JP2014513542A5

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Publication number: JP2014513542A5
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Filing date: 2012-05-09
Publication date: 2016-04-21
Anticipated expiration: 2032-05-09

Description

いくつかの実施形態では、宿主細胞はポリケチドを産生することが可能であり、かつポリケチドシンターゼ酵素をコード化する少なくとも１つの異種核酸を含み、このポリケチドシンターゼは、
ａ）アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡの少なくとも１つをアシルキャリアタンパク質と縮合する酵素と、
ｂ）アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡからなる群から選択される第１の反応体を、マロニル−ＣｏＡ又はメチルマロニル−ＣｏＡからなる群から選択される第２の反応体と縮合して、ポリケチド産物を形成する酵素と、
ｃ）ポリケチド化合物上のβ−ケト化学基をβ−ヒドロキシ基に還元する酵素と、
ｄ）ポリケチド化合物中のアルカン化学基を脱水して、α−β−不飽和アルケンを産生する酵素と、
ｅ）ポリケチド化合物中のα−β−二重結合を飽和アルカンに還元する酵素と、
ｆ）ポリケチド化合物をアシルキャリアタンパク質から加水分解する酵素と、からなる群から選択される。

いくつかの実施形態では、宿主細胞は脂肪酸を産生することが可能であり、かつ脂肪酸シンターゼ酵素をコード化する少なくとも１つの異種核酸を含み、この脂肪酸シンターゼ酵素は、
ａ）アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡの少なくとも１つをアシルキャリアタンパク質（ＡＣＰ）に共有結合させる酵素と、
ｂ）アセチル−ＡＣＰ及びマロニル−ＡＣＰを縮合してアセトアセチル−ＡＣＰを形成する酵素と、
ｃ）アセトアセチル−ＡＣＰ中の二重結合をＮＡＤＰＨで還元して、Ｄ−３−ヒドロキシブチリルヒドロキシラーゼ−ＡＣＰ中にヒドロキシル基を形成する酵素と、
ｄ）Ｄ−３−ヒドロキシブチリルヒドロキシラーゼ−ＡＣＰを脱水して、β−炭素及びγ−炭素の間に二重結合を形成してクロトニル−ＡＣＰを形成する酵素と、
ｅ）クロトニルＡＣＰをＮＡＤＰＨで還元してブチリル−ＡＣＰを形成する酵素と、
ｆ）Ｃ１６アシル化合物をアシルキャリアタンパク質から加水分解して、パルミテートを形成する酵素と、からなる群から選択される。

いくつかの実施形態では、脂肪酸は、パルミテート、パルミトイルＣｏＡ、パルミトオレイン酸、サピエン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、アラキドン酸、エイコサペンタエン酸、エルカ酸、及びドコサヘキサエン酸からなる群から選択される。

いくつかの実施形態では、アセチル誘導化合物は、ポリケチドである。ポリケチドは、活性部位の配位基を含有する大きな多酵素タンパク質複合体であるポリケチドシンターゼ（ＰＫＳｓ）と呼ばれる酵素活性の回収によって触媒される連続的反応で合成される。ポリケチド生合成は、アセチル−ＣｏＡ、プロピオニルＣｏＡ、ブチリル−ＣｏＡ及びこれらの活性化誘導体、マロニル−、メチルマロニル−及びエチルマロニル−ＣｏＡ等の単純な２−、３−、４−炭素構築ブロックから出発して、主としてクライゼン縮合反応を介するマロニル−ＣｏＡ誘導単位の脱カルボキシル化縮合を通して、段階的に進む。ＰＫＳ遺伝子は、通常、細菌では１つのオペロン内に、真核生物では遺伝子クラスタ内に構成されている。ポリケチドシンターゼの３つの型は特性化されていて、Ｉ型ポリケチドシンターゼは、２つのクラスに細分された大きな高度モジュールタンパク質であり、これらクラスは１）周期的にドメインを再利用する、反復性ＰＫＳｓと、２）別個のモジュールの配列を含有し、ドメインを繰り返さない、モジュールＰＫＳｓである。ＩＩ型ポリケチドシンターゼは、単官能タンパク質の凝集物であり、ＩＩＩ型ポリケチドシンターゼは、アシルキャリアタンパク質ドメインを使用することはない。

