JP2014524735A - レチノイドｘレセプターの調節因子の活性を予測する方法および組成物 - Google Patents

レチノイドｘレセプターの調節因子の活性を予測する方法および組成物 Download PDF

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Abstract

本発明は、非小細胞肺癌のような疾患を処置するにあたって、治療用レチノイドＸレセプター調節因子（例えば、ベキサロテン）に対する変化した個体の応答（効力、有害作用、および他のエンドポイント）と相関することが発見されたゲノムバイオマーカーを記載する。新たに発見されたバイオマーカーおよびそれらとの連鎖不平衡にある他のものは、薬物応答を予測し、利益が受けられる者にのみ薬物を適用するか、または上記処置によって有害作用を有し得る者を排除する一助となり得るコンパニオン診断試験において使用され得る。

Description

（関連特許出願）
この特許出願は、２０１１年６月８日に出願された米国仮特許出願第６１／４９４，７７３号（これは、その全体（全図面および引用された刊行物および書類を含む）が参考として本明細書に援用される）の利益を主張する。
（技術分野）
本発明は、治療剤に対する変化した個体の応答（例えば、効力もしくは有害作用）を予測するための１つ以上のゲノムバイオマーカーおよび関連診断法、デバイス、試薬、システム、およびキットを利用する薬理ゲノム学の分野に関する。
（背景技術）
レチノイドＸレセプター（ＲＸＲ）（核レセプタースーパーファミリーのメンバー）は、他の核レセプターのサブグループの共通する結合パートナーである。ＲＸＲは、多くの核レセプター（例えば、レチノイン酸レセプター（ｒｅｔｉｎｏｉｄ ａｃｉｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）、ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプター（ｐｅｒｏｘｉｓｏｍｅ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｏｒ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＰＰＡＲ）、肝臓Ｘレセプター（ＬＸＲ）、およびファルネソイドＸレセプター（ＦＸＲ））とヘテロダイマーを形成し得、多くの生物学的経路に関与する多面発現性の制御因子である。ＲＸＲ特異的アゴニスト（例えば、ベキサロテン）の開発に伴って、メタボリックシンドローム、皮膚疾患、神経変性疾患および障害、腫瘍の処置、ならびに癌予防を含む多くの臨床治療分野に利益を与える多大な潜在能力が存在する（非特許文献１〜非特許文献３）。
ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ、ＬＧＤ１０６９ともいわれる）は、治療抵抗性進行ステージ皮膚Ｔ細胞リンパ腫の処置について承認されたレチノイドＸレセプター（ＲＸＲ）の選択的調節因子（ｍｏｄｕｌａｔｏｒ）である（１、２）。多くの前臨床研究、ならびに第Ｉ相および第ＩＩ相臨床試験は、ベキサロテンが乳癌、腎細胞癌および肺癌の有望な抗腫瘍活性もしくは腫瘍予防活性をも示すことを示した（３〜８）。その結果として、２つの大きな第ＩＩＩ相治験（ＳＰＩＲＩＴ ＩおよびＳＰＩＲＩＴ ＩＩ）を、進行した非小細胞肺癌を処置するにあたって第一選択治療としてのベキサロテンありもしくはなしで、標準的化学療法剤の効力および安全性を評価するために行った。しかし、両方の第ＩＩＩ相治験の結果は、化学療法へのベキサロテンの追加が、治療企図（ｉｎｔｅｎｔ−ｔｏ−ｔｒｅａｔ）集団における全生存（主要な効力エンドポイント）を改善しないことを示した（９、１０）。レチノイド治療の公知の副作用は、血清脂質の上昇であり、上記２つのＳＰＩＲＩＴ治験における上記ベキサロテン処置患者の大部分は、予期されたように、高トリグリセリド血症を発生させた。さらなる分析から、上記患者のうちの３０〜４０％は、ベキサロテン処置に対してより感受性が高いようであり、ＮＣＩグレード３以上の高トリグリセリド血症を発生させることが明らかになった。上記２つの治験の各々における患者のこの亜群における生存分析から、コントロールアームの患者および低グレードの高トリグリセリド血症を有する患者と比較して、有意により長い生存が明らかになった（９、１０）。両方のＳＰＩＲＩＴ治験において観察されたベキサロテンによって誘導された生存とトリグリセリドレベルとの間の、この興味をそそる相関は、図１Ａに示される。類似の相関もまた、他のベキサロテン癌治験における後ろ向き分析（ｒｅｔｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ）によって明らかにされた（１１）。これら知見は、ベキサロテン感受性を予測し得かつ生存がベキサロテン処置によって長期化され得る非小細胞肺癌患者の亜群を同定し得るバイオマーカーの探索を促進した。
Ａｌｔｕｃｃｉ Ｌ， Ｌｅｉｂｏｗｉｔｚ ＭＤ， Ｏｇｉｌｖｉｅ ＫＭ， ｄｅ Ｌｅｒａ ＡＲ ａｎｄ Ｇｒｏｎｅｍｅｙｅｒ Ｈ： ＲＡＲ ａｎｄ ＲＸＲ ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｄｉｓｅａｓｅ． Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ（２００７）６：７９３〜８１０ Ｐｉｎａｉｒｅ ＪＡ ａｎｄ Ｒｅｉｆｅｌ−Ｍｉｌｌｅｒ Ａ： Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｏｆ ｒｅｔｉｎｏｉｄ ｘ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｍｏｄｕｌａｔｏｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｓｙｎｄｒｏｍｅ． ＰＰＡＲ Ｒｅｓ ２００７（２００７）： ９４１５６ Ｃｒａｍｅｒ ＰＥ， Ｃｉｒｒｉｔｏ ＪＲ， Ｗｅｓｓｏｎ ＤＷ， Ｌｅｅ ＣＹ， Ｋａｒｌｏ ＪＣ， Ｚｉｎｎ ＡＥ， Ｃａｓａｌｉ ＢＴ， Ｒｅｓｔｉｖｏ ＪＬ， Ｇｏｅｂｅｌ ＷＤ， Ｊａｍｅｓ ＭＪ， Ｂｒｕｎｄｅｎ ＫＲ， Ｗｉｌｓｏｎ ＤＡ ａｎｄ Ｌａｎｄｒｅｔｈ ＧＥ： ＡｐｏＥ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｒａｐｉｄｌｙ ｃｌｅａｒ β−ａｍｙｌｏｉｄ ａｎｄ ｒｅｖｅｒｓｅ ｄｅｆｉｃｉｔｓ ｉｎ ＡＤ ｍｏｕｓｅ ｍｏｄｅｌｓ． Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１２）３３５：１５０３〜１５０６
（発明の要旨）
一局面において、本発明は、ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される２つ、３つ、４つもしくはそれより多くの一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む単離されたバイオマーカーの一団を提供する。いくつかの実施形態において、上記一団は、上記ＳＮＰ全て、またはこれらの相補的配列、および／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含み得る。いくつかの実施形態において、上記ＳＮＰは、それぞれ、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列、および／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含み得る。ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、もしくはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される２つ、３つ、４つもしくはそれより多くのＳＮＰと関連および／もしくは連鎖したバイオマーカー（例えば、ＳＮＰ）の一団が、本明細書においてさらに提供される。
別の局面において、本明細書で開示される単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのマイクロアレイが本明細書において提供され、上記マイクロアレイは、基材上に分子の組み合わせを含み、ここで上記分子は、上記ＳＮＰをアッセイするために使用される。いくつかの実施形態において、上記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリペプチドであり得る。いくつかの実施形態において、上記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列を含み得る。
さらなる局面において、本明細書で開示される単離されたバイオマーカーの一団を評価するための試薬が本明細書において提供され、上記試薬は、上記ＳＮＰをアッセイするための１つ以上の分子を含み得る。いくつかの実施形態において、上記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリペプチドであり得る。いくつかの実施形態において、上記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列を含み得る。いくつかの実施形態において、上記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／またはマイクロアレイによってアッセイされ得る。
追加の局面において、本明細書で開示される試薬を含む、単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのキットが本明細書において提供され、ここで上記バイオマーカーが、ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、もしくはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される１つ以上のＳＮＰを含み得る。いくつかの実施形態において、上記キットは、コンパニオン診断試験を行うために、上記バイオマーカーを使用するための説明書をさらに含み得る。
なお別の局面において、ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される１つ、２つ、３つ、４つもしくはそれより多くのＳＮＰを含む単離されたバイオマーカーの一団を使用する処置のためのコンパニオン診断試験が本明細書において提供される。いくつかの実施形態において、上記一団は、上記ＳＮＰ全て、またはこれらの相補的配列を含み得る。ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択されるＳＮＰのうちの１つ、２つ、３つ、４つもしくはそれより多くと関連および／もしくは連鎖した１つ以上の単離されたバイオマーカーを使用する処置のためのコンパニオン診断試験が、本明細書においてさらに提供される。いくつかの実施形態において、上記コンパニオン診断試験は、以下の工程を包含し得る： ａ）処置を受けている被験体もしくは処置が考慮される被験体から生物学的サンプルを得る工程；ｂ）上記生物学的サンプルからゲノムＤＮＡを単離する工程；ｃ）バイオマーカーの上記一団をアッセイする工程；ｄ）バイオマーカーの上記一団のアッセイ結果に基づいて、コンピューターアルゴリズムで出力を生成する工程；ならびに／またはｅ）上記処置に対する上記被験体のありそうな応答性を決定する工程。いくつかの実施形態において、上記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／またはマイクロアレイによってアッセイされ得る。
本明細書に開示されるコンパニオン診断試験を使用して、疾患処置に対する被験体の応答性を推測するための方法が、さらに提供される。いくつかの実施形態において、上記処置は、レチノイドＸレセプター（ＲＸＲ）、レチノイン酸レセプター（ＲＡＲ）、ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプター（ＰＰＡＲ）、肝臓Ｘレセプター（ＬＸＲ）、もしくはファルネソイドＸレセプター（ＦＸＲ）の調節因子を使用する治療レジメンを含み得、ここで上記ＲＸＲ調節因子は、ベキサロテンであり得る。いくつかの実施形態において、上記疾患は、小細胞肺癌、前立腺癌、乳癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、癌予防、メタボリックシンドローム、皮膚疾患、神経変性疾患および障害からなる群より選択され得る。いくつかの実施形態において、上記方法は、上記処置から利益を得る可能性が最も高い患者もしくは上記処置から有害作用を経験する可能性が最も高い患者を選択するために使用され得る。
