JP2013541501A - 慢性リンパ性白血病（ｃｌｌ）のバイオマーカー - Google Patents

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Abstract

本発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）のバイオマーカーを説明する。特に、本発明は、ＣＬＬにおける患者の選択のためのバイオマーカーとして、並びに治療的処置の方法、製造品およびそれらを製造するための方法、診断キット、及びこれに関連する広告の方法としてのｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及び／又はＰＩ３Ｋに関係する。

Description

関連出願
この出願は、２０１０年８月３日に出願された米国仮出願番号６１／３７０４０３、及び２０１１年２月７日に出願された米国仮出願番号６１／４４０１６２に対して、米国特許法第１１９条の下で優先権を主張し、その内容は参照することによりその全体が援用される。
発明の分野
本発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）のバイオマーカーに関するものである。特に、本発明は、ＣＬＬにおける患者の選択のためのバイオマーカーとして、並びに治療的処置の方法、製造品およびそれらを製造するための方法、診断キット、及びこれに関連する広告の方法としてのｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋに関係する。
背景
慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）は西欧世界における成人白血病の最も一般的な形態である。他の多くのＢ細胞悪性腫瘍に類似し、ＣＬＬは、ＣＤ２０表面抗原の発現によって特徴付けられ、それによって、抗ＣＤ２０治療により対象とすることができる。リツキシマブ、モノクローナルキメラ抗ＣＤ２０抗体は、濾胞性ＮＨＬ患者(Marcus et al., J Clin Oncol. 26:4579-4586 (2008); Hiddemann et al., Blood 106:3725-3732 (2005))、及びびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫患者（ＤＬＢＣＬ）(Coiffier et al., N. Engl J. Med. 346:235-242 (2002); Feugier et al., J Clin Oncol. 23(18):4117-4126 (2005))に対して、無増悪生存（ＰＦＳ）および全生存（ＯＳ）に関して有意な効果を実証している。更に、化学療法単独と比較して、リツキシマブによる化学免疫療法はまた、未治療及び再発／難治性の患者でＣＬＬにおけるＰＦＳを延長することが(Hallek et al., Blood, ASH Annual Meeting Abstract, 112: 325 (2008); Robak et al., Blood, ASH Annual Meeting Abstracts, 112:lba-1 (2008))、及び更に最近では全生存の延長(Hallek et al., Blood, ASH Annual Meeting Abstracts, 114: Abstract 535 (2009))が示されている。
リツキシマブがＢ細胞をクリアする作用機序は、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）(Golay et al., Blood 95(12):3900-3908 (2000))、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）(Golay et al., Blood 95(12):3900-3908 (2000); Harjunpaa et al., Scand J Immunol. 51(6):634-641(2000)) 及び直接的なアポトーシス促進性作用 (Hofmeister et al., Blood Cells Mol Dis. 6(2):133-143 (2000))が含まれる。
抗ＣＤ２０抗体リツキシマブの作用機序に関する知識にもかかわらず、ＣＤ２０抗体に基づく治療に対する応答又は抵抗を予測するであろう疾患又は関連する宿主因子についての知識の不足が依然として存在する。ＣＬＬにおいて、病気の予後に影響を与えることが実証されている数多くの要因が公開されている。これらの要因は、細胞遺伝学的ならびに分子異常、ＩｇＶＨ遺伝子座の変異状態、ＺＡＰ７０及びＣＤ３８発現及び多くを含んでいる (Moreno and Monserrat Blood Reviews 22:211-219 (2008)に総説される)。
しかしながら、これらのマーカーのいずれも、ＣＬＬにおける抗ＣＤ２０抗体に基づいた治療について、今日まで真の予測的有意性を示していない。加えて、他のＮＨＬ実体における作用機序に連関しているＦｃγ受容体遺伝子多型(Cartron et al., Blood 99(3):754-758 (2002); Weng and Levy, J Clin Oncol. 21(21):3940-7 (2003)) は、ＣＬＬにおいて抗ＣＤ２０基づいた治療の結果に影響を及ぼすことが示されていない(Farag et al., Blood 103:1472-1474 (2004); Dornan et al., Blood (ASH Annual Meeting Abstracts) 114: 2338 (2009))。
本研究の目的は、標準的な化学療法（フルダラビン／シクロホスファミド、ＦＣ）又はＦＣ＋リツキシマブ（Ｒ−ＦＣ）何れかで治療した対照無作為化試験内で治療を受けた患者の大規模なコホートで予測バイオマーカーを発見し、臨床転帰にゲノムデータを関連付けるることであった。
マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、ｍＲＮＡの安定性及び翻訳に影響を与えることによって、多細胞生物における遺伝子発現の転写後調節に関与する短い（１７から２７ヌクレオチド）の非翻訳領域ＲＮＡである。ｍｉＲＮＡは標的ｍＲＮＡに結合して、翻訳を阻害するかあるいはそれらの分解を促進することができ、それによって生物学的プロセスに影響を与える。ｍｉＲＮＡ１５１３ｐはＰＴＫ２のイントロンである８番染色体上で発見されたマイクロＲＮＡである。ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐに関する出版物は次のとおりである：Fulci et al. Genes, Chromosomes & Cancer 48 (12): 1069-1082 (2009); Agirre et al. Mol. Cancer Res. 6 (12): 1830-1840 (2008); Ding et al. Nat. Cell Biol. 12(4): 390-399 (2010); Kawahara et al. EMBO 8(8): 763-769 (2007)。
Visone et al. Blood 114(18): 3872-3879 (2009)は、ＣＬＬにおける核型特異的なｍｉＲＮＡのサインに関する。
本明細書における本発明は、ＣＬＬにおける治療に対する応答を予測するバイオマーカー、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ，ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ，ＰＴＫ２，及びＰＩ３Ｋの同定に関連する。
第一の実施態様よれば、本発明は、慢性リンパ性白血病（CLL）の患者を治療するための方法に関係し、その患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ、及びＰＴＫ２から選択される１つ又は複数のバイオマーカーの上昇量を有することを見出されている場合、ＣＬＬ医薬の治療的有効量を投与することを含む。そのような慢性リンパ性白血病の医薬の例は次のとおりである：
−ＦＡＫシグナル伝達及び／又は同型接着を誘導するＣＬＬ医薬；
−ＣＤ２０抗体、例えば、ヒト化抗体、ヒト抗体、又はキメラ抗ＣＤ２０抗体などのＢ細胞アンタゴニスト
−Ｉ型抗ＣＤ２０抗体
−ＩＩ型抗ＣＤ２０抗体
−リツキシマブ、オファツムマブ、ＧＡ１０１、ＳＢＩ−０８７、ベルツズマブ及びＡＭＥ−１３３などの抗ＣＤ２０抗体。
その他の実施態様において、本発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法を提供し、その患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ、及びＰＴＫ２から選択される１つ又は複数のバイオマーカーの上昇量を有することを見出されている場合、リツキシマブ、フルダラビン及びシクロホスファミドの組み合わせの治療的有効量を患者に投与することを含む。
加えて、本発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法を提供し、その患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ、及びＰＴＫ２から選択される１つ又は複数のバイオマーカーの減少量を有することを見出されている場合、リツキシマブ以外のＣＬＬ医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む。
本発明はまた、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者のための治療を選択するための方法に関し、患者由来のサンプルにおいて、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択されたバイオマーカーの発現を決定し、かつバイオマーカーの発現のレベルに基づいて、ＣＬＬの医薬を選択することを含む。一実施態様において、癌サンプルが、高レベルでバイオマーカーを発現している場合、患者は、ＣＬＬ医薬（例えば、ＦＡＫシグナル伝達又は同型接着を誘導するもの、又はＣＤ２０抗体などのＢ細胞アンタゴニストであるもの）による治療のために選択される。その他の実施態様において、患者は、癌サンプルが低レベルでバイオマーカーを発現している場合、リツキシマブ以外のＣＬＬ医薬による治療のために選択される。
本発明はまた、ＣＬＬ患者由来のサンプルにおいて、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択されるバイオマーカーの発現を決定するための１つ又は複数の試薬を含む診断キットを提供する。
本発明はまた、薬学的に許容される担体中ＣＬＬ医薬、及びＣＬＬ薬剤がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択される１つ又は複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物を、一緒にパッケージ化されて含む製造品に関する。
関連した態様において、本発明は、ＣＬＬ医薬を含む薬学的組成物及び、薬学的組成物がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択される１つ又は複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者を治療するためであることを示すパッケージ挿入物をパッケージの中で組み合わせることを含む製造品を製造するための方法に関する。
更に、本発明は、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択される１つ又は複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者を治療するためのＣＬＬ医薬の使用をターゲット層に対して宣伝することを含む、ＣＬＬ医薬の広告をするための方法に関する。
その他の態様において、本発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法に関係し、その患者が減少したＰＩ３Ｋバイオマーカーを有することを見出されている場合、ＣＬＬ医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む。
更に、本発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法を提供し、その患者が減少したＰＩ３Ｋバイオマーカーを有することを見出されている場合、リツキシマブ、フルダラビン及びシクロホスファミドの組み合わせの治療的有効量を患者に投与することを含む。
更に、患者が上昇したＰＩ３Ｋバイオマーカーを有することを見出されている場合、リツキシマブ以外のＣＬＬ医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法が提供される。
図１Ａは、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐの発現（アレイベース）及び治療に関する無増悪生存（ＰＦＳ）を示す。 図１Ｂは、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐの発現（定量的リアルタイム（ｑＲＴ−）ＰＣＲベース）及び治療に関するＰＦＳを示す。 図２Ａは、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの発現（アレイベース）及び治療に関するＰＦＳを示す。 図２Ｂは、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの発現（定量的リアルタイム（ｑＲＴ−）ＰＣＲベース）及び治療に関するＰＦＳを示す。 図３は、治療及びＰＴＫ２発現に関してＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ７エクソン１．０ＳＴ ＰＦＳを示す。 図４は、治療及びＰＴＫ２発現に関してＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ７ Ｕ１３３＋２ ＰＦＳを示す。 図５は、治療及びＰＴＫ２発現に関して定量的リアルタイムＰＣＲ：ＰＦＳを示す。 図６は、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐによる３’ＵＴＲｓの標的化を示す。方法に記載したように、ＨｅＬａ細胞をｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ又はＮＴＣでトランスフェクトした。ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐによる各コンストラクトの抑制がＮＴＣに正規化された。データは３つの生物学的複製から派生している。統計的有意性は、両側スチューデントのｔ検定によって決定された。＊＊Ｐ＜０．０１，＊Ｐ＜０．０５． 図７は、治療及びＰＩＫ３Ｒ３の発現により階層化した患者におけるＰＦＳを示す（高：＞＝中央値＝４；低い：＜４）。 図８Ａから８ＣはＰＩＫ３Ｒ３発現についての転帰の関連性を示す：ＰＩＫ３Ｒ３発現サブグループのＦＣＲ対ＦＣの治療効果（図８Ａ）；ＦＣ群におけるＰＩＫ３Ｒ３発現の予後効果（図８Ｂ）；ＦＣＲ群におけるＰＩＫ３Ｒ３発現の効果（図８Ｃ）。マーカーのカットオフは、指定された四分位で、又は連続変数としてＰＩＫ３Ｒ３発現を指す。
本発明の実施態様の詳細な記述
Ｉ．定義
「慢性リンパ性白血病」又は「ＣＬＬ」は白血球（リンパ球）の癌を指す。本明細書におけるＣＬＬの例は、「一次」又は「未治療」のＣＬＬ（すなわち、ＣＬＬ患者はＣＬＬを治療するための前治療を受けていない場合）、「以前に治療されたＣＬＬ」（ＣＬＬ患者はＣＬＬの以前の治療を受けている場合）、「難治性」ＣＬＬ（患者がＣＬＬの治療に抵抗性である場合）、「再発性ＣＬＬ」（患者はＣＬＬの前治療後に再発した場合）を含む。
ここでは、患者はヒト患者である。患者はＣＬＬ患者、すなわち、ＣＬＬの一以上の症状に罹患しているか又は罹患するリスクにある者であり得る更に、患者は以前に治療されたＣＬＬ患者であり得る。
本明細書における目的のために、「以前に治療された」ＣＬＬ患者は、前にＣＬＬ治療、クロラムブシル（プレドニゾロン／プレドニゾンと共に又は無しで）、フルダラビン（又は他のヌクレオシドアナログ）、及び／又はアルキル化剤（ａｌｋｙａｌｔｏｒ）を含有する併用レジメンを含むそうした治療を受けている。このような以前に治療されたＣＬＬ患者は、場合によっては以前のアルキル化剤に感受性か又は不応性であるが、フルダラビンに対しては好ましくは感受性である（例えば６ヵ月以上持続した応答を実現する）。
「難治性」ＣＬＬは、化学療法剤などの抗腫瘍剤によってさえも進行するが、ＣＬＬ患者に投与されている。難治性癌の例は、ヌクレオシドアナログ（例えばフルダラビン）、シクロホスファミド；フルダラビン及びシクロホスファミド（ＦＣ）；クロラムブシル；プレドニゾン又はプレドニゾロン；シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロン（ＣＨＯＰ）、又はシクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロン（ＣＶＰ）を含むアルキル化剤含有併用療法；アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ）；等のうちの任意の１つ又は複数に不応性であるものである。
「ＣＬＬ医薬」はＣＬＬの治療に有効な薬剤である。ＣＬＬ薬剤の例は、下記の化学療法剤及び化学療法レジメンを含んでいる；例えばＣＤ２０抗体（例えば、リツキシマブ又はオファツムマブなど）、ＣＤ２２抗体、及びＣＤ７９ｂ抗体のようなＢ細胞アンタゴニスト；静脈内投与免疫グロブリン；ＣＤ５２抗体（例えばアレムツズマブ）；アルキル化剤（例えば、クロラムブシル、ベンダムスチン、又はシクロホスファミド）；ヌクレオシド類似体又は代謝拮抗薬（例えばフルダラビン）、フルダラビン及びシクロホスファミド（ＦＣ）；プレドニゾン又はプレドニゾロン；シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロン（ＣＨＯＰ）、又はシクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロン（ＣＶＰ）等を含むアルキル化剤含有併用療法。一実施態様では、ＣＬＬ医薬はＦＡＫシグナル伝達及び／又はホモタイプ凝集を誘導する。
「ＦＡＫシグナル伝達」は、Ｓｒｃキナーゼ、成長因子受容体結合タンパク質２アダプタータンパク質（Ｇｒｂ２）、及び／又は、ＦＡＫ活性化によるＲａｓ／マイトジェン活性化プロテインキナーゼ経路など、下流のシグナル伝達分子の活性化を含むＦＡＫの上方制御または活性化（例えばＦＡＫのＴｙｒ３９７のリン酸化を介して）を指す。ＦＡＫシグナル伝達を誘導するＣＬＬ医薬又はＢ細胞体アンタゴニスト（例えばＣＤ２０抗体）を同定するための方法がAltomonte et al. J. Cell. Physiol 200: 272-274 (2004)に記載されている。
「同型アドヘシン」又は「ホモタイプ凝集」は互いに同じ細胞の結合及び相互作用を指す。ホモタイプ凝集を誘導する、ＣＬＬ医薬又はＢ細胞アンタゴニスト（例えばＣＤ２０抗体）を同定するための方法は、Ivanov et al. J. Clin. Invest. 119(8): 2143-2159 (2009) or Altomonte et al. J. Cell. Physiol 200: 272-274 (2004)に記載されるように評価することができる。
本明細書で用いられる「バイオマーカー」又は「マーカー」なる用語は一般的に、遺伝子、ｍＲＮＡ、タンパク質、糖質構造又は糖脂質を含む分子を指し、組織内又は組織上、又は細胞内又は細胞上、又は分泌内又は分泌上でのその発現は既知の方法（又はここで開示される方法）で検出することができ、かつ細胞、組織又は治療レジメンに対する患者の応答性に対して予測的であるか又は予測する（又は予測を補助する）ことに用いることができる。特に関心のあるバイオマーカーは、本明細書で、ＰＴＫ２，ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ，及びｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐである。
本明細書において使用される「タンパク質−チロシンキナーゼ２」又は「ＰＴＫ２」は接着斑キナーゼ１（ＦＡＤＫ１）としても知られているヒトのタンパク質チロシンキナーゼ２（ＰＴＫ２）を指す。本明細書における目的のため、「ＰＴＫ２」は、ＰＴＫ２をコードするＤＮＡまたはｍＲＮＡ、並びにサンプル中においてＰＴＫ２の検出を容易にする断片またはこれらのいずれかの部分を含むコード化されたＰＴＫ２タンパク質を指す。ＰＴＫ２配列はで公的に入手可能である：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=Graphics&list_uids=5747, 又は
http://www.uniprot.org/uniprot/Q05397.
