JP2017062810A - Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 - Google Patents
Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017062810A JP2017062810A JP2016211297A JP2016211297A JP2017062810A JP 2017062810 A JP2017062810 A JP 2017062810A JP 2016211297 A JP2016211297 A JP 2016211297A JP 2016211297 A JP2016211297 A JP 2016211297A JP 2017062810 A JP2017062810 A JP 2017062810A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- syndrome
- disease
- tissue
- patient
- gene sequence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
- G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
- G06F3/00—Input arrangements for transferring data to be processed into a form capable of being handled by the computer; Output arrangements for transferring data from processing unit to output unit, e.g. interface arrangements
- G06F3/01—Input arrangements or combined input and output arrangements for interaction between user and computer
- G06F3/048—Interaction techniques based on graphical user interfaces [GUI]
- G06F3/0484—Interaction techniques based on graphical user interfaces [GUI] for the control of specific functions or operations, e.g. selecting or manipulating an object, an image or a displayed text element, setting a parameter value or selecting a range
- G06F3/04845—Interaction techniques based on graphical user interfaces [GUI] for the control of specific functions or operations, e.g. selecting or manipulating an object, an image or a displayed text element, setting a parameter value or selecting a range for image manipulation, e.g. dragging, rotation, expansion or change of colour
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
- G06F40/00—Handling natural language data
- G06F40/10—Text processing
- G06F40/166—Editing, e.g. inserting or deleting
- G06F40/169—Annotation, e.g. comment data or footnotes
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06N—COMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
- G06N7/00—Computing arrangements based on specific mathematical models
- G06N7/01—Probabilistic graphical models, e.g. probabilistic networks
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T11/00—2D [Two Dimensional] image generation
- G06T11/20—Drawing from basic elements, e.g. lines or circles
- G06T11/206—Drawing of charts or graphs
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H10/00—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
- G16H50/20—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for computer-aided diagnosis, e.g. based on medical expert systems
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
- G16H50/30—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for calculating health indices; for individual health risk assessment
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H70/00—ICT specially adapted for the handling or processing of medical references
- G16H70/20—ICT specially adapted for the handling or processing of medical references relating to practices or guidelines
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
- G06F2203/00—Indexing scheme relating to G06F3/00 - G06F3/048
- G06F2203/048—Indexing scheme relating to G06F3/048
- G06F2203/04806—Zoom, i.e. interaction techniques or interactors for controlling the zooming operation
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H10/00—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data
- G16H10/40—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data for data related to laboratory analysis, e.g. patient specimen analysis
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H10/00—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data
- G16H10/60—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data for patient-specific data, e.g. for electronic patient records
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
- Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
- Y02A90/30—Assessment of water resources
Landscapes
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Primary Health Care (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Artificial Intelligence (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Software Systems (AREA)
- Evolutionary Computation (AREA)
- Bioethics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
Abstract
Description
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、2010年5月25日に出願された「BAMBAM:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析(Bambam:Parallel Comparative Analysis Of High−Throughput Sequencing Data)」という題の米国仮特許出願第61/396,356号明細書に関連するものであり、かつその優先権を主張するものである。
○オブジェクトは動的であり、かつパラメータ(例えば、時間、地理的領域、遺伝子樹、種など)のベクトルに関して変化することができる。
○オブジェクトは、互いのオブジェクト又は参照配列に対して「距離」を有すると考えることができる。距離は、関連の大きさに従って測定することができる。例えば、距離は、仮想上の正常からの偏差、又は時間に関する変動であることができる。
○オブジェクトは、リスク:疾患を発症するリスク、曝露に対する感受性、ある場所で働くリスクなどを示すものであることができる。
○オブジェクトは、利害関係者:ヘルスケア提供者、保険会社、患者などに対するプレゼンテーションのために操ることができる。
・地理的オブジェクトとして提示することができる
・統計的形式:1人の人間、集団、標準的なヒトなどの形で提示することができる
○参照配列をオブジェクトから生成させて、正規化配列を形成させることができる。正規化配列は、測定されたオブジェクトから得られるコンセンサスに基づいて構築することができる。
○オブジェクトは、単一遺伝子アラインメントというよりはむしろ大量のサブゲノム又はゲノム情報を表すものであり、注釈が付けられ/標準ソフトウェアで読取り可能なメタデータを含む。
○オブジェクトは、検出可能な内部パターン又は構造を有することができ:1つのスポット中の1組の突然変異は、ある状態と相関する別のスポット中の第二の組の突然変異と相関する可能性があり;一群の相違パターンはホットスポットであり;多変量解析又は他のAI技術を用いて、相関を同定し;ホットスポット(例えば、存在、不在など)の有意性を検出することができる。
○1人の人に関するオブジェクトは、セキュリティキーとして用いることができる
・テンプレートに基づくことができ
・デノボオブジェクトであることができ
・既存のオブジェクトであることができる
(0054) 「BamBam」は、大量のシークエンシングデータセットを調べて、その生殖系列と比べて各々の腫瘍内で起こる質の高いゲノム事象の組を生じさせるための計算効率の良い方法である。これらの結果から、腫瘍の染色体動態が垣間見られ、腫瘍の最終状態及びそれをもたらす事象に関する理解が深められる。
