEおよび光受容体におけるEGFP発現を示す拡大図である。
材料および方法
皮膚線維芽細胞の単離および増幅
16歳の少年の上腕内側(CHM1と称す)に対して、the Centre of Reference for Genetic Sensory Disorders(CHRU Montpellier)におけるコロイデレミアの確定分子診断(RT−PCR(Klinkum der Universitat、ドイツのレーゲンスブルク)によりCHMのエクソン8の欠失を同定)と共に、無菌条件下で皮膚生検を行った。皮膚生検組織をPBS中で洗い流し、切断して小片にし、10%の補体除去された(decomplemented)FCS(Lonza社、ベルギーのヴェルヴィエ)、1%ペニシリン−ストレプトマイシン−アンホテリシンB(Lonza社)および2%AmnioMax C100サプリメント(Invitrogen社、Life Technologies社)を含有するL−グルタミンを含むAmnioMAX C100基本培地(Invitrogen社、Life Technologies社、フランスのサン・トーバン)を入れた35mmの培養皿(1皿当たり2片)において5%CO下37℃で培養した。新たに出現した線維芽細胞が80%の集密に達したら、生検組織を新しい皿に取り出した。この生検組織を全部で4回移し、各別個の培養物からのP1〜P5の範囲の細胞を、10%DMSOを含有するFCS(Sigma Aldrich社、フランスのサン・カンタン・ファラヴィエ)中で凍結した。
突然変異の特性評価
製造業者の指示に従い、DNeasy Blood & Tissueキット(Qiagen社、フランスのレ・ジュリス)を用いて、初代線維芽細胞からゲノムDNAを単離した。CHM患者が保有するCHMにおけるエクソン8の欠失の境界を定めるために、1.6kbのゲノムDNAの5’側からエクソン8にわたって分布する3つのプライマー対、および38kbの3’側からエクソン8にわたって分布する8つのプライマー対を、標準的な条件を用いる対照および患者のDNAのPCR増幅のために試験した。間隔の減少が確立されたら、エクソン8の78bp上流に位置するイントロン7Fプライマー(5’−TTC−ATC−TCC−TTT−TTG−TGG−GG−3’)(配列番号1)およびエクソン8の362bp下流に位置するイントロン8Rプライマー(5’−CTG−GAA−ACA−TCC−TGT−GTT−CAT−C−3’)(配列番号2)を使用して、666bpのゲノムDNA断片を増幅させ、Applied Biosystems社製3130xLジェネティックアナライザー(Applied Biosystems社、米国カリフォルニア州フォスターシティ)上でのBigDye Terminator Cycle Sequencing Ready ReactionキットV3.1を用いるシークエンシングの前に、ExoSAP-IT PCR Clean-upキット(GE Healthcare社、フランスのヴェリジー=ヴィラクブレー)を用いて精製した。
突然変異の検出
エクソン7、8および9のPCR増幅のために3つのプライマー対を使用して、異なる細胞型からのゲノムDNAにおけるCHM欠失の存在について試験した。エクソン7のためのプライマー対で493bp断片を増幅させ、エクソン8のためのプライマー対で177bp断片を増幅させ、エクソン9のプライマー対で975bp断片を増幅させた。製造業者の指示に従い、QiaShredderおよびRNeasyミニキット(Qiagen社)を用いて異なる細胞型からRNAを単離した。単離されたRNAをリボヌクレアーゼ非含有デオキシリボヌクレアーゼ(Qiagen社)で処理し、SuperscriptIII逆転写酵素キット(Life Technologies社)を用いて逆転写した。対照cDNAからの559bp断片および患者cDNAからの333bp断片を表すエクソン7〜11のPCR増幅により、CHM欠失の存在または非存在を確認した。
ウエスタンブロット分析
Completeプロテアーゼ阻害剤カクテルタブレット(Roche社、フランスのメラン)を含有する冷たいPBSの中に細胞を掻き落とし、200gおよび4℃で5分間遠心分離した。このペレットを、ベンゾナーゼ(Sigma Aldrich社)を含有する2×Laemmliの試料緩衝液(Biorad社、フランスのマルヌ=ラ=コケット)に再懸濁した。溶解物のタンパク質濃度をPierce BCAタンパク質アッセイキット(ThermoFisher Scientific社、フランスのグラフェンスタデン)を用いて測定し、この溶解物をAnyKD MiniProtean TGX Stain Freeプレキャストゲル(Biorad社)上にロードした。分離されたタンパク質をTrans−Blot(登録商標)Turbo(商標)ミニPVDF転写パックおよびシステム(Biorad社)を用いて電気泳動転写した。0.5%Tween−PBSを含む5%スキムミルク(ブロッキング溶液)中で1時間ブロッキングした後、この膜を1/1000希釈のモノクローナルマウス抗REP1抗体(クローン2F1、Millipore社、フランスのサンカンタン・アン・イヴリーヌ)のブロッキング溶液と共に室温で1時間インキュベートした。0.5%Tween−PBSで3回洗浄した後、このフィルタをマウス全免疫グロブリン(Life Technologies社)に対する1/10000希釈の西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)結合ヒツジ抗体と共にインキュベートした。Amersham ECL Primeウエスタンブロット検出試薬(GE Healthcare社)を用いて、検出工程を行った。
レンチウイルスベクターの産生
ドキシサイクリン誘導性転写因子c−MYC(FUW−tetO−hMYC、プラスミドID:20723)、SOX2(FUW−tetO−SOX2、20724)、KLF4(FUW−tetO−KLF4、20725)、OCT4(FUW−tetO−OCT4、20726)、リバースドキシサイクリン制御性トランス活性化因子M2rtTA(FUW−M2rtTA、20342)およびGFPを含むレンチウイルス系プラスミド(FUGW、14883)を、Addgene社(米国マサチューセッツ州ケンブリッジ)から購入した。レンチウイルス産生プラットフォーム(フランスのモンペリエ)により、レンチウイルスベクターを産生した。FUGWの感染力価を計算すると1010TU/mlであった。残りのウイルスの感染力価は、それらのP24濃度をFUGWの濃度と比較して、FUW−tetO−hMYCは2×10TU/ml、FUW−tetO−SOX2は7×10TU/ml、FUW−tetO−KLF4は8×10TU/ml、FUW−tetO−OCT4は3×10TU/ml、FUW−M2rtTAは9.8×10TU/mlと推定した。