さらに別の局面において、本明細書で開示される単離されたバイオマーカーの一団を使用して、新たなバイオマーカーを同定するための方法が、本明細書において提供される。いくつかの実施形態において、上記新たなバイオマーカーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリペプチド、ｓｉＲＮＡもしくはバイオマーカーの別の形態であり得る。本明細書で開示される単離されたバイオマーカーの一団を使用して、薬物標的を同定するための方法が、本明細書においてさらに提供される。いくつかの実施形態において、上記薬物標的は、バイオマーカーに関連する生物学的経路に基づいて同定され得、ここで上記生物学的経路は、胆汁酸の再吸収、内向き整流カリウムチャネル、アクチン細胞骨格の制御、核局在、インテグリンレセプター、ｓｐａｒｃ／オステオネクチン、ｃｗｃｖおよびｋａｚａｌ様ドメインプロテオグリカン（ｔｅｓｔｉｃａｎ） １、ならびにｐｏｌｙｃｏｍｂ ｇｒｏｕｐ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ５からなる群より選択され得る。
図１は、部分集団分析および研究設計を示す。Ａ．ベキサロテン処置後に異なるトリグリセリドレベルを示す患者の生存分析。上記分析に含められる患者の総数（Ｎ＝１２１３）は、ＳＰＩＲＩＴ Ｉ研究およびＳＰＩＲＩＴ ＩＩ研究の両方からであった。彼らが上記研究の間に示した最大トリグリセリドレベルのパーセンタイルに基づいて、彼らを３つの亜群に分けた。従って、「ＨＴＧ Ｌｏ」群は、全ての処置患者の中で最大トリグリセリドレベルのうちの最大３３％までのトリグリセリドレベルを経験した患者を含み、「ＨＴＧ Ｍｉｄ」は、中央１／３（３３％〜６７％）を含み、「ＨＴＧ Ｈｉ」は、上記処置の間にトリグリセリドレベルの最高レベル（６７％〜最大）を示す患者を含む。患者におけるカプランマイヤー生存推定値は、これら３つの群に関して、それぞれ、１７０日、２６３日、および３７１日というメジアン生存を与えた。この分析によって、コントロールアームは、２８４日というメジアン生存を有し、これは、上記「ＨＴＧ Ｈｉ」群（ログランクｐ値＝０．００３）および上記「ＨＴＧ Ｌｏ」群（ログランクｐ値＜０．０００１）のいずれからも有意に異なるが、上記「ＨＴＧ Ｍｉｄ」群（ログランクｐ値＝０．４３）とは異ならない。Ｂ．全ゲノム相関解析設計の全体像。ステージＩ発見段階において、１５０サンプル（７４症例および７６コントロール）を、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ標準プロトコルに従って、５００，０００個のＳＮＰを含むＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ ５００Ｋ Ｍａｐｐｉｎｇ Ａｒｒａｙ Ｓｅｔ（Ｎｓｐアレイ＋Ｓｔｙアレイ）を使用して遺伝子型決定した。次いで、２５５個のＳＮＰをステージＩＩ研究のために選択した。ステージＩＩにおいて、４００サンプルを、上記２５５ Ｓｅｑｕｅｎｏｍ ｉＰＬＥＸ ＳＮＰアッセイを使用して、個々に遺伝子型決定した（確認群のためにステージＩにおいて使用した１４７サンプル（−１症例と２コントロール）、および反復群（Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｇｒｏｕｐ）のための２５３の新たなサンプルを含む）。反復群において、１２９サンプルを、トリグリセリドパーセンタイルの中央レベルを有する患者（ＨＴＧ Ｍｉｄ）から含めた。 図２は、ＳＬＣ１０Ａ２における関連領域の領域プロットを示す。ＳＬＣ１０Ａ２近くの遺伝子座における有意な関連は、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ ｉＰＬＥＸを使用して同定された。グラフは、ｈａｐｍａｐから生成し、上にある目盛りは、Ｃｈｒ１３上の物理的位置を表す。この領域に由来する４つのＳＮＰ（４つの紫色の丸で印を付けた）があり、これらは、ベキサロテン誘導性高トリグリセリド血症との有意な関連を示し、そしてそれらは、強いＬＤブロックの中にある（赤い三角もしくはブロックの中に示される）。上記ＬＤプロットを、ｈａｐｍａｐウェブサイトのデフォルト設定を使用して生成し、暗赤色は、１より大きなＣＥＵからのｄ’（ｄ−ｐｒｉｍｅ）を表す。 図３は、ＬＣＰ１の関連および機能分析を示す。Ａ．Ｃｈｒ１３上のｒｓ７３３４５０９の物理的位置およびその関連遺伝子。上の目盛りに沿った数字は、Ｃｈｒ１３上の物理的位置を示し、この領域の中にあるＳＮＰは、各ＳＮＰの２つの対立遺伝子に対応する２文字コードで示される。ｒｓ７３３４５０９は、紫色の丸で強調される。この領域に位置した２つの公知の遺伝子であるＣＰＢ２およびＬＣＰ１もまた、示される。上記遺伝子のイントロンは、黒色の曲線によって示され、エキソンは、ボックスによって図示され、コード領域は、黄色で示され、非翻訳領域は灰色で示される。上記ＬＤプロットは、ｈａｐｍａｐウェブサイトのデフォルト設定を使用して生成された。暗赤色は、１より大きいＣＥＵからのｄ’を表す。Ｂ．ＭＤＡ−ＭＢ−２３１（ＭＤＡ）細胞およびその派生物であるパクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＰＲ細胞におけるＬＣＰ１発現の制御。ＬＣＰ１発現データを、４群のサンプルを使用するマイクロアレイ実験から得た： ｉ）ＭＤＡ親細胞； ｉｉ）パクリタキセルに耐性のＭＤＡ由来細胞（ＭＤＡ−ＰＲ）； ｉｉｉ）３ヶ月間にわたって３０ｎＭ パクリタキセルで処理したＭＤＡ−ＰＲ細胞（３日間処理、７日間非処理）； ｉｖ）３ヶ月間にわたって３０ｎＭ パクリタキセル／１μＭ ベキサロテン（３日間は両方、７日間は、ベキサロテンのみ）で処理したＭＤＡ−ＰＲ細胞。各群は、４つの複製を有し、異なる群は、青色の異なる影を付けて示される。各サンプルのＬＣＰ１発現シグナルを、棒グラフの端に表示する。ＭＤＡ親細胞と比較すると、ＭＤＡ−ＰＲにおけるＬＣＰ１発現は、１／４．３であり、ｐ値＝１．５０×１０−７を有する。ＬＣＰ１発現は、ＭＤＡ−ＰＲ細胞（ｐ値＝６．８６×１０−６）と比較して、パクリタキセルおよびベキサロテンで処理したＭＤＡ−ＰＲ細胞において３．８倍だけ有意にアップレギュレートされた。 図３は、ＬＣＰ１の関連および機能分析を示す。Ａ．Ｃｈｒ１３上のｒｓ７３３４５０９の物理的位置およびその関連遺伝子。上の目盛りに沿った数字は、Ｃｈｒ１３上の物理的位置を示し、この領域の中にあるＳＮＰは、各ＳＮＰの２つの対立遺伝子に対応する２文字コードで示される。ｒｓ７３３４５０９は、紫色の丸で強調される。この領域に位置した２つの公知の遺伝子であるＣＰＢ２およびＬＣＰ１もまた、示される。上記遺伝子のイントロンは、黒色の曲線によって示され、エキソンは、ボックスによって図示され、コード領域は、黄色で示され、非翻訳領域は灰色で示される。上記ＬＤプロットは、ｈａｐｍａｐウェブサイトのデフォルト設定を使用して生成された。暗赤色は、１より大きいＣＥＵからのｄ’を表す。Ｂ．ＭＤＡ−ＭＢ−２３１（ＭＤＡ）細胞およびその派生物であるパクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＰＲ細胞におけるＬＣＰ１発現の制御。ＬＣＰ１発現データを、４群のサンプルを使用するマイクロアレイ実験から得た： ｉ）ＭＤＡ親細胞； ｉｉ）パクリタキセルに耐性のＭＤＡ由来細胞（ＭＤＡ−ＰＲ）； ｉｉｉ）３ヶ月間にわたって３０ｎＭ パクリタキセルで処理したＭＤＡ−ＰＲ細胞（３日間処理、７日間非処理）； ｉｖ）３ヶ月間にわたって３０ｎＭ パクリタキセル／１μＭ ベキサロテン（３日間は両方、７日間は、ベキサロテンのみ）で処理したＭＤＡ−ＰＲ細胞。各群は、４つの複製を有し、異なる群は、青色の異なる影を付けて示される。各サンプルのＬＣＰ１発現シグナルを、棒グラフの端に表示する。ＭＤＡ親細胞と比較すると、ＭＤＡ−ＰＲにおけるＬＣＰ１発現は、１／４．３であり、ｐ値＝１．５０×１０−７を有する。ＬＣＰ１発現は、ＭＤＡ−ＰＲ細胞（ｐ値＝６．８６×１０−６）と比較して、パクリタキセルおよびベキサロテンで処理したＭＤＡ−ＰＲ細胞において３．８倍だけ有意にアップレギュレートされた。 図４は、ヒト被験体が、予測ゲノムバイオマーカーを使用して、治療を受けるべきか否かを決定するための方法を示す。
（発明の詳細な説明）
本発明は、非小細胞肺癌のような疾患を処置するにあたって、ベキサロテンを含む処置レジメンを受けている患者の中で、異なる応答（効力、有害作用、および他のエンドポイント）と相関することが発見されたゲノムバイオマーカーを記載する。新たに発見されたバイオマーカーは、薬物応答を予測し、上記処置によって利益がもたらされる者にのみ薬物を適用するか、または上記処置によって有害作用を有し得る者を排除する一助となり得るコンパニオン診断試験において使用され得る。
本発明は、遺伝的バイオマーカーを遺伝子型決定し、その結果を、コンピューターアルゴリズムによって処理することにより生成されたスコアを使用することによって、ＲＸＲ調節因子（例えば、ベキサロテン）を含む治療レジメンに対する応答者を予測するための方法を包含する。
Ａ．一般的技術
本発明の実施は、別段示されなければ、分子生物学（組み換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、および免疫学の従来技術（これらは、当該分野の技量の範囲内である）を使用する。このような技術は、文献（例えば、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」，第２版（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９）； 「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」 （Ｍ． Ｊ． Ｇａｉｔ編、１９８４）； 「Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ」 （Ｒ． Ｉ． Ｆｒｅｓｈｎｅｙ編、１９８７）； 「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ」 （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．）； 「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」 （Ｆ． Ｍ． Ａｕｓｕｂｅｌら編、１９８７および定期的最新版）； 「ＰＣＲ： Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ」， （Ｍｕｌｌｉｓら編、１９９４）において十分に説明されている。
Ｂ．定義
別段定義されなければ、本明細書で使用される全ての技術および化学用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書で言及される全ての特許、出願、公開出願および他の刊行物は、それらの全体において参考として援用される。この節に示される定義が、本明細書に参考として援用される上記特許、出願、公開出願および他の刊行物に示される定義に反するか、もしくは別の点で矛盾する場合、この節に示される定義は、本明細書に参考として援用される定義より優先される。
本明細書で使用される場合、単数形「１つの、ある（ａ）」、「１つの、ある（ａｎ）」、および「上記、この、その（ｔｈｅ）」は、別段示されなければ、複数形への言及を含む。例えば、１つのダイマーは、１つ以上のダイマーを含む。
用語「バイオマーカー」もしくは「マーカー」とは、本明細書で使用される場合、一般に、分子（遺伝子、タンパク質、炭水化物構造、もしくは糖脂質が挙げられ、哺乳動物組織もしくは細胞中のまたはそれらの上での、または分泌されるそれらの発現は、公知の方法（もしくは本明細書で開示される方法）によって検出され得る）をいい、哺乳動物細胞もしくは組織の処置レジメンに対する感受性を予測する（もしくは予測の一助となり）ために使用され得、およびいくつかの実施形態において、処置レジメンに対する個体の応答性を予測する（もしくは予測の一助となる）ために使用され得る。
