JP2012511318A - 分析を目的とするサンプル内に存在する微生物の溶解、ならびにこの微生物の核酸の抽出および精製のための自動システム - Google Patents
分析を目的とするサンプル内に存在する微生物の溶解、ならびにこの微生物の核酸の抽出および精製のための自動システム Download PDFInfo
- Publication number
- JP2012511318A JP2012511318A JP2011540170A JP2011540170A JP2012511318A JP 2012511318 A JP2012511318 A JP 2012511318A JP 2011540170 A JP2011540170 A JP 2011540170A JP 2011540170 A JP2011540170 A JP 2011540170A JP 2012511318 A JP2012511318 A JP 2012511318A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cartridge
- microorganisms
- air
- rotor
- lysis
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12M—APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
- C12M47/00—Means for after-treatment of the produced biomass or of the fermentation or metabolic products, e.g. storage of biomass
- C12M47/10—Separation or concentration of fermentation products
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12M—APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
- C12M1/00—Apparatus for enzymology or microbiology
- C12M1/10—Apparatus for enzymology or microbiology rotatably mounted
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12M—APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
- C12M1/00—Apparatus for enzymology or microbiology
- C12M1/16—Apparatus for enzymology or microbiology containing, or adapted to contain, solid media
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12M—APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
- C12M47/00—Means for after-treatment of the produced biomass or of the fermentation or metabolic products, e.g. storage of biomass
- C12M47/06—Hydrolysis; Cell lysis; Extraction of intracellular or cell wall material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Sustainable Development (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
空気収集モジュールであって、i.前記モジュールへの空気の流れの進入を可能にする空気進入ダクトを含む上部部材であって、ダクトの底部には空気の流れを乱す手段が設けられている上部部材と、ii.生成される空気の流れを外へと出すことができる空気排出手段を有する下部部材であって、上部部材と結合することにより、前記空気収集モジュール内部で空気の流れを生成することができる下部部材とを含む空気収集モジュールと、
おおむね円筒形であって、微生物保持ゾーンを有し、前記保持ゾーンが微生物の溶解手段を有するカートリッジであって、前記空気収集モジュールの内部に配置されるカートリッジと
を備えている。
Description
・空気収集モジュール、および
・カートリッジ
を有しており、
前記空気収集モジュールが、
i.前記モジュールへの空気の流れの進入を可能にする空気進入ダクトを有しており、前記ダクトの底部に空気の流れを乱す手段が設けられている上部部材と、
ii.生成される空気の流れを外へと出すことができる排気手段を有している下部部材と
を備えており、
前記空気収集モジュールの内部に空気の流れを生じさせることができるよう、前記上部および下部部材を互いに一体化させることができ、
前記カートリッジは、おおむね円筒形であって、微生物保持ゾーンを有しており、前記保持ゾーンが、微生物の溶解手段を有しており、前記カートリッジが、前記空気収集モジュールの内部に配置される装置に関する本発明によって達成される。
・おおむね円筒形の形状であり、微生物のための保持ゾーンを有しており、ステータの役割を実行するカートリッジと、
・前記カートリッジ内に配置でき、回転手段を有しているロータと
を有している装置に関する。
・本発明による微生物の溶解装置を位置決めする手段と、
・前記溶解のための装置が前記位置決め手段に配置されたときにロータを回転させる手段と、
・核酸を受け入れるための少なくとも1つの容器と、
・液体の吸引/排出のための少なくとも1つの手段と、
・前記微生物の溶解装置、精製された核酸を受け入れるための容器、および液体の吸引/排出手段に連通する多方向バルブと
を有しているシステムに関する。
a)カートリッジを空気収集モジュールの内側に、本発明による微生物収集装置を得るように配置して、前記カートリッジの内部の保持ゾーンを空気収集モジュールの空気進入ダクトに連絡させる段階と、
b)任意の適切な手段によって空気を前記空気収集モジュールへと進入させる段階と、
c)空気中の微生物をカートリッジの保持ゾーンに集める段階と
を含んでいる方法に関する。
a)カートリッジを空気収集モジュールの内側に、本発明による微生物収集装置を得るように配置して、前記カートリッジの内部の保持ゾーンを空気収集モジュールの空気進入ダクトに連絡させる段階と、
b)任意の適切な手段によって空気を前記空気収集モジュールへと進入させる段階と、
c)空気中の微生物をカートリッジの保持ゾーンに集める段階と、
d)空気収集モジュールからカートリッジを取り出す段階と、
e)請求項のいずれか一項に記載の微生物の溶解装置を得るために、カートリッジにロータを配置する段階と、
f)前記微生物の溶解装置を、微生物の溶解および核酸の精製のためのシステムに配置する段階と、
