JP2010227112A - 肺癌の治療および診断のための組成物および方法 - Google Patents

肺癌の治療および診断のための組成物および方法 Download PDF

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Abstract

【課題】 癌（特に、肺癌）の治療および診断のための組成物および方法を提供する。
【解決手段】 例示的な組成物は、１つ以上肺腫瘍ポリペプチド、その免疫原性部分、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、このようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞、およびこのようなポリペプチドを発現する細胞に特異的なＴ細胞を含む。開示された組成物は、例えば、疾患、特に肺癌の診断、予防および／または処置において有用である。このようなポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、肺癌の診断および処置のための薬学的組成物（例えば、ワクチン）、および他の組成物において用いられ得る。
【選択図】 なし

Description

（発明の技術分野）
本発明は概して、癌（例えば、肺癌）の治療および診断に関する。本発明は、より詳細には、肺腫瘍タンパク質の少なくとも一部を含むポリペプチド、およびこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに関する。このようなポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、肺癌の診断および処置のための薬学的組成物（例えば、ワクチン）、および他の組成物において用いられ得る。
（発明の背景）
（発明の分野）
癌は、世界中の重大な健康の問題である。癌の検出および治療において進歩はあったが、予防および／または処置のためのワクチンまたは他の普遍的に首尾良い方法は、現在利用可能でない。化学療法または手術および放射の組合わせに一般的に基づく、現在の治療は、多くの患者において不適切であることが示され続けている。
（関連分野の説明）
肺癌は、米国における男性および女性の両方における癌での死亡の主な原因であり、１９９４年には１７２，０００件の新しい症例が報告されたと見積もられた。全ての肺癌患者における５年間の生存率は、診断時における疾患の病期に関わらず、１３％に過ぎない。これは、検出された症例における４６％の５年間生存率と対照的であるが、この疾患は、なお局在される。しかし、肺癌が広がる前に発見されるのは、この疾患の１６％に過ぎない。
これらの癌および他の癌のための治療におけるかなりの研究にも関わらず、肺癌は、診断および効果的に処置することが困難なままである。従って、当該分野において、このような癌を検出および処置するための改良された方法への必要性が残っている。本発明は、これらの必要性を満たし、そしてさらに他の関連する利点を提供する。
（発明の要旨）
１つの局面において、本発明はポリヌクレオチド組成物を提供し、このポリヌクレオチド組成物は、以下：
（ａ）配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７，４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９に提供される配列；
（ｂ）配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７、４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９に提供される配列の相補体；
（ｃ）配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７、４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９に提供される配列の少なくとも１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、７５個および１００個連続する残基からなる配列；
（ｄ）配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７、４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９に提供される配列に中程度にストリンジェントな条件または高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列；
（ｅ）配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７、４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９の配列に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する配列；ならびに
（ｆ）配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７、４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９に提供される配列の縮重改変体、
からなる群より選択される配列を含む。
１つの好ましい実施形態において、本発明のポリヌクレオチド組成物は、試験された肺腫瘍サンプルの少なくとも約２０％において、より好ましくは少なくとも約３０％において、そして最も好ましくは少なくとも約５０％において、正常組織のレベルの少なくとも約２倍、好ましくは少なくとも約５倍、そして最も好ましくは少なくとも約１０倍のレベルで、発現される。
本発明は、別の局面において、上記のポリヌクレオチド配列によってコードされたアミノ酸配列を含むポリペプチド組成物を提供する。
本発明はさらに、配列番号１５２、１５５、１５６、１６５、１６６、１６９、１７０、１７２、１７４、１７６、２２６〜２５２、３３８〜３４４、３４６、３５０、３５７、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７６〜３８２、３８７〜４１９、４２３、４２７、４３０、４３３、４４１、４４３、４４６、４４９、４５１〜４６６、４６８〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４８６、および４９０〜５６０に示される配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド組成物を提供する。
特定の好ましい実施形態において、本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドは、本明細書中にさらに記載されるように、免疫原性である。すなわち、これらは、免疫応答（特に、体液性および／または細胞性免疫応答）を誘発し得る。
本発明はさらに、開示されたポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド配列のフラグメント、改変体および／または誘導体を提供し、ここで、フラグメント、改変体および／または誘導体は、好ましくは、配列番号１５２、１５５、１５６、１６５、１６６、１６９、１７０、１７２、１７４、１７６、２２６〜２５２、３３８〜３４４、３４６、３５０、３５７、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７６〜３８２、３８７〜４１９、４２３、４２７、４３０、４３３、４４１、４４３、４４６、４４９、４５１〜４６６、４８６、および４９０から５６０に示されるポリペプチド配列、または配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７、４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９に示されるポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド配列の少なくとも約５０％の免疫原性活性のレベル、好ましくは少なくとも約７０％そしてより好ましくは少なくとも約９０％の免疫原性活性のレベルを有する。
本発明はさらに、上記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、このようなポリヌクレオチドを含む発現ベクター、およびこのような発現ベクターで形質転換されたかまたはトランスフェクトされた宿主細胞を提供する。
他の局面において、本発明は、上記のようなポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含む薬学的組成物および生理学的に受容可能なキャリアを提供する。
本発明の関連した局面において、薬学的組成物（例えば、ワクチン組成物）が、予防適用または治療適用のために提供される。このような組成物は、一般に、本発明の免疫原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび免疫刺激剤（例えば、アジュバント）を含む。
本発明はさらに、以下を含む薬学的組成物を提供する：（ａ）本発明のポリペプチドに特異的に結合する抗体もしくはそれらの抗原結合フラグメント、またはそれらのフラグメント；および（ｂ）生理学的に受容可能なキャリア。
さらなる局面において、本発明は、以下を含む薬学的組成物を提供する：（ａ）上記のようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞および（ｂ）薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤。例示的な抗原提示細胞としては、樹状細胞、マクロファージ、単球、線維芽細胞およびＢ細胞が挙げられる。
関連した局面において、以下を含む薬学的組成物が提供される：（ａ）上記のようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞および（ｂ）免疫刺激剤。
本発明はさらに、他の局面において、代表的に、生理学的に受容可能なキャリアおよび／または免疫刺激剤を含む薬学的組成物（例えば、ワクチン組成物）の形態で、上記のような少なくとも１つのポリペプチドを含む融合タンパク質、ならびにこのような融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを提供する。この融合タンパク質は、上記のように、複数の免疫原性ポリペプチドまたはその部分／改変体を含み得、そしてポリペプチドの発現、精製および／または免疫原性を容易にする１つ以上のポリペプチドセグメントをさらに含み得る。
さらなる局面において、本発明は、患者における免疫応答（好ましくは、ヒト患者におけるＴ細胞応答）を刺激するための方法を提供し、この方法は、本明細書中に記載された薬学的組成物を投与する工程を包含する。患者は、肺癌に冒され得るか（この場合、この方法が疾患の処置を提供する）、またはこのような疾患についての危険性が考えられる患者は、予防的に処置され得る。
さらなる局面において、本発明は、患者における癌の発生を阻害するための方法を提供し、この方法は、上記のような薬学的組成物を患者に投与する工程を包含する。患者は、肺癌に冒され得るか（この場合、この方法が疾患の処置を提供する）、またはこのような疾患についての危険性が考えられる患者は、予防的に処置され得る。
本発明は、他の局面において、生物学的サンプルから腫瘍細胞を除去する方法をさらに提供する。この方法は、生物学的サンプルと、本発明のポリペプチドと特異的に反応するＴ細胞とを接触させる工程を包含し、ここで、この接触させる工程は、このサンプルからのこのタンパク質を発現する細胞の除去を可能にするための条件下および十分な時間で実施される。
関連する局面において、患者における癌の発達を阻害するための方法が提供される。この方法は、上記のように処理された生物学的サンプルを患者に投与する工程を包含する。
他の局面において、本発明のポリペプチドに特異的なＴ細胞を刺激するか、そして／または、これらを増大する方法がさらに提供される。これらの方法は、Ｔ細胞の刺激および／または増大を可能にするための条件下および十分な時間で、以下の１つ以上とＴ細胞とを接触させる工程を包含する：（ｉ）上記のようなポリペプチド；（ｉｉ）このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および／または（ｉｉｉ）このようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞。上記のように調製されたＴ細胞を含む単離されたＴ細胞集団がまた、提供される。
さらなる局面において、本発明は、患者における癌の発達を阻害する方法を提供する。この方法は、上記のように有効量のＴ細胞集団を患者に投与する工程を包含する。
本発明はさらに、患者における癌の発達を阻害する方法を提供する。この方法は、以下の工程を包含する：（ａ）以下の１つ以上を有する患者から単離したＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞をインキュベートする工程：（ｉ）本明細書中で開示されたポリペプチドの少なくとも１つの免疫原性部位を含むポリペプチド；（ｉｉ）このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および（ｉｉｉ）このようなポリペプチドを発現した抗原提示細胞；ならびに（ｂ）有効量の増殖したＴ細胞を患者に投与し、それによって、患者における癌の発達を阻害する工程。増殖した細胞は、患者への投与前にクローン化され得るが、必ずしもクローン化するに及ばない。
さらなる局面において、本発明は、患者において癌（好ましくは肺癌）の存在または非存在を決定するための方法を提供する。この方法は、以下を包含する：（ａ）患者から得た生物学的サンプルと、上に列挙したポリペプチドに結合する結合因子とを接触させる工程；（ｂ）サンプル中で、この結合因子に結合するポリペプチドの量を検出する工程；および（ｃ）このポリペプチドの量と事前に決定していたカットオフ値とを比較し、それによって患者における癌の存在または非存在を決定する工程。好ましい実施形態において、この結合因子は、抗体であり、より好ましくはモノクローナル抗体である。
他の局面において、本発明はまた、患者における癌の進行をモニタリングする方法を提供する。このような方法は、以下の工程を包含する：（ａ）最初の時点で患者から得た生物学的サンプルと上に列挙したポリペプチドプチドに結合する結合因子とを接触させる工程；（ｂ）サンプルにおいて、この結合因子に結合するポリペプチドの量を検出する工程；（ｃ）次の時点において、患者から得られた生物学的サンプルを使用し、工程（ａ）および工程（ｂ）を反復する工程；ならびに（ｄ）工程（ｃ）において検出されたポリペプチドの量を工程（ｂ）において検出された量と比較し、それらによって、患者における癌の進行をモニタリングする工程。
他の局面において、本発明は、患者の癌の存在または非存在を決定するための方法をさらに提供する。この方法は以下の工程を包含する：（ａ）患者から得られた生物学的サンプルと、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとを接触させる工程；（ｂ）そのサンプルにおいて、そのオリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチド、好ましくはｍＲＮＡのレベルを検出する工程；ならびに（ｃ）そのオリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドのレベルと事前に決定されたカットオフ値とを比較して、それによって患者の癌の存在または非存在を検出する工程。特定の実施形態において、ｍＲＮＡの量は、例えば、上記に列挙されるようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはそのようなポリヌクレオチドの相補体とハイブリダイズする、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応によって検出される。他の実施形態において、ｍＲＮＡの量は、上記に列挙されるようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはそのようなポリヌクレオチドの相補体とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブを使用する、ハイブリダイゼーション技術を使用して検出される。
関連する局面において、患者の癌の進行をモニタリングする方法が、提供され、その方法は以下の工程を包含する：（ａ）患者から得られた生物学的サンプルと、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとを接触させる工程；（ｂ）そのサンプルにおいて、そのオリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出する工程；ならびに（ｃ）次の時点において、患者から得られた生物学的サンプルを使用し、工程（ａ）および工程（ｂ）を反復する工程；ならびに（ｄ）（ｃ）において検出されたポリヌクレオチドの量を工程（ｂ）において検出された量と比較し、それらによって、患者における癌の進行をモニタリングする工程。
さらなる局面において、本発明は、上記のようなポリペプチドに結合する抗体（例えば、モノクロナール抗体）ならびにこのような抗体を含む診断キットを提供する。上記のような１つ以上のオリゴヌレクオチドプローブまたはオリゴヌレクオチドプライマーを含む診断キットがまた、提供される。
本発明のこれらの局面および他の局面は、以下の詳細な説明および添付の図面を参照することによって明らかになる。本明細書中で開示される全ての参考文献は、各々が個々に援用されるがごとく参考としてその全体が本明細書によって援用される。
（配列識別子）
配列番号１は、ＬＳＴ−Ｓ１−２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２は、ＬＳＴ−Ｓ１−２８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３は、ＬＳＴ−Ｓ１−９０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４は、ＬＳＴ−Ｓ１−１４４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５は、ＬＳＴ−Ｓ１−１３３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６は、ＬＳＴ−Ｓ１−１６９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７は、ＬＳＴ−Ｓ２−６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８は、ＬＳＴ−Ｓ２−１１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９は、ＬＳＴ−Ｓ２−１７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０は、ＬＳＴ−Ｓ２−２５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１は、ＬＳＴ−Ｓ２−３９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２は、ＬＳＴ−Ｓ２−４３について決定された第一のｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３は、ＬＳＴ−Ｓ２−４３について決定された第二のｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４は、ＬＳＴ−Ｓ２−６５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５は、ＬＳＴ−Ｓ２−６８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６は、ＬＳＴ−Ｓ２−７２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７は、ＬＳＴ−Ｓ２−７４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８は、ＬＳＴ−Ｓ２−１０３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１Ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−２Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−４Ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−５Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２３は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−６Ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２４は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−７Ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−７Ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−８Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−８Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−９Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−９Ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１０Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１０Ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１１Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。配列番号３３は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１２Ｃについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１２Ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−３Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３６は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−６Ｃについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３７は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−５Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３８は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−５Ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−６Ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−８Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４１は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−８Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−１０Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４３は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−９Ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４４は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−９Ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４５は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−１２Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４６は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−２Ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４７は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−５Ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４８は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−６Ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−７Ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−８Ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５１は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−９Ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５２は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−１２Ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５３は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−２Ｃについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５４は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−１Ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５５は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−４Ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５６は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−３Ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５７は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−５Ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５８は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−９Ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号５９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−１０Ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−１２Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６１は、ＬＳＴ−Ｓ３−２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６２は、ＬＳＴ−Ｓ３−４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６３は、ＬＳＴ−Ｓ３−７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６４は、ＬＳＴ−Ｓ３−８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６５は、ＬＳＴ−Ｓ３−１２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６６は、ＬＳＴ−Ｓ３−１３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６７は、ＬＳＴ−Ｓ３−１４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６８は、ＬＳＴ−Ｓ３−１６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号６９は、ＬＳＴ−Ｓ３−２１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７０は、ＬＳＴ−Ｓ３−２２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７１は、ＬＳＴ−Ｓ１−７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７２は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１Ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７３は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１Ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７４は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−３Ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７５は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−４Ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７６は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−６Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７７は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−８Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７８は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１０Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号７９は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１０Ｃについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８０は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−９Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８１は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１０Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８２は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−９Ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８３は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１１Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８４は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１２Ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８５は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１１Ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８６は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１２Ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８７は、Ｌ５１３Ｓ（Ｔ３）について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８８は、Ｌ５１３Ｓコンティグ１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号８９は、Ｌ５１４Ｓについて決定された第一のｃＤＮＡ配列である。
配列番号９０は、Ｌ５１４Ｓについて決定された第二のｃＤＮＡ配列である。
配列番号９１は、Ｌ５１６Ｓについて決定された第一のｃＤＮＡ配列である。
配列番号９２は、Ｌ５１６Ｓについて決定された第二のｃＤＮＡ配列である。
配列番号９３は、Ｌ５１７Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９４は、ＬＳＴ−Ｓ１−１６９（Ｌ５１９Ｓとしても公知）について伸長されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号９５は、Ｌ５２０Ｓについて決定された第一のｃＤＮＡ配列である。
配列番号９６は、Ｌ５２０Ｓについて決定された第二のｃＤＮＡ配列である。
配列番号９７は、Ｌ５２１Ｓについて決定された第一のｃＤＮＡ配列である。
配列番号９８は、Ｌ５２１Ｓについて決定された第二のｃＤＮＡ配列である。
配列番号９９は、Ｌ５２２Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１００は、Ｌ５２３Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０１は、Ｌ５２４Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０２は、Ｌ５２５Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０３は、Ｌ５２６Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０４は、Ｌ５２７Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０５は、Ｌ５２８Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０６は、Ｌ５２９Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０７は、Ｌ５３０Ｓについて決定された第一のｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０８は、Ｌ５３０Ｓについて決定された第二のｃＤＮＡ配列である。
配列番号１０９は、Ｌ５３１Ｓ短型について決定された全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１０は、配列番号１０９によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１１１は、Ｌ５３１Ｓ長型について決定された全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１２は、配列番号１１１によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１１３は、Ｌ５２０Ｓについて決定された全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１４は、配列番号１１３によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１１５は、コンティグ１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１６は、コンティグ３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１７は、コンティグ４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１８は、コンティグ５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１１９は、コンティグ７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２０は、コンティグ８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２１は、コンティグ９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２２は、コンティグ１０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２３は、コンティグ１２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２４は、コンティグ１１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２５は、コンティグ１３（Ｌ７６１Ｐとしても公知）について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２６は、コンティグ１５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２７は、コンティグ１６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２８は、コンティグ１７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１２９は、コンティグ１９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３０は、コンティグ２０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３１は、コンティグ２２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３２は、コンティグ２４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３３は、コンティグ２９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３４は、コンティグ３１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３５は、コンティグ３３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３６は、コンティグ３８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３７は、コンティグ３９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３８は、コンティグ４１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１３９は、コンティグ４３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４０は、コンティグ４４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４１は、コンティグ４５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４２は、コンティグ４７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４３は、コンティグ４８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４４は、コンティグ４９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４５は、コンティグ５０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４６は、コンティグ５３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４７は、コンティグ５４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４８は、コンティグ５６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１４９は、コンティグ５７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５０は、コンティグ５８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５１は、Ｌ５３０Ｓの全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５２は、配列番号１５１によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１５３は、Ｌ５１４Ｓの第一の改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５４は、Ｌ５１４Ｓの第二の改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５５は、配列番号１５３によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１５６は、配列番号１５４によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１５７は、コンティグ５９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５８は、Ｌ７６３Ｐ（コンティグ２２とも呼ばれる）の全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１５９は、配列番号１５８によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１６０は、Ｌ７６２Ｐ（コンティグ１７とも呼ばれる）の全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６１は、配列番号１６０によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１６２は、Ｌ５１５Ｓについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６３は、Ｌ５２４Ｓの第一の改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６４は、Ｌ５２４Ｓの第二の改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６５は、配列番号１６３によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１６６は、配列番号１６４によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１６７は、Ｌ７６２Ｐの第一の改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６８は、Ｌ７６２Ｐの第二の改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１６９は、配列番号１６７によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１７０は、配列番号１６８によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１７１は、Ｌ７７３Ｐ（コンティグ５６とも呼ばれる）の全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７２は、配列番号１７１によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１７３は、Ｌ５１９Ｓについて伸長されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７４は、配列番号１７４によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号１７５は、Ｌ５２３Ｓの全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７６は、配列番号１７５によってコードされるアミノ酸配列である。
配列番号１７７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−７Ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−８Ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１７９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−８Ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８０は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−１０Ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−１０Ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−１２Ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−１１Ｃについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１ｃについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８５は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−２ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８６は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−２Ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−４ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−４ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１８９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−４ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９０は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−３ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−５ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−５ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−６ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−７ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９５は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−８ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９６は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−７ｄについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−７ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−８ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号１９９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−７ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２００は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−９ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−９ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１１ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１１ｃについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｃについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０５は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０６は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１１ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２０９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１０は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−１ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−２ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−２ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−１ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ａについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１５は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ｂについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１６は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−３ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２１９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ｈについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２０は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−５ｃについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−５ｅについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−６ｆについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−５ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−６ｇについて決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２２５は、Ｌ５２８Ｓのアミノ酸配列である。
配列番号２２６〜２５１は、Ｌ７６２Ｐ由来の合成ペプチドである。
配列番号２５２は、Ｌ５１４Ｓの発現されたアミノ酸配列である。
配列番号２５３は、配列番号２５２に対応するＤＮＡ配列である。
配列番号２５４は、Ｌ７６２Ｐ発現構築物のＤＮＡ配列である。
配列番号２５５は、クローン２３７８５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５６は、クローン２３７８６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５７は、クローン２３７８８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５８は、クローン２３７９０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２５９は、クローン２３７９３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６０は、クローン２３７９４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６１は、クローン２３７９５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６２は、クローン２３７９６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６３は、クローン２３７９７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６４は、クローン２３７９８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６５は、クローン２３７９９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６６は、クローン２３８００について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６７は、クローン２３８０２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６８は、クローン２３８０３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２６９は、クローン２３８０４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７０は、クローン２３８０５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７１は、クローン２３８０６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７２は、クローン２３８０７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７３は、クローン２３８０８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７４は、クローン２３８０９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７５は、クローン２３８１０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７６は、クローン２３８１１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７７は、クローン２３８１２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７８は、クローン２３８１３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２７９は、クローン２３８１５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８０は、クローン２５２９８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８１は、クローン２５２９９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８２は、クローン２５３００について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８３は、クローン２５３０１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８４は、クローン２５３０４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８５は、クローン２５３０９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８６は、クローン２５３１２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８７は、クローン２５３１７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８８は、クローン２５３２１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２８９は、クローン２５３２３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９０は、クローン２５３２７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９１は、クローン２５３２８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９２は、クローン２５３３２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９３は、クローン２５３３３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９４は、クローン２５３３６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９５は、クローン２５３４０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９６は、クローン２５３４２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９７は、クローン２５３５６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９８は、クローン２５３５７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号２９９は、クローン２５３６１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３００は、クローン２５３６３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０１は、クローン２５３９７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０２は、クローン２５４０２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０３は、クローン２５４０３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０４は、クローン２５４０５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０５は、クローン２５４０７について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０６は、クローン２５４０９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０７は、クローン２５３９６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０８は、クローン２５４１４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３０９は、クローン２５４１０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１０は、クローン２５４０６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１１は、クローン２５３０６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１２は、クローン２５３６２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１３は、クローン２５３６０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１４は、クローン２５３９８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１５は、クローン２５３５５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１６は、クローン２５３５１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１７は、クローン２５３３１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１８は、クローン２５３３８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３１９は、クローン２５３３５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２０は、クローン２５３２９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２１は、クローン２５３２４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２２は、クローン２５３２２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２３は、クローン２５３１９について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２４は、クローン２５３１６について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２５は、クローン２５３１１について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２６は、クローン２５３１０について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２７は、クローン２５３０２について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２８は、クローン２５３１５について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３２９は、クローン２５３０８について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３０は、クローン２５３０３について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３１〜３３７は、ｐ５３腫瘍サプレッサーホモログ（相同体）のアイソフォームであるｐ６３（Ｌ５３０Ｓとも呼ばれる）のｃＤＮＡ配列である。
配列番号３３８〜３４４は、それぞれ、配列番号３３１〜３３７によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号３４５は、抗原Ｌ７６３Ｐの第二のｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４６は、配列番号３４５の配列によってコードされるアミノ酸配列である。
配列番号３４７は、Ｌ５２３Ｓについて決定された全長ｃＤＮＡ配列である。
配列番号３４８は、配列番号３４７によってコードされたアミノ酸配列である。
配列番号３４９は、Ｌ７７３ＰのＮ末端部分をコードするｃＤＮＡ配列である。
配列番号３５０は、Ｌ７７３ＰのＮ末端部分のアミノ酸配列である。
配列番号３５１は、Ｒａ１２およびＬ７６３ＰのＮ末端部分の融合物のＤＮＡ配列である。
配列番号３５２は、Ｒａ１２およびＬ７６３ＰのＮ末端部分の融合物のアミノ酸配列である。
配列番号３５３は、Ｒａ１２およびＬ７６３ＰのＣ末端部分の融合物のＤＮＡ配列である。
配列番号３５４は、Ｒａ１２およびＬ７６３ＰのＣ末端部分の融合物のアミノ酸配列である。
配列番号３５５は、プライマーである。
配列番号３５６は、プライマーである。
配列番号３５７は、発現された組み換えＬ７６２Ｐのタンパク質配列である。
配列番号３５８は、発現された組み換えＬ７６２ＰのＤＮＡ配列である。
配列番号３５９は、プライマーである。
配列番号３６０は、プライマーである。
配列番号３６１は、発現された組み換えＬ７７３Ｐ Ａのタンパク質配列である。
配列番号３６２は、発現された組み換えＬ７７３Ｐ ＡのＤＮＡ配列である。
配列番号３６３は、クローンＬ７７３Ｐポリペプチド由来のエピトープである。
配列番号３６４は、配列番号３６３のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。
配列番号３６５は、クローンＬ７７３Ｐポリペプチド由来のエピトープである。
配列番号３６６は、配列番号３６５のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。
配列番号３６７は、配列番号１６１（クローンＬ７６２Ｐ）のアミノ酸５７１〜５９０からなるエピトープである。
配列番号３６８は、コンティグ１３（配列番号１２５）（Ｌ７６１Ｐとも呼ばれる）の全長ＤＮＡ配列である。
配列番号３６９は、配列番号３６８のＤＮＡ配列によってコードされるタンパク質配列である。
配列番号３７０は、Ｌ７６２ＰのＤＮＡ配列のヌクレオチド２０７１〜２１３０である。
配列番号３７１は、Ｌ７６２ＰのＤＮＡ配列のヌクレオチド１４４１〜１５００である。
