JP2012029689A - 核酸の存在比測定装置、核酸の存在比測定方法、核酸の存在比測定プログラム、判定方法、及び核酸の存在比測定キット - Google Patents
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Abstract
【解決手段】2種類の核酸の存在比が各々異なる複数の核酸混合物の各々の温度と蛍光強度の微分値との関係を表す微分融解曲線に基づいて、各々異なる大きさの融解温度(TmW及びTmM)を含む2つの温度範囲(ΔTW及びΔTM)内における微分融解曲線とベース値とを示す直線とで囲まれた部分の面積比(SM/SW)と2種類の核酸の存在比との関係を表す検量線をメモリ26に記憶しておく。測定対象の核酸混合物の微分融解曲線の2つの温度範囲(ΔT’W及びΔT’M)内における微分融解曲線とベース値とを示す直線とで囲まれた部分の面積比(S’M/S’W)を演算して、演算された面積比と検量線に基づいて、核酸の存在比を演算することで検体の核酸の存在比を測定する。
【選択図】図2
Description
+・・・+{f(Te−1)−B(Te−1)} ・・・(1)
ただし、a={f(Te)−f(Ts)}/(Te−Ts) である。
c−kit遺伝子の部分配列を測定対象の核酸として用いて、本発明の一実施例を以下に説明する。
12 操作部
14 表示部
16 コンピュータ
20 CPU
22 ROM
24 RAM
26 メモリ
Claims (19)
- 1以上の融解温度を有する核酸混合物の融解曲線の検出信号を、異なる温度範囲内において検出する検出手段と、
前記検出手段により検出された検出信号から得られる特徴量の比と検量情報とに基づいて、核酸の存在比を演算する存在比演算手段と、
を含む核酸の存在比測定装置。 - 各々異なる融解温度を有する核酸の存在比が各々異なる複数の核酸混合物の各々から得られた温度と検出信号との関係を表す融解曲線に基づいて、前記融解温度を含む複数の温度範囲内における前記融解曲線の検出信号から得られる特徴量の比と前記存在比との関係を表す検量情報を記憶した記憶手段、または前記検量情報を入力するための入力手段
を含む請求項1に記載の核酸の存在比測定装置。 - 前記特徴量の比を、
一つの融解温度付近における検出信号のレベルからバックグラウンドレベルを減算した値と、他の融解温度付近における検出信号のレベルからバックグラウンドレベルを減算した値との比、
一つの融解温度付近における検出信号の微分値からバックグラウンドレベルを減算した値と他の融解温度付近における検出信号の微分値からバックグラウンドレベルを減算した値との比、
一つの温度範囲内の検出信号の微分値の和と他の温度範囲内の検出信号の微分値の和との比、または
一つの温度範囲内の検出信号の微分値の和からバックグラウンドレベルの和を減算した値と、他の温度範囲内の検出信号の微分値の和からバックグラウンドレベルの和を減算した値との比
とした請求項1または請求項2に記載の核酸の存在比測定装置。 - 前記特徴量の比を、温度と検出信号の微分値との関係を表す融解曲線において、一つの温度範囲の下限値に対応する点と前記一つの温度範囲の上限値に対応する点とを通る直線と融解曲線とで囲まれた部分の面積と、他の温度範囲の下限値に対応する点と前記他の温度範囲の上限値に対応する点とを通る直線と融解曲線とで囲まれた部分の面積との比とした請求項1または請求項2に記載の核酸の存在比測定装置。
- 前記温度範囲の上限値または下限値を、
温度と検出信号の微分値との関係を表す融解曲線における2つのピーク間で検出信号の微分値が最小となる温度、
温度と検出信号の微分値との関係を表す融解曲線におけるピークの裾野に対応する温度、または
温度と検出信号の微分値との関係を表す融解曲線におけるピークから±15℃以内の温度
とした請求項4に記載の核酸の存在比測定装置。 - 前記温度範囲の上限値または下限値を、温度と検出信号の微分値との関係を表す融解曲線におけるピークから±10℃以内の温度とした請求項4に記載の核酸の存在比測定装置。
- 前記温度範囲の上限値または下限値を、温度と検出信号の微分値との関係を表す融解曲線におけるピークから±7℃以内の温度とした請求項4に記載の核酸の存在比測定装置。
- 前記一つの温度範囲の上限値と、前記一つの温度範囲より高い温度範囲を含有する温度範囲の下限値とを、異なる値とした請求項4〜請求項7のいずれか1項に記載の核酸の存在比測定装置。
- 前記一つの温度範囲の下限値から上限値までの幅と、前記他の温度範囲の下限値から上限値までの幅を、同一の幅とした請求項4〜請求項8のいずれか1項に記載の核酸の存在比測定装置。
- 前記一つの温度範囲の下限値から上限値までの幅と、前記他の温度範囲の下限値から上限値までの幅を、異なる幅とした請求項4〜請求項8のいずれか1項に記載の核酸の存在比測定装置。
- 前記核酸混合物の温度変化を制御する温度制御手段と、
前記検出信号として吸光度、蛍光強度、または相対蛍光強度を計測する計測手段と、
を含む請求項1〜請求項10のいずれか1項に記載の核酸の存在比測定装置。 - 1以上の融解温度を有する核酸混合物の融解曲線の検出信号を、異なる温度範囲内において検出する検出工程と、
前記検出工程において検出された検出信号から得られる特徴量の比と検量情報とに基づいて、核酸の存在比を演算する存在比演算工程と、
を含む核酸の存在比測定方法。 - 各々異なる融解温度を有する核酸の存在比が各々異なる複数の核酸混合物の各々から得られた温度と検出信号との関係を表す融解曲線に基づいて、前記融解温度を含む複数の温度範囲内における前記融解曲線の検出信号から得られる特徴量の比と前記存在比との関係を表す検量情報を作成する検量情報作成工程と、
測定対象の核酸混合物の融解曲線の前記複数の温度範囲の各々に対応する温度範囲内における融解曲線の検出信号に基づいて特徴量の比を演算する特徴量比演算工程と、
前記特徴量比演算工程において演算された特徴量の比と前記検量情報作成工程において作成された検量情報とに基づいて、核酸の存在比を演算する存在比演算工程と、
を含む核酸の存在比測定方法。 - コンピュータを、
1以上の融解温度を有する核酸混合物の融解曲線の検出信号であって、異なる温度範囲内において検出された検出信号を取り込み、取り込んだ検出信号から得られる特徴量の比と検量情報とに基づいて、核酸の存在比を演算する存在比演算手段
として機能させるための核酸の存在比測定プログラム。 - コンピュータを、
各々異なる融解温度を有する核酸の存在比が各々異なる複数の核酸混合物の各々から得られた温度と検出信号との関係を表す融解曲線に基づいて、前記融解温度を含む複数の温度範囲内における前記融解曲線の検出信号から得られる特徴量の比と前記存在比との関係を表す検量情報が記憶された記憶手段から該検量情報を取得するか、または入力手段により入力される前記検量情報を取得する取得手段、
測定対象の核酸混合物の融解曲線の前記複数の温度範囲の各々に対応する温度範囲内における融解曲線の検出信号に基づいて特徴量の比を演算する特徴量比演算手段、及び
前記特徴量比演算手段により演算された特徴量の比と前記取得手段により取得された検量情報とに基づいて、核酸の存在比を演算する存在比演算手段
として機能させるための核酸の存在比測定プログラム。 - 請求項1〜請求項11のいずれか1項に記載の核酸の存在比測定装置、請求項12もしくは請求項13に記載の核酸の存在比測定方法、または請求項14もしくは請求項15に記載の核酸の存在比測定プログラムを用いて得られる核酸の存在比と、予め定めた核酸の存在比と患者の状態との関係とに基づいて、患者の状態を判定する判定方法。
- 請求項1〜請求項11のいずれか1項に記載の核酸の存在比測定装置、請求項12もしくは請求項13に記載の核酸の存在比測定方法、または請求項14もしくは請求項15に記載の核酸の存在比測定プログラムを用いて得られる核酸の存在比と、予め定めた核酸の存在比と体質及び体質に適した薬剤処方量の少なくとも一方との関係とに基づいて、体質及び体質に適した薬剤処方量の少なくとも一方を判定する判定方法。
- 請求項1〜請求項11のいずれか1項に記載の核酸の存在比測定装置、請求項12もしくは請求項13に記載の核酸の存在比測定方法、または請求項14もしくは請求項15に記載の核酸の存在比測定プログラムにおいて、前記核酸の存在比を測定する際に用いられ、
前記核酸混合物中の核酸に存在し得る標的とする変異を含む核酸配列の領域にハイブリダイズ可能なプローブと、
前記核酸混合物中の核酸に存在し得る標的とする変異を含む核酸配列を増幅可能なプライマーセットと、
を含む核酸の存在比測定キット。 - 前記プローブが標識化プローブである請求項18に記載の核酸の存在比測定キット。
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