ES2593046T3 - Biomarcadores para la terapia inhibidora de IAP - Google Patents

Biomarcadores para la terapia inhibidora de IAP Download PDF

Info

Publication number
ES2593046T3
ES2593046T3 ES13721886.3T ES13721886T ES2593046T3 ES 2593046 T3 ES2593046 T3 ES 2593046T3 ES 13721886 T ES13721886 T ES 13721886T ES 2593046 T3 ES2593046 T3 ES 2593046T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
iap
subject
alkyl
cancer
inhibitor
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES13721886.3T
Other languages
English (en)
Inventor
John Scott CAMERON
Caroline Emery
Dale Porter
Douglas Robinson
Kavitha VENKATESAN
Li Wang
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Novartis AG
Original Assignee
Novartis AG
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Novartis AG filed Critical Novartis AG
Application granted granted Critical
Publication of ES2593046T3 publication Critical patent/ES2593046T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/41—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having five-membered rings with two or more ring hetero atoms, at least one of which being nitrogen, e.g. tetrazole
    • A61K31/425—Thiazoles
    • A61K31/427—Thiazoles not condensed and containing further heterocyclic rings
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays

Abstract

Un método de análisis de una muestra biológica de un sujeto con cáncer, que comprende determinar un nivel de expresión de ARNm de biomarcadores que comprenden TNF y RIPK1 y STK39 en la muestra biológica tomada del sujeto, en donde el nivel de expresión de los biomarcadores en comparación con un control provee un indicador de si el sujeto tiene una mayor probabilidad de respuesta a un inhibidor del inhibidor de la Proteína de Apoptosis (IAP).