配列番号３７２は、Ｌ７６２ＰのＤＮＡ配列のヌクレオチド１９３６〜１９５５である。
配列番号３７３は、Ｌ７６２ＰのＤＮＡ配列のヌクレオチド２６２０〜２６７９である。
配列番号３７４は、Ｌ７６２ＰのＤＮＡ配列のヌクレオチド１８０１〜１８６０である。
配列番号３７５は、Ｌ７６２ＰのＤＮＡ配列のヌクレオチド１５３１〜１５９１である。
配列番号３７６は、配列番号３７３によってコードされるＬ７６２Ｐペプチドのアミノ酸配列である。
配列番号３７７は、配列番号３７０によってコードされるＬ７６２Ｐペプチドのアミノ酸配列である。
配列番号３７８は、配列番号３７２によってコードされるＬ７６２Ｐペプチドのアミノ酸配列である。
配列番号３７９は、配列番号３７４によってコードされるＬ７６２Ｐペプチドのアミノ酸配列である。
配列番号３８０は、配列番号３７１によってコードされるＬ７６２Ｐペプチドのアミノ酸配列である。
配列番号３８１は、配列番号３７５によってコードされるＬ７６２Ｐペプチドのアミノ酸配列である。
配列番号３８２は、Ｌ７６２Ｐのエピトープのアミノ酸配列である。
配列番号３８３〜３８６はＰＣＲプライマーである。
配列番号３８７〜３９５は、Ｌ７７３Ｐペプチドのアミノ酸配列である。
配列番号３９６〜４１９は、Ｌ５２３Ｓペプチドのアミノ酸配列である。
配列番号４２０は、クローン番号１９０１４について決定されたｃＤＮＡ配列である。
配列番号４２１は、Ｌ５１４Ｓ−１３１６０コーディング領域のフォワードプライマーＰＤＭ−２７８である。
配列番号４２２は、Ｌ５１４Ｓ−１３１６０コーディング領域のリバースプライマーＰＤＭ−２７８である。
配列番号４２３は、発現された組み換えＬ５１４Ｓのアミノ酸配列である。
配列番号４２４は、組み換えＬ５１４ＳのＤＮＡコード配列である。
配列番号４２５は、Ｌ５２３Ｓコーディング領域のフォワードプライマーＰＤＭ−４１４である。
配列番号４２６は、Ｌ５２３Ｓコーディング領域のリバースプライマーＰＤＭ−４１４である。
配列番号４２７は、発現された組み換えＬ５２３Ｓのアミノ酸配列である。
配列番号４２８は、組み換えＬ５２３ＳのＤＮＡコード配列である。
配列番号４２９は、Ｌ７６２ＰＡコーディング領域のリバースプライマーＰＤＭ−２７９である。
配列番号４３０は、発現された組み換えＬ７６２ＰＡのアミノ酸配列である。
配列番号４３１は、組み換えＬ７６２ＰＡのＤＮＡコード配列である。
配列番号４３２は、Ｌ７７３Ｐコーディング領域のリバースプライマーＰＤＭ−３００である。
配列番号４３３は、発現された組み換えＬ７７３Ｐのアミノ酸配列である。
配列番号４３４は、組み換えＬ７７３ＰのＤＮＡコード配列である。
配列番号４３５は、ＴＣＲ Ｖα８のフォワードプライマーである。
配列番号４３６は、ＴＣＲ Ｖα８のリバースプライマーである。
配列番号４３７は、ＴＣＲ Ｖβ８のフォワードプライマーである。
配列番号４３８は、ＴＣＲ Ｖβ８のリバースプライマーである。
配列番号４３９は、肺抗原Ｌ７６２Ｐに特異的なＴＣＲクローンのＴＣＲ Ｖα ＤＡＮ配列である。
配列番号４４０は、肺抗原Ｌ７６２Ｐに特異的なＴＣＲクローンのＴＣＲ Ｖβ ＤＡＮ配列である。
配列番号４４１は、Ｌ７６３ペプチド番号２６４８のアミノ酸配列である。
配列番号４４２は、クローンＬ５２９Ｓ（配列番号１０６）のクローニングされた部分的配列の予想全長ｃＤＮＡである。
配列番号４４３は、配列番号４４２によってコードされた推定アミノ酸配列である。
配列番号４４４は、クローンＬ５２３Ｓのコード領域のフォワードプライマーＰＤＭ−７３４である。
配列番号４４５は、クローンＬ５２３Ｓのコード領域のリバースプライマーＰＤＭ−７３５である。
配列番号４４６は、発現された組み換えＬ５２３Ｓのアミノ酸配列である。
配列番号４４７は、組み換えＬ５２３ＳのＤＮＡコード配列である。
配列番号４４８は、クローンＬ５２３Ｓのコード領域の別のフォワードプライマーＰＤＭ−７３３である。
配列番号４４９は、第二の、発現された組み換え体Ｌ５２３Ｓのアミノ酸配列である。
配列番号４５０は、第二の組み換え体Ｋ５２３ＳのＤＮＡコード配列である。
配列番号４５１は、抗体の生成においてＬ５１４Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸８６〜１１０に相当する。
配列番号４５２は、抗体の生成においてＬ５１４Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸２１〜４５に相当する。
配列番号４５３は、抗体の生成においてＬ５１４Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸１２１〜１３５に相当する。
配列番号４５４は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸４４０〜４６０に相当する。
配列番号４５５は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸１５６〜１７５に相当する。
配列番号４５６は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸３２６〜３４５に相当する。
配列番号４５７は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸４０〜５９に相当する。
配列番号４５８は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸８０〜９９に相当する。
配列番号４５９は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸１６０〜１７９に相当する。
配列番号４６０は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸１８０〜１９９に相当する。
配列番号４６１は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸３２０〜３３９に相当する。
配列番号４６２は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸３４０〜３５９に相当する。
配列番号４６３は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸３７０〜３８９に相当する。
配列番号４６４は、抗体の生成においてＬ５２３Ｓ特異的なエピトープであるアミノ酸３８０〜３９９に相当する。
配列番号４６５は、Ｌ５２３Ｓ特異的なＣＴＬ株６Ｂ１によって認識されたＬ５２３Ｓのエピトープであるアミノ酸３７〜５５に相当する。
配列番号４６６は、Ｌ５２３Ｓ特異的なＣＴＬ株６Ｂ１によって認識されたＬ５２３Ｓのマッピングされた抗原性エピトープであるアミノ酸４１〜５１に相当する。
配列番号４６７は、配列番号４６６をコードするＤＮＡ配列に相当する。
配列番号４６８は、ｈＬ５２３Ｓのペプチド１６、１７のアミノ酸に相当する。
配列番号４６９は、ｍＬ５２３Ｓのペプチド１６、１７のアミノ酸に相当する。
配列番号４７０は、Ｌ５２３Ｓの２０残基ペプチド番号４のアミノ酸に相当する。
配列番号４７１は、Ｌ５２３Ｓの重複した２０残基ペプチド番号１４〜１９のアミノ酸に相当する。
配列番号４７２は、Ｌ５２３Ｓの重複した２０残基ペプチド番号２０〜２５のアミノ酸に相当する。
配列番号４７３は、Ｌ５２３Ｓの重複した２０残基ペプチド番号２６〜３０．５のアミノ酸に相当する。
配列番号４７４は、Ｌ５２３Ｓの重複した２０残基ペプチド番号３１〜３６のアミノ酸に相当する。
配列番号４７５は、Ｌ５２３Ｓの重複した２０残基ペプチド番号３７〜４０．５のアミノ酸に相当する。
配列番号４７６は、Ｌ５２３Ｓの重複した２０残基ペプチド番号４１〜４６．５のアミノ酸に相当する。
配列番号４７７は、Ｌ５２３Ｓの重複した２０残基ペプチド番号４７〜５３のアミノ酸に相当する。
配列番号４７８は、Ｌ５２３Ｓの全長ＯＲＦをコードするｃＤＮＡ。
配列番号４７９は、Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ−Ｌ５２３Ｓ（Ｌ５２３Ｓの全長ＯＲＦをコードするｃＤＮＡを含むＡｄｅｎｏｖｉｒｕｓベクター）のｃＤＮＡ配列。
配列番号４８０は、配列番号４７９に示されているＡｄｅｎｏｖｉｒｕｓベクターから発現される全長Ｌ５２３Ｓタンパク質のアミノ酸配列。
配列番号４８１は、実施例３７で記載されているＣＤ８ Ｔ細胞エピトープを含むＬ５２３Ｓのアミノ酸９〜２７。
配列番号４８２は、実施例３７で記載されているＣＤ４ Ｔ細胞エピトープを含むＬ５２３Ｓのアミノ酸３３〜７５。
配列番号４８３は、Ｒｈｅｓｕｓ ｍａｃａｑｕｅ Ｌ５２３Ｓホモログについて決定されたｃＤＮＡ。
配列番号４８４は、Ｒｈｅｓｕｓ ｍａｃａｑｕｅ Ｌ５２３Ｓホモログについて予想されるアミノ酸配列（配列番号４８３に示すポリヌクレオチド配列にコードされている）。
配列番号４８５は、バキュロウィルスシステムを用いた子運中細胞での発現のためにＫｏｚａｃｋコンセンサス配列およびＣ末端１０ＸＨｉｓ Ｔａｇを伴う全長Ｒｈｅｓｕｓ ｍａｃａｑｕｅ Ｌ５２３Ｓ ｃＤＮＡ。
配列番号４８６は、配列番号４８５に示されるポリヌクレオチドによってコードされている全長Ｌ５２３Ｓアミノ酸配列。
配列番号４８７は、Ｌ５２３Ｆ１ ＰＣＲプレイマー。
配列番号４８８は、Ｌ５２３ＲＶ１ ＰＣＲプレイマー。
配列番号４８９は、配列番号４９０に示されるＬ５１４Ｓの最低限のエピトープをコードするｃＤＮＡ。
配列番号４９０は、Ｌ５１４Ｓのペプチド番号１０最低限のエピトープのアミノ酸配列。
配列番号４９１は、Ｌ５２３Ｓの最低限の９残基ＣＴＬエピトープ。
配列番号４９２は、ＮＹ−ＥＳＯ−１のペプチド番号２のアミノ酸配列。
配列番号４９３は、ＮＹ−ＥＳＯ−１のペプチド番号３のアミノ酸配列。
配列番号４９４は、ＮＹ−ＥＳＯ−１のペプチド番号１０のアミノ酸配列。
配列番号４９５は、ＮＹ−ＥＳＯ−１のペプチド番号１７のアミノ酸配列。
配列番号４９６は、ＮＹ−ＥＳＯ−１のペプチド番号５のアミノ酸配列。
配列番号４９７は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４２のアミノ酸配列。
配列番号４９８は、ＩＭＰ−１のペプチド番号４２のアミノ酸配列。
配列番号４９９は、ＩＭＰ−２のペプチド番号４２のアミノ酸配列。
配列番号５００は、ＩＭＰ−１のアミノ酸配列。
配列番号５０１は、ＩＭＰ−２のアミノ酸配列。
配列番号５０２は、ＩＭＰ−１のペプチド番号３２のアミノ酸配列。
配列番号５０３は、ＩＭＰ−２のペプチド番号３２のアミノ酸配列。
配列番号５０４は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１のアミノ酸配列。
配列番号５０５は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２のアミノ酸配列。
配列番号５０６は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３のアミノ酸配列。
配列番号５０７は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４のアミノ酸配列。
配列番号５０８は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号５のアミノ酸配列。
配列番号５０９は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号６のアミノ酸配列。
配列番号５１０は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号７のアミノ酸配列。
配列番号５１１は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号８のアミノ酸配列。
配列番号５１２は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号９のアミノ酸配列。
配列番号５１３は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１０のアミノ酸配列。
配列番号５１４は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１１のアミノ酸配列。
配列番号５１５は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１２のアミノ酸配列。
配列番号５１６は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１３のアミノ酸配列。
配列番号５１７は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１４のアミノ酸配列。
配列番号５１８は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１５のアミノ酸配列。
配列番号５１９は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１６のアミノ酸配列。
配列番号５２０は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１７のアミノ酸配列。
配列番号５２１は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１８のアミノ酸配列。
配列番号５２２は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号１９のアミノ酸配列。
配列番号５２３は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２０のアミノ酸配列。
配列番号５２４は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２１のアミノ酸配列。
配列番号５２５は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２２のアミノ酸配列。
配列番号５２６は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２３のアミノ酸配列。
配列番号５２７は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２４のアミノ酸配列。
配列番号５２８は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２５のアミノ酸配列。
配列番号５２９は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２６のアミノ酸配列。
配列番号５３０は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２７のアミノ酸配列。
配列番号５３１は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２８のアミノ酸配列。
配列番号５３２は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号２９のアミノ酸配列。
配列番号５３３は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３０のアミノ酸配列。
配列番号５３４は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３０．５のアミノ酸配列。
配列番号５３５は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３１のアミノ酸配列。
配列番号５３６は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３２のアミノ酸配列。
配列番号５３７は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３３のアミノ酸配列。
配列番号５３８は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３４のアミノ酸配列。
配列番号５３９は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３５のアミノ酸配列。
配列番号５４０は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３６のアミノ酸配列。
配列番号５４１は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３７のアミノ酸配列。
配列番号５４２は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３８のアミノ酸配列。
配列番号５４３は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３８．５のアミノ酸配列。
配列番号５４４は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号３９のアミノ酸配列。
配列番号５４５は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４０のアミノ酸配列。
配列番号５４６は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４０．５のアミノ酸配列。
配列番号５４７は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４１のアミノ酸配列。
配列番号５４８は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４２のアミノ酸配列。
配列番号５４９は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４３のアミノ酸配列。
配列番号５５０は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４４のアミノ酸配列。
配列番号５５１は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４５のアミノ酸配列。
配列番号５５２は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４６のアミノ酸配列。
配列番号５５３は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４６．５のアミノ酸配列。
配列番号５５４は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４７のアミノ酸配列。
配列番号５５５は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４８のアミノ酸配列。
配列番号５５６は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号４９のアミノ酸配列。
配列番号５５７は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号５０のアミノ酸配列。
配列番号５５８は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号５１のアミノ酸配列。
配列番号５５９は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号５２のアミノ酸配列。
配列番号５６０は、Ｌ５２３Ｓのペプチド番号５２のアミノ酸配列。
（発明の詳細な説明）
本明細書において参照され、かつ／または出願データシートに列挙される、米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、および非特許文献は、その全体が参考として援用される。
本発明は、一般に、癌（特に、肺癌）の治療および診断における、組成物、ならびにその使用に関する。以下でさらに記載するように、本発明の例示的な組成物としては、以下を含むがこれらに限定されない：ポリペプチド、特に免疫原性ポリペプチド、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、抗体および他の結合因子、抗原提示細胞（ＡＰＣ）ならびに免疫系細胞（例えば、Ｔ細胞）。
本発明の実施は、特にそれと逆であることを示さない限り、ウイルス学、免疫学、細菌学、分子生物学、および当業者の範囲である組換えＤＮＡ技術の従来の方法（これらの多くは、例示目的で以下に記載される）を使用する。このような技術は、文献によって完全に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（第２版、１９８９）；Ｍａｎｉａｔｉｓら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９８２）；ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ、第Ｉ巻および第ＩＩ巻（Ｄ．Ｇｌｏｖｅｒ編）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｎ．Ｇａｉｔ編、１９８４）；Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（Ｂ．ＨａｍｅｓおよびＳ．Ｈｉｇｇｉｎｓ編、１９８５）；Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｂ．ＨａｍｅｓおよびＳ．Ｈｉｇｇｉｎｓ編、１９８４）；Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ編、１９８６）；Ｐｅｒｂａｌ、Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ（１９８４）を参照のこと。
本明細書中で引用される、全ての刊行物、特許および特許出願は、上記または下記にかかわらず、全体が参考して本明細書によって援用される。
本明細書中および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形、「１つの（ａ、ａｎ）」、および「この、その（ｔｈｅ）」は、文脈によって明らかに他の方法で示されていない限り、複数の参照を含む。
（ポリペプチド組成物）
本明細書中で使用される場合、用語「ポリペプチド」は、その従来の意味、すなわちアミノ酸の配列として使用される。これらのポリペプチドは、特定の長さの生成物に限定されず；従って、ペプチド、オリゴペプチド、およびタンパク質は、このポリペプチドの定義に含まれ、そしてこのような用語は、別段示さない限り、本明細書中で交換可能に使用され得る。この用語はまた、このポリペプチドの発現後修飾（例えば、グリコシル化、アセチル化、リン酸化など）ならびに天然および非天然の両方の、当該分野で公知の他の改変を称さないか、またはこれらを除外する。ポリペプチドは、タンパク質全体でもあり、または部分配列でもあり得る。本発明の状況において特定の目的のポリペプチドは、エピトープ、すなわち、ポリペプチドの免疫原特性の実質的に原因となり、かつ免疫応答を誘起し得る抗原決定基を含むアミノ酸部分配列である。
本発明の特に例示的なポリペプチドとしては、配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、および４６７、４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９のいずれか１つに示されたポリヌクレオチド配列、あるいは中度のストリンジェントな条件下または高度にストリンジェントな条件下で、配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７、４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９のいずれか１つに示されるポリヌクレオチド配列に対してハイブリダイズする配列によってコードされるポリペプチドを含む。特定の例示的な本発明のポリペプチドとしては、配列番号１５２、１５５、１５６、１６５、１６６、１６９、１７０、１７２、１７４、１７６、２２６〜２５２、３３８〜３４４、３４６、３５０、３５７、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７６〜３８２、３８７〜４１９、４２３、４２７、４３０、４３３、４４１、４４３、４４６、４４９、４５１〜４６６、４６８〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４８６、および４９０〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列が挙げられる。
本発明のポリペプチドは、これらの同定が肺腫瘍サンプルにおけるこれらの発現の増大したレベルに少なくとも部分的に基づくことの現れとして、本明細書中で時々、肺腫瘍タンパク質または肺腫瘍ポリペプチドとして参照される。従って、「肺腫瘍ポリペプチド」または「肺腫瘍タンパク質」は、一般に本発明のポリペプチド配列、またはこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を示し、これらは、例えば、本明細書中で提供された代表的なアッセイを使用して決定されるように、正常組織での発現レベルより、少なくとも２倍高いレベル、および好ましくは５倍高いレベルで、試験された肺腫瘍サンプルの、好ましくは約２０％を超える、より好ましくは約３０％を超える、そして最も好ましくは約５０％以上を超える、肺腫瘍サンプルの実質的な部分において発現される。本発明の肺腫瘍ポリペプチド配列は、その腫瘍細胞での増大した発現レベルに基づき、以下にさらに記載されるように、診断マーカーならびに治療標的の両方として特定の有用性を有する。
特定の好ましい実施形態において、本発明のポリペプチドは免疫原性であり、すなわちこれらは、肺癌を有する患者からの抗血清および／またはＴ細胞を用いる免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡまたはＴ細胞刺激アッセイ）で検出可能に反応する。免疫原性活性についてのスクリーニングは、当業者に周知の技術を使用して実施され得る。例えば、このようなスクリーニングは、例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８に記載されるスクリーニングのような方法を使用して実施され得る。１つの例示的な例において、ポリペプチドは固体支持体に固定され得、そして患者の血清と接触され得、血清中の抗体の固定されたポリペプチドへの結合を可能にする。次いで、非結合血清は除去され、そして結合した抗体は、例えば、１２５Ｉ標識プロテインＡを用いて検出され得る。
当業者に認識されるように、本明細書中で開示されるポリペプチドの免疫原性部分もまた、本発明により包含される。本明細書中で用いられる場合、「免疫原性部分」は、それ自体が、本発明の免疫原性ポリペプチドを認識するＢ細胞および／またはＴ細胞表面抗原レセプターと免疫学的に反応性である（すなわち、特異的に結合する）、本発明の免疫原性ポリペプチドのフラグメントである。免疫原性部分は、一般に、周知の技術（例えば、Ｐａｕｌ、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第３版、２４３−２４７（Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，１９９３）およびこの文献で引用される参考文献に要約されている技術）を用いて同定され得る。このような技術は、抗原特異的抗体、抗血清、および／またはＴ細胞株もしくはクローンと反応する能力について、ポリペプチドをスクリーニングすることを包含する。本明細書中で用いられる場合、抗血清および抗体は、これらが、抗原に特異的に結合する（すなわち、これらが、ＥＬＩＳＡまたは他の免疫アッセイにおいてこのタンパク質と反応し、そして無関係のタンパク質とは検出可能に反応しない）場合に、「抗原特異的」である。このような抗血清および抗体は、本明細書中に記載されるように、そして周知技術を用いて、調製され得る。
１つの好ましい実施形態において、本発明のポリペプチドの免疫原性部分は、（例えば、ＥＬＩＳＡおよび／またはＴ細胞反応性アッセイにおいて）全長ポリペプチドの反応性よりも実質的に低くないレベルで、抗血清および／またはＴ細胞と反応する部分である。好ましくは、免疫原性部分の免疫原性活性のレベルは、全長ポリペプチドの免疫原性の少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約７０％、そして最も好ましくは９０％より高い。いくつかの例において、対応する全長ポリペプチドよりも大きい免疫原性活性のレベルを有する（例えば、約１００％または１５０％もしくはそれより大きい免疫原性活性を有する）好ましい免疫原性部分が同定される。
特定の他の実施形態において、例示的な免疫原性部分は、Ｎ末端リーダー配列および／または膜貫通ドメインが欠失されたペプチドを含み得る。他の例示的な免疫原性部分は、成熟タンパク質に対して小さなＮ末端および／またはＣ末端の欠失（例えば、１〜３０アミノ酸、好ましくは５〜１５アミノ酸）を含む。
別の実施形態において、本発明のポリペプチド組成物また、Ｔ細胞および／または本発明のポリペプチド（特に、本明細書中に開示されたアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはそれらの免疫原性フラグメントもしくは改変体）に対して生成された抗体と免疫学的に反応性である１つ以上のポリペプチドを含み得る。
本発明の別の実施形態において、本明細書中に記載される１つ以上のポリペプチドと免疫学的に反応性であるＴ細胞および／もしくは抗体を惹起し得る１つ以上のポリペプチド、または本明細書中に開示されるポリヌクレオチド配列に含まれる連続した核酸配列によってコードされる１つ以上のポリペプチド、またはそれらの免疫学的フラグメントもしくは改変体、あるいは中程度〜高度なストリンジェンシーの条件下でこれらの配列の１つ以上にハイブリダイズする１つ以上に核酸配列、を含むポリペプチドが提供される。
別の局面において、本発明は、本明細書中に示されるポリペプチド組成物（例えば、配列番号１５２、１５５、１５６、１６５、１６６、１６９、１７０、１７２、１７４、１７６、２２６〜２５２、３３８〜３４４、３４６、３５０、３５７、３６１、３６３、３６５、３６７、３６９、３７６〜３８２、３８７〜４１９、４４１、４４３、４４６、４４９、および４５１〜４６６、４６８から４７７、４８０〜４８２および４８４に示されるポリペプチド、または配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７、４７８，４７９，４８３，４８５、および４８９の配列に示されるポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチド）の少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、５０、または１００連続するアミノ酸またはそれ以上（全ての中間の長さを含む）を含むポリペプチドフラグメントを提供する。
別の局面において、本発明は、本明細書中に記載されるポリペプチド組成物の改変体を提供する。一般的に本発明により包含されるポリペプチド改変体は、代表的に、本明細書中に示されるポリペプチド配列に対して、その長さに沿って、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％またはそれ以上の同一性（以下に記載するように決定された）を示す。
１つの好ましい実施形態において、本発明により提供されるポリペプチドフラグメントおよび改変体は、本明細書中に詳細に示される全長ポリペプチドと反応する抗体および／またはＴ細胞と免疫学的に反応性である。
別の好ましい実施形態において、本発明により提供されるポリペプチドフラグメントおよび改変体は、本明細書中に詳細に示される全長ポリペプチド配列により示される免疫原性活性のレベルの少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約７０％、そして最も好ましくは少なくとも約９０％またはそれ以上の免疫原性活性のレベルを示す。
ポリペプチド「改変体」は、本明細書中でこの用語が使用される場合、代表的に、本明細書中で詳細に開示されるポリペプチドと１つ以上の置換、欠失、付加、および／または挿入において異なるポリペプチドである。このような改変体は、天然に生じるか、または例えば、本発明の１つ以上の上記のポリペプチド配列を改変し、そして本明細書中に記載されるようなそれらの免疫学的活性を評価することにより、ならびに／または当該分野で周知の多くの技術のいずれかを用いて、合成的に作製され得る。
例えば、本発明のポリペプチドの特定の例示的な改変体として、１つ以上の部分（例えば、Ｎ末端リーダー配列または膜貫通ドメイン）が除去された改変体が挙げられる。他の例示的な改変体として、小さな部分（例えば、１〜３０アミノ酸、好ましくは５〜１５アミノ酸）が成熟タンパク質のＮ末端および／またはＣ末端から除去された改変体が挙げられる。
多くの例において、改変体は、保存的置換を含む。「保存的置換」は、アミノ酸が類似の特性を有する別のアミノ酸で置換され、その結果、ペプチド化学の当業者がポリペプチドの二次構造および疎水的性質が実質的に変化していないことを期待するような置換である。上記のように、改変は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの構造においてなされ得、そしてなお所望の特性（例えば、免疫原性特性）を有する改変体ポリペプチドまたは誘導体ポリペプチドをコードする機能的分子を獲得し得る。本発明のポリペプチドの等価物を（または本発明のポリペプチドの改善された免疫原性の改変体もしくは部分さえも）作製するようポリペプチドのアミノ酸配列が変更されることが所望される場合、当業者は、代表的に、表１に基づくコードＤＮＡ配列の１つ以上のコドンを変更する。
例えば、特定のアミノ酸は、抗体の抗原結合領域または基質分子上の結合部位のような構造を有するタンパク質構造中の他のアミノ酸に、感知可能な相互作用的結合能の損失なしで、置換され得る。タンパク質の相互作用的な能力および性質がタンパク質の生物学的機能的活性を規定するので、特定のアミノ酸配列置換は、タンパク質配列、および当然ながら、その根底にあるＤＮＡコード配列においてなされ得、そしてそれにも関わらず、同様の特性を有するタンパク質が入手される。従って、種々の変化が、ペプチドの生物学的有用性または活性の感知可能な損失を伴わずに、開示された組成物のペプチド配列またはそのペプチドをコードする対応するＤＮＡ配列においてなされ得ることが意図される。
Figure 2010227112
 このような変化を作製する際に、アミノ酸の疎水性親水性指標が考慮され得る。タンパク質に相互作用的な生物学的機能を付与する際の疎水性親水性アミノ酸指標の重要性は、一般的に当該分野において理解されている（ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、１９８２、本明細書中に参考として援用される）。アミノ酸の相対的な疎水性親水性的性質は、得られるタンパク質の二次構造に寄与し、これが次に、他の分子（例えば、酵素、基質、レセプター、ＤＮＡ、抗体、抗原など）とのそのタンパク質の相互作用を規定することが受け入れられている。各アミノ酸は、その疎水性および電荷特性に基づいて疎水性親水性指標を割り当てられている（ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、１９８２）。これらの値は以下である：イソロイシン（＋４．５）；バリン（＋４．２）；ロイシン（＋３．８）；フェニルアラニン（＋２．８）；システイン／シスチン（＋２．５）；メチオニン（＋１．９）；アラニン（＋１．８）；グリシン（−０．４）；スレオニン（−０．７）；セリン（−０．８）；トリプトファン（−０．９）；チロシン（−１．３）；プロリン（−１．６）；ヒスチジン（−３．２）；グルタミン酸（−３．５）；グルタミン（−３．５）；アスパラギン酸（−３．５）；アスパラギン（−３．５）；リジン（−３．９）；およびアルギニン（−４．５）。
特定のアミノ酸が類似の疎水性親水性指標またはスコアを有する他のアミノ酸によって置換され得、そしてなお類似の生物学的活性を有するタンパク質を生じる（すなわち、生物学的に機能的に等価なタンパク質をなお入手する）ことが、当該分野において公知である。このような変化を作製する際に、その疎水性親水性指標が±２以内であるアミノ酸の置換が好ましく、その疎水性親水性指標が±１以内であるアミノ酸の置換が特に好ましく、そしてその疎水性親水性指標が±０．５以内であるアミノ酸の置換がなおより特に好ましい。同様なアミノ酸の置換が、親水性に基づいて有効になされ得ることもまた、当該分野で理解されている。米国特許第４，５５４，１０１号（その全体が本明細書中に参考として詳細に援用される）は、そのタンパク質の最大局所的平均親水性が、その隣接するアミノ酸の親水性によって支配されるので、そのタンパク質の生物学的特性と相関することを言及している。
米国特許第４，５５４，１０１号に詳述されるように、以下の親水性値がアミノ酸残基に割り当てられた：アルギニン（＋３．０）；リジン（＋３．０）；アスパラギン酸（＋３．０±１）；グルタミン酸（＋３．０±１）；セリン（＋０．３）；アスパラギン（＋０．２）；グルタミン（＋０．２）；グリシン（０）；スレオニン（−０．４）；プロリン（−０．５±１）；アラニン（−０．５）；ヒスチジン（−０．５）；システイン（−１．０）；メチオニン（−１．３）；バリン（−１．５）；ロイシン（−１．８）；イソロイシン（−１．８）；チロシン（−２．３）；フェニルアラニン（−２．５）；トリプトファン（−３．４）。アミノ酸は、類似の親水性の値を有する別のアミノ酸に置換され得、そしてなお、生物学的な等価物（特に、免疫学的に等価なタンパク質）を得ることが理解される。このような変化において、その親水性値が±２以内であるアミノ酸の置換が好ましく、その親水性値が±１以内であるアミノ酸の置換が特に好ましく、そしてその親水性値が±０．５以内であるアミノ酸の置換がなおより特に好ましい。
上記で概説したように、従って、アミノ酸置換は、一般的にアミノ酸側鎖置換基の相対的な類似性（例えば、その疎水性、親水性、電荷、大きさ、など）に基づく。前述の種々の特徴を考慮する典型的な置換は当業者に周知であり、そして以下を含む：アルギニンおよびリジン；グルタミン酸およびアスパラギン酸；セリンおよびスレオニン；グルタミンおよびアスパラギン；ならびにバリン、ロイシン、およびイソロイシン。
さらに、任意のポリヌクレオチドが、インビボでの安定性を増加させるためにさらに改変され得る。可能性のある改変として以下が挙げられるがこれらに限定されない：５’末端および／または３’末端での隣接配列の付加；骨格におけるホスホジエステラーゼ結合ではなくホスホロチオエートまたは２’Ｏ−メチルの使用；ならびに／あるいは従来とは異なる塩基（例えば、イノシン、キューオシン、およびワイブトシン、ならびにアデニン、シチジン、グアニン、チミン、およびウリジンのアセチル、メチル、チオ、および他の修飾形態）の含有。
アミノ酸置換はさらに、残基の極性、電荷、溶解性、疎水性、親水性および／または両親媒性特性の類似性に基づいて作製され得る。例えば、負に荷電したアミノ酸としては、アスパラギン酸およびグルタミン酸；正に荷電したアミノ酸としては、リジンおよびアルギニン；そして類似の親水性値を有する非荷電性の極性ヘッド基を有するアミノ酸としては、ロイシン、イソロイシンおよびバリン；グリシンおよびアラニン；アスパラギンおよびグルタミン；ならびにセリン、トレオニン（スレオニン）、フェニルアラニンおよびチロシンが挙げられる。保存的変化を示し得るアミノ酸の他のグループとしては、（１）ａｌａ、ｐｒｏ、ｇｌｙ、ｇｌｕ、ａｓｐ、ｇｌｎ、ａｓｎ、ｓｅｒ、ｔｈｒ；（２）ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｙｒ、ｔｈｒ；（３）ｖａｌ、ｉｌｅ、ｌｅｕ、ｍｅｔ、ａｌａ、ｐｈｅ；（４）ｌｙｓ、ａｒｇ、ｈｉｓ；および（５）ｐｈｅ、ｔｙｒ、ｔｒｐ、ｈｉｓが挙げられる。改変体はまた、またはあるいは、非保存的変化を含み得る。好ましい実施形態において、改変体ポリペプチドは、５アミノ酸またはそれより少ないアミノ酸の置換、欠失または付加によって、ネイティブの配列とは異なる。改変体はまた（またはあるいは）、例えば、ポリペプチドの免疫原性、二次構造および疎水性親水性特性に対する最小の影響を有するアミノ酸の欠失または付加によって、改変され得る。
上記のように、ポリペプチドは、タンパク質のＮ末端にシグナル（または、リーダー）配列を含み得、これは、翻訳と同時に、または翻訳後に、そのタンパク質の転移を指向する。このポリペプチドはまた、このポリペプチドの合成、精製または同定を容易にするために、またはこのポリペプチドの固体支持体への結合を増強するために、リンカー配列または他の配列（例えば、ポリＨｉｓ）に結合体化され得る。例えば、ポリペプチドは、免疫グロブリンＦｃ領域に結合体化され得る。
ポリペプチド配列が比較される場合、以下に記載されるように最大の一致で整列するときに２つの配列中のアミノ酸の配列が同じである場合、２つの配列は、「同一」であるといわれる。２つの配列間の比較は、代表的には、比較ウインドウによって配列を比較して、配列類似性の局所的領域を同定および比較することによって行われる。本明細書中で使用される「比較ウインドウ」とは、少なくとも約２０、通常は３０〜約７５、４０〜約５０の連続する位置のセグメントをいう。ここで、配列は、２つの配列が最適に整列された後、同じ数の連続する位置の参照配列と比較され得る。
比較のための配列の最適な整列は、生命情報科学ソフトウエアのＬａｓｅｒｇｅｎｅスート（ｓｕｉｔｅ）におけるＭｅｇａｌｉｇｎプログラム（ＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を使用して、デフォルトパラメータを用いて行われ得る。このプログラムは、以下の参考文献に記載のいくつかの整列スキームを統合する：Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．（編）Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ＤＣ 第５巻，補遺３，３４５〜３５８頁におけるＤａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．（１９７８）Ａ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｃｈａｎｇｅ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｍａｔｒｉｃｅｓ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ ｄｉｓｔａｎｔ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ．；Ｈｅｉｎ Ｊ．（１９９０）Ｕｎｉｆｉｅｄ Ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ａｎｄ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓ ６２６〜６４５頁 Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ 第１８３巻，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ；Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｄ．Ｇ．およびＳｈａｒｐ，Ｐ．Ｍ．（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ ５：１５１−１５３；Ｍｙｅｒｓ，Ｅ．Ｗ．およびＭｕｌｌｅｒ Ｗ．（１９８８）ＣＡＢＩＯＳ ４：１１−１７；Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，Ｅ．Ｄ．（１９７１）Ｃｏｍｂ．Ｔｈｅｏｒ １１：１０５；Ｓａｎｔｏｕ，Ｎ．Ｎｅｓ，Ｍ．（１９８７）Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｅｖｏｌ．４：４０６−４２５；Ｓｎｅａｔｈ，Ｐ．Ｈ．Ａ．およびＳｏｋａｌ，Ｒ．Ｒ．（１９７３）Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ−ｔｈｅ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ；Ｗｉｌｂｕｒ，Ｗ．Ｊ．およびＬｉｐｍａｎ，Ｄ．Ｊ．（１９８３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．，Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８０：７２６−７３０。
あるいは、比較のための配列の最適な整列は、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ（１９８１）Ａｄｄ．ＡＰＬ．Ｍａｔｈ ２：４８２の部分的同一性アルゴリズムによって、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３の同一性整列アルゴリズムによって、ＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４の類似性検索方法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化した実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ），５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）によって、または検査によって行われ得る。
配列同一性および配列類似性の割合を決定するために適切なアルゴリズムの１つの好ましい例は、ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムであり、これらはそれぞれＡｌｔｓｃｈｕｌら（１９７７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２およびＡｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０に記載される。ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドについての配列同一性の割合を決定するために、例えば、本明細書中に記載のパラメータを使用して使用され得る。ＢＬＡＳＴ分析を行うためのソフトウエアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｍａｔｉｏｎを通して公に利用可能である。アミノ酸配列について、スコアリングマトリクスは、累積スコアを算出するために使用され得る。各指示におけるワードヒットの拡大は、以下の場合に停止する：累積整列スコアが、その最大到達値から量Ｘだけ低下した場合；累積スコアが、１以上の負のスコアリングの残基整列の累積に起因してゼロ以下になった場合；またはいずれかの配列の末端に到達した場合。このＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメーターＷ、ＴおよびＸは、整列の感度および速度を決定する。
好ましい１つのアプローチにおいて、「配列同一性のパーセンテージ」は、少なくとも２０位置の比較ウインドウにわたる２つの最適に整列した配列を比較することによって決定され、ここで比較ウインドウ中のポリペプチド配列の部分は、参照配列（これは、付加または欠失を含まない）と比較して、２つの配列の最適な整列について２０パーセント以下、通常は５〜１５パーセント、または１０〜１２パーセントの付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含み得る。このパーセンテージは、両方の配列で同一のアミノ酸残基が生じる位置の数を決定して一致する位置の数を得、この一致する位置の数を参照配列における位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で除算し、そしてこの結果に１００を掛けて配列同一性のパーセンテージを得ることによって算出される。
他の例示的実施形態において、ポリペプチドは、本明細書中に記載の複数のポリペプチドを含むか、または本明細書に記載の少なくとも１つのポリペプチドおよび関連しない配列（例えば、公知の腫瘍タンパク質）を含む融合ポリペプチドであり得る。例えば、融合パートナーは、Ｔヘルパーエピトープ、好ましくはヒトによって認識されるＴヘルパーエピトープを提供する際に補助し得るか（免疫学的融合パートナー）、またはネイティブの組換えタンパク質より高い収量でタンパク質を発現する際に補助し得る（発現エンハンサー）。特定の好ましい融合パートナーは、免疫学的融合パートナーおよび発現増強融合パートナーの両方である。他の融合パートナーは、ポリペプチドの溶解性を増加するように、またはポリペプチドが所望の細胞内コンパートメントに標的化されることを可能にするように選択され得る。なおさらなる融合パートナーとしては、親和性タグ（これは、ポリペプチドの精製を容易にする）が挙げられる。
融合ポリペプチドは、一般に、標準的な技術（化学的結合体化を含む）を使用して調製され得る。好ましくは、融合ポリペプチドは、発現系において、組換えポリペプチドとして発現され、非融合ポリペプチドと比較して、増加したレベルの産生を可能にする。手短に言うと、このポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列を、別々に組立て得、そして適切な発現ベクターに連結し得る。１つのポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の３’末端は、ペプチドリンカーを用いてまたは用いずに、第２のポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の５’末端に、これらの配列のリーディングフレームが同位相にあるように連結される。このことが、両方の成分ポリペプチドの生物学的活性を保持する単一の融合ポリペプチドへの翻訳を可能にする。
ペプチドリンカー配列は、各ポリペプチドがその二次構造および三次構造へと折り畳まれるのを保証するために十分な距離で第一および第二のポリペプチド成分を隔てるために用いられ得る。このようなペプチドリンカー配列は、当該分野で周知の標準的な技術を用いて融合ポリペプチド中に組み込まれる。適切なペプチドリンカー配列は、以下の因子に基づいて選択され得る：（１）伸長した可変コンホメーションを取る能力；（２）第一および第二のポリペプチド上の機能的なエピトープと相互作用し得る二次構造を取ることができないこと；ならびに（３）ポリペプチドの機能的なエピトープと反応し得る疎水性または荷電した残基の無いこと。好ましいペプチドリンカー配列は、Ｇｌｙ、ＡｓｎおよびＳｅｒ残基を含む。ＴｈｒおよびＡｌａのような中性に近い他のアミノ酸もまた、リンカー配列に用いられ得る。リンカーとして有用に用いられ得るアミノ酸配列としては、Ｍａｒａｔｅａら、Ｇｅｎｅ ４０：３９−４６、１９８５；Ｍｕｒｐｈｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：８２５８−８２６２、１９８６；米国特許第４，９３５，２３３号および米国特許第４，７５１，１８０号に開示されるアミノ酸配列が挙げられる。リンカー配列は、一般的に１から約５０アミノ酸長であり得る。リンカー配列は、第一および第二のポリペプチドが、機能的ドメインを分離するため、および立体的な干渉を防ぐために用いられ得る非必須Ｎ末端アミノ酸領域を有する場合、必要とされない。
連結されたＤＮＡ配列は、適切な転写または翻訳調節エレメントに作動可能に連結される。ＤＮＡの発現を担う調節エレメントは、第一のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の５’側にのみ位置する。同様に、翻訳および転写終結シグナルを終了するために必要とされる終止コドンは、第二のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の３’側にのみ存在する。
融合ポリペプチドは、関連しない免疫原性タンパク質（例えば、リコール（ｒｅｃａｌｌ）応答を惹起し得る免疫原性タンパク質）と共に、本明細書中に記載されるようなポリペプチドを含み得る。このようなタンパク質の例としては、破傷風タンパク質、結核タンパク質および肝炎タンパク質が挙げられる（例えば、Ｓｔｏｕｔｅら、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．、３３６：８６−９１（１９９７）を参照のこと）。
１つの好ましい実施形態において、免疫学的融合パートナーは、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ由来のＲａ１２フラグメントのようにＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．由来である。Ｒａ１２組成物、ならびに異種ポリヌクレオチド／ポリペプチド配列の発現および／または免疫原性を増強する際にＲａ１２を使用するための方法は、米国特許出願６０／１５８，５８５（この開示は、本明細書中でその全体が参考として援用される）に記載されている。簡単には、Ｒａ１２は、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ ＭＴＢ３２Ａ核酸のサブ配列であるポリヌクレオチド領域をいう。ＭＴＢ３２Ａは、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓの毒性菌株および無毒性菌株の遺伝子によってコードされる分子量３２ＫＤのセリンプロテアーゼである。ＭＴＢ３２Ａのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列が、記載されている（例えば、米国特許出願６０／１５８，５８５；また、Ｓｋｅｉｋｙら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎ．（１９９９）６７：３９９８〜４００７も参照のこと。これらは、本明細書中で参考として援用される）。ＭＴＢ３２Ａコード配列のＣ末端フラグメントは高いレベルで発現し、精製プロセス全体にわたって可溶性ポリペプチドとして残存する。さらに、Ｒａ１２は、これが融合される、異種免疫原性ポリペプチドの免疫原性を増強し得る。１つの好ましいＲａ１２融合ポリペプチドは、ＭＴＢ３２Ａのアミノ酸残基１９２〜３２３に対応する１４ＫＤのＣ末端フラグメントを含む。
他の好ましいＲａ１２ポリヌクレオチドは、一般的に、Ｒａ１２ポリペプチドの一部をコードする少なくとも約１５個の連続するヌクレオチド、少なくとも約３０個のヌクレオチド、少なくとも６０個のヌクレオチド、少なくとも約１００個のヌクレオチド、少なくとも約２００個のヌクレオチド、または少なくとも約３００個のヌクレオチドを含む。
Ｒａ１２ポリヌクレオチドは、ネイティブな配列（すなわち、Ｒａ１２ポリペプチドまたはその一部をコードする内因性配列）を含んでもよいし、このような配列の改変体を含んでもよい。Ｒａ１２ポリヌクレオチド改変体は、１以上の置換、付加、欠失および／または挿入を含み得、その結果、コードされた融合ポリペプチドの生物学的活性が、ネイティブなＲａ１２ポリペプチドを含む融合ポリペプチドと比較して、実質的に減少していない。好ましくは、改変体は、ネイティブなＲａ１２ポリペプチドまたはその一部をコードするポリヌクレオチド配列に、少なくとも約７０％の同一性、より好ましくは少なくとも約８０％の同一性、そして最も好ましくは少なくとも約９０％の同一性を示す。
好ましい他の実施形態において、免疫学的融合パートナーは、グラム陰性の細菌Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｂの表面タンパク質である、プロテインＤ（ＷＯ ９１／１８９２６）に由来する。好ましくは、プロテインＤ誘導体は、このタンパク質のほぼ３分の１（例えば、最初のＮ末端１００〜１１０アミノ酸）を含み、そしてプロテインＤ誘導体は、脂質化（ｌｉｐｉｄａｔｅｄ）され得る。特定の好ましい実施形態において、リポプロテインＤ融合パートナーの最初の１０９残基は、さらなる外因性Ｔ細胞エピトープを有するポリペプチドを提供するように、そしてＥ．ｃｏｌｉ中の発現レベルを増加するように、Ｎ末端に含まれる（従って、発現エンハンサーとして機能する）。脂質テールは、抗原提示細胞への抗原の最適な提示を保証する。他の融合パートナーは、インフルエンザウイルス由来の非構造的タンパク質、ＮＳ１（血球凝集素）を含む。代表的に、Ｎ末端の８１アミノ酸が用いられるが、Ｔヘルパーエピトープを含む異なるフラグメントが使用され得る。
別の実施形態において、免疫学的融合パートナーは、ＬＹＴＡとして公知のタンパク質、またはその部分（好ましくはＣ末端部分）である。ＬＹＴＡは、アミダーゼＬＹＴＡ（ＬｙｔＡ遺伝子によりコードされる；Ｇｅｎｅ ４３：２６５〜２９２，１９８６）として公知のＮ−アセチル−Ｌ−アラニンアミダーゼを合成するＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来である。ＬＹＴＡは、ペプチドグリカン骨格中の特定の結合を特異的に分解する自己溶解素である。ＬＹＴＡタンパク質のＣ末端ドメインは、コリンまたはいくつかのコリンアナログ（例えば、ＤＥＡＥ）に対する親和性を担う。この性質は、融合タンパク質の発現のために有用なＥ．ｃｏｌｉ Ｃ−ＬＹＴＡ発現プラスミドの開発のために利用されてきた。アミノ末端でＣ−ＬＹＴＡフラグメントを含むハイブリッドタンパク質の精製が、記載されている（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７９５〜７９８，１９９２を参照のこと）。好ましい実施形態において、ＬＹＴＡの反復部分は、融合ポリペプチドに組み込まれ得る。反復部分は、残基１７８で開始するＣ末端領域中に見出される。特に好ましい反復部分は、残基１８８〜３０５を組み込む。
なお別の例示的な実施形態は、融合ポリペプチド、およびそれらをコードするポリヌクレオチドを含み、ここでこの融合パートナーは、米国特許第５，６３３，２３４号に記載のようにポリペプチドをエンドソーム／リソソームコンパートメントへ指向させ得る標的シグナルを含む。本発明の免疫原性ポリペプチドは、この標的シグナルと融合する場合、より効率的にＭＨＣクラスＩＩ分子と結合し、これによってこのポリペプチドに特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞のインビボでの増強された刺激が提供される。
本発明のポリペプチドは、周知の種々の合成技術および／または組換え技術のいずれかを使用して調製される。これらの技術の後者を以下でさらに記載する。一般的に約１５０アミノ酸よりも少ないポリペプチド、部分および他の改変体は、当業者に周知の技術を使用して、合成手段により作製され得る。例示的な１つの例において、このようなポリペプチドは、市販の固相技術のいずれか（例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ固相合成方法）を使用して合成され、ここでアミノ酸は、成長しているアミノ酸鎖に連続的に付加される。Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１４６、１９６３を参照のこと。ポリペプチドの自動化された合成のための機器が、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）などの供給業者から市販されており、そして製造者の指示に従って操作され得る。
一般に、本発明のポリペプチド組成物（融合ポリペプチドを含む）が単離される。「単離された」ポリペプチドは、その元来の環境から取り出されたものである。例えば、天然に存在するタンパク質またはポリペプチドは、それが天然の系中で共存する物質のいくつかまたは全てから分離されている場合、単離されている。好ましくは、このようなポリペプチドはまた、精製され、例えば、少なくとも約９０％純粋、より好ましくは少なくとも約９５％純粋、そして最も好ましくは少なくとも約９９％純粋である。
（ポリヌクレオチド組成物）
他の局面において、本発明は、ポリヌクレオチド組成物を提供する。用語「ＤＮＡ」および「ポリヌクレオチド」は、本明細書中で実質的に交換可能に使用され、特定の種の全ゲノムＤＮＡを含まない単離されたＤＮＡ分子をいう。本明細書中で使用される場合、「単離された」は、ポリヌクレオチドが、他のコード配列から実質的に分離されており、そしてＤＮＡ分子が、無関係のコードＤＮＡの大部分（例えば、大きな染色体フラグメントまたは他の機能的遺伝子またはポリペプチドコード領域）を含まないことを意味する。当然のことながら、これは、もともと単離されたＤＮＡ分子をいい、後で人工的にセグメントに付加された遺伝子またはコード領域を除外しない。
当業者に理解されるように、本発明のポリヌクレオチド組成物は、タンパク質、ポリペプチド、ペプチドなどを発現するか、または発現し得るように適応されたゲノム配列、ゲノム外配列およびプラスミドにコードされる配列、ならびにより小さな操作された遺伝子セグメントを含み得る。このようなセグメントは、自然に単離され得るか、または人の手によって合成的に改変され得る。
当業者に認識されるように、本発明のポリヌクレオチドは、一本鎖（コードもしくはアンチセンス）または二本鎖であり得、そしてＤＮＡ分子（ゲノム、ｃＤＮＡもしくは合成）またはＲＮＡ分子であり得る。ＲＮＡ分子は、ＨｎＲＮＡ分子（これはイントロンを含み、そしてＤＮＡ分子に１対１の様式で対応する）、およびｍＲＮＡ分子（これは、イントロンを含まない）を含み得る。さらなるコード配列または非コード配列は、本発明のポリヌクレオチド内に存在し得るがその必要はなく、そしてポリヌクレオチドは、他の分子および／または支持材料に連結され得るがその必要はない。
ポリヌクレオチドは、ネイティブの配列（すなわち、本発明のポリペプチド／タンパク質、またはその部分をコードする内因性配列）を含み得るか、あるいはこのような配列の改変体または誘導体、そして好ましくは免疫原性改変体または誘導体をコードする配列を含み得る。
従って、本発明の別の局面に従い、配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７，４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９のいずれか１つに示されるポリヌクレオチド配列、配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７，４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９のいずれか１つに示されるポリヌクレオチド配列の相補体、ならびに配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７，４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９のいずれか１つに示されるポリヌクレオチド配列の縮重改変体のうちいくつかまたは全てを含むポリヌクレオチド組成物が提供される。特定の好ましい実施形態において、本明細書中に示されるポリヌクレオチド配列は、上記のような免疫原性ポリペプチドをコードする。
他の関連する実施形態において、本発明は、本明細書中で配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７、３４９、３５８、３６２、３６４、３６５、３６８、３７０〜３７５、４２０、４２４、４２８、４３１、４３４、４４２、４４７、４５０、４６７，４７８、４７９、４８３、４８５、および４８９に開示される配列に実質的な同一性を有するポリヌクレオチド改変体を提供する。例えば、これらは、本明細書中で記載の方法（例えば、以下に記載のような標準的なパラメーターを使用するＢＬＡＳＴ分析）を使用して本発明のポリヌクレオチド配列と比較して、少なくとも７０％の配列同一性、好ましくは少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％より高い配列同一性を含む。当業者は、これらの値が、コドンの縮重、アミノ酸類似性、リーディングフレームの位置付けなどを考慮することによって、２つのヌクレオチド配列にコードされるタンパク質の対応する同一性を決定するように、適切に調整され得ることを理解する。
代表的には、ポリヌクレオチド改変体は、１つ以上の置換、付加、欠失および／または挿入を含み、好ましくは、その結果、改変体ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの免疫原性が、本明細書中に具体的に示されるポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドに対して実質的に減少されない。用語「改変体」はまた、異種起源の相同遺伝子を包含することが理解されるべきである。
さらなる実施形態において、本発明は、本明細書中に開示される配列の１つ以上に同一であるかまたは相補的な配列の種々の長さの連続したストレッチを含むポリヌクレオチドフラグメントを提供する。例えば、本明細書中に開示される配列の１つ以上の、少なくとも約１０、１５、２０、３０、４０、５０、７５、１００、１５０、２００、３００、４００、５００または１０００以上連続したヌクレオチド、ならびにその間の全ての中間の長さの連続したヌクレオチドを含むポリヌクレオチドが、本発明によって提供される。この状況において、「中間の長さ」が、示された値の間の任意の長さ（例えば、１６、１７、１８、１９など；２１、２２、２３など；３０、３１、３２など；５０、５１、５２、５３など；１００、１０１、１０２、１０３など；１５０、１５１、１５２、１５３など；２００〜５００；５００〜１，０００などの間の全ての整数を含む）を意味することが容易に理解される。
本発明の別の実施形態において、本明細書において提供されるポリヌクレオチド配列もしくはそのフラグメントまたはその相補的な配列に対して、中程度〜高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得るポリヌクレオチド組成物が提供される。ハイブリダイゼーション技術は、分子生物学の当該分野において周知である。例示の目的であるが、他のポリヌクレオチドと本発明のポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーションを試験するために適切な中程度にストリンジェントな条件は、５×ＳＳＣ、０．５％ ＳＤＳ、１．０ｍＭ ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）の溶液中の事前洗浄；５０℃〜６０℃、５×ＳＳＣでの、一晩のハイブリダイゼーション；続いて、０．１％ＳＤＳを含有する２×、０．５×および０．２×ＳＳＣのそれぞれを用いた、６５℃で２０分間の２回の洗浄を含む。当業者は、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーが、例えば、ハイブリダイゼーション溶液の塩含量および／またはハイブリダイゼーションが実施される温度を変更することによって、容易に操作され得ることを理解する。例えば、別の実施形態において、適切な高いストリンジェントのハイブリダイゼーション条件としては、ハイブリダイゼーションの温度が、例えば、６０〜６５℃または６５〜７０℃に増大される点を除いて、上記の条件が挙げられる。
特定の好ましい実施形態において、上記のポリヌクレオチド（例えば、ポリヌクレオチド改変体、フラグメント、およびハイブリダイズする配列）は、本明細書中に具体的に示されるポリペプチド配列と免疫学的に交差反応するポリペプチドをコードする。他の好ましい実施形態において、このようなポリヌクレオチドは、本明細書中に具体的に示されるポリペプチド配列の免疫原性活性の、少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約７０％、そしてより好ましくは少なくとも約９０％の免疫原性活性レベルを有するポリペプチドをコードする。
