JP6602294B2 - アダプタを核酸に追加する方法、及びこの方法を実行するための組成物 - Google Patents
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Description
アダプタを核酸に追加する方法を提供する。本方法は、第1のリボ核酸(RNA )鎖を重合のためのテンプレートとして使用して「テンプレートスイッチ」して、その後、重合反応を継続しながら(「テンプレートスイッチ核酸」又は「アクセプタテンプレート」と称されてもよい)第2のテンプレート核酸鎖にスイッチするある核酸ポリメラーゼの能力を利用する。その結果、第1のテンプレート核酸鎖に相補的な5'領域とテンプレートスイッチ核酸に相補的な3'領域とを有するハイブリッド核酸鎖が合成される。ある態様では、新しく合成されたハイブリッド核酸鎖が、対象の配列決定プラットフォームを用いてハイブリッド核酸鎖を配列決定するために有用な3'末端に部分的又は完全な配列決定プラットフォームアダプタ配列を有するように、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドの全て又は一部(例えば5'領域)のヌクレオチド配列が本方法を実行する者によって定められてもよい。対象の配列決定プラットフォームとして、Illumina(登録商標)から販売されているHiSeq (商標)配列決定システム、MiSeq (商標)配列決定システム及びGenome Analyzer (商標)配列決定システム、Ion Torrent(商標)から販売されているIon PGM (商標)配列決定システム及びIon Proton(商標)配列決定システム、Pacific Biosciencesから販売されている the PACBIO RS II配列決定システム、Life Technologies(商標)から販売されているthe SOLiD配列決定システム、Rocheから販売されている454 GS FLX+ 配列決定システム及びGS Junior 配列決定システム、又は対象のあらゆる他の配列決定プラットフォームが含まれるが、これらに限定されない。
本開示によって組成物が更に提供される。対象の組成物は、例えば本方法に関して上述した反応混合物の要素の一又は複数を含んでもよい。例えば、本組成物は、テンプレートリボ核酸(RNA )、ポリメラーゼ(例えばテンプレートスイッチングを行うことができるポリメラーゼ、耐熱性ポリメラーゼ若しくはこれらの組み合わせなど)、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド、dNTP、塩、金属補因子、一若しくは複数のヌクレアーゼ阻害剤(例えばRNA 分解酵素阻害剤)、一若しくは複数の酵素安定化要素(例えばDTT )、又はあらゆる他の所望の反応混合物の一若しくは複数の要素の内の一又は複数を含んでもよい。
本開示の態様はキットを更に含む。本キットは、例えば本方法に関して上述した反応混合物の要素の一又は複数を含んでもよい。例えば、本キットは、テンプレートリボ核酸(RNA )、前駆体RNA からテンプレートRNA を生成するための要素(例えば、ポリ(A)ポリメラーゼ及びポリアデニル化されていない前駆体RNA をポリアデニル化するための関連する試薬)、ポリメラーゼ(例えば、テンプレートスイッチングを行うことができるポリメラーゼ、耐熱性ポリメラーゼ、これらの組合せなど)、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド、dNTP、塩、金属補因子、一若しくは複数のヌクレアーゼ阻害剤(例えばRNA 分解酵素阻害剤及び/又はDNA 分解酵素阻害剤)、一又は複数の分子密集剤(例えば、ポリエチレングリコールなど)、一又は複数の酵素安定化要素(例えばDTT )、或いは、固体支持体、例えば管、ビーズ、マイクロ流体チップなどのあらゆる他の所望の一若しくは複数のキット要素の内の一又は複数を含んでもよい。
本方法は、対象の核酸の末端の1つ又は両方に特定のヌクレオチド配列の存在を必要とする適用を含む、様々な適用に使用される。このような適用は、基礎研究及び診断(例えば臨床診断)の分野にあり、配列決定の準備ができたcDNAライブラリの生成を含むが、これに限定されない。このようなライブラリとして、Illumina(登録商標)から販売されているHiSeq (商標)配列決定システム、MiSeq (商標)配列決定システム及びGenome Analyzer (商標)配列決定システム、Ion Torrent(商標)から販売されているIon PGM (商標)配列決定システム及びIon Proton(商標)配列決定システム、Pacific Biosciencesから販売されているPACBIO RS II配列決定システム、Life Technologies(商標)から販売されているSOLiD配列決定システム、Roche から販売されている454 GS FLX+ 配列決定システム及びGS Junior 配列決定システム、又はあらゆる他の便利な配列決定プラットフォームを含む、あらゆる便利な配列決定プラットフォームを用いたライブラリメンバの配列決定を可能にするアダプタ配列を含んでもよい。本開示の方法は、対象のあらゆるRNA 出発物質(例えばmRNA)に対応する配列決定の準備ができたcDNAライブラリの生成に使用され、ポリアデニル化されたRNA に限定されない。例えば、マイクロRNA 、低分子RNA 、siRNA 及び/又は対象のあらゆる他のタイプのポリアデニル化されていないRNA を含む、ポリアデニル化されていないRNA から配列決定の準備ができたcDNAライブラリを生成するために、対象の方法を使用してもよい。本方法は、鎖に特有の情報を生成する際にも使用され、これは、対立遺伝子に特有の発現を決定する際、又はゲノム中の重複する転写物を区別する際に有用であり得る。
I.ライブラリの構築
ヒト脳ポリA RNA(Clontech)1μg を、5X断片化緩衝液(200 mMのトリス酢酸塩、pH 8.2、500 mMの酢酸カリウム及び150 mMの酢酸マグネシウム)を加えて断片化し、2分30秒間94℃で加熱した。断片化されたRNA を、Nucleospin RNA XSスピンカラム(Macharey Nagel)を用いて精製した。
A.ライブラリの構築
1μg のマウス脳ポリA RNA(Clontech)を、5X断片化緩衝液(200mMのトリス酢酸塩、pH 8.2、500mMの酢酸カリウム及び150 mMの酢酸マグネシウム)を加えて断片化し、2分30秒間94℃で加熱した。断片化されたRNA を、Nucleospin RNA XSスピンカラム(Macharey Nagel)を用いて精製した。
上記の配列決定ライブラリを2nMに希釈して、等しい量のPhiX Control Library (Illumina)と結合した。試料を8pMの最終投入濃度でIllumina MiSeq機器に投入し、1つの66bpリードとして配列決定した。
分析を全て、linux ワークステーションで行った。配列を第1の3つのヌクレオチドに削り込み、PhiX配列を、Bowtie2ソフトウェアパッケージを用いて全ての配列をPhiXゲノムにマッピングして、マッピングされない全てのリードを保持することにより生物情報的に除去した。
5μM の合成miR-22(AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGUA)(RNA )(配列番号07)1μl を、5XFirst Strand Buffer (Clontech)2μl 、100 mMのDTT 0.25μl 、組換RNA 分解酵素阻害剤(Takara)0.25μl 、ポリ(A)ポリメラーゼ(Takara)0.25μl 、10mMのATP 1μl 、RNA 分解酵素を含まない水5.25μl と混ぜ合わせた。試料を、37℃で10分間培養して、その後65℃で20分間培養した。
前記テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドは、3'ハイブリダイゼーション領域及び配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有することを特徴とする組成物。
テンプレートスイッチングポリメラーゼと
を備えていることを特徴とするキット。
Claims (13)
- テンプレートリボ核酸(RNA )と、
3'ハイブリダイゼーション領域、及び配列決定プラットフォームによって用いられる第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有する領域を含むテンプレートスイッチオリゴヌクレオチドと、
ポリメラーゼと、
1つの核酸生成物の合成を刺激し、前記テンプレートRNA にハイブリッド形成する第1の領域と、前記テンプレートRNA にハイブリッド形成しない第2の領域であって、前記第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体とは異なり前記配列決定プラットフォームによって用いられる第2の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有する前記第2の領域とを有する第1のプライマと、
dNTPと
を、ポリメラーゼによってdNTPから重合された領域を有する前記1つの核酸生成物の隣の領域に夫々ハイブリッド形成されたテンプレートRNA 及びテンプレートスイッチオリゴヌクレオチドを含む核酸生成物を生成するのに十分な条件下で、反応混合物に加えることを特徴とする方法。 - 前記テンプレートRNA はメッセンジャRNA (mRNA)であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記テンプレートRNA はポリアデニル化されていないRNA であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記ポリアデニル化されていないRNA の3'末端に核酸配列を付加することを特徴とする請求項3に記載の方法。
- 前記ポリアデニル化されていないRNA の3'末端に付加される核酸配列は、ポリアデニン配列であることを特徴とする請求項4に記載の方法。
- 前記第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体及び前記第2の配列決定プラットフォームアダプタ構成体は、表面に付着した配列決定プラットフォームオリゴヌクレオチドに特定的に結合する領域、配列決定プライマ結合領域、又はこれらの組み合わせを夫々含むことを特徴とする請求項1乃至5のいずれかに記載の方法。
- 前記ポリメラーゼは逆転写酵素であることを特徴とする請求項1乃至6のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸生成物を生成して、前記テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドに相補的な1つの核酸生成物の3'領域を、該3'領域にハイブリダイゼーション条件下で結合すべく構成された第2鎖プライマと接触させることを特徴とする請求項1乃至7のいずれかに記載の方法。
- 前記テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドに相補的な1つの核酸生成物の3'領域を前記第2鎖プライマと接触させた後、前記反応混合物に核酸重合条件を与えることを特徴とする請求項8に記載の方法。
- 前記第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有する領域にハイブリッド形成する順方向プライマ及び前記第1のプライマの第2の領域にハイブリッド形成する逆方向プライマを用いて前記核酸生成物を増幅し、一方の末端に前記第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有して他方の末端に前記第2の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有する増幅された核酸生成物を含む増幅された生成組成物を生成することを特徴とする請求項1乃至9のいずれかに記載の方法。
- テンプレートRNA にハイブリッド形成する第1の領域と、前記テンプレートRNA にハイブリッド形成しない第2の領域とを有する第1のプライマから伸長された核酸鎖の隣の領域に夫々ハイブリッド形成されたテンプレートリボ核酸(RNA )及びテンプレートスイッチオリゴヌクレオチドを含んでおり、
前記テンプレートスイッチオリゴヌクレオチドは、3'ハイブリダイゼーション領域、及び配列決定プラットフォームによって用いられる第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有する領域を含んでおり、
前記第2の領域は、前記第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体とは異なり前記配列決定プラットフォームによって用いられる第2の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有することを特徴とする組成物。 - テンプレートリボ核酸(RNA )から配列決定プラットフォームアダプタを有する核酸生成物を生成するためのキットであって、
3'ハイブリダイゼーション領域、及び配列決定プラットフォームによって用いられる第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有する領域を含むテンプレートスイッチオリゴヌクレオチドと、
テンプレートRNA にハイブリッド形成する第1の領域と、前記テンプレートRNA にハイブリッド形成しない第2の領域であって、前記第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体とは異なり前記配列決定プラットフォームによって用いられる第2の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有する前記第2の領域とを有する第1のプライマと、
テンプレートスイッチングポリメラーゼと
を備えていることを特徴とするキット。 - 前記第1の配列決定プラットフォームアダプタ構成体を有する領域にハイブリッド形成する順方向プライマ、及び前記第1のプライマの第2の領域にハイブリッド形成する逆方向プライマを更に備えていることを特徴とする請求項12に記載のキット。
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EP3350732A4 (en) * | 2015-09-15 | 2019-02-27 | Takara Bio USA, Inc. | METHOD FOR GENERATING A LIBRARY WITH SEQUENCING OF THE NEXT GENERATION (NGS) FROM A RIBONUCLEIC ACID (RNA) SAMPLE AND COMPOSITIONS FOR IMPLEMENTING THEREOF |
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KR20180097536A (ko) | 2015-11-04 | 2018-08-31 | 아트레카, 인크. | 단일 세포와 연관된 핵산의 분석을 위한 핵산 바코드의 조합 세트 |
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CN110050067B (zh) | 2016-11-10 | 2023-05-23 | 宝生物工程(美国)有限公司 | 产生经扩增的双链脱氧核糖核酸的方法以及用于所述方法的组合物和试剂盒 |
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US11274344B2 (en) | 2017-03-30 | 2022-03-15 | Grail, Inc. | Enhanced ligation in sequencing library preparation |
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WO2018191433A1 (en) * | 2017-04-12 | 2018-10-18 | Takara Bio Usa, Inc. | Strand specific nucleic acid library and preparation thereof |
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CN108559743A (zh) * | 2017-08-21 | 2018-09-21 | 上海派森诺生物科技股份有限公司 | 一种新型gbs的建库接头结构 |
EP3673064A4 (en) | 2017-08-24 | 2021-05-26 | Takara Bio USA, Inc. | METHOD OF PRODUCING NUCLEIC ACIDS USING STIMULUS MODIFIED OLIGONUCLEOTIDES |
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CN112534049A (zh) * | 2018-05-16 | 2021-03-19 | 生物辐射实验室股份有限公司 | 处理核酸样本的方法 |
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Family Cites Families (43)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5683896A (en) | 1989-06-01 | 1997-11-04 | Life Technologies, Inc. | Process for controlling contamination of nucleic acid amplification reactions |
US5747252A (en) * | 1995-06-07 | 1998-05-05 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid probes and amplification oligonucleotides for Neisseria species |
FR2736388B1 (fr) | 1995-07-06 | 1997-09-26 | Dialma Guy Charles Albert | Dispositif d'etancheite entre la culasse et le bloc cylindres d'un moteur a explosion |
US5962271A (en) | 1996-01-03 | 1999-10-05 | Cloutech Laboratories, Inc. | Methods and compositions for generating full-length cDNA having arbitrary nucleotide sequence at the 3'-end |
DE19601385A1 (de) | 1996-01-16 | 1997-07-17 | Mueller Manfred W | Verfahren zur Amplifikation von Nukleinsäure |
AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
WO2001009310A1 (en) | 1999-07-29 | 2001-02-08 | Berlex Laboratories, Inc. | 5'ENRICHED cDNA LIBRARIES AND A YEAST SIGNAL TRAP |
DE60009323T2 (de) | 1999-09-13 | 2005-02-10 | Nugen Technologies, Inc., San Carlos | Methoden und zusammensetzungen zur linearen isothermalen amplifikation von polynukleotidsequenzen |
MXPA02012735A (es) | 2000-06-26 | 2004-04-20 | Nugen Tgechnologies Inc | Metodos y composiciones para la amplificacion de acido nucleico a base de transcripcion. |
JP3842030B2 (ja) | 2000-10-06 | 2006-11-08 | シャープ株式会社 | アクティブマトリクス型表示装置およびその駆動方法 |
JP3777158B2 (ja) | 2000-11-10 | 2006-05-24 | アミコージェン・インコーポレイテッド | 一方向性の一本鎖dna切片を用いた組換えdnaライブラリーの製造方法 |
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GB0104588D0 (en) * | 2001-02-24 | 2001-04-11 | Univ Dundee | Novel p-53 inducible protein |
US20040002090A1 (en) * | 2002-03-05 | 2004-01-01 | Pascal Mayer | Methods for detecting genome-wide sequence variations associated with a phenotype |
US7435572B2 (en) | 2002-04-12 | 2008-10-14 | New England Biolabs, Inc. | Methods and compositions for DNA manipulation |
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US20040022764A1 (en) | 2002-07-31 | 2004-02-05 | Hanan Polansky | Inhibition of microcompetition with a foreign polynucleotide as treatment of chronic disease |
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US20080145844A1 (en) | 2006-01-25 | 2008-06-19 | Evrogen Joint Stock Company | Methods of cDNA preparation |
WO2007107710A1 (en) | 2006-03-17 | 2007-09-27 | Solexa Limited | Isothermal methods for creating clonal single molecule arrays |
DE102006038113A1 (de) | 2006-08-14 | 2008-02-21 | Qiagen Gmbh | Verfahren zur Synthese einer cDNA in einer Probe in einer enzymatischen Reaktion und gleichzeitigen Bereitstellung eines ersten Enzyms mit Polyadenylierungsaktivität und eines zweiten Enzyms mit reverser Transkriptaseaktivität |
US8314220B2 (en) | 2007-01-26 | 2012-11-20 | Agilent Technologies, Inc. | Methods compositions, and kits for detection of microRNA |
JP2009017824A (ja) | 2007-07-12 | 2009-01-29 | Tosoh Corp | 改良されたノロウイルスrnaの検出方法 |
US20090220969A1 (en) | 2007-09-28 | 2009-09-03 | North Carolina State University | Identifying and quantifying small RNAs |
EP2389454B1 (en) | 2009-01-22 | 2017-09-20 | QIAGEN Beverly, Inc. | Method for enrichment of selected rna molecules |
DE102009015296A1 (de) * | 2009-03-18 | 2010-09-23 | Illinois Tool Works Inc., Glenview | Sicherheitsgurteinrichtung |
ES2903425T3 (es) | 2009-03-30 | 2022-04-01 | Illumina Inc | Análisis de expresión génica en células individuales |
JP2011135822A (ja) | 2009-12-28 | 2011-07-14 | Tosoh Corp | TTF−1mRNAの測定方法 |
US9029103B2 (en) | 2010-08-27 | 2015-05-12 | Illumina Cambridge Limited | Methods for sequencing polynucleotides |
WO2012042374A2 (en) | 2010-10-01 | 2012-04-05 | Anssi Jussi Nikolai Taipale | Method of determining number or concentration of molecules |
WO2012112714A1 (en) | 2011-02-15 | 2012-08-23 | Institute For Systems Biology | Improved methods to detect and quantify rna |
US9012183B2 (en) * | 2011-02-23 | 2015-04-21 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Use of template switching for DNA synthesis |
JP5951755B2 (ja) | 2011-05-04 | 2016-07-13 | エイチティージー モレキュラー ダイアグノスティクス, インコーポレイテッド | 定量的ヌクレアーゼプロテクションアッセイ(qNPA)法および定量的ヌクレアーゼプロテクション配列決定(qNPS)法の改善 |
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