本明細書で使用される場合、「薬理ゲノムバイオマーカー（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃ ｂｉｏｍａｒｋｅｒ）」は、被験体における具体的な臨床薬物応答もしくは感受性と相関する客観的バイオマーカーである（例えば、ＭｃＬｅｏｄら、Ｅｕｒ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ （１９９９） ３５：１６５０−１６５２を参照のこと）。それは、生化学バイオマーカー、または臨床徴候もしくは症状であり得る。上記薬理ゲノムマーカーの存在もしくは量は、特定の薬物もしくは薬物のクラスを投与する前に、上記薬物に対する上記被験体の予測される応答に関連する。被験体における１つ以上の薬理ゲノムマーカーの存在もしくは量を評価することによって、上記被験体にとって最も適切である薬物治療またはより大きな成功の程度を有すると予測される薬物治療が選択され得る。例えば、被験体における特異的腫瘍マーカーのＤＮＡ、ＲＮＡ、もしくはタンパク質の存在もしくは量に基づいて、上記被験体に存在する可能性がある特定の腫瘍の上記処置のために最適化される薬物もしくは処置の過程が選択され得る。同様に、特定の配列変異もしくは多型の存在もしくは非存在は、薬物応答と相関し得る。従って、薬理ゲノムバイオマーカーの使用は、上記治療を施さずに、各被験体にとって最も適切な処置の適用を可能にする。
本明細書で使用される場合、用語「多型遺伝子座」とは、２つ以上の代替のヌクレオチド配列が個体の集団に由来する有意に多くの核酸サンプルにおいて観察される核酸における領域をいう。多型遺伝子座は、例えば、２つ以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列、挿入されたヌクレオチドもしくはヌクレオチド配列、欠失されたヌクレオチドもしくはヌクレオチド配列、またはマイクロサテライトであり得る。長さが２以上のヌクレオチドである多型遺伝子座は、長さが、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５以上、２０以上、３０以上、５０以上、７５以上、１００以上、５００以上、もしくは約１０００ヌクレオチドであり得る（ここで上記ヌクレオチド配列のうちの全てもしくはいくつかが、上記領域内で異なる）。多型遺伝子座は、しばしば、長さ１ヌクレオチドであり、これは、本明細書において「一ヌクレオチド多型」もしくは「ＳＮＰ」といわれる。いくつかの実施形態において、高密度遺伝子型決定は、ＳＮＰを使用することによって行われ得る。いくつかの実施形態において、約１，０００〜５，０００，０００以上のＳＮＰが使用され得る。いくつかの実施形態において、上記高密度遺伝子型決定は、アレイベースであり得る。いくつかの実施形態において、上記高密度遺伝子型決定は、ハイスループット配列決定のような配列決定を使用することによって行われ得る。
多型遺伝子座において、２つ、３つ、もしくは４つの代替のヌクレオチド配列が存在する場合、各ヌクレオチド配列は、「多型改変体」もしくは「核酸改変体」といわれる。２つの多型改変体が存在する場合、例えば、ある集団に由来するサンプルの少ない方を代表する多型改変体は、ときおり「マイナー対立遺伝子」といわれ、より優勢に表される多型改変体は、ときおり「メジャー対立遺伝子」といわれる。多くの生物は、１コピーの各染色体を有し（例えば、ヒト）、２つのメジャー対立遺伝子もしくは２つのマイナー対立遺伝子を有するそれら個体は、上記多型に関して「ホモ接合性」であるといわれる。そして１つのメジャー対立遺伝子および１つのマイナー対立遺伝子を有するそれら個体は、通常、上記多型に関して「ヘテロ接合性」であるといわれる。一方の対立遺伝子に関してホモ接合性である個体は、ときおり、別の対立遺伝子に関してヘテロ接合性であるかもしくはホモ接合性である個体と比較して、異なる表現型である傾向がある。
１つ以上の薬理ゲノムバイオマーカーを同定する遺伝的分析において、関連表現型において異なる値を有する個体に由来するサンプルは、しばしば、対立遺伝子型決定（ａｌｌｅｌｏｔｙｐｅｄ）および／もしくは遺伝子型決定される。用語「対立遺伝子型（ａｌｌｅｌｏｔｙｐｅ）」とは、本明細書で使用される場合、症例およびコントロールに由来するプールされたＤＮＡサンプル中の多型改変体に関する対立遺伝子頻度を決定するためのプロセスに言及する。各群に由来するＤＮＡをプールすることによって、各群における各遺伝子座に関する対立遺伝子頻度が、計算される。これら対立遺伝子頻度は、次いで、互いに比較される。
遺伝子型改変体もしくは多型改変体は、「ハプロタイプ」という用語において表され得る。この用語は、本明細書で使用される場合、一緒に遺伝する傾向にあるＤＮＡバリエーション、もしくは多型のセットをいう。ハプロタイプは、対立遺伝子の組み合わせもしくは同じ染色体上で見いだされたＳＮＰのセットをいい得る。例えば、２つのＳＮＰは、各ＳＮＰ位置がシトシンバリエーションおよびアデニンバリエーションを含む遺伝子内に存在し得る。集団中の特定の個体は、１つの対立遺伝子（ヘテロ接合性）もしくは各ＳＮＰ位置においてシトシンを有する遺伝子を有する２つの対立遺伝子（ホモ接合性）を有し得る。上記遺伝子における各ＳＮＰに対応する２つのシトシンは、これら個体において１つの対立遺伝子もしくは両方の対立遺伝子上で一緒に移動するので、上記個体は、上記遺伝子における上記２つのＳＮＰに関してシトシン／シトシンハプロタイプを有すると特徴づけられ得る。
用語「サンプル」とは、本明細書で使用される場合、例えば、物理的、生化学的、化学的および／もしくは生理学的特徴に基づいて特徴付けおよび／または同定されるべき細胞実体および／もしくは他の分子実体を含む目的の被験体から得られるかもしくは上記目的に個体に由来する組成物をいう。例えば、語句「臨床サンプル」もしくは「疾患サンプル」およびこれらのバリエーションは、上記特徴付けられるべき細胞実体および／もしくは分子実体を含むと予期されるかもしくは含むことが既知である目的の被験体から得られる任意のサンプルをいう。
用語「組織もしくは細胞サンプル」とは、被験体もしくは患者の組織から得られる類似の細胞の収集物をいう。上記組織もしくは細胞サンプルの供給源は、新鮮な、凍結した、および／もしくは保存された器官もしくは組織サンプルまたは生検材料または吸引物からのような固体組織；血液もしくは任意の血液構成要素；体液（例えば、脳脊髄液、羊水、腹水、もしくは間質液）；上記被験体の妊娠もしくは発生におけるいずれかのときに由来する細胞であり得る。上記組織サンプルはまた、初代細胞もしくは培養細胞または細胞株であり得る。必要に応じて、上記組織もしくは細胞サンプルは、疾患組織／器官から得られる得る。上記組織サンプルは、本質的には天然に上記組織と混ざらない化合物（例えば、保存剤、抗凝固剤、緩衝液、固定液、栄養素、抗生物質など）を含み得る。
「血漿（Ｐｌａｓｍａ）」、すなわち「血漿（ｂｌｏｏｄ ｐｌａｓｍａ）」とは、本明細書で使用される場合、細胞外液（細胞の外側にある全ての体液）の血管内流体部分をいう。それは、大部分は水であり、溶解したタンパク質、グルコース、凝固因子、ミネラルイオン、ホルモンおよび二酸化炭素を含む（血漿は、排出生成物輸送の主要な媒体である）。血漿は、抗凝固剤を含む新鮮な血液のチューブを、血球がチューブの底に落ちるまで遠心分離器にかけることによって調製される。次いで、上記血漿は、注がれるかもしくは吸引される。「血清」は、フィブリノゲンも他の凝固因子もない血漿（すなわち、全血−（細胞および凝固因子の両方））である。
「ポリヌクレオチド」もしくは「核酸」とは、本明細書で交換可能に使用される場合、任意の長さのヌクレオチドのポリマーをいい、ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。上記ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、改変ヌクレオチドもしくは塩基、および／またはそれらのアナログ、あるいはＤＮＡポリメラーゼもしくはＲＮＡポリメラーゼによってポリマーへと組み込まれ得る任意の基質であり得る。ポリヌクレオチドは、改変ヌクレオチド（例えば、メチル化ヌクレオチドおよびそれらのアナログ）を含み得る。存在するのであれば、上記ヌクレオチド構造に対する改変は、上記ポリマーのアセンブリの前もしくは後に付与され得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断され得る。ポリヌクレオチドは、例えば、標識成分との結合体化によって、重合後にさらに改変され得る。他のタイプの改変としては、以下が挙げられる： 例えば、「キャップ」、天然に存在するヌクレオチドのうちの１もしくは数個の、アナログでの置換、ヌクレオチド間改変（例えば、非荷電性連結（例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメートなど）での、および荷電性結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）での改変）、ペンダント部分（例えば、タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リジンなど）を含む改変、挿入剤（例えば、アクリジン、ソラレンなど）での改変、キレート剤（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化性金属（ｏｘｉｄａｔｉｖｅ ｍｅｔａｌ）など）を含む改変、アルキル化剤を含む改変、改変連結を含む改変（例えば、α−アノマー核酸など）、ならびにポリヌクレオチドの非改変形態。さらに、糖に通常存在するヒドロキシル基のうちのいずれかが、例えば、ホスホネート基、ホスフェート基によって置換されてもよいし、標準的な保護基によって保護されてもよいし、さらなるヌクレオチドへのさらなる連結を調製するために活性化されてもよいし、固体支持体へと結合体化されてもよい。５’末端および３’末端のＯＨは、リン酸化され得るか、またはアミンもしくは１〜２０個の炭素原子の有機キャップ形成基部分で置換され得る。他のヒドロキシルはまた、標準的な保護基へと誘導体化され得る。ポリヌクレオチドはまた、当該分野で一般に公知であるリボース糖もしくはデオキシリボース糖のアナログ形態を含み得、これらとしては、例えば、２’−Ｏ−メチル−２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ−もしくは２’−アジド−リボース、炭素環式糖（ｃａｒｂｏｃｙｃｌｉｃ ｓｕｇａｒ）アナログ、α−アノマー糖、エピマー糖（ｅｐｉｍｅｒｉｃ ｓｕｇａｒ）（例えば、アラビノース、キシロースもしくはリキソース）、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式アナログおよび無塩基ヌクレオチド（ａｂａｓｉｃ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）アナログ（例えば、メチルリボシド）が挙げられる。１つ以上のホスホジエステル連結が、代替の連結基によって置換され得る。これら代替の連結基としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない： ホスフェートが、Ｐ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯもしくはＣＨ ２（「ホルムアセタール」）によって置換される実施形態（ここで各ＲもしくはＲ’は、独立して、Ｈ、あるいはエーテル（−−Ｏ−−）連結、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニルもしくはアラルジル（ａｒａｌｄｙｌ）を必要に応じて含む、置換されたかもしくは置換されていないアルキル（１〜２０Ｃ）である）。ポリヌクレオチド中の全ての連結が同一である必要はない。先の記載は、本明細書で言及される全てのポリヌクレオチド（ＲＮＡおよびＤＮＡを含む）に当てはまる。
「オリゴヌクレオチド」とは、本明細書で使用される場合、一般に短く、一般には一本鎖の、一般には合成ポリヌクレオチドをいい、これは、一般に、しかし必ずではなく、長さ約２００ヌクレオチド未満である。用語「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」は、相互に両立しないものではない。ポリヌクレオチドに関する上記記載は、オリゴヌクレオチドにも等しくかつ十分に当てはまり得る。
「増幅」とは、本明細書で使用される場合、一般に、所望の配列の複数コピーを生成するプロセスをいう。「複数コピー」とは、少なくとも２コピーを意味する。「コピー」は、テンプレート配列に対する完全な配列相補性もしくは同一性を必ずしも意味しない。例えば、コピーは、ヌクレオチドアナログ（例えば、デオキシイノシン）、意図的配列変化（例えば、テンプレートに対してハイブリダイズ可能であるが、相補的ではない配列を含む、プライマーを介して導入された配列変化）、および／または増幅の間に起こる配列エラーを含み得る。
用語「アレイ」もしくは「マイクロアレイ」とは、本明細書で使用される場合、ハイブリダイズ可能なアレイエレメント（例えば、ポリヌクレオチドプローブ（例えば、オリゴヌクレオチド）、ビーズ、もしくは結合試薬（例えば、抗体）の、基材上での規則正しい配置をいう。上記基材は、固体基材（例えば、ガラスもしくはシリカスライド、光ファイバー結合因子（ｆｉｂｅｒ ｏｐｔｉｃ ｂｉｎｄｅｒ））、または半固体基材（例えば、ニトロセルロース膜）であり得る。上記ヌクレオチド配列は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、もしくはこれらの任意の入れ替え（ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ）であり得る。
本明細書で使用される場合、用語「表現型」とは、個体間で比較され得る形質（例えば、ある状態の存在もしくは非存在、個体間での外見における視覚的に観察可能な差異、代謝バリエーション、生理学的バリエーション、生物学的分子の機能におけるバリエーションなど）をいう。表現型は、定性的もしくは定量的であり得る。表現型の例は、処置（例えば、薬物）に対する応答性である。
「応答性」とは、上記患者への利益（（１）疾患進行のある程度までの阻害（緩徐化および完全な停止を含む）；（２）疾患エピソードおよび／もしくは症状の数の減少；（３）病変サイズの縮小；（４）隣接する周辺器官および／もしくは組織への疾患細胞浸潤の阻害（すなわち、減少、緩徐化もしくは完全な停止）；（５）疾患の拡がりの阻害（すなわち、減少、緩徐化もしくは完全な停止）；（６）上記障害と関連する１つ以上の症状のある程度までの軽減；（７）処置後の疾患がない様相（ｄｉｓｅａｓｅ−ｆｒｅｅ ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ）の長さの増大；（８）処置後の所定の時点での低下した死亡率；ならびに／または（９）処置後の有害作用がないこと、が挙げられるが、これらに限定されない）を示す任意のエンドポイントを使用して評価され得る。応答性はまた、上記患者への副作用および／もしくは毒性を示す任意のエンドポントを使用して評価され得る。
「処置すること」もしくは「処置」もしくは「緩和」は、目的とされる病的状態もしくは障害を治癒しないか、または上記状態の再発を防止しない場合、上記対象が緩徐化する（低下する）予定である治療的処置をいう。被験体は、治療剤の治療上の量を受けた後に、上記被験体が上記特定の疾患の１つ以上の徴候および症状の観察可能なおよび／もしくは測定可能な低下または非存在を示す場合、成功裏に「処置」される。例えば、癌細胞数における顕著な低下もしくは癌細胞の非存在；腫瘍サイズの縮小；腫瘍転移の阻害（すなわち、ある程度まで緩徐化し、好ましくは停止させる）；腫瘍増殖のある程度までの阻害；上記特定の癌と関連する症状のうちの１つ以上のある程度までの寛解期の長さの増大、および／または軽減；低下した罹病率および死亡率、ならびにクオリティーオブライフ争点における改善。疾患の徴候もしくは症状の低下はまた、患者によって感じられ得る。処置は、完全な応答（癌の徴候全ての消失として定義される）もしくは部分応答（ここで上記腫瘍のサイズは低下し、好ましくは、５０％より大きく、より好ましくは、７５％低下する）を達成し得る。患者はまた、上記患者が安定病態を経験する場合に処置されると考えられる。いくつかの実施形態において、治療剤での処置は、処置後３ヶ月、好ましくは６ヶ月、より好ましくは１年、さらにより好ましくは処置後２年以上、患者が無疾患であるということを生じるのに有効である。疾患における成功裏の処置および改善を評価するためのこれらパラメーターは、当該分野において適切な技量を有する医師が精通した慣用的手順によって容易に測定可能である。
用語「予測（ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ）」もしくは「予後（ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ）」は、患者が薬物もしくは薬物セットに対して有利にもしくは不利に、のいずれかで応答する可能性に言及するために本明細書で使用される。一実施形態において、上記予測は、それら応答の程度に関連する。一実施形態において、上記予測は、患者が処置（例えば、特定の治療剤での処置）後に、そして疾患再発なしに、特定の期間にわたって生存するかもしくは改善するか否か、および／またはその確率に関連する。本発明の予測法は、任意の特定の患者にとって最も適切な処置モダリティーを選択することによって、臨床的に処置を決定するために使用され得る。本発明の予測法は、患者が処置レジメン（例えば、例えば、所定の治療剤もしくは組み合わせの投与、外科的介入、ステロイド処置などを含む所定の治療レジメン）に対して有利に応答する可能性があるか否かを予測することにおいて価値あるツールである。
本明細書で使用される場合、用語「出力」とは、コンピューターアルゴリズムから生成される値もしくはスコアをいう。上記出力は、上記コンピューターアルゴリズムへの入力として本明細書で開示されるバイオマーカーを使用するアッセイ結果に基づいて生成され得る。「出力」は、定量的もしくは定性的のいずれかであり得、コンパニオン診断試験において処置に対する被験体のありそうな応答性を決定するために使用され得る。
本明細書に記載される本発明の局面および実施形態は、「からなる」局面および実施形態ならびに／または「から本質的になる」局面および実施形態を含むことが理解される。
本発明の他の目的、利点および特徴は、添付の図面とともに以下の明細書から明らかになる。
Ｃ．ベキサロテン応答性を予測するためのバイオマーカー
本発明は、ＲＸＲ調節因子（例えば、ベキサロテン）の活性と相関する新規ゲノムバイオマーカーを記載する。これらバイオマーカーは、ベキサロテン処置から利益を受けるかもしくは有害作用を経験する可能性が最も高い患者を同定するために使用され得る。
一般には、単離されたＳＮＰ含有核酸分子は、本発明によって開示される１つ以上のＳＮＰ位置と、上記ＳＮＰ位置のいずれかの側に隣接するヌクレオチド配列とを含む。隣接配列は、上記ＳＮＰ部位と天然に関連づけられるヌクレオチド残基および／もしくは異種ヌクレオチド配列を含み得る。好ましくは、上記隣接配列は、ＳＮＰ位置のいずれかの側に最大約５００ヌクレオチドまで、３００ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、６０ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、２５ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、８ヌクレオチド、もしくは４ヌクレオチド（またはその間の任意の他の長さ）、または全長遺伝子もしくはタンパク質コード配列全体（もしくはエキソンのようなその任意の部分）程度の長さである。
一局面において、本発明のバイオマーカーは、表２および表３に提供されるもの、ならびにそれらと連鎖不平衡にある他のものである：
本発明は、個々のバイオマーカーおよび表２および表３に提供される１つより多くのバイオマーカーを含むバイオマーカーセットを含む。ベキサロテン処置に関する予測値を有するバイオマーカーは、表２および表３に列挙されるものに限定されない。本発明はまた、他のバイオマーカー、例えば、表２に列挙される上記バイオマーカーと高い相関を有するＳＮＰを含み、それらは、患者によるベキサロテン応答を予測するためにも使用され得る。例えば、それらＳＮＰは、表２に列挙されるＳＮＰと連鎖不平衡にある。さらなる予測ＳＮＰは、表２に列挙されるＳＮＰが関連する遺伝子に関連した遺伝子上の残基であり得る。連鎖不平衡にあるＳＮＰは、種々の公のデータベース（例えば、ＨａｐＭａｐ）において見いだされ得る。
いくつかの実施形態において、連鎖不平衡（ＬＤ）とは、所定の集団における各対立遺伝子の存在の別個の頻度から予期されるものより大きな頻度において、２つ以上の異なるＳＮＰ部位での対立遺伝子（例えば、代替のヌクレオチド）の共遺伝（ｃｏ−ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ）をいう。独立して遺伝する２つの対立遺伝子が同時に存在する予期される頻度は、第１の対立遺伝子の頻度×第２の対立遺伝子の頻度である。予期される頻度で同時に存在する対立遺伝子は、「連鎖平衡」にあるといわれる。対照的に、ＬＤは、染色体に沿って２つの遺伝子座が物理的に近位にあることに一般に起因する、２つ以上の異なるＳＮＰ部位における対立遺伝子間のあらゆるランダムでない遺伝的関連性をいう。例えば、Ｕ．Ｓ．２００８／０２９９１２５を参照のこと。
いくつかの実施形態において、ＬＤは、２つ以上のＳＮＰ部位が、所定の染色体上で互いに物理的に非常に近くにある場合に起こり得、従って、これらＳＮＰ部位における対立遺伝子は、１つのＳＮＰ部位における特定のヌクレオチド（対立遺伝子）が、そのそばに位置する異なるＳＮＰ部位において特定のヌクレオチド（対立遺伝子）とランダムでない関連性を示すという結論とともに、複数世代にわたって分離されないままの傾向にある。従って、上記ＳＮＰ部位のうちの１つを遺伝子型決定することは、ＬＤにある他のＳＮＰ部位を遺伝子型決定することとほぼ同じ情報を与える。例えば、Ｕ．Ｓ．２００８／０２９９１２５を参照のこと。
いくつかの実施形態において、診断目的で、特定のＳＮＰ部位が診断のために有用であると見いだされれば、当業者は、このＳＮＰ部位とＬＤにある他のＳＮＰ部位がまた、上記状態を診断するために有用であることを認識する。いくつかのＳＮＰが他より密接に関連する（すなわち、より強いＬＤにある）という結果とともに、２つ以上のＳＮＰ間でＬＤの種々の程度に遭遇し得る。さらに、ＬＤが染色体に沿って延びる物理的距離が、ゲノムの異なる領域間で異なるので、ＬＤが存在するために必要な上記２つ以上のＳＮＰ部位の間の物理的分離の程度は、ゲノムの異なる領域間で異なり得る。例えば、Ｕ．Ｓ． ２００８／０２９９１２５を参照のこと。
Ｄ．バイオマーカーの適用
本明細書で記載されるゲノムバイオマーカーから生成される情報は、非小細胞肺癌を有する個体のための適切な投与量および／もしくは処置レジメンを決定するために使用され得る。この知見は、投与もしくは薬物選択に適用される場合、有害反応もしくは治療の失敗を回避し得るので、治療用組成物（例えば、ベキサロテン）を投与する場合に、治療効力を増強し得る。
本明細書で開示されるバイオマーカーおよびそれらの関連するＳＮＰもしくは遺伝子はまた、非小細胞肺癌以外の他の疾患もしくは状態の処置に対する患者の応答を予測するために使用され得る。上記疾患としては、、前立腺癌、乳癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、癌予防、メタボリックシンドローム、皮膚疾患、神経変性疾患および障害（例えば、アルツハイマー病（これは、マウスモデルにおいてベキサロテンに対して応答することが示された（３０）））が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で開示されるバイオマーカーおよびそれらの関連するＳＮＰもしくは遺伝子は、ＰＰＡＲγおよび／もしくはＲＸＲ関連疾患および障害（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ ２０１１／００６１５７を参照のこと）の処置に対する患者の応答を予測するためにも使用され得る。ＰＰＡＲγおよび／もしくはＲＸＲ関連疾患および障害としては、神経変性疾患および障害、外傷および傷害ならびに／もしくは炎症成分から生じる疾患および障害、ならびに炎症成分ありもしくはなしの皮膚疾患および障害が挙げられ得るが、これらに限定されない。
神経変性障害としては、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、ならびに炎症成分を伴う神経疾患および状態（中枢神経系傷害、脳卒中、神経系への虚血性損傷、神経外傷（例えば、脳挫傷（ｐｅｒｃｕｓｓｉｖｅ ｂｒａｉｎ ｄａｍａｇｅ）、脊髄損傷、および神経系への外傷性損傷）、多発性硬化症および他の免疫媒介性ニューロパシー（例えば、ギラン・バレー症候群およびその異型、急性運動性軸索性神経障害、急性炎症性脱髄性多発ニューロパシー、およびフィッシャー症候群）、ＨＩＶ／ＡＩＤｓ痴呆複合症、ならびに細菌性、寄生生物性、真菌性およびウイルス性の髄膜炎および脳炎が挙げられるが、これらに限定されない）が挙げられるが、これらに限定されない。
他の局面において、本明細書で開示されるバイオマーカーおよびそれらの関連するＳＮＰもしくは遺伝子は、嚢胞性線維症（ＣＦ）ならびにＣＦ関連疾患および障害（例えば、異型嚢胞性線維症および非ＣＦ気管支拡張症炎症応答）、ならびに嚢胞性線維症関連疾患もしくは障害と関連した炎症応答）の処置に対する患者の応答を予測するためにも使用され得る。なおさらなる局面において、本明細書で開示されるバイオマーカーおよびそれらの関連するＳＮＰもしくは遺伝子はまた、脂質ＰＰＡＲγ制御性遺伝子発現が低下される（例えば、ＬＰＰ）皮膚疾患および／もしくは障害の処置に対する患者の応答を予測するために使用され得る。
本発明の処置は、多様な範囲の上記のとおりのＰＰＡＲγならびに／またはＲＸＲ関連疾患ならびに／またはＰＰＡＲγおよび／もしくはＲＸＲ関連疾患と関連する炎症応答を抑制するか、阻害するか、または鎮めるために、単独での、もしくはＰＰＡＲγアゴニスト（および必要に応じて、ＬＸＲアゴニスト）と組み合わせた、ＲＸＲアゴニストの使用を含み得る。