ポリケチドシンターゼによって指揮されるような完全なポリケチド合成の順番は次のように続き（Ｎ末端からＣ末端の順で）：最初の炭素構築ブロックを、アシルキャリアタンパク質上、成長するマクロライド鎖の伸長を触媒する伸長モジュール上、及び合成されたマクロライドの放出を触媒する末端モジュール上で開始又は充填する。この生合成中で活性な成分ドメイン又は別個の酵素官能基としては、スターター、エクステンダー及び中間体アシル単位の充填のためのアシル−トランスフェラーゼ；チオールエステルとして成長するマクロライドを保持するアシルキャリアタンパク質；鎖伸長を触媒するβ−ケト−アシルシンターゼ；アルコール官能基への第１番目の還元を担当するβ−ケトレダクターゼ；水を除去して不飽和チオールエステルをもたらすデヒドラターゼ；完全な飽和への最終還元を触媒するエノイルレダクターゼ；及びマクロライド放出及び環化を触媒するチオエステラーゼが挙げられる。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される遺伝的に修飾された微生物は、アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡからなる群から選択される第１の反応体を、マロニル−ＣｏＡ又はメチルマロニル−ＣｏＡの少なくとも１つを、アシルキャリアタンパク質と縮合することができる酵素、例えばアシル−トランスフェラーゼをコード化する異種ヌクレオチド配列を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示された遺伝的に修飾された微生物は、ポリケチド化合物をアシルキャリアタンパク質から加水分解することができる酵素、例えば、チオエステラーゼをコード化する異種ヌクレオチド配列を含む。

脱カルボキシル化クライゼン縮合における脂肪酸鎖の伸長の一巡後に、ケトレダクターゼ、デヒドラターゼ、及びエノールレダクターゼの連続作用によって、β−ケト基が完全に飽和された炭素鎖に還元される。成長する脂肪酸鎖は、アシルキャリアタンパク質に連結されたこれら活性部位間で移動し、１６の炭素鎖の長さ（パルミチン酸）に到達した際にチオエステラーゼの作用によって最終的には放出される。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される遺伝的に修飾された微生物は、少なくとも１つの脂肪酸合成経路酵素、及びアセチル−ＣｏＡ化合物を修飾して、パルミテート、パルミトイルＣｏＡ、パルミトオレイン酸、サピエン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、アラキドン酸、エイコサペンタエン酸、エルカ酸、及びドコサヘキサエン酸等の脂肪酸産物を形成することができる酵素が挙げられるが、これらに限定されない生合成酵素をコード化する異種ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＨＡＣＤ化合物は、パルミテート、パルミトイルＣｏＡ、パルミトオレイン酸、サピエン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、アラキドン酸、エイコサペンタエン酸、エルカ酸、及びドコサヘキサエン酸からなる群から選択される脂肪酸である。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される遺伝的に修飾された微生物は、アシルキャリアタンパク質で、アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡの少なくとも１つに共有結合することができる酵素、例えば、アシルト−ランスフェラーゼをコード化する異種ヌクレオチド配列を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される遺伝的に修飾された微生物は、それぞれがアシルキャリアタンパク質（ＡＣＰ）に結合されたアセチル化学的部分とマロニル化学的部分とを縮合して、アセトアセチル−ＡＣＰを形成することができる酵素、例えば、β−ケトアシル−ＡＣＰシンターゼをコード化する異種ヌクレオチド配列を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される遺伝的に修飾された微生物は、Ｄ−３−ヒドロキシブチリルヒドロキシラーゼ−ＡＣＰを脱水し、β−炭素及びγ−炭素の間に二重結合を形成してクロトニル−ＡＣＰを形成することができる酵素、例えばβ−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼをコード化する異種ヌクレオチド配列を含む。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される遺伝的に修飾された微生物は、アシルキャリアタンパク質からＣ１６アシル化合物を加水分解し、パルミテートを形成することができる酵素、例えばチオエステラーゼをコード化する異種ヌクレオチド配列を含む。

