JP2016536981A - アダプタを核酸に追加する方法、及びこの方法を実行するための組成物 - Google Patents
アダプタを核酸に追加する方法、及びこの方法を実行するための組成物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2016536981A JP2016536981A JP2016524044A JP2016524044A JP2016536981A JP 2016536981 A JP2016536981 A JP 2016536981A JP 2016524044 A JP2016524044 A JP 2016524044A JP 2016524044 A JP2016524044 A JP 2016524044A JP 2016536981 A JP2016536981 A JP 2016536981A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- region
- template
- rna
- sequencing
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1096—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA cDNA Synthesis; Subtracted cDNA library construction, e.g. RT, RT-PCR
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1068—Template (nucleic acid) mediated chemical library synthesis, e.g. chemical and enzymatical DNA-templated organic molecule synthesis, libraries prepared by non ribosomal polypeptide synthesis [NRPS], DNA/RNA-polymerase mediated polypeptide synthesis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
- C12Y207/07—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
- C12Y207/07007—DNA-directed DNA polymerase (2.7.7.7), i.e. DNA replicase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
- C12Y207/07—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
- C12Y207/07049—RNA-directed DNA polymerase (2.7.7.49), i.e. telomerase or reverse-transcriptase
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
アダプタを核酸に追加する方法を提供する。本方法は、第1のリボ核酸(RNA )鎖を重合のためのテンプレートとして使用して「テンプレートスイッチ」して、その後、重合反応を継続しながら(「テンプレートスイッチ核酸」又は「アクセプタテンプレート」と称されてもよい)第2のテンプレート核酸鎖にスイッチするある核酸ポリメラーゼの能力を利用する。その結果、第1のテンプレート核酸鎖に相補的な5'領域とテンプレートスイッチ核酸に相補的な3'領域とを有するハイブリッド核酸鎖が合成される。ある態様では、新しく合成されたハイブリッド核酸鎖が、対象の配列決定プラットフォームを用いてハイブリッド核酸鎖を配列決定するために有用な3'末端に部分的又は完全な配列決定プラットフォームアダプタ配列を有するように、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドの全て又は一部(例えば5'領域)のヌクレオチド配列が本方法を実行する者によって定められてもよい。対象の配列決定プラットフォームとして、Illumina(登録商標)から販売されているHiSeq (商標)配列決定システム、MiSeq (商標)配列決定システム及びGenome Analyzer (商標)配列決定システム、Ion Torrent(商標)から販売されているIon PGM (商標)配列決定システム及びIon Proton(商標)配列決定システム、Pacific Biosciencesから販売されている the PACBIO RS II配列決定システム、Life Technologies(商標)から販売されているthe SOLiD配列決定システム、Rocheから販売されている454 GS FLX+ 配列決定システム及びGS Junior 配列決定システム、又は対象のあらゆる他の配列決定プラットフォームが含まれるが、これらに限定されない。
本開示によって組成物が更に提供される。対象の組成物は、例えば本方法に関して上述した反応混合物の要素の一又は複数を含んでもよい。例えば、本組成物は、テンプレートリボ核酸(RNA )、ポリメラーゼ(例えばテンプレートスイッチングを行うことができるポリメラーゼ、耐熱性ポリメラーゼ若しくはこれらの組み合わせなど)、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド、dNTP、塩、金属補因子、一若しくは複数のヌクレアーゼ阻害剤(例えばRNA 分解酵素阻害剤)、一若しくは複数の酵素安定化要素(例えばDTT )、又はあらゆる他の所望の反応混合物の一若しくは複数の要素の内の一又は複数を含んでもよい。
本開示の態様はキットを更に含む。本キットは、例えば本方法に関して上述した反応混合物の要素の一又は複数を含んでもよい。例えば、本キットは、テンプレートリボ核酸(RNA )、前駆体RNA からテンプレートRNA を生成するための要素(例えば、ポリ(A)ポリメラーゼ及びポリアデニル化されていない前駆体RNA をポリアデニル化するための関連する試薬)、ポリメラーゼ(例えば、テンプレートスイッチングを行うことができるポリメラーゼ、耐熱性ポリメラーゼ、これらの組合せなど)、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド、dNTP、塩、金属補因子、一若しくは複数のヌクレアーゼ阻害剤(例えばRNA 分解酵素阻害剤及び/又はDNA 分解酵素阻害剤)、一又は複数の分子密集剤(例えば、ポリエチレングリコールなど)、一又は複数の酵素安定化要素(例えばDTT )、或いは、固体支持体、例えば管、ビーズ、マイクロ流体チップなどのあらゆる他の所望の一若しくは複数のキット要素の内の一又は複数を含んでもよい。