薬理ゲノム学は、特定の処置レジメンが上記被験体の遺伝子型に依存する差次的効果を発揮し得るので、上記被験体の遺伝子型に従って被験体に合わせて処置を調整することを含む。例えば、予後試験（ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ ｔｅｓｔ）の結果に基づいて、臨床医もしくは医師は、当を得た情報および予防的もしくは治療的処置を、上記情報もしくは処置によって利益が得られる被験体に向け得、そしてこのような情報および処置を、利益が得られない被験体に向ける（例えば、上記処置は、治療的効果を全く有しないか、そして／または上記被験体は、有害な副作用を経験する）ことを回避し得る。本明細書に記載される方法を使用して薬理ゲノムバイオマーカーから生成される情報は、個体にとって適切な投与量および処置レジメンを決定するために使用され得る。この知見は、投与もしくは薬物選択に適用される場合、有害反応もしくは治療の失敗を回避し得るので、治療用組成物を投与する場合に治療効力を増強し得る。いくつかの実施形態において、上記薬理ゲノムバイオマーカーは、コンパニオン診断試験を開発するために使用され得る。
従って、さらなる局面において、本明細書で開示されるバイオマーカーを使用するコンパニオン診断試験が、本明細書において提供される。例えば、一実施形態において、医師もしくは臨床医は、薬学的組成物を被験体に投与するか否かを決定する場合に、本明細書に記載される方法を使用して、バイオマーカーにおいて得られる知見を適用することを考慮し得る。別の実施形態において、医師もしくは臨床医は、投与量（例えば、患者に施される処置あたりの量もしくは処置の頻度）を決定する場合にこのような知見を適用することを考慮し得る。
本発明は、処置に対する被験体の応答性を評価するかもしくは評価を補助するための方法を提供する。本発明はまた、応答性を予測するかもしくは処置／被験体における処置に対する応答性をモニターするための方法を提供する。本発明は、処置のために被験体を選択するための方法および上記被験体を処置するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、上記方法は、上記被験体から得られたサンプル中の１つ以上の薬理ゲノムバイオマーカーを評価する工程；および上記１つ以上の薬理ゲノムバイオマーカーの遺伝子型に基づいて、処置に対する上記被験体の応答性を予測するか、評価するか、もしくはその評価を補助する工程を包含する。いくつかの実施形態において、上記応答性は、アルゴリズム（例えば、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、もしくはＫ近傍分析法）を使用して、上記被験体を分類することによって予測もしくは評価される。
以下は、薬理ゲノム学実施形態の一例である。特定の処置レジメンは、上記被験体の遺伝子型に基づいて、差次的効果を発揮し得る。候補治療剤がメジャー対立遺伝子と顕著な相互作用を示し、マイナー対立遺伝子と比較的弱い相互作用（例えば、上記相互作用において１桁以上の差異）を示す場合、このような治療剤は、代表的には、上記マイナー対立遺伝子に対してホモ接合性であると遺伝子型決定された被験体には投与されず、ときおり、上記マイナー対立遺伝子に対してヘテロ接合性であると遺伝子型決定された被験体にも投与されない。別の例において、候補治療剤が、メジャー対立遺伝子に対してホモ接合性である被験体に投与されるときには顕著には毒性でないが、マイナー対立遺伝子に対してヘテロ接合性もしくはホモ接合性である被験体に投与されるときには比較的毒性である場合、上記候補治療剤は、代表的には、上記マイナー対立遺伝子に関してヘテロ接合性もしくはホモ接合性であると遺伝子型決定されている被験体には投与されない。
本明細書に記載される方法は、代謝障害、心血管疾患、癌などのような状態を予防、緩和もしくは処置するための薬理ゲノム学方法に適用可能である。例えば、個体に由来する核酸サンプルは、本明細書に記載される予後試験に供され得る。ＩＩ型糖尿病の増大したリスクと関連する１つ以上の多型バリエーションが被験体において同定される場合、ＩＩ型糖尿病を予防もしくは処置するための情報および／または１つ以上のＩＩ型糖尿病処置レジメンは、その被験体に関して処方され得る。
特定の実施形態において、処置レジメンは、この処置レジメンから最も利益を受ける個体に、本明細書に記載される方法によって評価される処置レジメンに対して応答する彼らの可能性に基づいて、特異的に処方および／もしくは投与される。従って、処置レジメンに応答する可能性が高い被験体を同定し、次いで、このような処置レジメンを、応答する可能性が高いと同定された個体に処方するための方法が提供される。従って、特定の実施形態は、被験体を処置するための方法に関し、上記方法は、以下の工程を包含する：被験体に由来する核酸サンプル中の、本明細書に示されるヌクレオチド配列において処置レジメンに対する応答性と関連する薬理ゲノムバイオマーカーの存在もしくは非存在を検出する工程、および上記処置レジメンを、上記処置レジメンに対する応答性と関連する薬理ゲノムバイオマーカーの存在が上記ヌクレオチド配列において検出される場合、上記サンプルが由来した被験体に、処方もしくは投与する工程。
上記処置は、ときおり予防的であり（例えば、疾患状態が生じるかもしくは進行する確率を低下させるために処方もしくは投与される）、ときおり治療的であり、ときおり、疾患状態の進行を緩徐化させるか、緩和するか、または停止させる。障害の発生を緩和するかもしくは予防するための任意の公知の予防的もしくは治療的処置が、処方および／もしくは施され得る。
薬理ゲノム学方法はまた、薬物への応答を分析および予測するために使用され得る。例えば、薬理ゲノム学分析が、個体が特定の薬物での処置にプラスに応答するという可能性を示せば、上記薬物は、上記個体に投与され得る。逆に、上記分析が、個体が特定の薬物での処置にマイナスに応答する可能性があることを示せば、代わりの処置過程が処方され得る。治療的処置に対する応答は、以下の集団のうちのいずれかにおいて被験体が遺伝子型決定されるバックグラウンド研究において予測され得る：処置レジメンに対して有利に応答する集団、処置レジメンに対して顕著には応答しない集団、および処置レジメンに対して有害に応答する（例えば、１つ以上の副作用を示す）集団。これら集団は、例として提供され、他の集団および部分集団が、分析され得る。これら分析の結果に基づいて、被験体は、彼もしくは彼女が、処置レジメンに対して有利に応答するか、処置レジメンに対して顕著には応答しないか、または処置レジメンに対して有害に応答するかを予測するために遺伝子型決定される。
予測するか、評価するかもしくは評価を補助するための比較および／もしくは計算は、論点の薬理ゲノムバイオマーカーの測定値および／もしくは参照値のタイプに適切な任意の便利な様式において行われ得る。比較もしくは計算のプロセスは手動であってもよいし、自動化されていてもよい（例えば、コンピューターベースの機械を含む機械によって）。当業者に明らかであるように、反復した遺伝子型決定が、薬理ゲノムバイオマーカーに関して行われ得る。
本明細書に開示されるコンパニオン診断試験を使用して、処置に対する被験体の応答性を推測するための方法もまた、本明細書において提供される。本明細書に記載される試験はまた、臨床薬物試験に適用可能である。いくつかの実施形態において、上記薬理ゲノムバイオマーカーは、臨床試験のために被験体集団を階層化もしくは選択するために使用され得る。上記薬理ゲノムバイオマーカーは、いくつかの実施形態において、処置に対して毒性応答を示し得る個体を、それを示さない個体から階層化するために使用され得る。他の実施形態において、上記薬理ゲノムバイオマーカーは、非応答者である個体を、応答者である個体から分離するために使用され得る。本明細書で記載される薬理ゲノムバイオマーカーは、薬理ゲノム学ベースの設計において、および臨床試験の実施を管理するにあたって使用され得る。
従って、別の実施形態は、処置もしくは薬物の臨床試験に含めるための個体を選択するための方法であり、上記方法は、以下の工程を包含する：（ａ）個体から核酸サンプルを得る工程；（ｂ）上記処置もしくは上記薬物に対してプラスの応答と関連する多型バリエーション、もしくは上記核酸サンプル中の上記処置もしくは上記薬物に対してマイナスの応答と関連する少なくとも１つの多型バリエーションの正体を決定する工程、ならびに（ｃ）上記核酸サンプルが、上記処置もしくは上記薬物に対するプラスの応答と関連する上記多型バリエーションを含む場合、または上記核酸サンプルが、上記処置もしくは上記薬物に対するマイナスの応答と関連する上記多型バリエーションを欠いている場合、上記臨床試験に個体を含める工程。さらに、処置もしくは薬物の臨床試験に含めるための個体を選択するための本明細書に記載される方法は、本開示において記載される任意のさらなる限定を伴う方法、または単独で、もしくは任意の組み合わせにおいて特定される以下のものを包含する。上記含める工程（ｃ）は、必要に応じて、上記核酸サンプルが、上記処置もしくは上記薬物に対するプラスの応答と関連する多型バリエーションを含み、上記核酸サンプルが、上記処置もしくは上記薬物に対するマイナスの応答と関連する上記二対立遺伝子マーカーを欠いている場合、上記個体に上記薬物もしくは上記処置を施す工程を包含する。
Ｅ．さらなるバイオマーカーもしくは薬物標的
本明細書で開示されるバイオマーカーに対して近位にある多型改変体を同定するための方法もまた、提供される。いくつかの実施形態において、同定される近位の多型改変体は、ときおり、公に開示された多型改変体であり、これは、例えば、ときおり、公に利用可能なデータベースにおいて公開されている。他の実施形態において、同定される多型改変体は、公に開示されておらず、公知の方法（核酸サンプルの群において同定される薬理ゲノムバイオマーカーを囲む領域を配列決定することが挙げられるが、これらに限定されない）を使用して発見される。従って、バイオマーカーの近位にある複数の多型改変体は、この方法を使用して同定される。
上記近位の多型改変体はしばしば、上記バイオマーカーを囲む領域において同定される。特定の実施形態において、この囲んでいる領域は、上記バイオマーカーに隣接する約５０ｋｂ（例えば、第１の多型改変体の５’側にある約５０ｋｂおよび第１の多型改変体の３’側にある約５０ｋｂ）であり、上記領域はときおり、より短い隣接配列（例えば、上記バイオマーカーの５’側および３’側にある約４０ｋｂ、約３０ｋｂ、約２５ｋｂ、約２０ｋｂ、約１５ｋｂ、約１０ｋｂ、約７ｋｂ、約５ｋｂ、もしくは約２ｋｂの隣接配列）から構成される。他の実施形態において、上記領域は、より長い隣接配列（例えば、上記バイオマーカーの５’側および３’側にある約５５ｋｂ、約６０ｋｂ、約６５ｋｂ、約７０ｋｂ、約７５ｋｂ、約８０ｋｂ、約８５ｋｂ、約９０ｋｂ、約９５ｋｂ、もしくは約１００ｋｂの隣接配列）から構成される。
特定の実施形態において、多型改変体は、反復して同定される。例えば、第１の近位の多型改変体は、上記の方法を使用して同定され、次いで、上記第１の近位の多型改変体の近位にある別の多型改変体が同定され（例えば、公に開示されるかもしくは発見され）、上記第１の近位の多型改変体の近位にある１つ以上の他の多型改変体の関連の存在もしくは非存在が、決定される。
本明細書に記載される方法は、ある状態、ある疾患、もしくはある障害と関連する遺伝子、領域もしくは遺伝子座をさらに特徴付けるために使用され得るさらなる多型改変体を同定または発見するために有用である。例えば、上記さらなる多型改変体からのデータを対立遺伝子型決定もしくは遺伝子型決定することは、機能的変異もしくは連鎖不平衡の領域を同定するために使用され得る。特定の実施形態において、上記バイオマーカーを含む領域内で同定もしくは発見された多型改変体が、遺伝子型決定され、それら多型改変体が上記バイオマーカーと連鎖不平衡にあるか否かが決定され得る。上記バイオマーカーと連鎖不平衡にある領域のサイズはまた、これら遺伝子型決定法を使用して評価され得る。従って、多型改変体がバイオマーカーと連鎖不平衡にあるか否かを決定するための方法が本明細書において提供され、このような情報は、本明細書に記載される予後／診断法において使用され得る。
さらに、上記バイオマーカーに対して近位にある遺伝子が同定され得、それらの機能が分析され得る。関連表現型に直接的にもしくは間接的に関する機能を有する遺伝子、または同じ細胞経路における他の遺伝子が、上記関連表現型でのさらなる分析のための標的であり得、新たなバイオマーカーが同定され得る。
新規な治療剤を開発し、そして／または本明細書で開示されるバイオマーカーを使用して新規な薬物標的を同定するための方法が、本明細書でさらに提供される。いくつかの実施形態において、上記バイオマーカーおよびそれらの関連ＳＮＰもしくは遺伝子は、根底にある生物学的経路または研究される表現型の根底にある機構の見通し（例えば、効力、有害作用、もしくは他のエンドポイント）を得ることができる。
例えば、レチノイドの臨床適用は一般に、およびＲＸＲアゴニストもまた、関連する望ましくない副作用（例えば、血清トリグリセリドの上昇）によって一部制限されてきた。ＲＸＲアゴニストによる高トリグリセリド血症の誘導は、長年にわたって公知であったが、この現象の根底にある分子機構は、分かりにくいままである。この研究から同定された関連遺伝子座のうちの１つであるＳＬＣ１０Ａ２は、レキシノイド（ｒｅｘｉｎｏｉｄ）誘導性高トリグリセリド血症に関与し得る魅力的な候補である。ＳＬＣ１０Ａ２は、小腸からの胆汁酸の再吸収を担う遺伝子である。胆汁酸は、血清トリグリセリドレベルに影響を及ぼすことが公知であり（１５〜１８）、胆汁酸取り込みの主要成分として、ＳＬＣ１０Ａ２の活性は、トリグリセリドレベルに密接に関連する（１９、２０）。さらに、ＳＬＣ１０Ａ２は、転写レベルにおいて、おそらくＰＰＡＲα（脂質代謝に関与することが公知である核レセプター）とヘテロダイマーを形成することを介して、ＲＸＲによって制御されることが公知である（２１、２２）。従って、本発明においてなされた発見は、ＳＬＣ１０Ａ２もしくは関連経路に関与する他の遺伝子に基づくアッセイの開発を促進し得、このことは、高トリグリセリド血症のような有害な影響が低下したまたは最小限になった新世代のＲＸＲアゴニストを設計することをもたらし得る。
本発明において同定された別の関連遺伝子座であるｒｓ７３３４５０９は、ＬＣＰ１（これは、Ｌ−プラスチンともいわれる）の近くに位置する。プラスチンは、真核生物の進化を通して保存され、高等真核生物の大部分の組織において発現されるアクチン結合タンパク質のファミリーである。これらタンパク質は、アクチンフィラメントを密な束へと架橋するという特有の特性を共有し、それらは、アクチン細胞骨格の制御に主に関与する。Ｌ−プラスチンは、造血細胞において主に発現されるが、大部分のヒト癌細胞においても発現されることが示され、ＤＮＡ修復、腫瘍細胞移動および侵襲に関与し得る（２３、２４）。本発明者らのマイクロアレイ研究において、パクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＰＲ細胞株におけるＬＣＰ１の発現は、ベキサロテンおよびパクリタキセル処置の組み合わせによって顕著にアップレギュレートされた。この結果は、ＬＣＰ１がベキサロテンによって発揮される抗腫瘍作用に関与し得ることを示唆する。近年の研究から、アクチンおよびチューブリンの両方が、化学療法に対する腫瘍細胞耐性に関与することが見いだされた（２５〜２７）。従って、上記ＬＣＰ１もしくは関連遺伝子は、抗腫瘍剤の新規な薬物標的になり得る。
Ｆ．試薬およびキット
本発明は、本発明に従う使用のためのキット、チップ、デバイス、もしくはアッセイの調製を企図する。このようなアッセイ、チップ、デバイス、もしくはキットは、ＳＮＰ（例えば、表２および表３に列挙されるもの）の遺伝子シグネチャー（ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を検出するために、複数のプライマーもしくはプローブを含み得る。このような方法は、被験体が、ヘルスケア提供者の助けを借りずに、例えば、口内の細胞もしくは血液のサンプルを得るために使用し得る器具および説明書を含み得る。
本発明はまた、上記ゲノムバイオマーカーの測定から生成される試験結果を出力（例えば、スコア）へと変換するコンピューターアルゴリズムの開発を企図する（例えば、図４を参照のこと）。上記アルゴリズムは、個体が上記治療的介入（例えば、ベキサロテン処置）を受けるべきか否かを決定するために使用される。
上記のバイオマーカーに基づく診断キットが開発され得、それらは、その対応する薬物に対する個体の応答を予測するために使用され得る。このような試験キットは、被験体が、ヘルスケア提供者の助けを借りずに、例えば、口内の細胞もしくは血液のサンプルを得るために使用し得るデバイスおよび説明書を含み得る。
上で記載されるか示唆される適用における使用のために、キットもしくは製品もまた、本発明によって提供される。このようなキットは、本明細書に記載されるバイオマーカーを遺伝子型決定するために特異的な少なくとも１種の試薬を含み得、本明細書に記載される方法を実施するための説明書をさらに含み得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、本発明のポリヌクレオチドもしくはこれらの任意の特定の部分の特異的増幅を可能にするプライマーおよびプライマー対、ならびに本発明の核酸分子もしくはこれらの任意の部分に選択的にもしくは特異的にハイブリダイズするプローブを含む組成物およびキットを提供する。プローブは、例えば、放射性同位体、蛍光化合物、生体発光化合物、化学発光化合物、金属キレート剤もしくは酵素のような検出可能なマーカーで標識され得る。このようなプローブおよびプライマーは、サンプル中のポリヌクレオチドの存在を検出するために、および上記ポリヌクレオチドによってコードされるタンパク質を発現する細胞を検出するための手段として、使用され得る。当業者によって理解されるように、非常に多くの異なるプライマーおよびプローブが、本明細書において提供される配列に基づいて調製され得、ゲノムＤＮＡを増幅、クローニング、および／もしくはその存在および／もしくはレベルを決定するために効率的に使用され得る。
いくつかの実施形態において、上記キットは、ポリペプチドの存在を検出するための試薬を含み得る。このような試薬は、ポリペプチドに特異的に結合する抗体もしくは他の結合分子であり得る。いくつかの実施形態において、このような抗体もしくは結合分子は、多型の結果としての上記ポリペプチドに対する構造上のバリエーションを区別し得るので、遺伝子型決定のために使用され得る。上記抗体もしくは結合分子は、検出可能なマーカー（例えば、放射性同位体、蛍光化合物、生体発光化合物、化学発光化合物、金属キレート剤もしくは酵素）で標識され得る。結合アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）を行うための他の試薬は、上記キットに含まれ得る。
いくつかの実施形態において、上記キットは、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも５つ、少なくとも１０つ、もしくはそれより多くのバイオマーカーを遺伝子型決定するための試薬を含む。いくつかの実施形態において、上記キットは、増幅された核酸を検出するための捕捉プローブのための表面もしくは基材（例えば、マイクロアレイ）をさらに含み得る。
上記キットは、密に拘束する１つ以上の容器手段（例えば、バイアル、チューブなど）の中に受容されるように区画に分けられたキャリア手段をさらに含み得、上記容器手段の各々は、上記方法において使用されるべき別個の要素のうちの１つを含む。例えば、上記容器手段のうちの１つは、検出可能に標識されるかもしくは標識され得るプローブを含み得る。このようなプローブは、バイオマーカーに特異的なポリヌクレオチドであり得る。上記キットが、標的核酸を検出するために核酸ハイブリダイゼーションを利用する場合、上記キットはまた、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチドを含む容器および／もしくはレポーター手段（例えば、レポーター分子（例えば、酵素標識、蛍光標識、もしくは放射性同位体標識）に結合されるビオチン結合タンパク質（例えば、アビジンもしくはストレプトアビジン））を含む容器を有し得る。
本発明のキットは、代表的には、上記の容器、ならびに商業的見地およびユーザーからの見地から所望される材料（緩衝液、希釈剤、フィルタ、ニードル、シリンジ、および使用説明書付きのパッケージ挿入物を含む）を含む１つ以上の他の容器を含む。ラベルは、上記組成物が特定の治療もしくは非治療適用のために使用されることを示すために上記容器上に存在し得、そしてまた、インビボもしくはインビトロいずれかの使用のための指示（例えば、上記のもの）を示し得る。
上記キットは、組織もしくは細胞サンプルを調製し、上記サンプルから核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ）を調製するための説明書および材料のセットをさらに含み得る。
本発明は、キットにおいて使用され得る、本発明の方法を実施するにあたって使用するために適した種々の組成物を提供する。例えば、本発明は、表面（例えば、このような方法において使用され得るアレイ）を提供する。いくつかの実施形態において、本発明のアレイは、本発明の薬理ゲノムバイオマーカーを検出するために有用な個々の核酸分子もしくは核酸分子の収集物を含む。例えば、本発明のアレイは、標的核酸を含むサンプルにハイブリダイズし得、それによってこのようなハイブリダイゼーションが本発明の薬理ゲノムバイオマーカーの遺伝子型の指標となる、一連の別個に配置された個々の核酸オリゴヌクレオチドもしくは核酸オリゴヌクレオチド組み合わせのセットを含み得る。
いくつかの技術は、ガラススライドのような固体基材に核酸を付着させることに関して当該分野で周知である。１つの方法は、合成される核酸分子へと、固体基材に付着し得る部分（例えば、アミン基、アミン基の誘導体もしくは正電荷を有する別の基）を含む改変塩基もしくはアナログを組み込むことである。次いで、上記合成された生成物は、増幅された生成物上にある反応性基と共有結合を形成するアルデヒドもしくは別の反応性基で被覆されている固体支持体（例えば、ガラススライド）と接触させられ、上記ガラススライド上で共有結合する。他の方法（例えば、アミノプロプリルシリカ表面化学を使用するもの）はまた、ワールドワードウェブ、ｃｍｔ．ｃｏｒｎｉｎｇ．ｃｏｍおよびｃｍｇｍ．ｓｔａｎｆｏｒｄ．ｅｄｕ／ｐｂｒｏｗｎ１．において開示されるように、当該分野で公知である。
反応性基に後に変換され得るオリゴヌクレオチドへの基の付着はまた、当該分野で公知の方法を使用して可能である。オリゴヌクレオチドのヌクレオチドへの任意の付着は、オリゴヌクレオチドの一部になり、これは、次いで、上記マイクロアレイの固体表面に付着され得る。増幅された核酸は、使用される技術によって必要とされるか、そして／または許容される場合、例えば、フラグメントへの切断を介して、または上記固体基材への付着の前もしくは後の検出可能な標識の付着によって、さらに改変され得る。
Ｇ．実施例
以下の実施例は、本発明を例示するために提供されるのであって、本発明を限定するために提供されるのではない。
実施例１：高トリグリセリド血症と関連する多型の同定および非小細胞肺癌を処置するにあたってベキサロテンによって誘導される長期生存
（材料および方法）
患者。ＳＰＩＲＩＴ Ｉ治験およびＩＩ治験において登録され、ベキサロテンで処置された患者の中で、４０３名の個体に由来する血漿サンプルが利用可能であった。これら被験体の臨床的特徴を、表Ｉに提供する。上記症例は、トリグリセリドレベルパーセンタイルが６２より高い（上位１／３ ＨＴＧ Ｈｉ）者と定義し、コントロールは、トリグリセリドレベルパーセンタイルが３１より低い者（下位１／３もしくはＨＴＧ Ｌｏ）であった。血漿トリグリセリドレベルが３１〜６２の間であるそれら患者を、中央群（ＨＴＧ Ｍｉｄ）へと分類した。
ＤＮＡ調製。ＤＮＡを、ＱＩＡＧＥＮ ＱＩＡａｍｐ ＭｉｎＥｌｕｔｅ Ｖｉｒｕｓ Ｓｐｉｎ Ｋｉｔ（Ｖａｌｅｎｃｉａ， ＣＡ， ＵＳＡ）で、血漿サンプルから抽出した。ＤＮＡサンプルを、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ ＧｅｎｏｍｉＰｈｉ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ， ＵＳＡ）を使用して増幅した。
ＳＮＰ遺伝子型決定およびデータ分析。ステージＩ（図１Ｂ）において、１５０サンプルを、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ標準プロトコル（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ， ＣＡ， ＵＳＡ）に従って、５００，０００個のＳＮＰを含むＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ ５００Ｋ Ｍａｐｐｉｎｇ Ａｒｒａｙ Ｓｅｔを使用して、遺伝子型決定した。ゲノムワイドスキャン結果から、２５５個のＳＮＰを、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ ｉＰＬＥＸＴＭアッセイ（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ， ＵＳＡ）を使用して、ステージＩＩ研究のために選択した。これらアッセイを、上記ＳＰＩＲＩＴ治験からの４００ ＤＮＡサンプルを遺伝子型決定するために使用した。それらの中でも、ステージＩにおいて使用した上記１５０サンプルのうちの１４７サンプルを、確認群として選択し、他の２５３サンプルを、反復群として使用した（図１Ｂ）。最終的な遺伝子型コール（ｃａｌｌ）を、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ Ｔｙｐｅｒスイート（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ， ＵＳＡ）のＳｅｑｕｅｎｏｍ Ｔｙｐｅｒ Ａｎａｌｙｚｅｒによって生成した。５０％より低いコール率（ｃａｌｌ ｒａｔｅ）を有するサンプルを除いた後、３８５サンプルを残した（確認群において１４１サンプルおよび反復群において２４４サンプル）。関連ＳＮＰの症例対照分析を、症例とコントロールとの間の対立遺伝子数における差異に基づいて、χ２検定を使用して行った。その後、トリグリセリドパーセンタイルのレベルを、定量的形質として使用し、関連分析を、ＰＬＩＮＫプログラムを使用して最小二乗回帰によって行った（１２）。
パクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞およびベキサロテン処置での再感作（ｒｅｓｅｎｓｉｔｉｚａｔｉｏｎ）。ヒト乳癌細胞株ＭＤＡ−ＭＢ−２３１を、アメリカンタイプカルチャーコレクション（Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ， ＵＳＡ）から得、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞を、５％ ＣＯ２においてＲＰＭＩ−１６４０（１０％ ウシ胎仔血清および２ｍＭ グルタミンを補充）中で慣用的に培養した。ベキサロテンを、Ｌｉｇａｎｄ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ．（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ， ＵＳＡ）において合成し、パクリタキセルを、Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ（Ｓｔ． Ｌｏｕｉｓ， ＭＯ， ＵＳＡ）から購入した。パクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞の樹立およびベキサロテン処理によるパクリタキセルへの再感作のためのプロトコルは、以前に記載された（５）。簡潔には、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞を、１０日間サイクル：３０ｎＭ パクリタキセルでの３日間処理、続いて、コントロール培地への７日間曝露でレジメンに曝露した。パクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞（ＭＤＡ−ＰＲ）を、このような処理の８サイクル（３日間オンおよび７日間オフ；合計８０日間）以内に樹立した。次いで、これらＭＤＡ−ＰＲ細胞を、３ヶ月間にわたって新たな１０日間サイクルにおいて、１μＭ Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（１０日間オン）の非存在下もしくは存在下で３０ｎＭ パクリタキセル（３日間オンおよび７日間オフ）の組み合わせで処理した。このように処理したＭＤＡ−ＰＲ細胞をパクリタキセルに再感作させた。その一方で、パクリタキセル単独を含むレジメンは、ＭＤＡ−ＰＲ細胞の増殖に対して何ら影響はなかった。
ＲＮＡマイクロアレイ。ＲＮＡを、ビヒクルコントロール、パクリタキセル単独、もしくは前節において記載されるとおりに（パクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞およびベキサロテン処理での再感作）ベキサロテンで処理した親およびパクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＭＢ−２３１乳癌細胞から抽出した。全てのＲＮＡサンプルは、２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ （Ａｇｉｌｅｎｔ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ， ＵＳＡ）で分析した場合に、満足のいく２８Ｓ／１８Ｓ比を有した。単一のプローブを各ＲＮＡサンプルに対して調製し、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘによって供給される標準プロトコルおよび試薬を使用して単一アレイに対してハイブリダイズさせ、次いで、上記プローブを、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＨＧ−Ｕ１３３Ａアレイにハイブリダイズさせた（２２，２８３プローブセット）。
結果
上記ＳＰＩＲＩＴ ＩおよびＳＰＩＲＩＴ ＩＩ治験に参加した４０３名の患者の血漿サンプルは、本発明者らの研究に利用可能であった。そしてそれらを、ベキサロテン処置の間に示した最大トリグリセリドレベルのそれらのパーセンタイルに基づいて、高い群、中央群、および低い群に分けた（表１）。この群分けストラテジーは、先に報告された（９、１０）生存分析において示された群分け方を摸倣し、図１Ａに示した。ここで患者を、ベキサロテン処置後に達したそれらの絶対トリグリセリドレベルに基づいて３つの群に分けた場合に、別個の生存結果を観察した。
ステージＩにおいて、７４サンプルを、上記高ＨＴＧ（症例）から無作為に選択し、７６サンプルを上記低ＨＴＧ（コントロール）亜群から選択し、それらを、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ５００Ｋ ＳＮＰアレイで遺伝子型決定した（図１Ｂ）。最初のゲノムワイドスキャンから、２５５個のＳＮＰを、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ ｉＰＬＥＸアッセイで３つの利用可能な臨床サンプルを除いて、全てを使用してステージＩＩ遺伝子型決定のために選択した。上記４００サンプルの中で、１４７サンプル（７３症例＋７４コントロール）を、確認群として選択し、他の２５３サンプル（７６症例＋４８コントロール＋１２９ ＨＴＧ Ｍｉｄ）を、複製群と称した（図１Ｂ）。関連分析を行うために、ｐ値を、症例とコントロールとの間の対立遺伝子頻度の差に基づいて、最初に計算した（表２）。遺伝子型試験もまた、３群における定量的形質としてトリグリセリドパーセンタイルを使用して行った（表３）。この分析のために、トリグリセリドパーセンタイルの中央レベルを有する個体を、複製群に含めた。有意な関連が、ｐ値≦０．０５でＳＮＰに対して示された。これら２つのアプローチおよび有意性の基準を組み合わせることによって、トリグリセリドレベルとの有意な関連を示す１４個のＳＮＰを見いだした（表２、表３）。
関連した遺伝子座。高トリグリセリド血症と有意な関連を有する上記１４個のＳＮＰ（表２、表３）は、９つの遺伝子座に位置する。４つの有意に関連したＳＮＰは、１３番染色体上の同じ連鎖不平衡（ＬＤ）ブロック内に位置する（図２）。この領域は、小腸からの胆汁酸の再吸収を担う遺伝子であるＳＬＣ１０Ａ２の約２００ｋｂ上流にある。強い関連を示す複数のＳＮＰを有する第２の領域は、１２番染色体上に位置し、ここでｒｓ１７９５５０５およびｒｓ１１８４７７６は、約５０００ヌクレオチドしか離れていない。両方のＳＮＰは、Ｌｉｎ−７ホモログＡ（Ｌｉｎ７Ａ）のイントロン領域にあるが、この領域は、上記Ｌｉｎ７Ａ遺伝子の第２および第３のエキソンを含むＬＤブロックにある。
別の関連したＳＮＰであるｒｓ７３３４５０９は、ＬＣＰ１とカルボキシペプチダーゼＢ２（ＣＢＰ２）との間にあり、上記ＬＣＰ１の３’側半分を含むＬＤブロックにある（図３Ａ）。ベキサロテンは、化学療法剤（例えば、パクリタキセル）での長期間の処理の後に化学療法抵抗性になった乳癌細胞を再感作することを示した（５）。パクリタキセルに耐性のＭＤＡ−ＰＲ細胞でのマイクロアレイ研究からの遺伝子発現データの調査から、ＬＣＰ１（これは、ｒｓ７３３４５０９の近くにある）は、ベキサロテンでの同時処理によってアップレギュレートされることが明らかにされた（図３Ｂ）。上記マイクロアレイ研究において、ＬＣＰ１の発現は、親細胞株と比較して、上記パクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＰＲ細胞株において有意に低下した。ベキサロテンおよびパクリタキセルで処理したＭＤＡ−ＰＲ細胞において、ＬＣＰ１発現は、親ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞におけるものとほぼ同じレベルへと、有意にアップレギュレートされた（図３Ｂ）。しかし、パクリタキセル単独での処理は、ＬＣＰ１の発現に対して何ら影響を有しなかった。
有意なＳＮＰの残りに関して、３つは、ｐ値≦５×１０−７（ｒｓ６９９７５８１、ｐ＝３．１６×１０−１０；ｒｓ１５０６０１１、ｐ＝３．８８×１０−８；ｒｓ４５７２９２０、ｐ＝１．５９×１０−７）を有する（表２）。最も強く関連したＳＮＰであるｒｓ６９９７５８１は、２種の遺伝子が遠くから囲んでいる（ＣＳＭＤ１（ＣＵＢおよびＳｕｓｈｉ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ １）に対して４００ｋｂおよびＭＣＰＨ１（ｍｉｃｒｏｃｅｐｈａｌｙ，ｐｒｉｍａｒｙ ａｕｔｏｓｏｍａｌ ｒｅｃｅｓｓｉｖｅ １）に対して９００ｋｂ）。ｒｓ４５７２９６０および近くに位置するｒｓ１００５８３２４（１．５９×１０−５）は、互いに約７０ｋｂにあり、弱いＬＤにあり、Ｄ’＝０．８である。２種の遺伝子ＰＥＬＯ（Ｐｅｌｏｔａホモログ）およびＩＴＧＡ１（インテグリンα１）があり、これら遺伝子は、この遺伝子座から５００ｋｂ離れて位置している。ＰＥＬＯは、保存された核局在シグナルを含むタンパク質をコードし、ＩＴＧＡ１は、インテグリンレセプターのα１サブユニットをコードする。ｒｓ１５０６０１１の近位に位置することが見いだされた既知の遺伝子はない。残りの３つの有意なＳＮＰであるｒｓ７４３４８２０（ＦＬＪ４６４８１）、ｒｓ１０５１８５３（ｓｐａｒｃ／オステオネクチン、ｃｗｃｖおよびｋａｚａｌ様ドメインプロテオグリカン（ｔｅｓｔｉｃａｎ）１（ＳＰＯＣＫ１））、およびｒｓ２６３１６８６（ｐｏｌｙｃｏｍｂ ｇｒｏｕｐ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ５（ＰＣＧＦ５））は、高トリグリセリド血症との中程度の関連を示す。
ＲＸＲは、多くの核レセプター（例えば、レチノイン酸レセプター、ＰＰＡＲ、ＬＸＲ、およびＦＸＲ）とヘテロダイマーを形成し得、多くの生物学的経路に関与する多面発現性の制御因子である。ＲＸＲ特異的アゴニスト（例えば、ベキサロテン）の開発に伴って、メタボリックシンドローム、皮膚疾患、腫瘍の処置および癌予防を含む多くの臨床治療分野に利益を与える多大な潜在能力が存在する（１３、１４）。レチノイドの臨床適用は一般に、およびＲＸＲアゴニストもまた、関連する望ましくない副作用（例えば、血清トリグリセリドの上昇）によって一部制限されてきた。ＲＸＲアゴニストによる高トリグリセリド血症の誘導は、長きにわたって公知であったが、この現象の根底にある分子機構は、分かりにくいままである。上記関連した遺伝子座のうちの１つが、この研究から同定され、ＳＬＣ１０Ａ２は、レキシノイド誘導性高トリグリセリド血症に関与し得る魅力的な候補である。ＳＬＣ１０Ａ２は、小腸からの胆汁酸の再吸収を担う遺伝子である。胆汁酸は、血清トリグリセリドレベルに影響を与えることが公知であり（１５〜１８）、胆汁酸取り込みの主要成分として、ＳＬＣ１０Ａ２の活性は、トリグリセリドレベルに密接に関連している（１９、２０）。さらに、ＳＬＣ１０Ａ２は、恐らく、ＰＰＡＲα（脂質代謝に関与することが公知の核レセプター）とヘテロダイマーを形成することを介して、転写レベルにおいてＲＸＲによって制御されることが公知である（２１、２２）。脂肪酸へのトリグリセリドの下流変換はまた、多くの核レセプター（そのうちの多くは、ＲＸＲレセプターとヘテロダイマーパートナーを形成し、癌細胞増殖を制御する他の細胞機構を潜在的に誘発する）を活性化するシグナル伝達分子を生成する。
この研究はまた、生存と高度に上昇したトリグリセリドレベルとの間の相関に起因して、上記ベキサロテンの抗腫瘍活性への見通しを可能にする。１つの関連した遺伝子座であるｒｓ７３３４５０９は、Ｌ−プラスチンともいわれるＬＣＰ１の近くに位置する。プラスチンは、真核生物の進化を通して保存され、高等真核生物の大部分の組織において発現されるアクチン結合タンパク質のファミリーである。これらタンパク質は、アクチンフィラメントを密な束へと架橋するという特有の特性を共有し、それらは、アクチン細胞骨格の制御に主に関与する。Ｌ−プラスチンは、造血細胞において主に発現されるが、大部分のヒト癌細胞においても発現されることが示され、ＤＮＡ修復、腫瘍細胞移動および侵襲に関与し得る（２３、２４）。本発明者らのマイクロアレイ研究において、パクリタキセル耐性ＭＤＡ−ＰＲ細胞株におけるＬＣＰ１の発現は、ベキサロテンおよびパクリタキセル処置の組み合わせによって顕著にアップレギュレートされた。この結果は、ＬＣＰ１がベキサロテンによって発揮される抗腫瘍作用に関与し得ることを示唆する。近年の研究から、アクチンおよびチューブリンの両方が、化学療法に対する腫瘍細胞耐性に関与することが見いだされた（２５〜２７）。従って、この研究において同定されたＬＣＰ１多型は、抗腫瘍剤としてのベキサロテンへの個体の応答に原因としてもしくは機能的に影響を及ぼし得る。
次善の供給源（例えば、血漿）から抽出されたＤＮＡを使用して、本発明者らの研究における上記遺伝子型コール率は、ＤＮＡが最適なＤＮＡ供給源（例えば、全血）から抽出された他の遺伝子型決定研究に関する代表的なコール率より低い。ｉＰＬＥＸアッセイから生成された遺伝子型決定生データの詳細な分析から、コールなしのうちの多くは、いずれの対立遺伝子からのシグナルが非常に低いかもしくはシグナルがないことに起因したが、信頼のおける遺伝子型コールは、シグナルがバックグラウンドノイズより実質的に高い場合になお行われ得ることを示した（データは示さず）。全ゲノム増幅サンプルに対するＬｕらの研究およびＰａｒｋらの研究はまた、高一致遺伝子型コール（ｈｉｇｈ ｃｏｎｃｏｒｄａｎｃｅ ｇｅｎｏｔｙｐｅ ｃａｌｌ）は、低い全体的コール率でサンプルから得られ得ることを示した（２８、２９）。さらに、複数のＳＮＰを、同じＬＤブロックにおいて遺伝子型決定した。なぜなら、偽陽性結果が、その後の遺伝子型決定および分析において連続して生じる可能性は低いからである。例えば、ＳＬＣ１０Ａ２の近くにあるＬＤブロックにおいて同定された４つの有意なＳＮＰは、関連の方向へ偶然行こうとする複数の遺伝子型決定誤差によって駆動される可能性は低い。さらに、これら関連したＳＮＰに関連する遺伝子のうちのいくつかは、ベキサロテンの機能に関連する。
血漿サンプルは、化学療法のみのコントロール群の患者から集めなかった。ベキサロテンによって誘導される生存とトリグリセリドレベルとの間の相関は、全世界で約２５０の臨床現場にわたって、ベキサロテンありもしくはなしで異なる化学療法剤を評価した、２回の非常に大きな、無作為化した独立した第ＩＩＩ相治験において観察された（９、１０）。上記患者集団は、厳密な包含基準に起因して非常に均一であり、全ての患者は、第一選択処置の資格がある進行したステージＩＩＩｂもしくはステージＩＶのＮＳＣＬＣを有した。さらに、高トリグリセリドレベルとベキサロテン効力との間の類似の関係は、他のベキサロテンの第ＩＩ相肺癌および腎細胞癌治験、ならびに皮膚Ｔ細胞リンパ腫における治験での後ろ向き分析によって明らかにされた（１１）。
全体として、この研究から同定された、上記関連したＳＮＰは、レキシノイド誘導性高トリグリセリド血症およびその抗腫瘍作用についての新たな見通しを提供する。これら結果は、ＲＸＲ調節因子の効力を最大化して、重要な疾患（例えば、代謝障害および癌）を処置するための患者選択基準の開発を最終的にもたらし得る。これら多型はまた、ベキサロテン応答を予測するためにゲノムマーカーとして使用するための有望な候補であり、有意な臨床有用性を有する。
上記実施例は、例示目的で含められるに過ぎず、本発明の範囲を限定することは意図されない。上記に記載されるものに対する多くのバリエーションが考えられる。上記実施例に対する改変およびバリエーションは、当業者に明らかであるので、本発明が、添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることが意図される。

Claims (35)

  1. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、もしくはこれらの相補的配列、および／またはこれらとの連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される２つ以上の一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む、単離されたバイオマーカーの一団。
  2. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される３つ以上のＳＮＰを含む、請求項１に記載の一団。
  3. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される４つ以上のＳＮＰを含む、請求項１に記載の一団。
  4. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択されるＳＮＰ全てを含む、請求項１に記載の一団。
  5. 前記ＳＮＰは、それぞれ、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の一団。
  6. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列からなる群より選択されるＳＮＰのうちの２つ、３つ、４つもしくはより多くと関連および／もしくは連鎖している、単離されたバイオマーカーの一団。
  7. 基材上の分子の組み合わせを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのマイクロアレイであって、ここで該分子は、ＳＮＰをアッセイするために使用される、マイクロアレイ。
  8. 前記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドである、請求項７に記載のマイクロアレイ。
  9. 前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列、および／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、請求項８に記載のマイクロアレイ。
  10. 請求項１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を評価するための試薬。
  11. ＳＮＰをアッセイするための１種以上の分子を含む、請求項１０に記載の試薬。
  12. 前記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリペプチドである、請求項１１に記載の試薬。
  13. 前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列を含む、請求項１２に記載の試薬。
  14. 前記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／もしくはマイクロアレイによってアッセイされる、請求項１１に記載の試薬。
  15. 請求項１０〜１４のいずれか１項に記載の試薬を含む、単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのキット。
  16. 前記バイオマーカーを使用して、コンパニオン診断試験を行うための説明書をさらに含む、請求項１５に記載のキット。
  17. 前記バイオマーカーは、ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１からなる群より選択される１つ以上のＳＮＰ、もしくはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、請求項１５に記載のキット。
  18. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される１つ以上のＳＮＰを含む単離されたバイオマーカーの一団を使用する処置のためのコンパニオン診断試験。
  19. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される２つ以上のＳＮＰを使用する、請求項１８に記載のコンパニオン診断試験。
  20. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される３つ以上のＳＮＰを使用する、請求項１８に記載のコンパニオン診断試験。
  21. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される４つ以上のＳＮＰを使用する、請求項１８に記載のコンパニオン診断試験。
  22. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択されるＳＮＰ全てを使用する、請求項１８に記載のコンパニオン診断試験。
  23. ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列からなる群より選択されるＳＮＰのうちの１つ、２つ、３つ、４つもしくはそれより多くと関連および／または連鎖している１つ以上の単離されたバイオマーカーを使用する処置のためのコンパニオン診断試験。
  24. 前記コンパニオン診断試験は、
    ａ）処置を受けている被験体もしくは処置が考慮される被験体から生物学的サンプルを得る工程；
    ｂ）該生物学的サンプルからゲノムＤＮＡを単離する工程；
    ｃ）バイオマーカーの前記一団をアッセイする工程；
    ｄ）バイオマーカーの該一団のアッセイ結果に基づいて、コンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程；ならびに／または
    ｅ）該処置への該被験体のありそうな応答性を決定する工程、
    を包含する、請求項１８〜２３のいずれか１項に記載のコンパニオン診断試験。
  25. 前記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／またはマイクロアレイによってアッセイされる、請求項２４に記載のコンパニオン診断試験。
  26. 請求項１８〜２５のいずれか１項に記載のコンパニオン診断試験を使用して、疾患処置に対する被験体の応答性を推測するための方法。
  27. 前記処置は、レチノイドＸレセプター（ＲＸＲ）、レチノイン酸レセプター（ＲＡＲ）、ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプター（ＰＰＡＲ）、肝臓Ｘレセプター（ＬＸＲ）、またはファルネソイドＸレセプター（ＦＸＲ）の調節因子を使用する治療レジメンを含む、請求項２６に記載の方法。
  28. 前記ＲＸＲ調節因子は、ベキサロテンである、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記疾患は、小細胞肺癌、前立腺癌、乳癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、癌予防、メタボリックシンドローム、皮膚疾患、ならびにアルツハイマー病のような神経変性疾患および障害からなる群より選択される、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記方法は、前記処置から利益を受ける可能性が最も高い患者、または該処置から有害作用を経験する可能性が最も高い患者を選択するために使用される、請求項２６〜２９のいずれか１項に記載の方法。
  31. 請求項１〜６のいずれか１項に従う単離されたバイオマーカーの一団を使用して、新たなバイオマーカーを同定するための方法。
  32. 前記新たなバイオマーカーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリペプチド、ｓｉＲＮＡもしくはバイオマーカーの別の形態である、請求項３１に記載の方法。
  33. 請求項１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を使用して、薬物標的を同定するための方法。
  34. 前記薬物標的は、バイオマーカーに関する生物学的経路に基づいて同定される、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記生物学的経路は、胆汁酸の再吸収、内向き整流カリウムチャネル、アクチン細胞骨格の制御、核局在、インテグリンレセプター、ｓｐａｒｃ／オステオネクチン、ｃｗｃｖおよびｋａｚａｌ様ドメインプロテオグリカン（ｔｅｓｔｉｃａｎ）１、およびｐｏｌｙｃｏｍｂ ｇｒｏｕｐ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ５からなる群より選択される、請求項３４に記載の方法。
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