JP5465664B2 - 環境または臨床試料中に存在する微生物を溶解し、前記微生物から核酸を分析用に抽出する装置 - Google Patents
環境または臨床試料中に存在する微生物を溶解し、前記微生物から核酸を分析用に抽出する装置 Download PDFInfo
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Description
−空気吸入ダクトを含む上部エレメントと、空気放出ダクトを含む下部エレメントとを含む空気収集手段であって、前記空気収集手段内部に気流を生成できるように、前記上部エレメントおよび下部エレメントを相互に連結することが可能である空気収集手段と、
−微生物保持ゾーンを含む実質的に円筒状のカートリッジであって、前記保持ゾーンが微生物溶解手段を含み、前記カートリッジが前記空気収集手段の内部に配置されているカートリッジと
を含む装置にも関する。
−微生物保持ゾーンに置かれた微生物を含む、本発明によるカートリッジと、
−上記カートリッジ内に装着できる、実質的に円筒状の、核酸を回収する手段と
を含み、前記微生物を溶解し、かつ核酸の放出を可能にするために、前記回収する手段が微生物溶解手段と協働する装置にも関する。
a)カートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと
を含む方法にも関する。
a)カートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと、
d)空気収集手段からカートリッジを取り出すステップと、
e)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
f)対象とする液体をカートリッジ内に導入し、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
g)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解させるステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法にも関する。
a)カートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと、
d)空気収集手段からカートリッジを取り出すステップと、
e)核酸を回収する手段をカートリッジ内に装着するステップと、
f)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内に事前に入れられた、対象とする液体の排出を引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ/排出手段によって前記排出が行われ、そのように排出された液体が、核酸を回収する手段とカートリッジとの間に位置する間隙空間を満たし、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入り、前記溶解手段が、カートリッジの垂直な内壁と、核酸を回収する手段の垂直な外壁との間に存在するようになるステップと、
g)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解させるステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法にも関する。
a)カートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと、
d)空気収集手段からカートリッジを取り出すステップと、
e)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
f)対象とする液体をカートリッジ内に導入し、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
g)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解させるステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと、
h)溶解中に放出された、前記微生物の核酸を含有する、対象とする液体を吸い上げるステップと
を含む方法に関係する。
a)カートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと、
d)空気収集手段からカートリッジを取り出すステップと、
e)核酸を回収する手段をカートリッジ内に装着するステップと、
f)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内に事前に入れられた、対象とする液体の排出を引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ/排出手段によって前記排出が行われ、そのように排出された液体が、核酸を回収する手段とカートリッジとの間に位置する間隙空間を満たし、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入り、前記溶解手段が、カートリッジの垂直な内壁と、核酸を回収する手段の垂直な外壁との間に存在するようになるステップと、
g)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解させるステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させ、それによって前記微生物から核酸を放出させるステップと、
h)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内への、対象とする液体の吸い上げを引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ/排出手段によって前記吸い上げが行われ、そのように吸い上げられた、対象とする液体が、溶解中に放出された前記微生物の核酸を含有するステップと
を含む方法にも関する。
a)微生物が保持ゾーンの近くに置かれるカートリッジを得るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に装着するステップと、
c)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内に事前に入れられた、対象とする液体の排出を引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ/排出手段によって前記排出が行われ、そのように排出された液体が、核酸を回収する手段とカートリッジとの間に位置する間隙空間を満たし、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入り、前記溶解手段が、カートリッジの垂直な内壁と、核酸を回収する手段の垂直な外壁との間に存在するようになるステップと、
d)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法に関係する。
a)微生物が保持ゾーンで濃縮されるカートリッジを得るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
c)対象とする液体をカートリッジ内に導入し、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
d)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法に関係する。
a)微生物が保持ゾーンで濃縮されるカートリッジを得るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に装着するステップと、
c)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内に事前に入れられた、対象とする液体の排出を引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ/排出手段によって前記排出が行われ、そのように排出された液体が、核酸を回収する手段とカートリッジとの間に位置する間隙空間を満たし、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入り、前記溶解手段が、カートリッジの垂直な内壁と、核酸を回収する手段の垂直な外壁との間に存在するようになるステップと、
d)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解させるステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させ、それによって前記微生物から核酸を放出させるステップと、
e)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内への、対象とする液体の吸い上げを引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ/排出手段によって前記吸い上げが行われ、そのように吸い上げられた、対象とする液体が、溶解中に放出された前記微生物の核酸を含有するステップと
を含む方法に関係する。
a)微生物が保持ゾーンで濃縮されるカートリッジを得るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
c)対象とする液体をカートリッジ内に導入し、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
d)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと、
e)溶解中に放出された、前記微生物の核酸を含有する、対象とする液体を吸い上げるステップと
を含む方法に関係する。
a)前記微生物を含有する液体試料を、保持ゾーンの近くで、本発明によるカートリッジの中に導入し、その結果、前記液体試料によってカートリッジの前記微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
c)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法にも関係する。
a)前記微生物を含有する液体試料を、保持ゾーンの近くで、本発明によるカートリッジの中に導入し、その結果、前記液体試料によってカートリッジの前記微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
c)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと、
d)溶解中に放出された、前記微生物の核酸を含有する、対象とする液体を吸い上げるステップと
を含む方法に関係する。
a)本発明による装置によって、前記試料中に含有されている微生物から核酸を単離するステップと、
b)そのように単離された(1または複数種の)微生物を同定するステップと
を含む方法に関係する。
a)単離された核酸を特異的に増幅するサブステップと、
b)そのように増幅された核酸を検出するサブステップと
を含む。
本発明による装置を用いた、エアロゾル中に含有されているBacillus subtilis胞子の捕捉効率の測定
この測定を行うために、リークタイト試験台を設計した。この試験台は図17に表されている。それは、エアロゾル発生器202によって、エアロゾルが入れられる密閉空気回路200で構成されている。この発生器は、既知濃度の胞子懸濁液から、一定量のBacillus subtilis(CIP52.62)胞子を気流中に導入することを可能にする。適したエアロゾル発生器は、例えば、TSI社によって販売されている。空気は、吸引ポンプ204によって、回路内を循環する。空気中に含有されている粒子、とりわけほこりの粒子の除去を可能にするために、3枚のTHEフィルター206が回路に沿って存在している。圧力計208は、回路内の圧力の確認を可能にし、2つの流量計210は、回路内における空気の流速の確認を可能にする。本発明による装置は、212として参照されている。それは、空気収集手段10で構成されており、その中に、カートリッジ30が置かれている。この収集手段は、上記に説明した通り、空気回路に接続されている。最後に、空気回路内の2つの試料採取源が、装置212のすぐ上流と、すぐ下流とに配置されている。これらのレベルで試料採取された空気は、一定の画分の形態で、粒子すなわち画分中に含有されているBacillus subtilis胞子の空気力学測定を行うために、スペクトロメーター214に送られる。このスペクトロメーターは、TSI社販売のAerodynamic Particle Sizer(登録商標)モデル3321である。スペクトロメーターへ送られる、この補助回路の中への空気の輸送は、バルブ216によって行われ、これらによって、装置212の上流または下流における試料採取を容認または防止することを可能にする。上流画分および下流画分の差分解析は、本発明による装置によるBacillus subtilis胞子の捕捉効率を計算することを可能にする。
−ビーズ36がゲル状物質なしでカートリッジ内に配置されているカートリッジを用いた、Bacillus subtilis胞子の捕捉効率の測定。
−ビーズ36がカートリッジ内に配置され、かつグリセロールの薄膜コーティングで覆われているカートリッジを用いた、Bacillus subtilis胞子の捕捉効率の測定。この産物は、十分に高粘着性であり、収集皿へのエアロゾルの良好な接着を提供し、かつ後続の分子分析を概ね妨げない。
カートリッジ内にビーズ36を覆うゲル状物質が存在しない場合、本発明による装置による胞子収集効率が、最大70%超にまで及びうるようである。
カートリッジ内にビーズ36を覆うゲル状物質が存在する場合、収集効率は、90%超にまで上昇する。
グリセロール型のゲル状物質の存在下における収集効率の増大は、胞子がこの物質に固着したまま残るという事実によって説明される。ゲル状物質の非存在下では、ビーズ表面で胞子が跳ね返って、それによって、それらがビーズに固着したまま残るのを阻止する現象がわずかに起こる。
本発明による溶解方法と代替方法との間の比較による溶解効率の測定
この場合、以下の3通りの溶解方法が、本発明による方法と比較される。
−FastPrep(商標)装置(Thermo Electron Corporation社販売のFP120型、BIO101)を用いた機械的溶解方法。
−リゾチームを用いた酵素的溶解方法。
−細胞懸濁液を90℃に加熱するステップおよびそれに続く細胞の凍結溶解3ステップを組み合わせた、カオトロピック試薬(グアニジウムイソチオシアネート、GuSCN)を用いた方法。
この実施例では、使用される細胞は、懸濁液中のBacillus cereusである。
溶解ステップの後に、出願人が販売するNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)抽出システムを用いて、回収した核酸を精製する。精製された核酸は、最後に、SYBRGreen検出方法(Molecular Probes社)を用いて定量化される。比較試験の正確なステップを以下に記載する。
Bacillus cereusの培養は、TSA(トリプチケースソイ)プレートの寒天培養培地上で行う。細菌コロニーを寒天上に回収し、出願人が販売するNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)抽出緩衝液3(参照番号280132)中で洗浄する。ひとたび細胞が洗浄されたならば、波長600nmで光学濃度0.5を有する細菌懸濁液を得るために、それらを同じ抽出緩衝液5mlで希釈する。
1gのガラスビーズの混合物(等しい割合の様々なサイズ、すなわち150〜212μm、420〜600μmおよび700〜1180μmのビーズ)で満たされた2mlチューブに、細菌懸濁液0.5mlを移す。FastPrep(登録商標)装置を最高回転速度で(6.0に設定)60秒間使用する。ひとたび溶解が完了したならば、精製ステップを行うために、溶解物100μlをNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)装置内に移す。
細菌懸濁液0.3mlを上述したカートリッジ110と同等なカートリッジ内に移す。このカートリッジは、その後、ガラスビーズの混合物(等しい割合の様々なサイズ、すなわち150〜212μm、212〜300μmおよび420〜600μmのビーズ)0.4gで満たされる。このカートリッジを、核酸を回収する手段と接触させる。後者を2000rpmで2分間、回転させる。ひとたびこの溶解ステップが行われたならば、精製ステップを行うために、溶解物100μlをNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)装置内に移す。
リゾチームを用いたこの溶解方法では、細菌懸濁液100μlをリゾチーム溶液(50mg/ml)100μlと混合する。この混合物を37℃で30分間インキュベートする。このインキュベーションの後、精製ステップを行うために、全溶解物(200μl)をNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)装置内に移す。
細菌懸濁液100μlをGuSCNの濃縮溶液(5mol/l)100μlと混合し、全混合物を30分間インキュベートする。このインキュベーションの後、精製ステップを行うために、全溶解物(200μl)をNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)装置内に移す。
精製ステップは、NucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)装置の汎用抽出プロトコールを用いて行う。出願人が販売するNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)溶解緩衝液(参照番号280134)2ml、および出願人が販売するNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)磁性シリカ粒子(参照番号280133)の懸濁液50μlを各溶解物に添加する。各溶解物の核酸を25μlのNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)抽出緩衝液3中に溶出させる。
各溶出液中の核酸量を決定するために、前記溶出液10μlを0.2ml PCRチューブ内に入れる。その後、SyberGreen溶液180μlを試料に添加し、出願人が販売するNucliSENS EasyQ(登録商標)装置を用いて蛍光シグナルを測定する。
A=FastPrep(登録商標)装置を用いた溶解
B=本発明による装置を用いた溶解
C=酵素的溶解
D=カオトロピック溶解
NASBA法による検出と組み合わせた本発明による装置を用いたBacillus懸濁液の溶解
NucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)抽出緩衝液3中に希釈されたBacillus cereusの懸濁液0.3mlを本発明によるカートリッジの中に導入する。前の実施例で記載した本発明による溶解方法を2分間、再現する。溶解ステップの後に、溶解物5μlを使用して、Bacillus cereusに特異的なプライマーおよびプローブを用い、NucliSENS EasyQ(登録商標)装置を用いた蛍光によって、リアルタイムNASBA法による検出を行う。検出に用いる標的遺伝子はEF−tu遺伝子である。増幅産物のサイズは115ヌクレオチドである。
6から6×105の範囲の様々な量のBacillusを用いた。
図20は、蛍光のリアルタイム生成を、本発明による装置に導入された様々な量のBacillus cereusの関数として示す。この図では、対応は以下の通りである、
a=6×105桿菌を含む試料
b=6×104桿菌を含む試料
c=6×103桿菌を含む試料
d=600桿菌を含む試料
e=60桿菌を含む試料
f=6桿菌を含む試料
g=桿菌を含まない試料
NASBA法で増幅を行う前に、核酸を濃縮することによって、この分析の感受性を改善できるであろうことに留意するべきである。そのような濃度ステップは、例えば、NucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)装置を用いて行うことができる。
本発明による装置を用いた全血試料の分析
この実施例では、本発明による装置を用いて、Bacillus cereusの集団が添加されている全血試料を分析する。血液試料は、健康な個体から得る。
Bacillus cereusの培養は、TSA(トリプチケースソイ)プレートの寒天培養培地上で行う。細菌コロニーを寒天上に回収し、NucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)抽出緩衝液3で洗浄する。ひとたび細胞が洗浄されたならば、波長600nmで光学濃度0.5を有する細菌懸濁液を得るために、それらを同じ抽出緩衝液5mlで希釈する。この保存懸濁液は、約2.2×107細菌/mlを含有している。1つは103細菌/ml、そして1つは105細菌/mlである異なった濃度を有する懸濁液を得るために、この保存懸濁液をNucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)抽出緩衝液3で希釈する。
1.希釈懸濁液24μlを血液150μlに添加して、混合する。
2.本発明によるカートリッジの中に、NucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)抽出緩衝液1(参照番号280130)125μlを導入する。
3.今度は細菌で負荷した血液試料をカートリッジに導入する。
4.カートリッジを、核酸を回収する手段と接触させることによって、溶解ステップを行う。核酸を回収する手段を2000rpmで2分間回転させる。
5.100μlの溶解物をカートリッジ内に吸い上げる。
6.実施例2のステップ3に記載の通り、NucliSENS(登録商標)easyMAG(商標)装置を用いて、この溶解物の精製を行い、溶出液25μlの回収を可能にする。
7.この溶出液5μlを使用して、リアルタイムNASBA技法を用いて、増幅および検出を行う。
a=53桿菌を含有する全血試料(105細菌/mlの希釈懸濁液)
b=5桿菌を含有する全血試料(103細菌/mlの希釈懸濁液)
c=5桿菌を含有する全血試料(103細菌/mlの希釈懸濁液)
d=細菌を含まない全血試料
Claims (30)
- 空気収集手段の内部に配置され、核酸を回収する手段を受け入れることができ、実質的に円筒状であるカートリッジであって、前記カートリッジは微生物保持ゾーンを含み、前記微生物保持ゾーンが微生物溶解手段を含んでなり、微生物保持ゾーンが、微生物を保持し、溶解手段を適所に維持し、且つ液体の存在下で溶解することができる物質を含み、前記物質がゲル状物質であり、前記溶解手段がビーズで構成される、カートリッジ。
- 前記ゲル状物質が微生物培養培地である、請求項1に記載のカートリッジ。
- 分析装置を接続するための手段を更に含む、請求項1又は2に記載のカートリッジ。
- ビーズの直径が200〜600μmである、請求項1から3のいずれか一項に記載のカートリッジ。
- 空気中に含有されている微生物を収集する装置であって、
−空気吸入ダクトを含む上部エレメントと、空気放出ダクトを含む下部エレメントとを含む空気収集手段であって、前記空気収集手段内部に気流を生成できるように、前記上部エレメントおよび下部エレメントを相互に連結することが可能である空気収集手段と、
−前記空気収集手段の内部に配置された、請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジと
を含む装置。 - 空気収集手段が、空気再循環回路に接続可能である、請求項5に記載の装置。
- 微生物から核酸を単離する目的で、前記微生物を溶解するための装置であって、
−請求項1から4のいずれか一項に記載の、微生物保持ゾーンに置かれた、微生物を含むカートリッジと、
−カートリッジ内に置くことができる、実質的に円筒状の、核酸を回収する手段と
を含み、前記微生物を溶解し、核酸の放出を可能にするために、前記回収する手段が微生物溶解手段と協働する装置。 - 核酸を回収する手段が、液体を吸い上げて且つ排出する手段を含む、請求項7に記載の装置。
- 核酸を回収する手段が、液体貯蔵ゾーンを更に含む、請求項7又は8に記載の装置。
- カートリッジの内径が、核酸を回収する手段の外径より大きく、その結果、核酸を回収する手段がカートリッジ内に装着される場合、核酸を回収する手段の外壁からカートリッジの内壁を離している距離が、溶解手段がこの間隙空間内に存在することを可能にするのに十分大きく、かつ溶解手段が前記壁のいずれか1つと接触するのに十分小さい、請求項7から9のいずれか一項に記載の装置。
- 空気中に含有されている微生物を濃縮する方法であって、
a)請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと
を含む方法。 - 更に、d)保持ゾーン内で微生物を増殖させるステップを含む、請求項11に記載の濃縮方法。
- 保持ゾーン内に存在する溶解手段上に微生物が保持される、請求項11又は12に記載の濃縮方法。
- 空気中に含有されている微生物を溶解する方法であって、
a)請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと、
d)空気収集手段からカートリッジを取り出すステップと、
e)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
f)対象とする液体をカートリッジ内に導入し、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が、懸濁液中に入るステップと、
g)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法。 - 空気中に含有されている微生物を溶解する方法であって、
a)請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと、
d)空気収集手段からカートリッジを取り出すステップと、
e)核酸を回収する手段をカートリッジ内に装着するステップと、
f)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内に事前に入れられた、対象とする液体の排出を引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ且つ排出手段によって前記排出が行われ、そのように排出された液体が、核酸を回収する手段とカートリッジとの間に位置する間隙空間を満たし、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入り、前記溶解手段が、カートリッジの垂直な内壁と、核酸を回収する手段の垂直な外壁との間に存在するようになるステップと、
g)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法。 - 空気中に含有されている微生物から核酸を抽出する方法であって、
a)請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと、
d)空気収集手段からカートリッジを取り出すステップと、
e)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
f)対象とする液体をカートリッジ内に導入し、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
g)前記カートリッジ内部で、前記核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと、
h)溶解中に放出された、前記微生物の核酸を含有する、対象とする液体を吸い上げるステップと
を含む方法。 - 空気中に含有されている微生物から核酸を抽出する方法であって、
a)請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジを、前記カートリッジ内部の保持ゾーンが空気収集手段の空気吸入ダクトと連絡するように、空気収集手段の内部に置くステップと、
b)任意の適切な手段によって、前記空気収集手段への空気の流入を引き起こすステップと、
c)カートリッジの保持ゾーンで、空気中に含有されている微生物を濃縮するステップと、
d)空気収集手段からカートリッジを取り出すステップと、
e)核酸を回収する手段をカートリッジ内に装着するステップと、
f)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内に事前に入れられた、対象とする液体の排出を引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ且つ排出手段によって前記排出が行われ、そのように排出された液体が、核酸を回収する手段とカートリッジとの間に位置する間隙空間を満たし、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入り、前記溶解手段が、カートリッジの垂直な内壁と、核酸を回収する手段の垂直な外壁との間に存在するようになるステップと、
g)前記カートリッジ内部で、前記核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させ、それによって前記微生物から核酸を放出させるステップと、
h)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内の、対象とする液体の吸い上げを引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ且つ排出手段によって前記吸い上げが行われ、そのように吸い上げられた、対象とする液体が、溶解中に放出された前記微生物の核酸を含有するステップと
を含む方法。 - 更に、d’)カートリッジの保持ゾーン内に濃縮された微生物を増殖させる追加ステップを含む、請求項14から17のいずれか一項に記載の方法。
- 増殖が、2〜24時間の範囲のある時間にわたって、カートリッジをインキュベーター内でインキュベートすることによって行われる、請求項18に記載の方法。
- 微生物を溶解する方法であって、
a)微生物が保持ゾーンで濃縮されている、請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジを得るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に装着するステップと、
c)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内に事前に入れられた、対象とする液体の排出を引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ且つ排出手段によって前記排出が行われ、そのように排出された液体が、核酸を回収する手段とカートリッジとの間に位置する間隙空間を満たし、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入り、前記溶解手段が、カートリッジの垂直な内壁と、核酸を回収する手段の垂直な外壁との間に存在するようになるステップと、
d)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法。 - 微生物を溶解する方法であって、
a)微生物が保持ゾーンで濃縮されている、請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジを得るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
c)対象とする液体をカートリッジ内に導入し、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
d)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法。 - 微生物から核酸を抽出する方法であって、
a)微生物が保持ゾーンで濃縮されている、請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジを得るステップと、
b)前記核酸を回収する手段を前記カートリッジ内に装着するステップと、
c)前記核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内に事前に入れられた、対象とする液体の排出を引き起こすステップであって、前記核酸を回収する手段の吸い上げ且つ排出手段によって前記排出が行われ、そのように排出された液体が、前記核酸を回収する手段と前記カートリッジとの間に位置する間隙空間を満たし、それによって、前記カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入り、前記溶解手段が、前記カートリッジの垂直な内壁と、前記核酸を回収する手段の垂直な外壁との間に存在するようになるステップと、
d)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解させるステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させ、それによって前記微生物から核酸を放出させるステップと、
e)核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内の、対象とする液体の吸い上げを引き起こすステップであって、核酸を回収する手段の吸い上げ且つ排出手段によって前記吸い上げが行われ、そのように吸い上げられた、対象とする液体が、溶解中に放出された前記微生物の核酸を含有するステップと
を含む方法。 - 微生物から核酸を抽出する方法であって、
a)微生物が保持ゾーンで濃縮されている、請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジを得るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
c)対象とする液体をカートリッジ内に導入し、それによって、カートリッジの微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
d)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと、
e)溶解中に放出された、前記微生物の核酸を含有する、対象とする液体を吸い上げるステップと
を含む方法。 - 微生物を溶解する方法であって、
a)溶解される微生物を含有する液体試料を、保持ゾーンの近くで、請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジの中に導入し、その結果、前記液体試料によってカートリッジの前記微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
c)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと
を含む方法。 - 微生物から核酸を抽出する方法であって、
a)核酸が抽出される微生物を含有する液体試料を、保持ゾーンの近くで、請求項1から4のいずれか一項に記載のカートリッジの中に導入し、その結果、前記液体試料によってカートリッジの前記微生物保持ゾーンに位置する溶解手段が懸濁液中に入るステップと、
b)核酸を回収する手段をカートリッジ内に置くステップと、
c)カートリッジ内部で、核酸を回収する手段を回転させることによって、微生物を機械的に溶解するステップであって、微生物がその上に保持されている溶解手段を、前記核酸を回収する手段が回転させるステップと、
d)溶解中に放出された、前記微生物の核酸を含有する、対象とする液体を吸い上げるステップと
を含む方法。 - 試料中に含有されている1または複数種の微生物を同定する方法であって、
−請求項5から10のいずれか一項に記載の装置によって、前記試料中に含有されている微生物から核酸を単離するステップと、
−そのように単離された(1または複数種の)微生物を同定するステップであって、
−単離された核酸を特異的に増幅するサブステップと、
−そのように増幅された核酸を検出するサブステップとを含む同定ステップ
を含む方法。 - 核酸を精製する中間ステップを更に含む、請求項26に記載の同定方法。
- 同定ステップが、請求項7から10のいずれか一項に記載の装置のカートリッジと流体連通している同定装置内で行われる、請求項26又は27に記載の同定方法。
- 単離された核酸は、請求項7から10のいずれか一項に記載の装置の核酸を回収する手段から、同定装置に輸送される、請求項28に記載の同定方法。
- 核酸の輸送が、核酸を含有する対象の液体の、核酸を回収する手段の吸い上げ且つ排出手段の排出によって行われ、前記対象の液体が、核酸を回収する手段の貯蔵ゾーン内に含有されている、請求項29に記載の同定方法。
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