JP2015523056A - Ｉａｐインヒビター治療のためのバイオマーカー - Google Patents
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Abstract
がんを有する対象をＩＡＰインヒビターによる処置のために選択する方法。
Description
本発明は、がんを処置する方法に関する。
アポトーシス（プログラム細胞死）は、悪性細胞の多くの特徴（細胞周期調節解除、異常なシグナル伝達、および好ましくない微小環境に関連するストレスが挙げられる）を含む種々の刺激によって活性化される。がん細胞はまた、アポトーシス経路における欠陥を示し、この欠陥により、がん細胞は、プログラム細胞死を回避し、多くの化学療法剤に対する特有の抵抗性を生み出す。アポトーシスタンパク質のインヒビター（ＩＡＰ）は、アポトーシスを阻害するバキュロウイルスタンパク質において最初に同定されたタンパク質ドメインであるＢＩＲドメインの存在によって規定される、８つのタンパク質のファミリーである。いくつかのＩＡＰファミリーメンバーは、アポトーシスの抑制に明らかに関与している。証拠は、ＸＩＡＰ、ＣＩＡＰ１およびＣＩＡＰ２について最も強力である（Hunter Apoptosis；12：1543-1568、2007）が、これらのタンパク質がアポトーシスに影響を及ぼすメカニズムは異なっている。ＸＩＡＰがカスパーゼ３、７および９に直接結合し、この結合がアポトーシスを抑制するという、強力な証拠が存在する（Deverauxら Nature；388：300-4、1997）。対照的に、カスパーゼ活性の直接的抑制因子としてのＣＩＡＰタンパク質についての証拠は、より弱い。しかし、ＣＩＡＰ１タンパク質およびＣＩＡＰ２タンパク質は、デスレセプター（death receptor）シグナル伝達複合体（signaling complex）の構成要素であり、これらのタンパク質は、核因子カッパＢ（ＮＦ−κＢ）経路を介して細胞の生存または死に影響する。デスレセプターシグナル伝達の活性化は、細胞状況に依存して、ＮＦ−κＢ生存シグナル伝達またはアポトーシスを誘導し得る。一部の腫瘍細胞において、ＩＡＰアンタゴニストは、ＴＮＦ−αおよびＲＩＰＫ１を必要とするメカニズムを介して、アポトーシスを誘導する（Gaither Cancer Research；67：11493-98、2007）。したがって、ＩＡＰは、がんにおける興味深い標的と考えられる。
本発明は、特定のバイオマーカーを使用して、ＩＡＰインヒビターによる処置に応答し易いがんを有する個体を選択することができるという知見に基づく。具体的には、以下の群：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１から選択される少なくとも３つのバイオマーカーの発現、例えば、これらのバイオマーカーのｍＲＮＡ発現のレベルを使用して、その個体がＩＡＰインヒビターによる処置に応答するか否かを予測できることが見出された。
１つの態様において、本発明は、対象から採取した生物学的試料中のＴＮＦおよびＲＩＰＫ１、ならびに以下のバイオマーカー：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４のうちの１つまたは複数（例えば、２、３、４、５、６または７つ）のｍＲＮＡ発現のレベルを決定することを含む、がんを有する対象の生物学的試料を分析する方法であって、対照と比較したバイオマーカーの発現のレベルが、対象が（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドなどのＩＡＰインヒビターに対する増大した応答し易さを有するか否かの指標を提供する、方法を含む。
別の態様において、本発明は、がんを有する対象を（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドなどのＩＡＰインヒビターによる処置のために選択する方法を含む。この方法は、対象から採取した生物学的試料中のＴＮＦ、ＲＩＰＫ１およびＳＴＫ３９のｍＲＮＡの発現のレベルを決定し、それにより、（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドなどのＩＡＰインヒビターに対する増大した応答し易さを予測することを含む。
なお別の態様において、本発明は、がんを有する対象を選択的に処置する方法であって、
（ａ）対象由来の生物学的試料を、対象から採取した生物学的試料中のＴＮＦおよびＲＩＰＫ１、ならびに以下のバイオマーカー：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４のうちの１つまたは複数（例えば、２、３、４、５、６または７つ）の発現のレベルについて試料アッセイすること、および
（ｂ）試料が、対象が（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドなどのＩＡＰインヒビターに対し増大した応答し易さを有することを示す発現のレベルを有することに基づき、対象に（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドなどのＩＡＰインヒビターを選択的に投与することを含む、方法を含む。
（ａ）対象由来の生物学的試料を、対象から採取した生物学的試料中のＴＮＦおよびＲＩＰＫ１、ならびに以下のバイオマーカー：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４のうちの１つまたは複数（例えば、２、３、４、５、６または７つ）の発現のレベルについて試料アッセイすること、および
（ｂ）試料が、対象が（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドなどのＩＡＰインヒビターに対し増大した応答し易さを有することを示す発現のレベルを有することに基づき、対象に（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドなどのＩＡＰインヒビターを選択的に投与することを含む、方法を含む。
なお別の態様において、本発明は、がんを有する対象を（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドなどのＩＡＰインヒビターにより選択的に処置する方法であって、対象がＴＮＦおよびＲＩＰＫ１の増大した発現のレベルならびにＳＴＫ３９の低減した発現のレベルを有する結果として、対象に対し、（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドインヒビターなどのＩＡＰインヒビターを投与することを含む、方法を含む。
がんは、乳がん、卵巣がんおよび肺がんを含む、任意のがんであり得る。
ｍＲＮＡ発現レベルは、ＲＴ−ＰＣＲを用いる本発明の方法において、決定し得る。
別の態様において、本発明は、生物学的試料中のＴＮＦおよびＲＩＰＫ１、ならびに以下のバイオマーカー：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４のうちの１つまたは複数（例えば、２、３、４、５、６または７）のｍＲＮＡ発現のレベルを決定するための複数の薬剤および使用のための指示書を含むキットを含む。
「バイオマーカー」は、対象の生物学的状態の指標として有用な分子である。本主題に関して、本明細書中で開示されるバイオマーカーは、発現の変化を示して、対象がＩＡＰインヒビター処置を受けることが有益であるか否かを予測する分子であり得る。
発明の詳細な説明
ＩＡＰインヒビターを受ける患者の潜在的臨床利益を最大とするためには、ＩＡＰインヒビターに対してより応答し易い腫瘍を有する患者を選択できることが重要である。本明細書中で記載される方法は、ＩＡＰインヒビター処置から利益を得る可能性が高い患者を決定するために使用できる複数のバイオマーカーの同定に基づく。本発明のバイオマーカーは、日常的な臨床検査のために意図的に最適化させた。
ＩＡＰインヒビターを受ける患者の潜在的臨床利益を最大とするためには、ＩＡＰインヒビターに対してより応答し易い腫瘍を有する患者を選択できることが重要である。本明細書中で記載される方法は、ＩＡＰインヒビター処置から利益を得る可能性が高い患者を決定するために使用できる複数のバイオマーカーの同定に基づく。本発明のバイオマーカーは、日常的な臨床検査のために意図的に最適化させた。
バイオマーカー
本発明のバイオマーカーとしては、以下の遺伝子：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１の３つ以上が挙げられる。上で特定した３つ以上のバイオマーカーの発現レベルを分析することによって、ＩＡＰインヒビターが治療的により有効である可能性が高いがんを有する個体を選択することが可能である。
本発明のバイオマーカーとしては、以下の遺伝子：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１の３つ以上が挙げられる。上で特定した３つ以上のバイオマーカーの発現レベルを分析することによって、ＩＡＰインヒビターが治療的により有効である可能性が高いがんを有する個体を選択することが可能である。
本発明のバイオマーカーは、ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１（相対的ｍＲＮＡ発現がより高い）；ならびにＳＴＫ３９（相対的ｍＲＮＡ発現がより低い）のｍＲＮＡレベルを決定することを含む。１つの例において、発現プロフィールは、以下の遺伝子ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１のうちの３つ以上のｍＲＮＡレベルまたは発現レベルの比を表す一連の値であり得る。別の例において、発現プロフィールは、ＳＴＫ３９、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１のｍＲＮＡレベル、またはこれらの３つの遺伝子についてのｍＲＮＡ発現レベルの比を表す一連の値であり得る。高いまたは低いｍＲＮＡ発現は、対照試料または一連の対照試料と比較した、がんを有する個体由来の試料におけるｍＲＮＡの量を意味し得る。別の例において、がんを有する個体由来の試料の中の、他に対応する、この３つ（ＴＮＦ、ＲＩＰＫ１またはＳＴＫ３９）の遺伝子の１つのより高い発現のレベルは、ＩＡＰインヒビターが治療的により有効である可能性が高いがんを有する個体を選択するであろう。
別の実施態様において、本発明は、ＳＴＸ３９、ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、およびＭＡＰＫ１４からなる群より選択される少なくとも２つのマーカーのｍＲＮＡ発現を決定することを含む。１つの例において、この２つのマーカーは、ＣＣＬ５およびＳＴＫ３９である。なお別の例において、本発明は、ＳＴＫ３９の発現のレベルを決定することを含む。
ＩＡＰインヒビター
本開示における使用のためのＩＡＰインヒビターの例としては、任意のＩＡＰインヒビターが挙げられる。１つの例において、本発明は、式Ｍ−Ｌ−Ｍ’の化合物を含み、式中、ＭおよびＭ’は、各々独立して、式（Ｉ）のモノマー部分であり：
本開示における使用のためのＩＡＰインヒビターの例としては、任意のＩＡＰインヒビターが挙げられる。１つの例において、本発明は、式Ｍ−Ｌ−Ｍ’の化合物を含み、式中、ＭおよびＭ’は、各々独立して、式（Ｉ）のモノマー部分であり：
Ｒ１は、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルまたは水素であり；
Ｒ２は、水素、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、ハロ−置換（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル、−ＣＨ２−（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル、ベンジル、ＨＯ−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル−またはＣＨ３ＮＨＣ（Ｏ）−であり；
Ｒ３は、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、ハロ−置換（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、または水素であるか；
