JP2021520232A - 黄斑ジストロフィーを処置するための組成物及び方法 - Google Patents

黄斑ジストロフィーを処置するための組成物及び方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、(a)卵黄様黄斑ジストロフィー−2(VMD2)プロモーターをコードする配列、及び(b)ベストロフィン−1(BEST1)タンパク質をコードする配列、を含む核酸配列を含む組成物、ならびに、網膜下または脈絡膜上経路を介した対象の眼への組成物の投与を含む、対象の黄斑ジストロフィーの処置のためのこれらの組成物の使用を提供する。【選択図】図1A

Description

関連出願
本出願は、2018年4月5日に出願された米国特許仮出願第62/653,131号の利益を主張し、この内容は、全体が参照により本明細書に組み込まれる。
配列表の組み込み
2019年4月4日に作成され、サイズが72KBである「NIGH−011/002WO_SeqList.txt」という名称のテキストファイルの内容は、全体が本明細書で参照により組み込まれる。
開示の分野
本発明は、変性眼疾患の分子生物学、神経生物学、及び遺伝子療法処置の分野に関する。
黄斑変性症は、視野の中心が不明瞭になるか、または視力がなくなり得る病状である。黄斑変性症では、中心視力に関与する黄斑と呼ばれる網膜の一部の光受容体が、変性するか、またはなくなる。一部の場合では、黄斑変性症は、ベストロフィン−1遺伝子(BEST1、VMD2とも呼ばれる)の変異により引き起こされる。現在、この壊滅的な疾患の処置はない。従って、黄斑変性症を処置するための追加の治療アプローチに対する当該技術分野での長年の切実なニーズが存在する。本開示は、黄斑変性症の組成物及び処置方法を提供する。
本開示は、(a)卵黄様黄斑ジストロフィー−2(VMD2)プロモーターをコードする配列、及び(b)ベストロフィン−1(BEST1)タンパク質をコードする配列、を含む核酸配列を含む組成物を提供する。一部の実施形態では、VMD2プロモーターをコードする配列は、ヒトVMD2プロモーターをコードする。一部の実施形態では、BEST1タンパク質をコードする配列は、ヒトBEST1タンパク質をコードする。一部の実施形態では、BEST1タンパク質をコードする配列は、コード配列を含む。一部の実施形態では、BEST1タンパク質をコードする配列は、cDNA配列を含む。
本開示は、(a)ユビキタスプロモーターをコードする配列、及び(b)ベストロフィン−1(BEST1)タンパク質をコードする配列、を含む核酸配列を含む組成物を提供する。一部の実施形態では、BEST1タンパク質をコードする配列は、ヒトBEST1タンパク質をコードする。一部の実施形態では、BEST1タンパク質をコードする配列は、コード配列を含む。一部の実施形態では、BEST1タンパク質をコードする配列は、cDNA配列を含む。一部の実施形態では、ユビキタスプロモーターをコードする配列は、CAGプロモーターをコードする配列を含む。
本開示の組成物の一部の実施形態では、核酸配列はさらに、(c)転写後調節エレメント(PRE)をコードする配列を含む。一部の実施形態では、PREをコードする配列は、天然に存在する配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、PREをコードする配列は、天然に存在しない配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、PREをコードする配列は、ウイルス配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、PREをコードする配列は、ウッドチャック肝炎ウイルス(WPRE)から単離または誘導された配列を含む。
本開示の組成物の一部の実施形態では、核酸配列はさらに、(d)ポリアデニル化(ポリA)シグナルをコードする配列を含む。一部の実施形態では、ポリAシグナルをコードする配列は、天然に存在する配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、ポリAシグナルをコードする配列は、天然に存在しない配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、ポリAシグナルをコードする配列は、哺乳動物配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、ポリAシグナルをコードする配列は、ヒト配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、ポリAシグナルをコードする配列は、哺乳動物ウシ成長ホルモン(BGH)遺伝子から単離または誘導された配列を含む。
本開示の組成物の一部の実施形態では、核酸配列はさらに、(e)5’非翻訳領域(UTR)をコードする配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRをコードする配列は、天然に存在する配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRをコードする配列は、天然に存在しない配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRをコードする配列は、哺乳動物配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRをコードする配列は、ヒト配列から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRをコードする配列は、ウイルス配列から単離または誘導された配列を含む。
本開示の組成物の一部の実施形態では、核酸配列はさらに、(f)イントロンをコードする配列、及び(g)エクソンをコードする配列を含み、イントロンをコードする配列及びエクソンをコードする配列は、作動可能に連結されている。一部の実施形態では、イントロンは、VMD2プロモーターをコードする配列とエクソンをコードする配列の間に位置し、エクソンをコードする配列は、イントロンをコードする配列と5’UTRをコードする配列の間に位置し、イントロンをコードする配列は、哺乳動物細胞によりスプライシングされる。一部の実施形態では、エクソンをコードする配列は、哺乳動物遺伝子から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、エクソンをコードする配列は、ウサギ(Oryctolagus cuniculus)ベータグロビン遺伝子から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、イントロンをコードする配列は、天然に存在しない配列を含む。一部の実施形態では、イントロンをコードする配列は、融合配列を含む。一部の実施形態では、イントロンをコードする配列は、スプライス供与部位をコードする配列、ならびにスプライス分岐点及び受容部位をコードする配列を含む。一部の実施形態では、スプライス供与部位をコードする配列は、脊椎動物遺伝子から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、スプライス供与部位をコードする配列は、ニワトリ(Gallus gallus)ベータアクチン遺伝子(CBA)から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、スプライス分岐点及び受容部位をコードする配列は、脊椎動物遺伝子から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、スプライス分岐点及び受容部位をコードする配列は、ウサギ(Oryctolagus cuniculus)ベータグロビン遺伝子から単離または誘導された配列を含む。
本開示の組成物の一部の実施形態では、5’UTRをコードする配列は、コザック配列またはその一部をコードする配列を含む。一部の実施形態では、コザック配列をコードする配列は、GCCRCCATGGの核酸配列と少なくとも50%の同一性を有する。一部の実施形態では、コザック配列をコードする配列は、GGCACCATGAの核酸配列を含むか、またはそれからなる。
本開示の組成物の一部の実施形態では、ヒトVMD2プロモーターをコードする配列は、以下を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
本開示の組成物の一部の実施形態では、CAGプロモーターをコードする配列は、以下を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
本開示の組成物の一部の実施形態では、ヒトBEST1タンパク質をコードする配列は、以下を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
本開示は、本開示の組成物を含むベクターを提供する。一部の実施形態では、ベクターは、プラスミドである。
本開示は、本開示のベクターを含む送達ベクターを提供する。一部の実施形態では、送達ベクターは、ウイルス送達ベクターである。一部の実施形態では、送達ベクターは、一本鎖ウイルスゲノムを含む。一部の実施形態では、送達ベクターは、二本鎖ウイルスゲノムを含む。一部の実施形態では、送達ベクターは、RNA分子を含む。
本開示は、本開示のベクターを含む送達ベクターを提供する。一部の実施形態では、送達ベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターから単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、送達ベクターは、血清型AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、またはそれらの任意の組み合わせのAAVベクターから単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、送達ベクターは、血清型AAV2のAAVベクターから単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、送達ベクターは、血清型AAV8のAAVベクターから単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、送達ベクターは、血清型AAV2のAAVベクターから単離または誘導された第1の末端逆位反復(ITR)及び第2のITRをコードする配列、ならびに血清型AAV2のAAVベクターから単離または誘導されたウイルス遺伝子をコードする配列を含む。一部の実施形態では、送達ベクターは、血清型AAV8のAAVベクターから単離または誘導された第1の末端逆位反復(ITR)及び第2のITRをコードする配列、ならびに血清型AAV8のAAVベクターから単離または誘導されたウイルス遺伝子をコードする配列を含む。一部の実施形態では、送達ベクターは、血清型AAV2のAAVベクターから単離または誘導された第1の末端逆位反復(ITR)及び第2のITRをコードする配列、ならびに血清型AAV8のAAVベクターから単離または誘導されたウイルス遺伝子をコードする配列を含む。
本開示は、本開示の組成物及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、TMN200を含む。
本開示は、本開示のベクター、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、TMN200を含む。
本開示は、本開示の送達ベクター及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、TMN200を含む。
本開示は、本開示の組成物を含む細胞を提供する。本開示は、本開示のベクターを含む細胞を提供する。本開示は、本開示の送達ベクターを含む細胞を提供する。本開示は、本開示の医薬組成物を含む細胞を提供する。一部の実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、哺乳動物細胞は、非ヒト霊長類細胞、齧歯類細胞、マウス細胞、ラット細胞、またはウサギ細胞である。一部の実施形態では、細胞は、ヒト細胞である。一部の実施形態では、ヒト細胞は、網膜色素上皮(RPE)の神経細胞、グリア細胞、網膜細胞、光受容細胞、桿体細胞、錐体細胞、または立方細胞である。一部の実施形態では、ヒト細胞は、光受容細胞である。一部の実施形態では、ヒト細胞は、HEK293細胞またはARPE19細胞である。一部の実施形態では、ヒト細胞は、ヒト網膜のRPEから単離または誘導される。一部の実施形態では、細胞は、in vivo、in vitro、ex vivo、またはin situである。
本開示は、治療的有効量の本開示の組成物を対象に投与することを含む、黄斑ジストロフィーを処置することを、それを必要とする対象において行う方法を提供する。
本開示は、治療的有効量の本開示のベクターを含む組成物を対象に投与することを含む、黄斑ジストロフィーを処置することを、それを必要とする対象において行う方法を提供する。
本開示は、治療的有効量の本開示の送達ベクターを含む組成物を対象に投与することを含む、黄斑ジストロフィーを処置することを、それを必要とする対象において行う方法を提供する。
本開示の方法の一部の実施形態では、対象は、ヒトである。一部の実施形態では、対象は、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、齧歯類、マウス、ラット、またはウサギである。一部の実施形態では、対象は、黄斑ジストロフィーを有する。
本開示の方法の一部の実施形態では、対象は、BEST1遺伝子の一方または両方のコピーに変異を有する。一部の実施形態では、変異は、優性変異として遺伝性である。一部の実施形態では、優性変異は、対象においてベストの卵黄様黄斑ジストロフィー(BVMD)を引き起こす。一部の実施形態では、変異は、劣性変異として遺伝性である。一部の実施形態では、劣性変異は、対象において常染色体劣性ベストロフィノパチー(ARB)を引き起こす。一部の実施形態では、変異は、BEST1遺伝子の一方または両方のコピーのコード配列において生じる。一部の実施形態では、変異は、BEST1遺伝子の一方または両方のコピーの非コード配列において生じる。一部の実施形態では、変異は、BEST1遺伝子の一方または両方のコピーに置換、挿入、欠失、反転、転座、フレームシフト、またはそれらの組み合わせを含む。
本開示の方法の一部の実施形態では、投与は、網膜下、脈絡膜上、または硝子体内経路を介した注射または注入を含む。一部の実施形態では、投与は、網膜下経路を介した注射または注入を含む。一部の実施形態では、投与は、網膜下経路を介した2段階注射または2段階注入を含む。