Claims

宿主細胞中で異種アセチル−ＣｏＡ誘導（ＨＡＣＤ）化合物を産生する方法であって、
（ａ）ＨＡＣＤ化合物を産生することが可能な遺伝的に修飾された宿主細胞の集団を、炭素源及び、０．２ｍｇ／Ｌよりも低い、制限量のパントテネートを含む培養基中で培養することであって、ここで、前記制限量のパントテネートが、非制限量のパントテネートの場合と比較して前記宿主細胞による前記ＨＡＣＤ化合物の産生を制限することと、その後に、
（ｂ）前記集団又はそのサブ集団を、炭素源及び非制限量のパントテネートを含む培養基中で培養することであって、ここで、前記非制限量のパントテネートが、前記制限量のパントテネートを超える量であり、前記集団又はそのサブ集団が、前記非制限量のパントテネートの存在下でより大量の前記ＨＡＣＤ化合物を産生することと、を含む方法。
前記制限量のパントテネートがパントテネート滴定を実施することによって決定され、ここで、前記宿主細胞が増大する濃度のパントテネートを含む増殖培地中で培養され、ＨＡＣＤ化合物産生が各濃度のパントテネートで決定され、ここで、パントテネート滴定が、前記ＨＡＣＤ化合物産生がその最大にある場合の飽和量のパントテネートを含み、前記制限量のパントテネートが、ＨＡＣＤ化合物産生がその最大未満である場合の任意の濃度のパントテネートである、請求項１に記載の方法。
ステップ（ａ）中の前記ＨＡＣＤ化合物の産生が、前記遺伝的に修飾された宿主細胞の前記最大ＨＡＣＤ化合物産生の５０、４０、３０、２０又は１０％未満である、請求項１又は２に記載の方法。
ステップ（ｂ）中の前記ＨＡＣＤ化合物の産生が、前記遺伝的に修飾された宿主細胞の前記最大ＨＡＣＤ化合物産生の５０、６０、７０、８０又は９０％を超える、請求項１又は２に記載の方法。
ステップ（ａ）の前記培養が、少なくとも１２、２４、３６、４８、６０、７２、８４、９６時間又は９６時間を超える期間にわたる、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
ステップ（ａ）の前記培養が、前記集団が０．０１と４００との間の細胞密度（ＯＤ_６００）に到達するために十分な期間にわたる、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
ステップ（ｂ）の前記培養が、３〜２０日間の期間にわたる、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
前記制限量のパントテネートが、０ｍｇ／Ｌである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
前記非制限量のパントテネートが、０．２ｍｇ／Ｌよりも高い、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
前記非制限量のパントテネートが、少なくとも、ＨＡＣＤ化合物産生がその最大である場合の最小のパントテネート濃度である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
前記非制限量のパントテネートが、少なくとも１ｍｇ／Ｌである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
前記非制限量のパントテネートが、１０ｍｇ／Ｌである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
ステップ（ｂ）が、培養基が非制限量のパントテネートを含むまで、パントテネートを前記制限量のパントテネートを含む培養基に加えることを含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
ステップ（ｂ）が、ステップ（ａ）の前記集団を非制限量のパントテネートを含む新しい培養基に移すことを含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
前記方法が、制限量のパントテネート中で前記細胞を培養することを含まない方法から得られる産生と比較して、前記遺伝的に修飾された宿主細胞の集団による前記ＨＡＣＤ化合物の増加した産生をもたらす、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