または、Ｒ２は、Ｒ２が結合している窒素原子と共に、Ｒ３と一緒になって、各々独立してＮ、ＯおよびＳから選択される１〜２個のさらなるヘテロ−環原子を任意選択で含む３〜６員ヘテロ環式環を形成し；
Ｑは、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシ、−ＯＨ、−Ｃ（Ｏ）−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、−Ｏ−Ｃ（Ｏ）−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、−ＮＨ２、−ＮＨ−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）２、−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、−ＮＨＳＯ（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、−ＮＨＳＯ（フェニル）、−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）−ＳＯ（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）−ＳＯ（フェニル）、−ＮＨＳＯ２（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、−ＮＨＳＯ２（フェニル）、−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）−ＳＯ２（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、または−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）−ＳＯ２（フェニル）であり；
ｏは、０、１、または２であり；
Ａは、少なくとも１つのＮ環ヘテロ原子を含む６員ヘテロアリール環であり；
Ｄは、結合、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｏ−、−ＮＨ−、−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）−、−ＳＯ２−、−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）−、−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル−ＯＨ）−、−Ｎ（（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル）−、−ＮＨＣ（Ｏ）−、−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）−、−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル−ＣＯ２−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）−、−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、（Ｃ２〜Ｃ６）アルケニレン、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｃ（Ｏ）−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、−ＮＨ−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、−Ｓ−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、−Ｓ（Ｏ）−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、−ＳＯ２−（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、−ＮＨＳＯ２（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、−ＮＨＳＯ（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、または−ＣＨ（Ｒ）−、であり、式中、Ｒは、ＮＨ２、−ＮＨ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン）フェニル）、−ＮＨ（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、−Ｏ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン）フェニル）または−Ｏ（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルであり、ここで、（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン）フェニル）または（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルは、ハロによって任意選択で置換されており；
Ａ１は、Ｈ、ＣＦ３、フェニル、ナフチル、部分または完全飽和（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜１２員部分または完全飽和ヘテロ環、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜４個のヘテロ原子を含む５〜１０員ヘテロアリールであり、
ここで、前記フェニル、ナフチルおよび前記ヘテロアリールは、ハロ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、ハロ−置換（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシ、−Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ３、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＣＨ３）２、ＣＮ、またはＮＯ２から各々独立して選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており、
ここで、前記ヘテロ環および前記シクロアルキルは、フェニルまたは各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む６員ヘテロアリールと任意選択で縮合しており、前記ヘテロ環、前記シクロアルキル、前記縮合ヘテロ環および前記縮合シクロアキルは、オキソ、ハロ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、ハロ−置換（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、または（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシによって任意選択で置換されており；
Ｗは、結合、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルケニレン、（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン）ｍ−（Ｙ）ｎ−Ｂ、（（Ｃ１〜Ｃ４）アルケニレン）ｍ−（Ｙ）ｎ−Ｂであり、式中、ｍおよびｎは、各々独立して０または１であり、Ｙは、フェニレン、ナフチレン、部分または完全飽和３〜６員シクロアルキレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む完全または部分飽和５〜６員ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、Ｓ、またはＮから選択される１〜４個のヘテロ原子を含む５〜１０−ヘテロアリーレンであり、Ｂは、結合、−Ｏ−、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、または−（ＣＨ２）（フェニレン）であり、
ここで、前記（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルケニレン、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン、または（Ｃ１〜Ｃ４）アルケニレン部分は、アルキレン鎖中に点在する酸素または窒素原子を任意選択で含み、オキソ、−ＣＦ３、フェニル、ナフチル、各々独立してＯ、Ｓ、またはＮから選択される１〜４個のヘテロ原子を含む５〜１０員ヘテロアリール、部分または完全飽和５〜６員シクロアルキル、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む完全または部分飽和５〜６員ヘテロ環、および／または１つまたは複数のハロによって任意選択で置換されており、
ここで、前記部分または完全飽和ヘテロシクレンは、各々独立してオキソ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、またはハロから選択される１〜２個の置換基によって任意選択で置換されており、
ここで、前記ヘテロアリールまたは前記ヘテロアリーレンは、ハロまたは（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており、
ここで、前記フェニレン、前記フェニル、前記ナフチル、前記ナフチレン、前記シクロアルキレン、または前記シクロアルキルは、各々独立してハロ、−ＣＦ３、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、または（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており、
または、Ｗが、（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレン）ｍ−（Ｙ）ｎ−Ｂまたは（（Ｃ１〜Ｃ４）アルケニレン）ｍ−（Ｙ）ｎ−Ｂであり、Ｌが、ＮＲ５−Ｃ（Ｏ）−Ｘ２−Ｃ（Ｏ）−ＮＲ５−または−ＮＲ５−Ｓ（Ｏ）２−Ｘ２−Ｓ（Ｏ）２−ＮＲ５−である場合、Ｂは、任意選択で、Ｒ５が結合している窒素と共にＲ５と一緒になって、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、１Ｈ−ピロリル、ピペリジニル、１Ｈ−インドリル、インドリニル、１Ｈ−ジヒドロイミダゾリル、１Ｈ−イミダゾリル、ピペラジニル、ヘキサヒドロピリミジニル、１，２，３，４−テトラヒドロキノリニル、１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリニル、５，６，７，８−テトラヒドロピリド［３，４−ｂ］ピラジニル、オキサゾリジニル、およびチアゾリジニルからなる群より選択されるヘテロ環式環を形成し、ここで、前記ヘテロ環式環は、各々独立して（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、−ＯＨ、またはオキソから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており；
Ｌは、−Ｃ（Ｏ）−ＮＲ５−Ｘ１−ＮＲ５−Ｃ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−ＮＲ５−Ｘ１−ＮＲ５−Ｓ（Ｏ）２−、−ＮＲ５−Ｃ（Ｏ）−Ｘ２−Ｃ（Ｏ）−ＮＲ５−、および−ＮＲ５−Ｓ（Ｏ）２−Ｘ２−Ｓ（Ｏ）２−ＮＲ５−からなる群より選択されるリンカー基であり、
式中、Ｒ５は、水素、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、ベンジル、またはシクロヘキシルであり；
Ｘ１は、
（ｉ）結合、
（ｉｉ）（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン、（Ｃ２〜Ｃ１０）アルケニレン、（Ｃ２〜Ｃ１０）アルキニレン、（（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン）−（Ｏ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｐ−、または（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン−ＮＨ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン（式中、ｐは０、１または２である）、