本開示の方法の一部の実施形態では、治療的有効量は、端点を含む、10〜200μLの容量で製剤化される。一部の実施形態では、治療的有効量は、各範囲に対し、端点を含む、10〜50μL、50〜100μL、100〜150μL、または150〜200μLの容量で製剤化される。一部の実施形態では、治療的有効量は、端点を含む、70〜120μLの容量で製剤化され、投与は、網膜下経路を介した注射または注入を含む。一部の実施形態では、治療的有効量は、100μLの容量で製剤化され、投与は、網膜下経路を介した注射または注入を含む。
本開示の方法の一部の実施形態では、治療的有効量は、少なくとも1×1010DRP/mL、少なくとも1×1011DRP/mL、少なくとも1×1012DRP/mL、少なくとも2×1012DRP/mL、少なくとも5×1012DRP/mL、または少なくとも1.5×1013DRP/mLのAAV送達ベクターの濃度を含む。一部の実施形態では、治療的有効量は、少なくとも2×1012DRP/mL、少なくとも5×1012DRP/ml、または少なくとも1.5×1013DRP/mLのAAV送達ベクターの濃度を含む。一部の実施形態では、治療的有効量は、少なくとも5×1012DRP/mLのAAV送達ベクターの濃度を含む。一部の実施形態では、治療的有効量は、少なくとも1.5×1013DRP/mLのAAV送達ベクターの濃度を含む。
本開示の方法の一部の実施形態では、治療的有効量は、2×10ゲノム粒子(gp)、5×10gp、1.5×10gp、2×10gp、5×10gp、2×1010gp、5×1010gp、6×1010gp、1.2×1011gp、1.5×1011gp、2×1011gp、4.5×1011gp、5×1011gp、1.2×1012gp、1.5×1012gp、2×1012gp、または5×1012gpの用量を含む。一部の実施形態では、対象は、マウスであり、治療的有効量は、5×10gp、1.5×10gp、または5×10gpの用量を含む。一部の実施形態では、対象は、非ヒト霊長類であり、治療的有効量は、AAVウイルス粒子の1.2×1011gp、4.5×1011gp、または1.2×1012gpの用量を含む。一部の実施形態では、対象は、ヒトであり、治療的有効量は、AAVウイルス粒子の5×1010gp、1.5×1011gp、5×1011gp、または1.5×1012の用量を含む。
本開示の方法の一部の実施形態では、組成物はさらに、TMN200緩衝液を含む。
本開示は、黄斑ジストロフィーの処置を、それを必要とする対象において行う際に使用される本開示の組成物を提供する。
本開示は、黄斑ジストロフィーの処置を、それを必要とする対象において行う際に使用される本開示のベクターを提供する。
本開示は、黄斑ジストロフィーの処置を、それを必要とする対象において行う際に使用される本開示の送達ベクターを提供する。
特許または出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも1つの図面を含有する。カラー図面(複数可)を含むこの特許または特許出願公開の写しは、請求及び必要な料金の支払いに応じて、官庁から提供される。
図1A〜Bは、AAV2 ITRを有するVMD2.IntEx.BEST1.WPRE.pA構築物をコードするプラスミドのマップのペアである。 図1A〜Bは、AAV2 ITRを有するVMD2.IntEx.BEST1.WPRE.pA構築物をコードするプラスミドのマップのペアである。 図2A〜Bは、AAV2 ITRを有するVMD2.BEST1.WPRE.pA構築物をコードするプラスミドのマップのペアである。 図2A〜Bは、AAV2 ITRを有するVMD2.BEST1.WPRE.pA構築物をコードするプラスミドのマップのペアである。 図3A〜Cは、AAV2 ITRを有するCAG.BEST1.WPRE.pAをコードする2つのプラスミドの一連の3つのマップである。図3A及び図3Bは、AmpR選択可能マーカーを有するCAG.BEST.WPRE.pAプラスミドの2つのマップである。図3Cは、KanR選択マーカー及びスタッファー配列を有するCAG.BEST.WPRE.pAプラスミドのマップである。 図3A〜Cは、AAV2 ITRを有するCAG.BEST1.WPRE.pAをコードする2つのプラスミドの一連の3つのマップである。図3A及び図3Bは、AmpR選択可能マーカーを有するCAG.BEST.WPRE.pAプラスミドの2つのマップである。図3Cは、KanR選択マーカー及びスタッファー配列を有するCAG.BEST.WPRE.pAプラスミドのマップである。 図3A〜Cは、AAV2 ITRを有するCAG.BEST1.WPRE.pAをコードする2つのプラスミドの一連の3つのマップである。図3A及び図3Bは、AmpR選択可能マーカーを有するCAG.BEST.WPRE.pAプラスミドの2つのマップである。図3Cは、KanR選択マーカー及びスタッファー配列を有するCAG.BEST.WPRE.pAプラスミドのマップである。 図4は、AAV2 ITRを有するVMD2.GFP.WPRE.pAをコードするプラスミドのマップである。 図5は、AAV2 ITRを有するVMD2.Int.Ex.GFP.WPRE.pAをコードするプラスミドのマップである。 図6A〜Bは、AAV.CAG.BEST1.pA、AAV.CAG.BEST1.WPRE.pAで形質導入されたHEK293細胞、及び形質導入されていない対照におけるBEST1発現を示す一連の画像、すなわちそれぞれ6枚の画像及び3枚の画像である。細胞は、Hoechstブルー色素及び抗hベストロフィン−1で染色される。ベストロフィン−1タンパク質は、サイトゾル全体に局在する。 図7A〜Bは、それぞれ、ウェスタンブロット(7A)及び棒グラフ(7B)の写真であり、AAV.CAG.BEST1.pA(試料1)もしくはAAV.CAG.BEST1.WPRE.pA(試料2)で形質導入されたHEK293細胞または陰性対照(試料3)、におけるベストロフィン−1タンパク質及びベータアクチン対照の発現を示す。プラスミド−トランスフェクトHEK293細胞を、陽性対照として使用した。図7Bは、AAV.CAG.BEST1.pA(n=9)もしくはAAV.CAG.BEST1.WPRE.pA(n=9)で形質導入されたHEK293細胞または形質導入されていない陰性対照(n=8)におけるベストロフィン−1タンパク質発現の定量化を示す。Y軸は、正規化されたLiCor値を示す。エラーバーは、±SEMである。***は、形質導入されていない対照と比較した場合のp<0.001を示す。 図8A〜Bは、それぞれ、AAV2/2 CAG.BEST1.pA、AAV2/2 CAG.BEST1.WPRE.pA、またはAAV2/2 CAG.GFP.WPRE.pAベクターで形質導入されたHEK293細胞及び形質導入されていない対照由来の全細胞パッチクランプ記録データを示す単一プロット(図8A)及び一連の4つのプロット(図8B)である。図8Aでは、電流(pA)が、X軸に、−140から500まで20刻みでプロットされ、電圧(mV)が、Y軸に、−200から500まで100単位でプロットされる。図8Bでは、電流波形が示される。種々のベクターで形質導入されたHEK293及び形質導入されていない対照の電流(I)/電圧(V)プロットが示される。左上から時計回りに:AAV2/2 CAG.BEST1.pA、AAV2/2 CAG.BEST1.WPRE.pA、形質導入されていない対照、及びAAAV2/2 CAG.GFP.WPRE.pA。挿入されたスケールバー(中央)は、Y軸で250pA、X軸で100ミリ秒を示す。 図9A〜Bは、AAV2/2 CAG.BEST1.pA(n=10)、AAV2/2 CAG.BEST1.WPRE.pA(n=10)、AAV2/2 CAG.GFP.WPRE.pA(n=11)で形質導入されたHEK293細胞、及び形質導入されていない対照(n=10)の弦コンダクタンスを示す一対のプロットである。弦コンダクタンスが、Y軸に、0から10まで2単位でプロットされる。****は、p<0.0001を示し、は、p<0.05を示し、nsは、有意ではないことを示す。 図10A〜Bは、分化したARPE19細胞におけるBEST1発現をアッセイするための実験手順の2つの実施形態を示す一対のフローチャートである。図10Aは、トランスフェクト分化ARPE19細胞におけるBEST1発現をアッセイするための実験手順を示す。図10Bは、トランスフェクト及び/または形質導入された分化ARPE19細胞におけるBEST1発現をアッセイするための実験手順を示す。 図10A〜Bは、分化したARPE19細胞におけるBEST1発現をアッセイするための実験手順の2つの実施形態を示す一対のフローチャートである。図10Aは、トランスフェクト分化ARPE19細胞におけるBEST1発現をアッセイするための実験手順を示す。図10Bは、トランスフェクト及び/または形質導入された分化ARPE19細胞におけるBEST1発現をアッセイするための実験手順を示す。 図11A〜Bは、1ヶ月間分化したトランスフェクトARPE19細胞のBEST1及びZO−1免疫染色を示す一連の16枚の画像(A)及び6枚の画像(B)である。(A)行は、上から下に、以下の構築物:トランスフェクトされていない対照、CAG.BEST1.WPRE、VMD2.BEST1.WPRE、及びVMD2.IntEx.BEST1.WPREを有するARPE19細胞を示す。列は、左から右に、Hoechstで青に染色された核、緑のZO−1染色(ZO−1は、細胞間密着結合の細胞膜表面のマーカーである)、赤のBEST1染色、及びマージされた画像(Hoechst、ZO−1、BEST1)を示す。スケールバーは、100ミクロン(μm)を示す。(B)VMD2.BEST1.WPRE.pAでトランスフェクトされたARPE19細胞が、上の行に示される。VMD2.IntEx.BEST1.WPRE.pAでトランスフェクトされたARPE19細胞が、下の行に示される。画像は、左から右に、ZO−1(緑)及びBEST1(赤)、ならびにマージされた画像(Hoechst、ZO−1及びBEST1)を示す。マージされた画像のスケールバーは、25μmを示す。 図11A〜Bは、1ヶ月間分化したトランスフェクトARPE19細胞のBEST1及びZO−1免疫染色を示す一連の16枚の画像(A)及び6枚の画像(B)である。(A)行は、上から下に、以下の構築物:トランスフェクトされていない対照、CAG.BEST1.WPRE、VMD2.BEST1.WPRE、及びVMD2.IntEx.BEST1.WPREを有するARPE19細胞を示す。列は、左から右に、Hoechstで青に染色された核、緑のZO−1染色(ZO−1は、細胞間密着結合の細胞膜表面のマーカーである)、赤のBEST1染色、及びマージされた画像(Hoechst、ZO−1、BEST1)を示す。スケールバーは、100ミクロン(μm)を示す。(B)VMD2.BEST1.WPRE.pAでトランスフェクトされたARPE19細胞が、上の行に示される。VMD2.IntEx.BEST1.WPRE.pAでトランスフェクトされたARPE19細胞が、下の行に示される。画像は、左から右に、ZO−1(緑)及びBEST1(赤)、ならびにマージされた画像(Hoechst、ZO−1及びBEST1)を示す。マージされた画像のスケールバーは、25μmを示す。 図12A〜Bは、3ヶ月間分化したトランスフェクトARPE19細胞のBEST1及びZO−免疫染色を示す一連の16枚の画像(A)及び9枚の画像(B)である。(A)行は、上から下に、以下の構築物:トランスフェクトされていない対照、CAG.BEST1.WPRE、VMD2.BEST1.WPRE、及びVMD2.IntEx.BEST1.WPREを有するARPE19細胞を示す。列は、左から右に、Hoechstで青に染色された核、緑のZO−1染色、赤のBEST1染色、及びマージされた画像(Hoechst、ZO−1、BEST1)を示す。スケールバーは、100ミクロン(μm)を示す。(B)高倍率での図12Aの代表的な画像である。行は、上から下にCAG.BEST1.WPRE、VMD2.BEST1.WPRE、及びVMD2.IntEx.BEST1.WPREを示す。列は、左から右にZO−1を緑に染色、BEST1を赤に染色、及びHoechstで青に染色したものを含むマージ画像を示す。マージされた画像のスケールバーは、25μmを示す。 図12A〜Bは、3ヶ月間分化したトランスフェクトARPE19細胞のBEST1及びZO−免疫染色を示す一連の16枚の画像(A)及び9枚の画像(B)である。(A)行は、上から下に、以下の構築物:トランスフェクトされていない対照、CAG.BEST1.WPRE、VMD2.BEST1.WPRE、及びVMD2.IntEx.BEST1.WPREを有するARPE19細胞を示す。列は、左から右に、Hoechstで青に染色された核、緑のZO−1染色、赤のBEST1染色、及びマージされた画像(Hoechst、ZO−1、BEST1)を示す。スケールバーは、100ミクロン(μm)を示す。(B)高倍率での図12Aの代表的な画像である。行は、上から下にCAG.BEST1.WPRE、VMD2.BEST1.WPRE、及びVMD2.IntEx.BEST1.WPREを示す。列は、左から右にZO−1を緑に染色、BEST1を赤に染色、及びHoechstで青に染色したものを含むマージ画像を示す。マージされた画像のスケールバーは、25μmを示す。 図13A〜Bは、4ヶ月間分化し、400nMのドキソルビシンで前処理され、且つ3つの異なる感染多重度(MOI)で、(図13A)AAV2/2.CAG.GFP.WPREまたは(図13B)AAV2/2.VMD2.InEx.GFP.WPREで形質導入されたARPE19細胞内のGFP蛍光をそれぞれ示す二連の8枚の画像を示す。使用されたMOIは、2、4、及び8×10ゲノム粒子(gp)/細胞であった。陰性対照(形質導入されていない、非処理の細胞)のスケールバーは、50μmを示す。各パネルの上の行は、非処理の対照細胞を示し、下の行は、400nMのドキソルビシンで前処理された細胞である。 図13A〜Bは、4ヶ月間分化し、400nMのドキソルビシンで前処理され、且つ3つの異なる感染多重度(MOI)で、(図13A)AAV2/2.CAG.GFP.WPREまたは(図13B)AAV2/2.VMD2.InEx.GFP.WPREで形質導入されたARPE19細胞内のGFP蛍光をそれぞれ示す二連の8枚の画像を示す。使用されたMOIは、2、4、及び8×10ゲノム粒子(gp)/細胞であった。陰性対照(形質導入されていない、非処理の細胞)のスケールバーは、50μmを示す。各パネルの上の行は、非処理の対照細胞を示し、下の行は、400nMのドキソルビシンで前処理された細胞である。 図14は、4ヶ月間分化し、400nMのドキソルビシンで前処理され、且つ2つの異なるMOI:1及び4×10gp/細胞で、AAV2/2.CAG.BEST1.WPRE及びAAV2/2.VMD2.InEx.BEST1.WPREで形質導入されたARPE19細胞のBEST1及びZO−1免疫染色を示す一連の20枚の画像を示す。