本発明のポリヌクレオチド、またはそのフラグメントは、そのコード配列自体の長さに関わらず、他のＤＮＡ配列（例えば、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、さらなる制限酵素部位、マルチクローニング部位、他のコードセグメントなど）と組合わされ得、その結果、その全体の長さは、相当変化し得る。従って、ほとんどいずれの長さの核酸フラグメントをも使用し得ることが意図され、その全長は、好ましくは意図した組換えＤＮＡプロトコルにおける調製および使用の容易さによって制限される。例えば、約１０，０００、約５０００、約３０００、約２，０００、約１，０００、約５００、約２００、約１００、約５０塩基対長など（全ての中間の長さを含む）の全長を有する例示的なポリヌクレオチドセグメントが、本発明の多くの実行において有用であることが意図される。
ポリヌクレオチド配列を比較する場合、２つの配列におけるヌクレオチドの配列が、以下に記載されるように最大一致について整列されるのと同じ場合に、２つの配列が「同一」であるといわれる。２つの配列の間の比較は、代表的には、配列類似性の局部領域を同定および比較するために、比較ウインドウにわたって配列を比較することによって行われる。本明細書中で使用される場合、「比較ウインドウ」は、少なくとも約２０、通常は３０〜約７５、４０〜約５０連続した位置のセグメントをいい、ここで、２つの配列が最適に整列された後に、配列は、連続した位置の同じ数の参照配列と比較され得る。
比較のための配列の最適な整列は、バイオインフォマティクス（生命情報科学）ソフトウエアのＬａｓｅｒｇｅｎｅ ｓｕｉｔｅにおけるＭｅｇａｌｉｇｎプログラム（ＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を使用して、デフォルトパラメーターを用いて行われ得る。このプログラムは、以下の参考文献に記載のいくつかの整列スキームを統合する：Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．（編）Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ＤＣ Ｖｏｌ．５，補遺３，３４５−３５８頁におけるＤａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．（１９７８）Ａ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｃｈａｎｇｅ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｍａｔｒｉｃｅｓ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ ｄｉｓｔａｎｔ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ．；Ｈｅｉｎ Ｊ．（１９９０）Ｕｎｉｆｉｅｄ Ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ａｎｄ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓ ６２６−６４５頁 Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．１８３，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ；Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｄ．Ｇ．およびＳｈａｒｐ，Ｐ．Ｍ．（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ ５：１５１−１５３；Ｍｙｅｒｓ，Ｅ．Ｗ．およびＭｕｌｌｅｒ Ｗ．（１９８８）ＣＡＢＩＯＳ ４：１１−１７；Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，Ｅ．Ｄ．（１９７１）Ｃｏｍｂ．Ｔｈｅｏｒ １１：１０５；Ｓａｎｔｏｕ，Ｎ．Ｎｅｓ，Ｍ．（１９８７）Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｅｖｏｌ．４：４０６−４２５；Ｓｎｅａｔｈ，Ｐ．Ｈ．Ａ．およびＳｏｋａｌ，Ｒ．Ｒ．（１９７３）Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ−ｔｈｅ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ；Ｗｉｌｂｕｒ，Ｗ．Ｊ．およびＬｉｐｍａｎ，Ｄ．Ｊ．（１９８３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．，Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８０：７２６−７３０。
あるいは、比較のための配列の最適な整列は、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎ（１９８１）Ａｄｄ．ＡＰＬ．Ｍａｔｈ ２：４８２の局部同定アルゴリズムによって、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３の同一性整列アルゴリズムによって、ＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４の類似性検索方法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化した実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ），５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）によって、または検査によって行われ得る。
配列同一性および配列類似性の割合を決定するために適切なアルゴリズムの１つの好ましい例は、ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムであり、これらはそれぞれ、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９７７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２およびＡｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０に記載される。ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０は、本発明のポリヌクレオチドについての配列同一性の割合を決定するために、例えば、本明細書中に記載のパラメータを用いて使用され得る。ＢＬＡＳＴ分析を行うためのソフトウエアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｍａｔｉｏｎを通して公に利用可能である。１つの例示的な例において、累積スコアは、ヌクレオチド配列について、パラメーターＭ（一致する残基の対についての報酬スコア（ｒｅｗａｒｄ ｓｃｏｒｅｄ）；常に＞０）およびＮ（ミスマッチ残基についてのペナルティスコア；常に＜０）を使用して算出され得る。各指示におけるワードヒットの拡大は、以下の場合に停止する：累積整列スコアが、その最大到達値から量Ｘだけ低下した場合；累積スコアが、１以上の負のスコアの残基整列の累積に起因してゼロ以下になった場合；またはいずれかの配列の末端に到達した場合。このＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメーターＷ、ＴおよびＸは、整列の感度および速度を決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列について）は、ワード長さ（Ｗ）１１、および期待値（Ｅ）１０をデフォルトとして、そしてＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックス（ＨｅｎｉｋｏｆｆおよびＨｅｎｉｋｏｆｆ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１０９１５を参照のこと）アラインメントは、（Ｂ）５０、期待値（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、および両方の鎖の比較を使用する。
好ましくは、「配列同一性のパーセンテージ」は、少なくとも２０の位置の比較ウインドウにわたる２つの最適に整列した配列を比較することによって決定され、ここで比較ウインドウ中のポリヌクレオチド配列の一部は、参照配列（これは、付加または欠失を含まない）と比較して、２つの配列の最適な整列について２０パーセント以下、通常は５〜１５パーセント、または１０〜１２パーセントの付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含み得る。このパーセンテージは、両方の配列で同一の核酸塩基が生じる位置の数を決定して一致する位置の数を得、この一致する位置の数を参照配列中の位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で除算し、そしてこの結果に１００を掛けて配列同一性のパーセンテージを得ることによって算出される。
遺伝コードの縮重の結果として、本明細書中に記載されるようなポリペプチドをコードする多くのヌクレオチド配列が存在することが、当業者に理解される。これらのポリヌクレオチドのうちいくつかは、任意のネイティブな遺伝子のヌクレオチド配列に対して最小の相同性を有する。それにもかかわらず、コドンの用法における差異に起因して変化するポリヌクレオチドは、本発明によって具体的に意図される。さらに、本明細書中に提供されるポリヌクレオチド配列を含む遺伝子の対立遺伝子は、本発明の範囲内である。対立遺伝子は、１以上の変異（例えば、ヌクレオチドの欠失、付加および／または置換）の結果として変化する内因性遺伝子である。得られたｍＲＮＡおよびタンパク質は、変化した構造または機能を有し得るが、有する必要はない。対立遺伝子は、標準的な技術（例えば、ハイブリダイゼーション、増幅および／またはデータベース配列比較）を用いて、同定され得る。
従って、本発明の別の実施形態において、変異誘発アプローチ（例えば、部位特異的変異誘発）は、本明細書中に記載のポリペプチドの免疫原性改変体および／または誘導体の調製のために使用される。このアプローチによって、ポリペプチド配列における特定の改変が、これらをコードする、基礎となるポリヌクレオチドの変異誘発を介してなされ得る。これらの技術は、例えば、ポリヌクレオチド中に１つ以上のヌクレオチド配列変化を導入することによって先の考慮の１つ以上を組み込む、配列改変体を調製および試験するための直接的なアプローチを提供する。
部位特異的変異誘発は、所望の変異のＤＮＡ配列をコードする特定のオリゴヌクレオチド配列ならびに十分な数の隣接ヌクレオチドの使用を介して変異体の生成を可能にし、相対する欠失連結部の両側に安定な二重鎖を形成するために、十分なサイズおよび配列複雑性のプライマー配列を提供する。変異は、ポリヌクレオチド自体の特性を改善するか、変更するか、減少させるか、改変するか、さもなくば変化させるため、そして／またはコードされたポリペプチドの特性、活性、組成、安定性または一次配列を変更するために、選択されたポリヌクレオチド配列において使用され得る。
本発明の特定の実施形態において、本発明者らは、コードされたポリペプチドの１つ以上の特性（例えば、ポリペプチドワクチンの免疫原性）を変更するために、開示されたポリヌクレオチド配列の変異誘発を意図する。部位特異的変異誘発の技術は、当該分野に周知であり、ポリペプチドおよびポリヌクレオチドの両方の改変体を作製するために広範に使用される。例えば、部位特異的変異誘発は、しばしば、ＤＮＡ分子の特定部分を変更するために使用される。このような実施形態において、代表的に約１４ヌクレオチド長〜約２５ヌクレオチド長程度の長さを含むプライマーが使用され、配列の連結部の両側にある、約５残基〜約１０残基が変更される。
当業者によって理解されるように、部位特異的変異誘発技術は、しばしば、一本鎖形態および二本鎖形態の両方で存在するファージベクターを使用してきた。部位特異的変異誘発において有用である代表的なベクターとしては、Ｍ１３ファージのようなベクターが挙げられる。これらのファージは、容易に商業的に入手可能であり、そしてそれらの使用は、一般的に当業者に周知である。二本鎖プラスミドもまた、目的の遺伝子をプラスミドからファージに転移する工程を除去する部位特異的変異誘発において慣用的に使用される。
一般的に、本明細書に従う部位特異的変異誘発は、所望のペプチドをコードするＤＮＡ配列をその配列中に含む一本鎖ベクターを最初に入手する工程、またはこの配列を含む二本鎖ベクターの２本の鎖を融解して分ける工程によって実行される。所望の変異配列を保有するオリゴヌクレオチドプライマーは、一般的に、合成的に調製される。次いで、このプライマーは、一本鎖ベクターとともにアニーリングされ、そして変異を保有する鎖の合成を完了するために、ＤＮＡ重合酵素（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉポリメラーゼＩ Ｋｌｅｎｏｗフラグメント）に供される。このようにヘテロ二重鎖が形成され、ここで一方の鎖が変異を有さないもともとの配列をコードし、そして２つめの鎖は所望の変異を保有する。次いで、このヘテロ二重鎖ベクターは、適切な細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞）を形質転換するために使用され、そして、変異した配列配置を保有する組換えベクターを含むクローンが選択される。
部位特異的変異誘発を使用する、選択されたペプチドコードＤＮＡセグメントの配列改変体の調製は、潜在的に有用な種を産生する手段を提供し、そしてこれは、限定を意味するものではない。なぜなら、ペプチドの配列改変体およびそれらをコードするＤＮＡ配列を入手し得る他の方法が存在するからである。例えば、所望のペプチド配列をコードする組換えベクターは、変異誘発剤（例えば、ヒドロキシルアミン）で処理されて、配列改変体を入手し得る。これらの方法およびプロトコルに関する具体的な詳細は、Ｍａｌｏｙら、１９９４；Ｓｅｇａｌ、１９７６；ＰｒｏｋｏｐおよびＢａｊｐａｉ、１９９１；Ｋｕｂｙ、１９９４；およびＭａｎｉａｔｉｓら、１９８２（各々がその目的のために本明細書中に参考として援用される）の教示において見出され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「オリゴヌクレオチド特異的変異誘発手順」とは、テンプレート（鋳型）依存的プロセスおよびベクター媒介性増殖をいい、これは、その初期の濃度と比較して、特定の核酸分子の濃度の増加を生じるか、または検出可能なシグナルの濃度の増加（例えば、増幅）を生じる。本明細書中で使用される場合、用語「オリゴヌクレオチド特異的変異誘発手順」は、プライマー分子の鋳型依存的な伸長を含むプロセスをいうことが意図される。用語、鋳型依存的プロセスとは、新規に合成された核酸の鎖の配列が、相補的塩基対形成の周知の規則によって指示されるＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子の核酸合成をいう（例えば、Ｗａｔｓｏｎ、１９８７を参照のこと）。代表的には、ベクター媒介性の方法論は、ＤＮＡまたはＲＮＡベクターへの核酸フラグメントの導入、ベクターのクローン性増幅、および増幅した核酸フラグメントの回収を包含する。このような方法論の例は、その全体が具体的に参考として本明細書中に援用される、米国特許第４，２３７，２２４号によって提供される。
本発明のポリペプチド改変体の生成のための別のアプローチにおいて、米国特許第５，８３７，４５８号に記載のような、再帰的な配列組換えが使用され得る。このアプローチにおいて、組換えおよびスクリーニングまたは選択の反復性のサイクルが実施されて、例えば、増強された免疫原性活性を有する本発明の個々のポリヌクレオチド改変体を「展開させる（ｅｖｏｌｖｅ）」。
本発明の他の実施形態において、本明細書中に提供されるポリヌクレオチド配列は、核酸ハイブリダイゼーションのためのプローブまたはプライマーとして、有利に使用され得る。このように、本明細書中に開示される１５ヌクレオチド長の連続配列と同じ配列か、またはこれに相補的な配列を有する、少なくとも約１５ヌクレオチド長の連続配列の配列領域を含む核酸セグメントが特定の有用性を見出すことが、意図される。例えば、約２０、３０、４０、５０、１００、２００、５００、１０００（全ての中間的な長さのものを含む）およびまさに全長配列までの、より長い連続した同一配列または相補的な配列がまた、特定の実施形態において使用される。
このような核酸プローブが目的の配列に特異的にハイブリダイズする能力は、所定のサンプル中の相補的配列の存在を検出する際にこれらが使用されることを可能にする。しかし、他の用途（例えば、変異種プライマーまたは他の遺伝的構築物の調製の際の使用のためのプライマーを調製するための配列情報の使用）もまた意図される。
１０〜１４、１５〜２０、３０、５０、または１００〜２００ヌクレオチド程度（同様に中間的な長さを含む）の連続したヌクレオチドストレッチからなる配列領域を有し、本明細書中に開示されるポリヌクレオチド配列に同一または相補的なポリヌクレオチド分子は、例えばサザンブロッティングまたはノーザンブロッティングにおける使用のためのハイブリダイゼーションプローブとして特に意図される。これは、遺伝子産物またはそのフラグメントの、多様な細胞型およびまた種々の細菌細胞の両方における分析を可能とする。フラグメントの全サイズ、ならびに相補的ストレッチのサイズは、究極的には、特定の核酸セグメントの意図される用途または適用に依存する。より小さなフラグメントは、一般にハイブリダイゼーション実施形態における用途を見出し、ここで連続した相補領域の長さが変化され得る（例えば、約１５ヌクレオチドと約１００ヌクレオチドとの間）が、検出を望む相補配列の長さに従って、より長い連続した相補ストレッチが使用され得る。
約１５〜２５ヌクレオチド長のハイブリダイゼーションプローブの使用は、安定かつ選択的な二重鎖分子の形成を可能にする。しかし、１５塩基長より長いストレッチの連続した相補配列を有する分子が、ハイブリッドの安定性および選択性を増加するために一般に好ましく、それによって、得られる特異的ハイブリッド分子の質および程度が改善される。１５〜２５の連続したヌクレオチド、または望まれる場合にはより長い遺伝子相補的ストレッチを有する核酸分子を設計するのが一般には好ましい。
ハイブリダイゼーションプローブは、本明細書中に開示される配列のいずれかの、任意の部分から選択され得る。必要とされることの全ては、本明細書中に記載の配列、あるいはプローブまたはプライマーとしての利用を望む場合は、約１５〜２５ヌクレオチド長から全長配列まで、および全長配列を含む配列の任意の連続した部分までを再検討することである。プローブおよびプライマー配列の選択は、種々の要因によって支配され得る。例えば、全配列の末端に向かってプライマーを使用することが望まれ得る。
小さなポリヌクレオチドセグメントまたはフラグメントは、通常は自動オリゴヌクレオチド合成機を使用して行われるので、例えば化学的手段によってフラグメントを直接合成することによって、容易に調製され得る。また、フラグメントは、核酸複製技術（例えば、米国特許第４，６８３，２０２号（本明細書中に参考として援用される）のＰＣＲＴＭ技術）の適用によって、組換え産生のために選択配列を組換えベクターに導入することによって、および一般に分子生物学の分野の当業者に公知の他の組換えＤＮＡ技術によって、得られ得る。
本発明のヌクレオチド配列は、目的の完全遺伝子または遺伝子フラグメントのいずれかの相補的ストレッチと、二重鎖分子を選択的に形成するその能力のために使用され得る。想定される適用に依存して、代表的には、標的配列に対するプローブの選択性の種々の程度を達成するために、ハイブリダイゼーションの種々の条件を使用することが望ましい。高い選択性を必要とする適用について、代表的には、ハイブリッドを形成するための比較的ストリンジェントな条件（例えば、比較的低濃度の塩、および／または高温の条件（例えば、約５０℃〜約７０℃の温度で、約０．０２Ｍ〜約０．１５Ｍの塩の塩濃度によって提供されるような）を使用することが望ましい。このような選択条件は、存在する場合、プローブとテンプレートまたは標的鎖との間のミスマッチにわずかに許容性であり、そして関連する配列の単離のために特に適切である。
当然のことながら、いくつかの適用（例えば、潜在的なテンプレートにハイブリダイズする変異体プライマー鎖を使用する、変異体の調製が望ましい場合）について、低ストリンジェント（減少したストリンジェンシー）のハイブリダイゼーション条件は、ヘテロ二重鎖を形成するために代表的に必要とされる。これらの状況において、約２０℃〜約５５℃の温度範囲で約０．１５Ｍ〜約０．９Ｍの塩の条件のような塩条件を使用することが望ましくあり得る。これによって、交差ハイブリダイズ種は、コントロールハイブリダイゼーションに関して、陽性ハイブリダイズシグナルとして容易に同定され得る。任意の場合において、ホルムアミド（これは、増加した温度と同じ様式で、ハイブリッド二重鎖を不安定化するように作用する）の増加した量の添加によって、条件がよりストリンジェントになり得ることが一般に理解される。従って、ハイブリダイゼーション条件は、容易に操作され得、従って、一般に、所望の結果に依存する最良の方法である。
本発明の別の実施形態に従って、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含むポリヌクレオチド組成物が、提供される。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、タンパク質合成の効果的かつ標識化インヒビターであることが実証され、疾患が、疾患に寄与するタンパク質の合成を阻害することによって処置され得る治療的なアプローチを結果的に提供する。タンパク質合成を阻害するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドの効力は、よく確立されている。例えば、ポリガラクタウロナーゼ（ｐｏｌｙｇａｌａｃｔａｕｒｏｎａｓｅ）の合成およびムスカリン２型アセチルコリンレセプターは、そのそれぞれのｍＲＮＡ配列に特異的なアンチセンスオリゴヌクレオチドによって阻害される（米国特許第５，７３９，１１９号および米国特許第５，７５９，８２９号）。さらに、アンチセンス阻害の例が、核タンパク質サイクリン、多剤耐性遺伝子（ＭＤＧ１）、ＩＣＡＭ−１、Ｅ−セレクチン、ＳＴＫ−１、線条体ＧＡＢＡＡレセプターおよびヒトＥＧＦを用いて示されている（Ｊａｓｋｕｌｓｋｉら、Ｓｃｉｅｎｃｅ １９８８ Ｊｕｎ １０；２４０（４８５８）：１５４４−６；ＶａｓａｎｔｈａｋｕｍａｒおよびＡｈｍｅｄ、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｏｍｍｕｎ．１９８９；１（４）：２２５−３２；Ｐｅｒｉｓら、Ｂｒａｉｎ Ｒｅｓ Ｍｏｌ Ｂｒａｉｎ Ｒｅｓ．１９９８ Ｊｕｎ １５；５７（２）３１０−２０；米国特許第５，８０１，１５４号；同第５，７８９，５７３号；同第５，７１８，７０９号および同第５，６１０，２８８号）。種々の異常な細胞増殖（例えば、癌）を阻害しそして処置するために使用され得る、アンチセンス構築物もまた、記載されている（米国特許第５，７４７，４７０号；同第５，５９１，３１７号および同第５，７８３，６８３号）。
従って、特定の実施形態において、本発明は、本明細書中に記載されるポリヌクレオチド配列に特異的に結合し得る任意の配列もしくはその相補体のすべてまたは一部を含む、オリゴヌクレオチド配列を提供する。１つの実施形態において、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡまたはその誘導体を含む。別の実施形態において、そのオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡまたはその誘導体を含む。第３の実施形態において、そのオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート改変骨格を含む、改変ＤＮＡである。第４の実施形態において、そのオリゴヌクレオチド配列は、ペプチド核酸またはその誘導体を含む。各場合において、好ましい組成物は、本明細書中に開示されるポリヌクレオチドのうちの１つ以上の部分に相補的な、より好ましくは実質的に相補的な、そしてさらにより好ましくは完全に相補的な、配列領域を含む。所定の遺伝子配列に特異的なアンチセンス組成物の選択は、選択された標的配列の分析に基き、そして二次構造、Ｔｍ、結合エネルギー、および相対的安定性の決定に基く。アンチセンス組成物は、二量体、ヘアピン、または宿主細胞において標的ｍＲＮＡへの特異的結合を減少または妨げる他の二次構造をそれらが形成できない相対的能力に基づいて選択され得る。ｍＲＮＡの非常に好ましい標的領域は、ＡＵＧ翻訳開始コドンの領域またはその付近の領域、およびｍＲＮＡの５’領域と実質的に相補的な配列である。これらの二次構造分析および標的部位選択の考慮は、例えば、ＯＬＩＧＯプライマー分析ソフトウェアのｖ．４および／またはＢＬＡＳＴＮ ２．０．５アルゴリズムソフトウェア（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９７，２５（１７）：３３８９−４０２）を使用して実施され得る。
短いペプチドベクター（ＭＰＧ（２７残基）と称する）を使用するアンチセンス送達法の使用もまた意図される。このＭＰＧペプチドは、ＨＩＶ ｇｐ４１の融合配列由来の疎水性ドメインと、ＳＶ４０ Ｔ抗原の核局在化配列由来の親水性ドメインとを含む（Ｍｏｒｒｉｓら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９７ Ｊｕｌ １５；２５（１４）：２７３０−６）。このＭＰＧペプチドのいくつかの分子がアンチセンスオリゴヌクレオチドをコートし、そして比較的高効率（９０％）で１時間未満で培養哺乳動物細胞へと送達され得ることが示された。さらに、ＭＰＧとの相互作用は、ヌクレアーゼに対するそのオリゴヌクレオチドの安定性および形質膜を横切る能力の両方を強力に増加させる。
本発明の別の実施形態に従って、本明細書中に記載されるポリヌクレオチド組成物は、腫瘍細胞における腫瘍ポリペプチドおよび本発明のタンパク質の発現を阻害するためのリボザイム分子の設計および調製に使用される。リボザイムは、部位特異的様式で核酸を切断するＲＮＡ−タンパク質複合体である。リボザイムは、エンドヌクレアーゼ活性を保有する特定の触媒ドメインを有する（ＫｉｍおよびＣｅｃｈ、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．１９８７ Ｄｅｃ；８４（２４）：８７８８−９２；ＦｏｒｓｔｅｒおよびＳｙｍｏｎｓ、Ｃｅｌｌ．１９８７ Ａｐｒ ２４；４９（２）２１１−２０）。例えば、多数のリボザイムが、高い程度の特異性でホスホエステル転移反応を促進し、しばしば、オリゴヌクレオチド基質中の数個のホスホエステルのうちの１つだけを切断する（Ｃｅｃｈら、Ｃｅｌｌ．１９８１ Ｄｅｃ；２７（３ Ｐｔ ２）：４８７−９６；ＭｉｃｈｅｌおよびＷｅｓｔｈｏｆ、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．１９９０ Ｄｅｃ ５；２１６（３）：５８５−６１０；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ−ＨｕｒｅｋおよびＳｈｕｂ、Ｎａｔｕｒｅ．１９９２ Ｍａｙ １４；３５７（６３７４）：１７３−６）。この特異性は、この基質が、化学反応の前にリボザイムの内部ガイド配列（「ＩＧＳ」）との特異的塩基対形成相互作用を介して結合するという要件に帰せられている。
天然に存在する酵素的ＲＮＡの６つの基本的変種が、現在公知である。各々が、生理学的条件下で、トランスで、ＲＮＡホスホジエステル結合の加水分解を触媒し得る（従って、他のＲＮＡ分子を切断し得る）。一般に、酵素的核酸は、まず、標的ＲＮＡへの結合によって作用する。このような結合は、標的ＲＮＡを切断するように作用する分子の酵素的部分に近接して保持される、酵素的核酸の標的結合部分を介して生じる。従って、その酵素的核酸はまず、標的ＲＮＡを認識し、次いで相補的塩基対形成を介してその標的ＲＮＡに結合し、そして一旦正確な部位に結合すると、その標的ＲＮＡを酵素的に切断するように作用する。このような標的ＲＮＡの戦略的切断は、コードされるタンパク質を直接合成する標的ＲＮＡの能力を破壊する。酵素的核酸がそのＲＮＡ標的に結合しそして切断した後、その酵素的核酸は、別の標的を探索するためにそのＲＮＡから離れ、そして繰り返し、新しい標的に結合しそして切断し得る。
リボザイムの酵素特性は、多くの技術（例えば、アンチセンス技術（ここで、核酸分子は、翻訳を阻害するために核酸標的に簡単に結合する））に対して有利である。なぜなら、治療的処置に影響を与えるのに必要であるリボザイムの濃度は、アンチセンスオリゴヌクレオチの濃度よりも低いからである。この利点は、酵素学的に作用するリボザイムの能力を反映する。従って、単一のリボザイム分子は、標的ＲＮＡの多くの分子を切断し得る。さらに、このリボザイムは、高度に選択的なインヒビターであり、この阻害の特異性は、標的ＲＮＡに結合する塩基対形成の機構に依存するだけでなく、標的ＲＮＡの切断の機構にも依存する。切断部位付近の１個のミスマッチまたは塩基置換により、リボザイムの触媒活性が完全になくなり得る。アンチセンス分子内の同様のミスマッチでは、それらの作用は妨げられない（Ｗｏｏｌｆら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．１９９２ Ａｕｇ １５；８９（１６）：７３０５−９）。従って、リボザイムの作用の特異性は、同じＲＮＡ部位に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドの作用の特異性よりも高い。
この酵素学的核酸分子は、ハンマーヘッド（ｈａｍｍｅｒｈｅａｄ）モチーフ、ヘアピンモチーフ、δ型肝炎ウイルスモチーフ、Ｉ群イントロンモチーフまたはＲＮａｓｅＰ ＲＮＡモチーフ（ＲＮＡ誘導配列に関連する）あるいはＮｅｕｒｏｓｐｏｒａ ＶＳ ＲＮＡモチーフに形成され得る。ハンマーヘッドモチーフの例は、Ｒｏｓｓｉら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９２ Ｓｅｐ １１；２０（１７）：４５５９−６５に記載される。ヘアピンモチーフの例は、Ｈａｍｐｅｌら（欧州特許出願公開番号ＥＰ ０３６０２５７）、ＨａｍｐｅｌおよびＴｒｉｔｚ（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ １９８９ Ｊｕｎ １３；２８（１２）：４９２９−３３）、Ｈａｍｐｅｌら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９０ Ｊａｎ ２５；１８（２）：２９９−３０４および米国特許第５，６３１，３５９号に記載される。δ型肝炎ウイルスモチーフの例は、ＰｅｒｒｏｔｔａおよびＢｅｅｎ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．１９９２ Ｄｅｃ １；３１（４７）：１１８４３−５２に記載される；ＲＮａｓｅＰモチーフの例は、Ｇｕｅｒｒｉｅｒ−Ｔａｋａｄａら，Ｃｅｌｌ．１９８３ Ｄｅｃ；３５（３ Ｐｔ ２）：８４９−５７に記載される；Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ＶＳ ＲＮＡリボザイムモチーフは、Ｃｏｌｌｉｎｓ（ＳａｖｉｌｌｅおよびＣｏｌｌｉｎｓ，Ｃｅｌｌ．１９９０ Ｍａｙ １８；６１（４）：６８５−９６；ＳａｖｉｌｌｅおよびＣｏｌｌｉｎｓ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．１９９１ Ｏｃｔ １；８８（１９）：８８２６−３０；ＣｏｌｌｉｎｓおよびＯｌｉｖｅ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．１９９３ Ｍａｒ ２３；３２（１１）：２７９５−９）に記載される；そしてＩ群イントロンの例は、米国特許第４，９８７，０７１号に記載される。本発明の酵素学的核酸分子において重要であることは、１以上の標的遺伝子ＲＮＡ領域に相補的である特定の基質結合部位を有すること、およびこの分子にＲＮＡ切断活性を付与する、基質結合部位内のヌクレオチド配列またはこの基質結合部位の周囲のヌクレオチド配列を有することだけである。従って、リボザイム構築物は、本明細書中に記載される特定のモチーフに限定する必要はない。
リボザイムは、国際特許出願公開番号ＷＯ ９３／２３５６９および国際特許出願公開番号ＷＯ ９４／０２５９５（各々は、本明細書中で参考として詳細に援用される）に記載されるように設計され得、そして記載されるようにインビトロおよびインビボにおいて試験するために合成され得る。このようなリボザイムはまた、送達するために最適化され得る。特定の例が提供されるが、当業者は、他の種において等価なＲＮＡ標的が、必要な場合に利用され得ることを理解する。
リボザイムの活性は、リボザイムの結合アームの長さを変更することにより、または血清リボヌクレアーゼによる分解を防ぐ改変（例えば、国際特許出願番号ＷＯ ９２／０７０６５；国際特許公開番号ＷＯ ９３／１５１８７；国際特許出願公開番号ＷＯ ９１／０３１６２；欧州特許出願公開番号９２１１０２９８．４；米国特許第５，３３４，７１１号、および国際特許出願公開番号ＷＯ ９４／１３６８８（これには、酵素学的ＲＮＡ分子の糖部分に対して成され得る、種々の化学的修飾が記載される）を参照のこと）、細胞中でのリボザイムの有効性を増強する改変、ならびにＲＮＡの合成時間を短縮および化学的必要性を低下させるための幹（ｓｔｅｍ）ＩＩ塩基を除去して、リボザイムを化学的に合成することによって最適化され得る。
Ｓｕｌｌｉｖａｎら（国際特許出願公開番号ＷＯ ９４／０２５９５）は、酵素学的ＲＮＡ分子の送達のための一般的な方法を記載する。リボザイムは、当業者に公知の種々の方法によって細胞に投与され得、これらには、リポソームへのカプセル化、イオン泳動法、あるいは、ヒドロゲル、シクロデキストリン、生分解性ナノカプセルおよび生体接着性ミクロスフィアのような他のビヒクルへの取り込みによるもの、が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの指針（指標）のために、リボザイムは、エキソビボで細胞または組織に、上記のビヒクルを使用してか、または使用せずに直接送達され得る。あるいは、ＲＮＡ／ビヒクルの組合せは、直接的な吸入、直接的な注射、またはカテーテル、注入ポンプまたはステントの使用により、局所的に送達され得る。他の送達経路としては、血管内注射、筋内注射、皮下注射または関節注射、エアロゾル吸入、経口送達（錠形態または丸薬形態）、局所送達、全身送達、眼送達、腹腔内送達および／またはくも膜下腔内送達が挙げられるが、これらに限定されない。リボザイム送達および投与のより詳細な記載は、国際特許出願公開番号ＷＯ ９４／０２５９５および国際特許出願公開番号ＷＯ ９３／２３５６９（各々は、本明細書中で参考として詳細に援用される）に提供される。
高濃度のリボザイムを細胞内に蓄積する別の手段は、リボザイムコード配列をＤＮＡ発現ベクターに組み込むことである。リボザイム配列の転写は、真核生物ＲＮＡポリメラーゼＩ（ｐｏｌ Ｉ）、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ（ｐｏｌ ＩＩ）、またはＲＮＡポリメラーゼＩＩＩ（ｐｏｌ ＩＩＩ）のためのプロモーターにより駆動される。ｐｏｌ ＩＩプロモーターまたはｐｏｌ ＩＩＩプロモーターからの転写物は、全ての細胞内で高レベルで発現される；所定の細胞型における所定のｐｏｌ ＩＩプロモーターのレベルは、近くに存在する遺伝子調節配列（エンハンサー、サイレンサーなど）の性質に依存する。原核生物のＲＮＡポリメラーゼプロモーターもまた使用され得るが、但し、原核生物ＲＮＡポリメラーゼ酵素は、適切な細胞において発現される。このようなプロモーターから発現するリボザイムは、哺乳動物細胞において機能することが示されている。このような転写ユニットは、哺乳動物細胞内への導入のための種々のベクター（プラスミドＤＮＡベクター、ウイルスＤＮＡベクター（例えば、アデノウイルスベクターまたはアデノ随伴ベクター）、またはウイルスＲＮＡベクター（例えば、レトロウイルスベクター、セムリキ森林ウイルスベクター、シンドビスウイルスベクター）が挙げられるがこれらに限定されない）に組み込まれ得る。
本発明の別の実施形態において、ペプチド核酸（ＰＮＡ）組成物が提供される。ＰＮＡは、ＤＮＡ模倣物であり、核酸塩基は、偽ペプチド骨格に結合される（ＧｏｏｄおよびＮｉｅｌｓｅｎ、Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖ．１９９７ ７（４）４３１〜３７）。ＰＮＡは、ＲＮＡまたはＤＮＡを伝統的に使用した多くの方法において利用され得る。しばしば、ＰＮＡ配列は、対応するＲＮＡ配列またはＤＮＡ配列よりも技術的により良く機能し、そしてＲＮＡにもＤＮＡにも固有でない有用性を有する。産生方法、特徴、および使用方法を含むＰＮＡの総説は、Ｃｏｒｅｙ（Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １９９７ ６月；１５（６）：２２４〜９）によって提供される。このように、特定の実施形態において、ＡＣＥ ｍＲＮＡ配列の１以上の部分に相補的であるＰＮＡ配列を調製し得、そしてこのようなＰＮＡ組成物は、ＡＣＥ−特異的ｍＲＮＡの翻訳を調節、変更、減少、または低下させるために使用され得、これにより、このようなＰＮＡ組成物が投与された宿主細胞におけるＡＣＥ活性のレベルを変更する。
ＰＮＡは、ＤＮＡの正常なホスホジエステル骨格を置換する２−アミノエチル−グリシン連結を有する（Ｎｉｅｌｓｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ １９９１ １２月６；２５４（５０３７）：１４９７〜５００；Ｈａｎｖｅｙら、Ｓｃｉｅｎｃｅ．１９９２ １１月 ２７；２５８（５０８７）：１４８１〜５；ＨｙｒｕｐおよびＮｉｅｌｓｅｎ，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ．１９９６ １月；４（１）：５〜２３）。この化学は、３つの重要な結果を有する。第１に、ＤＮＡまたはホスホロチオエートオリゴヌクレオチドとは対照的に、ＰＮＡは、中性の分子であり；第２に、ＰＮＡは、アキラル（立体選択的な合成を開発する必要を避ける）であり；そして第３に、ＰＮＡ合成は、標準的なＢｏｃプロトコルまたはＦｍｏｃプロトコルを、固相ペプチド合成に使用する。一方、改良型Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ法を含む他の方法が使用されている。
ＰＮＡモノマーまたは既製のオリゴマーは、ＰｅｒＳｅｐｔｉｖｅ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ，ＭＡ）から市販されている。ＢｏｃプロトコルまたはＦｍｏｃプロトコルのいずれかによるＰＮＡの合成は、手動プロトコルまたは自動プロトコルを使用して簡単に実施される（Ｎｏｒｔｏｎら、Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ．１９９５ ４月；３（４）：４３７〜４５）。この手動（マニュアル）プロトコルは、それ自体で、化学的に修飾されたＰＮＡの産生または密接に関係するＰＮＡのファミリーの同時合成を導く。
ペプチドの合成に関して、特定のＰＮＡ合成の成功は、選択した配列の特性に依存する。例えば、理論上、ＰＮＡは、ヌクレオチド塩基の任意の組合せを取り込み得るが、隣接するプリンの存在は、産物中に１以上の残基の欠失を導き得る。この困難性の見込みにおいて、隣接するプリンを有するＰＮＡを産生する際に、付加されているようである残基の連結を非効率的に繰り返すべきであることが示唆される。この後、ペプチド合成の間に観測されるのと類似する産物の収率および純度を提供する逆相高圧液体クロマトグラフィーによってＰＮＡを精製するべきである。
所与の適用のためのＰＮＡの修飾が、固相合成の間にアミノ酸を連結することによって、または露出されたＮ末端アミンにカルボン酸基を含む化合物を付加することによって達成され得る。あるいは、ＰＮＡは、導入されたリジンまたはシステインに連結することによって合成した後に修飾され得る。ＰＮＡが修飾され得る簡便さにより、より良い溶解度または特定の機能的必要条件の最適化を容易にする。一旦合成されると、ＰＮＡおよびそれらの誘導体の同定は、質量分析法によって確認され得る。いくつかの研究が、ＰＮＡの修飾物を作製および利用した（例えば、Ｎｏｒｔｏｎら、Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ．１９９５ ４月；３（４）：４３７〜４５；Ｐｅｔｅｒｓｅｎら、Ｊ Ｐｅｐｔ Ｓｃｉ．１９９５ ５〜６月；１（３）１７５〜８３；Ｏｒｕｍら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．１９９５ ９月；１９（３）：４７２〜８０；Ｆｏｏｔｅｒら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．１９９６ ８月 ２０；３５（３３）：１０６７３〜９；Ｇｒｉｆｆｉｔｈら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１９９５ ８月 １１；２３（１５）：３００３〜８；Ｐａｒｄｒｉｄｇｅら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １９９５ ６月 ６；９２（１２）：５５９２〜６；Ｂｏｆｆａら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １９９５ ３月 １４；９２（６）：１９０１〜５；Ｇａｍｂａｃｏｒｔｉ−Ｐａｓｓｅｒｉｎｉら、Ｂｌｏｏｄ、１９９６ ８月 １５；８８（４）：１４１１〜７；Ａｒｍｉｔａｇｅら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ、１９９７ １１月 １１；９４（２３）：１２３２０〜５；Ｓｅｅｇｅｒら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、１９９７ ９月；２３（３）：５１２〜７）。米国特許第５，７００，９２２号は、ＰＮＡ−ＤＮＡ−ＰＮＡキメラ分子および診断におけるその分子の使用、生物体におけるタンパク質の調節、ならびに治療に対して影響を受け易い状態の処置について議論する。
ＰＮＡのアンチセンス結合特性を特徴付けする方法は、Ｒｏｓｅ（Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ、１９９３ １２月 １５；６５（２４）：３５４５〜９）およびＪｅｎｓｅｎら（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１９９７ ４月 ２２；３６（１６）：５０７２〜７）において議論される。Ｒｏｓｅは、キャピラリーゲル電気泳動を使用して、相対的な結合速度論および化学量論を測定することで、ＰＮＡのそれらの相補的オリゴヌクレオチドに対する結合を決定する。同様のタイプの測定が、ＢＩＡｃｏｒｅＴＭ 技術を使用してＪｅｎｓｅｎらによって成された。
記載され、そして当業者に明らかであるＰＮＡの他の適用には、ＤＮＡ鎖の侵入、アンチセンス阻害、変異分析、転写のエンハンサー、核酸の精製、転写活性遺伝子の単離、転写因子結合の阻害、ゲノムの切断、バイオセンサー、インサイチュハイブリダイゼーションなどにおける使用が挙げられる。
（ポリヌクレオチドの同定、特徴づけおよび発現）
本発明のポリヌクレオチド組成物は、種々の十分に確立された技術のいずれかを使用して、同定、調製および／または操作され得る（一般に、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９、および他の類似の参考文献を参照のこと）。例えば、ポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡのマイクロアレイを腫瘍に関連する発現（すなわち、本明細書中で提供される代表的なアッセイを使用して決定する場合、正常な組織における発現よりも、腫瘍での少なくとも２倍高い発現）についてスクリーニングすることによって、以下にさらに詳細に記載されるように、同定され得る。このようなスクリーニングは、例えば、製造者の指示に従って、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ．（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ、ＣＡ）のマイクロアレイ技術を使用して、（そして本質的にＳｃｈｅｎａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：１０６１４〜１０６１９，１９９６およびＨｅｌｌｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９４：２１５０〜２１５５，１９９７に記載されるように）、行われ得る。あるいは、ポリヌクレオチドは、本明細書中に記載されるタンパク質を発現する細胞（例えば、腫瘍細胞）から調製されるｃＤＮＡから増幅され得る。
多数の鋳型（テンプレート）依存性プロセスが、サンプル中に存在する目的の標的配列を増幅するために利用可能である。最もよく知られた増幅方法の１つは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲＴＭ）であり、これは、米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号、および同第４，８００，１５９号に詳細に記載され、これらの各々はその全体が本明細書中に参考として援用される。手短に言えば、ＰＣＲＴＭにおいては、標的配列の向かい合った相補鎖上の領域に対して相補的な２つのプライマー配列が調製される。過剰のデオキシヌクレオシド三リン酸を、ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、Ｔａｑポリメラーゼ）とともに反応混合液に添加する。標的配列がサンプル中に存在する場合、プライマーはその標的に結合し、そしてポリメラーゼは、ヌクレオチドを付加することによって標的配列に沿ってプライマーを伸長させる。反応混合液の温度を上昇および下降させることによって、伸長したプライマーは、標的から解離して反応生成物を形成し、過剰のプライマーは標的および反応生成物に結合し、そしてこのプロセスが反復される。好ましくは、逆転写およびＰＣＲＴＭ増幅手順が、増幅されたｍＲＮＡの量を定量するために実行され得る。ポリメラーゼ連鎖反応方法論は、当該分野で周知である。
多くの他のテンプレート依存性プロセスのいずれか（この多くは、ＰＣＲＴＭ増幅技術のバリエーションである）は、当該分野で容易に知られており、利用可能である。例示として、いくつかのこのような方法としては、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲともいわれる）（例えば、欧州特許出願公開番号３２０，３０８号、米国特許第４，８８３，７５０号において記載される）；Ｑβレプリカーゼ（ＰＣＴ国際特許出願公開番号ＰＣＴ／ＵＳ８７／００８８０に記載される）；鎖置換増幅（Ｓｔｒａｎｄ Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＳＤＡ）および修復鎖反応（Ｒｅｐａｉｒ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ）（ＲＣＲ）が挙げられる。なお他の増幅法は、英国特許出願番号２ ２０２ ３２８号およびＰＣＴ国際特許出願公開番号ＰＣＴ／ＵＳ８９／０１０２５において記載される。他の核酸増幅手順には、転写に基づく増幅系（ＴＡＳ）（ＰＣＴ国際特許出願公開番号ＷＯ ８８／１０３１５）が挙げられ、これには、核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）および３ＳＲが含まれる。欧州特許出願公開番号３２９，８２２は、一本鎖ＲＮＡ（「ｓｓＲＮＡ」）、ｓｓＤＮＡ、および二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）をサイクル的に合成する工程を包含する核酸増殖プロセスを記載する。ＰＣＴ国際特許出願公開番号ＷＯ ８９／０６７００は、プロモーター／プライマー配列の標的一本鎖ＤＮＡ（「ｓｓＤＮＡ」）へのハイブリダイゼーションに基づく核酸配列増幅スキーム、引き続くこの配列の多くのＲＮＡコピーの転写を記載する。「ＲＡＣＥ」（Ｆｒｏｈｍａｎ、１９９０）および「片側（ｏｎｅ−ｓｉｄｅｄ）ＰＣＲ」（Ｏｈａｒａ、１９８９）のような他の増幅方法がまた、当業者に周知である。
本発明のポリヌクレオチドの増幅した部分を使用して、適切なライブラリー（例えば、腫瘍ｃＤＮＡライブラリー）から周知の技術を使用して全長遺伝子を単離し得る。このような技術において、増幅に適した１以上のポリヌクレオチドプローブまたはプライマーを使用して、ライブラリー（ｃＤＮＡライブラリーまたはゲノムライブラリー）をスクリーニングする。好ましくは、ライブラリーはより大きな分子を含むようにサイズが選択される。ランダムプライムしたライブラリー（ｒａｎｄｏｍ ｐｒｉｍｅｄ ｌｉｂｒａｒｙ）もまた、遺伝子の５’領域および上流領域の同定ために好ましくあり得る。ゲノムライブラリーは、イントロンを入手することおよび５’配列を伸長させることについて好ましい。
ハイブリダイゼーション技術に関して、部分配列は、周知の技術を使用して標識（例えば、ニックトランスレーションまたは３２Ｐでの末端標識）され得る。次いで、細菌ライブラリーまたはバクテリオファージライブラリーは、一般に、標識プローブと、変性した細菌コロニー（またはファージプラークを含む菌叢）を含むフィルターとをハイブリダイズすることによってスクリーニングされる（Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９を参照のこと）。ハイブリダイズするコロニーまたはプラークを選択し、そして増殖させる。そしてそのＤＮＡをさらなる分析のために単離する。ｃＤＮＡクローンを、付加配列の量を決定するために、例えば、部分配列由来のプライマーおよびそのベクター由来のプライマーを使用するＰＣＲによって分析し得る。制限酵素地図および部分配列を作成して、１以上の重複クローンを同定し得る。次いで、標準的な技術（これは、一連の欠失クローンを作製することを包含し得る）を使用して完全配列を決定し得る。次いで、得られた重複配列を１つの連続配列中に構築し得る。周知の技術を使用して、適切なフラグメントを連結することにより全長ｃＤＮＡ分子を生成し得る。
あるいは、上記のような増幅技術は、部分的なｃＤＮＡ配列から全長コード配列を得るために有用であり得る。このような増幅技術の１つは、逆（インバース）ＰＣＲである（Ｔｒｉｇｌｉａら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：８１８６，１９８８を参照のこと）。この技術は、制限酵素を使用して、その遺伝子の既知の領域内にフラグメントを生成する。次いで、このフラグメントを分子内連結により環化し、そして既知の領域に由来する多岐したプライマーを用いたＰＣＲのためのテンプレート（鋳型）として使用する。代替のアプローチにおいて、部分配列に隣接した配列を、リンカー配列に対するプライマーおよび既知の領域に特異的なプライマーを使用する増幅により取り出し得る。この増幅した配列を、代表的に、同じリンカープライマーおよび既知の領域に特異的な第２のプライマーを使用する２回目の増幅に供する。既知の配列から反対方向に伸長を開始する２つのプライマーを使用するこの手順についての改変は、ＷＯ ９６／３８５９１に記載される。そのような別の技術は、「迅速なｃＤＮＡ末端の増幅」またはＲＡＣＥとして公知である。この技術は、公知配列の５’および３’である配列を同定するために、内部プライマーおよび外部プライマー（これらは、ポリＡ領域またはベクター配列にハイブリダイズする）の使用を含む。さらなる技術としては、キャプチャーＰＣＲ（Ｌａｎｇｅｒｓｔｒｏｍら，ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌｉｃ．１：１１１−１９，１９９１）およびウォーキングＰＣＲ（Ｐａｒｋｅｒら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１９：３０５５−６０，１９９１）が挙げられる。増幅を利用する他の方法もまた使用して、全長ｃＤＮＡ配列を入手し得る。
特定の場合において、発現配列タグ（ＥＳＴ）データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋより利用可能のもの）に提供される配列の分析により、全長ｃＤＮＡ配列を入手することが可能である。重複ＥＳＴの検索は、一般に、周知のプログラム（例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ検索）を使用して行われ得、そしてこのようなＥＳＴを使用して連続した全長配列を生成し得る。全長ＤＮＡ配列はまた、ゲノムフラグメントの分析により入手され得る。
本発明の他の実施形態において、本発明のポリペプチドまたはその融合タンパク質もしくは機能的等価物をコードするポリヌクレオチド配列またはそのフラグメントは、適切な宿主細胞におけるポリペプチドの発現を指向するように組換えＤＮＡ分子において使用され得る。遺伝コードの固有の縮重に起因して、実質的に同じか、または機能的に等価なアミノ酸配列をコードする他のＤＮＡ配列が産生され得、そしてこれらの配列を使用して所定のポリペプチドをクローン化し、そして発現させ得る。
当業者によって理解されるように、いくつかの場合において、天然に存在しないコドンを所有するポリペプチドコードヌクレオチド配列を作製することが有利であり得る。例えば、特定の原核生物宿主または真核生物宿主に好まれるコドンは、タンパク質発現の速度を増加させるためか、または所望の特性（例えば、天然に存在する配列から生成される転写物の半減期よりも長い半減期）を有する組換えＲＮＡ転写物を産生するように選択され得る。
さらに、本発明のポリヌクレオチド配列は、種々の理由（遺伝子産物のクローニング、プロセシング、および／または発現を変更する改変が挙げられるが、それらに限定されない）のためにポリペプチドコード配列を変更するために、当該分野において一般的に公知の方法を使用して操作され得る。例えば、無作為断片化によるＤＮＡシャッフリングならびに遺伝子フラグメントおよび合成オリゴヌクレオチドのＰＣＲ再アセンブリを使用して、ヌクレオチド配列を操作し得る。さらに、部位特異的変異誘発を使用して、新たな制限部位を挿入し得るか、グリコシル化パターンを改変し得るか、コドンの優先度（ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅ）を変化させ得るか、スプライス改変体を作製し得るか、または変異の導入などを行い得る。
本発明の別の実施形態において、天然の核酸配列、改変された核酸配列、または組換え核酸配列は、融合タンパク質をコードする異種配列に連結され得る。例えば、ポリペプチド活性のインヒビターについてペプチドライブラリーをスクリーニングするために、市販の抗体により認識され得るキメラタンパク質をコードすることが有用であり得る。融合タンパク質はまた、ポリペプチドコード配列と異種タンパク質配列との間に位置する切断部位を含むように操作され得、その結果そのポリペプチドは、切断されて、そして異種部分から精製されて取り出され得る。
所望のポリペプチドをコードする配列が、当該分野において周知の化学的方法を使用して、全体または部分的に合成され得る（Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ，Ｍ．Ｈ．ら、（１９８０）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．Ｓｙｍｐ．Ｓｅｒ．２１５〜２２３、Ｈｏｒｎ，Ｔ．ら、（１９８０）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．Ｓｙｍｐ．Ｓｅｒ．２２５〜２３２を参照のこと）。あるいは、タンパク質自体は、ポリペプチドのアミノ酸配列またはその一部を合成するための化学的方法を使用して産生され得る。例えば、ペプチド合成は、種々の固相技術を使用して実施され得（Ｒｏｂｅｒｇｅ，Ｊ．Ｙ．ら、（１９９５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６９：２０２〜２０４）、そして自動化合成は、例えば、ＡＢＩ ４３１Ａ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を使用して達成され得る。
新たに合成されたペプチドは、分取高速液体クロマトグラフィー（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｔ．（１９８３）Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｃｕｌａｒ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，ＷＨ Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．）または当該分野において利用可能な他の同等技術により実質的に精製され得る。合成ペプチドの組成は、アミノ酸分析または配列決定（例えば、エドマン分解手順）により確認され得る。さらに、ポリペプチドのアミノ酸配列またはその任意の部分は、直接合成の間改変されて、そして／または化学的方法を使用して、他のタンパク質もしくはその任意の部分に由来する配列と組み合わせられて、改変体ポリペプチドを産生し得る。
所望のポリペプチドを発現させるために、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列または機能的等価物は、適切な発現ベクター（すなわち、挿入されたコード配列の転写および翻訳のために必要なエレメントを含むベクター）内に挿入され得る。当業者に周知である方法を使用して、目的のポリペプチドをコードする配列ならびに適切な転写制御エレメントおよび翻訳制御エレメントを含む発現ベクターを構築し得る。これらの方法としては、インビトロ組換えＤＮＡ技術、合成技術、およびインビボ遺伝子組換えが挙げられる。そのような技術は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．ら、（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎ．Ｙ．，およびＡｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ら、（１９８９）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．Ｎ．Ｙ．に記載される。
種々の発現ベクター／宿主系が、ポリヌクレオチド配列を含み、そして発現させるように利用され得る。これらとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：微生物（例えば、組換えバクテリオファージ、プラスミド、またはコスミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換した細菌）；酵母発現ベクターで形質転換した酵母；ウイルス発現ベクター（例えば、バキュロウイルス）で感染させた昆虫細胞系；ウイルス発現ベクター（例えば、カリフラワーモザイクウイルス、ＣａＭＶ；タバコモザイクウイルス、ＴＭＶ）または細菌発現ベクター（例えば、ＴｉもしくはｐＢＲ３２２プラスミド）で形質転換した植物細胞系；あるいは動物細胞系。
発現ベクター内に存在する「制御エレメント」または「調節配列」は、転写および翻訳を実行するように宿主細胞タンパク質と相互作用する、それらのベクターの非翻訳領域（エンハンサー、プロモーター、５’および３’非翻訳領域）である。そのようなエレメントは、その長さおよび特異性を変更し得る。利用されるベクター系および宿主に依存して、多数の適切な転写エレメントおよび翻訳エレメント（構成的プロモーターおよび誘導性プロモーターを含む）が使用され得る。例えば、細菌系においてクローニングする場合、誘導性プロモーター（例えば、ＰＢＬＵＥＳＣＲＩＰＴファージミド（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，Ｃａｌｉｆ．）またはＰＳＰＯＲＴ１プラスミド（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）などのハイブリッドｌａｃＺプロモーター）が使用され得る。哺乳動物細胞系において、哺乳動物遺伝子または哺乳動物ウイルスに由来するプロモーターが、一般的に好ましい。ポリペプチドをコードする配列の複数のコピーを含む細胞株を生成することが必要とされる場合、ＳＶ４０またはＥＢＶベースのベクターが、適切な選択マーカーと共に有利に使用され得る。
細菌系において、多数の発現ベクターのいずれかが、発現されるポリペプチドに対して意図される使用に依存して選択され得る。例えば、大量に必要とされる場合（例えば、抗体の誘導のために）、容易に精製される融合タンパク質の高レベルの発現を指向するベクターが使用され得る。そのようなベクターとしては、以下が挙げられるがそれらに限定されない：多機能性Ｅ．ｃｏｌｉクローニングベクターおよび発現ベクター（例えば、ＢＬＵＥＳＣＲＩＰＴ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、ここでは目的のポリペプチドをコードする配列が、β−ガラクトシダーゼのアミノ末端Ｍｅｔおよびそれに引続く７残基についての配列とインフレームでベクター内に連結され得、その結果、ハイブリッドタンパク質が産生される）；ｐＩＮベクター（Ｖａｎ Ｈｅｅｋｅ，Ｇ．およびＳ．Ｍ．Ｓｃｈｕｓｔｅｒ（１９８９）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：５５０３−５５０９）など。ｐＧＥＸベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）もまた、グルタチオンＳトランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパク質として外来ポリペプチドを発現させるために使用され得る。一般的に、そのような融合タンパク質は、可溶性であり、そしてグルタチオン−アガロースビーズに吸着させ、次に遊離のグルタチオンの存在下において溶出させることによって、溶解した細胞から容易に精製され得る。そのような系において作製されたタンパク質は、ヘパリン、トロンビン、または第ＸＡ因子プロテアーゼ切断部位を含むように設計され得、その結果、クローニングされた目的のポリペプチドが、随意にＧＳＴ部分から放出され得る。
酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）において、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーター（例えば、α因子、アルコールオキシダーゼおよびＰＧＨ）を含む多数のベクターが使用され得る。概説については、Ａｕｓｕｂｅｌら、（前出）およびＧｒａｎｔら、（１９８７）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５３：５１６−５４４を参照のこと。
植物発現ベクターを使用する場合において、ポリペプチドをコードする配列の発現は、任意の多数のプロモーターにより駆動され得る。例えば、ウイルスプロモーター（例えば、ＣａＭＶの３５Ｓプロモーターおよび１９Ｓプロモーター）は、単独でか、またはＴＭＶに由来するωリーダー配列と組み合わせて使用され得る（Ｔａｋａｍａｔｓｕ，Ｎ．（１９８７）ＥＭＢＯ Ｊ．６：３０７−３１１）。あるいは、植物プロモーター（例えば、ＲＵＢＩＳＣＯの小サブユニットまたは熱ショックプロモーター）を使用し得る（Ｃｏｒｕｚｚｉ，Ｇ．ら、（１９８４）ＥＭＢＯ Ｊ．３：１６７１−１６８０；Ｂｒｏｇｌｉｅ，Ｒ．ら、（１９８４）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２４：８３８−８４３；およびＷｉｎｔｅｒ，Ｊら、（１９９１）Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．１７：８５−１０５）。これらの構築物は、直接的ＤＮＡ形質転換または病原体媒介性トランスフェクションによって植物細胞内に導入され得る。そのような技術は、多数の一般的に入手可能な概説に記載されている（例えば、Ｈｏｂｂｓ，Ｓ．またはＭｕｒｒｙ，Ｌ．Ｅ．，ＭｃＧｒａｗ Ｈｉｌｌ Ｙｅａｒｂｏｏｋ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（１９９２）ＭｃＧｒａｗ Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．；１９１−１９６頁を参照のこと）。
昆虫系はまた、目的のポリペプチドを発現させるために使用され得る。例えば、そのような１つの系において、オートグラファカリフォルニア核発汗病ウイルス（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ ｎｕｃｌｅａｒ ｐｏｌｙｈｅｄｒｏｓｉｓ ｖｉｒｕｓ）（ＡｃＮＰＶ）は、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞またはＴｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ ｌａｒｖａｅにおいて外来遺伝子を発現させるベクターとして使用される。ポリペプチドをコードする配列は、ウイルスの非必須領域内（例えば、ポリへドリン（ｐｏｌｙｈｅｄｒｉｎ）遺伝子）にクローニングされ得て、ポリへドリンプロモーターの制御下に置かれ得る。ポリペプチドコード配列の首尾良い挿入は、ポリへドリン遺伝子を不活性化し、そしてコートタンパク質を欠損している組換えウイルスを産生する。次いで、この組換えウイルスを使用して、例えば、目的のポリペプチドが発現され得る、Ｓ．ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞またはＴｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ ｌａｒｖａｅに感染させ得る（Ｅｎｇｅｌｈａｒｄ，Ｅ．Ｋ．ら、（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９１：３２２４−３２２７）。
哺乳動物宿主細胞において、多数のウイルスベースの発現系が一般的に利用可能である。例えば、アデノウイルスが発現ベクターとして使用される場合において、目的のポリペプチドをコードする配列は、後期プロモーターおよび３部からなるリーダー配列から構成されるアデノウイルス転写／翻訳複合体内に連結され得る。ウイルスゲノムの非必須Ｅ１またはＥ３領域における挿入を使用して、感染した宿主細胞においてポリペプチドを発現し得る、生存可能ウイルスを入手し得る（Ｌｏｇａｎ，Ｊ．およびＳｈｅｎｋ，Ｔ．（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８１：３６５５−３６５９）。さらに、転写エンハンサー（例えば、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）エンハンサー）を使用して、哺乳動物宿主細胞における発現を増加させ得る。
特定の開始シグナルはまた、目的のポリペプチドをコードする配列のより効率的な翻訳を達成するために使用され得る。そのようなシグナルとしては、ＡＴＧ開始コドンおよび隣接配列が挙げられる。ポリペプチドをコードする配列、その開始コドンおよび上流配列が適切な発現ベクター内に挿入される場合において、さらなる転写制御シグナルまたは翻訳制御シグナルは必要とされなくとも良い。しかし、コード配列のみ、またはその一部のみが挿入される場合、ＡＴＧ開始コドンを含む外因性翻訳制御シグナルが提供されるべきである。さらに、開始コドンは、インサート全体の翻訳を確実にするために、正確なリーディングフレーム内にあるべきである。外因性翻訳エレメントおよび開始コドンは、種々の起源（天然および合成の両方）に由来し得る。発現の効率は、使用される特定の細胞系に適切なエンハンサー（例えば、文献（Ｓｃｈａｒｆ，Ｄ．ら、（１９９４）Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．２０：１２５−１６２）に記載されるエンハンサー）の封入によって増大され得る。