フィーダー細胞
ヒト新生児包皮線維芽細胞をATCC(hFF−1、LTC standards社、フランス)から購入した。10%FCSを添加し、かつCegelec BloodXrad照射器(Etablissement Francais du Sang、フランスのモンペリエ)を用いて35グレイの線量を照射したGlutamaxを含有するDMEM(Gibco社、Life Technologies社)中で細胞を培養した。フィーダー細胞を2.5×10細胞/35mmプレートの密度で播種した。
リプログラミングおよびiPSc培養
リプログラミングを開始する前に、GFPをコードするFUGWベクターを用いて、形質導入実験に適したMOIを計算した。次いで、0日目に、10%FCSおよび1%ペニシリン−ストレプトマイシン−アンホテリシンBを添加したGlutamaxを含有するDMEMを入れた6ウェルプレートの1ウェル当たり10細胞の密度で、CHM患者の線維芽細胞を6ウェルプレートに播種した。1日目に、8μg/mlポリブレンの存在下で、5種類のウイルスを用いて1ベクター当たり10のMOI(総MOIは50)で細胞に形質導入した(リプログラミング実験のために対照FUGWベクターは使用しなかった)。2日目に、これらの細胞をPBSで洗い流し、新しい培地を添加した。5日目に、この培地を新しくして、2μg/mLのドキシサイクリンを添加した。6日目に、形質導入細胞を0.25%トリプシン(Gibco社)で解離し、1つのウェルからの細胞を、フィーダー細胞層(1/4希釈)を含む4つのウェルに分けた。これらの細胞を20%KO血清代替物(Gibco社)、200mMのL−グルタミン(Gibco社)、1%非必須アミノ酸(Gibco社)、0.1%B−メルカプトエタノール(Gibco社)、1%ペニシリン−ストレプトマイシン(Gibco社)、および、2μg/mlのドキシサイクリン(Sigma Aldrich社)を含有する10ng/mlの□FGF(Peprotech社、フランスのヌイイ=シュル=セーヌ)を添加したES培地(KO−DMEM(Gibco社))で培養し、この培地を毎日交換した。Lynx実体顕微鏡(Vision Engineering社、フランスのLe Plessis Pate)下で、得られたiPScを、ES培地中にフィーダー細胞を含む35mmプレート上でメスを用いて機械的に継代した。
奇形腫形成および分析
iPScを10μMのROCK(Rho関連コイルドコイル形成タンパク質セリン/トレオニンキナーゼ)阻害剤(Y−27632、Sigma Aldrich社)により37℃で1時間事前処理し、次いで、1×TrypLE Select(Gibco社)により37℃で10分間酵素解離した。解離細胞を、フィーダー細胞層を含む10cmのプレートに5000細胞/cmの密度で播種し、継代後ROCK阻害剤を含むES培地で24時間培養した。注射前に細胞を酵素的に5回継代した。解離細胞を200μlの注射当たり2×10細胞の濃度で30%BDマトリゲル基底膜マトリックス(BD Biosciences社、フランスのル・ポン=ド=クレ)を含むES培地に再懸濁した。実験動物の管理と使用に関する欧州および国家指針(欧州議会および理事会指令2010/63/EU)に準拠し、かつ施設および地域倫理委員会によって認可されている(認可番号:CEAA−LR−12157)動物育種および実験を行った。NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl/SzJマウス(Charles River社、フランスのラルブレル)を35mg/kgのケタミン(Merial社、フランスのリヨン)および14mg/kgのキシラジン(Bayer Healthcare社、フランスのロース)で麻酔し、左右の後側腹部の毛を剃り、27ゲージ針を取り付けた1ml注射器を用いて200μlの細胞混合物を皮下注射した。対照として、細胞を含有しないか以前に特性評価した野生型iPSc(M4C7、(Ramirezら,2013))からの細胞を含有する30%マトリゲル/ES培地をマウスに注射した。これらのマウスを個別換気ケージに収容し、腫瘍が最大1cmの大きさに到達したら安楽死させた(注射後約2ヶ月)。腫瘍を切開し、PBSで洗い流し、3.7%ホルムアルデヒドで固定し、かつパラフィンで包埋した。4μmの切片をヘマトキシリン−エオシンで染色し、かつ3種類の胚葉の存在について分析した。
RPEの産生
iPScをRPEに分化させるために、本発明者らは小さい修正を伴う先に記載した自然発生的手順(Liaoら,2010)を使用した。簡単に言うと、iPScコロニーをフィーダー細胞上で集密になるまで増殖させ、次いで□FGFをES培地から除去した。この培地を分化プロセス中に毎日交換し続けた。□FGF枯渇後その月にわたって着色された病巣が現れ、これらを手で切開した。1つのプレートからの病巣を貯蔵し、0.25%トリプシンで解離し、マトリゲル(1:30で希釈)でコーティングした24もしくは6ウェルの培養皿に播種し、FGF枯渇ES培地で培養した。集密した単層に達すると、細胞は着色された多角形の形態になり、培養物中に長期間維持することができた。細胞をトリプシン解離によって継代し、必要に応じて増幅させた。第3継代(P3)において全ての分析をRPEに対して行った。流体で満たされたドームをSteREO Discovery V2.0 顕微鏡(Carl Zeiss S.A.S社、フランスのル・ペック)で観察した。
電子顕微鏡法
高密度の0.4μMの孔を有する半透明のBD Falcon細胞培養インサート(BD Biosciences社)上でRPEを継代した。特徴的な形態に達したら、フィルタをチャンバから取り外し、3.3%グルタルアルデヒドで固定し、2%四酸化オスミウムで後固定し、エポキシ樹脂で包埋した。半薄(700nm)切片をトルイジンブルーで染色し、光学顕微鏡で観察した。70nmの切片を酢酸ウラニルおよびクエン酸鉛で染色し、Hitachi H7100透過電子顕微鏡(Centre Regional d’Imagerie Cellulaire(CRIC)、フランスのモンペリエ)を用いて可視化した。
免疫蛍光顕微鏡検査
