JP2017093442A - Topkペプチドおよびそれを含むワクチン - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2011年10月28日に出願された米国仮特許出願第61/552,817号の恩典を主張し、その全内容が参照によって本明細書に組み入れられる。
本発明の目的および特徴が、下記の詳細な説明を、添付の図面および実施例と併せて読んだとき、より十分に明らかになるであろう。前述の発明の概要および下記の詳細な説明はともに例示的な態様についてであり、本発明または本発明の他の代替的な態様を限定するものではないことが理解されなければならない。
上記概要に加え、以下のものを提供することは、本発明の目的である:
[1]CTL誘導能を有する単離されたペプチドであって、TOPKのアミノ酸配列またはその免疫学的活性断片からなる、単離されたペプチド。
[2]SEQ ID NO:2、3、6、27、28、42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、[1]に記載の単離されたペプチド。
[3]下記の(i)および(ii)からなる群より選択される単離されたペプチド:
(i)下記の(a)または(b)の単離されたペプチド:
(a)SEQ ID NO:2、3、6、27および28からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離されたペプチド、
(b)1個、2個、または数個のアミノ酸が置換、挿入、欠失および/または付加されているSEQ ID NO:2、3、6、27および28からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、CTL誘導能を有する、単離されたペプチド、
(ii)下記の(c)または(d)の単離されたペプチド:
(c)SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離されたペプチド、
(d)1個、2個、または数個のアミノ酸が置換、挿入、欠失および/または付加されているSEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、CTL誘導能を有する、単離されたペプチド。
[4]以下の特徴の一方または両方を有する、[3]に記載の単離されたペプチド:
(a)SEQ ID NO:2、3、6、27および28からなる群より選択されるアミノ酸配列のN末端から2番目のアミノ酸が、フェニルアラニン、チロシン、メチオニンおよびトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸であるように置換されている、ならびに
(b)SEQ ID NO:2、3、6、27および28からなる群より選択されるアミノ酸配列のC末端アミノ酸が、フェニルアラニン、ロイシン、イソロイシン、トリプトファンおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸であるように置換されている。
[5]以下の特徴の一方または両方を有する、[3]に記載の単離されたペプチド:
(a)SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択されるアミノ酸配列のN末端から2番目のアミノ酸が、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸であるように置換されている、ならびに
(b)SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択されるアミノ酸配列のC末端アミノ酸が、バリンおよびロイシンからなる群より選択されるアミノ酸であるように置換されている。
[6]HLA抗原に結合する能力を有する、[1]〜[5]のいずれか1つに記載の単離されたペプチド。
[7]前記HLA抗原がHLA−A24またはHLA−A2である、[6]に記載の単離されたペプチド。
[8]ノナペプチドまたはデカペプチドである、[1]〜[7]のいずれか1つに記載の単離されたペプチド。
[9][1]〜[8]のいずれか1つに記載の単離されたペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
[10]CTLを誘導するための組成物であって、[1]〜[8]のいずれか1つに記載の1種もしくは複数種のペプチドまたは[9]に記載の1種もしくは複数種のポリヌクレオチドを含む、組成物。
[11]
(a)[1]〜[8]のいずれか1つに記載の1種もしくは複数種のペプチド、
(b)[9]に記載の1種もしくは複数種のポリヌクレオチド、
(c)[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドとHLA抗原との複合体を自身の表面上に提示する1種もしくは複数種のAPC、
(d)[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドとHLA抗原との複合体を自身の表面上に提示する1種もしくは複数種のエキソソーム、または
(e)[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドとHLA抗原との複合体を自身の表面上に提示する細胞を認識することができる1種もしくは複数種のCTL
を、薬学的に許容される担体との組合せで含む薬学的組成物であって、
がんの治療および/もしくは予防、術後のその再発の予防、ならびに/または、がんに対する免疫応答の誘導のために製剤化される、薬学的組成物。
[12]HLA抗原がHLA−A24またはHLA−A2である対象への投与のために製剤化される、[11]に記載の薬学的組成物。
[13]以下からなる群より選択される段階を含む、CTL誘導能を有する抗原提示細胞(APC)を誘導するための方法:
(a)APCを、[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドと、インビトロ、エクスビボまたはインビボで接触させる段階;および
(b)[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドをコードするポリヌクレオチドをAPCに導入する段階。
[14]以下からなる群より選択される段階を含む、CTLを誘導するための方法:
(a)CD8陽性T細胞を、HLA抗原と[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するAPCと共培養する段階、
(b)CD8陽性T細胞を、HLA抗原と[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するエキソソームと共培養する段階、および
(c)T細胞受容体(TCR)サブユニットポリペプチドによって形成されるTCRがHLA抗原と[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドとの複合体に細胞表面上で結合することができる、該TCRサブユニットポリペプチドをコードする1つまたは複数のポリヌクレオチドをCD8陽性T細胞に導入する段階。
[15]HLA抗原と[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示する、単離されたAPC。
[16][13]に記載の方法によって誘導される、[15]に記載のAPC。
[17][1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドを標的とする、単離されたCTL。
[18][14]に記載の方法によって誘導される、[17]に記載のCTL。
[19]がんに対する免疫応答を対象において誘導する方法であって、[1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチド、その免疫学的活性断片、または該ペプチドもしくは該断片をコードするポリヌクレオチドを含む組成物を該対象に投与する段階を含む、方法。
[20][1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドに対する抗体またはその免疫学的活性断片。
[21][1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むベクター。
[22][21]に記載のベクターにより形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
[23][1]〜[8]のいずれか1つに記載のペプチド、[9]に記載のポリヌクレオチド、または[20]に記載の抗体を含む、診断キット。
[24]TOPK由来の断片を提示する細胞に対する特異的細胞傷害活性を有するCTLを誘導する能力を有するペプチドをスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む、方法。
(i)SEQ ID NO:2、3、6、27、28、42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択される元のアミノ酸配列に対して1個、2個、または数個のアミノ酸残基を置換、欠失、挿入および/または付加することによって改変されたアミノ酸配列からなる候補配列を提供する段階、
(ii)TOPK以外のいかなる公知のヒト遺伝子産物に由来するペプチドとも実質的に有意な相同性を有さない候補配列を選択する段階、
(iii)段階(ii)において選択される前記候補配列からなるペプチドを抗原提示細胞と接触させる段階、
(iv)段階(iii)の前記抗原提示細胞をCD8陽性T細胞と接触させる段階、ならびに
(v)CTL誘導能が、前記元のアミノ酸配列からなるペプチドと同じであるかまたはそれよりも高い前記ペプチドを特定する段階。
別段の定めのない限り、本明細書で使用する技術用語および科学用語はすべて、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されているのと同じ意味を有する。矛盾する場合には、定義を含め、本明細書が優先される。加えて、材料、方法、および例は、単に例証であり、限定することは意図していない。
本明細書で用いる「1つの(a)」、「1つの(an)」、および「その(the)」という単語は、特に別段の指定のない限り「少なくとも1つ」を意味する。
物質(例えばペプチド、抗体、ポリヌクレオチドなど)に関して使用する「単離された」および「精製された」という用語は、該物質が、そうでなければその天然源中に含まれ得る少なくとも1種の物質を実質的に含まないことを示す。したがって、単離されたペプチドまたは精製されたペプチドは、該ペプチドが由来する細胞源または組織源からの例えば、炭水化物、脂質または他の混入タンパク質などの細胞材料を実質的に含まないペプチド、あるいは、化学合成された場合には化学物質前駆体または他の化学物質を実質的に含まないペプチドを示す。
本明細書において時として用いられる「オリゴペプチド」という用語は、長さが20アミノ酸残基またはそれ未満であり、典型的には15アミノ酸残基またはそれ未満であるペプチドを指すために使用され、典型的には約8個〜約11個のアミノ酸残基から構成され、多くの場合には9個または10個のアミノ酸残基から構成される。後者は本明細書において「ノナペプチド」および「デカペプチド」とそれぞれ称される。
アミノ酸は、本明細書において、IUPAC−IUB生化学命名法委員会(Biochemical Nomenclature Commission)の推奨する、一般に公知の3文字表記または1文字表記によって参照されてもよい。
「剤」および「組成物」という用語は本明細書では互換的に用いられ、特定量の特定成分を含む生成物、ならびに、特定量の特定成分の組合せから直接的または間接的に生じる任意の生成物を指す。そのような用語は、(「薬学的な剤」および「薬学的組成物」の場合のように)「薬学的(な)」という修飾語に関連して使用されるとき、有効成分と、担体を構成する不活性成分とを含む生成物、ならびに、任意の2つもしくはそれ以上の成分の組合せ、複合体化または凝集から、あるいは、1つもしくは複数の成分の解離から、あるいは、1つもしくは複数の成分の他の種類の反応または相互作用から直接的または間接的に生じる任意の生成物を包含することが意図される。したがって、本発明との関連において、「薬学的な剤」および「薬学的組成物」という用語は、本発明の分子または化合物と、薬学的または生理学的に許容される担体とを混合することによって作製される任意の生成物を指す。
いくつかの本発明の薬学的な剤または組成物は、特にワクチンとして使用される。本発明との関連において、「ワクチン」(「免疫原性組成物」とも称される)という語句は、動物に接種した際に抗腫瘍免疫を改善、増強および/または誘導する機能を有する剤または組成物を指す。
別段の定めのない限り、本明細書で用いる「HLA−A2」という用語は、典型的にはサブタイプを指し、その例には、HLA−A*0201、HLA−A*0202、HLA−A*0203、HLA−A*0204、HLA−A*0205、HLA−A*0206、HLA−A*0207、HLA−A*0210、HLA−A*0211、HLA−A*0213、HLA−A*0216、HLA−A*0218、HLA−A*0219、HLA−A*0228およびHLA−A*0250が含まれるが、これらに限定されない。
別段の定めのない限り、本明細書で使用される技術用語および科学用語はすべて、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されている用語と同一の意味を有する。
下記において詳しく記載される本発明のペプチドは「TOPKペプチド」または「TOPKポリペプチド」と称される場合がある。
TOPK由来のペプチドが、CTLによって認識される抗原として機能することを実証するために、TOPK(SEQ ID NO:86)に由来するペプチドを解析して、それらが、一般に見られるHLAアレルであるHLA−A24またはHLA−A2によって拘束される抗原エピトープであるかどうかを判定した(Date Y et al.,Tissue Antigens 47:93−101,1996;Kondo A et al.,J Immunol 155:4307−12,1995;Kubo RT et al.,J Immunol 152:3913−24,1994)。
TOPK−A24−9−230(SEQ ID NO:2)、TOPK−A24−9−130(SEQ ID NO:3)、TOPK−A24−9−237(SEQ ID NO:4)、TOPK−A24−9−155(SEQ ID NO:5)、TOPK−A24−9−232(SEQ ID NO:6)、TOPK−A24−9−174(SEQ ID NO:7)、TOPK−A24−9−73(SEQ ID NO:8)、TOPK−A24−9−235(SEQ ID NO:9)、TOPK−A24−9−19(SEQ ID NO:10)、TOPK−A24−9−205(SEQ ID NO:11)、TOPK−A24−9−77(SEQ ID NO:12)、TOPK−A24−9−270(SEQ ID NO:13)、TOPK−A24−9−58(SEQ ID NO:14)、TOPK−A24−9−81(SEQ ID NO:15)、TOPK−A24−9−278(SEQ ID NO:16)、TOPK−A24−9−183(SEQ ID NO:17)、TOPK−A24−9−227(SEQ ID NO:18)、TOPK−A24−9−13(SEQ ID NO:19)、TOPK−A24−9−146(SEQ ID NO:20)、TOPK−A24−9−140(SEQ ID NO:21)、TOPK−A24−9−103(SEQ ID NO:22)、TOPK−A24−9−105(SEQ ID NO:23)、TOPK−A24−9−118(SEQ ID NO:24)、TOPK−A24−10−31(SEQ ID NO:25)、TOPK−A24−10−155(SEQ ID NO:26)、TOPK−A24−10−288(SEQ ID NO:27)、TOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)、TOPK−A24−10−130(SEQ ID NO:29)、TOPK−A24−10−47(SEQ ID NO:30)、TOPK−A24−10−73(SEQ ID NO:31)、TOPK−A24−10−102(SEQ ID NO:32)、TOPK−A24−10−39(SEQ ID NO:33)、TOPK−A24−10−4(SEQ ID NO:34)、TOPK−A24−10−77(SEQ ID NO:35)、TOPK−A24−10−241(SEQ ID NO:36)、TOPK−A24−10−12(SEQ ID NO:37)、TOPK−A24−10−148(SEQ ID NO:38)、TOPK−A24−10−145(SEQ ID NO:39)およびTOPK−A24−10−114(SEQ ID NO:40)。
TOPK−A24−9−230(SEQ ID NO:2)、TOPK−A24−9−130(SEQ ID NO:3)、TOPK−A24−9−232(SEQ ID NO:6)、TOPK−A24−10−288(SEQ ID NO:27)およびTOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)。
TOPK−A2−9−240(SEQ ID NO:42)、TOPK−A2−9−34(SEQ ID NO:43)、TOPK−A2−9−236(SEQ ID NO:44)、TOPK−A2−9−19(SEQ ID NO:45)、TOPK−A2−9−134(SEQ ID NO:46)、TOPK−A2−9−183(SEQ ID NO:47)、TOPK−A2−9−81(SEQ ID NO:48)、TOPK−A2−9−149(SEQ ID NO:49)、TOPK−A2−9−235(SEQ ID NO:50)、TOPK−A2−9−12(SEQ ID NO:51)、TOPK−A2−9−227(SEQ ID NO:52)、TOPK−A2−9−285(SEQ ID NO:53)、TOPK−A2−9−47(SEQ ID NO:54)、TOPK−A2−9−310(SEQ ID NO:55)、TOPK−A2−9−132(SEQ ID NO:56)、TOPK−A2−9−242(SEQ ID NO:57)、TOPK−A2−9−156(SEQ ID NO:58)、TOPK−A2−9−138(SEQ ID NO:59)、TOPK−A2−9−142(SEQ ID NO:60)、TOPK−A2−10−190(SEQ ID NO:61)、TOPK−A2−10−236(SEQ ID NO:62)、TOPK−A2−10−231(SEQ ID NO:63)、TOPK−A2−10−47(SEQ ID NO:64)、TOPK−A2−10−234(SEQ ID NO:65)、TOPK−A2−10−239(SEQ ID NO:66)、TOPK−A2−10−290(SEQ ID NO:67)、TOPK−A2−10−37(SEQ ID NO:68)、TOPK−A2−10−20(SEQ ID NO:69)、TOPK−A2−10−241(SEQ ID NO:70)、TOPK−A2−10−272(SEQ ID NO:71)、TOPK−A2−10−88(SEQ ID NO:72)、TOPK−A2−10−81(SEQ ID NO:73)、TOPK−A2−10−313(SEQ ID NO:74)、TOPK−A2−10−54(SEQ ID NO:75)、TOPK−A2−10−142(SEQ ID NO:76)、TOPK−A2−10−35(SEQ ID NO:77)、TOPK−A2−10−110(SEQ ID NO:78)、TOPK−A2−10−223(SEQ ID NO:79)、TOPK−A2−10−274(SEQ ID NO:80)、TOPK−A2−10−173(SEQ ID NO:81)、TOPK−A2−10−141(SEQ ID NO:82)、TOPK−A2−10−292(SEQ ID NO:83)およびTOPK−A2−10−180(SEQ ID NO:84)。
TOPK−A02−9−240(SEQ ID NO:42)、TOPK−A02−9−19(SEQ ID NO:45)、TOPK−A02−9−183(SEQ ID NO:47)、TOPK−A02−9−235(SEQ ID NO:50)、TOPK−A02−9−12(SEQ ID NO:51)、TOPK−A02−9−285(SEQ ID NO:53)、TOPK−A02−9−47(SEQ ID NO:54)、TOPK−A02−10−236(SEQ ID NO:62)、TOPK−A02−10−231(SEQ ID NO:63)、TOPK−A02−10−47(SEQ ID NO:64)、TOPK−A02−10−239(SEQ ID NO:66)、TOPK−A02−10−272(SEQ ID NO:71)、TOPK−A02−10−88(SEQ ID NO:72)およびTOPK−A02−10−142(SEQ ID NO:76)。
1)アラニン(A)、グリシン(G);
2)アスパラギン酸(D)、グルタミン酸(E);
3)アスパラギン(N)、グルタミン(Q);
4)アルギニン(R)、リジン(K);
5)イソロイシン(I)、ロイシン(L)、メチオニン(M)、バリン(V);
6)フェニルアラニン(F)、チロシン(Y)、トリプトファン(W);
7)セリン(S)、スレオニン(T);および
8)システイン(C)、メチオニン(M)(例えば、Creighton,Proteins 1984を参照されたい)。
(i)SEQ ID NO:2〜24および42〜60の中より選択されるアミノ酸配列、
(ii)1個、2個、または数個のアミノ酸が、SEQ ID NO:2〜24および42〜60からなる群より選択されるアミノ酸配列において改変されているアミノ酸配列であって、ペプチドが、細胞傷害性Tリンパ球を誘導する能力を有するアミノ酸配列、
(iii)HLA−A24との関連において、以下の特徴の一方または両方を有する、(ii)のアミノ酸配列:
(a)前記SEQ ID NOのN末端から2番目のアミノ酸が、フェニルアラニン、チロシン、メチオニン、およびトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または、そのようなアミノ酸であるように改変されている、および
(b)前記SEQ ID NOのC末端のアミノ酸が、フェニルアラニン、ロイシン、イソロイシン、トリプトファン、およびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または、そのようなアミノ酸であるように改変されている、ならびに
(iv)HLA−A2との関連において、以下の特徴の一方または両方を有する、(ii)のアミノ酸配列:
(c)前記SEQ ID NOのN末端から2番目のアミノ酸が、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または、そのようなアミノ酸であるように改変されている;および
(d)前記SEQ ID NOのC末端アミノ酸が、バリンおよびロイシンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または、そのようなアミノ酸であるように改変されている。
(i')SEQ ID NO:25〜40および61〜84の中より選択されるアミノ酸配列、
(ii')1個、2個、または数個のアミノ酸が、SEQ ID NO:25〜40および61〜84からなる群より選択されるアミノ酸配列において改変されているアミノ酸配列であって、ペプチドが、細胞傷害性Tリンパ球を誘導する能力を有するアミノ酸配列、
(iii')HLA−A24との関連において、以下の特徴の一方または両方を有する、(ii')のアミノ酸配列:
(a')前記SEQ ID NOのN末端から2番目のアミノ酸が、フェニルアラニン、チロシン、メチオニンおよびトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または、そのようなアミノ酸であるように改変されている、ならびに
(b')前記SEQ ID NOのC末端アミノ酸が、フェニルアラニン、ロイシン、イソロイシン、トリプトファンおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または、そのようなアミノ酸であるように改変されている。
(c')前記SEQ ID NOのN末端から2番目のアミノ酸が、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または、そのようなアミノ酸であるように改変されている;ならびに
(d')前記SEQ ID NOのC末端アミノ酸が、バリンおよびロイシンからなる群より選択されるアミノ酸であるか、または、そのようなアミノ酸であるように改変されている。
a:本発明のペプチドの少なくとも1個のアミノ酸残基を改変する(すなわち、置換、欠失、挿入または付加する)段階、
b:ペプチドの活性を測定する段階、
c:元のペプチドと比較して同じ活性またはそれよりも高い活性を有するペプチドを選択する段階。
(i)SEQ ID NO:2、3、6、27、28、42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択される元のアミノ酸配列に対して1個、2個、または数個のアミノ酸残基を置換、欠失、挿入および/または付加することによって改変されたアミノ酸配列からなる候補配列を提供する段階、
(ii)TOPK以外のいかなる公知のヒト遺伝子産物に由来するペプチドとも実質的に有意な相同性(または配列同一性)を有さない候補配列を選択する段階、
(iii)段階(ii)において選択される前記候補配列からなるペプチドを抗原提示細胞と接触させる段階、
(iv)段階(iii)の前記抗原提示細胞をCD8陽性T細胞と接触させる段階、ならびに
(v)CTL誘導能が、前記元のアミノ酸配列からなるペプチドと同じであるかまたはそれよりも高い前記ペプチドを特定する段階。
本明細書において、アッセイされる活性には、MHC結合活性、APCまたはCTL誘導能、および細胞傷害活性が含まれ得る。好ましくは、アッセイされるペプチドの活性はCTL誘導能である。
周知の技法を用いて、本発明のペプチドを調製することができる。例えば、組換えDNA技術または化学合成を用いて、ペプチドを合成的に調製することができる。本発明のペプチドは、個々に、または2つもしくはそれ以上のペプチドを含むより長いポリペプチドとして、合成することができる。その後ペプチドを単離する、すなわち、他の天然の宿主細胞タンパク質およびそれらの断片、または他のいかなる化学物質も実質的に含まないように精製または単離することができる。
(i)Peptide Synthesis,Interscience,New York,1966;
(ii)The Proteins,第2巻,Academic Press,New York,1976;
(iii)ペプチド合成(日本語),丸善,1975;
(iv)ペプチド合成の基礎と実験(日本語),丸善,1985;
(v)医薬品の開発(日本語),続第14巻(ペプチド合成),広川書店,1991;
(vi)WO99/67288;および
(vii)Barany G.&Merrifield R.B.、Peptides 第2巻,「Solid Phase Peptide Synthesis」,Academic Press,New York,1980,100−118。
本発明はまた、前述の本発明のペプチドのいずれかをコードするポリヌクレオチドを提供する。これらには、天然のTOPK遺伝子(例えば、GenBankアクセッション番号NM_018492(SEQ ID NO:85))に由来するポリヌクレオチド、同様にまた、その保存的に改変されたヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドが含まれる。本明細書において「保存的に改変されたヌクレオチド配列」という語句は、同一のまたは本質的に同一のアミノ酸配列をコードする配列を指す。遺伝暗号の縮重のため、数多くの機能的に同一の核酸が任意の特定のタンパク質をコードする。例えば、コドンGCA、GCC、GCG、およびGCUはすべて、アミノ酸のアラニンをコードする。したがって、あるコドンによってアラニンが指定されるあらゆる位置において、コードされるポリペプチドを変化させることなく、該コドンを、記載された対応するコドンのいずれかに変更することができる。そのような核酸の変異は「サイレント変異」であり、保存的に改変された変異の一種である。ペプチドをコードする本明細書中のあらゆる核酸配列は、該核酸のあらゆる可能なサイレント変異をも表す。核酸中の各コドン(通常メチオニンに対する唯一のコドンであるAUG、および通常トリプトファンに対する唯一のコドンであるTGGを除く)を改変して、機能的に同一の分子を得ることができることを、当業者は認識するであろう。したがって、ペプチドをコードする核酸の各サイレント変異は、開示した各配列において非明示的に説明されている。
本発明のポリヌクレオチドは、DNA、RNA、およびそれらの誘導体から構成され得る。当技術分野において周知の通り、DNAはA、T、C、およびGなどの塩基から適切に構成され、RNAではTはUに置き換えられる。当業者は、非天然塩基もまたポリヌクレオチドに含まれ得ることを認識する。
本発明はさらに、本発明のペプチドとHLA抗原との間で形成される複合体を自身の表面上に提示する、エキソソームと称される細胞内小胞を提供する。エキソソームは、例えば公表特許公報特表平11−510507号およびWO99/03499に詳述されている方法を用いて調製することができ、治療および/または予防の対象となる患者から得られたAPCを用いて調製することができる。本発明のエキソソームは、本発明のペプチドと同様の様式で、ワクチンとして接種することができる。
あるいは、本発明のエキソソームがHLA−A2型を抗原として有する場合、SEQ ID NO:42〜84(とりわけ、SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76)の中より選択されるアミノ酸配列を含むペプチドが特に有用である。
本発明はまた、HLA抗原と本発明のペプチドとの間に形成された複合体を自身の表面上に提示する単離された抗原提示細胞(APC)を提供する。APCは、治療および/または予防の対象となる患者に由来してもよく、かつ、単独で、または、本発明のペプチド、エキソソームもしくはCTLを含む他の薬物と組み合わせて、ワクチンとして投与することができる。
a:第1の対象からAPCを回収する段階、
b:段階aのAPCをペプチドと接触させる段階、および
c:段階bのAPCを第2の対象に投与する段階。
本発明の一局面によれば、本発明のAPCはCTL誘導能を有する。APCとの関連において、「CTL誘導能」という語句は、CD8陽性T細胞と接触させたときにCTLを誘導するAPCの能力を示す。さらに、「CTL誘導能」には、CTL活性化を誘導するAPCの能力、CTL増殖を誘導するAPCの能力、CTLによる標的細胞の溶解を促進するAPCの能力、および、CTLによるIFN−γ産生を増加させるAPCの能力が含まれる。特に、本発明のAPCは、TOPKに特異的なCTLを誘導する能力を有する。
本発明のペプチドのいずれか1種に対して誘導されたCTLは、インビボでがん細胞を標的とする免疫応答を増強するため、ペプチド自体と同様の様式でワクチンとして用いることができる。したがって、本発明は、本発明のペプチドのいずれか1種によって特異的に誘導または活性化される単離されたCTLを提供する。
他の態様において、本発明のCTLは、SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72または76のアミノ酸配列を有するペプチド(またはその改変ペプチド)を、HLA−A2を介して提示する細胞を認識することができる。好ましい態様において、本発明のそのようなCTLは、TOPKおよびHLA−A2を発現する細胞(例えば、HLA−A2陽性のがん細胞)を認識することができる。
本発明はまた、T細胞受容体(TCR)のサブユニットを形成することができるポリペプチドをコードする1種または複数種のポリヌクレオチドを含む組成物、および、それを使用する方法を提供する。そのようなTCRサブユニットは、TOPKを発現する腫瘍細胞に対する特異性をT細胞に付与するTCRを形成する能力を有する。当技術分野における公知の方法を使用することによって、本発明のペプチドにより誘導されたCTLのTCRサブユニットとしてのα鎖およびβ鎖のそれぞれをコードするポリヌクレオチドを同定することができる(WO2007/032255、および、Morgan et al.,J Immunol,171,3288(2003))。例えば、TCRを解析するためにはPCR法が好ましい。解析のためのPCRプライマーは、例えば、5'側プライマーとして、5'−Rプライマー(5'−gtctaccaggcattcgcttcat−3')(SEQ ID NO:87)、および3'側プライマーとしてTCRのα鎖C領域に特異的な3−TRa−Cプライマー(5'−tcagctggaccacagccgcagcgt−3')(SEQ ID NO:88)、TCRのβ鎖C1領域に特異的な3−TRb−C1プライマー(5'−tcagaaatcctttctcttgac−3')(SEQ ID NO:89)、または、TCRのβ鎖C2領域に特異的な3−TRβ−C2プライマー(5'−ctagcctctggaatcctttctctt−3')(SEQ ID NO:90)であってよいが、これらに限定されない。TCR誘導体は、TOPKペプチドを提示する標的細胞と高い結合力で結合することができ、場合により、本発明のTOPKペプチドを提示する標的細胞の効率的な殺傷をインビボおよびインビトロにおいて媒介し得る。
TOPKの発現が、正常な組織と比較して、AML、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管細胞癌、結腸直腸癌、びまん性胃癌、NSCLC、リンパ腫、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、SCLCおよび軟部組織腫瘍がその例として含まれるが、これらに必ずしも限定されないがんにおいて特異的に上昇しているので、本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドは、がんに対する免疫応答を誘導するために使用される場合があり、したがって、がんの治療および/もしくは予防のために、ならびに/または、その転移もしくは術後再発の予防のために役立つ場合がある。したがって、本発明は、がんの治療および/もしくは予防のために、ならびに/または、術後のその再発予防のために製剤化される薬学的な組成物または剤であって、本発明の1種もしくは複数種のペプチドまたはポリヌクレオチドを1種または複数種の有効成分として含む組成物または剤を提供する。あるいは、本発明のペプチドは、薬学的な組成物または剤として用いるために、前述のエキソソームまたは細胞(例えば、APCなど)のいずれかの表面に発現させることができる。加えて、本発明のペプチドのいずれか1種を標的とする前述のCTLはまた、本発明の薬学的な組成物または剤の有効成分として用いることができる。
(a)本発明の1種または複数種のペプチド;
(b)本発明のペプチドを発現可能な形態でコードする1種または複数種のポリヌクレオチド;
(c)本発明の1種または複数種のAPCまたはエキソソーム;および
(d)本発明の1種または複数種のCTL。
(a)本発明のペプチド;
(b)本発明のペプチドを発現可能な形態でコードするポリヌクレオチド;
(c)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するAPC;
(d)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するエキソソーム;および
(e)本発明の細胞傷害性T細胞。
(a)本発明のペプチド;
(b)本発明のペプチドを発現可能な形態でコードするポリヌクレオチド;
(c)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するAPC;
(d)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するエキソソーム;および
(e)本発明の細胞傷害性T細胞。
(a)本発明のペプチド;
(b)本発明のペプチドを発現可能な形態でコードするポリヌクレオチド;
(c)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するAPC;
(d)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するエキソソーム;および
(e)本発明の細胞傷害性T細胞。
(a)本発明のペプチド;
(b)本発明のペプチドを発現可能な形態でコードするポリヌクレオチド;
(c)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するAPC;
(d)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するエキソソーム;および
(e)本発明の細胞傷害性T細胞。
(a)本発明のペプチド;
(b)本発明のペプチドを発現可能な形態でコードするポリヌクレオチド;
(c)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するAPC;
(d)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するエキソソーム;および
(e)本発明の細胞傷害性T細胞。
薬学的な組成物または剤は、所望されるならば、有効成分を含有する1つまたは複数の単位剤形を含むことができるパックまたはディスペンサー装置に詰めることができる。該パックは、例えば、ブリスターパックのように金属ホイルまたはプラスチックホイルを含み得る。パックまたはディスペンサー装置には、投与に関する説明書が添付され得る。
本発明のペプチドは、薬学的な組成物または剤として直接に投与することができ、あるいは、必要であれば、従来の製剤化法によって製剤化される場合がある。後者の場合、本発明のペプチドに加えて、薬物に通常用いられる担体、賦形剤などが特に制限なく必要に応じて含まれ得る。そのような担体の例には、滅菌水、生理食塩水、リン酸緩衝液、培養液などが含まれるが、これらに限定されない。さらに、薬学的な組成物または剤は、必要に応じて、安定剤、懸濁液、保存剤、界面活性剤などを含有し得る。本発明の薬学的な組成物または剤は、抗がん目的に用いることができる。
さらに、リポソーム製剤、直径数マイクロメートルのビーズにペプチドが結合している顆粒製剤、およびペプチドに脂質が結合している製剤を好都合に使用してもよい。
本発明の薬学的な組成物または剤はまた、本発明のペプチドを発現可能な形態でコードする核酸も含み得る。本明細書において、「発現可能な形態で」という語句は、ポリヌクレオチドが、細胞に導入された場合に、抗腫瘍免疫を誘導するポリペプチドとしてインビボで発現することを意味する。例示的な態様において、関心対象のポリヌクレオチドの核酸配列は、該ポリヌクレオチドの発現のために必要な調節エレメントを含む。ポリヌクレオチドは、標的細胞のゲノムへの安定した挿入を達成するように、必要なものを備えることができる(相同組換えカセットベクターの説明については、例えば、Thomas KR&Capecchi MR,Cell 1987,51:503−12を参照されたい)。例えば、Wolff et al.,Science 1990,247:1465−8;米国特許第5,580,859号;同第5,589,466号;同第5,804,566号;同第5,739,118号;同第5,736,524号;同第5,679,647号;およびWO98/04720を参照されたい。DNAに基づく送達技術の例には、「裸のDNA」、促進された(ブピバカイン、ポリマー、ペプチド媒介)送達、カチオン性脂質複合体、および、粒子媒介送達(「遺伝子銃」)または圧力媒介送達が含まれる(例えば、米国特許第5,922,687号を参照されたい)。
本発明のペプチドおよびポリヌクレオチドは、APCおよびCTLを調製または誘導するために使用することができる。本発明のエキソソームおよびAPCはまた、CTLを調製または誘導するために使用することができる。ペプチド、ポリヌクレオチド、エキソソーム、およびAPCは、CTL誘導能を他の化合物が阻害しない限り、該化合物と組み合わせて用いることができる。したがって、前述の本発明の薬学的な組成物または剤のいずれかを用いて、CTLを調製または誘導することができる。それらに加えて、前記ペプチドまたはポリヌクレオチドを含むものもまた、以下で議論されるように、APCを調製または誘導するために使用することができる。
本発明は、本発明のペプチドまたはポリヌクレオチドを用いて、高いCTL誘導能を有するAPCを誘導する方法を提供する。
本発明の方法は、APCを本発明のペプチドとインビトロ、エクスビボ、またはインビボで接触させる段階を含む。例えば、APCをエクスビボで誘導する方法は、以下の段階を含み得る:
a:APCを対象から回収する段階;および
b:段階aのAPCを本発明のペプチドと接触させる段階。
a:APCを対象から回収する段階;および
b:本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドを段階aのAPCに導入する段階。
段階bは、上記において「VI.抗原提示細胞」の節で記載されるように実施することができる。
(a)APCを、本発明のペプチドとインビトロ、エクスビボ、またはインビボで接触させる段階;および
(b)本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドをAPCに導入する段階。
(a)APCを本発明のペプチドと接触させる段階;
(b)本発明のペプチドをコードするポリヌクレオチドをAPCに導入する段階。
(a)HLA−A24を発現するAPCを、SEQ ID NO:2〜40(とりわけ、SEQ ID NO:2、3、6、27および28)の中より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドまたはその改変ペプチドと、インビトロ、エクスビボまたはインビボで接触させる段階;および
(b)SEQ ID NO:2〜40(とりわけ、SEQ ID NO:2、3、6、27および28)の中より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドまたはその改変ペプチドをコードするポリヌクレオチドを、HLA−A2を発現するAPCに導入する段階。
上記方法によって誘導されるAPCは、そのようなペプチドを、HLA−A24を介して自身の表面上に提示し、HLA−A24およびTOPKを発現する細胞に対する特異的な細胞傷害活性を有するCTLを誘導することができる。
(a)HLA−A2を発現するAPCを、SEQ ID NO:42〜84(とりわけ、SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76)の中より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドまたはその改変ペプチドと、インビトロ、エクスビボまたはインビボで接触させる段階;および
(b)SEQ ID NO:42〜84(とりわけ、SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76)の中より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドまたはその改変ペプチドをコードするポリヌクレオチドを、HLA−A2を発現するAPCに導入する段階。
上記方法によって誘導されるAPCは、そのようなペプチドを、HLA−A2を介して自身の表面上に提示し、HLA−A2およびTOPKを発現する細胞に対する特異的な細胞傷害活性を有するCTLを誘導することができる。
別の態様において、本発明は、APCの誘導のために製剤化される剤または組成物の製造における、本発明のペプチドまたは該ペプチドをコードするポリヌクレオチドの使用を提供する。
あるいは本発明は、CTL誘導能を有するAPCの誘導に使用される本発明のペプチドまたは該ペプチドをコードするポリペプチドをさらに提供する。
本発明はまた、本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、エキソソームまたはAPCを用いてCTLを誘導する方法を提供する。
本発明はまた、本発明のペプチドとHLA抗原との複合体を認識し得るT細胞受容体(TCR)を形成し得るポリペプチド(すなわち、TCRサブユニット)をコードする1つまたは複数のポリヌクレオチドを使用してCTLを誘導する方法を提供する。好ましくは、CTLを誘導する方法は、以下の中より選択される少なくとも1つの段階を含む:
a:CD8陽性T細胞を、HLA抗原と本発明のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示する抗原提示細胞と接触させる段階;
b:CD8陽性T細胞を、HLA抗原と本発明のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するエキソソームと接触させる段階;および
c:本発明のペプチドとHLA抗原との複合体を認識することができるTCRを形成し得るポリペプチドをコードする1つまたは複数のポリヌクレオチドをCD8陽性T細胞に導入する段階。
a:APCを対象から回収する段階;
b:段階aのAPCを本発明のペプチドと接触させる段階;および
c:段階bのAPCをCD8陽性T細胞と共培養する段階。
別の態様において、本発明は、CTLの誘導のために製剤化される剤または組成物の製造における、本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、またはAPCもしくはエキソソームの使用を提供する。
あるいは本発明は、CTLの誘導に使用される本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、またはAPCもしくはエキソソームをさらに提供する。
さらに、本発明は、TOPKに関連する疾患に対して免疫応答を誘導する方法を提供する。企図される疾患にはがんが含まれ、その例として、AML、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管細胞癌、結腸直腸癌、びまん性胃癌、NSCLC、リンパ腫、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、SCLCおよび軟部組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
(a)本発明のペプチド;
(b)本発明のペプチドを発現可能な形態でコードするポリヌクレオチド;
(c)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するAPC;
(d)本発明のペプチドを自身の表面上に提示するエキソソーム;または
(e)本発明の細胞傷害性T細胞。
i)治療すべきがんを有する対象から得られた生物学的試料におけるTOPKの発現レベルを決定する段階;
ii)TOPKの発現レベルを正常な対照と比較する段階;および
iii)上記の(a)〜(e)の中より選択される少なくとも1つの成分を、正常な対照と比較してTOPKを過剰発現するがんを有する対象に投与する段階。
本発明の方法によって治療すべき対象は、好ましくは哺乳動物である。例示的な哺乳動物には、例えば、ヒト、ヒト以外の霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマおよびウシが含まれるが、これらに限定されない。
さらに、TOPKの転写産物を、増幅に基づく検出法(例えば、RT−PCR)によってプライマーを用いて定量し得る。そのようなプライマーは、該遺伝子の利用可能な配列情報に基づいて調製することができる。
TOPK遺伝子の発現レベルが正常対照レベルと比較して上昇しているか、または、がん性対照レベルと類似している/同等である場合、該対象は、治療すべきがんを有すると診断され得る。
a)治療すべきがんを有する疑いのある対象から得られた生物学的試料におけるTOPKの発現レベルを決定する段階;
b)TOPKの発現レベルを正常対照レベルと比較する段階;
c)TOPKの発現レベルが正常対照レベルと比較して上昇している場合、該対象を、治療すべきがんを有すると診断する段階;および
d)段階c)において対象が治療すべきがんを有すると診断される場合に、がん治療のために該対象を選択する段階。
a)治療すべきがんを有する疑いのある対象から得られた生物学的試料におけるTOPKの発現レベルを決定する段階;
b)TOPKの発現レベルをがん性対照レベルと比較する段階;
c)TOPKの発現レベルががん性対照レベルと類似しているか、または同等である場合、該対象を、治療すべきがんを有すると診断する段階;および
d)段階c)において対象が治療すべきがんを有すると診断される場合に、がん治療のために該対象を選択する段階。
(a)TOPK遺伝子のmRNAを検出するための試薬;
(b)TOPKタンパク質またはその免疫学的断片を検出するための試薬;および
(c)TOPKタンパク質の生物学的活性を検出するための試薬。
本発明のタンパク質の部分ペプチドの例には、本発明のタンパク質のアミノ酸配列における少なくとも8個、好ましくは15個、より好ましくは20個の連続したアミノ酸から構成されるポリペプチドが含まれる。本発明のタンパク質またはペプチド(ポリペプチド)を用いて試料(例えば、血液、組織)中の抗体を検出することにより、がんを診断することができる。本発明のタンパク質およびペプチドを調製するための方法は、上記の通りである。
(a)免疫原を、該免疫原に対して特異的なCTLの誘導に適した条件下で免疫担当細胞と接触させる段階;
(b)段階(a)で誘導されたCTLの誘導レベルを検出または決定する段階;および
(c)対象の免疫学的応答をCTL誘導レベルと相関させる段階。
本発明はさらに、本発明のペプチドに結合する抗体を提供する。好ましい抗体は本発明のペプチドに特異的に結合し、他のペプチドには結合しない(または、弱く結合する)。あるいは、抗体は、本発明のペプチド、ならびにその相同体に結合し得る。本発明のペプチドに対する抗体は、がんの診断および予後アッセイ、ならびに、画像化方法論において使用が見出され得る。同様に、そのような抗体は、TOPKががん患者において同じく発現または過剰発現する限り、他のがんの治療、診断および/または予後において使用され得る。さらに、細胞内で発現する抗体(例えば、一本鎖抗体)が、TOPKの発現が関与するがんの治療において治療的使用が見出されることがあり、そのようながんの例には、AML、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管細胞癌、結腸直腸癌、びまん性胃癌、NSCLC、リンパ腫、骨肉腫、前立腺癌、腎癌、SCLCおよび軟部組織腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
本発明によれば、タンパク質の完全なペプチドおよび部分ペプチドが免疫化抗原として機能し得る。好適な部分ペプチドの例には、例えば、本発明のペプチドのアミノ(N)末端断片またはカルボキシ(C)末端断片が含まれ得る。
公知の方法、例えば、Milstein他の方法(Galfre and Milstein,Methods Enzymol 73:3−46(1981))に従って、上記の免疫細胞および骨髄腫細胞を融合させることができる。
あるいは、免疫したリンパ球などの抗体を産生する免疫細胞を癌遺伝子によって不死化し、モノクローナル抗体の調製に使用することができる。
本発明のペプチドを検出または測定する方法はペプチドを特異的に検出または測定することができるため、この方法は、該ペプチドを使用する種々の実験において使用され得る。
本発明はまた、本発明のペプチドをコードするヌクレオチドが導入されたベクターおよび宿主細胞を提供する。本発明のベクターは、本発明のペプチドを発現させるための、または、遺伝子治療のために本発明のヌクレオチドを投与するための、宿主細胞における本発明のヌクレオチドのキャリア、とりわけ、DNAのキャリアとしての有用性が見出される。
細胞株
HLA−A*2402陽性Bリンパ芽球様細胞株であるTISIを、IHWG Cell and Gene Bank(Seattle,WA)から購入した。HLA−A*0201陽性Bリンパ芽球様細胞株であるT2、およびアフリカミドリザル腎細胞株であるCOS7は、ATCCから購入した。
TOPK(GenBankアクセッション番号NM_018492;例えば、SEQ ID NO:85)に由来する9merペプチドおよび10merペプチドで、HLA−A*2402分子およびHLA−A*0201分子のどちらかまたは両方に結合するものを、「NetMHC3.0」結合予測サーバー(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/)(Buus et al.,Tissue Antigens.2003 Nov,62(5):378−84;Nielsen et al.,Protein Sci.2003 May,12(5):1007−17,Bioinformatics.2004 Jun 12:20(9):1388−97)を用いて予測した。これらのペプチドは、Biosynthesis(Lewisville,Texas)により、標準的な固相合成法によって合成し、逆相高速液体クロマトグラフィー(HPLC)によって精製した。該ペプチドの純度(>90%)および同一性を、それぞれ分析用HPLCおよび質量分析によって決定した。ペプチドをジメチルスルホキシドに20mg/mlで溶解し、−80℃で保存した。
単球由来の樹状細胞(DC)を抗原提示細胞として用いて、ヒト白血球抗原(HLA)上に提示されたペプチドに対する細胞傷害性Tリンパ球(CTL)応答を誘導した。DCを、他所に記載されているように、インビトロで作製した(Nakahara S et al.,Cancer Res 2003 Jul 15,63(14):4112−8)。具体的には、健常なボランティア(HLA−A*2402陽性またはHLA−A*0201陽性)からFicoll−Paque plus(Pharmacia)溶液によって単離された末梢血単核細胞を、プラスチック製の組織培養ディッシュ(Becton Dickinson)へ付着させることによって分離し、それらを単球画分として濃縮した。2%の加熱非働化した自己血清(AS)を含むAIM−V培地(Invitrogen)中、1000U/mlの顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(R&D System)および1000U/mlのインターロイキン(IL)−4(R&D System)の存在下で、単球が濃縮された集団を培養した。7日間の培養後、サイトカインで誘導したDCに、AIM−V培地中37℃で3時間、3μg/mlのβ2−ミクログロブリンの存在下で、20μg/mlの各合成ペプチドをパルスした。作製された細胞は、自身の細胞表面上に、CD80、CD83、CD86、およびHLAクラスIIなどのDC関連分子を発現しているようであった(データは示さず)。次いで、ペプチドパルスしたこれらのDCをX線照射(20Gy)によって不活化し、CD8 Positive Isolation Kit(Dynal)を用いた陽性選択によって得られた自己CD8+T細胞と1:20の比率で混合した。これらの培養物を48ウェルプレート(Corning)中に準備し、各ウェルは、0.5mlのAIM−V/2%AS培地中に、1.5×104個のペプチドパルスしたDC、3×105個のCD8+T細胞、および10ng/mlのIL−7(R&D System)を含んだ。3日後、これらの培養物に、IL−2(CHIRON)を最終濃度20IU/mlまで添加した。7日目および14日目に、ペプチドパルスした自己DCでT細胞をさらに刺激した。DCは上記と同じ方法によって毎回調製した。21日目に、3回目のペプチド刺激後、ペプチドパルスしたTISI細胞またはT2細胞に対してCTLを試験した(Tanaka H et al.,Br J Cancer 2001 Jan 5,84(1):94−9;Umano Y et al.,Br J Cancer 2001 Apr 20,84(8):1052−7;Uchida N et al.,Clin Cancer Res 2004 Dec 15,10(24):8577−86;Suda T et al.,Cancer Sci 2006 May,97(5):411−9;Watanabe T et al.,Cancer Sci 2005 Aug,96(8):498−506)。
Riddellら(Walter EA et al.,N Engl J Med 1995 Oct 19,333(16):1038−44;Riddell SR et al.,Nat Med 1996 Feb,2(2):216−23)によって記載されている方法と類似の方法を用いて、CTLを培養下で増殖させた。40ng/mlの抗CD3モノクローナル抗体(Pharmingen)の存在下で、マイトマイシンCによって不活化された2種類のヒトBリンパ芽球様細胞株と共に、合計5×104個のCTLを25mlのAIM−V/5%AS培地中に懸濁した。培養開始1日後に、120IU/mlのIL−2を該培養物に添加した。5、8、および11日目に、30IU/mlのIL−2を含む新たなAIM−V/5%AS培地を、該培養物に供給した(Tanaka H et al.,Br J Cancer 2001 Jan 5,84(1):94−9;Umano Y et al.,Br J Cancer 2001 Apr 20,84(8):1052−7;Uchida N et al.,Clin Cancer Res 2004 Dec 15,10(24):8577−86;Suda T et al.,Cancer Sci 2006 May,97(5):411−9;Watanabe T et al.,Cancer Sci 2005 Aug,96(8):498−506)。
96丸底マイクロタイタープレート(Nalge Nunc International)においてCTL0.3個、1個、および3個/ウェルとなるように、希釈を行った。CTLを、1×104個細胞/ウェルの2種類のヒトBリンパ芽球様細胞株、30ng/mlの抗CD3抗体、および125U/mlのIL−2と共に、合計150μl/ウェルの5%AS含有AIM−V培地中で培養した。10日後、50μl/ウェルのIL−2を、IL−2の最終濃度が125U/mlに到達するように該培地に添加した。14日目にCTL活性を試験し、上記と同一の方法を用いて、CTLクローンを増殖させた。(Uchida N et al.,Clin Cancer Res 2004 Dec 15,10(24):8577−86;Suda T et al.,Cancer Sci 2006 May,97(5):411−9;Watanabe T et al.,Cancer Sci 2005 Aug,96(8):498−506)。
特異的CTL活性を調べるために、IFN−γのELISPOTアッセイおよびIFN−γのELISAを行った。ペプチドパルスしたTISI細胞またはT2細胞(1×104個/ウェル)を刺激細胞として調製した。48ウェルプレート中の培養細胞、CTL株、およびCTLクローンを応答細胞として使用した。IFN−γのELISPOTアッセイおよびIFN−γのELISAを製造業者の手順に従って実施した。
標的遺伝子、HLA−A*2402、またはHLA−A*0201のオープンリーディングフレームをコードするcDNAをPCRによって増幅した。PCR増幅産物を発現ベクターにクローニングした。製造業者の手順に従って、リポフェクタミン2000(Invitrogen)を使用して、標的遺伝子欠損、HLA−A*0201欠損、かつHLA−A*2402欠損の細胞株であるCOS7に該プラスミドをトランスフェクトした。トランスフェクションから2日後、トランスフェクトされた細胞を、ベルセン(Invitrogen)を用いて回収し、CTL活性アッセイのための刺激細胞として使用した(5×104細胞/ウェル)。
TOPKおよびHLA−A*2402またはHLA−A*0201を内因的に発現する標的細胞を認識するCTLクローンの能力について調べた。樹立されたCTLクローンを2晩にわたって標的細胞株(5×104個/ウェル)と共に培養した。インキュベーション後、培養培地中のIFN−γをELISAによって測定した。製造業者の手順に従って、IFN−γのELISAを実施した。
がんにおけるTOPK発現の上昇
cDNAマイクロアレイを使用して様々ながんから得られた包括的遺伝子発現プロファイルデータにより、TOPK(GenBankアクセッション番号NM_018492;例えば、SEQ ID NO:85)の発現が、対応する正常組織と比較してがん組織において特異的に上昇していることが明らかにされた。TOPKの発現が、15例中1例のAML、18例中15例の膀胱癌、40例中36例の乳癌、6例中2例の子宮頸癌、6例中6例の胆管細胞癌、6例中2例の結腸直腸癌、1例中1例のびまん性胃癌、5例中5例のNSCLC、2例中1例のリンパ腫、11例中7例の骨肉腫、19例中12例の前立腺癌、12例中3例の腎癌、14例中14例のSCLC、および29例中15例の軟部組織腫瘍において確かに上昇していた(表1)。
表2aおよび表2bは、HLA−A24に結合するTOPKの9merペプチドおよび10merペプチドを結合親和性の高い順に示す。HLA−A24結合能を有する可能性のある合計40個のペプチドを、エピトープペプチドを決定するために選択し、調べた。
表3aおよび表3bは、HLA−A02結合性のTOPKの9merペプチドおよび10merペプチドをそれぞれ結合親和性の高い順に示す。HLA−A02結合能を有する可能性のある合計44個のペプチドを、エピトープペプチドを決定するために選択し、調べた。
TOPK由来のそれらのペプチドに対するCTLを、「材料および方法」に記載されるプロトコールに従って作製した。ペプチド特異的なCTL活性をIFN−γのELISPOTアッセイによって検出した(図1)。TOPK−A24−9−230(SEQ ID NO:2)を用いたウェル番号#8(a)、TOPK−A24−9−130(SEQ ID NO:3)を用いたウェル番号#3(b)、TOPK−A24−9−232(SEQ ID NO:6)を用いたウェル番号#3(c)、TOPK−A24−10−288(SEQ ID NO:27)を用いたウェル番号#2(d)、および、TOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)を用いたウェル番号#4(e)は、対照ウェルと比較して強力なIFN−γ産生を実証した。一方で、表2aおよび表2bに示される他のペプチドはHLA−A*2402との結合活性を有する可能性があるにもかかわらず、それらのペプチドによる刺激では、特異的なCTL活性が検出されなかった。典型的な陰性データとして、TOPK−A24−9−289(SEQ ID NO:1)により刺激されたCTLからは、特異的なIFN−γ産生が認められなかった(f)。まとめると、これらの結果は、TOPK由来の5個の選択されたペプチドが強力なCTLを誘導できたことを示唆する。
ペプチド特異的なCTL活性をIFN−γのELISPOTアッセイによって検出した(図2)。TOPK−A02−9−240(SEQ ID NO:42)を用いたウェル番号#7(a)、TOPK−A02−9−19(SEQ ID NO:45)を用いたウェル番号#4(b)、TOPK−A02−9−183(SEQ ID NO:47)を用いたウェル番号#2(c)、TOPK−A02−9−235(SEQ ID NO:50)を用いたウェル番号#8(d)、TOPK−A02−9−12(SEQ ID NO:51)を用いたウェル番号#4(e)、TOPK−A02−9−285(SEQ ID NO:53)を用いたウェル番号#3(f)、TOPK−A02−9−47(SEQ ID NO:54)を用いたウェル番号#3(g)、TOPK−A02−10−236(SEQ ID NO:62)を用いたウェル番号#5(h)、TOPK−A02−10−231(SEQ ID NO:63)を用いたウェル番号#3(i)、TOPK−A02−10−47(SEQ ID NO:64)を用いたウェル番号#8(j)、TOPK−A02−10−239(SEQ ID NO:66)を用いたウェル番号#1(k)、TOPK−A02−10−272(SEQ ID NO:71)を用いたウェル番号#1(l)、TOPK−A02−10−88(SEQ ID NO:72)を用いたウェル番号#4(m)、および、TOPK−A02−10−142(SEQ ID NO:76)を用いたウェル番号#4(n)は、対照ウェルと比較して強力なIFN−γ産生を実証した。一方で、表3aおよび表3bに示される他のペプチドはHLA−A*0201との結合活性を有する可能性があるにもかかわらず、それらのペプチドによる刺激では、特異的なCTL活性が検出されなかった。典型的な陰性データとして、TOPK−A02−9−55(SEQ ID NO:41)により刺激されたCTLからは、特異的なIFN−γ産生が認められなかった(o)。まとめると、これらの結果は、TOPK由来の14個の選択されたペプチドが強力なCTLを誘導できたことを示唆する。
IFN−γのELISPOTアッセイにおいてペプチド特異的なCTL活性を示した、TOPK−A24−9−230(SEQ ID NO:2)を用いたウェル番号#8(a)、TOPK−A24−9−130(SEQ ID NO:3)を用いたウェル番号#3(b)、TOPK−A24−9−232(SEQ ID NO:6)を用いたウェル番号#3(c)、TOPK−A24−10−288(SEQ ID NO:27)を用いたウェル番号#2(d)、および、TOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)を用いたウェル番号#4(e)における細胞を増殖させ、CTL株を樹立した。これらのCTL株のCTL活性をIFN−γのELISAによって測定した(図3)。CTL株は、ペプチドパルスしなかった標的細胞と比較して、対応するペプチドをパルスした標的細胞に対して強力なIFN−γ産生を実証した。さらに、「材料および方法」に記載されるように、CTLクローンをCTL株から限界希釈によって樹立し、対応するペプチドをパルスしたTISI細胞に対するCTLクローンからのIFN−γ産生をIFN−γのELISAによって測定した。強力なIFN−γ産生が、TOPK−A24−9−130(SEQ ID NO:3)(a)、TOPK−A24−10−288(SEQ ID NO:27)(b)、およびTOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)(c)により刺激されたCTLクローンから認められた(図4)。
TOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)ペプチドに対して産生された樹立CTLクローンを、TOPKおよびHLA−A*2402分子を発現する標的細胞を認識する能力について調べた。全長のTOPKとHLA−A*2402遺伝子の両方をトランスフェクトしたCOS7細胞(TOPKおよびHLA−A*2402遺伝子を発現する標的細胞のための特異的モデル)を刺激細胞として調製し、全長のTOPKまたはHLA−A*2402のどちらか一方をトランスフェクトしたCOS7細胞を対照として使用した。図7において、TOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)により刺激されたCTLクローンは、TOPKおよびHLA−A*2402の両方を発現するCOS7細胞に対して強力なCTL活性を示した。一方、対照に対して有意な特異的CTL活性は検出されなかった。したがって、これらのデータは、TOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)ペプチドが内因的にプロセシングされ、HLA−A*2402分子とともに標的細胞上に提示され、CTLによって認識されることを明確に実証する。TOPK−A02−9−240(SEQ ID NO:42)ペプチドに対して産生された樹立CTL株を、TOPKおよびHLA−A*0201分子を発現する標的細胞を認識する能力について調べた。全長のTOPKとHLA−A*0201遺伝子の両方をトランスフェクトしたCOS7細胞(TOPKおよびHLA−A*0201遺伝子を発現する標的細胞のための特異的モデル)を刺激細胞として調製し、全長のTOPKまたはHLA−A*0201のどちらか一方をトランスフェクトしたCOS7細胞を対照として使用した。図8において、TOPK−A02−9−240(SEQ ID NO:42)により刺激されたCTL株は、TOPKおよびHLA−A*0201の両方を発現するCOS7細胞に対して強力なCTL活性を示した。一方、対照に対して有意な特異的CTL活性は検出されなかった。したがって、これらのデータは、TOPK−A02−9−240(SEQ ID NO:42)ペプチドが内因的にプロセシングされ、HLA−A*0201分子とともに標的細胞上に提示され、CTLによって認識されることを明確に実証する。これらの結果は、TOPK由来のこれらのペプチドが、TOPKを発現する腫瘍を有する患者にがんワクチンを適用するために利用可能であり得ることを示している。
TOPK−A24−9−230(SEQ ID NO:2)、TOPK−A24−9−130(SEQ ID NO:3)、TOPK−A24−9−232(SEQ ID NO:6)、TOPK−A24−10−288(SEQ ID NO:27)、TOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)、TOPK−A02−9−240(SEQ ID NO:42)、TOPK−A02−9−19(SEQ ID NO:45)、TOPK−A02−9−183(SEQ ID NO:47)、TOPK−A02−9−235(SEQ ID NO:50)、TOPK−A02−9−12(SEQ ID NO:51)、TOPK−A02−9−285(SEQ ID NO:53)、TOPK−A02−9−47(SEQ ID NO:54)、TOPK−A02−10−236(SEQ ID NO:62)、TOPK−A02−10−231(SEQ ID NO:63)、TOPK−A02−10−47(SEQ ID NO:64)、TOPK−A02−10−239(SEQ ID NO:66)、TOPK−A02−10−272(SEQ ID NO:71)、TOPK−A02−10−88(SEQ ID NO:72)またはTOPK−A02−10−142(SEQ ID NO:76)により刺激されたCTLは、有意かつ特異的なCTL活性を示した。この結果は、これらの配列が、ヒト免疫系を感作することが知られている他の分子に由来するペプチドに対して相同的であるという事実に起因する可能性がある。この可能性を排除するために、BLASTアルゴリズム(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi)を用いて、クエリーとしてのこれらのペプチド配列について相同性解析を行い、これにより、有意な相同性を有する配列が認められないことが明らかにされた。相同性解析の結果は、TOPK−A24−9−230(SEQ ID NO:2)、TOPK−A24−9−130(SEQ ID NO:3)、TOPK−A24−9−232(SEQ ID NO:6)、TOPK−A24−10−288(SEQ ID NO:27)、TOPK−A24−10−289(SEQ ID NO:28)、TOPK−A02−9−240(SEQ ID NO:42)、TOPK−A02−9−19(SEQ ID NO:45)、TOPK−A02−9−183(SEQ ID NO:47)、TOPK−A02−9−235(SEQ ID NO:50)、TOPK−A02−9−12(SEQ ID NO:51)、TOPK−A02−9−285(SEQ ID NO:53)、TOPK−A02−9−47(SEQ ID NO:54)、TOPK−A02−10−236(SEQ ID NO:62)、TOPK−A02−10−231(SEQ ID NO:63)、TOPK−A02−10−47(SEQ ID NO:64)、TOPK−A02−10−239(SEQ ID NO:66)、TOPK−A02−10−272(SEQ ID NO:71)、TOPK−A02−10−88(SEQ ID NO:72)およびTOPK−A02−10−142(SEQ ID NO:76)の配列は、固有のものであることを示し、したがって、本発明者らが知る限り、これらの分子が、いくつかの非関連分子に対する意図されない免疫学的応答を引き起こす可能性がほとんどないことを示している。結論として、本明細書において同定されるTOPK由来の新規なHLA−A24エピトープペプチドまたはHLA−A02エピトープペプチドは、がん免疫療法の分野において有用性が見出され得る。
Claims (22)
- 下記の(i)および(ii)からなる群より選択される単離されたペプチド:
(i)下記の(a)または(b)の単離されたペプチド:
(a)SEQ ID NO:2、3、6、27および28からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離されたペプチド、
(b)1個、2個、または数個のアミノ酸が置換、挿入、欠失および/または付加されているSEQ ID NO:2、3、6、27および28からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、CTL誘導能を有する、単離されたペプチド、
(ii)下記の(c)または(d)の単離されたペプチド:
(c)SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む単離されたペプチド、
(d)1個、2個、または数個のアミノ酸が置換、挿入、欠失および/または付加されているSEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、CTL誘導能を有する、単離されたペプチド。 - 以下の特徴の一方または両方を有する、請求項1記載の単離されたペプチド:
(a)SEQ ID NO:2、3、6、27および28からなる群より選択されるアミノ酸配列のN末端から2番目のアミノ酸が、フェニルアラニン、チロシン、メチオニンおよびトリプトファンからなる群より選択されるアミノ酸であるように置換されている、ならびに
(b)SEQ ID NO:2、3、6、27および28からなる群より選択されるアミノ酸配列のC末端アミノ酸が、フェニルアラニン、ロイシン、イソロイシン、トリプトファンおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸であるように置換されている。 - 以下の特徴の一方または両方を有する、請求項1記載の単離されたペプチド:
(a)SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択されるアミノ酸配列のN末端から2番目のアミノ酸が、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸であるように置換されている、ならびに
(b)SEQ ID NO:42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択されるアミノ酸配列のC末端アミノ酸が、バリンおよびロイシンからなる群より選択されるアミノ酸であるように置換されている。 - HLA抗原に結合する能力を有する、請求項1〜3のいずれか一項記載の単離されたペプチド。
- 前記HLA抗原がHLA−A24またはHLA−A2である、請求項4記載の単離されたペプチド。
- ノナペプチドまたはデカペプチドである、請求項1〜5のいずれか一項記載の単離されたペプチド。
- 請求項1〜6のいずれか一項記載の単離されたペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
- CTLを誘導するための組成物であって、請求項1〜6のいずれか一項記載の1種もしくは複数種のペプチドまたは請求項7記載の1種もしくは複数種のポリヌクレオチドを含む、組成物。
- (a)請求項1〜6のいずれか一項記載の1種もしくは複数種のペプチド、
(b)請求項7記載の1種もしくは複数種のポリヌクレオチド、
(c)請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドとHLA抗原との複合体を自身の表面上に提示する1種もしくは複数種のAPC、
(d)請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドとHLA抗原との複合体を自身の表面上に提示する1種もしくは複数種のエキソソーム、または
(e)請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドとHLA抗原との複合体を自身の表面上に提示する細胞を認識することができる1種もしくは複数種のCTL
を、薬学的に許容される担体との組合せで含む薬学的組成物であって、
がんの治療および/もしくは予防、術後のその再発の予防、ならびに/または、がんに対する免疫応答の誘導のために製剤化される、薬学的組成物。 - HLA抗原がHLA−A24またはHLA−A2である対象への投与のために製剤化される、請求項9記載の薬学的組成物。
- 以下からなる群より選択される段階を含む、CTL誘導能を有する抗原提示細胞(APC)を誘導するための方法:
(a)APCを、請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドと、インビトロ、エクスビボまたはインビボで接触させる段階;および
(b)請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドをコードするポリヌクレオチドをAPCに導入する段階。 - 以下からなる群より選択される段階を含む、CTLを誘導するための方法:
(a)CD8陽性T細胞を、HLA抗原と請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するAPCと共培養する段階、
(b)CD8陽性T細胞を、HLA抗原と請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示するエキソソームと共培養する段階、および
(c)T細胞受容体(TCR)サブユニットポリペプチドによって形成されるTCRがHLA抗原と請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドとの複合体に細胞表面上で結合することができる、該TCRサブユニットポリペプチドをコードする1つまたは複数のポリヌクレオチドをCD8陽性T細胞に導入する段階。 - HLA抗原と請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドとの複合体を自身の表面上に提示する、単離されたAPC。
- 請求項11記載の方法によって誘導される、請求項13記載のAPC。
- 請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドを標的とする、単離されたCTL。
- 請求項12記載の方法によって誘導される、請求項15記載のCTL。
- がんに対する免疫応答を対象において誘導する方法であって、請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチド、その免疫学的活性断片、または該ペプチドもしくは該断片をコードするポリヌクレオチドを含む組成物を該対象に投与する段階を含む、方法。
- 請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドに対する抗体またはその免疫学的活性断片。
- 請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むベクター。
- 請求項19記載のベクターにより形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
- 請求項1〜6のいずれか一項記載のペプチド、請求項7記載のポリヌクレオチド、または請求項18記載の抗体を含む、診断キット。
- TOPK由来の断片を提示する細胞に対する特異的細胞傷害活性を有するCTLを誘導する能力を有するペプチドをスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む、方法:
(i)SEQ ID NO:2、3、6、27、28、42、45、47、50、51、53、54、62、63、64、66、71、72および76からなる群より選択される元のアミノ酸配列に対して1個、2個、または数個のアミノ酸残基を置換、欠失、挿入および/または付加することによって改変されたアミノ酸配列からなる候補配列を提供する段階、
(ii)TOPK以外のいかなる公知のヒト遺伝子産物に由来するペプチドとも実質的に有意な相同性を有さない候補配列を選択する段階、
(iii)段階(ii)において選択される前記候補配列からなるペプチドを抗原提示細胞と接触させる段階、
(iv)段階(c)の前記抗原提示細胞をCD8陽性T細胞と接触させる段階、ならびに
(v)CTL誘導能が、前記元のアミノ酸配列からなるペプチドと同じであるかまたはそれよりも高い前記ペプチドを特定する段階。
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