JP2014509189A - 結腸ガン遺伝子発現シグネチャーおよび使用方法 - Google Patents
結腸ガン遺伝子発現シグネチャーおよび使用方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2014509189A JP2014509189A JP2013551314A JP2013551314A JP2014509189A JP 2014509189 A JP2014509189 A JP 2014509189A JP 2013551314 A JP2013551314 A JP 2013551314A JP 2013551314 A JP2013551314 A JP 2013551314A JP 2014509189 A JP2014509189 A JP 2014509189A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- colon cancer
- nucleic acid
- transcripts
- sample
- expression level
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 247
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 243
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 title claims abstract description 242
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 231
- 108700019961 Neoplasm Genes Proteins 0.000 title claims abstract description 9
- 102000048850 Neoplasm Genes Human genes 0.000 title claims abstract description 9
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 153
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 79
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 claims abstract description 46
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims abstract description 23
- 238000011226 adjuvant chemotherapy Methods 0.000 claims abstract description 15
- 238000002271 resection Methods 0.000 claims abstract description 10
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 258
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 150
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 137
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 115
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 115
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 62
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 36
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 claims description 36
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 33
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 33
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 30
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 29
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 23
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 21
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 21
- 230000007774 longterm Effects 0.000 claims description 20
- -1 SIGMARL Proteins 0.000 claims description 19
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 17
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 16
- 108091006298 SLC2A3 Proteins 0.000 claims description 14
- 102100022722 Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3 Human genes 0.000 claims description 14
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 claims description 13
- 102100033887 Arylsulfatase D Human genes 0.000 claims description 12
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- 101000925559 Homo sapiens Arylsulfatase D Proteins 0.000 claims description 12
- 101001011441 Homo sapiens Interferon regulatory factor 4 Proteins 0.000 claims description 10
- 101001131670 Homo sapiens PWWP domain-containing DNA repair factor 3A Proteins 0.000 claims description 10
- 102100030126 Interferon regulatory factor 4 Human genes 0.000 claims description 10
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 claims description 10
- 238000003499 nucleic acid array Methods 0.000 claims description 10
- 101000972284 Homo sapiens Mucin-3A Proteins 0.000 claims description 8
- 101001120760 Homo sapiens Olfactomedin-4 Proteins 0.000 claims description 8
- 101000692683 Homo sapiens RING finger protein 39 Proteins 0.000 claims description 8
- 102100022497 Mucin-3A Human genes 0.000 claims description 8
- 102100026071 Olfactomedin-4 Human genes 0.000 claims description 8
- 102100026465 RING finger protein 39 Human genes 0.000 claims description 8
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 claims description 8
- 102100032424 B-cell CLL/lymphoma 9-like protein Human genes 0.000 claims description 7
- 102100036170 C-X-C motif chemokine 9 Human genes 0.000 claims description 7
- 101000798491 Homo sapiens B-cell CLL/lymphoma 9-like protein Proteins 0.000 claims description 7
- 101000947172 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 9 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000913082 Homo sapiens IgGFc-binding protein Proteins 0.000 claims description 7
- 101000609959 Homo sapiens Protein piccolo Proteins 0.000 claims description 7
- 102100026103 IgGFc-binding protein Human genes 0.000 claims description 7
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 claims description 7
- 102100039154 Protein piccolo Human genes 0.000 claims description 7
- 108091006302 SLC2A14 Proteins 0.000 claims description 7
- 102100039672 Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 14 Human genes 0.000 claims description 7
- 239000012491 analyte Substances 0.000 claims description 7
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 claims description 7
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 claims description 7
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 claims description 7
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 7
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims description 6
- 101001064542 Homo sapiens Liprin-beta-1 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000826406 Homo sapiens Sulfotransferase 1C2 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000585332 Homo sapiens Sulfotransferase 1C4 Proteins 0.000 claims description 5
- 102100031961 Liprin-beta-1 Human genes 0.000 claims description 5
- 102100023985 Sulfotransferase 1C2 Human genes 0.000 claims description 5
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 5
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 3
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims description 3
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 3
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims description 3
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 claims description 3
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 claims 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims 1
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 abstract description 25
- 230000004547 gene signature Effects 0.000 abstract description 9
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 118
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 103
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 47
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 47
- 238000012549 training Methods 0.000 description 35
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 34
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 33
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 33
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 32
- 239000000047 product Substances 0.000 description 32
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 32
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 31
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 25
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 25
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 22
- 238000011160 research Methods 0.000 description 20
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 20
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 19
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 19
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 19
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 19
- 239000000463 material Substances 0.000 description 18
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 18
- 238000002790 cross-validation Methods 0.000 description 17
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 17
- 230000006870 function Effects 0.000 description 17
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 16
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 16
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 15
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 230000008569 process Effects 0.000 description 15
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 15
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 14
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 13
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 13
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 13
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 13
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 13
- 238000003491 array Methods 0.000 description 12
- 238000011067 equilibration Methods 0.000 description 12
- 238000011161 development Methods 0.000 description 11
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 11
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 11
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 11
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 11
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 10
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 10
- 238000011223 gene expression profiling Methods 0.000 description 10
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 10
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 9
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 9
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 9
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 9
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 9
- 238000013461 design Methods 0.000 description 8
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 8
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 8
- 238000012775 microarray technology Methods 0.000 description 8
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 8
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 7
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 7
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 7
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 7
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 7
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 7
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 7
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 6
- 230000034994 death Effects 0.000 description 6
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 6
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 6
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 6
- 206010061819 Disease recurrence Diseases 0.000 description 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 5
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 5
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 5
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 5
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 5
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 5
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 5
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 5
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 5
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 5
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 5
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 5
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 5
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 5
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 5
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 5
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 5
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 5
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 4
- 101000836994 Homo sapiens Sigma non-opioid intracellular receptor 1 Proteins 0.000 description 4
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 4
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 4
- 102100028656 Sigma non-opioid intracellular receptor 1 Human genes 0.000 description 4
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 4
- 238000009098 adjuvant therapy Methods 0.000 description 4
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 4
- 238000002869 basic local alignment search tool Methods 0.000 description 4
- 230000006399 behavior Effects 0.000 description 4
- 239000011127 biaxially oriented polypropylene Substances 0.000 description 4
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 230000008859 change Effects 0.000 description 4
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 4
- 238000007850 in situ PCR Methods 0.000 description 4
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 4
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 4
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 4
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 4
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 4
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 4
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- 230000009826 neoplastic cell growth Effects 0.000 description 4
- 229920000620 organic polymer Polymers 0.000 description 4
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 4
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 4
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 4
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 4
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 4
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- 238000005382 thermal cycling Methods 0.000 description 4
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 4
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 3
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 3
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 description 3
- 239000004698 Polyethylene Substances 0.000 description 3
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 3
- 238000013528 artificial neural network Methods 0.000 description 3
- 229920006378 biaxially oriented polypropylene Polymers 0.000 description 3
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 3
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 3
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 3
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 3
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 230000036541 health Effects 0.000 description 3
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 3
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 3
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 3
- 238000000491 multivariate analysis Methods 0.000 description 3
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 3
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 3
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 3
- 238000003909 pattern recognition Methods 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 3
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 3
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 3
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 3
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 3
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 3
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 3
- 108020004463 18S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 2
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 2
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 2
- 241000212384 Bifora Species 0.000 description 2
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 2
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 2
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 2
- 108090000723 Insulin-Like Growth Factor I Proteins 0.000 description 2
- 102000004218 Insulin-Like Growth Factor I Human genes 0.000 description 2
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 2
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 2
- 238000010802 RNA extraction kit Methods 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 102000039471 Small Nuclear RNA Human genes 0.000 description 2
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 2
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 2
- 239000003181 biological factor Substances 0.000 description 2
- 229920001222 biopolymer Polymers 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 230000005773 cancer-related death Effects 0.000 description 2
- 239000005081 chemiluminescent agent Substances 0.000 description 2
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 2
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 2
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 2
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 2
- 238000010230 functional analysis Methods 0.000 description 2
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 2
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 2
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 2
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 230000031700 light absorption Effects 0.000 description 2
- 238000010841 mRNA extraction Methods 0.000 description 2
- 238000010801 machine learning Methods 0.000 description 2
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 2
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 2
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 2
- 238000003068 pathway analysis Methods 0.000 description 2
- 229920000573 polyethylene Polymers 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 238000000513 principal component analysis Methods 0.000 description 2
- 230000004557 prognostic gene signature Effects 0.000 description 2
- 238000007637 random forest analysis Methods 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 2
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 2
- 238000012552 review Methods 0.000 description 2
- 235000002020 sage Nutrition 0.000 description 2
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 2
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 description 2
- 108091029842 small nuclear ribonucleic acid Proteins 0.000 description 2
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 2
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 2
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 2
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 2
- 230000005026 transcription initiation Effects 0.000 description 2
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 2
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 2
- 238000007473 univariate analysis Methods 0.000 description 2
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 2
- PZWQOGNTADJZGH-SNAWJCMRSA-N (2e)-2-methylpenta-2,4-dienoic acid Chemical compound OC(=O)C(/C)=C/C=C PZWQOGNTADJZGH-SNAWJCMRSA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- ZGMLACURZVGTPK-UHFFFAOYSA-N 5-fluoranyl-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound OC1=NC=C(F)C(O)=N1.FC1=CNC(=O)NC1=O ZGMLACURZVGTPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 240000005020 Acaciella glauca Species 0.000 description 1
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 1
- 101100339431 Arabidopsis thaliana HMGB2 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000012935 Averaging Methods 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- GAGWJHPBXLXJQN-UORFTKCHSA-N Capecitabine Chemical compound C1=C(F)C(NC(=O)OCCCCC)=NC(=O)N1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)O1 GAGWJHPBXLXJQN-UORFTKCHSA-N 0.000 description 1
- GAGWJHPBXLXJQN-UHFFFAOYSA-N Capecitabine Natural products C1=C(F)C(NC(=O)OCCCCC)=NC(=O)N1C1C(O)C(O)C(C)O1 GAGWJHPBXLXJQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000017667 Chronic Disease Diseases 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 208000019399 Colonic disease Diseases 0.000 description 1
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 1
- 102000007260 Deoxyribonuclease I Human genes 0.000 description 1
- 108010008532 Deoxyribonuclease I Proteins 0.000 description 1
- AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N Deoxyuridine 5'-triphosphate Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 244000148064 Enicostema verticillatum Species 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091092566 Extrachromosomal DNA Proteins 0.000 description 1
- 108700010013 HMGB1 Proteins 0.000 description 1
- 101150021904 HMGB1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100037907 High mobility group protein B1 Human genes 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 238000001276 Kolmogorov–Smirnov test Methods 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 208000007433 Lymphatic Metastasis Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 238000000585 Mann–Whitney U test Methods 0.000 description 1
- 108091027974 Mature messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 102100025169 Max-binding protein MNT Human genes 0.000 description 1
- 208000032818 Microsatellite Instability Diseases 0.000 description 1
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 239000012807 PCR reagent Substances 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091036407 Polyadenylation Proteins 0.000 description 1
- 239000005062 Polybutadiene Substances 0.000 description 1
- 229920002367 Polyisobutene Polymers 0.000 description 1
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 description 1
- 201000004681 Psoriasis Diseases 0.000 description 1
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 102000004887 Transforming Growth Factor beta Human genes 0.000 description 1
- 108090001012 Transforming Growth Factor beta Proteins 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 238000011256 aggressive treatment Methods 0.000 description 1
- 230000032683 aging Effects 0.000 description 1
- 238000007605 air drying Methods 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 1
- 238000000540 analysis of variance Methods 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 238000011948 assay development Methods 0.000 description 1
- 238000011888 autopsy Methods 0.000 description 1
- 238000000376 autoradiography Methods 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M caesium chloride Chemical compound [Cl-].[Cs+] AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000009400 cancer invasion Effects 0.000 description 1
- 208000035269 cancer or benign tumor Diseases 0.000 description 1
- 229960004117 capecitabine Drugs 0.000 description 1
- 230000021523 carboxylation Effects 0.000 description 1
- 238000006473 carboxylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 230000004709 cell invasion Effects 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 229960005395 cetuximab Drugs 0.000 description 1
- 239000013043 chemical agent Substances 0.000 description 1
- 238000001311 chemical methods and process Methods 0.000 description 1
- 238000000546 chi-square test Methods 0.000 description 1
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 201000010897 colon adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000009096 combination chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229920001577 copolymer Polymers 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 239000006059 cover glass Substances 0.000 description 1
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 1
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 1
- 238000003066 decision tree Methods 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000000432 density-gradient centrifugation Methods 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 230000009274 differential gene expression Effects 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000890 drug combination Substances 0.000 description 1
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 1
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 239000012149 elution buffer Substances 0.000 description 1
- 125000004185 ester group Chemical group 0.000 description 1
- 229920006226 ethylene-acrylic acid Polymers 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 1
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 1
- 230000005713 exacerbation Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 1
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 description 1
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 1
- 238000007429 general method Methods 0.000 description 1
- 230000035876 healing Effects 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 230000033444 hydroxylation Effects 0.000 description 1
- 238000005805 hydroxylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000003365 immunocytochemistry Methods 0.000 description 1
- 238000013115 immunohistochemical detection Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 229910010272 inorganic material Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011147 inorganic material Substances 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 229960004768 irinotecan Drugs 0.000 description 1
- UWKQSNNFCGGAFS-XIFFEERXSA-N irinotecan Chemical compound C1=C2C(CC)=C3CN(C(C4=C([C@@](C(=O)OC4)(O)CC)C=4)=O)C=4C3=NC2=CC=C1OC(=O)N(CC1)CCC1N1CCCCC1 UWKQSNNFCGGAFS-XIFFEERXSA-N 0.000 description 1
- 230000001788 irregular Effects 0.000 description 1
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 1
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 description 1
- 238000001499 laser induced fluorescence spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000037841 lung tumor Diseases 0.000 description 1
- 230000001926 lymphatic effect Effects 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000007726 management method Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 239000000155 melt Substances 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 208000037819 metastatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000011575 metastatic malignant neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004879 molecular function Effects 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 238000009099 neoadjuvant therapy Methods 0.000 description 1
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 1
- 230000000683 nonmetastatic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008481 normal tissue growth Effects 0.000 description 1
- 238000001216 nucleic acid method Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 1
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 229960001756 oxaliplatin Drugs 0.000 description 1
- DWAFYCQODLXJNR-BNTLRKBRSA-L oxaliplatin Chemical compound O1C(=O)C(=O)O[Pt]11N[C@@H]2CCCC[C@H]2N1 DWAFYCQODLXJNR-BNTLRKBRSA-L 0.000 description 1
- 238000010239 partial least squares discriminant analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 1
- 238000001558 permutation test Methods 0.000 description 1
- 230000002974 pharmacogenomic effect Effects 0.000 description 1
- 238000000206 photolithography Methods 0.000 description 1
- 238000000053 physical method Methods 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 230000035479 physiological effects, processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 1
- 229920002493 poly(chlorotrifluoroethylene) Polymers 0.000 description 1
- 229920002492 poly(sulfone) Polymers 0.000 description 1
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 1
- 229920002857 polybutadiene Polymers 0.000 description 1
- 229920001748 polybutylene Polymers 0.000 description 1
- 239000005023 polychlorotrifluoroethylene (PCTFE) polymer Substances 0.000 description 1
- 229920001195 polyisoprene Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 229920000306 polymethylpentene Polymers 0.000 description 1
- 239000011116 polymethylpentene Substances 0.000 description 1
- 229920001343 polytetrafluoroethylene Polymers 0.000 description 1
- 239000004810 polytetrafluoroethylene Substances 0.000 description 1
- 229920002981 polyvinylidene fluoride Polymers 0.000 description 1
- 229920006316 polyvinylpyrrolidine Polymers 0.000 description 1
- 238000007781 pre-processing Methods 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 description 1
- 210000000664 rectum Anatomy 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 235000003499 redwood Nutrition 0.000 description 1
- 238000007670 refining Methods 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 238000007789 sealing Methods 0.000 description 1
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000002798 spectrophotometry method Methods 0.000 description 1
- 230000010473 stable expression Effects 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012706 support-vector machine Methods 0.000 description 1
- 238000011477 surgical intervention Methods 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000012353 t test Methods 0.000 description 1
- ZRKFYGHZFMAOKI-QMGMOQQFSA-N tgfbeta Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCSC)C(C)C)[C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 ZRKFYGHZFMAOKI-QMGMOQQFSA-N 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000004797 therapeutic response Effects 0.000 description 1
- 230000008719 thickening Effects 0.000 description 1
- 238000006177 thiolation reaction Methods 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 108091006107 transcriptional repressors Proteins 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000000844 transformation Methods 0.000 description 1
- 230000014621 translational initiation Effects 0.000 description 1
- 230000004222 uncontrolled growth Effects 0.000 description 1
- 230000009452 underexpressoin Effects 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 1
- 125000000391 vinyl group Chemical group [H]C([*])=C([H])[H] 0.000 description 1
- 229920002554 vinyl polymer Polymers 0.000 description 1
- 210000001835 viscera Anatomy 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57419—Specifically defined cancers of colon
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
Description
本出願は、2011年、1月25日に出願された、米国特許仮出願第61/435,922号の利益を主張するものであり、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。
表1は、中核となる結腸シグネチャーに含まれる、10の候補転写産物のリストである。これらの転写産物は、不良および良好な予後群への試料の分類において、最も高い影響を有すると特定されている。
表2は、結腸シグネチャーに含まれる、178の固有の転写産物のリストである。この表には、636の転写産物シグネチャー中の転写産物の加重ランク、ならびに結腸組織中に発現された転写産物の配向性が含まれる。
表3は、636の転写産物シグネチャーを特定するための研究における、主要な患者および腫瘍特性を示す表である。
表4は、転写産物シグネチャーを特定するために使用した、交差検定された訓練事例および検証事例のための、性能測定基準を示す表である。
表5は、患者の年齢、患者の性別、pT−ステージ、腫瘍グレード、腫瘍の位置および粘液性/非粘液性サブタイプの状態に対するハザード比を示す、統計解析の結果を示す表である。
表6は、636の転写産物結腸シグネチャーに含まれる転写産物のリストである。
添付の配列表に記載される核酸配列およびアミノ酸配列は、米国特許法施行規則第1.822条に定義される、ヌクレオチド塩基の標準の文字略語を使用して示される。各核酸配列のうちの1つの鎖のみが示されているが、表示される鎖に対するいずれの参照によっても、その相補鎖が含まれると理解される。添付の配列表において:
配列番号1〜636は、ヒト結腸ガン由来のオリゴヌクレオチド転写産物である。
配列表は、232,154バイトの、2012年、1月25日に作成された、ADL−0311_Sequence_Listing.txtという名前のファイルの形で、ASCIIテキストファイルとして提出され、参照により本明細書に組み入れられる。
I.用語の概要
別段の定めがない限り、本明細書中で用いられる技術および科学用語は、本開示が属する分野の当業者により通常理解されるのと同じ意味を有する。分子生物学における一般的な用語の定義は、Benjamin Lewin, Genes IX, published by Jones and Bartlet, 2008 (ISBN 0763752223); Kendrew et al. (eds.), The Encyclopedia of Molecular Biology, published by Blackwell Science Ltd., 1994 (ISBN 0632021829); Robert A. Meyers (ed.), Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference, published by VCH Publishers, Inc., 1995 (ISBN 9780471185710); Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley & Sons (New York, N.Y. 1994), and March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4th ed., John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992)で見出すことができる。
非常に高いストリンジェンシー(少なくとも90%の同一性を共有する配列を検出する)
ハイブリダイゼーション:5×SSC、65℃で16時間
2回洗浄:2×SSC、室温(RT)でそれぞれ15分間
2回洗浄:0.5×SSC、65℃でそれぞれ20分間
高いストリンジェンシー(少なくとも80%の同一性を共有する配列を検出する)
ハイブリダイゼーション:5×SSC〜6×SSC、65℃〜70℃で16〜20時間
2回洗浄:2×SSC、RTでそれぞれ5〜20分間
2回洗浄:1×SSC、55℃〜70℃でそれぞれ30分間
低いストリンジェンシー(少なくとも60%の同一性を共有する配列を検出する)
ハイブリダイゼーション:6×SSC、RT〜55℃で16〜20時間
少なくとも2回洗浄:2×SSC〜3×SSC、RT〜55℃でそれぞれ20〜30分間
A.結腸ガン発現シグネチャーおよび使用方法
本明細書中で開示されているのは、結腸ガンからの発現シグネチャーである。開示されたシグネチャーを、結腸ガンの予後、結腸ガンの診断および患者群の分類で適用するために使用することができる。いくつかの実施形態において、患者などの対象から得られる試料を処理して、組織試料で発現される転写産物を表すポリヌクレオチド結合標的のセットにする。ポリヌクレオチド結合標的を、転写産物の発現レベルに関する情報を得るために、本明細書中で記載されるシグネチャーを表すかまたはそのシグネチャーに対応する相補的ポリヌクレオチドプローブで調べる。シグネチャーにおける転写産物の発現レベルを表す判定スコアを場合によって計算する。判定スコアを次いで患者集団などの対照と比較し、そして遺伝学的に類似する試料を既知の患者応答または臨床転帰と関連付ける。例えば、外科的切除および/または化学療法などの結腸ガンの治療に対する患者応答、および結腸ガンの治療後の予後を予想するための高感度法も提供される。一般的に、履歴的な患者集団データおよび組織試料を分析して、結腸ガンの既往歴を有する患者について遺伝子プロフィールを作製する。いくつかの実施形態において、患者試料の遺伝子プロフィールを判定スコアに変換する。各患者の臨床転帰を遺伝子プロフィール、または各患者のそれぞれのガンについての遺伝子プロフィールから数学的に導かれる判定スコアに関連付ける。
(a)標識された形態でスパイクされた特定の転写産物であり、アレイ上の特定の位置に結合し、そしてスキャンしたアレイの画像処理で適切な格子整列を確実にする、アラインメント対照。
(b)増幅が実施される前にスパイクされ、したがって試料mRNAと同じ処理を受けて、cDNA合成およびそれに続く増幅反応の適切な性能を確実にする特定の非標識転写産物、例えばポリ−A対照転写産物である、増幅対照
(c)先行する増幅反応とは別に、標識とハイブリダイゼーションという2つのステップの効率を制御するためのものであり、チップの標識およびハイブリダイゼーションの前にスパイクされる特定の対照である、標識およびハイブリダイゼーション対照。
(d)マイクロアレイ上のプローブ配列であって、対応する標的配列が試料中には存在しないはずのものである、バックグラウンド対照。したがって、原則として、特異的標的結合は起こらない。これらの対照を使用して、バックグラウンドまたはクロスハイブリダイゼーション強度を確立する。それらは場合によっては、異なるGC含有量、およびマイクロアレイ全体にわたる好適な空間分布によって特徴付けられ得る。
(e)様々なインプットmRNA量、増幅反応の様々な収率および測定装置の様々な全般的感度について修正するために使用される、試料から特異的に選択された標的配列を検出するプローブ配列である、正規化対照。それらを用いて、測定された強度値を補正し、かくして準備的実験室ステップを含む測定装置全体の分析精度の増大を確実にする。
(f)RNAの質を示し、RNA分解を検出するために設計された、それらの各遺伝子の3’位に関して様々な位置に対応するプローブ配列である、RNA品質および分解対照。複数の遺伝子由来の対応するプローブまたはプローブセットは、異なるRNA種における異なるRNA分解挙動を表す可能性がある。
開示された結腸ガン遺伝子シグネチャーに特異的なプローブおよびプライマーが開示される。開示された結腸ガンシグネチャーのプローブを含むアレイも開示される。いくつかの実施形態において、開示された結腸ガン遺伝子シグネチャーに特異的なプローブは、配列番号1〜636の1つまたはその相補配列と特異的にハイブリダイズする核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、開示された結腸ガンシグネチャーのプローブセットは、交差検定下で測定される複合判定スコア関数において平均加重のランクとして定義される最も大きい加重を有し、依然として予後的意義を有する、表6中の転写産物の、少なくとも2、例えば少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、少なくとも55、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも100、少なくとも125、少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、少なくとも250、少なくとも275、少なくとも300、少なくとも325、少なくとも350、少なくとも375、少なくとも400、少なくとも425、少なくとも450、少なくとも474、少なくとも500、少なくとも525、少なくとも550、少なくとも575、少なくとも600、少なくとも634、もしくは636全てと特異的にハイブリダイズするプローブ、たとえば配列番号1〜636のいずれか1つまたはその相補配列と特異的にハイブリダイズするプローブを含む。いくつかの実施形態において、開示された結腸ガンシグネチャーのプローブセットは、表6に記載される上位1位〜10位の加重転写産物、上位11位〜20位の加重転写産物、上位21位〜30位の加重転写産物、上位31位〜40位の加重転写産物、上位41位〜50位の加重転写産物、上位51位〜60位の加重転写産物、上位61位〜70位の加重転写産物、上位71位〜80位の加重転写産物、上位81位〜90位の加重転写産物、または上位91位〜100位の加重転写産物と特異的にハイブリダイズするプローブを含む。さらなる実施形態において、開示された結腸ガンシグネチャーのプローブセットは、636、634、620、610、600、590、580、570、560、550、540、530、520、510、500、490、480、470、460、450、440、430、420、410、400、390、380、370、360、350、340、330、320、310、300、290、280、270、260、250、240、230、220、210、200、190、180、170、160、150、140、130、120、110、100、90、80、70、60、50、40、30、20、または10の、表6に記載された最も大きい加重を有する転写産物またはそれらの相補鎖と特異的にハイブリダイズするプローブを含む。いくつかの実施形態において、開示されたガンシグネチャーのプローブセットは、約200〜約1000プローブ、例えば約400〜約800プローブ、例えば約500〜約700プローブ、例えば約550〜約650プローブを含み、ここで、プローブは表6からの転写産物を検出する。さらなるプローブは、場合によって、結腸ガンで発現される転写産物を検出するもの、またはシグナル対照もしくは発現レベル対照として機能するものから選択され得る。そのような任意のプローブは、Colorectal Cancer DSA(商標)手段上に含まれるものから選択することができる。
開示された結腸ガンシグネチャーを統計的方法によって評価することができる。いくつかの実施形態において、患者組織試料の遺伝子発現プロフィールを線形分類器によって評価する。本明細書中で用いられる場合、線形分類器は、複合判定スコアを得る個々の遺伝子強度の加重和(「決定関数」)を指す。判定スコアを次いで、感度および特異度に関してあるセットポイントに対応する所定のカットオフ閾値と比較し、これは閾値より上(正の決定関数)であるかまたは下(負の決定関数)であるかを示す。
関心のある遺伝子をコードするmRNAを検出することによって遺伝子発現を評価することができる。したがって、開示された方法はmRNAを評価することを含む可能性がある。RNAは、対象由来の腫瘍(例えば、結腸ガン腫瘍)の試料、対象由来の隣接する非腫瘍組織の試料、正常(健常)な対象由来の腫瘍のない組織の試料、またはそれらの組み合わせから、市販のキットを含む当業者に周知の方法を用いて単離することができる。
(a)通常の方法を使用し、有機溶媒中で複数の洗浄ステップを伴って脱パラフィン化する;
(b)空気乾燥およびプロテアーゼ処理をして、細胞間および細胞内結合を切断し、その結果、組織からRNAを放出させる;
(c)混入したゲノムDNAを除去する;
(d)有機溶媒中で洗浄し;そして好適な無RNase溶出緩衝液中で溶出する。
いくつかの実施形態において、表6に示すものなどの結腸ガン関連遺伝子および/または転写産物の発現プロフィールを、新鮮またはパラフィン包埋腫瘍組織のいずれかで、マイクロアレイ技術を用いて測定することができる。この方法では、関心のあるポリヌクレオチド配列、例えば表6に示される核酸配列またはその相補配列と特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を、マイクロチップ基体上に覆わせるか、または整列させる。整列させた配列を次いで、関心のある細胞または組織由来の核酸とハイブリダイズさせる。
アレイの固体支持体は、無機材料(例えば、ガラス)または有機ポリマーから形成することができる。固体支持体に好適な材料としては、限定されないが:ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリイソプレン、ポリビニルピロリジン、ポリテトラフルオロエチレン、ポリ二フッ化ビニリデン、ポリフルオロエチレン−プロピレン、ポリエチレンビニルアルコール、ポリメチルペンテン、ポリクロロトリフルオロエチレン、ポリスルホン、ヒドロキシル化二軸延伸ポリプロピレン、アミノ化二軸延伸ポリプロピレン、チオール化二軸延伸ポリプロピレン、エチレンアクリル酸、エチレンメタクリル酸、およびそれらのコポリマーのブレンド(米国特許第5,985,567号を参照のこと)が挙げられる。
多種多様のアレイフォーマットを本開示にしたがって用いることができる。一例には、一般的に当該技術分野において計量棒と称されるオリゴヌクレオチドバンドの直線的アレイが含まれる。別の好適なフォーマットには、個別のセルの二次元パターン(例えば、64×64アレイ中に4096の正方形)が含まれる。当業者には理解されるように、限定されないが、スロット(長方形)および円形アレイを含む他のアレイフォーマットは等しく使用に好適である(米国特許第5,981,185号を参照のこと)。数例では、アレイはマルチウェルプレートである。一例において、アレイを、スレッド、膜またはフィルムであるポリマー媒体上に形成する。有機ポリマー媒体の一例は、約1mil(0.001インチ)〜約20mil程度の厚さを有するポリプロピレンシートであるが、フィルムの厚さは重要ではなく、かなり広範囲にわたって変化する可能性がある。アレイは二軸延伸ポリプロピレン(BOPP)フィルムを含むことができ、これは、耐久性に加えて、バックグラウンド蛍光の低さを示す。
最も感受性が高く、最も柔軟性のある定量法の1つはRT−PCRであり、これを使用して、様々な試料集団において、薬物治療の存在下または非存在下で、正常および腫瘍組織中のmRNAレベルを比較し、遺伝子発現のパターンを特性化し、密接に関連したmRNAを識別し、そしてRNA構造を分析することができる。
遺伝子発現の連続分析(SAGE)は、各転写産物についての個々のハイブリダイゼーションプローブを提供する必要なしに多数の遺伝子転写産物の同時的かつ定量的な分析を可能にする別の方法である。まず、転写産物を独自に同定するために十分な情報を含む短配列タグ(約10〜14塩基対)を生成させる。ただし、このタグは各転写産物内の独自の位置から得られるものとする。次いで、多くの転写産物を連結させて、配列決定することができる長い連続分子を形成し、複数のタグのアイデンティティーを同時に明らかにする。個々のタグの量を測定し、各タグに対応する遺伝子を特定することによって、転写産物の任意の集団の発現パターンを定量的に評価することができる(例えば、Velculescu et al., Science 270:484-7, 1995; and Velculescu et al., Cell 88:243-51, 1997を参照のこと)。
本実施例は、本明細書に開示される方法および試薬を使用した、結腸ガン試料の分類のための例示的な予測ツールの作製および検証を記載する。本実施例は、その全体が参照により本明細書に具体的に組み入れられる、Kennedy et al, J. Clin. Oncol., 29(35) 4620-4626, 2011において、本主題の技術の発明者らにより公開された素材を含む。
試料の選択。
以下の適格条件に従って、試料を遡及的に収集した:残存病変の証拠の無い、ステージII結腸腺癌のみ;第一次的な手術時に年齢45才以上の患者;6か所以上の所属リンパ節が評価された;組織切片中、最少50%の腫瘍細胞が存在する;結腸ガンの家族歴無し;手術の1年以内に、手術前または手術後のガン治療無し(しかし、再発後に受けた治療は許容可能);および低リスクの患者に対する最短5年間の患者の経過観察。低リスクの患者とは、第一次的な手術の5年以内にガンの再発がない者と定義される。高リスクの患者とは、第一次的な手術の5年以内に、転移性のガン再発を有する者と定義される。局所的な疾患再発を有する患者は除外された。なぜならこの再発が、転移性の腫瘍ではなく、手術後の局所的残存病変の結果である可能性があるからである。12か所の研究所から、試料を収集した。全ての試料は、病理学者により、独立して病理組織学的に検査された。データセットが、ステージII結腸ガンを有する母集団を表すことを確実にするために、それをSurveillance、Epidemiology、およびEnd Resultsデータベースと比較した。主要な患者および腫瘍特性を、表3(図6を参照)に示す。
Roche High Pure RNA Paraffin Kit(ロシュ社(Roche)、スイス、バーゼル)を使用して、FFPE腫瘍試料から全RNAを抽出した。Nugen WT−Ovation(登録商標)FFPE System v2とNugen FL−Ovation(登録商標)cDNA Biotin Module v2を組み合わせて使用し、製造者の指示に従って、増幅されたcDNA標的を作製した。断片化され、標識されたcDNAのハイブリダイゼーション、洗浄、染色および走査を、標準のAffymetrixプロトコルに従って実施した。3.0〜3.5μgの間の、断片化され、標識されたcDNAを、Affymetrix 7Gスキャナー(アフィメトリックス社(Affymetrix)、カリフォルニア州、サンタクララ)上で、Colorectal Cancer DSA(商標)マイクロアレイ(アルマック社(Almac)、イギリス、クレイガボン)にハイブリダイズした。オペレーター、試薬、および材料ロットに加え、標的とする臨床的特性および試料特性の因子に対してランダム化されたバッチに、試料を層別化することを含む、試料のスケジューリング戦略を使用した。品質管理基準を適用し、低リスクおよび高リスク試料間で、生物学的および技術的因子を平衡化した。これは、系統的バイアスを最小化させ、いかなる残存する技術的バイアスをも技術的変動へと拡散させるために実施される。
プローブセットの差次的分解の問題を回避するために、FFPE固定下で安定であるおよび/または競合する長期的安定性を有すると特定された、5,014のプローブセットを用いて、モデル開発を開始した。その後、5分割交差検定を10回反復する間、再帰的特徴排除(RFE)に基づく重要な特徴の選択とともに、部分最小自乗分類法を使用して、シグネチャーの作成を実施した。最も低い分散および強度を有する50%のプローブセットを除去するための最初のフィルタリング、参照ベースの堅固なマルチチップ平均化(reference-based robust multichip averaging)(RefRMA)の基準化および要約、ならびに各反復でプローブセットの最も重要でない10%を廃棄するRFEを含む、モデル開発のすべての態様を、交差検定内に適切に組み込んだ。最終モデルに含有する特徴の総数は、交差検定下、最大の平均受信者動作特性曲線(AUC)下面積を有する特徴の長さにより決定した。各モデルから得た予測を二分化するための閾値は、交差検定された訓練データから得た感度および特異度の合計の最大値に基づいて選択された(ヨーデンのJ統計(Youden J statistic)の最小値(Youden, Cancer 3:32-35, 1950))。ほとんど同一の性能を有する多数の閾値がある場合は、Cox比例ハザード回帰から得たハザード比(HR)をタイブレーカーとして使用して、より高いHR値を優先した。
標的集団:アッセイの訓練に使用された集団を、SEERおよびCRUKデータベース由来の一般的集団の特性を反映するように一致させた。以下の特性が考慮された:
・性別。ステージII集団における性別有病率は、男性が約50〜60%(英国では56%、および米国では57%)である。
・腫瘍の位置(遠位/近位)。ステージII集団における有病率は、近位が約55%〜65%、および遠位が35%〜45%である。
・患者の年齢。2001〜2005年の、NCIのSEER Cancer Statistics Review Colon and Rectum Sectionによれば、患者の0.1%が20才未満で診断され;1.0%が20〜34才;3.7%が35〜44才;11.6%が45〜54才;18.3%が55〜64才;25.1%が65〜74才;28.2%が75〜84才、および12.2%が85才以上で診断された。
・無再発生存率。ステージII集団における無再発生存率は、13%〜22%(Gattaj et al, European Journal of Cancer, 2006)であると報告されており、SEERデータベースに因れば約30%であると報告されている。
FFPE組織からの、ステージII結腸ガン予後シグネチャーの開発。5年目の無疾患生存率を、この研究の主要なエンドポイントとして使用した。臨床的因子を平衡化し、最初のデータセットに品質管理基準を適用した後、215人の患者の訓練事例(142人の低リスクおよび73人の高リスク患者)を特定した。分類性能を推測するために、50%の分散−強度フィルタリング、RefRMA基準化、RFE特徴選択、および部分最小自乗分類法を、5分割交差検定の10回反復下で実施した。交差検定は、634の転写産物シグネチャーが、予後の分類のために最適であることを示した。0.68(P<0.001)のAUCを有する受信者動作特性曲線が生成され、シグネチャースコアおよび予後の間の有意な連関が示された(図3A)。観察されたAUCは、置換解析において、ランダムよりも有意により高く、技術的複製物の精度の評価において、低い分散を示した。シグネチャー予測スコアの二分化のための閾値、0.465を、ヨーデンのJ統計から確立し、2.62(P<0.001;図3B)のHRを得た。表4は、交差検定間のシグネチャー作成に渡る、分類性能の概要を含む。
本明細書に開示されるとおり、ステージII結腸ガンの手術後に、再発のより高いリスクを有する患者を特定する、DNAマイクロアレイ・ベースのアッセイを開発した。具体的には、シグネチャーは、独立した検証事例において、再発のHRが2.53であり、およびガンに関連する死のHRが2.21である、高リスクのコホートを特定した。訓練事例から得たシグネチャーの性能の過大評価を回避するために、完全に別個の事例を使用した予後アッセイの検証が必要である。診療所において判断を行うために現在使用されており、典型的に約1.5以下のHRを有する組織学的因子と比べても、再発に対する2.53のHRは遜色がない。さらに、シグネチャーは、個別の解釈を必要とせず、従来の病理組織学的因子よりも、より標準化された手法を提供し得る。重要なことに、本アッセイはFFPE組織において実施され、従って、現在の医療行為に容易に適用できる。
ガンの予後診断
この実施例は、結腸ガンと診断された対象の予後診断のために使用することが出来る、特定の方法を記載する。しかしながら、当業者は、これらの特定の方法から逸脱する方法もまた、結腸ガンを有する対象の予後を首尾よく提供するために使用し得るということを理解するであろう。
Claims (67)
- 対象由来の試料において、結腸ガンを診断する方法であって、前記方法が:
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること;および
前記少なくとも2つの結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベル、またはそれから導出される判定スコアを、結腸ガンの診断を示す対照閾値と比較すること;を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、結腸ガンの診断を示し、それにより対象由来の試料において結腸ガンを診断する、方法。 - 前記対照閾値が、1つまたは複数の既知の結腸ガン試料中の、表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子からの対応する転写産物から導出される閾値を含み、ここで既知の結腸ガン群と、前記閾値の同じ側の前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、結腸ガンの診断を示す、請求項1に記載の方法。
- 結腸ガン試料の分類方法であって、前記方法が:
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること;および
前記少なくとも2つの結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベル、またはそれから導出される判定スコアを、既知の分類を示す対照閾値と比較すること;を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記結腸ガン試料の分類を可能にする、方法。 - 前記対照閾値が、既知の分類の1つまたは複数の結腸ガン試料中の、表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子からの対応する転写産物から導出される閾値を含み、ここで既知の分類の1つまたは複数の結腸ガン試料と、前記閾値の同じ側の前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記結腸ガン試料の分類を可能にする、請求項3に記載の方法。
- 前記結腸ガン試料がステージI、ステージII、ステージIIIおよびステージIVとして分類される、請求項3または4のいずれか1項に記載の方法。
- 前記分類された結腸ガンに対して効果的であろう治療計画を選択することをさらに含む、請求項3〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記治療が、外科的切除、化学療法、放射線療法、またはそれらのいずれかの組み合わせである、請求項6に記載の方法。
- 結腸ガンの治療に対する応答を予測する方法であって、前記方法が:
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること;および
前記少なくとも2つの結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベル、またはそれから導出される判定スコアを、治療に対する既知の応答を示す対照閾値と比較すること;を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、治療に対する同様の応答を示し、それにより治療に対する応答を予測する、方法。 - 前記対照閾値が、治療に対する既知の応答を有する1つまたは複数の結腸ガン試料中の、表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子からの対応する転写産物から導出される閾値を含み、ここで治療に対する既知の応答を有する1つまたは複数の結腸ガン試料と、前記閾値の同じ側の前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、治療に対する同様の応答を示し、それにより治療に対する応答を予測する、請求項8に記載の方法。
- 前記治療が外科的切除である、請求項8または9のいずれか1項に記載の方法。
- 前記治療が化学療法および/または放射線療法である、請求項8〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 結腸ガンを有する対象の長期生存を予測する方法であって、前記方法が:
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること;および
前記少なくとも2つの結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベル、またはそれから導出される判定スコアを、長期生存の前歴を有することを示す対照閾値と比較すること;を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記対象の長期生存を示し、それにより対象の長期生存を予測する、方法。 - 前記対照閾値が、長期生存の前歴を有する1または複数の対象由来の1つまたは複数の結腸ガン試料中の、表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子からの対応する転写産物から導出される閾値を含み;ここで長期生存の前歴を有する1または複数の対象由来の1つまたは複数の結腸ガン試料と、前記閾値の同じ側の前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記対象の長期生存を示し、それにより対象の長期生存を予測する、請求項12に記載の方法。
- 長期生存が少なくとも5年の生存を含む、請求項13に記載の方法。
- 対象において結腸ガンの再発を予測する方法であって、前記方法が:
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること;および
前記少なくとも2つの結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベル、またはそれから導出される判定スコアを、再発の前歴を示す対照閾値と比較すること;を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記対象における再発を示す、方法。 - 前記対照閾値が、再発の前歴を有する1つまたは複数の結腸ガン試料中の、表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子からの対応する転写産物から導出される閾値を含み、ここで再発の前歴が既知である1つまたは複数の結腸ガン試料と、前記閾値の同じ側の前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記対象における再発を示す、請求項15に記載の方法。
- 対象のための、個別化された結腸ガンのゲノミクスプロファイルを作製する方法であって:
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること;および
遺伝子発現解析により得たデータを要約した報告書を作成すること;を含む、方法。 - 前記対象由来の核酸が、前記対象由来の結腸直腸組織の試料から抽出したRNAおよび/または該RNAから転写されたcDNAを含む、請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試料が生検試料である、請求項18に記載の方法。
- 前記試料が、固定試料および/またはパラフィン包埋試料である、請求項18または19のいずれか1項に記載の方法。
- 前記発現レベルが、1つまたは複数の対照遺伝子に対して正規化される、請求項1〜20のいずれか1項に記載の方法。
- 前記発現レベルが、PCRおよび/またはマイクロアレイベースの方法により測定される、請求項1〜21のいずれか1項に記載の方法。
- 前記少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出することが、MUM1およびSIGMAR1転写産物の発現レベルを検出することを含む、請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 前記少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出することが、MUM1、SIGMAR1、ARSD、SULT1C2およびPPFIBP1転写産物の発現レベルを検出することを含む、請求項1〜23のいずれか1項に記載の方法。
- 前記少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出することが、ARSD、CXCL9、PCLO、SLC2A3、FCGBP、SLC2A14、SLC2A3、BCL9L、ならびにアンチセンス配列であるMUC3A、OLFM4、およびRNF39転写産物の発現レベルを検出することを含む、請求項1〜24のいずれか1項に記載の方法。
- 前記少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出することが、表1に記載される転写産物の発現レベルを検出することを含む、請求項1〜25のいずれか1項に記載の方法。
- 前記少なくとも2つの表6に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出することが、表2に記載される転写産物の発現レベルを検出することを含む、請求項1〜26のいずれか1項に記載の方法。
- 結腸ガンの遺伝子発現シグネチャーを検出するための核酸プローブであって、配列番号1〜636に記載の核酸配列またはその相補配列うちの1つと特異的にハイブリダイズ可能な、20〜40ヌクレオチド長の核酸分子を含むかまたは前記核酸分子から実質的に成る、プローブ。
- 前記プローブが標識されている、請求項28に記載の核酸プローブ。
- 前記プローブが、放射性標識、蛍光標識、ビオチン標識、酵素的標識、または化学的標識で標識されている、請求項29に記載の核酸プローブ。
- 結腸ガンの遺伝子発現シグネチャーを検出するためのプローブのセットであって、2つ以上プローブを含み、各プローブが、配列番号1〜636に記載の核酸配列またはその相補配列のうちの1つと特異的にハイブリダイズ可能な、20〜40ヌクレオチド長の核酸分子を含むかまたは前記核酸分子から実質的に成る、プローブのセット。
- 前記プローブが標識されている、請求項31に記載のプローブのセット。
- 前記プローブが、放射性標識、蛍光標識、ビオチン標識、酵素的標識、または化学的標識で標識されている、請求項32に記載のプローブのセット。
- 前記セットが、前記表6に記載される転写産物の各々に相補的な、少なくとも1つのプローブを含む、請求項31〜33のいずれか1項に記載のプローブのセット。
- 前記表6に記載される転写産物のサブセット中の各転写産物に相補的な少なくとも1つのプローブを含み、前記サブセットが、前記表6の転写産物の少なくとも1%、5%、10%、25%、50%、75%または95%を含む、請求項34に記載のプローブのセット。
- 結腸ガンの遺伝子発現シグネチャーを検出するためのデバイスであって、請求項31〜35のいずれか1項に記載のプローブのセットを含む核酸アレイを含む、デバイス。
- 結腸ガン核酸の遺伝子発現シグネチャーを増幅するためのプライマー対であって、前記プライマー対が:
配列番号1〜636に記載の核酸配列またはその相補配列のうちのいずれか1つと特異的にハイブリダイズする核酸配列を含む、15〜40ヌクレオチド長のフォワードプライマー;および
配列番号1〜636に記載の核酸配列またはその相補配列のうちのいずれか1つと特異的にハイブリダイズする核酸配列を含む、15〜40ヌクレオチド長のリバースプライマー;を含み、
ここで前記プライマーのセットが前記核酸の増幅を誘導することが出来る、プライマー対。 - 結腸ガン核酸の遺伝子発現シグネチャーを増幅するためのプライマー対のセットであって、配列番号1〜636に記載の核酸配列のうちのいずれか1つの増幅における使用に好適な、少なくとも2つのプライマー対を含む、プライマー対のセット。
- 前記プライマー対のセットが、配列番号1〜636に記載の核酸配列のサブセットの増幅における使用に好適なプライマー対を含み、前記サブセットが、前記配列番号1〜636に記載の核酸配列の少なくとも1%、5%、10%、25%、50%、75%または95%を含む、請求項38に記載のプライマー対のセット。
- 結腸ガンの予後を示す遺伝子発現プロファイルを作成する方法であって、前記方法が:
結腸ガン検体から単離されたRNAを含む試料中、1000未満の転写産物の発現レベルを検出することを含み、ここで少なくとも50の表6に記載される転写産物が検出される、方法。 - 400〜800の転写産物の発現レベルが検出される、請求項40に記載の方法。
- 500〜700の転写産物の発現レベルが検出される、請求項40または41に記載の方法。
- 少なくとも100の表6の転写産物が検出される、請求項40〜42のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも200の表6の転写産物が検出される、請求項40〜43のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも300の表6の転写産物が検出される、請求項40〜44のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも400の表6の転写産物が検出される、請求項40〜45のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも500の表6の転写産物が検出される、請求項40〜46のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも600の表6の転写産物が検出される、請求項40〜47のいずれか1項に記載の方法。
- 表6に記載されるすべての転写産物が検出される、請求項40〜48のいずれか1項に記載の方法。
- 前記表6に記載される転写産物が、前記表1に記載される転写産物を含む、請求項40〜49のいずれか1項に記載の方法。
- 前記結腸ガン検体が、ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料である、請求項40〜50のいずれか1項に記載の方法。
- 前記表6に記載される転写産物の発現レベルまたはそれから導出される判定スコアを、高リスクおよび低リスク患者集団の、対応するレベルまたはスコアに対して点数化することをさらに含む、請求項40〜51のいずれか1項に記載の方法。
- 前記患者が高リスク群であると判断された場合、アジュバント化学療法を選択することをさらに含む、請求項52に記載の方法。
- 結腸ガンの予後診断方法であって、前記方法が:
単離したRNAを含む、結腸ガン検体の遺伝子発現プロファイルを作製すること;および
低リスクまたは高リスク群において、少なくとも50の表6に記載される転写産物の発現レベルまたはそれから導出される判定スコアに基づいて検体を分類すること;
を含む方法。 - 前記遺伝子発現プロファイルにおいて、1000未満の転写産物のレベルが検出される、請求項54に記載の方法。
- 前記遺伝子発現プロファイルにおいて、800未満の転写産物のレベルが検出される、請求項54または55に記載の方法。
- 前記遺伝子発現プロファイルにおいて、700未満の転写産物のレベルが検出される、請求項54〜56のいずれか1項に記載の方法。
- 前記検体が、少なくとも100の表6の転写産物の発現レベルに基づいて分類される、請求項54〜57のいずれか1項に記載の方法。
- 前記検体が、少なくとも200の表6の転写産物の発現レベルに基づいて分類される、請求項54〜58のいずれか1項に記載の方法。
- 前記検体が、少なくとも300の表6の転写産物の発現レベルに基づいて分類される、請求項54〜59のいずれか1項に記載の方法。
- 前記検体が、少なくとも400の表6の転写産物の発現レベルに基づいて分類される、請求項54〜60のいずれか1項に記載の方法。
- 前記検体が、少なくとも500の表6の転写産物の発現レベルに基づいて分類される、請求項54〜61のいずれか1項に記載の方法。
- 前記検体が、少なくとも600の表6の転写産物の発現レベルに基づいて分類される、請求項54〜62のいずれか1項に記載の方法。
- 表6に記載されるすべての転写産物の前記発現レベルが、前記検体を分類するために使用される、請求項54〜63のいずれか1項に記載の方法。
- 前記表6に記載される転写産物が、前記表1に記載される転写産物を含む、請求項54〜64のいずれか1項に記載の方法。
- 前記結腸ガン検体が、ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料である、請求項54〜65のいずれか1項に記載の方法。
- 前記患者が高リスク群であると判断された場合、アジュバント化学療法を選択することをさらに含む、請求項54〜66のいずれか1項に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201161435922P | 2011-01-25 | 2011-01-25 | |
US61/435,922 | 2011-01-25 | ||
PCT/US2012/022594 WO2012103250A2 (en) | 2011-01-25 | 2012-01-25 | Colon cancer gene expression signatures and methods of use |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2014509189A true JP2014509189A (ja) | 2014-04-17 |
JP2014509189A5 JP2014509189A5 (ja) | 2015-03-05 |
Family
ID=46581385
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2013551314A Pending JP2014509189A (ja) | 2011-01-25 | 2012-01-25 | 結腸ガン遺伝子発現シグネチャーおよび使用方法 |
Country Status (14)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10196691B2 (ja) |
EP (1) | EP2668296B1 (ja) |
JP (1) | JP2014509189A (ja) |
KR (1) | KR20140006898A (ja) |
CN (1) | CN103403543B9 (ja) |
AU (1) | AU2012209074A1 (ja) |
BR (1) | BR112013018924A2 (ja) |
CA (1) | CA2825218A1 (ja) |
EA (1) | EA201391074A1 (ja) |
IL (1) | IL227643A0 (ja) |
MX (1) | MX2013008367A (ja) |
SG (1) | SG192108A1 (ja) |
WO (1) | WO2012103250A2 (ja) |
ZA (1) | ZA201305024B (ja) |
Families Citing this family (25)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10787701B2 (en) | 2010-04-05 | 2020-09-29 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays |
RS54482B1 (en) | 2010-04-05 | 2016-06-30 | Prognosys Biosciences, Inc. | SPATIAL CODING BIOLOGICAL TESTING |
US20190300945A1 (en) | 2010-04-05 | 2019-10-03 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially Encoded Biological Assays |
GB201106254D0 (en) | 2011-04-13 | 2011-05-25 | Frisen Jonas | Method and product |
US20130074201A1 (en) * | 2011-09-16 | 2013-03-21 | The Johns Hopkins University | Cancer-specific genetic rearrangements |
DK3511423T4 (da) * | 2012-10-17 | 2024-07-29 | Spatial Transcriptomics Ab | Fremgangsmåder og produkt til optimering af lokaliseret eller rumlig detektion af genekspression i en vævsprøve |
EP4234716A3 (en) | 2013-06-25 | 2023-12-06 | Prognosys Biosciences, Inc. | Methods for determining spatial patterns of biological targets in a sample |
US9652722B1 (en) * | 2013-12-05 | 2017-05-16 | The Mathworks, Inc. | Methods and systems for robust supervised machine learning |
AU2015216886A1 (en) * | 2014-02-17 | 2016-08-25 | F. Hoffmann-La Roche Ag | G-alpha, interacting vesicle associated protein (GIV) as a predictive marker in stage II colorectal cancer |
WO2015155765A1 (en) * | 2014-04-10 | 2015-10-15 | Bio-Marcare Technologies Ltd. | Methods and kits for identifying pre-cancerous colorectal polyps and colorectal cancer |
EP3530752B1 (en) | 2015-04-10 | 2021-03-24 | Spatial Transcriptomics AB | Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens |
CN108020672A (zh) * | 2016-11-03 | 2018-05-11 | 中国医学科学院基础医学研究所 | 检测rhbdd1蛋白的elisa方法及试剂盒 |
WO2018107023A1 (en) * | 2016-12-08 | 2018-06-14 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Metabolic profiling of fixed samples |
CN107158388B (zh) * | 2017-07-11 | 2021-03-23 | 上海市第一人民医院 | MIIP pS303阻断剂在制备抗肿瘤药物中的应用 |
SG11202006974WA (en) * | 2018-01-22 | 2020-08-28 | Liquid Biopsy Res Llc | Methods for colon cancer detection and treatment monitoring |
US20210148912A1 (en) * | 2018-04-12 | 2021-05-20 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Biomarker for detecting cancer |
JP2020028278A (ja) * | 2018-08-24 | 2020-02-27 | 国立大学法人九州大学 | 被検体に生じるイベントを予測するための判別器の生成方法、及び前記判別器を用いた被検体の層別化方法 |
CN111321220A (zh) * | 2018-12-14 | 2020-06-23 | 中国医学科学院肿瘤医院 | 用于检测直肠癌放化疗敏感性的组合物、微阵列和计算机系统 |
CN110079607B (zh) * | 2019-04-04 | 2022-08-02 | 陕西师范大学 | 一种引物组、检测血液样品种属的方法及应用 |
EP3976820A1 (en) | 2019-05-30 | 2022-04-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
CN116249785A (zh) | 2020-06-02 | 2023-06-09 | 10X基因组学有限公司 | 用于抗原-受体的空间转录组学 |
AU2021283174A1 (en) | 2020-06-02 | 2023-01-05 | 10X Genomics, Inc. | Nucleic acid library methods |
ES2981265T3 (es) | 2020-06-08 | 2024-10-08 | 10X Genomics Inc | Métodos para determinar un margen quirúrgico y métodos de uso del mismo |
CN111951883A (zh) * | 2020-08-04 | 2020-11-17 | 广东省第二人民医院(广东省卫生应急医院) | 一种特征mRNA表达谱组合及结肠癌早期预测方法 |
CN115786518A (zh) * | 2022-11-29 | 2023-03-14 | 广东医科大学附属医院 | 嗅素结构域家族蛋白4(olfm4)在结肠癌检测产品中的应用 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2009512440A (ja) * | 2005-10-21 | 2009-03-26 | ジーンニュース インコーポレーティッド | バイオマーカー産物レベルを疾患に相関させるための方法および装置 |
WO2009147537A2 (en) * | 2008-05-27 | 2009-12-10 | Dako Denmark A/S | Compositions and methods for detection of chromosomal aberrations with novel hybridization buffers |
Family Cites Families (32)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE3481060D1 (de) | 1983-09-02 | 1990-02-22 | Molecular Biosystems Inc | Oligonukleotid-polymer-tragsystem. |
CA1323293C (en) | 1987-12-11 | 1993-10-19 | Keith C. Backman | Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization |
GB8810400D0 (en) | 1988-05-03 | 1988-06-08 | Southern E | Analysing polynucleotide sequences |
WO1990001069A1 (en) | 1988-07-20 | 1990-02-08 | Segev Diagnostics, Inc. | Process for amplifying and detecting nucleic acid sequences |
US5219727A (en) | 1989-08-21 | 1993-06-15 | Hoffmann-Laroche Inc. | Quantitation of nucleic acids using the polymerase chain reaction |
US5427930A (en) | 1990-01-26 | 1995-06-27 | Abbott Laboratories | Amplification of target nucleic acids using gap filling ligase chain reaction |
US5554501A (en) | 1992-10-29 | 1996-09-10 | Beckman Instruments, Inc. | Biopolymer synthesis using surface activated biaxially oriented polypropylene |
US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
US5648211A (en) | 1994-04-18 | 1997-07-15 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification using thermophilic enzymes |
AU2360195A (en) | 1994-05-05 | 1995-11-29 | Beckman Instruments, Inc. | Oligonucleotide repeat arrays |
JP3881009B2 (ja) | 1994-07-15 | 2007-02-14 | バイオメリオ・ベー・ベー | 核酸増幅方法を改良するためのrnaポリメラーゼの使用 |
AT402203B (de) | 1995-06-13 | 1997-03-25 | Himmler Gottfried Dipl Ing Dr | Verfahren zur transkriptionsfreien amplifizierung von nucleinsäuren |
US5716784A (en) | 1996-02-05 | 1998-02-10 | The Perkin-Elmer Corporation | Fluorescence detection assay for homogeneous PCR hybridization systems |
CA2255774C (en) | 1996-05-29 | 2008-03-18 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions |
US5985567A (en) | 1997-08-15 | 1999-11-16 | Beckman Coulter, Inc. | Hybridization detection by pretreating bound single-stranded probes |
US6013789A (en) | 1998-02-20 | 2000-01-11 | Beckman Coulter, Inc. | Covalent attachment of biomolecules to derivatized polypropylene supports |
US20010055596A1 (en) | 2000-03-24 | 2001-12-27 | Meagher Madeleine Joy | Compositions and methods for therapy and diagnosis of colon cancer |
EP1534739A4 (en) * | 2002-01-18 | 2006-05-31 | Bristol Myers Squibb Co | IDENTIFICATION OF POLYNUCLEOTIDES AND POLYPEPTIDES FOR PREDICTING THE ACTIVITY OF COMPOUNDS THAT INTERACT WITH TYROSINE KINASE PROTEINS AND / OR TYROSINE KINASE PROTEIN PATHWAYS |
EP2314691A3 (en) | 2002-11-14 | 2012-01-18 | Dharmacon, Inc. | Fuctional and hyperfunctional siRNA |
US7250496B2 (en) | 2002-11-14 | 2007-07-31 | Rosetta Genomics Ltd. | Bioinformatically detectable group of novel regulatory genes and uses thereof |
EP1603514A4 (en) | 2003-01-24 | 2007-08-22 | Bayer Pharmaceuticals Corp | EXPRESSION PROFILES FOR THYROID CANCER AND APPLICATION METHOD |
WO2005054508A2 (en) | 2003-12-01 | 2005-06-16 | Ipsogen | Gene expression profiling of colon cancer by dna microarrays and correlation with survival and histoclinical parameters |
KR20070052694A (ko) | 2004-01-09 | 2007-05-22 | 더 리젠트스 오브 더 유니이버시티 오브 캘리포니아 | 유전자 발현을 위한 세포-유형-특이적 패턴 |
WO2005083128A2 (en) | 2004-02-25 | 2005-09-09 | University Of South Florida | Methods for predicting cancer outcome and gene signatures for use therein |
US20060195266A1 (en) | 2005-02-25 | 2006-08-31 | Yeatman Timothy J | Methods for predicting cancer outcome and gene signatures for use therein |
CA2569079A1 (en) | 2004-06-03 | 2005-12-15 | The Johns Hopkins University | Methods of screening for cell proliferation or neoplastic disorders |
CA2586201A1 (en) | 2004-11-03 | 2006-05-11 | Almac Diagnostics Limited | Transcriptome microarray technology and methods of using the same |
NZ593228A (en) * | 2006-01-11 | 2012-10-26 | Genomic Health Inc | Gene expression markers (inhba) for colorectal cancer prognosis |
WO2007112330A2 (en) | 2006-03-24 | 2007-10-04 | Diadexus, Inc. | Compositions and methods for detection, prognosis and treatment of colon cancer |
US20100261169A1 (en) * | 2007-01-29 | 2010-10-14 | Shira Wallach | Novel nucleotide and amino acid sequences, and methods of use thereof for diagnosis |
NZ562237A (en) | 2007-10-05 | 2011-02-25 | Pacific Edge Biotechnology Ltd | Proliferation signature and prognosis for gastrointestinal cancer |
WO2010060055A1 (en) | 2008-11-21 | 2010-05-27 | Duke University | Predicting cancer risk and treatment success |
-
2012
- 2012-01-25 MX MX2013008367A patent/MX2013008367A/es unknown
- 2012-01-25 CN CN201280010123.2A patent/CN103403543B9/zh not_active Expired - Fee Related
- 2012-01-25 SG SG2013056254A patent/SG192108A1/en unknown
- 2012-01-25 WO PCT/US2012/022594 patent/WO2012103250A2/en active Application Filing
- 2012-01-25 EP EP12739742.0A patent/EP2668296B1/en not_active Not-in-force
- 2012-01-25 AU AU2012209074A patent/AU2012209074A1/en not_active Abandoned
- 2012-01-25 EA EA201391074A patent/EA201391074A1/ru unknown
- 2012-01-25 KR KR1020137021973A patent/KR20140006898A/ko not_active Application Discontinuation
- 2012-01-25 CA CA2825218A patent/CA2825218A1/en not_active Abandoned
- 2012-01-25 BR BR112013018924A patent/BR112013018924A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2012-01-25 US US13/981,601 patent/US10196691B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2012-01-25 JP JP2013551314A patent/JP2014509189A/ja active Pending
-
2013
- 2013-07-04 ZA ZA2013/05024A patent/ZA201305024B/en unknown
- 2013-07-24 IL IL227643A patent/IL227643A0/en unknown
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2009512440A (ja) * | 2005-10-21 | 2009-03-26 | ジーンニュース インコーポレーティッド | バイオマーカー産物レベルを疾患に相関させるための方法および装置 |
WO2009147537A2 (en) * | 2008-05-27 | 2009-12-10 | Dako Denmark A/S | Compositions and methods for detection of chromosomal aberrations with novel hybridization buffers |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2012103250A3 (en) | 2012-10-11 |
US10196691B2 (en) | 2019-02-05 |
EP2668296A2 (en) | 2013-12-04 |
NZ612471A (en) | 2015-11-27 |
ZA201305024B (en) | 2014-03-26 |
KR20140006898A (ko) | 2014-01-16 |
MX2013008367A (es) | 2013-08-12 |
US20140094379A1 (en) | 2014-04-03 |
AU2012209074A1 (en) | 2013-07-11 |
CA2825218A1 (en) | 2012-08-02 |
BR112013018924A2 (pt) | 2018-05-08 |
CN103403543A (zh) | 2013-11-20 |
CN103403543B (zh) | 2016-11-09 |
WO2012103250A2 (en) | 2012-08-02 |
EP2668296A4 (en) | 2015-09-02 |
IL227643A0 (en) | 2013-09-30 |
EP2668296B1 (en) | 2018-08-15 |
SG192108A1 (en) | 2013-08-30 |
CN103403543B9 (zh) | 2017-05-17 |
EA201391074A1 (ru) | 2013-12-30 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US10196691B2 (en) | Colon cancer gene expression signatures and methods of use | |
US8440407B2 (en) | Gene expression profiles to predict relapse of prostate cancer | |
JP4938672B2 (ja) | p53の状態と遺伝子発現プロファイルとの関連性に基づき、癌を分類し、予後を予測し、そして診断する方法、システム、およびアレイ | |
US10113201B2 (en) | Methods and compositions for diagnosis of glioblastoma or a subtype thereof | |
CA2859663A1 (en) | Identification of multigene biomarkers | |
EP1996729A2 (en) | Molecular assay to predict recurrence of dukes' b colon cancer | |
EP2121988B1 (en) | Prostate cancer survival and recurrence | |
KR20180009762A (ko) | 폐암을 진단하거나 검출하기 위한 방법 및 조성물 | |
EP2665835B1 (en) | Prognostic signature for colorectal cancer recurrence | |
US20150240312A1 (en) | Copy number aberration driven endocrine response gene signature | |
WO2017223216A1 (en) | Compositions and methods for diagnosing lung cancers using gene expression profiles | |
US20120004127A1 (en) | Gene expression markers for colorectal cancer prognosis | |
WO2017210115A1 (en) | Methods of mast cell tumor prognosis and uses thereof | |
WO2014171800A1 (ko) | 조기 유방암 예후 예측 진단용 자동화 시스템 | |
US20210079479A1 (en) | Compostions and methods for diagnosing lung cancers using gene expression profiles | |
US7601532B2 (en) | Microarray for predicting the prognosis of neuroblastoma and method for predicting the prognosis of neuroblastoma | |
EP1683862B1 (en) | Microarray for assessing neuroblastoma prognosis and method of assessing neuroblastoma prognosis | |
US20150329911A1 (en) | Nucleic acid biomarkers for prostate cancer | |
WO2021003176A1 (en) | Identification of patients that will respond to chemotherapy | |
CN110079601B (zh) | 放射性相关疾病诊疗标志物及其应用 | |
NZ612471B2 (en) | Colon cancer gene expression signatures and methods of use |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150113 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20150113 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20151124 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20160223 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20160523 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20160927 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20170509 |