JP2015533084A5 - - Google Patents
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Description
本発明の他の特徴および利点は、以下の発明を実施するための形態、図面、および特許請求の範囲から明らかになる。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
NEDD8活性化酵素(NAE)阻害剤を用いて癌を有する患者を治療するかどうかを決定するための方法であって、
a)前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表1に特定される少なくとも2つのマーカーを含むマーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)部分最小二乗回帰(PLSR)に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)前記予測成果スコアと前記カットオフ値との前記比較に基づいて、前記患者を前記NAE阻害剤で治療するかどうかを決定するステップと、を含む、方法。
(項目2)
前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を予測する場合に、前記患者を治療することを決定することをさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの耐性を予測する場合に、前記患者を治療しないことを決定することをさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目4)
前記マーカー遺伝子発現レベルは、前記マーカーセット中の前記マーカー遺伝子の核酸の量を測定することによって決定される、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記マーカー遺伝子発現レベルは、前記マーカーセット中の前記マーカー遺伝子のポリペプチドの量を測定することによって決定される、項目1に記載の方法。
(項目6)
前記核酸は、配列番号1〜69およびそれらのスプライス変異形からなる群から選択される、項目4に記載の方法。
(項目7)
前記核酸は、配列番号117〜185およびそれらの断片からなる群から選択される、項目4に記載の方法。
(項目8)
前記ポリペプチドは、配列番号1〜69およびそれらのスプライス変異形からなる群から選択される核酸によってコードされる、ポリペプチドまたはそのアイソフォームである、項目5に記載の方法。
(項目9)
前記マーカー遺伝子セットは、表1において特定されるマーカー1、2、3、および4からなる群から選択されるマーカーを含む、項目1に記載の方法。
(項目10)
癌を有する患者を、NEDD8活性化酵素(NAE)阻害剤での治療のための候補として特定する方法であって、
a)前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表1に特定されるマーカー1、2、3、および4からなる群から選択されるマーカーを含む、マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)部分最小二乗回帰(PLSR)に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)ステップc)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合、前記患者を前記NAE阻害剤での治療のための候補として特定するステップと、を含む、方法。
(項目11)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー1および2を含む、項目10に記載の方法。
(項目12)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー1、2、3、および4を含む、項目10に記載の方法。
(項目13)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー46、マーカー47、またはマーカー46とマーカー47の両方をさらに含む、項目10〜12のいずれかに記載の方法。
(項目14)
前記マーカー遺伝子セットは、TGFβ−SMADシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、c−myc転写因子経路、およびc−myb転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、項目10〜13のいずれかに記載の方法。
(項目15)
前記マーカー遺伝子セットは、表1のマーカー1〜3および5〜45からなる、項目10に記載の方法。
(項目16)
前記マーカー遺伝子セットは、表1の1〜69からなる、項目10に記載の方法。
(項目17)
前記癌細胞は、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来する、項目10〜16のいずれかに記載の方法。
(項目18)
前記固形腫瘍癌は、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択される、項目17に記載の方法。
(項目19)
前記血液学的癌は、急性骨髄性白血病である、項目17に記載の方法。
(項目20)
前記カットオフ値は、分離カットオフ値である、項目10に記載の方法。
(項目21)
前記予測成果スコアは、前記NAE阻害剤のlog 2 (IC50)に関して表され、前記カットオフ値は、−3〜1の範囲を有する、項目10に記載の方法。
(項目22)
前記カットオフ値未満の予測成果スコアは、前記NAE阻害剤に対する感受性を予測する、項目21に記載の方法。