g)カートリッジへと溶出液を導入し、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させる段階と、
h)前記ロータの回転手段によってカートリッジ内で前記ロータを回転させ、前記ロータが微生物の溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と
を有している方法に関する。
a)カートリッジを空気収集モジュールの内側に、本発明による微生物収集装置を得るように配置して、前記カートリッジの内部の保持ゾーンを空気収集モジュールの空気進入ダクトに連絡させる段階と、
b)任意の適切な手段によって空気を前記空気収集モジュールへと進入させる段階と、
c)空気中の微生物をカートリッジの保持ゾーンに集める段階と、
d)空気収集モジュールからカートリッジを取り出す段階と、
e)カートリッジにロータを配置する段階と、
f)吸引−排出手段によってカートリッジに溶出液を導入し、カートリッジに含まれる溶解手段を懸濁させる段階と、
g)前記ロータの回転手段によってカートリッジ内でロータを回転させ、前記ロータが溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と、
h)溶解の際に放出される前記微生物の核酸を含んでいる溶出液を吸引する段階と、
i)前記溶出液を核酸を受け入れて精製するための容器に送出する段階と
を有している方法に関する。
a)微生物が保持ゾーンに集められてなるカートリッジを入手する段階と、
b)カートリッジにロータを配置する段階と、
c)カートリッジに対象の液体を導入し、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させる段階と、
d)カートリッジ内でロータを回転させ、前記ロータが微生物の溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と
を有している方法に関する。
a)微生物が保持ゾーンに集められてなるカートリッジを入手する段階と、
b)カートリッジにロータを配置する段階と、
c)カートリッジに溶出液を導入し、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させる段階と、
d)カートリッジ内でロータを回転させ、前記ロータが微生物の溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と、
e)溶解の際に放出される前記微生物の核酸を含んでいる溶出液を吸引する段階と、
f)前記溶出液を核酸を受け入れて精製するための容器に送出する段階と
を有している方法に関する。
a)前記微生物を含んでいる液体サンプルをカートリッジへと、カートリッジの前記微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させるように、前記保持ゾーンの近傍に導入する段階と、
b)カートリッジにロータを配置する段階と、
c)カートリッジ内で前記ロータを回転させ、これによりカートリッジの前記微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させるとともに、微生物を保持してなる溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と
を有している方法に関する。
a)前記微生物を含んでいる液体サンプルをカートリッジへと、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させるように、前記保持ゾーンの近傍に導入する段階と、
b)カートリッジにロータを配置する段階と、
c)カートリッジ内でロータを回転させることによって、前記カートリッジの前記微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させるとともに、微生物が保持された溶解手段を回転させ、微生物の機械的溶解を行う段階と、
d)溶解の際に放出される前記微生物の核酸を含んでいる液体サンプルを吸引する段階と、
e)核酸を受け入れるための容器に前記液体サンプルを送出する段階と
を有している方法に関する。
a)細胞組織のサンプルを溶出液の存在下においてカートリッジへと導入する段階と、
b)カートリッジにロータを配置する段階と、
c)カートリッジ内でロータを回転させ、前記ロータがカートリッジ内に含まれる溶解手段を回転させることによって、細胞組織の細胞の機械的溶解を行う段階と、
d)溶解の際に放出される前記細胞に由来する核酸を含んでいる溶出液を吸引する段階と、
e)核酸を受け入れるための容器に前記溶出液を送出する段階と
を有している方法に関する。
−消耗品の準備:
・カートリッジの準備:
カートリッジが、所定の量のガラスビーズおよびアガロースゲルで満たされる。
−0.3〜0.45gのガラスビーズ(直径420〜600μm)
−ゲルの組成:1%のアガロース−1%のグリセロール
微生物の溶解の実行に使用される溶出バッファの量は、300μlである。
・分析管の準備:
自動システムに配置され、溶解物を回収するように意図された分析管が、30μlの磁性シリカ粒子および200μlの溶解バッファ(チオシアン酸グアニジン)で満たされる。
−溶解パラメータ:
溶解時間:4分間
ロータの回転速度:毎分200回転(低速);毎分2000回転(高速)
−溶解パラメータ:
カートリッジから多方向バルブのシリンジへの溶解物の吸引:
シリンジの吸引の体積=1000μl
シリンジの吸引の速度=70mms−1
吸引の際のロータの回転時間=9秒
吸引の際のロータの回転速度=毎分200回転
多方向バルブのシリンジから分析管への溶解物の送出:
多方向バルブのシリンジからの吸引の体積=1000μl
シリンジの吸引の速度=70mms−1
−核酸の精製のパラメータ:
精製は、3つの段階を含む:
−核酸の単離
−溶出バッファによる洗浄(3回)
−溶出バッファにおける溶出(pH 8.5)
・高い位置の磁石の間で生成される高い振動。
・低い位置の磁石の間で生成される低い振動。
高い振動は、磁性粒子による核酸の捕捉を達成するために使用され、さらには洗浄段階(浮遊物の除去)においても使用される。低い振動は、溶出段階のために使用され、管の加熱と組み合わせられる。
−核酸の捕捉のためのパラメータ:
振動の速度=5mms−1
振動の回数=112
振動の振幅=27mms−1
−洗浄のためのパラメータ:
振動の速度=5mms−1
振動の回数=10
振動の振幅=27mms−1
−浮遊物の除去のためのパラメータ:
多方向バルブのシリンジによる吸引=600μl
ポンプ速度=100mms−1
−分析管に取り付けられたポンプによる溶出バッファの分配のパラメータ:
分配の体積=400μl
ポンプ速度=100mms−1
−溶出のためのパラメータ:
振動の速度=50mms−1
振動の振幅=9mms−1
目標温度=75℃
加熱時間=300s
溶出バッファの体積=45μl
微生物の生きている細胞の壁を破壊してtRNAを放出させる目的のための本発明による溶解装置における機械的溶解の性能を評価するために、検討を行った。これらの試験を、固形の腫瘍サンプルについて行った。
−考案および試験された手順:
・試薬および設備:
−Qiagen社によって市販されているRNAlater(登録商標)という設備であらかじめの脱脂および安定化を行った乳ガンの腫瘍。
−ペトリ皿
−無菌の2mL管
−プラスチック製のピンセットおよび使い捨ての外科用メス
−Actrilで浄化した本発明による溶解装置(カートリッジおよびロータ)
−400〜600μmのガラスビーズ
−Qiagen社によって市販されているRNeasy Plusキット+Qiacube自動抽出システム
・準備:
−抽出の開始前に、RNAse Zapでベンチおよびピペットを清掃。
−−80℃で凍結させた腫瘍を、解凍のために放置。
−RNAlater(登録商標)の採取を避けつつ、腫瘍をペトリ皿に配置。
−残余のRNAlaterを取り除くために、300μlのRLTバッファ(Qiagen社)で2回の洗浄。
・腫瘍の粉砕:
−腫瘍を外科用メスで細かく切断(直径約4mm)。
−プラスチック製のピンセットを使用して腫瘍片を回収し、300μlのRLT(+3μlのβ−メルカプトエタノール)を含む2mLの管へと移す。
−腫瘍片を以下のいずれかで粉砕。
・Qiagen社のTissue Ruptor:2分間にわたって速度2、または
本発明による微生物の溶解装置:0.4〜0.5gのガラスビーズ(400〜600μm)、毎分2000回転、2×20秒
・サンプルを回収し、精製前に300μLの体積を有するようにRLTバッファで量を調節。
・Qiagen RNeasy Plus MiniキットでのtRNAの精製:
1.粉砕後に回収された300μLのRLTバッファを、腫瘍の残り屑を含まずに2mLの管に配置。
2.RNAの精製および固定のための2種類のカラムを作成:カラムgDNA EliminatorおよびRNA spin。
3.バッファ、Qiagen抽出シャトル、および溶出管を準備。
4.Qiacubeテスタをロボットの指示に従って準備し、動作を開始させる。
5.80μlの溶出液を回収し、精製したtRNAを−80℃で凍結。
6.用量:Nanodropごとに1μLの薄めていない溶出液。
7.抽出されたtRNAの品質の測定:品質の分析が、Agilent bioanalyzerにおいて手順RNA 6000 Nanoに従って実行される。
従来からの電気泳動とちょうど同じように、18sおよび28s rRNAの2つの主たるピークを有する複写の分布が観察される。
まったく同一に準備および保存した2つの生検試料を、この検討に使用した。これらの生検試料は円形であり、約4mmの直径および1.5mmの厚さを有する。それらの質量は、約10mgであると評価される。これらの生検試料を、2種類の機械的溶解(基準溶解Tissue RuptorおよびPPM)を並行して実行するために、2つに大まかに分割した。しかしながら、使用された組織の量が、一方の試験と他方の試験とで同一ではなく、目的が、基準技法と本発明による手順との間の性能の比較よりもむしろ試験の適切な実行を保証することにあることに、注意すべきである。
a)カートリッジを空気収集モジュールの内側に、本発明による微生物収集装置を得るように配置して、前記カートリッジの内部の保持ゾーンを空気収集モジュールの空気進入ダクトに連絡させる段階と、
b)任意の適切な手段によって空気を前記空気収集モジュールへと進入させる段階と、
c)空気中の微生物をカートリッジの保持ゾーンに集める段階と、
d)空気収集モジュールからカートリッジを取り出す段階と、
e)微生物の溶解装置を得るために、カートリッジにロータを配置する段階と、
f)前記微生物の溶解装置を、微生物の溶解および核酸の精製のためのシステムに配置する段階と、
g)カートリッジへと溶出液を導入し、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させる段階と、
h)前記ロータの回転手段によってカートリッジ内で前記ロータを回転させ、前記ロータが微生物の溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と
を有している方法に関する。
Claims (28)
- 空気中の微生物を収集するための装置であって、
−空気収集モジュールであって、
i.前記モジュールへの空気の流れの進入を可能にする空気進入ダクトを有し、前記ダクトの底部に空気の流れを乱す手段が設けられている上部部材、及び
ii.生成される空気の流れを外へと出すことができる排気手段を有している下部部材
を備え、前記空気収集モジュールの内部に空気の流れが生じるように前記上部部材と前記下部部材とを互いに一体化させることができる、空気収集モジュールと、
−おおむね円筒形であって、微生物保持ゾーンを有し、前記保持ゾーンが微生物の溶解手段を有しているカートリッジであって、前記空気収集モジュールの内部に配置されるカートリッジと
を有する装置。 - 前記カートリッジの微生物保持ゾーンが、微生物を保持することができ、溶解手段を所定の位置に保持することができ、かつ液体の存在下において溶解することができる物質をさらに含んでいる、請求項1に記載の装置。
- 前記空気の流れを乱す手段が、前記空気進入ダクトの腔の中心に配置された累積度数分布曲線の形状の円錐30と、前記累積度数分布曲線の形状の部品を前記空気進入ダクトの内面へと接続する少なくとも1枚のブレードとを備えている、請求項1または2に記載の装置。
- 前記空気収集モジュールが、空気循環回路または空気吸引装置へと接続されるように意図されている、請求項1〜3のいずれか一項に記載の装置。
- 微生物の溶解装置であって、
−微生物保持ゾーンを有するおおむね円筒形のカートリッジであって、ステータの役割を実行するカートリッジと、
−前記カートリッジ内に配置することができるロータであって、回転手段を有するロータと
を有している装置。 - 前記ロータを前記カートリッジと一体に保つためのキャップをさらに有している、請求項5に記載に装置。
- 前記回転手段が行き止まりのダクトの壁に形成された溝で構成されており、前記溝が、正反対に向かい合っており、かつ前記ロータを回転させる手段の伝達シャフトの端部を受け入れるように意図されている、請求項5または6に記載の装置。
- 前記カートリッジの内径が前記ロータの外径よりも大きいことにより、前記ロータが前記カートリッジに取り付けられたときに、前記カートリッジの内壁から前記ロータの外壁までの距離が、溶解手段が前記すき間空間内に位置するために充分に大きく、かつ溶解手段が前記壁の一方または他方に接触するために充分に小くなる、請求項5〜7のいずれか一項に記載の装置。
- 微生物の溶解および前記微生物の核酸の精製のためのシステムであって、
−請求項5〜8のいずれか一項に記載の微生物の溶解装置を位置決めする手段と、
−前記溶解装置が前記位置決め手段上に配置されたときに前記ロータを回転させる手段と、
−核酸を受け入れるための少なくとも1つの容器と、
−液体の吸引/排出のための少なくとも1つの手段と、
−前記微生物の溶解装置、精製された核酸を受け入れるための容器、および液体の吸引/排出手段に連通する多方向バルブと
を有している溶解システム。 - 磁化手段をさらに有している請求項9に記載の溶解システム。
- 加熱手段をさらに有している請求項9または10に記載の溶解システム。
- 前記多方向バルブが吸引−排出手段を備えている、請求項9〜11のいずれか一項に記載の溶解システム。