前記ＨＡＣＤ化合物の産生が、収率（炭素基質１グラム当たりの産生されたＨＡＣＤのグラム数）又は生産性（１時間毎の培養基１リットル当たりの産生されたＨＡＣＤ化合物のグラム数）に関して測定される、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
前記ＨＡＣＤ化合物を回収することを更に含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
前記パントテネートが、２−デヒドロパントエート、（Ｒ）−パントエート、（Ｒ）−パントテネート、及びこれらの任意の塩又はエステルからなる群から選択される、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
前記宿主細胞が、真菌細胞、細菌細胞、植物細胞、及び動物細胞からなる群から選択される、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
前記宿主細胞が、酵母細胞である、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
前記ＨＡＣＤ化合物が、アミノ酸、脂肪酸、イソプレノイド、及びポリケチドからなる群から選択される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
前記宿主細胞が、イソプレノイドを産生することが可能であり、イソプレノイド経路酵素をコードする少なくとも１つの異種核酸を含み、前記イソプレノイド経路酵素が、
ａ）アセチル−補酵素Ａの２つの分子を縮合してアセトアセチル−ＣｏＡを形成する酵素と、
ｂ）アセトアセチル−ＣｏＡとアセチル−ＣｏＡの別の分子を縮合して、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ（ＨＭＧ−ＣｏＡ）を形成する酵素と、
ｃ）ＨＭＧ−ＣｏＡをメバロネートに転換する酵素と、
ｄ）メバロネートをメバロネート５−リン酸に転換する酵素と、
ｅ）メバロネート５−リン酸をメバロネート５−ピロリン酸に転換する酵素と、
ｆ）メバロネート５−ピロリン酸をＩＰＰに転換する酵素と、
ｇ）ＩＰＰをＤＭＡＰＰに転換する酵素と、
ｈ）ＩＰＰ及び／又はＤＭＡＰＰ分子を縮合して、５個を超える炭素を含有するポリプレニル化合物を形成するポリプレニルシンターゼと、
ｉ）ＩＰＰをＤＭＡＰＰと縮合して、ＧＰＰを形成する酵素と、
ｊ）ＩＰＰの２つの分子を、ＤＭＡＰＰの１つの分子と縮合する酵素と、
ｋ）ＩＰＰをＧＰＰと縮合してＦＰＰを形成する酵素と、
ｌ）ＩＰＰをＤＭＡＰＰと縮合してＧＧＰＰを形成する酵素と、
ｍ）ＩＰＰ及びＦＰＰを縮合して、ＧＧＰＰを形成する酵素と、からなる群から選択される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
前記宿主細胞が、ゲラニオールシンターゼ、リナロールシンターゼ、リモネンシンターゼ、ミルセンシンターゼ、オシメンシンターゼ、α−ピネンシンターゼ、β−ピネンシンターゼ、サビネンシンターゼ、γ−テルピネンシンターゼ、テルピノレンシンターゼ、アモルファジエンシンターゼ、α−ファルネセンシンターゼ、β−ファルネセンシンターゼ、ファルネソールシンターゼ、ネロリドールシンターゼ、パチョリオールシンターゼ、ヌートカトンシンターゼ、アビエタジエンシンターゼからなる群から選択される、ポリプレニルを修飾する酵素をコードする異種核酸を更に含む、請求項２２に記載の方法。
前記宿主細胞が、ポリケチドを産生することが可能であり、ポリケチド合成酵素をコードする少なくとも１つの異種核酸を含み、ここで、前記ポリケチド合成酵素が、
ａ）アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡの少なくとも１つをアシルキャリアタンパク質と縮合する酵素と、
ｂ）アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡからなる群から選択される第１の反応体を、マロニル−ＣｏＡ又はメチルマロニル−ＣｏＡからなる群から選択される第２の反応体と縮合して、ポリケチド産物を形成する酵素と、
ｃ）ポリケチド化合物上のβ−ケト化学基をβ−ヒドロキシ基に還元する酵素と、
ｄ）ポリケチド化合物中のアルカン化学基を脱水して、α−β−不飽和アルケンを産生する酵素と、
ｅ）ポリケチド化合物中のα−β−二重結合を飽和アルカンに還元する酵素と、
ｆ）ポリケチド化合物をアシルキャリアタンパク質から加水分解する酵素と、からなる群から選択される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
前記ポリケチドが、抗生剤活性、抗真菌活性、及び抗腫瘍活性の少なくとも１つを有する脂質である、請求項２４に記載の方法。
前記ポリケチドが、マクロライド、抗生剤、抗真菌剤、細胞増殖抑制化合物、抗コレステロール血症化合物、抗寄生虫化合物、抗コクシジウム化合物、動物成長促進剤及び殺虫剤からなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
前記宿主細胞が、脂肪酸を産生することが可能であり、脂肪酸合成酵素をコードする少なくとも１つの異種核酸を含み、ここで、前記脂肪酸合成酵素が、
ａ）アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡの少なくとも１つをアシルキャリアタンパク質（ＡＣＰ）に共有結合させる酵素と、
ｂ）アセチル−ＡＣＰ及びマロニル−ＡＣＰを縮合してアセトアセチル−ＡＣＰを形成する酵素と、
ｃ）アセトアセチル−ＡＣＰ中の二重結合をＮＡＤＰＨで還元して、Ｄ−３−ヒドロキシブチリルヒドロキシラーゼ−ＡＣＰ中にヒドロキシル基を形成する酵素と、
ｄ）Ｄ−３−ヒドロキシブチリルヒドロキシラーゼ−ＡＣＰを脱水して、β−炭素及びγ−炭素の間に二重結合を形成してクロトニル−ＡＣＰを形成する酵素と、
ｅ）クロトニルＡＣＰをＮＡＤＰＨで還元してブチリル−ＡＣＰを形成する酵素と、
ｆ）Ｃ１６アシル化合物をアシルキャリアタンパク質から加水分解して、パルミテートを形成する酵素と、からなる群から選択される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
前記脂肪酸が、パルミテート、パルミトイルＣｏＡ、パルミトオレイン酸、サピエン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、アラキドン酸、エイコサペンタエン酸、エルカ酸、及びドコサヘキサエン酸からなる群から選択される、請求項２７に記載の方法。
宿主細胞中で異種アセチル−ＣｏＡ誘導（ＨＡＣＤ）化合物を産生する方法であって、
（ａ）炭素源を含有し、かつパントテネート補充を欠く培養基中でＨＡＣＤ化合物を産生することが可能な遺伝的に修飾された宿主細胞の集団を培養することと、その後に、
（ｂ）前記集団又はそのサブ集団を、炭素源を含み少なくとも１ｍｇ／Ｌのパントテネートを補充された培養基中で培養することと、を含む方法。
ステップ（ａ）の前記培養が、少なくとも１２、２４、３６、４８、６０、７２、８４、９６時間又は９６時間を超える期間にわたる、請求項２９に記載の方法。
ステップ（ａ）の前記培養が、前記集団が０．０１と４００との間の細胞密度（ＯＤ_６００）に到達するために十分な期間にわたる、請求項２９に記載の方法。
ステップ（ｂ）の前記培養が、３〜２０日間の期間にわたる、請求項２９〜３１のいずれか一項に記載の方法。
ステップ（ｂ）が、前記培養基が少なくとも１ｍｇ／Ｌのパントテネートを含むまで、パントテネートをステップ（ａ）の前記培養基に加えることを含む、請求項２９〜３２のいずれか一項に記載の方法。
ステップ（ｂ）が、ステップ（ａ）の前記集団を少なくとも１ｍｇ／Ｌのパントテネートを含む新しい培養基に移すことを含む、請求項２９〜３２のいずれか一項に記載の方法。
前記方法が、制限量のパントテネート中で前記細胞を培養することを含まない方法から得られる産生と比較して、前記遺伝的に修飾された宿主細胞の集団による前記ＨＡＣＤ化合物の増加した産生をもたらす、請求項２９〜３４のいずれか一項に記載の方法。
前記ＨＡＣＤ化合物の産生が、収率（炭素基質１グラム当たりの産生されたＨＡＣＤのグラム数）又は生産性（１時間毎の培養基１リットル当たりの産生されたＨＡＣＤ化合物のグラム数）に関して測定される、請求項２９〜３５のいずれか一項に記載の方法。
前記ＨＡＣＤ化合物を回収することを更に含む、請求項２９〜３６のいずれか一項に記載の方法。
前記パントテネートが、２−デヒドロパントエート、（Ｒ）−パントエート、（Ｒ）−パントテネート、及びこれらの任意の塩又はエステルからなる群から選択される、請求項２９〜３７のいずれか一項に記載の方法。
前記宿主細胞が、真菌細胞、細菌細胞、植物細胞、及び動物細胞からなる群から選択される、請求項２９〜３８のいずれか一項に記載の方法。
前記宿主細胞が、酵母細胞である、請求項２９〜３８のいずれか一項に記載の方法。
前記ＨＡＣＤ化合物が、アミノ酸、脂肪酸、イソプレノイド、及びポリケチドからなる群から選択される、請求項２９〜４０のいずれか一項に記載の方法。
前記宿主細胞が、イソプレノイドを産生することが可能であり、イソプレノイド経路酵素をコードする少なくとも１つの異種核酸を含み、前記イソプレノイド経路酵素が、
ｎ）アセチル−補酵素Ａの２つの分子を縮合してアセトアセチル−ＣｏＡを形成する酵素と、
ｏ）アセトアセチル−ＣｏＡとアセチル−ＣｏＡの別の分子を縮合して、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ（ＨＭＧ−ＣｏＡ）を形成する酵素と、
ｐ）ＨＭＧ−ＣｏＡをメバロネートに転換する酵素と、
ｑ）メバロネートをメバロネート５−リン酸に転換する酵素と、
ｒ）メバロネート５−リン酸をメバロネート５−ピロリン酸に転換する酵素と、
ｓ）メバロネート５−ピロリン酸をＩＰＰに転換する酵素
ｔ）ＩＰＰをＤＭＡＰＰに転換する酵素と、
ｕ）ＩＰＰ及び／又はＤＭＡＰＰ分子を縮合して、５個を超える炭素を含有するポリプレニル化合物を形成するポリプレニルシンターゼと、
ｖ）ＩＰＰをＤＭＡＰＰと縮合して、ＧＰＰを形成する酵素と、
ｗ）ＩＰＰの２つの分子を、ＤＭＡＰＰの１つの分子と縮合する酵素と、
ｘ）ＩＰＰをＧＰＰと縮合してＦＰＰを形成する酵素と、
ｙ）ＩＰＰをＤＭＡＰＰと縮合してＧＧＰＰを形成する酵素と、
ｚ）ＩＰＰ及びＦＰＰを縮合して、ＧＧＰＰを形成する酵素と、からなる群から選択される、請求項２９〜４０のいずれか一項に記載の方法。
前記宿主細胞が、ゲラニオールシンターゼ、リナロールシンターゼ、リモネンシンターゼ、ミルセンシンターゼ、オシメンシンターゼ、α−ピネンシンターゼ、β−ピネンシンターゼ、サビネンシンターゼ、γ−テルピネンシンターゼ、テルピノレンシンターゼ、アモルファジエンシンターゼ、α−ファルネセンシンターゼ、β−ファルネセンシンターゼ、ファルネソールシンターゼ、ネロリドールシンターゼ、パチョリオールシンターゼ、ヌートカトンシンターゼ、アビエタジエンシンターゼからなる群から選択される、ポリプレニルを修飾する酵素をコードする異種核酸を更に含む、請求項４２に記載の方法。
前記宿主細胞が、ポリケチドを産生することが可能であり、ポリケチド合成酵素をコードする少なくとも１つの異種核酸を含み、ここで、前記ポリケチド合成酵素が、
ｇ）アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡの少なくとも１つをアシルキャリアタンパク質と縮合する酵素と、
ｈ）アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡからなる群から選択される第１の反応体を、マロニル−ＣｏＡ又はメチルマロニル−ＣｏＡからなる群から選択される第２の反応体と縮合して、ポリケチド産物を形成する酵素と、
ｉ）ポリケチド化合物上のβ−ケト化学基をβ−ヒドロキシ基に還元する酵素と、
ｊ）ポリケチド化合物中のアルカン化学基を脱水して、α−β−不飽和アルケンを産生する酵素と、
ｋ）ポリケチド化合物中のα−β−二重結合を飽和アルカンに還元する酵素と、
ｌ）ポリケチド化合物をアシルキャリアタンパク質から加水分解する酵素と、からなる群から選択される、請求項２９〜４０のいずれか一項に記載の方法。
前記ポリケチドが、抗生剤活性、抗真菌活性、及び抗腫瘍活性の少なくとも１つを有する脂質である、請求項４４に記載の方法。
前記ポリケチドが、マクロライド、抗生剤、抗真菌剤、細胞増殖抑制化合物、抗コレステロール血症化合物、抗寄生虫化合物、抗コクシジウム化合物、動物成長促進剤及び殺虫剤からなる群から選択される、請求項４４に記載の方法。
前記宿主細胞が、脂肪酸を産生することが可能であり、脂肪酸合成酵素をコードする少なくとも１つの異種核酸を含み、ここで、前記脂肪酸合成酵素が、
ｇ）アセチル−ＣｏＡ及びマロニル−ＣｏＡの少なくとも１つをアシルキャリアタンパク質（ＡＣＰ）に共有結合させる酵素と、
ｈ）アセチル−ＡＣＰ及びマロニル−ＡＣＰを縮合してアセトアセチル−ＡＣＰを形成する酵素と、
ｉ）アセトアセチル−ＡＣＰ中の二重結合をＮＡＤＰＨで還元して、Ｄ−３−ヒドロキシブチリルヒドロキシラーゼ−ＡＣＰ中にヒドロキシル基を形成する酵素と、
ｊ）Ｄ−３−ヒドロキシブチリルヒドロキシラーゼ−ＡＣＰを脱水して、β−炭素及びγ−炭素の間に二重結合を形成してクロトニル−ＡＣＰを形成する酵素と、
ｋ）クロトニルＡＣＰをＮＡＤＰＨで還元してブチリル−ＡＣＰを形成する酵素と、
ｌ）Ｃ１６アシル化合物をアシルキャリアタンパク質から加水分解して、パルミテートを形成する酵素と、からなる群から選択される、請求項２９〜４０のいずれか一項に記載の方法。
前記脂肪酸が、パルミテート、パルミトイルＣｏＡ、パルミトオレイン酸、サピエン酸、オレイン酸、リノール酸、α−リノレン酸、アラキドン酸、エイコサペンタエン酸、エルカ酸、及びドコサヘキサエン酸からなる群から選択される、請求項４７に記載の方法。