本方法は、対象の核酸の末端の1つ又は両方に特定のヌクレオチド配列の存在を必要とする適用を含む、様々な適用に使用される。このような適用は、基礎研究及び診断(例えば臨床診断)の分野にあり、配列決定の準備ができたcDNAライブラリの生成を含むが、これに限定されない。このようなライブラリとして、Illumina(登録商標)から販売されているHiSeq (商標)配列決定システム、MiSeq (商標)配列決定システム及びGenome Analyzer (商標)配列決定システム、Ion Torrent(商標)から販売されているIon PGM (商標)配列決定システム及びIon Proton(商標)配列決定システム、Pacific Biosciencesから販売されているPACBIO RS II配列決定システム、Life Technologies(商標)から販売されているSOLiD配列決定システム、Roche から販売されている454 GS FLX+ 配列決定システム及びGS Junior 配列決定システム、又はあらゆる他の便利な配列決定プラットフォームを含む、あらゆる便利な配列決定プラットフォームを用いたライブラリメンバの配列決定を可能にするアダプタ配列を含んでもよい。本開示の方法は、対象のあらゆるRNA 出発物質(例えばmRNA)に対応する配列決定の準備ができたcDNAライブラリの生成に使用され、ポリアデニル化されたRNA に限定されない。例えば、マイクロRNA 、低分子RNA 、siRNA 及び/又は対象のあらゆる他のタイプのポリアデニル化されていないRNA を含む、ポリアデニル化されていないRNA から配列決定の準備ができたcDNAライブラリを生成するために、対象の方法を使用してもよい。本方法は、鎖に特有の情報を生成する際にも使用され、これは、対立遺伝子に特有の発現を決定する際、又はゲノム中の重複する転写物を区別する際に有用であり得る。
I.ライブラリの構築
ヒト脳ポリA RNA(Clontech)1μg を、5X断片化緩衝液(200 mMのトリス酢酸塩、pH 8.2、500 mMの酢酸カリウム及び150 mMの酢酸マグネシウム)を加えて断片化し、2分30秒間94℃で加熱した。断片化されたRNA を、Nucleospin RNA XSスピンカラム(Macharey Nagel)を用いて精製した。
A.ライブラリの構築
1μg のマウス脳ポリA RNA(Clontech)を、5X断片化緩衝液(200mMのトリス酢酸塩、pH 8.2、500mMの酢酸カリウム及び150 mMの酢酸マグネシウム)を加えて断片化し、2分30秒間94℃で加熱した。断片化されたRNA を、Nucleospin RNA XSスピンカラム(Macharey Nagel)を用いて精製した。
上記の配列決定ライブラリを2nMに希釈して、等しい量のPhiX Control Library (Illumina)と結合した。試料を8pMの最終投入濃度でIllumina MiSeq機器に投入し、1つの66bpリードとして配列決定した。
分析を全て、linux ワークステーションで行った。配列を第1の3つのヌクレオチドに削り込み、PhiX配列を、Bowtie2ソフトウェアパッケージを用いて全ての配列をPhiXゲノムにマッピングして、マッピングされない全てのリードを保持することにより生物情報的に除去した。
5μM の合成miR-22(AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGUA)(RNA )(配列番号07)1μl を、5XFirst Strand Buffer (Clontech)2μl 、100 mMのDTT 0.25μl 、組換RNA 分解酵素阻害剤(Takara)0.25μl 、ポリ(A)ポリメラーゼ(Takara)0.25μl 、10mMのATP 1μl 、RNA 分解酵素を含まない水5.25μl と混ぜ合わせた。試料を、37℃で10分間培養して、その後65℃で20分間培養した。
前記テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドは、3'ハイブリダイゼーション領域及び配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有することを特徴とする組成物。
テンプレートスイッチングポリメラーゼと
を備えていることを特徴とするキット。
Claims (15)
- テンプレートリボ核酸(RNA )と、3'ハイブリダイゼーション領域及び配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有するテンプレートスイッチオリゴヌクレオチドと、ポリメラーゼと、dNTPとを、ポリメラーゼによってdNTPから重合された領域を有する1つの核酸生成物の隣の領域に夫々ハイブリッド形成されたテンプレートRNA 及びテンプレートスイッチオリゴヌクレオチドを含む核酸生成物を生成するのに十分な条件下で、反応混合物に加えることを特徴とする方法。
- 前記テンプレートRNA はメッセンジャRNA (mRNA)であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記テンプレートRNA はポリアデニル化されていないRNA であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記ポリアデニル化されていないRNA の3'末端に核酸配列を付加することを特徴とする請求項3に記載の方法。
- 前記ポリアデニル化されていないRNA の3'末端に付加される核酸配列は、ポリアデニン配列であることを特徴とする請求項4に記載の方法。
- 前記配列決定プラットフォームアダプタ構成体は、表面に付着した配列決定プラットフォームオリゴヌクレオチドに特定的に結合する領域、配列決定プライマ結合領域、バーコード領域、バーコード配列決定プライマ結合領域、分子識別領域及びこれらの組み合わせから成る群から選択された核酸領域を含むことを特徴とする請求項1乃至5のいずれかに記載の方法。
- 前記ポリメラーゼは逆転写酵素であることを特徴とする請求項1乃至6のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸生成物を生成して、前記テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドに相補的な1つの核酸生成物の3'領域を、該3'領域にハイブリダイゼーション条件下で結合すべく構成された第2鎖プライマと接触させることを特徴とする請求項1乃至7のいずれかに記載の方法。
- 前記テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドに相補的な1つの核酸生成物の3'領域を前記第2鎖プライマと接触させた後、前記反応混合物に核酸重合条件を与えることを特徴とする請求項8に記載の方法。
- 前記1つの核酸生成物の合成を刺激する第1のプライマと前記テンプレートRNA を接触させることを特徴とする請求項1乃至9のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のプライマは、前記テンプレートRNA にハイブリッド形成する第1の領域と、前記テンプレートRNA にハイブリッド形成しない第2の領域とを有することを特徴とする付記10に記載の方法。