免疫蛍光研究のために、iPScおよびRPEをプラスチック製の96ウェル皿に播種し、線維芽細胞をガラス製カバーガラス上に播種した。全ての細胞型を3.7%ホルムアルデヒドで固定し、5%ロバ血清/1%BSAでブロッキングした。0.2%Triton x-100または0.05%サポニンで細胞を透過処理した。適当であればDako蛍光マウント培地(Dako France S.A.S.社、フランスのレ・ジュリス)に載せる前に、一次抗体を切片上で4℃で一晩インキュベートし、二次抗体を0.2μg/mlのbisBenzimide Hoechst(Sigma−Aldrich社)および1ng/mlのファロイジン−TRITC(Sigma−Aldrich社)と共に室温で45分間インキュベートした。iPScのために使用した一次抗体は、1:5希釈のラットIgM抗ヒトSSEA3(Developmental Studies Hybridoma Bank、アイオワ大学、米国アイオワ州アイオワシティ)および1:10希釈のヤギ抗ヒトNANOG(R&D Systems Europe、フランスのリール)であった。RPEのために使用した一次抗体は、1:100希釈のウサギ抗ヒトZO−1(Invitrogen社、Life Technologies社)、1:250ウサギ抗ヒトMERTK(AbCam社、英国ケンブリッジ)、1/150希釈のマウス抗ヒトRPE65(AbCam社)および1:1000のマウス抗ヒトCRALBP(組換えタンパク質に対する抗体、Agrobio社、フランスのラ・フェルテ=サン=トーバン)であった。線維芽細胞のために使用した一次抗体は、1/500希釈のマウス抗ヒトREP1(Millipore社)であった。全てのための二次抗体は、1:800希釈のロバ抗マウスIgM−Alexa594もしくは−Alexa488または1:1000希釈のロバ抗マウス、抗ウサギもしくは抗ヤギIgG-Alexa Fluor 594もしくは−Alexa 488(Molecular probes社、Invitrogen社)であった。食作用研究のために、細胞を、1個の細胞当たり160ビーズの量の1μmの直径の黄色−緑色(505/515nm)のカルボン酸修飾されたミクロスフェア(FluoSpheres、Molecular probes社、Life Technologies社)と共にインキュベートした。Zeiss 5 live duo高速/スペクトル共焦点顕微鏡を用いて細胞を観察し、対応する画像収集ソフトウェア(Carl Zeiss S.A.S.社、Montpellier RIOイメージングプラットフォーム)を用いて画像収集を行った。
逆転写および定量的PCR研究
定量的RT−PCR(qPCR)を使用して、形質導入された線維芽細胞における外来性導入遺伝子の発現ならびにiPScにおける外来性導入遺伝子のサイレンシングおよび内因性多能性遺伝子の活性化を分析した。RNA単離およびcDNA合成後に、遺伝子特異的プライマー(別記、表)およびLightCycler(登録)480 IIサーマルサイクラー(Roche社)上のLightCycler(登録商標)480 SYBR Green I Master Mixを用いてqPCR増幅を行った。遺伝子発現をGAPDH発現に対して正規化した。LightCycler(登録商標)480ソフトウェアおよびマイクロソフトエクセルを用いて結果を分析した。RPE特異的マーカーの発現を遺伝子特異的プライマーによる古典的なRT−PCR増幅を用いて分析し、かつ2%アガロースゲル上で増幅産物を分析した。
生体外でのプレニル化アッセイ
24ウェルプレートのウェルで培養したRPEを冷たいPBSで洗浄し、抗プロテアーゼを含有するPBSの中に掻き落とし、ペレット化し、先に記載したように新しく調製した冷たい脱気したプレニル化/溶解緩衝液に再懸濁した(Wuら,2007)。細胞を氷上で15分インキュベートし、次いで40ヘルツで45秒間の超音波処理を3回行った。次いで、これらの細胞を1500gおよび4℃で5分間遠心分離し、上澄みを回収し、さらにOptima MAX-TL超遠心分離器(Beckman社、フランスのVillepinte Roissy)で450000gおよび4℃で30分間遠心分離した。プレニル基ドナーとして5μMのビオチンで標識したゲラニルピロリン酸(B−GPP)(Euromedex、フランスのゾウフェルヴァイヤースハイム)、0.5μMの組換えREP1(Euromedex社)、0.5μMのRabゲラニルゲラニルトランスフェラーゼ(RGGT、Euromedex社)および20μMのGDPを含むプレニル化/溶解緩衝液を用いて、新たに調製した溶解物に対して生体外プレニル化アッセイを37℃で1時間行った(Nguyenら,2010;Wuら,2007)。プレニル化反応物を6×SDSで失活させ、90℃で5分間沸騰させ、ウエスタンブロットで分析した。この膜を1:5000のHRP結合ストレプトアビジン(Jackson ImmunoResearch社、英国ケンブリッジ)または1:50000のマウス抗β−アクチン(Sigma Aldrich社)と共にインキュベートした。ChemiDoc MPイメージングシステム(Biorad社)を用いて検出を行い、ビオチン−ゲラニルの取込みの程度を適当なソフトウェアパッケージ(Image Lab、Biorad社)を用いる走査デンシトメトリーにより定量化し、β−アクチンシグナルの関数として表した。相対的比較を可能にするために、CHMのRPEにおけるビオチン取込み量を100%に設定した。
分画遠心分離
24ウェルプレートのウェルからのペレット状のRPE細胞を、50mMのTris−HCl(pH7.5)、150mMのNaCl、2mMのMgCl、0.5mMのEGTA、0.5mMのEDTA、5mMのDTT、0.1mMのGDPおよび記載されているタンパク質阻害剤(Seabraら,1995)を含有する3体積の細胞内画分溶解緩衝液(SFLB)中で完全にホモジナイズした。このホモジネートを800×gおよび4℃で遠心分離し、ペレットを破棄し、上澄みを450000×gおよび4℃で1時間超遠心分離して、細胞質画分および膜画分を得た。超遠心分離後に、ペレットを1%Nonidet P-40 (Sigma Aldrich社)に調整した1体積のSFLBに再懸濁した。細胞質の上澄みのタンパク質含有量および1%Nonidet P-40可溶化膜画分をウエスタンブロット分析で分析した。これらの膜を1:250のマウス抗Rab27A(AbCam社)または1:50000のマウス抗β−アクチン抗体と共にインキュベートした。細胞質および膜のRab27Aレベルをβ−アクチンローディングコントロールに対して定量化し、各ウェルについて総Rab27A含有量の割合として表した。