行は、上から下に、以下のウイルスベクターを含むARPE19細胞を示す:形質導入していない対照、MOI10,000gp/細胞のAAV2/2.CAG.BEST1.WPRE、MOI40,000gp/細胞のAAV2/2.CAG.BEST1.WPRE、MOI10,000gp/細胞のAAV2/2.VMD2.InEx.BEST1.WPRE、及びMOI40,000gp/細胞のAAV2/2.VMD2.InEx.BEST1.WPRE。列は、左から右に、Hoechstで青に染色された核、緑のZO−1染色、赤のBEST1染色、及びマージされた画像(Hoechst、ZO−1、BEST1)を示す。スケールバーは、50μmを示す。 図15は、マウスにおける4/8週間のin vivoパイロット研究プロトコールを概説する表である。 図16は、シャム、VMD2.BEST1.WPRE、またはVMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV構築物が注射されてから4週間後のマウスの眼の一連の6枚の光干渉断層画像診断(OCT)画像である。列は、左から右に、シャム、VMD2.BEST1.WPRE、及びVMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV構築物が注射されたマウスを示す。 図17は、左から右に、シャム、VMD2.BEST1.WPRE、またはVMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV構築物が注射されてから4週間後のマウスの眼の一連の3枚のOCT画像である。示される形態学的構造は、網膜神経節細胞(RGC)、内網状層(IPL)、内顆粒層(INL)、外網状層(OPL)、外顆粒層(ONL)、網膜色素上皮(RPE)である。青矢印及び赤矢印は、網膜の厚さを示す。 図18は、シャム、VMD2.BEST1.WPRE、またはVMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV構築物(列、左から右)が注射されてから4週間後及び8週間後のマウスの眼の一連の12枚のOCT画像である。正中矢状図及び偏心図が交互の行に示される。上の2行は、注射の4週間後に撮像された動物であり、下の2行は、注射の8週間後に撮像された動物である。 図19は、シャム、VMD2.BEST1.WPRE、またはVMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV構築物を注射されてから4週間後の且つ抗BEST1(緑)、抗ロドプシン(赤)、及びDAPI(青)で染色されたマウスの眼の一連の12枚の蛍光顕微鏡画像である。行は、上から下に、シャムを注射された眼、VMD2.BEST1.WPREまたはVMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV粒子を注射された眼を示す。列は、左から右に、抗BEST1(緑)、抗ロドプシン(赤)、DAPI(青)、及びマージされた画像を示す。網膜色素上皮(RPE)、光受容体(PR)、及び網膜神経節細胞(RGC)が下部に示される。 図20は、列に、左から右に、シャム、VMD2.BEST1.WPRE、またはVMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV粒子が注射されてから8週間後の且つBEST1(緑)、ロドプシン(赤)、及びDAPI(青)で染色されたマウスの眼の一連の12枚の画像である。行は、上から下に、マージされた画像、抗BEST1(huBEST1とも呼ばれる)、抗ロドプシン、及び明視野画像である。 図21は、シャム、CAG.BEST1.WPRE、VMD2.BEST1.WPRE、またはVMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV構築物が注射されてから4週間後の解剖されたマウスRPE及び脈絡膜複合体におけるBEST1タンパク質発現を示す画像である。青矢印は、組み換えヒトベストロフィン−1タンパク質を示し、赤矢印は、BEST1タンパク質の示唆されるサイズを示す。CAG.BEST1.WPREを、対照として使用した。CAGは、哺乳動物細胞において構成的な発現を伴う強力なプロモーターである。それは、サイトメガロウイルス(CMV)エンハンサーエレメント、ニワトリベータアクチンプロモーター(CBA)、及びウサギベータグロビン遺伝子のスプライスアクセプター間のハイブリッドである。 図22は、マウスにおける4/13週間のin vivo概念実証(PoC)試験プロトコールを概説する表である。 図23は、2つの異なる投薬量(1×10GC/μL/眼及び1×10GC/μL/眼)のシャム、VMD2.IntEx.BEST1.WPRE、またはVMD2.BEST1.WPRE AAV構築物が注射された後4週間及び13週間のマウスの眼の一連の20枚のOCT画像である。中央矢状図(上の行)及び偏心図(下の行)が交互の行に示される。 図24は、2つの異なる投薬量(1×10GC/μL/眼及び1×10GC/μL/眼)のシャム、VMD2.IntEx.BEST1.WPRE、またはVMD2.BEST1.WPRE AAV構築物が注射されてから4週間後の且つ抗BEST1(huBEST1、緑色)、抗ロドプシン(赤)、及びDAPI(青色)で染色されたマウスの眼の一連の20枚の顕微鏡画像である。明視野画像も示される(下の行)。列は、左から右に、1×10GC/μL/眼のVMD2.IntEx.BEST1.WPRE、1×10GC/μL/眼のVMD2.IntEx.BEST1.WPRE、1×10GC/μL/眼のVMD2.BEST1.WPRE、及び1×10GC/μL/眼のVMD2.BEST1.WPREを示す。行は、上から下に、マージされた画像、抗BEST1、抗ロドプシン、及び明視野を示す。左上の画像に示される解剖学的構造は、内顆粒層(INL)、外顆粒層(ONL)、外節(OS)、網膜色素上皮(RPE)、及び脈絡膜である。 図25は、A〜Bは、細胞または注入されたマウスRPE及び脈絡膜複合体におけるBEST1タンパク質の発現に注目するウェスタンブロットの画像のペアである。図25Aは、pCAG.BEST1.WPRE、pVMD2.BEST1.WPRE、及びpVMD2.InEx.BEST1.WPREでトランスフェクトされたHEK293及びARPE−19細胞、または陰性対照としてのトランスフェクトされていない試料におけるベストロフィン−1タンパク質及びベータアクチン対照の発現を示すウェスタンブロットである。図25Bは、高用量(1×10GC/μL/眼)または低用量(1×10GC/μL/眼)のいずれかのVMD2.IntEx.BEST1.WPREまたはVMD2.BEST1.WPRE AAV粒子のいずれかが注射されたマウス由来の単離されたRPE及び脈絡膜試料中のBEST1タンパク質を示すウェスタンブロットである。 図26は、AAV2/2.VMD2.InEx.BEST1.WPREが注射されたマウスにおける免疫組織化学及びウェスタンブロットによりヒトBEST1発現をアッセイするための試験設計を示す表である。 図27は、マウスにおける潜在的な毒性を評価するために提案された優良試験所基準(GLP)試験のプロトコールを示す表である。 図28は、4週間での毒性評価試験物質の評価のためのプロトコールを示す表である。 図29は、非ヒト霊長類における潜在的な毒性を評価するために提案された優良試験所基準(GLP)試験のプロトコールを示す表である。 図30は、本開示のBEST1 AAVウイルスベクターを使用した、ゲノム粒子(gp)でのマウス、非ヒト霊長類、及びヒト等価用量における投与レジメンを示す表である。提案された用量に対するBEST1 AAVウイルスベクターは、2×1012DRP/mLの濃度であり、現在の適正製造基準(GMP)標準に従って作成された。 図31は、本開示のBEST1 AAVウイルスベクターのマウス、非ヒト霊長類、及びヒトにおける投与レジメン及びDNAse耐性粒子(DRP)の必要とされる濃度及び1用量当たりのゲノム粒子(gp)数を示す表である。
詳細な説明
本開示は、黄斑変性症が多くの場合、タンパク質ベストロフィン−1(BEST1、VMD2としても知られる)の変異または異常な機能により引き起こされ得るという知見に関連する。黄斑は、網膜の中心付近の領域であり、中央の高解像度の色覚に関与する。黄斑の中心付近に位置する中心窩には、眼の錐体細胞光受容体が最も集中する。ベストロフィン−1(BEST1、またはヒトBEST1(hBEST1)、VMD2としても知られる)と呼ばれる遺伝子の変異は、ベストリノパチーと呼ばれる少なくとも5つの異なる網膜変性疾患に関連する。ベストリノパチーは、ベストの卵黄様黄斑ジストロフィー(BVMD)、常染色体劣性ベストロフィノパチー、成人発症型卵黄様黄斑ジストロフィー、常染色体優性硝子体網膜脈絡膜症、及び網膜色素変性症を含む。これらの変異は、優性(例えば、BVMD)または劣性のいずれかであり得る。ベストの卵黄様黄斑ジストロフィー(BVMD)及び常染色体劣性ベストロフィノパチーは、小児期後期または青年期に発症する黄斑変性症を引き起こし得る。しかし、一部の場合では、黄斑変性症は、成人期に始まる。しかし、発症年齢に関係なく、ベストリノパチーは、視力に壊滅的な影響を有し得、現在、既知の効果的な処置はない。BEST1機能がベストロフィノパチーで果たす重要な役割を考えると、ベストフィノパチーの処置への1つのアプローチは、患者の罹患細胞に機能的なBEST1タンパク質を送達することである。
ベストロフィン−1(BEST1)
ベストロフィン−1(BEST1)は、主に、眼の網膜色素上皮(RPE)に見られ、主に、基底外側の原形質膜に局在する内在性膜タンパク質である。BEST1タンパク質は、イオンチャネル及び細胞内カルシウムシグナル伝達の調節因子として機能すると考えられている。ヒトBEST1は、アクセッション番号NP_004174.1及びNM_004183.3でNCBIデータベースに見出すことができ、この内容は、全体が本明細書に参照により組み込まれる。
本開示の組成物の一部の実施形態では、本開示のBEST1タンパク質をコードする配列は、以下の配列と少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
本開示の組成物の一部の実施形態では、本開示のBEST1タンパク質をコードする配列は、以下のアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
本開示の組成物の一部の実施形態では、本開示のBEST1タンパク質をコードする核酸配列は、以下の核酸配列と少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有する核酸を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
本開示の組成物の一部の実施形態では、本開示のBEST1タンパク質をコードする核酸配列は、以下の核酸配列を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
本開示の組成物の一部の実施形態では、本開示のBEST1タンパク質をコードする核酸配列は、コドン最適化配列を含む。一部の実施形態では、配列は、哺乳動物細胞における発現のためにコドン最適化されている。一部の実施形態では、配列は、ヒト細胞における発現のためにコドン最適化されている。
BEST1発現
本開示の組成物の一部の実施形態では、本開示のBEST1タンパク質をコードする核酸配列はさらに、BEST1転写物またはBEST1タンパク質発現を増強または増加させる調節エレメントをコードする配列を含む。BEST1転写物またはBEST1タンパク質発現を増強または増加させる例示的な調節エレメントとしては、プロモーター、エンハンサー、スーパーエンハンサー、イントロン、エクソン、イントロン及びエクソンの組み合わせ、非翻訳領域をコードする配列(例えば、5’非翻訳領域(UTR)または3’UTR)、ポリアデニル化(ポリA)シグナルを含む配列、及び転写後調節エレメント(PRE)が挙げられるが、これらに限定されない。
本開示の例示的なプロモーターとしては、哺乳動物細胞においてBEST1タンパク質をコードする配列またはBEST1タンパク質を発現することができるプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。本開示の例示的なプロモーターとしては、ヒト細胞においてBEST1タンパク質をコードする配列またはBEST1タンパク質を発現することができるプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、哺乳動物またはヒト細胞は、in vivo、ex vivo、in vitro、またはin situであってよい。一部の実施形態では、プロモーターは、構成的に活性であってよい。一部の実施形態では、プロモーターは、細胞型特異的であってよい。一部の実施形態では、プロモーターは、誘導性であってよい。
本開示の例示的な構成的に活性なプロモーターとしては、ウイルスプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。本開示のウイルスプロモーターは、シミアンウイルス40(SV40)プロモーター、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、ユビキチンC(UBC)プロモーター、伸長因子−1アルファ(EF1A)プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ1(PGK)プロモーター及びCAGプロモーター((C)サイトメガロウイルス(CMV)初期エンハンサーエレメント、(A)ニワトリベータアクチン遺伝子の第1のエクソン及び第1のイントロンを含むプロモーター、ならびに(G)ウサギベータグロビン遺伝子のスプライスアクセプターの組み合わせ)を含んでもよいが、これらに限定されない。一部の実施形態では、CMVプロモーターが本開示のBEST1タンパク質をコードする核酸配列の発現を制御するために使用される。一部の実施形態では、CAGプロモーターが本開示のBEST1タンパク質をコードする核酸配列の発現を制御するために使用される。本開示の非ウイルスプロモーターは、ニワトリベータアクチン(CBA)プロモーターを含んでもよいが、これらに限定されない。一部の実施形態では、CBAプロモーターは、CBA遺伝子の第1のエクソン及びイントロンにおけるニワトリベータアクチンを含む。一部の実施形態では、プロモーターは、ニワトリベータアクチンプロモーター及びサイトメガロウイルス初期エンハンサーエレメントを含む。一部の実施形態では、プロモーターはさらに、ウサギベータグロビンスプライスアクセプター配列(CAGプロモーター)を含む。一部の実施形態では、CAGプロモーターは、以下の核酸配列と少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
本開示の例示的な細胞型特異的プロモーターとしては、ニューロンにおいて核酸またはタンパク質を発現することができるプロモーター、網膜細胞において核酸またはタンパク質を発現することができるプロモーター、光受容体において核酸またはタンパク質を発現することができるプロモーター、桿体細胞において核酸またはタンパク質を発現することができるプロモーター、及び錐体細胞において核酸またはタンパク質を発現することができるプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、組織特異的プロモーターをコードする配列は、ヒトVMD2遺伝子(ベストロフィン−1としても知られる)をコードする配列を含む。一部の実施形態では、組織特異的プロモーターは、ヒトVMD2プロモーター(ベストロフィン−1としても知られる)を含む。一部の実施形態では、ヒトVMD2プロモーターは、以下の核酸配列と少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%の同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
一部の実施形態では、ヒトVMD2プロモーターは、以下の核酸配列と100%の同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
本開示の組成物の一部の実施形態では、BEST1タンパク質をコードする配列及びプロモーターをコードする配列を含む核酸配列はさらに、イントロン及びエクソンを含む。イントロン及びエクソンの存在により、タンパク質発現のレベルが増加する。一部の実施形態では、イントロンは、VMD2プロモーター及びエクソン間に配置される。イントロンがVMD2プロモーター及びエクソン間に配置される実施形態を含む一部の実施形態では、エクソンは、BESTコード配列の5’に配置される。
エクソンは、コード配列、非コード配列、または両方の組み合わせを含んでもよい。一部の実施形態では、エクソンは、非コード配列を含む。一部の実施形態では、エクソンは、哺乳動物遺伝子から単離または誘導される。実施形態では、哺乳動物は、ウサギ(Oryctolagus cuniculus)である。一部の実施形態では、哺乳動物遺伝子は、ウサギベータグロビン遺伝子を含む。一部の実施形態では、エクソンは、以下の核酸配列と少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有する核酸配列を含む:
Figure 2021520232
一部の実施形態では、エクソンは、以下の核酸配列と100%同一である核酸配列を含む:
Figure 2021520232
イントロンは、スプライス供与部位、スプライス受容部位、または分岐点を含んでもよい。イントロンは、スプライス供与部位、スプライス受容部位、及び分岐点を含んでもよい。例示的なスプライス受容部位は、イントロンの5’末端にヌクレオチド「GT」(pre−mRNAでは「GU」)を含む。例示的なスプライス受容部位は、イントロンの3’末端に「AG」を含む。一部の実施形態では、分岐点は、イントロンの3’末端の上流に、端点を含む20〜40ヌクレオチドにアデノシン(A)を含む。イントロンは、人工的または天然に存在しない配列であってよい。あるいは、イントロンは、脊椎動物遺伝子から単離または誘導されてもよい。イントロンは、2つの配列の融合をコードする配列を含んでもよく、これらのそれぞれは、複数の脊椎動物遺伝子から単離または誘導されてもよい。一部の実施形態では、イントロン核酸配列に寄与する脊椎動物遺伝子は、ニワトリ(Gallus gallus)遺伝子を含む。一部の実施形態では、ニワトリ遺伝子は、ニワトリベータアクチン遺伝子を含む。一部の実施形態では、イントロン核酸配列に寄与する脊椎動物遺伝子は、ウサギ(Oryctolagus cuniculus)遺伝子を含む。一部の実施形態では、ウサギ遺伝子は、ウサギベータグロビン遺伝子を含む。一部の実施形態では、イントロンは、以下の核酸配列と少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有する核酸配列を含む:
Figure 2021520232
一部の実施形態では、イントロンは、以下の核酸配列と100%同一である核酸配列を含む:
Figure 2021520232
コザック配列は、リボソームにより翻訳開始部位として認識される短い配列モチーフである。コザック配列は、翻訳開始部位のすぐ上流、または周囲に配置されてもよい。脊椎動物では、コザックコンセンサス配列は、
Figure 2021520232
のコンセンサス配列と少なくとも50%の同一性を有する配列を含み、Rは、AまたはGを表し、開始メチオニンをコードするATGは太字である。本開示の例示的なコザック配列は、
Figure 2021520232
の配列を含む。一部の実施形態では、BEST1をコードする核酸配列を含む核酸はさらに、5’非翻訳配列(5’UTR)をコードする配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRは、コザック配列を含む。一部の実施形態では、5’UTRは、コザック配列の一部を含む。一部の実施形態では、5’UTRは、コザック配列の少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、または少なくとも80%を含む。
一部の実施形態では、BEST1をコードする核酸配列を含む核酸はさらに、転写応答エレメント(PRE)をコードする核酸配列を含む。例示的なPREは、ウッドチャック肝炎ウイルスに由来するウッドチャックPRE(WPRE)を含む。一部の実施形態では、WPREをコードする配列は、BEST1をコードする核酸配列の3’に配置される。一部の実施形態では、WPREをコードする配列は、BEST1をコードする核酸配列及びポリAシグナルをコードする配列間に配置される。一部の実施形態では、WPREをコードする配列は、以下の核酸配列と少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有する核酸配列を含む:
Figure 2021520232
一部の実施形態では、WPREをコードする配列は、以下の核酸配列と100%の同一性を有する核酸配列を含む:
Figure 2021520232
一部の実施形態では、BEST1をコードする核酸配列を含む核酸はさらに、ポリアデニル化(ポリA)シグナルをコードする配列を含む。ポリAシグナルは、核外輸送を促進し、翻訳を強化し、mRNAの安定性を向上させる。一部の実施形態では、ポリAシグナルをコードする配列は、合成または人工の配列を含む。一部の実施形態では、ポリAシグナルをコードする配列は、哺乳動物遺伝子から単離または誘導された配列を含む。一部の実施形態では、哺乳動物遺伝子は、ヒト遺伝子である。一部の実施形態では、哺乳動物遺伝子は、ウシ成長ホルモン遺伝子(BGH)である。一部の実施形態では、ポリAシグナルをコードする配列は、以下の核酸配列と少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%の同一性を有する核酸配列を含む:
Figure 2021520232
一部の実施形態では、ポリAシグナルをコードする配列は、以下の核酸配列と100%の同一性を有する核酸配列を含む:
Figure 2021520232
AAVベクター
ベクターは、BEST1をコードする核酸配列を含む核酸を含んでもよい。本開示の組成物の一部の実施形態では、ベクターは、ウイルス送達ベクターであってよい。本開示のウイルス送達ベクターは、標的細胞または組織に送達するためのウイルス送達系に本開示の核酸配列をパッケージングに必要な配列を含有してもよい。本開示の代表的なウイルス送達ベクターは、レンチウイルス、レトロウイルス、またはアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターを含むが、これらに限定されない。
本開示のAAVウイルス送達システムは、成熟AAV粒子またはビリオンの形態、すなわち、AAVタンパク質カプシドに囲まれた核酸、であってよい。一部の実施形態では、AAVウイルス送達ベクターは、AAVゲノムまたはその誘導体を含んでもよい。
AAVゲノムは、AAV粒子の生成に必要な機能をコードする核酸配列である。これらの機能は、AAV粒子へのAAVゲノムのカプシド形成を含む、宿主細胞におけるAAVの複製及びパッケージングサイクルで機能するものを含む。天然に存在するAAVは、複製欠損型であり、複製及びパッケージングのサイクルを完了するために、トランスでのヘルパー機能の提供に依存する。好ましい実施形態では、本開示のベクターのAAVゲノムは、複製欠損型である。
AAVゲノムは、ポジティブセンスもしくはネガティブセンスのいずれかの一本鎖形態、または代わりに、二本鎖形態であってよい。二本鎖形態の使用は、標的細胞におけるDNA複製ステップの迂回を可能にするので、導入遺伝子発現を促進し得る。本開示のベクターのAAVゲノムは、一本鎖形態であってよい。
AAVゲノムは、AAVの任意の天然由来の血清型、分離株、またはクレードに由来してもよい。従って、AAVゲノムは、天然に存在するAAVの完全なゲノムであってよい。当業者に知られるように、自然界に存在するAAVは、種々の生体系に従って分類されてもよい。
AAVは、血清型に関して言及される。血清型は、AAVの多様性亜種に対応し、カプシド表面抗原の発現プロファイルにより、他の多様性亜種と区別するために使用することができる特有の反応性を有する。特定のAAV血清型を有するウイルスは、他のAAV血清型に特異的な中和抗体と効率的に交差反応しない。AAV血清型には、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、及びAAV11、さらには、霊長類の脳から最近同定されたRec2及びRec3などの組み換え血清型を含む。これらのAAV血清型のいずれも、本発明で使用されてもよい。従って、一部の実施形態では、本発明のAAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rec2、またはRec3 AAVから誘導されてもよい。
AAV血清型の総説は、Choi et al.(2005)Cur.Gene There.5:299−310及びWu et al.(2006)Molecular Therapy 14:316−27に見出され得る。ITR配列を含むAAVゲノムの、もしくはAAVゲノムのエレメントの配列、rep遺伝子またはcap遺伝子は、AAVの全ゲノム配列に対する以下のアクセッション番号から誘導されてもよい:アデノ随伴ウイルス1 NC_002077、AF063497;アデノ随伴ウイルス2 NC_001401;アデノ随伴ウイルス3 NC_001729;アデノ随伴ウイルス3B NC_001863;アデノ随伴ウイルス4 NC_001829;アデノ随伴ウイルス5 Y18065、AF085716;アデノ随伴ウイルス6 NC_001862;鳥類AAV ATCC VR−865 AY186198、AY629583、NC_004828;鳥類AAV株DA−1 NC_006263、AY629583;ウシAAV NC_005889、AY388617。
AAVはまた、クレードまたはクローンに関して言及されてもよい。これは、天然由来のAAVの系統発生関係、及び共通の祖先に遡ることができるAAVの系統発生群を意味し、その子孫を全て含む。さらに、AAVは、特定の分離株、すなわち、自然界に見られる特定のAAVの遺伝的分離株に関して言及されてもよい。遺伝的分離株という用語は、他の天然に存在するAAVとの制限された遺伝的混合を受けているAAVの集団について説明し、それにより、遺伝子レベルで認識可能な異なる集団を定義する。
AAV血清型は、AAVウイルスの感染(または向性)の組織特異性を決定する。従って、本発明に従って患者に投与されるAAVに使用される好ましいAAV血清型は、眼内の標的細胞の感染に対して自然な向性または高効率を有するものである。一実施形態では、本発明で使用されるAAV血清型は、感覚神経網膜、網膜色素上皮、及び/または黄斑の細胞に感染するものである。
AAVの天然由来の血清型、分離株、またはクレードのAAVゲノムは、少なくとも1つの末端逆位反復配列(ITR)を含む。ITR配列は、機能的な複製起点を提供するために、シスに作用し、細胞のゲノム由来のベクターの組み込み及び切除を可能にする。
AAVウイルス送達ベクターは、少なくとも1つの末端逆位反復配列(ITR)、好ましくは、複数のITR、例えば、2つ以上のITR、を含んでもよい。ITRのうちの1つまたはそれより多くは、異なる血清型を有するAAVゲノムから誘導されても、キメラまたは変異型ITRであってもよい。好ましい変異型ITRは、trs(末端分解部位)の欠失があるものである。この欠失は、ゲノムの継続的な複製を可能にし、コーディング配列及び相補配列の両方を含有する一本鎖ゲノム、すなわち、自己相補的なAAVゲノムが生じる。これは、標的細胞におけるDNA複製の迂回を可能にし、従って、導入遺伝子発現の促進を可能にする。
例えば、宿主細胞DNAポリメラーゼの作用による一本鎖ベクターDNAの二本鎖DNAへの変換後に、宿主細胞の核において、本発明のウイルス送達ベクターのコンカテマー形成を助ける1つまたはそれより多くのITRを含むことが好ましい。そのようなエピソームコンカテマーの形成は、宿主細胞の存続期間中、ベクター構築物を保護し、それにより、in vivoでの導入遺伝子の長期発現を可能にする。
一部の実施形態では、ITRエレメントは、ウイルス送達ベクターにおいて天然のAAVゲノムから保持される唯一の配列である。従って、一部の実施形態では、ウイルス送達ベクターは、天然ゲノムのrepやcap遺伝子のいずれも含まず、さらに、天然ゲノムの他の任意の配列を欠いている。これは、上記の理由のために、さらには、ベクターが宿主細胞ゲノムに組み込まれる可能性を低減させるためにも好ましい。さらに、AAVゲノムのサイズを低減させると、導入遺伝子に加えて、ベクター内に他の配列エレメント(例えば、調節エレメント)を組み込む柔軟性の増加を可能する。一部の実施形態では、本開示のウイルス送達ベクターは、AAV2 ITRをコードする配列を含む。一部の実施形態では、2つのAAV2 ITRをコードする配列は、以下の核酸配列を含んでも、それからなってもよい:
Figure 2021520232
AAVゲノムは、長さが約4.7kbの核酸配列を含んでもよい。従って、AAVウイルスベクターにより送達されるべき核酸配列が、4.7kb未満の長さである実施形態では、スタッファーまたはフィラー配列が使用されてもよい。スタッファー配列の存在は、一部の実施形態では、ウイルス粒子へのAAVウイルスベクターパッケージングを助け得る。一部の実施形態では、スタッファー配列は、ランダム配列を含む。本開示の例示的なスタッファー配列は、以下の核酸配列を含んでも、それからなってもよい:
Figure 2021520232
一部の実施形態では、AAVウイルス送達ベクターは、VMD2プロモーターをコードする配列、BEST1タンパク質をコードする配列、及びWPREをコードする配列を含む核酸配列を含む。この核酸配列(VMD2.BEST1.WPRE.pA)を含む本開示の例示的なAAVウイルス送達ベクターは、以下の核酸配列を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
一部の実施形態では、AAVウイルス送達ベクターは、VMD2プロモーターをコードする配列、BEST1タンパク質をコードする配列、イントロンをコードする配列、エクソンをコードする配列、及びWPREをコードする配列を含む核酸配列を含む。本開示の例示的なAAVウイルス送達ベクターは、以下の核酸配列を含むか、またはそれからなるVMD2.IntEx.BEST1.WPRE.pA配列をコードする核酸配列を含む:
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
一部の実施形態では、AAVウイルス送達ベクターは、CAGプロモーターをコードする配列、BEST1タンパク質をコードする配列、及びWPREをコードする配列を含む核酸配列を含む。CAG.BEST1.WPRE.pA配列をコードする核酸配列を含む本開示の例示的なAAVウイルス送達ベクターは、以下の核酸配列を含むか、またはそれからなる:
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
本開示の組成物の一部の実施形態では、ベクターは、マーカーをコードする配列を含んでもよく、これは、細胞がin vitroまたはin vivoのいずれかである場合、細胞で発現され得る。例えば、本開示のベクターまたは核酸配列において、マーカーをコードする配列が本開示のBEST1タンパク質をコードする配列(例えば、BEST1遺伝子のコード配列を含む配列)の代わりに使用されても、それを置換してもよい。本開示の例示的なマーカーとしては、GFP、YFP、またはdsREDなどのフルオロフォアタンパク質、及びFLAG、HA、His、またはMycなどの種々のエピトープタグが挙げられるが、これらに限定されない。フルオロフォアまたはエピトープタグは、例えば、N末端またはC末端融合としてBEST1コード配列に融合されても、本開示のベクターを特徴づけるためにBEST1の代わりに使用されてもよい。本開示のマーカーを含有するベクターの例示的な使用には、遺伝子発現、例えば、発現レベル、の特徴づけ、または本開示のベクターの細胞型特異性の特徴づけが挙げられるが、これらに限定されない。
マーカーを含む本開示の例示的なベクターとしては、VMD2.GFP.WPRE.pAが挙げられる。VMD2.GFP.WPRE.pA構築物をコードする核酸配列は、以下を含むか、またはそれらからなる:
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
マーカーを含む本開示の例示的なベクターとしては、VMD.IntEx.GFP.WPRE.pAが挙げられる。VMD.IntEx.GFP.WPRE.pA構築物をコードする核酸配列は、以下を含むか、またはそれらからなる:
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
Figure 2021520232
AAV粒子
本開示のAAVベクターは、患者への投与の目的のために誘導体化されているAAVゲノムを含有する。そのような誘導体化は、当該技術分野で標準的であり、本発明は、AAVゲノムの任意の既知の誘導体、及び当該技術分野で既知の手法を適用することにより生成することができ得る誘導体の使用を包含する。AAVゲノム及びAAVカプシドの誘導体化は、Coura and Nardi(2007)Virology Journal 4:99、ならびに上で参照されたChoi et al.及びWu et al.に概説される。
AAVゲノムの誘導体は、in vivoで本発明のベクター由来の導入遺伝子の発現を可能にする任意の短縮または改変形態のAAVゲノムを含む。最小限のウイルス配列を含むようにAAVゲノムを大幅に短縮し、依然として上記の機能を保持することが可能である。これは、野生型ウイルスのベクターの組み換えのリスクを低減させるために、さらには、標的細胞におけるウイルス遺伝子タンパク質の存在による細胞性免疫応答の誘発を回避するためにも、安全上の理由から好ましい。
従って、以下の部分、すなわち1つの末端逆位反復(ITR)配列、複製(rep)、及びカプシド(cap)遺伝子は、本発明の誘導体において除去することができ得る。しかし、一部の実施形態では、誘導体はさらに、AAVゲノムの1つまたはそれより多くのrep及び/またはcap遺伝子または他のウイルス配列を含んでもよい。天然に存在するAAVは、ヒト染色体19の特異的部位で高頻度に組み込まれ、無視できる頻度のランダムな組み込みを示し、その結果、ベクターにおける組み込み能の保持が、治療環境において忍容され得る。
AAVゲノムは、AAV粒子のパッケージング機能をコードするrep及び/またはcap遺伝子などのパッケージング遺伝子を含む。rep遺伝子は、タンパク質Rep78、Rep68、Rep52、及びRep40またはそれらのバリアントのうちの1つまたはそれより多くをコードする。cap遺伝子は、VP1、VP2、及びVP3またはそれらのバリアントなどの1つまたはそれより多くのカプシドタンパク質をコードする。これらのタンパク質は、AAV粒子のカプシドを構成する。
誘導体が、カプシドタンパク質、すなわち、VP1、VP2、及び/またはVP3、を含む場合、誘導体は、1つまたはそれより多くの天然に存在するAAVのキメラ、シャッフル、またはカプシド改変誘導体であってもよい。特に、本発明は、同じベクター(すなわち、偽型ベクター)内のAAVの異なる血清型、クレード、クローン、または分離株由来のカプシドタンパク質配列の提供を包含する。
キメラ、シャッフル、またはカプシド改変誘導体は、ウイルスベクターに1つまたはそれより多くの所望の機能を提供するように選択される。従って、これらの誘導体は、AAV2のゲノムなどの天然に存在するAAVゲノムを含むAAVベクターと比較して、遺伝子送達の効率の向上、免疫原性(体液性または細胞性)の低下、向性範囲の変化、及び/または特定の細胞型の標的化の改善を示し得る。遺伝子送達の向上した効率は、細胞表面での受容体または共受容体結合の改善、内在化の改善、細胞内及び核へのトラフィッキングの改善、ウイルス粒子の脱殻の改善、ならびに一本鎖ゲノムの二本鎖形態への変換の改善により達成され得る。効率の向上は、ベクター用量が、必要とされない組織に投与することにより希釈されないような向性範囲の変更または特定の細胞集団の標的化にも関連し得る。
キメラカプシドタンパク質は、天然に存在するAAV血清型の2つまたはそれより多くのカプシドコード配列間の組み換えにより生成されたものを含む。これは、例えば、ある血清型の非感染性カプシド配列を異なる血清型のカプシド配列と共に同時トランスフェクトするマーカーレスキューアプローチにより実施されてもよく、特異的選択が、所望の特性を有するカプシド配列について選択するために使用される。異なる血清型のカプシド配列は、新規のキメラカプシドタンパク質を生成するために、細胞内での相同組み換えにより変更することができる。
キメラカプシドタンパク質は、カプシドタンパク質配列を操作して、2つまたはそれより多くのカプシドタンパク質間に、例えば、異なる血清型の2つまたはそれより多くのカプシドタンパク質間に、異なる特定のカプシドタンパク質ドメイン、表面ループ、または特定のアミノ酸残基を移入することにより生成されるものも含む。
シャッフルまたはキメラカプシドタンパク質は、DNAシャッフリングまたはエラープローンPCRによっても生成され得る。ハイブリッドAAVカプシド遺伝子は、関連AAV遺伝子の配列、例えば、複数の異なる血清型のカプシドタンパク質をコードするもの、をランダムにフラグメント化し、次に、配列相同性の領域に交差も生じさせ得る自己プライミングポリメラーゼ反応においてフラグメントを再び集めることにより作成することができる。いくつかの血清型のカプシド遺伝子をシャッフルすることにより、このように作成されたハイブリッドAAV遺伝子のライブラリーは、所望の機能を有するウイルスクローンを同定するためにスクリーニングすることができる。同様に、エラープローンPCRが、所望の特性について選択され得るバリアントの多様なライブラリーを生じるように、AAVカプシド遺伝子をランダムに変異させるために使用されてもよい。
カプシド遺伝子の配列はまた、天然の野生型配列に対し特異的な欠失、置換、または挿入を導入するように遺伝子改変されてもよい。特に、カプシド遺伝子は、カプシドコード配列のオープンリーディングフレーム内への、またはカプシドコード配列のN末端及び/またはC末端に、無関係のタンパク質またはペプチドの配列を挿入することにより改変されてもよい。無関係のタンパク質またはペプチドは、有利には、特定の細胞型のリガンドとして作用して、それにより、標的細胞への結合の改善を与えるか、またはそれにより、特定の細胞集団にベクターを標的化する特異性を改善するものであってよい。無関係のタンパク質はまた、産生プロセスの一部としてウイルス粒子の精製を支援するもの、すなわち、エピトープまたはアフィニティータグ、であってよい。挿入部位は、ウイルス粒子の他の機能、例えば、ウイルス粒子の内在化、トラフィッキング、を阻害しないように選択されるであろう。当業者は、共通の一般的な知識に基づいて、挿入に適する部位を同定することができる。特定の部位は、上記で参照されたChoi et al.に開示される。
本発明はさらに、天然AAVゲノムとは異なる順序及び構成のAAVゲノムの配列の提供を包含する。本発明はまた、1つまたはそれより多くのAAV配列または遺伝子を、別のウイルス由来の配列と、または複数のウイルス由来の配列からなるキメラ遺伝子と置換することを包含する。そのようなキメラ遺伝子は、異なるウイルス種の2つまたはそれより多くの関連ウイルスタンパク質由来の配列からなってもよい。
本発明のAAVベクターは、ある血清型のITRを有するAAVゲノムまたは誘導体が異なる血清型のカプシドにパッケージされるトランスカプシド形態を含む。本発明のAAVベクターはまた、2つまたはそれより多くの異なる血清型由来の未改変カプシドタンパク質の混合物がウイルスカプシドを構成するモザイク形態を含む。AAVベクターはまた、カプシド表面に吸着されるリガンドを有する化学的改変形態を含んでもよい。例えば、そのようなリガンドは、特定の細胞表面受容体を標的とするための抗体を含んでもよい。
従って、例えば、本発明のAAVベクターは、AAV2ゲノム及びAAV2カプシドタンパク質を有するもの(AAV2/2)、AAV2ゲノム及びAAV5カプシドタンパク質を有するもの(AAV2/5)、ならびにAAV2ゲノム及びAAV8カプシドタンパク質を有するもの(AAV2/8)を含む。本発明のAAVベクターは、変異型AAVカプシドタンパク質を含んでもよい。一実施形態では、本発明のAAVベクターは、変異型AAV8カプシドタンパク質を含む。好ましくは、変異型AAV8カプシドタンパク質は、AAV8 Y733Fカプシドタンパク質である。
本開示のAAVウイルス粒子を作製する方法は、当業者に既知であろう。本開示のAAVウイルス粒子を調製する例示的であるが非限定的な方法が以下に記載される。所与のAAVベクターの生成には、3つのプラスミド、すなわち送達されるべき目的の核酸配列(すなわち、BEST1をコードする核酸配列)をコードするウイルス送達ベクターを含むもの、rep及びcap遺伝子をコードするプラスミド、ならびに良好なAAV生成に必要な必須のアデノウイルス遺伝子を含有する第3のヘルパープラスミドが必要とされる。プロモーターは、パッケージング遺伝子のそれぞれに作動可能に連結されていてもよい。そのようなプロモーターの特定の例としては、p5、p19、及びp40プロモーター(Laughlin et al.(1979)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 76:5567−5571)が挙げられる。例えば、p5及びp19プロモーターは一般に、rep遺伝子を発現させるために使用されるが、p40プロモーターは一般に、cap遺伝子を発現させるために使用される。プラスミドは、AAVウイルスベクターを複製し、AAVタンパク質を転写及び翻訳し、AAVウイルス粒子にAAVウイルスベクターをパッケージングすることができる好適な細胞をトランスフェクトするために使用される。例示的な好適な細胞は、HEK293細胞を含む。トランスフェクション後に、細胞は、回収され溶解させる。次に、AAV粒子は、様々な方法で溶解物から精製することができる。あるいは、AAV粒子は、上清から精製することができる。例えば、溶解物は、ベンゾナーゼで処理して、清澄化してから15%、25%、40%、及び60%の相からなるイオジキサノール勾配に適用することができる。勾配は、1時間30分、59,000rpmで遠心し、次に、40%の画分を取り出し得る。次に、このAAV相は、Amicon Ultra−15 100Kフィルターユニットを使用して精製及び濃縮することができる。
医薬組成物
本発明のAAVベクターは、医薬組成物に製剤化されてもよい。これらの組成物は、薬品に加えて、薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤、緩衝剤、安定剤、または当該技術分野で周知の他の物質を含んでもよい。そのような物質は、非毒性でなければならず、活性成分の有効性を阻害してはならない。担体または他の物質の正確な性質は、投与経路、例えば、網膜下、直接網膜、または硝子体内注射に従って当業者により決定されてもよい。
医薬組成物は、液体として製剤化されてもよい。液体医薬組成物は、水、石油、動物もしくは植物油、鉱油、または合成油などの液体担体を含んでもよい。生理食塩水、塩化マグネシウム、デキストロース、もしくは他の糖類溶液、またはエチレングリコール、プロピレングリコール、もしくはポリエチレングリコールなどのグリコールが含まれてもよい。一部の場合では、プルロン酸(PF68)0.001%などの界面活性剤が使用されてもよい。
罹患部位での注射の場合、活性成分は、発熱性物質不含であり、好適なpH、等張性、及び安定性を有する水溶液の形態であってよい。当業者は、例えば、塩化ナトリウム注射、リンガー注射、または乳酸リンガー注射などの等張性ビヒクルを使用して好適な溶液を十分に調製することができる。必要に応じて、防腐剤、安定剤、緩衝剤、酸化防止剤、及び/または他の添加剤が含まれてもよい。
緩衝液は、AAV遺伝子治療のための注射デバイスの貯蔵及び通過後の本開示のウイルスベクター及びベクター粒子の安定性及び生体適合性に影響を及ぼし得る。一部の実施形態では、本開示のウイルスベクター及びベクター粒子は、生体適合性及び安定性を維持するために、TMN200緩衝液で希釈されてもよい。TMN200緩衝液は、20mMのTris(pHを8.0に調整)、1mMのMgCl及び200mMのNaClを含む。
物理的なウイルスゲノム力価の決定は、ウイルスベクターまたはウイルス粒子の特徴づけの一部を成す。一部の実施形態では、物理的ウイルスゲノム力価の決定は、遺伝子治療中のウイルスベクター及びウイルス粒子の効力及び安全性を確実にする1ステップを成す。一部の実施形態では、AAV力価を決定する方法は、定量的PCR(qPCR)を含む。標準として使用されるDNAの立体配座または試料調製中の酵素消化などの結果に影響を与え得る種々の可変要素がある。力価が測定され得るウイルスベクターまたは粒子調製物は、プラスミドを使用して生成された標準希釈曲線と比較されてもよい。一部の実施形態では、標準曲線で使用されるプラスミドDNAは、スーパーコイル立体配座にある。一部の実施形態では、標準曲線で使用されるプラスミドDNAは、線形立体配座である。線状プラスミドを、例えば、HindIII制限酵素で消化することにより調製し、アガロースゲル電気泳動により可視化し、製造業者の使用説明書に従ってQIAquickゲル抽出キット(Qiagen)を使用して精製することができる。標準曲線を生成するために使用されるプラスミド内で切断する他の制限酵素も適切であり得る。一部の実施形態では、標準としてのスーパーコイルプラスミドの使用により、線状プラスミドの使用と比較して、AAVベクターの力価が増加した。
AAVゲノム力価の定量化のために精製AAVベクターからDNAを抽出するために、2つの酵素的方法を使用することができる。一部の実施形態では、AAVベクターは、DNase Iで単独で消化されてもよい。一部の実施形態では、AAVベクターは、DNase I及び追加のプロテイナーゼK処理で二重消化されてもよい。次に、QPCRを、導入遺伝子配列に特異的なプライマー及びTaqmanプローブを使用するCFX ConnectリアルタイムPCR検出システム(BioRad)を用いて実施することができる。
遅延放出の場合、薬品は、例えば、生体適合性ポリマーから形成されたマイクロカプセル中で、または当該技術分野で既知の方法によるリポソーム担体系中で、持続放出用に製剤化される医薬組成物に含まれてもよい。
投薬量
本明細書で使用される場合、「Dnase耐性粒子(DRP)」という用語は、Dnase消化に耐性であり、それ故、本開示のAAVベクターを完全にカプセル化し、Dnase消化から保護すると考えられるAAV粒子を指す。AAV粒子はまた、用量中の投与されるゲノム粒子(gp)の総数、またはgp/mL、溶液1ミリリットル(mL)当たりのゲノム粒子の数に関して定量されてもよい。本明細書で使用される場合、ゲノム粒子(gp)は、本開示のAAV送達ベクター(またはAAVゲノム)のコピーを含有するAAV粒子を指す。本明細書で使用される場合、1mL当たりのゲノム含量(GC)という用語は、溶液1mL当たりのウイルスゲノムの数を指し、例えば、上記のようにqPCRにより決定されてもよい。GC及びVG(ウイルスゲノム)という用語が、本開示のAAV投薬量及び濃度を特徴づけるために同義的に使用されてもよい。
本開示の組成物の一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターが、単回用量として対象に投与される。
本開示の組成物の一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、AAVベクターが薬学的に許容される担体に懸濁される液体懸濁液として製剤化されてもよい。一部の実施形態では、本開示の組成物は、1mL当たり1〜2×10、1〜2×1010、1〜2×1011、1〜2×1012、または1〜2×1013のゲノム粒子(gp)の濃度で複数のAAVベクターを含んでもよい。一部の実施形態では、本開示の組成物は、5×1011DRP/mL、1.5×1012DRP/mL、5×1012DRP/mL、1.2×1012DRP/mL、4.5×1012DRP/mL、1.2×1013DRP/mL、1.5×1013DRP/mL、または5×1013DRP/1.2×1012DRP/mLの濃度で複数のAAVベクターを含んでもよい。一部の実施形態では、本開示の組成物は、1mL当たり5×1012DRPの濃度で複数のAAVベクターを含んでもよい。一部の実施形態では、本開示の組成物は、1mL当たり1.5×1013DRPの濃度で複数のAAVベクターを含んでもよい。従って、約2×1010gpのAAVベクターの用量を投与するために、例えば、1mL当たり約2×1012gpの濃度を有する医薬組成物約10マイクロリットルの単回注射が、in vivoで所望の用量を達成するであろう。
本開示の組成物の一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、端点を含む、1〜500μlの容量を含んでもよい。本開示の組成物の一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、各範囲に対し、端点を含む、10〜500、50〜500、100〜500、200〜500、300〜500、400〜500、50〜250、100〜250、200〜250、50〜150、1〜100、または1〜10μlの容量を含んでもよい。本開示の組成物の一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、1、2、5、10、50、100、150、200、250、300、350、400、450、500μl、またはその間の任意の数のマイクロリットルの容量を含んでもよい。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、100μlを含んでもよい。
本開示の組成物の一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターの全容量が、単一の注射で注射されてもよい。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターの容量の一部が、単回注射で注射されてもよい。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターの容量の第1の部分が、第1の単回注入で注射されてもよく、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターの容量の第2の部分が、第2の単回注射で注射されてもよい。
本開示の組成物の一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、眼当たり少なくとも2×10、2×10、5×10、1.5×10、2×10、5×10、2×1010、5×1010、6×1010、1.2×1011、2×1011、4.5×1011、5×1011、1.2×1012、1.5×1012、2×1012、または5×1012gpの投薬量で投与される。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、眼当たり約5×1010、1.5×1011、5×1011、または1.5×1011gpの投薬量で投与される。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、網膜下注射により、眼当たり約5×1011DRPの投薬量で投与される。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、網膜下注射により、眼当たり約2×1010gpの投薬量で投与される。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、網膜下注射により、眼当たり約5×1010gpの投薬量で投与される。一部の実施形態では、AAVベクターは、網膜下注射により、眼当たり約6×1010gpの投薬量で投与される。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、網膜下注射により、眼当たり約1.5×1011gpの投薬量で投与される。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、網膜下注射により、眼当たり約2×1011gpの投薬量で投与される。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、網膜下注射により、眼当たり約5×1011gpの投薬量で投与される。一部の実施形態では、AAVベクターを含む組成物またはAAVベクターは、網膜下注射により、眼当たり約1.5×1012gpの投薬量で投与される。
投薬量または容量は、硝子体の体積に基づく種間の相対成長スケーリングに基づいて計算されてもよい。本明細書で使用される「相対成長」は、体のサイズに関する生物の変化を指す。種を比較する際に考慮すべきいくつかの要因は、体の体積、表面積、代謝率、及び独特の解剖学的、生理学的、または生化学的プロセスを含む。ヒト等価用量は、体表面積、体重、または表面積及び体重の組み合わせに正規化することができる。他の要因も考慮に入れてもよい。
送達
本発明のウイルスベクターは、網膜下、直接網膜、脈絡膜上、または硝子体内注射により対象の眼に投与されてもよい。当業者は、個々の網膜下、直接網膜、または硝子体内注射に精通しており、それらを十分に実行することができるであろう。
網膜下注射は、網膜下腔、すなわち、感覚神経網膜下への注射である。網膜下注射中、注射される物質は、光受容細胞及び網膜色素上皮(RPE)層に向けられ、それらの間に空間を生じる。注射が小さな網膜切開術により行われる場合、網膜剥離が生じ得る。注入された物質により生じる網膜の剥離した隆起層は、「ブレブ」と呼ばれる。網膜下注射により生じた穴は、注射された溶液が投与後に硝子体腔に大幅に逆流しないように十分に小さくなければならない。そのような逆流は、薬品の効果が標的ゾーンから離れる方向に向かうので、薬剤が注射される時に特に問題となるであろう。好ましくは、注射は、感覚神経網膜に自己密封式の入口点を生じる。すなわち、注射針が取り外されると、注射針により生じた穴は、注射された物質が穴から放出されることがほとんどまたは実質的にないように再密封される。
このプロセスを容易にするために、専門の網膜下注射針が市販されている(例えば、DORC41Gテフロン(登録商標)網膜下注射針、Dutch Ophthalmic Research Center International BV、オランダ・ザイドラント)。これらは、網膜下注射を実行するために設計された針である。
あるいは、網膜下注射は、手術顕微鏡(Leica Microsystems、ドイツ)を使用して直接視覚的ガイダンスの下でAAV粒子を含む組成物を送達することにより実施することができる。1つの例示的アプローチは、ハミルトン注射器及び34ゲージの針(ESS labs、UK)を用いて、後極から上網膜までの強膜トンネルアプローチを使用するものである。あるいは、網膜下注射は、WPI注射器及び斜角のついた35G針システム(World Precision Instruments、英国)を使用する網膜下注射の前に、33G針による前房穿刺術を使用して実施することができる。さらなる代替物は、WPI Nanofilシリンジ(WPI、部品番号NANOFIL)及び34ゲージWBI Nanofil針(WPI、部品番号NF34BL−2)である。
本開示のベクターまたは組成物は、脈絡膜上注射を介して投与されてもよい。脈絡膜上注射の任意の手段が、本開示のベクターまたは組成物のための潜在的な送達システムとして想定される。脈絡膜上注射は、脈絡膜と強膜の間の空間である脈絡膜上腔への注射である。従って、脈絡膜上腔への注射は、網膜、網膜色素上皮(RPE)、または黄斑などのすぐ近くの眼の構造に組成物を送達するための可能性のある投与経路である。一部の実施形態では、脈絡膜上腔への注射は、マイクロニードル、マイクロカニューレ、またはマイクロカテーテルを使用して、眼の前部で行われる。眼の前部は、眼球赤道の前の領域を含んでも、それからなってもよい。ベクター組成物またはAAVウイルス粒子は、脈絡膜上経路を介して注射部位から後方に拡散し得る。一部の実施形態では、カテーテルシステムを使用して、後眼の脈絡膜上腔に直接注射される。この実施形態では、脈絡膜上腔は、毛様体扁平部の切開を介してカテーテル挿入されてもよい。一部の実施形態では、脈絡膜上経路を介した注射または注入は、脈絡膜、ブルッフ膜、及び/またはRPE層を横断して、網膜下腔に本開示のベクターまたは組成物を送達する。本開示のベクターまたは組成物が脈絡膜上経路を介して網膜下腔に送達されるものを含む一部の実施形態では、1回またはそれより多くの注射が、強膜、毛様体扁平部、脈絡膜、ブルッフ膜、及びRPE層のうちの少なくとも1つに行われる。本開示のベクターまたは組成物が、脈絡膜上経路を介して網膜下腔に送達されるものを含む一部の実施形態では、2段階手順が、本開示のベクターまたは組成物の送達前に、脈絡膜上または網膜下腔にブレブを生じさせるために使用される。
マウスに注入するこれらの実施形態では、動物は、ケタミン(40〜80mg/kg)及びキシラジン(1〜10mg/kg)を含有する腹腔内注射で麻酔し、トロピカミド点眼剤(散瞳薬1%、Bausch & Lomb、英国)及びフェニレフリン点眼薬(フェニレフリン塩酸塩2.5%、Bausch & Lomb、英国)で瞳孔を完全に拡大させることができる。プロキシメタカイン点眼薬(プロキシメタカイン塩酸塩0.5%、Bausch & Lomb、英国)も網膜下注射の前に適用することができる。注射後、白内障の形成を予防するために、クロラムフェニコール点眼薬を適用することができ(クロラムフェニコール0.5%、Bausch & Lomb、英国)、麻酔をアチパメゾール(2mg/kg)で元に戻し、カルボマーゲルを適用する(Viscotears、Novartis、英国)。
注射中に網膜への損傷が発生しない限り、及び十分に小さい針が使用される限り、実質的に全ての注射された物質は、局所性網膜剥離の部位の剥離した感覚神経網膜とRPEの間に局在したままである(すなわち、硝子体腔に逆流しない)。実際に、短い時間枠にわたるブレブの代表的な持続性は、通常硝子体への注射た物質の流出がほとんどないことを示す。注射物質が吸収されるにつれ、ブレブは、より長い時間枠で消散し得る。
眼、特に、網膜の視覚化が、例えば、光干渉断層画像診断法を使用して、術前に行われてもよい。
本発明のAAVベクターは、第1の溶液の網膜下注射により局所性網膜剥離が生じる2段階法を使用することにより、精度及び安全性が高い状態で送達され得る。第1の溶液は、ベクターを含まない。次に、第2の網膜下注射が、第1の網膜下注射により生じたブレブの網膜下液に、ベクターを含む薬品を送達するために使用される。薬品を送達する注射が、網膜を剥離するために使用されないので、特定量の溶液が、この第2のステップで注射されてもよい。本発明のAAVベクターは、(a)網膜下ブレブを形成するために、網膜を少なくとも部分的に剥離するのに有効な量の網膜下注射により、対象に溶液を投与すること(溶液はベクターを含まない)、及び(b)ステップ(a)で形成されたブレブへの網膜下注射により、薬品組成物を投与すること(薬品はベクターを含む)、により送達されてもよい。
実施例1:CAGプロモーターを使用したHEK293細胞のベストロフィン−1タンパク質
WPREを用いて(AAV2/2 CAG.BEST1.WPRE.pA、図3)及びWPREを用いずに(AAV2/2 CAG.BEST1.pA)Best1発現を引き起こすCAGプロモーターを含有するAAV2/2ベクターで、HEK293細胞に形質導入し、ベストロフィン−1タンパク質の発現及び局在を試験した。図6では、形質導入されたHEK293細胞を、Hoechst及び抗ヒトベストロフィン−1(hBEST1またはhuBEST1)抗体で染色した。ベストロフィン−1タンパク質は、形質導入されていない対照細胞と比較した場合、サイトゾル全体に見られた。
ウェスタンブロットから、HEK293細胞におけるベストロフィン−1の発現を定量した(図7)。図7Aでは、試料1は、AAV2/2 CAG.hBEST1.pAベクターであり、試料2は、AAV2/2 CAG.hBEST1.WPRE.pAベクターであり、試料3は、陰性対照であった。プラスミドでトランスフェクトしたHEK293細胞を、陽性対照として使用した。図7Bでは、定量化により、AAV2/2 CAG.BEST1.WPRE.pA(n=9)が、AAV2/2 CAG.BEST1.pA(n=9)よりもベストロフィン−1発現の約4倍の増加を示し(Tukey多重比較検定を伴う一元配置ANOVAで、p<0.01)、形質導入されていない対照細胞(n=8)に対して統計的に有意な増加が見られた(p<0.001)ことが示された。ベストロフィン−1発現が、AAV2/2 CAG.BEST1.pA細胞で見られたが、これは、形質導入されていない細胞では統計的に有意ではなかった。エラーバー=±SEM、***は、形質導入されていない対照と比較した場合、p<0.001を示す。
ベストロフィン−1を発現するHEK293細胞をさらに、全細胞パッチクランプ記録でアッセイした。図8Aは、AAV2/2 CAG.BEST1.pA、AAV2/2 CAG.BEST1.WPRE.pA、及びAAV2/2 CAG.GFP.WPRE.pAベクターで形質導入されたHEK293細胞ならびに形質導入されていない対照の電流(I)/電圧(V)プロットを示す。図8Bは、電流波形を示し、弦コンダクタンスが、図9に示される。
実施例2:VMD2プロモーターを使用した培養ARPE19細胞におけるベストロフィン−1タンパク質
適切に分化しARPE19は、天然の網膜色素上皮(RPE)細胞と同様の遺伝子発現プロファイルを有することが知られており、遺伝子発現を試験するために天然のRPE細胞の代替として使用することができる。RPE細胞においてBEST1発現を引き起こすVMD2及びCAGプロモーターの能力を試験するために、及びVMD2プロモーター由来の発現へのイントロン−エクソン(IntEx)配列の効果を試験するために、分化ARPE19細胞を使用した。
ARPE19細胞をトランスフェクトし、図10Bに概説されるプロトコールを使用してBEST1発現についてアッセイした。96ウェルプレート中、37℃及び5%のCOで1〜4ヶ月、1%のウシ胎児血清(FBS)が補充された分化培地(4.5g/lのグルコース、L−グルタミン、及び1mMのピルビン酸ナトリウムを含むDMEM)中で、ARPE19細胞を成長させた。次に、分化ARPE19細胞を、1ウェル当たり各プラスミドのコピー数が3.8×1010のpCAG.BEST1.WPRE(CAGプロモーター)、pVMD.BEST1.WPRE(VMD2プロモーター)、またはpVMD2.IntEx.BEST1.WPRE(VMD2プロモーター及びイントロン−エクソン構築物)のいずれかでトランスフェクトした。TransIT−LT1試薬単独で処理された細胞及びトランスフェクション試薬またはプラスミドなしの細胞は、陰性対照としての役割を果たした。次に、細胞を37℃で2日間培養した後、固定し、抗hBest1及び抗ZO1(ZO−1、または閉鎖帯−1、または密着結合タンパク質1、細胞間密着結合の細胞質膜表面に位置するタンパク質とも呼ばれる)で染色した。図11〜13は、BEST1をコードする3つのベクターでトランスフェクトされた分化ARPE19細胞及びトランスフェクトされていない対照におけるBEST1発現を示す。
トランスフェクション前の1ヶ月間に分化したARPE19細胞では、トランスフェクトされていない細胞は、発現を示さなかった。対照的に、pCAG.BEST1.WPRE及びpVMD2.IntEx.BEST1.WPREの両方は、分化ARPE19細胞においてBEST1タンパク質発現を引き起こすことができた(図11Aを参照し、1行目、2行目、及び4行目を対比のこと)。pVMD2.BEST1.WPRE(エクソン−イントロンなし)も、1ヶ月の分化ARPE19細胞においてBEST1発現を引き起こすことができた(図11B)が、この構築物は、イントロン−エクソン配列(pVMD2.IntEx.BEST1.WPRE)を含む構築物よりも低いレベルでBEST1を発現するようであった。3ヶ月間分化したARPE19細胞において、同様の結果が得られた。pCAG.BEST1.WPRE、pVMD2.IntEx.BEST1.WPRE及びpVMD2.BEST1.WPREは全て、BEST1タンパク質の発現を引き起こすことができたが、CAGプロモーターを用いる発現は、VMD2プロモーターよりも高く、VMD2を用いると、イントロン−エクソン配列は、発現を改善する(図12Aの1行目のトランスフェクトされていない対照を図12Bと対比のこと)。
ARPE19細胞に形質導入し、図10に概説されるプロトコールを使用してBEST1発現をアッセイした。形質導入前に、分化したARPE19細胞を400nMのドキソルビシンで前処理した。この薬物は、いくつかのin vitroモデルにおいてAAV2形質導入効率を改善することが証明されている。処理の4時間後、細胞に種々の感染多重度(MOI)で種々のウイルス構築物を形質導入した。
4ヶ月間分化し、400nMのドキソルビシンで前処理され、且つ2、4及び8×10gp/細胞で、AAV2/2.CAG.GFP.WPRE及びAAV2/2.VMD2.InEx.GFP.WPREで形質導入されたARPE19細胞は、形質導入の10日後、ドキソルビシンでの前処理なしの形質導入細胞と比較して、より高いGFP蛍光を示した(図13A)AAV2/2.CAG.GFP.WPRE及びB)AAV2/2.VMD2.InEx.GFP.WPREの各パネルの上及び下の行を対比のこと)。GFP蛍光は、陰性対照として使用された形質導入されていない細胞では検出されなかった(図13A及びBの第1の列)。
4ヶ月間分化し、400nMのドキソルビシンで前処理され、且つ1及び4×10gp/細胞で、AAV2/2.CAG.BEST1.WPRE及びAAV2/2.VMD2.InEx.BEST1.WPREで形質導入されたARPE19細胞では、BEST1発現は、形質導入の10日後、形質導入されていない対照(1行目、図14)と比較した抗hBEST1を用いる免疫染色により検出することができた(赤、図14の3列目、2行目〜5行目)。
実施例3:マウスでの4/8週間のin vivoパイロット研究
VMD2.BEST1.WPRE及びVMD2.IntEx.BEST1.WPRE構築物がBEST1の発現を引き起こす能力をin vivoでアッセイした。4/8週間のin vivoパイロット研究のプロトコールを図15に示す。C57BL/6マウス(1群当たり6匹)に、シャム注射、AAV2/2 VMD2.BEST1.WPRE、またはAAV2/2 VMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAVウイルス粒子のいずれかを両側に注射した。34ゲージNanofil針(WPI番号NF34BL−2)を用いて、1μLのAAV溶液を1×10GC/μL/眼で網膜下に注射した。光干渉断層画像診断法を使用して、4週及び8週に眼を撮像して、網膜の菲薄化(毒性)を評価し、3匹の動物を各時点で死亡させて、免疫組織化学及びウェスタンブロットによりBEST1タンパク質発現をアッセイした。
4週及び8週のOCTイメージングにより、シャム処理と比較した場合、VMD2構築物のいずれもが、光受容体毒性を示さなかったことが示された(図16〜18)。
4週及び8週の両方の時点で、3匹の動物を死亡させ、さらにBEST1タンパク質発現をウェスタンブロット(図21)及び免疫組織化学(図19)により特徴づけた。図19は、注射の4週後の眼の免疫組織化学の結果を示し、図20は、注射の8週後間の眼の免疫組織化学の結果を示す。光受容細胞及びDAPIを示す抗BEST1(緑)及び抗ロドプシン(赤)で眼を染色した(図19及び20)。BEST1タンパク質発現は、VMD2.BEST1.WPRE.pA及びVMD2.IntEx.BEST1.WPRE.pAから観察された。VMD2プロモーターは、RPE層及び光受容体外層の結合に局在するBEST1発現を引き起こした。4週間注射した眼由来の解剖されたRPE/脈絡膜複合組織のウェスタンブロットは、タンパク質発現を示す(図21)。
実施例4:マウスにおける4/13週間のin vivo概念実証試験
さらなる4週及び13週のin vivo概念実証(PoC)試験をマウスで実施して、パイロット試験の結果を確認し、AAVウイルス粒子投薬量の効果をアッセイし、AAV注射後の後の時点で効果を調査した。4/13週間の概念実証試験のプロトコールの概要が図22にされる。C57BL/6マウス(1コホート当たり12匹)が1×10GC/μL/眼もしくは1×10GC/μL/眼のうちのいずれかのVMD2.IntEx.BEST1.WPREもしくはVMD2.BEST1.WPRE.pA AAV粒子、またはシャム注射を両側に注射した。34ゲージNanofil針(WPI番号NF34BL−2)を用いて、1μLのAAV溶液を網膜下に注射した。注射の4週後及び13週後に、眼をOCTで撮像した。注射の4週間後に4匹のマウスを死亡させ、注射の13週間後に、残りの8匹を死亡させ、BEST1発現を免疫組織化学及びウェスタンブロットにより特徴づけた。
4週間及び13週間のOCT撮像により、高用量(1×10GC/眼)または低用量(1×10GC/眼)のいずれかのVMD2構築物(イントロン−エクソン配列を含むかまたは含まない)のいずれもが、シャム対照と比較した場合の網膜の菲薄化により明らかなような毒性を示さなかったことが示された(図23)。抗BEST1(図24のhuBEST1)及び抗ロドプシンを用いる染色により、VMD2がBEST1をRPE層に局在化させ、VMD2.IntEx.BEST1.WPREが注射された眼において、より多くのBEST1発現の傾向があったことが示された。4週間注射された眼(4)由来のプールされた解剖されたRPE/脈絡膜複合体組織のウェスタンブロットは、タンパク質発現を示す(図25B)。
実施例5:マウスにおける優良試験所基準(GLP)毒性評価試験
長期間にわたるBEST1 AAVの安全性及び発現が、マウスにおける優良試験所基準(GLP)毒性試験で、マウスにおいて確認される。研究の概要が図27に示される。8匹のオス及び8匹のメスのマウスのコホートに、低用量(5.0×10GC/眼)、中用量(1.5×10GC/眼)、または高用量(5.0×10GC/眼)のVMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV粒子が網膜下に且つ両側で注射される。相対成長量スケーリングを使用すると、マウスの高用量は、ヒトにおける5×1012GC/mL/眼の100μLの用量に相当する。マウスは、4週間及び26週間で、評価され、死亡させる。眼は、眼科検査、眼圧(IOP)を測定するための眼圧測定、網膜の厚さのためのOCT(投与前、ならびに4週間及び13週間の終わり)で評価される。死亡させた後に、死体解剖により、臓器の重量が評価され、左目、脳、心臓、骨格筋、肺、肝臓、腎臓、精巣、及び卵巣などの組織がqPCRのために収集される。組織病理学的評価を実施し、組織は、さらなる免疫組織化学のために、例えば、ホルマリン中に貯蔵することにより、保存される。あるいは、またはさらに、4匹のマウスの群に、VMD2.IntEx.BEST1.WPRE AAV粒子の2×10GC/眼及び5×10GC/眼の投薬量が注射され、4週間で、より大きな毒性試験のために、プロトコールを最適化するために評価される(概要については図28を参照のこと)。
参照による組み込み
相互参照または関連特許または出願を含む、本明細書で引用される全ての文書は、明示的に除外または別途制限されない限り、全体が参照により本明細書に組み込まれる。いずれの文献の引用も、それが、本明細書で開示もしくは特許請求されるいかなる発明に対する先行技術であること、または、単独で、もしくは任意の他の参考文献(複数可)との任意の組み合わせで、そのような任意の発明を教示、示唆、もしくは開示することを認めるものではない。さらに、この文書における用語の任意の意味または定義が、参照により組み込まれる文書における同じ用語の意味または定義と矛盾する限りにおいて、この文書においてその用語に与えられた意味または定義が適用されるものとする。
他の実施形態
本開示の特定の実施形態が例示及び説明されているが、本開示の趣旨及び範囲から逸脱することなく、他の種々の変更及び修正を行うことができる。添付の特許請求の範囲は、本開示の範囲内にあるそのような全ての変更及び修正を含む。

Claims (85)

  1. 組成物であって、
    (a)卵黄様黄斑ジストロフィー−2(VMD2)プロモーターをコードする配列、及び
    (b)ベストロフィン−1(BEST1)タンパク質をコードする配列
    を含む核酸配列を含む、前記組成物。
  2. 前記VMD2プロモーターをコードする前記配列が、ヒトVMD2プロモーターをコードする、請求項1に記載の組成物。
  3. 前記BEST1タンパク質をコードする前記配列が、ヒトBEST1タンパク質をコードする、請求項1または2に記載の組成物。
  4. 前記BEST1タンパク質をコードする前記配列が、コード配列を含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の組成物。
  5. 前記BEST1タンパク質をコードする前記配列が、cDNA配列を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の組成物。
  6. 前記核酸配列がさらに、
    (c)転写後調節エレメント(PRE)をコードする配列
    を含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載の組成物。
  7. 前記PREをコードする前記配列が、ウッドチャック肝炎ウイルス(WPRE)から単離または誘導された配列を含む、請求項7に記載の組成物。
  8. 前記核酸配列がさらに、
    (d)ポリアデニル化(ポリA)シグナルをコードする配列
    を含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載の組成物。
  9. 前記核酸配列がさらに、
    (e)5’非翻訳領域をコードする配列
    を含む、請求項1〜8のいずれか1項に記載の組成物。
  10. 前記核酸配列がさらに、
    (f)イントロンをコードする配列、及び
    (g)エクソンをコードする配列
    を含み、
    前記イントロンをコードする前記配列及び前記エクソンをコードする前記配列が、作動可能に連結されている、請求項1〜8のいずれか1項に記載の組成物。
  11. 前記イントロンをコードする前記配列が、前記VMD2プロモーターをコードする前記配列と前記エクソンをコードする前記配列の間に配置され、
    前記エクソンをコードする前記配列が、前記イントロンをコードする前記配列と前記5’UTRをコードする前記配列の間に配置され、
    前記イントロンをコードする前記配列が、哺乳動物細胞によりスプライスされる、請求項9または10に記載の組成物。
  12. 前記5’UTRをコードする前記配列が、コザック配列またはその一部をコードする配列を含む、請求項9〜11のいずれか1項に記載の組成物。
  13. コザック配列をコードする前記配列が、GCCRCCATGGの核酸配列と少なくとも50%の同一性を有する、請求項12に記載の組成物。
  14. コザック配列をコードする前記配列が、GGCACCATGAの核酸配列を含むか、またはそれからなる、請求項12に記載の組成物。
  15. 前記ヒトVMD2プロモーターをコードする前記配列が、
    Figure 2021520232
    を含むか、またはそれからなる、請求項2〜14のいずれか1項に記載の組成物。
  16. 前記ヒトBEST1タンパク質をコードする前記配列が、
    Figure 2021520232
    を含むか、またはそれからなる、請求項3〜15のいずれか1項に記載の組成物。
  17. 前記ポリAシグナルをコードする前記配列が、哺乳動物遺伝子から単離または誘導された配列を含む、請求項8〜16のいずれか1項に記載の組成物。
  18. 前記ポリAシグナルをコードする前記配列が、哺乳動物ウシ成長ホルモン(BGH)遺伝子から単離または誘導された配列を含む、請求項17に記載の組成物。
  19. 前記エクソンをコードする前記配列が、哺乳動物遺伝子から単離または誘導された配列を含む、請求項10〜18のいずれか1項に記載の組成物。
  20. 前記エクソンをコードする前記配列が、ウサギ(Oryctolagus cuniculus)ベータグロビン遺伝子から単離または誘導された配列を含む、請求項19に記載の組成物。
  21. 前記イントロンをコードする前記配列が、天然に存在しない配列を含む、請求項10〜20のいずれか1項に記載の組成物。
  22. 前記イントロンをコードする前記配列が、融合配列を含む、請求項21に記載の組成物。
  23. 前記イントロンをコードする前記配列が、
    スプライス供与部位をコードする配列、ならびに
    スプライス分岐点及び受容部位をコードする配列
    を含む、請求項22に記載の組成物。
  24. 前記スプライス供与部位をコードする前記配列が、脊椎動物遺伝子から単離または誘導された配列を含む、請求項23に記載の組成物。
  25. 前記スプライス供与部位をコードする前記配列が、ニワトリ(Gallus gallus)ベータアクチン遺伝子(CBA)から単離または誘導された配列を含む、請求項24に記載の組成物。
  26. 前記スプライス分岐点及び受容部位をコードする前記配列が、脊椎動物遺伝子から単離または誘導された配列を含む、請求項23〜25のいずれか1項に記載の組成物。
  27. 前記スプライス分岐点及び受容部位をコードする前記配列が、ウサギ(Oryctolagus cuniculus)ベータグロビン遺伝子から単離または誘導された配列を含む、請求項26に記載の組成物。
  28. 請求項1〜27のいずれか1項に記載の組成物を含む、ベクター。
  29. 前記ベクターが、プラスミドである、請求項28に記載のベクター。
  30. 請求項28または29のベクターを含む、送達ベクター。
  31. 前記送達ベクターが、ウイルス送達ベクターである、請求項30に記載の送達ベクター。
  32. 前記送達ベクターが、一本鎖ウイルスゲノムを含む、請求項31に記載の送達ベクター。
  33. 前記送達ベクターが、二本鎖ウイルスゲノムを含む、請求項31に記載の送達ベクター。
  34. 前記送達ベクターが、RNA分子を含む、請求項30〜33のいずれか1項に記載の送達ベクター。
  35. 前記送達ベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターから単離または誘導された配列を含む、請求項30〜34のいずれか1項に記載の送達ベクター。
  36. 前記送達ベクターが、血清型AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、またはそれらの任意の組み合わせのAAVベクターから単離または誘導された配列を含む、請求項35に記載の送達ベクター。
  37. 前記送達ベクターが、血清型AAV2のAAVベクターから単離または誘導された配列を含む、請求項35に記載の送達ベクター。
  38. 前記送達ベクターが、血清型AAV8のAAVベクターから単離または誘導された配列を含む、請求項35に記載の送達ベクター。
  39. 前記送達ベクターが、血清型AAV2のAAVベクターから単離または誘導された第1の末端逆位反復(ITR)及び第2のITRをコードする配列、ならびに血清型AAV2のAAVベクターから単離または誘導されたウイルス遺伝子をコードする配列を含む、請求項37または38に記載の送達ベクター。
  40. 前記送達ベクターが、血清型AAV8のAAVベクターから単離または誘導された第1の末端逆位反復(ITR)及び第2のITRをコードする配列、ならびに血清型AAV8のAAVベクターから単離または誘導されたウイルス遺伝子をコードする配列を含む、請求項37または38に記載の送達ベクター。
  41. 前記送達ベクターが、血清型AAV2のAAVベクターから単離または誘導された第1の末端逆位反復(ITR)及び第2のITRをコードする配列、ならびに血清型AAV8のAAVベクターから単離または誘導されたウイルス遺伝子をコードする配列を含む、請求項37または38に記載の送達ベクター。
  42. 請求項1〜27のいずれか1項に記載の組成物及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
  43. 請求項28または29に記載のベクター及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
  44. 請求項30〜41のいずれか1項に記載の送達ベクター及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
  45. 請求項1〜27のいずれか1項に記載の組成物を含む、細胞。
  46. 請求項28または29に記載のベクターを含む、細胞。
  47. 請求項30〜41のいずれか1項に記載の送達ベクターを含む、細胞。
  48. 請求項42〜44のいずれか1項に記載の医薬組成物を含む、細胞。
  49. 前記細胞が、哺乳動物細胞である、請求項45〜48のいずれか1項に記載の細胞。
  50. 前記哺乳動物細胞が、非ヒト霊長類細胞、齧歯動物細胞、マウス細胞、ラット細胞、またはウサギ細胞である、請求項49に記載の細胞。
  51. 前記細胞が、ヒト細胞である、請求項45〜49のいずれか1項に記載の細胞。
  52. 前記ヒト細胞が、前記網膜色素上皮(RPE)の神経細胞、グリア細胞、網膜細胞、光受容細胞、桿体細胞、錐体細胞、または立方細胞である、請求項51に記載の細胞。
  53. 前記ヒト細胞が、光受容細胞である、請求項51に記載の細胞。
  54. 前記ヒト細胞が、HEK293細胞またはARPE19細胞である、請求項51に記載の細胞。
  55. 前記ヒト細胞が、ヒト網膜のRPEから単離または誘導された、請求項51〜53のいずれか1項に記載の細胞。
  56. 前記細胞が、in vivo、in vitro、ex vivo、またはin situである、請求項51〜55のいずれか1項に記載の細胞。
  57. 黄斑ジストロフィーを処置することを、それを必要とする対象において行う方法であって、請求項1〜27または42〜44のいずれか1項の組成物の治療的有効量を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  58. 黄斑ジストロフィーを処置することを、それを必要とする対象において行う方法であって、請求項28または29のベクターを含む組成物の治療的有効量を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  59. 黄斑ジストロフィーを処置することを、それを必要とする対象において行う方法であって、請求項30〜41のいずれか1項に記載の送達ベクターを含む組成物の治療的有効量を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  60. 前記対象が、ヒトである、請求項57〜59のいずれか1項に記載の方法。
  61. 前記対象が、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、齧歯動物、マウス、ラット、またはウサギである、請求項57〜59のいずれか1項に記載の方法。
  62. 前記対象が、黄斑ジストロフィーを有する、請求項57〜61のいずれか1項に記載の方法。
  63. 前記対象が、BEST1遺伝子の一方または両方のコピーに変異を有する、請求項57〜62のいずれか1項に記載の方法。
  64. 前記変異が、優性変異として遺伝性である、請求項63に記載の方法。
  65. 前記優性変異が、前記対象においてベストの卵黄様黄斑ジストロフィー(BVMD)を引き起こす、請求項64に記載の方法。
  66. 前記変異が、劣性変異として遺伝性である、請求項63に記載の方法。
  67. 前記劣性変異が、前記対象において常染色体劣性ベストロフィノパチー(ARB)を引き起こす、請求項66に記載の方法。
  68. 前記変異が、BEST1遺伝子の一方または両方のコピーのコード配列に生じる、請求項63〜67のいずれか1項に記載の方法。
  69. 前記変異が、BEST1遺伝子の一方または両方のコピーの非コード配列に生じる、請求項63〜67のいずれか1項に記載の方法。
  70. 投与が、網膜下、脈絡膜上、または硝子体内経路を介した注射または注入を含む、請求項57〜69のいずれか1項に記載の方法。
  71. 投与が、網膜下経路を介した注射または注入を含む、請求項57〜69のいずれか1項に記載の方法。
  72. 投与が、網膜下経路を介した2段階注射または2段階注入を含む、請求項71に記載の方法。
  73. 前記治療的有効量が、端点を含む、10〜200μLの容量で製剤化される、請求項57〜72のいずれか1項に記載の方法。
  74. 前記治療的有効量が、各範囲に対し、端点を含む、10〜50μL、50〜100μL、100〜150μL、または150〜200μLの容量で製剤化される、請求項73に記載の方法。
  75. 前記治療的有効量が、端点を含む、70〜120μLの容量で製剤化され、前記投与が、網膜下経路を介した注射または注入を含む、請求項57〜72のいずれか1項に記載の方法。
  76. 前記治療的有効量が、100μLの容量で製剤化され、前記投与が、網膜下経路を介した注射または注入を含む、請求項57〜72のいずれか1項に記載の方法。
  77. 前記治療的有効量が、少なくとも1×1010DRP/mL、少なくとも1×1011DRP/mL、少なくとも1×1012DRP/mL、少なくとも2×1012DRP/mL、少なくとも5×1012DRP/mL、または少なくとも1.5×1013DRP/mLの濃度のAAV送達ベクターを含む、請求項59〜76のいずれか1項に記載の方法。
  78. 前記治療的有効量が、少なくとも2×1012DRP/mL、少なくとも5×1012DRP/ml、または少なくとも1.5×1013DRP/mLの濃度のAAV送達ベクターを含む、請求項59〜76のいずれか1項に記載の方法。
  79. 前記治療的有効量が、少なくとも5×1012DRP/mLの濃度のAAV送達ベクターを含む、請求項59〜76のいずれか1項に記載の方法。
  80. 前記治療的有効量が、少なくとも1.5×1013DRP/mLの濃度のAAV送達ベクターを含む、請求項59〜76のいずれか1項に記載の方法。
  81. 前記治療的有効量が、2×10ゲノム粒子(gp)、5×10gp、1.5×10gp、2×10gp、5×10gp、2×1010gp、5×1010gp、6×1010gp、1.2×1011gp、1.5×1011gp、2×1011gp、4.5×1011gp、5×1011gp、1.2×1012gp、1.5×1012gp、2×1012gp、または5×1012gpの用量を含む、請求項59〜80のいずれか1項に記載の方法。
  82. 前記対象が、マウスであり、前記治療的有効量が、5×10gp、1.5×10gp、または5×10gpの用量を含む、請求項59〜80のいずれか1項に記載の方法。
  83. 前記対象が、非ヒト霊長類であり、前記治療的有効量が、AAVウイルス粒子の1.2×1011gp、4.5×1011gp、または1.2×1012gpの用量を含む、請求項59〜80のいずれか1項に記載の方法。
  84. 前記対象が、ヒトであり、前記治療的有効量が、AAVウイルス粒子の5×1010gp、1.5×1011gp、5×1011gp、または1.5×1012gpの用量を含む、請求項59〜80のいずれか1項に記載の方法。
  85. 前記組成物がさらに、TMN200緩衝液を含む、請求項57〜84のいずれか1項に記載の方法。
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