- 前記1つの核酸生成物に核酸増幅条件を与えることを特徴とする請求項1乃至11のいずれかに記載の方法。
- 核酸鎖の隣の領域に夫々ハイブリッド形成されたテンプレートリボ核酸(RNA )及びテンプレートスイッチオリゴヌクレオチドを含んでおり、
前記テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドは、3'ハイブリダイゼーション領域及び配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有することを特徴とする組成物。 - 3'ハイブリダイゼーション領域及び配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有するテンプレートスイッチ核酸と、
テンプレートスイッチングポリメラーゼと
を備えていることを特徴とするキット。 - テンプレートRNA にハイブリッド形成する第1の領域と、前記テンプレートRNA にハイブリッド形成しない第2の領域とを有する第1鎖合成プライマを更に備えていることを特徴とする請求項14に記載のキット。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201361892372P | 2013-10-17 | 2013-10-17 | |
US61/892,372 | 2013-10-17 | ||
US201461979852P | 2014-04-15 | 2014-04-15 | |
US61/979,852 | 2014-04-15 | ||
PCT/US2014/054369 WO2015057319A1 (en) | 2013-10-17 | 2014-09-05 | Methods for adding adapters to nucleic acids and compositions for practicing the same |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2016536981A true JP2016536981A (ja) | 2016-12-01 |
JP6602294B2 JP6602294B2 (ja) | 2019-11-06 |
Family
ID=52826680
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016524044A Active JP6602294B2 (ja) | 2013-10-17 | 2014-09-05 | アダプタを核酸に追加する方法、及びこの方法を実行するための組成物 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (6) | US10941397B2 (ja) |
EP (2) | EP3760733A1 (ja) |
JP (1) | JP6602294B2 (ja) |
CN (1) | CN105658815B (ja) |
CA (1) | CA2923812C (ja) |
WO (1) | WO2015057319A1 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2020027096A1 (ja) * | 2018-08-03 | 2020-02-06 | 学校法人慶應義塾 | プライマー及びその使用 |
Families Citing this family (31)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US9410173B2 (en) | 2012-10-24 | 2016-08-09 | Clontech Laboratories, Inc. | Template switch-based methods for producing a product nucleic acid |
CN105658815B (zh) | 2013-10-17 | 2020-12-29 | 塔卡拉生物美国有限公司 | 用于添加适配体至核酸的方法及用于实施所述方法的组合物 |
US11286519B2 (en) | 2013-12-11 | 2022-03-29 | Accuragen Holdings Limited | Methods and compositions for enrichment of amplification products |
CN104946737B (zh) | 2013-12-11 | 2019-02-22 | 安可济控股有限公司 | 用于检测罕见序列变体的组合物和方法 |
US11859246B2 (en) | 2013-12-11 | 2024-01-02 | Accuragen Holdings Limited | Methods and compositions for enrichment of amplification products |
US9719136B2 (en) | 2013-12-17 | 2017-08-01 | Takara Bio Usa, Inc. | Methods for adding adapters to nucleic acids and compositions for practicing the same |
EA035092B1 (ru) * | 2014-05-14 | 2020-04-27 | Барбара Бурвинкель | Синтез двухцепочечных нуклеиновых кислот |
US11248262B2 (en) * | 2015-08-24 | 2022-02-15 | Qiagen Gmbh | Method for generating a RNA-sequencing library |
EP3350732A4 (en) * | 2015-09-15 | 2019-02-27 | Takara Bio USA, Inc. | METHOD FOR GENERATING A LIBRARY WITH SEQUENCING OF THE NEXT GENERATION (NGS) FROM A RIBONUCLEIC ACID (RNA) SAMPLE AND COMPOSITIONS FOR IMPLEMENTING THEREOF |
CN108368545B (zh) * | 2015-10-09 | 2022-05-17 | 安可济控股有限公司 | 用于富集扩增产物的方法及组合物 |
US11098304B2 (en) | 2015-11-04 | 2021-08-24 | Atreca, Inc. | Combinatorial sets of nucleic acid barcodes for analysis of nucleic acids associated with single cells |