(0055) 本明細書に記載の方法を用いて、遺伝子又はタンパク質の発現の変化と関連する状態、疾患、又は障害についての、メッセンジャーRNA(mRNA)、リボソームRNA(rRNA)、転移RNA(tRNA)、マイクロRNA(miRNA)、アンチセンスRNA(asRNA)などに対する変化及び/又は修飾を含む、遺伝子構造、遺伝子突然変異、遺伝子生化学的修飾の変化を検出及び定量することができる。本明細書に記載の方法を用いて、遺伝子発現の変化、不在/存在と過剰、mRNAの発現を検出及び定量するか、又は治療的介入時のmRNAレベルをモニタリングすることもできる。発現の変化と関連する状態、疾患、又は障害としては、特発性肺動脈高血圧症、二次性肺高血圧症、細胞増殖障害、特に、退形成乏突起膠腫、星状細胞腫、乏突起星細胞腫、膠芽細胞腫、髄膜腫、神経節細胞腫、神経細胞新生物、多発性硬化症、ハンチントン病、乳腺腺癌、前立腺腺癌、胃腺癌、転移性神経内分泌癌、非増殖性乳腺線維嚢胞症及び増殖性乳腺線維嚢胞症、胆嚢の胆嚢炎及び胆石症、変形性関節症、並びに関節リウマチ;後天性免疫不全症候群(AIDS)、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、強直性脊椎炎、アミロイドーシス、貧血、喘息、アテローム性動脈硬化症、自己免疫溶血性貧血、自己免疫性甲状腺炎、良性前立腺肥大症、気管支炎、チェディアック・東症候群、胆嚢炎、クローン病、アトピー性皮膚炎、皮膚筋炎、糖尿病、肺気腫、胎児赤芽球症、結節性紅斑、萎縮性胃炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、痛風、慢性肉芽腫症、グレーブス病、橋本甲状腺炎、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、心筋炎又は心膜炎、変形性関節症、骨粗鬆症、膵炎、多嚢胞性卵巣症候群、多発性筋炎、乾癬、ライター症候群、関節リウマチ、強皮症、重症複合免疫不全症(SCID)、シェーグレン症候群、全身性アナフィラキシー、全身性エリテマトーデス、全身性硬化症、血小板減少性紫斑病、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、ウェルナー症候群、血液透析、体外循環、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、寄生虫感染、原虫感染、及び蠕虫感染;プロラクチン産生の障害、卵管疾患、排卵異常、及び子宮内膜症を含む不妊症、発情周期の障害、月経周期の障害、多嚢胞性卵巣症候群、卵巣過剰刺激症候群、子宮内膜腫瘍又は卵巣腫瘍、子宮筋腫、自己免疫障害、子宮外妊娠、及び奇形発生;乳癌、乳腺線維嚢胞症、及び乳汁漏出症;精子形成の障害、精子生理機能の異常、良性前立腺肥大症、前立腺炎、ペイロニー病、インポテンス、女性化乳房;光線性角化症、動脈硬化症、滑液包炎、肝硬変、肝炎、混合性結合組織病(MCTD)、骨髄線維症、発作性夜間ヘモグロビン尿症、真性赤血球増加症、原発性血小板血症、癌の合併症、腺癌、白血病、リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、奇形腫、及び特に、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌を含む癌が挙げられる。別の態様では、本発明の核酸。
(0060) 動物モデルを、それらが、ヒトの毒性応答と同様の毒性応答を示し、かつ曝露条件がヒトへの曝露に関連する、バイオアッセイとして用いることができる。哺乳動物は最も一般的なモデルであり、多くの毒性研究は、低いコスト、入手可能性、及び豊富な参照毒性のために、ラット又はマウスなどの齧歯類に対して行なわれる。近交系齧歯類系統は、対象となる遺伝子の低発現又は過剰発現の生理学的結果の研究のための、並びに疾患の診断及び治療方法の開発のための好都合なモデルを提供する。特定の遺伝子(例えば、ミルク中に分泌される)を発現するように同系交配された哺乳動物は、その遺伝子によって発現されるタンパク質の好都合な供給源として働くこともできる。
(0061) 毒物学は、生物系に対する薬剤の効果の研究である。毒性研究の大半は、ラット又はマウスに対して行なわれ、ヒトの健康に対するこれらの薬剤の効果を予測するのに役立つ。生理、行動、ホメオスタシス作用、及び致死性の定性的及び定量的変化の観察を用いて、毒性プロファイルを作成し、薬剤への曝露後のヒトの健康に対する結果を評価する。
(0066) 対象となる遺伝子を過剰発現又は低発現するトランスジェニック齧歯類を同系交配し、これを用いて、ヒト疾患のモデルを作るか又は治療剤もしくは毒物を試験することができる。(参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第4,736,866号明細書;第5,175,383号明細書;及び第5,767,337号明細書を参照されたい)。場合によっては、導入した遺伝子を、胎仔発生期又は出生後に、特定の組織型で、特定の時間に活性化させることができる。導入遺伝子の発現は、実験的薬物療法の投与前、投与中、及び投与後のトランスジェニック動物における表現型又は組織特異的mRNA発現の解析によってモニタリングされる。
(0067) 齧歯類胚から単離された胚性幹細胞(ES)は、胚を形成する能力を保持している。ES細胞をキャリア胚の内部に置くと、それらは正常な発生を再開し、生産動物の全ての組織に寄与する。ES細胞は、実験的ノックアウト及びノックイン齧歯類系統の作出に用いられる好ましい細胞である。マウスES細胞、例えば、マウス129/SvJ細胞株を初期マウス胚から得て、当技術分野で周知の培養条件下で増殖させる。ノックアウト系統用のベクターは、インビボでの転写及び/又は翻訳を中断するマーカー遺伝子を含むように修飾された疾患遺伝子候補を含む。ベクターを、当技術分野でよく知られている形質転換法、例えば、エレクトロポレーション、リポソーム送達、マイクロインジェクションなどによってES細胞に導入する。内在性齧歯類遺伝子は、細胞分裂時の相同組換え及び組込みによって、破壊された疾患遺伝子に置き換えられる。形質転換されたES細胞を同定し、好ましくは、マウス細胞胚盤胞、例えば、C57BL/6マウス系統由来の胚盤胞に微量注入する。胚盤胞を偽妊娠母獣に外科的に移し、得られるキメラ子孫をジェノタイピングし、同系交配させ、ヘテロ接合又はホモ接合系統を生じさせる。
(0069) 遺伝子ノックアウト解析では、ヒト疾患遺伝子候補の領域を、非哺乳動物遺伝子、例えば、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子(neo;例えば、Capecchi(1989)Science 244:1288−1292を参照されたい)を含むように酵素的に修飾する。挿入されたコード配列は、標的とされた遺伝子の転写及び翻訳を中断し、疾患候補タンパク質の生化学的合成を妨げる。修飾した遺伝子を培養胚性幹細胞(上記)に形質転換し、形質転換細胞を齧歯類胞胚に注入し、この胞胚を偽妊娠母獣に移植する。トランスジェニック子孫を交配させて、ホモ接合近交系を得る。
(0070) 胚発生の初期段階に存在する全能性ES細胞を用いて、ノックインヒト化動物(ブタ)又はヒト疾患のトランスジェニック動物モデル(マウスもしくはラット)を作出することができる。ノックイン技術を用いて、ヒト遺伝子の領域を動物ES細胞に注入し、ヒト配列が、組換えによって動物細胞ゲノムに組み込まれる。組み込まれたヒト遺伝子を含む全能性ES細胞を上記のように操作する。近交系動物を研究及び処置して、類似したヒト状態に関する情報を得る。これらの方法を用いて、いくつかのヒト疾患のモデルが作られている(例えば、Lee et al.(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.95:11371−11376;Baudoin et al.(1998)Genes Dev.12:1202−1216;及びZhuang et al.(1998)Mol.Cell Biol.18:3340−3349を参照されたい)。
(0071) 動物試験の分野は、生理学、遺伝学、化学、薬理学、及び統計学などの基礎科学のデータ及び方法論を取り扱う。これらのデータは、非ヒト霊長類に対する治療剤の効果を評価する上で最も重要であるが、それは、それらがヒトの健康に関連し得るからである。サルは、ワクチン及び毒物の評価においてヒトの代わりとして用いられ、その応答は、同様の条件下でのヒトへの曝露に関係がある。カニクイザル(マカカ・ファシキュラリス(Macaca fascicularis)、マカカ・ムラタ(Macaca mulata))及びコモンマーモセット(カリトリクス・ヤーカス(Callithrix jacchus))は、これらの研究で用いられる最も一般的な非ヒト霊長類(NHP)である。NHPのコロニーを開発及び維持することに多大な費用が伴うので、初期の研究及び毒物学的研究は、通常、齧歯類モデルで実施される。薬物中毒などの行動測定を用いる研究では、NHPが第一選択の試験動物である。更に、NHP及び個々のヒトは、多くの薬物及び毒素に対する示差的な感受性を示し、これらの薬剤の「正常な代謝能を有する者(extensive metabolizer)」及び「代謝能が低い者(poor metabolizer)」と分類することができる。
(0072) 個別化医療は、利益を受ける可能性が最も高い患者に対して個別の治療(複数可)を行なうことを約束する。本発明者らは、治療化合物の約半分が、臨床的に重要な転写又はゲノムに関する乳癌サブタイプのうちの1つ又は複数において優先的に効果的であることを示した。これらの知見は、乳癌治療において応答関連型分子サブタイプを定義する重要性を支持するものである。本発明者らはまた、細胞株に関する転写及びゲノムデータの経路統合によって、観察されたサブタイプ特異的応答の機械的説明を提供するサブネットワークが明らかになることを示している。細胞株と腫瘍の間のサブネット活性の比較解析は、サブタイプ特異的サブネットワークの大部分が細胞株と腫瘍の間で保存されていることを示す。これらの解析は、十分に特徴付けられた細胞株パネルにおける実験化合物の前臨床スクリーニングによって、初期段階の臨床試験における感受性エンリッチメントに用いることができる応答関連分子シグナチャー候補を同定することができるという考えを支持するものである。本発明者らは、このインビトロ評価アプローチによって、化合物の臨床開発が始まる前に応答性腫瘍サブタイプが特定される可能性が高まり、それにより、コストが下がり、最終的なFDAの承認の可能性が高まり、場合によっては、応答する可能性が低い患者を治療することに伴う毒性が避けられることを示唆するものである。この研究では、本発明者らは、転写サブタイプ及び選択された再発性のゲノムコピー数異常(CNA)を定義する分子シグナチャーのみを評価した。本発明者らは、遺伝子突然変異、メチル化、及び選択的スプライシングなどのさらなる分子特性が解析に含まれるにつれて、このアプローチの力及び精度が増大すると予想している。同様に、細胞株パネルのサイズを増大させることによって、パネル内であまり一般的でない分子パターンを評価する力が増大し、ヒト乳癌に存在する多様性のより完全な範囲を表す可能性が高まる。
(0076) 全ての短い読取物を同じ参照ゲノムに対して整列させて、この参照ゲノムを、多数の関連試料から配列データを体系化する普通の方法にする。BamBamは、1つは腫瘍由来、もう1つは同じ患者由来のマッチした正常(「生殖系列」)由来の2つの短い読取物のシークエンシングデータセットと、参照ゲノムとを取り込んで、これらのデータセットを読み取り、同じゲノム位置に重なる両方のデータセット中の全ての配列が同時に処理可能となる。これは、そのようなデータを処理するための最も効率的な方法である一方で、シリアライズされた形で遂行することが困難又は不可能である複合解析も可能にし、その場合、各データセットを単独で処理し、結果を後で統合するだけである。
(0078) BamBamは、ファイル対の中の配列データをゲノム全体にわたって同期するので、腫瘍と生殖系列の両方のBAMファイル及びヒト参照からのシークエンシングデータを必要とする複合突然変異モデルを容易に実行することができる。このモデルは、生殖系列遺伝子型(生殖系列読取物及び参照ヌクレオチドを所与とする)と腫瘍の遺伝子型(生殖系列遺伝子型、単一突然変異モデル、腫瘍試料中の混入する正常組織の割合の推定値、及び腫瘍配列データを所与とする)の両方の同時確率を最大化することを目的としている。
(0085) 全体的な体細胞コピー数は、腫瘍データ又は生殖系列データのどちらかの被覆率に従ってウィンドウのゲノム幅を拡大及び縮小する動的ウィンドウアプローチを用いて計算される。このプロセスは、ゼロ幅のウィンドウで初期化される。腫瘍配列データ又は生殖系列配列データのどちらかに由来する各々の固有の読取物を、腫瘍カウントNt、又は生殖系列カウントNgへと集計する。各読取物の開始位置と終止位置は、ウィンドウの領域を定義し、新しい読取物が現在のウィンドウの境界を越えるときに拡大する。腫瘍カウント又は生殖系列カウントのどちらかがユーザ定義閾値を超えると、ウィンドウのサイズ及び位置、並びにNt、Ng、及び相対被覆率Ntが記録される。局所的な読取り被覆率に従ってNgウィンドウのサイズを調整することによって、被覆率の低い領域(例えば、反復領域)内の大きいウィンドウ、又は体細胞増幅を示す領域内の小さいウィンドウが作成され、それにより、アンプリコンのゲノム上での分解能が増大し、増幅の境界を定義する能力が増大する。
(0089) BamBamは、腫瘍内の大規模なゲノム増幅又は欠失によって生じたアレル不均衡を利用することにより、生殖系列中に見られる全てのヘテロ接合位置を同期しようとする。多数決塩基呼び出しを腫瘍配列データの全ての位置で選択し、腫瘍に存在する同期ハプロタイプを構築する。多数決によって、短い読取物のプール中で観察される最も多いアレルが選ばれ、これにより、欠失事象後に腫瘍内に残存するアレル又は増幅事象の重複アレルが選択されるはずである。各々の位置で、生殖系列のアレル状態も特定され、その場合、所要の読取り裏付けを有するアレルが1つしか存在しないならば、位置はホモ接合とみなされ、少なくとも2つのアレルが、所要の読取り裏付けを有するならば、ヘテロ接合とみなされる。腫瘍のハプロタイプは、2つの親ハプロタイプのうちの1つを表すと考えられ、その場合、2つ目の親ハプロタイプは、腫瘍ハプロタイプに属さない生殖系列アレルの配列として得られる。この手順は、腫瘍内のアレル比率を問わず、ゲノム規模で用いられるので、本発明者らは、遺伝子型のハプロタイプ帰属が、多数アレルと少数アレルの間で等しく均衡している領域内で本質的にランダムになると予想している。生殖系列配列の正確な同期は、腫瘍内の単一のゲノム事象(例えば、局所的な増幅又は欠失)に起因する一貫したアレル不均衡を示す領域でしか起こらない。腫瘍由来ハプロタイプの検証は、腫瘍由来ハプロタイプを、HapMapプロジェクト(International HapMap Consortium(2007),Nature,7164:851−861)から入手可能な同期遺伝子型と比較することによって達成することができる。