（ｉｉｉ）フェニレン、ナプチレン、フルオレニレン、９Ｈ−フルオレン−９−オニレン、９，１０−ジヒドロアントラセニレン、アントラセン−９，１０−ジオニレン、部分または完全飽和（Ｃ３〜Ｃ８）シクロアルキレン、各々独立してＯ、Ｓ、またはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜７員ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜１０員ヘテロアリーレン（ここで、前記フェニレンは、任意選択で（Ｃ５〜Ｃ６）シクロアルキルと縮合している）、
（ｉｖ）（フェニレン）−Ｇ−（フェニレン）、（式中、Ｇは、結合、Ｏ、Ｓ、−ＮＨ−、−Ｎ＝Ｎ−、−Ｓ＝Ｓ−、−ＳＯ２−、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン、（Ｃ２〜Ｃ６）アルケニレン、（Ｃ２〜Ｃ１０）アルキニレン、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロアリール、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員部分または完全飽和ヘテロシクレンであり、ここで、前記フェニレンは、任意選択でフェニルに縮合している）、
（ｖ）（（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｒ−Ｚ１−（（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｓ、または（（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニレン）ｒ−Ｚ１−（（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニレン）ｓ（式中、ｒおよびｓは、各々独立して０、１、または２であり；Ｚ１は、−Ｏ−、−Ｎ＝Ｎ−、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキレン、フェニレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員部分または完全飽和ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロアリーレンであり、ここで、前記ヘテロアリーレンおよび前記ヘテロシクレンは、フェニル、フェニレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員部分または完全飽和ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロアリーレンに任意選択で縮合している）、または
（ｖｉ）（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキレンまたは−ＮＨ−（（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキレン）−ＮＨ−（ここで、前記アルキレンは、アルキレン鎖中に点在する１〜６個の酸素原子、および任意選択で、アルキレン鎖中に点在する１〜２個のフェニレン基を含む）であるか；
または、Ｘ１は、任意選択で、Ｒ５基の両方が結合する窒素と共にＲ５基の両方と一緒になって、２，６−ジアザスピロ［３．３］ヘプタンを形成し；
Ｘ２は、
（ｉ）結合、または−Ｏ−、−ＮＨ−、または−Ｎ（（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル）−、
（ｉｉ）（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン、−（Ｏ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｐ−、−（（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンＯ）ｑ−、−Ｏ−（（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンＯ）ｑ−、（Ｃ２〜Ｃ１０）アルケニレン、（（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン）−（Ｏ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｐ−、−Ｏ−（（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル）−Ｏ−、または（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン−ＮＨ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン、または（Ｃ２〜Ｃ１０）アルキニレン、（式中、ｐおよびｑは、各々独立して１、２、または３である）、
（ｉｉｉ）フェニレン、ナプチレン、フルオレニレン、９Ｈ−フルオレン−９−オニレン、９，１０−ジヒドロアントラセニレン、アントラセン−９，１０−ジオニレン、部分または完全飽和（Ｃ３〜Ｃ８）シクロアルキレン、各々独立してＯ、Ｓ、またはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜７員ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜１０員ヘテロアリーレン（ここで、前記フェニレンは、任意選択で（Ｃ５〜Ｃ６）シクロアルキルに縮合している）、
（ｉｖ）（フェニレン）−Ｇ−（フェニレン）、または−Ｏ−（フェニレン）−Ｇ−（フェニレン）−Ｏ−（式中、Ｇは、結合、Ｏ、Ｓ、−ＮＨ−、−Ｎ＝Ｎ−、−Ｓ＝Ｓ−、−ＳＯ２−、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン、（Ｃ２〜Ｃ６）アルケニレン、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロアリール、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員部分または完全飽和ヘテロシクレンであり、ここで、前記フェニレンは、任意選択でフェニルに縮合している）、
（ｖ）（（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｒ−Ｚ１−（（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｓ、（（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニレン）ｒ−Ｚ１−（（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニレン）ｓ、または−（Ｏ（Ｃ１〜Ｃ３）アルキレン）ｕ−Ｚ２−（（Ｃ１〜Ｃ３）アルキレンＯ）ｖ−、（式中、ｒ、ｓ、ｕ、およびｖは、各々独立して０、１、または２であり；Ｚ１およびＺ２は、−Ｏ−、−Ｎ＝Ｎ−、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキレン、フェニレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員部分または完全飽和ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロアリーレン（ここで、前記ヘテロアリーレンおよび前記ヘテロシクレンは、任意選択で、フェニル、フェニレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員部分または完全飽和ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロアリーレンに縮合している）、または
（ｖｉ）（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキレンまたは−ＮＨ−（（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキレン）−ＮＨ−（ここで、前記アルキレンは、アルキレン鎖中に点在する１〜６個の酸素原子、および任意選択で、アルキレン鎖中に点在する１〜２個のフェニレン基を含む）であり；
ここで、Ｘ１およびＸ２の前記（ｉｉ）群の部分は、１つまたは複数のフルオロ原子、またはハロ、オキソ、アミノ、フェニル、ナフチル、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル、または各々独立してＯ、ＮまたはＳから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロ環から各々独立して選択される１〜２個の置換基によって各々独立して置換されており、ここで、前記フェニル、前記シクロアルキル、および前記ヘテロ環は、各々独立してハロ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、またはトリフルオロメチルから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており、
ここで、Ｘ１およびＸ２の前記（ｉｉｉ）および（ｉｖ）群の部分は、各々独立して（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシ、ハロ、アミノ、−ＯＨ、ベンジル、または縮合した５〜６員シクロアルキルから選択される１〜４個のｓｕｂｓｔｉｔｕｔｅｎｔｓによって任意選択で置換されており、ここで、前記（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、前記（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシ、および前記縮合シクロアルキルは、ハロ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており、
ここで、Ｘ１およびＸ２の前記（ｖ）群の部分は、各々独立してハロ、ヒドロキシ、オキソ、アミノ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシ、またはフェニルから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されている
化合物、またはその薬学的に許容できる塩である。
別の例において、ＩＡＰインヒビター化合物は、式Ｍ−Ｌ−Ｍ’の化合物であってもよく、式中、ＭおよびＭ’は、各々独立して式（Ｉ）のモノマー部分であり：
Ｒ１は、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、重水素化メチル、または水素であり；
Ｒ２は、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルまたは水素であり；
Ｒ３は、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルまたは水素であり、または、
Ｒ１またはＲ２は、Ｒ１またはＲ２に結合している窒素と共に、Ｒ３と一緒になって、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、またはピペリジニルを形成し；
Ｒ４は、
（ｉ）（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル、（Ｃ２〜Ｃ１０）アルケニル、（Ｃ２〜Ｃ１０）アルキニル、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル、フェニル、各々独立してＯ、ＮまたはＳから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む３〜７員ヘテロ環、または各々独立してＯ、ＮまたはＳから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜９員ヘテロアリールであるか、または
（ｉｉ）Ｒ４ａ−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン（式中、Ｒ４ａは、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル、フェニル、各々独立してＯ、ＮまたはＳから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む３〜７員ヘテロ環、または各々独立してＯ、ＮまたはＳから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜９員ヘテロアリールである）であり、
ここで、前記Ｒ４および前記Ｒ４ａは、ハロ、ヒドロキシル、−ＳＨ、−ＣＯ２Ｈ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、ハロ−置換（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル−Ｓ−、−ＳＯ２、−ＮＨ２または−ＮＯ２から選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており、ここで、前記のシクロアルキル部分および前記のヘテロ環部分の環員の１つは、任意選択でオキソまたはチオンと置き換えられ；
Ａ、Ｂ、およびＤは、ＣＲ５であり、Ｅは、Ｎであり、
Ａ、ＢおよびＥは、ＣＲ５であり、Ｄは、Ｎであり、
Ａ、ＤおよびＥは、ＣＲ５であり、Ｂは、Ｎであり、
Ｂ、ＤおよびＥは、ＣＲ５であり、Ａは、Ｎであり、
ＡおよびＢは、両方ともＮであり、ＤおよびＥは、両方ともＣＲ５であり、
ＡおよびＥは、両方ともＮであり、ＢおよびＤは、両方ともＣＲ５であるか、または
ＢおよびＥは、両方ともＮであり、ＡおよびＤは、両方ともＣＲ５であり（式中、Ｒ５は、各々独立してＨ、Ｆ、−ＣＨ３または−ＣＦ３から選択される）；
Ｖは、式（１ａ）、（１ｂ）、（１ｃ）、（１ｄ）、（１ｅ）、（１ｆ）、（１ｇ）、（１ｈ）、（１ｉ）、（１ｊ）、または（１ｋ）から選択される部分であり：
Ｒ６ａおよびＲ６ｂは、各々独立してＨ、（Ｃ１〜Ｃ３）アルキル、Ｃｌ、またはＣＮであり、ここで、Ｒ６ａおよびＲ６ｂの少なくとも１つは、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ３）アルキルである）；
Ｗは、結合または（Ｃ１〜Ｃ４）アルキレンであり；
Ｒ７は、各々独立して、ハロ、−ＣＨ３、−ＣＦ３、−ＣＮまたは−ＯＣＨ３であり；
ｐは、式（１ａ）または（１ｅ）について０、１、２、３または４であり、
ｐは、式（１ｂ）、（１ｃ）、（１ｄ）、（１ｆ）、（１ｉ）または（１ｊ）について０、１、２または３であり、
ｐは、式（１ｇ）または（１ｈ）について０、１または２であり；
Ｌは、−ＮＲ８−Ｘ１−ＮＲ８−であり、式中、各Ｒ８は、独立して、Ｈ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、またはハロ−置換（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルから選択され、Ｘ１は、
（ｉ）結合、
（ｉｉ）（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン、（Ｃ２〜Ｃ１０）アルケニレン、（Ｃ２〜Ｃ１０）アルキニレン、（（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン）−（Ｏ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｑ−、または（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレン−ＮＨ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン（式中、ｑは、０、１または２である）、
（ｉｉｉ）フェニレン、ナプチレン、フルオレニレン、９Ｈ−フルオレン−９−オニレン、９，１０−ジヒドロアントラセニレン、アントラセン−９，１０−ジオニレン、部分または完全飽和（Ｃ３〜Ｃ８）シクロアルキレン、各々独立してＯ、Ｓ、またはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜７員ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜１０員ヘテロアリーレン（ここで、前記フェニレンは、任意選択で（Ｃ５〜Ｃ６）シクロアルキルに縮合している）、
（ｉｖ）（フェニレン）−Ｇ−（フェニレン）（式中、Ｇは、結合、Ｏ、Ｓ、−ＮＨ−、−Ｎ＝Ｎ−、−Ｓ＝Ｓ−、−ＳＯ２−、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン、（Ｃ２〜Ｃ６）アルケニレン、（Ｃ２〜Ｃ１０）アルキニレン、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロアリール、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員部分または完全飽和ヘテロシクレンであり、ここで、前記フェニレンは、任意選択でフェニルに縮合している）、
（ｖ）（（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｒ−Ｚ１−（（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン）ｓ、または（（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニレン）ｒ−Ｚ１−（（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニレン）ｓ（式中、ｒおよびｓは、各々独立して０、１、または２であり；Ｚ１は、−Ｏ−、−Ｎ＝Ｎ−、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキレン、フェニレン、ビスフェニレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員部分または完全飽和ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロアリーレンであり、ここで、前記ヘテロアリーレンおよび前記ヘテロシクレンは、フェニル、フェニレン、各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員部分または完全飽和ヘテロシクレン、または各々独立してＯ、ＳまたはＮから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロアリーレンに任意選択で縮合している）、または
（ｖｉ）（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキレンまたは−ＮＨ−（（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキレン）−ＮＨ−（ここで、前記アルキレンは、アルキレン鎖中に点在する１〜６個の酸素原子、および任意選択で、アルキレン鎖中に点在する１〜２個のフェニレン基を含む）であるか；
または、Ｘ１は、任意選択で、Ｒ８基が結合した窒素と共にＲ８基の１つまたは両方と一緒になって、４〜１４員ヘテロシクレン、（４〜６員ヘテロシクリル）−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレン−（４〜６員ヘテロシクリル）、またはビス−（４〜６員ヘテロシクレンを形成し、ここで、前記ヘテロシクレンおよび前記ヘテロシクリル部分は、任意選択でＯ、ＳおよびＮから選択される１〜３個のさらなるヘテロ原子を含み、Ｘ１およびＲ８は、オキソまたは各々独立してヒドロキシルまたは（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており；
ここで、Ｘ１の前記（ｉｉ）群の部分は、１つまたは複数のフルオロ原子、またはハロ、オキソ、アミノ、フェニル、ナフチル、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル、または各々独立してＯ、ＮまたはＳから選択される１〜３個のヘテロ原子を含む５〜６員ヘテロ環から各々独立して選択される１〜２個の置換基によって各々独立して置換されており、ここで、前記フェニル、前記シクロアルキル、および前記ヘテロ環は、各々独立してハロ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、またはトリフルオロメチルから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており、
ここで、Ｘ１の前記（ｉｉｉ）および（ｉｖ）群の部分は、各々独立して（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシ、ハロ、アミノ、−ＯＨ、ベンジル、または縮合の５〜６員シクロアルキルから選択される１〜４個のｓｕｂｓｔｉｔｕｔｅｎｔｓによって任意選択で置換されており、ここで、前記（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、前記（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシ、および前記縮合シクロアルキルは、ハロ、または（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されており、
ここで、Ｘ１の前記（ｖ）群の部分は、各々独立してハロ、ヒドロキシ、オキソ、アミノ、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ４）アルコキシ、またはフェニルから選択される１〜３個の置換基によって任意選択で置換されている
化合物、またはその薬学的に許容できる塩である。
なお別の例において、ＩＡＰインヒビター化合物は、式（ＩＶ）の化合物を含み得る：
Ｒ１およびＲ３は、各々独立してメチルまたはエチルであり；
Ｒ２は、Ｈ、メチル、エチル、クロロメチル、ジクロロメチルまたはトリフルオロメチルであり；
Ｒ４は、Ｃ１〜Ｃ４アルキルまたはＣ３〜Ｃ７シクロアルキルであり；
Ｒ５は、Ｈであり；
Ｕは、式（Ｖ）の構造であり：
（ａ）Ｘは、Ｎであり；
Ｒ６、Ｒ６’、Ｒ７およびＲ７’は、Ｈであり；
ＲａおよびＲｂは、独立して、Ｏ、Ｓ、またはＮの原子、またはＣ０〜８アルキルであり、ここで、アルキル鎖中の炭素原子のうちの１つまたは複数は、Ｏ、ＳまたはＮから選択されるヘテロ原子によって置き換えられてもよく、ここで、アルキルは、非置換または置換であり；
ｎは、０であり；
Ｒｃは、Ｈであり；
Ｒｄは、Ａｒ１−Ｄ−Ａｒ２であり、式中、Ａｒ１およびＡｒ２は、各々独立して置換または非置換のフェニルまたはｈｅｔであり、Ｄは、ハロによって任意選択で置換されたＣ１アルキルであり、ここで、Ａｒ１のフェニルまたはｈｅｔは、（Ｒｂ）ｎおよびＤの両方に結合しており、Ａｒ２のフェニルまたはｈｅｔは、ＤおよびＲ５の両方に結合しているか；
（ｂ）Ｘは、Ｎであり；
Ｒ６、Ｒ’６、Ｒ７、およびＲ’７は、Ｈであるか；または
Ｒ６は、−Ｃ（Ｏ）−Ｃ１〜Ｃ４アルキル−フェニルおよびＲ’６、Ｒ７であり、Ｒ’７は、Ｈであり；
ＲａおよびＲｂは、独立して、Ｏ、Ｓ、またはＮ原子、またはアルキル鎖中の炭素原子のうちの１つまたは複数がＯ、ＳまたはＮから選択されるヘテロ原子によって置き換えられていてもよいＣ０〜８アルキルであり、ここで、アルキルは、非置換であるかまたは置換であり；
ｎは、０であり；
Ｒｃは、Ｈであり；
Ｒｄは、Ａｒ１−Ｄ−Ａｒ２である（式中、Ａｒ１およびＡｒ２は、各々独立して置換または非置換のフェニルまたはｈｅｔであり、Ｄは、Ｎ（Ｒｈ）であり、式中、Ｒｈは、Ｈ、Ｍｅ、−ＣＨＯ、−ＳＯ２、−Ｃ（Ｏ）、−ＣＨＯＨ、−ＣＦ３または−ＳＯ２ＣＨ３であり、ここで、Ａｒ１のフェニルまたはｈｅｔは、（Ｒｂ）ｎおよびＤの両方に結合しており、Ａｒ２のフェニルまたはｈｅｔは、ＤおよびＲ５の両方に結合している）か；
（ｃ）Ｘは、Ｎであり；
Ｒ６、Ｒ’６、Ｒ７、およびＲ’７は、Ｈであり；
ＲａおよびＲｂは、独立して、Ｏ、Ｓ、またはＮ原子、またはアルキル鎖中の炭素原子のうちの１つまたは複数がＯ、ＳまたはＮから選択されるヘテロ原子によって置き換えられていてもよいＣ０〜８アルキルであり、ここで、アルキルは、非置換または置換であり；
ｎは、０であり；
Ｒｃは、Ｈであり；
Ｒｄは、Ａｒ１−Ｄ−Ａｒ２であり、式中、Ａｒ１およびＡｒ２は、各々独立して、置換または非置換のフェニルまたはｈｅｔであり、Ｄは−Ｏ−であり、ここで、Ａｒ１のフェニルまたはｈｅｔは、（Ｒｂ）ｎおよびＤの両方に結合しており、Ａｒ２のフェニルまたはｈｅｔは、ＤおよびＲ５の両方に結合しているか；または
（ｄ）Ｘは、Ｎであり；
Ｒ６、Ｒ’６、Ｒ７、およびＲ’７は、Ｈであり；
ＲａおよびＲｂは、独立して、Ｏ、Ｓ、またはＮ原子、またはアルキル鎖中の炭素原子のうちの１つまたは複数がＯ、ＳまたはＮから選択されるヘテロ原子によって置き換わってもよいＣ０〜８アルキルであり、ここで、アルキルは、非置換または置換であり；
ｎは、０であり；
Ｒｃは、Ｈであり；
Ｒｄは、Ａｒ１−Ｄ−Ａｒ２であり、式中、Ａｒ１およびＡｒ２は、各々独立して置換または非置換のフェニルまたはｈｅｔであり、Ｄは、Ｓ、Ｓ（Ｏ）、またはＳ（Ｏ）２であり、ここで、Ａｒ１のフェニルまたはｈｅｔは、（Ｒｂ）ｎおよびＤの両方に結合しており、Ａｒ２のフェニルまたはｈｅｔは、ＤおよびＲ５の両方に結合しているか；
（ｅ）Ｘは、Ｎであり；
Ｒ６、Ｒ’６、Ｒ７、およびＲ’７は、Ｈであり；
ＲａおよびＲｂは、独立して、Ｏ、Ｓ、またはＮ原子、またはアルキル鎖中の炭素原子のうちの１つまたは複数が、Ｏ、ＳまたはＮから選択されるヘテロ原子によって置き換わっていてもよいＣ０〜８アルキルであって、式中、アルキルは、非置換または置換であり；
ｎは、０であり；
Ｒｃは、Ｈであり；
Ｒｄは、Ａｒ１−Ｄ−Ａｒ２であり；
Ａｒ１およびＡｒ２は、各々独立して、置換または非置換のフェニルまたはｈｅｔであり、Ｄは、Ｃ（Ｏ）であり、ここで、Ａｒ１のフェニルまたはｈｅｔは、（Ｒｂ）ｎおよびＤの両方に結合しており、Ａｒ２のフェニルまたはｈｅｔは、ＤおよびＲ５の両方に結合している
化合物、またはその薬学的に許容できる塩である。
化合物の特定の例としては、以下が挙げられる：
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（３，３’−（エタン−１，２−ジイルビス（オキシ））ビス（プロパン−３，１−ジイル））ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（メチルアミノ）−プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（１，４−フェニレンビス−（メチレン））ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（メチルアミノ）−プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（プロパン−１，３−ジイル）ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（メチルアミノ）プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（（１Ｓ，２Ｓ）−シクロヘキサン−１，２−ジイル）ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（メチルアミノ）プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；および
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（３，３’−（エタン−１，２−ジイルビス（オキシ））ビス（プロパン−３，１−ジイル））ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（トリジュウテロメチルアミノ）プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；
ビフェニル−４，４’−ジカルボン酸ビス−｛［（Ｓ）−６−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−５−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−６−オキソ−ヘキシル］−アミド｝；
デカン二酸ビス−｛［（Ｓ）−６−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−５−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−６−オキソ−ヘキシル］−アミド｝；
デカン二酸ビス−（｛４−［（Ｓ）−３−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−３−オキソ−プロピル］−フェニル｝−アミド）；
ノナン二酸ビス−｛［（Ｓ）−６−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−５−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−６−オキソ−ヘキシル］−アミド｝；
ヘプタン二酸ビス−（｛４−［（Ｓ）−３−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−３−オキソ−プロピル］−フェニル｝−アミド）；および
ノナン二酸ビス−（｛４−［（Ｓ）−３−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−３−オキソ−プロピル］−フェニル｝−アミド）；
（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオン
またはその薬学的に許容できる塩。
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（３，３’−（エタン−１，２−ジイルビス（オキシ））ビス（プロパン−３，１−ジイル））ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（メチルアミノ）−プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（１，４−フェニレンビス−（メチレン））ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（メチルアミノ）−プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（プロパン−１，３−ジイル）ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（メチルアミノ）プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（（１Ｓ，２Ｓ）−シクロヘキサン−１，２−ジイル）ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（メチルアミノ）プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；および
（Ｓ，Ｓ，Ｓ）−Ｎ，Ｎ’−（３，３’−（エタン−１，２−ジイルビス（オキシ））ビス（プロパン−３，１−ジイル））ビス（１−（５−（（Ｓ）−１−（（Ｓ）−３−メチル−２−（（Ｓ）−２−（トリジュウテロメチルアミノ）プロパンアミド）ブタノイル）ピロリジン−２−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド）；
ビフェニル−４，４’−ジカルボン酸ビス−｛［（Ｓ）−６−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−５−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−６−オキソ−ヘキシル］−アミド｝；
デカン二酸ビス−｛［（Ｓ）−６−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−５−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−６−オキソ−ヘキシル］−アミド｝；
デカン二酸ビス−（｛４−［（Ｓ）−３−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−３−オキソ−プロピル］−フェニル｝−アミド）；
ノナン二酸ビス−｛［（Ｓ）−６−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−５−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−６−オキソ−ヘキシル］−アミド｝；
ヘプタン二酸ビス−（｛４−［（Ｓ）−３−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−３−オキソ−プロピル］−フェニル｝−アミド）；および
ノナン二酸ビス−（｛４−［（Ｓ）−３−｛（Ｓ）−２−［５−（４−フルオロ−ベンゾイル）−ピリジン−３−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−（（Ｓ）−２−メチルアミノ−プロピオニルアミノ）−３−オキソ−プロピル］−フェニル｝−アミド）；
（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオン
またはその薬学的に許容できる塩。
他のＩＡＰインヒビターの例としては、２００５年１０月２０日に公開されたＷＯ０５／０９７７９１において開示された化合物が挙げられ、この開示は、本明細書によって、本出願中に参照によって組み込まれる。式（Ｉ）の範囲内の好ましい化合物は、Ｎ−［１−シクロヘキシル−２−オキソ−２−（６−フェネチル−オクタヒドロ−ピロロ［２，３−ｃ］ピリジン−１−イル−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドであり、本明細書中以後化合物ＩＩとする。
他のＩＡＰインヒビターの例としては、関連のＷＯ２００８１３４６７９およびＵＳ２００６００１４７００において開示されるものが挙げられる。１つの例において、化合物は、ＧＤＣ−０１５２である。
さらなるＩＡＰインヒビターとしては、ＷＯ０４／００５２８４、ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０１３９８４、ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０２１８５０に開示される化合物が挙げられ、これらの全ては、本明細書によって、本出願中に参照によって組み込まれる。
本開示における使用のための他のＩＡＰインヒビター化合物としては、ＷＯ０６／０６９０６３、ＷＯ０５／０６９８８８、ＵＳ２００６／００１４７００、ＷＯ０４／００７５２９、ＵＳ２００６／００２５３４７、ＷＯ０６／０１０１１８、ＷＯ０５／０６９８９４、ＷＯ０６／０１７２９５、ＷＯ０４／００７５２９、ＷＯ０５／０９４８１８において開示されるものが挙げられる。
それぞれの場合において、本出願の引用が上に挙げられた場合、この化合物に関連する主題は、本明細書によって、本出願中に参照によって組み込まれる。同様に、上で開示された化合物のその薬学的に許容できる塩、対応するラセミ体、ジアステレオマー、エナンチオマー、互変異性体ならびに、存在する場合、その中に開示される対応する結晶変態、例えば、溶媒和物、水和物および多型が含まれる。開示の組み合わせにおいて活性成分として使用される化合物は、それぞれ引用された文献中に記載されるように、調製し、投与することができる。上で提示された２つより多くの別個の活性成分の組み合わせもまた、本開示の範囲内であり、すなわち、本開示の範囲内の薬学的組み合わせは、３つ以上の活性成分を含み得る。
試料の調製
増殖性疾患を有する個体から採取した細胞の任意の適切な試験試料を使用できる。一般に、細胞の試験試料または組織試料は、がんを有する対象から生検または外科的切除術によって得られる。細胞、組織または体液の試料は、ニードル吸引生検によって取り出してもよい。このために、シリンジに取り付けられた微細な針を皮膚を通して目的の組織内に挿入する。この針は、代表的には、超音波またはコンピュータ断層撮影法（ＣＴ）画像化を用いて、目的の領域に導く。針が組織内に挿入されると、シリンジによって真空が作り出されることにより、細胞または体液がニードルを通じて吸引され、シリンジ内に回収できる。細胞または組織の試料はまた、切開生検またはコア生検によって取り出してもよい。このために、円錐形、円筒形、またはわずかな組織を目的の領域から取り出す。この種の生検を導くために、ＣＴ画像化、超音波、または内視鏡が一般に使用される。より詳細には、がん性病変全体を摘出生検または外科的切除によって取り出してもよい。本発明において、試験試料は、代表的に、外科的切除の一部として取り出された細胞の試料である。
増殖性疾患を有する個体から採取した細胞の任意の適切な試験試料を使用できる。一般に、細胞の試験試料または組織試料は、がんを有する対象から生検または外科的切除術によって得られる。細胞、組織または体液の試料は、ニードル吸引生検によって取り出してもよい。このために、シリンジに取り付けられた微細な針を皮膚を通して目的の組織内に挿入する。この針は、代表的には、超音波またはコンピュータ断層撮影法（ＣＴ）画像化を用いて、目的の領域に導く。針が組織内に挿入されると、シリンジによって真空が作り出されることにより、細胞または体液がニードルを通じて吸引され、シリンジ内に回収できる。細胞または組織の試料はまた、切開生検またはコア生検によって取り出してもよい。このために、円錐形、円筒形、またはわずかな組織を目的の領域から取り出す。この種の生検を導くために、ＣＴ画像化、超音波、または内視鏡が一般に使用される。より詳細には、がん性病変全体を摘出生検または外科的切除によって取り出してもよい。本発明において、試験試料は、代表的に、外科的切除の一部として取り出された細胞の試料である。
例えば、組織の試験試料は、後の使用のために、例えば、ＲＮＡｌａｔｅｒ（Ａｍｂｉｏｎ；Ａｕｓｔｉｎ Ｔｅｘ．）中に保存しても、または瞬間凍結して−８０℃で保存してもよい。生検組織試料はまた、固定液、例えばホルムアルデヒド、パラホルムアルデヒドまたは酢酸／エタノールによって固定してもよい。固定された組織試料は、蝋（パラフィン）またはプラスチック樹脂内に包埋してもよい。包埋された組織試料（または凍結組織試料）は、薄い切片に切断してもよい。また、固定されたまたは蝋に包埋された組織試料または凍結組織試料から、ＲＮＡまたはタンパク質も抽出できる。細胞の試料または組織の試料は、がんを有する対象から取り出されると、当該分野で周知の技術および以下に記載される通りの技術を用いたＲＮＡまたはタンパク質の単離のために、処理されてもよい。
がんを有する患者から採取した生検からのＲＮＡの抽出の例としては、例えば、グアニジンチオシアネート溶解した後、ＣｓＣｌ遠心分離することが（Chirgwinら、Biochemistry 18：5294-5299、1979）が挙げられ得る。単一細胞由来のＲＮＡは、単一細胞由来のｃＤＮＡライブラリーを調製するための方法（例えば、Dulac, Curr. Top. Dev. Biol. 36：245、1998；Jenaら、J. Immunol. Methods 190:199、1996を参照されたい）に記載される通りに得ることができる。１つの実施形態において、ＲＮＡ集団は、表１に詳述する通り、目的の配列について富化し得る。富化は、例えば、ランダムヘキサマーおよびプライマー特異的ｃＤＮＡ合成、またはｃＤＮＡ合成およびテンプレート指向型インビトロ転写に基づく多数回の直線的増幅（例えば、Wangら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86：9717、1989；Dulacら、前出；Jenaら、前出を参照されたい）によって達成できる。試料からＲＮＡを単離する他の方法は、当該分野で公知であり、Ｔｒｉｚｏｌ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、グアニジニウムチオシアネート−フェノール−クロロホルム抽出、ＰｕｒｅＬｉｎｋ Ｍｉｃｒｏ−ｔｏ−Ｍｉｄｉ Ｔｏｔａｌ ＲＮＡ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ＲＮｅａｓｙ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）、Ｏｌｉｇｏｔｅｘ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）、ＰｕｒｅＹｉｅｌｄ（商標）ＲＮＡ Ｍｉｄｉｐｒｅｐ（Ｐｒｏｍｅｇａ）、ＰｏｌｙＡＴｔｒａｃｔ Ｓｙｓｔｅｍ １０００（Ｐｒｏｍｅｇａ）、Ｍａｘｗｅｌｌ（Ｒ）１６ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｐｒｏｍｅｇａ）、ＳＶ Ｔｏｔａｌ ＲＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ（Ｐｒｏｍｅｇａ）、ＴｏＴＡＬＬＹ ＲＮＡ（商標）Ｋｉｔ（Ａｍｂｉｏｎ）、Ｐｏｉｙ（Ａ）Ｐｕｒｉｓｔ（商標）Ｋｉｔ（Ａｍｂｉｏｎ）および任意の他の方法が挙げられる。ＲＮＡ試料を抽出および分析するための方法は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ、Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（SambrookおよびRussell（編）、第３版（2001）、Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、New York、USA）中に開示されている。
ｍＲＮＡ発現プロフィールは、新鮮な組織、凍結組織、ホルマリンまたは他の固定液中で処理した組織（ＦＦＰＥ）などの対象から採取された生検において実施し得る。詳細には、試料がＦＦＰＥ試料である場合、ＲＮＡは、Ｑｉａｇｅｎ ＲＮｅａｓｙ ＦＦＰＥ ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いてＦＦＰＥ切片から抽出され、そしてランダムヘキサマーおよびＡＢＩ’ｓ Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ ａｒｃｈｉｖｅ ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を用いてｃＤＮＡへ逆転写される。
腫瘍またはがんを有する対象は、一般的に、哺乳動物対象、例えば類人猿である。例示的な実施形態において、対象はヒトである。本明細書中で使用される場合、患者および対象の用語は、同義である。
任意のがんまたは腫瘍を、本発明の方法に従ってスクリーニングし得る。これらとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：結腸がん、肺がん、膵臓がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、前立腺がん、および肝細胞癌、基底細胞癌、乳がん、骨肉腫、軟組織肉腫、慢性骨髄性白血病、急性骨髄性白血病、血液がん、髄芽細胞腫、横紋筋肉腫、神経芽細胞腫、膵臓がん、卵巣がん、髄膜腫、神経膠芽細胞腫、星状細胞腫、黒色腫、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、胆管がん、前立腺がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、グリア細胞がん、多発性骨髄腫、結腸がん、神経外胚葉性腫瘍、神経内分泌腫瘍、肥満細胞腫およびゴーリン症候群、神経膠腫、結腸直腸がん、ＧＩＳＴ、胃−食道がん、骨髄増殖性異常増殖ならびに急性白血病。
バイオマーカーの発現の検出
１つの例において、本方法は、ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１のうち３つ以上の遺伝子の、目的の試料中での発現を決定することを含む。具体的には、本発明は、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１ならびに以下のバイオマーカー：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４のうちの１つまたは複数の、目的の試料中での発現のレベルを決定することを含む。別の例において、本発明は、ＳＴＫ３９およびＣＣＬ５の発現のレベルを決定することを含む。なお別の例において、本発明は、ＳＴＫ３９の発現のレベルを決定することを含む。目的の遺伝子配列は、特異的にこの遺伝子を検出するために使用し得る薬剤、例えば、この遺伝子から転写されたＲＮＡまたはこの遺伝子にコードされたポリペプチドを使用して、検出し得る。
１つの例において、本方法は、ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１のうち３つ以上の遺伝子の、目的の試料中での発現を決定することを含む。具体的には、本発明は、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１ならびに以下のバイオマーカー：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４のうちの１つまたは複数の、目的の試料中での発現のレベルを決定することを含む。別の例において、本発明は、ＳＴＫ３９およびＣＣＬ５の発現のレベルを決定することを含む。なお別の例において、本発明は、ＳＴＫ３９の発現のレベルを決定することを含む。目的の遺伝子配列は、特異的にこの遺伝子を検出するために使用し得る薬剤、例えば、この遺伝子から転写されたＲＮＡまたはこの遺伝子にコードされたポリペプチドを使用して、検出し得る。
１つの実施形態において、本方法は、ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１の核酸配列のコード配列の一部に対し相補的であるヌクレオチド配列、例えば、少なくとも１０、１５、２５または４０ヌクレオチド、および最大でコード配列の全てまたはほぼ全てを含む核酸プローブを提供すること；がん性細胞を有する哺乳動物由来の組織試料を得ること；前記核酸プローブを、がんを有する患者から採取した生検から得られたＲＮＡと、（例えば、ノーザンブロット、インサイチューハイブリダイゼーションアッセイ、ＰＣＲなどにおいて）ストリンジェントな条件下で接触させること；ならびに、このプローブとＲＮＡとのハイブリダイゼーションの量を決定することを含む。核酸は、ＲＮＡの富化および／または増幅の間またはその後に標識し得る。
バイオマーカー：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１は、アレルバリアントおよび他のファミリーメンバーを含む、天然に存在する配列をも含むことが企図される。本発明のバイオマーカーはまた、コードの縮重から得られた列挙する配列、ならびにまた、本発明の遺伝子に十分に相同である配列、および本発明の遺伝子に対しストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列に、相補的である配列をも含む。
ハイブリダイゼーションのための条件は、当業者に公知であり、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley and Sons、N.Y. (1989)、6.3.1-6.3.6において見出し得る。非常にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の、好ましい非限定の例は、６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中で約４５℃での遠心分離、続く、０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中で、５０〜６５℃での遠心分離による１回または複数回の洗浄である。「十分に相同である」により、第２のアミノ酸配列またはヌクレオチド配列に対し、十分な数または最小限の数の同一または等価である（例えば、類似の側鎖を有するアミノ酸残基）アミノ酸残基またはヌクレオチドを含む、バイオマーカーのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を意味し、これにより、第１および第２のアミノ酸配列またはヌクレオチド配列は、共通の構造ドメインまたはモチーフ、および／または共通の機能活性を共有する。例えば、このドメインのアミノ酸配列にわたって、共通の構造ドメインを共有するアミノ酸配列またはヌクレオチド配列が、少なくとも約５０％の相同性、少なくとも約６０％の相同性、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、および少なくとも約９０〜９５％の相同性を有し、本明細書中で十分に相同であると規定される。さらに、少なくとも約５０％の相同性、少なくとも約６０〜７０％の相同性、少なくとも約７０〜８０％、少なくとも約８０〜９０％、および少なくとも約９０〜９５％の相同性を有し、共通の機能活性を共有する、アミノ酸配列またはヌクレオチド配列が、本明細書中で、十分に相同であると規定される。