ＰＴＫ２は、ＦＡＫ；ＦＡＤＫ；ＦＡＫ１；ＦＲＮＫ；ｐｐ１２５ＦＡＫ；ＰＴＫ２としても知られる。ＰＴＫ２遺伝子は、細胞外マトリックス成分の存在下で増殖している細胞の間に形成する接着斑に集中して発見された細胞質タンパク質チロシンキナーゼをコード化する。コード化されたタンパク質は、タンパク質チロシンキナーゼの焦点接着キナーゼ（ＦＡＫ）サブファミリーのメンバーであるが、他のサブファミリーからのキナーゼと有意な配列類似性を欠いている。この遺伝子の活性化は、特定の神経ペプチドに応答して、又は細胞外マトリックスと細胞の相互作用に応答してトリガーされる細胞内シグナル伝達経路及び細胞増殖における重要な初期段階であり得る。４つの異なるアイソフォームをコードする少なくとも４つの転写変異体が、この遺伝子について発見されているが、それらの２つだけが全長の性質が決定されている。本明細書の用語「ＰＴＫ２」は、アイソフォーム１、２、３及び４（Ｑ０５３９７−１、−２、−３、及び−４のそれぞれ）を含む、それらのアイソフォームが含まれる。ＰＴＫ２のＤＮＡ、ｍＲＮＡ及び／又はタンパク質は、本発明に従って評価することができる。
「ホスホイノシチド３−キナーゼ」及び「ＰＩ３Ｋ」は、そのサブユニットを含むヒトのホスホイノシチド３−キナーゼを指す。ＰＩ３Ｋははホスホイノシチドのイノシトール環の３’ＯＨをリン酸化することができる脂質キナーゼである。本明細書中でＰＩ３Ｋは、クラスＩ（クラスＩＡ及びクラス１Ｂを含む）、クラスＩＩ、及びクラスＩＩＩのＰＩ３Ｋを含む。一実施態様において、ＰＩ３Ｋは、クラスＩ ＰＩ３Ｋであり、任意で、ＰＩ３Ｋは、調節サブユニット３（ＰＩＫ３Ｒ３）など、その調節サブユニットを含む。本明細書における目的のため、ＰＩ３Ｋ（及び同義語）は、ＰＩ３ＫをコードするＤＮＡ又はｍＲＮＡ、又はＰＩ３Ｋタンパク質（ＰＩ３Ｋのサブユニットを含む）、並びにサンプル中でＰＩ３Ｋの検出を容易する断片又はこれらの何れかの部分を指す。ＰＩ３ＫのＤＮＡ、ｍＲＮＡ及び／又はタンパク質、並びにＰＩ３Ｋの活性化は、本発明に従って評価することができる。従って、「ＰＩ３Ｋバイオマーカー減少」とは、ＰＩ３Ｋバイオマーカーの量及び／又は活性の減少を、及び「ＰＩ３Ｋバイオマーカー上昇」とは、ＰＩ３Ｋバイオマーカーの量及び／又は活性の増加を指す。
「ホスホイノシチド−３−キナーゼ、調節サブユニット３（γ）」、「ＰＩＫ３Ｒ３」、及び「Ｐ５５−γ」は、ＰＩ３Ｋ触媒サブユニット（１１０ｋＤａ）と相互作用することができるＰＩ３Ｋのヒト調節サブユニット３を指す。例えば、Dey et al. Gene 209(1-2):175-83 (1998), Ingham et al. J. Biol. Chem. 276(15): 12257-65 (2001), 及びUniProtKB/Swiss-Prot: P55G HUMAN.Q92569を参照。ＰＩＫ３Ｒ３アイソフォームは、この定義に明確に含まれる。本明細書における目的のため、ＰＩＫ３Ｒ３（及び同義語）は、ＰＩＫ３Ｒ３をコードするＤＮＡ又はｍＲＮＡ、又はＰＩＫ３Ｒ３タンパク質（ＰＩ３Ｋのサブユニットを含む）、並びにサンプル中でＰＩＫ３Ｒ３の検出を容易する断片又はこれらの何れかの部分を指す。ＰＩＫ３Ｒ３のＤＮＡ、ｍＲＮＡ及び／又はタンパク質、及び／又はＰＩＫ３Ｒ３活性化（又はＰＩ３Ｋを含むＰＩＫ３Ｒ３の活性化）は、本発明に従って評価することができる。
「マイクロＲＮＡ」又は「ｍｉＲＮＡ」は、ｍＲＮＡの安定性及び翻訳に影響を与えることによって、多細胞生物における遺伝子発現の転写後調節に関与する短い（一般的に約１７から３０ヌクレオチド）の非翻訳領域ＲＮＡである。
「ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ」は本明細書において次の配列を含むｍｉＲＮＡを指す。ＣＵＡＧＡＣＵＧＡＡＧＣＵＣＣＵＵＧＡＧＧ（配列番号１）また次を参照：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/442893及び http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000809. ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐはＰＴＫに対するイントロンでありＰＴＫと共発現される。本明細書における目的のため、該用語は、サンプル中でｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの検出を容易にする断片又はその部分を含むＤＮＡ又はｍＲＮＡを含む。
「ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ」は本明細書において次の配列を含むＲＮＡを指す。ＧＡＡＵＧＵＵＧＣＵＣＧＧＵＧＡＡＣＣＣＣＵ（配列番号２）また次も参照：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/574413 又はhttp://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0001735. 本明細書における目的のため、該用語は、サンプル中でｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの検出を容易にする断片又はその部分を含むＤＮＡ又はｍＲＮＡを含む。
「患者のサンプル」により、ＣＬＬ患者から得た類似細胞の収集物を意味する。組織又は細胞サンプルの起源は、新鮮な、冷凍された、及び／又は保存された臓器又は組織サンプル、又は生検又は吸引からの固形組織、血液又は任意の血液成分、脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液、被検体の妊娠期間又は発育の任意の時期に由来する細胞であり得る。組織サンプルは、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などが含まれる場合がある。腫瘍サンプルの例は、限定されないが、腫瘍生検、循環性腫瘍細胞、血清又は血漿、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、循環性血漿タンパク質、腹水、腫瘍に由来するか又は腫瘍のような特性を呈する細胞株又は初代細胞培養物、並びに、ホルマリン固定腫瘍サンプル、パラフィン包埋腫瘍サンプル又は凍結腫瘍サンプルなどの保存された腫瘍サンプルを含む。一実施態様において、サンプルは、ＣＤ１９に富むＰＢＭＣを含む末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含んでいた。
医薬による処置に対する患者の「効果的な応答」又は患者の「応答性」及び類似した表現は、医薬の投与によってＣＬＬに罹患しているか又はＣＬＬのリスクにある患者に与えられる臨床的又は治療的利益を指す。このような利点は、生存（全生存および無増悪生存を含む）を延長すること；客観的奏効（完全寛解又は部分寛解を含む）をもたらすこと；又はＣＬＬの徴候又は症状を改善するなどのいずれか１つ以上を含む。一実施態様において、バイオマーカーは、同じレベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、医薬で処理したときに大きな無増悪生存（ＰＦＳ）を有することが期待されている患者を特定するのに使用される。本明細書においてバイオマーカーの発現率は、そのような効果的な応答を効果的に予測したり、又は高感度に予測する。
「生存」は、生存している患者を指し、全生存並びに無増悪生存を含む。
「全生存」は、診断又は治療の時から例えば１年、５年などの定められた期間において生存している患者を指す。
「無増悪生存」とは、癌の進行又は悪化することなく、患者が生き残っていることを言う。
「延長生存」とは、未処置の患者と比較して（すなわち、医薬で処置されていない患者と比較して）、又は指定レベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、及び／又は承認された抗腫瘍薬（フルダラビンとシクロホスファミド、ＦＣの化学療法レジメンなど）で処置された患者と比較して、処置された患者における全生存又は無増悪生存の増加を意味する。
「客観的反応」とは、完全寛解（ＣＲ）又は部分寛解（ＰＲ）を含めて、測定可能な反応を意味する。
「完全寛解」又は「ＣＲ」は、治療に反応して癌の全ての徴候の消失を目的としている。これは、常に癌が治癒されたという意味ではない。
「部分寛解」又は「ＰＲ」は、治療に応答して、１つ以上の腫瘍又は病変の大きさの減少、又は体内でのがんの程度の低下を指す。
ＣＬＬ患者に対する臨床的利益の増大に関連したバイオマーカーの「量」又は「レベル」は、生物学的サンプル中の検出可能なレベルである。これらは、当業者に知られており、また、本発明によって開示された方法により測定することができる。評価するのバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療に対する反応を決定するために使用することができる。
「発現のレベル」又は「発現レベル」なる用語は、交換可能に使用され、一般に、生物学的試料中のポリヌクレオチド、ｍＲＮＡ、又はアミノ酸生成物又はタンパク質の量を指す。「発現」は、一般に、遺伝子コード情報が、細胞中に存在し操作する構造に変換されるプロセスを意味する。従って、本発明によれば、遺伝子の「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、又はタンパク質の翻訳後修飾を意味しうる。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、又は翻訳後修飾されたタンパク質の断片はまた、選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来するか、又は例えばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングに由来しようが、発現したとみなされる。「発現した遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、ついでタンパク質に翻訳されたもの、及びＲＮＡに転写はされたが、タンパク質には翻訳されていないもの（例えば、ｍｉＲＮＡ）が含まれる。
バイオマーカーのレベルの「上昇した」又は「高い」量は、患者集団における、例えば、ＣＬＬの患者の集団における、又はＣＬＬの患者の亜集団（例えば以前に治療された患者）におけるバイオマーカーの量の中央値以上である量を指す。例えば、その量は、５０％から約１００％、例えば約７５〜１００％のパーセンタイル範囲内であり得る。
バイオマーカーのレベルの「減少した」又は「低い」量は、患者集団におけるバイオマーカーの量の中央値未満である量を指す。例えば、その量は、０％から約４９％、例えば約０〜２５％のパーセンタイル範囲内であり得る。
本明細書中で使用されるときの「の発現に基づいて」という言い回しは、本明細書における一以上のバイオマーカー発現レベルに関する情報は、治療法の決定、パッケージ挿入物に提供された情報、又はマーケティング／宣伝指針などを通知するために使用されることを意味する。バイオマーカーの発現が上昇した場合には、患者は、Ｂ細胞アンタゴニストなどのＣＬＬ医薬、例えばツキシマブなどのＣＤ２０抗体で治療され得る。バイオマーカーの発現レベルの減少の場合には、患者は、リツキシマブ以外（又は抗ＣＤ２０抗体以外）のＣＬＬ医薬で治療することができる。
「Ｂ細胞表面マーカー」または「Ｂ細胞表面抗原」は、本明細書中では、それと結合するアンタゴニストで標的化され得るＢ細胞の表面で発現される抗原である。Ｂ細胞表面マーカーの例としては、ＣＤ１０、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ５３、ＣＤ７２、ＣＤ７３、ＣＤ７４、ＣＤｗ７５、ＣＤｗ７６、ＣＤ７７、ＣＤｗ７８、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ８１、ＣＤ８２、ＣＤ８３、ＣＤｗ８４、ＣＤ８５およびＣＤ８６白血球表面マーカーが挙げられる(説明に関しては、The Leukocyte Antigen Facts Book, 2nd Edition. 1997, ed. Barclay et al. Academic Press, Harcourt Brace & Co., New York参照)。他のＢ細胞表面マーカーとしては、ＲＰ１０５、ＦｃＲＨ２、Ｂ細胞 ＣＲ２、ＣＣＲ６、Ｐ２Ｘ５、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＣＸＣＲ５、ＦＣＥＲ２、ＢＲ３、ＢＡＦＦ、ＢＬｙＳ、Ｂｔｉｇ、ＮＡＧ１４、ＳＬＧＣ１６２７０、ＦｃＲＨ１、ＩＲＴＡ２、ＡＴＷＤ５７８、ＦｃＲＨ３、ＩＲＴＡ１、ＦｃＲＨ６、ＢＣＭＡおよび２３９２８７が挙げられる。一実施態様において、Ｂ細胞表面マーカーはＣＤ２０，ＣＤ２２，又はＣＤ７９ｂである。
「ＣＤ２０」抗原又は「ＣＤ２０」は、末梢血又はリンパ系器官由来のＢ細胞の９０％以上の表面に見られる約３５ｋＤａの非グリコシル化リンタンパク質である。ＣＤ２０は、正常Ｂ細胞並びに悪性Ｂ細胞上の両方に存在しているが、幹細胞には発現していない。文献中ではＣＤ２０の他の名称には「Ｂリンパ球限定抗原」及び「Ｂｐ３５」が含まれている。ＣＤ２０抗原は、例えば、Clark et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 82:1766 (1985)に記述されている。
「Ｂ細胞アンタゴニスト」は、Ｂ細胞表面マーカー又はＢ細胞特異的生存因子又は増殖因子に結合することによって、哺乳動物においてＢ細胞を破壊し又は枯渇させ、及び／又はＢ細胞の生存及び／又は１つまたは複数のＢ細胞機能を、例えばＢ細胞によって誘発された体液性応答を低減又は防止することにより妨げる分子である。アンタゴニストは、好ましくはそれで治療された哺乳動物においてＢ細胞を枯渇する（すなわちＢ細胞の循環レベルを下げる）ことができる。このような枯渇は、ＡＤＣＣ及び／又はＣＤＣ、Ｂ細胞増殖又はＢ細胞の直接溶解の阻害、及び／又はＢ細胞死の誘導（例えばアポトーシスを介して）など、様々な機構を介して達成することができる。アンタゴニストはアポトーシスについては当技術分野で公知の種々の方法により、及び枯渇、及びＢ細胞の増殖及び成長の遅延又は停止又はＢ細胞の生存については他の測定によりスクリーニングすることができる。
「Ｂ細胞表面マーカーに結合する抗体」又は「Ｂ細胞表面マーカーに対する抗体」とは、Ｂ細胞表面マーカーに結合することによって、哺乳動物のＢ細胞を破壊又は枯渇させるか、及び／又は１つまたは複数のＢ細胞機能を、例えばＢ細胞によって誘発された体液性応答を低減または防止することにより妨害する分子である。抗体は、好ましくはそれで治療された哺乳動物においてＢ細胞を枯渇する（すなわちＢ細胞の循環レベルを下げる）ことができる。このような枯渇は、例えば抗体依存性細胞媒介性細胞障害（ＡＤＣＣ）及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、Ｂ細胞増殖の阻害、及び／又はＢ細胞死の誘導（例えば、アポトーシスを介して）など様々な機構を介して達成することができる。一実施態様において、抗体は、ヒトＣＤ２０に結合する抗体である。
抗ＣＤ２０抗体の例としては、リツキシマブなどキメラ抗ＣＤ２０抗体（下記参照）；オファツムマブなどのヒト抗ＣＤ２０抗体（Ｇｅｎｍａｂ，Ｄｅｎｍａｒｋにより販売；また、Glennie and van de Winkel, Drug Discovery Today 8: 503-510 (2003);Cragg et al., Blood 101: 1045-1052 (2003); 国際公開第２００４／０３５６０７号；及び国際公開第２００５／１０３０８1号);ヒト化２Ｈ７（下記参照）又はベルツズマブ（ｈＡ２０）としてのヒト化抗ＣＤ２０抗体(Goldenberg et al. Blood 113(5): 1062-1070 (2009)); 小分子免疫薬剤（Small Modular ImmunoPharmaceutical (SMIP)）又はＳＢＩ−０８７など一本鎖抗体；Ｂｉｏｇｅｎ Ｉｄｅｃ社から市販されている「Ｙ２Ｂ８」又は「イブリツモマブ・チウキセタン」（ゼバリン（登録商標））と命名されているイットリウム−［９０］標識２Ｂ８マウス抗体（例えば米国特許第５７３６１３７号；１９９３年６月２２日に受託番号ＨＢ１１３８８でＡＴＣＣに寄託された２Ｂ８；Ｃｏｒｉｘａから市販されている「１３１Ｉ−Ｂ１」又は「ヨウ素Ｉ１３１トシツモマブ」抗体を産生するために１３１Ｉで標識されていてもよい「トシツモマブ」とも呼ばれるマウスＩｇＧ２ａ「Ｂ１」（ＢＥＸＸＡＲＴＭ）（例えば、米国特許第５５９５７２１号も参照）；マウスモノクローナル抗体「１Ｆ５」（例えばPress等 Blood 69(2):584-591 (1987)及び「パッチフレームワーク」を含むその変異体又はヒト化１Ｆ５（例えば国際公開第２００３／００２６０７, Leung, S.；ＡＴＣＣ寄託ＨＢ−９６４５０）；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（Shitara等）に記載されたＦｃ領域に結合した複合Ｎ-グリコシド結合糖鎖を有する抗体；国際公開第２００６／１０６９５９号(Numazaki等, Biomedics Inc.)に記載されたＣＤ２０抗原の細胞外エピトープに対して高い結合親和性を有するキメラ化又はヒト化モノクローナル抗体；ＣＤ２０に結合するモノクローナル抗体及び抗原結合断片 (例えば国際公開第２００５／０００９０１号,Tedder等)、例えばＨＢ２０−３、ＨＢ２０−４、ＨＢ２０−２５、及びＭＢ２０−１１；限定しないがＴＲＵ−０１５を含むＣＤ２０に結合する単鎖タンパク質(例えば、米国特許出願公開第２００５／０１８６２１６号(Ledbetter及びHayden-Ledbetter)；米国特許出願公開第２００５／０２０２５３４号(Hayden-Ledbetter及びLedbetter)；例えば国際公開第２００４／１０３４０４号;米国特許出願公開第２００５／００２５７６４号；及び米国特許出願公開第２００６／０２５１６５２号(Watkins等, Applied Molecular Evolution社）に記載されたＡＭＥ-１３３ＴＭ抗体のようなＡＭＥ抗体シリーズのようなＣＤ２０結合分子、及び例えば国際公開第２００５／０７０９６３号(Allan等, Applied Molecular Evolution, Inc.)に記載されたようなＦｃ変異を持つ抗ＣＤ２０抗体；国際公開第２００５／０１６９６９号及び米国特許出願公開第２００５／００６９５４５号(Carr等)に記載されたもののようなＣＤ２０結合分子；例えば国際公開第２００５／０１４６１８号(Chang等)に記載されたような二重特異性抗体；例えば国際公開第２００６／１３０４５８号；Gazit等, Amgen/AstraZeneca)に記載されたようなＣＤ２０に対する完全なヒト抗体；例えば国際公開第２００６／１２６０６９号(Morawala, Avestha Gengraine Technologies Pvt Ltd.)に記載されたようなＣＤ２０に対する抗体；例えば国際公開第２００５／０４４８５９号；米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号；米国特許出願公開第２００４／００７２２９０号；及び米国特許出願公開第２００３／０１７５８８４号(Umana等; GlycArt Biotechnology AG)に記載されたようなＣＤ２０に対するキメラ又はヒト化Ｂ−Ｌｙ１抗体（例えばＧＡ−１０１）；キメラ又はヒト化Ａ２０抗体(それぞれcA20, hA20)及びIMMUN-106のようなＡ２０抗体又はその変異体 (例えば米国特許出願公開第２００３／０２１９４３３号, Immunomedics)；及びInternational Leukocyte Typing Workshopから入手可能なモノクローナル抗体Ｌ２７、Ｇ２８−２、９３−１Ｂ３、Ｂ−Ｃ１又はＮＵ−Ｂ２（例えばValentine等, In: Leukocyte Typing III (McMichael, Ed., p. 440, Oxford University Press (1987)）が含まれる。
「Ｉ型」ＣＤ２０抗体は、強力な補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）及び抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を介して細胞死を媒介する。Ｉ型抗ＣＤ２０抗体の例は、リツキシマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、及びＡＭＥ−１３３を含む。
ＩＩ型ＣＤ２０抗体は、ホスファチジルセリン曝露を伴うカスパーゼ非依存性アポトーシスを介して標的細胞死を開始し、Ｉ型抗ＣＤ２０抗体よりも強い同型接着およびＡＤＣＣを示す。ＩＩ型抗体は、脂質ラフトにＣＤ２０を局在化しない。ＩＩ型抗ＣＤ２０抗体の例には、トシツモマブ（Ｂ１）、１１Ｂ８、ＡＴ８０及びヒトＢ−Ｌｙ１抗体が含まれる。
「リキシズマブ」は、Ｂ細胞上のＣＤ２０抗原に結合し、インビボでＢ細胞を枯渇させるキメラＩｇＧ１抗ＣＤ２０抗体である。その重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第７３８１５６０号に開示されている。リツキシマブは、商標リツキサン（登録商標）の下、米国でＧｅｎｅｎｔｅｃｈから市販されており、ロシュから他の国で市販され、商標マブセラ（登録商標）で販売されているリツキシマブをコードする核酸は、1992年11月10日にＡＴＣＣに寄託番号６９１１９で寄託されている。リツキシマブの生物学的活性は、増殖阻害及び（非古典的）アポトーシス（「直接細胞死」と呼ばれる）、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、及び、ＦｃγＲＩＩＩａ発現ＮＫ細胞やマクロファージなど、Ｆｃγ受容体（ＦｃγＲと）を提示する細胞によって媒介される抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）につながるＣＤ２０結合における標的細胞のシグナル伝達を包含するものと理解される。
「ヒト化Ｂ−Ｌｙ１抗体」及び「ＧＡ１０１」はここでは、マウスモノクローナル抗ＣＤ２０抗体Ｂ−Ｌｙ１のヒト化変異体を記述する国際公開第２００５／０４４８５９号および国際公開第２００７／０３１８７５号に開示されているヒト化ＩｇＧ１ Ｂ−ＬＹ１抗体を指す。さらに、ヒト化Ｂ−ＬＹ１抗体は、好ましくは、国際公開第２００５／０４４８５９号，国際公開第２００４／０６５５４０号，国際公開第２００７／０３１８７５号, Umana et al. Nature Biotechnol. 17 (1999) 176-180 (1999), 及び国際公開第１９９９／５４３４２号に記載されている手順に従ってそのＦｃ領域において糖鎖が操作（ＧＥ）されている。フコシル化糖鎖操作型（ｇｌｙｃｏｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ）ヒト化Ｂ−Ｌｙ１（Ｂ−ＨＨ６−Ｂ−ＫＶ１ ＧＥ）は本発明の一実施態様では好ましい。このような糖鎖操作型ヒト化Ｂ−ＬＹ１抗体は、Ｆｃ領域におけるグリコシル化のパターンの変化を有しており、好ましくはフコース残基のレベルが減少している。好ましくはフコースの量はＡｓｎ２９７におけるオリゴ糖の合計量の６０％以下である（一実施態様では、フコースの量は、４０％と６０％の間にあり、別の実施態様では、フコースの量は５０％以下であり、さらに別の実施態様ではフコースの量は３０％以下である）。さらに、Ｆｃ領域の糖鎖は、好ましくは二分されている。これらの糖鎖を操作されたヒト化Ｂ−ＬＹ１抗体は増加したＡＤＣＣ活性を持っている。
純粋に本明細書における目的のために、特に明記しない限り、「２Ｈ７」または「２Ｈ７抗体」は、米国特許出願公開第２００６／００３４８３５号及び国際公開第２００４／０５６３１２号（両方ともLowman et al.）；米国特許出願公開第２００６／０１８８４９５号 (Barron et al.); 及び米国特許出願公開第２００６／０２４６００４号(Adams et al.)に記載の可変ドメイン配列を含むヒト化抗ＣＤ２０抗体を指す。簡単には、マウス抗ヒトＣＤ２０抗体、２Ｈ７（またここではｍ２Ｈ７、マウスのｍとも称される）のヒト化は、部位特異的変異誘発の一連の手順で行った。マウス２Ｈ７抗体可変領域配列及びマウスＶとヒトＣを持つキメラ２Ｈ７が、例えば、米国特許第５８４６８１８及び第６２０４０２３号に記載されている。２Ｈ７のＣＤＲ残基は、マウス２Ｈ７可変ドメインのアミノ酸配列（米国特許第５８４６８１８号に開示）を既知の抗体の配列(Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Ed. 5 (Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991))と比較することで同定される。軽鎖および重鎖のＣＤＲ領域は配列の超可変性（Kabatら、前掲）に基づいて定義された。合成オリゴヌクレオチドを用いて、部位特異的突然変異誘発(Kunkel, Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 82:488-492 (1985))が、プラスミドｐＶＸ４に含まれるコンセンサス配列ＶκＩ，ＶＨＩＩＩ（ＶＬカッパサブグループＩ，ＶＨサブグループＩＩＩ）に対応する完全なヒトＦａｂフレームワークにマウス２Ｈ７のＣＤＲ領域のすべての６つを導入するために使用された（国際公開第２００４／０５６３１２号の図２を参照）。Ｖ領域のさらなる改変（ＣＤＲおよび／またはＦＲ）が、部位特異的突然変異誘発によってファージミドｐＶＸ４で行われた。全長ＩｇＧの発現のためのプラスミドが、キメラ２Ｈ７のＦａｂ並びにヒト化Ｆａｂ版２から６のＶＬ及びＶＨドメインを、以前に説明した哺乳動物細胞発現用のｐＰＫベクター中にサブクローニングすることにより構築された(Gorman et al., DNA Prot. Eng. Tech., 2:3-10 (1990))。オクレリズマブは、本明細書中でヒト化２Ｈ７抗体の例である。