(0090) 推定上の染色体内及び染色体間再配列を同定するために、BamBamによって、ペアの各読取物が参照配列の異なる領域に位置する不一致のペア読取物を検索する。染色体内不一致ペアは、異常に大きい挿入サイズを有するもの(すなわち、ペア読取物を隔てる参照上のゲノム距離がユーザ定義閾値を超えるもの)、又は不正確な向きで位置するもの(すなわち、逆位)である。染色体間不一致ペアは、異なる染色体に位置するペア読取物により定義される。他のペアと同一の位置に整列する不一致のペアエンド読取物を全て除去し、短い読取物ライブラリーの調製におけるPCR増幅工程の結果であるにすぎない多数の読取物によって裏付けられる呼び出し再配列を避ける。このプロセスの概略を図3に示す。
(0093) BamBamによって最初に見出される切断点は、それらが、その性質上、切断点の実際の接合部に重なり得ない完全にマッピングされた読取物を用いるという点において、近似的なものである。なぜなら、切断点の実際の接合部は、参照(又は体細胞再配列の場合、生殖系列データセット)に存在しない配列を表すからである。切断点の位置に関する知識を精密化するために、Bridgetと呼ばれるプログラムを開発した。これを図4にまとめる。
(0098) BamBamによって出力される結果の全てを視覚化するために、図5に示すような、単一の腫瘍試料中に見られるゲノム変異体の全てを、そのマッチした正常と対比して同時にディスプレイする腫瘍ゲノムブラウザを開発した。全体的及びアレル特異的コピー数、染色体内及び染色体間再配列、並びに突然変異及び小さい挿入欠失をディスプレイすることができる。それは、線形プロットと円形プロットの両方でデータをディスプレイし、このうちの後者は、染色体間再配列をディスプレイするのにはるかにより優れている。
(00101) BamBamとBridgetはともにC言語で書かれ、標準Cライブラリと最新のSAMtoolsソースコード(http://samtools.sourceforge.netで入手可能)しか必要としなかった。それは、単一のプロセスとして実行されるか、又はクラスター全体で一連の作業に分割される(例えば、染色体1本当たり1作業)ことができる。各々、数十億個の100bpの読取物を含む250GB BAMファイルの対を処理して、BamBamは、その全ゲノム解析を、単一プロセスとして約5時間、又は中程度のクラスター(24個のノード)を用いて約30分で終了する。BamBamのコンピュータ要件は無視できる程度であり、単一のゲノム位置に重なる読取物データを保存するのに十分なRAM、及び腫瘍ゲノム又は生殖系列ゲノムのどちらかに見られる十分に裏付けられた変異体を保存するのに十分なディスク空き容量しか必要としなかった。
(00103) 血液又は他の組織試料(2〜3ml)を患者から回収し、使用するまで−80℃でEDTA含有チューブに保存する。製造業者の指示(PUREGENE,Gentra Systems,Minneapolis MN)に従ってDNA単離キットを用いて、ゲノムDNAを血液試料から抽出する。DNAの純度を、Beckman分光光度計で測定される260nm及び280nmでの吸光度の比として測定する(1cmの光路;A260/A280)。
(00104) 患者のDNA試料由来の遺伝子の領域を、その領域のために特異的に設計されたプライマーを用いて、PCRで増幅する。PCR産物を、上で開示されているように、当業者に周知の方法を用いてシークエンシングする。配列トレース中で同定されるSNPを、Phred/Phrap/Consedソフトウェアを用いて検証し、NCBI SNPデータバンクに寄託されている既知のSNPと比較する。
(00105) 値は、平均±SDで表されている。χ2解析(Web Chi Square Calculator,Georgetown Linguistics,Georgetown University,Washington DC)を用いて、正常な対象における遺伝子型頻度と障害を有する患者における遺伝子型頻度の違いを評価する。事後解析を伴う一元ANOVAを示されているように実施して、異なる患者集団間の血行動態を比較する。
Claims (51)
- 示差遺伝子配列オブジェクトを得る方法であって:
(a)第一の組織を表す第一の遺伝子配列文字列と(b)第二の組織を表す第二の遺伝子配列文字列であって、複数の対応するサブ文字列を有する、前記第一の遺伝子配列文字列と前記第二の遺伝子配列文字列を保存する遺伝子データベースに対するアクセスを提供すること;
前記遺伝子データベースと連結された配列解析エンジンに対するアクセスを提供すること;
前記配列解析エンジンを用いて、複数の対応するサブ文字列のうちの少なくとも1つの既知の位置を用いて、前記第一の配列文字列と前記第二の配列文字列を徐々に同期することにより、局所アラインメントを生成させること;
前記配列解析エンジンによって、前記局所アラインメントを用いて、前記局所アラインメント内で前記第一の配列文字列と前記第二の配列文字列の間の局所的示差文字列を生成させること;及び
前記配列解析エンジンによって、前記局所的示差文字列を用いて、示差配列データベース内の示差遺伝子配列オブジェクトをアップデートすること
を含む、方法。 - 前記第一の遺伝子配列文字列と前記第二の遺伝子配列文字列が、それぞれ、前記第一の組織と前記第二の組織のゲノム、トランスクリプトーム、又はプロテオームの少なくとも10%を表す、請求項1に記載の方法。
- 前記第一の遺伝子配列文字列と前記第二の遺伝子配列文字列が、それぞれ、前記第一の組織と前記第二の組織のゲノム、トランスクリプトーム、又はプロテオームの少なくとも50%を表す、請求項1に記載の方法。
- 前記第一の遺伝子配列文字列と前記第二の遺伝子配列文字列が、それぞれ、前記第一の組織と前記第二の組織のゲノム、トランスクリプトーム、又はプロテオームの実質的に全体を表す、請求項1に記載の方法。
- 前記第一の組織と前記第二の組織が同じ生物学的実体に由来し、前記生物学的実体は、患者、健常者、細胞株、幹細胞、実験動物モデル、組換え細菌細胞、及びウイルスからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記第一の組織が健康組織であり、前記第二の組織が罹患組織である、請求項1に記載の方法。
- 前記罹患組織が腫瘍組織を含む、請求項6に記載の方法。
- 前記対応するサブ文字列がホモ接合アレルを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記対応するサブ文字列がヘテロ接合アレルを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記同期する工程が、前記複数のサブ文字列のうちの少なくとも1つを、前記第一の文字列内の事前既知の位置に基づいて整列させることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記同期する工程が、前記複数のサブ文字列のうちの少なくとも1つを、前記複数のサブ文字列のうちの少なくとも1つの既知の位置を含む既知の参照文字列に基づいて整列させることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記既知の参照文字列がコンセンサス配列である、請求項11に記載の方法。
- 前記同期する工程が、前記複数のサブ文字列のうちの少なくとも1つの長さに満たない長さを有するウィンドウ内で前記複数のサブ文字列のうちの少なくとも1つを整列させることを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第一の配列文字列と前記第二の配列文字列を前記第一の配列文字列の全長にわたって繰り返し徐々に同期することを更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記示差遺伝子配列オブジェクトが、少なくとも1つの染色体の複数の局所的示差文字列を表す、請求項1に記載の方法。
- 前記示差遺伝子配列オブジェクトが、前記第一の組織の実質的にゲノム全体の複数の局所的示差文字列を表す、請求項1に記載の方法。
- 前記示差遺伝子配列オブジェクトが、前記示差遺伝子配列オブジェクトを説明するメタデータを含む属性を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記属性が、前記第一の組織と前記第二の組織のうちの少なくとも1つの状態を含む、請求項17に記載の方法。
- 前記状態が、前記第一の組織と前記第二の組織のうちの少なくとも1つの生理的状態を含む、請求項18に記載の方法。
- 前記生理的状態が、腫瘍性成長、アポトーシス、分化の状態、組織年齢、及び治療に対する応答性からなる群から選択される状態を含む、請求項19に記載の方法。
- 前記状態が遺伝子の状態を含む、請求項18に記載の方法。
- 前記遺伝子の状態が、少なくとも1つの倍数性、遺伝子コピー数、反復のコピー数、逆位、欠失、ウイルス遺伝子の挿入、体細胞突然変異、生殖系列突然変異、構造的再配列、転位、及びヘテロ接合性の消失からなる群から選択される状態を含む、請求項21に記載の方法。
- 前記状態が、組織内のシグナル伝達経路と関連する経路モデル情報を含む、請求項17に記載の方法。
- 前記シグナル伝達経路が、成長因子シグナル伝達経路、転写因子シグナル伝達経路、アポトーシス経路、細胞周期経路、及びホルモン応答経路からなる群から選択される、請求項23に記載の方法。
- 前記遺伝子配列オブジェクトがファイルを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ファイルが標準フォーマットに適合する、請求項25に記載の方法。
- 前記ファイルがSAM/BAMフォーマットに適合する、請求項26に記載の方法。
- ヘルスケアサービスを提供する方法であって:
患者の示差遺伝子配列オブジェクトを保存する医療記録保存装置に情報が連結されている解析エンジンに対するアクセスを提供すること;
前記解析エンジンによって、前記患者の前記示差遺伝子配列オブジェクトにおける局所的示差文字列又は一群の複数の局所的示差文字列の存在を用いて、患者特異的なデータセットを生成させること;及び
前記解析エンジンによって、前記患者特異的なデータセットに基づく患者特異的な指示を生成させること
を含む、方法。 - 前記医療記録保存装置がスマートカードとして構成され、前記患者によって持ち運びされる、請求項28に記載の方法。
- 前記医療記録保存装置が、ヘルスケア提供者によりリモートでアクセス可能である、請求項28に記載の方法。
- 前記患者の前記示差遺伝子配列オブジェクトが、少なくとも2つの染色体の複数の局所的示差文字列を含む、請求項28に記載の方法。
- 前記患者の前記示差遺伝子配列オブジェクトが、前記患者の実質的にゲノム全体の複数の局所的示差文字列を含む、請求項28に記載の方法。
- 前記患者の前記示差遺伝子配列オブジェクトが、少なくとも2つの組織型、又は同じ組織の少なくとも2つの時間的に離れた結果を表す複数の局所的示差文字列を含む、請求項28に記載の方法。
- 前記同じ組織の少なくとも2つの時間的に離れた結果が、治療の開始前と治療の開始後から得られる、請求項33に記載の方法。
- 前記患者特異的な指示が、診断、予後判定、治療転帰の予測、治療戦略の推奨、及び処方からなる群から選択される、請求項28に記載の方法。
- 集団を解析する方法であって:
複数の示差遺伝子配列オブジェクトを取得し、解析エンジンに情報が連結されている集団の医療記録データベースに保存すること;
前記解析エンジンによって、前記複数の示差遺伝子配列オブジェクト内の一群の複数の局所的示差文字列を同定し、記録群を生成させること;及び
前記解析エンジンによって、前記記録群を用いて、集団解析記録を生成させること
を含む、方法。 - 前記集団が複数の血縁者を含む、請求項36に記載の方法。
- 前記集団が、病原体への曝露、有害物質への曝露、既往歴、治療歴、治療成功、性別、種、及び年齢からなる群から選択される少なくとも1つの共通の特徴を共有することを特徴とする複数のメンバーを含む、請求項36に記載の方法。
- 前記集団が、地理的な位置、民族、及び職業からなる群から選択される少なくとも1つの共通の特徴を共有することを特徴とする複数のメンバーを含む、請求項36に記載の方法。
- 前記集団解析記録が、父親であることの確認又は母親であることの確認を含む、請求項36に記載の方法。
- 個々の患者の記録群を前記集団解析記録と比較する工程を更に含む、請求項36に記載の方法。
- 前記個々の患者の記録群を前記集団解析記録と比較する工程によって、患者特異的な記録が生成される、請求項41に記載の方法。
- 前記患者特異的な記録が、リスク評価又は前記患者が特定の集団に属することの確認を含む、請求項42に記載の方法。
- 前記患者特異的な記録が、診断、予後判定、治療転帰の予測、治療戦略の推奨、及び処方を含む、請求項42に記載の方法。
- 個人の示差遺伝子配列オブジェクトを解析する方法であって:
解析エンジンに情報が連結されている医療記録データベースに参照示差遺伝子配列オブジェクトを保存すること;
前記解析エンジンによって、前記個人の前記示差遺伝子配列オブジェクト内の複数の局所的示差文字列と前記参照示差遺伝子配列オブジェクト内の複数の局所的示差文字列の間の偏差を計算して、偏差記録を生成させること;
前記解析エンジンによって、前記偏差記録を用いて、個人に特異的な偏差記録を生成させること
を含む、方法。 - 前記参照示差遺伝子配列オブジェクトが、前記個人の複数の局所的示差文字列から計算される、請求項45に記載の方法。
- 前記参照示差遺伝子配列オブジェクトが、前記個人の複数の局所的示差文字列から計算される、請求項45に記載の方法。
- 前記患者又は個人が、疾患及び障害からなる群から選択される状態であると診断された患者又は個人からなる群から選択される、請求項1、請求項28、請求項36、又は請求項45に記載の方法。
- 前記状態が、後天性免疫不全症候群(AIDS)、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、強直性脊椎炎、アミロイドーシス、貧血、喘息、アテローム性動脈硬化症、自己免疫溶血性貧血、自己免疫性甲状腺炎、良性前立腺肥大症、気管支炎、チェディアック・東症候群、胆嚢炎、クローン病、アトピー性皮膚炎、皮膚筋炎、糖尿病、肺気腫、胎児赤芽球症、結節性紅斑、萎縮性胃炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、痛風、慢性肉芽腫症、グレーブス病、橋本甲状腺炎、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、心筋炎又は心膜炎、変形性関節症、骨粗鬆症、膵炎、多嚢胞性卵巣症候群、多発性筋炎、乾癬、ライター症候群、関節リウマチ、強皮症、重症複合免疫不全症(SCID)、シェーグレン症候群、全身性アナフィラキシー、全身性エリテマトーデス、全身性硬化症、血小板減少性紫斑病、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、ウェルナー症候群、癌の合併症、血液透析、及び体外循環、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、寄生虫感染、原虫感染、及び蠕虫感染;並びに腺癌、白血病、リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、奇形腫、及び特に、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌、静座不能、アルツハイマー病、健忘症、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、運動失調、双極性障害、緊張病、脳性麻痺、脳血管疾患、クロイツフェルト・ヤコブ病、認知症、鬱病、ダウン症候群、遅発性ジスキネジー、ジストニア、てんかん、ハンチントン病、多発性硬化症、筋ジストロフィー、神経痛、神経線維腫症、ニューロパチー、パーキンソン病、ピック病、網膜色素変性症、統合失調症、季節性情動障害、老年性認知症、卒中、トゥレット症候群、並びに腺癌、黒色腫、及び特に脳の奇形種を含む癌からなる群から選択される、請求項48に記載の方法。
- 前記状態が、癌、例えば、腺癌、白血病、リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、奇形腫、及び特に、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌;免疫障害、例えば、後天性免疫不全症候群(AIDS)、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、強直性脊椎炎、アミロイドーシス、貧血、喘息、アテローム性動脈硬化症、自己免疫溶血性貧血、自己免疫性甲状腺炎、気管支炎、胆嚢炎、接触性皮膚炎、クローン病、アトピー性皮膚炎、皮膚筋炎、糖尿病、肺気腫、リンパ球傷害因子性偶発性リンパ球減少症、胎児赤芽球症、結節性紅斑、萎縮性胃炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、痛風、グレーブス病、橋本甲状腺炎、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、心筋炎又は心膜炎、変形性関節症、骨粗鬆症、膵炎、多発性筋炎、乾癬、ライター症候群、関節リウマチ、強皮症、シェーグレン症候群、全身性アナフィラキシー、全身性エリテマトーデス、全身性硬化症、血小板減少性紫斑病、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、ウェルナー症候群、癌の合併症、血液透析、及び体外循環、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、寄生虫感染、原虫感染、及び蠕虫感染、外傷、ブルトン型X連鎖無γグロブリン血症、分類不能型免疫不全症(CVI)、ディジョージ症候群(胸腺形成不全症)、胸腺形成異常、IgA単独欠損症、重症複合免疫不全症(SCID)、血小板減少症及び湿疹を伴う免疫不全(ウィスコット・アルドリッチ症候群)、チェディアック・東症候群、慢性肉芽腫症、遺伝性血管神経症性浮腫、並びにクッシング病を伴う免疫不全;並びに発達障害、例えば、尿細管性アシドーシス、貧血、クッシング症候群、軟骨形成不全性小人症、デュシェンヌ型及びベッカー型筋ジストロフィー、てんかん、性腺発育障害、WAGR症候群(ウィルムス腫瘍、無虹彩、泌尿生殖器異常、及び精神遅滞)、スミス・マゲニス症候群、骨髄異形成症候群、遺伝性粘膜上皮異形成、遺伝性角皮症、シャルコー・マリー・トゥース病及び神経線維腫症などの遺伝性ニューロパチー、甲状腺機能低下症、水頭症、シデナム舞踏病及び脳性麻痺などの発作性障害、二分脊椎、無脳症、頭蓋脊椎披裂、先天性緑内障、白内障、感音性難聴、並びに対象の任意の組織、器官、又はシステム、例えば、脳、副腎、腎臓、骨格系、又は生殖器系が関係する細胞成長及び分化、胚発生、並びに形態形成と関連する任意の障害からなる群から選択される、請求項48に記載の方法。
- 前記状態が、内分泌障害、例えば、性腺機能低下症、シーハン症候群、尿崩症、カルマン病、ハンド・シュラー・クリスチャン病、レッテラー・シーベ病、サルコイドーシス、エンプティセラ症候群、及び小人症を含む下垂体機能低下症と関連する障害;末端肥大症、巨人症、及び抗利尿ホルモン(ADH)不適合分泌症候群(SIADH)を含む下垂体機能亢進症;並びに甲状腺腫、粘液水腫、細菌感染と関連する急性甲状腺炎、ウイルス感染と関連する亜急性甲状腺炎、自己免疫性甲状腺炎(橋本病)、及びクレチン病を含む甲状腺機能低下症と関連する障害;甲状腺中毒症及びその様々な形態、グレーブス病、前頸骨粘液水腫、中毒性多結節性甲状腺腫、甲状腺癌、並びにプランマー病を含む甲状腺機能亢進症と関連する障害;並びにコーン症候群(慢性高カルシウム血症)を含む副甲状腺機能亢進症と関連する障害;呼吸器障害、例えば、アレルギー、喘息、急性及び慢性の炎症性肺疾患、ARDS、肺気腫、肺鬱血及び肺浮腫、COPD、間質性肺疾患、及び肺癌;癌、例えば、腺癌、白血病、リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、奇形腫、及び特に、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌;並びに免疫学的障害、例えば、後天性免疫不全症候群(AIDS)、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、強直性脊椎炎、アミロイドーシス、貧血、喘息、アテローム性動脈硬化症、自己免疫溶血性貧血、自己免疫性甲状腺炎、気管支炎、胆嚢炎、接触性皮膚炎、クローン病、アトピー性皮膚炎、皮膚筋炎、糖尿病、肺気腫、リンパ球傷害因子性偶発性リンパ球減少症、胎児赤芽球症、結節性紅斑、萎縮性胃炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、痛風、グレーブス病、橋本甲状腺炎、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、心筋炎又は心膜炎、変形性関節症、骨粗鬆症、膵炎、多発性筋炎、乾癬、ライター症候群、関節リウマチ、強皮症、シェーグレン症候群、全身性アナフィラキシー、全身性エリテマトーデス、全身性硬化症、血小板減少性紫斑病、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、ウェルナー症候群、癌の合併症、血液透析、及び体外循環、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、寄生虫感染、原虫感染、及び蠕虫感染、並びに外傷からなる群から選択される、請求項48に記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US39635610P | 2010-05-25 | 2010-05-25 | |
US61/396,356 | 2010-05-25 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013512603A Division JP6034782B2 (ja) | 2010-05-25 | 2011-05-25 | Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018151206A Division JP6826568B2 (ja) | 2010-05-25 | 2018-08-10 | Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017062810A true JP2017062810A (ja) | 2017-03-30 |
JP6387070B2 JP6387070B2 (ja) | 2018-09-05 |
Family
ID=44628823
Family Applications (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013512603A Active JP6034782B2 (ja) | 2010-05-25 | 2011-05-25 | Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 |
JP2016211297A Active JP6387070B2 (ja) | 2010-05-25 | 2016-10-28 | Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 |
JP2018151206A Active JP6826568B2 (ja) | 2010-05-25 | 2018-08-10 | Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013512603A Active JP6034782B2 (ja) | 2010-05-25 | 2011-05-25 | Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018151206A Active JP6826568B2 (ja) | 2010-05-25 | 2018-08-10 | Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (17) | US9652587B2 (ja) |
EP (2) | EP3657507A1 (ja) |
JP (3) | JP6034782B2 (ja) |
KR (3) | KR102218512B1 (ja) |
CN (2) | CN106951732B (ja) |
AU (3) | AU2011258875B2 (ja) |
CA (1) | CA2797645C (ja) |
IL (2) | IL222828A (ja) |
WO (1) | WO2011149534A2 (ja) |
Families Citing this family (89)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US9646134B2 (en) | 2010-05-25 | 2017-05-09 | The Regents Of The University Of California | Bambam: parallel comparative analysis of high-throughput sequencing data |
KR102218512B1 (ko) | 2010-05-25 | 2021-02-19 | 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 | Bambam:고처리율 서열분석 데이터의 병렬 비교 분석 |
TWI719339B (zh) * | 2010-11-30 | 2021-02-21 | 香港中文大學 | 與癌症有關之基因或分子變異之檢測 |
US20130110407A1 (en) * | 2011-09-16 | 2013-05-02 | Complete Genomics, Inc. | Determining variants in genome of a heterogeneous sample |
CA2858686C (en) * | 2011-12-08 | 2018-10-02 | Five3 Genomics, Llc | Distributed system providing dynamic indexing and visualization of genomic data |
AU2012347522B2 (en) * | 2011-12-08 | 2015-07-30 | Five3 Genomics, Llc | MDM2-containing double minute chromosomes and methods therefore |
EP2602733A3 (en) * | 2011-12-08 | 2013-08-14 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Biological cell assessment using whole genome sequence and oncological therapy planning using same |
EP2602734A1 (en) * | 2011-12-08 | 2013-06-12 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Robust variant identification and validation |
US10039777B2 (en) | 2012-03-20 | 2018-08-07 | Neuro-Lm Sas | Methods and pharmaceutical compositions of the treatment of autistic syndrome disorders |
CN110491449B (zh) | 2012-07-06 | 2023-08-08 | 河谷控股Ip有限责任公司 | 健康护理分析流的管理 |
US20140089002A1 (en) * | 2012-09-21 | 2014-03-27 | Amar P. Kamath | Hipaa compliant health information sharing display and method |
CA2892308A1 (en) * | 2012-10-09 | 2014-04-17 | Five3 Genomics, Llc | Systems and methods for tumor clonality analysis |
US10691775B2 (en) | 2013-01-17 | 2020-06-23 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
US9792405B2 (en) | 2013-01-17 | 2017-10-17 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
US9679104B2 (en) | 2013-01-17 | 2017-06-13 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
US10847251B2 (en) | 2013-01-17 | 2020-11-24 | Illumina, Inc. | Genomic infrastructure for on-site or cloud-based DNA and RNA processing and analysis |
US10068054B2 (en) | 2013-01-17 | 2018-09-04 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
WO2014145705A2 (en) | 2013-03-15 | 2014-09-18 | Battelle Memorial Institute | Progression analytics system |
EP3049444A4 (en) | 2013-09-26 | 2017-06-07 | Five3 Genomics, LLC | Systems, methods, and compositions for viral-associated tumors |
EP3851539A1 (en) | 2013-10-07 | 2021-07-21 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for non-invasive assessment of chromosome alterations |
AU2014348566B2 (en) * | 2013-11-13 | 2019-02-28 | Five3 Genomics, Llc | Systems and methods for transmission and pre-processing of sequencing data |
WO2015109030A1 (en) | 2014-01-14 | 2015-07-23 | Ayasdi, Inc. | Consensus sequence identification |
US10599669B2 (en) | 2014-01-14 | 2020-03-24 | Ayasdi Ai Llc | Grouping of data points in data analysis for graph generation |
CN106537400B (zh) * | 2014-02-26 | 2019-04-09 | 南托米克斯公司 | 安全的移动基因组浏览设备及用于其的方法 |
WO2015148689A1 (en) | 2014-03-25 | 2015-10-01 | Five3 Genomics, Llc | Systems and methods for rna analysis in functional confirmation of cancer mutations |
JP6195682B2 (ja) * | 2014-05-30 | 2017-09-13 | ナントミクス,エルエルシー | 複数の腫瘍および生殖細胞系エクソームにわたる分子像の総合的解析のためのシステムおよび方法 |
CN106796628B (zh) | 2014-09-03 | 2020-11-10 | 南坦健康有限公司 | 基于合成基因组变体的安全交易设备、系统和方法 |
KR102116485B1 (ko) | 2015-01-20 | 2020-05-28 | 난토믹스, 엘엘씨 | 고분화 방광암의 화학요법에 대한 반응 예측을 위한 시스템들 및 방법들 |
CN107208156B (zh) * | 2015-02-09 | 2021-10-08 | 10X基因组学有限公司 | 用于使用变异识别数据来确定结构变异和定相的系统和方法 |
EP3329491A2 (en) | 2015-03-23 | 2018-06-06 | Edico Genome Corporation | Method and system for genomic visualization |
US20190099475A1 (en) | 2015-04-08 | 2019-04-04 | Nantomics, Llc | Cancer neoepitopes |
BR112017022845A2 (pt) * | 2015-04-23 | 2018-07-17 | Nantomics, Llc | neoepítopos de câncer |
WO2016183486A1 (en) | 2015-05-13 | 2016-11-17 | Agenus Inc. | Vaccines for treatment and prevention of cancer |
US10395759B2 (en) | 2015-05-18 | 2019-08-27 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Methods and systems for copy number variant detection |
US10394763B2 (en) | 2015-05-19 | 2019-08-27 | Samsung Electronics Co., Ltd. | Method and device for generating pileup file from compressed genomic data |
CA3006044A1 (en) * | 2015-09-09 | 2017-03-16 | uBiome, Inc. | Method and system for microbiome-derived diagnostics and therapeutics for conditions associated with cerebro-craniofacial health |
JP2018532736A (ja) | 2015-10-12 | 2018-11-08 | ナントミクス,エルエルシー | チェックポイント阻害物質への感受性を予測するmsiおよびネオエピトープの探索のための系、組成物、および方法 |
WO2017066339A1 (en) | 2015-10-12 | 2017-04-20 | Nantomics, Llc | Iterative discovery of neoepitopes and adaptive immunotherapy and methods therefor |
KR20180083327A (ko) | 2015-10-12 | 2018-07-20 | 난토믹스, 엘엘씨 | 바이러스성 암 네오에피토프를 위한 조성물 및 방법 |
TWI733719B (zh) * | 2015-12-07 | 2021-07-21 | 美商河谷控股Ip有限責任公司 | 改善的組合物及用於新表位之病毒遞送的方法及其應用 |
US20170270245A1 (en) | 2016-01-11 | 2017-09-21 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods for performing secondary and/or tertiary processing |
US10068183B1 (en) | 2017-02-23 | 2018-09-04 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on a quantum processing platform |
MX2018009804A (es) | 2016-02-12 | 2018-11-09 | Nantomics Llc | Identificacion de gran alcance de neoepitopos especificos para pacientes como objetivos terapeuticos para inmunoterapias de cancer. |
KR20180117227A (ko) | 2016-03-24 | 2018-10-26 | 난트셀, 인크. | 네오에피토프 제시를 위한 시퀀스들 및 시퀀스 배열들 |
CN109791796A (zh) | 2016-06-30 | 2019-05-21 | 南托米克斯有限责任公司 | 合成wgs生物信息学验证 |
JP2019524692A (ja) | 2016-06-30 | 2019-09-05 | ナント ホールディングス アイピー エルエルシーNant Holdings IP, LLC | Nant癌ワクチン |
TWI578180B (zh) * | 2016-07-13 | 2017-04-11 | 國立臺灣師範大學 | 微核糖核酸與腦部疾病風險的關聯性運算平台 |
CN106202996A (zh) * | 2016-07-16 | 2016-12-07 | 广州泰因生物科技有限公司 | 一种针对高通量测序snp所用生物信息分析技术的评价方法 |
CN109937452B (zh) | 2016-08-25 | 2023-04-11 | 南托米克斯有限责任公司 | 免疫疗法标志及其用途 |
PE20191058A1 (es) * | 2016-10-11 | 2019-08-06 | Genomsys Sa | Metodo y sistema para el acceso selectivo de datos bioinformaticos almacenados o transmitidos |
SG11201903269QA (en) | 2016-10-11 | 2019-05-30 | Genomsys Sa | Method and apparatus for the access to bioinformatics data structured in access units |
WO2018089637A1 (en) | 2016-11-11 | 2018-05-17 | Nantbio, Inc. | Immunomodulatory compositions, processes for making the same, and methods for inhibiting cytokine storms |
CA3044030A1 (en) | 2016-11-17 | 2018-05-24 | Nantbio, Inc. | Validation of inferred anticancer pathways |
EP3541931A4 (en) | 2016-11-21 | 2020-11-04 | Nant Holdings IP, LLC | COMBINED FRACTAL TREATMENT |