さらに、宿主細胞株は、挿入された配列の発現を調節するか、または所望の様式において発現されたタンパク質をプロセシングするその能力について選択され得る。ポリペプチドのそのような改変としては、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸化、リピデーション（ｌｉｐｉｄａｔｉｏｎ）およびアシル化が挙げられるが、これらに限定されない。タンパク質の「プレプロ」形態を切断する翻訳後プロセシングはまた、正確な挿入、折り畳みおよび／または機能を促進させるために使用され得る。異なる宿主細胞（例えば、ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、ＭＤＣＫ、ＨＥＫ２９３およびＷＩ３８）（これらは、そのような翻訳後活性についての特定の細胞機構（ｍａｃｈｉｎｅｒｙ）および特徴的機構（ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ）を有する）は、正確な改変および外来タンパク質のプロセシングを確実にするように選択され得る。
長期間の組換えタンパク質の高収率の産生のために、安定な発現が一般的に好ましい。例えば、目的のポリヌクレオチドを安定に発現する細胞株が、ウイルス複製起点および／または内因性発現エレメントならびに同じかもしくは別個のベクター上の選択マーカー遺伝子を含み得る、発現ベクターを使用して形質転換され得る。そのベクターの導入後、細胞は、それらが選択培地に切換えられる前に、富化（ｅｎｒｉｃｈｅｄ）培地において１〜２日間の増殖が可能とされ得る。選択マーカーの目的は、選択に対する耐性を与えることであり、そしてその存在は、導入された配列を首尾良く発現する細胞の増殖および回収を可能とする。安定に形質転換された細胞の耐性クローンは、その細胞型に適切な組織培養技術を使用して、増殖され得る。
多数の選択系を使用して、形質転換細胞株を回収し得る。これらの選択系としては、それぞれ、ｔｋ．ｓｕｐ．−細胞またはａｐｒｔ．ｓｕｐ−細胞において使用され得る、単純疱疹ウイルスチミジンキナーゼ（Ｗｉｇｌｅｒ，Ｍ．ら、（１９７７）Ｃｅｌｌ １１：２２３−３２）およびアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（Ｌｏｗｙ，Ｉ．ら、（１９９０）Ｃｅｌｌ ２２：８１７−２３）遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。また、代謝拮抗剤耐性、抗生物質耐性または除草剤耐性は、選択のための基礎として使用され得る；例えば、ｄｈｆｒ（これは、メトトレキセートに対する耐性を与える（Ｗｉｇｌｅｒ，Ｍ．ら、（１９８０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．７７：３５６７−７０））；ｎｐｔ（これは、アミノグリコシド、ネオマイシンおよびＧ−４１８に対する耐性を与える（Ｃｏｌｂｅｒｅ−Ｇａｒａｐｉｎ，Ｆ．ら、（１９８１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５０：１−１４））；ならびにａｌｓまたはｐａｔ（これらは、それぞれ、クロルスルフロンおよびホスフィノスリシンアセチルトランスフェラーゼに対する耐性を与える（Ｍｕｒｒｙ、前出））。さらなる選択遺伝子が記載されている。例えば、ｔｒｐＢ（これは、細胞がトリプトファンの代わりにインドールを利用することを可能にする）またはｈｉｓＤ（これは、細胞がヒスチジンの代わりにヒスチノールを利用することを可能にする）（Ｈａｒｔｍａｎ，Ｓ．Ｃ．およびＲ．Ｃ．Ｍｕｌｌｉｇａｎ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８５：８０４７−５１）。アントシアニン、β−グルクロニダーゼおよびその基質のＧＵＳ、ならびにルシフェラーゼおよびその基質のルシフェリンのようなマーカーを用いる、可視マーカーの使用の人気が高くなっており、形質転換体を同定するためのみならず、特定のベクター系に起因し得る一過性のタンパク質発現または安定なタンパク質発現の量を定量するためにもまた広範に使用されている（Ｒｈｏｄｅｓ，Ｃ．Ａ．ら、（１９９５）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５５：１２１−１３１）。
マーカー遺伝子発現の存在／非存在は、目的の遺伝子もまた存在するということを示唆しているが、その存在および発現は、確認されることを必要とし得る。例えば、ポリペプチドをコードする配列が、マーカー遺伝子配列内に挿入される場合、配列を含む組換え細胞は、マーカー遺伝子機能の非存在により同定され得る。あるいは、マーカー遺伝子は、１つのプロモーターの制御下にポリペプチドコード配列と直列に配置され得る。誘導または選択に応じてのマーカー遺伝子の発現は、通常、その直列遺伝子の発現も同様に示す。
あるいは、所望のポリヌクレオチド配列を含み、かつ発現する宿主細胞は、当業者に公知の種々の手順によって同定され得る。これらの手順としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：核酸またはタンパク質の検出および／または定量化のための、例えば、膜ベースの技術、溶液ベースの技術、またはチップベースの技術を含む、ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション技術もしくはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリダイゼーション技術およびタンパク質バイオアッセイ技術またはイムノアッセイ技術。
ポリヌクレオチドコード化産物に特異的なポリクローナル抗体もしくはモノクローナル抗体のいずれかを使用して、ポリヌクレオチドコード化産物の発現を検出および測定するための種々のプロトコルは、当該分野において公知である。例としては、酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）および蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）が挙げられる。所定のポリペプチド上の２つの非干渉性エピトープに対して反応性であるモノクローナル抗体を利用する２つの部位の、モノクローナルベースのイムノアッセイが、いくつかの適用のために好まれ得るが、競合的結合アッセイもまた、利用され得る。これらのアッセイおよび他のアッセイは、とりわけＨａｍｐｔｏｎ，Ｒ．ら、（１９９０；Ｓｅｒｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ，ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ＡＰＳ Ｐｒｅｓｓ，Ｓｔ Ｐａｕｌ．Ｍｉｎｎ．）およびＭａｄｄｏｘ，Ｄ．Ｅ．ら、（１９８３；Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１５８：１２１１−１２１６）に記載される。
広範に種々の標識技術および結合技術は、当業者に公知であり、そして種々の核酸アッセイおよびアミノ酸アッセイにおいて使用され得る。ポリヌクレオチドに関連する配列を検出するための標識されたハイブリダイゼーションまたはＰＣＲプローブを作製するための手段としては、オリゴ標識（ｏｌｉｇｏｌａｂｅｌｉｎｇ）、ニックトランスレーション、末端標識または標識されたヌクレオチドを使用するＰＣＲ増幅が挙げられる。あるいは、ｍＲＮＡプローブの産生のために、配列またはその任意の部分が、ベクター内にクローニングされ得る。そのようなベクターは、当該分野において公知であり、市販されており、そして適切なＲＮＡポリメラーゼ（例えば、Ｔ７、Ｔ３、またはＳＰ６）および標識されたヌクレオチドを添加することにより、ＲＮＡプローブをインビトロで合成するために使用され得る。これらの手順は、種々の市販キットを使用して実施され得る。使用され得る適切なレポーター分子または標識としては、放射性核種、酵素、蛍光、化学発光、または色素形成剤ならびに基質、コファクター（補因子）、インヒビター、磁気粒子などが挙げられる。
目的のポリヌクレオチド配列で形質転換された宿主細胞は、タンパク質の発現および細胞培養物からの回収に適した条件下において培養され得る。組換え細胞により産生されたタンパク質は、使用された配列および／またはベクターに依存して、細胞内に分泌され得るかまたは含まれ得る。当業者によって理解されるように、本発明のポリヌクレオチドを含む発現ベクターは、原核細胞膜または真核細胞膜を介して、コードされたポリペプチドの分泌を指向するシグナル配列を含むように設計され得る。他の組換え構築物を使用して、目的のポリペプチドをコードする配列を、可溶性タンパク質の精製を促進するポリペプチドドメインをコードするヌクレオチド配列に結合させ得る。そのような精製促進ドメインとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：固定された金属上での精製を可能にする金属キレート化ペプチド（例えば、ヒスチジン−トリプトファンモジュール）、固定された免疫グロブリン上での精製を可能にするプロテインＡドメイン、およびＦＬＡＧＳ伸長／アフィニティー精製システム（Ｉｍｍｕｎｅｘ Ｃｏｒｐ．，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈ．）において利用されるドメイン。精製ドメインとコードされるポリペプチドとの間への、切断可能なリンカー配列（例えば、第ＸＡ因子またはエンテロキナーゼに対して特異的な配列（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．））の封入を使用して、精製を促進させ得る。そのような発現ベクターの１つは、目的のポリペプチドを含む融合タンパク質およびチオレドキシンまたはエンテロキナーゼ切断部位の前に６つのヒスチジン残基をコードする核酸の発現を提供する。ヒスチジン残基は、Ｐｏｒａｔｈ，Ｊ．ら、（１９９２、Ｐｒｏｔ．Ｅｘｐ．Ｐｕｒｉｆ．３：２６３−２８１）に記載されるように、ＩＭＩＡＣ（固定化金属イオンアフィニティークロマトグラフィー）上での精製を促進する一方で、エンテロキナーゼ切断部位は、融合タンパク質から所望のポリペプチドを精製するための手段を提供する。融合タンパク質を含むベクターの考察は、Ｋｒｏｌｌ，Ｄ．Ｊ．ら、（１９９３；ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｏｉｌ．１２：４４１−４５３）において提供される。
組換え産生方法に加えて、本発明のポリペプチドおよびそのフラグメントは、固相技術（Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ Ｊ．（１９６３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１５４）を使用する、直接的ペプチド合成によって産生され得る。タンパク質合成は、手動技術を使用してか、または自動化によって実施され得る。自動化合成は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ４３１Ａペプチド合成装置（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用して、達成され得る。あるいは、種々のフラグメントは、別々に化学的に合成されて、そして全長分子を産生するために化学的方法を使用して組み合わせられ得る。
（抗体組成物、そのフラグメントおよび他の結合因子）
別の局面によると、本発明はさらに、本明細書中で開示される腫瘍ポリペプチドに対して、またはその一部の改変体もしくは誘導体に対して免疫学的結合を示す結合因子（例えば、抗体およびその抗原結合フラグメント）を提供する。抗体、またはその抗原結合フラグメントとは、本発明のポリペプチドに対して、「特異的に結合する」こと、「免疫学的に結合する」ことを言い、そして／または、それが（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイにおいて）検出可能なレベルでそのポリペプチドと反応し、かつ類似の条件下で非関連ポリペプチドと検出可能に反応しない場合、「免疫学的に反応性」であると言う。
この文脈で使用される場合、免疫学的結合は、一般に、免疫グロブリン分子と、この免疫グロブリンが特異的な抗原との間で起こるタイプの非共有結合的な相互作用をいう。免疫学的結合相互作用のの強度または親和性は、相互作用の解離定数（Ｋｄ）の観点から表現され得、ここで、より小さいＫｄは、より大きな親和性を示す。選択されたポリペプチドの免疫学的結合特性は、当該分野で周知の方法を使用して、定量され得る。１つのこのような方法は、抗原結合部位／抗原複合体形成および解離の速度を測定する工程を必要とし、ここで、これらの速度は、複合体パートナーの濃度、相互作用の親和性、および両方の方向における速度に等しく影響を与える幾何学的パラメータに依存する。従って、両方の「会合速度定数（ｏｎ ｒａｔｅ ｃｏｎｓｔａｎｔ）」（Ｋｏｎ）および「解離速度定数（ｏｆｆ ｒａｔｅ ｃｏｎｓｔａｎｔ）」（Ｋｏｆｆ）の両方が、濃度ならびに会合および解離の実際の速度を計算することによって決定され得る。Ｋｏｆｆ／Ｋｏｎの比は、親和性に関係しない全てのパラメータの排除を可能にし、そして従って、解離定数Ｋｄに等しい。一般的には、Ｄａｖｉｅｓら（１９９０） Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５９：４３９−４７３を参照のこと。
抗体の「抗原結合部位」または「結合部分」は、抗原結合に関係する免疫グロブリン分子の部分をいう。この抗原結合部位は、重鎖（「Ｈ」）および軽鎖（「Ｌ」）のＮ末端可変（「Ｖ」）領域のアミノ酸残基によって形成される。重鎖および軽鎖のＶ領域内の３つの高度に分岐したストレッチが、「超可変領域」といわれ、これは、「フレームワーク領域」または「ＦＲ」として公知のより保存された隣接ストレッチの間に挿入される。従って、用語「ＦＲ」は、免疫グロブリンの超可変領域の間で、それに隣接して天然に見出されるアミノ酸配列をいう。抗体分子において、軽鎖の３つの超可変領域および重鎖の３つの超可変領域が、３次元空間において互いに相対的に配置されて、抗原結合表面を形成する。この抗原結合表面は、結合した抗原の３次元表面に相補的であり、そして重鎖および軽鎖の各々の３つの超可変領域は、「相補性決定領域」またたは「ＣＤＲ」といわれる。
結合因子は、本明細書中に提供される代表的なアッセイを使用して、癌（例えば、肺癌）を有する患者と有さない患者との間をさらに区別し得る。例えば、腫瘍タンパク質に結合する抗体または他の結合因子は、好ましくは、この疾患を有する患者の少なくとも約２０％、より好ましくは患者の少なくとも約３０％において、癌の存在を示すシグナルを生成する。あるいは、または加えて、この抗体は、癌を有さない個体の少なくとも約９０％において、この疾患の非存在を示す陰性シグナルを生成する。結合因子が、この要求を満たすか否かを決定するために、癌（標準的な臨床試験によって決定されるような）を有する患者および有さない患者からの生物学的サンプル（例えば、血液、血清、痰、尿および／または腫瘍生検）が、この結合因子に結合するポリペプチドの存在について、本明細書に記載されるようにアッセイされ得る。好ましくは、疾患を有するサンプルおよび有さないサンプルの統計的に有意な数が、アッセイされる。各結合因子は、上記の基準を満足すべきである；しかし、当業者は、結合因子が、組合せて使用されて、感度を改善し得ることを認識する。
上記の要求を満足する任意の薬剤は、結合因子であり得る。例えば、結合因子は、ペプチド成分を含むか含まないリボソーム、ＲＮＡ分子またはポリペプチドであり得る。好ましい実施形態において、結合因子は、抗体またはその抗原結合フラグメントである。抗体は、当業者に公知の種々の技術のいずれかによって、調製され得る。例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照のこと。一般に、抗体は、細胞培養技術（本明細書に記載されるようなモノクローナル抗体の生成を含む）によって、または組換え抗体の生成を可能にするために、適切な細菌細胞宿主または哺乳動物細胞宿主への抗体遺伝子のトランスフェクションを介して、生成され得る。１つの技術において、このポリペプチドを含む免疫原が、最初に、広範な種々の哺乳動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジまたはヤギ）のいずれかに注射される。この工程において、本発明のポリペプチドは、改変を有さない免疫原として機能し得る。あるいは、特に、比較的短いポリペプチドについて、優れた免疫応答が、このポリペプチドがキャリアタンパク質（例えば、ウシ血清アルブミンまたはキーホールリンペットヘモシアニン）に結合される場合に、惹起され得る。この免疫原は、好ましくは、１回以上のブースト免疫を組み込む所定のスケジュールに従って、動物宿主に注射され、そしてこれらの動物が、定期的に採血される。このポリペプチドに特異的なポリクローナル抗体は、次いで、例えば、適切な固体支持体に結合されたポリペプチドを使用するアフィニティークロマトグラフィーによって、このような抗血清から精製され得る。
目的の抗原性ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体が、例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：５１１−５１９，１９７６の技術およびその改善物を使用して、調製され得る。簡潔には、これらの方法は、所望の特異性（すなわち、目的のポリペプチドとの反応性）を有する抗体を生成し得る不死細胞株の調製を含む。このような細胞株は、例えば、上記のように免疫された動物から得られる脾臓細胞から生成され得る。次いで、この脾臓細胞が、例えば、骨髄腫細胞融合パートナー、好ましくは、免疫された動物と同系であるものとの融合によって不死化される。種々の融合技術が使用され得る。例えば、脾臓細胞および骨髄腫細胞は、数分間、非イオン性界面活性剤と組合され、次いで、ハイブリッド細胞の増殖は支持するが、骨髄腫細胞の増殖は支持しない選択培地に低密度でプレートされ得る。好ましい選択技術は、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン）選択を使用する。十分な時間の後、通常、約１〜２週間の後、ハイブリッドのコロニーが観察される。単一コロニーを選択し、そしてそれらの培養上清を、このポリペプチドに対する結合活性について試験する。高い反応性および特異性を有するハイブリドーマが好ましい。
モノクローナル抗体は、増殖ハイブリドーマコロニーの上清から単離され得る。さらに、種々の技術が、収量を増加させるために使用され得、この技術は、例えば、適切な脊椎動物宿主（例えば、マウス）の腹腔へのハイブリドーマ細胞株の注入である。次いで、モノクローナル抗体が、腹水または血液から回収され得る。混入物が、従来の技術（例えば、クロマトグラフィー、ゲル濾過、沈澱、および抽出）によって抗体から除去され得る。本発明のポリペプチドは、例えば、アフィニティートクロマトグラフィー工程における精製プロセスにおいて使用され得る。
抗体分子の免疫学的結合特性を示し得る抗原結合部位を含む多くの治療的に有効な分子が、当該分野で公知である。このタンパク質分解性酵素パパインは、優先的に、ＩｇＧ分子を切断して、いくつかのフラグメントを生じさせ、これら（「Ｆ（ａｂ）フラグメント」）のうちの２つの各々は、インタクトな抗原結合部位を含む共有結合ヘテロダイマーを含む。酵素ペプシンは、ＩｇＧ分子を切断して、いくつかのフラグメント（両方の抗原結合部位を含む「Ｆ（ａｂ’）２」フラグメントを含む）を提供し得る。「Ｆｖ」フラグメントは、ＩｇＭ、および稀有な場合にはＩｇＧまたはＩｇＡ免疫グロブリン分子の優先的なタンパク質分解的切断によって生成され得る。しかし、Ｆｖフラグメントは、当該分野で公知の組換え技術を使用して、より一般的に誘導される。Ｆｖフラグメントは、非共有結合的なＶＨ：：ＶＬヘテロダイマーを含み、このへテロダイマーは、ネイティブな抗体分子の抗原認識および結合能力のほとんどを保持する抗原結合部位を含む。Ｉｎｂａｒら（１９７２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ６９：２６５９−２６６２；Ｈｏｃｈｍａｎら（１９７６）Ｂｉｏｃｈｅｍ １５：２７０６−２７１０；およびＥｈｒｌｉｃｈら（１９８０）Ｂｉｏｃｈｅｍ １９：４０９１−４０９６。
単鎖Ｆｖ（「ｓＦｖ」）ポリペプチドは、共有結合されたＶＨ：：ＶＬヘテロダイマーであり、このヘテロダイマーは、ペプチドをコードするリンカーによって連結されたＶＨをコードする遺伝子およびＶＬをコードする遺伝子を含む遺伝子融合物から発現される。Ｈｕｓｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５（１６）：５８７９−５８８３。抗体Ｖ領域からの自然に凝集する（化学的には分離された）ポリペプチド軽鎖および重鎖を、ｓＦｖ分子に転換するための化学構造を識別するための多くの方法が記述され、このｓＦｖは、抗原結合部位の構造に実質的に類似する３次元構造に折り畳まれる。例えば、米国特許第５，０９１，５１３号および同第５，１３２，４０５号（Ｈｕｓｔｏｎら）；ならびに米国特許第４，９４６，７７８号（Ｌａｄｎｅｒら）を参照のこと。
上記分子の各々は、重鎖および軽鎖ＣＤＲセットを含み、各々は、ＣＤＲＳへの支持を提供し、そして互いに対してＣＤＲの空間的関係を規定する重鎖および軽鎖ＦＲセットの間に挿入される。本明細書中で使用される場合、用語「ＣＤＲセット」は、重鎖または軽鎖Ｖ領域の３つの超可変領域をいう。重鎖または軽鎖のＮ末端から進んで、これらの領域は、各々、「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」および「ＣＤＲ３」と表記される。従って、抗原結合部位は、６つのＣＤＲを含み、この６つのＣＤＲは、重鎖および軽鎖Ｖ領域の各々からのＣＤＲセットを含む。単一ＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、またはＣＤＲ３）を含むポリペプチドは、本明細書中で「分子認識ユニット」といわれる。多くの抗原−抗体複合体の結晶学的分析により、ＣＤＲのアミノ酸残基は、結合した抗原との広範な接触を形成することが立証され、ここで、最も広範な抗原接触は、重鎖ＣＤＲ３とである。従って、分子認識ユニットは、主に、抗原結合部位の特異性の原因である。
本明細書中で使用される場合、用語「ＦＲセット」は、重鎖または軽鎖のＶ領域のＣＤＲセットのＣＤＲを構成する、４つの隣接アミノ酸配列をいう。いくつかのＦＲ残基は、結合抗原と接触し得る；しかし、ＦＲは、主に、Ｖ領域を抗原結合部位、特にＣＤＲＳに直接隣接するＦＲ残基に折り畳む原因である。ＦＲにおいて、特定のアミノ酸残基および特定の構造特徴が、非常に高度に保存される。この点において、全てのＶ領域配列は、約９０アミノ酸残基の内部ジスルフィドループを含む。Ｖ領域が、結合部位に折り畳まれる場合、このＣＤＲは、抗原結合表面を形成する突出したループモチーフとして表示される。正確なＣＤＲアミノ酸配列に関わらず、特定の「正準」構造に折り畳まれたＣＤＲループの形状に影響するＦＲの保存された構造領域が存在することが一般的に認識される。さらに、特定のＦＲ残基は、抗体重鎖および軽鎖の相互作用を安定化する非共有結合的なドメイン間接触に関係することが知られている。
非ヒト免疫ブログリン由来の抗原結合部位を含む、多くの「ヒト化」抗体分子が記載され、この抗体分子には、げっ歯類Ｖ領域およびヒト定常領域に融合されたそれらの会合ＣＤＲ（Ｗｉｎｔｅｒら（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ ３４９：２９３−２９９；Ｌｏｂｕｇｌｉｏら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：４２２０−４２２４；Ｓｈａｗら（１９８７）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３８：４５３４−４５３８；およびＢｒｏｗｎら（１９８７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４７：３５７７−３５８３）、適切なヒト抗体定常ドメインとの融合の前に、ヒト支持ＦＲにグラフトされたげっ歯類ＣＤＲ（Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３−３２７；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４−１５３６；およびＪｏｎｅｓら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２−５２５）、ならびに組換えベニアリングされた（ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔｌｙ ｖｅｎｅｅｒｅｄ）げっ歯類ＦＲによって支持されるげっ歯類ＣＤＲ（欧州特許公開番号５１９，５９６（１９９２年１２月２３日公開）を含むキメラ抗体が挙げられる。これらの「ヒト化」分子は、ヒトレシピエントにおけるこれらの部分の治療的適用の持続期間および有効性を制限するげっ歯類抗ヒト抗体分子に対する所望されない免疫学的応答を最小化するように設計される。
本明細書中で使用される場合、用語「ベニアリングされたＦＲ」および「組換えベニアリングされたＦＲ」は、ネイティブのＦＲポリペプチド折り畳み構造の実質的に全てを保持する抗原結合部位を含む異種分子を提供するために、例えば、げっ歯類重鎖または軽鎖のＶ領域からのＦＲ残基のヒトＦＲ残基での選択的置換をいう。ベニアリング技術は、抗原結合部位のリガンド結合特徴が、主に抗原結合表面内の重鎖および軽鎖のＣＤＲセットの構造および相対的な配置によって決定されるという理解に基づく。Ｄａｖｉｅｓら（１９９０）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５９：４３９−４７３。従って、抗原結合特異性は、ＣＤＲ構造、互いとのそれらの相互作用、およびＶ領域ドメインの残りとのそれらの相互作用が注意深く維持されるヒト化抗体のみにおいて保存され得る。ベニアリング技術を使用することによって、外部（例えば、溶媒がアクセス可能な）ＦＲ残基（これは、免疫系に容易に遭遇する）は、ヒト残基と選択的に置換されて、弱い免疫原性ベニアリング表面または実質的に非免疫原性のベニアリング表面のいずれかを含むハイブリッド分子を提供する。
ベニアリングのプロセスは、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，第４版（Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐｔ．ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，Ｕ．Ｓ．Ｇｏｖｅｒｎｍｅｎｔ Ｐｒｉｎｔｉｎｇ Ｏｆｆｉｃｅ，１９８７）において、Ｋａｂａｔらによって編集されたヒト抗体可変ドメインについての利用可能な配列データを使用し、Ｋａｂａｔデータベースに更新され、そして他の米国および海外のアクセス可能なデータベース（核酸およびタンパク質の両方）を使用する。Ｖ領域アミノ酸の溶媒アクセス可能性は、ヒトおよびマウス抗体フラグメントについての既知の３次元構造から推定され得る。マウス抗原結合部位をベニアリングする際に２つの一般的な工程が存在する。最初に、目的の抗体分子の可変ドメインのＦＲが、上記の供給源から得られたヒト可変ドメインの対応するＦＲ配列と比較される。次いで、最も相同的なヒトＶ領域が、対応するマウスアミノ酸と、残基ごとに比較される。ヒト対応物とは異なるマウスＦＲにおける残基は、当該分野において周知の組換え技術を使用して、ヒト部分に存在する残基によって置換される。残基スイッチングは、少なくとも部分的に露出した（溶媒アクセス可能である）部分を用いて実施されるのみであり、そしてＶ領域ドメインの三次構造に対する有意な効果を有し得るアミノ酸残基（例えば、プロリン、グリシンおよび荷電したアミノ酸）の置換において、注意がなされる。
この様式において、得られた「ベニアリングされた」マウス抗原結合部位は、従って、マウスＣＤＲ残基、ＣＤＲに実質的に隣接する残基、埋没したかほとんど埋没した（溶媒のアクセスが不可能）として同定された残基、重鎖ドメインと軽鎖ドメインとの間の非共有結合的な（例えば、静電的および疎水的）接触に関係すると考えられる残基、およびＣＤＲループの「正準」三次構造に影響を与えると考えられるＦＲの保存された構造領域からの残基を保持するように設計される。次いで、これらの設計基準は、ヒト様ＦＲへのマウス抗原結合部位の軽鎖および重鎖の両方のＣＤＲを組合せる組換えヌクレオチド配列を調製するために使用され、このヒト様ＦＲは、マウス抗体分子の抗原特異性を示す組換えヒト抗体の発現のために哺乳動物細胞をトランスフェクトするために使用され得る。
本発明の別の実施形態において、本発明のモノクローナル抗体は、１つ以上の治療剤に結合され得る。この点に関して、適切な薬剤としては、放射性核種、分化インデューサー、薬物、毒素、およびそれの誘導体が挙げられる。好ましい放射性核種としては、９０Ｙ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、２１１Ａｔおよび２１２Ｂｉが挙げられる。好ましい薬物としては、メトトレキサート、ならびにピリミジンおよびプリンアナログが挙げられる。好ましい分化インデューサーとしては、ホルボールエステルおよび酪酸が挙げられる。好ましい毒素としては、リシン、アブリン、ジフテリア毒素、コレラ毒素、ゲロニン、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ体外毒素、Ｓｈｉｇｅｌｌａ毒素、およびアメリカヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質が挙げられる。
治療剤は、適切なモノクローナル抗体に直接的または間接的に（例えば、リンカー基を介して）のいずれかで結合（例えば、共有結合）され得る。薬剤と抗体との間の直接的な反応は、各々が他のものと反応し得る置換基を有する場合に可能である。例えば、一方の上の求核基（例えば、アミノ基またはスルフヒドリル基）は、他方のカルボニル含有基（例えば、酸無水物または酸ハロゲン化物）または良好な脱離基（例えば、ハロゲン化物）を含むアルキル基と反応し得る。
あるいは、リンカー基を介して治療剤と抗体とを結合させることが所望され得る。リンカー基は、結合の可能性を妨げることを回避するために、抗体を薬剤から隔てるためのスペーサーとして機能し得る。リンカー基はまた、薬剤または抗体上の置換基の化学的反応性を増加させるように働き得、従って結合効率を増大させる。化学的反応性の増大はまた、薬剤または薬剤上の官能基の使用を促進し得る（さもなければ、可能ではない）。
種々の二官能性または多官能性試薬、ホモ官能性とヘテロ官能性との両方（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬのカタログ中に記載されるもの）が、リンカー基として使用され得ることが当業者には明らかである。結合は、例えば、アミノ基、カルボキシル基、スルフヒドリル基、または酸化された炭水化物残基を介してもたらされ得る。このような方法論を記載する多数の参考文献（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌらに対する米国特許第４，６７１，９５８号）が存在する。
本発明の免疫結合体の抗体部分がないときに治療剤がより強力である場合、細胞中へのインターナリゼーションの間に、またはその際に切断可能なリンカー基を使用することが望ましくあり得る。多数の異なる切断可能なリンカー基が記載されている。これらのリンカー基からの薬剤の細胞内放出についての機構は、ジスルフィド結合の還元（例えば、Ｓｐｉｔｌｅｒへの米国特許第４，４８９，７１０号）、感光性結合の照射（例えば、Ｓｅｎｔｅｒらへの米国特許第４，６２５，０１４号）、誘導体化されたアミノ酸側鎖の加水分解（例えば、Ｋｏｈｎらへの米国特許第４，６３８，０４５号）、血清補体媒介性加水分解（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌらへの米国特許第４，６７１，９５８号）、および酸触媒加水分解（例えば、Ｂｌａｔｔｌｅｒらへの米国特許第４，５６９，７８９号）による切断を含む。
１つより多い薬剤を抗体に結合させることが望ましくあり得る。１つの実施形態において、薬剤の複数の分子が１つの抗体分子に結合される。別の実施形態において、１つより多い型の薬剤が１つの抗体に結合され得る。特定の実施形態に関わらず、１つより多い薬剤を有する免疫結合体は、種々の方法で調製され得る。例えば、１つより多い薬剤が、抗体分子に直接的に結合され得るか、または付着のための複数の部位を提供するリンカーが使用され得る。あるいは、キャリアが使用され得る。
キャリアは、種々の方法（直接的にかまたはリンカー基を介するかのいずれかの共有結合を含む）で薬剤を保有し得る。適切なキャリアとしては、アルブミンのようなタンパク質（例えば、Ｋａｔｏらへの米国特許第４，５０７，２３４号）、ペプチド、およびアミノデキストランのような多糖類（例えば、Ｓｈｉｈらへの米国特許第４，６９９，７８４号）が挙げられる。キャリアはまた、例えばリポソーム小胞内に、非共有結合によってかまたはカプセル化によって、薬剤を保有し得る（例えば、米国特許第４，４２９，００８号および同第４，８７３、０８８号）。放射性核種薬剤に特異的なキャリアは、放射性ハロゲン化低分子およびキレート化合物を含む。例えば、米国特許第４，７３５，７９２号は、代表的な放射性ハロゲン化低分子およびそれらの合成を開示する。放射性核種キレートは、金属、または金属酸化物、放射性核種を結合するためのドナー原子として窒素原子および硫黄原子を含むものを含む、キレート化合物から形成され得る。例えば、Ｄａｖｉｓｏｎらへの米国特許第４，６７３，５６２号は、代表的なキレート化合物およびそれらの合成を開示する。
（Ｔ細胞組成物）
別の局面において、本発明は、本明細書中に開示される腫瘍ポリペプチドに特異的なＴ細胞、または本明細書中に開示される腫瘍ポリペプチドの改変体もしくは誘導体に特異的なＴ細胞を提供する。このような細胞は、一般的に標準的手順を使用して、インビトロまたはエキソビボで調製され得る。例えば、Ｔ細胞は、市販の細胞分離システム（例えば、ＩｓｏｌｅｘＴＭシステム（Ｎｅｘｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．（Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡ；米国特許第５，２４０，８５６号；米国特許第５，２１５，９２６号；ＷＯ８９／０６２８０；ＷＯ９１／１６１１６およびＷＯ９２／０７２４３もまた参照のこと）から入手可能）を使用して、患者の骨髄、末梢血あるいは骨髄または末梢血の画分中から単離され得る。あるいは、Ｔ細胞は、関連または無関連のヒト、非ヒト動物、細胞株または培養物から誘導され得る。
Ｔ細胞は、ポリペプチド、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび／またはそのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞（ＡＰＣ）を用いて刺激され得る。このような刺激は、目的のポリペプチドに特異的であるＴ細胞の生成を可能にする条件下および十分な時間、行われる。好ましくは、本発明の腫瘍ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、送達ビヒクル（例えば、ミクロスフェア）中に存在して、特定のＴ細胞の生成を容易にする。
Ｔ細胞は、このＴ細胞が、特異的に増殖するか、サイトカインを分泌するか、または本発明のポリペプチドで被覆されるか、もしくはこのポリペプチドをコードする遺伝子を発現する標的細胞を殺傷する場合に、本発明のポリペプチドに特異的であるとみなされる。Ｔ細胞特異性は、種々の標準的技術のいずれかを使用して評価され得る。例えば、クロム放出アッセイまたは増殖アッセイにおいて、ネガティブコントロールと比較して、溶解および／または増殖における２倍を超える増加の刺激指標は、Ｔ細胞特異性を示す。このようなアッセイは、例えば、Ｃｈｅｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５４：１０６５−１０７０，１９９４に記載されるように、実行され得る。あるいは、Ｔ細胞の増殖の検出は、種々の公知の技術によって達成され得る。例えば、Ｔ細胞増殖は、ＤＮＡ合成の速度の増加を測定することによって検出され得る（例えば、トリチウム化チミジンでＴ細胞の培養物をパルス標識し、そしてＤＮＡに取り込まれたトリチウム化チミジンの量を測定することによって）。３〜７日間の腫瘍ポリペプチド（１００ｎｇ／ｍｌ〜１００μｇ／ｍｌ、好ましくは、２００ｎｇ／ｍｌ〜２５μｇ／ｍｌ）との接触は、代表的に、Ｔ細胞の増殖において少なくとも２倍の増加を生じる。２〜３時間の上記のような接触は、標準的なサイトカインアッセイを使用して測定されるように（ここで、サイトカイン（例えば、ＴＮＦまたはＩＦＮ−γ）放出のレベルの２倍の増加が、Ｔ細胞の活性化を示す）、Ｔ細胞の活性化を生じるはずである（Ｃｏｌｉｇａｎら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第１巻、Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ（Ｇｒｅｅｎｅ １９９８）を参照のこと）。腫瘍ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたはポリペプチド発現ＡＰＣに応答して活性化されたＴ細胞は、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋であり得る。腫瘍ポリペプチド特異的Ｔ細胞は、標準的な技術を使用して拡大され得る。好ましい実施形態において、Ｔ細胞は、患者、関連するドナーまたは無関連のドナーに由来し、そして刺激および拡大後にその患者に投与される。
治療目的で、腫瘍ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたはＡＰＣに応答して増殖するＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞は、インビトロまたはインビボのいずれかで大量に拡大され得る。このようなＴ細胞のインビトロでの増殖は、種々の方法で達成され得る。例えば、Ｔ細胞は、Ｔ細胞増殖因子（例えば、インターロイキン−２）の添加を伴うか、または伴わずに、腫瘍ポリペプチド、またはこのようなポリペプチドの免疫原性部分に対応する短いペプチドに対して再曝露され得、そして／または腫瘍ポリペプチドを合成する刺激細胞に対して再曝露され得る。あるいは、腫瘍ポリペプチドの存在下で増殖する１つ以上のＴ細胞は、クローニングによって数の上で拡大され得る。細胞をクローニングするための方法は、当該分野で周知であり、そしてこれらとしては、限界希釈が挙げられる。
（Ｔ細胞レセプター組成物）
Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）は、ジスルフィド結合によって連結されている、２つの異なる、非常に可変性のポリペプチド鎖（Ｔ細胞レセプターのα鎖およびβ鎖と呼ばれる）からなる（Ｊａｎｅｗａｙ，Ｔｒａｖｅｒｓ、Ｗａｌｐｏｒｔ．Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ．第４版、１４８〜１５９．Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｔｄ／Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ．１９９９）。このα／βヘテロダイマー（異種二量体）は、細胞膜で不変のＣＤ３鎖と複合体化する。この複合体は、ＭＨＣ分子に結合した特定の抗原性ペプチドを認識する。ＴＣＲ特異性の膨大な多様性は、体細胞遺伝子再配列により、まるで免疫グロブリンの多様性のように生成される。このβ鎖遺伝子は、５０を超える可変性領域（Ｖ）、２つの多様性領域（Ｄ）、１０を超える連結セグメント（Ｊ）、および２つの定常領域セグメント（Ｃ）を含む。α鎖遺伝子は、７０を超えるＶセグメント、および６０を超えるＪセグメントを含むが、Ｄセグメントを含まず、そして１つのＣセグメントを含む。胸腺におけるＴ細胞発達の間、β鎖のＤ〜Ｊ遺伝子再配列が生じ、続いて、Ｖ遺伝子セグメントのＤＪへの再配列が生じる。この機能的ＶＤＪβエキソンは、転写され、そしてスプライシングされてＣβに連結される。α鎖に関しては、Ｖα遺伝子セグメントは、Ｊα遺伝子セグメントに再配列して、機能的エキソンを形成し、これが次に転写され、Ｃαにスプライシングされてる。多様性は、さらにβ鎖のＶセグメントと、Ｄセグメントと、Ｊセグメントとの間、そしてα鎖のＶセグメントと、Ｊセグメントとの間のＰおよびＮ−ヌクレオチドの無作為な付加によって、組み換えプロセスの間にさらに増大する（Ｊａｎｅｗａｙ，Ｔｒａｖｅｒｓ，Ｗａｌｐｏｒｔ．Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ．第４版、９８および１５０．Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｔｄ／Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ．１９９９）。
本発明は、別の局面において、本明細書に開示のポリペプチド、またはその改変体もしくは誘導体に特異的なＴＣＲを提供する。本発明に従って、本明細書に記載の腫瘍ポリペプチドを認識する、Ｔ細胞レセプターのα鎖およびβ鎖について、Ｖ−ＪもしくはＶ−Ｄ−Ｊ接合領域、またはその部分について、ポリヌクレオチドおよびアミノ酸の配列が提供される。一般に、本発明のこの局面は、ＭＨＣの文脈において提示される腫瘍ポリペプチドを認識するか、またはそれに結合するＴ細胞レセプターに関する。好ましい実施形態において、Ｔ細胞レセプターによって認識される腫瘍抗原は、本発明のポリペプチドを含む。例えば、腫瘍ペプチドに特異的なＴＣＲをコードするｃＤＮＡは、標準的な分子生物学技術および組み換えＤＮＡ技術を用いて、腫瘍ポリペプチドに特異的なＴ細胞から単離され得る。
本発明はさらに、腫瘍ポリペプチドを認識するか、またはそれに結合する、本発明のＴ細胞レセプターと実質的に同じ機能または活性を有する、Ｔ細胞レセプターまたはそのアナログを包含する。このようなレセプターとしては、本明細書に提供されるＴ細胞レセプターの、レセプターフラグメント、または本明細書に提供されるＴ細胞レセプターの、置換、付加、もしくは欠失の変異体が挙げられるがこれらに限定されない。本発明はまた、本明細書に提供されるＴ細胞レセプターに実質的に相同であるか、または実質的に同じ活性を保持する、ポリペプチドまたはペプチドを包含する。用語「アナログ」とは、本明細書に提供されるＴ細胞レセプターと実質的に同一のアミノ酸残基配列（ここで、１つ以上の残基、好ましくは５残基以下、より好ましくは、２５残基以下が、機能的に類似の残基で保存的に置換されている）を有し、そして本明細書に記載のようなＴ細胞レセプターの機能的局面を示す、任意のタンパク質またはポリペプチドを含む。
本発明はさらに、適切な哺乳動物宿主細胞であって、本明細書に記載のポリペプチドに特異的なＴＣＲをコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされている（これによって、この宿主細胞はこのポリペプチドに特異的にされる）、適切な哺乳動物宿主細胞、例えば、非特異的Ｔ細胞を提供する。ＴＣＲのα鎖およびβ鎖は、別々の発現ベクターに含まれ得るか、または単一の発現ベクター（これはまた、リボソーム内侵入部位（ＩＲＥＳ）の下流の遺伝子のｃａｐ依存性翻訳のためのＩＲＥＳを含む）に含まれ得る。このポリペプチドに特異的なＴＣＲを発現するこの宿主細胞は、例えば、以下にさらに考察されるような肺癌の養子免疫療法のために、用いられ得る。
本発明のさらなる局面において、本明細書に挙げたポリペプチドに特異的なクローニングされたＴＣＲは、肺癌の診断のためのキットに用いられ得る。例えば、腫瘍特異的ＴＣＲの核酸配列またはその一部は、生物学的サンプル中で、特定のＴＣＲをコードする再配列された遺伝子の発現を検出するためのプローブまたはプライマーとして用いられ得る。従って、本発明はさらに、ポリペプチドに特異的なＴＣＲをコードするメッセンジャーＲＮＡまたはＤＮＡを検出するためのアッセイを提供する。
（薬学的組成物）
さらなる実施形態において、本発明は、細胞または動物への投与のための、単独でかまたは治療の１つ以上の他の様相と組合わせてかのいずれかでの、薬学的に受容可能なキャリア中の本明細書中に開示される１つ以上のポリヌクレオチド、ポリペプチド、Ｔ細胞および／または抗体組成物の処方物に関する。
所望される場合、本明細書中に開示される組成物が、他の薬剤（例えば、他のタンパク質もしくはポリペプチドまたは種々の薬学的に活性な薬剤など）と組合わせても同様に投与され得ることが、理解される。事実、さらなる薬剤が標的細胞または宿主細胞と接触した際に有意な有害な影響をもたらさないとすれば、さらに含まれ得る他の成分に実質的に制限はない。従って、この組成物は、特定の例において必要とされる種々の他の薬剤と共に送達され得る。このような組成物は、宿主細胞または他の生物学的供給源から精製され得るか、あるいは、本明細書中に記載されるように化学的合成され得る。同様に、このような組成物はさらに、置換または誘導体化されたＲＮＡ組成物またはＤＮＡ組成物を含み得る。
従って、本発明の別の局面において、生理学的に受容可能なキャリアと組合わせた、本明細書中に記載される１つ以上のポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体、および／またはＴ細胞組成物を含む薬学的組成物が、提供される。特定の好ましい実施形態において、本発明の薬学的組成物は、予防ワクチン適用および治療ワクチン適用における使用のための、本発明の免疫原性ポリヌクレオチド組成物および／または免疫原性ポリペプチド組成物を含む。ワクチン調製物は、一般的に、例えば、Ｍ．Ｆ．ＰｏｗｅｌｌおよびＭ．Ｊ．Ｎｅｗｍａｎ編、「Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｅｓｉｇｎ（ｔｈｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ａｎｄ ａｄｊｕｖａｎｔ ａｐｐｒｏａｃｈ）」、Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ（ＮＹ，１９９５）に記載される。一般的にこのような組成物は、１つ以上の免疫刺激剤と組合わせた、本発明のポリヌクレオチド組成物および／またはポリペプチド組成物の１つ以上を含む。
本明細書中に記載される任意の薬学的組成物が、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの薬学的に受容可能な塩を含み得ることは、明らかである。このような塩は、例えば、薬学的に受容可能な非毒性の塩基（有機塩基（例えば、一級アミン、二級アミンおよび三級アミンならびに塩基性アミノ酸の塩）および無機塩基（例えば、ナトリウム塩、カリウム塩、リチウム塩、アンモニウム塩、カルシウム塩およびマグネシウム塩）を含む）から調製され得る。
別の実施形態において、本発明の例示的な免疫原性組成物（例えば、ワクチン組成物）は、上記のようなポリペプチドの１つ以上をコードするＤＮＡを含み、その結果このポリペプチドは、インサイチュで生成される。上記のように、ポリヌクレオチドは、当業者に公知の種々の送達系の内のいずれかで投与され得る。実際、多数の遺伝子送達技術（例えば、Ｒｏｌｌａｎｄ，Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｔｈｅｒａｐ．Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ １５：１４３−１９８，１９９８およびこの中に引用される参考文献に記載される遺伝子送達技術）が、当該分野で周知である。当然、適切なポリヌクレオチド発現系は、患者における発現のための必要な調節性のＤＮＡ調節配列（例えば、適切なプロモーターおよび終結シグナル）を含む。あるいは、細菌送達系は、その細胞表面上にポリペプチドの免疫原性部分を発現するか、またはエピトープなどを分泌する細菌（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ−Ｃａｌｍｅｔｔｅ−Ｇｕｅｒｒｉｎ）の投与を含み得る。
従って、特定の実施形態において、本明細書中に記載される免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、多数の公知のウイルスに基づく系のうちのいずれかを用いて、発現のための適切な哺乳動物宿主細胞に導入される。１つの例示的な実施形態において、レトロウイルスが、遺伝子送達系のための簡便かつ有効な基盤を提供する。本発明のポリペプチドをコードする選択されたヌクレオチド配列は、当該分野で公知の技術を用いて、ベクターに挿入され得、そしてレトロウイルス粒子にパッケージングされ得る。次いで、組換えウイルスが、単離され、そして被験体に送達され得る。多数の例示的なレトロウイルス系が、記載されている（例えば、米国特許第５，２１９，７４０号；ＭｉｌｌｅｒおよびＲｏｓｍａｎ（１９８９）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ７：９８０−９９０；Ｍｉｌｌｅｒ，Ａ．Ｄ．（１９９０）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １：５−１４；Ｓｃａｒｐａら（１９９１）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １８０：８４９−８５２；Ｂｕｒｎｓら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：８０３３−８０３７；ならびにＢｏｒｉｓ−ＬａｗｒｉｅおよびＴｅｍｉｎ（１９９３）Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖｅｌｏｐ．３：１０２−１０９）。
さらに、多数の例示的なアデノウイルスに基づく系もまた、記載されている。宿主ゲノムに組込むレトロウイルスとは異なり、アデノウイルスは、染色体外に残り、このようにして、挿入変異誘発に関連する危険性を最小化する（Ｈａｊ−ＡｈｍａｄおよびＧｒａｈａｍ（１９８６）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．５７：２６７−２７４；Ｂｅｔｔら（１９９３）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６７：５９１１−５９２１；Ｍｉｔｔｅｒｅｄｅｒら（１９９４）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ５：７１７−７２９；Ｓｅｔｈら（１９９４）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６８：９３３−９４０；Ｂａｒｒら（１９９４）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １：５１−５８；Ｂｅｒｋｎｅｒ，Ｋ．Ｌ．（１９８８）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：６１６−６２９；ならびにＲｉｃｈら（１９９３）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ４：４６１−４７６）。
種々のアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター系もまた、ポリヌクレオチド送達に関して開発されている。ＡＡＶベクターは、当該分野で周知の技術を用いて容易に構築され得る。例えば、米国特許第５，１７３，４１４号および同第５，１３９，９４１号；国際公開番号ＷＯ ９２／０１０７０およびＷＯ ９３／０３７６９；Ｌｅｂｋｏｗｓｋｉら（１９８８）Ｍｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．８：３９８８−３９９６；Ｖｉｎｃｅｎｔら（１９９０）Ｖａｃｃｉｎｅｓ ９０（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ）；Ｃａｒｔｅｒ，Ｂ．Ｊ．（１９９２）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３：５３３−５３９；Ｍｕｚｙｃｚｋａ，Ｎ．（１９９２）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｔｏｐｉｃｓ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５８：９７−１２９；Ｋｏｔｉｎ，Ｒ．Ｍ．（１９９４）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ５：７９３−８０１；ＳｈｅｌｌｉｎｇおよびＳｍｉｔｈ（１９９４）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １：１６５−１６９；ならびにＺｈｏｕら（１９９４）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７９：１８６７−１８７５を参照のこと。
遺伝子移入による、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを送達するのに有用なさらなるウイルスベクターとしては、ポックスウイルスのファミリー（例えば、ワクシニアウイルスおよび鳥類ポックスウイルス）から誘導されるものが挙げられる。例として、新規分子を発現するワクシニアウイルスの組換え体は、以下のように構築され得る。ポリペプチドをコードするＤＮＡを最初に、ワクシニアプロモーターおよび隣接ワクシニアＤＮＡ配列（例えば、チミジンキナーゼ（ＴＫ）をコードする配列）に隣接するように、適切なベクターに挿入する。次いで、このベクターを使用して、ワクシニアで同時に感染させる細胞にトランスフェクトする。相同組換えによって、ワクシニアプロモーターおよび目的のポリペプチドをコードする遺伝子を、ウイルスゲノムに挿入する。生じるＴＫ．ｓｕｐ．（−）組換え体を、５−ブロモデオキシウリジンの存在下でこの細胞を培養し、そして５−ブロモデオキシウリジンに耐性のウイルスプラークをピックアップすることによって、選択し得る。
ワクシニアに基づく感染／トランスフェクション系は、生物の宿主細胞における、本明細書中に記載される１つ以上のポリペプチドの誘導可能な一過性発現または同時発現を提供するために、好都合に使用され得る。この特定の系において、細胞を最初に、インビトロで、バクテリオファージＴ７ ＲＮＡポリメラーゼをコードするワクシニアウイルスの組換え体で感染させる。このポリメラーゼは、それがＴ７プロモーターを保有する鋳型のみを転写する点で、鋭敏な特異性を示す。感染後、細胞を、Ｔ７プロモーターによって駆動される目的のポリヌクレオチドでトランスフェクトさせる。ワクシニアウイルスの組換え体から細胞質中で発現されるポリメラーゼは、トランスフェクトされたＤＮＡをＲＮＡに転写し、このＲＮＡは次いで、宿主翻訳機構によってポリペプチドに翻訳される。この方法は、大量のＲＮＡおよびその翻訳産物の、高レベルで一過性の細胞質産生を提供する。例えば、Ｅｌｒｏｙ−ＳｔｅｉｎおよびＭｏｓｓ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９０）８７：６７４３−６７４７；Ｆｕｅｒｓｔら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８６）８３：８１２２−８１２６を参照のこと。
あるいは、アビポックスウイルス（ａｖｉｐｏｘｖｉｒｕｓ）（例えば、鶏痘ウイルスおよびカナリア痘ウイルス）もまた使用されて、目的のコード配列を送達し得る。哺乳動物病原体由来の免疫原を発現する組換えアビポックスウイルスは、非鳥類種に投与された場合に、防御免疫を与えることが公知である。アビポックスベクターの使用は、ヒトおよび他の哺乳動物種において特に望ましい。なぜなら、アビポックス属のメンバーは、感受性の鳥類種においてのみ生産的に複製し得、故に、哺乳動物細胞において感染性ではないからである。組換えアビポックスウイルスを産生するための方法は、当該分野で公知であり、そしてワクシニアウイルスの産生に関して上記に記載されるように、遺伝子組換えを使用する。例えば、ＷＯ ９１／１２８８２；ＷＯ ８９／０３４２９；およびＷＯ ９２／０３５４５を参照のこと。
多数のアルファウイルスベクターのいずれかもまた、本発明のポリヌクレオチド組成物の送達のために使用され得、これらとしては、米国特許第５，８４３，７２３号；同第６，０１５，６８６号；同第６，００８，０３５号および同第６，０１５，６９４号に記載されるベクターが挙げられる。ベネズエラウマ脳脊髄炎（ＶＥＥ）に基づく特定のベクターもまた、使用され得、この例示的な例は、米国特許第５，５０５，９４７号および同第５，６４３，５７６号に見出され得る。
さらに、分子結合体化ベクター（例えば、Ｍｉｃｈａｅｌら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）２６８：６８６６〜６８６９およびＷａｇｎｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９２）８９：６０９９〜６１０３に記載のアデノウイルスキメラベクター）がまた、本発明における遺伝子送達に用いられ得る。
これらおよび他の公知のウイルスベースの送達系に対するさらなる例示的情報は、例えば、以下に見出され得る：Ｆｉｓｈｅｒ−Ｈｏｃｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：３１７〜３２１、１９８９；Ｆｌｅｘｎｅｒら、Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５６９：８６〜１０３、１９８９；Ｆｌｅｘｎｅｒら、Ｖａｃｃｉｎｅ ８：１７〜２１、１９９０；米国特許第４，６０３，１１２号、同第４，７６９，３３０号および同第５，０１７，４８７号；ＷＯ８９／０１９７３；米国特許第４，７７７，１２７号；ＧＢ ２，２００，６５１：ＥＰ ０，３４５，２４２号；ＷＯ ９１／０２８０５；Ｂｅｒｋｎｅｒ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：６１６〜６２７、１９８８；Ｒｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５２：４３１〜４３４、１９９１；Ｋｏｌｌｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：２１５〜２１９、１９９４；Ｋａｓｓ−Ｅｉｓｌｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：１１４９８〜１１５０２、１９９３；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ ８８：２８３８〜２８４８、１９９３；ならびにＧｕｚｍａｎら、Ｃｉｒ．Ｒｅｓ．７３：１２０２〜１２０７、１９９３。
特定の実施形態において、ポリヌクレオチドを標的細胞のゲノムに組み込み得る。この組み込みは、相同組み換え（遺伝子置換）を介して特定の位置および方向であり得るか、または無作為な非特異的位置に組み込まれ得る（遺伝子増大）。なおさらなる実施形態において、ポリヌクレオチドはＤＮＡの別のエピソームセグメントとして細胞において安定に維持され得る。このようなポリヌクレオチドセグメントすなわち「エピソーム」は、宿主細胞の周期に独立してまたは同調して維持および複製を可能にするのに十分な配列をコードする。発現構築物が細胞に送達され、そしてこの細胞中にこのポリヌクレオチドが残る様式は、使用される発現構築物のタイプに依存する。
本発明の別の実施形態において、例えば、Ｕｌｍｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１７４５〜１７４９、１９９３に記載され、そしてＣｏｈｅｎ、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１６９１〜１６９２、１９９３によって概説されるように、ポリヌクレオチドは、「裸の」ＤＮＡとして投与／送達される。裸のＤＮＡの取り込みは、生分解性ビーズ（これは、細胞に効率的に輸送される）上にそのＤＮＡをコーティングすることによって増加され得る。
なお別の実施形態において、本発明の組成物は、微粒子銃アプローチ（その多くが記載されている）を介して送達され得る。１つの代表的な例において、ガス駆動粒子加速（ｇａｓ−ｄｒｉｖｅｎ ａｃｃｅｌｅｒａｔｉｏｎ）は、Ｐｏｗｄｅｒｊｅｃｔ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ＰＬＣ（Ｏｘｆｏｒｄ，ＵＫ）およびＰｏｗｄｅｒｊｅｃｔ Ｖａｃｃｉｎｅｓ Ｉｎｃ．（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）によって製造されたデバイスのようなデバイスで達成され得る。そのいくつかの例は、米国特許第５，８４６，７９６号；同第６，０１０，４７８号；同第５，８６５，７９６号；同第５，５８４，８０７号；および欧州特許番号第０５００７９９号に記載されている。このアプローチは、注射針のない（無注射針）（ニードルフリー）送達アプローチを提供する。ここでは、微視的な粒子（例えば、ポリヌクレオチド粒子、またはポリペプチド粒子）の乾燥粉末処方物を、手持ちデバイスによって生成されたヘリウムガスジェット内で高速に加速し、目的の標的組織内へ粒子を噴射する。
関連の実施形態において、本発明の組成物のガス駆動注射針なし注入に有用であり得る他のデバイスおよび方法は、Ｂｉｏｊｅｃｔ，Ｉｎｃ．（Ｐｏｒｔｌａｎｄ，ＯＲ）によって提供されるものが挙げられ、そのいくつかの例は、米国特許第４，７９０，８２４号；同第５，０６４，４１３号；同第５，３１２，３３５号；同第５，３８３，８５１号；同第５，３９９，１６３号；同第５，５２０，６３９号；および同第５，９９３，４１２号に記載されている。
別の実施形態に従って、本明細書に記載される薬学的組成物は、本発明の免疫原性ポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体、Ｔ細胞および／またはＡＰＣ組成物に加えて、１つ以上の免疫賦活剤（免疫刺激因子）を含む。免疫賦活剤とは、本質的に、外因性抗原に対する免疫応答（抗原および／または細胞媒介）を増大または増強する任意の物質をいう。免疫賦活剤の１つの好ましい型は、アジュバントを含む。多くのアジュバントは、迅速な異化作用から抗原を保護するように設計された物質（例えば、水酸化アルミニウムまたは鉱油）および免疫応答の刺激物質（例えば、脂質Ａ、Ｂｏｒｔａｄｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓまたはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ誘導化タンパク質）を含む。特定のアジュバント、例えば、フロイント不完全アジュバントおよびフロイント完全アジュバント（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＭＩ）；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５（Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｉｎｃ．，Ｒａｈｗａｙ，ＮＪ）；ＡＳ−２（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）；アルミニウム塩（例えば、水酸化アルミニウムゲル（ミョウバン）またはリン酸アルミニウム）；カルシウム，鉄または亜鉛の塩；アシル化チロシンの不溶性懸濁液；アセチル化糖；カチオンの誘導化多糖またはアニオンの誘導化多糖；ポリフォスファーゼン（ｐｏｌｙｐｈｏｓｐｈａｚｅｎｅ）；生分解性ミクロスフェア：モノホスホリル脂質Ａおよびモノホスホリルクイル（ｑｕｉｌ）Ａとして、市販されている。サイトカイン（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、インターロイキン−２、インターロイキン−７、インターロイキン−１２および成長因子のような他のもの）はまた、アジュバントとして使用され得る。
本発明の特定の実施形態において、アジュバント組成物は、Ｔｈ１型の免疫応答を優勢に誘導するものが好ましい。高レベルのＴｈ１型サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦα、ＩＬ−２およびＩＬ−１２）は、投与される抗原に対する細胞媒介性応答の誘導を支持する傾向がある。対照的に、高レベルのＴｈ２型サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６およびＩＬ−１０）は、体液性免疫応答の誘導を支持する傾向がある。本明細書中に提供されるようなワクチンの適用の後、患者は、Ｔｈ１型応答およびＴｈ２型応答を含む免疫応答を支持する。応答が優勢にＴｈ１型である好ましい実施形態において、Ｔｈ１型サイトカインのレベルは、Ｔｈ２型サイトカインのレベルより高い程度まで増加する。これらのサイトカインのレベルは、標準的アッセイを使用して容易に評価され得る。サイトカインのファミリーの概説については、ＭｏｓｍａｎｎおよびＣｏｆｆｍａｎ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：１４５〜１７３、１９８９を参照のこと。
Ｔｈ１型優勢の応答を誘発するための特定の好ましいアジュバントは、例えば、モノホスホリルリピドＡ、好ましくは３−ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡとアルミニウム塩との組み合わせを含む。ＭＰＬ（登録商標）アジュバントは、Ｃｏｒｉｘａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ；例えば、米国特許第４，４３６，７２７号；同第４，８７７，６１１号；同第４，８６６，０３４号および同第４，９１２，０９４号を参照のこと）から入手可能である。ＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド（ここで、ＣｐＧジヌクレオチドはメチル化されていない）はまた、Ｔｈ１優勢の応答を誘導する。このようなオリゴヌクレオチドは周知であり、そして例えばＷＯ９６／０２５５５、ＷＯ９９／３３４８８ならびに米国特許第６，００８，２００号および同第５，８５６，４６２号に記載される。免疫賦活剤ＤＮＡ配列がまた、例えば、Ｓａｔｏら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７３：３５２，１９９６によって記載される。別の好ましいアジュバントは、サポニン（例えば、Ｑｕｉｌ Ａ）、またはその誘導体（ＱＳ２１およびＱＳ７（Ａｑｕｉｌａ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ．，Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ，ＭＡ）を含む）；Ｅｓｃｉｎ；Ｄｉｇｉｔｏｎｉｎ（ジキトニン）；またはＧｙｐｓｏｐｈｉｌａもしくはＣｈｅｎｏｐｏｄｉｕｍ ｑｕｉｎｏａサポニンを含む。他の好ましい処方物としては、本発明のアジュバントの組み合わせ、例えば、ＱＳ２１、ＱＳ７、Ｑｕｉｌ Ａ、β−エスシン、またはジギトニンを含む以下の群のうち少なくとも２つの組み合わせ、において１つより多いサポニンを含む。
