JP2010038664A - 質量分析データ解析装置 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】全ての修飾・変異に関する情報をリスト化して予め修飾・変異DB24に登録しておき、検索条件入力部28によりDB検索条件の1項目である非確定的修飾・変異を指定可能とする。非確定的修飾・変異の指定可能数の制約をなくす一方、2以上の非確定的修飾・変異の同時発生を考慮せず、配列同定処理部23は、指定された非確定的修飾・変異を1つずつ選択しながら他の検索条件と組み合わせてDB検索を実行する。これにより、全てのタンパク質に対し修飾や変異を網羅的に検索できるので、従来より同定見逃しが大幅に減る。一方、起こる可能性が低い2以上の非確定的修飾・変異の同時発生を考慮しないので、その分、検索回数の増大を抑えて同定所要時間を抑制できるとともに、擬陽性による誤った同定も抑えることができる。
【選択図】図1
Description
(B)「ミスド・クリベージ(missed cleavage)」の数を1だけ増加させる。ここで、ミスド・クリベージとは、本来は切断されるべきでない箇所で開裂により結合が切れることを意味する。
(C)全てのバリアブル・モディフィケイションを1ずつ順番に設定する。
(D)1つのアミノ酸の変異(substitution)を考慮する。
上記のようなデータベース検索によりヒットしたペプチド候補の中で、MS/MSイオンサーチ実行時よりもスコアが高く、且つ予め設定されたアイデンティファイレベル(上記ホモロジーレベルよりも高いレベル)と呼ばれる閾値以上のスコアでヒットしたペプチドを選択し、これを検索結果として表示する。
a)スペクトルデータに基づいて被検試料に由来するピークのピーク情報を集めたピークリストを作成するピークリスト作成手段と、
b)アミノ酸配列に起こり得る修飾・変異に関する条件を任意の数だけユーザが指定するための第1条件指定手段と、
c)該第1条件指定手段により指定される条件以外のデーベース検索のための検索条件をユーザが指定するための第2条件設定手段と、
d)前記第1条件指定手段により指定された条件を順次1つずつ選択しつつ選択した条件と前記第2条件指定手段により指定された検索条件とを組み合わせた条件の下で、それぞれ前記ピークリスト作成手段により作成されたピークリストをデータベースと照合することによりペプチド・タンパク質の候補を抽出する、という処理を、前記第1条件指定手段により指定された条件の全てが終了するまで又は所定の終了条件が満たされるまで繰り返すデータベース検索実行手段と、
e)前記データベース検索実行手段により抽出された各ペプチド・タンパク質の候補の確度に基づいた情報を出力する出力手段と、
を備えることを特徴としている。
10…イオン化部
11…イオントラップ
12…TOFMS
13…飛行空間
14…検出器
2…制御・処理部
20…分析制御部
21…MSnデータ処理部
22…ピークリスト作成部
23…配列同定処理部
24…修飾・変異データベース
25…同定用データベース
28…検索条件入力部
29…表示部
Claims (4)
- MSn分析(n≧2)可能な質量分析計により収集されたスペクトルデータに基づいて被検試料中のペプチド・タンパク質を同定するためにデータベース検索を行う質量分析データ解析装置において、
a)スペクトルデータに基づいて被検試料に由来するピークのピーク情報を集めたピークリストを作成するピークリスト作成手段と、
b)アミノ酸配列に起こり得る修飾・変異に関する条件を任意の数だけユーザが指定するための第1条件指定手段と、
c)該第1条件指定手段により指定される条件以外のデーベース検索のための検索条件をユーザが指定するための第2条件設定手段と、
d)前記第1条件指定手段により指定された条件を順次1つずつ選択しつつ選択した条件と前記第2条件指定手段により指定された検索条件とを組み合わせた条件の下で、それぞれ前記ピークリスト作成手段により作成されたピークリストをデータベースと照合することによりペプチド・タンパク質の候補を抽出する、という処理を、前記第1条件指定手段により指定された条件の全てが終了するまで又は所定の終了条件が満たされるまで繰り返すデータベース検索実行手段と、
e)前記データベース検索実行手段により抽出された各ペプチド・タンパク質の候補の確度に基づいた情報を出力する出力手段と、
を備えることを特徴とする質量分析データ解析装置。 - 請求項1に記載の質量分析データ解析装置であって、
非確定的な修飾・変異が最大でも1箇所でしか生じないとの排他的条件の下に、前記第1条件指定手段により指定可能な非確定的修飾・変異の種類の数の制約をなくす又は広げるようにしたことにより、被検試料中のペプチド・タンパク質を同定する際の擬陽性の減少又はその増加の抑制と同定見逃しの減少とを両立するとともに検索時間の増大を抑制するようにしたことを特徴とする質量分析データ解析装置。 - 請求項1又は2に記載の質量分析データ解析装置であって、
アミノ酸配列の修飾・変異についての既知の全ての条件を格納しておく修飾・変異データベースを備え、前記第1条件指定手段は、修飾・変異データベースを利用して任意の数の条件の指定を可能としたことを特徴とする質量分析データ解析装置。 - 請求項1〜3のいずれかに記載の質量分析データ解析装置であって、
前記データベース検索実行手段は、抽出されたペプチド・タンパク質の候補の確度が所定の閾値以上であるものが探索された時点でデータベース検索の繰り返しを打ち切ることを特徴とする質量分析データ解析装置。
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