AAVベクターの産生
ウイルスベクター産生プラットフォーム(フランスのナント)により、この作業で使用するAAVベクターを産生した。簡単に言うと、293個の細胞の一過性形質移入によりウイルスベクターを産生し、PEGを用いてウイルス粒子を上澄みから沈殿させるか、AAV2/4および−2/5ベクターの場合は、硫酸アンモニウムを用いて細胞ペレットから沈殿させた。これらのベクターを二重CsCl遠心分離により精製し、透析し、ドットブロットアッセイにより滴定した。形質導入効率実験のために、CMVプロモーターの制御下でEGFPを発現しているAAVベクターの力価は、AAV2/2−CMV−EGFPが3.5×1012ベクターゲノム(vg)/ml、AAV2/4−CMV−EGFP(Dr.F.Rollingを介して提供、Inserm UMR 1089、ナント)が3×1011vg/ml、AAV2/5−CMV−EGFPが3.3×1012vg/ml、AAV2/8−CMV−EGFPが9×1012vg/ml、AAV2/9−CMV−EGFPが2.55×1012vg/mlであった。概念実証実験のために、CAGプロモーター(CMVエンハンサーを有するニワトリのβ−アクチンプロモーター)の制御下でCHM遺伝子(米国ペンシルベニア州ペンシルバニア大学J.Bennett教授によって提供)またはEGFP遺伝子(ナントウイルスベクター産生プラットフォームによって提供)のいずれかを保有するAAVプラスミド使用して、以下のベクター:AAV2/5−CAG−CHM(4.4×1012vg/ml)およびAAV2/5−CAG−EGFP(2.34×1012vg/ml)を産生した。
生体外でのAAV形質導入
形質導入効率実験のために、iPSc由来RPEを96ウェルプレートに播種し、集密時では1ウェル当たり2×10個の細胞と推定した。最小体積(50μl)の□FGF枯渇ES培地中に25000vg(最も低い力価を有する血清型により規定)で細胞に6時間形質導入して、ベクターと細胞との相互作用を促進させた。次いで、これらのウェルに予備の培地を補充し、これらの培地を3〜4日ごとに交換した。所望の時点で、細胞を0.25%トリプシンで解離し、3.7%ホルムアルデヒドで固定し、形質導入から48時間、1週間、2週間、4週間および6週間後に、EGFPを発現している細胞の数をBD FACSCaliburフローサイトメーター(BD Biosciences社)を用いて分析した。実験を2回ずつ行った。導入遺伝子発現実験のために、2×10個の線維芽細胞をカバーガラスのある24ウェルプレートに播種した。100000vgのAAV2/5−CAG−CHMを用いて播種から24時間後の細胞に48時間形質導入した。同時に、カバーガラスのないウェルに、フローサイトメトリー分析のために当量のMOIのAAV2/5−CHM−EGFPを用いて形質導入した。概念実証実験のために、iPSc由来RPEを24ウェルプレートに播種し、集密時では1.2×10個の細胞と推定した。100000のMOIで細胞に形質導入し、形質導入から4週間後にプレニル化アッセイを行った。実験を3回ずつ行った。
網膜下注射
8週齢の雄のC57BL/6Jマウス(Harlan France SARL、フランスのガナ)を70mg/kgのケタミンおよび28mg/kgのキシラジンで麻酔し、各眼に0.5%トロピカミド(Mydriaticum社、フランスのThea)を1滴注して瞳孔を散大させた。角膜を一滴のLacryvisc(Alcon社、フランスのリュエイユマルメゾン)およびガラス製カバーガラスで覆った。外科用顕微鏡下で、最初に角膜と強膜との接合部において眼を穿刺した。その後、5μlのHamilton社製注射器および傾斜つき(bevelled)34G針を用いて網膜下注射を行った。これらの眼に2μlのPBSまたは4.68×10vgのAAV2/5−CAG−CHMまたはAAV2/5−CAG−EGFPのいずれかを含む2μlのPBSを注射した。これらの眼を眼底検査により一定間隔で(注射から2、4、6および8週間後)追跡した。各時点でマウスに麻酔をかけ、瞳孔を散大させ、MicronII網膜イメージング顕微鏡(Phoenix Research Laboratories社、米国カリフォルニア州プレザントン)を用いて眼底写真を撮った。先に記載したように屠殺前に網膜電図研究を行った(Chekroudら,2011)。Kruskall Wallis ANOVAを用いて統計比較を行い、Siegel-Castellanの2×2比較(Siegel&Castellan,1988)を用いて事後比較(post−hoc比較)を行った。
導入遺伝子発現の分析
注射から2週間後にマウスを屠殺し、それらの眼から眼球を取り出し、眼球の前部を除去した。ウエスタンブロット分析のために、神経網膜を切開し、溶解緩衝液(50mMのTris(pH6.8)、10%グリセリンおよび2%SDS)にそれぞれ入れた。その後、RPEおよび脈絡膜を鉗子を用いて溶解緩衝液の中に掻き出して、神経網膜と共に貯蔵した。総タンパク質試料の一部(7.5%)を遊走させ、移し、上記のような抗REP1または1/2000希釈のウサギ抗EGFP血清(Molecular probes社、Invitrogen社)とハイブリッド形成させた。q−PCR分析のために、RNA単離およびcDNA合成前に神経網膜およびRPE/脈絡膜試料を急速凍結させた。L27遺伝子発現に対して正規化された遺伝子特異的プライマーを用いて、Q−PCR分析を行った。
組織学的分析
EGFP発現をアッセイするために、それらの眼から眼球を取り出し、3.7%ホルムアルデヒドで4℃で6時間固定し、OCTマトリックスへの包埋および14μMでの切片化前に、10%、20%、30%および40%スクロースの連続浴中でインキュベートした(Reseau d’Histologie Experimentale de Montpellier(RHEM))。組織構造をアッセイするために、それらの眼から眼球を取り出し、3.7%ホルムアルデヒドで4℃で24時間固定し、連続的なエタノール浴で脱水し、パラフィンで包埋し、かつ4μmで切片化した(RHEM)。光受容体の計数のために、切片をヘマトキシリンおよびエオシンで染色した。スライドスキャナー(Hamamatsu Photonics社、日本、Montpellier RIOイメージングプラットフォーム)で顕微鏡画像を取得した。1つの網膜当たり少なくとも4つの矢状方向切片を計数し(注射状況は不明)、光受容体の核の数を平均した。
結果
患者突然変異の特性評価