Description

5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
DESCRIPCIÓN
Biomarcadores para la terapia inhibidora de IAP Campo de la invención
La presente invención se relaciona con un método para el tratamiento del cáncer.
Antecedentes de la invención
La apoptosis (muerte celular programada) se activa por diversos estímulos, incluyendo muchos que son característicos de las células malignas, incluyendo desregulación del ciclo celular, transducción de señales aberrantes y estrés asociado con un microambiente desfavorable. Las células cancerosas también demuestran defectos en las sendas de apoptosis que les permiten evadir la muerte celular programada y que crean resistencia inherente a muchos agentes quimioterapéuticos. Los Inhibidores de las proteínas de apoptosis (lAPs) son una familia de ocho proteínas definidas por la presencia de un dominio de proteína, el dominio BIR, identificado inicialmente en una proteína baculoviral que inhibe la apoptosis. Algunos miembros de la familia IAP están claramente implicados en la supresión de la apoptosis. La evidencia es más fuerte para XIAP, CIAP1 y CIAP2 (Hunter Apoptosis; 12: 1543-1568, 2007), aunque los mecanismos mediante los cuales estas proteínas influyen en la apoptosis son diferentes. Hay fuertes indicios de que XIAP se enlaza directamente a las caspasas 3, 7 y 9, y que este enlace suprime la apoptosis (Deveraux, Nature; 388: 300-4, 1997). Por el contrario, la evidencia de las proteínas CIAP como supresores directos de la actividad de la caspasa es más débil. Sin embargo, las proteínas CIAP1 y CIAP2 son componentes de los complejos de señalización del receptor de muerte en donde influencian la supervivencia o muerte celular mediante la senda del factor nuclear Kappa B (NF-kB). La activación de la señalización del receptor de muerte puede inducir la señalización de supervivencia mediada por el NF-kB o la apoptosis, dependiendo del contexto celular. En algunas células tumorales, los antagonistas de IAP inducen apoptosis a través de un mecanismo que requiere TNF-a y RIPK1 (Gaither Cáncer Research; 67: 11493-98, 2007). Por lo tanto, los lAPs parecen ser objetivos atractivos en el cáncer.
Resumen de la invención
La presente invención se basa en el hallazgo de que los biomarcadores particulares pueden ser utilizados para seleccionar los Individuos que tienen cáncer que son propensos a responder al tratamiento con un Inhibidor de IAP. Específicamente, se encontró el nivel de expresión de por lo menos tres biomarcadores seleccionados del siguiente grupo: CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1, por ejemplo, la expresión de ARNm de los biomarcadores, se pueden usar para predecir si ese individuo responderá al tratamiento con un Inhibidor de IAP.
En un aspecto, la Invención Incluye un método para analizar una muestra biológica de un sujeto con cáncer, Incluyendo la determinación de un nivel de expresión de ARNm de TNF y RIPK1 y uno o más (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de los siguientes biomarcadores CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39 y MAPK14 en la muestra biológica tomada del sujeto, en donde el nivel de expresión de los biomarcadores en comparación con un control proporcionan un Indicador de si el sujeto tiene una mayor probabilidad de respuesta a un Inhibidor de IAP tal como la (S)-N-((S)-1-ciclohex¡l-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-il]-pirrolidin-1-il}-2-oxo- etll)-2-met¡lam¡no-prop¡onamlda.
En otro aspecto, la Invención incluye un método de selección de un sujeto que tiene cáncer para el tratamiento con un Inhibidor de IAP como la (S)-N-((S)-1-clclohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-il]- p¡rrol¡d¡n-1-il}-2-oxo-et¡l)-2-met¡lam¡no-prop¡onam¡da. El método incluye la determinación de un nivel de expresión de ARNm de TNF, RIPK1 y STK39 en la muestra biológica tomada del sujeto, para predecir así una mayor probabilidad de respuesta a un Inhibidor de IAP tal como la (S)-N-((S)-1-ciclohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro- benzo¡l)-t¡azol-2-¡l]-p¡rrol¡dln-1-¡l}-2-oxo-et¡l)-2-met¡lam¡no-prop¡onam¡da.
En aún otro aspecto, la invención incluye un método para tratar selectivamente un sujeto que tiene cáncer, el cual incluye:
a) ensayar una muestra biológica del sujeto para determinar un nivel de expresión de TNF y RIPK1 y uno o más (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de los siguientes biomarcadores CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39 y MAPK14 en la muestra biológica tomada del sujeto; y
b) administrar selectivamente un inhibidor de IAP tal como la (S)-N-((S)-1-ciclohexll-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro- benzo¡l)-t¡azol-2-¡l]-p¡rrol¡d¡n-1-¡l}-2-oxo-etll)-2-met¡lam¡no-prop¡onam¡da al sujeto sobre la base de que la muestra tiene un nivel de expresión indicativo de que el sujeto tiene una mayor probabilidad de respuesta a un
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
inhibidor de IAP tal como la (S)-N-((S)-1-c¡clohex¡l-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-¡l]-p¡rrolidin-1-il}-2-oxo- etll)-2-met¡laminopropionam¡da.
En todavía otro aspecto, la invención incluye un método para tratar selectivamente un sujeto que tiene cáncer con un inhibidor de IAP como la (S)-N-((S)-1-c¡clohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-il]-pirrol¡d¡n-1-¡l}-2- oxo-et¡l)-2-metilamino-prop¡onam¡da, el cual incluye la administración de un inhibidor de IAP tal como el inhibidor (S)-N-((S)-1-c¡clohex¡l-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzo¡l)-tiazol-2-¡l]-p¡rrol¡d¡n-1-il}-2-oxo-et¡l)-2-met¡lam¡no- propionamida al sujeto como resultado de que el sujeto tenga un mayor nivel de expresión de TNF y RIPK1 y una disminución del nivel de expresión de STK39.
El cáncer puede ser cualquier tipo de cáncer incluyendo cáncer de mama, de ovario y de pulmón.
El nivel de expresión de ARNm se puede determinar en los métodos de la invención usando RT-PCR.
En otro aspecto, la invención incluye un kit que incluye una pluralidad de agentes para la determinación del nivel de expresión de ARNm de TNF y RIPK1 y uno o más (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6 o 7) de los siguientes biomarcadores CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39 y MAPK14 en una muestra biológica e instrucciones para su uso.
Un "biomarcador" es una molécula útil como indicador de un estado biológico en un sujeto. Con referencia a la presente materia, los biomarcadores divulgados en este documento pueden ser moléculas que exhiben un cambio en la expresión para predecir si un sujeto se beneficiaría de recibir el tratamiento con un inhibidor de IAP.
Descripción de las figuras
La figura 1 muestra una gráfica la cual ¡lustra que la expresión promedio del ARNm de STK39 medida mediante una PCR-TR cuantitativa es inferior en tumores humanos primarios que crecen como xenoinjertos en ratones que son sensibles (gris) a la (S)-N-((S)-1-ciclohex¡l-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-il]- pirrolidin-1-il}-2-oxo-etil)-2-met¡lamino-prop¡onam¡da en comparación con los tumores (blanco) refractarios.
La Figura 2 muestra una gráfica la cual ilustra que la expresión promedio del ARNm de TNF medida mediante PCR-TR cuantitativa es más alta en tumores humanos primarios que crecen como xenoinjertos en ratones que son sensibles a la (S)-N-((S)-1-c¡clohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzo¡l)-t¡azol-2-¡l]-p¡rrolidin-1-¡l}-2-oxo-et¡l)- 2-metllamlno-propionamlda en comparación con los tumores refractarios.
La Figura 3 muestra una gráfica la cual ilustra que la expresión promedio del ARNm de RIPK1 medida mediante PCR-TR cuantitativa es más alta en los tumores humanos primarios que crecen como xenoinjertos en ratones que son sensibles a la (S)-N-((S)-1-ciclohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-il]-pirrolidin-1-il}- 2-oxo-etll)-2-met¡lam¡no-propionam¡da en comparación con los tumores refractarios.
Descripción detallada de la invención
Para maxlmlzar el beneficio clínico potencial de un paciente que recibe un inhibidor de IAP es importante ser capaz de seleccionar aquellos pacientes que tienen tumores que son más propensos a responder a un Inhibidor de IAP. Los métodos descritos en este documento se basan en la identificación de una pluralidad de biomarcadores que pueden ser utilizados para determinar la probabilidad que tiene un paciente de beneficiarse del tratamiento con Inhibidores de IAP. Los biomarcadores de la invención se optimizan a propósito para la prueba clínica de rutina.
Biomarcador
El biomarcador de la Invención incluye tres o más de los siguientes genes: CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1. Mediante el análisis del nivel de expresión de tres o más biomarcadores identificados anteriormente, es posible seleccionar aquellos individuos que tengan cánceres en donde los Inhibidores de IAP sean probablemente más efectivos terapéuticamente.
Los biomarcadores de la Invención Incluyen la determinación de los niveles de ARNm de CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, MAPK14, TNF y RIPK1 (mayor expresión de ARNm relativa); y STK39 (menor expresión de ARNm relativa). En un ejemplo, el perfil de expresión puede ser un conjunto de valores que representan los niveles de ARNm, o proporciones de los niveles de expresión, de tres o más de los siguientes genes: CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1. En otro ejemplo, el perfil de expresión puede ser un conjunto de valores que representan los niveles de ARNm de STK39, TNF y RIPK1, o las proporciones de los niveles de expresión de ARNm para estos tres genes. Alta o baja expresión del ARNm
puede significar la cantidad de ARNm en una muestra de un individuo que tiene el cáncer en relación con una muestra de control o una serie de muestras de control. En otro ejemplo, un nivel de expresión superior de uno de los tres genes (TNF, RIPK1 o STK39) correspondientes al otro dentro de una muestra de un individuo que tiene cáncer seleccionará aquellos individuos que tengan cánceres en donde los inhibidores de IAP son 5 probablemente más efectivos terapéuticamente.
En otra realización, la invención incluye determinar la expresión de ARNm de por lo menos dos marcadores seleccionados del grupo que consiste en STX39, CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, y MAPK14. En un ejemplo, los dos marcadores son CCL5 y STK39. En aún otro ejemplo, la Invención Incluye la determinación de un nivel de expresión de STK39.
10 Inhibidores de IAP
Ejemplos de Inhibidores de IAP para su uso en la presente divulgación incluyen cualquier inhibidor de IAP. En un ejemplo, la invención Incluye un compuesto de la fórmula M-L-M', donde M y M' son cada uno Independientemente una unidad estructural monomérica de la Fórmula (I)
imagen1
15 en donde:
R1 es alquilo(Ci_C4) o hidrógeno;
R2 es hidrógeno, alquilo(Ci-C4), alqullo(Ci-C4) halo- sustituido, cicloalqullo(C3-C6), -CH2-cicloalquilo(C3-C6), bencllo, HO-alqullo(Ci-C4)-, o CH3NH C(O)-;
R3 es alquilo(Ci-C4), alquilo(Ci'C4) halo-sustituido, o hidrógeno;
20 o R2 junto con el átomo de nitrógeno al cual se fija R2 es tomado junto con R3 para formar un anillo heterocíclico de 3 a 6 miembros que opcionalmente contiene de 1 a 2 átomos de anillo hetero adicionales cada uno independientemente seleccionado entre N, O y S;
Q es alqu¡lo(Ci-C4), alcoxilo(Ci_C4), -OH, -C(0)-alqu¡lo(Ci-C4), -0-C(0)-alqu¡lo(Ci-C4), -NH2, -NH-alquilo(Ci- C4), -N(alqu¡lo(Ci-C4))2, -NH-C(0)-alqu¡lo(Ci-¿4), -NHSOalquilo(Ci-C4), -NHSO(fenilo), -N(alquilo(Ci-C4))- 25 SOalquilo(¿i-C4), -N(alquilo(Ci-C4))-SO(fen¡lo), -NHS02alquilo(Ci-C4), -NHS02(fen¡lo), -N(alquilo(Ci-C4))- S02alquilo(Ci-C4), o-N(alquilo(Ci-C4))-S02(fen¡lo);
o es 0, 1, o 2;
A es un anillo de heteroarilo de 6 miembros que contiene al menos un heteroátomo de anillo N;
D es un enlace, -C(O)-, -O-, -NH-, -S-, -S(O)-. -S02-, -N(alqu¡lo(Ci-C4))-, -N(alquilo(Ci-C4)-OH)-, - 30 N(c¡cloalquilo(C3-C6))-, -NHC(O)-, -N(alquilo(Ci-C4))C(0)-. -C(0)NH-, -C(0)-N(alquilo(Ci-C4))-, -N(alquilo(Ci- C4)-C02-alquilo(Ci-C4))-, -alquileno(Ci-C4), alqu¡leno(C2-C6), -CH(OH)-, -C(0)-alqu¡leno(Ci-C4), -NH- alqu¡leno(Ci-C4), -S-alquileno(Ci-C4), -S(0)-alqu¡leno(Ci-C4), -S02-alqu¡leno(Ci-C4), -NHS02alquileno(Ci-C4), -NHSOalquileno(Ci-C4), o -CH(R)-, donde R es NH2, -NH(alquileno(Ci-C4))fenilo), -NHalquilo(Ci-C4), - 0(alqu¡leno(Ci-C4))fenilo) o -Oalquilo(Ci-C4), en donde dicho (alquileno(Ci-C4))fenilo) o alquilo(Ci-C4) está 35 opcionalmente sustituido por halo;
A1 es H, CF3, fenilo, naftilo, un cicloalquilo(C3-C6) parcial o completamente saturado, un heterociclo parcial o completamente saturado de 5 a 12 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno
independientemente seleccionado a partir de O, S o N, o un heteroarilo de 5 a 10 miembros que contiene de 1 a 4 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado de O, S o N,
en donde dicho fenilo, naftilo y dicho heteroarilo están opcionalmente sustituidos por 1 a 3 sustituyentes cada uno independientemente seleccionados de halo, alquilo(Ci-C4), alquilo(Ci-C4) halo- sustituido, alcoxilo(Ci-C4), 5 -C(0)NHCH3, -C(0)N (CH3)2i CN, o N02i y
donde dicho heterociclo y dicho cicloalquilo están opcionalmente fusionados a un fenilo o heteroarilo de 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, y donde dicho heterociclo, dicho cicloalquilo, dicho heterociclo fusionado y dicho cicloalquilo fusionado están opcionalmente sustituidos por oxo, halo, alquilo(Ci-C4), alquilo(Ci-C4) halo-sustituido, o alcoxilo(Ci-C4);
10 W es un enlace, alquileno(Ci-Cio), alquenileno(Ci-Cio), (alquileno(Ci-C4))m-(Y)n-B, (alquenileno(Ci-C4))m-(Y)n- B, donde m y n son cada uno independientemente 0 o 1, Y es fenileno, naftileno, un cicloalquileno parcial o completamente saturado de 3 a 6 miembros, heterocicleno parcial o completamente saturado de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado de O, S o N, o un heteroarileno de 5 a10 miembros que contiene de 1 a 4 heteroátomos cada uno independientemente 15 seleccionado entre O, S, o N, y B es un enlace, -O-, alquileno(Ci-C4), o-(CH2)(fenileno),
donde dicha unidad estructural de alquileno(Ci-Cio), alquenileno(Ci-Cio), alquileno(Ci-C4), o alquenileno(Ci- C4) opcionalmente contiene un átomo de oxigeno o de nitrógeno intercalado dentro de la cadena de alquileno y está opcionalmente sustituido por oxo, -CF3, fenilo, naftilo, un heteroarilo de 5 a 10 miembros que contiene de 1 a 4 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S, o N, un cicloalquilo parcial o 20 completamente saturado de 5 a 6 miembros, un heterociclo parcial o completamente saturado de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, y/o 1 o más halo,
donde dicho heterocicleno parcial o completamente saturado está opcionalmente sustituido por 1 a 2 sustituyentes cada uno independientemente seleccionado de oxo, alquilo(Ci-C4), o halo,
25 donde dicho heteroarilo o dicho heteroarileno está opcionalmente sustituido por 1 a 3 sustituyentes seleccionados de halo o alquilo(Ci-C4), y
donde dicho fenileno, dicho fenilo, dicho naftilo, dicho naftileno, dicho cicloalquileno, o dicho cicloalquilo está opcionalmente sustituido con 1 a 3 sustituyentes cada uno independientemente seleccionado a partir de halo, -CF3, alquilo(Ci-C4), o alcoxilo(Ci-C4),
30 o cuando W es (alquileno(Ci-C4))m-(Y)n-B o (alquenileno(Ci-C4))m-(Y)n-B y L es NR5-C(0)-X2-C(0)-NR5- o - NR5-S(0)2-X2-S(0)2-NR5-, B es opcionalmente tomado junto con R® junto con el nitrógeno al cual R5 se fija para formar un anillo heterocíclico seleccionado del grupo que consta de aziridinilo, azetidinilo, pirrolidinilo, 1 H-pirrolilo, piperidinilo, 1 H-indolilo, indolinilo, 1H-dihidroimidazolilo, 1H-imidazolilo, piperazinilo, hexahidropirimidinilo, 1,2,3,4-tetrahidroquinolinilo, 1,2,3,4-tetrahidroisoquinolinilo, 5,6,7,8-tetrahidropirido[3,4- 35 bjpirazinilo, oxazolidinilo, y tiazolidinilo, donde dicho anillo heterocíclico está opcionalmente sustituido por 1 a 3 sustituyentes cada uno independientemente seleccionado entre alquilo(Ci-C4), -OH, u oxo;
L es un grupo enlazador seleccionado del grupo que consiste de -C(0)-NR5-X1-NR5-C(0)-, -S(0)2-NR5-X1- NR5-S(0)2-, -NR5-C(0)-X2-C(0)-NRs-, y -NR-S(0)2-X2-S(0)2-NR5-,
donde R5 es hidrógeno, (Ci-C4)alquilo, bencilo, o ciclohexilo; y
40 X1 es
(i) un enlace,
(ii) alquileno(Ci-Cio), alquenileno(C2-Ci0), alquinileno(C2-Cio), (alquileno(Ci-Cio))-(0-alquileno(Ci-C6))P-, o alquileno(Ci-Cio)-NH-alquileno(Ci-C6), donde p es 0, 1 o 2,
(iii) fenileno, naftileno, fluorenileno, 9H-fluoren-9-onileno, 9,10-dihidroantracenileno, antracen-9,10-dionileno, 45 un (C3-C8)cicloalquileno parcial o completamente saturado, un heterocicleno de 5 a 7 miembros que contiene
de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S, o N, o un heteroarileno de 5 a 10 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionados entre O, S o N, donde dicho fenileno está opcionalmente fusionado a un cicloalquilojCs-Ce),
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
(¡v) (fen¡leno)-G-(fen¡leno), donde G es un enlace, O, S, -NH-, -N=N-, -S=S-, -SO2-, alqu¡leno(Ci-C6), alquen¡leno(C2-C6), alquenileno(C2-Cio), cicloalqu¡leno(C3-Ce), un heteroarilo de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o un heterocicleno de 5 a 6 miembros parcial o completamente saturado que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, y donde dicho fenileno está opcionalmente fusionado a un fenilo,
(v) (alquilenotC-i-CeJV-Z^alquilenofCrCe)^, o (alquenileno (C^Ce^Z^alquenilenoíCi-Ce)^, donde r y s son cada uno independientemente 0, 1, o 2; y Z1 es -O-, -N=N-, cicloalquileno(C3-Ce), fenileno, un heterocicleno parcial o completamente saturado de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o un heteroarileno de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, donde dicho heteroarileno y dicho heterocicleno están opcionalmente fusionados a un fenilo, fenileno, un heterocicleno parcial o completamente saturado de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o un heteroarileno de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o
(vi) alquílenoslo) o -NhKalquilenoSSo^-NH-, donde dicho alquileno contiene de 1 a 6 átomos de oxígeno intercalados dentro de la cadena de alquileno y opcionalmente de 1 a 2 grupos fenileno intercalados dentro de la cadena de alquileno;
o X1 es opcionalmente tomado junto con ambos grupos R5 junto con el nitrógeno al cual ambos grupos R5 están fijados para formar un 2,6-diazaespiro[3.3]heptano;
X2 es
(i) un enlace u -O-, -NH-, o —N(alquilo(Ci-C4))-,
(ii) alquileno(Ci-Cio), -(0-alquileno(Ci-Ce))P-, -(alquileno(Ci-C6) 0)q-, -0-(alquileno(Ci-C6) 0)q-, alquenileno(C2-Cio), (alquileno(Ci-Cio))-(Oalquileno(Ci-C6))P-, -0-(alquilo(Ci-Cio))-0-, o alquileno(Ci-Cio)-NH- alquileno(Ci-C6) o alquinileno(C2-Cio), donde p y q son cada uno independientemente 1, 2, o 3,
(iii) fenileno, naftileno, fluorenileno, 9H-fluoren-9-onileno, 9,10-dihidroantracenileno, antracen-9,10-dionileno, un (C3-C8)cicloalquileno parcial o completamente saturado, un heterocicleno de 5 a 7 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S, o N, o un heteroarileno de 5 a 10 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionados entre O, S o N, donde dicho fenileno está opcionalmente fusionado a un cicloalquilo(C5-C6),
(iv) (fenileno)-G-(fenileno), o -0-(fenileno)-G-(fenileno)-0- donde G es un enlace, O, S, -NH-, -N=N-, -S=S-, - S02-, (Ci-C6)alquileno, (C2-C6)alquenileno, (C3-C6)c¡cloalqu¡leno, un heteroarilo de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o un heterocicleno de 5 a 6 miembros parcial o completamente saturado que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, y donde dicho fenileno está opcionalmente fusionado a un fenilo,
(v) (alquileno(Ci-C6))rZ1-(alquileno(Ci-C6))s, (alquenileno (Ci-C6))rZ1-(alquenileno(Ci-C6))s, o -(O- alquileno(Ci-C3))u-Z2-(alquileno(Ci-C3) 0)v-, donde r, s, u, y v son cada uno independientemente 0, 1, o 2; y Z1 y Z2 son -O-, -N=N-, cicloalquileno(C3-C6), fenileno, un heterocicleno parcial o completamente saturado de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o un heteroarileno de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, donde dicho heteroarileno y dicho heterocicleno están opcionalmente fusionados a un fenilo, fenileno, un heterocicleno parcial o completamente saturado de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o un heteroarileno de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o
(vi) alquileno(Ci-C2o) o -NH-(alquileno(Ci-C2o))-NH-, donde dicho alquileno contiene de 1 a 6 átomos de oxígeno intercalados dentro de la cadena de alquileno y opcionalmente de 1 a 2 grupos fenileno intercalados dentro de la cadena de alquileno;
donde dichas unidades estructurales del grupo (ii) de X1 y X2 son cada una independientemente sustituidas con uno o más átomos de fluoro, o 1 a 2 sustituyentes cada uno independientemente seleccionado entre halo, oxo, amino, fenilo, naftilo, cicloalquilo(C3-Ce), o heterociclo de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, N o S, donde dicho fenilo, dicho cicloalquilo, y dicho heterociclo están opcionalmente sustituidos por 1 a 3 sustituyentes cada uno
independientemente seleccionado entre halo, alquilo(Ci-C4), o trifluorometilo,
en donde dichas unidades estructurales de grupo (iii) y (iv) de X1 y X2 son opcionalmente sustituidas con 1 a 4 sustituyentes cada uno independientemente seleccionados de alquilo(Ci-C4), alcoxilo(Ci-C4), halo, amino, - OH, bencilo, o un cicloalquilo fusionado de 5- a 6-miembros, donde dicho alquilo(Ci-C4), dicho alcoxilo(Ci-C4), 5 y dicho cicloalquilo fusionado están opcionalmente sustituidos por 1 a 3 sustituyentes seleccionados de halo, alquilo(Ci-C4),
donde dichas unidades estructurales del grupo (v) de X1 y X2 son opcionalmente sustituidas por 1 a 3 sustituyentes cada uno independientemente seleccionados a partir de halo, hidroxi, oxo, amino, alquilo(Ci-C4), alcoxilo(Ci-C4), o fenilo;
10 o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
En otro ejemplo, el compuesto inhibidor de IAP puede ser un compuesto de la fórmula M-L-M', en donde M y M' son cada uno, de manera independiente, una unidad estructural monomérica de la fórmula (I):
imagen2
(I)
en donde,
15 R1 es alquilo(Ci_C4), metilo deuterado, o hidrógeno;
R2 es alquilo(Ci_C4) o hidrógeno;
R3 es alquilo(Ci_C4) o hidrógeno; o
R1 o R2 junto con el nitrógeno el cual R1 o R2 se fijan es tomado junto con R3 para formar un aziridinilo, azetidinilo, pirrolidinilo, o piperidinilo;
20 R4 es
(i) alquilo (C1-C10), alquenilo (C2-C10), alquinilo (C2-C10), cicloalquilo (C3-Ce), fenilo, un heterociclo de 3 a 7 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos, cada uno seleccionado independientemente entre O, N o S, o un heteroarilo de 5 a 9 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos, cada uno seleccionado independientemente a partir de O, N o S, o
25 (ii) R4a-alquileno (Ci-C6), donde R4a es cicloalquilo (C3-C6), fenilo, un heterociclo de 3 a 7 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos, cada uno seleccionado independientemente entre O, N o S, o un heteroarilo de 5 a 9 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos, cada uno seleccionado independientemente a partir de O, N o S,
donde dicho R4 y dicho R4a están opcionalmente sustituidos por 1 a 3 sustituyentes seleccionados entre halo, 30 hidroxilo, -SH, -C02H, alquilo (Ci-C4), alquilo (Ci-C4) halo-sustituido, alcoxilo (Ci-C4), alquilo-(Ci-C4) -S, -S02, -NH2 o -NO2, y donde 1 de los miembros del anillo de dicho cicloalquilo y dichas unidades estructurales de heterociclo son opcionalmente sustituidas por oxo o tiona;
A, B, y D son CR5, y E es N,
A, B, y E son CR5, y D es N,
A, D, y E son CR5, y B es N,
B, D, y E son CR5, y A es N,
A y B son ambos N, y D y E son ambos CR5,
5 A y E son ambos N, y B y D son ambos CR5, o
B y E son ambos N, y A y D son ambos CR5, donde R5 son cada uno independientemente seleccionados a partir de H, F, -CH3 o -CF3;
V se selecciona a partir de la Fórmula (1a), (1b), (1c), (1d), (1e), (1f), (1g), (1h), (1i), (1j), o (1k)
imagen3
imagen4
ó
imagen5
5 donde * indica el punto de unión a L,
R6a y R6b son cada uno independientemente H, alquilo(Ci-C3), Cl, o CN, donde al menos uno de R6a y R6b es H o alquilo (C1-C3);
W es un enlace o alquileno (C1-C4);
R7 son cada uno independientemente halógeno, -CH3, -CF3, -CN o -OCH3,
10 p es 0, 1, 2, 3 o 4 para la Fórmula (1a) o (1e),
p es 0, 1, 2 o 3 para la Fórmula (1b), (1c), (1 d), (1 f), (1¡) 0 (1j)i p es 0, 1 o 2 para la Fórmula (1 g) o (1 h);
L es -NR8-X1-NR8-, donde cada R8 es independientemente seleccionado a partir de H, alquilo (C1-C4), o alquilo(Ci-C4)halo-sustituido y X1 es
15 (i) un enlace,
(ii) alquileno(Ci-Cio), alquenileno(C2-Cio), alquileno (C2-C10), (alquileno(Ci-Cio))-(0(Ci-C6)alquileno)q-, o alquileno (Ci-Cio)-NH alquileno(Ci-C6), donde q es 0, 1 o 2,
(iii) fenileno, naftileno, fluorenileno, 9H-fluoren-9-onileno, 9,10-dihidroantracenileno, antracen-9,10-dionileno,
5
10
15
20
25
30
35
40
45
un (C3-C8)c¡cloalquileno parcial o completamente saturado, un heterocicleno de 5 a 7 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S, o N, o un heteroarileno de 5 a 10 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionados entre O, S o N, donde dicho fenileno está opcionalmente fusionado a un (C5-C6)cicloalqu¡lo,
(iv) (fenileno)-G-(fenileno), donde G es un enlace, O, S, -NH-, -N=N-, -S=S-, -SO2-, alqu¡leno(Ci-Ce), alquenileno (C2-C6), alquenileno (C2-C10), cicloalquileno (C3-C6), un heteroarilo de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o un heterocicleno de 5 a 6 miembros parcial o completamente saturado que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, y donde dicho fenileno está opcionalmente fusionado a un fenilo,
(v) (alquileno(Ci-C6))r-Z1-(alquileno(Ci-C6))s, o (alquenileno (Ci-C6))r-Z1-(alquenileno(Ci-C6))s, donde r y s son cada uno independientemente 0, 1, o 2; y Z1 es -O-, -N=N-, cicloalquileno (C3-C6), fenileno, un heterocicleno parcial o completamente saturado de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o un heteroarileno de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, donde dicho heteroarileno y dicho heterocicleno están opcionalmente fusionados a un fenilo, fenileno, un heterocicleno parcial o completamente saturado de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o un heteroarileno de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, S o N, o
(vi) alquileno (C1-C20) o -NH-(alquileno(Ci-C2o))-NH-, donde dicho alquileno contiene de 1 a 6 átomos de oxígeno intercalados dentro de la cadena de alquileno y opcionalmente de 1 a 2 grupos fenileno intercalados dentro de la cadena de alquileno;
o X1 se toma opcionalmente junto con uno o ambos grupos R8 junto con el nitrógeno al cual el grupo R8 está unido para formar un heterocicleno de 4 a 14 miembros, (heterociclilo de 4 a 6 miembros)-alquileno(Ci-C6) - (heterociclilo de 4 a 6 miembros), o bis-(heterocicleno de 4 a 6 miembros, donde dicho heterocicleno y dichas unidades estructurales de heterociclilo opcionalmente contienen de 1 a 3 heteroátomos adicionales seleccionados a partir de O, S y N, y X1 y R8 están opcionalmente sustituidos por oxo o 1 a 3 sustituyentes seleccionados cada uno independientemente entre hidroxilo o alquilo (C1-C4);
donde dichas unidades estructurales del grupo (¡i) de X1 son cada una independientemente sustituidas por uno o más átomos de fluoro, o 1 a 2 sustituyentes cada uno independientemente seleccionado entre halógeno, oxo, amino, fenilo, naftilo, cicloalquilo (C3-C6) , o heterociclo de 5 a 6 miembros que contiene de 1 a 3 heteroátomos cada uno independientemente seleccionado entre O, N o S, donde dicho fenilo, dicho cicloalquilo, y dicho heterociclo están opcionalmente sustituidos por 1 a 3 sustituyentes cada uno independientemente seleccionado a partir de halógeno, alquilo (C1-C4), o trifluorometilo,
en donde dichas unidades estructurales de grupo (iii) y (iv) de X1 son opcionalmente sustituidas con 1 a 4 sustituyentes cada uno independientemente seleccionados de alquilo (C1-C4), alcoxilo (C1-C4), halógeno, amino, -OH, bencilo, o un cicloalquilo fusionado de 5- a 6-miembros, donde dicho alquilo (C1-C4), dicho alcoxilo (C1-C4), y dicho cicloalquilo fusionado están opcionalmente sustituidos por 1 a 3 sustituyentes seleccionados de halo, alquilo (C1-C4),
donde dichas unidades estructurales del grupo (v) de X1 son opcionalmente sustituidas por 1 a 3 sustituyentes cada uno independientemente seleccionados a partir de halógeno, hidroxi, oxo, amino, alquilo (C1-C4), alcoxilo (C1-C4), o fenilo;
o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
En aún otro ejemplo, el compuesto del inhibidor de IAP puede incluir un compuesto de la fórmula (IV)
imagen6
en donde
5
10
15
20
25
30
Ri y R3 son cada uno, independientemente metilo o etilo;
R2 es H, metilo, etilo, clorometilo, diclorometilo o trifluorometilo; R4 es alquilo C1-C4 o cicloalquilo C3-C7;
Rs es H;
U es una estructura de la fórmula (V)
imagen7
V
donde
(a)
X es N;
Re, Re', R7 y R71 son H;
Ra y Rb son independientemente un átomo de O, S, o N o alquilo Co-s en donde uno o más de los átomos de carbono en la cadena de alquilo puede estar sustituido por un heteroátomo seleccionado a partir de O, S o N, y donde el alquilo está no sustituido o sustituido;
n es 0;
Re es H;
Rd es Ari-D-Ar2, donde An y Ar2 son cada uno independientemente un fenilo o het, sustituido o no sustituido, y D es alquilo C1 que está opcionalmente sustituido con halógeno, donde el fenilo o het de An está unido a ambos (Rb)n y D, y el fenilo o el het de Ar2 está unido a ambos D y R5;
(b)
X es N;
R6, R’6, R7, y RV son H; o
R6 es -C(0)-alquiloCi-C4-fenilo y R^, R7, y R’7 son H;
Ra y Rb son independientemente un átomo de O, S, o N o alquilo C0-s en donde uno o más de los átomos de carbono en la cadena de alquilo puede estar sustituido por un heteroátomo seleccionado a partir de O, S o N, y donde el alquilo está no sustituido o sustituido;
n es 0;
Re es H;
Rd es Ari-D-Ar2, donde An y Ar2 son cada uno independientemente un fenilo o het sustituido o no sustituido, y D es N(Rh), donde Rh es H, Me, -CHO, -S02, -C(O), -CHOH, -CF3 o -S02CH3, donde el fenilo o het de An está unido a ambos (Rb)n y D , y el fenilo o het de Ár2 está unido a ambos D y R5;
5
10
15
20
25
30
35
(c)
X es N;
Re, R'6, R71 y RV es H;
Ra y Rb son independientemente un átomo de O, S, o N o alquilo C0-8 en donde uno o más de los átomos de carbono en la cadena de alquilo puede estar sustituido por un heteroátomo seleccionado a partir de O, S o N, y donde el alquilo está no sustituido o sustituido;
n es 0;
Re es H;
Rd es An-D-Ar2, donde An y Ar2 son cada uno independientemente un fenilo o het sustituido o no sustituido, y D es -O-, donde el fenilo o het de An está unido a ambos (Rb)n y D , y el fenilo o het de Ar2 está unido a ambos D y R5; o
(d)
X es N;
R6, R’6, R7, y R’7 es H;
Ra y Rb son independientemente un átomo de O, S, o N o alquilo C0-8 en donde uno o más de los átomos de carbono en la cadena de alquilo puede estar sustituido por un heteroátomo seleccionado a partir de O, S o N, y donde el alquilo está no sustituido o sustituido;
n es 0;
Re es H;
Rd es Ari-D-Ar2, donde An y Ar2 son cada uno independientemente un fenilo o het sustituido o no sustituido, y D es S, S(O), o S(0)2, donde el fenilo o het de An está unido a ambos (Rb)n y D, y el fenilo o het de Ar2 está unido a ambos D y R5;
(e)
X es N;
R6, R’e, R7, y R’7 es H;
Ra y Rb son independientemente un átomo de O, S, o N o alquilo Co-s en donde uno o más de los átomos de carbono en la cadena de alquilo puede estar sustituido por un heteroátomo seleccionado a partir de O, S o N, y donde el alquilo está no sustituido o sustituido;
n es 0;
Re es H;
Rd es An-D- Ar2;
An y Ar2 son cada uno independientemente un fenilo o het sustituido o no sustituido, y D es C(O), donde el fenilo o het de An está unido a ambos (Rb)n y D , y el fenilo o het de Ar2 está unido a ambos D y R5;
o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
Los ejemplos específicos de los compuestos incluyen:
(S, S, S)-N, N'-(3,3'-(etano-1,2-diilbis(oxi))bis(propano-3,1 -diil))bis( 1 -(5-((S)-1 -((S)-3-metil-2-((S)-2-( metilamino)- propanam¡do)butano¡l)pirrolidin-2-il)piridin-3-il)-1H-¡ndol-4-carboxamida);
5
10
15
20
25
30
35
(5.5.5) -N,Nl-(1,4-fen¡len-b¡s-(metilen))b¡s(1-(5-((S)-1-((S)-3-met¡l-2-((S)-2-(met¡lam¡no)- propanam¡do)butano¡l)p¡rrol¡d¡n-2-¡l)p¡nd¡n-3-¡l)-1H-¡ndol-4-carboxamida);
(5.5.5) -N,Nl-(propano-1,3-d¡¡l)bis(1-(5-((S)-1-((S)-3-met¡l-2-((S)-2-(met¡lam¡no)propanam¡do)butano¡l)p¡rrol¡d¡n- 2-¡l)piridin-3-il)-1 H-indol-4-carboxamida);
(5.5.5) -N,N'-((1S,2S)-c¡clohexano-1,2-d¡¡l)b¡s(1-(5-((S)-1-((S)-3-met¡l-2-((S)-2- (metilamino)propanam¡do)butano¡l)p¡rrol¡d¡n-2-¡l)p¡r¡d¡n-3-¡l)-1H-indol-4-carboxam¡da); y
(5.5.5) -N,N'-(3,3'-(etano-1,2-d¡¡lb¡s(ox¡))b¡s(propano-3,1-d¡¡l))b¡s(1-(5-((S)-1-((S)-3-metil-2-((S)-2- (trideuteromet¡lam¡no)propanam¡do)butano¡l)p¡rrolidin-2-¡l)p¡r¡d¡n-3-¡l)-1H-¡ndol-4-carboxam¡da);
bis-{[(S)-6-{(S)-2-[5-(4-fluoro-benzo¡l)-p¡r¡d¡n-3-¡l]-pirrolid¡n-1-¡l}-5-((S)-2-met¡lam¡no-prop¡on¡lam¡no)-6-oxo- hexil]-amida} del ácido b¡fenil-4,4'-dicarboxíl¡co;
b¡s-{[(S)-6-{(S)-2-[5-(4-fluoro-benzoil)-pirid¡n-3-¡l]-pirrolidin-1-¡l}-5-((S)-2-met¡lam¡no-prop¡on¡lam¡no)-6-oxo- hex¡l]-am¡da} del ácido decanodioico;
b¡s-({4-[(S)-3-{(S)-2-[5-(4-fluoro-benzo¡l)-pind¡n-3-¡l]-pirrolid¡n-1-¡l}-2-((S)-2-met¡lamino-prop¡on¡lamlno)-3-oxo- propll]-fenil}-amida) del ácido decanodioico;
bis-{[(S)-6-{(S)-2-[5-(4-fluoro-benzoil)-piridin-3-il]-pirrolidin-1-il}-5-((S)-2-metilamino-propionilamino)-6-oxo- hexil]-amida} del ácido nonanodioico;
bis-({4-[(S)-3-{(S)-2-[5-(4-fluoro-benzo¡l)-piridin-3-il]-pirrolidin-1-il}-2-((S)-2-metilamino-propionilamino)-3-oxo- propil]-fenil}-amida) del ácido heptanodioico; y
bis-({4-[(S)-3-{(S)-2-[5-(4-fluoro-benzoil)-piridin-3-il]-pirrolidin-1-il}-2-((S)-2-metilam¡no-propionilamino)-3-oxo- propilj-fenilj-amlda) del ácido nonanodioico;
(S)-N-((S)-1-ciclohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-il]-pirrolidin-1-il}-2-oxo-etil)-2-metilamino-propión; o una sal farmacéuticamente aceptable de los mismos.
Ejemplos de otros inhibidores de IAP incluyen los compuestos divulgados en el documento WO 05/097791 publicado el 20 de octubre de 2005, que se incorpora en la presente solicitud como referencia. Un compuesto preferido dentro del alcance de la fórmula (I) es la N-[1-ciclohexil-2-oxo-2-(6-fenetil-octah¡dro-p¡rrolo[2,3- c]p¡r¡d¡n-1-¡l-etil]-2-metilamino-propionamida, en lo sucesivo el compuesto II.
Ejemplos de otros inhibidores de IAP incluyen aquellos divulgados en WO2008134679 y US20060014700. En un ejemplo, el compuesto es GDC-0152.
Los inhibidores de IAP adicionales incluyen los compuestos descritos en el documento WO 04/005284, PCT/US2006 /013984, PCT/US2006/021850.
Otros compuestos Inhibidores de IAP para su uso en la presente divulgación incluyen los divulgados en WO 06/069063, WO 05/069888, US2006/0014700, WO 04/007529, US2006/0025347, WO 06/010118, WO 05/069894, WO 06/017295, WO 04/007529, WO 05/094818.
Se comprenden también las sales farmacéuticamente aceptables de los mismos, los racematos
imagen8
1ÍGDC-0162)
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
correspondientes, diaestereoisómeros, enantiómeros, tautómeros, así como las correspondientes modificaciones cristalinas de los compuestos anteriormente divulgados cuando están presentes, por ejemplo, solvatos, hidratos y polimorfos, que se divulgan en la presente. Los compuestos usados como ingredientes activos en las combinaciones de la divulgación pueden prepararse y administrarse como se describe en los documentos citados, respectivamente. También dentro del alcance de esta divulgación está la combinación de más de dos ingredientes activos independientes como se ha expuesto anteriormente, es decir, una combinación farmacéutica dentro del alcance de esta divulgación podría incluir tres ingredientes activos o más.
Preparación de las muestras
Se puede utilizar cualquier muestra de ensayo apropiada de células tomadas a partir de un individuo que tenga una enfermedad proliferativa. Generalmente, la muestra de ensayo de células o muestra de tejido se obtiene a partir del sujeto con cáncer mediante biopsia o resección quirúrgica. Una muestra de células, tejido o fluido se puede eliminar mediante biopsia de aspiración con aguja. Para esto, una aguja fina unida a una jeringa se inserta a través de la piel y en el tejido de interés. La aguja es típicamente guiada a la región de interés utilizando imágenes de ultrasonido o de tomografía computarizada (TC). Una vez que la aguja se inserta en el tejido, se crea un vacío con la jeringa de tal manera que las células o fluidos pueden ser aspirados a través de la aguja y se recogen en la jeringa. Una muestra de células o tejido también puede ser eliminada por una biopsia de incisión o de núcleo en el tejido. Para ello, un cono, un cilindro, o un poco de tejido se extrae de la región de interés. Imágenes de TC, ultrasonido, o un endoscopio se utilizan generalmente para guiar este tipo de biopsia. Más particularmente, la totalidad de la lesión cancerosa se puede eliminar mediante biopsia por escisión o resección quirúrgica. En la presente invención, la muestra de ensayo es típicamente una muestra de células retiradas como parte de la resección quirúrgica.
La muestra de ensayo de, por ejemplo tejido, también puede almacenarse en, por ejemplo, ARNIater (Ambion; Austin, Texas) o se congela rápidamente y se almacena a -80° C para su uso posterior. La muestra de tejido de biopsia también se puede fijar con un fijador, tal como formaldehído, paraformaldehído, o ácido acético/etanol. La muestra fijada de tejido puede ser sumergida en cera (parafina) o una resina plástica. La muestra de tejido sumergida (o muestra de tejido congelada) puede cortarse en secciones delgadas. ARN o proteína también pueden ser extraídos de una muestra de tejido fijada o sumergida en cera o una muestra de tejido congelada. Una vez que una muestra de células o muestra de tejido se retira del sujeto con cáncer, ésta se puede procesar para el aislamiento de ARN o proteína utilizando técnicas bien conocidas en la técnica y como se describe a continuación.