「ポリメラーゼ連鎖反応」又は「ＰＣＲ」の技術は、本明細書で使用される場合、微量の特有な１片の核酸、ＲＮＡ及び／又はＤＮＡが、１９８７年７月２８日発行の米国特許第４６８３１９５号中に記載されたように増幅される手法に全般的に関する。一般的に、対象とする領域の末端から又は利用可能の必要性を越える配列情報は、オリゴヌクレオチドプライマーの設計を可能にし；これらのプライマーは増幅されるテンプレートの反対鎖の配列と同一又は類似している。２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは増幅された物質の末端と一致する。ＰＣＲは、特異的ＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡからの特異的ＤＮＡ配列、及び全細胞性ＲＮＡから転写されたｃＤＮＡ、バクテリオファージまたはプラスミド配列などを増幅するために用いることができる。一般的に、Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51: 263 (1987); Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)を参照。本明細書で使用する場合、ＰＣＲは、唯一ではないが、プライマーとして既知の核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡ）の使用を含む核酸試験サンプルを増幅するための核酸ポリメラーゼ反応法の一例と考えられており、核酸ポリメラーゼを利用して、核酸の特定の部分を増幅又は生成し、または特定の核酸に相補的である核酸の特定の部分を増幅又は生成する。
「定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応」または「定量ＲＴ−ＰＣＲ」はＰＣＲの一形態を指し、ここではＰＣＲ産物の量はＰＣＲ反応の各工程で測定される。この手法は、Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004); 及びMa et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004)を含む様々な出版物に記載されている。
「マイクロアレイ」なる用語は、基質上の、ハイブリダイズ可能なアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブの秩序だった配置を意味する。
単数又は複数で使用される場合、「ポリヌクレオチド」なる用語は、一般に任意のポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドを意味し、これは未修飾ＲＮＡ又はＤＮＡ又は修飾ＲＮＡ又はＤＮＡであり得る。よって、例えば、ここで定義されるポリヌクレオチドには、限定するものではないが、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、及び一本鎖及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖であってもよく、又はより典型的には二本鎖であっても又は一本鎖又は二本鎖領域を含んでもよいＤＮＡ及びＲＮＡを含む混成分子が含まれる。また「ポリヌクレオチド」なる用語は、ここで使用される場合ＲＮＡ又はＤＮＡ又はＲＮＡとＤＮＡの双方を含む三本鎖領域を意味する。そのような領域のストランドは同じ分子由来でも又は異なった分子由来でもよい。その領域は一又は複数の分子の全てを含みうるが、より典型的には幾らかの分子の領域のみを含む。三本ヘリックス領域の分子の一つがしばしばオリゴヌクレオチドである。「ポリヌクレオチド」なる用語は特にｃＤＮＡｓを含む。その用語には、一又は複数の修飾塩基を含むＤＮＡ（ｃＤＮＡを含む）及びＲＮＡが含まれる。よって、安定性又は他の理由のために修飾された骨格を持つＤＮＡ又はＲＮＡは、その用語がここで意図するところの「ポリヌクレオチド」である。更に、イノシンのような希な塩基又はトリチウム化塩基のような修飾された塩基を含むＤＮＡ又はＲＮＡはここで定義される「ポリヌクレオチド」という用語内に含まれる。一般に、「ポリヌクレオチド」という用語は未修飾のポリヌクレオチドの全ての化学的、酵素的及び／又は代謝的に修飾された形態並びに単純細胞及び複雑細胞を含む細胞及びウイルスに特徴的なＤＮＡ及びＲＮＡの化学的形態を包含する。
「オリゴヌクレオチド」という用語は、限定するものではないが、一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖又は二本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド及び二本鎖ＤＮＡを含む比較的短いポリヌクレオチドを意味する。一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドのようなオリゴヌクレオチドは、例えば市販されている自動オリゴヌクレオチド合成機を使用して、化学的方法によってしばしば合成される。しかしながら、オリゴヌクレオチドは、インビトロ組換えＤＮＡ媒介法を含む様々な他の方法によって、及び細胞及び生物中でのＤＮＡの発現によって、作製することができる。
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが短くなると温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般的に相補鎖がその融点より低い環境で存在する場合における変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の所望のホモロジーの度合いが高くなると、使用できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにするが、低い温度はストリンジェンシーを低下させる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明は、Ausubel等, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照のこと。
ここに定義される「ストリンジェントな条件」又は「高いストリンジェントな条件」は、（１）洗浄のために低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃で０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムを用いる；（２）ハイブリダイゼーションの間にホルムアミド等の変性剤、例えば、４２℃で７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを含むｐＨ６．５の０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭのリン酸ナトリウムバッファーによる５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドを用いる；又は（３）０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）、５０％ホルムアミド中での４２℃での洗浄とその後の５５℃でのＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣからなる高いストリンジェンシーの洗浄を伴う、４２℃での５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５×デンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び１０％のデキストラン硫酸を用いる。
「中程度のストリンジェントな条件」は、Sambrook等, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (New York: Cold Spring Harbor Press, 1989に記載されているようにして同定され、上述のものよりストリンジェンシーが低い洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度のストリンジェントな条件の一例は、３７℃で、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハード液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍＬの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液での終夜にわたるインキュベーションと、それに続く３７−５０℃で１×ＳＳＣでのフィルターの洗浄である。当業者であれば、プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかが分かるであろう。
「化学療法剤」は、癌の治療に有用な化学物質である。化学療法剤の例には、チオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））などのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキル類；ベンゾドーパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドーパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）、及びウレドーパ（ｕｒｅｄｏｐａ）などのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、及びトリメチロールメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含むエチレンイミン及びメチラメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅ）；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン（ｂｕｌｌａｔａｃｉｎｏｎｅ））；デルタ−９−テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ−ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトセシン（合成アナログであるトポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン（ｓｃｏｐｏｌｅｃｔｉｎ）、及び９−アミノカンプトテシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成アナログを含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ）；テニポシド；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；ズオカルマイシン（合成アナログＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エロイテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベンビキン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン（ｐｈｅｎｅｓｔｅｒｉｎｅ）、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン（ｒａｎｉｍｎｕｓｔｉｎｅ）などのニトロソ尿素；エンジイン抗生物質などの抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンガンマ１Ｉ及びカリケアマイシンオメガＩ１（例えば、Ｎｉｃｏｌａｏｕ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ Ｉｎｔｌ． Ｅｄ． Ｅｎｇｌ．， ３３：１８３−１８６（１９９４）参照））；ＣＤＰ３２３、経口アルファ−４インテグリン阻害剤；ジネマイシンＡを含むジネマイシン；エスペラマイシン；並びに、ネオカルチノスタチン発色団及び関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カルミノマイシン、カルチノフィリン、クロモマイシン（ｃｈｒｏｍｏｃｙｃｉｎｉｓ）、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射液（ＤＯＸＩＬ（登録商標））、リポソームドキソルビシンＴＬＣ Ｄ−９９（ＭＹＯＣＥＴ（登録商標））、ＰＥＧ化リポソームドキソルビシン（ＣＡＥＬＹＸ（登録商標））、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ）、ピューロマイシン、クエラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン（ｒｏｄｏｒｕｂｉｃｉｎ）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサート、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エピチロン、及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗物質；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリンアナログ；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジンなどのピリミジンアナログ；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎剤；フロリニン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ）などの葉酸補給剤；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デホファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルシン；ジアジクオン；エルホルニチン（ｅｌｆｏｒｎｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシン及びアンサミトシンなどのメイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール（ｍｏｐｉｄａｎｍｏｌ）；ニトラエリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメット（ｐｈｅｎａｍｅｔ）；ピラルビシン；ロソキサントロン；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ， Ｅｕｇｅｎｅ， ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ−２毒素、ベラクリン（ｖｅｒｒａｃｕｒｉｎ）Ａ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン加工ナノ粒子製剤（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（商標））、及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチンなどのプラチナ剤；ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））、ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））、及びビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））を含む、微小管形成からチューブリン重合を阻止するビンカ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ロイコボビン（ｌｅｕｃｏｖｏｖｉｎ）；ノバントロン；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））を含めたレチノイン酸などのレチノイド；クロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、又はリセドロネート（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））などのビスホスフォネート；トロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関係づけられているシグナル伝達経路における遺伝子発現、例えばＰＫＣ−アルファ、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、及び上皮成長因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）を阻害するもの；ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン並びに遺伝子治療用ワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチンなどのワクチン；トポイソメラーゼ１阻害剤（例えばＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標））；ｒｍＲＨ（例えば、ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標））；ＢＡＹ４３９００６（ソラフェニブ；Ｂａｙｅｒ）；ＳＵ−１１２４８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ペリホシン、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオソーム阻害剤（例えば、ＰＳ３４１）；ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標））；ＣＣＩ−７７９；チピファルニブ（Ｒ１１５７７）；オラフェニブ（ｏｒａｆｅｎｉｂ）、ＡＢＴ５１０；オブリマーセン（ｏｂｌｉｍｅｒｓｅｎ）ナトリウム（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））などのＢｃｌ−２阻害剤；ピクサントロン；ＥＧＦＲ阻害剤（下記定義参照）；チロシンキナーゼ阻害剤（下記定義参照）；並びに上記いずれかの薬学的に許容できる塩、酸若しくは誘導体；並びにＣＨＯＰ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾロンの併用療法についての略語、及びＦＯＬＦＯＸ、５−ＦＵ及びロイコボリンと組み合わせたオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（商標））を用いた治療方式についての略語、などの、上記のうち２つ以上の組み合わせがある。
ここで、化学療法剤は、癌の増殖を促進しうるホルモンの作用を調節、低減、遮断、又は阻害するように働く「抗ホルモン剤」又は「内分泌治療剤」が含まれる。それらはそれ自体がホルモンであってもよく、限定するものではないが、混合アゴニスト／アンタゴニストプロファイルを持つ抗エストロゲン、例えばタモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ(登録商標)）、４-ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ(登録商標)）、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェン(raloxifene)（ＥＶＩＳＴＡ(登録商標)）、トリオキシフェン(trioxifene)、ケオキシフェン(keoxifene)、及びＳＥＲＭ３などの選択的なエストロゲン受容体調節因子(ＳＥＲＭ)；アゴニスト特性を有さない純粋な抗エストロゲン類、例えばフルベストラント(ＦＡＳＬＯＤＥＸ(登録商標))、及びＥＭ８００(このような薬剤はエストロゲン受容体(ＥＲ)二量体化をブロックし、ＤＮＡ結合を阻害し、ＥＲ代謝回転を増加させ、及び／又はＥＲレベルを抑制しうる)；アロマターゼインヒビター、例えば、ホルメスタン及びエキセメスタン(ＡＲＯＭＡＳＩＮ(登録商標))などのステロイド系アロマターゼインヒビター、及びアナストロゾール(ＡＲＩＭＩＤＥＸ(登録商標))、レトロゾール(ＦＥＭＡＲＡ(登録商標))及びアミノグルテチミドなどの非ステロイド性アロマターゼインヒビター、及びボロゾール(ＲＩＶＩＳＯＲ(登録商標))、メゲストロールアセテート(ＭＥＧＡＳＥ(登録商標))、ファドロゾール及び４(５)-イミダゾールを含む他のアロマターゼインヒビター；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト、例えばロイプロリド(ＬＵＰＲＯＮ(登録商標)及びＥＬＩＧＡＲＤ(登録商標))、ゴセレリン、ブセレリン、及びトリプトレリン；性ステロイド、例えばプロゲスチン、例えばメゲストロールアセテート及びメドロキシプロゲステロンアセテート、エストロゲン、例えばジエチルスチルベストロール及びプレマリン、及びアンドロゲン／レチノイド、例えばフルオキシメステロン、全てのトランスレチオニン酸及びフェンレチニド；オナプリストン；抗プロゲステロン；エストロゲン受容体下方制御因子(ＥＲＤ)；抗アンドロゲン類、例えばフルタミド、ニルタミド及びビカルタミド；及び上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体；並びに、上記のうちの２以上の組合せを含む。
本明細書における化学療法剤または化学療法レジメンの具体例としては：アルキル化剤（例えば、クロラムブシル、ベンダムスチン、又はシクロホスファミド）;ヌクレオシド類似体又は代謝拮抗薬（例えばフルダラビン）、フルダラビンとシクロホスファミド（ＦＣ）；プレドニゾン又はプレドニゾロン；ビンクリスチン、シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロン（ＣＨＯＰ）、又はシクロホスファミド、プレドニゾロン（ＣＶＰ）などを含むアルキル化剤含有併用療法を含む。
「ターゲット層（ｔａｒｇｅｔ ａｕｄｉｅｎｃｅ）」は、個々の患者、患者集団；新聞、医学文献、雑誌の読者；テレビやインターネットの視聴者；ラジオやインターネットのリスナー：医師、製薬会社など、とりわけ特定の使用、治療、又は適応症について、マーケティング又は広告により、特定の医薬が宣伝されるか又は宣伝されることが意図される人々のグループ又は機関である。
「パッケージ挿入物」は、効能、用法、用量、投与、禁忌、パッケージ製品と併用される他の治療用製品、及び／又はそのような治療用製品の使用に関する警告を含む、治療用製品の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。
用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、様々な抗体構造を包含し、限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体(例えば二重特異性抗体)、及び、所望の抗原結合活性を示す限り、抗体断片を含む。
「抗体断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原を結合するインタクトな抗体の一部を含むインタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例としては、限定されないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨは、Ｆ（ａｂ’）２、ダイアボディ、直鎖状抗体、単鎖抗体分子（例えばｓｃＦｖ）、及び抗体断片から形成された多重特異性抗体を含む。
「親和性成熟」抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じせしめる、その一又は複数の超可変領域（ＨＶＲ）において一又は複数の改変を持つものである。
参照抗体として「同一のエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて５０％以上、参照抗体のその抗原への結合をブロックする抗体、逆に競合アッセイにおいて５０％以上、その抗体のその抗原への結合をブロックするその参照抗体を指す。典型的な競合アッセイが、本明細書において提供される。一実施態様において、抗体は、リツキシマブ、オファツムマブ、ＧＡ１０１、ＳＢＩ−０８７、ベルツズマブ又はＡＭＥ−１３３と同一のエピトープに結合する。
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部分が特定の起源又は種から由来し、一方重鎖及び／又は軽鎖の残りが異なる起源又は種から由来する抗体を指す。
抗体の「クラス」は、その重鎖が保有する定常ドメイン又は定常領域のタイプを指す。抗体の５つの主要なクラスがあり：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭ、及びこれらのいくつかは、さらにサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２に、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩＧＡ１、及びＩｇＡ２に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
本明細書で用いられる「細胞傷害性薬物」という用語は、細胞の機能を阻害又は阻止し及び／又は細胞死又は破壊を生ずる物質を指す。細胞傷害性薬物は、限定されないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）：化学療法剤又は薬物（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシンまたは他の挿入剤）、成長阻害剤、酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素など、抗生物質、小分子毒素などの毒素、又は細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素（それらの断片及び／又はその変異体を含む）、及び以下に開示される様々な抗腫瘍剤又は抗癌剤を包含する。
「エフェクター機能」とは、抗体のアイソタイプにより変わる、抗体のＦｃ領域に起因する生物学的活性を指す。抗体エフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、Ｆｃ受容体結合、抗体依存性細胞媒介性細胞障害（ＡＤＣＣ）、貪食、細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）のダウンレギュレーション、及びＢ細胞の活性化を含む。
用語「Ｆｃ領域」は、定常領域の少なくとも一部を含む、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。その用語は、天然配列Ｆｃ領域と変異体Ｆｃ領域を含む。一実施態様において、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域はＣｙｓ２２６又はＰｒｏ２３０から重鎖のカルボキシル末端まで伸長する。しかし、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は存在しているか、又は存在していない場合がある。本明細書に明記されていない限り、Ｆｃ領域又は定常領域内のアミノ酸残基の番号付けは、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991に記載されるように、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けシステムに従う。
「フレームワーク」又は「ＦＲ」は、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、一般的に４つのＦＲのドメイン、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４で構成される。従って、ＨＶＲ及びＦＲ配列は一般にＶＨ（又はＶＬ）の以下の配列に現れる：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び 「全抗体」は、本明細書中で互換的に使用され、天然型抗体構造と実質的に類似の構造を有するか、又は本明細書で定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
「ヒト抗体」は、ヒト又はヒト細胞により産生されるか、又はヒト抗体のレパートリー又は他のヒト抗体をコードする配列を利用した非ヒト起源に由来する抗体のそれに対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基、及びヒトＦＲ由来アミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。所定の実施態様において、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には２つの可変ドメインの全てを実質的に含み、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全て又は実質的に全てが、非ヒト抗体のものに対応し、全てまたは実質的にＦＲの全てが、ヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は、任意で、ヒト抗体由来の抗体定常領域の少なくとも一部を含んでもよい。抗体の「ヒト化型」、例えば、非ヒト抗体は、ヒト化を遂げた抗体を指す。
本明細書で使用される用語「超可変領域」又は「ＨＶＲ」は、配列が超可変であるか、及び／又は構造的に定義されたループ（「超可変ループ」）を形成する抗体可変ドメインの各領域を指す。一般的に、天然型４鎖抗体は、ＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）に３つ、及びＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）に３つの６つのＨＶＲを含む。ＨＶＲは、一般的に超可変ループ由来及び／又は「相補性決定領域」（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含み、後者は、最高の配列可変性であり、及び／又は抗原認識に関与している。典型的な超可変ループはアミノ酸残基２６−３２（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）、９１−９６（Ｌ３）、２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）、及び９６−１０１（Ｈ３）で生じる。 (Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987).)典型的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の２４−３４、Ｌ２の５０−５６、Ｌ３の８９−９７、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−６５、及びＨ３の９５−１０２に生じる。(Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)) ＶＨのＣＤＲ１の例外とともに、ＣＤＲは一般に超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲは、抗原に接触する残基である「特異性決定残基」又は「ＳＤＲ」を含む。ＳＤＲは、略称（ａｂｂｒｅｖｉａｔｅｄ−）ＣＤＲ、又はａ−ＣＤＲと呼ばれる、ＣＤＲの領域内に含まれている。典型的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、及びａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の３１−３４、Ｌ２の５０−５５、Ｌ３の８９−９６、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−５８、及びＨ３の９５−１０２に生じる。(Almagro and Fransson, Front.Biosci.13:1619-1633 (2008）を参照);特に断らない限り、可変ドメイン内のＨＶＲ残基及び他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、上掲のKabatらに従い、本明細書において番号が付けられる。一実施態様において、本明細書におけるＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、オファツムマブ、ＧＡ１０１、ＳＢＩ−０８７、ベルツズマブまたはＡＭＥ−１３３のＨＶＲを含む。
「イムノコンジュゲート」は、１つ以上の異種分子にコンジュゲートした抗体であり、限定されないが、細胞傷害性薬物を含む。
本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」とは、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味し、すなわち、例えば、天然に生じる変異を含み、又はモノクローナル抗体製剤の製造時に発生し、一般的に少量で存在している変異体などの、可能性のある変異体抗体を除き、集団を構成する個々の抗体は同一であり、及び/又は同じエピトープに結合する。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を一般的に含む、ポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。従って、修飾語「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものとして解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、限定されないが、ハイブリドーマ法、組換えDNA法、ファージディスプレイ法、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法を含む様々な技術によって作成され、モノクローナル抗体を作製するためのそのような方法及び他の例示的な方法は、本明細書に記載されている。
「ネイキッド抗体」とは、異種の部分（例えば、細胞傷害性部分）又は放射性標識にコンジュゲートしていない抗体を指す。ネイキッド抗体は薬学的製剤中に存在してもよい。
「天然型抗体」は、天然に生じる様々な構造をとる免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然型ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合している２つの同一の軽鎖と２つの同一の重鎖から成る約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端に、各重鎖は、可変重鎖ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）を有し、３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）が続く。同様に、Ｎ末端からＣ末端に、各軽鎖は、可変軽鎖ドメイン又は軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＬ）を有し、定常軽鎖（ＣＬ）ドメインが続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）とラムダ（λ）と呼ばれる、２つのタイプのいずれかに割り当てることができる。
用語「パッケージ挿入物」は、効能、用法、用量、投与、併用療法、禁忌についての情報、及び／又はそのような治療用製品の使用に関する警告を含む、治療用製品の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。
用語「薬学的製剤」は、医薬の生物学的活性を許容するような形態であって、製剤を投与する被検体にとって許容できない毒性である他の成分を含まない無菌調製物を指す。
「無菌」製剤は、無菌であるか又は全ての生きている微生物及びそれらの胞子が無い。
「キット」は、少なくとも1つの試薬、例えば、ＣＬＬの治療のための医薬、又は本発明のバイオマーカー遺伝子またはタンパク質を特異的に検出するためのプローブを含んでなる任意の製品（パッケージ又は容器など）である。製品は、好ましくは、本発明の方法を実施するためのユニットとして、宣伝され、配布され又は販売される。
「薬学的に許容される担体」は、被検体に非毒性であり、有効成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。 薬学的に許容される担体は、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、又は保存剤を含む。
ＩＩ．ＣＬＬ医薬
一態様において、本発明は、本明細書に開示された一以上のバイオマーカーの発現に基づいて、ＣＬＬ医薬を用いて治療することができる患者を選別することに関係する。ＣＬＬ医薬の例としては、限定されないが、以下を含む：
−特に、アルキル化剤（例えば、クロラムブシル、ベンダムスチン、又はシクロホスファミド）；ヌクレオシド類似体又は代謝拮抗薬（例えばフルダラビン）、フルダラビンとシクロホスファミド（ＦＣ）；プレドニゾン又はプレドニゾロン；ビンクリスチン、シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロン（ＣＨＯＰ）、又はシクロホスファミド、プレドニゾロン（ＣＶＰ）などを含むアルキル化剤含有併用療法を含む、化学療法剤及び化学療法レジメン。
−例えばＣＤ２０抗体（例えば、リツキシマブ、オファツムマブ、ＧＡ１０１、ＳＢＩ−０８７、ベルツズマブ、及びＡＭＥ−１３３等）、ＣＤ２２抗体又はＣＤ７９ｂ抗体などのＢ細胞アンタゴニスト；
−静脈内投与免疫グロブリン；
−ＣＤ５２抗体（例えばアレムツズマブ）、及び
−その他の薬剤又はＣＬＬの治療のために承認されたか開発中のそれらの組み合わせ。
実施態様において、ＣＬＬ医薬はＦＡＫシグナル伝達及び／又はホモタイプ凝集を誘導するものである。ＣＬＬ医薬は、任意で以下から選択される：Ｂ細胞アンタゴニスト、Ｂ細胞抗体、抗ＣＤ２０抗体、Ｉ型抗ＣＤ２０抗体、ＩＩ型ＣＤ２０抗体、ＣＤ２２抗体、ＣＤ７９ｂ抗体など。
一実施態様において、（バイオマーカーの発現レベルが中央値であると場合）ＣＬＬ医薬は、リツキシマブ以外の一つである。
一実施態様において、医薬は、例えばＣＤ２０に対する又は結合する抗体である。抗体は、本明細書では、キメラ抗体、ヒト化抗体又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体が含まれる。一実施態様において、抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。その他の態様において、抗体は、全長抗体、例えば、インタクトなＩｇＧ１抗体、又は本明細書において定義された他の抗体クラス又はアイソタイプである。
一実施態様において、抗体、例えば、本明細書の方法で使用される抗体は、以下のセクション１−６で説明されるように、単独または組み合わせで任意の特徴を組み込むことができる：
１．抗体断片
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片は、限定されないが、Ｆａｂ，Ｆａｂ’，Ｆａｂ’−ＳＨ，Ｆ（ａｂ’）２，Ｆｖ，及びｓｃＦｖ断片、及び下記の他の断片を含む。所定の抗体断片の総説については、 Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)を参照。ｓｃFv断片の総説については、例えば、Pluckthuen, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)を参照;また、国際公開第９３／１６１８５号；及び米国特許第５５７１８９４号及び第５５８７４５８号も参照。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、かつインビボ半減期を増加させたＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の議論については、米国特許第５８６９０４６号を参照のこと。
ダイアボディは２価または二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許第４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号; Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003); 及びHollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照。トリアボディ及びテトラボディもまた Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部、又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部を含む抗体断片である。ある実施態様において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である (Domantis, Inc., Waltham, MA; 例えば、米国特許第６２４８５１６ Ｂ１号を参照）。
抗体断片は様々な技術で作成することができ、限定されないが、本明細書に記載するように、インタクトな抗体の分解、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌又はファージ）による生産を含む。
２．キメラ及びヒト化抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。所定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号、及びMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))に記載されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例において、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変更された「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
ある実施態様において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減するために、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持したまま、ヒト化されている。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（またはその一部）が、非ヒト抗体から由来し、ＦＲ（またはその一部）がヒト抗体配列に由来する、一以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意で、ヒト定常領域の少なくとも一部をも含む。幾つかの実施態様において、ヒト化抗体の幾つかのＦＲ残基は、抗体特異性又は親和性を回復もしくは改善するめに、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。
ヒト化抗体およびそれらの製造方法は、例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)に総説され、更に、 Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989); 米国特許第５８２１３３７号，米国特許第７５２７７９１号，米国特許第６９８２３２１号，及び米国特許第７０８７４０９号; Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005)（ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングを記述); Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) (「リサーフェシング」を記述); Dall’Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005) (「ＦＲシャッフリング」を記述);及びOsbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 及びKlimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000) (FRのシャッフリングへの「誘導選択」アプローチを記述)に記載されている。
ヒト化に用いられ得るヒトフレームワーク領域は、限定されないが、「ベストフィット」法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993)）；軽鎖または重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列由来のフレームワーク領域(例えば、Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992);及びPresta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)を参照); ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞系フレームワーク領域 (例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照); 及びＦＲライブラリスクリーニング由来のフレームワーク領域 (例えば、Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)及び Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)を参照)を含む。
リツキシマブはＣＤ２０を結合するキメラ抗体の例である。ＣＤ２０に結合するヒト化抗体の例は、ＧＡ１０１、ＳＢＩ−０８７、ＡＭＥ−１３３、及びベルツズマブを含む。
３．ヒト抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知の様々な技術を用いて生産することができる。ヒト抗体は一般的にvan Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 及びLonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)に記載されている。
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を持つ又はインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することにより調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、又は染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含む。このようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般的に不活性化される。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、 Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術を記載している、米国特許第６０７５１８１号及び米国特許第６１５０５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載している米国特許第５７７０４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７０４１８７０号及び、ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号）を参照。このような動物で生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、更に改変される可能性がある。
ヒト抗体は、ハイブリドーマベース法によって作成することができる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス-ヒトヘテロ細胞株が記載されている。(例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987);及びBoerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照)ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体はまた、Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)に記載されている。更なる方法は、例えば、米国特許第７１８９８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載している)及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006) (ヒト-ヒトハイブリドーマを記載している)に記載されたものを含む。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）もまた、Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 及びVollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)に記載される。
ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたFvクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。このような可変ドメイン配列は、次に所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術が、以下に説明される。
オファツムマブはＣＤ２０に結合するヒト抗体の例である。
４．ライブラリー由来の抗体
本発明の抗体は、所望の活性または活性（複数）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、様々な方法が、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてのライブラリーをスクリーニングするために、当該技術分野で知られている。そのような方法は、例えば、Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O’Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)に総説され、更に、例えば、McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 及びLee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)に記載されている。
所定のファージディスプレイ法において、VH及びVL遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（PCR）により個別にクローニングされ、ファージライブラリーにランダムに再結合され、その後、Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、通常、抗体断片を、単鎖Fv（scFv）断片、またはFab断片のいずれかとして提示する。免疫された起源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要性なしで免疫原に高親和性抗体を提供する。代わりに、Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載されるように、ナイーブなレパートリーが、任意の免疫感作無しで、広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対して、抗体の単一起源を提供するために、（例えば、ヒトから）クローン化することができる。最後に、ナイーブなライブラリはまた、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)に記載されるように、非常に可変なＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再構成を達成するために、幹細胞由来の未転位Ｖ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用することにより合成することができる。ヒト抗体ファージライブラリーを記述する特許公報は、例えば、米国特許第５７５０３７３号、及び米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号及び第２００９／０００２３６０号を含む。
ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体または抗体断片は、本明細書でヒト抗体またはヒト抗体の断片とみなされる。
５．多重特異性抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある実施態様において、結合特異性の一つはＣＤ２０に対してであり、他は、任意の他の抗原に対してである。ある実施態様において、二重特異性抗体は、ＣＤ２０の２つの異なるエピトープに結合することができる。二重特異性抗体はまたＣＤ２０を発現する細胞に対して細胞傷害性薬物を局在化させるために用いることができる。二重特異性抗体は、全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
多重特異性抗体を作製するための技術は、限定されないが、異なる特異性を有する2つの免疫グロブリン重鎖-軽鎖対の組換え共発現(Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983))、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)を参照)及び“ｋｎｏｂ−ｉｎ−ｈｏｌｅ”エンジニアリング（例えば、米国特許第５７３１１６８号を参照）を含む。多重特異抗体はまた、抗体のＦｃ−ヘテロ２量体分子を作成するための静電ステアリング効果を操作すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）、２つ以上の抗体又は断片を架橋すること（例えば米国特許第４６７６９８０号、及びBrennan et al., Science, 229: 81 (1985)を参照)、２重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを使用すること(例えば、Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)を参照)、二重特異性抗体フラグメントを作製するため、「ダイアボディ」技術を使用すること(例えば、Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)を参照)、単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーを使用すること(例えば、Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照)、及び、例えばTutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)に記載されているように、三重特異性抗体を調製することによって作成することができる。
「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能性抗原結合部位を持つ改変抗体もまた本明細書に含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１号を参照)。
本明細書中の抗体又は断片はまた、ＣＤ２０並びにその他の異なる抗原（例えば米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号参照）に結合する抗原結合部位を含む、「２重作用（Ｄｕａｌ Ａｃｔｉｎｇ）ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」を含む。
６．抗体変異体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体のアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体の結合親和性及び/又は他の生物学的特性を改善することが望まれ得る。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することにより、またはペプチド合成によって調製することができる。このような改変は、例えば、抗体のアミノ酸配列内における、残基の欠失、及び／又は挿入及び/又は置換を含む。最終コンストラクトが所望の特性、例えば、抗原結合を有していることを条件として、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせが、最終コンストラクトに到達させるために作成され得る。
ある実施態様において、一つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換突然変異の対象となる部位は、ＨＶＲとＦＲを含む。アミノ酸置換は、目的の抗体に導入することができ、その産物は、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の減少、又はＡＤＣＣ又はＣＤＣの改善についてスクリーニングされた。
置換変異体の一つのタイプは、親抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体など）の一以上の高頻度可変領域残基の置換を含む。一般的には、更なる研究のために選択され得られた変異体は、親抗体と比較して、特定の生物学的特性の改変（例えば、改善）（例えば、親和性の増加、免疫原性を減少）を有し、及び/又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。典型的な置換変異体は、親和性成熟抗体であり、例えば、本明細書に記載されるファージディスプレイベースの親和性成熟技術を用いて、簡便に生成され得る。簡潔に言えば、一つ以上のＨＶＲ残基が変異し、変異体抗体は、ファージ上に表示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
アミノ酸配列挿入は、一残基から百以上の残基を含有するポリペプチド長にわたるアミノ及び／又はカルボキシル末端融合、並びに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニン残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体は、酵素に対する抗体のＮ末端またはＣ末端への融合（例えばＡＤＥＰＴの場合）、または抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合を含む。
所定の実施態様において、本明細書で提供される抗体は抗体がグリコシル化される程度を増加または減少するように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、一以上のグリコシル化部位が作成または削除されるようにアミノ酸配列を変えることによって簡便に達成することができる。
抗体がＦｃ領域を含む場合には、それに付着する糖を変えることができる。哺乳動物細胞によって生成された天然型抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ−結合により一般的に付着した分岐鎖、二分岐オリゴ糖を含んでいる。例えばWright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、二分岐糖鎖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合した、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、シアル酸、並びにフコースを含み得る。幾つかの実施態様において、本発明の抗体におけるオリゴ糖の改変は一定の改善された特性を有する抗体変異型を作成するために行われ得る。
一実施態様において、抗体変異体は、Ｆｃ領域に（直接または間接的に）付着されたフコースを欠いた糖鎖構造を有して提供される。例えば、このような抗体のフコース量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％、または２０％から４０％であり得る。フコースの量は、例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定されるＡｓｎ２９７に付着しているすべての糖構造の合計（例えば、コンプレックス、ハイブリッド及び高マンノース構造）に対して、Ａｓｎ２９７の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）でおよそ２９７の位置に位置するアスパラギン残基を指し、しかし、Ａｓｎ２９７もまた位置２９７の上流または下流のおよそ±３アミノ酸に、すなわち抗体の軽微な配列変異に起因して、位置２９４と３００の間に配置され得る。このようなフコシル化変異体はＡＤＣＣ機能を改善させた可能性がある。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号 (Presta, L.);米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（協和発酵工業株式会社）を参照。「フコース非修飾」又は「フコース欠損」抗体変異体に関連する出版物の例としては、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号、国際公開第２０００／６１７３９号、国際公開第２００１／２９２４６号、米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号、米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号、米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号、米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号、米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号、米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号、米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号、国際公開第２００３／０８５１１９号、国際公開第２００３／０８４５７０号、国際公開第２００５／０３５５８６号、国際公開第２００５／０３５７７８号、国際公開第２００５／０５３７４２号、国際公開第２００２／０３１１４０号、Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)が含まれる。非フコシル化抗体を産生する能力を有する細胞株の例としては、タンパク質フコシル化を欠損しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞(Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986); 米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８ Ａ１号, Presta, L;及び国際公開第２００４／０５６３１２ Ａ１号, Adams et al.,特に実施例１１)、及びノックアウト細胞株、アルファ−１、６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006); 及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）を含む。
抗体変異体が、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖とともに更に与えられる。このような抗体変異体はフコシル化を減少させ、及び／又はＡＤＣＣ機能を改善している可能性がある。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号 (Jean-Mairetら);米国特許第６６０２６８４号 (Umanaら);及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号 (Umanaら)に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を持つ抗体変異体も提供される。このような抗体変異体はＣＤＣ機能を改善させた可能性がある。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号 (Patelら); 国際公開第１９９８／５８９６４号 (Raju, S.); 及び国際公開第１９９９／２２７６４号 (Raju, S.)に記載されている。
ＧＡ１０１は、ＣＤ２０に特異的に結合する抗体のグリコシル化変異体の例である。
ある実施態様において、１つまたは複数のアミノ酸改変を、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に導入することができ、それによってＦｃ領域変異体を生成する。Ｆｃ領域の変異体は、１つまたは複数のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾（例えば置換）を含むヒトＦｃ領域の配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域）を含んでもよい。
ある実施態様において、本発明は、インビボにおける抗体の半減期が重要であるが、ある種のエフェクター機能（例えば補体およびＡＤＣＣなど）が不要または有害である用途のための望ましい候補とならしめる、全てではないが一部のエフェクター機能を有する抗体変異体を意図している。
エフェクター機能が減少した抗体は、Ｆｃ領域の残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、３２９の一つ以上の置換を有するものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ変異体は、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有する、いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７の２以上での置換を有するＦｃ変異体を含む（米国特許第７３３２５８１号）。
ＦｃＲへの改善又は減少させた結合を持つ特定の抗体変異体が記載されている。（例えば、米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号、 及びShields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照)。
所定の実施態様において、抗体変異体はＡＤＣＣを改善する１つまたは複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４における置換（ＥＵの残基番号付け）を含む。
幾つかの実施態様において、改変された（すなわち改善されたか減少した）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を生じる、Ｆｃ領域における改変がなされ、例えば、米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)に説明される。
増加した半減期を持ち、胎仔への母性ＩｇＧの移送を担う、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体 (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 及びKim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号 (Hinton et al.)に記載されている。これらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する一つまたは複数の置換を有するＦｃ領域を含む。このようなＦｃ変異体は、Ｆｃ領域の残基の１以上の置換を有するものが含まれる：２３８，２５６，２６５，２７２，２８６，３０３，３０５，３０７，３１１，３１２，３１７，３４０，３５６，３６０，３６２，３７６，３７８，３８０，３８２，４１３，４２４又は４３４、例えば、Ｆｃ領域の残基４３４の置換（米国特許第７，３７１，８２６号）。
Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988); 米国特許第５６４８２６０号；米国特許第５６２４８２１号；及び、Ｆｃ領域の変異体の他の例に関しては国際公開第９４／２９３５１号も参照のこと。
ある実施態様において、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン改変抗体、例えば、「ｔｈｉｏＭＡｂｓ」を作成することが望まれ得る。特定の実施態様において、置換された残基は、抗体のアクセス可能な部位で起きる。それらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基は、それによって抗体のアクセス可能な部位に配置され、本明細書中でさらに記載されるように、イムノコンジュゲーを作成するために、例えば薬物部分またはリンカー−薬剤部分などの他の部分に抗体をコンジュゲートするために使用することができる。ある実施態様において、一以上の以下の残基がシステインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔの番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン改変抗体は、例えば、米国特許第７５２１５４１号に記載のように生成され得る。
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、当技術分野で知られ、容易に入手されている追加の非タンパク質部分を含むように更に改変することができる。抗体の誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーを含む。水溶性ポリマーの非限定的な例は、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキソラン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（単独重合体又はランダム共重合体の何れか）及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコール単独重合体、プロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール及びこれらの混合物を包含する。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドはその水中での安定性のために製造上の利点を有し得る。ポリマーは何れかの分子量のものであってよく、そして分枝鎖又は未分枝鎖であってよい。抗体に結合するポリマーの数は変動してよく、そして、一以上の重合体が結合する場合は、それらは同じか又は異なる分子であることができる。一般的に、誘導体化に使用するポリマーの数及び／又は種類は、限定されないが、向上させるべき抗体の特定の特性又は機能、抗体誘導体が特定の条件下で治療に使用されるのか等を考慮しながら決定することができる。
その他の実施態様において、放射線への曝露によって選択的に加熱されてもよい抗体と非タンパク質部分とのコンジュゲートが、提供される。一実施態様において、非タンパク質部分はカーボンナノチューブである(Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)。放射線は、任意の波長であって良いが、限定されないものの、通常の細胞に害を与えないが、抗体−非タンパク質部分の近位細胞が死滅される温度に非タンパク質部分を加熱する波長が含まれる。
一実施態様において、本医薬は、化学療法剤又は薬物、成長抑制剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素活性毒素、又はそれらの断片）、又は放射性同位元素など、1つ以上の細胞傷害性薬物にコンジュゲートした抗体（例えばＣＤ２０抗体）を含むイムノコンジュゲートである。
一実施態様において、イムノコンジュゲートは、抗体-薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であって、そこでは抗体は、限定されないが、メイタンシノイド（米国特許第５２０８０２０号、第５４１６０６４号及び欧州特許ＥＰ０ ４２５２３５ Ｂ１を参照）；モノメチルアウリスタチン薬物部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）（米国特許第５６３５４８３号及び第５７８０５８８号及び第７４９８２９８号を参照）などのアウリスタチン；ドラスタチン、カリケアマイシン又はその誘導体（米国特許第５７１２３７４号、第５７１４５８６号、第５７３９１１６号、第５７６７２８５号、第５７７０７０１号、第５７７０７１０号、第５７７３００１号、及び第５８７７２９６号を参照;Hinman et al., Cancer Res. 53:3336-3342 (1993);及びLode et al., Cancer Res. 58:2925-2928 (1998)); ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリン (Kratz et al., Current Med. Chem. 13:477-523 (2006); Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006); Torgov et al., Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik et al., Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002); King et al., J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002);及び米国特許第６６３０５７９号を参照）；メトトレキサート、ビンデシン、ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセルなどのタキサン、トリコテセン、及びＣＣ１０６５を含む一つ以上の薬物とコンジュゲートしている。
その他の実施態様において、イムノコンジュゲートは、酵素的に活性な毒素又はその断片にコンジュゲートした、本明細書に記載の抗体を含み、限定されないが、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、（緑膿菌からの）外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシン(modeccin)Ａ鎖、アルファ-サルシン、アレウリテス・フォーディ(Aleurites fordii)タンパク質、ジアンチン(dianthin)タンパク質、フィトラカ・アメリカーナ(Phytolaca americana)タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、モモルディカ・チャランチア(momordica charantia)インヒビター、クルシン(curcin)、クロチン(crotin)、サパオナリア・オフィシナリス(sapaonaria oficinalis)インヒビター、ゲロニン(gelonin)、ミトゲリン(mitogellin)、レストリクトシン(restrictocin)、フェノマイシン(phenomycin)、エノマイシン(enomycin)及びトリコテセン(tricothecene)が含まれる。
その他の実施態様では、イムノコンジュゲートは、放射性コンジュゲートを形成するために放射性原子にコンジュゲートした本明細書に記載されるような抗体を含む。様々な放射性同位体が放射性コンジュゲートの生産のために入手可能である。例としては、Ａｔ２１１，Ｉ１３１，Ｉ１２５，Ｙ９０，Ｒｅ１８６，Ｒｅ１８８，Ｓｍ１５３，Ｂｉ２１２，Ｐ３２，Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体を含む。検出のためにコンジュゲートを使用するとき、それはシンチグラフィー試験のための放射性原子、例えばｔｃ９９ｍ又はＩ１２３、又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）画像化（磁気共鳴画像化ｍｒｉとしても知られている）のためのスピン標識、例えば再び、ヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン又は鉄を含んでよい。
抗体と細胞傷害性薬物のコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル３−（２−ピリジルチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート (SMCC)、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの２官能性誘導体（例えばジメチルアジピミデートＨＣｌ）、活性エステル（例えばジスクシンイミジルズベレート）、アルデヒド（例えばグルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えばビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビスジアゾニウム誘導体（例えばビス（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えばトルエン２，６−ジイソシアネート）及びビス活性フッ素化合物（例えば１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）など、を使って作成され得る。Vitetta et al., Science 238:1098 (1987)に記載されるように、例えば、リシンイムノトキシンを調製することができる。カーボン−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体へのコンジュゲーションのためのキレート剤の例である国際公開第９４／１１０２６号を参照。リンカーは、細胞中に細胞毒性薬物の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であり得る。例えば、酸に不安定なリンカー、ペプチダーゼ過敏性リンカー、光解離性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（Chari et al., Cancer Res. 52:127-131 (1992);米国特許第５２０８０２０号）が使用され得る。
本明細書において、イムノコンジュゲート又はＡＤＣは、限定されないが、市販の(例えばPierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.Aからの)、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＰＢ、及びスルホ−ＳＭＰＢ、ＳＶＳＢ（スクシンイミジル（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）を含むクロスリンカー試薬を用いて調製されるコンジュゲートを特に熟考する。
ＩＩＩ．診断方法
一態様において、本明細書における発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者のための治療を選択するための方法に関し、患者由来のサンプルにおいて、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択されたバイオマーカーの発現（又は活性化）を決定し、かつバイオマーカーの発現のレベルに基づいて、ＣＬＬの医薬を選択することを含む。一実施態様において、バイオマーカーのレベルの上昇は、ＦＡＫシグナル伝達及び／又は同型接着を誘導するＣＬＬ医薬、及び／又はＢ細胞アンタゴニスト、及び／又は患者の治療に使用するためのＣＤ２０抗体の選択をもたらす。その他の実施態様において、バイオマーカーが低下したレベルか又は中央値以下のレベルで存在している場合、患者はリツキシマブ以外又はＣＤ２０抗体以外のＣＬＬ医薬による治療の対象として選択される。
バイオマーカーについての発現レベル中央値は、バイオマーカーの発現を測定することと本質的に同時に決定することができ、又は以前に決定されている可能性がある。当業者は、様々な診断アッセイのための患者集団におけるバイオマーカーの発現レベル中央値を決定することができる。これは、以下の例の様々なバイオマーカー及びバイオアッセイのための発現レベル中央値を提供する下の表に例示される。
Figure 2013541501
患者からのサンプルは、本明細書中のバイオマーカーの１以上の発現について検査される。組織又は細胞サンプルの起源は、新鮮な、冷凍された、及び／又は保存された臓器又は組織サンプル、又は生検又は吸引からの固形組織、血液又は任意の血液成分、脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液、被検体の妊娠期間又は発育の任意の時期に由来する細胞であり得る。組織サンプルは、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などが含まれる場合がある。腫瘍サンプルの例は、限定されないが、腫瘍生検、腫瘍細胞、血清又は血漿、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、循環性血漿タンパク質、腹水、腫瘍に由来するか又は腫瘍のような特性を呈する細胞株又は初代細胞培養物、並びに、ホルマリン固定腫瘍サンプル、パラフィン包埋腫瘍サンプル又は凍結腫瘍サンプルなどの保存された腫瘍サンプルを含む。一実施態様において、サンプルは、ＣＤ１９に富むＰＢＭＣを含む末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含んでいた。
ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を決定するための様々方法としては、限定されないが、遺伝子発現プロファイリング、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を含むポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、遺伝子発現の連続分析、マスアレイ（ＭａｓｓＡＲＲＡＹ）、プロテオミクス、免疫組織化学（ＩＨＣ）などを含む。好ましくｍＲＮＡが定量化される。そのようなｍＲＮＡ解析は、好ましくは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の技術を使用して、またはマイクロアレイ分析により実行される。ＰＣＲ法を用いる場合、ＰＣＲの好ましい形態は、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。
遺伝子発現を決定するための様々な例示的な方法を詳細に説明する。
１．遺伝子発現プロファイリング
一般に、遺伝子発現プロファイリングの方法は、二つの大きなグループに分けることができる：ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション解析に基づく方法と、生化学的検出又はポリヌクレオチドの配列決定に基づく他の方法である。試料中のｍＲＮＡ発現を定量化するために当該分野で最も広く用いられている方法には、ノーザンブロット及びインサイツハイブリダイゼーション（Parker及びBarnes, Methods in Molecular Biology 106: 247-283(1999)；ＲＮＡｓｅ保護アッセイ（Hod, Biotechniques 13: 852-854(1992)；及び逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ-ＰＣＲ）（Weis等, Trends in Genetics 8: 263-264(1992)）が含まれる。あるいは、ＤＮＡ二重鎖、ＲＮＡ二重鎖、及びＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二重鎖又はＤＮＡ−タンパク質二重鎖を含む特定の二重鎖を認識できる抗体を用いてもよい。配列ベースの遺伝子発現解析の代表的な方法には、連続遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、及びＭａｓｓｉｖｅｌｙ Ｐａｒａｌｌｅｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ＭＰＳＳ）による遺伝子発現解析を含む。
２．ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）
上に列挙した技術のうち、最も感度が良く最も柔軟性がある定量法はＰＣＲであり、これは、正常組織及び腫瘍組織中の異なった試料集団におけるｍＲＮＡレベルを、薬剤処置を含むか又は含まずに、比較し、遺伝子発現のパターンを特徴付けし、密接に関連したｍＲＮＡ間を識別し、ＲＮＡ構造を解析するために使用することができる。
第一工程は標的試料からのｍＲＮＡの単離である。出発材料は典型的には、ヒト腫瘍または腫瘍細胞株、および対応する正常組織または細胞株から単離された全ＲＮＡである。従って、ＲＮＡは、乳房、肺、大腸、前立腺、脳、肝臓、腎臓、膵臓、脾臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮、等を含む様々な原発腫瘍、腫瘍又は腫瘍細胞株から、健常者ドナー由来のプールされたＤＮＡとともに単離することができる。
ｍＲＮＡの供給源が原発腫瘍の場合、ｍＲＮＡは凍結又はパラフィン包埋されて保存され及び固定された（例えば、ホルマリン固定）組織試料から、例えば、抽出することができる。ｍＲＮＡ抽出に関する一般的方法は当該分野で良く知られており、Ausubel等, Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons (1997)を含む分子生物学の標準的教科書に開示されている。パラフィン包埋組織からＲＮＡ抽出の方法は、例えば、Rupp and Locker, Lab Invest. 56:A67 (1987), 及びDe Andres et al., BioTechniques 18:42044 (1995)に開示されている。特に、ＲＮＡの単離は、Ｑｉａｇｅｎ等の商業的製造者の精製キット、バッファーセット及びプロテアーゼを、製造者の説明書に従って使用することで実施することができる。例えば、培養液中の細胞からの全ＲＮＡは、Ｑｉａｇｅｎ ＲＮｅａｓｙミニカラムを使用して単離できる。他の市販のＲＮＡ分離キットには、ＭＡＳＴＥＲＰＵＲＥ（登録商標）完全ＤＮＡ及びＲＮＡ精製キット（Complete DNA and RNA Purification Kit）（ＥＰＩＣＥＮＴＲＥ（登録商標），Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、及びパラフィンブロックＲＮＡ単離キット（Paraffin Block RNA Isolation Kit）（Ａｍｂｉｏｎ，Ｉｎｃ．)を含む。組織試料からの全ＲＮＡは、ＲＮＡ Ｓｔａｔ-６０（Ｔｅｌ-Ｔｅｓｔ）を使用して単離できる。腫瘍から調製したＲＮＡは、例えば、塩化セシウム密度勾配遠心分離によって単離できる。
ＲＮＡはＰＣＲのテンプレートとならないので、ＲＴ-ＰＣＲによる遺伝子発現プロファイリングの最初のステップはＲＮＡテンプレートのｃＤＮＡへの逆転写と、それに続くＰＣＲ反応でのそれの指数関数的な増幅である。２つの最も広く用いられている逆転写酵素はトリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素（ＡＭＶ-ＲＴ）及びモロニーマウス白血球ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ-ＲＴ）である。逆転写段階は、典型的には、発現プロファイリングの環境及び目的に依存し、特異的プライマー、ランダムヘキサマー、又はオリゴ-ｄＴプライマーを使用してプライムされる。例えば、製造者説明書に従い、ＧＥＮＥＡＭＰＴＭ ＲＮＡ ＰＣＲキット（Perkin Elmer, Calif., USA）を使用して抽出ＲＮＡを逆転写することができる。誘導したｃＤＮＡは、ついで、後のＰＣＲ反応のテンプレートとして使用できる。ＰＣＲ工程では、様々な熱安定性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを使用することができるが、典型的には、５’-３’ヌクレアーゼ活性を有するが３’-５’プルーフリーディングエンドヌクレアーゼ活性を欠くＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼを用いる。よって、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲでは、典型的には、Ｔａｑ又はＴｔｈポリメラーゼの５’-ヌクレアーゼ活性を用いて、その標的アンプリコンに結合したハイブリダイゼーションプローブを加水分解するが、５’ヌクレアーゼ活性と同等の任意の酵素を用いることができる。ＰＣＲ反応にとって典型的なアンプリコンを生成するために２つのオリゴヌクレオチドプライマーを使用する。三番目のオリゴヌクレオチド、又はプローブを、２つのＰＣＲプライマーの間に位置するヌクレオチド配列を検出するために設計する。該プローブは、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素によって伸長せず、レポーター蛍光色素及び消光蛍光色素で標識される。このレポーター色素のどんなレーザー誘導放射も、プローブ上でこの２つの色素が近接して位置している場合には、消光色素によって消光する。増幅反応の間、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素は、テンプレートに依存する形でプローブを切断する。生じたプローブ断片は溶液中で解離し、放出されたレポーター色素からのシグナルは、二番目のフルオロフォアの消光効果とは無関係である。新しい分子が合成される度にレポーター色素の１分子が遊離させられ、消光しないレポーター色素の検出がデータの定量的な解釈の基礎を提供する。
ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲは、例えば、ＡＢＩ ＰＲＩＺＭ ７７００（商品名）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）（Perkin-Elmer-Applied Biosystems, Foster City, CA, USA）、又はＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Germany）等の商業的に入手可能な装置を使用しておこなうことができる。好ましい実施態様では、５' ヌクレアーゼ手法は、ＡＢＩ ＰＲＩＺＭ ７７００（登録商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ等のリアルタイム定量ＰＣＲ装置ですすめられる。該システムは、サーモサイクラー、レーザー、電荷結合素子（ＣＣＤ）、カメラ及びコンピューターからなる。該システムでは、サーモサイクラー上の９６-ウェルフォーマットで試料を増幅する。増幅の間、９６ウェル全てに関する光ファイバーケーブルを通してレーザー励起した蛍光シグナルがリアルタイムで収集され、ＣＣＤカメラで検出される。該システムは、装置を作動し、データを分析するソフトウェアを含む。
５'-ヌクレアーゼアッセイのデータは、Ｃｔ又は閾値サイクルとして最初に表される。上で検討したように、蛍光値は毎サイクルの間に記録され、増幅反応においてそのポイントまでに増幅した産物の量を表す。蛍光シグナルが統計的に有意であるとして最初に記録されたポイントが閾値サイクル（Ｃｔ）である。
エラー及び試料と試料間の変化による効果を最小限にするために、通常は内部標準を使用してＰＣＲを実施する。理想的な内部標準は、異なる組織間では一定のレベルで発現し、実験上の処理によって影響を受けない。遺伝子発現のパターンを正規化するために最も頻繁に使用されているＲＮＡは、ハウスキーピング遺伝子であるグリセルアルデヒド-３-リン酸-デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）及びＰ-アクチンのｍＲＮＡである。
ＰＣＲ技術のより最近の変形例は、二重標識蛍光発生プローブ（つまり、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）プローブ）によってＰＣＲ産物の蓄積を測定する定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。リアルタイムＰＣＲは、各標的配列に対する内部競合体が正規化のために使用される定量的競合ＰＣＲと、試料内に含まれる正規化遺伝子、又はＰＣＲのためのハウスキーピング遺伝子を使用する定量的比較ＰＣＲの双方に匹敵する。更なる詳細については、例えばHeld等, Genome Research 6:986-994 (1996)を参照のこと。
ＲＮＡ源として固定された、パラフィン包埋組織を用い、ｍＲＮＡの単離、精製、プライマー伸長及び増幅を含む、遺伝子発現のプロファイリングのための代表的なプロトコル工程が、様々な出版された雑誌の記事に記載されている(例えば: Godfrey et al., J. Molec. Diagnostics 2: 84-91 (2000); Specht et al., Am. J. Pathol. 158: 419-29 (2001))。簡単に言えば、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織サンプルの１０マイクログラム厚切片の切断から始まる。ＲＮＡを抽出し、タンパク質やＤＮＡが除去される。ＲＮＡ濃度を分析した後、ＲＮＡの修復および／または増幅ステップが必要に応じて含まれ得、ＲＮＡは遺伝子特異的プロモーターを用いて転写され、ＰＣＲが続く。
本発明の一態様によれば、増幅される遺伝子中に存在するイントロン配列に基づいてＰＣＲプライマー及びプローブが設計される。この実施態様では、プライマー／プローブ設計の第一工程は遺伝子内のイントロン配列の 描写である。これは、公に入手可能なソフトウェア、例えばKent, W.J., Genome Res. 12(4):656-64 (2002)によって開発されたＤＮＡ ＢＬＡＴソフトウェア、あるいはその変形形を含むＢＬＡＳＴソフトウェアによって行うことができる。ＰＣＲプライマー及びプローブ設計の十分に確立された方法が次の工程として続く。
非特異的シグナルを避けるために、プライマーとプローブを設計する場合、イントロン内において反復配列をマスクすることが重要である。これは、反復エレメントのライブラリに対してＤＮＡ配列をスクリーニングし、反復エレメントがマスクされる問い合わせ配列を返すベイラー医科大学からオンラインで入手可能なＲｅｐｅａｔ Ｍａｓｋｅｒプログラムを使用して容易に達成することができる。ついで、マスクされたイントロン配列を使用し、例えばＰｒｉｍｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓ(Applied Biosystems)；ＭＧＢアッセイ-バイ-デザイン(Applied Biosystems)；プライマー３(Rozen及びSkaletsky (2000) Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S編 Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, pp 365-386)のような任意の商業的に又は他の好適に入手できるプライマー／プローブ設計パッケージを使用して、プライマー及びプローブ配列を設計することができる。
ＰＣＲプライマー設計で考慮される因子は、プライマー長、融解温度（Ｔｍ）、及びＧ／Ｃ含有量、特異性、相補的プライマー配列、及び３’末端配列を含む。一般に、最適なＰＣＲプライマーは、一般に１７−３０塩基長であり、約２０−８０％、例えば約５０−６０％のＧ＋Ｃ塩基を含む。５０から８０℃の間、例えば約５０から７０℃のＴｍが典型的には好ましい。
ＰＣＲプライマー及びプローブ設計のための更なる指針については、その開示全体が出典明示によりここに明示的に援用される例えばDieffenbach等, “General Concepts for PCR Primer Design” in: PCR Primer, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1995, pp. 133-155；Innis 及びGelfand, “Optimization of PCRs” in: PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, CRC Press, London, 1994, pp. 5-11；及びPlasterer, T.N. Primerselect: Primer and probe design. Methods Mol. Biol. 70:520-527 (1997)を参照のこと。
３．ＲＮＮ−Ｓｅｑ
全トランスクリプトーショットガンシーケンシング（ＷＴＳＳ）とも呼ばれるＲＮＡ−ＳＥＱは、サンプルのＲＮＡ含有量に関する情報を取得するために、ｃＤＮＡの配列に対してハイスループットシークエンシング技術を使用することを指す。ＲＮＡ−Ｓｅｑを記述している出版物は、Wang et al. “RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics"” Nature Reviews Genetics 10 (1): 57−63 (January 2009); Ryan et al. BioTechniques 45 (1): 81−94 (2008); 及びMaher et al. "Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer". Nature 458 (7234): 97−101 (January 2009)を含む。
４．マイクロアレイ
ディファレンシャル遺伝子発現も、マイクロアレイ技術を用いて同定し、又は確かめることができる。よって、乳癌関連遺伝子の発現プロファイルを、マイクロアレイ技術を使用して新鮮組織又はパラフィン包埋組織の何れかで測定することができる。この方法では、興味あるポリヌクレオチド配列（ｃＤＮＡ及びオリゴヌクレオチドを含む）をマイクロチップ基板上にプレートし、整列させる。ついで、この整列させた配列を、興味ある細胞又は組織からの特異的ＤＮＡプローブでハイブリダイズする。丁度ＰＣＲ法のように、ｍＲＮＡのソースは、典型的にはヒト腫瘍又は腫瘍細胞株及び対応する正常な組織又は細胞株からの全ＲＮＡである。したがってＲＮＡは様々な原発腫瘍または腫瘍細胞株から単離することができる。ｍＲＮＡの供給源が原発腫瘍の場合、ｍＲＮＡは、毎日の臨床の現場で日常的に調製され保持される凍結又はパラフィン包埋されて保存され及び固定された（例えば、ホルマリン固定）組織試料から、例えば、抽出することができる。
マイクロアレイ技術の特定の実施態様では、ｃＤＮＡクローンのＰＣＲ増幅挿入部分を高密度アレイの基板へ塗布する。好ましくは、少なくとも１００００のヌクレオチド配列を基板へ塗布する。それぞれ１００００エレメントがマイクロチップ上に固定化された、マイクロアレイ遺伝子は、ストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーションに適している。蛍光標識ｃＤＮＡプローブは、興味ある組織から抽出したＲＮＡの逆転写によって蛍光ヌクレオチドを取り込むことで作製できる。チップへ塗布した標識ｃＤＮＡプローブは、アレイ上の各スポットのＤＮＡと特異性をもってハイブリダイズする。非特異的に結合したプローブを除くためにストリンジェントに洗浄した後、チップを共焦点レーザー顕微鏡によって又はＣＣＤカメラのような他の検出法によってスキャンする。各整列したエレメントのハイブリダイゼーションの定量化によって、対応するｍＲＮＡ発生量の評価が可能となる。二色蛍光によって、２つのソースのＲＮＡから作製した別々の標識ｃＤＮＡプローブを２つ１組でアレイへハイブリダイズする。従って、各特定の遺伝子に対応する２つのソースからの転写物の相対発生量が、同時に決定される。小型化したハイブリダイゼーションのスケールによって、非常に多くの遺伝子に関する発現パターンの簡便で迅速な評価が可能となる。このような方法が、細胞当たり少しのコピーが発現する希な転写物の検出するため、また発現レベルにおける少なくともおよそ２倍の違いを再現可能に検出するために必要とされる感度を有していることが示されている（Schena等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(20): 106-49(1996)）。マイクロアレイ解析は、製造者のプロトコルに従って、例えばＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ ＧＥＮＣＨＩＰＴＭ技術、又はＩｎｃｙｔｅのマイクロアレイ技術を使用することによって、市販の装置によって実施することができる。
遺伝子発現の大規模解析のためのマイクロアレイ法の開発により、様々な腫瘍のタイプにおいて、癌の分類と予後予測の分子マーカーについて体系的に探索することが可能となる。
５．遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）
遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）は、各転写物に対して個々のハイブリダイゼーションプローブを提供することを要せず、多数の遺伝子転写物の同時の定量解析を可能にせしめる方法である。先ず、タグが各転写物内の独特の位置から得られるとの前提で、転写物をユニークに同定するのに十分な情報を含む短い配列タグ（約１０−１４ｂｐ）が生成される。ついで、多くの転写物を互いに結合させて長い連続の分子を形成し、これを配列決定して、複数タグの同一性を同時に明らかにすることができる。転写物の任意の集団の発現パターンは、個々のタグの存在量を決定し、各タグに対応する遺伝子を同定することによって定量的に評価することができる。更なる詳細については、例えばVelculescu等, Science 270:484-487 (1995)；及びVelculescu等, Cell 88:243-51 (1997)を参照のこと。
６．ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術
ＭａｓｓＡＲＲＡＹ(Sequenom, San Diego, Calif.)の技術は、検出用質量分析（ＭＳ）を用いた遺伝子発現解析の自動化したハイスループットな方法である。この方法によれば、ＲＮＡの単離、逆転写およびＰＣＲ増幅の後に、ｃＤＮＡがプライマー伸長に供される。ｃＤＮＡ由来のプライマー伸長産物を精製し、ＭＡＬＴＩ−ＴＯＦ ＭＳのサンプル調製に必要な成分があらかじめロードされているチップアレイ上に分配される。反応物に存在する様々なｃＤＮＡが、得られた質量スペクトルのピーク面積を分析することによって定量される。
７．免疫組織化学法
免疫組織化学法はまた本発明の予後マーカーの発現レベルを検出するのに適している。よって、抗体又は抗血清、好ましくはポリクローナル抗血清、最も好ましくは各マーカーに特異的なモノクローナル抗体が発現の検出に使用される。抗体は、例えば、放射標識、蛍光標識、例えばビオチン等のハプテン標識、又は西洋ワサビペルオキシダーゼ又はアルカリホスファターゼのような酵素によって、検出することができる。あるいは、未標識一次抗体が、抗血清、ポリクローナル抗血清又は一次抗体に特異的なモノクローナル抗体を含む、標識二次抗体との関連で使用される。免疫組織化学プロトコル及びキットは当該分野でよく知られており、商業的に入手可能である。
８．プロテオミクス
「プロテオーム」なる用語は、ある時点でのサンプル（例えば組織、生物、又は細胞培養物）中に存在するタンパク質の全体として定義される。プロテオミクスは、とりわけ、サンプル中のタンパク質発現の網羅的変化の研究を含む（「発現プロテオミクス」とも称される）。プロテオミクスは典型的には次の工程を含む：（１）２-Ｄゲル電気泳動（２-Ｄ ＰＡＧＥ）によるサンプル中の個々のタンパク質の分離；（２）例えば質量スペクトル又はＮ末端配列決定によるゲルから回収された個々のタンパク質の同定、及び（３）バイオインフォマティクスを使用するデータ解析。プロテオミクス法は、遺伝子発現プロファイリングの他の方法に対する貴重な補充手段であり、単独で又は他の方法と組み合わせて、本発明のマーカーの産物を検出するために使用することができる。
バイオマーカーの発現はまた、インビボでの診断アッセイを使用して、例えば、検出されるべき分子に結合し検出可能なラベル（例えば、放射性同位元素など）でタグ付けされた分子（例えば抗体）を投与し、そのラベルの局在化について患者を外部からスキャンすることにより評価することができる。
ＩＶ．治療方法
一実施態様において、本発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法に関係し、その患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ、及びＰＴＫ２から選択される１つまたは複数のバイオマーカーの上昇量を有するか；又はＰＩ３Ｋバイオマーカーが低下していることを見出されている場合、ＣＬＬ医薬の治療的有効量を投与することを含む。本明細書中おけるＣＬＬの医薬の例としては、ＦＡＫシグナル伝達及び／又は同型接着を誘導するＣＬＬ医薬；Ｂ細胞アンタゴニスト又はＢ細胞抗体；ＣＤ２０抗体（例えばリツキシマブ、オファツムマブ、ＧＡ１０１、ＳＢＩ−０８７、ベルツズマブ及びＡＭＥ−１３３など、ヒト化、ヒト、キメラ、Ｉ型又はＩＩ型抗ＣＤ２０抗体を含む）が含まれる。
また本発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法を提供し、その患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ、及びＰＴＫ２から選択される１つまたは複数のバイオマーカーの増加量を有するか；又は減少したＰＩ３Ｋバイオマーカーを有することが見出されている場合、抗ＣＤ２０抗体（例えばリツキシマブ）の治療的有効量を患者に投与することを含む。
更に、本発明は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法を提供し、その患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ、及びＰＴＫ２から選択される１つまたは複数のバイオマーカーの上昇量を有するか；又は減少したＰＩ３Ｋバイオマーカーを有することを見出されている場合、リツキシマブ、フルダラビン及びシクロホスファミドの組み合わせの治療的有効量を患者に投与することを含む。
本発明は更に、慢性リンパ性白血病（CLL）の患者を治療するための方法を提供し、その患者がmiRNA1513P、miRNA409の3p、及びPTK2から選択される1つまたは複数のバイオマーカーの減少した量を有するか；又は上昇したＰＩ３Ｋバイオマーカーを有することが見出されている場合、リツキシマブ以外のＣＬＬ医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む。
本明細書中で治療された患者は、望ましくは、バイオマーカーの上昇量を持っていない患者に対して大きい無増悪生存（ＰＦＳ）の恩恵を受けるであろう。
発明のＣＬＬ医薬は、単独で、または他の薬剤と組み合わせて使用することができる。例えば、ＣＤ２０抗体は、特に、アルキル化剤（例えば、クロラムブシル、ベンダムスチン、又はシクロホスファミド）、ヌクレオシド類似体または代謝拮抗薬（例えばフルダラビン）、フルダラビン及びシクロホスファミド（ＦＣ）；例えばＣＤ２０抗体（例えば、リツキシマブ、オファツムマブ、ＧＡ１０１、ＳＢＩ−０８７、ベルツズマブ、及びＡＭＥ−１３３等）、ＣＤ２２抗体又はＣＤ７９ｂ抗体などの他のＢ細胞アンタゴニストとともに、静脈投与免疫グロブリン、及び／又はＣＤ５２抗体（例えばアレムツズマブ）とともに、シクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロン（ＣＨＯＰ）、又はシクロホスファミド、ビンクリスチン、プレドニゾロン（ＣＶＰ）などを含む、プレドニゾン又はプレドニゾロン、アルキル化剤含有併用療法を含む化学療法レジメンにより、少なくとも一の付加的治療薬とともに共投与されうる。上記のこうした併用療法は、併用投与（2つ以上の治療剤が、同一または別々の製剤に含まれている）及び分離投与を包含し、その場合、第一の医薬の投与が、第二の医薬の投与投与の前、同時、及び／又はその後に起きうる。本発明のＣＬＬ医薬はまた放射線治療と併用して用いることができる。
本発明の医薬は、任意の適切な手段によって投与することができ、経口、肺内、および鼻腔内、及び局所治療が所望される場合、病巣内投与が含まれる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与が含まれる。投薬は、その投与が短期間か又は長期であるかどうかに部分的に依存し、任意の適切な経路、例えば、静脈内または皮下注射などの注射により行うことができる。限定されないが、様々な時間点にわたる、単一または複数回投与、ボーラス投与、パルス注入を含む様々な投与スケジュールが本明細書で考えられている。
疾患の予防又は治療のためには、本発明の抗体の適切な用量（単独で使用されるか、又は、一以上の更なる治療的薬剤との組み合わされる場合）は治療すべき疾患の種類、抗体の種類、疾患の重症度及び経過、抗体を予防又は治療目的のいずれにおいて投与するか、以前の治療、患者の臨床的履歴及び抗体に対する応答性、及び担当医の判断に依存する。抗体は、患者に対して、単回、又は一連の治療にわたって適切に投与される。疾患の種類及び重症度に応じて、例えば一回以上の別個の投与によるか、連続注入によるかに関わらず、抗体約１μｇ／ｋｇから１５ｍｇ／ｋｇ（例えば０．１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇ）が患者への投与のための初期候補用量となり得る。１つの典型的な一日当たり用量は上記した要因に応じて約１μｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇ又はそれ以上の範囲である。数日間以上に渡る反復投与の場合には、状態に応じて、治療は疾患症状の望まれる抑制が起こるまで持続するであろう。ＣＤ２０抗体の典型的な投与計画は、約５００ｍｇ／ｍ２から約１５００ｍｇ／ｍ２の範囲内での、抗体の毎週、隔週、又は毎月の投与が含まれる。リツキシマブの例示的な投与計画は２８日ごとに３７５ｍｇ／ｍ２（１日目）次いで５００ｍｇ／ｍ２（サイクル２−６）である。オファツムマブの典型的な投与計画：３００ｍｇの初回投与量の後に２０００ｍｇ投与量（毎月）；５００ｍｇ又は１０００ｍｇの反復投与量；３００ｍｇ後一週間後に１０００ｍｇ、その後最大１１回の毎月１０００ｍｇの点滴など。
しかしながら、他の投与計画は有効でありうる。この治療の進行は、従来技術及びアッセイにより容易にモニターされる。
上記の製剤または治療方法のいずれかが、医薬としての抗体の代わりか又は抗体に加えて、本発明のイムノコンジュゲートを用いて行うことができることが理解される。
Ｖ．製造品
本発明のその他の実施態様において、ＣＬＬの治療に使用するための製造品。製造品は、容器とラベルまたは容器上にあるまたは容器に付属するパッケージ挿入物を含む。好適な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ等を含む。容器はガラス又はプラスチックなどの様々な物質から形成されうる。容器は、活性剤としてＣＬＬ医薬を含む組成物を保持しているか又は含み、かつ無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、容器は皮下注射針による穴あきストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであってよい）。
製造品は、薬学的に許容される希釈バッファー、例えば注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化塩水、リンガー溶液およびデキストロース溶液を含む第二の容器をさらに含んでもよい。製造品には、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、商業的およびユーザーの立場から望まれる他の物質のさらに含んでもよい。
本発明の製造品はまた、例えばパッケージ挿入物の形で、本組成物が、本明細書におけるバイオマーカーに基づいてＣＬＬの治療のために使用されることを示す情報を含む。挿入物またはラベルは、紙媒体又は磁気記録媒体（例えば、フロッピーディスク）やＣＤ−ＲＯＭなどの電子媒体上など任意の形態をとることができる。ラベル又は挿入物はまた、キット又は製造品のキットにおける薬学的組成物及び剤形に関する他の情報を含んでもよい。
本発明の一実施態様によれば、製造品は、薬学的に許容される担体中のＣＬＬ医薬（例えばＢ細胞アンタゴニスト、又は抗ＣＤ２０抗体）、及びＣＬＬ薬剤がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択される１つまたは複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物を、一緒にパッケージ化されて含み、提供される。
本発明は、ＣＬＬ医薬（例えばＢ細胞アンタゴニスト、又は抗ＣＤ２０抗体）を含む薬学的組成物及び、薬学的組成物がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択される１つまたは複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者を治療するためであることを示すパッケージ挿入物をパッケージの中で組み合わせることを含む製造品を製造するための方法に関する。
製造品は、薬学的に許容される希釈バッファー、例えば注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化塩水、リンガー溶液及び／又はデキストロース溶液を含む付加的な容器をさらに含んでもよい。製造品には、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、商業的およびユーザーの立場から望まれる他の物質のさらに含んでもよい。
ＶＩ．診断キット
本発明はまた、本明細書中で同定するバイオマーカーの任意の１つまたは複数のを検出するのに有用な診断キットに関する。従って、診断キットは、ＣＬＬ患者由来のサンプルにおいて、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択されるバイオマーカーの発現を決定するための１つまたは複数の試薬を含み提供される。任意で、キットは、患者がバイオマーカーを上昇したレベルで発現する場合、ＣＬＬ患者を治療するためのＣＬＬ医薬（例えばＢ細胞アンタゴニスト、又は抗ＣＤ２０抗体）を選択するためのキットを使用するために説明書を更に含む。他の実施態様において、説明書は、患者がバイオマーカーを低下したレベルで発現する場合、リツキシマブ以外（又は抗ＣＤ２０抗体以外）のＣＬＬ医薬を選択するためのキットを使用するためである。例えば、ＰＣＲキットの一実施態様において、一以上の試薬が、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ，ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ，ＰＴＫ２，又はＰＩ３Ｋバイオマーカーを検出するためのプローブ及びＤＮＡプライマーの一対を含む。
ＶＩＩ．広告の方法
本明細書における発明はまた、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択される１つまたは複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者を治療するためのＣＬＬ医薬（例えばＢ細胞アンタゴニスト、又は抗ＣＤ２０抗体）の使用をターゲット層（ｔａｒｇｅｔ ａｕｄｉｅｎｃｅ）に対して宣伝することを含む、ＣＬＬ医薬の広告をするための方法に関する。
広告は一般的にはスポンサーが識別され、メッセージが制御された非個人的な媒体を介する有料の通信である。本明細書における目的のための広告は、広報、広報活動、製品の配置、スポンサーシップ、引受業務、及び販売宣伝を含む。該用語はまた、本明細書の発明を購入し、支援し、又は承認する良好なパターンに向かって、大衆を、説得し、情報提供し、宣伝し、動機付けし、あるいは行動を変更するようにアピールするように計画された、印刷通信媒体の何れかに現れるスポンサー提供の情報公告を含む。
本明細書中の診断方法の広告や販売宣伝は、任意の手段によって達成することができる。これらのメッセージを配信するために使用する広告媒体の例としては、放送メディアに現れるメッセージであるコマーシャルを含む、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び看板を含む。広告はまた、食料品のカートの座席上、空港の通路の壁、バスの側面にあるもの、または電話保留メッセージ、または店舗内のＰＡシステムで聞くもの、または視覚的にも又は聴覚的にも通信が配置されうる任意の場所を含む。
プロモーションや広告手段のより具体的な例は、テレビ、ラジオ、映画、ウェブキャスト及びウェビナーなどのインターネット、同時にユーザに届くこように意図されたインタラクティブなコンピュータネットワーク、固定または電光掲示板、およびその他の公共看板、ポスター、雑誌や新聞などの伝統的または電子的な文献、他の報道発信地、プレゼンテーション、又は、例えば、電子メール、電話、インスタントメッセージ、郵便、宅配便、大量一斉メール又はキャリアメール、対面での訪問などによる個別の接触を含む。
使用される広告の種類は、到達されるべきターゲト層、例えば、病院、保険会社、クリニック、医師、看護師、及び患者、並びに、コストの考慮、及び医薬と診断の広告を規制する関連法律及び規制など、多くの要因に依存する。広告は、サービスの相互作用及び／又はユーザーの人口統計及び地理的な場所など他のデータによって定義されたユーザの特性評価に基づいて、個別化又はカスタマイズされ得る。
ＶＩＩＩ．生物材料の寄託
以下の生物学的材料が、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション、１０８０１ ユニバーシティブールバード、マナサス、バージニア州 ２０１１０−２２０９，米国（ＡＴＣＣ）に寄託されている：
Figure 2013541501
ＣＤ２０抗体に対するＣＬＬの反応を予測するバイオマーカー
材料と方法
サンプル：
治療前の患者検体は、Ｒ−ＦＣ（リツキシマブを加えたフルダラビン／シクロホスファミド）、またはＦＣ（フルダラビン／シクロホスファミド）の単独を受信するＣＬＬ患者をランダム化した、国際多施設、非盲第ＩＩＩ相試験から分析した。主な目的は、ＦＣ単独と比較して、Ｒ−ＦＣの優れた無増悪生存（ＰＦＳ）を実証することであった。治験実施計画書は、参加施設での治験審査委員会によって承認され、すべての患者は、文書によるインフォームドコンセントを与えた。試験デザインと適格基準についての詳細がRobak et al. J. Clin. Oncol. 28(10):1756-1765 (2010)に記載されている。患者は、ＲＮＡの可用性および末梢血試料の分子遺伝学的解析に参加するための文書によるインフォームドコンセントにおいて選択した。
ＣＤ１９＋細胞について陽性として選択された治療前末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）のサンプルは、ｎ＝３０１人の患者から入手可能であった。ＣＤ１９の分離は、製造元のプロトコール（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ社、ドイツ）に記載の磁気ビーズ分離により行った。
ＲＮＡ単離
ヒト細胞ペレットは、Ｑｉａｇｅｎ Ｂｕｆｆｅｒ ＲＬＴ中でホモジナイズした。全ＲＮＡは、マイクロＲＮＡの保持のために最適化され、ＤＮａｓｅ処理工程を含む、Ａｓｕｒａｇｅｎ,Ｉｎｃの標準的な操作手順に従って、Ａｓｕｒａｇｅｎ,Ｉｎｃによるヒト細胞ペレットホモジネートから単離された。全ＲＮＡサンプルの純度と量は、ナノドロップＮＤ−１０００紫外線分光光度計を用いて、吸光度の読み取り値を２６０ｎｍと２８０ｎｍで測定した。全ＲＮＡの完全性は、Ｎａｎｏ Ａｓｓａｙを用いて、アジレントバイオアナライザ２１００キャピラリー電気泳動によって認定された。マイクロＲＮＡプロファイリング用のサンプルの適性を、全体のマイクロＲＮＡの存在量の代替尺度として１から２の所有する（ｐｒｏｐｒｉｅｔａｒｙ）マイクロＲＮＡについてｓｉｎｇｌｅｐｌｅｘ定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。
ｍｉＲＮＡ発現プロファイリング：
ＤＩＳＣＯＶＡＲＲＡＹ（登録商標）ｍｉＲＮＡプロファイリングサービスプラットフォーム。
Ａｍｂｉｏｎ社からのカスタム製ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）が、Ｓａｎｇｅｒ ｍｉＲＢａｓｅから由来するｍｉＲＮＡプローブに対して設計され(Marcus et al., J Clin Oncol. 26:4579-4586 (2008); Hiddemann et al., Blood 106:3725-3732 (2005); http://microrna.sanger.ac.uk/sequences/index.shtml) 報告が公表された(Coiffier et al., N. Engl J. Med. 346:235-242 (2002); Feugier et al., J Clin Oncol. 23(18):4117-4126 (2005); and Hallek et al., Blood, ASH Annual Meeting Abstract, 112: 325 (2008); and Robak et al., Blood, ASH Annual Meeting Abstracts, 112:lba-1 (2008))。アンチゲノムプローブ配列は、ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）によって提供され、下記のようにバックグラウンドシグナルを推定するためのＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）ヒトエクソンアレイ上で使用されるコントロールの大規模なセットに由来した。アレイ上の他の非ｍｉＲＮＡのコントロールプローブは、ヒトゲノムに対する配列相同性が欠如するように設計されており、スパイクイン（ｓｐｉｋｅ−ｉｎ）外部コントロール用に使用することができる。
サンプル及びアレイ処理：
ｍｉＲＮＡプロファイリング研究用サンプルは、同社の標準操作手順に従って、Ａｓｕｒａｇｅｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ（オースティン、テキサス州）で処理した。サンプルの品質管理（ＱＣ）の評価に続いて、全ＲＮＡサンプル（サンプルあたり４００ｎｇの総ＲＮＡ）におけるＲＮＡ分子の３’末端を、同社の標準的なプロトコルに従って、ビオチンで標識した。ハイブリダイゼーション、洗浄、染色、イメージング、及びシグナルの抽出は、２０Ｘ ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）真核生物ハイブリダイゼーションコントロールが、ハイブリダイゼーションから省略されたことを除いて、ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）の推奨手順に従って行った。
シグナル処理：
ＡｍｂｉｏｎのｍｉＲＣｈｉｐ用に実装されるシグナル処理は、プローブ固有シグナル検出コール、背景推定と補正、定数分散安定化とアレイのスケーリング又は全体的規格化（global normalization）のいずれかを含む多段階のプロセスである(Hallek et al., Blood, ASH Annual Meeting Abstract, 112: 325 (2008))。各プローブについて、推定背景値は、Ｇ−Ｃが一致したアンチゲノムコントロールのセットの中央値シグナルに由来し、減算される。特定の分析実験内でのアレイは、Hallek et al., Blood, ASH Annual Meeting Abstracts, 114: Abstract 535 (2009)により既述される分散安定化法に従って一緒に正規化される。検出コールは、ＧＣ含量が一致した抗ゲノムプローブかあのシグナルの分布と比較して、ｍｉＲＮＡのプローブシグナルのＷｉｌｃｏｘｏｎの順位和検定に基づいている。
統計的分析：
統計的仮説検定では、２標本ｔ−検定が、等分散を想定して適用された。一方向のＡＮＯＶＡが、２つ以上の実験グループ又は同じ因子の水準で実験的なデザインのために使用された。これらの試験は、どのプローブが２つの基準に基づいて異なって発現すると考えられているかを定義する：デフォルトのｐ値は０．００１及びｌｏｇ２差＞１。
ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）Ｕ１３３ プラス２．０：
遺伝子発現プロファイリングはＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ７ヒトＵ１３３プラス２．０全ゲノムオリゴヌクレオチドアレイを用いて実施した。ＲＮＡサンプルのラベリングは、製造自動化プロトコルに従って、ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）アレイステーション（ＧＣＡＳ）を用いて行った。簡単に説明すると、ビオチン化ｃＲＮＡが、各サンプルからの０．５μｇの全ＲＮＡから始まり、生成された。２−α、２−β、１−γヘモグロビン遺伝子から成る５ジーンロジックのグロビン還元オリゴの２２．５μＭ混合の２ｌが、全ＲＮＡを反応物に添加された。グロビンオリゴマーは、第一鎖ｃＤＮＡ合成中のグロビンｍＲＮＡから生成されるグロビンｃＤＮＡの量を大きく減少させる遺伝子特異的遮断薬である。ロシュはＧｅｎｅＬｏｇｉｃ（Ｇａｉｎｔｈｅｒｓｂｕｒｇ ＭＤ，ＵＳＡ）．からオリゴマーシーケンスを購入した。
ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）アレイシステム（ＧＣＡＳ）ロボット上で、ターゲット標識化法が、ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）ＨＴ １サイクルターゲットラベリングキットＰ／Ｎ９００６８６を用いて行われた。次に、サンプルを、染色し、洗浄し、製造業者のプロトコルに従って、ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）アレイにハイブリダイズさせた。サンプルは２４サンプルのバッチ中でハイブリダイズさせた。アレイはＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）スキャナ３０００を使用してスキャンした。ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）オペレーションソフトウェア（ＧＣＯＳ）が、生の信号強度を捕捉するために使用された。マイクロアレイスイート（Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ Ｓｕｉｔｅ）５．０（ＭＡＳ５．０）とＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｃｏｎｓｏｌｅを、基本的な計算分析に用いた。
更なる統計的分析が、プローブセットシグナル中にプローブ強度をまとめたＲＭＡアルゴリズムを使用して行われた (Irizarry et al., Biostatistics 4(2): 249-264 (2003)).。プローブセットのシグナル強度は、変位値−変位値（ｑｕａｎｔｉｌｅ−ｑｕａｎｔｉｌｅ）法を用いて正規化した(Bolstad et al., Bioinformatics 19:185-193 (2003))。全ての正規化されたデータは、分析に先立って、高発現値の影響をダウンウエイト（down-weight）するために、ｌｏｇ２変換された。
品質管理の標準的な手順を適用した後(Irizarry et al.上掲)、２４０サンプルが、最終的に統計分析のために選択された。
Ｕ１３３プラス２．０マイクロアレイ上に存在する潜在的な５４６７５プローブセットのうち、存在コール（presence call）がＭＡＳ５．０アルゴリズム（ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）統計アルゴリズム説明文書、２００２）によって定義された少なくとも２つのサンプル中に存在していた。統計分析が一組の本プローブセットで行われた。
全トランスクリプトアッセイ（ＷＴＡ）と遺伝子／エキソン１．０ ＳＴアレイを用いた全ＲＮＡのＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）遺伝子発現プロファイリング。
ｍＲＮＡプロファイリング研究用サンプルは、同社の標準操作手順に従って、Ａｓｕｒａｇｅｎ社により処理された。ビオチン標識センス鎖ｃＤＮＡは、改良したＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）全トランスクリプト（ＷＴ）センスターゲットラベリングアッセイ（ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標），Ｉｎｃ．）を使用して、サンプルあたり１μｇの全ＲＮＡから調製された。中間体ｃＲＮＡと得られたｃＤＮＡの収量は、分光光度法により定量した。ｃＤＮＡの断片化とラベリングはエクソンアレイについて５μｇを用いて行われた。アレイへハイブリダイゼーションは、ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）モデル６４０ハイブリダイゼーションオーブンで４５℃で１６時間行った。アレイはＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）ＦＳ４５０フルイディクスステーションで洗浄し染色した。アレイはＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ（登録商標）ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）スキャナ３０００７Ｇでスキャンした。スキャンされた全てのアレイにおいて、ＤＡＴ、ＣＥＬ、ｊｐｇ、及びｘｍｌのフラットファイルが提供される。更に、ＲＭＡの正規化されたデータが、コアデータセット及び曲線下面積（ＡＵＣ）とポリＡスパイク含むメトリックを保存する対応するＱＣ情報について提供された。
定量的リアルタイムＰＣＲ逆転写、増幅、解析、逆転写及びＰＣＲ増幅：
ストックＡＢＩのＴａｑｍａｎ ｍｉＲＮＡアッセイ、ＰＣＲマスターミックス、及び逆転写（ＲＴ）のコンポーネントが使用された。４μＬの体積で１ｎｇの全ＲＮＡが、各アッセイの各反復において全反応体積１０μＬ中で逆転写される。３μＬの逆転写（ＲＴ）産物が各１５μＬのＴａｑｍａｎ ＰＣＲ増幅中へ前方向へ行われる。全ての増幅は検証されたＡＢＩ７９００ＨＴリアルタイムサイクラー上で実行される。既知のコピー数の合成ｍｉＲＮＡは、各アッセイセット用の陽性コントロールとして含まれている。反復の各セットの平均Ｃｔ値は、酵母ｔＲＮＡで希釈した既知のコピー数の合成ＲＮＡから由来する独立して生成された標準曲線と比較される。標準曲線が、５００から５０，０００，０００コピー／反応の間に合成ＲＮＡテンプレートに対して生成される。Ｒ＾２値が各標準曲線に対して報告される。
ＰＴＫ２についての結果はコントロール遺伝子としてＵＢＣを使用して、製造業者のプロトコールに従って、ＡＢＩのキットを用いて定量的リアルタイムＰＣＲ技術によって確認された。
ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ及びｍｉＲＮＡ ４０９ ３ｐについての結果は、製造業者のプロトコールに従って、ＡＢＩのキットを用いて定量的リアルタイムＰＣＲ技術によって確認された。ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ及びｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの発現レベルは、一般に高度な発現レベルを示したコントロール遺伝子のｍｉＲＮＡ １５０及びｍｉＲＮＡ ２６ ａに比較して分析された。
統計的分析
臨床上のデータ
治療前臨床的特徴、すなわち人口統計、予後マーカ−（デル（１７Ｐ）、デル（１１Ｑ）、ＺＡＰ７０及びＣＤ３８の発現などの細胞遺伝学的異常、ＩｇＶＨ状態）、無増悪生存（ＰＦＳ）は、フィッシャー直接確率法、マンホイットニーのＵ検定又はログランク検定を用いて比較した。＜０．０５のｐ値は統計的に有意であると考えられた。
Ｃｏｘ回帰モデリング及び
Ｃｏｘ回帰モデルを用いて二つのアプローチを試験することが、生存に関連する遺伝子とｍｉＲＮＡを同定するために使用された。最初のアプローチは、以下のモデルが考えられる。
モデルＡ
Figure 2013541501
モデルＢ
Figure 2013541501
ここで
ｈｉ（ｔ）は、個々のｉのハザード関数であり
ｈｏ（ｔ）はベースラインハザード関数であり、
β’は以下の説明変数の係数である：
年齢、ビネー、ＩｇＶＨ、Ｄｅｌ１７ｐ、ｄｅｌ１１ｑ及びＴｘはそれぞれ、年齢、ビネーステージ、ＩｇＶＨ、Ｄｅｌ１７ｐとｄｅｌ１１ｑ変異状態及び治療群についてコードする。
ＲＮＡはプローブセットのシグナル強度を表す（ｌｏｇ−２変換）。
両方のモデルにおいて、帰無仮説は、プローブセット強度信号と生存の間には何の関係もないということであった。
第二のアプローチは、対数尤度比検定（ＬＲＴ試験）と比較しながら、以下の二つのモデル（ＣとＤ）を使用した。他に比べて一治療群におけるより良好な生存について予測するために、ベースラインにおけるプローブセットのシグナルの能力の可能性に関心があり、我々は、モデルＢに両方の項目：プローブセットの信号強度及び治療因子によるプローブセットのシグナル強度の相互作用項を含めた。
モデルＣ
Figure 2013541501
モデルＤ
Figure 2013541501
帰無仮説は、プローブセットの強度と生存の間には何の関係もなく、対立仮説は、そうした関係があって更に両方の治療群間で異なっているということであった。
２つの試験（ワルドとＬＲＴ）は、存在するものとして同定された各プローブセットについて行われた。実行された多数の試験のため、複数の試験手順に基づく偽の発見率（ＦＤＲ）が、ワルド及び対数尤度比検定の両方によって異なって発現されるとして誤って同定された遺伝子（又はｍｉＲＮＡ）の期待される割合を調節するために適用された。１０パーセントのＦＤＲが有意差を宣言するために選ばれた。
無増悪生存の中央値が計算された、本文中に現れる別々の表とグラフにおいて、ｍＲＮＡとｍｉＲＮＡのシグナル強度が、カットオフとして中央値を用いて二分された。
ｍｉＲＮＡの反相関と３’ＵＴＲルシフェラーゼアッセイ
予測された標的がＴＡＲＧＥＴＳＣＡＮ ５．１ＴＭ（http://www.targetscan.org/）からダウンロードされ、予測される位置の保存に関わらず、ｍＲＮＡ発現プロファイリングから抽出された。ｍｉＲＮＡによる抗相関が、ｍｉＲＮＡのアレイとｍＲＮＡアレイデータを比較してピアソン相関係数を計算することによって決定された。著しい反相関ターゲットはｑ値＜０．０１により決定した。続いて、この閾値を満たした３’ＵＴＲｓは、３’ＵＴＲルシフェラーゼレポーターコンストラクト（Ｓｗｉｔｃｈｇｅａｒ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）の上流にクローニングされ、各コンストラクトの１００ｎｇが、２５ｎｇののｐＲＬ−ＣＭＶ、１０ｎＭのｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ模倣体（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ）又はスクランブルされた模倣体により、９６穴プレート中でＨｅＬａ細胞（ＡＴＣＣ）にトランスフェクトされた。ルシフェラーゼ活性はトランスフェクション後２４時間で決定され、全データはシイタケルシフェラーゼトランスフェクションコントロール及びスクランブルされたコントロール模倣体に対して規格化された。３回の生物学的複製が行われた。スクランブルされたコントロール及びｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの間の統計的有意性は、両面スチューデントｔ検定によって決定された。
結果
マイクロＲＮＡデータ：
ＤＩＳＣＯＶＡＲＲＡＹ７マイクロＲＮＡプラットフォームを使用して、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ及びｍｉＲＮＡ ４０９−３ｐがリツキシマブに基づく治療においてＰＳＦの有意な予測ｍｉＲＮＡとして浮かび上がった（図１Ａ、１Ｂ及び２Ａ、２Ｂ、表１、２Ａ、２Ｂ）。
定量的リアルタイムＰＣＲによるアレイデータの検証は、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ及びｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの予測的有意性を確認した。
コホート研究（治療ＦＣ対ＦＣＲ、年齢、ビネーステージ、ＩｇＶＨ突然変異状態、デル（１７ｐ））において、予後的意義を示した治療前因子を含む関節多変量モデルに両方を組み込むときに独立した予測的有意性が残っていた。
治療：ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの相互作用：ＨＲ １．０９（１．０１−１．１７），ｐ＝０．０２１．
治療：ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの相互作用：ＨＲ １．０９（１．１−１．１８），ｐ＝０．０４７．
同じモデルにおけるｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐとｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの組み合わせは、追加の予測的有意性を明らかにしなかった。
Figure 2013541501
Figure 2013541501
Figure 2013541501
図１Ａに示すように、ＦＣに比べて（ｎ＝７６、事象：４７、ＰＦＳ中央値：１８．５ヵ月、Ｐ＝０，００１９）、ＦＣＲで処置したとき（ｎ＝７５、事象：２６、無増悪生存の中央値に達していない）、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いＰＦＳを有していた。初期のｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐのレベルがｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの発現レベル中央値未満に比べて（ｎ＝７４、事象：４１、無増悪生存期間の中央値は２４ヵ月、Ｐ＝０．００５）中央値より高くなったときに（ｎ＝７５、事象：２６、無増悪生存の中央値に達していない）、ＦＣＲで治療を受けた患者が有意に長いＰＦＳを持っていた。ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの発現レベル（ｐ＝０．９６）に関わらず、ＦＣで処置された患者においてＰＳＦに違いは観察されなかった。治療に関わらず、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ発現の中央値未満において、ＰＳＦに違いは観察されなかった。
図１Ｂに示すように、ＦＣに比べて（ｎ＝６９、事象：４１、ＰＦＳ中央値：２０．７ヵ月、Ｐ＝０，００２７）、ＦＣＲで処置したとき（ｎ＝７１、事象：２５、無増悪生存の中央値に達していない）、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いＰＦＳを有していた。初期のｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐのレベルがｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの発現レベル中央値未満に比べて（ｎ＝６６、事象：３６、無増悪生存期間の中央値は２３．９ヵ月、Ｐ＝０．００４９）中央値より高くなったときに（ｎ＝７１、事象：２５、無増悪生存の中央値に達していない）、ＦＣＲで治療を受けた患者が有意に長いＰＦＳを持っていた。ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの発現レベル（ｐ＝０．４３）に関わらず、ＦＣで処置された患者においてＰＳＦに違いは観察されなかった。治療に関わらず、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ発現の中央値未満において、ＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．５５）。
図２Ｂは、ＦＣに比べて（ｎ＝７６、事象：４３、ＰＦＳ中央値：１８ヵ月、Ｐ＝０，０００９８）、ＦＣＲで処置したとき（ｎ＝７５、事象：２７、無増悪生存の中央値に達していない）、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いＰＦＳを有していたことを示す。初期のｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐのレベルがｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの発現レベル中央値未満に比べて（ｎ＝７４、事象：４０、無増悪生存の中央値は２４ヵ月、Ｐ＝０．００５２）中央値より高くなったときに（ｎ＝７５、事象：２７、無増悪生存の中央値に達していない）、ＦＣＲで治療を受けた患者が有意に長いＰＦＳを持っていた。ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの発現レベルに関わらず、ＦＣで処置された患者においてＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．６）。治療に関わらず、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ発現の中央値未満において、ＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．９８）。
図２Ｂは、ＦＣに比べて（ｎ＝７６、事象：４３、ＰＦＳ中央値：１８．３ヵ月、Ｐ＝０，００２８）、ＦＣＲで処置したとき（ｎ＝６４、事象：２０、無増悪生存の中央値に達していない）、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いＰＦＳを有していたことを示す。初期のｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐのレベルがｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの発現レベル中央値未満に比べて（ｎ＝７３、事象：４１、無増悪生存の中央値は２６．２ヵ月、Ｐ＝０．０２５）中央値より高くなったときに（ｎ＝６４、事象：２０、無増悪生存の中央値に達していない）、ＦＣＲで治療を受けた患者が有意に長いＰＦＳを持っていた。ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの発現レベルに関わらず、ＦＣで処置された患者においてＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．８８）。治療に関わらず、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ発現の中央値未満において、ＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．３５）。
ｍＲＮＡデータ：
ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸエクソン１．０ ＳＴ及びＵ１３３プラス２．０７マイクロアレイプラットフォームを利用して、ＰＴＫ２はリツキシマブに基づいた治療におけるＰＦＳについて、有意な予測的差次的発現遺伝子として浮上した。ＰＴＫ２は予後因子を含む多変量解析において無増悪生存に関連付けられている（処置ＦＣ対ＦＣＲ、年齢、ビネーステージ、ＩｇＶＨ突然変異状態、デル（１７ｐ））。ワルド検定は多重検定の補正後に有意であった（Ｐ値＝１．５ １０−４−ｑ値＜０．１）。
定量的リアルタイムＰＣＲによるアレイデータの検証は、ＰＴＫ２の予測的有意性を確認した（；図５：表３及び表４）。
更に、ｍｉＲＮＡ １５１は８番染色体上のＰＴＫ２に対してイントロンであり、共発現される可能性が最も高く、その発現レベルの間の相関は非常に高い（ピアソンの相関係数＝０．８４）。
Figure 2013541501
Figure 2013541501
図３は、ＦＣに比べて（ｎ＝６９、事象：４２、ＰＦＳ中央値：２１．５ヵ月、Ｐ＝０，００３１）、ＦＣＲで処置したとき（ｎ＝８１、事象：２８、無増悪生存の中央値に達していない）、ＰＴＫ２の発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いＰＦＳを有していたことを示す。初期のＰＴＫ２発現のレベルがＰＴＫ２の発現レベル中央値未満に比べて（ｎ＝７１、事象：４２、無増悪生存の中央値は２０ヵ月、Ｐ＝０．００１６）中央値より高くなったときに（ｎ＝８１、事象：２８、無増悪生存の中央値に達していない）、ＦＣＲで治療を受けた患者が有意に長いＰＦＳを持っていた。ＰＴＫ２の発現レベルに関わらず、ＦＣで処置された患者においてＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．４８）。治療に関わらず、ＰＴＫ２発現者の中央値未満において、ＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．７９）。
図４は、ＦＣに比べて（ｎ＝５２、事象：３４、ＰＦＳ中央値：２１．５ヵ月、Ｐ＝０，０１１）、ＦＣＲで処置したとき（ｎ＝６７、事象：２５、無増悪生存の中央値が４２．４月）、ＰＴＫ２の発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いＰＦＳを有していたことを示す。初期のＰＴＫ２発現のレベルがＰＴＫ２の発現レベル中央値未満に比べて（ｎ＝５５、事象：３１、無増悪生存の中央値は２０ヵ月、Ｐ＝０．０２７）中央値より高くなったときに（ｎ＝６７、事象：２５、無増悪生存の中央値が４２．４月）、ＦＣＲで治療を受けた患者が有意に長いＰＦＳを持っていた。ＰＴＫ２の発現レベルに関わらず、ＦＣで処置された患者においてＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．５３）。治療に関わらず、ＰＴＫ２発現者の中央値未満において、ＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．４６）。
図５は、ＦＣに比べて（ｎ＝６５、事象：３９、ＰＦＳ中央値：２１．５ヵ月、Ｐ＝０，００５９）、ＦＣＲで処置したとき（ｎ＝７１、事象：２３、無増悪生存の中央値に達していない）、ＰＴＫ２の発現レベル中央値よりも高い患者が有意に長いＰＦＳを有していたことを示す。初期のＰＴＫ２発現のレベルがＰＴＫ２の発現レベル中央値未満に比べて（ｎ＝６３、事象：３６、無増悪生存の中央値は２０ヵ月、Ｐ＝０．００４９）中央値より高くなったときに（ｎ＝７１、事象：２３、無増悪生存の中央値に達していない）、ＦＣＲで治療を受けた患者が有意に長いＰＦＳを持っていた。ＰＴＫ２の発現レベルに関わらず、ＦＣで処置された患者においてＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．２５）。治療に関わらず、ＰＴＫ２発現者の中央値未満において、ＰＳＦに違いは観察されなかった（ｐ＝０．３７）。
ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの改変された発現レベルの潜在的な生物学的影響を評価するため、ｍｉＲＮＡは主にｍＲＮＡ分解のレベルでその効果を発揮すると考えられているので、これらのｍｉＲＮＡの発現は、３’ＵＴＲ内の保存および非保存の予測される標的遺伝子のｍＲＮＡ発現と相関していた。Guo et al. Nature 466(7308):835-40 (2010).
ターゲットの相関係数が決定され、１２１４の内でわずか２３の予測されたターゲットがｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐと負に相関していた（ｑ値＜０．０１でＰＣＣ＜−０．２）．。これらの予測されたターゲットのどれが真性ターゲットである可能性があるかを確認するために、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの模倣体又はスクランブルされたコントロールがＨｅＬａ細胞で発現され、２４時間後に、各遺伝子の３’ＵＴＲを含むルシフェラーゼレポーターコンストラクトの発現を抑制する能力について評価した（図６）。２３の予測された３’ＵＴＲｓのうち、１８を適当なベクターにサブクローニングすることができた。特記すべきは、１８のうちわずか５（２８％）の３’ＵＴＲが、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの導入の際にルシフェラーゼ活性の統計学的に有意な減少を示した。これらの結果は、ＦＣＲに対する応答を変調しうる特定の生物学的応答を媒介するために、ｍｉＲＮＡ１５１３ｐが選択的にターゲットを制御していることを意味する。更に、これらの遺伝子ターゲットの一つ、ＰＩＫ３Ｒ３のｍＲＮＡ発現の低下がＲ−ＦＣ転帰と正に関連していた（ｐ＝０．０３、図７及び８Ａ−Ｃ）。
結論
本研究の目的は、抗ＣＤ２０抗体に基づく治療法で治療されるＣＬＬ患者の転帰を予測するバイオマーカーを発見することであった。本明細書におけるデータは、初めて、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐ及びｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの（中央値を超える）発現レベルの上昇並びにＰＴＫ２の遺伝子発現レベルの（中央値を超える）上昇は、抗ＣＤ２０に基づいた治療法で治療されたＣＬＬ患者におけるＰＦＳの延長に関連している。マイクロアレイプラットフォームから得られた知見は、定量的リアルタイムＰＣＲにより検証された。加えて、予測的有意性は疾患の予後に影響を及ぼすことが知られている要因を用いた多変量解析に残った。
更に、本明細書におけるデータは、治療の前に抗ＣＤ２０抗体に基づく治療に対するＣＬＬ患者の転帰と利益を予測することの実現可能性を実証する。ｍｉＲＮＡｓ １５１ ３ｐ及び４０９ ３ｐ及びＰＴＫ２のｍＲＮＡ発現の診断評価は、ＬＬ患者にとって最も適切な治療法を選択するために有用なツールとして機能する。更に、ＰＩＫ３Ｒ３の低い発現、ｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの確認されたターゲットは、抗ＣＤ２０抗体の転帰と正に関連していた。
前述の発明は、理解を明確にする目的のために例示および実施例によってある程度詳細に説明してきたが、説明や例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。すべての特許および本明細書に引用される科学文献の開示は、参照によりその全体が援用される。

Claims (38)

  1. 慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法であって、該患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ、及びＰＴＫ２から選択される１つ又は複数のバイオマーカーの上昇量を有することが見出された場合、ＣＬＬ医薬の治療的有効量を投与することを含む方法。
  2. ＣＬＬ医薬がＦＡＫシグナル伝達又は同型接着を誘導する、請求項１に記載の方法。
  3. ＣＬＬ医薬がＢ細胞アンタゴニストである、請求項１に記載の方法。
  4. ＣＬＬ医薬が抗ＣＤ２０抗体である、請求項１に記載の方法。
  5. 抗ＣＤ２０抗体が、ヒト化、ヒト、又はキメラ抗ＣＤ２０抗体である、請求項４に記載の方法。
  6. 抗ＣＤ２０抗体が、リツキシマブ、オファツムマブ、ＧＡ１０１、ＳＢＩ−０８７、ベルツズマブ、及びＡＭＥ−１３３からなる群から選択される、請求項４に記載の方法。
  7. 抗ＣＤ２０抗体がリツキシマブである、請求項６に記載の方法。
  8. バイオマーカーの上昇量を持っていない患者に対して、患者が大きい無増悪生存（ＰＦＳ）を有する、請求項１から７の何れか一項に記載の方法。
  9. 化学療法剤を患者に投与することを更に含む、請求項１から８の何れか一項に記載の方法。
  10. 化学療法剤が、シクロホスファミド及びフルダラビンを含む、請求項９に記載の方法。
  11. 患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３ｐの上昇した量を有する、請求項１に記載の方法。
  12. 患者がｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐの上昇した量を有する、請求項１に記載の方法。
  13. 患者がＰＴＫ２の上昇した量を有する、請求項１に記載の方法。
  14. バイオマーカーの量が遺伝子発現プロファイリングによって評価される、請求項１に記載の方法。
  15. 遺伝子発現プロファイリングが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を含む、請求項１４に記載の方法。
  16. ＰＣＲが定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を含む、請求項１５に記載の方法。
  17. バイオマーカーの発現について患者からのサンプルを試験することを含む、請求項１から１６の何れか一項に記載の方法。
  18. サンプルが、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む、請求項１７に記載の方法。
  19. 慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法であって、患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ、及びＰＴＫ２から選択される１つ又は複数のバイオマーカーの上昇量を有することが見出された場合、リツキシマブ、フルダラビン及びシクロホスファミドの組み合わせの治療的有効量を患者に投与することを含む方法。
  20. 慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法であって、患者がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３ｐ、及びＰＴＫ２から選択される１つ又は複数のバイオマーカーの減少量を有することが見出された場合、リツキシマブ以外のＣＬＬ医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む方法。
  21. 慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者のための治療法を選択するための方法であって、患者由来のサンプルにおいて、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択されたバイオマーカーの発現を決定し、かつバイオマーカーの発現のレベルに基づいて、ＣＬＬ医薬を選択することを含む方法。
  22. 癌サンプルがバイオマーカーを上昇したレベルで発現する場合、患者がＣＬＬ医薬による治療のために選択される、請求項２１に記載の方法。
  23. ＣＬＬ医薬がＦＡＫシグナル伝達又は同型接着を誘導する、請求項２１に記載の方法。
  24. ＣＬＬ医薬がＢ細胞アンタゴニストである、請求項２１に記載の方法。
  25. ＣＬＬ医薬が抗ＣＤ２０抗体である、請求項２１に記載の方法。
  26. 癌サンプルがバイオマーカーを上昇したレベルで発現する場合、患者がリツキシマブ以外のＣＬＬ医薬による治療のために選択される、請求項２１に記載の方法。
  27. ＣＬＬ患者由来のサンプルにおいて、ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択されるバイオマーカーの発現を決定するための１つ又は複数の試薬を含む診断キット。
  28. ＣＬＬ患者を治療するためのＣＬＬ医薬を選択するためのキットを使用するための説明書を更に含む、請求項２７に記載の診断キット。
  29. 一又は複数の試薬が、バイオマーカーの検出のためのプローブとＤＮＡプライマーの一対を含む、請求項２７又は請求項２８に記載の診断キット。
  30. 薬学的に許容される担体中ＣＬＬ医薬、及びＣＬＬ医薬がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択される１つ又は複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物を、一緒にパッケージ化されて含む製造品。
  31. ＣＬＬ医薬を含む薬学的組成物と、薬学的組成物がｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択される１つまたは複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者を治療するためのものであることを示すパッケージ挿入物とをパッケージにおいて組み合わせることを含む、製造品を製造するための方法。
  32. ｍｉＲＮＡ１５１ ３Ｐ、ｍｉＲＮＡ４０９ ３Ｐ、ＰＴＫ２、及びＰＩ３Ｋから選択される１つ又は複数のバイオマーカーの発現に基づいて、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）患者を治療するためのＣＬＬ医薬の使用をターゲット層に対して宣伝することを含む、ＣＬＬ医薬の広告をするための方法。
  33. 慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法であって、該患者が減少したＰＩ３Ｋバイオマーカーを有することを見出されている場合、ＣＬＬ医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む方法。
  34. ＰＩ３ＫバイオマーカーがＰＩＫ３Ｒ３を含む、請求項３３に記載の方法。
  35. 慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法であって、患者が減少したＰＩ３Ｋバイオマーカーを有することが見出された場合、リツキシマブ、フルダラビン及びシクロホスファミドの組み合わせの治療的有効量を患者に投与することを含む方法。
  36. ＰＩ３ＫバイオマーカーがＰＩＫ３Ｒ３を含む、請求項３５に記載の方法。
  37. 患者が上昇したＰＩ３Ｋバイオマーカーを有することが見出された場合、リツキシマブ以外のＣＬＬ医薬の治療的有効量を患者に投与することを含む、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）の患者を治療するための方法。
  38. ＰＩ３ＫバイオマーカーがＰＩＫ３Ｒ３を含む、請求項３７に記載の方法。
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