患者CHM1の線維芽細胞からのゲノムDNAの特性評価により、エクソン8の開始点の40bp上流に位置するイントロン7において7bp(TAGTTCT)(配列番号3)配列の重複が明らかとなった。重複配列の間には4bpの挿入(GATT)(配列番号4)が存在した。この第1の重複に続いて、その開始点の68bp後方に位置するエクソン8(GTCATGCATTCAATT)(配列番号5)内に15bpの配列の第2の重複が存在した。イントロン7の終了点およびエクソン8の開始点を含む2つの重複の間に位置する97bpのDNA配列は欠失していた。イントロン7受容スプライス部位の喪失およびその後のエクソン8の欠失により、アミノ酸位置314における予測されたフレームシフトと、REP1の第2のGDP解離阻害因子(GDI)ドメインを切断する位置332(野生型REP1は653aaである)における未熟終止コドンが生じた。野生型および切断型REP1(73.49kDa)の両方ならびにREP2(74.08kDa)中に存在するN末端エピトープに対する抗体を用いたウエスタンブロット分析により、対照細胞の2つのバンドおよびCHM細胞(REP2に対応)の1つのバンドが検出され、これは、切断型タンパク質が不安定であることを示している。第2のREP1特異的抗体を用いたウエスタンブロット分析により、対照細胞とは対照的にCHM1細胞においてタンパク質は検出されなかった。
従って、患者CHM1が保有する突然変異によってREP1タンパク質産生が消失した。さらに、DNA、RNAおよびタンパク質レベルで開発された検出試験は、その後に産生されるあらゆる細胞型における患者の突然変異の存在を確認するのに有用であろう。
患者特異的iPS細胞の産生および確認
本発明者らは、CHM1線維芽細胞のリプログラミングのために、山中転写因子カクテル(c−MYC、KLF4、OCT4、SOX2)を運ぶドキシサイクリン誘導性レンチウイルスベクターを使用した。本発明者らは、qPCR研究により、ドキシサイクリン誘導から24時間後に各導入遺伝子の発現を確認した。ドキシサイクリン誘導から1週間後に、線維芽細胞は、時間と共に現れて消える部分的にリプログラミングされたコロニー(前駆iPScコロニー)を有する形態に変化し始めた。対照的に、ドキシサイクリン誘導から5週間後に、形態学的に特徴的なコロニーが検出され、これによりドキシサイクリンを含まないES培地への機械的継代が残存した。CHM1 iPSc DNAのPCR増幅により、元のCHM欠失が存在し、かつ野生型およびCHM1 iPSc RNAから産生されたcDNA断片間の226bpの差異によって明らかなように、それがmRNAからのエクソン8の完全な欠失を引き起こすことが分かった。さらに、CHM1 iPScは、核型分析によって示されるように、リプログラミング中に生じ得るどんな大きな染色体異常も示さなかった。
陽性対照として野生型クローンM4C7(Ramirezら,2013)を用いて、様々な技術によりCHM1 iPScの多能性を確認した。第1に、mRNAレベルでは、qPCR研究によりCHM1 iPScにおける外来性c−MYC、KLF4、OCT4およびSOX2のサイレンシングならびに内因性OCT4、SOX2、LIN28およびNANOGの発現の活性化が実証された。第2に、アルカリホスファターゼ染色は陽性であり、免疫蛍光(IF)研究によりNANOGの発現が確認され、かつSSEA3の発現が示された。最後に、CHM1 iPScは皮下注射された場合に免疫不全マウスにおいて奇形腫の形成を誘導し、組織学的分析により3種類の胚葉層すなわち外胚葉、中胚葉および内胚葉のマーカーの発現を確認した。
結論として、本発明者らは、CHM患者の本物のiPScを産生した。
患者特異的RPEの産生および確認
本発明者らは自然発生的分化手順を使用して、野生型M4C7およびCHM1 iPScから網膜色素上皮(RPE)を産生した。iPScを集密まで培養し、かつbFGFを培地から除去してから約30日後に、プレート内に着色された病巣が現れた。これらの病巣を機械的に継代し、集密時にRPEに特徴的な多角形の着色された細胞の層が形成された。半透明の多孔性フィルタ上に細胞を播種することにより、切片化および組織学的分析が可能となった。半薄切片の観察により、細胞層が規則的な単層であることが実証された。透過電子顕微鏡法により、この単層が頂端側に微絨毛を有し、かつ基底側に核を有し、細胞質メラノソームおよび密着結合を示す接着斑を有する極性上皮であることが分かった。上皮は、RPE細胞とマトリゲルコーティングとの間で検出可能な基底膜を分泌しているように見えた。RT−PCR研究により、iPSc由来上皮が、視覚サイクル(RLBP1、RPE65、LRAT、RDH5など)、網膜発生(PAX6)、食作用(MERTK)、色素沈着(TYR)、イオン輸送(BEST1)および細胞接着(ZO−1)のための古典的な遺伝子を発現することが実証された。さらに、IF研究により、それらのそれぞれの役割に応じて、MERTKは頂端の微絨毛(図4F)、CRALBPおよびRPE65は細胞質、ZO−1は頂端の接合部に局在化していることが分かった。さらに、接着斑の存在は陽性のZO−1標識化と一致していた。この古典的なRPE形態に加えて、生体内機能のうちの2つもiPSc由来RPEにおいて保存されていた。第1に、時間と共に、様々な大きさの流体で満たされたドームがプレート内に現れた。これらは、RPEを培養皿から持ち上げる頂端側から基底側への流体輸送により形成されたと思われる。第2に、RPEはFluoSpheresを貪食することができ、これを落射蛍光顕微鏡により検出することができた。FACS分析により、内部に取り込まれる球体の量が時間と共に増加することが分かった。最後に、元のCHM突然変異はDNAおよびRNAレベルで存在し、REP1はCHM1のRPEに存在しなかった。
まとめると、これらの結果から野生型およびCHM1 iPScの両方からのこのiPSc由来上皮は本物であり、かつ機能的RPEであることが確認された。
生化学的欠陥の検出
