JP2014524735A5 - - Google Patents
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Description
さらに別の局面において、本明細書で開示される単離されたバイオマーカーの一団を使用して、新たなバイオマーカーを同定するための方法が、本明細書において提供される。いくつかの実施形態において、上記新たなバイオマーカーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリペプチド、ｓｉＲＮＡもしくはバイオマーカーの別の形態であり得る。本明細書で開示される単離されたバイオマーカーの一団を使用して、薬物標的を同定するための方法が、本明細書においてさらに提供される。いくつかの実施形態において、上記薬物標的は、バイオマーカーに関連する生物学的経路に基づいて同定され得、ここで上記生物学的経路は、胆汁酸の再吸収、内向き整流カリウムチャネル、アクチン細胞骨格の制御、核局在、インテグリンレセプター、ｓｐａｒｃ／オステオネクチン、ｃｗｃｖおよびｋａｚａｌ様ドメインプロテオグリカン（ｔｅｓｔｉｃａｎ） １、ならびにｐｏｌｙｃｏｍｂ ｇｒｏｕｐ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ５からなる群より選択され得る。
本発明は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、もしくはこれらの相補的配列、および／またはこれらとの連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される２つ以上の一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む、単離されたバイオマーカーの一団。
（項目２）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される３つ以上のＳＮＰを含む、項目１に記載の一団。
（項目３）
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（項目４）
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（項目５）
前記ＳＮＰは、それぞれ、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、項目１〜４のいずれか１項に記載の一団。
（項目６）
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（項目７）
基材上の分子の組み合わせを含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのマイクロアレイであって、ここで該分子は、ＳＮＰをアッセイするために使用される、マイクロアレイ。
（項目８）
前記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドである、項目７に記載のマイクロアレイ。
（項目９）
前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列、および／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、項目８に記載のマイクロアレイ。
（項目１０）
項目１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を評価するための試薬。
（項目１１）
ＳＮＰをアッセイするための１種以上の分子を含む、項目１０に記載の試薬。
（項目１２）
前記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリペプチドである、項目１１に記載の試薬。
（項目１３）
前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列を含む、項目１２に記載の試薬。
（項目１４）
前記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／もしくはマイクロアレイによってアッセイされる、項目１１に記載の試薬。
（項目１５）
項目１０〜１４のいずれか１項に記載の試薬を含む、単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのキット。
（項目１６）
前記バイオマーカーを使用して、コンパニオン診断試験を行うための説明書をさらに含む、項目１５に記載のキット。
（項目１７）
前記バイオマーカーは、ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１からなる群より選択される１つ以上のＳＮＰ、もしくはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、項目１５に記載のキット。
（項目１８）
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（項目１９）
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（項目２０）
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（項目２１）
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（項目２２）
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（項目２３）
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（項目２４）
前記コンパニオン診断試験は、
ａ）処置を受けている被験体もしくは処置が考慮される被験体から生物学的サンプルを得る工程；
ｂ）該生物学的サンプルからゲノムＤＮＡを単離する工程；
ｃ）バイオマーカーの前記一団をアッセイする工程；
ｄ）バイオマーカーの該一団のアッセイ結果に基づいて、コンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程；ならびに／または
ｅ）該処置への該被験体のありそうな応答性を決定する工程、
を包含する、項目１８〜２３のいずれか１項に記載のコンパニオン診断試験。
（項目２５）
前記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／またはマイクロアレイによってアッセイされる、項目２４に記載のコンパニオン診断試験。
（項目２６）
項目１８〜２５のいずれか１項に記載のコンパニオン診断試験を使用して、疾患処置に対する被験体の応答性を推測するための方法。
（項目２７）
前記処置は、レチノイドＸレセプター（ＲＸＲ）、レチノイン酸レセプター（ＲＡＲ）、ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプター（ＰＰＡＲ）、肝臓Ｘレセプター（ＬＸＲ）、またはファルネソイドＸレセプター（ＦＸＲ）の調節因子を使用する治療レジメンを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記ＲＸＲ調節因子は、ベキサロテンである、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記疾患は、小細胞肺癌、前立腺癌、乳癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、癌予防、メタボリックシンドローム、皮膚疾患、ならびにアルツハイマー病のような神経変性疾患および障害からなる群より選択される、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記方法は、前記処置から利益を受ける可能性が最も高い患者、または該処置から有害作用を経験する可能性が最も高い患者を選択するために使用される、項目２６〜２９のいずれか１項に記載の方法。
（項目３１）
項目１〜６のいずれか１項に従う単離されたバイオマーカーの一団を使用して、新たなバイオマーカーを同定するための方法。
（項目３２）
前記新たなバイオマーカーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリペプチド、ｓｉＲＮＡもしくはバイオマーカーの別の形態である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
項目１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を使用して、薬物標的を同定するための方法。
（項目３４）
前記薬物標的は、バイオマーカーに関する生物学的経路に基づいて同定される、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記生物学的経路は、胆汁酸の再吸収、内向き整流カリウムチャネル、アクチン細胞骨格の制御、核局在、インテグリンレセプター、ｓｐａｒｃ／オステオネクチン、ｃｗｃｖおよびｋａｚａｌ様ドメインプロテオグリカン（ｔｅｓｔｉｃａｎ）１、およびｐｏｌｙｃｏｍｂ ｇｒｏｕｐ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ５からなる群より選択される、項目３４に記載の方法。
本発明は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、もしくはこれらの相補的配列、および／またはこれらとの連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される２つ以上の一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む、単離されたバイオマーカーの一団。
（項目２）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される３つ以上のＳＮＰを含む、項目１に記載の一団。
（項目３）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される４つ以上のＳＮＰを含む、項目１に記載の一団。
（項目４）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択されるＳＮＰ全てを含む、項目１に記載の一団。
（項目５）
前記ＳＮＰは、それぞれ、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、項目１〜４のいずれか１項に記載の一団。
（項目６）
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（項目７）
基材上の分子の組み合わせを含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのマイクロアレイであって、ここで該分子は、ＳＮＰをアッセイするために使用される、マイクロアレイ。
（項目８）
前記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドである、項目７に記載のマイクロアレイ。
（項目９）
前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列、および／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、項目８に記載のマイクロアレイ。
（項目１０）
項目１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を評価するための試薬。
（項目１１）
ＳＮＰをアッセイするための１種以上の分子を含む、項目１０に記載の試薬。
（項目１２）
前記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリペプチドである、項目１１に記載の試薬。
（項目１３）
前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列を含む、項目１２に記載の試薬。
（項目１４）
前記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／もしくはマイクロアレイによってアッセイされる、項目１１に記載の試薬。
（項目１５）
項目１０〜１４のいずれか１項に記載の試薬を含む、単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのキット。
（項目１６）
前記バイオマーカーを使用して、コンパニオン診断試験を行うための説明書をさらに含む、項目１５に記載のキット。
（項目１７）
前記バイオマーカーは、ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１からなる群より選択される１つ以上のＳＮＰ、もしくはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、項目１５に記載のキット。
（項目１８）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される１つ以上のＳＮＰを含む単離されたバイオマーカーの一団を使用する処置のためのコンパニオン診断試験。
（項目１９）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される２つ以上のＳＮＰを使用する、項目１８に記載のコンパニオン診断試験。
（項目２０）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される３つ以上のＳＮＰを使用する、項目１８に記載のコンパニオン診断試験。
（項目２１）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される４つ以上のＳＮＰを使用する、項目１８に記載のコンパニオン診断試験。
（項目２２）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択されるＳＮＰ全てを使用する、項目１８に記載のコンパニオン診断試験。
（項目２３）
ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列からなる群より選択されるＳＮＰのうちの１つ、２つ、３つ、４つもしくはそれより多くと関連および／または連鎖している１つ以上の単離されたバイオマーカーを使用する処置のためのコンパニオン診断試験。
（項目２４）
前記コンパニオン診断試験は、
ａ）処置を受けている被験体もしくは処置が考慮される被験体から生物学的サンプルを得る工程；
ｂ）該生物学的サンプルからゲノムＤＮＡを単離する工程；
ｃ）バイオマーカーの前記一団をアッセイする工程；
ｄ）バイオマーカーの該一団のアッセイ結果に基づいて、コンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程；ならびに／または
ｅ）該処置への該被験体のありそうな応答性を決定する工程、
を包含する、項目１８〜２３のいずれか１項に記載のコンパニオン診断試験。
（項目２５）
前記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／またはマイクロアレイによってアッセイされる、項目２４に記載のコンパニオン診断試験。
（項目２６）
項目１８〜２５のいずれか１項に記載のコンパニオン診断試験を使用して、疾患処置に対する被験体の応答性を推測するための方法。
（項目２７）
前記処置は、レチノイドＸレセプター（ＲＸＲ）、レチノイン酸レセプター（ＲＡＲ）、ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプター（ＰＰＡＲ）、肝臓Ｘレセプター（ＬＸＲ）、またはファルネソイドＸレセプター（ＦＸＲ）の調節因子を使用する治療レジメンを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記ＲＸＲ調節因子は、ベキサロテンである、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記疾患は、小細胞肺癌、前立腺癌、乳癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、癌予防、メタボリックシンドローム、皮膚疾患、ならびにアルツハイマー病のような神経変性疾患および障害からなる群より選択される、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記方法は、前記処置から利益を受ける可能性が最も高い患者、または該処置から有害作用を経験する可能性が最も高い患者を選択するために使用される、項目２６〜２９のいずれか１項に記載の方法。
（項目３１）
項目１〜６のいずれか１項に従う単離されたバイオマーカーの一団を使用して、新たなバイオマーカーを同定するための方法。
（項目３２）
前記新たなバイオマーカーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリペプチド、ｓｉＲＮＡもしくはバイオマーカーの別の形態である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
項目１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を使用して、薬物標的を同定するための方法。
（項目３４）
前記薬物標的は、バイオマーカーに関する生物学的経路に基づいて同定される、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記生物学的経路は、胆汁酸の再吸収、内向き整流カリウムチャネル、アクチン細胞骨格の制御、核局在、インテグリンレセプター、ｓｐａｒｃ／オステオネクチン、ｃｗｃｖおよびｋａｚａｌ様ドメインプロテオグリカン（ｔｅｓｔｉｃａｎ）１、およびｐｏｌｙｃｏｍｂ ｇｒｏｕｐ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ５からなる群より選択される、項目３４に記載の方法。
Claims (35)
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、もしくはこれらの相補的配列、および／またはこれらとの連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される２つ以上の一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む、単離されたバイオマーカーの一団。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される３つ以上のＳＮＰを含む、請求項１に記載の一団。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される４つ以上のＳＮＰを含む、請求項１に記載の一団。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択されるＳＮＰ全てを含む、請求項１に記載の一団。
- 前記ＳＮＰは、それぞれ、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の一団。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列からなる群より選択されるＳＮＰのうちの２つ、３つ、４つもしくはより多くと関連および／もしくは連鎖している、単離されたバイオマーカーの一団。
- 基材上の分子の組み合わせを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのマイクロアレイであって、ここで該分子は、ＳＮＰをアッセイするために使用される、マイクロアレイ。
- 前記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドである、請求項７に記載のマイクロアレイ。
- 前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列、および／またはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、請求項８に記載のマイクロアレイ。
- 請求項１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を評価するための試薬。
- ＳＮＰをアッセイするための１種以上の分子を含む、請求項１０に記載の試薬。
- 前記分子は、オリゴヌクレオチドもしくはポリペプチドである、請求項１１に記載の試薬。
- 前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１４に示されるヌクレオチド配列、またはこれらの相補的配列を含む、請求項１２に記載の試薬。
- 前記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／もしくはマイクロアレイによってアッセイされる、請求項１１に記載の試薬。
- 請求項１０〜１４のいずれか１項に記載の試薬を含む、単離されたバイオマーカーの一団を評価するためのキット。
- 前記バイオマーカーを使用して、コンパニオン診断試験を行うための説明書をさらに含む、請求項１５に記載のキット。
- 前記バイオマーカーは、ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１からなる群より選択される１つ以上のＳＮＰ、もしくはこれらと連鎖不平衡にあるものを含む、請求項１５に記載のキット。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される１つ以上のＳＮＰを含む単離されたバイオマーカーの一団を使用する処置のためのコンパニオン診断試験。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される２つ以上のＳＮＰを使用する、請求項１８に記載のコンパニオン診断試験。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される３つ以上のＳＮＰを使用する、請求項１８に記載のコンパニオン診断試験。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択される４つ以上のＳＮＰを使用する、請求項１８に記載のコンパニオン診断試験。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１およびｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列、ならびに／またはこれらと連鎖不平衡にあるものからなる群より選択されるＳＮＰ全てを使用する、請求項１８に記載のコンパニオン診断試験。
- ｒｓ７４３４８２０、ｒｓ４５７２９６０、ｒｓ１００５８３２４、ｒｓ１０５１８５３、ｒｓ６９９７５８１、ｒｓ２６３１６８６、ｒｓ１７９５５０５、ｒｓ１１８４７７６、ｒｓ７３３４５０９、ｒｓ６４９１７３８、ｒｓ７３３３０３３、ｒｓ７３３８３８１、ｒｓ３９１６９３１、ｒｓ１５０６０１１、またはこれらの相補的配列からなる群より選択されるＳＮＰのうちの１つ、２つ、３つ、４つもしくはそれより多くと関連および／または連鎖している１つ以上の単離されたバイオマーカーを使用する処置のためのコンパニオン診断試験。
- 前記コンパニオン診断試験は、
ａ）処置を受けている被験体もしくは処置が考慮される被験体から得られた生物学的サンプルからゲノムＤＮＡを単離する工程；
ｂ）バイオマーカーの前記一団をアッセイする工程；
ｃ）バイオマーカーの該一団のアッセイ結果に基づいて、コンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程；ならびに／または
ｄ）該処置への該被験体のありそうな応答性を決定する工程、
を包含する、請求項１８〜２３のいずれか１項に記載のコンパニオン診断試験。 - 前記ＳＮＰは、配列決定、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限フラグメント長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長、ならびに／またはマイクロアレイによってアッセイされる、請求項２４に記載のコンパニオン診断試験。
- 請求項１８〜２５のいずれか１項に記載のコンパニオン診断試験を使用して、疾患処置に対する被験体の応答性を推測するための方法。
- 前記処置は、レチノイドＸレセプター（ＲＸＲ）、レチノイン酸レセプター（ＲＡＲ）、ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプター（ＰＰＡＲ）、肝臓Ｘレセプター（ＬＸＲ）、またはファルネソイドＸレセプター（ＦＸＲ）の調節因子を使用する治療レジメンを含む、請求項２６に記載の方法。
- 前記ＲＸＲ調節因子は、ベキサロテンである、請求項２７に記載の方法。
- 前記疾患は、小細胞肺癌、前立腺癌、乳癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、癌予防、メタボリックシンドローム、皮膚疾患、ならびにアルツハイマー病のような神経変性疾患および障害からなる群より選択される、請求項２８に記載の方法。
- 前記方法は、前記処置から利益を受ける可能性が最も高い患者、または該処置から有害作用を経験する可能性が最も高い患者を選択するために使用される、請求項２６〜２９のいずれか１項に記載の方法。
- 請求項１〜６のいずれか１項に従う単離されたバイオマーカーの一団を使用して、新たなバイオマーカーを同定するための方法。
- 前記新たなバイオマーカーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリペプチド、ｓｉＲＮＡもしくはバイオマーカーの別の形態である、請求項３１に記載の方法。
- 請求項１〜６のいずれか１項に記載の単離されたバイオマーカーの一団を使用して、薬物標的を同定するための方法。
- 前記薬物標的は、バイオマーカーに関する生物学的経路に基づいて同定される、請求項３３に記載の方法。
- 前記生物学的経路は、胆汁酸の再吸収、内向き整流カリウムチャネル、アクチン細胞骨格の制御、核局在、インテグリンレセプター、ｓｐａｒｃ／オステオネクチン、ｃｗｃｖおよびｋａｚａｌ様ドメインプロテオグリカン（ｔｅｓｔｉｃａｎ）１、およびｐｏｌｙｃｏｍｂ ｇｒｏｕｐ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ５からなる群より選択される、請求項３４に記載の方法。
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