WO2017201102A1 (en) | 2016-05-16 | 2017-11-23 | Accuragen Holdings Limited | Method of improved sequencing by strand identification |
US11371087B2 (en) | 2016-06-10 | 2022-06-28 | Takara Bio Usa, Inc. | Methods and compositions employing blocked primers |
US10240148B2 (en) | 2016-08-03 | 2019-03-26 | New England Biolabs, Inc. | Methods and compositions for preventing concatemerization during template-switching |
CN109790535A (zh) | 2016-07-29 | 2019-05-21 | 新英格兰生物实验室公司 | 防止模板转换期间连环化的方法和组合物 |
WO2018023068A1 (en) | 2016-07-29 | 2018-02-01 | New England Biolabs, Inc. | Methods and compositions for preventing concatemerization during template- switching |
CN109844133A (zh) | 2016-08-15 | 2019-06-04 | 安可济控股有限公司 | 检测罕见序列变体的组合物和方法 |
US11479806B2 (en) | 2016-11-10 | 2022-10-25 | Takara Bio Usa, Inc. | Methods of producing amplified double stranded deoxyribonucleic acids and compositions and kits for use therein |
EP3559255A1 (en) | 2016-12-23 | 2019-10-30 | Grail, Inc. | Methods for high efficiency library preparation using double-stranded adapters |
WO2018152129A1 (en) * | 2017-02-16 | 2018-08-23 | Takara Bio Usa, Inc. | Methods of preparing nucleic acid libraries and compositions and kits for practicing the same |
US11274344B2 (en) | 2017-03-30 | 2022-03-15 | Grail, Inc. | Enhanced ligation in sequencing library preparation |
US11118222B2 (en) | 2017-03-31 | 2021-09-14 | Grail, Inc. | Higher target capture efficiency using probe extension |
US20190323062A1 (en) * | 2017-04-12 | 2019-10-24 | Nathalie Bolduc | Strand specific nucleic acid library and preparation thereof |
US10633651B2 (en) * | 2017-07-10 | 2020-04-28 | Agilent Technologies, Inc. | Assay methods and compositions for detecting contamination of nucleic acid identifiers |
CN108559743A (zh) * | 2017-08-21 | 2018-09-21 | 上海派森诺生物科技股份有限公司 | 一种新型gbs的建库接头结构 |
EP3673064A4 (en) | 2017-08-24 | 2021-05-26 | Takara Bio USA, Inc. | METHOD OF PRODUCING NUCLEIC ACIDS USING STIMULUS MODIFIED OLIGONUCLEOTIDES |
CN108103175B (zh) * | 2018-01-02 | 2021-09-17 | 序康医疗科技(苏州)有限公司 | 一种用于检测eml4-alk、ros1和ret融合基因突变的方法 |
CN108251503A (zh) * | 2018-01-17 | 2018-07-06 | 湖南大地同年生物科技有限公司 | 一种快速构建链特异性rna高通量测序文库的方法 |
EP3794113A4 (en) * | 2018-05-16 | 2022-03-23 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | METHODS FOR PROCESSING NUCLEIC ACID SAMPLES |
AU2019354789A1 (en) | 2018-10-04 | 2021-05-27 | Clearnote Health, Inc. | Simultaneous, sequencing-based analysis of proteins, nucleosomes, and cell-free nucleic acids from a single biological sample |
CN113355391A (zh) * | 2021-06-04 | 2021-09-07 | 翌圣生物科技(上海)股份有限公司 | 一种用于靶向ffpe rna建库的方法 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010500044A (ja) * | 2006-08-14 | 2010-01-07 | キアゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング | 酵素反応における試料中のcDNAの合成方法 |
JP2010516284A (ja) * | 2007-01-26 | 2010-05-20 | ストラタジーン カリフォルニア | マイクロrnaの検出のための方法、組成物及びキット |
WO2012116146A1 (en) * | 2011-02-23 | 2012-08-30 | Board Of Regents | Use of template switching for dna synthesis |
Family Cites Families (40)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5683896A (en) | 1989-06-01 | 1997-11-04 | Life Technologies, Inc. | Process for controlling contamination of nucleic acid amplification reactions |