個体のCHM1からのiPSc由来RPEが患者の生化学的欠陥を再現するか否かを判断するために、本発明者らは2つの異なる技術を準備し、細胞内Rabのプレニル化状態、REP1の活性の反映をアッセイした。第1に、本発明者らは、生体外プレニル化アッセイを用いて、細胞における非プレニル化Rabプールの大きさをアッセイした。この目的のために、本発明者らは、組換えRGGT、REP1およびビオチン化プレニルドナーを野生型およびCHM1細胞の溶解物に添加した。従って、プレニル化のために非プレニル化Rabプールが利用可能であれば、HRP結合ストレプトアビジンを用いるウエスタンブロット分析により一体化されたビオチンを検出することができる。ビオチン化Rabに対応する検出されたバンドを□−アクチンローディングコントロールに従って正規化し、CHM1のRPEにおいて検出されたプレニル化Rabプールを100%に設定して相対的比較を可能にした。平均して、約4倍低いレベルのビオチン化Rabタンパク質が野生型RPEにおいて検出され、これは、REP1およびREP2の存在下で大部分のRabがプレニル化され、かつ膜に結合されているという事実と一致している。第2に、本発明者らは、網膜において高発現されるRabタンパク質であるRab27Aの細胞内分布を特異的にアッセイした(Seabraら,1995)。分画遠心分離により、本発明者らは、野生型およびCHM1細胞溶解物の細胞質画分および膜画分を分離し、特異的な抗体を用いるウエスタンブロット分析によりRab27Aのそれぞれの含有量を分析した。プレニル化アッセイに関しては、各画分中のRab27Aの量をβ−アクチンローディングコントロールに従って正規化した。その後、各細胞溶解物中のRab27Aの総量(細胞質+膜)を100%に設定し、各画分中の量を総Rab27A含有量の割合として表した。野生型細胞では、細胞質Rab27Aの量は膜に結合した量よりも平均して約4.7倍低かった。対照的に、CHM1のRPEでは、細胞質Rab27Aの量は野生型細胞で観察される量よりも平均して約2倍高く、膜に結合した量よりも約1.8倍低かった。
従って、結論としてCHM1のRPE細胞は、CHM患者において見られる生化学的な差異、すなわちREP1の非存在によるRabタンパク質の不十分なプレニル化を模倣していた。
RPEへの形質導入
本発明者らがAAVベクターを用いてiPSc由来RPEに形質導入することができるか否かを判断し、かつ最も効率的な血清型を確認するために、本発明者らは、CMVプロモーター:AAV2/2、−2/4、−2/5、−2/8および−2/9の制御下でEGFPを発現しているベクターのパネルを試験した。第1に、EGFP発現によって判断されるように、全ての血清型によりiPSc由来RPEに形質導入することができ、形質導入効率は用量依存的であった。第2に、当量のウイルスゲノムでは、各血清型の効率は2/5>2/2>2/4>2/8/>2/9であった(図1a)。注目すべきことに、平均してAAV2/5ベクターの発現はAAV2/2よりも1.5倍高く(1.45±0.26、n=5)、AAV2/8および2/9の両方よりも約6倍高かった。これらの4種類の血清型の用量依存的効果を調べるために、本発明者らは、1つの細胞当たりのウイルスゲノムの数を100000まで増加させた。AAV2/5の形質導入効率はEGFP陽性細胞の55%から80%に増加したが、AAV2/2およびAAV2/8もしくは2/9の形質導入効率は、それぞれ約1.5倍および6倍低いままであった(図1b)。さらに、本発明者らは、最も効率的な血清型(AAV2/5)を使用して2種類の異なるプロモーターCMVおよびCAG(CMVエンハンサーを有するニワトリβ−アクチン)の有効性を比較した。平均して、CAGはCMVよりも2倍高いレベルの発現を誘導した(2.04±0.21、n=5、図1a)。第3に、経時的実験により、形質導入から4週間後に発現がピークとなることが示唆された(図1c)。最後に、iPSc由来RPEの遺伝子型(すなわち野生型およびCHM)は、形質導入効率に影響を与えなかった(図1d)。
まとめると、これらの結果からAAV2/5ベクターは、他の血清型、特にAAV2/2およびAAV2/8よりも良好にヒトiPSc由来RPEに形質導入することが実証された。
AAV2/5−CAG−CHMに誘導されるREP1発現
従って、本発明者らは、CAGプロモーターの制御下でCHMを発現するAAV2/5ベクターを産生した。AAV2/5−CAG−CHMにより形質導入されたCHM1線維芽細胞のIF研究により、コードされたREP1が発現され、細胞質において主として小胞の染色として正確に局在化されていることを確認した(図2a〜図2c)。形質導入された線維芽細胞のウエスタンブロット分析(図2d)、次いでβ−アクチンレベルに正規化されたREP1発現の半定量化により、REP1発現が野生型の約17%に等しいことが分かった。同時にウエスタンブロットデータに従い、本発明者らは、AAV2/5−CAG−EGFPを用いて線維芽細胞に形質導入し、フローサイトメトリーによりEGFP陽性細胞の14%を検出した。一貫して、AAV2/5−CAG−CHMによるRPEの最初の形質導入実験、次いでウエスタンブロット(図2e)および半定量化分析により、REP1発現がEGFP陽性細胞の40%に対して野生型の53%に等しいことが分かった(AAV2/5−CAG−EGFPにより形質導入されたRPE細胞のフローサイトメトリーにより決定)。
従って、まとめると、これらのデータからAAV2/5−CAG−CHMにより形質導入されたCHM1細胞におけるREP1の発現は、野生型の発現と少なくとも等しいことが分かる。
CHM遺伝子の導入
次いで、AAV2/5−CAG−CHMベクターを用いてCHM1のRPEに形質導入し、経時的実験の結果に基づき、形質導入から4週間後にREP1活性を分析した。代表的な実験は図3aに示されている。上記のとおり、プレニル化実験では、ビオチン化Rabの検出されたプールを100%に設定した。AAV2/5−CAG−CHMベクターによるCHM1のRPEの形質導入後に、ビオチン化Rabタンパク質の量の4.5倍の減少があり、これは野生型RPEにおけるレベルに等しい(図3c)。同様に、AAV2/5−CAG−CHMによる形質導入後のRab27Aの細胞内分布分析(図3b)により、Rab27Aの細胞質画分が非形質導入RPEと比較して2.4倍減少し、かつ膜結合画分が1.3倍増加し、これは野生型RPEにおけるレベルと等しいことが分かった(図3d)。さらに、対照AAV2/5−CAG−EGFPベクターによるCHM1のRPEへの形質導入により、各画分におけるRab27Aの割合は劇的に変化しなかった。
結論として、本発明者らは、AAV2/5によって媒介されるCHM遺伝子導入によりCHM患者のRPEにおける正常な細胞表現型が回復するという概念実証を行った。
生体内での遺伝子導入
