JP2010500003A - 乳癌に関連する遺伝子およびポリペプチド - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は生物科学の分野に関し、より具体的には癌研究の分野に関する。特に、本発明は、乳癌の増殖機構に関与する癌関連遺伝子A7322、F3374、およびPBK/TOPK、ならびにこれらの遺伝子によってコードされるポリペプチドに関する。本発明の遺伝子およびポリペプチドは、例えば、乳癌の予後予測および診断、ならびに、乳癌に対する薬剤を開発するための標的分子として、用いることができる。
乳癌は遺伝的に不均一な疾患であり、女性で最も一般的な悪性疾患である。全世界で毎年、推定で約80万件の新たな症例が報告されてきた(Parkin DM, et al., (1999). CA Cancer J Clin 49:33-64)。現在でも、乳房切除術が医療処置のための第一の選択肢である。原発性腫瘍の外科的除去を行っても、診断時点では検出不可能な微小転移のために局所または遠隔部位での再発が起こる可能性がある(Saphner T, et al., (1996). J Clin Oncol, 14, 2738-46)。このような残存細胞または前癌細胞を死滅させることを狙いとして、手術後には通常、アジュバント療法として細胞傷害剤を投与する。従来の化学療法剤による治療は経験に拠ることが多く、主として組織学的な腫瘍要因に基づいている。このため、特異的な機構の理解がない状況では、標的指向性薬剤が乳癌に対する基礎的な治療となりつつある。タモキシフェンおよびアロマターゼ阻害薬はこの種のものを代表する2つであり、転移性乳癌を有する患者にアジュバントまたは化学予防薬として用いる場合に効果的な反応を引き起こすことが証明されている(Fisher B, et al., (1998). J Natl Cancer Inst, 90, 1371-88; Cuzick J (2002). Lancet 360, 817-824)。しかしながら、その欠点は、エストロゲン受容体を発現している患者しか、これらの薬物に対して感受性がないことである。さらに、最近これらの副作用に関する懸念が増加してきている。例えば、閉経後の女性における、長期間タモキシフェン処方による子宮内膜癌およびアロマターゼ療法による骨折である(Coleman RE (2004). Oncology. 18 (5 Suppl 3), 16-20)。
概説
癌に関係する発癌機構の解明、および新規抗癌剤を開発するための可能性のある標的の同定を目的とした取り組みとして、精製した乳癌細胞の集団における遺伝子発現パターンの大規模解析を、27,648種の遺伝子に相当するcDNAマイクロアレイを用いて行った。より具体的には、乳細胞癌の治療のための新規分子標的を単離するために、cDNAマイクロアレイおよびレーザービームマイクロダイセクションの組み合わせを用いて、81例の乳房腫瘍のゲノム全域の正確な発現プロファルを調べた。
本明細書で用いる「一つの(a)」、「一つの(an)」、および「その(the)」という用語は、特に明記しない限り、「少なくとも一つの」を意味する。
本発明は、SEQ ID NO:79に記載するポリヌクレオチド配列を含むヒト遺伝子A7322、ならびにその変性体および変異体を、それらがSEQ ID NO:80に示すアミノ酸配列を含むA7322タンパク質またはその機能的同等物をコードする範囲で含む。A7322と機能的に同等なポリペプチドの例には、例えば、ヒトA7322タンパク質に対応する他の生物の相同タンパク質、およびヒトA7322タンパク質の変異体が含まれる。
(1)アラニン(A)、グリシン(G);
(2)アスパラギン酸(D)、グルタミン酸(E);
(3)アスパラギン(N)、グルタミン(Q);
(4)アルギニン(R)、リシン(K);
(5)イソロイシン(I)、ロイシン(L)、メチオニン(M)、バリン(V);
(6)フェニルアラニン(F)、チロシン(Y)、トリプトファン(W);
(7)セリン(S)、トレオニン(T);および
(8)システイン(C)、メチオニン(M)(例えばCreighton, Proteins (1984)参照)。
(1)Peptide Synthesis, Interscience, New York, 1966;
(2)The Proteins, Vol. 2, Academic Press, New York, 1976;
(3)Peptide Synthesis (in Japanese), Maruzen Co., 1975;
(4)Basics and Experiment of Peptide Synthesis (in Japanese), Maruzen Co., 1985;
(5)Development of Pharmaceuticals (second volume) (in Japanese), Vol. 14 (peptide synthesis), Hirokawa, 1991;
(6)WO99/67288;および
(7)Barany G. & Merrifield R.B., Peptides Vol. 2, 「Solid Phase Peptide Synthesis」, Academic Press, New York, 1980, 100-118。
本発明はまた、本発明のポリペプチドと特異的に結合する抗体および非抗体結合タンパク質を提供する。本発明の抗体および非抗体結合タンパク質は、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を含む任意の形態で用いることができ、これにはウサギなどの動物を本発明のポリペプチドで免疫することによって得られる抗血清、すべてのクラスのポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体、ヒト抗体、ならびに遺伝子組換えによって作製されたヒト化抗体が含まれる。
本明細書で用いる「抗体」という用語は、天然抗体および非天然抗体を包含し、例えば、単鎖抗体、キメラ、二重特異性、およびヒト化抗体、ならびにそれらの抗原結合断片(例えば、Fab'、F(ab')2、Fab、Fv、およびrIgG)を含む。Pierce Catalog and Handbook, 1994-1995 (Pierce Chemical Co., Rockford, IL)も参照されたい。例えば、Kuby, J., Immunology, 3rd Ed., W.H. Freeman & Co., New York (1998)も参照されたい。このような非天然抗体は固相ペプチド合成を用いて構築することができ、組換え的に産生することも、または例えば、参照として本明細書に組み入れられるHuse et al., Science 246:1275-81 (1989) に記載されているように、可変重鎖と可変軽鎖とからなるコンビナトリアルライブラリをスクリーニングすることによって得ることもできる。例えば、キメラ、ヒト化、CDRグラフト、一本鎖、および二重特異性抗体を作製するこれらおよびその他の方法は、当業者に周知である(それぞれ参照により本明細書に組み入れられる、Winter and Harris, Immunol. Today 14:243-6 (1993); Ward et al., Nature 341:544-6 (1989); Harlow and Lane, Antibodies, 511-52, Cold Spring Harbor Laboratory publications, New York, 1988; Hilyard et al., Protein Engineering: A practical approach (IRL Press 1992); Borrebaeck, Antibody Engineering, 2d ed. (Oxford University Press 1995))。
本発明はまた、本発明のポリペプチドと特異的に結合する抗原結合タンパク質または非抗体結合タンパク質(例えばリガンド)を含む。以下により詳細に考察するように、非抗体リガンドには、アドネクチン(adnectin)、アビマー(avimer)、一本鎖ポリペプチド結合分子、および抗体様結合ペプチド模倣体を含む非免疫グロブリンタンパク質骨格を用いる抗体模倣体が含まれる。
上記のように本発明はまた、ヒトA7322またはF3374V1タンパク質をコードするポリヌクレオチド(SEQ ID NO:79または81)またはその相補鎖とハイブリダイズし、少なくとも15ヌクレオチドを含むポリヌクレオチドも提供する。例えば、SEQ ID NO:79(A7322)の1〜384位から選択される連続するヌクレオチド配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドが好ましい。一般に、開始コドンを含むヌクレオチド配列が、有効なアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計するのに好ましい。A7332の開始コドン(172〜174)は、SEQ ID NO:79(A7322)の1〜384位内に位置する。本発明のポリヌクレオチドは、好ましくは、本発明のポリペプチドをコードするDNAと特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドである。
「siRNA」という用語は、標的mRNAの翻訳を妨げる2本鎖RNA分子を意味する。siRNAを細胞内に導入するためには、RNAを転写するための鋳型としてDNAが用いられる技法を含む標準的な技法が用いられる。本発明のsiRNAは、ヒトA7322、F3374V1、PBK/TOPK、またはAURKBタンパク質をコードするポリヌクレオチド(SEQ ID NO:79、81、92、または88)のセンス核酸配列およびアンチセンス核酸配列を含む。siRNAは、単一の転写産物(二本鎖RNA)が、標的遺伝子由来のセンス配列と相補的アンチセンス配列の両方(例えばヘアピン)を有するように構築される。siRNAは、dsRNAまたはshRNAのいずれかであってよい。
CCC、CCACC、またはCCACACC:Jacque JM et al., Nature, Vol. 418: 435-8 (2002);
UUCG:Lee, NS. et al., Nature Biotechnology 20 : 500-5; Fruscoloni P,. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100(4): 1639-44 (2003);および
UUCAAGAGA:Dykxhoorn DM et al., Nature Reviews Molecular Cell Biology 4: 457-67 (2003)。
aagaaagcaucgcagucucag-[B]-cugagacugcgaugcuuucuu(SEQ ID NO:34の標的配列に対して)
aagaugcguucucugccacac-[B]-guguggcagagaacgcaucuu(SEQ ID NO:35の標的配列に対して)
gaucaugucuccgagaaaa-[B]-uuuucucggagacaugauc(SEQ ID NO:37の標的配列に対して)
ggaagccauagaauugcuc-[B]-gagcaauucuauggcuucc(SEQ ID NO:38の標的配列に対して)
cuggaugaaucauaccaga-[B]-ucugguaugauucauccag(SEQ ID NO:39の標的配列に対して)
guguggcuugcguaaauaa-[B]-uuauuuacgcaagccacac(SEQ ID NO:40の標的配列に対して)
acuccuacguucucuauua-[B]-uaauagagaacguaggagu(SEQ ID NO:67の標的配列に対して)
aaggugauggagaauagcagu-[B]-acugcuauucuccaucaccuu(SEQ ID NO:68の標的配列に対して)
1. 対象となる転写物のAUG開始コドンから始めて、AAジヌクレオチド配列を求めて下流にスキャンする。潜在的なsiRNA標的部位として、個々のAAおよび3'側に隣接する19ヌクレオチドの出現を記録する。Tuschlら、Genes Dev 13(24): 3191-7 (1999) は、5'および3'非翻訳領域(UTR)および開始コドン近傍(75塩基以内)の領域が、調節タンパク質結合部位においてより豊富である可能性があることから、これらに対してsiRNAを設計することを推奨していない。UTR結合タンパク質および/または翻訳開始複合体は、siRNAエンドヌクレアーゼ複合体の結合を妨げる可能性がある。
2. 潜在的な標的部位をヒトゲノムデータベースと比較し、他のコード配列に対して有意な相同性を持ついかなる標的配列も検討対象から除く。相同性検索は、BLAST(Altschul SF, et al., J Mol Biol. 1990;215:403-10; Altschul SF, et al., Nucleic Acids Res. 1997;25:3389-402)を用いて実行することができるが、これは、ワールドワイドウェブ上のncbi.nlm.nih.gov/BLAST/にあるNCBIサーバにおいて見いだされる。
3. 合成に適した標的配列を選択する。Ambionでは、好ましくは、評価する遺伝子の長さに沿っていくつかの標的配列を選択することができる。
センス鎖: 5'-[DNA]-3'
3'-(RNA)-[DNA]-5':アンチセンス鎖、
センス鎖:5'-(RNA)-[DNA]-3'
3'-(RNA)-[DNA]-5':アンチセンス鎖、および
センス鎖:5'-(RNA)-[DNA]-3'
3'-(RNA)-5':アンチセンス鎖。
本発明の阻害性ポリヌクレオチド(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはsiRNA)は、本発明のポリペプチドの発現を阻害し、そのため本発明のポリペプチドの生物活性を抑制するために有用である。また、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはsiRNAを含む発現インヒビターは、本発明のポリペプチドの生物活性を阻害するためにも有用である。このため、1つまたは複数の本発明の阻害性ポリヌクレオチド(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはsiRNA)を含む組成物は、乳癌の治療において有用である。さらに、本発明は、本発明のポリペプチドの発現レベルを予後予測用および/または診断用マーカーとして用いて乳癌の予後予測、診断、検出、または検査を得るための方法も提供する。
(a)本発明のA7322遺伝子またはF3374V1遺伝子の発現レベルを検出する段階;および
(b)A7322および/またはF3374V1の発現(例えば、転写および/または翻訳)レベルの上昇を、乳癌の診断または予後予測と相関づける段階。
A7322遺伝子またはF3374V1遺伝子の発現レベルは、乳癌の治療の経過をモニターすることも可能にする。この方法では、乳癌に対する治療を受けている対象から被験細胞集団を得る。必要に応じて、被験細胞集団を、対象から、治療前、治療中、および/または治療後の様々な時点で入手する。続いて、細胞集団におけるA7322遺伝子またはF3374V1遺伝子のうち1つまたは複数の発現を決定し、乳癌の状態が判明している細胞を含む参照細胞集団と比較する。本発明の文脈において、参照細胞は関心の対象の治療を受けているべきではない。
(1)スクリーニング用の被験化合物
本発明の文脈において、本スクリーニング方法を通じて同定される作用物質は、任意の化合物、または複数の化合物を含む組成物であってよい。さらに、本発明のスクリーニング方法に従って細胞またはタンパク質に対して曝露される被験作用物質は、単一の化合物または化合物の組み合わせであってよい。化合物の組み合わせを本方法において用いる場合には、化合物を逐次的に接触させることも同時に接触させることもできる。
(1)生物学的ライブラリ、
(2)空間的にアドレス指定が可能な(spatially addressable)並列型の固相または液相ライブラリ、
(3)デコンボルーションを要する合成ライブラリ法、
(4)「1ビーズ1化合物(one-bead one-compound)」ライブラリ法、および
(5)アフィニティークロマトグラフィーによる選択を用いる合成ライブラリ法、
を含む、当技術分野で公知のコンビナトリアルライブラリの方法における数多くのアプローチのいずれかを用いて入手することもできる。
BCタンパク質と結合する化合物のスクリーニングのためには、免疫沈降において、これらの抗体または非抗体性結合タンパク質を、適切な界面活性剤を用いて調製した細胞溶解物に添加することによって免疫複合体を形成させる。この免疫複合体は、ポリペプチド、そのポリペプチドに対する結合親和性を有するポリペプチド、および抗体または非抗体性結合タンパク質からなる。また、免疫沈降を、上記のエピトープに対する抗体を用いることに加えて、ポリペプチドに対する抗体を用いて行うこともでき、これらの抗体は上記の通りに調製することができる(「抗体」の項を参照)。
本発明はさらに、本発明のポリペプチドを用いる乳癌の治療において有用な化合物のためのスクリーニング方法も提供する。本発明はさらに、本発明のタンパク質に対する結合能力を有する化合物のためのスクリーニング方法も提供する。このようなスクリーニング方法の1つの態様は、以下の段階を含む:
(a)被験化合物を、以下のもの:
(1)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチドと少なくとも90%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有するポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列のポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;ならびに
(4)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドと接触させる段階;
(b)ポリペプチドと被験化合物との間の結合活性を検出する段階;ならびに
(c)ポリペプチドと結合する被験化合物を選択する段階。
または、本発明のスクリーニング方法は、以下の段階を含んでもよい:
(a)候補化合物を、A7322遺伝子またはF3374V1遺伝子の転写調節領域とその転写調節領域の制御下で発現されるレポーター遺伝子とを含むベクターが導入された細胞と接触させる段階;
(b)前記レポーター遺伝子の発現または活性のレベルを測定する段階;および
(c)被験化合物の非存在下で検出される前記レポーター遺伝子の発現または活性のレベルに比して前記レポーター遺伝子の発現または活性のレベルを低下させる化合物を選択する段階。
(a)候補化合物を、A7322タンパク質またはF3374V1タンパク質を発現する細胞と接触させる段階、および
(b)被験化合物の非存在下で検出される発現レベルに比してA7322またはF3374V1の発現レベルを低下させる化合物を選択する段階。
本発明において、A7322タンパク質がPHB/REAタンパク質と相互作用して、PHB2/REAタンパク質の核移行を阻害することが確かめられた(図10A)。加えて、A7322タンパク質の存在下でのERαの再活性化の抑制(図11AとB)も確かめられた。PHB2/REAは、エストロゲン受容体α(ERα)の選択的な共同調節因子であることが知られており、エストラジオールをリガンドとするErαの転写活性を抑制する。それ故に、本発明者らは、A7322が、ERαとPHB2/REAとの相互作用の阻害を通じて、ERαの転写活性を活性化することを明らかにした(図11C)。したがって、A7322タンパク質とPHB2/REAとの間の結合を阻害する化合物は、そのようなA7322タンパク質とPHB2/REAとの結合、PHB2/REAの細胞局在、またはERαの転写活性を指標として用いてスクリーニングすることができる。このため、本発明はまた、そのようなA7322タンパク質とPHB2/REAとの結合、PHB2/REAの細胞局在、またはERαの転写活性を用いてスクリーニングすることができる、A7322タンパク質とPHB2/REAとの間の結合を阻害するための化合物をスクリーニングするための方法も提供する。さらに、本発明はまた、乳癌を治療または予防するための化合物のスクリーニングのための方法も提供する。本方法は、乳癌の治療または予防に用いる可能性のある作用物質のスクリーニングに特に適している。より具体的には、本方法は以下の段階を含む:
(a)A7322ポリペプチドまたはその機能的同等物を、被験化合物の存在下で、PHB2/REAポリペプチドまたはその機能的同等物と接触させる段階;
(b)段階(a)のポリペプチド間の結合を検出する段階;および
(c)A7322ポリペプチドとPHB2/REAポリペプチドとの間の結合を阻害する被験化合物を選択する段階。
(a)候補化合物を、A7322タンパク質およびPHB2/REAタンパク質を発現する細胞と接触させる段階;
(b)PHB2/REAタンパク質の細胞内局在を検出する段階;および
(c)被験化合物の非存在下で検出される前記タンパク質のレベルに比して核内のPHB2/REAタンパク質のレベルを低下させる化合物を選択する段階。
(a)候補化合物を、A7322タンパク質、PHB2/REAタンパク質、およびERαタンパク質を発現し、かつエストロゲン応答性転写調節領域とその転写調節領域の制御下で発現されるレポーター遺伝子とを含むベクターが導入された細胞と、E2処理下で接触させる段階、
(b)前記レポーター遺伝子の発現または活性のレベルを測定する段階;ならびに
(c)被験化合物の非存在下で検出される前記レポーター遺伝子の発現または活性のレベルに比して前記レポーター遺伝子の発現または活性のレベルを低下させる化合物を選択する段階。
さらに、本発明において、F3374V1タンパク質はC末端領域(591〜730アミノ酸)でリン酸化によって修飾されることが確かめられた。したがって、F3374V1タンパク質のリン酸化を阻害する化合物を、そのような修飾を指標として用いてスクリーニングすることができる。このため、本発明はまた、F3374V1タンパク質のリン酸化を阻害する化合物のスクリーニングのための方法も提供する。さらに、本発明はまた、乳癌を治療または予防するための化合物をスクリーニングする方法も提供する。本方法は、乳癌の治療または予防に用いる可能性のある作用物質のスクリーニングに特に適している。より具体的には、本方法は以下の段階を含む:
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも90%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%配列同一性を有するポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列のポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;
(4)SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞を、被験化合物と接触させる段階;
(b)ポリペプチドのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)ポリペプチドのリン酸化レベルを、化合物の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた化合物を、ポリペプチドのリン酸化のインヒビター、または乳癌を治療もしくは予防するための化合物として選択する段階。
(a)被験化合物を、本発明のポリペプチドまたはその断片(例えばC末端領域(591〜730アミノ酸))と接触させる段階;
(b)段階(a)のポリペプチドのリン酸化を検出する段階;および
(c)被験化合物の非存在下で検出される生物活性に比してポリペプチドのリン酸化を抑制する化合物を選択する段階。
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも90%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%配列同一性を有するポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列のポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;
(4)SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;またはリン酸化部位を含むその断片、
からなる群より選択されるポリペプチドを、ポリペプチドのリン酸化を可能にする条件下で被験化合物と接触させる段階;
(b)ポリペプチドまたはその断片のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)基質のリン酸化レベルを、被験化合物の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた化合物を、ポリペプチドのリン酸化を阻害する、または乳癌を治療もしくは予防するための化合物として選択する段階。
(a)AURKBポリペプチドまたはその機能的同等物を、被験化合物の存在下で、F3374V1ポリペプチドまたはその機能的同等物と接触させる段階;
(b)段階(a)のポリペプチド間の結合を検出する段階;および
(c)AURKBポリペプチドとF3374V1ポリペプチドとの間の結合を阻害する被験化合物を選択する段階。
(a)F3374V1およびAURKBを、被験化合物の存在下で、AURKBによるF3374V1のリン酸化に適した条件下でインキュベートする段階であって、F3374V1が以下のものからなる群より選択されるポリペプチドである、段階:
(1)SEQ ID NO:82(F3374V1)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも90%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有するポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列のポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;
(4)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;
(b)F3374V1のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)F3374V1のリン酸化レベルを対照レベルと比較する段階;および
(d)被験化合物の非存在下で検出される対照レベルに比してF3374V1のリン酸化レベルを低下させる化合物を選択する段階。
(a)以下のものからなる群より選択されるポリペプチド:
(1)SEQ ID NO:82(F3374V1)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも90%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有するポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列のポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;および
(4)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;
(b)以下のものからなる群より選択されるポリペプチド:
(1)SEQ ID NO:88(AURKB)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:88のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:88のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:88のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも90%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有するポリペプチドであって、SEQ ID NO:88のアミノ酸配列のポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;および
(4)ポリペプチドがSEQ ID NO:88のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:87のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;ならびに
(c)F3374V1のリン酸化レベルを検出するための試薬。
(a)以下のものからなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞:
(1)SEQ ID NO:82(F3374V1)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも90%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有するポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列のポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;および
(4)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;ならびに
(b)F3374V1のリン酸化レベルを検出するための試薬。
(a)SEQ ID NO:88(AURKB)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)ポリペプチドがSEQ ID NO:88のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:88のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(c)SEQ ID NO:88のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも90%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有するポリペプチドであって、SEQ ID NO:88のアミノ酸配列のポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド;および
(d)ポリペプチドがSEQ ID NO:88のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド。
本発明は、乳癌細胞におけるアポトーシスまたは細胞周期停止を誘導する作用物質用のスクリーニング方法を提供する。TOPKを発現する細胞、例えば乳癌細胞のアポトーシスまたは細胞周期停止を誘導する作用物質は、乳癌を治療または予防するために有用であると予想される。このため、本発明はまた、乳癌を治療または予防するための作用物質のスクリーニングのための方法も提供する。本方法は、浸潤性乳管癌(「IDC」)の治療または予防に用いる可能性のある作用物質のスクリーニングに特に適している。
(a)PBK/TOPKポリペプチドまたはその機能的同等物を発現する細胞を作用物質と接触させる段階;
(b)PBK/TOPKポリペプチドのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)ポリペプチドのリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;および
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた作用物質を、TOPKを発現する細胞、例えば乳癌細胞のアポトーシスもしくは細胞周期停止を誘導する作用物質として、または乳癌を治療もしくは予防するための作用物質として選択する段階。
(a)PP1αポリペプチドおよびPBK/TOPKポリペプチドまたはそれらの機能的同等物を発現する細胞を作用物質と接触させる段階;
(b)PBK/TOPKポリペプチドのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)ポリペプチドのリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;および
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた作用物質を、乳癌細胞のアポトーシスもしくは細胞周期停止を誘導する作用物質として、または、TOPKを発現する細胞、例えば乳癌を治療もしくは予防するための作用物質として選択する段階。
(a)CDK1、サイクリンB1、およびPBK/TOPKポリペプチドまたはそれらの機能的同等物を、そのポリペプチドによってリン酸化される基質および作用物質と、基質のリン酸化を可能にする条件下で接触させる段階;
(b)PBK/TOPKポリペプチドのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)PBK/TOPKポリペプチドのリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)PBK/TOPKポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた作用物質を、乳癌細胞のアポトーシスを誘導する作用物質として、またはPBK/TOPKポリペプチドのリン酸化を阻害するため、または乳癌を治療もしくは予防するための作用物質として選択する段階。
本発明のもう1つの局面によれば、乳癌細胞のアポトーシスを誘導する、または乳癌(例えば、IDC)を治療もしくは予防するために用いることができる作用物質は、PBK/TOPK基質のリン酸化レベルを指標として用いてスクリーニングされる。具体的には、本方法は以下の段階を含む:
(a)PBK/TOPKポリペプチドまたはその機能的同等物を、そのポリペプチドによってリン酸化される基質および作用物質と、基質のリン酸化を可能にする条件下で接触させる段階;
(b)基質のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)基質のリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出される基質のリン酸化レベルと比較する段階;および
(d)基質のリン酸化レベルを低下させた作用物質を、PBK/TOPKポリペプチドのキナーゼ活性を阻害し、乳癌細胞のアポトーシスを誘導する作用物質として、または乳癌を治療もしくは予防するための作用物質として選択する段階。
本発明において、PBK/TOPKタンパク質が、アダプターとしてのp47タンパク質を通じてp97タンパク質と相互作用して、細胞分裂を阻害することが確かめられた。したがって、PBK/TOPKタンパク質とp47タンパク質との間の結合、またはp97のリン酸化を阻害する化合物を、そのようなPBK/TOPKタンパク質とp47タンパク質との結合またはp97のリン酸化レベルを指標として用いてスクリーニングすることができる。このため、本発明はまた、PBKとp47との間の結合を阻害する、またはp97のリン酸化レベルを低下させる化合物のスクリーニングのための方法も提供する。さらに、本発明はまた、乳癌を治療または予防するための化合物のスクリーニングのための方法も提供する。本方法は、乳癌を治療または予防するために用いる可能性のある作用物質のスクリーニングに特に適している。より具体的には、本方法は以下の段階を含む:
(a)PBK/TOPKポリペプチドまたはその機能的同等物を、被験化合物の存在下で、p47ポリペプチドまたはその機能的同等物およびp97ポリペプチドまたはその機能的同等物と接触させる段階;
(b)PBK/TOPKポリペプチドとp47ポリペプチドとの間の結合、またはp97のリン酸化レベルを検出する段階;および
(c)PBK/TOPKポリペプチドとp47ポリペプチドとの間の結合を阻害する、またはp97のリン酸化を低下させる被験化合物を選択する段階。
本発明は、乳癌細胞における細胞周期停止を誘導する作用物質用のスクリーニング方法を提供する。乳癌細胞の細胞周期停止を誘導する作用物質は、乳癌を治療または予防するために有用であると予想される。このため、本発明はまた、乳癌を治療または予防するための作用物質のスクリーニングのための方法を提供する。本方法は、浸潤性乳管癌(「IDC」)の治療または予防に用いる可能性のある作用物質のスクリーニングに特に適している。
(a)候補作用物質を、PBK/TOPKポリペプチドまたはその機能的同等物を発現する細胞と接触させる段階;
(b)細胞構造および/または細胞周期上のG2/M集団を観察する段階;ならびに
(c)細胞間結合を長い細胞間架橋へ変化させる、および/または細胞のG2/M集団を増加させる化合物を選択する段階。
上記のスクリーニングによって単離された化合物は、本発明のBCポリペプチドの活性を阻害し、乳癌の治療において役に立つ薬物の候補である。より詳細には、BCタンパク質の生物活性を指標として用いる場合には、本方法によってスクリーニングされる化合物は、乳癌の治療のための薬物の候補となる。例えば、本発明は、乳癌を治療または予防するための組成物を提供し、本組成物は、以下からなる群より選択される少なくとも1つの機能を有するインヒビターの薬学的有効量を含む:
(a)A7322とPHB2/REAとの間、F3374V1とAURKBとの間、またはPBK/TOPKとヒストンH3との間の結合を阻害する;
(b)AURKBによるF3374V1のリン酸化、またはPBK/TOPKによるヒストンH3のリン酸化を阻害する;
(c)A7322またはF3374からなる群より選択される遺伝子の発現を阻害する;および
(d)PHB2/REAタンパク質の核移行を阻害する。
また本発明は、抗腫瘍免疫を誘導する方法にも関し、該方法は、A7322もしくはF3374V1タンパク質もしくはその免疫活性断片、または該タンパク質をコードするポリヌクレオチドもしくはその断片を投与する段階を含む。A7322もしくはF3374V1タンパク質またはその免疫活性断片は、乳癌に対するワクチンとして有用である。場合によっては、本タンパク質またはその断片を、T細胞受容体(TCR)と結合した形態で、または、マクロファージ、樹状細胞(DC)もしくはB細胞などの抗原提示細胞(APC)によって提示された形態で投与することができる。DCが強い抗原提示能力を有するため、APCの中でもDCの使用が最も好ましい。
-乳癌に対する細胞傷害性リンパ球の誘導、
-乳癌を認識する抗体の誘導、および
-抗腫瘍サイトカイン産生の誘導。
本発明は、MEGISNFKTPSKLSEKKK(SEQ ID NO:98)を含む阻害性ポリペプチドに関する。いくつかの好ましい態様において、阻害性ポリペプチドには、MEGISNFKTPSKLSEKKK(SEQ ID NO:98);そのポリペプチドと機能的に同等なポリペプチド;またはそのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが含まれ、ここでポリペプチドはSEQ ID NO:92からなるペプチドの生物機能を欠いている。SEQ ID NO:92に示されたアミノ酸配列は、WO2005/028676号に開示されている。癌細胞の増殖はそのアミノ酸配列の発現を阻害することによって制御できることが知られている。しかし、上記のアミノ酸配列中に特定の変異を有する配列を含む断片が癌細胞の増殖を阻害することは、本発明者らによって証明された新規な知見である。
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VSV-GP断片、
p18 HIV断片、
T7タグ、
HSVタグ、
Eタグ、
SV40T抗原断片、
lckタグ、
α-チューブリン断片、
Bタグ、
プロテインC断片、
GST(グルタチオン-S-トランスフェラーゼ)、
HA(インフルエンザ血球凝集素)、
免疫グロブリン定常領域、
β-ガラクトシダーゼ、および
MBP(マルトース-結合タンパク質)。
[R]-[D]
を有するポリペプチドを含み、式中、[R]は細胞膜透過性物質を表し、[D]はMEGISNFKTPSKLSEKKK/SEQ ID NO:98を含む断片配列を表す。上記の一般式において、[R]および[D]は直接的に連結させることができ、またはリンカーを介して間接的に連結させることができる。ペプチド、複数の官能基を有する化合物などをリンカーとして用いることができる。具体的には、-G-を含むアミノ酸配列をリンカーとして用いることができる。あるいは、細胞膜透過性物質と、選択された配列を含むポリペプチドとを、微小粒子の表面に結合させることもできる。[R]は、[D]の任意の位置に連結させることができる。具体的には、[R]を[D]のN末端もしくはC末端に、または[D]を構成するアミノ酸の側鎖に連結させることができる。さらに、複数の[R]分子を1つの[D]分子に連結させることもできる。[R]分子は、[D]分子の複数の異なる位置に導入することができる。あるいは、[D]を互いに連結した複数の[R]で修飾することもできる。
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[HN-1 / TSPLNIHNGQKL] (SEQ ID NO: 112)
Hong & Clayman (2000) Cancer Res. 60, 6551-6
本発明のポリペプチドは癌細胞の増殖を阻害する。このため、本発明は、有効成分として、MEGISNFKTPSKLSEKKK/SEQ ID NO:98を含むポリペプチド;またはそれをコードするポリヌクレオチドを含む、癌を治療および/または予防するための作用物質を提供する。あるいは、本発明は、本発明のポリペプチドを投与する段階を含む、癌を治療および/または予防するための方法に関する。さらに、本発明は、癌を治療および/または予防するための薬学的組成物の製造における本発明のポリペプチドの使用に関する。本発明によって治療または予防され得る癌は、PBK/TOPKの発現が癌細胞において上方制御される限りにおいて限定されない。例えば、本発明のポリペプチドは乳癌を治療するために有用である。
以上に提示した開示から理解されるように、本発明には多岐にわたる用途がある。したがって、以下の例は例示のみを目的として提供されるものであり、本発明に関する限定であるとみなされることは全く意図していない。当業者は、重要ではない種々のパラメータを変更または改変しても本質的に類似した結果が得られることを容易に理解すると考えられる。
(1)細胞株および臨床材料
ヒトの乳癌細胞株HBL100、HCC1937、MCF-7、MDA-MB-435S、SKBR3、T47D、BT-549、YMB1、ZR-75-1、OCUB-F, MDA-MB-453, MDA-MB-157、HCC1599、HCC1500、HCC1395、HCC1143、BT-474およびBT-20、ならびにヒト胎児腎細胞株HEK293T細胞、BTL100およびCOS7は、American Type Culture Collection(ATCC, Rockville, MD)から購入した。HBC4、HBC5、BSY-1、およびMDA-MB-231細胞株は、癌化学療法センター(Cancer Chemotherapy Center, Japanese Foundation for Cancer Research)分子薬理学部門のDr. Yamoriに寄贈いただいた。細胞はすべて、それぞれの寄託者の推奨に従って培養した;すなわち、RPMI-1640(Sigma-Aldrich, St. Louis, MO)を、HBC4、HBC5、BT-483、SKBR3、BT-549、HCC1143、HCC1599、HCC1500、HCC1395、T47D、YMB1、HCC1937、BSY-1、およびZR-75-1に対して用い(2mM L-グルタミンを使用);ダルベッコ変法イーグル培地(Invitrogen, Carlsbad, CA)を、HBL100 BT-474およびOCUB-Fに対して用い;EMEM(Sigma-Aldrich)に0.1mM必須アミノ酸(Roche, Basel, Switzerland)、1mMピルビン酸ナトリウム(Roche)、0.01mg/mlインスリン(Sigma-Aldrich)を加えたものを、MCF-7およびBT-20に対して用い;L-15(Roche)を、MDA-MB-231およびMDA-MB-435S、MDA-MB-453、およびMDA-MB-157に対して用いた。それぞれの培地には、10%ウシ胎仔血清(Cansera)および1%抗生物質/抗菌薬溶液(Sigma-Aldrich)を加えた。MDA-MB-231細胞およびMDA-MB-435S細胞は、CO2を含まない加湿空気中で37℃に維持した。他の細胞株は、5% CO2を含む加湿空気中で37℃に維持した。外科的に切除した乳癌からの組織試料、およびそれらの対応する臨床情報は、書面によるインフォームドコンセントを得た上で入手した。
本発明者らは、乳癌臨床試料のそれぞれから全RNAを抽出した。本発明者らは、マイクロダイセクションを行った細胞から全RNAを抽出し、続いてT7に基づく増幅および逆転写を以前の記載の通りに行った(Nishidate T et al. Int J Oncol 2004; 25: 797-819)。本発明者らは、グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ(β2MG)、グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH)、およびファルネシル-二リン酸ファルネシルトランスフェラーゼ1(FDFT1)を定量用内部対照としてモニタリングすることにより、その後のPCR増幅のための各一本鎖cDNAの適切な希釈物を調製した。PCRプライマー配列は以下の通りとした:
β2MGに対して、
5’-AACTTAGAGGTGGGAGCAG-3’(SEQ ID NO: 1)および
5’-CACAACCATGCCTTACTTTATC-3’(SEQ ID NO: 2);
A7322に対して、
5’-CTTGACAAGGCCTTTGGAGT-3’(SEQ ID NO: 3)および
5’-CAATATGCTTTTCCCGCTTT-3’(SEQ ID NO: 4);
F3374に対して、
5’-AACCAAGCACACCATAGCCTTA-3’(SEQ ID NO: 5)および
5’-GGAGATGGGTAGGGATACAAAC-3’(SEQ ID NO: 6);
AURKBに対して、
5’-GGGAGAGCTGAAGATTGCTG-3’(SEQ ID NO: 7)および
5’-GACAGATTGAAGGGCAGAGG-3’(SEQ ID NO: 8);
GAPDHに対して、
5’-CGACCACTTTGTCAAGCTCA-3’(SEQ ID NO: 9)および
5’-GGTTGAGCACAGGGTACTTTATT-3’(SEQ ID NO: 10);
FDFT1に対して、
5’-AGTGAAATGCAGGTGAGAAGAAC-3’(SEQ ID NO: 11)および
5’-TCATTCTAGCCAGGATCATACTAAG-3’(SEQ ID NO: 12);
PBK/TOPKに対して、
5’-AGACCCTAAAGATCGTCCTTCTG-3’(SEQ ID NO: 13)および
5’-GTGTTTTAAGTCAGCATGAGCAG-3’(SEQ ID NO: 14); ならびに
PHB2/REAに対して、
5’-GCTGACAACCTTGTGCTGAA-3’(SEQ ID NO: 15)および
5’-TGAGAAATCACGCACTGTCC-3’(SEQ ID NO: 16)。
すべての乳癌細胞株から、RNeasyキット(Qiagen, Valencia, CA)を製造元の指示に従って用いて全RNAを抽出した。DNアーゼI(Nippon Gene、Osaka、Japan)による処理の後に、mRNA精製キット(GE Healthcare, Buckinghamshire, United Kingdom)を製造元の指示に従って用いてmRNAを単離した。健常成人の乳腺(Biochain、Hayward, CA)、肺、心臓、肝臓、腎臓、および骨髄(BD Biosciences, San Jose, CA)から単離した各mRNAの1μgのアリコートを1%変性アガロースゲル上で分離し、ナイロン膜に転写させた(乳癌ノーザンブロット)。ヒト多組織ノーザンブロット(BD Biosciences)を、RT-PCRによって調製したA7322の[α32P]-dCTP標識したPCR産物とハイブリダイズさせた(下記参照)。プレハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーション、および洗浄は供給元の推奨に従って行った。ブロットのオートラジオグラフィーは増感スクリーンを-80℃で14日間用いて行った。A7322(459 bp)およびF3374に対する特異的プローブは、以下のプライマーセット:
A7322の3'UTR内の、
5’-CAAGCTTGCTTACAGAGACCTG-3’(SEQ ID NO:17)および
5’-GGGCCAAACCTACCAAAGTT-3’(SEQ ID NO:18);
F3374に対する、
5’-GCAATCTGCTATGTCAGCCAAC-3’(SEQ ID NO:19)および
5’-CAGGATCAGCTCAAAGTCTGACA-3’(SEQ ID NO:20);
5’-AGACCCTAAAGATCGTCCTTCTG-3’(SEQ ID NO:13)および
5’-GTGTTTTAAGTCAGCATGAGCAG-3’(SEQ ID NO:14)
を用いるRT-PCRによって調製した上で、メガプライムDNA標識システム(GE Healthcare)により放射性標識した。
5' RACE実験は、SMART RACE cDNA増幅キット(Takara Clontech)を製造元の指示に従って用いて行った。A7322 cDNAの5'部分の増幅のためには、次の遺伝子特異的プライマー:5’-GCCTCCTTCTGCAGCTTCCTCAGGATTT-3’(SEQ ID NO:21)、およびキット中に供給されたユニバーサルプライマー混合物(universal primer mix)を用いた。cDNAテンプレートは、MDA-MB-453乳癌細胞から抽出および精製したmRNAから、Superscript III逆転写酵素(Invitrogen)を用いて合成した。PCR産物をTAクローニングキット(Invitrogen)を用いてクローニングし、配列をDNA配列決定によって決定した(ABI3700;PE Applied Biosystems, Foster, CA)。
A7322、PHB2/REA、またはF3374の発現ベクターを構築するためには、A7322またはcDNAの全コード配列を、KOD-Plus DNAポリメラーゼ(Toyobo、Osaka、Japan)を用いるPCRによって増幅した。プライマーセットは以下の通りとした:
A7322-フォワード;5’-CGGAATTCATGGAAGAAATCCTGAGGAAGC-3’(SEQ ID NO:22)(下線部はEcoRI部位を表す)および
A7322-リバース;5’-ATAGTTTAGCGGCCGCACAATGATGTCATAGACACGG-3’(SEQ ID NO:23)(下線部はNotI部位を表す);
PHB2/REA-フォワード;5’-CGGAATTCCAGACCGTGCATCATGGCCCAGAACTTGAAGGA-3’(SEQ ID NO:24)(下線部はEcoRI部位を表す)および
PHB2/REA-リバース;5’-CCGCTCGAGTTTCTTACCCTTGATGAGGCTGT-3’(SEQ ID NO:25)(下線部はXhoI部位を表す);
ERα-フォワード;5’-CGGAATTCATGACCATGACCCTCCACACCAAAGCATCC-3’(SEQ ID NO:26)および
ERα-リバース;5’-CCGCTCGAGGACCGTGGCAGGGAAACCCTCT-3’(SEQ ID NO:27)(下線部は制限酵素の認識部位を表す);
F3374-フォワード;5’-AAGGAAAAAAGCGGCCGCGATGCTCTTCAATTCGGTGCT-3’(SEQ ID NO:28)(下線部はNotI部位を表す)および
F3374-リバース;5’-CCGCTCGAGTAATTCTGTTGAGTGTTCAGGACC-3’(SEQ ID NO: 29)(下線部はXhoI部位を表す)。
pET21a(+)ベクターを用いて、N末端のT7タグおよびC末端のヒスチジン(His)タグ(Novagen, Madison, WI)と共にインフレームに、A7322の2つの断片(コドン459〜572および799〜1200)を発現するようにプラスミドを設計した。この2つの組換えペプチドを大腸菌(Escherichia coli)BL21コドンプラス株(Stratagene, La Jolla, CA)でそれぞれ発現させ、Ni-NTA樹脂アガロース(QIAGEN)を供給元のプロトコールに従って用いて精製した。これらの精製組換えタンパク質を混ぜ合わせ、続いてウサギの免疫化のために用いた(Medical and Biological Laboratories, Nagoya、Japan)。その後に免疫血清を、Affigel 15ゲル(Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA)を供給元の指示に従って用いて、抗原アフィニティーカラム上で精製した。本発明者らは、この抗体が乳癌細胞株SK-BR-3細胞において内在性A7322タンパク質を特異的に認識し得ることを確かめた。アフィニティー精製した抗A7322抗体を、以下に述べるようにウエスタンブロット法、免疫細胞化学染色および免疫組織化学染色分析のために用いた。
PBK/TOPK発現ベクターを構築するために、PBK/TOPK cDNAの全コード配列を、KOD-Plus DNAポリメラーゼ(Toyobo、Osaka、Japan)を用いるPCRによって増幅した。プライマーセットは、以下の通りとした:
野生型PBK/TOPKに対して、
5’-CCGGAATTCATGGAAGGGATCAGTAATTTC-3’(SEQ ID NO:30)および
5’-CCGCTCGAGTCAGACATCTGTTTCCAGAGCTTC-3’(SEQ ID NO:31)
(下線部は制限酵素の認識部位を表す)。
PCR産物を、pCAGGS-nHA発現ベクターのEocRI部位およびXhoI部位に挿入した。以前の記載のように(Gaudet S, et al., Proc Natl Acad Sci USA 2000, 97: 5167-72)、二段階変異誘発PCRを行って、Lys64およびLys65がアラニンに置換されたキナーゼ-デッド(kinase-dead)変異体(K64-65A)を作製した。変異体K64-65Aに対して用いたプライマーセットは、以下の通りとした:
5’-CATTCTCCTTGGGCTGTAGCAGCGATTAATCCTATATGTAATG-3’(SEQ ID NO:32)および
5’-CATTACATATAGGATTAATCGCTGCTACAGCCCAAGGAGAATG-3’(SEQ ID NO:33)
(下線部は、野生型から置き換えられたヌクレオチドを表す)。
構築物はすべて、DNA配列決定によって確認した(ABI3700, PE Applied Biosystems, Foster, CA)。
乳癌細胞における内在性A7322タンパク質の細胞内局在について調べるために、SK-BR-3細胞を1ウェル当たり1×105個として播いた(Lab-Tek II Chamber Slide System;Nalge Nunc International, Naperville, IL)。24時間のインキュベーションの後に、細胞を4%パラホルムアルデヒドを含むPBS(-)により4℃で30分間かけて固定し、0.1%Triton X-100を含むPBS(-)により4℃で2分間かけて透過性を与えた。その後、非特異なハイブリダイゼーションをブロックするために、細胞をPBS(-)中3%のBSAで1時間覆い、その後に1:250に希釈した抗A7322ポリクローナル抗体と一緒にインキュベーションをさらに1時間行った。PBS(-)で洗浄した後に、細胞を、1:1000に希釈したAlexa 488結合抗ウサギ二次抗体(Molecular Probe, Eugene, OR)によって1時間かけて染色した。核は4',6'-ジアミジン-2'-フェニルインドール二塩酸(DAPI)で対比染色した。蛍光画像はTCS SP2 AOBS顕微鏡(Leica、Tokyo、Japan)の下で得た。
外来A7322タンパク質を検出するために、FuGene 6(Roche)を用いて、pCAGGSnHsF-A7322発現ベクタープラスミド(20μg)をBT-549細胞にトランスフェクトした。24時間後に、0.1%プロテアーゼインヒビター混合物III(Calbiochem, San Diego, CA)を含む溶解緩衝液(50mM Tris-HCL、pH 8.0/150mM NaCL/0.1%NP-40、0.5%CHAPS)中で細胞を溶解させた。全タンパク質の量をタンパク質アッセイキット(Bio-Rad, Hercules, CA)によって評価し、続いてタンパク質をSDS-試料緩衝液と混合して煮沸し、その後、6% SDS-PAGEゲルにロードした。電気泳動の後に、タンパク質をニトロセルロース膜(GE Healthcare)にブロットした。タンパク質を含む膜をブロッキング溶液によってブロックし、外来A7322タンパク質の検出のために抗Flag M2モノクローナル抗体と一緒にインキュベートした。最後に膜をHRP結合二次抗体と一緒にインキュベートし、タンパク質バンドをECL検出試薬(GE Healthcare)によって可視化した。
乳癌細胞におけるF3374タンパク質のリン酸化状態について調べるために、本発明者らは、T47D細胞からの細胞抽出物をλ-ホスファターゼ(New England Biolabs, Beverly, MA)で処理した。細胞をNP-40溶解緩衝液(50mM Tris-HCL(pH8.0)、150mM NaCL、0.5%NP-40)により溶解させ、細胞溶解物を、50 mM Tris-HCL(pH 7.5)、0.1 mM Na2EDTA、5 mMジチオトレイトール、2 mM MgCL2、および0.01%Brij-35を含むホスファターゼ緩衝液中にて、400単位のプロテインホスファターゼ(New England Biolabs)により30℃で2時間処理した。さらに、F7433タンパク質のリン酸化部位を明確にするために、HEK293T細胞を10cmディッシュ当たり2×106個として播いた。24時間後に、本発明者らは、FuGENE 6トランスフェクション試薬(Roche)を製造元の指示に従って用いて、8μgのpCAGGS-F3374-Δ1-HA、Δ2、およびΔ3 をHEK293T細胞に一過性にトランスフェクトした。細胞をNP-40緩衝液(0.5%NP-40、150mM NaCl、50mM Tris-HCl(pH7.5))、50 mM Tris-HCl、pH 7.5、0.1 mM Na2EDTA、5 mMジチオトレイトール、2 mM MgCl2、および0.01%Brij-35を含むホスファターゼ緩衝液によって溶解させた。トランスフェクションから48時間後に、細胞をNP-40溶解緩衝液によって溶解させた。続いて、溶解された細胞を、400単位のプロテインホスファターゼ(P0753S New England Biolabs)により30℃で2時間処理した。
本発明者らは、以前の記載の通りに(Taniuchi K et al. Cancer Res., 65: 105-112. 2005)psiU6BX3.0 siRNA発現ベクターを用いる、ベクターに基づくRNAi(RNA干渉)発現系を樹立した。A7322(psiU6BX3.0-A7322)、F3374V1(psiU6BX3.0-F3374V1)、EGFP(psiU6BX3.0-EGFP)、スクランブル(Scramble)(psiU6BX3.0-SCR)、およびモック(Mock)(psiU6BX3.0-モック)に対するsiRNA発現ベクターを、psiU6BX3.0ベクターのBbsI部位への二本鎖オリゴヌクレオチドのクローニングによって調製した。siRNAのための合成オリゴヌクレオチドの標的配列は以下の通りとした:
A7322に対して、
si-#2; 5’-AAGAAAGCATCGCAGTCTCAG-3’(SEQ ID NO:34)、
si-#3; 5’-AAGATGCGTTCTCTGCCACAC-3’(SEQ ID NO:35)および
si-#m3; 5’-AATATTCGATCTCTGCCACAC-3’(SEQ ID NO:36)(下線部は、si-#3に対するミスマッチ配列を表す);
F3374に対して、
si-#1; 5’-GATCATGTCTCCGAGAAAA-3’(SEQ ID NO:37)、
si-#4; 5’-GGAAGCCATAGAATTGCTC-3’(SEQ ID NO:38);
PBK/TOPKに対して、
si-#2; 5’-CTGGATGAATCATACCAGA-3’(SEQ ID NO:39)、
si-#3; 5’-GTGTGGCTTGCGTAAATAA-3’(SEQ ID NO:40);
対照に対して、
si-スクランブル; 5’-GCGCGCTTTGTAGGATTCG-3’(SEQ ID NO:41)および
si-EGFP; 5’-GAAGCAGCACGACTTCTTC-3’(SEQ ID NO:42)。
構築物はすべてDNA配列決定によっても確認した。
ヒト乳癌細胞株BT-549およびBT-474(A7322の場合)ならびにT47DおよびHBC4(F3374の場合)を、10cmディッシュ(2×106個/ディッシュ)にプレーティングし、上記の通りにFuGENE6試薬(Roche)を用いて、各8μgのpsiU6BX3.0-モック(挿入を伴わない)、psiU6BX3.0-A7322(#2、#3、および#3の中に3塩基の置換を含むミスマッチ構築物(m#3))、psiU6BX3.0-F3374V1(#1および#4)、psiU6BX3.0-EGFP、psiU6BX3.0-SCRをトランスフェクトした。本発明者らは、psiU6BX3.0が導入されたBT-549、BT-474、T47D、およびHBC4を、0.2mg/mlまたは1mg/mlのネオマイシン(ジェネティシン, Gibco BRL, Carlsbad, CA)のそれぞれを含む培地を用いて選択した。ジェネティシン(geneticine)処理から48時間後に、細胞をコロニー形成アッセイ(細胞2×106個/10cmディッシュ)、RT-PCR(細胞2×106個/10cmディッシュ)、およびMTTアッセイ(細胞2×105個/ウェル)のために再び播いた。siRNAの効果を評価するために、ネオマイシンとの4日間のインキュベーションの時点で全RNAを細胞から抽出し、続いてsiRNAのノックダウン効果を、以下の特異的なプライマーセットを用いる半定量的RT-PCRによって調べた:
内部対照としてのβ2MGに対して、
5’-AACTTAGAGGTGGGAGCAG-3’(SEQ ID NO: 1)および
5’-CACAACCATGCCTTACTTTATC-3’(SEQ ID NO: 2);ならびに
A7322に対して、
5’-GCCCTTGAAGCCAATATTCC-3’(SEQ ID NO:61)および
5’-AGATGGTTTCAGTGGGCTTG-3’(SEQ ID NO:62);
F3374V1に対して、
5’-GCAATCTGCTATGTCAGCCAAC-3’(SEQ ID NO:19)および
5’-CAGGATCAGCTCAAAGTCTGACA-3’(SEQ ID NO:20)。
si-A7322;5’-GAUGCGUUCUCUGCCACACUU-3’(SEQ ID NO:63)、
siEGFP(対照);5’-GCAGCACGACUUCUUCAAG-3’(SEQ ID NO:64)。
siF3374に対して、5’-ACUCCUACGUUCUCUAUUA-3’(SEQ ID NO:65)、
siAURKBに対して、5’-AAGGUGAUGGAGAAUAGCAGU-3’(SEQ ID NO:66)、
siEGFP(対照)に対して、5’-GCAGCACGACUUCUUCAAG-3’(SEQ ID NO:64)。
内部対照としてのGAPDHに対して、
5’-ATGGAAATCCCATCACCATCT-3’(SEQ ID NO:70)および
5’-GGTTGAGCACAGGGTACTTTATT-3’(SEQ ID NO:10)、ならびに
PBK/TOPK遺伝子に対して、
5’-GCCTTCATCATCCAAACATT-3’(SEQ ID NO:71)および
5’-GGCAAATATGTCTGCCTTGT-3’(SEQ ID NO:72)。
siRNAを発現するトランスフェクタントを、ネオマイシンを含む選択培地中で3週間増殖させ、続いて4%パラホルムアルデヒドで15分間固定した後に、コロニー数を評価するためにギムザ溶液(Merck, Whitehouse Station, NJ)で染色した。細胞の生存度を定量するために、細胞計数キット-8を製造元(Wako、Osaka、Japan)の推奨に従って用いてMTTアッセイを行った。波長570nmの吸光度をMicroplate Reader 550(Bio-Rad)で測定した。これらの実験は3回ずつ行った。
F3374V1タンパク質のリン酸化領域を決定するために、以下のプライマーセットを用いて欠失構築物を調製した。
Δ-1構築物に対して(第1の下線部はNotI部位を表し、第2の下線部はXhoI部位を表す)、
dF3374V1-F703-NotI;
5’-AAGGAAAAAAGCGGCCGCGCTGTGGATGGGATAATCAAA-3’(SEQ ID NO:73)および
dF3374V1-R721-Xho1;
5’-CCGCTCGAGTTTGATTATCCCATCCACAGC-3’(SEQ ID NO:74)
Δ-2構築物に対して(第1の下線部はNotI部位を表し、第2の下線部はXhoI部位を表す)、
dF3374V1-F1162-NotI;
5’-AAGGAAAAAAGCGGCCGCTGGCGCTTGAATAGAGGC-3’(SEQ ID NO:75)および
dF3374V1-R1203-Xho1;
5’-CCGCTCGAGATCACCTCCTGGTTTCTCCTC-3’(SEQ ID NO:76)
Δ-3構築物に対して(第1の下線部はNotI部位を表し、第2の下線部はXhoI部位を表す)、
dF3374V1-F1729-NotI;
5’-AAGGAAAAAAGCGGCCGCCTTGATGGCCAAGTTGAAAAT-3’(SEQ ID NO:77)および
dF3374V1-R1770-XhoI;
5’-CCGCTCGAGGCAGCACAGATCCAAATGAAG-3’(SEQ ID NO:78)。
構築物はDNA配列決定によって確認した(ABI3700, PE Applied Biosystems, Foster, CA)。
乳癌および正常組織におけるA7322タンパク質の発現について調べるために、本発明者らは、パラフィン包埋した乳癌組織切片(試料番号240、241、238、242、および290)、正常乳房組織切片(試料番号453)および他の市販の正常ヒト組織(肺、心臓、および肝臓)(BioChain)を調製した。キシレンおよびエタノールによる処理によって検体の脱パラフィン処理を行い、続いて高pHの抗原回収溶液(DAKO Cytomation, Glostrup, Denmark)中での108℃での15分間のオートクレーブ処理によって抗原回収のために加工処理して、ペルオキシダーゼブロッキング試薬(DAKO Cytomation)で1時間処理した。組織切片を、1:150に希釈した抗A7322ポリクローナル抗体と一緒に1時間インキュベートし、その後に西洋ワサビペルオキシダーゼ結合二次抗体(DAKO Cytomation)と一緒に30分間インキュベートした。特異的な免疫染色を、ペルオキシダーゼ基質(3,3'-ジアミノベンジジン四塩酸塩)(DAKO液体DAB+色素原;DAKO Cytomation)を用いて可視化した。最後に、核を細胞質から識別するためにヘマトキシリンによって組織検体を染色した。
上記に示した通りにsiRNA実験を行ったBT-474乳癌細胞を、1.0mg/mlのネオマイシンを含む選択培地中での2日間のインキュベーション後に収集した。細胞を収集して冷70%エタノールで固定し、使用時まで4℃で維持した。細胞を、PBS(-)中10mg/mlのRNアーゼIと一緒に37℃で30分間インキュベートし、50μgのヨウ化プロピジウム(PI)により室温で30分間染色した。フローサイトメーター(FACS calibur;Becton Dickinson, San Diego, CA)によって、細胞懸濁液をDNA含有量に関して分析した。データはCELLQuestソフトウェア(BD Biosciences)によって解析した。アッセイは独立に3回ずつ行った。
A7322タンパク質の相互作用タンパク質を同定するために、BT-549ヒト乳癌細胞を15cmディッシュにプレーティングし(細胞1×107個/ディッシュ)、FuGENE6試薬(Roche)を製造元の指示に従って用いて、20μgのpCAGGSnH3F-モック(挿入を伴わない)およびpCAGGSnH3F-A7322をそれぞれトランスフェクトした。本発明者らは、各構築物に関して6枚のディッシュをトランスフェクトした。48時間後に、ウエスタンブロット分析の項に記載した通りに細胞を0.1% NP-40溶解緩衝液で溶解させた。細胞溶解物を、正常マウスIgGおよびrec-プロテインGセファロース4B(Zymed, San Francisco, CA)により4℃で1時間かけて予めクリーニングした。その後に、溶解物を抗FLAG M2アガロース(Sigma-Aldrich)と一緒に4℃で一晩インキュベートした。溶解緩衝液で5回洗浄した後に、ビーズ上のタンパク質をSDS-試料緩衝液で5分間煮沸することによって溶出させた。溶出したタンパク質試料を、NuPAGE 4〜12%Bis-Trisゲル(Invitrogen)を用いるSDS-PAGEによって分離した。ポリアクリルアミドゲル中のタンパク質を、SilverQuest銀染色キット(Invitrogen)により、製造元の指示に従って銀染色した。モックおよびA7322をトランスフェクトしたレーンの間で差異のあるバンドをきれいな鋭いメスで切り出し、MALDI TOF-MSを用いるPMF(Peptide Mass Fingerprint)分析を行った(Shimadzu Biotech, Tsukuba、Japan)。
AURKBによるF3374V1リン酸化について調べるために、本発明者らは、F3374のC末端組換えタンパク質(437〜730アミノ酸)およびAURKBの完全長組換えタンパク質(Upstate, Temecula, CA)を用いてインビトロキナーゼアッセイを行った。F3374組換えタンパク質の調製は、抗F3374ポリクローナル抗体の作製の項に記載した手順に従って行った。簡潔には、1μgのAURKBを20μlのキナーゼアッセイ緩衝液(50mM Tris-HCL(pH 7.5)、10mM MgCL2、2mMジチオトレイトール、1mM EGTA、0.01%Brij35、500μM ATP)中でインキュベートし、続いて5μCiの[32P-α]ATP(GE Healthcare)を加えた。基質に関しては、本発明者らは、1μgのF3374組換えタンパク質を反応溶液に添加した。30℃での10分間のインキュベーション後に、SDS試料緩衝液の添加によって反応を終了させた。煮沸した後に、タンパク質試料を10% SDSゲル上で電気泳動し、続いてオートラジオグラフィーを行った。
MCF-7細胞またはSK-BR-3細胞を以下の培地で培養した;minisart-plus(Sartorius AG, Goettingen, Germany)で濾過した、10%FBS(Cansera International)および1%抗生物質/抗真菌薬溶液(Sigma-Aldrich)を加えた、それぞれフェノールレッド非含有D-MEM/F-12またはRPMI-1640(Invitrogen)。細胞は5%CO2を含む加湿空気雰囲気中で37℃に維持した。トランスフェクションは、フェノールレッド非含有Opti-MEM(Invitrogen)を製造元の指示に従って用い、FuGENE6トランスフェクション試薬(Roche)を用いて行った。トランスフェクションから24時間後に、培地を1μMのE2(β-エストラジオール;Sigma-Aldrich)を含むフェノールレッド非含有Opti-MEMに交換して、さらに24時間インキュベートした。免疫細胞化学染色は、それぞれ1:500に希釈した抗HA高親和性(3F10)ラットモノクローナル抗体(Roche)および抗FLAGウサギポリクローナル抗体(Sigma-Aldrich)、ならびにそれぞれ1:1000に希釈したAlexa 488-結合抗ラットマウス二次抗体およびAlexa 594-結合抗ウサギまたは抗ラット二次抗体(Molecular Probe, Eugene, OR)を用いて行った。
EREレポーター遺伝子構築物プラスミドおよび蛍光SEAPアッセイキットは、Clontech(Takara、Kyoto、Japan)から購入した。MCF-7(ER+)細胞またはSK-BR-3(ER-)細胞に対して、FUGENEトランスフェクション試薬(Roche)を用いて、FLAGタグ付加A7322(FLAG-A7322)構築物とエストロゲン応答性レポーター遺伝子(pERE-TA-SEAP)構築物、またはモック対照とpERE-TA-SEAPレポーター構築物のそれぞれを同時にトランスフェクトした。トランスフェクションから48時間後に、細胞を1μMのE2(β-エストラジオール;Sigma-Aldrich)で処理して、SEAPアッセイおよびウエスタンブロット分析のためにそれぞれさらに48時間および72時間インキュベートした。SEAPアッセイキット(Clontech)を供給元の推奨に従って用いて、SEAPレポーターアッセイを行った。
統計学的有意性は、Statview 5.0ソフトウェア(SAS Institute, Cary, NC)を用いて、スチューデントt検定によって算出した。P<0.05の差を統計学的に有意とみなした。
活性組換えPBK/TOPKタンパク質はInvitrogen(Carlsbad, CA)から購入し、ヒストンH3およびプロテインホスファターゼ1-α(PP1α)の組換えタンパク質はUpstate Biotechnology(Lake Placidy, NY)から購入した。サイクリン依存性キナーゼ-1(CDK1キナーゼ)(cdc2/サイクリンB1)およびλプロテインホスファターゼ(λPPアーゼ)は、New England Biolabs(Ipswich, MA)から購入した。グルタチオンS-トランスフェラーゼ(GST)タグ付加PBK/TOPK(GST-PBK/TOPK)タンパク質は、以前の報告(Lin et al., 2007)に従って、大腸菌で発現させ、グルタチオンセファロース4Bビーズ(GE Heath care, Buckinghamshire, United Kingdom)によって精製した。N末端HAタグ付加PBK/TOPK(HA-PBK/TOPK)、N末端GSTタグ付加PP1α(GST-PP1α)、およびC末端GSTタグ付加p47(p47-GST)タンパク質は、それぞれpCAGGSnHA、pCAGGS-nGST、およびpCAGGS-cGST発現ベクターを用い、以前の報告(Park et al., 2006)に従って構築した。N末端にHAタグを付加したThr9でのアラニン置換変異体(T9A)、キナーゼ-デッド(KD)変異体、および二重変異体(T9A/KD)タンパク質は、pCAGGSnHAを用いて構築した。C末端myc-6xHisタグ付加p97/VCP-myc-6xHis(p97/VCP-myc-His)も、pCDNA3.1-myc-Hisベクター(Invitrogen)を用いることによって構築した。PBK/TOPK、β-アクチン、およびHAに対するモノクローナル抗体は、それぞれBD Biosciences(San Jose, CA)、Sigma-Aldrich(St. Louis, MO)、およびRoche(Basel, Switzerland)から購入した。全PP1α、ホスホ-PP1α(T320)に対するポリクローナル抗体は、Cell Signaling Technologies(Berverly, MA)から購入し、全Rb、ホスホ-Rb(Ser807/811)、およびp97/VCPに対するものは、Santa Cruz Biotechnology(Santa. Cruz, CA)から購入した。オカダ酸(OA)、CDK1インヒビター(CGP74514A)、およびプロテアーゼインヒビターカクテルIIIはCalbiochem(San Diego, CA)から購入した。
T47D細胞を、col-Iをコーティングしたガラス入りの35mmディッシュ(IWAKI)に5×104個で播種した。インキュベーションの2日後に、有糸分裂細胞を検査するために0.3μg/mLのノコダゾール(Sigma-Aldrich)でさらに18時間処理した。固定およびブロッキングの後に、1:100に希釈した抗TOPKモノクローナル抗体(BD Biosciences)、または1:300に希釈した抗CDK1-モノクローナル抗体(BD Biosciences)およびサイクリンB1-モノクローナル抗体(Santa Cruz)で細胞を免疫染色した。最後に、細胞を、1:1000に希釈したAlexa594(PBK/TOPK)または488を結合させた(CDK1およびサイクリンB1)抗マウス二次抗体(Molecular Probe)で染色した。核は4',6'-ジアミジン-2'-フェニルインドール二塩酸(DAPI)で対比染色した。蛍光画像は共焦点顕微鏡(Leica)下で得た。
CDK1-サイクリンB1によるPBK/TOPKのThr9でのリン酸化を阻害するために、本発明者らは、PBK/TOPK(RRRRRRRRRRR-G-MEGISNFKTPSKLSEKKK:SEQ ID NO:99)のN末端(1〜18アミノ酸)と同一な透過性ペプチド(pp1-18)を設計し、Sigma-Aldrichによって合成した。PBK/TOPKのCDK1-サイクリンB1誘導性リン酸化のペプチドブロッキングの有効性を、「インビトロキナーゼ」の項に従ったインビトロキナーゼアッセイによって評価した。それぞれ0、2.5、5、10、および20μMという様々な濃度でpp1-18ペプチドを添加した点を除き、不活性PBK/TOPKおよびCDK1-サイクリンB1の組換えタンパク質を、上述した通りにインキュベートした。PBK/TOPKタンパク質およびサイクリンB1タンパク質のリン酸化は、SDS-PAGEおよびオートラジオグラフィーによって観察した。細胞増殖アッセイのために、T47D細胞およびHMEC細胞を、12ウェルプレートにそれぞれ1.3×104個で播種した。その翌日の時点で、各濃度(0、2.5、5、および10μM)のpp1-18ペプチドで毎日処理し、細胞の生存度を第5日にMTTアッセイによって測定した。pp1-18ペプチドがT47D細胞の増殖を抑制する有意性を、スチューデントt検定によって統計学的に評価した。有糸分裂細胞におけるPBK/TOPKのリン酸化をpp1-18ペプチドを用いることによって阻害するために、T47D細胞を60mmディッシュに1×105個で播種した。インキュベーションの2日後、ノコダゾール(0.3μg/mL)および透過性ペプチド(10μM)の両方でさらに18時間または24時間処理した後に収集し、続いてPBK/TOPKのリン酸化について、抗PBK/TOPKモノクローナル抗体を用いるウエスタンブロット法およびFACS分析によって検討した。50μMのpp1-18ペプチドで処理したT47D細胞の細胞形態を、処理から5日後に位相差顕微鏡検査によって観察した。
GSTタグを付加したPP1αタンパク質およびp47タンパク質を、COS-7細胞において、HAタグ付加PBK/TOPKタンパク質とともに/伴わずに共発現させた。各細胞溶解物は以前の項に記載した通りに溶解緩衝液を用いて調製した。全タンパク質を、平衡化したグルタチオンセファロース4Bビーズ(GE Healthcare)と一緒に4℃で1時間インキュベートした。溶解緩衝液で5回洗浄した後に、最終的に沈降したビーズを、SDS-PAGEのために用いるまで-20℃で保存した。
siRNAによるトランスフェクションの2日後に、細胞形態を位相差顕微鏡(Olympus)によって観察した。
(1)乳癌において上方制御される遺伝子としてのA7322の同定
新規治療薬の標的として適用できる可能性のある分子を同定するために、本発明者らは以前に、27,648種のcDNAに相当するcDNAマイクロアレイを用いて、81例の乳癌患者の網羅的ゲノム遺伝子発現プロファイルを確立した(Nishidate T et al. Int J Oncol 2004;25: 797-819)。上方制御される遺伝子のうち、本発明者らは、乳癌検体の大半で発現が上方制御されていたA7322に注目した。その後の半定量的RT-PCRおよびノーザンブロット分析により、A7322が乳癌検体(図1A)ならびに乳癌細胞株(22種のうち14種)では有意に上方制御されるが、脳を除く正常臓器では発現されないことが確かめられた(図1BおよびD)。
内在性A7322タンパク質について検討するために、本発明者らは抗A7322ポリクローナル抗体を作製した(「(6)抗A7322ポリクローナル抗体および抗F3374ポリクローナル抗体の作製」の項を参照)。本発明者らはまず、精製A7322-ポリクローナル抗体が、乳癌細胞株SK-BR-3において、非特異的バンドを全く生じることなく、およそ250kDaの内在性A7322タンパク質を認識し得ることを確認した(図2A)。本発明者らは、SK-BR-3乳癌細胞を用いて、抗A7322ポリクローナル抗体による免疫細胞化学染色分析を行い、この抗体が、細胞質中の内在性A7322タンパク質の強いシグナルを検出し得ることを見いだした(図2B)。本発明者らは、MitoTrackerまたは抗ゴルジモノクローナル抗体を用いて、ミトコンドリアまたはゴルジ装置を対比染色したが、A7322はこれらのオルガネラのいずれとも共局在しなかった(図2Cおよび2D)。
A7322の増殖促進の上での役割を評価するために、本発明者らは、A7322の過剰発現が示されている乳癌細胞株BT-549およびBT-474における内在性A7322の発現を、哺乳動物ベクターを利用したRNA干渉(RNAi)法によってノックダウンした(「(11)A7322、F3374V1、またはPBK/TOPK特異的なsiRNA発現ベクターの構築」および「(12)A7322、F3374V1、AURKB、またはPBK/TOPKの遺伝子サイレンシング効果」の項を参照)。
A7322の生物機能が全く不明であることから、本発明者らは、乳癌細胞におけるA7322タンパク質の生物機能について検討するために、A7322と相互作用するタンパク質を免疫沈降および質量分析によって探索した(「(16)免疫共沈降およびイムノブロット分析」の項を参照)。pCAGGSnH3F-A7322ベクターまたはpCAGGSnH3F-モック(モック対照)をトランスフェクトしたBT-549細胞の溶解物を抽出して、抗FLAG M2モノクローナル抗体により免疫沈降させた(「(16)免疫共沈降およびイムノブロット分析」の項を参照)。タンパク質複合体をSDS-PAGEゲル上で銀染色した。FLAGタグ付加A7322プラスミドをトランスフェクトした細胞溶解物の免疫沈降物中には認められるが、モック対照プラスミドによるものでは認められないおよそ30kDaのタンパク質を抽出し、そのペプチド配列を質量分析によって決定した(図8A)。このアプローチにより、プロヒビチン2/エストロゲン受容体活性レプレッサー(PHB2/REA)が、A7322との相互作用タンパク質の候補として同定された(図8A)。その後の半定量的RT-PCRにより、調べた10例の乳癌臨床試料のうち9例および22種の乳癌細胞株のうち16種において、PHB2/REAの発現がA7322の発現と同様であることが確認された(図8B)。A7322タンパク質とPHB2/REAタンパク質との相互作用について検討するために、本発明者らは、FLAGタグ付加A7322(A7322-FLAG)およびHAタグ付加PHB2/REA(PHB2/REA-HA)を発現するように設計したプラスミドを構築した(「(5)発現ベクターの構築」の項を参照)。これらのプラスミドをCOS-7細胞に同時にトランスフェクトし、続いてタンパク質を抗FLAG抗体により免疫沈降させた。抗HA抗体を用いた沈降物のイムノブロット法により、A7322-FLAGがPHB2/REA-HAと共沈することが示された(図8C;左パネル)。その反対に、本発明者らは、抗HA抗体を用いる免疫沈降に続いて、抗FLAG抗体を用いる沈降物のイムノブロット法も行った。その結果、PHB2/REA-HAがA7322-FLAGと共沈することが示された(図8C;右パネル)。さらに、乳癌細胞株SK-BR-3における内在性PHB2/REAタンパク質およびA7322タンパク質の局在について調べるために、本発明者らは抗PHB2/REAポリクローナル抗体を用いる免疫細胞化学染色分析も行った(「(8)免疫細胞化学染色」の項を参照)。本発明者らは、A7322と同様にPHB2/REAがほとんどの細胞では主として細胞質中に局在するが(図8D)、少数の細胞ではその発現が細胞質および核の両方み認められることを観察し(図8D、矢印)、このことからそれらのタンパク質が乳癌細胞では細胞質に部分的に共局在することが示唆された。
PHB2/REAは主として細胞質に局在し、E2およびERαの存在下で核に移行することが報告されている(Kasashima K, et al. J Biol Chem 2006; 281: 36401-10)。本発明者らは、A7322がE2の有無に関わらず細胞質に局在することを観察したことから、A7322が細胞質中でPHB2/REAと相互作用し、PHB2/REAの核移行を妨げるとの仮説を立てた。この仮説を検討するために、本発明者らはA7322発現の存在下または非存在下におけるPHB2/REAタンパク質の細胞内分布を調べた。本発明者らは、HAタグ付加PHB2/REA(HA-PHB2/REA)、FLAGタグ付加ERα(FLAG-ERα)、およびFLAGタグ付加A7322(FLAG-A7322)、またはモック対照の構築物をMCF-7(ER+)細胞にトランスフェクトし、続いて免疫細胞化学染色を行った(「(5)発現ベクターの構築」および「(8)免疫細胞化学染色」の項を参照)。
本発明者らが上記のように、A7322が細胞質中のPHB2/REAとの相互作用を通じてPHB2/REAの核移行を妨げることを観察したことから、本発明者らは、A7322タンパク質が乳癌細胞においてPHB2/REA核移行の阻害を通じてER転写活性を増強するとの仮説を立てた。この仮説を検証するために、本発明者らは、MCF-7(ER+)細胞またはSK-BR-3(ER-)細胞に、FLAGタグ付加A7322(FLAG-A7322)構築物とエストロゲン応答性レポーター遺伝子(pERE-TA-SEAP)構築物、またはモック対照とpERE-TA-SEAPレポーター構築物をそれぞれ同時にトランスフェクトし、続いてSEAPアッセイキットを用いるレポーターアッセイを行った(「(19)エストロゲン応答性エレメント(ERE)レポーター遺伝子アッセイ」の項を参照)。
癌関連遺伝子およびそれらの産物の同定および特性決定は、最近20年の癌治療法のための分子を標的とした薬物の開発に貢献している。しかし、現在利用可能な治療に対して良好な反応を示す患者の割合は、依然として限定されている(Taniuchi K, et al. Cancer Res 2005; 65: 3092-9)。それ故、悪性細胞に対して高度に特異的であって、しかも有害反応が最小限または皆無である新たな抗癌剤を開発することが急務である。この報告において、乳癌の高精度の発現プロファイル分析を通じて、本発明者らは乳癌症例および乳癌細胞株の大多数で有意に過剰発現されるA7322を同定した。さらに、ノーザンブロット分析により、脳以外で調べたどの正常ヒト組織中でもA7322の発現はほとんど検出されないことが示された。抗A7322ポリクローナル抗体を用いた免疫組織化学染色実験により、乳癌細胞ではA7322発現の上方制御が明らかに示されたが、周囲の正常細胞および重要臓器では発現がみられなかった。
(1)乳癌において上方制御される遺伝子としてのF3374の同定
新規治療薬の標的として適用できる可能性のある分子を同定するために、本発明者らは以前に、27,648種のcDNAに相当するcDNAマイクロアレイを用いて、81例の乳癌患者の網羅的ゲノム遺伝子発現プロファイルを確立した(Nishidate T et al. Int J Oncol 2004;25: 797-819.)。上方制御される遺伝子のうち、本発明者らは、乳癌検体の大半で発現が上方制御されていたF3374に注目した。その後の半定量的RT-PCRおよびノーザンブロット分析により、F3374が12例の乳癌検体のうち10例(図1A)および乳癌細胞株のすべて(図1B)で有意に上方制御されるが、精巣および胸腺、胎盤、骨髄を除く正常臓器では発現されないことが確かめられた(図1CおよびD)。
乳癌細胞株HBC5における内在性F3374V1タンパク質の細胞内局在を調べるために、本発明者らは抗F3374ポリクローナル抗体を用いる免疫細胞化学染色分析を行った。興味深いことに、内在性F3374V1は細胞周期依存的な局在を示した(図3E)。間期にはそれは核内に局在し、前期には染色体上に局在する。後期には、F3374V1は細胞内で、後期紡錘体中間帯にある一連の細い棒として集結する(図3E)。最後に、このタンパク質は乳癌細胞のすべてで終期の中央体に蓄積した。細胞が有糸分裂を進行させる際に、F3374V1は顕著な再分布を生じた。これらの知見は、F3374V1が細胞周期の間に、特に乳癌細胞の細胞質分裂の間に重要な役割を果たす可能性を示唆する。
細胞周期の様々な時期でのF3374タンパク質の発現について調べるために、本発明者らは、アフィディコリン処理による細胞周期の同調後にT47D細胞を用いてFACS分析およびウエスタンブロット分析を行った。F3374タンパク質の発現はG1期からS期への移行期に高く(0〜6時間)、細胞周期停止からの解除直後の時点で最も高かった(図12AおよびB)。これに対して、細胞のほとんどがG2/M期にある9〜12時間の時点では、その発現は著しく低下した。興味深いことに、F3374タンパク質の大部分はG1/S期の間はリン酸化されていないが、G2/M期の間(9〜12時間)はそのかなりの割合が修飾されてリン酸化型となり(図12B)、このことは内在性F3374タンパク質が細胞周期依存的な局在および修飾を示し、乳癌細胞の細胞周期の進行において重要な役割を果たす可能性を示唆する。
F3374V1の増殖促進の上での役割を評価するために、本発明者らは、F3374V1の過剰発現を示している乳癌細胞株T47DおよびHBC4における内在性F3374V1の発現を、哺乳動物ベクターを利用したRNA干渉(RNAi)法によってノックダウンした(「材料および方法」の項を参照)。本発明者らは、F3374V1の発現レベルを半定量的RT-PCR分析によって調べた。調べた各遺伝子の2つのsiRNA構築物のうち、F3374V1特異的siRNAであるsi-#1およびsi-#4は、対照siRNA構築物、psiU6BX-EGFP(siEGFP)およびpsiU6BX-SCR(siSCR)と比較して、各遺伝子の発現を有意かつ中程度に抑制した(図6AおよびD)。F3374V1特異的siRNAによる細胞増殖の阻害を確かめるために、本発明者らはコロニー形成アッセイ(図6BおよびE)およびMTTアッセイ(図6CおよびF)をそれぞれ行った。F3374V1(Si-#1およびSi-#4)構築物の導入は、発現低下という上記の結果に一致して、T47D細胞およびHBC4細胞の増殖を有意に抑制した。それぞれの結果は独立した3回の実験によって実証された。これらの知見は、F3374V1が乳癌細胞の細胞増殖において重要な機能を有することを示唆している。
乳癌細胞では細胞が終期および細胞質分裂の段階にある時に、F3374が収縮環の箇所でリン酸化され、集結することを上に述べた。オーロラ-Bキナーゼ(AURKB)は、HeLa細胞において後期には中心体から中間帯紡錘体に移動し、終期および細胞質分裂の際には中央体に移動する染色体パッセンジャータンパク質であることが知られているため(Terada Y. Cell Struct Funct 2001; 26: 653-7;Adams RR, et al. Trends Cell Biol 2001; 11: 49-54;Carmena M, et al. Nat Rev Mol Cell Biol 2003; 4: 842-54)、本発明者らは、細胞周期のいくつかの時期での類似した細胞内局在を考慮した。加えて、図13Aに示すように、本発明者らは、リン酸化が観察されたF3374のC末端領域(591〜730アミノ酸)内部に、オーロラキナーゼ-Bに対する3つのコンセンサスリン酸化部位([R/K]X[T/S]および[R/K]X[T/S][I/L/V];Cheeseman IM, et al. Cell 2002;111: 163-72;Ohashi S, et al. Oncogene 2006; 25: 7691-702)を見いだした(図2D)。それ故に、乳癌細胞におけるF3374タンパク質とAURKBとの相互作用の可能性について検討した。
癌関連遺伝子およびそれらの産物の同定および特性決定を通じて、最近20年で癌治療法のための分子を標的とした薬物が開発されているが、現在利用可能な治療による恩恵を受けることのできる患者の割合は、依然として限定されている(Navolanic PM, et al. Int J Oncol 2005; 27: 1341-4;Bange J, et al. Nat Med 2001; 7: 548-52)。このため、悪性細胞に対して高度に特異的でり、かつ有害反応のリスクが最小限である新たな抗癌剤を開発することが急務である。この研究において、乳癌の詳細な発現プロファイル分析を通じて、本発明者らは、乳癌臨床症例および乳癌細胞株では有意に過剰発現されるが、少数の臓器での低レベルの発現を除く調べたどの正常ヒト組織中でもほとんど検出されないF3374を同定した。その後のノーザンブロット分析および免疫組織化学染色分析により、乳癌細胞における転写レベルおよびタンパク質レベルの両方でのF3374発現の上方制御がみられるが、周囲の正常細胞では発現がみられないことが明らかに示された。
(1)乳癌におけるPBK/TOPKの上方制御
本発明者らは以前に、cDNAマイクロアレイを用いて、81例の乳癌症例の網羅的ゲノム発現プロファイル分析を行った(Nishidate T et al., Int J Oncol 2004, 25: 797-819)。乳癌において上方制御される遺伝子のうち、キナーゼドメインを含むタンパク質をコードする遺伝子を、報告されている情報に基づくか、またはタンパク質モチーフプログラムSMART(http://smart.embl-heidelberg.de)による予測に従う(Schultz J et al., Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95: 5857-64;Letunic I et al., Nucleic Acids Res 2004, 32: D142-4)かのいずれかで、探索した。探索された遺伝子のうち、本発明者らは、その高レベルのトランス活性化を乳癌細胞の大多数で確認することができたPBK/TOPK遺伝子に注目した(図1A)。10種の乳癌細胞株および6例の正常臓器のノーザンブロット分析により、PBK/TOPKは、調べた10種の乳癌細胞株のすべてで特異的に上方制御されているが、その発現は肺、心臓、肝臓、腎臓、骨髄、および乳腺ではほとんど検出されないことがさらに確かめられた(図1D)。
乳癌細胞株BT-20、HBC4、HBC5、HBL-100、MCF-7、MDA-MB-231、SKBR3、およびT47D由来の細胞溶解物における内在性PBK/TOPKタンパク質の発現を、HMEC(ヒト哺乳動物上皮細胞)を実験の対照として用いて、ウエスタンブロット分析によって調べた(図4A)。乳癌細胞株はすべて高レベルのPBK/TOPK発現を示したが、正常乳房上皮細胞株であるHMEC細胞は発現を示さなかった。抗PBK/TOPKモノクローナル抗体を用いた乳癌細胞株T47D、BT-20、およびHBC5のその後の免疫細胞化学分析により、内在性PBK/TOPKの主として細胞質中の局在が示された(図4B)。
乳癌細胞におけるPBK/TOPK遺伝子の増殖促進の上での役割を評価するために、2種の乳癌細胞であるT47DおよびBT-20において、内在性PBK/TOPKの発現をRNA干渉(RNAi)法によってノックダウンした(図7AおよびB)。半定量的RT-PCR実験により、PBK/TOPK-si-#2およびsi-#3をトランスフェクトした細胞ではPBK/TOPKの有意なノックダウン効果が検出されたが、対照siRNA(モック)では検出されなかった。その明らかになったノックダウン効果に一致して、コロニー形成アッセイおよびMTTアッセイにより、PBK/TOPK-siRNA(si-#3)によるオフターゲット効果の可能性を除外するために用いたノックダウン効果を示さない2つのsiRNAと比較して、2つのsiRNA、PBK/TOPK-si-#2およびsi-#3による乳癌細胞の増殖抑制が明らかに示された(図7AおよびB)。これらの結果は、乳癌細胞の増殖におけるPBK/TOPKの決定的な役割を暗示している。
PBK/TOPKは有糸分裂性キナーゼである可能性が報告されているため(Gaudet S et al., Proc Natl Acad Sci USA 2000, 97: 5167-72)、本発明者らはそれと細胞周期の進行との関係について検討した。アフィディコリンによる細胞周期の同調後に、T47D細胞におけるPBK/TOPKタンパク質の発現を調べた。FACS分析により、G2/M期にある細胞の割合は細胞周期停止からの解除から6時間後に有意に増加することが示された(図14A)。興味深いことに、ウエスタンブロット分析により、細胞の大部分がG2/M期にある9〜12時間後の時点で、高分子量のPBK/TOPKのさらなる1つのバンドが検出された。高分子量バンドの強度は15時間の時点では低下した(図14B)。免疫化学分析からも、有糸分裂中、特に前期および中期にある細胞において凝縮染色体の周りでのPBK/TOPKタンパク質の細胞内局在が明らかになった(図14C)。
有糸分裂細胞、特に前期および中期において、PBK/TOPKタンパク質が主として染色体表面の周りに局在したことから、本発明者らはPBK/TOPKタンパク質に対する基質の候補としてヒストンに注目した。精製した組換えPBK/TOPKおよび混合ヒストンタンパク質(H2a、H2b、H3、およびH4)を用いてインビトロキナーゼアッセイを行ったところ(図15A)、およそ15kDaのリン酸化タンパク質が検出され(レーン2)、このことから、その分子サイズに基づいて、PBK/TOPKタンパク質がヒストンH3タンパク質をリン酸化する可能性が示された(図15A、左パネル)。さらに、PBK/TOPKタンパク質がヒストンH3をリン酸化することを確かめるために、ヒストン-H3組換えタンパク質を用いてインビトロキナーゼアッセイを行った(図15A、右パネル)。加えて、図15Aに示すように、およそ40kDaの自己リン酸化したPBK/TOPKがインビトロキナーゼアッセイによって検出された(星印によって示す)。
PBK/TOPKが乳癌において上方制御され、乳癌細胞において有糸分裂中に細胞質から核に移行することは以前に実証されている(Park JH et al., Cancer Res 66: 9186-95 (2006))。さらに、CDK1-サイクリンB1複合体タンパク質も有糸分裂細胞において核移行することが報告されている。それ故に、本発明者らはまず、乳癌細胞におけるPBK/TOPK、CDK1、およびサイクリンB1のそれぞれの細胞内局在を確かめるために免疫細胞化学を行った。T47D乳癌細胞の有糸分裂中にそれらのタンパク質の類似した核移行が観察され、乳癌細胞におけるPBK/TOPKとCDK1-サイクリンB1複合体との間でのシグナル伝達の可能性が示唆された(図16A)。CDK1の免疫沈降物を用いた免疫複合体キナーゼアッセイによって、PBK/TOPKがThr9でCDK1-サイクリンB1によってリン酸化され得ることは報告されているが、そのリン酸化が直接的であるか否かは未だに未解明のままである(Matsumoto et al., Biochem Biophys Res Commun 325: 997-1004 (2004))。野生型およびT9A変異型のPBK/TOPKの不活性な組換えタンパク質を大腸菌発現系で生成させた。野生型のPBK/TOPK組換えタンパク質はCDK1-サイクリンB1組換えタンパク質複合体によってリン酸化されたが、PBK/TOPK組換えタンパク質のThr9でのアラニン置換変異体(T9A)はリン酸化されず(図16B)、このことからインビトロでのCDK1-サイクリンB1複合体によるPBK/TOPKのThr9での直接的なリン酸化が示唆された。
有糸分裂中のPBK/TOPKのリン酸化について検討するために、本発明者らは「有糸分裂シェイクオフ」法によって有糸分裂細胞を単離し(実施例1‐「材料および方法」、「(16)免疫共沈降およびイムノブロット分析」の項を参照)(図17A、上のパネル)、有糸分裂細胞溶解物を用いてイムノブロット分析を行った。この高分子量バンドはλホスファターゼ処理後に完全にシフトしたことから、このタンパク質は乳癌細胞において細胞有糸分裂中に過剰リン酸化される(図17A)。有糸分裂細胞におけるPBK/TOPKのこの過剰リン酸化が、CDK1-サイクリンB1複合体によりそのThr9に限定して起こるか否かをさらに検討するために、T9A、キナーゼデッド(KD)、および二重(T9A/KD)変異体構築物、ならびに野生型のPBK/TOPK構築物を、それぞれT47D乳癌細胞にトランスフェクトした。興味深いことに、T9Aタンパク質のリン酸化バンドはノコダゾール処理後も依然として保持されたが、KDおよび二重(T9A/KD)変異体のバンドは、λホスファターゼで処理した細胞におけるバンド同様、完全に消失した(図17B)。これらの結果は、PBK/TOPKタンパク質が有糸分裂細胞においてそれ自体によって自己リン酸化され得ることを強く示唆する。
T47D乳癌細胞において、ノコダゾール処理と同様に、Ser/Thrタンパク質ホスファターゼの強力なインヒビターであるオカダ酸(OA)の処理によって、PBK/TOPKタンパク質のリン酸化が誘導されることも以前に実証されている(Park JH et al., Cancer Res 66: 9186-95 (2006))。しかし、乳癌細胞においてOAでの処理によって、どのようにそのリン酸化が誘導されるかは不明なままである。プロテインホスファターゼ1α(PP1α)は、OAに対して比較的高いIC50値を有し、さらに細胞の有糸分裂中に不活性化されることが報告されているため(Kwon YG et al., Proc Natl Acad Sci U S A 94: 2168-73 (1997);Ammosova T et al., Retrovirology 2: 47 (2005))、本発明者らが、ヒトのプロテインホスファターゼのうちPBK/TOPKリン酸化の調節因子の可能性があるものとしてPP1αに注目することが可能になった。まず本発明者らは、T47D細胞を高濃度(100nM)または低濃度(100nM未満)のOAで処理し、100nMのOAで9時間処理することによってPBK/TOPKのリン酸化が誘導されるが(図17C)、低濃度による処理では誘導されないことを見いだした(データ示さず)。引き続いて、PBK/TOPKとPP1αとの相互作用について調べるために、GSTタグ付加PP1α(PP1α-GST)構築物およびHAタグ付加PBK/TOPK(HA-PBK/TOPK)構築物をCOS-7細胞内で共発現させ、その後にGSTプルダウンアッセイを行った。図17Dは、PP1α-GSTがHA-PBK/TOPKによって明らかにプルダウンされ(上のパネル)、反対にHA-PBK/TOPKがPP1α-GSTと免疫共沈降したことを示し(下のパネル)、これは両タンパク質の相互作用を示している。PBK/TOPKタンパク質がPP1αタンパク質によって直接的に脱リン酸化されるかについてもさらに調べた。活性な組換えPBK/TOPKタンパク質は、λホスファターゼ同様、組換えPP1αタンパク質とのインキュベーション後に、脱リン酸化された(図17E、上のパネル)。さらに、T47D細胞由来の有糸分裂細胞溶解物中の内在性PBK/TOPKタンパク質もPP1αタンパク質処理によって脱リン酸化された(図17E、下のパネル)。これらの知見により、PP1αはおそらく、それらの相互作用を通じて有糸分裂中に、PBK/TOPKの自己リン酸化を調節することが暗示された。
有糸分裂細胞における、CDK1-サイクリンB1キナーゼ複合体によるPBK/TOPKのリン酸化、およびPP1αによるそのリン酸化の調節について上記で示した。さらに、PP1αは有糸分裂細胞においてCDK1-サイクリンB1複合体によるそのリン酸化を通じて不活性化されることが知られている(Kwon YG et al., Proc Natl Acad Sci U S A 94: 2168-73 (1997))。このため、有糸分裂中にPBK/TOPKがどのようにCDK1-サイクリンB1またはPP1αによって調節されるかをさらに詳細に調べた。T47D細胞をノコダゾールによる16時間の処理によってG2/M期に同調させ(61〜70%)、その後にCDK1インヒビターと一緒に最長4時間インキュベートした(図17FおよびG)。その後、PBK/TOPKまたはPP1αのリン酸化レベルをイムノブロット分析によって調べた。G2/M停止(0時間)によって誘導されるPBK/TOPKのリン酸化は、CDK1インヒビター処理後に時間依存的な様式(0〜4時間)で減少することが見いだされた(図17H、第1のパネル)。同時に本発明者らは、以前の研究における結果と同様に、CDK1-サイクリンB1複合体によってリン酸化および不活性化される箇所であるThr320でのPP1αのリン酸化の低下も見いだした(図17H、第3のパネル)。Rbタンパク質のSer807および811でのリン酸化レベルの低下によるCDK1の不活性化も立証された(図17H、第4のパネル)。以上を総合すると、これらの知見により、有糸分裂細胞において、CDK1-サイクリンB1によるその直接的なリン酸化、およびその自己リン酸化を抑制するPP1αの不活性化を通じて、PBK/TOPKが活性化され、有糸分裂の開始前には定常レベルに保たれることが示唆される。
PBK/TOPKサイレンシングによって誘導される細胞質分裂の欠陥および遅延が、乳癌細胞で以前に観察されていることから、有糸分裂細胞におけるPBK/TOPKの生物学的役割について、RNAi実験によってさらに詳細に検討した。PBK/TOPK特異的siRNA、または対照としてのsi-EGFPオリゴヌクレオチドによる2日間の処理後に、PBK/TOPK特異的siRNAで処理した細胞で、PBK/TOPKタンパク質発現のノックダウンが確かめられた(図18A)。図18Bに示すように、PBK/TOPK-siRNAで処理した細胞では、顕微鏡検査および蛍光ファロイジンによる免疫細胞化学染色によって長い細胞間架橋が観察されたが、si-EGFPで処理した細胞では観察されず、このことから細胞質分裂の欠陥がPBK/TOPK発現の除去に起因することが示された(図18Bにおける白の矢印)。さらに、細胞周期に対するPBK/TOPK発現のノックダウンの効果を調べるために、PBK/TOPK特異的siRNAまたはsi-EGFPオリゴヌクレオチドで処理した細胞においてFACS分析を行った。siEGFPで処理した細胞はG1ピークからG2/Mピークへの有意な移行を示した。これに対して、siPBK/TOPKで処理した細胞は、有糸分裂停止を誘導するためのノコダゾール処理後、G1ピークからG2/Mピークへの移行を示さず(図18C)、このことからPBK/TOPKのノックダウンはG1停止を起こす可能性が高いことが示唆された。PBK/TOPK除去細胞における細胞質分裂の欠陥をさらに詳細に分類するために、本発明者らは、PBK/TOPKの非存在下における乳癌T47D細胞のリアルタイム画像を、タイムラプス顕微鏡検査によって調べた。図18Dは、EGFPをトランスフェクトした細胞(白の矢印によって示す)では、後期から終期までの細胞分裂に1分30秒を要したことを示している。一方、PBK/TOPK除去細胞では後期から終期までの細胞分裂に4分30秒、特に細胞質分裂の段階では5分を要し、その後に最終的に分割した(図18E中の矢印によって示す)。
PBK/TOPKのキナーゼ活性が乳癌細胞の細胞質分裂のために重要であることから、本発明者らは、GST融合PBK/TOPK(GST-PBK/TOPK)組換えタンパク質および対照としてのGSTタンパク質を用いたインビトロでのタンパク質プルダウンアッセイによって、PBK/TOPK特異的な基質を同定することを試みた。プルダウンされたタンパク質を含むSDS-PAGEゲルの銀染色の比較により、GST-PBK/TOPKタンパク質と免疫共沈降するタンパク質に対応するレーン中に特異的に存在するが、対照としてのGSTでは存在しない、およそ47kDaのタンパク質を同定した(データ示さず)。MALDI-TOF分析により、この47kDaタンパク質が、細胞有糸分裂に関与するAAA ATPアーゼファミリーに属するp97/VCP(バロシン(valosin)含有タンパク質)のアダプタータンパク質であるp47タンパク質であることが明らかになった。乳癌細胞株における転写レベルでのp47の発現パターンを半定量的RT-PCRによって調べ、調べた乳癌細胞のすべてでp47が発現されていることが見いだされた(データ示さず)。
本発明者らは以前に、PBK/TOPK(PDZ-結合キナーゼ/T-LAK細胞由来プロテインキナーゼ)が有糸分裂期に有意に上方制御およびリン酸化され、かつ乳癌の細胞増殖に関与することを報告した。しかし、細胞の有糸分裂におけるPBK/TOPKの生物学的役割および乳癌発生におけるその病態生理学的な役割は依然として不明である。PBK/TOPKが、その基質としてのp97/VCPのリン酸化およびCDK1/サイクリンB1複合体によるその調節を通じて、有糸分裂、特に細胞質分裂の進行を調節することが示された。
新規ヒト遺伝子A7322およびF3374V1の発現は、非癌性ヒト組織に比して乳癌において顕著に亢進している。したがって、これらの遺伝子は癌の診断マーカーとして役立つ可能性があり、それらによってコードされるタンパク質は癌の診断アッセイに用いてもよい。
Claims (109)
- 以下のものからなる群より選択される、実質的に純粋なポリペプチド:
(a)SEQ ID NO:80のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;ならびに
(c)SEQ ID NO:79のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80のいずれか1つのアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド。 - 請求項1記載のポリペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
- 請求項2記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
- 請求項2記載のポリヌクレオチドまたは請求項2記載のポリヌクレオチドを含むベクターを保有する宿主細胞。
- 請求項1記載のポリペプチドを生成するための方法であって、
(a)請求項1記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはそのポリヌクレオチドを含むベクターを保有する宿主細胞を培養する段階;
(b)宿主細胞にポリペプチドを発現させる段階;および
(c)発現されたポリペプチドを収集する段階
を含む方法。 - 請求項1記載のポリペプチドと結合する抗体。
- 請求項2記載のポリヌクレオチドまたはその相補鎖に対して相補的であって、少なくとも15ヌクレオチドを含むポリヌクレオチド。
- 請求項2記載のポリヌクレオチドに対するアンチセンスポリヌクレオチドまたは低分子干渉RNA。
- そのセンス鎖がSEQ ID NO:34および35のヌクレオチド配列からなる群より選択される、請求項8記載の低分子干渉RNA。
- 乳癌を診断するための方法であって、
(a)検体生物試料における、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列をコードする遺伝子の発現レベルを検出する段階;および
(b)発現レベルの上昇を乳癌と関連づける段階
を含む方法。 - 発現レベルが、
(a)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列をコードするmRNAを検出する段階、
(b)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むタンパク質を検出する段階、および
(c)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むタンパク質の生物活性を検出する段階
からなる群より選択される方法のいずれか1つによって検出される、請求項10記載の方法。 - 乳癌の治療において有用な化合物用のスクリーニング方法であって、
(a)被験化合物を、以下のもの:
(1)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(3)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドと接触させる段階;
(b)ポリペプチドと被験化合物との間の結合活性を検出する段階;ならびに
(c)ポリペプチドと結合する被験化合物を選択する段階
を含む方法。 - 乳癌の治療において有用な化合物用のスクリーニング方法であって、
(a)候補化合物を、SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列を含む1つまたは複数のポリヌクレオチドを発現する細胞と接触させる段階;および
(b)被験化合物の非存在下で検出される発現レベルに比してSEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列を含む1つまたは複数のポリヌクレオチドの発現レベルを低下させる化合物を選択する段階
を含む方法。 - 乳癌の治療において有用な化合物用のスクリーニング方法であって、
(a)被験化合物を、以下のもの:
(1)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(3)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドと接触させる段階;
(b)段階(a)のポリペプチドの生物活性を検出する段階;ならびに
(c)被験化合物の非存在下で検出される生物活性に比してポリペプチドの生物活性を抑制する化合物を選択する段階
を含む方法。 - 生物活性が細胞増殖活性である、請求項14記載の方法。
- 乳癌の治療において有用な化合物用のスクリーニング方法であって、
(a)候補化合物を、A7322またはF3374V1遺伝子の転写調節領域およびその転写調節領域の制御下で発現されるレポーター遺伝子を含むベクターが導入された細胞と接触させる段階;
(b)該レポーター遺伝子の発現または活性のレベルを測定する段階;および
(c)被験化合物の非存在下で検出される該レポーター遺伝子の発現または活性のレベルに比して該レポーター遺伝子の発現または活性のレベルを低下させる化合物を選択する段階
を含む方法。 - F3374V1またはその機能的同等物のリン酸化レベルに対するインヒビター用のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(3)SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞を、被験化合物と接触させる段階;
(b)ポリペプチドのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)ポリペプチドのリン酸化レベルを、化合物の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた化合物を、F3374V1のリン酸化レベルに対するインヒビターとして選択する段階
を含む方法。 - F3374V1またはその機能的同等物のリン酸化レベルに対するインヒビターのスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(3)SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチド、
またはリン酸化部位を含むその断片を、ポリペプチドのリン酸化を可能にする条件下で被験化合物と接触させる段階;
(b)ポリペプチドまたはその断片のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)基質のリン酸化レベルを、被験化合物の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた化合物を、F3374V1のリン酸化レベルに対するインヒビターとして選択する段階
を含む方法。 - 乳癌を治療または予防するための化合物用のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(3)SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞を、被験化合物と接触させる段階;
(b)ポリペプチドのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)ポリペプチドのリン酸化レベルを、化合物の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた化合物を、乳癌を治療または予防するための化合物として選択する段階
を含む方法。 - 乳癌を予防または治療するための作用物質のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(3)SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチド、
またはリン酸化部位を含むその断片を、ポリペプチドのリン酸化を可能にする条件下で被験化合物と接触させる段階;
(b)ポリペプチドまたはその断片のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)基質のリン酸化レベルを、被験化合物の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた化合物を、乳癌を治療または予防するための化合物として選択する段階
を含む方法。 - 乳癌を治療するための組成物であって、有効成分として、以下のもの:
(a)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(c)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対するアンチセンスポリヌクレオチドまたは低分子干渉RNAの薬学的有効量、ならびに薬学的に許容される担体を含む、組成物。 - 低分子干渉RNAが、SEQ ID NO:34、35、37、38、67、および68からなる群より選択されるヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列を標的配列として含む、請求項21記載の組成物。
- 低分子干渉RNAが、一般式
5'-[A]-[B]-[A']-3'
を有し、式中、[A]がSEQ ID NO:34、35、37、38、67、または68のヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列であり、[B]が3〜23ヌクレオチドからなるリボヌクレオチド配列であり、かつ[A']が[A]に対して相補的なリボヌクレオチド配列である、請求項22記載の組成物。 - 乳癌を治療するための組成物であって、有効成分として、以下のもの:
(a)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(c)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドに対する抗体の薬学的有効量、ならびに薬学的に許容される担体を含む、組成物。 - 乳癌を治療するための組成物であって、有効成分として、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドのリン酸化を阻害する化合物の薬学的有効量、および薬学的に許容される担体を含む、組成物。
- 乳癌を治療するための方法であって、以下のもの:
(a)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(c)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対するアンチセンスポリヌクレオチドまたは低分子干渉RNAの薬学的有効量を投与する段階を含む、方法。 - 低分子干渉RNAが、SEQ ID NO:34、35、37、38、67、および68からなる群より選択されるヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列を標的配列として含む、請求項26記載の方法。
- 低分子干渉RNAが一般式
5'-[A]-[B]-[A']-3'
を有し、式中、[A]がSEQ ID NO:34、35、37、38、67、または68のヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列であり、[B]が3〜23ヌクレオチドからなるリボヌクレオチド配列であり、かつ[A']が[A]に対して相補的なリボヌクレオチド配列である、請求項27記載の方法。 - 乳癌を治療するための方法であって、以下のもの:
(a)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド;および
(c)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドに対する抗体の薬学的有効量を投与する段階を含む、方法。 - 乳癌を治療するための方法であって、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドのリン酸化を阻害する化合物の薬学的有効量を投与する段階を含む、方法。
- 乳癌を治療または予防するための方法であって、以下の(a)〜(c)からなる群より選択されるポリペプチド、またはそのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの薬学的有効量を投与する段階を含む、方法:
(a)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド、またはその断片;
(b)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド、またはその断片;
(c)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド、またはその断片。 - 乳癌に対する抗腫瘍免疫を誘導するための方法であって、以下の(a)〜(c)からなる群より選択されるポリペプチドを抗原提示細胞と接触させる段階、またはそのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドもしくはそのようなポリヌクレオチドを含むベクターを抗原提示細胞に導入する段階を含む、方法:
(a)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド、またはその断片;
(b)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド、またはその断片;
(c)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド、またはその断片。 - 対象に対して抗原提示細胞を投与する段階をさらに含む、請求項32記載の抗腫瘍免疫を誘導するための方法。
- 乳癌を治療または予防するための薬学的組成物であって、有効成分として、以下の(a)〜(c)からなる群より選択されるポリペプチド、または該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの薬学的有効量、および薬学的に許容される担体を含む、組成物:
(a)SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含むポリペプチド、またはその断片;
(b)1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、挿入、および/または付加された、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるタンパク質と同等な生物活性を有する、ポリペプチド、またはその断片;
(c)SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:80または82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド、またはその断片。 - ポリヌクレオチドが発現ベクター中に組み入れられている、請求項34記載の薬学的組成物。
- センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖分子であって、センス鎖がSEQ ID NO:34、35、37、38、67、または68からなる群より選択される標的配列に対応するリボヌクレオチド配列を含み、アンチセンス鎖が該センス鎖に対して相補的なリボヌクレオチド配列を含み、該センス鎖および該アンチセンス鎖が互いにハイブリダイズして該二本鎖分子を形成し、A7322、F3374V1、またはAURKB遺伝子を発現する細胞に導入された場合に該遺伝子の発現を阻害する、二本鎖分子。
- 約100ヌクレオチド長未満のオリゴヌクレオチドである、請求項36記載の二本鎖分子。
- 約75ヌクレオチド長未満のオリゴヌクレオチドである、請求項37記載の二本鎖分子。
- 約50ヌクレオチド長未満のオリゴヌクレオチドである、請求項38記載の二本鎖分子。
- 約25ヌクレオチド長未満のオリゴヌクレオチドである、請求項39記載の二本鎖分子。
- 標的配列が、SEQ ID NO:79または81のヌクレオチド配列由来の約19〜約25個の連続したヌクレオチドを含む、請求項36記載の二本鎖分子。
- 一本鎖リボヌクレオチド配列を介して連結しているセンス鎖およびアンチセンス鎖を含む単一のリボヌクレオチド転写産物である、請求項41記載の二本鎖分子。
- 請求項36記載の二本鎖分子をコードするベクター。
- 二次構造を有する転写産物をコードし、かつセンス鎖およびアンチセンス鎖を含む、請求項43記載のベクター。
- 転写産物がさらに、センス鎖とアンチセンス鎖を連結させる一本鎖リボヌクレオチド配列を含む、請求項43記載のベクター。
- センス鎖核酸およびアンチセンス鎖核酸の組み合わせを含むポリヌクレオチドを発現するベクターであって、該センス鎖核酸がSEQ ID NO:34、35、37、38、67、または68のヌクレオチド配列を含み、該アンチセンス鎖核酸がセンス鎖に対して相補的な配列からなる、ベクター。
- ポリヌクレオチドが一般式
5'-[A]-[B]-[A']-3'
を有し、式中、[A]がSEQ ID NO:34、35、37、38、67、または68のヌクレオチド配列であり、[B]が3〜23ヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり、かつ[A']が[A]に対して相補的なヌクレオチド配列である、請求項46記載のベクター。 - F3374V1とAURKBとの結合に対するインヒビター用のスクリーニング方法であって、
(a)AURKBポリペプチドまたはその機能的同等物を、被験化合物の存在下で、F3374V1ポリペプチドまたはその機能的同等物と接触させる段階;
(b)段階(a)のポリペプチド間の結合を検出する段階;および
(c)AURKBポリペプチドとF3374V1ポリペプチドとの間の結合を阻害する被験化合物を選択する段階
を含む方法。 - 乳癌を治療または予防するための化合物用のスクリーニング方法であって、
(a)AURKBポリペプチドまたはその機能的同等物を、被験化合物の存在下で、F3374V1ポリペプチドまたはその機能的同等物と接触させる段階;
(b)段階(a)のポリペプチド間の結合を検出する段階;および
(c)AURKBポリペプチドとF3374V1ポリペプチドとの間の結合を阻害する被験化合物を選択する段階
を含む方法。 - F3374V1ポリペプチドの機能的同等物がAURKB結合ドメインのアミノ酸配列を含む、請求項48または49記載の方法。
- F3374V1ポリペプチドの機能的同等物がSEQ ID NO:82のC末端領域(591〜730アミノ酸)(SEQ ID NO:122)のアミノ酸配列を含む、請求項50記載の方法。
- AURKBポリペプチドの機能的同等物がF3374V1結合ドメインのアミノ酸配列を含む、請求項48または49記載の方法。
- 乳癌を治療または予防するための化合物用のスクリーニングのためのキットであって、以下の構成要素を含むキット:
(a)AURKBポリペプチドまたはその機能的同等物、および
(b)F3374V1ポリペプチドまたはその機能的同等物。 - AURKBを介したF3374V1のリン酸化に対するインヒビター用のスクリーニング方法であって、
(a)F3374V1およびAURKBを、被験化合物の存在下で、AURKBによるF3374V1のリン酸化に適した条件下でインキュベートする段階であって、F3374V1が以下のものからなる群より選択されるポリペプチドである段階:
(1)SEQ ID NO:82(F3374V1)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(3)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;
(b)F3374V1のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)F3374V1のリン酸化レベルを対照レベルと比較する段階;および
(d)被験化合物の非存在下で検出される対照レベルに比してF3374V1のリン酸化レベルを低下させる化合物を選択する段階
を含む方法。 - 乳癌を治療または予防するための化合物用のスクリーニング方法であって、
(a)F3374V1およびAURKBを、被験化合物の存在下で、AURKBによるF3374V1のリン酸化に適した条件下でインキュベートする段階であって、F3374V1が以下のものからなる群より選択されるポリペプチドである段階:
(1)SEQ ID NO:82(F3374V1)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(3)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;
(b)F3374V1のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)F3374V1のリン酸化レベルを対照レベルと比較する段階;および
(d)対照レベルに比してF3374V1のリン酸化レベルを低下させる化合物を選択する段階
を含む方法。 - F3374V1のリン酸化レベルが、SEQ ID NO:82のC末端領域(591〜730アミノ酸)(SEQ ID NO:122)で、またはそのポリペプチドの相同な位置で検出される、請求項54または55記載の方法。
- 乳癌を治療または予防するための化合物用のスクリーニングのためのキットであって、以下の構成要素を含むキット:
(a)以下のものからなる群より選択されるポリペプチド:
(1)SEQ ID NO:82(F3374V1)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(3)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;
(b)以下のものからなる群より選択されるポリペプチド:
(1)SEQ ID NO:88(AURKB)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:88のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:88のアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(3)ポリペプチドがSEQ ID NO:88のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:87のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;
(c)F3374V1のリン酸化レベルを検出するための試薬。 - 乳癌を治療または予防するための化合物用のスクリーニングのためのキットであって、以下の構成要素を含むキット:
(a)以下のものからなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞:
(1)SEQ ID NO:82(F3374V1)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:82のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(3)ポリペプチドがSEQ ID NO:82のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:81のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;および
(b)F3374V1のリン酸化レベルを検出するための試薬。 - 細胞がさらに、以下のものからなる群より選択されるポリペプチドを発現する、請求項58記載のキット:
(a)SEQ ID NO:87(AURKB)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)ポリペプチドがSEQ ID NO:88のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:88のアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(c)ポリペプチドがSEQ ID NO:88のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:87のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド。 - 細胞が乳癌細胞である、請求項58記載のキット。
- F3374V1のリン酸化レベルを検出するための試薬が、SEQ ID NO:82のC末端領域(591〜730アミノ酸)(SEQ ID NO:122)でのリン酸化を認識する抗体である、請求項57または58記載のキット。
- SEQ ID NO:82のC末端領域(437〜730アミノ酸)(SEQ ID NO:93)でのリン酸化を認識する抗体。
- 対象における乳癌を治療または予防するための方法であって、以下からなる群より選択される少なくともいずれか1つの機能を有するインヒビターを投与する段階を含む、方法:
(a)F3374V1とAURKBとの間の結合を阻害する;
(b)AURKBによるF3374V1のリン酸化を阻害する;ならびに
(c)A7322、F3374V1、およびAURKBからなる群より選択されるいずれか1つの遺伝子の発現を阻害する。 - 乳癌を治療または予防するための組成物であって、以下からなる群より選択される少なくともいずれか1つの機能を有するインヒビターの薬学的有効量を含む、組成物:
(a)F3374V1とAURKBとの間の結合を阻害する;
(b)AURKBによるF3374V1のリン酸化を阻害する;ならびに
(c)A7322、F3374V1、およびAURKBからなる群より選択されるいずれか1つの遺伝子の発現を阻害する。 - TOPKを発現する細胞のアポトーシスを誘導する作用物質用のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞を、作用物質と接触させる段階;
(b)ポリペプチドのキナーゼ活性を検出する段階;
(c)ポリペプチドのキナーゼ活性を、作用物質の非存在下で検出されるポリペプチドのキナーゼ活性と比較する段階;ならびに
(d)ポリペプチドのキナーゼ活性を低下させた作用物質を、乳癌細胞のアポトーシスを誘導する作用物質として選択する段階
を含む方法。 - 乳癌細胞のアポトーシスを誘導する作用物質用のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞を、作用物質と接触させる段階;
(b)ポリペプチドのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)ポリペプチドのリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた作用物質を、乳癌細胞のアポトーシスを誘導する作用物質として選択する段階
を含む方法。 - TOPKを発現する細胞のアポトーシスを誘導する作用物質のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを、ポリペプチドによってリン酸化される基質および作用物質と、基質のリン酸化を可能にする条件下で接触させる段階;
(b)基質のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)基質のリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)基質のリン酸化レベルを低下させた作用物質を、細胞のアポトーシスを誘導する作用物質として選択する段階
を含む方法。 - 乳癌細胞のアポトーシスを誘導する作用物質のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを、ポリペプチドによってリン酸化される基質および作用物質と、基質のリン酸化を可能にする条件下で接触させる段階;
(b)基質のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)基質のリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出される基質のリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)基質のリン酸化レベルを低下させた作用物質を、乳癌細胞のアポトーシスを誘導する作用物質として選択する段階
を含む方法。 - 基質がヒストン、または少なくともそのリン酸化部位を含むその断片である、請求項67または68記載の方法。
- リン酸化部位がヒストンH3のSer10である、請求項69記載の方法。
- TOPKのキナーゼ活性を阻害する作用物質のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを、基質としてのヒストンH3、または少なくともそのリン酸化部位を含むその断片と接触させる段階;
(b)基質のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)基質のリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出される基質のリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)基質のリン酸化レベルを低下させた作用物質を、インヒビターとして選択する段階
を含む方法。 - リン酸化部位がヒストンH3のSer10である、請求項71記載の方法。
- 乳癌を予防または治療するための作用物質のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞を、作用物質と接触させる段階;
(b)ポリペプチドのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)ポリペプチドのリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるポリペプチドのリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)ポリペプチドのリン酸化レベルを低下させた作用物質を、乳癌を治療または予防するための作用物質として選択する段階
を含む方法。 - 乳癌を予防または治療するための作用物質のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを、ポリペプチドによってリン酸化される基質および作用物質と、基質のリン酸化を可能にする条件下で接触させる段階;
(b)基質のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)基質のリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出される基質のリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)基質のリン酸化レベルを低下させた作用物質を、乳癌を治療または予防するための作用物質として選択する段階
を含む方法。 - 基質がヒストン、または少なくともそのリン酸化部位を含むその断片である、請求項74記載の方法。
- リン酸化部位がヒストンH3のSer10である、請求項75記載の方法。
- 乳癌を治療または予防するための化合物用のスクリーニング方法であって、
(a)A7322を、被験化合物の存在下で、PHB2/REAまたはその機能的同等物と接触させる段階であって、A7322が以下のものからなる群より選択されるポリペプチドである段階:
(1)SEQ ID NO:80(A7322)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:80のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:80のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(3)ポリペプチドがSEQ ID NO:80のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:79のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;
(b)段階(a)のポリペプチド間の結合を検出する段階;および
(c)A7322ポリペプチドとPHB2/REAポリペプチドとの間の結合を阻害する被験化合物を選択する段階
を含む方法。 - PHB2/REAの細胞局在を指標とする、A7322とPHB2/REAとの間の結合のインヒビター用のスクリーニング方法であって、
(a)候補化合物を、A7322およびPHB2/REAタンパク質を発現する細胞と接触させる段階であって、A7322が以下のものからなる群より選択されるポリペプチドである段階:
(1)SEQ ID NO:80(A7322)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)ポリペプチドがSEQ ID NO:80のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:80のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(3)ポリペプチドがSEQ ID NO:80のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:79のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド;
(b)PHB2/REAタンパク質の細胞内局在を検出する段階;および
(c)被験化合物の非存在下で検出されるPHB2/REAタンパク質のレベルに比して核内のPHB2/REAタンパク質のレベルを低下させる化合物を選択する段階
を含む方法。 - ERαの転写活性を指標とする、A7322とPHB2/REAとの間の結合のインヒビター用のスクリーニング方法であって、
(a)候補化合物を、A7322およびPHB2/REAを発現し、かつエストロゲン応答性転写調節領域および該転写調節領域の制御下で発現されるレポーター遺伝子を含むベクターが導入された細胞と、E2処理下で接触させる段階;
(b)該レポーター遺伝子の発現または活性のレベルを測定する段階;ならびに
(c)被験化合物の非存在下で検出される該レポーター遺伝子の発現または活性のレベルに比して該レポーター遺伝子の発現または活性のレベルを低下させる化合物を選択する段階
を含む方法。 - A7322ポリペプチドとPHB2/REAポリペプチドとの結合を阻害する化合物の薬学的有効量を投与する段階を含む、乳癌を治療するための方法であって、A7322が以下のものからなる群より選択されるポリペプチドである、方法:
(a)SEQ ID NO:80(A7322)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)ポリペプチドがSEQ ID NO:80のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:80のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(c)ポリペプチドがSEQ ID NO:80のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:79のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド。 - PHB2/REAタンパク質の核移行を阻害する化合物の薬学的有効量を投与する段階を含む、乳癌を治療するための方法であって、A7322が以下のものからなる群より選択されるポリペプチドである、方法:
(a)SEQ ID NO:80(A7322)のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)ポリペプチドがSEQ ID NO:80のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:80のアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(c)ポリペプチドがSEQ ID NO:80のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するという条件で、SEQ ID NO:79のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド。 - TOPKのリン酸化レベルを阻害するための作用物質用のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを、CDK1(SEQ ID NO:95)、サイクリンB1(SEQ ID NO:97)、および作用物質と、リン酸化を可能にする条件下で接触させる段階;
(b)(a)に記載したタンパク質のトレオニン9残基でのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)タンパク質におけるトレオニン9残基のリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるタンパク質におけるトレオニン9残基のリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列におけるトレオニン9残基のリン酸化レベルを低下させた作用物質を、インヒビターのための作用物質として選択する段階
を含む方法。 - 乳癌を予防または治療するための作用物質用のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを、CDK1(SEQ ID NO:95)、サイクリンB1(SEQ ID NO:97)、および作用物質と、リン酸化を可能にする条件下で接触させる段階;
(b)(a)に記載したタンパク質のトレオニン9残基でのリン酸化レベルを検出する段階;
(c)タンパク質におけるトレオニン9残基のリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるタンパク質におけるトレオニン9残基のリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列におけるトレオニン9残基のリン酸化レベルを低下させた作用物質を、乳癌を治療または予防するための作用物質として選択する段階
を含む方法。 - SEQ ID NO:92からなるペプチドの生物機能を阻害する、SEQ ID NO:98を含むポリペプチド、または該ポリペプチドと機能的に同等なポリペプチドのアミノ酸配列。
- 生物機能が細胞増殖活性である、請求項84記載のポリペプチド。
- 8〜50残基からなる、請求項84記載のポリペプチド。
- 細胞膜透過性物質によって修飾されている、請求項84記載のポリペプチド。
- 以下の一般式を有するポリペプチドであって、SEQ ID NO:92からなるペプチドの生物機能を阻害する、請求項84記載のポリペプチド:
[R]-[D]
式中、[R]が細胞膜透過性物質を表し、かつ[D]がSEQ ID NO:98を含む断片配列のアミノ酸配列または該断片配列を含むポリペプチドと機能的に同等なポリペプチドのアミノ酸配列を表し、[R]および[D]が直接的またはリンカーによって間接的に連結している。 - リンカーがアミノ酸配列Gを有する、請求項88記載のポリペプチド。
- 細胞膜透過性物質が以下のものからなる群より選択されるいずれか1つである、請求項88記載のポリペプチド:
ポリ-アルギニン;
Tat/RKKRRQRRR/SEQ ID NO:100;
ペネトラチン/RQIKIWFQNRRMKWKK/SEQ ID NO:101;
ブフォリンII(Buforin II)/TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRK/SEQ ID NO:102;
トランスポータン(Transportan)/GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL/SEQ ID NO:103;
MAP(両親媒性ペプチドモデル)/KLALKLALKALKAALKLA/SEQ ID NO:104;
K-FGF/AAVALLPAVLLALLAP/SEQ ID NO:105;
Ku70/VPMLK/SEQ ID NO:106;
プリオン/MANLGYWLLALFVTMWTDVGLCKKRPKP/SEQ ID NO:107;
pVEC/LLIILRRRIRKQAHAHSK/SEQ ID NO:108;
Pep-1/KETWWETWWTEWSQPKKKRKV/SEQ ID NO:109;
SynB1/RGGRLSYSRRRFSTSTGR/SEQ ID NO:110;
Pep-7/SDLWEMMMVSLACQY/SEQ ID NO:111;
HN-1/TSPLNIHNGQKL/SEQ ID NO:112;および
Ku70/PMLKE/SEQ ID NO:114。 - ポリ-アルギニンがArg 11(SEQ ID NO:113)である、請求項90記載のポリペプチド。
- アミノ酸配列SEQ ID NO:99を含む、請求項91記載のポリペプチド。
- SEQ ID NO:98を含むポリペプチド、該ポリペプチドと機能的に同等なポリペプチド、またはそれらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを有効成分として含む、乳癌の治療および予防のいずれかまたは両方のための作用物質であって、ポリペプチドがSEQ ID NO:92からなるペプチドの生物機能を阻害する、作用物質。
- 生物機能が細胞増殖活性である、請求項93記載の作用物質。
- ポリペプチドが8〜50残基からなる、請求項93記載の作用物質。
- 有効成分がポリペプチドであり、該ポリペプチドが細胞膜透過性物質によって修飾されている、請求項93記載の作用物質。
- ポリペプチドが以下の一般式を有し、ポリペプチドがSEQ ID NO:2からなるペプチドの生物機能を阻害する、請求項96記載の作用物質:
[R]-[D]
式中、[R]が細胞膜透過性物質を表し、かつ[D]がSEQ ID NO:98を含む断片配列のアミノ酸配列または該ポリペプチドと機能的に同等なポリペプチドを表し、[R]および[D]が直接的またはリンカーによって間接的に連結している。 - リンカーがアミノ酸配列Gを有する、請求項97記載の作用物質。
- 細胞膜透過性物質が以下のものからなる群より選択されるいずれか1つである、請求項98記載のポリペプチド:
ポリ-アルギニン;
Tat/RKKRRQRRR/SEQ ID NO:100;
ペネトラチン/RQIKIWFQNRRMKWKK/SEQ ID NO:101;
ブフォリンII/TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRK/SEQ ID NO:102;
トランスポータン/GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL/SEQ ID NO:103;
MAP(両親媒性ペプチドモデル)/KLALKLALKALKAALKLA/SEQ ID NO:104;
K-FGF/AAVALLPAVLLALLAP/SEQ ID NO:105;
Ku70/VPMLK/SEQ ID NO:106;
プリオン/MANLGYWLLALFVTMWTDVGLCKKRPKP/SEQ ID NO:107;
pVEC/LLIILRRRIRKQAHAHSK/SEQ ID NO:108;
Pep-1/KETWWETWWTEWSQPKKKRKV/SEQ ID NO:109;
SynB1/RGGRLSYSRRRFSTSTGR/SEQ ID NO:110;
Pep-7/SDLWEMMMVSLACQY/SEQ ID NO:111;
HN-1/TSPLNIHNGQKL/SEQ ID NO:112;および
Ku70/PMLKE/SEQ ID NO:114。 - ポリ-アルギニンがArg 11(SEQ ID NO:113)である、請求項99記載の作用物質。
- ポリペプチドがアミノ酸配列SEQ ID NO:99を含む、請求項100記載の作用物質。
- SEQ ID NO:98を含むポリペプチド、該ポリペプチドと機能的に同等なポリペプチド、またはこれらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを投与する段階を含む、乳癌の治療および予防のいずれかまたは両方のための方法であって、ポリペプチドがSEQ ID NO:92からなるペプチドの生物機能を阻害する、方法。
- 乳癌の治療および予防のいずれかまたは両方のための薬学的組成物の製造における、SEQ ID NO:98を含むポリペプチド、該ポリペプチドと機能的に同等なポリペプチド、またはそれらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの使用であって、ポリペプチドがSEQ ID NO:92からなるペプチドの生物機能を阻害する、使用。
- SEQ ID NO:98を含むポリペプチド、または該ポリペプチドと機能的に同等なポリペプチド、および薬学的に許容される担体を含む薬学的組成物であって、ポリペプチドがSEQ ID NO:92からなるペプチドの生物機能を阻害する、組成物。
- 乳癌を予防または治療するための作用物質用のスクリーニング方法であって、
(a)候補作用物質を、プロテインホスファターゼ1α(SEQ ID NO:116)と、以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞と接触させる段階;
(b)(a)に記載したタンパク質のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)タンパク質のリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるタンパク質のリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)タンパク質のリン酸化レベルを低下させた作用物質を、乳癌を治療または予防するための作用物質として選択する段階
を含む方法。 - 乳癌を予防または治療するための作用物質用のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを、p47(SEQ ID NO:118)、p97(SEQ ID NO:120)、および作用物質と接触させる段階;
(b)ポリペプチド間の結合またはp97(SEQ ID NO:120)のリン酸化を検出する段階;ならびに
(c)ポリペプチド間の結合またはp97のリン酸化を阻害する被験化合物を選択する段階
を含む方法。 - 乳癌を予防または治療するための作用物質用のスクリーニング方法であって、
(a)候補作用物質を、PBK/TOPKを発現する細胞と接触させる段階;
(b)細胞構造および/または細胞周期上のG2/M集団を観察する段階;ならびに
(c)細胞間結合を長い細胞間架橋へ変化させる、および/または細胞のG2/M集団を増加させる化合物を選択する段階
を含む方法。 - ホスファターゼ1αを介したTOPKの脱リン酸化を増強するための作用物質用のスクリーニング方法であって、
(a)候補作用物質を、プロテインホスファターゼ1α(SEQ ID NO:116)と、以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する細胞と接触させる段階;
(b)(a)に記載したタンパク質のリン酸化レベルを検出する段階;
(c)タンパク質のリン酸化レベルを、作用物質の非存在下で検出されるタンパク質のリン酸化レベルと比較する段階;ならびに
(d)タンパク質のリン酸化レベルを低下させた作用物質を、乳癌を治療または予防するための作用物質として選択する段階。 - TOPKを介したp97リン酸化を阻害するための作用物質用のスクリーニング方法であって、
(a)以下のもの:
(1)SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)1つまたは複数のアミノ酸が付加、置換、欠失、または挿入された、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列を含みかつSEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有する、ポリペプチド;
(3)SEQ ID NO:92に対して少なくとも約80%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;および
(4)SEQ ID NO:91のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドであって、SEQ ID NO:92のアミノ酸配列からなるポリペプチドと同等な生物活性を有するポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを、p47(SEQ ID NO:118)、p97(SEQ ID NO:120)および作用物質と接触させる段階;
(b)ポリペプチド間の結合またはp97(SEQ ID NO:120)のリン酸化を検出する段階;ならびに
(c)ポリペプチド間の結合またはp97のリン酸化を阻害する被験化合物を選択する段階
を含む方法。
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