JP2013542431A - エルロチニブ治療のためのマーカーとしてのipp複合体 - Google Patents
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Abstract
Description
患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子からなる群から選択される1、2又は3の遺伝子の発現レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルを代表する値と、ILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の低い発現レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の発現レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の共同した発現レベルを代表する値と、ILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の共同した発現レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の共同した低い発現レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILK及びPINCH遺伝子の発現レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK及びPINCH遺伝子の共同した発現レベルを代表する値と、ILK及びPINCH遺伝子の共同した発現レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK及びPINCH遺伝子の共同した低い発現レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILK及びアルファ-パルビン遺伝子の発現レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK及びアルファ-パルビン遺伝子の共同した発現レベルを代表する値と、ILK及びアルファ-パルビン遺伝子の共同した発現レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK及びアルファ-パルビン遺伝子の共同した低い発現レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるアルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の発現レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるアルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の共同した発現レベルを代表する値と、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の共同した発現レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるアルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の共同した低い発現レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILK遺伝子の発現レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK遺伝子の共同した発現レベルを代表する値と、ILK遺伝子の発現レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK遺伝子の低い発現レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるPINCH遺伝子の発現レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるPINCH遺伝子の発現レベルを代表する値と、PINCH遺伝子の発現レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるPINCH遺伝子の低い発現レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるアルファ-パルビン遺伝子の発現レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるアルファ-パルビン遺伝子の共同した発現レベルを代表する値と、アルファ-パルビン遺伝子の発現レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるアルファ-パルビン遺伝子の低い発現レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質からなる群から選択される1、2又は3のタンパク質の活性化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の併せた又は個々の活性化レベルを代表する値と、ILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の併せた又は個々の活性化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の併せた又は個々の低い活性化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の活性化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の共同した活性化レベルを代表する値と、ILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の共同した活性化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の併せた低い活性化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILKタンパク質の活性化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILKタンパク質の活性化レベルを代表する値と、ILKタンパク質の活性化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILKタンパク質の低い活性化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるPINCHタンパク質の活性化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるPINCHタンパク質の活性化レベルを代表する値と、PINCHタンパク質の活性化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるPINCHタンパク質の低い活性化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILK及びPINCHタンパク質の活性化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK及びPINCHタンパク質の共同した活性化レベルを代表する値と、ILK及びPINCHタンパク質の共同した活性化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK及びPINCHタンパク質の共同した低い活性化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるアルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の活性化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるアルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の共同した活性化レベルを代表する値と、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の共同した活性化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるアルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の共同した低い活性化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILK及びアルファ-パルビンタンパク質の活性化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK及びアルファ-パルビンタンパク質の共同した活性化レベルを代表する値と、ILK及びアルファ-パルビンタンパク質の共同した活性化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK及びアルファ-パルビンタンパク質の共同した低い活性化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるアルファ-パルビンタンパク質の活性化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるアルファ-パルビンタンパク質の活性化レベルを代表する値と、アルファ-パルビンタンパク質の活性化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるアルファ-パルビンタンパク質の低い活性化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
患者の腫瘍試料におけるILKタンパク質のリン酸化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILKのリン酸化レベルを代表する値と、ILKのリン酸化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILKタンパク質の種々のリン酸化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示す方法に関する。
i)患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子からなる群から選択される1、2又は3の遺伝子の発現レベルを決定し、
ii)治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子からなる群から選択される1、2又は3の遺伝子の発現レベルを代表する値と、ILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子からなる群から選択される1、2又は3の遺伝子の発現レベルを比較し、
iii)ここで、患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子からなる群から選択される1、2又は3の遺伝子の低い発現レベルが、エルロチニブ塩酸塩での治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示し、
iv)患者に対する癌治療としてエルロチニブ塩酸塩治療を選択する
ことを含む、方法に関する。
i)患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質からなる群から選択される1、2又は3のタンパク質の活性化レベルを決定し、
ii)治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質からなる群から選択される1、2又は3のタンパク質の活性化レベルを代表する値と、ILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質からなる群から選択される1、2又は3のタンパク質の活性化レベルを比較し、
iii)ここで、患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質からなる群から選択される1、2又は3のタンパク質の低い活性化レベルが、エルロチニブ塩酸塩での治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示し、
iv)患者に対する癌治療としてエルロチニブ塩酸塩治療を選択する
ことを含む、方法に関する。
i)患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質からなる群から選択される1、2又は3のタンパク質の活性化レベルを決定し、
ii)ILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルを、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルの代表値と比較し、
iii)エルロチニブ塩酸塩を、ILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルが低い患者に投与する。
配列番号2はヒトアルファ-パルビンのヌクレオチド配列を示す。
配列番号3はヒトPINCHのヌクレオチド配列を示す。
H292細胞を、10%のFBS及びペニシリン/ストレプトマイシン/グルタミンが補填されたRPMI1640培地(Gibco-31870)に維持した。1・108のH292細胞のペレットを、2.5mLのバッファー(150mMのNaCl(塩化ナトリウム)、1mMのCaCl2(塩化カルシウム)、MgCl2(二塩化マグネシウム)、1%のNP40(ノニルフェノキシポリエトキシルエタノール)、完全EDTA(エチレンジアミン四酢酸)、遊離プロテアーゼ阻害剤、1mMのオルトバナデート、及び50mMのヘペス)に溶解させた。氷上で10分インキュベートした後、可溶化液を12000xg、4℃で15分遠心分離して清澄化させた。
エルロチニブ塩酸塩とゲフィチニブを化学的に変性させ、エポキシ活性化セファロース6Bビーズ(GE Healthcare)に共有結合させた。エポキシ活性化セファロース6Bへの誘導体のカップリングを、暗所で室温にて一晩、10mMの水酸化ナトリウム(NaOH)の存在下、50%のジメチルホルムアミド(DMF)/0.1Mの炭酸ナトリウム(Na2CO3)、pH11において実施した。50%のジメチルホルムアミド(DMF)/0.1Mの炭酸ナトリウム(Na2CO3)で3回洗浄した後、残存した反応基を1Mのエタノールアミンでブロックした。続いて洗浄工程を製造者の使用説明書に従って実施した。結合効率を、最大吸収波長247及び330nmでカップリング前後に化合物溶液の光学密度を比較することにより推定した。
500μgの各タンパク質を、濃度を増大させた(0、0.0856、0.2862、0.957、3.2、10.7、35.78、119.6及び400μMの最終濃度)エルロチニブ塩酸塩又はゲフィチニブと共に、回転させつつ4℃で1時間プレインキュベートした。ついで、試料を、固定化エルロチニブ塩酸塩又はゲフィチニブを伴う平衡化させたエポキシ活性化セファロースビーズと、回転させつつ4℃で3時間、混合した。ついで、溶解バッファーでビーズを3回洗浄し、最終的に100μLのSDS充填バッファーに再懸濁させ、85℃で5分沸騰させ、12000xgで5分、遠心分離した。
溶出試料を4−20%のトリスグリシンSDS-PAGE(Invitrogen, EC6025BOX)で分離させた。ゲルを40%のエタノールと10%の酢酸に1時間固定し、クーマシーブルーを使用して一晩染色した(Invitrogen LC6025)。
ゲル内消化について、Shevchenkoら(1996)の適合化プロトコルを使用した。簡潔に述べると、ゲルの各レーンを9スライスに切断し、96ウェルProxeonプレートに載せた。ついで、ゲル片をミリQ水及びアセトニトリルで洗浄し、ジチオスレイトールで還元し、ヨードアセトアミドでアルキル化した。十分に洗浄した後、小片を50ngのトリプシン(Promega,V5111)と共にインキュベートし、一晩消化させた。消化物の上清を収集し、25mMの重炭酸アンモニウムで1回交換し、続いて5%ギ酸で2回交換し、ゲル片からペプチドを抽出した。全ての上清をプールし、乾燥させ、2%のアセトニトリル、5%のギ酸に再懸濁させ、イオンスプレートラップ質量分析計(Velos LTQ-Orbitrap, Thermo Scientific)に連結したナノフロー液体クロマトグラフィー(Proxeon EASY-nLC)により分析した。ペプチド分離を、60分、アセトニトリル勾配に対して、AQUA100ミクロントラップカラムに連結したReproSil-PUR C18-AQUA 3μMカラムで実施した。
生データファイルを、SEQUESTサーチアリゴリズム27(SEQUEST バージョン27.0, 改訂12, Thermo Electron)を使用して処理した。サーチは、親イオンについては+/−10ppm、フラグメントイオンについては+/−1.0Daの質量許容差を用い、SwissProtヒトデータベース(バージョン48, 219024エントリー)に対して実施した。メチオニン(還元/酸化;+15.49949Da)は差次的修飾と考え、システインは完全にカルバミドメチル化していると考えた(+58.0133Da)。データ解析に対しては、ミス切断が一つ以下の完全なトリプシン性ペプチドのみを考慮した。それらのXCorrスコアが、それぞれ1重、2重及び3重荷電イオンについて、2.0、2.5又は3.0を超え、対応するdCnスコアが0.1より大きい場合に、ペプチドは一義的に同定されたと考えた。この報告において、少なくとも2の異なるペプチドが同定されたタンパク質のみを、定量目的でさらに処理した。
各化合物と各バンドについて独立して、それぞれのサーモ生ファイルを、Genedata RefinerMS5.2.6によってロードした:セントロイドデータを破棄してメモリ使用量を減らした。一つのみのスペクトルで生じているシグナルを除去した;試料の全てのデータ表示(=クロマトグラフ)は一般的な2D m/z-RTグリッドで与えた。適切なピーク発見パラメーターに依存するクロマトグラムアラインメントの前に、ピーク発見パラメーターを視覚的に調べた。クロマトグラムアラインメントは、見出された共通のピークに基づくクロマトグラムとトリビアルツリーアルゴリズムの間の保持時間を修正する。この操作の成功は視覚的に調べた。RTレンジ制限はクロマトグラフィーの23−52minの情報リッチ領域の外側のシグナルとデータを破棄する。クロマトグラム平均活性は、全ての入力クロマトグラムの仮想平均クロマトグラムを計算する。ノイズのレベルは、1000au閾値以下のシグナルを除去する「強度閾値」ワークフローステップにより低減される。RT及びm/z方向のピーク及びそれらの境界が見出されピーク包囲スクエアとして可視化される。スクエアは各クロマトグラムに投影され、eXtractedイオンカウント(XIC)がこれらの境界内で決定される。ピーク当たりの横1列とクロマトグラム当たりの縦1列での得られるスプレッドシートが次のワークフローステップにおけるファイルとしてセーブされる。これらのシグナル境界内に見出されるMS/MSスキャンのスキャンIDが同様にしてセーブされる。ワークフローステップ、それらのオーダーパラメーター及びステップからの診断情報(例えば、試料当たりの局所クロマトグラフィーシフトの度合い、見出されたシグナルの数)を要約するレポートが作成される。
各化合物と各バンドについて独立して、Quantileアプローチ(Smyth 2003)を使用して各試料を基準化した。RefinerMSで見出されるピークに、それぞれの測定におけるスキャンIDを介し配列情報を割り当てる。同定されなかった又はより曖昧に同定されたピークは除去される。定量情報はlog2変換される。プロセスコントロールでは、定量データがプリンシパルコンポーネント解析に供される:最初の4つのプリンシパルコンポーネントのスコアを、化合物濃度及びプロセスパラメーター、例えばゲルレーン数、LC-MSバッチID又はLC-MS実施数と相関させた。マハラノビス距離異常値は、最初の2つのプリンシパルコンポーネントのスコアに基づき推定される;95%信頼区間外の試料を異常値とみなし、さらなる解析から除外した。
ペプチドをそれらの潜在的タンパク質前駆体に割り当てる。タンパク質前駆体の見出された各組合せに、典型的には唯一のタンパク質メンバー、又はタンパク質及びそのスプライスバリアントの、別のタンパク質定量群を付与する。Irizarryら(2003)に従い、各タンパク質定量群についての相対的存在量を、基準化されlog変換されたeXtractedイオンカウント(XIC)から得、線形加算モデルに適合させる:
XICijn=μin+αjn+εijn
ここで、αjはペプチド効果、μiはタンパク質定量群のlogスケール相対的存在量、εijは平均0の独立で同一の分布に従う誤差項である。Irizarryら(2003)及びHolderら(2001)に記載されているようにして、メディアンポリッシュを使用してモデルパラメーターを確実に推定する。
ヒロツ(Hirotsu)コントラスマトリックスを、番号付けした化合物濃度(Bretzら(2001)を参照)から誘導し、最初及び最後のコントラストを除外する。調整統計TSCを各コントラスト及びタンパク質定量群から得る(Smythら(2004)を参照)。各タンパク質定量群について、TMC=最大値(TSC)を得る(Bretzら(2001)を参照)。P値を、Westfall及びYoung(1993)によって考案され、Geら(2003)に基づく1000順列を用い、ステップダウン最大T調節p値についてのアルゴリズムに基づいて得る。|T|ではなくTを選択することにより、統計の一方性に対して修正する。
可視化と任意の計算はR2.10.1(引用「R」)で実施する。
タンパク質 シグナル減少率(%)
ゲフィチニブ エルロチニブ塩酸塩
ILK 0.0 77.3
PINCH 0.0 87.7
アルファ-パルビン 0.0 79.5
H292、H441、H460及びH1299細胞を、10%の仔ウシ血清及び2mmol/LのL-グルタミンが補填されたRPMI1640培地に維持した。化合物合成、固定及びアフィニティークロマトグラフィーは上述したようにして実施した。Thermo Finnigan LCQ DecaXに連結したLCシステム(LC-Packings)で質量分析を実施した。簡潔に述べると、ペプチド抽出物(5%のアセトニトリル、0.5%の酢酸、0.012%のHFBA(ヘプタフルオロ酪酸)、1%のギ酸中)をトラップカラム(PepMapTM C18、5μm(LC-Packings)、内径5mm×300mm)に20μL/分で充填した。続いて、ペプチドを分析用カラム(Magic C18TM、5μm(Spectronex)、内径10cm×75μm)において溶媒A(5%のアセトニトリル、0.5%の酢酸、0.012%のHFBA)に移した。溶離は、8分の5から15%の溶媒B(80%(v/v)のアセトニトリル中、0.5%の酢酸、0.012%のHFBA)、65分の15から38%の溶媒B、及び25分の38から80%の溶媒Bの3ステップの線形勾配で実施した。カラム溶離液は質量分析計のESI源に直接導入した。質量分析計はポジティブイオンモードで操作し、親イオンをデータ依存方式でフラグメント化のために選択した。生のMS/MSデータを、SEQUEST(version 27)を使用してヒトSwissProtデータベースに対して探索した。パラメーターは、一つの切断ミスと1.5Daのペプチド質量許容を含んでいた。
IPPとEMTに関与するより広範囲の遺伝子との間の潜在的関連性を評価した。特に、エルロチニブに対して臨床的利益を有する患者及び有さない患者におけるそれらの発現プロファイル間の差である。全体で21の事前選択された遺伝子のうち16のみが、検出されたプローブセットで同定され、統計的に解析された。31のプローブセット(16の独特な遺伝子に対応)のなかで、臨床的利益を有する患者及び有さない患者からの腫瘍試料において、2つが統計的に有意な差次的に発現された。2つの対応する遺伝子はILKとCDH1(E-カドヘリン)であり、これらは、臨床的利益を有する患者においてそれぞれダウンレギュレート(0.93倍、p=0.011)され、アップレギュレート(1.38倍、p=0.033)されている。
EGFR結合エルロチニブ又はゲフィチニブの公的に入手可能な結晶構造pdbファイル及びアデノシン三リン酸(ATP)と複合したILKの結晶構造を結晶データベースPDB(Berman 2000)(pdbコード1M17、2ITY、3KMW;Stamos 2002;Yun 2007;Fukuda2009)からダウンロードした。3つのキナーゼ構造を、ATP結合部位を形成する残基サブセットのCα原子からの座標を使用して構造的に整列させた(EGFR番号付けに基づく残基番号691−693、701−703、719−72(19)1、751、766−772、820−823、831−832)。アラインメント及び距離測定はPyMOL可視化パッケージを用いて実施した。
H358細胞を、3、6、10及び13日間、組換え10ng/mLのTFGβ3(Peprotech, New York, NY, USA)及びエルロチニブ又はゲフィチニブ5μMで処理した。細胞培養培地は3日毎に新しくした。細胞溶解を1%のNP-40及びプロテアーゼ阻害剤を含むPBSで実施した。4℃で12000gで15分、遠心分離によって清澄化させた後、タンパク質をSDS-PAGEにより分離させ、ウエスタンブロット分析で処理した。コンパクトデジタルカメラ(Luminescent Image Analyzer: Fujifilm, Tokyo, Japan)を使用して画像を得、ImageQuant TL(GE Healthcare, Waukesha, WI, USA)を用いて定量した。
遺伝子発現プロファイルを、エルロチニブで治療(150mg/日)したステージIIIb/IVの102名のNSCLC患者からの腫瘍バイオプシー試料で測定した。腫瘍バイオプシーを、Affymetrix GeneChip Human Genome U133A 2.0 Array(Affymetrix, Santa Clara, CA, USA)を用いた遺伝子発現プロファイリングを使用して解析した。ここに記載された全ての遺伝子発現結果(倍数変化及びp値)は既に報告されている統計的解析からのものである(Tan 2010)。我々は、エルロチニブからの臨床的利益を有するか又は有さない患者の遺伝子発現プロファイル間の差異を特に調べた。EMTの転写調節又はIPP複合体に潜在的に関与している次の21のタンパク質を、対応する遺伝子及びマイクロアレイプローブセットにマッピングした:Twist,Snail[Sma1],Zeb[TCF8],Lef-1,E12/E47塩基性ループヘリックス[bHLH],Slug[Sma2],E−カドヘリン[CDH1],N-カドヘリン[CDH2],Myc,ビメンチン,カテニンベータ,カテニンデルタ,フィブロネクチン,エピモルフィン,インテグリン結合キナーゼ[ILK],Parvinアルファ,パルビンベータ,PINCH1,PINCH2,転移関連タンパク質3[MTA3],Yボックス結合タンパク質1[YB−1])。
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- エルロチニブ塩酸塩での治療に対する癌患者の応答性を予測するインビトロ方法において、
患者の腫瘍試料中におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子からなる群から選択される1、2又は3の遺伝子の発現レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルを代表する値と、ILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の低い発現レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示している方法。 - 発現レベルがマイクロアレイ技術により決定される請求項1に記載の方法。
- エルロチニブ塩酸塩での治療に対する癌患者の応答性を予測するインビトロ方法において、
患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質からなる群から選択される1、2又は3のタンパク質の活性化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の併せた又は個々の活性化レベルを代表する値と、ILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の併せた又は個々の活性化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質の併せた又は個々の低い活性化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示している方法。 - エルロチニブ塩酸塩での治療に対する癌患者の応答性を予測するインビトロ方法において、
患者の腫瘍試料におけるILKタンパク質のリン酸化レベルを決定し、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILKのリン酸化レベルを代表する値と、ILKタンパク質のリン酸化レベルを比較することを含み、ここで、患者の腫瘍試料におけるILKタンパク質の種々のリン酸化レベルが、治療から臨床的利益が引き出されるであろう患者を示している方法。 - ILK、アルファ-パルビン及びPINCHに併せて関する請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
- ILKに関する請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
- アルファ-パルビンに関する請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
- PINCHに関する請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
- 癌がNSCLCである請求項1から8のいずれか一項に記載の方法。
- 癌患者がゲフィチニブを用いた治療に応答しない請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。
- エルロチニブ塩酸塩治療に対する癌患者の応答性を予測するための、ILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子からなる群から選択される1、2又は3の遺伝子の使用。
- 癌を治療するためのエルロチニブ塩酸塩の使用であって、
i)患者の腫瘍試料におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCHタンパク質からなる群から選択される1、2又は3のタンパク質の活性化レベルを決定し、
ii)ILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルを、治療から臨床的利益が引き出されない患者集団の腫瘍におけるILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルの代表値と比較し、
iii)エルロチニブ塩酸塩を、ILK、アルファ-パルビン及びPINCH遺伝子の併せた又は個々の発現レベルが低い患者に投与する、使用。 - ILKに関する請求項11又は12に記載の使用。
- アルファ-パルビンに関する請求項11又は12に記載の使用。
- PINCHに関する請求項11又は12に記載の使用。
- 癌がNSCLCである請求項11から15のいずれか一項に記載の使用。
- 癌患者がゲフィチニブを用いた治療に応答しない請求項11から16のいずれか一項に記載の使用。
- 明細書に記載された発明。
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