JP2012107019A5

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Publication number: JP2012107019A5
Application number: JP2011286484A
Authority: JP
Filing date: 2011-12-27
Publication date: 2012-10-25
Anticipated expiration: 2020-12-29

Claims

完全に脱保護された合成オリゴヌクレオチドから保護されている合成オリゴヌクレオチド（部分的に保護されている合成オリゴヌクレオチドおよび完全に保護されている合成オリゴヌクレオチドを含む）を分離する方法であって、
前記保護されている合成オリゴヌクレオチドと完全に脱保護された合成オリゴヌクレオチドの混合物を、少なくとも１つの保護基が共有結合した合成オリゴヌクレオチドに特異的に結合する抗体であって、前記保護基が共有結合していない場合には、前記合成オリゴヌクレオチドに結合しない抗体に接触させるステップと、
前記抗体が結合した保護されたオリゴヌクレオチドから前記完全に脱保護された合成オリゴヌクレオチドを精製するステップと
を含み、
前記抗体が選択的に結合する前記オリゴヌクレオチドが、式（Ｉ）、

（式中、Ｒは隣接ヌクレオチドとの共有結合であり、
Ｒ _１は隣接ヌクレオチドとの共有結合であり、
Ｒ _２はＨまたは−ＯＨであり、
Ｒ _３はＨまたは保護基であり、
塩基はプリンまたはピリミジン塩基であり、
Ｒ _４は、前記塩基のアミノ基に結合した保護基である）の保護されているヌクレオチドを含む、方法。
少なくとも１つの保護基が共有結合した合成オリゴヌクレオチド（部分的に保護されている合成オリゴヌクレオチドおよび完全に保護されている合成オリゴヌクレオチドを含む）に特異的に結合する抗体であって、前記保護基が共有結合していない場合には、前記合成オリゴヌクレオチドに結合しない抗体に合成オリゴヌクレオチドを接触させるステップを含み、
前記抗体が選択的に結合する前記オリゴヌクレオチドが、式（Ｉ）、

（式中、Ｒは隣接ヌクレオチドとの共有結合であり、
Ｒ _１は隣接ヌクレオチドとの共有結合であり、
Ｒ _２はＨまたは−ＯＨであり、
塩基はプリンまたはピリミジン塩基であり、
Ｒ _４は、前記塩基のアミノ基に結合した保護基である）の保護されているヌクレオチドである、イムノアッセイによって合成オリゴヌクレオチドの不完全な脱保護を検出する方法。
Ｒ、Ｒ _１、Ｒ _３およびＲ _４の１つが保護基である場合には、Ｒ、Ｒ _１、Ｒ _３およびＲ _４の残りは保護基でない請求項１または２に記載の方法。
前記オリゴヌクレオチドが３〜２０のヌクレオチドからなり、前記ヌクレオチドの１つが感光性保護基で保護されている請求項１または２に記載の方法。
前記抗体がモノクローナル抗体である請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
前記抗体が固体担体に固定されている請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
前記イムノアッセイが、ヘテロジニアスイムノアッセイである請求項２〜６のいずれかに記載の方法。
前記イムノアッセイがホモジニアスイムノアッセイである請求項２〜６のいずれかに記載の方法。
前記イムノアッセイがサンドイッチアッセイである請求項２〜６のいずれかに記載の方法。
前記保護されている合成オリゴヌクレオチドが、部分的に保護されている合成オリゴヌクレオチドである請求項１に記載の方法。
前記接触させるステップおよび精製するステップがアフィニティークロマトグラフィーによって実施される請求項１０に記載の方法。
オリゴヌクレオチドの不十分な脱保護についてオリゴヌクレオチドアレイをスクリーニングする請求項２に記載の方法であって、
（ａ）複数の異なるオリゴヌクレオチドが固定された基板を含むオリゴヌクレオチドアレイを提供するステップであって、前記異なるオリゴヌクレオチドは、前記基板の異なる離れた別個の位置に固定されているステップと、
（ｂ）保護基が共有結合した合成オリゴヌクレオチドに特異的に結合する抗体であって、前記保護基が共有結合していない場合には、前記合成オリゴヌクレオチドに結合しない抗体を提供するステップと、
（ｃ）前記オリゴヌクレオチドアレイに前記抗体を接触させ、それによって前記アレイ上の離れた別個の位置への前記抗体の結合の有無を検出するステップであって、前記アレイの離れた別個の位置への結合の存在がオリゴヌクレオチドの不十分な脱保護を示すステップと
を含む方法。
前記基板がケイ素を含有する請求項１２に記載の方法。
アレイを提供する前記ステップが、前記基板上で前記オリゴヌクレオチドをｉｎｓｉｔｕで合成することによって実施される請求項１２に記載の方法。
アレイのオリゴヌクレオチドにおける複数の異なる保護基を検出できるように、各反復時に異なる抗体を用いてステップ（ｂ）〜ステップ（ｃ）を少なくとも１回反復するステップをさらに含む請求項１２に記載の方法。
前記アレイの少なくとも１つの離れた別個の位置のオリゴヌクレオチドの不十分な脱保護または不十分な伸長の存在を記録する証拠を作成するステップをさらに含む請求項１２に記載の方法。
前記証拠が定性的な証拠である請求項１６に記載の方法。
前記証拠が定量的な証拠である請求項１６に記載の方法。
少なくとも１つの保護基が共有結合した合成オリゴヌクレオチドに特異的に結合する抗体であって、前記少なくとも１つの保護基が共有結合していない場合には、前記合成オリゴヌクレオチドに結合しない抗体の、保護されたオリゴヌクレオチドから完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを同定及び／又は分離するための使用であって、
前記抗体が選択的に結合する前記オリゴヌクレオチドが、式（Ｉ）

（式中、Ｒは隣接ヌクレオチドとの共有結合であり、
Ｒ _１は隣接ヌクレオチドとの共有結合であり、
Ｒ _２はＨまたは−ＯＨであり、
塩基はプリンまたはピリミジン塩基であり、
Ｒ _４は、前記塩基のアミノ基に結合した保護基である）の保護されているヌクレオチド（部分的に保護されているヌクレオチドおよび完全に保護されているヌクレオチドを含む）を含む使用。
Ｒ、Ｒ _１、Ｒ _３およびＲ _４の１つが保護基である場合には、Ｒ、Ｒ _１、Ｒ _３およびＲ _４の残りは保護基でない請求項１９に記載の使用。
式（Ｉ）

（式中、Ｒは隣接ヌクレオチドとの共有結合であり、
Ｒ _１は隣接ヌクレオチドとの共有結合であり、
Ｒ _２はＨまたは−ＯＨであり、
塩基はプリンまたはピリミジン塩基であり、
Ｒ _４は、前記塩基のアミノ基に結合した保護基である）の保護されているヌクレオチド（部分的に保護されているヌクレオチドおよび完全に保護されているヌクレオチドを含む）を含むオリゴヌクレオチドに選択的に結合する請求項１〜１８のいずれかに記載の方法で使用するための抗体。