Un ejemplo de extracción de ARN a partir de una biopsia tomada de un paciente con cáncer puede incluir, por ejemplo, lisis de tiocianato de guanidinio seguido de centrifugación CsCI (Chirgwin, Biochemistry 18:5294- 5299, 1979). ARN a partir de células individuales puede obtenerse como se describe en los métodos para la preparación de bibliotecas de ADNc a partir de células individuales (véase, por ejemplo, Dulac, Curr. Top. Dev. Biol. 36:245, 1998; Jena, J. Immunol. Methods 190:199, 1996). En una realización, la población de ARN puede ser enriquecida para las secuencias de interés, como se detalla en la Tabla 1. El enriquecimiento se puede conseguir, por ejemplo, mediante hexámeros aleatorios y la síntesis de ADNc específica a cebador, o múltiples rondas de amplificación lineal basada en la síntesis de ADNc y una transcripción in vitro dirigida por un templete (véase, por ejemplo, Wang, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 86:9717, 1989; Dulac supra; Jena, anterior). Otros métodos de aislamiento de ARN a partir de una muestra son conocidos en la técnica e incluyen Trizol (Invitrogen), extracción de Guanidinio en tiocianato-fenol-cloroformo, Sistema de Purificación total de ARN PureLink Micro-a-Midi (Invitrogen), kit RNeasy (Qiagen), kit Oligotex (Qiagen), PureYield ™ RNA Midiprep (Promega), Sistema PoiyATtract 1000 (Promega), sistema Maxwell® 16(Promega), aislamiento total de ARN SV (Promega), Kit ToTALLY RNA ™ (Ambion), Kit Poly(A)Purist ™ (Ambion) y cualquier otro método. Métodos para extraer y analizar una muestra de ARN se divulgan en Molecular Cloning, A Laboratory Manual (Sambrook y Russell (ed.), 3ra edición (2001), Coid Spring Harbor Laboratory Press, Coid Spring Harbor, Nueva York, EUA.
El perfil de expresión de ARNm se puede realizar en una biopsia tomada de un sujeto tal como tejido fresco, tejido congelado, tejido procesado en formalina (FFPE) u otros fijadores. En particular, cuando la muestra es una muestra FFPE, el ARN se extrae a partir de secciones de FFPE utilizando el kit de extracción de Qiagen RNeasy FFPE (Qiagen), y transcripción inversa a ADNc utilizando hexámeros aleatorios y el kit de archivo de ADNc de alta capacidad de ABI (Applied Biosystems, Foster City, CA).
El sujeto con un tumor o cáncer será generalmente un sujeto mamífero, tal como un primate. En una realización de ejemplo, el sujeto es un ser humano. Tal como se utiliza en la presente, los términos paciente y sujeto son sinónimos.
Cualquier tipo de cáncer o tumor se pueden clasificar según los métodos de la invención e incluyen, pero no se limitan a, cáncer de colon, cáncer de pulmón, cáncer de páncreas, cáncer gástrico, cáncer de próstata y
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
carcinoma hepatocelular, carcinoma de células básales, cáncer de mama, sarcoma óseo, sarcoma de tejidos blandos, leucemia mieloide crónica, leucemia mieloide aguda, cáncer hematológlco, meduloblastoma, rabdomiosarcoma, neuroblastoma, cáncer pancreático, cáncer de ovario, menlngloma, glioblastoma, astrocitoma, melanoma, cáncer de estómago, cáncer de esófago, cáncer del tracto billar, cáncer de próstata, cáncer de pulmón de células pequeñas, cáncer de pulmón de células no pequeñas, cáncer de células gllales, mieloma múltiple, cáncer de colon, tumor neuroectodérmico, tumor neuroendocrlno, mastocitoma y el síndrome de Gorlin, glloma, cáncer colorrectal, GIST, cáncer gastro-esofáglco, neoplasla mleloproliferatlva y una leucemia aguda.
Detección de la expresión del biomarcador
En un ejemplo, el método Incluye la determinación de la expresión de tres o más de los genes CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1 en una muestra de Interés. Específicamente, la invención incluye la determinación de un nivel de expresión de TNF y RIPK1 y uno o más de los siguientes biomarcadores CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39 y MAPK14 en la muestra de Interés. En otro ejemplo, la invención incluye la determinación de un nivel de expresión de STK39 y CCL5. En aún otro ejemplo, la invención incluye la determinación de un nivel de expresión de STK39. Las secuencias de genes de interés se pueden detectar usando agentes que se pueden utilizar para detectar específicamente el gen, por ejemplo, el ARN transcrito a partir del gen o polipéptidos codificados por el gen.
En una realización, el método incluye: proporcionar una sonda de ácido nucleico que comprende una secuencia de nucleótidos, por ejemplo, al menos 10, 15, 25 o 40 nucleótidos, y hasta la totalidad o casi la totalidad de la secuencia de codificación que es complementaria a una porción de la secuencia de codificación de una secuencia de ácidos nucleicos de CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1; obteniendo una muestra de tejido de un mamífero que tiene una célula cancerosa; poner en contacto la sonda de ácido nucleico bajo condiciones rigurosas con ARN obtenido de una biopsia tomada de un paciente con cáncer (por ejemplo, en una ¡nmunopreclpltaclón Northern, en el ensayo de hibridación in situ, PCR, etc ); y determinar la cantidad de hibridación de la sonda con el ARN. Los ácidos nucleicos pueden estar marcados durante o después del enriquecimiento y/o la amplificación de los ARN.
Los biomarcadores CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1 pretenden también incluir secuencias de origen natural incluyendo variantes alélicas y otros miembros de la familia. Los biomarcadores de la invención también incluyen secuencias que son complementarias a las secuencias enumeradas resultantes de la degeneración del código y también secuencias que son suficientemente homologas y secuencias que se hibridan bajo condiciones rigurosas con los genes de la invención.
Las condiciones para la hibridación son conocidas por los expertos en la técnica y se pueden encontrar en Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley e Hijos, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6. Un ejemplo preferido no limitante de condiciones de hibridación altamente rigurosas son hibridación en cloruro de sodio 6 X/citrato de sodio (SSC) a aproximadamente 45 grados centígrados, seguido de uno o más lavados en SSC 0.2 X, SDS al 0,1 por ciento a 50-65 grados centígrados. Por "suficientemente homologa" se entiende una secuencia de aminoácidos o de nucleótidos de un marcador biológico que contiene un número suficiente o mínimo de residuos de aminoácidos o nucleótidos idénticos o equivalentes (por ejemplo, un residuo de aminoácido que tiene una cadena lateral similar) a una segunda secuencia de aminoácidos o nucleótidos de tal manera que la primera y segunda secuencias de aminoácidos o nucleótidos comparten motivos o dominios estructurales comunes y/o una actividad funcional común. Por ejemplo, las secuencias de aminoácidos o nucleótidos que comparten dominios estructurales comunes tienen al menos aproximadamente 50 por ciento de homología, al menos aproximadamente 60 por ciento de homología, al menos aproximadamente 70 por ciento, al menos aproximadamente 80 por ciento, y al menos aproximadamente el 90-95 por ciento de homología a través de las secuencias de aminoácidos de los dominios se definen aquí como suficientemente homologas. Además, las secuencias de nucleótidos o aminoácidos de al menos aproximadamente 50 por ciento de homología, al menos aproximadamente 60-70 por ciento de homología, al menos aproximadamente 70-80 por ciento, al menos aproximadamente 80-90 por ciento, y al menos aproximadamente 90-95 por ciento de homología y que comparten una actividad funcional común se definen en la presente como suficientemente homologas.
La comparación de secuencias y determinación del porcentaje de homología entre dos secuencias se puede lograr utilizando un algoritmo matemático. Un ejemplo no limitante preferido de un algoritmo matemático utilizado para la comparación de secuencias es el algoritmo de Karlin y Altschul (1990) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 87:2264-68, modificado como en Karlin y Altschul (1993) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 90:5873-77. Tal algoritmo se incorpora en los programas NBLAST y XBLAST (versión 2.0) de Altschul, (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10. Las búsquedas de nucleótidos BLAST pueden realizarse con el programa NBLAST, puntuación = 100, longitud de palabra = 12 para obtener secuencias de nucleótidos homologas a moléculas de ácidos nucleicos TRL de la invención. Las búsquedas de proteínas BLAST pueden realizarse con el programa XBLAST, puntuación = 50, longitud de palabra = 3 para obtener secuencias de aminoácidos homologas a las secuencias de proteínas codificadas por los genes/oligonucleótidos enumerados en la Tabla 1. Para obtener
alineaciones con brechas para propósitos de comparación, Gapped BLAST se puede utilizar como se describe en Altschul, (1997) Nucleic Acids Research 25(17): 3389-3402. Cuando se utilizan los programas BLAST y Gapped BLAST, se pueden utilizar los parámetros por defecto de los programas respectivos (por ejemplo, XBLAST y NBLAST). Véase
http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Otro ejemplo preferido no limitante de un 5 algoritmo matemático utilizado para la comparación de secuencias es el algoritmo ALIGN de Myers y Miller, CABIOS (1989). Cuando se utiliza el programa ALIGN para comparar secuencias de aminoácidos, se pueden utilizar una tabla de residuos de peso PAM120, una penalización de longitud de brecha de 12 y una penalización por brecha de 4.
La presente invención incluye la medición de la expresión de tres o más genes CXLC10, CCL5, NFKBIA, 10 HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1 en una biopsia de tumor tomada de un sujeto que sufre de cáncer. Los niveles de expresión pueden ser analizados y utilizados para generar una puntuación que se puede utilizar para diferenciar aquellos pacientes que tienen un tumor que es probable que sea sensible a un inhibidor de IAP en comparación con aquellos que son propensos a no serlo.
En una realización, el método de la invención incluye la medición de cualesquiera tres genes de CXLC10, 15 CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1 enumerados en la Tabla 1. En otra realización, el método de la invención incluye la medición de al menos al menos cuatro, al menos cinco, al menos seis, al menos siete, o por lo menos ocho, o al menos nueve de los biomarcadores descritos en el presente documento.
Tabla 1
Símbolo oficial del gen HUGO
Nombre aprobado HUGO HGNC ID UGID UniGene Nivel de expresión
CXLC10
Ligando 10 de quimiocina (C-X C- grupo) 10637 UGID: 2139480 Hs.632586 Aumentado
CCL5
quimiocinas (motivo C-C ) ligando 5 10632 UGID: 905568 Hs.514821 Aumentado
NFKBIA
Gen del Polipéptido ligero del factor kappa nuclear potenciador del inhibidor de células B, alfa 7797 UGID: 140532 Hs.81328 Aumentado
HERC5
HECT y el dominio RLD que contiene la proteína ligasa 5 de la ubiquitina 3 24368 UGID: 135264 Hs.26663 Aumentado
CDYL
Proteína cromodominio similar a Y 1811 UGID: 172621 Hs.269092 Aumentado
STK39
serina treonina cinasa 39 17717 UGID: 174166 Hs.276271 Disminuido
5
10
15
20
25
30
35
Símbolo oficial del gen HUGO
Nombre aprobado HUGO HGNC ID UGID UniGene Nivel de expresión
MAPK14
Proteína cinasa 14 activada por mitógeno 6876 UGID: 700392 Hs.485233 Aumentado
TNF
factor de necrosis tumoral 11892 UGID: 167910 Hs.241570 Aumentado
RIPK1
Proteína serina- treonina cinasa 1 que interactúa con el receptor (TNFRSF) 10019 UGID: 910589 Hs.519842 Aumentado
Los biomarcadores de la invención también incluyen cualquier combinación de los genes identificados en la Tabla 1 cuyo nivel de expresión o producto genético sirve como un biomarcador predictivo. Los biomarcadores de la invención, incluyendo su secuencia génica, son conocidos en la técnica.
En el método de la invención, el nivel de expresión de tres o más genes como se describe en la Tabla 1 se mide y se analiza y se compara con un control. El control para la comparación se puede determinar por un experto en la técnica. En un ejemplo, el control se determina por la elección de un valor que sirve como un valor de corte. Por ejemplo, el valor puede ser un valor que diferencia entre, por ejemplo, las muestras de prueba que tienen un aumento de tres o más genes como se describe en la Tabla 1 de las que no muestran un aumento en tres o más genes como se ha descrito. En otro ejemplo, el perfil de expresión génica de un biomarcador de la invención se compara con el perfil de expresión génica de un conjunto de control de muestras en las que los umbrales para la expresión alta y baja se han caracterizado (por ejemplo, como percentiles).
En una realización particular de la invención, el control está predeterminado y se genera una puntuación que se puede utilizar para seleccionar aquellos sujetos que tienen un tumor que es probable que muestre la capacidad de respuesta a un inhibidor de IAP.
Los biomarcadores de la invención se pueden medir utilizando cualquier método conocido en la técnica tal como PCR de la transcriptasa reversa (PCR-TR) El método incluye el aislamiento de ARNm utilizando cualquier técnica conocida en la técnica y descrita anteriormente, por ejemplo, mediante el uso de un kit de purificación, conjunto de reguladores y proteasa de fabricantes comerciales, tales como Qiagen. El paso de transcripción inversa se ceba típicamente usando cebadores específicos, hexámeros aleatorios, o cebadores oligo-dT, dependiendo de las circunstancias y la meta del perfilamiento de la expresión y el ADNc derivado luego se puede utilizar como una plantilla en la reacción PCR subsiguiente. Luego se puede realizar una prueba TaqMan(R) RT-PCR utilizando, por ejemplo, los equipos disponibles en el mercado.
El ARNm aislado se puede analizar entonces adicionalmente usando cualquier método conocido en la técnica tale como el análisis del micromatriz (microarray), PCR cuantitativa (en "tiempo real"), inmunoprecipitación Northern, y ensayo de protección de nucleasa. En un ejemplo, la PCR cuantitativa en tiempo real se usa para medir la acumulación de producto de PCR a través de una sonda fluorigénica doblemente marcada (por ejemplo, usando la sonda TaqMan (R)). PCR en tiempo real es compatible tanto con PCR competitiva cuantitativa, donde se utiliza competidor interno para cada secuencia objetivo para la normalización, y con la PCR comparativa cuantitativa usando un gen de normalización contenido en la muestra, o un gen constitutivo para la PCR-TR. Para detalles adicionales véase, por ejemplo Held, Genome Research 6:986-994 (1996). En un ensayo PCR en tiempo real una reacción positiva se detecta por la acumulación de una señal fluorescente. El Ct (umbral del ciclo) se define como el número de ciclos requeridos para que la señal fluorescente cruce el umbral (es decir, excede el nivel de fondo). Los niveles de Ct son inversamente proporcionales a la cantidad de ácido nucleico objetivo en la muestra (es decir, a menor nivel de Ct, mayor es la cantidad de ácido nucleico
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
objetivo en la muestra). La mayoría de los ensayos en tiempo real se someten a 40 ciclos de amplificación.
En otro ejemplo, se utilizan micromatrices, que incluyen una o más sondas correspondientes a tres o más de los genes CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1. El uso de una micromatriz resulta en la producción de patrones de hibridación de ácidos nucleicos objetivo marcados en la superficie del arreglo. Los patrones de hibridación resultantes de los ácidos nucleicos marcados se pueden visualizar o detectar en una variedad de maneras, con la forma particular de detección seleccionada en base a la etiqueta particular del ácido nucleico objetivo. Medios de detección representativos incluyen recuento de centelleo, autorradiografía, medición de fluorescencia, medición calorimétrica, medición de emisión de luz, dispersión de luz, y similares.
En otro ejemplo, se puede utilizar una tarjeta de un Arreglo de Baja Densidad TaqMan® (TLDA) se puede utilizar, la cual puede incluir una o más sondas correspondientes a tres o más de los genes CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39, MAPK14, TNF y RIPK1. Este método utiliza una tarjeta de microfluidos que realiza reacciones PCR simultáneas en tiempo real.
En un ejemplo, el método de detección utiliza un escáner del arreglo que está disponible comercialmente (Affymetrix, Santa Clara, Calif.), por ejemplo, el 417Arrayer, el 418Array Scanner, o el Agilent GeneArray Scanner. Este escáner se controla desde un ordenador del sistema con una interfaz y herramientas de software fáciles de usar. La salida se puede importar directamente a o leer directamente por una variedad de aplicaciones de software. Dispositivos de escaneo se describen en, por ejemplo, EE.UU. Pat. Nos. 5.143.854 y 5.424.186.
Análisis de datos:
Para facilitar la operación de análisis de muestras, los datos obtenidos por el lector desde el dispositivo pueden ser analizados mediante un ordenador digital. Típicamente, el ordenador se puede programar adecuadamente para la recepción y almacenamiento de los datos desde el dispositivo, así como para el análisis y la comunicación de los datos recogidos, por ejemplo, la sustracción de los antecedentes, la verificación de que los controles se han realizado correctamente, la normalización de las señales, la interpretación de los datos de fluorescencia para determinar la cantidad de objetivo hibridado, normalización de fondo, y similares.
Kits
La invención proporciona además kits para la determinación del nivel de expresión de los blomarcadores descritos en el presente documento. Los kits pueden ser útiles para determinar quién se beneficiará del tratamiento con un inhibidor IAP. Un kit puede comprender sondas de genes identificados en la Tabla 1 se puede utilizar para medir la expresión génica de una muestra de prueba. En una realización, el kit comprende un medio legible por ordenador que incluye software de análisis de perfil de expresión capaz de ser cargado en la memoria de un sistema Informático y que puede convertir los valores de expresión medidos en una puntuación de riesgo. Un kit puede comprender además controles de ácidos nucleicos, reguladores, e instrucciones para su uso.
Administración.
Los inhibidores de IAP descritos en este documento pueden administrarse selectivamente en cantidades terapéuticamente efectivas a través de cualquiera de los modos habituales y aceptables conocidos en la técnica, ya sea solos o en combinación con uno o más agentes terapéuticos basados en el Individuo que se ha determinado es más propenso a responder a inhibidores de IAP con base en los biomarcadores divulgados en este documento. Una cantidad terapéuticamente efectiva puede variar ampliamente dependiendo de la gravedad de la enfermedad, la edad y la salud relativa del sujeto, la potencia del compuesto usado y otros factores.
Un experto en la técnica reconocerá muchos métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en el presente documento, que se podrían utilizar en la práctica de la presente Invención. De hecho, la presente invención no es de ninguna manera limitada a los métodos y materiales descritos. Para propósitos de la presente invención, los siguientes términos se definen a continuación.
Ejemplos
Ejemplo 1: Biomarcadores para la respuesta de IAP
Se utilizó un marco estadístico que integra datos farmacológicos, junto con los datos genéticos y de expresión
5
10
15
20
25
30
de ARNm con el fin de desarrollar blomarcadores para predecir la respuesta a los Inhibidores de IAP. El uso de los datos genómlcos generados como parte de la colección de la Enciclopedia de Líneas Celulares de Cáncer (Barretina JS, Caponlgro G, Stransky N (2012) Nature; 483:603-7), se reunió el número de coplas del gen, la expresión de ARNm y los datos de mutación en una sola matriz. La actividad celular de un único agente de diversos antagonistas de IAP se evaluó contra un panel de > 500 líneas de células tumorales usando un ensayo de proliferación de 72 horas. Se clasificaron estas líneas celulares en clases sensibles, Intermedias y refractarlas con base de la distribución de los datos de CI50 y curación manual de las respuestas individuales. Una prueba estadística se aplicó con el fin de Identificar "características" genómicas que podrían diferenciar las líneas celulares sensibles a antagonistas de IAP de líneas refractarias. Entre los genes mejor clasificados que muestran la expresión de ARNm diferencial estuvieron TNF y RIPK1, dos genes con evidencia de la respuesta apoptótica a los antagonistas de IAP con base en estudios experimentales que implican una o unas pocas líneas celulares. Por lo tanto, se pueden extender las observaciones anteriores sobre experimentos limitados sistemáticamente a un gran conjunto de datos y se identificó un conjunto adicional de siete genes (CXLC10, CCL5, NFKBIA, HERC5, CDYL, STK39 y MAPK14), cuyos ARNm se expresaron dlferenclalmente en líneas refractarlas comparadas sensibles.
Se construyó un modelo de aprendizaje automático predictivo usando el clasificador de Nalve Bayes con base en la firma de 9 genes, así como una firma de 2-genes TNF/RIPK1. Estos modelos predlctlvos aumentan significativamente la tasa de respuesta de la línea celular a los antagonistas de IAP como se ¡lustra por el desempeño predictivo (área bajo la curva ROC o AUC) en la Tabla 2. En algunos regímenes de modelo de corte, esto se traduce en un aumento de dos a tres veces en la tasa de respuesta a (S)-N-((S)-1-clclohexil-2- {(S)-2-[4-(4-fluoro-benzo¡l)-t¡azol-2-¡l]-p¡rrol¡d¡n-1-¡l}-2-oxo-etil)-2-met¡lam¡no-prop¡onam¡da, uno de los antagonistas de IAP en nuestra serle, en comparación con las líneas celulares aleatorias "de múltiple procedencia" donde no se aplica ninguna selección. Por ejemplo, en el modelo optimizado de cortes para obtener un rendimiento equilibrado entre la sensibilidad y la especificidad de cada modelo, las firmas produjeron tasas de respuesta del 16-18% en la validación cruzada en comparación con la tasa de respuesta del 8% al azar sin ningún tipo de selección. Esta tasa de respuesta mejorada fue validada adicionalmente en la prueba experimental Independiente del conjunto de compuestos sin tratamiento de líneas celulares que se predijo serían sensibles (las AUC se muestran en la tabla 2).
Tabla 2
Modelo
Desempeño de AUC (Área bajo la curva ROC ) Contexto del conjunto de muestras
gen 2
0.81
gen 3
0,79 Validación cruzada dentro de líneas celulares
gen 9
0,75
gen 2
0,61
gen 3
0,60 Conjunto nuevo de prueba independiente para la línea celular
gen 9
0,76
Adicionalmente, la (S)-N-((S)-1-ciclohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-il]-pirrolidin-1-il}-2-oxo-etil)-2- metilamino-propionamida ha sido probado para determinad su actividad de agente único en modelos de tumores derivados de 55 pacientes que representan cáncer de mama triple negativo, NSCLC y modelos de
cáncer pancreático Se observaron una serie de respuestas que van desde la regresión del tumor a ningún efecto. Se observó que las firmas de 2-genes, 3-genes y 9 genes pueden enriquecer la respuesta a una tasa consistente con los datos de líneas celulares (Tabla 3, proporcionando así una validación in vivo independiente para la firma. Por ejemplo, en el modelo optimizado de cortes para obtener un rendimiento 5 equilibrado entre la sensibilidad y la especificidad, las firmas produjeron tasas de respuesta de ~ 30% en comparación con la tasa de respuesta del 11% al azar. Entre los siete genes candidatos nuevos anteriores, se encontró que los niveles más bajos de STK39 muestran una fuerte correlación con la respuesta ¡n vivo de (S)- N-((S)-1-c¡clohex¡l-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzo¡l)-tiazol-2-il]-pirrolidin-1-il}-2-oxo-etil)-2-metilamlno-prop¡onamida (Figura 1). Los resultados del estudio de xenoinjerto mostraron que TNF, RIPK1 y STK39 (firma de "3-genes") 10 se desempeñaron sorprendentemente bien en la predicción de la respuesta in vivo de (S)-N-((S)-1-ciclohexil- 2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzo¡l)-t¡azol-2-¡l]-plrrol¡d¡n-1-il}-2-oxo-etil)-2-met¡lam¡no-propionamida (Tabla 3).
Tabla 3
Modelo
Desempeño de AUC (Área bajo la curva ROC ) Contexto de conjunto de muestras
gen 2
0,86
gen 3
0,93 Conjunto de prueba independiente de xenoinjerto
gen 9
0,87
También se mostró que este conjunto de tres ARNm predice la respuesta a otro antagonista de IAP.
15 El método para la cuantlflcación de ARNm de TNF, RIPK1, y STK39 por RT-PCR en xenoinjertos de tumores humanos primarlos (Figuras 1-3) se realizó como sigue. Se extrajo ARN de tumores humanos primarios cultivados en ratones utilizando el "Mlnl Kit RNeasy" de Qiagen (número de catálogo 74106). ADNc fue sintetizado utilizando el “kit de transcripción reversa de alta capacidad de ADNc” de Applied Biosystems (número de pieza 4368813). El ADNc fue pre-amplificado utilizando el kit "Taqman Preamp Master Mix (2X)" 20 de Applied Biosystems (número de parte 4384266) utilizando 50 ng de ADNc y preamplificación durante 14 ciclos. PCR Taqman en tiempo real se realizó en formato de placas de 384 pozos con 5 microlitros de ADNc preamplificado utilizando ensayos de Applied Biosystems: Ensayo de TNF ID Hs99999043_m1; ensayo de RIPK1 ID Hs00355392_m1; ensayo de STK39 ID Hs00202989_m1. Los resultados de PCR en tiempo real se normalizaron a 3 genes de control: Ensayo de B2M ID Hs99999907_m1; ensayo de HUWE1 ID 25 Hs00948075_m1; ensayo de UBC ID Hs00824723_m1.

Claims (9)

  1. 5
    10
    15
    20
    25
    30
    REIVINDICACIONES
    1. Un método de análisis de una muestra biológica de un sujeto con cáncer, que comprende determinar un nivel de expresión de ARNm de biomarcadores que comprenden TNF y RIPK1 y STK39 en la muestra biológica tomada del sujeto, en donde el nivel de expresión de los biomarcadores en comparación con un control provee un indicador de si el sujeto tiene una mayor probabilidad de respuesta a un inhibidor del inhibidor de la Proteína de Apoptosis (IAP).
  2. 2. Un método de selección de un sujeto que tiene cáncer para el tratamiento con la (S)-N-((S)-1-Ciclohexil-2- {(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-il]-pirrolidin-1-il}-2-oxo-etil)-2-metilamino-propionamida, comprendiendo el método determinar un nivel de expresión de ARNm de biomarcadores que comprenden TNF, RIPK1 y STK39 en la muestra biológica tomada del sujeto, para predecir así una mayor probabilidad de respuesta a la (S)-N- ((S)-1-Ciclohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2-il]-pirrolidin-1-il}-2-oxo-etil)-2-metilamino-propionamida.
  3. 3. Un inhibidor del inhibidor de Proteína de la Apoptosis (IAP) (S)-N-((S)-1-Ciclohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro- benzoil)-2-il]-pirrolidin-1-il}-2-oxo-etil)-2-metilamino-propionamida para uso en el tratamiento de un sujeto que tiene cáncer caracterizado por el nivel de expresión de ARNm de los biomarcadores que comprenden TNF, RIPK1 y STK39 en la muestra biológica tomada del sujeto.
  4. 4. Un inhibidor del inhibidor de Proteína de la Apoptosis (IAP) para su uso en el tratamiento de un sujeto que tiene cáncer caracterizado por el nivel de expresión de ARNm de los biomarcadores que comprenden TNF RIP1 y STK39.
  5. 5. El inhibidor de IAP para uso según la reivindicación 3 o la reivindicación 4, en donde el sujeto tiene un mayor nivel de expresión de ARNm de TNF y RIPK1 y una disminución del nivel de expresión de STK39.
  6. 6. El método de las reivindicaciones 1 o 2 o inhibidor de IAP para uso de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 3 - 5 en donde el cáncer es cáncer de mama, de ovario o de pulmón.
  7. 7. El método o inhibidor de IAP para uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones precedentes anteriores en donde el nivel de expresión se determina usando RT-PCR.
  8. 8. El método de la reivindicación 1 en donde el inhibidor de IAP es (S)-N-((S)-1-Ciclohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro- benzoil)-tiazol-2-il]-pirrolidin-1-il}-2-oxo-etil)-2-metilamino-propionamida, o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo.
  9. 9. El inhibidor de IAP para uso de acurdo con la reivindicación 4, en donde el inhibidor de IAP es (S)-N-((S)-1- Ciclohexil-2-{(S)-2-[4-(4-fluoro-benzoil)-tiazol-2- ¡l]-p¡rrolid¡n-1-¡|}-2-oxo-etil)-2-met¡lamino-propionam¡da o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo.
ES13721886.3T 2012-05-04 2013-05-03 Biomarcadores para la terapia inhibidora de IAP Active ES2593046T3 (es)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201261642899P 2012-05-04 2012-05-04
US201261642899P 2012-05-04
PCT/US2013/039362 WO2013166344A1 (en) 2012-05-04 2013-05-03 Biomarkers for iap inhibitor therapy

