JP2013047624A - 質量分析を用いた修飾タンパク質同定方法及び同定装置 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】公的なアミノ酸配列データベース等の登録情報など、既知のタンパク質のアミノ酸配列情報と翻訳後修飾情報とに基づいて、既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む同定用DB5を予め構築する。この際に、修飾されたアミノ酸を通常のアミノ酸と重複しない特定の記号で表記する。検索条件入力部44から同定対象のデータと翻訳後修飾を含む検索条件が指定されると、DB検索部43は指定されたデータを同定用DB5と照合してペプチドの候補を抽出する。修飾タンパク質は既知のものに限られるため検索空間はそれほど拡大しない。それによって、高い同定性能を確保しながら検索時間を短縮することができる。
【選択図】図1
Description
なお、MS/MSイオンサーチ法は、マスコット以外の他のアミノ酸配列解析用ソフトウエア、例えばX!Tandemなどにも搭載されている。
既知であるタンパク質のアミノ酸配列情報及び翻訳後修飾情報に基づいて作成された、修飾を受けたアミノ酸を擬似的な一つのアミノ酸とみなして所定の規則に則って記号化された既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む修飾タンパク質データベースを使用し、
与えられた質量分析データに基づくプロダクトイオン情報を、前記修飾タンパク質データベースに含まれるそれぞれのアミノ酸配列から生成された対応するプロダクトイオン情報と照合することによって、アミノ酸配列の候補を抽出し、
その抽出されたアミノ酸配列候補に基づいて、前記擬似的な一つのアミノ酸とみなされた修飾を受けたアミノ酸については非修飾のアミノ酸に対応した記号に戻した上で、アミノ酸配列、修飾部位、修飾の種類を含む情報を出力することを特徴としている。
a)既知であるタンパク質のアミノ酸配列情報及び翻訳後修飾情報に基づいて、生じ得る全ての修飾タンパク質について修飾を受けたアミノ酸を擬似的な一つのアミノ酸とみなして所定の規則に則って記号化された既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を生成し、該既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む修飾タンパク質データベースを構築するデータベース構築ステップと、
b)前記データベース構築ステップにより構築された修飾タンパク質データベースと同種の翻訳後修飾が検索条件の一つとして指定された検索が指示されたときに、与えられた質量分析データに基づくプロダクトイオン情報を、前記修飾タンパク質データベースに含まれるそれぞれのアミノ酸配列から生成された対応するプロダクトイオン情報と照合することによって、アミノ酸配列の候補を抽出するデータベース検索実行ステップと、
c)前記データベース検索実行ステップにより抽出されたアミノ酸配列候補に基づいて、前記擬似的な一つのアミノ酸とみなされた修飾を受けたアミノ酸については非修飾のアミノ酸に対応した記号に戻した上で、修飾タンパク質についてはアミノ酸配列、修飾部位、修飾の種類を含む情報を出力する検索結果出力ステップと、
を有することを特徴としている。
a)既知であるタンパク質のアミノ酸配列情報及び翻訳後修飾情報に基づいて作成された、修飾を受けたアミノ酸を擬似的な一つのアミノ酸とみなして所定の規則に則って記号化された既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む修飾タンパク質データベースと、
b)与えられた質量分析データに基づくプロダクトイオン情報を前記修飾タンパク質データベースに含まれるそれぞれのアミノ酸配列から生成された対応するプロダクトイオン情報と照合することによってアミノ酸配列の候補を抽出するデータベース検索実行手段と、
c)その抽出されたアミノ酸配列候補に基づいて、前記擬似的な一つのアミノ酸とみなされた修飾を受けたアミノ酸については非修飾のアミノ酸に対応した記号に戻した上で、アミノ酸配列、修飾部位、修飾の種類を含む情報を出力する検索結果出力手段と、
を備えることを特徴としている。
a)既知であるタンパク質のアミノ酸配列情報及び翻訳後修飾情報に基づいて、生じ得る全ての修飾タンパク質について修飾を受けたアミノ酸を擬似的な一つのアミノ酸とみなして所定の規則に則って記号化された既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を生成し、該既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む修飾タンパク質データベースを構築するデータベース構築手段と、
b)前記データベース構築手段により構築された修飾タンパク質データベースと同種の翻訳後修飾が検索条件の一つとして指定された検索が指示されたときに、与えられた質量分析データに基づくプロダクトイオン情報を前記修飾タンパク質データベースに含まれるそれぞれのアミノ酸配列から生成された対応するプロダクトイオン情報と照合することによってアミノ酸配列の候補を抽出するデータベース検索実行手段と、
c)前記データベース検索実行手段により抽出されたアミノ酸配列候補に基づいて、前記擬似的な一つのアミノ酸とみなされた修飾を受けたアミノ酸については非修飾のアミノ酸に対応した記号に戻した上で、修飾タンパク質についてはアミノ酸配列、修飾部位、修飾の種類を含む情報を出力する検索結果出力手段と、
を備えることを特徴としている。
2…スペクトルデータ収集部
3…データ格納部
4…同定処理部
41…データベース作成・管理部
42…既知情報読込部
43…データベース検索部
44…検索条件入力部
45…表示部
5…同定用データベース
51…非修飾タンパク質情報記憶部
52…修飾タンパク質情報記憶部
53…翻訳後修飾関連情報記憶部
Claims (8)
- MSn分析(n≧1)により収集された質量分析データに基づいて被検試料中の翻訳後修飾を受けた修飾タンパク質を同定する質量分析を用いた修飾タンパク質同定方法であって、
既知であるタンパク質のアミノ酸配列情報及び翻訳後修飾情報に基づいて作成された、修飾を受けたアミノ酸を擬似的な一つのアミノ酸とみなして所定の規則に則って記号化された既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む修飾タンパク質データベースを使用し、
与えられた質量分析データに基づくプロダクトイオン情報を前記修飾タンパク質データベースに含まれるそれぞれのアミノ酸配列から生成された対応するプロダクトイオン情報と照合することによってアミノ酸配列の候補を抽出し、
その抽出されたアミノ酸配列候補に基づいて、前記擬似的な一つのアミノ酸とみなされた修飾を受けたアミノ酸については非修飾のアミノ酸に対応した記号に戻した上で、アミノ酸配列、修飾部位、修飾の種類を含む情報を出力することを特徴とする質量分析を用いた修飾タンパク質同定方法。 - MSn分析(n≧1)により収集された質量分析データに基づいて被検試料中の翻訳後修飾を受けた修飾タンパク質を同定する質量分析を用いた修飾タンパク質同定方法であって、
a)既知であるタンパク質のアミノ酸配列情報及び翻訳後修飾情報に基づいて、生じ得る全ての修飾タンパク質について修飾を受けたアミノ酸を擬似的な一つのアミノ酸とみなして所定の規則に則って記号化された既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を生成し、該既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む修飾タンパク質データベースを構築するデータベース構築ステップと、
b)前記データベース構築ステップにより構築された修飾タンパク質データベースと同種の翻訳後修飾が検索条件の一つとして指定された検索が指示されたときに、与えられた質量分析データに基づくプロダクトイオン情報を前記修飾タンパク質データベースに含まれるそれぞれのアミノ酸配列から生成された対応するプロダクトイオン情報と照合することによってアミノ酸配列の候補を抽出するデータベース検索実行ステップと、
c)前記データベース検索実行ステップにより抽出されたアミノ酸配列候補に基づいて、前記擬似的な一つのアミノ酸とみなされた修飾を受けたアミノ酸については非修飾のアミノ酸に対応した記号に戻した上で、修飾タンパク質についてはアミノ酸配列、修飾部位、修飾の種類を含む情報を出力する検索結果出力ステップと、
を有することを特徴とする質量分析を用いた修飾タンパク質同定方法。 - 請求項1又は2に記載の質量分析を用いた修飾タンパク質同定方法であって、
前記修飾タンパク質データベースに含まれる既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列は、修飾を受けたアミノ酸を既存の1文字の記号と重複しない別の記号に置換することで生成されたものであることを特徴とする質量分析を用いた修飾タンパク質同定方法。 - 請求項1〜3のいずれかに記載の質量分析を用いた修飾タンパク質同定方法であって、
前記修飾タンパク質データベースには、修飾タンパク質のアミノ酸配列情報それぞれに対し、該修飾タンパク質に関するアテノーション情報が格納されていることを特徴とする質量分析を用いた修飾タンパク質同定方法。 - MSn分析(n≧1)により収集された質量分析データに基づいて被検試料中の翻訳後修飾を受けた修飾タンパク質を同定する質量分析を用いた修飾タンパク質同定装置であって、
a)既知であるタンパク質のアミノ酸配列情報及び翻訳後修飾情報に基づいて作成された、修飾を受けたアミノ酸を擬似的な一つのアミノ酸とみなして所定の規則に則って記号化された既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む修飾タンパク質データベースと、
b)与えられた質量分析データに基づくプロダクトイオン情報を前記修飾タンパク質データベースに含まれるそれぞれのアミノ酸配列から生成された対応するプロダクトイオン情報と照合することによってアミノ酸配列の候補を抽出するデータベース検索実行手段と、
c)その抽出されたアミノ酸配列候補に基づいて、前記擬似的な一つのアミノ酸とみなされた修飾を受けたアミノ酸については非修飾のアミノ酸に対応した記号に戻した上で、アミノ酸配列、修飾部位、修飾の種類を含む情報を出力する検索結果出力手段と、
を備えることを特徴とする質量分析を用いた修飾タンパク質同定装置。 - MSn分析(n≧1)により収集された質量分析データに基づいて被検試料中の翻訳後修飾を受けた修飾タンパク質を同定する質量分析を用いた修飾タンパク質同定装置であって、
a)既知であるタンパク質のアミノ酸配列情報及び翻訳後修飾情報に基づいて、生じ得る全ての修飾タンパク質について修飾を受けたアミノ酸を擬似的な一つのアミノ酸とみなして所定の規則に則って記号化された既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を生成し、該既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む修飾タンパク質データベースを構築するデータベース構築手段と、
b)前記データベース構築手段により構築された修飾タンパク質データベースと同種の翻訳後修飾が検索条件の一つとして指定された検索が指示されたときに、与えられた質量分析データに基づくプロダクトイオン情報を前記修飾タンパク質データベースに含まれるそれぞれのアミノ酸配列から生成された対応するプロダクトイオン情報と照合することによってアミノ酸配列の候補を抽出するデータベース検索実行手段と、
c)前記データベース検索実行手段により抽出されたアミノ酸配列候補に基づいて、前記擬似的な一つのアミノ酸とみなされた修飾を受けたアミノ酸については非修飾のアミノ酸に対応した記号に戻した上で、修飾タンパク質についてはアミノ酸配列、修飾部位、修飾の種類を含む情報を出力する検索結果出力手段と、
を備えることを特徴とする質量分析を用いた修飾タンパク質同定装置。 - 請求項5又は6に記載の質量分析を用いた修飾タンパク質同定装置であって、
前記修飾タンパク質データベースに含まれる既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列は、修飾を受けたアミノ酸を既存の1文字の記号と重複しない別の記号に置換することで生成されたものであることを特徴とする質量分析を用いた修飾タンパク質同定装置。 - 請求項5〜7のいずれかに記載の質量分析を用いた修飾タンパク質同定装置であって、
前記修飾タンパク質データベースには、修飾タンパク質のアミノ酸配列情報それぞれに対し、該修飾タンパク質に関するアテノーション情報が格納されていることを特徴とする質量分析を用いた修飾タンパク質同定装置。
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