JP2016538851A - パーキンソン病(PD)の検出およびモニタリングのための、体液からのmiRNAを使用する方法 - Google Patents
パーキンソン病(PD)の検出およびモニタリングのための、体液からのmiRNAを使用する方法 Download PDFInfo
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Abstract
Description
本出願は、2013年11月18日に出願された米国仮出願第61/905,703号、および、2014年2月4日に出願された米国仮出願第61/935,806号に対して優先権を主張するものであり、それらの開示はそれらの全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
本発明の技術分野
本発明は、体液中の、脳に富化されたmiRNAを定量することによる、パーキンソン病(PD)の早期診断、進行および処置のモニタリング、ならびに、他の神経変性疾患からのその区別のための方法に向けられている。
パーキンソン病(PD)は、2番目に多い神経変性疾患である。各年、およそ60,000名のアメリカ人がパーキンソン病と診断され、USAおよび全世界の夫々において、50万名および700〜1000万名と推定される人々がパーキンソン病とともに暮らしている(http://www.parkinson.org/parkinson-s-disease.aspx;http://www.pdf.org/en/parkinson_statistics)。
合衆国におけるパーキンソン病の年間の経済的影響は、約$10.8億であり増加しつつあると推定されている(http://www.parkinsoninfo.org/about-parkinsons-disease/economic-impact/)。
1.miRNAアレイまたは次世代シークエンシング(NGS)を使用する、関心のある病変を持つ患者からのおよびコントロール対象からの体液中の数百もの異なるmiRNAの測定(Qin et al. Cancer Inform. 2013; 12: 83-101)。このアプローチは、膨大の数の様々なmiRNAを分析することを可能とするが、現在、miRNAアレイベースのおよびシークエンシングの技術は、体液中の濃度が相対的に低い多くのmiRNAを検出するのに充分な感度はない。その結果、アレイおよびNGSによる検出可能な体液中のmiRNAのほとんどは、全てのまたは多くの組織において発現した遍在性miRNAであり、これらの多くが血液細胞に由来する(Pritchard et al. Cancer Prev. Res. (Phila). 2012; 5:492-497;Leidner and Thompson. PLoS One. 2013; 8: 57841)。ある病変を持つ患者におけるかかる遍在性miRNA濃度の変化の検出は、同じmiRNAが、異なる器官の他の疾患に関与し得ないことを意味するものではない。多くのmiRNAは、がん、炎症、低酸素その他などの特定の病変型に関連しており、体液中のこれらの濃度の変化は、異なる器官の疾患に関連し得る。例えば、miR−155濃度の変化が、乳がん、食道がん、肺がん、膵臓がんおよびリンパ腫を持つ患者の血流において見出された(Blair and Yan. DNA Cell Biol. 2012; 31 Suppl. 1: S49-61;Xie et al. Bioinformatics. 2013; 29: 638-644)。miR−21のレベルは、骨肉腫、膀胱がん、食道がん、胃がん、肺がん、乳がん、結腸直腸がん、頚部扁平上皮癌および他の腫瘍を持つ患者のプラズマ/血清において増加する(Blair and Yan. DNA Cell Biol. 2012; 31 Suppl. 1: S49-61;Farazi et al. J. Pathol. 2011; 223: 102-115;Xie et al, Bioinformatics. 2013; 29: 638-644)。miRNAアレイによって見出された潜在的なバイオマーカーはまた、健康なコントロール対象だけでなく、他の病変においても試験されるはずということになる。
上の背景の節に概説されているとおり、近年の進歩にかかわらず、当該技術分野おいてパーキンソン病(PD)などの神経変性疾患の早期検出の高感度な方法に強いニーズがある。本発明は、体液中の脳に富化されたmiRNAを定量することによって、PDの早期診断、進行および処置のモニタリング、ならびに、他の神経変性疾患からのその区別のための方法を提供することで、このニーズや他のニーズにも対処する。
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)第1の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、第1の神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、第1の神経変性疾患に罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、第1の神経変性疾患に罹患していないとして対象を同定すること。
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性のサンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、第1の神経変性疾患に罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、第1の神経変性疾患に罹患していないとして対象を同定すること。
f)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;ならびに、
g)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2の神経変性疾患の診断を除くこと、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除かないこと
による診断を精緻化させること(refining)をさらに含み、前記ステップが、互いとおよび/または上の2つの方法のステップ(d)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る。
f)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第3の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第3の脳に富化されたmiRNAが、第2の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
g)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第4の脳に富化されたmiRNAを測定すること、ここで該第4の脳に富化されたmiRNAが、(i)第2の神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)第2の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第3のmiRNAとして同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、第2の神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
h)ステップ(f)および(g)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比を、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;
j)(i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、第1の神経変性疾患に加えて第2の神経変性疾患にも罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除くこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップが、互いとおよび/または上の2つの方法のステップ(a)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る。
上の疾患区別の方法の一態様において、該第1の神経変性疾患は、パーキンソン病(PD)であり、該第2の神経変性疾患は、アルツハイマー病(AD)、軽度認知機能障害(MCI)、ハンチントン病(HD)、プリオンに起因する疾患、前頭側頭型認知症(FTD)、レビー小体型認知症、血管性認知症、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、慢性外傷性脳症(CTE)、進行性核上性麻痺(PSP)、多系統萎縮症(MSA)、大脳皮質基底核変性症(CBGD)、ピック病およびオリーブ橋小脳変性症(OPCA)からなる群から選択される。
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されているニューロンのmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳の領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PDの発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロールと比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、PDに罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロールの比よりも高くないとき、PDに罹患していないとして対象を同定すること。
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/また前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、PDに罹患しているとして対象を同定すること、または、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、PDに罹患していないとして対象を同定すること。
f)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、PDとは異なる第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;
g)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除くこと、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、第2神経変性疾患の診断を除かないこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップが、互いとおよび/またはPDを検出するための上の2つの方法のステップ(d)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る。
f)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第3の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第3の脳に富化されたmiRNAが、第2の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されており、かつ、該第2の神経変性疾患のためのバイオマーカーmiRNAペアにおける事前に同定された(分数の)分子(numerator)である;
g)対象から採取された体液性サンプル中の第4の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第4の脳に富化されたmiRNAが、該第2の神経変性疾患のためのバイオマーカーmiRNAペアにおける事前に同定された(分数の)分子であって、かつ、(i)第2の神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)第2の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されており、および、第3のmiRNAが富化されている細胞型とは異なるか、あるいは、(iii)第3のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、第2の神経変性疾患の発症の間中、第3のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比を、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;
j)(i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、PDに加え第2の神経変性疾患にも罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2の神経変性疾患の診断を除くこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップが、互いとおよび/またはPDを検出するための上の2つの方法のステップ(a)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る。
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象における神経変性疾患が進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象における神経変性疾患が進行していなかったと決定すること。
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象における神経変性疾患が進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象における神経変性疾患が進行していなかったと決定すること。
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここでサンプルが、相隔たる時点にて採取されていた、ならびに、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されているmiRNAである;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PD発症の間中、第1の脳に富化されたmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象におけるPDが進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象におけるPDが進行していなかったと決定すること。
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1のmiRNAレベルを測定すること、ここでサンプルが、相隔たる時点にて採取されていた、ならびに、ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/または前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象におけるPDが進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象におけるPDが進行していなかったと決定すること。
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、神経変性疾を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)の異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効でないと決定すること。
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)における異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効でないと決定すること。
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PD発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)における異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、PD処置が有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、PD処置が有効でないと決定すること。
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/または前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)における異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、PD処置が有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、PD処置が有効でないと決定すること。
a)体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該体液性サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与前に、対象から採取されている、および、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物の投与の後に、対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物の投与の後に、対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること。
a)体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該体液性サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、および、ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物投与の後に、対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に、対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること。