これらの生体外研究を補完するために、本発明者らは、マウスの眼にPBS、AAV2/5−CAG−EGFPまたはAAV2/5−CAG−CHMを注射し、発現についてアッセイした。注射から早くも3日後に、AAV−CAG−EGFPを注射したマウスの眼底においてEGFP発現を僅かに認めることができた。注射から2週間後に網膜抽出物に対して行ったQ−PCR研究により、AAV2/5−CAG−CHMを注射したマウスの網膜抽出物におけるヒトCHM、およびCAV2/5−CAG−EGFPを注射した眼におけるEGFPの特異的な発現が示された(図4a)。同時点におけるウエスタンブロット分析により、タンパク質レベルにおけるこの特異的な発現が確認された(図4b)。本発明者らは、注射から1週間、2週間(図4c)および1ヶ月後における眼底検査によるEGFP発現の漸進的変化を追跡し、広範な形質導入を検出し、これは安定しているように見えた。蛍光顕微鏡法により視神経までの網膜の半分の形質導入が確認され、EGFP発現がRPEおよび光受容体の両方において検出された(図4d)。
結論として、マウス網膜における生体内でのAAV2/5によって媒介される遺伝子導入により、RPEおよび光受容体の両方において遺伝子発現が生じた。
考察
幹細胞は理論上体内のあらゆる細胞型に分化することができる多能性細胞の不死増殖を表すように、ヒト細胞培養の分野に革命をもたらした(Yu&Thomson,2008)。特に、人工多能性幹細胞(iPSc)は成人の体細胞から産生させることができるため、ヒトの胚幹(ES)細胞の使用に関わる倫理規定を回避する例外的な手段を表す(Takahashiら,2007;Yuら,2007)。さらに、幹細胞は理論上体のあらゆる細胞型に分化することができるため、従来の技術では単離させることができなかった初代細胞型へのアクセスを可能にする(Grimm,2004)。さらに、出発物質が特定の遺伝子疾患を有する個体に由来している場合、標的にされる細胞型は疾患特異的細胞モデルを表すことができる(Parkら,2008)。
本発明者らはiPSc技術を使用して疾患特異的網膜色素上皮(RPE)モデルを作製し、本発明者らはそれを用いて遺伝子治療手法の概念実証を行うことができた。これは、そのような戦略の最初の例である。一般に、薬物の薬理学的効率をスクリーニングするため(Egawaら,2012)、あるいは細胞移植を視野に入れた細胞前駆体の生成のため(Tuckerら,2011)に、iPSc由来細胞モデルを使用して当該疾患の病態生理をさらに理解する(Singhら,2013)。本発明者らは、対応する治験において標的にされる細胞型における遺伝子置換戦略の効率を試験するためのiPSc由来モデルのさらなる可能性をここに示す。
AAVベクターは、網膜遺伝子治療にとって安全かつ効率的なものとして現在広く受け入れられている。同定されている各種AAV血清型のうち、AAV2/2、−2/4、−2/5、−2/8もしくは−2/9は全て、生物種に応じて様々な効率で網膜細胞型に形質導入することが分かっている(Vandenberghe&Auricchio,2012)。これらの5種類全ての血清型がRPEへの形質導入を行い、AAV2/4以外の全てが光受容体への形質導入を行う(Weberら,2003)。さらに、光受容体への形質導入に関しては、マウスおよびブタの眼において、AAV2/5、−2/8および−2/9がAAV2/2よりも高い効率を示すことが分かっている(Alloccaら,2007;Mussolinoら,2011)。これまでヒトにおいて2種類の血清型、すなわちAAV2/2(Bainbridgeら,2008;Hauswirthら,2008;Maguireら,2008)および−2/4(未公開)について試験されており、蓄積中の毒性データにより、ヒトの眼に対してこれらのベクターが安全であることが示唆されているが、最も効率的なベクターはまだ確認されていない。
本発明者らは、iPSc由来ヒトRPEにおける上記AAV血清型の形質導入効率をアッセイした。文献と一致して、AAV2/5では、AAV2/2よりも同じプロモーターに対して2倍高い発現レベルが得られた。しかし、本発明者らは、予期せぬことにAAV2/8での発現はAAV2/2で観察された発現よりも低いことが分かった。本発明者らは最初、これは本発明者らが使用した第1のストックのAAV2/8が他の血清型とは異なるベクター産生プラットフォームにより産生されたことが理由だと考えた。従って、本発明者らは、同じ産生プラットフォームからの第2のストックを得たが、その結果は同じであった。さらに、本発明者らは用量依存的効果を調査したが、AAV2/5はヒトRPEにおいて一貫してAAV2/8よりも有効であった。さらに、その結果はAAV2/9と同じであった。このことは、AAV2/5はα−2−3N結合型シアル酸のいずれかに結合するが、AAV2/2、2/8および2/9はこの受容体を使用しないため、細胞表面受容体における差異に起因している可能性がある(概説については(Agbandje−McKenna&Kleinschmidt,2011)を参照されたい)。本発明者らが、ヒトのiPSc由来RPE細胞が機能的な生体内RPEの古典的な特性を特徴とすることを示しているように、生体外で観察される全ての用量におけるAAV2/8およびAAV2/9に対するAAV2/5の優位性は生体内でも当て嵌まるものでなければならない。従って、ヒトRPEにおいて、より低用量のAAV2/5ウイルスベクターは他の血清型と比較して優れた形質導入を行うものであり、重要な安全性を示しているものと思われる。
本発明者らは、AAV2/5によるRPEへの形質導入は用量依存的であり、CMVプロモーターとは対照的にCAGプロモーターを用いることにより形質導入効率をさらに高めることができることを示した。本発明者らは、最大85%の形質導入効率に達したが、これは、本発明者らが生体外での形質導入のためにAAVベクターを用いることについてよく知られている難しさを考慮した場合、驚くべきことであった。形質導入はRPEの食作用特性によって促進されると思われ、これは眼におけるその重要な役割のうちの1つを表している(Sparrowら,2010)。生体内では、光受容体はそれらの外節円板を常に新しくし、RPE側でそれらの古い部分を毎日捨てる。RPEは、蓄積されると有害になる捨てられた円板の食作用に関与している。従って、iPSc由来RPEの食作用能力は、網膜下腔内に投与されたAAVベクターが遭遇する状況を模倣し、このモデルの例外的な潜在能力をさらに強調している。生体内では、光受容体はそれらの外節円板を頂端側で常に新しくし、このようにして、それらの古い部分をそれらの基底側で毎日捨てる。RPEは、蓄積されると有害になる捨てられた円板の食作用に関与している。この特性は、全ての生物種におけるAAVベクターによる光受容体の効率と比較して、RPEのより高い形質導入効率も説明することができる(Vandenbergheら,2011)。最後に、培養物中でRPEが集密になると、細胞分裂は停止し、従って、AAVベクターは時間と共に失われないため、長期間にわたって導入遺伝子発現を追跡するが可能となる。