配列の比較および２つの配列間の相同性百分率の決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成し得る。配列の比較のために利用される数学的アルゴリズムの好ましい非限定の例は、KarlinおよびAltschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87：2264-68のアルゴリズムであり、KarlinおよびAltschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90：5873-77において改変されている。このようなアルゴリズムは、Altschulら(1990) J. MoI. Biol. 215：403-10のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（ｖｅｒｓｉｏｎ２．０）に組み込まれている。ＢＬＡＳＴヌクレオチドサーチは、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２によって実施でき、本発明のＴＲＬ核酸分子に相同なヌクレオチド配列を得ることができる。ＢＬＡＳＴタンパク質サーチは、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３によって実施でき、表１に列挙された遺伝子／オリゴヌクレオチドによってコードされるタンパク質配列に相同なアミノ酸配列を得ることができる。比較目的のためのギャップアラインメントを得るために、Altschulら(1997) Nucleic Acids Research 25(17)：3389-3402に記載されるように、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを利用し得る。ＢＬＡＳＴプログラムおよびＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用した場合、各プログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを使用し得る。ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照されたい。配列の比較のために利用される数学的アルゴリズムの別の好ましい非限定の例は、MyersおよびMiller、CABIOS (1989)のＡＬＩＧＮアルゴリズムである。アミノ酸配列を比較するためのＡＬＩＧＮプログラムを利用する場合、ＰＡＭｌ ２０重量残基表、１２のギャップ長ペナルティ、および４のギャップペナルティを使用し得る。
本発明は、がんを罹患する対象から採取された腫瘍生検中でのＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１の３つ以上の遺伝子の発現を測定することを含む。この発現レベルは、ＩＡＰインヒビターに応答性である可能性が高い腫瘍を有する患者を可能性が低い患者と識別するために使用し得るスコアを作成するために、分析し、使用し得る。
１つの実施形態において、本発明の方法は、表１に列挙されたＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１のうちの任意の３つを測定することを含む。別の実施形態において、本発明の方法は、少なくとも少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、または少なくとも８つまたは少なくとも９つの本明細書中で記載されたバイオマーカーを測定することを含む。
本発明のバイオマーカーはまた、その発現のレベルまたは遺伝子産物が予測可能なバイオマーカーとして表１において同定された遺伝子の任意の組み合わせを含む。これらの遺伝子配列を含む本発明のバイオマーカーは当該分野で公知である。
本発明の方法において、表１に記載の３つ以上の遺伝子の発現のレベルを測定し、分析し、対照と比較する。比較のための対照は、当業者によって決定し得る。１つの例において、この対照は、カットオフ値として作用する値の選択によって決定される。例えば、この値は、例えば、表１に記載される３つ以上の遺伝子において増大を有する試験試料と記載される３つ以上の遺伝子において増大を示さない試料との間を識別する値であってもよい。別の例において、本発明のバイオマーカーの遺伝子発現プロフィールが、高い発現および低い発現についての閾値が特徴付けられている試料の対照セットの遺伝子発現プロフィールと比較される（例えば、百分位数として）。
本発明の特定の実施形態において、対照を予め決定し、ＩＡＰインヒビターに対して応答性を示し易い腫瘍を有する対象を選択するために使用し得るスコアを作成する。
本発明のバイオマーカーは、当該分野で公知の任意の方法、例えば逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）を用いて測定し得る。この方法は、当該分野で公知であり、上述されている任意の技術を用いて、例えば、商用製造業者、例えばＱｉａｇｅｎ由来の精製キット、緩衝液セットおよびプロテアーゼを用いることによって、ｍＲＮＡを単離することを含む。逆転写ステップは、状況および発現プロファイリングの目的ならびに誘導されるｃＤＮＡに応じて代表的には、特異的プライマー、ランダムヘキサマー、またはオリゴ−ｄＴプライマーを用いて開始され、次いで、その後のＰＣＲ反応のテンプレートとして使用し得る。次いで、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＲＴ−ＰＣＲを例えば、市販の装置を用いて、実施し得る。
次いで、単離されたｍＲＮＡは、当該分野で公知の任意の方法、例えばマイクロアレイ分析、定量的（「リアルタイム」）ＰＣＲ、ノーザンブロッティングおよびヌクレアーゼ保護アッセイを用いて、さらに分析し得る。１つの例において、二重標識蛍光発生プローブを介して蓄積したＰＣＲ産物を測定するリアルタイム定量的ＰＣＲ（例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを使用する）が、使用される。リアルタイムＰＣＲは、各標的配列についての内部競合物質が正規化のために使用される定量的競合ＰＣＲ、および、試料中に含まれる正規化遺伝子またはハウスキーピング遺伝子をＲＴ−ＰＣＲのために用いる定量的比較ＰＣＲ適合する。さらなる詳細については、例えば、Heldら、Genome Research 6：986-994 (1996)を参照されたい。リアルタイムＰＣＲアッセイにおいて、陽性反応は、蛍光シグナルの蓄積によって検出される。Ｃｔ（サイクル閾値）は、閾値を超える（すなわち、バックグラウンドレベルを超える）蛍光シグナルに必要なサイクル数として規定される。Ｃｔレベルは、試料中の標的核酸の量に反比例する（すなわち、Ｃｔレベルが低いほど、試料中の標的核酸の量はより多くなる）。多くのリアルタイムアッセイは、４０サイクルの増幅を受ける。
別の例において、ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１のうちの３つ以上の遺伝子に対応する１つまたは複数のプローブを含むマイクロアレイが、使用される。マイクロアレイの使用は、アレイ表面上に標識標的核酸のハイブリダイゼーションパターンの生成をもたらす。標識核酸の得られたハイブリダイゼーションパターンは、種々の方法で、標的核酸の特定の標識に基づいて選択された特定の検出様式により、可視化または検出し得る。代表的な検出手段としては、シンチレーションカウンティング、オートラジオグラフィー、蛍光測定、熱量測定、発光測定、光散乱などが挙げられる。
別の例において、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｌｏｗ Ｄｅｎｓｉｔｙ Ａｒｒａｙ（ＴＬＤＡ）カードを使用でき、これは、ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９、ＭＡＰＫ１４、ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１のうちの３つ以上に対応する１つまたは複数のプローブを含み得る。この方法は、同時のリアルタイムＰＣＲ反応を実施する微少流体カードを使用する。
１つの例において、検出の方法は、市販のアレイスキャナー（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、ＳａｎｔａＣｌａｒａ、Ｃａｌｉｆ．）、例えば、４１７Ａｒｒａｙｅｒ、４１８Ａｒｒａｙ Ｓｃａｎｎｅｒ、またはＡｇｉｌｅｎｔ ＧｅｎｅＡｒｒａｙ Ｓｃａｎｎｅｒを利用する。このスキャナーは、インターフェースおよび使い易いソフトウェアツールと共にシステムコンピュータから制御される。アウトプットは、種々のソフトウェアアプリケーションに直接インポートし得るか、またはそれによって直接読み取り得る。スキャニングデバイスは、例えば、米国特許第５，１４３，８５４号および第５，４２４，１８６号において記載される。
データ分析
試料分析操作を容易にするために、デバイスからのリーダーによって得られたデータは、デジタルコンピュータを用いて分析し得る。代表的には、コンピュータは、デバイスからのデータの受領および保存、ならびに収集したデータの分析および報告、例えば、バックグラウンドの減算、制御が適切に実施されたかの評価、シグナルの正規化、蛍光データを解釈してハイブリダイズされた標的の量を決定すること、バックグラウンドの正規化などのために、適切にプログラムされる。
試料分析操作を容易にするために、デバイスからのリーダーによって得られたデータは、デジタルコンピュータを用いて分析し得る。代表的には、コンピュータは、デバイスからのデータの受領および保存、ならびに収集したデータの分析および報告、例えば、バックグラウンドの減算、制御が適切に実施されたかの評価、シグナルの正規化、蛍光データを解釈してハイブリダイズされた標的の量を決定すること、バックグラウンドの正規化などのために、適切にプログラムされる。
キット
本発明は、本明細書中で記載されたバイオマーカーの発現レベルを決定するためのキットをさらに提供する。このキットは、ＩＡＰインヒビターによる処置の利益を受ける人を決定するために有用であり得る。このキットは、表１において同定された遺伝子のプローブを含み得、試験試料の遺伝子発現を測定するために使用し得る。１つの実施形態において、このキットは、コンピュータシステムのメモリにロードされ得、測定された発現値をリスクスコアに変換し得る、発現プロフィール分析ソフトウェアを含む、コンピュータ可読媒体を含む。キットは、さらに、核酸対照、緩衝液および使用のための指示書を含み得る。
本発明は、本明細書中で記載されたバイオマーカーの発現レベルを決定するためのキットをさらに提供する。このキットは、ＩＡＰインヒビターによる処置の利益を受ける人を決定するために有用であり得る。このキットは、表１において同定された遺伝子のプローブを含み得、試験試料の遺伝子発現を測定するために使用し得る。１つの実施形態において、このキットは、コンピュータシステムのメモリにロードされ得、測定された発現値をリスクスコアに変換し得る、発現プロフィール分析ソフトウェアを含む、コンピュータ可読媒体を含む。キットは、さらに、核酸対照、緩衝液および使用のための指示書を含み得る。
投与
本明細書中で記載されたＩＡＰインヒビターは、任意の通常許容できる当該分野で公知の様式を介して、本明細書で開示されたバイオマーカーに基づいてＩＡＰインヒビターにより応答し易いことが決定されている個体に基づき、単独で、または１つまたは複数の治療剤と組み合わせて、治療有効量で選択的に投与し得る。治療有用量は、対象の疾患の重症度、年齢および相対的な健康状態、使用される化合物の効力および他の要因に基づいて、広範に変動し得る。