a)体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該体液性サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与前に対象から採取されている、および、ここで該第1のmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域に富化されているか、または、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、または、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PD発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物の投与後に、対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に、対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること。
a)体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該体液サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、ならびに、ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/または前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物の投与後に、対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物の投与後に、対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること。
上の方法のいずれかの一態様において、第1の脳に富化されたmiRNAは、ニューロンのmiRNAである。上の方法のいずれかの一態様において、第1の脳に富化されるmiRNAは、シナプスおよび/または神経突起のmiRNAである。
上の方法のいずれかの一態様において、第2のmiRNAは、(1)第1の神経変性疾患(例としてPD)を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(2)第1の神経変性疾患(例としてPD)を患っていない脳細胞型に富化されている、脳に富化されたmiRNAである。上の方法のいずれかの一態様において、第2のmiRNAは、PDに関与しない脳領域において主に発現されるmiRNA、グリア細胞において主に発現されるmiRNA、および、PDにおいて下方調節されている脳に富化されたmiRNAからなる群から選択される脳に富化されたmiRNAである。
脳に富化された第1および第2のmiRNAを伴う上の方法のいずれかの一態様において、第1のmiRNAと第2のmiRNAとのペアは、以下:let−7e/miR−335、miR−107/miR−335、miR−491−5p/miR−335、miR−744/miR−335、miR−99b/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−491−5p/miR−9*、let−7e/miR−132、miR−107/miR−132、miR−491−5p/miR−132、let−7e/miR−134、miR−107/miR−134、miR−99b/miR−134、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−323−3p、miR−107/miR−323−3p、miR−99b/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−323−3p、let−7e/miR−411、miR−107/miR−411およびmiR−491−5p/miR−411からなる群から選択される。
(a)miR−181b/miR−323−3pおよびmiR−99b/miR−9*、
(b)miR−491−5p/miR−487b、その上miR−9/miR−146a、ならびに、
(c)miR−491−5p/miR−210、その上miR−181a/miR−146b
からなる群から選択される1以上のペア組み合わせについて、レベルを測定することおよびレベルの比を計算することを含む。
相隔たる時点にて採取された体液性サンプルを伴う上の方法のいずれかの一態様において、体液性サンプルは、数カ月隔てて(例として3〜6カ月隔てて)得られる。
上の方法のいずれかの一態様において、方法は、第1および第2のmiRNAのレベルを、ノーマライザーmiRNAのレベルに対して、ノーマライズすることをさらに含む。具体的な一態様において、ノーマライザーmiRNAは、多数の組織において発現されているが、脳においては有意に発現されていないmiRNAである。
上の方法のいずれかの一態様において、体液は、血漿、血清、尿、脳脊髄液(CSF)および唾液からなる群から選択される。
上の方法のいずれかの一態様において、方法は、対象から体液性サンプル(単数または複数)を採取するステップを(例としてステップ(a)に先立ち)含む。
上の方法のいずれかの一態様において、miRNAのレベルは、ハイブリダイゼーション、RT−PCRおよびシークエンシングからなる群から選択される方法を使用して決定される。
上の方法のいずれかの一態様において、miRNAレベルを測定するのに先立ち、miRNAは、体液性サンプルから精製される。
上の疾患検出または疾患モニタリングの方法のいずれかの一態様において、方法は、神経変性疾患(例としてPD)を有するとして、または、より重症度の高い神経変性疾患(例としてPD)へ進行するリスクがあるとして、診断されている対象へ治療的または予防的処置を施すことをさらに含む。PDのケースにおいて、有用な薬物処置の非限定例は、例えば、例としてレボドパなどのドーパミン補充またはドーパミン模倣化合物の投与またはレボドパ併用処置の施し、これは、ドーパデカルボキシラーゼ阻害剤(例としてカルビドパ、ベンセラジド)との投与(施し)を含んでもよい;
1.PDを検出するためのキットであって、以下:let−7e/miR−335、miR−107/miR−335、miR−491−5p/miR−335、miR−744/miR−335、miR−99b/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−491−5p/miR−9*、let−7e/miR−132、miR−107/miR−132、miR−491−5p/miR−132、let−7e/miR−134、miR−107/miR−134、miR−99b/miR−134、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−323−3p、miR−107/miR−323−3p、miR−127/miR−323−3p、miR−181/miR−323−3p、miR−99b/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−323−3p、let−7e/miR−411、miR−107/miR−411およびmiR−491−5p/miR−411;miR−155/miR−335、let−7e/miR−146b、miR−491−5p/miR−146a、let−7e/miR−146a、miR−744/miR−146a、miR−155/miR−16、miR−155/miR−132、miR−155/miR−323−3p、miR−155/miR−411、miR−491−5p/miR−146b、miR−155/miR−146aおよびmiR−155/miR−146bからなる群から選択されるmiRNAの1以上のペアに特異的なプライマーおよび/またはプローブを含む。
(a)miR−181b/miR−323−3pおよびmiR−99b/miR−9*、
(b)miR−491−5p/miR−487bおよびmiR−9/miR−146a、ならびに、
(c)miR−491−5p/miR−210およびmiR−181a/miR−146b
からなる群から選択されるmiRNAのペアの1以上の組み合わせに特異的なプライマーおよび/またはプローブを含む、キット。
別個の側面において、本発明は、病変の診断および/またはモニタリング用のバイオマーカーmiRNAペアを選択するための方法を提供し、前記方法は、以下のステップを含む:
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られている少なくとも4種のmiRNAを選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)において選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された各miRNAの平均レベルを計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された平均miRNAレベルの間の差を計算すること;
(e)研究された全miRNA間でステップ(d)で計算された平均miRNAレベルの間の差を比較すること、および、一方のmiRNAについてステップ(d)で計算された差が、他方のmiRNAについて計算された差の少なくとも1.5倍である、それらのmiRNAペアを潜在的なバイオマーカーペアとして選択すること;
(f)ステップ(e)で選択された潜在的な各バイオマーカーmiRNAペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を計算すること;ならびに、
(g)ステップ(f)で計算されたその(r)値が少なくとも0.8である場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとして、miRNAペアを同定すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られている少なくとも4種のmiRNAを選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された少なくとも0.8の(r)値を有するそれらのmiRNAペアを、潜在的なバイオマーカーペアとして選択すること;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAの平均レベルを計算すること;
(f)ステップ(e)で計算された平均のmiRNAレベル間の差を計算すること;
g)一方のmiRNAについてステップ(f)で計算された差が、他方のmiRNAについて計算された差の少なくとも1.5倍である場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとしてmiRNAペアを同定すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られている少なくとも4種のmiRNAを選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された少なくとも0.8の(r)値を有するそれらのmiRNAペアを、潜在的なバイオマーカーペアとして選択すること;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAペアについて、2つの対象コホート分離のP値を計算すること;ならびに、
(f)このペアが、統計的に有意なP値を持つ2つの対象コホートを区別する場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとしてmiRNAペアを同定すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られているmiRNAの群を選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された各miRNAの平均レベルを電気的に計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された平均miRNAレベルの間の差を電気的に計算すること;
(e)第1のmiRNAおよび第2のmiRNAを各々含む一組の潜在的なmiRNAペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、ここで第1のmiRNAのステップ(d)で計算された平均レベルの差が、第2のmiRNAの計算された平均レベルの差の少なくとも1.5倍である;
(f)ステップ(e)で選択された各々の潜在的なmiRNAペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を電気的に計算すること;
(g)病変の診断および/またはモニタリングに好適であるそれらのmiRNAペアを、潜在的なmiRNAペアの組から選択すること、ここでステップ(f)で計算された(r)値が、少なくとも0.8である;ならびに、
(h)ステップ(g)で選択されたmiRNAペアの全部または一部を表示すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られているmiRNAの群から選択すること
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を電気的に計算すること;
(d)一組の潜在的なバイオマーカーmiRNAペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、ここでステップ(c)で計算された(r)値が、少なくとも0.8である;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAの平均レベルを電気的に計算すること;
(f)ステップ(e)で計算された平均miRNAレベルの間の差を電気的に計算すること;
(g)第1のmiRNAおよび第2のmiRNAを各々含む一組の好適なmiRNAバイオマーカーペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、ここで好適な各バイオマーカーmiRNAペアについて、第1のmiRNAのステップ(f)で計算された平均レベルの差が、第2のmiRNAの計算された平均レベルの差の少なくとも1.5倍である;ならびに、
(h)ステップ(g)で選択された好適なバイオマーカーmiRNAペアの全部または一部を表示すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られているmiRNAの群から選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、ステップ(b)で測定されたレベルのスピアマンの順位相関係数(r)を電気的に計算すること;
(d)一組の潜在的なバイオマーカーmiRNAペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、ここでステップ(c)で計算された(r)値が、少なくとも0.8である;
e)ステップ(d)で選択された各miRNAペアについて、2つの対象コホート分離のP値を電気的に計算すること;
(f)このmiRNAペアが、統計的に有意なP値を持つ2つの対象コホートを区別する場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとして、miRNAペアを同定すること;ならびに、
(g)ステップ(f)で選択された好適なバイオマーカーmiRNAの全部または一部を表示すること。
バイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかの一態様において、2つの対象コホートは、(1)病変を有する対象、および、(2)同じ年齢、性別および民族性の健康な対象である。バイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかの一態様において、2つの対象コホートは、器官の2つの異なる病変を有する対象である。バイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかのさらに別の態様において、2つの対象コホートは、(1)若年の対象および(2)高齢の対象である。バイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかのさらなる態様において、2つの対象コホートは、同じ年齢および民族性の(1)男性および(2)女性である。
バイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかの一態様において、対象はヒトである。バイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかの別の態様において、対象は実験動物である。
P値を伴うバイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかの一態様において、P値は、ステップ(e)においてマン・ホイットニー検定を使用して計算される。P値を伴うバイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかの一態様において、統計的に有意なP値は少なくとも0.05である。
バイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかの一態様において、病変は、神経変性疾患(例としてパーキンソン病(PD)、アルツハイマー病(AD)および軽度認知機能障害(MCI))である。
バイオマーカーmiRNAペアを選択するための上の方法のいずれかの一態様において、病変を患っている器官は脳である。
本発明のこれらのおよび他の側面は、以下の説明、クレームおよび図面から、当業者には明らかであろう。
本発明は、本発明者らによってなされた以下の概念および知見に基づく:
(1)脳において、より具体的には特定の病変に関与する脳領域において、富化されている循環miRNA濃度の変化は、遍在性のまたは他の脳に富化されたmiRNAより、脳における関連する病変プロセスを反映する傾向が強い;
(2)神経突起およびシナプスに存在しているmiRNAは分析されるべきである。なぜならば、神経突起およびシナプスの機能不全ならびに破壊は、神経変性の早期ステージの特徴であり、したがって、これらのmiRNAの発現および分泌に影響を与え得る;