本発明者らが、AAV2/5によって媒介される遺伝子導入手法の効率を試験するためにヒトRPEの細胞モデルを使用することができるか否かを判断するために、本発明者らは、コロイデレミアを有する個体の線維芽細胞からiPSc由来RPEを産生した。コロイデレミアは、RPE分解が病態生理において重要な役割を担うと思われる網膜ジストロフィーである(Krockら,2007;Tolmachovaら,2010)。さらに、遺伝子レスキュー研究にとって情報的な疾患特異的動物モデルが存在しないため、それはiPSc由来手法のための完璧な候補である(Tolmachovaら,2013;Tolmachovaら,2012)。本発明者らは、コロイデレミア特異的RPEは特徴的なタンパク質を発現し、機能的であり、かつ患者に見られる生化学的欠陥を模倣する、すなわちコードされるタンパク質(REP1)の非存在により、Rabタンパク質、特にRab27Aの不十分なプレニル化が生じ、それにより膜結合Rabの数が減少し、かつ細胞質プールが増加することをここに示す。これにより、機能の回復を評価するための定量的読み出し値が得られた。2つの独立したアッセイを使用して、本発明者らは、CHM遺伝子導入により一般に細胞質Rab、具体的にはRab27Aのプールを減少させることができた。これにより、AAV2/5によって媒介されるCHM遺伝子導入により正常な細胞表現型を回復させることができるというヒトRPEにおける概念実証を行う。
本明細書に記載されている作業により、適当な動物モデルの非存在下で、概念実証研究のためにヒトの疾患特異的細胞モデルを使用することができることが実証されている。これは、媒体そのものが(異なる血清型に関わらず)網膜を標的とする臨床試験によって既に確認されているという事実によって支援されているため、生体外研究では主に導入遺伝子の機能を評価している。AAVによって媒介される網膜遺伝子治療の分野が確実に前進し続ければ、この同じ戦略をRPEが冒される数多くのIRDに適用することができ、故に臨床応用が促進される。
冒された網膜の適切なヒト細胞モデルにおいて概念実証を行う本発明者らの手法は、その種の最初の例であり、『前臨床的』思考に革命をもたらした。コロイデレミアのための表現型回復研究のために条件付きマウスモデルを使用すること、および本質的に細胞モデル(CHM線維芽細胞およびiPSc)に関する概念実証を行うことの難しさを確認する2つの他の記事が公開されている(Tolmachovaら,2013;Vasireddyら,2013)。ここでは、本発明者らは一歩先に進み、RPE細胞(すなわち冒される主要な細胞型)における概念実証を行い、故に疾患病因に関与しない細胞型からの推定を回避している。さらに、これらの上記記事では、本発明者らが示すAAV2/2によって媒介されるCHM遺伝子治療の効率は、ヒトRPEにおいてAAV2/5よりも効率的でないと評価されていた。
結論として、これらのデータは、CAGプロモーターの制御下でCHM遺伝子を運ぶために本発明者らが使用したAAV2/5ベクターは、AAV2/2、AAV2/4、AAV2/8およびAAV2/9ベクターよりもコロイデレミアを有する患者のヒトRPE細胞に対する遺伝子治療のための良好なベクターであるという初めての実証を行うものである。
参考文献
本出願全体を通して参照される各種参考文献には、本発明が属する最先端技術について記述されている。
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Claims (11)

  1. REP1をコードするポリヌクレオチドを含むrAAV2/5ベクター。
  2. 前記ポリヌクレオチドはCAGプロモーターの制御下にある、請求項1に記載のrAAV2/5ベクター。
  3. それを必要とする対象に治療的有効量の請求項1に記載のrAAV2/5ベクターを投与する工程を含む、前記対象におけるコロイデレミアの治療方法。
  4. 目的のポリヌクレオチドを含むある量のrAAV2/5ベクターを用いて網膜色素上皮に形質導入することにより、それを必要とする対象の眼の網膜色素上皮において目的のポリヌクレオチドを選択的に発現させるための方法。
  5. 前記rAAV2/5はCAGプロモーターを含む、請求項4に記載の方法。
  6. 前記対象は、遺伝性もしくは非遺伝性網膜変性症、網膜ジストロフィー、網膜色素変性症、黄斑変性症、レーバー先天性黒内障(LCA)、錐体杆体ジストロフィー、眼内血管新生疾患、脈絡膜変性症、脈絡膜硬化症、糖尿病性網膜症、増殖性硝子体網膜症、コロイデレミア、緑内障、スライ症候群(MPS VII)および脳回転状萎縮などの代謝異常、網膜剥離または外傷からなる群から選択される前記網膜色素上皮を冒す網膜疾患に罹患しているか罹患する可能性がある、請求項4に記載の方法。
  7. 前記目的のポリヌクレオチドは遺伝子置換療法のために使用され、RGR(網膜色素変性症、RP、chr.10)、RDH5(白点眼底、chr.12)、RPE65(レーバー先天性黒内障、LCA、chr.1)、RLBP1(RP、chr.15)、MERTK(RP、chr.2)、LRAT(RP、chr.4)、REP1(コロイデレミア、Xp21)、RBP4(RPE変性、chr.10)または他の細胞型でも発現される遺伝子、例えば、MYO7A(アッシャー症候群1型、chr11)、ELOVL4(黄斑変性症、chr.6)、EFEMP1(家族性ドルーゼン(Malattia Leventinese)、chr.15)、BEST1(ベスト病、chr.11)、TIMP3(ソースビー眼底変性症、chr.22)、AIPL1(LCA、chr.7)、およびCRB1(RP、chr.1)からなる群から選択される、請求項4に記載の方法。
  8. 前記目的のポリヌクレオチドはREP1をコードする、請求項4に記載の方法。
  9. 前記目的のポリヌクレオチドは神経栄養因子をコードする、請求項4に記載の方法。
  10. 前記目的のポリヌクレオチド産物は、遺伝子機能の部位特異的ノックダウンを行う部位特異的エンドヌクレアーゼである、請求項4に記載の方法。
  11. 前記目的のポリヌクレオチド産物は干渉RNA(RNAi)である、請求項4に記載の方法。
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