本明細書中で記載されたＩＡＰインヒビターは、任意の通常許容できる当該分野で公知の様式を介して、本明細書で開示されたバイオマーカーに基づいてＩＡＰインヒビターにより応答し易いことが決定されている個体に基づき、単独で、または１つまたは複数の治療剤と組み合わせて、治療有効量で選択的に投与し得る。治療有用量は、対象の疾患の重症度、年齢および相対的な健康状態、使用される化合物の効力および他の要因に基づいて、広範に変動し得る。
当業者は、本発明の実施において使用し得る、本明細書中で記載されたものと類似または均等な多くの方法および材料を認識する。実際に、本発明は、記載された方法および材料に何ら限定されない。本発明の目的のために、以下の用語が、下に規定される。
実施例１ ＩＡＰ応答のためのバイオマーカー
ＩＡＰインヒビターに対する応答を予測するためのバイオマーカーを開発するために、薬理学的データを遺伝子データおよびｍＲＮＡ発現データと共に統合する、統計学的な枠組みが用いられた。Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（Barretina JS、Caponigro G、Stransky Nら(2012) Nature；483：603-7）の一部として作成されたゲノムデータを用い、遺伝子コピー数、ｍＲＮＡ発現データおよび突然変異データが、１つの行列に集められた。７２時間の増殖アッセイを用いた５００株を超える腫瘍細胞株のパネルに対して、種々のＩＡＰアンタゴニストの単剤細胞活性を評価した。これらの細胞株は、ＩＣ５０データの分布、および個々の応答の手作業のキュレーションに基づき、感受性（sensitive）、中程度（intermediate）および抵抗性（refractory）のクラスに分類された。ＩＡＰアンタゴニスト感受性細胞株を抵抗性細胞株と識別可能であるゲノム「特徴」を同定するために、統計学的検定を適用した。ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１はとりわけ、異なるｍＲＮＡ発現を示すトップランクの遺伝子であり、この２つの遺伝子は、１つまたはいくつかの細胞株が関与する以前の実験研究に基づき、ＩＡＰアンタゴニストに対するアポトーシス性の応答についての証拠を有する。したがって、限定された実験における以前の観察を大きなデータセットに対して系統的に拡大することができ、そのｍＲＮＡが抵抗性の株と比較して感受性の株において差次的に発現した、さらなる７つの遺伝子のセット（ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４）が同定された。
ＩＡＰインヒビターに対する応答を予測するためのバイオマーカーを開発するために、薬理学的データを遺伝子データおよびｍＲＮＡ発現データと共に統合する、統計学的な枠組みが用いられた。Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（Barretina JS、Caponigro G、Stransky Nら(2012) Nature；483：603-7）の一部として作成されたゲノムデータを用い、遺伝子コピー数、ｍＲＮＡ発現データおよび突然変異データが、１つの行列に集められた。７２時間の増殖アッセイを用いた５００株を超える腫瘍細胞株のパネルに対して、種々のＩＡＰアンタゴニストの単剤細胞活性を評価した。これらの細胞株は、ＩＣ５０データの分布、および個々の応答の手作業のキュレーションに基づき、感受性（sensitive）、中程度（intermediate）および抵抗性（refractory）のクラスに分類された。ＩＡＰアンタゴニスト感受性細胞株を抵抗性細胞株と識別可能であるゲノム「特徴」を同定するために、統計学的検定を適用した。ＴＮＦおよびＲＩＰＫ１はとりわけ、異なるｍＲＮＡ発現を示すトップランクの遺伝子であり、この２つの遺伝子は、１つまたはいくつかの細胞株が関与する以前の実験研究に基づき、ＩＡＰアンタゴニストに対するアポトーシス性の応答についての証拠を有する。したがって、限定された実験における以前の観察を大きなデータセットに対して系統的に拡大することができ、そのｍＲＮＡが抵抗性の株と比較して感受性の株において差次的に発現した、さらなる７つの遺伝子のセット（ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４）が同定された。
９つの遺伝子サインならびに２つの遺伝子ＴＮＦ／ＲＩＰＫ１サインに基づいて、Ｎａｉｖｅ Ｂａｙｅｓ分類子を用いる、予測可能な機械学習モデルが確立された。これらの予測可能モデルは、表２における予測可能パフォーマンス（ＲＯＣ曲線下面積またはＡＵＣ）により示した通り、ＩＡＰアンタゴニストに対する細胞株応答率を有意に増大する。いくつかのモデルカットオフレジームにおいて、これは、出願人らのシリーズにおけるＩＡＰアンタゴニストの１つである（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドに対する応答率において、何らの選択を適用されていないランダムなまたは「あらゆる」（all-comers）細胞株と比較して、２〜３倍の増大と換算される。例えば、各モデルについての感受性と特異性との間の平衡化パフォーマンスを得るために最適化されたモデルカットオフにおいて、サインは、クロス検証において、１６〜１８％の応答率を生じ、これに対して、何ら選択のないランダムにおいては、８％の応答であった。この改善された応答率を、感受性であると予測された、細胞株の化合物にナイーブなセット（表２におけるＡＵＣ）の独立した実験的試験において、さらに評価した。
さらに、（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドを、三種陰性乳がんモデル、ＮＳＣＬＣモデルおよび膵臓がんモデルを代表する５５個の患者由来腫瘍モデルにおいて、単剤の活性について試験した。応答の範囲を、腫瘍退縮から効果なしまでの範囲で観察した。２遺伝子、３遺伝子および９遺伝子のサインが、細胞株データと一致する率で応答について富化し得る（表３）ことが観察された。したがって、このサインについて、独立したインビボの評価を提供した。例えば、感受性と特異性との間の平衡化パフォーマンスを得るために最適化したモデルカットオフにおいて、サインは、約３０％の応答率を生じ、それに対して、ランダムにおいては、１１％の応答率であった。前記の７つの新規な候補遺伝子の中で、ＳＴＫ３９のより低いレベルが、インビボでの（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミド応答と強い相関を示すことが見出された（図１）。異種移植片研究からの結果は、ＴＮＦ、ＲＩＰＫ１およびＳＴＫ３９（「３遺伝子」サイン）が、インビボでの（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミド応答を驚くほど良好に予測することを示した（表３）。
３つのｍＲＮＡのこのセットが、また別のＩＡＰアンタゴニストに対する応答をも予測することを示した。
ＲＴ−ＰＣＲにより原発性ヒト腫瘍異種移植片におけるＴＮＦ、ＲＩＰＫ１、およびＳＴＫ３９のｍＲＮＡを定量する方法（図１〜３）を、以下のように行った。ＲＮＡを、Ｑｉａｇｅｎからの「ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ」（カタログ番号７４１０６）を用いて、マウスにおいて増殖した原発性ヒト腫瘍から抽出した。ｃＤＮＡを、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓからの「Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ」（パート番号４３６８８１３）を用いて合成した。ｃＤＮＡを、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓからの「Ｔａｑｍａｎ Ｐｒｅａｍｐ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（２×）」キット（パート番号４３８４２６６）を用い、５０ｎｇのｃＤＮＡおよび１４サイクルの事前増幅を用いて、事前増幅した。ＴａｑｍａｎリアルタイムＰＣＲを、５μｌの事前増幅したｃＤＮＡにより、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓからのアッセイ：ＴＮＦ ａｓｓａｙ ＩＤ Ｈｓ９９９９９０４３＿ｍ１；ＲＩＰＫ１ ａｓｓａｙ ＩＤ Ｈｓ００３５５３９２＿ｍ１；ＳＴＫ３９ ａｓｓａｙ ＩＤ Ｈｓ００２０２９８９＿ｍ１を用いて、３８４ウェルプレート形式で行った。リアルタイムＰＣＲ結果を、３つの対照遺伝子：Ｂ２Ｍ ａｓｓａｙ ＩＤ Ｈｓ９９９９９９０７＿ｍ１；ＨＵＷＥ１ ａｓｓａｙ ＩＤ Ｈｓ００９４８０７５＿ｍ１；ＵＢＣ ａｓｓａｙ ＩＤ Ｈｓ００８２４７２３＿ｍ１に対して正規化した。
Claims (10)
- 対象から採取した生物学的試料中のＴＮＦおよびＲＩＰＫ１、ならびに以下のバイオマーカー：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４のうちの１つまたは複数のｍＲＮＡ発現のレベルを決定することを含む、がんを有する対象の生物学的試料を分析する方法であって、対照と比較したバイオマーカーの発現のレベルが、対象がアポトーシスタンパク質インヒビター（ＩＡＰ）のインヒビターに対する増大した応答し易さを有するか否かの指標を提供する、方法。
- がんを有する対象を（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドによる処置のために選択する方法であって、対象から採取した生物学的試料中のＴＮＦ、ＲＩＰＫ１およびＳＴＫ３９のｍＲＮＡ発現のレベルを決定し、それにより、（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドに対する増大した応答し易さを予測することを含む、方法。
- がんを有する対象を選択的に処置する方法であって、
対象由来の生物学的試料を、対象から採取した生物学的試料中のＴＮＦおよびＲＩＰＫ１、ならびに以下のバイオマーカー：ＣＸＬＣ１０、ＣＣＬ５、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＥＲＣ５、ＣＤＹＬ、ＳＴＫ３９およびＭＡＰＫ１４のうちの１つまたは複数の発現のレベルについてアッセイすること、および
試料が、対象が（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドに対し増大した応答し易さを有することを示す発現のレベルを有することに基づき、対象に（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドを選択的に投与することを含む、方法。 - がんを有する対象をＩＡＰインヒビターにより選択的に処置する方法であって、
対象がＴＮＦおよびＲＩＰＫ１の増大した発現のレベルならびにＳＴＫ３９の低減した発現のレベルを有する結果として、対象に対し、ＩＡＰインヒビターを投与することを含む、方法。 - がんを有する対象を（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドにより選択的に処置する方法であって、
対象がＴＮＦおよびＲＩＰＫ１の増大した発現のレベルならびにＳＴＫ３９の低減した発現のレベルを有する結果として、対象に対し、（Ｓ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−シクロヘキシル−２−｛（Ｓ）−２−［４−（４−フルオロ−ベンゾイル）−チアゾール−２−イル］−ピロリジン−１−イル｝−２−オキソ−エチル）−２−メチルアミノ−プロピオンアミドインヒビターを投与することを含む、方法。 - アッセイした発現のレベルが、少なくとも４つのバイオマーカーを含む、請求項１または請求項３に記載の方法。
- アッセイした発現のレベルが、少なくとも５つのバイオマーカーを含む、請求項１または請求項３に記載の方法。
- がんが、乳がん、卵巣がんまたは肺がんである、上記請求項のいずれかに記載の方法。
- ｍＲＮＡ発現レベルが、ＲＴ−ＰＣＲを用いて決定される、上記請求項のいずれかに記載の方法。
- 試料中の先行請求項のいずれかに記載のバイオマーカーのｍＲＮＡ発現のレベルを決定するための複数の薬剤および使用のための指示書を含むキット。
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