JP2015509715A - 齲歯のための置換療法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、米国仮出願61/603,661(2012年2月27日出願)および米国仮出願61/603,693(2012年2月27日出願)の利益を主張し、この両者とも引用によりその全体を本明細書に包含させる。
齲歯は世界で最も蔓延している慢性感染症の一つである。米国で5〜9歳の小児の過半数に少なくとも1個の齲腔があるかまたは充填されており、17歳までに、約80%の若者が齲腔を持つに至っている。合衆国保健社会福祉省。Oral Health in America: A Report of the Surgeon General--Executive Summary. Rockville, MD: US Department of Health and Human Services, National Institute of Dental and Craniofacial Research, National Institutes of Health, 2000。
一つの態様において、本発明は、
(a)乳酸の発現が、野生型ストレプトコッカス・ミュータンス株と比較して約80%またはそれ以上減少するような、乳酸合成に関与するポリヌクレオチドにおける変異;
(b)組み換えアルコールデヒドロゲナーゼポリヌクレオチド;
(c)式I
を含むランチビオティクスをコードする組み換えポリヌクレオチド
を含む、単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株を提供する。本株はさらにTrp4insAla変異またはΔTrp4変異を含み得る。次のアミノ酸置換も存在し得る:Abu8AlaまたはDhb14AlaまたはAbu8AlaおよびDhb14Alaの両者。本株は、ComE、ComCまたはComEおよびComCの両者の発現が、野生型ストレプトコッカス・ミュータンス株と比較して約80%またはそれ以上減少するような、ComE、ComCまたはComEおよびComCの両者の合成に関与するポリヌクレオチドにおける変異を含み得る。本株は、さらに、D−アミノ酸の発現が野生型ストレプトコッカス・ミュータンス株と比較して約80%またはそれ以上減少するような、D−アミノ酸合成に関与するポリヌクレオチドにおける変異を含み得る。D−アミノ酸合成に関与するポリヌクレオチドはdalまたはdalのプロモーターであり得る。組み換えアルコールデヒドロゲナーゼポリヌクレオチドは、ザイモモナス・モビリス(Zymomonas mobilis)アルコールデヒドロゲナーゼポリヌクレオチドまたはストレプトコッカス・ミュータンスアルコールデヒドロゲナーゼポリヌクレオチドであり得る。
ここで使用する単数表現は、文脈から明らかに異なる解釈が必要でない限り、複数も含む。
任意のストレプトコッカス・ミュータンス株を、本発明の組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株の構築に使用できる。本発明の組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株は、口腔で通常コロニー形成する野生型ストレプトコッカス・ミュータンス株を超える選択優位性を有する。選択優位性は、本株による口腔のコロニー形成を促進し、口腔にコロニー形成する常在株を置換する種々の特徴(例えば、抗菌化合物の産生、減少したまたは有利な相対的代謝要求、大きな相対的増殖率、代謝物スカベンジャーの産生)によりもたらされる。本発明の一つの態様において、本発明の組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株によるコロニー形成は、他の、非ストレプトコッカス・ミュータンス株(例えば、齲蝕発生と無関係な正常細菌叢)によるコロニー形成を実質的に妨害しない。例えば、増強したランチビオティクス活性を有する変異型MU1140ランチビオティクスを産生するストレプトコッカス・ミュータンスの組み換え株での感染は、口腔内の他の常在微生物主に影響することなく、常在する齲蝕原性ストレプトコッカス・ミュータンス株を置換する。
組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株は、種々の核酸組み換え技術(すなわち、DNAまたはRNAの操作を含む技術)のいずれかを使用して産生した天然に存在しないストレプトコッカス・ミュータンスの株である。一般に、本発明の組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株は乳酸産生に欠損を有し、組み換えアルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)ポリペチドを発現し、野生型MU1140より大きな生物学的活性を有する変異型MU1140ランチビオティクスの産生に十分な組み換えポリペチドを発現する。ストレプトコッカス・ミュータンスの組み換え株は、所望によりComE、ComCまたはComEおよびComCの両者の発現が欠損していてよくおよび/または所望により特定の宿主の口腔または食餌に通常存在しない有機物質(例えば、D−アミノ酸)に栄養要求性であってもよい。