US11276479B2 (en) | 2016-12-01 | 2022-03-15 | Nantomics, Llc | Tumor antigenicity processing and presentation |
WO2018148381A1 (en) | 2017-02-07 | 2018-08-16 | Nantcell, Inc. | Maximizing t-cell memory and compositions and methods therefor |
CN106971090A (zh) * | 2017-03-10 | 2017-07-21 | 首度生物科技(苏州)有限公司 | 一种基因测序数据压缩和传输方法 |
EP3615675A4 (en) | 2017-04-24 | 2021-03-03 | Nantcell, Inc. | TARGETED NEOEPITOP VECTORS AND METHOD FOR THEREFORE |
US20200166515A1 (en) | 2017-05-30 | 2020-05-28 | Nant Holdings Ip, Llc | Circulating tumor cell enrichment using neoepitopes |
SG11201911642SA (en) * | 2017-06-08 | 2020-01-30 | Nantomics Llc | An integrative panomic approach to pharmacogenomics screening |
JP7072825B2 (ja) * | 2017-09-13 | 2022-05-23 | 三菱電機ソフトウエア株式会社 | コピー数計測装置、コピー数計測プログラムおよびコピー数計測方法 |
KR20200044123A (ko) * | 2017-10-10 | 2020-04-28 | 난토믹스, 엘엘씨 | 암 환자에서의 향상된 정밀도를 위한 포괄적 게놈 트랜스크립톰 종양-정상 유전자 패널 분석 (comprehensive genomic transcriptomic tumor-normal gene panel analysis for enhanced precision in patients with cancer) |
AU2018348249A1 (en) | 2017-10-12 | 2020-04-16 | Nantomics, Llc | Cancer score for assessment and response prediction from biological fluids |
US10460446B2 (en) | 2017-10-16 | 2019-10-29 | Nant Holdings Ip, Llc | Image-based circular plot recognition and interpretation |
AU2018359218B2 (en) | 2017-11-01 | 2021-11-11 | Nantbio, Inc. | IL8 blocking EMT pathway and overcoming cancer stem cells |
AU2018365883A1 (en) | 2017-11-07 | 2020-05-14 | Nanthealth Labs, Inc. | Targeted cell free nucleic acid analysis |
US20200354679A1 (en) | 2018-01-05 | 2020-11-12 | Nantbio, Inc. | Reprogrammed T Cell-Like NK Cells |
US20190249229A1 (en) * | 2018-02-12 | 2019-08-15 | Nant Holdings Ip, Llc | Bam signatures from liquid and solid tumors and uses therefor |
US20210158895A1 (en) * | 2018-04-13 | 2021-05-27 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Ultra-sensitive detection of cancer by algorithmic analysis |
US11823773B2 (en) | 2018-04-13 | 2023-11-21 | Nant Holdings Ip, Llc | Nant cancer vaccine strategies |
TW202345890A (zh) | 2018-04-23 | 2023-12-01 | 美商南特細胞公司 | 新抗原表位疫苗及免疫刺激組合物及方法 |
US11564980B2 (en) | 2018-04-23 | 2023-01-31 | Nantcell, Inc. | Tumor treatment method with an individualized peptide vaccine |
EP3784688A2 (en) | 2018-04-26 | 2021-03-03 | Agenus Inc. | Heat shock protein-binding peptide compositions and methods of use thereof |
CN108875306A (zh) * | 2018-05-31 | 2018-11-23 | 福建农林大学 | 一种查找性别决定序列的方法及系统 |
CN108642174B (zh) * | 2018-07-17 | 2022-04-05 | 大连医科大学附属第一医院 | 一组神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍致病基因集合及其检测引物和试剂盒 |
WO2020028862A1 (en) * | 2018-08-03 | 2020-02-06 | Nantomics, Llc | Panbam: bambam across multiple organisms in parallel |
JP2021534803A (ja) * | 2018-09-04 | 2021-12-16 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | 無細胞核酸試料におけるアレル不均衡を検出するための方法およびシステム |
WO2020076474A1 (en) * | 2018-10-12 | 2020-04-16 | Nantomics, Llc | Prenatal purity assessments using bambam |
CN109712672B (zh) * | 2018-12-29 | 2021-05-25 | 北京优迅医学检验实验室有限公司 | 检测基因重排的方法、装置、存储介质及处理器 |
US20220135944A1 (en) | 2019-02-19 | 2022-05-05 | Myst Therapeutics, Llc | Methods for producing autologous t cells useful to treat cancers and compositions thereof |
KR20220002336A (ko) | 2019-03-29 | 2022-01-06 | 미스트 쎄라퓨틱스, 엘엘씨 | T 세포 치료제를 제조하기 위한 생체외 방법 및 관련 조성물 및 방법 |
CN115023270A (zh) | 2019-11-27 | 2022-09-06 | 迈斯特治疗公司 | 使用调节剂产生肿瘤反应性t细胞组合物的方法 |
US11211144B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay |
US11475981B2 (en) | 2020-02-18 | 2022-10-18 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay |
US11211147B2 (en) | 2020-02-18 | 2021-12-28 | Tempus Labs, Inc. | Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing |
KR20220158727A (ko) | 2020-02-27 | 2022-12-01 | 미스트 쎄라퓨틱스, 엘엘씨 | 종양 반응성 t 세포의 생체외 농축 및 확장 방법 및 이의 관련 조성물 |
WO2021215927A1 (en) * | 2020-04-23 | 2021-10-28 | Koninklijke Nederlandse Akademie Van Wetenschappen | Structural variation detection in chromosomal proximity experiments |
CA3224172A1 (en) * | 2021-08-11 | 2023-02-16 | Simon Green | Methods for determining secondary immunodeficiency |
WO2023022871A1 (en) * | 2021-08-18 | 2023-02-23 | PAIGE.AI, Inc. | Systems and methods for processing electronic images with metadata integration |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6236993B1 (en) * | 1998-06-24 | 2001-05-22 | Victor V. Fanberg | Computer file comparison method |
US20040015298A1 (en) * | 2000-03-14 | 2004-01-22 | Mark Swindells | Multiple sequence alignment |
Family Cites Families (69)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPS592034U (ja) | 1982-06-29 | 1984-01-07 | 日野自動車株式会社 | 密封型リミツトスイツチ |
JPS60187095U (ja) | 1984-05-22 | 1985-12-11 | 武藤工業株式会社 | X−yプロツタ |
US4736866A (en) | 1984-06-22 | 1988-04-12 | President And Fellows Of Harvard College | Transgenic non-human mammals |
ATE108491T1 (de) * | 1988-03-18 | 1994-07-15 | Baylor College Medicine | Mutationsnachweis durch kompetitiven oligonukleotid-priming. |
US5175383A (en) | 1989-02-17 | 1992-12-29 | President And Fellows Of Harvard College | Animal model for benign prostatic disease |
US5767337A (en) | 1995-07-31 | 1998-06-16 | Duke University | Creation of human apolipoprotein E isoform specific transgenic mice in apolipoprotein deficient "knockout" mice |
JP2000508912A (ja) | 1996-04-19 | 2000-07-18 | スペクトラ バイオメディカル,インコーポレイテッド | 多型形態と複数の表現型との相関付け |
IL121806A0 (en) | 1997-09-21 | 1998-02-22 | Compugen Ltd | Method and apparatus for MRNA assembly |
WO1999028505A1 (en) | 1997-12-03 | 1999-06-10 | Curagen Corporation | Methods and devices for measuring differential gene expression |
US6346381B1 (en) | 1997-12-22 | 2002-02-12 | Genset | Prostate cancer gene |
US6223186B1 (en) | 1998-05-04 | 2001-04-24 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | System and method for a precompiled database for biomolecular sequence information |
US6410233B2 (en) | 1999-03-16 | 2002-06-25 | Daniel Mercola | Isolation and identification of control sequences and genes modulated by transcription factors |