あるいは、このサポニン処方物は、キトサン、または他のポリカチオン性ポリマーからなるワクチンビヒクル、ポリラクチドおよびポリラクチド−ｃｏ−グリコリド粒子、ポリ−Ｎ−アセチルグルコサミンベースのポリマーマトリックス、ポリサッカライドまたは化学的に改変されたポリサッカライドからなる粒子、リポソームおよび脂質ベースの粒子、グリセロールモノエステルからなる粒子、などと組み合わせられ得る。サポニンはまた、コレステロールの存在下で処方されて、リポソームまたはＩＳＣＯＭのような粒子構造を形成し得る。さらに、サポニンは、非粒子的溶液もしくは懸濁液で、または小数層リポソームもしくはＩＳＣＯＭのような粒子状構造で、ポリオキシエチレンエーテルまたはエステルと一緒に処方され得る。サポニンはまた、Ｃａｒｂｏｐｏｌ（登録商標）のような賦形剤と一緒に処方されて、粘度を増大され得るか、またはラクトースのような粉末賦形剤とともに乾燥粉末形態に処方され得る。
１つの好ましい実施形態において、アジュバント系は、モノホスホリルリピドＡとサポニン誘導体との組み合わせ（例えば、ＷＯ９４／００１５３に記載されるような、ＱＳ２１と３Ｄ−ＭＰＬ（登録商標）アジュバントとの組み合わせ、またはＷＯ９６／３３７３９に記載されるような、ＱＳ２１がコレステロールでクエンチ（ｑｕｅｎｃｈ）される、あまり反応発生的（ｒｅａｃｔｏｇｅｎｉｃ）でない組成物）を含む。他の好ましい処方物は、水中油型エマルジョンおよびトコフェロールを含む。水中油型エマルジョン中のＱＳ２１、３Ｄ−ＭＰＬ（登録商標）アジュバントおよびトコフェロールを使用する、別の特に好ましいアジュバント処方物は、ＷＯ９５／１７２１０に記載されている。
別の強化されたアジュバント系は、ＣｐＧ含有オリゴヌクレオチドとサポニン誘導体の組み合わせを含み、特にＣｐＧとＱＳ２１の組み合わせがＷＯ００／０９１５９に開示されている。好ましくは、この処方物は、さらに、水中油型エマルジョンおよびトコフェノールを含む。
本発明の薬学的組成物における使用のためのさらなる代表的アジュバントとしては、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ７２０（Ｓｅｐｐｉｃ，Ｆｒａｎｃｅ）、ＳＡＦ（Ｃｈｉｒｏｎ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ）、ＩＳＣＯＭＳ（ＣＳＬ）、ＭＦ−５９（Ｃｈｉｒｏｎ）、アジュバントのＳＢＡＳシリーズ（例えば、ＳＢＡＳ−２またはＳＢＡＳ−４（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ、Ｒｉｘｅｎｓａｒｔ、Ｂｅｌｇｉｕｍから入手可能）、Ｄｅｔｏｘ（Ｅｎｈａｎｚｙｎ（登録商標））（Ｃｏｒｉｘａ，Ｈａｍｉｌｔｏｎ，ＭＴ）、ＲＣ−５２９（Ｃｏｒｉｘａ，Ｈａｍｉｌｔｏｎ，ＭＴ）および他のアミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート（ＡＧＰ）（例えば、係属中の米国出願登録番号０８／８５３，８２６および０９／０７４，７２０（これらの開示は、その全体が本明細書中に参考として援用される）に記載されるアジュバント）、ならびにＷＯ ９９／５２５４９Ａ１に記載のポリオキシエチレンエーテルアジュバントのようなアジュバントが挙げられる。
他の好ましいアジュバントは、一般式（Ｉ）：ＨＯ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−Ａ−Ｒのアジュバント分子を含み、
ここで、ｎは、１〜５０であり、Ａは、結合または−Ｃ（Ｏ）−であり、Ｒは、Ｃ１〜５０アルキルまたはフェニルＣ１〜５０アルキルである。
本発明の１つの実施形態は、一般式（Ｉ）のポリオキシエチレンエーテルを含むワクチン処方物からなり、ここで、ｎは、１と５０との間、好ましくは４〜２４、最も好もしくは９であり、このＲ成分は、Ｃ１〜５０、好ましくはＣ４〜Ｃ２０アルキル、そして最も好ましくはＣ１２アルキルであり、そしてＡは、結合である。ポリオキシエチレンエーテルの濃度は、０．１〜２０％の範囲、好ましくは０．１〜１０％、そして最も好ましくは０．１〜１％の範囲にあるべきである。好ましいポリオキシエチレンエーテルは、以下の群から選択される：ポリオキシエチレン−９−ラウロイルエーテル、ポリオキシエチレン−９−ステアリル（ｓｔｅｏｒｙｌ）エーテル、ポリオキシエチレン−８−ステアリル（ｓｔｅｏｒｙｌ）エーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテルおよびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。ポリオキシエチレンラウリルエーテルのようなポリオキシエチレンエーテルは、Ｍｅｒｃｋインデックス（第１２版、７７１７項目）に記載される。これらのアジュバント分子は、ＷＯ９９／５２５４９に記載される。
上記の一般式（Ｉ）に従うポリオキシエチレンエーテルは、所望の場合、別のアジュバントと組み合わせられ得る。例えば、好ましいアジュバントの組み合わせは、好ましくは、係属中の英国特許出願第ＧＢ９８２０９５６．２号に記載されるようなＣｐＧとの組み合わせである。
本発明の別の実施形態に従って、本明細書に記載される免疫原性組成物は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、単球、および有効なＡＰＣであるように操作され得る他の細胞）を介して宿主に送達される。このような細胞は、抗原を提示する能力を増大するように、Ｔ細胞応答の活性化および／または維持を改良するように、それ自体で抗腫瘍効果を有するように、そして／あるいは受け手と免疫学的に適合性（すなわち、一致するＨＬＡハプロタイプ）であるように遺伝学的に改変されてもよいが、改変される必要はない。ＡＰＣは、一般に、種々の生物学的な流体および器官（腫瘍および腫瘍周辺組織を含む）のいずれかから単離されてもよいし、そして自己細胞、同種異系細胞、同系細胞、または異種細胞であってもよい。
本発明の特定の好ましい実施形態は、抗原提示細胞として、樹状細胞またはその前駆細胞を使用する。樹状細胞は、高度に強力なＡＰＣであり（ＢａｎｃｈｅｒｅａｕおよびＳｔｅｉｎｍａｎ、Ｎａｔｕｒｅ ３９２：２４５−２５１、１９９８）、そして予防的または治療的な抗腫瘍免疫性を誘発するための生理学的アジュバントとして有効であることが示されてきた（ＴｉｍｍｅｒｍａｎおよびＬｅｖｙ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．５０：５０７−５２９、１９９９を参照のこと）。一般に、樹状細胞は、それらの代表的な形状（インサイチュでは星状、インビトロでは目に見える顕著な細胞質プロセス（樹状突起）を有する）、高い効率で抗原を取り込み、プロセシングし、そして提示するそれらの能力、および未処理のＴ細胞応答を活性化するそれらの能力に基づいて同定され得る。もちろん樹状細胞は、インビボまたはエキソビボで樹状細胞上に通常見出されない特定の細胞表面レセプターまたはリガンドを発現するように操作され得、このような改変樹状細胞は本発明によって意図される。樹状細胞の代替として、分泌小胞抗原装荷樹状細胞（ｓｅｃｒｅｔｅｄ ｖｅｓｉｃｌｅｓ ａｎｔｉｇｅｎ−ｌｏａｄｅｄ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌ）（エキソソーム（ｅｘｏｓｏｍｅ）と呼ばれる）がワクチン内で使用され得る（Ｚｉｔｖｏｇｅｌら、Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．４：５９４−６００，１９９８を参照のこと）。
樹状細胞および前駆細胞は、末梢血、骨髄、腫瘍浸潤細胞、腫瘍周辺組織浸潤細胞、リンパ節、脾臓、皮膚、臍帯血、または任意の他の適切な組織もしくは流体から得られ得る。例えば、樹状細胞は、末梢血から収集された単球の培養物に、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１３および／またはＴＮＦαのようなサイトカインの組み合わせを添加することによってエキソビボで分化され得る。あるいは、末梢血、臍帯血または骨髄から収集されたＣＤ３４陽性細胞は、培養培地にＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−３、ＴＮＦα、ＣＤ４０リガンド、ＬＰＳ、ｆｌｔ３リガンドおよび／または樹状細胞の分化、成熟、および増殖を誘導する他の化合物の組み合わせを添加することによって、樹状細胞に分化され得る。
樹状細胞は、「未熟」細胞および「成熟」細胞として都合良く分類され、このことは、２つの充分に特徴付けられた表現型の間を単純な方法で区別することを可能にする。しかしこの命名は、あらゆる可能な分化の中間段階を排除すると解釈されるべきではない。未熟な樹状細胞は、抗原の取り込みおよびプロセシングの高い能力を有するＡＰＣとして特徴付けられ、この能力は、Ｆｃγレセプターおよびマンノースレセプターの高度な発現と相関する。成熟表現型は、代表的に、クラスＩおよびクラスＩＩ ＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５４およびＣＤ１１）ならびに同時刺激性分子（例えば、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６および４−１ＢＢ）のようなＴ細胞活性化を担う細胞表面分子の高度な発現ではなく、これらのマーカーのより低い発現によって特徴付けられる。
ＡＰＣは、一般に、本発明のポリヌクレオチド（またはその部分もしくは他の改変体）を用いてトランスフェクトされ得、その結果、このコードされたポリペプチドまたはその免疫原性部分が細胞表面上に発現される。このようなトランスフェクションはエキソビボで生じ得、次いでこのようなトランスフェクトされた細胞を含む薬学的組成物は、本明細書中に記載されるように、治療目的のために使用され得る。あるいは、樹状細胞または他の抗原提示細胞を標的とする遺伝子送達ビヒクルが、患者に投与され得、インビボで起こるトランスフェクションを生じる。樹状細胞のインビボおよびエキソビボでのトランスフェクションは、例えば、ＷＯ９７／２４４４７に記載される方法、またはＭａｈｖｉら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ７５：４５６−４６０、１９９７によって記載される遺伝子銃アプローチのような当該分野で公知の任意の方法を使用して一般に実施され得る。樹状細胞の抗原ローディングは、樹状細胞または前駆細胞を、腫瘍ポリペプチド、ＤＮＡ（裸のもしくはプラスミドベクター中の）またはＲＮＡ；あるいは抗原発現性組換え細菌またはウイルス（例えば、牛痘、鶏痘、アデノウイルスまたはレンチウイルスのベクター）とインキュベートすることによって達成され得る。ローディングの前に、ポリペプチドは、Ｔ細胞補助を提供する免疫学的パートナー（例えば、キャリア分子）に共有結合され得る。あるいは、樹状細胞は、別々にまたはポリペプチドの存在下で、結合していない免疫学的パートナーでパルスされ得る。
当業者に公知の任意の適切なキャリアが、本発明の薬学的組成物において使用され得るが、このタイプのキャリアは、代表的に投与の様式に依存して変化する。本発明の組成物は、投与の任意の適切な様式、例えば、局所投与、経口投与、経鼻投与、粘膜投与、静脈投与、頭蓋内投与、腹腔内投与、皮下投与、および筋肉内投与を含む様式のために処方され得る。
このような薬学的組成物内での使用のためのキャリアは、生体適合性であり、そしてまた生分解性であり得る。特定の実施形態において、好ましくは、この処方物は比較的一定レベルの活性成分の放出を提供する。しかし、他の実施形態において、投与直後のより迅速な放出速度が所望され得る。このような組成物の処方は十分に、公知の技術を使用する当業者のレベル内である。この点に関して有用な例示的なキャリアとしては、ポリ（ラクチド−ｃｏ−グリコリド）、ポリアクリレート、ラテックス、デンプン、セルロース、デキストランなどの微粒子が挙げられる。他の例示的な徐放性キャリアとしては、非液性（ｎｏｎ−ｌｉｑｕｉｄ）親水性コア（例えば、架橋ポリサッカリドまたはオリゴサッカリド）を含む超分子バイオベクター、ならびに必要に応じて、両親媒性化合物を含む外部層（例えば、リン脂質）（例えば、米国特許第５，１５１，２５４号およびＰＣＴ出願ＷＯ９４／２００７８、ＷＯ／９４／２３７０１およびＷＯ９６／０６６３８を参照のこと）を含む超分子バイオベクターが挙げられる。徐放性処方物内に含まれる活性な化合物の量は、移植の部位、放出の速度および予期される持続期間、ならびに処置または予防されるべき状態の性質に依存する。
別の例示的な実施形態において、生分解性ミクロスフェア（例えば、ポリ乳酸ポリグリコレート）は、本発明の組成物のためのキャリアとして使用される。適切な生分解性ミクロスフェアは、例えば、米国特許第４，８９７，２６８号；同第５，０７５，１０９号；同第５，９２８，６４７号；同第５，８１１，１２８号；同第５，８２０，８８３号；同第５，８５３，７６３号；同第５，８１４，３４４号；同第５，４０７，６０９号および同第５，９４２，２５２号に開示される。改変Ｂ型肝炎コアタンパク質キャリア系（例えば、ＷＯ／９９ ４０９３４およびそこで引用される参考文献に記載されるような系）もまた、多くの用途に有用である。別の例示的なキャリア送達系（システム）は、キャリア含有粒子−タンパク質複合体（例えば、米国特許第５，９２８，６４７号に記載される複合体）を使用し、これは、宿主においてクラスＩ拘束細胞傷害性Ｔリンパ球応答を誘導し得る。
本発明の薬学的組成物はしばしば、１つ以上の、緩衝剤（例えば、中性の緩衝化生理食塩水またはリン酸緩衝化生理食塩水）；糖質（例えば、グルコース、マンノース、スクロースまたはデキストラン）；マンニトール；タンパク質；ポリペプチドまたはアミノ酸（例えば、グリシン）；抗酸化剤；静菌剤；キレート剤（例えば、ＥＤＴＡまたはグルタチオン）；アジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）；処方物をレシピエントの血液に対して等張性、低張性または弱く高張性にする溶質；懸濁剤；濃化剤および／または保存剤をさらに含む。あるいは、本発明の組成物は、凍結乾燥物として処方され得る。
本明細書中に記載される薬学的組成物は、単回用量容器または多用量容器（例えば、密閉アンプルまたはバイアル）中に存在し得る。このような容器は、代表的に、使用まで処方物の無菌性および安定性を維持するような様式で、密封される。一般に、処方物は、油性ビヒクルまたは水性ビヒクル中の、懸濁液、溶液またはエマルジョンとして保存され得る。あるいは、薬学的組成物は、使用の直前に無菌水性キャリアの添加のみを必要とする、凍結乾燥状態で保存され得る。
様々な処置レジメンにおいて本明細書中で記載される特定の組成物を使用するための適切な投薬レジメンおよび処置レジメン（例えば、経口、非経口、静脈内、鼻腔内、および筋肉内の投与および処方を含む）の開発は、当該分野で周知であり、これらのいくつかは、一般的な例示目的のために以下で簡単に考察される。
特定の用途において、本明細書中で開示される薬学的組成物は、経口投与によって動物に送達され得る。このように、これらの組成物は、不活性希釈剤と共にかまたは同化可能食用キャリアと共に処方され得るか、あるいはこれらの組成物は、硬質または軟質殻ゼラチンカプセルに入れられ得るか、あるいはこれらの組成物は錠剤に圧縮され得るか、あるいはこれらの組成物は食餌の食品に直接組み込まれ得る。
活性化合物は、さらに賦形剤と共に組み込まれ得、そして経口摂取錠剤、経頬粘膜錠剤、トローチ、カプセル剤、エリキシル、懸濁液、シロップ、ウェハ剤などの形態で使用される（例えば、Ｍａｔｈｉｏｗｉｔｚら、Ｎａｔｕｒｅ １９９７ Ｍａｒ ２７；３８６（６６２３）：４１０−４；Ｈｗａｎｇら、Ｃｒｉｔ Ｒｅｖ Ｔｈｅｒ Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔ １９９８；１５（３）：２４３−８４；米国特許第５，６４１，５１５号；米国特許第５，５８０，５７９号および米国特許第５，７９２，４５１号を参照のこと）。錠剤、トローチ、丸剤、カプセル剤などはまた、任意の種々のさらなる成分を含み得、例えば、結合因子（例えば、トラガカントゴム、アラビアゴム、コーンスターチまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、リン酸二カルシウム）；崩壊剤（例えば、コーンスターチ、ポテトデンプン、アルギン酸など）；潤沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム）；および甘味料（例えば、スクロース、ラクトースまたはサッカリン）または香料（例えば、ペパーミント、ウインターグリーン油、またはチェリー香料）が添加され得る。投薬量単位形態がカプセル剤である場合、これは上記のタイプの材料に加えて液体キャリアを含み得る。様々な他の材料が、コーティングとして存在し得るか、またはそうでなければ投薬単位の物理的形態を改変し得る。例えば、錠剤、丸剤またはカプセル剤は、セラック、糖またはその両方でコーティングされ得る。もちろん、任意の投薬単位形態を調製する際に使用される任意の材料は、薬学的に純粋でありかつ用いられる量で実質的に非毒性でなければならない。さらに、活性化合物が、持続性放出調製物および処方物に組み込まれ得る。
代表的に、これらの処方物は、少なくとも約０．１％またはそれよりも多い活性化合物を含み得るが、活性成分の割合は、もちろん、変化し得、そして好都合には、全処方物の重量または体積の約１または２％と、約６０％または７０％以上のとの間であり得る。当然、治療的に有用な組成物の各々の中の活性化合物の量は、適切な投薬量が、化合物の任意の所定の単位用量において得られるような様式で、調製され得る。溶解度、バイオアベイラビリティー、生物学的半減期、投与の経路、製品の有効期限のような因子、および他の薬理学的考慮が、このような薬学的処方物を調製する分野の当業者によって意図され、そしてそのようなものとして、種々の投薬量および処置レジメンが、所望され得る。
あるいは、経口投与について、本発明の組成物は、うがい薬、歯みがき剤、バッカル錠、経口スプレー、または舌下経口投与処方物の形態で、１つ以上の賦形剤と混合され得る。あるいは、活性成分は、経口溶液（例えば、ホウ酸ナトリウム、グリセリンおよび炭酸水素カリウムを含む溶液）に組み込まれ得るか、または歯みがき剤に分散され得るか、または治療的有効量で、水、結合因子、研磨剤、香料、発泡剤、および湿潤剤を含み得る組成物に添加され得る。あるいは、これらの組成物は、舌下に置かれ得るか、そうでなければ口の中で溶解され得る錠剤形態または溶液形態に成形され得る。
特定の状況において、本明細書中で開示される薬学的組成物を、非経口送達、静脈内送達、筋肉内送達またはさらに腹腔内送達することが所望される。このようなアプローチは、当業者に周知であり、これらのいくつかは例えば、例えば、米国特許第５，５４３，１５８号；米国特許第５，６４１，５１５号および米国特許第５，３９９，３６３号にさらに記載される。特定の実施形態において、遊離塩基または薬学的に受容可能な塩としての活性化合物の溶液は、界面活性剤（例えば、ヒドロキシプロピルセルロース）と適切に混合された水中で調製され得る。分散物もまた、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、およびそれらの混合物中で、ならびにオイル中で調製され得る。保存および使用の通常の条件下で、これらの調製物は一般に、微生物の増殖を防止するために、防腐剤を含む。
注入用途のために適切な例示的な薬学的形態として、滅菌水性液剤または分散物および滅菌注射用液剤または分散物の即時調製のための滅菌散剤が挙げられる（例えば、米国特許第５，４６６，４６８号を参照のこと）。全ての場合において、その形態は、滅菌でなけらばならず、そして容易に注射することができる程度に、流動性でなければならない。それは、製造および保存の条件下で安定でなければならず、そして微生物（例えば、細菌および真菌）の汚染作用に対して保存されなければならない。キャリアは、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）、それらの適切な混合物、および／もしくは植物油を含む溶媒または分散媒体であり得る。適切な流動性は、例えば、コーティング（例えば、レシチン）の使用によって、分散物の場合には必要とされる粒子サイズの維持によって、そして／または界面活性剤の使用によって、維持され得る。微生物の作用の防止は、種々の抗菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン（ｐａｒａｂｅｎ）、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサールなど）によって促進され得る。多くの場合において、等張剤（例えば、糖または塩化ナトリウム）を含めることが、望ましい。注射可能な組成物の長期にわたる吸収は、組成物中での吸収を遅延させる薬剤（例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）の使用によって、もたらされ得る。
一実施形態において、水溶液の非経口投与のために、必要ならばその溶液は、適切に緩衝化されるべきであり、そして液体希釈剤が、最初に、十分な生理食塩水またはグルコースで等張にされる。これらの特定の水溶液は、特に、静脈内投与、筋肉内投与、皮下投与、および腹腔内投与に適切である。これに関連して、使用され得る滅菌水性媒体は、本開示の観点から当業者に公知である。例えば、一投与量は、１ｍｌの等張性ＮａＣｌ溶液に溶解され得、そして１０００ｍｌの皮下注入流体に添加され得るか、または注入予定部位で注入され得るかのいずれかである（例えば、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」、第１５版、１０３５〜１０３８頁および１５７０〜１５８０頁を参照のこと）。投薬量におけるいくらかの変化が、処置される被験体の状態に依存して必然的に生じる。さらに、ヒト投与について、調製物は、もちろん、ＦＤＡ Ｏｆｆｉｃｅ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ ｓｔａｎｄａｒｄｓによって要求されるような、無菌性、発熱性、ならびに一般的な安全性標準および純度標準を好ましく満たす。
本発明の別の実施形態において、本明細書中で開示される組成物は、中性形態または塩形態で処方され得る。例示的な薬学的に受容可能な塩としては、酸付加塩（タンパク質の遊離アミノ基とともに形成される）が挙げられ、そしてこれらの塩は、無機酸（例えば、塩酸またはリン酸）、または酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸などの有機酸とともに形成される。遊離カルボキシル基とともに形成される塩もまた、無機塩基（例えば、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カルシウム、または水酸化鉄）、およびイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、プロカインなどの有機塩基から誘導され得る。処方の際に、溶液は、投薬処方物と適合する様式でかつ治療的に有効な量で投与される。
キャリアは、任意および全ての溶媒、分散媒体、ビヒクル、コーティング、希釈剤、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収を遅延させる薬剤、緩衝液、キャリア溶液、懸濁液、コロイドなどをさらに含み得る。薬学的活性物質のためのこのような媒体および薬剤の使用は、当該分野で周知である。任意の従来の媒体または薬剤が、活性成分と不適合である場合を除いては、治療組成物におけるその使用が、企図される。補助的活性成分もまた、これらの組成物に組み込まれ得る。句「薬学的に受容可能な」とは、ヒトに投与される場合に、アレルギー反応または類似の厄介な反応を生じない分子実体および組成物をいう。
特定の実施形態において、薬学的組成物は、鼻腔内スプレー、吸入、および／または他のエアロゾル送達ビヒクルによって送達され得る。遺伝子、核酸およびペプチド組成物を、経鼻エアロゾルスプレーを介して肺に直接送達するための方法は、例えば、米国特許第５，７５６，３５３号および米国特許第５，８０４，２１２号に記載されている。同様に、鼻腔内微粒子樹脂（Ｔａｋｅｎａｇａら、Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ １９９８ Ｍａｒ ２；５２（１−２）：８１−７）およびリゾホスファチジル−グリセロール化合物（米国特許第５，７２５，８７１号）を使用する薬物の送達はまた、薬学分野で周知である。同様に、ポリテトラフルオロエチレン支持マトリックスの形態での例示的な経粘膜薬物送達は、米国特許第５，７８０，０４５号に記載される。
特定の実施形態において、リポソーム、ナノカプセル、微粒子、脂質粒子、小胞などを、適切な宿主細胞／生物への本発明の組成物の導入のために使用する。特に、本発明の組成物は、脂質粒子、リポソーム、小胞、ナノスフィア、またはナノ粒子などのいずれかにカプセル化して送達するために処方され得る。あるいは、本発明の組成物は、このようなキャリアビヒクルの表面に、共有結合的または非共有結合的のいずれかで結合され得る。
潜在的な薬物キャリアとしてのリポソームおよびリポソーム様調製物の形成および使用は一般に、当業者に公知である（例えば、Ｌａｓｉｃ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １９９８ Ｊｕｌ；１６（７）：３０７−２１；Ｔａｋａｋｕｒａ，Ｎｉｐｐｏｎ Ｒｉｎｓｈｏ １９９８ Ｍａｒ；５６（３）：６９１−５；Ｃｈａｎｄｒａｎら、Ｉｎｄｉａｎ Ｊ Ｅｘｐ Ｂｉｏｌ．１９９７ Ａｕｇ；３５（８）：８０１−９；Ｍａｒｇａｌｉｔ，Ｃｒｉｔ Ｒｅｖ Ｔｈｅｒ Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔ．１９９５；１２（２−３）：２３３−６１；米国特許第５，５６７，４３４号；米国特許第５，５５２，１５７号；米国特許第５，５６５，２１３号；米国特許第５，７３８，８６８号および米国特許第５，７９５，５８７号（これらの各々は、その全体が本明細書中で参考として詳細に援用される）を参照のこと）。
リポソームは、Ｔ細胞懸濁液、初代肝細胞培養物およびＰＣ１２細胞を含む他の手順によるトランスフェクションが通常困難である多くの細胞型とともに、首尾よく使用されている（Ｒｅｎｎｅｉｓｅｎら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．１９９０ Ｓｅｐ ２５；２６５（２７）：１６３３７−４２；Ｍｕｌｌｅｒら、ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１９９０ Ａｐｒ；９（３）：２２１−９）。さらに、リポソームは、ウイルスベースの送達系に典型的なＤＮＡ長の制限がない。リポソームは、遺伝子、種々の薬物、放射線治療剤、酵素、ウイルス、転写因子およびアロステリックエフェクターなどを、種々の培養細胞株および動物に導入するために効果的に使用されている。さらに、リポソームの使用は、全身送達後の、自己免疫応答にも受容不可能な毒性にも関連しないようである。
特定の実施形態において、リポソームは、水性媒体中に分散したリン脂質から形成され、そして多層同心性二重層小胞（多層小胞（ＭＬＶ）とも呼ばれる）を自発的に形成する。
あるいは、他の実施形態において、本発明は、本発明の組成物の薬学的に受容可能なナノカプセル処方物を提供する。ナノカプセルは一般に、化合物を安定かつ再現可能な様式で捕獲し得る（例えば、Ｑｕｉｎｔａｎａｒ−Ｇｕｅｒｒｅｒｏら、Ｄｒｕｇ Ｄｅｖ Ｉｎｄ Ｐｈａｒｍ．１９９８ Ｄｅｃ；２４（１２）：１１１３−２８を参照のこと）。細胞内ポリマー過負荷に起因する副作用を回避するために、このような超微粒子（約０．１μｍのサイズ）は、インビボで分解され得るポリマーを使用して設計され得る。このような粒子は、例えば、Ｃｏｕｖｒｅｕｒら、Ｃｒｉｔ Ｒｅｖ Ｔｈｅｒ Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔ．１９８８；５（１）：１−２０；ｚｕｒ Ｍｕｈｌｅｎら、Ｅｕｒ Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｂｉｏｐｈａｒｍ．１９９８ Ｍａｒ；４５（２）：１４９−５５；Ｚａｍｂａｕｘら、Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ．１９９８ Ｊａｎ ２；５０（１−３）：３１−４０；および米国特許第５，１４５，６８４号に記載されるようにして作製され得る。
（癌治療法）
癌治療への免疫学的アプローチは、癌細胞が、異常な細胞および分子または外来の細胞および分子に対する人体の防御をしばしば回避し得、そしてこれらの防御が、失った基盤（ｇｒｏｕｎｄ）を取り戻すために免疫的に刺激され得るという認識に基づく（例えば、Ｋｌｅｉｎ、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９８２）、６２３〜６４８頁）。種々の免疫エフェクターが腫瘍の増殖を直接的または間接的に阻害し得るという多数の最近の知見は、癌治療に対するアプローチにおける更新された関心を導いた（例えば、Ｊａｇｅｒら、Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２００１；６０（１）：１−７；Ｒｅｎｎｅｒら、Ａｎｎ Ｈｅｍａｔｏｌ ２０００ Ｄｅｃ；７９（１２）：６５１−９）。
抗腫瘍細胞の免疫および人体からの腫瘍細胞の除去に関連する機能を有する４つの基本的な細胞型は、以下の通りである：ｉ）非自己侵入細胞を認識および標識するために免疫グロブリンを血漿に分泌するＢ−リンパ球；ｉｉ）免疫グロブリンでコーティングされた標的侵入細胞の溶解および処理を担う補体タンパク質を分泌する単球；ｉｉｉ）腫瘍細胞の破壊、抗体依存性細胞傷害およびナチュラルキリング（ｎａｔｕｒａｌ ｋｉｌｌｉｎｇ）のための２種類の機構を有するナチュラルキラーリンパ球；ならびにｉｖ）抗原特異的レセプターを保持し、そして相補的マーカー分子を保有する腫瘍細胞を認識する能力を有するＴ−リンパ球（Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ，Ｈ．、１９８９、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（編）、Ｗ．Ｅ．Ｐａｕｌ、９２３〜９５５頁）。
癌の免疫治療は、一般に、体液性免疫応答、細胞性免疫応答、またはそれらの両方を誘導することに焦点が当てられている。さらに、ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞の誘導は、抗体または細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞のいずれかを二次的に誘導するために必要であることが十分に確立されている。癌細胞、特に、肺癌細胞に対して選択的であるか、または理想的には特異的であるポリペプチド抗原は、肺癌に対する免疫応答を誘導するための強力なアプローチを提供し、そして本発明の重要な局面である。
従って、本発明のさらなる局面において、本明細書に記載される薬学的組成物は、癌の処置のため、特に、肺癌の免疫治療のために使用され得る。このような方法において、本明細書中に記載される薬学的組成物は、患者、代表的には、温血動物、好ましくはヒトに投与される。患者は、癌に罹患していてもしていなくてもよい。従って、上記薬学的組成物は、癌の発症を予防するため、または癌に罹患した患者を処置するために使用され得る。薬学的組成物およびワクチンは、原発性腫瘍の外科的除去および／または放射線治療剤もしくは従来の化学療法剤の投与のような処置の前、あるいはその後のいずれかに投与され得る。上記のように、薬学的組成物の投与は、任意の適切な方法（静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、皮内、肛門、膣、局所的および経口経路による投与を含む）によってであり得る。
特定の実施形態において、免疫療法は、能動的免疫療法であり得、この療法にける処置は、免疫応答改変剤（例えば、本明細書中で提供されるポリペプチドおよびポリヌクレオチド）の投与を用いる、腫瘍に対して反応する内因性宿主免疫系のインビボ刺激に依存する。
他の実施形態において、免疫療法は、受動的免疫療法であり得、この療法における処置は、確立された腫瘍免疫反応性を有する因子（例えば、エフェクター細胞または抗体）（これらは、抗腫瘍効果を直接的または間接的に媒介し得、そして必ずしもインタクトな宿主免疫系に依存しない）の送達を含む。エフェクター細胞の例としては、上記のようなＴ細胞、本明細書中に提供されるポリペプチドを発現するＴリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球およびＣＤ４＋Ｔヘルパー腫瘍浸潤性リンパ球）、キラー細胞（例えば、ナチュラルキラー細胞およびリンホカイン活性化キラー細胞）、Ｂ細胞および抗原提示細胞（例えば、樹状細胞およびマクロファージ）が挙げられる。本明細書中に列挙されるポリペプチドに特異的なＴ細胞レセプターおよび抗体レセプターは、養子免疫療法のために他のベクターまたはエフェクター細胞中にクローニングされ、発現され、そして移入され得る。本明細書に提供されるポリペプチドはまた、受動免疫療法のための抗体または抗イディオタイプ抗体（上記および米国特許第４，９１８，１６４号に記載される）を生成するために用いられ得る。
モノクローナル抗体は、検出、診断アッセイまたは治療適用において、所望される選択的な利用のために、任意の種々の標識で標識され得る（米国特許第６，０９０，３６５号；同第６，０１５，５４２号；同第５，８４３，３９８号；同第５，５９５，７２１号；および同第４，７０８，９３０号（各々が個々に援用されるかのように、本明細書中でこれらの全体が参考として援用されている）に記載されている）。各々の場合において、抗原の決定部位への標識されたモノクローナル抗体の結合は、特定の治療剤の検出または異常な細胞上の抗原決定部位への特定の治療剤の送達を示す。本発明のさらなる目的は、このようなモノクローナル抗体の所望される選択的な利用を達成するために適切に標識される、特定のモノクローナル抗体を提供することである。
エフェクター細胞は、一般に、本明細書中に記載されるように、インビトロでの増殖により養子免疫治療のために十分な量で得られ得る。単一の抗原特異的エフェクター細胞を、インビボでの抗原認識を保持しながら数十億まで増殖させるための培養条件は当該分野で周知である。このようなインビトロの培養条件は代表的に、しばしばサイトカイン（例えば、ＩＬ−２）および分裂しない支持細胞の存在下で、抗原での間欠刺激を用いる。上で述べたように、本明細書中で提供される免疫反応性ポリペプチドは、抗原特異的Ｔ細胞培養物を急速に増殖するために用いられ、免疫治療に十分な数の細胞を生成し得る。詳細には、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞、マクロファージ、単球、繊維芽細胞、および／またはＢ細胞）は、当該分野で周知の標準的技術を用いて、免疫反応性ポリペプチドでパルスされ得るか、または１つ以上のポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得る。例えば、抗原提示細胞は、組換えウイルスまたは他の発現系における発現を増大するのに適切なプロモーターを有するポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得る。治療において使用するための培養されたエフェクター細胞は、インビボで増殖されかつ広範に分散され得、そして長期間生存し得なければならない。培養されたエフェクター細胞が、インビボで増殖し、そしてＩＬ−２を補充された抗原での反復刺激によって、長期間、多数生存するように誘導され得ることが研究で示されている（例えば、Ｃｈｅｅｖｅｒら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ １５７：１７７、１９９７を参照のこと）。
あるいは、本明細書において列挙されるポリペプチドを発現するベクターは、患者から得られた抗原提示細胞に導入され得、そして同じ患者に戻す移植のためにエキソビボでクローン的に増殖され得る。トランスフェクトされた細胞は、当該分野で公知の任意の手段（好ましくは、静脈投与、腔内投与、腹腔内投与、または腫瘍内投与による滅菌形態）を用いて患者に再導入され得る。
本明細書中に記載される治療的組成物の投与の経路および頻度、ならびに投薬量は、個々人で異なり、そして標準的技術を用いて容易に確立され得る。概して、薬学的組成物およびワクチンは、注射（例えば、皮内、筋肉内、静脈内、または皮下）により、経鼻的に（例えば、吸引により）または経口的に、投与され得る。好ましくは、５２週間にわたって１〜１０用量の間が投与され得る。好ましくは、１ヶ月の間隔で６用量が投与され、そしてブースター（追加）ワクチン接種がその後定期的に与えられ得る。交互のプロトコールが個々の患者に適切であり得る。適切な用量は、上記のように投与された場合、抗腫瘍免疫応答を促進し得、そして基底（すなわち、未処置）レベルより少なくとも１０〜５０％上である、化合物の量である。このような応答は、患者内の抗腫瘍抗体を測定することによってか、または患者の腫瘍細胞をインビトロで殺傷し得る細胞溶解性エフェクター細胞のワクチン依存性の生成によってモニターされ得る。このようなワクチンはまた、ワクチン接種されていない患者と比較すると、ワクチン接種された患者において、改善された臨床的結果（例えば、より頻繁な寛解、完全もしくは部分的に疾患を有さないか、またはより長く疾患を有さない生存）を導く免疫応答を生じ得るはずである。一般に、１つ以上のポリペプチドを含む薬学的組成物およびワクチンについて、用量中に存在する各ポリペプチドの量は、宿主の体重（ｋｇ）あたり、約２５μｇ〜５ｍｇの範囲である。適切な用量サイズは、患者の大きさで変化するが、代表的には約０．１ｍＬ〜約５ｍＬの範囲である。
一般に、適切な投薬量および処置レジメンは、治療的および／または予防的利点を提供するのに十分な量の活性化合物を提供する。このような応答は、処置されていない患者と比較して、処置された患者において、改善された臨床的結果（例えば、より頻繁な寛解、完全なまたは部分的な、あるいはより長い疾患なしでの生存）を確立することによってモニターされ得る。腫瘍タンパク質に対する既存の免疫応答における増加は、一般的に、改善された臨床的結果と関連する。このような免疫応答は、一般的に、標準的な増殖アッセイ、細胞障害性アッセイまたはサイトカインアッセイを使用して評価され得、これは、処置の前または後に患者から得られるサンプルを使用して行われ得る。
（癌の検出および診断組成物、方法およびキット）
一般的に、癌は、患者から得られた生物学的サンプル（例えば、血液、血清、痰、尿、および／または腫瘍生検）における１つ以上の肺腫瘍タンパク質および／またはこのようなタンパク質をコードするポリヌクレオチドの存在に基づいて患者において検出され得る。言い換えると、このようなタンパク質は、肺癌のような癌の存在または非存在を示すためのマーカーとして使用され得る。さらに、このようなタンパク質は、他の癌の検出のために有用であり得る。本明細書中で提供される結合因子は、一般に、生物学的サンプル中で、この薬剤に結合する抗原のレベルの検出を可能にする。
ポリヌクレオチドプライマーおよびプローブは、癌の存在または非存在もまた示す、腫瘍タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを検出するために使用され得る。一般に、腫瘍の配列は、腫瘍が発生するのと同一の型の正常な組織よりも、腫瘍組織において、少なくとも２倍、好ましくは３倍、そしてより好ましくは５倍以上のレベルで存在するはずである。この腫瘍が発生するのとは異なる細胞型の特定の腫瘍配列の発現レベルは、特定の診断実施形態において不適切である。なぜならば、この腫瘍細胞の存在は、同一の型の正常組織における発現レベルに対する、腫瘍組織において予め決定された異なる発現レベル（例えば、２倍、５倍など）の観測により確認され得るからである。
他の異なる発現パターンは、診断目的のために有利に利用され得る。例えば、本発明の１つの局面において、同一の型だが他の正常組織の型ではない、腫瘍組織および正常組織（例えば、ＰＢＭＣ）における腫瘍配列の過剰発現は、診断的に開発され得る。この場合において、例えば、循環組織部位または腫瘍が発生する組織部位とは異なるいくつかの組織部位から採取されたサンプル中における転移性腫瘍細胞の存在は、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ分析を使用して、このサンプル中の腫瘍配列の発現を検出することによって同定および／または確認され得る。多くの場合において、目的のサンプル中の腫瘍細胞（例えば、ＰＢＭＣ）を、細胞捕獲（ｃｅｌｌ ｃａｐｔｕｒｅ）技術または他の類似の技術を使用して、富化することが所望される。
サンプル中のポリペプチドマーカーを検出するために結合因子を使用するための、当業者に公知の種々のアッセイ型式が存在する。例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照のこと。一般的に、患者における癌の存在または非存在は、（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを結合因子と接触させる工程；（ｂ）結合因子に結合するポリペプチドのレベルをサンプルにおいて検出する工程；および（ｃ）ポリペプチドのレベルと所定のカットオフ値とを比較する工程によって決定され得る。
好ましい実施形態において、このアッセイは、ポリペプチドに結合するためおよびサンプルの残りからポリペプチドを除くために固体支持体上に固定された結合因子の使用を含む。次いで、結合されたポリペプチドは、レポーター基を含み、結合因子／ポリペプチド複合体に特異的に結合する検出試薬を使用して検出され得る。このような検出試薬は、例えば、ポリペプチドまたは抗体に特異的に結合する結合因子あるいは結合因子に特異的に結合する他の薬剤（例えば、抗免疫グロブリン、プロテインＧ、プロテインＡまたはレクチン）を含み得る。あるいは、競合アッセイが、使用され得、ここで、ポリペプチドは、レポーター基で標識され、そしてサンプルと結合因子のインキュベーション後にその固定された結合因子に結合される。サンプルの成分が、標識ポリペプチドの結合因子への結合を阻害する程度は、サンプルの固定された結合因子との反応性を示す。このようなアッセイにおける使用に適切なポリペプチドは、上記のような、全長肺腫瘍タンパク質および結合因子が結合するそのポリペプチド部分を含む。
固体支持体は、腫瘍タンパク質が付着され得る当業者に公知の任意の材料であり得る。例えば、固体支持体は、マイクロタイタープレートにおける試験ウェルあるいはニトロセルロースまたは他の適切な膜であり得る。あるいは、その支持体は、ビーズまたはディスク（例えば、ガラス）、ファイバーグラス、ラテックス、またはプラスチック物質（例えば、ポリスチレン、またはポリ塩化ビニル）であり得る。その支持体はまた、磁気粒子または光ファイバーセンサー（例えば、米国特許第５，３５９，６８１号に記載のような）であり得る。この結合因子は、当業者に公知の種々の技術を使用して固体支持体上に固定され得、これらは特許および科学文献に十分に記載されている。本発明の状況において、用語「固定化」とは、非共有結合的な会合（例えば、吸着）および共有結合的な付着（これは、薬剤と支持体上の官能基との間で直接結合され得るかまたは架橋剤を用いる結合であり得る）の両方をいう。マイクロタイタープレートのウェル、または膜への吸着による固定化は好ましい。このような場合、吸着は、適切な緩衝液中で固体支持体を用いて適切な時間量で結合因子に接触させることによって達成され得る。接触時間は、温度によって変化するが、代表的には、約１時間から約１日の間である。一般的には、約１０ｎｇ〜約１０μｇ、そして好ましくは約１００ｎｇ〜約１μｇの範囲の量の結合因子とプラスチックマイクロタイタープレート（例えば、ポリスチレンまたはポリ塩化ビニル）のウェルを接触させることは、適切な量の結合因子を固定化するのに十分である。
固体支持体への結合因子の共有結合的付着は、一般に、支持体および結合因子上の官能基（例えば、水酸基またはアミノ基）の両方と反応する二官能性試薬と支持体を最初に反応させることによって達成され得る。例えば、この結合因子は、ベンゾキノンを用いるかまたは結合パートナー上のアミンおよび活性水素と支持体上のアルデヒド基との縮合によって、適切なポリマーコーティングを有する支持体に、共有結合的に付着され得る（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃａｔａｌｏｇ ａｎｄ Ｈａｎｄｂｏｏｋ、１９９１、Ａ１２−Ａ１３を参照のこと）。
特定の実施形態において、このアッセイは、２抗体サンドイッチアッセイである。本アッセイは、最初に、固体支持体（一般に、マイクロタイタープレートのウェル）上で固定されている抗体をサンプルに接触させて、その結果、サンプル内のポリペプチドを固定された抗体に結合させることによって実施され得る。次いで、非結合サンプルは固定されたポリペプチド−抗体複合体から除去され、そして検出試薬（好ましくは、そのポリペプチド上の異なる部位に結合し得る第２の抗体（レポーター基を含む））が添加される。次いで、固体支持体に結合したままである検出試薬の量が、特定のレポーター基に関して適切な方法を用いて決定される。
より詳細には、一旦抗体が上記のように支持体上に固定化されると、支持体上の残りのタンパク質結合部位は、典型的にはブロックされる。任意の適切なブロック剤（例えば、ウシ血清アルブミンまたはＴｗｅｅｎ２０ＴＭ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ））は、当業者に公知である。固定された抗体は次いで、サンプルとインキュベートされ、そしてポリペプチドをこの抗体に結合させる。インキュベーションの前に、このサンプルは適切な希釈液（例えば、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ））で希釈され得る。概して、適切な接触時間（すなわち、インキュベーション時間）は、肺癌を有する個体から得られたサンプル内のポリペプチドの存在を検出するのに十分な時間である。好ましくは、この接触時間は、結合ポリペプチドと非結合ポリペプチドとの間の平衡で達成される結合レベルの少なくとも約９５％である結合レベルを達成するのに十分な時間である。当業者は、ある時間にわたって起こる結合レベルをアッセイすることによって、平衡に達するまでに必要な時間が容易に決定され得ることを認識する。室温では、一般に、約３０分間のインキュベーション時間で十分である。
次いで、非結合サンプルが、適切な緩衝液（例えば、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０ＴＭを含むＰＢＳ）を用いて固体支持体を洗浄することによって除去される。次いで、レポーター基を含む第２の抗体が、固体支持体に添加され得る。好ましいレポーター基は、上記の基を含む。
次いで、検出試薬が、結合されたポリペプチドを検出するのに十分な量の時間、固定された抗体−ポリペプチド複合体とインキュベートされる。適切な量の時間は、一般に、ある時間にわたって起こる結合のレベルをアッセイすることによって決定され得る。次いで、非結合の検出試薬は除去され、そして結合した検出試薬は、レポーター基を用いて検出される。レポーター基を検出するために使用される方法は、レポーター基の性質に依存する。放射性基について、一般的には、シンチレーション計数法またはオートラジオグラフィー法が適切である。分光法は、色素、発光基および蛍光基を検出するために使用され得る。ビチオンは、異なるレポーター基（一般に、放射性もしくは蛍光基または酵素）に結合されたアビジンを使用して検出され得る。酵素レポーター基は、一般に、基質の添加（一般には、特定の時間の間）、続いて反応産物の分光分析または他の分析により検出され得る。
癌（例えば、肺癌）の存在または非存在を決定するために、固体支持体に結合したままのレポーター基から検出されるシグナルが、一般に、所定のカットオフ値と対応するシグナルと比較される。１つの好ましい実施形態において、癌の検出のためのカットオフ値は、固定された抗体を、癌を有さない患者由来のサンプルとインキュベートした際に得られる平均シグナル値である。概して、所定のカットオフ値を３標準偏差上回るシグナルを生じるサンプルが、癌に対して陽性とみなされる。代替の好ましい実施形態において、このカットオフ値は、Ｓａｃｋｅｔｔら、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｂａｓｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｂｒｏｗｎ ａｎｄ Ｃｏ．，１９８５，１０６〜７頁の方法に従って、レシーバーオペレーターカーブ（Ｒｅｃｅｉｖｅｒ Ｏｐｅｒａｔｏｒ Ｃａｒｖｅ）を使用して決定される。簡単に言うと、本実施形態において、このカットオフ値は、診断試験結果についての各可能なカットオフ値に対応する真の陽性割合（すなわち、感度）および偽陽性割合（１００％−特異性）の対のプロットから決定され得る。プロット上の上方左手角に最も近いカットオフ値（すなわち、最大領域を囲む値）が、最も正確なカットオフ値であり、そして本方法によって決定されたカットオフ値より高いシグナルを生ずるサンプルが陽性と見なされ得る。あるいは、カットオフ値は、偽陽性割合を最小にするためにプロットに沿って左へシフトされ得るか、または偽陰性割合を最小にするために右へシフトされ得る。概して、本方法によって決定されたカットオフ値より高いシグナルを生ずるサンプルが、癌に対して陽性と見なされる。
関連の実施形態において、このアッセイは、フロースルー試験形式またはストリップ試験形式で実行される（ここで、結合因子は、ニトロセルロースのような膜上で固定化される）。フロースルー試験では、サンプル内のポリペプチドは、サンプルが膜を通過するにつれて固定された結合因子に結合する。次いで、第２の標識化された結合因子が、この第２の結合因子を含む溶液がその膜を介して流れるにつれて、結合因子−ポリペプチド複合体と結合する。次いで、結合した第２の結合因子の検出は、上記のように実行され得る。ストリップ試験形式では、結合因子が結合される膜の一端を、サンプルを含む溶液中に浸す。このサンプルは、膜に沿って、第２の結合因子を含む領域を通って、そして固定された結合因子の領域まで移動する。固定された抗体の領域での第２の結合因子の濃度が、癌の存在を示す。代表的には、その部位での第２の結合因子の濃度は、視覚的に読みとられ得るパターン（例えば、線）を生成する。このようなパターンを示さないことは陰性の結果を示す。概して、この膜上に固定化される結合因子の量は、生物学的サンプルが、上記の形式において、２抗体サンドイッチアッセイにおいて陽性シグナルを生じるのに十分であるレベルのポリペプチドを含む場合、視覚的に識別可能なパターンを生じるように選択される。このようなアッセイにおける使用に好ましい結合因子は、抗体およびその抗原結合フラグメントである。好ましくは、膜上に固定化される抗体の量は、約２５ｎｇ〜約１μｇの範囲であり、そしてより好ましくは、約５０ｎｇ〜約５００ｎｇの範囲である。このような試験は、代表的には、非常に少ない量の生物学的サンプルを用いて実行され得る。
もちろん、本発明の腫瘍タンパク質または結合因子との使用に適する多数の他のアッセイプロトコールが存在する。上記の記載は、例示であることを意図するにすぎない。例えば、上記プロトコールが、腫瘍ポリペプチドを使用するために容易に改変され得て、生物学的サンプル内でこのようなポリペプチドに結合する抗体を検出し得ることが当業者に明かである。このような腫瘍タンパク質特異的抗体の検出は、癌の存在と相関し得る。
癌もまた、あるいは癌は、生物学的サンプル中の腫瘍タンパク質と特異的に反応するＴ細胞の存在に基づいて検出され得る。特定の方法では、患者から単離されたＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞を含む生物学的サンプルは、腫瘍ポリペプチド、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび／またはこのようなポリペプチドの少なくとも免疫原性部分を発現するＡＰＣとともにインキュベートされ、そしてＴ細胞の特異的活性化の存在または非存在が検出される。適切な生物学的サンプルとしては、単離されたＴ細胞が挙げられるがこれらに限定されない。例えば、Ｔ細胞は、慣用技術によって（例えば、末梢血リンパ球のＦｉｃｏｌｌ／Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配遠心分離法によって）患者から単離され得る。Ｔ細胞は、２〜９日間（代表的に４日間）、３７℃にてポリペプチド（例えば、５〜２５μｇ／ｍｌ）とともにインビトロでインキュベートされ得る。Ｔ細胞サンプルの別のアリコートを、コントロールとして役立てるために、腫瘍ポリペプチドの非存在下でインキュベートすることが所望され得る。ＣＤ４＋Ｔ細胞に関して、活性化は好ましくは、Ｔ細胞の増殖を評価することによって検出される。ＣＤ８＋Ｔ細胞に関しては、活性化は好ましくは、細胞溶解活性を評価することによって検出される。疾患のない患者におけるよりも少なくとも２倍高い増殖レベルおよび／または少なくとも２０％高い細胞溶解活性レベルは、患者における癌の存在を示す。
上記のように、癌もまた、あるいは癌は、生物学的サンプル中の腫瘍タンパク質をコードするｍＲＮＡレベルに基づいて検出され得る。例えば、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーをポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくアッセイにおいて用いて、生物学的サンプルに由来する腫瘍ｃＤＮＡの一部を増幅し得、ここで、オリゴヌクレオチドプライマーのうちの少なくとも１つは、腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドに特異的である（すなわち、ハイブリダイズする）。次いで、増幅されたｃＤＮＡが、当該分野で周知の技術（例えば、ゲル電気泳動）を用いて分離され、そして検出される。
同様に、腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブをハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いて、生物学的サンプル中でこの腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの存在を検出し得る。
アッセイ条件下でのハイブリダイゼーションを可能にするために、オリゴヌクレオチドのプライマーおよびプローブは、少なくとも１０ヌクレオチド、そして好ましくは少なくとも２０ヌクレオチドの長さの、本発明の腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの一部に対して少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７５％、そしてより好ましくは少なくとも約９０％の同一性を有するオリゴヌクレオチド配列を含むべきである。好ましくは、オリゴヌクレオチドプライマーおよび／またはプローブは、上記に規定されるような、中程度にストリンジェントな条件下で、本明細書中に記載されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズする。本明細書中に記載される診断方法において有用に用いられ得るオリゴヌクレオチドのプライマーおよび／またはプローブは、好ましくは、少なくとも１０〜４０ヌクレオチドの長さである。好ましい実施形態において、オリゴヌクレオチドプライマーは、本明細書中に開示される配列を有するＤＮＡ分子の少なくとも１０の連続するヌクレオチド、より好ましくは少なくとも１５の連続するヌクレオチドを含む。ＰＣＲに基づくアッセイおよびハイブリダイゼーションアッセイの両方についての技術は、当該分野で周知である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．，５１：２６３，１９８７；Ｅｒｌｉｃｈ編，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９を参照のこと）。
１つの好ましいアッセイは、ＲＴ−ＰＣＲを用い、ＲＴ−ＰＣＲでは、ＰＣＲは、逆転写と組み合わせて適用される。代表的に、ＲＮＡは生物学的サンプル（例えば、生検組織）から抽出され、そして逆転写されてｃＤＮＡ分子を生成する。少なくとも１つの特異的プライマーを用いるＰＣＲ増幅は、ｃＤＮＡ分子を生成し、このｃＤＮＡ分子は、例えば、ゲル電気泳動を用いて分離および可視化され得る。増幅は、試験患者および癌に罹患していない個体から採取された生物学的サンプルについて行われ得る。増幅反応は、２桁の大きさに及ぶいくつかのｃＤＮＡ希釈物について行われ得る。試験患者サンプルのいくつかの希釈物における発現の増加が、癌のないサンプルの同一希釈の物と比較して２倍以上である場合、これは、代表的に、陽性とみなされる。
本発明の別の局面において、細胞捕獲技術は、例えば、リアルタイムＰＣＲと組み合わせて使用されて、肺腫瘍抗原を発現する転移細胞の検出のためのより感度の高いツールを提供し得る。生物学的サンプル（例えば、骨髄サンプル、末梢血、および小針吸引サンプル）における肺癌細胞の検出は、肺癌患者の診断および予後判定に望ましい。
細胞表面マーカーに対する特異的モノクローナル抗体または４量体抗体複合体でコーティングされた免疫磁性ビーズを用いて、サンプル中の癌細胞を最初に富化し得るか、またはサンプル中の癌細胞をポジティブに選択し得る。種々の市販のキットが用いられ得る。これらのキットとしては、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ Ｅｎｒｉｃｈ（Ｄｙｎａｌ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｏｓｌｏ、Ｎｏｒｗａｙ）、ＳｔｅｍＳｅｐＴＭ（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｖａｎｃｏｕｖｅｒ，ＢＣ）、およびＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐ（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）が挙げられる。当業者は、他の方法論およびキットが用いられて、所望の細胞集団が富化またはポジティブに選択され得ることを認識する。Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ Ｅｎｒｉｃｈは、正常上皮組織および新生物上皮組織上で発現された２つの糖タンパク質膜抗原に特異的なｍＡｂでコーティングされた磁性ビーズを含む。このコーティングされたビーズをサンプルに添加し得、次いで、このサンプルを磁石に接触させ得、それによりこのビーズに結合した細胞を捕獲し得る。所望でない細胞は洗い流され、磁石により単離された細胞は、ビーズから溶出され、さらなる分析において用いられる。
ＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐは、血液サンプルから直接細胞を富化するために用いられ得、そして種々の所望でない細胞を標的とし、サンプル中に存在する赤血球（ＲＢＣ）上のグリコホリンＡにそれらを架橋して、ロゼットを形成する４量体の抗体のカクテルからなる。Ｆｉｃｏｌｌ上で遠心分離すると、標的とした細胞は、遊離のＲＢＣとともにペレットを形成する。枯渇カクテルにおける抗体の組み合わせは、どの細胞が除去され、そして結果的にどの細胞が回収されるかを決定する。利用可能な抗体としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ１０、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２４、ＣＤ２５、ＣＤ２９、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３６、ＣＤ３８、ＣＤ４１、ＣＤ４５、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ５６、ＣＤ６６Ｂ、ＣＤ６６ｅ、ＨＬＡ−ＤＲ、ＩｇＥ、およびＴＣＲαβ。
さらに、本発明において、肺腫瘍抗原に特異的なｍＡｂが生成され得、そして同様な様式で用いられ得ることが意図される。例えば、腫瘍特異的細胞表面抗原に結合するｍＡｂは、磁性ビーズに結合体化され得るか、または４量体抗体複合体に処方され得、そしてサンプルから転移性の肺腫瘍細胞を富化するか、またはポジティブに選択するために用いられ得る。一旦サンプルが富化されるか、またはポジティブに選択されると、細胞は溶解され得、そしてＲＮＡが単離され得る。次いで、ＲＮＡは、本明細書中に記載のようにリアルタイムＰＣＲアッセイにおいて肺腫瘍特異的プライマーを用いてＲＴ−ＰＣＲ分析に供され得る。当業者は、富化されたかまたは選択された集団の細胞が他の方法（例えば、インサイチュハイブリダイゼーションまたはフローサイトメトリー）によって分析され得ることを認識する。
別の実施形態において、本明細書中に記載された組成物は、癌の進行についてのマーカーとして使用され得る。この実施形態において、癌の診断について上記に記載されるようなアッセイは、経時的に実行され得、そして反応性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドのレベルの変化を評価し得る。例えば、このアッセイは、６ケ月〜１年の期間、２４〜７２時間毎に実行され得、そしてその後、必要に応じて実行され得る。一般に、癌は、検出されるこのポリペプチドまたはポリヌクレオチドのレベルが経時的に増大する患者において進行している。対照的に、癌は、反応性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドのレベルが一定のままであるか、または時間とともに減少するかのいずれかである場合、進行していない。
特定のインビボ診断アッセイは、腫瘍上で直接実施され得る。１つのこのようなアッセイは、腫瘍細胞を結合因子と接触させる工程を包含する。次いで、結合された結合因子は、レポーター基によって直接的または間接的に検出され得る。このような結合因子はまた、組織学的な用途において使用され得る。あるいは、ポリヌクレオチドプローブは、このような用途において使用され得る。
上記のように、感度を改善するために、複数の腫瘍タンパク質マーカーは、所定のサンプル内でアッセイされ得る。本明細書中に提供される異なるタンパク質に特異的な結合因子が単一のアッセイにおいて組み合わせられ得ることは明かである。さらに、複数のプライマーまたはプローブが同時に用いられ得る。腫瘍タンパク質マーカーの選択は、最適な感度をもたらす組み合わせを決定する慣用実験に基づき得る。さらに、または代替として、本明細書中に提供される腫瘍タンパク質のアッセイは、他の公知の腫瘍抗原に対するアッセイと組み合わせられ得る。
本発明はさらに、上記の診断方法のうちのいずれかにおいて使用するためのキットを提供する。このようなキットは代表的に、診断アッセイを行うのに必要な２以上の構成要素を備える。構成要素は、化合物、試薬、容器および／または器具であり得る。例えば、キット内の１つの容器は、腫瘍タンパク質に特異的に結合するモノクローナル抗体またはそのフラグメントを含み得る。このような抗体またはフラグメントは、上記のように支持体材料に付着されて提供され得る。１以上のさらなる容器は、アッセイにおいて使用される要素（例えば、試薬または緩衝液）を封入し得る。このようなキットもまた、あるいはこのようなキットは、抗体結合の直接的または間接的な検出に適切なレポーター基を含む上記のような検出試薬を備え得る。
あるいは、キットは、生物学的サンプル中の腫瘍タンパク質をコードするｍＲＮＡレベルを検出するように設計され得る。このようなキットは一般に、腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズする、上記のような、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのプローブまたはプライマーを備える。このようなオリゴヌクレオチドは、例えば、ＰＣＲまたはハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いられ得る。このようなキット内に存在し得るさらなる構成要素としては、腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの検出を容易にする、第２のオリゴヌクレオチドおよび／または診断試薬もしくは容器が挙げられる。
以下の実施例は、例示のために提供され、そして限定のためではない。
（実施例１）
（肺腫瘍ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ配列の単離および特徴付け）
本実施例は、肺腫瘍ｃＤＮＡライブラリーからの、肺腫瘍特異的ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子の単離を説明する。
（Ａ．肺扁平上皮細胞癌ライブラリーからのｃＤＮＡ配列の単離）
ヒト肺扁平上皮細胞癌ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｃｌｏｎｉｎｇキット（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、ＭＤ）を用いて、製造会社のプロトコールに従って、２つの患者組織のプール由来のポリＡ＋ＲＮＡから構築した。具体的には、肺癌組織をポリトロン（Ｋｉｎｅｍａｔｉｃａ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）でホモジナイズし、そして全ＲＮＡをＴｒｉｚｏｌ試薬（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて製造会社の指示に従って抽出した。次いでポリＡ＋ＲＮＡを、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ、１９８９において指示されたように、オリゴｄＴセルロースカラムを用いて精製した。第１鎖ｃＤＮＡを、ＮｏｔＩ／Ｏｌｉｇｏ−ｄＴ１８プライマーを用いて合成した。二本鎖ｃＤＮＡを合成し、ＢｓｔＸＩ／ＥｃｏＲＩアダプター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）とライゲーションし、そしてＮｏｔＩで消化した。ｃＤＮＡサイズ分画カラム（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によるサイズ分画の後、ｃＤＮＡをｐｃＤＮＡ３．１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）のＢｓｔＸＩ／ＮｏｔＩ部位へライゲーションし、そしてエレクトロポレーションによってＥｌｅｃｔｒｏＭａｘ Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＨ１０Ｂ細胞（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）へ形質転換した。
同じ手順を用いて、正常ヒト肺ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、４つの組織標本のプールから調製した。ｃＤＮＡライブラリーを、独立したコロニーの数、挿入（インサート）を有するクローンの割合、平均挿入サイズを決定することによって、および配列分析によって特徴付けした。肺扁平上皮細胞癌ライブラリーは、２．７×１０６の独立コロニーを含んでおり、１００％のクローンが挿入を有しており、そして平均挿入サイズは２１００塩基対であった。正常肺ｃＤＮＡライブラリーは、１．４×１０６の独立コロニーを含んでおり、９０％のクローンが挿入を有しており、そして平均挿入サイズは１８００塩基対であった。両方のライブラリ−に関して、配列分析によって、クローンの大部分は全長ｃＤＮＡ配列を有し、そしてｍＲＮＡから合成されたことが示された。
上記の肺扁平上皮細胞癌および正常肺ｃＤＮＡライブラリーを用いて、Ｈａｒａら（Ｂｌｏｏｄ、８４：１８９〜１９９、１９９４）によって記載されたように、いくらか修飾して、ｃＤＮＡライブラリーサブトラクションを行なった。具体的には、肺扁平上皮細胞癌特異的サブトラクトｃＤＮＡライブラリーを、以下のように産生した。正常組織ｃＤＮＡライブラリー（８０μｇ）をＢａｍＨＩおよびＸｈｏＩで消化し、続いてＤＮＡポリメラーゼクレノウ断片を用いて充填反応を行なった。フェノール−クロロホルム抽出およびエタノール沈殿の後、ＤＮＡを１３３μｌのＨ２Ｏに溶解し、熱変性し、そして１３３μｌ（１３３μｇ）のＰｈｏｔｏｐｒｏｂｅビオチン（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ、ＣＡ）と混合した。製造会社によって推奨されるように、得られた混合物を２７０Ｗの太陽灯で、氷上で２０分間照射した。さらなるＰｈｏｔｏｐｒｏｂｅビオチン（６７μｌ）を加えて、そしてビオチン化反応を繰り返した。ブタノールで５回抽出した後、ＤＮＡをエタノール沈殿し、そして２３μｌのＨ２Ｏに溶解して、ドライバーＤＮＡを形成した。
トレーサー（ｔｒａｃｅｒ）ＤＮＡを形成するために、１０μｇの肺扁平上皮細胞癌ｃＤＮＡライブラリーをＮｏｔＩおよびＳｐｅＩで消化し、フェノール クロロホルム抽出し、そしてＣｈｒｏｍａ ｓｐｉｎ−４００カラム（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）を通した。典型的には、サイズ分画カラムの後５μｇのｃＤＮＡが回収された。エタノール沈殿の後、トレーサーＤＮＡを５μｌのＨ２Ｏに溶解した。トレーサーＤＮＡを１５μｌのドライバーＤＮＡおよび２０μｌの２×ハイブリダイゼーション緩衝液（１．５ＭのＮａＣｌ／１０ｍＭのＥＤＴＡ／５０ｍＭのＨＥＰＥＳ ｐＨ７．５／０．２％のドデシル硫酸ナトリウム）と混合し、鉱油で重層し、そして完全に熱変性した。試料をすぐに６８℃の水浴へ移し、そして２０時間インキュベートした（長いハイブリダイゼーション［ＬＨ］）。次いで反応混合物をストレプトアビジン処理し、続いてフェノール／クロロホルム抽出した。この過程をあと３回繰り返した。サブトラクトＤＮＡを沈殿し、１２μｌのＨ２Ｏに溶解し、８μｌのドライバーＤＮＡおよび２０μｌの２×ハイブリダイゼーション緩衝液と混合し、そして６８℃で２時間ハイブリダイズさせた（短いハイブリダイゼーション［ＳＨ］）。ビオチン化二本鎖ＤＮＡを除去した後、サブトラクトｃＤＮＡを、クロラムフェニコール抵抗性ｐＢＣＳＫ＋（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）のＮｏｔＩ／ＳｐｅＩ部位にライゲーションし、そしてエレクトロポレーションによってＥｌｅｃｔｒｏＭａｘ Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＨ１０Ｂ細胞に形質転換して、肺扁平上皮細胞癌特異的サブトラクトｃＤＮＡライブラリー（本明細書中でこの後「肺サブトラクションＩ（ｌｕｎｇ ｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ Ｉ）」と呼ばれる）を産生した。
２つめの肺扁平上皮細胞癌特異的サブトラクトｃＤＮＡライブラリー（「肺サブトラクションＩＩ」と呼ばれる）を、肺サブトラクションＩからしばしば回収される８個の遺伝子をドライバーＤＮＡに含む以外は、肺サブトラクションライブラリーＩと同様の方法で産生し、そして２４，０００個の独立したクローンを回収した。
サブトラクトｃＤＮＡライブラリーを分析するために、サブトラクト肺扁平上皮細胞癌特異的ライブラリーから無作為に取った３２０個の独立したクローンからプラスミドＤＮＡを調製した。代表的なｃＤＮＡクローンを、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ Ｍｏｄｅｌ ３７３Ａ および／またはＭｏｄｅｌ３７７（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）によるＤＮＡ配列決定によって、さらに特徴付けした。６０個の単離クローンのｃＤＮＡ配列を、配列番号１〜６０で提供する。これらの配列を、ＥＭＢＬおよびＧｅｎＢａｎｋデータベース（公開（ｒｅｌｅａｓｅ）９６）を用いて、ジーンバンク中の公知配列と比較した。配列番号２、３、１９、３８および４６で提供された配列には有意な相同性は見出されなかった。配列番号１、６〜８、１０〜１３、１５、１７、１８、２０〜２７、２９、３０、３２、３４〜３７、３９〜４５、４７〜４９、５１、５２、５４、５５および５７〜５９の配列は、以前に同定された発現配列タグ（ＥＳＴ）といくらか相同性を示すことが見出された。配列番号９、２８、３１および３３の配列は、以前に同定された非ヒト遺伝子配列といくらか相同性を示すことが見出され、そして配列番号４、５、１４、５０、５３、５６および６０は、ヒトで以前に同定された遺伝子配列といくらか相同性を示すことが見出された。
上記で記載したサブトラクション手順を、上記の肺扁平上皮細胞癌ｃＤＮＡライブラリーをトレーサーＤＮＡとして、そして上記の正常肺組織ｃＤＮＡライブラリーおよび正常肝臓および心臓由来のｃＤＮＡライブラリー（上記で記載したように各組織の１試料のプールから構築した）、プラス肺サブトラクションＩおよびＩＩで頻繁に回収される２０個の他のｃＤＮＡクローンをドライバーＤＮＡとして繰り返した（肺サブトラクションＩＩＩ）。正常肝臓および心臓ｃＤＮＡライブラリーは、１．７６×１０６の独立したコロニーを含んでおり、１００％のクローンが挿入を有しており、そして平均挿入サイズは１６００塩基対であった。１０個のさらなるクローンを単離した（配列番号６１〜７０）。これらのｃＤＮＡ配列とジーンバンク中の配列を、上記で記載したように比較すると、配列番号６２および６７で提供される配列には有意な相同性が見出されなかった。配列番号６１、６３〜６６、６８および６９の配列は、以前に単離されたＥＳＴといくらか相同性を示すことが見出され、そして配列番号７０で提供される配列は、以前に同定されたラット遺伝子といくらか相同性を示すことが見出された。
さらなる研究において、上記で記載したサブトラクション手順を、上記の肺扁平上皮細胞癌ｃＤＮＡライブラリーをトレーサーＤＮＡとして、そして正常肺、腎臓、結腸、膵臓、脳、休止ＰＢＭＣ、心臓、皮膚および食道のプール由来のｃＤＮＡライブラリーをドライバーＤＮＡとして繰り返した。食道ｃＤＮＡがドライバー材料の３分の１を占めていた。食道は分化した扁平上皮細胞を含む正常上皮細胞を豊富に含むので、この手順は組織特異的ではなく腫瘍特異的な遺伝子を濃縮するであろう。このサブトラクションで決定された４８クローンのｃＤＮＡ配列を、配列番号１７７〜２２４で提供する。配列番号１７７、１７８、１８０、１８１、１８３、１８７、１９２、１９５〜１９７、２０８、２１１、２１２、２１５、２１６、２１８および２１９の配列は、以前に同定された遺伝子といくらか相同性を示した。配列番号１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２０および２２４の配列は、以前に決定されたＥＳＴといくらか相同性を示した。配列番号２２１〜２２３の配列は、以前に決定された配列のいずれとも相同性を示さなかった。
（Ｂ．肺腺癌ライブラリーからのｃＤＮＡ配列の単離）
ヒト肺腺癌ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、上記で記載したように構築した。ライブラリーは、３．２×１０６の独立したコロニーを含んでおり、１００％のクローンが挿入を有しており、そして平均挿入サイズは１５００塩基対であった。上記で記載したように、上記で記載した正常肺および正常肝臓および心臓ｃＤＮＡ発現ライブラリーをドライバーＤＮＡとして、ライブラリーサブトラクションを行なった。２６００個の独立したクローンを回収した。
１００個の独立したクローンからの最初のｃＤＮＡ配列分析によって、多くのリボソームタンパク質遺伝子が示された。このサブトラクションで単離された１５クローンのｃＤＮＡ配列を、配列番号７１〜８６で提供する。これらの配列とジーンバンク中の配列を上記で記載したように比較すると、配列番号８４で提供される配列とは有意な相同性を示さなかった。配列番号７１、７３、７４、７７、７８および８０〜８２の配列は、以前に単離されたＥＳＴといくらか相同性を示すことが見出され、そして配列番号７２、７５、７６、７９、８３および８５の配列は、以前に同定されたヒト遺伝子といくらか相同性を示すことが見出された。
さらなる研究において、ｃＤＮＡライブラリー（ｍｅｔｓ３６１６Ａと呼ばれる）を、転移肺腺癌から構築した。このライブラリーから無作為に配列決定した２５クローンのうち決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号２５５〜２７９で提供する。ｍｅｔｓ３６１６Ａ ｃＤＮＡライブラリーを、正常な肺、肝臓、膵臓、皮膚、腎臓、脳および休止ＰＢＭＣのプールから調製したｃＤＮＡライブラリーに対してサブトラクトした。サブトラクションの特異性を高めるために、ＥＦ１−アルファ、インテグリン−ベータ、および抗凝固タンパク質ＰＰ４のようなｍｅｔｓ３６１６Ａ ｃＤＮＡライブラリーで最も豊富であると決定された遺伝子、およびサブトラクト肺腺癌ｃＤＮＡライブラリーで異なって発現していることが以前に見出されたｃＤＮＡでドライバーをスパイクした。サブトラクトライブライリー（ｍｅｔｓ３６１６Ａ−Ｓ１と呼ばれる）から単離された５１クローンのうち決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号２８０〜３３０で提供する。
配列番号２５５〜３３０の配列と公的なデータベース中の配列を比較すると、配列番号２５５〜２５８、２６０、２６２〜２６４、２７０、２７２、２７５、２７６、２７９、２８１、２８７、２９１、２９６、３００および３１０の配列は、有意な相同性を示さなかった。配列番号２５９，２６１，２６５〜２６９、２７１、２７３、２７４、２７７、２７８、２８２〜２８５、２８８〜２９０、２９２、２９４、２９７〜２９９、３０１、３０３〜３０９、３１３、３１４、３１６、３２０〜３２４および３２６〜３３０の配列は、以前に同定された遺伝子配列といくらか相同性を示し、一方配列番号２８０、２８６、２９３、３０２、３１０、３１２、３１５、３１７〜３１９および３２５の配列は、以前に単離された発現配列タグ（ＥＳＴ）といくらか相同性を示した。
（実施例２）
（肺腫瘍ポリペプチドの組織特異性の決定）
遺伝子特異的プライマーを用いて、実施例１で記載した７つの代表的な肺腫瘍ポリペプチドのｍＲＮＡ発現レベルを、ＲＴ−ＰＣＲを用いて様々な正常および腫瘍組織で試験した。
簡単には、上記で記載したように、Ｔｒｉｚｏｌ試薬を用いて、様々な正常および腫瘍組織から全ＲＮＡを抽出した。２μｇの全ＲＮＡを用いて、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩ逆転写酵素（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で、４２℃で１時間、第１鎖合成を行なった。次いでｃＤＮＡを、遺伝子特異的プライマーを用いたＰＣＲによって増幅した。ＲＴ−ＰＣＲの半定量的性質を保証するために、試験した各組織に関してβ−アクチンを内部コントロールとして使用した。β−アクチンテンプレートの直線範囲増幅を可能にするために１μｌの１：３０希釈ｃＤＮＡを採用し、そしてそれは最初のコピー数の違いを反映するのに十分敏感であった。これらの条件を使用して、各組織由来の各逆転写反応に関してβ−アクチンレベルを決定した。逆転写酵素を加えることなく調製した第１鎖ｃＤＮＡを用いる場合、ＤＮａｓｅ処理によって、およびネガティブなＰＣＲ結果を保証することによって、ＤＮＡの混入を最小限にした。
５つの異なる型の腫瘍組織（３人の患者由来の肺扁平上皮細胞癌、肺腺癌、２人の患者由来の結腸腫瘍、乳房腫瘍、および前立腺腫瘍）、および１３の異なる正常な組織（４人のドナー由来の肺、前立腺、脳、腎臓、肝臓、卵巣、骨格筋、皮膚、小腸、胃、心筋、網膜、および精巣）で、ｍＲＮＡ発現レベルを試験した。１０倍量のｃＤＮＡを用いて、抗原ＬＳＴ−Ｓ１−９０（配列番号３）は、肺扁平上皮細胞癌および乳房腫瘍において高レベルで、そして他の試験した組織において低レベルから検出不可能なレベルで発現していることが見出された。
抗原ＬＳＴ−Ｓ２−６８（配列番号１５）は、肺および乳房腫瘍に特異的であるようであるが、発現は正常な腎臓においても検出された。抗原ＬＳＴ−Ｓ１−１６９（配列番号６）およびＬＳＴ−Ｓ１−１３３（配列番号５）は、肺組織（正常および腫瘍どちらも）において非常に豊富であるようであり、これら２つの遺伝子の発現は試験したほとんどの正常組織において減少している。ＬＳＴ−Ｓ１−１６９およびＬＳＴ−Ｓ１−１３３はどちらも、乳房および結腸腫瘍において発現していた。抗原ＬＳＴ−Ｓ１−６（配列番号７）およびＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−５Ｆ（配列番号４７）は、腫瘍または組織特異的発現を示さず、ＬＳＴ−Ｓ１−２８の発現はまれであり、そして少数の組織で検出可能であるのみであった。抗原ＬＳＴ−Ｓ３−７（配列番号６３）は、肺および乳房腫瘍特異的発現を示し、そのメッセンジャー（メッセージ）は正常精巣においてＰＣＲを３０サイクル行なった場合のみ検出された。いくつかの正常組織においてサイクル数を３５まで増加させた場合、低レベルの発現が検出された。抗原ＬＳＴ−Ｓ３−１３（配列番号６６）は、４つの肺腫瘍のうち３つ、１つの乳房腫瘍、および両方の結腸腫瘍試料において発現していることが見出された。正常組織におけるその発現は、腫瘍と比較して低く、そして４つの正常肺組織のうち１つ、および腎臓、卵巣および網膜由来の正常組織においてのみ検出された。抗原ＬＳＴ−Ｓ３−４（配列番号６２）およびＬＳＴ−Ｓ３−１４（配列番号６７）の発現はまれであり、そして組織特異性も腫瘍特異性も示さなかった。ノーザンブロット分析と一致して、抗原ＬＡＴ−Ｓ１−Ａ−１０Ａ（配列番号７８）のＲＴ−ＰＣＲ結果によって、その発現は肺および結腸腫瘍を含む肺、結腸、胃および小腸組織において高く、一方その発現は他の組織において低いかまたは検出不可能であることが示唆された。
上記で記載した、肺サブトラクションＩ、ＩＩおよびＩＩＩにおいて単離された全部で２００２のｃＤＮＡ断片を、コロニーＰＣＲ増幅して、そして肺腫瘍、正常肺、および様々な他の正常および腫瘍組織におけるそのｍＲＮＡ発現レベルを、マイクロアレイ技術（Ｓｙｎｔｅｎｉ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）を用いて決定した。簡単には、ＰＣＲ増幅産物をアレイ形式でスライドに点在させた。各産物はアレイで独自の位置を占める。ｍＲＮＡを、試験する組織サンプルから抽出し、逆転写し、そして蛍光標識ｃＤＮＡプローブを産生した。マイクロアレイを標識ｃＤＮＡプローブでプローブし、スライドを走査して、そして蛍光強度を測定した。この強度は、ハイブリダイゼーション強度と相関する。１７の重複しないｃＤＮＡクローンが、肺扁平上皮腫瘍で過剰発現を示し、試験した正常組織（肺、皮膚、リンパ節、結腸、肝臓、膵臓、乳房、心臓、骨髄、大腸、腎臓、胃、脳、小腸、膀胱および唾液腺）においてその発現は検出不可能かまたは肺扁平上皮腫瘍に比べて１０倍低かった。クローンＬ５１３Ｓの決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号８７および８８で提供する；Ｌ５１４Ｓの配列を配列番号８９および９０で提供する；Ｌ５１６Ｓの配列を配列番号９１および９２で；Ｌ５１７Ｓの配列を配列番号９３で；Ｌ５１９Ｓの配列を配列番号９４で；Ｌ５２０Ｓの配列を配列番号９５および９６で；Ｌ５２１Ｓの配列を配列番号９７および９８で；Ｌ５２２Ｓの配列を配列番号９９で；Ｌ５２３Ｓの配列を配列番号１００で；Ｌ５２４Ｓの配列を配列番号１０１で；Ｌ５２５Ｓの配列を配列番号１０２で；Ｌ５２６Ｓの配列を配列番号１０３で；Ｌ５２７Ｓの配列を配列番号１０４で；Ｌ５２８Ｓの配列を配列番号１０５で；Ｌ５２９Ｓの配列を配列番号１０６で；そしてＬ５３０Ｓの配列を配列番号１０７および１０８で提供する。さらに、Ｌ５３０Ｓの全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号１５１で提供し、対応するアミノ酸配列を配列番号１５２で提供する。Ｌ５３０Ｓは、ｐ５３腫瘍サプレッサーホモログ、ｐ６３のスプライシング改変体と相同性を示す。ｐ６３の７つの公知のアイソフォームのｃＤＮＡ配列を、配列番号３３１〜３３７で提供し、対応するアミノ酸配列をそれぞれ配列番号３３８〜３４４で提供する。
多型性のために、クローンＬ５３１Ｓは、２つの形式を有するようである。Ｌ５３１Ｓの最初に決定された全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号１０９で提供し、対応するアミノ酸配列を配列番号１１０で提供する。Ｌ５３１Ｓの２番目に決定された全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号１１１で提供し、対応するアミノ酸配列を配列番号１１２で提供する。配列番号１１１の配列は、２７ｂｐの挿入を含む以外は配列番号１０９のものと同一である。同様に、Ｌ５１４Ｓは、２つのオルタネイティブスプライシング型を有する。最初の改変体ｃＤＮＡは配列番号１５３として挙げ、対応するアミノ酸配列を配列番号１５５で提供する。Ｌ５１４Ｓの２目の改変体の全長ｃＤＮＡを、配列番号１５４で提供し、対応するアミノ酸配列を配列番号１５６で提供する。
Ｌ５２４Ｓ（配列番号１０１）の全長クローニングは、２つの改変体（配列番号１６３および１６４）を産生した。それぞれ対応するアミノ酸配列は配列番号１６５および１６６である。両方の改変体は、上皮小体ホルモン関連ペプチドをコードすることが示された。
Ｌ５１９Ｓの全長ｃＤＮＡを単離する試みによって、潜在的なオープンリーディングフレームを含む、配列番号１７３で提供される延長ｃＤＮＡ配列の単離が引き起こされた。配列番号１７３の配列によってコードされるアミノ酸配列を、配列番号１７４で提供する。さらに、公知の遺伝子である、配列番号１００のクローン（Ｌ５２３Ｓとして知られる）の全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号１７５で提供し、対応するアミノ酸配列を配列番号１７６で提供する。さらなる研究において、Ｌ５２３Ｓの全長ｃＤＮＡ配列を、Ｌ５２３Ｓ陽性腫瘍ｃＤＮＡライブラリーから、配列番号１７５の配列から設計した遺伝子特異的プライマーを用いたＰＣＲ増幅によって単離した。決定した全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号３４７で提供する。この配列によってコードされるアミノ酸配列を、配列番号３４８で提供する。このタンパク質配列は、以前に公開されたタンパク質配列と２つのアミノ酸位置、すなわち位置１５８および４１０で異なる。
Ｌ５１４ＳおよびＬ５３１Ｓ（それぞれ配列番号８７および８８、および１０９）の配列を、上記で記載したようにジーンバンクの配列と比較すると、公知の配列と有意な相同性は示されなかった。Ｌ５１３Ｓ、Ｌ５１６Ｓ、Ｌ５１７Ｓ、Ｌ５１９Ｓ、Ｌ５２０ＳおよびＬ５３０Ｓ（それぞれ配列番号８７および８８、９１および９２、９３、９４、９５および９６、１０７および１０８）の配列は、以前に同定されたＥＳＴといくらか相同性を示すことが見出された。Ｌ５２１Ｓ、Ｌ５２２Ｓ、Ｌ５２３Ｓ、Ｌ５２４Ｓ、Ｌ５２５Ｓ、Ｌ５２６Ｓ、Ｌ５２７Ｓ、Ｌ５２８ＳおよびＬ５２９Ｓ（それぞれ配列番号９７および９８、９９、９９、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５および１０６）の配列は、公知の遺伝子を示すことが見出された。Ｌ５２０Ｓの決定した全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号１１３で提供し、対応するアミノ酸配列を配列番号１１４で提供する。続くマイクロアレイ分析によって、Ｌ５２０Ｓは肺扁平上皮腫瘍に加えて乳房腫瘍で過剰発現していることが示された。
さらなる分析によって、Ｌ５２９Ｓ（配列番号１０６および１１５）、Ｌ５２５Ｓ（配列番号１０２および１２０）およびＬ５２７Ｓ（配列番号１０４）は、細胞骨格構成成分であり、そして潜在的な扁平上皮細胞特異的タンパク質であることが示された。Ｌ５２９Ｓはコネキシン２６、ギャップ接合（ジャンクション）タンパク質である。それは、９６８８Ｔと呼ばれる１つの肺扁平上皮腫瘍で高度に発現しており、そして他の２つで中程度に過剰発現していることが見出された。しかし、コネキシン２６のより低レベルの発現は、正常な皮膚、結腸、肝臓および胃でも検出可能である。いくつかの乳房腫瘍におけるコネキシン２６の過剰発現が報告されており、そして変異型のＬ５２９Ｓが、肺腫瘍における過剰発現を引き起こし得る。Ｌ５２５Ｓは、プラコフィリン（ｐｌａｋｏｐｈｉｌｉｎ）１という皮膚のプラークを有する接着結合で見出されるデスモソームタンパク質である。Ｌ５２５Ｓ ｍＲＮＡの発現レベルは、試験した４つの肺扁平上皮腫瘍のうち３つにおいて、および正常皮膚において高度に上昇していた。Ｌ５２７Ｓは、ケラチン６アイソフォーム、ＩＩ型５８Ｋｄケラチンおよびサイトケラチン１３として同定され、そして扁平上皮腫瘍で過剰発現を示し、そして正常皮膚、乳房、および結腸組織で低い発現を示す。ケラチンおよびケラチン関連遺伝子は、ＣＹＦＲＡ２．１を含む肺癌の潜在的なマーカーとして、広く文献で記録されている（Ｐａｓｔｏｒ Ａ．ら、Ｅｕｒ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｊ．、１０：６０３〜６０９、１９９７）。Ｌ５１３Ｓ（配列番号８７および８８）は、試験したいくつかの腫瘍組織において中程度の過剰発現を示し、そして尋常性天疱瘡抗原として最初に単離されたタンパク質をコードする。
Ｌ５２０Ｓ（配列番号９５および９６）およびＬ５２１Ｓ（配列番号９７および９８）は、肺扁平上皮腫瘍において高度に発現されており、Ｌ５２０Ｓは正常唾液腺でアップレギュレートされており、そしてＬ５２１Ｓは正常皮膚で過剰発現されている。どちらも小さいプロリンリッチタンパク質のファミリーに属し、そして完全に分化した扁平上皮細胞のマーカーを示す。Ｌ５２１Ｓは、肺扁平上皮腫瘍の特異的マーカーとして記載された（Ｈｕ，Ｒ．ら、Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ、２０：２５−３０、１９９８）。Ｌ５１５Ｓ（配列番号１６２）は、ＩＧＦ−β２をコードし、そしてＬ５１６Ｓはアルドース還元酵素ホモログである。どちらも肺扁平上皮腫瘍および正常結腸において中程度に発現されている。特に、Ｌ５１６Ｓ（配列番号９１および９２）は、原発性肺腺癌ではなく転移性腫瘍においてアップレギュレートされており、転移における潜在的な役割および潜在的な予後マーカーを示す。Ｌ５２２Ｓ（配列番号９９）は、肺扁平上皮腫瘍において中程度に過剰発現されており、正常組織において最低限に発現されている。Ｌ５２２Ｓは、クラスＩＶアルコールデヒドロゲナーゼ、ＡＤＨ７に属することが示され、そしてその発現プロファイルは、それが扁平上皮細胞特異的抗原であることを示唆する。Ｌ５２３Ｓ（配列番号１００）は、肺扁平上皮腫瘍、ヒト膵癌細胞株および膵癌組織において中程度に過剰発現しており、この遺伝子が膵臓と肺の扁平上皮細胞癌との間で共通の抗原であり得ることを示唆する。
Ｌ５２４Ｓ（配列番号１０１）は、試験した大部分の扁平上皮腫瘍で過剰発現しており、そして白血病、前立腺癌および乳癌のような悪性腫瘍に関連する体液性高カルシウム血症を引き起こすことがよく知られている、上皮小体ホルモン関連ペプチド（ＰＴＨｒＰ）と相同である。ＰＴＨｒＰはまた、肺の扁平上皮癌と最も一般に関連しており、そして肺腺癌との関連はまれであると考えられている（Ｄａｖｉｄｓｏｎ，Ｌ．Ａ．ら、Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．、１７８：３９８−４０１、１９９６）。Ｌ５２８Ｓ（配列番号１０５）は、２つの肺扁平上皮腫瘍において高度に過剰発現しており、他の２つの扁平上皮腫瘍、１つの肺腺癌、および皮膚、リンパ節、心臓、胃および肺を含むいくつかの正常組織において中程度に発現している。これは、メラニン細胞特異的遺伝子Ｐｍｅｌ１７の前駆体と類似のＮＭＢ遺伝子をコードする。Ｐｍｅｌ１７は、低転移性の潜在的黒色腫細胞株で選択的に発現することが報告されている。これは、Ｌ５２８Ｓが、黒色腫および肺扁平上皮細胞癌の両方において共通の抗原であり得ることを示唆する。Ｌ５２６Ｓ（配列番号１０３）は、試験した全ての肺扁平上皮細胞腫瘍組織において過剰発現しており、そしてある遺伝子（ＡＴＭ）と相同性を共有することが示された。ここで突然変異は、他の症状の中でも癌への素因を生じるヒトの遺伝的疾患である、毛細血管拡張性運動失調を引き起こす。ＡＴＭは、ｐ５３分子の直接結合およびリン酸化によって、ｐ５３媒介性の細胞周期チェックポイントを活性化するタンパク質をコードする。約４０％の肺癌が、ｐ５３の突然変異と関連しており、そしてＡＴＭの過剰発現はｐ５３機能損失の代償の結果であると推察される。しかし、過剰発現が肺扁平上皮細胞癌の結果の原因であるかどうかは未知である。さらに、Ｌ５２６Ｓ（ＡＴＭ）の発現はまた、転移性腺癌で検出されるが肺腺癌では検出されず、転移における役割を示唆する。
Ｌ５２３Ｓ（配列番号１７５）の発現を、上記で記載したようにリアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって試験した。肺扁平上皮腫瘍のパネルを用いた最初の研究では、Ｌ５２３Ｓは、４／７の肺扁平上皮腫瘍、２／３の頭部および頸部の扁平上皮腫瘍および２／２の肺腺癌において発現していることが見出され、骨格筋、軟口蓋および扁桃において低レベルの発現が観察された。肺腺癌パネルを用いた２番目の研究では、Ｌ５２３Ｓの発現は、４／９の原発性腺癌、２／２の肺胸水、１／１の転移性肺腺癌、および２／２の肺扁平上皮腫瘍において観察され、正常組織においてはほとんど発現が観察されなかった。
肺腫瘍および様々な正常組織におけるＬ５２３Ｓの発現を、標準的な技術を用いてノーザンブロット分析によっても試験した。最初の研究では、Ｌ５２３Ｓは、多くの肺腺癌および扁平上皮細胞癌ならびに正常扁桃において発現していることが見出された。正常肺においては、発現は観察されなかった。Ｃｌｏｎｔｅｃｈからの正常組織ブロット（ＨＢ−１２と呼ばれる）を用いた２番目の研究では、脳、骨格筋、結腸、胸腺、脾臓、腎臓、肝臓、小腸、肺またはＰＢＭＣにおいて発現は観察されなかったが、胎盤においては強い発現が存在した。
（実施例３）
（ＰＣＲに基づくサブトラクションによる肺腫瘍ポリペプチドの単離および特徴付け）
肺、ＰＢＭＣ、脳、心臓、腎臓、肝臓、膵臓および皮膚を含む８つの正常ヒト組織ｃＤＮＡ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）に対してサブトラクトした、２つのヒト肺扁平上皮腫瘍のプール由来のｃＤＮＡを含む、ｃＤＮＡサブトラクションライブラリーから、８５７個のクローンを誘導し、そして初回のＰＣＲ増幅にかけた。製造業者のプロトコールに従って、このライブラリーでを２回目のＰＣＲ増幅に供した。得られたｃＤＮＡフラグメントを、Ｐ７−Ａｄｖベクター（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）にサブクローニングして、そしてＤＨ５α Ｅ．ｃｏｌｉ（Ｇｉｂｃｏ、ＢＲＬ）へ形質転換した。ＤＮＡを独立したクローンから単離し、そしてＰｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ Ｍｏｄｅｌ ３７３Ａを用いて配列決定した。
１６２個の陽性クローンを配列決定した。これらのクローンのＤＮＡ配列とＥＭＢＬおよびＧｅｎＢａｎｋデータベース中のＤＮＡ配列を上記で記載したような比較は、本明細書中以降コンティグ１３、１６、１７、１９、２２、２４、２９、４７、４９、５６〜５９と呼ばれる、これらのクローンのうち１３個に対する有意な相同性を示さなかった。これらクローンの決定されたｃＤＮＡ配列を、それぞれ配列番号１２５、１２７〜１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４８〜１５０、および１５７に提供する。コンティグ１、３〜５、７〜１０、１２、１１、１５、２０、３１、３３、３８、３９、４１、４３、４４、４５、４８、５０、５３、５４（それぞれ配列番号１１５〜１２４、１２６、１３０、１３４〜１４１、１４３、１４５〜１４７）は、以前に同定されたＤＮＡ配列とある程度相同性を示すことが見出された。コンティグ５７（配列番号１４９）は、１９９８年７月２７日に出願された米国特許出願第０９／１２３，９１２号において開示されたクローンＬ５１９Ｓ（配列番号９４）を示すことが見出された。本発明者らの知る限り、これらの配列が肺腫瘍において差示的に過剰発現していることは以前に示されていない。
肺腫瘍組織、正常肺組織（ｎ＝４）、休止ＰＢＭＣ、唾液腺、心臓、胃、リンパ節、骨格筋、軟口蓋、小腸、大腸、気管支、膀胱、扁桃、腎臓、食道、骨髄、結腸、副腎、膵臓、および皮膚（全てヒト由来）における、代表的なクローンのｍＲＮＡ発現レベルを、上記で記載したようにＲＴ−ＰＣＲによって決定した。上記で記載したようなマイクロアレイ技術を用いて、他に示さなければ各組織型の１つのサンプルにおいて発現レベルを試験した。
コンティグ３（配列番号１１６）は、試験した全ての頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍（１７／１７）において高度に発現しており、そして肺扁平上皮腫瘍の大部分で（８／１２）発現しており（７／１２で高度の発現、２／１２で中程度、そして２／１２で低度）、一方２／４の正常肺組織で陰性の発現、そして残りの２サンプルで低い発現であることが見出された。コンティグ３は、皮膚および軟口蓋で中程度の発現を示し、そして休止ＰＢＭＣ、大腸、唾液腺、扁桃、膵臓、食道、および結腸で低い発現レベルを示した。コンティグ１１（配列番号１２４）は、試験した全ての頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍（１７／１７）において発現していることが見出され、１４／１７の腫瘍で高レベルの発現が見られ、３／１７の腫瘍で中程度レベルの発現が見られた。さらに、３／１２の肺扁平上皮腫瘍において高度の発現が見られ、そして４／１２の肺扁平上皮腫瘍において中程度の発現が見られた。コンティグ１１は、３／４の正常肺サンプルにおいて陰性であり、残りのサンプルは低度の発現しかなかった。コンティグ１１は、唾液腺、軟口蓋、膀胱、扁桃、皮膚、食道、および大腸で低度から中程度の反応性を示した。コンティグ１３（配列番号１２５）は、試験した全ての頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍（１７／１７）において発現していることが見出され、１２／１７では高度の発現、そして５／１７では中程度の発現であった。コンティグ１３は、７／１２の肺扁平上皮腫瘍において発現しており、４／１２で高度の発現、そして３つのサンプルで中程度の発現であった。正常肺サンプルの分析は、２／４で陰性の発現、そして残りの２つのサンプルで低度から中程度の発現を示した。コンティグ１３は、休止ＰＢＭＣ、唾液腺、膀胱、膵臓、扁桃、皮膚、食道および大腸で低度から中程度の反応性を示し、そして軟口蓋で高度の発現を示した。続く全長クローニングの試みは、コンティグ１３（Ｌ７６１Ｐとしても知られる）が、ｈＳｅｃ１０ｐ遺伝子の３’非翻訳領域にマップされることを示した。この遺伝子の全長配列は、配列番号３６８に示され、そしてこれは、配列番号３６９に示されるタンパク質をコードする。
コンティグ１６（配列番号１２７）は、いくつかの頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍（６／１７）および１つの肺扁平上皮腫瘍において中程度に発現していることが見出されたが、試験した正常肺サンプルのいずれにおいても発現を示さなかった。コンティグ１６は、休止ＰＢＭＣ、大腸、皮膚、唾液腺、および軟口蓋に対して低い反応性を示した。コンティグ１７（配列番号１２８）は、試験した全ての頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍（１７／１７）において発現していることが示された（５／１７で高度に発現、そして１２／１７で中程度に発現）。肺扁平上皮腫瘍における発現レベルの決定は、１つの腫瘍サンプルで高度の発現、そして３／１２で中程度レベルの発現を示した。コンティグ１７は、２／４の正常肺サンプルで陰性であり、残りのサンプルは低い発現しか有さなかった。さらに、食道および軟口蓋において低レベルの発現が見出された。コンティグ１９（配列番号１２９）は、試験したほとんどの頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍において（１１／１７）発現していることが見出された；２つのサンプルは高レベルの発現、６／１７は中程度の発現を示し、そして３／１７で低い発現が見出された。肺扁平上皮腫瘍における試験は、３／１２のサンプルにおいて中程度の発現のみを示した。２／４の正常肺サンプルにおける発現レベルは陰性であり、他の２つのサンプルは低い発現しか有さなかった。コンティグ１９は、食道、休止ＰＢＭＣ、唾液腺、膀胱、軟口蓋、および膵臓において低い発現レベルを示した。
コンティグ２２（配列番号１３１）は、試験したほとんどの頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍において（１３／１７）発現していることが示され、これらサンプルのうち４つにおいて高度の発現、６／１７で中程度の発現、そして３／１７で低度の発現を示した。肺扁平上皮腫瘍における発現レベルは、試験した３／１２の組織で中程度から高度であることが見出され、２つの正常肺サンプルにおいては陰性の発現、そして他の２つのサンプルにおいては低度の発現であった（ｎ＝４）。コンティグ２２は、皮膚、唾液腺、および軟口蓋において低度の発現を示した。同様に、コンティグ２４（配列番号１３２）は、試験したほとんどの頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍において（１３／１７）発現していることが示され、これらサンプルのうち３つにおいて高度の発現、６／１７で中程度の発現、そして４／１７で低度の発現を示した。肺扁平上皮腫瘍における発現レベルは、試験した３／１２の組織で中程度から高度であることが見出され、３つの正常肺サンプルにおいては発現が陰性、そして１つのサンプルにおいては低度の発現であった（ｎ＝４）。コンティグ２４は、皮膚、唾液腺、および軟口蓋において低度の発現を示した。コンティグ２９（配列番号１３３）は、試験したほとんど全ての頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍において（１６／１７）発現していた：４／１７で高度に発現、１１／１７で中程度に発現、１つのサンプルで低度に発現していた。また、これは、３／１２の肺扁平上皮腫瘍において中程度に発現していたが、２／４の正常肺サンプルにおいて陰性であった。コンティグ２９は、大腸、皮膚、唾液腺、膵臓、扁桃、心臓および軟口蓋において低度から中程度の発現を示した。コンティグ４７（配列番号１４２）は、試験したほとんどの頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍において（１２／１７）発現していた：１０／１７で中程度の発現、そして２つのサンプルにおいて低度の発現であった。肺扁平上皮腫瘍において、これは、１つのサンプルにおいて高度に発現しており、そして他の２つにおいて中程度に発現していた（ｎ＝１３）。コンティグ４７は、２／４の正常肺サンプルにおいて陰性であり、他の２つのサンプルは中程度の発現を有した。また、コンティグ４７は、大腸および膵臓で中程度の発現を示し、そして皮膚、唾液腺、軟口蓋、胃、膀胱、休止ＰＢＭＣ、および扁桃において低度の発現を示した。
コンティグ４８（配列番号１４３）は、試験した全ての頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍において（１７／１７）発現していた：８／１７で高度の発現、そして７／１７で中程度の発現、２つのサンプルにおいて低度の発現であった。肺扁平上皮腫瘍における発現レベルは、３つのサンプルにおいて高度から中程度であった（ｎ＝１３）。コンティグ４８は、４つの正常肺サンプルのうち１つで陰性であり、残りは低度または中程度の発現を示した。コンティグ４８は、軟口蓋、大腸、膵臓、および膀胱で中程度の発現を示し、そして食道、唾液腺、休止ＰＢＭＣ、および心臓において低度の発現を示した。コンティグ４９（配列番号１４４）は、試験した６／１７の頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍において低度から中程度レベルで発現していた。肺扁平上皮腫瘍における発現レベルは、３つのサンプルにおいて中程度であった（ｎ＝１３）。コンティグ４９は、２／４の正常肺サンプルにおいて陰性であり、残りのサンプルは低度の発現を示した。皮膚、唾液腺、大腸、膵臓、膀胱および休止ＰＢＭＣにおいて中程度の発現を示し、そして軟口蓋、リンパ節、および扁桃において低度の発現を示した。コンティグ５６（配列番号１４８）は、試験した３／１７の頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍において低度から中程度で発現しており、そして肺扁平上皮腫瘍において１３サンプルのうち３つにおいて低度から中程度レベルを示した。特に、１つの腺癌肺腫瘍サンプルにおいて低度の発現レベルが検出された（ｎ＝２）。コンティグ５６は、３／４の正常肺サンプルにおいて陰性であり、そして大腸においてのみ中程度の発現レベルを示し、そして唾液腺、軟口蓋、膵臓、膀胱および休止ＰＢＭＣにおいて低度の発現を示した。Ｌ７６９Ｐとしても知られるコンティグ５８（配列番号１５０）は、試験した１１／１７の頭部および頸部の扁平上皮細胞腫瘍において中程度レベルで発現しており、そして１つのさらなるサンプルにおいて低度の発現であった。肺扁平上皮腫瘍における発現は、１３サンプルのうち３つにおいて低度から中程度レベルを示した。コンティグ５８は、３／４の正常肺サンプルにおいて陰性であり、１つのサンプルは低度の発現を有していた。皮膚、大腸、および休止ＰＢＭＣにおける中程度の発現レベル、そして唾液腺、軟口蓋、膵臓および膀胱において低度の発現が実証された。コンティグ５９（配列番号１５７）は、いくつかの頭部、頸部、および肺の扁平上皮腫瘍において発現していた。コンティグ５９の低レベルの発現は、唾液腺および大腸においても検出された。
Ｌ７６３Ｐとも呼ばれるコンティグ２２の全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号１５８で提供し、対応するアミノ酸配列を配列番号１５９で提供する。Ｌ７６３ＰのリアルタイムＲＴ−ＰＣＲ分析は、３／４の肺扁平上皮腫瘍および４／４の頭部および頸部の扁平上皮腫瘍において高度に発現していることを示し、正常な脳、皮膚、軟口蓋および気管において低レベルの発現が観察された。続くデータベース探索は、配列番号１５８の配列が突然変異を含み、対応するタンパク質配列にフレームシフトを起こしていることを示した。Ｌ７６３Ｐについての２番目のｃＤＮＡ配列を、配列番号３４５で提供し、対応するアミノ酸配列を配列番号３４６で提供する。配列番号１５９および３４６は、配列番号１５９のＣ末端３３アミノ酸を除いて同一である。
Ｌ７６２Ｐと呼ばれる、コンティグ１７、１９、および２４を含む全長ｃＤＮＡ配列を配列番号１６０で提供し、対応するアミノ酸配列を配列番号１６１で提供する。Ｌ７６２Ｐのさらなる分析は、それがＩ型膜タンパク質であることを決定し、そして２つのさらなる改変体を配列決定した。改変体１（配列番号１６７、対応するアミノ酸配列は配列番号１６９）は、配列番号１６０の選択的スプライシング形態であり、５０３ヌクレオチドの欠失、および発現されたタンパク質の短いセグメントの欠失を生ずる。改変体２（配列番号１６８、対応するアミノ酸は配列番号１７０）は、配列番号１６０と比較して３’コード領域に２ヌクレオチドの欠失を有し、発現タンパク質の分泌形態が生ずる。Ｌ７６２ＰのリアルタイムＲＴ−ＰＣＲ分析は、３／４の肺扁平上皮腫瘍および４／４の頭部および頸部の腫瘍において過剰発現していることが示され、正常な皮膚、軟口蓋および気管において低レベルの発現が観察された。
Ｌ７６２Ｐのエピトープは、配列ＫＰＧＨＷＴＹＴＬＮＮＴＨＨＳＬＱＡＬＫ（配列番号３８２）を有するものとして同定され、これは配列番号１６１のアミノ酸５７１〜５９０に対応する。
Ｌ７３３Ｐとも呼ばれる、コンティグ５６（配列番号１４８）の全長ｃＤＮＡ配列を配列番号１７１で、アミノ酸配列を配列番号１７２で提供する。Ｌ７３３Ｐは、遺伝子の３’部分でジヒドロキシルデヒドロゲナーゼと同一であり、異なる５’配列を有することが見出された。結果として、Ｎ末端の６９アミノ酸が独特である。Ｎ末端の６９アミノ酸をコードするｃＤＮＡ配列を、配列番号３４９で提供し、Ｎ末端アミノ酸配列を配列番号３５０で提供する。リアルタイムＰＣＲは、Ｌ７７３Ｐが肺扁平上皮腫瘍および肺腺癌において高度に発現し、正常組織において検出可能な発現がないことを示した。続くＬ７７３Ｐのノーザンブロット分析は、この転写物が扁平上皮腫瘍において差示的に過剰発現しており、そして原発性肺腫瘍組織において約１．６Ｋｂ、ならびに原発性の頭部および頸部の腫瘍組織において約１．３Ｋｂで検出されることを示した。
続くマイクロアレイ分析は、Ｌ７６９Ｓ（配列番号１５０）とも呼ばれるコンティグ５８が、肺扁平上皮腫瘍に加えて乳房腫瘍において過剰発現していることを示した。
（実施例４）
（ＰＣＲに基づくサブトラクションによる肺腫瘍ポリペプチドの単離および特徴付け）
皮膚、結腸、肺、食道、脳、腎臓、脾臓、膵臓、および肝臓を含む９つの正常ヒト組織ｃＤＮＡのプール（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）に対してサブトラクトした、２つのヒト肺原発性腺癌のプール由来のｃＤＮＡを含む、ｃＤＮＡサブトラクションライブラリーから、７６０個のクローンを誘導し、そして初回のＰＣＲ増幅にかけた。このライブラリー（ＡＬＴ−１と呼ばれる）を、製造業者のプロトコールに従って２回目のＰＣＲ増幅に供した。肺腫瘍、正常肺、および種々の他の正常組織および腫瘍組織におけるこれら７６０個のｃＤＮＡクローンの発現レベルを、マイクロアレイ技術（Ｉｎｃｙｔｅ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）を用いて試験した。簡単には、ＰＣＲ増幅産物を、アレイ形式でスライドに点在させ、各産物はアレイにおいて独自の位置を占めた。試験される組織サンプルからｍＲＮＡを抽出し、逆転写し、そして蛍光標識ｃＤＮＡプローブを産生した。このマイクロアレイを標識ｃＤＮＡプローブでプローブし、スライドを走査してそして蛍光強度を測定した。この強度は、ハイブリダイゼーション強度と相関する。全部で１１８個のクローンのうち５５個が独特であり、これらは、肺腫瘍組織において過剰発現していることが見出され、試験した正常組織（肺、皮膚、リンパ節、結腸、肝臓、膵臓、乳房、心臓、骨髄、大腸、腎臓、胃、脳、小腸、膀胱および唾液腺）における発現は検出不可能であるか、または有意に低レベルであるかのいずれかであった。配列番号４２０（クローン＃１９０１４）で提供される配列を有する、これらクローンのうちの１つは、以前に同定されたクローン、Ｌ７７３Ｐとの相同性を示す。クローンＬ７３３Ｐは、配列番号１７１で提供される全長ｃＤＮＡ配列および配列番号１７２で提供されるアミノ酸配列を有する。クローン＃１９０１４の単離は、１９９９年４月２日に出願された、同時継続中の米国特許出願第０９／２８５，４７９号においても記載されている。
（実施例５）
（ポリペプチドの合成）
ポリペプチドを、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ ４３０Ａペプチド合成機で、ＨＰＴＵ（Ｏ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロリン酸（Ｏ−Ｂｅｎｚｏｔｒｉａｚｏｌｅ−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−ｔｅｔｒａｍｅｔｈｙｌｕｒｏｎｉｕｍ ｈｅｘａｆｌｕｏｒｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ））活性化を用いるＦＭＯＣ化学を用いて合成し得る。Ｇｌｙ−Ｃｙｓ−Ｇｌｙ配列を、ペプチドのアミノ末端に結合して、結合体化、固定化表面への結合、またはペプチドを標識する方法を提供し得る。固体支持体からのペプチドの切断を、以下の切断混合物を用いて行なう：トリフルオロ酢酸：エタンジチオール：チオアニソール：水：フェノール（４０：１：２：２：３）。２時間切断した後、ペプチドを冷却メチル−ｔ−ブチルエーテル中で沈殿させる。次いで、ペプチドペレットを、０．１％のトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を含む水中に溶解させ、そしてＣ１８逆相ＨＰＬＣによる精製の前に凍結乾燥させる。水（０．１％のＴＦＡを含む）中の０％〜６０％のアセトニトリル（０．１％のＴＦＡを含む）の勾配を使用して、ペプチドを溶出し得る。純粋画分の凍結乾燥後、ペプチドをエレクトロスプレーまたは他の型の質量分析を用いて、そしてアミノ酸分析によって特徴づけする。
（実施例６）
（肺ガン抗原に対する抗体の調製）
肺ガン抗原Ｌ５１４Ｓ、Ｌ５２８Ｓ、Ｌ５３１Ｓ、Ｌ５２３Ｓ、およびＬ７７３Ｐ（それぞれ、配列番号１５５、２２５、１１２、１７６、および１７１）に対するポリクローナル抗体を、以下のように調製した。
ウサギを、以下に記載するようにＥ．ｃｏｌｉ中で発現させそして精製した組換えタンパク質で免疫した。初回免疫のために、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）と混合した４００μｇの抗原を皮下（Ｓ．Ｃ．）注射した。動物を、不完全なフロイトのアジュバント（ＩＦＡ）と混合した２００μｇの抗原を用いて、４週間後にＳ．Ｃ．で追加免疫した。高抗体力価の応答を導くために必要である場合には、続くＩＦＡと混合した１００μｇの抗原の追加免疫をＳ．Ｃ．で注射した。免疫したウサギから採血した血清を、精製したタンパク質を用いるＥＬＩＳＡアッセイを使用して抗原特異的反応性について試験した。Ｌ５１４Ｓ、Ｌ５２８Ｓ、Ｌ５３１Ｓ、Ｌ５２３Ｓ、およびＬ７７３Ｐに対するポリクローナル抗体を、固体支持体に付着させた精製したタンパク質を使用して、高力価のポリクローナル血清から親和性精製した。
Ｌ５１４Ｓに対するポリクローナル抗体を使用する免疫組織化学的分析を、５個の肺腫瘍のサンプル、５個の正常な肺組織のサンプル、および正常な結腸、腎臓、肝臓、脳、および骨髄のパネルについて行った。詳細には、組織サンプルを２４時間の間ホルマリン溶液中で固定し、そしてパラフィン中に包埋し、その後１０ミクロンの切片に薄切りにした。組織切片を浸透性にし、そして抗体とともに１時間インキュベートした。ＨＲＰ標識抗マウス、続いてＤＡＢ色素原とのインキュベーションを、Ｌ５１４Ｓ免疫反応性を視覚化するために使用した。Ｌ５１４Ｓは、肺腫瘍組織中で高く発現され、正常な肺、脳、または骨髄中ではわずかな発現が観察されるかまたは発現が観察されないことを見出した。明るい染色を、結腸（上皮クリプト細胞陽性）および腎臓（細管陽性）中で観察した。染色は、正常な肝臓中で見られたが、ｍＲＮＡはこの組織中では検出されていないので、この結果は疑わしい。
同じ手順を使用して、Ｌ５２８Ｓに対するポリクローナル抗体を使用した免疫組織化学的分析によって、肺腫瘍および正常な肺サンプル中の染色、結腸および腎臓中の明るい染色、そして肝臓および心臓中は染色されないことを実証した。
Ｌ５３１Ｓに対するポリクローナル抗体を使用する免疫組織化学的分析によって、肺腫瘍サンプル中の染色、ほとんどの正常な肺サンプル中の明るい膜染色、結腸中の上皮染色、腎臓の小管染色、肝臓中の管上皮染色を、そして心臓中は染色されないことを実証した。
Ｌ５２３Ｓに対するポリクローナル抗体を使用する免疫組織化学的分析によって、試験した全ての肺ガン（癌）サンプル中の染色を実証したが、正常な肺、腎臓、肝臓、結腸、骨髄、または小脳中は染色されなかった。
Ｌ７６２Ｐ（配列番号１６９および１７０）に対するポリクローナル抗血清の作成を、以下のように行った。４００μｇの肺抗原を、１００μｇのムラミルジペプチド（ＭＤＰ）と混合した。等量の不完全なフロイトのアジュバント（ＩＦＡ）を添加し、次いで乳濁物が形成されるまで混合した。ウサギに皮下（Ｓ．Ｃ．）注射した。４週間後、動物に、等量のＩＦＡと混合した２００μｇの抗原をＳ．Ｃ．注射した。４週間ごとに、動物を１００μｇの抗原で追加免疫した。それぞれの追加免疫の７日後に、動物を放血させた。血液を４℃で１２〜２４時間の間インキュベートし、その後遠心分離することによって、血清を作成した。
ポリクローナル抗血清の特徴付けを、以下のように行った。９６ウェルプレートを、５０μｌ（典型的には、１μｇ）の抗原を用いて、４℃で２０時間の間インキュベートすることによってコートした。２５０μｌのＢＳＡブロッキング緩衝液をウェルに添加し、そして室温で２時間インキュベートした。プレートを、ＰＢＳ／０．０１％ Ｔｗｅｅｎで６回洗浄した。ウサギ血清をＰＢＳ中に稀釈し、そして５０μｌの稀釈した血清をそれぞれのウェルに添加し、そして室温で３０分間インキュベートした。プレートを上記のように洗浄し、その後、１：１００００希釈の５０μｌのヤギ抗ウサギ西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）の添加、および室温で３０分間のインキュベーションを行った。プレートを上記のように洗浄し、そして１００μｌのＴＭＢマイクロウェルペルオキシダーゼ基質（ＴＭＢ Ｍｉｃｒｏｗｅｌｌ Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ）をそれぞれのウェルに添加した。室温で暗所での１５分のインキュベーション後、比色定量反応を、１００μｌの１ＮのＨ２ＳＯ４を用いて停止させ、そして直ちに４５０ｎｍで読み取った。抗血清は、抗原Ｌ７６２Ｐに対して強い反応性を示した。
Ｌ７６２Ｐに対するポリクローナル抗体を使用する免疫組織化学的分析によって、試験した全ての肺ガンサンプル中の染色、正常な肺の細気管支上皮中のいくらか明るい染色、腎臓中の細管染色、結腸中の明るい上皮染色を、そして心臓または肝臓中は染色されないことを実証した。
種々の組織中でのＬ７７３Ｐタンパク質の発現を評価するために、免疫組織化学的（ＩＨＣ）分析を、親和性精製したＬ７７３Ｐポリクローナル抗体を使用して行った。簡潔には、組織サンプルを１２〜２４時間の間ホルマリン溶液中で固定し、そしてパラフィン中に包埋し、その後８ミクロンの切片へと薄切りにした。０．１Ｍのクエン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ６．０）中の蒸気熱で誘導したエピトープ読み出し（ｓｔｅａｍ ｈｅａｔ ｉｎｄｕｃｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅ ｒｅｔｒｉｅｖａｌ（ＳＨＩＥＲ））を、最適な染色条件に使用した。切片を１０％の血清／ＰＢＳとともに５分間インキュベートした。一次抗体を、示した濃度で２５分間それぞれの切片に対して添加し、その後、抗ウサギまたは抗マウスビオチニル化抗体のいずれかとともに２５分間インキュベートした。内因性のペルオキシダーゼ活性を、過酸化水素との３回の１．５分間のインキュベーションによってブロックした。アビジンビオチン複合体／西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＡＢＣ／ＨＲＰ）システムを、Ｌ７７３Ｐの発現を視覚化するために、ＤＡＢ色素原とともに使用した。スライドを、細胞核を視覚化するためにヘマトキシリンで対比染色した。このアプローチを使用して、Ｌ７７３Ｐタンパク質を、８個の肺腫瘍のうちの６個、６個の正常な肺サンプルのうちの４個（いくつかの場合には非常に明るい染色）、１個の腎臓サンプルのうちの１個（非常に明るい染色）、１個の心臓サンプルのうちの０個、１個の結腸サンプルのうちの１個（非常に明るい染色）、および１個の肝臓サンプルのうちの０個において検出した。
（実施例７）
（マウスのペプチドプライミングおよびＣＴＬ株の増殖）
ＨＬＡ−Ａ２／Ｋｂ拘束ＣＤ８＋Ｔ細胞についての肺ガン抗原Ｌ７６２Ｐ（配列番号１６１）に由来する免疫原性ペプチドを、以下のように同定した。
肺がん抗原Ｌ７６２Ｐ（配列番号１６１）中のＨＬＡ−Ａ２結合ペプチドの位置を、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１についての既知のペプチド結合モチーフ（Ｒｕｐｅｒｔら（１９９３）Ｃｅｌｌ ７４：９２９；Ｒａｍｍｅｎｓｅｅら（１９９５）Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ４１：１７８−２２８）に対して合わせることによって、おそらくＨＬＡ−Ａ＊０２０１に対してであるペプチド配列を推定するコンピュータープログラムを使用して推定した。推定のＨＬＡ−Ａ＊０２０１結合ペプチドの選択したサブセットに対応している一連の１９個の合成ペプチドを、上記のように調製した。
ヒトＨＬＡ Ａ２／Ｋｂについてのトランスジーン（導入遺伝子）を発現しているマウス（Ｌ．Ｓｈｅｒｍａｎ博士、Ｔｈｅ Ｓｃｒｉｐｐｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡによって提供された）を、以下の改変を伴って、Ｔｈｅｏｂａｌｄら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９２：１１９９３−１１９９７、１９９５に記載されているように、合成ペプチドで免疫した。マウスを、不完全なフロイトのアジュバント中に乳濁化したＢ型肝炎ウイルスタンパク質に由来する５０μｇのＬ７６２Ｐペプチドおよび１２０μｇのＩ−Ａｂ結合ペプチドで免疫した。３週間後、これらのマウスを屠殺し、そして単細胞懸濁物を調製した。次いで、細胞を、１０％のＦＣＳ、２ｍＭのグルタミン（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ）、ピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ）、非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ）、２×１０−５Ｍの２−メルカプトエタノール、５０Ｕ／ｍｌのペニシリンおよびストレプトマイシンを含有している完全培地（ＲＰＭＩ−１６４０；Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）中に７×１０６細胞／ｍｌで再懸濁し、そして放射線照射した（３０００ｒａｄ）Ｌ７６２Ｐペプチド−（５μｇ／ｍｌ）および１０ｍｇ／ｍｌのＢ２−ミクログロブリン−（３μｇ／ｍｌ）ＬＰＳブラスト（ｂｌａｓｔｓ）（７μｇ／ｍｌの硫酸デキストランおよび２５μｇ／ｍｌのＬＰＳの存在下で３日間培養したＡ２トランスジェニック脾臓細胞）の存在下で培養した。６日後、細胞（５×１０５／ｍｌ）を２．５×１０６／ｍｌのペプチドでパルスした（ｐｕｌｓｅｄ）放射線照射した（２０，０００ｒａｄ）ＥＬ４Ａ２Ｋｂ細胞（Ｓｈｅｒｍａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５８：８１５−８１８、１９９２）および５×１０６／ｍｌの放射線照射した（３０００ｒａｄ）Ａ２／Ｋｂ−トランスジェニック脾臓フィーダー（ｆｅｅｄｅｒ）細胞で再刺激した。細胞を、１０Ｕ／ｍｌのＩＬ−２の存在下で培養した。細胞を、株のクローニングのための調製において、記載するように１週間の基準で再刺激した。
ペプチド特異的細胞株を、刺激因子として放射線照射した（２０，０００ｒａｓ）Ｌ７６２ＰペプチドでパルスしたＥＬ４ Ａ２Ｋｂ腫瘍細胞（１×１０４細胞／ウェル）を、そして１０Ｕ／ｍｌのＩＬ−２の存在下で増殖させたフィーダー（５×１０５細胞／ウェル）として放射線照射した（３０００ｒａｄ）Ａ２／Ｋｂトランスジェニック脾臓細胞を用いて、限界稀釈分析によってクローニングした。７日目に、細胞を使用前に再刺激した。１４日目に、増殖しているクローンを単離し、そして培養物中で維持した。
ペプチドＬ７６２Ｐ−８７（配列番号２２６；配列番号１６１のアミノ酸８７〜９５に対応している）、Ｌ７６２−１４５（配列番号２２７；配列番号１６１のアミノ酸１４５−１５３に対応している）、Ｌ７６２Ｐ−５８５（配列番号２２８；配列番号１６１のアミノ酸５８３−５９３に対応している）、Ｌ７６２Ｐ−４２５（配列番号２２９；配列番号１６１のアミノ酸４２５−４３３に対応している）、Ｌ７６２Ｐ（１０）−４２４（配列番号２３０；配列番号１６１のアミノ酸４２４−４３３に対応している）、およびＬ６５２Ｐ（１０）−４５８（配列番号２３１；配列番号１６１のアミノ酸４５８−４６７に対応している）について特異的な細胞株は、対照のペプチドでパルスしたＥＬ４−Ａ２／Ｋｂ腫瘍標的細胞よりも、Ｌ７６２ＰペプチドでパルスしたＥＬ４−Ａ２／Ｋｂ腫瘍標的細胞に対して有意に高い反応性（特異的溶解の割合によって測定した場合）を実証した。
（実施例８）
（肺ガン抗原Ｌ７６２Ｐに由来するＣＤ４免疫原性細胞エピトープの同定）
抗原Ｌ７６２Ｐ（配列番号１６１）に特異的なＣＤ４ Ｔ細胞株を、以下のように作成した。
Ｌ７６２Ｐ配列の約５０％にまたがる、一連の２８個の重複しているペプチドを合成した。準備刺激のために、ペプチドを４〜５個のペプチドのプールに組み合わせ、２４時間の間、樹状細胞へと２０μｇ／ｍｌでパルスした。次いで、樹状細胞を洗浄し、そして９６ウェルＵ底プレート中で陽性選択したＣＤ４＋ Ｔ細胞と混合した。４０個の培養物を、それぞれのペプチドプールについて作成した。培養物を、ペプチドプールで充填した新しい樹状細胞を用いて毎週再刺激した。全部で３回の再刺激サイクルの後、細胞をさらに１週間休ませ、そしてインターフェロン−γ ＥＬＩＳＡおよび増殖アッセイを使用して、ペプチドプールでパルスした抗原提示細胞（ＡＰＣ）に対する特異性について試験した。これらのアッセイのために、関連ペプチドプールまたは無関係なペプチドのいずれかとともに充填した接着性の単球を、ＡＰＣとして使用した。サイトカインの放出および増殖の両方によってＬ７６２Ｐペプチドプールを特異的に認識するようであるＴ細胞株を、それぞれのプールについて同定した。増殖応答を有するＴ細胞を同定することに重点を置いた。Ｌ７６２Ｐ特異的サイトカインの分泌および増殖の両方、または強力な増殖のみのいずれかを示したＴ細胞株をプールからの個々のペプチドの認識について、ならびに組換えＬ７６２Ｐの認識について試験するために、さらに拡大させた。組換えＬ７６２Ｐの供給源は、Ｅ．ｃｏｌｉであり、そして材料を部分的に精製し、そしてこれらは内毒素陽性であった。これらの研究は、１０μｇの個々のペプチド、１０または２μｇの無関係なペプチド、および２または０．５μｇのＬ７６２Ｐタンパク質または無関係な同等の不純物のいずれか、Ｅ．ｃｏｌｉから生成させた組換えタンパク質を使用した。有意なインターフェロン−γの産生およびＣＤ４ Ｔ細胞の増殖が、それぞれのプール中の多数のＬ７６２Ｐ由来ペプチドによって誘導された。これらのペプチドのアミノ酸配列を、配列番号２３２〜２５１に提供する。これらのペプチドは、それぞれ、配列番号１６１の、アミノ酸６６１〜６８０、６７６〜６９６、５２６〜５４５、８７４〜８９３、８１１〜８３０、８７１〜８９１、８５６〜８７５、８２６〜８４５、７９５〜８１５、７３６〜７５５、７０６〜７２５、７０６〜７２５、６９１〜７１０、６０１〜６２０、５７１〜５９０、５５６〜５７５、６１６〜６３５、６４６〜６６５、６３１〜６５０、５４１〜５６０、および５８６〜６０５に対応した。
個々のＬ７６２Ｐ由来ペプチドに特異性を示したＣＤ４ Ｔ細胞株をさらに、１０μｇ／ｍｌの関連ペプチドでの刺激によって拡大させた。刺激の２週間後、Ｔ細胞株を、増殖および特異的ペプチドの認識についてのＩＦＮγ ＥＬＩＳＡアッセイの両方を使用して試験した。多数の以前に同定されたＴ細胞は、Ｌ７６２Ｐペプチド特異的活性を示し続けた。これらの株のそれぞれをさらに、関連ペプチドについて拡大し、そして拡大の２週間後に、滴定実験においてＬ７６２Ｐペプチドの特異的認識について、ならびに組換えＥ．ｃｏｌｉ由来Ｌ７６２Ｐタンパク質の認識について試験した。これらの実験のために、自己由来の接着性の単球を、関連するＬ７６２Ｐ由来ペプチド、無関係なマンマグロビン（ｍａｍｍａｇｌｏｂｉｎ）由来ペプチド、組換えＥ．ｃｏｌｉ由来Ｌ７６２Ｐ（約５０％純度）、または無関係なＥ．ｃｏｌｉ由来タンパク質のいずれかで、パルスした。Ｔ細胞株の大部分が関連ペプチドについて低い親和性を示すことを見出した。なぜなら、特異的増殖およびＩＦＮγ比は、Ｌ７６２ペプチドが稀釈されるにつれて劇的に減少したからである。しかし、０．１μｇ／ｍｌのペプチドでもなお有意な活性を示した４個の株を同定した。これらの株のそれぞれ（Ａ／Ｄ５、Ｄ／Ｆ５、Ｅ／Ａ７、およびＥ／Ｂ６と呼ぶ）はまた、Ｅ．ｃｏｌｉ由来Ｌ７６２Ｐタンパク質調製物に応答して（しかし、無関係なタンパク質調製物には応答しない）特異的に増殖するようであった。これらの株によって認識されるＬ７６２Ｐ由来ペプチドのアミノ酸配列を、それぞれ、配列番号２３４、２４９、２３６、および２４５に提供する。非タンパク質特異的ＩＦＮγを、いずれかの株について検出した。株Ａ／Ｄ５、Ｅ／Ａ７、およびＥ／Ｂ６を、０．１μｇ／ｍｌ（Ａ／Ｄ５およびＥ／Ａ７）または１（Ｄ／Ｆ５）μｇ／ｍｌの関連ペプチドでパルスした自己由来の接着性の単球についてクローニングした。増殖後、クローンを、関連ペプチドに対する特異性について試験した。関連ペプチドに特異的な多数のクローンを、株Ａ／Ｄ５およびＥ／Ａ７について同定した。
（実施例９）
（肺腫瘍特異的抗原のタンパク質発現）
ａ）Ｅ．ｃｏｌｉ中でのＬ５１４Ｓの発現
肺腫瘍抗原Ｌ５１４Ｓ（配列番号８９）を、発現ベクターｐＥ３２ｂ中のＮｃｏＩおよびＮｏｔＩ部位にサブクローニングし、そして標準的な技術を使用してＥ．ｃｏｌｉに形質転換した。配列番号８９の残基３〜１５３までのタンパク質を発現させた。発現させたアミノ酸配列および対応するＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号２５２および２５３に提供する。
ｂ）Ｌ７６２Ｐの発現
６×Ｈｉｓ Ｔａｇを有する、肺腫瘍抗原Ｌ７６２Ｐ（配列番号１６１）のアミノ酸３２〜９４４を、カナマイシン耐性を使用して改変型ｐＥＴ２８発現ベクターにサブクローニングし、そして標準的な技術を使用してＢＬ２１ ＣｏｄｏｎＰｌｕｓ中に形質転換した。低程度〜中程度の発現レベルを観察した。Ｌ７６２Ｐ発現構築物の決定したＤＮＡ配列を、配列番号２５４に提供する。
（実施例１０）
（Ｌ７６２Ｐペプチド特異的応答についてのＭＨＣクラスＩＩ拘束対立遺伝子の同定）
ＨＬＡ不適合抗原提示細胞（ＡＰＣ）のパネルを、Ｌ７６２Ｐペプチドおよび組換えタンパク質を認識した株に由来するＣＤ４ Ｔ細胞クローンのＬ７６２ペプチド特異的応答についての、ＭＨＣクラスＩＩ拘束対立遺伝子を同定するために使用した。２つの株ＡＤ−５およびＥＡ−７に由来するクローンを、以下に記載するように試験した。ＡＤ−５に由来するクローンが、ＨＬＡ−ＤＲＢ−１１０１対立遺伝子によって拘束されることを見出し、そしてＥＡ−７に由来するクローンが、ＨＬＡ−ＤＲＢ−０７０１またはＤＱＢ１−０２０２対立遺伝子によって拘束されることを見出した。拘束対立遺伝子の同定は、関連するクラスＩＩ対立遺伝子を発現する個体に対する、定義されたペプチドを使用するワクチン治療の標的化を可能にする。関連する拘束対立遺伝子の知見はまた、関連対立遺伝子を発現する個体のみがモニターされるので、定義されたペプチドに対する応答についての臨床的なモニタリングを可能にする。
株ＡＤ−５およびＥＡ−７に由来するＣＤ４ Ｔ細胞クローンを、１０μｇ／ｍｌの特異的ペプチドでパルスした自己由来ＡＰＣについて刺激し、そして自己由来ＡＰＣ（ドナーＤ７２に由来する）の認識について、ならびにクラスＩＩ対立遺伝子でＤ７２と部分的に適合するＡＰＣのパネルに対して試験した。表２は、試験したＰＡＣのＨＬＡクラス型を示す。４個の異なるドナーに由来する接着性の単球（２時間の接着によって作成した）（Ｄ４５、Ｄ１８７、Ｄ２０８、およびＤ３２６と呼ぶ）を、これらの実験においてＡＰＣとして使用した。自己由来のＡＰＣはこの実験には含まなかった。ＡＰＣのそれぞれを、関連ペプチド（ＡＤ−５については５ａ、そして３Ａ−７については３ｅ）で、または１０μｇ／ｍｌの無関係なマンモグロビンペプチドでパルスし、そして培養物を１０，０００ Ｔ細胞について、そして約２０，０００ ＡＰＣ／ウェルで確立した。表３に示すように、特異的増殖およびサイトカインの産生は、部分的に適合したドナー細胞をＡＰＣとして使用した場合にのみ検出され得た。ＭＨＣ型分析に基づくと、これらの結果は、ＡＤ−５に由来するクローンのＬ７６２特異的応答についての拘束対立遺伝子がＨＬＡ−ＤＲＢ−１１０１であり、そしてＥＡ−７に由来するクローンについては拘束対立遺伝子は、ＨＬＡ ＤＲＢ−０７０１またはＤＱＢ１−０２０２であることを強く示唆する。
Figure 2010227112
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（実施例１１）
（Ｌ７６３ＰのＮ末端およびＣ末端部分の融合タンパク質）
別の実施形態においては、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓに由来するポリヌクレオチド（Ｒａ１２と呼ばれる）を、本発明のポリヌクレオチドの少なくとも免疫原性部分に連結する。Ｒａ１２組成物および異種ポリヌクレオチド配列の発現を増強することにおけるそれらの使用のための方法は、米国特許出願番号第６０／１５８，５８５号に記載されている。その開示は、その全体において本明細書中で参考として援用される。簡潔には、Ｒａ１２は、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ ＭＴＢ３２Ａ核酸の配列であるポリヌクレオチド領域をいう。ＭＴＢ３２Ａは、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｉｏｓｉｓの毒性株および無毒性株中の遺伝子によってコードされる３２ＫＤの分子量のセリンプロテアーゼである。ＭＴＢ３２Ａのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列は、記載されている（例えば、米国特許出願番号第６０／１５８，５８５号；本明細書中で参考として援用されている、Ｓｋｅｉｋｙら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎ．（１９９９）６７：３９９８−４００７をもまた参照のこと）。驚くべきことに、ＭＴＢ３２Ａをコードする配列の１４ｋＤのＣ末端フラグメントが、それ自身を高レベルで発現させ、そして精製工程を通じて可溶性のタンパク質として残ることを発見した。さらに、このフラグメントは、それとともに融合されると、異種抗原性ポリペプチドの免疫原性を増強し得る。ＭＴＢ３２Ａのこの１４ＫＤのＣ末端フラグメントは、本明細書中でＲａ１２と呼ばれ、そしてＭＴＢ３２Ａのアミノ酸残基１９２〜３２３のいくつかまたは全てを含有しているフラグメントを提示する。
Ｒａ１２ポリペプチドおよび目的の異種肺腫瘍ポリペプチドを含有している融合ポリペプチドをコードする組換え核酸は、従来の遺伝子操作技術によって容易に構築され得る。組換え核酸は、好ましくは、Ｒａ１２ポリペプチド配列が、選択される異種肺腫瘍ポリヌクレオチド配列に対して５’の位置になるように構築される。選択される異種ポリヌクレオチド配列に対して３’にＲａ１２ポリヌクレオチド配列を配置するか、またはＲａ１２ポリヌクレオチド配列内の部位に異種ポリヌクレオチド配列を挿入することもまた、適切であり得る。
さらに、Ｒａ１２またはその一部またはその他の変異体をコードする任意の適切なポリヌクレオチドが、Ｒａ１２、および本明細書中で開示する１つ以上の肺腫瘍ポリヌクレオチドを含有している組換え融合ポリヌクレオチドを構築することにおいて使用され得る。好ましいＲａ１２ポリヌクレオチドは、一般的には、Ｒａ１２ポリペプチドの一部をコードする、少なくとも約１５個の連続するヌクレオチド、少なくとも約３０個のヌクレオチド、少なくとも約６０個のヌクレオチド、少なくとも約１００個のヌクレオチド、少なくとも約２００個のヌクレオチド、または少なくとも約３００個のヌクレオチドを含む。
Ｒａ１２ポリヌクレオチドは、天然の配列（すなわち、Ｒａ１２ポリペプチドまたはその一部をコードする内因性配列）を含み得るか、またはそのような配列の変異体を含み得る。Ｒａ１２ポリヌクレオチド変異体は、コードされる融合ポリペプチドの生物学的活性が、天然のＲａ１２ポリペプチドを含有している融合ポリペプチドと比較して実質的に減少させられないような、１つ以上の置換、付加、欠失、および／または挿入を含み得る。変異体は好ましくは、天然のＲａ１２ポリペプチドまたはその一部をコードするポリヌクレオチド配列に対して、少なくとも約７０％の同一性、より好ましくは、少なくとも約８０％の同一性、そして最も好ましくは、少なくとも約９０％の同一性を示す。
Ｒａ１２と本発明の抗原との間での融合の２つの特異的な実施形態を、本実施例で記載する。
（Ａ．Ｌ７６３ＰのＮ末端部分）
全長のＲａ１２とＬ７６３ＰのＮ末端部分（Ｌ７６３Ｐ−Ｎと呼ぶ；配列番号１５９のアミノ酸残基１〜１３０）との融合タンパク質を、Ｅ．ｃｏｌｉ中で単一の組換えタンパク質として発現させた。Ｎ末端部分のｃＤＮＡを、全長のＬ７６３ＰのｃＤＮＡ、ならびにプライマーＬ７６３Ｆ３（５’ＣＧＧＣＧＡＡＴＴＣＡＴＧＧＡＴＴＧＧＧＧＧＡＣＧＣＴＧＣ；配列番号３８３）および１７６３ＲＶ３（５’ＣＧＧＣＣＴＣＧＡＧＴＣＡＣＣＣＣＴＣＴＡＴＣＣＧＡＡＣＣＴＴＣＴＧＣ；配列番号３８４）を用いて、ＰＣＲによって得た。予想された大きさを有するＰＣＲ産物をアガロースゲルから回収し、制限酵素ＥｃｏＲＩおよびＸｈｏＩで消化し、そして発現ベクターｐＣＲＸ１中の対応する部位にクローン化した。Ｒａ１２の全長とＬ７６３Ｐ−Ｎとの融合体の配列を、ＤＮＡ配列決定によって確認した。決定したｃＤＮＡ配列を配列番号３５１に、配列番号３５２に提供する対応するアミノ酸配列とともに提供する。
（Ｂ．Ｌ７６３ＰのＣ末端部分）
全長のＲａ１２とＬ６７３ＰのＣ末端部分（Ｌ７６３Ｐ−Ｃと呼ぶ；配列番号１５９のアミノ酸残基１００〜２６２）との融合タンパク質を、Ｅ．ｃｏｌｉ中で単一の組換えタンパク質として発現させた。Ｌ７６３ＰのＣ末端部分のｃＤＮＡを、Ｌ７６３Ｐの全長のｃＤＮＡ、ならびにプライマーＬ７６３Ｆ４（５’ＣＧＧＣＧＡＡＴＴＣＣＡＣＧＡＡＣＣＡＣＴＣＧＣＡＡＧＴＴＣＡＧ；配列番号３８５）およびＬ７６３ＲＶ４（５’ＣＧＧＣＴＣＧＡＧ−ＴＴＡＧＣＴＴＧＧＧＣＣＴＧＴＧＡＴＴＧＣ；配列番号３８６）を用いて、ＰＣＲによって得た。予想された大きさを有するＰＣＲ産物をアガロースゲルから回収し、制限酵素ＥｃｏＲＩおよびＸｈｏＩで消化し、そして発現ベクターｐＣＲＸ１中の対応する部位にクローン化した。全長のＲａ１２とＬ７６３Ｐ−Ｃとの融合体の配列を、ＤＮＡ配列決定によって確認した。決定したＤＮＡ配列を配列番号３５３に、配列番号３５４に提供する対応するアミノ酸配列とともに提供する。
本実施例に記載する組換えタンパク質は、ワクチンの調製、抗体治療、および肺腫瘍の診断に有用である。
（実施例１２）
（Ｌ７６２Ｐ Ｈｉｓタグ融合タンパク質のＥ．ｃｏｌｉ中での発現）
ＰＣＲを、以下のプライマーを用いてＬ７６２Ｐコード領域について行った：
アミノ酸３２で始まる正方向プライマー：
ＰＤＭ−２７８ ５’ｇｇａｇｔａｃａｇｃｔｔｃａａｇａｃａａｔｇｇｇ ３’（配列番号３５５）Ｔｍ ５７℃。
アミノ酸９２０の後にＥｃｏＲＩ部位を作成する天然の終結コドンを含有している逆方向プライマー：
ＰＤＭ−２８０ ５’ｃｃａｔｇｇｇａａｔｔｃａｔｔａｔａａｔａａｔｔｔｔｇｔｔｃｃ ３’（配列番号３５６）ＴＭ ５５℃。
ＰＣＲ産物を、ＥｃｏＲＩ制限酵素で消化し、ゲル精製し、次いでインフレームでＨｉｓタグを有する改変型ｐＥＴ２８ベクターであるｐＰＤＭ Ｈｉｓ中（Ｅｃｏ７２ＩおよびＥｃｏＲＩ制限酵素で消化した）にクローン化した。正確な構築物を、ＤＮＡ配列分析によって確認し、次いでＢＬ２１（ＤＥ３）ｐＬｙｓ ＳおよびＢＬ２１（ＤＥ３）ＣｏｄｏｎＰｌｕｓ ＲＩＬ発現宿主中に形質転換した。
発現された組換えＬ７６２Ｐのタンパク質配列を、配列番号３５７に示し、そしてＤＮＡ配列を配列番号３５８に示す。
（実施例１３）
（Ｌ７７３ＰＡ Ｈｉｓタグ融合タンパク質のＥ．ｃｏｌｉ中での発現）
Ｌ７７３ＰＡコード領域（配列番号１７２のアミノ酸２〜７１をコードする）を、以下のプライマーを使用して増幅した：
アミノ酸２で始まるＬ７７３ＰＡについての正方向プライマー：
ＰＤＭ−２９９ ５’ｔｇｇｃａｇｃｃｃｃｔｃｔｔｃｔｔｃａａｇｔｇｇｃ ３’（配列番号３５９）Ｔｍ ６３℃。
アミノ酸７０の後に人工的な終結コドンを作成する、Ｌ７７３ＰＡについての逆方向プライマー：
ＰＤＭ−３５５ ５’ｃｇｃｃａｇａａｔｔｃａｔｃａａａｃａａａｔｃｔｇｔｔａｇｃａｃｃ ３’（配列番号３６０）Ｔｍ６２℃。
得られたＰＣＲ産物を、ＥｃｏＲＩ制限酵素で消化し、ゲル精製し、次いでインフレームでＨｉｓタグを有する改変型ｐＥＴ２８ベクターであるｐＰＤＭ Ｈｉｓ中（Ｅｃｏ７２ＩおよびＥｃｏＲＩ制限酵素で消化した）にクローン化した。正確な構築物をＤＮＡ配列分析によって確認し、そしてＢＬ２１（ＤＥ３）ｐＬｙｓ ＳおよびＢＬ２１（ＤＥ３）ＣｏｄｏｎＰｌｕｓ ＲＩＬ発現宿主中に形質転換した。
発現された組換えＬ７７３ＰＡのタンパク質配列を、配列番号３６１に示し、そしてＤＮＡ配列を配列番号３６２に示す。
（実施例１４）
（肺腫瘍特異的ポリペプチドに由来するエピトープの同定）
Ｌ７７３Ｐアミノ酸配列（配列番号１７２）に由来するペプチドの系列を合成し、そしてペプチド特異的ＣＤ４ Ｔ細胞を作成するためのインビトロでの感作実験に使用した。１５個のアミノ酸によって重複し、そしてＬ７７３Ｐタンパク質のアミノ酸１〜６９に対応するこれらのペプチドは、２０マーであった。この領域が腫瘍特異的であることは実証されている。３回のインビトロでの刺激後に、刺激ペプチドに応答してＩＦＮγを産生したが対照ペプチドに対してはそうではないＣＤ４ Ｔ細胞株を同定した。これらのＴ細胞株のいくつかは、組換えＬ７７３ＰおよびＬ７７３ＰＡ（腫瘍特異的領域）タンパク質の認識を示した。
実験を行うために、１５個のアミノ酸によって重複しておりそしてＬ７７３ＰのＮ末端腫瘍特異的領域（配列番号１７２のアミノ酸１〜６９に対応している）に由来する１１個の２０マーのペプチド（配列番号３６３、３６５、および３８７〜３９５）の全てを、標準的な手順によって作成した。樹状細胞を、ＧＭＣＳＦおよびＩＬ−４を使用して標準的なプロトコールによって正常なドナーのＰＢＭＣから誘導した。精製したＣＤ４ Ｔ細胞を、ＭＡＣＳビーズおよびＰＢＭＣの陰性選択を使用して、樹状細胞としての同じドナーから作成した。樹状細胞を、１０μｇ／ｍｌの濃度で個々の２０マーのペプチドで一晩パルスした。パルスした樹状細胞を洗浄し、９６ウェルＵ底プレートに１×１０４／ウェルでプレートし、そして精製したＣＤ４細胞を１×１０５ウェルで添加した。培養物に、１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−６および５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２を補充し、そして３７℃でインキュベートした。培養物を、生成したＡＰＣ樹状細胞を使用して、１週間の基準で上記のように再刺激し、そして上記のようにパルスし、５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−７および１０μｇ／ｍｌのＩＬ−２を補った。３回のインビトロでの刺激サイクル後に、細胞株（それぞれ、１つのウェルに対応している）を、無関係なペプチドに対して、刺激ペプチドに応答するサイトカインの産生について試験した。
少数の個々のＣＤ４ Ｔ細胞株（９／５２８）が、刺激ペプチドに応答して（しかし、対照ペプチドに対してはそうではない）サイトカインの放出（ＩＦＮγ）を示した。特異的活性を示したＣＤ４ Ｔ細胞株を、適切なＬ７７３Ｐペプチドについて再刺激し、そして１０μｇ／ｍｌの適切なＬ７７３Ｐペプチド、無関係な対照ペプチド、組換えＬ７７３Ｐタンパク質（アミノ酸２〜３６４、Ｅ．ｃｏｌｉ中で作成した）、組換えＬ７７３ＰＡ（アミノ酸２〜７１、Ｅ．ｃｏｌｉ中で作成した）、または適切な対照タンパク質（Ｌ３Ｅ、Ｅ．ｃｏｌｉ中で作成した）でパルスした自己由来樹状細胞を使用して再アッセイした。試験した９個の株のうちの３個（１−３Ｃ、１−６Ｇ、および４−１２Ｂ）が、組換えＬ７７３ＰおよびＬ７７３ＰＡと同様に適切なＬ７７３Ｐペプチドを認識した。試験した株のうちの４個（４−８Ａ、４−８Ｅ、４−１２Ｄ、および４−１２Ｅ）は、適切なＬ７７３Ｐペプチドのみを認識した。試験した株のうちの２個（５−６Ｆおよび９−３Ｂ）は、特異的活性を示さなかった。
これらの結果は、ペプチド配列ＭＷＱＰＬＦＦＫＷＬＬＳＣＣＰＧＳＳＱＩ（配列番号１７２のアミノ酸１〜２０；配列番号３６３）およびＧＳＳＱＩＡＡＡＡＳＴＱＰＥＤＤＩＮＴＱ（配列番号１７２のアミノ酸１６〜３５；配列番号３６５）が、Ｌ７７３Ｐの本来保有しているエピトープを提示し得ることを実証する。このエピトープは、ヒトクラスＩＩ ＭＨＣ拘束ＣＤ４ Ｔ細胞応答を刺激し得る。
続く研究において、上記のエピトープマッピング実験を、異なるドナーを使用して繰り返した。再び、得られたＴ細胞株のいくつかが、ペプチドおよび組換えタンパク質に対して応答することを見出した。さらなるペプチドが、本来保有されることを見出した。詳細には、精製されたＣＤ４細胞を、１５個のアミノ酸によって重複している１１個の２０マーのペプチド（それぞれ、配列番号３６３、３８７、３８８、３６５、および３８９〜３９５）の全てに対して刺激した。感作を、１０μｇ／ｍＬよりもむしろ０．５μｇ／ｍＬのペプチド濃度を使用したことを除いて、上記のように行った。５２８個のうちの９個の細胞株の最初のスクリーニングにおいて、これらの株は、対照ペプチドに対して、刺激ペプチドを用いるとＩＦＮγを少なくとも３倍大きいレベルで放出した。これらの９個の株を適切なペプチドで再刺激し、次いで適切なペプチドの滴定物（１０μｇ／ｍＬ、１μｇ／ｍＬ、および０．１μｇ／ｍＬ）、ならびに１０μｇ／ｍＬの対照ペプチドでパルスした樹状細胞について試験した。９個の株のうちの６個が、ペプチドと同様に組換えＬ７７３Ｐを認識した。１−１Ｅ、１−２Ｅ、１−４Ｈ、１−６Ａ，１−６Ｇ、および２−１２Ｂと呼ばれる６個の株がＬ７７３ＰＡおよび適切なペプチドを認識した。これらの結果は、配列番号３６３および３８７のペプチドが、Ｌ７７３Ｐの本来保有しているエピトープを提示することを示す。
上記の手順を使用して、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を、Ｌ５２３Ｓポリペプチド配列（配列番号１７６）にまたがる重複している２０マーのペプチド（配列番号３９６〜４１９）でパルスした樹状細胞を使用して、正常なドナーのＰＢＭＣから生成した。多数のＣＤ４＋Ｔ細胞が、Ｌ５２３Ｓ組換えタンパク質と同様に感作ペプチドとの反応性を示し、これらの株の優性反応性は、ペプチド４、７、および２１（配列番号３９９、４０２、および４１６；それぞれ、配列番号１７６のアミノ酸３０〜３９、６０〜７９、および２００〜２１９に対応している）中にあった。
本発明の範囲内のエピトープは、他のクラスＩＩ ＭＨＣ分子によって拘束されるエピトープを含む。さらに、ペプチドの変異体が産生され得る。ここでは、１つ以上のアミノ酸が、ＭＨＣ分子に結合するペプチドの能力に影響を与えないように、Ｔ細胞応答を誘発するそれらの能力に影響を与えないように、そして組換えタンパク質を認識する誘発されたＴ細胞の能力に影響を与えないように、変更される。
（実施例１５）
（Ｌ７６２Ｐの表面発現およびその抗体エピトープ）
ウサギを、Ｅ．ｃｏｌｉ中で生成した全長のヒスチジンタグ化Ｌ７６２Ｐタンパク質で免疫した。血清をウサギから単離し、そしてＥＬＩＳＡアッセイにおいてＬ７６２Ｐの特異的認識についてスクリーニングした。２６９２Ｌと呼ばれる１つのポリクローナル血清を、特異的に認識される組換えＬ７６２Ｐタンパク質であるとして同定した。２６９２Ｌ抗Ｌ７６２Ｐポリクローナル抗体を、Ｌ７６２Ｐアフィニティーカラムを使用して親和性精製によって血清から精製した。Ｌ７６２Ｐは、初代肺腫瘍サンプルのサブセット中で発現され、発現は確立された肺腫瘍細胞株中で失われるようである。従って、Ｌ７６２Ｐの表面発現を特徴付けるために、Ｌ７６２Ｐを発現するレトロウイルス構築物を、初代ヒト繊維芽細胞および３個の肺腫瘍細胞株（５２２−２３、ＨＴＢ、および３４３Ｔ）を形質導入するために使用した。形質導入した株を選択し、そしてＦＡＣＳ分析によるＬ７６２Ｐの表面発現を試験するために拡大した。この分析のために、非形質導入細胞および形質導入細胞を、細胞分離培地を使用して回収し、そして１０〜５０μｇ／ｍｌの、親和性精製した抗Ｌ７６２Ｐまたは無関係な抗血清のいずれかとともにインキュベートした。氷上で３０分間のインキュベーション後、細胞を洗浄し、そして上記のように、２次ＦＩＴＣ結合抗ウサギＩｇＧ抗体とともにインキュベートした。細胞を洗浄し、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）を含む緩衝液中に再懸濁し、そしてＥｘｃａｌｉｂｕｒ蛍光活性化細胞分離装置を使用してＦＡＣＳによって試験した。ＦＡＣＳ分析のために、ＰＩ陽性（すなわち、死滅した／浸透性になった細胞）を排除した。ポリクローナル抗Ｌ７６２Ｐ血清は、Ｌ７６２Ｐ形質導入細胞の表面を特異的に認識しそしてそれに結合したが、非形質導入対象物についてはそうでなかった。これらの結果は、Ｌ７６２Ｐが繊維芽細胞および肺腫瘍細胞の両方の細胞表面に局在化されることを示す。
２６９２Ｌによって認識されるペプチドエピトープを同定するために、エピトープマッピングアプローチを続けた。Ｌ７６２ＰのＣ末端（配列番号１６１のアミノ酸４８１〜８９４）にまたがる重複している１９〜２１マー（５アミノ酸の重複）の系列を合成した。最初の実験においては、ペプチドをプール中で試験した。Ｌ７６２Ｐ抗血清との特異的反応性を、プールＡ、Ｂ、Ｃ、およびＥで観察した。抗血清によって認識される特異的ペプチドを同定するために、平底９６ウェルマイクロタイタープレートを、個々のペプチド（１０μｇ／ｍｌで）で３７℃で２時間コートした。次いで、ウェルを吸引し、そして５％（ｗ／ｖ）のミルクを含有しているリン酸緩衝化生理食塩水を用いて３７℃で２時間ブロックし、続いて０．１％のＴｗｅｅｎ ２０を含有しているＰＢＳ（ＰＢＳＴ）中で洗浄した。精製したウサギ抗Ｌ７６２Ｐ血清２６９２Ｌを、ＰＢＳＴ中の３連のウェルに対して２００または２０ｎｇ／ウェルで添加し、そして室温で一晩インキュベートした。その後、ＰＢＳＴでの６回の洗浄が続き、続いて、ＨＲＰ結合ロバ抗ウサギＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）Ａｆｆｉｎｉｐｕｒｅ Ｆ（ａｂ’）フラグメント（１：２，０００）とともに６０分間インキュベートした。次いで、プレートを洗浄し、そしてテトラメチルベンジジン基質中でインキュベートした。反応を、１Ｎの硫酸の添加によって停止させ、そしてプレートをＥＬＩＳＡプレート読取装置を使用して４５０／５７０ｎｍで読み取った。
以下の表４に示す得られたデータは、Ｌ７６２Ｐ抗血清が、Ｌ７６２Ｐの３’側の半分に由来する少なくとも６個の異なるペプチドエピトープを認識したことを示す。
Figure 2010227112
個々のペプチドを、それぞれのプールから同定し、そしてさらに弱い反応性を、プールＦに由来するペプチドＢＢを用いて同定した。関連ペプチドエピトープを、以下の表５にまとめる。ペプチドＢＢ、Ｏ、Ｌ、Ｉ、Ａ，およびＣについてのアミノ酸配列を、それぞれ、配列番号３７６〜３８１に提供し、対応するｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号３７３、３７０、３７２、３７４、３７１、および３７５に提供する。
Figure 2010227112
（実施例１６）
（患者の血清中の肺腫瘍抗原に対する抗体の検出）
肺腫瘍抗原Ｌ７７３ＰＡ（配列番号３６１）、Ｌ５４１Ｓ（配列番号１５５、および１５６）、Ｌ５２３Ｓ（配列番号１７６）、Ｌ７６２Ｐ（配列番号１６１）、およびＬ７６３Ｐ（配列番号１５９）に特異的な抗体が、肺ガン患者の滲出液または血清中に存在する（しかし、正常なドナーにおいてはそうではない）ことを示した。より詳細には、肺ガン患者から得た滲出液、および正常なドナーに由来する血清中のＬ７７３ＰＡ、Ｌ５１４Ｓ、Ｌ５２３Ｓ、Ｌ７６２Ｐ、およびＬ７６３Ｐに対する抗体の存在を、組換えタンパク質およびＨＲＰ結合抗ヒトＩｇを使用してＥＬＩＳＡによって検出した。簡潔には、それぞれのタンパク質（１００ｎｇ）を、ｐＨ９．５で９６ウェルプレート中にコーティングした。平行して、ＢＳＡ（ウシ血清アルブミン）をもまた対照タンパク質としてコーティングした。ＢＳＡ（［Ｎ］）に対するシグナル（［Ｓ］、４０５ｎｍで測定した吸光度）を決定した。これらの実験の結果を、表６に示す。ここでは、−は［Ｓ］／［Ｎ］＜２を示し；＋／−は［Ｓ］／［Ｎ］＞２を示し；＋＋は［Ｓ］／［Ｎ］＞３を示し；そして＋＋＋は［Ｓ］／［Ｎ］＞５を示す。
Figure 2010227112
ウェスタンブロット分析を使用して、Ｌ５２３Ｓに対する抗体が、肺ガン患者に由来する滲出液の４個のサンプルのうちの３個に存在し、Ｌ５２３Ｓ抗体は、試験した正常な血清の３個のサンプル中では検出されなかったことを見出した。
（実施例１７）
（Ｌ５１４Ｓ ＨＩＳタグ融合タンパク質のＥ．ｃｏｌｉにおける発現）
ＰＣＲを、以下のプライマーを用いて、Ｌ５１４Ｓ−１３１６０コード領域に対して行った：
フォワードプライマーＰＤＭ−２７８ ５’ｃａｃａｃｔａｇｔｇｔｃｃｇｃｇｔｇｇｃｇｇｃｃｔａｃ３’（配列番号４２１）、Ｔｍ６７℃。
リバースプライマーＰＤＭ−２８０ ５’ｃａｔｇａｇａａｔｔｃａｔｃａｃａｔｇｃｃｃｔｔｇａａｇｇｃｔｃｃｃ３’（配列番号４２２）、ＴＭ６６℃。
このＰＣＲ条件は、以下の通りであった：
１０μｌ １０×Ｐｆｕ緩衝液
１．０μｌ １０ｍＭ ｄＮＴＰ
２．０μｌ １０μＭ 各プライマー
８３μｌ 滅菌水
１．５μｌ Ｐｆｕ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）
５０ｎｇ ＤＮＡ
９６℃で２分間、９６℃で２０秒間、６６℃で１５秒間、７２℃で１分間を４０サイクル、次いで７２℃で４分間。
このＰＣＲ産物を、ＥｃｏＲＩ制限酵素で消化し、ゲル精製し、次いで、ｐＰＤＭ Ｈｉｓ（インフレームでＨｉｓタグを有する改変ｐＥＴ２８ベクター）にクローニングし、ｐＰＤＭ Ｈｉｓは、Ｅｃｏ７２ＩおよびＥｃｏＲＩ制限酵素で消化されていた。正確な構築物を、ＤＮＡ配列分析によって確認し、次いで、発現について、ＢＬ２１ ＣｏｄｏｎＰｌｕｓ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）細胞に形質転換した。
発現された組換えＬ５１４Ｓのアミノ酸配列を、配列番号４２３に示し、そしてこのＤＮＡコード領域配列を、配列番号４２４に示す。
（実施例１８）
（Ｌ５２３Ｓ ＨＩＳタグ融合タンパク質のＥ．ｃｏｌｉにおける発現）
ＰＣＲを、以下のプライマーを用いて、Ｌ５２３Ｓコード領域に対して行った：
フォワードプライマーＰＤＭ−４１４ ５’ａａｃａａａｃｔｇｔａｔａｔｃｇｇａａａｃｃｔｃａｇｃｇａｇａａ３’（配列番号４２５）、Ｔｍ６２℃。
リバースプライマーＰＤＭ−４１５ ５’ｃｃａｔａｇａａｔｔｃａｔｔａｃｔｔｃｃｇｔｃｔｔｇａｃｔｇａｇｇ３’（配列番号４２６）、ＴＭ６２℃。
このＰＣＲ条件は、以下の通りであった：
１０μｌ １０×Ｐｆｕ緩衝液
１．０μｌ １０ｍＭ ｄＮＴＰ
２．０μｌ １０μＭ 各プライマー
８３μｌ 滅菌水
１．５μｌ Ｐｆｕ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）
５０ｎｇ ＤＮＡ
９６℃で２分間、９６℃で２０秒間、６２℃で１５秒間、７２℃で４分間を４０サイクル、次いで７２℃で４分間。
このＰＣＲ産物を、ＥｃｏＲＩ制限酵素で消化し、ゲル精製し、次いで、ｐＰＤＭ Ｈｉｓ（インフレームでＨｉｓタグを有する改変ｐＥＴ２８ベクター）にクローニングし、ｐＰＤＭ Ｈｉｓは、Ｅｃｏ７２ＩおよびＥｃｏＲＩ制限酵素で消化されていた。正確な構築物を、ＤＮＡ配列分析によって確認し、次いで、発現について、ＢＬ２１ ＣｏｄｏｎＰｌｕｓ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）細胞に形質転換した。
発現された組換えＬ５２３Ｓのアミノ酸配列を、配列番号４２７に示し、そしてこのＤＮＡコード領域配列を、配列番号４２８に示す。
（実施例１９）
（Ｌ７６２ＰＡ ＨＩＳタグ融合タンパク質のＥ．ｃｏｌｉにおける発現）
ＰＣＲを、以下のプライマーを用いて、Ｌ７６２ＰＡコード領域（Ｌ７６２ＰＡは、シグナル配列、Ｃ末端膜貫通ドメインおよび細胞質テイルを欠失する）に対して行った：
フォワードプライマーＰＤＭ−２７８ ５’ｇｇａｇｔａｃａｇｃｔｔｃａａｇａｃａａｔｇｇｇ３’（配列番号３５５）、Ｔｍ５７℃。
リバースプライマーＰＤＭ−２７９ ５’ｃｃａｔｇｇａａｔｔｃａｔｔａｔｔｔｃａａｔａｔａａｇａｔａａｔｃｔｃ３’（配列番号４２９）、ＴＭ５６℃。
このＰＣＲ条件は、以下の通りであった：
１０μｌ １０×Ｐｆｕ緩衝液
１．０μｌ １０ｍＭ ｄＮＴＰ
２．０μｌ １０μＭ 各プライマー
８３μｌ 滅菌水
１．５μｌ Ｐｆｕ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）
５０ｎｇ ＤＮＡ
９６℃で２分間、９６℃で２０秒間、５５℃で１５秒間、７２℃で５分間を４０サイクル、次いで７２℃で４分間。
このＰＣＲ産物を、ＥｃｏＲＩ制限酵素で消化し、ゲル精製し、次いで、ｐＰＤＭ Ｈｉｓ（インフレームでＨｉｓタグを有する改変ｐＥＴ２８ベクター）にクローニングし、ｐＰＤＭ Ｈｉｓは、Ｅｃｏ７２ＩおよびＥｃｏＲＩ制限酵素で消化されていた。正確な構築物を、ＤＮＡ配列分析によって確認し、次いで、発現について、ＢＬ２１ ｐＬｙｓ Ｓ（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）細胞に形質転換した。
発現された組換えＬ７６２ＰＡのアミノ酸配列を、配列番号４３０に示し、そしてこのＤＮＡコード領域配列を、配列番号４３１に示す。
（実施例２０）
（Ｌ７７３Ｐ ＨＩＳタグ融合タンパク質のＥ．ｃｏｌｉにおける発現）
ＰＣＲを、以下のプライマーを用いて、Ｌ７７３Ｐコード領域に対して行った：
フォワードプライマーＰＤＭ−２９９ ５’ｔｇｇｃａｇｃｃｃｃｔｃｔｔｃｔｔｃａａｇｔｇｇｃ３’（配列番号３５９）、Ｔｍ６３℃。
リバースプライマーＰＤＭ−３００ ５’ｃｇｃｃｔｇｃｔｃｇａｇｔｃａｔｔａａｔａｔｔｃａｔｃａｇａａａａｔｇｇ３’（配列番号４３２）、ＴＭ６３℃。
このＰＣＲ条件は、以下の通りであった：
１０μｌ １０×Ｐｆｕ緩衝液
１．０μｌ １０ｍＭ ｄＮＴＰ
２．０μｌ １０μＭ 各プライマー
８３μｌ 滅菌水
１．５μｌ Ｐｆｕ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）
５０ｎｇ ＤＮＡ
９６℃で２分間、９６℃で２０秒間、６３℃で１５秒間、７２℃で２分１５秒間を４０サイクル、次いで７２℃で４分間。
このＰＣＲ産物を、ＥｃｏＲＩ制限酵素で消化し、ゲル精製し、次いで、ｐＰＤＭ Ｈｉｓ（インフレームでＨｉｓタグを有する改変ｐＥＴ２８ベクター）にクローニングし、ｐＰＤＭ Ｈｉｓは、Ｅｃｏ７２ＩおよびＥｃｏＲＩ制限酵素で消化されていた。正確な構築物を、ＤＮＡ配列分析によって確認し、次いで、発現について、ＢＬ２１ ｐＬｙｓ Ｓ（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）細胞およびＢＬ２１ ＣｏｄｏｎＰｌｕｓ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）細胞に形質転換した。
発現された組換えＬ７７３Ｐのアミノ酸配列を、配列番号４３３に示し、そしてこのＤＮＡコード領域配列を、配列番号４３４に示す。
（実施例２１）
（肺特異的抗原Ｌ７６２Ｐに対するＴ細胞レセプタークローンのクローニングおよび配列決定）
肺特異的抗原Ｌ７６２Ｐに特異的なＣＤ４ Ｔ細胞クローン由来のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）α鎖およびβ鎖を、クローニングし、そして配列決定した。基本的に、ＣＴＬクローン４Ｈ６由来の２×１０６細胞からのすべてのｍＲＮＡを、Ｔｒｉｚｏｌ試薬を用いて単離し、そしてｃＤＮＡを、Ｒｅａｄｙ−ｔｏ ｇｏキット（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）を用いて合成した。このクローンのＶα配列およびＶβ配列を決定するために、ＶαおよびＶβのサブタイプ特異的プライマーのパネルを合成し、そしてＲＴ−ＰＣＲ反応において使用し、ｃＤＮＡを、各々のクローンから作製した。このＲＴ−ＰＣＲ反応は、各々のクローンが、Ｖβ８サブファミリーに対応する共通のＶβ配列およびＶα８サブファミリーに対応する共通のＶα配列を発現したことを実証した。クローン４Ｈ６から完全なＴＣＲα鎖およびＴＣＲβ鎖をクローニングするために、イニシエーター−コードＴＣＲヌクレオチドおよびターミネーター−コードＴＣＲヌクレオチドをつなぐプライマーを設計した。このプライマーは、以下の通りであった：
ＴＣＲ Ｖα８に対するフォワードプライマー ５’ｇｇａｔｃｃｇｃｃｇｃｃａｃｃａｔｇａｃａｔｃｃａｔｔｃｇａｇｃｔｇｔａ３’（配列番号４３５；挿入されたＢａｍＨＩ部位を有する）；
ＴＣＲ Ｖα８に対するＫｏｚａｋリバースプライマー（アンチセンス） ５’ｇｔｃｇａｃｔｃａｇｃｔｇｇａｃｃａｃａｇｃｃｇｃａｇ３’（配列番号４３６；挿入されたＳａｌＩ部位およびＴＣＲα定常配列を有する）；
ＴＣＲ Ｖβ８に対するフォワードプライマー（センス） ５’ｇｇａｔｃｃｇｃｃｇｃｃａｃｃａｔｇｇａｃｔｃｃｔｇｇａｃｃｔｔｃｔｇｃｔ３’（配列番号４３７；挿入されたＢａｍＨＩ部位を有する）；および
ＴＣＲ Ｖβに対するＫｏｚａｋリバースプライマー ５’ｇｔｃｇａｃｔｃａｇａａａｔｃｃｔｔｔｃｔｃｔｔｇａｃ３’（配列番号４３８；挿入されたＳａｌＩ部位およびＴＣＲβ定常配列を有する）。
標準的な３５サイクルのＲＴ−ＰＣＲ反応を、ＣＴＬクローンから合成されたｃＤＮＡおよび上記のプライマーを用いて、プルーフリーディング熱安定ポリメラーゼ、ＰＷＯ（Ｒｏｃｈｅ）を利用して確立した。得られたＰＣＲバンド（Ｖαについては約８５０ｂｐ、およびＶβについては約９５０ｂｐ）を、ＰＣＲ平滑ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に連結し、そしてＥ．ｃｏｌｉに形質転換した。全長のα鎖およびβ鎖を有するプラスミドを用いて形質転換されたＥ．ｃｏｌｉを同定した。対応するプラスミドの大規模調製を作製し、そしてこれらのプラスミドを配列決定した。このＶα配列（配列番号４３９）は、ヌクレオチド配列の整列によって、Ｖα８．１に相同であることが示され、一方Ｖβ配列（配列番号４４０）は、ヌクレオチド配列の整列によって、Ｖβ８．２に相同であることが示された。
（実施例２２）
（哺乳動物細胞における全長Ｌ７６２Ｐの組換え発現）
全長Ｌ７６２Ｐ ｃＤＮＡを、哺乳動物発現ベクターＶＲ１０１２およびｐＣＥＰ４（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）にサブクローニングした。両方の発現ベクターは、以前に、ＦＬＡＧエピトープタグを含むように改変されていた。これらの構築物を、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００試薬（Ｇｉｂｃｏ）を用いて、ＨＥＫ２９３細胞およびＣＨＬ−１細胞（ＡＴＣＣ）にトランスフェクトした。手短に言えば、ＨＥＫ細胞およびＣＨＬ−１細胞の両方を、１０％ ＦＢＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）を含むＤＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ）において、１ｍｌ当たり１００，０００細胞の密度でプレーティングし、そして一晩増殖させた。翌日、４μｌのＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００を、ＦＢＳを含まない１００μｌのＤＭＥＭに添加し、そして室温で５分間インキュベートした。次いで、このＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ／ＤＭＥＭ混合物を、１００μｌのＤＭＥＭにおいて再懸濁された、１μｇのＬ７６２Ｐ Ｆｌａｇ／ｐＣＥＰ４プラスミドＤＮＡまたはＬ７６２Ｐ Ｆｌａｇ／ＶＲ１０１２プラスミドＤＮＡに添加し、そして室温で１５分間インキュベートした。次いで、このＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ／ＤＮＡ混合物を、ＨＥＫ２９３細胞およびＣＨＬ−１細胞に添加し、そして３７℃で７％ ＣＯ２とともに４８〜７２時間インキュベートした。細胞を、ＰＢＳですすぎ、次いで遠心分離によって収集およびペレット化した。Ｌ７６２Ｐ発現を、ウェスタンブロット分析によって、トランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞溶解物およびＣＨＬ−１細胞溶解物中で検出し、そしてフローサイトメトリー分析によって、トランスフェクトされたＨＥＫ細胞の表面上を検出した。
ウェスタンブロット分析について、全細胞溶解物を、溶解緩衝液を含むＴｒｉｔｏｎ−Ｘ１００において、細胞を３０分間氷上でインキュベートすることによって作製した。次いで、溶解物を、４℃で５分間、１０，０００ｒｐｍでの遠心分離によって浄化した。サンプルを、βメルカプトエタノールを含むＳＤＳ−ＰＡＧＥローディング緩衝液で希釈し、次いで、ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルのローディングの前に１０分間沸騰させた。このタンパク質を、ニトロセルロースに移し、そして１μｇ／ｍｌの精製抗Ｌ７６２Ｐウサギポリクローナル血清（ロット番号６９０／７３）、または非希釈抗Ｌ７６２Ｐ ｍＡｂ １５３．２０．１上清を用いてプローブ化した。ブロットを、ＨＲＰに結合したヤギ抗ウサギＩｇまたはＨＲＰに結合したヤギ抗マウスＩｇのいずれかを用いて明らかにし、その後、ＥＣＬ基質中でインキュベートした。
フローサイトメトリー分析について、細胞を、氷冷染色緩衝液（ＰＢＳ＋１％ ＢＳＡ＋アジ化物）でさらに洗浄した。次に、この細胞を、１０μｇ／ｍｌの精製抗Ｌ７６２Ｐポリクローナル血清（ロット番号６９０／７３）、または１：２希釈の抗Ｌ７６２Ｐ ｍＡｂ １５３．２０．１上清とともに、氷上で３０分間インキュベートした。この細胞を、染色緩衝液で３回洗浄し、次いで、１：１００希釈のヤギ抗ウサギＩｇ（Ｈ＋Ｌ）−ＦＩＴＣまたはヤギ抗マウスＩｇ（Ｈ＋Ｌ）−ＦＩＴＣ試薬（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）とともに、氷上で３０分間インキュベートした。３回の洗浄後、この細胞を、ヨウ化プロピジウム（ｐｒｏｐｉｄｉｕｍ）（ＰＩ）（透過性細胞の排除を可能にする生体染色）を含む染色緩衝液中に再懸濁し、そしてフローサイトメトリーによって分析した。
（実施例２３）
（肺腫瘍抗原に対するポリクローナル抗体の作製）
３つの肺抗原、Ｌ５２３Ｓ（配列番号１７６）、Ｌ７６３Ｐ（配列番号１５９）およびＬ７６３ペプチド番号２６８４（配列番号４４１）を、抗体作製における使用のために発現させ、そして精製した。
Ｌ５２３ＳおよびＬ７６３Ｐを、Ｅ．ｃｏｌｉ組換え発現系において発現させ、そして振盪インキュベータにおいて、３７℃で適切な抗生物質を含むＬＢ Ｂｒｏｔｈにおいて一晩増殖させた。翌朝、１０ｍｌの一晩の培養物を、２ＬのバッフルＥｒｌｅｎｍｅｙｅｒフラスコにおいて、適切な抗生物質を含む５００ｍｌの２×ＹＴに添加した。培養物の光学濃度が、５６０ナノメートルで０．４〜０．６に達したときに、細胞を、ＩＰＴＧ（１ｍＭ）で誘導した。ＩＰＴＧでの誘導から４時間後、細胞を、遠心分離によって回収した。
次いで、この細胞を、リン酸緩衝化生理食塩水で洗浄し、そして再び遠心分離した。この上清を捨て、そして細胞を、今後の使用について凍結するか、または直ちに処理するかのいずれかにした。２０ミリリットルの溶解緩衝液を、細胞ペレットに添加し、そしてボルテックス（ｖｏｒｔｅｘ）した。Ｅ．ｃｏｌｉ細胞を破壊して開くために、次いでこの混合物を、１６，０００ｐｓｉの圧力で、フレンチプレスに通した。次いで、この細胞を、再び遠心分離して、そして上清およびペレットを、組換えタンパク質の分割について、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって確認した。
細胞ペレットに局在したタンパク質について、このペレットを、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０、１％ ＣＨＡＰＳ中に再懸濁し、そして封入体ペレットを洗浄し、そして再び遠心分離した。この手順を、２回以上繰り返した。洗浄した封入体ペレットを、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０および１０ｍＭ イミダゾールを含む８Ｍ 尿素または１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０および１０ｍＭ イミダゾールを含む６Ｍ グアニジンＨＣｌのいずれかで可溶化した。可溶化したタンパク質を、５ｍｌのニッケルキレート樹脂（Ｑｉａｇｅｎ）に添加し、そして継続的に撹拌しながら、室温で４５分〜１時間インキュベートした。
インキュベーション後、この樹脂およびタンパク質の混合物を、使い捨てカラムに注ぎ、そしてフロースルー（ｆｌｏｗ ｔｈｒｏｕｇｈ）を回収した。次いで、このカラムを、１０〜２０カラム容量の可溶化緩衝液で洗浄した。次いで、抗原を、８Ｍ 尿素、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０および３００ｍＭ イミダゾールを用いてカラムから溶出し、そして３ｍｌ画分で回収した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルを泳動させて、どの画分をさらなる精製についてプールするかを決定した。
最終精製工程として、強力な陰イオン交換樹脂（この場合においては、Ｈｉ−Ｐｒｅｐ Ｑ（Ｂｉｏｒａｄ））を、適切な緩衝液で平衡化し、そして上記からのプールされた画分を、このカラムに充填した。各々の抗原を、漸増塩勾配を用いてカラムから溶出した。カラムを走らせながら画分を回収し、そして別のＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルを泳動させて、カラム由来のどの画分をプールするかを決定した。
このプールされた画分を、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０に対して透析した。この解放基準は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥまたはＨＰＬＣによって決定されるような純度、Ｌｏｗｒｙアッセイまたはアミノ酸分析によって決定されるような濃度、アミノ末端タンパク質配列によって決定されるような同一性であり、そしてエンドトキシンレベルを、Ｌｉｍｕｌｕｓ（ＬＡＬ）アッセイによって決定した。次いで、このタンパク質を、０．２２ミクロンのフィルターを通した濾過後にバイアルに入れ、そして抗原を、免疫化について必要とされるまで凍結した。
Ｌ７６３ペプチド番号２６８４を合成し、そしてＫＬＨと結合体化し、そして免疫化について必要とされるまで凍結した。
ポリクローナル抗血清を、１００マイクログラムのムラミルジペプチド（ＭＤＰ）と組み合わせた４００マイクログラムの各々の肺抗原を用いて作製した。等量の不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）を添加し、次いで混合し、そしてウサギに皮下（Ｓ．Ｃ．）注射した。４週間後、このウサギを、等量のＩＦＡと混合した２００マイクログラムの抗原でＳ．Ｃ．ブーストした。その後、ウサギを、１００マイクログラムの抗原でＩ．Ｖ．ブーストした。この動物を、各ブーストから７日後に血液を抜き取った。次いで、血液を、４℃で１２〜２４時間インキュベートし、その後、遠心分離して、血清を作製した。
このポリクローナル抗血清を、抗原でコーティングされた９６ウェルプレートを用いて特徴付けし、そして４℃で２０時間、５０マイクロリットル（代表的には、１マイクログラム／マイクロリットル）のポリクローナル抗血清とインキュベートした。基本的に、２５０マイクロリットルのＢＳＡブロッキング緩衝液を、ウェルに添加し、そして室温で２時間インキュベートした。プレートを、ＰＢＳ／０．１％ Ｔｗｅｅｎで６回洗浄した。このウサギ血清を、ＰＢＳ／０．１％ Ｔｗｅｅｎ／０．１％ ＢＳＡ中で希釈した。５０マイクロリットルの希釈血清を、各々のウェルに添加し、そして室温で３０分間インキュベートした。このプレートを、上記のように洗浄し、次いで、１：１００００希釈での５０マイクロリットルのヤギ抗ウサギ西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）を添加し、そして室温で３０分間インキュベートした。
このプレートを、上記のように洗浄し、そして１００マイクロリットルのＴＭＢ Ｍｉｃｒｏｗｅｌｌ Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅを、各々のウェルに添加した。暗所で室温での１５分間のインキュベーション後、比色反応を、１００マイクロリットルの１Ｎ Ｈ２ＳＯ４で停止し、そして直ちに４５０ｎｍで読みとった。すべてのポリクローナル抗体は、適切な抗原に対して免疫反応性を示した。表７〜９は、３つの肺抗原、Ｌ５２３Ｓ、Ｌ７６３ＰおよびＬ７６３ペプチド番号２６８４に対する系列希釈におけるウサギ抗血清の抗体反応性を示す。第一の縦列は、抗体希釈を示す。縦列「免疫前血清」は、免疫前血清を用いた２つの実験についてのＥＬＩＳＡデータを示す。これらの結果を、第４の縦列に平均化する。縦列「抗Ｌ５２３Ｓ、抗Ｌ７６３Ｐまたは抗番号２６８４」は、それぞれの抗原（この表において、Ｌ５２３Ｓ、Ｌ７６３Ｐまたは番号２６８４のいずれかといわれる）を用いて、本実施例において記載されるように免疫したウサギ由来の血清を用いた２つの実験についてのＥＬＩＳＡデータを示す。
Figure 2010227112
Figure 2010227112
Figure 2010227112
表１０〜１２は、３つの肺抗原、Ｌ５２３Ｓ、Ｌ７６３ＰおよびＬ７６３ペプチド番号２６８４に対するそれぞれの抗体のアフィニティー精製を示す。
Figure 2010227112
Figure 2010227112
Figure 2010227112
（実施例２４）
（Ｌ５２９Ｓをコードする全長ｃＤＮＡ配列）
肺抗原Ｌ５２９Ｓについての部分配列（配列番号１０６）の単離を、以前に実施例２において提供した。この部分配列を、問い合わせとして用いて、公に入手可能なデータベースに対する検索によって、潜在的な全長ｃＤＮＡおよびタンパク質配列を同定した。配列番号１０６の単離されてクローニングされた配列についての推定全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号４４２に提供する。配列番号４４２によってコードされる抗原の推定アミノ酸配列を、配列番号４４３に提供する。Ｌ５２９Ｓが、コネキシン２６（ギャップ結合タンパク質）との類似性を示すことが、実施例２において以前に開示された。
（実施例２５）
（ヒスチジンタグを含まないＬ５２３Ｓ融合タンパク質のＭｅｇａｔｅｒｉｕｍにおける発現）
ＰＣＲを、以下のプライマーを用いて、Ｌ５２３Ｓコード領域に対して行った：
フォワードプライマーＰＤＭ−７３４ ５’ ｃａａｔｃａｇｇｃａｔｇｃａｃａａｃａａａｃｔｇｔａｔａｔｃｇｇａａａｃ ３’（配列番号４４４）、Ｔｍ６３℃。
リバースプライマーＰＤＭ−７３５ ５’ ｃｇｔｃａａｇａｔｃｔｔｃａｔｔａｃｔｔｃｃｇｔｃｔｔｇａｃ ３’（配列番号４４５）、ＴＭ６０℃。
このＰＣＲ条件は、以下の通りであった：
１０μｌ １０×Ｐｆｕ緩衝液
１．０μｌ １０ｍＭ ｄＮＴＰ
２．０μｌ １０μＭ 各プライマー
８３μｌ 滅菌水
１．５μｌ Ｐｆｕ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）
５０ｎｇ ＤＮＡ
９６℃で２分間、９６℃で２０秒間、６２℃で１５秒間、７２℃で４分間を４０サイクル、次いで７２℃で４分間。
このＰＣＲ産物を、ＳｐｈＩおよびＢｇｌＩＩ制限酵素で消化し、ゲル精製し、次いで、ｐＭＥＧ−３にクローニングし、ｐＭＥＧ−３は、ＳｐｈＩおよびＢｇｌＩＩ制限酵素で消化されていた。正確な構築物を、ＤＮＡ配列分析によって確認し、次いで、発現のために、Ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ細胞に形質転換した。
発現された組換えＬ５２３Ｓのアミノ酸配列を、配列番号４４６に示し、そしてこのＤＮＡコード領域配列を、配列番号４４７に示す。
（実施例２６）
（ヒスチジンタグを含まないＬ５２３Ｓ融合タンパク質のＥ．ｃｏｌｉにおける発現）
ＰＣＲを、以下のプライマーを用いて、Ｌ５５２Ｓコード領域に対して行った：
フォワードプライマーＰＤＭ−７３３ ５’ ｃｇｔａｃｔａｇｃａｔａｔｇａａｃａａａｃｔｇｔａｔａｔｃｇｇａａａｃ ３’（配列番号４４８）、Ｔｍ６４℃。
リバースプライマーＰＤＭ−４１５ ５’ ｃｃａｔａｇａａｔｔｃａｔｔａｃｔｔｃｃｇｔｃｔｔｇａｃｔｇａｇｇ ３’（配列番号４２６）、ＴＭ６２℃。
このＰＣＲ条件は、以下の通りであった：
１０μｌ １０×Ｐｆｕ緩衝液
１．０μｌ １０ｍＭ ｄＮＴＰ
２．０μｌ １０μＭ 各プライマー
８３μｌ 滅菌水
１．５μｌ Ｐｆｕ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）
５０ｎｇ ＤＮＡ
９６℃で２分間、９６℃で２０秒間、６２℃で１５秒間、７２℃で４分間を４０サイクル、次いで７２℃で４分間。
このＰＣＲ産物を、ＮｄｅＩおよびＥｃｏＲＩ制限酵素で消化し、ゲル精製し、次いで、ｐＰＤＭ（改変ｐＥＴ２８ベクター）にクローニングし、ｐＰＤＭは、ＮｄｅＩおよびＥｃｏＲＩ制限酵素で消化されていた。正確な構築物を、ＤＮＡ配列分析によって確認し、次いで、発現のために、ＢＬＲ ｐＬｙｓ Ｓ細胞およびＨＭＳ １７４ ｐＬｙｓ Ｓ細胞に形質転換した。
発現された組換えＬ５２３Ｓのアミノ酸配列を、配列番号４４９に示し、そしてこのＤＮＡコード領域配列を、配列番号４５０に示す。
（実施例２７）
（Ｌ５１４Ｓ特異的抗体およびＬ５２３Ｓ特異的抗体のエピトープ分析）
候補抗原のペプチドを、前臨床試験および臨床試験の両方において、抗体応答の評価について使用し得る。これらのデータは、特定の候補抗原に対する抗体応答のさらなる確認を可能にする。競合ペプチドを用いるタンパク質ベースのＥＬＩＳＡおよび競合ペプチドを用いないタンパク質ベースのＥＬＩＳＡ、ならびにペプチドベースのＥＬＩＳＡを用いて、これらの抗体応答を評価し得る。ペプチドＥＬＩＳＡは、タンパク質ベースのＥＬＩＳＡにおいて観察される抗体力価の偽陽性をさらに排除し得、ならびに候補抗原に対する抗体応答を試験する最も簡単なアッセイ系を提供し得るので、特に有用である。本実施例において、データを、Ｌ５１４ＳペプチドおよびＬ５２３Ｓペプチドの両方を用いて獲得し、このペプチドの両方は、個々の癌患者が、Ｌ５１４Ｓ特異的抗体およびＬ５２３Ｓ特異的抗体を産生することを示す。Ｌ５１４Ｓ特異的抗体は、以下のＬ５１４Ｓのエピトープを第一に認識する：
ａａ８６〜１１０：ＬＧＫＥＶＲＤＡＫＩＴＰＥＡＦＥＫＬＧＦＰＡＡＫＥ（配列番号４５１）
このエピトープは、ヒトにおいて共通のエピトープである。Ｌ５１４Ｓに特異的なウサギ抗体は、Ｌ５１４Ｓの２つのさらなるエピトープを認識する：
（１）ａａ２１〜４５：ＫＡＳＤＧＤＹＹＴＬＡＶＰＭＧＤＶＰＭＤＧＩＳＶＡ（配列番号４５２）
（２）ａａ１２１〜１３５：ＰＤＲＤＶＮＬＴＨＱＬＮＰＫＶＫ（配列番号４５３）
配列番号４５２が、Ｌ５１４ＳアイソフォームであるＬ５１４Ｓ−１３１６０およびＬ５１４Ｓ−１３１６６の両方に共通であることがさらに見出されたが、一方、他のエピトープである配列番号４５１および配列番号４５３は、アイソフォームＬ５１４Ｓ−１３１６０におそらく特異的である。
Ｌ５２３Ｓ特異的抗体は、以下のＬ５２３Ｓのエピトープを第一に認識する：
ａａ４４０〜４６０：ＫＩＡＰＡＥＡＰＤＡＫＶＲＭＶＩＩＴＧＰ（配列番号４５４）
このエピトープは、ヒトにおいて共通のエピトープである。Ｌ５２３Ｓに特異的なウサギ抗体は、２つの他のエピトープを認識する：
（１）ａａ１５６〜１７５ ＰＤＧＡＡＱＱＮＮＮＰＬＱＱＰＲＧ（配列番号４５５）
（２）ａａ３２６〜３４５：ＲＴＩＴＶＫＧＮＶＥＴＣＡＫＡＥＥＥＩＭ（配列番号４５６）
さらなる研究において、ペプチドベースのＥＬＩＳＡによって、Ｌ５２３Ｓの８つのさらなるエピトープが、Ｌ５２３Ｓ特異的抗体によって認識されたことが決定された：
（１）ａａ４０〜５９ ＡＦＶＤＣＰＤＥＳＷＡＬＫＡＩＥＡＬＳ（配列番号４５７）
（２）ａａ８０〜９９：ＩＲＫＬＱＩＲＮＩＰＰＨＬＱＷＥＶＬＤＳ（配列番号４５８）
（３）ａａ１６０〜１７９：ＡＱＱＮＰＬＱＱＰＲＧＲＲＧＬＧＱＲＧＳ（配列番号４５９）
（４）ａａ１８０〜１９９：ＤＶＨＲＫＥＮＡＧＡＡＥＫＳＩＴＩＬＳＴ（配列番号４６０）
（５）ａａ３２０〜３３９：ＬＹＮＰＥＲＴＩＴＶＫＧＮＶＥＴＣＡＫＡ（配列番号４６１）
（６）ａａ３４０〜３５９：ＥＥＥＩＭＫＫＩＲＥＳＹＥＮＤＩＡＳＭＮ（配列番号４６２）
（７）ａａ３７０〜３８９：ＬＮＡＬＧＬＦＰＰＴＳＧＭＰＰＰＴＳＧＰ（配列番号４６３）
（８）ａａ３８０〜３９９：ＫＩＡＰＡＥＡＰＤＡＫＶＲＭＶＩＩＴＧＰ（配列番号４６４）
これらの中から、６つのエピトープが、肺胸水液（ｌｕｎｇ ｐｌｕｒａｌ ｅｆｆｕｓｉｏｎ ｆｌｕｉｄ）サンプルおよび肺患者の血清の両方において共通である。これらの６つのうち、配列番号４５９および配列番号４６３は、他のＬ５２３Ｓファミリータンパク質（例えば、ＩＧＦ−ＩＩ ｍＲＮＡ結合タンパク質１および２）との相同性を有さない。従って、これは、これらの２つのペプチドが、アッセイ系として使用されて、Ｌ５２３Ｓに対する抗体応答を決定し得ることを示す。
（実施例２８）
（インビトロ全遺伝子プライミングを用いたＬ５２３Ｓ特異的ＣＴＬ系統の作製）
Ｌ５２３Ｓが、ＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を作製し得るか否かを決定するために、ＣＴＬを、インビトロ全遺伝子プライミング方法論を用いて作製し、腫瘍抗原ワクシニアでＤＣを感染させた（Ｙｅｅら、Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、１５７（９）４０７９〜８６、１９９６）。インターフェロンγＥＬＩＳＰＯＴ分析によって決定されるように、Ｌ５５２Ｓ腫瘍抗原を用いて形質導入された自己由来の線維芽細胞を特に認識するヒトＣＴＬ系統を誘導した。特に、樹状細胞（ＤＣ）を、プラスチック付着によって、正常なヒトドナーのＰＢＭＣから誘導されたＰｅｒｃｏｌｌ精製単球から分化させ、そして５日間、１０％ ヒト血清、５０ｎｇ／ｍｌ ヒトＧＭ−ＣＳＦおよび３０ｎｇ／ｍｌ ヒトＩＬ−４を含むＲＰＭＩ培地において増殖させた。培養の５日後、このＤＣを、感染多重度（Ｍ．Ｏ．Ｉ）３３、６６および１００で、Ｌ５２３Ｓを発現する組換えアデノウイルスで一晩感染し、そして２μｇ／ｍｌ ＣＤ４０リガンドの添加によって一晩成熟させた。次いで、このウイルスを、ＵＶ照射によって不活化した。ＣＴＬ系統を作製するために、自己由来のＰＢＭＣを単離し、そしてＣＤ８＋Ｔ細胞を、ＣＤ４＋細胞、ＣＤ１４＋細胞、ＣＤ１６＋細胞、ＣＤ１９＋細胞、ＣＤ３４＋細胞およびＣＤ５６＋細胞に結合体化した磁気ビーズを用いて、負の選択によって質を高めた。Ｌ５２３Ｓに特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞を、１０％ ヒト血清、１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−６および５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２を補充したＲＰＭＩにおいて、１ウェル当たり１０，０００のＬ５２３Ｓ発現ＤＣおよび１００，０００のＣＤ８＋Ｔ細胞を用いて、丸底の９６ウェルプレートにおいて確立した。この培養物を、ＩＬ−２の存在下において、Ｌ５２３Ｓを用いてレトロウイルスによって形質導入された自己由来の初代線維芽細胞、および同時刺激分子ＣＤ８０を用いて、７〜１０日毎に再刺激した。この細胞をまた、ＩＦＮγで刺激して、ＭＨＣクラスＩをアップレギュレートした。この培地は、刺激時、ならびに刺激後２日目および５日目に、１０Ｕ／ｍｌのＩＬ−２で補充した。３回の刺激サイクル後、１０のＬ５２３Ｓ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞系統を、インターフェロンγＥＬＩＳＰＯＴ分析を用いて同定し、この分析は、Ｌ５２３Ｓ腫瘍抗原で形質導入された自己由来の線維芽細胞で刺激した時に、インターフェロンγを特異的に産生するが、コントロール抗原で刺激した時には産生しない。
１つの系統、６Ｂ１を、抗ＣＤ３細胞および支持細胞を用いてクローニングした。このクローンを、Ｌ５２３Ｓで形質導入された線維芽細胞に対する特異性について試験した。さらに、Ｌ５２３Ｓを発現するベクターを用いて形質導入されたＨＬＡミスマッチの系統のパネルを用いて、そしてＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおいて、このＣＴＬ系統によるインターフェロンγ産生を測定して、このクローン６Ｂ１．４Ｂ８が、ＨＬＡ−Ａ０２０１によって制限されることを決定した。
また、トランスフェクトされたＣｏｓ細胞を使用して、クローン６Ｂ１．４Ｂ８が、ＨＬＡ制限様式および抗原特異的様式で、ｐｃＤＮＡ３ ＨＬＡ Ａ０２０１／Ｌ５２３Ｓを用いてトランスフェクトされたＣｏｓ細胞を認識することを示した。
エピトープマッピング研究は、クローン６Ｂ１．４Ｂ８が、ペプチドプール３（Ｌ５２３Ｓのアミノ酸３３位〜５９位に対応するポリペプチド）を用いてロードされたＨＬＡ−Ａ２０１ ＬＣＬを認識することを実証した。
ペプチドプール破壊研究は、クローン６Ｂ１．４Ｂ８が、Ｌ５２３Ｓのアミノ酸３７位〜５５位由来の１５マーのペプチド、ＴＧＹＡＦＶＣＰＤＥＳＷＡＬＫＡＩＥ（配列番号４６５）を用いてロードされた自己由来のＢ−ＬＣＬを認識することを実証した。さらなるペプチド破壊研究は、クローン６Ｂ１．４Ｂ８が、同じ１５マーのペプチドを用いてロードされたＴ２細胞を認識することを実証した。
ペプチド認識研究は、クローン６Ｂ１．４Ｂ８が、ペプチドＦＶＤＣＰＥＳＷＡＬ（配列番号４６６）を用いてロードされたＴ２細胞を選び、このペプチドは、Ｌ５２３Ｓのアミノ酸配列４１位〜５１位に対応し、そして配列番号４６７のＤＮＡ配列によってコードされることを実証した。
（実施例２９）
（他のヒト癌におけるＬ５２３Ｓ発現）
Ｌ５２３Ｓが、肺癌（扁平上皮癌、腺癌および小細胞癌を含む）において発現することが、実施例２において以前に開示された。Ｌ５２３ＳのＥＳＴプロファイリング分析は、このタンパク質がまた、多くの他の腫瘍型（結腸腺癌、前立腺癌、ＣＭＬ、ＡＭＬ、バーキットリンパ腫、脳腫瘍、網膜芽細胞腫、卵巣腫瘍、奇形癌、子宮筋肉腫、生殖細胞腫瘍を含む）、ならびに膵臓腫瘍細胞系統および頸部腫瘍細胞系統において発現され得ることをさらに実証する。
（実施例３０）
（Ｌ５２３Ｓの免疫組織化学的分析）
どの組織が肺腫瘍抗原Ｌ５２３Ｓを発現しているかを決定するために、種々の組織型に対して免疫組織化学的（ＩＨＣ）分析を実施した。Ｌ５２３Ｓ（配列番号１７６）に特異的なポリクローナル抗体を、実施例２３に示したように産生した。ＩＨＣを、基本的には、実施例６に記載したように実施した。簡単に言えば、組織サンプルを１２時間〜２４時間、ホルマリン溶液中で固定し、８ミクロンの切片にスライスする前に、パラフィンに包埋した。０．１クエン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ６．０）中の蒸気熱誘導エピトープ修復（ＳＨＩＥＲ）を最適の染色条件のために使用した。切片を、ＰＢＳ中の１０％血清と共に５分間インキュベートした。Ｌ５２３一次抗体を２５分間、それぞれの切片に加え、その後、抗ウサギビオチン化抗体と共に２５分間、インキュベートした。内因性のペルオキシダーゼの活性を３回、過酸化水素と共に１．５分間インキュベーションすることによってブロックした。抗原発現を可視化するために、アビジンビオチン複合体／西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＡＢＣ／ＨＲＰ）系をＤＡＢ色素源と共に使用した。細胞核を可視化するために、スライドをヘマトキシリンで対比染色した。
Ｌ５２３発現のＩＨＣ分析は、試験を行った肺癌組織の９０％を超える組織サンプル（１０／１１腺癌および８／９扁平上皮癌）が、肺腫瘍抗原の高い発現を示すことを明らかにした。正常な気管支、精巣、肝臓、気管での弱い染色を除いて、試験を行った正常な組織のうち全ては、Ｌ５２３の発現についてネガティブであった。
（実施例３１）
（Ｌ７６２ヒトモノクローナル抗体の産生および特徴づけ）
トランスジェニックマウスのＸｅｎｏｍｏｕｓｅ株由来のハイブリドーマ融合体からの細胞上清を、Ｌ７６２への結合能についてスクリーニングした。全ての結果を、表１３に示す。一次スクリーニングは、組換え細菌によって発現されたタンパク質を用いたＥＬＩＳＡ分析により、Ｌ７６２Ｐに対する反応性について、モノクローナル上清を試験することであった。次に、本発明者らは、蛍光定量法を用いた細胞全体のＥＬＩＳＡにより，表面に発現したＬ７６２Ｐに対する反応性について、ヒト上清を試験した。ヒト上清の特異的な反応性を、関連性のないプラスミドもしくはＬ７６２を発現するプラスミドのいずれかでトランスフェクトされた細胞に対するＦＡＣＳ分析を実施することによって確かめた。ＦＩ／ＣＦＩは、抗Ｌ７６２Ｐヒト一次抗体の関連性のないヒト一次抗体に対する蛍光強度（ＦＩ）の相対的な増加倍率である。ＦＩ／ＣＦＩ／Ａ２０は、抗Ｌ７６２Ｐマウスモノクローナル抗体１５３Ａ２０．１のＦＩに対する、抗Ｌ７６２Ｐヒト一次抗体の関連性のないヒト一次抗体に対する蛍光強度（ＦＩ）の相対的な増加倍率である。ＦＩ／ＣＦＩ／Ｒ６９０は、抗Ｌ７６２Ｐウサギポリクローナル抗体のＦＩに対する抗Ｌ７６２Ｐヒト一次抗体の関連性のないヒト一次抗体に対する蛍光強度（ＦＩ）の相対的な増加倍率である。ＦＡＣＳ ＶＲＬ７６２は、Ｌ７６２Ｐを発現するプラスミドでトランスフェクトした細胞（示されたモノクローナル抗体での染色後に陽性であった）のパーセンテージである。ＦＡＣＳ ＶＲ（−）は、関連性のないプラスミドでトランスフェクトされた細胞（示されたモノクローナル抗体での染色後に陽性であった）のパーセンテージを示す。ＥＬＩＳＡは、組換えＬ７６２Ｐタンパク質に対する示されたモノクローナル抗体のＯ．Ｄ．値である。表１３での陰のある行は、さらにクローン化され、特徴づけられた抗体を示す。
Figure 2010227112
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（実施例３２）
（エピトープマッピングおよびＨＬ５２３Ｓ特異的抗体の精製）
この実施例は、ヒトＬ５２３ＳとマウスＬ５２３Ｓのホモログとの間を区別し得、さらにおそらくｈＬ５２３Ｓとｈ５２３Ｓファミリーのメンバー（例えば、ｈＩＭＰ−１およびｈＩＭＰ−２）との間も区別し得るＬ５２３Ｓ抗体の精製を説明する。
Ｌ５２３Ｓ（全長ｃＤＮＡおよびアミノ酸配列は、それぞれ配列番号３４７および３４８に示されている）は、ｈＩＭＰ−１およびｈＩＭＰ−２を含むタンパク質のファミリーの１つである。タンパク質のこのファミリーのメンバーは、互いに高度の類似性を有し、種の間でも非常に類似している。従って、ヒトＬ５２３Ｓを特異的に認識し、ヒトにおけるタンパク質ファミリーの他のメンバーまたはマウスのホモログは認識しない抗体の産生は、困難であった。しかし、Ｌ５２３Ｓのタンパク質発現の検出によって前臨床および臨床のＬ５２３Ｓ ＤＮＡ／アデノウィルスワクチンを評価するためには、ヒトＬ５２３Ｓ特異的抗体は重要である。
ｈＬ５２３Ｓに対して特異的なポリクローナル抗体を実施例２３で示されるように産生した。これら抗体をエピトープをマッピングするために使用した。エピトープ分析は、認識されたｈＬ５２３Ｓの２つの特異的なペプチド（ペプチド１６／１７およびペプチド３２）を示した。
次に、ｈＬ５２３ＳおよびマウスＬ５２３Ｓ（ｍＬ５２３Ｓ）の両方のアミノ酸配列（ペプチド１６／１７およびペプチド３２）を比較した。ペプチド３２／３３は、ｈＬ５２３ＳとＬ５２３Ｓとの間で同一である。しかし、以下の配列が示すように、ペプチド１６／１７は、ヒトとマウスのホモログ間で５つのアミノ酸の違い（下線）を有する。
ｈＬ５２３Ｓ （１６／１７） （配列番号４６８）：
ＩＰＤＥＭＡＡＱＱＮＰＬＱＱＰＲＧＲＲＬＧＱＲ
ｍＬ５２３Ｓ （１６／１７） （配列番号４６９）：
ＩＰＤＥＴＡＡＱＱＮＰＳＰＱＬＲＧＲＲＰＧＱＲ
さらに、ペプチドに基くＥＬＩＳＡは、肺癌患者の血清番号１９７によってペプチド１７が特異的に認識されること示した、さらに、ヒトＩＭＰ（ｈＩＭＰ）ファミリーメンバー間でのペプチド１７の相同性検索は、ファミリーメンバー間のこの領域においては、ほとんど類似性が存在しないことを示す。ｈＬ５２３Ｓペプチド１７（および１６／１７）はｈＬ５２３Ｓファミリーメンバー（例えば、ｈＩＭＰ−１およびｈＩＭＰ−２）に５０％未満の類似性を有する。
Ｌ５２３Ｓ特異的抗体のエピトープマッピングおよび相同性検索からのデータに基いて、次いで実施例２３で示したように、ｈＬ５２３ＳペプチドまたはｍＬ５２３Ｓペプチド１６／１７結合リガンドを、ｈＬ５２３Ｓタンパク質に対して産生されたウサギポリクローナル抗体からヒトまたはマウスＬ５２３Ｓ特異的抗体を精製するために使用した。ｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７またはｍＬ５２３Ｓペプチド１６／１７のいずれかと結合体化したリガンドを用いたアフィニティクロマトグラフィーにより精製されたタンパク質からのデータは、抗体がｍＬ５２３ペプチド１６／１７よりもｈＬ５２３Ｓペプチドにより強く結合することから、ｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７に対して特異的な抗体の親和性は、ｍＬ５２３Ｓペプチドのものに比べてかなり高いことを示す。精製された抗体のヒトＬ５２３Ｓペプチド１６／１７およびマウスＬ５２３Ｓペプチド１６／１７に対する親和性の違いを、ペプチドに基いたＥＬＩＳＡにより確認した。ｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７により精製された抗体は、ヒトＬ５２３Ｓペプチド１６／１７に選択的に結合するが、ｍＬ５２３Ｓペプチド１６／１７にほとんどまたは全く結合しない。
本来のポリクローナル抗体およびｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７によって精製された抗体をさらに特徴づけるために、ｈＬ５２３Ｓタンパク質の源としてヒト肺腺癌株およびｍＬ５２３Ｓタンパク質の源としてマウス全身胚（妊娠１７日）を用いた免疫ブロット分析を行った。この分析は、ｈＬ５２３Ｓに特異的なポリクローナル抗体が、腫瘍細胞株で発現しているｈＬ５２３Ｓタンパク質ならびに妊娠１７日の全身胚で発現しているｍＬ５２３Ｓを認識することを示した。しかし、ｈＬ５２３Ｓペプチド３２／３３の添加は、抗体のヒトＬ５２３ＳおよびマウスＬ５２３Ｓタンパク質への結合をブロックする。従って、ポリクローナル抗体のｍＬ５２３Ｓタンパク質への交差反応性は、ｈＬ５２３Ｓペプチド３２／３３に特異的な抗体の存在に起因する。実に対照的に、ｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７に特異的な精製された抗体は、マウスの胚で発現されたｍＬ５２３Ｓタンパク質には結合しないが、ヒト肺腺癌株で発現したｈＬ５２３Ｓタンパク質は認識する。これらデータは、上記したｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７およびｍＬ５２３Ｓペプチド１６／１７を用いたＥＬＩＳＡのデータを確証する。
抗体を精製するために使用されるｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７のアミノ酸配列は、ウェスタンブロット分析およびペプチドに基いたＥＬＩＳＡではｈＬ５２３Ｓ特異的抗体によって認識されないｍＬ５２３Ｓペプチド１６／１７に約６０〜７０％類似している。ｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７はｈＬ５２３Ｓファミリーメンバー（例えば、ｈＩＭＰ−１およびｈＩＭＰ−２）に５０％未満の類似性を有する。まとめると、これらデータは、本明細書中で記載されるｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７により精製された抗体はまた、他のｈＬ５２３Ｓファミリーメンバーからｈ５２３Ｓタンパク質を区別する可能性が高いことを示唆する。
要約すれば、ｈＬ５２３Ｓペプチド１６／１７で精製された抗体は、マウスＬ５２３Ｓホモログを認識しない。ｈＬ５２３Ｓファミリーメンバー間のペプチド１６／１７のアミノ酸配列は、ヒトＬ５２３ＳとマウスＬ５２３Ｓとの間よりも類似性が低い。従って、ヒトＬ５２３ＳとマウスＬ５２３Ｓとの間およびタンパク質のｈＬ５２３Ｓファミリーメンバー間を区別するために、上記されたｈＬ５２３Ｓ特異的抗体を使用し得る。その結果、ｈＬ５２３Ｓ特異的抗体を、動物およびヒトにおけるｈＬ５２３Ｓタンパク質の発現を正確に検出するために使用し得る。
（実施例３３）
（インビボでの肺腫瘍抗原Ｌ５２３の免疫原性）
この実施例は、Ｌ５２３を含むアデノウィルスもしくはＬ５２３裸のＤＮＡいずれかをマウスに接種、その後Ｌ５２３を含むアデノウィルスにより第２の免疫を評価するためのインビボにおける免疫原性の２つの研究を説明する。
最初の研究は、２種類のマウスの株をＬ５２３アデノウィルスで免疫することを含む。マウスのＣ５７Ｂ１６株は、ＨＬＡ−Ｈ−２ｂ型に対してホモ接合性である。一方、Ｂ６Ｄ２（Ｆ１）系統は、ＨＬＡ−Ｈ−２ｂ／ｄ型に対してヘテロ接合性である。表１４は、使用した初期免疫戦略を示す。
（表１４：Ｌ５２３アデノウィルス単独での免疫：実験計画）
Figure 2010227112
 ＰＦＵ＝プラーク形成単位；ＧＦＰ＝緑色蛍光タンパク質；Ａｄ：アデノウィルス
マウスを１０８ＰＦＵのＬ５２３−アデノウィルスまたは１０７ＰＦＵの関連性のないアデノウィルス（ｈｒＧＦＰ）で皮内に免疫した。免疫後３週間、マウスの全ての群においてＬ５２３に対するＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａ抗体の応答を調べた。簡単に言えば、組換え全長Ｌ５２３（ｒＬ５２３）を種々の希釈物でＥＬＩＳＡのプレートおよび血清の上に被せ、ウェルへ添加した。６０分のインキュベートの後、ウェルから血清を洗い流し、二次抗体（ＩｇＧ１またはＩｇＧ２ａいずれかに対して特異的）をプレートに加えた。両方の抗体は、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）に直接結合体化していた。Ｌ５２３抗体のレベル（ＩｇＧまたはＩｇＧ２のいずれか）を全ての群において測定した。Ｃ４７ＢＬ６マウスでは、免疫の後にＬ５２３特異的抗体がほとんど〜全く検出されなかった。しかし、Ｌ５２３アデノウィルスで免疫されたマウスのＢ６Ｄｓ（Ｆ１）株では、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａの両方のＬ５２３特異的抗体が、１／１０００程の血清希釈の低さまで検出された。
血清でのＬ５２３特異的抗体の検出に加え、インビトロにおけるＬ５２３タンパク質での刺激後の免疫脾臓細胞由来のインターフェロンγ（ＩＦＮ−γ）を分析した。簡単に言えば、脾細胞を全てのマウス群から収集し、９６ウェルプレート中で３日間、培養した。培養条件には、培地単独、１μｇ／ｍｌまたは１０μｇ／ｍｌのｒＬ５２３タンパク質、または５μｇ／ｍｌのコンカナバリンＡ（ＣｏｎＡ）を含んだ。３日後、上清を収集し、上清でのＩＦＮ−γレベルについて分析した。
Ｌ５２３−アデノウィルスでの免疫は、ｒＬ５２３で刺激された脾臓細胞から強いＩＦＮ−γ応答を惹起するが、関連性のないアデノウィルスでの免疫は惹起しなかった。高いレベルのＩＦＮ−γの産生、ならびに低い抗原濃度（１μｇ／ｍｌ）での刺激が高い抗原濃度（１０μｇ／ｍｌ）で見られるものと同じように強い応答を惹起するという事実で実証されるように、一般的に、応答は、Ｂ６Ｄ２（Ｆ１）マウス株においてより強い。
最後に、インビトロにおいてｒＬ５２３タンパク質での刺激による免疫脾細胞からのＴ細胞の増殖応答を、アッセイした。簡単に言えば、脾細胞を培地単独、１μｇ／ｍｌまたは１０μｇ／ｍｌのｒＬ５２３タンパク質またはＣｏｎＡと共に８６ウェルプレートで４日間培養した。次いで、培養の最後の８時間、培養物を３Ｈ−チミジンでパルスした。結果を、培地単独での刺激に対する抗原の存在での刺激指数（ＳＩ）として示す。結果は、ＩＦＮ−γアッセイにおいて得られたものと一致していた。Ｌ５２３アデノウィルスでの免疫は、ｒＬ５２３で刺激される脾細胞における増幅応答を惹起した。強いＳＩ（平均＞２０）をＢ６Ｓ２（Ｆ１）マウス系統から収集した脾細胞で検出したが、関連のないアデノウイルスは惹起しなかった。検出された増幅のレベルは、両方のタンパク質濃度で類似していた。Ｃ５７ＢＬ６マウス系統では、Ｔ細胞増殖は、ほとんどまたは全く検出されなかった。
第２の研究は、最初にＬ５２３裸のＤＮＡでの２種類のマウス株の免疫、それに続いて２週間後にＬ５２３アデノウィルスでの第２の免疫を含む。ブーストの３週間後に、このマウスを収集する。表１５は、第２の研究の免疫レジメンを説明する。
（表１５：Ｌ５２３ＤＮＡでの免疫、その後のＬ５２３−アデノウィルスでの第２の免疫：実験計画）
Figure 2010227112
 ＰＦＵ＝プラーク形成単位；ＧＦＰ＝緑色蛍光タンパク質；Ａｄ：アデノウィルス
第１の研究で説明されたように、強いＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａ抗体応答を、Ｌ５２３−アデノウィルスでの免疫後のＢ６Ｄ２（Ｆ１）マウスで検出した。Ｌ５２３ ＤＮＡでの免疫は、Ｌ５２３−アデノウィルス単独での免疫で達成される応答に比べて、Ｌ５２３特異的抗体応答を上昇させるように思われた。Ｌ５２３アデノウィルスで免疫した後、Ｃ５２３ＢＬ６マウスは、ほとんどまたは全くＬ５２３特異的抗体応答を惹起しなかったが、Ｌ５２３ＤＮＡでの免疫、その後、第２のＬ５２３アデノウィルスでの免疫を行ったマウスにおいて、いくらかのわずかな陽性応答を検出した。
インビトロにおいて、ｒＬ５２３タンパク質で刺激による、免疫脾細胞由来のＩＦＮ−γ応答をアッセイした。これら結果は、動物におけるＬ５２３の免疫原性を示す最初の研究において検出されたものを確証する。これらの結果はまた、Ｌ５２３−アデノウィルスでの免疫の前に、まずＬ５２３ ＤＮＡ動物で免疫することは、ＣＤ４応答を有意に上昇させないことを示唆する。第１の研究のように、マウスのＢ６Ｄ２（Ｆ１）系統における応答がｍＣ５７ＢＬ６系統に比べて、強いように思われる、
第１の研究のように、インビトロにおいて、ｒＬ５２３タンパク質で刺激による、免疫脾細胞由来のＴ細胞増殖応答をアッセイした。２回の免疫を用いたこの結果は、第１の研究から得られたものと一致している。Ｌ５２３アデノウィルスでの第２回目の免疫の前のＬ５２３ＤＮＡでの免疫は、マウスにおいて生成される増殖応答を有意に増殖させなかった。第１の研究のように、マウスのＢ６Ｄ２（Ｆ１）系統における応答はｍＣ５７ＢＬ６系統に比べて、強かった。
マウスの２種の系統の間でのＨＬＡ型における違いは、検出された免疫応答の程度の変化を説明し得る。上記のように、Ｃ５７ＢＬ６株は、Ｈ−２ｂについてホモ接合性である。一方、Ｂ６Ｄ２（Ｆ１）系統は、Ｈ−２ｂ／ｄについてヘテロ接合性である。Ｂ６Ｄ２（Ｆ１）系統ＨＬＡ型の増加した多様性は、Ｌ５２３タンパク質から誘導されるより多くの数のエピトープが提示されることを可能にする。この株では、Ｈ−２ｂとＨ−２ｄとの両方に特異的なエピトープが提示され得る。一方。Ｃ５７ＢＬ６株によっては、Ｈ−２ｂのみが提示され得る。
（実施例３４）
（Ｌ５２３Ｓ組換えタンパク質に対するマウスモノクローナル抗体の産生）
この実施例は、肺腫瘍抗原、Ｌ５２３Ｓについて特異的なマウスモノクローナル抗体の産生を説明する。これらデータは、Ｌ５２３Ｓが免疫原性であり、インビボでのＢ細胞免疫応答を産生するための使用を支持することを示す。さらに、本明細書中で産生される抗体は、診断的な免疫治療適用および受動免疫治療適用において使用され得る。