(項目23)
前記カットオフ値は、−1.45である、項目22に記載の方法。
(項目24)
前記NAE阻害剤は、1−置換メチルスルファミン酸塩である、項目10〜23のいずれかに記載の方法。
(項目25)
前記1−置換メチルスルファミン酸塩は、(((1S,2S,4R)−4−{4−[(1S)−2,3−ジヒドロ−1H−インデン−1−イルアミノ]−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル}−2−ヒドロキシシクロペンチル)メチルスルファミン酸塩)である、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記皮膚癌は、メラノーマである、項目18に記載の方法。
(項目27)
前記マーカー遺伝子セットは、表1に特定される、マーカー1〜44、46〜48、50、51、53〜66、68、および69を含む、項目26に記載の方法。
(項目28)
癌を有する患者を治療するための方法であって、
a)前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表1に特定されるマーカー1、2、3、および4からなる群から選択されるマーカーを含む、マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)部分最小二乗回帰(PLSR)に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)前記対象をNAE阻害剤で治療するステップであって、c)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合、治療するステップと、を含む、方法。
(項目29)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー1および2を含む、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー1、2、3、および4を含む、項目28に記載の方法。
(項目31)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー46、マーカー47、またはマーカー46とマーカー47の両方をさらに含む、項目28〜30のいずれかに記載の方法。
(項目32)
前記マーカー遺伝子セットは、TGFβ−SMADシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、c−myc転写因子経路、およびc−myb転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、項目28〜31のいずれかに記載の方法。
(項目33)
前記マーカー遺伝子セットは、表1のマーカー1〜3および5〜45からなる、項目28に記載の方法。
(項目34)
前記マーカー遺伝子セットは、表1のマーカー1〜69からなる、項目28に記載の方法。
(項目35)
前記癌細胞は、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来する、項目28〜34のいずれかに記載の方法。
(項目36)
前記固形腫瘍癌は、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択される、項目35に記載の方法。
(項目37)
前記血液学的癌は、急性骨髄性白血病である、項目35に記載の方法。
(項目38)
前記カットオフ値は、分離カットオフ値である、項目28に記載の方法。
(項目39)
前記予測成果スコアは、NAE阻害剤のlog 2 (IC50)に関して表される、項目28に記載の方法。
(項目40)
前記log 2 (IC50)は、−3〜1.0のカットオフ値範囲を有する、項目39に記載の方法。
(項目41)
前記カットオフ値未満の予測成果スコアは、前記NAE阻害剤に対する感受性を示す、項目39に記載の方法。
(項目42)
前記カットオフ値は、−1.45である、項目40に記載の方法。
(項目43)
前記NAE阻害剤は、1−置換メチルスルファミン酸塩である、項目28〜42のいずれかに記載の方法。
(項目44)
前記1−置換メチルスルファミン酸塩は、(((1S,2S,4R)−4−{4−[(1S)−2,3−ジヒドロ−1H−インデン−1−イルアミノ]−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル}−2−ヒドロキシシクロペンチル)メチルスルファミン酸塩)である、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記皮膚癌は、メラノーマである、項目36に記載の方法。
(項目46)
前記マーカー遺伝子セットは、表1に特定される、マーカー1〜44、46〜48、50、51、53〜66、68、および69を含む、項目46に記載の方法。
(項目47)
癌を有する患者を、NAE阻害剤での治療のための候補として特定する方法であって、
a)前記患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、表1に特定されるマーカー1〜3および5〜45を含むマーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づいて、予測成果スコアを生成するステップと、
e)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
c)NAE阻害剤に対する前記患者の感受性または耐性を予測するステップと、を含む、方法。
(項目48)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー46、マーカー47、またはマーカー46およびマーカー47をさらに含む、項目47に記載の方法。