(3)特定の病変に直接関係しないプロセス、例として血液脳関門の透過性における変化を相殺するために、本発明者らは、損傷した脳領域(単数または複数を)のニューロン中に富化されたmiRNAを、診断されている特定の神経変性疾患の早期ステージに関与しない脳領域または細胞型に発現され得る他の脳に富化されたmiRNAによって、ならびに、関心のある領域に富化されているmiRNAと比較したとき血漿レベルで異なって変化するmiRNAによって、ノーマライズするという「バイオマーカーペア」アプローチを使用した;
(4)バイオマーカーmiRNAペアにおける(分数の)分子および分母として使用されるmiRNAのプラズマ濃度の高い相関は、その感度および特異度にとって極めて重要である。
脳における富化に関連して本明細書に使用される用語「富化されている(富化された)」は、脳におけるmiRNA濃度が、他の器官より少なくとも4〜5倍高いことを意味する。
脳のある領域における富化に関連して本明細書に使用される用語「富化されている(富化された)」は、脳の該領域におけるmiRNA濃度が、一般の脳より高い(好ましくは少なくとも2倍高い、より好ましくは少なくとも5倍高い、最も好ましくは少なくとも10倍高い)ことを意味する。用語は、脳領域内の濃度(例としてqRT−PCRを使用して測定される)における差を指す。
用語「軽度認知機能障害」または「MCI」は、正常な老化の予測される認知機能低下と認知症のより深刻な低下との間の中間ステージを指す。それは、加齢に関する正常な変化よりも大きい記憶、言語、思考および判断に係る問題を伴い得る。
用語「軸策」は、ニューロンの細胞体(cell body)または細胞体(soma)から離れて電気インパルスを伝導するニューロンの長く、細い突起を指す。軸策は、形状(樹状突起はテーパーであることが多いが、軸策は通常、一定の半径を維持している)、長さ(樹状突起は、細胞体周囲の小さな領域に制限されているが、軸策はより長い)および機能(樹状突起は通常、シグナルを受けるが、軸策は通常、それらを伝送する)を含む数個の特性によって樹状突起から識別される。軸策および樹状突起は、シナプスと呼ばれる接合部にて他の細胞(通常、他のニューロンであるが、ときには筋肉細胞または腺細胞)と接触する。
用語「樹状突起」は、他の神経細胞から受けた電気化学的刺激をニューロンの細胞体(cell body)(そこから樹状突起が突き出す)へ伝導するように作用するニューロンの分岐した突起を指す。
用語「神経変性疾患」は、例として、パーキンソン病(PD)、アルツハイマー病(AD)、軽度認知機能障害(MCI)、ハンチントン病(HD)、プリオンに起因する疾患、前頭側頭型認知症(FTD)、レビー小体型認知症、血管性認知症、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、慢性外傷性脳症(CTE)、進行性核上性麻痺(PSP)、多系統萎縮症(MSA)、大脳皮質基底核変性症(CBGD)、ピック病、オリーブ橋小脳変性症(OPCA)などの脳の病変、ならびに、後にシナプスの機能不全、神経突起およびシナプスの破壊が、最終的にはニューロン死が続く代謝変化によって特徴づけられる他の病変を指すために本明細書に使用される。
用語「神経変性疾患の進行」は、個々のニューロンにおける代謝的なおよび/または構造的な変化の程度/重症度におけるあらゆる負の変化をも、および/または、影響を与えられたニューロンの数のあらゆる増加をも、指すために本明細書に使用される。語句「神経変性疾患の改善」および類似の用語は、個々のニューロンにおける代謝的なおよび/または構造的な変化の程度/重症度のあらゆる正の変化も、および/または、影響を与えられたニューロンの数のあらゆる減少をも、指す。
用語「に関連する」は、あらゆる相関、共起およびあらゆる因果関係を包含するために使用される。
本明細書に使用される「個体」または「対象」または「動物」は、ヒト、獣医学に関する動物(veterinary animal)(例としてネコ、イヌ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ等)および神経変性疾患の実験動物モデルを指す。好ましい態様において、対象はヒトである。
本明細書に使用される用語「同様に処理された」は、同じプロトコールを使用して得られているサンプル(例として体液サンプルまたは精製されたRNA)を指す。
用語「約」または「およそ」は、値の統計的に意味のある範囲内にあることを意味する。かかる範囲は、与えられた値または範囲の1桁以内に、好ましくは50%以内に、より好ましくは20%以内に、さらにより好ましくは10%以内に、および、なお一層より好ましくは5%以内に、あり得る。用語「約」または「およそ」によって包含される許容可能な変動は、研究下にある特定のシステムに依存しており、当業者によって容易に理解され得る。
最も有望なバイオマーカーペアを同定するために、本発明者らは、以下のアプローチ:異なる個体の夫々の体液において有意に相関する(スピアマンの順位相関係数r>0.8)それらの循環miRNAから、各ペアについて、(分数の)分子および分母の選択、を使用した。プラズマ中のmiRNAの濃度は、(i)様々な器官および組織中のmiRNA発現のレベル;(ii)異なる細胞型からのmiRNA分泌のレベル;(iii)エキソソームおよび他の微小小胞、タンパク質、脂質、および、場合により他の分子との複合体などの異なる形態での、細胞外空間におけるmiRNAの安定性ならびにプラズマにおけるそれらの出現;ならびに(iv)脳に富化されたmiRNAにおける血液−脳障壁の透過性を含む、多数の因子に依存する。病変プロセスは、これらの因子のいくつかまたは全てに影響を与え得る。本発明者らは、有効なバイマーカーmiRNAペアの(分数の)分子および分母が、こられの基礎的な共通の因子のいくつかを共有するはずであり(例として、両者は脳に富化されており、エキソソーム中に分泌される)、病変に応えて異なって変化するであろうと示唆する。これは、いずれの相関するmiRNAも、良好なバイオマーカーペアを形成するであろうことを意味するものではない。なぜなら、それらが病変によって同様に変化する場合、それらの比は、これらの変化を隠すであろうからである。
1.関心のある器官(例として脳)におけるそれら富化に基づいて事前に選択されたmiRNAの濃度は、少なくとも2つの比較コホート(例として、疾患と診断試験用のコントロール、2つの病変を区別することができる試験のための2つの疾患、病変プロセス進行の異なるステージでの疾患、または、モニタリング試験のための処置前と処置後の疾患)の体液(例としてプラズマ、血清、脳脊髄液(CSF)、唾液、尿)において測定される。
2.各miRNA濃度の平均が、比較コホートについて計算される。
3.2つの比較コホートからの各miRNAについての平均間の差が計算され、miRNAが2つの群:(i)差分値が高いもの;および(ii)差分値が低いかまたは異符号を持つもの、に分けられる。
4.ステップ3で決定されたパラメーターが少なくとも1.5倍異なる場合、異なる群からのmiRNAが、潜在的なバイオマーカーペアとして組み合わされる。潜在的で「有望な」miRNAペアにおいて、一方のmiRNAは(分数の)分子として使用され、他方のmiRNAは分母として使用される。
5.プラズマまたは他の体液における各特定のmiRNA濃度の個体差の影響をさらに低減するために、高い正の相関を持つmiRNA(比較される群における全サンプルについてスピアマンの順位相関係数rが≧0.8である)が、バイオマーカーペアのために(分数の)分子および分母として選択される。このステップは、潜在的なバイオマーカーmiRNAペアの数を有意に減少させ、2つの比較コホートを区別するプロセスと無関係な因子により引き起こされる選択されたバイオマーカーの変動を低減させ、ならびに、試験の感度および特異度を有意に増加させる。
ステップ1の後、全ての体液サンプルにおいてステップ1で測定された個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を計算する。次いで、高い正の相関(r≧0.8)を持つmiRNAを、潜在的なバイオマーカーペアとして選択し、選択された各miRNAペアについて2つの対象コホートにおけるmiRNA濃度の比を比較し、ならびに、このペアが統計的に有意なP値を持つ2つの対象コホートを区別する場合、好適なバイオマーカーとしてmiRNAペアを決定する。
一態様において、本発明は、病変の診断および/またはモニタリング用のバイオマーカーmiRNAペアを選択するための方法を提供し、該方法は、以下のステップを含む:
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られている少なくとも4種のmiRNAを選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された各miRNAの平均レベルを計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された平均miRNAレベルの間の差を計算すること;
(e)研究された全miRNA間でステップ(d)で計算された平均miRNAレベルの間の差を比較すること、および、一方のmiRNAについてステップ(d)で計算された差が、他方のmiRNAについて計算された差の少なくとも1.5倍である、それらのmiRNAペアを潜在的なバイオマーカーペアとして選択すること;
(f)ステップ(e)で選択された潜在的な各バイオマーカーmiRNAペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を計算すること;ならびに、
(g)ステップ(f)で計算されたその(r)値が、少なくとも0.8である場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとして、miRNAペアを同定すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られている少なくとも4種のmiRNAを選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、ステップ(b)で測定されたスピアマンの順位相関係数(r)を計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された少なくとも0.8の(r)値を有するそれらのmiRNAペアを、潜在的なバイオマーカーペアとして選択すること;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAの平均レベルを計算すること;
(f)ステップ(e)で計算された平均miRNAレベルの間の差を計算すること;
(g)一方のmiRNAについてステップ(f)で計算された差が、他方のmiRNAについて計算された差の少なくとも1.5倍である場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとしてmiRNAペアを同定すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られている少なくとも4種のmiRNAを選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された少なくとも0.8の(r)値を有するそれらのmiRNAペアを潜在的なバイオマーカーペアとして選択すること;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAペアについて、2つの対象コホート分離のP値を計算すること;ならびに、
(f)このペアが、統計的に有意なP値を持つ2つの対象コホートを区別する場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとしてmiRNAペアを同定すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られているmiRNAの群を選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された各miRNAの平均レベルを電気的に計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された平均miRNAレベルの間の差を電気的に計算すること;
(e)第1のmiRNAおよび第2のmiRNAを各々含む一組の潜在的なmiRNAペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、ここで第1のmiRNAのステップ(d)で計算された平均レベルの差が、第2のmiRNAの計算された平均レベルの差の少なくとも1.5倍である;
(f)ステップ(e)で選択された各々の潜在的なmiRNAペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を電気的に計算すること;
(g)病変の診断および/またはモニタリングに好適であるこれらのmiRNAペアを、潜在的なmiRNAペアの組から選択すること、ここでステップ(f)で計算された(r)値が、少なくとも0.8である;ならびに、
(h)ステップ(g)で選択されたmiRNAペアの全部または一部を表示すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られているmiRNAの群から選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を電気的に計算すること;
(d)一組の潜在的なバイオマーカーmiRNAペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、ここでステップ(c)で計算された(r)値が、少なくとも0.8である;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAの平均レベルを電気的に計算すること;
(f)ステップ(e)で計算された平均miRNAレベルの間の差を電気的に計算すること;
(g)第1のmiRNAおよび第2のmiRNAを各々含む一組の好適なmiRNAバイオマーカーペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、ここで好適な各バイオマーカーmiRNAペアについて、第1のmiRNAのステップ(f)で計算された平均レベルの差が、第2のmiRNAの計算された平均レベルの差の少なくとも1.5倍である;ならびに、
(h)ステップ(g)で選択された好適なバイオマーカーmiRNAペアの全部または一部を表示すること。
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られているmiRNAの群から選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、ステップ(b)で測定されたレベルのスピアマンの順位相関係数(r)を電気的に計算すること;
(d)一組の潜在的なバイオマーカーmiRNAペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、ここでステップ(c)で計算された(r)値が、少なくとも0.8である;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAペアについて、2つの対象コホート分離のP値を電気的に計算すること;
(f)このmiRNAペアが、統計的に有意なP値を持つ2つの対象コホートを区別する場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとして、miRNAペアを同定すること;ならびに、
(g)ステップ(f)で選択された好適なバイオマーカーmiRNAの全部または一部を表示すること。
本発明の上の方法のいずれかにおいて使用され得る体液性サンプルの非限定例は、例としてプラズマ、血清、脳脊髄液(CSF)、尿および唾液を含む。
本発明の上の方法のいずれかにおいて、いずれか2つのコホートが比較され得る。かかるコホートの非限定例は、例として、病変対コントロール[例として、同じ年齢、性別および民族性の健康な対象]、器官のある病変対同じ器官の別の病変、2つの年齢群[例として20〜50歳対60〜80歳]、男性対女性[例として、同じ年齢および民族性の]、2つの異なる民族性または人種の群[例として、同じ年齢および性別の]等々を含む。
本発明の方法において使用されるスピアマン相関アルゴリズムは、以下:
本発明の方法において、統計的に有意なP値は、当該技術分野において知られているいずれの方法を使用しても計算され得る。かかる方法の非限定例は、ステューデントのt検定(正規分布を持つサンプルについて)およびマン・ホイットニー検定(非ラムダム分布を持つサンプルについて)である(Mann and Whitney, Annals Math Stat. 1947, 18: 50-60)。P値≧0.05は通常、統計学的に有意であるとして認められる。多数の潜在的なバイオマーカーが試験される場合、ボンフェローニ補正が適用され得る。
本発明は、対象におけるパーキンソン病(PD)を診断およびモニターするための新規な高感度かつ非侵襲または低侵襲の方法を提供し、該方法は、対象からの体液性サンプル中の(例として血漿、血清、尿、脳脊髄液(CSF)、唾液)、2以上の特異的なmiRNAのレベルの比を決定することを含む。
本発明の診断方法における特異的なmiRNAペアの使用は、感度および信頼性を極めて高いものとさせ、PDの早期診断ならびにそれを他の神経変性疾患および状態(例として軽度認知機能障害(MCI)およびアルツハイマー病(AD))から区別することを可能にする。このアプローチはまた、ニューロン中の様々な具体的事象(例として、miRNAプロフィールにおける変化、それらの分泌、神経突起の分解、シナプスの損失、および、最終的なニューロン死)が検出および定量され得るので、PD進行および処置の有効性をモニターするための詳細かつ包括的な情報をも提供する。
本発明の方法に有用なmiRNAペアの非限定例は、例として以下を含む:
脳に富化されている:
let−7e/miR−335、miR−107/miR−335、miR−491−5p/miR−335、miR−744/miR−335、miR−99b/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−491−5p/miR−9*、let−7e/miR−132、miR−107/miR−132、miR−491−5p/miR−132、let−7e/miR−134、miR−107/miR−134、miR−99b/miR−134、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−323−3p、miR−107/miR−323−3p、miR−127/miR−323−3p、miR−181b/miR−323−3p、miR−99b/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−323−3p、let−7e/miR−411、miR−107/miR−411、miR−491−5p/miR−411。