CA2403567A1 (en) | 2000-03-20 | 2001-09-27 | Newlink Genetics | Methods and compositions for elucidating protein expression profiles in cells |
DE60123781T2 (de) | 2000-04-27 | 2007-08-16 | Consejo Superior de Investigaciónes Científicas | Methode zum nachweis von minderheitsgenomen in viralen quasi-spezies unter verwendung von dna-mikrochips |
EP1152349A1 (en) | 2000-05-06 | 2001-11-07 | Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung des öffentlichen Rechts | Method for aligning sequences |
US7700359B2 (en) | 2000-06-02 | 2010-04-20 | Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. | Gene products differentially expressed in cancerous cells |
JP2002024416A (ja) * | 2000-07-04 | 2002-01-25 | Sony Corp | Dna情報管理システム及びdna情報管理方法 |
GB0016472D0 (en) | 2000-07-05 | 2000-08-23 | Amersham Pharm Biotech Uk Ltd | Sequencing method and apparatus |
US20070178474A1 (en) | 2000-11-30 | 2007-08-02 | Cracauer Raymond F | Nucleic acid detection assays |
US7054758B2 (en) | 2001-01-30 | 2006-05-30 | Sciona Limited | Computer-assisted means for assessing lifestyle risk factors |
DE10120797B4 (de) | 2001-04-27 | 2005-12-22 | Genovoxx Gmbh | Verfahren zur Analyse von Nukleinsäureketten |
CA2387277C (en) * | 2001-05-25 | 2015-03-03 | Hitachi, Ltd. | Information processing system using nucleotide sequence-related information |
US7529685B2 (en) | 2001-08-28 | 2009-05-05 | Md Datacor, Inc. | System, method, and apparatus for storing, retrieving, and integrating clinical, diagnostic, genomic, and therapeutic data |
US20030183268A1 (en) | 2002-03-29 | 2003-10-02 | Shanefield Daniel Jay | Device for conversion of environmental thermal energy into direct current electricity |
KR100489955B1 (ko) | 2002-10-04 | 2005-05-16 | 아주대학교산학협력단 | 사용자 그룹핑을 이용한 생물정보학에서의 데이터베이스처리 방법 |
US8843356B2 (en) | 2002-12-27 | 2014-09-23 | Merck Sharp & Dohme Corp. | Computer systems and methods for associating genes with traits using cross species data |
US20040153255A1 (en) * | 2003-02-03 | 2004-08-05 | Ahn Tae-Jin | Apparatus and method for encoding DNA sequence, and computer readable medium |
KR100537523B1 (ko) | 2003-02-03 | 2005-12-19 | 삼성전자주식회사 | Dna 서열 부호화 장치 및 방법 |
US7584058B2 (en) | 2003-02-27 | 2009-09-01 | Methexis Genomics N.V. | Genetic diagnosis using multiple sequence variant analysis |
WO2004105573A2 (en) | 2003-05-21 | 2004-12-09 | The Wistar Institute Of Anatomy And Biology | Method of diagnosis of cancer based on gene expression profiles in cells |
WO2006052242A1 (en) * | 2004-11-08 | 2006-05-18 | Seirad, Inc. | Methods and systems for compressing and comparing genomic data |
MX2007008159A (es) | 2005-01-04 | 2007-10-11 | Novartis Ag | Biomarcadores para identificar la eficacia del tegaserod en pacientes con constipacion cronica. |
US20080311574A1 (en) | 2005-03-11 | 2008-12-18 | Upender Manne | Novel Missense Mutations and Single Nucleotide Polymorphisms in the Rabphillin-3A-Like Gene and Uses Thereof |
JP2008536493A (ja) | 2005-04-01 | 2008-09-11 | アムジエン・インコーポレーテツド | 上皮増殖因子受容体遺伝子のコピー数 |
WO2007101227A2 (en) | 2006-02-27 | 2007-09-07 | Arizona Board Of Regents For And On Behalf Of Arizona State University | Identification and use of novopeptides for the treatment of cancer |
US8700430B2 (en) * | 2006-07-17 | 2014-04-15 | Walgreen Co. | Optimization of a medication therapy regimen |
JP4922778B2 (ja) | 2007-01-31 | 2012-04-25 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 遺伝子検査結果判定法およびプログラムおよびその装置 |
MX2009008461A (es) * | 2007-02-07 | 2009-08-17 | Decode Genetics Ehf | Variantes geneticas que contribuyen a riesgo de cancer de prostata. |
CN101033469A (zh) * | 2007-02-09 | 2007-09-12 | 上海大学 | 杜氏盐藻tpsp基因、其编码蛋白及其克隆方法和植物转化载体的构建方法 |
US8140270B2 (en) | 2007-03-22 | 2012-03-20 | National Center For Genome Resources | Methods and systems for medical sequencing analysis |
US9726088B2 (en) | 2007-10-30 | 2017-08-08 | Ford Global Technologies, Llc | System and method for obtaining an adjustable accelerator pedal response in a vehicle powertrain |
US20090307179A1 (en) | 2008-03-19 | 2009-12-10 | Brandon Colby | Genetic analysis |
CA2717936A1 (en) | 2008-03-19 | 2009-09-24 | Centocor Ortho Biotech Inc. | Markers and methods for assessing and treating severe or persistant asthma and tnf related disorders |
ME01898B (me) | 2008-08-12 | 2014-12-20 | Zinfandel Pharmaceuticals Inc | Metoda za identifikaciju faktora rizika od alchajmerove bolesti |
CN101539967B (zh) * | 2008-12-12 | 2010-12-01 | 深圳华大基因研究院 | 一种单核苷酸多态性检测方法 |
JP2010204838A (ja) | 2009-03-02 | 2010-09-16 | Toppan Printing Co Ltd | 解析デバイス装置、解析システム、解析方法 |
US10964408B2 (en) | 2009-04-27 | 2021-03-30 | New York University | Method, computer-accessible medium and system for base-calling and alignment |
US20110098193A1 (en) | 2009-10-22 | 2011-04-28 | Kingsmore Stephen F | Methods and Systems for Medical Sequencing Analysis |
US9165109B2 (en) | 2010-02-24 | 2015-10-20 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Sequence assembly and consensus sequence determination |
WO2011139345A2 (en) | 2010-04-29 | 2011-11-10 | The Regents Of The University Of California | Pathway recognition algorithm using data integration on genomic models (paradigm) |
US9646134B2 (en) | 2010-05-25 | 2017-05-09 | The Regents Of The University Of California | Bambam: parallel comparative analysis of high-throughput sequencing data |
KR102218512B1 (ko) | 2010-05-25 | 2021-02-19 | 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 | Bambam:고처리율 서열분석 데이터의 병렬 비교 분석 |
US8862410B2 (en) | 2010-08-02 | 2014-10-14 | Population Diagnostics, Inc. | Compositions and methods for discovery of causative mutations in genetic disorders |
US8751100B2 (en) | 2010-08-13 | 2014-06-10 | Deere & Company | Method for performing diagnostics or software maintenance for a vehicle |
US20120089339A1 (en) | 2010-08-31 | 2012-04-12 | Annai Systems, Inc. | Method and systems for processing polymeric sequence data and related information |