抗体産生のために使用されるタンパク質の産生および精製：組換えＬ５２３Ｓタンパク質を発現するＥ．ｃｏｌｉを３７℃、振盪培養器中、適切な抗体を有するＬＢ培地で一晩増殖させた。次の朝、１０ｍｌの一晩の培養物を、２Ｌバッフル（ｂｕｆｆｌｅｄ）Ｅｒｌｅｎｍｅｙｅｒフラスコ中の適切な抗生物質を有する５００ｍｌの２Ｘ ＹＴに加えた。培養物の光学密度（５６０ナノメーターでの）が０．４〜０．６に到達した際、細胞をＩＰＴＧ（１ｍＭ）で誘導する。ＩＰＴＧとのインキュベーションの４時間後、細胞を遠心により収集した。次いで、細胞をリン酸緩衝食塩水で洗浄し、再び遠心した。上清を捨て、細胞を将来のために保存するか、直ぐに加工した。２０ｍｌの溶解緩衝液を細胞のペレットに加え、ボルテックスした。Ｅ．ｃｏｌｉ細胞を溶解するために、次いでこの混合物を、１６．０００ｐｓｉの圧力でＦｒｅｎｃｈ Ｐｒｅｓｓに通した。次いで、細胞を再び遠心し、上清およびペレットを、組換えタンパク質の群分離のためにＳＤＳ−ＰＡＧＥにより確かめた。細胞ペレットに局在するタンパク質については、ペレットを、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）、１％ ＣＨＡＰＳで再懸濁し、封入体ペレットを洗浄し、さらに再び遠心した。この手順を２回以上反復した。
洗浄した封入体ペレットを、８Ｍ尿素または１０ ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．０）および１０ｍＭイミダゾールを含む６ＭグアニジンＨＣｌのいずれかに可溶化した。可溶化したタンパク質を、５ｍｌのニッケル−キレート樹脂（Ｑｉａｇｅｎ）に加え、室温で４５分〜１時間、連続攪拌しながらインキュベートした。インキュベーションの後、樹脂およびタンパク質の混合物を使い捨てのカラムに流し込み、流れ通ってきたものを収集した。次いで、１０〜２０のカラム体積の可溶化緩衝液でカラムを洗浄した。それから、８Ｍ尿素、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．０）および３００ｍＭイミダゾールを用いて抗原をカラムから溶離し、３ｍｌの画分において収集した。さらなる精製のためにどの画分をプールすべきかを決定するようＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルを行った。最終の精製工程として、Ｈｉ−Ｐｒｅｐ Ｑ（Ｂｉｏｒａｄ）といった強い陰イオン交換樹脂を適切な緩衝液で平衡化し、上のプールした画分をカラムに充填した。それぞれの抗原を漸増の塩勾配でカラムから溶離した。カラムが作動している間に画分を収集し、カラムからのどの画分をプールすべきかを決定するためにさらなるＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルを行った。プールした画分を１０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．０）に対して透析した。次いで、この物質を最終放出のためにＱｕａｌｉｔｙ Ｃｏｎｔｒｏｌに供した。放出基準は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥまたはＨＰＬＣにより決定される精製度、Ｌｏｗｒｙアッセイまたはアミノ酸分析により決定される濃度、アミノ末端タンパク質配列によって決定される同一性であり、さらに内毒素のレベルは、Ｌｉｍｕｌｕｓ（ＬＡＬ）アッセイによって決定された。それから、０．２２ミクロンフィルターを通してのろ過の後に、タンパク質をバイアルに入れ、抗原を免疫に必要になるまで凍結した。
抗Ｌ５２３Ｓマウスモノクローナル抗体産生のために、エマルジョンを形成するために同じ体積のＣｏｍｐｌｅｔｅ Ｆｒｅｕｎｄ’ｓ Ａｄｊｕｖａｎｔ（ＣＦＡ）と混合した組換えＬ５２３Ｓタンパク質（５０μｇ）を有するＩＰでマウスを免疫した。３週間毎に、動物にエマルジョンを形成するため同じ体積のＩＦＡと混合した組換えＬ５２３Ｓタンパク質（５０μｇ）を有するＩＰを注射した。４回目の注射の後、膵臓を単離し、抗Ｌ５２３Ｓマウスモノクローナル抗体産生のために標準的なハイブリドーマ融合手順を使用した。
抗Ｌ５２３Ｓモノクローナル抗体を以下のように細菌で発現された組換えＬ５２３Ｓタンパク質を用いたＥＬＩＳＡ分析によりスクリーニングした。５０μｌ（代表的には１μｇ）の抗原と４℃で２０時間インキュベートすることで、９６ウェルプレートを抗原で覆った。２５０μｌのＢＳＡブロッキング緩衝液をウェルに加え、室温で２時間、インキュベートした。プレートをＰＢＳ／０．０１％ｔｗｅｅｎで６回洗浄した。１ウェルあたり希釈していないモノクローナル上清の各々の５０μｌを加え、室温で３０分インキュベートした。５０μｌの１：１０００希釈のヤギ抗マウス西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）を加え、室温で３０分、インキュベートする前に、上記したように、プレートを洗浄した。上記のようにプレートを洗浄し、１００μｌのＴＭＢ Ｍｉｃｒｐｗｅｌｌ Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅを各ウェルに加えた。室温、暗所での１５分間のインキュベーションの後、１００μＬの１Ｎ Ｈ２ＳＯ４で比色反応を止め、すぐに４５０ｎｍで測定した。産生されたマウス抗Ｌ５２３Ｓモノクローナル抗体の一覧ならびにＥＬＳＡアッセイおよびウェスタンブロットにおけるそれら反応性を、表１６に示す。ウェスタンブロット分析のために、組換えＬ５２３Ｓタンパク質を、β−メルカプトエタノールを含むＳＤＳ−ＰＡＧＥ充填緩衝液で希釈し、次いでＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルに充填する前に、１０分間、沸騰した。タンパク質をニトロセルロースへ移し、抗Ｌ５２３Ｓハイブリドーマ上清の各々でプローブした。抗マウス−ＨＲＰをＬ５２３Ｓ反応性のバンドをＥＣＬの基質中、インキュベートすることによって可視化するために使用した。
（表１６：Ｌ５２３Ｓモノクローナル抗体のＥＬＩＳＡ分析およびウエスタンブロット分析）
Figure 2010227112
 ＮＤ：決定せず。
上記の実施例に記載されるデータは、Ｌ５２３Ｓが免疫原性であり、Ｂ細胞免疫応答をインボで生成するために使用され得ることを示す。さらに、本明細書中で生成される抗体は、診断適用および受動免疫療法適用において有用性を有する。
（実施例３５)
（Ｌ５２３Ｓ特異的細胞およびｌ５２３Ｓ Ｔ細胞エピトープの同定）
この実施例は、Ｌ５２３Ｓ抗原特異的Ｔ細胞によって認識される特異的エピトープの同定を記載する。これらの実験は、さらに、Ｌ５２３Ｓタンパク質の免疫原性を確認し、そしてワクチンおよび／または他の免疫療法アプローチための標的としてのその使用を支持する。
２０マーペプチド（１０アミノ酸だけ重複し、Ｌ５２３Ｓのアミノ酸配列全体（配列番号１７６で示されるＬ５２３Ｓの全長アミノ酸配列）にわたる）のプールを、正常なドナーＰＢＭＣ由来のＴ細胞を用いてインビトロ培養するのに使用して、ＣＤ４およびＣＤ８ Ｔ細胞を増殖した。培養物を、複数のドナーから確立し、そして連続的なインビトロ刺激の後に、Ｔ細胞応答をモニタリングした。Ｌ５２３Ｓ特異的Ｔ細胞応答は、４の正常ドナーのうち４つで検出された。多数の腫瘍抗原が、妥当なワクチン候補である各腫瘍型について同定される場合、この方法は、異なる抗原の抗原特異的Ｔ細胞頻度を比較するために使用され得る。
Ｔ細胞株を、正常ドナーＰＢＭＣから作製した。Ｔ細胞の供給源は、１〜２日間予備培養したＰＢＭＣのＣＤ６９陰性集団由来であった。いくつかの異なるプライミング条件を評価して、最も効率的な方法を同定した。これらの条件を、表１７にまとめる。全てのアッセイにおいて、Ｔ細胞を、初めに、表１７に記載の条件の１つと、ＩＬ−１２とを用いて、２〜３日間プライミングした。次いで、ＩＬ−２およびＩＬ−７を、この培養物に加え、この培養物をさらに１週間培養した。次いで、この培養物を、重複Ｌ５２３Ｓペプチドのプール全体でパルスしたＰＢＭＣで、２回または３回再刺激した。これらの細胞を、最後の再刺激後に回収し、そしてＩＦＮ−γ可溶化ＥＬＩＰＯＴアッセイを使用して、抗原特異性について分析した。表１７に示されるように、ペプチドパルス化樹状細胞（ＣＤ）を用いて培養物をプライミングすることが、９６ウェルプレートまたは２４ウェルプレートのいずれにおいても、抗原特異的Ｔ細胞株を生成するのに最も効率的であった。
（表１７：Ｌ５２３Ｓ重複ペプチドでドナーＴ細胞をプライミングするために使用される条件）
Figure 2010227112
Figure 2010227112
略語：９６Ｕ：９６ウェルＵ底プレート；２４Ｆ：２４ウェル平底プレート。
上記のように生成されたＴ細胞株のさらなる分析は、これらの株が一般に、全タンパク質抗原およびペプチドでパルスされた標的細胞を認識することを示し、このことは、同定されたエピトープの少なくともいくつかが天然でプロセシングされることを実証する。抗ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩ抗体を使用するさらなる分析は、Ｔ細胞応答のいくつかは、ＭＨＣクラスＩ制限型（ＣＤ８＋ Ｔ細胞媒介型）であるが、この方法を使用して生成されるＴ細胞応答のほとんどは、ＭＨＣクラスＩＩ制限型であり、従って、ＣＤ４＋Ｔ細胞によって媒介されることを示した。
Ｌ５２３Ｓ分子全体にわたる重複ペプチドのプールを使用してＴ細胞株を生成した後、次いで、Ｌ５２３Ｓをより小さい領域に破壊するより少ないペプチドのプールでパルスした標的細胞を使用して、４種の異なるドナーから生成された株によって認識されるエピトープをさらにマッピングした。表１８は、表１７に記載される異なる条件を使用するエピトープマッピング分析をまとめる。ペプチドを含む重複ペプチドのプール（プール１−６，１４−１９，２０−２５、２６−３０．５、３１−３６，３７−４０．５，４１−４６．５および４７−５３）のＡＭＩのアミノ酸配列を、配列番号４７０〜４７７に示す。さらなるドナーのＤ３６６由来のＴ細胞を使用する最小のエピトープマッピングは、ペプチド＃４（配列番号４７０）がこのドナーにおいて認識されたことを証明した。
（表１８：Ｌ５２３Ｓエピトープ分析の要約）
Figure 2010227112
Figure 2010227112
さらなる研究において、Ｌ５２３Ｓに加え、ドナーＤ４４６を２つの他の肺特異的な抗原に対するＴ細胞の応答についてさらに調べた。Ｔ細胞株を産生し、３つ全ての肺特異的抗原について重複しているペプチドを用いて、Ｄ４４６由来のエピトープを同定した。この実施例は、単一のドナーが、Ｌ５２３を含む種々の抗原に対するＴ細胞応答を有し得ることを示した。関連した研究において、３つの異なるドナーを、同じ肺特異的抗原に対するＴ細胞の応答について分析した。３つ全てのドナーは、この抗原の異なるエピトープを認識した。従って、これらデータは、肺癌に対するワクチン戦略において、Ｌ５２３Ｓを含む種々の肺癌抗原由来の種々のエピトープの使用を支持する。
要約すれば、Ｔ細胞株を産生するために、およびこれら株により認識されるＴ細胞エピトープをマッピングするために、Ｌ５２３タンパク質全体にわたる重複した２０マーのペプチドのプールを使用した。ほとんど（しかし、全てではない）のＴ細胞株はまた、タンパク質全体でパルスされた標的細胞を認識した。このことは、少なくともいくつかのエピトープは、自然にプロセッシングされていることを示唆する。さらに、プールされたペプチドもしくは個々のペプチドによりパルスされた標的に対する応答は、タンパク質全体でパルスした標的細胞の応答に比べて同じまたは高かった。このことは、この技術が、免疫応答の検出についてより敏感であることを示す。さらに、この技術は、ＨＬＡ型に関係なく、全ての個体に使用され得る。肺特異的な抗原に対するＴ細胞の応答を調べるためのこのアプローチのさらなる利点は、Ｅ．ｃｏｌｉ抗原およびウィルス抗原に対する応答が、回避されることである。魅力的なワクチンの候補である所定の腫瘍型に対する多くの抗原が同定され得ることから、この方法論は、異なる抗原の抗原特異的Ｔ細胞頻度を比べるために使用され得る。
上記された実施例は、Ｌ５２３肺腫瘍抗原の免疫原性を確証し、そのワクチンの標的としての使用および免疫治療アプローチとしての使用を支持する。さらに、上記の実施例は、Ｌ５２３Ｓタンパク質の特異的なエピトープ（このようなアプローチの開発において特別に重要であり得る）を同定する。
（実施例３６）
（インビボでのＬ５２３Ｓのウィルス媒介性送達）
この実施例は、Ｌ５２３Ｓ肺腫瘍抗原を発現する例証となるアデノウィルスの産生を説明する。このベクターを、実施例３３および３７で記載されたように、インビボの免疫原性の研究において使用した。このウィルスベクターおよび他のウィルスベクターは、Ｌ５２３関連癌に対するＤＮＡに基いたワクチン注射および／または免疫治療戦略にいて有用性を有する。
ＣＭＶプロモーターの制御下でヒトＬ５２３Ｓを発現する複製欠損Ｅ１およびＥ３欠失ヒトアデノウィルス血清型５ベクターは、標準的な分子生物学の技術を使用して産生される。アデノウィルスＬ５２３ＳベクターのｃＤＮＡ配列は、配列番号４７９に示されている。全長Ｌ５２３Ｓタンパク質をコードするｃＤＮＡ配列は、対応するアミノ酸配列（配列番号４８０）と共に配列番号４７８に記載されている。この構築物でのヒト細胞の感染は、Ｌ５２３Ｓタンパク質の高い発現レベルを導く免疫ブロット分析により示された。
感染過程の間、宿主細胞へ導入および宿主細胞中で産生されたアデノウィルスタンパク質の抗原性の性質は、免疫学的な標的として免疫の監視およびＬ５２３Ｓの認識を上昇させるように働く。従って、Ｌ５２３Ｓ腫瘍抗原を高いレベルで発現するこのアデノウィルスベクターは、肺癌患者においてＬ５２３Ｓを発現する内因性の腫瘍細胞に対する治療的な免疫応答もしくは治癒的な免疫応答の誘導において、特定の有用性を有する。
（実施例３７）
（肺腫瘍抗原５２３Ｓのインビボでの免疫原性）
この実施例はさらに、インビボでのこの肺腫瘍抗原に対するインビボでの免疫応答生成におけるＬ５２３Ｓ ＤＮＡおよびＬ５２３Ｓアデノウィルスプライム／ブーストレジメンの使用を確証する。さらに、マウスＣＤ４およびヒトＬ５２３ＳのＣＤ８ Ｔ細胞エピトープは、本明細書中で記載されている。本明細書中で記載されている結果は、Ｌ５２３Ｓに関連した癌の治療に対するワクチン戦略としてのＬ５２３Ｓ ＤＮＡおよびアデノウィルスプライム／ブーストレジメンの使用に対する支持を提供する。
結果は、Ｌ５２３Ｓ ＤＮＡでの免疫の後に、Ｌ５２３Ｓアデノウィルスでのブーストが続くワクチン戦略は、強いＣＤ４およびＣＤ８ Ｔ細胞応答ならびに抗体応答を惹起を示した。これら結果はさらに、Ｃ５７Ｂ１／６マウスは、主に強いＣＤ８Ｔ細胞応答を惹起するが、一方、Ｂ６Ｄ２Ｆ１マウスは、主に強いＣＤ４応答およびＬ５２３に対する抗体応答を惹起することを示した。ＣＤ８ Ｔ細胞エピトープをＬ５２３Ｓタンパク質のアミノ酸９〜２７（ＬＳＥＮＡＡＰＳＤＬＥＳＩＦＫＤＡＫＩ；配列番号４８１）に対応する領域に含まれるとして、同定した。エピトープは、よくマッピングされている（最小で９マーまで、ＡＡＰＳＤＬＥＳＩ、配列番号４９１に示されている）。ＣＤ４エピトープを、Ｌ５２３Ｓタンパク質のアミノ酸３３〜７５（ＦＬＶＫＴＧＹＡＦＶＤＣＰＤＥＳＷＡＬＫＡＩＥＡＬＳＧＫＩＥＬＨＧＫＰＩＥＶＥＨＳＶＰ；配列番号４８２に示されている）に対応する領域に含まれるとして同定した。ＣＤ４とＣＤ８エピトープとの両方のＴ細胞認識に必要な最低限のエピトープは、現在同定されつつある。
この研究は、本質的に実施例３３で記載されるように、まずＬ５２３裸のＤＮＡでの２種類のマウスの免疫、続く２週間後のＬ５２３Ｓアデノウィルスでの第２の免疫（実施例３６）含む。ブーストの３５日後で、マウスを収集した。表１９は、第２の研究の免疫レジメンを説明する。
（表１９：ＤＮＡでの免疫、その後のＬ５２３アデノウィルスでの第２の免疫：実験計画）
Figure 2010227112
 ＰＦＵ：プラーク形成単位；Ａｄ：アデノウィルス
＊Ｌ５２３Ｓは、標準的な技術を用いてｐＶＡＸベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）へクローニングされた。
複数のＣＤ８およびＣＤ４ Ｔ細胞アッセイを、インビボでのＬ５２３Ｓ ＤＮＡ／アデノウィルスプライムブースト戦略の免疫原性を決定するために、さらに認識される特異的なエピトープを同定するために使用した。
（ＣＤ８ Ｔ細胞アッセイ）
Ｌ５２３Ｓタンパク質全体にわたって重複する１５マーペプチドのプールを、脾細胞を直接刺激するために使用した。４８時間の刺激の後、ＩＦＮγ産生細胞を、ＩＦＮγ ＥＬＩＳＰＯＴにより分析した。この実施例は、プール１内のＬ５２３Ｓペプチド３および４（Ｌ５２３Ｓタンパク質のアミノ酸９〜２７に対応する（ＬＳＥＮＡＡＰＳＤＬＥＳＩＦＫＤＡＫＩ；配列番号４８１に示される）に特異的な強いＣＤ８ Ｔ細胞が、Ｌ５２３Ｓ免疫Ｃ５７ｂ１／６マウスにおいて存在するが、免疫Ｂ６Ｄ２Ｆ１マウスにおいては存在しないことを示す。エピトープは、よくマッピングされている（最小９マーまで、ＡＡＰＳＤＬＥＳＩ，配列番号４９１に記載）。脾細胞を、重複したペプチドのプールで６時間刺激し、細胞間サイトカイン（ＩＦＮγ）染色を使用して分析した。結果は、強いＣＤ８Ｔ細胞応答が、Ｌ５２３Ｓペプチドプール１に対してＣ６７ｂ１／６マウスで生成されが、免疫Ｂ６Ｄ２Ｆ１マウスにおいては、Ｌ５２３Ｓペプチドに対する応答が検出されないことを確証した。免疫Ｃ５７ｂ１／６マウスにおけるペプチド特異的ＩＦＮγＣＤ８陽性Ｔ細胞の割合は、０．１７〜２．８６の範囲（培地単独のコントロールは、０．０２〜０．０８の範囲；ペプチドプール１について未処理コントロールは、０．０６；関連のないペプチドコントロールは、０．０４〜０．０７の範囲）である。次いで、エフェクター細胞としてＬ５２３Ｓ形質転換腫瘍細胞および、標的としてＬ５２３Ｓで形質転換されたペプチドパルス化腫瘍細胞（Ｆ４５）または腫瘍細胞（ＥＬ−４もしくはＲＭＡ）で６日間、刺激した脾細胞を用いてクロム遊離アッセイを実施した。結果は、免疫されたＣ５７ｂ１／６マウス中に存在するＬ５２３Ｓペプチドに対して特異的なＣＤ８Ｔ細胞は、機能的に溶解性であることを、確証した。また、Ｂ６Ｄ２Ｆ１マウスにおいて、これらＬ５２３Ｓに対する非溶解性のＴ細胞応答を検出した。
（ＣＤ４ Ｔ細胞アッセイ）
上記されるように、直接的なＩＦＮγ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイは、Ｂ６Ｄ２Ｆ１マウスにおいて中程度の応答を検出することを示した。プール３〜４内のＬ５２３Ｓペプチド（Ｌ５２３Ｓタンパク質のアミノ酸３７〜７５（ＦＬＶＫＴＧＹＡＦＶＤＣＰＤＥＳＷＡＬＫＡＩＥＡＬＳＧＫＩＥＬＨＧＫＰＩＥＶＥＨＳＶＰ）に対応する；配列番号４８２に記載）に特異的なＣＤ４ Ｔ細胞が、Ｌ５２３Ｓ免疫されたＢ６Ｄ２Ｆ１マウス中で存在する。免疫されたＣ５７ｂ１マウスにおいて、これらペプチドに対する応答は、検出されなかった。細胞間サイトカイン染色は、Ｌ５２３Ｓ免疫Ｂ６Ｄ２Ｆ１マウスにおいてＩＦＮγ産生ＣＤ４ Ｔ細胞が存在することを確証した。免疫されたＢ６Ｄ２Ｆ１マウスにおけるペプチド特異的ＩＦＮγ産生ＣＤ４陽性Ｔ細胞の割合は、０．２９〜０．５の範囲（培地単独のコントロールは、０．０１〜０．０５の範囲；ペプチドプール３／４について未処理コントロールは、０．０３；関連のないペプチドコントロールは、０．０３〜０．０８の範囲）であった。標準的な増殖アッセイおよびＥＬＩＳＡアッセイにより示されているように、Ｌ５２３Ｓタンパク質またはペプチドでのインビトロの刺激後３日のＣ５７ｂ１／６マウスとＢ６Ｄ２Ｆ１マウスとの両方でＴ細胞の増殖およびＩＦＮγの産生を検出した。反応性を示すペプチドのプールは、ＩＦＮγＥＬＩＳＰＯＴアッセイおよび細胞間染色アッセイにより検出されたペプチドと同じであった。
（抗Ｌ５２３Ｓ抗体応答：）
Ｌ５２３Ｓに対するＩｇＧ１およびＩｇＧ２抗体応答を、本質的に実施例３３で主に説明したように、全てのマウスの群で調べた。Ｂ６Ｄ２Ｆ１マウスは、Ｌ５２３Ｓ ＤＮＡ／アデノウィルス免疫の後、強い抗Ｌ５２３Ｓ抗体応答（ＩｇＧ応答に比べＩｇＧ２ａ応答がより強い）を引き起こした。以前の結果と一致して、Ｃ５７Ｂ１／６マウスは、Ｌ５２３Ｓ ＤＮＡ／アデノウィルス免疫の後、ほとんどまたは全く抗Ｌ５２３Ｓ抗体応答を引き起こさなかった。
要約すれば、上記さた結果はさらに、ワクチン戦略としてのＬ５２３Ｓ ＤＮＡおよびアデノウィルスプライム／ブーストレジメンの使用を確証する。上記したマウスモデルは、ＤＮＡ／アデノウィルスＬ５２３Ｓ免疫戦略の効力およびＬ５２３Ｓ発現腫瘍に対する治療的免疫および治癒敵免疫におけるＣＤ４、ＣＤ８、および抗体応答それぞれの役割を決定するためのシステムを提供する。さらに、上の実施例は、インビボでＬ５２３Ｓは免疫原性であり、従って、ワクチンおよび他の免疫治療的な戦略に対する標的として有用性を有することを確証する。
（実施例３８）
（Ｌ５２３Ｓの霊長類ホモログの単離）
この実施例は、Ｌ５２３Ｓ肺腫瘍抗原のアカゲザル（Ｍａｃａｃａ ｍｕｌａｔｔａ）ホモログの全長ｃＤＮＡ配列およびタンパク質の配列の単離を説明する。この実験の目的は、Ｌ５２３Ｓワクチン戦略の検証のための動物モデルを同定することであった。
ＰＣＲプライマーの４つの対を、マウスＬ５２３Ｓ配列とヒトＬ５２３Ｓ配列の比較により、Ｌ５２３Ｓ ｃＤＮＡの保存された領域にアニールするよう設計した。アカゲザルの胎盤のライブラリを、標準的な技術を用いて作製し、ライブラリのｃＤＮＡを標準的なＰＣＲ反応でのテンプレートとして使用した。Ｌ５２３Ｓ ｃＤＮＡ全長にわたる４つの重複するアンプリコンを得、配列を決定した（配列番号４８３に示されるｃＤＮＡ；配列番号４８４に記載のアミノ酸配列）。Ｌ５２３Ｓの霊長類ホモログは、ｃＤＮＡおよびアミノ酸レベルで、ヒトＬ５２３Ｓに対して９９％の同一性を有する。従って、この実験は、アカゲザルが、Ｌ５２３Ｓワクチン戦略を検証するための動物モデルを提供することを示す。
（実施例３９）
（バキュロウイルス発現系を使用する昆虫細胞における全長Ｌ５２３Ｓの発現）
この実施例は、バキュロウイルス発現系を使用する、全長肺癌抗原Ｌ５２３ＳとＣ末端１０×Ｈｉｓタグとの、昆虫細胞における発現を記載する。組換えタンパク質は、Ｌ５２３Ｓ発現に関連した癌のための癌ワクチン、抗体治療薬および診断薬の開発において有用性を有する。
全長ｌ５２３Ｓ ｃＤＮＡとそのコザックコンセンサス配列およびＣ末端１０×Ｈｉｓタグ（配列番号４８５で記載されるｃＤＮＡ、配列番号４８６で記載されるアミノ酸配列）を、プライマーｌ５２３Ｆ１（配列番号４８７）およびＬ５２３ＲＶ１（配列番号４８８）を用いて、プラスミドＰＣＥＰ４−Ｌ５２３ＳからＰＣＲによって作製した。精製したＰＣＲ産物を、ドナープラスミドのｐＦａｓｔＢａｃ１のＥｃｏＲ Ｉ部位にクローニングした。組換えドナープラスミドであるｐＦＢＬ５２３を、Ｅ．ｃｏｌｉ株、ＤＨ１０Ｂａｃ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に形質転換して、部位特異的転移によって、Ｅ．ｃｏｌｉ中で組換えバクミド（ｂａｃｍｉｄ）を作製した。この組換えバクミドＤＮＡをＰＣＲ分析によって確認し、その後、Ｓｆ−９昆虫細胞にトランスフェクトして、組換えバキュロウイルスＢＶＬ５２３を作製した。この組換えウイルスを増幅して、Ｓｆ−９細胞における高力価ウイルスストックにした。
ハイファイブ（ｈｉｇｈ ｆｉｖｅ）昆虫細胞株を使用して、タンパク質発現および組換えタンパク質の大規模生成のための条件を最適化した。大規模タンパク質発現について、ハイファイブ昆虫細胞を、組換えバキュロウイルスで、１．０のＭＯＩで、４８時間にわたって感染させて、その後収集した。このタンパク質の同一性を、アフィニティ精製した、Ｌ５２３Ｓに対するウサギポリクローナル抗体を用いるウエスタンブロットによって、およびキャピラリーＬＣ−ＥＳＩ−ＭＳＭＳによる質量分光分析によって確認した。質量分光分析について、キャピラリーカラムを、Ｃ１８樹脂で満たした（内径１００ｍｍ、長さ１２ｃｍ）。ペプチドをこのカラム上で濃縮し、そし２０分にわたる５〜６５％のＢの勾配によって溶出した（Ａ：水中０．２％の酢酸；Ｂ：Ａ中８０％のアセトニトリル）。溶出したペプチドを、エレクトロスプレーイオン化インターフェース（Ｃｙｔｏｐｅｉａ，Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）によるエレクトロスプレーイオン化によってイオントラップ質量分光計（Ｆｉｎｎｉｇａｎ，ＣＡ）に導入し、そしてデータ依存性ＭＳおよびタンデムＭＳ（ＭＳ／ＭＳ）スキャンによって分析した。この実験の間に生じた衝突誘導解離スペクトル（タンデム質量スペクトル、ＭＳ／ＭＳ）を、Ｓｅｑｕｅｓｔソフトウエアを使用してヒトタンパク質データベースおよびＬ５２３Ｓタンパク質データベースに対して検索して、可能性のある配列の一致を同定した。Ｓｅｑｕｅｓｔ検索を使用して、Ｌ５２３Ｓ由来の１３のペプチドを同定し、Ｌ５２３Ｓタンパク質の発現を確認した。
（実施例４０）
（Ｌ５２３Ｓ ＤＮＡおよびアデノウイルスでのワクチン接種後のＬ５２３Ｓ発現マウス腫瘍の退行）
この実施例は、Ｌ５２３Ｓに特異的なＴ細胞が、インビボで腫瘍退行を媒介し得ることを示す。従って、本明細書中のデータは、この肺腫瘍抗原に対するインビボ免疫応答の生成におけるＬ５２３Ｓ ＤＮＡおよびＬ５２３Ｓアデノウイルスプライム/ブーストレジメンの使用を有効にし、そしてＬ５２３Ｓ関連の癌を処置するためのワクチンストラテジーとしてのＬ５２３Ｓ ＤＮＡおよびアデノウイルスプライム／ブーストレジメンの使用に対する支持を提供する。
下記の実験は、腫瘍保護モデルにおけるＬ５２３Ｓワクチン接種のインビボ効果を実証する。このデータは、プライム／ブースト様式での、ＶＲ１０１２−Ｌ５２３ＳプラスミドＤＮＡ（ＶＲ１０１２、Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ １９９６ Ｊｕｎ ２０；７（１０）：１２０５−１４、Ｖｉｃａｌ Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ，９３７３ Ｔｏｗｎｅ Ｃｅｎｔｒｅ Ｃｒｉｖｅ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡを参照のこと）と、組換えＬ５２３Ｓアデノウイルス（実施例３６を参照のこと）との組合わせを用いるワクチン接種が、マウスにおけるＬ５２３Ｓ発現腫瘍細胞の発達を妨げ得ることを実証する。これらの結果は、コントロールのネイティブのマウスと比較して、Ｌ５２３Ｓワクチン接種マウスにおける腫瘍の割合およびサイズの統計的差異を示す。
Ｃ５７Ｂ１／６マウス（１２／群）を、表２０に概説したように免疫した。ＤＮＡ免疫化を、前脛骨筋に筋肉内投与し、そしてアデノウイルス免疫化を、尾部の基部に皮内投与した。２８日目に、７匹の未処理マウスおよび残りの各群８匹のマウスを、３．０×１０５個のＥＬ４−Ｌ５２３Ｓで安定にトランスフェクトした腫瘍細胞を皮下にチャレンジした。腫瘍増殖を、次の３週間の経過にわたって３〜４日ごとにモニタリングした。各群についての平均腫瘍サイズ（ｍｍ）を各時点で測定した。腫瘍チャレンジの２１日後（２１日目）の最終腫瘍測定の前に、４匹の動物を屠殺した。なぜなら、それらの動物の腫瘍があまりにも大きかったからである。これらの動物について、２１日目の喪失した腫瘍測定値を、以前（１８日目）の腫瘍測定値を用いて見積もった。さらに、４マウス／群を、免疫分析のために３５日目に回収した。
（表２０：Ｌ５２３Ｓ ＤＮＡでの免疫、続くＬ５２３Ｓアデノウイルスでの第２の免疫：実験計画）
Figure 2010227112
１５日目、１８日目、および２０日目の測定値について得られた平均腫瘍サイズを、表２１、２２および２３にまとめる。表２４は、２０日目の平均腫瘍測定値（実験群−未処理群）間の差異について９５％の信頼限界を示す。これらの結果は、免疫したマウスおよび未処理のマウスの両方を含む全群において腫瘍発生が１０日目まで非常に類似しているように見えることを示した。同時に、免疫したマウスにおける腫瘍増殖は、一定のままであったか、わずかに退行したが、未処理のマウスにおける腫瘍増殖は、迅速に進行し続けた。これらの観察が有意であることを確認するために、統計分析を以下のように実施した。反復測定値の分散分析（ＡＮＯＶＡ）モデル（処理群、処理群における動物および時間（チャレンジ後の日数）についての項を含む）を、腫瘍測定値データを分析するために使用した。処理群Ｘ時間相互作用が、統計的に有意であった場合、別個のＡＮＯＶＡを各処理群および各時間について実施した。各時点で、各実験群（アデノ＋ＤＮＡ、アデノ単独、ＤＮＡ単独）を、Ｄｕｎｎｅｔｔ’ｓのｔ検定を用いてコントロール群（未処理）と比較した。０．０５レベルの有意差を全ての分析で使用した。
この統計分析は、処理群と時間との間に有意な（ｐ＜０．０００１）相互作用が存在することを示した。従って、各時点において、ＡＮＯＶＡを実施して、平均腫瘍サイズについて処理群と比べた。処理群は、チャレンジ後７日目（ｐ＝０．２８７）または１１日目（ｐ＝０．５７０）のどちらも有意差はなかった。しかし、残りの時点では、処理群の間で有意差が存在した（表２１〜２３）。この分析の結果は、免疫した動物と、未処理の動物との間で、特に最後の時点（２０日目）での腫瘍増殖における統計学的有意差を明らかに示す。
（表２１：１５日目の腫瘍測定値）
Figure 2010227112
 ＊未処理群と０．０５レベルで有意差
（表２２：１８日目の腫瘍測定値）
Figure 2010227112
 ＊未処理群と０．０５レベルで有意差
（表２３：２０日目の腫瘍測定値）
Figure 2010227112
 ＊未処理群と０．０５レベルで有意差
（表２４：２０日目の腫瘍側定値に対する９５％信頼限界）
Figure 2010227112
 ＊０．０５レベルでの差異の比較
まとめると、このデータは、Ｌ５２３Ｓに特異的なＴ細胞が、インビトロでＬ５２３Ｓ発現腫瘍細胞株を認識し溶解する能力があり（実施例３７を参照のこと）、そしてこのようなＴ細胞は、インビボで腫瘍の退行を媒介する能力があることが示される。従って、これらのデータは、Ｌ５２３Ｓに関連する癌を処置するためのワクチンストラテジーとして、Ｌ５２３Ｓ ＤＮＡおよびアデノウイルスプライム／ブーストレジメンを使用すること支持する。
（実施例４１）
（インビトロプライミングによるＬ５１４Ｓ特異的細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の生成およびＣＴＬエピトープの同定）
本実施例は、正常なドナー由来のＬ５１４Ｓ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の生成、およびＬ５１４Ｓ ＣＴＬエピトープの同定を記載する。Ｌ５１４Ｓは、非小肺癌腫で優先的に発現する肺腫瘍抗原である。これらの実験は、Ｌ５１４Ｓタンパク質の免疫原性をさらに確認し、そしてワクチンおよび／または他の免疫療法的アプローチのためのターゲットとしての、Ｌ５１４Ｓタンパク質の用途を支持する。さらに、本実験は、ワクチンおよび免疫療法的戦略で使用され得る例示的なＴ細胞エピトープを同定する。
自己樹状細胞を、ＧＭ−ＣＳＦ（５０ｎｇ／ｍｌ）およびＩＬ−４（３０ｎｇ／ｍｌ）を使用して、パーコール精製した単球から分化させた。５日間の培養後、この樹状細胞を、２０のＭＯＩにて、組換えＬ５１４Ｓ−アデノウイルスで感染させた。感染後、２μｇ／ｍｌのＣＤ４０Ｌ（三量体）を添加して、ＤＣを成熟させた。ＣＤ８＋細胞を、ＣＤ４およびＣＤ１４−陽性細胞の除去により富化した。プライミング培養を、６枚の９６−ウェルプレートの個々のウェルにおいて、ＩＬ−６およびＩＬ−１２で開始した。これらの培養物を、ＩＦＮ−γで処理した自己線維芽細胞を使用して、ＩＬ−２の存在下で再刺激し、Ｌ５１４ＳおよびＣＤ８０で形質転換した。３回の再刺激サイクルの後、Ｌ５１４Ｓ特異的ＣＴＬ活性の存在を、Ｌ５１４Ｓか無関係な抗原であるＬ５２２Ｓのどちらかを発現するように形質転換したＩＦＮ−γ処理した自己線維芽細胞をＡＰＣとして使用して、ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイで評価した。約５７６株のうち、８株がＬ５１４Ｓを特異的に認識したようであったと同定した。株２−４Ａ、株３−１２Ｅ、および株５−３Ｃを、抗ＣＤ３および支持細胞を使用して、クローニングした。そのクローンを、Ｌ５１４Ｓ形質転換性線維芽細胞に対する特異性に関して試験した。抗体ブロッキングアッセイでは、Ｌ５１４Ｓで形質転換した線維芽細胞を、抗体遮断薬で予め３０分間処理し、一度Ｔ細胞を添加すると、最終濃度を５０μｇ／ｍＬにした。ＨＬＡ−ミスマッチアッセイでは、ＤＣのパネルを、１０のＭＯＩにて、アデノウイルスＬ５１４かコントロールのアデノウイルスのどちらかで感染させた。この感染は、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイでアッセイする前に、４８時間かけて行った。
ＣＴＬを生成するために、自己樹状細胞を、Ｌ５１４Ｓを発現する組換えアデノウイルスで感染させた。精製したＣＤ８Ｔ細胞を、感染させたＤＣにより刺激し、次いで、ＩＬ−２の存在下、Ｌ５１４Ｓを発現する自己線維芽細胞および同時刺激性分子ＣＤ８０を使用して、１週間にわたって再刺激した。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を使用して、Ｌ５１４Ｓを発現する標的細胞は特異的に認識するがコントロールの抗原は認識しない、８つのミクロ培養物を同定した。８株すべてを再刺激し、ＥＬＩＳＰＯＴによりＬ５１４Ｓに対して特異的であることを確認した。同時に、８株のうち３株をクローニングした。これら３株を、２−４Ａ、３−１２Ｅ、および５−３Ｃとして参照した。Ｌ５１４Ｓ特異的クローンを、３株すべてから得た。株２−４Ａから５０の特異的クローンを得、株３−１２Ｅから１１の特異的クローンを得、株５−３Ｃから１７の特異的クローンを得た。
各々の株由来のクローンを、抗体ブロッキングアッセイにおいて、ＨＬＡ制限を決定するために試験した。試験したクローンのすべてが、制限されたＨＬＡ−Ｂ／Ｃであるようであった。アデノウイルス−Ｌ５１４Ｓのパネル、および特定のＨＬＡ対立遺伝子においてマッチしたアデノウイルスコントロール感染ＤＣを使用した、さらなる実験で、これらのクローンがＨＬＡ＊Ｂ４４０３により制限されることが示された。
これらのクローンにより認識されるエピトープをマッピングするために、株２−４Ａ由来のクローン６および株３−１２Ｅ由来のクローン１を、Ｌ５１４Ｓタンパク質全体にわたる１５のアミノ酸を重複する、２０マーのＬ５１４Ｓペプチドでパルスした自己ＰＢＭＣに対して、さらに試験した。両方のクローンが、ペプチド２８を認識した。最小のエピトープを高精度にマッピングするために、ペプチド２８由来のより小さいペプチドを作製し、１０マーの最小エピトープをペプチド１０として同定した（配列番号４９０に示す；このエピトープをコードするｃＤＮＡを配列番号４８９に示す）。
結論として、こられのデータは、Ｔ細胞抗原としてのＬ５１４Ｓの免疫原性、ならびに肺癌ワクチンの成分としてのＬ５１４Ｓの適合性を確認した。さらに、上記の実験は、このようなワクチンの開発においてとりわけ重要であり得るＬ５１４Ｓタンパク質の特異的エピトープを同定した。
（実施例４２）
（肺癌患者由来の生物学的サンプルにおける腫瘍関連抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１ペプチド特異的抗原性エピトープを認識する抗体の同定）
本実施例は、ペプチド−アレイアッセイを使用した、患者の血清および肺胸水（ｌｕｎｇ ｐｌｅｕｒａｌ ｅｆｆｕｓｉｏｎ ｆｌｕｉｄ）中の肺腫瘍抗原であるＮＹ−ＥＳＯ−１に対して特異的な抗体の検出を記載する。さらに、これらの患者の抗体により認識された、特異的なエピトープを同定した。これらのデータは、診断用の適用における、ペプチド−アレイアッセイの使用を確証する。
以下でさらに詳しく記載されるペプチド−アレイアッセイスクリーニング法は、抗体の特異性、感度（強度）およびクローン性に基づいて、１種以上のＴＡ抗原に対する患者の抗体を特徴付けるために使用される。この方法は、肺癌患者の血清および胸水サンプルにおいてＮＹ−ＥＳＯ−１（Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １９９７年３月４日；９４（５）：１９１４〜８）として参照される腫瘍関連性抗原（ＴＡ抗原）を認識する抗体の存在を、特異的に検出することにより確証された。
第一の研究で、ウエスタン転移分析および免疫ブロット分析を使用して、血清サンプルおよび肺胸水サンプルを、組換えＮＹ−ＥＳＯ−１を認識する抗体の存在に関して評価した。簡単に述べると、患者番号２０５、２０８および１２由来のサンプルを、ウエスタン転移分析および免疫ブロット分析により、Ｅ．ｃｏｌｉ宿主細胞発現系から調製した組換えＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質を使用して、スクリーニングした。患者の血清サンプルは、組換えＮＹ−ＥＳＯ−１ ６ｘｈｉｓ−タグ化融合タンパク質（大きさが約２０ｋＤａ）を明確に認識する抗体を含むが、組換えＮＹ−ＥＳＯ−１の調製物中に含まれる多くのＥ．ｃｏｌｉ宿主細胞タンパク質を認識する抗体の存在も、また検出された。
患者のＮＹ−ＥＳＯ−１特異的抗体をさらに特徴付けるために、ＮＹ−ＥＳＯ−１の完全配列に対応する、長さが２０アミノ酸の一連の重複ペプチドを合成し、マルチウェルプレートの個々のウェル中に施した（呈した）。次いで、血清サンプルまたは肺胸水サンプルを、ＮＹ−ＥＳＯ−１ペプチドを含む各々のウェルに添加し、ネガティブコントロールのウェルには、緩衝液のみまたはＴＡ抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１と無関係のペプチドを含めた。ＥＬＩＳＡを使用して、１種以上のＮＹ−ＥＳＯ−１抗原性エピトープを認識する、特異的な抗体の存在に対応するシグナルを検出した。本研究で、患者サンプル２０５から得た血清サンプルは、ペプチド番号２（アミノ酸配列 ＳＴＧＤＡＤＧＰＧＧＰＧＩＰＤＧＰＧＧＮ（配列番号４９２）に対応する）に含まれるＮＹ−ＥＳＯ−１抗原性エピトープを検出可能な抗体を含むことを示し；患者サンプル番号２０８に含まれる抗体は、ペプチド番号３（アミノ酸配列 ＰＧＩＰＤＧＰＧＧＮＡＧＧＰＧＥＡＧＡＴ（配列番号４９３）に対応する）、ペプチド番号１０（アミノ酸配列 ＹＬＡＭＰＦＡＴＰＭＥＡＥＬＡＲＲＳＬＡ（配列番号４９４）に対応する）、ペプチド番号５（アミノ酸配列 ＧＧＲＧＰＲＧＡＧＡＡＲＡＳＧＰＧＧＧＡ（配列番号４９６）に対応する）、およびより低いレベルのペプチド番号２を検出し；患者サンプル番号１２は、ペプチド２およびペプチド１０を認識し；患者サンプル番号５７は、ペプチド番号２、ペプチド番号５、ペプチド番号１０、およびペプチド番号１７（アミノ酸配列 ＷＩＴＱＣＦＬＰＶＦＬＡＱＰＰＳＧＱＲＲ（配列番号４９５）に対応する）を認識した。
単一の患者から得たサンプルにより、多くのペプチド特異的エピトープが検出し得るため、本明細書中で開示されるペプチド−アレイ法は、特定のＴＡ抗原を認識する患者の抗体レパートリーのクローン性を評価するためにもまた使用される。例えば、患者サンプル２０５は、その認識プロフィールにおいてモノクローナルであるようであったが、患者サンプル番号１２および患者サンプル番号２０８は、その認識パターンにおいてポリクローナルであるようであった。患者の抗体レパートリーのクローン性は、患者の特異的免疫応答をモニターするために、またはそうでなければさらに特徴付けするために、そして患者における癌（例えば、肺癌）の進行に対する関係を評価するために使用し得る。
さらなる実験において、ＮＹ−ＥＳＯ−１ペプチドエピトープを認識する患者の抗体が、全長組換えＮＹ−ＥＳＯ−１もまた検出し得ることを確認するために、ウエスタン転移分析および免疫ブロット分析を使用した。こららの実験データは、患者サンプル番号２０５および患者サンプル番号１２が、全長組換えＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質もまた検出することを明確に示した。このように検出されたＮＹ−ＥＳＯ−１シグナルは特異的であると示された。なぜなら、患者サンプル２０５＋ペプチド２で免疫ブロットをプローブした場合、または患者サンプル１２をペプチド２およびペプチド１０の存在下で使用した場合、ＮＹ−ＥＳＯ−１シグナルは競合しないからである。任意のＮＹ−ＥＳＯ−１ペプチドの存在下では、非特異的なシグナルは競合した。
この手順に従って検出したペプチドを、他のタンパク質との相同性に関してＧｅｎＢａｎｋタンパク質データベースを検索するために使用した。この検索は、ＮＹ−ＥＳＯ−１ペプチド２およびＮＹ−ＥＳＯ−１ペプチド３が１００％相同であり、ペプチド５およびペプチド１７が９５％相同であり、ペプチド１０がＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質ファミリーのメンバーであるＬＡＧＥ−１ａと６０％相同であることを示す。
結論として、本実施例で記載したデータは、肺癌患者におけるＮＹ−ＥＳＯ−１に対して特異的である抗体を特異的に検出することにより、ペプチド−アレイアッセイを確証する。さらに、これらの患者の抗体により認識される特異的エピトープを記載した。開示されたペプチド−アレイスクリーニング法は、患者由来の生物学的サンプル中に存在し得る、非特異的な抗体の検出を排除し、それにより高感度および高特異性を確保することを示している。ペプチド−アレイスクリーニングは、１種以上のＴＡ抗原を認識する患者の抗体レパートリーのクローン性を評価するために使用され得、そして肺癌に対する種々の診断方法、予後判定および／または治療方法において有用であり得る。さらに、本明細書中で記載した特異的なエピトープは、肺癌に対する診断方法、予後判定方法および／または治療方法においてもまた使用され得る。
（実施例４３：肺腫瘍関連抗原Ｌ５２３Ｓの特定の抗原性ペプチドエピトープを認識する患者抗体の同定）
本実施例は、肺癌患者血清および肺胸膜液における肺腫瘍抗原Ｌ５２３Ｓに特異的な抗体の検出を記載する。さらに、これらの患者抗体によって認識される特定のエピトープを同定した。さらに、患者抗体は、Ｌ５２３Ｓに関連するＩＭＰファミリー中のタンパク質と交差反応することを示した。これらのデータにより、Ｌ５２３Ｓが免疫原性であり、かつインビボでＢ細胞免疫応答を生成するためのその使用を支持することが確認される。さらに、このようなアプローチにおいて使用され得る特定のペプチドエピトープを同定した。さらに、本明細書中で記載されるペプチドアレイアッセイは、Ｌ５２３Ｓ単独または他の肺腫瘍抗原と組み合わせて、診断適用において使用され得る。
実施例２においてＬ５２３Ｓ（配列番号１７５）として同定された肺腫瘍関連抗原は、扁平上皮癌、腺癌および小細胞癌を含む肺癌組織において過剰発現されることが示された。組換え６×ｈｉｓタグ化Ｌ５２３Ｓポリペプチド（配列番号４２７）を発現させ、精製し、ＥＬＩＳＡにおいて使用して、肺癌を有する患者から得られた血清サンプルを、全長Ｌ５２３Ｓポリペプチドを認識する抗体の存在について評価した。ＥＬＩＳＡの結果により、患者番号２７、５５、６６、および６７に由来する血清サンプルが、組換えＬ５２３Ｓを認識し得る抗体を有することが示される。同じ患者の血清サンプルを、組換えＬ５２３Ｓ ６×ｈｉｓタグ化融合タンパク質のウェスタン転移（イムノブロット）分析においても使用した。評価した血清サンプルを、組換え全長Ｌ５２３Ｓ（約７０ｋＤａ）を検出し得る特定の抗体を含むことを示したが、存在する多くのＥ．ｃｏｌｉタンパク質を認識する非特異的抗体を含んだ。同様の結果が、サンプル番号６５９〜９９を用いて認められた、サンプル５５はまた、公知の肺腫瘍抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１を認識する抗体を含んでいた。
Ｅ．ｃｏｌｉタンパク質の非特異的検出は、所望されず、腫瘍関連（ＴＡ）抗原特異的ペプチドアレイスクリーニング法を開発することによって排除した。このスクリーニング法は、評価されているＴＡ抗原（例えば、Ｌ５２３Ｓ）の全長にまたがるように設計されている。このことを行うために、全長Ｌ５３２Ｓを網羅する、一連の連続して重複しているペプチド（長さ２０アミノ酸および１０アミノ酸ずつ重複）を表すペプチドのアレイを合成した。各ペプチドを、マルチウェルプレートの個々のウェルに分散させ、肺癌患者から得られる血清サンプルと共にインキュベートした。ＥＬＩＳＡを用いて、特定のＬ５２３Ｓペプチドを認識する抗体の存在を検出した。この分析からの結果により、多くの肺癌患者から得られた血清サンプル中に含まれる抗体が、以下にさらに記載され、表２５にまとめたＬ５２３Ｓペプチドを認識することが明らかに示された。
患者２７由来の血清に含まれる抗体は、肺ＴＡ抗原Ｌ５２３Ｓ（配列番号３４８）のアミノ酸４４０−４５９に対応するペプチド番号４２（アミノ酸配列ＫＩＡＰＡＥＡＰＤＡＫＶＲＭＶＩＩＴＧＰ）（配列番号４９７および配列番号５４８）を認識する。さらに、競合的ウェスタン転移およびイムノブロット分析を次に使用して、患者血清サンプル２７および６５９〜９９に含まれる抗体によって組換えＬ５２３Ｓの認識をさらに特徴付けた。このために、イムノブロットを、Ｌ５２３Ｓペプチド４２の存在下および非存在下で、患者番号２７から得られた血清サンプルでプローブした。この結果により、ペプチド番号４２が、サンプル２７および６５９〜９９に存在する抗体によって組換えＬ５２３Ｓの検出をブロックしたことが示される。Ｅ．ｃｏｌｉタンパク質の非特異的検出は、Ｌ５２３Ｓペプチド４２の存在下で競合しなかった。
肺癌患者および正常ドナーに由来するさらなる血清サンプルをまた、ペプチドアレイ分析によって評価した。この研究において、患者サンプル１３はまた、Ｌ５２３Ｓペプチド番号４２を認識する抗体を含むことを示した。患者サンプル番号３６は、ペプチド５（配列番号５０８）、９（配列番号５１２）を認識し、より低い程度に、ペプチド２６、３３および５２（それぞれ、配列番号５２９、５３７および５５９）を認識した。患者１９７から得られた血清サンプルは、ペプチド１７（配列番号５２０）を強く認識する抗体を含んでいたが、ペプチド１３（配列番号５１６）、２２（配列番号５２５）および５２（配列番号５５９）は、より低い程度に検出された。患者サンプル番号１０に由来する肺胸膜液中に含まれる抗体は、Ｌ５２３Ｓペプチド１５（配列番号５１８）、４１（配列番号５４７）、４２（配列番号５４８）、４３（配列番号５４９）および５３（配列番号５６０）を認識した。患者１４に由来する肺胸膜液は、Ｌ５２３Ｓペプチド番号３８（配列番号５４２）を検出した。患者サンプル番号１５の肺胸膜液は、Ｌ５２３Ｓペプチド３５および５３（それぞれ、配列番号５３９および５６０）を検出した。肺胸膜液サンプル１８は、Ｌ５２３Ｓペプチド４２および３３（それぞれ、配列番号５４８および５３７）を検出した。複合多重ＴＡ抗原ペプチドアレイを使用して、患者番号ＧＢ−５６の体液性応答を評価し、Ｌ５２３Ｓペプチド１２（配列番号５１５）を検出した。患者サンプル２０８、ＧＢ−２５、およびＧＢ−１１は、Ｌ５２３Ｓペプチドとの反応性を示さず、これらのサンプルがＬ５２３Ｓ特異的抗体を含まないことを示す。コントロールサンプルについては、血清を、多くの正常ドナー（番号１７４、３６５、２９３、１７、４３８、４４５、１１、４８０）から得た。全ての正常ドナーは、正常ドナーサンプル１７４がペプチド１１、１５、１８、３３および５０（それぞれ、配列番号５１４、５１８、５２１、５３７および５５７）に対して非常に低い反応性を有したことを除いて、Ｌ５２３Ｓ特異的抗体について陰性であった。
なお別の研究において、類似のペプチドアレイを使用して、実施例３５に本質的に記載されるように、いくつかのサンプルの細胞性免疫応答を測定した。患者番号ＧＢ−５６の細胞性応答（Ｔ細胞）を、Ｌ５２３Ｓペプチド番号３０．５〜３５（配列番号５３４〜５３９）を含むペプチドプール、およびペプチド番号３６〜４０．５（配列番号５４０〜５４６）を含む別のプールに対して検出した。公知の肺腫瘍抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１に含まれる１つ以上のペプチドを認識する細胞性免疫応答もまた検出した。特に、ペプチド１３〜１７を含むペプチドプールに対する応答を検出した。患者ＧＢ−４１の細胞性免疫応答もまた、ペプチド７〜１２および１３〜１７を含むＮＹ−ＥＳＯ−１ペプチドプールにおけるシグナルを検出した。
（表２５：Ｌ５２３Ｓの抗体エピトープのまとめ）
Figure 2010227112
Figure 2010227112
ＧｅｎＢａｎｋタンパク質データベースの分析は、Ｌ５２３Ｓ（ＩＭＰ−３としてもまた呼ばれる）ペプチドの番号３２および４２のアミノ酸配列が、Ｌ５２３ＳファミリーのメンバーのＩＭＰ−１（配列番号５００）およびＩＭＰ−２（配列番号５０１）に存在する対応するペプチドと部分的に相同性を共有することを示した。患者の血清サンプル１３および２７（これらは、Ｌ５２３Ｓペプチド番号４２（配列番号５４８）を認識する）をまた、アミノ酸配列ＫＩＡＰＰＥＴＰＤＳＫＶＲＭＶＩＩＴＧＰ（配列番号４９８）に対応するＩＭＰ−１およびアミノ酸配列ＫＩＡＰＡＥＧＰＤＶＳＥＲＭＶＩＩＴＧＰ（配列番号４９９）に対応するＩＭＰ−２の対応するペプチドを認識するそれらの能力について評価した。このデータは、患者番号１３および２７由来の血清中に含まれる抗体が、配列番号４９８に示されるＩＭＰ−１ペプチドを認識するが、配列番号４９９に示されるＩＭＰ−２ペプチドを認識しないことを示す。
別の一連の実験において、患者の血清サンプル５５は、Ｌ５２３Ｓペプチド番号５（配列番号５０８）、９（配列番号５１２）、３２（配列番号５３６）および４２（配列番号５４８）を認識する抗体の存在を、比較して評価した。ＩＫＰ−１とＩＭＰ−２由来の対応する部分的に相同なペプチドとの交叉反応をまた、測定した。データは、患者のサンプル５５が、Ｌ５２３Ｓペプチドの５、９および４２、も対応するＩＭＰ−１およびＩＭＰ−２ペプチドも認識せず；アレイにおけるペプチドが、正常なドナー（番号２３２および番号４８１）から得られる血清サンプル中に含まれる抗体によって検出されないことを示す。さらに、患者のサンプル５５は、Ｌ５２３Ｓペプチド番号３２（アミノ酸配列ＬＹＮＰＥＲＴＩＴＶＫＧＮＶＥＴＣＡＫＡ（配列番号５３６））を認識しないが、アミノ酸配列ＬＹＮＰＥＲＴＩＴＶＫＧＡＩＥＮＣＣＲＡ（配列番号５０２）に対応する、Ｌ５２３Ｓペプチド番号３２に対応する部分的に相同なＩＭＰ−１ペプチドおよびアミノ酸配列ＬＹＮＰＥＲＴＩＴＶＫＧＴＣＥＡＣＡＳＡ（配列番号５０３）に対応する、Ｌ５２３Ｓペプチド番号３２に対応する部分的に相同なＩＭＰ−２ペプチドを認識した。同様に、患者のサンプル番号２８７および番号２９０は、Ｌ５２３Ｓペプチド番号３２を認識する抗体を含み、そして対応するＩＭＰ−１ペプチドおよびＩＭＰ−２ペプチドとより高い力価で交叉反応することが示された（ＩＭＰ−１ペプチドは、ＩＭＰ−２ペプチドよりも強く認識される）。
相同性検索分析は、Ｌ５２３Ｓ（ＩＭＰ−３）が、それぞれ、ＩＭＰ−１について７４％およびＩＭＰ−２について６４％の全体のアミノ酸配列同一性を有することを示す。しかし、同様の分析において、Ｌ５２３Ｓペプチド番号３（アミノ酸位２０〜３９、配列番号５０６）およびペプチド５３（アミノ酸位５６０〜５７９、配列番号５６０）は、対応するＩＭＰ−１およびＩＭＰ−２ペプチド領域に対して非相同性であることが示された。興味深いことに、患者の血清は、さらなる研究においてペプチド５３と反応することが示された。相同性検索は、Ｌ５２３Ｓのペプチド２４（アミノ酸位２３０〜２４９（配列番号５２７））が、ＩＭＰ−１（８０％）およびＩＭＰ−２（７０％）に対して有意な相同性を共有するを示した。肺癌患者の抗体はまた、別個の研究において、ペプチド２４と反応することが示された。患者の血清はまた、ペプチド１６（配列番号５１９）に対して反応した。関連研究において、患者の血清は、ペプチド３４および３７（配列番号５３８および５４１）と反応することが示された。
結論として、本明細書中のに記載されるデータは、Ｌ５２３Ｓタンパク質のインビボ免疫原性をさらに確認し、そして患者の抗体によって認識されるペプチドをさらに同定する。これらのペプチドは、Ｌ５２３Ｓの過剰発現に関連する癌のための免疫治療または診断適用に使用され得る。Ｌ５２３Ｓ（ＩＭＰ−３）とファミリーメンバーのＩＭＰ−１およびＩＭＰ−２との間の相同性は、肺癌を被る患者から得られた抗体の交叉反応と共に、少なくともいくつかの場合において、Ｌ５２３Ｓに対する患者の免疫応答が、正常な組織サンプルと比較して、肺腫瘍において同様に過剰発現したＩＭＰファミリーメンバーと交叉反応し得ることを示唆する。さらに、本明細書中に記載されるようなペプチドアレイ分析を使用して、抗体の特異性、強度およびクローン性に基づいて患者の抗体応答を特徴付けした。本明細書中に示されるペプチドアレイ分析を使用して、抗原性決定因子の同定は、Ｌ５２３Ｓの発現に関連する肺癌について、単独または他の肺腫瘍抗原と組み合わせてのいずれかで種々の診断方法、予後方法および治療方法方法に有用である。
（実施例４４：Ｌ５２３Ｓに対するウサギポリクローナル抗体の産生およびこれらの抗体よって認識されるＬ５２３Ｓエピトープの同定）
この実施例は、ウサギのＬ５２３Ｓ特異的ポリクローナル抗体の産生およびこれらの抗体によって認識される特異的エピトープの同定を記載する。
ポリクローナル抗体を当該分野で公知の技術を使用して、組換え体Ｌ５２３Ｓにより免疫したウサギから調製し、特異的ＴＡ−抗原Ｌ５２３Ｓ抗原性エピトープを認識する抗体の存在について、ペプチド−アレイによって分析した。ポリクローナル抗体をウサギ血清からＬ５２３Ｓアフィニティー精製し、実施例４３に記載のようにＬ５２３Ｓペプチド−アレイを用いてインキュベートした。このポリクローナル血清サンプル中に含まれる特異的ウサギ抗体は、ペプチド３２（配列番号５３６）を強く認識し、ペプチド１６および１７（配列番号５１９および５２０）を中程度に認識し、より低い程度でペプチド２、２３、２４、３３、４９および５３（配列番号５０５、５２６、５２７、５３７、５５６および５６０）を認識した。
（実施例４５）
（ＤＮＡ／アデノウイルスプライムブーストレジメンを使用するＬ５２３Ｓに対するマウスポリクローナル抗体のインビボ産生）
この実施例は、Ｌ５２３Ｓ特異的Ｂ細胞応答のインビボ生成を記載し、ＤＮＡ／アデノウイルスプライム−ブーストレジメンを使用して、Ｌ５２３Ｓに対してＢ細胞（抗体）応答を誘導し得ることを実証する。さらに、マウスポリクローナル抗体によって認識される特異的エピトープを記載する。
ポリクローナル血清を、本質的に実施例３３に記載のように、Ｌ５２３Ｓ ＤＮＡ／アデノウイルスプライムブーストレジメンにより免疫したマウスから調製した。ペプチド１７、２２および５３（それぞれ配列番号５２０、５２５、および５６０）を認識する高力価のマウス抗体を検出した。より低い程度で、ペプチド３２、１９および１８（それぞれ配列番号５３６、５２２、および５２１）を認識するマウス抗体もまた検出した。Ｌ５２３Ｓ特異的抗体の検出に一致するアデノウイルスタンパク質に特異的な抗体もまた検出した。コントロール未処理マウスまたはＬ５２３Ｓに無関係の抗原により免疫したマウスからの血清を使用しても、シグナルは検出されなかった。実施例３３および３７において以前に示されたように、Ｌ５２３Ｓに特異的なＣＤ４応答およびＣＤ８応答の両方もまた、検出した。従って、この実験により、Ｌ５２３Ｓのインビボでの免疫原性が確認され、ＤＮＡ／アデノウイルスプライムブーストレジメンを使用して、Ｌ５２３Ｓに対するＢ細胞（抗体）応答を誘導し得ることが実証される。
（実施例４６（ＣＸ−０２−１８８／ＣＩＤ００１４８８））
（肺腫瘍抗原Ｌ５２３Ｓのインビボでの免疫原性：Ｌ５２３Ｓ−ＤＮＡ／アデノウイルスレジメンにより免疫されたサルにおけるＬ５２３Ｓおよびアデノウイルス特異的体液性応答）
この実施例は、２つのプライミング用量の；ＶＡＣ／Ｌ５２３Ｓおよび２ブースト用量の；Ａｄ／Ｌ５２３Ｓとして投与されるワクチンレジメンの安全性を評価するための、アカゲザル、マカクザルにおけるインビボでの免疫原性研究を記載する。Ｌ５２３Ｓの裸のＤＮＡによるワクチン接種に続いて、Ｌ５２３Ｓを含む高用量または低用量のアデノウイルスのいずれかで第２の免疫を行った。これらの結果はさらに、インビボでの肺腫瘍抗原に対するインビボでの免疫応答の生成における、Ｌ５２３Ｓ ＤＮＡおよびＬ５２３Ｓアデノウイルスプライム／ブーストレジメンの使用を有効なものにする。
３つの群のサルを皮内で免疫した。サルをＤＮＡで３回免疫し、続いて、アデノウイルス−Ｌ５２３Ｓを３回ブーストした。Ｌ５２３Ｓに対する抗体応答を、以下の日に全ての群のサルにおいて試験した：
−１：１回目のＤＮＡ−Ｌ５２３Ｓプライムの１日前
＋３：１回目のＤＮＡ−Ｌ５２３Ｓプライムの３日後
＋３１：３回目のＤＮＡ−Ｌ５２３Ｓプライムの２日後
＋４５：１回目のアデノ−Ｌ５２３Ｓブーストの２日後
＋７３：３回目のアデノ−Ｌ５２３Ｓブーストの２日後
＋８６：３回目のアデノ−Ｌ５２３Ｓブーストの１５日後
これらの結果は、全ての予め血を抜き取ったサルは、Ｌ５２３Ｓおよびアデノウイルス粒子（ＳＥＡ−アデノ）に特異的な抗体力価を有さなかったことを示した。Ｌ５２３Ｓ−ＤＮＡプライミング単独では、有意なＬ５２３Ｓ−特異的抗体応答を誘導しなかった。グループ２のサル（低用量のアデノ−Ｌ５２３Ｓを受けたサル）において、６頭中１頭のサルは、Ｌ５２３Ｓに対して弱い抗体応答を有したが、６頭中６頭のサルは、中程度のアデノウイルス特異的抗体応答を実証した。グループ３（高用量のアデノ−Ｌ５２３Ｓを受けたサル）において、６頭中３頭のサルは、強いＬ５２３Ｓ特異的抗体応答を有したが、６頭中６頭のサルは、強いアデノウイルス特異的応答を有した。雄性および雌性のサルは両方とも、Ｌ５２３Ｓおよびアデノウイルス対する抗体応答を生成した。明らかな不都合な毒性は、ワクチン接種したサルのいずれにおいても観察されなかった。
従って、上記の実験によりさらに、Ｌ５２３Ｓがインビボで免疫原性であり、従ってワクチンおよび他の免疫療法ストラテジーに対する標的として有用性を有することが確認された。特に、この研究により、ＤＮＡプライム、その後の高用量アデノウイルスブーストは、強いＬ５２３Ｓ抗体応答およびアデノウイルス抗体応答を生成することが示される。
上述から、本発明の特定の実施形態が、本明細書中において、例示の目的で記載されているが、種々の改変が、本発明の精神および範囲から逸脱することなくなされ得ることが理解される。従って、本発明は、添付の特許請求の範囲による限定を除いて限定されない。
上述から、本発明の特定の実施形態が、本明細書中において、例示の目的で記載されているが、種々の改変が、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなくなされ得ることが理解される。従って、本発明は、添付の特許請求の範囲による限定を除いて限定されない。

Claims (22)

  1. 患者における肺癌の発達を阻害する方法であって、該方法は、以下；
    （ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
    （ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
    （ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
    （ｄ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド；ならびに
    （ｅ）（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ヒトＴ細胞応答もしくはＢ細胞応答を刺激することが可能である、アミノ酸配列を含む、ポリペプチド
    からなる群の中から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者へ投与する工程を包含する、方法。
  2. 患者における腫瘍の進行を防止する方法であって、該方法は、以下；
    （ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
    （ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド；
    （ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
    （ｄ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなる、ポリペプチド；ならびに
    （ｅ）（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、該ポリペプチドは、ヒトＴ細胞応答もしくはＢ細胞応答を刺激することが可能なアミノ酸配列を含む、ポリペプチド
    からなる群の中から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者へ投与する工程を包含する、方法。
  3. 前記組成物が少なくとも１つのアジュバントをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
  4. 請求項３に記載の方法であって、前記アジュバントが、Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５；ＡＳ−１，ＡＳ−２；水酸化アルミニウムゲル；リン酸アルミニウム；カルシウムの塩；鉄または亜鉛；アシル化チロシンアシル化糖の不溶性の懸濁液；陽イオン的に誘導体化された多糖または陰イオン的に誘導化された多糖；ポリホスファゼン；生分解性の微粒子；モノホスホリル脂質Ａ、ＱＳ２１、アミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート、およびクイルＡからなる群から選択される、方法。
  5. 腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を刺激および／または増殖させるための方法であって、Ｔ細胞の刺激および／または増殖を可能にするための条件および十分な時間の下、以下：
    （ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
    （ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸を含むポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド；
    （ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
    （ｄ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなる、ポリペプチド；
    （ｅ）（ｃ）または（ｄ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
    （ｆ）（ｃ）、（ｄ）または（ｅ）に従うポリペプチドでパルスされたか、またはそれを発現する、抗原提示細胞
    からなる群から選択される少なくとも１つの成分とＴ細胞とをエキソビボで接触させる工程を包含する、方法。
  6. 請求項５に記載の方法に従って調製されるＴ細胞を含む、単離されたＴ細胞集団。
  7. 患者における肺癌の処置のための方法であって、請求項６に記載の増殖させたＴ細胞を含む有効量の組成物を該患者に投与する工程を包含する、方法。
  8. 患者における免疫応答を刺激するための方法であって、以下：
    （ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
    （ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるポリペプチドをコードする配列を含む、ポリヌクレオチド；
    （ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるポリペプチドをコードする配列からなる、ポリヌクレオチド；および
    （ｄ）（ｂ）または（ｃ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するポリペプチド配列をコードする配列を含む、ポリヌクレオチド；
    からなる群から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者に投与する工程を包含し、ここで該ポリヌクレオチドは、ヒトＴ細胞応答またはヒトＢ細胞応答を刺激することが可能なポリペプチドをコードする、方法。
  9. 患者における免疫応答を刺激するための方法であって、以下：
    （ａ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはそれらの一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
    （ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなる、ポリペプチド；
    （ｃ）（ａ）または（ｂ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
    からなる群から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者に投与する工程を包含し、ここで該ポリペプチドは、ヒトＴ細胞応答またはヒトＢ細胞応答を刺激することが可能である、方法。
  10. 前記組成物が、少なくとも１つのアジュバントをさらに含む、請求項８または９に記載の方法。
  11. 請求項１０に記載の方法であって、前記アジュバントが、Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５；ＡＳ−１，ＡＳ−２；水酸化アルミニウムゲル；リン酸アルミニウム；カルシウムの塩；鉄または亜鉛；アシル化チロシンアシル化糖の不溶性の懸濁液；陽イオン的に誘導体化された多糖または陰イオン的に誘導化された多糖；ポリホスファゼン；生分解性の微粒子；モノホスホリル脂質Ａ、ＱＳ２１、アミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート、およびクイルＡからなる群から選択される、方法。
  12. 配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部に示される少なくとも１つのポリペプチドを含む、融合タンパク質。
  13. 発現制御エレメントに作動可能に連結された請求項１２に記載の融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
  14. 請求項１３に記載の発現べクターで形質転換またはトランスフェクトされた、宿主細胞。
  15. 配列番号５４８、５５９、５６０、４６１、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９７、５０７〜５４７、および５４９〜５５８に示されるポリペプチドに特異的に結合する、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
  16. 前記抗体またはその抗原結合フラグメントがモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体またはその抗原結合フラグメント。
  17. 請求項１５に記載の少なくとも１つの抗体および検出試薬を含む診断キットであって、該検出試薬がレポーター群を含む、診断キット。
  18. 生理学的に受容可能なキャリアおよび免疫刺激物からなる群から選択される第１の成分、ならびに以下：
    （ａ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    （ｂ）請求項１２に記載の融合タンパク質；
    （ｃ）請求項１５に記載の抗体；
    （ｄ）請求項６に記載のＴ細胞集団、および
    （ｅ）（ａ）に記載のポリペプチドででパルスされたか、またはそれを発現する抗原提示細胞、
    からなる群から選択される第２の成分を含む、組成物。
  19. 患者における免疫応答を刺激するための方法であって、請求項１８に記載の組成物を該患者へと投与する工程を包含する、方法。
  20. 患者における肺癌の処置のための方法であって、請求項１８に記載の組成物を該患者へと投与する工程を包含する、方法。
  21. 配列番号４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列をコードする配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
  22. 配列番号４７０〜４７７、４８１〜４８２、４８４、４９１、４９７および５０４〜５６０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
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