MU1140は、環BとCの間の“ヒンジ領域”でねじれた、全体として蹄鉄様形態を有する。Smith et al. (2003) Biochem. 42:10372-10384。この形態は、アミノ末端AB環(脂質II結合ドメイン)を、カルボキシ末端と重なっているCD環に向けて折りたたむ、ヒンジ領域における回転様モチーフの結果である。ヒンジ領域の柔軟性は、MU1140の側方集合に重要であると考えられ、脂質IIの捕捉および隔離を可能とする。環AのTrp4のΨ角およびDha5のΦ角は、その柔軟性への寄与を補助する。さらにSAla7(チオエーテル環に拘束されない残基)のΨ結合は360°回転し、環Aが環Bに対して自由に回転することを可能にすることも決定された。この柔軟性は、脂質II結合中の環AおよびBの指向性に重要であると考えられる。ヒンジ領域はまた潜在的酵素感受性アルギニンを残基13に含む。MU1140の構造遺伝子(lanA)における変異を、次のアミノ酸変化の影響を決定するために作製した:Phe1Ile、Phe1Gly、Trp4Ala、Trp4insAla、ΔTrp4、Dha5Ala、Alas7insAlaおよびArg13Asp。図1B。
1. Phe1IleまたはPhe1Gly;すなわち、1位のフェニルアラニンのイソロイシンまたはグリシンへの変換。
2. Trp4Ala;すなわち、4位のトリプトファンのアラニンへの変換。
3. Dha5Ala;すなわち、5位の2,3−ジデヒドロアラニンのアラニンへの変換。
4. Arg13Asp;すなわち、13位のアルギニンのアスパラギン酸への変換。
“乳酸欠損”または“乳酸産生の欠損”は、組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株が、野生型ストレプトコッカス・ミュータンスと比較して産生する乳酸の量が実質的に減少していることを意味する。乳酸の実質的に減少した量は、野生型ストレプトコッカス・ミュータンス株(例えばストレプトコッカス・ミュータンス株UA159(ATCC 700610))またはストレプトコッカス・ソブリナス(Streptococcus sobrinus)(例えばストレプトコッカス・ソブリナス株SL1(ATCC 33478))、ストレプトコッカス・ラッタス(Streptococcus rattus)(例えば、ストレプトコッカス・ラッタス株FA1(ATCC 19645))、ストレプトコッカス・クリセツス(Streptococcus cricetus)(ストレプトコッカス・クリセツス株HS6(ATCC 19642))およびストレプトコッカス・フェルス(Streptococcus ferus)(ストレプトコッカス・フェルス株8S1))を含む、ミュータンス連鎖球菌群に属する他の種により産生される乳酸より約40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%または100%(または約40%〜約100%の間の任意の範囲)少ない。本発明の一つの態様において、乳酸欠損ストレプトコッカス・ミュータンスエフェクター株は検出可能な乳酸を産生しない。乳酸発現は、例えば、Hillman et al., Infect. Immun. 62:60 (1994); Hillman et al., Infect. Immun. 64:4319 (1996); Hillman et al., 1990, Infect. Immun., 58:1290-1295に記載に従って検出できる。
乳酸合成における欠損がストレプトコッカス・ミュータンスにとって致死的であるため、組み換え、乳酸欠損ストレプトコッカス・ミュータンス株における欠損は、組み換えアルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)の産生により補填されなければならない。例えば、Hillman et al., Infect. Immun. 64:4319 (1996)参照。組み換えADHの産生は、蓄積すれば乳酸欠損ストレプトコッカス・ミュータンスの死の原因となる代謝物、例えば、ピルベートの蓄積を阻止する。
本発明の組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株は、所望により、組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株による口腔コロニー形成が制御できるように、宿主の口腔または食餌に通常存在しない有機物質に対する栄養要求性であるように遺伝子操作できる。すなわち、組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株は、所望により増殖に必要とする特定の有機化合物を合成できないように、遺伝子操作できる。例えば、本発明の株は、D−アミノ酸、例えばD−アラニンの栄養要求株である。これにより、栄養要求性株のコロニー形成は、口腔内の有機物質の量の制御により調節できる。例えば、コロニー形成は、有機化合物を定期的に口腔に提供することにより促進でき、口腔への有機物質の投与の保留によりコロニー形成を停止できる。
所望により、本発明の組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株は不活性化または非機能化comE遺伝子を含み得る。不活性化または非機能化comE遺伝子を有する株は、ComEが環境的DNA取り込みに重要であるため、形質転換を受けにくい。さらに、comEは補完され得ない。
本発明のポリヌクレオチドは、全体より少ない微生物ゲノムを含み、一本鎖または二本鎖核酸であり得る。ポリヌクレオチドはRNA、DNA、cDNA、ゲノムDNA、化学合成したRNAまたはDNAまたはこれらの組み合わせであり得る。ポリヌクレオチドは、他の成分、例えばタンパク質、脂質および他のポリヌクレオチドがないように精製できる。例えば、ポリヌクレオチドは50%、75%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%精製され得る。ゲノムDNA制限消化を含む、例えば、cDNAまたはゲノムライブラリーまたはゲル切片内の数百から数百万の他の核酸分子の中に存在する核酸分子は、単離されたポリヌクレオチドとは見なされない。
