JP2013540997A - 光学的キャリブレーション検証システム - Google Patents
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Abstract
【選択図】 図1
Description
DNAシーケンサは、DNAサンプル内のヌクレオチド塩基(アデニン、グアニン、シトシン、そしてチミン)の配列を決定する装置である。一つのシーケンス技術において、DNAは生体サンプルから抽出され精製される。精製されたDNAは溶解され、その断片がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)により複製される。サイズが既知の合成された断片を含む参照試料が、複製された断片を含むサンプルに加えられる。DNA断片及び参照断片は、それぞれ既知で固有のスペクトル感度を有する標的特異性の蛍光色素で標識化され、標識化された断片は電気泳動を介して分離される。光学要素は所定の波長領域内の波長を有する放射を伝えるものであり、その放射が分離された断片の色素に照射されて色素を励起し、照射に反応して色素から放射された特徴的な蛍光放射を受け取り、受け取った特徴的な蛍光放射を示す電気信号を生じさせる。評価段階のDNAに対応する信号が使用され、スペクトル特性に基づいてヌクレオチド塩基単位でDNA断片の配列が決定される。
シーケンサのキャリブレーションおよび/または機能を検証するために、参照試料に対応する信号が使用される。残念のことに、DNA試料及び参照試料は同時に処理される。結果として、前記参照試料に対応する信号が、当該シーケンサがキャリブレーションの範囲外の測定値を示す場合またはシーケンサが適切に機能していないことを示す場合、シーケンサの結果が廃棄されてサンプルが処分される。そして、シーケンサは再度キャリブレーションされ、その機能が検証された後、別のサンプルが調達され、準備され、処理される。しかしながら、再度キャリブレーションされ検証された後でも、外力、温度、振動、衝撃および/または他の影響、例えばキャリブレーション時間から使用時間までにおける影響が、前記キャリブレーションされ検証されたシステムをキャリブレーションの範囲から外すことがある。このことは、他のDNAサンプル及び参照試料が同時に処理されるまで検出されない。上述したように、仮に参照試料に対応する信号が、当該シーケンサがキャリブレーションの範囲外の測定値を示す場合またはシーケンサが適切に機能しないことを示す場合、処理結果を処分し、サンプルを廃棄し、シーケンサを再度キャリブレーションし、他のサンプルを処理することになる。
この出願の発明に関連する先行技術文献情報としては、以下のものがある(国際出願日以降国際段階で引用された文献及び他国に国内移行した際に引用された文献を含む)。
【先行技術文献】
【特許文献】
【特許文献1】 欧州特許出願公開第1956358号明細書
【特許文献2】 米国特許第3944834号明細書
【特許文献3】 米国特許第3973129号明細書
【非特許文献】
【非特許文献1】 International search report for PCT/US2010/047501 published as WO 2012/030334 A1.
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
一の観点においては、サンプル処理装置は、参照キャリアを保持する参照キャリア領域を有しており、前記参照キャリアは1若しくはそれ以上の参照物質を含むものである。この参照物質は所定の対象範囲の波長を有する放射線が照射されると、固有で既知のスペクトル特性を示す放射線を発する。サンプル処理装置は、当該装置で処理するために、択一的にサンプルキャリアまたは参照キャリアを受け取るように構成されたキャリア受取領域をさらに有している。サンプル処理装置は、所定の対象範囲の波長を有する放射線を発し、キャリア受取領域でキャリアを照射し、そのキャリアから生じる放射線を検出する光学要素をさらに備えている。そして、サンプル処理装置は、当該装置で処理するために、参照キャリアを参照キャリア領域からキャリア受取領域まで移動させる。
Claims (25)
- サンプル処理装置(102)であって、
参照キャリア(108)を保持する参照キャリア領域(106)であって、前記参照キャリアは1若しくはそれ以上の参照物質を含み、当該参照物質は所定の対象範囲の波長を有する放射線が照射されると固有で既知のスペクトル特性を示す放射線を発するものである、前記参照キャリア領域と、
当該装置で処理するために、択一的にサンプルキャリア(104)または前記参照キャリアを受け取るように構成されたキャリア受取領域(110)と、
所定の対象範囲での波長を有する放射線を発し、前記キャリア受取領域で前記キャリアを照射し、前記キャリアから生じる前記放射線を検出する光学要素(114,116,118)とを備え、
当該装置で処理するために、前記参照キャリアを前記参照キャリア領域から前記キャリア受取領域まで移動させる、ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項1に記載のサンプル処理装置において、
前記光学要素は、前記参照キャリアが前記キャリア受取領域にあるときに当該参照キャリアに光を照射し、当該参照物質への光の照射に応じて、当該参照物質から発せられた放射線を検出するものであり、
検出された放射線に基づいてキャリブレートされるかを決定し、そのことを示す信号を発生させる分析器(120)
をさらに備えたことを特徴するサンプル処理装置。 - 請求項2に記載のサンプル処理装置において、
前記光学要素は前記参照キャリアに光を照射して前記放射線を検出し、
前記分析器はサンプルキャリアを前記キャリア受取領域に投入する前に少なくとも1回は当該装置がキャリブレートされるかを決定する
ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項2または3の何れか一項に記載のサンプル処理装置において、
前記光学要素は前記参照キャリアに光を照射して前記放射線を検出し、
前記分析器は、処理されたサンプルキャリアが前記キャリア受取領域から除去されてから次のサンプルキャリアが前記キャリア受取領域に投入されるまでの間に少なくとも1回は当該装置がキャリブレートされるかを決定する
ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項2乃至4の何れか一項に記載のサンプル処理装置において、
前記光学要素は前記参照キャリアに光を照射して前記放射線を検出し、
前記分析器は当該装置がウォームアップ状態の間に当該装置がキャリブレートされるかを決定する
ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項2乃至5の何れか一項に記載のサンプル処理装置において、
当該装置がキャリブレートされていないことを前記信号が示している場合、当該装置は前記光学要素を再度キャリブレーションをする
ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項2乃至6の何れか一項に記載のサンプル処理装置において、
当該装置がキャリブレートされたかを示す通知を提示する制御装置(122)
をさらに備えたことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項1に記載のサンプル処理装置において、
サンプルキャリアを前記キャリア受取領域に投入することで、前記参照キャリアを前記キャリア受取領域から前記参照キャリア領域まで移動させる、ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項8に記載のサンプル処理装置において、
前記サンプルキャリアは物理的に接触して前記参照キャリアを前記キャリア受取領域から外し、前記参照キャリア領域に入れる、ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項1に記載のサンプル処理装置において、
当該装置は、サンプルキャリアが前記キャリア受取領域に投入されない場合、前記参照キャリアを前記キャリア受取領域に自動的に移動させる、
ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項10に記載のサンプル処理装置において、
前記参照キャリアと当該装置とに取り付けられた弾性要素(202)をさらに備え、
前記弾性要素は、前記参照キャリアが前記参照キャリア領域に存する場合、圧縮または緊張のいずれかの状態であり、前記サンプルキャリアが前記キャリア受取領域から外されるにつれて非圧縮または非緊張の状態にするものであり、前記キャリア受取領域内の前記参照キャリアの位置合わせをするものである、
ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項1に記載のサンプル処理装置において、
当該装置が前記キャリア受取領域に投入されたサンプルキャリアを処理している間、前記参照キャリア領域が前記参照キャリアを保持する、
ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項1に記載のサンプル処理装置において、
当該装置はフィールド配置可能であり、当該装置を配置場所へ輸送する間に、当該装置は前記参照キャリアを運ぶ、ことを特徴とするサンプル処理装置。 - 請求項1に記載のサンプル処理装置において、
当該装置はDNAシーケンサを含む、ことを特徴とするサンプル処理装置。 - サンプルキャリアがキャリア受取領域に存しない場合、参照キャリアの1若しくはそれ以上の参照物質をサンプル処理装置により処理するために、前記サンプル処理装置により保持される参照キャリアを当該装置のキャリア受取領域に動かす工程であって、当該装置が前記参照キャリアを前記キャリア受取領域に自動的に動かす工程と、
処理ステーションを介して、前記キャリア受取領域にある前記参照キャリアにより運ばれる1若しくはそれ以上の物質を処理する工程と、
処理の結果に基づいて、前記装置がキャリブレートされるかを示す信号を発生する工程と、
を備えたことを特徴とする方法。 - 請求項15に記載の方法において、
前記1若しくはそれ以上の参照物質は、所定の対象範囲の波長を有する放射線が照射されると、固有で既知のスペクトル特性を有する放射線を発するものであり、
前記1若しくはそれ以上の参照物に所定の対象範囲の波長を有する放射線を照射する工程と、
前記所定の対象範囲の波長を有する前記放射線が照射されることに応じて、前記1若しくはそれ以上の参照物質により発せられた前記放射線を検出する工程と、
前記検出された放射線に基づいて、当該装置がキャリブレートされるかを決定する工程とを備え、
前記発生した信号は前記検出された放射線を示すものである、
ことを特徴とする方法。 - 請求項16に記載の方法において、
キャリブレートされた装置に対する所定のスペクトル特性の範囲で前記検出された放射線のスペクトル特性を比較する工程をさらに備え、
前記発生した信号が、前記所定のスペクトル特性の範囲内で前記検出された放射線の前記スペクトル特性に対応して、当該装置がキャリブレートされたかを示す、
ことを特徴とする方法。 - 請求項17に記載の方法において、
前記発生した信号は、前記検出された放射線の前記スペクトル特性が前記所定のスペクトル特性の範囲外であることに応じて、当該装置がキャリブレーションの範囲外であることを示す、ことを特徴とする方法。 - 請求項16乃至18のいずれか一項に記載の方法において、
前記信号が当該装置がキャリブレーションの範囲外であることを示す場合、当該装置を自動的に再度キャリブレーションする工程、
をさらに備えたことを特徴とする方法。 - 請求項16乃至19のいずれか一項に記載の方法において、
前記1若しくはそれ以上の物質を処理する工程と、
前記キャリア受取領域に投入されたサンプルキャリアが処理される前に、1若しくはそれ以上の回数、前記信号を発生する工程と、
をさらに備えたことを特徴とする方法。 - 請求項20に記載の方法において、
サンプルキャリアの処理手順を実行する初期段階の間に、前記1若しくはそれ以上の物質が処理される、ことを特徴とする方法。 - 請求項20または21のいずれかに記載の方法において、
前記サンプルキャリアを前記キャリア受取領域に投入することで、前記参照キャリアを当該装置の前記キャリア受取領域から前記参照キャリア領域まで自動的に移動させる、ことを特徴とする方法。 - 請求項22に記載の方法において、
前記サンプルキャリアを前記キャリア受取領域から取り外すことで、前記参照キャリアを前記参照キャリア領域から前記キャリア受取領域まで自動的に移動させる、ことを特徴とする方法。 - 請求項16に記載の方法において、
前記参照キャリアを前記キャリア受取領域と前記参照キャリア領域との間で電子的に動かす工程、
をさらに備えたことを特徴とする方法。 - サンプル処理装置(102)であって、
当該サンプル処理装置により処理するために当該サンプル処理装置の参照キャリアを当該サンプル処理装置のキャリア受取領域に自動的に動かす要素を備え、
前記参照キャリアを処理することは、前記参照キャリアにより運ばれる1若しくはそれ以上の参照物質の光学的特性に基づいて、当該サンプル処理装置がキャリブレートされるかを示す信号を発生させることを含む、サンプル処理装置。
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