JP2011528442A5 - - Google Patents
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Description
したがって、本発明の1つの態様では、所定レベルの予測可能性を用いて、対象で転移性癌を発症するリスクを評価するための方法を提供する。転移性前立腺癌を発症するリスクは、対象由来のサンプル中のPCDETERMINANTのレベルを測定することによって決定する。対象が転移性癌を発症するリスクが高いことは、サンプル中のPCDETERMINANTのレベルの臨床的に有意な変化を測定することによって決定される。あるいは、対象が転移性癌を発症するリスクが高いことは、有効量のPCDETERMINANTのレベルを基準値と比較することによって決定される。いくつかの態様では、この基準値が指標である。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
所定レベルの予測可能性を用いて、対象における癌再発のリスクまたは転移性癌を発症するリスクを評価するための方法であって、
a.前記対象由来のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを測定するステップと、
b.前記サンプル中の前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルの臨床的に有意な変化を測定するステップであって、前記変化が、前記対象において癌再発のリスクまたは転移性癌を発症するリスクが高いことを示しているステップと
を含む方法。
(項目2)
前記2個以上のPCDETERMINANTが、
a)表2、
b)表3、
c)表4、
d)表5、
e)表6、
f)表7、および
g)表2〜7から選択された2つ以上の表
から選択される、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記PCDETERMINANTが、PTEN、SMAD4、サイクリンD1およびSPP1を含む、項目1に記載の方法。
(項目4)
前記癌に関連する少なくとも1つの標準的なパラメータを測定するステップをさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記癌が前立腺癌であり、前記標準パラメータがグリーソンスコアである、項目4に記載の方法。
(項目6)
PCDETERMINANTの前記レベルが、電気泳動、免疫化学的手法または非浸潤性イメージングによって測定される、項目1に記載の方法。
(項目7)
前記免疫化学的検出が、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光アッセイ、または酵素結合免疫吸着アッセイによって行われる、項目6に記載の方法。
(項目8)
前記対象が、原発性腫瘍、再発性腫瘍、または転移性前立腺癌を有する、項目1に記載の方法。
(項目9)
前記サンプルが、腫瘍生検標本、血液または生物学的液体中の循環腫瘍細胞である、項目1に記載の方法。
(項目10)
前記生検標本が、コア生検標本、切除組織生検標本、または切開組織生検標本である、項目1に記載の方法。
(項目11)
4個以上のPCDETERMINANTの発現レベルを測定する、項目1に記載の方法。
(項目12)
所定レベルの予測可能性を用いて、対象における癌再発のリスクまたは転移性癌を発症するリスクを評価するための方法であって、
a.前記対象由来のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを測定するステップと、
b.前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを基準値と比較するステップと
を含む方法。
(項目13)
前記基準値が指標値である、項目12に記載の方法。
(項目14)
所定レベルの予測可能性を用いて、対象における腫瘍の進行を評価するための方法であって、
a.第1の期間で、前記対象由来の第1のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
b.第2の期間で、前記対象由来の第2のサンプル中の2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
c.ステップ(a)で検出された前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、ステップ(b)で検出されたレベルまたは基準値と比較するステップと
を含む方法。
(項目15)
前記第1のサンプルが、前記腫瘍の治療前に前記対象から採取される、項目14に記載の方法。
(項目16)
前記第2のサンプルが、前記腫瘍の治療後に前記対象から採取される、項目14に記載の方法。
(項目17)
所定レベルの予測可能性を用いて、再発性癌または転移性癌の治療の有効性をモニタするための方法であって、
a.第1の期間で、前記対象由来の第1のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
b.第2の期間で、前記対象由来の第2のサンプル中の、2個以上のPCDETERMINANTの有効量のレベルを検出するステップと、
c.ステップ(a)で検出された前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、ステップ(b)で検出されたレベルまたは基準値と比較するステップであって、治療の有効性が、前記対象由来の2個以上のPCDETERMINANTのレベルの変化によってモニタされるステップと
を含む方法。
(項目18)
前記対象が、前記癌の治療を事前に受けている、項目17に記載の方法。
(項目19)
前記第1のサンプルが、前記癌の治療前に前記対象から採取される、項目17に記載の方法。
(項目20)
前記第2のサンプルが、前記癌の治療後に前記対象から採取される、項目17に記載の方法。
(項目21)
前記第2のサンプルを、前記癌の再発後に前記対象から採取する、項目17に記載の方法。
(項目22)
前記第2のサンプルを、前記癌の再発前に前記対象から採取する、項目17に記載の方法。
(項目23)
所定レベルの予測可能性を用いて、腫瘍を有すると診断された対象に関する治療レジメンを選択するための方法であって、
a.第1の期間で、前記対象由来の第1のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
b.任意選択で第2の期間で、前記対象由来の第2のサンプル中の2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
c.ステップ(a)で検出された前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、基準値または任意選択でステップ(b)で検出された量と比較するステップと
を含む方法。
(項目24)
前記対象が、腫瘍の治療を事前に受けている、項目23に記載の方法。
(項目25)
前記第1のサンプルを、前記腫瘍を治療する前に前記対象から採取する、項目23に記載の方法。
(項目26)
前記第2のサンプルを、前記腫瘍を治療した後に前記対象から採取する、項目23に記載の方法。
(項目27)
PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のマーカーの、マーカーレベルのパターンを含む、転移性前立腺癌基準発現プロファイル。
(項目28)
項目27に記載のプロファイルを作成するのに十分な、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された対応するPCDETERMINANTを検出する複数のPCDETERMINANT検出試薬を含むキット。
(項目29)
前記検出試薬が、1つもしくは複数の抗体またはその断片を含む、項目28に記載のキット。
(項目30)
前記検出試薬が1種または複数のオリゴヌクレオチドを含む、項目28に記載のキット。
(項目31)
前記検出試薬が1種または複数のアプタマーを含む、項目28に記載のキット。
(項目32)
項目27に記載の1つまたは複数の転移性前立腺癌基準発現プロファイルと、任意選択で追加の試験結果および対象情報とを含有する機械可読媒体。
(項目33)
生理学的または生化学的な経路に関連した転移を示す1個または複数のPCDETERMINANTを含む、PCDETERMINANTパネル。
(項目34)
前記生理学的または生化学的な経路が、細胞移動、血管新生、細胞外マトリックス分解、溢出、コロニー形成またはアノイキスを含む、項目33に記載のパネル。
(項目35)
腫瘍の進行を示す1個または複数のPCDETERMINANTを含む、PCDETERMINANTパネル。
(項目36)
PCDETERMINANTの活性または発現を調節する化合物を同定する方法であって、
(a)前記PCDETERMINANTを発現する細胞を提供するステップと、
(b)前記細胞を、候補化合物を含む組成物と接触させるステップと、
(c)物質が前記PCDETERMINANTの発現または活性を変化させるか否かを決定するステップと
を含み、それにより、前記化合物の存在下で観察された前記変化が、細胞を、前記化合物を含まない組成物と接触させたときに観察されない場合、前記同定された化合物は、PCDETERMINANTの活性または発現を調節する方法。
(項目37)
前記細胞を、インビボ、エキソビボ、またはインビトロで接触させる、項目36に記載の方法。
(項目38)
対象の癌を治療する方法であって、PCDETERMINANTの活性または発現を調節する化合物を前記対象に投与するステップを含む方法。
(項目39)
対象の前立腺癌を治療しまたは予防する方法であって、PCDETERMINANTの活性または発現を調節する薬剤を前記対象に投与するステップを含む方法。
(項目40)
ゲノムが内在性のPten遺伝子およびSmad4遺伝子の両方のホモ接合型破壊を含有するダブルノックアウトのトランスジェニックマウスであって、野生型マウスと比較して、前立腺腫瘍の形成に対する感受性の増加を示すトランスジェニックマウス。
(項目41)
項目40に記載のトランスジェニックマウス由来の細胞。
(項目42)
上皮細胞である、項目41に記載の細胞。
(項目43)
前記上皮細胞が、前立腺細胞、乳房細胞、結腸細胞または肺細胞である、項目41に記載の細胞。
(項目44)
前立腺癌の進行を阻害する治療剤についてスクリーニングする方法であって、候補治療剤を項目40に記載のトランスジェニックマウスに投与するステップと、前記マウスにおいて前記治療剤の前立腺癌(prostate caner)の進行に対する効果を評価するステップとを含む方法。
(項目45)
生物マーカーを同定する方法であって、試験化合物の非存在下において項目40に記載のトランスジェニックマウスから得た第1のサンプル中の遺伝子発現プロファイル、ゲノムプロファイルまたはプロテオミクスプロファイルを、試験化合物の存在下において項目40に記載のトランスジェニックマウスから得たサンプル中の前記プロファイルと比較するステップを含む方法。
(項目46)
前記サンプルが、細胞サンプル、血液サンプルまたは循環腫瘍細胞である、項目45に記載の方法。
(項目47)
生物マーカーを同定する方法であって、第1の期間において項目40に記載のトランスジェニックマウスから得た第1のサンプル中の遺伝子発現プロファイル、ゲノムプロファイルまたはプロテオミクスプロファイルを、第2の期間において項目40に記載のトランスジェニックマウスから得たサンプル中のプロファイルと比較するステップを含む方法。
(項目48)
前記サンプルが、細胞サンプル、血液サンプルまたは循環腫瘍細胞である、項目47に記載の方法。
(項目49)
キットであって、PTEN、SMAD4、サイクリンD1およびSPP1の検出または定量化のための試薬ならびに前記キットを使用するための指示を含むキット。
(項目50)
ゲノムが内在性のPten遺伝子およびSmad4遺伝子の両方のホモ接合型破壊を含有する細胞を前立腺組織が含むトランスジェニック非ヒト哺乳動物であって、前記Pten遺伝子または前記Smad4遺伝子のいずれかにそのような破壊がない対照哺乳動物と比較して、前立腺癌の発症に対する感受性の増加を示し、Smad4遺伝子ではなく、Pten遺伝子のみにおけるホモ接合型破壊を有する対照哺乳動物と比較して、転移性であって、緩徐進行型ではない前立腺癌の発症に対する感受性の増加を示す、トランスジェニック非ヒト哺乳動物。
(項目51)
癌を治療するための方法であって、
a)癌細胞がPCDETERMINANT1〜372のうちの2個以上のレベルにおいて臨床的に有意な変化を示す対象を提供するステップであって、前記変化が、前記対象において癌が再発するかまたは転移性癌を発症するリスクの増加を示すステップと、
b)前記対象を、看護療法の標準に加えて、アジュバント療法も用いて治療するステップと
を含む方法。
(項目52)
前記看護療法の標準が、手術、放射線照射またはアンドロゲン除去である、項目51に記載の方法。
(項目53)
前立腺癌を、前立腺癌の治療を必要とする対象において治療するための方法であって、a)対象の前立腺癌組織由来のサンプル中のPTEN、SMAD4、CYCLIN D1およびSPP1の発現レベルに関する情報を得るステップと、
b)SPP1阻害剤またはCD44阻害剤を、前記発現レベルに基づいて前立腺癌が再発するかまたは転移性癌を発症するリスクがあると同定される対象に投与するステップと
を含む方法。
(項目54)
前記阻害剤が、抗SPP1抗体、SPP!siRNA、CD44抗体またはCD44siRNAである、項目53に記載の方法。
(項目55)
対象の癌に治療レジメンが有益であるかどうかを決定する方法であって、
a)2個以上のPCDETERMINANT1〜372のレベルを検出するステップと、b)ステップ(a)で検出された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを基準値と比較するステップと
を含む方法。
(項目56)
アジュバント治療を必要とする腫瘍患者を選択する方法であって、
DETERMINANT1〜372の2個以上を測定することにより、前記患者における転移のリスクを評価するステップであって、前記患者由来の腫瘍サンプル中の前記2個以上のDETERMINANTの臨床的に有意な変化は、前記患者がアジュバント治療を必要としていることを示すステップ
を含む方法。
(項目57)
腫瘍患者に治療決定を知らせる方法であって、
前記患者から得た腫瘍サンプル中の、DETERMINANT1〜372の2個以上に関する情報を得るステップと、
前記2個以上のDETERMINANTが臨床的に有意に変化した場合に、前記患者における腫瘍転移を予防または低減する治療レジメンを選択するステップと
を含む方法。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
所定レベルの予測可能性を用いて、対象における癌再発のリスクまたは転移性癌を発症するリスクを評価するための方法であって、
a.前記対象由来のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを測定するステップと、
b.前記サンプル中の前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルの臨床的に有意な変化を測定するステップであって、前記変化が、前記対象において癌再発のリスクまたは転移性癌を発症するリスクが高いことを示しているステップと
を含む方法。
(項目2)
前記2個以上のPCDETERMINANTが、
a)表2、
b)表3、
c)表4、
d)表5、
e)表6、
f)表7、および
g)表2〜7から選択された2つ以上の表
から選択される、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記PCDETERMINANTが、PTEN、SMAD4、サイクリンD1およびSPP1を含む、項目1に記載の方法。
(項目4)
前記癌に関連する少なくとも1つの標準的なパラメータを測定するステップをさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記癌が前立腺癌であり、前記標準パラメータがグリーソンスコアである、項目4に記載の方法。
(項目6)
PCDETERMINANTの前記レベルが、電気泳動、免疫化学的手法または非浸潤性イメージングによって測定される、項目1に記載の方法。
(項目7)
前記免疫化学的検出が、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光アッセイ、または酵素結合免疫吸着アッセイによって行われる、項目6に記載の方法。
(項目8)
前記対象が、原発性腫瘍、再発性腫瘍、または転移性前立腺癌を有する、項目1に記載の方法。
(項目9)
前記サンプルが、腫瘍生検標本、血液または生物学的液体中の循環腫瘍細胞である、項目1に記載の方法。
(項目10)
前記生検標本が、コア生検標本、切除組織生検標本、または切開組織生検標本である、項目1に記載の方法。
(項目11)
4個以上のPCDETERMINANTの発現レベルを測定する、項目1に記載の方法。
(項目12)
所定レベルの予測可能性を用いて、対象における癌再発のリスクまたは転移性癌を発症するリスクを評価するための方法であって、
a.前記対象由来のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを測定するステップと、
b.前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを基準値と比較するステップと
を含む方法。
(項目13)
前記基準値が指標値である、項目12に記載の方法。
(項目14)
所定レベルの予測可能性を用いて、対象における腫瘍の進行を評価するための方法であって、
a.第1の期間で、前記対象由来の第1のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
b.第2の期間で、前記対象由来の第2のサンプル中の2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
c.ステップ(a)で検出された前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、ステップ(b)で検出されたレベルまたは基準値と比較するステップと
を含む方法。
(項目15)
前記第1のサンプルが、前記腫瘍の治療前に前記対象から採取される、項目14に記載の方法。
(項目16)
前記第2のサンプルが、前記腫瘍の治療後に前記対象から採取される、項目14に記載の方法。
(項目17)
所定レベルの予測可能性を用いて、再発性癌または転移性癌の治療の有効性をモニタするための方法であって、
a.第1の期間で、前記対象由来の第1のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
b.第2の期間で、前記対象由来の第2のサンプル中の、2個以上のPCDETERMINANTの有効量のレベルを検出するステップと、
c.ステップ(a)で検出された前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、ステップ(b)で検出されたレベルまたは基準値と比較するステップであって、治療の有効性が、前記対象由来の2個以上のPCDETERMINANTのレベルの変化によってモニタされるステップと
を含む方法。
(項目18)
前記対象が、前記癌の治療を事前に受けている、項目17に記載の方法。
(項目19)
前記第1のサンプルが、前記癌の治療前に前記対象から採取される、項目17に記載の方法。
(項目20)
前記第2のサンプルが、前記癌の治療後に前記対象から採取される、項目17に記載の方法。
(項目21)
前記第2のサンプルを、前記癌の再発後に前記対象から採取する、項目17に記載の方法。
(項目22)
前記第2のサンプルを、前記癌の再発前に前記対象から採取する、項目17に記載の方法。
(項目23)
所定レベルの予測可能性を用いて、腫瘍を有すると診断された対象に関する治療レジメンを選択するための方法であって、
a.第1の期間で、前記対象由来の第1のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
b.任意選択で第2の期間で、前記対象由来の第2のサンプル中の2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
c.ステップ(a)で検出された前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、基準値または任意選択でステップ(b)で検出された量と比較するステップと
を含む方法。
(項目24)
前記対象が、腫瘍の治療を事前に受けている、項目23に記載の方法。
(項目25)
前記第1のサンプルを、前記腫瘍を治療する前に前記対象から採取する、項目23に記載の方法。
(項目26)
前記第2のサンプルを、前記腫瘍を治療した後に前記対象から採取する、項目23に記載の方法。
(項目27)
PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のマーカーの、マーカーレベルのパターンを含む、転移性前立腺癌基準発現プロファイル。
(項目28)
項目27に記載のプロファイルを作成するのに十分な、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された対応するPCDETERMINANTを検出する複数のPCDETERMINANT検出試薬を含むキット。
(項目29)
前記検出試薬が、1つもしくは複数の抗体またはその断片を含む、項目28に記載のキット。
(項目30)
前記検出試薬が1種または複数のオリゴヌクレオチドを含む、項目28に記載のキット。
(項目31)
前記検出試薬が1種または複数のアプタマーを含む、項目28に記載のキット。
(項目32)
項目27に記載の1つまたは複数の転移性前立腺癌基準発現プロファイルと、任意選択で追加の試験結果および対象情報とを含有する機械可読媒体。
(項目33)
生理学的または生化学的な経路に関連した転移を示す1個または複数のPCDETERMINANTを含む、PCDETERMINANTパネル。
(項目34)
前記生理学的または生化学的な経路が、細胞移動、血管新生、細胞外マトリックス分解、溢出、コロニー形成またはアノイキスを含む、項目33に記載のパネル。
(項目35)
腫瘍の進行を示す1個または複数のPCDETERMINANTを含む、PCDETERMINANTパネル。
(項目36)
PCDETERMINANTの活性または発現を調節する化合物を同定する方法であって、
(a)前記PCDETERMINANTを発現する細胞を提供するステップと、
(b)前記細胞を、候補化合物を含む組成物と接触させるステップと、
(c)物質が前記PCDETERMINANTの発現または活性を変化させるか否かを決定するステップと
を含み、それにより、前記化合物の存在下で観察された前記変化が、細胞を、前記化合物を含まない組成物と接触させたときに観察されない場合、前記同定された化合物は、PCDETERMINANTの活性または発現を調節する方法。
(項目37)
前記細胞を、インビボ、エキソビボ、またはインビトロで接触させる、項目36に記載の方法。
(項目38)
対象の癌を治療する方法であって、PCDETERMINANTの活性または発現を調節する化合物を前記対象に投与するステップを含む方法。
(項目39)
対象の前立腺癌を治療しまたは予防する方法であって、PCDETERMINANTの活性または発現を調節する薬剤を前記対象に投与するステップを含む方法。
(項目40)
ゲノムが内在性のPten遺伝子およびSmad4遺伝子の両方のホモ接合型破壊を含有するダブルノックアウトのトランスジェニックマウスであって、野生型マウスと比較して、前立腺腫瘍の形成に対する感受性の増加を示すトランスジェニックマウス。
(項目41)
項目40に記載のトランスジェニックマウス由来の細胞。
(項目42)
上皮細胞である、項目41に記載の細胞。
(項目43)
前記上皮細胞が、前立腺細胞、乳房細胞、結腸細胞または肺細胞である、項目41に記載の細胞。
(項目44)
前立腺癌の進行を阻害する治療剤についてスクリーニングする方法であって、候補治療剤を項目40に記載のトランスジェニックマウスに投与するステップと、前記マウスにおいて前記治療剤の前立腺癌(prostate caner)の進行に対する効果を評価するステップとを含む方法。
(項目45)
生物マーカーを同定する方法であって、試験化合物の非存在下において項目40に記載のトランスジェニックマウスから得た第1のサンプル中の遺伝子発現プロファイル、ゲノムプロファイルまたはプロテオミクスプロファイルを、試験化合物の存在下において項目40に記載のトランスジェニックマウスから得たサンプル中の前記プロファイルと比較するステップを含む方法。
(項目46)
前記サンプルが、細胞サンプル、血液サンプルまたは循環腫瘍細胞である、項目45に記載の方法。
(項目47)
生物マーカーを同定する方法であって、第1の期間において項目40に記載のトランスジェニックマウスから得た第1のサンプル中の遺伝子発現プロファイル、ゲノムプロファイルまたはプロテオミクスプロファイルを、第2の期間において項目40に記載のトランスジェニックマウスから得たサンプル中のプロファイルと比較するステップを含む方法。
(項目48)
前記サンプルが、細胞サンプル、血液サンプルまたは循環腫瘍細胞である、項目47に記載の方法。
(項目49)
キットであって、PTEN、SMAD4、サイクリンD1およびSPP1の検出または定量化のための試薬ならびに前記キットを使用するための指示を含むキット。
(項目50)
ゲノムが内在性のPten遺伝子およびSmad4遺伝子の両方のホモ接合型破壊を含有する細胞を前立腺組織が含むトランスジェニック非ヒト哺乳動物であって、前記Pten遺伝子または前記Smad4遺伝子のいずれかにそのような破壊がない対照哺乳動物と比較して、前立腺癌の発症に対する感受性の増加を示し、Smad4遺伝子ではなく、Pten遺伝子のみにおけるホモ接合型破壊を有する対照哺乳動物と比較して、転移性であって、緩徐進行型ではない前立腺癌の発症に対する感受性の増加を示す、トランスジェニック非ヒト哺乳動物。
(項目51)
癌を治療するための方法であって、
a)癌細胞がPCDETERMINANT1〜372のうちの2個以上のレベルにおいて臨床的に有意な変化を示す対象を提供するステップであって、前記変化が、前記対象において癌が再発するかまたは転移性癌を発症するリスクの増加を示すステップと、
b)前記対象を、看護療法の標準に加えて、アジュバント療法も用いて治療するステップと
を含む方法。
(項目52)
前記看護療法の標準が、手術、放射線照射またはアンドロゲン除去である、項目51に記載の方法。
(項目53)
前立腺癌を、前立腺癌の治療を必要とする対象において治療するための方法であって、a)対象の前立腺癌組織由来のサンプル中のPTEN、SMAD4、CYCLIN D1およびSPP1の発現レベルに関する情報を得るステップと、
b)SPP1阻害剤またはCD44阻害剤を、前記発現レベルに基づいて前立腺癌が再発するかまたは転移性癌を発症するリスクがあると同定される対象に投与するステップと
を含む方法。
(項目54)
前記阻害剤が、抗SPP1抗体、SPP!siRNA、CD44抗体またはCD44siRNAである、項目53に記載の方法。
(項目55)
対象の癌に治療レジメンが有益であるかどうかを決定する方法であって、
a)2個以上のPCDETERMINANT1〜372のレベルを検出するステップと、b)ステップ(a)で検出された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを基準値と比較するステップと
を含む方法。
(項目56)
アジュバント治療を必要とする腫瘍患者を選択する方法であって、
DETERMINANT1〜372の2個以上を測定することにより、前記患者における転移のリスクを評価するステップであって、前記患者由来の腫瘍サンプル中の前記2個以上のDETERMINANTの臨床的に有意な変化は、前記患者がアジュバント治療を必要としていることを示すステップ
を含む方法。
(項目57)
腫瘍患者に治療決定を知らせる方法であって、
前記患者から得た腫瘍サンプル中の、DETERMINANT1〜372の2個以上に関する情報を得るステップと、
前記2個以上のDETERMINANTが臨床的に有意に変化した場合に、前記患者における腫瘍転移を予防または低減する治療レジメンを選択するステップと
を含む方法。
Claims (56)
- 2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、対象における癌再発のリスクまたは転移性癌を発症するリスクを評価することの指標とするための方法であって、
a.前記対象由来のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを測定するステップと、
b.前記サンプル中の前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルの臨床的に有意な変化を測定するステップであって、前記変化が、前記対象において癌再発のリスクまたは転移性癌を発症するリスクの増加を示しているステップと
を含む方法。 - 前記2個以上のPCDETERMINANTが、
a)表2、
b)表3、
c)表4、
d)表5、
e)表6、
f)表7、および
g)表2〜7から選択された2つ以上の表
から選択される、請求項1に記載の方法。 - 前記PCDETERMINANTが、PTEN、SMAD4、cyclin D1およびSPP1を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記癌に関連する少なくとも1つの標準的なパラメータを測定するステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記癌が前立腺癌であり、前記標準パラメータがグリーソンスコアである、請求項4に記載の方法。
- PCDETERMINANTの前記レベルが、電気泳動、免疫化学的手法または非浸潤性イメージングによって測定される、請求項1に記載の方法。
- 前記免疫化学的検出が、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光アッセイ、または酵素結合免疫吸着アッセイによって行われる、請求項6に記載の方法。
- 前記対象が、原発性腫瘍、再発性腫瘍、または転移性前立腺癌を有する、請求項1に記載の方法。
- 前記サンプルが、腫瘍生検標本、血液または生物学的液体中の循環腫瘍細胞である、請求項1に記載の方法。
- 前記生検標本が、コア生検標本、切除組織生検標本、または切開組織生検標本である、請求項9に記載の方法。
- 4個以上のPCDETERMINANTの発現レベルが測定される、請求項1に記載の方法。
- 2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、対象における癌再発のリスクまたは転移性癌を発症するリスクを評価することの指標とするための方法であって、
a.前記対象由来のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを測定するステップと、
b.前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを基準値と比較するステップと
を含む方法。 - 前記基準値が指標値である、請求項12に記載の方法。
- 2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、対象における腫瘍の進行を評価することの指標とするための方法であって、
a.第1の期間で、前記対象由来の第1のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
b.第2の期間で、前記対象由来の第2のサンプル中の2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
c.ステップ(a)で検出された前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、ステップ(b)で検出されたレベルまたは基準値と比較するステップと
を含む方法。 - 前記第1のサンプルは、前記腫瘍の治療前に前記対象から採取されたサンプルである、請求項14に記載の方法。
- 前記第2のサンプルは、前記腫瘍の治療後に前記対象から採取されたサンプルである、請求項14に記載の方法。
- 2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、再発性癌または転移性癌の治療の有効性をモニタすることの指標とするための方法であって、
a.第1の期間で、前記対象由来の第1のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
b.第2の期間で、前記対象由来の第2のサンプル中の、2個以上のPCDETERMINANTの有効量のレベルを検出するステップと、
c.ステップ(a)で検出された前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、ステップ(b)で検出されたレベルまたは基準値と比較するステップであって、治療の有効性が、前記対象由来の2個以上のPCDETERMINANTのレベルの変化によってモニタされるステップと
を含む方法。 - 前記対象が、前記癌の治療を事前に受けている、請求項17に記載の方法。
- 前記第1のサンプルは、前記癌の治療前に前記対象から採取されたサンプルである、請求項17に記載の方法。
- 前記第2のサンプルは、前記癌の治療後に前記対象から採取されたサンプルである、請求項17に記載の方法。
- 前記第2のサンプルは、前記癌の再発後に前記対象から採取されたサンプルである、請求項17に記載の方法。
- 前記第2のサンプルは、前記癌の再発前に前記対象から採取されたサンプルである、請求項17に記載の方法。
- 2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、腫瘍を有すると診断された対象に対する治療レジメンを選択することの指標とするための方法であって、
a.第1の期間で、前記対象由来の第1のサンプル中の、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
b.任意選択で、第2の期間で、前記対象由来の第2のサンプル中の2個以上のPCDETERMINANTのレベルを検出するステップと、
c.ステップ(a)で検出された前記2個以上のPCDETERMINANTのレベルを、基準値または任意選択でステップ(b)で検出された量と比較するステップと
を含む方法。 - 前記対象が、腫瘍の治療を事前に受けている、請求項23に記載の方法。
- 前記第1のサンプルは、前記腫瘍を治療する前に前記対象から採取されたサンプルである、請求項23に記載の方法。
- 前記第2のサンプルは、前記腫瘍を治療した後に前記対象から採取されたサンプルである、請求項23に記載の方法。
- PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された2個以上のマーカーの、マーカーレベルのパターンを含む、転移性前立腺癌基準発現プロファイル。
- 請求項27に記載のプロファイルを作成するのに十分な、PCDETERMINANT1〜372からなる群から選択された対応するPCDETERMINANTを検出する複数のPCDETERMINANT検出試薬を含むキット。
- 前記検出試薬が、1つもしくは複数の抗体またはその断片を含む、請求項28に記載のキット。
- 前記検出試薬が1種または複数のオリゴヌクレオチドを含む、請求項28に記載のキット。
- 前記検出試薬が1種または複数のアプタマーを含む、請求項28に記載のキット。
- 請求項27に記載の1つまたは複数の転移性前立腺癌基準発現プロファイルと、任意選択で追加の試験結果および対象情報とを含有する機械可読媒体。
- 生理学的または生化学的な経路に関連した転移を示す1個または複数のPCDETERMINANTを含む、PCDETERMINANTパネル。
- 前記生理学的または生化学的な経路が、細胞移動、血管新生、細胞外マトリックス分解、溢出、コロニー形成またはアノイキスを含む、請求項33に記載のパネル。
- 腫瘍の進行を示す1個または複数のPCDETERMINANTを含む、PCDETERMINANTパネル。
- PCDETERMINANTの活性または発現を調節する化合物を同定する方法であって、
(a)前記PCDETERMINANTを発現する前記細胞を、候補化合物を含む組成物とエキソビボ、またはインビトロで接触させるステップと、
(b)物質が前記PCDETERMINANTの発現または活性を変化させるか否かを決定するステップと
を含み、それにより、前記化合物の存在下で観察された前記変化が、前記細胞を、前記化合物を含まない組成物と接触させたときに観察されない場合、前記同定された化合物は、PCDETERMINANTの活性または発現を調節する方法。 - 対象の癌を治療するための組成物であって、PCDETERMINANTの活性または発現を調節する化合物を含む組成物。
- 対象の前立腺癌を治療しまたは予防するための組成物であって、PCDETERMINANTの活性または発現を調節する薬剤を含む組成物。
- ゲノムが内在性のPten遺伝子およびSmad4遺伝子の両方のホモ接合型破壊を含有するダブルノックアウトのトランスジェニックマウスであって、野生型マウスと比較して、前立腺腫瘍の形成に対する感受性の増加を示すトランスジェニックマウス。
- 請求項39に記載のトランスジェニックマウス由来の細胞。
- 上皮細胞である、請求項40に記載の細胞。
- 前記上皮細胞が、前立腺細胞、乳房細胞、結腸細胞または肺細胞である、請求項40に記載の細胞。
- 前立腺癌の進行を阻害する治療剤についてスクリーニングする方法であって、候補治療剤を請求項39に記載のトランスジェニックマウスに投与するステップと、前記マウスにおいて前記治療剤の前立腺癌の進行に対する効果を評価するステップとを含む方法。
- 生物マーカーを同定する方法であって、試験化合物の非存在下において請求項39に記載のトランスジェニックマウスから得た第1のサンプル中の遺伝子発現プロファイル、ゲノムプロファイルまたはプロテオミクスプロファイルを、試験化合物の存在下において請求項39に記載のトランスジェニックマウスから得たサンプル中の前記プロファイルと比較するステップを含む方法。
- 前記サンプルが、細胞サンプル、血液サンプルまたは循環腫瘍細胞である、請求項44に記載の方法。
- 生物マーカーを同定する方法であって、第1の期間において請求項39に記載のトランスジェニックマウスから得た第1のサンプル中の遺伝子発現プロファイル、ゲノムプロファイルまたはプロテオミクスプロファイルを、第2の期間において請求項39に記載のトランスジェニックマウスから得たサンプル中のプロファイルと比較するステップを含む方法。
- 前記サンプルが、細胞サンプル、血液サンプルまたは循環腫瘍細胞である、請求項46に記載の方法。
- キットであって、PTEN、SMAD4、cyclin D1およびSPP1の検出または定量化のための試薬ならびに前記キットを使用するための指示を含むキット。
- ゲノムが内在性のPten遺伝子およびSmad4遺伝子の両方のホモ接合型破壊を含有する細胞を前立腺組織が含むトランスジェニック非ヒト哺乳動物であって、前記Pten遺伝子または前記Smad4遺伝子のいずれかにそのような破壊がない対照哺乳動物と比較して、前立腺癌の発症に対する感受性の増加を示し、Smad4遺伝子ではなく、Pten遺伝子のみにおけるホモ接合型破壊を有する対照哺乳動物と比較して、転移性であって、緩徐進行型ではない前立腺癌の発症に対する感受性の増加を示す、トランスジェニック非ヒト哺乳動物。
- 2個以上のPCDETERMINANT1〜372のレベルを、看護療法の標準に加えて、アジュバント療法も必要とする対象を選択することの指標とするための方法であって、
PCDETERMINANT1〜372のうちの2個以上を測定するステップを含み、
前記対象において、癌の再発または転移性癌の発症のリスクが評価され、
PCDETERMINANT1〜372のうちの2個以上のレベルにおける臨床的に有意な変化が、前記対象における癌の再発または転移性癌の発症のリスクの増加を示し、そして、前記対象が、看護療法の標準に加えて、アジュバント療法も必要とすることを示す、方法。 - 前記看護療法の標準が、手術、放射線照射またはアンドロゲン除去である、請求項50に記載の方法。
- PTEN、SMAD4、CYCLIN D1およびSPP1の発現レベルを、SPP1阻害剤またはCD44阻害剤での治療を必要とする対象を決定することの指標とするための方法であって、
対象の前立腺癌組織由来のサンプル中のPTEN、SMAD4、CYCLIN D1およびSPP1の発現レベルに関する情報を得るステップを含み、
対象において、前立腺癌を再発または転移性癌を発症するリスクがあることが、前記対象が、SPP1阻害剤またはCD44阻害剤での治療を必要とすることを示す、方法。 - 前記阻害剤が、抗SPP1抗体、SPP1siRNA、CD44抗体またはCD44siRNAである、請求項52に記載の方法。
- 2個以上のPCDETERMINANT1〜372のレベルを、対象の癌に治療レジメンが有益であるかどうかを決定することの指標とするための方法であって、
a)2個以上のPCDETERMINANT1〜372のレベルを検出するステップと、b)ステップ(a)で検出された2個以上のPCDETERMINANTのレベルを基準値と比較するステップと
を含む方法。 - 2個以上のPCDETERMINANT1〜372を、アジュバント治療を必要とする腫瘍患者を選択することの指標とするための方法であって、
DETERMINANT1〜372の2個以上を測定するステップを含み、
前記患者における転移のリスクが評価され、前記患者由来の腫瘍サンプル中の前記2個以上のDETERMINANTの臨床的に有意な変化は、前記患者がアジュバント治療を必要としていることを示す、方法。 - 2個以上のPCDETERMINANT1〜372を、腫瘍患者に治療決定を知らせることの指標とするための方法であって、
前記患者から得た腫瘍サンプル中の、DETERMINANT1〜372の2個以上に関する情報を得るステップを含み、
前記2個以上のDETERMINANTが臨床的に有意に変化した場合に、前記患者における腫瘍転移を予防または低減する治療レジメンが選択される、方法。
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