- 空気中の微生物の収集方法であって、
a)空気収集モジュールの内側にカートリッジを配置することにより請求項1〜3のいずれか一項に記載の微生物収集装置を得て、前記カートリッジの保持ゾーンを前記空気収集モジュールの空気進入ダクトに連絡させる段階と、
b)任意の適切な手段によって空気を前記空気収集モジュールへと進入させる段階と、
c)空気中の微生物を前記カートリッジの保持ゾーンに集める段階と
を含んでいる方法。 - 空気中の微生物の溶解方法であって、
a)カートリッジを空気収集モジュールの内側に配置することにより請求項1〜3のいずれか一項に記載の微生物収集装置を得て、前記カートリッジの保持ゾーンを前記空気収集モジュールの空気進入ダクトに連絡させる段階と、
b)任意の適切な手段によって空気を前記空気収集モジュールへと進入させる段階と、
c)空気中の微生物を前記カートリッジの保持ゾーンに集める段階と、
d)前記空気収集モジュールから前記カートリッジを取り出す段階と、
e)前記カートリッジに前記ロータを配置することにより請求項5〜8のいずれか一項に記載の微生物の溶解装置を得る段階と、
f)前記微生物の溶解装置を、微生物の溶解および核酸の精製のためのシステムに配置する段階と、
g)前記カートリッジに溶出液を導入し、前記カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させる段階と、
h)前記ロータの回転手段によって前記カートリッジ内で前記ロータを回転させ、前記ロータが前記微生物の溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と
を有している方法。 - 空気中の微生物から核酸を抽出する方法であって、
a)カートリッジを空気収集モジュールの内側に配置することにより請求項1〜3のいずれか一項に記載の微生物収集装置を得て、前記カートリッジの保持ゾーンを前記空気収集モジュールの空気進入ダクトに連絡させる段階と、
b)任意の適切な手段によって空気を前記空気収集モジュールへと進入させる段階と、
c)空気中の微生物を前記カートリッジの保持ゾーンに集める段階と、
d)前記空気収集モジュールから前記カートリッジを取り出す段階と、
e)前記カートリッジに前記ロータを配置することにより請求項5〜8のいずれか一項に記載の微生物の溶解装置を得る段階と、
f)前記吸引−排出手段によって前記カートリッジに溶出液を導入し、前記カートリッジに含まれる溶解手段を懸濁させる段階と、
g)前記ロータの回転手段によって前記カートリッジ内で前記ロータを回転させ、前記ロータが前記溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と、
h)溶解の際に放出される前記微生物の核酸を含んでいる溶出液を吸引する段階と、
i)核酸を受け入れて精製するための容器に前記溶出液を送出する段階と
を有している方法。 - 核酸の洗浄および精製を行う段階をさらに含んでいる、請求項15に記載の方法。
- 前記カートリッジの保持ゾーンに集められた微生物を増殖させることからなる段階d’)をさらに有している請求項13〜16に記載の方法。
- 増殖が、2〜24時間の範囲内の時間にわたるストーブでの前記カートリッジの培養によって達成される、請求項17に記載の方法。
- 段階f)〜i)が、請求項9〜12のいずれか一項に記載の微生物の溶解および核酸の精製のためのシステムにおいて使用される、請求項15〜18のいずれか一項に記載の方法。
- 微生物の溶解方法であって、
a)微生物がその保持ゾーンに集められているカートリッジを入手する段階と、
b)前記カートリッジに前記ロータを配置することにより請求項5〜8のいずれか一項に記載の微生物の溶解装置を得る段階と、
c)前記カートリッジに溶出液を導入し、前記カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させる段階と、
d)前記カートリッジ内で前記ロータを回転させ、前記ロータが前記微生物の溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と
を有している方法。 - 微生物から核酸を抽出する方法であって、
a)微生物が保持ゾーンに集められているカートリッジを入手する段階と、
b)前記カートリッジに前記ロータを配置することにより請求項5〜8のいずれか一項に記載の微生物の溶解装置を得る段階と、
c)前記カートリッジに溶出液を導入し、前記カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させる段階と、
d)前記カートリッジ内で前記ロータを回転させ、前記ロータが前記微生物の溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と、
e)溶解の際に放出される前記微生物の核酸を含んでいる溶出液を吸引する段階と、
f)核酸を受け入れて精製するための容器に前記溶出液を送出する段階と
を有している方法。 - 核酸の洗浄および精製を行う段階をさらに含んでいる請求項21に記載の方法。
- 液体サンプルに含まれる微生物の溶解方法であって、
a)前記微生物を含んでいる液体サンプルをカートリッジの前記保持ゾーンの近傍に導入することにより、前記液体サンプルが前記カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させる段階と、
b)前記カートリッジに前記ロータを配置することにより請求項5〜8のいずれか一項に記載の微生物の溶解装置を得る段階と、
c)前記カートリッジ内で前記ロータを回転させ、前記ロータが、微生物を保持している前記溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と
を有している方法。 - 液体サンプルに含まれる微生物から核酸を抽出する方法であって、
a)前記微生物を含んでいる液体サンプルをカートリッジの前記保持ゾーンの近傍に導入することにより、前記液体サンプルが、前記カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段を懸濁させる段階と、
b)前記カートリッジに前記ロータを配置することにより請求項5〜8のいずれか一項に記載の微生物の溶解装置を得る段階と、
c)前記カートリッジ内で前記ロータを回転させ、前記ロータが前記溶解手段を回転させることによって、微生物の機械的溶解を行う段階と、
d)溶解の際に放出される前記微生物の核酸を含んでいる液体サンプルを吸引する段階と、
e)核酸を受け入れて精製するための容器に前記液体サンプルを送出する段階と
を有している方法。 - 細胞組織のサンプルから核酸を抽出するための方法であって、
a)細胞組織のサンプルを、溶出液の存在下においてカートリッジへと導入する段階と、
b)前記カートリッジにロータを配置する段階と、
c)前記カートリッジ内で前記ロータを回転させ、前記ロータが前記カートリッジ内に含まれる溶解手段を回転させることによって、細胞組織の細胞の機械的溶解を行う段階と、
d)溶解の際に放出される前記細胞に由来する核酸を含んでいる溶出液を吸引する段階と、
e)核酸を受け入れて精製するための容器に前記溶出液を送出する段階と
を有している方法。 - 核酸の洗浄および精製を行う段階をさらに含んでいる請求項24または25に記載の方法。
- 細胞組織のサンプルの細胞を溶解させるための、請求項5〜8のいずれか一項に記載の微生物の溶解装置の使用。
- 細胞組織のサンプルの細胞を溶解させるための、請求項9〜12のいずれか一項に記載の、微生物の溶解、および前記微生物に由来する核酸の精製のためのシステムの使用。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
FR0858420A FR2939445B1 (fr) | 2008-12-10 | 2008-12-10 | Systeme automatise de lyse de microorganismes presents dans un echantillon, d'extraction et de purification des acides nucleiques desdits microorganismes aux fins d'analyse. |
FR0858420 | 2008-12-10 | ||
PCT/FR2009/052458 WO2010067019A2 (fr) | 2008-12-10 | 2009-12-09 | Systeme automatise de lyse de microorganismes presents dans un echantillon, d'extraction et de purification des acides nucleiques desdits microorganismes aux fins d'analyse |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2012511318A true JP2012511318A (ja) | 2012-05-24 |
JP5595415B2 JP5595415B2 (ja) | 2014-09-24 |
Family
ID=41066521
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011540170A Active JP5595415B2 (ja) | 2008-12-10 | 2009-12-09 | 分析を目的とするサンプル内に存在する微生物の溶解、ならびにこの微生物の核酸の抽出および精製のための自動システム |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US8647858B2 (ja) |
EP (1) | EP2356210B1 (ja) |
JP (1) | JP5595415B2 (ja) |
KR (1) | KR101759204B1 (ja) |
CN (1) | CN102245756B (ja) |
BR (1) | BRPI0922731A2 (ja) |
ES (1) | ES2678423T3 (ja) |
FR (1) | FR2939445B1 (ja) |
MX (1) | MX2011005718A (ja) |
RU (1) | RU2557311C2 (ja) |
WO (1) | WO2010067019A2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014030397A (ja) * | 2012-08-03 | 2014-02-20 | Toppan Printing Co Ltd | 多孔質フィルターカラム、試薬カートリッジ、および核酸精製キット |
CN103604679A (zh) * | 2013-11-25 | 2014-02-26 | 武汉友芝友医疗科技有限公司 | 一种循环肿瘤细胞捕获仪及其捕获染色方法 |
Families Citing this family (22)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1772522A1 (en) * | 2005-10-04 | 2007-04-11 | Nederlandse Organisatie Voor Toegepast-Natuurwetenschappelijk Onderzoek Tno | Control of preservation by biomarkers |
US9150826B2 (en) * | 2011-03-14 | 2015-10-06 | Zymo Research Corporation | Portable sample disruptor apparatus, kits, and methods |
US9963670B2 (en) | 2011-07-27 | 2018-05-08 | Curetis Gmbh | Apparatus and method for a lysis of a sample, in particular for an automated and/or controlled lysis of a sample |
JP6153951B2 (ja) | 2012-03-16 | 2017-06-28 | スタット−ダイアグノスティカ アンド イノベーション, エス. エル. | 統合された移送モジュールを有する試験カートリッジ |
FR2993281B1 (fr) * | 2012-07-13 | 2014-07-18 | Biomerieux Sa | Systeme automatise de lyse de microorganismes presents dans un echantillon, d'extraction et de purification des acides nucleiques desdits microorganismes aux fins d'analyse |
US10519434B2 (en) | 2012-07-13 | 2019-12-31 | Diomics Corporation | Biologic sample collection devices and methods of production and use thereof |
US20170152509A1 (en) * | 2014-05-23 | 2017-06-01 | Shimadzu Corporation | Method for operating magnetic body particles and device for operating magnetic body particles |
WO2016014455A1 (en) * | 2014-07-22 | 2016-01-28 | Diomics Corporation | Airborne agent collectors, methods, systems and devices for monitoring airborne agents |
EP3179912B1 (en) | 2014-08-15 | 2020-10-14 | Diomics Corporation | Films for biologic analyte collection and analysis and methods of production |
CN104673625B (zh) * | 2015-02-13 | 2017-02-08 | 西安交通大学 | 一种对细胞进行预处理的自动反应装置及方法 |
US11419350B2 (en) | 2016-07-01 | 2022-08-23 | Corbion Biotech, Inc. | Feed ingredients comprising lysed microbial cells |
CN107118951B (zh) * | 2017-05-16 | 2020-06-05 | 江苏博凯生物科技有限公司 | 一种采样一体化采样盒结构 |
CN108220125B (zh) * | 2018-03-21 | 2023-09-19 | 中国检验检疫科学研究院 | 一种核酸提取装置 |
KR20200121681A (ko) * | 2019-04-16 | 2020-10-26 | (주)얼라인드제네틱스 | 애널라이트 수집 장치, 이를 이용한 애널라이트 수집 방법 및 애널라이트 검사 시스템 |
GB2583901B (en) * | 2019-04-18 | 2021-10-27 | Agri Samplers Ltd | Apparatus and method for the automated detection of airborne biological particles |
CN110716011B (zh) * | 2019-08-29 | 2022-03-11 | 安徽科技学院 | 一种检测大气微生物的装置 |
CN110903956A (zh) * | 2019-11-20 | 2020-03-24 | 安徽金联地矿科技有限公司 | 用于矿区环境保护的微生物收集装置 |
CN111321056B (zh) * | 2020-02-27 | 2023-11-21 | 浙江大学 | 用于核酸提取及分析的卡盒装置和方法 |
CN111635852A (zh) * | 2020-06-08 | 2020-09-08 | 苏州新海生物科技股份有限公司 | 一种呼吸道病原微生物采集装置 |
CN113388507B (zh) * | 2021-06-09 | 2022-02-25 | 北京卓诚惠生生物科技股份有限公司 | 一种核酸提取与pcr检测一体机 |
KR20230112333A (ko) | 2022-01-20 | 2023-07-27 | (주)아이메디커스 | 실내 식물 재배장치 |
CN115141739A (zh) * | 2022-09-06 | 2022-10-04 | 至美时代生物智能科技(北京)有限公司 | 一种空气微生物采样检测一体化装置及采样检测方法 |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH01117777A (ja) * | 1987-08-21 | 1989-05-10 | Gebr Sulzer Ag | 細胞を機械式に摩砕する方法 |
JPH0568300U (ja) * | 1992-02-21 | 1993-09-17 | 株式会社日研生物医学研究所 | 微生物検査用微生物捕集器 |
US5567050A (en) * | 1994-08-23 | 1996-10-22 | Savant Instruments, Inc. | Apparatus and method for rapidly oscillating specimen vessels |
JP2000304663A (ja) * | 1999-04-19 | 2000-11-02 | Midori Anzen Co Ltd | ポータブル型空中浮遊菌サンプラ |
JP2000316560A (ja) * | 1999-04-13 | 2000-11-21 | Biomerieux Inc | 核酸試料分析法および装置 |
JP2002521023A (ja) * | 1998-07-23 | 2002-07-16 | ベーイーオー・メリュー | 微生物を溶菌するための改善された装置、及び方法 |
Family Cites Families (26)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB203402A (en) * | 1922-06-08 | 1923-09-10 | David Thomson | Improvements in centrifugal machines for the treatment of vaccine |
US3831621A (en) * | 1973-11-19 | 1974-08-27 | Union Brass & Metal Mfg | Rotary slide valve |
SU1116054A1 (ru) * | 1981-11-13 | 1984-09-30 | Всесоюзный научно-исследовательский институт биосинтеза белковых веществ | Установка дл дезинтеграции клеток микроорганизмов |
US4672040A (en) | 1983-05-12 | 1987-06-09 | Advanced Magnetics, Inc. | Magnetic particles for use in separations |
SU1217876A1 (ru) * | 1983-12-07 | 1986-03-15 | Всесоюзный научно-исследовательский институт биологического приборостроения | Устройство дл улавливани микроорганизмов из воздуха |
US5750338A (en) | 1986-10-23 | 1998-05-12 | Amoco Corporation | Target and background capture methods with amplification for affinity assays |
FR2607507B1 (fr) | 1986-12-02 | 1990-04-13 | Centre Nat Rech Scient | Nouveaux derives a-d-oligonucleotides, leur preparation et leur emploi |
GB9106335D0 (en) | 1991-03-25 | 1991-05-08 | Burkard Manufacturing Company | Air sampler |
FR2710075B1 (fr) | 1993-09-15 | 1995-10-27 | Bio Merieux | Réactif et procédé pour la détection d'une séquence nucléotidique avec amplification de signal. |
US5707861A (en) | 1995-09-14 | 1998-01-13 | Scientific Industries, Inc. | Disintegrator of living cells |
FR2749082B1 (fr) | 1996-05-24 | 1998-06-26 | Bio Merieux | Particules superparamagnetiques et monodispersees |
FR2773416B1 (fr) | 1998-01-06 | 2000-02-11 | Bio Merieux | Particules magnetiques perfectionnees, leurs procedes d'obtention et leurs utilisations dans la separation de molecules |
US6398402B1 (en) * | 1998-02-11 | 2002-06-04 | Chris Thomas | Disposable disruptor agitator tool having a bladed rotor disposed in a stator |
FR2781802B1 (fr) | 1998-07-31 | 2001-05-11 | Bio Merieux | Derives satures ou insatures de l'abietane, conjugues derives et utilisations dans une composition diagnostique, un reactif et un dispositif |
ATE278771T1 (de) | 1999-05-28 | 2004-10-15 | Cepheid | Vorrichtung und verfahren zur analyse flüssiger proben |
US6942169B2 (en) * | 2001-06-06 | 2005-09-13 | Integrated Sensing Systems | Micromachined lysing device and method for performing cell lysis |
CA2481665A1 (en) * | 2002-05-20 | 2003-12-04 | Northrop Grumman Corporation | Automatic point source biological agent detection system |
US20040038385A1 (en) | 2002-08-26 | 2004-02-26 | Langlois Richard G. | System for autonomous monitoring of bioagents |
US20050070944A1 (en) * | 2003-05-15 | 2005-03-31 | Fred Hutchison Cancer Research Center | Method and apparatus for isolating cell nuclei from biopsy obtained tissue |
FR2861085B1 (fr) | 2003-10-15 | 2006-01-27 | Bertin Technologies Sa | Methode d'extraction d'acides nucleiques et son application dans l'analyse de la population microbienne de l'air |
US7781226B2 (en) * | 2004-02-27 | 2010-08-24 | The Board Of Regents Of The University Of Texas System | Particle on membrane assay system |
FR2885140B1 (fr) | 2005-04-29 | 2010-12-31 | Millipore Corp | Procede de detection et de caracterisation de microorgarnismes sur une membrane. |
US20070064521A1 (en) * | 2005-09-22 | 2007-03-22 | Fluid Management Operations Llc | Apparatus for vibrating sample containers |
US20070068284A1 (en) | 2005-09-26 | 2007-03-29 | Alonso Castro | Airborne sampler array |
WO2008104916A2 (en) * | 2007-02-27 | 2008-09-04 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | A cell lysis and/or mixing device |
FR2917095B1 (fr) * | 2007-06-07 | 2009-07-17 | Biomerieux Sa | Dispositif de lyse de microorganismes presents dans un echantillon environnemental ou clinique et d'extraction des acides nucleiques desdits microorganismes aux fins d'analyse. |
-
2008
- 2008-12-10 FR FR0858420A patent/FR2939445B1/fr not_active Expired - Fee Related
-
2009
- 2009-12-09 RU RU2011128447/10A patent/RU2557311C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2009-12-09 US US13/129,997 patent/US8647858B2/en active Active
- 2009-12-09 WO PCT/FR2009/052458 patent/WO2010067019A2/fr active Application Filing
- 2009-12-09 KR KR1020117015766A patent/KR101759204B1/ko active IP Right Grant
- 2009-12-09 CN CN200980149907.1A patent/CN102245756B/zh active Active
- 2009-12-09 BR BRPI0922731-8A patent/BRPI0922731A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2009-12-09 JP JP2011540170A patent/JP5595415B2/ja active Active
- 2009-12-09 MX MX2011005718A patent/MX2011005718A/es active IP Right Grant
- 2009-12-09 ES ES09804201.3T patent/ES2678423T3/es active Active
- 2009-12-09 EP EP09804201.3A patent/EP2356210B1/fr active Active
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH01117777A (ja) * | 1987-08-21 | 1989-05-10 | Gebr Sulzer Ag | 細胞を機械式に摩砕する方法 |
JPH0568300U (ja) * | 1992-02-21 | 1993-09-17 | 株式会社日研生物医学研究所 | 微生物検査用微生物捕集器 |
US5567050A (en) * | 1994-08-23 | 1996-10-22 | Savant Instruments, Inc. | Apparatus and method for rapidly oscillating specimen vessels |
JP2002521023A (ja) * | 1998-07-23 | 2002-07-16 | ベーイーオー・メリュー | 微生物を溶菌するための改善された装置、及び方法 |
JP2000316560A (ja) * | 1999-04-13 | 2000-11-21 | Biomerieux Inc | 核酸試料分析法および装置 |
JP2000304663A (ja) * | 1999-04-19 | 2000-11-02 | Midori Anzen Co Ltd | ポータブル型空中浮遊菌サンプラ |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014030397A (ja) * | 2012-08-03 | 2014-02-20 | Toppan Printing Co Ltd | 多孔質フィルターカラム、試薬カートリッジ、および核酸精製キット |
CN103604679A (zh) * | 2013-11-25 | 2014-02-26 | 武汉友芝友医疗科技有限公司 | 一种循环肿瘤细胞捕获仪及其捕获染色方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
RU2011128447A (ru) | 2013-01-20 |
JP5595415B2 (ja) | 2014-09-24 |
BRPI0922731A2 (pt) | 2015-08-04 |
FR2939445A1 (fr) | 2010-06-11 |
ES2678423T3 (es) | 2018-08-10 |
KR101759204B1 (ko) | 2017-07-18 |
US8647858B2 (en) | 2014-02-11 |
WO2010067019A3 (fr) | 2010-10-07 |
KR20110106873A (ko) | 2011-09-29 |
WO2010067019A2 (fr) | 2010-06-17 |
US20110250680A1 (en) | 2011-10-13 |
EP2356210B1 (fr) | 2018-04-18 |
EP2356210A2 (fr) | 2011-08-17 |
CN102245756A (zh) | 2011-11-16 |
FR2939445B1 (fr) | 2013-05-03 |
CN102245756B (zh) | 2015-11-25 |
RU2557311C2 (ru) | 2015-07-20 |
MX2011005718A (es) | 2011-06-17 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5595415B2 (ja) | 分析を目的とするサンプル内に存在する微生物の溶解、ならびにこの微生物の核酸の抽出および精製のための自動システム | |
ES2877602T3 (es) | Materiales de captura de polinucleótidos y procedimientos de uso de los mismos | |
JP5465664B2 (ja) | 環境または臨床試料中に存在する微生物を溶解し、前記微生物から核酸を分析用に抽出する装置 | |
US11767549B2 (en) | Integrated sample processing system | |
CN102245770A (zh) | 纯化核酸、特别是来自固定组织的核酸的方法 | |
WO2007006049A2 (en) | Apparatuses, systems, and methods for isolating and separating biological materials | |
WO2012162133A1 (en) | Selective ultrasonic lysis of blood and other biological fluids and tissues | |
US11427854B2 (en) | Automated system for the lysis of microorganisms present in a sample, for extraction and for purification of the nucleic acids of said microorganisms for purposes of analysis | |
CA2892813A1 (en) | Apparatus and method for pretreatment of microbial samples | |
EP3294057B1 (en) | Detecting and characterising a microorganism | |
JP2018537676A (ja) | 一体型サンプル処理システム | |
CN116724122A (zh) | 用于浓缩和鉴定血液中微生物的系统、方法和设备 | |
WO2022085530A1 (ja) | 外来性核酸を検出する方法に供する試料の調製のための前処理方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20120919 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20130808 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130827 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20131126 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20131209 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20131210 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20140715 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20140805 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5595415 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |