WO2019044852A1 - レチノイドの副作用に対する感受性の決定方法 - Google Patents

レチノイドの副作用に対する感受性の決定方法 Download PDF

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WO2019044852A1
WO2019044852A1 PCT/JP2018/031823 JP2018031823W WO2019044852A1 WO 2019044852 A1 WO2019044852 A1 WO 2019044852A1 JP 2018031823 W JP2018031823 W JP 2018031823W WO 2019044852 A1 WO2019044852 A1 WO 2019044852A1
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sensitivity
retinoid
snp
side effects
group
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PCT/JP2018/031823
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天野 聡
立郎 出田
大田 正弘
宜史 野村
美咲 落合
三紀子 上沼
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株式会社資生堂
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    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6827Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes

Definitions

  • the present invention relates to a method of determining sensitivity to side effects of retinoid in a subject based on genetic elements by SNP analysis, a computer determining sensitivity to side effects of retinoid, and a program for controlling the computer. Based on the determined sensitivity to the side effects of retinoids, it becomes possible to develop a method for relieving the sensitivity, to provide a cosmetic guidance service, and to select a cosmetic.
  • Retinol which is one of natural vitamin A, is an endogenous substance naturally present in the human body, and is involved in a wide range of physiological functions such as growth, reproduction, vision and infection prevention through conversion to retinal and retinoic acid.
  • retinol retinal and retinoic acid, and derivatives thereof are known as compounds that exert the action as vitamin A, and these are collectively called retinoids.
  • the action of retinoid on the skin includes promotion of turnover by the stratum corneum exfoliation action, epidermal hyperplasia by keratinocyte proliferation promotion and differentiation induction, enhanced production of elastic fibers such as collagen and elastin in dermal fibroblasts, sebum by suppression of sebaceous gland function Decreased secretion as well as the improvement of pigmentation by efflux of melanin granules is known. Therefore, retinoid is blended in cosmetics and medicines for the purpose of anti-wrinkle action, whitening action, anti-staining action and the like.
  • retinoid is irritating to the skin, and as a side effect, redness, epidermal hyperplasia, edema, blister, erythema, burns, itching, burn sensitivity, epidermal exfoliation, etc. may occur.
  • Such side effects often occur particularly when skin external preparations containing high concentrations of retinoid and highly physiologically active retinoid such as tretinoin are used.
  • the sensitivity to the side effects of retinoids varies greatly depending on the subject used.
  • the present inventors conducted SNP analysis on a subject for the purpose of determining sensitivity to retinoid side effects. As a result, 55 types of SNPs involved in the sensitivity to the side effects of retinoid were identified, and the present invention has been made.
  • the present invention is the following invention: Rs 11 776 1959, Rs 35 15 429, Rs 357 365 58, Rs 618 40347, Rs 12 909, 142, Rs 2 851 522, Rs 11 5775 886, Rs 11 75 8 125, Rs 583 105 52, Rs 5 2810 474, Rs 7 23 80 909, Rs 7 23 809 013, Rs 1 2 7 515 715 715 rs 1 590 385, rs 25 748 1010, rs 6480 852, rs 4 578 52, rs 531 402, rs 2 574 087, rs 2247 880, rs 2247 880, rs 814014, rs 137 908 383, rs 18138 1 s5, rs 8 016 5170, rs 12 05 170 591, rs 20 60 509 017 ⁇ rs28363677, rs16948876, rs17753299, rs1503026
  • the present invention is a computer for determining the sensitivity to side effects of retinoid, comprising: Rs 11 776 1959, Rs 35 15 429, Rs 357 365 58, Rs 618 40347, Rs 12 909 428, Rs 2 905 7122, Rs 2 17175 886, Rs 11 75 1 585 125, Rs 583 105 52, Rs 5 2810 474, Rs 7 23 80 909, Rs 7 23 809 013, Rs 1 2 7 515 715 715 rs 1 590 385, rs 25 748 1010, rs 6480 852, rs 4 578 52, rs 531 402, rs 2 574 087, rs 2247 880, rs 2247 880, rs 814014, rs 137 908 383, rs 18138 1 s5, rs 8 016 5170, rs 12 05 170 591, rs 20 60 509 017 ⁇ rs28363677,
  • the present invention provides rs 11 776 1959, rs 35 15 515 429, rs 3 713 4 347, rs 12 54 142, rs 9 2 90 14 22, rs 2 5185 22 86, rs 11 775 8 586, rs 11 75 8 125 525, rs 583 RhS 73381002, Rs59490468, Rs117142738, Rs10086126, Rs145653129, Rs1903895, Rs2574810, Rs6480852, Rs497578, Rs562187, Rs531480, Rs2574801, Rs2247880, Rs2140880S, Rsl184908041, Rss7930857, Rhs7407807, Rs?
  • rs145745344 containing a nucleic acid reagent for detecting at least one SNP, for determining the sensitivity of retinoid to side effects It also relates to the kit.
  • the present invention also relates to methods of determining susceptibility to retinoid side effects, and methods of providing cosmetics, pharmaceuticals, and cosmetic methods based on computer-determined sensitivities that determine sensitivity to retinoid side effects.
  • the invention further provides the following: Applying a candidate drug, In the applied cells, the expression change of at least one gene selected from the group consisting of: CAPN2, OR14I1, LYPD8, OSTN, LOC643675, FHDC1, TENM2, LOC105375854, SHC3, KCNMA1, ST3GAL4, LINGO1, NSMCE1, and LOC105372121 Determining the change in the function of the functional protein translated from the gene, and determining the control of the retinoid sensitivity of the candidate drug based on the expression change and the function change. It also relates to a method of screening candidate drugs.
  • the present invention makes it possible to determine the sensitivity to the side effects of retinoids, and based on the determined sensitivity, it is possible to provide cosmetics and medicines, as well as cosmetic and therapeutic methods.
  • FIG. 1 is a diagram showing the flow of processing by a program that controls a computer that determines sensitivity to side effects of retinoid.
  • FIG. 2 is a block diagram of a computer that determines the sensitivity to the side effects of retinoid.
  • FIG. 3 is a Manhattan plot showing the results of genome-wide association analysis ⁇ Genome-Wide Association Study (GWAS) ⁇ in which SNPs associated with retinoid sensitivity were evaluated.
  • GWAS Gene-Wide Association Study
  • the present invention relates to a method of determining sensitivity to retinoid side effects, including the steps of detecting SNPs associated with sensitivity to retinoid side effects, and determining the sensitivity to retinoid side effects based on the detected SNPs.
  • SNPs are associated with the sensitivity to the side effects of retinoid: Rs 12405 922, rs 17088781, rs 27068796, rs 73 830 1002, rs 59490 468, rs 117 142 738, rs 11 0086 126, rs 145653 129, rs 1904 895, rs 2574810, rs 6480 552, rs 5402 785, rs 2574807, rs 2247807 r7, s At least one SNP selected from the group consisting of: rs150171951, rs2060609, rs2349608, rs145745344, rs57595200, rs8008945, rs12907778, rs151092710, rs28363677, rs16948876, rs17753299, rs150302670, and rs763038
  • retinoid refers to vitamin A such as retinol, retinal and retinoic acid, and derivatives thereof.
  • the derivative may be any derivative as long as it has vitamin A activity, and examples include retinol acetate, retinol palmitate, retinyl ester and the like.
  • retinoic acid stereoisomers such as all-trans retinoic acid (tretinoin), 9-cis retinoic acid, 13-cis retinoic acid and the like are known, and in particular tretinoin is known to have high potency.
  • Side effects of retinoid include teratogenicity, inflammation induction, stratum corneum peeling, inflammation-induced pigmentation and the like.
  • the side effects particularly when used as an external preparation for skin, that is, inflammation, stratum corneum peeling, and inflammation-induced pigmentation. Skin irritation may result in desquamation, erythema, redness and dermatitis.
  • the sensitivity to the side effects of retinoid can be arbitrarily classified. For example, it may be classified into two or more groups, such as three groups with high, low or no, or more groups, such as four or five groups, such as groups with or without sensitivity. .
  • the sensitivity can be determined according to the type and number of SNPs detected. As an example, when classified into three groups, it can be determined that the sensitivity is high when a certain number or more of the SNPs are detected among the 55 types of SNPs, and the sensitivity is considered when the certain number of SNPs are not detected Can be determined to be low. For example, it can be determined that the sensitivity is high when 20 or more, optionally 30 or more, or 40 or more SNPs are detected.
  • rs1903895, rs2574810, rs6480852, rs497578, rs562187, rs531402, rs2574801, rs2247887, and rs2247880 are SNPs involved in the regulatory region of the KCNMA1 gene of chromosome 10.
  • the KCNMA1 gene is related to the K ion channel, and is known to suppress the action of a stimulating receptor receptor called TRPV1 activated by retinoid (Non-patent Document 2: J. Clin Invest. 2013 123 (9): 3941-3951, Non-Patent Document 3: Plos One 2013; 8 (10): e78203.
  • genes involved in the control of the KCNMA1 gene are likely to contribute to the side effects of retinoid. Therefore, when one or more, preferably five or more, more preferably eight or more of these SNPs are detected, it can be determined that the sensitivity to the side effect of retinoid is high.
  • the sensitivity to the side effects of retinoid can be determined by something other than a doctor, for example, non-medical workers such as estheticians, beauty staff, counselors, and medical workers such as clinical laboratory technicians.
  • the methods of the invention can also be referred to as non-diagnostic methods.
  • SNPs are indicated by rs number (Reference SNP ID number).
  • the detailed information (the position and mutation on the chromosome) of the SNP corresponding to each rs number is managed by the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and the NCBI website (http: //www.ncbi.nlm. It can be referred to at nih.gov/).
  • the detection of SNP may be performed by any known method.
  • the nucleic acid of the subject is purified from a biological sample of the subject, such as saliva, blood, mucous membranes, tissue fragments, hair, etc., according to a standard method, and the SNP is detected in the purified nucleic acid. Therefore, the method for determining the sensitivity to side effects of retinoid of the present invention may further include a sample preparation step and a nucleic acid purification step. In the SNP detection step, any method can be used as long as it enables the detection of the SNP in the purified nucleic acid.
  • Sequencing around the position of the target SNP can be performed to detect the SNP, or detection can be performed using a PCR-based method, a method using a DNA probe, or a method using mass spectrometry. You can also. Methods based on PCR include SNP typing method, TaqMan PCR method, single base extension method, Pyrose sequencing method, Exonuclease Cycling Assay method and the like. As a method using a DNA probe, the Invader method etc. may be mentioned (overall gene polymorphism analysis (SNP) Pharmacology, 125, 148-152, 2005). A SNP may be accompanied by another SNP that is in linkage disequilibrium.
  • SNP all gene polymorphism analysis
  • the SNP of interest can be detected by detecting the SNP in linkage disequilibrium with the SNP of interest. Therefore, in the present invention, detection of SNP is not limited to direct detection of the target SNP, but includes detection of the target SNP by detecting the SNP in linkage disequilibrium I assume.
  • the presence of a SNP involved in the sensitivity to the side effect of retinoid based on the sequence of the already sequenced individual or the list of SNPs of the individual determined from the sequence.
  • the presence of the SNP can be detected by examining the sequence of the position where the SNP exists in the data of the already determined base sequence, and the SNP list related to the sensitivity to the side effect of retinoid in the individual Can be determined. Therefore, the detection of the SNP in this case may be performed by inputting base sequence data or an individual's SNP list into a computer where the SNP information is stored.
  • the input can be input from the terminal via the Internet
  • the SNP can be detected on the server
  • the detection result can be output to the terminal via the Internet.
  • a subject whose sensitivity to retinoid side effects is detected may be any race. More preferably, the target race is a yellow race (Mongoroid).
  • the invention in another aspect of the invention, relates to a computer for determining the sensitivity to side effects of retinoids.
  • a computer can implement the method of determining sensitivity to retinoid side effects described above.
  • the present invention also relates to a method or program for controlling a computer for determining the sensitivity to side effects of the retinoid of the present invention, as well as a storage medium for storing the program.
  • the computer of the present invention includes a storage unit, an input unit, an output unit, and a processing unit.
  • the storage unit has a RAM, a ROM, a memory device such as a flash memory, a fixed disk device such as a hard disk drive, or a portable storage device such as a flexible disk or an optical disk.
  • the storage unit stores data and instructions input from the input unit, results of arithmetic processing performed by the processing unit, and the like, as well as programs and databases used for various processes of the computer.
  • the computer program may be installed via a computer readable recording medium such as a CD-ROM or a DVD-ROM, or the Internet.
  • the computer program is installed in the storage unit using a known setup program or the like.
  • the storage unit is: rs117761959, rs35515429, rs35736545, rs61840347, rs12754142, rs9290978, rs28501222, rs1176755886, rs11775125, rs875705, rs58273042, rs58286074, rs73380910, rs73380913, rsl12370675147.
  • Information on at least one SNP selected from the group consisting of rs57595200, rs8008945, rs12907778, rs151092710, rs28363677, rs16948876, rs17753299, rs150302670, and rs763038 is stored.
  • the information on these SNPs may further store information on SNPs in linkage disequilibrium with the SNPs.
  • the information on SNP can include sequence information.
  • the input unit includes an interface.
  • the interface may be connected to, for example, an operation unit such as a keyboard or a mouse, a communication unit such as a LAN or a port, or an external storage device such as a CD-ROM, a DVD-ROM, a BD-ROM, or a memory stick.