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES2593046T3 true ES2593046T3 (es) 2016-12-05

Family

ID=48407833

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES13721886.3T Active ES2593046T3 (es) 2012-05-04 2013-05-03 Biomarcadores para la terapia inhibidora de IAP

Country Status (20)

Country Link
US (1) US9353419B2 (es)
EP (1) EP2844764B1 (es)
JP (1) JP6513019B2 (es)
KR (1) KR20150011822A (es)
CN (1) CN104284988A (es)
AU (1) AU2013256182A1 (es)
BR (1) BR112014027413A2 (es)
CA (1) CA2871995A1 (es)
CL (1) CL2014002976A1 (es)
ES (1) ES2593046T3 (es)
HK (1) HK1202589A1 (es)
IL (1) IL235315A0 (es)
MA (1) MA37475A1 (es)
MX (1) MX2014013429A (es)
PH (1) PH12014502461A1 (es)
RU (1) RU2014148779A (es)
SG (1) SG11201406837TA (es)
TN (1) TN2014000443A1 (es)
TW (1) TW201347760A (es)
WO (1) WO2013166344A1 (es)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2015109391A1 (en) 2014-01-24 2015-07-30 Children's Hospital Of Eastern Ontario Research Institute Inc. Smc combination therapy for the treatment of cancer
CA2970525A1 (en) 2014-12-11 2016-06-16 President And Fellows Of Harvard College Inhibitors of cellular necrosis and related methods
KR20200081417A (ko) * 2017-11-01 2020-07-07 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 아폽토시스 억제제 단백질을 표적화하는 신규 작용제

Family Cites Families (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5424186A (en) 1989-06-07 1995-06-13 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
GB0215823D0 (en) 2002-07-09 2002-08-14 Astrazeneca Ab Quinazoline derivatives
ES2318167T3 (es) 2002-07-15 2009-05-01 The Trustees Of Princeton University Compuestos de union a iap.
JP2007522116A (ja) 2004-01-16 2007-08-09 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン コンホメーションが制約されたＳｍａｃ模倣物およびその使用
CA2553871A1 (en) 2004-01-16 2005-08-04 The Regents Of The University Of Michigan Smac peptidomimetics and the uses thereof
US7345081B2 (en) 2004-03-23 2008-03-18 Genentech, Inc. Azabicyclo-octane inhibitors of IAP
RU2425838C2 (ru) 2004-04-07 2011-08-10 Новартис Аг Ингибиторы iap
PL1778718T3 (pl) 2004-07-02 2015-03-31 Genentech Inc Inhibitory IAP
US7674787B2 (en) 2004-07-09 2010-03-09 The Regents Of The University Of Michigan Conformationally constrained Smac mimetics and the uses thereof
US20100190688A1 (en) 2004-07-12 2010-07-29 Bin Chao Tetrapeptide analogs
ES2475207T3 (es) 2004-07-15 2014-07-10 Tetralogic Pharmaceuticals Corporation Compuestos de unión a IAP
NZ589670A (en) 2004-12-20 2013-01-25 Genentech Inc Pyrrolidine inhibitors of iap
EP1960551A2 (en) * 2005-12-01 2008-08-27 Medical Prognosis Institute Methods and devices for identifying biomarkers of treatment response and use thereof to predict treatment efficacy
CA2665838A1 (en) * 2006-10-19 2008-05-15 Novartis Ag Organic compounds
CN101529254A (zh) * 2006-10-19 2009-09-09 诺瓦提斯公司 有机化合物
TWI432212B (zh) 2007-04-30 2014-04-01 Genentech Inc Ｉａｐ抑制劑
EP2382465A1 (en) * 2009-01-29 2011-11-02 Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg Method of determining sensitivity of human or non-human animal cells to an iap antagonist
JP2012517238A (ja) * 2009-02-11 2012-08-02 カリス エムピーアイ インコーポレイテッド 腫瘍の分子プロファイリング法
EP2478358A1 (en) * 2009-09-18 2012-07-25 Novartis AG Biomarkers for iap inhibitor compounds
CN101956014B (zh) 2010-09-30 2014-05-28 中山大学 一种用于鼻咽癌早期诊断的外周血7个基因标志物的检测试剂盒

Also Published As

Publication number Publication date
AU2013256182A1 (en) 2014-11-13
BR112014027413A2 (pt) 2017-06-27
EP2844764A1 (en) 2015-03-11
CA2871995A1 (en) 2013-11-07
EP2844764B1 (en) 2016-06-22
US9353419B2 (en) 2016-05-31
CL2014002976A1 (es) 2015-02-13
HK1202589A1 (zh) 2015-10-02
RU2014148779A (ru) 2016-06-27
SG11201406837TA (en) 2014-11-27
CN104284988A (zh) 2015-01-14
MX2014013429A (es) 2014-12-08
US20150105434A1 (en) 2015-04-16
WO2013166344A1 (en) 2013-11-07
PH12014502461A1 (en) 2014-12-22
JP6513019B2 (ja) 2019-05-15
JP2015523056A (ja) 2015-08-13
IL235315A0 (en) 2014-12-31
TN2014000443A1 (en) 2016-03-30
MA37475A1 (fr) 2016-05-31
KR20150011822A (ko) 2015-02-02
TW201347760A (zh) 2013-12-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP2715366B1 (en) Biomarkers for hedgehog inhibitor therapy
Fedorenko et al. Acquired and intrinsic BRAF inhibitor resistance in BRAF V600E mutant melanoma
Cummings et al. Apoptosis pathway-targeted drugs—from the bench to the clinic
ES2550192T3 (es) Biomarcadores para el cáncer de pulmón
Squires et al. AT7519, a cyclin-dependent kinase inhibitor, exerts its effects by transcriptional inhibition in leukemia cell lines and patient samples
CN103402517A (zh) 使用braf抑制剂的治疗方法
Shono et al. Characterization of a c-Rel inhibitor that mediates anticancer properties in hematologic malignancies by blocking NF-κB–controlled oxidative stress responses
RU2635193C2 (ru) Биомаркеры для прогнозирования чувствительности к противоопухолевой терапии
Uramoto et al. Epidermal growth factor receptor mutations are associated with gefitinib sensitivity in non-small cell lung cancer in Japanese
JP2015526074A (ja) Ｊａｋ／ｓｔａｔ阻害剤に対する治療反応の予測
Banerjee et al. Loss of the PTCH1 tumor suppressor defines a new subset of plexiform fibromyxoma
ES2593046T3 (es) Biomarcadores para la terapia inhibidora de IAP
Sorger et al. Blocking STAT3/5 through direct or upstream kinase targeting in leukemic cutaneous T‐cell lymphoma
Arcaroli et al. Biomarker‐driven trial in metastatic pancreas cancer: feasibility in a multicenter study of saracatinib, an oral S rc inhibitor, in previously treated pancreatic cancer
Lavogina et al. Chemosensitivity and chemoresistance in endometriosis–differences for ectopic versus eutopic cells
ES2685709T3 (es) Biomarcador predictivo mediado por un inhibidor de CDK útil para la terapia contra el cáncer
Mahauad-Fernandez et al. Bi-steric mTORC1-selective Inhibitors activate 4EBP1 reversing MYC-induced tumorigenesis and synergize with immunotherapy
Jain et al. Wnt inhibition alleviates resistance to immune checkpoint blockade in glioblastoma
HAMADI FOXM1 inhibition regulates downstream oncogenic signaling in lung cancer and immunomodulation
Rizzo et al. The Identity of PDGFRA D842V-Mutant Gastrointestinal Stromal Tumors (GIST). Cancers 2021, 13, 705
JP5119546B2 (ja) 胃を原発巣とする消化管間質腫瘍の悪性化の診断法
NZ617421B2 (en) Biomarkers for hedgehog inhibitor therapy