miR−155/miR−335、let−7e/miR−146b、miR−491−5p/miR−146a、let−7e/miR−146a、miR−744/miR−146a、miR−155/miR−16、miR−155/miR−132、miR−155/miR−323−3p、miR−155/miR−411、miR−491−5p/miR−146b、miR−155/miR−146a、miR−155/miR−146b。
脳に富化されている:
let−7e/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−107/miR−335、miR−127/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−335、miR−491−5p/miR−9*、miR−107/miR−9*、miR−744/miR−335、let−7e/miR−132、miR−107/miR−134、miR−181b/miR−132、let−7e/miR−210、miR−181b/miR−9*、miR−181a/miR−335、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−874、miR−181b/miR−874、miR−107/miR−132、miR−491−5p/miR−132、miR−107/miR−323−3p、miR−127/miR−134、miR−491−5p/miR−874、miR−491−5p/miR−323−3p、miR−127/miR−432、let−7e/miR−134、let−7e/miR−411、miR−107/miR−411、miR−491−5p/miR−411、miR−107/miR−874、miR−181a/miR−9*、miR−491−5p/miR−210、miR−181b/miR−335、miR−99b/miR−335、miR−107/miR−210、miR−127/487b、miR−181a/miR−874、miR−9/miR−9*、miR−107/miR−487b、miR−107/miR−432、miR−9/miR−335、miR−181a/miR−132、miR−181b/miR−210、miR−99b/miR−132。
let−7e/miR−146a、miR−107/miR−146a、miR−491−5p/miR−146a、miR−107/miR−146b、miR−491−5p/miR−146b、miR−155/miR−874、let−7e/miR−146b、miR−155/miR−9*、miR−155/miR−335、miR−155/miR−411、miR−744/miR−146a。
脳に富化されている:
let−7e/miR−335、miR−107/miR−335、miR−127/miR−323−3p、let−7e/miR−411、miR−99b/miR−335、miR−491−5p/miR−335、miR−127/miR−134、miR−744/miR−335、miR−9/miR−335、miR−181b/miR−335、miR−107/miR−411、miR−181a/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−491−5p/miR−411、let−7e/miR−132、miR−181b/miR−132、miR−9/miR−9*、miR−9/miR−134、miR−107/miR−134、miR−181b/miR−874、let−7e/miR−134、miR−107/miR−132、miR−107/miR−9*、miR−127/miR−335、miR−9/miR−132、miR−181b/miR−9*、miR−491−5p/miR−132、let−7e/miR−210、miR−491−5p/miR−9*、miR−107/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−874、miR−181b/miR−210、miR−9/miR−874、miR−9/miR−485−3p、miR−744/miR−134、miR−181b/miR−323−3p。
miR−107/miR−146a、miR−491−5p/miR−146a、miR−155/miR−132、miR−155/miR−335、miR−107/miR−146b、miR−491−5p/miR−146b、miR−9/miR−146a、let−7e/miR−146b、miR−9/miR−146b、let−7e/miR−146a、miR−155/miR−874、miR−155/miR−9*、miR−744/miR−146a、miR−155/miR−210、miR−155/miR−146b、miR−744/miR−146b、miR−155/miR−146a、miR−155/miR−134、miR−155/miR−411、miR−181b/miR−146b。
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)第1の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、第1の神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、第1の神経変性疾患に罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、第1の神経変性疾患に罹患していないとして対象を同定すること。
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、第1の神経変性疾患に罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、第1の神経変性疾患に罹患していないとして対象を同定すること。
f)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;ならびに、
g)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2の神経変性疾患の診断を除くこと、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除かないこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップは、互いとおよび/または上の2つの方法のステップ(d)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る。
f)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第3の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第3の脳に富化されたmiRNAが、第2の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
g)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第4の脳に富化されたmiRNAを測定すること、ここで該第4の脳に富化されたmiRNAが、(i)第2の神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)第2の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第3のmiRNAとして同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、第2の神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
h)ステップ(f)および(g)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比を、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;
j)(i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、第1の神経変性疾患に加えて第2の神経変性疾患にも罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除くこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップは、互いとおよび/または上の2つの方法のステップ(a)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る。
上の疾患区別の方法の一態様において、該第1の神経変性疾患は、パーキンソン病(PD)であり、該第2の神経変性疾患は、アルツハイマー病(AD)、軽度認知機能障害(MCI)、ハンチントン病(HD)、プリオンに起因する疾患、前頭側頭型認知症(FTD)、レビー小体型認知症、血管性認知症、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、慢性外傷性脳症(CTE)、進行性核上性麻痺(PSP)、多系統萎縮症(MSA)、大脳皮質基底核変性症(CBGD)、ピック病およびオリーブ橋小脳変性症(OPCA)からなる群から選択される。
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されているニューロンのmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳の領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PDの発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロールと比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、PDに罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロールの比よりも高くないとき、PDに罹患していないとして対象を同定すること。
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/また前頭皮質に富化されている脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、PDに罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、PDに罹患していないとして対象を同定すること。
f)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、PDとは異なる第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;
g)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除くこと、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、第2神経変性疾患の診断を除かないこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップは、互いとおよび/またはPDを検出するための上の2つの方法のステップ(d)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る。
f)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第3の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第3の脳に富化されたmiRNAが、第2の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されており、かつ、該第2の神経変性疾患用のバイオマーカーmiRNAペアにおける事前に同定された(分数の)分子である;
g)対象から採取された体液性サンプル中の第4の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第4の脳に富化されたmiRNAが、該第2の神経変性疾患用のバイオマーカーmiRNAペアにおける事前に同定された(分数の)分子であり、かつ、(i)第2の神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)第2の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されており、および、第3のmiRNAが富化されている細胞型とは異なるか、あるいは、(iii)第3のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、第2の神経変性疾患の発症の間中、第3のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
h)ステップ(f)および(g)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比を、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;
j)(i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、PDに加えて第2の神経変性疾患にも罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2の神経変性疾患の診断を除くこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップは、互いとおよび/またはPDを検出するための上の2つの方法のステップ(a)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る。
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象における神経変性疾患が進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象における神経変性疾患が進行していなかったと決定すること。
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象において神経変性疾患が進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象における神経変性疾患が進行していなかったと決定すること。
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここでサンプルが、相隔たる時点にて採取されていた、ならびに、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されているmiRNAである;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PD発症の間中、第1の脳に富化されたmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象におけるPDが進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象におけるPDが進行していなかったと決定すること。
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1のmiRNAレベルを測定すること、ここでサンプルが、相隔たる時点にて採取されていた、ならびに、ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/または前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが、炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象におけるPDが進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象におけるPDが進行していなかったと決定すること。
a)処置の開始前に、対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、神経変性疾を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)の異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効でないと決定すること。
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)の異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効でないと決定すること。
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PD発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)の異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、PD処置が有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、PD処置が有効でないと決定すること。
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/または前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)の異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、PD処置が有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、PD処置が有効でないと決定すること。
a)体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該体液性サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、および、ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物投与の後に、対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に、対象から採取された各々の体液性サンプル中の、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること。