KR101329970B1 (ko) | 2010-12-13 | 2013-11-13 | 엘지디스플레이 주식회사 | 액정표시장치 |
US20130080365A1 (en) | 2011-04-13 | 2013-03-28 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Phased Whole Genome Genetic Risk In A Family Quartet |
CN102188796B (zh) | 2011-05-12 | 2013-07-10 | 杭州双华科技有限公司 | 便携式动力爬绳器及爬绳方法 |
US9476369B2 (en) | 2012-04-13 | 2016-10-25 | Toyota Motor Engineering & Manufacturing North America, Inc. | Variable power output and maximum speed in drive mode |
US9092401B2 (en) | 2012-10-31 | 2015-07-28 | Counsyl, Inc. | System and methods for detecting genetic variation |
US20140235456A1 (en) | 2012-12-17 | 2014-08-21 | Virginia Tech Intellectual Properties, Inc. | Methods and Compositions for Identifying Global Microsatellite Instability and for Characterizing Informative Microsatellite Loci |
US9792405B2 (en) | 2013-01-17 | 2017-10-17 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
US10691775B2 (en) | 2013-01-17 | 2020-06-23 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
US10068054B2 (en) | 2013-01-17 | 2018-09-04 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
US9679104B2 (en) | 2013-01-17 | 2017-06-13 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
US10385394B2 (en) | 2013-03-15 | 2019-08-20 | The Translational Genomics Research Institute | Processes of identifying and characterizing X-linked disorders |
US9731668B2 (en) | 2013-08-09 | 2017-08-15 | Ford Global Technologies, Llc | Multi-vehicle settings |
EP3049444A4 (en) * | 2013-09-26 | 2017-06-07 | Five3 Genomics, LLC | Systems, methods, and compositions for viral-associated tumors |
AU2014334531B2 (en) | 2013-10-18 | 2019-05-16 | The Regents Of The University Of Michigan | Systems and methods for determining a treatment course of action |
-
2011
- 2011-05-25 KR KR1020197032542A patent/KR102218512B1/ko active IP Right Grant
- 2011-05-25 CN CN201611137830.4A patent/CN106951732B/zh active Active
- 2011-05-25 EP EP19201104.7A patent/EP3657507A1/en not_active Withdrawn
- 2011-05-25 JP JP2013512603A patent/JP6034782B2/ja active Active
- 2011-05-25 WO PCT/US2011/000939 patent/WO2011149534A2/en active Application Filing
- 2011-05-25 CA CA2797645A patent/CA2797645C/en active Active
- 2011-05-25 EP EP11735567.7A patent/EP2577538A1/en not_active Ceased
- 2011-05-25 KR KR1020197005017A patent/KR102042253B1/ko active IP Right Grant
- 2011-05-25 AU AU2011258875A patent/AU2011258875B2/en active Active
- 2011-05-25 CN CN201180025750.9A patent/CN103384887B/zh active Active
- 2011-05-25 US US13/134,047 patent/US9652587B2/en active Active
- 2011-05-25 KR KR1020127033515A patent/KR101952965B1/ko active IP Right Grant
-
2012
- 2012-11-01 IL IL222828A patent/IL222828A/en active IP Right Grant
-
2016
- 2016-05-26 AU AU2016203450A patent/AU2016203450A1/en not_active Abandoned
- 2016-05-27 US US15/167,528 patent/US10249384B2/en active Active
- 2016-05-27 US US15/167,512 patent/US9824181B2/en active Active
- 2016-05-27 US US15/167,507 patent/US10825551B2/en active Active
- 2016-05-27 US US15/167,530 patent/US9721062B2/en active Active
- 2016-10-28 JP JP2016211297A patent/JP6387070B2/ja active Active
-
2017
- 2017-04-02 IL IL251515A patent/IL251515B/en active IP Right Grant
- 2017-05-12 US US15/594,422 patent/US10825552B2/en active Active
- 2017-06-08 US US15/618,003 patent/US10878937B2/en active Active
- 2017-06-27 US US15/634,919 patent/US10268800B2/en active Active
- 2017-09-21 US US15/711,487 patent/US11152080B2/en active Active
- 2017-11-09 US US15/808,722 patent/US10706956B2/en active Active
-
2018
- 2018-08-10 JP JP2018151206A patent/JP6826568B2/ja active Active
- 2018-08-21 US US16/107,862 patent/US10971248B2/en active Active
- 2018-08-21 US US16/107,904 patent/US11164656B2/en active Active
- 2018-08-21 US US16/107,745 patent/US10991451B2/en active Active
- 2018-08-21 US US16/107,786 patent/US11158397B2/en active Active
- 2018-08-21 US US16/107,827 patent/US11133085B2/en active Active
-
2019
- 2019-12-21 AU AU2019284027A patent/AU2019284027A1/en not_active Abandoned
-
2020
- 2020-09-18 US US17/025,525 patent/US20210020267A1/en active Pending
-
2021
- 2021-09-03 US US17/466,606 patent/US20210398613A1/en active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6236993B1 (en) * | 1998-06-24 | 2001-05-22 | Victor V. Fanberg | Computer file comparison method |
US20040015298A1 (en) * | 2000-03-14 | 2004-01-22 | Mark Swindells | Multiple sequence alignment |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
AARON R. QUILAN ET AL.: "BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features", BIOINFORMATICS, vol. 26, no. 6, JPN7015000658, March 2010 (2010-03-01), pages 841 - 842, XP055307411, DOI: doi:10.1093/bioinformatics/btq033 * |
MICHAEL R. STRATTON ET AL.: "The cancer genome", NATURE, vol. Vol.458, JPN6017042770, April 2009 (2009-04-01), pages 719 - 724, XP055052811, DOI: doi:10.1038/nature07943 * |
R. M. KURN ET AL.: "The UCSC Genome Browser Database: update 2009", NUCLEIC ACIDS RESEARCH, vol. Vol.37, JPN7017003621, 2009, pages p.D755-D761 * |
TOBIAS SJOBLOM ET AL.: "The Consensus Coding Sequences of Human Breast and Colorectal Cancers", SCIENCE, vol. Vol.314, JPN6017042767, 13 October 2006 (2006-10-13), pages 268 - 274, XP002478760, DOI: doi:10.1126/science.1133427 * |
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6387070B2 (ja) | Bambam:ハイスループットシークエンシングデータの同時比較解析 | |
JP6776404B2 (ja) | Bambam:高スループット配列決定データの並列比較分析 | |
AU2011258875A1 (en) | Bambam: parallel comparative analysis of high-throughput sequencing data |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20171108 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20180208 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20180409 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180508 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20180711 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20180810 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6387070 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |