JP2010536371A - 診断方法、予後および治療方法 - Google Patents
診断方法、予後および治療方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2010536371A JP2010536371A JP2010521884A JP2010521884A JP2010536371A JP 2010536371 A JP2010536371 A JP 2010536371A JP 2010521884 A JP2010521884 A JP 2010521884A JP 2010521884 A JP2010521884 A JP 2010521884A JP 2010536371 A JP2010536371 A JP 2010536371A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cell
- level
- cells
- activation
- activatable
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57426—Specifically defined cancers leukemia
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/502—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects
- G01N33/5041—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects involving analysis of members of signalling pathways
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
- G01N33/5047—Cells of the immune system
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
- G01N2333/4701—Details
- G01N2333/4703—Regulators; Modulating activity
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
- G01N2333/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
- G01N2333/70514—CD4
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
- G01N2333/70517—CD8
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- G01N2333/70596—Molecules with a "CD"-designation not provided for elsewhere in G01N2333/705
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/91—Transferases (2.)
- G01N2333/912—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Acyclic And Carbocyclic Compounds In Medicinal Compositions (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Abstract
Description
いくつかの実施形態では、本発明は、診断、予後のための方法および組成物ならびに治療方法を対象とする。いくつかの実施形態では、例えば、疾患の診断または予後、治療のための患者選択において、治療をモニターし、治療計画を修正するために、また1種または薬剤の組合せとして投与してもよい治療薬の選択をさらに最適化するために、サンプル(例えば、臨床サンプル)中に存在する細胞の生理学的状態が用いられる。したがって、治療計画は、治療の経過に先立って、また治療の経過にわたって種々の時点で得られたデータによって、個別化し、目的に合わせ、それによって、個別に適当である計画を提供することができる。
いくつかの実施形態では、本発明は、例えば、1種以上のモジュレーターと接触した際の活性化可能成分の活性化レベルを決定することによる、細胞の生理学的状態を決定する方法をはじめとする方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、細胞経路中の活性化可能成分の状態によって細胞を分類する方法をはじめとする方法を提供する。情報は、予後および診断、例えば、疾患(単数または複数)に対する感受性、病状の状態および継代時間などの環境における変化に対する応答、薬物またはその他のモダリティーを用いた治療において使用できる。サンプル(例えば、臨床サンプル)中に提供される細胞の生理学的状態は、注目する細胞経路の活性化によって分類できる。細胞はまた、治療薬および治療に応じるその能力について分類できる。
本発明の方法は、細胞における生理学的状態の変化を伴う、それによって示される、および/または、全体または一部においてそれに起因する、個体における任意の疾患に適用できる。用語「生理学的状態」は、細胞における機械的機能、物理的機能および生化学的機能を含む。いくつかの実施形態では、細胞の生理学的状態は、細胞経路の細胞成分の特徴を測定することによって決定される。細胞経路は、当技術分野で周知である。いくつかの実施形態では、細胞経路は、シグナル伝達経路である。シグナル伝達経路もまた、当技術分野で周知である(例えば、Hunter T.、Cell(2000年)100(1):113〜27頁;Cell Signaling Technology、Inc.、2002年カタログ、Pathway Diagrams pgs. 232〜253参照のこと)。本明細書において教示されるように、生理学的状態の変化を伴う、またはそれを特徴とする疾患は、例えば、1種以上の活性化可能成分の細胞における状態を容易に同定できる。
本発明の方法および組成物を使用して、細胞経路の任意の活性化可能成分またはこのような活性化可能成分の集合の状態を調べ、プロファイルすることができる。単一または複数の別個の経路をプロファイルすることができる(逐次または同時に)、単一経路内の、または複数の経路にわたる活性化可能成分のサブセットを調べることができる(やはり、逐次または同時に)。
いくつかの実施形態では、本発明の方法を使用して、シグナル伝達経路中の活性化可能成分の状態を決定する。いくつかの実施形態では、1種以上のシグナル伝達経路中の1種以上の活性化可能成分の活性化レベルによって、本明細書に記載される細胞を分類する。シグナル伝達経路およびそのメンバーは、幅広く記載されている。(Hunter T. Cell(2000年)100(1):13〜27頁)参照のこと。例示的シグナル伝達経路として、以下の経路およびそのメンバーが挙げられる:Ras、Raf、MEK、ERKおよびelkを含むMAPキナーゼ経路;PI−3−キナーゼ、PDK1、AktおよびBadを含むPI3K/Akt経路;IKK、IkBおよびNF−κBを含むNF−κB経路ならびにfrizzled受容体、β−カテニン、APCおよびその他の補助因子およびTCFを含むWnt経路(Cell Signaling Technology、Inc. 2002年カタログ頁231〜279およびHunter T.、前掲を参照のこと)。本発明のいくつかの実施形態では、アッセイされる相関している活性化可能成分(または調べられているシグナル伝達タンパク質)として、MAPキナーゼ、Akt、NFkB、WNT、STATおよび/またはPKCシグナル伝達経路のメンバーがある。本発明の方法はまた、参照によりその全文が本明細書に組み込まれるUS61/085,789に開示される、方法、シグナル伝達経路およびシグナル伝達分子を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の方法および組成物を用いて、B細胞受容体(BCR)シグナル伝達中の任意の活性化成分またはBリンパ球系統前駆細胞または由来細胞中のこのような活性化可能成分の収集物の状態を調べ、プロファイルすることができる。いくつかの実施形態では、1種以上のBリンパ球系統前駆細胞または由来細胞の生理学的状態を、BCRシグナル伝達中の1種以上の活性化可能成分の状態を調べ、プロファイリングすることによって決定する。いくつかの実施形態では、BCRシグナル伝達中の1種以上の活性化可能成分の活性化レベルに従って、本明細書に記載されるように、Bリンパ球系統前駆細胞または由来細胞を分類する。Bリンパ球系統由来細胞の例として、それだけには限らないが、Bリンパ球系統初期プロB細胞、後期プロB細胞、大型プレB細胞、小型プレB細胞、未熟B細胞、成熟B細胞、形質細胞、記憶B細胞、CD5+B細胞、CD38+B細胞、B細胞受容体の変異したもしくは変異していない重鎖を有するB細胞およびZap70を発現するB細胞が挙げられる。いくつかの実施形態では、Bリンパ球系統前駆細胞または由来細胞は、本明細書に記載される状態と関連している細胞である。
いくつかの実施形態では、本発明の方法および組成物を用いて、細胞中の持続性シグナル伝達経路の状態を決定できる。いくつかの実施形態では、本発明の方法および組成物を用いて、持続性シグナル伝達経路、または細胞中のこのような活性化可能成分の収集物中の任意の活性化可能成分の状態を調べ、プロファイリングすることができる。いくつかの実施形態では、細胞の生理学的状態を、持続性シグナル伝達経路中の1種以上の活性化可能成分の状態を調べ、プロファイルすることによって決定する。いくつかの実施形態では、持続性シグナル伝達経路中の1種以上の活性化可能成分の状態に従って、本明細書に記載されるように、細胞を分類する。用語「持続性シグナル伝達」は、抗原独立性シグナル伝達、独立性基礎シグナル伝達および非誘導性またはリガンド独立性シグナル伝達を含む。
本発明のいくつかの実施形態では、活性化可能成分の活性化レベルは、細胞を、活性化可能成分の活性化状態に特異的である結合成分と接触させることによって決定する。用語「結合成分」は、別の活性化可能成分の活性化状態を超えて活性化可能成分の活性化状態を検出できる、任意の分子、例えば、ペプチド、核酸、小有機分子を含む。
本発明の方法および組成物は、標識またはタグを含む結合成分を提供する。標識は直接(すなわち、一次標識)または間接的に(すなわち、二次標識)検出され得る分子を意味し、例えば、標識は、その有無を知ることができるよう、可視化および/または測定、そうでなければ同定され得る。化合物は、検出可能なシグナル、例えば、放射性同位元素、蛍光物質、酵素、抗体、磁性粒子などの粒子、化学発光物質(chemiluminescers)または特定の結合分子などを提供する標識と直接結合しても間接的に結合してもよい。特定の結合分子として、ビオチンおよびストレプトアビジン、ジゴキシンおよび抗ジゴキシンなどといった対が挙げられる。標識の例として、それだけには限らないが、標識を含む光学蛍光発色色素、標識酵素および放射性同位元素が挙げられる。
本発明とともに有用な代替活性化状態指標として、このような活性化の結果を示すことによって活性化の検出を可能にするものがある。例えば、基質のリン酸化を用いて、その基質のリン酸化に関与するキナーゼの活性化を検出できる。同様に、基質の切断を、このような切断に関与するプロテアーゼの活性化の指標として使用できる。このような指標を検出可能なシグナル、例えば、結合成分と関連した上記の標識およびタグと結びつける方法は、当技術分野で周知である。例えば、基質の切断は、消光部分の除去をもたらし、ひいては、以前は消光していた標識から検出可能なシグナルが生じることを可能にし得る。
いくつかの実施形態では、方法および組成物は、モジュレーターを利用する。モジュレーターは、アクチベーター、阻害剤または細胞経路に影響を及ぼし得る化合物であり得る。モジュレーターは、環境信号および入力の形をとり得る。
本発明の方法の実施では、1種以上の活性化可能成分の状態の検出は、ヒト、例えば、実験室の技術者によって実施され得る。あるいは、1種以上の活性化可能成分の状態の検出は、自動化システムを用いて実施され得る。いずれの場合においても、本発明の方法に従って使用するための1種以上の活性化可能成分の状態の検出は、当技術分野で確立された標準技術および手順に従って実施する。
フローサイトメトリーにおける進歩によって、最大13の同時パラメータの個々の細胞を数え上げることが可能になり(De Rosaら、2001年)、ゲノムおよびプロテオミクスデータサブセットの研究へと移つりつつある(KrutzikおよびNolan、2003年;PerezおよびNolan、2002年)。同様に、その他の技術(例えば、マイクロアレイ)における進歩によって、複数の活性化可能成分の同定が可能になる。パラメータ、エピトープおよびサンプルの数が増大したのにつれ、実験の複雑性およびデータ解析の挑戦は急激に増大した。データの複雑性のさらなる層は、ますます増大する実験条件のセット下で活性化可能成分の研究を可能にする刺激の開発によって付加された。複数のパラメータの解析のための方法は、当技術分野で周知である。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリー適用に、操作および解析の種々の相のためのソフトウェアが必要である、その全文が参照により本明細書に組み込まれる、第61/079,579号;同61/079,551号;同61/079,537号;同61/087,555号;同61/085,789号参照のこと。
いくつかの実施形態では、本発明はキットを提供する。本発明によって提供されるキットは、本明細書に記載される1種以上の状態特異的結合成分、例えば、リン酸化部位特異的抗体を含み得る。いくつかの実施形態では、キットは、PI3−キナーゼ(p85、p110a、p110b、p110d)、Jak1、Jak2、SOCs、Rac、Rho、Cdc42、Ras−GAP、Vav、Tiam、Sos、Dbl、Nck、Gab、PRK、SHP1およびSHP2、SHIP1、SHIP2、sSHIP、PTEN、Shc、Grb2、PDK1、SGK、Akt1、Akt2、Akt3、TSC1、2、Rheb、mTor、4EBP−1、p70S6キナーゼ、S6、LKB−1、AMPK、PFK、アセチル−CoAaカルボキシラーゼ、DokS、Rafs、Mos、Tpl2、MEK1/2、MLK3、TAK、DLK、MKK3/6、MEKK1,4、MLK3、ASK1、MKK4/7、SAPK/JNK1、2、3、p38、Erk1/2、Syk、Btk、BLNK、LAT、ZAP70、Lck、Cbl、SLP−76、PLCγ1、PLCγ2、STAT1、STAT3、STAT4、STAT5、STAT6、FAK、p130CAS、PAK、LIMK1/2、Hsp90、Hsp70、Hsp27、SMAD、Rel−A(p65−NFKB)、CREB、ヒストンH2B、HAT、HDAC、PKR、Rb、サイクリンD、サイクリンE、サイクリンA、サイクリンB、P16、p14Arf、p27KIP、p21CIP、Cdk4、Cdk6、Cdk7、Cdk1、Cdk2、Cdk9、Cdc25、A/B/C、Abl、E2F、FADD、TRADD、TRAF2、RIP、Myd88、BAD、Bcl−2、Mcl−1、Bcl−XL、カスパーゼ2、カスパーゼ3、カスパーゼ6、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、PARP、IAPs、Smac、フォドリン、アクチン、Src、Lyn、Fyn、Lck、NIK、IκB、p65(RelA)、IKKα、PKA、PKCα、PKCβ、PKCθ、PKCδ、CAMK、Elk、AFT、Myc、Egr−1、NFAT、ATF−2、Mdm2、p53、DNA−PK、Chk1、Chk2、ATM、ATR、βカテニン、CrkL、GSK3α、GSK3βおよびFOXOからなる群から選択されるタンパク質に特異的な、1種以上のリン酸化部位特異的抗体を含む。いくつかの実施形態では、キットは、Erk、Syk、Zap70、Lck、Btk、BLNK、Cbl、PLCγ2、Akt、RelA、p38、S6からなる群から選択されるタンパク質に特異的な、1種以上のリン酸化部位特異的抗体を含む。いくつかの実施形態では、キットは、Akt1、Akt2、Akt3、SAPK/JNK1、2、3、p38、Erk1/2、Syk、ZAP70、Btk、BLNK、Lck、PLCγ、PLC1γ2、STAT1、STAT3、STAT4、STAT5、STAT6、CREB、Lyn、p−S6、Cbl、NF−κB、GSK3β、CARMA/Bcl10およびTcl−1からなる群から選択されるタンパク質に特異的な、1種以上のリン酸化部位特異的抗体を含む。
B細胞受容体(BCR)によって伝播されたシグナルは、B細胞の成熟および生存を導き、慢性リンパ性白血病(CLL)の発病および進行における因子であり得る。この実施例では、マルチパラメータフローサイトメトリーを用いて、CLL細胞におけるBCRシグナル伝達を単一細胞レベルで調べた。蛍光色素がコンジュゲートしている、B細胞表面抗原に特異的な抗体および細胞内シグナル伝達タンパク質の選択された群内の特異的ホスホ−ペプチドエピトープを認識する抗体のパネルを用いて、同時解析を実施した。患者から得たCLLサンプル(N=6)は、抗μ−クロスリンクを用いてBCRで刺激された場合にのみ、p72SYK/p70ZAP、Erk1/2、B細胞リンカータンパク質(BLNK)およびホスホリパーゼ−Cγ−2(PLCγ2)で弱いまたは最小のシグナル伝達活性を示したのに対し、対照Ramos B細胞系統では強固なシグナルが観察された。CLL細胞における低レベルのシグナル伝達は、シグナル伝達に必要な重要なタンパク質の活性化の欠陥によってか、SHIP−1、SHIP−2、SHP−1またはSHP−2などのホスファターゼによって媒介される阻害の増強のいずれかによって説明され得る。ホスファターゼが、CLLサンプルにおいてBCR活性化を妨げているか、低下させているかどうかを調べるために、CLL細胞を、過酸化水素(H2O2)、濾胞性リンパ腫において調節不全になったBCRシグナル伝達を示すためにこれまでに使用されている、BCRシグナル伝達の間に生成される生理学的ホスファターゼ阻害剤で処理した(Singら、(2005年)Cell;Reth(2002年)Nat.Immunol.;Irishら、(2006年)Blood。CLL細胞のH2O2処理は、表面F(ab)2抗μ結合とは無関係に何人かの患者で、高レベルのリン酸化されたp72SYK/p70ZAP、ERK1/2、BLNKおよびPLCγ2を誘発した。対照的に、その他のCLL−B細胞は、F(ab)2抗μの存在下でさえ、この処理に対する反応がかなり悪かった。健常ドナーから得た血液B細胞の、H2O2に対する曝露は、これらの同じ細胞内シグナル伝達タンパク質のリン酸化の実質的な増大を誘発できなかった。これらの研究は、一部のCLL細胞における、表面IgM連結後にこれらの細胞において観察されるシグナル伝達の減弱の一員である可能性がある、これまでには認識されていなかった恒常的な高レベルホスファターゼ活性を示す。
当技術分野で公知の方法を用いて、Ramos細胞を維持し、培養した。CLL患者に由来する細胞は、当技術分野で公知の方法を用いて入手した。
a.カクテル
(i)CD3 pac blue=160μl
(ii)CD4 APC=80μl
(iii)CD8 PE Cy7=80μl
(iv)CD5 PE Cy5=400μl
(v)CD20 PerCP Cy5.5=800μl
(vi)p−Erk=800μl
(vii)p−BLNK=800μl
(viii)p−Syk/ZAP70=800μl
b.カクテルミックス中の総抗体容積は、3920μlとした。PBSを加え、総容積を8.0mlとした。各ウェルに、100μlのこのカクテルミックスを加えた。
a.まず、前方および側方散乱を用いて、リンパ球(リンパ)集団をゲート開閉した
b.次いで、この「リンパ」集団をCD20およびCD3軸上にディスプレイし、高CD3発現細胞(CD3+)および高CD20発現細胞(CD20+)に対してゲート開閉した。
c.「CD20+」集団をさらにゲート開閉し、それらをCD20およびCD5軸上にディスプレイすることによって成熟B細胞(高CD5発現細胞−CD5+)集団を同定した。
d.細胞内マーカーp−Erk、p−Syk/Zap70およびp−BLNKをたどることによって、すべての記録された事象をマークした。
細胞を、上記のように調製し、染色した。
初代細胞の単離、保存、解凍および平衡。PBMCを、密度勾配分離(Ficoll−Paque Plus; Amersham Biosciences)を用いて単離した。いくつかの実施形態では、PBMCを低速遠心分離によってペレットにし、90% FCS(HyClone)+10% DMSO(Sigma−Aldrich)からなる培地に再懸濁し、複数のクリオチューブ中で液体窒素の気相中でゆっくりと凍結し、液体窒素中で保存した。凍結サンプルのシグナル伝達分析のために、個々のクリオチューブをRMPI+1%血清5mlに解凍し、カウントし、ペレットにし、3.3×106個細胞/mlで再懸濁した。解凍したPBMCを、CO2インキュベーター中37℃で2時間休息させ、その後刺激した。
刺激の少なくとも30分前に、1×106個PBMCを含有する300μlの培地をフローサイトメトリーチューブ(Falcon 2052;BD Biosciences)に分注し、CO2インキュベーター中37℃で休息させた。B細胞受容体のクロスリンクは、ヤギポリクローナル抗−IgMおよび抗−IgG F(ab’)2(BioSource International)を用いて達成した。H2O2は、用いる場合には、3.3mM終濃度とし、BCRクロスリンクの直後に2μlの500mM保存溶液として加えた。シグナル伝達の際には、細胞を37℃のCO2インキュベーターで維持し、シグナル伝達およびリン酸化を可能にした。10分後、細胞を固定することによってシグナル伝達を停止した。リン酸化の基礎レベルを決定するために、未刺激細胞を、刺激細胞と並行して維持し、時間ゼロで固定した。固定のために、細胞の各チューブに、終濃度1.4%のパラホルムアルデヒド(Electron microscopy Services)を加えた。細胞を室温で5分間固定し、ペレットにし、2mlのメタノールに10分間再懸濁することによって透過処理し、フローサイトメトリーのために染色されるまで4℃で保存した。
パラホルムアルデヒド固定され、メタノール透過処理された細胞を、2mlのPBSを加え、穏やかに再懸濁し、次いで、遠心分離することによって再水和した。細胞は、リン酸化部位特異的alexa(Ax)色素Ax488およびAx647(Molecular Probes)またはR−PE−がコンジュゲートしたAbも用いた点を除き、実施例Iにおけるように、洗浄し、染色した。染色カクテルは、p−ERK1/2(T202/Y204)およびp−Syk(Y352)/Zap70(Y319)、p−Lck/p−Lyn、p−BLNK、p−PLCγ2(PLCr2)またはp−S6に特異的な蛍光コンジュゲート抗体からなっていた。細胞サブセットの検出、選択およびゲートの開閉は、実施例Iに記載されるとおりとした。MeV(MultiExperiment Viewer)ソフトウェアを用いてヒートマップを作製した(図26、27および28)。
図26、27および28に示されるデータは、種々のCLL患者から得たB細胞は、ヒートマップによって可視化されるように活性化可能成分の識別可能なパターンを示すことを実証する。リン酸化のモジュレーターは、潜在性、または異常な造血集団の同定、分類およびグループ化を可能にする、活性化可能成分のさらなるパターンをさらに定義する。図26、27および28では、ヒートマップの上部に患者サンプルが示されている。各列は単一の患者を示す。CLLは、サンプルがCLLと診断されたから患者から得られたことを示す。CON、サンプルが、対照患者から得られたことを示す。ヒートマップ説明文は、図の上部に示され、未刺激対照(0分)に対して、平均蛍光強度(MFI)のlog10倍増大、または減少に基づいて陰つきのスケールを用いる。ヒストグラムの右の表示は、その行の染色されたリンタンパク質およびモジュレーター処理を示す。「US」は、未刺激を示す。図28は、同様のまたは別個のレベルのp−PLCγ2、p−SyK/Zap−70、p−BLNKおよびp−Lckからなるいくつかの患者クラスター化グループの同定を示す。いくつかの患者クラスター化は、四角で囲まれた領域によって示されるように、調節時に明らかとなる。
CLLのための現在の治療的アプローチは、リツキシマブなどのモノクローナル抗体を組み合わせた、フルダラビンベースの治療計画を含む。フルダラビン、プリン類似体は、リボヌクレオチドレダクターゼおよびDNAポリメラーゼを干渉することによってDNA合成を阻害する。リツキシマブは、キメラCD20特異的体であり、補体と結合し、抗体依存性細胞傷害(ADCC)を誘導することが機構的にわかっており、いくつかの状態では、リツキシマブは、CD20と結合し、増殖を阻害し、細胞アポトーシスを誘導する(アポトーシスの考察については、USSN61/085,789を参照のこと)。
細胞を水浴中、37℃で、部分的に解凍するまで(約50%)解凍し、次いで、室温でRPMI/1% FBSに加える。細胞を、900RPMで10分間遠心分離し上清をデカントし、ペレットを25ミリリットルの培地に再懸濁する。このステップを反復する。細胞のアリコートを、トリパンブルー染色を用い、血球算定器でカウントする。細胞を、所望の濃度でRPMI/1%または10%/FBSに再懸濁する。37℃で2時間インキュベーションした後、細胞を、96ウェルプレートのウェルあたり1×106個細胞という濃度で分注する。細胞を、ZVADの存在下または不在下で、単独または組み合わせた、フルダラビン(0〜50μMの濃度の)、リツキシマブ(0〜500μMの濃度の)および/またはスタウロスポリンとともに種々の時間インキュベートする。薬物とともにインキュベートした後、細胞を、CD3、CD5、CD19、CD20、CD3、CD5、CD19、CD20(細胞外マーカー)を含む蛍光色素がコンジュゲートしている抗体および上記で記載されるアポトーシスのノード/マーカーに対する蛍光色素がコンジュゲートしている抗体のカクテルを用いて染色するために処理する。細胞をフローサイトメトリーによって分析する。細胞処理およびフローサイトメトリー解析の詳細は、USSN61/085,789に与えられている。
Claims (50)
- 細胞を分類する方法であって、
前記細胞を阻害剤と接触させるステップと、
前記細胞中の活性化可能成分の活性化レベルの変化の有無を決定するステップと、
前記活性化可能成分の活性化レベルの変化の有無に基づいて、前記細胞を分類するステップと
を含む方法。 - 活性化可能成分の活性化レベルの変化が、活性化可能成分の活性化レベルの増大である、請求項1に記載の方法。
- 前記細胞が、癌細胞である、請求項1に記載の方法。
- 前記活性化可能成分の活性化レベルの変化の有無が、前記阻害剤と接触した正常細胞と比較される、請求項3に記載の方法。
- 前記細胞が、造血由来細胞である、請求項1に記載の方法。
- 複数の活性化可能成分の活性化レベルの変化の有無が、前記の決定ステップで決定される、請求項1に記載の方法。
- 前記の分類ステップが、前記細胞を、臨床転帰と相関している細胞として分類することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記臨床転帰が、腫瘍性疾患および/または造血疾患の有無である、請求項7に記載の方法。
- 前記腫瘍性状態および/または造血状態が、慢性リンパ性白血病(CLL)、B細胞リンパ腫、Bリンパ球系統白血病、Bリンパ球系統リンパ腫、多発性骨髄腫、B細胞前リンパ球性白血病、前駆細胞Bリンパ芽球性白血病、ヘアリーセル白血病および形質細胞障害からなる群から選択される、B細胞またはB細胞系統由来の障害である、請求項8に記載の方法。
- 前記臨床転帰が、腫瘍性疾患および/または造血疾患のステージ分類または類別である、請求項7に記載の方法。
- 前記の分類ステップが、治療方法を決定するステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記細胞をモジュレーターに付すことをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記モジュレーターが、B細胞受容体モジュレーターである、請求項12に記載の方法。
- 前記阻害剤が、キナーゼまたはホスファターゼ阻害剤である、請求項1に記載の方法。
- 前記キナーゼまたはホスファターゼ阻害剤が、アダフォスチン、AG490、AG825、AG957、AG1024、アロイシンA、アルステルパウロン、アミノゲニステイン、API−2、アピゲニン、アルクチゲニン、AY−22989、BAY61−3606、ビスインドリルマレイミドIX、チェレリスリン、10−[4’−(N,N−ジエチルアミノ)ブチル]−2−クロロフェノキサジンヒドロクロリド、ダサチニブ、2−ジメチルアミノ−4,5,6,7−テトラブロモ−1H−ベンズイミダゾール、5,7−ジメトキシ−3−(4−ピリジニル)キノリンジヒドロクロリド、エデルホシン、エラグ酸、エンザスタウリン、マレイン酸ER27319、エルロチニブ、ET18OCH3、ファスジル、フラボピリドール、ゲフィチニブ、GW5074、H−7、H−8、H−89、HA−100、HA−1004、HA−1077、HA−1100、ヒドロキシファスジル、インジルビン−3’−オキシム、5−ヨードツベルシジン、ケンパウロン、KN−62、KY12420、LFM−A13、ラベンダスチンA、ルテオリン、LY−294002、LY294002、マロトキシン、ML−9、NSC−154020、NSC−226080、NSC−231634、NSC−664704、NSC−680410、NU6102、オロモウシン、オキシインドールI、PD−153035、PD−98059、PD169316、フロレチン、フロリジン、ピセタノール、ピクロポドフィリン、PKI、PP1、PP2、プルバラノールA、ケルセチン、R406、R788、ラパミューン、ラパマイシン、Ro31−8220、ロスコビチン、ロットレリン、SB202190、SB203580、シロリムス、ソラフェニブ、SL327、SP600125、スタウロスポリン、STI−571、SU−11274、SU1498、SU4312、SU6656、4,5,6,7−テトラブロモトリアゾール、TG101348、トリシリビン、チロホスチンAG490、チロホスチンAG825、チロホスチンAG957、チロホスチンAG1024、チロホスチンSU1498、U0126、VX−509、VX−667、VX−680、W−7、ワートマニン、XL−019、XL−147、XL−184、XL−228、XL−281、XL−518、XL−647、XL−765、XL−820、XL−844、XL−880、Y−27632、ZD−1839、ZM−252868、ZM−447439、H2O2、siRNA、miRNA、カンタリジン、(−)−p−ブロモテトラミゾール、ミクロシスチンLR、オルトバナジウム酸ナトリウム、過バナジン酸ナトリウム、硫酸バナジル、ナトリウムオキソジペルオキソ(1,10−フェナントロリン)バナデート、ビス(マルトラト)オキソバナジウム(IV)、モリブデン酸ナトリウム、過モリブデン酸ナトリウム、酒石酸ナトリウム、イミダゾール、フッ化ナトリウム、β−グリセロフォスフェート、ピロリン酸ナトリウム十水和物、カリクリンA、ディスコデルミア・カリックス(Discodermia calyx)、bpV(phen)、mpV(pic)、DMHV、シペルメトリン、デフォスタチン、オカダ酸、NIPP−1、N−(9,10−ジオキソ−9,10−ジヒドロ−フェナントレン−2−イル)−2,2−ジメチル−プロピオンアミド、α−ブロモ−4−ヒドロキシアセトフェノン、4−ヒドロキシフェナシルBr、α−ブロモ−4−メトキシアセトフェノン、4−メトキシフェナシルBr、α−ブロモ−4−(カルボキシメトキシ)アセトフェノン、4−(カルボキシメトキシ)フェナシルBrおよびビス(4−トリフルオロメチルスルホンアミドフェニル)−1,4−ジイソプロピルベンゼン、フェニアルシンオキシド、ピロリジンジチオカルバメートおよびアルミニウムフルオリドからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
- 活性化レベルが、細胞外または細胞内プロテアーゼ曝露による切断、新規ヘテロ−オリゴマー形成、グリコシル化レベル、リン酸化レベル、アセチル化レベル、メチル化レベル、ビオチン化レベル、グルタミル化レベル、グリシル化レベル、水酸化レベル、異性化レベル、プレニル化レベル、ミリストイル化レベル、リポイル化レベル、ホスホパンテテイン化レベル、硫酸化レベル、ISG化レベル、ニトロシル化レベル、パルミトイル化レベル、SUMO化レベル、ユビキチン化レベル、NEDD8化(neddylation)レベル、シトルリン化レベル、脱アミド化レベル、ジスルフィド結合形成レベル、タンパク質分解切断レベル、転位レベル、タンパク質代謝回転における変化、多タンパク質複合体レベル、酸化レベル、多脂質複合体および細胞膜における生化学的変化からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記活性化可能成分が、リン酸化または脱リン酸化を受けるタンパク質である、請求項1に記載の方法。
- 前記タンパク質が、PI3−キナーゼ(p85、p110a、p110b、p110d)、Jak1、Jak2、SOCs、Rac、Rho、Cdc42、Ras−GAP、Vav、Tiam、Sos、Dbl、Nck、Gab、PRK、SHP1およびSHP2、SHIP1、SHIP2、sSHIP、PTEN、Shc、Grb2、PDK1、SGK、Akt1、Akt2、Akt3、TSC1,2、Rheb、mTor、4EBP−1、p70S6キナーゼ、S6、LKB−1、AMPK、PFK、アセチル−CoAaカルボキシラーゼ、DokS、Raf、Mos、Tpl2、MEK1/2、MLK3、TAK、DLK、MKK3/6、MEKK1,4、MLK3、ASK1、MKK4/7、SAPK/JNK1、2、3、p38、Erk1/2、Syk、Btk、BLNK、LAT、ZAP70、Lck、Cbl、SLP−76、PLCγ1、PLCγ2、STAT1、STAT3、STAT4、STAT5、STAT6、FAK、p130CAS、PAKs、LIMK1/2、Hsp90、Hsp70、Hsp27、SMADs、Rel−A(p65−NFκB)、CREB、ヒストンH2B、HATs、HDACs、PKR、Rb、サイクリンD、サイクリンE、サイクリンA、サイクリンB、P16、p14Arf、p27KIP、p21CIP、Cdk4、Cdk6、Cdk7、Cdk1、Cdk2、Cdk9、Cdc25,A/B/C、Abl、E2F、FADD、TRADD、TRAF2、RIP、Myd88、BAD、Bcl−2、Mcl−1、Bcl−XL、カスパーゼ2、カスパーゼ3、カスパーゼ6、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、PARP、IAP、Smac、フォドリン、アクチン、Src、Lyn、Fyn、Lck、NIK、IκB、p65(RelA)、IKKα、PKA、PKCα、PKCβ、PKCθ、PKCδ、CAMK、Elk、AFT、Myc、Egr−1、NFAT、ATF−2、Mdm2、p53、DNA−PK、Chk1、Chk2、ATM、ATR、β−カテニン、CrkL、GSK3α、GSK3βおよびFOXOからなる群から選択される、請求項17に記載の方法。
- 個体における疾患の有無を決定する方法であって、
前記個体由来の細胞を阻害剤に付すステップと、
前記細胞中の活性化可能成分の活性化レベルを決定するステップと、
前記活性化レベルに基づいて前記疾患の有無を決定するステップと
を含む方法。 - 前記個体由来の細胞をモジュレーターに付すステップを含む、請求項19に記載の方法。
- 前記決定ステップにおいて複数の活性化可能成分の活性化レベルが決定される、請求項19に記載の方法。
- 前記細胞中の複数の活性化可能成分の活性化レベルのパターンを同定するステップを含み、前記パターンが疾病または疾患と相関している、請求項21に記載の方法。
- 前記疾患が、腫瘍性疾患および/または造血疾患である、請求項19に記載の方法。
- 前記腫瘍性疾患および/または造血疾患が、慢性リンパ性白血病(CLL)、B細胞リンパ腫、Bリンパ球系統白血病、Bリンパ球系統リンパ腫、多発性骨髄腫、B細胞前リンパ球性白血病、前駆細胞Bリンパ芽球性白血病、ヘアリーセル白血病および形質細胞障害からなる群から選択される、B細胞またはB細胞系統由来の障害である、請求項23に記載の方法。
- 前記モジュレーターが、アクチベーターまたは阻害剤である、請求項20に記載の方法。
- 前記モジュレーターが、B細胞受容体複合体またはB細胞共受容体複合体のB細胞受容体アクチベーターである、請求項20に記載の方法。
- 前記阻害剤が、アダフォスチン、AG490、AG825、AG957、AG1024、アロイシン、アロイシンA、アルステルパウロン、アミノゲニステイン、API−2、アピゲニン、アルクチゲニン、AY−22989、BAY 61−3606、ビスインドリルマレイミドIX、チェレリスリン、10−[4’−(N,N−ジエチルアミノ)ブチル]−2−クロロフェノキサジンヒドロクロリド、ダサチニブ、2−ジメチルアミノ−4,5,6,7−テトラブロモ−1H−ベンズイミダゾール、5,7−ジメトキシ−3−(4−ピリジニル)キノリンジヒドロクロリド、エデルホシン、エラグ酸、エンザスタウリン、マレイン酸ER27319、エルロチニブ、ET18OCH3、ファスジル、フラボピリドール、ゲフィチニブ、GW5074、H−7、H−8、H−89、HA−100、HA−1004、HA−1077、HA−1100、ヒドロキシファスジル、インジルビン−3’−オキシム、5−ヨードツベルシジン、ケンパウロン、KN−62、KY12420、LFM−A13、ラベンダスチンA、ルテオリン、LY−294002、LY294002、マロトキシン、ML−9、NSC−154020、NSC−226080、NSC−231634、NSC−664704、NSC−680410、NU6102、オロモウシン、オキシインドールI、PD−153035、PD−98059、PD169316、フロレチン、フロリジン、ピセタノール、ピクロポドフィリン、PKI、PP1、PP2、プルバラノールA、ケルセチン、R406、R788、ラパミューン、ラパマイシン、Ro31−8220、ロスコビチン、ロットレリン、SB202190、SB203580、シロリムス、ソラフェニブ、SL327、SP600125、スタウロスポリン、STI−571、SU−11274、SU1498、SU4312、SU6656、4,5,6,7−テトラブロモトリアゾール、TG101348、トリシリビン、チロホスチンAG490、チロホスチンAG825、チロホスチンAG957、チロホスチンAG1024、チロホスチンSU1498、U0126、VX−509、VX−667、VX−680、W−7、ワートマニン、XL−019、XL−147、XL−184、XL−228、XL−281、XL−518、XL−647、XL−765、XL−820、XL−844、XL−880、Y−27632、ZD−1839、ZM−252868、ZM−447439、H2O2、siRNA、miRNA、カンタリジン、(−)−p−ブロモテトラミゾール、ミクロシスチンLR、オルトバナジウム酸ナトリウム、過バナジン酸ナトリウム、硫酸バナジル、ナトリウムオキソジペルオキソ(1,10−フェナントロリン)バナデート、ビス(マルトラト)オキソバナジウム(IV)、モリブデン酸ナトリウム、過モリブデン酸ナトリウム、酒石酸ナトリウム、イミダゾール、フッ化ナトリウム、β−グリセロフォスフェート、ピロリン酸ナトリウム十水和物、カリクリンA、ディスコデルミア・カリックス(Discodermia calyx)、bpV(phen)、mpV(pic)、DMHV、シペルメトリン、デフォスタチン、オカダ酸、NIPP−1、N−(9,10−ジオキソ−9,10−ジヒドロ−フェナントレン−2−イル)−2,2−ジメチル−プロピオンアミド、α−ブロモ−4−ヒドロキシアセトフェノン、4−ヒドロキシフェナシルBr、α−ブロモ−4−メトキシアセトフェノン、4−メトキシフェナシルBr、α−ブロモ−4−(カルボキシメトキシ)アセトフェノン、4−(カルボキシメトキシ)フェナシルBrおよびビス(4−トリフルオロメチルスルホンアミドフェニル)−1,4−ジイソプロピルベンゼン、フェニルアルシンオキシド、ピロリジンジチオカルバメートおよびアルミニウムフルオリドからなる群から選択されるキナーゼまたはホスファターゼ阻害剤である、請求項20に記載の方法。
- 前記活性化可能成分が、リン酸化または脱リン酸化を受けるタンパク質である、請求項19に記載の方法。
- 前記タンパク質が、PI3−キナーゼ(p85、p110a、p110b、p110d)、Jak1、Jak2、SOCs、Rac、Rho、Cdc42、Ras−GAP、Vav、Tiam、Sos、Dbl、Nck、Gab、PRK、SHP1およびSHP2、SHIP1、SHIP2、sSHIP、PTEN、Shc、Grb2、PDK1、SGK、Akt1、Akt2、Akt3、TSC1,2、Rheb、mTor、4EBP−1、p70S6キナーゼ、S6、LKB−1、AMPK、PFK、アセチル−CoAaカルボキシラーゼ、DokS、Rafs、Mos、Tpl2、MEK1/2、MLK3、TAK、DLK、MKK3/6、MEKK1、4、MLK3、ASK1、MKK4/7、SAPK/JNK1、2、3、p38、Erk1/2、Syk、Btk、BLNK、LAT、ZAP70、Lck、Cbl、SLP−76、PLCγ1、PLCγ2、STAT1、STAT3、STAT4、STAT5、STAT6、FAK、p130CAS、PAK、LIMK1/2、Hsp90、Hsp70、Hsp27、SMAD、Rel−A(p65−NFKB)、CREB、ヒストンH2B、HAT、HDAC、PKR、Rb、サイクリンD、サイクリンE、サイクリンA、サイクリンB、P16、p14Arf、p27KIP、p21CIP、Cdk4、Cdk6、Cdk7、Cdk1、Cdk2、Cdk9、Cdc25,A/B/C、Abl、E2F、FADD、TRADD、TRAF2、RIP、Myd88、BAD、Bcl−2、Mcl−1、Bcl−XL、カスパーゼ2、カスパーゼ3、カスパーゼ6、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、PARP、IAPs、Smac、フォドリン、アクチン、Src、Lyn、Fyn、Lck、NIK、IκB、p65(RelA)、IKKα、PKA、PKCα、PKCβ、PKCθ、PKCδ、CAMK、Elk、AFT、Myc、Egr−1、NFAT、ATF−2、Mdm2、p53、DNA−PK、Chk1、Chk2、ATM、ATR、βカテニン、CrkL、GSK3α、GSK3βおよびFOXOからなる群から選択される、請求項28に記載の方法。
- 細胞の持続性シグナル伝達状態を決定する方法であって、
前記細胞をモジュレーターに付すステップと、
前記細胞中の持続性シグナル伝達経路に関与する活性化可能成分の活性化レベルを決定するステップと、
前記活性化レベルから前記細胞における持続性シグナル伝達経路の状態を決定するステップと
を含む方法。 - 個体の疾患を決定するステップをさらに含む、請求項30に記載の方法。
- 前記状態が、腫瘍性疾患および/または造血疾患である、請求項31に記載の方法。
- 前記腫瘍性疾患および/または造血疾患が、B細胞またはB細胞系統由来の障害である、請求項32に記載の方法。
- 臨床転帰を決定するステップをさらに含み、前記臨床転帰が、腫瘍性疾患および/または造血疾患のステージ分類または類別である、請求項31に記載の方法。
- 前記ステージ分類が、侵襲性、緩徐進行型、良性、難治性、ローマ数字ステージ分類、TNMステージ分類、Raiステージ分類、Binetステージ分類、WHO分類、FAB分類、IPSSスコア、WPSSスコア、限局期、進行期、ZAP70およびCD38などの細胞マーカーによるステージ分類、進行までの時間、無進行生存、全生存および無再発生存に関して知らせ得る情報を含む潜在性からなる群から選択される、請求項34に記載の方法。
- 前記活性化可能成分の活性化レベルを、治療に対する個体の応答と相関させるステップをさらに含む、請求項30に記載の方法。
- 前記モジュレーターが、キナーゼまたはホスファターゼ阻害剤である、請求項30に記載の方法。
- 前記活性化レベルがリン酸化レベルである、請求項30に記載の方法。
- 個体において、CLL細胞の活性化状態を、臨床転帰と相関させる、および/または、臨床転帰を用いて分類する方法であって、
前記個体に由来する、B細胞受容体(BCR)を含む前記CLL細胞を、モジュレーターに付すステップと、
複数の活性化可能成分の活性化レベルを決定するステップと、
前記の複数の活性化可能成分の活性化レベルのパターンを同定して、BCRの近位にあるシグナル伝達における変化の有無を決定し、前記変化の存在が臨床転帰を示すステップと
を含む方法。 - 細胞の集団の表現型プロフィールを決定する方法であって、
別個の培養物中の細胞の集団を複数のモジュレーターに曝露し、モジュレーターの少なくとも1種が阻害剤であるステップと、
前記の別個の培養物の各々に由来する前記細胞集団において活性化可能成分の活性化レベルの変化の有無を決定するステップと、
前記の別個の培養物の各々に由来する前記活性化可能成分の活性化における変化の有無に基づいて、前記細胞集団を分類するステップと
を含む方法。 - 前記阻害剤が、前期細胞中のシグナル伝達カスケードに関与する、一細胞因子または複数の因子の阻害剤である、請求項40に記載の方法。
- 前記阻害剤が、キナーゼまたはホスファターゼ阻害剤である、請求項40に記載の方法。
- 前記キナーゼまたはホスファターゼ阻害剤が、アダフォスチン、AG490、AG825、AG957、AG1024、アロイシンA、アルステルパウロン、アミノゲニステイン、API−2、アピゲニン、アルクチゲニン、AY−22989、BAY61−3606、ビスインドリルマレイミドIX、チェレリスリン、10−[4’−(N,N−ジエチルアミノ)ブチル]−2−クロロフェノキサジンヒドロクロリド、ダサチニブ、2−ジメチルアミノ−4,5,6,7−テトラブロモ−1H−ベンズイミダゾール、5,7−ジメトキシ−3−(4−ピリジニル)キノリンジヒドロクロリド、エデルホシン、エラグ酸、エンザスタウリン、マレイン酸ER27319、エルロチニブ、ET18OCH3、ファスジル、フラボピリドール、ゲフィチニブ、GW5074、H−7、H−8、H−89、HA−100、HA−1004、HA−1077、HA−1100、ヒドロキシファスジル、インジルビン−3’−オキシム、5−ヨードツベルシジン、ケンパウロン、KN−62、KY12420、LFM−A13、ラベンダスチンA、ルテオリン、LY−294002、LY294002、マロトキシン、ML−9、NSC−154020、NSC−226080、NSC−231634、NSC−664704、NSC−680410、NU6102、オロモウシン、オキシインドールI、PD−153035、PD−98059、PD169316、フロレチン、フロリジン、ピセタノール、ピクロポドフィリン、PKI、PP1、PP2、プルバラノールA、ケルセチン、R406、R788、ラパミューン、ラパマイシン、Ro31−8220、ロスコビチン、ロットレリン、SB202190、SB203580、シロリムス、ソラフェニブ、SL327、SP600125、スタウロスポリン、STI−571、SU−11274、SU1498、SU4312、SU6656、4,5,6,7−テトラブロモトリアゾール、TG101348、トリシリビン、チロホスチンAG490、チロホスチンAG825、チロホスチンAG957、チロホスチンAG1024、チロホスチンSU1498、U0126、VX−509、VX−667、VX−680、W−7、ワートマニン、XL−019、XL−147、XL−184、XL−228、XL−281、XL−518、XL−647、XL−765、XL−820、XL−844、XL−880、Y−27632、ZD−1839、ZM−252868、ZM−447439、H2O2、siRNA、miRNA、カンタリジン、(−)−p−ブロモテトラミゾール、ミクロシスチンLR、オルトバナジウム酸ナトリウム、過バナジン酸ナトリウム、硫酸バナジル、ナトリウムオキソジペルオキソ(1,10−フェナントロリン)バナデート、ビス(マルトラト)オキソバナジウム(IV)、モリブデン酸ナトリウム、ナトリウム過モリブデン酸、酒石酸ナトリウム、イミダゾール、フッ化ナトリウム、β−グリセロフォスフェート、ピロリン酸ナトリウム十水和物、カリクリンA、ディスコデルミア・カリックス(Discodermia calyx)、bpV(phen)、mpV(pic)、DMHV、シペルメトリン、デフォスタチン、オカダ酸、NIPP−1、N−(9,10−ジオキソ−9,10−ジヒドロ−フェナントレン−2−イル)−2,2−ジメチル−プロピオンアミド、α−ブロモ−4−ヒドロキシアセトフェノン、4−ヒドロキシフェナシルBr、α−ブロモ−4−メトキシアセトフェノン、4−メトキシフェナシルBr、α−ブロモ−4−(カルボキシメトキシ)アセトフェノン、4−(カルボキシメトキシ)フェナシルBrおよびビス(4−トリフルオロメチルスルホンアミドフェニル)−1,4−ジイソプロピルベンゼン、フェニルアルシンオキシド、ピロリジンジチオカルバメートおよびアルミニウムフルオリドからなる群から選択される、請求項42に記載の方法。
- 前記モジュレーターが、アクチベーターまたは阻害剤である、請求項40に記載の方法。
- 前記活性化可能成分が、リン酸化または脱リン酸化を受けるタンパク質である、請求項40に記載の方法。
- 前記タンパク質が、Akt1、Akt2、Akt3、SAPK/JNK1,2,3、p38s、Erk1/2、Syk、ZAP70、Btk、BLNK、Lck、PLCγ1、PLCγ2、STAT1、STAT3、STAT4、STAT5、STAT6、CREB、Lyn、p−S6、Cbl、NF−κB、GSK3β、CARMA/Bcl10およびTcl−1からなる群から選択される、請求項45に記載の方法。
- 細胞集団を分類する方法であって、
前記細胞集団を、少なくとも1種のモジュレーターと接触させ、モジュレーターが、F(ab)2 IgM、リツキサン、アレムツズマブ、抗CD22(エピラツズマブ)、抗CD23(ルミリキシマブ)、キャンパス、H2O2、PMA、BAFF、April、SDF1a、CD40L、IGF−1、イミキモド、ポリCpG、フルダラビン、シクロホスファミド、クロラムブシル、IL−7、IL−6、IL−10、IL−27、IL−4、IL−2、IL−3、タプシガーギンまたはそれらの組合せであるステップと、
前記細胞集団において、活性化可能成分の活性化レベルの変化の有無を決定するステップと、
前記活性化可能成分の活性化の変化の有無に基づいて、前記細胞集団を分類するステップと
を含む方法。 - 前記活性化可能成分が、Akt1、Akt2、Akt3、SAPK/JNK1,2,3、p38s、Erk1/2、Syk、ZAP70、Btk、BLNK、Lck、PLCγ、PLC1γ2、STAT1、STAT3、STAT4、STAT5、STAT6、CREB、Lyn、p−S6、Cbl、NF−κB、GSK3β、CARMA/Bcl10およびTcl−1からなる群から選択されるタンパク質である、請求項47に記載の方法。
- 前記分類が、前記細胞集団を、臨床転帰と相関している細胞集団として分類するステップを含む請求項47に記載の方法。
- 前記臨床転帰が、慢性リンパ性白血病(CLL)、B細胞リンパ腫、Bリンパ球系統白血病、Bリンパ球系統リンパ腫、多発性骨髄腫、B細胞前リンパ球性白血病、前駆細胞Bリンパ芽球性白血病、ヘアリーセル白血病および形質細胞障害からなる群から選択される、B細胞またはB細胞系統由来の障害の有無である、請求項49に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US95716007P | 2007-08-21 | 2007-08-21 | |
US4892008P | 2008-04-29 | 2008-04-29 | |
PCT/US2008/009975 WO2009025847A2 (en) | 2007-08-21 | 2008-08-21 | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2010536371A true JP2010536371A (ja) | 2010-12-02 |
Family
ID=40378879
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2010521884A Pending JP2010536371A (ja) | 2007-08-21 | 2008-08-21 | 診断方法、予後および治療方法 |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US20090098594A1 (ja) |
EP (2) | EP2179037A4 (ja) |
JP (1) | JP2010536371A (ja) |
CN (1) | CN101802182A (ja) |
AU (1) | AU2008289442A1 (ja) |
CA (1) | CA2696402A1 (ja) |
WO (1) | WO2009025847A2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013500101A (ja) * | 2009-07-28 | 2013-01-07 | エフ・ホフマン−ラ・ロシュ・アクチェンゲゼルシャフト | 非侵襲性インビボ光学イメージング方法 |
US10724071B2 (en) | 2015-10-14 | 2020-07-28 | Nitto Boseki Co., Ltd. | Method for determining drug-sensitive human cell lines by analysis method in which measurement of activity of two types of protein kinase is used |
Families Citing this family (54)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7381535B2 (en) * | 2002-07-10 | 2008-06-03 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior | Methods and compositions for detecting receptor-ligand interactions in single cells |
WO2003067210A2 (en) | 2001-07-10 | 2003-08-14 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for detecting the activation state of the multiple proteins in single cells |
US7393656B2 (en) | 2001-07-10 | 2008-07-01 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for risk stratification |
CA2593355A1 (en) * | 2005-01-24 | 2006-07-27 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Method for modeling cell signaling systems by means of bayesian networks |
US8214157B2 (en) | 2006-03-31 | 2012-07-03 | Nodality, Inc. | Method and apparatus for representing multidimensional data |
CN101802182A (zh) | 2007-08-21 | 2010-08-11 | 诺达利蒂公司 | 用于诊断、预后和治疗方法的方法 |
CA2701794C (en) * | 2007-10-02 | 2017-10-31 | Theranos, Inc. | Modular point-of-care devices and uses thereof |
EP2244738B1 (en) | 2008-01-25 | 2020-03-04 | Gavish-Galilee Bio Applications Ltd | Targeting of innate immune response to tumour site |
WO2009094556A2 (en) * | 2008-01-25 | 2009-07-30 | Bristol-Myers Squibb Pharma Company | Identification of predictive markers of response to dasatinib in human colon cancer |
WO2009134944A2 (en) * | 2008-04-29 | 2009-11-05 | Nodality, Inc. | Methods of determining the health status of an individual |
WO2010006291A1 (en) * | 2008-07-10 | 2010-01-14 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and treatment |
US8399206B2 (en) | 2008-07-10 | 2013-03-19 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
JPWO2010027002A1 (ja) * | 2008-09-05 | 2012-02-02 | 塩野義製薬株式会社 | Pi3k阻害活性を有する縮環モルホリン誘導体 |
US20100099109A1 (en) * | 2008-10-17 | 2010-04-22 | Nodality, Inc., A Delaware Corporation | Methods for Analyzing Drug Response |
US9034257B2 (en) | 2008-10-27 | 2015-05-19 | Nodality, Inc. | High throughput flow cytometry system and method |
US8309306B2 (en) | 2008-11-12 | 2012-11-13 | Nodality, Inc. | Detection composition |
US20100209929A1 (en) * | 2009-01-14 | 2010-08-19 | Nodality, Inc., A Delaware Corporation | Multiple mechanisms for modulation of jak/stat activity |
US20100204973A1 (en) * | 2009-01-15 | 2010-08-12 | Nodality, Inc., A Delaware Corporation | Methods For Diagnosis, Prognosis And Treatment |
US20100233733A1 (en) * | 2009-02-10 | 2010-09-16 | Nodality, Inc., A Delaware Corporation | Multiple mechanisms for modulation of the pi3 kinase pathway |
US20100215644A1 (en) * | 2009-02-25 | 2010-08-26 | Nodality, Inc. A Delaware Corporation | Analysis of nodes in cellular pathways |
US8242248B2 (en) | 2009-03-23 | 2012-08-14 | Nodality, Inc. | Kits for multiparametric phospho analysis |
US8187885B2 (en) * | 2009-05-07 | 2012-05-29 | Nodality, Inc. | Microbead kit and method for quantitative calibration and performance monitoring of a fluorescence instrument |
WO2010135608A1 (en) * | 2009-05-20 | 2010-11-25 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
US9459246B2 (en) | 2009-09-08 | 2016-10-04 | Nodality, Inc. | Induced intercellular communication |
EP2476053A4 (en) * | 2009-09-08 | 2014-03-12 | Nodality Inc | ANALYSIS OF CELL NETWORKS |
AU2010310746B2 (en) * | 2009-10-20 | 2015-07-23 | Nestec S.A. | Proximity-mediated assays for detecting oncogenic fusion proteins |
GB2474777A (en) * | 2009-10-22 | 2011-04-27 | Nodality Inc | Methods for diagnosis, prognosis, and of determining the treatment for acute leukaemia |
CA2795362C (en) * | 2010-04-19 | 2018-03-20 | Biomarker Strategies, Llc | Compositions and methods for prediction of drug sensitivity, resistance, and disease progression |
US20110318769A1 (en) * | 2010-06-24 | 2011-12-29 | National Tsing Hua University | Method and composition for targeting vicious cycles of stresses and inflammatory responses |
NZ607234A (en) * | 2010-07-19 | 2014-08-29 | Univ Leland Stanford Junior | Methods and systems for analysis of single cells |
US20120040361A1 (en) * | 2010-07-22 | 2012-02-16 | National Tsing Hua University | Methods and compositions for detection of lethal system and uses thereof |
CA2816957A1 (en) * | 2010-11-07 | 2012-05-10 | Targegen, Inc. | Compositions and methods for treating myelofibrosis |
CN102486474B (zh) * | 2010-12-06 | 2014-05-28 | 北京大学人民医院 | 干扰素治疗慢性丙型肝炎转归预测蛋白芯片 |
CN106290159A (zh) | 2011-01-21 | 2017-01-04 | 提拉诺斯公司 | 样品使用最大化的系统和方法 |
EP2702410A2 (en) * | 2011-04-29 | 2014-03-05 | Celgene Corporation | Methods for the treatment of cancer and inflammatory diseases using cereblon as a predictor |
US8679760B2 (en) * | 2011-05-03 | 2014-03-25 | National Cheng Kung University | Biomarker and method for evaluating risk of proliferation, invasion, or metastasis of cancer |
US9632102B2 (en) | 2011-09-25 | 2017-04-25 | Theranos, Inc. | Systems and methods for multi-purpose analysis |
US20140170735A1 (en) | 2011-09-25 | 2014-06-19 | Elizabeth A. Holmes | Systems and methods for multi-analysis |
US9664702B2 (en) | 2011-09-25 | 2017-05-30 | Theranos, Inc. | Fluid handling apparatus and configurations |
US8475739B2 (en) | 2011-09-25 | 2013-07-02 | Theranos, Inc. | Systems and methods for fluid handling |
US9619627B2 (en) | 2011-09-25 | 2017-04-11 | Theranos, Inc. | Systems and methods for collecting and transmitting assay results |
US10012664B2 (en) | 2011-09-25 | 2018-07-03 | Theranos Ip Company, Llc | Systems and methods for fluid and component handling |
US9810704B2 (en) | 2013-02-18 | 2017-11-07 | Theranos, Inc. | Systems and methods for multi-analysis |
GB201207722D0 (en) * | 2012-05-02 | 2012-06-13 | Bergenbio As | Method |
EP3105318A1 (en) * | 2014-02-10 | 2016-12-21 | Nvigen, Inc. | Cell modulation nanocomposition, and methods of use |
CN104398508B (zh) * | 2014-11-28 | 2017-06-13 | 上海交通大学 | 双吲哚马来酰亚胺衍生物在制备治疗慢性粒细胞白血病药物中的应用 |
EP3451919A4 (en) * | 2016-05-05 | 2019-12-18 | Bestbrain Ltd. | NERVOUS FEEDBACK SYSTEMS AND METHODS |
CN107436355A (zh) * | 2016-05-25 | 2017-12-05 | 北京市神经外科研究所 | 通过蛋白标志物检测分泌型垂体腺瘤放疗敏感性的试剂盒 |
JP7053601B2 (ja) * | 2016-10-23 | 2022-04-12 | バークレー ライツ,インコーポレイテッド | B細胞リンパ球をスクリーニングする方法 |
CN112055715A (zh) * | 2018-01-23 | 2020-12-08 | 富荣吉有限责任公司 | 使用cofilin磷酸化定量检测cd4 t细胞损伤和预测抗逆转录病毒治疗后cd4 t细胞恢复 |
CN109260197B (zh) * | 2018-10-08 | 2021-02-12 | 中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所) | 靛玉红类化合物和硼替佐米在制备治疗多发性骨髓瘤的药物中的用途 |
AR117327A1 (es) | 2018-12-20 | 2021-07-28 | 23Andme Inc | Anticuerpos anti-cd96 y métodos de uso de estos |
WO2020154941A1 (en) * | 2019-01-30 | 2020-08-06 | Nippon Zoki Pharmaceutical Co., Ltd. | Inhibiting or alleviating agent for inflammation in the brain |
CN109966284B (zh) * | 2019-04-22 | 2021-08-13 | 上海长征医院 | 粗糠柴苦素在制备抗真菌药物增敏剂中的用途 |
Family Cites Families (115)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US3249514A (en) * | 1963-11-18 | 1966-05-03 | Bode Harold Eli | Production and use of amyloglucosidase |
US4469863A (en) | 1980-11-12 | 1984-09-04 | Ts O Paul O P | Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof |
US4568649A (en) | 1983-02-22 | 1986-02-04 | Immunex Corporation | Immediate ligand detection assay |
US4816567A (en) | 1983-04-08 | 1989-03-28 | Genentech, Inc. | Recombinant immunoglobin preparations |
US5235033A (en) | 1985-03-15 | 1993-08-10 | Anti-Gene Development Group | Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof |
US5034506A (en) | 1985-03-15 | 1991-07-23 | Anti-Gene Development Group | Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages |
US5225539A (en) | 1986-03-27 | 1993-07-06 | Medical Research Council | Recombinant altered antibodies and methods of making altered antibodies |
EP0327674A3 (de) | 1988-02-12 | 1990-09-05 | ING. HERMANN KÜMMERL, LABORGERÄTEBAU, Inh. Ing. Klaus Kümmerl | Fotografische Entwicklungsmaschine |
US5216141A (en) | 1988-06-06 | 1993-06-01 | Benner Steven A | Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages |
US4865708A (en) | 1988-11-14 | 1989-09-12 | Vac-Tec Systems, Inc. | Magnetron sputtering cathode |
US5530101A (en) | 1988-12-28 | 1996-06-25 | Protein Design Labs, Inc. | Humanized immunoglobulins |
US5683888A (en) | 1989-07-22 | 1997-11-04 | University Of Wales College Of Medicine | Modified bioluminescent proteins and their use |
US5859205A (en) | 1989-12-21 | 1999-01-12 | Celltech Limited | Humanised antibodies |
US5292658A (en) | 1989-12-29 | 1994-03-08 | University Of Georgia Research Foundation, Inc. Boyd Graduate Studies Research Center | Cloning and expressions of Renilla luciferase |
IE76319B1 (en) | 1990-07-23 | 1997-10-22 | Becton Dickinson Co | Preservation of cells as controls or standards in cellular analysis |
US5602240A (en) | 1990-07-27 | 1997-02-11 | Ciba Geigy Ag. | Backbone modified oligonucleotide analogs |
US5386023A (en) | 1990-07-27 | 1995-01-31 | Isis Pharmaceuticals | Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through reductive coupling |
US5264816A (en) * | 1991-01-09 | 1993-11-23 | Furnas Electric Company | Electrical winding termination structure |
CA2105984C (en) | 1991-03-11 | 2002-11-26 | Milton J. Cormier | Cloning and expression of renilla luciferase |
JP4124480B2 (ja) | 1991-06-14 | 2008-07-23 | ジェネンテック・インコーポレーテッド | 免疫グロブリン変異体 |
WO1994004679A1 (en) | 1991-06-14 | 1994-03-03 | Genentech, Inc. | Method for making humanized antibodies |
US5234816A (en) | 1991-07-12 | 1993-08-10 | Becton, Dickinson And Company | Method for the classification and monitoring of leukemias |
US5644048A (en) | 1992-01-10 | 1997-07-01 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Process for preparing phosphorothioate oligonucleotides |
EP0610774B1 (en) * | 1993-02-09 | 2001-03-28 | Becton, Dickinson and Company | Automatic lineage assignment of acute leukemias by flow cytometry |
WO1994024314A1 (en) | 1993-04-19 | 1994-10-27 | Kauffman Stuart A | Random chemistry for the generation of new compounds |
AU694745B2 (en) | 1993-09-10 | 1998-07-30 | Trustees Of Columbia University In The City Of New York, The | Uses of green fluorescent protein |
WO1995021191A1 (en) | 1994-02-04 | 1995-08-10 | William Ward | Bioluminescent indicator based upon the expression of a gene for a modified green-fluorescent protein |
US5637684A (en) | 1994-02-23 | 1997-06-10 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Phosphoramidate and phosphorothioamidate oligomeric compounds |
US5777079A (en) | 1994-11-10 | 1998-07-07 | The Regents Of The University Of California | Modified green fluorescent proteins |
US5844979A (en) | 1995-02-16 | 1998-12-01 | Global Technologies, Inc. | Intelligent switching system for voice and data |
US5968738A (en) | 1995-12-06 | 1999-10-19 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Two-reporter FACS analysis of mammalian cells using green fluorescent proteins |
US5874304A (en) | 1996-01-18 | 1999-02-23 | University Of Florida Research Foundation, Inc. | Humanized green fluorescent protein genes and methods |
US5804387A (en) | 1996-02-01 | 1998-09-08 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | FACS-optimized mutants of the green fluorescent protein (GFP) |
US5876995A (en) | 1996-02-06 | 1999-03-02 | Bryan; Bruce | Bioluminescent novelty items |
US6232299B1 (en) * | 1996-05-01 | 2001-05-15 | Eli Lilly And Company | Use of protein kinase C inhibitors to enhance the clinical efficacy of oncolytic agents and radiation therapy |
US5925558A (en) | 1996-07-16 | 1999-07-20 | The Regents Of The University Of California | Assays for protein kinases using fluorescent protein substrates |
US5976796A (en) | 1996-10-04 | 1999-11-02 | Loma Linda University | Construction and expression of renilla luciferase and green fluorescent protein fusion genes |
EP1015872B1 (en) | 1996-12-12 | 2005-03-02 | Prolume, Ltd. | Apparatus and method for detecting and identifying infectious agents |
US6821740B2 (en) | 1998-02-25 | 2004-11-23 | Becton, Dickinson And Company | Flow cytometric methods for the concurrent detection of discrete functional conformations of PRB in single cells |
US6455263B2 (en) | 1998-03-24 | 2002-09-24 | Rigel Pharmaceuticals, Inc. | Small molecule library screening using FACS |
CA2324648C (en) | 1998-03-27 | 2013-02-26 | Prolume, Ltd. | Luciferases, fluorescent proteins, nucleic acids encoding the luciferases and fluorescent proteins and the use thereof in diagnostics, high throughput screening and novelty items |
CA2325597C (en) | 1998-04-17 | 2010-09-21 | Rigel Pharmaceuticals, Inc. | Multiparameter facs assays to detect alterations in cellular parameters and to screen small molecule libraries |
US6495333B1 (en) | 1998-09-22 | 2002-12-17 | Becton Dickinson And Company | Flow cytometric, whole blood dendritic cell immune function assay |
WO2000048991A1 (en) | 1999-02-18 | 2000-08-24 | The Regents Of The University Of California | Salicylamide-lanthanide complexes for use as luminescent markers |
US6506551B1 (en) * | 1999-10-08 | 2003-01-14 | North Shore - Long Island Jewish Research Institute | CD38 as a prognostic indicator in B cell chronic lymphocytic leukemia |
AU5003001A (en) * | 2000-03-06 | 2001-09-17 | Univ Kentucky Res Found | Methods to impair hematologic cancer progenitor cells and compounds related thereto |
GB0009784D0 (en) * | 2000-04-20 | 2000-06-07 | Simeg Limited | Methods for clinical diagnosis |
JP2004524604A (ja) * | 2000-12-07 | 2004-08-12 | ユーロプロテオーム エージー | 遺伝的疾患の分類および予測のため、ならびに分子遺伝的パラメーターと臨床的パラメーターとの関連付けのためのエキスパートシステム |
US7381535B2 (en) * | 2002-07-10 | 2008-06-03 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior | Methods and compositions for detecting receptor-ligand interactions in single cells |
WO2003067210A2 (en) | 2001-07-10 | 2003-08-14 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for detecting the activation state of the multiple proteins in single cells |
US7393656B2 (en) | 2001-07-10 | 2008-07-01 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for risk stratification |
US7695926B2 (en) | 2001-07-10 | 2010-04-13 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for detecting receptor-ligand interactions in single cells |
US7329502B2 (en) * | 2002-04-25 | 2008-02-12 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | ZAP-70 expression as a marker for chronic lymphocytic leukemia/small lymphocytic lymphoma (CLL/SLL) |
US6897954B2 (en) | 2002-12-20 | 2005-05-24 | Becton, Dickinson And Company | Instrument setup system for a fluorescence analyzer |
US7957908B2 (en) | 2003-11-17 | 2011-06-07 | New York University | System, method and software arrangement utilizing a multi-strip procedure that can be applied to gene characterization using DNA-array data |
US7803523B2 (en) * | 2004-08-27 | 2010-09-28 | University Health Network | Whole blood preparation for cytometric analysis of cell signaling pathways |
WO2006050333A2 (en) | 2004-11-02 | 2006-05-11 | The Regents Of The University Of California | Methods and compositions for modulating apoptosis |
CA2593355A1 (en) | 2005-01-24 | 2006-07-27 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Method for modeling cell signaling systems by means of bayesian networks |
WO2006086111A2 (en) | 2005-02-10 | 2006-08-17 | Cell Signaling Technology, Inc. | Reagents for the detection of protein phosphorylation in leukemia signaling pathways |
EP1857216B1 (en) | 2005-03-09 | 2014-07-30 | Senju Metal Industry Co., Ltd. | Method of producing particles of low melting point metal and apparatus therefor |
WO2007015886A2 (en) | 2005-07-21 | 2007-02-08 | Cell Signaling Technology, Inc. | Phosphorylated protein markers of gleevec-resistant chronic myelogenous leukemia |
EP1929305A2 (en) | 2005-08-31 | 2008-06-11 | Cell Signaling Technology, Inc. | Reagents for the detection of protein phosphorylation in leukemia signaling pathways |
EP1934867A2 (en) | 2005-08-31 | 2008-06-25 | Cell Signaling Technology, Inc. | Reagents for the detection of protein phosphorylation in leukemia signaling pathways |
US20070105165A1 (en) | 2005-11-04 | 2007-05-10 | Charles Goolsby | Composite profiles of cell antigens and target signal transduction proteins for analysis and clinical management of hematologic cancers |
US20070172847A1 (en) * | 2005-11-15 | 2007-07-26 | The Regents Of The University Of California | Molecular signaling pathways triggered by rituximab: prognostic, diagnostic, and therapeutic uses |
NO327906B1 (no) | 2006-01-18 | 2009-10-19 | Nexans | Endeskjote-enhet for kabel |
US8214157B2 (en) | 2006-03-31 | 2012-07-03 | Nodality, Inc. | Method and apparatus for representing multidimensional data |
US20090298093A1 (en) | 2006-04-27 | 2009-12-03 | Roberto Polakiewicz | Reagents for the Detection of Protein Phosphorylation in ATM & ATR Kinase Signaling Pathways |
CA2653398A1 (en) | 2006-05-26 | 2007-12-06 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Reverse phase protein array, protein activation and expression signatures, and associated methods |
CA2547901A1 (en) * | 2006-06-14 | 2007-12-14 | University College Cardiff Consultants Limited | Chronic lymphocytic leukaemia |
WO2008009004A2 (en) | 2006-07-13 | 2008-01-17 | Cell Signaling Technology, Inc. | Reagents for the detection of protein phosphorylation in signaling pathways |
US7834024B2 (en) * | 2007-03-26 | 2010-11-16 | Rigel Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for inhibition of the JAK pathway |
CN101802182A (zh) | 2007-08-21 | 2010-08-11 | 诺达利蒂公司 | 用于诊断、预后和治疗方法的方法 |
US20090269800A1 (en) | 2008-04-29 | 2009-10-29 | Todd Covey | Device and method for processing cell samples |
WO2009134944A2 (en) * | 2008-04-29 | 2009-11-05 | Nodality, Inc. | Methods of determining the health status of an individual |
US20090291458A1 (en) | 2008-05-22 | 2009-11-26 | Nodality, Inc. | Method for Determining the Status of an Individual |
WO2009143707A1 (zh) | 2008-05-26 | 2009-12-03 | Zhang Zhenming | 双转子发动机 |
WO2010006303A2 (en) | 2008-07-10 | 2010-01-14 | Nodality, Inc. | Methods and apparatus related to management of experiments |
US20100030719A1 (en) | 2008-07-10 | 2010-02-04 | Covey Todd M | Methods and apparatus related to bioinformatics data analysis |
WO2010006291A1 (en) | 2008-07-10 | 2010-01-14 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and treatment |
US20100014741A1 (en) | 2008-07-10 | 2010-01-21 | Banville Steven C | Methods and apparatus related to gate boundaries within a data space |
US8399206B2 (en) | 2008-07-10 | 2013-03-19 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
CA2769307C (en) | 2008-07-11 | 2017-12-12 | Intellicyt Corporation | Multi-sample particle analyzer system and method for high throughput screening |
US7953708B2 (en) | 2008-07-28 | 2011-05-31 | International Business Machines Corporation | Optimizing grace period detection for preemptible read-copy update on uniprocessor systems |
US20100086951A1 (en) | 2008-09-04 | 2010-04-08 | Beckman Coulter, Inc. | Pan-Kinase Activation and Evaluation of Signaling Pathways |
US20100099109A1 (en) | 2008-10-17 | 2010-04-22 | Nodality, Inc., A Delaware Corporation | Methods for Analyzing Drug Response |
US9034257B2 (en) | 2008-10-27 | 2015-05-19 | Nodality, Inc. | High throughput flow cytometry system and method |
US8309306B2 (en) | 2008-11-12 | 2012-11-13 | Nodality, Inc. | Detection composition |
US20100209929A1 (en) | 2009-01-14 | 2010-08-19 | Nodality, Inc., A Delaware Corporation | Multiple mechanisms for modulation of jak/stat activity |
US20100204973A1 (en) | 2009-01-15 | 2010-08-12 | Nodality, Inc., A Delaware Corporation | Methods For Diagnosis, Prognosis And Treatment |
US20100233733A1 (en) | 2009-02-10 | 2010-09-16 | Nodality, Inc., A Delaware Corporation | Multiple mechanisms for modulation of the pi3 kinase pathway |
US20100215644A1 (en) | 2009-02-25 | 2010-08-26 | Nodality, Inc. A Delaware Corporation | Analysis of nodes in cellular pathways |
US8242248B2 (en) | 2009-03-23 | 2012-08-14 | Nodality, Inc. | Kits for multiparametric phospho analysis |
US8187885B2 (en) | 2009-05-07 | 2012-05-29 | Nodality, Inc. | Microbead kit and method for quantitative calibration and performance monitoring of a fluorescence instrument |
WO2010135608A1 (en) | 2009-05-20 | 2010-11-25 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
EP2476053A4 (en) | 2009-09-08 | 2014-03-12 | Nodality Inc | ANALYSIS OF CELL NETWORKS |
US9459246B2 (en) | 2009-09-08 | 2016-10-04 | Nodality, Inc. | Induced intercellular communication |
EP2539470B1 (en) | 2010-02-24 | 2017-02-22 | The Board of Trustees of The Leland Stanford Junior University | Methods for autoimmune disease diagnosis, prognosis, and treatment |
US20130024177A1 (en) | 2010-03-24 | 2013-01-24 | Nodality, Inc. | Hyper-spatial methods for modeling biological events |
US20110262468A1 (en) | 2010-04-23 | 2011-10-27 | Nodality, Inc. | Method for Monitoring Vaccine Response Using Single Cell Network Profiling |
US20140017678A1 (en) | 2012-06-11 | 2014-01-16 | Nodality, Inc. | Pathway characterization of cells |
EP2580352A4 (en) | 2010-06-09 | 2014-03-19 | Nodality Inc | WAY CHARACTERIZATION OF CELLS |
WO2012024546A2 (en) | 2010-08-18 | 2012-02-23 | Nodality, Inc. | Incorporation of health measurments in analysis and interpretation of functional biological response data |
GB2498283A (en) | 2010-09-08 | 2013-07-10 | Nodality Inc | Benchmarks for normal cell identification |
WO2012083274A2 (en) | 2010-12-16 | 2012-06-21 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
US20130035253A1 (en) | 2011-08-05 | 2013-02-07 | Nodality, Inc. A Delaware Corporation | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
US20140199273A1 (en) | 2011-08-05 | 2014-07-17 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
US20130129681A1 (en) | 2011-10-04 | 2013-05-23 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosing solid tumors |
US20130123131A1 (en) | 2011-11-09 | 2013-05-16 | Nodality, Inc. | Process for Ensuring Consistency and Reproducibility of a Diagnostic or Research Method |
US20130218474A1 (en) | 2012-01-26 | 2013-08-22 | Nodality, Inc. | Benchmarks for Normal Cell Identification |
US20140093903A1 (en) | 2012-08-27 | 2014-04-03 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
EP2917339A2 (en) | 2012-11-06 | 2015-09-16 | Nodality, Inc. | Induced intercellular communication |
WO2014081987A1 (en) | 2012-11-21 | 2014-05-30 | Nodality, Inc. | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment |
US20140255393A1 (en) | 2013-02-28 | 2014-09-11 | Nodality, Inc. | Compositions and methods for autoimmune disease |
WO2015061796A1 (en) | 2013-10-25 | 2015-04-30 | Nodality Inc. | Methods and compositions for immunomodulation |
-
2008
- 2008-08-21 CN CN200880107737A patent/CN101802182A/zh active Pending
- 2008-08-21 AU AU2008289442A patent/AU2008289442A1/en not_active Abandoned
- 2008-08-21 WO PCT/US2008/009975 patent/WO2009025847A2/en active Application Filing
- 2008-08-21 CA CA2696402A patent/CA2696402A1/en not_active Abandoned
- 2008-08-21 US US12/229,476 patent/US20090098594A1/en not_active Abandoned
- 2008-08-21 EP EP08795509A patent/EP2179037A4/en not_active Withdrawn
- 2008-08-21 EP EP20140189449 patent/EP2860247A1/en not_active Withdrawn
- 2008-08-21 JP JP2010521884A patent/JP2010536371A/ja active Pending
-
2012
- 2012-06-11 US US13/493,857 patent/US9182385B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2015
- 2015-08-13 US US14/825,486 patent/US20160097770A1/en not_active Abandoned
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
JPN6013031871; Journal of pharmacological and toxicological methods. 2006, Vol.54, No.3, p.313-319 * |
JPN6013031873; FASEB journal. 2003, Vol.17, No.6, p.711-713 * |
JPN6014004612; Current topics in microbiology and immunology. 2005, Vol.294, p.109-133 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013500101A (ja) * | 2009-07-28 | 2013-01-07 | エフ・ホフマン−ラ・ロシュ・アクチェンゲゼルシャフト | 非侵襲性インビボ光学イメージング方法 |
US10724071B2 (en) | 2015-10-14 | 2020-07-28 | Nitto Boseki Co., Ltd. | Method for determining drug-sensitive human cell lines by analysis method in which measurement of activity of two types of protein kinase is used |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US9182385B2 (en) | 2015-11-10 |
CA2696402A1 (en) | 2009-02-26 |
AU2008289442A1 (en) | 2009-02-26 |
US20160097770A1 (en) | 2016-04-07 |
WO2009025847A2 (en) | 2009-02-26 |
US20120309029A1 (en) | 2012-12-06 |
WO2009025847A3 (en) | 2009-06-11 |
EP2179037A2 (en) | 2010-04-28 |
CN101802182A (zh) | 2010-08-11 |
US20090098594A1 (en) | 2009-04-16 |
EP2860247A1 (en) | 2015-04-15 |
EP2179037A4 (en) | 2010-12-22 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US9182385B2 (en) | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment | |
US20170285027A1 (en) | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment | |
US20140134648A1 (en) | Methods of determining the health status of an individual | |
US20170102375A1 (en) | Methods for determining the effects of compounds on jak/stat activity | |
US20090291458A1 (en) | Method for Determining the Status of an Individual | |
US20170212136A1 (en) | Process for ensuring consistency and reproducibility of a diagnostic or research method | |
US20100099109A1 (en) | Methods for Analyzing Drug Response | |
US20120157340A1 (en) | Pathways characterization of cells | |
US20170370934A1 (en) | Methods and compositions for immunomodulation | |
US20170292946A1 (en) | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment | |
US20140199273A1 (en) | Methods for diagnosis, prognosis and methods of treatment | |
US20170184594A1 (en) | Pathway characterization of cells | |
JP2013520208A (ja) | 自己免疫疾患の診断、予後判定、及び処置法 | |
US20170184587A1 (en) | Compositions and methods for autoimmune disease | |
WO2012024546A2 (en) | Incorporation of health measurments in analysis and interpretation of functional biological response data | |
US20170299590A1 (en) | Methods and compositions for systemic lupus erythematosus | |
ITTO20110233A1 (it) | Metodo in vitro di diagnosi, prognosi e trattamento di disordini ematopoietici |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20110801 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20120731 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130702 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130927 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20131004 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20131226 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140204 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20140417 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20140424 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20140522 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20140529 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20140701 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20140708 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20140730 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20141111 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150306 |