(項目49)
前記NAE阻害剤に対する感受性を示す予測成果スコアが、前記患者を前記NAE阻害剤での治療のための候補として特定する、項目47または48に記載の方法。
(項目50)
前記NAE阻害剤に対する耐性を示す予測成果スコアが、前記患者を前記NAE阻害剤での治療のための候補でないとして特定する、項目47または48に記載の方法。
(項目51)
前記予測成果スコアは、分離カットオフ値である、項目47または48に記載の方法。
(項目52)
前記カットオフ値は、log 2 (IC50)に関して表される、項目51に記載の方法。
(項目53)
前記NAE阻害剤は、1−置換メチルスルファミン酸塩である、項目47〜52のいずれかに記載の方法。
(項目54)
1−置換メチルスルファミン酸塩は、(((1S,2S,4R)−4−{4−[(1S)−2,3−ジヒドロ−1H−インデン−1−イルアミノ]−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル}−2−ヒドロキシシクロペンチル)メチルスルファミン酸塩)である、項目53に記載の方法。
(項目55)
前記腫瘍は、血液学的癌または固形腫瘍である、項目47〜54のいずれかに記載の方法。
(項目56)
前記血液腫瘍は、多発性骨髄腫、白血病、およびリンパ腫からなる群から選択される、項目55に記載の方法。
(項目57)
前記固形腫瘍は、メラノーマ、食道癌、膀胱癌、肺癌、膵臓癌 結腸直腸癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、または前立腺癌からなる群から選択される、項目55に記載の方法。
(項目58)
前記マーカー遺伝子セットは、表1に特定されるマーカー4および46〜69をさらに含む、項目47に記載の方法。
(項目59)
NAE阻害剤での癌の治療を、それを必要とする対象において行うための方法であって、
a)表1に特定されるマーカー1〜3および5〜45を含むマーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づいて、予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)前記対象をNAE阻害剤で治療するステップであって、ステップc)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する感受性を示す場合、治療するステップと、を含む、方法。
(項目60)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー46、マーカー47、またはマーカー46とマーカー47の両方をさらに含む、項目59に記載の方法。
(項目61)
前記予測成果スコアは、分離カットオフ値である、項目59または60に記載の方法。
(項目62)
前記カットオフ値は、log 2 (IC50)に関して表される、項目59または60に記載の方法。
(項目63)
前記NAE阻害剤は、1−置換メチルスルファミン酸塩である、項目59〜62のいずれかに記載の方法。
(項目64)
前記1−置換メチルスルファミン酸塩は、(((1S,2S,4R)−4−{4−[(1S)−2,3−ジヒドロ−1H−インデン−1−イルアミノ]−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル}−2−ヒドロキシシクロペンチル)メチルスルファミン酸塩)である、項目63に記載の方法。
(項目65)
前記腫瘍は、血液学的癌または固形腫瘍である、項目59〜64のいずれかに記載の方法。
(項目66)
前記血液腫瘍は、多発性骨髄腫、白血病、およびリンパ腫からなる群から選択される、項目65に記載の方法。
(項目67)
前記固形腫瘍は、メラノーマ、食道癌、膀胱癌、肺癌、膵臓癌 結腸直腸癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、または前立腺癌からなる群から選択される、項目65に記載の方法。
(項目68)
前記マーカー遺伝子セットは、表1に特定されるマーカー4および46〜69をさらに含む、項目59に記載の方法。
(項目69)
表1に特定されるマーカー1および2を含むマーカー遺伝子セットの発現レベルを判定するための試薬と、使用のための説明書と、を含む、キット。
(項目70)
マーカー3の発現レベルを判定するための試薬をさらに含む、項目69に記載のキット。
(項目71)
マーカー4の発現レベルを判定するための試薬をさらに含む、項目69または70に記載のキット。
(項目72)
マーカー46もしくはマーカー47のレベルを判定するための試薬、またはマーカー46および47のレベルを判定するための試薬をさらに含む、項目69〜71のいずれかに記載のキット。
(項目73)
表1に特定されるマーカー5〜44、46−48、50、51、53〜66、68、および69の発現レベルを判定するための試薬をさらに含む、項目69に記載のキット。
(項目74)
表1に特定されるマーカー1〜3および5〜45を含むマーカー遺伝子セットの発現レベルを判定するための試薬と、使用のための説明書と、を含む、キット。
(項目75)
表1に特定されるマーカー4および46〜69を判定するための試薬をさらに含む、項目74に記載のキット。
(項目76)
NAE阻害剤の有効量で癌を治療するための、項目69〜75のいずれかに記載のキットの使用。
(項目77)
治療剤に対する対象の感受性を予測する遺伝子発現プロファイルに使用するためのPLSRに基づくモデルを特定するための方法であって、
a)遺伝子発現データセットを、訓練データセットと試験データセットとの間の釣り合い型スプリットに分割するステップと、
b)PLSRアルゴリズムを繰り返し使用して、前記訓練データセットを無作為スプリットによりサブ訓練セットとサブ試験セットにさらに分割し、そうして、PLSRモデルを前記サブ訓練データセットで訓練するステップと、