a)体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該体液性サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、および、ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物投与の後に対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること。
a)体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該体液性サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、ならびに、ここで該第1のmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PD発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物投与の後に対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に対象から採取された各々の体液性サンプル中の、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること。
a)体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該体液サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、ならびに、ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/または前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物投与の後に対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること。
いくつかの態様において、体液性サンプル中のおよび/またはmiRNA精製の間中の、miRNA分解は、低減または回避される。miRNA分解を低減または回避するのに有用な方法は、限定せずに、RNアーゼ阻害剤(例としてRNasin Plus[Promega]、SUPERase-In[ABI]等々)を加えること、塩化グアニジン、グアニジンチオシアナート、N−ラウロイルサルコシン、ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)の使用またはこれらの組み合わせを含む。体液性サンプル中のmiRNA分解の低減は、miRNA定量に先立ちサンプル保管および輸送が必要とされるとき、特に重要である。
a)遍在性miRNAが、対象のプラズマ中のそれらの濃度を、事前に確立された正常値と比較することによってQC用に使用され得る。
b)合成低分子RNA(例として非ヒトのmiRNA)オリゴヌクレオチドが、精製の間中の損失用およびRT−PCR阻害用のコントロールとして(これらをRNA精製前の体液性サンプルへ加えることによって)合成および使用され得る。
c)腎臓のろ過における変動(尿サンプルとともに働くとき)を説明するために、尿中のmiRNA濃度は、クレアチニンおよび/またはアルブミンレベルでノーマライズされ得る。
上の診断、モニタリングおよびスクリーニングの方法と併せて、本発明は、診断用miRNAペアの検出に特異的な1以上のプライマーおよび/またはプローブの組を含む様々なキットを提供する。
本発明のキットの非限定例は、以下を含む:
1.miRNAの1以上のペアに特異的なプライマーおよび/またはプローブを含む、パーキンソン病(PD)を検出するためのキットであって、前記miRNAが以下:let−7e/miR−335、miR−107/miR−335、miR−491−5p/miR−335、miR−744/miR−335、miR−99b/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−491−5p/miR−9*、let−7e/miR−132、miR−107/miR−132、miR−491−5p/miR−132、let−7e/miR−134、miR−107/miR−134、miR−99b/miR−134、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−323−3p、miR−107/miR−323−3p、miR−127/miR−323−3p、miR−181/miR−323−3p、miR−99b/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−323−3p、let−7e/miR−411、miR−107/miR−411およびmiR−491−5p/miR−411;miR−155/miR−335、let−7e/miR−146b、miR−491−5p/miR−146a、let−7e/miR−146a、miR−744/miR−146a、miR−155/miR−16、miR−155/miR−132、miR−155/miR−323−3p、miR−155/miR−411、miR−491−5p/miR−146b、miR−155/miR−146aおよびmiR−155/miR−146bからなる群から選択される。
(a)miR−181b/miR−323−3pおよびmiR−99b/miR−9*、
(b)miR−491−5p/miR−487bおよびmiR−9/miR−146a、ならびに、
(c)miR−491−5p/miR−210およびmiR−181a/miR−146b
からなる群から選択される。
かかるキットは、患者から単離された体液性サンプル中の直接的なmiRNA検出に有用であり得るか、または、精製されたRNAサンプルに使用され得る。
本発明のキットはまた、プライマー伸長および増幅反応用の試薬をも提供し得る。例えば、いくつかの態様において、このキットは、以下の構成要素:逆転写酵素、DNAポリメラーゼ酵素(例として熱安定性DNAポリメラーゼなどの)、ポリメラーゼ連鎖反応バッファー、逆転写酵素バッファーおよびデオキヌクレオシドトリホスファート(dNTPs)のうち1以上をさらに含んでもよい。代わりに(または加えて)、キットは、ハイブリダイゼーションアッセイを実施するための試薬を含み得る。検出剤は、ヌクレオチド類似体および/または標識部分、例として、フルオロフォア(蛍光色素)または放射性同位体元素などの直接的に標識可能な部分、あるいは、ビオチンなどの結合ペアのメンバー、または、非水溶性の比色反応または発光反応を触媒することが可能な酵素などの間接的に標識可能な部分を含み得る。
かかるキットはまた、核酸分解に対して保護する試薬などの、DNAまたはRNAの保存または維持する構成要素をも含んでもよい。かかる構成要素は、例えば、ヌクレアーゼまたはRNアーゼがないか、または、RNアーゼに対して保護してもよい。本明細書に説明されている組成物または試薬のいずれも、キット中の構成要素であってもよい。
本発明はまた、以下の例によっても説明され実証される。しかしながら、明細書のどこにでもあるこれらのおよび他の例の使用は例示に過ぎず、本発明のまたは例証されたあらゆる用語の範囲および意義を何ら限定するものではない。同様に、本発明は、ここに説明される特に好ましいあらゆる態様に限定されない。実際に、本発明の多くの改変および変動は、本明細書を読めば当業者に明らかであり、かかる変動は、精神または範囲において本発明から逸脱することなくなされ得る。したがって、本発明は、均等物の全範囲とともに添付のクレームの用語によってのみ限定されるべきものであって、前記均等物に対してそれらクレームが権利を与えられる。
本発明の方法は、異なる脳領域に富化されているmiRNAの(分数の)分子および分母としての使用に基づき、前記使用は、試験の感度および特異度を有意に改善する。下の表1は、脳に富化されたmiRNA、シナプス、軸策、樹状突起および脊髄に富化されたmiRNA(「シナプスおよび/または神経突起のmiRNA」)ならびに異なる脳領域に富化されたmiRNAのリストを提示する。
マン・ホイットニーU検定を、様々なバイオマーカーmiRNAペアによっていずれか2つの患者群の区別の有意性を評価するために使用した。ボンフェローニ補正を、有意なP値を推定するために適用した。全ての実験(同年齢のコントロール[AMC]、MCIおよびADからのPDの区別)において、32種のmiRNを試験し、それ故にP値<0.0001(0.05/496として計算した;496はここでは、検討されたmiRNAペアの総数を示す)を有意とみなした。症例対照研究のための標準的な式(Eng J. Radiology. 2003; 227:309-313)を、統計的検出力0.90を生成するために必要なサンプルサイズを推定するために適用した。
プラズマサンプルを、20名のPD患者および20名のAMC(±2.5歳)から得た。脳に富化されたmiRNA、炎症に関連するmiRNA、筋肉に富化されたmiR−206およびいくつかの遍在性miRNAの、プラズマ中の濃度を、個々のmiRNA各々について、プライマーおよびプローブを用いるRT−qPCRを使用して分析した(Life Technologies)。25μLのプラズマに相当するRNAの量を各RT反応において取り、2μLプラズマに相当するmiRNA(cDNA)の量を最終PCRへ取った。各miRNAについて得られた結果を、潜在的ノーマライザーmiRNAごとにノーマライズし、ABIプロトコル(2−ΔCt)に従いmiRNAの相対濃度(RC)へ変換し、同年齢のコントロール(AMC)からのmiRNAプロフィールと比較した。バイオマーカーペアを、上で説明されたとおりに選択した。両方のアプローチから同様の結果を得た。最良のmiRNAペアについて、プラズマ濃度の相関、AMCからのPD患者の区別のためのP値およびAUC(ROC曲線下面積)を、表3および図1に提示する。
1.中脳に富化されたmiRNA(例としてlet−7e)および前頭皮質に富化されたmiRNA(例としてmiR−107)、PDにおいて悪くなっている脳領域に富化されたmiRNA、ならびに、神経突起およびシナプスにおいて存在するmiRNAは、miRNAペアにおける最良の(分数の)分子であり、AMCと比較して、PD患者からのmiRNA比が増加していることを実証する。本発明者らは、特定の脳領域におけるmiR−491−5pの富化に関する文献データにおいて同定することができなかったが、それは、PD対象およびMCI対象を識別する、miRNAペアにおける極めて良好な(分数の)分子として振る舞う。
2.PDに関与するかまたは損傷が有意に少ない脳領域からの脳に富化されたmiRNAは、PDとAMCとを区別することが可能なmiRNAペアにおける最も良好な分母の1つである(例として海馬に富化されているmiR−132およびmiR−335−5p)。
3.炎症に関連するmiRNAを2群に分類する。miR−155と、それほどまでの重要性はないが、miR−31とを、良好な(分数の)分子とし、miR−146aとmiR−146bとを、良好な分母とする。これは、それらがPD発症において異なる役割を果たし、異なる細胞型に位置することを示す。
4.筋肉に富化されたmiR−206は、PD検出用の良好なマーカーではない。
実験のスキームは、上の例2において説明したのと同じものであったが、PD患者を、PDとMCIとを区別することが可能なバイオマーカーmiRNAのペアを見出すために、MCI患者と比較した。MCIは、AD、前頭側頭型認知症、血管性認知症、いくつかのケースのPDおよび他の神経変性疾患の、早期ステージに特徴的な、異質な症候群(heterogeneous syndrome)である。様々なmiRNAペアの、PD患者とMCI患者とを区別する能力に関するデータを、図2および表4に提示する。提示された結果は、主として、AMCからPDを識別する同じmiRNAペアが、MCIからPDを区別することを実証する。
重ねて、実験のスキームは、上の例2において説明したものと同じものであるが、PD患者をAD患者と比較することで、これら2つの神経変性疾患を区別することが可能なバイオマーカーmiRNAペアを見出した。異なるmiRNAペアの、PD患者とAD患者とを区別する能力に関するデータを、図3および表5に提示する。提示された結果は重ねて、主として、AMCおよびMCIからPDを識別する同じmiRNAペアが、ADからPDを区別することを実証する。興味深いことに、後者の2つのケース(ADおよびMCIからのPDの区別)において、低酸素に関連するmiR−210は良好な分母として振舞う。
PD検出ならびにMCIおよびADからの区別の感度および特異度は極めて高く、いくつかのペアについては100%の精度に達する:
PC対AMC
let−7e/miR−335;let−7e/miR−411;miR−107/miR−146a;miR−107/miR−335;miR−107/miR−411;miR−155/miR−335;miR−181b/miR−335;miR−491−5p/miR−335;miR−491−5p/miR−411;miR−155/miR−146a
PD対MCI
let−7e/miR−146a;let−7e/miR−335;let−7e/miR−miR−411;miR−107/miR−146a;miR−107/miR−335;miR−127/miR−323−3p;miR−491−5p/miR−146a;miR−491−5p/miR−335;miR−491−5p/miR−9*;miR−744/miR−335;miR−491−5p/miR−146b
PD対AD
miR−107/miR−146a;miR−107/miR−335;miR−127/miR−323−3p;let−7e/miR−411;miR−99b/miR−335;miR−491−5p/miR−146a;miR−491−5p/miR−335;miR−155/miR−132;miR−155/miR−335;miR−744/miR−335。
本明細書に引用される全ての特許、出願、刊行物、試験方法、文献および他の材料はこれによって、あたかも本明細書中に物理的に存在するかのように、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
Claims (89)
- 対象における第1の神経変性疾患を検出するための方法であって、前記方法は、以下:
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)第1の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、第1の神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、第1の神経変性疾患に罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、第1の神経変性疾患に罹患していないとして対象を同定すること
を含む、前記方法。 - 対象における第1の神経変性疾患を検出するための方法であって、前記方法は、以下:
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性のサンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが、脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが、炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、第1の神経変性疾患に罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、第1の神経変性疾患に罹患していないとして対象を同定すること
を含む、前記方法。 - 以下のステップ:
f)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;および、
g)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除くこと、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除かないこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップが、互いとおよび/または請求項1または2のステップ(d)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る、請求項1または2に記載の方法。 - 以下のステップ:
f)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第3の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第3の脳に富化されたmiRNAが、第2の神経変性疾患を患っている脳の領域(単数または複数)に富化されている;
g)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第4の脳に富化されたmiRNAを測定すること、
ここで該第4の脳に富化されたmiRNAが、(i)第2の神経変性疾患を患っていない脳領域に富化されているか、あるいは、(ii)第2の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第3のmiRNAとして同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、第2の神経変性疾患の発症の間中、第3のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
h)ステップ(f)および(g)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比を、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;
j)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、第1の神経変性疾患に加えて第2の神経変性疾患にも罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除くこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップが、互いとおよび/または請求項1または2に記載のステップ(a)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る、請求項1または2に記載の方法。 - 第1の神経変性疾患が、パーキンソン病(PD)である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
- 第1の神経変性疾患が、パーキンソン病(PD)であり、ならびに、第2の神経変性疾患が、アルツハイマー病(AD)、軽度認知機能障害(MCI)、ハンチントン病(HD)、プリオンに起因する疾患、前頭側頭型認知症(FTD)、レビー小体型認知症、血管性認知症、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、慢性外傷性脳症(CTE)、進行性核上性麻痺(PSP)、多系統萎縮症(MSA)、大脳皮質基底核変性症(CBGD)、ピック病およびオリーブ橋小脳変性症(OPCA)からなる群から選択される、請求項3または4に記載の方法。
- 対象におけるパーキンソン病(PD)を検出するための方法であって、前記方法は、以下:
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されているニューロンのmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳の領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PDの発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロールと比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、PDに罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロールの比よりも高くないとき、PDに罹患していないとして対象を同定すること
を含む、前記方法。 - 対象におけるパーキンソン病(PD)を検出するための方法であって、前記方法は、以下:
a)対象から採取された体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/また前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが、脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、あるいは、(ii)第1のmiRNAが、炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、PDに罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、PDに罹患していないとして対象を同定すること
を含む、前記方法。 - 以下のステップ:
f)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、PDとは異なる第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;
g)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2神経変性疾患の診断を除くこと、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、第2神経変性疾患の診断を除かないこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップが、互いとおよび/または請求項7または8に記載のステップ(d)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る、請求項7または8に記載の方法。 - 以下のステップ:
f)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第3の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第3の脳に富化されたmiRNAが、第2の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されており、かつ、該第2の神経変性疾患のためのバイオマーカーmiRNAペアにおける事前に同定された(分数の)分子である;
g)対象から採取された体液性サンプル中の第4の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第4の脳に富化されたmiRNAが、該第2の神経変性疾患用のバイオマーカーmiRNAペアにおける事前に同定された(分数の)分子であり、かつ、(i)第2の神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)第2の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されており、第3のmiRNAが富化されている細胞型とは異なるか、あるいは、(iii)第3のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、第2の神経変性疾患の発症の間中、第3のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
h)ステップ(f)および(g)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比を、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲と比較すること;
j)(i)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まる場合、PDに加えて第2の神経変性疾患にも罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、(ii)ステップ(h)で計算されたmiRNAのレベルの比が、第2の神経変性疾患に特徴的な該miRNAの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第2の神経変性疾患の診断を除くこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップが、互いとおよび/または請求項7または8に記載のステップ(a)〜(e)と、同時にまたは連続的に実施され得る、請求項7または8に記載の方法。 - 第2の神経変性疾患に特徴的なmiRNAの比の標準範囲が、第2の神経変性疾患と診断された対象の大規模コホートにおいて同じmiRNAの比を決定することにより確立された値の統計学的に検証された所定の範囲である、請求項3、4、9および10のいずれか一項に記載の方法。
- 第2の神経変性疾患と診断された対象のコホートが、該第2の神経変性疾患のあらゆる発症ステージを示す、請求項11に記載の方法。
- 第2の神経変性疾患と診断された対象コホートが、該第2の神経変性疾患の1以上の発症ステージを示す、請求項11に記載の方法。
- 第2の神経変性疾患が、アルツハイマー病(AD)、軽度認知機能障害(MCI)、ハンチントン病(HD)、プリオンに起因する疾患、前頭側頭型認知症(FTD)、レビー小体型認知症、血管性認知症、筋萎縮性側索硬化症(ALS)、慢性外傷性脳症(CTE)、進行性核上性麻痺(PSP)、多系統萎縮症(MSA)、大脳皮質基底核変性症(CBGD)、ピック病およびオリーブ橋小脳変性症(OPCA)からなる群から選択される、請求項9または10に記載の方法。
- 対象における神経変性疾患発症の変化をモニターするための方法であって、前記方法は、以下:
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象における神経変性疾患が進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象における神経変性疾患が進行していなかったと決定すること
を含む、前記方法。 - 対象における神経変性疾患発症の変化をモニターするための方法であって、前記方法は、以下:
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、または、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが、脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、または、(ii)第1のmiRNAが、炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象における神経変性疾患が進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象における神経変性疾患が進行していなかったと決定すること
を含む、前記方法。 - 対象が、以前に神経変性疾患と診断されていた、請求項15または16に記載の方法。
- 対象おけるパーキンソン病(PD)発症の変化をモニターするための方法であって、前記方法は、以下;
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここでサンプルが、相隔たる時点にて採取されている、ならびに、
ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されているmiRNAである;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PD発症の間中、第1の脳に富化されたmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後期に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象におけるPDが進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象におけるPDが進行していなかったと決定すること
を含む、前記方法。 - 対象におけるパーキンソン病(PD)発症の変化をモニターするための方法であって、前記方法は、以下:
a)対象から採取された2以上の体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAレベルを測定すること、
ここで該第1のmiRNAが、相隔たる時点にて採取されている、ならびに、
ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、(i)中脳および/または前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)ステップ(a)と同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2のmiRNAが、(i)第1のmiRNAが、脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、または、(ii)第1のmiRNAが、炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)各体液性サンプルについて、ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比を、先に採取された体液性サンプル(単数または複数)と後に採取されたそれとの間で、比較すること;ならびに、
e)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が増加している場合、対象におけるPDが進行していたと決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、先に採取されたサンプル(単数または複数)と比較して、後に採取された体液性サンプル(単数または複数)の方が変化していない場合、対象におけるPDが進行していなかったと決定すること
を含む、前記方法。 - 対象が、以前にPDと診断されていた、請求項18または19に記載の方法。
- 以前に神経変性疾患と診断されていた対象における該神経変性疾患発症に対する処置の効果をモニターするための方法であって、前記方法は、以下:
(a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、神経変性疾を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
(b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
e)ステップ(d)と同じ体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(b)と同じ第2のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)の異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効でないと決定すること
を含む、前記方法。 - 以前に神経変性疾患と診断されていた対象における該神経変性疾患発症に対する処置の効果をモニターするための方法であって、前記方法は、以下:
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、または、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2のmiRNAが、(i)第1のmiRNAが、脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、または、(ii)第1のmiRNAが、炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
e)ステップ(d)と同じく体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(b)と同じ第2のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)の異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、処置が、該神経変性疾患にとって有効でないと決定すること
を含む、前記方法。 - 以前にパーキンソン病(PD)と診断されていた対象におけるPD発症に対する処置の効果をモニターするための方法であって、前記方法は、以下:
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PD発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
e)ステップ(d)と同じ体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(b)と同じ第2のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)の異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、PD処置が有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、PD処置が有効でないと決定すること
を含む、前記方法。 - 以前にパーキンソン病(PD)と診断されていた対象におけるPD発症に対する処置の効果をモニターするための方法であって、前記方法は、以下:
a)処置の開始に先立ち、対象から採取された体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/または前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが、脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、または、(ii)第1のmiRNAが、炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)処置の過程またはその後において、対象から採取された1以上の体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
e)ステップ(d)と同じ体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(b)と同じ第2のmiRNAのレベルを測定すること;
f)各体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること、および任意に、ステップ(d)の異なるサンプル間で、ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高い場合、PD処置が有効であると決定すること、あるいは、(ii)ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(f)で計算された対応する比(単数または複数)よりも高くない場合、PD処置が有効でないと決定すること
を含む、前記方法。 - 以前に神経変性疾患と診断されていた対象における該神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用な化合物を同定するための方法であって、前記方法は、以下:
a)体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該体液性サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、および、
ここで該第1の脳に富化されたmiRNAが、神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2の脳に富化されたmiRNAが、(i)神経変性疾患を患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(ii)神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、神経変性疾患の発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物投与の後に、対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
e)ステップ(d)と同じ体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(b)と同じ第2のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に、対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること
を含む、前記方法。 - 以前に神経変性疾患と診断されていた対象における該神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用な化合物を同定するための方法であって、前記方法は、以下:
a)体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該体液性サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、および、
ここで該第1のmiRNAが、(i)第1の神経変性疾患を患っている脳領域(単数または複数)に富化されているか、または、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが、脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、または、(ii)第1のmiRNAが、炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物投与の後に、対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
e)ステップ(d)と同じ体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(b)と同じ第2のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に、対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、神経変性疾患の進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること
を含む、前記方法。 - 以前にパーキンソン病(PD)と診断されていた対象におけるPDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用な化合物を同定するための方法であって、前記方法は、以下:
a)体液性サンプル中の第1の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該体液性サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、ならびに、
ここで該第1のmiRNAが、中脳および/または前頭皮質に富化されている;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2の脳に富化されたmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2のmiRNAが、(i)PDを患っていない脳領域に富化されているか、あるいは、(ii)PDを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、(iii)第1のmiRNAと同じ脳領域に富化されているが、その発現および/または分泌は、PD発症の間中、第1のmiRNAの発現および/または分泌とは異なって変化する;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物投与の後に、対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
e)ステップ(d)と同じ体液性サンプル中の、ステップ(b)と同じ第2のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に、対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること
を含む、前記方法。 - 以前にパーキンソン病(PD)と診断されていた対象におけるPDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用な化合物を同定するための方法であって、前記方法は、以下:
a)体液性サンプル中の第1のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該体液サンプル(単数または複数)が、試験化合物投与に先立ち、対象から採取されている、ならびに、
ここで該第1のmiRNAが、(i)中脳および/または前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのmiRNAであるか、あるいは、(ii)炎症に関連するmiRNAである;
b)対象から採取された同じ体液性サンプル中の第2のmiRNAのレベルを測定すること、
ここで該第2のmiRNAは、(i)第1のmiRNAが、脳に富化されたmiRNAである場合、炎症に関連するmiRNAであるか、または、(ii)第1のmiRNAが、炎症に関連するmiRNAである場合、脳に富化されたmiRNAである;
c)ステップ(a)および(b)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
d)試験化合物投与の後に、対象から採取された1以上の体液性サンプル中の、ステップ(a)と同じ第1のmiRNAのレベルを測定すること;
e)ステップ(d)と同じ体液性サンプル(単数または複数)中の、ステップ(b)と同じ第2のmiRNAのレベルを測定すること;
f)試験化合物投与の後に、対象から採取された各々の体液性サンプルについて、ステップ(d)および(e)で測定されたmiRNAのレベルの比を計算すること;
g)ステップ(c)および(f)で計算されたmiRNAのレベルの比を比較すること;ならびに、
h)(i)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比(単数または複数)よりも低い場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用であると同定すること;(ii)ステップ(f)で計算されたmiRNAのレベルの比が、ステップ(c)で計算されたmiRNAのレベルの比よりも低くない場合、試験化合物が、PDの進行を遅くするのにまたは処置するのに有用でないと同定すること
を含む、前記方法。 - 神経変性疾患が、パーキンソン病(PD)である、請求項15、16、21、22、25および26のいずれか一項に記載の方法。
- 第1の脳に富化されたmiRNAが、ニューロンのmiRNAである、請求項1〜3、7〜9、15、16、18、19および21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 第1の脳に富化されたmiRNAが、ニューロンに富化されており、および、第2の脳に富化されたmiRNAが、グリア細胞に富化されている、請求項1、3、7、9、15、18、21、23、25および27のいずれか一項に記載の方法。
- 第1の脳に富化されるmiRNAが、シナプスおよび/または神経突起のmiRNAである、請求項1〜3、7〜9、15、16、18、19、21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 第2のmiRNAが、(1)第1の神経変性疾患を患っていない脳領域に富化されているか、または、(2)第1の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されている、脳に富化されたmiRNAである、請求項2、16、22および26のいずれか一項に記載の方法。
- 第1のmiRNAと第2のmiRNAとのペアが、以下:
let−7e/miR−335、miR−107/miR−335、miR−491−5p/miR−335、miR−744/miR−335、miR−99b/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−491−5p/miR−9*、let−7e/miR−132、miR−107/miR−132、miR−491−5p/miR−132、let−7e/miR−134、miR−107/miR−134、miR−99b/miR−134、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−323−3p、miR−107/miR−323−3p、miR−99b/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−323−3p、let−7e/miR−411、miR−107/miR−411およびmiR−491−5p/miR−411
からなる群から選択される、請求項1、3、7,9、15、18、21、23、25および27のいずれか一項に記載の方法。 - 第1のmiRNAと第2のmiRNAとのペアが、以下:
miR−155/miR−335、let−7e/miR−146b、miR−491−5p/miR−146a、let−7e/miR−146a、miR−744/miR−146a、miR−155/miR−16、miR−155/miR−132、miR−155/miR−323−3p、miR−155/miR−411、miR−491−5p/miR−146b、miR−155/miR−146aおよびmiR−155/miR−146
からなる群から選択される、請求項2、3、8、9、16、19、22、24、26および28のいずれか一項に記載の方法。 - 第1のmiRNAと第2のmiRNAとのペアが、以下:
let−7e/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−107/miR−335、miR−127/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−335、miR−491−5p/miR−9*、miR−107/miR−9*、miR−744/miR−335、let−7e/miR−132、miR−107/miR−134、miR−181b/miR−132、let−7e/miR−210、miR−181b/miR−9*、miR−181a/miR−335、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−874、miR−181b/miR−874、miR−107/miR−132、miR−491−5p/miR−132、miR−107/miR−323−3p、miR−127/miR−134、miR−491−5p/miR−874、miR−491−5p/miR−323−3p、miR−127/miR−432、let−7e/miR−134、let−7e/miR−411、miR−107/miR−411、miR−491−5p/miR−411、miR−107/miR−874、miR−181a/miR−9*、miR−491−5p/miR−210、miR−181b/miR−335、miR−99b/miR−335、miR−107/miR−210、miR−127/487b、miR−181a/miR−874、miR−9/miR−9*、miR−107/miR−487b、miR−107/miR−432、miR−9/miR−335、miR−181a/miR−132、miR−181b/miR−210およびmiR−99b/miR−132
からなる群から選択される、請求項3または9に記載の方法。 - 第1のmiRNAと第2のmiRNAとのペアが、以下:
let−7e/miR−335、miR−107/miR−335、miR−127/miR−323−3p、let−7e/miR−411、miR−99b/miR−335、miR−491−5p/miR−335、miR−127/miR−134、miR−744/miR−335、miR−9/miR−335、miR−181b/miR−335、miR−107/miR−411、miR−181a/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−491−5p/miR−411、let−7e/miR−132、miR−181b/miR−132、miR−9/miR−9*、miR−9/miR−134、miR−107/miR−134、miR−181b/miR−874、let−7e/miR−134、miR−107/miR−132、miR−107/miR−9*、miR−127/miR−335、miR−9/miR−132、miR−181b/miR−9*、miR−491−5p/miR−132、let−7e/miR−210、miR−491−5p/miR−9*、miR−107/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−874、miR−181b/miR−210、miR−9/miR−874、miR−9/miR−485−3p、miR−744/miR−134およびmiR−181b/miR−323−3p
からなる群から選択される、請求項3または9に記載の方法。 - 第1のmiRNAと第2のmiRNAとのペアが、以下:
let−7e/miR−146a、miR−107/miR−146a、miR−491−5p/miR−146a、miR−107/miR−146b、miR−491−5p/miR−146b、miR−155/miR−874、let−7e/miR−146b、miR−155/miR−9*、miR−155/miR−335およびmiR−744/miR−146a
からなる群から選択される、請求項3または9に記載の方法。 - 第1のmiRNAと第2のmiRNAとのペアが、以下:
miR−107/miR−146a、miR−491−5p/miR−146a、miR−155/miR−132、miR−155/miR−335、miR−107/miR−146b、miR−491−5p/miR−146b、miR−9/miR−146a、let−7e/miR−146b、miR−9/miR−146b、let−7e/miR−146a、miR−155/miR−874、miR−155/miR−9*、miR−744/miR−146a、miR−155/miR−210、miR−155/miR−146b、miR−155/miR−411、miR−744/miR−146b、miR−155/miR−146a、miR−155/miR−134、およびmiR−181b/miR−146
からなる群から選択される、請求項3または9に記載の方法。 - miRNAの2以上の異なるペアについて、レベルを測定することおよびレベルの比を計算することを含む、請求項1〜4、7〜10、15、16,18、19および21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 以下:
(a)miR−181b/miR−323−3pおよびmiR−99b/miR−9*、
(b)miR−491−5p/miR−487bその上miR−9/miR−146a、ならびに、
(c)miR−491−5p/miR−210その上miR−181a/miR−146b
からなる群から選択される1以上のペアの組み合わせについて、レベルを測定することおよびレベルの比を計算することを含む、請求項40に記載の方法。 - 対象から採取された2以上の体液性サンプル中のmiRNAのレベルを測定することを含み、ここでサンプルが、相隔たる時点にて採取されている、請求項1〜4および7〜10のいずれか一項に記載の方法。
- 体液性サンプルが、数カ月隔てて得られる、請求項15、16、18、19および46のいずれか一項に記載の方法。
- 体液性サンプルが、3〜6カ月隔てて得られる、請求項43に記載の方法。
- 第2のmiRNAが、PDに関与しない脳領域において主に発現されるmiRNA、グリア細胞において主に発現されるmiRNA、および、PDにおいて下方調節されている脳に富化されたmiRNAからなる群から選択される脳に富化されたmiRNAである、請求項1、3、7、9、15、18、21、23、25および27のいずれか一項に記載の方法。
- 第1および第2のmiRNAのレベルを、ノーマライザーmiRNAのレベルに対して、ノーマライズすることをさらに含む、請求項1〜4、7〜10、15、16、18、19および21〜28の方法。
- ノーマライザーmiRNAが、多数の組織に発現されているが、脳においては有意に発現していないmiRNAである、請求項46に記載の方法。
- コントロール比が、第1および第2のmiRNAのレベルの統計的に検証された閾値比を表わす所定の値(単一の「カットオフ」値)であって、前記値が、同年齢の健康な対象における対応する値の範囲内で可能な限り高い値に等しい、請求項1、2、7および8のいずれか一項に記載の方法。
- コントロール比が、過去に採取された同じ対象からの同様に処理された体液性サンプル中の第1および第2のmiRNAのレベルの比である、請求項1、2、7および8のいずれか一項に記載の方法。
- 対象が、ヒトである、請求項1〜4、7〜10、15、16、18、19および21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 対象が、実験動物である、請求項1〜4、7〜10、15、16、18、19および21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 体液が、血漿、血清、尿、脳脊髄液(CSF)および唾液からなる群から選択される、請求項1〜4、7〜10、15、16、18、19および21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 方法が、対象から体液性サンプル(単数または複数)を採取するステップを含む、請求項1〜4、7〜10、15、16、18、19および21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- miRNAのレベルが、ハイブリダイゼーション、RT−PCRおよびシークエンシングからなる群から選択される方法を使用して決定される、請求項1〜4、7〜10、15、16、18、19および21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- miRNAレベルを測定することに先立ち、miRNAが、体液性サンプルから精製される、請求項1〜4、7〜10、15、16,18、19および21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- miRNAの分解を低減または回避するステップをさらに含む、請求項1〜4、7〜10、15、16、18、19および21〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 神経変性疾患を有するとして、または、より重症度の高い神経変性疾患へ進行するリスクがあるとして、診断されている対象へ治療的または予防的処置を施すことをさらに含む、請求項1、2、15および16のいずれか一項に記載の方法。
- PDを有するとして、または、より重症度の高いPDへ進行するリスクがあるとして、診断された対象へ治療的または予防的処置を施すことをさらに含む、請求項7、8、18および19のいずれか一項に記載の方法。
- 治療的処置が、ドーパミン補充化合物、ドーパミン模倣化合物、ドーパミン促進剤、カテコール−O−メチルトランスフェラーゼ(COMT)阻害剤、ドーパミンレセプターアゴニスト、モノアミンオキシダーゼ(MAOI)阻害剤、アマンタジン、抗コリン作動性化合物、抗グルタミン酸作動性化合物、ニュールツリン、抗アポトーシス化合物、プロミトコンドリア化合物、カルシウムチャンネル遮断薬、成長因子およびアルファ−シヌクレインを標的とする化合物からなる群から選択される1以上の化合物の投与を含む、請求項58に記載の方法。
- 治療的処置が、外科手術を含む、請求項58に記載の方法。
- 外科手術が、脳中のバッテリー駆動電極のインプランテーション、視床切開、淡蒼球切断、腹側視床切開およびドーパミン作動性細胞移植からなる群から選択される、請求項60に記載の方法。
- 予防的処置が、生活様式の変化(単数または複数)または理学療法である、請求項58に記載の方法。
- 臨床治験に対象を募ることをさらに含む、請求項1〜4、7〜10、15、16、18および19のいずれか一項に記載の方法。
- 第2のmiRNAが、(1)PDを患っていない脳領域(単数または複数)に富化されているか、あるいは、(2)PDを患っていない脳細胞型に富化されている、脳に富化されたmiRNAである、請求項8、19、24および28のいずれか一項に記載の方法。
- 以下:
let−7e/miR−335、miR−107/miR−335、miR−491−5p/miR−335、miR−744/miR−335、miR−99b/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−491−5p/miR−9*、let−7e/miR−132、miR−107/miR−132、miR−491−5p/miR−132、let−7e/miR−134、miR−107/miR−134、miR−99b/miR−134、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−323−3p、miR−107/miR−323−3p、miR−127/miR−323−3p、miR−181/miR−323−3p、miR−99b/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−323−3p、let−7e/miR−411、miR−107/miR−411およびmiR−491−5p/miR−411;miR−155/miR−335、let−7e/miR−146b、miR−491−5p/miR−146a、let−7e/miR−146a、miR−744/miR−146a、miR−155/miR−16、miR−155/miR−132、miR−155/miR−323−3p、miR−155/miR−411、miR−491−5p/miR−146b、miR−155/miR−146aおよびmiR−155/miR−146b
からなる群から選択されるmiRNAの1以上のペアに特異的なプライマーおよび/またはプローブを含む、パーキンソン病(PD)を検出するためのキット。 - 以下:
let−7e/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−107/miR−335、miR−127/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−335、miR−491−5p/miR−9*、miR−107/miR−9*、miR−744/miR−335、let−7e/miR−132、miR−107/miR−134、miR−181b/miR−132、let−7e/miR−210、miR−181b/miR−9*、miR−181a/miR−335、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−874、miR−181b/miR−874、miR−107/miR−132、miR−491−5p/miR−132、miR−107/miR−323−3p、miR−127/miR−134、miR−491−5p/miR−874、miR−491−5p/miR−323−3p、miR−127/miR−432、let−7e/miR−134、let−7e/miR−411、miR−107/miR−411、miR−491−5p/miR−411、miR−107/miR−874、miR−181a/miR−9*、miR−491−5p/miR−210、miR−181b/miR−335、miR−99b/miR−335、miR−107/miR−210、miR−127/miR−487b、miR−181a/miR−874、miR−9/miR−9*、miR−107/miR−487b、miR−107/miR−432、miR−9/miR−335、miR−181a/miR−132、miR−181b/miR−210およびmiR−99b/miR−132;let−7e/miR−146a、miR−107/miR−146a、miR−491−5p/miR−146a、miR−107/miR−146b、miR−491−5p/miR−146b、miR−155/miR−874、let−7e/miR−146b、miR−155/miR−9*、miR−155/miR−335、miR−155/miR−411およびmiR−744/miR−146a
からなる群から選択されるmiRNAの1以上のペアに特異的なプライマーおよび/またはプローブを含む、軽度認知機能障害(MCI)からパーキンソン病(PD)を区別するためのキット。 - 以下:
let−7e/miR−335、miR−107/miR−335、miR−127/miR−323−3p、let−7e/miR−411、miR−99b/miR−335、miR−491−5p/miR−335、miR−127/miR−134、miR−744/miR−335、miR−9/miR−335、miR−181b/miR−335、miR−107/miR−411、miR−181a/miR−335、let−7e/miR−9*、miR−491−5p/miR−411、let−7e/miR−132、miR−181b/miR−132、miR−9/miR−9*、miR−9/miR−134、miR−107/miR−134、miR−181b/miR−874、let−7e/miR−134、miR−107/miR−132、miR−107/miR−9*、miR−127/miR−335、miR−9/miR−132、miR−181b/miR−9*、miR−491−5p/miR−132、let−7e/miR−210、miR−491−5p/miR−9*、miR−107/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−323−3p、miR−491−5p/miR−134、let−7e/miR−874、miR−181b/miR−210、miR−9/miR−874、miR−9/miR−485−3p、miR−744/miR−134、およびmiR−181b/miR−323−3p;miR−107/miR−146a、miR−491−5p/miR−146a、miR−155/miR−132、miR−155/miR−335、miR−107/miR−146b、miR−491−5p/miR−146b、miR−9/miR−146a、let−7e/miR−146b、miR−9/miR−146b、let−7e/miR−146a、miR−155/miR−874、miR−155/miR−9*、miR−155/miR−411、miR−744/miR−146a、miR−155/miR−210、miR−155/miR−146b、miR−744/miR−146b、miR−155/miR−146a、miR−155/miR−134およびmiR−181b/miR−146b
からなる群から選択されるmiRNAの1以上のペアに特異的なプライマーおよび/またはプローブを含む、アルツハイマー病(AD)からパーキンソン病(PD)を区別するためのキット。 - 以下:
(a)miR−181b/miR−323−3pおよびmiR−99b/miR−9*、
(b)miR−491−5p/miR−487bおよびmiR−9/miR−146a、ならびに、
(c)miR−491−5p/miR−210およびmiR−181a/miR−146b
からなる群から選択されるmiRNAのペアの1以上の組み合わせに特異的なプライマーおよび/またはプローブを含む、キット。 - miRNAの単離および/または精製の手段をさらに含む、請求項65〜68のいずれかいずれか一項に記載のキット。
- 使用のための説明書をさらに含む、請求項65〜68のいずれか一項に記載のキット。
- 病変の診断および/またはモニタリング用のバイオマーカーmiRNAペアを選択するための方法であって、前記方法が、以下のステップ:
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られている少なくとも4種のmiRNAを選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された各miRNAの平均レベルを計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された平均miRNAレベルの間の差を計算すること;
(e)研究された全miRNA間でステップ(d)で計算された平均miRNAレベルの間の差を比較すること、および、一方のmiRNAについてステップ(d)で計算された差が、他方のmiRNAについて計算された差の少なくとも1.5倍である、それらのmiRNAペアを、潜在的なバイオマーカーペアとして選択すること;
(f)ステップ(e)で選択された潜在的な各バイオマーカーmiRNAペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を計算すること;ならびに、
(g)ステップ(f)で計算されたその(r)値が少なくとも0.8である場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとして、miRNAペアを同定すること
を含む、前記方法。 - 病変の診断および/またはモニタリング用のバイオマーカーmiRNAペアを選択するための方法であって、前記方法は、以下のステップ:
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られている少なくとも4種のmiRNAを選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された少なくとも0.8の(r)値を有するそれらのmiRNAペアを、潜在的なバイオマーカーペアとして選択すること;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAの平均レベルを計算すること;
(f)ステップ(e)で計算された平均miRNAレベルの間の差を計算すること;
(g)一方のmiRNAについてステップ(f)で計算された差が、他方のmiRNAについて計算された差の少なくとも1.5倍である場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとしてmiRNAペアを同定すること
を含む、前記方法。 - 病変の診断および/またはモニタリング用のバイオマーカーペアを選択するための方法であって、前記方法は、以下のステップ:
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られている少なくとも4種のmiRNAを選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された少なくとも0.8の(r)値を有するそれらのmiRNAペアを潜在的なバイオマーカーペアとして選択すること;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAペアについて、2つの対象コホート分離のP値を計算すること;ならびに、
(f)このペアが、統計的に有意なP値を持つ2つの対象コホートを区別する場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとしてmiRNAペアを同定すること
を含む、前記方法。 - 病変の診断および/またはモニタリング用のバイオマーカーmiRNAペアを選択するためのコンピューター実行方法であって、前記方法は、以下のステップ:
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られているmiRNAの群を選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された各miRNAの平均レベルを電気的に計算すること;
(d)ステップ(c)で計算された平均miRNAレベルの間の差を電気的に計算すること;
(e)第1のmiRNAおよび第2のmiRNAを各々含む一組の潜在的なmiRNAペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、
ここで第1のmiRNAのステップ(d)で計算された平均レベルの差が、第2のmiRNAの平均レベルの計算された差の少なくとも1.5倍である;
(f)ステップ(e)で選択された各々の潜在的なmiRNAペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を電気的に計算すること;
(g)病変の診断および/またはモニタリングに好適であるそれらのmiRNAペアを、潜在的なmiRNAペアの組から選択すること、
ここでステップ(f)で計算された(r)値が、少なくとも0.8である;ならびに、
(h)ステップ(g)で選択されたmiRNAペアの全部または一部を表示すること
を含む、前記方法。 - 病変の診断および/またはモニタリング用のバイオマーカーmiRNAペアを選択するためのコンピューター実行方法であって、前記方法は、以下のステップ:
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られているmiRNAの群を選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)ステップ(b)で測定された個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、スピアマンの順位相関係数(r)を電気的に計算すること;
(d)一組の潜在的なバイオマーカーmiRNAペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、
ここでステップ(c)で計算された(r)値が、少なくとも0.8である;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAの平均レベルを電気的に計算すること;
(f)ステップ(e)で計算された平均miRNAレベルの間の差を電気的に計算すること;
(g)第1のmiRNAおよび第2のmiRNAを各々含む一組の好適なmiRNAバイオマーカーペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、
ここで好適な各バイオマーカーmiRNAペアについて、第1のmiRNAのステップ(f)で計算された平均レベルの差が、第2のmiRNAの平均レベルの計算された差の少なくとも1.5倍である;ならびに、
(h)ステップ(g)で選択された好適なバイオマーカーmiRNAペアの全部または一部を表示すること
を含む、前記方法。 - 病変の診断および/またはモニタリング用のバイオマーカーmiRNAペアを選択するためのコンピューター実行方法であって、前記方法は、以下のステップ:
(a)病変を患っている器官に富化されていると知られているmiRNAの群を選択すること;
(b)2つの対象コホートからの体液性サンプル中の、ステップ(a)で選択された各miRNAのレベルを測定すること;
(c)個々のmiRNAの全ての可能なペアについて、ステップ(b)で測定されたレベルのスピアマンの順位相関係数(r)を電気的に計算すること;
(d)一組の潜在的なバイオマーカーmiRNAペアを、測定されたmiRNAの群から選択すること、
ここでステップ(c)で計算された(r)値が、少なくとも0.8である;
(e)ステップ(d)で選択された各miRNAペアについて、2つの対象コホート分離のP値を電気的に計算すること;
(f)このmiRNAペアが、統計的に有意なP値を持つ2つの対象コホートを区別する場合、該病変の診断および/またはモニタリングに好適なバイオマーカーペアとして、miRNAペアを同定すること;ならびに、
(g)ステップ(f)で選択された好適なバイオマーカーmiRNAの全部または一部を表示すること
を含む、前記方法。 - miRNAレベルが、RT−PCRベースの方法、miRNAアレイベースの方法、新世代シークエンシングおよびハイブリダイゼーションからなる群から選択される方法によって測定される、請求項71〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 2つの対象コホートが、(1)病変を有する対象、ならびに、(2)同じ年齢、性別および民族性の健康な対象である、請求項71〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 2つの対象コホートが、器官の2つの異なる病変を有する対象である、請求項71〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 2つの対象コホートが、(1)若年の対象、および、(2)高齢の対象である、請求項71〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 2つの対象コホートが、同じ年齢および民族性の(1)男性ならびに(2)女性である、請求項71〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 体液が、プラズマ、血清、脳脊髄液(CSF)、尿および唾液からなる群から選択される、請求項71〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 対象が、ヒトである、請求項71〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 対象が、実験動物である、請求項71〜76いずれか一項に記載の方法。
- P値が、ステップ(e)でマン・ホイットニー検定を使用して計算される、請求項73または76に記載の方法。
- 統計的に有意なP値が、少なくとも0.05である、請求項73または76記載の方法。
- 病変が、神経変性疾患である、請求項71〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 神経変性疾患が、パーキンソン病(PD)、アルツハイマー病(AD)および軽度認知機能障害(MCI)からなる群から選択される、請求項87に記載の方法。
- 病変を患っている器官が、脳である、請求項71〜76のいずれか一項に記載の方法。
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