US5747252A (en) * | 1995-06-07 | 1998-05-05 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid probes and amplification oligonucleotides for Neisseria species |
FR2736388B1 (fr) | 1995-07-06 | 1997-09-26 | Dialma Guy Charles Albert | Dispositif d'etancheite entre la culasse et le bloc cylindres d'un moteur a explosion |
US5962271A (en) | 1996-01-03 | 1999-10-05 | Cloutech Laboratories, Inc. | Methods and compositions for generating full-length cDNA having arbitrary nucleotide sequence at the 3'-end |
DE19601385A1 (de) | 1996-01-16 | 1997-07-17 | Mueller Manfred W | Verfahren zur Amplifikation von Nukleinsäure |
AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
WO2001009310A1 (en) | 1999-07-29 | 2001-02-08 | Berlex Laboratories, Inc. | 5'ENRICHED cDNA LIBRARIES AND A YEAST SIGNAL TRAP |
ES2214319T3 (es) | 1999-09-13 | 2004-09-16 | Nugen Technologies, Inc. | Metodos y composiciones para la amplificacion isotermica lineal de secuencias de polinucleotidos. |
ATE455186T1 (de) | 2000-06-26 | 2010-01-15 | Nugen Technologies Inc | Methoden und zusammensetzungen zur auf transkription basierenden vervielfältigung von nukleinsäuren |
JP3842030B2 (ja) | 2000-10-06 | 2006-11-08 | シャープ株式会社 | アクティブマトリクス型表示装置およびその駆動方法 |
WO2002038757A1 (en) | 2000-11-10 | 2002-05-16 | Amicogen, Inc. | Method for generating recombinant dna library using unidirectional single-stranded dna fragments |
AU2002306406A1 (en) * | 2001-01-09 | 2002-09-12 | Wyeth | Dna constructs for cytoplasmic and mithochondrial expression and methods of making and using same |
GB0104588D0 (en) * | 2001-02-24 | 2001-04-11 | Univ Dundee | Novel p-53 inducible protein |
US20040002090A1 (en) * | 2002-03-05 | 2004-01-01 | Pascal Mayer | Methods for detecting genome-wide sequence variations associated with a phenotype |
US7435572B2 (en) | 2002-04-12 | 2008-10-14 | New England Biolabs, Inc. | Methods and compositions for DNA manipulation |
EP1369480A1 (en) | 2002-06-05 | 2003-12-10 | Bioneer Corporation | Process for preparation of full-length cDNA and anchor used for the same |
WO2004009814A1 (en) | 2002-07-23 | 2004-01-29 | Nuevolution A/S | Gene shuffling by template switching |
US20040022764A1 (en) | 2002-07-31 | 2004-02-05 | Hanan Polansky | Inhibition of microcompetition with a foreign polynucleotide as treatment of chronic disease |
GB0319332D0 (en) | 2003-08-16 | 2003-09-17 | Astrazeneca Ab | Amplification |
WO2007041201A2 (en) | 2005-10-03 | 2007-04-12 | Applera Corporation | Compositions, methods, and kits for amplifying nucleic acids |
US20080145844A1 (en) * | 2006-01-25 | 2008-06-19 | Evrogen Joint Stock Company | Methods of cDNA preparation |
EP2021503A1 (en) | 2006-03-17 | 2009-02-11 | Solexa Ltd. | Isothermal methods for creating clonal single molecule arrays |
JP2009017824A (ja) | 2007-07-12 | 2009-01-29 | Tosoh Corp | 改良されたノロウイルスrnaの検出方法 |
US20090220969A1 (en) | 2007-09-28 | 2009-09-03 | North Carolina State University | Identifying and quantifying small RNAs |