本発明の組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株は:1)乳酸欠損および2)組み換えADH産生、3)変異型MU1140産生、4)所望により、特異的有機物質(例えば、D−アミノ酸例えばD−アラニン)に対する栄養素要求性、5)所望により、ComE発現における欠損またはこれらの組み合わせを特徴とし得る。
本発明の組み換えストレプトコッカス・ミュータンスは、治療有効量で本発明の組成物に存在できる。治療有効は、齲腔の予防または数または発生率の数が少ない(例えば、本組成物を投与されなかったコントロールより5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%または100%少ない齲腔)および/または重症度が低い(例えば、本組成物を投与されなかったコントロールより5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%または100%重症度が低い齲腔)に有効であることを意味する。
ストレプトコッカス・ミュータンスゲノムデータベースおよびlan遺伝子クラスター、GenBank/EMBL accession number(AF051560)を、突然変異誘発および配列決定作業用のプライマーの設計に使用した。野生型MU1140構造遺伝子(lanA)の読み取り枠(ORF)に加えて5’および3’フランキングDNA500塩基対(bp)をpVA891プラスミドにクローン化してp190を作製した。p190のクローン化インサートは、SRWlanA_1およびSRWlanA_2のプライマー配列を使用したストレプトコッカス・ミュータンス株JH1140(ATCC 55676)の染色体DNAのPCR増幅に由来した(図3参照)。試薬および培地はFisher Scientificから購入し、酵素はNew England BioLabs(Ipswich, MA)から購入した。
変異(図1B参照)を、MU1140の構造遺伝子であるlanAのプロペプチド領域に導入し、MU1140の変異型を製造した。図2参照。p190プラスミド(J.D. Hillman、未発表)を鋳型として使用し、部位特異的変異を2段階PCRを使用して導入した。第一段階で、上流および下流外部プライマー(SRWlanA_1およびSRWlanA_2)を適当な内部プライマー(例えば、SRWlanA_1/Trp4Ala_2およびSRWlanA_2/Trp4Ala_1)(図3)と対形成させ、その一方は、野生型配列に対して改変した塩基配列を含むように合成した。この段階により、2個のフラグメントが産生され、5’フランキングDNAおよびlanAの一部を含む一つは、部位特異的塩基変化を含んだ。第二のフラグメントはlanAの残りと3’フランキングDNAを含んだ。MU1140変異型の製造に使用したプライマーは図3に見られる。2個のフラグメントを次いで等量で混合し、2個の外部プライマー、SRWlanA_1およびSRWlanA_2を使用する第二ラウンドのPCRに付して、最終アンプリコンを得た。
制限酵素消化を、確認された変異を担持するコロニーからの精製プラスミドで行った。インサートをTOPOプラスミドから電気泳動により分離し、ゲルから切り取り、Qiagen Gel Extraction Kit(Qiagen, Valencia, CA)を使用して精製した。次いで、精製インサートをストレプトコッカス・ミュータンス自殺ベクターであるpVA891に、3:1インサート:ベクター比で、T4 DNAリガーゼを16℃で一夜使用してライゲートした。次いで、得られたプラスミドを標準法を使用してDH5α細胞に形質転換し、300μg/mLのエリスロマイシンを含むLBプレートに広げた。インキュベーション後に生じるコロニーを分析して、上記のとおり適切なインサートサイズおよび配列を決定した。
望むlanA変異を含むクローンを、次のとおりヘテロディプロイド状態の自然的分割により得た:数個の確認したヘテロディプロイドを、一夜、エリスロマイシンを含まない20mL THyexブロスで増殖させた。培養物を継代培養し(新鮮媒体に1:20希釈)、再び飽和するまで一夜増殖させた。次いで培養物を100,000倍希釈し、大THyex寒天プレートに広げ、37℃で48時間インキュベートした。得られたコロニーは、エリスロマイシン含有または非含有培地上にレプリカパッチし、pVA891プラスミド(エリスロマイシン耐性遺伝子発現)の除去および野生型または変異lanA遺伝子が起きている自然的組み換えを同定した。レプリカプレーティング技術により同定したエリスロマイシン感受性コロニーを、エリスロマイシン含有および非含有培地で再試験した。エリスロマイシン感受性クローンのlanA領域を上記のとおりPCRで増幅した。産生したアンプリコンを配列決定して、修飾lanA遺伝子のみを有するクローンを同定した。BLAST配列分析を使用して、lanAの野生型配列と疑わしい変異体のlanAを比較した(図2)。産生した変異体は:Trp4Ala、Trp4insAla、ΔTrp4、Dha5Ala、Alas7insAlaおよびArg13Aspであった。
親ストレプトコッカス・ミュータンス株、JH1140(ATCC 55676)および変異体を、0.8のOD600まで増殖させ、0.2のOD600まで希釈した。培養物のサンプル(2μL)を、予め温めたTHyex寒天プレート(150×15mm)に3箇所スポットし、空気乾燥した。このアッセイを、各サンプルが阻害帯の比較のために同じコロニーサイズを有することを確認する補助として行った。プレートを24時間、37℃でインキュベートし、55℃のオーブンに30分入れて細菌を殺し、ミクロコッカス・ルテウスATCC 272インディケーター株を融解したトップ寒天に重層した。細菌を熱殺菌することにより、更なる抗微生物化合物産生を阻止した。ミクロコッカス・ルテウスATCC 272を0.4〜0.8のOD600nmまで増殖し、0.2のOD600nmに希釈した。次いで、400μlのこれらの細胞を10mlの融解したトップ寒天に添加した(42℃)(30g/L トッドヘヴィットブロスおよび7.5g/L 栄養寒天)。標準化懸濁液を含む全10mLのトップ寒天を、約50mLのTHyex寒天を含むプレートに添加した。プレートを固化させ、倒置し、一夜、37℃でインキュベートした。各阻止円半径を、コロニーの端から円の最も遠い部分まで測定した(mm)。阻止域の面積を各円で計算し、野生型(n=10)の平均域面積と比較した。
野生型ミュータシン1140、F1I変異を有するミュータシン1140、W4A変異を有するミュータシン1140およびR13D変異を有するミュータシン1140を、約90%純度まで精製した(HPLCで測定)。MU1140およびMU1140の変異型の最小阻止濃度(MIC)を数種の細菌に対して決定した。MICは、24時間インキュベーション後に、微生物の可視増殖を阻害するMU1140の最低濃度である。MICが低いほど、阻害活性が大きいことを示す。最小阻止濃度(MIC)のための抗微生物剤および細菌接種材料の調製を、Clinical Laboratory Standard Institute (CLSI) M07-8Aに記載の方法に従い、わずかにいくつか改変して行った。ストレプトコッカス・ミュータンスUA159を、細菌を均一に分散させるために振盪させたインキュベーター一夜試験した。クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)UK1を嫌気性チャンバーで37℃で試験した。使用した培地はHyexであった。結果を表1に示す。
Claims (10)
- (a)乳酸の発現が、野生型ストレプトコッカス・ミュータンス株と比較して約80%またはそれ以上減少するような、乳酸合成に関与するポリヌクレオチドにおける変異;
(b)組み換えアルコールデヒドロゲナーゼポリヌクレオチド;
(c)式I
を含むランチビオティクスをコードする組み換えポリヌクレオチド
を含む単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株。 - 式Iを含むミュータシンがさらにTrp4insAla変異またはΔTrp4変異を含む、請求項1に記載の単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株。
- 式Iを含むランチビオティクスに、Abu8AlaまたはDhb14Ala、またはAbu8AlaおよびDhb14Alaの両者のアミノ酸置換が存在する、請求項1に記載の単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株。
- ComE、ComC、またはComEおよびComCの両者の発現が野生型ストレプトコッカス・ミュータンス株と比較して約80%またはそれ以上減少するようなComE、ComC、またはComEおよびComC両者の合成に関与するポリヌクレオチドにおける変異をさらに含む、請求項1に記載の単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株。
- D−アミノ酸の発現が野生型ストレプトコッカス・ミュータンス株と比較して約80%またはそれ以上減少するようなD−アミノ酸合成に関与するポリヌクレオチドにおける変異をさらに含む、請求項1に記載の単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株。
- ポリヌクレオチドがdalまたはdalのプロモーターである、請求項5に記載の単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株。
- 組み換えアルコールデヒドロゲナーゼポリヌクレオチドがザイモモナス・モビリスアルコールデヒドロゲナーゼポリヌクレオチドまたはストレプトコッカス・ミュータンスアルコールデヒドロゲナーゼポリヌクレオチドである、請求項1に記載の単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株。
- 請求項1に記載の単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株を、宿主の口腔にいる齲歯誘発ストレプトコッカス・ミュータンス宿主株の置換に有効な量で宿主に経口投与することを含む、齲歯感受性宿主における齲歯の発生率または重症度を軽減する方法。
- 単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株が洗口液、練り歯磨き、チューインガム、フロス、咀嚼錠、食品または飲料に含まれる、請求項8に記載の方法。
- 請求項1に記載の単離された組み換えストレプトコッカス・ミュータンス株および薬学的に許容される担体を含む、齲歯の発生率または重症度を軽減するための医薬組成物。
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