  • Information on SNP may be input from the input unit and stored in the storage unit.
  • sequence information or SNP list of the subject is input from the input unit.
  • the input sequence information or SNP list may be temporarily stored in the storage unit or may be sent to the processing unit as it is.
  • the sequence information of interest may be the entire genome sequence of interest or may be only a partial sequence of interest. An instruction of processing in the processing unit can be given from the input unit via the operation unit.
  • the processing unit detects the presence of the SNP in the sequence information of the object. More specifically, from the sequence information of the SNP stored in the storage unit and the sequence information of the target input from the input unit, the processing unit determines the SNP related to the sensitivity to the side effect of retinoid contained in the sequence information of the target. Presence can be detected. Comparison of the sequence information of the SNP stored in the storage unit with the sequence information of the target input from the input unit, or in the sequence information of the target input from the input unit, the sequence information of the SNP stored in the storage unit By searching, it is possible to detect the presence of SNPs related to the sensitivity to retinoid side effects.
  • the processing unit can also detect whether or not a SNP related to the sensitivity to the side effect of retinoid is present in the input target SNP list.
  • the processing unit executes various arithmetic processing in accordance with the program stored in the storage unit.
  • the arithmetic processing is performed by a CPU or processor included in the processing unit.
  • the CPU or processor includes an input unit, a storage unit, and a functional module that controls an output unit, and can perform various controls.
  • Each of these units may be configured by an integrated circuit, a microprocessor, firmware, and the like that are independent of one another.
  • the information about the presence of the SNP detected by the processing unit may be temporarily stored in the storage unit, or may be displayed on the output unit as it is.
  • the sensitivity to retinoid side effects can also be determined according to the number and type of SNPs.
  • the output unit is configured to output information on the degree of sensitivity to the side effect of the retinoid stored in the storage unit for the SNP detected by performing the arithmetic processing in the data processing unit.
  • the output unit can also output, to a subject determined to have high sensitivity, a warning that the use of the retinoid-containing cosmetic is to be stopped in addition to or instead of the information on the degree of sensitivity.
  • the output unit can also present a cosmetic with an appropriate retinoid content, depending on the sensitivity to the side effects of retinoid, in addition to or instead of the information on the level of sensitivity.
  • the output unit may be a display device such as a liquid crystal display or the like that directly displays the result of arithmetic processing, or an output unit such as a printer, or an interface unit for outputting to an external storage device or outputting via a network.
  • a purchase button may be displayed together with the presented cosmetic, and the subject may be configured to be able to purchase a product by clicking the purchase button.
  • a computer constitutes a server, and an input unit and an output unit are connected to a network through an interface unit.
  • genome information or sequence information of a part of the genome can be provided from individual terminals connected to the network, and the provided sequence information is processed at the server.
  • the server the presence of SNPs related to the sensitivity to retinoid side effects can be detected, and together with the detected SNPs, the sensitivity to the retinoid side effects corresponding to the number or type of SNPs detected can be output to the terminal through the network.
  • detection of a single SNP can also determine the sensitivity to retinoid side effects, it is preferable to detect multiple SNPs to determine the sensitivity in terms of achieving higher sensitivity.
  • one aspect of the invention also relates to a counseling method.
  • advice can be provided on cosmetics and medicines used.
  • a subject judged to be highly sensitive to the side effects of retinoid can be alerted to the use of a retinoid-containing cosmetic.
  • Such subjects may also be provided with a retinoid free or reduced cosmetic with or separately from the alert.
  • a subject determined to have low sensitivity to the side effects of retinoid can be provided with a cosmetic containing retinoid. The content and amount of retinoid can be changed and provided depending on the sensitivity of retinoid.
  • a method for reducing sensitivity to retinoid, a cosmetic guidance service for reducing sensitivity, and a method for selecting a cosmetic for reducing sensitivity to a subject determined to be highly sensitive to retinoid side effects can be provided.
  • the present invention relates to a cosmetic or therapeutic method comprising determining sensitivity by a method of determining sensitivity to retinoid side effects and selecting and providing an appropriate cosmetic or medicine based on the sensitivity.
  • kits for determining the sensitivity to the side effects of retinoid includes the following: Rs117142738, rs10086126, rs1456553129, rs1903895, rs2574810, rs6480852, rs497578, rs562187, rs531402, rs2574801, rs2247880, rs2247880, rs81708483, rs792008817, rs780067170, rs78606856, rsl5l017l7 1417 b14 ll7 1 014 b14 1714 517 b1417150147 1407147 , At least one SNP selected from the group consisting of rs8008945, rs12907778, rs151092710, rs28363677, rs16948876, rs17753299, rs150302670
  • nucleic acid reagents include, by way of example, primers capable of selectively amplifying SNPs, DNA polymerase, dNTPs, and optionally amplification buffer. Primers capable of amplifying the SNP can be arbitrarily designed for each SNP.
  • the kit may further include a probe detection reagent.
  • a nucleic acid probe may use an unfixed probe, or one immobilized on a DNA chip can be used to simultaneously detect a plurality of SNPs.
  • Such nucleic acid probes may be detectably labeled to particular SNPs.
  • genes in which the SNP related to the sensitivity to the side effect of retinoid specified in the present invention include at least one gene selected from the group consisting of CAPN2, OR14I1, LYPD8, OSTN, LOC643675, FHDC1, TENM2, LOC105375854, SHC3, KCNMA1, ST3GAL4, LINGO1, NSMCE1, and LOC105372121. Since these genes are genes involved in the sensitivity to the side effects of retinoids, they should be used for screening of drugs that can act on retinoid sensitivity by using expression changes of these genes after application of candidate drugs as an index. Can.
  • the action on retinoid sensitivity includes the action of alleviating retinoid sensitivity or the opposite action of increasing retinoid sensitivity.
  • the candidate drug screened as being capable of varying the gene expression described above has either the action of alleviating retinoid sensitivity or the reverse action of increasing retinoid sensitivity. It can be determined by conducting secondary screening. Furthermore, changes in the action of functional proteins exhibit a reducing action on retinoid sensitivity, or the opposite action that increases retinoid sensitivity, and those that can control changes in the action are candidate agents.
  • the secondary screening can be determined, for example, by using in combination with a retinoid-containing cosmetic in a subject.
  • the present invention relates to a method of screening a candidate drug, comprising the steps of: determining a change in expression of a gene in the applied cells; and determining an effect on the retinoid sensitivity of the candidate drug based on the change in expression.
  • the present invention relates to a method for screening a candidate drug, which comprises the steps of: evaluating the effect of the functional protein on the action of the applied cells; and determining the action of the candidate drug on retinoid sensitivity based on the change in the action of the functional protein.
  • a method of screening a candidate drug comprising the steps of: evaluating the influence of a functional protein on the action of the functional protein in the applied cells; and determining the action of the candidate drug on retinoid sensitivity based on the expression change and the functional change of the functional protein.
  • the application step of the solution containing the candidate agent may be applied to cultured cells or to the skin.
  • gene expression levels may be measured for individual genes by a technique such as RT-PCR, or changes in gene expression may be identified using an array.
  • As a control measure the gene expression when using a solution that does not contain only the candidate drug or the action of a functional protein, and compare the gene expression and the action of the protein in the cells to which the solution containing the candidate drug is applied. Thus, expression changes and action changes can be determined.
  • the measurement value of the control may be previously determined by conducting experiments beforehand, or may be performed simultaneously.
  • the change in the action of the functional protein may be specified based on an evaluation system that quantitatively evaluates each function.
  • the functional protein is an enzyme
  • the change in the activity of the functional protein can be evaluated by measuring the change in the enzyme activity.
  • the retinoid sensitivity of the candidate drug can be evaluated using the specific substrate of the enzyme as an index of the degradation activity.
  • a functional protein acts on another substance (in particular, a protein) to affect a cell function, it is possible to evaluate an action change of the functional protein using an interaction with the other substance as an index.
  • a functional protein exerts a function by changing its localization, and the change in the function of the functional protein can also be evaluated using the change in localization as an index.
  • phenotypic changes such as cell proliferation and changes in intracellular ion concentration, can be used as indicators as a result of interactions with other proteins or changes in localization.
  • test subjects were tested based on the half-face method, using a retinol-containing cosmetic solution as a test sample and a preparation obtained by removing only retinol from the test sample as a control sample .
  • placebo-controlled randomized test samples and control samples were applied to the left face and the right face, respectively, twice a day (morning and evening) for 9 weeks. Before the start of the test and after 9 weeks, appearance photographs were taken, interviews were made, and skin findings were determined.
  • retinol sensitivity was classified into a reaction group and a normal group.
  • the healthy group relates to a group of subjects for whom no trouble was observed for administration of the retinol sample.
  • the reaction group relates to a group of subjects who clearly have side effects and have experienced skin problems with retinol.
  • Saliva was collected from the subject, DNA was purified, and subjected to SNP array analysis.
  • SNP array analysis genotyping was performed using Japonica Array (Toshiba Corporation). Genotyping results were imputed to comprehensively obtain SNP results of the subjects. Genotyping results and SNP results after imputation were subjected to genome-wide association analysis in retinol reaction group and normal group, and the results are shown on the vertical axis as statistical significance (log value of p value), horizontal A Manhattan plot was created with the chromosome numbers as axes ( Figure 3). 55 SNPs listed in Table 2 below were identified as SNPs for which the p value ⁇ 10 ⁇ 5 .

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Abstract

SNP解析により遺伝要素に基づいて対象のレチノイドの副作用に対する感受性を決定する方法、レチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータ、及び当該コンピュータを制御するプログラムの提供。決定された対象のレチノイドの副作用に対する感受性に基づいて、感受性を緩和する方法の開発、美容の指導サービス、化粧料の選択法の開発が求められている。以下の:rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038からなる群から選ばれる、少なくとも1のSNPを検出することに基づいてレチノイドの副作用に対する感受性を決定することができる。

Description

レチノイドの副作用に対する感受性の決定方法
 本発明は、SNP解析により遺伝要素に基づいて対象のレチノイドの副作用に対する感受性を決定する方法、レチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータ、及び当該コンピュータを制御するプログラムに関する。決定された対象のレチノイドの副作用に対する感受性に基づいて、感受性を緩和する方法の開発、美容の指導サービス、化粧料の選択が可能になる。
 天然ビタミンAの一つであるレチノールは、人体中に天然に存在する内因性物質であり、レチナールやレチノイン酸への変換を経て、成長、生殖、視覚、感染予防など幅広い生理機能に関与する。ビタミンAとしての作用を発揮する化合物として、レチノールの他に、レチナールやレチノイン酸、さらにはそれらの誘導体が知られており、これらを総称してレチノイドと呼ばれる。レチノイドの皮膚への作用として、角層剥離作用によるターンオーバーの促進、ケラチノサイトの増殖促進及び分化誘導による表皮肥厚、真皮線維芽細胞におけるコラーゲンやエラスチンなどの弾性線維の産生亢進、皮脂腺機能抑制による皮脂分泌低下、並びにメラニン顆粒の排出による色素沈着の改善が知られている。したがって、レチノイドは、抗シワ作用、美白作用、抗シミ作用などを目的して化粧料や医薬品に配合されている。
 その一方で、レチノイドは皮膚に対する刺激性を有しており、その副作用として、発赤、表皮過形成、浮腫、水疱、紅斑、熱傷、かゆみ、熱傷感受性、表皮剥離などが生じることがある。こうした副作用は、特に高濃度のレチノイドや、生理活性の強いレチノイド、例えばトレチノイン等が配合された皮膚外用剤を用いた際に生じることが多い。その一方で、レチノイドの副作用に対する感受性は、使用する対象に応じて大きく異なっている。(非特許文献1:J Drugs in Dermatology (2011), vol. 10, Issue 5, page 483-489)
J Drugs in Dermatology (2011), vol. 10, Issue 5, page 483-489 J. Clin Invest. 2013; 123 (9): 3941-3951 Plos One 2013; 8 (10):e78203 網羅的遺伝子多型解析(SNP)日薬理誌(2005)、125, 148-152頁
 レチノイドの抗シワ作用、美白作用、及び抗シミ作用は、美容及び医療上極めて有用であるため、予めレチノイドの副作用に対する感受性を決定することは有用である。したがって、レチノイドの副作用に対する感受性を決定する方法の開発が求められている。
 本発明者らは、レチノイドの副作用に対する感受性を決定することを目的として、被験者に対してSNP解析を行った。その結果、レチノイドの副作用に対する感受性に関わる55種のSNPを同定し、本発明に至った。
 そこで、本発明は以下の発明:
  rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038
からなる群から選ばれる、少なくとも1のSNPを検出する工程、
 検出されたSNPに基づき、レチノイドの副作用に対する感受性を決定する工程
 を含む、レチノイドの副作用に対する感受性の決定方法。
 さらに別の態様では、本発明は、レチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータであって、以下の:
 rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038
からなる群から選ばれる少なくとも1のSNPに関する情報を記憶させた記憶部、
 利用者のDNA情報を入力する入力部、
 入力されたDNA情報中において、記憶されたSNPの存在を検出する処理部、
 検出されたSNPに基づき、レチノイドの副作用に対する感受性を出力する出力部
 を含む、コンピュータに関する。本発明のさらなる態様では、このようなコンピュータを制御する方法及び/又は制御プログラムにも関し、さらにかかる制御プログラムを格納した記憶媒体にも関する。このような記憶媒体は、不揮発性の媒体であることが好ましい。
 さらに別の態様では、本発明は、rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038からなる群から選ばれる少なくとも1のSNPを検出するための核酸試薬を含む、レチノイドの副作用に対する感受性の決定のためのキットにも関する。
 さらに本発明は、レチノイドの副作用に対する感受性の決定方法や、レチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータにより決定された感受性に基づき、化粧料、医薬品、及び美容法を提供する方法にも関する。
 さらに本発明は、以下の:
 候補薬剤を適用する工程、
 適用された細胞において、下記の:CAPN2、OR14I1、LYPD8、OSTN、LOC643675、FHDC1、TENM2、LOC105375854、SHC3、KCNMA1、ST3GAL4、LINGO1、NSMCE1、及びLOC105372121からなる群から選ばれる少なくとも1の遺伝子の発現変化を決定する工程、また、遺伝子から翻訳された機能タンパク質の作用変化を評価する工程
 前記発現変化、機能変化に基づき、候補薬剤のレチノイド感受性の制御を決定する、
 候補薬剤のスクリーニング方法にも関する。
 本発明により、レチノイドの副作用に対する感受性を決定することが可能となり、決定された感受性に基づいて、化粧料及び医薬品、並びに美容法及び治療法を提供することが可能になる。
図1は、レチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータを制御するプログラムによる処理の流れを示した図である。 図2は、レチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータの構成図である。 図3は、レチノイド感受性との関連するSNPを評価した、ゲノムワイド関連解析{Genome-Wide Association Study(GWAS)}の結果を示したマンハッタンプロット図である。
 本発明は、レチノイドの副作用に対する感受性と関連のあるSNPを検出する工程、及び検出されたSNPに基づき、レチノイドの副作用に対する感受性を決定する工程を含む、レチノイドの副作用に対する感受性の決定方法に関する。ここで、レチノイドの副作用に対する感受性と関連のあるSNPとしては、以下の:rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038からなる群から選ばれる、少なくとも一つのSNPが用いられる。
 本発明において、レチノイドとは、レチノール、レチナール、及びレチノイン酸などのビタミンA、並びにその誘導体をいう。誘導体は、ビタミンA活性を有していれば任意の誘導体であってよく、酢酸レチノール、パルミチン酸レチノール、レチニールエステルなどが挙げられる。レチノイン酸には、オールトランスレチノイン酸(トレチノイン)、9-シスレチノイン酸、13-シスレチノイン酸などの立体異性体知られており、特にトレチノインが高い効力を有することが知られている。
 レチノイドの副作用としては、催奇性、炎症誘発、角層剥離、炎症誘導性色素沈着などが挙げられる。本発明では、これらの副作用のうち、特に皮膚外用剤として使用された場合の副作用、すなわち炎症誘発、角層剥離、炎症誘導性色素沈着に関する。皮膚炎症として、落屑、紅斑、発赤、皮膚炎が生じうる。
 レチノイドの副作用に対する感受性は、任意に分類することができる。例えば、感受性の有りの群と無しの群といったように2つ以上、場合によっては高、低、無の3つの群、又はそれ以上の群、例えば4群、又は5群に分類することができる。感受性は、検出されるSNPの種類及び数に応じて決定することができる。一例として、3群に分類する場合、55種類のSNPのうち、ある一定数以上のSNPが検出された場合に感受性が高いと判定することができ、ある一定数のSNPが検出されない場合に感受性が低いと判定することができる。例えば、20以上、場合により30以上、さらには40以上のSNPが検出された場合に感受性が高いと判定することが出来る。また、55種のSNPのうち、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、及びrs2247880は、第10染色体のKCNMA1遺伝子の制御領域に関与するSNPである。ここで、KCNMA1遺伝子は、Kイオンチャンネルに関しており、レチノイドにより活性化されるTRPV1と呼ばれる刺激受容体受容体の作用を抑制することが知られている(非特許文献2:J. Clin Invest. 2013; 123 (9): 3941-3951、非特許文献3:Plos One 2013; 8 (10):e78203)。したがって、KCNMA1遺伝子の制御に関わる遺伝子は、レチノイドの副作用に寄与する蓋然性が高い。したがって、これらのSNPが1つ以上、好ましくは5以上、さらに好ましくは8以上検出された場合、レチノイドの副作用に対する感受性が高いと判定することができる。レチノイドの副作用に関する感受性は、医師以外のものによって決定することができ、例えばエステティシャン、美容部員、カウンセラーなどの非医療従事者や、臨床検査技師などの医療従事者も決定することができる。本発明の方法は、非診断的方法ということもできる。
 本発明において、SNPは、rs番号(Reference SNP ID number)で表示されている。各rs番号に対応するSNPの詳細情報(染色体上の位置や変異)については、米国国立生物工学情報センター(NCBI)により管理されており、NCBIのホームページ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)において参照可能である。
 本発明において特定された、レチノイドの副作用に対する感受性に関与するSNPの詳細は下記の通りである:
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
 SNPの検出は、公知である任意の方法で行われてよい。一例として、被験者の生体試料、例えば唾液、血液、粘膜、組織片、毛髪等から、定法に基づき、被験者の核酸を精製し、精製された核酸においてSNPが検出される。したがって、本発明のレチノイドの副作用に対する感受性の決定方法には、試料調製工程、核酸精製工程がさらに含まれていてもよい。SNP検出工程では、精製された核酸においてSNPの検出を可能にする手法であれば、任意の方法を用いることができる。対象となるSNPの位置周辺の配列決定を行って、SNPを検出することもできるし、PCR法をベースとした手法、DNAプローブを用いた手法、質量分析を用いた手法を用いて検出することもできる。PCRをベースとした手法として、SNPタイピング法、TaqMan PCR法、一塩基伸長法、Pyrosequencing法、Exonuclease Cycling Assay法などが挙げられる。DNAプローブを用いた手法としては、Invader法などが挙げられる(網羅的遺伝子多型解析(SNP)日薬理誌、125, 148-152, 2005)。SNPは、連鎖不平衡にある別のSNPを伴うことがある。目的とするSNPと連鎖不平衡にあるSNPを検出することで、目的とするSNPを検出することができる。したがって、本発明において、SNPの検出とは、目的とするSNPを直接検出することに限定されず、連鎖不平衡にあるSNPを検出することで、目的とするSNPを検出することも含まれるものとする。
 また、既に配列決定がされた個人の塩基配列、又は当該塩基配列から決定された個人のSNPのリストに基づき、レチノイドの副作用に対する感受性に関与するSNPの存在を検出することもできる。この場合、既に決定された塩基配列のデータ内で、SNPの存在する位置の配列を調べることで、SNPの存在を検出でき、また、個人のSNPリストに、レチノイドの副作用に対する感受性に関与するSNPが存在するか否かを決定することができる。したがって、この場合のSNPの検出は、SNP情報が記憶されたコンピュータに、塩基配列データや個人のSNPリストを入力することで行われてもよい。より好ましい態様では、入力は、端末からインターネットを介して入力され、サーバー上でSNPが検出され、検出結果をインターネットを介して当該端末に出力することができる。
 本発明により、レチノイドの副作用に対する感受性を検出される対象は、任意の人種であってよい。より好ましくは、対象となる人種は、黄色人種(モンゴロイド)である。
 本発明の別の態様では、本発明はレチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータに関する。かかるコンピュータは、上述のレチノイドの副作用に対する感受性の決定方法を実行することができる。本発明のさらなる方法では、本発明は、本発明のレチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータを制御する方法又は制御するプログラム、並びに当該プログラムを格納する記憶媒体にも関する。本発明のコンピュータは、記憶部、入力部、出力部、及び処理部を含む。
 記憶部は、RAM、ROM、フラッシュメモリ等のメモリ装置、ハードディスクドライブ等の固定ディスク装置、又はフレキシブルディスク、光ディスク等の可搬用の記憶装置などを有する。記憶部は、入力部から入力されたデータ及び指示、処理部で行った演算処理結果等の他、コンピュータの各種処理に用いられるプログラム、データベースなどを記憶する。コンピュータプログラムは、例えばCD-ROM、DVD-ROM等のコンピュータ読み取り可能な記録媒体や、インターネットを介してインストールされてもよい。コンピュータプログラムは、公知のセットアッププログラム等を用いて記憶部にインストールされる。本発明において、記憶部は、rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038からなる群から選ばれる少なくとも1のSNPに関する情報を記憶する。これらのSNPに関する情報には、さらに、当該SNPと連鎖不平衡にあるSNPの情報を記憶していてもよい。SNPに関する情報には、配列情報が含まれうる。
 入力部は、インターフェイスを含む。インターフェイスは、例えば、キーボード、マウス等の操作部、LANやポート等の通信部、CD-ROM、DVD-ROM、BD-ROM、メモリースティックなどの外部記憶装置に接続されていてもよい。SNPに関する情報が入力部から入力されて、記憶部に記憶されてもよい。また、対象の配列情報又はSNPリストが、入力部から入力される。入力された配列情報又はSNPリストは、いったん記憶部に記憶されてもよいし、そのまま処理部に送られてもよい。対象の配列情報は、対象の全ゲノム配列であってもよいし、目的の一部配列のみであってもよい。操作部を介して、入力部から処理部における処理の指示を与えることができる。
 処理部は、対象の配列情報中におけるSNPの存在を検出する。より具体的に、処理部は、記憶部に記憶されたSNPの配列情報と、入力部から入力された対象の配列情報とから、対象の配列情報中に含まれるレチノイドの副作用に対する感受性に関するSNPの存在を検出することができる。記憶部に記憶されたSNPの配列情報と、入力部から入力された対象の配列情報との比較、又は入力部から入力された対象の配列情報において、記憶部に記憶されたSNPの配列情報を検索することにより、レチノイドの副作用に対する感受性に関するSNPの存在を検出することができる。また、処理部は、入力された対象のSNPリストに、レチノイドの副作用に対する感受性に関するSNPが存在するか検出することもできる。処理部は、記憶部に記憶しているプログラムに従って各種の演算処理を実行する。演算処理は処理部に含まれるCPU又はプロセッサによりおこなわれる。このCPU又はプロセッサは、入力部、記憶部、及び出力部を制御する機能モジュールを含み、各種の制御を行うことができる。これらの各部は、それぞれ独立した集積回路、マイクロプロセッサ、ファームウェアなどで構成されてもよい。処理部により検出されたSNPの存在についての情報は、一旦、記憶部に記憶されてもよいし、そのまま処理部が、出力部に表示してもよい。また、複数のSNPが存在する場合に、SNPの数や種類に応じてレチノイドの副作用に対する感受性の強さを決定することもできる。
 出力部は、データ処理部で演算処理を行って検出されたSNPについて、記憶部に記憶されたレチノイドの副作用に対する感受性の強さについての情報を出力するように構成さる。出力部は、感受性が高いと判定された対象には、感受性の強さについての情報に加えて又は代えて、レチノイド含有の化粧料の使用を停止する旨の警告を出力することもできる。出力部は、感受性の強さについての情報に加えて又は代えて、レチノイドの副作用に対する感受性に応じて、適切なレチノイド含量の化粧料を提示することもできる。出力部は、演算処理の結果を直接表示する液晶ディスプレイ等の表示装置、プリンタ等の出力手段であってもよいし、外部記憶装置への出力又はネットワークを介して出力するためのインターフェイス部であってもよい。さらに別の態様では、提示された化粧料とともに、購入ボタンを合わせて表示することができ、対象が購入ボタンをクリックすることで、商品の購入を可能になるように構成されてもよい。
 本発明の好ましい態様では、本発明のコンピュータは、サーバーを構成し、入力部及び出力部は、それぞれインターフェイス部を介して、ネットワークに接続される。この場合、ネットワークに接続された個別の端末から、ゲノム情報やゲノムの一部の配列情報を提供することができ、提供された配列情報がサーバーにおいて処理される。サーバーにおいて、レチノイドの副作用に対する感受性に関するSNPの存在が検出され、検出されたSNPと共に、検出されたSNPの数又は種類に対応するレチノイドの副作用に対する感受性を、ネットワークを通じて端末に出力することができる。
 単一のSNPを検出することで、レチノイドの副作用に対する感受性を決定することもできるが、より優れた感度を達成する観点では、複数のSNPを検出して、感受性を決定することが好ましい。複数のSNPの検出に基づき、感受性を決定するためには、一例として、そのSNPが、当該感受性にポジティブ又はネガティブの作用を与えるかを明らかにし、その存在に応じてポイントを付することで、SNPスコアを算出することにより行われる。SNPスコアと感受性との関連を予め決定しておくことで、SNPスコアから、感受性を決定することができる。
 本発明のレチノイドの副作用に対する感受性の決定方法により感受性が決定された場合、感受性についての情報に基づき、カウンセリングを行うことができる。したがって、本発明の一態様は、カウンセリング方法にも関する。こうしたカウンセリングにおいて、使用する化粧料や医薬品についてアドバイスを提供することができる。一例として、レチノイドの副作用に対する感受性が高いと判定された対象には、レチノイド含有の化粧料の使用の注意喚起を行うことができる。またそのような対象には、注意喚起とともに又は注意喚起とは別にレチノイドが含まれていないか、又は低減された化粧料を提供することができる。レチノイドの副作用に対する感受性が低いと判定された対象には、レチノイドを含有する化粧料を提供することができる。レチノイドの含量および使用量は、レチノイドの感受性に応じて変更して提供することができる。別の態様では、レチノイドの副作用に対する感受性が高いと判定された対象に、レチノイド感受性を緩和する方法や、感受性を緩和するための美容の指導サービス、感受性を緩和するための化粧料を選択する方法を提供することができる。感受性を緩和するために、レチノイドの刺激緩和剤を多く含む化粧料又は医薬品を提供することもできる。したがって、本発明は、レチノイドの副作用に対する感受性の決定方法により感受性を決定し、感受性に基づいて適切な化粧料又は医薬品を選択して提供することを含む、美容又は治療方法に関する。
 本発明の別の態様では、レチノイドの副作用に対する感受性の決定のためのキットにも関する。当該キットは、以下の:rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038からなる群から選ばれる少なくとも1のSNP、またはその連鎖不平衡にあるSNPを検出するための核酸試薬を含む。かかるキットは、さらに核酸抽出試薬及び精製試薬を含んでもよい。また、検出されたSNPと感受性との関係を説明する使用説明書を含んでもよい。
 このような核酸試薬として、一例としては、SNPを選択的に増幅可能なプライマー、DNAポリメラーゼ、dNTP、そして場合により増幅緩衝液を含む。SNPを増幅可能なプライマーは、各SNPに対して、任意に設計することができる。
 核酸試薬として、核酸プローブを使用する場合、前記キットがさらに、プローブ検出試薬を含んでもよい。かかる核酸プローブは、未固定のプローブを用いてもよいし、DNAチップ上に固定されたものを用いて、複数のSNPを同時に検出することができる。このような核酸プローブは、特定のSNPを検出可能なように標識されていてもよい。
 本発明で特定されたレチノイドの副作用に対する感受性に関わるSNPが存在する遺伝子も特定できる。このような遺伝子として、CAPN2、OR14I1、LYPD8、OSTN、LOC643675、FHDC1、TENM2、LOC105375854、SHC3、KCNMA1、ST3GAL4、LINGO1、NSMCE1、及びLOC105372121からなる群から選ばれる少なくとも1の遺伝子が挙げられる。これらの遺伝子は、レチノイドの副作用に対する感受性に関わる遺伝子であることから、候補薬剤の適用後におけるこれらの遺伝子の発現変化を指標とすることで、レチノイド感受性に対して作用できる薬剤のスクリーニングに用いることができる。また、遺伝子から翻訳された機能タンパク質の作用変化を評価し、その変化を調整する候補薬剤のスクリーニングも可能である。レチノイド感受性に対する作用としては、レチノイド感受性の緩和作用、又はその逆のレチノイド感受性の増加作用が挙げられる。上述の遺伝子発現を変動させることができるとスクリーニングされた候補薬剤が、レチノイド感受性の緩和作用、又はその逆のレチノイド感受性の増加作用のどちらを有するかについては、遺伝子の種類及びそのメカニズムに応じて決定することができるし、さらに2次スクリーニングを行うことで容易に決定することもできる。また、機能タンパク質の作用変化がレチノイド感受性の緩和作用、又はその逆のレチノイド感受性の増加作用を示し、その作用の変化をコントロールできるものが、候補薬剤となる。2次スクリーニングとしては、一例として、被験者においてレチノイド含有化粧品との併用することにより決定することができる。
 スクリーニング方法の一例として、
 候補薬剤を含む溶液を適用する工程;
 適用された細胞において遺伝子の発現変化を決定する工程;及び
 前記発現変化に基づき、候補薬剤のレチノイド感受性に対する作用を決定する工程
 を含む、候補薬剤のスクリーニング方法に関する。
 また、スクリーニング方法の他の例として、
 候補薬剤を含む溶液を適用する工程;
 適用された細胞において機能タンパクの作用への影響を評価する工程;及び
 機能タンパク質の作用変化に基づき、候補薬剤のレチノイド感受性に対する作用を決定する工程
 を含む、候補薬剤のスクリーニング方法に関する。
 さらに、スクリーニング方法のさらなる例として、
 候補薬剤を含む溶液を適用する工程;
 適用された細胞において遺伝子の発現を決定する工程;
 適用された細胞において、機能タンパク質の作用への影響を評価する工程;及び
 前記発現変化及び機能タンパク質の作用変化に基づき、候補薬剤のレチノイド感受性に対する作用を決定する工程
 を含む、候補薬剤のスクリーニング方法に関する。
 候補薬剤を含む溶液の適用工程は、培養細胞に対して適用されてもよいし、皮膚に対して適用されてもよい。遺伝子の発現は、個別の遺伝子に対して、RT-PCRなどの手法により、遺伝子発現量を測定してもよいし、アレイを用いて遺伝子発現の変化を特定してもよい。対照として、候補薬剤のみを含まない溶液などを用いた場合の遺伝子発現、又は機能タンパク質の作用を測定し、候補薬剤を含む溶液を適用された細胞において、遺伝子発現やタンパク質の作用とを比較することにより、発現変化や作用変化を決定することができる。対照の測定値は予め実験を行うことで予め決定されていてもよいし、同時に行われていてもよい。
 機能タンパク質の作用の変化は、それぞれの機能を定量的に評価する評価系に基づき、変化を特定してもよい。機能タンパク質が、酵素である場合、酵素活性の変化を測定することで、機能タンパク質の作用の変化を評価することができる。その場合、例えば、酵素の特異基質を用いて分解活性を指標として、候補薬剤のレチノイド感受性を評価することができる。機能タンパク質が他の物質(特にタンパク質)に作用して細胞機能に影響する場合には、他の物質との相互作用を指標として機能タンパク質の作用変化を評価することができる。機能タンパク質が、局在を変えることで機能を発揮する場合もあり、局在の変化を指標として、機能タンパク質の作用変化を評価することもできる。その場合例えば、核やゴルジ体などの所定の細胞小器官、細胞膜、細胞質内、又は細胞外などの局在位置に応じて、機能タンパク質の作用変化を評価でき、それにより候補薬剤のレチノイド感受性を評価することができる。また、他のタンパク質との相互作用や、局在変化の帰結として、生じる細胞増殖や細胞内イオン濃度の変化などの表現型の変化を指標とすることができる。
 本明細書において言及される全ての文献はその全体が引用により本明細書に取り込まれる。
 以下に説明する本発明の実施例は例示のみを目的とし、本発明の技術的範囲を限定するものではない。本発明の技術的範囲は特許請求の範囲の記載によってのみ限定される。本発明の趣旨を逸脱しないことを条件として、本発明の変更、例えば、本発明の構成要件の追加、削除及び置換を行うことができる。
試験1
 150名の被験者に対し、普段のスキンケアのお手入れに加えて、レチノール配合美容液を、2週間にわたって左右の目尻及び頬部を中心に全顔に1日2回(朝夜)塗布した。2週間の連用塗布後、外観写真を撮影し、問診を行うとともに、皮膚所見を判定した。
試験2
 80名の被験者に対し、普段のスキンケアのお手入れに加えて、レチノール配合美容液を被験試料とし、被験試料からレチノールのみを抜去した製剤を対照試料として、ハーフフェイス法に基づいて試験を行った。具体的に、プラセボ対照ランダム化された被験試料と、対照試料とを、それぞれ左顔面及び右顔面に分けて9週間にわたり1日2回(朝夜)塗布した。試験開始前、及び9週間後に、外観写真を撮影し、問診を行うとともに、皮膚所見を判定した。
試験3
 360名の被験者に対し、普段のスキンケアのお手入れに加えて、レチノール配合美容液を4週間にわたって左右の目尻及び頬部を中心に全顔に1日2回(朝夜)塗布した。4週間の連用塗布後、外観写真を撮影し、問診を行うとともに、皮膚所見を判定した。
レチノール感受性の判定
 試験1、試験2、及び試験3で得られた結果に基づき、レチノール感受性が反応群と健常群に分類した。具体的に、健常群は、レチノール試料の投与に対しトラブルが全く見られなかった被験者の群に関する。反応群は、副作用が明らかに認められ、レチノールに対する皮膚トラブルを経験した被験者の群に関する。
 被験者から、唾液を採取し、DNAを精製して、SNPアレイ解析に供した。SNPアレイ解析として、ジャポニカアレイ(株式会社東芝)を用いてジェノタイピングした。ジェノタイピング結果をインピュテーションを行い、網羅的に被験者のSNP結果を取得した。ジェノタイピング結果とインピュテーション後のSNP結果をレチノール反応群と健常群でゲノムワイド関連解析を実施し、その結果を縦軸に統計学的な有意性(p値の対数表示)を示し、横軸をクロモゾーム番号とするマンハッタンプロットを作成した(図3)。p値<10-5となるSNPとして、下記の表2に列挙される55種が特定された。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002

Claims (17)

  1.  以下の:
     rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038からなる群から選ばれる、少なくとも1のSNPを検出する工程、
     検出されたSNPに基づき、レチノイドの副作用に対する感受性を決定する工程
     を含む、レチノイドの副作用に対する感受性の決定方法。
  2.  前記SNPが以下の:rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、及びrs2247880からなる群から選ばれる、請求項1に記載の決定方法。
  3.  請求項1又は2に記載の方法により決定されたレチノイドの副作用に対する感受性に基づくカウンセリング方法。
  4.  請求項1又は2に記載の方法により決定されたレチノイドの副作用に対する感受性に基づいて化粧料を選択することを特徴とする、化粧料の提供方法。
  5.  レチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータであって、以下の:
     rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038
    からなる群から選ばれる少なくとも1のSNPに関する情報を記憶させた記憶部、
     利用者のDNA情報を入力する入力部、
     入力されたDNA情報中において、記憶されたSNPの存在を検出する処理部、
     検出されたSNPに基づき、レチノイドの副作用に対する感受性を出力する出力部
     を含む、コンピュータ。
  6.  前記コンピュータが、サーバーであり、入力部が通信部であり、出力部が通信部である、請求項5に記載のコンピュータ。
  7.  前記SNPが以下の:rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、及びrs2247880からなる群から選ばれる、請求項5又は6に記載のコンピュータ。
  8.  記憶部と、入力部と、処理部と、出力部とを含むレチノイドの副作用に対する感受性を決定するコンピュータを制御するプログラムであって、以下の:
     rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038からなる群から選ばれる少なくとも1のSNPに関する情報と、当該SNPと関連するレチノイドの副作用に対する感受性の情報とを記憶部に記憶させ、
     入力部から、利用者のDNA情報を入力させ、
     処理部に、入力されたDNA情報において記憶されたSNPの存在を検出させ、
     処理部に、検出されたSNPに基づき、レチノイドの副作用に対する感受性を決定させ、
     出力部に、レチノイドの副作用に対する感受性情報を出力させる、
     前記プログラム。
  9.  前記コンピュータが、サーバーであり、入力部が通信部であり、出力部が通信部である、請求項8に記載のプログラム。
  10.  前記SNPが以下の:rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、及びrs2247880からなる群から選ばれる、請求項8又は9に記載のプログラム。
  11.  以下の:
     rs117761959、rs35515429、rs35736558、rs61840347、rs12754142、rs9290978、rs28501222、rs117675886、rs117758125、rs875705、rs58310152、rs58286474、rs112273273、rs73380909、rs73380910、rs73380913、rs12655922、rs17068781、rs278015、rs17068796、rs73381002、rs59490468、rs117142738、rs10086126、rs145653129、rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、rs2247880、rs814014、rs137908383、rs186198501、rs7933887、rs80067170、rs78606856、rs12100559、rs150171951、rs2060609、rs2060608、rs1349250、rs145745344、rs57595200、rs8008945、rs12907778、rs151092710、rs28363677、rs16948876、rs17753299、rs150302670、及びrs763038
    からなる群から選ばれる少なくとも1のSNPを検出するための核酸試薬を含む、レチノイドの副作用に対する感受性の決定のためのキット。
  12.  前記キットが、さらに核酸抽出及び精製試薬を含む、請求項11に記載のキット。
  13.  前記核酸試薬が、SNPを選択的に増幅可能なプライマーであり、前記キットがさらに、ポリメラーゼ、dNTPを含む、請求項11又は12に記載のキット。
  14.  前記核酸試薬が、核酸プローブであり、前記キットがさらに、プローブ検出試薬を含む、請求項11又は12に記載のキット。
  15.  前記SNPが以下の:rs1903895、rs2574810、rs6480852、rs497578、rs562187、rs531402、rs2574801、rs2247887、及びrs2247880からなる群から選ばれる、請求項11~14のいずれか一項に記載のキット。
  16.  候補薬剤を適用する工程、
     適用された細胞において、下記の:CAPN2、OR14I1、LYPD8、OSTN、LOC643675、FHDC1、TENM2、LOC105375854、SHC3、KCNMA1、ST3GAL4、LINGO1、NSMCE1、及びLOC105372121からなる群から選ばれる少なくとも1の遺伝子の発現変化を決定する工程、
     前記発現の変化に基づき、候補薬剤のレチノイド感受性についての作用を決定する、
     レチノイド感受性に対する作用について、候補薬剤をスクリーニングする方法。
  17.  候補薬剤を適用する工程、
     適用された細胞において、下記の:CAPN2、OR14I1、LYPD8、OSTN、LOC643675、FHDC1、TENM2、LOC105375854、SHC3、KCNMA1、ST3GAL4、LINGO1、NSMCE1、及びLOC105372121からなる群から選ばれる少なくとも1の遺伝子から翻訳された機能タンパク質の作用変化を決定する工程、
     前記機能タンパク質の作用変化に基づき、候補薬剤のレチノイド感受性についての作用を決定する、
     レチノイド感受性に対する作用について、候補薬剤をスクリーニングする方法。
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