CA2750547C (en) | 2009-01-22 | 2018-07-03 | Quanta Biosciences | Methods for enrichment of selected rna molecules |
DE102009015296A1 (de) * | 2009-03-18 | 2010-09-23 | Illinois Tool Works Inc., Glenview | Sicherheitsgurteinrichtung |
EP3002337B1 (en) | 2009-03-30 | 2018-10-24 | Illumina, Inc. | Gene expression analysis in single cells |
JP2011135822A (ja) | 2009-12-28 | 2011-07-14 | Tosoh Corp | TTF−1mRNAの測定方法 |
US9029103B2 (en) | 2010-08-27 | 2015-05-12 | Illumina Cambridge Limited | Methods for sequencing polynucleotides |
WO2012042374A2 (en) | 2010-10-01 | 2012-04-05 | Anssi Jussi Nikolai Taipale | Method of determining number or concentration of molecules |
WO2012112714A1 (en) | 2011-02-15 | 2012-08-23 | Institute For Systems Biology | Improved methods to detect and quantify rna |
CA2834976C (en) | 2011-05-04 | 2016-03-15 | Htg Molecular Diagnostics, Inc. | Quantitative nuclease protection assay (qnpa) and sequencing (qnps) improvements |
LT3363901T (lt) | 2012-02-17 | 2021-04-12 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | Kompozicijos ir būdai, skirti tiksliam mutacijų nustatymui |
US20150197787A1 (en) | 2012-08-02 | 2015-07-16 | Qiagen Gmbh | Recombinase mediated targeted dna enrichment for next generation sequencing |
US9410173B2 (en) | 2012-10-24 | 2016-08-09 | Clontech Laboratories, Inc. | Template switch-based methods for producing a product nucleic acid |
EP2958574A4 (en) | 2013-01-23 | 2016-11-02 | Reproductive Genetics And Technology Solutions Llc | COMPOSITIONS AND METHODS FOR GENETIC ANALYSIS OF EMBRYOS |
US20150007960A1 (en) * | 2013-07-02 | 2015-01-08 | Kegan Nobuyshi Kawano | Column Buffer Thermal Energy Storage |
JP6556728B2 (ja) * | 2013-09-13 | 2019-08-07 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft | ポリA−キャリヤーにより誘導される高分子量PCR生成物の生成を避けるためのオリゴ−dT分子の適用 |
CN105658815B (zh) | 2013-10-17 | 2020-12-29 | 塔卡拉生物美国有限公司 | 用于添加适配体至核酸的方法及用于实施所述方法的组合物 |
EA035092B1 (ru) | 2014-05-14 | 2020-04-27 | Барбара Бурвинкель | Синтез двухцепочечных нуклеиновых кислот |
-
2014
- 2014-09-05 CN CN201480057094.4A patent/CN105658815B/zh active Active
- 2014-09-05 EP EP20178512.8A patent/EP3760733A1/en active Pending
- 2014-09-05 EP EP14853948.9A patent/EP3058104B1/en active Active
- 2014-09-05 JP JP2016524044A patent/JP6602294B2/ja active Active
- 2014-09-05 US US14/478,978 patent/US10941397B2/en active Active
- 2014-09-05 WO PCT/US2014/054369 patent/WO2015057319A1/en active Application Filing
- 2014-09-05 CA CA2923812A patent/CA2923812C/en active Active
-
2017
- 2017-03-24 US US15/469,351 patent/US10954510B2/en active Active
- 2017-03-24 US US15/469,364 patent/US10781443B2/en active Active
-
2020
- 2020-08-13 US US16/992,595 patent/US20210002633A1/en active Pending
-
2021
- 2021-01-19 US US17/152,411 patent/US20210155922A1/en active Pending
-
2022
- 2022-11-04 US US17/980,848 patent/US20230257735A1/en active Pending
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010500044A (ja) * | 2006-08-14 | 2010-01-07 | キアゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング | 酵素反応における試料中のcDNAの合成方法 |
JP2010516284A (ja) * | 2007-01-26 | 2010-05-20 | ストラタジーン カリフォルニア | マイクロrnaの検出のための方法、組成物及びキット |