c)前記データセット間で共通の特性を表す上位PLSRモデルを選択するステップと、
d)コンセンサス重み付け法を適用して、前記コンセンサスに最も類似するコア遺伝子発現モデルを特定するステップと、
e)前記コアモデルにおいて表示される前記遺伝子間の生物学的経路の関連性を分析して、過剰表示される生物学的経路を特定するステップと、
f)前記過剰表示される経路に見出される1つ以上のマーカーを選択して、予測マーカー遺伝子セットを生成するステップと、を含み、
それによって、PLSRに基づくモデルを生成する、方法。
(項目78)
前記コンセンサス重み付け法は、特異値分解に基づく方法である、項目77に記載の方法。
(項目79)
少なくとも1つのデータ縮小ステップをさらに含む、項目77に記載の方法。
(項目80)
特性選択ステップをさらに含む、項目77に記載の方法。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
NEDD8活性化酵素(NAE)阻害剤を用いて癌を有する患者を治療するかどうかを決定するための方法であって、
a)前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表1に特定される少なくとも2つのマーカーを含むマーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)部分最小二乗回帰(PLSR)に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)前記予測成果スコアと前記カットオフ値との前記比較に基づいて、前記患者を前記NAE阻害剤で治療するかどうかを決定するステップと、を含む、方法。
(項目2)
前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を予測する場合に、前記患者を治療することを決定することをさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの耐性を予測する場合に、前記患者を治療しないことを決定することをさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目4)
前記マーカー遺伝子発現レベルは、前記マーカーセット中の前記マーカー遺伝子の核酸の量を測定することによって決定される、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記マーカー遺伝子発現レベルは、前記マーカーセット中の前記マーカー遺伝子のポリペプチドの量を測定することによって決定される、項目1に記載の方法。
(項目6)
前記核酸は、配列番号1〜69およびそれらのスプライス変異形からなる群から選択される、項目4に記載の方法。
(項目7)
前記核酸は、配列番号117〜185およびそれらの断片からなる群から選択される、項目4に記載の方法。
(項目8)
前記ポリペプチドは、配列番号1〜69およびそれらのスプライス変異形からなる群から選択される核酸によってコードされる、ポリペプチドまたはそのアイソフォームである、項目5に記載の方法。
(項目9)
前記マーカー遺伝子セットは、表1において特定されるマーカー1、2、3、および4からなる群から選択されるマーカーを含む、項目1に記載の方法。
(項目10)
癌を有する患者を、NEDD8活性化酵素(NAE)阻害剤での治療のための候補として特定する方法であって、
a)前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表1に特定されるマーカー1、2、3、および4からなる群から選択されるマーカーを含む、マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)部分最小二乗回帰(PLSR)に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)ステップc)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合、前記患者を前記NAE阻害剤での治療のための候補として特定するステップと、を含む、方法。
(項目11)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー1および2を含む、項目10に記載の方法。
(項目12)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー1、2、3、および4を含む、項目10に記載の方法。
(項目13)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー46、マーカー47、またはマーカー46とマーカー47の両方をさらに含む、項目10〜12のいずれかに記載の方法。
(項目14)
前記マーカー遺伝子セットは、TGFβ−SMADシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、c−myc転写因子経路、およびc−myb転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、項目10〜13のいずれかに記載の方法。
(項目15)
前記マーカー遺伝子セットは、表1のマーカー1〜3および5〜45からなる、項目10に記載の方法。
(項目16)
前記マーカー遺伝子セットは、表1の1〜69からなる、項目10に記載の方法。
(項目17)
前記癌細胞は、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来する、項目10〜16のいずれかに記載の方法。
(項目18)
前記固形腫瘍癌は、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択される、項目17に記載の方法。
(項目19)
前記血液学的癌は、急性骨髄性白血病である、項目17に記載の方法。
(項目20)
前記カットオフ値は、分離カットオフ値である、項目10に記載の方法。
(項目21)
前記予測成果スコアは、前記NAE阻害剤のlog 2 (IC50)に関して表され、前記カットオフ値は、−3〜1の範囲を有する、項目10に記載の方法。
(項目22)
前記カットオフ値未満の予測成果スコアは、前記NAE阻害剤に対する感受性を予測する、項目21に記載の方法。
(項目23)
前記カットオフ値は、−1.45である、項目22に記載の方法。
(項目24)
前記NAE阻害剤は、1−置換メチルスルファミン酸塩である、項目10〜23のいずれかに記載の方法。
(項目25)
前記1−置換メチルスルファミン酸塩は、(((1S,2S,4R)−4−{4−[(1S)−2,3−ジヒドロ−1H−インデン−1−イルアミノ]−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル}−2−ヒドロキシシクロペンチル)メチルスルファミン酸塩)である、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記皮膚癌は、メラノーマである、項目18に記載の方法。
(項目27)
前記マーカー遺伝子セットは、表1に特定される、マーカー1〜44、46〜48、50、51、53〜66、68、および69を含む、項目26に記載の方法。
(項目28)
癌を有する患者を治療するための方法であって、
a)前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表1に特定されるマーカー1、2、3、および4からなる群から選択されるマーカーを含む、マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)部分最小二乗回帰(PLSR)に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)前記対象をNAE阻害剤で治療するステップであって、c)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合、治療するステップと、を含む、方法。
(項目29)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー1および2を含む、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー1、2、3、および4を含む、項目28に記載の方法。
(項目31)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー46、マーカー47、またはマーカー46とマーカー47の両方をさらに含む、項目28〜30のいずれかに記載の方法。
(項目32)
前記マーカー遺伝子セットは、TGFβ−SMADシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、c−myc転写因子経路、およびc−myb転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、項目28〜31のいずれかに記載の方法。
(項目33)
前記マーカー遺伝子セットは、表1のマーカー1〜3および5〜45からなる、項目28に記載の方法。
(項目34)
前記マーカー遺伝子セットは、表1のマーカー1〜69からなる、項目28に記載の方法。
(項目35)
前記癌細胞は、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来する、項目28〜34のいずれかに記載の方法。
(項目36)
前記固形腫瘍癌は、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択される、項目35に記載の方法。
(項目37)
前記血液学的癌は、急性骨髄性白血病である、項目35に記載の方法。
(項目38)
前記カットオフ値は、分離カットオフ値である、項目28に記載の方法。
(項目39)
前記予測成果スコアは、NAE阻害剤のlog 2 (IC50)に関して表される、項目28に記載の方法。
(項目40)
前記log 2 (IC50)は、−3〜1.0のカットオフ値範囲を有する、項目39に記載の方法。
(項目41)
前記カットオフ値未満の予測成果スコアは、前記NAE阻害剤に対する感受性を示す、項目39に記載の方法。
(項目42)
前記カットオフ値は、−1.45である、項目40に記載の方法。
(項目43)
前記NAE阻害剤は、1−置換メチルスルファミン酸塩である、項目28〜42のいずれかに記載の方法。
(項目44)
前記1−置換メチルスルファミン酸塩は、(((1S,2S,4R)−4−{4−[(1S)−2,3−ジヒドロ−1H−インデン−1−イルアミノ]−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル}−2−ヒドロキシシクロペンチル)メチルスルファミン酸塩)である、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記皮膚癌は、メラノーマである、項目36に記載の方法。
(項目46)
前記マーカー遺伝子セットは、表1に特定される、マーカー1〜44、46〜48、50、51、53〜66、68、および69を含む、項目46に記載の方法。
(項目47)
癌を有する患者を、NAE阻害剤での治療のための候補として特定する方法であって、
a)前記患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、表1に特定されるマーカー1〜3および5〜45を含むマーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づいて、予測成果スコアを生成するステップと、
e)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
c)NAE阻害剤に対する前記患者の感受性または耐性を予測するステップと、を含む、方法。
(項目48)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー46、マーカー47、またはマーカー46およびマーカー47をさらに含む、項目47に記載の方法。
(項目49)
前記NAE阻害剤に対する感受性を示す予測成果スコアが、前記患者を前記NAE阻害剤での治療のための候補として特定する、項目47または48に記載の方法。
(項目50)
前記NAE阻害剤に対する耐性を示す予測成果スコアが、前記患者を前記NAE阻害剤での治療のための候補でないとして特定する、項目47または48に記載の方法。
(項目51)
前記予測成果スコアは、分離カットオフ値である、項目47または48に記載の方法。
(項目52)
前記カットオフ値は、log 2 (IC50)に関して表される、項目51に記載の方法。
(項目53)
前記NAE阻害剤は、1−置換メチルスルファミン酸塩である、項目47〜52のいずれかに記載の方法。
(項目54)
1−置換メチルスルファミン酸塩は、(((1S,2S,4R)−4−{4−[(1S)−2,3−ジヒドロ−1H−インデン−1−イルアミノ]−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル}−2−ヒドロキシシクロペンチル)メチルスルファミン酸塩)である、項目53に記載の方法。
(項目55)
前記腫瘍は、血液学的癌または固形腫瘍である、項目47〜54のいずれかに記載の方法。
(項目56)
前記血液腫瘍は、多発性骨髄腫、白血病、およびリンパ腫からなる群から選択される、項目55に記載の方法。
(項目57)
前記固形腫瘍は、メラノーマ、食道癌、膀胱癌、肺癌、膵臓癌 結腸直腸癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、または前立腺癌からなる群から選択される、項目55に記載の方法。
(項目58)
前記マーカー遺伝子セットは、表1に特定されるマーカー4および46〜69をさらに含む、項目47に記載の方法。
(項目59)
NAE阻害剤での癌の治療を、それを必要とする対象において行うための方法であって、
a)表1に特定されるマーカー1〜3および5〜45を含むマーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づいて、予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)前記対象をNAE阻害剤で治療するステップであって、ステップc)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する感受性を示す場合、治療するステップと、を含む、方法。
(項目60)
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー46、マーカー47、またはマーカー46とマーカー47の両方をさらに含む、項目59に記載の方法。
(項目61)
前記予測成果スコアは、分離カットオフ値である、項目59または60に記載の方法。
(項目62)
前記カットオフ値は、log 2 (IC50)に関して表される、項目59または60に記載の方法。
(項目63)
前記NAE阻害剤は、1−置換メチルスルファミン酸塩である、項目59〜62のいずれかに記載の方法。
(項目64)
前記1−置換メチルスルファミン酸塩は、(((1S,2S,4R)−4−{4−[(1S)−2,3−ジヒドロ−1H−インデン−1−イルアミノ]−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル}−2−ヒドロキシシクロペンチル)メチルスルファミン酸塩)である、項目63に記載の方法。
(項目65)
前記腫瘍は、血液学的癌または固形腫瘍である、項目59〜64のいずれかに記載の方法。
(項目66)
前記血液腫瘍は、多発性骨髄腫、白血病、およびリンパ腫からなる群から選択される、項目65に記載の方法。
(項目67)
前記固形腫瘍は、メラノーマ、食道癌、膀胱癌、肺癌、膵臓癌 結腸直腸癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、または前立腺癌からなる群から選択される、項目65に記載の方法。
(項目68)
前記マーカー遺伝子セットは、表1に特定されるマーカー4および46〜69をさらに含む、項目59に記載の方法。
(項目69)
表1に特定されるマーカー1および2を含むマーカー遺伝子セットの発現レベルを判定するための試薬と、使用のための説明書と、を含む、キット。
(項目70)
マーカー3の発現レベルを判定するための試薬をさらに含む、項目69に記載のキット。
(項目71)
マーカー4の発現レベルを判定するための試薬をさらに含む、項目69または70に記載のキット。
(項目72)
マーカー46もしくはマーカー47のレベルを判定するための試薬、またはマーカー46および47のレベルを判定するための試薬をさらに含む、項目69〜71のいずれかに記載のキット。
(項目73)
表1に特定されるマーカー5〜44、46−48、50、51、53〜66、68、および69の発現レベルを判定するための試薬をさらに含む、項目69に記載のキット。
(項目74)
表1に特定されるマーカー1〜3および5〜45を含むマーカー遺伝子セットの発現レベルを判定するための試薬と、使用のための説明書と、を含む、キット。
(項目75)
表1に特定されるマーカー4および46〜69を判定するための試薬をさらに含む、項目74に記載のキット。
(項目76)
NAE阻害剤の有効量で癌を治療するための、項目69〜75のいずれかに記載のキットの使用。
(項目77)
治療剤に対する対象の感受性を予測する遺伝子発現プロファイルに使用するためのPLSRに基づくモデルを特定するための方法であって、
a)遺伝子発現データセットを、訓練データセットと試験データセットとの間の釣り合い型スプリットに分割するステップと、
b)PLSRアルゴリズムを繰り返し使用して、前記訓練データセットを無作為スプリットによりサブ訓練セットとサブ試験セットにさらに分割し、そうして、PLSRモデルを前記サブ訓練データセットで訓練するステップと、
c)前記データセット間で共通の特性を表す上位PLSRモデルを選択するステップと、
d)コンセンサス重み付け法を適用して、前記コンセンサスに最も類似するコア遺伝子発現モデルを特定するステップと、
e)前記コアモデルにおいて表示される前記遺伝子間の生物学的経路の関連性を分析して、過剰表示される生物学的経路を特定するステップと、
f)前記過剰表示される経路に見出される1つ以上のマーカーを選択して、予測マーカー遺伝子セットを生成するステップと、を含み、
それによって、PLSRに基づくモデルを生成する、方法。
(項目78)
前記コンセンサス重み付け法は、特異値分解に基づく方法である、項目77に記載の方法。
(項目79)
少なくとも1つのデータ縮小ステップをさらに含む、項目77に記載の方法。
(項目80)
特性選択ステップをさらに含む、項目77に記載の方法。
Claims (24)
- マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルを、癌を有する患者をNEDD8活性化酵素(NAE)阻害剤を用いて治療できるかどうかの指標とする方法であって、前記方法が、
a)前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表1に特定される少なくとも2つのマーカーを含むマーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップであって、前記マーカー遺伝子発現レベルが、前記マーカーセット中の前記マーカー遺伝子の核酸の量を測定することによって決定され、前記核酸は、配列番号117〜185およびそれらの断片からなる群から選択されるか、または前記核酸は、配列番号1〜69およびそれらのスプライス変異形からなる群から選択される、ステップと、
b)部分最小二乗回帰(PLSR)に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)前記予測成果スコアと前記カットオフ値との前記比較を、前記患者を前記NAE阻害剤を用いて治療できるかどうかの指標とするステップと
を含む、方法。 - マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルを、癌を有する患者がNEDD8活性化酵素(NAE)阻害剤を用いる治療のための候補であるかどうかの指標とする方法であって、前記NAE阻害剤は1−置換メチルスルファミン酸塩であり、前記方法が、
a)前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表1において特定されるマーカー1、2、3、および4からなる群から選択される少なくとも1つのマーカーを含むマーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)部分最小二乗回帰(PLSR)に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
を含む、方法であって、ステップc)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合に、前記患者が前記NAE阻害剤を用いる治療のための候補である、方法。 - 前記マーカー遺伝子セットが、
(a)マーカー1および2;または
(b)マーカー1、2、3、および4;ならびに/あるいは
(c)マーカー46、マーカー47、もしくはマーカー46とマーカー47の両方
を含む、請求項1または2に記載の方法。 - 前記マーカー遺伝子セットが、TGFβ−SMADシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、c−myc転写因子経路、およびc−myb転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記マーカー遺伝子セットが、表1のマーカー1〜3および5〜45からなる、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記マーカー遺伝子セットが、表1のマーカー1〜69からなる、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記癌細胞が、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来し、必要に応じて、前記固形腫瘍癌が、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択されるか、または前記血液学的癌が、急性骨髄性白血病である、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 前記カットオフ値が、分離カットオフ値である、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 前記予測成果スコアが、前記NAE阻害剤のlog 2 (IC50)に関して表され、前記カットオフ値が、−3〜1の範囲を有する、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 前記カットオフ値未満の予測成果スコアは、前記NAE阻害剤に対する感受性を予測する、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 癌を有する患者を治療するための方法において使用するためのNAE阻害剤を含む組成物であって、前記方法が、
a)前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表1において特定されるマーカー1、2、3、および4からなる群から選択される少なくとも1つのマーカーを含むマーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)部分最小二乗回帰(PLSR)に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
d)ステップc)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合に、前記患者を前記NAE阻害剤を用いて治療するステップであって、前記NAE阻害剤は1−置換メチルスルファミン酸塩である、ステップと
を含む、組成物。 - 前記マーカー遺伝子セットが、
(a)マーカー1および2;または
(b)マーカー1、2、3、および4;ならびに/あるいは
(c)マーカー46、マーカー47、もしくはマーカー46とマーカー47の両方
を含む、請求項11に記載の組成物。 - 前記マーカー遺伝子セットが、TGFβ−SMADシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、c−myc転写因子経路、およびc−myb転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、請求項11または12に記載の組成物。
- 前記マーカー遺伝子セットが、表1のマーカー1〜3および5〜45からなる、請求項11または12に記載の組成物。
- 前記マーカー遺伝子セットが、表1の1〜69からなる、請求項11または12に記載の組成物。
- 前記癌細胞が、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来し、必要に応じて、前記固形腫瘍癌が、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択されるか、または前記血液学的癌が、急性骨髄性白血病である、請求項11〜15のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記カットオフ値が、分離カットオフ値である、請求項11〜16のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記予測成果スコアが、前記NAE阻害剤のlog 2 (IC50)に関して表され、前記カットオフ値が、−3〜1の範囲を有する、請求項11〜17のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記カットオフ値未満の予測成果スコアが、前記NAE阻害剤に対する感受性を予測する、請求項11〜18のいずれか1項に記載の組成物。
- マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルを、癌を有する患者がNAE阻害剤を用いる治療のための候補であるかどうかの指標とする方法であって、前記NAE阻害剤が1−置換メチルスルファミン酸塩であり、前記方法が、
a)前記患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、表1において特定されるマーカー1〜3および5〜45を含むマーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
b)前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づいて、予測成果スコアを生成するステップと、
c)前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと
を含む、方法であって、
i)ステップc)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する感受性を示す場合に、前記患者が前記NAE阻害剤を用いる治療のための候補であるか;または
ii)ステップc)における前記比較が、前記NAE阻害剤に対する耐性を示す場合に、前記患者が前記NAE阻害剤を用いる治療のための候補でない
方法。 - 前記マーカー遺伝子セットが、マーカー46、マーカー47、またはマーカー46およびマーカー47をさらに含み、必要に応じて、前記マーカー遺伝子セットが表1のマーカー1〜69からなる、請求項20に記載の方法。
- 前記予測成果スコアが、分離カットオフ値であり、必要に応じて、前記カットオフ値が、log 2 (IC50)に関して表される、請求項20または21に記載の方法。
- 前記腫瘍が、血液学的腫瘍または固形腫瘍であり、必要に応じて、前記血液学的腫瘍が、多発性骨髄腫、白血病およびリンパ腫からなる群から選択されるか、または前記固形腫瘍が、メラノーマ、食道癌、膀胱癌、肺癌、膵臓癌、結腸直腸癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、または前立腺癌からなる群から選択される、請求項20〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 前記カットオフ値未満の予測成果スコアが、前記患者が前記NAE阻害剤を用いる治療のための候補であることを示す、請求項20〜23のいずれか1項に記載の方法。
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