WO2012116146A1 (en) * | 2011-02-23 | 2012-08-30 | Board Of Regents | Use of template switching for dna synthesis |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
BMC GENOMICS, vol. Vol.14, JPN6018021498, 30 September 2013 (2013-09-30), pages 665 (p.1-6) * |
COLD SPRING HARB. PROTOC., 2011年, JPN6018021496, pages 96 - 110 * |
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, PUBLISHED ONLINE 2012年, vol. 41, no. 3, JPN6018021497, pages e44 (p.1-12) * |
SMART/SMARTER TECHNOLOGY(SMART 改訂版201012), JPN6017032001, December 2010 (2010-12-01), JP, pages 1 - 4 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2020027096A1 (ja) * | 2018-08-03 | 2020-02-06 | 学校法人慶應義塾 | プライマー及びその使用 |
JPWO2020027096A1 (ja) * | 2018-08-03 | 2021-08-02 | 学校法人慶應義塾 | プライマー及びその使用 |
JP7306722B2 (ja) | 2018-08-03 | 2023-07-11 | 慶應義塾 | プライマー及びその使用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP3058104B1 (en) | 2020-08-19 |
EP3058104A1 (en) | 2016-08-24 |
US20210002633A1 (en) | 2021-01-07 |
CA2923812C (en) | 2023-10-17 |
US20170198285A1 (en) | 2017-07-13 |
CN105658815B (zh) | 2020-12-29 |
EP3760733A1 (en) | 2021-01-06 |
US20150111789A1 (en) | 2015-04-23 |
CN105658815A (zh) | 2016-06-08 |
JP6602294B2 (ja) | 2019-11-06 |
US20170198284A1 (en) | 2017-07-13 |
US20230257735A1 (en) | 2023-08-17 |
US10954510B2 (en) | 2021-03-23 |
CA2923812A1 (en) | 2015-04-23 |
US10941397B2 (en) | 2021-03-09 |
EP3058104A4 (en) | 2017-05-03 |
WO2015057319A1 (en) | 2015-04-23 |
US10781443B2 (en) | 2020-09-22 |
US20210155922A1 (en) | 2021-05-27 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6602294B2 (ja) | アダプタを核酸に追加する方法、及びこの方法を実行するための組成物 | |
US20210222236A1 (en) | Template Switch-Based Methods for Producing a Product Nucleic Acid | |
US11124828B2 (en) | Methods for adding adapters to nucleic acids and compositions for practicing the same | |
US11959078B2 (en) | Methods for preparing a next generation sequencing (NGS) library from a ribonucleic acid (RNA) sample and compositions for practicing the same | |
US11421269B2 (en) | Target enrichment by single probe primer extension | |
US8034568B2 (en) | Isothermal nucleic acid amplification methods and compositions | |
CA3032613A1 (en) | Methods of producing amplified double stranded deoxyribonucleic acids and compositions and kits for use therein | |
US20190323062A1 (en) | Strand specific nucleic acid library and preparation thereof |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20161020 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20161020 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20170719 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20180518 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20180612 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180910 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190205 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190425 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20190917 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20191008 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6602294 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |